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I fatti all’origine della controversia sono stati esposti nei punti da 1 a 17 della sentenza impugnata nei seguenti termini: «1 Il 9 luglio 2008, la Repubblica ceca ha presentato alla Commissione delle Comunità europee, ai sensi dell’articolo 5, paragrafo 1, del regolamento [n. 479/2008], un progetto di programma di sostegno per gli esercizi finanziari dal 2009 al 2014. 2 Fra le misure del progetto di programma figurava [la misura di protezione controversa], che doveva essere attuata o con strumenti meccanici, vale a dire tramite la recinzione dei vigneti, o attraverso diversi dispositivi di allontanamento, oppure con strumenti attivi implicanti l’intervento di persone che emettono suoni (…). 3 Con lettera dell’8 ottobre 2008, la Commissione ha mosso talune obiezioni nei confronti del summenzionato progetto ai sensi dell’articolo 5, paragrafo 2, del regolamento n. 479/2008. Le obiezioni della Commissione non riguardavano tuttavia la misura di protezione controversa. 4 La Repubblica ceca ha riveduto il progetto di programma alla luce delle obiezioni della Commissione e, il 12 febbraio 2009, ha trasmesso a quest’ultima un nuovo progetto. Il secondo progetto conteneva a sua volta, in forma immutata rispetto al progetto iniziale, la misura di protezione controversa. La Commissione non ha più sollevato alcuna obiezione contro il secondo progetto. 5 Il 20 febbraio 2009, nell’ambito di una verifica recante il riferimento VT/VI/2009/101/CZ, effettuata al fine di valutare la compatibilità delle misure adottate dalla Repubblica ceca nell’ambito della ristrutturazione e riconversione dei vigneti con le condizioni per la concessione di aiuti in tale settore in relazione alla campagna vitivinicola 2007/2008, la Commissione ha trasmesso alla Repubblica ceca una comunicazione ai sensi dell’articolo 11, paragrafo 1, del regolamento (CE) n. 885/2006 della Commissione, del 21 giugno 2006, recante modalità di applicazione del regolamento (CE) n. 1290/2005 del Consiglio per quanto riguarda il riconoscimento degli organismi pagatori e di altri organismi e la liquidazione dei conti del FEAGA e del FEASR (GU 2006, L 171, pag. 90). Tale comunicazione così recita per estratto: “Tale risultato mette tuttavia in evidenza che i lavori di ristrutturazione si sono sostanzialmente limitati a proteggere dagli animali il vigneto esistente, senza ulteriori interventi. Tale approccio solleva un problema con riferimento all’osservanza dell’articolo 11, paragrafo 2, del regolamento (CE) n. 1493/1999, ai sensi del quale l’obiettivo del regime consiste nell’adeguare la produzione alla domanda del mercato. Qualora la ristrutturazione nella Repubblica ceca dovesse limitarsi unicamente alla protezione del vigneto esistente dagli animali, le spese non sono prima facie ammissibili, poiché esse non hanno alcun rapporto con i requisiti previsti dal regolamento”». Nella stessa lettera, la Commissione ha indicato che le autorità ceche dovevano “adottare tutte le misure necessarie al fine di porre rimedio alle carenze e ai difetti di conformità”. 6 Con lettera del 22 settembre 2009, la Commissione ha comunicato la propria intenzione di procedere a un’ulteriore verifica, recante il riferimento VT/VI/2009/004/CZ. Tale verifica doveva riguardare le misure relative alla ristrutturazione e alla riconversione dei vigneti nella Repubblica ceca nella campagna vitivinicola 2008/2009. 7 Dal 26 al 29 gennaio 2010, la Commissione ha condotto quest’ultima verifica nella Repubblica ceca. 8 In una comunicazione del 22 marzo 2010 ai sensi dell’articolo 11, paragrafo 1, del regolamento n. 885/2006 (…), la Commissione, nell’ambito della verifica recante il riferimento VT/VI/2009/004/CZ, ha rilevato in particolare quanto segue: “In occasione del controllo in loco, il gruppo di revisori ha avuto dubbi in ordine alla questione se la protezione attiva e passiva da uccelli e animali selvatici [fosse] ammissibile nell’ambito della ristrutturazione e della riconversione”. 9 Inoltre, nello stesso documento, la Commissione ha comunicato alla Repubblica ceca che “[l]a protezione attiva e passiva dagli uccelli e dagli animali selvatici non può essere considerata una misura nuova, tramite la quale la gestione dei vigneti viene migliorata in modo tale da consentire l’adeguamento della produzione alla domanda del mercato”. Infine, nella comunicazione viene rammentato che “[i]l regolamento (CE) n. 1493/1999 indica chiaramente che l’obiettivo [delle misure di ristrutturazione] consiste nell’‘adeguare la produzione alla domanda del mercato’”. 