Rapport spécial Lutte contre 
l’eutrophisation en mer 
Baltique: des actions 
supplémentaires et plus 
efficaces sont nécessairesFR 2016  n° 03
COUR DES
COMPTES
EUROPÉENN E

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PDF ISBN 978-92-872-4427-7 ISSN 1977-5695 doi:10.2865/060799 QJ-AB-16-005-FR-N
EPUB ISBN 978-92-872-4389-8 ISSN 1977-5695 doi:10.2865/284121 QJ-AB-16-005-FR-E
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Lutte contre 
l’eutrophisation en mer 
Baltique: des actions 
supplémentaires et plus 
efficaces sont nécessaires
(présenté en vertu de l’article 287, paragraphe 4, deuxième 
alinéa, du TFUE)Rapport spécialFR 2016  n° 03
02
 Équipe d’audit
Les rapports spéciaux de la Cour présentent les résultats de ses audits de la performance et de conformité relatifs à des 
domaines budgétaires ou questions de gestion spécifiques. La Cour sélectionne et conçoit ces activités d’audit de manière 
à maximiser leur incidence en tenant compte des risques susceptibles d’affecter la performance ou la conformité, du niveau des 
recettes ou des dépenses concernées, des évolutions escomptées ainsi que de l’importance politique et de l’intérêt du public.
Le présent audit de la performance a été réalisé par la Chambre II, présidée par M. Henri Grethen, Membre de la Cour, et com -
pétente pour les domaines de dépenses Politiques structurelles, transports et énergie. L’audit a été effectué sous la respon -
sabilité de M. Ville Itälä, Membre de la Cour, assisté de: M. Turo Hentilä, chef de cabinet, et Mme Outi Grönlund, attachée de 
cabinet; M. Alain Vansilliette, manager principal; Mme Maria del Carmen Jimenez, chef de mission; Mmes Zuzana Gullova et Vivi 
Niemenmaa, ainsi que MM. Krzysztof Zalega, Nils Odins, Tomasz Plebanowicz et Jean-François Hynderick, auditeurs.
De gauche à droite:  T. Hentilä, V. Niemenmaa, A. Vansilliette, V. Itälä, M. d. C. Jimenez, T. Plebanowicz, K. Zalega, 
J.-F. Hynderick.

03
 Table  
des matières
Points
 Glossaire et acronymes
I – IX Synthèse
1 – 14 Introduction
1 – 5 La mer Baltique et l’eutrophisation
6 – 11 Les instruments juridiques de l’UE pour lutter contre la pollution de l’eau par les nutriments
12 – 14 Les instruments budgétaires de l’UE disponibles pour lutter contre la pollution de l’eau par les 
nutriments
15 – 17 Étendue et approche de l’audit
18 – 112 Observations
18 – 41 Mise en œuvre, par les États membres, des actions visant à réduire les apports de nutriments en 
mer Baltique
23 – 25 Réduction des apports de nutriments en mer Baltique: progrès limités
26 – 31 Les plans de réduction des nutriments établis par les États membres manquaient d’ambition et 
d’indicateurs appropriés
32 – 36 Les États membres visités ne tiennent que partiellement compte des recommandations Helcom dans leurs 
plans ou cadre juridique
37 – 41 La fiabilité des données de suivi relatives aux apports de nutriments en mer Baltique n’est pas garantie
42 – 69 Efficacité des actions visant à réduire la pollution causée par les nutriments provenant des eaux 
urbaines résiduaires
46 – 54 La plupart des États membres ne respectent pas encore la directive relative au traitement des eaux urbaines 
résiduaires
55 – 57 Les stations d’épuration des eaux résiduaires cofinancées par l’UE sont efficaces mais leur durabilité n’est 
pas toujours garantie
58 – 64 Le suivi, par la Commission, de l’application de la directive par les États membres n’est pas assuré en temps 
opportun
65 – 69 Le soutien de l’UE à la Russie et à la Biélorussie présente potentiellement un bon rapport coût-efficacité 
mais sa portée est très limitée par rapport aux besoins et la mise en œuvre des projets est longue
04 Table des matières  
70 – 102 Efficacité des actions visant à réduire la pollution de l’eau par les nutriments agricoles
75 – 83 La directive sur les nitrates n’est pas appliquée efficacement en dépit d’un suivi relativement satisfaisant de 
la part de la Commission
84 – 90 Le mécanisme de conditionnalité contribue à assurer l’application de la directive sur les nitrates et le respect 
des autres obligations en matière de fertilisation, mais il n’est pas pleinement efficace
91 – 102 Dans les États membres visités, les mesures de développement rural cofinancées par l’UE pendant la 
période 2007-2013 ont eu peu d’effet sur la réduction de la pollution par les nutriments dans les masses 
d’eau
103 – 112 La valeur ajoutée de la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique en ce qui concerne la 
réduction des apports de nutriments
105 Un réseau complexe en matière de gouvernance et une valeur ajoutée difficile à évaluer
106 – 108 Les projets phares contribuent à diffuser les bonnes pratiques, mais leur impact sur la réduction des 
nutriments n’a pas été démontré
109 – 112 Les programmes opérationnels doivent mieux tenir compte de la stratégie de l’UE pour la région de la mer 
Baltique
113 – 128 Conclusions et recommandations
 Annexe I  — Valeurs cibles concernant la réduction des apports de nutriments
 Annexe II  — Évolution, par pays, des apports azotés et phosphorés en mer Baltique
 Annexe III  — Respect des plafonds en matière d’apports, par sous-bassin
 Annexe IV —  Concentration en nutriments dans les effluents rejetés par les stations d’épuration 
des grandes villes des États membres riverains de la mer Baltique (2013)
 Annexe V —  Projets phares et autres projets importants pour la mise en œuvre de la stratégie 
de l’UE pour la région de la mer Baltique
 Réponses de la Commission
05
 Glossaire et acronymes
Bassin hydrographique : zone dans laquelle toutes les eaux de ruissellement convergent, par un réseau de rivières, de 
fleuves et éventuellement de lacs vers la mer, dans laquelle elles se déversent par une embouchure, un estuaire ou un 
delta unique. Le district est la partie du bassin hydrographique propre à un État membre en particulier.
ERMG : exigences réglementaires en matière de gestion.
État des eaux : terme faisant référence à l’état d’une masse d’eau intérieure de surface, déterminé par son état écologique 
et son état chimique. Pour les eaux marines, l’état des eaux correspond à l’état écologique, déterminé en fonction de 
critères différents de ceux applicables à l’état d’une masse d’eau intérieure de surface.
Helcom : Commission d’Helsinki (voir point 8).
Masse d’eau : une partie distincte et importante des eaux de surface. Elle englobe les lacs, réservoirs, rivières, fleuves, 
canaux, eaux de transition et portions d’eaux côtières.
Principe du pollueur-payeur : principe énoncé dans le traité sur le fonctionnement de l’Union européenne (article 191, 
paragraphe 2). En ce qui concerne les eaux résiduaires, il implique que ceux qui déversent de telles eaux doivent payer 
pour la pollution engendrée (à titre d’exemple, les ménages doivent payer une redevance pour le service de traitement 
de leurs eaux résiduaires, tandis que les stations d’épuration versent une redevance pour la pollution résiduelle).
Programme de mesures : partie du plan de gestion des bassins hydrographiques qui indique les mesures nécessaires 
pour remettre les masses d’eau en bon état, compte tenu des caractéristiques du district hydrographique. Des 
programmes de mesures similaires doivent être élaborés pour restaurer la qualité des eaux marines.
Sources de pollution : il existe deux principaux types de sources de pollution hydrique:  
les sources diffuses pour lesquelles il n’y a pas de point de rejet spécifique; les activités agricoles et sylvicoles sont celles 
qui contribuent le plus largement à cette pollution, avec les habitations non raccordées au réseau d’assainissement;  
les sources ponctuelles pour lesquelles il y a un point de rejet spécifique; il s’agit des rejets provenant des stations 
d’épuration des eaux urbaines résiduaires, des industries ainsi que des exploitations piscicoles.
06
 Synthèse
I
La mer Baltique est bordée par huit États membres de l’Union européenne (UE) (le Danemark, l’Allemagne, l’Estonie, la 
Lettonie, la Lituanie, la Pologne, la Finlande et la Suède) ainsi que par la Russie. Elle est l’une des mers les plus polluées du 
monde. La lutte contre l’eutrophisation est considérée comme un défi majeur. La directive-cadre «stratégie pour le milieu 
marin» de 2008 vise à parvenir à un bon état écologique du milieu marin de l’UE d’ici à 2020. En vertu de cette directive, 
les États membres sont tenus de coopérer au sein de chaque région et sous-région afin d’atteindre les objectifs qui y sont 
fixés au moyen, par exemple, des structures déjà en place dans le cadre de conventions sur les mers régionales, lorsque 
cela est réalisable et opportun. La convention concernant la mer Baltique est la convention d’Helsinki [régie par la Com -
mission d’Helsinki (Helcom)] et son plan d’action pour la mer Baltique, qui imposent aux pays signataires de réduire les 
charges en nutriments.
II
En 2009, le Conseil européen a adopté une stratégie macrorégionale, à savoir la stratégie de l’Union européenne pour 
la région de la mer Baltique visant en particulier à favoriser la protection de l’environnement, y compris la réduction des 
charges en nutriments, par la mise en place de solutions innovantes et le renforcement de la coopération entre les pays 
limitrophes.
III
Les principales sources des charges en nutriments entraînant une eutrophisation sont l’agriculture et les eaux urbaines 
résiduaires. Pendant la période 2007-2013, la contribution de l’UE aux projets de collecte et de traitement des eaux rési -
duaires dans les cinq États membres situés en bordure de la mer Baltique et bénéficiant de l’aide de l’UE dans ce domaine 
s’est élevée à 4,6 milliards d’euros. Les mesures de développement rural, y compris la protection de l’eau, en faveur des 
huit États membres riverains de la mer Baltique ont représenté un montant de 9,9 milliards d’euros.
IV
L’audit effectué par la Cour apporte une réponse à la question de savoir si les actions de l’UE visant à aider les États 
membres à réduire les charges en nutriments en mer Baltique ont été efficaces. La conclusion générale est que ces 
actions n’ont permis de réaliser que des progrès limités en ce qui concerne la réduction des nutriments en mer Baltique.
V
Les plans des États membres pour réduire la quantité de nutriments selon la préconisation de Helcom reposent sur les 
plans de gestion des bassins hydrographiques élaborés sur la base de la directive-cadre sur l’eau. Ces plans manquent 
d’ambition, car ils sont centrés sur des «mesures de base» visant à mettre en œuvre les directives de l’UE relatives aux 
causes spécifiques de la pollution par les nutriments, c’est-à-dire principalement les eaux urbaines résiduaires et les 
activités agricoles. Une moindre importance est accordée aux mesures de contrôle des sources diffuses de nutriments 
ainsi qu’aux «mesures supplémentaires» définies dans la directive-cadre sur l’eau. Les mesures sont établies sur la base 
d’informations insuffisantes. Elles sont également dépourvues de valeurs cibles et d’indicateurs appropriés permettant 
d’évaluer les résultats obtenus en ce qui concerne la réduction des charges en nutriments dans les masses d’eau.
Synthèse 07
VI
Les actions visant à réduire les charges en nutriments provenant des agglomérations urbaines ont conduit à leur diminu -
tion. Plusieurs agglomérations appliquent au traitement de leurs eaux urbaines résiduaires des normes plus rigoureuses 
que celles définies dans la directive y afférente. Toutefois, malgré l’importance des fonds alloués par l’UE, la mise en 
œuvre de la directive connaît des retards dans les États membres ayant adhéré à l’Union en 2004. En outre, parmi les États 
membres riverains de la mer Baltique tenus de se conformer à la directive avant 2012, certains n’y satisfont pas. Le suivi, 
par la Commission, de l’application de la directive par les États membres n’a pas été assuré en temps opportun. En Russie 
et en Biélorussie, les actions de l’UE concernant les eaux urbaines résiduaires présentent un rapport coût-efficacité poten -
tiellement bon, mais leur portée est très limitée par rapport aux besoins et la mise en œuvre des projets est longue.
VII
Les États membres riverains de la mer Baltique n’appliquent pas la directive sur les nitrates de manière pleinement effi -
cace. Des domaines importants ne sont pas correctement définis et les obligations imposées par les États membres dans 
leurs programmes d’action ne sont pas assez strictes. En ce qui concerne les conditions de fertilisation par les apports de 
nutriments, l’effet dissuasif du mécanisme de conditionnalité est insuffisant étant donné que le niveau à atteindre pour 
que la pratique soit jugée conforme demeure élevé. Même si tous les plans de gestion de bassin hydrographique com -
portent des mesures supplémentaires visant à lutter contre les charges en nutriments d’origine agricole, ils ne ciblent pas 
suffisamment les zones qui en ont besoin. En outre, aucun État membre n’a retenu l’option, prévue dans la réglementa -
tion de l’UE, consistant à imposer certaines de ces mesures aux exploitations agricoles situées dans les zones en question.
VIII
La stratégie de l’Union européenne pour la région de la mer Baltique accroît l’importance politique de l’état environne -
mental de cette mer ainsi que de la coopération régionale mais, à ce jour, il est difficile d’en évaluer la valeur ajoutée sur 
le plan de la réduction des apports en nutriments.
IX
Nous formulons un certain nombre de recommandations visant à améliorer l’efficacité des actions de lutte contre l’eutro -
phisation en mer Baltique.
08
 Introduction
La mer Baltique et l’eutrophisation
01 
La mer Baltique est l’une des mers les plus polluées du monde et la lutte contre 
l’eutrophisation y est considérée comme le principal défi 1. La mer Baltique est bor -
dée par neuf pays: huit États membres de l’UE (le Danemark, l’Allemagne, l’Estonie, la 
Lettonie, la Lituanie, la Pologne, la Finlande et la Suède) ainsi que la Russie. La Biélo -
russie est un autre grand pays faisant partie de ce bassin versant.
02 
L’eutrophisation est un processus qui s’enclenche lorsqu’un excédent de nutriments, 
principalement l’azote et le phosphore, résultant en grande partie de l’activité 
humaine, pénètre dans une masse d’eau. Des concentrations élevées en nutriments 
provoquent une prolifération d’algues, potentiellement toxiques (voir photo 1 ).1 Agence  européenne pour 
l’environnement, Nutrients in 
transitional, coastal and marine 
waters  («Nutriments dans les 
eaux de transition, les eaux 
côtières et les eaux marines») 
(CSI 021). Évaluation publiée 
en mars 2013.
Photo 1 — Eaux marines eutrophes
Source:  Helcom, photo par SamuliKorpinen.
09 Introduction 
03 
L’eutrophisation peut considérablement nuire à la richesse du milieu marin en rédui -
sant la biodiversité, en altérant l’apparence du littoral et en diminuant les stocks ha -
lieutiques. Les sous-bassins marins les plus affectés sont le golfe de Finlande, le golfe 
de Riga, ainsi que la zone centrale et la plus profonde de la mer Baltique, dénommée 
mer Baltique centrale (voir figure 1 ).Figure 1Eutrophisation en mer Baltique
Source:  Helcom. What was the eutrophication status of the Baltic Sea in 2003-2007?  («Quel était 
l’état d’eutrophisation de la mer Baltique pendant la période 2003-2007?», Pyhälä Minna, 
Frias Vega Manuel, Laamanen Maria, Fleming-Lehtinen Vivi, Nausch Günther et Norkko Alt (2010).
Swed enFinland
Russia
Norway
PolandBelarusLatvia
Lithuani a
GermanyEstonia
Denmark
HELCOM 2 010Eutrophication status
GOOD
BADGulf of Finland
Gulf of RigaGulf of Riga
Baltic Proper
10 Introduction 
04 
Les principales sources de nutriments en mer sont les charges d’origine hydrique 
provenant des eaux intérieures via les cours d’eau et les rejets côtiers. Les concentra -
tions d’origine hydrique représentent 78 % de la quantité totale d’azote et 95 % de la 
quantité totale de phosphore se retrouvant en mer Baltique 2. Les deux plus impor -
tantes sources de charges en nutriments d’origine hydrique sont: les sources diffuses, 
principalement l’agriculture (45 % des quantités totales d’azote et de phosphore) 
et les sources ponctuelles (12 % de la quantité totale d’azote et 20 % de la quantité 
totale de phosphore) 3.
05 
Le changement climatique pose deux autres défis. Tout d’abord, selon les prévisions, 
des hivers plus courts et plus humides causeront un amincissement de la couche de 
neige et de glace et, par suite, un ruissellement plus important à partir des bassins 
versants des fleuves. En conséquence, des concentrations de nutriments de plus en 
plus élevées se retrouveront en mer, ce qui aggravera l’eutrophisation 4. Ensuite, la 
hausse de la température de la mer créera des conditions propices à la prolifération 
d’algues et à un allongement de leur période de développement.
Les instruments juridiques de l’UE pour lutter contre  
la pollution de l’eau par les nutriments
06 
La qualité des eaux marines de l’UE est régie par la directive-cadre «stratégie pour 
le milieu marin» 5 de 2008, dont l’objectif est de garantir que le milieu marin de l’UE 
soit dans un bon état écologique d’ici à 2020. La mise en œuvre de la directive en 
est encore à un stade précoce: pour octobre 2012, les États membres devaient avoir 
notifié à la Commission leur définition de «bon état écologique du milieu marin» sur 
la base des descripteurs proposés par la directive (l’un d’eux étant l’eutrophisation), 
une évaluation initiale de l’état de leur milieu marin respectif, ainsi que leurs objectifs 
environnementaux et les indicateurs correspondants.
07 
La mise en œuvre de la directive incombe aux États membres. Fin 2015, ceux-ci 
devaient avoir élaboré un programme de mesures en vue d’atteindre un bon état 
écologique. Les programmes respectifs doivent être adressés à la Commission pour 
mars 2016. En règle générale, les États membres doivent s’appuyer, dans la mesure du 
possible, sur les objectifs et les activités définis dans les conventions existantes sur 
les mers régionales.2 Helcom, mise à jour de Fifth 
Baltic Sea Pollution Load 
Compilation  («Cinquième 
recensement des charges de 
pollution en mer Baltique») 
(PLC-5.5) – 2015 (données de 
2010).
3 Helcom, Fifth Baltic Sea 
Pollution Load Compilation  
(PLC-5) – 2011 (données de 
2006).
4 Second Assessment of Climate 
Change for the Baltic Sea Basin  
(«Deuxième évaluation du 
changement climatique 
concernant le bassin de la mer 
Baltique»), The BACC II Author 
Team , Études régionales sur le 
climat, Springer International 
Publishing , 2015.
5 Directive 2008/56/CE du 
Parlement européen et du 
Conseil du 17 juin 2008 
établissant un cadre d’action 
communautaire dans le 
domaine de la politique pour 
le milieu marin (JO L 164 
du 25.6.2008, p. 19).
11 Introduction 
08 
En ce qui concerne la mer Baltique, une convention régionale a été signée en 1974: 
il s’agit de la convention d’Helsinki sur la protection du milieu marin dans la zone de 
la mer Baltique. Les signataires actuels sont l’Allemagne, le Danemark, l’Estonie, la 
Finlande, la Lettonie, la Lituanie, la Pologne, la Russie, la Suède et l’Union européenne. 
En 2007, la Commission d’Helsinki (Helcom), instance dirigeante de la convention, 
a proposé le plan d’action pour la mer Baltique en vue de rétablir un bon état écolo -
gique d’ici à 2021. Les signataires ont adopté ce plan.
09 
Pour atteindre un bon état écologique du milieu marin, il est essentiel que l’eau 
des fleuves se déversant dans les mers soit de bonne qualité. La directive-cadre sur 
l’eau de 2000 6 prévoit un cadre pour la protection des eaux intérieures, des eaux de 
transition et des eaux côtières. Elle vise à garantir le bon état des eaux de surface 
et des eaux souterraines pour 2015 ou, dans certains cas exceptionnels, d’ici à 2021 
ou 2027. Les États membres ont tout d’abord été priés d’élaborer des plans de gestion 
des bassins hydrographiques avant décembre 2009, de recenser les masses d’eau 
pour lesquelles cet objectif risquait de ne pas être atteint en 2015 et de préciser les 
pressions majeures qui les affectent. À l’instar de la directive-cadre «stratégie pour 
le milieu marin», ces plans de gestion des bassins hydrographiques comportent un 
programme de mesures visant à contribuer à la réalisation des objectifs de la direc -
tive-cadre sur l’eau.
10 
Ces programmes doivent au moins inclure les mesures nécessaires à une mise en 
œuvre intégrale des directives existantes en matière de préservation de la qualité de 
l’eau ainsi que d’autres mesures rendues obligatoires par la directive-cadre sur l’eau 
(en particulier les mesures de contrôle des sources diffuses de pollution) 7. Les direc -
tives existantes comprennent notamment:
- la directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires 8, qui porte sur la 
collecte et le traitement des eaux résiduaires provenant des agglomérations;
- la directive «Nitrates» de 1991 9 concernant l’adoption de mesures visant à garan -
tir que les exploitants de zones agricoles qui provoquent ou risquent de provo -
quer une pollution des eaux par les nitrates (appelées «zones vulnérables aux 
nitrates») respectent les exigences minimales en matière d’utilisation des engrais 
azotés.
11 
Enfin, la stratégie de l’Union européenne pour la région de la mer Baltique a été 
adoptée par le Conseil européen en 2009. Cette stratégie définit différents objectifs 
s’inscrivant dans le cadre de trois priorités: «Sauver la mer Baltique», «Désenclaver la 
région» et «Accroître la prospérité». L’un des sous-objectifs associés à la priorité «Sau -
ver la mer Baltique», à savoir «Propreté de l’eau de mer», reprend les valeurs cibles 
fixées dans le plan d’action pour la mer Baltique en ce qui concerne la réduction des 
apports de nutriments. L’action de l’UE vise à promouvoir la coopération entre les 
pays riverains, tant les États membres que les pays tiers.6 Directive 2000/60/CE du 
Parlement européen et du 
Conseil du 23 octobre 2000 
établissant un cadre pour une 
politique communautaire 
dans le domaine de l’eau 
(JO L 327 du 22.12.2000, p. 1).
7 Directive-cadre sur l’eau, 
article 11, paragraphe 3, 
point h).
8 Directive 91/271/CEE du 
Conseil du 21 mai 1991 relative 
au traitement des eaux 
urbaines résiduaires (JO L 135 
du 30.5.1991, p. 40).
9 Directive 91/676/CEE du 
Conseil du 12 décembre 1991 
concernant la protection des 
eaux contre la pollution par les 
nitrates à partir de sources 
agricoles (JO L 375 
du 31.12.1991, p. 1).
12 Introduction 
Les instruments budgétaires de l’UE disponibles  
pour lutter contre la pollution de l’eau  
par les nutriments
12 
Le Fonds européen de développement régional et le Fonds de cohésion relevant 
de la politique de cohésion 10 peuvent être utilisés pour cofinancer les projets 
d’infrastructure dans le domaine des eaux résiduaires dans le cadre des programmes 
opérationnels des États membres. Pour la période 2007-2013, le montant total de la 
contribution de l’UE aux projets de collecte et de traitement des eaux résiduaires 
dans les États membres situés en bordure de la mer Baltique 11 s’est élevé à 4,6 mil -
liards d’euros: la Pologne a reçu 3,4 milliards d’euros, la Lettonie 0,6 milliard d’euros, 
la Lituanie 0,4 milliard d’euros, l’Estonie 0,2 milliard d’euros et l’Allemagne 0,04 mil -
liard d’euros.
13 
Le Fonds européen agricole pour le développement rural 12 peut servir à financer 
un certain nombre de mesures relevant des programmes de développement rural, 
lesquelles sont susceptibles d’avoir un impact direct ou indirect sur la qualité de l’eau 
(il s’agit principalement de mesures concernant «l’amélioration de l’environnement 
et de l’espace rural» 13). Pour ce type de mesures, un montant de 9,9 milliards d’euros 
a été alloué à l’ensemble des huit États membres riverains de la mer Baltique pendant 
la période 2007-2013 14. Le montant spécifiquement affecté à la protection de l’eau 
n’est pas disponible.
14 
En ce qui concerne les pays tiers, la politique européenne de voisinage offre à la 
Russie et à la Biélorussie des possibilités de coopération dans le domaine de l’envi -
ronnement. Il s’agit, entre autres, du volet non nucléaire du partenariat pour l’envi -
ronnement dans le cadre de la dimension septentrionale, auquel l’UE a contribué à ce 
jour à hauteur de 44 millions d’euros, de l’aide bilatérale/régionale et de la coopéra -
tion transfrontalière, auxquelles l’UE a alloué 14,5 et 3,5 millions d’euros respective -
ment au cours de la période 2003-2013 15.10 Règlement (CE) n° 1083/2006 
du Conseil du 11 juillet 2006 
portant dispositions générales 
sur le Fonds européen de 
développement régional, le 
Fonds social européen et le 
Fonds de cohésion, et 
abrogeant le règlement (CE) 
n° 1260/1999 (JO L 210 du 
31.7.2006, p. 25); règlement 
(UE) n° 1303/2013 du 
Parlement européen et du 
Conseil du 17 décembre 2013 
portant dispositions 
communes relatives au Fonds 
européen de développement 
régional, au Fonds social 
européen, au Fonds de 
cohésion, au Fonds européen 
agricole pour le 
développement rural et au 
Fonds européen pour les 
affaires maritimes et la pêche, 
portant dispositions générales 
applicables au Fonds 
européen de développement 
régional, au Fonds social 
européen, au Fonds de 
cohésion et au Fonds 
européen pour les affaires 
maritimes et la pêche, et 
abrogeant le règlement (CE) 
n° 1083/2006 du Conseil 
(JO L 347 du 20.12.2013, 
p. 320).
