Pokiaľ Komisia odhalí nedodržiavanie rozhodnutia, ktoré vyhlásilo pomoc alebo schému pomoci za zlučiteľné s vnútorným trhom s výhradou dodržania určitých podmienok, môže buď nechať priamo určiť toto nesplnenie povinnosti Súdnym dvorom, alebo pokiaľ toto nedodržiavanie spočíva v poskytnutí novej pomoci, vykonať právomoci, ktoré jej umožňujú kontrolovať túto novú pomoc s podmienkou, že dodrží s tým súvisiace procesné a hmotnoprávne podmienky. Pokiaľ sa Komisia rozhodne vykonať svoje kontrolné právomoci, v zásade sa musí obmedziť na skúmanie novej pomoci. Komisia má len výnimočne, pod podmienkou, že preukáže, že uvedená nová pomoc zmenila samotnú podstatu existujúcej pomoci alebo existujúcej schémy pomoci, právo vyhlásiť, že celé takto zmenené už existujúce opatrenie je nezlučiteľné s vnútorným trhom, určiť, že je protiprávne, pokiaľ uvedená zmena navyše nebola oznámená pred jej vykonaním, a následne nariadiť zrušenie alebo zmenu takto zmenenej pomoci alebo schémy pomoci.

Komisia naopak nemá právo usúdiť, že nedodržanie podmienky uloženej v čase schválenia existujúcej schémy pomoci spôsobuje ipso facto rekvalifikáciu tohto opatrenia na novú pomoc, a o to menej právo posúdiť túto pomoc ako protiprávnu ab initio a nariadiť jej vymáhanie, akoby šlo o protiprávne vykonanú pomoc, a nie o vopred schválenú pomoc.

Predovšetkým na akúkoľvek existujúcu pomoc sa vzťahuje rozhodnutie o povolení, ktorého je predmetom, okrem prípadu, že Komisia usúdi, že bola uplatnená zneužívajúcim spôsobom, alebo že bola novou pomocou zmenená jej samotná podstata. S výhradou týchto dvoch predpokladov sa teda takáto pomoc musí považovať za pomoc v súlade s právom až dovtedy, kým Komisia nerozhodne o jej nezlučiteľnosti s vnútorným trhom.

Ďalej vzhľadom na cieľ sledovaný takýmito podmienkami môže ich neskoršie nedodržanie viesť Komisiu len k spochybneniu uplatňovania vyhlásenia o zlučiteľnosti s vnútorným trhom priznaného predmetnému opatreniu, a to prostredníctvom využitia niektorého z rôznych procesných prostriedkov upravených Zmluvou o FEÚ a nariadením č. 659/1999 ustanovujúcim podrobné pravidlá na uplatňovanie článku 93 Zmluvy o ES, ale nie jeho posúdenia ako existujúcej pomoci.

Okrem toho keďže existujúca pomoc môže byť v súlade s článkom 108 ods. 1 ZFEÚ regulárne poskytovaná dovtedy, kým Komisia nerozhodne o jej nezlučiteľnosti, toto vyhlásenie o nezlučiteľnosti môže vyvolávať svoje účinky len do budúcna.

Ak by to tak nebolo, regulárne vykonávaná schéma pomoci a individuálna pomoc poskytovaná na základe tejto schémy v súlade s právom predtým, ako dotknutý členský štát poruší svoje povinnosti, by boli retroaktívne považované za protiprávnu pomoc nezlučiteľnú s vnútorným trhom. Takýto výsledok by sa rovnal späťvzatiu rozhodnutia, ktoré povolilo vykonávanie týchto opatrení. Ako však vyplýva z odôvodnenia 10 a článku 9 nariadenia č. 659/1999, normotvorca upravil takúto sankciu len pre osobitný prípad, keď je rozhodnutie prijaté v rámci kontroly štátnej pomoci založené na nepresných informáciách.

Napokon nariadenie č. 659/1999 bolo prijaté okrem iného s cieľom zabezpečiť právnu istotu v procesnej oblasti, najmä pokiaľ ide o zaobchádzanie s existujúcou pomocou a protiprávnou pomocou. Toto nariadenie upravuje súbor pravidiel umožňujúcich Komisii ubezpečiť sa o dodržiavaní rozhodnutí prijatých v rámci kontroly štátnej pomoci, a najmä čeliť prípadu, keď dotknutý členský štát nedodrží jednu z podmienok pripojených k vyhláseniu o zlučiteľnosti, a vyvodiť z toho všetky právne dôsledky.

(pozri body 85 – 91)