II PIELIKUMS

TESTĒŠANAS SHĒMA RALSTONIA SOLANACEARUM (SMITH) YABUUCHI ET AL. DIAGNOSTICĒŠANAI, NOTEIKŠANAI UN IDENTIFICĒŠANAI

TESTĒŠANAS SHĒMAS DARBĪBAS JOMA

Šajā shēmā aprakstītas dažādas procedūras, kas saistītas ar:

i) kartupeļu tumšās gredzenpuves diagnosticēšanu kartupeļu bumbuļos un bakteriālās vītes diagnosticēšanu kartupeļu, tomātu u. c. saimniekaugos;

ii) Ralstonia solanacearum noteikšanu kartupeļu bumbuļu, kartupeļu, tomātu u.c. saimniekaugu, paraugos, kā arī ūdenī un augsnē;

iii) Ralstonia solanacearum (R. solanacearum) identifikāciju.

SATURS

Lpp. Vispārīgi principi 40 I IEDAĻA: Testēšanas shēmas piemērošana 40 1. Kartupeļu tumšās gredzenpuves un bakteriālās vītes (R. solanacearum) diagnosticēšanas shēma kartupeļu bumbuļos un augos, tomātu u.c. saimniekaugos ar tumšās gredzenpuves vai bakteriālās vītes simptomiem 40 2. R. solanacearum noteikšanas un identifikācijas shēma asimptomātiskos kartupeļu bumbuļu paraugos 43 3. R. solanacearum noteikšanas un identifikācijas shēma asimptomātiskos kartupeļu, tomātu vai citos saimniekaugos 46 II IEDAĻA: Metodes R. solanacearum diagnosticēšanai kartupeļu bumbuļos un kartupeļu, tomātu u.c. saimniekaugos, ar tumšās gredzenpuves vai bakteriālās vītes simptomiem 48 1. Simptomi 48 2. Ātrie skrīninga testi 48 3. Izolēšanas procedūra 49 4. R. solanacearum identifikācijas testi 49 III IEDAĻA: 1. R. solanacearum noteikšanas un identifikācijas metodes asimptomātiskos kartupeļu bumbuļu paraugos 49 1.1. Paraugu sagatavošana 49 1.2. Testēšana 51 2. R. solanacearum noteikšana un identifikācija asimptomātiskos kartupeļu, tomātu u. c. saimniekaugu paraugos 51 2.1. Paraugu sagatavošana 51 2.2. Testēšana 52 IV IEDAĻA: 1. Shēma R. solanacearum noteikšanai un identifikācijai ūdenī 53 2. Metodes R. solanacearum noteikšanai un identifikācijai ūdenī 55 2.1. Paraugu sagatavošana 55 2.2. Testēšana 55 V IEDAĻA: 1. Shēma R. solanacearum noteikšanai un identifikācijai augsnē 56 2. Metodes R. solanacearum noteikšanai un identifikācijai augsnē 58 2.1. Paraugu sagatavošana 58 2.2. Testēšana 58 VI IEDAĻA: Optimizētie protokoli R. solanacearum noteikšanai un identifikācijai 58 A. Diagnostikas un noteikšanas testi 58 1. Stublāju eksudāta tests 58 2. Poli-β-hidroksibutirāta granulu noteikšana 58 3. Seroloģiskie aglutinācijas testi 59 4. Selektīvā izolācija 60 4.1. Selektīvie uzsējumi 60 4.2. Bagātināšanas procedūra 60 5. Imunofluorescences tests (IF tests) 61 6. Polimerāzes ķēdes reakcijas tests (PCR tests) 64 6.1. DNS attīrīšanas metodes 65 a) Pastrik (2000) metode 65 b) Citas metodes 65 6.2. PCR 66 6.3. PCR produkta analīze 66 7. In situ fluorescences hibridizācija (FISH tests) 67 8. Cietfāzes enzīmu imūnsorbences tests (ELISA tests) 69 a) Netiešā ELISA 69 b) Netiešās divslāņu antivielu cietfāzes enzīmu imūnsorbences tests (DASI ELISA) 70 9. Biopatogenitātes tests 71 B. Identifikācijas testi 72 1. Barības vielu un fermentu identifikācijas tests 72 2. IF tests 72 3. ELISA tests 73 4. PCR tests 73 5. FISH tests 73 6. Taukskābju sastāva profilēšana (FAP) 73 7. Celma raksturojuma metodes 73 7.1. Bioloģiskā varianta noteikšana 73 7.2. Genoma nospiedums 74 7.3. PCR metodes 74 C. Apstiprinājuma tests 74 1. papildinājums Laboratorijas, kas piedalās protokolu optimizācijas un validācijas procesā 76 2. papildinājums Barotne R. solanacearum izolācijai un audzēšanai 77 3. papildinājums A) Tirdzniecībā pieejamie standartizētie kontroles materiāli 79 B) Kontrolparaugu sagatavošana 80 4. papildinājums Buferšķīdumi testu procedūrām 82 5. papildinājums Inficēšanās līmeņa noteikšana ar IF un FISH testiem 85 6. papildinājums Validēts PCR protokols un reaģenti 86 7. papildinājums Validētie reaģenti FISH testam 91 8. papildinājums Tomātu un baklažānu augu kultūra 93 Izmantotā literatūra 94

VISPĀRĪGI PRINCIPI

Papildinājumos iekļauti optimizētie protokoli dažādām metodēm, validētiem reaģentiem un sīkākām ziņām par testa sagatavošanu un kontroles materiāliem. To laboratoriju saraksts, kuras piedalās protokolu optimizācijas un validācijas procesā, noteikts 1. papildinājumā.

Tā kā protokoli paredz karantīnas organismu noteikšanu, un tajos paredzēta R. solanacearum dzīvotspējīgu kultūru izmantošana kontroles materiāla veidā, procedūra jāveic piemērotos karantīnas apstākļos ar atbilstošām atkritumu iznīcināšanas iekārtām un ievērojot attiecīgas licences noteikumus, kuru izsniegušas oficiālās augu karantīnas iestādes.

Testēšanas parametriem jānodrošina viendabīga un reproducējama R. solanacearum līmeņa noteikšana, ievērojot izvēlētajām metodēm paredzētos noteikšanas sliekšņus.

Pozitīvā kontrolparauga precīza sagatavošana ir obligāta.

Testēšana atbilstoši paredzētajiem noteikšanas sliekšņiem paredz arī iekārtu pareizu regulēšanu, uzturēšanu un kalibrēšanu, uzmanīgu rīkošanos ar reaģentiem, to glabāšanu un visus pasākumus, lai novērstu inficēšanos starp paraugiem, piemēram, pozitīvo kontrolparaugu nodalīšanu no testa paraugiem. Jāpiemēro kvalitātes kontroles standarti, lai izvairītos no administratīvām un cita veida kļūdām, jo īpaši attiecībā uz marķēšanu un dokumentēšanu.

Kā minēts 4. panta 2. punktā Direktīvā 98/57/EK, aizdomas par organisma parādīšanos paredz pozitīvu rezultātu diagnosticēšanas vai skrīninga testos, kas veikti saskaņā ar shēmām. Pozitīvu skrīninga testa rezultātu (IF tests, PCR/FISH, selektīvā izolācija) apstiprina ar otru skrīninga testu, kura pamatā ir atšķirīgs bioloģiskais princips.

Ja pirmā skrīninga testa rezultāts ir pozitīvs, tad ir aizdomas par inficēšanos ar R. solanacearum, un ir jāveic otrs skrīninga tests. Ja otrais skrīninga tests ir pozitīvs, tad aizdomas apstiprinās (aizdomas par organisma klātbūtni), un ir jāturpina testēšana atbilstoši shēmai. Ja otrā skrīninga testa rezultāts ir negatīvs, uzskata, ka paraugs nav inficēts ar R. solanacearum.

Saskaņā ar 5. panta 1. punktu Direktīvā 98/57/EK, apstiprināta klātbūtne nozīmē R. solanacearum tīrkultūras izolēšanu, identifikāciju un patogenitātes apstiprināšanu.

I IEDAĻA

TESTĒŠANAS SHĒMAS PIEMĒROŠANA

1. Shēma kartupeļu tumšās gredzenpuves un bakteriālās vītes (Ralstonia solanacearum) diagnosticēšanai kartupeļu bumbuļos un kartupeļu, tomātu vai citos saimniekaugos, kuriem ir tumšās gredzenpuves vai bakteriālās vītes simptomi.

Testēšanas procedūra paredzēta kartupeļu bumbuļiem un lakstiem, kuriem ir tumšajai gredzenpuvei raksturīgi simptomi, vai attiecībā uz kuriem ir aizdomas par inficēšanos ar tumšo gredzenpuvi vai bakteriālo vīti. Tā ietver ātro skrīninga testu, patogēna izolēšanu no inficētajiem vadaudiem (selektīvajā) barotnē un, ja iegūts pozitīvs rezultāts, kultūras identificēšanu kā Ralstonia solanacearum.

2. Ralstonia solanacearum noteikšanas un identifikācijas shēma asimptomātiskos kartupeļu bumbuļu paraugos

Princips:

Testa procedūra paredzēta latentas inficēšanās noteikšanai kartupeļu bumbuļos. Vismaz divu skrīninga testu (3), kuri balstīti uz dažādiem bioloģiskajiem principiem, pozitīvs rezultāts ir jāapstiprina ar patogēna izolāciju; kam seko tipisku koloniju izolācijas gadījumā R. solanacearum tīrkultūras apstiprināšana. Tikai viena skrīninga testa pozitīvs iznākums nav pietiekams, lai uzskatītu, ka paraugs varētu būt inficēts.

Veicot skrīninga un izolācijas testus, jāparedz, ka var noteikt 103 līdz 104 šūnas uz 1 ml atkārtoti suspendēta ekstrakta koncentrāta, ko katrā testu sērijā iekļauj kā pozitīvo kontrolparaugu.

3. Ralstonia solanacearum noteikšanas un identifikācijas shēma asimptomātiskos kartupeļu, tomātu vai citu saimniekaugu paraugos

II IEDAĻA

SĪKI IZKLĀSTĪTAS METODES RALSTONIA SOLANACEARUM NOTEIKŠANAI KARTUPEĻU BUMBUĻOS UN KARTUPEĻU, TOMĀTU VAI CITOS SAIMNIEKAUGOS, KURIEM IR TUMŠĀS GREDZENPUVES VAI BAKTERIĀLĀS VĪTES SIMPTOMI.

1. Simptomi (sk. http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main)

1.1. Simptomi kartupeļiem

Kartupeļu augi. Infekcijas agrīno fāzi uz lauka var konstatēt pēc tā, ka dienā, ja temperatūra ir augsta, auga galotnei apvīst lapas, bet naktī tās atgūst stingrumu. Infekcijas sākuma stadijā lapas saglabā zaļo krāsu, bet vēlāk kļūst dzeltenīgas vai brūnas, un atmirst. Parādās arī epinastija. Viena dzinuma vai visa auga vīšana ātri kļūst neatgriezeniska un izraisa pilnīgu auga bojāeju. Šķērsām pārgriežot novītušo augu stublājus, to vadaudi var nobrūnēt, un no griezuma vietas izdalās pienains bakteriālais šķidrums, vai tas viegli izdalās saspiežot. Ja nogrieztu stublāju vertikāli ievieto ūdenī, no vadaudu kūlīšiem izplūst gļotu pavedieni.

Kartupeļu bumbuļi. Kartupeļu bumbuļi jāpārgriež šķērsām netālu no to pamatnēm (stolona) vai gareniski pār stolona pamatni. Infekcijas agrīnajā fāzē vadaudu gredzens ir mainījis krāsu no blāvi dzeltenas līdz gaiši brūnai, no kura pēc dažām minūtēm pēkšņi izdalās blāvs krēmkrāsas bakteriālais šķidrums. Vēlāk vaskulārais gredzens kļūst arvien brūnāks un nekroze var pāriet uz parenhimatozajiem audiem. Vēlākajās fāzēs no bumbuļu pamatnēm un acīm izplatās infekcija, no tām var izdalīties bakteriālais šķidrums, izraisot augsnes daļiņu pielipšanu. Var rasties sarkanbrūni, nedaudz padziļināti bojājumi uz miziņas, kas rodas vaskulāro audu iekšējās sabrukšanas dēļ. Slimības vēlīnajām stadijām ir raksturīga sēnīšu vai baktēriju mīkstās puves otrreizējā attīstība.

1.2. Simptomi tomātiem

Tomātu augi. Pirmā redzamā pazīme ir šļaugana izskata jaunākās lapas. Patogēnam labvēlīgos attīstības apstākļos (augsnes temperatūra ~25 °C; augsts mitrums) pāris dienu laikā attīstās vienas auga puses vai visa auga epinastija un vīte, kas rezultātā rada auga bojāeju. Ja apstākļi nav tik labvēlīgi (augsnes temperatūra zem 21 °C) vīte ir mazāk izteikta, bet uz stublāja var attīstīties liels daudzums papildsakņu. No stublāja pamatnes var novērot redzamas gļotainas līnijas, kas liecina par nekrozi vadaudu sistēmā. Ja stumbrs ir pārgriezts šķērsām, brūni iekrāsoti vadaudi izdala baltu vai dzeltenīgu bakteriālo šķidrumu.

