ISSN 1831-0788
EVROPSKÝ
ÚČETNÍ DVŮR
2013
CS
Zvláštní zpráva č.16
INVENTURA „ JEDNOTNÉHO  AUDITU “ 
(SINGLE AUDIT ) A SPOLEHLIVOST PRÁCE 
VNITROSTÁTNÍCH AUDITNÍCH ORGÁNŮ 
V OBLASTI SOUDRŽNOSTI Z HLEDISKA KOMISE

INVENTURA „JEDNOTNÉHO AUDITU“ 
(SINGLE AUDIT ) A SPOLEHLIVOST 
PRÁCE VNITROSTÁTNÍCH AUDITNÍCH 
ORGÁNŮ V OBLASTI SOUDRŽNOSTI 
Z HLEDISKA KOMISEZvláštní zpráva č. 16  2013
(podle čl. 287 odst. 4 druhého pododstavce Smlouvy o fungování EU)
EVROPSKÝ ÚČETNÍ DVŮR
EVROPSKÝ ÚČETNÍ DVŮR
12, rue Alcide De Gasperi
1615 Lucemburk
LUCEMBURSKO
Tel. +352 4398-1
Fax +352 4398-46410
E-mail: eca-info@eca.europa.eu
Internet: http://eca.europa.eu
Zvláštní zpráva  č. 16  2013
Mnoho doplňujících informací o Evropské unii je k dispozici na internetu.  
Můžete se s nimi seznámit na portálu Europa ( http://europa.eu ).
Katalogové údaje jsou uvedeny na konci této publikace.
Lucemburk: Úřad pro publikace Evropské unie, 2014
ISBN 978-92-9241-539-6
doi:10.2865/93517
© Evropská unie, 2014
Reprodukce povolena pod podmínkou uvedení zdroje.
Printed in Luxembourg
OBSAH
Body
 GLOSÁŘ
 ZKRATKY
I–VII  SHRNUTÍ
1–19  ÚVOD
1–4  SDÍLENÉ POVINNOSTI U VNITŘNÍ KONTROLY V OBLASTI SOUDRŽNOSTI
5–8  ROLE A POVINNOSTI AUDITNÍCH ORGÁNŮ
9–11  PŘÍSPĚVEK AUDITNÍCH ORGÁNŮ K POSTUPU KOMISE PŘI POTVRZOVÁNÍ VĚROHODNOSTI
12–19  ZÁSADA „JEDNOTNÉHO AUDITU“ ( SINGLE AUDIT ) DEFINOVANÁ V ČLÁNKU 73
20–24  ROZSAH A KONCEPCE AUDITU
25–78  PŘIPOMÍNKY
25–56   VYUŽÍVALA KOMISE ŘÁDNĚ INFORMACÍ POSKYTNUTÝCH VNITROSTÁTNÍMI AUDITNÍMI ORGÁNY 
K ODVOZENÍ VLASTNÍ JISTOTY A PŘI PŘIZNÁVÁNÍ STATUSU PODLE ČLÁNKU 73?
26–28   KOMISE SE V ROCE 2012 SPOLÉHALA NA INFORMACE POSKYTNUTÉ AUDITNÍMI ORGÁNY U TÉMĚŘ TŘÍ ČTVRTIN 
VŠECH OPERAČNÍCH PROGRAMŮ
29–40   RIZIKA SPOJENÁ S TÍM, JAK KOMISE VYUŽÍVÁ INFORMACE POSKYTNUTÉ VNITROSTÁTNÍMI ORGÁNY:  
MÍRY CHYB A FINANČNÍ OPRAVY
41–48   OMEZENÉ VYUŽITÍ MOŽNOSTI UPLATNIT USTANOVENÍ „JEDNOTNÉHO AUDITU“ , ZPOŽDĚNÍ PŘI PŘIZNÁVÁNÍ 
STATUSU PODLE ČLÁNKU 73 A PŘÍLEŽITOSTNÉ OPOMÍJENÍ POVINNOSTI STANOVIT MINIMÁLNÍ PODMÍNKY
49–56   MONITOROVACÍ MECHANISMY PRO OP , U NICHŽ SE UPLATŇUJE ČLÁNEK 73, JE NUTNO POSÍLIT A STATUS 
„JEDNOTNÉHO AUDITU“ BY MĚL BÝT ODEJMUT, POKUD OP NADÁLE NEPLNÍ MINIMÁLNÍ POŽADAVKY3
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
57–72   ZAJISTILA KOMISE JEDNOTNOST AUDITNÍ KONCEPCE U VŠECH OP POMOCÍ POKYNŮ A PODPORY AUDITNÍM 
ORGÁNŮM?
58–67   ZLEPŠENÍ METODICKÝCH POKYNŮ KOMISE PRO AUDITNÍ ORGÁNY OD ZAČÁTKU PROGRAMOVÉHO OBDOBÍ
68–69  KOMISE PODPORUJE VÝMĚNU OSVĚDČENÝCH POSTUPŮ MEZI AUDITNÍMI ORGÁNY
70–72  KOMISE PODPORUJE AUDITNÍ ORGÁNY FORMOU SPECIALIZOVANÝCH ŠKOLENÍ
73–78   JAKÉ JSOU NÁKLADY NA AUDITNÍ MECHANISMY ZAVEDENÉ V PROGRAMOVÉM OBDOBÍ 2007–2013?
79–89  ZÁVĚRY A DOPORUČENÍ
 PŘÍLOHA  I  — EFRR/FS A ESF – POČET OPERAČNÍCH PROGRAMŮ A CELKOVÝ ROZPOČET 
(FINANCOVÁNÍ Z EVROPSKÝCH A NÁRODNÍCH VEŘEJNÝCH A SOUKROMÝCH 
ZDROJŮ) NA PROGRAMOVÉ OBDOBÍ 2007–2013
 PŘÍLOHA  II  — POVINNOSTI AUDITNÍCH ORGÁNŮ PODLE NAŘÍZENÍ
 PŘÍLOHA  III  — PŘEHLED VÝHRAD VYJÁDŘENÝCH GŘ PRO REGIONÁLNÍ A MĚSTSKOU 
POLITIKU A GŘ PRO ZAMĚSTNANOST, SOCIÁLNÍ VĚCI A SOCIÁLNÍ 
ZAČLEŇOVÁNÍ VE VÝROČNÍCH ZPRÁVÁCH O ČINNOSTI ZA ROK 2012
 PŘÍLOHA  IV  — OBECNÉ ZÁSADY UVEDENÉ VE STANOVISKU Č. 2/2004 K NÁVRHU MODELU 
„JEDNOTNÉHO AUDITU“ KOMISE (A NÁVRHU RÁMCE VNITŘNÍ KONTROLY 
SPOLEČENSTVÍ)
ODPOVĚDI KOMISE4
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
Článek 73 : V článku 73 nařízení Rady (ES) č. 1083/2006 se uvádí, že Komise se může spoléhat na práci provede -
nou vnitrostátními auditními orgány a omezit své vlastní audity a kontroly, jakmile jí členský stát předloží tzv. 
posouzení souladu a auditní strategii kontrolních orgánů a pokud získá přiměřené ujištění, že řídicí a kontrolní 
systémy operačního programu fungují účinně. 
Dohody o důvěře : Jde o bilaterální správní dohody, jež podepisovala Komise s vnitrostátními orgány v pro -
gramovém období 2000–2006, pokud měla přiměřenou jistotu, že systémy finančního řízení a kontroly jednoho 
či více fondů byly v souladu s požadavky nařízení Komise (ES) č. 438/2001 a že vnitrostátní orgány vypracovaly 
uspokojivou auditní strategii. Členské státy se dále zavázaly podávat Komisi zprávy o svých auditních činnos -
tech. Pokud byla tzv. dohoda o důvěře podepsána, Komise se tím v zásadě zavázala nadále neprovádět audity 
v příslušném členském státě (nebo regionu). V letech 2005–2009 byly podepsány dohody o důvěře pro 55 ope -
račních programů s Rakouskem, Kyprem, Dánskem, Estonskem, Portugalskem, Litvou, Spojeným královstvím 
(Anglií a Walesem) a Slovinskem. 
Finanční opravy : Smyslem finančních oprav je ochránit rozpočet EU před prováděním chybných nebo 
nesprávných výdajů. U výdajů, které spadají pod sdílené řízení, je zpětné získání prostředků z nesprávně pro -
vedených plateb primárně odpovědností členských států. Finanční opravy mohou probíhat formou vynětí 
nesprávných výdajů z výkazů nákladů členských států nebo formou zpětného získání prostředků od příjemců. 
Finanční opravy může uložit i Komise. 
Mezinárodně přijímané auditorské standardy (IAAS) : Auditní orgány musí při své auditní práci zohled -
ňovat mezinárodně přijímané auditorské standardy. IAAS jsou auditorské standardy specifikované různými 
veřejnými a odbornými normotvornými subjekty, např. mezinárodní auditorské standardy (ISA), mezinárodní 
auditorské standardy nejvyšších kontrolních institucí, prováděcí pokyny vydané organizací INTOSAI a pokyny 
zveřejňované Institutem interních auditorů.
Míra významnosti (materiality) : Auditoři vydávají výrok o tom, zda jsou finanční výkazy ve všech význam -
ných (materiálních)  ohledech v souladu s daným souborem pravidel. Posouzení významnosti (materiality) je věcí 
odborného úsudku. Komise používá 2% míru významnosti (materiality), která odkazuje na poměr chybných či 
nesprávných výdajů v kontrolovaných výdajích EU. V oblasti soudržnosti používá Komise tento práh jak pro roční 
předpokládanou míru chyb, tak pro víceletou míru zbytkových chyb na úrovni jednotlivých operačních programů. 
Míra zbytkových chyb : Komisí provedený odhad té části výdajů každého OP (nebo skupiny OP) za celé pro -
gramové období , která není legální a správná. Míry zbytkových chyb vypočítává Komise na základě reprezen -
tativních ročních předpokládaných měr chyb vnitrostátních auditních orgánů v podobě, v níž jejich platnost 
potvrdila Komise. Tyto roční míry chyb se pak vztahují na výdaje hrazené v průběhu programového období 
a všechny finanční opravy provedené od zahájení programového období na národní úrovni (formou vyňa -
tých a zpětně získaných částek) a na úrovni EU (formou formálních rozhodnutí Komise). Výsledkem výpočtu je 
kumulativní zbytková riziková částka. Míra zbytkových chyb představuje podíl této částky na celkových výdajích 
uhrazných od roku 2007.
(Národní) auditní strategie : Pro každý OP (nebo skupiny OP) uvádějí strategie auditu auditních orgánů sy -
stémy a subjekty, jež budou podrobeny kontrole, používané koncepce a metody auditu, metodu výběru vzorku 
u auditu operací a orientační harmonogram těchto auditů. Národní auditní strategie schvaluje Komise.
Nařízení : pro účely této zprávy se „nařízeními“ rozumí dvě nařízení na programové období 2007–2013, jimiž se 
řídí EFRR, ESF a FS: nařízení (ES) č. 1083/2006 a nařízení Komise (ES) č. 1828/2006 (v aktuálním znění).
Operační program (OP) : Prostředky z EFRR, FS a ESF se rozdělují přes víceleté operační programy, které sta -
noví rozvojovou strategii s uceleným souborem priorit, jež má být prováděna s podporou některého fondu 
nebo, v případě cíle „Konvergence“, s podporou Fondu soudržnosti a Evropského fondu pro regionální rozvoj. 
Členské státy předkládají své programové dokumenty Komisi a ta je schvaluje. GLOSÁŘ5
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
Posouzení souladu : Posouzením souladu se rozumí postup, jímž nezávislý auditní orgán (což může být vnit -
rostátní auditní orgán) hodnotí koncepci řídicích a kontrolních systémů operačního programu (nebo skupiny 
operačních programů) (zpráva o posouzení souladu) a vydává výrok o tom, zda je v souladu s nařízeními (výrok 
k posouzení souladu). Komise musí toto posouzení souladu schválit, než budou moci být výdaje vzniklé v rámci 
operačního programu uhrazeny z rozpočtu EU.
Předpokládaná míra chyb : Auditním orgánem provedený odhad části ročních  výdajů každého OP (nebo sku -
piny OP), která není legální a správná. Tato míra by měla být stanovena na základě statisticky vybraného vzorku. 
Předpokládané míry chyb musí být pro výdaje vzniklé u daného OP (nebo skupiny OP) reprezentativní . Může 
jít i o míru chyb stanovenou na základě konkrétních nestatistických metod výběru vzorku (zejména u malých 
základních souborů), pokud je reprezentativní pro základní soubor jako celek.
Vnitřní kontrola : Vnitřní kontrolou se rozumí postup koncipovaný tak, aby poskytoval přiměřenou jistotu 
o dosažení cílů organizace z hlediska účinnosti a efektivnosti jejích operací, spolehlivosti jejího finančního 
výkaznictví a souladu s právními předpisy a nařízeními.6
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ZKRATKY
COCOF : Výbor pro koordinaci fondů ( Coordination Committee of the Funds )
EFRR : Evropský fond pro regionální rozvoj
ES: Evropské společenství
ESF : Evropský sociální fond
EU: Evropská unie
FS: Fond soudržnosti
IAAS : Mezinárodně přijímané auditorské standardy
ISA: Mezinárodní auditorské standardy
OP: Operační program7
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
I.
V rámci tohoto auditu Účetní dvůr analyzoval, do jaké 
míry je Komise schopna spolehnout se na práci vnit -
rostátních auditních orgánů, a prováděl inventuru 
zavádění modelu „jednotného auditu“ ( single audit ) 
Komisí (v souladu s článkem 73 nařízení č. 1083/2006). 
Zpráva se vztahuje k období od roku 2010 do konce 
roku 2012.
II.
Z mechanismů sdíleného řízení vyplývá, že Komise 
musí být schopna se v rámci svého dohledu nad roz -
počtem EU spoléhat na členské státy. Účetní dvůr 
zjistil, že členské státy a Komise vyvinuly značné úsilí, 
aby v programovém období 2007–2013 zavedly lepší 
systém auditu výdajů v rámci soudržnosti.
III.
To se však neobešlo bez nákladů. Účetní dvůr odha -
duje, že roční náklady na kontroly týkající se audit -
ních orgánů se pohybují mezi 110 a 130 miliony EUR. 
To odpovídá přibližně 0,2 % celkového rozpočtu (z hle -
diska financování z evropských a národních veřejných 
a soukromých zdrojů) všech operačních programů 
z EFRR/FS a ESF. Účetní dvůr v tomto ohledu připo -
míná, že v systémech vnitřní kontroly by měla panovat 
vhodná rovnováha mezi náklady na kontroly konkrétní 
rozpočtové oblasti a přínosy těchto kontrol z hlediska 
omezení rizika ztráty a nesrovnalosti na přijatelnou 
úroveň.
IV.
Komise učinila od začátku programového období 
výrazný pokrok ve vývoji systému, jenž jí umožňuje 
odvozovat z práce vnitrostátních auditních orgánů 
jistotu o legalitě a správnosti výdajů z EFRR/FS a ESF,  
i v poskytování materiálů s pokyny, které přispívají 
k větší jednotnosti koncepcí a metodik auditních 
orgánů.SHRNUTÍ8
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
V.
Účetní dvůr však identifikoval řadu rizik souvisejících 
s tím, jak se Komise spoléhá na míry chyb vykazované 
auditními orgány a na informace o finančních opra -
vách vykazované členskými státy. Komise tedy může 
ve svých zprávách určených Evropskému parlamentu 
a Radě tyto problémy podceňovat a chybně posoudit 
kroky nutné pro získání výroku bez výhrad v oblasti 
soudržnosti.
VI.
Účetní dvůr podotýká, že „jednotný audit“, jak je pro 
oblast soudržnosti vymezen v článku 73, by měl být 
v oblasti soudržnosti pravidlem, nikoliv výjimkou. 
Bylo nicméně zjištěno, že Komise se při uplatňování 
ustanovení „jednotného auditu“ potýká se značnými 
výzvami. Podobně jako v předchozím programovém 
období splňoval do konce roku 2012 podmínky nutné 
pro přiznání statusu „jednotného auditu“ jen omezený 
počet operačních programů z EFRR/FS a ESF.
VII.
Účetní dvůr uvádí v této zprávě řadu doporučení, jak 
by Komise měla využívat práce vnitrostátních audit -
ních orgánů v oblasti soudržnosti. Komise by kon -
krétně měla:
 — posílit ověřování přesnosti a spolehlivosti měr 
chyb vykazovaných auditními orgány a informací 
o finančních opravách vykazovaných členskými 
státy před tím, než tyto prvky využije při vlastním 
postupu potvrzování věrohodnosti,
 — při přiznávání statusu „jednotného auditu“ operač -
ním programům uplatňovat ve všech případech 
robustní, jednotná a transparentní kritéria,
 — uvést své monitorování v souvislosti s operačními 
programy, u nichž se uplatňuje článek 73, (a pří -
slušnými auditními orgány) do souladu s požadav -
ky v mezinárodních auditorských standardech pro 
využití práce jiných auditorů, — zavést na základě příslušných ustanovení v naříze -
ních pro programové období 2014–2020 systém 
čistých finančních oprav pro ty operační progra -
my, u nichž auditní orgány ve svých výkazech opa -
kovaně podhodnocují problémy,
 — přijmout vhodná opatření, aby se auditní orgány 
mohly opřít o stabilní a závazný metodický rámec,
 — v souvislosti s náklady na kontroly v oblasti sou -
držnosti navrhnout členským státům a Komisí 
mechanismus sdílení nákladů na základě nedáv -
ného hodnocení skutečných nákladů vzniklých 
členským státům.9
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
SDÍLENÉ POVINNOSTI U  VNITŘNÍ KONTROLY 
V OBLASTI SOUDRŽNOSTI
1. Finanční podpora EU v oblasti soudržnosti se přiděluje prostřednictvím 
Evropského fondu pro regionální rozvoj (EFRR), Evropského sociálního 
fondu (ESF) a Fondu soudržnosti (FS). Celkový rozpočet všech těchto 
tří fondů na programové období 2007–2013 dohromady (financování 
z evropských a národních veřejných a soukromých zdrojů) činí 491 mili -
ard EUR (viz příloha I ).
2. Odpovědnost za politiku soudržnosti sdílí členské státy s Komisí. Komise 
na základě návrhů členských států schvaluje víceleté operační programy 
(OP). Na programové období 2007–2013 bylo do konce roku 2012 schvá -
leno celkem 434 OP (317 z EFRR/FS a 117 z ESF). Pravidla způsobilosti pro 
každý program stanoví vnitrostátní orgán, přičemž výjimky jsou uvedené 
v příslušných nařízeních pro konkrétní fondy.
3. Komise se musí ujistit, že členské státy nastavily pro každý OP robustní 
vnitřní kontroly a že tyto systémy fungují účinně1 – to znamená, že vnitřní 
kontroly členských států musí poskytovat přiměřenou jistotu, že chybám 
v operacích, na nichž se zakládá účetní závěrka, se buďto předchází, nebo 
jsou zjištěny a opraveny před tím, než proběhne osvědčení výdajů pro 
Komisi2. 
4. Na národní úrovni odpovídá za vnitřní kontrolu OP řídící orgán, certifi -
kační orgán (viz rámeček 1 ) a auditní orgán. Tyto orgány musí v součin -
nosti zajišťovat legalitu a správnost spolufinancovaných operací3, na což 
Komise dohlíží a také za to nese konečnou zodpovědnost.1 Viz článek 72 nařízení 
Rady (ES) č. 1083/2006 ze 
dne 11. července 2006 
o obecných ustanoveních 
o Evropském fondu pro 
regionální rozvoj, Evropském 
sociálním fondu a Fondu 
soudržnosti a o zrušení 
nařízení (ES) č. 1260/1999 
(Úř. věst. L 210, 31.7.2006, 
s. 25).
2 Článek 32 nařízení 
(EU, Euratom) č. 966/2012 
Evropského parlamentu 
a Rady ze dne 25. října 2012, 
kterým se stanoví finanční 
pravidla o souhrnném 
rozpočtu Unie a o zrušení 
nařízení Rady (ES, Euratom) 
č. 1605/2002 (Úř. věst. L 298, 
26.10.2012, s. 1) (finanční 
nařízení).
3 Článek 317 Smlouvy 
o fungování Evropské unie.ÚVOD
POVINNOSTI ŘÍDÍCÍHO A  CERTIFIKAČNÍHO ORGÁNU
Řídící orgány (často ministerstva nebo regionální orgány odpovědné za určitou oblast politiky) odpovídají za 
výběr jednotlivých projektů, jež budou na základě předem dohodnutých kritérií zahrnuty do různých OP . Prová -
dějí rovněž primární kontroly těchto operací a vykázaných výdajů před tím, než certifikační orgán vydá určené 
osvědčení, že tyto výdaje jsou legální a správné. Certifikační orgány jsou obvykle součástí ministerstva financí 
nebo orgánů vnitřní kontroly spadajících pod ministerstvo financí.RÁMEČEK 110
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ÚVOD
ROLE A  POVINNOSTI AUDITNÍCH ORGÁNŮ
5. Auditní orgány poskytují Komisi ujištění o účinném fungování řídicích 
a kontrolních systémů (a tudíž i o legalitě a správnosti osvědčovaných 
výdajů) (viz příloha II ). Musí být funkčně nezávislé na orgánech, které 
spravují prostředky.
6. V rámci 27 členských států bylo pro 434 operačních programů schvá -
lených do konce roku 2012 na programové období 2007–2013 usta -
veno 112 auditních orgánů (viz diagram 1 )4. Auditní orgán je většinou 
samostatná agentura v rámci vládních úřadů, ministerstva financí (nebo 
orgánů vnitřní kontroly pod jeho správou), jiných ministerstev nebo nej -
vyšší kontrolní instituce. Jejich role a povinnosti byly oproti orgánům 
odpovědným za kontroly ex post v programovém období 2000–2006 
posíleny5.4 63 ze 112 těchto auditních 
orgánů odpovídá za kontrolu 
operačních programů EFRR, 
FS a ESF ve svém členském 
státě či regionu. Tyto auditní 
orgány, jež kontrolují více 
fondů, nesou odpovědnost 
za 344 operačních 
programů, což odpovídá 
89 % celkového rozpočtu 
(financování z prostředků EU 
a z vnitrostátních veřejných 
i soukromých zdrojů). 
Pro Evropský rybářský fond 
(ERF) byly ustaveny další 
auditní orgány.
5 Článek 10 a článek 15 
nařízení Komise 
(ES) č. 438/2001, kterým 
se stanoví prováděcí 
pravidla k nařízení Rady 
(ES) č. 1260/1999, pokud jde 
o řídicí a kontrolní systémy 
pro pomoc poskytovanou ze 
strukturálních fondů (Úř. věst. 
L 63, 3.3.2001, s. 21).11
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
POČET A  TYP AUDITNÍCH ORGÁNŮ NA ČLENSKÝ STÁT (2012)
1 Včetně AO odpovědného výhradně za programy evropské územní spolupráce (ETC – European Territorial Cooperation ).
Zdroj:  Evropský účetní dvůr, průzkum z roku 2012.
