Žmonių sveikatos aukšto lygio apsauga užtikrinama nustatant ir įgyvendinant visas Sąjungos politikos ir veiklos kryptis. Sąjunga, savo veikla papildydama valstybių narių politiką, siekia gerinti visuomenės sveikatą, užkirsti kelią žmonių negalavimams ir ligoms bei pašalinti pavojaus fizinei ir psichinei sveikatai šaltinius. Tokia veikla apima kovą su labiausiai sveikatą pakertančiomis ligomis skatinant jų priežasčių, plitimo ir profilaktikos tyrimus, taip pat skleidžiant informaciją ir plėtojant švietimą sveikatos klausimais, bei stebėseną, išankstinį įspėjimą dėl didelių tarpvalstybinio pobūdžio grėsmių sveikatai ir kovą su jomis. (Sutarties dėl Europos Sąjungos veikimo 168 straipsnis)

Tikslai Agentūra yra atsakinga už tai, kad būtų vykdomos įgyvendinimo užduotys, susijusios su antrosios Visuomenės sveikatos programos (2008–2013 m.), patvirtintos Sprendime Nr. 1350/2007/EB, Vartotojų programos (2007–2013 m.), patvirtintos Sprendime Nr. 1926/2006/EB, ir maisto saugos mokymo priemonių, patvirtintų Reglamente (EB) Nr. 882/2004 ir Direktyvoje Nr. 2000/29/EB, valdymu. Agentūra taip pat valdo visus įgyvendinimo priemonių, kurios jai buvo patikėtos Sąjungos veiksmų visuomenės sveikatos srityje programos (2003–2008 m.), patvirtintos 2002 m. rugsėjo 23 d. Europos Parlamento ir Tarybos sprendimu Nr. 1786/2002/EB, kontekste, ciklo etapus.

Vykdydama toliau išvardintas Sąjungos programas, Agentūra yra atsakinga už šių uždavinių įgyvendinimą, kaip nustatyta 2008 m. rugsėjo 9 d. patvirtintame pavedimo akte (13): 2003–2008 m. Visuomenės sveikatos programa – Sprendimas Nr. 1786/2002/EB 2008–2013 m. Visuomenės sveikatos programa – Sprendimas Nr. 1350/2007/EB 2007–2013 m. Vartotojų programa – Sprendimas Nr. 1926/2006/EB Maisto saugos mokymo priemonės – Reglamentas (EB) Nr. 882/2004 ir Direktyva Nr. 2000/29/EB: a) valdyti visus projektų ciklo etapus (kad galėtų vykdyti stebėseną ir informacijos sklaidą, Agentūra imasi veiksmų, kurie yra būtini sukurti projektų duomenų bazę, kurioje būtų registruojami projektų aprašymai ir galutiniai rezultatai, ar naudotis jau esama); b) prižiūrėti pagal šias programas vykdomus projektus ir priemones, įskaitant būtinų patikrų vykdymą; c) rinkti, apdoroti ir platinti duomenis ir visų pirma kaupti, analizuoti ir perduoti Komisijai visą informaciją, kuri yra reikalinga valdant Sąjungos programas ir priemones, skatinti koordinavimą ir sinergiją su kitomis Sąjungos programomis, valstybėmis narėmis ir tarptautinėmis organizacijomis; d) organizuoti sueigas, seminarus, paskaitas ir mokomuosius renginius; e) padėti įvertinti programos poveikį, visų pirma atlikti metinį ir (arba) vidurio laikotarpio programų vykdymo įvertinimus ir vykdyti Komisijos atliktų įvertinimų tolesnės priežiūros veiksmus; f) skleisti Komisijos planuojamų ir vykdomų informavimo veiksmų rezultatus; g) rengti apibendrintus kontrolės ir priežiūros duomenis; h) dalyvauti parengiamajame darbe prieš priimant finansavimo sprendimus.

1. Valdymo komitetas Sudarytas iš penkių Europos Komisijos paskirtų narių. Valdymo komiteto nariai yra skiriami dvejiems metams. Europos Komisijai patvirtinus jis priima Agentūros metinę darbo programą. Be to, jis priima Agentūros administracinį biudžetą ir jos metinę veikos ataskaitą. 2. Direktorius Skiriamas Europos Komisijos ketveriems metams. 3. Išorės auditas Audito Rūmai. 4. Biudžeto įvykdymą tvirtinanti institucija Europos Parlamentas rekomendavus Tarybai.

Biudžetas 2008 m. Agentūros galutinis administravimo biudžetas sudarė 6,4 milijono eurų. Darbuotojų skaičius 2009 m. gruodžio 31 2009 m. gruodžio 31 d. Agentūroje dirbo 48 statutiniai darbuotojai, iš kurių 11 laikinieji darbuotojai ir 37 sutartininkai.