Rapport spécial Octroi de subventions  
par les agences: un choix 
pas toujours approprié  
et d’une efficacité pas 
systématiquement 
démontréeFR 2016  n° 12
COUR DES
COMPTES
EUROPÉENN E
COUR DES COMPTES EUROPÉENNE  
12, rue Alcide De Gasperi  
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LUXEMBOURG
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Twitter: @EUAuditorsECA
De nombreuses autres informations sur l’Union européenne sont disponibles sur l’internet  
via le serveur Europa ( http://europa.eu ).
Luxembourg: Office des publications de l’Union européenne, 2016
Print ISBN 978-92-872-4718-6 ISSN 1831-0850 doi:10.2865/455887 QJ-AB-16-009-FR-C
PDF ISBN 978-92-872-4669-1 ISSN 1977-5695 doi:10.2865/706780 QJ-AB-16-009-FR-N
EPUB ISBN 978-92-872-4724-7 ISSN 1977-5695 doi:10.2865/77664 QJ-AB-16-009-FR-E
© Union européenne, 2016
Reproduction autorisée, moyennant mention de la source
Octroi de subventions 
par les agences: un choix 
pas toujours approprié 
et d’une efficacité pas 
systématiquement 
démontrée
(présenté en vertu de l’article 287, paragraphe 4, 
deuxième alinéa, du TFUE)Rapport spécialFR 2016  n° 12
02
 Équipe d’audit
Les rapports spéciaux de la Cour présentent les résultats de ses audits de la performance et de conformité relatifs à des 
domaines budgétaires ou des questions de gestion spécifiques. La Cour sélectionne et conçoit ces activités d’audit de 
manière à maximiser leur incidence en tenant compte des risques susceptibles d’affecter la performance ou la confor -
mité, du niveau des recettes ou des dépenses concernées, des évolutions escomptées ainsi que de l’importance politique 
et de l’intérêt du public.
Le présent audit a été réalisé par la Chambre IV, présidée par M. Milan Martin Cvikl, Membre de la Cour, et compétente 
pour les domaines de dépenses relatifs aux recettes, à la recherche et aux politiques internes, à la gouvernance écono -
mique et financière, ainsi qu’aux institutions et organes de l’Union européenne. L’audit a été effectué sous la responsabi -
lité de M. Louis Galea, Membre de la Cour, assisté de M. Jacques Sciberras, chef de cabinet, et de Mme Anna Fiteni, attaché. 
M. Marc Mc Guinness, chef de mission, a dirigé l’équipe d’audit composée de: Mme Jasmine Mitterbuchner, M. Christos 
Alexandrou, M. Kostadin Dimov, M. Nour-Eddine Hachiby, M. Paris Kaklamanos, M. Alexandre-Kim Hugé, M. Juan Antonio 
Vazquez Rivera, M. Wolfgang Stolz et M. Eddy Struyvelt, auditeurs.
De gauche à droite:  J. Mitterbuchner, L. Galea, A. Fiteni, M. Mc Guinness.

03
 Table  
des matières
Points
 Sigles et acronymes
 Glossaire
I – IV Synthèse
1 – 10 Introduction
7 – 8 Caractéristiques des subventions octroyées par les agences
9 – 10 Rôles et responsabilités
11 – 15 Étendue et approche de l’audit
11 – 13 Étendue de l’audit
14 – 15 Approche d’audit
16 – 51 Observations
17 – 31 Les agences n’ont pas envisagé toutes les formes de financement, les subventions n’étaient pas 
toujours l’instrument le plus approprié et les documents de programmation des agences ne 
s’inscrivaient pas pleinement dans la logique de leur mandat et de leurs objectifs stratégiques
17 – 27 Étant donné que le suivi des évaluations ex ante était inadéquat, les agences ont choisi des instruments de 
financement inappropriés et ont mal conçu les subventions
28 – 31 Dans leurs documents de programmation annuels, qui sont incomplets, les agences n’ont pas pleinement 
inscrit les actions subventionnées dans la logique de leur mandat et de leurs objectifs stratégiques
32 – 41 Les agences ont mis en œuvre les subventions en respectant globalement les règles, mais, dans 
certains cas, des lacunes ont affecté l’attribution des subventions, la sélection d’experts et les 
procédures de contrôle interne
32 – 37 Dans des cas précis d’octroi de subventions, les procédures de sélection et d’attribution ne respectaient pas 
pleinement les principes fondamentaux et des risques de conflits d’intérêts potentiels persistent
38 – 41 En règle générale, les agences ont amélioré leur mise en œuvre et leurs contrôles des subventions, mais des 
faiblesses persistent
42 – 51 Les subventions ont généralement contribué à mettre en œuvre les politiques des agences 
auditées, mais ces dernières n’ont pas mis en place de systèmes de suivi appropriés pour mesurer 
l’efficacité globale des activités qu’elles subventionnent et les évaluations ex post faisaient défaut 
ou étaient incomplètes
04 Table des matières  
52 – 57 Conclusions et recommandations
53 Utilisation inappropriée de l’instrument de financement que constituent les subventions
54 Programmation annuelle des actions subventionnées
55 Procédures d’octroi de subventions
56 Contrôles ex ante et ex post
57 Indicateurs de performance clés et évaluations ex post
 Annexe – Échantillons
 Réponses de la Commission et de l’Institut européen d’innovation et de 
technologie
 Réponses du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies
 Réponses de l’Agence européenne pour l’environnement
 Réponses de l’Autorité européenne de sécurité des aliments
 Réponses de l’Agence européenne pour la gestion de la coopération 
opérationnelle aux frontières extérieures des États membres de l’Union 
européenne
05
 Sigles et acronymes
7e PC: le septième programme-cadre pour des actions de recherche, de développement technologique et de 
démonstration était le principal instrument utilisé par l’Union européenne pour soutenir la recherche et l’innovation 
pendant la période 2007-2013.
AEE : Agence européenne pour l’environnement, Copenhague.
CCI: une communauté de la connaissance et de l’innovation est un partenariat entre des établissements 
d’enseignement supérieur d’excellence, des instituts de recherche, des entreprises et d’autres parties prenantes du 
processus d’innovation. Elle dispose d’une grande autonomie et s’attaque aux défis de société en développant des 
produits, services et processus et en favorisant les personnes dotées d’un esprit d’entreprise innovant.
Cedefop : Centre européen pour le développement de la formation professionnelle, Thessalonique.
CEPOL : Collège européen de police, Budapest.
CTE : les centres thématiques européens sont des consortiums d’institutions dans les pays membres de l’AEE. Ils 
traitent un thème particulier lié à l’environnement. L’AEE a passé un contrat avec ces centres pour leur confier la 
réalisation d’activités spécifiques définies dans sa stratégie et dans son plan de gestion annuel. Six CTE ont été 
établis pour traiter les sujets suivants: atténuation de la pollution de l’air et du changement climatique; diversité 
biologique; impacts du changement climatique, vulnérabilité et adaptation; déchets et ressources matérielles dans 
une économie verte; eaux intérieures, côtières et marines; zones urbaines, utilisation des terres et sols.
ECDC : Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, Stockholm.
EFSA : Autorité européenne de sécurité des aliments, Parme.
Eionet : réseau européen d’information et d’observation pour l’environnement ( European Environment Information 
and Observation Network ).
EIT: Institut européen d’innovation et de technologie, Budapest.
EPIET : programme européen de formation à l’épidémiologie d’intervention ( European Programme for Intervention 
Epidemiology Training ).
Eurojust : agence européenne pour le renforcement de la coopération judiciaire de l’Union européenne, La Haye.
Frontex : Agence européenne pour la gestion de la coopération opérationnelle aux frontières extérieures des États 
membres de l’Union européenne, Varsovie.
GIO land : mise en œuvre initiale du GMES.
GMES : surveillance mondiale pour l’environnement et la sécurité ( Global Monitoring for Environment and Security ).
GSA : Agence du système global de radionavigation par satellite européen, Prague.
06 Sigles et acronymes 
Horizon 2020 : le programme Horizon 2020 a pris la succession du 7e PC. Doté d’un budget initial de près 
de 80 milliards d’euros pour la période 2014-2020, il vise essentiellement à faire en sorte que l’Europe produise des 
résultats scientifiques de classe mondiale, lève les obstacles à l’innovation et permette aux secteurs public et privé 
de collaborer plus facilement au service de l’innovation.
IPC: les indicateurs de performance clés sont utilisés pour mesurer les facteurs essentiels pour la réussite d’une 
organisation.
Objectifs SMART : objectifs spécifiques, mesurables, réalisables, pertinents et datés ( specific, measurable, achievable, 
relevant and timed ).
OCVV : Office communautaire des variétés végétales, Angers.
OEDT : Observatoire européen des drogues et des toxicomanies, Lisbonne.
PTA : programme de travail annuel.
RACER : pertinent (lié à l’objectif), accepté, crédible, simple et solide (qualifie les IPC).
RAP : règles d’application du règlement financier [énoncées dans le règlement délégué (UE) n° 1268/2012 de la 
Commission]. Les RAP clarifient les modalités de mise en œuvre des règles établies par le règlement financier.
RF: règlement financier relatif aux règles financières applicables au budget général de l’Union [à savoir le 
règlement (UE, Euratom) n° 966/2012 du Parlement européen et du Conseil]. Il régit l’établissement et l’exécution 
du budget de l’UE et vise à assurer la bonne gestion financière, ainsi que le contrôle et la protection des intérêts 
financiers de l’UE.
RFC : règlement financier-cadre applicable aux agences/organismes délégués de l’UE [règlement délégué (UE) 
n° 1271/2013 de la Commission].
UE, Union : Union européenne.
07
 Glossaire
Accord de coopération : un accord de coopération est un outil qui permet d’éviter les doubles emplois et de 
favoriser les synergies dans les domaines d’activité concernés. Il prend souvent la forme d’un protocole d’accord. Il 
peut viser, par exemple, à renforcer la coopération technique entre des parties afin de partager les connaissances et 
d’échanger les expériences et les meilleures pratiques sur des questions d’intérêt mutuel.
Accord de niveau de service : un accord de niveau de service peut faire partie d’un contrat de service et définir la 
qualité de service attendue par le pouvoir adjudicateur dans un certain nombre de domaines d’activité essentiels 
qui correspondent aux éléments livrables les plus importants.
Accord-cadre de partenariat (ACP) : un accord-cadre de partenariat est un mécanisme de coopération à long 
terme entre une agence et les bénéficiaires de subventions. Il précise les objectifs communs, la nature des actions 
subventionnées prévues, la procédure d’octroi de subventions spécifiques, ainsi que les droits et obligations 
généraux de chaque partie dans le cadre des conventions spécifiques. La durée d’un accord-cadre de partenariat est 
limitée à quatre ans (sauf dans le cas de l’EIT, qui passe des ACP de sept ans avec les CCI).
Agence : les agences décentralisées sont des organismes distincts des institutions de l’UE. Elles sont dotées de la 
personnalité juridique autonome et créées pour une durée indéterminée afin d’exécuter des tâches techniques, 
scientifiques ou d’encadrement qui aident les institutions de l’Union à élaborer et à mettre en œuvre des politiques. 
Elles soutiennent également la coopération entre l’UE et les autorités nationales en mettant en commun les 
compétences techniques et spécialisées des institutions de l’Union et des autorités des États membres.
Organismes relevant de l’article 36 : l’article 36 du règlement fondateur de l’EFSA jette les bases d’un 
fonctionnement en réseau avec et entre des organismes des États membres opérant dans les domaines qui relèvent 
de la mission de l’EFSA. Le conseil d’administration de celle-ci établit et actualise la liste des organismes compétents 
éligibles aux subventions octroyées au titre de l’article 36.
Triangle de la connaissance : la contribution de l’enseignement supérieur à l’emploi et à la croissance peut être 
renforcée moyennant l’établissement de liens étroits et effectifs entre l’enseignement, la recherche et l’innovation – 
les trois composantes du triangle de la connaissance.
08
 Synthèse
I
Depuis plusieurs années, la Cour critique des aspects de la gestion des subventions dans ses rapports annuels 
spécifiques relatifs aux comptes de certaines agences. Au cours des trois exercices allant de 2013 à 2015, l’ensemble 
des dépenses effectuées par les agences pour des subventions a représenté 740 millions d’euros. Afin d’obtenir une 
perspective horizontale de l’utilisation des subventions, nous avons décidé d’examiner les systèmes et les contrôles 
mis en place dans cinq agences: l’Institut européen d’innovation et de technologie (EIT), l’Agence européenne pour 
la gestion de la coopération opérationnelle aux frontières extérieures des États membres de l’Union européenne 
(Frontex), l’Agence européenne pour l’environnement (AEE), l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) 
et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC). Ensemble, ces cinq agences sont respon -
sables de quelque 92 % du montant total des subventions octroyées par les agences pendant la période visée.
II
Nous avons examiné:
— s’il était approprié de recourir à des subventions (au lieu d’utiliser d’autres moyens comme les marchés publics, 
les accords de niveau de service, etc.) pour atteindre les objectifs stratégiques des agences sélectionnées;
— si les agences qui utilisent des subventions sélectionnent les propositions conformément aux règles applicables 
et assurent un suivi efficace de ces subventions;
— si les résultats et l’efficacité étaient mesurés et évalués.
III
Nous estimons, en conclusion, que les agences auditées ont généralement octroyé et versé les subventions confor -
mément aux règles. La plupart d’entre elles n’ont pas envisagé de façon adéquate d’autres formes de financement, 
alors que les subventions n’étaient pas toujours le meilleur moyen d’atteindre leurs objectifs. De plus, les agences 
auditées n’ont pas évalué l’efficacité de leurs subventions. Les procédures d’octroi, les systèmes de contrôle et la 
mesure des performances peuvent être améliorés. Il arrive que les faiblesses constatées ne concernent qu’une seule 
agence, mais le plus souvent, elles en affectent plusieurs, voire toutes.
09 Synthèse 
IV
Nous formulons ci-après cinq recommandations. Toutes les agences qui utilisent actuellement des subventions ainsi 
que celles qui envisagent de le faire devraient en tirer profit.
a) Avant de lancer une procédure d’octroi de subventions, les agences devraient examiner si cette dernière consti -
tue l’instrument le plus efficace. Elles devraient utiliser les options simplifiées en matière de coûts et l’attribu -
tion directe chaque fois que les circonstances le justifient.
b) Les programmes de travail des agences devraient indiquer les activités à mettre en œuvre au moyen de subven -
tions, les objectifs spécifiques et les résultats escomptés des actions subventionnées, ainsi que les ressources 
humaines et financières prévues et nécessaires pour réaliser ces dernières.
c) Les agences qui mettent en œuvre des procédures spécifiques d’octroi de subventions devraient établir des 
procédures internes formelles qui régissent les principes de transparence et d’égalité de traitement et protègent 
contre les conflits d’intérêts potentiels.
d) Les agences devraient renforcer leur système de vérification relatif à la mise en œuvre des projets de 
subvention.
e) Les agences devraient mettre en place des systèmes de suivi et de communication concernant les subventions, 
sur la base d’indicateurs de performance clés axés sur les résultats et sur l’impact, ainsi que sur celle des résul -
tats des évaluations ex post.
10
 Introduction
01 
Le Parlement européen et le Conseil ont créé 41 agences et autres organismes 
décentralisés. En 2015, le budget total des agences s’est élevé à environ 2,4 mil -
liards d’euros, soit 1,5 % du budget général de l’UE relatif à cet exercice. Ces 
agences sont des entités juridiques distinctes, créées pour une durée indétermi -
née afin d’exécuter des tâches techniques, scientifiques ou d’encadrement qui 
aident les institutions de l’UE à élaborer et à mettre en œuvre des politiques. Elles 
soutiennent également la coopération entre l’UE et les autorités nationales en 
mettant en commun les compétences techniques et spécialisées des institutions 
de l’Union et des autorités des États membres. Pour accomplir leur mission, les 
agences peuvent choisir différents instruments de financement: le financement 
par subvention, les marchés publics ou d’autres mécanismes, comme les accords 
de coopération ou l’externalisation (au moyen d’accords de niveau de service).
02 
Le montant que représentent les financements octroyés par les agences au 
moyen de subventions a doublé, passant de quelque 166 millions d’euros en 2013 
à 333 millions d’euros en 2015 (voir figure 1 ). Cette hausse est essentiellement 
due à l’augmentation des activités des trois agences suivantes: EIT, AEE et Agence 
du système global de radionavigation par satellite européen (GSA). Figure 1Montants des subventions versées par les agences de 2013 à 2015
Source:  Cour des comptes européenne, sur la base des données fournies par les agences.millions d’euros 350
300
250
200
150
100
50
0
2013 2014 2015166 millions d’ euros240 millions d’ euros333 millions d’ euros
11 Introduction 
03 
Onze agences ont recours à des subventions pour atteindre leurs objectifs poli -
tiques (voir  tableau 1 ).Tableau 1Montants des subventions versées par les agences (de 2013 à 2015),  
par activité financée
 Recherche, 
dévelop -
pement et 
innovation 
(RDI)Coopération 
scientifique, 
ainsi que 
coopération 
avec et entre 
les États 
membresÉtudesCollecte et 
analyse de 
donnéesFormationTotal 
(en millions 
d’euros)Proportion 
par agence
EIT 1478,1     478,1 65 %
Frontex  1 147, 8    147, 8 20 %
AEE 1 17, 2 25,1   42,3 5 %
GSA 42,0     42,0 5 %
EFSA  1 4,1 1,5 3,0  8,6 1 %
OEDT  7,1    7,1 1 %
ECDC 1  0,8  5,5 6,3 1 %
CEPOL     3,5 3,5 1 %
Cedefop  2,0    2,0 < 1 %
Eurojust  1,8    1,8 < 1 %
OCVV   0,3   0,3 < 1 %
Total des paiements 
effectués pour des 
subventions520,1 180,0 27,7 3,0 9,0 739,8 100 %
Pourcentage par activité 70 % 24 % 4 % 1 % 1 % 100 %
1 Agences sélectionnées aux fins de l’audit.
Source:  Cour des comptes européenne, sur la base des données fournies par les agences.
