«Gérer les sites Natura 2000»

Les dispositions de l’article 6 de la directive «Habitats» (92/43/CEE)

(2019/C 33/01)

TABLE DES MATIÈRES

AVANT-PROPOS 4

1. Introduction 5

1.1. La place de l’article 6 dans le système de la directive «Habitats» et de la directive «Oiseaux» et dans un contexte plus large 5

1.2. Rapport avec le chapitre «Protection des espèces» 7

1.3. Transposition de l’article 6 en droit national: l’obligation de transposer 7

1.4. Date d’application de l’article 6: à partir de quand les obligations de l’article 6 s’appliquent-elles? 8

1.4.1. Zones spéciales de conservation désignées au titre de la directive «Oiseaux» 8

1.4.2. Sites désignés au titre de la directive «Habitats» 9

2. Article 6, paragraphe 1 10

2.1. Texte 10

2.2. Champ d’application 10

2.3. Quel devrait être le contenu des «mesures de conservation nécessaires»? 11

2.3.1. Fixation d’objectifs de conservation au niveau du site 11

2.3.2. Établir les mesures de conservation nécessaires 13

2.3.3. Les exigences écologiques 14

2.4. Quelle forme les mesures de conservation nécessaires peuvent-elles prendre? 15

2.4.1. Plans de gestion 15

2.4.2. Mesures réglementaires, administratives ou contractuelles. 16

3. Article 6, paragraphe 2 17

3.1. Texte 17

3.2. Champ d’application 17

3.3. Que signifie «prennent les mesures appropriées pour éviter…»? 19

3.4. La mise en œuvre diffère-t-elle selon que l’on a affaire à une détérioration ou à des perturbations? 20

3.5. Indicateurs de détérioration et de perturbation 20

3.5.1. Détérioration des types d’habitats et des habitats d’espèces 21

3.5.2. Perturbations des espèces 22

4. Article 6, paragraphe 3 22

4.1. Texte 22

4.2. Champ d’application 23

4.3. Lien entre l’article 6, paragraphe 2, et l’article 6, paragraphe 3 23

4.4. Que faut-il entendre par «plan ou projet non directement lié ou nécessaire à la gestion du site»? 24

4.4.1. Projet 25

4.4.2. Plan 25

4.4.3. Non directement lié ou nécessaire à la gestion 26

4.5. Comment déterminer si un plan ou un projet est «susceptible d’affecter [un] site de manière significative, individuellement ou en conjugaison avec d’autres plans et projets»? 27

4.5.1. Susceptible d’affecter… 27

4.5.2. Effet significatif 29

4.5.3. … individuellement ou en conjugaison avec d’autres plans ou projets 29

4.6. Que faut-il entendre par «évaluation appropriée de ses incidences sur le site eu égard aux objectifs de conservation de ce site»? 30

4.6.1. Qu’entend-on par évaluation «appropriée»? 30

4.6.2. Contenu de l’évaluation appropriée 32

4.6.3. …eu égard aux objectifs de conservation de ce site 33

4.6.4. La notion d’«intégrité du site» 33

4.6.5. Évaluer les répercussions sur le site 34

4.6.6. Analyse des mesures d’atténuation adaptées pour éviter ou réduire les incidences 35

4.7. Prise de décisions 36

4.7.1. Les «autorités nationales compétentes» 36

4.7.2. Quand faut-il demander l’avis du public? 37

4.7.3. Prendre une décision fondée sur l’évaluation appropriée 37

5. Article 6, paragraphe 4 38

5.1. Texte 38

5.2. Champ d’application 38

5.3. Remarques initiales 39

5.3.1. Examen des solutions alternatives 39

5.3.2. Examen des raisons impératives d’intérêt public majeur 40

5.4. Adoption de mesures compensatoires 42

5.4.1. Qu’entend-on par «mesures compensatoires» et quand devraient-elles être envisagées? 42

5.4.2. «Cohérence globale» du réseau Natura 2000 43

5.4.3. Objectif et teneur générale des mesures compensatoires 44

5.4.4. Éléments clés à prendre en compte dans les mesures compensatoires 46

5.5. Critères à appliquer pour la conception des mesures compensatoires 46

5.5.1. Compensation ciblée 46

5.5.2. Compensation effective 47

5.5.3. Faisabilité technique 47

5.5.4. Ampleur de la compensation 48

5.5.5. Localisation des mesures compensatoires 48

5.5.6. Choix du calendrier d’exécution de la compensation 49

5.5.7. Mise en œuvre à long terme 49

5.6. Qui prend en charge le coût des mesures compensatoires? 50

5.7. Communication des mesures compensatoires à la Commission 50

5.8. Qu’en est-il des sites abritant des habitats et/ou espèces prioritaires? 51

5.8.1. Les sites concernés 51

5.8.2. Les concepts de «santé humaine», de «sécurité publique» et de «conséquences bénéfiques primordiales pour l’environnement» 51

5.8.3. L’adoption de l’avis de la Commission et ses conséquences 52

Annexe I Comparaison des procédures prévues au titre de l’évaluation appropriée (AA), de l’évaluation des incidences sur l’environnement (EIE) et de l’évaluation environnementale stratégique (EES) 53

Annexe II Examen des projets et plans ayant une incidence sur les sites Natura 2000 56

Annexe III Formulaire à utiliser pour informer la Commission européenne conformément à l’article 6, paragraphe 4 57

AVANT-PROPOS

OBJET ET NATURE DU PRÉSENT DOCUMENT

L’article 6 de la directive «Habitats» (92/43/CEE) joue un rôle crucial dans la gestion des sites qui constituent le réseau Natura 2000. Dans un esprit d’intégration, il décrit les différentes tâches nécessaires pour garantir les intérêts des sites sur le plan de la conservation de la nature.

Le présent document vise à fournir aux États membres des orientations sur l’interprétation de certaines des notions fondamentales utilisées dans l’article 6 de la directive «Habitats».

Dans le cadre du plan d’action pour le milieu naturel, la population et l’économie (1), la Commission s’est engagée à «mettre à jour le document d’orientation interprétatif concernant les dispositions de l’article 6 de la directive “Habitats” sur la conservation et la gestion de Natura 2000». Le présent document remplace par conséquent la version initiale de ce document qui avait été publiée en avril 2000 (2).

La présente mise à jour intègre les nombreuses décisions rendues par la Cour de justice de l’Union européenne sur l’article 6 au fil des ans (3). Elle se fonde en outre sur une série de notes de la Commission relatives à la gestion de Natura 2000, ainsi que sur d’autres documents d’orientation pertinents portant sur l’article 6, également produits par la Commission, qu’il convient de lire parallèlement au présent document (4).

Le présent document s’adresse en premier lieu aux autorités des États membres, mais il devrait également faciliter la compréhension du mécanisme de la directive «Habitats» par toute personne concernée par la gestion des sites Natura 2000 et la procédure d’autorisation prévue à l’article 6.

Ce document a été rédigé après consultation des autorités des États membres chargées de la protection de la nature et de parties prenantes. Il a pour finalité d’assister les autorités des États membres, ainsi que toute personne concernée par la gestion des sites Natura 2000 et la procédure d’autorisation prévue à l’article 6, dans l’application de la directive «Habitats». La Cour de justice de l’Union européenne est seule compétente pour donner une interprétation du droit de l’Union faisant autorité.

Les interprétations fournies par la Commission ne peuvent aller au-delà de ce que prévoient les directives. Cela s’applique notamment à la présente directive, du fait qu’elle repose sur le principe de subsidiarité et, à ce titre, laisse une large marge de manœuvre aux États membres pour la mise en œuvre pratique de mesures spécifiques en lien avec les différents sites du réseau Natura 2000. En tout état de cause, les États membres sont libres de choisir le moyen qu’ils jugent approprié pour mettre en œuvre ces mesures pratiques, sous réserve que celles-ci atteignent les résultats escomptés de la directive.

Malgré son caractère interprétatif, le présent document ne vise pas à donner des réponses absolues à des questions relatives à un site spécifique. Ces aspects doivent être traités au cas par cas, en tenant compte des orientations fournies par le présent document.

STRUCTURE DU DOCUMENT

Le document commence par une introduction présentant le contenu global et la logique de l’article 6. Vient ensuite une présentation détaillée des paragraphes 1, 2, 3 et 4 selon le même schéma général. Cette présentation contient une description de chaque paragraphe et de sa portée ainsi qu’une discussion des principales notions utilisées et des principales questions soulevées, sur la base des informations dont dispose la Commission, de la jurisprudence de la Cour de justice et d’autres actes juridiques de l’Union, le cas échéant.

Pour permettre une lecture accélérée des conclusions dégagées, les points clés tirés des analyses de la Commission sont résumés (en caractères gras) à la fin de chaque section.

1. INTRODUCTION

Le contexte de l’article 6

1.1. LA PLACE DE L’ARTICLE 6 DANS LE SYSTÈME DE LA DIRECTIVE «HABITATS» ET DE LA DIRECTIVE «OISEAUX» ET DANS UN CONTEXTE PLUS LARGE

Avant d’examiner en détail l’article 6, il convient de rappeler le rôle qu’il joue dans le système général de la directive 92/43/CEE (5) (ci-après la «directive “Habitats”») et de la directive 2009/147/CE (6) (ci-après la «directive “Oiseaux”») ainsi que sa relation avec un cadre juridique plus large.

Le premier chapitre de la directive «Habitats», comprenant les articles 1er et 2, est intitulé «Définitions». Ce chapitre définit l’objet de la directive, qui est de «contribuer à assurer la biodiversité par la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages sur le territoire européen des États membres où le traité s’applique» (7). Il énonce également une orientation générale pour la mise en œuvre de la directive, en mentionnant la nécessité que toutes les mesures prises en vertu de la directive visent à assurer le maintien ou le rétablissement, «dans un état de conservation favorable» (8), de certains habitats et espèces, tout en précisant que ces mesures doivent tenir compte «des exigences économiques, sociales et culturelles, ainsi que des particularités régionales et locales» (9).

Les deux chapitres suivants regroupent les principales exigences spécifiques de la directive «Habitats». Le premier, intitulé «Conservation des habitats naturels et des habitats d’espèces», comprend les articles 3 à 11. Le second, intitulé «Protection des espèces», comprend les articles 12 à 16.

Le chapitre intitulé «Conservation des habitats naturels et des habitats d’espèces» traite de la création et de la conservation de sites désignés pour les types d’habitats et d’espèces d’intérêt communautaire répertoriés dans les annexes I et II de la directive. Ces sites, conjointement aux sites classés au titre de la directive «Oiseaux», forment le réseau Natura 2000 (article 3, paragraphe 1). Dans ce chapitre, l’article 6 contient des dispositions régissant la conservation et la gestion des sites Natura 2000. De ce point de vue, l’article 6 est l’un des plus importants des 24 articles de la directive car il définit de la façon la plus précise la relation entre les activités de conservation et les activités socioéconomiques.

L’article compte trois principaux ensembles de dispositions. Le paragraphe 1 porte sur la mise en place des mesures de conservation nécessaires et se concentre sur les mesures positives et proactives nécessaires pour maintenir ou rétablir les habitats naturels et les populations d’espèces de faune et de flore sauvages dans un état favorable. Le paragraphe 2 contient des mesures aptes à éviter la détérioration des habitats et les perturbations significatives touchant les espèces. Sa portée est donc préventive. Les paragraphes 3 et 4 contiennent une série de garanties tant procédurales que matérielles pour ce qui concerne les plans et les projets susceptibles d’avoir des effets significatifs sur un site Natura 2000.

Dans cette structure, on peut constater qu’il existe une distinction entre, d’une part, les paragraphes 1 et 2, qui définissent un régime général, et, d’autre part, les paragraphes 3 et 4, qui définissent une procédure applicable dans des cas particuliers.