3 AO pro více fondů
UK 2 AO pro EFRR1 AO pro ESF
22 AO pro více fondů
IT 3 AO pro EFRR1 AO pro ESF
10 AO pro více fondů
DE 8 AO pro EFRR1
7 AO pro ESF
1 AO pro EFRR/AO pro FSIE1 AO pro ESF
1 AO pro více fondůES19 AO pro ESF
3 AO pro více fondůBE2 AO pro ESF
1 AO pro více fondůNL1 AO pro EFRR1
1 AO pro více fondůFI1 AO pro ESF
1 AO pro více fondůEE1 AO pro EFRR1
1 AO pro EFRRDK1 AO pro ESF
PT 1 AO pro více fondů
SE 1 AO pro více fondů
PL 1 AO pro více fondů
FR 1 AO pro více fondů
CZ 1 AO pro více fondů
SK 1 AO pro více fondů
HU 1 AO pro více fondů
LU 1 AO pro více fondů
SI 1 AO pro více fondů
RO 1 AO pro více fondů
BG 1 AO pro více fondů
GR 1 AO pro více fondů
CY 1 AO pro více fondů
MT 1 AO pro více fondů
1 AO pro více fondůLT1 AO pro EFRR1
1 AO pro EFRRAT1 AO pro ESF
1 AO pro více fondůLV1 AO pro EFRR1SCHÉMA 112
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
7. Auditní orgán vykazuje svá zjištění z auditu systémů a auditu operací 
řídícímu orgánu a certifikačnímu orgánu příslušného operačního progra -
mu (viz schéma 2  a příloha II ). Komisi se předkládají i zprávy o auditech 
systémů. Řídící orgán musí rozhodnout, zda budou v důsledku těchto 
auditů uplatněny finanční opravy anebo zda by měla být přijata alterna -
tivní nápravná opatření. Pokud se auditní orgán domnívá, že řídící orgán 
nepřijal vhodná nápravná opatření, je povinen Komisi na tuto skutečnost 
upozornit.
MANAŽERSKÉ A  KONTROLNÍ SYSTÉMY OPERAČNÍCH PROGRAMŮ
Zdroj:  Evropská komise.SCHÉMA 2
Evropská komise
Zpráva o plnění Výkaz certiﬁkovaných
výdajůZpráva 
o ﬁnančních opraváchVýroční kontrolní 
zpráva a auditní výrok
Zprávy 
o auditech 
systémů
Certiﬁkační orgánCertiﬁkovat výdaje
na úrovni OPZpráva o ﬁnančníchopraváchrealizovánana úrovni programu
Auditní orgánZprávy
o auditech 
systémů
Zprávy 
o auditech 
systémůAudity 
systémů
Řídicí orgán
PříjemciAudity 
operací
Zprávy 
pro audity 
operacíVykázat výdaje 
na úrovni OP
Žádost o úhradu
výdajů na úrovni projektuZkontrolovatvýkaz výdajůřídicího orgánu
Kontrola výdajů, 
o jejichž úhradupříjemci žádají13
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
8. Pokud Komise na základě své vlastní práce nebo informací vykázaných 
auditními orgány zjistí, že členský stát neprovedl nápravu závažných 
nedostatků v řídicích a kontrolních systémech anebo neopravil nespráv -
né výdaje, které byly vykázány a osvědčeny, může platby přerušit nebo 
pozastavit6. Pokud členský stát zjištěná systémová selhání neopraví či 
nevyjme nesprávné výdaje (které mohou být nahrazeny způsobilými vý -
daji), Komise může sama uplatnit finanční opravy, jež povedou k čistému 
snížení finančních prostředků EU na daný operační program7. 6 Čl. 39 odst. 2 nařízení 
(ES) č. 1260/1999 ze dne 
21. června 1999 o obecných 
ustanoveních o strukturálních 
fondech (Úř. věst. L 161, 
26.6.1999, s. 1), články 91 a 92 
nařízení (ES) č. 1083/2006.
7 Článek 99 nařízení 
(ES) č. 1083/2006.
POUŽITÍ UKAZATELE MÍRY CHYB VYKAZOVANÉ VNITROSTÁTNÍMI AUDITNÍMI ORGÁNY 
V RÁMCI POSTUPU KOMISE PRO POTVRZOVÁNÍ VĚROHODNOSTI
U všech operačních programů posuzují generální ředitelství spolehlivost míry chyb vykázané auditními orgány. 
Spolehlivá míra chyb by měla být reprezentativní pro celý operační program (nebo skupinu operačních progra -
mů)8. Pokud Komise označí míru chyb auditního orgánu za spolehlivou, znamená to, že ji může buď akceptovat, 
nebo na základě dodatečných informací přepočítat. U nespolehlivé míry chyb uplatní Komise plošnou míru chyb 
(mezi 2 a 25 %) v souladu s výsledky svého posouzení fungování systémů řízení a vnitřní kontroly. Výsledkem je 
tzv. potvrzená předpokládaná míra chyb pro každý operační program.
Potvrzené předpokládané míry chyb pak generální ředitelství pro regionální a městskou politiku a generální 
ředitelství pro zaměstnanost, sociální věci a sociální začleňování používají při výpočtu průměrné míry chyb pro 
jednotlivé členské státy. Obě generální ředitelství tyto míry od roku 2011, resp. 2010 zveřejňují ve výročních 
zprávách o činnosti.
Komise rovněž vypočítává pro každý operační program míru zbytkových chyb. Ta zohledňuje všechny finanční 
opravy provedené na úrovni EU i na národní úrovni od začátku programového období, a má proto víceletý 
charakter. Míry zbytkových chyb se rovněž uvádějí ve výročních zprávách o činnosti9. 
8 Od roku 2010 do roku 2012 Komise u základních souborů čítajících minimálně 800 položek vyžadovala provedení statistického výběru 
vzorku (viz Pokyny pro zpracování chyb vykazovaných ve výročních kontrolních zprávách, COCOF 11-0041-01-EN, 7. 12. 2011, s. 11). 
Od roku 2013 se povinnost statického výběru vzorku vztahuje na základní soubory čítající minimálně 150 položek (viz Pokyny k metodám 
výběru vzorku pro auditní orgány, COCOF 08/0021/03, 4. 4. 2013). Reprezentativní míru chyb lze získat i pomocí některých nestatistických 
metod výběru vzorku.
9 Zatímco předpokládaná míra chyb se vždy vztahuje k výdajům vzniklým v průběhu předchozího roku, míra zbytkových chyb rovněž 
zohledňuje finanční opravy provedené v průběhu roku, k němuž se vztahuje příslušná výroční zpráva o činnosti.RÁMEČEK 214
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
PŘÍSPĚVEK AUDITNÍCH ORGÁNŮ K  POSTUPU KOMISE 
PŘI POTVRZOVÁNÍ VĚROHODNOSTI
9. Informace, které auditní orgány uvedly ve svých výročních kontrolních 
zprávách, auditních výrocích a ve zprávách o auditech systémů, jsou 
jedním z hlavních zdrojů, z nichž Komise vychází při posuzování legality 
a správnosti výdajů EU každého operačního programu. Generální ředitel -
ství při přípravě výročních zpráv o činnosti podrobně vyhodnocují práci 
vnitrostátních auditních orgánů, zejména míru chyb vykazovanou au -
ditním orgánem pro každý operační program (nebo skupinu operačních 
programů). Tyto informace se prověřují a Komise je srovnává s výsledky 
svých vlastních auditů a dalšími informacemi, jež mají k dispozici generál -
ní ředitelství každého operačního programu k dispozici10 (viz rámeček 2 ).
10.  Komise se může rozhodnout zveřejnit ve svých výročních zprávách o čin -
nosti úplnou (nebo částečnou) výhradu. V prvním kroku posuzuje fun -
gování řídicího a kontrolního systému na základě monitorování souladu 
vnitrostátních orgánů s požadavky právních předpisů, případně stavem 
nápravných opatření, jež byla pro daný operační program s členským 
státem dohodnuta. Ve druhém kroku posuzuje Komise programy, k nimž 
nebyla po tomto prvotním přezkumu vydána žádná výhrada. Hlavními 
ukazateli používanými k tomuto účelu jsou potvrzená předpokládaná 
míra chyb a míra zbytkových chyb vyčíslená Komisí (viz rámeček 2 ). 
Od roku 2012 se k operačním programům obecně vydávají výhrady, po -
kud míra zbytkových chyb přesáhne 2% práh významnosti (materiality) 
Komise. Pokud míra zbytkových chyb nedosahuje 2% prahu, žádné vý -
hrady se nevydávají, i když předpokládaná míra chyb současně přesáhne 
5 % (viz bod 40 a  příloha III ).
11.  Míry chyb vykázané auditními orgány v souvislosti se soudržností (a po -
souzené a konsolidované Komisí v rámci postupu získávání jistoty) a míry 
chyb, jež odhadl Účetní dvůr v kontextu svého výročního prohlášení 
o věrohodnosti, se liší v těchto ohledech:
 — Míry chyb vyčíslené auditními orgány mají být reprezentativní na 
úrovni operačního programu (nebo skupiny operačních programů), 
zatímco Účetní dvůr počítá míry chyb na úrovni fondů pro všechny 
členské státy.
 — Míra chyb vypočtená Účetním dvorem vychází ze statisticky re -
prezentativního vzorku operací na úrovni EU, oproti tomu auditní 
orgány obvykle používají statistický výběr vzorku, mohou však vy -
bírat audity operací na základě nestatistických (a dokonce i nere -
prezentativních) vzorků.10 Evropská komise, 
Meziresortní dohoda 
o spolupráci v rámci auditu 
mezi GŘ pro námořní 
záležitosti a rybolov, GŘ pro 
regionální a městskou politiku  
a GŘ pro zaměstnanost, 
sociální věci a sociální 
začleňování na programové 
období 2007–2013, 26. 5. 
2011.15
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
 — Ve vyčíslování dopadu auditních zjištění jsou metodické rozdíly11. 
 — Míry chyb vykázané vnitrostátními auditními orgány se nevztahují 
ke stejnému období jako míry chyb, které zveřejnil Účetní dvůr12. 
 Tyto roční míry chyb proto nejsou přímo srovnatelné. Míry zbytkových 
chyb vyčíslované Komisí mají navíc víceletou povahu a berou v úvahu 
všechny finanční opravy provedené na úrovni EU i na úrovni členských 
států.
ZÁSADA „JEDNOTNÉHO AUDITU“ ( SINGLE AUDIT ) 
DEFINOVANÁ V  ČLÁNKU 73
12.  V kontextu rozpočtu Evropské unie odkazuje termín „jednotný audit“ 
na systém vnitřní kontroly a interního auditu, jehož základní mechanis-
mus spočívá v tom, že každá následná úroveň kontroly staví na úrovni 
předchozí. Cílem „jednotného auditu“ je předcházet duplikaci kontrolní 
práce a snižovat celkové náklady na kontrolní a auditní činnosti na úrovni 
členských států a Komise. Rovněž usiluje o snížení administrativní zátěže 
kontrolovaných subjektů. Na vrcholu pyramidy „jednotného auditu“ je 
Komise (která nese konečnou odpovědnost za plnění rozpočtu EU).
13.  Účetní dvůr ve svém stanovisku č. 2/2004 stanovil řadu obecných zásad 
pro systém vnitřní kontroly, které systému umožňují fungovat v souladu 
s modelem „jednotného auditu“ (viz příloha IV )13. Účetní dvůr jako ex -
terní auditor EU není součástí systému „jednotného auditu“ Komise.
14.  V červnu 2005 předložila Komise své návrhy týkající se systému inte -
grovaného rámce kontroly Společenství, jejichž cílem byla účinnější 
a efektivnější vnitřní kontrola prostředků EU14. V roce 2006 Komise tuto 
koncepci dále rozvinula ve svém akčním plánu na zřízení integrovaného 
rámce vnitřní kontroly15, který měl značný dopad na koncepci systémů 
vnitřní kontroly EFRR/FS a ESF, jak stanoví nařízení na programové období 
2007–2013. Komise konkrétně navrhla:
 — minimalizovat v zájmu omezení duplicity kontrolní činnosti (a ma -
ximalizovat míru kontroly, kterou lze dosáhnout při daném objemu 
zdrojů) sdílením informací o kontrolách tak, aby se daný článek 
kontroly mohl spoléhat na předchozí článek kontrolního řetězce 
(zásada „jednotného auditu“),11 Komise (a vnitrostátní 
auditní orgány) provádějí 
vyčíslování s ohledem na 
finanční opravy, které je 
nutno uvalit na zjištěné 
nesrovnalosti. Tak tomu 
je zejména v případech 
nesouladu se směrnicemi 
EU a vnitrostátními právními 
předpisy, jež se týkají zadávání 
veřejných zakázek (viz výroční 
zpráva za rok 2012, odpověď 
Komise na bod 5.33 a příloha 
1.1, body 9 až 11).
12 Míry chyb vykázané 
auditními orgány v jejich 
výročních kontrolních 
zprávách za rok n se vztahují 
k výdajům certifikovaným 
Komisi v roce n-1. Míry chyb 
Účetního dvora za rok n se 
vztahují k výdajům v roce n.
13 Stanovisko Účetního 
dvora č. 2/2004 k modelu 
„jednotného auditu“ (a návrh 
rámce vnitřní kontroly 
Společenství) (Úř. věst. C 107, 
30.4.2004, s. 1).
14 KOM(2005) 252 
v konečném znění ze dne 
15. června 2005.
15 KOM(2006) 9 v konečném 
znění ze dne 17. ledna 2006, 
zejména viz opatření 
5, 7, 9 a 13 až 16.16
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
 — zavést národní kontrolní zprávy s cílem posílit odpovědnost a správ -
cům finančních prostředků Společenství dát podnět k hodnocení 
a zlepšování jejich kontrolních systémů,
 — získávat ujištění od externích nezávislých auditorských společností,
 — zavést společné pokyny pro jednotlivé skupiny politik a tzv. dohod -
nuté postupy, na nichž se s cílem zajistit jednotnou úroveň vnitřní 
kontroly shodla EU s členskými státy.
15.  Způsob uplatňování zásad „jednotného auditu“ v oblasti soudrž -
nosti v programovém období 2007–2013 stanoví článek 73 nařízení 
(ES) č. 1083/2006. Zde se uvádí, že Komise může omezit své vlastní kon-
troly, pokud získala přiměřenou jistotu, že systémy řízení a vnitřní kon-
troly operačního programu fungují účinně (viz rámeček 3 ).
RÁMEČEK 3
„JEDNOTNÝ AUDIT“ V  OBLASTI SOUDRŽNOSTI PODLE ČLÁNKU 73
Čl. 73 odst. 2: „Při stanovování vlastní auditní strategie určí Komise operační programy, u nichž je [výrok] k sou -
ladu systémů podle čl. 71 odst. 2 bez výhrad nebo u nichž byly výhrady staženy po přijetí nápravných opatření, 
u nichž je auditní strategie auditního orgánu uspokojivá a u nichž Komise na základě výsledku svých auditů 
a auditů provedených členským státem získala přiměřené ujištění, že řídicí a kontrolní systémy fungují účinně.“
Čl. 73 odst. 3: „U těchto programů může dojít Komise k závěru, že se může v zásadě spoléhat na [výrok] [audit -
ního orgánů] […], pokud jde o účinné fungování systémů, a že bude provádět vlastní audity na místě pouze 
v případě, že existují důkazy o možných nedostatcích systému ovlivňujících výdaje certifikované Komisi v roce, 
pro který bylo vydáno [výrok] […], jež neobsahuje žádné výhrady ohledně takových nedostatků.
Pokud Komise dojde k tomuto závěru, uvědomí odpovídajícím způsobem dotyčný členský stát. Pokud existují 
důkazy o možných nedostatcích, může Komise požádat členský stát, aby provedl audity[…], nebo provést 
vlastní audity […].“17
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
16.  U operačních programů, jimž byl přiznán status podle článku 73, pak 
Komise může své ujištění o legalitě a správnosti výdajů EU z větší části 
vyvodit z práce auditních orgánů (zásada „jednotného auditu“). Status 
„jednotného auditu“ je tedy důsledkem účinných mechanismů vnitřní 
kontroly operačního programu. Toto ustanovení vychází převážně z pří -
kladu „dohod o důvěře“, jež se poprvé uplatnily v programovém období 
2000–200616. Operační programy, jimž Komise přiznala status „jednotné -
ho auditu“, již však nemusí splňovat žádné další požadavky nad rámec 
povinností uvedených ve finančním nařízení a v sektorových nařízeních.
17.  Má-li Komise za to, že OP splňuje všechny nutné podmínky, rozhodne 
o tom, že členský stát bude uvědomen podle článku 73. V roce 2010 Ko -
mise stanovila, jak mají její útvary příslušné regulatorní požadavky pro 
uplatňování čl. 73 odst. 2. interpretovat. Na souvisejících interních pra -
vidlech (plán realizace článku 73), se v pracovním dokumenutu dohodlo 
GŘ pro regionální a městskou politiku a GŘ pro zaměstnanost, sociální 
věci a sociální začleňování17. V roce 2012 byl tento plán upraven a byla 
stanovena další kritéria pro přiznání statusu podle článku 7318. 
18.  U operačních programů se statusem podle článku 73 se Komise spoléhá 
na auditní výrok vypracovaný příslušným auditním orgánem. Kokrétně 
bude provádět vlastní kontroly na místě, pouze pokud bude z důkazních 
informací vyplývat, že se vystkytují nedostatky v systémech, jež mají do -
pad na legalitu a správnost výdajů, které byly pro daný rok certifikovány 
Komisi, a pokud se auditní orgán k těmto problémům náležitě nevysloví 
v auditním výroku.
19.  Podle výsledků monitorování se Komise může kdykoliv rozhodnout ope -
račnímu programu status „jednotného auditu“ pozastavit nebo odebrat19. 
Pokud by se Komise rozhodla uplatňování článku 73 pozastavit (nikoliv 
ukončit), bude s příslušným členským státem nutno dohodnout doda -
tečná nápravná opatření.16 SEK(2004) 632/2 ze 
dne 18. května 2004.
17 Evropská komise, 
Generální ředitelství pro 
zaměstnanost, sociální 
věci a sociální začleňování, 
Plán implementace 
a monitorování správné 
implementace zásady 
„jednotného auditu“ (konečná 
verze dohodnutá s GŘ 
pro regionální a městskou 
politiku), 13.10.2010.
18 Generální ředitelství 
pro regionální a městskou 
politiku, Shrnutí provedené 
auditní práce a výsledků 
v rámci memoranda pro 
plánování šetření – Jak 
získat ujištění o fungování 
systémů v období 2007–2013 
přezkumem práce auditních 
orgánů – Fáze 1 a fáze 2 ,  
5. 12. 2012, s. 40.
19 Evropská komise, 
Generální ředitelství pro 
zaměstnanost, sociální 
věci a sociální začleňování, 
Plán implementace 
a monitorování správné 
implementace zásady 
„jednotného auditu“ (konečná 
verze dohodnutá s GŘ 
pro regionální a městskou 
politiku), 13.10.2010.18
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
AUDITNÍ OTÁZKY
20.  V programovém období 2007–2013 se Komise v rostoucí míře spoléhala 
na informace poskytované auditními orgány a zavedla komplexní sy-
stém, jež jí umožňuje na základě těchto informací získat jistotu o legalitě 
a správnosti výdajů z EFRR/FS a ESF.
21.  V rámci tohoto auditu Účetní dvůr analyzoval míru, v níž se Komise může 
v oblasti soudržnosti spoléhat na práci vnitostátních auditních orgánů 
pro účely odvození jistoty, a provedl inventuru toho, jak Komise uplatňo -
vala model „jednotného auditu“ (jak je stanoven v článku 73) do konce 
roku 2012.
22.  Účetní dvůr konkrétně zkoumal, zda Komise:
 — řádně využívala informací poskytnutých vnitrostátními auditními 
orgány k odvození vlastní jistoty a při přiznávání statusu podle 
článku 73,
 — pokyny a podporou auditních orgánů zajistila jednotnou koncepci 
auditu v oblasti soudržnosti.
 Účetní dvůr také analyzoval náklady na posílené auditní mechanismy 
zavedené v programovém období 2007–2013.
POKRYTÉ OBDOBÍ, METODIKA SBĚRU DŮKAZNÍCH INFORMACÍ A  AUDITNÍ KRITÉRIA 
POUŽÍVANÁ ÚČETNÍM DVOREM
23.  Předmětem zkoumání bylo období 2010 až 2012 a audit mimo jiné 
zahrnul:
 — posouzení dohledu Komise nad vnitrostátními auditními orgány 
a její monitorovací činnosti a dále způsobu, jakým Komise infor -
mace poskytnuté auditními orgány využívala ve svých výročních 
zprávách o činnosti,
 — přezkum relevantních informací o koncepci „jednotného auditu“, 
o auditních orgánech a o postupech Komise pro přiznání statusu 
podle článku 73,ROZSAH A KONCEPCE AUDITU19
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
 — analýzu pokroku Komise v souvislosti s přiznáním statusu podle 
článku 73 u operačních programů a související dopad na rozpočet,
 — prověrku vzorku 19 auditních orgánů pro EFRR/FS anebo ESF 
v 15 členských státech s cílem posoudit jejich soulad s hlavními 
regulačními požadavky a jejich účinnost,
 — přezkum legislativního návrhu Komise na programové období 
2014–2020 v souvislosti s rolí a povinnostmi vnitrostátních audit -
ních orgánů,
 — elektronický průzkum mezi 112 auditními orgány pro EFRR/FS ane -
bo ESF s cílem získat jejich názory na pokyny a podporu Komise, její 
dohled a monitorovací činnosti, účinnost systémů vnitřní kontroly 
a návrhy Komise na programové období 2014–2020. Průzkumu se 
zúčastnilo přibližně 97 % všech auditních orgánů,
 — odhad nákladů na kontroly auditních činností v programovém ob -
dobí 2007–2013 na základě informací poskytnutých auditními or -
gány v rámci průzkumu,
 — pohovory s vedoucími 36 auditních orgánů (nebo jejich zástupci) 
v 17 členských státech, kteří v průzkumu projevili o tento pohovor 
zájem.
24.  Zjištění byla zkoumána s ohledem na relevantní ustanovení v nařízeních 
pro programové období 2007–2013 a vlastní pravidla a pokyny Komi -
se týkající se přiznání statusu podle článku 73. Byly rovněž zohledněny 
obecné zásady integrovaného rámce vnitřní kontroly, jak jsou vyme -
zeny ve stanovisku Účetního dvora č. 2/200420, v akčním plánu Komise 
na rok 200621, požadavcích mezinárodních auditorských standardů (ISA) 
a v pokynech výboru pro koordinaci fondů (COCOF) adresovaných au -
ditním orgánům.20 Úř. věst. C 107, 
30.4.2004, s. 1.
21 KOM(2006) 9 v konečném 
znění.20
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
VYUŽÍVALA KOMISE ŘÁDNĚ INFORMACÍ 
POSKYTNUTÝCH VNITROSTÁTNÍMI AUDITNÍMI 
ORGÁNY K  ODVOZENÍ VLASTNÍ JISTOTY  
A PŘI PŘIZNÁVÁNÍ STATUSU PODLE ČLÁNKU 73?