11 Pour les quatre États membres 
ayant adhéré à l’UE en 2004 et 
les Länder allemands situés 
dans le bassin versant de la 
mer Baltique. Les trois autres 
États membres riverains de la 
mer Baltique (le Danemark, la 
Finlande et la Suède) n’ont pas 
bénéficié de fonds de l’UE 
pour les projets liés aux eaux 
résiduaires.
12 Règlement (CE) n° 1698/2005 du Conseil du 20 septembre 2005 concernant le soutien au développement rural par le Fonds européen agricole 
pour le développement rural (Feader) (JO L 277 du 21.10.2005, p. 1) et règlement (UE) n° 1305/2013 du Parlement européen et du Conseil 
du 17 décembre 2013 relatif au soutien au développement rural par le Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader) et 
abrogeant le règlement (CE) n° 1698/2005 du Conseil (JO L 347 du 20.12.2013, p. 487).
13 Axe 2 des programmes de développement rural 2007-2013. Au titre de cet axe, les principaux éléments à prendre en compte comprennent la 
biodiversité, la gestion des sites Natura 2000, les actions associées à la directive-cadre sur l’eau, la protection de l’eau et des sols, ainsi que 
l’atténuation du changement climatique.
14 Pologne (4,4 milliards d’euros), Finlande (1,5 milliard d’euros), Suède (1,3 milliard d’euros), Allemagne (1,1 milliard d’euros), Lituanie (0,6 milliard 
d’euros), Lettonie (0,4 milliard d’euros), Danemark (0,3 milliard d’euros) et Estonie (0,3 milliard d’euros).
15 Source : Cour des comptes européenne. Fonds de l’UE alloués, au 31 décembre 2013, à la Russie et à la Biélorussie par l’intermédiaire de TACIS et de 
l’instrument européen de voisinage et de partenariat (IEVP).
13
 Étendue et approche de 
l’audit
15 
Dans le cadre du présent audit, la Cour a examiné dans quelle mesure les charges de 
nutriments en mer Baltique ont été réduites et a évalué l’efficacité des actions de l’UE 
mises en œuvre par les États membres pour y parvenir. Les questions d’audit ci-après 
ont été posées.
a) D’une manière générale, les États membres ont-ils réussi à réduire les apports de 
nutriments en mer Baltique?
b) Les actions de l’UE relatives aux eaux urbaines résiduaires ont-elles été efficaces sur 
le plan de la diminution de la pollution par les nutriments en mer Baltique?
c) Les actions de l’UE concernant l’agriculture ont-elles été efficaces sur le plan de la 
diminution de la pollution causée par les nutriments en mer Baltique?
d) La stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique a-t-elle apporté une valeur 
ajoutée en ce qui concerne la réduction des apports de nutriments en mer Baltique?
16 
Nous avons répondu à ces questions sur la base d’informations probantes collectées 
de la manière suivante:
- les actions de l’UE visant à réduire la pollution d’origine agricole ont été examinées 
en Finlande, en Lettonie et en Pologne. Celles ciblant la diminution de la pollution 
causée par les nutriments provenant des eaux urbaines résiduaires ne l’ont été 
qu’en Lettonie et en Pologne (notamment trois stations d’épuration en Lettonie 
et sept en Pologne), la Finlande n’ayant pas bénéficié de fonds de l’UE à cette fin 
(voir la note de bas de page 11 ). Le soutien de l’UE aux projets liés aux eaux rési -
duaires en Russie a fait l’objet d’un examen fondé sur les documents détenus par la 
Commission;
- des données sur la performance de 18 autres stations d’épuration des eaux 
urbaines résiduaires dans les grandes villes du bassin versant de la mer Baltique 
ont été analysées;
- des questionnaires ont été adressés aux cinq États membres riverains de la mer 
Baltique non visités (le Danemark, l’Allemagne, l’Estonie, la Lituanie et la Suède); ils 
portaient sur les plans élaborés par ces derniers pour garantir le respect des valeurs 
cibles fixées par Helcom en matière de réduction des nutriments;
- il a été procédé à une analyse de documents et à des entretiens avec des agents 
de la Commission, le secrétariat de Helcom et des experts du Baltic Nest Institute 16;
- des entretiens ont eu lieu avec des représentants de l’institution supérieure de 
contrôle d’Estonie, qui a effectué un audit similaire à l’échelle nationale.
17 
Les critères utilisés pour répondre aux questions ont été définis sur la base de la légis -
lation, des lignes directrices de la Commission et des accords Helcom, ainsi que des 
précédents audits effectués par la Cour dans le domaine de la protection de l’eau 17. Ces 
critères sont précisés dans les différentes sections du présent rapport.16 Cet institut forme une alliance 
internationale de la recherche 
entre le Centre pour la mer 
Baltique de l’université de 
Stockholm, l’Agence suédoise 
pour la gestion des eaux et du 
milieu marin, l’université 
d’Aarhus et l’Institut finlandais 
de l’environnement. Il 
combine les compétences 
propres à l’ensemble des 
disciplines ayant trait à la 
gestion des écosystèmes 
marins. L’institut développe 
ses produits notamment en 
collaboration avec Helcom.
17 Notamment: le rapport spécial 
n° 3/2009 sur l’efficacité des 
dépenses relevant d’actions 
structurelles concernant des 
projets de traitement des eaux 
résiduaires pour les périodes 
de programmation 1994-
1999 et 2000-2006; le rapport 
spécial n° 4/2014 intitulé 
«L’intégration dans la PAC des 
objectifs de la politique de 
l’UE dans le domaine de l’eau: 
une réussite partielle»; le 
rapport spécial n° 2/2015 
intitulé «Financement, par 
l’UE, des stations d’épuration 
des eaux urbaines résiduaires 
dans le bassin du Danube: de 
nouveaux efforts sont 
nécessaires pour aider les 
États membres à réaliser les 
objectifs de la politique de 
l’Union en matière d’eaux 
usées»; ainsi que le rapport 
spécial n° 23/2015 intitulé «La 
qualité des eaux dans le bassin 
du Danube: la mise en œuvre 
de la directive-cadre sur l’eau 
a progressé, mais des efforts 
restent à faire» ( http://eca.
europa.eu ).
14
 Observations
18 Document de travail 
SWD(2014) 49 final du 
20 février 2014 accompagnant 
le rapport de la Commission 
au Conseil et au Parlement 
européen intitulé «La 
première phase de mise en 
œuvre de la directive-cadre 
“stratégie pour le milieu 
marin” (2008/56/CE) – 
Évaluation et orientations par 
la Commission européenne».
19 Le modèle Sanbalt conçu dans 
le cadre du programme de 
recherche MARE en Suède 
(professeur Wulff et al.  du 
Baltic Nest Institute , 2007).
20 Déclaration au terme de la 
réunion ministérielle Helcom, 
Copenhague, octobre 2013.
21 Les pays non signataires 
à l’origine d’importants 
apports de nutriments en mer 
Baltique sont la Biélorussie, la 
République tchèque et 
l’Ukraine. Les réductions 
escomptées de la part de ces 
pays découlent du protocole 
de Göteborg.Mise en œuvre, par les États membres,  
des actions visant à réduire les apports  
de nutriments en mer Baltique
18 
En vertu de la directive-cadre «stratégie pour le milieu marin», les États membres 
sont tenus d’élaborer un programme de mesures pour décembre 2015. L’évaluation, 
par la Commission, des rapports présentés par les États membres riverains de la mer 
Baltique 18 permet de conclure que seul l’un d’entre eux (la Finlande) a déterminé des 
valeurs cibles en matière de charges en nutriments, cause principale de l’eutrophi -
sation (voir point 6). En l’absence de telles valeurs cibles, la Commission considère le 
recours à celles définies dans le plan d’action Helcom pour la mer Baltique comme 
une bonne pratique (voir points 7 et 8). Nous avons examiné où en était actuellement 
la mise en œuvre de cette convention, étant donné que les programmes futurs de 
mesures peuvent être élaborés sur la base de cette dernière.
19 
En 2007, les pays signataires de la convention Helcom se sont entendus sur deux 
instruments principaux pour lutter contre l’eutrophisation:
- le plan d’action pour la mer Baltique, qui comprend un programme de réduction 
des nutriments fixant des valeurs cibles en la matière pour chaque pays, définies 
au niveau des sous-bassins par rapport à leurs apports moyens au cours de la 
période de référence, à savoir 1997-2003. Chaque pays était tenu d’élaborer son 
propre plan de réduction des nutriments avant la fin de 2009 afin d’atteindre 
les valeurs cibles qui lui ont été assignées d’ici à 2021. Les chiffres, considérés 
comme provisoires, ont été établis sur la base d’un modèle scientifique 19;
- la mise en œuvre des pratiques recommandées par Helcom pour protéger les 
eaux contre la pollution causée par diverses activités, notamment la collecte et le 
traitement des eaux résiduaires, l’utilisation des phosphates dans les détergents, 
ainsi que le recours aux engrais dans l’agriculture.
20 
En 2013, le projet de réduction des nutriments dans le cadre du plan d’action pour 
la mer Baltique a été revu sur la base d’un nouvel ensemble de données plus com -
plet ainsi que d’une approche reposant sur une modélisation améliorée 20. Les 
pays signataires se sont engagés à réduire l’apport annuel d’azote en mer de 13 % 
(118 134 tonnes par an) et de phosphore de 41 % (15 178 tonnes par an) par rapport 
aux apports enregistrés pendant la période de référence (à savoir 910 344 tonnes 
par an et 36 894 tonnes par an, respectivement). Ils sont convenus de contribuer à la 
réalisation de cet objectif en réduisant leurs apports annuels d’azote et de phosphore 
de 89 260 tonnes par an et de 14 374 tonnes par an respectivement, suivant une 
ventilation par sous-bassin; quant au reste des réductions encore nécessaires, elles 
seraient principalement opérées dans le cadre des activités maritimes et par les pays 
non signataires 21.
15 Observations 
22 Déclaration au terme de la 
réunion ministérielle Helcom, 
2013, Summary report on the 
development of revised 
Maximum Allowable Inputs and 
updated Country Allocated 
Reduction Targets of BSAP  
(Rapport de synthèse sur 
l’évolution de la situation 
après le réexamen des apports 
maximaux admissibles et la 
mise à jour des valeurs cibles 
par pays concernant la 
réduction des nutriments dans 
le cadre du plan d’action pour 
la mer Baltique).
23 Données présentées lors de la 
48e réunion Helcom des chefs 
de délégation, qui s’est tenue 
à Tallinn les 10 et 11 juin 2015. 
Le gestionnaire des données 
estime que celles relatives aux 
apports de nutriments en 2012 
sont incertaines (valeur 
d’essai).21 
L’ampleur des efforts exigés des divers pays dépend dans une très large mesure 
de leur localisation (s’ils sont situés ou non en bordure de sous-bassins de la mer 
Baltique plus ou moins affectés par l’eutrophisation) et des réductions opérées dans 
le passé 22. Cela signifie que les réductions demandées au Danemark, à la Finlande et 
à la Suède ont été limitées et ont plus particulièrement visé les sous-bassins présen -
tant un besoin criant à ce niveau, tandis que des réductions considérables ont été 
exigées de la Lituanie, de la Pologne et de la Russie (voir annexe I ).
22 
Nous avons examiné si les États membres avaient:
- réalisé des progrès sur le plan de la réduction des apports de nutriments en mer 
Baltique;
- adopté des plans appropriés de réduction des nutriments et défini des indica -
teurs permettant d’assurer le suivi de leur réalisation;
- appliqué les recommandations formulées par Helcom en matière de réduction 
des nutriments;
- établi des données de suivi fiables.
Réduction des apports de nutriments en mer Baltique: 
progrès limités
23 
Les données récentes sur les apports annuels globaux en mer Baltique pendant la 
période 1995-2012 23 montrent une tendance à la baisse des apports d’azote (9 %) et 
de phosphore (14 %). Les graphiques 2 et 3  présentent une comparaison par pays 
entre les apports d’azote et de phosphore en 2012 et ceux enregistrés pendant la 
période de référence. Dans trois pays, les charges sont orientées à la baisse pour ces 
deux types de nutriments (le Danemark, la Pologne et la Suède), tandis qu’elles ont 
augmenté dans deux pays (la Lettonie et la Russie). En ce qui concerne les autres 
pays, une tendance à la baisse n’a été observée que pour un seul des nutriments. 
L’annexe II  présente des données plus détaillées.
16 Observations Graphique 2 Graphique 3Comparaison entre les apports d’azote pendant  
la période de référence et ceux de 2012  
 
Comparaison entre les apports de phosphore pendant  
la période de référence et ceux de 2012
Source:  Cour des comptes européenne, sur la base des données présentées lors de la 48e réunion 
Helcom des chefs de délégation, qui s’est tenue à Tallinn les 10 et 11 juin 2015.050100150200250
DE DK EE FI LT LV PL RU SEEn milliers de tonnes
Apports 2012 Apports 1997-2003 (période de référence)
02468101214
DE DK EE FI LT LV PL RU SEEn milliers de tonnes
Apports 2012 Apports 1997-2003 (période de référence)
17 Observations 
24 Helcom, Fifth Baltic Sea 
Pollution Load Compilation  
(Cinquième recensement des 
charges de pollution en mer 
Baltique) (PLC-5) – 2011.
25 Document COM(2013) 683 
final du 4 octobre 2013, 
rapport de la Commission au 
Conseil et au Parlement 
européen relatif à la mise en 
œuvre de la directive 91/676/
CEE du Conseil concernant la 
protection des eaux contre la 
pollution par les nitrates 
à partir de sources agricoles, 
sur la base des rapports établis 
par les États membres pour la 
période 2008-2011.
26 La teneur en nutriments des 
terres agricoles a diminué 
dans l’ensemble des États 
membres riverains de la mer 
Baltique, à l’exception de 
l’Allemagne et de la Pologne. 
La concentration de nitrates 
dans les eaux de surface 
a baissé ou est stable dans 
l’ensemble des États membres 
riverains de la mer Baltique, 
à l’exception de la Lettonie, 
même si des données plus 
récentes indiquent une 
diminution dans cet État 
membre également.
27 Bien que l’inspection 
principale de la protection de 
l’environnement ait élaboré le 
programme national de mise 
en œuvre du plan d’action 
pour la mer Baltique en 2010 
et l’ait mis à jour en 2013, le 
gouvernement polonais ne l’a 
pas encore adopté.24 
Cependant, les données Helcom pour 2012 montrent qu’aucun pays signataire n’a 
à ce jour procédé aux réductions requises dans l’ensemble des sous-bassins mari -
times particulièrement affectés par l’eutrophisation (la mer Baltique centrale, le 
golfe de Finlande et le golfe de Riga) alors qu’ils ont en partie réduit les apports de 
nutriments dans des sous-bassins pour lesquels aucune réduction n’était exigée (les 
détroits danois et la mer de Botnie) (voir annexe III ).
25 
Selon la dernière analyse de Helcom à ce jour, les charges azotées et phosphoriques 
provenant de sources de pollution ponctuelles sont orientées à la baisse, alors que 
les apports d’azote et de phosphore d’origine agricole sont demeurés stables ou ont 
augmenté au cours de la période 1994-2008 24. Selon des informations plus récentes 
présentées au Parlement européen et au Conseil dans le dernier rapport en date sur 
la mise en œuvre de la directive sur les nitrates (période 2008-2011) 25, une réduction 
des nutriments a été enregistrée au niveau des terres agricoles et la concentration de 
nitrates dans les eaux de surface a légèrement baissé 26. Toutefois, cette amélioration 
semble ne pas avoir encore eu d’incidence sur l’eutrophisation des eaux côtières et 
ne s’est toujours pas traduite par une réduction des apports de nutriments en mer 
Baltique. Il convient de préciser que plusieurs années sont parfois nécessaires avant 
qu’une diminution des épandages de nutriments sur les sols puisse entraîner une 
baisse des apports de nutriments dans la mer.
Les plans de réduction des nutriments établis par les États 
membres manquaient d’ambition et d’indicateurs appropriés
26 
Dans chacun des trois États membres visités, le plan de réduction des nutriments 
consistait en un document stratégique de haut niveau ne fixant pas de valeurs cibles 
ventilées par type de source de pollution, par activité et par zone géographique. 
Les cinq autres États membres avaient adopté des plans de réduction similaires. La 
Pologne a exprimé des réserves quant aux valeurs cibles qui ont été fixées pour elle 
et n’a pas encore adopté officiellement de plan spécifique 27.
27 
Dans le cadre des plans de gestion de district hydrographique prévus par la directive-
cadre sur l’eau, tous les États membres riverains de la mer Baltique s’appuient sur le 
programme de mesures comme principal instrument de planification pour atteindre 
les valeurs cibles fixées par Helcom en matière de réduction des nutriments. En 
effet, parvenir à un bon état des eaux intérieures, conformément à la directive-cadre 
sur l’eau, impose des réductions considérables des charges en nutriments dans les 
fleuves se déversant dans la mer Baltique, ce qui contribue à l’obtention des valeurs 
cibles précitées.
18 Observations 
28 
Pour certains États membres, le simple fait de parvenir au bon état des eaux prévu dans 
la directive-cadre sur l’eau n’est pas suffisant pour atteindre les valeurs cibles fixées par 
Helcom en ce qui concerne le phosphore. Dans le cas de la Pologne, les experts et les au -
torités environnementales polonaises 28 estiment que, pour atteindre ces valeurs cibles, 
la concentration de phosphore présente dans les eaux de l’Oder et de la Vistule doit 
être réduite à 0,07-0,08 mg/l, ce qui équivaut approximativement au niveau naturel; en 
d’autres termes, tout rejet de phosphore dans les eaux fluviales est proscrit. Les autorités 
nationales sont d’avis que cette analyse vaut également pour l’Allemagne et la Lituanie. 
En conséquence, des efforts supplémentaires pour réduire les charges phosphoriques en 
mer seront nécessaires pour atteindre les objectifs fixés par Helcom.
29 
En ce qui concerne les charges en nutriments, les plans de gestion des bassins hydro -
graphiques de 2009 et les programmes de mesures correspondants 29 examinés par 
la Cour comportent principalement des mesures de base qui doivent permettre de 
mettre en œuvre les directives spécifiques de l’UE dans les domaines où elles n’ont pas 
encore été intégralement appliquées. À la date d’adoption de leurs plans de gestion 
des bassins hydrographiques, l’Estonie, la Lettonie et la Pologne ne s’étaient pas en -
core pleinement conformées aux dispositions de la directive relative au traitement des 
eaux urbaines résiduaires [elles bénéficiaient d’une période transitoire (voir point 44)]. 
Ces plans de gestion des bassins hydrographiques comprennent aussi des mesures de 
contrôle de la pollution diffuse (voir point 10) qui, toutefois, étaient déjà en place avant 
l’adoption desdits plans. Enfin, ils incluent des mesures supplémentaires, pour la plu -
part cofinancées par le budget de l’UE et allant au-delà des dispositions des directives 
susmentionnées, mais concernant presque exclusivement l’agriculture.
30 
Ces plans de gestion présentaient plusieurs lacunes:
- une identification partielle des sources de pollution et une classification incom -
plète de l’état des eaux; en particulier, un manque de données chiffrées sur les 
apports de nutriments au niveau des masses d’eau ou des sous-bassins hydro -
graphiques. Cela signifie que les plans ne constituent pas une base satisfaisante 
pour fixer des objectifs et procéder au ciblage des mesures;
- l’absence de définition systématique des mesures correctrices à prendre au 
niveau des masses d’eau ou des sous-bassins, un manque de valeurs cibles spé -
cifiques concernant les réalisations pour différentes mesures (nombre d’hectares 
auxquels s’appliquera la mesure), et aucune ventilation des coûts estimatifs 
globaux au niveau des différentes mesures. Ces données sont nécessaires pour 
pouvoir garantir que les mesures soient d’un bon rapport coût-efficacité sur le 
plan de la réduction des apports de nutriments en mer Baltique et de la gestion 
des ressources financières, notamment des fonds alloués par l’UE;
- le manque de valeurs cibles et d’indicateurs en ce qui concerne les réductions 
de nutriments attendues des diverses mesures, ventilées par type de source de 
pollution, par secteur d’activité et par zone géographique, à savoir les bassins, les 
sous-bassins et les masses d’eau 30.
La Commission 31 et la Cour 32 ont déjà mis en évidence des faiblesses similaires affectant 
d’autres plans de gestion des bassins hydrographiques.28 L’Oder et la Vistule, dont les 
bassins couvrent environ 93 % 
du territoire polonais, font 
partie du bassin versant de la 
mer Baltique. Les experts ont 
émis un avis à la suite d’une 
étude réalisée en 2012 à la 
demande de l’inspection 
principale de la protection de 
l’environnement: «Vérification 
des seuils établis pour évaluer 
l’état écologique des fleuves 
et des lacs en ce qui concerne 
les éléments physico-
chimiques compte tenu des 
conditions caractérisant des 
types d’eau particuliers», 
p. 180 (Garcia et al. , 2012).
29 Le fleuve Kymijoki-
Suomenlahti, district 
hydrographique occidental 
(Finlande), la Daugava, la 
Lielupe, la Venta et la Gauja 
(Lettonie), ainsi que la Vistule 
et l’Oder (Pologne), dont les 
eaux se déversent dans les 
eaux des sous-bassins marins 
du golfe de Finlande, du golfe 
de Riga et de la mer Baltique 
centrale.
30 Des valeurs cibles et des 
indicateurs concernant les 
réductions de nutriments ont 
été définis au Danemark, dans 
l’un des Länder allemands 
bordant la mer Baltique, ainsi 
que dans un plan de gestion 
de bassins hydrographiques 
en Finlande. En Lettonie, tous 
les plans de gestion des 
bassins hydrographiques 
indiquent la réduction de 
nutriments attendue du 
traitement des eaux urbaines 
résiduaires.
31 Document SWD(2012) 379 
final du 14 novembre 2012 
accompagnant le rapport de 
la Commission au Parlement 
européen et au Conseil sur la 
mise en œuvre de la 
directive-cadre sur l’eau 
(2000/60/CE) – Plans de 
gestion des bassins 
hydrographiques.
32 Rapport spécial n° 4/2014 et 
rapport spécial n° 23/2015 de 
la Cour.
19 Observations 
31 
Nous avons également observé que, même si les États membres sont tenus d’éva -
luer leurs progrès sur le plan de la mise en conformité avec la directive-cadre sur 
l’eau sur la base du pourcentage de masses d’eau en bon état dans chaque bassin 
hydrographique, ils n’ont pas l’obligation de définir des valeurs cibles sous-jacentes, 
comme celles concernant la réduction des charges en nutriments (ou d’autres non 
pertinentes dans le cadre du présent audit, telles que celles relatives à la réduction 
de charges en polluants spécifiques). En conséquence, la contribution des mesures 
prévues dans les plans de gestion des bassins hydrographiques à la réduction des 
nutriments en mer Baltique ne peut être évaluée.
Les États membres visités ne tiennent que partiellement 
compte des recommandations Helcom dans leurs plans  
ou cadre juridique
32 
En ce qui concerne le traitement des eaux urbaines résiduaires, Helcom a formulé des 
recommandations à l’intention des pays signataires de la convention, lesquelles vont 
au delà des dispositions des directives de l’UE. L’ encadré 1  présente les recommanda -
tions les plus importantes.
Les recommandations formulées par Helcom dans le domaine du traitement des 
eaux urbaines résiduaires vont au delà des dispositions des directives de l’UE
La recommandation 28E/5  (de 2007) propose des bonnes pratiques en matière:
 οde développement et d’entretien des systèmes de collecte des eaux usées;
 οde traitement du phosphore dans les eaux urbaines résiduaires en fonction de la taille de la station, par 
exemple, la teneur maximale préconisée étant de 0,5 mg/l dans les effluents rejetés par les stations d’épuration 
des eaux résiduaires pour les agglomérations où l’EH est supérieur à 10 000, alors que la norme établie dans la 
directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires est de 1 mg/l.
La recommandation 28E/7  (de 2007) propose des normes relatives à l’utilisation des polyphosphates dans les 
détergents qui seront introduites graduellement par les pays signataires conformément à un calendrier national. 
Les pays signataires devraient:
 οlimiter la teneur totale en phosphore dans les détergents textiles;
 οexaminer la possibilité de remplacer les polyphosphates dans les détergents pour lave-vaisselle.Encadré 1
20 Observations 
33 
Aucun des trois États membres visités n’a intégré ces recommandations dans son 
cadre juridique. En particulier, ils n’avaient pas fixé de valeurs maximales autorisées 
en ce qui concerne la teneur en phosphore des détergents textiles avant la date 
applicable à l’ensemble des États membres (30 juin 2013) 33. Aucun d’entre eux n’avait 
encore instauré des limites concernant les détergents pour lave-vaisselle.
