EIT ei nõustu kontrollikoja järeldusega, sest ühtegi enammakset ega eeskirjadele mittevastavat makset teadmis- ja innovaatikakogukondade kaudsete kulude hüvitamiseks 2014. aasta toetuslepingute alusel ei tehtud.

EIT on osa raamprogrammist „Horisont 2020“ ja peab „Horisont 2020“ osalemise ja levitamise eeskirju kohaldama alates 1. jaanuarist 2014. „Horisont 2020“ osalemise ja levitamise eeskirjade artikli 57 lõikes 2 on selgesõnaliselt sätestatud järgmised üleminekumeetmed: käesolev määrus ei mõjuta „asjaomaste meetmete jätkumist ega muutmist, sealhulgas nende täielikku ega osalist tühistamist, kuni nende lõpuleviimiseni, samuti ei mõjuta see rahalist abi, mida komisjon või mõni rahastamisasutus annab otsuse nr 1982/2006/EÜ alusel või mis tahes muude selliste õigusaktide alusel, mida kohaldatakse sellise abi suhtes 31. detsembri 2013. aasta seisuga ning mille kohaldamist asjaomaste meetmete suhtes jätkatakse kuni nende lõpuleviimiseni“. EIT toimib „rahastusorganina“ ja EIT-määrus toimib selle konkreetse sätte kohaldamisel „mis tahes muude õigusaktidena“. EIT rahalisele abile 31. detsembril 2013 kohaldatavad õigusaktid ja EIT-finantseeskirjad lubasid selgesõnaliselt kõrgharidus-, teadus-, avaliku sektori mittetulundusasutustel ja VKEdel kaudsete kulude aruandluses kasutada 40 % määra. Seetõttu kasutasid need organid 40 % määra 2014. aasta toetuslepingute alusel seaduslikult ja korrektselt. Et enammaksu ei toimunud, ei nõustu EIT kontrollikoja järeldusega. Kuigi EIT tõepoolest teatas teadmis- ja innovaatikakogukondadele oktoobris 2013 programmi „Horisont 2020“ kaudsete kulude aruandluse eeskirjade võimalikest muudatustest, toimus see enne, kui Euroopa Parlament ja nõukogu võtsid 11. detsembril 2013 vastu programmi„Horisont 2020“ osalemise ja levitamise eeskirjad, sealhulgas eespool nimetatud üleminekusätted artiklis 57. Tuginedes vastuvõetud üleminekusätetele, ei pidanud EIT keelama kõrgharidus-, teadus-, avaliku sektori mittetulundusasutustel ja VKEdel kasutada kaudsete kulude aruandluses 40 % määra.

Õige konteksti loomiseks on vaja meenutada protsessi, kuidas 2014. aasta toetuslepingud kehtestati. 2014. aasta EIT ning teadmis- ja innovaatikakogukondade vahelised toetuslepingud põhinevad teadmis- ja innovaatikakogukondade 2014. aasta äriplaanidel, mille teadmis- ja innovaatikakogukonnad koostasid 2013. aasta jooksul. EIT kuulutas välja iga-aastase konkursi 2014. aasta äriplaanide koostamiseks, edastades teadmis- ja innovaatikakogukondadele äriplaani juhised aprillis 2013. Kooskõlas EIT antud suunistega töötasid teadmis- ja innovaatikakogukonnad koostöös oma partneritega välja 2014. aasta äriplaanid ning esitasid need EIT-le 30. septembriks 2013. Pärast seda, kui EIT hindas koos välisekspertidega 2014. aasta äriplaane, tegi EIT juhatus 5. detsembril 2013. aastal otsuse teadmis- ja innovaatikakogukondade 2014. aasta toetusraha jagamise kohta. Juhatuse otsuse põhjal parandasid teadmis- ja innovaatikakogukonnad jaanuaris 2014 oma äriplaane, et viia need vastavusse eraldatud vahenditega. Toetused andis välja EIT direktor ja toetuslepingud allkirjastati veebruaris 2014. Kooskõlas õiguskindluse põhimõttega ei muudeta rahastamise reegleid pärast konkursi väljakuulutamist.

Seetõttu ning kooskõlas programmi „Horisont 2020“ osalemise ja levitamise eeskirjades kehtestatud üleminekukorraga, ei tohiks „Horisont 2020“ osalemise ja levitamise eeskirjade uue määruse jõustumine mõjutada asjaomaste meetmete jätkamist (st teadmis- ja innovaatikakogukondade 2014. aasta äriplaanid, mille EIT kehtestas ja hindas 2013. aastal) kuni EIT rahalise abi andmiseni. See toetuse andmine oleks pidanud toimuma 31. detsembri 2013. aasta seisuga kohaldatavate õigusaktide alusel.

EIT ei kuulunud tõepoolest teadusuuringute ja tehnoloogia arendamise ning tutvustamistegevuse seitsmendasse raamprogrammi (FP7). Kuid EIT kuulub programmi „Horisont 2020“ ning suurem osa teadmis- ja innovaatikakogukondade partneritest on nii FP7 kui ka muude „Horisont 2020“ programmide järgi abisaajad. Seetõttu on asjakohane rakendada sama 40 % määra ülemineku jaoks „Horisont 2020“-eelsest EIT rahalisest abist programmile „Horisont 2020“ nagu FP7st programmile „Horisont 2020“.

Pealegi on oluline meenutada, et konkursikutsed FP7 alusel algatas teadusuuringute ja innovatsiooni peadirektoraat alles detsembris 2013 ja sellest tulenenud toetuslepingud allkirjastati alles oktoobris 2014. Paljud neist toetuslepingutest kehtivad veel aastal 2016 ning järgivad FP7 õigusraamistikku, mis põhineb samadel „Horisont 2020“ osalemise ja levitamise eeskirjade üleminekusätetel. EIT ei eeliskohelnud oma abisaajaid (teadmis- ja innovaatikakogukondade partnerid), kellele kohaldati 40 % määra 2014. aasta toetuslepingutes.