25.  Aby Komise mohla vyvodit z práce provedené vnitrostátními auditními 
orgány jistotu o legalitě a správnosti výdajů z EFRR/FS a ESF, musí být 
informace, které tyto orgány poskytují, ucelené, spolehlivé a přesné, a to 
zejména v případě operačních programů, u nichž se uplatňuje článek 73 
a u nichž by se tedy Komise měla v zásadě spoléhat pro účely postupu 
odvozování jistoty na auditní výrok vydaný auditním orgánem. Účetní 
dvůr:
 — přezkoumal, jak byly informace poskytnuté auditními orgány pre -
zentovány ve výročních zprávách o činnosti obou generálních 
ředitelství,
 — zkoumal specifická rizika spojená se způsobem, jakým byly míry 
chyb vypočteny a vykázány auditními orgány, a s tím, jak se postu -
povalo u finančních oprav na národní úrovni,
 — ověřoval, u kterých operačních programů přijala Komise rozhodnutí 
o přiznání statusu podle článku 73, kdy byly o těchto rozhodnutích 
uvědomeny členské státy a zda byly minimální podmínky pro při -
znání statusu v plném rozsahu splněny,
 — posuzoval, zda Komise zavedla pro operační programy, u nichž se 
uplatňuje článek 73, robustní monitorovací strategii.
KOMISE SE V  ROCE 2012 SPOLÉHALA NA INFORMACE POSKYTNUTÉ 
AUDITNÍMI ORGÁNY U  TÉMĚŘ TŘÍ ČTVRTIN VŠECH OPERAČNÍCH 
PROGRAMŮ
26.  V roce 2012 měla Komise celkově za to, že 322 z 434 operačních progra -
mů (74 %) nevyžaduje žádné výhrady22. Na tyto programy připadá přibliž -
ně 340 miliard EUR (69 %) z celkového odhadované rozpočtu (z hlediska 
financování ze evropských a národních veřejných a soukromých zdrojů) 
EFRR/FS a ESF. Příloha III shrnuje, jak bylo těchto 434 operačních progra -
mů EFRR/FSF a ESF v roce 2012 klasifikováno Komisí a oběma příslušnými 
generálními ředitelstvími.22 232 z 317 operačních 
programů EFRR/FS (73 %)  
a 90 ze 117 operačních 
programů ESF (77 %).PŘIPOMÍNKY21
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
27.  Počet operačních programů bez výhrad od roku 2011, kdy bylo bez výhrad 
celkem 264 operačních programů (61 %) (což odpovídá 260 miliardám EUR 
(53 %) celkového rozpočtu)23, výrazně vzrostl. Příčinou tohoto nárůstu byl 
téměř výhradně větší počet operačních programů z EFRR/FS, k nimž Gene -
rální ředitelství pro regionální a městskou politiku v roce 2012 již neeviduje 
žádné výhrady.
28.  U významné části rozpočtu pro oblast soudržnosti na rok 2012 měla tedy 
Komise za to, že vnitřní kontroly operačních programů fungují účinně 
a že výdaje EU jsou legální a správné.
RIZIKA SPOJENÁ S  TÍM, JAK KOMISE VYUŽÍVÁ INFORMACE POSKYTNUTÉ 
VNITROSTÁTNÍMI ORGÁNY: MÍRY CHYB A  FINANČNÍ OPRAVY
29.  Postup Komise pro potvrzování věrohodnosti v oblasti soudržnosti se 
spoléhá na dva hlavní ukazatele: předpokládané míry chyb vykázané 
vnitrostátními auditními orgány (a potvrzenou Komisí) a míry zbytkových 
chyb vypočtené Komisí (viz bod 10 a  rámeček 2 ). Proto je nutné, aby jak 
míry chyb vykazované vnitrostátními auditními orgány, tak informace 
o finančních opravách prováděných na národní úrovni byly přesné a spo -
lehlivé. Komise navíc musí tyto informace vhodným způsobem využít, 
aby její posudky řádně odrážely skutečnou situaci jednotlivých operač -
ních programů.
NEDOSTATEČNÁ PŘESNOST A  SPOLEHLIVOST MĚR CHYB VYKAZOVANÝCH U  NĚKOLIKA 
AUDITNÍCH ORGÁNŮ ZKOUMANÝCH ÚČETNÍM DVOREM
30.  Je zřejmé, že auditní orgány, které při kontrole legality a správnosti výdajů 
EU nepostupují účinně, jsou zásadní překážkou realizace modelu „jed -
notného auditu“ v oblasti soudržnosti. Při prověrkách auditních orgánů, 
které Účetní dvůr provedl mezi lety 2010 a 2012, byly v řadě případů 
zdůrazněny nedostatky ve způsobu výpočtu (a vykazování) míry chyb 
(viz rámeček 4 )24. I nadále tedy panují pochybnosti ohledně přesnosti 
a spolehlivosti měr chyb vykázaných několika auditními orgány. Na riziko, 
že auditní orgány mohou problémy ve svých výkazech a zprávách pod -
hodnocovat, rovněž upozornila zpráva útvaru interního auditu Komise 
z roku 2013.23 171 operačních 
programů EFRR/FS (54 %) 
a 93 operačních programů 
ESF (79 %).
24 Kapitola 4, příloha 4.2 
výroční zprávy za rok 2010  
 (Úř. věst. C 326, 10.11.2011, 
s. 1); kapitola 5, příloha 5.2 
výroční zprávy za rok 2011  
(Úř. věst. C 344, 12.11.2012, 
s. 1) a kapitola 5, příloha 5.2 
výroční zprávy za rok 2012 
(Úř. věst. C 331, 14.11.2013, 
s. 1).22
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
31.  Účetní dvůr upozorňuje, že Komise může platby přerušit či pozastavit, 
pokud auditní orgány problémy operačních programů podhodnocují. 
V nařízeních na programové období 2007–2013 však nejsou žádná usta -
novení, jež by Komisi umožňovala ukládat těm operačním programům, 
u nichž tak auditní orgány opakovaně činí, cílené čisté finanční opravy.
RÁMEČEK 4
PROVĚRKA AUDITNÍCH ORGÁNŮ PROVEDENÁ ÚČETNÍM DVOREM – HLAVNÍ ZJIŠTĚNÍ
Z prověrky Účetního dvora provedené u 19 auditních orgánů mezi lety 2010 a 2012 vyplynulo, že:
 —sedm auditních orgánů uplatňovalo metodu výběru vzorku, která nebyla v souladu s požadavky právních 
předpisů anebo pokyny Komise, nebo vybralo vzorek operací k auditu nesprávně,
 —u 12 auditních orgánů zjistil Účetní dvůr nesrovnalosti v souvislosti s problémy, které buď nebyly zkon-
trolovány (často z důvodu rozdílů v rozsahu auditu nebo jeho koncepci), nebo u nichž byla přinejmenším 
u jednoho z auditů operací, které jeho vlastní auditoři opakovaně provedli, významnost zjištění auditním 
orgánem podhodnocena,
 —u pěti auditních orgánů zjistil Účetní dvůr případy, kdy auditní orgán některé chyby z výpočtu míry chyb 
neoprávněně vynechal nebo míru chyb spočetl nesprávně. Rozdíly zjištěné Účením dvorem v těchto přípa -
dech byly významné (tj. zvyšovaly předpokládanou míru chyb o více než 0,5 % a více) anebo by měly dopad 
na výrok auditora.
Ze svého šetření auditních orgánů mezi lety 2010 a 2012 Účetní dvůr vyvodil, že osm auditních orgánů celkově 
fugovalo „účinně“. Devět auditních orgánů bylo zhodnoceno jako „částečně účinné“ a dva jako neúčinné25. 
U pěti z 19 auditních orgánů, které Účetní dvůr kontroloval, došlo k významnému podhodnocení vykazovaných 
měr chyb u operačních programů ve výroční kontrolní zprávě, což vedlo k tomu, že řídící a certifikační orgány 
uložily nedostatečné finanční opravy.
25 Výroční zpráva za rok 2010, kapitola 4, příloha 4.2; výroční zpráva za roky 2011 a 2012, kapitola 5, příloha 5.2.23
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
KAPACITA KOMISE POTVRZOVAT MÍRY CHYB UVEDENÉ VE VÝROČNÍCH KONTROLNÍCH 
ZPRÁVÁCH JE OMEZENÁ
32.  Komise každoročně provádí dokumentární přezkum výročních kon-
trolních zpráv, které uvádějí shrnutí výsledků auditů systémů auditních 
orgánů a auditů operací ve vztahu k výdajům certifikovaným Komisi 
v předchozím roce. Z auditů Účetního dvora vyplynulo, že kapacita Ko -
mise ověřovat v průběhu dokumentárních kontrol výpočty měr chyb 
a podle nutnosti je opravovat je však omezená. Účetní dvůr na tyto sku -
tečnosti upozorňoval již v předchozích letech26. Příčinou je skutečnost, že 
auditní orgány nejsou povinny podávat Komisi o svých auditech operací 
podrobné informace (jako např. auditní zprávy)27. 
33.  Shrnutí uvedené ve výroční kontrolní zprávě neumožňuje míru chyb 
přepočítat a ověřit, zda byla metoda výběru vzorku uvedená v auditní 
strategii auditních orgánů skutečně dodržena. Na jeho základě by Komise 
obvykle provedla pouze omezené kontroly přiměřenosti vykazovaných 
měr chyb (viz první a druhá odrážka bodu 65). Dodatečné informace 
nutné pro účinnější kontroly se nevyžadují systematicky, ale pouze in -
dividuálně případ od případu, pokud jsou při dokumentární kontrole 
zjištěny skutečnosti, jež je nutno objasnit. V případech, kdy Komise měla 
tyto informace k dispozici, z kontrol Účetního dvora vyplynulo, že Komise 
míry chyb vykazované auditními ogány obecně posuzovala účinně.
34.  Z analýzy výročních zpráv o činnosti GŘ pro regionální a městskou po -
litiku a GŘ pro zaměstnanost, sociální věci a sociální začleňování ke 
138 operačním programům z EFRR/FS a ESF (na základě infomací, jež 
měla k dispozici Komise, a dodatečných údajů, které na vyžádání poskytly 
auditní orgány), kterou provedl Účetní dvůr, vyplynulo, že28: 
 — u 51 ze 138 operačních programů, jež byly předmětem přezku -
mu, neměla Komise dostatečné informace, aby mohla míry chyb 
vykazované auditními orgány akceptovat (nebo přepočítat). Sem 
spadaly případy, kdy auditované výdaje uvedené ve výroční kon -
trolní zprávě v plném rozsahu neodpovídaly výdajům operačních 
programů za daný rok nebo kdy auditní orgán nebyl při výpočtu 
míry chyb přesný,
 — u pěti ze 138 prověřovaných operačních programů (včetně jednoho 
programu, u něhož se uplatňoval článek 73) byla míra zbytkových 
chyb přepočítaná Účetním dvorem nad 2% prahem významnosti 
(materiality). Komise by tedy měla k příslušným operačním progra -
mům z EFRR/FS vydat dodatečné výhrady29. 26 Výroční zpráva za rok 2011, 
bod 5.50 a výroční zpráva za 
rok 2012, bod 5. 52.
27 Příloha VI nařízení Komise 
(ES) č. 1828/2006 ze dne 
8. prosince 2006, kterým 
se stanoví prováděcí 
pravidla k nařízení Rady 
(ES) č. 1083/2006 o obecných 
ustanoveních týkajících 
se Evropského fondu pro 
regionální rozvoj, Evropského 
sociálního fondu a Fondu 
soudržnosti a k nařízení 
Evropského parlamentu 
a Rady (ES) č. 1080/2006 
o Evropském fondu pro 
regionální rozvoj (Úř. věst. 
L 371, 27.12.2006, s. 1).
28 Výroční zpráva za 
rozpočtový rok 2012, body 
8.52 a 6.34).
29 Výroční zpráva za rok 2012, 
body 5.52 a 5.57.24
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ROBUSTNOST VÝPOČTU MÍRY ZBYTKOVÝCH CHYB KOMISÍ JE OHROŽENA
MÍRY CHYB POUŽÍVANÉ KOMISÍ PŘI VÝPOČTU MÍRY ZBYTKOVÝCH CHYB NEJSOU 
DOSTATEČNĚ SPOLEHLIVÉ
35.  Při výpočtu míry zbytkových chyb operačního programu (nebo skupiny 
operačních programů) Komise zohledňuje roční předpokládanou míru 
chyb za všechny roky, v nichž se prováděly průběžné a konečné platby 
(viz rámeček 2 ). V roce 2010 většina auditních orgánů vykazovala míry 
chyb poprvé, přičemž v tomto prvním roce významný počet auditních 
orgánů vykázal buď nulovou, nebo velmi nízkou míru chyb (ve vztahu 
k výdajům roku 2009). Komise také zjistila významné nedostatky ve způ -
sobu, jímž auditní orgány prováděly audity operací (viz také bod 45). 
Generální ředitelství pro regionální a městskou politiku se proto rozhodlo 
se na tyto údaje v roce 2010 nespoléhat a použilo pro svůj výpočet rizi -
ka pro platby roku 2010 soubor paušálních sazeb. Účetní dvůr zjistil, že 
přibližně třetinu údajů, které byly v roce 2010 takto vyhodnoceny jako 
nespolehlivé, generální ředitelství následně v roce 2012 použilo při vý -
počtu víceleté míry zbytkových chyb. U zbývajících operačních programů 
generální ředitelství potvrdilo upravené míry za rok 2010, které auditní 
orgány vykázaly za roky 2011 a 2012. Obecně se tyto míry, které Komise 
potvrdila v roce 2012, výrazně nelišily od měr vykázaných v roce 2010. 
Účetní dvůr nicméně upozorňuje, že odhad rizikových plateb provedený 
generálními ředitelstvími pro rok 2010 by se pohyboval nad 2% prahem 
významnosti Komise, pokud by byly místo paušálních sazeb použity 
potvrzené míry chyb (2,8 % místo 0,8 % vykázaných ve výroční zprávě 
o činnosti za rok 2010)30. 
36.  Auditní orgány navíc vykazují míry chyb, které byly statisticky repre -
zentativní pro operační program jako celek, pouze u přibližně poloviny 
operačních programů z EFRR/FS (46 % v roce 2011 a 55 % v roce 2012)31. 
Ale i u operačních programů s nereprezentativními mírami chyb zo -
hledňuje Komise při výpočtu příslušné míry zbytkových chyb všechny  
finanční opravy. Účetní dvůr nepovažuje tento postup za vhodný. Pokud 
míra chyb není pro základní soubor jako celek reprezentativní, míra zbyt -
kových chyb by měla brát v potaz pouze ty finanční opravy, které byly 
provedeny u auditovaného vzorku (a k nimž se tato míra chyb vztahuje).30 Výroční zpráva o činnosti 
Generálního ředitelství pro 
regionální a městskou politiku 
za rok 2010, s. 69.
31 Na tyto operační programy 
připadalo v roce 2011 54 % 
a v roce 2012 73 % celkového 
rozpočtu.25
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
37.  Komise se při výpočtu míry zbytkových chyb do značné míry spoléhá na 
přesnost informací členských států o finančních opravách provedených 
na národní úrovni a na to, jak Komise tyto informace používá (viz bod 29). 
Účtování finanční oprav je složité: provádějí se v různých fázích realiza -
ce programu a jako výsledek řady kontrol a auditních činností (vnitro -
státních orgánů a subjektů EU). Na národní úrovni mohou být finanční 
opravy uloženy řídícími a certifikačními orgány formou vynětí prostředků 
a jejich zpětného získání (viz rámeček 5 ).
RÁMEČEK 5
FINANČNÍ OPRAVY V  OBLASTI SOUDRŽNOSTI NA ÚROVNI ČLENSKÝCH STÁTŮ
Smyslem finančních oprav je chránit rozpočet EU před prováděním chybných nebo nesprávných výdajů. Podle 
finančního nařízení musí být neoprávněně vyplacené částky získány zpět32. U výdajů, na které se vztahuje sdílené 
řízení, je předcházení neoprávněným platbám, odhalování takových plateb a jejich oprava primárně odpovědnos -
tí členských států33. Nařízení v oblasti soudržnosti rovněž vyžadují, aby certifikační orgány každoročně podávaly 
zprávy o všech provedených finančních opravách (tj. o vynětí prostředků i o zpětně získaných částkách) a rovněž 
o částkách, které by měly být získány zpět, a částkách, jež již není možné získat zpět34. 
32 Čl. 78 odst. 3 finančního nařízení.
33 Bod odůvodnění 65, články 61 a 70 nařízení (ES) č. 1083/2006.
34 Článek 20 nařízení (ES) č. 1828/2006 a pokyn certifikačním orgánům pro programové období 2007–2013 a zbytek programového 
období 2000–2006 k vykazování vyňatých částek, částek k inkasu a částek, o nichž se má za to, že je již nelze získat zpět, COCOF 
10/0002/02/EN, 17. března 2010.26
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
38.  Podle názoru Účetního dvora rovněž existuje riziko, že Komise míru zbyt -
kových chyb podhodnotí, pokud má pouze omezenou jistotu o spolehli -
vosti a přesnosti informací členského státu o finančních opravách. Souvisí 
to především s těmito skutečnostmi:
 — načasování: certifikační orgán vykazuje finanční opravy pro daný rok 
do konce března následujícího roku ( n+1 ). Ve stejné lhůtě musí ge -
nerální ředitelství předkládat své výroční zprávy o činnosti. Komise 
proto žádá certifikační orgány o poskytnutí předběžných informací 
o finančních opravách. Účetní dvůr se domnívá, že pro výpočet míry 
zbytkových chyb by se měly používat informace z minulé (závěreč -
né) zprávy. Lépe by to odpovídalo i období, pro něž se předpokláda -
ná míra chyb počítá a pro něž jsou k dispozici spolehlivé informace 
o provedených finančních opravách (konec roku n-1).
 — Dvojí zaúčtování: členské státy vykazují finanční opravy bez uvedení 
zdroje (tj. neuvádějí, zda vycházejí z vlastních kontrol provedených 
řídícími a certifikačními orgány nebo z auditů provedených auditní -
mi orgány). Generální ředitelství nicméně nejsou schopna izolovat 
vyňaté částky a částky, jež mají být získány zpět na základě (auditní) 
práce vnitrostátních auditních orgánů35. Komise proto není s to ově -
řit, zda auditní orgány předpokládané míry chyb snížily započtením 
finančních oprav provedených po certifikaci výdajů Komisi. Účetní 
dvůr zjistil několik případů, kdy Komise při výpočtu míry zbytko -
vých chyb zahrnula finanční opravy (vyňaté částky), které se týkaly 
výdajů, jejichž certifikaci členský stát stáhnul před vyhotovením 
vzorku, nebo kdy byly nesprávné výdaje ve vzorku chybně sníženy 
o finanční opravy.
 — Zahrnutí částek, jež mají být získány zpět: výpočet Komise zohled -
ňuje částky, jež mají být získány zpět a jako takové byly členskými 
státy vykázány. Tyto informace o finančních opravách jsou ze své 
podstaty nejisté, neboť vratky nebyly provedeny do konce roku n.35 Čl. 20 odst. 2 nařízení 
(ES) č. 1828/2006, příloha XI: 
Výroční výkaz specifikuje typy 
finančních oprav (tj. vyňaté 
a zpětné získané částky, 
částky, které mají být získány 
zpět, a částky, které již nelze 
získat zpět), ale nikoli jejich 
původ.27
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
 — Úpravy měr chyb v následujících letech bez odpovídajících úprav 
finančních oprav: auditní orgány navíc mohou své odhady chyb 
v následujících letech opravovat. K tomu může dojít, pokud chyba 
není vzhledem k dodatečným informacím získaným auditním or -
gánem po podání výroční kontrolní zprávy zachována (nebo je po -
souzena odlišně). Komise takto upravenou míru chyb zohlední, což 
povede ke snížení míry zbytkových chyb. Neověřuje však, zda jsou 
následně také opravovány finanční opravy provedené v souvislosti 
s nesrovnalostmi, na něž mohl již dříve upozornit certifikační orgán.
MÍRA ZBYTKOVÝCH CHYB MŮŽE BÝT V  ŘADĚ PŘÍPADŮ PODHODNOCENA
39.  Z analýzy Účetního dvora vyplývá, že u významného počtu operačních 
programů mohou být finanční opravy zohledněné při výpočtu míry 
zbytkových chyb nadhodnoceny (nebo alternativně že předpokláda -
ná míra chyb byla podhodnocena). V roce 2011 mělo 33 operačních 
programů z EFRR/FS a 22 operačních programů z ESF (v 11 členských 
státech) negativní  míru zbytkových chyb. Jinými slovy víceleté finanční 
opravy zohledňované Komisí při výpočtu míry zbytkových chyb operač -
ního programu byly vyšší než výdaje zatížené chybami (extrapolováno 
ze statisticky reprezentativní míry chyb vykázané vnitrostátním audit -
ním orgánem). V roce 2012 tomu tak bylo u 53 operačních programů 
z EFRR/FS v 16 členských státech36. Takový dopad se projevuje u všech 
programů z EFRR/FS a ESF, ale prokázat jej je možné pouze v případě 
operačních programů s negativní mírou zbytkových chyb.
40.  Účetní dvůr zdůrazňuje, že spolehlivost míry zbytkových chyb je dů -
ležitým prvkem postupu potvrzování věrohodnosti. V řadě případů se 
rozhodnutí Komise nevydat k operačnímu programu výhradu zdůvodňuje 
tím, že míra zbytkových chyb je pod 2% prahem významnosti (materia -
lity) (viz bod 10). V roce 2012 tomu tak bylo u 67 OP z EFRR/FS a 29 OP 
z ESF, k nimž nebyly vzneseny výhrady navzdory tomu, že potvrzená 
předpokládaná míra chyb se pohybovala nad 2 % (viz příloha III )37. 36 V roce 2012 Generální 
ředitelství pro regionální 
a městskou politiku již 
nezveřejnilo negativní 
údaje o mírách zbytkových 
chyb, ale stanovilo jejich 
hodnotu jako nulovou. 
Číselné údaje uváděné 
v této zprávě se vztahují 
k operačním programům, 
u nichž výpočet míry 
zbytkových chyb vedl podle 
informací zohledněných GŘ 
k negativnímu výsledku.
37 Včetně čtyř OP z ESF 
s předpokládanou mírou 
chyb nad 5 %, k nimž Komise 
nevydala výhradu a neuvedla 
důvod, proč tak neučinila (viz 
výroční zpráva za rok 2012, 
bod 6.38).28
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
OMEZENÉ VYUŽITÍ MOŽNOSTI UPLATNIT USTANOVENÍ „JEDNOTNÉHO 
AUDITU“ , ZPOŽDĚNÍ PŘI PŘIZNÁVÁNÍ STATUSU PODLE ČLÁNKU 73 
A PŘÍLEŽITOSTNÉ OPOMÍJENÍ POVINNOSTI STANOVIT MINIMÁLNÍ 
PODMÍNKY
OMEZENÉ VYUŽITÍ MOŽNOSTI PŘIZNAT STATUS PODLE ČLÁNKU 73 DO KONCE ROKU 2012
41.  K prosinci 2012 Komise přiznala podle článku 73 status 61 OP z 434 ve 12 
ze 27 členských států (viz tabulka ): 51 OP z EFRR v deseti členských stá -
tech a deseti OP z ESF v pěti členských státech.
42.  Jde o 14 % z 434 OP v programovém období 2007–2013. Podíl OP 
se statusem podle článku 73 je vyšší u OP z EFRR/FS (16 %) než u OP 
z EFS (9 %). Ke konci roku 2012 nebyl status podle článku 73 přiznán 
žádnému přeshraničnímu evropskému operačnímu programu územní 
spolupráce (ETC).
