Odbor za zdravila za humano uporabo (CHMP) je odgovoren za pripravo mnenj Agencije o vseh vprašanjih glede zdravil za humano uporabo. Sestavljajo ga po en član in en namestnik iz vsake države članice, po en član in en namestnik, ki ju imenujeta Islandija in Norveška, ter do pet kooptiranih članov.

Odbor za zdravila za veterinarsko uporabo (CVMP) je odgovoren za pripravo mnenj Agencije o vseh vprašanjih glede zdravil za uporabo v veterini. Sestavljajo ga po en član in en namestnik iz vsake države članice, po en član in en namestnik, ki ju imenujeta Islandija in Norveška, ter do pet kooptiranih članov.

Odbor za zdravila sirote (COMP) je odgovoren za pregledovanje vlog posameznikov ali družb, ki zaprosijo za določitev zdravil kot zdravila sirote. Sestavljen je iz enega člana iz vsake države članice, treh članov, ki jih imenuje Evropska komisija in predstavljajo organizacije bolnikov, treh članov, ki jih imenuje Evropska komisija na priporočilo Agencije, enega člana, ki ga imenuje Islandija, enega, ki ga imenuje Lihtenštajn, in enega, ki ga imenuje Norveška, ter enega predstavnika Evropske komisije.

Odbor za zdravila rastlinskega izvora (HMPC) je odgovoren za pripravo mnenj Agencije o zdravilih rastlinskega izvora. Sestavljajo ga po en član in en namestnik iz vsake države članice, Islandije in Norveške ter do pet kooptiranih članov.

Odbor za pediatrijo (PDCO) je odgovoren za ocenjevanje vsebine vlog za načrte pediatričnih raziskav, opustitve, odloge in preverjanja skladnosti ter sprejemanje mnenj o vlogah. Sestavljen je iz petih članov CHMP in njihovih namestnikov, enega člana in enega namestnika iz vsake države članice, ki je ne zastopa pet prej navedenih članov, in šest članov in njihovih namestnikov, ki jih imenuje Evropska komisija in predstavljajo zdravstvene delavce in organizacije bolnikov.

Odbor za napredno zdravljenje (CAT) je odgovoren za ocenjevanje kakovosti, varnosti in učinkovitosti zdravil za napredno zdravljenje (ATMP) ter spremljanje razvoja znanosti na tem področju. Sestavljen je iz petih članov CHMP in njihovih namestnikov, enega člana in enega namestnika iz vsake države članice, ki je ne zastopa pet prej navedenih članov, ter štirih članov in njihovih namestnikov, ki jih imenuje Evropska komisija in predstavljajo organizacije bolnikov in klinične zdravnike.

Odbor za ocenjevanje tveganja na področju farmakovigilance (PRAC) je odgovoren za ocenjevanje in spremljanje vprašanj varnosti zdravil za ljudi. Sestavljajo ga po en član in njegov namestnik iz vsake države članice ter po en član in njegov namestnik, ki ju imenujeta Islandija in Norveška, šest neodvisnih strokovnjakov znanstvenikov, ki jih imenuje Evropska komisija, ter dva člana in njuna namestnika, ki jih imenuje Evropska komisija kot predstavnika zdravstvenih delavcev in organizacij bolnikov.

Upravni odbor je sestavljen iz enega člana in enega namestnika iz vsake države članice, dveh predstavnikov Komisije, dveh predstavnikov Evropskega parlamenta ter dveh predstavnikov organizacij bolnikov, enega predstavnika organizacij zdravnikov in enega predstavnika organizacij veterinarjev. Odbor sprejme delovni program in letno poročilo.

Izvršnega direktorja imenuje upravni odbor na predlog Komisije.

Notranja revizija

Služba Evropske komisije za notranjo revizijo in skupina za notranjo revizijo Agencije.

Zunanja revizija

Evropsko računsko sodišče.

Organ za razrešnico

Evropski parlament na priporočilo Sveta.