Overenie, ktoré má Súdny dvor vykonať v rámci konania o stanovisku, je striktne vymedzené Zmluvami, takže Súdny dvor sa musí obmedziť, ak nemá zasiahnuť do právomocí ostatných inštitúcií, ktoré sú poverené stanovením interných pravidiel nevyhnutných na zabezpečenie funkčnosti dohody o pristúpení, na preskúmanie zlučiteľnosti dohody o pristúpení so Zmluvami a uistiť sa nielen o tom, že táto dohoda neporušuje nijaké ustanovenie primárneho práva, ale aj o tom, že obsahuje všetky ustanovenia, ktoré primárne právo prípadne vyžaduje. Z toho vyplýva, že závery týkajúce sa uvedených interných pravidiel, sú na účely preskúmania žiadosti o stanovisko irelevantné, a nemôžu teda spochybniť jej prípustnosť.

Po tretie zamýšľaná dohoda však môže tým, že nestanovuje nič, pokiaľ ide o väzbu medzi mechanizmom zavedeným protokolom č. 16 k EDĽP, ktorý dovoľuje najvyšším súdnym orgánom členských štátov predložiť Európskemu súdu pre ľudské práva žiadosti o poradné stanovisko k zásadným otázkam týkajúcim sa výkladu či uplatňovania práv a slobôd zaručených v EDĽP alebo v jeho protokoloch, a konaním o prejudiciálnej otázke stanoveným v článku 267 ZFEÚ, narušiť autonómiu a účinnosť tohto konania. Osobitne nie je vylúčené, že by žiadosť o poradné stanovisko podaná na základe protokolu č. 16 súdom členského štátu, ktorý k tomuto protokolu pristúpil, mohla viesť k použitiu predchádzajúceho zapojenia Súdneho dvora, čím by vzniklo nebezpečenstvo obídenia konania o prejudiciálnej otázke upraveného v článku 267 ZFEÚ, ktoré je základom súdneho systému zriadeného Zmluvami.

Po druhé prístup zvolený v rámci zamýšľanej dohody, ktorý spočíva v tom, že je Únia prirovnaná k štátu a je jej vyhradená úloha, ktorá je vo všetkých ohľadoch totožná s úlohou akejkoľvek inej Zmluvnej strany, pritom nerešpektuje práve vnútornú povahu Únie. Pokiaľ by totiž EDĽP vyžadoval – tým, že Únia a členské štáty sa podľa neho majú považovať za Zmluvné strany nielen v ich vzťahoch s týmito Zmluvnými stranami, ktoré nie sú členskými štátmi Únie, ale tiež v ich vzťahoch medzi sebou, a to aj vtedy, ak sa tieto vzťahy riadia právom Únie –, aby členský štát overil, či iný členský štát dodržuje základné práva, napriek tomu, že podľa práva Únie musí medzi týmito členskými štátmi existovať dôvera, môže pristúpenie ohroziť rovnováhu, na ktorej je Únia založená, a autonómiu práva Únie.

Zamýšľanou dohodou o pristúpení Európskej únie k Európskemu dohovoru o ochrane ľudských práv (EDĽP) môže byť dotknutý článok 344 ZFEÚ. Postup riešenia sporov upravený v článku 33 EDĽP sa totiž môže uplatniť na ktorúkoľvek Vysokú zmluvnú stranu, a teda aj na spory medzi členskými štátmi alebo na spory medzi nimi a Úniou, aj keď pôjde o právo Únie. Na zachovanie výlučnej právomoci Súdneho dvora nemôže postačovať skutočnosť, že podľa článku 5 návrhu dohody nemožno konania na Súdnom dvore považovať za spôsob urovnania sporov, ktorého sa Zmluvné strany zriekli v zmysle článku 55 EDĽP, keďže článok 5 návrhu dohody len zužuje rozsah povinnosti upravenej v uvedenom článku 55, no ponecháva v platnosti možnosť Únie či členských štátov predložiť Európskemu súdu pre ľudské práva (ESĽP) na základe článku 33 EDĽP návrh, ktorého predmetom bude údajné porušenie EDĽP, ktorého sa dopustil členský štát alebo Únia v súvislosti s právom Únie. Preto skutočnosť, že členské štáty alebo Únia majú možnosť podať na ESĽP sťažnosť, môže sama osebe ohroziť účel článku 344 ZFEÚ a okrem toho odporuje samotnej povahe práva Únie, ktoré požaduje, aby sa vzťahy medzi členskými štátmi riadili právom Únie s vylúčením iného práva, ak to právo Únie takto požaduje. Za týchto okolností by s článkom 344 ZFEÚ bolo zlučiteľné len výslovné vylúčenie právomoci ESĽP, ktoré vyplýva z článku 33 EDĽP, v prípade sporov medzi členskými štátmi alebo sporov medzi nimi a Úniou týkajúcich sa uplatňovania EDĽP v rámci vecnej pôsobnosti práva Únie.