43.  Na těchto 61 OP spadajících pod článek 73 připadá v programovém ob -
dobí 2007–2013 rozpočet v celkové odhadované výši 75 839 milionů EUR 
(z hlediska financování evropských a národních veřejných a soukromých 
zdrojů). To je přibližně 16 % z celkové rozpočtu ve výši 490 654 milio -
nů EUR (viz tabulka  a příloha I ). Tento podíl je výrazně menší než podíl 
připadající na OP , k nimž Komise nevydala v roce 2012 žádnou výhradu 
(69 % celkového rozpočtu) (viz bod 26).
TABULKA
PROGRAMOVÉ OBDOBÍ 2007–2013: POČET OP Z  EFRR/FS A  ESF, U  NICHŽ SE UPLATŇUJE 
ČLÁNEK 73 (K 31.  PROSINCI  2012)
EFRS/FS ESF Celkem
Počet OP 317 117 434
— z toho se článek 73 uplatňuje u 51 10 61
— v % 16 % 9 % 14 %
Celkový rozpočet (v mil. EUR) 374 444 116 210 490 654
— z toho se článek 73 uplatňuje u 69 545 6 294 75 839
— v % 19 % 5 % 16 %29
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
PRVNÍ ROZHODNUTÍ PŘIZNAT OP STATUS PODLE ČLÁNKU 73 BYLA PŘIJATA V  BŘEZNU 2012
44.  Přiznání statusu podle článku 73 operačnímu programu se na dohledu 
Komise projeví od roku následujícího po zaslání vyrozumění o přiznání 
statusu až do uzávěrky programového období. Proto čím dříve v rámci 
programového období bude OP status „jednotného auditu“ přiznán, tím 
větší bude příslušný dopad.
45.  V plánu realizace článku 73 z roku Komise původně předpokládala, že 
první rozhodnutí podle článku 73 přijme v průběhu roku 201138. Tento 
plán se ukázal jako příliš ambiciózní:
 — Při prezentování robustních posouzení souladu Komisi se členské 
státy v roce 2009/2010 potýkaly u řady operačních programů s vý -
raznými obtížemi, což vedlo ke zpožděním při přijímání těchto do -
kumentů Komisí39. Členské státy a Komise tento postup v prvních 
letech programového období 2007–2013 upřednostňovaly.
 — U velkého počtu auditních orgánů se navíc audity operací prováděly 
do roku 2009/2010 a výsledky těchto auditů byly vykázány ve výroč -
ních kontrolních zprávách za rok 2010. Komise však nepovažovala 
první vykázané míry chyb za dostatečně robustní, aby na jejich 
základě mohla posoudit, zda lze operačním programům přiznat 
status podle článku 73 (viz bod 35).
46.  Status podle článku 73 byl prvním operačním programům přiznán v břez -
nu 2012 poté, kdy auditní orgány podaly své výroční kontrolní zprávy za 
rok 2011. Model „jednotného auditu“ byl tedy poprvé použit až v šestém 
roce programového období 2007–2013. Tento příklad názorně dokládá 
obtíže s účinným uplatňováním článku 73 podle nařízení.38 Evropská komise, 
Generální ředitelství pro 
zaměstnanost, sociální 
věci a sociální začleňování, 
Plán implementace 
a monitorování správné 
implementace zásady 
„jednotného auditu“ (konečná 
verze dohodnutá s GŘ 
pro regionální a městskou 
politiku), 13. 10. 2010.
39 Kapitola 4, body 4.14  
a 4.27 výroční zprávy za 
rok 2009; kapitola 4, bod 4.42 
výroční zprávy za rok 2010.30
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ÚČETNÍ DVŮR TESTOVAL PODMÍNKY PRO UPLATNĚNÍ ČLÁNKU 73
47.  Na základě ustanovení článku 73 nařízení a s ohledem na hlavní pod -
mínky uvedené v interních pravidlech Komise z roku 2010 a roku 2012 
(viz body 15 a 17) má Účetní dvůr za to, že aby se na operační program 
mohl vztáhnout článek 73, musí tento OP splňovat níže uvedené mini -
mální požadavky:
 — Komise musí přijmout auditní strategii a posouzení souladu.
 — Vnitřní kontroly operačního programu musí fungovat účinně, a ze -
jména víceletá míra zbytkových chyb musí být pod Komisí stano -
veným 2% prahem významnosti (materiality).
 — Je nutno zvážit výsledky auditů Účetního dvora, zejména v přípa -
dech, kdy byly ve vnitřních kontrolách operačního programu zjiš -
těny významné nedostatky.
 — Auditní orgán musí být posouzen jako „účinný“.
48.  Z ověřování provedeného Účetním dvorem celkově vyplynulo, že všechny 
tyto podmínky splňovalo 46 z 61 operačních programů, u nichž se uplat -
ňuje článek 73 (viz rámeček 6 ). Na tyto operační programy dohromady 
připadají přibližně tři čtvrtiny celkového rozpočtu všech operačních pro -
gramů spadajících pod článek 73.31
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
RÁMEČEK 6
PŘEHLED VÝSLEDKŮ TESTŮ SPLNĚNÍ PODMÍNEK PODLE ČLÁNKU 73 PROVÁDĚNÝCH 
ÚČETNÍM DVOREM (2012)
Účetní dvůr zjistil, že Komise schválila auditní strategii auditních orgánů a dokumentaci k posouzení souladu 
(zprávu a výrok) všech 61 operačních programů, u nichž se uplatňuje článek 73, většinou v letech 2008 a 2009.
U řady OP však testy ukazují, že další podmínky pro přiznání statusu podle článku 73 splněny nebyly:
a) nedostatečné informace o tom, zda vnitřní kontroly operačních programů fungují řádně. Účetní dvůr ze -
jména zjistil, že:
 —Komise u deseti OP z ERDF a ESF v roce 2011 a 15 OP v roce 2012 potvrdila předpokládanou míru chyb, 
která se pohybovala nad 2% prahem významnosti (materiality). V těchto případech měl být status podle 
článku 73 přiznán, pouze pokud se současně míra zbytkových chyb každého z příslušných OP pohybo -
vala pod 2 %40. U šesti operačních programů z ERDF bylo tohoto cílo dosaženo jedině proto, že Komise 
je při výpočtu míry zbytkových chyb počítala dohromady. Status podle článku 73 se však má přiznávat 
konkrétním operačním programům, nikoliv skupině programů. Účetní dvůr se tedy domnívá, že Komise 
tímto způsobem nemůže kombinovanou míru zbytkových chyb využívat,
 —k jinému OP z ERDF vydala Komise v březnu 2012 částečnou výhradu. V listopadu 2012 usoudila, že 
příslušná nápravná opatření byla přijata a výhrada má být zrušena. Současně byl tomuto OP přiznán 
status podle článku 73, a to před provedením kontrol pro výroční kontrolní zprávu za rok 2012, která 
byla předložena krátce poté,
b) míra chyb vykázaná auditním orgánem nebyla statisticky reprezentativní, a Komise tedy neměla dostatečně 
robustní východisko, na jehož základě by mohla rozhodnout, zda má přiznat status podle článku 73:
 —podle nařízení musí být velikost vzorku natolik dostatečná, aby auditnímu orgánu umožňovala vyvodit 
platné závěry o účinném fungování systému. U jednoho OP z ERDF a dvou z ESF vybraly auditní orgány 
vzorek v souladu s pokyny Komise. Vzorek byl však příliš malý a neumožňoval projekci míry chyb na 
základní soubor jako celek. Nelze se tedy domnívat, že míry chyb vykázané auditními orgány jsou pro 
zkoumané operační programy (nebo skupinu OP) reprezentativní, a není proto možné vyslovit závěr 
o účinném fungování řídicích a kontrolních systémů operačního programu,
 —u dvou OP z ERDF základní soubor pro výběr vzorku pro audity operací za rok 2012, použitý pro výběr 
vzorku v březnu 2012, neobsahoval projekty odpovídající přinejmenším čtvrtině výdajů certifikovaných 
Komisi. Když Komise v červnu 2012 přiznávala status podle článku 73, nebyla si vědoma skutečnosti, že 
auditní orgán zvolil metodu výběru vzorku, která je v rozporu s nařízením,
40 V zásadě by se obě míry měly pohybovat pod 2% prahem významnosti (materiality) (viz rámeček 2). Tento požadavek je však důležitější 
v případě míry zbytkových chyb, která zohledňuje předpokládané míry chyb a víceleté finanční opravy od začátku programového období 
(viz body 35–40). Pokud je tato míra nad 2% prahem významnosti (materiality), znamená to, že vnitřní kontroly nejsou při zjišťování 
a opravování nesrovnalostí dostatečně účinné.32
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
 —u jednoho OP z ESF v souladu s pokyny Komise pro velmi malé OP vybraly auditní orgány za rok 2011 
vzorek pouze dvou operací41. Tuto míru chyb opět nelze považovat za reprezentativní.
c) Účetní dvůr při svých auditech operací zjistil ve vnitřních kontrolách OP nedostatky42. Bylo tomu tak i u dvou 
OP , u nichž se uplatňoval článek 73,
d) dva z pěti auditních orgánů odpovědných za OP spadající pod článek 73 Účetní dvůr posoudil jako částečně 
účinné43. 
41 Spolufinancování EU u tohoto programu přesáhlo 40 % celkových veřejných výdajů. Komise proto nemohla uplatnit článek 74 nařízení 
Rady č. 1083/2006 o proporcionálních kontrolních opatřeních, která by umožnila spolehnout se na práci auditního orgánu tohoto 
operačního programu (viz příloha IV ). 
42 Vzorek OP , který Účetní dvůr od roku 2009 kontroloval v rámci auditů k prohlášení o věrohodnosti, zahrnoval 16 z 51 OP z EFRR se 
statusem podle článku 73 a 2 z 10 OP z ESF se statusem podle článku 73.
43 Do konce roku 2012 odpovídalo za audit OP spadajících pod článek 73 celkem 21 auditních orgánů, z toho pět zkoumal mezi lety 
2010 a 2012 i Účetní dvůr: Belgie (valonský region) - Cellule Audit de l‘Inspection des finances pour les  fonds européens  (CAIF); Španělsko – 
Intervención General de la Administración del Estado  (IGAE); Malta – Oddělení interního auditu a vyšetřování (IAID); Polsko – Generalny 
Inspektor Kontroli Skarbowej; Portugalsko – Inspeção-Geral de Finanças (IGF) .RÁMEČEK 633
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
MONITOROVACÍ MECHANISMY PRO OP , U  NICHŽ SE UPLATŇUJE 
ČLÁNEK 73, JE NUTNO POSÍLIT A  STATUS „JEDNOTNÉHO AUDITU“ 
BY MĚL BÝT ODEJMUT, POKUD OP NADÁLE NEPLNÍ MINIMÁLNÍ 
POŽADAVKY
KONCEPCE KOMISE PRO MONITOROVÁNÍ BYLA VYTVOŘENA AŽ V  ROCE 2010
49.  U OP , u nichž se uplatňuje článek 73, se Komise v zásadě spoléhá na 
auditní výroky vydané auditním orgánem. Aby tento systém fungoval, 
Komise si musí být jistá, že kvalita práce příslušného auditního orgánu 
setrvává na požadované úrovni a že informace o předpokládané míře 
chyb a finančních opravách operačních programů jsou spolehlivé.
50.  V roce 2010 Komise formulovala svou strategii pro monitorování au -
ditních orgánů v plánu realizace článku 7344. Generální ředitelství pro 
regionální a městskou politiku a Generání ředitelství pro zaměstnanost, 
sociální věci a sociální začleňování se dohodla
 — provést dokumentární přezkum výročních kontrolních zpráv, audit -
ních výroků a auditů systémů předložených pro každý OP , u něhož 
se uplatňuje článek 73 (jako u každého jiného OP),
 — udržovat blízké bilaterální kontakty se všemi auditními orgány for -
mou setkání a společných auditů (nebo jako pozorovatelé zastupu -
jící Komisi na auditech, za něž odpovídá vnitrostátní auditní orgán).
51.  Mezinárodní auditorské standardy (ISA) o využívání práce jiných audito -
rů uvádí, že pokud se Komise spoléhá na práci auditních orgánů, měla 
by provádět přezkum jejich pracovní dokumentace. ISA navíc vyžadují 
opakované provedení některých auditních prací45. 44 Evropská komise, 
Generální ředitelství pro 
zaměstnanost, sociální 
věci a sociální začleňování, 
Plán implementace 
a monitorování správné 
implementace zásady 
„jednotného auditu“ (konečná 
verze dohodnutá s GŘ 
pro regionální a městskou 
politiku), 13.10. 2010.
45 ISA 600 „Zvláštní 
aspekty – audity účetních 
závěrek skupiny (včetně 
prací provedených auditory 
složek)“, ISA 315 „Znalost 
účetní jednotky a jejího 
prostředí a vyhodnocení 
rizik výskytu významné 
nesprávnosti“ a ISA 610 
(revidovaný) „Posuzování 
práce interního auditora“ 
(http://www.ifac.org ).34
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
46 U OP , u nichž se uplatňuje 
článek 73, již Komise nemá 
v úmyslu provádět vlastní 
prověrku vnitrostátních 
řídících a certifikačních 
orgánů. Místo toho se 
spolehne na audity systémů 
provedené auditním 
orgánem. Podobně již 
nebude provádět vlastní 
prověrky auditních orgánů, 
ani vlastní audity operací na 
místě.
47 Evropská komise, 
Plán implementace 
a monitorování správné 
implementace zásady 
„jednotného auditu“ – 
aktualizovaná verze ze  
13. 10. 2010, 26. 9. 2013.
48 Podle plánu realizace 
článku 73 by Komise mohla: 
uložit auditnímu orgánu 
akční plán; provádět audity 
systémů, aby ověřila míru 
nesouladu systémů a audity 
operací s cílem změřit dopad 
nedostatků; přerušit či 
pozastavit platby do OP nebo 
uplatnit finanční opravy.52.  Plán realizace článku 73 se však těmito aspekty nezabývá. K přezkumům 
pracovní dokumentace a opakovanému provádění kontrol by se mělo 
přistupovat pouze v případě vzniku pochybností o přesnosti informací 
předložených auditními orgány46. Vzhledem k tomu, že výroční kontrolní 
zprávy se mají podávat do konce roku a že Komise se snaží posoudit je -
jich spolehlivost do dvou měsíců, má Účetní dvůr za to, že Komise nemá 
dost času tento úkol vhodným způsobem provést (viz bod 32–34). Účetní 
dvůr se rovněž domnívá, že tato skutečnost omezuje míru jistoty, kterou 
může Komise z informací vykázaných auditními orgány vyvodit.
53.  Účetní dvůr upozorňuje, že v září 2013 přijala Komise aktualizovaný plán 
realizace s modifikovanými ustanoveními o monitorování operačních 
programů, u nichž se uplatňuje článek 7347. 
KOMISE ZAHÁJILA NÁPRAVNÁ OPATŘENÍ U  TŘÍ AUDITNÍCH ORGÁNŮ ODPOVĚDNÝCH ZA 
ČTYŘI OP , U  NICHŽ SE UPLATŇUJE ČLÁNEK 73
54.  Komise může kdykoliv rozhodnout status jednotného auditu přiznaný 
operačnímu programu pozastavit či odejmout (viz bod 19). Jak se uvádí 
v plánu realizace článku 73 z roku 2010, může se tak stát zejména v přípa -
dě, kdy by byly v práci vnitrostátních auditních orgánů zjištěny význam -
né nedostatky anebo by se míra zbytkových chyb zvýšila nad 2% práh 
významnosti (materiality).
55.  V roce 2013 Komise při prověrce výročních kontrolních zpráv za rok 2012 
poprvé ověřovala, zda jsou i nadále plněny podmínky pro přiznání sta -
tusu podle článku 73 u OP (a jejich auditních orgánů), jimž byl přiznán 
status „jednotného auditu“ v roce 2012. Účetní dvůr podotýká, že Komise 
zahájila vhodná nápravná opatření u tří auditních orgánů odpovědných 
za čtyři OP z EFRR, v souvislosti s nimiž Účetní dvůr ve své zprávě uve -
dl, že ke konci roku 2012 již podmínky „jednotného auditu“ nesplňují 
(viz bod 48 a  rámeček 6 )48. 35
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ČLÁNEK 73 JE ZVLÁŠTĚ RELEVANTNÍ PRO UZÁVĚRKU PROGRAMŮ PLÁNOVANOU NA 
ROK 2017
56.  Koncepce „jednotného auditu“ bude relevantní i pro uzávěrku progra -
mového období 2007–2013. Auditní orgány budou muset do konce 
roku 2015 předložit výroční kontrolní zprávy a nejpozději do 31. břez -
na 2017 připravit prohlášení o uzavření programu, podložené závěreč -
nou kontrolní zprávou (viz příloha II ). Pokud byl operačnímu programu 
přiznán status podle článku 73, Komise bude schopna z práce auditního 
orgánu vyvodit jistotu, že konečná platba je legální a správná, aniž by 
prováděla vlastní podrobné kontroly. Účetní dvůr se proto domnívá, že 
aby uzávěrka programu (která závisí na kvalitě informací poskytnutých 
auditními orgány) byla účinná, Komise bude muset do té doby vyvinout 
dostatečně robustní systém monitorování práce auditních orgánů.
ZAJISTILA KOMISE JEDNOTNOST AUDITNÍ 
KONCEPCE U  VŠECH OP POMOCÍ POKYNŮ 
A PODPORY AUDITNÍM ORGÁNŮM?
57.  Model „jednotného auditu“ lze účinně zavést pouze tehdy, pokud auditní 
orgány budou používat jednotnou koncepci auditu umožňující srovnání 
výsledků auditů mezi členskými státy, fondy, operačními programy a v čase. 
Účetní dvůr ověřoval, zda Komise:
 — v souladu s nařízeními poskytla auditním orgánům vhodné meto -
dické pokyny k jejich práci49, 
 — podporovala výměnu osvědčených postupů mezi auditními orgány,
 — organizovala školení a vzdělávací činnosti související se specifickými 
potřebami auditních orgánů.
 V tomto kontextu se Účetní dvůr rovněž dotazoval, jak auditní orgány 
vnímají úsilí Komise v oblasti budování kapacit.49 Čl. 73 odst. 1 nařízení 
(ES) č. 1083/2006.36
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ZLEPŠENÍ METODICKÝCH POKYNŮ KOMISE PRO AUDITNÍ ORGÁNY OD 
ZAČÁTKU PROGRAMOVÉHO OBDOBÍ
NAŘÍZENÍ JSOU V  POŽADAVCÍCH NA METODIKU NEJEDNOTNÁ
58.  Auditní orgány musí při své auditní práci zohledňovat mezinárodně 
přijímané auditorské standardy (IAAS)50. Nařízení konkrétně odkazují na 
ISA, profesní standardy vydávané Institutem interních auditorů a audi -
torské standardy organizace INTOSAI. Účetní dvůr upozorňuje, že tyto 
standardy, i když se do určité míry podobají, nejsou totožné. Nařízení 
navíc formálně nestanoví auditním orgánům povinnost standardy IAAS 
dodržovat. Pouze polovina respondentů (52 %) průzkumu provedeného 
Účetním dvorem se domnívala, že míra, v níž nařízení stanoví auditním 
orgánům požadavky na metodiku, je vhodná.
POKYNY POSKYTNUTÉ KOMISÍ
59.  Komise poskytuje auditním orgánům dodatečné materiály pro podporu 
jejich operační činnosti. Tato podpora má obvykle podobu tzv. prová -
děcích pokynů výboru pro koordinaci fondů (COCOF) (viz rámeček 7 ).
RÁMEČEK 7
PROVÁDĚCÍ POKYNY SCHVÁLENÉ VÝBOREM PRO KOORDINACI FONDŮ (COCOF)
Výbor pro koordinaci fondů (COCOF) je výbor zástupců členských států zřízený podle článku 103 nařízení 
(ES) č. 1083/2006, který poskytuje Komisi poradenství v oblasti plnění EFRR, ESF a FS. Komise předsedá zasedáním 
výboru COCOF a zajišťuje mu sekretariát.
Výbor COCOF hraje důležitou roli, pokud jde o vztahy k pokynům Komise ohledně všech metodologických 
a technických aspektů, které nařízení nespecifikují. Komise o návrzích verzí prováděcích pokynů před jejich 
finalizací a vydáním diskutuje s výborem COCOF.
Pokyny slouží jako doporučení s praktickými příklady a informacemi a nejsou právně závazné či jakkoliv omezující. 
Všechny prováděcí pokyny obsahují upozornění o vyloučení právní odpovědnosti.50 Čl. 62 odst. 2 nařízení (ES) 
č. 1083/2006 a příloha V  
nařízení (ES) č. 1828/2006.37
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
NĚKTERÉ POKYNY AUDITNÍM ORGÁNŮM BYLY VYDÁNY POZDĚ
60.  Z výsledků průzkumu Účetního dvora vyplynulo, že většina respondentů 
se domnívá, že část pokynů nebyla poskytnuta ve vhodnou dobu. Podle 
15 % auditních orgánů byly pokyny obecně poskytovány pozdě a podle 
58 % auditních orgánů částečně pozdě.
61.  Na základě průzkumu a pohovorů s vedoucími představiteli auditních 
orgánů bylo zjištěno, že ke zpoždění došlo především u záležitostí, jimiž 
se zabývají následující pokyny výboru COCOF a jinými prováděcími po -
kyny: koncepce modelového auditu pro nástroje finančního inženýrství 
vydaná v červenci 2011 a nakládání s chybami zveřejněnými ve výroční 
kontrolní zprávě (vydáno v prosinci 2011). Poslední uvedený prováděcí 
pokyn navíc Komise při posuzování práce auditních orgánů uplatňovala 
retroaktivně (viz rámeček 8 ).
62.  Účetní dvůr rovněž zaznamenal případy „dobré praxe“, kdy byly pokyny 
poskytnuty včas. To byl především případ pokynů výboru COCOF ke spo -
lečné metodice pro posuzování řídicích a kontrolních systémů v člen -
ských státech, auditní strategie a posuzování souladu51. 
RÁMEČEK 8
RETROAKTIVNÍ UPLATŇOVÁNÍ PROVÁDĚCÍCH POKYNŮ VÝBORU COCOF KOMISÍ
Prováděcí pokyny výboru COCOF k nakládání s chybami zveřejněnými ve výroční kontrolní zprávě, vydané v pro -
sinci 2011, byly uplatněny retroaktivně na výroční kontrolní zprávy za rok 2011 předložené auditními orgány 
v témže měsíci.
Opravy výročních kontrolních zpráv, jež Komise po auditních orgánech požadovala s cílem zajistit soulad s pří -
slušným prováděcím pokynem, vedly k duplikaci práce a dalším zpožděním při prezentaci závěrečných verzí 
výročních kontrolních zpráv.51 Pokyny ke společné 
metodice posuzování 
řídicích a kontrolních 
systémů v členských státech 
(programové období 2007–
2013), COCOF 08/0019/01, 
6. 6. 2008; prováděcí pokyn 
ke strategii auditu (podle 
článku 62 nařízení (EC) 
č. 1083/2006), COCOF 
07/0038/01,  
6. 8. 2007; prováděcí 
pokyn k posuzování 
souladu (podle článku 71 
nařízení (ES) č. 1083/2006), 
COCOF 07/0039/01,  
6. 8. 2007.38
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
VÝZNAMNÝ POKROK OD ZAČÁTKU PROGRAMOVÉHO OBDOBÍ PŘI POSKYTOVÁNÍ 
UCELENÝCH A  JASNÝCH MATERIÁLŮ S  POKYNY
63.  Účetní dvůr zjistil, že prováděcí pokyny výboru COCOF jako celek po -
krývají širokou řadu problémů, které jsou pro práci auditních orgánů 
relevantní. Průzkum rovněž ukazuje, že většina respondentů se domnívá, 
že soubor prováděcích pokynů je ucelený (75 %), a že Komise poskytuje 
pokyny ve vhodné míře (60 %).
