Pokud jde o odvětví ekologické produkce, Evropský parlament podpořil přístup Komise, podle něhož by nařízení o úředních kontrolách obsahovalo zmocnění Komise k přijímání kontrolních pravidel, jež by konkrétně upravovala odvětví ekologické produkce. Tento přístup se neodrazil v obecném přístupu Rady, která zmocnění vypustila a zavedla značný počet zvláštních pravidel (a souvisejících zmocnění) v návrhu pro odvětví ekologické produkce. S cílem usnadnit dohodu společných normotvůrců a po důkladném zvážení skutečnosti, že by nedošlo k ohrožení účinnosti kontrol, přijala Komise v nařízení o úředních kontrolách méně zmocnění pro odvětví ekologické produkce.

Návrh stanoví soubor společných pravidel pro všechny kontrolní činnosti, které mají být prováděny na hranicích EU u zvířat a zboží ze třetích zemí, jež za účelem zajištění ochrany zdraví vyžadují větší pozornost. Tím by byla odstraněna roztříštěnost stávajících pravidel a systém kontrol by se stal pro orgány i podniky méně zatěžujícím. I když budou kontroly dokladů systematicky prováděny u zvířat a zboží, jež je nutno zkontrolovat na stanovištích hraniční kontroly, obecná kritéria zajistí, aby byly kontroly totožnosti nebo fyzické kontroly vykonávány s četností, která odráží riziko, jež uvedená zvířata nebo zboží představují.

Postoj Evropského parlamentu obsahoval 319 pozměňovacích návrhů k původnímu návrhu Komise.

Komise nevydala žádný pozměněný návrh. Ve sdělení s názvem „Communication de la Commission sur les suites données aux avis et résolutions adoptés par le Parlement européen lors de la session d'avril 2014“ (dokument SP (2014)471) zaslaném Evropskému parlamentu dne 9. července 2016 Komise oznámila svou ochotu přijmout 129 z 319 pozměňovacích návrhů zcela, částečně, v zásadě nebo pod podmínkou přeformulování, jelikož měla za to, že tyto pozměňovací návrhy by mohly návrh Komise vyjasnit nebo vylepšit a jsou v souladu s jeho obecnými cíli.

Po přijetí postoje Evropského parlamentu v prvním čtení pokračovala neformální jednání mezi delegacemi Evropského parlamentu, předsednictví Rady a Komise s cílem uzavřít dohodu ve stadiu společného postoje (dále jen „dohoda na začátku druhého čtení“).

Tato jednání se ukázala jako úspěšná a jejich výsledek se odráží ve společném postoji Rady, který byl přijat dne 19. prosince 2016 kvalifikovanou většinou. Komise se domnívá, že společný postoj Rady odráží původní cíle návrhu Komise a zohledňuje mnoho otázek, na kterých záleží Evropskému parlamentu. Ačkoliv v určitých prvcích se společný postoj liší od původního návrhu Komise, Komise se domnívá, že společný postoj představuje pečlivě vyvážený kompromis, a cítí se ujištěna, že pokrývá všechny otázky, které považovala za podstatné při přijímání svého návrhu.

3.2Pozměňovací návrhy Evropského parlamentu, které byly přijaty Komisí a začleněny zcela, částečně nebo v zásadě do postoje Rady v prvním čtení

Ochrana spotřebitelů před tím, aby nebyli uváděni v omyl s ohledem na povahu a kvalitu potravin. Evropský parlament představil pozměňovací návrh, který požaduje, aby donucovací orgány při provádění kontrol založených na posouzení rizik zohlednily pravděpodobnost, že spotřebitelé mohou být uváděni v omyl s ohledem na povahu, totožnost a vlastnosti potravin. Tento pozměňovací návrh byl pro Komisi a Radu přijatelný, neboť je v souladu s obecným cílem účinně řešit porušování pravidel namířených proti podvodným nebo klamavým praktikám.

