Pri opredeljevanju in izvajanju vseh politik in dejavnosti Unije se zagotavlja visoka raven varovanja zdravja ljudi. Dejavnost Unije, ki dopolnjuje nacionalne politike, je usmerjena k izboljševanju javnega zdravja, preprečevanju telesnih in duševnih obolenj in bolezni ter odpravljanju vzrokov, ki ogrožajo telesno in duševno zdravje. Ta dejavnost zajema obvladovanje močno razširjenih težkih bolezni s spodbujanjem raziskovanja njihovih vzrokov, prenosa in preprečevanja, pa tudi obveščanja o zdravju in zdravstvene vzgoje, hkrati zajema tudi nadzor nad veliko čezmejno ogroženostjo zdravja, zgodnje obveščanje o taki ogroženosti in boj proti njej. (člen 168 Pogodbe o delovanju Evropske unije)

Cilji Agencija je odgovorna za opravljanje izvedbenih nalog za upravljanje drugega programa javnega zdravja 2008–2013, kakor je bil sprejet s Sklepom št. 1350/2007/ES, programa varstva potrošnikov za obdobje 2007–2013, kakor je bil sprejet s Sklepom št. 1926/2006/ES, in za ukrepe usposabljanja glede varnosti hrane, zajete v Uredbi (ES) št. 882/2004 in Direktivi 2000/29/ES. Agencija tudi upravlja vse faze izvedbenih ukrepov, za katere je pooblaščena v okviru programa ukrepov Unije na področju javnega zdravja 2003–2008, sprejetega s Sklepom št. 1786/2002/ES Evropskega parlamenta in Sveta z dne 23. septembra 2002.

Agencija je pri spodaj navedenih programih Unije odgovorna za izvajanje naslednjih nalog, kot so opredeljene v aktu o prenosu pooblastil z dne 9. septembra 2008 (13): Program javnega zdravja 2003–2008 – Sklep št. 1786/2002/ES Program javnega zdravja 2008–2013 – Sklep št. 1350/2007/ES Program varstva potrošnikov 2007–2013 – Sklep št. 1926/2006/ES Ukrepi usposabljanja glede varnosti hrane - Uredba (ES) št. 882/2004 in Direktiva 2000/29/ES: (a) upravljanje vseh faz projektnega cikla (Agencija za namene spremljanja in obveščanja sprejme vse potrebne ukrepe, da vzpostavi podatkovno zbirko o projektih ali še naprej vzdržuje obstoječo zbirko, ki vsebuje opise projektov in končne rezultate); (b) spremljanje projektov, ki se izvajajo v okviru teh programov in ukrepov, vključno s potrebnimi pregledi; (c) zbiranje, obdelava in razširjanje podatkov ter zlasti združevanje, analiziranje in posredovanje Komisiji vseh podatkov, ki so potrebni za usmerjanje izvajanja programov in ukrepov, spodbujanje koordinacije in sinergije z drugimi programi Unije, državami članicami ali mednarodnimi organizacijami; (d) organizacija srečanj, seminarjev, pogovorov in usposabljanja; (e) pomoč pri vrednotenju učinka programa, zlasti letno in/ali vmesno vrednotenje izvajanja programov, ter izvajanje ukrepov na podlagi vrednotenj, o katerih odloči Komisija; (f) razširjanje rezultatov informativnih dejavnosti, ki jih načrtuje in izvaja Komisija; (g) priprava skupnih podatkov o kontroli in nadzoru; (h) sodelovanje pri pripravljalnem delu za sklepe o financiranju.

1 — Pripravljalni odbor Sestavlja ga pet članov, ki jih imenuje Evropska komisija. Člani pripravljalnega odbora so imenovani za obdobje dveh let. Sprejme letni delovni program Agencije potem, ko ga odobri Evropska komisija. Poleg tega sprejme upravni proračun Agencije in njeno letno poročilo o dejavnostih. 2 — Direktor Imenuje ga Evropska komisija za štiri leta. 3 — Zunanja revizija Evropsko računsko sodišče. 4 — Organ za razrešnico Parlament na priporočilo Sveta.

Proračun Končni upravni proračun Agencije za leto 2009 je znašal 6,4 milijona EUR. Število zaposlenih 31. decembra 2009 31. decembra 2009 je imela Agencija 48 uslužbencev, od tega 11 začasnih in 37 pogodbenih.