Considérées globalement, les dispositions de l’article 6 reflètent l’approche générale établie à l’article 2 et dans les considérants de la directive. Le but est de promouvoir la biodiversité par le maintien ou le rétablissement de certains habitats et espèces «dans un état de conservation favorable», dans leur aire de répartition naturelle au sein de l’Union, tout en tenant compte des exigences économiques, sociales, culturelles et régionales, pour assurer un développement durable.

Outre la place de l’article 6 dans le système général de la directive «Habitats», il convient d’évoquer son lien avec le système de la directive «Oiseaux»:

— tout d’abord, le système de la directive «Oiseaux» est largement comparable à celui de la directive «Habitats». En particulier, le chapitre intitulé «Conservation des habitats naturels et des habitats d’espèces» de la directive «Habitats» est analogue aux articles 3 et 4 de la directive «Oiseaux»;

— ensuite, les systèmes des deux directives ont été rapprochés ou fusionnés dans une grande mesure. En premier lieu, les zones de protection spéciale (ZPS) classées au titre de la directive «Oiseaux» font désormais partie intégrante du réseau Natura 2000 (10). En second lieu, l’article 6, paragraphes 2, 3 et 4, de la directive «Habitats» est devenu applicable aux ZPS (11).

L’article 6 doit également être lu en rapport avec le cadre plus général de la politique de l’Union en matière de biodiversité (12), aux objectifs de laquelle il contribue de manière déterminante. La mise en œuvre de l’article 6 peut également tirer profit d’autres actions entreprises dans ce contexte. En particulier, le travail réalisé pour mesurer l’état de l’écosystème dans le cadre de la cartographie et de l’évaluation des écosystèmes et de leurs services (MAES) (13) offre une aide utile et pertinente, y compris au niveau sectoriel, pour traiter certaines questions telles que la mesure et l’analyse de l’état des types d’écosystèmes correspondant aux grands types d’habitats au titre de la directive «Habitats», la mesure des pressions exercées sur les écosystèmes, la quantification des exigences écologiques ainsi que de la détérioration et de l’intégrité écologique des sites.

Si on le replace dans un contexte plus large — à savoir celui du traité sur l’Union européenne —, l’article 6 peut être considéré comme un cadre essentiel pour l’application effective du principe d’intégration, puisqu’il encourage les États membres à gérer les sites Natura 2000 de façon durable et fixe des limites aux activités qui peuvent avoir des répercussions négatives sur les zones protégées, tout en permettant des dérogations dans certains cas. Les mesures au titre de l’article 6 peuvent également bénéficier des synergies avec d’autres politiques environnementales pertinentes de l’Union, notamment celles relatives à l’eau, au milieu marin ou à la pêche.

Les mesures au titre de l’article 6 de la directive «Habitats» peuvent exiger l’adoption de mesures relevant de la politique commune de la pêche établie par le règlement (UE) no 1380/2013. En particulier, les dispositions de l’article 11 de ce règlement, relatives aux mesures de conservation nécessaires pour le respect des obligations de la législation environnementale de l’Union, pourraient s’appliquer; le sens de ces dispositions est précisé dans le document de travail des services de la Commission sur l’établissement de mesures de conservation en vertu de la politique commune de la pêche pour des sites Natura 2000 et aux fins de la directive-cadre «stratégie pour le milieu marin» [SWD(2018) 288 final]. La Commission a déjà adopté plusieurs actes délégués en vertu de l’article 11 de la politique commune de la pêche (consultables à l’adresse https://ec.europa.eu/fisheries/cfp/fishing_rules_fr).

Envisagé dans un contexte international, l’article 6 contribue à atteindre les objectifs des conventions internationales relatives à la protection de la nature, comme la convention de Berne (14) et la convention sur la diversité biologique (15), tout en fixant un cadre pour la conservation et la protection des sites plus détaillé que celui de ces conventions.

L’article 6 est un élément essentiel du chapitre de la directive «Habitats» intitulé «Conservation des habitats naturels et des habitats d’espèces». Il fixe le cadre pour la conservation et la protection des sites et prévoit des exigences proactives, préventives et procédurales. Il concerne les zones de protection spéciale classées en vertu de la directive «Oiseaux» ainsi que les sites désignés au titre de la directive «Habitats». Ce cadre est un moyen déterminant pour soutenir les objectifs généraux des deux directives et atteindre les objectifs de la politique de l’Union en matière de biodiversité, du principe d’intégration environnementale dans d’autres politiques européennes et pour instaurer, à terme, un développement durable.

1.2. RAPPORT AVEC LE CHAPITRE «PROTECTION DES ESPÈCES»

Comme indiqué précédemment, le chapitre de la directive «Habitats» intitulé «Protection des espèces» englobe les articles 12 à 16 et traite des espèces animales et végétales nécessitant une protection stricte, répertoriées à l’annexe IV de la directive (16), ainsi que de celles nécessitant des mesures de gestion spéciales, répertoriées à l’annexe V.

Les articles 12, 13 et 14 couvrent certaines espèces animales et végétales qui peuvent également figurer à l’annexe II de la directive et qui bénéficient donc aussi des dispositions de l’article 6 dans les sites Natura 2000 les abritant (17). Une activité peut donc relever du champ d’application des deux chapitres à la fois.

À titre d’exemple, la destruction d’une aire de repos de l’ours brun (Ursus arctos) peut enfreindre l’interdiction prévue à l’article 12, paragraphe 1, point d), tout en contrevenant à l’article 6 si cette aire de repos se situe dans un site Natura 2000 désigné pour cette espèce.

Si ces mesures pourraient sembler redondantes, il convient de noter les points suivants:

— premièrement, certaines espèces animales ou végétales couvertes par les articles 12, 13 et 14 ne figurent pas à l’annexe II. Elles ne bénéficient donc pas directement des mesures de conservation et de protection des sites du réseau Natura 2000;

— deuxièmement, pour les espèces vulnérables telles que les gros carnivores couverts à la fois par le chapitre sur la conservation des habitats naturels et des habitats d’espèces et par le chapitre sur la protection des espèces, la protection qui leur est assurée par l’article 6 est limitée aux sites du réseau Natura 2000, alors que la protection assurée par le chapitre sur la protection des espèces ne se limite pas à ces sites. L’article 6 porte donc sur la conservation et la protection des sites désignés pour les espèces dans le réseau Natura 2000, tandis que le chapitre sur la protection des espèces vise les espèces dans leur aire de répartition naturelle au sein de l’Union (y compris les zones spécifiques en dehors de Natura 2000 où vivent les espèces, en particulier les sites de reproduction et les aires de repos de ces animaux).

Certaines espèces végétales et animales sont protégées à la fois au titre du chapitre sur la conservation des habitats naturels et des habitats d’espèces et au titre du chapitre sur la protection des espèces, toutefois les dispositions applicables diffèrent tant par leur portée que par leur nature.

1.3. TRANSPOSITION DE L’ARTICLE 6 EN DROIT NATIONAL: L’OBLIGATION DE TRANSPOSER

Il est important de noter que les dispositions de l’article 6 doivent être transposées en droit national (c’est-à-dire qu’elles doivent faire l’objet de dispositions du droit national qui assurent la mise en œuvre de leurs exigences). À cet égard, elles sont couvertes par l’article 23 de la directive qui dispose que «les États membres mettent en vigueur les dispositions législatives, réglementaires et administratives nécessaires pour se conformer à la présente directive dans un délai de deux ans à compter de sa notification». En fonction de l’État membre, la date limite de transposition était le 10 juin 1994 ou la date d’adhésion à l’Union européenne.

Cela est conforme au type d’instrument juridique utilisé, à savoir une directive. Une directive est contraignante quant au résultat à atteindre, mais elle laisse à l’État membre le choix de la façon et des méthodes pour atteindre ce résultat.

En vertu d’une jurisprudence constante, la transposition doit être claire et précise, fidèle et mise en œuvre avec force incontestable [voir les affaires suivantes de la Cour de justice de l’Union (ci-après la «Cour»): affaires C-363/85, C-361/88, C-159/99, point 32, C-415/01, point 21, C-58/02, C-6/04 points 21, 25 et 26, et C-508/04, point 80] (18).

Selon l’État membre concerné, l’article 6 devait être transposé en droit national avant le 10 juin 1994, pour les 12 premiers États membres, ou à la date d’adhésion à l’Union, pour les autres.

1.4. DATE D’APPLICATION DE L’ARTICLE 6: À PARTIR DE QUAND LES OBLIGATIONS DE L’ARTICLE 6 S’APPLIQUENT-ELLES?

D’une manière générale, il faut distinguer la date limite de transposition des dispositions de l’article 6 en droit national et la date à partir de laquelle ces dispositions s’appliquent à des sites individuels.

En ce qui concerne les sites individuels, il convient de distinguer les zones de protection spéciale classées au titre de la directive «Oiseaux» des autres sites [sites d’importance communautaire (SIC) et zones spéciales de conservation (ZSC)] désignés au titre de la directive «Habitats».

1.4.1. Zones spéciales de conservation désignées au titre de la directive «Oiseaux»

Les exigences de conservation applicables aux zones spéciales de conservation (ZSC) sont énoncées à l’article 4, paragraphe 4, première phrase, de la directive «Oiseaux», qui dispose que, pour ces zones, «les États membres prennent les mesures appropriées pour éviter […] la pollution ou la détérioration des habitats ainsi que les perturbations touchant les oiseaux, pour autant qu’elles aient un effet significatif eu égard aux objectifs du présent article».

Après l’entrée en vigueur de la directive «Habitats», les obligations précitées ont été remplacées conformément à l’article 7 de ladite directive, qui énonce ce qui suit:

«Les obligations découlant de l’article 6, paragraphes 2, 3 et 4, de la présente directive se substituent aux obligations découlant de l’article 4, paragraphe 4 première phrase de la directive 79/409/CEE en ce qui concerne les zones classées en vertu de l’article 4, paragraphe 1 ou reconnues d’une manière similaire en vertu de l’article 4, paragraphe 2 de ladite directive à partir de la date de mise en application de la présente directive ou de la date de la classification ou de la reconnaissance par un État membre en vertu de la directive 79/409/CEE si cette dernière date est postérieure.»

Les dispositions de l’article 6, paragraphe 1, ne s’appliquent donc pas aux zones de protection spéciale (ZPS). Néanmoins, des dispositions analogues sont prévues pour les ZPS en vertu de l’article 3 et de l’article 4, paragraphes 1 et 2, de la directive «Oiseaux». Ces dispositions analogues devraient en principe s’appliquer aux ZPS à compter de la date à laquelle la directive «Oiseaux» est devenue applicable dans les États membres [affaires C-355/90 Commission/Espagne («Marismas de Santoña») et C-166/97 Commission/France («Estuaire de la Seine»)].

Concernant les dispositions de l’article 6, paragraphes 2, 3 et 4, il apparaît clairement au vu des termes de l’article 7 qu’elles s’appliquent aux ZPS déjà classées au moment de l’entrée en vigueur de la directive «Habitats». Toutefois, étant donné la formulation de l’article 7, la question se pose de savoir si les dispositions de l’article 4, paragraphe 4, première phrase, de la directive «Oiseaux» demeurent applicables après le délai de transposition de la directive (le 10 juin 1994 pour les États membres de l’époque et la date d’adhésion pour les autres États membres) pour les sites qui auraient dû être classés comme ZPS, mais ne l’ont pas été.

Dans l’affaire Marismas de Santoña (C-355/90, point 22), la Cour a estimé que l’article 4, paragraphe 4, première phrase, de la directive «Oiseaux» était applicable à un site non classé qui aurait dû être classé en tant que ZPS à compter du délai de transposition de la directive «Oiseaux» (c’est-à-dire le 7 avril 1981 pour les États membres de l’époque et la date d’adhésion pour les autres États membres).