64.  Pokyny Komise jsou všeobecně přijímány a auditní orgány k nim při své 
práci přihlížejí, přestože jsou nezávazné povahy. V průzkumu Účetního 
dvora více než 90 % auditních orgánů uvedlo, že se prováděcími poky -
ny výboru COCOF řídí v jejich úplnosti (nebo s určitými výjimkami). To 
potvrdily i pohovory s vedoucími auditních orgánů.
65.  Účetní dvůr se v zásadě domnívá, že Komise učinila od začátku progra -
mového období významný pokrok, pokud jde o poskytování materiálů 
s pokyny. Jednotnost koncepcí a metodik auditních orgánů se díky těmto 
materiálům zlepšila. Konkrétně v dubnu 2013 vydala Komise výrazně 
přepracované pokyny pro statistický výběr vzorků52. Od roku 2013 budou 
auditní orgány povinny tyto pokyny uplatňovat, což by jim mělo pomoci 
řešit v tomto ohledu dříve zjišťované nedostatky (viz rámeček 4 ).
KONKRÉTNÍ NEDOSTATKY ZJIŠTĚNÉ VE VZTAHU K  POKYNŮM KOMISE K  VÝROČNÍM 
KONTROLNÍM ZPRÁVÁM
66.  Co se týče ustanovení o výročních kontrolních zprávách a auditních sta -
noviscích v nařízeních, má Účetní dvůr za to, že Komise musí své pokyny 
vyjasnit, aby informace vykazované auditními orgány mohly být účinně 
kontrolovány (viz body 32–34)53. Týká se to zejména:
 — informací o tom, které operace (tj. projekty nebo žádosti o platby 
a vykázané částky) byly zahrnuty do vzorku kontrolovaného audit -
ním orgánem. Komisi to umožní pochopit, na jakém základě byla 
míra chyb vykázaná ve výroční kontrolní zprávě vypočítána,52 Pokyny k metodám výběru 
vzorku, COCOF 08/0021/03,  
4. 4. 2013.
53 Prováděcí pokyn 
k výročním kontrolním 
zprávám a výrokům, 
COCOF 09/0004/01); 
viz také příloha VI nařízení 
(ES) č. 1828/2006.39
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
 — podrobných údajů týkajících se zjištěných chyb (tj. informace o ope -
racích zatížených chybami a částce zatížené chybami). Na základě 
těchto informací by Komise mohla účinněji zkontrolovat přesnost 
a spolehlivost míry chyb vykázané ve výroční kontrolní zprávě,
 — zveřejnění víceletého posouzení fungování vnitřních kontrol pro -
vedeného auditním orgánem spíše než aktuálního přehledu auditů 
prováděných v průběhu období, k němuž se vztahuje výroční kon-
trolní zpráva. Toto posouzení by mohlo být lepším východiskem při 
hodnocení toho, zda byla přijata vhodná nápravná opatření a zda 
je auditní strategii auditního orgánu nutno upravit,
 — informací o událostech, které se udály po uplynutí období, k němuž 
se vztahuje výroční kontrolní zpráva (což by mohlo vést k jinému 
posouzení účinnosti vnitřních kontrol). Komise zatím neposkytla 
pokyny k tomu, které případy, jež mohou mít dopad na povinnos -
ti auditního orgánu vydat auditní výrok s výhradou (nebo zápor -
ný výrok), mají být uvedeny ve výroční kontrolní zprávě (a jakým 
způsobem). Tyto skutečnosti v současné době vykazuje jen několik 
auditních orgánů.
67.  Z analýzy Účetního dvora rovněž vyplynulo, že řada ustanovení v na -
řízeních (nebo v prováděcích pokynech výboru COCOF), jež se týkají 
auditního výroku, se liší od specifických požadavků v ISA. Tak je tomu 
například v případě formulace znění (a typů) auditních výroků, které se 
mají používat; období, k němuž se výroky vztahují; rozdílů v terminologii 
nařízení a standardů Mezinárodní federace účetních (IFAC); neoprave -
ných mylných sdělení a vyjasnění povinností vedení a auditorů v audit -
ním výroku.
KOMISE PODPORUJE VÝMĚNU OSVĚDČENÝCH POSTUPŮ MEZI 
AUDITNÍMI ORGÁNY
68.  Nařízení stanoví, že Komise a auditní orgány se pravidelně setkávájí 
a ales poň jednou ročně prověří výroční kontrolní zprávy a auditní výroky 
a vymění si názory na další otázky související s řízením a kontrolou ope -
račních programů54. Komise rovněž organizuje technická setkání ad hoc 
a výroční setkání tzv. partnerské skupiny ( Homologues Group )55. 54 Čl. 73 odst. 1) nařízení 
(ES) č. 1083/2006.
55 Partnerská skupina 
(Homologues Group)  je 
neformální pracovní 
skupina složená ze zástupců 
vnitrostátních auditních 
orgánů a auditních 
ředitelství: GŘ pro regionální 
a městskou politiku, GŘ 
pro zaměstnanost, sociální 
věci a sociální začleňování 
a GŘ pro námořní záležitosti 
a rybolov.40
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
69.  Auditní orgány jsou s činnostmi Komise v oblasti budování kapacit a pod -
pory obecně spokojeny. 68 % repondentů průzkumu Účetního dvora má 
za to, že Komise auditní orgány v jejich činnosti účinně podporuje. Prů -
zkum a pohovory s vedoucími auditních orgánů však indikují v některých 
oblastech potřebu větší podpory Komise. Například jsou k dispozici pou -
ze omezené informace, na jejichž základě lze srovnávat auditní orgány 
z hlediska jejich organizačního uspořádání, podle jim přidělených zdrojů 
na jejich různé činnosti a podle osvědčených postupů, které některé 
z nich zavedly. V roce 2012 zřídilo Generální ředitelství pro regionální 
a městskou politiku zvláštní kompetenční centrum pro budování správ -
ních kapacit56. 
KOMISE PODPORUJE AUDITNÍ ORGÁNY FORMOU SPECIALIZOVANÝCH 
ŠKOLENÍ
70.  Komise organizovala pro auditní orgány školení a vzdělávací aktivity 
a touto formou poskytuje další pokyny a propaguje osvědčené postupy. 
Tato školení, která většinou probíhala v rané fázi programového období, 
se zaměřovala na konkrétní problémy (například na změny regulačního 
rámce, posouzení souladu, zadávání veřejných zakázek, výroční kontrolní 
zprávy a auditní výroky).
71.  Účetní dvůr odhaduje, že celkově se v kontrolovaném období školení 
tohoto druhu zúčastnila pětina všech zaměstnanců auditních orgánů. 
Vysoké míry účasti byly zjištěny zejména v Bulharsku, České republice, 
Polsku, Rumunsku, Slovensku a Španělsku.
72.  V průzkumu Účetního dvora byla školení Komise (která jsou nabízena 
nad rámec školení organizovaných na národní úrovni) hodnocena velmi 
pozitivně. Třetina respondentů navíc uvedla, že si přeje, aby Komise or -
ganizovala více školení (a častěji). To při pohovorech potvrdili i zástupci 
auditních orgánů.56 Evropská komise, GŘ 
pro regionální a městskou 
politiku, absolutorium 
2011 – odpovědi EP pro 
komisaře Hahna na slyšení 
ze dne 18. prosince 2012, 
otázka 10, s. 8.41
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
JAKÉ JSOU NÁKLADY NA AUDITNÍ MECHANISMY 
ZAVEDENÉ V  PROGRAMOVÉM OBDOBÍ 2007–2013?
73.  Cílem koncepce „jednotného auditu“ je předcházet duplikaci kontrolní 
práce a rovněž snižovat celkové náklady na kontroly a audity na úrovni 
členských států a Komise a administrativní zátěž kontrolovaných subjektů 
(viz bod 11).
74.  Podle informací předložených Komisí v roce 2011 připadá na celkové 
správní náklady na plnění operačních programů v programovém období 
2007–2013 3,2 % celkového rozpočtu57. Podle těchto informací předsta -
vují náklady na kontroly v poměru k činnostem souvisejícím s ověřová -
ním, certifikací a auditem prováděným vnitrostátními auditními orgány 
0,9 % celkového rozpočtu (tj. méně než 30 % celkových správních nákla -
dů). Přibližně jedna pětina nákladů na kontroly se týká auditu programů 
(tj. práce vnitrostátních auditních orgánů).
75.  V souladu s článkem 46 nařízení (ES) č. 1083/2006 se z rozpočtu EU po -
skytuje technická pomoc členským státům (ve většině případů až 4 % 
prostředků celkově alokovaných z fondů na operační programy). Účetní 
dvůr podotýká, že náklady na kontroly jsou způsobilé v rámci technické 
pomoci.
76.  Na základě informací poskytnutých auditními orgány v roce 2012 (a zno -
vu potvrzených v roce 2013) Účetní dvůr odhaduje, že celkové náklady 
na provoz 112 auditních orgánů se mezi lety 2010 a 2012 zvýšily ze 
110 milionů EUR na 130 milionů EUR ročně. Celkové náklady auditních 
orgánů na kontroly za celé programové období činí přibližně 860 mili -
onů EUR. Tento údaj odpovídá 0,2 % celkového rozpočtu pro EFRR/FS 
a ESF a obecně koresponduje s vlastním odhadem Komise58. 57 SEC(2011) 1141 
v konečném znění 
z 6. října 2011: posouzení 
dopadu legislativních 
návrhů Komise na období 
2014–2020 zahrnovalo 
posouzení celkových „nákladů 
na kontroly“ v programovém 
období 2007–2013 na základě 
studie provedené v roce 2010 
v oblasti správní zátěže 
a nákladů plnění EFRR a FS.
58 V roce 2011 kontaktní 
výbor nejvyšších kontrolních 
institucí (NKI) EU předložil 
na základě souběžného 
auditu zprávu o celkových 
nákladech na kontroly 
v oblasti soudržnosti. Tato 
zpráva analyzuje náklady na 
správu a kontrolu řídících, 
certifikačních a auditních 
orgánů za první tři roky 
běžného programového 
období (2007–2009) na 
základě vzorku 34 OP z EFRR/
FS a 7 OP z ESF (viz http://eca.
europa.eu/portal/pls/portal/
docs/1/11370726.PDF ).42
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
77.  Auditní orgány zaměstnávají na plný úvazek přibližně 2 600 osob. Z ana -
lýzy údajů z průzkumu provedeného Účetním dvorem rovněž vyplývá, 
že pracovní zátěž se v běžném programovém období zvýšila: mezi lety 
2010 a 2012 počet zaměstnanců vzrostl o přibližně 10 %. Podle pohovorů 
s vedoucími auditních orgánů lze tento nárůst přičíst především doda -
tečné práci, kterou orgány provádějí při auditech operací od roku 2010, 
a většímu využívání statisticky reprezentativních (a proto větších) vzorků.
78.  V programovém období 2014–2020 získají auditní orgány v rámci systémů 
vnitřní kontroly operačního programu další povinnosti59. Od auditních 
orgánů se očekává, že budou:
 — prověřovat výroční prohlášení vedení řídícího orgánu (včetně shr -
nutí jeho kontrol) a vydávat výrok o tom, zda je účetní závěrka 
vypracovaná certifikačním orgánem úplná, přesná a věrná,
 — vydávat výroky k řádnému finančnímu řízení každého operačního 
programu.
 Tyto dodatečné povinnosti jsou rovněž konkrétně uvedeny ve finančních 
nařízeních pro období od roku 2014 a náklady na kontroly dále zvýší. 
Účetní dvůr v tomto ohledu upozorňuje, že systémy vnitřní kontroly 
vyžadují vhodnou rovnováhu mezi náklady na kontrolu konkrétní roz -
počtové oblasti a přínosy těchto kontrol z hlediska omezení rizika ztráty 
a nesrovnalosti na přijatelnou úroveň.59 Evropská komise, návrh 
nařízení Evropského 
parlamentu a Rady 
o společných ustanoveních 
ohledně Evropského fondu 
pro regionální rozvoj, 
Evropského sociálního 
fondu, Fondu soudržnosti, 
Evropského zemědělského 
fondu pro rozvoj venkova 
a Evropského námořního 
a rybářského fondu, 
jichž se týká společný 
strategický rámec, 
o obecných ustanoveních 
ohledně Evropského fondu 
pro regionální rozvoj, 
Evropského sociálního 
fondu a Fondu soudržnosti 
a o zrušení nařízení 
Rady (ES) č. 1083/2006, 
KOM(2011) 615 
v konečném znění ze dne 
6. října 2011 (ve znění 
KOM(2012) 496 v konečném 
znění 11. září 2012); viz také 
stanovisko Evropského 
účetního dvora č. 7/2011 
(Úř. věst. C 47, 12.2.2012) 
a stanovisko č. 9/2012 
(Úř. věst. C 13, 16.1.2013, s.1).43
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
79.  V programovém období 2007–2013 posílily členské státy a Komise sy-
stémy vnitřní kontroly v oblasti soudržnosti mimo jiné i tím, že ustavily 
vnitrostátní auditní orgány jako dodatečnou úroveň vnitřní kontroly. Tyto 
auditní orgány Komise zajišťují lepší a ucelenější informace o legalitě 
a správnosti výdajů každého OP (nebo skupiny operačních programů).
80.  Komise zavedla systém pro odvozování jistoty o legalitě a správnosti vý -
dajů z EFRR/FS a ESF z práce vnitrostátních auditních orgánů. Koncepce 
tohoto systému je obecně v souladu se zásadami „jednotného auditu“ 
(single audit ) specifikovanými ve stanovisku Účetního dvora č. 2/2004. 
Účetní dvůr rovněž registruje úzkou spolupráci a zlepšení v podobě větší 
jednotnosti míry vnitřní kontroly u 434 OP z EFRR/FS a ESF ve 27 člen -
ských státech.
81.  Zásady „jednotného auditu“, jak je uvádí článek 73 nařízení (ES) č. 1083/2006, 
jsou nezbytným předpokladem účinnosti sdíleného řízení v oblasti sou -
držnosti: kontroly prováděné vnitrostátními auditními orgány musí být 
účinné a současně musí prokazovat, že zavedené systémy řízení a vnitřní 
kontroly řádně fungují. Jinak řečeno, účinně musí fungovat nejen auditní 
orgán, ale všechny části systému vnitřní kontroly operačního programu.
82.  Shrnutí hlavních zjištění Účetního dvora:
VYUŽÍVALA KOMISE ŘÁDNĚ INFORMACÍ POSKYTNUTÝCH VNITROSTÁTNÍMI AUDITNÍMI 
ORGÁNY PŘI PŘIZNÁVÁNÍ STATUSU PODLE ČLÁNKU 73?
83.  Do konce roku 2012 získala Komise přiměřenou jistotu, že přibližně tři 
čtvrtiny (74 %) všech OP z EFRR/FS a ESF nejsou zatíženy významnou 
(materiální) mírou chyb, a k těmto operačním programům proto nebyly 
vydány žádné výhrady. Na tyto operační programy připadalo 69 % cel -
kového rozpočtu v oblasti politiky soudržnosti. Účetní dvůr však identi -
fikoval řadu rizik, která indikují, že posouzení Komise nemusí být v řadě 
případů dostatečně robustní:
 — zaprvé, z auditů Účetního dvora z uplynulých tří let vyplývá, že 
některé auditní orgány ve svých zprávách problémy podhodnocují 
a že vykazované míry chyb nejsou vždy spolehlivé,ZÁVĚRY A DOPORUČENÍ44
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
 — zadruhé, auditní orgány nejsou povinny podávat Komisi podrobné 
informace o svých auditech operací. Tím se snižuje možnost Komi -
se potvrdit platnosti výročních měr chyb vykazovaných auditními 
orgány,
 — zatřetí, Komise odkazuje na míru zbytkových chyb jako na jedno 
z kritérií při rozhodování, zda k operačnímu programu vydat či 
nevydat výhradu. Tato míra se vypočítává tak, že se od výročních 
měr chyb auditních orgánů (uplatněných u plateb provedených po 
zahájení programového období) odečtou víceleté finanční opravy 
uvalené na národní úrovni a na úrovni EU. Účetní dvůr nicméně po -
dotýká, že informace o finančních opravách vykazované členskými 
státy nemusí být vždy spolehlivé a přesné a že metoda výpočtu 
Komise vede k podhodnocení míry zbytkových chyb.
 Komise tak v důsledku toho může ve svých zprávách a výkazech urče -
ných Evropskému parlamentu a Radě tyto problémy podhodnocovat 
a nesprávně posuzovat kroky potřebné k dosažení výroku bez výhrad.ZÁVĚRY A DOPORUČENÍ
Komise by měla zajistit, aby její výpočet míry zbytkových chyb nepod -
hodnocoval, do jaké míry zůstávají výdaje stále zatíženy chybami. Ko -
mise by zejména měla posílit ověřování přesnosti a spolehlivosti měr 
chyb vykazovaných auditními orgány a informací členských států o fi -
nančních opravách vykázaných členskými státy, a to ještě před tím, než 
tyto prvky využije v rámci postupu potvrzování věrohodnosti.DOPORUČENÍ 1
V programovém období 2014–2020 by Komise měla zavést systém čis -
tých finančních oprav pro ty operační programy, u  nichž auditní orgány 
opakovaně ve svých zprávách problémy podhodnocují. Tento systém 
by měl vycházet z příslušných ustanovení daných nařízení.DOPORUČENÍ 245
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
84.  Účetní dvůr zjistil, že možností, které nabízí článek 73, se využívalo jen 
omezeně a že při přiznávání statusu „jednotného auditu“ operačním pro -
gramům docházelo ke zpožděním. Do konce roku 2012 byl status podle 
článku 73 přiznán 61 operačním programům z 434 ve 12 z 27 členských 
států. Na tyto operační programy připadá 15 % celkového rozpočtu na 
oblast soudržnosti. Komise nebyla až do šestého roku programového ob -
dobí 2007–2013 schopna přiznat status „jednotného auditu“ prvním ope -
račním programům. Tato situace (jež se podobá situaci u dohod o důvěře 
v přechozím programovém období) názorně dokládá, s jakými obtížemi 
se Komise při uplatňování článku 73 podle příslušných nařízení potýkala.
85.  Účetní dvůr dospěl k závěru, že minimální požadavky pro přiznání statusu 
„jednotného auditu“ dodrželo 46 z 61 operačních programů spadajících 
pod článek 73. Případy nedodržení požadavků se týkají především OP 
z EFRR, u nichž byl přiznán status podle článku 73 většímu podílu ope -
račních programů.
86.  Účetní dvůr rovněž dospěl k závěru, že koncepci Komise pro monitoro -
vání operačních programů, u nichž se uplatňuje článek 73, (a příslušných 
auditních orgánů) je nutno dále rozvinout a vyjasnit. To je důležité z hle -
diska role auditních orgánů při uzávěrce operačních programů, která je 
plánována na rok 2017.
Komise by měla při přiznávání statusu „jednotného auditu“ operačním 
programům vždy uplatňovat robustní, jednotná a  transparentní kritéria. 
Při přiznávání statusu podle článku 73 by měly být dodrženy především 
tyto minimální požadavky:
 — Komise musí schválit auditní strategii a posouzení souladu,
 — vnitřní kontroly OP musí fungovat účinně (a víceletá míra zbyt -
kových chyb musí být pod úrovní 2% prahu významnosti (mate -
riality) Komise),
 — při auditech prováděných Účetním dvorem by neměly být zjištěny 
významné nedostatky ve vnitřních kontrolách OP ,
 — auditní orgán musí být posouzen jako „účinný“.DOPORUČENÍ 346
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ZAJISTILA KOMISE JEDNOTNOU KONCEPCI AUDITU U  VŠECH OP V  OBLASTI SOUDRŽNOSTI 
POMOCÍ POKYNŮ A  PODPORY AUDITNÍM ORGÁNŮM?
87.  Účetní dvůr se domnívá, že Komise učinila od začátku programového 
období výrazný pokrok při poskytování materiálu s pokyny, které přispí -
vají k větší jednotnosti v koncepcích a metodikách auditních orgánů. 
Konkrétně v dubnu 2013 byl vydán revidovaný pokyn ke statistickému 
výběru vzorku a výpočtu míry chyb. Jde o podstatný prvek modelu „jed -
notného auditu“ Komise, který staví na auditních výrocích členských 
států vycházejících z kontrol reprezentativního vzorku operací. Účetní 
dvůr podotýká, že legislativní návrhy Komise pro programové období 
2014–2020 umožňují ošetřit tyto problémy v rámci sekundární legislativy.Komise by měla uvést své monitorovací činnosti u operačních programů 
se statusem podle článku 73 (a u  jejich příslušných auditních orgánů) 
do souladu s požadavky specifikovanými v mezinárodních auditorských 
standardech pro využití práce jiných auditorů. S cílem účinně realizovat 
model „jednotného auditu“ by Komise zejména měla i nadále u audit -
ních orgánů provádět alespoň minimální úroveň kontrol.
Komise by měla přijmout vhodná opatření, aby se auditní orgány mohly 
spoléhat na stabilní a závazný metodický rámec, který zajistí, že výdaje 
EU ve všech členských státech budou kontrolovány podle totožných 
standardů a že výsledky těchto kontrol budou přesně vykazovány. Jsou 
nutná další zlepšení, pokud jde o zveřejňování informací ve výročních 
kontrolních zprávách, rozsah a míru podrobnosti kontrol prováděných 
u auditů operací a  následnou kontrolu auditních zjištění (včetně finanč -
ních oprav prováděných orgány členských států).DOPORUČENÍ 4
DOPORUČENÍ 547
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
JAKÉ JSOU NÁKLADY NA AUDITNÍ MECHANISMY V  NAŘÍZENÍCH PŘIJATÝCH PRO 
PROGRAMOVÉ OBDOBÍ 2007–2013?
88.  Účetní dvůr na základě informací poskytnutých auditními orgány odha -
duje, že konkrétní roční náklady na kontroly auditních orgánů se pohy -
bují mezi 110 a 130 miliony EUR. To odpovídá 860 milionům EUR, tj. 0,2 % 
celkového rozpočtu (z hlediska financování z evropských a národních 
veřejných a soukromých zdrojů) všech operačních programů z EFRR, 
FS a ESF na programové období 2007–2013 jako celek. Tento odhad 
zhruba odpovídá prognóze Komise z roku 2011.
89.  Je pravděpodobné, že náklady na kontroly se v programovém období 
2014–2020 dále zvýší, neboť auditní orgány budou muset provádět další 
auditní a kontrolní úkoly. Jak je uvedeno ve stanovisku Účetního dvora 
č. 2/2004, je na Evropském parlamentu a Radě, aby uvážily, zda je takto 
významná míra nákladů na kontroly vhodná z hlediska dosažených vý -
sledků a jak by se o tyto náklady měly podělit členské státy a EU.