34 
En Finlande, un système de permis environnementaux sert à faire respecter les 
limites relatives aux quantités de phosphore présentes dans les stations de trai -
tement des eaux résiduaires. En fonction de l’état écologique de la masse d’eau 
concernée, ces permis peuvent être plus stricts que les dispositions de la directive 
relative au traitement des eaux urbaines résiduaires en matière de concentrations 
d’azote et de phosphore dans les effluents rejetés par les stations d’épuration, ce qui, 
le cas échéant, va même au delà de la recommandation Helcom 34. En Lettonie et en 
Pologne, le permis environnemental accordé aux exploitants des stations d’épura -
tion ne tient pas compte de cette recommandation. Au cours de l’audit, les auditeurs 
ont cependant constaté, dans ces deux pays, que certaines stations appliquaient les 
recommandations Helcom (une sur trois en Lettonie et quatre sur sept en Pologne).
35 
En ce qui concerne l’agriculture, Helcom a recommandé de limiter la teneur des terres 
agricoles en phosphore provenant des effluents d’élevage à 25 kg/ha/an (recomman -
dation Helcom 28E/4 de 2007). Or, dans tous les États membres visités, ni la législa -
tion ni les exigences minimales en matière d’utilisation d’engrais et de pesticides 35 
mentionnées dans certaines mesures de développement rural ne prévoient une telle 
limite pour le phosphore dans les engrais, et il en va de même pour les mesures de 
contrôle de la pollution diffuse présentées dans les plans de gestion des bassins 
hydrographiques (voir point 29). Parmi les autres États membres riverains de la mer 
Baltique, seules l’Allemagne, l’Estonie et la Suède ont établi des lois qui limitent l’uti -
lisation de phosphore dans les engrais, mais ces limites ne sont pas aussi rigoureuses 
que celles recommandées par Helcom 36.33 Règlement (CE) n° 648/2004 
modifié par le règlement (UE) 
n° 259/2012 du Parlement 
européen et du Conseil du 
14 mars 2012 modifiant le 
règlement (CE) n° 648/2004 en 
ce qui concerne l’utilisation 
des phosphates et autres 
composés du phosphore dans 
les détergents textiles destinés 
aux consommateurs et les 
détergents pour lave-vaisselle 
automatiques destinés aux 
consommateurs (JO L 94 du 
30.3.2012, p. 16).
34 Dans tous les permis 
environnementaux délivrés 
en 2014 aux stations 
d’épuration pour les 
agglomérations ayant un EH 
compris entre 160 et 16 900 
dans le sud et le sud-ouest de 
la Finlande, des valeurs limites 
de teneur en phosphore au 
moins aussi rigoureuses que 
celles définies dans Helcom 
28E/5 ont été fixées.
35 Les exigences définies dans les 
programmes de 
développement rural qui 
doivent être respectées (en 
plus des normes obligatoires 
en matière de conditionnalité) 
par les agriculteurs bénéficiant 
de paiements 
agroenvironnementaux.
36 F. Amery (ILVO) et O.F. 
Schoumans (Alterra 
Wageningen UR), Agricultural 
Phosphorus Legislation in 
Europe  (Législation 
européenne concernant le 
phosphore dans l’agriculture), 
avril 2014.
21 Observations 
36 
Les trois États membres visités justifient le fait qu’ils n’appliquent pas cette recom -
mandation en alléguant que leurs sols sont pauvres en phosphore ou que l’apport 
moyen de phosphore sur les terres agricoles est plutôt faible. Toutefois, nous avons 
constaté que les données relatives à l’utilisation du phosphore montrent que les 
quantités épandues peuvent à certains endroits dépasser celles recommandées par 
Helcom, que certains sols sont riches en phosphore et que le ruissellement du phos -
phore est important 37. La recommandation Helcom 28E/4 fait également référence 
aux permis environnementaux accordés aux exploitations comptant plus de 40 000 
volailles, 2 000 porcs, 750 truies ou 400 bovins. Vu qu’il s’agit également d’une dis -
position de la directive de l’UE relative à la prévention et à la réduction intégrées de 
la pollution 38, tous les États membres riverains de la mer Baltique exigent un permis 
environnemental pour les exploitations avicoles et porcines; la Pologne, cependant, 
ne l’impose que pour les fermes d’élevage de bovins comptant plus de 400 unités de 
gros bétail. En Finlande et en Lettonie, toutefois, une telle autorisation est requise 
pour toutes les exploitations d’élevage dont le nombre d’animaux est bien inférieur 
aux seuils recommandés par Helcom.
La fiabilité des données de suivi relatives aux apports  
de nutriments en mer Baltique n’est pas garantie
37 
Les rejets de nutriments provenant des fleuves et des cours d’eau et déversés dans 
la mer Baltique, de même que les rejets directs, font l’objet d’un contrôle de la 
part des autorités nationales de chaque pays signataire, qui en communiquent les 
résultats à Helcom tous les ans. Suivant une méthodologie normalisée développée 
par Helcom, les mesures sont prises à l’embouchure des fleuves se jetant dans la mer 
Baltique. Ces données annuelles montrent la pollution totale causée par les eaux 
se déversant en mer, indépendamment du type de source de pollution et du pays 
responsables des charges. Les apports transfrontières d’azote et de phosphore prove -
nant de chaque pays font l’objet d’un rapport tous les six ans.
38 
Il en va de même pour les apports de nutriments par type de source de pollution et 
par secteur d’activité 39. Ces données se révèlent particulièrement utiles pour éva -
luer les tendances au niveau des apports de nutriments générés par les différents 
secteurs d’activité et sont essentielles pour définir, pour chaque secteur, des mesures 
présentant un bon rapport coûts-efficacité.
39 
L’audit a montré que, pour vérifier si les valeurs cibles fixées par Helcom sont respec -
tées, les estimations concernant la pollution diffuse sont réalisées, sur la base d’une 
méthodologie commune, à l’échelon national, mais pas aux niveaux inférieurs, par 
exemple au niveau d’un bassin fluvial, d’un sous-bassin ou d’une masse d’eau. Nous 
avons également constaté que les données chiffrées Helcom ne correspondent pas 
aux estimations établies par chaque État membre au moment où celui-ci élabore son 
plan de gestion des bassins hydrographiques dans le cadre de la directive-cadre sur 
l’eau en appliquant des méthodologies différentes.37 En Finlande, l’apport moyen 
de phosphore avoisine 10 kg/
ha/an, même s’il dépasse 
25 kg/ha/an dans certaines 
régions [ source : Report on the 
implementation of HELCOM 
recommendations within the 
competence of HELCOM LAND 
adopted since HELCOM BSAP 
– 2007  (Rapport relatif à la 
mise en œuvre des 
recommandations Helcom 
relevant des compétences de 
Helcom Land adoptées depuis 
l’établissement du plan 
d’action Helcom pour la mer 
Baltique – 2007), p. 10]. En 
Pologne, l’utilisation d’engrais 
minéraux phosphorés 
a augmenté, avant de se 
stabiliser autour de 25 kg/ha/
an [ source : Report on the state 
of the environment in Poland in 
2008  (Rapport sur l’état 
écologique de la Pologne en 
2008), GIOS 2010]. Au moins 
20 % des terres agricoles 
exploitées présentaient une 
teneur en phosphore élevée, 
voire très élevée [ source : 
Monitoring of the chemistry of 
Polish arable soils  (Contrôle de 
la chimie des sols arables en 
Pologne), Station régionale 
d’agrochimie de Lublin, 2005].
38 Directive 2008/1/CE du 
Parlement européen et du 
Conseil du 15 janvier 2008 
relative à la prévention et à la 
réduction intégrées de la 
pollution (JO L 24 
du 29.1.2008, p. 8), remplacée 
par la directive 2010/75/UE du 
Parlement européen et du 
Conseil du 24 novembre 2010 
relative aux émissions 
industrielles (prévention et 
réduction intégrées de la 
pollution) (JO L 334 
du 17.12.2010, p. 17).
39 Cette évaluation approfondie 
des différentes sources de 
pollution est désignée par 
«approche de répartition 
proportionnelle des sources» 
(Comprehensive Waterborne 
Pollution Load Compilations-
PLC) (Recensement complet 
des charges de pollution 
hydrique), laquelle quantifie 
les rejets hydriques provenant 
de sources ponctuelles 
(agglomérations, industries et 
exploitations piscicoles) et de 
sources de pollution diffuses 
(agriculture, exploitation 
forestière, retombées 
atmosphériques, habitat 
dispersé et eaux pluviales), 
ainsi que des pertes ambiantes 
naturelles dans les eaux 
intérieures de surface.
22 Observations 
40 
Par exemple, les chiffres concernant la pollution diffuse présentés dans les plans de 
gestion des bassins hydrographiques établis par la Lettonie sont inférieurs à ceux de 
la base de données Helcom pour la même année. Cette différence affecte également 
les chiffres sur la pollution transfrontière. En outre, les données relatives au contrôle 
des plans de gestion des bassins hydrographiques font apparaître que la concen -
tration de nutriments dans les eaux de surface a baissé au cours de la période 2006-
2013, alors que les données Helcom montrent que les charges en nutriments pro -
venant de ce pays et déversées dans la mer Baltique sont en hausse. Dans le cas de 
la Pologne, l’évaluation de l’état des eaux côtières et des eaux de transition dans le 
cadre des plans de gestion des bassins hydrographiques pendant la période 2010-
2013 ne fait apparaître aucune amélioration en ce qui concerne les concentrations 
de nutriments; par contre, les données transmises à Helcom montrent une baisse 
continue des charges en nutriments.
41 
Ces incohérences manifestes soulèvent des questions quant à la fiabilité des données 
de suivi, en particulier en ce qui concerne les chiffres relatifs à la pollution transfron -
tière et à la pollution diffuse. Un groupe d’experts de Helcom l’a également constaté 
et a prié les États membres de fournir des informations sur les réductions des charges 
en nutriments escomptées à la suite de la mise en œuvre de la directive-cadre sur 
l’eau 40.
Efficacité des actions visant à réduire la pollution 
causée par les nutriments provenant  
des eaux urbaines résiduaires
42 
Les eaux urbaines résiduaires représentent environ 90 % de l’ensemble des sources 
de pollution ponctuelles. Cette pollution trouve en partie son origine en Russie et en 
Biélorussie, qui ne sont pas soumises au droit de l’UE.
43 
La directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires prévoit que, dans 
les États membres, toutes les agglomérations 41 dont l’EH 42 est supérieur à 2 000 
doivent être équipées de systèmes de collecte ou, lorsque de telles installations ne se 
justifient pas, de systèmes individuels ou d’autres systèmes appropriés assurant un 
niveau identique de protection de l’environnement (article 3). Avant d’être rejetées 
dans une masse d’eau, les eaux résiduaires doivent être soumises à un traitement 
secondaire qui réduit la concentration des polluants organiques 43 en deçà d’une cer -
taine limite (article 4). En outre, dans les zones sensibles, les eaux résiduaires doivent 
faire l’objet d’un traitement plus rigoureux. Quand une zone doit son caractère sen -
sible à l’eutrophisation ou au fait qu’elle est exposée à ce risque, les États membres 
ont le choix entre deux options: la première consiste à obtenir des concentrations 
inférieures aux limites fixées dans la directive pour l’azote et/ou le phosphore dans 
les effluents rejetés par les stations d’épuration pour les agglomérations dont l’EH 
est supérieur à 10 000 (article 5, paragraphes 2 et 3); la deuxième implique de réduire 
la quantité d’azote et/ou de phosphore de la charge globale entrant dans toutes les 
stations d’épuration des eaux résiduaires urbaines de la zone sensible d’un certain 
pourcentage (article 5, paragraphe 4).40 LOAD 7-2014, 3-2. Compte 
rendu de la réunion du groupe 
d’experts sur le suivi des 
progrès accomplis au niveau 
national pour atteindre les 
valeurs cibles concernant la 
réduction des nutriments 
fixées dans le cadre du plan 
d’action pour la mer Baltique 
(Riga, Lettonie, 12 au 14 
mars 2014). «La réunion 
a permis de reconnaître 
l’importance des informations 
relatives aux réductions de 
nutriments escomptées non 
seulement en vue d’assurer le 
suivi du plan d’action pour la 
mer Baltique (…) mais aussi 
afin de garantir un 
renforcement des synergies 
entre la DCE et la DCSM.»
41 Une zone où la population et/
ou les activités économiques 
sont suffisamment 
concentrées pour que les eaux 
urbaines résiduaires soient 
collectées et acheminées vers 
une station d’épuration ou un 
point de déversement final.
42 Équivalent habitant: unité de 
mesure exprimant la charge 
de pollution des eaux 
résiduaires en nombre de 
personnes «équivalentes» 
capables de créer une 
quantité de déchets ayant le 
même potentiel de pollution. 
Un EH correspond à la charge 
de pollution des eaux usées 
générées par un habitant.
43 La demande biochimique 
d’oxygène (DBO5), la demande 
chimique en oxygène (DCO) et 
les solides en suspension 
totaux (SST).
23 Observations 
44 
Les États membres riverains de la mer Baltique ayant adhéré à l’UE en 2004 (l’Estonie, 
la Lettonie, la Lituanie et la Pologne) ont bénéficié d’une période transitoire pour 
se conformer à la directive. Fin 2012 (c’est-à-dire l’année à laquelle les données les 
plus récentes sur la mise en conformité font référence), la période transitoire avait 
déjà pris fin pour la Lituanie et l’Estonie, ce qui n’était pas le cas pour la Lettonie 
et la Pologne qui avaient jusqu’au 31 décembre 2015 pour respecter pleinement la 
directive.
45 
Nous avons examiné:
- si les États membres respectaient la directive relative au traitement des eaux 
urbaines résiduaires;
- si les stations d’épuration des eaux urbaines résiduaires cofinancées par l’UE 
étaient efficaces et durables;
- si la Commission avait pris les mesures appropriées pour garantir que les États 
membres respectent la directive;
- si le soutien de l’UE à la Russie et à la Biélorussie avait conduit à une réduction 
importante des nutriments provenant des eaux résiduaires.
La plupart des États membres ne respectent pas encore la 
directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires
États membres qui étaient tenus de se conformer à la directive 
avant 2012
46 
Le tableau 1  présente le niveau de conformité, fin 2012, des États membres pour les -
quels le délai fixé pour satisfaire aux exigences en matière de traitement secondaire 
et de traitement plus rigoureux était arrivé à expiration. L’Allemagne et la Finlande 
respectaient pratiquement intégralement les dispositions des articles 4 et 5, qui 
fixent ces exigences.
24 Observations 
47 
En ce qui concerne l’obligation de collecter les eaux résiduaires, la Commission 
estime que tous les États membres se sont conformés à la directive, indépendam -
ment de la part des eaux résiduaires traitées par des systèmes individuels ou d’autres 
systèmes appropriés. La proportion la plus élevée est enregistrée en Lituanie et en 
Estonie, avec respectivement 10,2 % et 3,6 % des charges d’eaux résiduaires prove -
nant des agglomérations ayant un EH supérieur à 2 000.
48 
Concernant ces systèmes, les dispositions de la directive restent vagues: ils doivent 
assurer un niveau identique de protection de l’environnement que les systèmes de 
collecte centralisés. La Commission n’a que récemment prié les États membres de 
fournir des explications sur leurs systèmes individuels. La Cour avait déjà souligné ce 
point précédemment 44.Tableau 1Données principales sur la conformité à la directive relative au traitement  
des eaux urbaines résiduaires en ce qui concerne le traitement des eaux résiduaires
DK DE EE LT FI SE
Charge totale dans l’État membre (EH) 11 607 945 112 878 422 1 642 766 2 757 900 5 239 700 12 672 633
Traitement secondaire 1
Charge totale pour laquelle le traitement doit être conforme (EH) 11 232 613 112 672 240 1 579 138 2 757 900 5 070 800 12 404 389
Charge totale pour laquelle le traitement est conforme (EH) 11 153 597 112 561 974 1 510 498 2 757 900 5 054 100 12 095 484
% de la charge totale pour laquelle le traitement est conforme 99,3 % 99,9 % 95,7 % 100,0 % 99,7 % 97, 5  %
Traitement plus rigoureux 2
Charge totale pour laquelle le traitement doit être conforme (EH) 10 358 176 Conforme
à l’article  5,
para -
graphe 4 31 466 475 2 582 700 4 583 900 11 657 155
Charge totale pour laquelle le traitement est conforme (EH) 10 235 632 1 310 525 2 497  700 4 567 200 10 366 880
% de la charge totale pour laquelle le traitement est conforme 98,8 % 89,4 % 96,7 % 99,6 % 88,9 %
1  Le traitement secondaire ne s’applique pas aux agglomérations ayant un EH inférieur à 10 000 qui déversent directement les eaux urbaines 
résiduaires dans les eaux côtières.
2  À l’exception de l’Allemagne, tous les États membres appliquent un traitement plus rigoureux au niveau des agglomérations conformément 
à l’article 5, paragraphe 2. Dans ce cas, un traitement plus rigoureux ne s’applique pas aux agglomérations ayant un EH inférieur à 10 000 ou 
aux agglomérations situées en dehors des zones sensibles.
3  L’Allemagne applique un traitement plus rigoureux conformément à l’article 5, paragraphe 4, ce qui signifie que le pourcentage de réduction 
de la charge globale du pays entrant dans les stations d’épuration des eaux résiduaires doit atteindre 75 % pour les nutriments. En 2012, 
l’Allemagne avait réduit la charge globale entrant dans les stations d’épuration des eaux résiduaires de 82 % pour l’azote et de 90 % pour le 
phosphore.
Source:  données de la Commission, décembre 2012.
44 Rapport spécial n° 2/2015 de la 
Cour.
25 Observations 
49 
La Commission considère que l’obligation de collecter les eaux urbaines résiduaires 
est respectée lorsque 98 % de la charge produite par chaque agglomération sont 
recueillis par des réseaux d’assainissement centralisés ou traités au moyen de 
systèmes individuels ou d’autres systèmes appropriés et que les 2 % restants corres -
pondent à un EH inférieur à 2 000. En pratique, dans le cadre de l’approbation des 
programmes opérationnels pour la période 2014-2020, la Commission a encouragé 
les agglomérations à atteindre ce pourcentage par des investissements dans les sys -
tèmes de collecte centralisés.
États membres qui doivent terminer la mise en œuvre  
de la directive avant la fin de 2015
50 
Les deux États membres visités, bénéficiant encore d’une période transitoire pour 
se conformer à la directive, n’avaient soit pas réalisé leurs objectifs chiffrés intermé -
diaires (Lettonie), soit pas encore communiqué des données complètes et fiables 
(Pologne).
51 
La Pologne ne parviendra pas à se conformer à la directive en 2015. Un traitement 
plus rigoureux n’a été prévu que dans les stations d’épuration d’une capacité permet -
tant de traiter un EH supérieur à 15 000, étant donné que l’État membre en question 
avait retenu la deuxième option prévue par la directive, à savoir celle consistant à ob -
tenir une réduction moyenne de la charge globale entrant dans toutes les stations 
d’épuration des eaux résiduaires urbaines de la zone sensible concernée égale à 75 % 
des quantités d’azote et de phosphore (voir point 43). Toutefois, cette décision n’était 
pas appropriée, dès lors que la période transitoire prévue dans le traité d’adhésion de 
la Pologne s’applique exclusivement à la première option (réduction des nutriments 
à des niveaux normalisés dans toutes les agglomérations dont l’EH est supérieur 
à 10 000). La Commission n’a réagi à ce problème qu’en 2010 (voir points 59 et 60).
52 
Selon les données fournies par les autorités polonaises, le pays sera confronté, 
fin 2015, à un dépassement de 95 % du budget alloué à la collecte des eaux rési -
duaires et de 79 % de celui affecté aux stations d’épuration, budgets principalement 
cofinancés par l’UE. Néanmoins, malgré des investissements considérables, le pays 
est loin de satisfaire à la directive. Les autorités nationales polonaises prévoient que 
1 029 sur 1 559 agglomérations, représentant 63 % de la charge de pollution des 
eaux résiduaires du pays, ne la respecteront pas encore pleinement fin 2015. L’appli -
cation incorrecte des dispositions du traité d’adhésion ainsi que la définition impré -
cise et fluctuante de la notion d’«agglomération» 45 expliquent en partie les retards 
importants.45 2002: 1 378 agglomérations et 
une charge de 41 millions EH. 
2006: le nombre 
d’agglomérations et la charge 
ont augmenté respectivement 
de 26 % et de 12 %. 2013: les 
pourcentages ont diminué de 
10 % et de 16 % 
respectivement par rapport 
à 2006.
26 Observations 
53 
La Lettonie pourrait être en mesure de satisfaire à la directive avant la fin de 2015. 
Cependant, les autorités prévoient qu’en 2020, soit cinq années après son extension, 
le réseau couvrira les zones où vivent 93 % de la population, mais que seulement 
85 % de celle-ci y seront connectés. En 2014, le gouvernement letton a proposé une 
loi visant à encourager les ménages à se raccorder au réseau d’assainissement public 
en permettant aux municipalités d’octroyer des subventions à ceux qui souhaitaient 
le faire.
54 
Enfin, dans quelques grandes villes de Pologne et de Lettonie, des investissements 
cofinancés par l’UE ont été effectués dans des technologies de traitement des eaux 
résiduaires qui vont au delà des exigences de la directive en ce qui concerne l’élimi -
nation du phosphore (voir point 34). Des investissements de ce type ont aussi été 
proposés dans le cadre des plans de gestion des bassins hydrographiques pour des 
villes plus petites 46 dans les zones où l’état hydrique des masses d’eau n’est pas bon, 
même si ces plans n’avaient pas été mis en œuvre au moment de l’audit. Les plans de 
gestion des bassins hydrographiques ne comportaient aucun investissement de cette 
nature en Pologne.
Les stations d’épuration des eaux résiduaires cofinancées 
par l’UE sont efficaces mais leur durabilité n’est pas toujours 
garantie
55 
Fin 2013, les 10 stations d’épuration inspectées (trois en Lettonie et sept en Pologne) 
respectaient les normes de l’UE en matière d’effluents, à l’exception d’une en Let -
tonie censée s’y conformer avant l’expiration du délai fixé pour cet État membre, 
à savoir décembre 2015. Une station en Lettonie et quatre stations en Pologne res -
pectaient également les recommandations plus rigoureuses formulées par Helcom 
concernant le phosphore (voir recommandation 28E/5 dans l’ encadré 1 ).
56 
Quant à la capacité de traitement des stations visitées, nous avons constaté qu’une 
station lettone (Ogre) était surdimensionnée, les charges organiques traitées ne 
représentant que 29 % de sa capacité. Nous avons aussi relevé que la capacité 
de quatre stations en Pologne (Varsovie, Łódź, Szczecin et Gdynia) aurait pu être 
moindre, car l’eau propre provenant d’infiltrations des eaux souterraines et repré -
sentant entre 21 % et 26 % du volume global était également traitée. Notre récent 
rapport spécial consacré au bassin du Danube 47 a mis en évidence des problèmes 
similaires.46 Investissements consentis 
dans le traitement des eaux 
résiduaires dans 15 villes de 
plus de 10 000 habitants 
(bassins hydrographiques de 
la Daugava et de la Gauja) et 
dans plusieurs agglomérations 
de moins de 2 000 habitants.
47 Voir rapport spécial n° 2/2015, 
points 65 à 67.
27 Observations 
57 
Les tarifs de l’eau appliqués dans les agglomérations en cause sont établis par les 
municipalités conformément aux règles nationales et sont approuvés par le régu -
lateur national. Notre audit a montré que les tarifs ne couvrent pas le coût d’amor -
tissement des actifs en Lettonie; le même défaut a été constaté dans l’une des sept 
stations d’épuration visitées en Pologne. Dans ces cas, les recettes générées ne sont 
par conséquent pas suffisantes pour remplacer les actifs au terme de leur durée de 
vie. Cette lacune peut aussi résulter de la sous-utilisation des stations d’épuration. 
Dans l’ensemble des agglomérations inspectées, le prix de l’eau est inférieur au taux 
d’accessibilité économique communément accepté (4 % du revenu des ménages, 
comme indiqué par la Commission dans ses lignes directrices 48). La Cour a formulé 
des observations similaires précédemment 49.
Le suivi, par la Commission, de l’application de la directive 
par les États membres n’est pas assuré en temps opportun
58 
Une première mesure de suivi consiste pour la Commission à vérifier que les dispo -
sitions de la directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires ont été 
correctement transposées dans les cadres juridiques nationaux respectifs, ce qui se 
fait sur la base d’études de conformité. Ces contrôles ont commencé immédiatement 
après l’adoption de la directive et ont donné lieu à une action en justice à l’encontre 
du Danemark, de l’Allemagne et de la Suède. Aucun des États membres riverains de la 
mer Baltique ayant adhéré à l’UE en 2004 n’a fait l’objet de poursuites à la suite de ces 
contrôles.
59 
Dans le cas de la Pologne, l’étude de conformité de 2005 n’a soulevé aucune question 
d’ordre juridique, mais elle indique clairement que «la Pologne a appliqué l’autre 
procédure de traitement évoquée à l’article 5, paragraphe 4, de la directive 91/271. 
