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Les faits à l’origine du litige sont exposés aux points 1 à 22 de l’arrêt attaqué comme suit : « 1. Par un avis de marché public publié en supplément au Journal officiel de l’Union européenne du 7 août 2012 (JO 2012/S 61‑150‑249926), la Commission européenne a lancé l’appel d’offres portant la référence AGRI‑2012‑PEI‑01, visant à établir un mécanisme de réseau pour la mise en œuvre du partenariat européen d’innovation “Productivité et développement durable de l’agriculture” (ci‑après l’“appel d’offres”). 2. En vertu du point 1 du cahier des charges du marché (ci‑après le “cahier des charges”), l’attributaire du marché avait pour mission de contribuer à la création et à la gestion du réseau de partenariat, composé de et ouvert aux acteurs s’occupant d’innovation et d’approches innovantes dans le secteur de l’agriculture, tels que les agriculteurs, les chercheurs, les consultants, les entreprises, les organisations non gouvernementales, les consommateurs et les organismes du secteur public. L’attributaire avait la responsabilité d’établir et d’assurer le fonctionnement du mécanisme du réseau, composé, d’une part, du personnel affecté par l’attributaire à l’exécution des missions indiquées dans l’avis de marché et, d’autre part, du lieu physique où ce personnel travaillerait et fournirait ses services (ci‑après le “point info”). 3. Les missions de l’attributaire du marché étaient définies au point 2 du cahier des charges. Elles étaient divisées en neuf missions principales, à savoir, premièrement, la gestion du personnel affecté aux missions et la gestion du point info, deuxièmement, l’animation du réseau de partenariat, troisièmement, l’activité de mise en réseau et le développement d’instruments de communication, quatrièmement, l’actualisation et l’entretien d’une banque de données complète, cinquièmement, la tenue d’une liste d’experts externes, sixièmement, la réalisation d’activités de coordination et d’échange d’informations, septièmement, le recensement des besoins de recherche auprès des acteurs de terrain, huitièmement, le développement du programme annuel de travail et, neuvièmement, l’archivage, la gestion de l’inventaire et la sauvegarde de documents et d’informations. Le cahier des charges indiquait les effectifs minimaux de personnel nécessaires pour réaliser les missions principales, en prévoyant, à cette fin, que le personnel affecté aux missions devait être composé d’au moins dix “équivalents temps plein”, dont au minimum six à titre permanent. 4. En outre, le cahier des charges prévoyait 27 missions additionnelles dont l’exécution devait intervenir sur demande annuelle de la Commission, dans la mesure de trois missions additionnelles au minimum jusqu’à un maximum de dix missions par an, étant entendu que, en ce qui concernait les missions additionnelles no 24, no 26 et no 27, ces dernières seraient au moins demandées la première année. Les missions additionnelles comprenaient l’organisation de groupes de réflexion, c’est-à-dire de groupes d’experts qui étudient et débattent de questions concernant spécifiquement le plan européen d’innovation (missions additionnelles nos 1 à 6), l’organisation d’ateliers additionnels (missions additionnelles nos 7 à 9), l’organisation de journées “sur le terrain” (missions additionnelles nos 10 à 13), l’organisation de séminaires additionnels (missions additionnelles nos 14 à 17), l’évaluation du travail des groupes opérationnels (missions additionnelles nos 18 à 20), l’organisation de conférences (mission additionnelle no 21), l’organisation du voyage et de l’hébergement des participants aux groupes de réflexion, aux ateliers et aux séminaires (mission additionnelle no 22), la réalisation de missions dans les États membres (mission additionnelle no 23), la création d’une liste d’experts (mission additionnelle no 24), la clôture du point info (mission additionnelle no 25), la création du point info (mission additionnelle no 26) et le recensement de tous les projets pertinents aux fins de la création d’une banque de données (mission additionnelle no 27). 