12 Introduction 
04 
La Cour a audité cinq agences (l’EIT, Frontex, l’AEE, l’EFSA et l’ECDC), qui sont 
responsables de 92 % du total des dépenses effectuées par les agences pour des 
activités subventionnées. La sélection de ces agences était fondée sur le type 
d’activités subventionnées, sur le profil des bénéficiaires et sur le volume des 
paiements versés pendant les exercices 2013 à 2015 (voir figure 2 ).Figure 2Dépenses consacrées aux subventions par les agences sélectionnées  
pour les exercices 2013 à 2015
Source:  Cour des comptes européenne, sur la base des données fournies par les agences.millions d’euros 256
64
16
4
1
ECDC AEE EFSA EIT Frontex2013
2014
2015
05 
L’encadré 1  décrit les activités subventionnées par les agences sélectionnées.
13 Introduction Encadré 1
Activités subventionnées par les agences auditées
Institut européen d’innovation et de technologie (EIT)
L’EIT octroie des subventions à des «communautés de la connaissance et de l’innovation» (CCI), composées de 
réseaux d’entreprises privées, d’instituts de recherche et d’établissements d’enseignement, qui collaborent 
à des projets d’innovation, et qui aident ou financent différents innovateurs et entrepreneurs, dans toute 
l’Europe. En 2014, il a versé 214 millions d’euros en faveur d’activités subventionnées menées par les CCI (ce 
qui a représenté 97 % de son budget annuel).
Agence européenne pour la gestion de la coopération opérationnelle aux frontières extérieures des 
États membres de l’Union européenne (Frontex)
Frontex assure la coordination entre États participants lors d’opérations conjointes (aériennes, terrestres 
et maritimes) destinées à renforcer la sécurité des frontières extérieures. En 2014, les opérations aériennes, 
maritimes et terrestres ont représenté, respectivement, un total de 2 millions d’euros, de 28 millions d’euros 
et de 7 millions d’euros. Frontex assure également la coordination entre États Schengen lors d’activités de 
rapatriement, afin de maximiser l’efficience et le rapport coût-efficacité des opérations de retour conjointes. 
Elle est tenue de s’assurer que l’octroi de son aide financière est subordonné au plein respect de la charte des 
droits fondamentaux. En 2014, elle a versé 8 millions d’euros en faveur de ces opérations. Ces dernières ont 
représenté 50 % du budget annuel de Frontex pour l’exercice 2014.
Agence européenne pour l’environnement (AEE)
L’AEE est chargée de fournir à l’Union et aux États membres des informations objectives, fiables et compa -
rables sur l’environnement au niveau européen. À cet effet, elle soutient six centres thématiques européens 
(CTE) au moyen de subventions (qui représentaient 8 millions d’euros, soit 18,5 % du budget annuel de l’AEE 
en 2014). En outre, la Commission a délégué à l’AEE la mise en œuvre initiale du programme de surveillance 
mondiale pour l’environnement et la sécurité des services de surveillance des terres (projet GIO land). Dans le 
cadre de ce programme, l’AEE a octroyé aux États participants des subventions qui ont représenté 15 millions 
d’euros en 2014.
14 Introduction Encadré 1
Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA)
L’EFSA octroie régulièrement des subventions en faveur d’activités et de projets scientifiques conjoints qui 
contribuent à l’accomplissement de sa mission, à savoir promouvoir la sécurité des aliments dans l’UE: collecte 
de données, travaux préparatoires aux avis scientifiques et autres tâches d’assistance scientifique et tech -
nique. Seuls les organes publics inclus dans la liste des organismes compétents 1, fondée sur les désignations 
des États membres, peuvent solliciter une subvention. En 2014, l’EFSA a octroyé des subventions qui ont repré -
senté environ 3,5 millions d’euros, soit 4 % de son budget annuel.
Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC)
L’ECDC finance des activités de formation pour soutenir le renforcement des capacités dans les États membres 
moyennant l’organisation de cours spécifiques, ainsi que par l’intermédiaire du programme européen de 
formation à l’épidémiologie d’intervention (EPIET). En 2014, ces activités de formation ont représenté envi -
ron 2 millions d’euros, soit 3 % du budget annuel de l’ECDC.
1 L’article 36 du règlement (CE) n° 178/2002 du Parlement européen et du Conseil du 28 janvier 2002 établissant les principes généraux et les 
prescriptions générales de la législation alimentaire, instituant l’Autorité européenne de sécurité des aliments et fixant des procédures relatives 
à la sécurité des denrées alimentaires (JO L 31 du 1.2.2002, p. 1) jette les bases d’un fonctionnement en réseau avec et entre des organismes des 
États membres. Le conseil d’administration de l’EFSA établit et actualise la liste des organismes compétents éligibles au titre de l’article 36.
15 Introduction 
06 
Les activités subventionnées par les agences sont régies par le règlement finan -
cier général (RF) 2, par les règles d’application (RAP) 3, ainsi que par le règlement 
financier-cadre (RFC) 4, sauf disposition contraire dans les règlements fondateurs 
(comme dans le cas de l’EIT et de Frontex) ou dans les actes de base des agences. 
Les règles du 7e PC ou du programme Horizon 2020 s’appliquent également aux 
agences impliquées dans le financement d’activités de recherche relevant de ces 
programmes (l’EIT et la GSA).
Caractéristiques des subventions octroyées  
par les agences
07 
Les subventions octroyées par les agences sont des contributions financières 
directes accordées à des bénéficiaires (généralement des institutions/organes 
spécialisés des États membres ou des organisations à but non lucratif). Les 
résultats obtenus grâce aux activités subventionnées demeurent la propriété des 
bénéficiaires. Les subventions servent à financer:
a) des actions destinées à la réalisation d’un objectif d’une politique spécifique 
de l’Union (ci-après les «subventions d’action»);
b) le fonctionnement d’un organisme poursuivant un objectif général ou parti -
culier d’une politique d’une agence (de l’Union) (ci-après les «subventions de 
fonctionnement») 5.
08 
Le RF énonce les principes fondamentaux suivants applicables aux subventions:
— cofinancement: les bénéficiaires devraient supporter une partie des coûts 
exposés;
— absence de but lucratif: les subventions ne devraient pas avoir pour objet ni 
pour effet de donner lieu à profit pour les bénéficiaires;
— non-rétroactivité: les subventions rétroactives devraient être exclues;
— non-cumul: une même action ne peut se voir octroyer qu’une seule 
subvention;
— transparence et égalité de traitement: il convient de garantir le respect de ces 
deux principes pendant toute la durée du processus relatif à la subvention, 
depuis l’appel à propositions jusqu’à la clôture.2 Règlement (UE, Euratom) 
n° 966/2012 du Parlement 
européen et du Conseil du 
25 octobre 2012 relatif aux 
règles financières applicables 
au budget général de l’Union 
et abrogeant le règlement (CE, 
Euratom) n° 1605/2002 du 
Conseil (JO L 298 du 
26.10.2012, p. 1) (ci-après le 
«règlement financier»).
3 Règlement délégué (UE) 
n° 1268/2012 de la Commission 
du 29 octobre 2012 relatif aux 
règles d’application du 
règlement (UE, Euratom) 
n° 966/2012 du Parlement 
européen et du Conseil relatif 
aux règles financières 
applicables au budget général 
de l’Union (JO L 362 du 
31.12.2012, p. 1).
4 Règlement délégué (UE) 
n° 1271/2013 de la Commission 
du 30 septembre 2013 portant 
règlement financier-cadre des 
organismes visés à l’article 208 
du règlement (UE, Euratom) 
n° 966/2012 du Parlement 
européen et du Conseil 
(JO L 328 du 7.12.2013, p. 42).
5 Voir article 121 du RF.
16 Introduction 
Rôles et responsabilités
09 
Les agences mettent en œuvre les subventions en gestion centralisée indirecte. 
Elles sont donc responsables des programmations pluriannuelle et annuelle, 
ainsi que de la mise en œuvre (sur les plans opérationnel et financier) des actions 
qu’elles subventionnent. Lorsque la Commission délègue à une agence la mise en 
œuvre d’une action spécifique subventionnée, elle reste responsable en dernier 
ressort de l’exécution générale du budget consacré à la subvention 6. Pour réali -
ser les objectifs et les politiques de l’Union, il est donc essentiel que les agences 
gèrent efficacement les activités subventionnées.
10 
Au niveau des agences, les contrôles relatifs à la gestion des subventions com -
portent les systèmes suivants 7:
a) des évaluations ex ante et ex post des actions et projets subventionnés par 
l’agence;
b) des procédures d’appel à propositions et des jurys d’évaluation;
c) des contrôles ex ante et ex post afin de vérifier la légalité et la régularité des 
relevés de coûts présentés par les bénéficiaires;
d) un suivi et une communication d’informations, afin de mesurer les réalisa -
tions et les résultats obtenus grâce aux activités subventionnées, sur la base 
d’indicateurs de performance clés (IPC).6 À titre d’exemple, la 
Commission a délégué à l’AEE 
la mise en œuvre initiale 
du GMES des services de 
surveillance des terres 
(projet GIO land).
7 Voir articles 133 et 135 du RF et 
article 29, paragraphe 4, 
du RFC.
17
 Étendue et approche de 
l’audit
Étendue de l’audit
11 
Dans ses rapports annuels spécifiques, la Cour a maintes fois souligné des fai -
blesses affectant la gestion des subventions, notamment en ce qui concerne les 
contrôles ex ante et ex post des relevés de coûts, la fiabilité des travaux de vérifi -
cation ex ante de l’auditeur externe, le suivi de la mise en œuvre opérationnelle 
des subventions, ainsi que le recouvrement de l’indu.
12 
C’est pourquoi la Cour a évalué comment les agences géraient les subventions et 
si celles-ci étaient mises en œuvre conformément aux règles applicables. Cette 
évaluation s’est articulée autour des sous-questions d’audit ci-après.
a) Lorsque les agences choisissent de recourir aux subventions, s’agit-il de 
l’instrument de financement le plus approprié et les activités subventionnées 
s’inscrivent-elles dûment dans la logique de leur mission, ainsi que de leurs 
tâches et de leurs objectifs stratégiques?
b) Les procédures des agences permettent-elles d’assurer une sélection des 
propositions conforme aux règles applicables et un suivi efficace de leur mise 
en œuvre?
c) Les agences mesurent-elles et évaluent-elles de façon appropriée les effets 
des activités subventionnées?
13 
L’audit a été centré sur l’ensemble du processus de gestion des subventions. Il 
n’a pas porté sur l’impact socio-économique des subventions octroyées par les 
agences.
18 Étendue et approche de l’audit 
Approche d’audit
14 
L’audit a reposé sur:
a) des visites sur place auprès de cinq agences (l’EIT, Frontex, l’AEE, l’EFSA et 
l’ECDC) afin d’obtenir des éléments probants attestant des pratiques en 
matière de gestion des subventions, au moyen d’entretiens avec les membres 
clés du personnel opérationnel et administratif, d’un contrôle de la docu -
mentation, d’une analyse des processus de contrôle interne, ainsi que d’un 
examen de l’échantillon présenté à l’ annexe ;
b) un examen des règlements fondateurs, des programmes de travail plurian -
nuels et annuels, des documents de programmation des subventions, des 
lignes directrices sur la gestion des subventions, ainsi que des rapports d’éva -
luation sur les subventions des cinq agences sélectionnées pour les visites 
d’audit;
c) une analyse détaillée de 16 procédures d’appel et de 75 paiements de sub -
vention effectués dans les cinq agences sélectionnées pendant la période 
allant de janvier 2013 à mars 2015 (voir annexe ).
15 
La Cour a réalisé l’audit en tenant compte du RF général et de ses RAP , des 
normes de contrôle interne et du règlement fondateur des agences auditées, 
ainsi que des cadres politiques pluriannuels relatifs au domaine politique des 
agences.
19
 Observations
16 
Nos observations sont présentées dans trois parties, qui correspondent aux sous-
questions d’audit figurant au point 12: a) le choix stratégique de l’instrument de 
financement, b) la mise en œuvre de cette décision et c) la mesure des résultats.
Les agences n’ont pas envisagé toutes les formes de 
financement, les subventions n’étaient pas toujours 
l’instrument le plus approprié et les documents de 
programmation des agences ne s’inscrivaient pas 
pleinement dans la logique de leur mandat et de leurs 
objectifs stratégiques
Étant donné que le suivi des évaluations ex ante était 
inadéquat, les agences ont choisi des instruments de 
financement inappropriés et ont mal conçu les subventions
Suivi inadéquat des évaluations ex ante
17 
Les agences sont tenues de réaliser des évaluations ex ante de leurs programmes 
et activités, afin de respecter le principe de bonne gestion financière. Ces éva -
luations devraient porter, entre autres, sur la valeur ajoutée de l’intervention de 
l’UE, sur le choix du mode d’exécution le plus approprié, sur le rapport coût-effi -
cacité du mode choisi, ainsi que sur les leçons tirées d’expériences similaires déjà 
conduites 8.
18 
L’AEE et l’EFSA ont réalisé des évaluations ex ante rigoureuses avant de lancer 
leurs appels à propositions respectifs. La feuille de route de l’EFSA sur la coopé -
ration scientifique pour la période allant de 2014 à 2016 constitue un exemple 
de bonne pratique en matière d’évaluation ex ante. Elle visait essentiellement 
à améliorer l’efficacité et l’efficience des futures subventions, en tenant compte 
de la valeur ajoutée de l’intervention de l’EFSA (voir encadré 2 ).8 Article 18, paragraphe 1, 
des RAP.
20 Observations 
19 
L’application des leçons tirées constitue un élément essentiel d’une évaluation 
ex ante efficace. En 2011, une analyse d’impact de l’EIT, intégrant les exigences 
d’évaluation ex ante 9, soulignait qu’il importait de mettre en place des procé -
dures de suivi solides afin de mesurer la performance de ce dernier et des CCI 10. 
L’EIT met actuellement en place un système de suivi de ce type (voir encadré 6  et 
point 45). Ces faiblesses en matière de suivi de la performance affectent la mise 
en œuvre, par l’EIT, du mécanisme d’analyse comparative 11.9 L’évaluation ex ante a été réalisée 
par la Commission et était 
accompagnée d’une proposition 
de modification du règlement 
fondateur de l’EIT.
10 Recommandations 4 et 5 
formulées dans le document 
SEC(2011) 1433 final du 30 no -
vembre 2011 intitulé «Analyse 
d’impact intégrant les exigences 
d’évaluation ex ante».
11 L’article 14, paragraphe 7, du 
règlement fondateur de l’EIT 
établit le mécanisme d’analyse 
comparative, sur lequel cet 
organisme se fonde pour calculer 
sa contribution financière aux CCI. 
Celle-ci comprend une 
composante qui prend la forme 
d’une aide fixe (60 % répartis 
équitablement entre les CCI) et 
une composante de financement 
concurrentiel (40 %). La 
composante de financement 
concurrentiel est allouée sur la 
base de trois critères à pondéra -
tion identique: 1) les perfor -
mances passées de la CCI; 2) la 
proposition de plan d’entreprise 
et de budget estimatif de la CCI; 3) 
la mise en œuvre de la stratégie 
pluriannuelle de la CCI. Voir aussi 
le rapport spécial n° 4/2016 de la 
Cour intitulé «L’Institut européen 
d’innovation et de technologie 
doit revoir ses mécanismes 
opérationnels et corriger certains 
défauts de conception pour 
produire l’impact escompté», 
point 73 ( http://eca.europa.eu ).L ’EFSA a appliqué les leçons tirées et a mis en place de nouveaux concepts  
de subventions plus efficaces en 2015
L’EFSA a réalisé une évaluation ex ante afin de renforcer sa future coopération scientifique avec les États 
membres. À cet effet, elle a lancé en 2013 des consultations avec son réseau de points focaux et le groupe 
de discussion du forum consultatif sur la coopération scientifique. Elle a également commandé un examen 
externe destiné à évaluer l’impact de ses projets de subvention et de marché public existants sur la réalisation 
de ses tâches. Elle a ensuite analysé les conclusions et les recommandations découlant de ces examens afin de 
formuler sa feuille de route sur la coopération scientifique pour la période allant de 2014 à 2016. Cette feuille 
de route a introduit de nouveaux concepts de subventions plus efficaces, à savoir les subventions théma -
tiques (par exemple celle sur les agents pathogènes microbiens d’origine alimentaire) et les subventions pour 
des projets conjoints (par exemple VectorNet).
Les subventions thématiques sont à présent octroyées pour des grands thèmes prioritaires définis à l’avance, 
en coopération avec les États membres. L’EFSA augmente le montant maximal des subventions, qui passe 
à 500 000 euros, et encourage ainsi les propositions de grands projets stratégiques, tout en limitant son taux 
de cofinancement à 50 % (par rapport à son taux de cofinancement précédent de 90 % pour des subventions 
spécifiques). L’EFSA prévoit que ces nouvelles subventions pourraient accroître la valeur ajoutée et améliorer 
le rapport coût-efficacité de ses activités de coopération scientifique.Encadré 2
21 Observations 
Outils de financement inappropriés
20 
Pour accomplir leurs tâches spécifiques, les agences disposent d’un choix limité 
aux différents instruments de financement suivants: le financement par subven -
tion, les marchés publics ou d’autres mécanismes, comme les accords de coopé -
ration ou l’externalisation (au moyen d’accords de niveau de service). L’agence 
devrait fonder son choix sur une analyse de ses besoins, de ses ressources, des 
objectifs à atteindre, des bénéficiaires potentiels à cibler, ainsi que du niveau de 
concurrence nécessaire pour assurer un bon rapport coût-efficacité. Les entités 
participantes sont tenues de respecter les exigences applicables à l’option de 
financement choisie par l’agence.
21 
Les procédures d’octroi de subventions prévoient des critères d’éligibilité plus 
restrictifs et des critères financiers d’attribution moins rigoureux que les marchés 
publics. À titre d’exemple, le budget proposé pour la subvention n’est pas évalué 
en fonction de l’offre économiquement la plus avantageuse 12, ce qui serait le cas 
pour un marché public. Lorsque l’option du financement par subvention est choi -
sie, la concurrence en général et celle par les prix en particulier peuvent être très 
limitées. C’est pourquoi la subvention ne devrait pas être la forme de finance -
ment choisie par défaut, mais plutôt celle à laquelle recourir lorsque le lancement 
d’un marché public s’avère inapproprié pour des motifs dûment justifiés.
