CONCLUSIONS DE L’AVOCAT GÉNÉRAL

MME JULIANE KOKOTT

présentées le 25 juillet 2018 ( 1 ) ( 2 )

Affaires jointes C‑293/17 et C‑294/17

Coöperatie Mobilisation for the Environment UA,

Vereniging Leefmilieu

contre

College van gedeputeerde staten van Limburg,

College van gedeputeerde staten van Gelderland (C-293/17)

et

Stichting Werkgroep Behoud de Peel

contre

College van gedeputeerde staten van Noord-Brabant (C-294/17)

[demande de décision préjudicielle formée par le Raad van State (Conseil d’État, Pays-Bas)]

« Renvoi préjudiciel – Environnement – Directive 92/43/CEE – Conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages – Zone de protection spéciale – Évaluation appropriée des incidences d’un projet sur un site – Notions du projet et évaluation appropriée des incidences – Programme d’évaluation des dépôts d’azote – Agriculture – Autorisation d’exploitation – Épandage – Pâturage – Incidences cumulées – Seuils de non-pertinence – Mesures d’atténuation – Mesures de compensation »

Table des matières

I. Introduction II. Le cadre juridique A. Le droit de l’Union 1. La directive « habitats » 2. La directive EIE B. Le droit néerlandais III. Les antécédents des litiges et les renvois préjudiciels A. Les mesures néerlandaises de réduction des dépôts d’azote B. L’affaire C‑293/17 C. L’affaire C‑294/17 D. La procédure devant la Cour IV. Appréciation juridique A. La deuxième question de l’affaire C‑294/17 : l’autorisation de projets conformément au PAS 1. Examen individuel ou examen global dans le cadre d’un programme ? 2. Les exigences que doit respecter un examen global dans le cadre d’un programme de coordination des dépôts d’azote a) Les éléments d’évaluation pertinents b) La quantité totale de dépôts d’azote permise 3. Conclusion intermédiaire B. Les questions 5 à 7a de l’affaire C‑293/17 et 3 à 5a de l’affaire C‑294/17 – La prise en compte de mesures indépendantes des projets 1. Les bases juridiques 2. Les « mesures à la source » évoquées dans les décisions de renvoi 3. Les mesures prises sur les sites protégés 4. Les évolutions futures 5. Conclusion intermédiaire C. La question 1 de l’affaire C‑294/17, les seuils et les plafonds de dépôts d’azote D. Les questions 1 à 4a et 8 de l’affaire C‑293/17, obligation d’évaluation pour le pâturage et l’épandage 1. La qualification en tant que projet a) La notion de « projet » b) L’épandage c) Le pâturage d) Conclusion intermédiaire 2. L’intégration dans un projet global a) La notion de « projet unique » b) Modifications des pratiques d’épandage c) Conclusion intermédiaire 3. L’exonération de l’obligation d’autorisation 4. La mise en œuvre de l’article 6, paragraphe 2, de la directive « habitats » E. Considérations finales V. Conclusion

I. Introduction

1. L’agriculture est non seulement une nécessité absolue pour de nombreux types d’habitats et d’espèces ( 3 ) mais aussi, en même temps, l’une des causes principales d’atteinte à de tels habitats et espèces protégés. Les deux présents renvois préjudiciels donnent à la Cour l’opportunité d’examiner cette situation avec l’exemple des dépôts d’azote sur des sites protégés par la directive 92/43/CEE ( 4 ), appelés sites « Natura 2000 », aux Pays-Bas. Cette affaire promet d’avoir une importance comparable à celle de l’affaire bien connue relative à la pêche à la coque dans la mer des Wadden ( 5 ), qui avait également pour origine un renvoi préjudiciel du Raad van State (Conseil d’État, Pays‑Bas).

2. D’après des indications de l’Agence européenne de l’environnement, en 2010, 73 % des sites Natura 2000 de l’Union européenne étaient affectés par des dépôts d’azote excessifs ( 6 ). C’est pourquoi l’issue des présentes affaires pourraient être importante également pour d’autres États membres. De surcroît, il convient de se demander si ces résultats seraient transférables à d’autres effets nocifs de l’agriculture, dus par exemple à l’emploi de pesticides.

3. En substance, aux Pays-Bas, sur certains sites protégés, les dépôts d’azote de différentes exploitations agricoles sont non pas évalués individuellement mais intégrés dans une planification globale dans le cadre d’un programme qui détermine sur la base d’une évaluation dans quelle mesure des dépôts d’azote sont permis. Il convient de vérifier non seulement si une telle planification globale est légale, mais aussi dans quelle mesure il est compatible avec la protection d’un site de prendre en compte des mesures de réduction du dépôt d’azote provenant d’autres sources, des mesures de restauration des sites protégés et des évolutions futures. En outre, il convient d’examiner comment l’épandage de surfaces agricoles et le pâturage doivent être intégrés dans le système d’évaluation des incidences sur l’environnement.

4. Au préalable, nous souhaitons préciser que l’approche de la planification globale dans le cadre d’un programme est louable, mais que ses modalités pratiques doivent encore être améliorées.

II. Le cadre juridique

A. Le droit de l’Union

1. La directive « habitats »

5. La protection des sites est régie comme suit à l’article 6, paragraphes 1 à 4, de la directive « habitats » : « 1. Pour les zones spéciales de conservation, les États membres établissent les mesures de conservation nécessaires impliquant, le cas échéant, des plans de gestion appropriés spécifiques aux sites ou intégrés dans d’autres plans d’aménagement et les mesures réglementaires, administratives ou contractuelles appropriées, qui répondent aux exigences écologiques des types d’habitats naturels de l’annexe I et des espèces de l’annexe II présents sur les sites. 2. Les États membres prennent les mesures appropriées pour éviter, dans les zones spéciales de conservation, la détérioration des habitats naturels et des habitats d’espèces ainsi que les perturbations touchant les espèces pour lesquelles les zones ont été désignées, pour autant que ces perturbations soient susceptibles d’avoir un effet significatif eu égard aux objectifs de la présente directive. 3. Tout plan ou projet non directement lié ou nécessaire à la gestion du site mais susceptible d’affecter ce site de manière significative, individuellement ou en conjugaison avec d’autres plans et projets, fait l’objet d’une évaluation appropriée de ses incidences sur le site eu égard aux objectifs de conservation de ce site. Compte tenu des conclusions de l’évaluation des incidences sur le site et sous réserve des dispositions du paragraphe 4, les autorités nationales compétentes ne marquent leur accord sur ce plan ou projet qu’après s’être assurées qu’il ne portera pas atteinte à l’intégrité du site concerné et après avoir pris, le cas échéant, l’avis du public. 4. Si, en dépit de conclusions négatives de l’évaluation des incidences sur le site et en l’absence de solutions alternatives, un plan ou projet doit néanmoins être réalisé pour des raisons impératives d’intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, l’État membre prend toute mesure compensatoire nécessaire pour assurer que la cohérence globale de Nature 2000 est protégée. L’État membre informe la Commission des mesures compensatoires adoptées. Lorsque le site concerné est un site abritant un type d’habitat naturel et/ou une espèce prioritaires, seules peuvent être évoquées des considérations liées à la santé de l’homme et à la sécurité publique ou à des conséquences bénéfiques primordiales pour l’environnement ou, après avis de la Commission, à d’autres raisons impératives d’intérêt public majeur. »

2. La directive EIE

6. Il convient en outre de mentionner l’article 1er, paragraphe 2, sous a), de la directive 2011/92/UE ( 7 ) qui définit comme projet « la réalisation de travaux de construction ou d’autres installations ou ouvrages » (premier tiret) et « d’autres interventions dans le milieu naturel ou le paysage, y compris celles destinées à l’exploitation des ressources du sol » (second tiret).

B. Le droit néerlandais

7. Parmi les dispositions du droit néerlandais, il convient de citer en particulier l’article 2.4 de la Wet natuurbescherming (loi sur la protection de la nature, ci-après la « Wnb ») : « 1. Lorsque la gestion d’une zone Natura 2000 l’exige en raison des objectifs de conservation, le gouvernement provincial impose à quiconque, dans son ressort, exerce ou se propose d’exercer une activité l’obligation : a. de fournir toutes informations concernant cette activité ; b. de prendre toutes les mesures préventives ou de restauration qui s’imposent ; c. d’exercer cette activité conformément aux dispositions que comportent les mesures susvisées ou d. de renoncer à cette activité ou d’y mettre fin. 2. Lorsque la protection d’une zone Natura 2000 rend nécessaire l’exécution immédiate d’une décision au sens du paragraphe 1, le gouvernement provincial peut notifier sa décision oralement à celui qui exerce ou entend exercer l’activité en question. Le gouvernement provincial consigne la décision par écrit dans les meilleurs délais et l’envoie ou la remet aux intéressés. 3. […] 4. Il est interdit d’agir en violation d’une obligation au sens des paragraphes 1 ou 3. »

III. Les antécédents des litiges et les renvois préjudiciels

8. Sur 118 des 162 sites Natura 2000 que comptent les Pays-Bas, il y a des dépôts d’azote excessifs dans des types d’habitats et des biotopes sensibles à l’azote. La principale source de cet azote est l’agriculture.

9. Les présents renvois préjudiciels concernent deux ensembles de problèmes différents liés aux mesures néerlandaises visant à limiter les dépôts d’azote sur de tels sites. Il s’agit de savoir, d’une part, si l’épandage et le pâturage des exploitations agricoles existantes doivent être limités ( 8 ), d’autre part, si de nouvelles exploitations doivent être autorisées ( 9 ).

A. Les mesures néerlandaises de réduction des dépôts d’azote

10. Les dépôts excessifs d’azote sur des sites protégés affectent en particulier des types d’habitats dont la végétation est adaptée au manque d’azote. C’est pourquoi la protection de ce patrimoine naturel constitue un défi particulier et est en même temps susceptible de faire obstacle à des évolutions économiques qui entraînent des dépôts d’azote.

11. C’est la raison pour laquelle les Pays-Bas ont décidé d’adopter une approche visant à lutter contre l’azote dans le cadre d’une programme, le Programma Aanpak Stikstof 2015-2021 (programme de lutte contre les dépôts d’azote pour 2015-2021, ci‑après le « PAS »).

12. Le PAS poursuit deux objectifs : il vise, d’une part, à préserver et à restaurer les sites Natura 2000 intégrés dans le PAS, afin d’atteindre un état de conservation satisfaisant au niveau national, et, d’autre part, à permettre des évolutions économiques qui entraînent des dépôts d’azote sur ces sites.

13. Afin de réduire constamment les dépôts d’azote, des mesures supplémentaires, à la source, ont été prises dans le cadre du PAS. Ce sont généralement des mesures visant à réduire les émissions provenant de sources d’azote. Il s’agit de mesures de réduction des émissions des étables, de mesures d’épandage à faible taux d’émissions d’azote, de mesures concernant le fourrage et de mesures de gestion. Il ressort d’un calcul des effets de ces mesures que d’ici 2020, grâce au PAS, les émissions annuelles d’ammoniaque ( 10 ) diminueront d’environ 13,4 kilotonnes par rapport à un scénario sans PAS. Toutefois, le PAS ne prend en compte que 6,4 kilotonnes de réduction des émissions annuelles, afin d’avoir une marge de sécurité ( 11 ).

14. Outre ces mesures à la source, le PAS prévoit des mesures spécifiques à certaines zones. Les mesures de restauration visent à renforcer les habitats sensibles à l’azote. Il s’agit de mesures hydrologiques et de mesures portant sur la végétation, en complément de la gestion normale des sites Natura 2000.

15. Enfin, le PAS prévoit quelle quantité d’azote peut être déposée sur une période de six ans. Cette « marge de dépôt » a été fixée pour chacun des sites Natura 2000. La réduction calculée des dépôts d’azote est utilisée en partie pour augmenter la marge de dépôt.

