La Commission n’a pas élaboré de proposition modifiée. Dans sa communication au Parlement européen, elle a indiqué qu’elle pouvait accepter en totalité, en partie, en substance ou sous réserve de modifications rédactionnelles 106 des 331 amendements proposés, car ils sont susceptibles de clarifier ou d’améliorer sa proposition et conformes aux objectifs généraux de celle-ci. Vu l’absence de position du Conseil à l’époque et pour ne pas préjuger du rôle de la Commission dans la recherche d’un accord entre les colégislateurs à un stade ultérieur, la Commission s’en est tenue à une position plutôt prudente sur les amendements du Parlement européen, visant à défendre sa proposition.

La proposition de la Commission a été transmise au Parlement européen et au Conseil le 6 mai 2013. Le Parlement européen a adopté sa position en première lecture le 15 avril 2014 et a soutenu les principaux objectifs de la proposition de la Commission. En particulier, il s’est exprimé en faveur du principe selon lequel il vaut mieux prévenir que guérir et a salué la tentative de regrouper des textes législatifs épars relatifs à la santé animale en un ensemble unique de principes. Il a aussi approuvé la portée de l’acte proposé, circonscrit aux maladies animales transmissibles, et a salué le concept «un monde, une seule santé» qui entérine la relation évidente entre le bien-être des animaux et la santé animale et la santé publique. En outre, le Parlement européen a appelé à un équilibre entre prévisibilité et flexibilité. La position du Parlement européen comprenait 331 amendements à la proposition de la Commission.

Enfin, il faut un cadre juridique souple et cependant assez solide pour assurer une réaction efficace de l’Union en cas de variations climatiques importantes et de risques émergents nouveaux et inconnus, et pour permettre une adaptation rapide aux évolutions de la science et aux nouvelles normes internationales.

Sur un plan plus global, l’Union tout entière œuvre à la réalisation des objectifs de la stratégie «Europe 2020». La proposition relative à la santé animale appuie ces grands objectifs généraux en réduisant le risque d’incidences négatives économiques, sociales et environnementales d’une mauvaise santé animale ou de l’apparition de foyers de maladies animales et, partant, en favorisant la sécurité et la réussite économiques des détenteurs d’animaux (en particulier des exploitants agricoles), pour contribuer à l’obtention d’une croissance intelligente, inclusive et durable.

Le cadre proposé présente la souplesse nécessaire pour permettre une modulation des mesures zoosanitaires en fonction des établissements et des situations locales, notamment en ce qui concerne les obligations en matière d’enregistrement et d’agrément applicables aux établissements et à la détention d’animaux et de produits.

En outre, la proposition prévoit une catégorisation, une hiérarchisation et un recensement des maladies nécessitant une intervention à l’échelon de l’Union, ce qui permet une meilleure prise en compte des risques et une bonne utilisation des ressources.

Grâce à ce système optimisé, les opérateurs de la chaîne de production des denrées alimentaires, tels que les exploitants agricoles et les vétérinaires, seront à même de réagir rapidement, de limiter la propagation des maladies et de réduire au maximum leurs effets sur les animaux et les consommateurs.

L’objet de la proposition de la Commission est l’adoption d’un acte législatif unique réglementant la santé animale dans l’Union européenne, fondé sur le principe qu’«il vaut mieux prévenir que guérir». La proposition vise à renforcer les normes actuelles et à mettre en place un système commun permettant d’améliorer la détection des maladies et la lutte contre celles-ci ainsi que de coordonner le traitement des risques relatifs à la santé et à la sécurité sanitaire des denrées alimentaires et des aliments pour animaux.

*Compte tenu de la tournure qu’ont prise les échanges informels entre le Conseil et le Parlement européen après la première lecture de celui-ci, la Commission n’a pas préparé de proposition modifiée mais a formulé un avis sur les amendements du Parlement dans la «Communication de la Commission sur les suites données aux avis et résolutions adoptés par le Parlement européen lors des sessions d’avril I et II 2014» [document SP(2014)471 du 9 juillet 2014].

3.2Amendements du Parlement européen acceptés par la Commission et intégrés en totalité, en partie ou en substance dans la position du Conseil arrêtée en première lecture

Titre de la proposition: le Parlement européen a proposé un nouveau titre pour la proposition, exprimant mieux l’accent mis sur les maladies animales transmissibles. Dans sa position, le Conseil est d’accord et propose une légère reformulation. Vu l’importance politique du nouveau titre et puisque la proposition traite effectivement des maladies animales transmissibles, la Commission accepte ce changement.