1.3. Simptomi citiem saimniekaugiem

Solanum dulcamara un S. nigrum augi. Dabīgos apstākļos šajos nezāļu saimniekaugos reti novēro vītes simptomus, izņemot gadījumus, ja augsnes temperatūra pārsniedz 25 °C vai inokulāta līmeņi ir ārkārtīgi augsti (piemēram, attiecībā uz blakus inficētajam kartupeļu vai tomātu augam augošo S. nigrum). Ja parādās vīte, simptomi ir tādi paši kā attiecībā uz tomātiem. S. dulcamara augiem, kas ar stublāju un saknēm atrodas ūdenī, nav raksturīga vīte, bet šķērsenisko stublāja pamatnes daļu vai stublāja daļu, kas atrodas zem ūdens, vadaudi iekšpusē var kļūt gaiši brūni. Ja nogrieztu stublāju vertikāli ievieto ūdenī, no vadaudiem vai gļotu pavedieniem izplūst bakteriālais šķidrums arī tad, ja nav redzamu vītes simptomu.

2. Ātrie skrīninga testi

Ātrie skrīninga testi palīdz noteikt iespējamo diagnozi, taču tie nav obligāti. Izmantot vienu vai vairākus no šādiem apstiprinātiem testiem.

2.1. Stublāju eksudāta tests

(Sk. VI iedaļas A.1. punktu).

2.2. Poli-β-hidroksibutirāta (PHB) granulu noteikšana

Raksturīgās PHB granulas R. solanacearum šūnās kļūst redzamas pēc tam, kad bakteriālā šķidruma uztriepes no inficētajiem audiem, kas fiksētas ar liesmu, uz mikroskopa priekšmetstikliņa tiek iekrāsotas ar Nīlas zilo A vai Sudānas melno (sk. VI iedaļas A.2. punktu).

2.3. Seroloģiskie aglutinācijas testi

(Sk. VI iedaļas A.3. punktu)

2.4. Pārējie testi

Turpmāki atbilstoši ātrie skrīninga testi ietver IF testu (sk. VI iedaļas A.5. punktu), FISH testu (sk. VI iedaļas A.7. punktu); ELISA testu (sk. VI iedaļas A.8. punktu) un PCR testu (sk. VI iedaļas A.6. punktu).

3. Izolēšanas procedūra

a) No kartupeļu bumbuļa vadaudu gredzena vai no kartupeļa, tomāta vai cita vītes skarta saimniekauga stublāja vadaudu šķiedru pavedieniem noņemt izdalījušos šķidrumu vai krāsu mainījušos audus. Suspendēt nelielā daudzumā sterila destilēta ūdens vai 50 mM fosfātbuferšķīduma (4. papildinājums) un atstāt uz 5–10 min.

b) Sagatavot suspensijas decimālatšķaidījumu sēriju.

c) 50–100 µl suspensijas un atšķaidījumus pārnest universālajā barotnē (NA, YPGA vai SPA; sk. 2. papildinājumu) un/vai Kelmana tetrazola barotnē (2. papildinājums) un/vai validētā selektīvajā barotnē (piemēram, SMSA; sk. 2. papildinājumu). Uzklāt vai iztriept, izmantojot piemērotu atšķaidījuma uzsējuma metodi. Ja tas ir lietderīgi, sagatavot atsevišķas plates ar 2. bioloģiskā varianta R. solanacearum šūnu suspensijas atšķaidījumu uzsējumiem kā pozitīvo kontrolparaugu.

d) Inkubēt uzsējumus 2–6 dienas 28 °C temperatūrā. — Universālā barotnē R. solanacearum virulentie izolāti veido pērļaini baltas, plakanas, neregulāras un šķidras konsistences kolonijas, kuru centrā bieži attīstās raksturīgi spirāles veida vijumi. R. solanacearum nevirulentās formas veido nelielas, apaļas, sviestveida konsistences kolonijas krēmbaltā krāsā; — Kelmana tetrazola un SMSA barotnē spirāles veida vijumi ir asinssarkanā krāsā. Ralstonia solanacearum nevirulentās formas veido nelielas, apaļas, sviestveida konsistences kolonijas tumši sarkanā krāsā.

4. R. solanacearum idenfikācijas testi

Testi R. solanacearum iespējamo izolātu identitātes apstiprināšanai ir aprakstīti VI iedaļas B. punktā.

III IEDAĻA

1. Sīki izstrādātas metodes Ralstonia solanacearum noteikšanai un identifikācijai asimptomātiskos kartupeļu bumbuļu paraugos

1.1. Paraugu sagatavošana

Piezīme:

— Standarta parauga lielums ir 200 bumbuļi katram testam. Intensīvākā paraugu ņemšanā bumbuļu skaits paraugā ir lielāks, testa rezultāti var būt grūti iegūstami vai interpretējami. Tomēr šo procedūru var ērti izmantot arī paraugiem, kuros ir mazāk nekā 200 bumbuļu, ja nav pieejams nepieciešamais daudzums.

— Visu zemāk aprakstīto metožu validācija balstās uz 200 bumbuļu paraugu testēšana.

— Zemāk aprakstīto kartupeļu ekstraktu var izmantot arī kartupeļu gaišās gredzenpuves baktēriju Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus noteikšanai.

Papildu pirmapstrāde pirms parauga sagatavošanas.

a) Paraugus pirms testēšanas izturēt 25–30 °C temperatūrā līdz divām nedēļām, lai veicinātu visu R. solanacearum populāciju vairošanos;

b) kartupeļu bumbuļus nomazgāt. Starp katra parauga pārbaudi izmantot atbilstošus dezinfekcijas (ja veic PCR testu, izmanto hlora savienojumus, lai notīrītu iespējamo patogēna DNS) un mazgāšanas līdzekļus. Ļaut bumbuļiem nožūt. Mazgāšanas process ir īpaši lietderīga(taču nav obligāta) paraugiem, uz kuriem ir lieka augsnes kārta, un gadījumos, ja veic PCR testu vai tiešās izolācijas testu.

1.1.1. Ar tīru un dezinficētu skalpeli vai dārzeņu nazi noņemt mizu pie katra bumbuļa pamatnes (stolona), lai atsegtu vadaudus. Uzmanīgi izgriezt nelielus vadaudu gabalus no stolona pamatnes un pēc iespējas censties izgriezt mazāk bumbuļa mīkstuma (sk. vietnē http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).

Piezīme: Atlasīt visus (puvušos) bumbuļus, kuriem ir aizdomīgie simptomi, un testēt tos atsevišķi.

Ja stolona pamatnes atdalīšanas laikā ir redzami iespējamie tumšās gredzenpuves simptomi, jāveic attiecīgā bumbuļa vizuālā pārbaude un jāiegriež bumbulis pie stolona pamatnes. Visus bumbuļus, kuriem ir iespējamie gredzenpuves simptomi, ne mazāk kā 2 dienas glabā istabas temperatūrā, lai notiktu pārkoksnēšanās, un tad bumbuļus glabā atvēsinātā veidā (4–10 °C temperatūrā), pienācīgi ievērojot karantīnas nosacījumus. Visi bumbuļi, tostarp tie, kuriem ir aizdomīgi simptomi, jāuzglabā saskaņā ar III pielikumu.

1.1.2. Savākt stolona pamatnes vadaudu gabalus jaunos vienreizlietojamos traukos, kurus var aizvērt un/vai stingri noslēgt (ja izmanto vairākkārt lietojamus traukus, tie ir rūpīgi jāiztīra un jādezinficē, izmantojot hlora savienojumus). Stolona pamatnes ieteicams apstrādāt nekavējoties. Ja tas nav iespējams, var uzglabāt traukā, nepievienojot buferšķīdumu ne ilgāk kā 72 stundas atvēsinātā veidā un ne vairāk kā 24 stundas istabas temperatūrā.

Apstrādāt stolona pamatnes vadaudu gabalus, izmantojot vienu no turpmākajām metodēm:

a) pārliet pamatnes vadaudu gabalus ar pietiekošu daudzumu (aptuveni 40 ml) ekstrakcijas buferšķīduma (4. papildinājums) un jaukt rotācijas kratītājā (50–100 apgr./min) 4 stundas pie temperatūras, kas zemāka par 24 °C, un 16–24 stundas atvēsinātā veidā;

b) homogenizēt stolona pamatnes ar pietiekošu daudzumu (aptuveni 40 ml) ekstrakcijas buferšķīduma (4. papildinājums) ar mikseri (Waring vai Ultra Thurax) vai sasmalcinot cieši noslēgtā vienreizlietojamā macerācijas maisiņā (piemēram, stingra polietilēna Stomacher vai Bioreba, 150 mm x 250 mm; kas sterilizēts ar jonizējošu starojumu), izmantojot gumijas āmuru vai atbilstošu smalcinātāju (piemēram, Homex).

Piezīme: Ja paraugi tiek homogenizēti mikserī, savstarpējas inficēšanās risks ir ļoti augsts. Veic piesardzības pasākumus, lai izvairītos no aerosola veidošanās vai izlīšanas ekstrakcijas procesa laikā. Nodrošina, ka katram paraugam tiek izmantoti sterilizēti miksera asmeņi un trauks. Ja veic PCR testu, jāizvairās no DNS pārnešanas uz traukiem vai smalcināšanas ierīcēm. Ja lieto PCR testu, sasmalcināšanu veic vienreizlietojamos maisiņos vai vienreizlietojamos traukos.

1.1.3. Virsējo dzidro slāni dekantēt. Ja šķidrums ir pārāk duļķains, tas jādzidrina, lēni centrifugējot (ne vairāk kā pie 180 g 10 min 4–10 °C temperatūrā) vai ar vakuumfiltrēšanu (40–100 µm), mazgājot filtru ar papildu (~10ml) ekstrakcijas šķīdumu.

1.1.4. Baktēriju frakcijas koncentrēt, 15 min 4–10 °C temperatūrā centrifugējot pie 7 000 g (vai 10 min pie 10 000 g), un, nesamaisot nogulsnes, noliet dzidro virsējo šķidruma slāni.

1.1.5. Atkārtoti suspendēt nogulsnes 1,5 ml ekstrakta koncentrāta buferšķīdumā (4. papildinājums). Izmantot 500 µl R. solanacearum, 500 µl Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus un 500 µl references vajadzībām. Iegūstot galīgo koncentrāciju 10–25 % (v/v), pievienot sterilu glicerīnu 500 µl references alikvotai un atlikušajai testa alikvotai, samaisīt un uzglabāt -16 līdz -24 °C temperatūrā (nedēļas) vai -68 līdz -86 °C (mēnešus). Testa alikvotas testēšanas laikā uzglabāt 4–10 °C temperatūrā.

Atkārtota sasaldēšana un atkausēšana nav ieteicama.

Ja ekstraktu nepieciešams transportēt, nodrošina pārvadāšanu ledusskapī 24 laikā.

1.1.6. R. solanacearum pozitīvie kontroles materiāli un paraugi obligāti jāapstrādā atsevišķi, lai izvairītos no inficēšanās. Tas attiecas uz IF priekšmetstikliņiem un uz visiem testiem.

1.2. Testēšana

Sk. shēmu, testēšanas metožu aprakstu un optimizētos protokolus attiecīgajos papildinājumos:

Selektīvā izolācija (sk. VI iedaļas A.4. punktu)

IF tests (sk. VI iedaļas A.5. punktu)

PCR tests (sk. VI iedaļas A.6. punktu)

FISH tests (sk. VI iedaļas A.7. punktu)

ELISA tests (sk. VI iedaļas A.8. punktu)

Biopatogenitātes tests (sk. VI iedaļas A.9. punktu)

2. Sīki izstrādātas metodes R. solanacearum noteikšanai un identifikācijai asimptomātiskos kartupeļu, tomātu vai citos saimniekaugu paraugos

2.1. Paraugu sagatavošana

Piezīme: Lai noteiktu latentās R. solanacearum populācijas, ieteicams testēt apvienotus paraugus. Procedūru var ērti izmantot arī apvienotiem paraugiem no ne vairāk kā 200 stublāju daļām. Ja tiek veikti apsekojumi, tiem jābalstās uz statistiski reprezentatīviem izmeklējamās augu populācijas paraugiem.

2.1.1. Ievietot 1–2 cm stublāju segmentus slēgtā sterilā traukā, ievērojot šādas paraugu ņemšanas procedūras:

Tomātu stādi: Ar tīru dezinficētu nazi atdalīt 1 cm lielu segmentu no katra stublāja pamatnes pavisam nedaudz virs augsnes līmeņa.

Laukā vai siltumnīcā audzēti tomātu augi: Ar tīru, dezinficētu nazi atdalīt katra auga pašu apakšējo sānu dzinumu, nogriežot to tieši virs savienojuma ar galveno stublāju. Atdalīt 1 cm lielu segmentu katra sānu dzinuma apakšdaļā.

Citi saimniekaugi: Ar tīru dezinficētu nazi vai atzarošanas šķērēm atdalīt 1 cm lielu segmentu no katra stublāja pamatnes pavisam nedaudz virs augsnes līmeņa. Attiecībā uz S. dulcamara vai citiem saimniekaugiem, kas aug ūdenī, atdalīt 1–2 cm lielus segmentus no zemūdens stublāja vai stolona saknēm, kas atrodas ūdenī.

