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Les antécédents pertinents du litige ont été exposés comme suit aux points 1 à 17 de l’arrêt attaqué : « 1 Le 9 juillet 2008, la République tchèque a soumis à la Commission des Communautés européennes un projet de programme d’aide pour les exercices 2009 à 2014, en application de l’article 5, paragraphe 1, du règlement [no 479/2008]. 2 Parmi les mesures du projet de programme figurait [la mesure de protection litigieuse], qui était censée être mise en œuvre soit par des moyens mécaniques, à savoir la clôture des vignobles ou divers systèmes d’éloignement, soit par des moyens actifs impliquant la présence d’hommes émettant des sons [...] 3 Dans une lettre du 8 octobre 2008, la Commission a formulé des griefs contre le projet susmentionné, en vertu de l’article 5, paragraphe 2, du règlement no 479/2008. Toutefois, les griefs de la Commission ne visaient pas la mesure de protection litigieuse. 4 La République tchèque a révisé le projet de programme en tenant compte des griefs de la Commission et lui a transmis un nouveau projet le 12 février 2009. Le second projet contenait à nouveau, dans sa forme non modifiée par rapport au projet initial, la mesure de protection litigieuse. La Commission n’a plus soulevé de griefs contre le second projet. 5 À l’occasion d’une enquête d’audit menée sous la référence VT/VI/2009/101/CZ, visant à vérifier la compatibilité des mesures adoptées par la République tchèque dans le cadre de la restructuration et de la reconversion des vignobles avec les conditions d’octroi des aides en la matière et portant sur la campagne viticole 2007/2008, la Commission a, en date du 20 février 2009, adressé à la République tchèque une communication au titre de l’article 11, paragraphe 1, du règlement (CE) no 885/2006 de la Commission, du 21 juin 2006, portant modalités d’application du règlement (CE) no 1290/2005 du Conseil en ce qui concerne l’agrément des organismes payeurs et autres entités ainsi que l’apurement des comptes du FEAGA et du Feader (JO 2006, L 171, p. 90). Cette communication se lit en partie comme suit : “Ce résultat met néanmoins en lumière le fait que les travaux de restructuration se sont essentiellement limités à une protection du vignoble existant contre les animaux sans aucune autre intervention. Cette approche soulève un problème de conformité au regard de l’article 11, paragraphe 2, du règlement (CE) no 1493/1999, lequel stipule que le régime a pour objectif d’adapter la production à la demande du marché. Si la restructuration en République tchèque s’est limitée à la seule protection contre les animaux du vignoble existant, prima facie, la dépense n’est pas éligible car elle est sans rapport avec les exigences réglementaires requises”. Dans la même lettre, la Commission indiquait que les autorités tchèques devaient “mettre en œuvre toutes les mesures nécessaires de façon à remédier aux carences et aux non-conformités.” 6 Par lettre du 22 septembre 2009, la Commission a notifié son intention de mener une autre enquête d’audit sous la référence VT/VI/2009/004/CZ. Cette enquête devait porter sur les mesures relatives à la restructuration et à la reconversion des vignobles en République tchèque au cours de la campagne viticole 2008/2009. 7 Du 26 au 29 janvier 2010, la Commission a mené cette dernière enquête en République tchèque. 8 Dans une communication du 22 mars 2010 effectuée en vertu de l’article 11, paragraphe 1, du règlement no 885/2006 [...], la Commission a, dans le cadre de l’enquête portant la référence VT/VI/2009/004/CZ, notamment relevé ce qui suit : “Lors du contrôle sur place, l’équipe d’audit a eu des doutes quant à la question de savoir si la protection active et passive contre les oiseaux et les animaux sauvages constitu[ait] une activité admissible dans le cadre de la restructuration et de la reconversion.” 9 Par ailleurs, la Commission a, dans le même document, indiqué à l’adresse de la République tchèque que “[l]a protection active et passive contre les oiseaux et les animaux sauvages ne saurait être considérée comme une nouvelle mesure grâce à laquelle la gestion des vignobles s’améliorait de façon que la production s’adapte à la demande du marché”. Finalement, la communication rappelle que “[l]e règlement (CE) no 1493/1999 indique clairement que l’objectif [des opérations de restructuration] est ‘d’adapter la production à la demande du marché’”. 