5. Conformément aux dispositions du cahier des charges, l’attributaire du marché devait également prévoir des effectifs suffisants pour que, outre les missions principales, le personnel affecté aux missions puisse exécuter les tâches prévues au titre des missions additionnelles no 24 et no 27, dont la réalisation était prévue au cours de la première année du contrat. 6. En vertu du point 6 du cahier des charges, le contrat était conclu pour une durée de dix mois, renouvelable pour douze mois au maximum. Il prévoyait un budget total maximal de 2500000 euros par an pour l’exécution conjointe des missions principales et des missions additionnelles, le budget maximal par an étant de 1400000 euros pour les missions principales et de 1500000 euros pour les missions additionnelles. 7. En vertu du point 7.5 du cahier des charges, la procédure de marché se composait, premièrement, de la phase d’examen des offres sur la base des critères d’exclusion, suivie de l’examen des offres sur la base des critères de sélection, deuxièmement, de la phase d’évaluation des offres sur la base des critères d’attribution (évaluation qualitative et évaluation du prix) et, troisièmement, de la phase d’attribution du marché sur la base du critère de l’offre économiquement la plus avantageuse. Les critères d’exclusion, de sélection et d’attribution appliqués par la Commission étaient mentionnés au point 9 du cahier des charges. 8. La Commission a reçu cinq offres, parmi lesquelles celle de la requérante. Tous les soumissionnaires ont franchi la première phase de la procédure de marché, consistant en l’examen de leur offre sur la base des critères d’exclusion et de sélection, et ont atteint la deuxième phase de la procédure, consistant en l’évaluation des offres sur la base des quatre critères d’attribution suivants : – critère d’attribution no 1 : approche du lien entre science et pratique ; – critère d’attribution no 2 : approche concernant l’exécution des missions principales et additionnelles ; – critère d’attribution no 3 : organisation pratique des tâches ; – critère d’attribution no 4 : propositions concernant la création du point info basé à Bruxelles (Belgique). 9. Dans le cadre de la deuxième phase de la procédure, deux soumissionnaires seulement, en l’occurrence la requérante et Vlaamse Landmaatschappij (ci-après “VLM”), ont obtenu le score minimal exigé par le cahier des charges pour les critères d’attribution. Ces deux soumissionnaires ont donc atteint la phase d’évaluation de leurs prix, qui s’élevaient à 1320112,63 euros pour la requérante et à 2316124,83 euros pour VLM. 10. Il ressort du procès-verbal de la réunion du comité d’évaluation du 20 novembre 2012 que la requérante a été classée en première position et que, ayant des doutes sur le caractère anormalement bas de son offre, le comité d’évaluation a conclu que des informations devaient lui être demandées concernant les prix des missions additionnelles. 11. Par lettre du 22 novembre 2012, la Commission a informé la requérante que le comité d’évaluation avait considéré les prix indiqués pour les missions additionnelles comme étant anormalement bas. Elle a demandé à la requérante des explications détaillées sur le calcul des prix proposés pour les missions additionnelles nos 1 à 21 et no 25, en indiquant que son offre pourrait être rejetée en cas d’explications non convaincantes. 12. Par lettre du 29 novembre 2012, la requérante a répondu à la demande de renseignements de la Commission, en lui fournissant des explications générales et une liste des coûts retenus pour la formulation de ses propositions de prix concernant les missions additionnelles. 13. Il ressort du procès-verbal final d’évaluation de l’offre de la requérante, du 19 décembre 2012, que le comité d’évaluation a examiné les explications de cette dernière et a notamment constaté l’existence d’emplois croisés d’effectifs entre les missions principales et les missions additionnelles, non conformes aux exigences du cahier des charges. Il a donc modifié le score attribué à l’offre de la requérante pour le critère d’attribution no 3, qui a été ramené de 11,8 points à 7 points, la note minimale exigée étant de 7,5 points sur 15. Le comité d’évaluation a donc conclu son évaluation, d’une part, en confirmant son avis quant au caractère anormalement bas de l’offre de la requérante et, d’autre part, en constatant que, sur la base des nouvelles informations transmises par cette