16. Le PAS comporte un système de surveillance et d’ajustement. Le suivi vise à donner une perspective d’évolution des dépôts d’azote, des marges de dépôt disponibles et des marges de dépôt utilisées, de progression de la mise en œuvre du PAS, ainsi que d’évolution d’habitats sensibles à l’azote. Sur cette base, les autorités compétentes peuvent modifier, remplacer ou ajouter des mesures à la source ou des mesures de restauration dans le PAS, ou bien réduire la marge de dépôt pour un site.

17. Un objectif important du PAS est de simplifier l’autorisation administrative d’activités émettrices d’azote. Depuis l’entrée en vigueur du programme, il est possible de recourir au PAS et à la réglementation dont il est assorti lors l’autorisation d’activités entraînant des dépôts d’azote. Le PAS et ces dispositions constituent un cadre d’examen d’activités émettrices d’azote (projets et autres activités). Ce cadre d’examen comprend : a) les projets et autres activités entraînant des dépôts d’azote qui ne dépassent pas un seuil de 0,05 mol ( 12 ) d’azote par hectare et par an (ci-après « mol N/ha/an ») sont permis sans autorisation préalable ; b) les projets et autres activités entraînant des dépôts d’azote qui ne dépassent pas un plafond de 0,05 à 1 mol N/ha/an sont permis sans autorisation préalable ; dans certains cas, il y a toutefois une obligation de déclaration ; c) les projets et autres actes qui entraînent des dépôts d’azote supérieurs au plafond, sont soumis à autorisation. L’autorisation peut être accordée en faisant référence au PAS lorsque ces projets ou activités n’entraînent pas une augmentation des dépôts d’azote. Ils peuvent être autorisés en faisant référence au PAS lorsqu’ils entraînent une augmentation des dépôts d’azote, si une marge de dépôt est accordée pour cette augmentation. Il est possible d’accorder au maximum 60 % de cette marge pendant la première période du PAS (trois ans). La comparaison avec les dépôts pour lesquelles une autorisation a été accordée auparavant et la situation pendant la période 2012-2014 est déterminante à cet égard.

B. L’affaire C‑293/17

18. Les quatre exploitations agricoles concernées par la demande de décision préjudicielle dans l’affaire C‑293/17, Coöperatie Mobilisation for the Environment UA et Vereniging Leefmilieu disposent d’autorisations des années 1989 à 2015 indiquant, par étable, la taille du cheptel et le type d’animaux, ainsi que le type d’étable et le facteur d’émission y afférent. Il ressort des autorisations accordées que, pour toutes les exploitations, uniquement les incidences des émissions des étables sur le patrimoine naturel sensible à l’azote ont été examinées.

19. En revanche, des réglementations des provinces de Gueldre et du Limbourg exonèrent le pâturage et l’épandage de l’obligation d’autorisation.

20. La demande de décision préjudicielle a pour origine un recours d’associations de protection de l’environnement contre l’exonération de l’obligation d’autorisation. Ces associations demandent, sans succès, que soient prises des mesures d’exécution contre le pâturage de bétail et l’épandage de fertilisant sur des terres agricoles pratiqués par quatre exploitations d’élevage de bétail situés à proximité de sites Natura 2000 dans les provinces de Gueldre et du Limbourg. Les administrations provinciales de Gueldre et du Limbourg ont rejeté les recours gracieux des associations de protection de l’environnement contre le rejet de ces demandes. Les associations ont dès lors introduit un recours contentieux contre ces décisions.

21. C’est pourquoi, dans l’affaire C‑293/17, Coöperatie Mobilisation for the Environment et Vereniging Leefmilieu, le Raad van State (Conseil d’État) adresse à la Cour les questions suivantes : « 1) Une activité qui ne relève pas de la notion de projet au sens de l’article 1er, paragraphe 2, sous a), de la [directive EIE] parce qu’elle n’est pas une intervention physique dans le milieu naturel peut-elle être un projet au sens de l’article 6, paragraphe 3, de la [directive “habitats”] au motif que cette activité est susceptible d’avoir des conséquences significatives pour une zone Natura 2000 ? 2) S’il est admis que l’épandage d’effluents sur ou dans le sol est un projet, faut-il alors, lorsque cet épandage a eu lieu de manière légale avant que l’article 6, paragraphe 3, de la [directive “habitats”] ne devienne applicable à une zone Natura 2000 et qu’il est toujours pratiqué actuellement, considérer qu’il s’agit d’un seul et même projet, même si cet épandage n’a pas toujours été effectué sur les mêmes parcelles, dans les mêmes quantités et suivant les mêmes techniques ? Est-il pertinent pour déterminer s’il s’agit d’un seul et même projet que les dépôts d’azote occasionnés par l’épandage d’effluents sur ou dans le sol n’ont pas augmenté après que l’article 6, paragraphe 3, de la [directive “habitats”] est devenu applicable à la zone Natura 2000 ? 3) L’article 6, paragraphe 3, de la [directive “habitats”] fait-il obstacle à une réglementation légale qui a pour objet d’exonérer de l’obligation d’autorisation une activité qui est indissolublement liée à un projet et qui doit dès lors être elle aussi considérée comme un projet, comme, par exemple, le pâturage de bétail dans un élevage de vaches laitières, exonération grâce à laquelle aucune autorisation individuelle n’est requise pour l’exercice de cette activité, étant entendu que les conséquences de l’activité licite sans autorisation ont été jugées appropriées lors de l’adoption de cette réglementation légale ? 3a) L’article 6, paragraphe 3, de la [directive “habitats”] fait-il obstacle à une réglementation légale visant à exonérer de l’obligation d’autorisation une catégorie déterminée de projets, comme, par exemple, l’épandage d’effluents sur ou dans le sol, exonération grâce à laquelle cette activité est licite sans autorisation individuelle, étant entendu que les conséquences des projets permis sans autorisation ont été jugées appropriées lors de l’adoption de cette réglementation légale ? 4) L’évaluation appropriée sur laquelle est fondée l’exonération de l’obligation d’autorisation prévue en faveur du pâturage de bétail et de l’épandage d’effluents sur ou dans le sol, évaluation dans laquelle les auteurs se sont basés sur l’ampleur et l’intensité, effectives et escomptées, de ces activités et ont conclu qu’en moyenne une augmentation des dépôts d’azote causée par ces activités pouvait être exclue, est-elle conforme aux exigences de l’article 6, paragraphe 3, de la [directive “habitats”] ? 4a) Est-il pertinent à cet égard que l’exonération de l’obligation d’autorisation soit liée au [PAS] 2015-2021, lequel est fondé sur la prémisse d’une diminution de la quantité totale de dépôts d’azote effectués dans des sites naturels sensibles à l’azote situés dans des zones Natura 2000 et que l’évolution des dépôts d’azote dans les zones Natura 2000 fassent, dans le cadre de ce programme, l’objet de bilans annuels et qu’au besoin, des mesures d’ajustement soient prises lorsqu’il apparaît que la réduction est moindre que celle qui avait été retenue dans l’évaluation appropriée réalisée aux fins de ce programme ? 5) Les effets positifs que des mesures de conservation et des mesures appropriées qui ont été adoptées pour des aires existantes de types d’habitat et de biotopes en exécution des obligations résultant de l’article 6, paragraphes 1 et 2, de la [directive “habitats”] peuvent-ils être pris en considération dans l’évaluation appropriée au sens de l’article 6, paragraphe 3, de la [directive “habitats”] qui a été réalisée aux fins d’un programme tel que le PAS 2015-2021 ? 5a) En cas de réponse affirmative à la question 5 : les effets positifs de mesures de conservation et de mesures appropriées peuvent-ils être pris en considération dans une évaluation appropriée réalisée aux fins d’un programme lorsque, au moment de la réalisation de l’évaluation appropriée, ces mesures n’avaient pas encore été mises en œuvre et que leurs effets positifs n’étaient pas encore intervenus ? Est-il pertinent à cet égard, si l’on considère que l’évaluation appropriée contient des constatations définitives concernant les effets de ces mesures, constatations basées sur les connaissances scientifiques les plus avancées, que l’exécution et le résultat de ces mesures font l’objet de bilans réguliers et que, lorsqu’il résulte d’un bilan que les effets sont moins favorables que l’hypothèse sur laquelle était fondée l’évaluation appropriée, des mesures d’ajustement seront prises au besoin ? 6) Les effets positifs de la diminution autonome des dépôts d’azote qui se manifestera au cours de la période de validité du [PAS] 2015-2021 peuvent-ils être pris en considération dans l’évaluation appropriée au sens de l’article 6, paragraphe 3, de la [directive “habitats”] ? Est-il pertinent à cet égard, si l’on considère que l’évaluation appropriée contient des constatations définitives concernant les effets de ces mesures, constatations basées sur les connaissances scientifiques les plus avancées, que la diminution autonome des dépôts d’azote fait l’objet de bilans réguliers et que, lorsqu’il résulte d’un bilan que les effets sont moins favorables que l’hypothèse sur laquelle était fondée l’évaluation appropriée, des mesures d’ajustement seront prises au besoin ? 7) Des mesures de restauration qui ont été adoptées dans le cadre du [PAS] 2015-2021 et qui ont pour objet d’empêcher qu’un facteur polluant déterminé, tel qu’un dépôt d’azote, puisse avoir des conséquences dommageables pour des aires existantes de types d’habitats ou des biotopes peuvent-elles être qualifiées de mesures de protection au sens du point 28 de l’arrêt que la Cour de justice a rendu le 15 mai 2014 dans l’affaire Briels, EU:C:2014:330, qui peuvent être prises en considération dans une évaluation appropriée au sens de l’article 6, paragraphe 3, de la [directive “habitats”] ? 7a) En cas de réponse affirmative à la question 7 : les effets positifs de mesures de protection dont il peut être tenu compte dans l’évaluation appropriée peuvent-ils être pris en considération dans celle-ci lorsque, au moment où elle a été réalisée, ces mesures n’avaient pas encore été mises à exécution et n’avaient pas encore produit leurs effets positifs ? Est-il pertinent à cet égard, si l’on considère que l’évaluation appropriée contient des constatations définitives concernant les effets de ces mesures, constatations basées sur les connaissances scientifiques les plus avancées, que l’exécution et le résultat de ces mesures fait l’objet de bilans réguliers et que, lorsqu’il résulte d’un bilan que les effets sont moins favorables que l’hypothèse sur laquelle était fondée l’évaluation appropriée, des mesures d’ajustement seront prises au besoin ? 8) Le pouvoir d’imposer des obligations que l’article 2.4 de la [Wnb] confère à l’autorité compétente et dont celle-ci doit faire usage, lorsque les objectifs de conservation d’une zone Natura 2000 l’exigent, est-il un instrument préventif suffisant de mise en œuvre de l’article 6, paragraphe 2, de la [directive “habitats”] en ce qui concerne le pâturage de bétail et l’épandage d’effluents sur ou dans le sol ? »

C. L’affaire C‑294/17

22. L’affaire C‑294/17 concerne les recours contentieux de l’association de protection de l’environnement Stichting Werkroep Behoud de Peel contre six autorisations accordées à différentes exploitations agricoles de la province du Brabant-Septentrional qui causent des dépôts d’azote notamment sur les sites Natura 2000 Groote Peel (NL 3009012) et Deurnsche Peel & Mariapeel (NL 1000026). Les objectifs de conservation de ces deux sites comprennent notamment des tourbières. Ce type d’habitat est sensible à l’azote.

23. Les autorisations ont pour objet la création ou l’extension d’exploitations dans les secteurs laitier, porcin et avicole.

24. Le College van gedeputeerde staten van Noord-Brabant a accordé ces autorisations en application du PAS et de la réglementation dont il est assorti. Le PAS est basé sur une évaluation des incidences conformément à l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats », en revanche, les différentes demandes n’ont pas fait l’objet d’un examen individuel.

