Kad galėtų stebėti, ar tinkamai taikoma direktyva, Komisija turės ribotą prieigą prie centrinio registro, kuriam valstybės narės teiks informaciją apie galimai agresyvaus mokesčių planavimo tarpvalstybines schemas.

Remiantis 2013 m. gruodžio 11 d. Reglamentu (ES) Nr. 1286/2013 vidaus kontrolės sistema bus remiama pagal programą „Fiscalis“ skiriant lėšas:

- bendriems veiksmams (pvz., projektų grupėms);

- Europos informacinių sistemų kūrimui.

Pagrindiniai kontrolės strategijos aspektai yra šie:

Viešieji pirkimai

Finansiniame reglamente nustatytos viešųjų pirkimų kontrolės procedūros: visos viešųjų pirkimų sutartys sudaromos pagal nustatytą Komisijos tarnybų atliekamą tikrinimo procedūrą, susijusią su mokėjimu, atsižvelgiant į sutartinius įsipareigojimus ir patikimą finansų bei bendrąjį valdymą. Visose Komisijos ir paramos gavėjų sudaromose sutartyse numatomos kovos su sukčiavimu priemonės (kontrolė, ataskaitos ir pan.). Parengiamos išsamios techninės užduotys, sudarančios kiekvienos konkrečios sutarties pagrindą. Patvirtinimo procesas vyksta griežtai taikant Mokesčių ir muitų sąjungos generalinio direktorato TEMPO metodiką: rezultatai peržiūrimi, prireikus iš dalies pakeičiami ir galiausiai aiškiai patvirtinami (arba atmetami). Jei nėra patvirtinimo rašto, sąskaitų faktūrų apmokėti negalima.

Techninis viešųjų pirkimų tikrinimas

Mokesčių ir muitų sąjungos generalinis direktoratas vykdo rezultatų kontrolę ir prižiūri rangovų operacijas bei paslaugas. Jis taip pat reguliariai rengia savo rangovų kokybės ir saugumo auditus. Atliekant kokybės auditus tikrinama, ar tikrieji rangovų procesai atitinka jų kokybės planuose apibrėžtas taisykles ir procedūras. Atliekant saugumo auditus daugiausia dėmesio skiriama konkretiems procesams, procedūroms ir struktūrai.

Be minėtos kontrolės, Mokesčių ir muitų sąjungos generalinis direktoratas vykdo įprastą finansų kontrolę.

Įsipareigojimų ex ante tikrinimas

Visus Mokesčių ir muitų sąjungos generalinio direktorato įsipareigojimus tikrina Žmogiškųjų išteklių ir finansų skyriaus vadovas. Todėl atliekamas visų įsipareigotų skirti sumų ex ante patikrinimas. Šia procedūra užtikrinamas didelis sandorių teisėtumo ir tvarkingumo patikimumas.

Mokėjimų ex ante tikrinimas

Visi mokėjimai tikrinami ex ante. Be to, kas savaitę atsitiktine tvarka atrenkamas bent vienas mokėjimas (iš visų išlaidų kategorijų) ir Žmogiškųjų išteklių ir finansų skyriaus vadovas atlieka jo papildomą ex ante patikrinimą. Aprėptis nenustatyta, nes šio patikrinimo tikslas – tikrinti mokėjimus atsitiktine tvarka siekiant nustatyti, ar visi mokėjimai parengti pagal reikalavimus. Kiti mokėjimai kasdien tvarkomi laikantis galiojančių taisyklių.

Perįgaliotųjų leidimus suteikiančių pareigūnų (AOSD) deklaracijos

AOSD pasirašo deklaracijas, kuriomis patvirtinamos atitinkamų metų metinės veiklos ataskaitos. Šios deklaracijos apima pagal programą vykdytas operacijas. AOSD pareiškia, kad su biudžetu susijusios operacijos vykdytos laikantis patikimo finansų valdymo principų, kad taikomomis valdymo ir kontrolės sistemomis deramai užtikrintas sandorių teisėtumas ir tvarkingumas, kad tinkamai nustatyta su šiomis operacijomis susijusi rizika, kad apie šią riziką pranešta ir imtasi jos mažinimo veiksmų.