Il libro bianco sulla riforma della Commissione del marzo 2000 si è posto tra l'altro l'obiettivo di chiarire le responsabilità dei principali soggetti chiamati a gestire le risorse della Comunità.

La Commissione ha recentemente portato a termine un'importante revisione delle disposizioni e delle strutture in materia disciplinare. In primo luogo, nel quadro della riforma amministrativa, con decisione del 19 febbraio 2002, la Commissione ha istituito un Ufficio investigativo e disciplinare (IDOC). L'articolo 5, paragrafo 6, della decisione prevede che l'IDOC presenti una relazione su ogni singola inchiesta, facendo menzione delle responsabilità individuali dei funzionari indagati relativamente alla possibile violazione di disposizioni in vigore, ivi compreso il regolamento finanziario. L'IDOC ha compiti di indagine di carattere generale in ambiti che esulano dai settori di competenza dell'OLAF. Per evitare conflitti di competenza, l'articolo 5, paragrafo 2, della predetta decisione prescrive che venga consultato l'OLAF prima dell'avvio di un'indagine amministrativa, al fine di accertarsi che quest'ultimo non stia conducendo indagini o non abbia intenzione di farlo. In caso affermativo, l'indagine dell'OLAF ha carattere prioritario.

Inoltre, la Commissione ha proposto modifiche allo statuto dei funzionari al fine di migliorare le modalità di svolgimento dei procedimenti disciplinari. Conformemente alla decisione della Commissione del 19 febbraio 2002, il presidente del consiglio di disciplina viene scelto tra gli ex funzionari o tra gli ex membri di una delle altre istituzioni dell'Unione. Attualmente la presidenza è tenuta da un ex presidente del Tribunale di primo grado. Il 24 luglio 2003 la Commissione ha adottato un documento consultivo contenente un progetto dettagliato di orientamenti sull'applicazione dell'articolo 22 dello statuto dei funzionari per quanto attiene i provvedimenti da adottare in caso di irregolarità finanziarie o di negligenza per il recupero o il risarcimento del «danno subito dalle Comunità».

Il nuovo regolamento finanziario adottato il 25 giugno 2002 definisce le responsabilità degli agenti finanziari, disciplinate in dettaglio nelle modalità di esecuzione del regolamento finanziario adottate nel dicembre 2002. L'articolo 66, paragrafo 4, del regolamento finanziario ha creato la base giuridica, imponendo ad ogni istituzione l'obbligo di creare, fatta salva la competenza dell'OLAF, un'istanza specializzata nell'accertamento delle irregolarità finanziarie, indipendente sul piano funzionale, per fornire consulenza all'autorità che ha il potere di nomina (AIPN) in merito a possibili irregolarità finanziarie. Il 9 luglio 2003 la Commissione ha adottato la decisione che istituisce un'istanza specializzata in materia di irregolarità finanziarie (Financial Irregularities Panel (FIP)), avente il compito di valutare eventuali violazioni del regolamento finanziario.

La riforma della Commissione impone agli ordinatori delegati, ossia ai direttori generali e ai capi servizio, di presentare una relazione annuale di attività e una dichiarazione di affidabilità, corredate di osservazioni e, eventualmente, di riserve in merito al settore di competenza. Sulla base di esse, la Commissione redige una sintesi delle relazioni e invia sia la sintesi che le relazioni annuali di attività al Parlamento europeo e alla Corte dei conti. La prime relazioni sono state presentate nel luglio 2002 per l'esercizio 2001.