Rådet mener ligesom Kommissionen, at hovedformålet med forslaget er at sikre et velfungerende indre marked og samtidig give medlemsstaterne mulighed for at træffe deres egne beslutninger om dyrkningen af godkendte GMO'er. I det omfang det berører andre hensyn, f.eks. miljøet, er disse andre hensyn sekundære i forhold til hovedformålet. Rådets holdning er derfor baseret på artikel 114 og ikke artikel 192 i TEUF.

Forslaget blev ganske vist oprindeligt fremsat som en forordning, men efter en nærmere gennemgang forekom det mere hensigtsmæssigt at ændre den retlige form til et direktiv, dog et uden gennemførelsesperiode i betragtning af den frivillige karakter af de pågældende bestemmelser Den retlige form som forordning ville have været hensigtsmæssig, hvis hensigten havde været at skabe rettigheder for og pålægge forpligtelser direkte på de erhvervsdrivende, men forslagets logik (både i dets oprindelige form og som ændret af Europa-Parlamentet) er at give medlemsstaterne ret til at træffe beslutning om dyrkningen, uden at de reelt forpligtes til at træffe nogen som helst beslutning om at begrænse dyrkningen.

For at forstyrre det indre marked så lidt som muligt og samtidig lette godkendelsesproceduren for GMO'er fandt Rådet det hensigtsmæssigt at indføre en mekanisme, hvor medlemsstaterne kan nå til enighed om begrænsninger med de erhvervsdrivende (via Kommissionen). Denne mekanisme vil kunne give de erhvervsdrivende såvel som medlemsstaterne størst mulig retlig sikkerhed. En stor del af den nye tekst, Rådet har indsat, er af teknisk art og vedrører proceduren til at sikre, at mekanismen kan fungere i praksis.

Er det ikke muligt at nå til enighed med de erhvervsdrivende, vil medlemsstaterne kunne indføre foranstaltninger, der begrænser eller forbyder dyrkningen, når en række vigtige betingelser er opfyldt. Rådet mente ligesom Europa-Parlamentet også, at der bør indsættes en ikkeudtømmende liste over grunde i teksten. På dette punkt ligger de vigtigste forskelle mellem Rådets og Europa-Parlamentets tekst i vægten og detaljeringsgraden. Rådet finder, at det er af afgørende betydning at sikre, at de grunde, der gøres gældende for at begrænse dyrkningen, ikke er i strid med Den Europæiske Fødevaresikkerhedsautoritets videnskabelige risikovurdering.

Rådet har fulgt Parlamentet og indsat passende bestemmelser for at respektere de legitime forventninger hos landbrugere, der allerede har plantet GM-afgrøder, inden der vedtages nationale foranstaltninger. Rådet fandt dog, at det, da forslaget udelukkende omhandler dyrkning og ikke markedsføring som sådan, ikke var nødvendigt at ændre artikel 22 i direktiv 2001/18 som foreslået af Parlamentet. Rådet mente tværtimod, at det er vigtigt at sikre, at foranstaltninger, der begrænser dyrkningen, ikke utilsigtet fører til, at handlen med godkendte GMO'er, herunder planteformeringsmateriale, bliver ulovlig.

Endvidere er der med hensyn til sameksistens blevet indsat en ny betragtning, der henviser til Kommissionens seneste henstilling på dette område. Denne henstilling udstikker retningslinjer til medlemsstaterne med henblik på at forhindre utilsigtet forekomst af GMO'er i andre produkter på deres område og i grænseområder.

Eftersom det er rimeligt at antage, at der indføres godkendelsesprocedurer, når forslaget er endeligt vedtaget, forekom det nødvendigt at indsætte passende overgangsbestemmelser.

Endelig mente Rådet ikke, at der bør indsættes en forpligtelse til at stille krav om en ordning for økonomisk hæftelse, især på grund af manglen på oplysninger om omkostningerne, den administrative byrde og andre konsekvenser, som en sådan ordning kan have, herunder i forbindelse med medlemsstaternes privatretlige systemer.