Rovněž pokud Komise během šetření zabaví dokument, jehož ochrana z důvodu důvěrnosti je uplatněna, a zařadí jej do vyšetřovacího spisu, aniž by jej vložila do zalepené obálky a aniž by přijala formální zamítavé rozhodnutí, nese s sebou tento fyzický úkon nutně implicitní rozhodnutí Komise odmítnout ochranu, které se podnik dovolává, a umožňuje Komisi bezprostředně se s dotčeným dokumentem seznámit. Toto implicitní rozhodnutí tedy musí mít rovněž možnost být předmětem žaloby na neplatnost

V případě, kdy podnik podléhající šetření podle článku 14 nařízení č. 17, který se dovolává důvěrnosti, odmítne předložit mezi obchodními záznamy požadovanými Komisí korespondenci, kterou si vyměnil se svým advokátem, je povinen poskytnout pověřeným úředníkům Komise užitečné informace, které mohou prokázat, že tyto záznamy splňují podmínky odůvodňující jejich právní ochranu, aniž by musel být odhalen obsah dotyčných dokumentů. Pokud má Komise za to, že takový důkaz nebyl předložen, přísluší jí nařídit podle čl. 14 odst. 3 nařízení č. 17 předložení dotčené korespondence, a pokud je třeba, uložit podniku pokutu nebo penále podle téhož nařízení, aby byl uvedený podnik potrestán za to, že odmítl buď předložit doplňující důkazy, které Komise považovala za nezbytné, anebo předložit dokumenty, u nichž Komise měla za to, že nemají právem chráněnou důvěrnou povahu. Vyšetřovaný podnik má následně možnost podat žalobu na neplatnost proti takovému rozhodnutí Komise a případně k ní připojit návrh na předběžná opatření na základě článků 242 ES a 243 ES.

Pouhá skutečnost, že se podnik domáhá důvěrnosti dokumentu, tudíž nepostačuje k tomu, aby Komisi zabránila seznámit se s tímto dokumentem, jestliže tento podnik kromě toho nepředložil žádný užitečný důkaz, který by mohl prokázat, že tento dokument je skutečně chráněn z důvodu důvěrnosti. Dotčený podnik může zejména sdělit Komisi, kdo je autorem dokumentu a komu je dokument určen, objasnit funkce a odpovědnost každé z těchto osob a odkázat na cíl a celkové souvislosti, za nichž byl dokument sepsán. Rovněž může zmínit celkové souvislosti, za nichž byl dokument nalezen, způsob, jakým byl zařazen do spisu, nebo jiné dokumenty, které s ním souvisejí.

Ve značném počtu případů umožní pouhý zběžný přezkum, ze strany úředníků Komise, obecného popisu dokumentu nebo jeho záhlaví, názvu nebo jiných povrchových charakteristik těmto úředníkům ověřit správnost důvodů dovolávaných podnikem a ujistit se o důvěrné povaze dotčeného dokumentu za účelem ponechání tohoto dokumentu stranou. Nic to nemění na skutečnosti, že v určitých případech představuje i zběžný přezkum dokumentu riziko, že navzdory povrchové povaze tohoto přezkumu se úředníci Komise dozví informace, na které se vztahuje ochrana důvěrnosti informací sdělených mezi advokáty a klienty. Tak tomu může být zejména, jestliže důvěrná povaha dotčeného dokumentu jasně nevyplývá z jeho formální úpravy.

Podnik je nicméně povinen poskytnout úředníkům Komise užitečné informace, které mohou prokázat, že dotčené dokumenty mají skutečně důvěrnou povahu odůvodňující jejich ochranu, aniž by uvedený podnik musel odhalit obsah těchto dokumentů. Podnik vyšetřovaný podle čl. 14 odst. 3 nařízení č. 17 je tudíž oprávněn odepřít úředníkům Komise možnost nahlédnout, byť jen zběžně, do jednoho nebo více konkrétních dokumentů, o nichž tvrdí, že jsou chráněny jako důvěrné, má-li za to, že takové zběžné nahlédnutí nelze uskutečnit, aniž by byl odhalen obsah uvedených dokumentů, a pokud tuto skutečnost odůvodněně vysvětlí úředníkům Komise.

V případě, kdy má Komise během šetření podle čl. 14 odst. 3 nařízení č. 17 za to, že informace poskytnuté podnikem nemohou prokázat důvěrný charakter dotyčných dokumentů, zvláště když podnik odepře úředníkům Komise zběžné nahlédnutí do dokumentu, mohou úředníci Komise vložit kopie dotčeného dokumentu nebo dokumentů do zalepené obálky a poté si je odnést za účelem pozdějšího rozhodnutí sporu. Tento postup totiž umožňuje vyloučit rizika porušení důvěrnosti tím, že ponechá Komisi možnost zachovat si určitou kontrolu nad dokumentem, který je předmětem šetření, a zamezí riziku zmizení nebo pozdější manipulace s těmito dokumenty.

V každém případě za předpokladu, že by se Komise nespokojila s informacemi a vysvětleními podanými zástupci vyšetřovaného podniku za účelem prokázání, že dotčený dokument je chráněn z důvodu důvěrnosti, není oprávněna seznámit se s obsahem dokumentu před přijetím rozhodnutí, které dotčenému podniku umožňuje užitečně předložit věc Soudu.

V tomto ohledu je Komise povinna vyčkat před seznámením se s obsahem těchto dokumentů, než uplyne lhůta pro podání žaloby proti jejímu zamítavému rozhodnutí. V každém případě v rozsahu, v jakém taková žaloba nemá odkladný účinek, přísluší dotyčnému podniku podat návrh na odklad vykonatelnosti rozhodnutí zamítajícího žádost o tuto ochranu.

Jestliže podnik zneužije výše popsaný postup tím, že pouze za účelem odkladu podá zjevně neopodstatněné žádosti o ochranu důvěrnosti, nebo tím, že bude bez objektivního odůvodnění bránit případné zběžné kontrole dokumentů během šetření, disponuje Komise nástroji pro případné odrazení od takových praktik a pro jejich případné potrestání. Takové chování totiž může být potrestáno podle čl. 23 odst. 1 nařízení č. 1/2003 (a dříve čl. 15 odst. 1 nařízení č. 17) nebo zohledněno jako přitěžující okolnost pro výpočet případné pokuty uložené v rámci rozhodnutí o uložení sankce za porušení pravidel hospodářské soutěže.

(viz body 79–83, 85, 88–89)