Po tretie návrh dohody stanovuje výnimku zo všeobecného pravidla, podľa ktorého sú žalovaný a spolužalovaný spoločne zodpovední za konštatované porušenie, na základe ktorej ESĽP môže rozhodnúť, že zodpovedným za toto porušenie je len jeden z nich. Rozhodnutie týkajúce sa rozdelenia zodpovednosti medzi Úniou a jej členskými štátmi za akt alebo opomenutie, o ktorom ESĽP konštatoval, že je porušením EDĽP, spočíva tiež v posúdení pravidiel práva Únie, ktorými sa riadi rozdelenie právomocí medzi Úniou a jej členskými štátmi a pripísateľnosť tohto aktu alebo opomenutia. Ak by sa teda ESĽP umožnilo prijať takéto rozhodnutie, hrozilo by tiež, že tým bude narušené rozdelenie právomocí medzi Úniou a jej členskými štátmi.

Po prvé návrh dohody stanovuje, že pokiaľ Únia alebo členské štáty podajú návrh na vstup do konania ako spolužalovaní vo veci na Európsky súd pre ľudské práva (ESĽP), musia predložiť argumenty, ktorými bude možné preukázať, že sú splnené podmienky pre ich účasť v konaní, a ESĽP o tomto návrhu rozhodne z hľadiska prijateľnosti týchto argumentov. Prostredníctvom tejto kontroly by bol ESĽP vedený k posúdeniu pravidiel práva Únie, ktorými sa riadi rozdelenie právomocí medzi Úniou a členskými štátmi, ako aj kritéria pripísateľnosti ich aktov alebo opomenutí, na to, aby mohol prijať konečné rozhodnutie, ktoré bude záväzné pre členské štáty, ako aj Úniu. Takáto kontrola by sa mohla dostať do stretu s rozdelením právomocí medzi Úniou a jej členskými štátmi.

Pravidlá fungovania predchádzajúceho zapojenia Súdneho dvora, ktoré sú upravené v zamýšľanej dohode o pristúpení Európskej únie k Európskemu dohovoru o ochrane ľudských práv (EDĽP), neumožňujú zachovať charakteristické znaky Únie a práva Únie.

Po prvé je totiž nevyhnutné, aby otázku, či Súdny dvor už rozhodoval o tej istej právnej otázke, ktorá je predmetom konania na Európskom súde pre ľudské práva (ESĽP), riešila len príslušná inštitúcia Únie, ktorej rozhodnutím by mal byť ESĽP viazaný. Ak by sa totiž ESĽP umožnilo rozhodovať o takejto otázke, znamenalo by to, že by sa mu priznala právomoc vykladať judikatúru Súdneho dvora. Návrh dohody však neobsahuje nič, čo by mohlo viesť k záveru, že takáto možnosť je vylúčená.

Po druhé zamýšľaná dohoda vylučuje možnosť, aby Súdny dvor v rámci predchádzajúceho zapojenia rozhodol o výkladovej otázke týkajúcej sa sekundárneho práva. Ak by sa však Súdnemu dvoru neumožnilo podať konečný výklad sekundárneho práva a ak by sa samotný ESĽP pri svojom preskúmaní súladu tohto práva s EDĽP vyslovil pre jeden z možných výkladov, zásada výlučnej právomoci Súdneho dvora na podanie konečného výkladu práva Únie by bola nepochybne porušená. V dôsledku toho skutočnosť, že predchádzajúce zapojenie Súdneho dvora je v prípade sekundárneho práva obmedzené len na otázky platnosti, narušuje právomoci Únie a právomoci Súdneho dvora, keďže Súdnemu dvoru neumožňuje podať konečný výklad sekundárneho práva z hľadiska práv zaručených v EDĽP.

(pozri body 238 – 240, 243, 246 – 248)