Poszanowanie zasady pewności prawa wymaga również, by instytucje unikały co do zasady niespójności, jakie mogą się pojawiać przy stosowaniu różnych przepisów prawa Unii, co dotyczy w szczególności sytuacji, w której przepisy te mają ten sam cel, na przykład niezakłóconą konkurencję na wspólnym rynku. W tym względzie w dziedzinie pomocy państwa zasada pewności prawa nakazuje, by w sytuacji gdy Komisja, uchybiając ciążącemu na niej obowiązkowi staranności, doprowadziła do powstania niejednoznacznej sytuacji ze względu na wprowadzenie dwuznacznych elementów oraz brak jasności mających zastosowanie uregulowań, która to sytuacja ostatecznie przybrała postać przedłużającego się, pomimo posiadanej wiedzy o danej pomocy, braku reakcji ze strony tej instytucji, powinna przed podjęciem jakichkolwiek działań mających na celu nakazanie odzyskania pomocy wyjaśnić zaistniałą sytuację.

W rezultacie decyzja Rady upoważniająca państwo członkowskie, zgodnie z art. 8 ust. 4 tej dyrektywy, do wprowadzenia zwolnienia z podatku akcyzowego nie może skutkować utrudnieniem Komisji wykonywania kompetencji przyznanych jej przez traktat, a w konsekwencji – stosowania procedury przewidzianej w art. 88 WE do celów zbadania, czy zwolnienie to stanowi pomoc państwa, i ewentualnie wydania po przeprowadzeniu tej procedury decyzji stwierdzającej istnienie takiej pomocy.

Artykuł 15 rozporządzenia nr 659/1999 ustanawiającego szczegółowe zasady stosowania art. 88 WE, który przewiduje po upływie dziesięcioletniego terminu przedawnienia dla odzyskania bezprawnie przyznanej pomocy przekształcenie nowej pomocy w pomoc istniejącą, stanowi przepis proceduralny mający znajdować zastosowanie począwszy od dnia jego wejścia w życie. Niemniej jednak ze względu na to, że przepis ten nie zawiera żadnych postanowień przejściowych regulujących kwestię jego zastosowania w czasie, ma on zastosowanie do wszystkich formalnych postępowań wyjaśniających, które pozostawały w toku w momencie jego wejścia w życie bądź też zostały wszczęte po tej dacie. Wynika stąd, że nawet jeśli do przyznania danej pomocy doszło jeszcze przed wejściem w życie art. 15 rozporządzenia nr 659/1999, to jednak skutkuje ono rozpoczęciem przewidzianego w tym przepisie dziesięcioletniego terminu przedawnienia, gdy, tak jak w niniejszym przypadku, decyzja o odzyskaniu pomocy została wydana już po wejściu tego przepisu w życie.

Państwo członkowskie, którego władze przyznały pomoc z naruszeniem przewidzianych w art. 88 WE norm proceduralnych, może powoływać się przed sądem Unii na uzasadnione oczekiwania przedsiębiorstwa będącego beneficjentem pomocy po to, aby podważyć ważność decyzji Komisji nakazującej mu odzyskanie pomocy, lecz nie może się ono na nie powoływać celem uchylenia się od obowiązku podjęcia działań niezbędnych do wykonania tej decyzji. Jednakże, biorąc pod uwagę podstawowe znaczenie, jakie ma obowiązek zgłoszenia pomocy dla efektywności mającej obowiązkowy charakter kontroli pomocy państwa sprawowanej przez Komisję, beneficjenci pomocy mogą co do zasady powoływać się na uzasadnione oczekiwania co do zgodności z prawem tej pomocy tylko wówczas, gdy taka pomoc została przyznana zgodnie z procedurą przewidzianą w art. 88 WE, a staranny podmiot gospodarczy powinien zwykle być w stanie upewnić się, że dopełniono wymogów tej procedury.

W tych okolicznościach opóźnianie przez Komisję wydania decyzji o bezprawności pomocy, obowiązku jej zniesienia i odzyskania przez państwo członkowskie może w pewnych okolicznościach być podstawą powstania po stronie beneficjentów tej pomocy uzasadnionych oczekiwań, które mogą uniemożliwić Komisji nakazanie państwu członkowskiemu przeprowadzenia zwrotu tej pomocy. Niemniej jednak w świetle wymogów wynikających z zasad ochrony uzasadnionych oczekiwań i pewności prawa taka niejednoznaczność sytuacji stworzonej przez wydane na wniosek Komisji decyzje Rady zezwalające państwu członkowskiemu na wprowadzenie zwolnień lub obniżek w zakresie podatku akcyzowego od olejów mineralnych stoi na przeszkodzie jedynie odzyskaniu pomocy przyznanej na podstawie spornego zwolnienia do dnia publikacji w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej decyzji o wszczęciu formalnego postępowania wyjaśniającego. Natomiast począwszy od dnia tej publikacji beneficjent pomocy musi wiedzieć, że jeżeli sporne zwolnienie stanowi pomoc państwa, to Komisja, w myśl art. 88 WE, musi na nią zezwolić. Wynika z tego, że opublikowanie decyzji o wszczęciu formalnego postępowania wyjaśniającego faktycznie kładzie kres uzasadnionym oczekiwaniom, jakie beneficjent pomocy mógł wcześniej żywić co do zgodności z prawem takiego zwolnienia. Publikacja ta eliminuje bowiem wszelkie związane z brzmieniem decyzji zezwalających Rady wątpliwości co do tego, że rozpatrywane środki, jeżeli stanowiły pomoc państwa, musiały zostać zatwierdzone przez Komisję zgodnie z art. 88 WE.

Jeśli chodzi wreszcie o wyjątkowe okoliczności, na których beneficjenci bezprawnej pomocy mogą w uzasadniony sposób oprzeć swoje oczekiwania odnośnie do jej prawidłowości, wszelka oczywista bezczynność po stronie Komisji nie ma żadnego znaczenia, w sytuacji gdy system pomocy nie został jej zgłoszony. Takie podejście nasuwa się również w przypadku, gdy system pomocowy został wprowadzony z naruszeniem powiadomienia o wprowadzeniu w życie wymaganego przez wyrok z dnia 11 grudnia 1973 r., Lorenz, 120/73, a w rezultacie bez pełnego przeprowadzenia procedury przewidzianej w art. 88 WE.

(por. pkt 214, 216, 223–225, 230, 252)