Ja paraugus ņem konkrētā teritorijā, ieteicams testēt statistiski reprezentatīvus paraugus no vismaz 10 augiem katrā potenciālajā nezāļu saimniekaugu paraugu ņemšanas vietā. Patogēnu visdrošāk var noteikt vēlu pavasarī, vasarā un rudenī, kaut arī dabīgās infekcijas daudzgadīgos Solanum dulcamara, kas aug ūdenstecēs, var konstatēt visu gadu. Zināmo saimniekaugu vidū ir pašizsējas kartupeļu augi, Solanum dulcamara, S. nigrum, Datura stramonium un citi nakteņu dzimtas augi. Vēl par saimniekaugiem uzskata Pelargonium spp. un Portulaca oleracea. Dažas nezāļu sugas Eiropā, kuru saknes vai sakneņi varētu būt potenciālie R. solanacearum 2 bioloģiskā varianta/3. rases saimnieki, noteiktos vides apstākļos ietver Atriplex hastata, Bidens pilosa, Cerastium glomeratum, Chenopodium album, Eupatorium cannabinum, Galinsoga parviflora, Ranunculus scleratus, Rorippa spp, Rumex spp., Silene alba, S. nutans., Tussilago farfarra un Urtica dioica.

Piezīme: Šajā stadijā var veikt iekšējo simptomu vizuālo pārbaudi (vadaudu krāsa vai bakteriālais eksudāts). Atlasīt visus stumbra segmentus, kuriem ir slimības simptomi, un tos testēt atsevišķi (sk. II iedaļu).

2.1.2. Neilgu laiku dezinficē stumbru segmentus ar 70 % etanolu un nekavējoties nosusina ar papīra salveti. Tad stublāja segmentus apstrādā pēc vienas no šādām metodēm:

a) apliet stublāju segmentus ar pietiekamu daudzumu (aptuveni 40 ml) ekstrakcijas buferšķīduma (4. papildinājums) un jaukt kratītājā (50–100 apgr./min) 4 stundas temperatūrā zem 24 °C, vai 16–24 stundas atvēsinātā veidā;

b) nekavējoties homogenizēt stublāja segmentus ar pietiekamu daudzumu ekstrakcijas šķīduma (4. papildinājums), sasmalcinot stingrā macerācijas maisiņā (piemēram, Stomacher vai Bioreba), izmantojot gumijas āmuru vai atbilstošu smalcinātāju (piemēram, Homex). Ja tūlītēja apstrāde nav iespējama, stublāja segmentus uzglabāt ne ilgāk kā 72 stundas atvēsinātā veidā un ne vairāk kā 24 stundas istabas temperatūrā.

2.1.3. Nostādināt 15 min, tad virsējo dzidro slāni dekantēt.

2.1.4. Baktēriju frakcijas ekstraktu vai koncentrātu parasti nav nepieciešams turpmāk dzidrināt, bet to var izdarīt filtrējot un/vai centrifugējot, kā aprakstīts III iedaļas 1.1.3. līdz 1.1.5. punktā.

2.1.5. Sadalīt neatšķaidīto vai koncentrēto paraugu ekstraktu 2 vienādās daļās. Uzglabāt vienu daļu 4–10 °C temperatūrā testēšanas laikā un otru daļu, ja nepieciešama turpmāka testēšana, uzglabāt, izmantojot 10–25 % (v/v) sterilu glicerīnu -16 līdz -24 °C temperatūrā (nedēļas) vai -68 līdz -86° C (mēnešus).

2.2. Testēšana

Sk. shēmu un testu aprakstu un optimizētos protokolus attiecīgajos papildinājumos:

Selektīvā izolācija (sk. VI iedaļas A.4. punktu)

IF tests (sk. VI iedaļas A.5. punktu)

PCR tests (sk. VI iedaļas A.6. punktu)

FISH tests (sk. VI iedaļas A.7. punktu)

ELISA tests (sk. VI iedaļas A.8. punktu)

Biopatogenitātes tests (sk. VI iedaļas A.9. punktu)

IV IEDAĻA

1. Shēma R. solanacearum noteikšanai un identifikācijai ūdenī

2. Metodes R. solanacearum noteikšanai un identifikācijai ūdenī

Princips

Validētā noteikšanas shēma, kas aprakstīta šajā iedaļā, izmantojama patogēnu noteikšanai virszemes ūdens paraugos, un to var izmantot arī kartupeļu pārstrādes vai notekūdeņu izplūdes paraugu testēšanai. Tomēr ir svarīgi ņemt vērā, ka sagaidāmā noteikšanas jutība ir atkarīga no substrāta. Izolācijas testa jutību ietekmē konkurējošo saprofīto baktēriju populācijas, kas parasti ir daudz lielākas kartupeļu pārstrādes un notekūdeņu izplūdēs nekā virszemes ūdenī. Kaut arī paredzēts, ka pēc turpmāk minētās shēmas var noteikt pat 103 šūnas uz litru virszemes ūdens, noteikšanas jutība kartupeļu pārstrādes vai notekūdeņu izplūdēs varētu būt ievērojami zemāka. Šā iemesla dēļ izplūdes ieteicams testēt pēc to attīrīšanas (piemēram, izgulsnēšanas vai filtrēšanas), kuru laikā saprofīto baktēriju populācijas tiek samazinātas. Ierobežojumus attiecībā uz testu shēmas jutību ņem vērā, novērtējot visu iegūto negatīvo rezultātu ticamību. Tā kā šī shēma tiek veiksmīgi izmantota apsekojumos, lai noteiktu patogēna esamību vai neesamību virszemes ūdenī, ierobežojumi attiecībā uz šo shēmu jāņem vērā līdzīgos kartupeļu pārstrādes vai notekūdeņu izplūdes apsekojumos.

2.1. Paraugu sagatavošana

Piezīme:

— R. solanacearum noteikšana virszemes ūdeņos visticamākā ir vēlā pavasarī, vasarā un rudenī, kad ūdens temperatūra pārsniedz 15 °C.

— Atkārtota paraugu ņemšana dažādos laikos minētā perioda laikā speciāli noteiktās paraugu ņemšanas vietās palielina noteikšanas ticamību, samazinot klimatisko svārstību ietekmi.

— Jāņem vērā stipru lietusgāžu ietekme un ūdensteces atrašanās vieta, lai izvairītos no atšķaidīšanas efekta, kas var slēpt patogēna klātbūtni.

— Ņemt virszemes ūdens paraugus saimniekaugu tuvumā, ja tie ir.

2.1.1. Izraudzītajās paraugu ņemšanas vietās ūdens paraugus ņemt, piepildot vienreizlietojamas sterilas mēģenes vai pudeles, ja iespējams, vismaz 30 cm dziļumā un vismaz 2 m no krasta. Pārstrādes un kanalizācijas notekūdeņu paraugus ņemt to izplūdes vietā. Ieteicamais paraugu lielums ir 500 ml no katras paraugu ņemšanas vietas. Ja ņem mazākus paraugus, katrā paraugu ņemšanas vietā ieteicams ņemt paraugus vismaz 3 reizes, katra parauga lielums ir 2 atkārtoti 30 ml apakšparaugi. Intensīvai apsekošanai izvēlas vismaz 3 paraugu ņemšanas vietas uz katriem ūdensteces 3 km un nodrošina, ka paraugus ņem no pietekām, kas ieplūst ūdenstecē.

2.1.2. Paraugus pārvadā vēsos un tumšos apstākļos (4–10 °C temperatūrā) un testē 24 stundu laikā.

2.1.3. Ja nepieciešams, baktēriju frakciju var koncentrēt, izmantojot vienu no šādām metodēm:

a) 30–50 ml apakšparaugus centrifugēt 10 min pie 10 000 g (15 min pie 7 000 g), vēlams 4–10 °C temperatūrā, noliet centrifugātu un atkārtoti suspendēt nogulsnes 1 ml nogulšņu buferšķīduma (4. papildinājums);

b) veikt membrānfiltrēšanu (minimālais poru izmērs 0,45 µm), pēc tam filtru skalot ar 5–10 ml nogulšņu buferšķīduma un skalošanas šķīdumus saglabāt. Šī metode piemērota lielākiem ūdens tilpumiem, kas satur saprofītus nelielā daudzumā.

Parasti kartupeļu pārstrādes un kanalizācijas notekūdeņu izplūžu paraugiem veikt koncentrēšanu nav ieteicams, jo konkurējošo saprofīto baktēriju populācijas palielināšanās traucēs Ralstonia solanacearum noteikšanu.

2.2. Testēšana

Sk. shēmu un testu aprakstu attiecīgajos papildinājumos

V IEDAĻA

1. Shēma R. solanacearum noteikšanai un identifikācijai augsnē

2. Metodes R. solanacearum noteikšanai un identifikācijai augsnē

Principi

Validētā noteikšanas shēma, kas aprakstīta šajā iedaļā, izmantojama patogēna noteikšanai augsnes paraugos, taču to var izmantot arī kartupeļu pārstrādes cieto atkritumu vai notekūdeņu nosēdumu testēšanai. Tomēr jāņem vērā, ka šīs metodes nav pietiekami jutīgas, lai garantētu, ka tiek noteiktas nelielas un/vai neregulāri izkliedētas Ralstonia solanacearum populācijas, kuras ir iespējamas uz šo substrātu dabīgi inficētajiem paraugiem.

Ierobežojumi attiecībā uz šīs testu shēmas precizitāti jāņem vērā, novērtējot visu negatīvo rezultātu ticamību un arī izmantojot šo metodi apsekojumos, lai noteiktu patogēna esamību vai neesamību augsnē vai nosēdumos. Drošākais tests patogēna klātbūtnes noteikšanai tīruma augsnē ir šāds: iestādīt pret attiecīgajām slimībām ieņēmīgu saimniekaugu un novērot, vai tas inficējas, taču pat ar šo metodi neliela līmeņa inficēšanos var nekonstatēt.

2.1. Paraugu sagatavošana

2.1.1. Tīruma augsnes paraugus ņem pēc tiem pašiem standarta principiem kā paraugu ņemšana nematodes noteikšanai. Katram paraugam savāc 0,5–1 kg augsnes no 60 vietām 0,3 ha platībā, ņemot augsni aptuveni 10–20 cm dziļumā (vai 7 x 7 m lielā kvadrātā). Ja ir aizdomas par patogēna klātbūtni, palielina paraugu ņemšanas vietu skaitu līdz 120 vietām uz 0,3 ha. Līdz testēšanai paraugus glabā 12–15 °C temperatūrā. No kartupeļu pārstrādes atkritumiem un notekūdeņu nosēdumiem paraugus ņem, kopā savācot 1 kg no vietām, kas ir testēšanai paredzētajam kopējam nosēdumu apjomam reprezentatīvas. Katru paraugu pirms testēšanas rūpīgi sajauc.

2.1.2. Izmantojot rotācijas kratītāju (250 apgr./min), disperģēt 10–25 g lielus augsnes vai nosēdumu apakšparaugus 60–150 ml ekstrakcijas buferšķīdumā (4. papildinājums) ilgākais 2 stundu laikā. Ja nepieciešams, disperģēšanas veicināšanai maisīšanas laikā var pievienot 0,02 % sterila Tween-20 un 10–20 g sterilas grants.

2.1.3. Testēšanas laikā suspensiju glabāt 4 °C temperatūrā.

2.2. Testēšana

Sk. shēmu un testu aprakstu attiecīgajos papildinājumos.

VI IEDĻA

OPTIMIZĒTIE PROTOKOLI R. SOLANACEARUM NOTEIKŠANAI UN IDENTIFIKĀCIJAI

A. Diagnostikas un noteikšanas testi

1. Stublāju strīmings

R. solanacearum atrašanos vītušos kartupeļu, tomātu vai citu saimniekaugu stublājos var noteikt ar turpmāk aprakstītā vienkāršā iepriekšējā testa palīdzību. Nogriezt stublāju tieši virs zemes. Griezuma vietu ievietot mēģenē ar tīru ūdeni. Novērot, vai pēc pāris minūtēm notiek raksturīgā pēkšņā bakteriālo gļotu pavedienu izplūšana no grieztajiem vadaudu kūlīšiem.

2. Poli-β-hidroksibutirāta granulu noteikšana

1. Uz mikroskopa priekšmetstikliņa sagatavo bakteriālā šķidruma uztriepi no inficētajiem audiem vai 48 stundas audzētas kultūras uztriepi uz YPGA vai SPA barotnes (2. papildinājums).

2. Sagatavo pozitīvās kontroles uztriepes no R. solanacearum 2. biovar celma un vajadzības gadījumā negatīvās kontroles uztriepes no zināmas PHB negatīvas sugas.

3. Ļauj nožūt, un katra priekšmetstikliņa apakšējo virsmu pāris reizes ātri pārlaiž pār liesmu, lai nofiksētu uztriepi.