Dans l’affaire Basses Corbières (C-374/98, points 43 à 57; voir également l’affaire C-141/14), la Cour a estimé que les zones qui n’ont pas été classées comme des ZPS mais qui auraient dû l’être continuent de relever du régime de l’article 4, paragraphe 4, première phrase, de la directive «Oiseaux», qui est plus strict que le régime de l’article 6, paragraphes 2 à 4, de la directive «Habitats», car il ne prévoit pas de dérogation. La dualité de ces régimes incite les États membres à classer les sites, dans la mesure où cela les autorise à recourir à une procédure qui leur permet, pour des raisons impératives d’intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et à certaines conditions, d’adopter des plans ou des projets ayant des répercussions négatives sur une ZPS.

L’article 6, paragraphe 1, de la directive «Habitats» ne s’applique pas aux ZPS. L’article 3 et l’article 4, paragraphes 1 et 2, de la directive «Oiseaux» contiennent cependant des dispositions analogues, qui sont applicables à compter de la date de mise en application de ladite directive. En ce qui concerne la date d’application de l’article 6, paragraphes 2, 3 et 4, de la directive «Habitats» aux ZPS, ces dispositions s’appliquent à tous les sites classés comme ZPS conformément à l’article 4, paragraphes 1 et 2, de la directive «Oiseaux» à compter de la date de transposition de la directive «Habitats». Les sites qui n’ont pas été classés comme ZPS, mais qui auraient dû l’être, continuent de relever du régime de protection prévu à l’article 4, paragraphe 4, première phrase, de la directive «Oiseaux», qui est plus strict que les dispositions de l’article 6, paragraphes 2 à 4, de la directive «Habitats».

1.4.2. Sites désignés au titre de la directive «Habitats»

L’article 6, paragraphe 1, s’applique aux ZSC. En vertu de l’article 4, paragraphe 4, de la directive, les ZSC voient le jour lorsque les États membres les désignent comme telles. Pour cela, le site doit d’abord avoir été sélectionné en tant que site d’importance communautaire (SIC) en vertu de l’article 4, paragraphe 2, de la directive. Un SIC doit être désigné comme ZSC «le plus rapidement possible et dans un délai maximal de six ans».

La désignation d’un SIC comme ZSC déclenche de manière effective l’application de l’article 6, paragraphe 1, puisque toutes les autres mesures au titre de l’article 6, notamment l’obligation d’empêcher toute nouvelle détérioration (article 6, paragraphes 2, 3 et 4), s’appliquent déjà aux SIC avant qu’ils ne soient désignés comme ZSC.

L’article 4, paragraphe 5, de la directive «Habitats» dispose ce qui suit:

«Dès qu’un site est inscrit sur la liste visée au paragraphe 2 troisième alinéa, il est soumis aux dispositions de l’article 6, paragraphes 2, 3 et 4.»

Par conséquent, contrairement aux dispositions de l’article 6, paragraphe 1, qui s’appliquent uniquement lorsqu’un SIC a été désigné comme ZSC, les dispositions de l’article 6, paragraphes 2, 3 et 4, sont applicables dès que le site est classé comme SIC (c’est-à-dire avant qu’il ne soit désigné comme ZSC). L’article 6, paragraphe 1, s’applique également aux SIC pour lesquels la période de six ans a expiré et qui n’ont pas encore été désignés comme ZSC, en violation de l’article 4, paragraphe 4. En d’autres termes, l’obligation d’établir les mesures de conservation nécessaires s’applique au plus tard à la date d’expiration de la période de six ans.

Les décisions de la Commission qui approuvent les SIC indiquent clairement ce qui suit: «Il convient de noter […] que les obligations découlant de l’article 4, paragraphe 4, et de l’article 6, paragraphe 1, de la directive 92/43/CEE doivent être remplies le plus rapidement possible et dans un délai maximal de six ans à compter de l’adoption de la liste [initiale ou des listes actualisées] des sites d’importance communautaire [pour la région biogéographique, en fonction de la liste] sur laquelle [un site d’importance communautaire] a été inscrit [en tant que tel] pour la première fois.»

Cela signifie que la période de six ans court à compter de la date à laquelle le site a été inscrit dans la décision de la Commission pour la première fois. Si, par la suite, des décisions ultérieures modifient certains aspects du site, elles ne pourront être utilisées comme prétexte pour justifier le report de la désignation comme ZSC. Ces nouveaux ajustements devront néanmoins être intégrés dans le processus de désignation comme ZSC et pris en compte lors de l’établissement des mesures de conservation nécessaires.

Dans l’affaire Draggagi (C-117/03, point 29), la Cour a statué que, «s’agissant des sites susceptibles d’être identifiés comme sites d’importance communautaire, mentionnés sur les listes nationales transmises à la Commission, parmi lesquels peuvent figurer notamment des sites abritant des types d’habitats naturels prioritaires ou des espèces prioritaires, les États membres sont, en vertu de la directive, tenus de prendre des mesures de protection aptes à sauvegarder ledit intérêt écologique».

Dans l’affaire Bund Naturschutz (C–244/05, point 47), la Cour a également conclu que «le régime d’une protection appropriée applicable aux sites figurant sur une liste nationale transmise à la Commission, en vertu de l’article 4, paragraphe 1, de la directive, exige que les États membres n’autorisent pas des interventions qui risquent de compromettre sérieusement les caractéristiques écologiques de ces sites».

Compte tenu de ce qui précède, les autorités des États membres sont tenues de garantir que les sites figurant sur leur liste nationale de SIC proposés ne peuvent être détériorés et sont protégés par des mesures aptes à sauvegarder leur intérêt écologique avant même que la liste des SIC de l’Union soit adoptée. Lorsque la liste nationale demeure incomplète, il est conseillé aux États membres de sauvegarder l’intérêt écologique des sites qui, selon les données scientifiques disponibles fondées sur les critères de l’annexe III de la directive «Habitats», devraient figurer sur la liste nationale. À cet effet, il est recommandé d’utiliser à bon escient le processus d’évaluation des incidences sur l’environnement (EIE) au titre de la directive 2011/92/UE (19) pour les projets susceptibles d’avoir des incidences notables sur l’environnement (dans la mesure où elles sont couvertes par cette directive). La Cour a déjà confirmé l’importance à accorder aux sites naturels sensibles à l’heure de décider si les projets prévus doivent faire l’objet d’une EIE au titre de ladite directive (C-392/96, point 66).

Les réflexions ci-dessus peuvent être résumées dans le tableau suivant:

Statut du site SIC proposé SIC ZSC ZPS Sites qui auraient dû être classés comme ZPS Article 6, paragraphe 1 Facultatif Facultatif (obligatoire si la période de six ans a expiré) Obligatoire Non applicable mais des dispositions analogues de l’article 3 et de l’article 4, paragraphes 1 et 2, de la directive «Oiseaux» s’appliquent. Non applicable. Article 6, paragraphes 2, 3 et 4 Facultatif, mais les États membres sont tenus de prendre des mesures de protection aptes à sauvegarder l’intérêt écologique des sites (20). Obligatoire Obligatoire Obligatoire Non applicable, mais ces sites continuent de relever du régime de protection de la première phrase de l’article 4, paragraphe 4, de la directive «Oiseaux».

L’article 6, paragraphes 2, 3 et 4, s’applique aux SIC et aux ZSC désignés au titre de la directive «Habitats». L’article 6, paragraphe 1, s’applique aux ZSC désignées au titre de la directive «Habitats». Ces dispositions ne s’appliquent pas aux sites figurant sur une liste nationale transmise à la Commission au titre de l’article 4, paragraphe 1, de la directive. Les États membres doivent néanmoins prendre des mesures de protection aptes à sauvegarder l’intérêt écologique des sites. Cela inclut de ne pas autoriser des interventions qui risquent de compromettre sérieusement les caractéristiques écologiques de ces sites. Lorsqu’une liste nationale complète n’a pas été soumise, il est conseillé aux États membres d’adopter une approche similaire pour les sites qui, selon les critères scientifiques de la directive, devraient manifestement figurer sur la liste nationale.

2. ARTICLE 6, PARAGRAPHE 1

Clarification des notions de «mesures de conservation nécessaires», d’«objectifs de conservation», d’«exigences écologiques», de «plans de gestion» et de «mesures réglementaires, administratives ou contractuelles»

2.1. TEXTE

«Pour les zones spéciales de conservation, les États membres établissent les mesures de conservation nécessaires impliquant, le cas échéant, des plans de gestion appropriés spécifiques aux sites ou intégrés dans d’autres plans d’aménagement et les mesures réglementaires, administratives ou contractuelles appropriées, qui répondent aux exigences écologiques des types d’habitats naturels de l’annexe I et des espèces de l’annexe II présents sur les sites.»

2.2. CHAMP D’APPLICATION

L’article 6, paragraphe 1, prévoit un régime de conservation général que les États membres doivent instaurer pour toutes les zones de conservation spéciales (ZCS).

L’article 6, paragraphe 1:

— prévoit des mesures de conservation positives, impliquant, le cas échéant, des plans de gestion et des mesures réglementaires, administratives ou contractuelles, qui répondent aux exigences écologiques des types d’habitats naturels de l’annexe I et des espèces de l’annexe II présents sur le site. À cet égard, le paragraphe 1 de l’article 6 se distingue des trois autres paragraphes qui prévoient des mesures préventives visant à éviter les détériorations, les perturbations et les effets significatifs dans les sites Natura 2000;

— constitue une référence pour la logique et la compréhension globale de l’article 6 et de ses trois autres paragraphes;

— établit un régime de conservation général qui s’applique à toutes les ZSC du réseau Natura 2000 sans exception, à tous les types d’habitats naturels de l’annexe I et à toutes les espèces de l’annexe II présents sur les sites, sauf ceux dont la présence est qualifiée de non significative dans le formulaire standard des données Natura 2000 (FSD) (21);

— concerne spécifiquement les ZSC: l’article 6, paragraphe 1, ne s’applique pas aux zones de protection spéciale (ZPS), contrairement à l’article 6, paragraphes 2, 3 et 4. Le législateur a ainsi établi: — un régime fixant des «mesures de conservation spéciales» pour les ZPS classées au titre de la directive «Oiseaux», conformément à ses articles 3 et 4, paragraphes 1 et 2; — un régime fixant des «mesures de conservation nécessaires» pour les ZSC classées au titre de la directive «Habitats», conformément à son article 6, paragraphe 1;

— s’applique également aux SIC pour lesquels la période de six ans a expiré et qui n’ont pas encore été désignés comme ZSC, en violation de l’article 4, paragraphe 4. En d’autres termes, l’obligation d’établir les mesures de conservation nécessaires s’applique au plus tard à la date d’expiration de la période de six ans;

— est lié à l’article 1er, paragraphe a), qui définit les mesures de conservation comme un ensemble de mesures requises pour maintenir ou rétablir les habitats naturels et les populations d’espèces de faune et de flore sauvages dans un état favorable;

— est lié à l’article 2, paragraphe 2, qui établit que les mesures prises en vertu de ladite directive visent à assurer le maintien ou le rétablissement, dans un état de conservation favorable, des habitats naturels et des espèces de faune et de flore sauvages d’intérêt communautaire;

— est lié à l’article 2, paragraphe 3, qui précise que les mesures doivent tenir compte des exigences économiques, sociales et culturelles, ainsi que des particularités régionales et locales.

