Come la Commissione, il Consiglio ritiene che lo scopo principale della proposta sia quello di assicurare il corretto funzionamento del mercato interno, pur consentendo agli Stati membri di prendere decisioni in merito alla coltivazione di OGM autorizzati. Le altre considerazioni che eventualmente entrassero in gioco, come quelle relative all'ambiente, sono secondarie rispetto allo scopo principale. Per tale ragione, la posizione del Consiglio si basa sull'articolo 114 del TFUE e non sull'articolo 192 del TFUE.

Sebbene la proposta fosse inizialmente sotto forma di regolamento, ad un più attento esame è apparso più appropriato cambiarne la forma giuridica in quella di direttiva, senza tuttavia un termine per il recepimento data la natura opzionale delle disposizioni in questione. La forma giuridica del regolamento sarebbe stata appropriata se l'intento fosse stato quello di creare diritti ed imporre obblighi direttamente per gli operatori economici, mentre la logica della proposta (sia nella sua forma originale che in quella emendata dal Parlamento europeo) consiste nel conferire agli Stati membri il diritto di decidere sulla coltivazione, senza però obbligarli in alcun modo a prendere decisioni che limitino la coltivazione.

Allo scopo di garantire il minor turbamento possibile del mercato interno, facilitando nel contempo il processo di autorizzazione degli OGM, il Consiglio ha ritenuto appropriato prevedere un meccanismo in base al quale gli Stati membri potrebbero concordare restrizioni con gli operatori economici (attraverso la Commissione). Un meccanismo siffatto dovrebbe garantire la massima certezza del diritto, sia per gli operatori che per gli Stati membri. Gran parte del nuovo testo inserito dal Consiglio è di natura tecnica e riguarda la procedura atta a garantire che il meccanismo possa funzionare nella pratica.

Qualora non si raggiunga un accordo con l'operatore economico, gli Stati membri saranno autorizzati ad adottare misure che limitino o vietino la coltivazione, fatte salve determinate importanti condizioni. Come il Parlamento europeo, anche il Consiglio ha giudicato appropriato includere nel testo un elenco non esaustivo di motivi. Le principali differenze tra il testo del Consiglio e quello del Parlamento europeo riguardano gli elementi su cui si pone l'accento e il loro livello di dettaglio. Il Consiglio ritiene essenziale assicurare che le motivazioni addotte per limitare la coltivazione non contrastino con la valutazione scientifica dei rischi condotta dall'Autorità europea per la sicurezza alimentare.

Il Consiglio ha seguito il Parlamento introducendo idonee disposizioni per rispettare le aspettative legittime degli agricoltori che avevano già piantato colture GM prima dell'adozione di misure nazionali. Tuttavia, dal momento che la proposta riguarda esclusivamente la coltivazione piuttosto che l'immissione in commercio in quanto tale, il Consiglio ha ritenuto che non fosse necessario modificare l'articolo 22 della direttiva 2001/18, come suggerito dal Parlamento. Al contrario, secondo il Consiglio è importante garantire che le misure restrittive concernenti la coltivazione non conducano inavvertitamente a rendere illecito il commercio di OGM autorizzati, incluso il materiale di moltiplicazione.

Inoltre, per quanto riguarda la coesistenza, è stato inserito un nuovo considerando che fa riferimento alla più recente raccomandazione della Commissione riguardante questo settore. Tale raccomandazione fornisce orientamenti agli Stati membri al fine di evitare la presenza involontaria di OGM in altri prodotti nel proprio territorio e nelle aree frontaliere.

Poiché si può ragionevolmente prevedere che le procedure di autorizzazione saranno in corso al momento dell'adozione della proposta, è apparso necessario introdurre opportune disposizioni transitorie.

Infine, il Consiglio non ritiene appropriato introdurre l'obbligo di imporre un regime di responsabilità finanziaria, in particolare considerata la carenza di informazioni riguardanti costi, oneri amministrativi e altre conseguenze che un regime del genere potrebbe comportare, anche per quanto riguarda i sistemi di diritto privato negli Stati membri.