4. Iekrāso preparātu ar Nīlas zilo vai Sudānas melno un mikroskopiski novēro kā aprakstīts turpmāk.

Nīlas zilā tests

a) Priekšmetstikliņu pārklāt ar Nīlas zilā A 1 % šķīdumu ūdenī un 10 min inkubēt 55 °C temperatūrā.

b) Notecināt iekrāsošanas šķīdumu. Noskalot nelielā ūdensvada ūdens strūklā. Lieko ūdeni nosusināt ar papīra salveti.

c) Pārklāt uztriepi ar 8 % etiķskābes šķīdumu ūdenī un 1 min izturēt apkārtējās vides temperatūrā.

d) Noskalot nelielā ūdensvada ūdens strūklā. Lieko ūdeni nosusināt ar papīra salveti.

e) Atkārtoti samitrināt ar ūdens pilienu un uzlikt segstikliņu.

f) Iekrāsoto uztriepi pārbaudīt ar epifluorescences mikroskopu pie 450 nm eļļas imersijā 600–1 000 reižu palielinājumā, izmantojot eļļas vai ūdens imersijas objektīvu.

g) Pārbaudīt, vai nav manāmas spilgti oranžas, fluorescējošas PHB granulas. Parastajā atstarotajā apgaismojumā pārbaudīt arī, vai granulas ir intracelulāras un vai šūnu morfoloģija ir R. solanacearum tipiska.

Sudānas melnā tests

a) Priekšmetstikliņu pārklāt ar Sudānas melnā 0,3 % šķīdumu 70 % etanolā un apkārtējās vides temperatūrā izturēt 10 minūtes.

b) Notecināt iekrāsošanas šķīdumu un noskalot nelielā ūdensvada ūdens strūklā, lieko ūdeni nosusināt ar papīra salveti.

c) Uz īsu brīdi iemērkt priekšmetstikliņus ksilolā un nosusināt ar salveti. Uzmanību: Ksilols ir kaitīga viela, veikt nepieciešamos drošības pasākumus un strādāt velkmes skapī.

d) Pārklāt priekšmetstikliņus ar 0,5 % (m/v) safranīna šķīdumu ūdenī un 10 sekundes atstāt apkārtējās vides temperatūrā. Uzmanību: Safranīns ir kaitīga viela, veikt nepieciešamos drošības pasākumus un strādāt velkmes skapī.

e) Noskalot nelielā ūdensvada ūdens strūklā, lieko ūdeni nosusināt ar papīra salveti.

f) Pētīt iekrāsotās uztriepes atstarotā ar gaismas mikroskopu eļļas imersijā 1 000 reižu palielinājumā, izmantojot eļļas imersijas objektīvu.

g) Novērot, vai R. solanacearum šūnās ar sārti iekrāsotām šūnu sieniņām ir konstatējamas zilganmelnas krāsas PHB granulas.

3. Seroloģiskie aglutinācijas testi

R. solanacearum šūnu aglutinācija bakteriālajā eksudātā vai simptomātisko audu ekstraktos vislabāk ir novērojama, izmantojot validētas antivielas (sk. 3. papildinājumu), kuras iezīmētas ar atbilstošiem krāsainiem marķieriem, piemēram, sarkanās Staphylococcus aureus šūnas vai krāsainas lateksa daļiņas. Ja lieto tirdzniecībā pieejamo komplektu (sk. 3. papildinājumu), ievērot ražotāja instrukcijas. Citos gadījumos izmanto šādu procedūru:

a) samaisa iezīmēto antivielu un bakteriālā eksudāta (aptuveni 5 µl no katra) suspensijas pilienus uz daudzlodziņu testa priekšmetstikliņu lodziņiem;

b) sagatavo pozitīvos un negatīvos kontrolparaugus, izmantojot R solanacearum 2. biovar un heterologo celmu suspensijas;

c) novēro, vai uzmanīgi maisot, 15 sekundēs pozitīvajos paraugos notiek aglutinācija.

4. Selektīvā izolācija

4.1. Selektīvais uzsējums

Piezīme: Pirms šo metodi izmanto pirmo reizi, veic iepriekšējus testus, lai nodrošinātu reproducējamu noteikšanas jūtību 103 līdz 104 kolonijas veidojošu R. solanacearum vienību uz ml; R. solanacearum pievienojami paraugu ekstraktiem, kuri iepriekš uzrādījuši negatīvus testa rezultātus.

Izmantot atbilstoši validētu selektīvo barotni, piemēram: SMSA (Elphinstone et al. modifikācijā 1996; sk. 2. papildinājumu).

Jāpievērš uzmanība arī tam, lai R. solanacearum atšķirtu no citām baktērijām, kas šajā barotnē var veidot kolonijas. Turklāt R. solanacearum kolonijas var uzrādīt atipisku morfoloģiju, ja plates ir pārblīvētas vai tajās ir antagonistiskas baktērijas. Ja ir aizdomas par konkurenci vai antagonismu, paraugu atkārtoti pārbauda, izmantojot cita veida testu.

Šīs metodes jutību var paaugstināt, izmantojot tikko sagatavotus paraugu ekstraktus. Tomēr šo metodi var izmantot arī paraugiem, kas ir glabāti glicerīnā -68 līdz -86 °C temperatūrā.

Kā pozitīvos kontrolparaugus sagatavo R. solanacearum virulentā 2. biovar celma suspensijas 106 kolonijveidotāju vienību 1 ml (piemēram, NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857) desmitkārtīgus atšķaidījumus. Lai izvairītos no savstarpējas inficēšanās, pozitīvos kontrolparaugus sagatavot atsevišķi no testējamajiem paraugiem.

Katrai tikko sagatavotai selektīvās barotnes partijai pirms paredzētās paraugu testēšanas pārbauda tās atbilstību patogēna attīstībai.

Testēt kontroles materiālus tāpat kā paraugus.

4.1.1. Izmantot atbilstošu atšķaidījumu uzsējumu metodi, kuras mērķis ir nodrošināt attīrīšanu no visām fona saprofītajām kolonijas veidojošajām populācijām. Uz katras plates izlīdzināt 50–100 ml parauga ekstrakta un atšķaidījuma.

4.1.2. Plates inkubēt 28 °C temperatūrā. Nolasīt pēc 48 stundām, un pēc tam katru dienu līdz sestajai dienai. Tipiskas R. solanacearum kolonijas uz SMSA barotnes ir pienbaltas krāsas, plakanas, neregulāras un šķidras konsistences, un pēc 3 dienu inkubācijas vidū attīstās sārts līdz asinssarkans iekrāsojums, iekšpusē ar svītrām vai spirālveida veidojumiem (sk. tīmekļa vietnē http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).

Piezīme: Dažkārt uz šīs barotnes var veidoties atipiskas R. solanacearum kolonijas. Tās var būt nelielas, apaļas, pilnīgi sarkanā krāsā iekrāsotas un nešķidras konsistences vai daļēji šķidras konsistences, tāpēc tās ir grūti atšķirt no saprofītām kolonijas veidojošām baktērijām.

4.1.3. Attīrīt iespējamās R. solanacearum kolonijas pēc uzklāšanas vai uzsējuma uz universālās barotnes, lai iegūtu izolētas kolonijas (sk. 2. papildinājumu).

4.1.4. Kultūras īslaicīgi glabā sterilā ūdenī (pH 6–8, nesatur hloru) istabas temperatūrā tumsā, vai ilglaicīgi glabā piemērotā krioprotektanta barotnē -68 līdz -86 °C temperatūrā vai liofilizētas.

4.1.5. Identificē iespējamās kultūras (sk. VI iedaļas B. punktu) un veic patogenitātes testu (sk. VI. Iedaļas C. punktu).

Selektīvo uzsējumu testa rezultātu interpretēšana

Selektīvo uzsējumu testa rezultāts ir negatīvs, ja pēc 6 dienām nav konstatētas baktēriju kolonijas vai nav konstatētas R. solanacearum tipiskas iespējamās kolonijas, ar nosacījumu, ka nepastāv aizdomas par to, ka citu baktēriju konkurences vai antagonisma dēļ tās ir inhibētas, un ka pozitīvajā kontrolparaugā ir atrastas R. solanacearum tipiskās kolonijas.

Selektīvo uzsējumu tests ir pozitīvs, ja tiek izolētas iespējamās R. solanacearum kolonijas.

4.2. Bagātināšanas procedūra

Izmanto validētu bagātināšanas barotni, piemēram, Wilbrink modificēto barotni (sk. 2. papildinājumu).

Šo procedūru var izmantot arī, lai selektīvi pavairotu R. solanacearum populācijas paraugu ekstraktos un paaugstinātu noteikšanas jutību. Procedūrā efektīvi izšķīdina arī PCR reakcijas inhibitorus (1:100). Jāņem vērā, ka R. solanacearum bagātināšana tomēr var neizdoties saprofīto organismu, kuri bieži vien tiek vienlaicīgi bagātināti, konkurences vai antagonisma dēļ. Šā iemesla dēļ var būt grūti izolēt R. solanacearum no bagātinātajām līdzīgajām kultūrām. Turklāt sakarā ar to, ka seroloģiski radniecīgo saprofītu populācijas var palielināt, izmantojot ELISA testu, ieteicams lietot nevis poliklonālās antivielas, bet īpašas monoklonālās antivielas.

4.2.1. PCR bagātināšanai 100 µl parauga ekstrakta pievieno 10 ml bagātināšanas šķīdumam (2. papildinājums), kuru alikvotas iepriekš pārnestas mēģenēs vai kolbās, kurās nav DNS. ELISA bagātināšanai var parauga ekstraktu var ņemt lielākā attiecībā pret bagātināšanas šķīdumu (piemēram, 100 µl uz 1,0 ml bagātināšanas šķīduma).

4.2.2. Izturēt 72 stundas 27–30 °C temperatūrā kustīgā vai statiskā uzsējumā, cieši neaiztaisot aizbāzni, lai nodrošinātu gaisa apmaiņu.

4.2.3. Pirms izmantošanas ELISA vai PCR testos rūpīgi sajaukt.

4.2.4. Ar bagātināto šķīdumu veic identiskas darbības tām, kā tika apstrādāti paraugi iepriekš aprakstītajos testos.

Piezīme: Ja ir aizdomas par R. solanacearum bagātināšanas kavēšanu dažu konkurējošo saprofīto baktēriju lielu populāciju dēļ, labākus rezultātus var nodrošināt paraugu ekstraktu bagātināšana pirms centrifugēšanas vai cita veida koncentrēšanas.

5. IF tests

Princips

IF testu ieteicams izmantot kā galveno skrīninga testu, jo ir pierādīts noteikšanas sliekšņu sasniegšanai nepieciešamais robustums.

Ja IF testu izmanto kā galveno skrīninga testu un IF testa rezultāts ir pozitīvs, par otro skrīninga testu izmanto izolāciju, PCR vai FISH testu. Ja IF testu izmanto kā otro skrīninga testu un tā rezultāts ir pozitīvs, lai pabeigtu analīzes, jāveic turpmāka testēšana saskaņā ar testu shēmu.

Piezīme: Izmantot validētus R. solanacearum antivielu ieguves avotus (sk. http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main). Ieteicams noteikt katras jaunas antivielu partijas titru. Titrs tiek definēts kā lielākais atšķaidījums, pie kura panāk optimālu reakciju, testējot suspensiju, kas satur 105 līdz 106 homologa R. solanacearum celma šūnas mililitrā, izmantojot atbilstošu fluoresceīna izotiocianāta (FITC) konjugātu saskaņā ar ražotāja norādījumiem. Validētiem poliklonālajiem imūnserumiem IF titrs nedrīkst būt mazāks par 1:2 000. Testēšanas laikā antivielas jāizmanto kā darba atšķaidījumi, kas tuvi titram, vai vienāds ar to.

Testu veic, izmantojot tikko sagatavotus paraugu ekstraktus. Nepieciešamības gadījumā testu var sekmīgi veikt, izmantojot ekstraktus, kas glabāti –68 līdz –86 °C temperatūrā glicerīna šķīdumā. Glicerīnu no parauga nošķir, pievienojot 1 ml ekstrakta koncentrāta buferšķīduma (4. papildinājums), atkārtoti centrifugējot 15 minūtes ar 7 000 g un atkārtoti suspendējot līdzvērtīgu daudzumu ekstrakta koncentrāta buferšķīduma. Dažkārt tas nav nepieciešams, jo īpaši, ja paraugi ir fiksēti uz priekšmetstikliņiem ar liesmu.

Sagatavot atsevišķus pozitīvās kontroles priekšmetstikliņus homologam celmam vai kādam citam kartupeļu ekstraktā suspendētam references R. solanacearum celmam, kā minēts 3.B papildinājumā, un, ja vajadzīgs, arī buferšķīdumā.

Ja iespējams, kā līdzīgu kontrolparaugu uz tā paša priekšmetstikliņa izmanto dabīgi inficētus audus (kas saglabāti liofilizējot vai sasaldējot –16 līdz –24 °C temperatūrā).

Kā negatīvos kontrolparaugus izmanto tādu paraugu ekstrakta alikvotas, kuras pirms tam uzrādījušas negatīvus testa rezultātus.

Standartizēti pozitīvie un negatīvie kontroles materiāli, kas paredzēti lietošanai šajā testā, ir uzskaitīti 3. papildinājumā.

Izmantot daudzlodziņu priekšmetstikliņus, kuriem, vēlams, būtu 10 lodziņi vismaz 6 mm diametrā.

Testēt kontroles materiālus tāpat kā paraugu(-us).

