2009
EFFICACITÉ DES DÉPENSES 
RELEVANT D’ACTIONS STRUCTURELLES CONCERNANT DES PROJETS DE TRAITEMENT 
DES EAUX RÉSIDUAIRES  POUR LES PÉRIODES 
DE PROGRAMMATION 19941999 ET 20002006COUR DES COMPTES 
EUROPÉENNE
Rapport spécial   no 3LES EAUX RÉSIDUAIRES ET LES BOUES D’ÉPURATION PROVENANT DES 
AGGLOMÉRATIONS URBAINES PEUVENT AFFECTER LA QUALITÉ DES EAUX DES LACS, RIVIÈRES ET EAUX CÔTIÈRES DE L ’EUROPE, AINSI QUE CELLE DE SES SOLS ET DE SES EAUX SOUTERRAINES. AUSSI L ’UNION EUROPÉENNE ATELLE ADOPTÉ UN ENSEMBLE DE DIRECTIVES ET COFINANCÉ LA CONSTRUCTION DE STATIONS DE TRAITEMENT DES EAUX URBAINES RÉSIDUAIRES. DANS LE PRÉSENT RAPPORT, LA COUR ANALYSE SI LE NIVEAU DE PERFORMANCE EN MATIÈRE DE TRAITEMENT 
DES EAUX RÉSIDUAIRES DES STATIONS D’ÉPURATION COFINANCÉES 
PAR L ’UE S’AVÈRE SATISFAISANT, ET SI LES BOUES PRODUITES PAR LES 
STATIONS DE TRAITEMENT SONT UTILISÉES DE MANIÈRE APPROPRIÉE. 
LE RÔLE DE LA COMMISSION Y FAIT ÉGALEMENT L ’OBJET D’UN EXAMEN.
COUR DES COMPTES EUROPÉENNE
FR
QJ-AB-09-003-FR-C
ISBN 978-92-9207-252-0
ISSN 18310850
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EFFICACITÉ DES DÉPENSES 
RELEVANT D’ACTIONS STRUCTURELLES CONCERNANT DES PROJETS DE TRAITEMENT DES EAUX RÉSIDUAIRES POUR LES PÉRIODES DE PROGRAMMATION 19941999 ET 20002006Rapport spécial no 3   2009
COUR DES COMPTES EUROPÉENNE(présenté en vertu de l’article 248, paragraphe 4, deuxième alinéa, du traité CE)
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Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-20062
COUR DES COMPTES EUROPÉENNE
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LUXEMBOURG
Tél. +352 4398-45410
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Rapport spécial no 3   2009
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Luxembourg: Office des publications officielles des Communautés européennes, 2009
ISBN 978-92-9207-252-0© Communautés européennes, 2009
Reproduction autorisée, moyennant mention de la source
Printed in Belgium
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TABLE DES MATIÈRES
Points
 GLOSSAIRE
IX SYNTHÈSE
114  INTRODUCTION
14  CADRE ENVIRONNEMENTAL
513  GOUVERNANCE ET COFINANCEMENT DE L’UNION EUROPÉENNE
14 TAUX DE COUVERTURE DES AGGLOMÉRATIONS EN MATIÈRE D’ÉPURATION DES EAUX RÉSIDUAIRES
1519  ÉTENDUE ET APPROCHE DE L’AUDIT
2056  OBSERVATIONS
2028    LE NIVEAU DE PERFORMANCE EN MATIÈRE DE TRAITEMENT DES EAUX
RÉSIDUAIRES DES STATIONS D’ÉPURATION COFINANCÉES PAR L’UE
ESTIL SATISFAISANT?
2021 CONTEXTE
22 LA PLUPART DES STATIONS D’ÉPURATION ÉTAIENT EXPLOITÉES À LEUR JUSTE CAPACITÉ…
23  … MAIS UN CERTAIN NOMBRE D’ENTRE ELLES FONCTIONNAIENT LARGEMENT EN DEÇÀ DE LEUR CAPACITÉ…
24  … ET UNE STATION PRÉSENTAIT UNE CAPACITÉ INSUFFISANTE
2526 LA PLUPART DES STATIONS D’ÉPURATION ONT PRODUIT UN EFFLUENT CONFORME AUX EXIGENCES COMMUNAUTAIRES
2728  CONTRÔLE DE LA QUALITÉ DE L’EFFLUENT: LES DONNÉES CONCERNANT LES PERFORMANCES 
SONT GÉNÉRALEMENT ACCEPTABLES, MAIS DES AMÉLIORATIONS PEUVENT ÊTRE APPORTÉES
2938  LES BOUES PRODUITES PAR LES STATIONS DE TRAITEMENT SONTELLES UTILISÉES DE MANIÈRE APPROPRIÉE?
2930 CONTEXTE
3133  DEUX TIERS DES STATIONS D’ÉPURATION AUDITÉES ÉLIMINAIENT LES BOUES D’ÉPURATION 
CONFORMÉMENT AUX PRATIQUES RECOMMANDÉES PAR L’UNION EUROPÉENNE
34  RÉSULTATS SATISFAISANTS EN CE QUI CONCERNE LES EXIGENCES FORMULÉES PAR LA DIRECTIVE 
RELATIVE AUX BOUES D’ÉPURATION
3536 FAUTIL REVOIR LA DIRECTIVE?
3738  CONTRÔLE DE L’ÉLIMINATION DES BOUES: CERTAINES AMÉLIORATIONS PEUVENT ÊTRE APPORTÉES 
AU NIVEAU DES STATIONS EN ACTIVITÉ ET DES ORGANISMES DE CONTRÔLE DES ÉTATS MEMBRES
3956  LA COMMISSION JOUETELLE SON RÔLE?
3940 CONTEXTE
4145 IMPÉRATIF DE COHÉRENCE EN MATIÈRE D’EXAMEN DES PROJETS
4648 NÉCESSITÉ D’ASSURER UN MEILLEUR SUIVI DES RÉSULTATS
4956 UN PLUS GRAND RESPECT DES PRINCIPES ENVIRONNEMENTAUX DE L’UNION EUROPÉENNE EST NÉCESSAIRE
5766  CONCLUSIONS ET RECOMMANDATIONS
5860  TRAITEMENT DES EAUX RÉSIDUAIRES
6163  TRAITEMENT ET ÉLIMINATION DES BOUES D’ÉPURATION
6466  EFFICACITÉ DU RÔLE DE LA COMMISSION
 ANNEXE  ENVIRONNEMENT DU TRAITEMENT DES EAUX URBAINES RÉSIDUAIRES
 RÉPONSES DE LA COMMISSION
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GLOSSAIRE
Actions structurelles : Dans le présent rapport, elles désignent les interventions du Fonds 
européen de développement régional (FEDER) et du Fonds de cohésion.
Agglomération : Zone où la population et/ou les activités économiques sont suffisamment 
concentrées pour que les eaux urbaines résiduaires soient collectées et acheminées à une station d’épuration des eaux urbaines résiduaires ou à un point de déversement final.
Autocontrôles : Contrôles réalisés régulièrement par un exploitant dans le cadre du fonc-
tionnement quotidien d’une station d’épuration des eaux urbaines résiduaires et destinés à surveiller la qualité des eaux déversées et la composition des boues d’épuration.
Bassin hydrographique : Toute zone dans laquelle toutes les eaux de ruissellement conver-
gent à travers un réseau de rivières, fleuves et éventuellement de lacs vers la mer, dans laquelle elles se déversent par une seule embouchure, estuaire ou delta.
Contrôles indépendants : Contrôles réalisés par des organismes indépendants (au niveau 
des pays, de la région et des bassins hydrographiques) destinés à surveiller la qualité des eaux déversées et la composition des boues d’épuration et des sols aux endroits où elles sont rejetées.
Directive-cadre dans le domaine de l’eau : Directive 2000/60/CE du Parlement européen 
et du Conseil du 23 octobre 2000 établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l’eau (JO L 327 du 22.12.2000, p. 1).
Directive relative aux boues d’épuration : Directive 86/278/CEE du Conseil du 12 juin 1986 
relative à la protection de l’environnement et notamment des sols, lors de l’utilisation des boues d’épuration en agriculture (JO L 181 du 4.7.1986, p. 6).
Directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires : Directive 91/271/CEE du 
Conseil du 21 mai 1991 relative au traitement des eaux urbaines résiduaires (JO L 135 du 30.5.1991, p. 40).
Efficacité : Mesure de la relation entre les résultats obtenus et les objectifs fixés.
Effluent ou eaux déversées : Les eaux usées traitées déversées dans les eaux réceptrices 
des bassins fluviaux.
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Équivalent habitant (EH) : Unité de mesure exprimant la charge de pollution des eaux 
usées en termes de nombre de personnes «équivalentes» capables de créer une quantité de déchets ayant le même potentiel de pollution. Un EH correspond à la charge de pollution 
d’eaux usées générée par habitant.
Eutrophisation : Enrichissement de l’eau en éléments nutritifs, notamment des composés de 
l’azote et/ou du phosphore, provoquant un développement accéléré des algues qui entraîne l’appauvrissement de la teneur en oxygène de l’eau et la disparition des plantes aquatiques, poissons et autres organismes aquatiques indigènes.
Fonds de cohésion : Instrument financier destiné à renforcer la cohésion économique et 
sociale en finançant des projets dans les domaines de l’environnement et des transports dans les États membres dont le produit national brut (PNB) par habitant est inférieur à 90 % de la moyenne communautaire. Au départ, le Fonds de cohésion a été mis en œuvre en Espagne, en Grèce, en Irlande et au Portugal. Depuis le 1
er janvier 2004, l’Irlande n’est plus 
éligible au Fonds de cohésion.
Fonds européen de développement régional (FEDER) : Instrument financier destiné à pro-
mouvoir la cohésion économique et sociale entre les régions de l’Union européenne (UE). 
Les interventions du FEDER sont généralement mises en œuvre au moyen de programmes 
opérationnels intégrant de nombreux projets. 
Période de programmation : Cadre pluriannuel dans lequel les dépenses des Fonds struc-
turels et du Fonds de cohésion sont planifiées et mises en œuvre.
Principe de précaution : Le principe de précaution veut que, si une mesure ou une politique 
est susceptible de causer un préjudice grave ou irréversible au public ou à l’environnement, la charge de la preuve incombe à ceux qui préconisent la prise de la mesure en l’absence d’un consensus scientifique sur le fait qu’un dommage ne se produira pas. Dans certains systèmes juridiques, tels que le droit de l’Union européenne, le principe de précaution est également un principe de droit général et obligatoire.
Programme opérationnel : Document approuvé par la Commission qui prend la forme 
d’un ensemble cohérent d’axes prioritaires composés de mesures pluriannuelles. Pour la réalisation de ces priorités, il peut être fait appel à un ou à plusieurs Fonds structurels, ou encore à d’autres instruments financiers existants, ainsi qu’à la Banque européenne d’investissement.
Station d’épuration des eaux urbaines résiduaires : Infrastructure offrant un ensemble de 
traitements visant à réduire le niveau de pollution des eaux urbaines résiduaires reçues d’une agglomération à un niveau acceptable avant de les déverser dans les eaux réceptrices.
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Traitement primaire : Phase mécanique comprenant la séparation initiale des grosses par-
ticules de boue des eaux usées.
Traitement secondaire : Phase biologique comprenant le traitement des eaux usées afin 
d’éliminer les polluants organiques biodégradables.
Traitement tertiaire : Phase biochimique, appliquée, le cas échéant, afin de réduire les 
niveaux de concentration des nutriments dans les eaux usées traitées avant leur déversement dans des eaux réceptrices exposées à un risque d’eutrophisation.
Zones normales : Masse d’eau ou section de masse d’eau non exposée au risque d’eu-
trophisation.
Zone sensible : Masse d’eau ou section de masse d’eau exposée au risque d’eutrophisation. 
L’identification précise des zones sensibles est essentielle, car elle dicte le type de traitement 
des eaux résiduaires qui doit être mis en place pour réduire les éléments responsables de l’eutrophisation. L’azote et/ou le phosphore doivent être éliminés des zones sensibles.
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RÉPONSES 
DE LA COMMISSION
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SYNTHÈSE
I. 
Les eaux résiduaires et les boues d’épura-
tion provenant des agglomérations urbai-nes peuvent affecter la qualité des eaux  des lacs, rivières, eaux côtières de l’Europe, 
ainsi que celle de ses sols et de ses eaux  souterraines. Aussi l’Union européenne  
a-t-elle adopté un ensemble de directives  et cofinancé la construction de stations de traitement des eaux urbaines résiduaires par 
l’intermédiaire du Fonds de cohésion et du 
FEDER. Ces mesures ont permis d’améliorer considérablement le taux de couverture de la population des agglomérations urbaines 
desservie par un système de traitement des 
eaux usées.
II. 
L’audit de la Cour a été centré sur les sta-
tions d’épuration financées par le Fonds de cohésion et le FEDER pour les périodes de  programmation 1994-1999 et 2000-2006 en Espagne, en Grèce, en Irlande et au Portu-gal, qui ont représenté la majeure partie des dépenses dans ce domaine. Les conclusions présentées dans le présent rapport sont fon-dées sur l’examen des systèmes de gestion 
et de contrôle au niveau de la Commission, 
ainsi que sur une évaluation de la perfor-
mance de 73 stations d’épuration. En outre, 
l’audit a également porté sur l’élimination 
des boues d’épuration résultant en tant que sous-produit du traitement des eaux usées, 
ainsi que sur le rôle de la Commission dans 
le domaine des eaux usées.
