Hoci Komisia môže bez toho, aby bola porušená zásada kolegiality, splnomocniť jedného zo svojich členov, aby prijal určité kategórie správnych a riadiacich aktov, rozhodnutia, ktorými Komisia rozhoduje o existencii štátnej pomoci, o jej zlučiteľnosti so spoločným trhom a o potrebe nariadiť jej vymáhanie, predpokladajú preskúmanie zložitých skutkových a právnych otázok a v zásade ich nemožno kvalifikovať ako správne a riadiace akty. Z toho vyplýva, že keďže výrok a odôvodnenie rozhodnutí tohto druhu, ktoré musia byť odôvodnené podľa článku 253 ES, predstavujú nedeliteľný celok, prináleží podľa zásady kolegiality iba kolégiu, aby ich prijalo oba zároveň. V zásade teda prináleží kolégiu členov Komisie, aby prijalo definitívnu verziu rozhodnutí, ktorými sa rozhoduje o existencii štátnej pomoci a o jej zlučiteľnosti so spoločným trhom. Po tomto prijatí možno v texte tohto rozhodnutia vykonať iba čisto ortografické alebo gramatické úpravy, pričom akákoľvek iná zmena je vo výlučnej právomoci kolégia.

Podľa článku 219 ES sa Komisia uznáša rozhodnutím väčšiny členov. Takto stanovená zásada kolegiality spočíva na rovnosti členov Komisie pri účasti na prijímaní rozhodnutia a znamená predovšetkým to, že jednak sa o rozhodnutiach uznáša kolégium spoločne a jednak všetci členovia kolégia sú z politického hľadiska spoločne zodpovední za prijaté rozhodnutia.

V oblasti štátnej pomoci nemôže mať Komisia povinnosť predložiť úplnú analýzu dotknutého opatrenia vo svojom oznámení o začatí konania vo veci formálneho zisťovania. Je naopak nevyhnutné, aby Komisia dostatočným spôsobom definovala rámec svojho zisťovania, aby tak umožnila členskému štátu, proti ktorému sa začalo konanie, aby sa vyjadril ku všetkým právnym a skutkovým okolnostiam, ktoré tvoria odôvodnenie konečného rozhodnutia, ktorým Komisia rozhoduje o zlučiteľnosti dotknutého opatrenia so spoločným trhom.

V rámci správneho konania v oblasti štátnej pomoci sa podniky, ktoré sú príjemcami pomoci, považujú len za dotknuté osoby. Z toho vyplýva, že podnik, ktorý je príjemcom pomoci, sa ani zďaleka nemôže opierať o právo na obhajobu priznané osobám, voči ktorým sa vedie konanie, a má len právo zúčastniť sa správneho konania v primeranom rozsahu so zreteľom na okolnosti prejednávaného prípadu.

Pojem výhoda v zmysle článku 87 ods. 1 ES sa vzťahuje na každé opatrenie, ktoré oslobodzuje podnik od zaťaženia, ktoré by mal inak znášať. Pojem pomoc je totiž všeobecnejší ako pojem subvencia, pretože zahŕňa nielen pozitívne plnenia, ako sú samotné subvencie, ale aj zásahy, ktoré v rôznych formách zmierňujú obvyklé zaťaženie rozpočtu podniku a ktoré tým majú rovnakú povahu a rovnaké účinky ako subvencie bez toho, aby boli subvenciami v pravom zmysle slova. Opatrenie, ktorým orgány verejnej moci priznávajú určitým podnikom oslobodenie od dane, ktoré síce nepredstavuje prevod štátnych prostriedkov, ale stavia príjemcov do priaznivejšej finančnej situácie ako iné daňové subjekty, tak predstavuje štátnu pomoc v zmysle článku 87 ods. 1 ES.

