Het witboek over de hervorming van de Commissie van maart 2000 had onder andere tot doel een duidelijker beeld te geven van de taken van de voornaamste actoren die communautaire middelen beheren.

De Commissie heeft een grondige herziening van haar disciplinaire maatregelen en structuren achter de rug. Ten eerste werd er in het kader van de administratieve hervorming bij besluit van de Commissie van 19 februari 2002 een gespecialiseerd Bureau voor onderzoek en disciplinaire maatregelen (IDOC) opgericht. In artikel 6, lid 6, van dat besluit wordt bepaald dat IDOC over elk onderzoek verslag moet uitbrengen en bij een eventuele overtreding van de geldende regels, waaronder het Financieel Reglement, moet aangeven in hoeverre de betrokken ambtenaren individueel aansprakelijk zijn. IDOC heeft de bevoegdheid om zaken te onderzoeken die niet binnen het bevoegdheidsterrein van OLAF vallen. Om bevoegdheidsconflicten te voorkomen, bepaalt artikel 5, lid 2, van hetzelfde besluit dat OLAF eerst moet worden geraadpleegd voordat een administratief onderzoek wordt ingeleid. Als blijkt dat OLAF al een onderzoek heeft ingesteld of van plan is dat te doen, dan geniet OLAF prioriteit.

Bovendien heeft de Commissie een voorstel ingediend tot wijziging van het Statuut om de tuchtprocedures te verbeteren. Krachtens het besluit van de Commissie van 19 februari 2002 moet de permanente Tuchtraad worden voorgezeten door een gewezen lid van een van de andere instellingen van de Unie of een gewezen ambtenaar; momenteel wordt het voorzitterschap waargenomen door een gewezen voorzitter van het Gerecht van eerste aanleg. Op 24 juli 2003 heeft de Commissie een memorandum opgesteld met gedetailleerde ontwerprichtlijnen voor de toepassing van artikel 22 van het Statuut betreffende sancties ter vergoeding en herstel van schade aan de Gemeenschap die het gevolg is van onverantwoordelijkheid of nalatigheid op financieel gebied.

Het vernieuwde Financieel Reglement, dat op 25 juni 2002 werd goedgekeurd, legt de taken vast van de financiële actoren, die in de uitvoeringsvoorschriften van december 2002 worden beschreven. Artikel 66, lid 4, van het FR creëerde de rechtsgrond en de verplichting voor elke instelling om een functioneel onafhankelijke instantie op te richten die bevoegd is op het gebied van onregelmatigheden van financiële aard en die als voornaamste taak heeft — onverminderd de bevoegdheid van het Europees Bureau voor fraudebestrijding (OLAF) — het tot aanstelling bevoegde gezag te voorzien van deskundig advies inzake eventuele financiële onregelmatigheden. Op 9 juli 2003 heeft de Commissie de oprichting goedgekeurd van een interne gespecialiseerde instantie voor financiële onregelmatigheden, die mogelijke overtredingen van het Financieel Reglement zal onderzoeken.

Sinds de hervorming van de Commissie moeten de gedelegeerde ordonnateurs, namelijk de directeuren-generaal en de diensthoofden, voor hun bevoegdheidsterrein jaarlijkse activiteitenverslagen en betrouw-baarheidsverklaringen overleggen, samen met eventuele opmerkingen en bedenkingen. De Commissie bereidt hierover een syntheseverslag voor en dient dit samen met de jaarlijkse activiteitenverslagen in bij het Europees Parlement en de Rekenkamer. De eerste verslagen, voor het jaar 2001, werden in juli 2002 ingediend.