22 
Les agences auditées n’ont pas établi de ligne directrice et de critère spécifique 
pour aider les gestionnaires à choisir le mécanisme de financement le plus appro -
prié en vue de l’exécution d’une tâche ou d’une activité particulière, ce qui est 
contraire aux normes de contrôle interne.
23 
Plusieurs agences auditées (Frontex, l’EFSA et l’ECDC) ont versé des subven -
tions pour acquérir des services ou des éléments livrables auprès d’organismes 
publics très spécialisés dans le domaine qu’elles couvrent. Pour justifier le choix 
de cette approche, elles ont invoqué l’obligation qui leur est faite d’accroître la 
coopération et l’établissement de réseaux avec leurs partenaires publics. Elles ont 
également souligné que, dans le cadre des règles sur les marchés publics, il est 
difficile de limiter l’accès à des consortiums et d’exclure des organismes privés 
susceptibles de présenter un conflit d’intérêts. Toutefois, la Cour a relevé des cas 
où ces agences ont utilisé à la fois des subventions et des marchés publics pour 
des services similaires (l’EFSA et Frontex) ou n’ont pas envisagé d’autres options 
(l’EFSA et l’ECDC) (voir exemples à l’ encadré 3 ).12 L’article 203 des RAP relatif aux 
critères d’attribution des 
subventions exige seulement 
que l’évaluation vise à assurer 
la bonne gestion des fonds de 
l’Union.
22 Observations 
Exemples de cas où la subvention n’était pas l’instrument le plus efficace
L’EFSA recourt à des subventions spécifiques et à des marchés publics pour des études scientifiques et 
des travaux de collecte de données
L’EFSA octroie régulièrement des subventions spécifiques en faveur de projets et d’activités qui contribuent 
à l’accomplissement de sa mission par la collecte de données, ainsi que par la réalisation de travaux prépara -
toires aux avis scientifiques et d’autres études scientifiques. Seuls les partenaires publics figurant dans la liste 
d’organismes compétents peuvent participer à un appel à propositions.
L’EFSA lance également des marchés publics ouverts aux organismes publics et privés, pour les travaux pré -
paratoires aux avis scientifiques et pour des études scientifiques à court terme. Parmi les offres retenues en 
l’occurrence, une moitié provenait d’organismes visés à l’article 36 du règlement fondateur 13 et l’autre moitié, 
d’autres organismes. Cependant, l’EFSA n’a pas examiné l’option des marchés publics pour les projets de sub -
vention audités.
Surveillance aérienne pour les opérations conjointes de Frontex
Frontex finance normalement ces opérations au moyen de subventions octroyées aux autorités des États 
participants. Le tarif pour ces opérations variait entre 4 800 et 6 900 euros par heure de patrouille. En 2012 et 
en 2013, Frontex a lancé des projets pilotes afin d’évaluer la viabilité de l’attribution des tâches de surveillance 
aérienne en recourant au système des marchés publics. Cela a permis d’obtenir un tarif global convenu de 
2 250 euros par heure de patrouille. Sur la base des résultats des projets pilotes, Frontex a lancé en 2015 une 
procédure de marché public pour des contrats-cadres avec remise en concurrence. Onze offres ont été rete -
nues dans le cadre de cette procédure (six contrats ont été passés pour de la surveillance aérienne et maritime 
et cinq pour de la surveillance aérienne et terrestre). L’analyse comparative effectuée par la Cour concernant la 
surveillance aérienne et maritime montre que des organismes privés pourraient fournir des avions plus petits 
et mieux adaptés, spécialisés dans la surveillance aérienne, au lieu des avions plus grands proposés par les 
États membres participants et normalement utilisés à des fins militaires ou pour l’aviation civile. Par consé -
quent, le prix moyen par heure a diminué pour atteindre 2 300 euros, contre 5 700 euros précédemment.
L’ECDC recourt aux subventions pour des études scientifiques
L’ECDC verse des subventions pour les études scientifiques suivantes: «Nouvelle initiative européenne inté -
grée de collaboration dans le domaine de la vaccination» (VENICE III – Vaccine European New Integrated Colla -
boration Effort – Phase III ) et «Réseau européen de laboratoires de référence pour la tuberculose» (ERLTB-net – 
European Reference Laboratory Network for Tuberculosis ). Pour justifier le recours à des subventions, l’ECDC 
a invoqué des raisons historiques, l’expérience des partenaires avec le modèle de financement par subven -
tion, la propriété partagée et l’importance de la confidentialité des données obtenues. Avant de lancer l’appel 
à propositions, il n’avait toutefois pas envisagé l’option du marché public.
13 L’article 36 du règlement (CE) n° 178/2002 jette les bases d’un fonctionnement en réseau avec des organismes des États membres opérant dans 
les domaines qui relèvent de la mission de l’EFSA. Le conseil d’administration de l’EFSA établit et actualise la liste des organismes publics 
compétents désignés par les États membres. Actuellement, cette liste comporte quelque 330 organismes publics.Encadré 3
23 Observations 
Mauvaise conception des subventions
24 
Pour éviter d’imposer une charge administrative inutile aux agences et aux béné -
ficiaires, le RF et ses RAP prévoient que les subventions peuvent être octroyées 
directement sans appel à propositions dans des cas exceptionnels 14 et encou -
ragent le recours à des options simplifiées en matière de coûts pour faciliter 
la gestion des subventions, notamment lorsque celles-ci portent sur de petits 
montants (subventions de moins de 60 000 euros) 15.
25 
L’audit a permis de relever plusieurs cas où la procédure d’octroi d’une subven -
tion par les agences auditées a imposé une charge administrative considérable 
à celles-ci et aux bénéficiaires lorsque ces options simplifiées en matière d’attri -
bution n’ont pas été mises en œuvre (voir exemple à l’ encadré 4 ).14 L’article 190 des RAP permet 
d’octroyer directement des 
subventions au bénéfice 
d’organismes publics ou 
d’États membres identifiés par 
un acte de base pour recevoir 
une subvention, ou pour des 
actions ayant des 
caractéristiques spécifiques 
qui requièrent un type 
particulier d’organisme en 
raison de sa compétence 
technique et de son degré 
élevé de spécialisation.
15 Les articles 123 et 124 du RF, 
ainsi que l’article 181 des RAP 
prévoient un remboursement 
sur la base des coûts unitaires, 
des montants forfaitaires ou 
des financements à taux 
forfaitaire.
Exemple de procédure inutilement lourde pour l’octroi de subventions
Accords passés par l’ECDC concernant les bourses
Chaque année, l’ECDC invite les centres de formation reconnus qui ont accueilli des boursiers de l’EPIET 
pendant l’exercice précédent à présenter une proposition en vue de conclure un accord-cadre de partenariat 
(ACP). Avant de conclure l’ACP relatif aux bourses EPIET, l’ECDC effectue une évaluation exhaustive fondée 
sur les critères communiqués dans l’appel à propositions restreint. Cette procédure représente une charge 
administrative inutilement lourde à la fois pour les centres de formation et pour l’ECDC, notamment parce que 
ce dernier a déjà certifié ces organismes en tant que lieux de formation reconnus. L’ECDC aurait pu utiliser une 
procédure d’attribution directe 16.
16 Article 190, paragraphe 1, point f), des RAP.Encadré 4
26 
Le choix d’une forme inappropriée de subvention peut aussi nuire considérable -
ment à l’efficience de la mise en œuvre et du suivi des activités subventionnées. 
Les agences peuvent utiliser davantage les options simplifiées en matière de 
coûts (voir exemples à l’ encadré 5 ).
24 Observations 
27 
L’option simplifiée en matière de coûts choisie par l’EFSA pour subventionner ses 
points focaux constitue un exemple de bonne pratique pour la mise en œuvre 
efficiente de subventions de faible valeur. Les points focaux aident l’EFSA dans 
l’exécution concrète des activités de mise en réseau et de coopération scienti -
fique. Ils servent d’interface entre l’EFSA et les autorités nationales en charge 
de la sécurité des aliments, les instituts de recherche, les consommateurs et 
les autres parties prenantes. En 2015, l’EFSA a directement passé des conven -
tions de subvention pluriannuelles avec ses points focaux pour la fourniture de 
services récurrents prédéfinis. La subvention annuelle accordée à chaque point 
focal (elle portait sur un montant inférieur à 60 000 euros) était fondée sur des 
montants forfaitaires. Pour calculer ces derniers, l’EFSA s’est appuyée sur deux 
sources: a) les données historiques sur les déclarations de coûts (recueillies 
pendant les sept dernières années de coopération) et b) les données Eurostat 
relatives au traitement des fonctionnaires des différents États membres. À la 
fin de l’exercice, l’EFSA a pu verser le montant total de la subvention annuelle, 
sur la base des services rendus, sans être obligée de demander des documents 
justificatifs pour connaître les coûts exacts supportés, ce qui a considérablement 
réduit la charge administrative de ses partenaires et ses dépenses relatives aux 
vérifications ex ante.Exemples de recours à une forme inappropriée de subvention
Les centres thématiques européens (CTE) de l’AEE et l’EIONET
Les CTE font partie du réseau européen d’information et d’observation pour l’environnement (EIONET) et 
aident l’AEE à mettre en œuvre son programme de travail. Cette dernière conclut des ACP avec des consor -
tiums pour établir chaque CTE, étant donné que les organisations partenaires doivent mettre en commun 
leurs compétences afin de traiter chaque thème. La majorité des partenaires de l’AEE sont des organismes du 
secteur public, car c’est essentiellement dans celui-ci que sont effectuées la collecte, l’évaluation et la commu -
nication des données environnementales. L’établissement et l’analyse successive des relevés de coûts de plus 
de 40 partenaires représentent une charge administrative considérable et indispensable, étant donné que les 
subventions sont fondées sur les coûts directs éligibles. L’AEE aurait pu examiner de façon plus approfondie 
s’il était possible d’utiliser des options simplifiées en matière de coûts pour ces subventions 17.
Dépenses de fonctionnement relatives aux ressources de Frontex dans le cadre de la surveillance 
aérienne
Frontex finance, au moyen de subventions, des opérations terrestres, maritimes et aériennes de surveillance 
des frontières, menées par les États participants. L’un des éléments de ces opérations est la surveillance 
aérienne. Le système de subvention pour chaque surveillance repose sur le remboursement des dépenses de 
fonctionnement déclarées relatives aux ressources, qui couvrent essentiellement les frais d’amortissement, 
d’entretien et de carburant, ainsi que les indemnités de l’équipage par heure de vol. Les autorités partici -
pantes utilisent différentes approches pour calculer et déclarer leurs frais d’entretien et de missions (notam -
ment les indemnités de l’équipage), ce qui rend la gestion de ces subventions particulièrement inefficiente et 
fastidieuse.
17 Articles 123 et 124 du RF.Encadré 5
25 Observations 
Dans leurs documents de programmation annuels,  
qui sont incomplets, les agences n’ont pas pleinement inscrit 
les actions subventionnées dans la logique de leur mandat  
et de leurs objectifs stratégiques
Absence d’objectifs SMART pour les résultats et les impacts
28 
Les agences sont tenues d’établir des programmes de travail pluriannuel et an -
nuel, qui exposent les objectifs, les résultats escomptés et les indicateurs de per -
formance 18. Les objectifs fixés devraient être spécifiques, mesurables, réalisables, 
pertinents et datés (SMART) et couvrir tous les secteurs d’activité de chaque 
agence 19. Le programme de travail annuel devrait s’inscrire dans la logique du 
programme de travail pluriannuel et inclure les actions à financer 20. Les activités 
subventionnées doivent être clairement reliées aux objectifs figurant dans les 
programmes de travail des agences 21.
29 
L’examen des PTA les plus récents (de 2013 à 2015) de toutes les agences auditées 
montre que les objectifs SMART y faisaient généralement défaut. Dans la plupart 
des cas, les objectifs étaient soit des descriptions générales des activités sub -
ventionnées prévues pour l’année, soit des descriptions vagues des réalisations. 
L’absence d’objectifs SMART a nui à la capacité des agences auditées de démon -
trer que les activités qu’elles subventionnaient s’inscrivaient dans la logique de 
leurs objectifs stratégiques et du mandat conféré par leur règlement fondateur 
(voir exemples à l’ encadré 6 ).18 Article 32 du RFC.
19 Article 29, paragraphe 4, 
du RFC.
20 Article 32, paragraphe 3, 
du RFC.
21 Article 121, paragraphe 1, 
du RF.
26 Observations 
Exemples d’objectifs mal définis dans les PTA
Les PTA de l’EIT ne comportent pas d’objectifs SMART de haut niveau concernant les améliorations 
escomptées en matière d’innovation
Dans son programme de travail annuel, l’EIT n’a pas défini d’objectifs SMART de haut niveau concernant la 
durabilité des CCI existantes ou les innovations à réaliser par des synergies créées grâce au triangle de la 
connaissance (recherche, enseignement et innovation) établi par les CCI. Par conséquent, les PTA ne permet -
taient pas d’assurer que les objectifs visés par les subventions et énoncés dans le plan d’entreprise des CCI 
s’inscrivaient pleinement dans la logique et contribuaient à la réalisation des objectifs stratégiques de l’EIT, du 
programme stratégique d’innovation et du programme Horizon 2020.
Les PTA de l’ECDC ne comportent pas d’objectifs SMART pour les activités récurrentes qu’il 
subventionne
Depuis que l’ECDC a repris à la Commission le programme EPIET en 2006, il a formé environ 450 épidémiolo -
gistes. Actuellement, il en forme 12 par an. Cependant, les États membres ont également formé leurs propres 
épidémiologistes et l’ECDC ne dispose d’aucune donnée sur le nombre d’experts formés au niveau national. 
Dès lors, sa stratégie de formation en matière de santé publique (adoptée en juin 2015) ne comporte pas d’ob -
jectifs ciblés, stratégiques, pertinents et datés. Dans ses PTA, l’ECDC ne montre pas comment ses subventions 
récurrentes pour des formations sur la santé publique contribueraient à la réalisation de son mandat global et 
de ses objectifs stratégiques en matière de surveillance épidémiologique européenne et de capacité à définir 
et à contrôler les foyers de maladie.
Frontex ne fixe pas d’objectifs quantitatifs ni d’objectifs ciblés pour ses opérations conjointes
Frontex a établi des programmes opérationnels pour chacune de ses opérations conjointes subventionnées. 
Ces dernières années, elle a été chargée de réaliser des opérations ponctuelles de recherche et de sauvetage 
dans le cadre des nombreuses crises migratoires, ce qui a eu un impact sur sa programmation. Dans la majo -
rité des programmes opérationnels, y compris les trois plus grands programmes de Frontex (Hermes, Triton 
et Poseidon Sea), des objectifs ont bien été fixés, mais ils n’étaient pas quantitatifs et ne précisaient aucune 
valeur cible. L’absence d’objectif ciblé quantifié empêche de mesurer l’efficacité à long terme des opérations 
conjointes.Encadré 6
27 Observations 
Décisions de financement incomplètes
30 
Avant de lancer un appel à propositions, les agences doivent adopter une déci -
sion de financement 22. En l’absence d’une telle décision, leur PTA doit inclure les 
objectifs, le montant indicatif et le taux maximal de cofinancement des activités 
subventionnées prévues 23 et sert donc ainsi de décision de financement juridi -
quement conforme 24.
31 
Dans la plupart des cas, les agences auditées n’ont pas pris de décision de finan -
cement distincte et les PTA ne comportaient pas les informations 25 nécessaires 
pour constituer des décisions de financement valables pour leurs actions subven -
tionnées (voir exemples à l’ encadré 7 ).22 Article 68, paragraphes 2 et 3, 
du RFC.
23 Article 188 des RAP.
24 Article 94 des RAP et article 68 
du RFC.
25 Les PTA devraient indiquer les 
activités annuelles planifiées 
puis mises en œuvre au 
moyen de partenariats-cadres 
ou de conventions de 
subvention spécifiques, la 
forme des subventions, les 
objectifs et les résultats 
escomptés, le montant 
indicatif et le taux maximal de 
cofinancement des activités 
subventionnées 
programmées.
Exemples de programmes de travail annuels qui ne constituent pas des décisions 
de financement valables
Le PTA 2013 de l’AEE ne mentionnait pas de montant indicatif
En 2013, l’AEE a passé avec des CTE des ACP pour quatre ans. Or les documents de programmation qui s’y rap -
portent (PTA et appels à propositions) ne comportaient aucun montant indicatif.
D’importantes informations sur les subventions versées aux CCI faisaient défaut dans les PTA de l’EIT
Les PTA de l’EIT ne comportaient pas plusieurs informations importantes relatives aux conventions de sub -
vention annuelles particulières programmées avec les CCI, comme les montants annuels maximaux spéci -
fiques des subventions par CCI, les objectifs annuels correspondants de l’EIT, les résultats escomptés et les 
indicateurs.Encadré 7
28 Observations 
Les agences ont mis en œuvre les subventions  
en respectant globalement les règles, mais,  
dans certains cas, des lacunes ont affecté l’attribution 
des subventions, la sélection d’experts et les 
procédures de contrôle interne
Dans des cas précis d’octroi de subventions, les procédures 
de sélection et d’attribution ne respectaient pas pleinement 
les principes fondamentaux et des risques de conflits 
d’intérêts potentiels persistent
32 
Les agences doivent respecter les principes de transparence et d’égalité de trai -
tement lorsqu’elles attribuent leurs subventions, ainsi que lorsqu’elles choisissent 
des experts impliqués dans les procédures d’attribution. Elles doivent égale -
ment prendre les mesures de protection nécessaires contre les conflits d’intérêts 
potentiels.
33 
Les agences qui ont mis en œuvre les procédures de sélection et d’attribution des 
subventions du RF (à savoir l’AEE, l’EFSA et l’ECDC) ont respecté ces principes. Des 
lacunes ont été constatées lorsque des agences (en l’occurrence l’EIT et Frontex) 
ont appliqué des procédures spécifiques de sélection d’experts et d’attribution 
de subventions sur la base de dérogations prévues dans le règlement fondateur 
et l’acte de base.
Risque de non-respect des principes de transparence et d’égalité 
de traitement
34 
Les subventions sont soumises aux principes de transparence et d’égalité de 
traitement 26. Les procédures de sélection et d’attribution énoncées dans les 
appels à propositions et mises en œuvre par les agences devraient garantir que 
toutes les demandes soient traitées sur un pied d’égalité et que la subvention soit 
octroyée à l’offre la plus appropriée sur la base des critères publiés dans l’appel 27. 