En conséquence, les dispositions transitoires du traité d’adhésion sont applicables 
à l’obligation d’une réduction de 75 % pour la quantité totale d’azote et pour la 
quantité totale de phosphore». Cependant, comme cela est expliqué au point 51, le 
traité d’adhésion accorde une période transitoire à la Pologne pour mettre en œuvre 
l’article 5, paragraphes 2 et 3 (première option impliquant un traitement plus rigou -
reux), mais pas l’article 5, paragraphe 4 (deuxième option).
60 
La Commission a réagi à ce problème en 2010 seulement, lorsqu’elle a dû approuver 
des demandes de projets d’infrastructure dans le domaine des eaux urbaines rési -
duaires qui n’étaient pas conformes au traité d’adhésion du pays. Nous estimons que 
la Commission n’a pas agi en temps opportun.48 Nouvelle période de 
programmation 2007-2013: 
Guide méthodologique pour 
la réalisation de l’analyse 
coûts-avantages, document 
de travail n° 4, août 2006.
49 Rapport spécial n° 2/2015 de la 
Cour.
28 Observations 
61 
En janvier 2012, comme condition à un cofinancement de l’UE, la Commission a prié 
l’État membre de démontrer que tous les projets concernant les agglomérations 
ayant un EH supérieur à 10 000 étaient conformes aux dispositions de l’article 5, 
paragraphes 2 et 3, de la directive. La Pologne a donc dû modifier son plan de mise 
en œuvre du traitement des eaux urbaines résiduaires pour y inclure des investisse -
ments supplémentaires afin de respecter la directive, même si elle ne pourra tenir le 
délai convenu dans le traité d’adhésion.
62 
Une deuxième mesure consiste pour la Commission à suivre en continu les progrès 
réalisés au niveau des plans nationaux de mise en œuvre de la directive relative au 
traitement des eaux urbaines résiduaires sur la base des informations communiquées 
par les États membres tous les deux ans (article 17). Considérant que les informations 
recueillies n’étaient pas suffisantes pour permettre un suivi efficace, la Commission 
a établi un nouveau modèle de présentation pour les rapports en 2014 50. Néan -
moins, les actions de la Commission à cet égard sont insuffisantes pour remédier 
aux faiblesses actuelles; par exemple, elle ne demande aucune information sur les 
réalisations et sur les résultats attendus des investissements proposés, exprimés en 
kilomètres de conduites d’adduction des eaux usées ou en pourcentage de la charge 
de pollution des eaux usées d’une agglomération à collecter.
63 
La Commission demande par ailleurs aux États membres des informations sur la 
manière dont ils respectent les dispositions en matière de collecte et de traitement 
des eaux résiduaires (article 15, paragraphe 4), ce qui peut conduire à des commu -
nications dans le cadre du système «EU Pilot» 51, puis à des actions en justice en cas 
d’infraction avérée. Toutefois, la Commission n’a pas réagi en temps opportun en la 
matière. Elle n’a mis en place le système de communications «EU Pilot» avec les États 
membres riverains de la mer Baltique que longtemps après les échéances fixées dans 
les traités d’adhésion (dans le cas de la Lituanie, fin 2014 pour les agglomérations 
dont le délai était 2008; dans le cas de la Lettonie, fin 2014 pour celles dont le délai 
était 2010). Elle a également engagé des procédures en manquement à l’encontre de 
la Suède et de la Finlande en 2012, compte tenu du choix de ces pays de ne réduire 
que le phosphore (pas l’azote) dans certaines zones côtières et à l’intérieur du pays. 
La Cour de justice de l’Union européenne s’est prononcée en faveur de la Finlande, 
mais la Suède a été priée de réduire l’azote contenue dans les eaux résiduaires déver -
sées par 36 agglomérations 52. Selon les informations disponibles à la Commission, 
huit d’entre elles étaient encore en situation de non-conformité en 2015.50 Décision d’exécution 
2014/431/UE de la Commission 
du 26 juin 2014 concernant les 
modèles de présentation pour 
les rapports relatifs aux 
programmes nationaux de 
mise en œuvre de la directive 
91/271/CEE du Conseil 
(JO L 197 du 4.7.2014, p. 77).
51 «EU Pilot» est une première 
étape pour tenter de résoudre 
les problèmes de manière 
à éviter, dans la mesure du 
possible, l’engagement de 
procédures en manquement.
52 Affaire C-438/07 – Annexes 2 
et 3 aux mémoires en défense 
présentés par la Suède à la 
Cour de justice de l’Union 
européenne.
29 Observations 
64 
Nous avons enfin constaté que la possibilité d’opter ou non pour le traitement plus 
rigoureux conduit à une situation où l’État membre peut satisfaire à la directive 
tout en permettant aux agglomérations de ne pas respecter les mêmes niveaux de 
réduction des nutriments. Nous avons relevé que la concentration de nutriments 
dans les effluents rejetés par 28 stations d’épuration des eaux résiduaires inspectées 
en bordure de la mer Baltique variait sensiblement (voir annexe IV ). Si nous prenons 
en considération les stations de traitement des eaux usées conformes à la directive 
en 2013, la concentration d’azote varie de 16,4 mg/l à Espoo à 3,7 mg/l à Helsinki et la 
concentration de phosphore, de 0,9 mg/l à Riga à 0,1 mg/l à Stockholm.
Le soutien de l’UE à la Russie et à la Biélorussie présente 
potentiellement un bon rapport coût-efficacité,  
mais sa portée est très limitée par rapport aux besoins  
et la mise en œuvre des projets est longue
65 
Le financement de l’UE en faveur de projets liés aux eaux résiduaires en Russie et en 
Biélorussie est très limité. Pendant la période 2001-2014, le Fonds de soutien du par -
tenariat pour l’environnement dans le cadre de la dimension septentrionale, à savoir 
une initiative internationale visant à lutter contre les problèmes environnementaux 
ayant une incidence transfrontière en Europe du nord, a affecté 177 millions d’euros 
à des projets environnementaux en Russie et en Biélorussie par l’intermédiaire de 
son volet non nucléaire. La contribution de l’UE s’est élevée à 44 millions d’euros. Au 
moment de l’audit, le partenariat avait approuvé 18 projets de collecte et de traite -
ment des eaux résiduaires ainsi que d’approvisionnement en eau, 15 en Russie et 3 en 
Biélorussie, représentant 71 % des subventions qu’il a octroyées.
66 
Dans une évaluation présentée à l’assemblée des donateurs en décembre 2013, la 
Banque européenne pour la reconstruction et le développement (BERD) – gestion -
naire du Fonds du partenariat – estime que les projets approuvés par le partenariat 
pourraient permettre de réduire les quantités d’azote de plus de 7 600 t/an et celles 
de phosphore de 2 300 t/an. Cela correspond environ à 7 % et à 27 % des apports de 
la Russie et à 9 % et à 21 % des apports de la Biélorussie, ce qui représente une contri -
bution substantielle à l’obligation de réduire les nutriments en mer Baltique. Toute -
fois, aucune donnée de suivi sur les réductions opérées n’a été fournie à l’assemblée.
30 Observations 
67 
La contribution de l’UE au Fonds est relativement minime et la part cofinancée par les 
autorités des pays bénéficiaires est significative. L’effet de levier du financement de 
l’UE est cependant considérable puisque, pour 2 euros alloués par l’Union, 98 euros 
provenant d’autres sources sont levés. Dans son évaluation, la BERD fait état d’un 
coût de 462 000 euros pour diminuer d’une tonne la charge phosphorique par l’inter -
médiaire de projets de traitement des eaux résiduaires relevant du partenariat en 
Russie et en Biélorussie, soit environ un cinquième du coût enregistré en Finlande, en 
Suède ou en Allemagne.
68 
La réduction des nutriments d’origine russe a principalement été opérée grâce 
à l’extension et à la modernisation du système de collecte et de traitement des eaux 
résiduaires à Saint-Pétersbourg. Des données récentes fournies par l’opérateur du 
système montrent, d’une part, que la concentration de phosphore satisfait à la norme 
Helcom (voir encadré 1 ) dans 11 des 12 stations d’épuration et, d’autre part, que les 
normes fixées par Helcom en matière d’azote sont respectées dans 8 des stations.
69 
Cependant, la mise en œuvre des projets prend beaucoup de temps. Les longues 
négociations sur les prêts, les modifications de la législation environnementale et les 
délais d’adjudication des travaux font que les projets sont menés à terme plusieurs 
années après leur approbation. Au 31 octobre 2014, seuls 4 des 18 projets d’infras -
tructure dans le domaine des eaux résiduaires étaient terminés, ce qui représentait la 
moitié des résultats escomptés en Russie. Des retards importants ont affecté le «Pro -
gramme d’investissement environnemental municipal – Leningrad Oblast», approuvé 
en 2002, et le projet «Services dans les secteurs de l’eau et de l’environnement – Kali -
ningrad», approuvé en 2005, mais ni l’un ni l’autre n’ont encore été clôturés. Ce der -
nier projet est capital pour la mer Baltique étant donné que la charge produite par la 
ville de Kaliningrad est la deuxième en importance après celle de Saint-Pétersbourg. 
Aucun projet n’a encore été terminé en Biélorussie. Il reste donc beaucoup à faire 
pour obtenir les réductions nécessaires de nutriments provenant de ces pays.
Efficacité des actions visant à réduire la pollution  
de l’eau par les nutriments agricoles
70 
L’agriculture est la principale source de pollution diffuse de l’eau par les nutriments 
(voir point 4), mais également de pollution par les nutriments en général, notamment 
dans les pays où la pollution des eaux résiduaires municipales a déjà été considéra -
blement réduite. Par exemple, l’agriculture représente environ deux tiers de la charge 
hydrique azotée en Finlande, contre un tiers en Pologne.
31 Observations 
71 
En 1991, l’UE a adopté la directive sur les nitrates en vue d’assurer la protection 
des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole dans les zones qui 
alimentent des eaux déjà polluées ou susceptibles de l’être, appelées «zones vulné -
rables aux nitrates», dans lesquelles les programmes d’action anti-nitrates doivent 
être mis en œuvre. Un État membre pouvait également décider d’appliquer les dispo -
sitions de la directive sur l’ensemble de son territoire.
72 
Le mécanisme de la conditionnalité a été introduit en 2005 et lie les paiements versés 
aux agriculteurs au respect des exigences environnementales, entre autres. Confor -
mément aux dispositions de la réglementation de l’UE, les règles concernant la condi -
tionnalité doivent systématiquement faire l’objet d’un contrôle.
73 
En vertu de la directive-cadre sur l’eau, lorsque les mesures de base [la mise en œuvre 
de la directive sur les nitrates et les autres mesures de contrôle de la pollution diffuse 
(voir point 29)] ne suffisent pas pour assurer un bon état des eaux, comme c’est le 
cas pour la région de la mer Baltique, des mesures supplémentaires doivent être 
appliquées dans les bassins versants des masses d’eau dont l’état hydrique n’est pas 
satisfaisant. Ces mesures supplémentaires doivent être intégrées dans les plans de 
gestion des bassins hydrographiques. En ce qui concerne les États membres visités, 
ces mesures correspondent principalement à celles des programmes de développe -
ment rural cofinancés par le Fonds européen agricole pour le développement rural.
74 
Nous avons examiné:
- si les États membres ont mis en œuvre efficacement les dispositions de la direc -
tive sur les nitrates et si la Commission a assuré un suivi approprié;
- si le mécanisme de conditionnalité est efficace sur le plan de la protection de 
l’eau;
- si les mesures de développement rural cofinancées par l’UE et visant à protéger 
l’eau sont efficaces en matière de réduction des nutriments.
32 Observations 
La directive sur les nitrates n’est pas appliquée efficacement 
en dépit d’un suivi relativement satisfaisant de la part de la 
Commission
Lacunes dans la désignation des zones vulnérables
75 
Les zones vulnérables aux nitrates doivent englober tous les territoires qui ali -
mentent des eaux polluées (c’est-à-dire les eaux eutrophes, les eaux dont la concen -
tration en nitrates est supérieure à 50 mg/l) ou susceptibles de l’être et qui contri -
buent à la pollution par les nitrates. Les États membres sont alors tenus de mettre en 
œuvre un programme d’action dans ces zones. L’Allemagne, le Danemark, la Finlande 
et la Lituanie n’ont pas désigné de zones spécifiques, car ils ont choisi d’appliquer les 
programmes d’action sur l’ensemble de leur territoire. Bien que pratiquement toutes 
leurs zones alimentent la mer Baltique, les quatre autres États membres, en parti -
culier la Pologne, n’ont désigné qu’une petite partie de leur territoire comme zones 
vulnérables aux nitrates (Estonie, 7 %; Lettonie, 13 %; Pologne, 4,5 %; Suède, 22 %). La 
Commission a remis en cause la validité de la désignation des zones vulnérables dans 
ces pays, en allant même jusqu’à assigner la Pologne devant la Cour de justice de l’UE 
(voir point 82).
76 
L’application d’un programme d’action à l’ensemble d’un territoire, comme c’est le 
cas en Finlande, facilite l’acceptation des règles étant donné qu’elles sont pareilles 
pour tous les agriculteurs. Cependant, dans les zones d’exploitation agricole exten -
sive où l’épandage de fertilisants est faible, où l’état des masses d’eau réceptrices 
est bon et présente un faible risque de pollution et où, par conséquent, certaines 
exigences des programmes d’action sont superflues, les coûts administratifs et ceux 
liés à l’inspection sont plus élevés. Par contre, dans les zones d’exploitation agricole 
et d’élevage intensifs, les exigences peuvent se révéler insuffisantes pour aboutir aux 
réductions de nutriments nécessaires au bon état des eaux intérieures et marines. Par 
exemple, alors que la directive sur les nitrates est appliquée depuis 20 ans dans le sud 
de la Finlande, une partie importante des masses d’eau n’y est toujours pas en bon 
état. En outre, la Finlande n’a pas récemment réduit ses apports d’azote dans la mer 
Baltique (voir figure 2 ).
77 
Il reste encore beaucoup à faire avant d’atteindre les valeurs cibles concernant la 
réduction des apports phosphoriques (voir annexe III ). De plus, la directive sur les 
nitrates met l’accent sur ces derniers et n’impose pas de limites quant aux apports de 
phosphore 53. Par conséquent, lorsque l’eutrophisation est déclenchée par l’apport de 
phosphore, la mise en œuvre d’un programme d’action antinitrates ne résoudra pas 
nécessairement le problème et les États membres peuvent être appelés à prendre 
des mesures supplémentaires. Les États membres visités n’avaient pas fixé de 
conditions limitant l’épandage des engrais phosphorés sur les terres agricoles (voir 
point 35).53 La directive ne répond 
qu’indirectement à ce 
problème avec la «limitation 
de l’épandage des fertilisants», 
car les nitrates et le phosphore 
sont en général présents 
conjointement (avec d’autres 
nutriments) dans les engrais. 
Néanmoins, cette disposition 
ne garantit pas la limitation de 
l’apport de phosphore, les 
différents nutriments étant 
présents en proportions 
variables dans les engrais 
commerciaux.
33 Observations 
Des programmes d’action antinitrates au contenu variable
78 
La directive comporte des dispositions contraignantes pour les agriculteurs et 
d’autres qui sont facultatives. Toutefois, elle ne fixe des limites précises que pour 
quelques dispositions contraignantes, que tous les États membres appliquent de 
manière uniforme 54. Pour les autres dispositions contraignantes, il incombe à ces 
derniers d’établir des règles précises dans leurs programmes d’action antinitrates res -
pectifs. Dans les trois États membres visités, ces règles ne présentaient pas la même 
rigueur et étaient moins strictes que celles présentées dans une étude réalisée pour 
le compte de la Commission, comme en atteste le tableau 2 .
79 
La directive limite l’épandage des effluents d’élevage contenant de l’azote, mais pas 
celui des engrais minéraux azotés, qui a augmenté 55. Elle comporte également une 
disposition générale imposant aux États membres de fixer des limites pour la quanti -
té totale d’engrais azotés à épandre. Le meilleur gage d’efficacité d’une telle obliga -
tion est de disposer de plans de fertilisation élaborés par des experts indépendants 
et approuvés par les autorités compétentes. Cependant, dans le cadre de la directive 
sur les nitrates, les agriculteurs ne sont pas tenus de disposer de plans de fertilisation 
ni de cahiers d’épandage. Le programme d’action de la Finlande n’impose pas aux 
agriculteurs d’appliquer des plans de fertilisation, tandis que la Pologne exige des ca -
hiers d’épandage ainsi que des plans de fertilisation pour les exploitations agricoles 
de plus de 100 ha, ce qui représente 1 % du nombre total d’exploitations en Pologne. 
Dans ces deux pays, ces dispositions ne sont pas contraignantes, mais les agriculteurs 
s’y plient volontairement, car il s’agit des conditions à remplir pour bénéficier des 
paiements agroenvironnementaux 56. La Lettonie exige à la fois des plans de fertilisa -
tion et des cahiers d’épandage pour les exploitations de plus de 20 ha (ou 3 ha dans 
le cas des exploitations horticoles), ce qui correspond à 85 % des terres agricoles dans 
les zones vulnérables aux nitrates.
80 
En outre, le respect de certaines conditions – difficile à contrôler puisqu’elles im -
pliquent de ne pas recourir aux fertilisants à certaines dates ou sur certaines bandes 
de terrain (voir tableau 2, III.1.1, II.A.2 et II.A.4 ) – serait mieux assuré si l’utilisation 
de cahiers d’épandage était requise. En l’absence de tels registres, les infractions 
peuvent difficilement être établies avec certitude (et les sanctions appliquées) 
à moins que l’agriculteur ne soit pris en flagrant délit.54 Annexe III.2, limitation de 
170 kg/ha/an en ce qui 
concerne l’épandage d’azote 
provenant des effluents 
d’élevage et annexe II.A.3, 
interdiction d’épandage des 
fertilisants sur les sols 
détrempés, inondés, gelés ou 
couverts de neige.
55 Selon Eurostat, de 2004 à 2012, 
l’apport d’azote provenant 
d’engrais minéraux 
a augmenté en moyenne 
annuelle de plus de 4 % en 
Estonie, en Lettonie et en 
Lituanie et de moins de 4 % en 
Pologne et en Suède. Il 
a baissé en moyenne annuelle 
d’1 % en Allemagne, en 
Finlande et au Danemark.
56 En Finlande, cela concerne 
90 % des agriculteurs 
représentant 97 % des terres 
arables. En Pologne, les 
cahiers d’épandage doivent 
également être tenus par les 
agriculteurs qui bénéficient de 
paiements 
agroenvironnementaux, 
tandis que les plans de 
fertilisation ne sont exigés que 
de ceux qui obtiennent des 
paiements dans le cadre des 
régimes 
agroenvironnementaux 
«agriculture biologique» et 
«agriculture durable», ce qui 
représente 12 % des terres 
arables.
34 Observations 
Exigences liées aux programmes d’action antinitrates en vigueur fin 2014
Référence aux 
annexes de la 
directive sur 
les nitratesExigences contraignantes
Fertilisants Effluents d’élevage
III.1.1
Période 
d’interdictionIII.1.3
Limitation de l’épandage sur les 
sols (kg/ha/an)II.A.2
Sols en forte 
penteII.A.4
Distance des cours 
d’eauIII.1.2
Capacité des cuves 
destinées au  
stockage des 
effluents d’élevage
LETTONIE
(dans les zones 
vulnérables 
aux nitrates)4,5 mois pour les 
effluents d’élevage
5 mois pour les  
fertilisants minérauxPommes de terre < 150
Prairies de 50 à 190
Céréales de printemps et oléagineux 
de 110 à 200Fertilisants tous 
interdits sur les 
sols pentus50 m si la pente est 
supérieure à 10 %
10 m de zones de 
protection des eaux6 mois de production 
pour les effluents 
d’élevage solides
7 mois de production 
pour les effluents 
d’élevage liquides
POLOGNE
(dans les zones 
vulnérables 
aux nitrates)De 3,5 à 4,5 mois  
pour les effluents 
d’élevage solides
6,5 mois pour les 
effluents d’élevage 
liquides et les  
fertilisants minéraux Pommes de terre de 100 à 200
Prairies et ensilage de 260 à 300
Céréales de printemps et oléagineux 
de 100 à 240Certains  
fertilisants 
interdits sur les 
sols en pente  
> 10 %De 5 à 20 m 6 mois de production 
pour les effluents 
d’élevage
FINLANDE
(pays tout 
entier)6 moisPommes de terre < 130
Prairies et ensilage < 250
Céréales de printemps et oléagineux 
< 170Effluents  
d’élevage 
interdits sur les 
sols en pente  
> 10 %5 m
10 m si la pente est 
supérieure à 2 %12 mois de production 
pour les effluents 
d’élevage
Étude réalisée 
pour le 
compte de la 
CommissionFinlande: 8 mois
Lettonie et Pologne: 
7 mois 
(5 mois pour les 
effluents d’élevage 
solides en l’absence 
de tout risque 
particulier)Pommes de terre < 130 en Finlande
< 90 en Lettonie et en PologneFertilisants  
tous interdits  
sur les sols dont 
la pente est 
supérieure à 8 % 
et dont la  
longueur 
dépasse 100 m25 m en bordure de 
cours d’eau dans des 
zones comportant des 
masses d’eau sensibles à 
l’eutrophisation  
50 m en cas de sols 
pentus – 3 à 10 m le long 
de fossés et de petits 
cours d’eauFinlande: 9 mois de 
production pour les 
effluents d’élevage
Lettonie et Pologne:  
8 mois de productionPrairies et maïs d’ensilage 
< 90 et < 210 en Finlande – < 100 
et < 250 en Lettonie et en Pologne
Céréales de printemps et oléagineux 
< 70 en Finlande
< 60-80 en Lettonie et en Pologne
Égale ou plus stricte que la norme établie dans l’étude
Proche de la norme établie dans l’étude
Bien en-deçà de la norme établie dans l’étude
Considérablement en-deçà de la norme établie dans l’étude 
Source:  Cour des comptes européenne.
Étude réalisée pour le compte de la Commission, Recommendations for establishing Actions Programmes under Directive 91/676/EEC concerning 
the protection of waters against pollution caused by nitrates from agriculture sources  (Recommandations relatives à l’élaboration de programmes 
d’action dans le cadre de la directive 91/676/CEE concernant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agri -
coles) [ DLO-Alterra Wageningen UR ; DLO-Plant Research International Wageningen UR ; NEIKER Tecnalia, Derio, Espagne; Institute of Technology and 
Life Sciences  (ITP), Varsovie, Pologne; Swedish Institute of Agricultural and Environmental Engineering  (JTI), Uppsala], décembre 2011.Tableau 2
35 Observations 
Le suivi par la Commission a été relativement concluant,  
mais a pris un temps considérable
81 
La Commission doit veiller à la bonne application de la directive sur les nitrates par 
les États membres 57. Néanmoins, il incombe à ces derniers d’approuver la désigna -
tion des zones vulnérables aux nitrates ou les programmes d’action antinitrates. 
Tous les quatre ans, ils doivent soumettre à la Commission un rapport («Rapport visé 
à l’article 10») contenant un exposé des considérations qui les ont conduits à la dési -
gnation des zones vulnérables, les résultats de la surveillance qu’ils exercent sur la 
pollution des eaux par les nitrates ainsi qu’un résumé de leurs programmes d’action. 
Quand la Commission estime que la directive n’a pas été mise en œuvre correcte -
ment, le seul instrument coercitif dont elle dispose est l’action en justice.
82 
Depuis 2010, la Commission a maintenu le dialogue avec tous les États membres 
riverains de la mer Baltique, ce qui a permis de modifier les lois relatives à la fertili -
sation en général. Les nouveaux programmes d’action les plus récents, qui rendent 
certaines obligations plus strictes, ont été mis en place en Finlande et en Letto -
nie fin 2014. En 2008, la Commission a demandé à la Pologne d’étendre ses zones 
vulnérables aux nitrates et de renforcer ses programmes d’action. Finalement, à la 
suite d’un arrêt de la Cour de justice de l’Union européenne (C-356/13) en 2014, la 
Pologne a engagé des procédures législatives pour redéfinir ses zones vulnérables 
aux nitrates et modifier ses lois en matière de fertilisation et ses programmes d’action 
pour 2016.
83 
La procédure de suivi adoptée par la Commission prend un temps considérable, 
ce qui tient en partie au fait que les dispositions de la directive sont formulées de 
manière générale et nécessitent l’adoption de modalités d’application précises dans 
les États membres. La Commission a également besoin d’une expertise scientifique 
pour évaluer si les règles établies par ces derniers sont assez strictes pour garantir le 
niveau de protection des eaux visé par la directive. À la suite de l’étude mentionnée 
dans le tableau 2  et sur la base de preuves scientifiques additionnelles, la Com -
mission a renforcé ses actions, mais les recommandations qui sont formulées dans 
l’étude en question ont parfois été contestées par les États membres. Au moment 
de l’audit, des discussions étaient en cours avec l’Estonie et la Suède et une procé -
dure d’infraction contre l’Estonie avait été engagée. La Commission a accepté que la 
Lettonie, au lieu d’étendre les zones vulnérables aux nitrates, impose certaines règles 
concernant leur utilisation en dehors de ces zones. Néanmoins, ces deux options 
peuvent ne pas se valoir sur le plan de leur efficacité: tandis qu’un mécanisme de l’UE 
permet de faire respecter les règles fixées pour les zones vulnérables aux nitrates, 
celles applicables en dehors de ces zones ne font pas toutes l’objet de contrôles équi -
valents (voir point 85).57 Conformément à l’article 258 
du traité de Lisbonne, la 
Commission doit veiller 
à l’application des dispositions 
du traité ainsi que des 
dispositions prises par les 
institutions en vertu de  
celui-ci.
