Nosakot un īstenojot visu Savienības politiku un darbības, ir jānodrošina augsts cilvēku veselības aizsardzības līmenis. Savienības rīcība papildina dalībvalstu politiku un ir vērsta uz to, lai uzlabotu sabiedrības veselību, veiktu slimību profilaksi un novērstu draudus fiziskajai un garīgajai veselībai. Šāda rīcība ir arī cīņa pret slimībām, kas visvairāk apdraud veselību, veicinot pētījumus par to cēloņiem, izplatīšanos un profilaksi, kā arī informēšanu un izglītošanu veselības jautājumos, un nopietnu pārrobežu veselības apdraudējumu pārraudzība, laicīga brīdināšana par tiem un šo draudu apkarošana. (Līguma par Eiropas Savienības darbību 168. pants)

Mērķi Aģentūra ir atbildīga par to, kā tiek īstenota pārvaldība otrajai Sabiedrības veselības programmai 2008.–2013. gadam (pieņemta ar Lēmumu Nr. 1350/2007/EK) un Patērētāju tiesību aizsardzības programmai 2007.–2013. gadam (pieņemta ar Lēmumu Nr. 1926/2006/EK), kā arī par izglītošanas pasākumiem saistībā ar pārtikas nekaitīgumu, uz kuriem attiecas Regulas (EK) Nr. 882/2004 un Direktīvas 2000/29/EK noteikumi. Aģentūra pārvalda arī visus posmus īstenošanas pasākumiem, kuri tai uzticēti saskaņā ar rīcības programmu sabiedrības veselības aizsardzības jomā (2003.–2008. g.), ko pieņēma ar Eiropas Parlamenta un Padomes 2002. gada 23. septembra Lēmumu Nr. 1786/2002/EK.

Saskaņā ar turpmāk minētajām Savienības programmām Aģentūra ir atbildīga par šādu uzdevumu izpildi saskaņā ar pilnvarām, kuras tai piešķirtas 2008. gada 9. septembrī pieņemtajā lēmumā (13): Sabiedrības veselības programma 2003.–2008. gadam, Lēmums Nr. 1786/2002/EK; Sabiedrības veselības programma 2008.–2013. gadam, Lēmums Nr. 1350/2007/EK; Patērētāju tiesību aizsardzības programma 2007.–2013. gadam, Lēmums Nr. 1926/2006/EK; Mācību pasākumi pārtikas nekaitīguma jomā, Regula (EK) Nr. 882/2004 un Direktīva 2000/29/EK: a) pārvaldīt projektu dzīves cikla visus posmus (lai varētu uzraudzīt projektus un izplatīt informāciju par tiem, Aģentūrai jāveic vajadzīgie pasākumi un jāizveido jauna vai jāturpina esošā datu bāze, ietverot projektu aprakstu un galīgos rezultātus); b) uzraudzīt saskaņā ar šīm programmām īstenotos projektus un pasākumus, tostarp veikt nepieciešamās pārbaudes; c) vākt, apstrādāt un izplatīt datus un it īpaši apkopot, analizēt un nodot Komisijai visu informāciju, kas vajadzīga, lai varētu virzīt programmu un pasākumu īstenošanu, kā arī veicināt koordināciju un sinerģiju ar citām Savienības, dalībvalstu vai starptautisko organizāciju programmām; d) organizēt sanāksmes, seminārus, pārrunas un mācību pasākumus; e) palīdzēt novērtēt programmas ietekmi, īpaši pievēršoties programmu īstenošanas gada un/vai starpposma novērtējumam, un īstenot Komisijas noteikto novērtējumu pēcpārbaudi; f) izplatīt Komisijas plānoto un īstenoto informatīvo pasākumu rezultātus; g) sniegt vispārējas ziņas par kontroli un pārraudzību; h) piedalīties finansēšanas lēmumu sagatavošanā.

1. Koordinācijas komiteja Pieci Eiropas Komisijas iecelti locekļi. Koordinācijas komitejas locekļus ieceļ uz diviem gadiem. Komiteja pieņem Aģentūras gada darba programmu pēc tam, kad to ir apstiprinājusi Eiropas Komisija. Tā pieņem arī Aģentūras administratīvo budžetu un gada darbības pārskatu. 2. Direktors Ieceļ Eiropas Komisija uz četriem gadiem. 3. Ārējā revīzija Revīzijas palāta 4. Budžeta izpildes apstiprinātājiestāde Eiropas Parlaments pēc Padomes ieteikuma

Budžets 2009. gadā Aģentūras administratīvais galīgais budžets bija 6,4 miljoni EUR. Darbinieku skaits 2009. gada 31. decembrī 2009. gada 31. decembrī Aģentūrā bija 48 štata darbinieki, no tiem 11 pagaidu darbinieki un 37 līgumdarbinieki.