Ce dernier devrait opérer une distinction claire entre critères de sélection et 
critères d’attribution. Les critères de sélection doivent permettre d’évaluer si le 
demandeur possède la capacité financière, professionnelle et opérationnelle 
nécessaire pour mener à bien l’action à subventionner proposée. Les critères 
d’attribution doivent permettre d’évaluer la qualité de la proposition soumise (au 
regard des objectifs et des priorités fixés pour l’action à subventionner) 28.
35 
La Cour a constaté que Frontex et l’EIT avaient adopté des procédures sur la 
base de dérogations figurant dans leur règlement fondateur. Ces procédures 
ne permettent pas d’assurer que les agences veillent pleinement au respect des 
principes de transparence et d’égalité de traitement (voir encadré 8  pour des 
informations plus détaillées).26 Article 125, paragraphe 1, 
du RF.
27 Article 203, paragraphe 2, 
et article 204, paragraphe 1, 
des RAP.
28 Article 132 du RF et articles 202 
et 203 des RAP.
29 Observations 
Procédures d’appel fondées sur des dérogations figurant dans le règlement 
fondateur
Déploiement d’équipes de négociation par Frontex lors de discussions bilatérales
Conformément aux dispositions de son règlement fondateur, Frontex ne lance pas d’appel à propositions 
pour l’octroi de subventions relatives à des opérations conjointes. Elle conclut plutôt des ACP d’une durée de 
quatre ans avec les autorités des États participants. Chaque année, la division de Frontex responsable des opé -
rations désigne de manière informelle des équipes de négociation et définit les ressources annuelles néces -
saires pour les opérations conjointes de l’exercice suivant. Frontex négocie ensuite de façon bilatérale avec 
les États participants et détermine leur contribution en matière de ressources humaines et d’équipements 
techniques. Les équipes de négociation de Frontex sont habilitées à accepter ou à renégocier les ressources 
proposées par les États participants. Or les décisions relatives à la composition de ces équipes et aux res -
sources à demander ne sont prises ni par le directeur ni par le conseil d’administration. En outre, les équipes 
de négociation ne sont pas formellement désignées par le directeur ou par le conseil d’administration. Par 
conséquent, la procédure d’attribution des subventions spécifiques pour les opérations conjointes ne garantit 
pas pleinement le respect des principes de transparence et d’égalité de traitement.
Procédure de l’EIT pour la désignation des CCI
Les critères énoncés dans l’appel de 2014 concernant les propositions de CCI étaient conformes aux dispo -
sitions du règlement fondateur de l’EIT relatives à la sélection et à la désignation des CCI 29. Or ces critères 
étaient utilisés à la fois comme critères de sélection (capacités technique, opérationnelle et financière) et 
comme critères d’attribution (qualité et potentiel de la stratégie d’innovation proposée), avec quelques 
chevauchements observés au niveau des sous-critères. En outre, l’appel ne précisait aucun seuil pour que les 
propositions atteignent le stade des auditions.
Lorsqu’il désigne une CCI, le comité directeur de l’EIT tient compte des résultats du jury d’évaluation composé 
d’experts externes, du rapport rédigé par le jury chargé des recommandations finales, ainsi que de l’issue 
des auditions des trois meilleurs candidats par le comité directeur. En ce qui concerne l’appel de 2014, la Cour 
a relevé que l’appréciation par le comité directeur était qualitative et dépourvue de notation. En outre, ni 
l’appel ni les lignes directrices internes de l’EIT ne précisaient comment le comité directeur devait pondérer 
les résultats de l’évaluation effectuée par les différents jurys. Ces lacunes sont susceptibles d’affecter l’égalité 
de traitement des candidats et de nuire à l’efficacité du processus de sélection et de désignation des CCI.
29 Article 7, paragraphe 2, du règlement (CE) n° 294/2008 du Parlement européen et du Conseil du 11 mars 2008 portant création de l’Institut 
européen d’innovation et de technologie (JO L 97 du 9.4.2008, p. 1).Encadré 8
30 Observations 
Persistance de risques de conflits d’intérêts potentiels
36 
Lorsqu’une agence sélectionne des experts externes pour l’assister dans l’évalua -
tion des demandes de subventions, elle doit dûment tenir compte des conflits 
d’intérêts potentiels 30. Les listes d’experts sont établies à la suite d’un appel 
à manifestation d’intérêt 31.
37 
La Cour a constaté que Frontex et l’EIT n’avaient pas suffisamment tenu compte 
des conflits d’intérêts potentiels (voir encadré 9  pour plus de détails).30 Article 204, paragraphe 1, 
des RAP. Voir aussi rapport 
spécial n° 15/2012 de la Cour 
intitulé «La gestion des conflits 
d’intérêts dans une sélection 
d’agences de l’UE» ( http://eca.
europa.eu ).
31 Article 287 des RAP.
Désignation d’experts et conflit d’intérêts potentiel
Frontex ne dispose pas d’une politique appropriée en matière de conflit d’intérêts
Alors que tous les agents de Frontex sont tenus de signer une déclaration d’intérêts chaque année, aucune 
déclaration d’absence de conflit d’intérêts n’est exigée formellement avant de participer à une équipe de 
négociation bilatérale. Frontex n’a donc établi aucune politique appropriée en matière de conflit d’intérêts 
pour ses agents qui composent les équipes de négociation.
Désignation d’experts par l’EIT
Lorsqu’il s’agit de sélectionner les experts externes qui évaluent les propositions et les plans d’entreprise 
des CCI, l’EIT invoque l’article 89 de son règlement financier pour déroger à l’obligation de lancer un appel 
à manifestation d’intérêt. Or l’EIT n’a pas pleinement établi de procédure interne pour réglementer la mise en 
œuvre de cette dérogation.
Dans la pratique, l’EIT a établi son groupe d’experts en se fondant sur des listes existantes et des bases de 
données d’autres institutions de l’UE (essentiellement de la Commission), mais également en y intégrant des 
personnes qui n’y figurent pas, sur la base de recommandations formulées par des membres de son comité 
directeur et de son personnel. Le contrat pour l’un des principaux experts externes a fait l’objet d’une attribu -
tion directe dans le cadre de l’appel de 2014 pour les CCI.
Les conflits d’intérêts potentiels sont appréciés par le directeur de l’EIT et des mesures d’atténuation sont 
prises de façon ponctuelle. Aucun élément probant n’atteste que l’EIT a effectivement évalué les cas où un 
même expert était engagé simultanément pour plusieurs missions impliquant chacune un conflit d’intérêts 
potentiel. Ces lacunes augmentent le risque de violation du principe de non-discrimination et celui de conflits 
d’intérêts potentiels.Encadré 9
31 Observations 
En règle générale, les agences ont amélioré leur mise en 
œuvre et leurs contrôles des subventions, mais des faiblesses 
persistent
38 
Il faut effectuer des contrôles ex ante et ex post concernant les paiements, afin 
de confirmer qu’ils respectent les dispositions applicables et que le principe de la 
bonne gestion financière a été appliqué 32. Pour les subventions dont le montant 
dépasse les seuils, il est obligatoire de présenter un certificat justificatif relatif 
aux états financiers de l’action en cause, produit par un contrôleur des comptes 
externe et indépendant ou par un agent public 33. Ne sont éligibles au rembour -
sement que les coûts réellement et nécessairement exposés par le bénéficiaire 
pour réaliser l’action et mentionnés dans le budget consacré à celle-ci 34.
Contrôles ex ante et ex post
39 
La Cour avait émis des opinions avec réserve sur les opérations sous-jacentes 
aux comptes de l’EIT et de Frontex relatifs aux exercices 2012 et 2013, en raison 
de l’absence de contrôles ex ante et ex post efficaces des paiements de subven -
tions. Elle a formulé des observations similaires concernant l’AEE et l’ECDC, mais 
sans assortir d’une réserve ses opinions d’audit. En réaction à ces opinions, les 
agences auditées ont nettement renforcé leurs procédures de vérification et ont 
également revu leurs politiques de vérification ex post et leurs stratégies d’audit. 
Cependant, bien que, sur la base de ses audits financiers et ses audits de confor -
mité, la Cour ait émis une opinion sans réserve concernant l’exercice 2014 pour 
toutes les agences sélectionnées, elle a observé que des faiblesses continuaient 
d’affecter les procédures de vérification des paiements de subventions. Pour 
des exemples concrets de faiblesses persistantes au niveau des systèmes, voir 
encadré 10 .32 Article 45 du RFC.
33 L’article 207 des RAP dispose 
qu’il faut un certificat pour les 
subventions d’action dont le 
montant est supérieur 
à 750 000 euros, et pour les 
subventions de 
fonctionnement dont le 
montant est supérieur 
à 100 000 euros. Certaines 
agences prévoient des seuils 
inférieurs dans leurs politiques 
internes.
34 Article 126 du RF.
32 Observations 
Autres faiblesses du contrôle interne
40 
La Cour a constaté que, pendant la période 2011-2014, les conventions de sub -
vention de l’EIT ont été signées, en moyenne, trois mois après le début de l’année 
civile. Les signatures des conventions de subvention de 2015 n’ont eu lieu qu’en 
juin 2015.
41 
En 2013 et en 2014, l’AEE a signé avec cinq CTE des ACP qui resteront en vigueur 
jusqu’en 2018. L’AEE n’a pas estimé ni publié le budget pour toute la durée de 
ces ACP . Aucun plafond financier n’a donc été établi. L’utilisation des ACP pour 
conclure des conventions de subvention spécifiques est effectivement illimitée, 
même si elle fait l’objet d’un suivi annuel.Exemples de faiblesses qui affectent les procédures de vérification ex ante  
pour les subventions
AEE
Un CTE a présenté le relevé final des coûts concernant des activités pour lesquelles un partenaire avait déclaré 
un montant de 180 000 euros au titre des dépenses relatives à l’exercice clos le 31 décembre 2013. La subven -
tion a été intégralement versée, alors que la vérification ex ante avait permis de détecter des erreurs dans la 
méthode de calcul des rémunérations brutes qui avaient été déclarées par le partenaire pour son personnel 
(et dont plus de 40 % avaient été jugées inéligibles).
Frontex
La longueur, la structure et le contenu des rapports sur les activités réalisées pendant les opérations 
conjointes de surveillance des frontières aériennes, maritimes et terrestres varient considérablement d’un État 
participant à l’autre. Cela affecte l’efficience de la vérification ex ante des déclarations de coûts.
ECDC
En 2014, des activités subventionnées par l’ECDC en 2012 et en 2013 ont fait l’objet de vérifications ex post. 
Six actions subventionnées impliquant quatre bénéficiaires ont été auditées. La vérification ex post a permis 
de constater que, pour l’un des bénéficiaires, le nombre d’éléments probants pour établir les coûts directs 
de l’action était insuffisant. En fait, le personnel du bénéficiaire était chargé de multiples projets et aucun 
système d’enregistrement du temps de travail n’était en place. Il faut donc encore améliorer le système de 
vérification ex ante sur la base des résultats de l’audit ex post.Encadré 10
33 Observations 
Les subventions ont généralement contribué à mettre 
en œuvre les politiques des agences auditées, mais ces 
dernières n’ont pas mis en place de systèmes de suivi 
appropriés pour mesurer l’efficacité globale des 
activités qu’elles subventionnent et les évaluations 
ex post faisaient défaut ou étaient incomplètes
Absence d’indicateurs de performance clés
42 
Pour chaque activité, la réalisation des objectifs doit être contrôlée par des indi -
cateurs de performance 35. Ces indicateurs de performance doivent être inclus 
dans les PTA des agences 36 (voir figure 3  pour des exemples d’indicateurs).35 Article 29, paragraphe 4, 
du RFC.
36 Article 32, paragraphe 3, 
du RFC.Figure 3Exemples d’indicateurs relatifs aux intrants, aux réalisations, aux résultats  
et à l’impact
Changement qui résulte de la mise en œuvre d’une action. Les indicateurs de résultats permettent de mesurer les eﬀets 
immédiats de l’activité concernée pour les destinataires directs.Exemples: le nombre de jeunes pousses (start-ups) et d’ entreprises issues de l’ essaimage (spinoﬀs) dont la création résulte directement de l’activité d’une CCI; le nombre d’adoptions et de transferts de connaissances qui résultent de l’activité d’une CCI.Ce qui est directement produit ou livré avec les fonds de l’UE aﬀectés à une activité/action. Les indicateurs de réalisations permettent de suivre les éléments livrables escomptés de l’activité.Exemple: l’acquisition de services relatifs à la formation universitaire au niveau de l’université.Fonds mobilisés par les agences et les bénéﬁciaires pour atteindre les objectifs politiques des agences.
Eﬀets déﬁnitifs de grande envergure de l’action (à long terme).  Ils sont soumis à une large gamme d’autres inﬂuences (extérieures). Les indicateurs d’impact représentent ce que devraient être les eﬀets positifs d’une activité/action en ce qui concerne l’impact sur l’ économie/la société, au delà des personnes directement aﬀectées par l’activité/action.À titre d’ exemple, lorsqu’il s’agit de renforcer la performance du système d'innovation de l’UE, les indicateurs pourraient être:le nombre de produits à la pointe du marché introduits par des entreprises de l’Union; le montant brut des dépenses consacrées à la recherche et au développement dans l’UE; les entrées et sorties nettes en matière d'investissements étrangers directs.INTRANTS
RÉALISA-
TIONS
RÉSULTATS
IMPACT
Source:  Cour des comptes européenne, sur la base des lignes directrices de la Commission relatives aux «Indicateurs du programme Hori -
zon 2020: évaluation des résultats et de l’impact du programme Horizon 2020».
34 Observations 
43 
Dans leurs programmes de travail pluriannuel et annuel, les agences auditées ont 
défini, pour les activités subventionnées, plusieurs indicateurs de performance 
fondamentaux liés aux réalisations. Elles n’ont cependant pas fixé d’indicateurs 
de performance clés (IPC) RACER 37 concernant les résultats et l’impact. C’est 
pourquoi elles n’ont pas pu contrôler la cohérence et l’efficacité des activités 
subventionnées, ni mesurer les résultats et l’impact obtenus.
44 
Les PTA de Frontex comportent 38 indicateurs de performance pour le suivi de 
ses opérations et activités. Toutefois, un petit nombre d’entre eux seulement 
sont utilisés à des fins de communication d’informations, et même lorsqu’ils le 
sont, aucun ne permet de mesurer de façon appropriée l’efficacité des activités 
subventionnées par l’agence. L’efficacité du système de suivi et d’information de 
Frontex est compromise étant donné que seuls quelques-uns des nombreux indi -
cateurs de performance sont réellement analysés à des fins de communication.
45 
L’EIT n’a pas encore créé de système d’évaluation exhaustif afin de suivre ses 
propres activités et celles des CCI, ce qui est contraire aux dispositions de son 
règlement fondateur, du règlement sur le programme Horizon 2020 et du pro -
gramme stratégique d’innovation de l’EIT 38. Les indicateurs de performance 
généraux de l’EIT restent centrés sur les intrants ou sur les réalisations au lieu de 
l’être sur les résultats ou sur les impacts. Il est donc impossible d’évaluer, sur le 
plan de l’innovation, l’impact généré par les effets de synergie du triangle de la 
connaissance.
Évaluations ex post incomplètes ou inexistantes
46 
En vue d’améliorer l’efficacité et la prise de décision, les agences devraient 
procéder à des évaluations ex post des activités significatives 39. Les résultats des 
activités financées sur une base annuelle devraient faire l’objet d’une évaluation 
au moins une fois tous les six ans 40. Ces évaluations devraient consister à analy -
ser les résultats d’une activité subventionnée pluriannuelle, ainsi que des actions 
annuelles récurrentes de financement par subvention, afin de vérifier leur confor -
mité avec les objectifs fixés 41.
47 
Cependant, les agences auditées n’ont pas toujours réalisé les évaluations ex post 
et celles qui l’ont fait n’ont pas mis à profit les résultats pour améliorer leur suivi 
et leurs informations sur les activités subventionnées.37 Pertinents (liés à l’objectif), 
acceptés, crédibles, simples et 
solides.
38 Article 7  bis du règlement (CE) 
n° 294/2008.
39 Article 29, paragraphe 5, 
du RFC et article 18, 
paragraphe 3, des RAP.
40 Article 18, paragraphe 3, 
point b), des RAP.
41 Article 18, paragraphe 3, 
des RAP.
35 Observations 
48 
En 2013, l’EFSA a effectué une évaluation ex post de l’impact de ses subventions 
et de ses marchés publics. Sur la base des résultats obtenus, elle a mis en œuvre 
de nouveaux concepts de subventions dans le cadre de sa stratégie de coopé -
ration scientifique pour les exercices 2014 à 2016 (voir point 18). Dans ses PTA, 
elle a cependant continué de ne définir que des objectifs vagues et des indica -
teurs de base relatifs à l’exécution budgétaire et aux réalisations (par exemple 
le pourcentage du budget des subventions engagé/payé à la fin de l’exercice; le 
nombre de productions scientifiques adoptées). En l’absence d’IPC pertinents 
axés sur les résultats, l’EFSA n’a pas été en mesure de contrôler l’efficacité des 
actions subventionnées précédemment et ne pourra donc pas évaluer la valeur 
ajoutée européenne et l’efficacité des programmes de subventions qu’elle vient 
de mettre en place.
49 
En 2012, le conseil d’administration de l’AEE a demandé une évaluation ex post 
de l’efficacité des CTE. Il en ressort qu’il importe d’exploiter les synergies pour 
augmenter l’efficience dans les domaines thématiques et qu’il est de plus en plus 
nécessaire d’analyser les données environnementales de façon plus exhaustive 
et intégrée. L’évaluation a permis d’obtenir certains éléments pour une prise 
de décisions stratégiques concernant l’affectation des futures subventions (par 
exemple pour développer en interne les capacités spécialisées en informatique 
de l’AEE en matière d’analyse intégrée des données environnementales). Cepen -
dant, elle n’a pas comporté d’appréciation du système de mesure de l’impact 
pour les activités de l’AEE et des CTE.
