1. Eiropas Parlaments un Padome saskaņā ar parasto likumdošanas procedūru pēc apspriešanās ar Ekonomikas un sociālo lietu komiteju pieņem daudzgadu pamatprogrammu, kas aptver visas Savienības darbības. Pamatprogrammā: — izvirza zinātniskus un tehnoloģiskus mērķus, kas jāpanāk ar 180. pantā minētajām darbībām, un nosaka attiecīgas prioritātes; — iezīmē šādu darbību vispārīgus plānus; — nosaka maksimālo kopapjomu un sīki izstrādātus noteikumus Savienības finansiālajai līdzdalībai pamatprogrammā, kā arī šīs līdzdalības sadalījumu paredzētajās jomās. 2. Pamatprogrammu koriģē vai papildina, stāvoklim mainoties. 3. Pamatprogrammu īsteno ar īpašām programmām, kas izstrādātas katrai darbības jomai. Katrā šādā programmā ir ietverti sīki izstrādāti īstenošanas noteikumi, noteikts tās ilgums un vajadzīgie līdzekļi. Īpašajās programmās paredzēto līdzekļu summa nevar pārsniegt maksimālo kopsummu, kas paredzēta pamatprogrammai un katrai darbības jomai. 4. Padome saskaņā ar īpašu likumdošanas procedūru pēc apspriešanās ar Eiropas Parlamentu un Ekonomikas un sociālo lietu komiteju pieņem īpašās programmas. (182. pants Līgumā par Eiropas Savienības darbību)

Mērķi Aģentūra ir atbildīga par uzdevumu izpildi saistībā ar īpašās programmas “Idejas” pārvaldību (sk. Padomes Lēmumu 2006/972/EK) par Eiropas Savienības Septīto pamat-programmu pētniecībai (2007.–2013. gadam), kas apstiprināta ar Eiropas Parlamenta un Padomes Lēmumu 1982/2006/EK.

Uzdevumi Īpašajā programmā “Idejas” saistībā ar Septīto Savienības pētniecības programmu Aģentūra ir atbildīga par šādu uzdevumu izpildi (sk. Komisijas 2008. gada 8. oktobra Lēmumu C(2008) 5694): a) apkopot, apstrādāt un izplatīt datus un jo īpaši apkopot, analizēt un iesniegt Komisijai un Zinātniskajai padomei visu informāciju, kas vajadzīga, lai īstenotu īpašo programmu “Idejas”, kā arī izstrādāt politiku progresīvas zinātnes jomā; palīdzēt Komisijai un Zinātniskajai padomei veidot kontaktus ar citām Savienības programmām, dalībvalstīm vai starptautiskām organizācijām; b) palīdzēt Komisijai izvērtēt programmas ietekmi un uzraudzīt veikto pasākumu rezultātus; c) veikt pētījumus un novērtējumus, lai palīdzētu Komisijai sagatavot gada pārskatu par EPP darbību un īpašās programmas “Idejas” mērķu sasniegšanu, kā arī vidusposma novērtējumu par programmas īstenošanu; pēc novērtējumu sniegšanas palīdzēt turpmāko darbību sagatavošanā un īstenošanā, ņemot vērā vajadzību nosūtīt šos novērtējumus Zinātniskajai padomei un Komisijai; d) sagatavot ieteikumu projektus Zinātniskajai padomei un Komisijai par īpašās programmas “Idejas” izpildi un tās turpmāko norisi; e) plānot un sniegt informāciju, nodrošināt komunikāciju un informācijas izplatīšanu par darbībām; f) piedalīties Komisijas īpašo finansējuma lēmumu sagatavošanā saistībā ar īpašo programmu “Idejas”.

1. Koordinācijas komiteja Pieci Eiropas Komisijas iecelti locekļi. Pieņem Aģentūras gada darba programmu pēc tam, kad to ir apstiprinājusi Eiropas Komisija, Aģentūras administratīvo budžetu un gada darbības pārskatu. 2. Eiropas Pētniecības padomes Zinātniskā padome Eiropas Pētniecības padomes Zinātniskā padome saskaņā ar Padomes Lēmumu 2007/134/EK izstrādā zinātnisko stratēģiju īpašajai programmai “Idejas” un ir pilnvarota pieņemt lēmumus par finansējamiem pētniecības veidiem saskaņā ar Lēmuma 2006/972/EK 6. panta 6. punktu un garantē darbības kvalitāti no zinātniskā viedokļa. Tās uzdevumos ietilpst ikgadējās darba programmas izstrāde, salīdzinošā novērtējuma procesa izveide, kā arī īpašās programmas “Idejas” īstenošanas uzraudzība un kvalitātes kontrole, neierobežojot Komisijas atbildību. 3. Direktors Ieceļ Eiropas Komisija uz četriem gadiem. 4. Ārējā revīzija Eiropas Revīzijas palāta. 5. Budžeta izpildes apstiprinātājiestāde Eiropas Parlaments pēc Padomes ieteikuma.

Budžets 2009. gadā Aģentūras administratīvais budžets bija 14,4 milj. EUR. Darbinieku skaits 2009. gada 31. decembrī 2009. gada 31. decembrī Aģentūrā strādāja 262 darbinieki, no tiem — 93 pagaidu darbinieki (13 norīkotie darbinieki un 80 ārējie darbinieki), — 162 līgumdarbinieki un — 7 norīkotie valstu eksperti.