25. Le College a autorisé une extension d’une exploitation, car celle-ci n’entraînait aucune augmentation des dépôts d’azote par rapport aux valeurs réellement atteintes auparavant. Il a jugé que les dépôts occasionnés par les activités existantes étaient appropriés aux fins du PAS en tant que partie des dépôts dans les sols. Pour accorder l’autorisation, il s’est référé à l’évaluation appropriée des incidences réalisée aux fins du PAS.

26. Dans les autres cas, le College a autorisé des activités d’exploitation conduisant à une augmentation des dépôts d’azote par rapport aux valeurs effectivement atteintes ou autorisées avant l’entrée en vigueur du PAS. Certaines exploitations entraînent des dépôts d’azote restant dans la fourchette de 0,05 à 1 mol N/ha/an, mais d’autres dépassent ces valeurs. Le College a attribué une marge de dépôt pour ces derniers.

27. Dans l’affaire C‑294/17, Stichting Werkgroep Behoud de Peel, le Raad van State (Conseil d’État) adresse dès lors les questions suivantes à la Cour : « 1) L’article 6, paragraphes 2 et 3, de la [directive “habitats”] fait-il obstacle à une réglementation légale visant à ce que des projets et autres activités qui occasionnent des dépôts d’azote qui n’atteignent pas un certain seuil ou ne dépassent pas un certain plafond soient exonérés de l’obligation d’autorisation et puissent donc être menés sans autorisation individuelle, compte tenu du fait que les conséquences cumulées de tous les projets et autres activités qui peuvent faire usage de la réglementation légale ont été évaluées de manière appropriée en vue de l’adoption de cette réglementation légale ? 2) L’article 6, paragraphes 2 et 3, de la directive “habitats” s’oppose-t-il à ce que l’évaluation appropriée réalisée aux fins d’un programme dans lequel une quantité totale déterminée de dépôts d’azote a été évaluée serve de base à l’octroi d’une autorisation (individuelle) pour un projet ou une autre activité entraînant des dépôts d’azote qui rentrent dans la marge de dépôt évaluée dans le cadre de ce programme ? 3) Les effets positifs que des mesures de conservation et des mesures appropriées qui ont été adoptées pour des aires existantes de types d’habitats et de biotopes en exécution des obligations résultant de l’article 6, paragraphes 1 et 2, de la directive “habitats” peuvent‑ils être pris en considération dans l’évaluation appropriée au sens de l’article 6, paragraphe 3, de la directive “habitats” qui a été réalisée aux fins d’un programme tel que le [PAS] 2015-2021 ? 3a) En cas de réponse affirmative à la question 3 : les effets positifs de mesures de conservation et de mesures appropriées peuvent-ils être pris en considération dans une évaluation appropriée réalisée aux fins d’un programme lorsqu’au moment de la réalisation de l’évaluation appropriée, ces mesures n’avaient pas encore été mises en œuvre et que leurs effets positifs n’étaient pas encore intervenus ? Est-il pertinent à cet égard, si l’on considère que l’évaluation appropriée contient des constatations définitives concernant les effets de ces mesures, constatations basées sur les connaissances scientifiques les plus avancées, que l’exécution et le résultat de ces mesures font l’objet de bilans réguliers et que, lorsqu’il résulte d’un bilan que les effets sont moins favorables que l’hypothèse sur laquelle était fondée l’évaluation appropriée, des mesures d’ajustement seront prises au besoin ? 4) Les effets positifs de la diminution autonome des dépôts d’azote qui se manifestera au cours de la période de validité du [PAS] 2015-2021 peuvent-ils être pris en considération dans l’évaluation appropriée au sens de l’article 6, paragraphe 3, de la directive “habitats” ? Est-il pertinent à cet égard, si l’on considère que l’évaluation appropriée contient des constatations définitives concernant les effets de ces mesures, constatations basées sur les connaissances scientifiques les plus avancées, que la diminution autonome des dépôts d’azote fait l’objet de bilans réguliers et que, lorsqu’il résulte d’un bilan que les effets sont moins favorables que l’hypothèse sur laquelle était fondée l’évaluation appropriée, des mesures d’ajustement seront prises au besoin ? 5) Des mesures de restauration qui ont été adoptées dans le cadre du [PAS] 2015-2021 et qui ont pour objet d’empêcher qu’un facteur polluant déterminé, tel qu’un dépôt d’azote, puisse avoir des conséquences dommageables pour des aires existantes de types d’habitats ou des biotopes peuvent-elles être qualifiées de mesures de protection au sens du point 28 de l’arrêt que la Cour de justice a rendu le 15 mai 2014 dans l’affaire Briels, EU:C:2014:330, qui peuvent être prises en considération dans une évaluation appropriée au sens de l’article 6, paragraphe 3, de la directive “habitats” ? 5a) En cas de réponse affirmative à la question 5 : les effets positifs de mesures de protection dont il peut être tenu compte dans l’évaluation appropriée peuvent-ils être pris en considération dans celle-ci lorsqu’au moment où elle a été réalisée, ces mesures n’avaient pas encore été mises à exécution et n’avaient pas encore produit leurs effets positifs ? Est-il pertinent à cet égard, si l’on considère que l’évaluation appropriée contient des constatations définitives concernant les effets de ces mesures, constatations basées sur les connaissances scientifiques les plus avancées, que l’exécution et le résultat de ces mesures fait l’objet de bilans réguliers et que, lorsqu’il résulte d’un bilan que les effets sont moins favorables que l’hypothèse sur laquelle était fondée l’évaluation appropriée, des mesures d’ajustement seront prises au besoin ? »

D. La procédure devant la Cour

28. Par ordonnance du président de la Cour du 19 juin 2017, les affaires C‑293/17 et C‑294/17 ont été jointes aux fins de la procédure écrite, de l’audience et de l’arrêt.

29. Ont présenté des observations écrites la Coöperatie Mobilisation for the Environment UA et le Vereniging Leefmilieu, ensemble en tant que parties dans l’affaire C‑293/17, ainsi que le Stichting Werkgroep Behoud de Peel, en tant que partie dans l’affaire C‑294/17, le Royaume des Pays-Bas, le Royaume de Danemark et la Commission européenne. Ont en plus participé à l’audience du 3 mai 2018 le College van gedeputeerde staten van Limburg, le College van gedeputeerde staten van Gelderland et le College van gedeputeerde staten van Noord‑Brabant, en tant que parties à la procédure au principal.

IV. Appréciation juridique

30. Les deux demandes de décisions préjudicielles soulèvent un certain nombre de questions relatives à la gestion des émissions d’azote d’activités agricoles susceptibles d’avoir des effets nuisibles sur des sites Natura 2000. Il est préférable de ne pas y répondre dans l’ordre résultant des décisions de renvoi et des numéros d’affaires.

31. En effet, il convient tout d’abord d’examiner le « cas de figure classique », celui de l’autorisation d’une exploitation agricole dont les dépôts d’azote sur des sites protégés ne font pas l’objet d’un examen individuel, mais sont évalués conformément à la mesure de programmation néerlandaise, le PAS. Le point de savoir si cette façon de procéder est en principe compatible avec l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » fait l’objet de la question 2 dans l’affaire C‑294/17 (voir titre A).

32. Ensuite, il convient d’examiner dans quelle mesure il est possible de prendre en compte dans le cadre du PAS la diminution attendue d’émissions d’azote, des mesures spécifiques de réduction d’émissions d’azote d’autres sources ainsi que des mesures de restauration de sites protégés, notamment lorsque celles-ci n’interviendront que dans le futur (voir titre B). Ensuite seulement, nous analyserons si les plafonds et les seuils de dépôts d’azote prévus sont compatibles avec l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » (voir titre C).

33. Les questions spécifiques de l’affaire C‑293/17 relatives au pâturage et à l’épandage sont traitées dans la section suivante (voir titre D).

34. Finalement, pour conclure, nous exposerons dans quelle mesure l’article 6 de la directive « habitats » permet une mesure comme le PAS, à la lumière des autres considérations exposées (voir titre E).

A. La deuxième question de l’affaire C‑294/17 : l’autorisation de projets conformément au PAS

35. En posant la deuxième question de l’affaire C‑294/17, le Raad van State (Conseil d’État cherche à savoir s’il est compatible avec l’article 6, paragraphes 2 et 3, de la directive « habitats » de ne pas examiner individuellement si une mesure conduisant à des dépôts d’azote sur un site protégé est compatible avec les objectifs de protection du site, mais de fonder l’autorisation sur l’évaluation des incidences d’un programme selon lequel une quantité globale déterminée de dépôts d’azote supplémentaires sur le site est compatible avec lesdits objectifs de protection.

36. Tout d’abord, nous montrerons ci-après que l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » ne requiert pas nécessairement un examen individuel de plans ou projets, puis nous examinerons les exigences que doit respecter un examen global dans le cadre d’un programme.

1. Examen individuel ou examen global dans le cadre d’un programme ?

37. L’article 6 de la directive « habitats » impose aux États membres une série d’obligations et de procédures spécifiques visant à assurer, ainsi qu’il ressort de l’article 2, paragraphe 2, de cette directive, le maintien ou, le cas échéant, le rétablissement, dans un état de conservation favorable des habitats naturels et des espèces de faune et de flore sauvages d’intérêt pour l’Union ( 13 ).

38. À cette fin, l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » prévoit une procédure d’évaluation visant à garantir, à l’aide d’un contrôle préalable, qu’un plan ou un projet non directement lié ou nécessaire à la gestion du site concerné, mais susceptible d’affecter ce dernier de manière significative, ne soit autorisé que pour autant qu’il ne portera (effectivement) pas atteinte à l’intégrité de ce site ( 14 ).

39. L’article 6, paragraphe 3, première phrase, de la directive « habitats » doit être interprété en ce sens que tout plan ou projet non directement lié ou nécessaire à la gestion du site fait l’objet d’une évaluation appropriée de ses incidences sur celui-ci au regard des objectifs de conservation de ce site, lorsque, sur la base d’éléments objectifs, il ne peut être exclu qu’il affecte ledit site de manière significative, individuellement ou en conjugaison avec d’autres plans ou projets ( 15 ). Lors de cette évaluation doivent être identifiés, compte tenu des meilleures connaissances scientifiques en la matière, tous les aspects du plan ou du projet en cause pouvant, par eux-mêmes ou en combinaison avec d’autres plans ou projets, affecter les objectifs de conservation de ce site ( 16 ). Cette appréciation doit être effectuée notamment à la lumière des caractéristiques et des conditions environnementales spécifiques du site concerné par un tel plan ou projet ( 17 ).

40. Partant, le principe directeur de l’article 6, paragraphe 3, première phrase, de la directive « habitats » est l’examen individuel de plans et de projets.

41. Les affaires au principal ont pour objet l’atteinte éventuelle causée à des sites protégés par des dépôts d’azote. En général, il s’agit d’une accumulation de polluants de sources diverses ( 18 ). C’est pourquoi, lors de l’examen prévu à l’article 6, paragraphe 3, première phrase, en principe, il convient de prendre en compte toutes les différentes sources d’azote qui contribuent aux dépôts d’azote sur un site protégé déterminé. En effet, l’examen doit identifier tous les aspects du plan ou du projet en cause pouvant, par eux-mêmes ou en combinaison avec d’autres plans ou projets, affecter les objectifs de conservation de ce site ( 19 ).

42. Sans une approche globale comme celle pratiquée dans le PAS, cet examen d’incidences cumulées pourrait donner lieu à de nombreuses erreurs. Il y aurait toujours un risque de ne pas prendre en compte certaines sources ou de les prendre en compte en contradiction avec l’examen d’autres projets. Ce risque serait particulièrement important en cas d’examens individuels effectués en parallèle.