III. 
En conclusion, la Cour estime que les actions structurelles ont, de manière générale,  
contribué à améliorer le traitement des eaux usées dans les quatre États membres ayant fait l’objet de l’audit.
IV. 
Globalement, la performance des stations  de traitement cofinancées par les actions  
structurelles était satisfaisante. Toutefois,  il s’est avéré que certaines de ces stations 
fonctionnaient en deçà de leurs capacités et 
que, dans une minorité de cas, les exigen-ces de l’UE quant à la qualité de l’effluent  
n’étaient pas satisfaites.
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RÉPONSES 
DE LA COMMISSION
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V. 
La Cour estime qu’il faudrait veiller davan-
tage à ce que les stations de traitement  soient raccordées de façon appropriée au  réseau d’assainissement et à ce que les eaux 
usées industrielles reçues par les stations  aient fait l’objet du prétraitement requis.
VI. 
S’agissant des boues d’épuration, la Cour  
estime que la majorité des stations d’épu-
ration cofinancées dans les quatre États  membres contrôlés rejettent leurs boues  
d’épuration conformément aux méthodes  
de réutilisation préconisées par l’UE; toute-
fois, dans une minorité de cas, des métho-des moins durables, sans réutilisation, sont 
appliquées. En outre, la Cour a constaté que 
certains aspects du contrôle de l’élimination 
des boues pourraient être améliorés.
VII. 
Étant donné que la directive relative aux  boues d’épuration actuellement en vigueur date de 1986, elle ne tient pas compte des progrès enregistrés dans ce domaine depuis lors. Toute révision de la directive devrait  tenir compte de tous les coûts et avantages des nouvelles mesures proposées et de leur 
incidence potentielle sur d’autres politiques 
communautaires.
VIII. 
S’agissant du rôle de la Commission, la Cour 
estime qu’elle pourrait faire preuve d’une  
plus grande cohérence dans son examen des 
demandes d’aides, lequel serait facilité par 
l’élaboration de lignes directrices internes 
et de listes de contrôle à utiliser dans le  cadre du processus d’évaluation.SYNTHÈSE
IX. 
En outre, la Cour a constaté que, lors de  
son examen des rapports finals et avant  tout paiement du solde de l’aide, la Com-mission devrait mieux contrôler les résultats 
obtenus. Des mesures de suivi appropriées devraient être prises lorsque les informa-
tions exigées ne sont pas communiquées ou lorsque les résultats escomptés ne sont pas 
atteints.
X. 
Enfin, la Cour estime que le maintien d’un  bon état écologique des masses d’eau exige 
que l’accent soit davantage mis sur les prin-
cipes du pollueur-payeur et de réduction de la pollution à la source établis par l’UE en  matière d’environnement.
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1 Article 174 de la version 
consolidée du traité instituant 
la Communauté européenne 
(JO C 325 du 24.12.2002, p. 1). 
2 Directive 91/271/CEE du Conseil. 
3 Article 14 de la directive 
91/271/CEE. 
4 Directive 86/278/CEE du Conseil. 
5 Directive 2000/60/CE du 
Parlement européen et du Conseil. INTRODUCTION
CADRE ENVIRONNEMENTAL
 1.  Le traité CE stipule que la Communauté contribue à la préservation, à la 
protection et à l’amélioration de la qualité de l’environnement, en se 
fondant sur les principes de précaution et d’action préventive, sur le 
principe de la correction à la source et sur le principe du pollueur-payeur
1.
 2.  Les eaux urbaines résiduaires des agglomérations et les boues d’épura-
tion peuvent affecter la qualité des eaux des lacs, des rivières et des eaux côtières de l’Europe, ainsi que celle de ses sols et de ses eaux souterraines. Les principaux instruments législatifs de l’UE dans ce domaine sont les suivants:
la directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires a) 2, 
exigeant des États membres qu’ils veillent à ce qu’au plus tard le 31 décembre 2000 ou le 31 décembre 2005, selon leur taille, toutes les agglomérations soient équipées de systèmes de collecte des eaux urbaines résiduaires, et à ce que ces dernières fassent l’objet 
d’un traitement secondaire et d’un traitement tertiaire dans le cas 
des zones sensibles. Le traitement approprié des eaux urbaines 
résiduaires vise à contrôler et à réduire à des niveaux accepta-
bles les polluants organiques et inorganiques, notamment ceux pouvant provoquer une eutrophisation des masses d’eau proches 
ou une intoxication des baigneurs qui fréquentent ces eaux; la  
directive prévoit également la réutilisation des boues provenant de l’épuration des eaux résiduaires
3;
la directive relative aux boues d’épuration b) 4, qui impose des règles 
relatives à l’échantillonnage et à l’analyse des boues et des sols et fixe des limites en ce qui concerne les concentrations et les quanti-tés maximales annuelles de métaux lourds pouvant être introduits dans les sols. La directive vise à réglementer et à encourager une 
utilisation des boues d’épuration en agriculture de telle manière 
que les effets nocifs pour les sols, la végétation, les animaux ou l’homme soient évités;
la directive-cadre dans le domaine de l’eau c) 
5, qui s’attache à la  
sauvegarde et au contrôle de la qualité des eaux des bassins  
hydrographiques et de leurs écosystèmes. Cette directive impo-
sait l’établissement de systèmes de classification et d’un réseau 
de contrôle pour 2006, la publication de plans de gestion des  
bassins hydrographiques en 2009 et, d’une manière générale, la réalisation des objectifs environnementaux pour 2015.
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6 Décision n° 1600/2002/CE
du Parlement européen et 
du Conseil du 22 juillet 2002 
établissant le sixième programme d’action communautaire pour 
l’environnement (JO L 242 du 
10.9.2002, p. 1). 
7 L’article 5 de la version 
consolidée du traité instituant 
la Communauté européenne 
dispose que: «[La Communauté 
n’intervient...] que si et dans la 
mesure où les objectifs de l’action 
envisagée ne peuvent pas être 
réalisés de manière suffisante par les États membres et peuvent 
donc, en raison des dimensions ou 
des effets de l’action envisagée, 
être mieux réalisés au niveau 
communautaire».  3.  Un bref aperçu du processus de traitement des eaux usées et d’élimina-
tion des boues est donné dans un schéma intitulé «Environnement 
du traitement des eaux urbaines résiduaires» et accompagné d’un  texte explicatif en annexe.
 4.  Selon le «Sixième programme d’action communautaire pour l’environne-
ment»6, la gestion des eaux résiduaires est une priorité de l’UE pour 
la période 2002-2012.
GOUVERNANCE ET COFINANCEMENT 
DE L’UNION EUROPÉENNE
 5.  La protection de l’environnement étant un domaine de gestion partagée 
entre les États membres et la Communauté, toute mesure communau-taire devrait être prise conformément au principe de subsidiarité
7.
 6.  Les directives en matière d’environnement sont applicables dans toute 
l’Union. La conformité avec leurs dispositions peut exiger des projets d’investissement qui varient en fonction du niveau d’épuration des eaux résiduaires requis par la situation environnementale des masses 
d’eau dans lesquelles l’effluent est déversé et du type d’équipement nécessaire (stations de pompage, séchoirs de boues, etc.). Le coût de 
ces investissements peut varier entre moins de 10 millions d’euros 
pour une petite agglomération et plus de 200 millions d’euros pour un grand centre urbain, le coût par habitant diminuant avec la taille 
de la station grâce aux économies d’échelle (voir encadré 1 ).
EXEMPLES DE PROJETS COFINANCÉS AYANT FAIT L’OBJET D’UN CONTRÔLE 
PAR LA COUR
En Espagne, un projet a été coﬁ  nancé par le Fonds de cohésion pour desservir quatre villages représentant une 
population de 10 000 habitants. Il comprenait une station d’épuration des eaux urbaines résiduaires assurant un 
niveau d’épuration secondaire et tertiaire, 18 kilomètres de canalisations et six stations de pompage. Le coût du 
projet était de 5,5 millions d’euros et le concours octroyé par l’UE s’élevait à 4,3 millions d’euros.
Au Portugal, le coût d’une nouvelle station d’épuration coﬁ  nancée par le Fonds de cohésion s’est élevé à 22,8 millions 
d’euros. Cette station, destinée à desservir une population de 250 000 habitants, assurant un niveau de traitement secondaire et la désinfection de l’eau, a bénéﬁ  cié d’un concours de l’UE d’un montant de 19,4 millions d’euros. 
En Grèce, le Fonds de cohésion a coﬁ  nancé la modernisation substantielle d’une station d’épuration desservant 
une ville de 3,7 millions d’habitants, permettant le passage d’un traitement primaire à un traitement tertiaire. 
Le coût du projet était de 202,2 millions d’euros et le concours octroyé par l’UE s’élevait à 135,0 millions d’euros.ENCADRÉ 1
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 7.  Les coûts de construction des stations d’épuration sont éligibles à l’aide 
octroyée dans le cadre des actions structurelles. Dans les régions rele-
vant de l’objectif n° 1, le taux de l’aide peut atteindre 85 %8. Le soutien 
financier accordé par l’UE s’est élevé à 10,6 milliards d’euros pour  la période de programmation 2000-2006
9, plus de 50 % des crédits 
ayant été attribués à quatre États membres (Espagne, Grèce, Irlande 
et Portugal). Un montant de 13,9 milliards d’euros est alloué pour la 
période de programmation 2007-2013; sur ce montant, 9,1 milliards 
d’euros seront affectés aux 12 nouveaux États membres de l’UE.
 8.  Deux directions générales de la Commission européenne jouent un rôle 
important dans l’approbation et le suivi des projets de traitement  des eaux résiduaires et des boues d’épuration, à savoir la direction générale de l’environnement (DG ENV) et celle de la politique régio-nale (DG REGIO).
 9.  La direction générale de l’environnement est responsable de la politique 
environnementale de l’Union européenne dans le domaine du traite-ment des eaux résiduaires. Elle a pour tâche d’assurer le suivi de la performance des stations d’épuration en ce qui concerne la qualité 
des eaux déversées et l’évacuation des boues et, le cas échéant, éga-
lement d’engager des procédures d’infraction.
 10.  La direction générale de la politique régionale est responsable de l’exé-
cution du budget de l’Union européenne dans le domaine de la poli-tique régionale, par le biais de la gestion partagée avec les États  membres. Les stations d’épuration sont cofinancées dans le cadre de cette politique, au moyen de deux instruments financiers, à savoir le Fonds de cohésion et le FEDER
10.
 11.  La Commission examine toutes les demandes présentées par les États 
membres concernant les projets du Fonds de cohésion et les grands projets du FEDER
11, afin de s’assurer qu’elles ont été correctement  
établies et qu’elles sont conformes aux directives européennes. La 
Commission fournit des orientations destinées à aider les États mem-
bres à présenter leurs demandes d’aide dans son guide du Fonds de 
cohésion 2000-2006. Le rôle de la direction générale de la politique 
régionale consiste à évaluer la qualité des différents projets qui doi-vent être financés, le cas échéant en consultant les autres directions générales (notamment la direction générale de l’environnement).8 L’objectif n° 1 visait à promouvoir 
le développement et l’ajustement 
structurel des régions en retard de 
développement par rapport à la moyenne (PIB par habitant inférieur à 
75 % de la moyenne communautaire). 
Deux tiers des interventions des 
Fonds structurels ont eu trait à des 
projets relevant de l’objectif n° 1, qui a concerné près de 20 % de la 
population totale de l’Union. Pour 
la période de programmation 2000-
2006, le taux d’aide maximal dans ces 
régions est de 75 % pour les projets du 
FEDER et de 85 % pour ceux du Fonds 
de cohésion. 
9  Les informations pour la période 
de programmation 1994-1999 ne 
peuvent être obtenues auprès de 
la Commission, puisque, pour cette 
période, les données relatives au 
FEDER n’étaient disponibles qu’au niveau des États membres. 
10 Le cofinancement de stations 
d’épuration a également été approuvé 
pour les pays candidats dans le 
cadre de l’Instrument structurel de 
préadhésion (ISPA). Ces projets ont 
été transformés en projets relevant 
du Fonds de cohésion au moment de 
l’adhésion. 
11 Pour la période de programmation 
1994-1999, les «grands projets» 
étaient «ceux dont le coût total pris 
en considération pour déterminer 
l’importance du concours 
communautaire excède, en règle générale, 25 millions d’écus pour les 
investissements en infrastructure 
et 15 millions d’écus pour les 
investissements productifs». Pour la 
période de programmation 2000-2006, les «grands projets» étaient «ceux 
dont le coût total pris en considération 
pour déterminer la participation des 
Fonds excède 50 millions d’euros». 
Pour la période de programmation 
2007-2013, le seuil applicable aux 
projets en matière d’environnement a 
été fixé à 25 millions d’euros. 
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Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200613
 12.  La décision de cofinancement d’un projet établit le montant alloué et les 
conditions à remplir. Une fois les projets du Fonds de cohésion ache-
vés, le bénéficiaire doit, afin d’obtenir le solde de l’aide, présenter un rapport final contenant une description du travail réalisé et une 
première évaluation quant à l’obtention des résultats escomptés
12. 
