La anulación parcial de un acto comunitario únicamente es posible en la medida en que los elementos cuya anulación se solicita puedan separarse del resto de la decisión. No se cumplía dicha exigencia de ser separables cuando la anulación parcial de un acto hubiera modificado la esencia de éste.

Una aplicación rigurosa de dichos principios es primordial para garantizar el respeto del principio de subsidiariedad consagrado en el artículo 5 CE, párrafo segundo, principio que se impone a las instituciones comunitarias en el ejercicio de su función normativa. En virtud de dicho principio, la Comunidad intervendrá en los ámbitos que no sean de su competencia exclusiva sólo en la medida en que los objetivos de la acción pretendida no puedan alcanzarse de manera suficiente por los Estados miembros, y, por consiguiente, puedan lograrse mejor a escala comunitaria debido a la dimensión o a los efectos de la acción contemplada. Por tanto, en un ámbito como el del medio ambiente, regido por los artículos 174 CE a 176 CE, en el que las competencias de la Comisión y los Estados miembros son compartidas, la carga de la prueba de demostrar en qué medida las competencias del Estado miembro y, por tanto, su margen de maniobra, están limitados, recae sobre la Comunidad, es decir, la Comisión.

En el marco de la adaptación del Derecho interno a una Directiva en el ámbito del medio ambiente, cuando la Directiva en cuestión no establece la forma y los medios para obtener un resultado particular, la libertad de acción del Estado miembro respecto de la elección de las formas y los medios apropiados para la obtención de dichos resultados es completa. A falta de normativa comunitaria que establezca de manera clara y precisa la forma y los medios que debe emplear el Estado miembro, incumbe a la Comisión, en el marco del ejercicio de su facultad de control, demostrar suficientemente que los instrumentos empleados por el Estado a tal fin son contrarios al Derecho comunitario.

Tal decisión de rechazo deja el citado artículo 11, apartado 2 sin efecto útil en la medida en que dicha disposición establece que es competencia del Estado miembro y no de la Comisión decidir la cantidad total de derechos que asignará.

Por el contrario, al precisar una cantidad específica de derechos, considerándose todo exceso incompatible con los criterios establecidos en la Directiva 2003/87, y al rechazar el plan nacional de un Estado miembro en la medida en que la cantidad total de derechos que se en él se propone excede el umbral, la Comisión se ha excedido en el ejercicio de su facultad de control que le compete en virtud del artículo 9, apartados 1 y 3, así como del artículo 11, apartado 2, de la referida Directiva. En efecto, al fijar en la parte dispositiva de una decisión de rechazo de un PNA un límite específico, calculado sobre la base de su propio modelo económico y de su propia elección de datos, para la cantidad total de derechos que un Estado miembro tiene derecho a establecer, la Comisión suplanta en la práctica al Estado miembro en lo que respecta a la fijación de dicha cantidad total. Tal disposición puede obligar al Estado miembro a modificar su PNA para que la cantidad total de derechos se corresponda exactamente con el límite indicado por la Comisión en la decisión de rechazo. En tal supuesto, el Estado miembro está obligado a fijar una cantidad total igual o inferior al límite indicado por la Comisión so pena de encontrarse en la imposibilidad de adoptar una decisión con arreglo al referido artículo 11, apartado 2.

En el marco de sus apreciaciones acerca de la cuestión de si los PNA de varios Estados miembros son compatibles con los criterios del anexo III de la Directiva, la Comisión puede elegir un punto común de comparación. Puede, en particular, elaborar y utilizar su propio modelo económico y ecológico y dispone, a este respecto, de un margen de apreciación, de manera que la utilización de tal punto de referencia común en una decisión de rechazo de un PNA únicamente puede impugnarse si adolece de un error manifiesto de apreciación.

En el marco de su facultad de control del PNA, la Comisión dispone de un margen de apreciación en la medida en que dicho control la conduce a llevar a cabo sus propias apreciaciones económicas y ecológicas complejas realizadas teniendo en cuenta el objetivo general de reducir las emisiones de gases de efecto invernadero mediante un mercado europeo de derechos de emisión eficaz en relación con el coste y económicamente eficiente. De esto se desprende que, en el marco de su control de legalidad a este respecto, el juez comunitario ejerce un control completo respecto de la correcta aplicación de las normas de Derecho pertinentes. Por el contrario, el Tribunal de Primera Instancia no puede sustituir a la Comisión cuando ésta ha de efectuar apreciaciones económicas y ecológicas complejas en este contexto. A este respecto, el Tribunal de Primera Instancia debe limitarse a examinar si la medida en cuestión incurre en error manifiesto o en desviación de poder, si la autoridad competente ha rebasado manifiestamente los límites de su facultad de apreciación y si las garantías de procedimiento, que tienen una importancia aún más fundamental en este contexto, han sido plenamente respetadas.

La invocación del referido principio no puede modificar el reparto de competencias entre la Comisión y los Estados miembros previsto por la Directiva 2003/87, por la que se establece un régimen para el comercio de derechos de emisión de gases de efecto invernadero en la Comunidad y por la que se modifica la Directiva 96/61/CE, según la cual estos últimos son competentes para elaborar un plan nacional de asignación de cuotas de emisión de gases de efecto invernadero (PNA) y para adoptar una decisión final sobre la cantidad total de derechos por asignar.

Entre las garantías otorgadas por el ordenamiento jurídico comunitario en los procedimientos administrativos figura, en particular, el principio de buena administración, del que forma parte la obligación de la institución competente de examinar, detenida e imparcialmente, todos los elementos pertinentes del asunto de que se trata.

A falta de explicaciones exactas relativas a las lagunas que presenta el plan nacional de asignación de cuotas de emisión de gases de efecto invernadero (PNA) adoptado por un Estado miembro con arreglo a la Directiva 2003/87, por la que se establece un régimen para el comercio de derechos de emisión de gases de efecto invernadero en la Comunidad y por la que se modifica la Directiva 96/61/CE, o a los errores presuntamente cometidos por el referido Estado miembro en dicho plan, la Comisión no ha demostrado que los cálculos contenidos en el referido plan adolecieran de un error. Al no haber examinado debidamente el PNA presentado por el Estado miembro de que se trata y, en particular, sus anexos 1 y 3, en el marco de su apreciación de la cuestión de si las reservas previstas en el artículo 3, apartados 1 y 2, de la Decisión 2006/780, relativa a la forma de evitar el doble cómputo de las reducciones de emisiones de gases de efecto invernadero en el régimen comunitario de comercio de derechos de emisión en relación con actividades de proyectos derivados del protocolo de Kyoto de conformidad con la Directiva 2003/87, estaban incluidas en la cantidad total de derechos propuesta, la Comisión vulneró el principio de buena administración.

(véanse los apartados 99, 111 y 112)