10 Il 31 gennaio 2011, la Commissione ha trasmesso alla Repubblica ceca il verbale di una riunione bilaterale tenutasi il 13 dicembre 2010, ai sensi dell’articolo 11, paragrafo 1, terzo comma, del regolamento n. 885/2006, fra rappresentanti della Repubblica ceca e dei propri servizi in relazione alle due summenzionate verifiche. A decorrere dal 31 gennaio 2011, il riferimento alle due verifiche figurava all’inizio di tutta la corrispondenza della Commissione nella presente causa. 11 Nel verbale, la Commissione ha sostenuto che le spese effettuate nella Repubblica ceca nell’ambito della misura di protezione controversa costituivano operazioni non ammissibili e ha chiesto alla Repubblica ceca quale fosse l’importo esatto delle spese dichiarate per gli esercizi finanziari dal 2008 al 2010. 12 Il 3 dicembre 2012, la Commissione ha trasmesso alla Repubblica ceca una comunicazione ai sensi dell’articolo 11, paragrafo 2, terzo comma, e dell’articolo 16, paragrafo 1, del regolamento n. 885/2006. In tale comunicazione, la Commissione ribadiva e specificava la sua opinione secondo la quale le forme di protezione attiva e passiva dei vigneti previste dalla Repubblica ceca non rientravano nella nozione di ristrutturazione e riconversione ai sensi dell’articolo 11 del regolamento [n. 1493/1999], nonché dell’articolo 11 del regolamento n. 479/2008. In tale contesto, la Commissione ha proposto una rettifica finanziaria per un importo pari a 52347157,43 corone ceche (CZK) (circa EUR 2040737) e a EUR 11984289,94 per gli esercizi dal 2007 al 2010, assoggettando gli esercizi 2007 e 2008 all’applicazione del regolamento n. 1493/1999 e i restanti esercizi all’applicazione del regolamento n. 479/2008. 13 Su domanda della Repubblica ceca del 17 gennaio 2013, l’organo di conciliazione ha tenuto una riunione in data 19 giugno 2013 e, il 2 luglio 2013, ha pubblicato una relazione finale sulla procedura di conciliazione, recante il riferimento 13/CZ/552. In tale relazione, l’organo di conciliazione ha invitato la Commissione a non proporre alcuna rettifica finanziaria per le spese effettuate nell’ambito del programma di sostegno nel suo complesso per il periodo dal 2009 al 2014 e di rivedere la decisione di imporre la rettifica finanziaria proposta di CZK 52347157,43 (circa EUR 2040737) e di EUR 11 984.289,94. 14 Con lettera del 22 aprile 2014, dopo la presentazione della relazione dell’organo di conciliazione, la Commissione ha trasmesso alla Repubblica ceca un parere finale. In tale parere, la Commissione ribadiva la sua posizione, secondo la quale la misura di protezione controversa non poteva essere considerata ammissibile nell’ambito del programma di ristrutturazione e riconversione dei vigneti. 15 In relazione agli esercizi finanziari dal 2007 al 2009, la Commissione ha rilevato che, non avendo essa mosso obiezioni avverso il progetto di programma di sostegno con riferimento alla misura di protezione controversa, la Repubblica ceca aveva potuto legittimamente supporre che gli aiuti a favore di tale misura fossero operazioni ammissibili. Secondo la Commissione, dopo avere ricevuto la sua lettera del 22 marzo 2010, la Repubblica ceca non poteva tuttavia nutrire alcun legittimo affidamento al riguardo. Per questo motivo, la Commissione ha ritenuto che una rettifica finanziaria fosse giustificata in relazione a tutte le spese effettuate dopo il 22 marzo 2010. Essa ha quindi proposto una rettifica finanziaria per gli esercizi finanziari dal 2010 al 2012 per un importo complessivo pari a EUR 2123199,04. 16 Infine, la Commissione ha adottato la [decisione controversa], sulla base dell’articolo 52 del regolamento (UE) n. 1306/2013 del Parlamento europeo e del Consiglio, del 17 dicembre 2013, sul finanziamento, sulla gestione e sul monitoraggio della politica agricola comune e che abroga i regolamenti del Consiglio (CEE) n. 352/78, (CE) n. 165/94, (CE) n. 2799/98, (CE) n. 814/2000, (CE) n. 1290/2005 e (CE) n. 485/2008 (GU 2013, L 347, pag. 549 e rettifica in GU 2016, L 130, pag. 7). 17 Nella [decisione controversa], la Commissione ha escluso le spese effettuate dalla Repubblica ceca nell’ambito del [FEAGA] a favore della misura di protezione controversa nel contesto del programma di ristrutturazione e di riconversione dei vigneti per gli anni dal 2010 al 2012, per un importo complessivo pari a EUR 2123199,04».