Pour toutes les ZSC, les États membres sont tenus d’établir des mesures de conservation et d’adopter des mesures réglementaires, administratives ou contractuelles appropriées. Ces mesures doivent être établies dans un délai maximal de six ans à compter de l’adoption des listes de sites d’importance communautaire (SIC) de l’Union. Ces mesures ont un caractère positif et sont spécifiques aux sites; elles s’appliquent à tous les types d’habitats naturels de l’annexe I et aux espèces de l’annexe II présents sur les sites, à l’exception de ceux dont la présence n’est pas significative selon le formulaire standard des données Natura 2000. Elles visent à maintenir ou à rétablir, dans un état favorable, les habitats naturels et les populations d’espèces de faune et de flore sauvages d’intérêt communautaire et elles tiennent compte des exigences économiques, sociales et culturelles, ainsi que des particularités régionales et locales.

2.3. QUEL DEVRAIT ÊTRE LE CONTENU DES «MESURES DE CONSERVATION NÉCESSAIRES»?

2.3.1. Fixation d’objectifs de conservation au niveau du site (22)

La notion d’«objectifs de conservation» est évoquée à plusieurs reprises dans les considérants de la directive et mentionnée de façon explicite à l’article 6, paragraphe 3. La nécessité d’un tel concept est également soulignée par l’article 4, paragraphe 4, et l’article 6, paragraphe 1, de la directive. Il est donc utile d’examiner ce qu’il faut entendre par «objectifs de conservation» ainsi que le lien entre cette notion et la fixation des mesures de conservation nécessaires pour les ZSC au titre de l’article 6, paragraphe 1.

L’article 1er dispose qu’aux fins de la directive, «on entend par conservation un ensemble de mesures requises pour maintenir ou rétablir les habitats naturels et les populations d’espèces de faune et de flore sauvages dans un état favorable».

Comme précisé à l’article 2, l’objectif général de la directive «Habitats» est de contribuer à assurer la biodiversité par la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages. Les mesures prises au titre de la directive visent à garantir que les espèces et types d’habitats couverts sont maintenus «dans un état de conservation favorable», c’est-à-dire que leur survie à long terme est assurée dans toute leur aire de répartition naturelle au sein de l’Union.

Bien que chaque site contribue à la réalisation d’un état de conservation favorable (ECF), cet objectif général ne peut être défini et atteint qu’au niveau de l’aire de répartition naturelle d’une espèce ou d’un type d’habitat [voir l’article 1er, points e) et i), de la directive]. Un objectif de conservation général visant à atteindre un ECF ne peut donc être pris en considération qu’à un niveau approprié, comme à l’échelon national, biogéographique ou européen.

Néanmoins, l’objectif général de réalisation d’un ECF pour tous les types d’habitats et toutes les espèces répertoriés aux annexes I et II de la directive «Habitats»doit être traduit dans des objectifs de conservation au niveau du site. Il convient d’opérer une distinction entre les objectifs de conservation de sites individuels et l’objectif général de réalisation d’un ECF.

Les objectifs de conservation au niveau du site sont un ensemble d’objectifs spécifiques à satisfaire dans un site afin de garantir que ce dernier contribue de la meilleure façon possible à la réalisation d’un ECF au niveau approprié (tenant compte de l’aire de répartition naturelle des espèces ou des types d’habitats respectifs).

Les objectifs de conservation au niveau du site ne devraient pas seulement être établis pour les zones spéciales de conservation (ZSC) au titre de la directive «Habitats», mais aussi pour les zones spéciales de protection (ZSP) au titre de la directive «Oiseaux», en vue de satisfaire les exigences établies aux articles 2, 3 et 4, paragraphes 1, 2 et 4, de ladite directive.

En principe, les objectifs de conservation au niveau du site devraient être définis pour toutes les espèces et tous les types d’habitats d’intérêt communautaire au titre de la directive «Habitats» ainsi que pour toutes les espèces d’oiseaux figurant à l’annexe I de la directive «Oiseaux» ou les espèces d’oiseaux migrateurs dont la venue est régulière, présentes de manière significative sur le site. Toutefois, il n’est pas nécessaire d’établir des objectifs de conservation spécifiques ni des mesures de conservation pour les espèces ou types d’habitats dont la présence sur le site n’est pas significative au sens du FSD Natura 2000 (23).

Les objectifs de conservation au niveau du site devraient être fondés sur les exigences écologiques de ces types d’habitats naturels et espèces présents sur le site (voir ci-après section 2.3.3) et définir leurs conditions de conservation souhaitée sur le site. Ils devraient en outre refléter l’importance du site pour le maintien ou le rétablissement des types d’habitats et des espèces présents sur le site ainsi que pour la cohérence de Natura 2000. Enfin, ils devraient refléter les menaces de dégradation ou de destruction auxquelles sont exposés les habitats et les espèces présents sur le site, y compris les menaces imputables aux changements climatiques.

Les objectifs de conservation au niveau du site devraient définir l’état de conservation souhaité des espèces et des types d’habitats présents sur le site afin d’optimiser leur contribution à la réalisation d’un ECF au niveau approprié. Ils sont parfois définis comme un ensemble d’objectifs à atteindre dans un délai donné. Ces objectifs devraient être établis en fonction de l’évaluation de la conservation de chaque espèce et type d’habitat sur le site telle que consignée dans le FSD.

Les objectifs de conservation peuvent refléter les priorités d’un site. Dans l’affaire C-241/08, la Cour a conclu que «la détermination des objectifs de conservation et de rétablissement dans le cadre de Natura 2000 peut exiger, ainsi que l’a relevé à juste titre Mme l’avocat général au point 71 de ses conclusions, la résolution de conflits entre divers objectifs».

Il est important de différencier clairement les objectifs des mesures. Par exemple, les objectifs de conservation sont censés être raisonnablement stables sur la durée; ils doivent d’ailleurs, dans la plupart des cas, être des objectifs à long terme. En revanche, les mesures de conservation requises pour atteindre ces objectifs sont susceptibles d’évoluer, notamment, en fonction des nouvelles menaces pesant sur les sites et, bien évidemment, des effets des mesures de conservation déjà prises, qu’il faut espérer positifs.

Une fois les objectifs de conservation définis pour un site Natura 2000, la définition et l’établissement des mesures de conservation admettent une certaine souplesse. Plusieurs options peuvent être envisagées (à partir d’un éventail de mesures réglementaires, administratives ou contractuelles), qui tiennent compte des autres activités socio-économiques dans les sites.

Exemples d’objectifs de conservation au niveau du site 1. Le site «x» a été désigné en raison de son importance pour le type d’habitat suivant: formations herbeuses semi-naturelles (6210). D’après le FSD, ce type d’habitat souffre d’un mauvais état de conservation (de classe C dans le FSD). L’objectif de conservation défini pour ce site pourrait donc être l’amélioration de l’état de conservation du type d’habitat en question jusqu’à la classe A (excellent) en 10 ans, sachant que cet état est très défavorable dans la région. Les mesures de conservation nécessaires établies au titre de l’article 6, paragraphe 1, ont été conçues pour atteindre cet objectif. 2. Le site «y» a été désigné car il abrite une grande zone de tourbières hautes actives (7110). D’après le FSD, ce type d’habitat est en excellent état (de classe A dans le FSD). L’objectif de conservation défini pour ce site consistait donc simplement à maintenir cet état, bien que ce type d’habitat souffre d’un état de conservation défavorable dans la région. Aucune mesure de conservation n’a été établie au titre de l’article 6, paragraphe 1, puisque le site ne requiert pas de mesures de gestion actives pour maintenir cet état. En principe, des objectifs de conservation devraient être définis pour chaque site et pour toutes les espèces et tous les types d’habitats présents de manière significative sur chaque site. Ces objectifs devraient être fondés sur les exigences écologiques des espèces et des habitats présents et définir l’état de conservation souhaité de ces espèces et types d’habitats sur le site. Ils devraient être établis en fonction de l’évaluation de l’état de conservation de chaque espèce et type d’habitat figurant dans le formulaire standard des données. Les objectifs de conservation devraient également refléter l’importance du site pour la cohérence du réseau Natura 2000, de sorte que chaque site contribue de la meilleure façon possible à atteindre un ECF à l’échelle géographique appropriée dans l’aire de répartition naturelle des espèces et types d’habitats concernés.

2.3.2. Établir les mesures de conservation nécessaires (24)

Les mesures de conservation sont les mécanismes et actions concrets à mettre en place dans un site Natura 2000 en vue d’atteindre les objectifs de conservation du site et de répondre aux pressions et menaces auxquelles les espèces et habitats du site sont confrontés.

Conformément à l’article 6, paragraphe 1, «les États membres établissent les mesures de conservation nécessaires» qui répondent aux exigences écologiques des habitats et espèces d’intérêt communautaire présents. Il convient d’entendre par là que toutes les mesures de conservation nécessaires doivent être prises .

Cette explication est confirmée par la Cour, qui a conclu que «la directive impose l’adoption de mesures de conservation nécessaires, ce qui exclut toute marge d’appréciation à cet égard dans le chef des États membres et limite les éventuelles facultés réglementaires ou décisionnelles des autorités nationales aux moyens à mettre en œuvre et aux choix techniques à opérer dans le cadre desdites mesures. Par les termes employés à l’article 6, paragraphe 1, de la directive, le législateur communautaire a voulu imposer aux États membres l’obligation de prendre les mesures de conservation nécessaires qui répondent aux exigences écologiques des types d’habitats naturels et des espèces visés, respectivement, aux annexes I et II de la directive» (affaire C-508/04, points 76 et 87).

En outre, la Cour a jugé que «l’article 6, paragraphe 1, de la directive “habitats” et l’article 4, paragraphes 1 et 2, de la directive “oiseaux”, sous peine d’être privés de tout effet utile, exigent non seulement l’adoption des mesures de conservation nécessaires au maintien d’un état de conservation favorable des habitats et des espèces protégés au sein du site concerné, mais également, et surtout, leur mise en œuvre effective» (affaire C-441/17, point 213).

L’obligation porte sur l’établissement des mesures de conservation nécessaires, que ces mesures soient appliquées ou non dans des sites donnés, voire, dans certains cas, au-delà des limites des sites ou sur plusieurs sites. Dans certains cas, la prise de mesures à portée plus large, contribuant néanmoins aux objectifs de conservation spécifiques au site et adaptées aux exigences écologiques des habitats et espèces protégés dans la ZSC, peut être une composante essentielle du respect de l’article 6, paragraphe 1, par un État membre. Ce cas de figure peut notamment concerner les sites marins où, par exemple, une réglementation plus générale des activités de pêche (25) peut contribuer de manière notable au respect de l’article 6, paragraphe 1.