Tuto zprávu přijal senát III, jemuž předsedá Henri GRETHEN, člen Účetního 
dvora, v Lucemburku na svém zasedání dne 4. prosince 2013.
Za Účetní dvůr
předseda
Vítor Manuel da SILVA CALDEIRAKomise by měla v souvislosti s náklady na kontroly vzniklými v oblasti 
soudržnosti navrhnout mechanismy pro sdílení nákladů s členskými 
státy, a to na základě aktuálnějšího hodnocení nákladů skutečně vznik -
lých členským státům.DOPORUČENÍ 6
48
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
EFRR/FS A ESF – POČET OPERAČNÍCH PROGRAMŮ A CELKOVÝ ROZPOČET (FINANCOVÁNÍ 
Z EVROPSKÝCH A NÁRODNÍCH VEŘEJNÝCH A SOUKROMÝCH ZDROJŮ) NA PROGRAMOVÉ 
OBDOBÍ 2007–2013PŘÍLOHA I
Fond 
(v EUR)Počet 
OPFinancování (v EUR)
EU Národní veřejné zdroje Soukromé zdroje Rozpočet celkem
Částka Podíl Částka Podíl Částka Podíl Částka Podíl
EFRR a FS 317 270 082 228 706 72 % 89 061 973 572 24 % 15 299 962 682 4 % 374 444 164 960 100 %
ESF 117 76 633 843 842 66 % 35 847 172 433 31 % 3 728 924 055 3 % 116 209 940 330 100 %
Celkem 434 346 716 072 548 71 % 124 909 146 005 25 % 19 028 886 737 4 % 490 654 105 290 100 %49
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
POVINNOSTI AUDITNÍCH ORGÁNŮ PODLE NAŘÍZENÍ PŘÍLOHA II
Podle nařízení (ES) č. 1083/20061 odpovídají auditní orgány za:
a) posouzení popisu řídicích a kontrolních systémů navrhovaných pro každý OP a vyjádření 
stanoviska ohledně jeho souladu s nařízeními. Komise musí toto posouzení souladu 
schválit ještě před autorizací první průběžné platby2;
b) vývoj auditní strategie do devíti měsíců od schválení OP . Komise musí první auditní stra -
tegii schválit. Strategie musí být následně na žádost Komise každoročně aktualizována;
c) provádění auditů ex post s cílem ověřit účinnost fungování řídicích a kontrolních sy-
stémů OP a auditů operací, aby bylo možné ověřit vykázané výdaje (projekty vybrané 
na základě vhodného statistického vzorku, jež umožní získat reprezentativní pohled na 
legalitu a správnost výdajů vykazovaných za OP (nebo skupinu OP));
d) předložení výroční kontrolní zprávy do konce každého roku v období 2008–2015 s uve -
dením zjištění z auditů provedených v období 12 měsíců končícím 30. června příslušné -
ho roku a spolu s výrokem o účinném fungování řídicích a kontrolních systémů3; 
e) přípravu prohlášení o uzavření programů (nejpozději do 31. března 2017) s posouzením 
platnosti žádosti o platbu konečného zůstatku a legality a správnosti operací, na nichž 
se zakládá závěrečný výkaz výdajů, podloženého závěrečnou kontrolní zprávou.
U operačních programů, u nichž celkové způsobilé veřejné výdaje nepřesahují 750 milionů EUR a úro -
veň spolufinancování EU nepřesahuje 40 %, se uplatňují méně přísná pravidla (tzv. proporcionální 
kontrolní opatření)4.
1 Viz zejména články 59, 62 a 71.
2  Členské státy však mohou začít provádět platby příjemcům a využívat k tomu dosud neschválené systémy, pokud čekají, až Komise 
schválí jejich posouzení souladu. 
3  Každý auditní orgán může vydat jednu nebo několik výročních kontrolních zpráv a jedno nebo několik auditních stanovisek k jednomu 
operačnímu programu nebo ke skupině operačních programů.
4 Článek 74 nařízení (ES) č. 1083/2006.50
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
PŘÍLOHA III
PŘEHLED VÝHRAD VYJÁDŘENÝCH GŘ PRO REGIONÁLNÍ A MĚSTSKOU POLITIKU 
A GŘ  PRO ZAMĚSTNANOST, SOCIÁLNÍ VĚCI A SOCIÁLNÍ ZAČLEŇOVÁNÍ VE VÝROČNÍCH 
ZPRÁVÁCH O ČINNOSTI ZA ROK 2012
Generální ředitelství pro regionální a městskou politiku, výroční zpráva o činnosti za rok 2012 – 
výhrady k operačním programům (částka prostředků na financování z evropských a národních 
veřejných a soukromých zdrojů na programové období 2007–2013 v milionech EUR)
Poznámka:  Z důvodu zaokrouhlení nemusí součty jednotlivých údajů odpovídat celkovým součtům.Víceletá míra zbytkových chyb  
(2007–2013)
≤ 2 % > 2 %
Potvrzená 
předpokládaná 
míra chyb 
(2012)≤ 2 %181 OPs 3 OPs
160 bez výhrad 196 738 2 bez výhrad (obě výjimky jsou uvedeny) 107
4 částečné výhrady z důvodu ochrany dobré pověsti 3 992
2 plné výhrady z důvodu ochrany dobré pověsti 773
10 částečných výhrad 14 038  
5 plných výhrad 4 999 1 plná výhrada 3 005
220 541  3 112
≤ 5 %77 OPs 27 OPs 
65 bez výhrad 66 707 2 bez výhrad (obě výjimky jsou uvedeny) 1 004
3 částečné výhrady z důvodu ochrany dobré pověsti 3 753 5 částečných výhrad z důvodu ochrany dobré pověsti 1 458
1 plná výhrada z důvodu ochrany dobré pověsti 910
7 částečných výhrad 9 564 5 částečných výhrad 960
2 plné výhrady 4 769 14 plných výhrad 35 930
84 792 40 261
> 5 %5 OPs 24 OPs 
2 bez výhrad (obě výjimky jsou uvedeny) 2 205 1 bez výhrad (zveřejněná výjimka) 139
1 částečná výhrada z důvodu ochrany dobré pověsti 88
2 plné výhrady z důvodu ochrany dobré pověsti 3 600 6 plných výhrad z důvodu ochrany dobré pověsti 2 232
1 částečná výhrada 3 039 3 částečné výhrady 11 745
13 plných výhrad 2 692
8 844 16 89551
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
PŘÍLOHA III
Generální ředitelství pro zaměstnanost, sociální věci a sociální začleňování, výroční zpráva o činnosti 
za rok 2012 – výhrady k operačním programům (částka prostředků na financování z evropských 
a národních veřejných a soukromých zdrojů na programové období 2007–2013 v milionech EUR)
Víceletá míra zbytkových chyb  
(2007–2013)
≤ 2 % > 2 %
Potvrzená 
předpokládaná 
míra chyb 
(2012) ≤ 2 %65 OPs 1 OPs
60 bez výhrad 50 601 1 bez výhrad 826
5 částečných výhrad 21 857  
72 458  826
≤ 5 %28 OPs 3 OPs 
24 bez výhrad 15 990
1 plná výhrada z důvodu ochrany dobré pověsti 1 368
2 částečné výhrad 9 505
1 plná výhrada 414 3 plné výhrady 1 204
27 278 1 204
> 5 %13 OPs 7 OPs 
5 bez výhrad (čtyři výjimky nezveřejněny ) 5 347
4 plné výhrady z důvodu ochrany dobré pověsti 523 1 plná výhrada z důvodu ochrany dobré pověsti 322
4 částečné výhrady 1 117
6 plných výhrad 7 134
6 986 7 457
Poznámka:  Z důvodu zaokrouhlení nemusí součty jednotlivých údajů odpovídat celkovým součtům.52
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
PŘÍLOHA IV
OBECNÉ ZÁSADY UVEDENÉ VE STANOVISKU Č. 2/2004 K NÁVRHU MODELU 
„JEDNOTNÉHO AUDITU“ KOMISE (A NÁVRHU RÁMCE VNITŘNÍ KONTROLY 
SPOLEČENSTVÍ)
I. Z a účelem zajištění účinné a efektivní kontroly prostředků EU by měl být vyvinut rámec vnitřní 
kontroly Společenství, jenž by zahrnoval společné zásady a standardy fungující jako výcho -
disko pro rozvoj nových nebo stávajících kontrolních systémů na všech úrovních správy. 
II. Kontroly by se měly uplatňovat podle společného standardu a měly by být koordinovány tak, 
aby se předešlo zbytečné duplicitě. 
III. Realizace, dokumentace a vykazování kontrol by mělo probíhat transparentním způsobem, 
aby jejich výsledky mohly využívat všechny části systému. 
IV. Aby kontroly byly účinné a efektivní, legislativa související s politikou a postupy by měla být 
jasná a jednoznačná a neměla by být zbytečně složitá. 
V. Z ákladem systémů vnitřní kontroly by měl být řetěz kontrolních postupů, kde má každá úroveň 
kontroly konkrétní definované cíle, které berou v úvahu práci ostatních. Žádosti o  úhradu 
výdajů nebo nákladů nad určitý limit by mělo na základě společných standardů pro koncepci 
a obsah provázet osvědčení nezávislého auditora a zpráva.
VI. Komise by měla definovat minimální požadavky na systémy vnitřní kontroly a zohlednit při -
tom zvláštní charakteristické rysy různých rozpočtových oblastí. Součástí systémů pro každou 
oblast by měla být koordinovaná koncepce poskytování informací, která bude zajišťovat, 
že příjemci si budou jasně vědomi cílů a důsledků kontrol. 53
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
PŘÍLOHA IV
VII. Součástí systémů vnitřní kontroly by měly být mechanismy zajišťující, že nedostatky v systé -
mech samotných, jakož i chyby a nesrovnalosti v operacích budou zjištěny a opraveny a že 
v případě nutnosti dojde k zpětnému získání prostředků. 
VIII . Systémy vnitřní kontroly vyžadují vhodnou rovnováhu mezi náklady na kontroly konkrétní 
rozpočtové oblasti a přínosy, které tyto kontroly přinesou z hlediska omezení rizika ztráty 
a nesrovnalosti na přijatelnou úroveň. 
IX. Za podporu zdokonalování systémů vnitřní kontroly by měla ve spolupráci s členskými státy 
odpovídat Komise. Rada a Parlament by měly odpovídat za schválení rovnováhy mezi náklady 
a přínosy pro různé rozpočtové oblasti.
X. J asně definované standardy a cíle systémů vnitřní kontroly jsou objektivním východiskem, 
na jehož základě může Účetní dvůr v rámci auditu posuzovat koncepci a fungování těchto 
systémů.54
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISE
SHRNUTÍ
II.
Komise sdílí závěr Účetního dvora a rovněž se domnívá, 
že v případě auditu výdajů na soudržnost na programové 
období 2007–2013 je zaveden lepší systém. Zlepšení regu -
lačního rámce zahrnovalo ustavení auditního orgánu odpo -
vědného za testování legality a správnosti výdajů pomocí 
auditů systémů a auditů reprezentativních vzorků operací 
a za každoroční předkládání svých závěrů Komisi prostřed -
nictvím výroku auditora a kontrolní zprávy.
III.
Komise zdůrazňuje, že regulační rámec na období 2007–
2013 umožnil výrazně zvýšit míru věrohodnosti, které je 
schopna dosáhnout, zejména díky tomu, že umožňuje 
posuzovat věrohodnost u každého operačního programu 
každý rok od počátku jeho provádění. Proto by měly být 
náklady na kontroly posuzovány z hlediska nákladové 
efektivnosti.
Komise konstatuje, že náklady způsobilé v rámci technické 
pomoci, kterou mají členské státy k dispozici (článek 46 
nařízení 1083/2006), zahrnují náklady na audity a kontroly 
společně s náklady na řízení, monitorování a hodnocení. 
Dostupné prostředky na technickou pomoc činí ve většině 
případů až 4 % financování jednotlivých programů.
IV.
Komise vítá uznání své práce a značného úsilí vynalože -
ného v úzké spolupráci s auditními orgány s cílem zajistit 
lepší soudržnost přístupů a pracovních postupů skrze pora -
denství, cílená školení a opakované provedení práce, jež 
přispívají k budování kapacit.55
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISEV.
Prohlášení o věrohodnosti vydané Komisí vychází z hod -
nocení klíčových prvků řídicích a kontrolních systémů na 
základě všech dostupných výsledků auditu.
Komise používá spolehlivý a důkladný proces analýzy 
míry chyb vykazované členskými státy. Nemůže-li potvrdit 
platnost míry chyb ani ji přepočítat, odhadne Komise při 
vydávání prohlášení o věrohodnosti míru rizika na základě 
paušálních sazeb (5-10-25-100 %) namísto nespolehli -
vého vykazování míry chyb. Použití dalších nástrojů, jako 
je kumulativní riziko zbytkových chyb, umožňuje útvarům 
Komise zvažovat další výhrady ve výročních zprávách o čin -
nosti v porovnání s předchozími roky.
Komise se vždy snaží zajistit, aby zprávy předkládané 
orgánu udělujícímu absolutorium poskytovaly přesný 
a spolehlivý obraz odhadovaného rizika ovlivňujícího roz -
počet EU pro jednotlivé členské státy a přitom zohled -
ňovaly rovněž schopnost zajistit nápravu ve víceletém 
výhledu. Útvary Komise uvádějí ve svých výročních zprá -
vách o činnosti zcela transparentně veškeré dostupné 
informace.
VI.
Komise může rozhodnout o věrohodnosti určitého pro -
gramu podle článku 73 pouze tehdy, je-li dosaženo klad -
ného hodnocení všech prvků řídicího a kontrolního sy -
stému. Pro toto hodnocení práce auditního orgánu je 
nezbytné, aby byla v dostatečném rozsahu opakovaně 
provedena auditní činnost na místě v souladu s meziná -
rodními auditorskými standardy. Komise se domnívá, že 
až doposud uplatňovala při udělování statusu „jednotného 
auditu“ některým programům přístup založený na obezřet -
nosti a spolehlivosti.
VII. První odrážka
Komise používá důkladný proces ověřování včetně zjišťo -
vacích misí na místě s cílem zajistit přesnost a spolehlivost 
míry chyb vykazované vnitrostátními auditními orgány. 
Považuje-li míru chyb za nespolehlivou, používá alterna -
tivně rovněž paušální sazby. Tento proces od roku 2009 
doplňují vyčerpávající auditní šetření Komise, kdy pro -
vedení 269 auditních misí umožnilo přezkoumání práce 
auditních orgánů pokrývající více než 90 % přídělů v rámci 
fondů, a to za pomoci opakovaného provedení auditu. 
Komise rovněž provádí audity orientované na riziko s cílem 
ověřit přesnost vykázaných finančních oprav.VII. Druhá odrážka
Komise má za to, že status jednotného auditu byl udělo -
ván na základě spolehlivých, jednotných a transparentních 
kritérií. Dále se domnívá, že do konce roku 2013 budou 
všechny požadavky u těchto programů splněny.
Komise bude i nadále uplatňovat robustní přístup, dále 
vyjasněný na základě provádění plánu postupu v souvis -
losti s článkem 73, aktualizovaného v září 2013.
VII. Třetí odrážka
Komise se domnívá, že toto doporučení je prováděno pro -
střednictvím aktualizovaného plánu postupu a auditního 
šetření týkajícího se monitorování článku 73 přijatého 
v září 2013.
Po přijetí první skupiny rozhodnutí podle článku 73 v první 
polovině roku 2012 a na základě pilotních misí vypraco -
valy útvary Komise metodiku auditu za účelem provádění 
monitorovacích misí, která zahrnuje opakované provedení 
auditu a přezkum pracovních dokumentů v souladu s mezi -
národními auditorskými standardy.
VII. Čtvrtá odrážka
Komise zavedla ve svém návrhu nařízení o společných 
ustanoveních na období 2014–2020 možnost finančních 
oprav v čisté výši v případě, že jsou po předložení roční 
účetní závěrky zjištěny závažné nedostatky, které nebyly 
odhaleny a/nebo vykázány auditním orgánem již dříve, 
a tvůrce právních předpisů ji odsouhlasil.
Komise má v úmyslu navrhnout v rámci sekundární legis -
lativy možnost zvýšení paušálních sazeb oprav v případě 
opakovaného porušení týkajícího se stejných nedostatků, 
pokud členský stát nepřijme přiměřená nápravná opatření 
pro danou část systému, která byla zatížena a byla předmě -
tem předcházející opravy.56
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISEVII. Pátá odrážka
Komise přijímá opatření s cílem zajistit zlepšení sekundární 
legislativy a včasné a úplné pokyny ve stabilním metodic -
kém rámci nezbytné pro činnost auditních orgánů, při -
čemž využívá zkušeností nashromážděných za programové 
období 2007–2013.
Komise do konce roku 2013 dále vyjasní některé aspekty 
stávajících pokynů formou písemného vysvětlení.
Komise je kromě toho podle nařízení pro programové 
období 2014–2020 zmocněna přijímat prostřednictvím 
prováděcích aktů a aktů v přenesené pravomoci závazné 
modely a/nebo požadavky na auditní činnost auditních 
orgánů, které by měly vycházet ze zkušeností a osvědčených 
postupů získaných v programovém období 2007–2013.
VII. Šestá odrážka
Komise se domnívá, že toto doporučení již bylo realizo -
váno v rámci posouzení dopadů z roku 2011 (viz poznámka 
pod čarou 57). Dále konstatuje, že o zařazení technické 
pomoci do jednotlivých kategorií nákladů rozhodují člen -
ské státy v rámci sdíleného řízení a při respektování zásady 
subsidiarity.
Kromě toho Komise v nařízení na období 2014–2020 posi -
luje svůj nákladově efektivní přístup v oblasti soudržnosti. 
V důsledku toho musí nově navržená ustanovení pro prová -
dění fondů i ve vztahu ke kontrolám  „(…) dodržovat zásadu 
proporcionality s ohledem na výši přidělené podpory a musí 
brát v  úvahu celkový cíl snížení administrativní zátěže pro 
subjekty zapojené do řízení a kontroly programů. “ÚVOD
7.
V roce 2012 obdrželo GŘ pro regionální a městskou politiku 
680 a GŘ pro zaměstnanost, sociální věci a sociální začle -
ňování (dále jen „GŘ pro zaměstnanost“) 522 zpráv o auditu 
systémů od auditních orgánů. Komise analyzuje výsledky 
všech zpráv o auditu a v průběhu roku je používá v rámci 
své úlohy dohlížitele, kdy v případě potřeby zahájí postupy 
přerušení nebo pozastavení plateb, a při vydávání prohlá -
šení o věrohodnosti.
9.
Aby se mohla generální ředitelství spolehnout na výsledky 
auditu a na míru chyb vykazovanou auditními orgány 
a v souladu s mezinárodními auditorskými standardy, pro -
váděla GŘ pro regionální a městskou politiku a GŘ pro 
zaměstnanost až dosud rozsáhlý přezkum a opakovaně 
vykonávala práci auditních orgánů, což pro GŘ pro regio -
nální a městskou politiku a GŘ pro zaměstnanost předsta -
vuje i nadále hlavní šetření.
Pokud jsou v práci auditních orgánů zjištěny nedostatky, 
v závislosti na závažnosti požadovaných zlepšení jsou zave -
deny rozsáhlé akční plány, v případě potřeby doplněné 
o postupy přerušení/pozastavení plateb s cílem dosáhnout 
nápravy těchto nedostatků a uvést auditní činnost do sou -
ladu se standardy. Toto opakované provedení práce audit -
ních orgánů umožnilo rovněž rozsáhlé budování kapacit 
prostřednictvím sdílení kontrolních seznamů pro audit, 
zvyšování povědomí o rizikových oblastech a identifikace 
oblastí a řešení pro zlepšení vnitrostátní auditní činnosti.
Metodika postupu pro vydávání prohlášení o věrohodnosti 
a vyjadřování výhrad je popsána v příloze 4 výročních zpráv 
o činnosti GŘ pro regionální a městskou politiku a GŘ pro 
zaměstnanost.57
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISERámeček 2
Analýzu míry chyb vykazované auditními orgány ke konci 
roku je třeba provést u všech 434 programů EFRR/FS a pro -
gramů ESF s dostatečným předstihem, aby ji bylo možno 
použít ve výroční zprávě o činnosti, jejíž první verze musí 
být vypracována do konce února (a lze ji upravovat až do 
data podpisu 31. března). Komise zdůrazňuje, že cílem je 
uvést odhady míry chyb ve statisticky platném rozsahu, 
nebo v případě nestatistického vzorku předpokládaného 
v nařízení užitečné ukazatele umožňující odhad rizika pla -
teb určených programům v posuzovaném roce.
Komise uplatňuje pro odhad rizika rovněž paušální sazby, 
považuje-li vykazovanou míru chyb za nespolehlivou.
Ve výročních zprávách o činnosti odkazuje Komise u všech 
programů jednotlivých členských států na průměrnou míru 
rizika vycházející z potvrzených měr chyb, s cílem vyčís -
lit částky zahrnuté do průběžných plateb provedených 
v posuzovaném roce, které jsou rizikem ohroženy. Vzhle -
dem k posunu předpokládanému v nařízení, jehož cílem 
je poskytnout auditním orgánům čas na provedení auditu, 
je tento odhad rizika u plateb provedených v roce n zalo -
žen na potvrzené míře chyb uvedené u výdajů vykázaných 
v roce n–1, jelikož se jedná o nejpřesnější odhad dostupný 
v době podpisu výroční zprávy o činnosti. Od roku 2012 
vykazují GŘ pro regionální a městskou politiku a GŘ pro 
zaměstnanost ve své výroční zprávě o činnosti také prů -
měrné kumulativní (víceleté) riziko zbytkových chyb jed -
notlivých členských států s přihlédnutím ke všem opra -
vám vykazovaným členskými státy, které byly odečteny od 
všech žádostí o příspěvky do konce roku n.
10.
Podle metodiky postupu Komise pro vydávání prohlášení 
o věrohodnosti bude k programu s potvrzenou mírou chyb 
vyšší než 5 % vyjádřena výhrada již v kroku č. 1, pokud nebu -
dou nezbytné finanční opravy a akční plán provedeny již 
před podpisem výroční zprávy o činnosti (viz také bod 40).
11.
Komise souhlasí, že postupy stanovení celkové míry chyb 
ze strany Účetního dvora a posouzení rizika pro platby 
v daném roce ze strany Komise se vzájemně liší z důvodů 
zmiňovaných Účetním dvorem a vzhledem k povaze jejich 
odlišných institucionálních rolí. Cíl tohoto procesu je však 
v podstatě stejný, tj. posouzení rizika pro rozpočet EU 
v určitém roce.Komise bere při svém posuzování v úvahu všechny tyto 
rozdíly, zejména pak časové rozdíly v kvantifikaci chyb při 
zadávání veřejných zakázek. Důkazem toho je skutečnost, 
že výsledek tohoto posouzení, jak se ukázalo v posled -
ních třech letech za sebou v případě GŘ pro zaměstnanost 
a v posledních dvou letech za sebou v případě GŘ pro regi -
onální a městskou politiku, je v souladu s mírou chyb vypo -
čtenou Účetním dvorem.
