Remiantis Direktyvos 2009/41/EB 2 straipsnio c punktu, ribotas naudojimas – „tai bet kokia veikla, kai mikroorganizmai genetiškai modifikuojami arba kai tokie GMM auginami, saugomi, transportuojami, naikinami, šalinami ar kitaip naudojami, ir kai naudojamos specialios ribojimo priemonės, siekiant riboti mikroorganizmų sąlytį su gyventojais ir aplinka bei suteikti aukšto lygio apsaugą“.

Apskritai, išskyrus kelias išimtis, valstybės narės teigia išnagrinėjančios pranešimus per teisės aktuose nustatytą terminą. Vėlavimo atvejai daugiausia buvo susiję su prašymais suteikti papildomą informaciją, pareiškėjams neaiškiais pranešimo pateikimo reikalavimais, daugiau kaip vienos nacionalinės institucijos dalyvavimu patvirtinimo procese ir vėluojama pateikti mokslinės patariamosios institucijos, atsakingos už pranešimų vertinimą, nuomone.

Jungtinė Karalystė pranešė apie 8 nelaimingus atsitikimus, susijusius su ribotu genetiškai modifikuotų mikroorganizmų arba genetiškai modifikuotų organizmų naudojimu. Iš aštuonių pranešimų, apie kuriuos buvo pranešta, šeši buvo susiję su prie 2 klasės priskiriamais genetiškai modifikuotais mikroorganizmais ir du buvo susiję su prie 3 klasės priskiriamais genetiškai modifikuotais mikroorganizmais. Nelaimingi atsitikimai, apie kuriuos pranešta, buvo susiję su dviem įsidūrimais adata (Toxoplasma gondii ir Mycobacterium marinum), nesėkminga prietaiso matavimo procedūra, atsitiktiniu aptaškymu (lašelis Pseudomonas aeruginosa kultūros pateko į akį), iš rankų iškritusia dėže, kurioje buvo 36 lėkštelės su Yersinia pestis, sugedusia centrifuga, dėl kurios aerozolio forma į orą galėjo patekti genetiškai modifikuotų Legionella pneumophila, sugedusia kanalizacija (Fusarium graminearum) ir dviem nesėkmingo genetiškai modifikuotų virusų filtravimo atvejais (lentivirusų vektoriumi su įterpta seka, koduojančia KIAA0020 ir hepatito C viruso genus nutildančią dirbtinę molekulę shRNR (angl. short hairpin RNA)).

Kalbant apie vykdymo užtikrinimą, visų valstybių narių, kurios pateikė individualias ataskaitas, kompetentingos institucijos teigia, kad, jeigu patikrinimų metu nustatoma, jog būtina imtis tam tikrų taisomųjų priemonių, jos taikančios įvairias priemones (įspėjimus, pranešimus apie pažeidimą ir kt.) siekdamos užtikrinti, kad veiklos vykdytojai per tam tikrą laiką imtųsi atitinkamų taisomųjų veiksmų ir įvykdytų reikalavimus. Visais atvejais, apie kuriuos pranešta, veiklos vykdytojai nedelsdami įvykdė reikalavimus ir įgyvendino institucijų nurodytus taisomuosius veiksmus.

Belgijoje iškilo sunkumų aiškinant Direktyvos 2009/41/EB nuostatas dėl komercinės veiklos, susijusios su bakterijų transformacija. Vienu atveju GMM, kuriam taikoma Direktyva 2009/41/EB, buvo sukurtas naudojant metodus (klonavimą), kuriam Direktyva 2009/41/EB netaikoma. Kitu atveju rinkoje (internetu) parduodamas bakterijų transformacijos rinkinys buvo naudojamas siekiant pagaminti prie 1 klasės priskiriamą GMM. Nors Belgijoje šis transformacijos rinkinys neparduodamas, dėl galimybės jį įsigyti internetu gali būti sunku užtikrinti Direktyvos 2009/41/EB nuostatų vykdymą. Belgija ir Lenkija teiravosi, ar veiklą, susijusią su genetiškai modifikuotų augalų ir gyvūnų ląstelėmis, reikėtų laikyti su genetiškai modifikuotais mikroorganizmais susijusia veikla. Vis dėlto iš mikroorganizmo apibrėžties Direktyvoje 2009/41/EB aišku, kad ji apima dirbtinėje aplinkoje auginamas gyvūnines ir augalines ląsteles.

Belgijai, Čekijai, Suomijai, Vengrijai, Nyderlandams, Ispanijai ir Jungtinei Karalystei iškilo sunkumų vertinant, ar tam tikrų naujų technologijų taikymui, kai sukuriamas GMM, taikoma Direktyva 2009/41/EB. Jos laikėsi nuomonės, kad reikėtų peržiūrėti Sąjungos patvirtintą naujų metodų reglamentavimo sistemą, kad būtų patikslinta, ar ši direktyva taikoma organizmams, sukurtiems naudojant šiuos naujus metodus.