Éléments essentiels à prendre en compte dans l’établissement des mesures de conservation nécessaires (26) Une base de connaissances solide sur les conditions existantes dans le site, l’état des espèces et habitats ainsi que les principales pressions et menaces qui peuvent peser sur ceux-ci, les utilisations existantes des sols et les intérêts des parties prenantes, etc. Ces informations devraient inclure l’emplacement précis des éléments naturels essentiels (types d’habitats et espèces); les principales utilisations du sol et activités susceptibles d’influer sur l’état de conservation des habitats et espèces concernés; l’identification de toutes les parties prenantes qu’il conviendra d’associer au processus de planification de la gestion ou de consulter lors dudit processus; les conflits potentiels et les moyens et façons possibles de les résoudre. La participation, la consultation et la communication lors de la planification et de la préparation de la gestion de la conservation d’un site Natura 2000 permet de tenir compte du point de vue des personnes qui habitent et travaillent sur le site ou qui l’utilisent et de garantir l’implication des différentes parties prenantes dans la gestion du site, de manière à accroître les chances de réussite. La participation peut être assurée tout au long du processus de planification de la gestion, en commençant par une consultation et une mobilisation précoces des acteurs afin de les informer des objectifs de conservation du site et de l’importance de celui-ci et de clarifier les étapes à franchir pour instaurer une bonne gestion. Cet objectif peut être atteint, par exemple, au moyen de groupes de pilotage ou de comités directeurs réunissant des autorités locales et des représentants des propriétaires et exploitants fonciers et des principaux opérateurs présents sur le site Natura 2000. Cela requiert une organisation efficace du processus, la collaboration des différents échelons politiques, un personnel et un budget suffisants ainsi que des outils de communication performants. Une formation ciblée et des méthodes de résolution des conflits efficaces, ainsi qu’une facilitation de l’intégralité du processus par un «défenseur du site» spécialement nommé, peuvent également apporter une forte valeur ajoutée. Le fait de définir les mesures de conservation nécessaires de façon suffisamment détaillée (qui fait quoi, quand et comment) facilite leur mise en application et peut permettre d’éviter d’éventuels conflits. Les mesures doivent être réalistes, quantifiées, gérables et clairement formulées et elles doivent s’appuyer sur un niveau approprié d’expertise technique capable de déterminer les mesures essentielles et celles pour lesquelles il existe une variété d’applications possibles pour s’adapter aux intérêts locaux. Une localisation précise des mesures et une description des moyens et outils requis pour leur mise en œuvre devraient être fournies, par exemple dans un programme de travail suffisamment souple pour pouvoir être révisé et adapté au besoin. Il est également important de fixer une échéance pour l’évaluation de l’application des mesures de conservation prises, de leur adéquation et des progrès accomplis dans la réalisation des objectifs de conservation. Les ressources nécessaires à l’application des mesures de conservation doivent être prises en compte dans tout instrument de gestion des sites Natura 2000, notamment les informations relatives aux coûts estimés pour la mise en œuvre et le suivi, l’administration, les indemnisations, etc. ainsi que celles relatives aux ressources et compétences humaines requises, et les instruments financiers envisageables. De même, il convient de tenir pleinement compte des nombreux avantages que revêtent les investissements dans Natura 2000, prenant la forme de services écosystémiques. Les nombreuses activités socioéconomiques et leurs interactions avec l’environnement naturel devraient également être analysées afin de déterminer les coûts et avantages susceptibles de découler de la gestion du site et les besoins réels en aides financières. Il convient d’assurer une mise en application et une communication efficaces au moyen d’un mécanisme démontrant que les mesures nécessaires n’ont pas seulement été instaurées mais sont effectivement appliquées, et en publiant ces mesures (par exemple, sur des sites web ou des registres officiels) afin d’en informer toutes les personnes concernées.

L’article 6, paragraphe 1, de la directive «Habitats» impose une obligation d’établir et de mettre en œuvre les mesures de conservation nécessaires qui répondent aux exigences écologiques des types d’habitats naturels de l’annexe I et des espèces de l’annexe II, ne laissant aucune latitude aux États membres à cet égard.

2.3.3. Les exigences écologiques

L’article 6, paragraphe 1, précise que les mesures de conservation nécessaires doivent répondre «aux exigences écologiques des types d’habitats naturels de l’annexe I et des espèces de l’annexe II présents sur les sites». C’est donc en lien avec les exigences écologiques des types d’habitats naturels et des espèces que les États membres doivent déterminer les mesures de conservation.

Bien que la directive ne contienne aucune définition des «exigences écologiques», l’objet et le contexte de l’article 6, paragraphe 1, indiquent que cette notion regroupe tous les besoins écologiques, y compris les facteurs abiotiques et biotiques, qui sont jugés nécessaires à la garantie de la conservation des types d’habitats et des espèces, notamment leurs liens avec l’environnement physique (air, eau, sol, végétation, etc.) (27).

Ces exigences sont fondées sur des connaissances scientifiques et ne peuvent être définies qu’au cas par cas, selon les types d’habitats naturels de l’annexe I, les espèces de l’annexe II et les sites qui les abritent. De telles connaissances sont essentielles à la définition des mesures de conservation au cas par cas.

Les exigences écologiques peuvent varier d’une espèce à l’autre mais également, pour une même espèce, d’un site à l’autre. Par exemple, les exigences écologiques des chauves-souris incluses à l’annexe II de la directive diffèrent selon qu’il s’agit de leur période d’hibernation (lorsqu’elles se reposent dans un environnement souterrain, dans des arbres creux ou dans des habitations) ou de leur période active, à partir du printemps (lorsqu’elles quittent leurs quartiers d’hiver et reprennent leurs activités de chasse aux insectes). Concernant l’espèce amphibienne Triturus cristatus répertoriée à l’annexe II, les exigences écologiques varient pendant son cycle de vie. Cette espèce hiberne dans le sol (dans des cavités ou des fissures), puis pond ses œufs au printemps et au début de l’été dans des étangs. Elle quitte ensuite le milieu aquatique et vit sur la terre pendant l’été et l’automne. Pour une même espèce, les exigences écologiques peuvent donc varier selon les sites concernés (aquatiques ou terrestres). Cette espèce est également présente sur un vaste territoire qui s’étend sur toute l’Europe, ce qui signifie que ses exigences écologiques peuvent aussi varier d’un endroit à un autre.

La détermination des exigences écologiques des types d’habitats naturels de l’annexe I et des espèces de l’annexe II présents dans les sites relève de la responsabilité des États membres. Ces derniers sont d’ailleurs invités à échanger leurs connaissances dans ce domaine, avec le soutien de la Commission européenne et du centre thématique européen sur la diversité biologique de l’Agence européenne pour l’environnement.

Les mesures de conservation doivent répondre aux exigences écologiques des types d’habitats naturels de l’annexe I et des espèces de l’annexe II présents sur le site. Les exigences écologiques de ces types d’habitats naturels et espèces englobent tous les besoins écologiques jugés nécessaires à la garantie de la conservation des types d’habitats et des espèces. Elles ne peuvent être définies qu’au cas par cas et sur la base de connaissances scientifiques.

2.4. QUELLE FORME LES MESURES DE CONSERVATION NÉCESSAIRES PEUVENT-ELLES PRENDRE?

Les mesures de conservation peuvent prendre la forme de «mesures réglementaires, administratives ou contractuelles appropriées» et, «le cas échéant», celle de «plans de gestion appropriés».

Le choix en est laissé aux États membres, conformément au principe de subsidiarité. La directive fixe les résultats à atteindre et laisse les États membres libres d’arrêter les modalités pratiques pour y arriver. Souvent, une combinaison des différentes options indiquées à l’article 6, paragraphe 1, est appliquée à la gestion des sites Natura 2000.

Dans tous les cas, il importe que les responsabilités pour ce qui est de la mise en œuvre des mesures de conservation et les ressources financières correspondantes soient clairement définies.

2.4.1. Plans de gestion

Les mesures de conservation nécessaires peuvent comporter «le cas échéant, des plans de gestion appropriés spécifiques aux sites ou intégrés dans d’autres plans d’aménagement». De tels plans de gestion devraient porter sur toutes les activités existantes, notamment les activités régulières comme les activités agricoles quotidiennes, tandis que les nouveaux plans et projets sont traités selon l’article 6, paragraphes 3 et 4.

En règle générale, les plans de gestion au niveau du site sont utilisés pour formuler les objectifs de conservation du site, d’après une analyse de l’état de conservation des espèces et habitats présents et des pressions et menaces rencontrées, ainsi que les mesures nécessaires à la réalisation de ces objectifs. Les plans de gestion sont souvent utilisés comme outil pour guider les gestionnaires et autres parties prenantes de la conservation des sites Natura 2000, et pour associer les différents acteurs socioéconomiques ainsi que les autorités, notamment les collectivités locales, les propriétaires terriens, les agriculteurs, les pêcheurs et d’autres groupes d’intérêt, à la mise en œuvre des mesures de conservation nécessaires qui ont été définies.

Les plans de gestion constituent un moyen utile de garantir la mise en œuvre claire et transparente des dispositions de l’article 6, paragraphe 1, car ils permettent à toutes les parties prenantes d’être informées des objectifs de Natura 2000 et de participer activement au débat. Les plans de gestion peuvent également permettre de mieux cerner les besoins de financement liés aux mesures et favoriser leur intégration dans d’autres plans.

L’expression «le cas échéant» indique que les plans de gestion ne sont pas toujours nécessaires. Si un État membre choisit d’appliquer un plan de gestion, il est souvent préférable de l’établir avant d’exécuter les autres mesures mentionnées à l’article 6, paragraphe 1, en particulier les mesures contractuelles. Les mesures contractuelles supposent souvent un lien entre les autorités compétentes et les propriétaires terriens individuels et se limitent aux propriétés foncières, dont les dimensions sont normalement inférieures à celles du site. Dans ce cas, un plan de gestion axé sur le site offre un cadre plus large et son contenu constitue un point de départ utile pour arrêter les modalités spécifiques des mesures contractuelles.

Les plans de gestion doivent être «appropriés» et «spécifiques aux sites», c’est-à-dire axés sur les sites du réseau Natura 2000. Les plans de gestion existants pour d’autres catégories de zones protégées (par exemple, les parcs nationaux ou naturels, etc.) ne sont pas toujours suffisants pour traiter tous les aspects de la gestion des sites Natura 2000 et devraient donc être adaptés ou appuyés par d’autres mesures pour satisfaire les objectifs de conservation spécifiques des espèces et types d’habitats d’intérêt communautaire présents sur le site. En outre, les délimitations d’autres types de zones protégées peuvent ne pas coïncider avec celles des sites Natura 2000.

Les plans de gestion peuvent être des documents autonomes ou être «intégrés dans d’autres plans d’aménagement», conformément au principe d’intégration de l’environnement dans les autres politiques de l’Union. Dans le cas d’un plan intégré, il est important de veiller à définir des mesures et des objectifs de conservation clairs pour les habitats et espèces concernés sur ce site.

Les plans de gestion des sites Natura 2000 constituent un outil utile pour garantir la mise en œuvre des dispositions de l’article 6, paragraphe 1, de façon claire et transparente et la participation des parties prenantes. Ces plans ne sont pas toujours nécessaires mais, si les États membres décident d’y avoir recours, ils doivent être spécifiques aux sites ou intégrés dans d’autres plans d’aménagement, le cas échéant. Ces plans concernent toutes les activités connues, les plans et projets nouveaux étant quant à eux soumis à l’article 6, paragraphes 3 et 4.

2.4.2. Mesures réglementaires, administratives ou contractuelles.

L’expression «le cas échéant» fait uniquement référence aux plans de gestion et non aux mesures réglementaires, administratives ou contractuelles, qui doivent être arrêtées dans tous les cas de figure (affaire C-508/04, point 71). Par conséquent, même si un État membre juge inutile d’élaborer un plan de gestion, il devra malgré tout prendre de telles mesures.

La distinction entre ces trois catégories de mesures est à prendre au sens large. Il existe un grand nombre de mesures susceptibles de permettre d’atteindre les objectifs de conservation établis pour chaque site. Ces mesures exigent souvent une gestion active même si, dans certains cas, il peut s’agir de mesures préventives plus passives (par exemple dans le cadre d’une gestion par non-intervention). En outre, il ne s’agit pas nécessairement de nouvelles mesures, étant donné que des mesures existantes peuvent être jugées suffisantes si elles sont appropriées.

— Les mesures réglementaires suivent généralement un modèle établi par la loi et peuvent poser des exigences spécifiques concernant les activités susceptibles d’être autorisées, limitées ou interdites sur le site.

— Les mesures administratives peuvent établir des dispositions pertinentes en rapport avec la mise en œuvre de mesures de conservation ou l’autorisation d’autres activités sur le site.

— Les mesures contractuelles consistent en la conclusion de contrats ou d’accords, généralement entre les autorités de gestion et les propriétaires ou les utilisateurs des terres du site.

