Riguardo, specificamente, della prima parte del primo motivo, vertente sul difetto di base giuridica della decisione contestata a motivo che l’articolo 39 del regolamento n. 1260/1999 è stato abrogato anteriormente all’adozione di tale decisione, il Tribunale ha in particolare osservato, ai punti da 23 a 34 della sentenza impugnata, quanto segue:

«23 A decorrere dal 1o gennaio 2007, il regolamento n. 1083/2006 ha abrogato, in conformità al suo articolo 107, paragrafo 1, il regolamento n. 1260/1999. Secondo il suo articolo 1, paragrafo 1, il regolamento n. 1083/2006 si applica al [FESR], al [FSE] e al Fondo di coesione. Tuttavia, come risulta dal considerando 6 di quest’ultimo regolamento, gli strumenti di aiuto allo sviluppo rurale, cioè il [Fondo europeo agricolo per lo sviluppo rurale (Feasr)], che ha sostituito il FEAOG, Sezione “Orientamento”, e al settore della pesca, cioè il Fondo europeo per la pesca (FEP), dovrebbero essere integrati in quelli che rientrano nella politica agricola comune e nella politica comune della pesca ed essere coordinati con gli strumenti della politica di coesione. Al riguardo, il regolamento n. 1290/2005 ha costituito, come risulta dal suo considerando 1 e dal suo articolo 1, due fondi agricoli europei, il primo, il Fondo europeo agricolo di garanzia (FEAGA), che finanzia le misure riguardanti il mercato e altre misure, e, il secondo, le Feasr, destinato a finanziare i programmi di sviluppo rurale.

24 Conformemente all’articolo 105, paragrafo 1, del regolamento n. 1083/2006, intitolato “Disposizioni transitorie”, tuttavia, “[detto] regolamento non pregiudica il proseguimento o la modificazione, compresa la soppressione totale o parziale, di un intervento cofinanziato dai Fondi strutturali o di un progetto cofinanziato dal Fondo di coesione approvato dalla Commissione in base[, in particolare, al regolamento] n. 1260/1999 o a qualsiasi altro atto normativo applicabile a detto intervento al 31 dicembre 2006, che si applicano pertanto successivamente a tale data a detto intervento o progetto fino alla loro chiusura”.

25 Inoltre, l’articolo 105, paragrafo 2, del regolamento n. 1083/2006 prevede che “nel prendere una decisione sui programmi operativi, la Commissione tiene conto di eventuali interventi cofinanziati dai Fondi strutturali o di eventuali progetti cofinanziati dal Fondo di coesione approvati dal Consiglio o dalla Commissione anteriormente all’entrata in vigore del presente regolamento aventi un’incidenza finanziaria nel periodo coperto da detti programmi operativi”.

26 Ne deriva che l’articolo 105, paragrafo 2, del regolamento n. 1083/2006 ha ad oggetto la fissazione del regime transitorio per i Fondi strutturali che sono stati approvati sulla base di una normativa dell’Unione in vigore sino al 31 dicembre 2006, che proseguono oltre tale data e la cui chiusura si colloca in un momento successivo (sentenza del 21 settembre 2016, Commissione/Spagna, C‑140/15 P, EU:C:2016:708, punto 94).

27 In altri termini, il regolamento n. 1260/1999 è stato abrogato dal regolamento n. 1083/2006, ma, in conformità all’articolo 105, paragrafo 1, e all’articolo 107, paragrafo 1, di quest’ultimo, il regolamento n. 1260/1999 continua ad applicarsi ai programmi operativi anteriori (sentenza del 22 settembre 2011, Spagna/Commissione, T‑67/10, non pubblicata, EU:T:2011:518, punto 6).

28 Il regime transitorio previsto all’articolo 105, paragrafo 2, del regolamento n. 1083/2006 ha ad oggetto le norme sostanziali applicabili ai programmi operativi anteriori, come risulta, del resto, dall’utilizzo dei termini “intervento” e “progetto” in tale articolo, così come dal contenuto dei paragrafi 2 e 3 dello stesso. Per contro, detto regime transitorio non riguarda disposizioni di natura procedurale, in conformità al principio secondo cui le norme procedurali sono immediatamente applicabili (sentenza del 21 settembre 2016, Commissione/Spagna, C‑140/15 P, EU:C:2016:708, punti 92 e 95).

(…)

34 Ne deriva che il regolamento n. 1083/2006 ha mantenuto in vigore, in forza del suo articolo 105, paragrafo 1, le disposizioni sostanziali dell’articolo 39 del regolamento n. 1260/1999, cioè quelle che definiscono il ruolo rispettivo ed espongono i diritti e gli obblighi reciproci dello Stato membro e della Commissione nel contesto del procedimento applicabile in caso di irregolarità constatata nell’ambito del controllo finanziario degli interventi del FEAOG».