S’agissant des grands projets du FEDER, la réglementation n’impose 
pas l’établissement de rapports finaux spécifiques; toutefois, les rap-
ports relatifs aux programmes opérationnels impliquant des projets 
importants doivent comporter un chapitre fournissant, séparément, 
des informations à leur sujet.
 13.  S’agissant des autres projets du FEDER, le rôle de la Commission se limite 
à évaluer et à approuver les programmes opérationnels, et non les 
projets individuels.
TAUX DE COUVERTURE DES AGGLOMÉRATIONS 
EN MATIÈRE D’ÉPURATION DES EAUX RÉSIDUAIRES
 14.  En partie en raison de l’entrée en vigueur de la directive relative au traite-
ment des eaux urbaines résiduaires et du soutien financier important13 
de l’UE, le taux de couverture de la population des agglomérations urbaines desservie par des systèmes de traitement secondaire et ter-tiaire des eaux résiduaires (voir définition en annexe ) a connu une 
hausse sensible. Cette amélioration est particulièrement perceptible dans les quatre États membres qui ont bénéficié de plus de 50 % des dépenses de l’UE pour la mise en œuvre de systèmes de traitement des eaux urbaines résiduaires au cours de la période de programmation 2000-2006 ( tableaux  1 et 2).12 Règlement (CE) n° 1164/94 du 
Conseil du 16 mai 1994 instituant 
le Fonds de cohésion (JO L 130 
du 25.5.1994, p. 1), modifié par le règlement (CE) n° 1265/1999 
(JO L 161 du 26.6.1999, p. 62). 
13 Dans les quatre États membres 
ayant fait l’objet d’un contrôle, plus de 50 % des ressources 
financières nécessaires à la mise 
en œuvre du traitement des eaux 
urbaines résiduaires sont fournies 
par l’UE. 
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Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200614
ÉVOLUTION DU POURCENTAGE DE LA POPULATION DES AGGLOMÉRATIONS 
URBAINES DESSERVIE PAR UNE STATION D’ÉPURATION ASSURANT UN TRAITEMENT SECONDAIRE
État membreDébut de la période 
de programmation 1994-1999Fin de la période 
de programmation 2000-2006
Irlande120 % (1994) 87 % (2006)
Espagne241 % (1995) 77 % (2005)
Portugal332 % (1994) 80 % (2006)
Grèce4< 20 % (1994) 85 % (2005)
1 Agence pour la protection de l’environnement (APE) — Office of Environmental 
Enforcement, Urban Waste Water Discharges in Ireland — Reports for the Years 
2002-2003 and 2004-2005.  Les chiffres de 2006 ont été communiqués par le Department 
of Environment, Heritage and Local Government.
2 S’agissant des données de 1995, il s’agit d’un rapport établi conformément à l’article 16 de 
la directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires, transmis par l’Espagne à la Commission (octobre 2004); pour celles de 2005, il s’agit d’une estimation communiquée par le ministère de l’environnement.
3 Plan stratégique d’approvisionnement en eau et d’épuration des eaux résiduaires 
(2007-2013).
4 Ministère de l’environnement — Agence centrale de l’eau.TABLEAU 1
ÉVOLUTION DU POURCENTAGE DE LA POPULATION DES AGGLOMÉRATIONS 
URBAINES SITUÉES DANS DES ZONES SENSIBLES, DESSERVIE PAR UNE STATION D’ÉPURATION ASSURANT UN TRAITEMENT SECONDAIRE ET TERTIAIRE
État membreDébut de la période 
de programmation 1994-1999 (1995)1Fin de la période de 
programmation 2000-2006
Irlande 2 % 8 % (2006)2
Espagne 3 % 84 % (2005)3
Portugal 0 % 63 % (2005)4
Grèce 6 % 55 % (2006)5
1 Données environnementales de l’OCDE (Compendium 2006).
2 Pour 2006, Agence pour la protection de l’environnement (APE) et, pour 2009, 
le ministère de l’environnement a estimé que le pourcentage augmenterait jusqu’à 80 %.
3 Ministère de l’environnement.
4 L’Instituto da Água I. P. (INAG I. P.) a estimé que le pourcentage augmenterait 
jusqu’à 78 % en 2008.
5 Ministère de l’environnement — Agence centrale de l’eau. Le chiffre a augmenté 
jusqu’à 97 % en 2007.TABLEAU 2
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Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200615
ÉTENDUE ET APPROCHE DE L ’AUDIT
 15.  L’objectif principal de l’audit consistait à évaluer l’efficacité des dépen-
ses effectuées dans le cadre des actions structurelles concernant des 
projets de traitement des eaux résiduaires relevant des périodes de programmation 1994-1999 et 2000-2006.
 16.  La Cour a examiné les questions suivantes:
Le niveau de performance en matière de traitement des eaux  a) 
résiduaires des stations d’épuration cofinancées par l’UE est-il  
satisfaisant?
Les boues produites par les stations d’épuration sont-elles utili- b) 
sées de manière appropriée?
La Commission remplit-elle son rôle en ce qui concerne la sélec- c) 
tion des projets, l’évaluation des résultats par l’analyse des rap-ports finals et la promotion des principes environnementaux?
 17.  L’audit a été réalisé auprès de la Commission européenne et dans quatre 
États membres, à savoir l’Espagne, la Grèce, l’Irlande et le Portugal. 
Les dépenses communautaires relatives à des projets de traitement des eaux résiduaires pour ces États membres se sont élevées à 5,2 mil-
liards d’euros pour la période de programmation 1994-1999 et à  5,9 milliards d’euros pour la période de programmation 2000-2006. L’audit a été effectué de mai 2007 à mars 2008.
 18.  L’audit a reposé sur l’évaluation de la performance d’un échantillon de 
73 stations d’épuration en activité cofinancées au cours des périodes 
de programmation concernées.
 19.  Les procédures d’approbation, de contrôle et de suivi de la Commission 
ont été examinées. Dans les États membres, la Cour a eu des entre-tiens avec les représentants des différents organismes nationaux,  
régionaux, et locaux responsables de la conception, de la sélection, 
de l’exploitation et du contrôle des stations d’épuration. La Cour a 
contrôlé sur place 26 projets ( tableau 3 ), en compagnie d’experts  
indépendants connaissant bien les questions d’exploitation, de  maintenance et de contrôle de stations d’épuration. Quarante-sept 
autres stations d’épuration ont fait l’objet de contrôles documen-
taires. Afin de déterminer et de comparer les valeurs de référence et 
les meilleures pratiques dans ce domaine, un examen des normes de certains pays tiers (États-Unis, Suisse, Canada, Australie et Japon) a 
été réalisé.
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Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200616
STATION DE TRAITEMENT DES EAUX RÉSIDUAIRES VISITÉES DANS LE CADRE 
DE L’AUDIT DE LA COUR PAR PAYS ET PAR SOURCE DE FINANCEMENT
Fonds de cohésion FEDER Total
Espagne 516
Portugal 516
Grèce 606
Irlande 628
Total 22 4 26TABLEAU 3
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Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200617
LE NIVEAU DE PERFORMANCE EN MATIÈRE 
DE TRAITEMENT DES EAUX RÉSIDUAIRES DES STATIONS D’ÉPURATION COFINANCÉES PAR L’UE ESTIL SATISFAISANT?
CONTEXTE
 20.  L’épuration des eaux domestiques et des eaux industrielles prétraitées 
vise à réduire la concentration des polluants à un niveau acceptable, 
qui en permette l’absorption en toute sécurité par les masses d’eau réceptrices. La qualité de l’effluent est contrôlée par prélèvement  
d’échantillons.
 21.  La Cour a examiné:
si les stations d’épuration étaient exploitées à leur juste capa- a) 
cité;
si la qualité de l’effluent produit était acceptable; b) 
si les performances des stations d’épuration étaient suivies de  c) 
manière adéquate.
LA PLUPART DES STATIONS D’ÉPURATION 
ÉTAIENT EXPLOITÉES À LEUR JUSTE CAPACITÉ…
 22.  Sur les 26 stations d’épuration visitées, 18 ont été considérées comme 
fonctionnant de manière satisfaisante du point de vue de leur capa-cité, puisque leur taux d’utilisation dépassait 50 %. Dans ces cas-là, 
le raccordement des ménages et des usagers industriels aux stations 
était approprié.
… MAIS UN CERTAIN NOMBRE D’ENTRE ELLES 
FONCTIONNAIENT LARGEMENT EN DEÇÀ DE LEUR CAPACITÉ… 
 23.  Les stations exploitées à moins de 50 % de leur capacité peuvent être 
considérées comme sous-utilisées. Dans l’échantillon de la Cour, sept OBSERVATIONS
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Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200618
stations se caractérisaient par une sous-utilisation qui s’explique  
comme suit14: 
dans six des sept cas, la sous-utilisation résultait de problèmes a) 
d’achèvement du réseau, de nombreux ménages et usagers indus-
triels n’étant pas encore raccordés aux stations d’épuration alors 
que celles-ci fonctionnaient déjà depuis cinq ans ou plus. Par  
conséquent, les eaux résiduaires produites dans la région n’étaient 
pas toutes traitées; 
l’autre station fonctionnait en deçà de la capacité prévue en raison b) 
de la disparition d’industries locales, qui a entraîné une réduction sensible de la quantité d’eau reçue pour traitement.
… ET UNE STATION PRÉSENTAIT UNE CAPACITÉ 
INSUFFISANTE
 24.  Une station d’épuration était exploitée à pleine capacité en raison de la 
croissance économique rapide et inattendue de la région concernée. Par conséquent, la station d’épuration ne disposait pas de la capacité 
nécessaire pour faire face à la charge d’eaux résiduaires à traiter à 
l’époque de la visite de la Cour. Les travaux d’agrandissement de  
cette station étant prévus pour 2009-2010, elle n’est pas en mesure, 
pour l’instant, de traiter correctement toutes les eaux résiduaires  
reçues.
LA PLUPART DES STATIONS D’ÉPURATION ONT PRODUIT 
UN EFFLUENT CONFORME AUX EXIGENCES COMMUNAUTAIRES
 25.  La Cour a évalué la qualité des eaux déversées par les 73 stations d’épu-
ration sélectionnées par rapport aux exigences de la directive relative 
au traitement des eaux urbaines résiduaires15. La directive a elle-
même été comparée à la réglementation applicable dans les pays  tiers présentant un niveau similaire de développement économique et social. Dans 64 cas, la qualité des eaux déversées répondait aux 
exigences de l’UE; le tableau 4  récapitule les résultats obtenus.14  Deux stations d’épuration 
exploitées à 35 % de leur capacité, 
quatre à environ 40 % et une à 45 % de sa capacité. 
15 La directive 91/271/CEE du 
Conseil (annexe I, tableaux 1 et 2) 
établit les exigences en matière 
de rejets concernant la demande 
biochimique d’oxygène (DBO5), la demande chimique en oxygène 
(DCO), les solides en suspension 
totaux (SST) pour les zones 
normales et sensibles, ainsi que la 
quantité totale de phosphore (PT) 
et/ou d’azote (AT) (voir annexe ). 
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Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200619
PERFORMANCE DES STATIONS D’ÉPURATION DE L’ÉCHANTILLON D’AUDIT PAR 
RAPPORT AUX EXIGENCES COMMUNAUTAIRES EN MATIÈRE DE QUALITÉ DES EFFLUENTS
Stations d’épuration 
contrôléesExigences de l’UE 
clairement satisfaitesExigences de l’UE 
tout juste satisfaitesExigences de l’UE 
non satisfaites
Espagne 19 9 7 3
Irlande 18 12 5 1
Portugal 18 8 6 4
Grèce 18 12 5 1
Total 73 41 23 9
% 100 % 56,2 % 31,5 % 12,3 %TABLEAU 4
EXEMPLES DE STATIONS D’ÉPURATION CONFORMES AUX EXIGENCES DE L’UEPHOTOS 14
Photo 1: Station de Psyttalia, Grèce Photo 2: Station de Febros, Portugal
Photo 3: Station de León, Espagne Photo 4: Station de Drogheda, Irlande
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Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200620
 26.  Comme le montre le tableau 4 , dans neuf cas, la qualité des eaux déver-
sées n’était pas conforme aux exigences communautaires; les problè-
mes suivants ont été constatés:
les eaux industrielles usées devraient normalement être prétrai- a) 
tées avant d’être déversées dans le système municipal de collecte 
afin de ne pas compromettre la performance de la station d’épu-
ration. Pour quatre stations d’épuration ne répondant pas aux exi-
gences communautaires, les principaux problèmes étaient dus au 
fait que les eaux industrielles reçues n’étaient pas intégralement prétraitées et que, dans certains cas, les exploitants n’avaient pas été informés de la composition des eaux industrielles usées qu’ils recevaient (voir encadré 2 );
certaines stations d’épuration sont exploitées par des autorités b) 
locales qui ne disposent pas des ressources et du savoir-faire  appropriés ni d’aucun mécanisme permettant d’être informées  des meilleures pratiques;
dans d’autres cas, les performances médiocres étaient le résultat c) 
de l’incapacité à éliminer de manière satisfaisante les nutriments responsables de l’eutrophisation, en raison de l’absence d’équi-pement nécessaire à cet effet.
