Tomēr no Regulas Nr. 659/1999 11. panta 1. punkta neizriet, ka Komisijai būtu pienākums automātiski likt attiecīgajai dalībvalstij apturēt tāda atbalsta sniegšanu, kas nav darīts zināms saskaņā ar LESD 108. panta 3. punktu. Proti, pretējā gadījumā nebūtu jēgas dalībvalstij LESD 108. panta 3. punktā uzliktajam likumiskajam pienākumam neīstenot iecerēto atbalstu, kamēr nav galīga Komisijas lēmuma, un tā rezultātā dalībvalstu un Komisijas lomas tiktu samainītas vietām.

Lēmumā sākt formālu izmeklēšanas procedūru, kas paredzēts Regulas Nr. 659/1999, ar ko nosaka sīki izstrādātus noteikumus LESD 108. panta piemērošanai, 13. pantā aplūkotā valsts pasākuma kvalificēšana par valsts atbalstu uzliek dalībvalstij, kurai šis lēmums ir adresēts, pienākumu tūlītēji apturēt šā pasākuma īstenošanu. Šāds pienākums automātiski izriet no lēmuma sākt formālu izmeklēšanas procedūru, un tādējādi dalībvalstij pašai ir jāapzinās visas no minētā lēmuma izrietošās sekas. Lai spētu novērst jebkādu LESD 108. panta 3. punkta noteikumu pārkāpumu, Komisija – pēc tam, kad tā ir ļāvusi attiecīgajai dalībvalstij paust savus apsvērumus – ir arī tiesīga likt šai dalībvalstij tūlītēji apturēt Komisijas par nelikumīgu uzskatītā atbalsta sniegšanu.

Gadījumā, ja Komisija vienā aktā nolemj sākt formālu izmeklēšanas procedūru un izdot pārtraukšanas rīkojumu, šis rīkojums ir nodalāms no pārējā akta un tātad var viens pats būt prasības par tiesību akta atcelšanu priekšmets. Proti, pat ja lēmums sākt formālu izmeklēšanas procedūru, kas paredzēts Regulas Nr. 659/1999, ar ko nosaka sīki izstrādātus noteikumus LESD 108. panta piemērošanai, 13. pantā un rīkojums par pasākuma, kas iespējami ir valsts atbalsts, apturēšanu, kas paredzēts minētās regulas 11. panta 1. punktā, ir pieņemti vienlaikus, tie ir atšķirīgi akti, kas reglamentēti dažādās Regulas Nr. 659/1999 tiesību normās. Turklāt Savienības likumdevējs ir gribējis, lai pārtraukšanas rīkojums būtu lēmuma formā LESD 288. panta izpratnē, jo šāds akts ir jāuzskata par aktu, kas rada saistošas tiesiskās sekas un līdz ar to ir apstrīdams.

Gadījumā, ja prasības ir celtas gan par lēmumu sākt formālu izmeklēšanas procedūru attiecībā uz kādu valsts pasākumu, gan par galīgo lēmumu, ar kuru šī procedūra tiek izbeigta un kurā tiek atzīts, ka izskatītais valsts pasākums ir ar iekšējo tirgu nesaderīgs valsts atbalsts, noraidot prasību, kas celta par pēdējo no minētajiem lēmumiem, zūd priekšmets prasībai, kas celta par lēmumu sākt formālu izmeklēšanas procedūru. Šajā ziņā līdzko Savienības tiesas ir apstiprinājušas galīgajā lēmumā rodamo Komisijas vērtējumu, tostarp par to, ka izskatāmais valsts pasākums ir kvalificējams par jaunu valsts atbalstu, šis pasākums ir jāatceļ un atbalsts jāatgūst ab initio. Līdz ar to šādā gadījumā vairs nav jāspriež, vai šis pats pasākums, kura apturēšana tika pieprasīta lēmuma sākt formālu izmeklēšanas procedūru rezultātā, patiesībā bija vai nebija jāaptur.

Tomēr citādi ir gadījumā, ja ir celta prasība atcelt gan lēmumu sākt formālu izmeklēšanas procedūru, gan pārtraukšanas rīkojumu Regulas Nr. 659/1999, ar ko nosaka sīki izstrādātus noteikumus LESD 108. panta piemērošanai, 11. panta 1. punkta izpratnē. Proti, nav izslēdzams, ka šāds rīkojums var būt nelikumīgs arī kā citādi, ne tikai saistībā ar to, ka Komisija kļūdaini kvalificējusi aplūkojamo pasākumu par nelikumīgu valsts atbalstu. Ja, pieņemot lēmumu par formālas izmeklēšanas procedūras izbeigšanu, zustu par pārtraukšanas rīkojumu celtās prasības priekšmets, tiktu radīti šķēršļi šādu nelikumību pārbaudei tiesā. Taču tādā tiesiskā kopienā kā Eiropas Savienība nedz dalībvalstis, nedz iestādes nevar izvairīties no kontroles pār to rīcības atbilstību Savienības konstitucionālajam pamatlikumam, proti, LESD.

(skat. 47. un 50. punktu)