Artykuł 9 ust. 5 akapit drugi rozporządzenia nr 1262/2001 ustanawiającego szczegółowe zasady wykonywania rozporządzenia nr 1260/2001 w odniesieniu do zakupu i sprzedaży cukru przez agencje interwencyjne, przewidujący, że w przypadku gdy cukier jest składowany w dzierżawionych magazynach, koszty składowania cukru mogą zostać podwyższone przez agencję interwencyjną maksymalnie o 35%, nie precyzuje ani zasad, ani zakresu kontroli, które państwa członkowskie są zobowiązane przeprowadzić przed zastosowaniem przewidzianego przez ten przepis podwyższenia. Jednak art. 8 ust. 1 rozporządzenia Rady nr 1258/1999 w sprawie finansowania wspólnej polityki rolnej, mający brzmienie analogiczne do treści art. 9 ust. 1 rozporządzenia nr 1290/2005 w sprawie finansowania wspólnej polityki rolnej, zobowiązuje państwa członkowskie do podjęcia środków niezbędnych do upewnienia się, że transakcje finansowane przez europejskie fundusze rolne są rzeczywiście przeprowadzane i dokonywane w poprawny sposób, do zapobiegania nieprawidłowościom i ich ścigania oraz do odzyskiwania kwot straconych wskutek nieprawidłowości lub zaniedbań, nawet jeśli przyjęcie takiego lub innego środka kontrolnego nie zostało przewidziane w sposób szczególny w konkretnym akcie prawa Unii. Z powyższego wynika, że od państw członkowskich wymaga się ustanowienia systemu kontroli administracyjnych oraz kontroli na miejscu pozwalającego na zagwarantowanie właściwego przestrzegania materialnych i formalnych warunków przyznawania danych premii. Jeżeli ogół takich kontroli nie został zorganizowany lub został zorganizowany przez państwo członkowskie w sposób wadliwy, tak iż pozostawia wątpliwości co do spełnienia tych warunków, Komisja ma prawo nie uznać niektórych wydatków poniesionych przez dane państwo członkowskie.

Z takiego sformułowania art. 9 ust. 5 akapit drugi rozporządzenia nr 1262/2001 wynika w sposób dorozumiany, lecz konieczny, że znacznie mniejsze podwyższenie powinno być zastosowane przez agencję interwencyjną, w sytuacji gdy koszty faktycznie poniesione przez beneficjenta są niższe od tego progu 35%. Taka kontrola zgodności z prawem i prawidłowości wydatków, które obciążą fundusze, może zostać dokonana tylko w ramach kontroli indywidualnych na podstawie dokumentów przedstawionych przez depozytariusza, dotyczących z jednej strony okoliczności zmuszających go do skorzystania z zewnętrznego magazynu, a z drugiej strony dodatkowych kosztów wynikających ze skorzystania z tego magazynu. Skuteczność kontroli mającej na celu sprawdzenie, czy dotyczące wynajmu magazynów rzeczywiste koszty beneficjentów faktycznie odpowiadają podwyższeniu o 35%, byłaby bowiem poważnie osłabiona, a nawet wykluczona, w wypadku zastosowania tego podwyższenia tylko na podstawie ogólnych informacji dotyczących sytuacji na danym rynku, takich jak cenniki stosowane na rynku w odniesieniu do podobnych produktów lub wskazówki dotyczące niedostatku odpowiednich magazynów.

Z powyższego wynika, iż art. 9 ust. 5 akapit drugi rozporządzenia nr 1262/2001 należy interpretować w ten sposób, że wprowadza on wymóg, by państwa członkowskie zorganizowały system kontroli umożliwiający sprawdzenie w każdym konkretnym przypadku z osobna faktycznego poniesienia wydatków dotyczących składowania cukru w dzierżawionych magazynach, skutkiem czego tylko wydatki należycie uzasadnione przez beneficjentów i faktycznie przez nich poniesione obciążają fundusze.

(por. pkt 52–54, 57, 58)