43. Ainsi, une appréciation globale de tous les dépôts d’azote sur le site protégé concerné est non seulement appropriée mais aussi indispensable pour examiner la compatibilité de certaines sources d’azote avec les objectifs de protection du site.

44. Partant, la coordination de l’évaluation des incidences de dépôts d’azote éventuels sur un site protégé au moyen d’un instrument de planification central qui détermine la quantité d’azote susceptible d’être déposée sur les différents sites protégés est en principe louable.

2. Les exigences que doit respecter un examen global dans le cadre d’un programme de coordination des dépôts d’azote

45. Toutefois, si un instrument de coordination complet est préférable à de nombreuses évaluations individuelles, cela ne signifie pas pour autant que le PAS respecte toutes les exigences auxquelles doit satisfaire une évaluation appropriée des incidences conformément à l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats ».

46. Comme nous l’avons déjà dit lors de l’évaluation appropriée des incidences d’un plan ou d’un projet sur le site concerné, effectuée conformément à l’article 6, paragraphe 3, première phrase, doivent être identifiés, compte tenu des meilleures connaissances scientifiques en la matière, tous les aspects du plan ou du projet en cause pouvant, par eux‑mêmes ou en combinaison avec d’autres plans ou projets, affecter les objectifs de conservation de ce site ( 20 ).

47. L’évaluation effectuée au titre de l’article 6, paragraphe 3, première phrase, de la directive « habitats » ne saurait, dès lors, comporter des lacunes et doit contenir des constatations et des conclusions complètes, précises et définitives, de nature à dissiper tout doute scientifique raisonnable quant aux effets des travaux qui sont envisagés sur le site protégé concerné ( 21 ).

48. Il doit en aller de même de projets réalisés en dehors de sites protégés qui sont susceptibles d’affecter celles-ci de manière significative ( 22 ).

a) Les éléments d’évaluation pertinents

49. Les exigences que ces critères imposent à une évaluation globale dans le cadre d’un programme sont importantes, notamment parce que tout doute scientifique raisonnable quant aux résultats doit être exclu.

50. Tout d’abord, il faut déterminer quelle quantité d’azote libèrent les projets individuels à coordonner et quelle part de ces émissions atteint les habitats sensibles à l’azote des différents sites protégés.

51. Notamment, il faut déterminer, pour toutes les parcelles de sites protégés sur lesquelles se trouvent des habitats protégés, quelle quantité maximale d’azote est déposée par le projet. À cet égard, la finesse du maillage de l’évaluation, c’est-à-dire les parcelles qui doivent faire l’objet d’une appréciation individuelle, dépend de la manière dont les dépôts sont susceptibles de varier d’une parcelle à l’autre.

52. En même temps, les dépôts totaux d’azote sur ces parcelles générés par des activités existantes doivent être déterminés avec exactitude. C’est pourquoi il n’est pas suffisant de se limiter à certains secteurs comme l’agriculture. En effet, il convient de prendre en compte toutes les sources d’azote, comme également les transports, l’industrie et les ménages.

53. Enfin, il convient de prendre en considération également tous les autres facteurs dont l’action conjuguée avec celle des dépôts d’azote est susceptible d’avoir des effets nuisibles sur les sites protégés.

54. Ainsi que le Royaume de Danemark l’a précisé à juste titre lors de l’audience, il est possible à cet égard de s’appuyer sur des estimations, car une évaluation des incidences est nécessairement un pronostic relatif à des incidences futures des activités en cause.

55. Néanmoins, ces estimations doivent correspondre à la vulnérabilité des habitats et des espèces concernés ainsi qu’au risque réel d’atteinte causée par le dépôt d’azote. Il serait insuffisant de reprendre uniquement des chiffres approximatifs et d’ignorer des pics locaux ou passagers de pollution à l’azote, lorsque ces pics sont eux‑mêmes de nature à compromettre les objectifs de protection du site.

b) La quantité totale de dépôts d’azote permise

56. Toutefois, pour un instrument de coordination global, il est particulièrement important de déterminer la quantité totale de dépôts d’azote permise dans les différents habitats protégés.

57. Lorsqu’un plan ou un projet risque de compromettre les objectifs de conservation d’un site protégé, il est susceptible d’affecter ce site de manière significative ( 23 ). Le fait de ne pas porter atteinte à l’intégrité d’un site en tant qu’habitat naturel, au sens de l’article 6, paragraphe 3, seconde phrase, de la directive « habitats », suppose de le préserver dans un état de conservation favorable. Cela implique le maintien durable des caractéristiques constitutives du site concerné, liées à la présence d’un type d’habitat naturel dont l’objectif de préservation a justifié la désignation de ce site dans la liste des sites d’intérêt communautaire au sens de cette directive ( 24 ). Cela doit s’appliquer par analogie aux espèces protégées.

58. C’est pourquoi, lors de l’application de l’article 6, paragraphes 2 et 3, de la directive « habitats » à des dépôts d’azote, l’objectif ne peut pas être de maintenir le niveau de pollution actuel ou de rester sous ce niveau. En effet, il faut se baser sur les objectifs de conservation du site protégé, c’est-à-dire au moins la conservation des types d’habitats et d’espèces protégés du site dans l’état où ils étaient au moment de l’entrée en vigueur de l’article 6, paragraphes 2 et 3.

59. Dès lors que ce patrimoine ne se trouve pas dans un état de conservation favorable, l’obligation de conservation porte au moins sur la possibilité réelle de rétablir un tel état de conservation à l’avenir. En effet, d’après la définition d’un état de conservation favorable de l’article 1er, sous e) et i), de la directive « habitats », seul un tel état de conservation peut garantir la survie à long terme des différents types d’habitats et d’espèces. Un niveau de dépôts qui empêche durablement d’atteindre un état de conservation favorable risque de faire disparaître complètement ces espèces. Il serait donc de nature à affecter le site en tant que tel.

60. Partant, s’il convient de se féliciter de la circonstance exposée par le Raad van State (Conseil d’État) que, globalement, les dépôts d’azote diminuent, cette circonstance n’est pas nécessairement suffisante. En effet, l’article 6, paragraphes 2 et 3, de la directive « habitats » requiert de réduire le degré de pollution à l’azote dans une mesure telle qu’il soit possible d’atteindre un état de conservation favorable.

61. À cet effet, il convient de fixer un plafond de dépôt global autorisé au moins pour chaque type d’habitat et le cas échéant également pour certains biotopes, soumis à des conditions particulières.

62. À cet égard, il paraît difficile, voire même exclu, d’accepter des valeurs limites supérieures aux critical loads (valeurs critiques). Celles-ci désignent des niveaux de pollution maximum scientifiquement fondés pour des types de végétation ou d’autres espèces qui, s’ils sont respectés, ne devraient pas entraîner d’effets nuisibles significatifs ( 25 ). Des scientifiques ont identifié de telles « valeurs critiques » d’azote pour les types d’habitats visés par la directive « habitats » aux Pays-Bas ( 26 ).

63. Par ailleurs, il faudrait aussi prendre en compte la mesure dans laquelle les différents habitats protégés sont exposés depuis longtemps à des dépôts d’azote excessifs. D’une part, il y aurait lieu de supposer qu’en raison de tels dépôts, l’état des habitats a déjà été détérioré, notamment s’agissant des espèces de plantes qui s’y trouvent. D’autre part, ces habitats devraient encore être affectés par une pollution antérieure excessive, qu’il conviendrait tout d’abord de réduire et d’éliminer d’une autre manière, avant que les habitats puissent évoluer conformément aux objectifs de conservation du site. C’est pourquoi il pourrait être nécessaire de permettre même encore moins de dépôts d’azote supplémentaires que ne le prévoient les « valeurs critiques » jusqu’à ce que la pollution déjà présente aient été réduite.

64. À la lumière de ces considérations, la juridiction nationale compétente devra examiner si les « valeurs critiques » ou d’autres niveaux sont suffisamment fondés scientifiquement pour, s’ils sont respectés, exclure tout doute scientifique que les sites concernés puissent être affectés.

65. Ainsi qu’il ressort de la demande de la décision de renvoi dans l’affaire C‑294/17, la référence à la pollution excessive de nombreux sites protégés repose sur un dépassement des valeurs critiques ( 27 ), c’est‑à-dire sur des dépôts annuels d’azote qui sont supérieurs aux « valeurs critiques ». Toutefois, lors de l’établissement du PAS, on a semble-t-il considéré qu’il n’était ni réaliste ni politiquement réalisable de respecter les « valeurs critiques » ( 28 ). Au lieu de cela, l’objectif du PAS est décrit comme une pondération des avantages pour la nature et des charges pour la société ( 29 ).

66. Si cette description est exacte, le PAS ne serait pas approprié pour permettre d’autoriser des projets conformément à l’article 6, paragraphe 3, de la directive. Une pondération devrait plutôt faire l’objet d’une appréciation conformément à l’article 6, paragraphe 4. Toutefois, le renvoi préjudiciel ne permet pas à la Cour de se prononcer définitivement à cet égard.

3. Conclusion intermédiaire

67. Partant, il convient de répondre à la question 2 de l’affaire C‑294/17 que l’article 6, paragraphes 2 et 3, de la directive « habitats » permet de fonder sur l’évaluation des incidences d’un programme dans le cadre duquel une quantité globale déterminée de dépôts d’azote a été examinée l’autorisation d’un projet ou d’une autre activité qui entraîne les dépôts d’azote sur des sites protégés qui se situent à l’intérieur de la marge de dépôt déterminée par le programme. Toutefois, ladite évaluation doit comporter des constats complets, précis et définitifs qui soient de nature à écarter tout doute raisonnable d’un point de vue scientifique concernant les incidences des dépôts. Cela suppose de garantir, pour tous les projets et toutes les parcelles situées sur des sites protégés sur lesquels se trouvent des habitats protégés, qu’à long terme, les dépôts d’azote autorisés au total ne menacent pas la conservation des types d’habitats et d’espèces, ainsi que le potentiel de restauration d’un bon état de conservation.

B. Les questions 5 à 7a de l’affaire C‑293/17 et 3 à 5a de l’affaire C‑294/17 – La prise en compte de mesures indépendantes des projets

68. Par plusieurs questions posées dans les deux affaires, le Raad van State (Conseil d’État) cherche à savoir si, lors de l’appréciation au titre de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats », il est possible de prendre en considération certaines mesures et évolutions qui ne sont pas directement liées au plan ou projet à évaluer. Il demande notamment si une diminution autonome attendue des émissions d’azote peut être prise en considération (questions 6 de l’affaire C‑293/17 et 4 de l’affaire C‑294/17). D’ailleurs il s’agit, d’une part, de mesures réduisant les émissions d’azote d’autres sources et, d’autre part, de mesures de restauration des habitats sensibles de sites protégés, visant à laisser une marge pour des dépôts d’azote supplémentaires.

69. À cet égard, le Raad van State (Conseil d’État) demande séparément si ces mesures peuvent être prises en considération lorsqu’elles sont prises conformément à l’article 6, paragraphes 1 et 2, de la directive « habitats » (questions 5 et 5a de l’affaire C‑293/17, ainsi que 3 et 3a dans l’affaire C‑294/17) ou au titre de mesures de protection au sens du point 28 de l’arrêt Briels ( 30 ) (questions 7 et 7a de l’affaire C‑293/17, ainsi que questions 5 et 5a de l’affaire C‑294/17). Cette distinction ne nous paraît pas utile. Lorsqu’un projet est autorisé conformément à l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats », il n’est pas opportun d’appliquer parallèlement l’article 6, paragraphe 2 ( 31 ). En outre, des mesures prises conformément à l’article 6, paragraphe 1, sont directement liées à la gestion du site ou sont nécessaires à cet effet, par conséquent, elles ne font pas l’objet de l’évaluation au titre de l’article 6, paragraphe 3. Au contraire, indépendamment de la qualification juridique des mesures, ce qui doit être déterminant c’est le point de savoir si les mesures en cause permettent de constater si des dépôts supplémentaires d’azote n’affectent pas le site en tant que tel.

