Glede časovnih omejitev člen 9(3) Direktive določa le en trimesečni rok, v katerem se lahko Komisija izreče o NNR. Nobenega razloga ni za domnevo, da če je priglašen NNR nepopoln, trimesečni rok, ki ga ima Komisija za njegovo zavrnitev, ne more začeti teči. Država članica namreč s priglasitvijo nepopolnega NNR ne more za nedoločen čas odložiti sprejetja odločbe Komisije na podlagi člena 9(3) te direktive.

Pristojnost Komisije za nadzor in zavrnitev nacionalnega načrta razdelitve pravic do emisije toplogrednih plinov (NNR), ki ga priglasi država članica v skladu s členom 9(3) Direktive 2003/87 o vzpostavitvi sistema za trgovanje s pravicami do emisije toplogrednih plinov v Skupnosti, je zelo omejena, ker vsebuje vsebinske in časovne omejitve. Po eni strani je ta nadzor omejen na to, da Komisija presodi združljivost NNR z merili iz Priloge III in določbami člena 10 Direktive, po drugi strani pa ga je treba izvesti v treh mesecih po tem, ko država članica priglasi navedeni NNR.

Ker Komisija glede priglašenega nacionalnega načrta razdelitve pravic do emisije toplogrednih plinov (NNR) nima splošnega pooblastila za odobritev v ozkem smislu, kakršna koli domneva o odobritvi NNR ne more biti utemeljena na tem, da Komisija ob izteku roka treh mesecev, določenega v členu 9(3) Direktive 2003/87 o vzpostavitvi sistema za trgovanje s pravicami do emisije toplogrednih plinov v Skupnosti, ni podala nobenega ugovora.

Komisija lahko ukrepa pred iztekom trimesečnega roka, določenega v členu 9(3) Direktive 2003/87 o vzpostavitvi sistema za trgovanje s pravicami do emisije toplogrednih plinov v Skupnosti, prvič, ne le z ugovori ali vprašanji glede nekaterih delov priglašenega nacionalnega načrta razdelitve pravic do emisije toplogrednih plinov (NNR), ampak, drugič, tudi s sprejetjem odločbe o zavrnitvi priglašenega NNR, če država članica svojega NNR noče spremeniti. Medtem ko sprejetje zavrnilne odločbe povzroči pretrganje trimesečnega roka, pa se ta rok zadrži, če Komisija poda ugovore ali postavi vprašanja glede nekaterih delov priglašenega NNR.

Direktiva 2003/87 o vzpostavitvi sistema za trgovanje s pravicami do emisije toplogrednih plinov v Skupnosti za izvrševanje tega sistema v členih 9(1) in (3) in 11(2) jasno in izrecno določa razdelitev pristojnosti med državami članicami in Komisijo za sestavo, nadzor in izvajanje nacionalnega načrta razdelitve pravic do emisije toplogrednih plinov (NNR).

Glede pristojnosti držav članic iz teh določb nedvomno izhaja, da so države članice same pristojne, prvič, za pripravo NNR, v katerem določijo skupno količino pravic, katerih dodelitev predlagajo za zadevno obdobje, in način, kako naj bi se dodelile, in drugič, za določitev skupnega števila pravic, ki jih bodo dodelile za vsako obdobje petih let, ter za začetek postopka individualne dodelitve teh pravic. Res je, da mora v skladu s členom 9(1), drugi stavek, te direktive izvrševanje teh izključnih pristojnosti držav članic temeljiti na objektivnih in preglednih merilih, kakršna so navedena v Prilogi III k tej direktivi. Poleg tega iz člena 9(3), drugi stavek, Direktive izhaja, da če Komisija v celoti ali deloma zavrne NNR, država članica sprejme odločbo na podlagi člena 11(2) te direktive šele, če je Komisija sprejela spremembe, ki jih je predlagala.

Vendar pa Direktiva 2003/87 ne določa jasno in natančno oblike in sredstev za dosego rezultata, ki ga določa. Države članice imajo torej določen manevrski prostor za prenos te direktive in zato za izbiro ukrepov, za katere menijo, da so najustreznejši za uresničitev – v posebnem okviru nacionalnega energetskega trga – cilja, določenega s to direktivo.

(Glej točke od 84 do 88.)