50 
Les évaluations ex post devraient être suffisamment complètes pour permettre 
d’apprécier la réalisation des objectifs stratégiques. Frontex et l’ECDC ne dispo -
saient pas de données et d’informations de la part des États membres pour ce 
faire. De plus, ces deux agences n’ont pas admis l’existence de ce problème fon -
damental dans leurs évaluations ex post et dans leurs analyses internes. Dès lors, 
elles n’ont pas rempli les obligations qui leur étaient faites de fixer des objectifs 
stratégiques pertinents pour les activités qu’elles subventionnent et d’établir 
un système efficace de suivi et d’information (axé sur les résultats) assorti d’IPC 
pertinents et mesurables.
51 
L’encadré 11  présente les implications de cette situation sur les activités subven -
tionnées par l’ECDC et par Frontex.
36 Observations 
Exemples d’évaluations ex post incomplètes
Impossibilité de mesurer l’efficacité des activités subventionnées par l’ECDC
Le mandat de l’ECDC dispose, entre autres, que ce dernier soutient et coordonne des programmes de forma -
tion de manière à aider les États membres et la Commission à disposer d’un nombre suffisant de spécialistes 
formés, en particulier dans les domaines de la surveillance épidémiologique et des enquêtes sur le terrain, et 
à pouvoir définir les mesures de santé nécessaires pour contrôler les foyers de maladie 42.
Or un ratio d’un épidémiologiste pour 100 000 habitants est recommandé dans la littérature scientifique exa -
minée par des pairs. Étant donné que l’UE a une population de plus de 500 millions d’habitants, elle devrait 
disposer d’environ 5 000 épidémiologistes. D’après les estimations, l’ECDC et les États membres devraient 
former quelque 500 boursiers par an. L’ECDC ne dispose pas d’informations sur le nombre exact de boursiers 
formés par an dans les États membres, ni sur le nombre d’épidémiologistes actuellement actifs dans l’UE. C’est 
pourquoi il n’est pas en mesure de contrôler l’efficacité des formations qu’il subventionne.
Impossibilité de mesurer l’efficacité des activités subventionnées par Frontex
Frontex assure la coordination d’opérations avec les États Schengen, ce qui peut impliquer d’aider ces derniers 
dans des opérations humanitaires de secours en mer.
En 2014, Frontex a enregistré environ 340 000 entrées de migrants en situation irrégulière dans l’espace 
Schengen lors de ses différentes opérations. Les États membres sont chargés de déterminer le statut des 
nouveaux arrivants (asile accordé, retour, en fuite). Cependant, les échanges de données entre Frontex et les 
États membres sur cette question sont insuffisants. C’est pourquoi il est impossible d’évaluer l’efficacité des 
opérations conjointes subventionnées par Frontex.
42 Article 9, paragraphe 6, du règlement (CE) n° 851/2004 du Parlement européen et du Conseil du 21 avril 2004 instituant un Centre européen de 
prévention et de contrôle des maladies (JO L 142 du 30.4.2004, p. 1).Encadré 11
37
 Conclusions et 
recommandations
52 
L’audit a montré que les subventions ne sont pas toujours l’instrument le plus 
approprié pour réaliser les tâches et les objectifs politiques des agences. Il a éga -
lement permis de constater que celles-ci ont mis en œuvre les subventions en 
respectant globalement les règles, sauf dans des cas de procédures de sélection 
spécifiques. Les subventions ont généralement contribué à mettre en œuvre les 
politiques des agences et favorisé la coopération avec les organismes publics des 
États membres, mais les agences n’ont pas mesuré de façon plus approfondie la 
valeur ajoutée européenne ni l’efficacité globale des activités subventionnées. 
Les recommandations ci-après sont destinées à l’ensemble des agences ou autres 
organismes qui utilisent des subventions ou qui envisagent de le faire à l’avenir.
Utilisation inappropriée de l’instrument de 
financement que constituent les subventions
53 
La plupart des agences auditées n’ont pas évalué de façon appropriée si le finan -
cement par subvention était l’instrument le plus efficace et le plus efficient pour 
mettre en œuvre une tâche ou une activité spécifique (voir points 17 à 19) ou si 
d’autres options telles que les marchés publics, les accords de niveau de service 
ou les accords de coopération auraient été plus appropriées ou plus écono -
miques (voir points 20 à 23). De plus, des lacunes affectent également la procé -
dure ou la forme de subvention choisie (voir points 24 à 27).
Recommandation n° 1
Avant de lancer une procédure d’octroi de subventions, 
les agences devraient examiner si cette dernière constitue 
l’instrument le plus efficace. Elles devraient utiliser les 
options simplifiées en matière de coûts et l’attribution 
directe chaque fois que les circonstances le justifient.
Chaque fois que les agences financent une action donnée au moyen d’une 
subvention, ce choix devrait être fondé sur une analyse approfondie de leurs 
besoins, de leurs objectifs stratégiques, de la valeur ajoutée européenne à obte -
nir, des candidats potentiels à cibler, ainsi que du niveau de concurrence néces -
saire pour assurer un bon rapport coût-efficacité. Les agences devraient avoir 
recours aux options simplifiées en matière de coûts chaque fois que cela s’avère 
approprié. Les subventions devraient être octroyées sans appel à propositions 
(à savoir directement), chaque fois que les circonstances le justifient en vertu de 
l’article 190 des RAP . Les agences devraient établir des lignes directrices et des 
critères clairs afin d’aider les gestionnaires à choisir l’instrument le plus efficace, 
le plus efficient et le plus économique pour mettre en œuvre une tâche ou une 
activité spécifique.
Délai de mise en œuvre de cette recommandation: dès que possible.
38 Conclusions et recommandations 
Programmation annuelle des actions subventionnées
54 
Les programmes de travail pluriannuel et annuel des agences auditées ne men -
tionnent pas d’objectifs spécifiques, mesurables et datés concernant les résultats 
escomptés des actions subventionnées prévues. Cette faiblesse compromet la 
capacité des agences à inscrire les activités (annuelles) qu’elles subventionnent 
dans la logique des objectifs stratégiques de leurs documents de programmation 
pluriannuels et du mandat conféré par leur règlement fondateur (voir points 28 
et 29). Des informations importantes sur l’appel à propositions prévu faisaient 
souvent défaut. En l’occurrence, le programme de travail annuel ne constitue 
pas une décision valable de financement pour les actions subventionnées par 
l’agence (voir points 30 et 31).
Recommandation n° 2
Les programmes de travail des agences devraient indiquer 
les activités à mettre en œuvre au moyen de subventions, 
les objectifs spécifiques et les résultats escomptés des 
actions subventionnées, ainsi que les ressources humaines et 
financières prévues et nécessaires pour réaliser ces dernières.
Lorsque les agences établissent leur programme de travail annuel, elles devraient 
fixer des objectifs spécifiques axés sur les résultats pour les actions subven -
tionnées, qui doivent clairement s’inscrire dans la logique de leurs objectifs 
stratégiques et du mandat conféré par le règlement fondateur. Pour que leur 
programme de travail annuel constitue une décision valable de financement, 
les agences doivent y indiquer les ressources financières et humaines autorisées 
pour la mise en œuvre des actions subventionnées (ligne et crédits budgétaires), 
ainsi que les informations essentielles sur l’appel à propositions prévu (critères 
de sélection et d’attribution, montant maximal de la subvention, taux maximal 
de cofinancement possible, calendrier). Dans les cas de partenariat-cadre plurian -
nuel, les priorités annuelles et les résultats escomptés devront être fixés pour les 
subventions spécifiques.
Délai de mise en œuvre de cette recommandation: programme de travail 
annuel 2018.
39 Conclusions et recommandations 
Procédures d’octroi de subventions
55 
Des lacunes ont été constatées lorsque des agences auditées (en l’occurrence 
l’EIT et Frontex) ont appliqué des procédures spécifiques de sélection d’experts 
et d’attribution de subventions sur la base de dérogations prévues dans le règle -
ment fondateur. Dès lors, les agences n’ont pas pleinement traité les risques de 
non-respect des principes d’égalité de traitement et de transparence, ainsi que 
les problèmes potentiels de conflits d’intérêts (voir points 34 à 37).
Recommandation n° 3
Les agences qui mettent en œuvre des procédures 
spécifiques d’octroi de subventions devraient établir des 
procédures internes formelles qui respectent les principes de 
transparence et d’égalité de traitement et protègent contre 
les conflits d’intérêts potentiels.
Lorsque son règlement fondateur déroge au RF, l’agence devrait établir des pro -
cédures internes formelles pour mettre en œuvre cette dérogation. Les procé -
dures internes devraient notamment garantir:
- la transparence: les membres du personnel interne impliqués dans les procé -
dures d’octroi de subventions devraient être formellement désignés et clai -
rement habilités par l’autorité responsable (ordonnateur/comité directeur); 
des rapports consensuels devraient clairement justifier toutes les grandes 
décisions; pour chaque étape de l’évaluation, les critères sous-jacents et la 
pondération relative de l’étape de l’évaluation devraient être publiés dans 
l’appel à propositions;
- l’égalité de traitement des candidats: communiquer les méthodes harmo -
nisées et les seuils à tous les membres du jury/comité de sélection; établir 
des critères d’éligibilité, de sélection et d’attribution bien distincts; fixer des 
critères de sélection et d’attribution qui ne soient ni trop spécifiques ni trop 
vagues; ne pas désigner directement les experts externes; définir et publier, 
dans les appels, des seuils à atteindre pour que les propositions atteignent la 
phase de l’audition finale;
- l’absence de conflit d’intérêts: il conviendrait d’établir des politiques for -
melles relatives aux conflits d’intérêts pour les experts externes, le personnel 
interne et les membres du comité directeur impliqués dans le processus de 
sélection et d’attribution; ces politiques devraient classer les questions liées 
aux conflits d’intérêts en tenant compte de l’effet cumulé de plusieurs petits 
conflits d’intérêts et définir des mesures d’atténuation efficaces.
Délai de mise en œuvre de cette recommandation: dès que possible.
40 Conclusions et recommandations 
Contrôles ex ante et ex post
56 
Les agences auditées ont amélioré leur mise en œuvre des subventions et leurs 
procédures de suivi, mais diverses faiblesses continuent d’affecter le système de 
contrôle interne (voir points 39 à 41).
Recommandation n° 4
Les agences devraient renforcer leur système de vérification 
relatif à la mise en œuvre des projets de subvention.
Les agences devraient définir, pour les bénéficiaires, des exigences normalisées 
en matière d’information afin d’être en mesure de mettre en place un système de 
suivi efficient et efficace. Les résultats des contrôles ex post devraient être revus 
au moins une fois par an, afin de déceler et de résoudre tout problème systé -
mique éventuel dans le système de contrôle ex ante. Les ACP devraient indiquer 
un montant maximal. Il conviendrait de signer les conventions spécifiques de 
mise en œuvre des subventions récurrentes et les ACP avant la date de début 
prévue pour l’action subventionnée, sauf si cela est dûment justifié.
Délai de mise en œuvre de cette recommandation: dès que possible.
Indicateurs de performance clés et évaluations ex post
57 
Dans leurs programmes de travail, les agences auditées ont défini, pour les 
actions subventionnées, plusieurs indicateurs de réalisations fondamentaux, mais 
elles n’ont pas fixé d’indicateurs de performance clés (IPC) pertinents concernant 
les résultats et l’impact. En outre, elles n’ont pas non plus réalisé d’évaluation 
ex post des activités significatives ou n’ont pas mis à profit ces résultats pour 
améliorer leur suivi et leurs informations sur les activités subventionnées. Enfin, 
certaines évaluations n’ont pas permis aux agences de constater que des don -
nées clés provenant des États membres faisaient défaut. Dès lors, les agences 
n’ont pas été en mesure de contrôler la cohérence et l’efficacité des actions 
subventionnées et les rapports n’ont pas fait apparaître de façon appropriée les 
résultats et l’impact obtenus (voir points 42 à 51).
41 Conclusions et recommandations 
Recommandation n° 5
Les agences devraient mettre en place des systèmes de 
suivi et de communication concernant les subventions, 
sur la base d’indicateurs de performance clés axés sur les 
résultats et sur l’impact, ainsi que sur celle des résultats des 
évaluations ex post.
Pour chaque objectif axé sur l’impact et sur les résultats fixé dans les pro -
grammes de travail pluriannuel et annuel, les agences devraient élaborer au 
moins un indicateur de performance clé pertinent concernant l’impact et les 
résultats. De plus, elles devraient effectuer des évaluations ex post des actions 
subventionnées significatives (y compris des activités récurrentes financées 
chaque année) en tenant compte de la nécessité de disposer des données et des 
informations importantes provenant des États membres impliqués. Ces éva -
luations permettront d’assurer que ces actions s’inscrivent dans la logique des 
objectifs stratégiques fixés.
Délai de mise en œuvre de cette recommandation: programme de travail 
annuel 2018.
Le présent rapport spécial a été adopté par la Chambre IV, présidée par M. Milan 
Martin CVIKL, Membre de la Cour des comptes, à Luxembourg en sa réunion du 
2 mars 2016.
 Par la Cour des comptes
 Vítor Manuel da SILVA CALDEIRA
 Président

42
 Annexe Annexe Échantillon des appels à propositions audités (2013-2015)
Nom de 
l’agenceType de procédure TitreRéférence de la 
subventionBudget 
consacré aux 
subventions
(en euros)
EFSA Appel à  propositionsLien entre la séroprévalence dans les principales espèces 
d'élevage et la présence de Toxoplasma gondii dans la viandeGP/EFSA/BIOHAZ/2013/01 400 000
EFSA Appel à  propositionsCollecte de données étayant la mise en place de groupes 
d'évaluation des risques cumulés pour les pesticidesGP/EFSA/PRAS/2013/02 160 000
EFSA Appel à  propositionsBiomarqueurs de l'exposition aux mycotoxines, essentiel -
lement pour le déoxynivalénol – Collecte et génération de 
donnéesGP/EFSA/CONTAM/2013/04 300 000
EFSA Appel à  propositionsÉtude concernant les implications sur la santé publique et 
les conséquences administratives du projet de révision de la 
ligne directrice sur les matériaux en contact avec des denrées 
alimentairesGP/EFSA/FIP/2013/01 250 000
EFSA Appel à  propositionsDonnées sur la présence d'alcaloïdes tropaniques dans les 
denrées alimentaires et dans les aliments pour animauxGP .EFSA.BIOCONTAM.2014.01 530 000
EFSAPas d'appel à proposi -
tions, conformément aux 
dispositions de l'article 190, 
paragraphe 1, point c)Mise en œuvre de l'accord-cadre de partenariat, signé 
le 15.12.2014, Aide à la mise en œuvre réglementaire de 
l'évaluation des risques cumulés pour les pesticidesGP/EFSA/PRAS/2014/02 400 000
EFSAPas d'appel à proposi -
tions, conformément aux 
dispositions de l'article 190, 
paragraphe 1, point c)Accords pluriannuels pour les subventions accordées aux 
points focauxBELGIQUE – ACCORD 2015 
SUR LES POINTS FOCAUX45 000
ECDCAppel à propositions ouvert 
dans le cadre d'un ACPSuivi des programmes de vaccination dans l'Union 
européenne et dans les pays de l'EEE/AELE: partage des 
informations pour améliorer la performanceGRANT/2013/001 1 600 000 
ECDCAppel à  propositions 
restreint dans le cadre 
d'un  ACPAccueil des boursiers EPIET GRANT/2013/002 6 000 000 
ECDCAppel à propositions ouvert 
dans le cadre d'un ACPRéseau européen de laboratoires de référence pour la 
tuberculose (ERLTB-net) afin de renforcer le diagnostic de la 
tuberculose, les tests de sensibilité aux médicaments et la 
coordination au niveau de l'Union européenneGRANT/2013/003 800 000 
ECDCAppel à propositions dans le 
cadre d'un  ACPAccueil des boursiers EPIET GRANT/2014/001 6 000 000 
ECDCAppel à propositions dans le 
cadre d'un  ACPCoordination scientifique pour les bourses EPIET [parcours 
de formation sur l'épidémiologie et sur la microbiologie 
appliquée à la santé publique (Euphem)]GRANT/2014/002 3 000 000 
AEEAppel à propositions dans le 
cadre d'un  ACPCentre thématique européen sur les zones urbaines, l'utilisa -
tion des terres et les sols pour la période 2015-2018EEA/NSV/14/001-ETC/ULS s.o.
AEEAppel à propositions dans le 
cadre d'un  ACPCentre thématique européen sur les déchets et les matériaux 
dans une économie verte pour la période 2014-2018EEA/IEA/13/003-ETC/WMGE s.o.
EITAppel à propositions dans le 
cadre d'un  ACPCCI vie saine et vieillissement actif s.o. s.o.
EITAppel à propositions dans le 
cadre d'un  ACPCCI sur les matières premières s.o. s.o.
Frontex ne publie aucun appel à propositions. Chaque année, elle négocie directement avec les autorités des États participants au sujet des exigences en 
matière de ressources humaines et d’équipement technique pour l’année suivante.