EXEMPLES DE PRÉTRAITEMENT INADÉQUAT DES EAUX INDUSTRIELLES USÉES
En Espagne, les exploitants de deux des trois stations d’épuration non conformes aux normes avaient noté dans 
leurs «rapports d’exploitation mensuels» que des industries acheminaient vers leurs stations des eaux usées non 
préalablement traitées, ce qui avait une incidence négative sur les performances de ces dernières. Pour l’une de 
ces deux stations, 74 des 93 autocontrôles réalisés en 2006 ont révélé un dépassement de plus de 100 % des limites 
ﬁ xées dans la directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires.
Au Portugal, pour deux des quatre stations d’épuration qui ne répondaient pas aux exigences de l’UE, les indus-
tries déversaient directement leurs eaux dans le système municipal de collecte sans prétraitement approprié. La situation était connue des exploitants, et était également signalée dans les rapports de l’organisme indépendant chargé du contrôle des performances de la station d’épuration.ENCADRÉ 2CONTRÔLE DE LA QUALITÉ DE L’EFFLUENT: LES DONNÉES 
CONCERNANT LES PERFORMANCES SONT GÉNÉRALEMENT 
ACCEPTABLES, MAIS DES AMÉLIORATIONS PEUVENT ÊTRE 
APPORTÉES
 27.  D’une manière générale, pour les 26 stations d’épuration visitées, les auto-
contrôles réalisés par les exploitants étaient conformes aux normes fixées 
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Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200621
16 Annexe I.D de la directive 
91/271/CEE. 
17  Directives 86/278/CEE et 91/271/
CEE. par la directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires en ce 
qui concerne la fréquence et les méthodes d’échantillonnage utilisées. 
Des déficiences ont toutefois été constatées, notamment au niveau des petites stations:
dans un cas, la fréquence des autocontrôles était insuffisante (cinq a) 
autocontrôles réalisés en 2006 sur les 12 requis);
dans trois cas, la méthode d’échantillonnage utilisée n’était pas b) 
conforme aux dispositions de la directive (un échantillonnage instan-tané était pratiqué alors que la directive prévoit un échantillonnage composite ou proportionnel au flux sur une période de 24 heures).
 28.  L’audit a permis d’observer un certain nombre de bonnes pratiques qui 
dépassaient les exigences de la directive:
les exploitants des stations d’épuration d’une capacité supérieure a) 
à 50 000 EH ont effectué un nombre d’autocontrôles supérieur aux 
24 exigés par la directive16. Pour 14 de ces stations visitées, le nombre 
d’échantillons prélevés annuellement allait de 38 à 365; 
trois des quatre États membres visités disposaient d’un système de b) 
licence de déversement définissant les exigences relatives aux eaux déversées pour chaque station de traitement (même si certaines sta-
tions opéraient sans licence ou avec des licences dont la validité avait 
expiré). Le quatrième État membre a lancé son système de licence en 2008.
LES BOUES PRODUITES PAR LES STATIONS DE TRAITEMENT 
SONTELLES UTILISÉES DE MANIÈRE APPROPRIÉE?
CONTEXTE
 29.  Le traitement des eaux résiduaires a pour conséquence le rejet d’effluents 
et la production de boues d’épuration. L’UE encourage l’utilisation de celles-ci comme fertilisant
17, étant donné que les boues d’épuration 
constituent une bonne source de phosphore, d’azote et de potassium. Cette utilisation des boues présente un intérêt économique pour les exploitants agricoles, puisqu’elle permet une utilisation efficace des ressources disponibles, tout en étant bénéfique pour les sols. Toutefois, 
les boues d’épuration peuvent également contenir des polluants nocifs, 
qu’il importe de maintenir à un niveau acceptable, afin d’obtenir une utilisation ou une élimination en toute sécurité.
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18 Directive 75/442/CEE du Conseil 
du 15 juillet 1975 relative aux 
déchets (JO L 194 du 25.7.1975, p. 39). 
ÉLIMINATION DES BOUES D’ÉPURATION PRODUITES PAR LES STATIONS D’ÉPURATION 
DE L’ÉCHANTILLON D’AUDIT
Méthodes 
de réutilisation 
recommandées par l’UEMéthodes 
sans réutilisation
Total
ÉpandageInciné-
rationMise en décharge 
sur des terrains 
communauxStockage sur site 
des stations 
d’épurationAutres
Espagne 16 0 2 0 1 19
Irlande 17 0 1 0 0 18
Portugal 14 0 1 3 0 18
Grèce 0 1 14 2 1 18
Total 47 1 18 5 2 73TABLEAU 5 30.  La Cour a examiné:
si les boues d’épuration étaient éliminées en toute sécurité,  a) 
l’Union européenne promouvant18 leur réutilisation sans danger 
dans l’agriculture et dans la production d’énergie par l’inciné-
ration, la mise en décharge sur des terrains communaux étant  
acceptée comme une mesure de dernier ressort;
si, lorsque les boues d’épuration sont utilisées en agriculture, les b) 
boues et les sols présentent des niveaux sûrs en ce qui concerne les substances considérées comme dangereuses;
si les contrôles réalisés auprès des stations en activité et des États c) 
membres ont donné suffisamment de garanties en ce qui concerne l’élimination en toute sécurité des boues d’épuration.
DEUX TIERS DES STATIONS D’ÉPURATION AUDITÉES 
ÉLIMINAIENT LES BOUES D’ÉPURATION CONFORMÉMENT AUX PRATIQUES RECOMMANDÉES PAR L’UNION EUROPÉENNE
  31.  Sur les 73 stations d’épuration de l’échantillon d’audit, parmi celles 
appliquant les méthodes de réutilisation recommandées par l’UE,  
47 ont opté pour l’agriculture et une pour la production d’énergie 
par l’incinération (voir tableau 5 ).
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des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200623
EXEMPLE D’ÉLIMINATION DES BOUES D’ÉPURATIONPHOTOS 56
Photo 5: Pratique encouragée par l’UE: 
réutilisation sur des terres agricolesPhoto 6: Mauvaise pratique: stockage 
sur le site d’une station d’épuration visitée 32.  Pour diverses raisons, les 25 autres stations d’épuration appliquaient 
des méthodes ne permettant pas la réutilisation des boues:
bien que la Grèce élabore actuellement un plan national concer- a) 
nant l’élimination des boues d’épuration, aucun plan régional ou 
national n’était appliqué au moment de l’audit, et 14 des 18 sta-
tions d’épuration grecques auditées rejetaient leurs boues d’épu-
ration dans des décharges communales;
en Grèce et au Portugal, certaines stations d’épuration ne dis- b) 
posent d’aucune stratégie viable pour l’élimination des boues,  notamment celles exploitées par des communes. Cette situation 
a entraîné le stockage sur site des boues et, dans un cas, le déver-sement sauvage dans une mine abandonnée. Une grande station 
d’épuration en Grèce n’avait pas de contrat valable pour l’élimi-
nation des boues, 13 450 tonnes par an étant de ce fait stockées 
sur site ( photo 6 ).
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Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200624
ÉVOLUTION DU POURCENTAGE DE LA RÉUTILISATION DES BOUES PRODUITES 
PAR LES STATIONS D’ÉPURATION CONFORMÉMENT AUX PRATIQUES RECOMMANDÉES PAR L’UE
1
État membreDébut de la période de 
programmation 1994-1999Fin de la période de 
programmation 2000-2006Méthode 
de réutilisation
Irlande 12 %/15 % (1994) 76 %/83 % (2005) Agriculture/terres
Espagne 46 % (1997) 66 % (2003) Agriculture
Portugal 30 % (1995) 42 % (2005) Agriculture
Grèce 0 % (1997)0 % (2005)/
50 % (mi-2007)2Énergie 
(incinération)
1 Rapports relatifs aux boues d’épuration que les États membres établissent conformément à l’article 17 
de la directive relative aux boues d’épuration.
2 Estimation. Ministère de l’environnement.TABLEAU 6 33.  S’agissant des États membres visités, l’examen des données relatives à 
l’élimination des boues d’épuration a montré que la réutilisation de ces boues dans le sens des recommandations de l’UE s’est sensible-ment accrue ( tableau 6  et encadré 3 ).
EXEMPLE DE LA MANIÈRE DONT UN ÉTAT MEMBRE A FAVORISÉ 
UNE PRATIQUE RECOMMANDÉE PAR L’UE
Le résultat obtenu par l’Irlande pouvait être attribué en partie à la mise en application de la directive relative aux 
boues d’épuration, grâce à l’élaboration et à l’application de lignes directrices indiquant les meilleures pratiques pour le traitement et l’élimination des boues d’épuration. Une des lignes directrices était axée sur l’établissement de plans de gestion eﬃ   caces des boues pour les autorités locales, tandis que deux autres étaient consacrées à 
l’épandage en toute sécurité sur des terres agricoles, l’accent étant mis notamment sur la nécessité, pour chaque agriculteur, d’utiliser le Nutrient Management Plan .ENCADRÉ 3
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des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200625
EXEMPLES DE CONTRÔLES RELATIFS À D’AUTRES COMPOSÉS 
DANS LES BOUES D’ÉPURATION
En Irlande, trois des huit stations d’épuration visitées procédaient à des tests périodiques visant à détecter la 
présence de ﬂ  uorure, d’arsenic, de sélénium et de magnésium. Certaines stations eﬀ  ectuaient des tests pour les 
hydrocarbures aromatiques polycycliques (PAH) et les polychlorobiphényles (PCB).
Au Portugal, depuis 2006, les boues produites par les stations d’épuration traitant des eaux industrielles doivent 
faire l’objet de tests concernant les composés organiques et les dioxines. Ces tests étaient réalisés par quatre des 
six stations d’épuration visitées.ENCADRÉ 4RÉSULTATS SATISFAISANTS EN CE QUI CONCERNE 
LES EXIGENCES FORMULÉES PAR LA DIRECTIVE RELATIVE AUX BOUES D’ÉPURATION
 34.  S’agissant des stations d’épuration contrôlées sur place dans les trois 
États membres pratiquant l’épandage, les résultats des tests réalisés 
en laboratoire sur les concentrations en métaux lourds dans les boues 
d’épuration et les sols avant l’épandage des boues étaient confor-
mes aux limites maximales fixées par la directive relative aux boues 
d’épuration. Des contrôles étaient réalisés pour d’autres composés, tels que les polychlorobiphényles (PCB), bien que la directive ne  l’exige pas (voir encadré 4 ).
FAUTIL REVOIR LA DIRECTIVE?
 35.  La Cour a constaté que les dispositions de la directive relative aux boues 
d’épuration ont été respectées de manière satisfaisante; néanmoins, la directive actuelle ayant été adoptée en 1986, elle ne tient pas  
compte de l’évolution des techniques et des méthodes intervenue  depuis en matière de traitement et d’élimination des boues. Par  exemple, la directive n’impose pas de tests visant à détecter les pol-
luants organiques tels que les PCB, ou les agents pathogènes tels que 
l’E. coli ; or, certains États membres de l’UE définissent des niveaux 
de concentration maximale pour ces polluants organiques dans leur réglementation nationale, et certains pays tiers ont fixé des normes en vue de réduire les effets nocifs des agents pathogènes présents 
dans les boues. En outre, la directive ne comporte aucune mention 
d’autres applications agricoles courantes, telles que la sylviculture.
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 36.  Si une révision est jugée nécessaire, les nouvelles limites pour différentes 
substances sont susceptibles d’être plus contraignantes que celles fixées par la directive actuelle. Toutefois, dans d’autres cas, cette révision peut, 
en raison des recherches effectuées depuis l’adoption de la directive en 1986, être l’occasion d’assouplir certaines limites estimées jadis pruden-tes. En outre, il est peut-être nécessaire de prévoir des tests concernant 
certains polluants non mentionnés dans la directive actuelle.
 
CONTRÔLE DE L’ÉLIMINATION DES BOUES: 
CERTAINES AMÉLIORATIONS PEUVENT ÊTRE APPORTÉES AU NIVEAU DES STATIONS EN ACTIVITÉ ET DES ORGANISMES DE CONTRÔLE DES ÉTATS MEMBRES
 37.  Pour les stations en activité de l’échantillon, l’examen des données et des 
tests réalisés sur la qualité des boues a révélé que la fréquence de l’échan-
tillonnage et le choix de la méthode étaient, d’une manière générale, 
conformes aux dispositions de la directive relative aux boues d’épuration, même si certaines insuffisances ont été relevées au niveau du nombre 
de tests effectués.
 38.  Dans les États membres, la Cour a constaté que:
l’autorité responsable du contrôle des boues d’épuration, à différents a) 
niveaux, était rarement en mesure d’indiquer la quantité de boues produites, leur composition et les modalités de leur élimination;
les unités responsables du contrôle de l’utilisation des boues dans b) 
l’agriculture étant, dans certains cas, différentes et séparées de celles 
chargées du contrôle de l’élimination des boues par d’autres filières, il n’y a pas de vision globale de la situation de chaque station dans son ensemble. 
LA COMMISSION JOUETELLE SON RÔLE?
CONTEXTE
 39.  L’approbation et le suivi des projets relatifs au traitement des eaux rési-
duaires cofinancés par l’UE relèvent de deux directions générales de la Commission européenne: les DG REGIO et ENV. S’agissant des grands projets relevant du Fonds de cohésion et du FEDER, l’intervention de la 
Commission dans l’instruction des demandes d’aide et le processus de décision se situe au niveau des projets individuels; en revanche, pour 
les petits projets relevant du FEDER, elle agit au niveau du programme 
opérationnel (points 8 à 13).
