ሌላኛው ተግዳሮት የአፈር ጤና መዛባት ሲሆን አንዳንድ ኬሚካሎች የአፈርን ተፈጥሯዊ ይዘት የሚያጎናጽፍ ምርቶችን ሊጎዲ ይችላሉ።