IARSCRÍBHINN I

Scéim le haghaidh na dtástálacha atá le déanamh de bhun Airteagail 3, 4, 5, agus 7

1. PRIONSABAIL GHINEARÁLTA MAIDIR LEIS AN LOTNAID SHONRAITHE A BHEITH ANN

1.1. Meastar gurb ann don lotnaid shonraithe nuair a fhaightear toradh dearfach sa chéad tástáil braite a dhéantar ar an bplanda sonraithe, nó ar shamplaí uisce.

1.2. Dearbhaítear gurb ann don lotnaid shonraithe sna cásanna seo a leanas: (a) i gcás inar aonrú roghnaitheach an chéad tástáil braite nó an dara tástáil braite a mbíonn coilíneachtaí ag a bhfuil moirfeolaíocht thipiciúil mar thoradh air, agus go bhfaightear torthaí dearfacha in dhá thástáil sainaitheantais a dhéantar ar na coilíneachtaí; (b) i gcás nach aonrú roghnaitheach an chéad tástáil ná an dara tástáil, agus ina bhfaightear torthaí dearfacha in dhá thástáil sainaitheantais tar éis an sampla a bheith faoi réir aonrú roghnaitheach as a dtagann coilíneachtaí ag a bhfuil moirfeolaíocht thipiciúil. Tástáil dá dtagraítear i bpointí 2.2(e), (f) agus (g) a bheidh i gceann den dá thástáil sainaitheantais sin.

2. TÁSTÁLACHA

2.1. Tástálacha braite

Beidh na tástálacha braite de chineál a aimseoidh 104 cealla/ml ar a laghad d’athfhuaidreán millín a gheofar ó shamplaí aisiomptómacha.

Beidh an dara tástáil braite bunaithe ar phrionsabail bhitheolaíocha éagsúla nó ar réigiúin núicléitíde atá éagsúil leis an gcéad tástáil braite.

Is iad seo a leanas na tástálacha braite:

(a) tástálacha imdhíonfhluaraiseachta mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta;

(b) aonrú na lotnaide sonraithe ar an meán fáis leath-roghnaitheach mSMSA, mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta;

(c) gnáth-thástáil PCR a úsáideann na prímeálaigh ó Pastrik et al., (2002) (1), mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta;

(d) Tástálacha PCR TaqMan® fíor-ama a úsáideann prímeálaigh agus tóireadóirí ó: (i) Weller et al. (2000) (2), mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta; (ii) Vreeburg et al. (2016) (3) (a úsáideann tóireadóir TaqMan® a fhaightear tríd an tóireadóir bunaidh a thuairiscítear in Weller et al. 2000 a mhodhnú), mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta; (iii) Weller et al. (2018) (4) (dá ngairtear an tástáil NYtor), mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta; (iv) Massart et al. (2014) (5), mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta;

(e) Tástáil LAMP (aimpliúchán isiteirmeach trí mheán lúb) a úsáideann prímeálaigh ó Lenarčič et al. (2014) (6) (í gcás ábhar siomptómach plandaí amháin), mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta.

2.2. Tástálacha sainaitheantais

Is iad seo a leanas na tástálacha sainaitheantais:

(a) tástálacha imdhíonfhluaraiseachta mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta;

(b) gnáth-thástálacha PCR a úsáideann na prímeálaigh ó Pastrik et al., (2002), mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta;

(c) Tástálacha PCR TaqMan® fíor-ama a úsáideann prímeálaigh agus tóireadóirí ó: (i) Weller et al. (2000), mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta; (ii) Vreeburg et al. (2016) (a úsáideann tóireadóir TaqMan® a fhaightear tríd an tóireadóir bunaidh a thuairiscítear in Weller et al. 2000 a mhodhnú), mar a thuairiscítear go mionsonraithe i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta; (iii) Vreeburg et al. (2018) (dá ngairtear an tástáil NYtor), mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta; (iv) Massart et al. (2014), mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta;

(d) Tástáil LAMP (aimpliúchán isiteirmeach trí mheán lúb) a úsáideann prímeálaigh ó Lenarčič et al. (2014), mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta;

(e) gnáth-thástáil PCR ilphléascach a bhaineann go sonrach le fílitíopa (Opina et al. (1997) (7); Fegan & Prior (2005) (8), mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta;

(f) Barrachódú DNA (Weller et al. (2007) (9), mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta;

(g) MALDI-TOF MS (van de Bilt et al. (2018) (10), mar a thuairiscítear i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta.