Les mesures agroenvironnementales ou sylvo-environnementales sont un bon exemple de mesures contractuelles tenant compte des exigences socioéconomiques dans le cadre de la conclusion d’accords profitant aux sites Natura 2000. Elles devraient être définies en conformité avec les mesures de conservation établies pour le site et en vue d’atteindre les objectifs de conservation de celui-ci. — Les accords agroenvironnementaux conclus avec des agriculteurs dans le cadre des programmes de développement rural peuvent être utilisés en tant que mesures contractuelles afin de maintenir ou d’améliorer l’état de conservation de certains types d’habitats (comme les prés et les pâturages) et de certaines espèces sur un éventail de sites. — Les mesures sylvo-environnementales peuvent également servir à la conclusion de contrats et d’accords de gestion forestière avec des propriétaires forestiers qui soient favorables à la conservation des habitats et espèces.

À cet égard, tous les Fonds européens adaptés [comme les Fonds régionaux et de développement rural ou le programme LIFE (28)] devraient être envisagés comme des moyens pour mettre en œuvre ces mesures (29).

Les États membres sont libres de choisir entre des mesures réglementaires, administratives ou contractuelles. Cette approche est conforme au principe de subsidiarité. Les États membres sont toutefois tenus de choisir au moins un type de mesures (réglementaires, administratives ou contractuelles),

sachant qu’il n’y a pas de hiérarchie entre ces trois catégories. Les États membres sont donc libres d’avoir recours, sur un site Natura 2000, à une seule catégorie de mesures (par exemple uniquement des mesures contractuelles) ou à plusieurs types de mesures (par exemple une combinaison de mesures réglementaires et contractuelles, en fonction des problèmes de conservation rencontrés par les types d’habitat naturel de l’annexe I et les espèces de l’annexe II présents sur le site). En plus des mesures obligatoires retenues, les États membres peuvent établir et appliquer des plans de gestion.

Les trois catégories de mesures sont qualifiées d’«appropriées». La directive ne définit pas ce terme. Cependant, dans le cas de l’article 6, paragraphe 1, les mesures réglementaires, administratives ou contractuelles sont incluses dans la notion de mesures de conservation. Le qualificatif «appropriées» n’a d’autre but que de rappeler que, quel que soit le type de mesure choisi par les États membres, ceux-ci sont tenus de garantir que la mesure répond aux exigences écologiques des éléments cibles des sites Natura 2000 concernés et de respecter l’objectif général de la directive défini à l’article 2, paragraphes 1 et 2.

Pour les ZSC, les États membres sont tenus d’établir et de mettre en œuvre des mesures réglementaires, administratives ou contractuelles appropriées. Ils doivent a) répondre aux exigences écologiques des habitats de l’annexe I et des espèces de l’annexe II présents sur les sites, et b) satisfaire à l’objectif général de la directive, qui consiste à maintenir ou rétablir les habitats naturels et les espèces de faune et de flore d’intérêt communautaire dans un état de conservation favorable.

3. ARTICLE 6, PARAGRAPHE 2

Clarification des notions de «prise de mesures de prévention appropriées», de «détérioration», et de «perturbations»

3.1. TEXTE

«Les États membres prennent les mesures appropriées pour éviter, dans les zones spéciales de conservation, la détérioration des habitats naturels et des habitats d’espèces ainsi que les perturbations touchant les espèces pour lesquelles les zones ont été désignées, pour autant que ces perturbations soient susceptibles d’avoir un effet significatif eu égard aux objectifs de la présente directive.»

3.2. CHAMP D’APPLICATION

L’article repose sur le principe de prévention:«Les États membres prennent les mesures appropriées pour éviter, dans les zones spéciales de conservation, la détérioration […] ainsi que les perturbations […]».

Ces mesures vont au-delà des mesures de gestion nécessaires à la conservation puisque ces dernières sont déjà couvertes par l’article 6, paragraphe 1. Les termes «éviter» et «susceptibles d’avoir un effet significatif» soulignent la nature anticipative des mesures à prendre. Il n’est pas acceptable d’attendre que des détériorations ou des perturbations se soient produites pour prendre des mesures (affaire C-418/04 — voir également la section 4.4.1 du présent document concernant l’interprétation de l’expression «susceptible de» à l’article 6, paragraphe 3).

Il convient d’interpréter cet article en ce sens qu’il impose aux États membres de prendre toutes les mesures appropriées pour éviter que des détériorations ou des perturbations significatives ne se produisent. Cet article vise à éviter aussi bien la détérioration des habitats naturels et des habitats d’espèces due à l’homme que leur détérioration naturelle et prévisible.

Le champ d’application du paragraphe 2 de l’article 6 est plus large que celui des paragraphes 3 et 4 du même article, qui ne s’appliquent qu’aux plans et projets. Ce paragraphe s’applique également à toutes les activités réalisées sur le site, comme l’agriculture, la pêche ou la gestion de l’eau, qui ne rentrent pas nécessairement dans le champ d’application de l’article 6, paragraphe 3 (30), tout comme les plans et projets autorisés par le passé et dont il se révèle par la suite qu’ils sont de nature à entraîner une détérioration ou des perturbations (31). Il peut également s’appliquer à l’exécution de plans ou projets qui avaient été autorisés avant que l’article 6, paragraphe 3 ne devienne applicable (C-399/14, point 33).

L’article 6, paragraphe 2:

— s’applique à titre permanent aux ZSC, aux SIC et aux ZSP. Il peut porter sur des activités ou événements passés, présents ou futurs. Si une activité existant déjà dans une ZSC ou une ZSP est susceptible de provoquer la détérioration des habitats naturels ou la perturbation des espèces pour lesquels la zone a été désignée, elle doit faire l’objet des mesures appropriées prévues respectivement à l’article 6, paragraphe 2, de la directive «Habitats» et à l’article 4, paragraphe 4, de la directive «Oiseaux», le cas échéant. Cela pourrait nécessiter, s’il y a lieu, de mettre un terme à l’effet négatif en interrompant l’activité et/ou en prenant des mesures d’atténuation ou de rétablissement. Cela peut être fait au moyen d’une évaluation ex post. Ce point est étayé par l’arrêt Owenduff (C-117/00, points 28 à 30) (32) dans lequel la Cour a jugé que l’article 6, paragraphe 2, n’avait pas été observé, en raison de la non-adoption de mesures destinées à empêcher la détérioration dans une ZSP des habitats d’espèces pour lesquels ladite ZSP avait été désignée. La Cour a en outre précisé qu’un État membre, en prévoyant de manière générale que certaines activités pratiquées dans les conditions et sur les territoires autorisés par les lois et règlements en vigueur ne constituaient pas des activités perturbantes ou ayant de tels effets, avait manqué aux obligations qui lui incombaient en vertu de l’article 6, paragraphe 2, de la directive «Habitats» (affaire C-241/08, point 76);

— ne se limite pas aux actes intentionnels et pourrait également couvrir des aléas de tout type (incendie, inondation, etc.), pour autant qu’ils soient prévisibles [par exemple, s’ils ont tendance à se produire à intervalles réguliers de quelques années (33)]. Dans le cas des catastrophes naturelles, la seule obligation consiste à prendre des mesures de précaution (relatives) pour réduire le risque que de telles catastrophes surviennent, dans la mesure où elles risqueraient de compromettre la réalisation de l’objectif de la directive; — ne se limite pas aux activités humaines. Dans l’affaire C-6/04, point 34, la Cour a estimé que «pour la mise en œuvre de l’article 6, paragraphe 2, de la directive habitats, il peut être nécessaire de prendre tant des mesures destinées à obvier aux atteintes et aux perturbations externes causées par l’homme que des mesures visant à enrayer des évolutions naturelles susceptibles de détériorer l’état de conservation des espèces et des habitats naturels dans les ZSC». Par exemple, s’agissant d’une succession naturelle ou des effets du changement climatique, des mesures devraient être prises pour enrayer ou contrer ce processus si l’on considère qu’il peut avoir une incidence négative sur les espèces et les types d’habitats pour lesquels le site a été désigné. En conséquence, les situations naturellement dynamiques ainsi que les modifications liées au changement climatique (par exemple, la montée du niveau de la mer, la disparition ou l’apparition d’espèces) devraient être évaluées au cas par cas (34).

Le législateur a prévu certaines limites à la responsabilité des États membres:

— Limite territoriale: les mesures ciblent uniquement les espèces et habitats situés «dans les zones spéciales de conservation». Cependant, il peut s’avérer nécessaire d’appliquer des mesures en dehors d’une ZSC si des événements extérieurs sont susceptibles d’avoir une incidence sur les espèces et les habitats présents dans cette zone. Par exemple, en cas de déversement toxique susceptible d’affecter une zone humide, l’application de l’article 6, paragraphe 2, exigerait la prise de toutes les mesures préventives possibles pour éviter le déversement, même si celui-ci est éloigné de la zone humide. En effet, l’article ne dispose pas que les mesures doivent être prises dans la ZSC, mais qu’elles devraient éviter toute détérioration dans la ZSC. La même logique s’applique aux ZSP.

— Limite quant aux habitats et espèces concernés: les mesures appropriées concernent uniquement les habitats et espèces «pour lesquels les zones ont été désignées». En particulier, les habitats et espèces concernés par les mesures à prendre sont ceux indiqués dans les formulaires standards des données Natura 2000 (voir sections 2.2 et 4.6.3). L’objectif n’est donc pas de prendre des mesures de protection générales, mais plutôt de prendre des mesures centrées sur les espèces et habitats ayant justifié la sélection du site (c’est-à-dire ceux dont le FSD indique qu’ils sont significativement présents et qui sont mentionnés dans l’acte de désignation). Les perturbations et/ou détériorations seront alors déterminées en fonction des informations communiquées par les États membres et utilisées pour garantir la cohérence du réseau Natura 2000 pour les espèces et habitats concernés.

Les États membres sont tenus de prendre des mesures préventives pour éviter les détériorations et les perturbations liées à un événement, une activité ou un processus prévisibles. Ces mesures s’appliquent à toutes les espèces et à tous les habitats pour lesquels les sites ont été désignés et devraient également s’appliquer, s’il y a lieu, en dehors des sites.

3.3. QUE SIGNIFIE «PRENNENT LES MESURES APPROPRIÉES POUR ÉVITER…»?

L’article 6, paragraphe 2, exige des États membres qu’ils «prennent les mesures appropriées pour éviter…». La Cour a clarifié dans plusieurs de ses arrêts le type de régime de protection juridique devant être mis en place aux fins de l’article 6, paragraphe 2, de la directive «Habitats». Dans ces arrêts, elle insiste en particulier sur la nécessité d’un régime juridique spécifique, cohérent et complet, garantissant la gestion durable et la protection efficace des sites concernés (C-293/07, points 26 à 29) (35).

La Cour a également constaté des infractions dans des cas où le régime existant était «trop général et ne [concernait] spécifiquement ni la ZPS litigieuse, ni les espèces y vivant» (C-166/04, point 15), où les mesures ne pouvaient jouer «qu’après que les activités en question ont déjà commencé et donc après que les éventuelles détériorations se sont déjà produites» (C-418/04 point 208), ou encore dans des cas où des ZPS ont été soumises à des «régimes juridiques hétérogènes [qui] ne confèrent pas aux ZPS concernées une protection suffisante» (C-293/07, point 26).

Dans certains cas, le simple fait d’engager des poursuites pénales contre la partie responsable ou de lui infliger des amendes pour la détérioration/les perturbations causées peut être insuffisant pour considérer qu’un État membre satisfait à l’article 6, paragraphe 2 (C-504/14, points 55 et 56).

