Les faits à l'origine de l'affaire ne sont pas contestés par les parties. Ils sont en grande partie exposés dans le premier arrêt Auer et nous les rappellerons ainsi. Le docteur Vincent Auer, ressortissant autrichien à l'origine, a étudié la médecine vétérinaire à Vienne (Autriche), Lyon et enfin à Parme où il a obtenu son diplôme en 1956. En 1958, il s'est établi en France pour y pratiquer sa profession, d'abord comme assistant de vétérinaires français, puis pour son propre compte. Naturalisé citoyen français en 1961, il a demandé à plusieurs reprises l'autorisation d'exercer la médecine et la chirurgie des animaux au sens du décret ministériel no 62-1481 du 27 novembre 1962. Selon ces dispositions en effet, l'autorisation d'exercer peut être accordée à des vétérinaires d'origine étrangère ayant acquis la nationalité française et titulaires d'un diplôme de vétérinaire délivré à l'étranger et dont l'équivalence avec le diplôme français a été reconnue par une commission d'examen à cet effet. Toutefois, dans le cas du docteur Auer, la commission n'a pas admis cette équivalence qui est pourtant reconnue par quelques instituts académiques français. Ces demandes furent donc rejetées et il a été à plusieurs reprises poursuivi pour exercice abusif de la profession.

C'est dans le cadre de l'une de ces procédures pénales que la cour d'appel de Colmar a saisi la Cour d'une question préjudicielle sur laquelle elle s'est prononcée dans la première affaire Auer. La Cour avait alors (le 7 février 1979) déclaré que, pour la période antérieure à la date où les États membres devaient avoir pris les mesures nécessaires pour se conformer aux directives 78/1026 et 78/1027, les ressortissants d'un État membre ne pouvaient se prévaloir de l'article 52 du traité. CEE en vue d'exercer la profession vétérinaire dans cet État membre à d'autres conditions que celles prévues par la législation nationale (attendu 30).

En mai 1980, l'université de Parme a délivré à M. Auer un certificat d'habilitation à l'exercice de la médecine vétérinaire. Dans l'intervalle il avait continué à pratiquer la chirurgie vétérinaire à Mulhouse; il a été poursuivi à ce titre, ainsi que pour exercice illégal de la pharmacie vétérinaire et usurpation du titre de vétérinaire les 26 janvier et 15 juin 1981, sur une plainte de l'Ordre national des vétérinaires de France et du Syndicat national des vétérinaires praticiens français. M. Auer n'a pas contesté les faits dont il lui était fait grief, mais a excipé des droits que lui attribuaient les règles communautaires relatives à la liberté d'établissement. Il a fait valoir en particulier que le délai accordé aux États membres pour adopter les mesures nécessaires pour se conformer aux directives 78/1026 et 78/1027 avait expiré en décembre 1980: depuis cette date, en conséquence, personne ne pouvait lui refuser le droit d'exercer sa profession selon les règles sanctionnées par ces directives. Il a ajouté qu'il était déterminant que l'article 2 de la directive 78/1026 impose aux États membres de reconnaître les diplômes énumérés à l'article 3 et que cette enumeration comporte précisément à la lettre f) le diplôme qui lui a été attribué en Italie.

Le juge de première instance a rejeté cet argument et, bien qu'ayant prononcé un non-lieu pour certains des faits reprochés à M. Auer, il l'a déclaré coupable d'exercice abusif de la profession et l'a condamné à une amende ainsi qu'à payer des dommages et intérêts aux parties civiles et à les rembourser de leurs dépens. Toutes les parties au litige ont interjeté appel devant la cour d'appel de Colmar. Cette dernière a estimé qu'il était «inconcevable» qu'une personne d'origine étrangère et dotée d'un diplôme étranger puisse exercer comme vétérinaire en France sans être tenue de s'inscrire à l'Ordre des vétérinaires et jouisse ainsi de droits refusés aux Français d'origine. Elle a cependant sursis à statuer en demandant à la Cour des Communautés européennes de dire si le fait d'exiger d'une personne se trouvant dans la situation de M. Auer son inscription à un ordre national comme condition préalable de l'exercice de l'activité de vétérinaire, alors que le délai accordé aux États membres pour se conformer aux directives 78/1026 et 78/1027 est expiré, «constitue... une restriction à la liberté d'établissement instituée par les articles 52 et 57 du traité de Rome».