3. SREABHCHAIRTEACHA NA NÓSANNA IMEACHTA

Sreabhchairt Uimh. 1: Nós imeachta diagnóiseach maidir leis an lotnaid shonraithe a bheith ann i samplaí den phlanda sonraithe.

a Is féidir aonrú a úsáid mar an chéad tástáil braite nó mar an dara tástáil braite. Má cheaptar gurb ann don lotnaid shonraithe ar an meán fáis, déanfar coilíneachtaí a íonghlanadh chun saothráin íona a fháil ar a ndéanfar dhá thástáil sainaitheantais.

b Tástáil dá dtagraítear i bpointí 2.2(e), (f) agus (g) a bheidh i gceann den dá thástáil sainaitheantais sin. Tá torthaí dearfacha sa dá thástáil sainaitheantais ag teastáil chun a dheimhniú gurb ann don lotnaid.

c Beidh an tríú tástáil braite bunaithe ar phrionsabail bhitheolaíocha éagsúla nó ar réigiúin núicléitíde éagsúla.

Sreabhchairt Uimh. 2: Nós imeachta diagnóiseach maidir leis an lotnaid shonraithe i samplaí uisce.

a Tástáil dá dtagraítear i bpointí 2.2(e), (f) agus (g) a bheidh i gceann den dá thástáil sainaitheantais sin. Tá torthaí dearfacha sa dá thástáil sainaitheantais ag teastáil chun a dheimhniú gurb ann don lotnaid.

4. ULLMHÚCHÁN SAMPLA

4.1. Samplaí ó thiúbair aisiomptómacha

Beidh 200 tiúbar sa sampla caighdeánach in aghaidh na tástála. Tá cur síos sna caighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta ar an nós imeachta saotharlainne iomchuí chun croíthe na súl caoch a phróiseáil leis an úsc a fháil chun an lotnaid shonraithe a bhrath.

4.2. Samplaí ó phlandaí sonraithe aisiomptómacha

Déanfar ionfhabhtuithe folaigh a bhrath ar shamplaí comhiomlána de dheighleoga gais nó de pheitíní duilleoige. Is féidir an nós imeachta a chur i bhfeidhm le haghaidh suas le 200 cuid gais nó 200 peitín duilleoige ó phlandaí éagsúla i sampla amháin. Tá cur síos sna caighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta ar an nós imeachta saotharlainne iomchuí chun deighleoga gáis nó peitín duilleoige a dhífhabhtú agus a phróiseáil leis an úsc a fháil chun an lotnaid shonraithe a bhrath.

4.3. Samplaí ó ábhar siomptómach ó na plandaí sonraithe

Déanfar codanna den fhíochán a bhaint go haiseipteach ón bhfáinne soithíoch i dtiúbar práta nó ó na snáitheanna soithíocha i ngais de na plandaí sonraithe a bhfuil an chuma orthu go bhfuil siad ag sleabhcadh. Tá cur síos mionsonraithe sna caighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta ar an nós imeachta saotharlainne iomchuí chun na fíocháin sin a phróiseáil leis an úsc a fháil chun an lotnaid shonraithe a bhrath.

4.4. Samplaí d’uisce dromchla nó d’uisce athshruthúcháin (lena n-áirítear próiseáil prátaí nó eisiltigh séarachais)

Is é aonrú roghnaitheach an phríomhthástáil chun an lotnaid shonraithe a bhrath i samplaí d’uisce dromchla, d’uisce ó chórais athshruthúcháin agus de shamplaí eisiltigh (an tionscal próiseála prátaí). Déantar cur síos ar an nós imeachta saotharlainne iomchuí chun samplaí uisce a phróiseáil i gcaighdeáin dhiagnóiseacha idirnáisiúnta.