5.1. Sagatavot testu priekšmetstikliņus pēc vienas no šādām procedūrām

i) Ekstrakta koncentrātam ar samērā nelielām cietes nogulsnēm: ar pipeti pirmajā lodziņā pārnes kartupeļu ekstrakta koncentrāta 1/100 atšķaidījuma (15 µl lodziņam ar 6 mm diametru – lielākiem lodziņiem šo daudzumu proporcionāli palielināt). Pēc tam līdzīgu daudzumu neatšķaidīta ekstrakta koncentrāta (1/1) pārnest rindā atlikušajos lodziņos. Otro rindu var izmantot kā dublikātu vai otram paraugam, kā parādīts 1. att.;

ii) pārējiem ekstrakta koncentrātiem: sagatavot atkārtoti suspendētu ekstrakta koncentrātu decimālatšķaidījumus (1/10, 1/100) ekstrakta koncentrāta buferšķīdumā. Ar pipeti lodziņu rindā pārnes vienādu daudzumu atkārtoti suspendētā ekstrakta koncentrāta (15 µl atbilst lodziņam ar 6 mm diametru – lielākiem lodziņiem šo daudzumu proporcionāli palielināt). Otro rindu var izmantot kā dublikātu vai otram paraugam, kā parādīts 2. att.

5.2. Pilienus nožāvēt apkārtējās vides temperatūrā vai sildot līdz 40–45 °C. Baktēriju šūnas nofiksēt uz priekšmetstikliņa karsējot (15 min 60 °C temperatūrā), apdedzinot ar liesmu, izmantojot 95 % etanolu vai saskaņā ar antivielu piegādātāju īpašiem norādījumiem.

Nepieciešamības gadījumā fiksētos priekšmetstikliņus pirms turpmākas testēšanas var uzglabāt sasaldētā veidā žāvēšanas kastē iespējami īsāku laika posmu (ne vairāk kā 3 mēnešus).

5.3. IF procedūra

i) Sagatavojot testa priekšmetstikliņus atbilstoši 5.1. punkta i) apakšpunktam: sagatavot divkāršu atšķaidījumu komplektu. Pirmajā lodziņā jābūt 1/2 titra (T/2), pārējās – 1/4 titra (T/4), 1/2 titra (T/2), pilnam titram (T) un divkāršam titram (2T);

ii) sagatavojot testa priekšmetstikliņus atbilstoši 5.1. punkta ii) apakšpunktam: sagatavot antivielu darba atšķaidījumu (DA) IF buferšķīdumā. Darba atšķaidījums ietekmē noteikšanas specifiskumu.

1. attēls. Testa priekšmetstikliņa sagatavošana atbilstoši 5.1. punkta i)apakšpunktam un 5.3. punkta i) apakšpunktam

Atkārtoti suspendēta ekstrakta koncentrāta atšķaidījumi 1/100 1/1 1/1 1/1 1/1  Atkārtoti suspendēta ekstrakta koncentrāta atšķaidījums (T = titrs) T/2 T/4 T/2 T 2T  Divkārši imūnseruma/antivielas atšķaidījumi 1. paraugs 1 2 3 4 5 1. parauga dublikāts vai 2. paraugs 6 7 8 9 10





2. attēls. Testa priekšmetstikliņa sagatavošana atbilstoši 5.1. punkta ii) apakšpunktam un 5.3. punkta ii) apakšpunktam

Imūnseruma/antivielas darba atšķaidījumi 1/1 1/10 1/100 tukšs tukšs  Atkārtoti suspendēta ekstrakta koncentrāta decimālatšķaidījums 1. paraugs 1 2 3 4 5 1. parauga dublikāts vai 2. paraugs 6 7 8 9 10

5.3.1. Priekšmetstikliņus salikt uz mitrām papīra salvetēm. Katru testēšanas lodziņu pilnībā pārklāt ar antivielas atšķaidījumu(-iem). Antivielas tilpumam, kas pārnests katrā lodziņā, jābūt vismaz vienādam ar ekstrakta tilpumu.

Ja nav antivielu piegādātāju īpašu norādījumu, jāveic šāda procedūra:

5.3.2. Priekšmetstikliņus iztur uz mitrām salvetēm apsegtā veidā 30 min apkārtējās vides temperatūrā (18–25 °C).

5.3.3. Nokratīt pilienus no katra priekšmetstikliņa un rūpīgi noskalot ar IF buferšķīdumu. Skalo, uz 5 minūtēm iemērcot IF-Tween buferšķīdumā (4. papildinājums) un pēc tam IF buferšķīdumā. Izvairīties no aerosolu veidošanās vai pilienu pārnešanas, kas var izraisīt sasvstarpēju inficēšanos. Uzmanīgi noņem lieko šķidrumu, viegli nosusinot.

5.3.4. Priekšmetstikliņus salikt uz mitrām papīra salvetēm. Nosegt testa lodziņus ar FITC konjugāta atšķaidījumu, ko izmantoja titra noteikšanai. Konjugāta tilpumam, kas uzklāts lodziņiem, jābūt vienādam ar izmantoto antivielu tilpumu.

5.3.5. Priekšmetstikliņus iztur uz mitrām salvetēm apsegtā veidā 30 min apkārtējās vides temperatūrā (18–25 °C).

5.3.6. Nokratīt konjugāta pilienus no priekšmetstikliņa. Pirms tam noskalot un nomazgāt (5.3.3.).

Rūpīgi nosusināt lieko šķidrumu.

5.3.7. Ar pipeti katrā lodziņā pārnest 5–10 µl 0,1 M fosfātbuferēta glicerīna (4. papildinājums) vai tirdzniecībā pieejamas krāsas noturīgumu sekmējošas saistvielas un uzlikt segstikliņu.

5.4. IF testa rezultātu nolasīšana

5.4.1 Testa priekšmetstikliņus pārbaudīt ar epifluorescences mikroskopu, izmantojot filtrus, kas piemēroti darbam ar FITC, ūdens vai eļļas imersijā 500 līdz 1 000 reižu palielinājumā. Lodziņus apskatīt pa diviem diametriem, kas krustojas taisnā leņķī, un pa perimetru. Paraugiem, kuros šūnas neredz vai redzamas nelielā daudzumā, izskatīt vismaz 40 mikroskopa lauciņus.

Vispirms pārbaudīt pozitīvā kontrolparauga priekšmetstikliņu. Šūnām jābūt spilgti fluorescējošām un pilnībā iekrāsotām pie noteiktā antivielu titra vai darba šķīduma. IF tests (VI iedaļas A.5. punkts) jāatkārto, ja krāsojumam ir novirze no normālā.

5.4.2. Pārbaudīt, vai priekšmetstikliņu testa lodziņos ir redzamas spilgtas fluorescējošas šūnas ar R. solanacearum raksturīgo morfoloģiju (sk. http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main). Fluorescences intensitātei jābūt tādai pašai kā pozitīvajam kontroles celmam vienādā antivielu atšķaidījumā. Šūnas ar nepilnīgu iekrāsojumu vai vāju fluorescenci netiek ņemtas vērā.

Tests jāatkārto, ja ir aizdomas par inficēšanos. Tas var būt gadījumā, ja visi attiecīgās partijas priekšmetstikliņi uzrāda inficētas šūnas sakarā ar buferšķīduma inficēšanu, vai ja inficētas šūnas tiek konstatētas uz segstikliņa (ārpus priekšmetstikliņa lodziņiem).

5.4.3. Pastāv vairākas problēmas, kas raksturīgas imunofluorescences testam. Ekstrakta koncentrātā no kartupeļu stolona pamatu vadaudu gabaliem un lakstu segmentiem varētu rasties fluorescences šūnu ar netipisku morfoloģiju fona populācijas un savstarpēji reaģējošas saprofītās baktērijas, kuru izmērs un morfoloģija ir līdzīgi R. solanacearum.

5.4.4. Jāņem vērā tikai raksturīgā izmēra fluorescējošas šūnas ar tipisku morfoloģiju pie antivielu titra vai darba atšķaidījumā, kā noteikts 5.3. punktā.

5.4.5. IF testa nolasījuma interpretācija:

i) ja atrastas spilgti fluorescējošas šūnas ar raksturīgo morfoloģiju, noteikt raksturīgo šūnu vidējo skaitu mikroskopa lauciņā un aprēķināt raksturīgo šūnu skaitu vienā mililitrā atkārtoti suspendēta ekstrakta koncentrāta (5. papildinājums). IF tests ir pozitīvs paraugiem, kuros ir ne mazāk kā 5x103 tipisko šūnu vienā ml atkārtoti suspendēta ekstrakta koncentrāta. Šādu paraugu uzskata par potenciāli inficētu un ir nepieciešama turpmāka testēšana;

ii) IF tests ir negatīvs paraugiem, kuros ir mazāk nekā 5x103 šūnu vienā ml atkārtoti suspendēta ekstrakta koncentrāta, un paraugu uzskata par negatīvu. Turpmāka testēšana nav jāveic.

6. PCR tests

Principi

Ja PCR testu izmanto kā galveno skrīninga testu, un tā rezultāts ir pozitīvs, kā otro obligāto skrīninga testu izmanto izolāciju vai IF testu. Ja PCR testu izmanto par otro skrīninga testu un tā rezultāts ir pozitīvs, lai noteiktu galīgo diagnozi, jāveic turpmāka testēšana saskaņā ar testu shēmu.

Izmantot šo metodi kā galveno skrīninga testu ieteicams tikai pēc tam, kad ir apgūta vajadzīgā pieredze tā izmantošanā.

Piezīme: Iepriekšēja pārbaude ar šo metodi pieļauj reproducējamu noteikšanas jutību 103 līdz 104 R. solanacearum šūnu uz 1 ml; tās pievieno paraugu ekstraktiem, kas iepriekš uzrādījuši negatīvus rezultātus. Var būt nepieciešami optimizācijas eksperimenti, lai visās laboratorijās panāktu maksimālo noteikšanas jutību un specifiskumu.

Izmanto attiecīgi validētus PCR reaģentus un protokolus (sk. 6. papildinājumu). Ieteicams izvēlēties metodi ar iekšējo kontroli.

Izmanto piemērotus piesardzības pasākumus, lai izvairītos no parauga inficēšanas ar mērķa DNS. PCR testu veic pieredzējuši speciālisti īpaši aprīkotās molekulārās bioloģijas laboratorijās, lai samazinātu iespēju inficēt paraugu ar mērķa DNS.

Negatīvie kontrolparaugi (DNS ekstrakcija un PCR) vienmēr jāizmanto kā procedūras galīgie paraugi, lai konstatētu, vai ir notikusi DNS pārnese.

PCR testā jāietver šādi negatīvie kontrolparaugi:

— ekstrakta paraugs, kas pirms tam uzrādījis negatīvu rezultātu attiecībā uz R. solanacearum klātbūtni,

— buferšķīduma kontrolparaugi, kas izmantoti baktērijas un DNS ekstrakcijai no parauga,

— PCR reakcijas maisījums.

Jāiekļauj šādi pozitīvie kontrolparaugi:

— atkārtoti suspendēta ekstrakta koncentrāta alikvotas, kurām pievienota R. solanacearum (sagatavošanu sk. 3. papildinājuma B. punktā),

— no virulenta izolāta iegūta ūdens suspensija ar 106 R. solanacearum šūnām uz 1 ml (piemēram, NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857; sk. 3.B papildinājumu),

— ja iespējams, veicot PCR, izmantot arī DNS, kas iegūta no pozitīvajiem kontrolparaugiem.

Lai izvairītos no iespējamās inficēšanās, pozitīvie kontrolparaugi jāsagatavo atsevišķi no testējamajiem paraugiem.

Paraugu ekstrakti pēc iespējas jāattīra no augsnes. Tādēļ noteiktos gadījumos, ja paredzēts izmantot PCR protokolu, ieteicams sagatavot ekstraktus no mazgātiem kartupeļiem.

Standartizēti pozitīvie un negatīvie kontroles materiāli, kas paredzēti lietošanai šajā testā, ir uzskaitīti 3. papildinājumā.

6.1. DNS attīrīšanas metodes

Izmanto pozitīvos un negatīvos kontrolparaugus, kā iepriekš aprakstīts (sk. 3. papildinājumu).

Testēt kontroles materiālus tāpat kā paraugu(s).

Mērķa DNS attīrīšanai no sarežģītiem paraugu substrātiem ir pieejamas dažādas metodes, tādējādi atdalot PCR un citu fermentatīvo reakciju inhibitorus un parauga ekstraktā koncentrējot mērķa DNS. Lietošanai kopā ar validētajām PCR metodēm, kas aprakstītas 6. papildinājumā, ir optimizētas šādas metodes.

a) Pastrik (2000) metode

1) Ar pipeti pārnest 220 µl lizēšanas buferšķīduma (100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl [pH 8,0], 1 mM EDTA [pH 8,0]) 1,5 ml mikromēģenē.

2) Pievienot 100 µl parauga ekstrakta un uz 10 min ievietot sildīšanas blokā vai ūdens vannā 95 °C temperatūrā.

3) Mēģeni 5 min ievietot ledū.

4) Pievienot 80 µl lizocīma rezerves šķīduma (50 mg lizocīma uz 1 ml 10 mM Tris HCl, pH 8,0) un 30 min inkubēt 37 °C temperatūrā.

5) Pievienot 220 µl Easy DNA ® A šķīduma (Invitrogen), labi samaisīt un 30 min inkubēt 65 °C temperatūrā.

6) Pievienot 100 µl Easy DNA ® B šķīduma (Invitrogen), spēcīgi samaisīt vorteksā, līdz paraugs kļūst viendabīgi viskozs.

