V prípade späťvzatia žaloby totiž Všeobecný súd nerozhoduje ani o prípustnosti žaloby, ani vo veci samej, ale iba berie na vedomie vôľu žalobkyne nepokračovať v súdnom konaní. Uznesenie o späťvzatí návrhu nemá právnu silu rozhodnutej veci. V prípade späťvzatia žaloby žalobcom prestane prebiehajúci spor, ktorý z nej vyplýva, existovať, takže prekážka začatého konania o inej žalobe zanikne. Súdny dvor spresnil, že záujem vyhnúť sa tomu, aby účastníci konania využívali túto možnosť v rozpore so zásadou hospodárnosti konania, nevyžaduje, aby prekážka začatého konania trvala aj v súvislosti so žalobou, ktorú žalobkyňa vzala späť, pretože tento záujem je dostatočne chránený prostredníctvom zaviazania žalobkyne na náhradu trov konania.

Pokiaľ ide o žalobu o náhradu škody zo zmluvnej zodpovednosti vzhľadom na to, že Komisia predčasne vypovedala grantovú zmluvu v rámci osobitného programu v oblasti výskumu, technického rozvoja a demonštračných činností z dôvodu finančných nezrovnalostí, ktorých sa údajne dopustil zmluvný partner, späťvzatie žaloby zmluvným partnerom v inej veci, ktorej predmetom je podobná zmluva, nemá vplyv na jeho právo sa v rámci prejednávaných návrhov týkajúcich sa zmluvnej zodpovednosti Komisie vzniknutej v dôsledku vypovedania dotknutej zmluvy odvolávať na nezrovnalosti, ku ktorým došlo pri plnení zmluvy dotknutej v inej veci.

To, či bola Komisia povinná spornú sumu vyplatiť pred podaním žaloby, či mohla jej vyplatenie pozastaviť z dôvodu prebiehajúceho auditu a či mal Všeobecný súd prerušiť súdne konanie, kým Komisia neukončí audit, alebo či mal naopak priamo rozhodnúť o oprávnenosti nákladov, vyžaduje skúmať skutočnosti súvisiace s meritom žaloby, a nie s jej prípustnosťou.

Pokiaľ ide o žalobu o náhradu škody zo zmluvnej zodpovednosti, vzhľadom na to, že Komisia predčasne vypovedala grantovú zmluvu v rámci osobitného programu v oblasti výskumu, technického rozvoja a demonštračných činností z dôvodu finančných nezrovnalostí, ktorých sa údajne dopustil zmluvný partner, skutočnosť, že Komisia práve posudzuje, či sú náklady uplatnené žalobkyňou oprávnené, a teda či má žalobkyňa nárok na vyplatenie určitej sumy z uvedenej zmluvy, neumožňuje konštatovať neexistenciu vzniknutého a trvajúceho záujmu žalobkyne na tom, aby Všeobecný súd zaviazal Komisiu na zaplatenie na základe plnenia zmluvy. Už od okamihu podania žaloby je zjavné, že žalobkyňa by mala z úspešnosti svojej žaloby prospech.

V zmluvnom práve však nemožno vylúčiť, že sa možno dovolávať určitej formy legitímnej dôvery, pokiaľ prispeje k dodržaniu povinnosti zmluvných strán plniť zmluvu v dobrej viere. Vyplýva to zo skutočnosti, že táto zásada plnenia dohôd v dobrej viere tvorí prekážku plneniam zmluvy, ktoré predstavujú zneužitie práva.

Pokiaľ ide o žalobu o náhradu škody zo zmluvnej zodpovednosti, vzhľadom na to, že Komisia predčasne vypovedala grantovú zmluvu v rámci osobitného programu v oblasti výskumu, technického rozvoja a demonštračných činností z dôvodu finančných nezrovnalostí, ktorých sa údajne dopustil zmluvný partner, Všeobecný súd musí vyhlásiť výhradu založenú na tom, že Komisia pri plnení uvedenej zmluvy porušila zásadu ochrany legitímnej dôvery, ktorou sa riadi vzťah podriadenosti medzi spravovaným a administratívou, za neprípustnú.

