Rozhodnutím Súdneho dvora Európskych spoločenstiev zo 7. septembra 2006 vo veci C-310/04 sa zrušila kapitola 10a hlavy IV nariadenia (ES) č. 1782/2003 z dôvodu porušenia zásady proporcionality, najmä pokiaľ ide o situáciu, v ktorej „Rada, ktorá vypracovala nariadenie (ES) č. 864/2004, predtým Súdnemu dvoru nepreukázala, že sa nový režim podpory pre bavlnu ustanovený v uvedenom nariadení prijal na základe vykonávania svojej právomoci pri zohľadnení všetkých mzdových nákladov spojených s pestovaním bavlny a realizovateľnosťou odzrňovacích podnikov, čo bolo potrebné zohľadniť pri zhodnotení ziskovosti tejto plodiny“ a že sa Súdnemu dvoru neumožnilo „zistiť, či legislatíva Spoločenstva bez prekročenia hraníc rozsiahlej právomoci, ktorú v tejto veci má, umožňovala dospieť k záveru, že stanovenie zvláštnej pomoci pre bavlnu vo výške 35 % z celkovej existujúcej pomoci podľa predchádzajúceho režimu podpory by postačovalo na zaručenie cieľa ustanoveného v odôvodnení 5 preambuly nariadenia (ES) č. 864/2004, a to zabezpečenie“ toho, že výška zvláštnej pomoci pre bavlnu sa vypočíta tak, aby sa zaručili hospodárske podmienky, ktoré umožnia, že bavlna sa bude naďalej pestovať v regiónoch, ktoré sa touto činnosťou zaoberajú, a predišlo sa nahradeniu bavlny inými plodinami.

Na základe rozhodnutia Súdneho dvora Európskych spoločenstiev zo 7. septembra 2006 vo veci C-310/04 sa zrušila kapitola 10a hlavy IV nariadenia (ES) č. 1782/2003 z dôvodu porušenia zásady proporcionality, najmä pokiaľ ide o situáciu, v ktorej „Rada, ktorá vypracovala nariadenie (ES) č. 864/2004, predtým Súdnemu dvoru nepreukázala, že sa nový režim podpory pre bavlnu ustanovený v uvedenom nariadení prijal na základe vykonávania svojej právomoci pri zohľadnení všetkých mzdových nákladov spojených s pestovaním bavlny a realizovateľnosťou odzrňovacích podnikov, čo bolo potrebné zohľadniť pri zhodnotení ziskovosti tejto plodiny“ a že sa Súdnemu dvoru neumožnilo „zistiť, či legislatíva Spoločenstva bez prekročenia hraníc rozsiahlej právomoci, ktorú v tejto veci má, umožňovala dospieť k záveru, že stanovenie zvláštnej pomoci pre bavlnu vo výške 35 % z celkovej existujúcej pomoci podľa predchádzajúceho režimu podpory by postačovalo na zaručenie cieľa ustanoveného v zdôvodnení 5 preambuly nariadenia (ES) č. 864/2004, konkrétne zabezpečenie ziskovosti a tým ďalšieho vykonávania činností spojených s touto plodinou, cieľa, ktorý odráža cieľ ustanovený v odseku 2 protokolu č. 4. “ Súd tiež nariadil, aby sa účinky zrušenia pozastavili do prijatia nového nariadenia v primeranom čase.

Mali by sa zohľadniť všetky príslušné faktory a okolnosti viažuce sa na zvláštnu situáciu v sektore bavlny vrátane všetkých prvkov potrebných na zhodnotenie ziskovosti tejto plodiny. Bavlna sa pestuje v regiónoch, ktoré spĺňajú podmienky na to, aby mohli byť zahrnuté do konvergenčného cieľa na obdobie rokov 2007 – 2013, a ktoré majú prevažne poľnohospodársky charakter s malým počtom možných alternatívnych plodín. Pestovanie bavlny a s tým spojený agropriemysel sú v týchto oblastiach navyše hlavným zdrojom zamestnanosti a bohatstva. Preto sa teda začalo hodnotenie a konzultačný proces: vykonali sa dve štúdie zamerané na sociálno-ekonomický a environmentálny vplyv budúceho režimu podpory pre bavlnu na sektor bavlny v Spoločenstve a so zúčastnenými stranami sa organizovali špecifické semináre a konzultácie prostredníctvom internetu.

Mali by sa zohľadniť všetky príslušné faktory a okolnosti viažuce sa na zvláštnu situáciu v sektore bavlny vrátane všetkých prvkov potrebných na zhodnotenie ziskovosti tejto plodiny. Na tento účel sa začalo hodnotenie a konzultačný proces: vykonali sa dve štúdie zamerané na sociálno-ekonomický a environmentálny vplyv budúceho režimu podpory pre bavlnu na sektor bavlny v Spoločenstve a so zúčastnenými stranami sa organizovali špecifické semináre a konzultácie prostredníctvom internetu.

(8) Úplné začlenenie režimu podpory v sektore bavlny do režimu jednotnej platby bude s veľkou pravdepodobnosťou predstavovať výrazné riziko narušenia produkcie v regiónoch Spoločenstva produkujúcich bavlnu. Časť podpory by z toho dôvodu aj naďalej mala byť prepojená na pestovanie bavlny prostredníctvom zvláštnej platby na plodiny na nárokovateľný hektár. Jej výška by sa mala vypočítať tak, aby sa dosiahli ciele ustanovené v odseku 2 protokolu 4 pri súčasnom začlenení režimu podpory pre bavlnu do hlavného prúdu procesu a zjednodušovania reformy SPP. Na tento účel a v závislosti od uskutočneného hodnotenia je odôvodnené, že celková dostupná pomoc na hektár je na členský štát stanovená vo výške 35 % vnútroštátneho podielu pomoci, ktorá bola nepriamo vyplatená producentom. Touto mierou sa sektoru bavlny umožňuje vyvíjať smerom k trvalo udržateľnej životaschopnosti, podporuje sa ňou rozvoj regiónov, v ktorých sa produkuje bavlna a zabezpečujú sa ňou prijateľné príjmy pre poľnohospodárov.