Vaidlustatud akti vastu võtnud institutsiooni pädevuse puudumine on tühistamishagi raames avalikul huvil põhinev tühistamisväide, mille liidu kohus peab omal algatusel tõstatama isegi siis, kui ükski pooltest ei ole palunud tal seda teha. Mis puutub selle institutsiooni pädevuse puudumisse, kes võttis vastu akti, mille alusel vaidlustatud akt vastu võeti, siis kuigi liidu kohus ei ole kohustatud seda küsimust omal algatusel tõstatama, võib tal selleks vajadus tekkida. Niisugune vajadus võib tuleneda kohtutoimikus olevatest materjalidest või kui tegemist on ilmselge puudusega, ehk teisisõnu, kui liidu kohtul on võimalik pädevuse puudumine lihtsalt tuvastada ja see sellisena määratleda.

Ei EÜ artikli 274 ega määruse nr 1605/2002, mis käsitleb Euroopa ühenduste üldeelarve suhtes kohaldatavat finantsmäärust, sätetest ei tulene, et komisjonile on pettuste ja muu liidu finantshuve kahjustava ebaseadusliku tegevuse vastu võitlemiseks sõnaselgelt antud pädevus võtta vastu otsus 2008/969, mis käsitleb varajase hoiatamise süsteemi komisjoni eelarvevahendite käsutajatele ja rakendusametitele. EÜ artiklis 274 on tõepoolest sätestatud, et komisjon täidab liidu eelarvet kooskõlas artikli 279 alusel kehtestatud määruste sätetega. Viimati nimetatud määruse kohaselt tuleb kasutada seadusandlikku tavamenetlust. Siiski ei viita määrus nr 1605/2002, mille õiguslik alus on EÜ artikkel 279, sellisele süsteemile nagu varajase hoiatamise süsteem. See määrus näeb artikli 95 lõikes 1 üksnes ette keskandmekogu loomise taotlejate ja pakkujate määruse alusel menetlusest kohustusliku kõrvalejätmise kohta.

Samuti, vaatamata sellele, et hoiatamise süsteem võib komisjoni kui liidu eelarve täitmise üle järelevalve teostaja ja selle täitmise eest vastutava institutsiooni jaoks olla tema ülesannete täitmisel kasulik vahend, ei võimalda see järeldada, et tal on tuletatud pädevus võtta vastu otsus 2008/969. Nimelt kuigi komisjonil on vastavalt määruse nr 1605/2002 artiklile 51 ja artikli 59 lõikele 2 õigus oma tegevuse võimalikult tõhusa toimimise tagamiseks organiseerida enda teenistuste sisemist töökorraldust, on tema eneseregulatsiooni pädevus siiski piiratud talle antud volitustega. Lisaks, kuigi sisemise töökorralduse meetmed tekitavad üldjuhul õiguslikke tagajärgi ainult haldusasutuse piires ega tekita kolmandatele isikutele õigusi või kohustusi, ei ole see nii otsuse 2008/969 puhul, sest sellel võivad olla õiguslikud tagajärjed väljaspool.

Lisaks, kuigi liidu seadusandja kehtestas menetlusest kõrvalejätmise hoiatuse õigusliku aluse, ei pidanud ta otstarbekaks seda teha muude otsuses 2008/969 nimetatud hoiatuste suhtes. Veel enam, vastupidi hoiatusele W5, mis põhineb objektiivsetel ja teataval määral tuvastatud teguritel, registreeritakse hoiatused W1a ja W1b otsuse 2008/969 alusel Euroopa Pettustevastase Ameti juurdluse tõttu, vaatamata sellele, et haldusrikkumisi või pettusi ei ole veel tuvastatud. Peale selle ei saa põhiõigusi, sealhulgas Euroopa Liidu põhiõiguste harta artikli 48 lõikes 1 sätestatud süütuse presumptsiooni rikkumata nõustuda põhimõttega qui potest majus potest et minus. Samas on vaieldamatult selge, et erinevalt menetlusest kõrvalejätmise hoiatustest puudutavad hoiatused W1a ja W1b olukorda, kus juurdlus on veel käimas ja kohus ei ole veel süü olemasolu tuvastanud. Seega, kui komisjon peab vajalikuks võtta juurdlustegevuse varajases järgus ennetavaid meetmeid, on tal seda enam vaja õiguslikku alust, mis lubab luua sellise hoiatussüsteemi – ja võtta sellega seotud meetmeid –, mille puhul on tagatud kaitseõigused ja mis on kooskõlas proportsionaalsuse ja õiguskindluse põhimõttega, kusjuures viimati nimetatud põhimõte nõuab, et õigusnormid oleksid selged, täpsed ja ettenähtavate tagajärgedega, eriti juhtudel, kui neil võivad olla üksikisikutele ja ettevõtjatele ebasoodsad tagajärjed.

(vt punktid 43, 45, 58, 59 ja 61–67)