D’après la Cour, «les termes “mesures appropriées” contenus à l’article 6, paragraphe 2, de la directive “habitats” impliquent que les États membres jouissent d’une marge d’appréciation lors de l’application de cette disposition. Il convient toutefois de rappeler qu’une activité n’est conforme à l’article 6, paragraphe 2, de la directive “habitats” que s’il est garanti qu’elle n’engendre aucune perturbation susceptible d’affecter de manière significative les objectifs de cette directive, en particulier les objectifs de conservation poursuivis par celle-ci» (arrêt Commission/Espagne, C-404/09, point 126 et jurisprudence citée). La Cour a ensuite indiqué que «si un examen a posteriori, sur la base de l’article 6, paragraphe 2, de la directive “habitats”, devait s’avérer, en l’occurrence, comme une “mesure appropriée” au sens de cette disposition, cet examen doit définir de façon détaillée quels risques de détérioration ou de perturbations susceptibles d’avoir un effet significatif au sens de ladite disposition entraîne l’exécution du plan ou du projet concerné et être effectué conformément aux exigences de l’article 6, paragraphe 3, de cette directive» (C-399/14, points 40, 41 et 54).

Le régime juridique instauré au titre de l’article 6, paragraphe 2, doit être spécifique, cohérent, complet et à même de garantir la protection effective des sites concernés. Les États membres jouissent d’une marge d’appréciation dans le choix des modalités de mise en œuvre l’article 6, paragraphe 2, pour autant que tout risque de détérioration ou de perturbation soit exclu. S’il est nécessaire de procéder à la révision d’un plan ou d’un projet pour satisfaire aux dispositions de l’article 6, paragraphe 2, cette révision doit être réalisée conformément aux dispositions de l’article 6, paragraphe 3.

3.4. LA MISE EN ŒUVRE DIFFÈRE-T-ELLE SELON QUE L’ON A AFFAIRE À UNE DÉTÉRIORATION OU À DES PERTURBATIONS?

En ce qui concerne les perturbations des espèces, l’article 6, paragraphe 2, précise que des mesures appropriées doivent être prises pour les éviter «pour autant que ces perturbations soient susceptibles d’avoir un effet significatif eu égard aux objectifs de la présente directive».

Lesdites perturbations doivent revêtir de l’importance pour (avoir une incidence sur) l’état de conservation des espèces eu égard aux objectifs de la directive. C’est donc au regard de ces objectifs que l’État membre doit déterminer si les perturbations sont significatives ou non.

Cependant, sur le plan de la détérioration des habitats (qui concerne tant les habitats naturels que les habitats d’espèces), l’effet eu égard aux objectifs de la directive n’est pas mentionné de façon explicite dans le texte de l’article 6, paragraphe 2. Il est simplement indiqué que la détérioration des habitats doit être évitée.

Il peut sembler difficile d’évaluer une détérioration en termes absolus, sans disposer de valeurs limites mesurables pour référence. Toutefois, le fait de lier la détérioration aux objectifs de conservation au niveau du site, qui contribuent à atteindre les objectifs de la directive, peut permettre d’interpréter les limites de ce qui constitue une détérioration (voir section 3.5.1).

L’article 6, paragraphes 2 et 3, de la directive «Habitats» doit être interprété comme un ensemble cohérent et vise à garantir un même niveau de protection des types d’habitats et des habitats d’espèces (C-258/11, point 32; C-521/12, point 19; C-387 et C-388). Par conséquent, l’évaluation de la détérioration, si elle s’avère nécessaire, devrait suivre des critères et méthodes similaires à ceux utilisés pour la mise en œuvre de l’article 6, paragraphe 3 (voir également C-399/14, point 54).

L’état de conservation d’un type d’habitat ou de l’habitat d’une espèce présent dans un site peut être évalué en le comparant à son état de conservation dans le formulaire standard des données Natura 2000, à condition que ce dernier soit à jour.

Dans chaque site, l’état de conservation doit refléter la nature dynamique des habitats et espèces concernés.

Les perturbations touchant une espèce doivent être évitées dans la mesure où elles risquent d’avoir un effet significatif eu égard aux objectifs de la directive. À l’inverse, la détérioration d’un habitat naturel ou de l’habitat d’une espèce n’est pas qualifiée à l’aune de son caractère significatif pour les objectifs de la directive, mais doit purement et simplement être évitée. Les détériorations et les perturbations devraient être évaluées à la lumière des objectifs de conservation du site et de l’état de conservation des espèces et des types d’habitats présents dans le site en utilisant les mêmes critères que dans la procédure visée à l’article 6, paragraphe 3. Cette notion devrait être interprétée de manière dynamique, en tenant compte de l’évolution de l’état de conservation de l’habitat ou de l’espèce présents dans chaque site.

3.5. INDICATEURS DE DÉTÉRIORATION ET DE PERTURBATION

Les États membres doivent prendre des mesures de protection appropriées pour maintenir les caractéristiques écologiques des sites Natura 2000 dès l’instant où ces derniers sont proposés comme sites d’intérêt communautaire.

La Cour a confirmé ce point dans l’arrêt Bund (C-244/05, point 45): «Il importe de rappeler que, conformément à l’annexe III, étape 1, de la directive, les caractéristiques écologiques d’un site identifié par les autorités compétentes nationales reflètent les critères d’évaluation qui y sont énoncés, à savoir le degré de représentativité du type d’habitat, sa superficie, sa structure et ses fonctions, la taille et la densité de la population des espèces présentes sur le site, les éléments de l’habitat importants pour les espèces concernées, le degré d’isolement des populations d’espèces présentes sur le site ainsi que la valeur du site pour la conservation du type d’habitat et des espèces concernées.»

Il faut donc empêcher que les caractéristiques écologiques du site se détériorent par rapport à leur niveau au moment de la désignation du site. Dans les cas où un meilleur état écologique a pu être atteint, cet état devrait tenir lieu de référence. De façon générale, sur un site donné, les perturbations ou la détérioration sont évaluées au cas par cas, au moyen d’indicateurs (voir ci-dessous) reflétant l’importance de leur changement de valeur (36).

3.5.1. Détérioration des types d’habitats et des habitats d’espèces

Une détérioration se définit comme toute forme de dégradation touchant un habitat. L’État membre doit tenir compte de tous les éléments influençant l’environnement dans lequel se trouvent les habitats (espace, eau, air, sols). Si ces influences contribuent à aggraver les paramètres de conservation de l’habitat, une détérioration peut être réputée avoir eu lieu.

Il convient de rappeler que l’exigence d’éviter une détérioration s’applique non seulement aux types d’habitats répertoriés à l’annexe I de la directive «Habitats» pour lesquels le site a été désigné, mais également aux habitats d’espèces répertoriés à l’annexe II de la directive «Habitats» et à l’annexe I de la directive «Oiseaux», ainsi qu’aux habitats des espèces migratrices couverts par l’article 4, paragraphe 2, de la directive «Oiseaux», pour lesquels le site a été désigné.

Pour évaluer cette détérioration, il convient de se reporter aux objectifs de conservation et aux caractéristiques écologiques du site ayant justifié sa sélection en tant que SIC (conformément aux critères de sélection de l’annexe III de la directive) ou en tant que ZPS.

Ces caractéristiques écologiques pour les types d’habitats sont consignées dans le FSD au moyen des paramètres suivants (37):

— Le degré de représentativité du type d’habitat, qui permet de déterminer dans quelle mesure un type d’habitat est «typique». Il convient de se reporter au manuel d’interprétation des types d’habitats fourni à l’annexe I (38) puisque ce manuel définit chaque type d’habitat et indique les espèces caractéristiques ainsi que d’autres éléments importants. Tout événement, activité ou processus faisant perdre au type d’habitat sa représentativité devrait être évalué comme étant une détérioration.

— La superficie de l’habitat dans le site et sa surface relative par rapport à la superficie totale couverte par le type d’habitat sur le territoire national. Tout événement, activité ou processus contribuant à la réduction de la superficie, dans le site, du type d’habitat ou de l’habitat de l’espèce pour lequel ce site a été désigné devrait être considéré comme une détérioration.

— Le degré de conservation de la structure et des fonctions du type d’habitat naturel concerné et ses possibilités de restauration.

Des considérations analogues peuvent s’appliquer aux habitats d’espèces, par exemple les zones humides pour les oiseaux. Toute atteinte à l’un de ces facteurs, qui sont nécessaires au maintien à long terme des habitats et des habitats des espèces, peut être considérée comme une détérioration. À titre d’exemple, une détérioration peut être liée non seulement à la réduction physique de la superficie couverte par l’habitat, mais aussi à une diminution de sa qualité en tant qu’aire de reproduction, d’alimentation, de repos ou de transit pour les espèces.

Les fonctions nécessaires au maintien à long terme dépendent évidemment de l’habitat concerné. Dans la mesure où ils sont tenus par l’article 6, paragraphe 1, de prendre des mesures «qui répondent aux exigences écologiques des types d’habitats […] de l’annexe I et des espèces de l’annexe II», il importe que les États membres connaissent ces exigences (au moyen d’études, de collectes de données, etc.).

Il y a détérioration des habitats lorsque la superficie couverte par le type d’habitat ou l’habitat de l’espèce dans ce site est réduite, ou lorsque la structure et les fonctions spécifiques nécessaires au maintien à long terme de cet habitat ou de l’état des espèces associées à cet habitat sont réduites par rapport à leur état initial ou rétabli. Cette évaluation est réalisée au regard des objectifs de conservation du site et de sa contribution à la cohérence du réseau.

3.5.2. Perturbations des espèces

À la différence des détériorations, les perturbations ne touchent pas directement l’état physique d’un site; elles concernent les espèces et peuvent être limitées dans le temps (nuisances sonores, source de lumière, etc.). L’intensité, la durée et la fréquence de répétition des perturbations sont donc d’importants paramètres.

Pour évaluer si une perturbation est significative au regard des objectifs de la directive, il convient de se référer à la définition d’un état de conservation favorable d’une espèce donnée à l’article 1er, point i), en se basant sur les facteurs suivants:

— «Les données relatives à la dynamique des populations de l’espèce en question indiquent que cette espèce continue et est susceptible de continuer à long terme à constituer un élément viable des habitats naturels auxquels elle appartient.» Tout événement, activité ou processus contribuant au déclin à long terme de la population de l’espèce sur le site peut être considéré comme une perturbation significative.

— «L’ aire de répartition naturelle de l’espèce ne diminue ni ne risque de diminuer dans un avenir prévisible.» Tout événement, activité ou processus contribuant à la diminution ou à un risque de diminution de l’aire de répartition de l’espèce dans le site peut être considéré comme une perturbation significative.

— «Il existe et il continuera probablement d’exister un habitat suffisamment étendu pour que ses populations se maintiennent à long terme.» Tout événement, activité ou processus contribuant à la réduction de la taille de l’habitat disponible pour l’espèce peut être considéré comme une perturbation significative.

À cet égard, les effets tels que le bruit, les vibrations et l’isolement des sous-populations d’une espèce sont susceptibles de provoquer des perturbations significatives pour cette espèce En conséquence, un État membre qui omet de prendre les mesures appropriées pour empêcher de telles perturbations manque aux obligations qui lui incombent en vertu de l’article 6, paragraphe 2, de la directive «Habitats» (affaire C-404/09).

Plusieurs facteurs tels que l’intensité, la fréquence et la durée des perturbations peuvent être pris en compte pour déterminer l’importance de ces dernières, qui peut varier d’une espèce à une autre et selon différents moments et états (par exemple, en fonction des ressources alimentaires ou de la présence de suffisamment d’aires non perturbées à proximité).

Les perturbations touchant une espèce sur un site sont provoquées par des événements, des activités ou des processus qui contribuent, dans ce site, à un déclin à long terme de la population de l’espèce, à une réduction ou à un risque de réduction de son aire de répartition et à une diminution de son habitat disponible. Cette évaluation est réalisée au regard des objectifs de conservation du site et de sa contribution à la cohérence du réseau.

