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Les faits à l’origine du litige ont été constatés par le Tribunal comme suit, aux points 1 à 27 de l’arrêt attaqué : « 1 Les requérantes, Alcogroup et sa filiale Alcodis, sont actives dans la production, la transformation et la commercialisation d’éthanol utilisé, d’une part, comme additif dans la production de combustibles fossiles ou comme combustible en tant que tel et, d’autre part, comme ingrédient traditionnel dans, par exemple, la production de boissons et la fabrication de produits pharmaceutiques, chimiques et cosmétiques. Première enquête et première inspection 2 À la suite d’une plainte déposée en mars 2013, la Commission européenne a mené, en mai 2013, des inspections dans les locaux de Platts (U.K.) Ltd et dans ceux de certaines entreprises actives dans les secteurs du pétrole brut, des produits pétroliers raffinés et des biocarburants. Platts (U.K.) est une entreprise qui a développé et qui met à disposition du public une méthode d’évaluation des prix de l’éthanol, dénommée “market-on-close”. Ces inspections ont été menées dans le cadre d’une enquête de la Commission qui visait tant le fonctionnement de ladite méthode que d’éventuelles collusions entre entreprises quant à sa manipulation (ci-après la “première enquête”). L’affaire a été enregistrée à la Commission sous la référence AT.40054 – Oil and Biofuel Markets (précédemment OCTOPUS). 3 Dans ce contexte, la Commission a pris une décision en date du 29 septembre 2014, ordonnant à Alcogroup ainsi qu’à toutes les entreprises qu’elle contrôle directement ou indirectement, dont Alcodis, de se soumettre à une inspection en vertu de l’article 20, paragraphe 4, du [règlement no 1/2003]. L’inspection a eu lieu dans les locaux communs des requérantes du 7 au 10 octobre 2014. Quinze fonctionnaires ont été mandatés par la Commission pour effectuer cette inspection, assistés de représentants de l’autorité belge de la concurrence, et les requérantes ont sollicité l’assistance de leurs avocats. 4 Après la première inspection, de nombreux documents et courriels ont été élaborés et échangés entre les requérantes et leurs avocats en vue de leur défense. Selon les requérantes, pour indiquer clairement que ces documents et ces courriels étaient couverts par le secret professionnel des avocats, chaque échange portait en principe la mention “legally privileged” (protégé par la confidentialité des correspondances entre l’avocat et son client) dans le titre ou était classé dans un dossier intitulé “Legally privileged”. Seconde enquête et seconde inspection 5 En parallèle de la première enquête, la Commission a entamé l’enquête AT.40244 – Bioethanol (précédemment AQUAVIT), relative à d’éventuels accords ou d’éventuelles pratiques concertées ayant pour objectif de coordonner le comportement des entreprises actives dans le secteur de la commercialisation du bioéthanol dans l’[E]space économique européen (EEE), le partage de marchés et de clients et les échanges d’informations (ci-après la “seconde enquête”). 6 Dans le cadre de la seconde enquête, la Commission a adopté la [seconde décision d’inspection]. 7 Le 16 mars 2015, la Commission a mandaté huit fonctionnaires pour effectuer la seconde inspection dans les locaux des requérantes. Parmi ces fonctionnaires, un seul faisait partie du groupe d’inspecteurs mandatés pour effectuer la première inspection. En outre, deux agents de l’[A]utorité belge de la concurrence qui avaient assisté à la première inspection ont également participé à la seconde. Enfin, Mes P. B. et L. B. (ci-après, pris ensemble, les “conseils des requérantes”) ont assisté à la seconde inspection. 8 La seconde inspection s’est déroulée pendant quatre jours, à savoir du mardi 24 au vendredi 27 mars 2015. Premier jour de la seconde inspection (24 mars 2015) 9 Les conseils des requérantes ont formulé, dès le premier jour de la seconde inspection, une demande de principe à la Commission, qui visait à ce que la confidentialité des documents de défense établis à la suite de la première inspection soit respectée. 10 Les parties divergent sur les moyens qui auraient été demandés par les requérantes et acceptés en principe par la Commission pour assurer cette confidentialité ainsi que sur le déroulement concret du premier jour de cette inspection. 11 En tout état de cause, il n’est pas contesté que les enquêteurs de la Commission ont effectué des recherches informatiques visant à identifier les documents potentiellement intéressants aux fins de la seconde enquête. Ils ont examiné les serveurs, les disques durs et les outils électroniques de certaines personnes jouant un rôle important chez les requérantes. Avant la vérification individuelle des documents, les enquêteurs ont copié les documents identifiés sur des ordinateurs de la Commission sur place en utilisant le logiciel informatique d’investigation numérique dénommé “Nuix”, qui permet l’indexation et la recherche par mots clés spécifiques. Deuxième jour de la seconde inspection (25 mars 2015) 12 Le 25 mars 2015, les enquêteurs ont commencé l’analyse individuelle des documents copiés sur les ordinateurs de la Commission. 13 À la fin de ce jour, les enquêteurs de la Commission ont enregistré sur une clé USB une liste de 59 séries de documents “à exporter”. 