EIT er uenig i Revisionsrettens konklusion, da der ikke fandt nogen »overbetaling« eller uregelmæssige udbetalinger sted i forbindelse med refusionen af videns- og innovationsfællesskabernes indirekte omkostninger (VIF'er) i henhold til tilskudsaftalerne for 2014.

EIT indgår i Horisont 2020-rammeprogrammet og skal anvende reglerne for deltagelse og formidling i Horisont 2020-rammeprogrammet gældende fra den 1. januar 2014. Artikel 57, stk. 2, i reglerne for deltagelse og formidling i Horisont 2020-rammeprogrammet fastsætter udtrykkeligt følgende overgangsforanstaltning: »denne forordning … [berører] … ikke fortsættelse eller ændringer, herunder helt eller delvist ophør, af de pågældende aktioner indtil deres afslutning eller indtil finansiel støtte ydet af Kommissionen eller finansieringsorganer i henhold til afgørelse nr. 1982/2006/EF eller anden lovgivning, som gælder for denne bistand den 31. december 2013, og som fortsat vil gælde for de pågældende aktioner, indtil de er afsluttet«. EIT betragtes som »finansieringsorgan« og EIT-forordningen som »anden lovgivning« i medfør af denne særlige bestemmelse. Den lovgivning, der gjaldt for EIT's finansielle bistand pr. 31. december 2013, dvs. EIT's finansielle regler, tillod udtrykkeligt anvendelse af en fast sats på 40 % for højere uddannelsesinstitutioners, forskningsorganisationers og offentlige almennyttige organers indberetning af indirekte omkostninger. Derfor var disse organers anvendelse af en fast sats på 40 % lovlig og formelt rigtig ifølge tilskudsaftalerne for 2014. Derfor accepterer EIT ikke Revisionsrettens konklusion, da der ikke fandt nogen overbetaling sted. Selv om EIT i oktober 2013 faktisk oplyste VIF'erne om mulige ændringer i reglerne for indberetning af indirekte omkostninger under Horisont 2020, fandt denne meddelelse sted, før Europa-Parlamentet og Rådet vedtog reglerne for deltagelse og formidling i Horisont 2020-rammeprogrammet, herunder ovennævnte overgangsforanstaltninger i artikel 57, den 11. december 2013. På grundlag af de vedtagne overgangsforanstaltninger behøvede EIT ikke at forbyde anvendelsen af en fast sats på 40 % for højere uddannelsesinstitutioners, forskningsorganisationers, offentlige almennyttige organers og SMV'ers indberetning af indirekte omkostninger.

For at se tingene i den relevante sammenhæng er det vigtigt at huske på, hvordan tilskudsaftalerne for 2014 kom i stand. Tilskudsaftalerne for 2014 mellem EIT og VIF var baseret på VIF'ernes forretningsplaner for 2014, der blev udarbejdet af videns- og innovationsfællesskaberne i løbet af 2013. Den årlige indkaldelse af forretningsplanerne for 2014 blev iværksat af EIT ved fremsendelse af vejledningen om forretningsplaner til VIF'erne i april 2013. I overensstemmelse med den vejledning, som EIT havde stillet til rådighed, udviklede VIF'erne i samråd med deres partnerskab deres forretningsplaner for 2014 og fremsendte dem til EIT pr. 30. september 2013. Efter EIT's evaluering af forretningsplanerne for 2014, der fandt sted med bistand fra eksterne eksperter, traf EIT's bestyrelse den 5. december 2013 afgørelse om tildelingen af midler til VIF'erne for 2014. På grundlag af denne afgørelse fra bestyrelsen ændrede VIF'erne deres forretningsplaner i januar 2014 med henblik på at tilpasse dem til de tildelte midler. Tilskuddene blev tildelt af EIT's direktør, og tilskudsaftalerne blev underskrevet i februar 2014. I overensstemmelse med princippet om retssikkerhed ændres finansieringsreglerne ikke, efter at der er blevet iværksat en indkaldelse af forslag.

Derfor, og i overensstemmelse med de overgangsordninger, der er fastsat i reglerne for deltagelse og formidling i Horisont 2020-rammeprogrammet, burde ikrafttrædelsen af den nye forordning om reglerne for deltagelse og formidling i Horisont 2020-rammeprogrammet ikke berøre videreførelsen af de pågældende aktioner (dvs. de forretningsplaner for VIF'erne for 2014, der blev udarbejdet og vurderet af EIT i 2013) indtil EIT's tildeling af finansiel bistand. Denne tildeling burde have fundet sted i henhold til den lovgivning, der gjaldt pr. 31. december 2013.

EIT deltog overhovedet ikke i syvende rammeprogram for forskning, teknologisk udvikling og demonstration (RP7). EIT deltager dog i Horisont 2020-rammeprogrammet, og flertallet af VIF-partnerne modtager både støtte under RP7 og andre Horisont 2020-programmer. Derfor er det logisk at anvende den samme faste sats på 40 % for overgangen fra finansiel bistand fra EIT i perioden før Horisont 2020 til bistand under Horisont 2020 samt fra RP7 til Horisont 2020-rammeprogrammet.

Det er desuden vigtigt at huske på, at indkaldelser af forslag under RP7 blev iværksat af GD for Forskning og Innovation så sent om i december 2013, og at tilskudsaftaler, der var resultatet af disse indkaldelser, blev underskrevet så sent som i oktober 2014. Mange af disse tilskudsaftaler gælder fortsat i 2016 og følger reglerne i den retlige ramme for RP7 på grundlag af de samme overgangsbestemmelser i reglerne for deltagelse og formidling i Horisont 2020-rammeprogrammet. EIT ydede ikke særbehandling til sine modtagere (VIF-partnerne), der var berørt af den faste sats på 40 % for tilskudsaftalerne for 2014.