Belgija, Suomija, Slovėnija, Jungtinė Karalystė ir Švedija atkreipė dėmesį į tai, kad dėl didelio pranešimų skaičiaus, aukštų kiekvienam pranešimui keliamų informacijos reikalavimų, išsamių ataskaitų teikimo sistemos ir įvairių procedūrų sudėtingumo tiek institucijoms, tiek pranešėjams gali tekti sunki administracinė našta. Ispanija ir Prancūzija taip pat atkreipė dėmesį į naštą, kuri susidaro dėl didelio patikrinimų, kuriuos reikia atlikti siekiant užtikrinti Direktyvos 2009/41/EB nuostatų vykdymą, skaičiaus. Belgija laikėsi nuomonės, kad procedūras, susijusias su pranešimu apie ribotą genetiškai modifikuotų mikroorganizmų ir patogenų naudojimą, reikėtų labiau suvienodinti. Vengrijoje, prieš pateikiant ir (arba) pateikus pranešimą, pranešėjams tenka daug konsultuotis su kompetentinga institucija dėl dokumentams ir informacijai keliamų reikalavimų. Slovėnijoje buvo vėluojama išnagrinėti pranešimus, kai šiame procese dalyvavo išorės ekspertai (mokslinis komitetas) ar kita nacionalinė institucija.

Nyderlandai pranešė apie keletą konkrečių techninių problemų, įskaitant griežtų su genetiškai modifikuotais organizmais susijusių taisyklių ir ne tokio griežto laukinio tipo patogenų reglamentavimo skirtumus (Nyderlanduose). Nyderlandai taip pat laikėsi nuomonės, kad reikia supaprastinti ir suderinti dezinfekavimo priemonių, kurios naudojamos kaip biocidai, naudojimo laboratorijose tvarką.

Belgijoje tam tikrų problemų iškilo aiškinant terminus „tolesnė riboto naudojimo veikla“ (angl. subsequent contained use activity), pirmą kartą pranešus apie patalpas, skirtas tam tikros ribojimo klasės veiklai. Pranešėjas ne visada žino, ar veiklą reikėtų laikyti tolesne prie tos pačios ribojimo klasės priskiriama riboto naudojimo veikla, ypač tais atvejais, kai veikla, kuriai suteiktas leidimas, šiek tiek pakeičiama. Be to, ne visada įmanoma atskirti ankstesnių pranešimų pakeitimus nuo kitų rūšių tolesnės riboto naudojimo veiklos (ar veikla tęsiama ar tai yra nauja veikla). Briuselio-Sostinės regione dėl Briuselio teisės aktų, kuriais buvo nustatyta daug (iš viso 8) skirtingų procedūrų, susijusių su tam tikra rizikos klase, iškilo problemų, susijusių su pranešimo procesu.

Suomijoje taip pat iškilo problemų dėl virusų, ląstelių kultūrų ir ypač susilpnintų patogenų klasifikacijos. Šiuo klausimu Suomija, Nyderlandai ir Jungtinė Karalystė norėtų, kad direktyvoje nustatytos apibrėžtys būtų peržiūrėtos atsižvelgiant į naujus metodus ar technologinę pažangą.

Suomija taip pat pridūrė, kad kadangi mokslinių tyrimų grupės gali persikelti iš vienos institucijos į kitą, dėl būtinybės kaskart pateikti naują pranešimą apie naujas patalpas atsiranda papildomo administracinio darbo.

Airija ir Danija laikėsi nuomonės, kad reikėtų panaikinti prie 1 rizikos klasės priskiriamų genetiškai modifikuotų mikroorganizmų reglamentavimą, nes direktyvos II priedo B dalyje nustatyti reikalavimai pernelyg griežti, turint omenyje, kad 1 klasės genetiškai modifikuoti mikroorganizmai yra nekenksmingi. Ispanija, Švedija ir Jungtinė Karalystė taip pat norėtų, kad būtų supaprastintos su prie 1 ir 2 klasių priskiriama veikla susijusios procedūros. Slovėnijos teigimu, saugius organizmus įtraukus į Direktyvos 2009/41/EB II priedo C dalį, sumažėtų pranešimų skaičius ir dydis.

Belgija, Vengrija, Lietuva, Nyderlandai ir Čekija džiaugtųsi, jeigu būtų išsamiau paaiškinta informacija, būtų iš anksto pateiktos rekomendacijos ir visoje ES būtų suderintos nuomonės, susijusios su genų terapija, sintetine biologija ir kitais naujais metodais ar technologine pažanga.

Lietuva, Estija ir Malta džiaugtųsi galimybe intensyviau keistis patirtimi su kitomis valstybėmis narėmis ir mokytis jose.