36 Observations 
58 La culture et le pâturage sont 
autorisés, assortis toutefois de 
restrictions telles que des 
limitations au niveau de 
l’utilisation de fertilisants.
59 Des exemples de dispositions 
nationales concernant 
l’utilisation des fertilisants en 
dehors des zones vulnérables 
aux nitrates sont l’interdiction 
d’épandage de fertilisants 
(Pologne), la limitation de 
l’épandage d’azote provenant 
des effluents d’élevage 
à 170 kg/ha, l’interdiction 
d’épandage de fertilisants sur 
des sols détrempés, inondés, 
gelés ou couverts de neige, 
ainsi que sur des terrains très 
pentus (Pologne et Lettonie).Le mécanisme de conditionnalité contribue à assurer 
l’application de la directive sur les nitrates et  
le respect des autres obligations en matière de fertilisation, 
mais il n’est pas pleinement efficace
Toutes les obligations en matière d’utilisation d’engrais ne 
relèvent pas du champ d’application de la conditionnalité
84 
La directive sur les nitrates ne prévoyait pas de dispositions spécifiques pour assurer 
le respect des conditions fixées. Depuis l’instauration du système de conditionnalité, 
les conditions applicables aux zones vulnérables aux nitrates doivent être contrôlées 
dans le cadre de ce système. Cela signifie que si elles ne sont pas respectées, l’agricul -
teur peut être sanctionné. Toutefois, alors que tous les agriculteurs sont soumis à la 
législation sectorielle et à ses modalités d’application, seuls les bénéficiaires de paie -
ments au titre de la PAC peuvent être sanctionnés dans le cadre de la conditionnalité.
85 
En outre, les États membres sont tenus d’établir des normes, en l’occurrence les 
normes de bonnes conditions agricoles et environnementales (BCAE), sur toute une 
série d’aspects définis dans la réglementation de l’UE, de manière à ce que les terres 
soient maintenues dans de bonnes conditions agricoles et environnementales. La 
norme BCAE pertinente pour la qualité de l’eau, qui doit préciser quelles sont les 
obligations en matière de fertilisation, est celle intitulée «Établissement de bandes 
tampons le long des cours d’eau» 58.
86 
Cependant, les conditions fixées au niveau national en ce qui concerne l’utilisation de 
fertilisants en dehors des zones vulnérables aux nitrates ne relèvent pas toutes des 
normes BCAE, ce qui signifie qu’une partie d’entre elles échappe au champ d’appli -
cation de la conditionnalité 59. Les autorités nationales chargées de la protection de 
l’environnement contrôlent le respect des conditions ne relevant pas de la condition -
nalité, ce qui peut conduire à des sanctions dans le cadre de la législation nationale. 
Néanmoins, ces contrôles étaient affectés par des faiblesses dans les procédures 
mises en œuvre pour sélectionner l’échantillon de contrôle (Pologne) et par le fait 
que toutes les dispositions applicables n’étaient pas vérifiées (Lettonie). Dans ce pays, 
les contrôles supplémentaires portaient uniquement sur les obligations en matière 
de stockage et de gestion des effluents d’élevage.
87 
En outre, notre audit a permis de constater que la norme BCAE concernant les bandes 
tampons était plutôt peu exigeante (voir l’ encadré 2 ).
37 Observations 
60 Rapport spécial n° 8/2008 
intitulé «La conditionnalité 
est-elle une politique 
efficace?», point 69, et rapport 
spécial n° 23/2015, point 136.Les contrôles en matière de conditionnalité font apparaître  
un taux élevé de cas de non-conformité aux exigences concernant 
la protection de l’eau contre les nutriments
88 
Dans les trois États membres visités, les risques spécifiques liés aux charges en 
nutriments n’étaient pas pris en compte lors de la sélection des échantillons (voir 
tableau 3 ).Encadré 2 Tableau 3Exemples de conditions à respecter en vertu de la norme BCAE sur l’établissement 
de bandes tampons le long des cours d’eau
La norme BCAE applicable à tous les agriculteurs depuis 2013 devait correspondre au moins aux obligations faites 
aux agriculteurs dans les zones vulnérables aux nitrates. Le tableau 2  (exigence II.A.4) montre combien la définition 
des exigences varie.
En Finlande, la norme BCAE apporte une précision supplémentaire, à savoir que la culture n’est pas autorisée sur 
une bande d’une largeur maximale de 0,60 m à partir du bord du cours d’eau. La Lettonie et la Pologne n’ont pas 
profité de la norme BCAE pour exiger qu’une bande de terre ne soit pas cultivée.
Prise en compte des facteurs liés aux charges  
en nutriments lors de la sélection de l’échantillon  
soumis aux contrôles concernant le respect  
des critères de conditionnalité
Exploitations à très haut risque en ce qui concerne  
la pollution de l’ eau par les nutrimentsLV PL FI
Situées à proximité de cours d’eau NON OUI NON
Situées sur un terrain pentu NON OUI NON
Ayant une densité animale élevée,  
supérieure à 1,7 unité de gros bétail/haNON NON NON
Source:  Cour des comptes européenne.
89 
Les instructions dont disposent les États membres pour la réalisation des contrôles ne 
sont pas toujours assez détaillées pour empêcher que certains contrôles clés soient 
mal exécutés. Par exemple, l’audit a montré que, dans les instructions, il n’était pas 
demandé de s’assurer de la fiabilité des cahiers d’épandage des engrais au moyen 
d’un rapprochement avec les factures correspondantes (Pologne) et les stocks d’en -
grais (Pologne et Lettonie). Le calendrier des inspections (principalement de juillet 
à octobre) n’est pas approprié pour contrôler le respect des exigences concernant les 
mois d’hiver. La Cour a déjà relevé ce problème 60.
38 Observations 
61 Rapports spéciaux nos 8/2008, 
4/2014 et 23/2015.
62 Article 36 du règlement (CE) 
n° 1698/2005.
63 Les plans de gestion des 
bassins hydrographiques 
adoptés en 2009 couvrent la 
période 2010-2015, tandis que 
les programmes de 
développement rural adoptés 
en 2006 concernent la période 
2007-2013.
64 Les plans de gestion des 
bassins hydrographiques en 
Lettonie comportent deux 
propositions de mesures qui 
devront être financées avec 
des fonds nationaux, à savoir 
«les zones tampons de type 
prairies» et «l’élaboration des 
plans de fertilisation», mais 
leur champ d’application est 
limité ou elles n’ont pas été 
mises en œuvre.90 
Dans les trois États membres visités, le taux de non-conformité est élevé en ce qui 
concerne les conditions à respecter dans les zones vulnérables aux nitrates, allant de 
17 % à 32 % des agriculteurs contrôlés en 2013. La majeure partie des cas concernait 
l’absence d’installations de stockage du fumier ou le caractère inadapté de celles-ci, 
des problèmes d’analyse de la teneur en azote dans les effluents d’élevage (Finlande), 
le non-respect des limites fixées en matière d’épandage d’azote provenant de ces 
effluents (Pologne), les déficiences des plans de fertilisation et l’absence de cahiers 
d’épandage des engrais (Lettonie). Cela indique que le système de contrôle a un effet 
dissuasif limité, comme cela a déjà été signalé dans de précédents rapports de la 
Cour 61.
Dans les États membres visités, les mesures  
de développement rural cofinancées par l’UE pendant  
la période 2007-2013 ont eu peu d’effet sur la réduction de  
la pollution par les nutriments dans les masses d’eau
91 
Les mesures supplémentaires figurant dans les plans de gestion des bassins hydro -
graphiques de 2009 visaient à réduire la pollution par les nutriments générée par 
les activités agricoles et étaient dans une large mesure de même nature que celles 
prévues dans les programmes de développement rural pour la période 2007-2013, 
c’est-à-dire des investissements dans les exploitations liés au stockage du fumier et 
des mesures visant à améliorer l’environnement et l’espace rural 62. Cependant, dans 
les programmes de développement rural, ces mesures sont destinées à atteindre des 
objectifs multiples en matière d’environnement et, en général, tous les agriculteurs 
peuvent les mettre en place sur une base volontaire, indépendamment de la locali -
sation de l’exploitation. Dans les plans de gestion des bassins hydrographiques, par 
contre, elles sont présentées comme un instrument majeur pour l’amélioration de 
l’état des eaux et doivent être appliquées dans des zones spécifiques.
92 
En outre, quand les plans de gestion des bassins hydrographiques ont été adoptés 63, 
une partie considérable des fonds consacrés au développement rural avait déjà 
été engagée, en particulier en faveur de régimes agroenvironnementaux, mais pas 
nécessairement dans les zones spécifiées dans lesdits plans. Pour assurer l’application 
de ces régimes dans les zones spécifiées, une meilleure coordination entre les auto -
rités chargées du développement rural et celles responsables de l’eau et/ou la mise 
à disposition de fonds supplémentaires auraient été nécessaires. Cela a rarement été 
le cas 64.
39 Observations 
65 En Lettonie, les 
investissements dans les 
installations de stockage du 
fumier ont concerné 50 % des 
exploitations agricoles 
comptant 80 % des unités de 
gros bétail dans les zones 
vulnérables aux nitrates. Le 
soutien aux installations de 
stockage du fumier a eu peu 
de succès en Pologne.Les investissements cofinancés par l’UE ont aidé les agriculteurs 
à mieux gérer les effluents d’élevage, mais n’ont concerné qu’en 
partie les exploitations agricoles les plus polluantes
93 
Le manque d’installations appropriées pour le stockage des effluents d’élevage a été 
reconnu comme un problème majeur pour pratiquement toutes les exploitations 
situées dans les zones vulnérables aux nitrates en Pologne. Ce problème était éga -
lement jugé sérieux en Lettonie. Les premiers programmes de développement rural 
en Pologne et en Lettonie (2004-2006) ont traité cette question avec plus ou moins 
de succès65. En outre, les plans de gestion des bassins hydrographiques de 2009 ont 
été élaborés compte tenu du fait que les installations de stockage du fumier dans les 
zones vulnérables aux nitrates et dans les bassins versants de certaines masses d’eau 
devraient encore être améliorées. Les plans finlandais de gestion des bassins hydro -
graphiques comportent aussi cette mesure.
94 
Toutefois, lors de la mise en œuvre de leurs programmes de développement rural 
pour la période 2007-2013, aucun des trois États membres visités n’a privilégié les 
subventions en faveur de l’amélioration des installations de stockage du fumier dans 
les exploitations situées dans des zones vulnérables aux nitrates ou représentant de 
grands risques en matière de protection de l’eau, comme celles où la densité animale 
était élevée et celles situées dans des bassins de masses d’eau dont l’état hydrique 
était médiocre.
Plusieurs facteurs ont limité l’efficacité des mesures de 
développement rural visant à protéger la qualité de l’eau
95 
Sur le plan de la réduction de la pollution de l’eau par les nutriments, les projets 
agroenvironnementaux les plus importants n’étaient pas géographiquement cen -
trés sur les zones problématiques recensées dans les plans de gestion des bassins 
hydrographiques. Il s’agit souvent de zones d’exploitation agricole intensive et/ou 
de zones vulnérables aux nitrates, ainsi que de surfaces sujettes à l’érosion, et dès 
lors exposées à un ruissellement important de nutriments dans l’eau. Même dans le 
cas où quelques régimes agroenvironnementaux et mesures de boisement étaient 
bien ciblés, les agriculteurs ont été peu nombreux à soumettre des demandes. Par 
exemple, en Finlande, les régimes d’aide «Établissement de bandes tampons (zones 
ripicoles)» et «Réduction efficiente des charges en nutriments (phosphore)» ont 
atteint respectivement 57 % et 15 % des valeurs cibles fixées (en nombre d’hectares). 
En Lettonie, le régime «chaume en hiver» a enregistré un pourcentage proche de 
59 % et, en Pologne, la mesure de boisement a atteint 50 %. Les autorités nationales 
ont estimé que les faibles pourcentages obtenus s’expliquaient par la complexité des 
mesures et le montant peu élevé des subventions, en particulier pour les exploita -
tions pratiquant une agriculture intensive, généralement localisées dans ces zones.
40 Observations 
66 Les États membres sont tenus 
de définir les exigences 
minimales concernant les 
engrais et les pesticides, 
lesquelles sont applicables 
pour certaines mesures dans 
le cadre des programmes de 
développement rural. Dans les 
trois États membres visités, ces 
exigences ne vont pas au delà 
de celles fixées en matière de 
conditionnalité en ce qui 
concerne les engrais et 
n’intègrent pas les limitations 
relatives à l’épandage du 
phosphore, sauf en Finlande, 
où la limite est cependant loin 
d’être stricte.96 
En conséquence, dans les États membres audités, les régimes agroenvironnementaux 
les plus pertinents ne sont pas suffisamment appliqués dans les zones exposées au 
risque de pollution par les nutriments. Par exemple, en Lettonie et en Pologne, la plus 
grande partie des surfaces concernées par l’»agriculture biologique», la «protection 
de l’eau et des sols» et les «zones tampons de type prairies» sont des terres agricoles 
situées en dehors des zones vulnérables aux nitrates (voir tableau 4 ).Tableau 4Mise en œuvre des régimes agroenvironnementaux 
importants pour la protection de l’eau dans les zones 
vulnérables aux nitrates
% de terres bénéficiant d’une aide 
situées dans des zones vulnérables 
aux nitrates
Régimes agroenvironnementaux importants pour la 
protection de l’ eauLV PL
Agriculture biologique 5,2 1,6
Agriculture intégrée/durable 28,8 11,6
Protection de l'eau et des sols 10,9 7, 5
Zones tampons de type prairies 0,0 2,4
Note:  la Finlande ne figure pas dans le tableau étant donné que l’ensemble du pays est défini 
comme zone vulnérable aux nitrates.
Source:  Cour des comptes européenne.
97 
En outre, certaines dispositions des régimes agroenvironnementaux n’étaient pas 
assez contraignantes; elles n’étaient parfois que légèrement plus strictes que les 
exigences de base, c’est-à-dire les exigences en matière de conditionnalité et les 
exigences minimales concernant les engrais et les pesticides 66. Par exemple, en 
Pologne, le régime agroenvironnemental visant à établir une bande de terre non 
cultivée couverte d’herbes et d’arbustes indigènes le long des cours d’eau impose 
une largeur de bande de cinq mètres, alors que la largeur minimale requise dans 
d’autres États membres est beaucoup plus grande, par exemple 15 mètres. En Fin -
lande, les exigences concernant les plans de fertilisation et la couverture du sol par 
de la végétation en hiver auraient pu être incluses dans les exigences de base. La 
Lettonie l’a fait pour les deux types d’exigences (voir point 79), la Pologne pour le 
second (voir point 86 et note 59 de bas de page).
41 Observations 
67 Règlement (UE) n° 1305/2013 
du Parlement européen et du 
Conseil du 17 décembre 2013 
relatif au soutien au 
développement rural par le 
Fonds européen agricole pour 
le développement rural 
(Feader) et abrogeant le 
règlement (CE) n° 1698/2005 
du Conseil (JO L 347 du 
20.12.2013, p. 487).
68 Par exemple, la Commission 
a demandé que des mesures 
d’atténuation soient imposées 
dans le programme de 
développement rural letton 
pour tout investissement 
cofinancé en rapport avec le 
drainage des terrains agricoles 
et sylvicoles, comme cela est 
prévu dans les plans de 
gestion des bassins 
hydrographiques.
69 Les agriculteurs ayant droit 
à un paiement fondé sur la 
superficie sont tenus de 
recourir à des pratiques de 
«verdissement» favorables 
à l’environnement et à l’action 
pour le climat dans leurs 
exploitations. Ces pratiques 
prennent la forme d’actions 
telles que la diversification des 
cultures, le maintien des 
prairies permanentes et 
l’affectation de 5 % de terres 
arables à des éléments 
d’intérêt écologique. 
Règlement (UE) n° 1307/2013 
du Parlement européen et du 
Conseil du 17 décembre 2013 
établissant les règles relatives 
aux paiements directs en 
faveur des agriculteurs au titre 
des régimes de soutien 
relevant de la politique 
agricole commune et 
abrogeant le règlement (CE) 
n° 637/2008 du Conseil et le 
règlement (CE) n° 73/2009 du 
Conseil (JO L 347 du 
20.12.2013, p. 608).
70 Dans le programme de 
développement rural 
finlandais, divers mécanismes 
ont permis d’améliorer le 
ciblage géographique. Dans le 
programme de 
développement rural 
polonais, les dispositions du 
plan de fertilisation ont été 
étendues à plusieurs régimes 
agroenvironnementaux. Dans 
le programme de 
développement rural letton, 
les dispositions des régimes 
«chaume» et «horticulture 
intégrée» sont plus strictes 
que dans le programme 
précédent.98 
L’audit a aussi montré qu’aucun des États membres riverains de la mer Baltique n’a 
intégré la mesure concernant les paiements au titre de la directive-cadre sur l’eau 
dans ses programmes de développement rural 2007-2013 et 2014-2020 (hormis le 
Danemark pour la période 2007-2013). Cela s’explique par le fait que cette mesure 
permet de soutenir uniquement les actions qui vont au delà des exigences de base et 
que les agriculteurs sont impérativement tenus de respecter dans les zones recen -
sées dans les plans de gestion des bassins hydrographiques. Dans la plupart des 
États membres riverains de la mer Baltique, les premiers plans de gestion des bassins 
hydrographiques ne comportaient aucune mesure de cette nature.
99 
D’une part, les exploitations agricoles les plus polluantes n’appliquent pas suffi -
samment les régimes agroenvironnementaux parce que ceux-ci n’offrent que des 
paiements compensatoires limités et, d’autre part, les États membres n’imposent 
pas à ces exploitations les sanctions prévues dans le cadre de la protection de l’eau. 
Le rapport spécial n° 23/2015 (points 154 à 161) s’étend sur la difficulté d’appliquer 
concrètement à l’agriculture le principe du pollueur-payeur.
Pendant la période de programmation 2014-2020, des instruments 
sont disponibles pour renforcer l’efficacité des mesures de 
développement rural relatives à la protection de l’eau,  
mais ils n’ont pas encore été pleinement exploités
100  
Le règlement (UE) n° 1305/2013 67 dispose que les programmes de développement 
rural doivent notamment accorder la priorité à la protection de l’eau et fixe les condi -
tions ex ante à remplir en ce qui concerne la mise en œuvre de la directive-cadre sur 
l’eau et de la législation environnementale applicable à l’agriculture.
101  
Quand la Commission a évalué les programmes de développement rural 2014-2020 
avant de les approuver, elle a insisté pour que les États membres centrent bien les 
mesures sur les zones présentant les besoins les plus importants. Elle a aussi appelé 
à une plus grande cohérence entre les plans de gestion des bassins hydrographiques 
(projets prêts à être approuvés fin 2015) et les programmes de développement rural, 
en particulier en ce qui concerne le ciblage géographique 68. Enfin, elle a demandé 
que des exigences de base plus strictes, de même que davantage d’obligations spé -
cifiques aux régimes agroenvironnementaux, soient imposées et que tout chevau -
chement entre les mesures de développement rural et les pratiques d’écologisation 
introduites récemment soit évité 69. En pratique, les échanges de vues avec la Com -
mission ont conduit à améliorer quelque peu les mesures de développement rural 
visant à protéger la qualité de l’eau 70.
42 Observations 
71 Une «stratégie 
macrorégionale» est un cadre 
intégré approuvé par le 
Conseil européen, dont 
l’objectif consiste à lutter 
contre des problèmes 
communs rencontrés au sein 
d’une zone géographique 
définie et concernant des États 
membres et des pays tiers 
situés dans la même zone 
géographique, qui bénéficie 
de ce fait d’une coopération 
renforcée contribuant à la 
cohésion économique, sociale 
et territoriale ( source : 
InfoRegio).
72 Document SWD(2013) 233 
final du 27 juin 2013 
accompagnant le rapport de 
la Commission concernant la 
valeur ajoutée des stratégies 
macrorégionales. Voir 
également le rapport de la 
Commission concernant la 
gouvernance des stratégies 
macrorégionales, document 
COM(2014) 284 final du 
20 juin  2014.102  
Il en résulte toutefois que certains programmes de développement rural pour la pé -
riode 2014-2020 ont été approuvés en partie seulement ou sous certaines conditions, 
étant donné qu’au moment de leur approbation, les États membres étaient encore 
en train d’élaborer leurs plans de gestion des bassins hydrographiques pour 2015, de 
modifier la législation concernant leurs exigences de base ou d’établir des pratiques 
d’écologisation. En d’autres termes, des retards affecteront la mise en place de cer -
taines mesures.
La valeur ajoutée de la stratégie de l’UE  
pour la région de la mer Baltique en ce qui concerne  
la réduction des apports de nutriments
103  
La stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique a été déployée en 2009 en tant 
que projet pilote pour mettre en place l’approche macrorégionale 71 du développe -
ment régional et créer, entre autres, des liens entre les autorités agricoles et envi -
ronnementales. Les valeurs cibles fixées dans le plan d’action Helcom pour la mer 
Baltique en ce qui concerne la réduction des apports de nutriments ont été intégrées 
dans le sous-objectif de cette stratégie, intitulé «Propreté de l’eau de mer». En consé -
quence, sa valeur ajoutée en la matière devrait consister à soutenir et à accélérer la 
mise en œuvre du plan d’action en cause par l’instauration d’une nouvelle gouver -
nance, la convergence des diverses politiques et ressources sectorielles, la participa -
tion d’un large éventail de parties prenantes (secteur public, secteur privé et société 
civile) et le renforcement de la coopération internationale 72.
104  
Nous avons examiné:
- si la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique a eu un impact notable 
dans le domaine de la réduction des charges en nutriments;
- si des projets innovants ont été développés et, le cas échéant, si les meilleures 
pratiques correspondantes ont été diffusées;
- si la Commission a fait en sorte que les programmes opérationnels et les pro -
grammes de développement rural soient alignés sur l’objectif de réduction des 
nutriments dans le cadre de la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique.
43 Observations 
Un réseau complexe en matière de gouvernance  
et une valeur ajoutée difficile à évaluer
105  
La stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique repose sur le principe des 
trois «non»: non à une nouvelle législation, non à un nouveau financement et non 
à de nouvelles institutions. Même si l’intention était de ne pas créer de nouvelles 
institutions, en pratique, cette stratégie s’appuie sur un large réseau de groupes et 
d’acteurs. Ceux-ci sont venus s’ajouter aux nombreux intervenants déjà à l’œuvre 
dans la région de la mer Baltique. Dans la pratique, il est cependant difficile d’évaluer 
la valeur ajoutée apportée par la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique 
aux actions des États membres en vue de réduire les apports de nutriments; en effet, 
il n’existe aucun cadre de suivi permettant de distinguer les résultats induits par la 
stratégie de ceux obtenus grâce aux actions déjà entreprises.
Les projets phares contribuent à diffuser  
les bonnes pratiques, mais leur impact sur  
la réduction des nutriments n’a pas été démontré
106  
Les parties prenantes, telles que les autorités nationales, les partenaires commer -
ciaux, les universités, les ONG, étaient supposées élaborer des projets innovants en 
recourant aux meilleures pratiques et en les développant davantage. L’ annexe V  pré -
sente les projets phares les plus significatifs dans le cadre de la stratégie de l’UE pour 
la région de la mer Baltique, leurs objectifs, leur coût et leurs sources de financement.
107  
Les projets phares comme Baltic Manure  et Baltic Deal  ont contribué à la diffusion 
des bonnes pratiques dans le secteur agricole. Néanmoins certains de ces projets 
phares ne représentent qu’un investissement direct très modeste dans le domaine de 
la réduction des charges en nutriments. D’autres projets qui n’ont pas été reconnus 
comme des projets phares sont tout aussi importants pour la réduction des nutri -
ments: c’est le cas des projets de lutte contre la pollution d’origine agricole Baltic 
Compass  et Baltic Compact , ainsi que du projet PURE, qui porte sur le traitement du 
phosphore dans les eaux urbaines résiduaires.
108  
La contribution des projets phares et des autres projets financés par le programme 
en faveur de la région de la mer Baltique à la réduction des nutriments est difficile 
à déterminer. La plupart des projets phares ne produisent pas immédiatement des 
résultats tangibles par eux-mêmes, car ils servent souvent d’action pilote en vue 
d’une action de plus grande ampleur dans un domaine donné. Dans certains cas, ils 
s’avèrent en partie superflus, les résultats étant obtenus par l’intermédiaire d’autres 
projets de recherche financés par l’UE ainsi que d’évaluations déjà effectuées par la 
Commission.
44 Observations 
73 Voir règlement (UE) 
n° 1303/2013, article 15 
(contenu de l’accord de 
partenariat), article 96, 
paragraphe 3, point d) 
(obligation que les 
programmes opérationnels 
indiquent avec précision les 
modalités des actions 
interrégionales et 
transnationales), et article 70, 
paragraphe 2 (autorisation de 
cofinancer des opérations 
réalisées en dehors de la zone 
couverte par le programme).
74 Les accords de partenariat et 
les programmes opérationnels 
en Suède, en Finlande, en 
Lettonie et en Pologne ont été 
examinés.