Evropská referenční střediska pro ověřování pravosti a důvěryhodnosti zemědělsko-potravinového řetězce. Evropský parlament navrhl zřízení evropských referenčních středisek pro ověřování pravosti a důvěryhodnosti zemědělsko-potravinového řetězce. Tato střediska by měla Komisi a členským státům pomoci zabránit podvodům, které se týkají zemědělsko-potravinového řetězce, a tyto podvody odhalovat a potírat tím, že budou poskytovat specializované znalosti a konkrétní analýzy. Komise a Rada výše uvedené přijaly.

Ochrana oznamovatelů. Evropský parlament představil pozměňovací návrh, jehož cílem je chránit osoby, které oznámí potenciální porušení. Členské státy by zejména měly být povinny mít zavedeny účinné mechanismy, které chrání oznamovatele před odvetou, diskriminací nebo před jiným nespravedlivým zacházením. Komise a Rada výše uvedené přijaly.

Evropská referenční střediska pro dobré životní podmínky zvířat, která byla navržena Komisí. Evropský parlament představil pozměňovací návrh, který činí ze založení těchto středisek zákonnou povinnost. Evropský parlament dále navrhl, že by příslušným orgánům a zúčastněným stranám měla být nabízena koordinovaná vědecká pomoc poskytovaná těmito středisky. Tento návrh byl pro Komisi a Radu přijatelný, neboť důkazy shromážděné Komisí v průběhu výzkumné práce a studií zdůraznily potřebu těchto referenčních středisek.

3.3Pozměňovací návrhy Evropského parlamentu, které byly zamítnuty Komisí a začleněny zcela, částečně nebo v zásadě do postoje Rady v prvním čtení

Vyjmutí rozmnožovacího materiálu rostlin z oblasti působnosti. Evropský parlament navrhl vyjmout úřední kontroly rozmnožovacího materiálu rostlin z oblasti působnosti nařízení. Komise by upřednostnila tyto kontroly do oblasti působnosti zařadit, aby umožnila integrovanější přístup k úředním kontrolám a harmonizaci kontrolních pravidel v tomto odvětví v členských státech. Rada však pozměňovací návrh Evropského parlamentu podpořila. V duchu kompromisu Komise postoj Rady přijímá.

3.4Pozměňovací návrhy Evropského parlamentu, které byly přijaty Komisí zcela, částečně nebo v zásadě, ale nebyly začleněny do postoje Rady v prvním čtení

Úřední kontroly obchodních norem pro zemědělské produkty. Komise přijala pozměňovací návrh Evropského parlamentu, který se týká rozšíření působnosti návrhu na obchodní normy a pravidla pro zemědělské produkty, které upravuje nařízení (EU) č. 1308/2013. To však pro Radu nebylo zcela přijatelné a podařilo se nalézt kompromis, kdy by oblast působnosti nařízení o úředních kontrolách zahrnovala tyto kontroly prováděné na základě právních předpisů upravujících obchodní normy, které identifikují možné podvodné nebo klamavé praktiky. Komise může s postojem Rady souhlasit, a to vzhledem k tomu, že by se na tyto produkty vztahovala řada posílených pravidel pro úřední kontroly, zaměřených na identifikování a potírání podvodných praktik.

Finanční sankce za podvodné nebo klamavé praktiky by měly být stanoveny v takové výši, která představuje alespoň dvojnásobek ekonomické výhody, o kterou pachatel usiloval. Komise pozměňovací návrh Evropského parlamentu na zpřísnění finančních sankcí za podvodné jednání přijala. Postoj Rady vedl ke kompromisu, podle kterého musí finanční sankce odrážet ekonomickou výhodu nebo procento obratu provozovatele. Výše uvedené se zakládalo na úvaze, že by bylo mimořádně obtížné přesně vypočíst ekonomickou výhodu, o kterou bylo usilováno. Komise může souhlasit s postojem Rady, a to vzhledem k tomu, že tento kompromis i nadále vede k přísnějším pravidlům pro finanční sankce, které umožňují lépe odvracet podvodné nebo klamavé praktiky.

