Inštitut se ne strinja s sklepom Sodišča, saj preplačil ali napačnih plačil za povračilo posrednih stroškov skupnosti znanja in inovacij (SZI) v okviru sporazumov o dodelitvi nepovratnih sredstev za leto 2014 ni bilo.

Inštitut je del okvirnega programa Obzorje 2020 in mora od 1. januarja 2014 upoštevati pravila za sodelovanje v programu Obzorje 2020 in razširjanje njegovih rezultatov. Člen 57(2) pravil za sodelovanje v programu Obzorje 2020 in razširjanje njegovih rezultatov namreč izrecno določa naslednji prehodni ukrep: „[…] ta uredba ne vpliva na nadaljevanje ali spreminjanje ter popolno ali delno prekinitev ukrepov do njihovega zaključka ali do dodelitve finančne pomoči Komisije ali organov financiranja na podlagi Sklepa št. 1982/2006/ES ali katere koli druge zakonodaje, ki se uporablja za to pomoč na dan 31. decembra 2013, in se še naprej uporablja za zadevne ukrepe do njihovega zaključka“. Inštitut se pri uporabi te določbe šteje za „organ financiranja“, uredba o njegovi ustanovitvi pa za „katero koli drugo zakonodajo“. Zakonodaja, ki se je uporabljala za finančno pomoč Inštituta na dan 31. decembra 2013, tj. njegova finančna pravila, je izrecno dovoljevala uporabo 40-odstotne pavšalne stopnje za poročanje o posrednih stroških visokošolskih ustanov, raziskovalnih organizacij, neprofitnih javnih organov in MSP. Uporaba 40-odstotne pavšalne stopnje pri teh subjektih je bila torej zakonita in pravilna v skladu s sporazumi o dodelitvi nepovratnih sredstev za leto 2014. Inštitut se zato strinja s sklepom Sodišča, saj preplačil ni bilo. Oktobra 2013 je sicer obvestil SZI o morebitnih spremembah pravil za poročanje o posrednih stroških v okviru programa Obzorje 2020, vendar je bilo to pred 11. decembrom 2013, ko sta Evropski parlament in Svet sprejela pravila za sodelovanje in razširjanje rezultatov programa Obzorje 2020, vključno z zgoraj navedenimi prehodnimi ukrepi iz člena 57. Na podlagi sprejetih prehodnih ukrepov Inštituta ni bilo treba prepovedati uporabe 40-odstotne pavšalne stopnje za poročanje o posrednih stroških visokošolskih ustanov, raziskovalnih organizacij, neprofitnih javnih organov in MSP.

Za pojasnitev ustreznih okoliščin je treba opozoriti na postopek, po katerem so bili sklenjeni sporazumi o dodelitvi nepovratnih sredstev za leto 2014. Sporazumi, sklenjeni med Inštitutom in SZI za leto 2014, so temeljili na poslovnih načrtih SZI za leto 2014, ki so jih skupnosti znanja in inovacij pripravile v letu 2013. Inštitut je letni razpis za poslovne načrte za leto 2014 objavil tako, da je SZI aprila 2013 poslal smernice za poslovni načrt. V skladu s temi smernicami so SZI ob posvetovanju s svojimi partnerji pripravile poslovne načrte za leto 2014 in mu jih predložile do 30. septembra 2013. Potem ko je Inštitut skupaj z zunanjimi strokovnjaki ocenil poslovne načrte za leto 2014, je njegov upravni odbor 5. decembra 2013 sprejel sklep o dodelitvi finančnih sredstev SZI za leto 2014. Na podlagi tega sklepa upravnega odbora so SZI januarja 2014 spremenile svoje poslovne načrte, da bi jih uskladile z dodeljenimi finančnimi sredstvi. Ta nepovratna sredstva je dodelil direktor Inštituta, sporazumi o dodelitvi nepovratnih sredstev pa so bili podpisani februarja 2014. V skladu z načelom pravne varnosti se pravila o financiranju po objavi razpisa za zbiranje predlogov ne spreminjajo.

Glede na navedeno in v skladu s prehodnimi določbami pravil za sodelovanje v programu Obzorje 2020 in razširjanje njegovih rezultatov začetek veljavnosti nove uredbe o pravilih za sodelovanje in razširjanje rezultatov programa Obzorje 2020 ne bi smel vplivati na nadaljevanje zadevnih dejavnosti (tj. poslovnih načrtov SZI za leto 2014, ki jih je Inštitut pripravil in ocenil leta 2013), dokler finančna pomoč Inštituta ni bila dodeljena. To dodelitev bi bilo treba izvesti v skladu z zakonodajo, ki se je uporabljala na dan 31. decembra 2013.

Inštitut sicer res ni bil del Sedmega okvirnega programa za raziskave, tehnološki razvoj in predstavitvene dejavnosti (7. OP), vendar je del programa Obzorje 2020 in tudi partnerji SZI so večinoma upravičenci v okviru programov 7. OP in Obzorje 2020. Zato je ustrezno, da se za prehod s finančne pomoči Inštituta, dodeljene pred programom Obzorje 2020, na Obzorje 2020 ter s 7. OP na Obzorje 2020 uporablja enaka 40-odstotna pavšalna stopnja.

Poleg tega je treba opozoriti, da je GD za raziskave in inovacije razpis za zbiranje predlogov v okviru 7. OP objavil šele decembra 2013, sporazumi o dodelitvi nepovratnih sredstev, ki izhajajo iz teh razpisov, pa so bili podpisani šele oktobra 2014. Številni tovrstni sporazumi o dodelitvi nepovratnih sredstev leta 2016 še vedno veljajo in so skladni s pravili pravnega okvira 7. OP, ki temelji na istih prehodnih določbah pravil za sodelovanje v programu Obzorje 2020 in razširjanje njegovih rezultatov. Inštitut svojih upravičencev (partnerjev SZI), za katere je v sporazumih o dodelitvi nepovratnih sredstev za leto 2014 veljala 40-odstotna pavšalna stopnja, ni obravnaval prednostno.