14 Il s’est avéré que cinq courriels parmi les 59 séries de documents portaient, dans leur objet ou leur titre, la mention “legally privileged”. 15 À la lecture de la liste des documents “à exporter” sur la clé USB, les conseils des requérantes se sont opposés à la saisie de ces courriels et de leurs pièces jointes, ce qui a été accepté par la Commission. Ces documents n’ont donc pas été ajoutés au dossier de la Commission. Troisième jour de la seconde inspection (26 mars 2015) 16 Le troisième jour de l’inspection, la Commission a indiqué aux requérantes que, lorsqu’un seul document comportait la mention “à exporter”, le logiciel Nuix prenait par défaut l’ensemble des documents liés, qualifié d’“arbre de la famille entier”, et non uniquement l’élément individuel marqué pour exportation. Cela expliquerait pourquoi les cinq courriels “potentiellement protégés” par la confidentialité des correspondances entre l’avocat et son client, décrits au point 14 ci-dessus, sont apparus dans la liste de documents “à exporter”, donnant l’impression que tous les documents avaient été marqués pour exportation. 17 Par ailleurs, les enquêteurs ont exclu des données copiées sur les ordinateurs de la Commission et soumises aux recherches par mots clés les documents portant la mention “legally privileged”. Ils les ont mis directement dans un dossier informatique séparé en vue de leur examen individuel par un enquêteur en présence d’un conseil des requérantes. C’est ainsi que 22000 documents portant les termes “legally privileged” ont été séparés. Lors de cette vérification individuelle, les conseils des requérantes ont pris soin de masquer la barre de lecture du logiciel Nuix. 18 Il ressort du procès-verbal d’inspection relatif aux documents pour lesquels la confidentialité est invoquée qu’un document a été mis sous scellés le 26 mars 2015. Il s’agit de la convention conclue entre L., une société créée par Me L. B., et Alcogroup. La Commission souhaitait vérifier si Me L. B. avait le statut d’avocat indépendant au sens de la jurisprudence du juge de l’Union européenne et les requérantes ont invoqué le fait que cette convention était protégée elle-même par la confidentialité des correspondances entre l’avocat et son client. Quatrième et dernier jour de la seconde inspection (27 mars 2015) 19 La méthode décrite au point 17 ci-dessus, considérée trop fastidieuse par la Commission, a été abandonnée vers la fin de la matinée de la quatrième journée d’inspection. 20 Finalement, la Commission aurait été autorisée à regarder rapidement les documents contenant la référence “legally privileged”, après exclusion des documents postérieurs au 7 octobre 2014, date du début de la première inspection. Dans le cadre de cet ajustement, la Commission aurait accepté de ne pas examiner, même de manière sommaire, un certain nombre de documents à la suite des explications fournies par les conseils des requérantes. 21 En dépit du fait que la liste des documents à examiner a été expurgée des documents portant la mention “legally privileged”, les requérantes ont relevé, parmi la liste de documents “à exporter” établie par les enquêteurs le 27 mars 2015, un document qu’elles ont considéré comme étant protégé par la confidentialité des correspondances entre l’avocat et son client. 22 À la suite de l’opposition des requérantes à la saisie dudit document, les enquêteurs ont accepté de le supprimer de la liste des documents “à exporter”. Développements postérieurs à la seconde inspection 23 Par courrier daté du 16 avril 2015, la Commission a retourné dans son enveloppe scellée la convention conclue entre L., créée par Me L. B., et Alcogroup, arguant que le document n’était pas pertinent pour l’enquête. 24 Par courrier du 21 avril 2015 adressé à la Commission, les requérantes ont soutenu que la consultation lors de la seconde inspection d’un grand nombre de documents qui avaient été établis en vue de leur défense dans le cadre de la première inspection constituait une violation du droit à un procès équitable et du droit fondamental à l’inviolabilité du domicile ainsi que des principes de bonne administration et de protection de la confiance légitime. Ces violations auraient vicié tant la première que la seconde enquête, de telle sorte que la Commission aurait dû confirmer “la suspension immédiate de tou[t] acte d’enquête ou autre qui [aurait été] posé par les services de la Commission à [leur] égard [...] dans le cadre des procédures AT.40244 (AQUAVIT) et AT.40054 (OCTOPUS)”. 25 Dans sa [lettre] du 8 mai 2015, la Commission a rejeté la demande de suspendre tout acte d’enquête à l’égard des requérantes dans les deux procédures concernées [...]. Par la lettre du 8 mai 2015, la Commission a contesté toute violation des droits des requérantes dans chacune des deux procédures, en soutenant notamment que le marquage des documents ne valait pas nécessairement prise de connaissance de ceux-ci et que les allégations des requérantes selon lesquelles l’équipe d’inspecteurs avait délibérément sélectionné et analysé des documents couverts par le secret professionnel étaient absolument infondées. Selon la Commission, il n’y avait dès lors aucune raison de suspendre les deux enquêtes en cours. 26 [...] 27 La seconde enquête, ayant donné lieu à la seconde inspection, a été close le 7 avril 2017. »