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 40.  Pour les grands projets relevant du Fonds de cohésion et du FEDER, la 
Cour a examiné si la Commission:
vérifiait de manière cohérente les informations environnementales a) 
contenues dans les demandes d’aide;
examinait les résultats obtenus par les projets approuvés avant b) 
de verser le solde de l’aide;
veillait à l’application, par les États membres, des principes com- c) 
munautaires de la réduction de la pollution à la source et du  pollueur-payeur.
IMPÉRATIF DE COHÉRENCE EN MATIÈRE D’EXAMEN 
DES PROJETS
 41.  Afin que la Commission puisse garantir l’égalité de traitement de toutes 
les demandes d’aide et couvrir tous les aspects des demandes, il est essentiel qu’un cadre approprié comportant des lignes directrices  
internes et des listes de vérification soit appliqué systématiquement. Or, au cours de l’audit, la Cour a précisément relevé l’absence de  lignes directrices et de listes de vérification.
 42.  Le guide du Fonds de cohésion 2000-2006 faisait état de certains docu-
ments et informations clés devant figurer dans les demandes d’aide. Les informations en question n’accompagnaient pas toujours les  demandes examinées par la Cour; or, l’utilisation de listes de vérifi-
cation aurait permis d’éviter cette anomalie.
 43.  Dans le cadre de son examen des 22 stations d’épuration contrôlées sur 
place et cofinancées par le Fonds de cohésion, la Cour a constaté que:
même si la plupart des demandes d’aide et des décisions de la  a) 
Commission définissent des objectifs de qualité des eaux déver-sées et de volume d’eaux résiduaires devant être traitées, elles contiennent peu d’informations sur la nature de l’élimination  
des boues d’épuration (indiquée dans huit demandes d’aide et  
six décisions d’octroi seulement), ou sur la qualité de ces boues (mentionnée dans deux demandes d’aide et une décision d’octroi seulement);
des indicateurs de performance chiffrés relatifs à la qualité des b) 
eaux réceptrices ne figurent pas dans la plupart des deman-
des d’aide et des décisions correspondantes de la Commission  (absence confirmée par les constatations d’une évaluation ex post réalisée pour la Commission).
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des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200628
19 Les derniers exemples ont été 
observés par la Cour dans son 
rapport spécial n° 1/2008 relatif 
aux processus d’instruction et 
d’évaluation des grands projets 
d’investissement des périodes 
de programmation 1994-1999 et 
2000-2006 (JO C 81 du 1.4.2008, 
p. 1).  44.  La Cour a en effet constaté que les évaluations visant à déterminer si les 
projets ont atteint leurs objectifs peuvent être affectées par l’absence 
de certaines informations dans les demandes d’aide, en particulier concernant les effets attendus et les indicateurs
19.
 45.  Un examen plus rigoureux des projets au niveau de la demande aurait 
permis de détecter et d’aider à résoudre certains problèmes constatés 
au cours de l’audit:
dans les zones sensibles, qualité inappropriée des eaux déver- a) 
sées par certaines stations d’épuration, en raison de l’absence  
d’équipement adéquat permettant l’élimination des nutriments (point 26);
élimination inappropriée des boues d’épuration, à savoir que  b) 
certaines stations importantes les accumulent sur leur site  (point 32).
NÉCESSITÉ D’ASSURER UN MEILLEUR SUIVI DES RÉSULTATS
 46.  Avant le versement du solde du concours octroyé aux projets du Fonds 
de cohésion, un rapport final doit être soumis à la Commission, conte-nant notamment une évaluation des résultats atteints par rapport  aux résultats escomptés. Si le rapport final n’est pas transmis à la  Commission dans les 18 mois suivant la date limite indiquée dans  
la décision d’octroi, la part du concours correspondant au solde est 
annulée, conformément aux dispositions de la législation européenne 
applicable en la matière.
 47.  Dans le cadre de son audit des rapports finaux de 22 stations d’épuration 
cofinancées par le Fonds de cohésion et visitées par la Cour, celle-ci a 
constaté que six rapports finaux seulement fournissaient des données 
sur la qualité des eaux déversées; un seul présentait des données  
résultant d’une évaluation de l’amélioration de la qualité des eaux, 
et trois seulement indiquaient la méthode d’élimination des boues 
d’épuration utilisée.
 48.  En conclusion, la Cour estime que la Commission n’est pas en mesure 
d’évaluer correctement les rapports finaux sans avoir en sa posses-
sion des informations fondamentales et essentielles telles que celles 
mentionnées au point 47. Compte tenu de ce manque d’informations, 
seule la non-soumission d’un rapport est susceptible de donner lieu à la 
suspension ou à l’annulation du paiement du solde, et non l’évaluation 
des résultats effectivement atteints par rapport à ceux escomptés.
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20 Le bon état écologique est 
défini par la directive-cadre dans 
le domaine de l’eau sur la base 
de trois groupes d’éléments: les 
éléments de qualité biologiques, 
les éléments de qualité 
hydromorphologiques et les 
éléments de qualité physico-
chimiques (article 2 et annexe V). 
21 Rapport de la Commission 
au Conseil et au Parlement 
européen vu l’article 16 du 
règlement (CE) n° 648/2004 
du Parlement européen et du 
Conseil du 31 mars 2004 relatif 
aux détergents, concernant 
l’utilisation des phosphates/ 
COM(2007) 234 final — Bruxelles, 
le 4 mai 2007. 
22 Direction générale de 
l’environnement de l’UE — 
Rapport final sur les phosphates et 
autres activateurs de détergents/
WRc Réf.: UC 4011/juin 2002, 
pages 120, 121 et 125, rapport 
PNUD-GEF sur le Danube et projet 
MARE/HELCOM sur la zone de la mer Baltique. 
23 La Bulgarie et la Roumanie n’ont 
pas été prises en compte dans 
cette étude. 
24 Selon la Commission, deux pays, 
parmi ceux ayant bénéficié d’une 
aide importante de l’UE pour 
soutenir les investissements dans 
le domaine du traitement des 
eaux résiduaires et visités dans le cadre du présent audit, présentent 
une consommation de détergents 
textiles sans phosphate inférieure 
à 50 %. UN PLUS GRAND RESPECT DES PRINCIPES 
ENVIRONNEMENTAUX DE L’UNION EUROPÉENNE EST NÉCESSAIRE
 49.  Préserver le bon état écologique des masses d’eau20 nécessite non seu-
lement un traitement satisfaisant des eaux résiduaires au niveau des 
stations d’épuration individuelles, mais aussi l’application des prin-
cipes communautaires de réduction de la pollution à la source et du 
pollueur-payeur.
 50.  Selon un rapport de la Commission21, deux des principales sources d’eu-
trophisation des eaux douces par les agglomérations urbaines sont les détergents textiles ménagers à base de phosphates et les déchets métaboliques humains. Les préoccupations suscitées par les déter-gents textiles à base de phosphates ont conduit la plupart des États membres à utiliser des détergents sans phosphate.
 51.  D’autres rapports22 concluent qu’un traitement tertiaire seul ne peut 
être en soi suffisant pour éviter l’eutrophisation sans l’abandon des 
détergents à base de phosphates.
 52.  La Commission a étudié l’incidence écologique positive que peut avoir 
cet abandon des détergents à base de phosphates pour les États  membres, et a conclu que, sur les 25
23 examinés, 24 en bénéficieraient 
à des degrés variables24. Les facteurs pris en compte pour chaque  
État membre incluaient entre autres la consommation annuelle de  phosphates présents dans les détergents, le traitement tertiaire des 
eaux et l’ampleur de la préoccupation suscitée par le problème de l’eutrophisation.
 53.  La Commission a reconnu la nécessité de prendre des mesures appro-
priées; en outre, dans le rapport mentionné au point 50, elle a indiqué qu’une décision sur les restrictions concernant les phosphates dans 
les détergents serait prise, le cas échéant, et qu’une évaluation de 
l’incidence ainsi que la présentation éventuelle d’une proposition  
législative pourraient suivre, si elles sont estimées nécessaires.
 54.  S’agissant du principe du pollueur-payeur, la directive-cadre dans le 
domaine de l’eau impose l’adoption, au plus tard pour 2010, de politi-
ques de tarification de l’eau visant à encourager l’utilisation efficiente des ressources hydriques et la récupération des coûts.
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 55.  Lorsqu’elle évalue une demande d’aide, la Commission est tenue d’en 
vérifier la conformité avec le principe du pollueur-payeur, ce qui peut 
influencer le montant de l’aide accordée25. Toutefois, aucun point de 
référence précis n’est fixé qui permettrait d’évaluer les tarifs proposés dans la demande d’aide. La Cour a constaté que les tarifs n’étaient jamais indiqués dans la décision d’octroi de l’aide et qu’ils l’étaient rarement dans les rapports finaux, ce qui ne facilitait pas l’évaluation 
de la viabilité financière.
 56.  L’examen, par la Cour, des tarifs appliqués par les stations visitées, a 
montré que les prix sont en général trop bas pour couvrir les frais  
d’exploitation (voir encadré 5 ).25 DG REGIO de la Commission 
européenne, «Manuel de 
procédures relatif au Fonds de 
cohésion 2000-2006» (version 
2006-2009) — page 21.
EXEMPLES DE TARIFS APPLIQUÉS PAR LES STATIONS D’ÉPURATION VISITÉES
Les tarifs appliqués par les stations d’épuration visitées en Espagne, au Portugal et en Grèce varient sensiblement 
(par exemple, pour une quantité d’eau de 20 m3, les prix se situaient entre 0,079 euro/m3 et 1,17 euro/m3).
*L’Irlande ne facture pas directement aux usagers domestiques leur consommation d’eau et les services relatifs 
aux eaux résiduaires; en revanche, elle les facture aux usagers commerciaux et industriels.ENCADRÉ 5
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CONCLUSIONS 
ET RECOMMANDATIONS
 57.  La conclusion générale de la Cour est que les actions structurelles ont 
contribué à l’amélioration du traitement des eaux résiduaires dans 
les quatre États membres audités.
TRAITEMENT DES EAUX RÉSIDUAIRES
 58.  S’agissant des performances des stations de traitement des eaux rési-
duaires, la Cour a estimé que, d’une manière générale, les stations 
cofinancées par les actions structurelles fonctionnent de manière  
satisfaisante au regard de leur capacité (points 22 et 25),
 59.  Toutefois:
il a été constaté que sept des 26 stations fonctionnaient en deçà a) 
de leur capacité, dans six cas parce que tous les usagers domesti-
ques et industriels potentiels n’étaient pas raccordés aux stations 
d’épuration et, dans un cas, en raison de la disparition d’industries locales (points 23 et 24);
la qualité de l’effluent ne répondait pas aux exigences communau- b) 
taires dans neuf cas sur 73, en raison du prétraitement inadéquat 
des eaux industrielles usées déversées dans le réseau d’assainis-
sement, du manque de compétences spécialisées de certaines  autorités locales, ainsi que du manque de technologies ou d’équi-pements adaptés dans les zones dites sensibles (point 26).
60. LA COUR FORMULE DONC LES RECOMMANDATIONS SUIVANTES:
les États membres devraient faire en sorte qu’une attention suffi- a) 
sante soit accordée au raccordement des nouvelles stations d’épu-
ration au réseau d’assainissement; 
pour améliorer la qualité des eaux déversées, les États membres  b) 
devraient accorder une plus grande attention au prétraitement  approprié des eaux industrielles usées et favoriser le partage des meilleures pratiques entre les exploitants.
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TRAITEMENT ET ÉLIMINATION DES BOUES D’ÉPURATION
 61.  S’agissant du traitement et de l’élimination des boues d’épuration par les 
stations, la Cour a constaté que deux tiers des stations d’épuration cofinancées par les actions structurelles réutilisent les boues prove-nant du traitement des eaux résiduaires conformément aux méthodes 
recommandées par les directives européennes, la plupart d’entre elles 
préférant leur réutilisation sur des terres agricoles (point 31).
 62.  Toutefois:
dans 25 stations sur 73, le recours à des méthodes non viables, a) 
sans réutilisation, a été constaté, par exemple le stockage sur  site (point 32);
dans trois des quatre États membres, pour différentes stations, b) 
les autorités compétentes n’ont pas été en mesure d’indiquer la quantité de boues produites, leur composition et les modalités de leur élimination (point 38);
bien que la Cour ait constaté que les dispositions de la directive c) 
relative aux boues d’épuration ont été respectées, les évolutions 
en matière de traitement et d’élimination des boues postérieures 
à 1986 ne sont pas prises en compte dans la législation euro-péenne, même si certains États membres appliquent des normes 
plus strictes (points 35 et 36).
63. LA COUR FORMULE DONC LES RECOMMANDATIONS SUIVANTES:
avant de présenter un projet en vue d’obtenir un cofinancement, a) 
les États membres devraient s’assurer que les stations de trai-
tement des eaux urbaines résiduaires disposent d’une stratégie  
d’élimination des boues d’épuration;
les États membres devraient veiller à ce que leurs bases de don- b) 
nées relatives aux boues d’épuration contiennent, pour chaque  station, des informations sur la quantité de boues produites, leur 
composition et la méthode d’élimination utilisée;
la Commission devrait se demander si le moment n’est pas venu c) 
de revoir la directive relative aux boues d’épuration. Toute révi-sion devrait tenir compte des coûts et des avantages inhérents à la proposition de nouvelles mesures, ainsi que de la nécessité de maintenir un équilibre avec les autres politiques de l’UE.