75 Cela est clairement établi dans 
le programme opérationnel 
national polonais 
«Infrastructures et 
environnement» et dans les 
programmes opérationnels 
suédois, et mentionné en 
termes généraux dans le 
programme opérationnel 
national finlandais.Les programmes opérationnels doivent mieux tenir compte 
de la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique
109  
L’un des trois principes de la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique est le 
renoncement à tout nouveau financement. En revanche, le financement de l’UE en 
faveur de la cohésion et le financement national devraient être mieux ciblés de façon 
à soutenir les objectifs macrorégionaux et à être utilisés de manière plus efficiente. 
La stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique ayant été déployée en 2009, au 
milieu de la période de programmation 2007-2013, la stratégie macrorégionale n’avait 
dès le départ que peu de chances de pouvoir influer sur la répartition des fonds entre 
les priorités assignées aux programmes opérationnels.
110  
Pendant la période de programmation 2014-2020, les possibilités pour la stratégie de 
l’UE pour la région de la mer Baltique d’avoir une incidence sur la politique de cohé -
sion et sur la manière dont le développement rural est conçu se sont multipliées 73. 
L’audit a montré que la Commission a évalué les documents de programmation (ac -
cords de partenariat et programmes opérationnels) pour la période 2014-2020 de ma -
nière structurée et uniforme en accordant une attention particulière aux liens entre 
la stratégie et les priorités fixées dans les programmes, ainsi qu’aux mécanismes de 
coordination entre les structures de gestion des fonds de l’UE et la stratégie.
111 
Cependant, nous avons également constaté que, pour ce qui est du sous-objectif 
«Propreté de l’eau de mer», la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique n’a 
que peu influencé les priorités définies par les États membres 74. Par exemple, les pro -
grammes opérationnels suédois et finlandais font à peine référence à ce sous-objectif 
particulier et les mesures correspondantes en Lettonie et en Pologne concernent les 
infrastructures de traitement des eaux résiduaires qui sont de toute façon requises 
dans le cadre de la mise en conformité avec les directives de l’UE, indépendamment 
de l’existence de ladite stratégie. Les États membres ont peu de marge pour accroître 
le montant des fonds alloués par l’UE à la protection de l’eau pendant la période 
de programmation 2014-2020 étant donné que 50 % des fonds du FEDER dans les 
régions de convergence et 80 % dans les autres régions sont exclusivement affectés 
à trois objectifs thématiques. La protection de l’environnement n’en fait pas partie.
112  
À la suite des recommandations formulées par la Commission, trois des quatre 
programmes opérationnels nationaux examinés ont plus particulièrement donné la 
priorité aux projets liés à la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique 75. Tou -
tefois, aucun de ces projets ne propose des valeurs cibles ou des indicateurs relatifs 
à la réduction des apports de nutriments, ce qui rend difficile l’évaluation de leur 
contribution au sous-objectif de la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique 
concernant la propreté de l’eau. Les quatre programmes opérationnels ont tous inté -
gré les structures nationales associées à la stratégie de l’UE pour la région de la mer 
Baltique dans leurs comités de suivi.
45
 Conclusions et 
recommandations
113  
La mise en œuvre des actions de l’UE par les États membres n’a permis de réaliser 
que des progrès limités en ce qui concerne la réduction des apports de nutriments 
en mer Baltique. Les investissements consentis dans les infrastructures destinées au 
traitement des eaux résiduaires n’ont été que partiellement efficaces, les mesures 
agricoles ne sont pas proportionnées à la pression intense subie ni suffisamment 
ciblées, et la valeur ajoutée apportée par la stratégie de l’UE pour la région de la mer 
Baltique est difficile à évaluer.
Les plans des États membres manquaient d’ambition 
et d’indicateurs appropriés, et les progrès réalisés en 
matière de réduction des nutriments ont été limités
114  
À la fin de 2012, les progrès accomplis sur le plan de la réduction des apports de 
nutriments pour lutter contre l’eutrophisation en mer Baltique étaient limités. Les 
charges en nutriments provenant des agglomérations urbaines ont diminué, tan -
dis que celles d’origine agricole sont restées stables ou ont même augmenté (voir 
point 25).
115  
Les plans des États membres visant à réduire les apports de nutriments pour at -
teindre les valeurs cibles fixées par Helcom s’en sont tenus à la mise en œuvre des 
plans de gestion des bassins hydrographiques élaborés dans le cadre de la direc -
tive-cadre sur l’eau. Cette démarche ne sera pas toujours suffisante pour aboutir aux 
réductions de nutriments nécessaires en mer Baltique. En outre, les plans de gestion 
des bassins hydrographiques sont insuffisants du fait que la plupart des mesures 
prévues consistent principalement à appliquer les dispositions de certaines directives 
spécifiques de l’UE (voir points 26 à 30).
116  
Les objectifs des plans de gestion des bassins hydrographiques dans le cadre de la 
directive-cadre sur l’eau trouvent leur expression dans un indicateur d’impact, à sa -
voir le pourcentage de masses d’eau dont l’état hydrique est satisfaisant. Mais cela n’a 
pas été traduit en valeurs cibles sous-jacentes telles que la charge annuelle maximale 
en nutriments. Le même problème a été constaté au niveau des documents prépara -
toires relatifs aux programmes de mesures relevant de la directive-cadre «Stratégie 
pour le milieu marin». Les recommandations formulées par Helcom, qui vont au delà 
des normes prévues dans les directives de l’UE pour des activités spécifiques, ne sont 
mises en œuvre que partiellement (voir points 31 à 36).
117  
La fiabilité des données de suivi relatives aux apports de nutriments en mer Baltique 
n’est pas garantie. Cela est particulièrement vrai pour les données concernant la pol -
lution transfrontière et diffuse, cruciales pour une répartition équitable des objectifs 
chiffrés en matière de réduction par pays et pour l’établissement de mesures appro -
priées (voir points 37 à 41).
46 Conclusions et recommandations 
Recommandation n° 1
La Commission devrait:
a) exiger que les États membres définissent des programmes de mesures permet -
tant d’atteindre des valeurs cibles mesurables pour la réduction des charges de 
nutriments, afin que les objectifs de la directive-cadre «Stratégie pour le milieu 
marin» et de celle sur l’eau soient atteints;
b) imposer aux États membres d’évaluer et de surveiller de manière fiable et 
cohérente les charges de nutriments dans leurs bassins hydrographiques et les 
apports de nutriments dans la mer Baltique.
Les États membres devraient:
c) collecter des informations sur le rapport coût-efficacité des mesures de réduc -
tion des charges de nutriments de manière à disposer d’une analyse rigoureuse 
à l’appui des futurs programmes de mesures.
Les actions visant à réduire la pollution causée  
par les nutriments provenant des eaux urbaines 
résiduaires sont partiellement efficaces
118  
Parmi les États membres riverains de la mer Baltique qui étaient tenus de se confor -
mer à la directive avant 2012, certains n’y satisfont pas. Seules l’Allemagne et la 
Finlande respectaient pratiquement intégralement les dispositions des articles 4 et 
5 de la directive, qui fixent les exigences en matière de traitement secondaire et de 
traitement plus rigoureux. En ce qui concerne les États membres qui doivent termi -
ner la mise en œuvre de la directive avant la fin de 2015, en dépit des importants 
investissements cofinancés par l’UE, la Pologne ne parviendra pas à se conformer à la 
directive et le taux de non-raccordement aux systèmes de collecte est toujours élevé 
(voir points 46 à 54).
119  
Les stations d’épuration des eaux résiduaires visitées sont efficaces et conformes à la 
directive relative au traitement des eaux résiduaires. Toutefois, seules quelques-unes 
d’entre elles respectent la recommandation plus stricte formulée par Helcom en ce 
qui concerne le phosphore. Leur viabilité financière n’est pas toujours garantie (voir 
points 55 à 57).
47 Conclusions et recommandations 
120  
La Commission a tardé à vérifier si les États membres respectaient les dispositions 
des traités d’adhésion. Elle ne suit pas assez étroitement la mise en œuvre de ces 
plans du fait que ses travaux sont fondés sur des données inadéquates. La Commis -
sion a tardé à prendre des mesures pour déceler les infractions et porter devant la 
justice les cas de non-conformité relevés dans les États membres (voir points 58 à 64).
121  
Le soutien de l’UE à la Russie et à la Biélorussie en ce qui concerne les infrastructures 
de collecte et de traitement des eaux résiduaires pourrait entraîner une réduction des 
nutriments provenant des rejets des eaux résiduaires avec un bon rapport coût-effi -
cacité. Cependant, la mise en œuvre est longue et la portée est limitée par rapport 
aux besoins. La pollution générée par la zone de Kaliningrad en Russie constitue un 
problème particulier (voir points 65 à 69).
Recommandation n° 2
La Commission devrait:
a) encourager les États membres à établir et à faire respecter des obligations 
légales en matière de raccordement des ménages aux réseaux d’assainissement 
existants;
b) imposer aux États membres la mise en œuvre d’une politique durable en matière 
de tarification du traitement des eaux résiduaires afin de permettre la mainte -
nance et le renouvellement des infrastructures. Cette politique devrait prendre 
en considération le principe du pollueur-payeur et la nécessité que les services 
liés à l’utilisation de l’eau soient abordables;
c) réduire le délai nécessaire pour évaluer la conformité avec la directive relative au 
traitement des eaux urbaines résiduaires;
d) continuer à promouvoir les projets visant à réduire les charges de nutriments 
que la Russie et la Biélorussie rejettent dans la mer Baltique, en ciblant plus 
précisément les pollueurs importants recensés par Helcom (comme la zone de 
Kaliningrad).
Les États membres devraient:
e) concevoir et construire leurs infrastructures de traitement des eaux résiduaires 
de manière aussi efficiente que possible et, si nécessaire, envisager d’octroyer 
une aide financière aux ménages qui, autrement, ne pourraient pas se permettre 
le raccordement au réseau d’assainissement;
f) fixer des normes en matière de nutriments applicables aux effluents plus strictes 
que celles prévues dans la directive relative au traitement des eaux urbaines rési -
duaires en ce qui concerne les zones qui alimentent des eaux dont la concentra -
tion en nutriments n’est pas conforme aux dispositions de la directive-cadre sur 
l’eau et dont la qualité ne correspond pas au bon état visé dans la directive-cadre 
«stratégie pour le milieu marin».
48 Conclusions et recommandations 
Réticence des États membres à exploiter pleinement 
les actions possibles dans le domaine de l’agriculture 
et absence de ciblage des zones en difficulté
122  
Les mesures contraignantes prévues dans la directive sur les nitrates sont appliquées 
à une zone trop limitée dans certains États membres. Les programmes d’action n’ont 
pas tous la même rigueur et ne sont pas toujours aussi stricts que ne le recommande 
la Commission. La directive ne fait pas explicitement obligation aux agriculteurs 
d’élaborer des plans de fertilisation ni de tenir des cahiers d’enregistrement des en -
grais utilisés. Ces deux instruments permettraient d’appliquer plusieurs dispositions 
de la directive sur les nitrates et d’en contrôler le respect. La Commission a fourni des 
orientations aux États membres et a assuré un suivi continu de la mise en œuvre de 
ladite directive. Cela a permis de mieux déterminer quelles étaient les zones vulné -
rables aux nitrates et d’améliorer les programmes d’action, mais il s’agit d’un proces -
sus de longue haleine (voir points 75 à 83).
123  
Le mécanisme de la conditionnalité contribue à faire respecter les dispositions 
relatives aux nitrates ainsi que d’autres obligations en matière de fertilisation, mais il 
n’est pas pleinement efficace en raison du caractère peu contraignant de certaines 
exigences. En matière de conditionnalité, la sélection des échantillons et les instruc -
tions présentent des faiblesses qui affectent le système de contrôles et de sanctions. 
Le taux de non-respect des exigences est élevé dans les zones vulnérables aux 
nitrates, ce qui montre que les systèmes de contrôles ne sont actuellement pas très 
dissuasifs. Des faiblesses affectent les contrôles nationaux portant sur des exigences 
ne relevant pas de la conditionnalité (voir points 84 à 90).
124  
Les mesures de développement rural cofinancées par l’UE ont eu peu d’effet sur la 
réduction de la pollution par les nutriments dans les masses d’eau. Les investisse -
ments visant à aider les agriculteurs à améliorer le stockage et la gestion du fumier 
n’ont été que partiellement focalisés sur les exploitations agricoles concernées par ce 
problème. Les régimes agroenvironnementaux n’ont pas été géographiquement cen -
trés sur les zones où l’état hydrique des masses d’eau n’est pas satisfaisant. La mesure 
spécifique concernant la mise en œuvre des actions liées à la directive-cadre sur l’eau 
est souvent restée lettre morte. Le principe du pollueur-payeur n’est pas suffisam -
ment appliqué aux activités agricoles (voir points 91 à 99).
49 Conclusions et recommandations 
125  
La Commission a profité de la possibilité offerte par les nouveaux outils applicables 
à la période de programmation 2014-2020 pour imposer des exigences de base plus 
strictes et des mesures agroenvironnementales plus contraignantes. Elle a aussi 
demandé un meilleur ciblage géographique des mesures de développement rural 
ainsi qu’une plus grande cohérence entre les programmes de développement rural 
et les plans de gestion des bassins hydrographiques. Les discussions avec les États 
membres ont conduit à des améliorations. Néanmoins, plusieurs mesures devront 
encore être redéfinies sitôt que les règlements et les plans nationaux correspondants 
auront été adoptés. Certaines mesures seront donc retardées et la charge administra -
tive qui pèse sur les programmes s’en trouvera accrue (voir points 100 à 102).
Recommandation n° 3
La Commission devrait:
a) exiger que les États membres déterminent de manière appropriée les zones 
vulnérables aux nitrates. Pour ce faire, les États membres devraient prendre en 
considération les informations relatives aux pressions dues à la pollution causée 
par les nutriments agricoles et rassemblées dans les plans de gestion des bassins 
hydrographiques prévus par la directive-cadre sur l’eau.
Les États membres devraient:
b) fixer des limites appropriées pour l’utilisation du phosphore à des fins agricoles 
là où il met en péril le bon état des eaux;
c) établir les règles nationales relatives aux programmes d’action antinitrates sur la 
base des preuves scientifiques les plus récentes;
d) imposer des mesures allant au delà des exigences existantes aux exploitations 
agricoles polluantes situées dans les bassins versants qui alimentent les eaux 
eutrophes;
e) appliquer les régimes agroenvironnementaux les plus pertinents en ce qui 
concerne la réduction de la pollution de l’eau par les nutriments et centrer ces 
régimes et les mesures de boisement sur les zones où leur impact sur la réduc -
tion des charges de nutriments est le plus fort.
50 Conclusions et recommandations 
La valeur ajoutée de la stratégie macrorégionale  
de l’UE pour la région de la mer Baltique  
en ce qui concerne la réduction des apports  
de nutriments est difficile à évaluer
126  
La structure de gouvernance qui chapeaute la stratégie de l’UE pour la région de la 
mer Baltique est complexe et ajoute de nouvelles strates à la structure institution -
nelle de gouvernance régionale existante. L’impact de la stratégie de l’UE pour la 
région de la mer Baltique sur les actions entreprises par les États membres afin de 
réduire les apports de nutriments dans la mer Baltique est difficile à évaluer (voir 
point 105).
127  
Les projets phares menés en coopération par plusieurs États membres de l’UE et par 
des pays tiers ont pour but le développement des meilleures pratiques à utiliser dans 
une large mesure. Parfois, cependant, leurs résultats n’apportent rien de nouveau et, 
concrètement, leur impact a été plutôt faible (voir points 106 et 108).
128  
En outre, le résultat attendu de l’alignement des priorités définies pour les pro -
grammes cofinancés par l’UE sur le sous-objectif «Propreté de l’eau de mer» était très 
modeste (voir points 109 à 112).
Le présent rapport a été adopté par la Chambre II, présidée par M. Henri GRETHEN, 
Membre de la Cour des comptes, à Luxembourg en sa réunion du 27 janvier 2016.
 Par la Cour des comptes
 Vítor Manuel da SILVA CALDEIRA
 Président
51
 Annexes
Valeurs cibles concernant la réduction des apports de nutriments
PaysApport moyen 
d’azote  
1997-2003Apport 
moyen de 
phosphore  
1997-2003Objectif  
de réduction  
des apports  
d’azote  
pour 2021Objectif  
de réduction  
des apports  
de phosphore  
pour 2021Taux  
de réduction  
pour l’azoteTaux  
de réduction  
pour le 
phosphore
tonnes/an tonnes/an tonnes/an tonnes/an
Danemark 70 490 1 928 2 890 38 4 2
Estonie 27 684 804 1 800 320 7 40
Finlande 88 005 3 609 3 030 356 3 10
Allemagne 65 672 627 7 670 170 12 27
Lettonie 61 164 829 1 670 220 3 27
Lituanie 48 689 2 463 8 970 1 470 18 60
Pologne 212 412 11 787 43 610 7 480 21 63
Russie 87 122 7 142 10 380 3 790 12 53
Suède 130 279 3 639 9 240 530 7 15
Apport de nutriments provenant  
des pays Helcom791  517 32 828 89 260 14 374 11 44
Apport de nutriments provenant  
des pays non signataires 1 21 421 1 979
Charges de nutriments en mer 
Baltique provenant des pays Helcom812  938 34 807
Nutriments provenant d’autres sources 297 405 2 087
Total pour la mer Baltique 910  343 36 894 118  134 15 178 13 41
1 Apports de nutriments fluviaux transfrontières provenant de la République tchèque, de l’Ukraine et de la Biélorussie.
2 Apports dus à la pollution atmosphérique et à celle causée par les navires provenant de tous les pays de l’UE n’appartenant pas au bassin versant de 
la mer Baltique.
Source:  Cour des comptes européenne, sur la base de données extraites du Summary report on the development of revised Maximum Allowable 
Inputs (MAI) and updated Country Allocated Reduction Targets (CART) of the Baltic Sea Action Plan  (Rapport de synthèse sur l’évolution de la situation 
après le réexamen des apports maximaux admissibles et la mise à jour des valeurs cibles par pays concernant la réduction des nutriments dans le 
cadre du plan d’action pour la mer Baltique), réunion ministérielle Helcom, 2013.Annexe I
52 Annexes 
Évolution, par pays, des apports azotés et phosphorés en mer Baltique
(tonnes/an)
DE DK EE FI LT LV PL RU SE
NApports 1997-2003 65 672 70 490 27 684 88 005 48 689 61 164 212 412 87 122 130 279
Apports 2012, y compris quantités 
incertaines (valeur d’essai)55 963 52 535 28 378 94 688 55 502 70 388 191 602 91 757 116 723
DE DK EE FI LT LV PL RU SE
PApports 1997-2003 627 1 928 804 3 609 2 463 829 11 787 7 142 3 639
Apports 2012, y compris quantités 
incertaines (valeur d’essai)630 1 663 782 3 608 1 929 1 242 9 680 7 230 3 509
Source:  Preliminary assessment for following-up on progress towards the country-wise allocated reduction targets on nutrients (CART)  (Évaluation 
préliminaire relative au suivi des progrès accomplis en vue de l’obtention des valeurs cibles attribuées par pays en matière de réduction des 
nutriments), adoptée dans le cadre de la déclaration au terme de la réunion ministérielle Helcom, Copenhague, 2013.
Svendsen, L.M., Gustafsson, B., Pyhälä, M., 2015. Assessment for fulfilment of nutrient reduction targets of the HELCOM Nutrient Reduction Scheme  
(Évaluation relative à l’obtention des valeurs cibles en matière de réduction des nutriments dans le cadre du régime de réduction des nutriments 
établi par Helcom). En ligne. http://helcom.fi/baltic-sea-action-plan/progress-towards-reduction-targets/key-messageAnnexe II
53 Annexes 
Respect des plafonds en matière d’apports, par sous-bassin
(tonnes/an)
Baie de 
BotnieMer de 
BotnieMer 
Baltique 
centraleGolfe de 
FinlandeGolfe de 
RigaDétroits 
danoisCattégat Total
Plafond en matière d’apports 
azotés compte tenu de la valeur 
cible fixée par Helcom 57 622 79 372 325 000 101 800 88 418 65 998 74 001 792 211
Apports 2012, y compris incertains 
(valeur d’essai)60 484 74 794 375 760 119 687 97 106 51 495 65 801 845 127
 Réduction supplémentaire 4 578 14 503 8 200 27 281
 Quantité de nutriments correspondant 
à la réduction encore nécessaire pour 
atteindre les valeurs cibles fixées par 
Helcom pour 20212 862 50 760 17 887 8 688 80 197
Plafond en matière d’apports 
phosphorés compte tenu de la 
valeur cible fixée par Helcom2 675 2 773 7 360 3 600 2 020 1 601 1 687 21 716
Apports 2012, y compris incertains 
(valeur d’essai)2 787 2 490 15 145 7 536 2 775 1 418 1 591 33 742
 Réduction supplémentaire 283 183 96 562
 Quantité de nutriments correspondant 
à la réduction encore nécessaire pour 
atteindre les valeurs cibles fixées par 
Helcom pour 2021112 7 785 3 936 755 12 588
Source:  Preliminary assessment for following-up on progress towards the country-wise allocated reduction targets on nutrients (CART)  (Évaluation 
préliminaire relative au suivi des progrès accomplis en vue de l’obtention des valeurs cibles attribuées par pays en matière de réduction des 
nutriments), adoptée dans le cadre de la déclaration au terme de la réunion ministérielle Helcom, Copenhague, 2013.
Svendsen, L.M., Gustafsson, B., Pyhälä, M., 2015. Assessment for fulfilment of nutrient reduction targets of the HELCOM Nutrient Reduction Scheme  
(Évaluation relative à l’obtention des valeurs cibles en matière de réduction des nutriments dans le cadre du régime de réduction des nutriments 
établi par Helcom). En ligne. http://helcom.fi/baltic-sea-action-plan/progress-towards-reduction-targets/key-messageAnnexe III
54 Annexes 
Concentration en nutriments dans les effluents rejetés par les stations d’épuration 
des grandes villes des États membres riverains de la mer Baltique (2013)Annexe IV
Uppsala
N: 10,52 (mg/l)
P: 0,13 (mg/l)Turku
N: 14,18 (mg/l)
P: 0,15 (mg/l)
Gdańsk
N: 8,30 (mg/l)
P: 0,38 (mg/l)Stockholm
N: 9,47 (mg/l)
P: 0,14 (mg/l)Espoo
N: 16,38 (mg/l)
P: 0,31 (mg/l)
Tallinn
N: 7,52 (mg/l)
P: 0,45 (mg/l)Helsinki
N: 3,69 (mg/l)
P: 0,22 (mg/l)
Gdynia
N: 8,40 (mg/l)
P: 0,64 (mg/l)Copenhague
N: 543 (mg/l)
P: 1,81 (mg/l)Malmö
N: 9,30 (mg/l)
P: 0,27 (mg/l)
Kiel
N: 5,79 (mg/l)
P: 0,11 (mg/l)
Lübeck
N: 7,38 (mg/l)
P: 0,18 (mg/l)Rostock
N: 11,62 (mg/l)
P: 0,18 (mg/l)
Szczecin
N: 6,64 (mg/l)
P: 0,43 (mg/l)
Poznań
N: 7,92 (mg/l)
P: 0,45 (mg/l)
Wrocław
N: 9,50 (mg/l)
P: 0,50 (mg/l)Varsovie
N: 8,52 (mg/l)
P: 0,52 (mg/l) Łódź
N: 9,72 (mg/l)
P: 0,78 (mg/l)26 262500 0001 000 0001 500 0002 000 0002 666 000
Riga
N: 11,16 (mg/l)
P: 0,88 (mg/l)
Jelgava
N: 6,35 (mg/l)
P: 0,37 (mg/l)Ogre
N: 33,89 (mg/l)
P: 5,91 (mg/l)
Daugavpils
N: 5,55 (mg/l)
P: 0,61 (mg/l)
Vilnius
N: 9,52 (mg/l)
P: 0,66 (mg/l)Klaipėda
N: 9,99 (mg/l)
P: 0,33 (mg/l)
Kaunas
N: 8,50 (mg/l)
P: 0,34 (mg/l)Jūrmala
N: 8,67 (mg/l)
P: 0,27 (mg/l)
Source:  Cour des comptes européenne, sur la base de données fournies par les États membres pour l’année 2013. Les valeurs attribuées à Copen -
hague et à Stockholm découlent des moyennes établies pour deux stations d’épuration des eaux résiduaires situées dans chacune de ces villes.
55 Annexes 
Projets phares et autres projets importants pour la mise en œuvre  
de la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique
(millions d’euros)
Projets phares dans le cadre de la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique relatifs à l’eutrophisation
Domaine prioritaire AGRI Source et montant  
du financement
Baltic manureCe projet vise à développer l’expertise en ce qui concerne les solutions 
innovantes en matière de gestion du fumier, comme la production 
d’énergie renouvelable et d’engrais organiques.PO Région de la mer Baltique
Total: 3,7
FEDER: 2,8
Recyclage du phosphoreCe projet vise à récupérer le phosphore à partir des principales sources 
de la région de la mer Baltique, notamment les effluents d’élevage, les 
boues d’épuration et les carcasses, et à produire des engrais recyclés. Il 
a également pour objectif de développer des stratégies de fertilisation 
spécifiques pour faire de la région de la mer Baltique la première région 
autonome sur le plan de l’apport d’engrais minéraux phosphorés.