43 Annexe  Annexe Échantillon des opérations de paiement de subvention auditées (2013-2015)
Nom de 
l’agencePoste bud -
gétaire 
officielSource 
du 
finan -
cementAnnée 
de 
l'opéra -
tionCode du 
type de 
paiementBénéficiaireMontant 
accepté pour 
paiement
(en euros)
EFSA B3-010 C1 2013 Final(OSTERREICHISCHE AGENTUR FUR GESUNDHEIT UND ERNAHRUNGS -
SICHERHEIT GMBH) AGENCE AUTRICHIENNE POUR LA SANTÉ ET LA 
SÉCURITÉ DES ALIMENTS57 125,40
EFSA B3-110 C1 2013 Final(NEMZETI ELELMISZERLANC -BIZTONSAGI HIVATAL) OFFICE NATIONAL DE 
LA SÉCURITÉ DE LA CHAÎNE ALIMENTAIRE327 865,88
EFSA B3-110 C1 2013 FinalISTITUTO ZOOPROFILATTICO SPERIMENTALE DELL'ABRUZZO E DEL 
MOLISE G CAPORALE ENTE32 160,00
EFSA B3-010 C1 2014 FinalINSTITUT SCIENTIFIQUE DE LA SANTÉ PUBLIQUE WETENSCHAPPELIJK 
INSTITUUTVOLKSGEZONDHEID WISSENSCHAFTLICHESINSTITUT FUR 
VOLKSGESUNDHEIT IPH86 012,72
EFSA B3-110 C1 2014 Final STICHTING DLO STICHTING DIENST LANDBOUWKUNDIG ONDERZOEK 59 276,45
EFSA B3-110 C1 2013 Final ROYAUME-UNI DE GRANDE-BRETAGNE ET D'IRLANDE DU NORD 45  787, 8 3
EFSA B3-110 C1 2014 Final(ELINTARVIKETURVALLISUUSVIRASTO EVIRA) AUTORITÉ FINLANDAISE 
DE SÉCURITÉ DES ALIMENTS EVIRA54 871,30
ECDC B03002 C1 2013Préfinance -
mentISTITUTO SUPERIORE DI SANITÀ 70 362,56
ECDC B03002 C8 2014 Final ISTITUTO SUPERIORE DI SANITÀ 73 264,06
ECDC B03003 C1 2014Préfinance -
mentNARODOWY INSTYTUT ZDROWIA PUBLICZNEGO PANSTWOWY ZAKLAD 
HIGIENY35 955,64
ECDC B03003 C8 2015 FinalNARODOWY INSTYTUT ZDROWIA PUBLICZNEGO PANSTWOWY ZAKLAD 
HIGIENY13 881,00
ECDC B03003 C8 2014 Final MINISTERIE VAN VWS AGENTSCHAP RIVM 148 925,66
ECDC B03003 C8 2014 Final INSTITUTO DE SALUD CARLOS III 101 937,18
ECDC B03003 C8 2014 Final INSTITUTO DE SALUD CARLOS III 51 749,50
ECDC B3-003 C8 2013 Final ROYAUME-UNI DE GRANDE-BRETAGNE ET D'IRLANDE DU NORD 242 090,00
ECDC B3-003 C8 2013 Final(SMITTSKYDDSINSTITUTET SMI) INSTITUT SUÉDOIS POUR LE CONTRÔLE 
DES MALADIES TRANSMISSIBLES100 476,59
ECDC B3-003 C8 2013 Final ROYAUME DES PAYS-BAS 149  6 87, 0 0
ECDC B3-002 C8 2013 FinalHEALTH PROTECTION AGENCY CENTRE FOR RADIATION CHEMICAL AND 
ENVIRONMENTAL HAZARDS RADIATION PROTECTION DIVISION200 000,00
ECDC B3-002 C8 2014 Final ROYAUME-UNI DE GRANDE-BRETAGNE ET D'IRLANDE DU NORD 228 599,60
ECDC B03003 C8 2014 Final INSTITUT NORVÉGIEN DE LA SANTÉ PUBLIQUE 71 129,00
AEE B3-331 C8 2013 Final(RIJKSINSTITUUT VOOR VOLKSGEZONDHEIDEN MILIEU) INSTITUT NATIO -
NAL DE LA SANTÉ PUBLIQUE ET DE L'ENVIRONNEMENT644 948,90
AEE B3-332 C8 2013 Final(CENIA,CESKA INFORMACNI AGENTURA ZIVOTNIHO PROSTREDI CENIA) 
AGENCE TCHÈQUE D'INFORMATION ENVIRONNEMENTALE420 000,00
AEE B3-334 C8 2013 Final UNIVERSIDAD DE MALAGA 132 938,52
44 Annexe  
Nom de 
l’agencePoste bud -
gétaire 
officielSource 
du 
finan -
cementAnnée 
de 
l'opéra -
tionCode du 
type de 
paiementBénéficiaireMontant 
accepté pour 
paiement
(en euros)
AEE B3-336 C8 2013 FinalCENTRO EURO-MEDITERRANEO SUI CAMBIAMENTI CLIMATICI SCARL 
CMCC174 039,47
AEEB03540-R0-
GISCR0 2013 FinalRIVM RIJKSINSTITUUT VOOR VOLKSGEZONDHEID EN MILIEUA -
GENTSCHAP MIN VOLKS44 290,00
AEE B3-331 C1 2013 Intermédiaire ROYAUME DES PAYS-BAS 1 505 000,00
AEE B3-333 C1 2013 Intermédiaire MUSEUM NATIONAL D'HISTOIRE NATURELLE 787 500,00
AEE B3-331 C8 2014 Final ROYAUME DES PAYS-BAS 2 070 068,76
AEE B3-332 C8 2014 Final(CENIA,CESKA INFORMACNI AGENTURA ZIVOTNIHO PROSTREDI CENIA) 
AGENCE TCHÈQUE D'INFORMATION ENVIRONNEMENTALE1 460 000,00
AEE B3-333 C8 2014 Final MUSEUM NATIONAL D'HISTOIRE NATURELLE 1 037 850,00
AEE B3-334 C8 2014 Final UNIVERSIDAD DE MALAGA 1 159 628,00
AEE B3-336 C8 2014 FinalCENTRO EURO-MEDITERRANEO SUI CAMBIAMENTI CLIMATICI SCARL 
CMCC603 169,26
AEE B3-436 R0 2014 FinalAGENCIJA ZA ZASTITU OKOLISA AZO (AGENCE CROATE DE 
L'ENVIRONNEMENT)51 972,00
AEE B3-436 R0 2014 Final RÉPUBLIQUE FÉDÉRALE D'ALLEMAGNE 121 093,00
AEE B3-436 R0 2013Préfinance -
mentAgence lettone d'information géospatiale 15 755,00
AEE B3-436 R0 2013 Intermédiaire Agence lettone d'information géospatiale 15 755,00
AEE B3-436 R0 2014 Final Agence lettone d'information géospatiale 7  87 7, 0 0
AEE B3-436 R0 2013Préfinance -
mentInstitut norvégien des forêts et des paysages 142 676,00
AEE B3-436 R0 2014 Intermédiaire Institut norvégien des forêts et des paysages 142 676,00
AEE B3-436 R0 2015 Final Institut norvégien des forêts et des paysages 16 344,00
EIT B3-000 C1 2013 Final KIC INNOENERGY SE 32 199 586,00
EIT B3-000 C1 2013 Final EIT ICT LABS IVZW 24 207 511,05
EIT B3-000 C1 2013 Intermédiaire ASSOCIATION CLIMATE-KIC 3 128 841,53
EIT B3-000 C1 2013 Final ASSOCIATION CLIMATE-KIC 27 118 969,48
EIT B3-000 C5 2014 Final KIC INNOENERGY SE 417 517,00
EIT B3-000 C1 2014 Final EIT ICT LABS IVZW 39 241 064,71
EIT B3-000 C1 2014 Final KIC INNOENERGY SE 40 100 022,64
EIT B3-000 C1 2014 Final ASSOCIATION CLIMATE-KIC 42 096 006,57
Frontex A-3010 C1 2013Préfinance -
mentGardes-côtes islandais 2 91  217, 0 0
Frontex A-3010 C8 2014 Final Gardes-côtes islandais 305 048,95
Frontex A-3050 C1 2014 FinalMinistero dell'Interno, Dipartimento della Pubblica Sicurezza, Dire -
zione Centrale dell'Immigrazione e  della Polizia delle Frontiere230 592,05
Frontex A-3050 C1 2014Préfinance -
mentService d'immigration et de naturalisation 23 940,00Annexe
45 Annexe  AnnexeNom de 
l’agencePoste bud -
gétaire 
officielSource 
du 
finan -
cementAnnée 
de 
l'opéra -
tionCode du 
type de 
paiementBénéficiaireMontant 
accepté pour 
paiement
(en euros)
Frontex A-3050 C8 2015 Final Service d’immigration et de naturalisation 27 304,20
Frontex A-3010 C1 2014Préfinance -
mentGardes-frontières finlandais 187 088,79
Frontex A-3010 C8 2015 Final Gardes-frontières finlandais 177 200,71
Frontex A-3000 C1 2014 Final Siège de la police hongroise 74 997 ,35
Frontex A-3000 C1 2014 Final Ministère fédéral de l'intérieur 129 913,50
Frontex A-3000 C1 2013 Final RÉPUBLIQUE DE POLOGNE 6 649,78
Frontex A-3000 C8 2013 Final ROYAUME DES PAYS-BAS 26 748,18
Frontex A-3010 C8 2013 Final RÉPUBLIQUE PORTUGAISE 589 441,25
Frontex A-3010 C8 2013 Final RÉPUBLIQUE ITALIENNE 297 038,21
Frontex A-3010 C8 2013 Final ROYAUME D'ESPAGNE 69 328,22
Frontex A-3010 C8 2013 Final RÉPUBLIQUE HELLÉNIQUE 1 539 693,09
Frontex A-3020 C1 2013 Final CONFÉDÉRATION SUISSE 6 413,84
Frontex A-3050 C1 2013 Final RÉPUBLIQUE D'AUTRICHE 218 662,39
Frontex A-3050 C8 2013 Final ROYAUME DE NORVÈGE 44 593,26
Frontex A-3050 C1 2013 Final ROYAUME DES PAYS-BAS 14 271,28
Frontex A-3020 C1 2013 Final RÉPUBLIQUE ITALIENNE 15 824,45
Frontex A-3000 C1 2014 Final ROYAUME D'ESPAGNE 11 777 ,87
Frontex A-3000 C8 2014 Final RÉPUBLIQUE FÉDÉRALE D'ALLEMAGNE 26 793,97
Frontex A-3010 C8 2014 Intermédiaire RÉPUBLIQUE ITALIENNE 100 697 ,34
Frontex A-3010 C8 2014 Final RÉPUBLIQUE PORTUGAISE 504 603,65
Frontex A-3010 C8 2014 Final RÉPUBLIQUE HELLÉNIQUE 429 722,67
Frontex A-3010 C8 2014 Final RÉPUBLIQUE D'ISLANDE 291 218,57
Frontex A-3010 C8 2014 Final ROYAUME D'ESPAGNE 160 627 ,33
Frontex A-3050 C1 2014 Final ROYAUME D'ESPAGNE 78 735,84
Frontex A-3050 C1 2014 Final ROYAUME-UNI DE GRANDE-BRETAGNE ET D'IRLANDE DU NORD 4 4 312,15
Frontex A-3050 C8 2014 Final RÉPUBLIQUE ITALIENNE 193 800,00
Frontex A-3010 C1 2014 Final ROYAUME D'ESPAGNE 417 533,43
Frontex A-3010 C8 2014 Final RÉPUBLIQUE ITALIENNE 33 774,29
Frontex A-3050 C1 2014 Final RÉPUBLIQUE DE FINLANDE 32 346,26
Frontex A-3000 C8 2014 Final RÉPUBLIQUE DE HONGRIE 74 997 ,35
46 Réponses de la Commission  
et de l’Institut européen d’innovation  
et de technologie
Résumé
IV
Voir les réponses de l’EIT et de la Commission aux cinq recommandations ci-dessous.
Observations
19
Afin de donner suite aux recommandations de l’évaluation réalisée en 2011, l’EIT a conçu et lancé un système de mesure 
de performance (SMP) en 2012 pour appuyer un suivi axé sur les résultats de la mise en œuvre de sa stratégie. Dans le 
cadre de ce SMP , l’évaluation des performances passées des communautés de la connaissance et de l’innovation (CCI) 
dans le mécanisme d’analyse comparative se fonde, entre autres éléments, sur la comparaison, à l’échelle de l’ensemble 
des CCI, des résultats obtenus pour les six indicateurs clés de performance (ICP) suivants: 1) attractivité des programmes 
d’enseignement estampillés «EIT»; 2) nombre de diplômés détenant un titre estampillé «EIT»; 3) projets d’entreprise incu -
bés; 4) jeunes entreprises créées/entreprises créées par essaimage; 5) adoption/transfert de connaissances; 6) produits/
services/processus nouvellement créés ou améliorés.
Par conséquent, les principaux indicateurs clés de performance sont activement utilisés par l’EIT pour effectuer des com -
paraisons entre les différentes CCI, en particulier dans le cadre du processus annuel d’attribution des fonds concurrentiels.
Néanmoins, l’EIT œuvre actuellement au renforcement de son système de suivi. Une étape importante sur cette voie a été 
l’adoption d’une nouvelle stratégie de suivi globale par le comité directeur de l’EIT, le 3 décembre 2015.
20
En ce qui concerne l’EIT, il importe de souligner que le « choix de l’outil de financement » et les domaines thématiques dans 
lesquels l’EIT doit lancer des appels à propositions sont tous deux réglementés de manière stricte dans le règlement 
fondateur de l’EIT 1, le règlement financier de l’EIT et le programme stratégique d’innovation 2. La sélection des domaines 
thématiques s’est fondée sur une évaluation ex ante réalisée par l’Institut de prospective technologique du Centre 
commun de recherche de la Commission européenne, qui a également estimé que l’octroi de subventions représentait la 
méthode de mise en œuvre la plus appropriée 3.
Enfin, l’article 14, paragraphe 2, du règlement fondateur de l’EIT et l’article 90, paragraphes 2 et 3, du règlement financier 
de l’EIT ne laissent aucune marge de manœuvre à l’EIT pour envisager de remplacer les subventions qu’il octroie aux CCI 
par d’autres options, telles que des marchés publics ou des accords de niveau de service, conformément aux recomman -
dations de la Cour.
1 Règlement (CE) n° 294/2008 du Parlement européen et du Conseil modifié par le règlement (UE) n° 1292/2013 du Parlement européen et du 
Conseil.
2 Décision n° 1312/2013/UE du Parlement européen et du Conseil.
3 http://ipts.jrc.ec.europa.eu/publications/pub.cfm?id=4479
Réponses de la Commission et de l’Institut européen    
d’innovation et de technologie 47
29
Si le programme de travail annuel (PTA) de l’EIT n’inclut pas les objectifs opérationnels détaillés, les produits, les indi -
cateurs et les résultats attendus de la part des CCI, ceux-ci sont définis par les CCI dans leurs plans d’entreprise annuels, 
conformément à l’autonomie accordée aux CCI en vertu de l’article 6, paragraphe 2, point d), du règlement fondateur de 
l’EIT. L’EIT vérifie, tout au long du processus annuel d’attribution de subventions, que les objectifs opérationnels annuels 
des CCI, présentés dans les plans d’entreprise annuels, contribuent aux stratégies pluriannuelles des CCI, définies dans 
le programme stratégique des CCI qui sont parties au contrat-cadre de partenariat conclu avec l’EIT. Cette approche 
innovante diffère délibérément des autres programmes et devrait être considérée comme l’un des atouts de l’EIT, car elle 
permet d’adopter une approche décentralisée efficace en matière d’innovation.
Les stratégies pluriannuelles des CCI sont harmonisées avec les objectifs stratégiques de l’EIT dans le programme de 
travail triennal glissant de l’EIT, l’annexe III du programme de travail triennal de l’EIT énonçant les perspectives futures, les 
objectifs stratégiques et les priorités clés de chaque CCI pour les trois prochaines années. Enfin, le programme de travail 
triennal de l’EIT est basé sur le programme stratégique d’innovation de l’EIT.
Pour une description détaillée de l’objectif de l’EIT et de ses activités prévues concernant la viabilité financière des CCI, 
veuillez vous référer à la page 21 du programme de travail annuel de l’EIT pour 2016 4.
Toutefois, l’EIT travaille actuellement à l’élaboration d’ICP fondés sur l’impact, afin de mieux mesurer les progrès accom -
plis par les CCI en matière d’innovation. En outre, l’EIT prévoit aussi de concevoir des ICP spécifiques mesurant les résul -
tats dans l’intégration du triangle de la connaissance. L’EIT accepte également d’intégrer davantage d’informations 
relatives aux subventions dans ses prochains programmes de travail annuels.
31
L’EIT considère que son PTA contient déjà les informations nécessaires pour constituer une décision de financement 
valide.
Le PTA de l’EIT inclut notamment le montant global annuel maximal des subventions à octroyer aux CCI, ainsi que le taux 
de cofinancement maximal possible à la section 5.2. Le PTA comprend également les objectifs annuels, les résultats atten -
dus et les indicateurs de l’EIT. En ce qui concerne les CCI, les objectifs opérationnels détaillés, les produits, les indicateurs 
et les résultats attendus sont définis dans leurs plans d’entreprise annuels et vérifiés par l’EIT dans le cadre du processus 
d’attribution des subventions.
L’EIT accepte néanmoins d’intégrer davantage d’informations relatives aux subventions, comme les principaux objectifs 
annuels des CCI, les domaines thématiques d’activité et les actions prévues, dans ses prochains programmes de travail 
annuels.
33
Voir les réponses de l’EIT et de la Commission aux points 35 et 37.
35
L’EIT a préservé les principes de transparence et d’égalité de traitement tout au long des procédures qui mettent en 
œuvre les exemptions figurant dans le règlement fondateur de l’EIT. L’EIT reste déterminé à améliorer davantage l’effica -
cité et l’efficience de ses procédures.
4 http://eit.europa.eu/sites/default/files/EIT%20Annual%20Work%20Progamme%202016.pdf
Réponses de la Commission et de l’Institut européen    
d’innovation et de technologie 48
Un appel à propositions de CCI ne correspond pas à l’octroi d’une subvention et ne peut donc pas être comparé à ce 
processus, comme la Cour le suggère. Il s’agit seulement de l’une des étapes menant à l’attribution d’un contrat-cadre de 
partenariat (CCP). La sélection d’une CCI est suivie par une phase de démarrage, au cours de laquelle des critères d’attri -
bution sont définis et vérifiés et qui débouchent ensuite sur l’attribution d’un contrat-cadre de partenariat. Des subven -
tions sont alors octroyées, conformément à une procédure distincte, réglementée par d’autres dispositions.
L’EIT a amélioré davantage ses procédures et a publié un ensemble de critères révisé pour l’appel à propositions de 
CCI de 2016 le 5 octobre 2015. Comme indiqué dans le document publié, chacun des trois critères utilisés par le comité 
directeur pourra obtenir un maximum de 10 points; le score maximal pouvant être obtenu lors de l’audience est donc 
de 30 points. Le score du comité directeur sera calculé en effectuant la moyenne des scores individuels attribués par ses 
membres. La somme des points obtenus à l’issue de l’audience devant le comité directeur s’ajoutera aux points attribués 
par le groupe d’experts à l’étape d’évaluation technique. La proposition qui recevra le plus grand nombre de points sur 
un maximum de 130 points sera sélectionnée par le comité directeur de l’EIT (une proposition par domaine thématique).