70. Nous présenterons tout d’abord les bases juridiques de la prise en considération de mesures indépendantes des projets (voir titre 1), ensuite nous examinerons en particulier la réduction d’émissions d’azote d’autres sources (voir titre 2), ainsi que les mesures de restauration sur les sites protégés (voir titre 3) et la prise en considération d’évolutions futures, y compris la baisse attendue d’émissions d’azote (voir titre 4).

1. Les bases juridiques

71. La Cour a constaté que, lors de l’évaluation au titre de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats », l’autorité nationale compétente doit tenir compte des mesures de protection intégrées dans le projet, visant à éviter ou à réduire les éventuels effets préjudiciables directement causés sur ce dernier, afin de s’assurer qu’il ne porte pas atteinte à l’intégrité dudit site ( 32 ).

72. En revanche, des mesures de protection prévues par un projet qui visent à compenser les effets négatifs de celui-ci sur un site Natura 2000 ne sauraient être prises en compte dans le cadre de l’évaluation des incidences du projet, prévue à l’article 6, paragraphe 3 ( 33 ).

73. En effet, des mesures qui ne visent ni à éviter ni à réduire les effets significatifs négatifs directement causés sur le type d’habitat, mais tendent à compenser par la suite ces effets, ne sauraient garantir que le projet ne portera pas atteinte à l’intégrité dudit site, au sens de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » ( 34 ).

74. Cette distinction entre mesures d’atténuation, qui sont prises en considération dans la cadre de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats », et mesures de compensation, qui ne le sont pas, est conforme au principe de la correction, par priorité à la source, des atteintes à l’environnement, consacré à l’article 191, paragraphe 2, TFUE ( 35 ). La politique de l’environnement de l’Union, et donc aussi la directive « habitats », sont fondées sur ce principe. Cela ressort particulièrement clairement de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats », car l’évaluation des incidences sur l’environnement vise à identifier et à empêcher les atteintes causées par le plan ou le projet examiné. Ainsi, ce projet est examiné en tant que source potentielle d’atteintes à l’environnement.

75. En revanche, l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » ne prévoit pas que les atteintes à des sites protégés causées par un plan ou un projet puissent être compensées ( 36 ). Cela serait d’ailleurs manifestement incompatible avec le principe de la correction, par priorité à la source, des atteintes à l’environnement.

76. Par ailleurs, la Cour souligne à juste titre la difficulté d’apprécier avec la certitude requise l’efficacité de mesures de compensation futures ( 37 ) et le risque de contournement de l’article 6, paragraphe 4, de la directive « habitats » lorsque des mesures compensatoires sont prévues expressément sous forme de mesures destinées à assurer la cohérence de Natura 2000, mais associées à des exigences supplémentaires ( 38 ).

77. Certes, le Royaume de Danemark fait valoir à juste titre que l’évaluation des incidences sur l’environnement doit être complète. Ne serait-ce que pour cette raison, elle doit évidemment prendre en considération également tous les éléments qui ne sont pas directement imputables au projet et sont susceptibles d’avoir une influence sur les incidences de celui-ci sur le site protégé. C’est bien pour cela que l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » fait référence à des plans ou projets susceptibles d’affecter ce site de manière significative, individuellement ou en conjugaison avec d’autres plans et projets.

78. Cependant, lors de l’application de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats », il y a une différence importante entre des mesures, qui interviennent à la source examinée d’une atteinte et d’autres mesures. Lorsqu’en raison de l’atténuation, l’atteinte causée par le projet examiné disparaît ou devient insignifiante, les autorités compétentes peuvent autoriser le projet conformément à l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats ». En revanche, d’autres mesures, qui n’interviennent pas à la source, ne changent rien aux atteintes causées par le projet. Il est impossible de procéder tout simplement à une compensation entre ces mesures et les atteintes causées par le projet examiné.

79. De telles mesures peuvent rendre possible un projet au sens de l’article 6, paragraphe 3, seulement si elles réduisent la pollution totale du site protégé ou la sensibilité de celui-ci dans une mesure telle que les atteintes causées par le projet examiné n’affectent pas site en soi. Lorsque des atteintes diminuent dans l’ensemble mais que, malgré cela, les sites protégés concernés restent affectés, en tout état de cause, l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » ne permet pas d’atteintes supplémentaires du même type.

80. L’exemple des dépôts d’azote le montre bien : il ne suffit pas de réduire ces dépôts d’une certaine quantité, par exemple 1 kg N/ha/an, pour autoriser des dépôts supplémentaires de même quantité, tant que l’habitat protégé continue à subir des dépôts d’azote trop importants. Il n’est possible de permettre des dépôts supplémentaires que lorsque la pollution totale, y compris ces dépôts supplémentaires, est si faible qu’elle n’affecte pas le site.

81. En outre, il convient d’observer qu’indépendamment de l’autorisation d’un nouveau projet, conformément à l’article 6, paragraphe 2, de la directive « habitats », les États membres sont déjà tenus de prendre les mesures nécessaires pour remédier à des atteintes existantes à des sites protégés ( 39 ).

2. Les « mesures à la source » évoquées dans les décisions de renvoi

82. Il ressort des décisions de renvoi que la question 5 de l’affaire C‑293/17 et la question 3 de l’affaire C‑294/17 concernent des mesures qui interviennent à la source, par exemple en réduisant les émissions d’azote des étables d’autres exploitations. En règle générale, de telles prescriptions doivent être respectées lors de modifications ou d’extensions d’exploitations agricoles.

83. Toutefois, dans les affaires au principal, ce sont non pas ces sources qui font l’objet de l’évaluation au titre de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats », mais d’autres sources. Des réductions des émissions de ces autres sources d’azote n’empêchent ni ne réduisent les dépôts de l’exploitation examinée. C’est pourquoi, lors de l’autorisation d’une exploitation agricole conformément à l’article 6, paragraphe 3, elles ne peuvent pas être tout simplement imputées sur les émissions d’azote de cette exploitation, même pas seulement pour partie.

84. Des dépôts supplémentaires peuvent être autorisés conformément à l’article 6, paragraphe 3, seulement lorsque, grâce à de telles mesures à la source d’autres dépôts d’azote, lesdits dépôts sur le site protégé concerné tombent sous les valeurs fixées pour les différents habitats, une marge suffisante de dépôts supplémentaire est dégagée et que, par conséquent, les dépôts totaux respectent la norme exposée ci-avant ( 40 ).

3. Les mesures prises sur les sites protégés

85. Les mesures prises sur les sites protégés, évoquées par le Raad van State (Conseil d’État) à la question 7 de l’affaire C‑293/17 et à la question 5 de l’affaire C‑294/17, ne sont pas non plus de nature à être reconnues en tant que mesure d’atténuation intégrées.

86. Certes, le Raad van State (Conseil d’État) indique que, selon sa jurisprudence nationale, des mesures de restauration sur des sites protégés qui sont adoptées spécifiquement en vue de la réalisation d’un plan ou d’un projet et en complément de la politique en cours doivent être considérées comme des mesures d’atténuation lorsqu’elles visent à empêcher ou à réduire les conséquences locales sur des habitats protégés qui subiraient les conséquences préjudiciables de celui-ci en l’absence desdites mesures ( 41 ).

87. Cependant, même les mesures prises sur des sites protégés produisent leurs effets non pas à la source des dépôts d’azote à examiner mais là où ces dépôts interviennent. De surcroît, elles ne sont pas conçues pour empêcher les dépôts du projet examiné, elles peuvent tout au plus les éliminer a posteriori. Toutefois, en règle générale, elles portent non pas spécifiquement sur les dépôts d’azote du projet en cause mais, indistinctement, sur les dépôts de sources très différentes.

88. Contrairement à ce qu’affirme le Raad van State (Conseil d’État), l’arrêt Moorburg ne conduit pas à une conclusion différente. Dans cette affaire, la Cour a examiné si une passe de montaison pour les poissons pouvait être prise en considération pour constater que les pertes de poissons causés par le fonctionnement du mécanisme de refroidissement d’une centrale n’affecte pas des sites ( 42 ). Cette hypothèse repose sur l’idée que si, d’un côté, en raison des pertes causées par la centrale, moins de poissons atteignent les sites protégés afin de s’y reproduire, d’un autre côté, cet inconvénient est en tout cas compensé par la passe de montaison qui permettra à davantage de poissons d’atteindre ces sites.

89. Dans cette affaire, la Cour ne s’est pas prononcée sur le point de savoir si cette compensation pouvait être reconnue en tant que mesure d’atténuation ; elle a simplement constaté qu’au moment de l’autorisation de la centrale les avantages de la passe de montaison n’étaient pas encore perceptibles ni possibles à démontrer. Cela lui a suffi pour constater que la décision d’autorisation avait été adoptée en violation de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats », sans avoir à se prononcer sur le point de savoir si une telle mesure peut effectivement être prise en considération lors de l’application de cette disposition.

90. Néanmoins, le Royaume des Pays-Bas fait valoir que, grâce à ces mesures, davantage d’azote pourrait être déposée sur les sites protégés sans que cela affecte les habitats protégés. De fait, il semble que des mesures produisant ces effets existent. Sont évoqués à cet égard des mesures consistant à faucher fréquemment en enlevant le produit de la coupe, à faire brûler la végétation, à réhumidifier des tourbières ou à enlever de la terre fortement chargée en azote ( 43 ). Les mesures choisies, y compris leurs inconvénients éventuels ( 44 ), devraient être examinées dans le détail par les juridictions nationales.

91. S’il ressortait de cet examen que de telles mesures dégagent effectivement une marge pour des dépôts d’azote supplémentaires, c’est-à-dire que la valeur limite supérieur est relevée dans une mesure telle que la pollution totale reste en deçà de cette limite, cette marge pourrait être mise à disposition pour de nouveaux plans et projets.

4. Les évolutions futures

92. Toutes les mesures indépendantes de projets évoquées jusqu’à maintenant ont pour point commun la circonstance que leurs effets sont encore incertains et, souvent, concernent seulement le futur. C’est pourquoi, en posant les questions 5a et 7a de l’affaire C‑293/17, ainsi que les questions 3a et 5a de l’affaire C‑294/17, le Raad van State (Conseil d’État) demande dans quelle mesure cet élément temporel importe aux fins de l’appréciation de ces mesures et si un suivi assorti de la possibilité d’ajuster les mesures permet de prendre en considération des évolutions futures. La question 6 de l’affaire C‑293/17 et la question 4 de l’affaire C‑294/14 demandent la même chose concernant la prise en considération de la baisse générale attendue des émissions d’azote.

93. Partant, il convient de déterminer s’il est possible d’autoriser des projets en présumant que des mesures à la source prises sur des sites, dans le cadre du PAS, ainsi que la baisse des émissions d’azote dégageront à l’avenir des marges pour des dépôts d’azote, alors que cela n’est pas encore certain.

94. Or, c’est au moment de l’adoption de la décision autorisant la réalisation d’un projet qu’il ne doit subsister aucun doute raisonnable d’un point de vue scientifique quant à l’absence d’effets préjudiciables pour l’intégrité du site concerné ( 45 ). Évidemment, s’agissant de mesures futures, cet obstacle est particulièrement difficile à surmonter, tant du point de vue de l’efficacité des mesures que de la certitude que les mesures seront bien prises et que les évolutions se produiront vraiment.

95. C’est d’ailleurs à cause de cette incertitude inévitable que la Cour a refusé de prendre en considération les effets bénéfiques de nouveaux habitats encore à créer lors de l’évaluation au titre de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » ( 46 ). Elle n’a pas non plus jugé suffisantes une surveillance ou la possibilité d’ajuster les mesures ( 47 ).