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EFFICACITÉ DU RÔLE DE LA COMMISSION
 64.  S’agissant du rôle joué par la Commission en ce qui concerne l’approba-
tion et le suivi des projets du Fonds de cohésion et des grands projets du FEDER, la Cour a observé des déficiences significatives dans les  domaines suivants:
la Commission a approuvé des projets alors que la demande d’aide a) 
correspondante ne comportait pas les informations requises par le guide du Fonds de cohésion (tels les objectifs de performance 
relatifs à l’élimination des boues et à la qualité des eaux récep-
trices). Or, ces informations facilitent l’évaluation des résultats  obtenus qui doit figurer dans le rapport final relatif au projet  (points 41 à 45);
souvent, aucun résultat concernant la qualité des eaux déversées, b) 
les eaux réceptrices, ainsi que la qualité et la nature de l’élimina-
tion des boues d’épuration, ne figure dans les différents rapports 
finaux relatifs aux projets du Fonds de cohésion. En l’absence de 
telles informations, la Commission n’est pas en mesure de réaliser 
l’évaluation nécessaire des rapports finaux avant le versement du 
solde final (points 46 à 48).
 65.  S’agissant de l’attention accordée par la Commission aux principes envi-
ronnementaux de l’UE, la Cour a constaté ce qui suit:
un certain nombre d’études ont montré l’incidence écologique  a) 
positive que peut avoir le passage à l’utilisation de détergents  
sans phosphate. Il convient de poursuivre l’évaluation équilibrée 
de cette question, en procédant notamment à une analyse coûts/
bénéfices appropriée (points 50 à 53);
la Commission n’a pas toujours suffisamment tenu compte du prin- b) 
cipe du pollueur-payeur, l’examen de la Cour ayant révélé que les tarifs appliqués étaient, d’une manière générale, trop bas pour  couvrir les coûts d’exploitation. En outre, les tarifs figuraient rare-
ment dans les rapports finaux, ce qui ne facilitait pas l’évaluation 
de la viabilité financière (points 54 à 56).
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66. LA COUR RECOMMANDE DONC À LA COMMISSION:
d’exiger que les informations permettant de fixer les objectifs de a) 
performance dans des domaines clés, tels que la qualité des eaux 
déversées, la qualité des masses d’eau réceptrices, le volume d’eau 
à traiter et la méthode prévue pour l’élimination des boues, soient 
incluses dans la demande d’aide et fassent l’objet d’une vérifi-
cation systématique dans le cadre du processus d’évaluation du projet. L’établissement de lignes directrices internes et de listes de vérification appropriées destinées aux responsables géographi-ques permettrait d’atteindre cet objectif plus facilement; 
d’encourager les États membres à évaluer, au niveau du projet,  b) 
l’obtention des résultats escomptés, tels qu’ils ont été définis  
dans la demande d’aide, en notant que, pour la période 2007-
2013, aucun rapport final ne doit être transmis à la Commission 
concernant les projets du Fonds de cohésion et les grands projets du FEDER;
d’apprécier si une diminution plus importante de la consommation c) 
de détergents à base de phosphates peut se justifier par les coûts 
et les avantages pour les citoyens européens;
de veiller à ce que la viabilité financière des projets de station  d) 
d’épuration soit examinée au stade de l’approbation de la demande, 
et que les informations pertinentes, telles que les tarifs proposés, 
soient dûment prises en compte.
  Le présent rapport a été adopté par la Cour des comptes à Luxembourg 
en sa réunion des 18 et 19 mars 2009.
        Par la Cour des comptes
        Vítor Manuel da Silva Caldeira
      Président
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/g53/g112/g86/g72/g68/g88/g3/g72/g81/g3/g70/g82/g81/g86/g87/g85/g88/g70/g87/g76/g82/g81
/g54/g87/g68/g87/g76/g82/g81/g3/g71/g72/g3/g87/g85/g68/g76/g87/g72/g80/g72/g81/g87/g3/g71/g72/g86/g3/g72/g68/g88/g91/g3/g88/g85/g69/g68/g76/g81/g72/g86 /g85/g112/g86/g76/g71/g88/g68/g76/g85/g72/g86/g20/g17/g3/g51/g85/g112/g87/g85/g68/g76/g87/g72/g80/g72/g81/g87/g3/g3/g3/g3/g3/g3/g3/g3
/g11/g80/g112/g70/g68/g81/g76/g84/g88/g72/g12/g21/g17/g3/g55/g85/g68/g76/g87/g72/g80/g72/g81/g87/g3
/g83/g85/g76/g80/g68/g76/g85/g72/g3/g11/g80/g112/g70/g68/g81/g76/g84/g88/g72/g12/g22/g17/g3/g55/g85/g68/g76/g87/g72/g80/g72/g81/g87/g3/g86/g72/g70/g82/g81/g71/g68/g76/g85/g72/g3/g11/g69/g76/g82/g79/g82/g74/g76/g84/g88/g72/g12/g40/g68/g88/g91/g3/g85/g112/g86/g76/g71/g88/g68/g76/g85/g72/g86
/g81/g82/g81/g3/g87/g85/g68/g76/g87/g112/g72/g86/g18
/g83/g68/g85/g87/g76/g72/g79/g79/g72/g80/g72/g81/g87/g3
/g87/g85/g68/g76/g87/g112/g72/g86/g3/g72/g81/g87/g85/g68/g81/g87/g3
/g71/g68/g81/g86/g3/g79/g68/g3/g86/g87/g68/g87/g76/g82/g81
/g53/g44/g57/g44/g202/g53/g40/g40/g68/g88/g91/g3/g85/g112/g86/g76/g71/g88/g68/g76/g85/g72/g86
/g87/g85/g68/g76/g87/g112/g72/g86
/g36/g81/g81/g72/g91/g72 /g177/g3/g40/g81/g89/g76/g85/g82/g81/g81/g72/g80/g72/g81/g87/g3/g71/g88/g3/g87/g85/g68/g76/g87/g72/g80/g72/g81/g87/g3/g71/g72/g86/g3/g72/g68/g88/g91/g3
/g88/g85/g69/g68/g76/g81/g72/g86/g3/g85/g112/g86/g76/g71/g88/g68/g76/g85/g72/g86
/g55/g85/g68/g76/g87/g72/g80/g72/g81/g87 /g71/g72/g86/g3/g69/g82/g88/g72/g86/g3/g11/g86/g112/g70/g75/g68/g74/g72/g12 /g68/g89/g68/g81/g87/g3/g112/g79/g76/g80/g76/g81/g68/g87/g76/g82/g81
/g23/g17/g3/g55/g85/g68/g76/g87/g72/g80/g72/g81/g87/g3/g87/g72/g85/g87/g76/g68/g76/g85/g72
/g11/g69/g76/g82/g79/g82/g74/g76/g84/g88/g72/g18/g70/g75/g76/g80/g76/g84/g88/g72/g12 /g72/g87
/g84/g88/g68/g87/g85/g76/g113/g80/g72/g3/g83/g75/g68/g86/g72/g3/g71/g72/g3/g87/g85/g68/g76/g87/g72/g80/g72/g81/g87/g3
/g11/g56/g57/g12
/g40/g68/g88/g91/g3/g85/g112/g86/g76/g71/g88/g68/g76/g85/g72/g86/g3/g81/g82/g81/g3/g87/g85/g68/g76/g87/g112/g72/g86
/g37/g82/g88/g72/g86/g3
/g72/g91/g70/g112/g71/g72/g81/g87/g68/g76/g85/g72/g86/g55/g85/g68/g81/g86/g83/g82/g85/g87/g3/g71/g72/g86/g3/g69/g82/g88/g72/g86
/g101/g79/g76/g80/g76/g81/g68/g87/g76/g82/g81/g3
/g71/g72/g86/g3
/g81/g88/g87/g85/g76/g80/g72/g81/g87/g86
/g55/g85/g68/g76/g87/g72/g80/g72/g81/g87/g3
/g83/g68/g85/g3/g56/g57
/g101/g83/g88/g85/g68/g87/g76/g82/g81
/g39/g72/g86/g86/g68/g69/g79/g68/g74/g72
/g72/g87
/g71/g112/g86/g75/g88/g76/g79/g68/g74/g72/g53/g44/g57/g40/g53
 /g53/g112/g88/g87/g76/g79/g76/g86/g68/g87/g76/g82/g81/g3
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/g11/g68/g74/g85/g76/g70/g88/g79/g87/g88/g85/g72/g12/g51/g68/g85/g3/g85/g88/g76/g86/g86/g72/g79/g79/g72/g80/g72/g81/g87/g15/g3/g79/g72/g86/g3
/g72/g81/g74/g85/g68/g76/g86/g3/g88/g87/g76/g79/g76/g86/g112/g86/g3/g71/g72/g3/g80/g68/g81/g76/g113/g85/g72/g3
/g76/g81/g71/g88/g72/g3/g83/g68/g86/g86/g72/g81/g87/g3/g71/g68/g81/g86/g3/g79/g68/g3
/g85/g76/g89/g76/g113/g85/g72
/g55/g72/g86/g87/g86/g3/g71/g72/g3/g70/g82/g81/g87/g85/g123/g79/g72/g3/g71/g72/g3/g84/g88/g68/g79/g76/g87/g112/g36/g74/g74/g79/g82/g80/g112/g85/g68/g87/g76/g82/g81/g3/g81/g82/g81/g3/g85/g68/g70/g70/g82/g85/g71/g112/g72/g15/g3
/g71/g112/g89/g72/g85/g86/g68/g81/g87/g3/g86/g72/g86/g3/g72/g68/g88/g91/g3/g88/g86/g112/g72/g86/g3
/g71/g76/g85/g72/g70/g87/g72/g80/g72/g81/g87/g3/g71/g68/g81/g86/g3/g79/g68/g3/g85/g76/g89/g76/g113/g85/g72/g36/g74/g74/g79/g82/g80/g112/g85/g68/g87/g76/g82/g81/g3/g85/g68/g70/g70/g82/g85/g71/g112/g72
/g39/g112/g89/g72/g85/g86/g72/g80/g72/g81/g87/g3/g71/g72/g86/g3/g72/g68/g88/g91/g3/g88/g86/g112/g72/g86
/g11/g68/g89/g72/g70/g3/g83/g85/g112/g87/g85/g68/g76/g87/g72/g80/g72/g81/g87/g3/g68/g83/g83/g85/g82/g83/g85/g76/g112/g12/g3/g71/g68/g81/g86/g3
/g79/g72/g3/g86/g92/g86/g87/g113/g80/g72/g3/g80/g88/g81/g76/g70/g76/g83/g68/g79/g3/g71/g72/g3/g70/g82/g79/g79/g72/g70/g87/g72/g37/g112/g87/g68/g76/g79
/g41/g53/g16/g53/g54/g16/g58/g68/g86/g87/g72/g66/g58/g68/g87/g72/g85/g17/g89/g86/g71/g21/g24/g17/g20/g20/g17/g21/g19/g19/g27
Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200635
ENVIRONNEMENT DU TRAITEMENT DES EAUX URBAINES RÉSIDUAIRESANNEXE
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Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200636
ANNEXE
NOTES COMPLÉMENTAIRES RELATIVES AU SCHÉMA 
DIFFÉRENTES ÉTAPES DU TRAITEMENT 
DES EAUX RÉSIDUAIRES ET DES BOUES 
Les eaux résiduaires sont collectées par le réseau d’assainissement 
urbain et pompées vers la station de traitement des eaux urbaines résiduaires, où elles passent par plusieurs phases de traitement avant 
d’être déversées dans les voies d’eau du bassin hydrographique.
Prétraitement des eaux résiduaires 
Cette phase mécanique comporte l’élimination des plus gros déchets 
par criblage (papier, plastique, etc.), et celle du sable et des huiles par d’autres procédés. 
Traitement primaire des eaux résiduaires
Cette phase mécanique permet la séparation initiale des eaux rési-duaires et des particules résiduaires les plus importantes, qui se 
déposent dans le fond du bassin. Ces particules sont ensuite entraî-
nées et acheminées sous forme de boues d’épuration pour être trai-tées en vue de leur réutilisation. 
Traitement secondaire des eaux résiduaires
Cette phase biologique consiste à traiter les eaux résiduaires afin d’éliminer les polluants organiques biodégradables, mesurés par les concentrations de DBO5, DCO et SST (voir paramètres de  
qualité). 
Le type le plus commun de traitement secondaire comprend l’uti-
lisation de micro-organismes épurateurs qui décomposent et  consomment les matières biodégradables résiduaires. Cela aboutit à la séparation des boues d’épuration et à leur collecte, de façon similaire à celle décrite dans la phase de traitement primaire des eaux résiduaires. 
Traitement tertiaire des eaux résiduaires
Cette phase biologique/chimique sert, le cas échéant, à réduire les niveaux de concentration de nutriments dans les eaux résiduaires traitées avant qu’elles ne soient déversées dans les voies d’eau des bassins hydrographiques menacés d’eutrophisation.