Enfin, conformément aux enseignements tirés de l’appel à propositions de CCI de 2014 et afin de simplifier la procédure, 
le panel de recommandation final a été supprimé pour l’appel à propositions de CCI de 2016.
L’EIT estime que la procédure révisée qui sera utilisée pour l’appel à propositions de CCI de 2016 est parfaitement transpa -
rente et garantit l’égalité de traitement entre tous les soumissionnaires potentiels.
37
L’ EI T a suffisamment pris en compte le potentiel de conflit d’intérêts.
Il importe de noter que, parmi les 15 experts désignés dans le cadre de l’évaluation des propositions de CCI, seul un 
expert clé a été désigné directement. Cette démarche était nécessaire en raison des exigences spécifiques pour mener 
cette tâche à bien, qui comprennent notamment une connaissance approfondie du modèle EIT-CCI, une vision large et 
une compréhension pratique des objectifs européens globaux en matière d’innovation et une compréhension pratique 
et de l’expérience dans les milieux universitaires, de la recherche et des affaires. En outre, il a été dûment vérifié que cet 
expert n’était pas soumis à des conflits d’intérêts potentiels.
Au cours de la sélection des experts externes chargés d’évaluer les propositions de CCI dans le cadre de l’appel à propo -
sitions de CCI de 2014, l’EIT a examiné avec soin chaque cas présentant un conflit d’intérêts potentiel, conformément aux 
dispositions pertinentes d’Horizon 2020, et a pris les mesures qui s’imposaient. L’évaluation et les mesures de l’EIT ont été 
suffisamment justifiées et documentées. Pour remédier aux cas de conflit d’intérêts potentiel dans le cadre de la sélec -
tion des experts, l’EIT a plus particulièrement adopté des procédures internes précises, conformément aux dispositions 
standards d’Horizon 2020. Sur cette base, les mesures prises allaient de l’exclusion complète de certains experts de la pro -
cédure à l’exclusion partielle en fonction du risque perçu et du niveau de conflit d’intérêts. Toutefois, l’EIT est déterminé 
à améliorer l’efficacité et l’efficience de la procédure de sélection d’experts pour l’appel à propositions de CCI de 2016. 
Conformément aux recommandations spécifiques du service d’audit interne de la Commission, l’EIT établira à l’avance sa 
propre liste d’experts susceptibles de convenir, en se basant sur les profils d’experts qui correspondent à la demande et 
en associant un spécialiste des marchés publics au processus de sélection des experts. Ce dépositaire contribuera aussi 
à prévenir les conflits d’intérêts en amont en recensant, dans la mesure du possible, toutes les relations contractuelles 
existant avec les principaux acteurs dans les différents domaines des CCI.
40
En raison du caractère annuel du budget de l’EIT et du fait que le budget de l’UE n’est généralement pas adopté avant 
mi-décembre, les conventions de subvention pour une année donnée ne peuvent pas être signées avant le 1er janvier de 
cette année. Ce problème a été soulevé pour la première fois par la Cour des comptes européenne dans le rapport annuel 
spécifique pour l’exercice 2011 et l’EIT a transmis ses commentaires. L’EIT s’est engagé à réduire l’écart entre la date de 
début de l’action telle qu’elle a été définie dans les plans d’entreprise des CCI et la date de signature des conventions 
Réponses de la Commission et de l’Institut européen    
d’innovation et de technologie 49
de subvention. Grâce aux efforts déployés, les conventions de subvention de 2013 et de 2014 ont été signées avec les 
trois CCI en février 2013 et février 2014, respectivement.
L’année 2015 était exceptionnelle, car les CCI ont demandé un report de l’application du nouveau CCP pour clarifier 
davantage les conséquences des dispositions spécifiques convenues entre l’EIT, les CCI et la Commission européenne 
dans le contexte de l’alignement sur les règles d’Horizon 2020. En outre, en raison des consultations juridiques qui s’impo -
saient, l’approbation ex ante des nouvelles conventions de subvention a pris plus de temps que d’habitude. L’EIT prévoit 
que les conventions de subvention seront à nouveau signées en temps utile à partir de 2016, lorsque les nouveaux CCP 
seront déjà en place, ce qui signifie que la signature tardive en 2015 était un événement isolé.
45
Le comité directeur de l’EIT a adopté, le 3 décembre 2015, la stratégie de suivi de l’EIT, qui mesurera les données pour 
Horizon 2020, afin d’évaluer l’incidence de l’EIT via ses propres activités et celles des CCI et les résultats des CCI.
En outre, l’EIT entend mettre en place un système de suivi perfectionné, « orienté vers les résultats et les impacts », comme 
le prévoit son programme de travail triennal 2015-2017. En 2015, l’EIT a lancé une mission de conseil pour élaborer des 
ICP axés sur l’impact et a créé un groupe de travail pour se pencher sur cette question particulière – dont les travaux 
devraient se terminer en 2016. L’EIT prévoit aussi de concevoir des ICP spécifiques mesurant les résultats dans l’intégra -
tion du triangle de la connaissance. L’EIT réexaminera le système de mesure de performance et les principaux ICP qui le 
sous-tendent en se basant sur le résultat de cet examen des ICP en 2016.
47
Conformément aux dispositions de l’article 16, paragraphe 2, du règlement fondateur de l’EIT, une première évaluation 
de l’EIT a été effectuée en 2011 et la prochaine aura lieu d’ici la fin de l’année 2016.
Conclusions et recommandations
53
Voir les réponses de l’EIT et de la Commission aux points 17-19, 20-23 et 24-27.
Recommandation n° 1: l’EIT accepte la recommandation, le cas échéant.
L’EIT accepte la partie suivante de la recommandation: «les agences devraient avoir recours aux options simplifiées en matière 
de coûts chaque fois que c’est jugé opportun».  Le reste de la recommandation ne s’applique pas à l’EIT pour les raisons pré -
sentées dans nos réponses.
54
Voir les réponses de l’EIT et de la Commission aux points 28-29 et 30-31.
Recommandation n° 2: l’EIT accepte la recommandation.
L’EIT accepte d’intégrer davantage d’informations de haut niveau relatives aux subventions concernant ses objectifs 
dans ses prochains programmes de travail annuels. Cependant, les objectifs opérationnels détaillés, les produits, les 
indicateurs et les résultats attendus de la part des CCI continueront à être définis par les CCI dans leurs plans d’entreprise 
annuels, conformément à l’article 6, paragraphe 2, point d), du règlement fondateur de l’EIT, et ne seront pas inclus dans 
le PTA.
Réponses de la Commission et de l’Institut européen    
d’innovation et de technologie 50
55
Voir les réponses de l’EIT et de la Commission aux points 34-37.
Recommandation n° 3: l’EIT accepte en partie la recommandation.
L’EIT accepte la recommandation, à l’exception de la phrase suivante: «ne pas désigner directement d’experts externes.»  
Dans certains cas exceptionnels dûment justifiés, l’EIT devrait avoir la possibilité de désigner des experts directement.
56
Voir les réponses de l’EIT et de la Commission aux points 39-41.
Recommandation n° 4: l’EIT accepte en partie la recommandation.
L’EIT accepte la recommandation, à l’exception de la phrase suivante: «les CCP devraient indiquer un montant maximal.»  Il 
n’est pas réalisable ni raisonnable d’indiquer des montants de subvention maximaux à l’avance pour des contrats-cadres 
de partenariat de 7 ans.
Recommandation n° 5: l’EIT accepte la recommandation.
51 Réponses du Centre européen  
de prévention et de contrôle  
des maladies
Résumé analytique
I
L’ECDC se félicite du rapport de la Cour des comptes européenne.
L’ECDC souhaiterait formuler les observations suivantes au sujet des parties du rapport qui le concernent:
Observations
17
Avant de lancer un nouveau projet, l’ECDC réalise systématiquement une étude d’opportunité et de valeurs (OVS), que 
l’on peut qualifier d’évaluation ex ante. Les OVS sont examinées chaque année avant l’inclusion des projets dans le 
programme de travail annuel. Toutefois, les OVS seront améliorées afin d’assurer la prise en compte de tous les aspects 
mentionnés.
23
Bien que l’ECDC estime que le mécanisme de financement par subvention soit le plus approprié pour financer les projets 
VENICE III et ERLTB-Net, il admet que la décision de recourir à ce mécanisme aurait pu être mieux documentée. Dans ses 
plans de travail futurs, l’ECDC motivera mieux, au cas par cas, les raisons justifiant le choix de ce mécanisme de finance -
ment en particulier.
25
L’approche comprenant une évaluation exhaustive a été considérée comme la plus appropriée pour octroyer des bourses 
EPIET aux bénéficiaires de l’UE tout en assurant la transparence et l’égalité de traitement. En 2015, dans le cadre de son 
processus de contrôle interne, le comité interne chargé des achats, des subventions et des marchés (CPCG) de l’ECDC 
a identifié des possibilités de simplifier la procédure d’attribution qui ne nuiraient pas à la transparence ni à l’égalité de 
traitement. Parmi ces possibilités, l’attribution directe a été retenue pour être appliquée en 2016. Cela a par la suite été 
confirmé par la Cour des comptes. Depuis janvier 2016, les nouveaux accords-cadres de partenariat sont mis en œuvre au 
terme d’une procédure d’attribution directe.
29
Après avoir adopté la stratégie de formation en santé publique en juin 2015, l’ECDC a poursuivi ses efforts visant à mesu -
rer cette partie des besoins de formation en réalisant une enquête d’évaluation des besoins de formation à l’échelle de 
l’UE (décembre 2015). Les données obtenues sont actuellement analysées et examinées avec les parties prenantes.
31
Le programme de travail annuel 2016 comprend en annexe un tableau énumérant les subventions projetées, avec le type 
de subvention, le montant escompté et la durée. Le document unique de programmation 2017 comportera des informa -
tions complémentaires, comme les objectifs et les résultats escomptés des subventions.
Réponses du Centre européen de prévention    
et de contrôle des maladies 52
39
L’actuel système de vérification ex ante exige du bénéficiaire pour le paiement final soit un certificat d’audit, soit un 
échantillon de pièces justificatives. L’ECDC prend en compte les résultats des vérifications ex post lorsqu’il met à jour ses 
procédures de vérification ex ante.
43
L’ECDC affine actuellement ses indicateurs afin de pouvoir mieux évaluer les résultats et l’impact des activités qu’il 
subventionne.
47
Voir la réponse au point 50.
50
Vu l’impossibilité de déterminer le nombre d’épidémiologistes formés dans les États membres aux fins des IPC, l’ECDC 
recueille de façon informelle, mais systématique, des indicateurs annuels qui peuvent être considérés comme représen -
tatifs des besoins de formation. Ces indicateurs, même s’ils ne sont pas inclus dans les rapports du CA, comprennent: 1) 
le nombre annuel de demandes individuelles de bourses émanant de la filière UE; 2) le nombre annuel de manifestations 
d’intérêt émanant d’États membres de l’UE pour des places de boursiers; 3) un aperçu annuel de la situation profession -
nelle des diplômés anciens boursiers qui utilisent des sources d’information publiques et ouvertes. Il convient également 
de mentionner que, depuis 2015, dans le cadre de l’enquête annuelle auprès des parties prenantes, l’ECDC demande à ses 
parties prenantes de fournir des commentaires et d’indiquer leur degré de satisfaction concernant les différentes forma -
tions subventionnées. Voir aussi la réponse au point 29.
Conclusions et recommandations
53
Voir les réponses aux points 17, 23 et 25 ci-dessus.
Recommandation nº 1
L’ECDC accepte la recommandation.
54
Voir les réponses aux points 29 et 31 ci-dessus.
Recommandation nº 2
L’ECDC accepte la recommandation.
55
Le règlement fondateur de l’ECDC ne prévoit pas ce type de dérogation.
Réponses du Centre européen de prévention    
et de contrôle des maladies 53
Recommandation nº 3
La recommandation ne s’applique pas à l’ECDC.
56
Voir la réponse au point 39 ci-dessus.
Recommandation nº 4
L’ECDC accepte la recommandation.
57
Voir les réponses aux points 43 et 50 ci-dessus.
Recommandation nº 5
L’ECDC accepte la recommandation.
54 Réponses de l’Agence européenne  
pour l’environnement
Observations
Outils de financement inappropriés
20
Pour les subventions octroyées au titre de la convention de délégation conclue avec la DG Marché intérieur, indus -
trie, entrepreneuriat et PME en vue de la mise en œuvre du projet GIO Land, c’est la Commission qui a choisi l’outil de 
financement.
Il y a lieu de signaler également que, dans certains cas (par exemple, au Luxembourg), il a été décidé, dans un souci d’effi -
cacité, de conclure un contrat de service plutôt que d’octroyer une subvention.
Le règlement instituant l’Agence a porté création de cette dernière ainsi que du réseau européen d’information et 
d’observation pour l’environnement dans le but de fournir à l’Union et aux États membres des informations fiables et 
comparables au niveau européen. Ce règlement détermine les organisations partenaires qui font partie du réseau. Les 
possibilités de financement disponibles (subventions supposant des appels à propositions ou procédures de passation de 
marchés) peuvent introduire un élément de concurrence dans le réseau et compromettre la coopération nécessaire pour 
que l’Agence et le réseau accomplissent leur tâche.
22
Dans le contexte des centres thématiques européens (CTE), la question des outils de financement appropriés a été soule -
vée, une fois de plus, lors de la révision effectuée en 2012 avant le lancement des appels à propositions.
Le rapport de synthèse complet élaboré par le comité d’évaluation désigné à la demande spécifique du conseil d’admi -
nistration donnait des informations suffisantes et adéquates pour le choix du mécanisme de financement.
Mauvaise conception des subventions
26
L’utilisation d’options simplifiées en matière de coûts exigerait la collecte et l’analyse préalables de données statistiques 
ou historiques ou des pratiques habituelles des organisations partenaires en matière de comptabilité analytique pendant 
une période couvrant plusieurs années, conformément à l’article 124, paragraphe 2, du règlement financier. La charge 
administrative serait donc déplacée et pas nécessairement réduite.
Aucun objectif SMART n’a été fixé concernant les résultats et les incidences
29
L’AEE veillera à définir des objectifs SMART dans son document de programmation pour 2017. Il convient toutefois de 
noter que, pour les conventions de subvention conclues dans le cadre de la convention de délégation, les objectifs sont 
fixés dans les programmes de travail annuels de la Commission et le plan de mise en œuvre du projet de la convention de 
délégation concernée.
Les décisions de financement étaient incomplètes
31
Le programme de travail annuel 2013 de l’AEE contenait des informations sur le budget par activité ventilées entre les 
activités du plan de gestion pour l’année, tandis que le cahier des charges des appels à propositions en vue de la conclu -
sion d’accords-cadres de partenariat indiquait le budget annuel estimé.
À la suite de l’observation de la Cour, le conseil d’administration de l’AEE a adopté, le 25 novembre 2015, une décision de 
financement comprenant un programme de travail détaillé relatif à la mise en œuvre des plans d’action pour les centres 
thématiques européens pour l’année 2016.
Réponses de l’Agence européenne    
pour l’environnement55
Contrôles ex ante et ex post
39
L’AEE a mis en œuvre diverses mesures en vue de renforcer sa procédure de vérification. Elle a en particulier élaboré des 
lignes directrices relatives aux vérifications, qui ont été diffusées auprès des agents de gestion budgétaire et contrac -
tuelle qui réalisent les vérifications ex ante des subventions, ainsi qu’une politique de vérification appropriée visant 
à garantir la couverture et l’éligibilité des dépenses.
À la suite de l’observation de la Cour, le montant versé au bénéficiaire concerné a été recouvré (voir encadré 10).
Autres lacunes du contrôle interne
41
Dans le cas où les accords-cadres de partenariat et l’octroi de subventions resteraient l’outil de choix pour le financement 
des activités des centres thématiques européens, l’AEE veillera à préciser le budget total estimé pour toute la durée des 
accords-cadres de partenariat dans les appels à propositions pertinents.
Absence d’indicateurs clés de performance
43
Les indicateurs clés de performance (ICP) pour tous les CTE en 2016 sont mentionnés dans le tableau des principaux 
éléments livrables parmi les «résultats escomptés» conformément au calendrier inclus dans la décision de financement 
adoptée par le conseil d’administration le 16 décembre 2015.
L’AEE veillera à définir des ICP explicites dans les prochaines décisions de financement correspondantes pour 2017.
Absence d’évaluation ex post ou évaluation ex post incomplète
49
Un système de lecture croisée ex ante des projets de plan d’action portant sur les synergies entre les CTE a été mis en 
place en 2016 dans le but exprès d’améliorer la cohérence, l’efficience et l’efficacité du travail de ces centres dans le cadre 
de la mise en œuvre du programme de travail de l’AEE.
Avant fin 2018, l’AEE procédera à une évaluation de l’efficacité des CTE en vue de mesurer, notamment, les résultats et les 
incidences des activités menées par ces centres.
Conclusions et recommandations
Utilisation appropriée de la subvention en tant qu’outil de financement
53
L’AEE réexaminera sa précédente évaluation des mécanismes de financement des CTE et évaluera en même temps les 
incidences de l’utilisation d’autres formes de subvention dans le cadre de la préparation de la désignation des futurs CTE, 
qui aura lieu en 2018.
Une évaluation similaire sera réalisée en concertation avec la Commission européenne dans le cas où il serait envisagé 
d’utiliser des subventions comme instrument de financement pour la réalisation des tâches déléguées en vertu de la 
convention de délégation concernant la mise en œuvre du service de surveillance des terres et de la composante in situ 
de Copernicus.
Recommandation nº 1
L’AEE accepte la recommandation.
Réponses de l’Agence européenne    
pour l’environnement56
Programmation annuelle des actions de subvention
54
L’AEE veillera à définir des objectifs SMART dans son document de programmation pour 2017.
En outre, à partir de 2017, l’AEE inclura dans ses futurs programmes de travail annuels des informations supplémentaires, 
en particulier sur les objectifs à remplir, les résultats escomptés, les indicateurs de performance à appliquer et l’enveloppe 
budgétaire estimée pour les actions de subvention prévues, de sorte que les programmes de travail annuels constitue -
ront une décision de financement au sens de l’article 84 des règles financières applicables au budget général de l’Union.
Recommandation nº 2
L’AEE accepte la recommandation.
