Z článku 11 ods. 1 nariadenia č. 659/1999 nevyplýva, že by Komisia mala povinnosť automaticky nariadiť dotknutému členskému štátu, aby pozastavil vyplácanie pomoci, ktorá nebola oznámená v súlade s článkom 108 ods. 3 ZFEÚ. Opačné riešenie by totiž viedlo k tomu, že právna povinnosť, ktorú členskému štátu ukladá článok 108 ods. 3 ZFEÚ, spočívajúca v neuplatnení plánovaných pomocí pred prijatím konečného rozhodnutia Komisie, by stratila svoju podstatu, a malo za následok zámenu úloh medzi členskými štátmi a Komisiou.

Kvalifikácia vnútroštátneho opatrenia, ktoré je predmetom rozhodnutia o začatí konania vo veci formálneho zisťovania v súvislosti so štátnou pomocou stanoveného v článku 13 nariadenia č. 659/1999 ustanovujúceho podrobné pravidlá na uplatňovanie článku 108 ZFEÚ, ukladá členskému štátu, ktorému je určené toto rozhodnutie, povinnosť okamžite pozastaviť uplatnenie tohto opatrenia. Takáto povinnosť automaticky vyplýva z tohto rozhodnutia o začatí konania vo veci formálneho zisťovania v tom zmysle, že samotný členský štát má povinnosť vyvodiť všetky dôsledky z uvedeného rozhodnutia. Na to, aby mohla Komisia zabezpečiť dodržiavanie pravidiel stanovených v článku 108 ods. 3 ZFEÚ, disponuje právomocou nariadiť dotknutému členskému štátu po tom, čo ho vyzve, aby predložil svoje pripomienky, okamžité pozastavenie poskytovania protiprávnej pomoci.

Ak sú podané žaloby jednak proti rozhodnutiu o začatí konania vo veci formálneho zisťovania v súvislosti s vnútroštátnym opatrením a jednak proti konečnému rozhodnutiu, ktoré uvedené konanie ukončuje a vyhlasuje, že posudzované vnútroštátne opatrenie predstavuje štátnu pomoc nezlučiteľnú s vnútorným trhom, zamietnutie žaloby podanej proti tomuto poslednému uvedenému rozhodnutiu má za následok zánik predmetu žaloby podanej proti rozhodnutiu o začatí konania vo veci formálneho zisťovania. V tejto súvislosti v prípade, že posúdenie Komisie obsiahnuté v konečnom rozhodnutí potvrdí súd Únie, a to aj z hľadiska kvalifikácie posudzovaného vnútroštátneho opatrenia novej štátnej pomoci, toto opatrenie musí byť zrušené a pomoc musí byť ab inicio vrátená. V takomto prípade preto nie je potrebné rozhodnúť o otázke, či to isté opatrenie, ktoré malo byť v nadväznosti na rozhodnutie o začatí konania vo veci formálneho zisťovania pozastavené, bolo alebo nebolo správne pozastavené.

Iné platí, pokiaľ ide o žalobu podanú proti rozhodnutiu o začatí konania vo veci formálneho zisťovania a uložení príkazu na pozastavenie pomoci na základe článku 11 ods. 1 nariadenia č. 659/1999 ustanovujúceho podrobné pravidlá na uplatňovanie článku 108 ZFEÚ. Nemožno totiž vylúčiť, že by takýto príkaz na pozastavenie pomoci mohol vykazovať iné nezákonnosti, než sú nezákonnosti súvisiace s nesprávnou kvalifikáciou opatrenia posudzovaného Komisiou ako protiprávnej štátnej pomoci. Ak by prijatie rozhodnutia o ukončení konania vo veci formálneho zisťovania malo viesť k zániku predmetu žaloby podanej proti príkazu na pozastavenie pomoci, súdne preskúmanie týchto zákonností by bolo narušené. V spoločenstve práva, akým je Únia, ani členské štáty, ani inštitúcie sa pritom nevyhnú preskúmaniu súladu svojich aktov so základnou ústavnou listinou, ktorou je Zmluva o FEÚ.

(pozri body 47, 50)