Posouzení Komise zohledňuje rovněž víceletý charakter 
politiky soudržnosti a schopnost jednotlivých programů 
zajistit nápravu pomocí výpočtu kumulativního rizika zbyt -
kových chyb.
Některé rozdíly zmiňované Účetním dvorem budou z regu -
lačního rámce na programové období 2014–2020 odstra -
něny, což nadále umožní provádění zásady jednotného 
auditu v plném rozsahu.
13.
Komise uvítala zásady uvedené ve stanovisku Účetního 
dvora č. 2/2004, které jsou důležitým prvkem při vypraco -
vávání předpisů na období 2007–2013 týkajících se nasta -
vení řídicích a kontrolních systémů.
15.
Komise vítá závěr Účetního dvora. Komise navrhla svůj sy -
stém obecně v souladu se zásadami „jednotného auditu“ 
stanovenými Účetním dvorem (viz také bod 80).
Hlavní výhoda použití článku 73 pro Komisi spočívá v tom, 
že jí umožní, aby zaměřila své omezené auditní zdroje na 
programy a orgány s vyšším rizikem a nebyla nucena k cel -
kovému omezení své kontrolní činnosti. Jednotný audit 
kromě toho i nadále vyžaduje monitorování práce audit -
ního orgánu a zůstává proto otázkou zásadního významu.
16.
Podmínky pro vydání prohlášení o věrohodnosti podle 
článku 73 se týkají jak spolehlivosti práce auditního 
orgánu, tak řádného fungování řídicích a kontrolních sy -
stémů. Komise proto musí před tím, než vydá prohlášení 
o věrohodnosti podle článku 73, provést velký objem 
podrobné auditní činnosti v souladu s mezinárodními 
auditorskými standardy. To také vysvětluje, proč může být 
status podle článku 73 udělen teprve po několika letech 
provádění programu.58
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISEZnamená to rovněž, že pokud řídicí a kontrolní systém 
programu není nezávisle na auditním orgánu dosud dosta -
tečně spolehlivý, nemůže být programu vydáno prohlá -
šení o věrohodnosti podle článku 73, ačkoli je Komise na 
základě své auditní činnosti s fungováním daného audit -
ního orgánu spokojena.
Společná odpověď k bodům 17, 18 a 19
Každé rozhodnutí o udělení statusu podle článku 73 je 
specifické pro daný program, za který odpovídá příslušné 
generální ředitelství Komise.
Podmínky pro vydání prohlášení o věrohodnosti podle 
článku 73 určitému programu byly stanoveny v „plánu 
postupu pro provádění článku 73“, který byl projednán 
s auditními orgány v letech 2009 a 2010 a dokončen dne 
13. října 2010. Auditní orgány se tak plně podílely na krité -
riích a výhodách, které s sebou status podle článku 73 pro 
určitý program přináší, a byly o nich informovány.
Původní plán postupu byl formálně aktualizován v září 
2013 v návaznosti na první rozhodnutí o vydání prohlášení 
o věrohodnosti podle článku 73 na počátku roku 2012. Tato 
aktualizace se týká vyjasnění podmínek udělování statusu 
podle článku 73, stejně jako nápravných opatření, která 
mají být přijata v případě, že jedna nebo více podmínek 
již není (dočasně) splněna. Navíc bylo společně navrženo 
zvláštní auditní šetření, jež stanoví metodiku a kroky pro 
monitorování provádění článku 73 a které je prováděno 
všemi dotčenými útvary Komise na základě dohody mezi 
těmito útvary.
Jak je uvedeno v aktualizovaném plánu postupu a v tomto 
auditním šetření, přijme Komise rozhodnutí o obnovení 
svých vlastních auditů na místě, pokud se již nemůže odů -
vodněně spoléhat na práci auditních orgánů. To může 
vyplývat ze skutečnosti, že ve výroku auditora za daný 
rok nebyly vykázány a zohledněny významné nedostatky 
a auditní orgán odpovídajícím způsobem nereagoval na 
žádost Komise o provedení akčních plánů / nápravných 
opatření.PŘIPOMÍNKY
27.
Jak je uvedeno ve shrnutí výroční zprávy o činnosti GŘ pro 
regionální a městskou politiku za rok 2012, je úbytek počtu 
výhrad způsoben především tím, že členské státy přijaly 
nápravná opatření a Komise provedla finanční opravy (viz 
výroční zpráva o činnosti GŘ pro regionální a městskou 
politiku za rok 2012, s. 46–49). Přísná politika GŘ pro regi -
onální a městskou politiku týkající se upozorňování, přeru -
šení plateb, pozastavení plateb a finančních oprav podní -
tila zlepšení nedostačujících řídicích a kontrolních systémů 
v dotčených členských státech.
29.
Kromě těchto dvou ukazatelů zmíněných Účetním dvorem 
opírá Komise své prohlášení o věrohodnosti o důkladný 
postup a o různé kroky, přičemž zohledňuje celou řadu 
výsledků auditů provedených členskými státy a Unií a další 
informace přesahující rozsah těchto dvou ukazatelů zmiňo -
vaných Účetním dvorem.
Výsledek tohoto procesu a analýzy je podrobně popsán 
v příslušných výročních zprávách o činnosti GŘ pro regi -
onální a městskou politiku za rok 2012 a GŘ pro zaměst -
nanost (viz s. 35 a příloha 9 výroční zprávy o činnosti GŘ 
pro regionální a městskou politiku za rok 2012 a s. 37 a pří -
loha 8 výroční zprávy o činnosti GŘ pro zaměstnanost).59
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISESpolečná odpověď k bodu 30 a rámečku 4
Komise uznává, že auditní orgány plní klíčovou úlohu a že 
je důležité zajistit přesnost a spolehlivost informací vykazo -
vaných ve výročních kontrolních zprávách.
Z tohoto důvodu Komise prováděla v průběhu uplynulých 
let prostřednictvím 269 auditních misí rozsáhlou auditní 
činnost s cílem posoudit účinnost auditních orgánů, při -
čemž tato činnost zahrnovala 96 % prostředků z EFRR/FS 
a 99 % prostředků z ESF.
V letech 2009–2013 vyplynulo z auditní činnosti auditních 
orgánů, kterou Komise opětovně provedla, že:
 — GŘ pro regionální a městskou politiku dospělo k závěru, 
že v této fázi je 38 ze 47 kontrolovaných auditních orgánů 
spolehlivých,
 — GŘ pro zaměstnanost dospělo k závěru, že v této fázi je 78 z 84 
kontrolovaných auditních orgánů spolehlivých.
Komise proto soudí, že se přiměřené ujistila, že auditní 
orgány, které provedly audit přibližně 90 % přidělených 
finančních prostředků, dodržují článek 62 nařízení (ES) 
a poskytují spolehlivý základ pro prohlášení Komise o věro -
hodnosti a pro uplatňování koncepce jednotného auditu.
Tyto výsledky jsou doplněny přezkumy auditních orgánů, 
které provedl Účetní dvůr v posledních třech letech.
Zejména platí, že má-li Komise pochybnosti ohledně přes -
nosti a spolehlivosti míry chyb vykazované vnitrostátními 
auditními orgány, uvede ve své výroční zprávě o činnosti 
vykazovanou míru chyb, která se přepočte v okamžiku, kdy 
je k dispozici dostatek informací, popřípadě se nahradí 
paušální sazbou, je-li považována za nespolehlivou.Rámeček 4 – První odrážka
Ve dvou případech Komise konstatuje určité nedostatky 
v přístupu k výběru vzorků, ale domnívá se, že neměly 
významný dopad.
Ve třech případech zjistila Komise obdobné nedostatky 
jako ty vykázané Účetním dvorem a přijala příslušná 
opatření. V jednom případě vykázaném Účetním dvorem 
v roce 2013 probíhá kontrola v návaznosti na předchozí 
doporučení.
Rámeček 4 – Druhá odrážka
V šesti případech se Komise domnívá, že činnosti auditních 
orgánů týkající se auditů operací jsou účinné. U zbývají -
cích šesti případů provedla Komise kontrolu v návaznosti 
na nedostatky zjištěné Účetním dvorem.
Rámeček 4 – Třetí odrážka
Ve dvou případech Komise souhlasí s tím, že se v postu -
pech auditního orgánu vyskytly určité nedostatky, a zajis -
tila kontrolu v návaznosti na tato zjištění. Posouzení vyka -
zované míry chyb a výročních kontrolních zpráv provedené 
Komisí však vedlo k odpovídajícím závěrům, přičemž byla 
zohledněna rovněž další auditní činnost provedená v pří -
padě potřeby auditním orgánem na žádost Komise.
Ve zbývajících třech případech zjistila Komise obdobné 
nedostatky jako ty uvedené Účetním dvorem a přijala 
vhodná opatření, včetně přerušení plateb do doby, dokud 
příslušný auditní orgán nepřijme nápravná opatření.
V důsledku opatření přijatých k nápravě zjištěných nedo -
statků má Komise k dnešnímu dni přiměřenou jistotu, že 
všechny auditní orgány EFRR/FS a ESF, které přezkoumal 
Účetní dvůr, s výjimkou jednoho jsou účinné. U zbývajícího 
auditního orgánu, u něhož Komise a Účetní dvůr konsta -
tovaly, že účinný není, dosud probíhají nápravná opatření 
u některých programů EFRR/FS a ESF.60
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISEU pěti auditních orgánů, které podhodnotily vykazovanou 
míru chyb u programů EFRR/FS v období let 2010, 2011 
nebo 2012, je situace následující:
 — v jednom případě nemělo toto podhodnocení na posouzení 
Komise vliv, neboť auditní orgán vydal výrok s výhradou a vý -
hrada byla vyjádřena ve výroční zprávě o činnosti za rok 2010,
 — v dalším případě bylo kumulativní riziko zbytkových chyb nižší 
než 2 %,
 — Komise považovala vykazovanou míru chyb za nespolehlivou 
a ve třech případech použila při vydávání prohlášení o vě -
rohodnosti věrohodnosti paušální sazby, vyjádřila výhrady 
v příslušných výročních zprávách o činnosti a přerušila platby 
určené příslušným programům.
Komise navíc s těmito auditními orgány aktivně spolupra -
cuje s cílem zvýšit spolehlivost jimi vykazované míry chyb.
31.
Komise přeruší platby, jakmile má důkazy o tom, že se 
vyskytly problémy, včetně problémů ve fungování audit -
ního orgánu. Podložené důkazy o nedostatcích ve fungo -
vání auditního orgánu po provedení auditu Komise navíc 
vždy vedou k zahájení postupu pozastavení plateb až do 
doby, než členský stát provede nezbytná nápravná opatření.
Tato nápravná opatření jsou dále posílena v návrzích nařízení 
pro programové období 2014–2020, která v případě závaž -
ných nesrovnalostí zjištěných po předložení roční účetní 
závěrky, jež auditní orgán daného programu nezjistil/nevy -
kázal již dříve, předpokládají finanční opravy v čisté výši.Společná odpověď k bodům 32 a 33
Komise vypracovala spolehlivou metodiku ověřování 
a potvrzování míry chyb vykazované auditními orgány. 
Závěry Komise z kontroly dokumentace z hlediska přes -
nosti a spolehlivosti míry chyb vykazované ve výročních 
kontrolních zprávách vycházejí rovněž z prohlášení o věro -
hodnosti získaného na základě rozsáhlého auditního šet -
ření týkajícího se přezkumu práce auditních orgánů (viz 
odpovědi na bod 9).
Prostřednictvím tohoto procesu kontroly dokumentace 
vyjasní Komise veškeré případné pochybnosti o přesnosti 
a/nebo spolehlivosti vykazované míry chyb. V případě 
potřeby získá podrobné výsledky auditu, které jsou zákla -
dem pro výpočet míry chyb, buď v písemné podobě, nebo 
v průběhu zjišťovacích misí na místě.
V roce 2013 uskutečnily útvary Komise 12 zjišťovacích misí 
na místě, které se týkaly 64 programů EFRR/FS v 11 člen -
ských státech, a 15 inspekcí, jež se týkaly 23 programů ESF 
v 10 členských státech. Na základě veškerých získaných 
informací upravila Komise vykazovanou míru chyb na 21 % 
u programů EFRR/FS a na 15% u programů ESF; 11 % vyka -
zované míry chyb u všech programů považovala za nespo -
lehlivé, a proto je nahradila paušální sazbou.
Kromě toho by Komise u dvou z 51 operačních programů 
v rámci ESF chtěla zdůraznit, že Účetní dvůr v bodě 6.34 
své výroční zprávy za rok 2012 uvádí, že nedostatky 
ohledně míry chyb vykazované auditními orgány „počet 
a dopad výhrad, které GŘ pro zaměstnanost vyjádřilo v roce 
2012, nezpochybňují“ . U dalších 44 programů EFRR/FS 
Komise konstatuje, že drobné rozdíly vykázané Účetním 
dvorem nezpochybnily počet a dopad výhrad, které v roce 
2012 vyjádřilo GŘ pro regionální a městskou politiku.
Viz též odpovědi k bodům 34 a 35.61
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISE34.
Komise se domnívá, že platnost a spolehlivost jejího pří -
stupu potvrzuje skutečnost, že po dobu tří let po sobě sou -
hlasila Komisí odhadovaná míra chyb uvedená ve výroční 
zprávě o činnosti GŘ pro zaměstnanost s nejpravděpodob -
nější mírou chyb podle Účetního dvora.
V roce 2011 se míra chyb odhadovaná GŘ pro zaměstnanost 
zveřejněná v jeho výroční zprávě o činnosti pohybovala 
v rozmezí 2,0 až 2,5 % (viz s. 43 výroční zprávy o činnosti 
za rok 2011) a v roce 2012 v rozmezí 2,3 až 3,2 % (viz s. 37 
výroční zprávy o činnosti za rok 2012). Míra chyb podle Účet -
ního dvora za tato období činila 2,2 % za rok 2011 a 3,2 % za 
rok 2012. Proto se Komise domnívá, že míra chyb, kterou ve 
své výroční zprávě o činnosti uvedlo GŘ pro zaměstnanost 
a jež odpovídá výsledkům získaným na základě prohlášení 
Účetního dvora o věrohodnosti, je spolehlivá.
U programů EFRR/FS Účetní dvůr ve své výroční zprávě za 
rok 2012 rovněž potvrzuje, že odhad rizikových částek za 
rok 2012 provedený GŘ pro regionální a městskou politiku 
na základě údajů o míře chyb, které v souvislosti s výdaji 
v roce 2011 vykázaly auditní orgány, je v souladu s hodno -
cením Účetního dvora (bod 5.55 výroční zprávy Účetního 
dvora za rok 2012).
34. První odrážka
Komise poznamenává, že 51 Účetním dvorem zmiňovaných 
programů kontroluje devět z celkem 112 auditních orgánů, 
které mají na starosti fondy EFRR, ESF a FS. Poznamenává, 
že technický problém zjištěný v případě 31 programů 
seskupených do jediného vzorku nemění nic na hodnocení 
auditního orgánu ani Komise.
Komise se domnívá, že v ostatních případech byly k dis -
pozici dostatečné informace umožňující dospět k přimě -
řenému závěru ohledně míry chyb vykazované auditními 
orgány.
Viz též odpověď Komise k bodu 32.34. Druhá odrážka
Komise vítá skutečnost, že Účetní dvůr dospěl ke stej -
ným závěrům u všech 138 zkoumaných případů kromě 
pěti. Pokud jde o těchto pět případů, které se týkají dvou 
auditních orgánů, Komise potvrzuje své hodnocení, jak jej 
uvádí ve výroční zprávě o činnosti za rok 2012 po důkladné 
analýze vysvětlení od dotčených auditních orgánů, a to, 
že nebyl důvod pro výhrady. U čtyř z těchto programů 
seskupených do jediného vzorku byla chyba opravena 
v roce 2012, a Komise se proto domnívá, že nemusela být 
zahrnuta do výpočtu předpokládané míry chyb. Co se 
týče pátého programu, Komise soudí, že zohlednění části 
výdajů, která byla z kontrolovaného souboru vyloučena, by 
mělo na míru chyb velmi omezený vliv.
Viz rovněž odpověď Komise k bodu 5.52 čtvrtému podod -
stavci a bodu 5.57 výroční zprávy Účetního dvora za rok 2012.
Komise se tudíž domnívá, že svou úlohu dohlížitele nad 
mírou chyb vykazovanou auditními orgány plnila řádně.
35.
Podle metodiky použité pro výroční zprávu o činnosti za 
rok 2010 byly potvrzené míry chyb jedním z prvků závěreč -
ného hodnocení programů provedeného GŘ pro regionální 
a městskou politiku. Nebyly použity pro odhad minimální 
a maximální výše rizikových plateb, který byl založen na 
metodice používané v předchozích letech. Jak výslovně 
uvádí ve své výroční zprávě o činnosti za rok 2010 (s. 69), 
odhadovalo GŘ pro regionální a městskou politiku výši 
rizikových plateb na 0,8 až 1,7 % svých plateb za rok 2010 
a zastávalo názor, že „míru chyb vykázanou vnitrostátními 
auditními orgány, která se vztahuje k vykázaným výda -
jům za rok 2009, je třeba při posuzování fungování systémů 
v roce 2010 interpretovat s jistou opatrností“  (s. 31). Všechny 
vykazované míry chyb byly v roce 2011 a v následujících 
letech posouzeny a potvrzeny GŘ pro regionální a měst -
skou politiku, včetně úpravy směrem nahoru nebo použití 
paušální sazby ve více než polovině případů. V některých 
případech v letech 2011 či 2012 byla auditními orgány 
oznámena spolehlivá revidovaná míra chyb.62
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISEPočínaje rokem 2011 upravilo GŘ pro regionální a měst -
skou politiku svou metodiku tak, aby umožňovala přes -
nější odhad rizikových částek na základě míry chyb vyka -
zované auditními orgány a potvrzené útvary Komise. 
GŘ pro regionální a městskou politiku zároveň zavedlo 
výpočet kumulativního rizika zbytkových chyb s přihléd -
nutím k finančním opravám prováděným členskými státy. 
Pro tento výpočet tudíž GŘ pro regionální a městskou poli -
tiku používá potvrzenou míru chyb pro všechny roky od 
začátku programového období, včetně míry chyb následně 
upravené auditními orgány, míry chyb, které může pře -
počítat, a paušálních sazeb. Omezení vyjádřená ohledně 
míry chyb v době jejich vykazování v roce 2010 proto 
nemají na výpočet kumulativního rizika zbytkových chyb 
Komisí v roce 2012 žádný vliv. Účetní dvůr ve své výroční 
zprávě z roku 2012 rovněž potvrdil, že odhad rizikových 
částek provedený GŘ pro regionální a městskou politiku 
na rok 2012 je v souladu s hodnocením Účetního dvora 
(bod 5.55 výroční zprávy Účetního dvora).
Pokud jde o GŘ pro zaměstnanost, sociální věci 
a sociální začleňování, odkazuje Komise na svou 
odpověď k bodu 34.  
36.
Komise aktivně podporovala využívání výběru statistických 
vzorků v letech 2012–2013 prostřednictvím svých aktuali -
zovaných pokynů pro výběr vzorků z dubna 2013 i v pří -
padech, že se jedná o malé soubory operací, s cílem získat 
reprezentativní výsledky u stále většího počtu programů.
Je nicméně třeba poznamenat, že míra chyb může mít 
vypovídající hodnotu i v případě, že je použit formální 
nestatistický výběr vzorků, popřípadě pokud kontrolovaný 
vzorek zajišťuje vysoké krytí výdajů.
Nestatistické vzorky u malých statistických souborů ope -
rací jsou nicméně v souladu s nařízením a poskytují nej -
lepší dostupné ukazatele celkového rizika u dotčených 
programů. V takových případech bere Komise v úvahu rov -
něž vlastnosti statistického vzorku a rozsah auditu. Komise 
musí tyto ukazatele používat za účelem vydávání prohlá -
šení o věrohodnosti a k výpočtu kumulativního rizika zbyt -
kových chyb.
V každém případě platí, že považuje-li Komise vykazovanou 
míru chyb za nespolehlivou, použije paušální sazby.37.
Komise souhlasí s Účetním dvorem, že účtování finančních 
oprav je složitým úkolem, neboť mezi lhůtami členských 
států pro vykazování a lhůtami pro předkládání výročních 
zpráv o činnosti Komise existují časové rozdíly a do jejich 
provádění jsou zapojeni různí aktéři. Kvůli zohlednění více -
leté povahy provádění programů včetně finančních oprav 
počítá Komise kumulativní riziko zbytkových chyb, které je 
ukazatelem vývoje schopnosti programu zajistit nápravu 
v jednotlivých letech. Cílem Komise je zajistit, aby se míra 
zbytkových chyb na konci programového období nachá -
zela pod prahem významnosti, přičemž zohlední všechny 
finanční opravy, které byly provedeny v průběhu trvání 
programu.
38.
Komise musí v souladu s regulačními požadavky předpisů 
pracovat s údaji, které jí členské státy poskytnou do konce 
března každého roku a jež jsou k dispozici v rámci víceleté 
organizace politiky soudržnosti.
38. První odrážka
Je třeba, aby Komise ve výroční zprávě o činnosti vypočí -
tala kumulativní riziko zbytkových chyb ke konci posuzo -
vaného roku. Kumulativní riziko zbytkových chyb je uka -
zatelem schopnosti programu zajistit nápravu v průběhu 
několika let, který zohledňuje informace dostupné v době 
výpočtu, a to jak z hlediska rizika, tak z hlediska provede -
ných finančních oprav.
V době vypracování výroční zprávy o činnosti má Komise 
k dispozici informace o finančních opravách, které členský 
stát vykázal v předcházejícím roce, a údaje o některých 
programech vykázané v běžném roce. Komise může tyto 
informace přezkoumat, neboť většina oprav je zahájena na 
její vlastní žádost.
Kromě toho Komise v průběhu posledních 3 let provádí 
konkrétní auditní činnosti založené na analýze rizika, které 
se týkají 68 operačních programů, aby tak zajistila, že 
opravy vykazované členskými státy jsou účinně realizovány, 
a v případě pochybností nebo nedostatečných důkazů 
odečte příslušné částky od kumulativních finančních oprav 
zohledněných pro účely výpočtu míry zbytkových chyb.63
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISE38. Druhá odrážka
Jak je uvedeno v Pokynech pro zpracování chyb vykazo -
vaných ve výročních kontrolních zprávách (COCOF_11-
0041-01-EN ze dne 7. prosince 2011), musí auditní orgány 
vypočítat předpokládanou míru chyb na základě všech 
auditních zjištění a při výpočtu předpokládané míry 
chyb by neměly brát v úvahu finanční opravy provedené 
v důsledku jejich vlastních auditů. Při formulaci výroku 
auditora mohou zohlednit události po datu účetní závěrky 
ve smyslu finančních oprav provedených po ukončení 
jejich auditů. Pokud jsou tyto opravy dostačující ke zmír -
nění předpokládané míry chyb, může auditní orgán roz -
hodnout, že vydá výrok bez výhrad, ale předpokládané 
míry chyb musí i přesto uvést tak, jak byly vypočteny.
Komise toto pravidlo auditním orgánům připomene.
38. Třetí odrážka
Částky, u nichž se očekává jejich zpětné získání, jsou zalo -
ženy na příkazech k inkasu vydaných daným členským stá -
tem, které mají být provedeny. Jsou vyžadovány na základě 
nařízení a je legitimní tato nápravná opatření zohlednit.