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Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200637
L’eutrophisation est due à la prolifération accélérée d’algues provo-
quée par les nutriments; elle entraîne une diminution de la teneur en oxygène dans l’eau, et par voie de conséquence la disparition de plantes marines, de poissons et d’autres animaux aquatiques  
indigènes.
Les deux principaux nutriments responsables de l’eutrophisation 
sont le phosphore (pour les eaux douces) et l’azote (pour les eaux salées). 
Quatrième phase de traitement des eaux résiduaires
Cette phase de radiation sert, en cas de besoin, à éliminer les bac-téries nuisibles ( E. coli ) pour les personnes qui utilisent les eaux 
disponibles à proximité, généralement pour la baignade. Ce traite-ment comporte la désinfection des eaux résiduaires par la lumière ultraviolette. 
Traitement des boues d’épuration
Les boues d’épuration sont généralement déshydratées jusqu’à obte-nir une «bourbe» d’une teneur en eau de 20 %, appelée «boue bio-
logique». Elles peuvent faire l’objet d’une nouvelle déshydratation 
en vue d’en réduire la teneur en eau à 1 %, et de les transformer en granulés secs appelés «biofertilisants», qui sont ensuite expédiés pour être éliminés.
Les boues biologiques et les biofertilisants sont réutilisables dans 
l’agriculture, à condition que la teneur en polluants ne dépasse pas 
les limites prescrites. En outre, le biofertilisant peut être réutilisé pour la production d’énergie par incinération. 
La directive relative aux boues d’épuration impose également l’ana-
lyse périodique des sols agricoles pour en mesurer les concentrations en métaux lourds par rapport au niveau acceptable avant épandage 
des boues en question.
PARAMÈTRES DE CONTRÔLE DE LA QUALITÉ 
DÉFINIS PAR LES DIRECTIVES EUROPÉENNES
Eaux résiduaires traitées (directive relative au traitement 
des eaux urbaines résiduaires)
Les paramètres suivants sont testés sur les eaux résiduaires traitées par une station d’épuration avant que celles-ci ne soient déversées 
dans les eaux réceptrices du bassin hydrographique: 
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Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200638
Demande biologique d’oxygène (DBO)
Il s’agit de la quantité d’oxygène consommée par des micro-orga-
nismes pour éliminer les matières organiques et minérales biodé-
gradables contenues dans l’eau. La DBO5 est utilisée généralement 
pour mesurer la consommation d’oxygène en mg O2/l après cinq 
jours. Plus la valeur de la DBO5 est élevée, plus la consommation 
d’oxygène par les micro-organismes est grande, et plus la pollution 
est importante. 
Demande chimique en oxygène (DCO)
Il s’agit de la quantité d’oxygène consommée pour oxyder, par des 
moyens chimiques, les matières organiques et minérales présentes 
dans l’eau. Pour cette raison, la DCO inclut à la fois la matière bio-
dégradable caractérisée par la DBO5 et la matière non biodégradable 
oxydable. Ce paramètre est également exprimé en mg O2/l.
Solides en suspension totaux (SST)
Il s’agit de l’ensemble des particules minérales et organiques en 
suspension dans l’eau susceptibles d’être capturées par un filtre de 
porosité. Ce paramètre est également exprimé en mg/l.
Azote total (AT) et phosphore total (PT)
Il s’agit de la quantité de nutriments responsables de l’eutrophisation contenus dans l’eau. Ce paramètre est également exprimé en mg/l.
Traitement des boues d’épuration (directive relative aux boues d’épuration) 
Les métaux lourds ci-après sont analysés pour en déterminer les 
concentrations en mg/kg de matière sèche dans les boues avant  application aux sols à destination agricole:
cadmium, cuivre, nickel, plomb, zinc, mercure et chrome.
Qualité de l’eau des bassins hydrographiques 
(directive-cadre dans le domaine de l’eau)
L’Union européenne a élaboré une méthode d’analyse sophistiquée, des classifications des niveaux de contrôle et un système de contrôle, 
permettant de répartir les eaux des États membres selon cinq états 
écologiques dont deux, bon et très bon, sont considérés comme rem-plissant les conditions pour atteindre les objectifs de la politique de l’UE en matière d’eau pure.
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RÉPONSES 
DE LA COMMISSION
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des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200639
RÉPONSES 
DE LA COMMISSION
SYNTHÈSE
III.  
La Commission souligne que le traitement  
des eaux usées était un investissement clé 
prioritaire du Fonds de cohésion et du FEDER 
dans les quatre États membres ayant fait  l’objet de l’audit.
IV.  
La sous-utilisation de certaines stations  d’épuration est parfois liée à des retards  
dans la construction des systèmes de traite-
ment des eaux usées, conjugués à des muta-tions imprévisibles de l’activité économique. Par ailleurs, certains projets peuvent prévoir 
le traitement de sources d’eaux usées allant 
au-delà des exigences de la directive relative au traitement des eaux urbaines résiduai-res. Dans ce cas, une conception de la sta-tion d’épuration orientée vers l’avenir peut 
présenter un bon rapport coût/efficacité,  mais est susceptible d’amener temporaire-
ment la station à fonctionner en deçà de  ses capacités.
V.  
La Commission reconnaît que les investisse-
ments dans ce secteur doivent reposer sur 
une planification à long terme au niveau  local/régional. Elle convient également que les ressources financières devraient com-
prendre les fonds relevant de la politique  de cohésion, qu’il faut toutefois compléter par d’autres sources.
VI.  
Dans de nombreux cas, la qualité des boues, la situation géographique ou les considéra-tions économiques limitent la réutilisation des boues d’épuration.
VII.  
La Commission prépare une révision de la  directive relative aux boues d’épuration,  fondée sur l’élaboration d’une analyse d’im-pact complète des options et de leurs coûts 
et avantages.
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RÉPONSES 
DE LA COMMISSION
Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200640
VIII.  
La sélection, la mise en œuvre et le suivi  
des projets cofinancés incombent principa-lement aux États membres. 
Pour la période 2007-2013, la Commission a 
élaboré une liste de contrôle qu’il convient d’utiliser en interne lors de l’évaluation  des grands projets liés à l’eau et aux eaux  usées, afin d’apprécier leur cohérence avec 
l’acquis et la politique en matière d’environ-
nement. Toutefois, seuls les grands projets 
font actuellement l’objet d’une décision de la Commission (projets dans ce secteur d’un montant supérieur à 25 millions d’euros). 
IX.  
Avant de verser le solde à tout projet rele-
vant du Fonds de cohésion ou à tout grand projet, la Commission s’efforce de vérifier  que les conditions de financement sont rem-
plies et, en cas de besoin, elle demande des clarifications au bénéficiaire. La Commission 
examinera la meilleure manière de mettre  
en œuvre les recommandations formulées  par la Cour. 
En ce qui concerne les projets approuvés  
durant la période 2007-2013 dans le secteur des eaux résiduaires, une série d’indicateurs de résultat figurent dans les décisions de  cofinancement de la Commission (comme  le niveau de traitement et la capacité de la station). 
X.  
Au cours de la période 2000-2006, la Com-mission s’est efforcée de promouvoir le  
«principe du pollueur-payeur» en publiant  un document indicatif sur l’application de  
ce principe dans le cadre de la politique de 
cohésion. Elle a souligné l’importance de cet élément et a demandé aux États membres  de s’engager en faveur d’une application  renforcée de ce principe. Dès 2010, le prin-cipe du pollueur-payeur deviendra opéra-tionnel, conformément aux dispositions de la 
directive-cadre dans le domaine de l’eau. INTRODUCTION
2. 
c) Il convient de noter que les dispositions de la directive-cadre dans le domaine de l’eau 
n’étaient pas applicables aux projets et à la période ayant fait l’objet de l’audit (1994-
2006). 
Elles s’appliqueront aux projets élaborés  
après 2009. 
8. 
La Commission rappelle que la sélection, la 
mise en œuvre et le suivi des projets incom-bent principalement aux États membres. 
9. 
La Commission s’assure régulièrement du  respect de la directive relative au traite-
ment des eaux urbaines résiduaires. Les  quatre rapports de mise en œuvre publiés  
par la Commission à la fin de 2007 énumè-
rent les procédures d’infraction horizonta-
les engagées contre les États membres, et  
notamment contre ceux ayant fait l’objet  
de l’audit, ainsi que les arrêts rendus par la 
Cour de justice.  
11-12. 
Pour la période 2007-2013, la Commission  
ne peut, selon la réglementation, évaluer et 
approuver que les grands projets (montant supérieur à 25 millions d’euros pour les pro-jets en matière d’environnement) cofinancés 
par le Fonds de cohésion ou par le FEDER.  
Aucun rapport final ne doit être approuvé  par la Commission en ce qui concerne ces  
projets. 
Pour la période auditée, la Commission a  
examiné la qualité des projets individuels  
présentés par les États membres unique-
ment lorsqu’il s’agissait de projets relevant 
du Fonds de cohésion et de grands projets relevant du FEDER. 
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RÉPONSES 
DE LA COMMISSION
Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200641
La Commission fonde son examen des pro-
jets pour les deux périodes sur les facteurs socio-économiques, la cohérence et l’homo-généité du projet, le degré de maturité et  
la faisabilité, en ayant recours à des techni-ques telles que l’analyse coûts/avantages et 
le taux de rendement interne. Elle effectue 
l’évaluation finale en se basant sur le fait que le projet est opérationnel et conforme à la décision initiale. Le fonctionnement ultérieur proprement dit de la station d’épuration cofi-nancée ne relève pas de l’évaluation de la politique de cohésion, mais de la législation communautaire générale.
OBSERVATIONS
23. 
La sous-utilisation de certaines stations  d’épuration est parfois liée à des retards dans la construction des systèmes de traitement des eaux usées, conjugués à des mutations 
imprévisibles de l’activité économique. Par 
ailleurs, certains projets peuvent prévoir le 
traitement de sources d’eaux usées allant au-
delà des exigences de la directive. Dans ce 
cas, une conception de la station d’épuration 
orientée vers l’avenir peut présenter un bon 
rapport coût/efficacité, mais est susceptible d’amener temporairement la station à fonc-tionner en deçà de ses capacités. 
La Commission reconnaît que les investisse-
ments dans ce secteur doivent reposer sur une planification à long terme au niveau local/régional. Elle convient également que les res-
sources financières devraient comprendre les fonds relevant de la politique de cohésion, qu’il faut toutefois compléter par d’autres  
sources.
24. 
La croissance inattendue ou les évolutions 
socio-économiques observées dans la région en question font partie des risques auxquels 
est confronté le développement des projets. 
25. 
Dans l’ensemble, les stations de traitement 
des eaux résiduaires cofinancées ont permis 
d’améliorer la gestion des eaux usées dans 
les régions en question et de réduire leur  
incidence sur l’environnement. 26. 
La Commission prend note de ces éléments et procédera à des enquêtes complémentaires. Elle souligne toutefois que le fonctionnement des stations d’épuration et leur conformité à 
la législation communautaire relèvent de la 
responsabilité des États membres.
a) 
Le prétraitement des eaux industrielles usées devrait en effet être prévu au moment de la 
mise en service de la station de traitement des eaux urbaines résiduaires. Lorsque la  Commission examine le projet au niveau de la demande, il faudrait donc que le bénéfi-
ciaire démontre que les eaux industrielles  
usées sont correctement prétraitées ou qu’un plan d’action visant à résoudre le problème a été établi. 
Les rejets d’eaux industrielles usées devraient 
également faire l’objet d’une procédure  d’autorisation, ainsi que le prévoit la direc-
tive relative au traitement des eaux urbaines 
résiduaires (article 11).    
b) 
Les projets peuvent prévoir une assistance  technique en vue d’améliorer les capacités 
des bénéficiaires. 
c) 
La Commission s’est attachée à mettre en  
œuvre l’exigence relative à l’élimination  
des nutriments, tant en informant (lettre  
du 3 juillet 2003 aux États membres) qu’en entamant des procédures d’infraction (pour 
qualité insuffisante de l’effluent provenant 
des stations d’épuration et/ou pour identifi-cation inappropriée des zones sensibles) qui ont abouti à des arrêts de la Cour de justice 
(voir rapport de mise en œuvre de 2007).
27. 
a) La Commission a demandé des données  
concernant le contrôle et les performances 
des stations d’épuration pour le 5
e rapport  
de mise en œuvre de la directive relative au 
traitement des eaux urbaines résiduaires, qui doit être publié prochainement. 
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RÉPONSES 
DE LA COMMISSION
Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200642
32. 
Dans de nombreux cas, la qualité des boues, la situation géographique ou les considéra-tions économiques limitent la réutilisation 
des boues d’épuration.
a) 
La Commission explique le rejet des boues d’épuration dans des décharges communales à l’époque de l’audit par le manque d’intérêt des industries pour la réutilisation de ces  boues, conjugué aux réactions du public.
b) 
Pour ce qui est de la grande station d’épu-ration en Grèce, la Commission cofinance  
un projet portant sur l’extension et l’achè-
vement de cette station de traitement des  eaux résiduaires. Ce projet, qui comprend  la construction d’une unité de séchage des boues, vise l’utilisation ultérieure des boues 
séchées. Il a été approuvé en 2006 et sera  
finalisé à la fin de l’année 2009.
34. 