4. ARTICLE 6, PARAGRAPHE 3

Clarification des notions de «plan ou projet», de susceptibilité «d’affecter de manière significative», d’«évaluation appropriée», d’«objectifs de conservation» du site, d’effets cumulatifs, d’«autorités compétentes», d’«avis du public» et d’«intégrité du site»

4.1. TEXTE

«Tout plan ou projet non directement lié ou nécessaire à la gestion du site mais susceptible d’affecter ce site de manière significative, individuellement ou en conjugaison avec d’autres plans et projets, fait l’objet d’une évaluation appropriée de ses incidences sur le site eu égard aux objectifs de conservation de ce site. Compte tenu des conclusions de l’évaluation des incidences sur le site et sous réserve des dispositions du paragraphe 4, les autorités nationales compétentes ne marquent leur accord sur ce plan ou projet qu’après s’être assurées qu’il ne portera pas atteinte à l’intégrité du site concerné et après avoir pris, le cas échéant, l’avis du public.»

4.2. CHAMP D’APPLICATION

Concernant l’objet et le contexte, le rôle des troisième et quatrième paragraphes de l’article 6 doit être examiné en lien avec le rôle des premier et deuxième paragraphes dudit article (ou, dans le cadre des ZSP, avec celui de l’article 3 et de l’article 4, paragraphes 1 et 2, de la directive «Oiseaux»). En particulier, il est important de rappeler que même s’il est établi qu’une initiative ou une activité ne relève pas de l’article 6, paragraphe 3, il n’en restera pas moins nécessaire d’assurer sa conformité aux autres dispositions précitées.

Il convient de noter que des activités contribuant aux objectifs de conservation du site ou compatibles avec ceux-ci (par exemple, des pratiques agricoles traditionnelles favorables à des types d’habitats et des espèces particuliers) peuvent déjà relever de l’article 6, paragraphes 1 et 2. Les dispositions de l’article 6, paragraphes 3 et 4, définissent une forme de régime d’autorisation, établissant les circonstances dans lesquelles les plans et projets susceptibles d’affecter de manière significative les sites Natura 2000 peuvent être ou non autorisés. Elles garantissent ainsi que les exigences économiques et d’autres exigences de nature autre qu’écologique peuvent être pleinement considérées à la lumière des objectifs de conservation du site.

L’article 6, paragraphe 3, définit une procédure étape par étape d’évaluation des plans et projets (39).

a) La première partie de cette procédure constitue une étape de pré-évaluation (sélection ou screening) visant à déterminer si, premièrement, le plan ou le projet est directement lié ou nécessaire à la gestion du site et, deuxièmement, s’il est susceptible d’avoir des effets significatifs sur le site; cette partie est régie par l’article 6, paragraphe 3, première phrase.

b) La deuxième partie de la procédure, régie par l’article 6, paragraphe 3, deuxième phrase, recouvre l’évaluation appropriée et la décision des autorités nationales compétentes.

La procédure comprend une troisième partie (régie par l’article 6, paragraphe 4) qui entre en jeu lorsque, malgré une évaluation négative, il est proposé de ne pas rejeter le plan ou le projet, mais plutôt de l’étudier plus en détail. Dans ce cas, l’article 6, paragraphe 4, permet de déroger à l’article 6, paragraphe 3, sous certaines conditions.

L’applicabilité de la procédure et l’étendue de son application dépendent de différents facteurs et, dans l’enchaînement des étapes, chaque étape est influencée par l’étape qui la précède. L’ordre de succession des étapes est par conséquent essentiel à la bonne application de l’article 6, paragraphe 3.

Concernant la portée géographique, les dispositions de l’article 6, paragraphe 3, ne se limitent pas aux plans et projets intéressant exclusivement un site protégé; elles ciblent également les plans et projets situés en dehors du site, mais susceptibles d’affecter ce dernier de manière significative, quelle que soit la distance qui les sépare du site en question (affaires C-98/03, point 51, et C-418/04, points 232 et 233).

En outre, la Cour a déclaré que l’article 6, paragraphe 3, de la directive «Habitats» n’excluait pas une mesure de protection nationale plus stricte pouvant, par exemple, décréter une interdiction absolue d’un certain type d’activité, sans aucune exigence d’évaluation préalable des incidences environnementales du projet ou du plan individuel sur le site Natura 2000 concerné (C-2/10, points 39 à 75).

L’article 6, paragraphe 3, définit une procédure étape par étape d’évaluation des plans et projets pouvant affecter de manière significative un site Natura 2000. Les activités ne rentrant pas dans le champ d’application de l’article 6, paragraphe 3, devront néanmoins être compatibles avec les dispositions de l’article 6, paragraphe 1 (ou, dans le cadre des ZSP, avec les dispositions des articles 3 et 4, paragraphes 1 et 2, de la directive «Oiseaux») et de l’article 6, paragraphe 2, de la directive «Habitats».

4.3. LIEN ENTRE L’ARTICLE 6, PARAGRAPHE 2, ET L’ARTICLE 6, PARAGRAPHE 3

Les paragraphes 2 et 3 de l’article 6 visent tous les deux à prévenir les effets négatifs sur un site. Dans le cas de l’article 6, paragraphe 2, le but est d’éviter «la détérioration […] et les perturbations significatives». Dans le cas de l’article 6, paragraphe 3, il s’agit d’éviter l’autorisation de plans et projets qui pourraient porter «atteinte à l’intégrité du site». Les objectifs poursuivis sont donc globalement les mêmes. Néanmoins, il convient de rappeler que les dispositions de l’article 6, paragraphe 2, s’appliquent au site de façon permanente, tandis que les dispositions de l’article 6, paragraphe 3, n’entrent en jeu que si un plan ou un projet susceptible d’affecter le site de manière significative est proposé. Ces deux paragraphes visant le même objectif général, on peut conclure en toute logique que tout plan ou projet approuvé conformément à l’article 6, paragraphe 3, est également conforme aux dispositions de l’article 6, paragraphe 2, à moins qu’il ne soit ultérieurement démontré que ledit plan ou projet est susceptible de détériorer l’habitat et/ou de perturber les espèces pour lesquels le site a été désigné.

Cette conclusion a été confirmée par la Cour (affaire C-127/02, points 35 à 37): «Le fait qu’un plan ou un projet a été autorisé selon la procédure prévue à l’article 6, paragraphe 3, de la directive habitats rend superflue, s’agissant de l’intervention sur le site protégé visée par ledit plan ou projet, une application concomitante de la norme de protection générale visée au paragraphe 2 du même article. En effet, l’autorisation d’un plan ou d’un projet, accordée en vertu de l’article 6, paragraphe 3, de la directive habitats, suppose nécessairement qu’il a été considéré comme n’étant pas de nature à porter atteinte à l’intégrité du site concerné et, par voie de conséquence, comme n’étant pas non plus propre à entraîner des détériorations ou des perturbations significatives au sens du paragraphe 2 dudit article.

Néanmoins, il ne saurait être exclu que, par la suite, un tel plan ou projet se révèle, même en l’absence de toute erreur imputable aux autorités nationales compétentes, de nature à entraîner de telles détériorations ou perturbations. Dans ces conditions, l’application de l’article 6, paragraphe 2, de la directive habitats permet de répondre à l’objectif essentiel de la préservation et de la protection de la qualité de l’environnement, y compris de la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages, tel qu’énoncé au premier considérant de cette même directive.»

Par ailleurs, quand un plan ou un projet a été autorisé sans se conformer aux dispositions de l’article 6, paragraphe 3, une infraction à l’article 6, paragraphe 2, pourra être constatée s’il est établi que ce plan ou projet détériore un habitat ou perturbe les espèces pour lesquels le site en question a été désigné (C-304/05, C-388/05, C-404/09 et C-141/14).

Cela vaut également pour tous les projets et activités qui ont été autorisés avant l’inclusion des sites dans la liste des SIC ou leur classification comme ZPS et qui ne sont pas soumis à l’obligation d’évaluation de leur incidence sur les types d’habitats et les espèces au titre de l’article 6, paragraphe 3, mais dont les effets sont susceptibles de porter atteinte à l’intégrité de ces sites. L’article 6, paragraphes 2 et 3, de la directive «Habitats» doit être interprété comme un ensemble cohérent et vise à garantir un même niveau de protection des habitats naturels et des habitats d’espèces (C-258/11, C-521/12, C-399/14, C-387 et C-388/15).

Par conséquent, lorsqu’un examen a posteriori des incidences d’un plan ou projet sur le site concerné doit être effectué sur la base de l’article 6, paragraphe 2, cet examen doit être mené conformément aux exigences de l’article 6, paragraphe 3 (affaire C-399/14, point 54).

L’article 6, paragraphe 3, ne s’applique pas aux actions dont l’exécution était soumise à une autorisation, mais qui ont été menées sans autorisation et donc illégalement. Toutefois, ces actions peuvent avoir des conséquences qui contreviennent à l’article 6, paragraphe 2, et l’État membre est alors tenu d’agir conformément à la disposition en question (affaire C-504/14).

4.4. QUE FAUT-IL ENTENDRE PAR «PLAN OU PROJET NON DIRECTEMENT LIÉ OU NÉCESSAIRE À LA GESTION DU SITE»?

Dans la mesure où la directive «Habitats» ne définit pas les termes «plan» ou «projet», il convient de prendre dûment en considération les principes généraux d’interprétation, notamment le principe selon lequel une disposition isolée du droit de l’Union doit être interprétée sur la base de sa formulation et de son objectif mais aussi du contexte dans lequel elle s’inscrit.

Deux arguments plaident en faveur d’une interprétation large des termes «plan» ou «projet»:

— premièrement, la directive ne circonscrit pas la portée des termes «plan» ou «projet» par référence à des catégories bien définies. Le seul véritable critère est que ces plans ou projets soient susceptibles d’affecter un site de manière significative;

— deuxièmement, le maintien de l’applicabilité de l’article 6, paragraphe 2, aux activités exclues du champ d’application de l’article 6, paragraphes 3 et 4, a pour corollaire que, plus la définition des termes «plan» et «projet» est restrictive, et plus les moyens d’évaluer un intérêt pour la conservation par rapport à un intérêt préjudiciable non lié à la conservation (et donc de garantir la bonne application de l’article 6, paragraphe 2, c’est-à-dire éviter la détérioration et les perturbations) risquent d’être limités.

4.4.1. Projet

Les arguments en faveur d’une définition large du terme «projet» sont renforcés, par analogie, si l’on se réfère à la directive 2011/92/UE concernant l’évaluation des incidences de certains projets publics et privés sur l’environnement (40) (ci-après la «directive EIE»). Ladite directive s’applique dans un contexte similaire et fixe des règles pour l’évaluation des projets susceptibles d’avoir des incidences notables sur l’environnement. Conformément à l’article 1er, paragraphe 2, de la directive EIE, on entend par «projet»:

«— la réalisation de travaux de construction ou d’autres installations ou ouvrages, — d’autres interventions dans le milieu naturel ou le paysage, y compris celles destinées à l’exploitation des ressources du sol».

Il s’agit d’une définition très large (C-72/95, Kraaijeveld, points 30 et 31) qui ne se limite pas aux constructions physiques, mais couvre également d’autres interventions dans le milieu naturel, y compris des activités régulières destinées à l’exploitation de ressources naturelles (41). Par exemple, cette définition peut recouvrir une forte intensification de l’agriculture qui menace d’endommager ou de détruire le caractère semi-naturel d’un site (42).

La Cour a rendu plusieurs arrêts relatifs au type d’interventions nécessitant l’application de l’article 6, paragraphe 3.

Dans le cadre de l’affaire Waddenzee (C-127/02, points 25 à 29), elle a précisé que les activités pratiquées périodiquement depuis de nombreuses années sur le site concerné, mais pour lesquelles une licence est octroyée chaque année pour une période limitée, chaque licence impliquant une nouvel