Domaine prioritaire NUTRI Financement
Suppression  
des phosphates  
dans les détergentsL’objectif de ce projet est de soutenir les États riverains de la mer 
Baltique dans la mise en œuvre de la recommandation Helcom 28E/7 
(c’est-à-dire la mise en place d’une mesure législative nationale pour 
limiter l’utilisation des phosphates dans les détergents textiles et les 
détergents pour lave-vaisselle automatiques) par l’élaboration de 
matériel d’information à  l’intention des décideurs politiques. Une 
mesure d’interdiction de l’utilisation de phosphates dans les détergents 
au niveau de l’UE dans son ensemble a été adoptée en 2011.L’agence des produits chimiques suédoise 
finance le budget de ce petit projet.
PrestoCe projet vise à réduire la charge des nutriments en mer Baltique par 
l’intermédiaire de programmes éducatifs destinés aux techniciens, 
aux concepteurs et aux formateurs universitaires concernés par le 
traitement des eaux résiduaires, ainsi que d’études techniques et 
d’investissements réalisés dans des stations d’épuration sélectionnées 
en Biélorussie (Baranovichi, Grodno, Molodechno et Vitebsk).PO Région de la mer Baltique
Total: 4,6
FEDER:  1,1
IEVP: 2,8
Baltic dealCe projet vise à lutter contre les infiltrations et la perte de nutriments 
provenant des exploitations agricoles: il a été lancé sur une base volon -
taire par cinq fédérations d’agriculteurs.PO Région de la mer Baltique
Total: 3,8
FEDER:  3,0
Évaluation de la charge de 
pollution régionale par les 
nutriments et détermination 
des projets prioritaires 
pour réduire les apports de 
nutriments de la Biélorussie 
vers la mer BaltiqueCe projet vise à  déterminer les investissements prioritaires et à  renforcer 
les capacités locales en vue de réduire les apports de nutriments en mer 
Baltique dans le contexte du partenariat pour l’environnement dans le 
cadre de la dimension septentrionale, l’accent étant notamment mis sur 
l’agriculture, les eaux résiduaires municipales et l’industrie, y compris la 
production et l’utilisation de détergents contenant du phosphore.Financé par le plan d’action pour la mer 
Baltique, géré par les banques NIB/
NEFCO, la Suède et la Finlande comme 
investisseurs: 0,25
Action horizontale: pays voisins
Zone économiquement  
et écologiquement durable du 
lac PeïpousCe projet vise à améliorer la situation environnementale du bassin du lac 
Peïpous par la rénovation des installations de traitement des eaux rési -
duaires existantes à Pskov Oblast et la création de nouvelles infrastruc -
tures dans les petits ports situés sur la rive estonienne du lac Peïpous.PO Estonie-Lettonie-RussieAnnexe V
56 Annexes 
Projets du PO Région de la mer Baltique (autres que les projets phares)  
relatifs à l’eutrophisation
(millions d’euros)
Projets du PO Région de la mer Baltique (autres que les projets phares)  
relatifs à l’eutrophisationSource et montant  
de financement  
(PO Région  
de la mer Baltique)
Baltic CompassCe projet repose sur une collaboration avec les secteurs de l’agriculture et de 
l’environnement pour répondre au besoin d’une approche transnationale en vue 
de réduire l’eutrophisation en mer Baltique.Total: 6,6
FEDER:  4,6
IEVP: 0,5
Baltic Compact Ce projet concerne les actions agroenvironnementales.Total: 1,9
FEDER:  1,5
BERAS (Baltic Ecological 
Recycling Agriculture  
and Society)Ce projet vise à réduire l’eutrophisation, mettre un terme à l’utilisation des 
pesticides et diminuer l’impact du secteur alimentaire sur le réchauffement 
planétaire.Total: 4,4
FEDER:  3,4
IEVP: 0,05
WaterpraxisCe projet vise à améliorer l’état des eaux de la mer Baltique en soutenant la mise 
en œuvre pratique des plans de gestion des bassins hydrographiques dans la 
région.Total: 2,0
FEDER:  1,5
PURE (Projet concernant la 
réduction de l’eutrophisation  
au niveau urbain)Le projet vise à préparer et à réaliser des investissements dans les municipalités 
grâce à la coopération transnationale.Total: 3,2
FEDER:  2,0
IEVP: 0,5Annexe V
57 Réponses  
de la Commission
Synthèse
V
Dans son évaluation des premiers plans de gestion des bassins hydrographiques (PGBH) 1 et dans celle des premiers pro -
grammes de mesures 2, la Commission a relevé ces problèmes qu’elle considère comme un aspect important à améliorer et 
a pressé les États membres d’agir en ce sens dans leurs deuxièmes PGBH.
VI
La Commission considère que son action a été appropriée. Il ressort clairement du traité et de la jurisprudence constante de la 
Cour de justice que la Commission dispose d’un large pouvoir d’appréciation pour décider quand engager et poursuivre des 
procédures d’infraction, en sa qualité de gardienne des traités. Dans certains cas, le recours à d’autres outils ou au dialogue 
politique peut se révéler plus efficace que les procédures d’infraction.
Néanmoins, la Commission a largement démontré sa capacité à faire respecter la directive relative au traitement des eaux 
urbaines résiduaires en se servant de la procédure d’infraction.
VII
L’application de la directive sur les nitrates par les États membres s’est heurtée à plusieurs difficultés dans certains cas, tandis 
qu’elle s’est révélée efficace dans d’autres. Néanmoins, la tendance générale des concentrations moyennes de nitrates dans les 
eaux de l’UE et en mer Baltique s’est améliorée.
La politique de conditionnalité n’est pas censée servir de mesure destinée à faire appliquer la législation européenne dans les 
États membres. En cas de manquement, la procédure d’infraction a démontré son efficacité.
Le nombre des cas de non-conformité et des sanctions appliquées du fait du mécanisme de conditionnalité est une indica -
tion de son fonctionnement plutôt que de son insuffisance. La conditionnalité s’applique uniquement aux agriculteurs qui 
reçoivent des paiements directs ou qui participent à certaines des mesures de développement rural, par exemple les mesures 
agroenvironnementales.
VIII
La Commission considère que la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique a contribué avec succès à promouvoir la pro -
tection de l’environnement en mer Baltique. D’une manière générale, la nouvelle approche macrorégionale apparaît comme un 
précieux outil pour régler les problèmes régionaux et renforcer la coopération entre les pays bordant la mer Baltique.
1 http://ec.europa.eu/environment/water/water-framework/pdf/3rd_report/CWD-2012-379_EN-Vol2.pdf
2 http://eur-lex.europa.eu/legal-content/FR/TXT/HTML/?uri=CELEX:52015DC0120&from=FR
Réponses de la Commission 58
Introduction
09
Tant les programmes de mesures de la directive-cadre sur l’eau (DCE) que ceux de la directive-cadre «stratégie pour le milieu 
marin» (DCSM) ont été rationalisés en vue d’adopter un format de rapport commun en mars 2016. Dans leurs rapports sur leurs 
programmes de mesures au titre de la DCE et de la DCSM, les États membres doivent tenir compte des obligations énoncées 
par la convention Helcom et les accords internationaux.
13 Dans les périodes de programmation 2007-2013 et 2014-2020, le Feader définit la gestion des eaux comme l’un des objectifs 
principaux du développement rural. Ces objectifs peuvent être atteints par diverses mesures, dont certaines ne portent pas 
nécessairement sur une région donnée, comme les mesures d’investissement et de formation.
Pour la période 2007-2013, les informations sur la dotation financière sont disponibles uniquement au niveau des axes et des 
mesures. Pour la période 2014-2020, ces informations sont disponibles au niveau des mesures et des zones d’intervention (ou 
des priorités, comme dans le cas de la priorité liée à la gestion des eaux), ce qui permettra d’obtenir des données en rapport 
direct avec les objectifs.
Observations
18
La Commission observe que, même si les valeurs cibles fixées par Helcom en matière de réduction des nutriments sont consi -
dérées comme de bonnes pratiques, rien, d’un point de vue juridique, ne permettait d’attendre des États membres riverains 
de la mer Baltique qu’ils mentionnent, dans leurs rapports présentés au titre de la DCSM en octobre 2012, les valeurs cibles 
qui leur ont été assignées par Helcom en matière de réduction des nutriments, lesquelles ont été adoptées lors de la réunion 
ministérielle de Helcom d’octobre 2013. Dans la pratique, la Commission serait cependant favorable à ce que les programmes 
de mesures élaborés par les États membres au titre de la DCSM, à soumettre en mars 2016, contribuent aussi à la réalisation de 
leurs engagements dans le cadre de Helcom.
28
La DCE et Helcom poursuivent le même objectif: une mer Baltique dont les eaux ne soient pas eutrophes. Le fait de parvenir au 
bon état des eaux prévu dans la DCE devrait être suffisant pour atteindre la valeur cible fixée par Helcom. Des mesures complé -
mentaires sont requises de la part de la Pologne, mais elles sont nécessaires non seulement pour atteindre les valeurs cibles de 
Helcom, mais aussi pour réaliser les objectifs de la DCE.
Dans son premier PGBH, la Pologne n’a pas défini de normes suffisamment rigoureuses concernant les phosphates, au regard 
du bon état écologique visé par la DCE (elle a utilisé des normes préexistantes, plus anciennes) et, de ce fait, les valeurs cibles 
de Helcom peuvent paraître plus strictes. Afin de remédier à cette anomalie apparente, il incombe à la Pologne de fixer des 
normes conformes à la DCE pour les phosphates et de s’en servir pour définir les programmes de mesures dans son deuxième 
PGBH, de façon à réduire la présence de phosphates dans les eaux intérieures comme dans les eaux marines.
31
Les obligations des États membres en matière de rapports pour les deuxièmes PGBH prévoient de procéder à une analyse des 
écarts concernant les nutriments, de telle sorte que le suivi, par la Commission, des progrès accomplis par les États membres en 
matière de réduction des nutriments au cours des deux prochaines périodes de référence devrait s’améliorer.
Dans leurs deuxièmes plans de gestion des bassins hydrographiques, les États membres doivent indiquer à quel point la mise 
en œuvre de la directive sur les nitrates est suffisante pour éviter la pollution par les nutriments agricoles et quelles autres 
mesures de base et supplémentaires seront programmées au titre de la DCE pour y remédier. Cela aidera les États membres et 
la Commission à comprendre quels sont les aspects qui requièrent une action complémentaire.
Réponses de la Commission 59
34
La Commission s’attend à ce que, dans le cadre des mesures prévues par les PGBH, les permis de traitement des eaux urbaines 
résiduaires existants soient réexaminés et révisés le cas échéant pour garantir une réduction de la pollution à un niveau 
permettant d’atteindre les conditions d’un bon état dans tous les plans d’eau. Dans certaines eaux, la teneur en phosphore 
autorisée peut être de 1 mg/l, alors qu’ailleurs, il peut être nécessaire d’imposer des normes plus strictes, par exemple, 0,5 mg/l 
ou encore moins, si la densité de population est élevée ou si le niveau de dilution est faible.
41
Les plans des États membres pour réduire la quantité de nutriments, qui reposent sur leurs plans de gestion des bassins 
hydrographiques, manquent d’ambition car, pour la plupart, ils présentent seulement les «mesures de base» déjà en place en 
vue de mettre en œuvre les directives de l’UE relatives aux causes spécifiques de la pollution par les nutriments, c’est-à-dire 
principalement les eaux urbaines résiduaires et les activités agricoles, et n’indiquent pas comment ces mesures seront renfor -
cées pour parvenir à des concentrations en nutriments compatibles avec un bon état des eaux. Peu de nouvelles mesures ont 
été introduites en application de l’article 11, paragraphe 3, point h), de la DCE pour lutter contre les sources diffuses de pollution 
(il manque en particulier des contrôles portant sur les sources diffuses de phosphates) et les «mesures supplémentaires» sont 
vagues en ce qui concerne leur contribution totale escomptée. Dans son évaluation des premiers PGBH 3 et dans celle des pre -
miers programmes de mesures 4, la Commission a relevé ce problème qu’elle considère comme un aspect important à amélio -
rer et a pressé les États membres d’agir en ce sens dans leurs deuxièmes PGBH.
Voir aussi la réponse de la Commission au point 30.
46
La Commission considère que, selon sa méthodologie d’évaluation de la conformité, l’Allemagne et la Finlande respectent la 
directive, puisqu’elles atteignent un taux de conformité d’au moins 99 %. Les quatre autres États membres riverains de la mer 
Baltique tenus de se conformer pleinement à la directive en 2012 ont atteint des taux de conformité élevés, de 89 % et plus.
47
Le recours à des systèmes individuels ou à d’autres systèmes appropriés (SIA) n’est en effet pas automatiquement considéré 
comme une infraction par la Commission, puisque cette possibilité est offerte par la directive. Cependant une proportion éle -
vée de SIA peut dénoter l’existence de problèmes dans les systèmes de collecte et la Commission suivra/examinera ces situa -
tions (voir la réponse au point 48 pour plus de précisions).
3 http://ec.europa.eu/environment/water/water-framework/pdf/3rd_report/CWD-2012-379_EN-Vol2.pdf
4 http://eur-lex.europa.eu/legal-content/FR/TXT/HTML/?uri=CELEX:52015DC0120&from=FR
Réponses de la Commission 60
48
La Commission se tient informée de l’utilisation des systèmes individuels et autres systèmes appropriés au moyen de son outil 
pilote (par exemple, les types de SIA en place dans les États membres, l’enregistrement, l’agrément et les inspections des SIA). 
La Commission examine aussi les SIA depuis de nombreuses années, en les incluant dans le tableau de notification prévu au 
titre de l’article 15. De plus, le document d’orientation «Terms and Definitions of the Urban Waste Water Treatment Directive», 
qui existe depuis 2007, comprend une section consacrée aux SIA.
49
La Commission a décidé de convenir qu’un taux de conformité de 100 % n’était ni vraisemblable ni réaliste et a donc défini 
le seuil en deçà duquel elle «lance des procédures d’infraction» en introduisant les deux normes mentionnées par la Cour. 
Cette méthodologie a été acceptée par la Cour de justice de l’Union européenne (voir l’arrêt C-395/13, Commission/Belgique, 
points 33 à 38).
51
La Commission observe qu’elle avait connaissance du choix effectué par la Pologne avant 2010, mais n’était pas juridiquement 
en position de le contester ou de prédire le niveau de non-conformité de la Pologne avant 2010. La directive laisse expressé -
ment ces deux options aux États membres et, d’un point de vue juridique, il était loisible à la Pologne de recourir à l’article 5, 
paragraphe 4, même si ce choix était irréaliste, puisqu’il impliquait que la Pologne ne pourrait pas, de ce fait, bénéficier du délai 
supplémentaire accordé au titre du traité d’adhésion.
52
La Commission a suivi la mise en œuvre de cette directive en Pologne avec une inquiétude et une attention croissantes dès lors 
qu’il est apparu qu’il existait et qu’il existe encore un manque fondamental de planification claire en vue de son application. 
Le choix de la base juridique est la moindre des préoccupations de la Commission à cet égard et ne constitue pas une excuse 
valable pour cette absence d’action coordonnée au niveau national.
La Commission a régulièrement fait remarquer, depuis 2011, que les investissements prévus n’aboutiront pas à une situation 
conforme en Pologne. De plus, la Pologne n’a établi que des plans d’investissements préliminaires (plan directeur) et n’a, 
jusqu’à présent, pas travaillé sur le KPOSK concerné (2010). Ni le plan directeur préliminaire de février 2014 ni la version finale de 
mai 2015 n’ont été acceptés à ce jour par la Commission.
56
Les stations de traitement des eaux usées sont des infrastructures qui ont une longue durée de vie et il est difficile d’apprécier 
leur dimensionnement approprié uniquement à court terme. En général, la taille des stations peut être déterminée par plu -
sieurs facteurs, notamment les marges de sécurité, la capacité d’absorber des activités/variations saisonnières, comme le tou -
risme, un afflux d’eau important occasionné par de fortes pluies ou des dispositions adoptées en prévision de raccordements 
futurs éventuels dus à la croissance démographique.
De plus, une proportion minimale d’eau propre n’est pas préjudiciable car elle évite que les eaux usées deviennent septiques et 
génèrent du sulfure d’hydrogène, qui est dangereux pour la santé humaine.
Réponses de la Commission 61
58
Des évaluations de la législation des pays candidats ont été réalisées et jugées complètes avant leur adhésion, ainsi qu’il conve -
nait, au regard de l’acquis de l’UE existant, dont la directive 91/271/CEE.
59
Il est loisible aux États membres de choisir entre l’article 5, paragraphe 2, et l’article 5, paragraphe 4, et l’existence des disposi -
tions du traité d’adhésion ne leur impose aucune limitation dans ce choix.
60
Après l’adhésion de la Pologne, la Commission a progressivement commencé à cerner les problèmes que rencontrait le pays 
dans la mise en œuvre de la directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires et, depuis 2007, elle a engagé un 
examen régulier et prolongé des projets proposés en vue d’un cofinancement de l’UE. À compter de 2010, après avoir collecté 
suffisamment d’informations indiquant qu’il existait de graves problèmes de mise en œuvre, la Commission a entrepris d’échan -
ger des communications officielles sur la question avec les autorités polonaises. Il faut répéter que les problèmes rencontrés par 
la Pologne étaient beaucoup plus vastes et plus fondamentaux que le choix d’appliquer l’article 5, paragraphe 2, ou l’article 5, 
paragraphe 4, et avaient trait à la délimitation incorrecte des agglomérations, aux données manquantes ou incohérentes 
concernant la conformité, au manque de planification claire et cohérente, et à un seuil arbitraire concentrant les investisse -
ments uniquement sur les stations d’épuration dont la charge est supérieure à un EH de 15 000.
61
Malgré les nombreuses communications adressées par la Commission à la Pologne pour demander la soumission de don -
nées cohérentes concernant l’état et la planification future de la mise en œuvre de la directive relative au traitement des eaux 
urbaines résiduaires (notamment des données attestant du respect de l’article 5, paragraphe 2, ou de l’article 5, paragraphe 4), 
la Pologne n’a pas transmis de telles données. La Commission tient à souligner le fait que c’est la Pologne elle-même qui, 
après des échanges de communications avec la Commission, a choisi d’appliquer l’article 5, paragraphe 2. En 2012, durant les 
négociations portant sur la période de programmation 2014-2020, la Commission a demandé à la Pologne de préparer un plan 
directeur pour la mise en œuvre de la directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires, qui serait examiné par la 
Commission afin de veiller à ce que les projets bénéficiant d’un cofinancement de l’UE au cours de la période de programma -
tion 2014-2020 soient conformes à cette directive et susceptibles de contribuer le plus à combler les lacunes dans la mise en 
œuvre.
62
La Commission a désormais réactivé les notifications au titre de l’article 17, dans le but de savoir quand une agglomération 
spécifique sera en conformité, si ce n’est pas encore le cas.
Avec le nouveau modèle de présentation des rapports au titre de l’article 17, la Commission a essayé de trouver un moyen équi -
libré d’améliorer la connaissance de la situation des États membres, sans alourdir pour autant les charges administratives. La 
plupart des États membres ont répondu positivement et ont présenté leurs rapports dans ce nouveau format. De plus, les États 
membres ont la possibilité de décrire chaque projet dans le tableau de notification. En vertu de l’article 15, la Commission est 
informée du pourcentage de la charge qui est rejetée sans traitement et donc de l’«écart de conformité». Il appartient ensuite 
aux États membres de définir un projet adapté pour se mettre en conformité le plus rapidement possible. La Commission n’a 
pas l’intention d’alourdir la charge imposée aux États membres en matière de rapports, puisqu’il n’est pas nécessaire de recueil -
lir des informations détaillées concernant les kilomètres de conduites d’adduction par agglomération au niveau de l’Union.
Réponses de la Commission 62
63
La Commission dispose d’une marge de manœuvre considérable dans ces matières et doit choisir les outils les plus appropriés. 
En l’occurrence, la Commission a choisi de privilégier les engagements pris dans le cadre de réunions avec les États membres 
portant sur le traitement des eaux urbaines résiduaires et a préféré laisser s’écouler un nombre suffisant d’échéances pour un 
nombre suffisant d’États membres avant d’ouvrir des procédures plus officielles. Des communications «EU Pilot» lancées sur la 
base de l’échéance initiale évaluée (de 2004 à la fin 2006) n’auraient concerné que trois États membres, dont la Pologne. Pour 
des raisons d’efficacité, il a donc été décidé d’attendre les résultats de l’exercice de notification suivant afin de s’appuyer sur une 
couverture plus étendue des États membres et des agglomérations.
Par conséquent, la Commission considère que son action a été appropriée. Il ressort clairement du traité et de la jurisprudence 
constante de la Cour de justice que la Commission dispose d’un large pouvoir d’appréciation pour décider quand engager et 
poursuivre des procédures d’infraction, en sa qualité de gardienne des traités. Dans certains cas, le recours à d’autres outils ou 
au dialogue politique peut se révéler plus efficace que les procédures d’infraction.
Enfin, la Commission a pris en compte les différentes périodes de mise en œuvre (14 ans pour les États membres de l’EU-15, 
contre 3 à 11 ans pour les États membres de l’EU-10 qui ont adhéré en 2004) pour le lancement des communications «EU Pilot» 
et des procédures d’infraction.
Néanmoins, la Commission a largement démontré sa capacité à faire respecter la directive relative au traitement des eaux 
urbaines résiduaires en se servant de la procédure d’infraction (par exemple, à l’encontre de la France, de la Belgique, du 
Royaume-Uni, etc.).
64
La directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires définit des normes minimales à atteindre au tableau 2 de son 
annexe, mais laisse aux États membres toute latitude pour appliquer des normes plus strictes. Ces normes plus rigoureuses 
peuvent se révéler juridiquement nécessaires pour garantir le respect de la directive-cadre sur l’eau.
69
La Commission tient à préciser que le projet «Services dans les secteurs de l’eau et de l’environnement – Kaliningrad» est censé 
être pleinement opérationnel dans le courant de l’année 2016 en ce qui concerne ses composantes relatives à l’eau.
76
Les eaux des zones d’exploitation agricole extensive où l’épandage de fertilisants est faible peuvent néanmoins être sujettes 
à une pollution par les nutriments. Conformément à la directive sur les nitrates aussi, les eaux exposées à un risque de pollution 
doivent être couvertes par des mesures spécifiques.
Dans certaines zones, des mesures au titre de la directive sur les nitrates et de la directive-cadre sur l’eau sont requises pour 
aboutir aux réductions de nutriments nécessaires au bon état des eaux.
79
L’épandage des engrais minéraux azotés ne peut, en soi, être utilisé comme un indicateur du manque d’efficacité des obliga -
tions et doit être interprété avec précaution. Les pertes totales d’azote ou l’excédent total d’azote (provenant de toutes les 
sources) constituent des indicateurs plus appropriés.
Réponses de la Commission 63
80
La Commission considère que des mesures comme l’interdiction d’épandage durant certaines périodes de l’année peuvent être 
effectivement contrôlées à condition de procéder aux inspections au bon moment.
Les plans ou les cahiers d’épandage sont couramment utilisés dans plusieurs programmes d’action menés au titre de la direc -
tive sur les nitrates pour favoriser une fertilisation équilibrée et faciliter les contrôles.
84
La Commission insiste sur le fait que la conditionnalité n’est pas un mécanisme destiné à faire appliquer la législation euro -
péenne en matière d’environnement, mais a pour but, notamment, «d’aider la PAC à mieux répondre aux attentes de la société» 
[voir le considérant 54 du règlement (UE) n° 1306/2013]. La conditionnalité lie les paiements effectués dans le cadre de la 
politique agricole commune (PAC) au respect de certaines règles, tandis que les infractions à ces règles entraînent une réduc -
tion de ces paiements. La conditionnalité devrait en principe utiliser des systèmes de contrôle existants. Toutefois, il convient 
aussi d’assurer un niveau de contrôle minimal quand le système de contrôle de la législation sectorielle n’est pas suffisamment 
efficace.
86
Il appartient aux États membres de définir les normes BCAE de façon à atteindre l’objectif poursuivi. En ce qui concerne la 
norme BCAE mentionnée, intitulée «Établissement de bandes tampons le long des cours d’eau», son objectif a trait à l’éta -
blissement des bandes tampons et à leur gestion, mais non, d’une manière générale, à l’utilisation de fertilisants sur les terres 
agricoles. Par conséquent, le champ d’application de ladite norme BCAE est limité aux bandes tampons, tant à l’intérieur qu’en 
dehors des zones vulnérables aux nitrates. En outre, certaines obligations découlant de la directive sur les nitrates relèvent de la 
conditionnalité par l’intermédiaire des ERMG 1 ex ERMG 4.
87
Les bandes tampons de la norme BCAE mentionnée, applicables depuis le 1er janvier 2012 [voir l’article 149 du règlement (CE) 
n° 73/2009], renvoient aux obligations résultant de la directive sur les nitrates et transposent ces obligations aux terres agricoles 
situées en dehors des zones vulnérables aux nitrates, en tenant compte des conditions locales, comme le prévoit l’article 94 du 
règlement (UE) n° 1306/2013. Par conséquent, les disparités constatées par la Cour dans la définition des exigences découlent 
de la directive sur les nitrates elle-même et reflètent la diversité des conditions locales prises en considération par les États 
membres.
