Udvalget for Humanmedicinske Lægemidler (CHMP) har ansvaret for at udarbejde agenturets udtalelser om alle spørgsmål vedrørende humanmedicinske lægemidler. CHMP består af et medlem og en suppleant fra hver medlemsstat, et medlem og en suppleant udpeget af Island og Norge og op til fem medlemmer udpeget ved selvsupplering.

Udvalget for Veterinærlægemidler (CVMP) har ansvaret for at udarbejde agenturets udtalelser om alle spørgsmål vedrørende veterinærlægemidler. CVMP består af et medlem og en suppleant fra hver medlemsstat, et medlem og en suppleant udpeget af Island og Norge og op til fem medlemmer udpeget ved selvsupplering.

Udvalget for Lægemidler til Sjældne Sygdomme (COMP) har ansvaret for at gennemgå ansøgninger fra personer eller virksomheder, der søger om at få et lægemiddel udpeget som lægemiddel til sjældne sygdomme. COMP består af et medlem og en suppleant fra hver medlemsstat, tre medlemmer udpeget af Europa-Kommissionen som repræsentanter for patientorganisationer, tre medlemmer udpeget af Europa-Kommissionen efter henstilling fra agenturet, et medlem udpeget af Island, et udpeget af Liechtenstein og et udpeget af Norge, samt en repræsentant for Europa-Kommissionen.

Udvalget for Plantelægemidler (HMPC) har ansvaret for at udarbejde agenturets udtalelser om plantelægemidler. HMPC består af et medlem og en suppleant fra hver medlemsstat og fra Island og Norge og op til fem medlemmer udpeget ved selvsupplering.

Det Pædiatriske Udvalg (PDCO) har ansvaret for at vurdere indholdet af ansøgninger om pædiatriske undersøgelsesplaner, dispensation, udsættelse og overholdelseskontrol og vedtage udtalelser herom. PDCO består af fem medlemmer af CHMP og deres fem suppleanter, et medlem og en suppleant fra hver medlemsstat, der ikke er repræsenteret af de ovennævnte fem, og seks medlemmer og suppleanter udpeget af Europa-Kommissionen som repræsentanter for sammenslutninger af sundhedspersoner og patientorganisationer.

Udvalget for Avancerede Terapier (CAT) har ansvaret for at vurdere kvaliteten, sikkerheden og virkningen af lægemidler til avanceret terapi og følge den videnskabelige udvikling på området. CAT består af fem medlemmer af CHMP og deres fem suppleanter, et medlem og en suppleant fra hver medlemsstat, der ikke er repræsenteret af de ovennævnte fem, og fire medlemmer og fire suppleanter udpeget af Europa-Kommissionen som repræsentanter for patientorganisationer og klinikere.

Udvalget for Risikovurdering inden for Lægemiddelovervågning (PRAC) har ansvaret for at vurdere og overvåge sikkerhedsspørgsmål vedrørende humanmedicinske lægemidler. PRAC består af et medlem og en suppleant fra hver medlemsstat, et medlem og en suppleant udpeget af Island og af Norge, seks uafhængige videnskabelige eksperter udpeget af Europa-Kommissionen og to medlemmer og to suppleanter udpeget af Europa-Kommissionen som repræsentanter for sammenslutninger af sundhedspersoner og patientorganisationer.

Bestyrelsen består af et medlem og en suppleant fra hver medlemsstat, to repræsentanter for Kommissionen, to repræsentanter for Europa-Parlamentet, to repræsentanter for patientorganisationer, en repræsentant for lægeorganisationer og en repræsentant for dyrlægeorganisationer. Bestyrelsen vedtager arbejdsprogrammet og årsrapporten.

Eksekutivdirektøren udpeges af bestyrelsen på forslag af Kommissionen.

Intern revision

Den Interne Revisionstjeneste i Europa-Kommissionen (IAS) og EMA's interne revisionsfunktion (IAC).

Ekstern revision

Den Europæiske Revisionsret.

Dechargemyndighed

Europa-Parlamentet efter henstilling fra Rådet.