Zákonnosť rozhodnutia v oblasti štátnej pomoci sa posudzuje v závislosti od informácií, ktoré mohla mať Komisia k dispozícii v okamihu, keď toto rozhodnutie prijala. V dôsledku toho podnik, ktorý je príjemcom pomoci, nemôže pred súdom tvrdiť, že údaje, ktoré Komisia použila v napadnutom rozhodnutí, nijako nesúviseli so skutočnosťou, pokiaľ vychádzali z číselných údajov, ktoré jej oznámil členský štát počas správneho konania.

So zreteľom na kogentnú povahu kontroly štátnej pomoci, ktorú vykonáva Komisia podľa článku 88 ES, však môžu mať podniky, ktoré sú príjemcami pomoci, legitímnu dôveru v jej legálnosť v zásade len vtedy, ak im bola poskytnutá v súlade s postupom stanoveným v tomto článku. Obozretný hospodársky subjekt totiž musí byť za normálnych okolností schopný ubezpečiť sa, či bol tento postup dodržaný. Preto sa ani členský štát, ktorého orgány poskytli pomoc v rozpore s pravidlami stanovenými v článku 88 ES, nemôže odvolávať na legitímnu dôveru príjemcov, aby sa vyhol povinnosti prijať opatrenia potrebné na účely vykonania rozhodnutia Komisie, ktoré mu nariaďuje vymáhanie pomoci.

Komisia nie je povinná uviesť v rozhodnutí, ktorým sa nariaďuje vymáhanie protiprávnej štátnej pomoci, presnú výšku pomoci, ktorá má byť vrátená. Požiadavky práva Spoločenstva v tejto oblasti sa totiž obmedzujú na to, aby jednak vymáhanie protiprávne poskytnutej pomoci viedlo k obnoveniu predchádzajúcej situácie a jednak aby toto obnovenie pôvodného stavu bolo vykonané spôsobom stanoveným vnútroštátnym právom bez toho, aby uplatnenie ustanovení tohto práva mohlo obmedziť pôsobnosť a účinnosť práva Spoločenstva. Stačí teda, že výpočet výšky pomoci, ktorá sa má vymáhať, možno s prihliadnutím na údaje nachádzajúce sa v rozhodnutí vykonať bez neprimeranej ťažkosti. Komisia sa tak môže obmedziť na uloženie povinnosti vrátiť spornú pomoc a prenechať vnútroštátnym orgánom výpočet presnej výšky pomoci, ktorá sa má vrátiť, predovšetkým vtedy, keď tento výpočet vyžaduje zohľadnenie daňových režimov alebo režimov sociálneho zabezpečenia, ktorých podmienky sú stanovené uplatniteľnou vnútroštátnou právnou úpravou.

Podľa článku 15 ods. 1 nariadenia č. 659/1999 právomoci Komisie vymáhať protiprávnu pomoc podliehajú premlčacej dobe, ktorá je desať rokov. Z ustanovení článku 15 ods. 2 uvedeného nariadenia vyplýva, že začiatkom plynutia premlčacej doby je deň, keď pomoc, ktorej vymáhanie nariadila Komisia, možno považovať za poskytnutú, teda v prípade, keď poskytnutie pomoci závisí od prijatia záväzných právnych aktov, je to deň prijatia týchto aktov.

Pokiaľ právny akt zavádza osobitný režim zdanenia uplatniteľný v budúcnosti, pritom nemožno usudzovať, že premlčacia doba začína plynúť v deň prijatia tohto aktu, teda v deň, keď je nemožné s istotou určiť, či tento osobitný režim poskytuje výhodu, ktorá môže predstavovať štátnu pomoc. Naopak treba zohľadniť deň, keď bola skutočne poskytnutá prvá výhoda. To je prípad pomoci, ktorú netvoria osobitné daňové ustanovenia uplatniteľné na príjemcu, ale daňový rozdiel predstavovaný rozdielom medzi výškou platieb živnostenskej dane, ktorú by musel zaplatiť, ak by podliehal všeobecným daniam, a sumou, ktorá mu skutočne bola uložená podľa osobitných daňových ustanovení, ktorým podliehal.

(pozri body 318, 320, 322, 324)