3.5Pozměňovací návrhy Evropského parlamentu, které byly zamítnuty Komisí a nebyly začleněny do postoje Rady v prvním čtení

Zrušení pravidel o povinných poplatcích za úřední kontroly. Evropský parlament představil pozměňovací návrhy, jimiž byly zamítnuty povinné poplatky a uplatnění těchto poplatků bylo ponecháno na uvážení jednotlivých členských států. Evropský parlament rovněž odmítl, aby byly mikropodniky osvobozeny od povinných poplatků. Komise pozměňovací návrhy zamítla, a to vzhledem k tomu, že by odporovaly cíli Komise zajistit udržitelné financování kontrolních orgánů a spravedlivější účast provozovatelů na financování kontrolního systému. Pozměňovací návrhy zamítla rovněž Rada, která ve svém postoji místo toho požaduje povinné poplatky v odvětvích, kde jsou na základě rizika potřebné kontroly náročnější na zdroje, jako např. na jatkách a u dovozů. Postoj Rady dále umožňuje členským státům zohledňovat zájmy malých podniků na snížení poplatků. Komise může postoj Rady přijmout, a to vzhledem k tomu, že by to znamenalo udržitelný příliv finančních zdrojů v odvětvích zemědělsko-potravinového řetězce, kde jsou kontroly nejpotřebnější a kde je při absenci povinných poplatků vyšší riziko narušení trhu. Pravidla týkající se transparentnosti poplatků, jež Komise navrhla, zůstala rovněž ve velké míře zachovávána. Tato pravidla by dále podpořila větší soudržnost při zavádění poplatků v celé EU.

Trvalá přítomnost úředního veterinárního lékaře. Evropský parlament navrhl, aby byla během prohlídek před porážkou i po porážce vyžadována trvalá přítomnost úředního veterinárního lékaře. Dále navrhl, aby byla možnost účasti pracovníků jatek na úředních kontrolách, pod dozorem úředního veterinárního lékaře, omezena na drůbež a zajícovce. Komise tyto pozměňovací návrhy zamítla, neboť by ohrožovaly cíl umožnit (aniž by došlo ke snížení úrovně bezpečnosti potravin) účinnější využití zdrojů pro kontroly a snížení zátěže příslušných orgánů. Na základě podobného zdůvodnění většinu těchto pozměňovacích návrhů zamítla i Rada. Podle postoje Rady budou podmínky pro flexibilitu stanoveny akty v přenesené pravomoci a prováděcími akty.

Povinné směrování a systematické úřední kontroly „potravin obsahujících produkty živočišného původu“, které vstupují do Unie. Evropský parlament navrhl, aby „potraviny obsahující produkty živočišného původu“ byly zařazeny do kategorií zboží, které podléhá povinným systematickým kontrolám na stanovištích hraniční kontroly. Komise tento pozměňovací návrh zamítla, neboť ne všechny „potraviny obsahující produkty živočišného původu“ představují úroveň rizika vyžadující, aby byly směrovány na stanoviště hraniční kontroly a na nich systematicky kontrolovány. Tyto pozměňovací návrhy zamítla i Rada, neboť by nebyly přiměřené a zbytečně by narušovaly obchod.

Veterinární kontroly všech produktů živočišného původu na hranici. Evropský parlament představil pozměňovací návrhy, které stanoví povinnost provádění fyzických kontrol u zvířat a u všech produktů živočišného původu vstupujících do Unie úředním veterinárním lékařem. Komise tyto pozměňovací návrhy zamítla, neboť fyzické kontroly u některých produktů živočišného původu, jako např. u sušeného mléka a masných konzerv, odborné veterinární posouzení nutně nevyžadují. Bylo by to dále v rozporu s jedním z hlavních cílů návrhu, kterým je umožnit účinnější využití zdrojů pro kontroly. Na základě podobného zdůvodnění tyto pozměňovací návrhy Evropského parlamentu zamítla i Rada. Kompromisní postoj Rady vyžaduje, aby úřední veterinární lékaři prováděli fyzické kontroly zásilek zvířat a zásilek masa a jedlých drobů. Komise může tento kompromis přijmout, neboť i když je normativnější než návrh Komise, umožňuje účinnější rozvržení veterinárních zdrojů.

3.6Nová ustanovení zavedená Radou