(1) Pastrik, K.H., Elphinstone, J.G., Pukall, R. (2002) Sequence analysis and detection of Ralstonia solanacearum by multiplex PCR amplification of 16S-23S ribosomal intergenic spacer region with internal positive control. European Journal of Plant Pathology 108, 831–842.

(2) Weller, S.A, Elphinstone, J.G., Smith, N., Boonham, N., Stead, D.E. (2000). Detection of Ralstonia solanacearum strains with a quantitative, multiplex, real-time, fluorogenic PCR (TaqMan) assay. Applied and Environmental Microbiology, 66, 2853–2858. https://journals.asm.org/doi/10.1128/AEM.66.7.2853-2858.2000.

(3) Vreeburg, R.A.M., Bergsma-Vlami, M., Bollema, R.M., de Haan, E.G., Kooman-Gersmann, M., Smits-Mastebroek, L., Tameling, W.I.L., Tjou-Tam-Sin, N.N.A., van de Vossenberg B.T.L.H, Janse, J.D. (2016). Performance of real-time PCR and immunofluorescence for the detection of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus and Ralstonia solanacearum in potato tubers in routine testing. Bulletin OEPP/EPPO Bulletin 46, 112–121.

(4) Vreeburg, R., Zendman, A., Pol A., Verheij, E., Nas, M., Kooman-Gersmann, M. (2018). Validation of four real-time TaqMan PCRs for the detection of Ralstonia solanacearum and/or Ralstonia pseudosolanacearum and/or Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus in potato tubers using a statistical regression approach. EPPO Bulletin 48, 86–96.

(5) Massart, S., Nagy, C., Jijakli, M.H. (2014). Development of the simultaneous detection of Ralstonia solanacearum race 3 and Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus in potato tubers by a multiplex real-time PCR assay. European Journal of Plant Pathology 138, 29–37.

(6) Lenarčič, R., Morisset, D., Pirc, M., Llop, P., Ravnikar, M., Dreo, T. (2014). Loop-mediated isothermal amplification of specific endoglucanase gene sequence for detection of the bacterial wilt pathogen Ralstonia solanacearum. PLoS ONE 9(4), e96027. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0096027.

(7) Opina, N., Tavner, F., Holloway, G., Wang, J.F., Li, T.H., Maghirang, R., Fegan, M., Hayward, A.C., Viji Krishnapillai, A., Wai-Foong Hong, Holloway, B.W, Timmis, J.N. (1997). A novel method for development of species and strainspecific DNA probes and PCR primers for identifying Burkholderia solanacearum (formerly Pseudomonas solanacearum). Asia-Pacific Journal of Molecular Biology and Biotechnology 5, 19–30.

(8) Fegan, M., Prior, P. (2005). How complex is the “Ralstonia solanacearum species complex”. In Bacterial Wilt Disease and the Ralstonia solanacearum Species Complex (eagarthóirí Allen C, Hayward AC & Prior P), lgh. 449–461. American Phytopathological Society, St Paul, MN (US).

(9) Wicker, E., Grassart, L., Coranson-Beaudu, R., Mian, D., Guilbaud, C., Fegan, M., Prior, P. (2007). Ralstonia solanacearum strains from Martinique French West Indies) exhibiting a new pathogenic potential. Applied and Environmental Microbiology 73, 6790–6801.

(10) van de Bilt, J.L.J., Wolsink, M.H.L., Gorkink-Smits, P.P.M.A., Landman, N.M., Bergsma-Vlami, M. (2018). Application of Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-Of-Flight Mass Spectrometry for rapid and accurate identification of Ralstonia solanacearum and Ralstonia pseudosolanacearum. European Journal of Plant Pathology, https://doi.org/10.1007/s10658-018-1517-5.