Catégorisation des maladies animales et maladies émergentes: par ses amendements 83 à 87, le Parlement européen a proposé de clarifier les catégories de maladies animales prévues à l’article 8 de la proposition de la Commission. Le Conseil a repris ces amendements dans sa position, sous réserve de quelques changements. Cette clarification est acceptable pour la Commission.

S’agissant des maladies émergentes, le Parlement européen a prôné, aux amendements 176 et 177, des mesures plus nombreuses et plus claires. Toutefois, la place de ces amendements dans le texte n’était pas idéale. Partageant les préoccupations du Parlement européen quant à la clarté des mesures de lutte contre les maladies émergentes, le Conseil a proposé un nouvel article. Ce compromis sensible aux préoccupations des deux colégislateurs est acceptable pour la Commission, puisqu’il fournit des règles plus claires dans le cas des maladies émergentes.

Abrogation du règlement (CE) nº 1760/2000 sur l’identification des bovins et l’étiquetage de la viande bovine: par ses amendements 38, 324 et 328, le Parlement européen a proposé de maintenir le règlement (CE) nº 1760/2000 sur l’identification des bovins et l’étiquetage de la viande bovine, que la proposition relative à la santé animale tendait à abroger. La Commission a précisé que bien que la proposition eût prévu l’abrogation du règlement (CE) nº 1760/2000 dans son intégralité, l’intention de la Commission n’était pas d’en abroger les parties concernant l’étiquetage de la viande bovine et des produits à base de viande bovine. La question a aussi été débattue au Conseil, lequel a amendé la proposition pour en tenir compte. La Commission marque son accord sur la position du Conseil et accepte donc le maintien du titre II du règlement (CE) nº 1760/2000, qui porte sur l’étiquetage de la viande bovine et des produits à base de viande bovine et n’entre pas dans le champ d’application de la proposition relative à la santé animale.

Par ailleurs, le Parlement européen a souligné que l’article 22, récemment modifié, du règlement (CE) nº 1760/2000 fixe l’ampleur des contrôles de l’identification et de l’enregistrement des bovins. La Commission estime que de telles dispositions descriptives ne sont pas nécessaires, puisqu’elles sont présentes dans la proposition de la Commission d’un règlement concernant les contrôles officiels [COM (2013) 265, 2013/0140/COD]. Néanmoins, le Parlement européen tenait à être à nouveau assuré qu’à l’avenir, un même niveau de contrôle serait maintenu pour les bovins, ce qui apparaît dans un nouveau considérant.

Bien-être des animaux: dans ses amendements 5, 99 et 202, le Parlement européen a demandé que le bien-être des animaux soit pris en compte lors de l’examen ou de l’application de mesures zoosanitaires. La proposition de la Commission requérait déjà une prise en compte systématique du bien-être animal lors de l’examen des répercussions des maladies et des mesures de lutte contre ces maladies. Les amendements du Parlement européen qui renforcent cette intention ont été jugés acceptables par la Commission et ont été approuvés par le Conseil.

3.3Amendements du Parlement européen rejetés par la Commission et intégrés en totalité, en partie ou en substance dans la position du Conseil arrêtée en première lecture

Recensement des maladies animales: dans une série d’amendements (notamment les amendements 13, 14, 65 à 67, 70 à 72, 76, 77, 80 à 82 et 88 à 90), le Parlement européen a proposé de supprimer les compétences d’exécution de la Commission lui permettant, en application des articles 5, 7 et 8, de dresser la liste des maladies animales et des espèces auxquelles s’appliquent les règles du règlement et de classifier les maladies dans différents groupes selon les mesures qui leur sont appropriées. Il a proposé de répertorier les maladies dans une annexe du règlement tout en dotant la Commission de pouvoirs délégués pour modifier ou compléter cette liste (amendement 331).

Le Conseil a proposé qu’une liste restreinte de cinq maladies importantes figure dans le dispositif du règlement, tandis que la liste des autres maladies et la classification de l’ensemble des maladies répertoriées, ainsi que la liste des espèces, seraient établies par voie d’actes d’exécution. Il a aussi ajouté plusieurs critères de recensement et de classification des maladies animales (en rapport avec l’article 5 pour les uns et l’article 8 pour les autres), lesquels constituent, selon lui, des éléments essentiels manquant dans le dispositif de la proposition de la Commission.