90
Le nombre des cas de non-conformité et des sanctions appliquées du fait du mécanisme de conditionnalité est une indication 
de son fonctionnement plutôt que de son insuffisance. Par exemple, l’absence d’installations de stockage du fumier reste un 
problème dans les zones vulnérables aux nitrates et cette infraction est surveillée dans le cadre de la conditionnalité, ce qui 
explique le taux de non-conformité élevé (voir aussi le point 93).
Réponses de la Commission 64
91
Les programmes de développement rural pour la période 2007-2013 devaient contribuer aux objectifs de développement rural 
mis en œuvre au moyen de différents axes. Certaines des mesures et opérations déployées, notamment en matière d’agroen -
vironnement, pouvaient cibler un objectif principal, mais bon nombre d’entre elles ont été établies en vue d’atteindre de 
multiples objectifs, ce qui ne diminue en rien l’efficacité de ces mesures et contribue à garantir une meilleure utilisation des 
ressources.
Les mesures agroenvironnementales appliquées par un grand nombre d’exploitants dans de vastes zones peuvent aussi contri -
buer à améliorer l’état de l’eau dans ces zones.
Lors de l’adoption des programmes pour la période 2014-2020, la Commission a évoqué la nécessité pour les États membres de 
recourir davantage à des mesures ciblées, portant notamment sur les questions liées à l’eau.
92
Durant la période de programmation 2007-2013, les différences de calendrier dans l’adoption des plans de gestion des bassins 
hydrographiques et des programmes de développement rural constituaient l’une des raisons pour lesquelles le champ d’appli -
cation des mesures agroenvironnementales ne correspondait pas toujours aux zones concernées par les plans de gestion des 
bassins hydrographiques.
En outre, il faut rappeler que le respect des exigences obligatoires auxquelles les plans de gestion des bassins hydrographiques 
font souvent référence ne peut être assuré par des mesures agroenvironnementales qui peuvent uniquement soutenir des 
actions volontaires, allant au-delà des exigences obligatoires.
De surcroît, au cours de la période de programmation, les États membres avaient la possibilité de modifier le contenu et/ou 
l’enveloppe financière de leurs programmes. Les modifications proposées doivent être conformes aux objectifs généraux et à la 
stratégie du programme. Les États membres auraient pu se servir de ce mécanisme pour assurer la coordination avec les PGBH, 
le cas échéant. En 2009, dans le prolongement du bilan de santé de la PAC et d’un plan européen pour la relance économique, 
l’objectif de gestion des eaux, reconnu comme l’un des défis du développement rural, a encore été renforcé.
93
En 2004-2006, les nouveaux États membres riverains de la mer Baltique (EE, LV, LT, PL) ont été invités à introduire un soutien 
spécifique pour la mise en place d’installations de stockage du fumier qui respectent les normes de protection de l’eau.
94
Les PDR pour la période 2007-2013 contenaient des mesures portant sur des investissements dans les installations de stockage 
du fumier.
En particulier, les États membres avaient la possibilité de soutenir uniquement les investissements destinés à améliorer le stoc -
kage du fumier dans les exploitations qui étaient réalisés en vue de respecter de nouvelles normes communautaires découlant 
de la mise en œuvre de la directive sur les nitrates dans les États membres et dans un délai de grâce ne dépassant pas 36 mois 
à compter de la date à laquelle la norme devenait obligatoire.
Réponses de la Commission 65
95
La Commission considère que la diversité des mesures agroenvironnementales indique que ces mesures couvrent à la fois des 
opérations simples et plus complexes visant à protéger et à améliorer l’environnement. Cela permet aux bénéficiaires d’appli -
quer des opérations correspondant à leurs besoins particuliers et à la pression sur l’environnement.
Le niveau du soutien est toujours en corrélation avec le niveau des engagements et compense la perte de revenu et les coûts 
supplémentaires liés à ces engagements.
La faible utilisation des moyens disponibles peut aussi s’expliquer par d’autres raisons que la complexité des opérations, par 
exemple par des insuffisances dans la promotion du soutien, dans le transfert de connaissances ou dans les services de conseil.
Le problème de la faible utilisation des mesures agroenvironnementales dans les zones d’agriculture intensive était l’une des 
raisons pour lesquelles la Commission a proposé en 2011 une écologisation du premier pilier de la PAC, dans le but d’atteindre 
ces zones au moyen de mesures simples, généralisées, non contractuelles, dont les effets environnementaux devraient être 
renforcés par des mesures agroenvironnementales plus ciblées.
Pour la période 2014-2020, la Commission a encouragé le recours à des mesures ciblées, qui ont été mises en œuvre en Pologne 
et en Finlande.
Voir aussi la réponse de la Commission au point 92.
98
La plupart des États membres optent, dans les deux périodes de programmation, pour l’utilisation d’autres mesures comme des 
actions agroenvironnementales et climatiques pour atteindre les valeurs cibles et les objectifs liés à la priorité de gestion des 
eaux. Les valeurs cibles et les indicateurs relatifs à la qualité de l’eau et à la gestion des eaux dans les deux périodes montrent 
que, même en l’absence de mise en œuvre de la mesure concernant les paiements au titre de la DCE, les États membres pro -
gramment des actions destinées à atteindre ces valeurs cibles et ces indicateurs.
Le manque de mesures contraignantes dans les plans de gestion des bassins hydrographiques et les problèmes liés à la 
définition de telles mesures comptaient parmi les principaux obstacles à l’utilisation de la mesure en question dans la période 
2007-2013.
99
En ce qui concerne l’application de sanctions en matière de protection des eaux, il appartient aux États membres de les infliger 
(au-delà des règles de conditionnalité), s’il en est besoin et dans les cas où la responsabilité individuelle de la pollution peut 
être établie.
La Commission considère qu’il n’y a aucune difficulté inhérente à l’agriculture d’appliquer le principe du pollueur-payeur. Par 
exemple, une taxe pourrait être perçue sur les fertilisants ou le fumier. Des programmes d’action ambitieux concernant les 
nitrates et les mesures de base au titre de la DCE pourraient imposer des contrôles clairs en vue de réduire la pollution à la 
source.
Réponses de la Commission 66
100
Le règlement (UE) n° 1305/2013 prévoit des conditions ex ante spécifiques pour le développement rural. Les conditions ex ante 
concernant le secteur de l’eau (applicables aux investissements programmés au titre de la priorité 5) sont liées à l’existence, 
d’une part, d’une politique de prix de l’eau et d’une contribution adéquate des différents utilisateurs d’eau à la récupération des 
coûts des services de l’eau à un taux déterminé dans le plan approuvé de gestion de district hydrographique pour les investis -
sements soutenus par les programmes.
D’autres conditions ex ante spécifiques au développement rural dans le domaine de l’environnement ont trait aux bonnes 
conditions agricoles et environnementales, aux exigences minimales applicables à l’utilisation des engrais et des produits phy -
tosanitaires, à l’efficacité énergétique, aux énergies renouvelables.
102
Quand les bases juridiques concernées ne sont pas en place, certaines mesures de développement rural ne peuvent pas être 
activées. C’est le cas de la mesure concernant les paiements au titre de la directive-cadre sur l’eau, qui ne peut être appliquée 
que si des plans de gestion des bassins hydrographiques et leurs programmes de mesures ont été établis. Cependant, les États 
membres ont la possibilité de modifier leurs programmes durant toute la période de programmation.
En ce qui concerne les modifications de la législation concernant les exigences de base, quand des changements sont apportés 
à l’exigence de base applicable durant la mise en œuvre des mesures, les États membres doivent répercuter ces changements 
sur le contenu des mesures (par exemple, les niveaux des engagements et des primes, si les changements ont une incidence 
sur ces éléments).
105
Pour la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique, les États membres ont opté pour une structure de gouvernance très 
légère. Le travail s’appuie sur un réseau de coordinateurs des différents domaines politiques et actions horizontales. Ceux-ci 
s’efforcent de veiller à la cohérence de l’ensemble des priorités de la stratégie. Aucune nouvelle institution ou formation du 
Conseil n’a été créée. La structure de gouvernance choisie n’est pas trop complexe ni trop lourde.
D’une manière générale, l’approche macrorégionale apparaît comme un précieux outil pour régler les problèmes régionaux 
dans une zone géographique moins étendue plutôt qu’au niveau de l’ensemble de l’UE. La Commission considère que la stra -
tégie de l’UE pour la région de la mer Baltique a contribué avec succès à promouvoir la protection de l’environnement en mer 
Baltique.
107
Il appartient à chaque promoteur de projet de demander le statut de projet phare. Le plan d’action de la stratégie de l’UE pour 
la région de la mer Baltique décrit la procédure et prévoit un modèle de candidature. Cela requiert une évaluation succincte 
effectuée par le coordinateur du domaine politique ou de l’action horizontale, en fonction de critères comprenant, entre autres, 
la «portée macrorégionale du projet-phare» et la contribution aux «objectifs/indicateurs/valeurs cibles de la stratégie de l’UE 
pour la région de la mer Baltique». La Commission procède à une consultation interne concernant chaque candidature et, en 
définitive, c’est le groupe des coordinateurs nationaux qui approuve le statut de projet phare. Les coordinateurs des domaines 
politiques et des actions horizontales encouragent les promoteurs de projet à demander le statut de projet phare.
Réponses de la Commission 67
108
La Commission constate un vif intérêt de la part des promoteurs de projet à l’égard du statut de projet phare, sans doute parce 
que cela facilite la mobilisation de fonds pour les projets macrorégionaux et renforce la visibilité de leur travail.
La Commission considère qu’il est possible de déterminer la contribution des projets phares spécifiques à la réduction des 
nutriments. Les projets phares sont censés servir à des finalités très diverses, comme la création de nouveaux réseaux, l’échange 
d’expériences, la contribution au renforcement des capacités, la facilitation de la gouvernance à de multiples niveaux et les 
investissements pilotes. Les résultats et les effets sur les objectifs stratégiques ne peuvent dès lors être appréciés que dans une 
perspective à long terme. En ce sens, même des projets menés à petite échelle peuvent être d’importants moteurs du déve -
loppement. À titre d’exemple, le projet Presto a non seulement investi dans des techniques de traitement des eaux résiduaires, 
mais s’est aussi intéressé au renforcement des compétences du personnel qui gère les stations d’épuration, des concepteurs de 
ces stations et des enseignants universitaires qui forment les futurs spécialistes du traitement des eaux résiduaires.
Réponse commune de la Commission aux points 111 et 112
La Commission aurait préféré voir une intégration plus forte de la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique dans les 
programmes des Fonds ESI de la région. Elle constate que le niveau d’engagement à l’égard de la stratégie varie selon les États 
membres et les régions concernées, à l’image des différentes priorités nationales et régionales.
Cependant, les programmes ouvrent des perspectives de financement de la mise en œuvre de la stratégie de l’UE pour la 
région de la mer Baltique. Par exemple, dans son processus de sélection, la Lituanie accorde une certaine priorité aux projets 
qui contribuent à la stratégie (en mettant l’accent sur l’aspect coopération/partenariat international) et prévoit d’organiser des 
appels spécifiques selon les besoins. La Suède envisage aussi de définir des critères de sélection pour les projets qui présentent 
un intérêt au regard de la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique et prévoit d’allouer des ressources aux domaines 
d’action des initiatives et/ou projets répondant à la définition du plan d’action de la stratégie. Le processus concret de mise en 
œuvre des programmes montrera dans quelle mesure ces possibilités seront exploitées.
Conclusions et recommandations
115
La DCE et Helcom poursuivent le même objectif: une mer Baltique dont les eaux ne soient pas eutrophes. Le fait de parvenir au 
bon état des eaux prévu dans la DCE devrait être suffisant pour atteindre la valeur cible fixée par Helcom.
Les plans des États membres pour réduire la quantité de nutriments, qui reposent sur leurs plans de gestion des bassins 
hydrographiques, manquent d’ambition car, pour la plupart, ils présentent seulement les «mesures de base» déjà en place en 
vue de mettre en œuvre les directives de l’UE relatives aux causes spécifiques de la pollution par les nutriments, c’est-à-dire 
principalement les eaux urbaines résiduaires et les activités agricoles, et n’indiquent pas comment ces mesures seront renfor -
cées pour parvenir à des concentrations en nutriments compatibles avec un bon état des eaux. Peu de nouvelles mesures ont 
été introduites en application de l’article 11, paragraphe 3, point h), de la DCE pour lutter contre les sources diffuses de pollution 
(il manque en particulier des contrôles portant sur les sources diffuses de phosphates) et les «mesures supplémentaires» sont 
vagues en ce qui concerne leur contribution totale escomptée. Dans son évaluation des premiers PGBH 5 et dans celle des pre -
miers programmes de mesures 6, la Commission a relevé ce problème qu’elle considère comme un aspect important à amélio -
rer et a pressé les États membres d’agir en ce sens dans leurs deuxièmes PGBH.
116
En octobre 2012, les États membres ont notifié à la Commission leurs valeurs cibles environnementales au titre de la directive-cadre 
«stratégie pour le milieu marin». Certains États membres se sont montrés plus ambitieux que d’autres en définissant des valeurs 
cibles de réduction de la pression sous la forme de valeurs cibles pour la charge des apports de nutriments (voir aussi le point 17).
5 http://ec.europa.eu/environment/water/water-framework/pdf/3rd_report/CWD-2012-379_EN-Vol2.pdf
6 http://eur-lex.europa.eu/legal-content/FR/TXT/HTML/?uri=CELEX:52015DC0120&from=FR
Réponses de la Commission 68
Recommandation 1 a)
La Commission accepte la recommandation et considère qu’elle a déjà été appliquée pour la directive-cadre sur l’eau et le sera 
pour la directive-cadre «stratégie pour le milieu marin».
Les obligations en matière de rapports pour les deuxièmes plans de gestion des bassins hydrographiques imposent aux États 
membres d’indiquer le niveau de réduction de la charge de nutriments nécessaire pour atteindre des conditions compatibles 
avec le bon état des eaux visé par la DCE (cela inclura la charge de nutriments à respecter pour se conformer à la DCSM si l’État 
membre adopte l’approche correcte).
En ce qui concerne la DCSM, la Commission tiendra compte de cette recommandation ainsi que de l’analyse du cycle des pro -
grammes de mesures en cours en définissant les obligations en matière de rapports pour le prochain cycle.
Recommandation 1 b)
La Commission accepte la recommandation et son application est en cours.
En ce qui concerne la DCE, les lacunes constatées dans la surveillance et l’évaluation pour les premiers PGBH ont donné lieu 
à des discussions bilatérales avec les États membres. Des actions ont été convenues avec les États membres afin d’améliorer la 
situation en matière de surveillance et d’évaluation et la Commission examinera ce qu’il en est dans le cadre de son évaluation 
des deuxièmes PGBH qui aura lieu durant l’année 2017.
Conformément à la DCSM, les États membres ont mis en place des programmes de surveillance afin d’évaluer les progrès 
accomplis pour atteindre un bon état écologique et les valeurs cibles. Le projet d’évaluation de la Commission portant sur les 
programmes de surveillance pour la mer Baltique indique que la plupart des États membres ont inclus une surveillance des 
apports de nutriments (par exemple: niveaux d’apports provenant des sources telluriques de nutriments, des nutriments d’ori -
gine atmosphérique et des engrais et autres substances riches en azote et en phosphore, notamment).
De plus, des travaux qui devraient aboutir à la formulation d’orientations en 2018 sont en cours afin de comparer les normes en 
matière de nutriments fixées par les États membres pour la DCE et la DCSM, de veiller à leur cohérence avec les normes biolo -
giques et de comprendre comment les États membres s’en servent pour concevoir des programmes de mesures.
Recommandation 1 c)
La Commission observe que cette recommandation s’adresse aux États membres.
118
La Commission considère que, selon sa méthodologie d’évaluation de la conformité, l’Allemagne et la Finlande respectent la 
directive, puisqu’elles atteignent un taux de conformité d’au moins 99 %. Les quatre autres États membres riverains de la mer 
Baltique tenus de se conformer pleinement à la directive en 2012 ont atteint des taux de conformité élevés, de 89 % et plus.
Lorsque des éléments attestent d’une mise en œuvre ou d’une mise en conformité tardive, des communications «EU Pilot» et 
des procédures d’infraction ont été lancées par la Commission et les procédures normales font l’objet d’un suivi.
120
La Commission considère que son action a été appropriée. Il ressort clairement du traité et de la jurisprudence constante de la 
Cour de justice que la Commission dispose d’un large pouvoir d’appréciation pour décider quand engager et poursuivre des 
procédures d’infraction, en sa qualité de gardienne des traités. Dans certains cas, le recours à d’autres outils ou au dialogue 
politique peut se révéler plus efficace que les procédures d’infraction.
De plus, la Commission a aussi décidé de laisser s’écouler un nombre suffisant d’échéances pour un nombre suffisant d’États 
membres avant de lancer des communications «EU-Pilot» afin de pouvoir s’appuyer, pour des raisons d’efficacité, sur une cou -
verture plus étendue des États membres et des agglomérations.
Réponses de la Commission 69
Enfin, la Commission a pris en compte les différentes périodes de mise en œuvre (14 ans pour les États membres de l’EU-15, 
contre 3 à 11 ans pour les États membres de l’EU-10 qui ont adhéré en 2004) pour le lancement des communications «EU Pilot» 
et des procédures d’infraction.
Recommandation 2 a)
La Commission accepte cette recommandation et considère qu’elle est déjà appliquée dans les agglomérations ayant un EH 
supérieur à 2 000. La directive relative au traitement des eaux urbaines résiduaires prévoit que ces agglomérations doivent être 
équipées de systèmes de collecte, de systèmes individuels ou d’autres systèmes appropriés; la Commission considère donc 
que le cadre juridique – au niveau de l’UE – est en place. Toutefois, la Commission insiste sur le fait qu’elle ne peut pas forcer les 
ménages à se raccorder aux réseaux d’égouttage, puisqu’il s’agit d’une décision de politique nationale qui relève de la respon -
sabilité des États membres.
Recommandation 2 b)
La Commission accepte cette recommandation, étant donné qu’elle s’appuie sur la lecture de l’article 9 de la DCE. La Com -
mission appréciera l’application de cette recommandation dans son évaluation générale des deuxièmes plans de gestion des 
bassins hydrographiques, qui devaient être adoptés par les États membres avant le 22 décembre 2015.
Recommandation 2 c)
La Commission accepte la recommandation et s’emploie à améliorer la procédure de rapports au titre de la directive relative au 
traitement des eaux urbaines résiduaires, qui sert de base à l’évaluation de la conformité.
Recommandation 2 d)
La Commission accepte la recommandation.
Recommandation 2 e)
La Commission observe que cette recommandation s’adresse aux États membres.
Recommandation 2 f)
La Commission observe que cette recommandation s’adresse aux États membres.
123
La Commission insiste sur le fait que la conditionnalité n’est pas un mécanisme destiné à faire appliquer la législation euro -
péenne en matière d’environnement, mais a pour but, notamment, «d’aider la PAC à mieux répondre aux attentes de la société» 
[voir le considérant 54 du règlement (UE) n° 1306/2013]. La conditionnalité lie les paiements effectués dans le cadre de la poli -
tique agricole commune (PAC) au respect de certaines règles, tandis que les infractions à ces règles entraînent une réduction de 
ces paiements. La conditionnalité devrait en principe utiliser des systèmes de contrôle existants. Toutefois, il convient aussi d’as -
surer un niveau de contrôle minimal quand le système de contrôle de la législation sectorielle n’est pas suffisamment efficace.
124
La Commission rappelle que le respect des exigences obligatoires des plans de gestion des bassins hydrographiques ne peut 
être assuré au moyen de mesures agroenvironnementales, qui soutiennent uniquement des actions volontaires. Néanmoins, de 
nombreux PDR incluaient dès le départ certaines mesures (investissements, formation, agroenvironnement) qui ciblaient des 
objectifs liés à l’eau.
Durant la période 2007-2013, le soutien alloué pour des installations de stockage du fumier était limité aux investissements 
destinés à respecter les nouvelles normes communautaires découlant de la mise en œuvre de la directive sur les nitrates par les 
États membres.
Réponses de la Commission 70
Pour la période 2014-2020, la mesure spécifique concernant la mise en œuvre d’actions liées à la directive-cadre sur l’eau figure 
dans un certain nombre de programmes.
De plus, lors de l’adoption des programmes pour la période 2014-2020, la Commission a évoqué la nécessité pour les États 
membres de recourir davantage à des mesures ciblées, portant notamment sur les questions liées à l’eau.
En ce qui concerne l’application de sanctions en matière de protection des eaux, il appartient aux États membres de les infliger 
(au-delà des règles de conditionnalité), s’il en est besoin et dans les cas où la responsabilité individuelle de la pollution peut 
être établie.
La Commission considère qu’il n’y a aucune difficulté inhérente à l’agriculture d’appliquer le principe du pollueur-payeur. Par 
exemple, une taxe pourrait être perçue sur les fertilisants ou le fumier. Des programmes d’action ambitieux concernant les 
nitrates et les mesures de base au titre de la DCE pourraient imposer des contrôles clairs en vue de réduire la pollution à la 
source.
Voir aussi les réponses de la Commission aux points 91 à 99.
125
La nouvelle architecture «verte» de la PAC qui comprend des exigences d’écologisation du premier pilier influence le dévelop -
pement rural. Les actions soutenues en vertu de ces exigences d’écologisation ne peuvent pas faire l’objet de paiements au 
titre de mesures agroenvironnementales et climatiques afin d’éviter un double financement.
Quand les bases juridiques concernées ne sont pas en place, certaines mesures de développement rural ne peuvent pas être 
activées. C’est le cas de la mesure concernant les paiements au titre de la directive-cadre sur l’eau, qui ne peut être appliquée 
que si des plans de gestion des bassins hydrographiques et leurs programmes de mesures ont été établis. Cependant, les États 
membres ont la possibilité de modifier leurs programmes durant toute la période de programmation.
Bien que ces modifications puissent aboutir à des efforts administratifs supplémentaires, il convient de les envisager dans le 
contexte de leur valeur ajoutée pour la réalisation des objectifs et des priorités des programmes.
Recommandation 3 a)
La Commission accepte cette recommandation et s’emploie à l’appliquer. La Commission demande aux États membres de 
prendre en considération les informations de la DCE relatives aux pressions de la pollution par les nutriments agricoles lors 
de la révision de leurs zones vulnérables aux nitrates et de leurs programmes d’action concernant les nitrates. C’est essentiel 
pour contrôler la pollution à la source, en particulier dans les États membres où la réglementation nationale visant à mettre en 
œuvre la directive sur les nitrates est l’unique instrument juridique de contrôle des pertes de nutriments agricoles.
Dans leurs deuxièmes plans de gestion des bassins hydrographiques, les États membres doivent indiquer à quel point la mise 
en œuvre de la directive sur les nitrates est suffisante pour éviter la pollution par les nutriments agricoles et quelles autres 
mesures de base et supplémentaires seront programmées au titre de la DCE pour y remédier. Cela aidera les États membres et 
la Commission à comprendre quels sont les aspects qui requièrent une action complémentaire.
Recommandation 3 b)
La Commission observe que ces recommandations s’adressent aux États membres.
126
Pour la stratégie de l’UE pour la région de la mer Baltique, les États membres ont opté pour une structure de gouvernance très 
légère. Aucune nouvelle institution ou formation du Conseil n’a été créée. La Commission considère que la stratégie de l’UE 
pour la région de la mer Baltique a contribué avec succès à promouvoir la protection de l’environnement en mer Baltique.
Réponses de la Commission 71
127
La Commission considère qu’il est possible de déterminer la contribution des projets phares spécifiques à la réduction des 
nutriments. Les projets phares sont censés servir à des finalités très diverses et même des projets menés à petite échelle 
peuvent être d’importants moteurs du développement. Les résultats concrets et les effets sur les objectifs stratégiques ne 
peuvent être appréciés que dans une perspective à long terme.
128
La Commission rejoint l’analyse de la Cour et aurait préféré voir une intégration plus forte de la stratégie de l’UE pour la région 
de la mer Baltique dans les programmes des Fonds ESI de la région. Elle constate que le niveau d’engagement à l’égard de la 
stratégie varie selon les États membres et les régions concernées, à l’image des différentes priorités nationales et régionales.

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pays riverains, tant les États membres de l’UE que les pays 
tiers, ainsi que l’UE sont engagés dans la protection du 
milieu marin de la mer Baltique. Le cadre juridique de l’UE 
dispose que les États membres mettent en œuvre des 
mesures pour lutter contre les charges excessives de 
nutriments et atteindre un bon état écologique du milieu 
marin. L’UE cofinance certaines de ces mesures. La Cour 
a examiné si les actions de l’UE destinées à aider les États 
membres à réduire les charges en nutriments en mer 
Baltique ont été efficaces. La conclusion est que ces 
actions n’ont permis de réaliser que des progrès limités en 
ce qui concerne la réduction des nutriments en mer 
Baltique. Nous formulons un certain nombre de 
recommandations visant à  améliorer l’efficacité des 
actions de lutte contre l’eutrophisation en mer Baltique.
COUR DES
COMPTES
EUROPÉENN E