የአግሮ ኬሚካል ተግዳሮቶችን ስንመለከት የመጀመሪያው የአፈር መጎዳት ነው። የረጅም ጊዜ የኬሚካል ማዳበሪያ አጠቃቀም የአፈርን ተፈጥሮአዊ ለምነት የሚሰጡ ጥቃቅን የሀዋሲያን አዋቅር ሊጎዳ ይችላል።