En ce qui concerne les contrôles de la qualité 
des boues d’épuration au titre de la direc-tive relative aux boues d’épuration, cer-
tains États membres ont établi des limites  maximales inférieures à celles fixées par la directive. Des contrôles de paramètres sup-plémentaires peuvent se révéler nécessai-res en fonction des types d’eaux résiduaires 
rejetées dans les égouts (comme les eaux  industrielles usées). 
35. 
La Commission prépare une révision de la  directive de 1986 relative aux boues d’épu-
ration, fondée sur l’élaboration d’une ana-
lyse d’impact complète des options et de  leurs coûts et avantages.
Le calendrier indicatif est le suivant: éla-
boration d’une analyse de l’impact d’une  
éventuelle proposition législative en 2009  et adoption d’une éventuelle proposition  
législative en 2010.36. 
L’analyse de l’impact de la révision de la  directive relative aux boues d’épuration doit 
examiner les risques sociaux, économiques et en matière d’environnement que com-porte l’épandage des boues d’épuration. Le 
renforcement des valeurs limites existantes 
pour les métaux lourds et l’instauration de 
limites supplémentaires pour les polluants 
organiques et autres font partie des princi-pales options qui seront envisagées. 
39. 
La Commission renvoie aux réponses figu-
rant aux points 8, 9 et 12. 
41. 
Pour la période 2007-2013, la Commis-sion a élaboré une liste de contrôle qu’il  convient d’utiliser en interne lors de l’éva-
luation des grands projets liés à l’eau et  aux eaux usées, afin d’apprécier leur cohé-
rence avec l’acquis et la politique en matière 
d’environnement. 
42. 
Un guide ainsi qu’une liste de vérification  
pour les grands projets ne sont pas contrai-
gnants pour les États membres, mais ont un caractère purement indicatif.
La Commission organise régulièrement, pour 
la période 2007-2013, des sessions de for-
mation interne consacrées à l’évaluation des projets liés à l’eau et aux eaux usées. 
43. 
a) Pour la période 2007-2013, les bénéficiaires de projets doivent mentionner la destina-tion finale des boues dans la demande, ce  qui implique une estimation préliminaire de 
la qualité et de la quantité de ces boues.   Toutefois, lorsque les investissements sont entièrement nouveaux, il n’est pas possi-
ble de connaître précisément la qualité des boues d’épuration. 
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RÉPONSES 
DE LA COMMISSION
Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200643
b) 
En ce qui concerne la période ayant fait  l’objet de l’audit (1994-2006), il n’y avait  d’indicateurs de performance relatifs à la  
qualité des eaux, au niveau européen, que pour certaines eaux (par exemple, captage 
d’eau potable, eaux de baignade). Dès lors, 
les indicateurs figurant dans le guide du  Fonds de cohésion 2000-2006 ne pouvaient pas s’appliquer à l’ensemble des projets. Des indicateurs de performance complets n’ont été instaurés que par la directive-cadre dans le domaine de l’eau; les objectifs doivent  être définis pour décembre 2009 et réalisés, 
en général, pour décembre 2015. 
45. 
La Commission souligne qu’elle ne dispose ni de la base juridique ni des ressources  nécessaires pour évaluer de manière plus  
détaillée les demandes de projet.
a) 
La Commission a, dans plusieurs cas, pour-suivi les États membres devant la Cour de  justice, et notamment les quatre États mem-bres ayant fait l’objet de l’audit, pour qualité 
insuffisante de l’effluent provenant des sta-
tions d’épuration et/ou pour identification inappropriée des zones sensibles, et elle  continuera à agir de la sorte. 
b) 
En ce qui concerne l’élimination inappro-priée des boues d’épuration dans une station 
importante située en Grèce, la Commission 
était consciente du problème et a demandé 
à l’État membre de trouver une solution, qui a été mise en œuvre avec l’aide de la Com-mission [voir point 32 b)]. 
47. 
La Commission effectue l’évaluation finale en 
se basant sur le fait que le projet est opéra-tionnel et conforme à la décision initiale. Le 
fonctionnement ultérieur proprement dit de la station d’épuration cofinancée ne relève pas de l’évaluation de la politique de cohé-
sion. En outre, les États membres ne sont  
pas juridiquement tenus de fournir systé-
matiquement des informations sur la qualité des eaux déversées et des eaux réceptrices ainsi que sur la qualité et la nature de l’éli-
mination des boues d’épuration.48. 
Un outil informatique récemment mis en  
place devrait rendre la procédure de clô-
ture à venir plus facile et plus transparente. 
Les contrôles sont effectués au cas par cas, 
notamment lorsqu’un projet a connu des dif-
ficultés. La suspension ou l’annulation du  
paiement du solde peut également avoir lieu après réception et analyse du rapport final par la Commission. 
49. 
La Commission renvoie aux commentaires  relatifs aux points 43 b) et 55. 
53. 
La Commission évalue actuellement la  
nécessité de procéder à une révision de la 
législation relative aux détergents, fondée 
sur l’élaboration d’une analyse d’impact  complète des options et de leurs coûts et  
avantages.
55. 
Au cours de la période 2000-2006, la Com-
mission s’est efforcée de promouvoir le  
«principe du pollueur-payeur» en publiant  un document indicatif sur l’application de  ce principe et un guide de l’analyse des  
coûts et avantages (2002). Ces instruments ont nécessité des États membres qu’ils s’en-gagent en faveur d’une application renfor-
cée des principes du pollueur-payeur et du recouvrement des coûts. Dès 2010, ces prin-cipes deviendront opérationnels, conformé-
ment aux dispositions de la directive-cadre 
dans le domaine de l’eau. 
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RÉPONSES 
DE LA COMMISSION
Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200644
CONCLUSIONS 
ET RECOMMANDATIONS
59. 
a) 
La sous-utilisation de certaines stations  
d’épuration est parfois liée à des retards  dans la construction des systèmes de traite-ment des eaux usées, conjugués à des muta-
tions imprévisibles de l’activité économique. Par ailleurs, certains projets peuvent prévoir le traitement de sources d’eaux usées allant au-delà des exigences de la directive. Dans 
ce cas, une conception de la station d’épu-ration orientée vers l’avenir peut présenter un bon rapport coût/efficacité, mais est sus-ceptible d’amener temporairement la station à fonctionner en deçà de ses capacités. 
b) 
La Commission souligne que le fonction-nement des stations d’épuration et leur  
conformité à la législation communautaire 
relèvent de la responsabilité des États mem-
bres. Elle a, dans plusieurs cas, poursuivi les 
États membres devant la Cour de justice, et notamment les quatre États membres ayant fait l’objet de l’audit, pour qualité insuffi-sante de l’effluent provenant des stations  
d’épuration et/ou pour identification inap-
propriée des zones sensibles, et elle conti-
nuera à agir de la sorte.
60. 
a) 
La Commission reconnaît que les investisse-
ments dans ce secteur doivent reposer sur une planification à long terme au niveau  local/régional. Elle convient également que 
les ressources financières devraient com-
prendre les fonds relevant de la politique  de cohésion, qu’il faut toutefois compléter 
par d’autres sources.  
b) 
Les instruments de régulation des rejets  d’eaux industrielles usées figurent dans la  
directive relative au traitement des eaux  
urbaines résiduaires (article 11) et devraient être mis en œuvre par les États membres.   62. 
a) Dans de nombreux cas, la qualité des boues, 
la situation géographique ou les considéra-
tions économiques limitent la réutilisation 
des boues d’épuration.
63. 
a) 
La Commission reconnaît que les projets  dans ce secteur devraient mentionner une  
stratégie de gestion des boues d’épuration. 
Cet aspect est contrôlé en ce qui concerne 
les nouveaux projets présentés durant la  période 2007-2013. 
b) 
En 2007, les États membres ont été invités 
à fournir des données sur la production de 
boues d’épuration, dans le cadre de l’éla-
boration du 5
e rapport de mise en œuvre de 
la directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires. L’obligation de déclara-
tion a encouragé les États membres à consti-
tuer des bases de données nationales. 
c) 
La Commission prépare une révision de la  directive relative aux boues d’épuration,  
fondée sur l’élaboration d’une analyse d’im-
pact complète des options et de leurs coûts et avantages.
64. 
La Commission rappelle que la sélection, la 
mise en œuvre et le suivi des projets incom-bent principalement aux États membres. 
a) 
La Commission ne dispose ni de la base juri-dique ni des ressources nécessaires pour  entreprendre une évaluation détaillée.  
Toutefois, l’évaluation des grands projets a 
été rationalisée pour la période 2007-2013 et les projets ne peuvent bénéficier d’un  cofinancement s’ils ne remplissent pas des 
exigences minimales (comme fournir des  informations relatives à la stratégie de ges-
tion des boues). On s’emploie à remédier à cette situation en recourant à des listes de contrôle et à une formation spécifique. 
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RÉPONSES 
DE LA COMMISSION
Rapport spécial n° 3/2009 — Efficacité des dépenses relevant d’actions structurelles concernant 
des projets de traitement des eaux résiduaires pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-200645
b) 
Pour ce qui est de la période 2007-2013,  seuls les grands projets de traitement des  eaux urbaines résiduaires feront l’objet de 
décisions individuelles de la Commission,  tant dans le cadre du Fonds de cohésion  
que du FEDER. En règle générale, la Com-
mission ne pratiquera pas le même niveau de détail que par le passé en ce qui concerne la mise en œuvre et la finalisation des grands projets. 
65. 
b) 
Au cours de la période 2000-2006, la Com-
mission s’est efforcée de promouvoir le  
«principe du pollueur-payeur» en publiant  
un document indicatif sur l’application de  ce principe et en mettant en exergue son  importance dans le guide de la politique de 
cohésion. Le guide de l’analyse des coûts  et avantages (2002) a également fourni aux 
États membres des orientations appropriées 
en vue d’améliorer le recouvrement des  
coûts. Cependant, comme ces orientations 
n’étaient pas juridiquement contraignantes, 
la Commission ne pouvait qu’inviter les États 
membres à s’engager en faveur d’une appli-
cation renforcée de ce principe.  
66. 
a) 
Pour la période 2007-2013, la Commission a 
élaboré une liste de contrôle qu’il convient d’utiliser en interne lors de l’évaluation des grands projets liés à l’eau et aux eaux usées, 
afin d’apprécier leur cohérence avec l’acquis et la politique en matière d’environnement, y compris, notamment, sur le plan de la qua-
lité des eaux déversées et de la gestion des 
boues. Parallèlement, un certain nombre  d’indicateurs de résultat figurent dans les  
décisions de la Commission relatives aux  
projets individuels (comme le niveau de trai-
tement et la capacité de la station). c) 
La Commission évalue actuellement la  nécessité de procéder à une révision de la 
législation relative aux détergents, fondée sur l’élaboration d’une analyse d’impact  complète des options et de leurs coûts et  
avantages.
d) 
Le nouveau guide de l’analyse coûts/avanta-
ges des projets d’investissement (juin 2008) 
souligne le rôle essentiel du principe du  
pollueur-payeur ainsi que du recouvrement intégral des coûts pour les projets de trai-tement des eaux usées. L’application de ces principes est désormais soutenue par les exi-
gences juridiques de la directive-cadre dans le domaine de l’eau et permettra d’ici à 2010 une meilleure tarification de l’eau, fondée  
sur le recouvrement des coûts.
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RÉPONSES 
DE LA COMMISSION
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Cour des comptes européenne
Rapport spécial no 3/2009
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pour les périodes de programmation 1994-1999 et 2000-2006
Luxembourg: Office des publications officielles des Communautés européennes2009 — 45 p. — 21 × 29,7 cm
ISBN 978-92-9207-252-0
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2009
EFFICACITÉ DES DÉPENSES 
RELEVANT D’ACTIONS STRUCTURELLES CONCERNANT DES PROJETS DE TRAITEMENT 
DES EAUX RÉSIDUAIRES  POUR LES PÉRIODES 
DE PROGRAMMATION 19941999 ET 20002006COUR DES COMPTES 
EUROPÉENNE
Rapport spécial   no 3LES EAUX RÉSIDUAIRES ET LES BOUES D’ÉPURATION PROVENANT DES 
AGGLOMÉRATIONS URBAINES PEUVENT AFFECTER LA QUALITÉ DES EAUX DES LACS, RIVIÈRES ET EAUX CÔTIÈRES DE L ’EUROPE, AINSI QUE CELLE DE SES SOLS ET DE SES EAUX SOUTERRAINES. AUSSI L ’UNION EUROPÉENNE ATELLE ADOPTÉ UN ENSEMBLE DE DIRECTIVES ET COFINANCÉ LA CONSTRUCTION DE STATIONS DE TRAITEMENT DES EAUX URBAINES RÉSIDUAIRES. DANS LE PRÉSENT RAPPORT, LA COUR ANALYSE SI LE NIVEAU DE PERFORMANCE EN MATIÈRE DE TRAITEMENT 
DES EAUX RÉSIDUAIRES DES STATIONS D’ÉPURATION COFINANCÉES 
PAR L ’UE S’AVÈRE SATISFAISANT, ET SI LES BOUES PRODUITES PAR LES 
STATIONS DE TRAITEMENT SONT UTILISÉES DE MANIÈRE APPROPRIÉE. 
LE RÔLE DE LA COMMISSION Y FAIT ÉGALEMENT L ’OBJET D’UN EXAMEN.
COUR DES COMPTES EUROPÉENNE
FR
QJ-AB-09-003-FR-C
ISBN 978-92-9207-252-0
ISSN 18310850
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