Wozu brauchen Tiere Mikroorganismen?
zur Verdauung ihrer Nahrung in Darm (und den Vormägen bei Wiederkäuern)
Infektion
Infektion

== Kolonisation und Symbiose ==
Eine Infektion unterscheidet sich von einer „Ansiedlung“ oder „Besiedlung“ (Kolonisation) durch kommensale Bakterien und Pilze, welche auf deren Haut bzw. Schleimhäuten leben, ohne in den Organismus einzudringen. Eine derartige Standortflora verdrängt über die Platz- und Nahrungsmittelkonkurrenz sogar pathogene (krankmachende) Keime und bildet dadurch einen sehr wichtigen Teil der Krankheitenabwehr bzw. Krankheitsvermeidung.
Bei geschädigter Haut oder Schleimhaut oder bei Immunschwäche können allerdings auch diese Keime eine Infektion verursachen (endogene Infektion). In diesem Zusammenhang ist besonders ''Staphylococcus aureus'' bedeutend, der sehr häufig kleinere Entzündungen verursacht, aber in Verbindung mit Multiresistenzen und geschwächten Patienten lebensbedrohend wird.
Tiere benötigen Mikroorganismen zur Verdauung ihrer Nahrung in Darm (und den Vormägen bei Wiederkäuern), so wie manche von diesen ihren Wirt brauchen, um sich zu ernähren und zu vermehren (siehe ''Symbiose''). Meist bleibt diese Symbiose im Gleichgewicht. Es gibt aber Keime, die aus diesem Gleichgewicht ausbrechen und dann gefährlich werden, was als opportunistische Infektion bezeichnet wird. Daneben existieren noch Kommensale, die im Gegensatz zu Symbionten dem Wirt keinen Nutzen erbringen, aber auch nicht in einen gesunden Wirt eindringen.
Cellulose Schutzatmosphäre Agglomerat__Mikrobiologie_
Cellulose

==== Tiere ====
Fast alle Tiere – mit Ausnahme weniger Mollusken, wie einiger Schnecken, etwa der Weinbergschnecke und weniger Termitenarten – einschließlich der meisten Pflanzenfresser können Cellulose im Gegensatz zu Stärke nicht durch eigene Stoffwechselleistungen abbauen, obwohl beide Moleküle aus Traubenzuckermolekülen aufgebaut sind. Diese Tiere besitzen nur die Enzyme, die ''α''-1,4- oder ''α''-1,6-glycosidische Bindungen (z. B. in Stärke) spalten können (Amylasen), nicht aber ''β''-1,4-glycosidische Bindungen der Cellulose (Cellulasen). Deshalb können diese Tiere (z. B. Kühe) den hohen Energiegehalt dieses Kohlenhydrates nur mit Hilfe von endosymbiontischen Mikroorganismen erschließen, die in ihren Verdauungsorganen leben.
Cellulose fressende Tiere ernähren sich dann von der stetig nachwachsenden Symbiontenmasse in ihrem Verdauungssystem. Wiederkäuer verdauen einen großen Teil der Cellulose und anderer Polysaccharide im Pansen mithilfe anaerober Mikroorganismen, die die Cellulose zu Fettsäuren umsetzen. Ähnliches gilt für Pferde und Wassergeflügel, bei denen die Verarbeitung jedoch im Dickdarm stattfindet.
Einige terrestrische Krebse wie die Isopoda können Cellulose mit der Unterstützung endosymbiotischer Mikroorganismen abbauen.
Dasselbe gilt für Insekten wie Silberfischchen, fast alle Termiten oder Schaben. In 200 untersuchten Termitenspezies wurden mehr als 450 unterschiedliche Endosymbionten identifiziert. Endosymbionten fossilierter Termiten wurden bereits aus der Kreidezeit direkt (in burmesischem Bernstein) nachgewiesen. Schutzatmosphäre

=== Sauerstoff ===
Lebensmittelverpackung mit intakter Verpackung (oben) und Produkteinlagerung mit fehlerhafter Siegelnaht (unten). Durch die undichte Siegelnaht ist Luft in die Verpackung geströmt, so dass der Frühstücksspeck nicht mehr so rot aussieht.
Sauerstoff (O2) kommt in der normalen Luft mit einer Konzentration von etwa 21 % vor und bildet die Voraussetzung für das Wachstum aerober Mikroorganismen. Das Gas fördert damit eher den oxidationsbedingten Verderb des Lebensmittels. Daher wird der Sauerstoff innerhalb der Schutzatmosphäre normalerweise erheblich reduziert oder gar ausgeschlossen. Bei der Verpackung von rotem Frischfleisch wird der Sauerstoffanteil signifikant erhöht, um die rote Farbe des Fleisches zu erhalten oder sogar zu intensivieren. Zusätzlich hemmen hohe Sauerstoffkonzentrationen das Wachstum anaerober Mikroorganismen. Auch Obst und Gemüse brauchen nach der Ernte gewisse Mengen Sauerstoff (3 bis 10 %) zur Zellatmung, was auch bei der Lagerung und Verpackung berücksichtigt werden muss. Sauerstoff ist ein Zusatzstoff mit der europäischen Zulassungsnummer E 948. Agglomerat__Mikrobiologie_

== Mikrobielle Agglomerate ==
Bei der Zusammenballung von Mikroorganismen, wie Bakterien, einzellige Pilze oder auch einzellige Tiere (Protozoen) wird von mikrobiellen Agglomeraten oder auch Aggregaten gesprochen. Die Agglomeration erfolgt gewöhnlich durch das Anheften an oder durch einen Einschluss in einem sogenannten mikrobiellen Biofilm, aber auch über direkte Zellkontakte und hydrophobe Wechselwirkungen anhand von Oberflächenstrukturen auf der Zellwand oder der Zellmembran der Mikroorganismen.  Diese mikrobiellen Agglomerate bilden sich an Oberflächen oder können im Wasser treibend in Form von Flocken auftreten.