Procédures d’octroi de subventions
55
Le règlement instituant l’AEE ne prévoit pas de telles dérogations.
Recommandation nº 3
La recommandation ne s’applique pas à l’AEE.
Contrôles ex ante et ex post
56
L’AEE a profité de l’occasion des derniers appels à propositions lancés en 2012 et 2013 en vue de la conclusion d’accords-
cadres de partenariat concernant les différents centres thématiques européens pour examiner les documents contrac -
tuels et établir un modèle type de rapport. Entre-temps, l’Agence a mis au point des orientations financières à l’intention 
tant des bénéficiaires que des agents de gestion budgétaire et contractuelle qui réalisent les vérifications ex ante.
En 2016, l’AEE s’efforcera de renforcer encore son système de vérification en assurant une mise en œuvre rigoureuse de 
ses normes de contrôle interne et en se basant sur les résultats des éventuels contrôles ex post qu’elle aura effectués.
Recommandation nº 4
L’AEE accepte la recommandation.
Indicateurs clés de performance et évaluations ex post
57
L’AEE veillera à définir, dans son document de programmation pour 2017, des indicateurs clés de performance pertinents 
concernant les incidences et les résultats de ses activités financées par des subventions.
Avant fin 2018, l’AEE procédera à une évaluation de l’efficacité des CTE en vue de mesurer, notamment, les résultats et les 
incidences des activités menées par ces centres, dans le but de définir des indicateurs de performance pertinents à des 
fins de contrôle.
Recommandation nº 5
L’AEE accepte la recommandation.
57 Réponses de l’Autorité européenne  
de sécurité des aliments
Synthèse
III
L’EFSA a réalisé une solide évaluation ex ante de ses projets de subvention et d’appels d’offres (encadré 2), utilise un sys -
tème de pilotage pour aider les gestionnaires à décider du mécanisme de financement le plus approprié et a fait usage, 
le cas échéant, d’options de coûts simplifiées (voir point 27). Les procédures de vérification pour la mise en œuvre des 
subventions financières ont été à nouveau améliorées au printemps 2015.
En ce qui concerne la recommandation relative aux systèmes de suivi et de compte rendu appliqués aux subventions et 
basés sur les résultats d’évaluation ex post ainsi que sur des indicateurs clés de performance orientés sur le résultat et 
l’impact, l’EFSA reconnaît qu’il est encore possible d’améliorer la pertinence des indicateurs d’impact définis dans ses 
documents de programmation.
IV
L’EFSA constate que les recommandations formulées dans ce rapport ne concernent pas spécifiquement l’agence.
Observations
22
L’EFSA dispose d’un système de pilotage en 6 points pour aider les gestionnaires à décider du mécanisme de financement 
le plus approprié.
23
Lorsque l’EFSA ne reçoit pas une proposition satisfaisante via les projets de subvention, elle peut décider d’élargir le 
public et de lancer un appel d’offres ouvert à toutes les organisations intéressées (en prenant bien soin d’éviter tout 
conflit d’intérêts).
48
En 2013, l’EFSA a réalisé une évaluation ex post approfondie et spécifique de son programme de subvention et d’appels 
d’offres dans le domaine scientifique et de la contribution de ce programme aux tâches fondamentales de l’EFSA.
Conclusions et recommandations
Utilisation appropriée de l’outil de financement «subventions»
53
L’EFSA dispose d’un système de pilotage en 6 points pour aider les gestionnaires à décider du mécanisme de financement 
le plus approprié.
Lorsque l’EFSA ne reçoit pas une proposition satisfaisante via les projets de subvention, elle peut décider d’élargir le 
public et de lancer un appel d’offres ouvert à toutes les organisations intéressées (en prenant bien soin d’éviter tout 
conflit d’intérêt).
Réponses de l’Autorité européenne    
de sécurité des aliments58
Recommandation nº 1
Acceptée.  L’EFSA accepte cette recommandation, qu’elle a déjà mise en œuvre au cours des années précédentes. L’EFSA 
dispose d’un système de pilotage rentable pour aider les gestionnaires à décider du mécanisme de financement le plus 
approprié.
Programmation annuelle des actions de subvention
54
Depuis 2015, l’EFSA a amélioré la transparence de sa planification de l’externalisation en produisant un plan unique 
d’appels d’offres et de subvention publié sur son site web et régulièrement mis à jour.
Recommandation nº 2
Acceptée. L’EFSA accepte cette recommandation, qu’elle a déjà mise en œuvre au cours des années précédentes, comme 
le reconnaît la CCE dans le suivi des commentaires des années précédentes sur les comptes annuels de l’Autorité euro -
péenne de sécurité des aliments pour l’exercice 2014.
55 
Procédures d’octroi de subventions
Le règlement fondateur de l’EFSA ne prévoit pas ce type de dérogation.
Recommandation nº 3
Non applicable à l’EFSA
Contrôles ex ante et ex post
56
L’EFSA dispose d’une procédure appropriée pour contrôler la mise en œuvre des subventions financières qui, conformé -
ment à l’approche fondée sur l’analyse des risques, se concentre sur des éléments essentiels. Cette procédure a encore 
été améliorée au printemps 2015.
Recommandation nº 4
Acceptée. L’EFSA accepte cette recommandation, qu’elle a déjà mise en œuvre au cours des années précédentes. L’EFSA 
a mis en place des procédures rentables pour vérifier la mise en œuvre des subventions financières.
Indicateurs clés de performance et évaluations ex post
57
L’EFSA a réalisé une évaluation ex post approfondie et spécifique de son programme de subvention et d’appels d’offres 
dans le domaine scientifique et de la contribution de ce programme aux tâches fondamentales de l’EFSA (voir point 48).
Recommandation nº 5
Acceptée. Ces dernières années, l’EFSA a mis en œuvre cette recommandation pour ses évaluations ex post. L’agence 
reconnaît qu’il est possible d’améliorer davantage la pertinence des indicateurs d’impact définis dans ses documents de 
programmation.
59 Réponses de l’Agence européenne  
pour la gestion de la coopération 
opérationnelle aux frontières extérieures
Observations
17
En 2003, avant l’adoption du règlement portant création de Frontex, le législateur avait déjà procédé à l’évaluation ex 
ante permettant de déterminer si les activités de l’agence apportent une valeur ajoutée et si la méthode de mise en 
œuvre la plus appropriée a été sélectionnée. En outre, l’évaluation ex ante du rapport coût-efficacité des ressources 
opérationnelles déployées lors des opérations conjointes coordonnées par Frontex ne prend pas en compte l’appel à la 
solidarité opérationnelle aux frontières extérieures de l’UE et les réalités politiques.
20
Frontex insiste sur le fait que l’article 3, paragraphe 4, de son règlement fondateur limite aux subventions le financement, 
par Frontex, d’«opérations conjointes». Les outils de financement à la disposition de l’agence sont donc a priori limités.
Le règlement fondateur de l’agence est en cours de révision [voir communication de la Commission COM(2015) 671] 1 et 
Frontex poursuit son objectif d’extension des mécanismes de financement au-delà de l’utilisation des subventions.
22
Dans les limites des restrictions imposées par son acte fondateur, Frontex examinera si des activités complémentaires aux 
«Opérations conjointes» pourraient être financées par le biais d’autres mécanismes de financement. Dans l’affirmative, 
des lignes directrices et des critères appropriés seront introduits pour faciliter la sélection du mécanisme de financement 
le plus approprié.
23
Frontex a pour mission de coordonner la coopération opérationnelle des États membres de l’UE. Les équipements tech -
niques des autorités compétentes des États membres doivent être déployés en priorité lors des opérations de Frontex.
L’article 7, paragraphe 5, du règlement fondateur de Frontex stipule que l’Agence financera le déploiement de l’équipe -
ment technique. La fourniture de services de surveillance par des sociétés privées offre une possibilité de compléter les 
moyens techniques mis à disposition par les États membres. Ces services ne remplaceront toutefois jamais la coopération 
avec lesdits États.
La Cour cite ici comme exemple la première expérience pratique de Frontex, après un projet pilote. Les coûts réels du 
déploiement d’avions privés et les conditions pratiques seront évalués lors de la mise en œuvre du contrat-cadre, avec 
remise en concurrence.
Il convient de souligner que l’agence a été confrontée à des difficultés avec les autorités d’accueil des États membres 
concernant le déploiement d’appareils au titre du présent contrat-cadre.
26
La complexité du système de remboursement est due aux différences entre les États membres concernant les modalités 
de financement des déploiements.
Le système des dépenses courantes d’équipements est une solution mise en place par Frontex avec des experts des États 
membres afin de permettre de cofinancer la liste commune de coûts éligibles définis pour les déploiements d’équipe -
ments techniques et de s’adapter aux règles nationales et aux spécificités des autorités des divers États membres.
1 Proposition de règlement du Parlement européen et du Conseil relatif au corps européen de garde-frontières et de garde-côtes et abrogeant le 
règlement (CE) n° 2007/2004, le règlement (CE) n° 863/2007 et la décision 2005/267/CE du Conseil.
Réponses de l’Agence européenne pour la gestion de la    
coopération opérationnelle aux frontières extérieures60
29
Les objectifs inscrits dans les plans opérationnels font généralement l’objet d’une évaluation qualitative étant donné que 
l’approche quantitative est arbitraire et qu’elle vise à atteindre des valeurs cibles sans une évaluation approfondie des 
réalisations et des défis au cours de la période de mise en œuvre.
II existe certaines restrictions, en termes de quantification, dans le domaine de l’immigration illégale relevant des opéra -
tions de Frontex. La coordination des opérations conjointes/des opérations de recherche et de sauvetage ou (en coopé -
ration avec d’autres agences de l’UE) le démantèlement des réseaux criminels qui facilitent l’immigration illégale sont 
difficilement traduisibles en objectifs quantifiables. Frontex estime toutefois être en mesure de démontrer l’alignement 
de ses activités opérationnelles sur ses objectifs stratégiques en privilégiant les objectifs qualitatifs aux objectifs pure -
ment quantitatifs.
35
Certains amendements ont déjà été introduits dans le processus décisionnel. Lors des négociations bilatérales annuelles 
de 2015, le directeur exécutif de Frontex a donné mandat écrit aux membres du personnel participant aux négociations.
En ce qui concerne le processus formel de prise de décision, l’agence étudie la possibilité de mettre en place des comités 
d’évaluation composés d’au moins trois membres du personnel d’au moins deux entités.
37
Depuis l’automne 2015, les membres du personnel désignés pour participer aux négociations bilatérales annuelles 
signent une déclaration confirmant spécifiquement l’absence de tout conflit d’intérêts.
39
Frontex souligne que le point faible identifié dans l’encadré 10 concerne la complexité du processus des dépenses cou -
rantes d’équipements. Voir également notre réponse au point 26.
44
Les principaux indicateurs sont calculés et dûment communiqués, comme demandé, aux fins du rapport annuel.
À des fins de gouvernance, il a été convenu d’utiliser un nombre limité d’indicateurs qui doivent permettre à l’organe de 
gouvernance de régir le travail de l’agence.
L’expérience a démontré que le fait de définir des indicateurs de performance (comme en 2012 et en 2013) dans le PTA et 
des valeurs cibles connexes à atteindre était excessif dans ce cadre. Il en a également découlé un allègement du système 
de rapports au conseil d’administration.
51
Frontex souligne l’absence d’un cadre juridique établissant le transfert de données visé par la Cour. Le cadre juridique 
existant confie aux États membres la responsabilité de gérer d’autres procédures relatives aux migrants clandestins 
interceptés et sauvés lors des opérations conjointes. Le statut de migrant en situation irrégulière est en tout état de cause 
défini et accordé ultérieurement par les États membres. Conformément au cadre juridique actuel, Frontex ne possède 
aucune donnée personnelle relative aux migrants en situation irrégulière et n’est pas autorisé à en détenir.
Réponses de l’Agence européenne pour la gestion de la    
coopération opérationnelle aux frontières extérieures61
La proposition COM(2015) 671 de la Commission publiée en décembre 2015 entend améliorer la situation. Elle examinera 
la possibilité d’autoriser à l’agence l’accès aux bases de données européennes, comme SIS et EURODAC, et envisagera de 
présenter des propositions visant à modifier les actes juridiques sur lesquels ces bases de données reposent.
Conclusions et recommandations
53
Frontex insiste sur le fait que l’article 3, paragraphe 4, de son règlement fondateur limite aux subventions le financement, 
par Frontex, d’«opérations conjointes». Les outils de financement à la disposition de l’agence sont donc a priori limités.
Le règlement fondateur de l’agence est en cours de révision. Toutefois, cette restriction n’a pas été supprimée à ce jour.
Dans les limites des restrictions imposées par son acte fondateur, Frontex examinera si des activités complémentaires aux 
«opérations conjointes» pourraient être financées par le biais d’autres mécanismes de financement. Dans l’affirmative, des 
lignes directrices et des critères appropriés seront introduits pour faciliter la sélection du mécanisme de financement le 
plus adéquat.
La fourniture de services de surveillance par des sociétés privées, citée par la Cour, constitue la première expérience pra -
tique de Frontex, après un projet pilote. Les coûts réels du déploiement d’avions privés et les conditions pratiques seront 
évalués lors de la mise en œuvre du contrat-cadre.
Il convient toutefois de souligner que l’agence a rencontré certaines difficultés avec les autorités des États membres 
concernant l’utilisation de services de sociétés privées dans ce domaine.
La complexité du système de remboursement est due aux différences entre les États membres concernant les modalités 
de financement des déploiements.
Recommandation nº 1
Frontex accepte la recommandation dont l’application dépendra toutefois de l’issue des discussions sur la proposition 
d’amendement du règlement fondateur.
54
Les objectifs inscrits dans les plans opérationnels font généralement l’objet d’une évaluation qualitative, étant donné que 
l’approche quantitative est arbitraire et qu’elle vise à atteindre des valeurs cibles sans une évaluation approfondie des 
réalisations et des défis au cours de la période de mise en œuvre.
II existe certaines restrictions, en termes de quantification, dans le domaine de l’immigration illégale relevant des opéra -
tions de Frontex. La coordination des opérations conjointes/des opérations de recherche et de sauvetage ou (en coopéra -
tion avec d’autres agences européennes) le démantèlement des réseaux criminels qui facilitent l’immigration clandestine 
sont difficilement traduisibles en objectifs quantifiables. Frontex estime toutefois être en mesure de démontrer l’aligne -
ment de ses activités opérationnelles sur ses objectifs stratégiques en privilégiant les objectifs qualitatifs aux objectifs 
purement quantitatifs.
Réponses de l’Agence européenne pour la gestion de la    
coopération opérationnelle aux frontières extérieures62
Recommandation nº 2
Frontex accepte la recommandation.
55
Certains amendements ont déjà été introduits dans le processus décisionnel. Lors des négociations bilatérales annuelles 
de 2015, le directeur exécutif de Frontex a donné mandat écrit aux membres du personnel participant aux négociations.
En ce qui concerne le processus formel de prise de décision, l’agence étudie la possibilité de mettre en place des comités 
d’évaluation composés d’au moins trois membres du personnel d’au moins deux entités.
Depuis l’automne 2015, les membres du personnel désignés pour participer aux négociations bilatérales annuelles 
signent une déclaration confirmant spécifiquement l’absence de tout conflit d’intérêts.
Recommandation nº 3
Frontex accepte cette recommandation et a déjà partiellement mis en œuvre les éléments en rapport avec la transpa -
rence et l’absence de conflit d’intérêts. Frontex doit également tenir compte du critère de solidarité.
56
Frontex souligne que le point faible identifié dans l’encadré 10 concerne la complexité du processus des dépenses cou -
rantes d’équipements. Voir également notre réponse au point 26.
Recommandation nº 4
Frontex accepte cette recommandation et continuera à améliorer encore ses systèmes de vérification.
57
Les principaux indicateurs sont calculés et dûment communiqués, comme demandé, aux fins du rapport annuel.
À des fins de gouvernance, il a été convenu d’utiliser un nombre limité d’indicateurs qui doivent permettre à l’organe de 
gouvernance de régir le travail de l’agence. L’expérience a démontré que le fait de définir des indicateurs de performance 
(comme en 2012 et en 2013) dans le PTA et des valeurs cibles connexes à atteindre était excessif dans ce cadre. Il en a éga -
lement découlé un allègement du système de rapports au conseil d’administration.
Réponses de l’Agence européenne pour la gestion de la    
coopération opérationnelle aux frontières extérieures63
Frontex souligne l’absence d’un cadre juridique établissant le transfert de données visé par la Cour. Le cadre juridique 
existant confie aux États membres la responsabilité de gérer d’autres procédures relatives aux migrants clandestins 
interceptés et sauvés lors des opérations conjointes. Le statut de migrant en situation irrégulière est en tout état de cause 
défini et accordé ultérieurement par les États membres. Conformément au cadre juridique actuel, Frontex ne possède 
aucune donnée personnelle relative aux migrants clandestins et n’est pas autorisé à en détenir.
La proposition COM(2015) 671 de la Commission, publiée en décembre 2015, entend améliorer la situation. Elle examinera 
la possibilité d’autoriser à l’agence l’accès aux bases de données européennes, comme SIS et EURODAC, et envisagera de 
présenter des propositions visant à modifier les actes juridiques sur lesquels ces bases de données reposent.
Recommandation nº 5
Frontex accepte la recommandation, mais tout dépendra des changements apportés aux cadres juridiques ainsi qu’à 
l’échange d’informations avec les États membres.

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Au cours des trois exercices allant de 2013 à 2015, 
l’ensemble des dépenses effectuées par les agences pour 
des subventions a représenté 740 millions d’euros. L’audit 
de la Cour a consisté à examiner, dans cinq agences 
(responsables de quelque 92 % du total des financements 
consacrés aux subventions), si les systèmes et les 
procédures de contrôle mis en place pour gérer les 
subventions étaient efficaces et conformes à la législation. 
La Cour a constaté que les agences auditées ont 
généralement octroyé et versé les subventions 
conformément aux règles. Cependant, la plupart d’entre 
elles n’ont pas envisagé de façon adéquate d’autres formes 
de financement, alors que les subventions n’étaient pas 
toujours le meilleur moyen d’atteindre leurs objectifs. De 
plus, les agences auditées n’ont pas bien évalué l’efficacité 
de leurs subventions.
COUR DES
COMPTES
EUROPÉENN E