Hvis sagsøgeren derimod anfægter berettigelsen af beslutningen og vurderingen af støtten som sådan, er den omstændighed alene, at sagsøgeren kan anses for interesseret part i artikel 88, stk. 2, EF’s forstand, ikke tilstrækkelig til at realitetsbehandle sagen. Det må i så fald godtgøres, at sagsøgeren har en særlig stilling som omhandlet i dom af 15. juli 1963, sag 25/62, Plaumann mod Kommissionen. Dette vil bl.a. være tilfældet, når sagsøgerens stilling på markedet i væsentligt omfang påvirkes af den støtteforanstaltning, som den pågældende beslutning vedrører.

Når Kommissionen uden at indlede den formelle undersøgelsesprocedure i henhold til artikel 88, stk. 2, EF ved en beslutning truffet i medfør af artikel 88, stk. 3, EF fastslår, at en støtte er forenelig med fællesmarkedet, kan de berørte parter, der er indrømmet disse processuelle garantier, kun opnå, at de respekteres, hvis de har adgang til at indbringe denne beslutning for Fællesskabets retsinstanser.

Anbringender med påstand om, at Retten udtaler sig om tilstedeværelsen af en statsstøtte eller dens forenelighed med fællesmarkedet, skal således afvises. Derimod skal anbringender, der har til formål at godtgøre, at Kommissionen burde have indledt en formel undersøgelsesprocedure i henhold til artikel 88, stk. 2, EF, antages til realitetsbehandling.

Den formelle undersøgelsesprocedure i henhold til artikel 88, stk. 2, EF er nødvendig, når Kommissionen støder på alvorlige vanskeligheder ved undersøgelsen af, om en støtteforanstaltning er forenelig med fællesmarkedet. Begrebet alvorlige vanskeligheder skal fastlægges objektivt. Både med udgangspunkt i omstændighederne ved vedtagelsen af den anfægtede retsakt og i dens indhold skal det undersøges, om der foreligger sådanne vanskeligheder, på et objektivt grundlag ved at sammenholde beslutningens begrundelse med de oplysninger, som Kommissionen havde til rådighed, da den traf afgørelse om den omtvistede støttes forenelighed med fællesmarkedet. Den omstændighed, at der forløber betydeligt længere tid, end der normalt er påkrævet for at foretage en første undersøgelse inden for rammerne af artikel 88, stk. 3, EF, kan således sammen med andre momenter føre til, at det må fastslås, at Kommissionen er stødt på alvorlige vanskeligheder i sin bedømmelse, der kræver, at proceduren i artikel 88, stk. 2, EF indledes. Den utilstrækkelige eller ufuldstændige karakter af Kommissionens undersøgelse under den indledende undersøgelsesprocedure udgør ligeledes et indicium for, at der foreligger alvorlige vanskeligheder.

Den fortolkning, som Domstolen foretager af en fællesskabsretlig regel, begrænser sig til at belyse og præcisere betydningen og rækkevidden af den pågældende regel, således som den skal forstås og anvendes, henholdsvis burde have været forstået og anvendt fra sin ikrafttræden. Heraf følger, at den således fortolkede regel kan og skal anvendes endog i forbindelse med retsforhold, der er stiftet og består, før den omhandlede dom, og kun undtagelsesvis vil Domstolen under anvendelse af et almindeligt retssikkerhedsprincip, der er knæsat i Fællesskabets retsorden, finde anledning til at begrænse borgernes mulighed for at påberåbe sig den således fortolkede bestemmelse med henblik på anfægtelse af tidligere i god tro stiftede retsforhold. En sådan begrænsning kan kun antages at bestå på grundlag af selve den dom, der afgør fortolkningsspørgsmålet. Sådanne bemærkninger, som følger af en retspraksis, der i særdeleshed vedrører de nationale domstoles pligt til at anvende fællesskabsretten, finder tilsvarende anvendelse på fællesskabsinstitutionerne, når disse skal gennemføre fællesskabsbestemmelser, som Domstolen tidligere har fortolket.

Det følger heraf, at eftersom Domstolen ikke tidsmæssigt har begrænset retsvirkningerne af dommen af 24. juli 2003, sag C-280/00, Altmark, finder fortolkningskriterierne i artikel 87, stk. 1, EF fuldt ud anvendelse på de faktiske og retlige omstændigheder i en sag, således som den forelå for Kommissionen, da den vedtog beslutningen forud for afsigelsen af den nævnte dom.

En beslutning fra Kommissionen om ikke at indlede den formelle undersøgelsesprocedure i henhold til artikel 88, stk. 2, EF, der træffes, uden at Kommissionen foretog en undersøgelse, som gav den mulighed for at vurdere, om størrelsen af den kompensation, der blev udbetalt til en offentlig virksomhed, var blevet fastlagt på grundlag af en analyse af de omkostninger, som en gennemsnitsvirksomhed, der er veldrevet og tilstrækkeligt udstyret med de nødvendige midler til at kunne opfylde de stillede krav til den offentlige tjeneste, ville have ved at opfylde forpligtelserne, idet der skal tages hensyn til de hermed forbundne indtægter og til en rimelig fortjeneste ved opfyldelsen af forpligtelserne, skal derfor annulleres.

(jf. præmis 112-114 og 119)