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Les antécédents du litige sont décrits comme suit aux points 1 à 19 de l’arrêt attaqué : « 1 Conformément au règlement (CE) no 2321/2002 du Parlement européen et du Conseil, du 16 décembre 2002, relatif aux règles de participation des entreprises, des centres de recherche et des universités et aux règles de diffusion des résultats de la recherche pour la mise en œuvre du sixième programme-cadre de la Communauté européenne (2002-2006) (JO [2002,] L 355, p. 23), et dans le cadre défini par la décision no 1513/2002/CE du Parlement européen et du Conseil, du 27 juin 2002, relative au sixième programme-cadre de la Communauté européenne pour des actions de recherche, de développement technologique et de démonstration contribuant à la réalisation de l’espace européen de la recherche et à l’innovation (2002-2006) (JO [2002,] L 232, p. 1), la Commission des Communautés européennes a conclu trois contrats de subvention avec, entre autres parties, la requérante, [Ludwig-Bölkow-Systemtechnik], une entreprise de conseil en technologie et en stratégie, dont l’activité s’exerce principalement dans les domaines de l’énergie, de la mobilité et de la durabilité. 2 Pour le premier contrat, correspondant au projet intitulé “Development of a harmonised ‘European Hydrogen Energy RoAdmap’ by a balanced group of partners from industry, European regions and technical and socio-economic scenario and modelling experts” (développement d’une “feuille de route européenne de l’énergie hydrogène” harmonisée, par un groupe composé de manière équilibrée de partenaires de l’industrie, de régions européennes et d’experts en scénarios techniques et socio-économiques et en modélisation) (ci-après le “projet HyWays”) ainsi que le deuxième contrat, correspondant au projet intitulé “Handbook for Approval of Hydrogen Refuelling Stations” (manuel pour l’approbation des stations de ravitaillement d’hydrogène) (ci-après le “projet HyApproval”), la requérante agissait en tant que coordinateur. En ce qui concerne le troisième contrat, correspondant au projet “Harmonisation of Standards and Regulations for a sustainable Hydrogen and Fuel Cell Technology” (harmonisation des normes et réglementations pour une technologie durable de l’hydrogène et des piles à combustible) (ci-après le “projet HarmonHy”), elle ne constituait que l’un des contractants du consortium. 3 Selon l’article 12 de chacun des contrats, la loi belge leur est applicable. 4 L’article 13 desdits contrats prévoit une clause compromissoire précisant que le Tribunal est seul compétent pour statuer sur les litiges entre la Commission et les cocontractants concernant leur validité, leur application ou leur interprétation. 5 Les conditions générales qui, conformément à l’article 14 de chaque contrat, en font partie intégrante incluent une première partie concernant notamment l’exécution des projets en cause, la fin des contrats et la responsabilité (points II.2 à II.18), une deuxième partie concernant les dispositions financières et les contrôles, audits, remboursements et sanctions (points II.19 à II.31) et une troisième partie concernant les droits de propriété intellectuelle (points II.32 à II.36). 6 Le point II.19, paragraphe 1, des conditions générales définit les dépenses éligibles au financement de l’Union européenne et stipule ce qui suit : “Les coûts éligibles exposés pour la mise en œuvre du projet doivent satisfaire aux conditions suivantes : a) ils doivent être réels, économiquement rationnels et nécessaires à la mise en œuvre du projet ; b) ils doivent être déterminés conformément aux principes comptables habituels du cocontractant ; c) ils doivent être exposés pendant la durée du projet telle que définie à l’article 4, paragraphe 2 [...] ; d) ils doivent être enregistrés dans la comptabilité du cocontractant qui les a encourus, au plus tard à la date de l’établissement du certificat d’audit prévu au point II.26. Les procédures comptables employées pour enregistrer les dépenses et les recettes doivent respecter les règles comptables de l’État d’établissement du cocontractant ainsi que permettre le rapprochement direct entre les dépenses et les recettes encourues pour la mise en œuvre du projet et les déclarations d’ensemble relatives à l’ensemble de l’activité du cocontractant [...]” 7 Le point II.19, paragraphe 2, sous a) à h), des conditions générales mentionne huit catégories de coûts non éligibles. Le point II.19, paragraphe 2, sous i), ajoute que sont inéligibles tous les coûts qui ne remplissent pas les conditions établies au paragraphe 1. 8 Les points II.20 et II.21 des conditions générales définissent deux types de coûts éligibles dans les conditions prévues par le point II.19, à savoir, premièrement, les coûts directs, imputables directement aux projets, et, deuxièmement, les coûts indirects, non imputables directement aux projets, mais susceptibles d’être identifiés et justifiés par le système comptable du cocontractant comme étant supportés en relation avec les coûts directs. 9 Le point II.22, paragraphe 1, des conditions générales prévoit trois modèles de déclaration des coûts, dont le modèle du coût complet utilisé pour l’imputation par les contractants des coûts éligibles directs et indirects et le modèle du coût complet-taux forfaitaire utilisé par les contractants pour l’imputation des coûts éligibles directs et d’un taux forfaitaire pour les coûts indirects. Ce taux forfaitaire est égal à 20 % de tous les coûts directs moins les coûts des contrats de sous-traitance, ce qui est censé couvrir tous les coûts indirects encourus par le contractant dans le cadre du projet. 