Vzhledem k tomu, že pravidla tvorby vůle unijních orgánů jsou stanovena Smlouvami a členské státy ani samotné orgány jimi nemohou disponovat, mohou ve zvláštních případech zmocnit některý orgán ke změně rozhodovacího postupu, který stanoví, pouze Smlouvy. Pokud by tedy byla některému z orgánů přiznána možnost vytvářet odvozené právní základy, ať již ve smyslu zpřísnění, nebo zjednodušení podmínek přijímání právního aktu, byla by mu tím přiznána zákonodárná pravomoc překračující hranice toho, co je stanoveno Smlouvami.

Pokud jde o otázku slučitelnosti čl. 8 odst. 3 rozhodnutí 2005/387 o výměně informací, hodnocení rizik a kontrole nových psychoaktivních látek s procesními pravidly použitelnými po vstupu Lisabonské smlouvy v platnost, Protokol (č. 36) o přechodných ustanoveních obsahuje specifická ustanovení upravující právní režim, který se po vstupu této Smlouvy v platnost použije na akty přijaté na základě Smlouvy o EU před tímto datem.

Článek 9 tohoto Protokolu tak stanoví, že právní účinky takových aktů jsou zachovány až do zrušení, zániku nebo změny těchto aktů za použití Smluv.

Tento článek musí být vykládán ve světle prvního bodu odůvodnění uvedeného Protokolu, podle něhož je nezbytné stanovit přechodná ustanovení za účelem zorganizování přechodu mezi institucionálními ustanoveními Smluv použitelnými před vstupem Lisabonské smlouvy v platnost a ustanoveními obsaženými v uvedené Smlouvě.

Vzhledem k tomu, že Lisabonská smlouva podstatně pozměnila institucionální rámec policejní a justiční spolupráce v trestních věcech, musí být tedy článek 9 Protokolu o přechodných ustanoveních chápán tak, že jeho účelem je zejména zajistit, aby se akty přijaté v rámci této spolupráce mohly navzdory změně institucionálního rámce uvedené spolupráce nadále účinně uplatňovat.

Kdyby byl přitom přijat argument, podle něhož by zrušení specifických postupů pro přijetí prováděcích opatření spadajících do oblasti policejní a justiční spolupráce v trestních věcech Lisabonskou smlouvou znemožnilo přijetí takových opatření, a to ještě předtím než budou obecné akty přijaté v rámci této spolupráce pozměněny za účelem přizpůsobení Lisabonské smlouvě, vedlo by to právě ke ztížení či dokonce znemožnění účinného uplatňování těchto aktů, čímž by bylo narušeno uskutečnění cíle sledovaného autory Smlouvy.

Výklad článku 9 Protokolu o přechodných ustanoveních, podle něhož tento článek implikuje pouze to, že akty spadající do oblasti policejní a justiční spolupráce v trestních věcech nejsou po vstupu Lisabonské smlouvy v platnost automaticky zrušeny, by navíc zbavil uvedený článek veškerého užitečného účinku.

Ustanovení aktu řádně přijatého na základě Smlouvy o EU před vstupem Lisabonské smlouvy v platnost, které upravuje podmínky pro přijímání prováděcích opatření k tomuto aktu, tudíž vyvolává nadále právní účinky, dokud nebude zrušeno, prohlášeno za neplatné nebo změněno, a umožňuje přijetí prováděcích opatření na základě postupu, který definuje.

Okolnost, že čl. 8 odst. 3 rozhodnutí 2005/387 údajně upravuje pro přijetí prováděcích opatření přísnější nebo mírnější podmínky ve srovnání s postupem, který upravuje za tímto účelem Smlouva o FEU, nemůže za těchto podmínek znamenat, že toto ustanovení představuje sekundární právní základ, který je protiprávní a jehož použití by mělo být na základě námitky vyloučeno.

(viz body 51–58)