10 En date du 31 janvier 2011, la Commission a transmis à la République tchèque le procès-verbal d’une réunion bilatérale qui s’était tenue au titre de l’article 11, paragraphe 1, troisième alinéa, du règlement no 885/2006 et qui avait eu lieu entre des représentants de la République tchèque et de ses propres services le 13 décembre 2010 au sujet des deux enquêtes susmentionnées. À partir du 31 janvier 2011, la référence aux deux enquêtes figurait au début de toute la correspondance de la Commission dans la présente affaire. 11 Dans le procès-verbal, la Commission a considéré que les dépenses effectuées en République tchèque au titre de la mesure de protection litigieuse constituaient des opérations non admissibles et a demandé à la République tchèque le montant exact des dépenses déclarées pour les exercices 2008 à 2010. 12 Le 3 décembre 2012, la Commission a adressé à la République tchèque une communication au titre de l’article 11, paragraphe 2, troisième alinéa, et de l’article 16, paragraphe 1, du règlement no 885/2006. Dans cette communication, la Commission a réitéré et précisé son opinion selon laquelle les modes de protection active et passive des vignobles prévus par la République tchèque n’étaient pas couverts par la notion de restructuration et de reconversion visée à l’article 11 du règlement [no 1493/1999], ainsi qu’à l’article 11 du règlement no 479/2008. À cet égard, la Commission a proposé une correction financière de 52347157,43 couronnes tchèques (CZK) (environ 2040737 euros) et de 11984289,94 euros pour les exercices 2007 à 2010, en soumettant les exercices 2007 et 2008 à l’application du règlement no 1493/1999 et les autres exercices à l’application du règlement no 479/2008. 13 À la suite d’une demande du 17 janvier 2013 présentée par la République tchèque, l’organe de conciliation a organisé une réunion le 19 juin 2013 et rendu le 2 juillet 2013 un rapport final relatif à la procédure de conciliation portant la référence 13/CZ/552. Dans ce rapport, l’organe de conciliation a invité la Commission à ne pas proposer de correction financière pour les dépenses effectuées au titre du programme d’aide dans son ensemble pour la période 2009 à 2014 et à reconsidérer sa décision d’imposer la correction financière proposée de 52347157,43 CZK (environ 2040737 euros) et de 11984289,94 euros. 14 Par lettre du 22 avril 2014, la Commission a transmis à la République tchèque un avis final après la présentation du rapport de l’organe de conciliation. Dans cet avis, la Commission a répété que, selon elle, la mesure de protection litigieuse ne saurait être considérée comme admissible dans le cadre du programme de restructuration et de reconversion des vignobles. 15 S’agissant des exercices 2007 à 2009, la Commission a relevé que l’absence de griefs de sa part contre le projet de programme d’aide à l’égard de la mesure de protection litigieuse avait permis à la République tchèque de croire légitimement que les aides en faveur de cette mesure étaient des opérations admissibles. Selon la Commission, la République tchèque ne pouvait cependant nourrir aucune confiance légitime à cet égard après avoir reçu sa lettre du 22 mars 2010. Pour cette raison, la Commission a estimé qu’une correction financière était justifiée pour toutes les dépenses à l’égard desquelles un engagement avait été pris après le 22 mars 2010. Ensuite, elle a proposé une correction financière pour les exercices 2010 à 2012 pour un montant total de 2123199,04 euros. 16 Finalement, la Commission a adopté la [décision litigieuse], sur la base de l’article 52 du règlement (UE) no 1306/2013 du Parlement européen et du Conseil, du 17 décembre 2013, relatif au financement, à la gestion et au suivi de la politique agricole commune et abrogeant les règlements (CEE) no 352/78, (CE) no 165/94, (CE) no 2799/98, (CE) no 814/2000, (CE) no 1290/2005 et (CE) no 485/2008 du Conseil (JO 2013, L 347, p. 549 ; rectifié par JO 2016 L 130, p. 13). 17 Dans la [décision litigieuse], la Commission a écarté les dépenses effectuées par la République tchèque au titre du [FEAGA] en faveur de la mesure de protection litigieuse dans le cadre du programme de restructuration et de reconversion des vignobles pour 2010 à 2012, pour un montant total de 2123199,04 euros. »