የምግብ ባንኮች ዋነኛ ተግዳሮት የሎጀስቲክ እና የማከማቻ ችግር ነው። ምግብን በወቅቱ ለመከማቸትና ለማከፋፈል የመጓጓዣና የማቀዝቀዣ መገልገያዎች በበቂ ሁኔታ መኖር አለባቸው።