7) Pievienot 500 µl hloroforma un maisīt līdz viskozitāte samazinās un maisījums kļūst viendabīgs.

8) Centrifugēt 20 min 4 °C temperatūrā pie 15 000 g, lai atdalītu fāzes un veidotu starpfāzi.

9) Pārnest virsējo fāzi tīrā mikromēģenē.

10) Pievienot 1 ml 100 % etanola (–20 °C), samaisīt un 10 min turēt ledū.

11) Centrifugēt 20 min 4 °C temperatūrā pie 15 000 g un atdalīt etanolu no ekstrakta koncentrāta.

12) Pievienot 500 µl 80 % etanola (–20 °C) un maisīt, mēģeni apvēršot.

13) Centrifugēt 10 min 4 °C temperatūrā pie 15 000 g, saglabāt ekstrakta koncentrātu un atdalīt etanolu.

14) Ļaut ekstrakta koncentrātam izžūt apkārtējā vidē vai DNS vakuumžāvētājā.

15) Atkārtoti suspendēt ekstrakta koncentrātu 100 µl sterila ultratīra ūdens (UPW) un vismaz 20 min atstāt istabas temperatūrā.

16) Līdz izmantošanai PCR glabāt –20 °C temperatūrā.

17) Centrifugējot atdalīt baltas nogulsnes, ja tādas ir, un PCR izmantot 5 µl virsējā dzidrā slāņa šķīduma, kas satur DNS.

b) Citas metodes

Citas DNS ekstrakcijas metodes, piemēram, Qiagen DNeasy Plant Kit, var piemērot ar nosacījumu, ka ir pierādīta to līdzvērtīga efektivitāte DNS attīrīšanā no kontrolparaugiem, kas 1 ml satur 103 līdz 104 patogēnās baktērijas.

6.2. PCR

6.2.1. Sagatavot PCR testa un kontroles testa veidnes saskaņā ar apstiprinātajiem protokoliem (VI iedaļas A.6. punkts). Sagatavot vienu parauga DNS ekstrakta decimālatšķaidījumu (1:10 ultratīrā ūdenī).

6.2.2. Saskaņā ar publicētajiem protokoliem sagatavot atbilstošu PCR maisījumu vidē, kurā nevar notikt inficēšanās (6. papildinājums). Ja iespējams, ieteicams lietot daudzkārtējas PCR protokolu, kas ietver arī PCR iekšējo kontroli.

6.2.3. Pievienot 2–5 µl DNS ekstrakta uz 25 µl PCR reakcijas sterilās PCR mēģenēs saskaņā ar PCR protokoliem (sk. 6. papildinājumu).

6.2.4. Pievienot negatīvo kontrolparaugu, kas satur tikai PCR reakcijas maisījumu, un pievienot tās pašas izcelsmes ultratīru ūdeni, kāds tika izmantots PCR maisījumā parauga vietā.

6.2.5. Mēģenes ievietot tajā pašā termokamerā, ko izmantoja iepriekšējai orientējošai pārbaudei, un īstenot attiecīgi optimizētu PCR programmu (6. papildinājums).

6.3. PCR produkta analīze

6.3.1. Sadalīt PCR amplikonus ar agarozes gela elektroforēzi. Elektroforēzi izdara ar 5–8 V/cm vismaz 12 µl DNS pavairošanas reakcijas maisījuma no katra parauga, kas sajaukts ar 3 µl balasta buferšķīduma (6. papildinājums) 2,0 % (m/v) agarozes gelā tris-actetāt-EDTA (TAE) buferšķīdumā (6. papildinājums). Izmantot atbilstošu DNS marķieri, piemēram, 100 bp ladder.

6.3.2. Atklāt DNS joslas, 30–60 min krāsojot ar etīdija bromīdu (0,5 mg/l), darbā ar šo mutagēno vielu ievērojot atbilstošus piesardzības pasākumus.

6.3.3. Krāsotajā gelā ar īsviļņu UV diafanoskopiju (piemēram, λ = 302 nm) novēro pavairotos PCR produktus, kuru izmērs atbilst paredzētajam (6. papildinājums), procesu dokumentē.

6.3.4. Attiecībā uz visiem jaunajiem atradumiem/gadījumiem salīdzināt PCR amplikona autentiskumu, veicot fermentatīvu restrikcijas analīzi ar atlikušo pavairoto DNS paraugu, to optimālu laiku optimālā temperatūrā inkubējot ar atbilstošu fermentu un buferšķīdumu (sk. 6. papildinājumu). Identificēt fragmentus, kas sašķelti agarozes gela elektroforēzē, pēc iepriekš norādītās metodes un pēc krāsošanas ar etīdija bromīdu novērot restrikcijas fragmentu raksturīgo izvietojumu, izmantojot UV diafanoskopiju. Salīdzināt pozitīvās liecības pirms šķelšanas reakcijas un pēc tās.

PCR testa rezultātu interpretācija

PCR testa rezultāts ir negatīvs, ja R. solanacearum raksturīgais paredzamā izmēra PCR amplikons attiecīgajā paraugā netiek konstatēts, bet to konstatē visos pozitīvajos kontrolparaugos (daudzkārtējas PCR gadījumā ar augiem raksturīgiem iekšējās kontroles praimeriem: otrais paredzamā izmēra PCR produkts jāpavairo ar attiecīgo paraugu).

PCR testa rezultāts ir pozitīvs, ja tiek konstatēts īpašais R. solanacearum paredzamā izmēra PCR amplikons ar raksturīgo izvietojumu pēc restrikcijas (vajadzības gadījumā), ar nosacījumu, ka tas nav iegūts no kāda no negatīvajiem kontrolparaugiem. Ticamu pozitīva rezultāta apstiprinājumu var iegūt arī, atkārtojot testu ar otru PCR praimeru komplektu (6. papildinājums).

Piezīme: Var rasties aizdomas par PCR traucējumiem, ja paredzamais amplikons ir iegūts no pozitīvā kontroparauga, kas satur R. solanacearum ūdenī, bet pozitīvie R. solanacearum kontrolparaugi kartupeļu ekstraktā uzrāda negatīvus rezultātus. Daudzkārtējas PCR protokolos, kuri ietver PCR kontroles testus, uz reakcijas traucējumiem norāda tas, ka neviens no abiem amplikoniem netiek iegūts.

Aizdomas par inficēšanos var rasties, ja paredzamais amplikons ir iegūts no viena vai vairākiem negatīvajiem kontrolparaugiem.

7. FISH tests

Princips

Ja FISH testu izmanto kā pirmo skrīninga testu, un tā rezultāts ir pozitīvs, par otro obligāto skrīninga testu izmanto izolāciju vai IF testu. Ja FISH testu izmanto kā otro skrīninga testu un tā rezultāts ir pozitīvs, lai noteiktu galīgo diagnozi, jāveic turpmāka testēšana saskaņā ar testu shēmu.

Piezīme: Izmantot validētas īpašās R. solanacearum oligozondes (7. papildinājums). Iepriekšējai orientējošai pārbaudei ar šo metodi jānodrošina reproducējama noteikšana 103–104 R. solanacearum šūnu vienā ml, kas pievienotas paraugu ekstraktiem, kuri pirms tam uzrādījuši negatīvus rezultātus.

Turpmāk aprakstīto procedūru ieteicams veikt ar tikko sagatavota ekstrakta paraugu, bet to var sekmīgi izmantot arī tādu ekstrakta paraugu testēšanai, kas glabāti glicerīnā –16 līdz –24 °C vai –68 līdz –86 ° temperatūrā.

Par negatīvo kontroli izmanto ekstrakta parauga alikvotu, kas pirms tam ir uzrādījusi negatīvu rezultātu attiecībā uz R. solanacearum klātbūtni.

Kā pozitīvos kontrolparaugus sagatavo suspensijas, kuras satur 105 līdz 106 R. solanacearum 2. biovar šūnas (piemēram, NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857 celms, sk. 3. papildinājumu) 1 mililitrā 0,01 M fosfāta buferšķīduma (FB), izmantojot 3–5 dienu uzsējumus. Sagatavot atsevišķus pozitīvo kontrolparaugu priekšmetstikliņus kartupeļu ekstraktā suspendētiem homologiem celmiem vai kādiem citiem R. solanacearum references celmiem, kā minēts 3. papildinājuma B. punktā.

FITC marķētās eubaktēriju oligozondes izmantošana paredz hibridizācijas procesa kontroli, jo tā iekrāso visas paraugā esošās eubaktērijas.

Standartizētie pozitīvās un negatīvās kontroles materiāli, kas paredzēti lietošanai šajā testā, norādīti 3. papildinājuma A. punktā.

Kontroles materiālus testē tāpat kā paraugu(-us).

7.1. Kartupeļu ekstrakta fiksēšana

Turpmāk minētais protokols ir balstīts uz Wullings et al. (1998).

7.1.1. Sagatavot fiksējošo šķīdumu (sk. 7. papildinājumu).

7.1.2. Ar pipeti pārnes 100 µl katra ekstrakta parauga mikromēģenē un 7 min centrifugē ar 7 000 g.

7.1.3. Atdala augšējo dzidro slāni un ekstrakta koncentrātu izšķīdina 200 µl fiksatora, kas sagatavots < 24 stundas pirms tam. Samaisa un 1 stundu iztur ledusskapī.

7.1.4. Centrifugē 7 min pie 7 000 g, atdala augšējo dzidro slāni un ekstrakta koncentrātu atkārtoti suspendē 75 µl 0,01M FB (sk. 7. papildinājumu).

7.1.5. Pārnes 16 µl fiksētās suspensijas uz tīra, daudzkārt izmantojama priekšmetstikliņa, kā parādīts 7.1. attēlā. Uz katra priekšmetstikliņa pārnes 2 dažādus neatšķaidītus paraugus, un izmanto 10 µl, lai sagatavotu 1:100 atšķaidījumu (0,01 M). Atlikušo parauga šķīdumu (49 µl) var glabāt –20 °C temperatūrā, pievienojot 1 tilpuma vienību 96 % etanola. Gadījumā, ja FISH pārbaudei nepieciešama atkārtota procedūra, etanolu atdala centrifugējot, un pievieno tādu pašu daudzumu 0,01 M (sajauc ar vorteksu).

7.1. attēls. FISH priekšmetstikliņa izkārtojums.

1. paraugs Tukšs Tukšs Tukšs 2. paraugs 1. lodziņš 2. lodziņš 3. lodziņš 4. lodziņš 5. lodziņš 1. paraugs Tukšs Tukšs Tukšs 2. paraugs 6. lodziņš 7. lodziņš 8. lodziņš 9. lodziņš 10. lodziņš 1. segstikliņš 2. segstikliņš

7.1.6. Ļaut priekšmetstikliņiem nožūt (vai žāvēt uz priekšmetstikliņu žāvētāja 37 °C temperatūrā) un fiksēt ar liesmu.

Šajā posmā procedūru var pārtraukt un hibridizāciju turpināt nākamajā dienā. Priekšmetstikliņi jāglabā istabas temperatūrā sausā, no putekļiem tīrā telpā.

7.2. Hibridizācija

7.2.1. Šūnas dehidratēt, 1 min secīgi iemērcot 50 %, 80 % un 96 % etanolā. Ļaut priekšmetstikliņiem nožūt priekšmetstikliņu statīvā.

7.2.2. Sagatavot mitro inkubācijas kameru, izklājot hermētiskas kastes pamatu ar salveti vai filtrpapīru, kas iemērkts 1X hibrīdšķīdumā (7. papildinājums). Sagatavot kasti inkubācijai, vismaz uz 10 min ievietojot hibridizācijas žāvēšanas skapī 45 °C temperatūrā.

7.2.3. Uzklāt 10 μl hibridizācijas šķīduma (7. papildinājums) katra priekšmetstikliņa 8 lodziņiem (1., 2., 4., 5., 6., 7., 9. un 10. lodziņam; sk. 7.1. attēlu), divus lodziņus centrā atstājot tukšus (3. un 8.).

7.2.4. Uzlikt segstikliņus (24 x 24 mm) pirmajiem un pēdējiem 4 lodziņiem, izspiežot gaisu. Novietot priekšmetstikliņus hibridizācijai iepriekš uzsildītā mitruma kamerā uz 5 stundām 45 °C temperatūrā tumsā.

7.2.5. Sagatavot 3 vārglāzes, kurās ir 1 l Milli Q (molekulāras tīrības klases) ūdens, 1 l 1X hibridizācijas maisījuma (334 ml 3X hibridizācijas maisījuma un 666 ml Milli Q ūdens) un 1 l 1/8X hibridizācijas maisījuma (42 ml 3X hibrizācijas dmaisījuma un 958 ml Milli Q ūdens). Katru no tām sagatavot inkubācijai ūdens vannā 45 °C temperatūrā.