Vzhľadom na samostatnosť zmluvných a mimozmluvných opravných prostriedkov a na podmienky založenia zodpovednosti vlastné každému z týchto prostriedkov je Všeobecný súd povinný určiť, či predmetom žaloby, o ktorej rozhoduje, je návrh na náhradu škody objektívne spočívajúci na zmluvných právach a povinnostiach, alebo na právach a povinnostiach mimozmluvnej povahy.

Samotné uvedenie právnych noriem alebo zásad, ktoré nevyplývajú zo zmluvy zaväzujúcej účastníkov, ale ktoré ich zaväzujú, nemôže mať za následok zmenu zmluvnej povahy sporu.

Vzhľadom na to, že podľa Zmluvy o FEÚ sú súdy Únie v zásade príslušné rozhodovať tak o žalobách týkajúcich sa mimozmluvnej zodpovednosti inštitúcií, ako aj o žalobách týkajúcich sa zmluvnej zodpovednosti inštitúcií v prípadoch, keď uzatvorili zmluvu obsahujúcu arbitrážnu doložku, však platí, že v prípade, že bola na Všeobecný súd podaná žaloba o mimozmluvnú zodpovednosť, hoci je spor v skutočnosti zmluvnej povahy, Všeobecný súd zmení kvalifikáciu žaloby, pokiaľ sú splnené podmienky pre takúto zmenu kvalifikácie.

Konkrétne v prípade sporu takej povahy Všeobecný súd nemôže zmeniť kvalifikáciu žaloby buď vtedy, keď takejto zmene bráni výslovná vôľa žalobcu nezaložiť svoj návrh na článku 272 ZFEÚ, alebo vtedy, keď sa žaloba neopiera o žiadny žalobný dôvod založený na porušení pravidiel upravujúcich dotknutý zmluvný vzťah, či už ide o zmluvné ustanovenia alebo o ustanovenia vnútroštátneho práva určeného v zmluve.

Navyše porušenie zmluvného ustanovenia inštitúciou nemôže mať samo osebe za následok vznik mimozmluvnej zodpovednosti uvedenej inštitúcie voči jednej zo zmluvných strán, s ktorou uzatvorila zmluvu obsahujúcu uvedené ustanovenie. V takom prípade má totiž protiprávnosť, ktorú možno pripísať tejto inštitúcii, čisto zmluvnú povahu a vyplýva z jej záväzku ako zmluvnej strany, a nie z nejakého iného jej postavenia, napríklad z postavenia správneho orgánu. Za týchto okolností by sa teda tvrdenie o porušení zmluvného ustanovenia, uplatnené na podporu návrhu na mimozmluvnú náhradu škody, malo považovať za irelevantné.

Nemožno však vylúčiť, že zmluvná a mimozmluvná zodpovednosť inštitúcie Únie by vo vzťahu k niektorej ďalšej z jej zmluvných strán mohli existovať súčasne. Povaha protiprávneho konania pripísateľného inštitúcii, ktorým bola spôsobená škoda a ktoré môže byť predmetom návrhu na mimozmluvnú náhradu škody, totiž nie je vopred vymedzená. Za predpokladu, že by takýto súbeh zodpovedností inštitúcií existoval, bol by možný iba pod podmienkou, že protiprávnosť, ktorú možno pripísať dotknutej inštitúcii, predstavuje nesplnenie nielen zmluvnej povinnosti, ale aj všeobecnej povinnosti, zo strany tejto inštitúcie a že na druhej strane táto protiprávnosť týkajúca sa uvedenej všeobecnej povinnosti spôsobila inú škodu než tú, ktorá vyplýva z nedostatku riadneho plnenia zmluvy.

(pozri body 145 – 150)