Le Parlement européen a reconnu l’importance de ces éléments essentiels offrant des critères plus précis pour le recensement et la classification des maladies. Il a aussi approuvé la liste proposée de cinq maladies à l’article 5 et l’éventuelle inscription d’autres maladies dans la liste figurant en annexe, modifiable par voie d’actes délégués, tandis que les compétences d’exécution seraient maintenues pour la classification des maladies animales (conformément à l’article 8).

Bien que la Commission ait d’abord rejeté les amendements susmentionnés du Parlement européen, elle est en mesure d’accepter la position finale du Conseil et du Parlement, en guise de compromis préservant l’efficacité, la souplesse et la sécurité juridique nécessaires au recensement et à la classification des maladies et au recensement des espèces.

Consultation des parties concernées et des scientifiques: dans ses amendements 41, 66, 75, 77, 82, 157, 260 et 322, le Parlement européen a requis plusieurs types de consultations spécifiques lors de l’élaboration des actes délégués. Certains de ces amendements établissent une obligation juridiquement contraignante pour la Commission de mener ces consultations, ce qui est contraire à l’article 290, paragraphe 2, du TFUE.

Dans sa position, le Conseil a voulu souligner l’importance de la consultation par la Commission des experts, dont les experts des États membres, et a modifié la proposition en conséquence. Le Conseil a également soutenu le Parlement européen au sujet de la participation des parties concernées à la consultation.

La Commission ne peut pas accepter les amendements du Parlement européen qui sont contraires à l’article 290, paragraphe 2, du TFUE. Cependant, elle peut accepter le libellé figurant dans la position du Conseil selon lequel elle consultera des experts, les parties concernées et l’Autorité européenne de sécurité des aliments et organisera des consultations publiques plus vastes au besoin.

Clause de réexamen (rapport de la Commission): dans son amendement 330, le Parlement européen a ajouté un article requérant de la Commission qu’elle remette un rapport sur l’impact du règlement le 31 décembre 2019 au plus tard. Le Conseil a aussi demandé une obligation de rapport dans un considérant ou dans un article, qui ne soit pas source de charges administratives superflues.

Dans un premier temps, la Commission n’était pas en faveur de cette nouvelle obligation de rapport puisqu’il existe d’autres instruments, comme les bilans de qualité et les évaluations, pour apprécier l’incidence de la législation européenne. En outre, les délais prévus à l’origine étaient trop courts. Dans le cadre d’un compromis global, la Commission peut accepter l’amendement proposé par le Parlement européen, sous réserve de la reformulation prévue dans la position du Conseil.

Bien-être des animaux: à l’origine, le Parlement européen avait émis un certain nombre d’amendements concernant le bien-être des animaux. Certains ont été acceptés par le Conseil (voir point 3.2), tandis que d’autres (par exemple, les amendements 173, 180, 194 et 257) plus divergents fournissaient des règles relatives au bien-être des animaux, une incursion dans la réglementation en vigueur en la matière susceptible de compromettre les mesures de lutte contre les maladies dans les situations d’urgence. Le Conseil est inflexible sur la séparation entre santé animale et bien-être des animaux et s’oppose à ces amendements, en épousant globalement le point de vue de la Commission. Dans sa position, il ne reprend dès lors aucun des amendements créant des chevauchements ou des incohérences avec les exigences en vigueur, ou des risques pour la santé animale et publique. La Commission souscrit à cette position.

Le Parlement européen aurait pu décider de supprimer ou d’ajuster plusieurs de ses amendements, mais il a demandé à la Commission de s’engager activement en faveur de la protection des animaux au moyen d’une déclaration sur le bien-être des animaux. Dans le cadre d’un accord global, la Commission a exceptionnellement accepté de faire une déclaration.

Résistance aux antimicrobiens: le Parlement européen a adopté plusieurs amendements relatifs à la résistance aux antimicrobiens. Celle-ci faisait déjà l’objet de dispositions dans la proposition de la Commission concernant la résistance aux traitements et le profil des maladies. Les amendements obligeant les acteurs à tenir compte des risques de résistance aux antimicrobiens ou à les faire connaître sont acceptables (amendements 73 et 101), tandis que ceux qui interfèrent avec la législation sur les médicaments vétérinaires ne peuvent pas être soutenus, puisqu’ils vont au-delà du champ d’application de la proposition.