7.2.6. No priekšmetstikliņiem noņemt segstikliņus un novietot priekšmetstikliņu statīvā.

7.2.7. Noskalot lieko parauga daudzumu, 15 min izturot vārglāzē ar 1X hibridizācijas maisījuma 45 °C temperatūrā.

7.2.8. Ievietot priekšmetstikliņu statīvu 1/8X hibridizācijas maisījuma mazgāšanas šķīdumā un izturēt vēl 15 min.

7.2.9. Uz īsu brīdi iemērkt priekšmetstikliņus Milli Q ūdenī un novietot tos uz filtrpapīra. Nosusināt lieko mitrumu virsmu, uzmanīgi pārsedzot ar filtrpapīru. Katrā lodziņā pārnest 5–10 μl krāsojuma noturīgumu sekmējošas histoloģiska šķīduma (piemēram, Vectashield, Vecta Laboratories, Kanāda, ASV vai līdzvērtīga šķīduma) un visu priekšmetstikliņu pārsegt ar lielo segstikliņu (24 x 60 mm).

7.3. FISH testa rezultātu nolasīšana

7.3.1. Nekavējoties izskatīt imersijas eļļā priekšmetstikliņus ar epifluorescences mikroskopu 630 vai 1 000 reižu palielinājumā. Ar filtru, kas piemērots fluoresceīna izotiocianātam (FITC) eubaktēriju šūnas (tostarp izteiktākās gramnegatīvās šūnas) paraugā iekrāsojas fluorescējoši zaļā krāsā. Izmantojot tetrametilrodamīna 5-izotiocianāta filtru, Cy3 iekrāsotās R. solanacearum šūnas izskatās fluorescējoši sarkanas. Salīdzināt šūnu morfoloģiju ar pozitīvo kontrolparaugu morfoloģiju. Šūnām jābūt spilgti luminiscējošām un pilnībā iekrāsotām. FISH tests (VI iedaļas A.7. punkts) jāatkārto, ja krāsojumam ir novirze no normālā. Lodziņus apskatīt pa diviem diametriem, kas krustojas taisnā leņķī, un pa perimetru. Attiecībā uz paraugiem, kuri uzrāda nelielu daudzumu šūnu, izskatīt vismaz 40 mikroskopa lauciņus.

7.3.2. Pārbaudīt, vai priekšmetstikliņu testa lodziņos ir redzamas spilgtas fluorescējošas šūnas ar R. solanacearum raksturīgo morfoloģiju (sk. vietnē http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main). Fluorescences intensitātei jābūt tādai pašai kā pozitīvajam kontroles celmam vai intensīvākai. Šūnas ar nepilnīgu iekrāsojumu vai vāju fluorescenci netiek ņemtas vērā.

7.3.3. Ja ir aizdomas par inficēšanos, tests jāatkārto. Tas var būt gadījumā, ja visi attiecīgās partijas priekšmetstikliņi uzrāda inficētas šūnas sakarā ar buferšķīduma inficēšanu, vai ja inficētas šūnas tiek konstatētas uz segstikliņa (ārpus priekšmetstikliņa lodziņiem).

7.3.4. Pastāv vairākas problēmas, kas raksturīgas FISH testam. Ekstraktos no kartupeļu stolona pamatnēm un lakstu segmentiem varētu rasties netipiskas morfoloģijas fluorescences šūnu fona populācijas un savstarpēji reaģējošas saprofītās baktērijas, kuru izmērs un morfoloģija ir līdzīgi R. solanacearum, taču tas notiek daudz retāk nekā veicot IF testu.

7.3.5. Jāņem vērā tikai fluorescējošas šūnas ar tipisku morfoloģiju un raksturīgo izmēru.

7.3.6. FISH testa rezultātu interpretācija

i) Derīgus FISH testa rezultātus iegūst, ja visos pozitīvajos kontrolparaugos, izmantojot FITC filtru, konstatē koši zaļas fluorescējošas šūnas ar R. solanacearum raksturīgo izmēru un morfoloģiju, un, izmantojot rodamīna filtru, konstatē sarkanas fluorescējošas šūnas, un tās netiek konstatētas nevienā negatīvajā kontrolparaugā. Ja ir atrastas spilgti fluorescējošas šūnas ar raksturīgo morfoloģiju, noteikt raksturīgo šūnu vidējo skaitu mikroskopa lauciņā un aprēķināt raksturīgo šūnu skaitu vienā mililitrā atkārtoti suspendēta ekstrakta koncentrāta (4. papildinājums). Paraugus, kuros konstatē vairāk nekā 5 x 103 tipisko šūnu 1 ml atkārtoti suspendēta ekstrakta koncentrāta, uzskata par potenciāli inficētiem. Nepieciešama turpmāka testēšana. Paraugus, kuros konstatē mazāk kā 5 x 103 tipisko šūnu 1 ml atkārtoti suspendēta ekstrakta koncentrāta, uzskata par neinficētiem.

ii) FISH testa rezultāts ir negatīvs, ja, izmantojot rodamīna filtru, netiek konstatētas koši sarkanas fluorescējošas šūnas ar R. solanacearum raksturīgo izmēru un morfoloģiju, ar nosacījumu, ka raksturīgās koši sarkanās fluorescējošās šūnas konstatē pozitīvajos kontrolparaugos, izmantojot rodamīna filtru.

8. ELISA tests

Princips

ELISA testu var izmantot tikai kā izvēles testu papildus IF, PCR vai FISH testam, jo tā precizitāte ir relatīvi zema. Ja izmanto DASI ELISA, bagātināšana un monoklonālo antivielu izmantošana ir obligāta (sk. tīmekļa vietnē http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main). Testa paraugu bagātināšana pirms ELISA testa var būt noderīga, lai paaugstinātu testa jutību, bet tas var neizdoties citu paraugā esošo organismu konkurences dēļ.

Piezīme: Izmantot validētus R. solanacearum antivielu ieguves avotus (sk. http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main). Ieteicams noteikt titru katrai jaunai antivielu partijai. Titrs tiek definēts kā vislielākais atšķaidījums, pie kura panāk optimālu reakciju, testējot suspensiju, kas satur 105 līdz 106 homologa R. solanacearum celma šūnas mililitrā, izmantojot atbilstošus sekundāro antivielu konjugātus saskaņā ar ražotāja norādījumiem. Testa laikā antivielas izmanto darba atšķaidījumā, kas ir tuvs vai vienāds ar tirdzniecībā esošā sastāva titru.

Nosaka antivielu titru suspensijā, kas satur 105 līdz 106 R. solanacearum homologā celma šūnas uz mililitru.

Izmanto ekstrakta paraugu, kas pirms tam ir uzrādījis negatīvu rezultātu attiecībā uz R. solanacearum klātbūtni, un kā negatīvo kontrolparaugu izmanto savstarpēji nereaģējošas baktērijas suspensiju fosfāta buferšķīdumā (PBS).

Par pozitīvo kontroli izmanto alikvotas no parauga ekstrakta, kas pirms tam ir uzrādījis negatīvus rezultātus, kuram piejauc 105 līdz 106 R. solanacearum 2. biovar šūnas mililitrā (piemēram, NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857 celms, sk. 2. papildinājuma. A un B). Rezultātu salīdzināšanai uz katras plates izmanto standarta suspensiju, kas satur 105-106 R. solanacearum PBS šūnas mililitrā. Nodrošina, ka pozitīvie kontrolparaugi uz mikrotitra plates tiek pienācīgi nošķirti no testējamiem paraugiem.

Standartizēti pozitīvie un negatīvie kontroles materiāli, kas paredzēti lietošanai šajā testā, norādīti 3. papildinājuma A punktā.

Testēt kontroles materiālus tāpat kā paraugu(-us).

Ir validēti divi ELISA protokoli:

a) Netiešais ELISA tests (Robinson-Smith et al., 1995.)

1) Izmanto 100–200 µl parauga ekstrakta alikvotas. (Karsēšana 100 °C temperatūrā 4 min ūdens vannā vai sildīšanas blokā dažos gadījumos var samazināt nespecifisko rezultātu skaitu).

2) Pievieno tādu pašu daudzumu divkāršā pārklāšanas buferšķīduma (4. papildinājums) un samaisa.

3) Katrā no vismaz 2 iedobēm uz mikrotitru plates (piemēram Nunc-Polysorp, vai līdzvērtīga) pievienot 100 µl alikvotu un 1 stundu inkubēt 37 °C temperatūrā vai atstāt līdz nākamajai dienai 4 °C temperatūrā.

4) Izkratīt ekstraktu no padziļinājumiem. Padziļinājumus trīs reizes izskalot ar Tween buferšķīdumu (4. papildinājums), pēdējās mazgāšanas reizes šķīdumu atstājot padziļinājumos vismaz 5 min.

5) Sagatavot piemērotu imūnseruma atšķaidījumu pret R. solanacearum bloķējošā buferšķīdumā (4. papildinājums). Attiecībā uz validētām tirdzniecībā esošajām antivielām, izmanto ieteicamos atšķaidījumus (parasti divreiz koncentrētākus nekā titrs).

6) Katrā padziļinājumā pievieno 100 µl un 1 stundu inkubē 37 °C temperatūrā.

7) Izkrata antivielu šķīdumu no padziļinājumiem un nomazgā tāpat kā iepriekš (4. punkts).

8) Sagatavo sekundārās antivielas bāziskās fosfatāzes konjugāta vajadzīgo atšķaidījumu bloķējošā buferšķīdumā. Katrā padziļinājumā pievieno 100 µl un 1 stundu inkubē 37 °C temperatūrā.

9) Izkrata konjugēto antivielu no padziļinājumiem un skalo tāpat kā iepriekš (4. punkts).

10) Katrā padziļinājumā pievieno 100 µl bāziskā fosfatāzes substrāta šķīduma (4. papildinājums). Inkubē tumsā apkārtējās vides temperatūrā un nolasa absorbciju pie 405 nm pēc regulāriem laika intervāliem 90 min laikā.

b) DASI ELISA

1) Sagatavo atbilstošu anti-R. solanacearum poliklonālā imunoglobulīna atšķaidījumu pārklājuma buferšķīdumā pH 9,6 (4. papildinājums). Katrā padziļinājumā pārnes 200 µl. Inkubē 4–5 stundas 37 °C temperatūrā vai 16 stundas 4 °C temperatūrā.

2) Trīs reizes skalo padziļinājumus ar PBS Tween (4. papildinājums). Vismaz 2 padziļinājumos pārnes 190 µl parauga ekstrakta. Katrā platē divos padziļinājumos pārnes arī pozitīvos un negatīvos kontrolparaugus. Iztur 16 stundas 4 °C temperatūrā.

3) Trīs reizes skalo padziļinājumus ar PBS Tween (4. papildinājums).

4) Sagatavo atbilstošu R. solanacearum raksturīgo monoklonālo antivielu atšķaidījumu PBS (4. papildinājums), kas satur arī 0,5 % liellopu seruma albumīna (BSA) un katrā padziļinājumā pārnes 190 µl. Inkubē 2 stundas 37 °C temperatūrā.

5) Trīs reizes skalo padziļinājumus ar PBS Tween (4. papildinājums).

6) Sagatavo atbilstošu atšķaidījumu pretpeļu imunoglobulīnam, kas konjugēts ar bāzisko fosfatāzi buferšķīdumā. Katrā padziļinājumā pārnes 190 µl. Inkubē 2 stundas 37 °C temperatūrā.

7) Trīs reizes skalo padziļinājumus ar PBS Tween (4. papildinājums).

8) Sagatavo bāziskās fosfatāzes substrāta šķīdumu, kas satur 1 mg p-ntrofenilfosfāta 1 ml substrāta buferšķīduma (4. papildinājums). Katrā padziļinājumā pārnes 200 µl. Inkubē tumsā apkārtējās vides temperatūrā un nolasa absorbciju pie 40 nm pēc regulāriem laika intervāliem 90 min laikā.

ELISA testa rezultātu interpretācija

ELISA tests ir negatīvs, ja dublikātu paraugu vidējais optiskais blīvums (OD) ir mazāks par divkāršu negatīvo ekstrakta kontrolparaugu optisko blīvumu padziļinājumos (< 2 × OD), ja pozitīvie kontrolparaugi uzrāda rezultātu, kas lielāks par 1,0 (pēc 90 minūšu inkubēšanas ar substrātu) un kas pārsniedz negatīvo paraugu ekstraktu divkāršotu optiskā blīvuma vērtību.

ELISA tests ir pozitīvs, ja dublikātu paraugu vidējais optiskais blīvums (OD) ir lielāks par divkāršu negatīvo ekstrakta kontrolparaugu optisko blīvumu padziļinājumos (> 2 × OD), ja OD nolasījumi visos negatīvo kontrolparaugu padziļinājumos ir vairāk nekā divas reizes mazāki (< 2 ×) par pozitīvo kontrolparaugu optisko blīvumu.

Negatīvi ELISA nolasījumi pozitīvās kontroles padziļinājumos norāda, ka tests nav veikts pareizi vai tas ir inhibēts. Pozitīvi ELISA nolasījumi negatīvās kontroles padziļinājumos norāda uz savstarpēju inficēšanos vai uz to, ka ir parādījusies nespecifiska antiviela.

9. Biopatogenitātes tests

Piezīme: Iepriekšējā orientējošā pārbaudē ar šo metodi iespējams iegūt reproducējamu rezultātu, nosakot 103 līdz 104 kolonijas veidojošu R. solanacearum vienību uz 1 ml, tās pievienojot paraugu ekstraktiem, kas iepriekš uzrādījuši negatīvus rezultātus (sagatavošanu sk. 3. papildinājumā).

Visaugstākā noteikšanas jutība sagaidāma, izmantojot tikko sagatavotu paraugu ekstraktu un nodrošinot optimālus attīstības apstākļus. Tomēr šo metodi var veiksmīgi izmantot arī ekstraktiem, kas ir glabāti glicerīnā –68 līdz –86 °C temperatūrā.