96. Il ne saurait en aller autrement du PAS.

97. À première vue, on pourrait voir dans cette conclusion une contradiction avec la qualité de pronostic de l’évaluation des incidences sur l’environnement au titre de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » ( 48 ). Cependant, l’évaluation des incidences futures d’un plan ou projet ne peut nécessairement déboucher que sur un pronostic. En revanche, il n’est pas nécessaire de s’appuyer sur des pronostics incertains lorsque l’on adopte des mesures indépendamment du projet, afin de créer les conditions pour que les effets négatifs dudit projet n’affectent pas des sites protégés.

5. Conclusion intermédiaire

98. Partant, il convient de répondre aux questions 5 à 7a de l’affaire C‑293/17 et aux questions 3 à 5a de l’affaire C‑294/17 que – des mesures de réduction de dépôts d’azote d’autres sources, – des mesures de restauration destinées à renforcer des types d’habitat sensibles à l’azote dans les zones en cause et – une baisse autonome d’émissions d’azote, permettent de considérer que des dépôts d’azote supplémentaires dans des zones protégées sont compatibles avec l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » seulement lorsqu’au moment de l’autorisation il est déjà établi définitivement que la pollution totale à l’azote dans la zone reste en‑deçà de la valeur critique pour la zone. En revanche, il n’est pas suffisant pour autoriser de nouveaux dépôts d’azote que, bien que les dépôts d’azote totaux diminuent, les parcelles concernées continuent à subir des dépôts d’azote excessifs. De simples pronostics relatifs aux effets futurs des mesures évoquées et la baisse attendue d’émissions d’azote ne peuvent pas être pris en considération lors de l’adoption de la décision autorisant des dépôts d’azote supplémentaires.

C. La question 1 de l’affaire C‑294/17, les seuils et les plafonds de dépôts d’azote

99. En posant la question 1 de l’affaire C‑294/17, la juridiction de renvoi cherche à déterminer si l’article 6, paragraphes 2 et 3, de la directive « habitats » fait obstacle à une réglementation légale visant à ce que des projets et autres activités qui occasionnent des dépôts d’azote qui n’atteignent pas un certain seuil ou ne dépassent pas un certain plafond soient exonérés de l’obligation d’autorisation et puissent donc être menés sans autorisation individuelle, compte tenu du fait que les conséquences cumulées de tous les projets et autres activités qui peuvent faire usage de la réglementation légale ont fait l’objet d’une évaluation des incidences en vue de l’adoption de cette réglementation légale.

100. Contrairement par exemple à l’article 2, paragraphe 1, de la directive EIE, la directive « habitats » ne comporte pas de dispositions expresses soumettant certaines activités à une obligation d’autorisation.

101. En particulier, l’article 6, paragraphe 2, de la directive n’impose pas de soumettre des activités déterminées à une obligation d’autorisation. Certes, une obligation d’autorisation semble appropriée pour atteindre les objectifs de cette disposition concernant les effets des activités en cause sur des sites protégés, cependant, la marge d’appréciation dont jouissent les États membres ( 49 ) permet de recourir à d’autres méthodes.

102. En revanche, la procédure d’évaluation ex ante conformément à l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » suppose l’existence d’une obligation d’autorisation, puisqu’elle doit être réalisée en vue de l’approbation du plan ou projet en cause par les autorités. C’est pourquoi le fait de renoncer à une procédure d’autorisation n’est compatible avec l’article 6, paragraphe 3, de cette directive que s’il est établi que les activités en cause ne sont pas soumises à autorisation.

103. Ainsi que nous l’avons déjà dit, une évaluation appropriée des incidences n’est pas nécessaire lorsqu’il peut être exclu, sur la base d’éléments objectifs, que le plan ou projet affecte des sites protégés de manière significative ( 50 ). En revanche, il n’est pas permis de soustraire à l’évaluation des incidences certaines catégories de projets sur la base de critères impropres à garantir que ceux-ci ne sont pas susceptibles d’affecter les sites protégés de manière significative ( 51 ). Comme pour l’approbation de plans et projets évalués, le critère de cette appréciation peut seulement être l’absence de tout doute raisonnable d’un point de vue scientifique.

104. Par conséquent, la détermination de seuils ou de plafonds au-delà desquels une autorisation serait nécessaire, ce qui impliquerait de réaliser une évaluation appropriée des incidences, est compatible avec l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats », seulement lorsqu’il peut être exclu sur la base d’éléments objectifs que des dépôts d’azote inférieurs à ces valeurs puissent affecter des sites protégés de manière significative, individuellement ou en conjugaison avec d’autres plans et projets ( 52 ).

105. Le PAS exonère de l’obligation d’autorisation des projets dont la contribution aux dépôts d’azote sur des sites protégés est en-deçà du seuil de 0,05 mol N/ha/an ou du plafond de 1 mol N/ha/an. Il est possible que ces valeurs soient suffisamment certaines d’un point de vue scientifique pour écarter tout doute raisonnable que de tels volumes de dépôts d’azote soient susceptibles d’affecter des sites protégés de manière significative.

106. À première vue plaide en ce sens le fait que ces plafonds correspondent seulement à une faible fraction des « valeurs critiques » pour des types d’habitats sensibles à l’azote : 0,017 % et 0,23 % de la valeur de 6 kg N/ha/an pour les eaux oligotrophes très peu minéralisées des plaines sablonneuses (Littorelletalia uniflorae) (Natura 2000, code 3110) ainsi que 0,01 % et 0,2 % de la valeur de 7 kg N/ha/an pour les tourbières hautes actives (Natura 2000, code 7110). Pour la plupart des autres types d’habitats, les « valeurs critiques » sont parfois nettement plus élevées ( 53 ).

107. De surcroît, l’article 2, paragraphe 3, de l’arrêté Besluit grenswaarden programmatische aanpak stikstof (arrêté sur les plafonds du programme de lutte contre les dépôts d’azote) prévoit une réduction automatique du plafond situé entre 0,05 et 1 mol N/ha/an à 0,05 mol N/ha/an, lorsque pour des parcelles sensibles à l’azote seulement 5 % de la marge de dépôt reste disponible. Cette règle traite le risque de cumul de dépôts d’azote provenant d’un grand nombre de sources individuelles mineures, « mort à petit feu » ( 54 ).

108. Par comparaison, le Bundesverwaltungsgericht (Cour administrative fédérale, Allemagne) a déterminé un seuil de minimis nettement moins strict pour les dépôts d’azote. En effet, selon un consensus entre experts en la matière, lorsque les habitats sont déjà très pollués à l’azote en raison des dépôts antérieurs, des dépôts supplémentaires qui ne sont pas supérieurs à 3 % de la « valeur critique » ne sont pas en mesure de provoquer des modifications significatives de l’état antérieur ou de représenter un obstacle significatif au rétablissement d’un état favorable ( 55 ). Dans les présentes conclusions, il n’y a pas lieu de se prononcer sur le point de savoir si, en fin de compte, cette constatation de la justice allemande résiste à un examen à l’aune de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats ». Toutefois, cette constatation est un indice supplémentaire tendant à montrer qu’en tout état de cause les seuils et les plafonds nettement inférieurs fixés par le Royaume des Pays-Bas peuvent être fondés scientifiquement.

109. Cependant, indépendamment de ces indices, la juridiction nationale compétente doit vérifier si, concernant les seuils et plafonds fixés par le Royaume des Pays-Bas, la preuve que les incidences négatives sont négligeables a été apportée avec suffisamment de certitude.

110. Partant, il convient de répondre à la question 1 de l’affaire C‑294/17 qu’une réglementation légale visant à ce que des projets et autres activités qui occasionnent des dépôts d’azote qui n’atteignent pas un certain seuil ou ne dépassent pas un certain plafond soient exonérés de l’obligation d’autorisation et puissent donc être menés sans autorisation individuelle est compatible avec l’article 6, paragraphes 2 et 3, de la directive « habitats », lorsque des éléments objectifs permettent d’écarter tout doute raisonnable d’un point de vue scientifique concernant les incidences des dépôts.

D. Les questions 1 à 4a et 8 de l’affaire C‑293/17, obligation d’évaluation pour le pâturage et l’épandage

111. L’affaire C‑293/17 concerne deux activités agricoles qui entraînent des dépôts d’azote, le pâturage du bétail et l’épandage d’effluents sur des terres cultivées. Les questions 1 à 4 visent à déterminer si ces activités requièrent une évaluation appropriée des incidences au titre de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats ». Le Raad van State (Conseil d’État) cherche à savoir, tout d’abord si ces activités sont des projets au sens de l’article 6, paragraphe 3, première phrase (voir titre 1), et ensuite si elles forment avec l’exploitation agricole en cause un projet global unique qui, souvent, a fait l’objet d’une autorisation unique, avant que l’article 6, paragraphe 3, n’entre en application (voir titre 2). Concernant les activités nouvelles de pâturage et d’épandage commencées après l’entrée en application de l’article 6, paragraphe 3, le Raad van Sate (Conseil d’État) demande s’il est possible de renoncer au cas par cas à une obligation d’autorisation, lorsque cette renonciation repose sur une évaluation montrant que, en moyenne, une augmentation des dépôts d’azote en raison de ces activités peut être exclue (voir titre 3). En vue d’une application éventuelle de l’article 6, paragraphe 2, à l’épandage ou au pâturage, le Raad van State (Conseil d’État) demande en outre si cette disposition a été suffisamment mise en œuvre en droit néerlandais (voir titre 4).

1. La qualification en tant que projet

112. Nous examinerons tout d’abord la question 1 de l’affaire C‑293/17 visant à savoir si l’épandage d’effluents et le pâturage de bétail doivent être considérés comme des projets.

113. Conformément à l’article 6, paragraphe 3, première phrase, de la directive « habitats », tout plan ou projet susceptible d’affecter un site de manière significative, individuellement ou en conjugaison avec d’autres plans et projets, fait l’objet d’une évaluation appropriée de ses incidences sur le site eu égard aux objectifs de conservation de ce site.

a) La notion de « projet »

114. Certes, la directive « habitats » ne définit pas la notion de « projet ». Cependant la Cour a jugé que la notion de « projet » telle que définie à l’article 1er, paragraphe 2, sous a), de la directive EIE est pertinente en vue de dégager la notion de « plan ou de projet » au sens de la directive « habitats » qui vise, tout comme la directive 85/337, à éviter que des activités susceptibles de porter atteinte à l’environnement soient autorisées sans évaluation préalable de leurs incidences sur celui-ci ( 56 ).

115. Nous comprenons ce constat en ce sens que les projets au sens de cette définition sont en tout état de cause aussi des projets au sens de l’article 6, paragraphe 3, première phrase, de la directive « habitats ». Toutefois nous estimons que ce constat ne délimite pas de manière définitive la notion de « projet » au sens de la directive « habitats » ( 57 ).

116. Ainsi, la Cour a également souligné qu’il n’est pas permis de soustraire à l’évaluation des incidences certaines catégories de projets sur la base de critères impropres à garantir que ceux-ci ne sont pas susceptibles d’affecter les sites protégés de manière significative ( 58 ). Lors du contrôle ultérieur des différentes exonérations, elle n’a pas examiné de manière détaillée si celles-ci concernaient des projets au sens de l’article 1er, paragraphe 2, de la directive EIE. Au contraire, elle a considéré que la possibilité d’une atteinte significative aux sites protégés était suffisante pour rejeter l’exonération ( 59 ).