dernière, son offre n’atteignait plus la note minimale requise par le cahier des charges au titre du critère d’attribution no 3. Partant, le comité a recommandé d’attribuer le contrat à VLM. 14. Par lettre du 25 mars 2013, la Commission a informé la requérante que son offre n’avait pas été retenue aux motifs qu’elle n’avait pas atteint le minimum requis pour le critère d’attribution no 3 et avait été considérée comme étant anormalement basse en ce qui concernait les prix proposés pour exécuter certaines missions additionnelles. Le même jour, la Commission a décidé d’attribuer l’offre à VLM. 15. Par lettre du 26 mars 2013, la requérante a demandé le nom de l’attributaire du marché ainsi que les caractéristiques et les avantages de son offre. La Commission lui a transmis ces renseignements par lettre du 27 mars 2013. 16. Par lettre du 29 mars 2013, la requérante a demandé à la Commission d’autres renseignements concernant l’évaluation de son offre. La Commission lui a répondu par lettre du 10 avril 2013. 17. Par lettre du 12 avril 2013, la requérante a reproché au pouvoir adjudicateur l’absence de communication des éclaircissements nécessaires concernant l’évaluation des premier et deuxième critères, la modification de son appréciation technique après l’ouverture de l’offre financière, l’évaluation incorrecte de l’implication du chef d’équipe et de son adjoint dans les missions additionnelles et le caractère erroné des conclusions concernant l’offre de VLM. 18. Par courriel envoyé à la Commission le même jour, la requérante a demandé à cette dernière l’accès aux procès-verbaux du comité d’évaluation et à l’offre de l’attributaire, en se fondant sur l’article 6 du règlement (CE) no 1049/2001 du Parlement européen et du Conseil, du 30 mai 2001, relatif à l’accès du public aux documents du Parlement européen, du Conseil et de la Commission (JO 2001, L 145, p. 43). 19. Par une première lettre du 29 avril 2013, la Commission a informé la requérante que le procès-verbal du comité d’évaluation lui serait transmis rapidement. Par une seconde lettre du même jour, la Commission a répondu à la demande d’accès de la requérante en lui fournissant une copie partielle du procès-verbal d’évaluation du 20 novembre 2012, du procès-verbal d’évaluation finale de son offre du 19 décembre 2012 et du procès-verbal global d’évaluation du 6 février 2013. En revanche, la Commission a refusé de lui communiquer l’offre de l’attributaire en invoquant la protection des intérêts commerciaux de l’entreprise concernée, fondée sur l’article 4, paragraphe 2, premier tiret, du règlement no 1049/2001. 20. Par courriel du 13 mai 2013, la requérante a présenté une demande confirmative d’accès, conformément à l’article 7 du règlement no 1049/2001. Par courriel du 14 mai 2013, la Commission en a accusé réception, annonçant une réponse dans un délai de quinze jours ouvrables. 21. Par une autre lettre du 13 mai 2013, la requérante a contesté la position de la Commission exprimée dans la seconde lettre du 29 avril 2013, qu’elle a jugé insuffisante. Par lettre du 31 mai 2013, la Commission a répondu que la requérante disposait de toute la documentation concernant la procédure de marché ayant servi de fondement à la décision d’attribution, en se référant également à sa lettre du 29 avril 2013. 22. Concernant la demande confirmative d’accès, par lettre du 4 juin 2013, la Commission a indiqué à la requérante que le délai de réponse était prorogé jusqu’au 26 juin 2013. Le 26 juin 2013, la Commission a informé la requérante qu’elle était dans l’impossibilité de répondre à la demande confirmative d’accès dans le délai précité. Par courriel du 4 juillet 2013, la requérante a sollicité une réponse à sa demande confirmative d’accès, à laquelle la Commission a répondu le 9 juillet 2013, en informant l’entreprise que la réponse lui serait transmise dans quelques jours. Par lettre du 17 juillet 2013, la Commission a répondu à la demande confirmative d’accès de la requérante, en confirmant sa décision antérieure d’occulter certaines informations contenues dans les procès-verbaux d’évaluation et de ne pas accorder l’accès à l’offre de l’attributaire, en application de l’article 4, paragraphe 1, sous b), et de l’article 4, paragraphe 2, premier tiret, du règlement no 1049/2001. »