10 Le point II.24, paragraphe 2, second alinéa, des conditions générales stipule que la contribution financière de l’Union ne peut pas être une source de profit pour les contractants. 11 Conformément au point II.29, paragraphe 1, des conditions générales, à tout moment au cours du contrat et jusqu’à cinq ans après la fin du projet, la Commission peut procéder à des audits. Ces audits peuvent porter sur des aspects scientifiques, financiers, technologiques et autres, tels que les principes de comptabilité et de gestion, se rapportant à la bonne exécution du projet et du contrat. 12 Le point II.30 des conditions générales est rédigé de la manière suivante : “Sans préjudice des autres mesures prévues dans le présent contrat, les contractants conviennent que [l’Union], dans le but de protéger ses intérêts financiers, est en droit de réclamer un dommage forfaitaire à un contractant dont les dépenses se sont avérées exagérées et qui en conséquence a reçu une contribution financière injustifiée de [l’Union]. L’indemnité forfaitaire est due en sus du recouvrement de la contribution financière injustifiée à effectuer par le contractant. 1. Le montant de l’indemnité forfaitaire doit être proportionnel à la dépense exagérée et à la part injustifiée de la contribution de [l’Union]. Le montant de l’indemnité forfaitaire est calculé selon la formule suivante : Indemnité forfaitaire = contribution financière injustifiée × (dépense exagérée/total réclamé) Le calcul de toute indemnité forfaitaire tient uniquement compte de la période qui se rapporte à la contribution de [l’Union] réclamée par le contractant pour cette période. Elle n’est pas calculée par rapport à la contribution entière de [l’Union]. 2. La Commission notifie sa demande de paiement par lettre recommandée avec accusé de réception au contractant qu’elle juge redevable d’une indemnité forfaitaire. Le contractant dispose d’un délai de 30 jours pour répondre à la demande d’indemnité de [l’Union]. 3. La procédure à suivre pour le remboursement d’une contribution financière injustifiée et pour le paiement d’une indemnité forfaitaire sera déterminée conformément aux dispositions du point II.31. 4. La Commission est en droit de demander une indemnisation pour toute dépense exagérée constatée après l’expiration du contrat, conformément aux dispositions des paragraphes 1 à 6. 5. Les dispositions du présent article sont sans préjudice des pénalités administratives ou financières que la Commission peut imposer à tout contractant défaillant conformément au règlement financier ou de toute autre mesure corrective civile à laquelle [l’Union] ou un autre contractant serait en droit de recourir. En outre, lesdites dispositions n’excluent pas le recours à des poursuites pénales par les autorités des États membres. 6. D’autre part, comme le règlement financier le prévoit, tout contractant déclaré avoir manqué gravement à ses obligations contractuelles pourra être soumis à une pénalité financière d’une valeur comprise entre 2 % et 10 % du montant de la contribution financière qu’il aura reçue de [l’Union]. Le taux pourra atteindre 4 à 20 % en cas de récidive dans les cinq années suivant le premier manquement.” 13 En février 2008, la Commission a procédé, en application du point II.29 des conditions générales, à un audit portant sur la bonne exécution des contrats litigieux. 14 Le 17 mars 2011, la Commission a communiqué à la requérante un projet de rapport d’audit. Par courriers des 21 et 22 avril 2011, la requérante a pris position sur ledit projet. 15 Le 25 juillet 2011, la Commission a transmis à la requérante la version finale du rapport d’audit. Le rapport a conclu que la requérante avait fixé à un niveau trop élevé ses coûts de personnel éligibles. Par ailleurs, selon ce rapport, des coûts relevant de la recherche auraient été qualifiés à tort de coûts de gestion. Enfin, des intérêts sur avances à hauteur totale de 1707,40 euros n’auraient pas été déclarés. 16 Pour les trois contrats qui, à cette date, avaient été menés à terme et pour lesquels le solde total de participation financière de l’Union avait été versé, la Commission a informé la requérante qu’elle lui notifierait des notes de débit. 17 Du 10 août 2011 au 11 novembre 2013, la correspondance entre la requérante et la Commission s’est poursuivie, au cours de laquelle les parties se sont opposées sur les conclusions du rapport final d’audit. 18 Le 9 décembre 2013, la Commission a notifié à la requérante plusieurs notes de débit. Il ressort de ces notes que le montant à recouvrer par la Commission s’élevait à 218539,62 euros au titre du projet HyWays, à 75407,06 euros au titre du projet HyApproval et à 47128,39 euros au titre du projet HarmonHy. En outre, la Commission a réclamé à la requérante des indemnités forfaitaires en application du point II.30 des conditions générales, à savoir 60402,30 euros au titre du projet HyWays, 11019,61 euros au titre du projet HyApproval et 10002,17 euros au titre du projet HarmonHy. 19 Postérieurement à l’introduction du recours, la Commission a émis en faveur de la requérante les notes de crédit nos 3233150004, 3233150005 et 3233150006, d’un montant respectif de 108753,52 euros, 10875,35 euros et 23404,88 euros. »