117. Par conséquent, contrairement à l’avis du Raad van State (Conseil d’État), la définition du projet de l’article 1er, paragraphe 2, sous a), de la directive EIE ne délimite pas de manière définitive la notion de « projet » au sens de l’article 6, paragraphe 3, première phrase, de la directive « habitats ». En effet, ce qui est déterminant c’est le point de savoir si l’activité en cause est susceptible d’affecter un site protégé de manière significative. Cela ne peut pas être exclu concernant l’épandage et le pâturage, puisque les dépôts d’azote qu’ils entraînent sont susceptibles d’affecter de nombreux habitats protégés.

118. Toutefois, en l’espèce, il n’est pas nécessaire d’aller au-delà de la définition de la notion de « projet » donnée dans la directive EIE. En effet, l’article 1er, paragraphe 2, sous a), définit comme projet « la réalisation de travaux de construction ou d’autres installations ou ouvrages » (premier tiret) et « d’autres interventions dans le milieu naturel ou le paysage, y compris celles destinées à l’exploitation des ressources du sol » (second tiret). Ainsi que l’a constaté la Cour, le terme « projet » vise des travaux ou des interventions modifiant la réalité physique du site ( 60 ). C’est bien ce que font tant l’épandage que le pâturage.

b) L’épandage

119. Certes, le Raad van State (Conseil d’État) estime que l’épandage d’effluents ne serait en tout état de cause pas un projet lorsque ces effluents sont déposés sur le sol. Ce serait seulement lorsque des effluents sont introduits dans le sol qu’il y aurait une intervention physique au sens de l’article 1er, paragraphe 2, sous a), second tiret.

120. Cependant, la Commission lui oppose à juste titre que, quel que soit le procédé employé, l’épandage modifie les propriétés du sol. Il viserait par nature à enrichir le sol en nutriments. Rien ne pourrait justifier un traitement différent selon qu’à cet effet l’agriculteur travaille le sol avec des machines ou que le fertilisant, comme le lisier, pénètre dans le sol par infiltration. Finalement, on pourrait voir dans l’épandage l’inverse de l’exploitation de ressources du sol, un enrichissement du sol.

121. En fin de compte, cette modification du sol par épandage est tout à fait comparable à la pêche à la coque, c’est-à-dire au tamisage de la couche superficielle des fonds marins, que la Cour a déjà reconnue comme projet au sens de l’article 1er, paragraphe 2, sous a), de la directive EIE et de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » ( 61 ).

122. Par conséquent, l’épandage est un projet susceptible de requérir une évaluation ex ante au titre de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats ».

c) Le pâturage

123. En tant que tel, le pâturage du bétail est plus difficile à faire relever de la définition de la notion de « projet » de l’article 1er, paragraphe 2, sous a), second tiret, de la directive EIE. Si l’on qualifiait l’activité consistant à élever du bétail sur une parcelle déterminée d’autre intervention dans le milieu naturel ou le paysage et si on la mettait ainsi sur le même plan que l’exemple cité expressément de l’exploitation de ressources du sol, l’on devrait également qualifier ainsi la culture fruitière dans un verger. En effet, tant le pâturage que la culture conduisent en fin de compte à exploiter économiquement les nutriments qui se trouvent dans le sol. Or, l’on pourrait également voir dans cela une exploitation de ressources du sol.

124. Toutefois, il n’est pas nécessaire de passer par ce raisonnement, car l’installation d’un pâturage correspond à la « réalisation de travaux de construction ou d’autres installations ou ouvrages » au sens de l’article 1er, paragraphe 2, sous b), premier tiret, de la directive EIE. En général, un pâturage est entouré d’une clôture afin d’empêcher le bétail de le quitter. Cette installation d’une clôture est un projet ( 62 ). En outre, lors de l’évaluation de l’installation d’une clôture, la finalité de celle-ci, le pâturage, doit être prise en considération.

125. Toutefois, pour le cas où la Cour ne reconnaîtrait ni le pâturage ni l’installation d’un pâturage comme un projet au sens de la directive EIE, alors, le pâturage devrait au moins être considéré comme une activité qui, au sens de la notion plus large de « projet » de la directive « habitats », est susceptible d’affecter un site protégé de manière significative. Non seulement il peut entraîner des dépôts d’azote mais il a aussi des incidences au moins sur la végétation. Le point de savoir si ces incidences sont susceptibles d’affecter un site protégé de manière significative, par exemple sous forme de surpâturage, dépend tant de l’étendue du pâturage que des objectifs de conservation spécifiques du site.

126. Ainsi, il peut être nécessaire d’examiner au titre de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats », si le pâturage du bétail est compatible avec les objectifs de conservation des sites protégés concernés.

d) Conclusion intermédiaire

127. Partant, il convient de répondre à la question 1 de l’affaire C‑293/17 que l’épandage sur certaines parcelles ou l’utilisation de ces dernières pour le pâturage doivent être considérés comme un projet au sens de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats ».

2. L’intégration dans un projet global

128. La question 2 de l’affaire C‑293/17 vise à déterminer comment il convient d’apprécier l’épandage renouvelé régulièrement lorsqu’il a commencé avant que l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » ne devienne applicable à un site protégé et qu’il est encore pratiqué à l’heure actuelle. Le Raad van State (Conseil d’État) cherche à savoir notamment si l’épandage peut faire partie intégrante d’un projet global unique, une exploitation agricole, et peut donc être couvert par l’autorisation de cette exploitation.

a) La notion de « projet unique »

129. La directive « habitats » ne régit pas davantage les mesures susceptibles d’être regroupées dans un projet unique qu’elle ne définit la notion de « projet ». D’ailleurs cette question ne présente aucun intérêt pratique pour l’application de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » à des projets déterminés. En effet, quelles que soient les mesures individuelles qui ont été regroupées dans un projet, il faut examiner toutes les incidences spécifiques de cet ensemble de mesures sur les objectifs de conservation du site protégé concerné.

130. La question concerne plutôt le champ d’application temporel de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats ». Lorsqu’un projet a été autorisé avant que cette disposition ne soit applicable, la poursuite de sa mise en œuvre ne peut pas être appréciée à l’aune de cette disposition, elle relève de l’article 6, paragraphe 2 ( 63 ), qui ne requiert une évaluation de la compatibilité avec les objectifs de conservation de sites protégés que dans certains cas ( 64 ). En revanche, si tout épandage sur des terres agricoles ou même l’épandage réalisé seulement pendant une année est un projet individuel, alors, en principe, il doit faire l’objet d’une nouvelle évaluation à chaque fois.

131. Dans l’arrêt Stadt Papenburg, la Cour a reconnu une telle possibilité dans une situation comparable. Cette affaire concernait des dragages réguliers, nécessaires pour maintenir en l’état une certaine profondeur du chenal navigable. Eu égard notamment à leur nature ou à leurs conditions d’exécution et notamment à leur objectif commun, ces travaux peuvent être regardés comme constituant une opération ou un projet unique ( 65 ). Un autre indice plaidant en faveur d’une qualification en tant que projet unique, que, toutefois, la Cour n’a pas mis en avant, est la circonstance que les travaux récurrents ont fait l’objet d’une seule décision d’autorisation, avant que l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » ne soit applicable ( 66 ).

132. L’épandage régulier de terres agricoles a également un objectif commun unique : la culture de produits des champs dans le cadre d’une exploitation agricole. De surcroît, il convient de partir du principe que l’épandage était autorisé au moins depuis que l’exploitation en cause avait commencé son activité.

133. Par conséquent, une telle exploitation doit être considérée comme une activité unique et comprend l’épandage des terres qui en relèvent.

134. Si l’on envisage l’épandage sous l’angle du champ d’application temporel de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats », cela plaide également en faveur de cette conclusion. S’il fallait procéder à une évaluation au titre de l’article 6, paragraphe 3, de chaque épandage individuel ou même seulement tous les ans, cela entraînerait très probablement des charges disproportionnées par rapport aux bénéfices pour la protection d’un site. En général, il devrait suffire que la compatibilité avec les objectifs de conservation des sites concernés de l’épandage pratiqué de manière récurrente sous une forme similaire sur certaines terres aient fait une fois l’objet d’une évaluation appropriée des incidences.

b) Modifications des pratiques d’épandage

135. Néanmoins, des difficultés peuvent apparaître lorsque les pratiques d’épandage changent. C’est pourquoi le Raad van State (Conseil d’État) demande si l’on peut encore considérer qu’il s’agit d’une activité unique lorsque cet épandage n’a pas toujours été effectué sur les mêmes parcelles, dans les mêmes quantités et suivant les mêmes techniques. De surcroît, il demande s’il importe à cet égard que les dépôts d’azote causés par l’épandage de fertilisants n’aient pas augmenté après que l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » est devenu applicable.

136. Comme ces questions concernent la notion de « projet » dans le cadre de l’application de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats », il convient d’y répondre en se fondant sur la finalité de cette disposition. Cette disposition intègre le principe de précaution et permet de prévenir de manière efficace les atteintes à l’intégrité des sites protégés dues aux plans ou aux projets envisagés ( 67 ). C’est pourquoi c’est le point de savoir si les modifications de la pratique d’épandage causent un risque supplémentaire d’atteinte significative à des sites protégés qui est déterminant.

137. Si le risque d’atteinte causé par l’épandage reste dans le cadre antérieur, alors, il y a lieu de considérer que le projet, l’exploitation agricole, n’a pas changé. En revanche, si le risque d’atteinte augmente, par exemple parce qu’en raison d’un épandage plus important, de l’emploi d’autres fertilisants, du recours à d’autres méthodes d’épandage ou en raison du changement du lieu d’épandage, des dépôts supplémentaires d’azote dans des habitats protégés sont à craindre, alors, l’épandage ne peut pas être reconnu en tant que partie intégrante du projet autorisé à l’origine.

138. Partant, le point de savoir si les dépôts d’azote causés par l’épandage de fertilisants n’ont pas augmenté importe seulement s’il est certain que les dépôts d’azote n’ont pas augmenté sur les sites protégés concernés. En revanche, une évolution générale, selon laquelle, globalement, l’épandage n’a pas entraîné de dépôts d’azote plus élevés, n’exclut pas que certains habitats protégés aient subi des dépôts plus importants.

139. Il convient d’ajouter que des considérations analogues à celles concernant l’épandage valent pour le pâturage.

c) Conclusion intermédiaire

140. Partant, il convient de répondre à la question 2 de l’affaire C‑293/17 que l’épandage récurrent, qui était pratiqué régulièrement avant que l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » ne devienne applicable à un site protégé et est toujours pratiqué actuellement peut constituer un seul et même projet avec une exploitation agricole. En revanche, des modifications des pratiques d’épandage doivent être considérées comme un nouveau projet lorsqu’elles causent un risque supplémentaire d’atteinte significative à des sites protégés.

3. L’exonération de l’obligation d’autorisation

141. Les questions 3 et 3a de l’affaire C‑293/17 visent à savoir si l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » permet d’exonérer le pâturage et l’épandage de l’obligation d’autorisation individuelle. Il résulte nécessairement de cette exonération que ces activités ne font pas non plus l’objet d’une évaluation de leur compatibilité avec les objectifs de protection de sites protégés.

142. Le Royaume des Pays-Bas fonde cette exonération sur une évaluation appropriée abstraite des incidences de l’épandage et du pâturage. En posant les questions 4 et 4a de l’affaire C‑293/17, le Raad van State (Conseil d’État) cherche à savoir si cette évaluation est compatible avec l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats ». D’après la décision de renvoi, l’évaluation était basée sur l’ampleur et l’intensité, effectives et escomptées, de ces activités et a conduit à conclure qu’en moyenne ces activités ne causeraient pas d’augmentation des dépôts d’azote. De surcroît, l’exonération serait assortie d’une surveillance de l’évolution des dépôts d’azote qui, le cas échéant, conduirait à un ajustement des dépôts autorisés.

