የአግሮ ኬሚካል አንደኛ ተግዳሮቱ የውሃ ብክለት ስጋት ነው።ማዳበሪያ እና ፀረ ተባይ መድሀኒቶች በዞናብ ታጥበው ወደ ወንዞች እና ሀይቆች በመግባት ከፍተኛ የውሃ እና የባህር ህይወት ብክለት ይፈጥራሉ።