Turpmāk minētais protokols ir balstīts uz Janse (1988).

9.1. Izmantot pret slimību ieņēmīgu šķirņu tomātu 10 testējamos augus (piemēram, Moneymaker vai šķirni, kas saskaņā ar laboratorijas atzinumu ir tikpat uzņēmīga pret slimību), no kuriem visi paraugi ir trešās īstās lapas fāzē. Audzēšanas sīku aprakstu sk. 8. papildinājumā. Alternatīvi var izmantot baklažānu augus (Black Beauty vai šķirni, kas ir tikpat ieņēmīga pret slimību), izmanto tikai augus, kuri ir 2.–3. lapas fāzē līdz pat trešā lapa pilnībā attīstījusies. Pierādīts, ka baklažānu augos simptomi ir mazāk izteikti un attīstās lēnāk. Tādēļ, ja tas ir iespējams, ieteicams izmantot tomātu stādus.

Starp testējamajiem augiem sadalīt 100 µl parauga ekstrakta.

9.2.1. Inokulācija ar šļirci

Augu stublājus inokulēt uzreiz virs dīgļlapām, izmantojot šļirci ar adatu zemādas injekcijām (ne mazāku par 23G). Sadalīt paraugu starp testējamiem augiem.

9.2.2. Inokulācija ar šķēlumu

Pieturot augu ar diviem pirkstiem, uz stublāja starp dīgļlapām un pirmo lapu ar pipeti ievadīt vienu pilienu suspendēta ekstrakta koncentrāta (apmēram 5–10 µl).

Ar sterilu skalpeli izdarīt aptuveni 1,0 cm garu diagonālu griezumu, kura dziļums ir apmēram 2/3 no stublāja diametra, griezienu sākot no ekstrakta koncentrāta piliena punkta.

Cieši noslēgt griezumu ar sterilu vazelīnu no šļirces.

9.3. Ar tādu pašu paņēmienu kā pozitīvo kontrolparaugu inokulēt piecus stādus ar 48 stundas izturētu R. Solanacearum biovar 2 virulenta celma ūdens suspensiju, kura satur 105 līdz 106 šūnas vienā mililitrā, un kā negatīvo kontrolparaugu inokulēt ar ekstrakta koncentrāta buferšķīdumu. Nodalīt pozitīvo un negatīvo kontrolparaugu augus no citiem augiem, lai novērstu savstarpēju inficēšanos.

9.4. Audzēt testējamos augus karantīnas apstākļos ne ilgāk kā četras nedēļas 25–30 °C temperatūrā un augsta relatīvā mitruma apstākļos, ik dienas aplaistot, lai novērstu ūdens izsīkšanu vai auga novīšanu ūdens trūkuma dēļ. Lai izvairītos no savstarpējas inficēšanās, pozitīvās un negatīvās kontroles augus audzē pilnībā atdalītās siltumnīcas dobēs vai audzēšanas kamerās, vai, ja nepietiek vietas, stingri nodalot to apstrādes laikus. Ja augi dažādiem paraugiem ir jāaudzē cieši blakus, atdalīt tos ar atbilstošiem aizslietņiem. Mēslojot, laistot, pārbaudot un veicot citas darbības, jāievēro piesardzība, lai neizraisītu savstarpēju inficēšanos. Ir ļoti svarīgi, lai siltumnīcās nebūtu kaitēkļu, jo tie var pārnest baktērijas no viena auga un citu.

Novērot, vai neparādās vīte, epinastija, hloroze un/vai aizkavēšanās augšanā.

9.5. Izolēt no inficētajiem augiem (II iedaļas 3. punkts) un identificēt R. solanacearum iespējamās tīrkultūras (VI iedaļas B punkts).

9.6. Ja pēc trim nedēļām nav novēroti simptomi, jāveic IF/PCR/izolācijas tests, izmantojot apvienotu paraugu, kas sastāv no 1 cm gariem stumbra posmiem, kuri no katra testa auga ņemti virs inokulācijas vietas. Ja testa rezultāts ir pozitīvs, veic atšķaidījuma uzsējumu (4.1. iedaļa).

9.7. Identificē iespējamās R. solanacearum tīrkultūras (VI iedaļas B punkts).

Biopatogenitātes testa rezultātu interpretēšana

Derīgus biopatogenitātes testa rezultātus iegūst, ja, pozitīvo kontrolparaugu augiem konstatējot tipiskus simptomus, baktērijas var atkārtoti izolēt no šiem augiem un negatīvajos kontrolparaugos simptomus nekonstatē.

Biopatogenitātes testa rezultāts ir negatīvs, ja testējamie augi nav inficēti ar R. solanacearum, ar noteikumu, ka R. solanacearum parādās pozitīvajā kontrolparaugā.

Biopatogenitātes testa rezultāts ir pozitīvs, ja testa augi ir inficēti ar R. solanacearum.

B. IDENTIFIKĀCIJAS TESTI

Identificē iespējamās R. solanacearum izolātu tīrkultūras, izmantojot vismaz divus no minētajiem testiem, kas balstīti uz atšķirīgiem bioloģiskajiem principiem.

Attiecīgā gadījumā iekļaut zināmus references celmus katram veiktajam testam (sk. 3. papildinājumu).

1. Barības vielu un fermentu identifikācijas testi

Noteikt šādas fenotipiskās pazīmes, kas parasti ir vai nav konstatējamas R. solanacearum, saskaņā ar Lelliot un Stead (1987), Klement et al. (1990), Schaad (2001)

Tests Paredzamais rezultāts Fluorescējošu pigmentu veidošanās – Poli-β-hidroksibutirāta ieslēgumi + Oksidācijas/fermentācijas (O/F) tests O+/F– Katalāzes tests + Kovaka (Kovac’s) oksidāzes tests + Nitrātu reducēšana + Citrātu izmantošana + Pieaugums 40 °C temperatūrā – Augšana 1 % NaCl + Augšana 2 % NaCl – Arginīna dihidrolāzes pārbaude – Želatīna sašķidrināšana – Cietes hidrolīze – Eskulīna hidrolīze – Levāna veidošanās –

2. IF tests

2.1. Sagatavot suspensiju IF buferšķīdumā, kurā ir aptuveni 106 šūnu vienā ml (4. papildinājums).

2.2. Sagatavot atbilstoša imūnseruma divkārša atšķaidījuma sērijas (sk. vietnē http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).

2.3. Veikt IF procedūru (VI iedaļas A.5. punkts).

2.4. IF testa rezultāts ir pozitīvs, ja IF kultūras titrs ir vienāds ar pozitīvā kontrolparauga titru.

3. ELISA tests

Piezīme: Ja veic tikai divus identifikācijas testus, papildus šai metodei neizmanto citu seroloģisko testu.

3.1. Sagatavot suspensiju, kurā ir aptuveni 108 šūnas uz ml 1X buferšķīduma (4. papildinājums).

3.2. Veikt R. solanacearum atbilstošu ELISA procedūru ar īpašu monoklonālo antivielu.

3.3. ELISA testa rezultāts ir pozitīvs, ja ELISA nolasījums, kas iegūts no uzsējuma, nav mazāks par pusi no pozitīvā kontrolparauga nolasījuma.

4. PCR tests

4.1. Sagatavot suspensiju molekulāras tīrības klases sterilā ūdenī, kurā ir aptuveni 106 šūnu vienā ml.

4.2. 100 µl šūnu suspensijas slēgtās mēģenēs 4 min termokamerā vai verdoša ūdens vannā karsēt 100 °C temperatūrā. Tad paraugus var glabāt –16 līdz –24 °C temperatūrā, līdz tie ir nepieciešami.

4.3. Veikt atbilstošās PCR procedūras, lai pavairotu raksturīgos amplikonus (piemēram, Seal et.al. (1993), Pastrik un Maiss, (2000), Pastrik et al. (2002); Boudazin et al. (1999), Opina et al. (1997), Weller et.al. (1999).

4.4. R. solanacearum identifikācija ir pozitīva, ja PCR amplikoniem ir tādi paši restrikcijas fragmentu garuma polimorfismi un amplikoni ir vienādi pēc izmēra ar pozitīvā kontrolparauga celmu.

5. FISH tests

5.1. Ultratīrā ūdenī sagatavot suspensiju, kurā ir aptuveni 106 šūnu vienā ml.

5.2. Veikt FISH procedūru (VI iedaļas A.7. punkts), kurā ir vismaz divas R. solanacearum raksturīgās oligozondes (7. papildinājums).

5.3. FISH testa rezultāts ir pozitīvs, ja uzsējuma un pozitīvā kontrolparauga reakcijas ir vienādas.

6. Taukskābju sastāva profilēšana (FAP)

6.1. Kultūru audzēt 28 °C temperatūrā 48 stundas uz triptāzes sojas agara (Oxoid).

6.2. Izmantot atbilstošu FAP procedūru (Janse, 1991; Stead, 1992).

6.3. FAP testa rezultāts ir pozitīvs, ja iespējamās kultūras profils ir vienāds ar pozitīvā kontrolparauga profilu. Ralstonia sp. raksturīgās taukskābes ir 14:0 3OH, 16:0 2OH, 16:1 2OH un 18:1 2OH, turklāt Ralstonia sp. ļoti raksturīgs ir 16:0 3OH trūkums.

7. Celma raksturojuma metodes

Celma raksturojums, izmantojot vienu no zemāk aprakstītajām metodēm, ir ieteicams katrā jaunā R. solanacearum izolācijas gadījumā.

Ja vajadzīgs, iekļaut zināmus references celmus katram veiktajam testam (sk. 3. papildinājumu).

7.1. Biovara noteikšana

R. solanacearum tiek sadalīts biovaros, pamatojoties uz spēju izmantot un/vai oksidēt trīs disaharīdus un trīs heksozes spirtus (Hayward, 1964, un Hayward et al., 1990). Biovara testa augšanas barotne ir aprakstīta 2. papildinājumā. Šajā testā var barotni inokulēt ar R. solanacearum izolāta tīrkultūru un inkubēt 28 °C temperatūrā. Ja barotni sadala pa 96 sterilām šūnu kultivēšanas plātnēm ar padziļinājumiem (200 µl katrā padziļinājumā), uz testa pozitīvu iznākumu norāda krāsas maiņa no olīvzaļas uz dzeltenu, kas novērojama 72 stundu laikā.

Biovars 1 2 3 4 5 Izmantošana: maltozes – + + – + laktozes – + + – + D (+) celobiozes – + + – + mannīta – – + + + sorbīta – – + + – dulcīta – – + + –

Papildu testi atšķir 2. biovara apakšfenotipus.

2.A biovars (izplatīts visā pasaulē) b2.A iovars (izplatīts Čīlē un Kolumbijā) 2.T biovars (izplatīts tropu rajonos) Trehalozes izmantošana – + + Mezoinozīta izmantošana + – + D-ribozes izmantošana – – + Pektolītiskā aktivitāte (1) zema zema augsta

7.2. Genoma nospiedums

R. solanacearum kompleksa celmu molekulāro diferenciāciju var veikt, izmantojot vairākas metodes, tostarp:

7.2.1. restrikcijas fragmentu garuma polimorfisma (RFLP) analīzi (Cook et.al., 1989);

7.2.2. atkārtotu PCR sekvenci, izmantojot REP, BOX un ERIC praimerus (Louws et al., 1995; Smith et al., 1995);

7.2.3. Pavairoto fragmentu garuma polimorfisma (AFLP) analīzi (Van der Wolf et. al., 1998).

7.3. PCR metodes

Īpašos PCR praimerus (Pastrik et.al., 2002; sk. 6. papildinājumu) var izmantot, lai diferencētu R. solanacearum celmus, kas pieder 1. iedalījumam (3., 4. un 5. biovars) un 2. iedalījumam (1., 2.A un 2.T biovars), kas sākotnēji definēti ar RFLP analīzi (Cook et al., 1989) un 16S rDNA sekvenēšanu (Taghavi et al., 1996).

C. APSTIPRINĀJUMA TESTS

Patogenitātes tests jāveic R. solanacearum diagnozes galīgai apstiprināšanai un kā R. solanacearum identificēto kultūru virulences novērtēšanai.

1. No testējamā izolāta 24–48 stundu uzsējuma sagatavot inokulātu, kurā ir aptuveni 106 šūnu vienā ml, un sagatavot pozitīvā kontrolparauga R. solanacearum celmu (piemēram, NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857; sk. 3. papildinājumu).

2. Inokulēt 5–10 pret slimību ieņēmīgus tomātu vai baklažānu stādus trešās īstās lapas fāzē (sk. VI iedaļas A.9. punktu).

3. Līdz divām nedēļām inkubēt 25–28 °C temperatūrā, augstā relatīvajā gaisa mitrumā un laistīt, lai novērstu ūdens izsīkšanu vai auga novīšanu ūdens trūkuma dēļ. Ar tīrkultūru raksturīgo vīti novēro 15 dienu laikā. Ja pēc šī perioda nav inficēšanās pazīmju, kultūru nevar apstiprināt kā R. solanacearum patogēno formu.

4. Novērot, vai neparādās vītes un/vai epinastijas, hlorozes simptomi vai aizkavēšanās augšanā.