143. Bien que cela ressemble, à première vue, à l’application en principe permise, voire même louable, du PAS à d’autres activités ( 68 ), il existe une différence déterminante : pour les autres activités, les incidences individuelles sur des sites protégés sont toujours identifiées. En revanche, s’agissant de l’épandage et du pâturage, il est présumé a priori que des atteintes significatives sont exclues.

144. Comme le pâturage et l’épandage doivent être considérés comme des projets, une exonération de l’obligation d’autorisation excluant une évaluation individuelle serait incompatible avec l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats » si ces activités requéraient une évaluation appropriée des incidences. L’on ne peut renoncer à une telle évaluation que s’il est possible d’exclure sur la base d’éléments objectifs que le pâturage et l’épandage soient susceptibles d’affecter ce site de manière significative, individuellement ou en conjugaison avec d’autres plans et projets ( 69 ).

145. L’ampleur et l’intensité, effectives et escomptées, de ces activités sont des éléments objectifs. Toutefois, d’après les indications du Raad van State (Conseil d’État), ces éléments se limitent au constat selon lequel, en moyenne, une augmentation des dépôts d’azote en raison de ces activités peut être exclue.

146. Or, une simple valeur moyenne ne saurait garantir qu’aucun site protégé ne soit affecté de manière significative par l’épandage ou le pâturage en raison de conditions particulières, notamment l’action conjuguée avec d’autres sources d’azote. C’est pourquoi, à elle seule, cette évaluation globale ne permet pas d’exonérer l’épandage et le pâturage de l’évaluation appropriée individuelle des incidences.

147. De surcroît, au moment où est adoptée la décision autorisant le projet, d’un point de vue scientifique, il faut que soit exclu tout doute raisonnable que le site concerné puisse être affecté ( 70 ). Une telle certitude n’existe pas lorsque l’exonération de l’obligation d’autorisation repose seulement sur la considération selon laquelle, en moyenne, une augmentation des dépôts d’azote en raison de ces activités peut être exclue.

148. Enfin, jusqu’à présent, il n’a jamais été possible de convaincre la Cour que des doutes éventuels concernant l’absence d’effets négatifs d’une mesure restent négligeables en raison d’une surveillance ( 71 ).

149. Certes, l’on pourrait probablement envisager une approche un peu moins stricte au motif que les contributions respectives de l’épandage et du pâturage pratiqués sur certaines surfaces aux atteintes causées à des sites protégés sont mineures. Toutefois, la présomption selon laquelle ces contributions sont insignifiantes incite justement à douter que la surveillance des incidences de ces activités et les mesures d’ajustement qui pourraient être requises soient mises en œuvre de manière aussi conséquente et stricte qu’il le faudrait.

150. En pratique, cela signifie que l’épandage ou le pâturage sur de nouvelles parcelles, ou des modifications de ces activités, qui sont susceptibles d’entraîner des dépôts d’azote supplémentaires dans des habitats protégés, doivent faire l’objet d’une évaluation au titre de l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats », avant que les autorités puissent les autoriser. Certes, le dépôt d’azote entraîné par l’épandage ou le pâturage pratiqués sur des surfaces agricoles individuelles a un volume probablement très limité. Cependant il ne paraît pas exclu que, dans certains cas, des sites protégés puissent être affectés de manière significative. À cet égard, on peut penser notamment à une exploitation fortement intensifiée de parcelles situées à proximité immédiate d’habitats protégés alors que ceux-ci ont déjà été soumis à des pollutions antérieures importantes. En revanche, dans d’autres cas, il devrait être facile d’exclure des atteintes significatives.

151. Partant, il convient de répondre aux questions 3 à 4a de l’affaire C‑293/17 que le pâturage et l’épandage ne peuvent pas être exonérés de l’obligation d’évaluation individuelle de leur compatibilité avec les objectifs de conservation de sites protégés au motif qu’en moyenne ces activités ne causeraient pas d’augmentation des dépôts d’azote. La surveillance des dépôts d’azote et la possibilité d’adopter des mesures supplémentaires, afin de remédier à des dépôts excessifs, ne peuvent pas non plus justifier de renoncer à une évaluation individuelle.

4. La mise en œuvre de l’article 6, paragraphe 2, de la directive « habitats »

152. La question 8 de l’affaire C‑293/17 vise à savoir si le fait de ne pas soumettre le pâturage et l’épandage à une obligation d’autorisation mais seulement de faire usage du pouvoir d’imposer des obligations au sens de l’article 2.4 de la Wnb constitue une mise en œuvre suffisante de l’article 6, paragraphe 2, de la directive « habitats ».

153. À cet égard, le Raad van State (Conseil d’État) souligne à juste titre que l’article 6, paragraphe 2, de la directive « habitats », contrairement à l’article 6, paragraphe 3, ne requiert pas d’évaluation ex ante systématique d’activités ( 72 ). C’est pourquoi le fait de renoncer à une obligation d’autorisation peut enfreindre tout au plus l’article 6, paragraphe 3, et non pas l’article 6, paragraphe 2. Toutefois, concernant l’obligation d’autorisation pour le pâturage et l’épandage, il convient de renvoyer à la réponse aux questions 3 à 4a de l’affaire C‑293/17 ( 73 ).

154. Si l’article 6, paragraphe 2, de la directive « habitats » requérait des mesures de protection indépendamment de la question de l’autorisation concernant le pâturage ou l’épandage, la décision de renvoi ne comporte pas d’indications tendant à montrer que l’article 2.4 de la Wnb ne serait pas suffisant à cet égard.

155. D’après les indications du Raad van State (Conseil d’État), cette disposition permet d’imposer aux agriculteurs les obligations nécessaires. En particulier, l’épandage et le pâturage ne sont pas exclus du champ d’application de l’article 2.4 de la Wnb ( 74 ).

156. Certes, dans une affaire relative à la mise en œuvre de l’article 6, paragraphe 2, de la directive « habitats », la Cour avait reproché aux pouvoirs accordés d’être de nature non pas préventive mais seulement réactive et de comporter en outre des obstacles importants à l’adoption de mesures urgentes ( 75 ). Cependant, à l’instar du Raad van State (Conseil d’État), il y a lieu de considérer qu’en général, les incidences du pâturage et de l’épandage sont prévisibles et existent depuis relativement longtemps. En outre, contrairement au droit examiné dans l’affaire en question, l’article 2.4 de la Wnb permet d’adopter des mesures urgentes. C’est pourquoi les autorités compétentes peuvent imposer à temps des obligations supplémentaires, lorsqu’il existe des risques pour des sites protégés.

157. Partant, il convient de répondre à la question 8 de l’affaire C‑293/17 que, s’agissant du pâturage de bétail et de l’épandage de fertilisants, un pouvoir tel que celui d’imposer des obligations au sens de l’article 2.4 de la Wnb, dont l’autorité compétente doit faire usage lorsque cela est nécessaire compte tenu des objectifs de conservation d’un site Natura 2000, est un instrument de prévention suffisant pour mettre en œuvre l’article 6, paragraphe 2, de la directive « habitats ».

E. Considérations finales

158. Au vu des considérations qui précèdent, il semblerait que, si le PAS comporte des approches intéressantes, au total, il est douteux qu’il respecte les exigences de l’article 6, paragraphes 2 et 3, de la directive « habitats ».

159. Néanmoins, cela ne signifie pas que la directive et le PAS soient totalement inconciliables. En effet, l’article 6, paragraphe 4, de la directive « habitats » est un instrument destiné à parvenir à des résultats raisonnables dans une telle situation. Le PAS a été décrit comme une pondération des intérêts de la protection de la nature et des intérêts de la société ( 76 ) et c’est ce que rechercher le Raad van State (Conseil d’État) , lorsqu’il invoque l’article 2, paragraphe 3, de cette directive afin de répondre au manque d’« ambition » reproché au PAS ( 77 ). Or, une telle pondération est la fonction de l’article 6, paragraphe 4, et non pas de l’article 6, paragraphes 2 et 3 ( 78 ).

160. Lorsque l’on envisage la situation d’ensemble, il paraît évident qu’un État membre comme le Royaume des Pays-Bas ne peut pas être soumis à une obligation inconditionnelle de restreindre brutalement son agriculture et de porter également atteinte de manière significative au reste du développement économique, afin de réduire à un niveau supportable la pollution par l’azote des sites Natura 2000. En revanche, des raisons impératives d’intérêt public majeur doivent être dûment prises en compte.

161. Ces raisons sont l’intérêt de la société en général, d’une part, au développement économiqueet, d’autre part, notamment lorsque des activités déjà autorisées continuent à être admises, au respect des droits fondamentaux des entreprises concernées, conformément à l’État de droit. Bien qu’en général il semble être difficile de reconnaître en tant que raisons impératives d’intérêt public majeur les intérêts d’exploitations agricoles individuelles, une approche globale comme celle du PAS permet d’intégrer ces intérêts individuels dans l’intérêt public au développement de l’agriculture et au respect de droits acquis.

162. Somme toute, il est clair également qu’il n’y a pas d’autre possibilité que d’autoriser certaines activités supplémentaires et de continuer à accepter d’autres activités existantes. Néanmoins, un instrument comme le PAS est parfaitement à même d’indiquer les alternatives réelles. D’une part, il devrait imposer des méthodes de production qui minimisent les dépôts d’azote sans causer d’autres dommages excessifs (best practices). D’autre part, il devrait empêcher les activités qui causent des dommages disproportionnés par rapport aux bénéfices qu’elles procurent.

163. À première vue, les mesures nécessaires destinées à assurer la cohérence de Natura 2000 semblent représenter l’obstacle le plus sérieux à une application de l’article 6, paragraphe 4, de la directive « habitats ». Lorsqu’en raison d’intérêts majeurs un instrument de coordination complet permet des dépôts d’azote excessifs sur des sites protégés de tout le territoire d’un État, il devrait être difficile ou même exclu de développer sur d’autres sites, à titre de mesure de compensation, les types d’habitats affectés.

164. Toutefois les mesures prévues par le PAS sur les sites protégées visent notamment à assurer la cohérence de Natura 2000. Si elles sont efficaces, elles améliorent les conditions de développement des différents habitats malgré des dépôts d’azote excessifs.

165. De surcroît, le PAS a pour objectif à long terme de réduire les dépôts d’azote à un niveau acceptable, afin de rétablir un état de conservation favorable des habitats concernés. Dans cette perspective de long terme, le PAS est également une mesure destinée à assurer la cohérence de Natura 2000.

166. Enfin, le PAS assortit cette mesure d’une surveillance permanente et prévoit des ajustements lorsqu’il apparaît que les mesures prévues ne suffisent pas.

167. Il n’a pas été demandé à la Cour si le PAS dans son ensemble détermine le juste équilibre entre la protection de Natura 2000 et d’autres intérêts de la société et de quel contrôle juridictionnel cela devrait faire l’objet. C’est pourquoi ces questions dépassent le cadre de la présente affaire.

168. Cependant, il pourrait y avoir au moins un obstacle à l’application de l’article 6, paragraphe 4, de la directive « habitats » : dans la mesure où les dépôts d’azote concernent des types d’habitats prioritaires, comme les tourbières hautes actives (Natura 2000, code 7110), le Royaume des Pays-Bas aurait probablement dû consulter la Commission conformément à l’article 6, paragraphe 4, second alinéa, de la directive « habitats ». En effet, il paraît exclu de fonder l’autorisation de dépôts d’azote supplémentaires par le PAS exclusivement sur des considérations liées à la santé humaine et à la sécurité publique ou liées à des effets favorables déterminants pour l’environnement. Toutefois, la Commission n’a pas publié d’avis à cet égard ( 79 ). Néanmoins, rien n’empêche d’y remédier et de donner ainsi un fondement solide au PAS.

V. Conclusion

169. Au vu des considérations qui précèdent, nous suggérons à la Cour de se prononcer de la manière suivante : 1) Il convient de répondre à la questi