38. Čtvrtá odrážka
V souladu s nařízením mají členské státy povinnost ohlá -
sit jakékoli odejmutí částek zahrnuté v žádosti o platbu 
v předchozím roce. Jak je objasněno v pokynech1, ode -
jmutí jsou konečná a nemohou být znovu uplatněna 
v následných žádostech o platbu, s výjimkou případů, kdy 
je později zjištěno, že nesprávné částky byly ve skutečnosti 
správné a způsobilé. V takových případech by měl certifi -
kační orgán své výkazy opravit. Komise toto pravidlo certi -
fikačním orgánům připomene.
39.
Počínaje výročními zprávami o činnosti za rok 2011 vyda -
nými v březnu 2012 jsou veškeré potenciální případy nega -
tivní míry zbytkových chyb v rámci postupů zavedených 
Komisí nastaveny na minimální hodnotu 0, aby se zabránilo 
podhodnocení výpočtu celkového kumulativního rizika 
zbytkových chyb.
1 Poznámka pod čarou: čj. COCOF 10/0002/02 ze dne 17. 3. 2010.Kumulativní riziko zbytkových chyb odráží celkovou schop -
nost programu zajistit nápravu s přihlédnutím k nejlepšímu 
odhadu rizika, potvrzené míře chyb a k informacím o všech 
provedených opravách nezávisle na zdroji (řídicí, certifi -
kační nebo auditní orgán). Proto je nulová hodnota kumu -
lativního rizika zbytkových chyb v extrémních případech 
důkazem toho, že celkové vykazované opravy spojené 
s výdaji dříve zahrnutými do žádostí o platby předlože -
ných Komisi byly vyšší než odhadované kumulativní riziko 
daného programu v době výpočtu.
40.
Výhrady se týkají především posouzení fungování řídicího 
a kontrolního systému a předpokládané míry chyb. Druhým 
filtrem při rozhodování o vyjádření dalších výhrad je kumu -
lativní riziko zbytkových chyb. Pokud se potvrzená míra 
chyb pohybuje mezi 2 a 5 %, je to převažujícím, nikoli však 
jediným faktorem umožňujícím rozhodnout o vyjádření 
dalších výhrad. Rozhodně se však nejedná o hlavní zdroj 
výhrad ve výroční zprávě o činnosti, nýbrž pouze o zdroj 
doplňkový.
Tento postup byl proveden u 65 z 67 programů EFRR/FS zmi-
ňovaných Účetním dvorem. Účetní dvůr v příloze III ke své 
zprávě uvádí, že u zbývajících dvou programů byly v souladu 
s metodikou pro vypracovávání výročních zpráv o činnosti 
učiněny výjimky, které byly zveřejněny ve výroční zprávě 
o činnosti, vzhledem k tomu, že všechny nezbytné finanční 
opravy byly z hlediska postupu pro potvrzování věrohod -
nosti provedeny včas (viz výroční zpráva o činnosti GŘ pro 
regionální a městskou politiku za rok 2012, s. 35).
U čtyř operačních programů v rámci ESF s  „předpokládanou 
mírou chyb“ nad 5 % byly nezbytné finanční opravy v době 
vydání výroční zprávy o činnosti GŘ pro zaměstnanost za 
rok 2012 již provedeny. Z tohoto důvodu byla kumulativní 
míra chyb vypočtená pro tyto operační programy nižší než 
2 %. Podle stávajících pokynů Komise k přípravě výroční 
zprávy o činnosti za rok 2012 je (kvantifikovaná) výhrada 
nutná pouze v případě, kdy je kumulativní finanční riziko 
vyšší než 2 %. Kromě toho už byly přijaty příslušné akční 
plány, aby se předešlo opakování nedostatků v dotyčných 
čtyřech operačních programech.64
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISEKromě toho Komise konstatuje, že Účetní dvůr v bodě 
6.34 své výroční zprávy za rok 2012 uvádí, že nedostatky 
v míře chyb vykazované auditními orgány „počet a  dopad 
výhrad, které GŘ pro zaměstnanost vyjádřilo v roce 2012, 
nezpochybňují“ .
43.
Existují dva postupy, mezi nimiž je nutno jasně rozlišovat: 
na jedné straně formální spoléhání se na práci auditního 
orgánu za podmínek stanovených v článku 73 nařízení, a na 
straně druhé skutečnost, že Komise může v rámci každo -
ročního vydávání prohlášení o věrohodnosti po důkladném 
posouzení výroční kontrolní zprávy a při zohlednění opa -
kovaně provedených auditů na místě vykázané výsledky 
auditu potvrdit, a tudíž se na ně spolehnout.
Údaje, které uvádí Účetní dvůr, odrážejí obezřetný přístup 
Komise uvedený v bodě 47 a dvojí podmíněnost, tj. nespo -
léhat se pouze na práci auditního orgánu a vykazovanou 
míru chyb, ale také se ujistit, že všechny prvky řídicího 
a kontrolního systému pro daný program jsou plně účinné 
(viz rovněž odpověď k bodu 16).
Splnění podmínek navíc neznamená, že Komise automa -
ticky rozhodne vydat prohlášení o věrohodnosti podle 
článku 73. Komise používá odborný úsudek pro zvážení 
všech dalších relevantních faktorů, včetně například závaž -
nosti a významnosti jednotlivých operačních programů pro 
fond jako celek.Společná odpověď k bodům 44 až 46
Komise mohla oznámit vydání prohlášení o věrohodnosti 
podle článku 73 až po provedení dostatečné auditní čin -
nosti v souladu s mezinárodními auditorskými standardy, 
která umožnila auditnímu orgánu dosáhnout pozitivního 
hodnocení.
Navíc, přestože byla rozhodnutí o vydání prohlášení 
o věrohodnosti podle článku 73 přijata v šestém roce 
období 2007–2013, potrvá provádění programů v praxi 
do roku 2015 a jejich ukončování bude probíhat až do 
roku 2017. Kromě toho může zavedení jednotného auditu 
hrát určitou roli při nastavování řídicích a kontrolních sy -
stémů pro další programové období a tento koncept tak 
bude zachován a bude mít pozitivní dopad až do roku 2023.
Plán postupu na rok 2010 obezřetně uváděl, že „první 
skupina auditních orgánů by měla mít možnost využí -
vat, nebo případně již využívá, zásadu jednotného auditu 
u některých programů/systémů a Komise se bude v zásadě 
spoléhat na stanovisko auditního orgánu“. Komise proto 
nemohla předjímat přesný časový plán dříve, než provedla 
vlastní přezkum. To dokládá skutečnost, že podmínky sta -
novené v nařízení i auditorské standardy určují, že Komise 
může uplatnit článek 73 u určitého programu až poté, co 
obdrží spolehlivé výsledky auditu po sporném řízení. To 
bylo možné pouze po opakovaném provedení hloubko -
vého auditu na místě v rámci auditního šetření „Přezkum 
práce auditních orgánů” , prováděného od roku 2009.
Komise tudíž zaujala obezřetný přístup, neboť první pro -
hlášení o věrohodnosti podle článku 73 bylo uděleno až po 
obdržení výročních kontrolních zpráv za roky 2010 a 2011, 
které jako první vykazovaly míru chyb. Ve stejném období 
poskytla Komise pokyny k vypracování těchto zpráv, zpra -
cování chyb, výběru vzorků atd. s cílem zajistit spolehlivost 
a konzistentnost obdržených informací.
Viz též odpověď k bodu 30.65
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISE47.
Komise si klade za cíl získat „přiměřené ujištění, že řídicí 
a kontrolní systémy fungují účinně“ , na základě posouzení 
podrobných klíčových požadavků a funkcí každého pro -
gramu. Toto posouzení vychází ze shrnutí všech výsledků 
auditů provedených Komisí a daným členským státem, 
nikoli pouze na základě informací vycházejících z jediného 
ukazatele kumulativního rizika zbytkových chyb. Komise 
formálně aktualizovala svůj plán postupu v září 2013, 
včetně dalšího objasnění kritérií, jimiž se řídí při vydávání 
prohlášení o věrohodnosti podle článku 73: přijetí auditní 
strategie a posouzení souladu, přiměřené ujištění, že řídicí 
a kontrolní systémy fungují účinně a představují jen ome -
zené riziko, a přiměřené ujištění, že auditní orgán funguje 
dobře a že je zapotřebí provést pouze určitá, případně jen 
drobná zlepšení, při zohlednění kumulativních znalostí 
Komise v oblasti auditu a zkušeností s daným auditním 
orgánem. Zohledňuje rovněž auditní výsledky Účetního 
dvora.
48.
Na základě vlastního posouzení Komise zastává názor, že 
na konci roku 2013 jsou splněny požadavky pro všech 61 
programů. Ve svém posouzení vychází Komise z výsledků 
rozsáhlých auditních šetření zahájených v roce 2009, jejichž 
cílem je účinně ověřit spolehlivost auditních orgánů. Dále 
bere v úvahu veškerá regulační ustanovení včetně výběru 
nestatistických vzorků, který v některých případech před -
stavuje nejlepší odhad rizika a účinnosti řídicího a kontrol -
ního systému, a rovněž kumulativní riziko zbytkových chyb, 
vypočtené pro každý program nebo skupiny programů od 
roku 2012, jak je uvedeno výše.
Komise navíc konstatuje, že programy, na něž odkazuje 
Účetní dvůr v rámečku 6, představují 5 % celkových pro -
středků z EFRR/FS a méně než 1 % celkových prostředků 
z ESF.Rámeček 6 a) – První odrážka
Jsou-li programy v rámci společného řídicího a kontrolního 
systému seskupeny pro účely statistického výběru vzorků, 
jak stanoví nařízení, nemůže Komise vypočítat kumula -
tivní riziko zbytkových chyb jednotlivých programů, jelikož 
auditní orgány vykazují pouze jednu míru chyb společnou 
pro všechny seskupené programy. Tento přístup se pou -
žije ve všech případech pro všechny členské státy, pokud 
auditní orgány seskupí programy do jediného reprezenta -
tivního vzorku.
Šest programů zmiňovaných Účetním dvorem tvoří součást 
osmi programů v rámci společného řídicího a kontrolního 
systému. Vykazovaná a potvrzená míra chyb této skupiny 
programů v roce 2011 činila 2,64 %. Příslušné kumulativní 
riziko zbytkových chyb pro skupinu všech osmi programů 
dohromady po provedení oprav příslušným certifikačním 
orgánem bylo nižší než 2 %. Komise proto dospěla k závěru, 
že systémy jsou účinné pro všech osm programů.
Rámeček 6 a) – Druhá odrážka
Všechny podmínky pro vydání prohlášení o věrohodnosti 
podle článku 73 tomuto programu byly splněny již na 
počátku roku 2012. Komise se však rozhodla pro obezřetný 
přístup k řešení rizika systémových chyb ve zvláštním opat -
ření v rámci tohoto programu. Za účelem krytí tohoto rizika 
proto ve výroční zprávě o činnosti vyjádřila částečnou 
výhradu. Daný členský stát následně potvrdil, že veškeré 
výdaje vztahující se k tomuto opatření byly preventivně 
staženy již v listopadu 2011 a v roce 2012 byl realizován 
akční plán s cílem zajistit, aby u daného opatření nedošlo 
ke skutečnému ohrožení žádných výdajů. V návaznosti na 
tento závěr byla tato dílčí výhrada v listopadu 2012 zru -
šena. Po dvou auditních misích na místě byl programu 
udělen status podle článku 73. Pozitivní výsledky uvedené 
ve výroční kontrolní zprávě za rok 2012 toto posouzení 
potvrdily, jelikož potvrzená míra chyb byla nižší než 2 %, 
a Komise vydala ve výroční zprávě o činnosti za rok 2012 
výrok bez výhrad.66
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISERámeček 6 b) – První odrážka
 — U dvou případů ESF a jednoho případu EFRR zmíněných Účet -
ním dvorem Komise potvrzuje, že dotčené auditní orgány se 
vzhledem k malé velikosti souboru odpovídajícím způsobem 
řídily pokyny Komise ohledně výběru vzorků. Komise pouka -
zuje na to, že v případě malého statistického souboru opera -
cí nařízení umožňuje použít míru chyb ze vzorku, který není 
statistickým vzorkem. Jedná se o jediné dostupné ukazatele 
pro odhad celkového rizika u dotčených programů, a proto 
je Komise používá pro účely prohlášení o věrohodnosti. V ta -
kových případech Komise bere v úvahu rovněž vlastnosti sta -
tistického vzorku a rozsah auditu. Ve dvou případech ESF byl 
vzhledem k malé velikosti statistického souboru splněn poža -
davek na minimální rozsah (10 %). Pro zbývající program EFRR 
bylo v roce 2011 přiměřené použití náhodného výběru, který 
zahrnoval předměty vysoké hodnoty a více než 10 % výdajů.
 — Komise kromě toho ve svém posouzení vycházela nejen 
z míry chyb vykazované ve výročních kontrolních zprávách, 
ale také z dalších prvků, které získala v průběhu auditní čin -
nosti, například opakovaného provedení řady kontrol operací 
provedených auditním orgánem a nashromážděných znalostí 
fungování příslušných systémů.
 — Vzhledem k tomu, že tyto prvky byly pozitivní, dospěla Komise 
k závěru, že má dostatečné východisko, na jehož základě může 
těmto třem programům vydat prohlášení o věrohodnosti po -
dle článku 73.
 — U vzorku za rok 2013 se oba auditní orgány rozhodly pro 
metodu statistického výběru vzorků, a to vzhledem k nárůs -
tu velikosti souboru a nižšímu prahu pro volbu statistického 
výběru vzorků stanovenému v revidovaných pokynech pro 
výběr vzorků, které Komise poskytla v dubnu 2013.
Viz též odpověď k bodu 36.Rámeček 6 b) – Druhá odrážka
Prohlášení o věrohodnosti podle článku 73 bylo těmto 
dvěma programům vydáno v červnu 2012 na základě 
závěru, že byly splněny všechny podmínky stanovené 
v plánu postupu Komise. V daném okamžiku Komise pře -
zkoumala metodiku výběru vzorků použitou auditním 
orgánem ve čtyřech po sobě jdoucích výročních zprávách 
od roku 2008 a konstatovala, že je v souladu. Informace 
o změně metodiky výběru vzorků byla poskytnuta v pro -
sinci 2012 v nové výroční kontrolní zprávě, která byla před -
mětem okamžitého posouzení. Komise na základě svého 
posouzení konstatovala, že vyloučení výdajů ze souboru, 
u něhož měl být proveden výběr vzorků, není v souladu 
s pravidly. Dospěla však k závěru, že tato změna meto -
diky nemá žádný vliv na vykazovanou míru chyb a že ji 
auditní orgán zvolil kvůli efektivnosti nákladů, neboť audit 
u dotčených příjemců v uplynulých letech již proběhl, aniž 
by se vyskytly chyby.
Komise konstatuje, že změna metodiky zvětšila rozsah 
auditu v porovnání s předchozími roky z 5 na 20 %.
Rámeček 6 b) – Třetí odrážka
Operační program zmiňovaný Účetním dvorem je čtvr -
tým nejmenším operačním programem z ESF. Roční platby 
v období 2010–2012 činily v průměru 1,5 milionu EUR. 
I přes velmi malý rozsah tohoto operačního programu 
nelze v jeho případě uplatnit článek 74, který stanoví při -
měřená kontrolní opatření pro malé operační programy, 
protože míra spolufinancování tohoto operačního pro -
gramu přesahuje 40 %.
Komise dále potvrzuje, že má dostatečné důvody k tomu, 
aby tomuto programu vydala prohlášení o věrohodnosti 
podle článku 73, který má obdobný dopad jako článek 74; 
auditní orgán se totiž náležitě řídil pokyny Komise týka -
jícími se výběru vzorků, vzhledem k velmi malé velikosti 
souboru, který zdaleka nedosahoval požadovaného limitu 
pro výběr statistických vzorků zmíněný Účetním dvorem 
v poznámce pod čarou 9 (méně než 20 projektů v letech 
2011 a 2012). Proto nebylo možné u daného souboru pou -
žít výběr statistických vzorků. Bylo však dosaženo mini -
málního 10% rozsahu, který je požadován v pokynech pro 
výběr vzorků.
Kromě toho byl řídicí a kontrolní systém tohoto operačního 
programu vyhodnocen jako účinný a míra chyb vykazovaná 
řídicím orgánem a potvrzená Komisí byla konstantně nižší 
než 2 %.67
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISERámeček 6 c)
Komise se domnívá, že těmto dvěma programům vydala 
prohlášení o věrohodnosti podle článku 73 na základě spo -
lehlivých, konzistentních a transparentních kritérií poté, co 
zohlednila zjištění Účetního dvora.
V jednom ze dvou případů zmiňovaných Účetním dvorem 
byl řídicí a kontrolní systém vyhodnocen jako účinný a míra 
chyb vykazovaná auditním orgánem a potvrzená Komisí byla 
v průběhu celého období (2010–2012) trvale nižší než 2 %.
Ve druhém případě nesouvisela zjištění Účetního dvora 
s fungováním auditního orgánu, nýbrž s jinými prvky 
řídicího a kontrolního systému, a jsou řešena. Komise se 
domnívá, že nedostatky řídicího a kontrolního systému zjiš -
těné v roce 2013 nemusí mít nutně vliv na to, do jaké míry 
se spoléhá na práci auditního orgánu.
Rámeček 6 d)
Oběma dotčeným auditním orgánům bylo prohlášení 
o věrohodnosti podle článku 73 vydáno v červnu a září 
2012. Připomínka Účetního dvora se týká zjištění zveřejně -
ných v roce 2013.
Komise v každém případě po důkladném posouzení zjištění 
Účetního dvora potvrzuje, že tyto auditní orgány splňují 
požadavky článku 73. Komise podrobně monitoruje, zda 
jsou tyto požadavky plněny i nadále, v rámci svého nedáv -
ného společného auditního šetření týkajícího se monitoro -
vání článku 73 (viz odpověď k bodu 54).
Společná odpověď k bodům 49 a 50
Jak je uvedeno v aktualizovaném plánu a ve společném 
auditním šetření, o nichž bylo rozhodnuto v září 2013, 
a jak odráží auditní strategie útvarů Komise, odpovída -
jící monitorování článku 73 se provádí na základě analýzy 
vnitrostátních zpráv o auditech systémů a výročních kon -
trolních zpráv (včetně zjišťovacích misí, je-li to nezbytné), 
přezkumu pracovní dokumentace na místě, opakovaného 
provádění auditů auditním orgánem a dvoustranných koor -
dinačních setkání.
Viz též odpověď k bodu 32.Společná odpověď k bodům 51 až 53
Plán postupu byl míněn jako strategický dokument s cílem 
stanovit podmínky pro vydávání prohlášení o věrohod -
nosti podle článku 73 a pro účely monitorování, nikoli jako 
metodický dokument. Po přijetí první skupiny rozhodnutí 
o vydání prohlášení o věrohodnosti podle článku 73 v první 
polovině roku 2012 byla vypracována metodika provádění 
monitorovacích misí a na základě zkušeností ze dvou pilot -
ních misí provedených v roce 2012 bylo upřesněno nové 
šetření, což zahrnovalo opakované provedení auditu a pře -
zkum pracovní dokumentace.
V souladu s aktualizovaným plánem postupu, společným 
auditním šetřením a auditní strategií budou prováděny 
monitorovací mise každého auditního orgánu, jemuž 
bylo vydáno prohlášení o věrohodnosti podle článku 73, 
v zásadě každý druhý rok. Tyto monitorovací mise zahr -
nují opakované provádění auditů a přezkum pracovní 
dokumentace v souladu s mezinárodními auditorskými 
standardy.
Společná odpověď k bodům 54 a 55
GŘ pro regionální a městskou politiku ve své výroční zprávě 
o činnosti za rok 2012 uvádí, že provedlo monitorování 
programů, jimž byl přiznán status „jednotného auditu“, a že 
tyto programy i nadále splňují podmínky statusu „jednot -
ného auditu“, jimiž bylo přiznání tohoto statusu podloženo, 
neboť auditní orgány u některých dotčených programů 
řádně vykazovaly nové nedostatky. To znamenalo, že pří -
slušné auditní orgány i nadále náležitě fungovaly.
V září 2013 Komise formálně aktualizovala svůj původní 
plán postupu a přijala auditní šetření, kterým se stanoví 
metodika a postup monitorování statusu „jednotného 
auditu“. Příloha I tohoto aktualizovaného plánu postupu 
obsahuje přehled opatření / nápravných opatření pro pří -
pady, kdy již není splněna jedna nebo více výchozích pod -
mínek uplatňování zásady jednotného auditu.
Komise monitoruje všechny dotčené programy, například 
formou opakovaného provedení auditu. Na konci roku 2013 
monitorovala Komise 19 operačních programů, jimž bylo 
vydáno prohlášení o věrohodnosti podle článku 73, pro 
sedm auditních orgánů v souladu s metodikou auditu 
Komise. U čtyř auditních orgánů jsou prováděna konkrétní 
nápravná opatření.68
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISEGŘ pro zaměstnanost ve své výroční zprávě o činnosti 
nezjistilo žádné problémy odůvodňující přehodnocení ope -
račních programů, jimž bylo v roce 2012 vydáno prohlášení 
o věrohodnosti podle článku 73. Proto nebylo nutné zahájit 
žádná nápravná opatření vedoucí ke zrušení nebo poza -
stavení statusu jednotného auditu uděleného v roce 2012. 
Komise navíc koncem roku 2013 zahájila monitorovací mise 
těchto operačních programů.
56.
Uzávěrka programu se bude opírat o rozsáhlou auditní 
a monitorovací činnost provedenou v daném období, a to 
zejména s ohledem na výroční posouzení kumulativního 
rizika zbytkových chyb jednotlivých programů. Viz též 
odpověď k bodům 49 až 53 ohledně aktualizovaného plánu 
postupu a auditního šetření týkajícího se monitorování.
Komise upozorňuje také na skutečnost, že provádění 
konceptu jednotného auditu bude pokračovat rovněž 
v období 2014–2020, jak je stanoveno v čl. 140 odst. 3 naří -
zení o společných ustanoveních2. 
60.
Komise vydala v prvních letech provádění pokyny, které 
mají zásadní význam pro práci auditních orgánů (např. 
posouzení souladu, auditní strategie, posouzení řídicích 
a kontrolních systémů, metodika výběru vzorků). Tyto 
pokyny byly vydány včas na začátku programového období 
(viz bod 62).
2 „V případě operačních programů, u nichž Komise dojde k závěru, že se 
může spolehnout na výrok auditního orgánu, se může s auditním orgánem 
dohodnout, že omezí vlastní audity Komise na místě, jejichž předmětem 
je práce auditního orgánu, pokud neexistují důkazy o nedostatcích v práci 
auditního orgánu za účetní rok, za který byly účty schváleny Komisí.“Společná odpověď k bodu 61 a rámečku 8
Pokyny týkající se složitých otázek, zmiňované Účetním 
dvorem, se nutně zakládají na „dobré“ a  „špatné“ praxi zjiš -
těné v prvních letech provádění. Návrhy pokynů jsou před 
finalizací na zasedání výboru COCOF projednávány s audit -
ními orgány v průběhu řady technických setkání. Bylo 
tomu tak zejména v případě pokynů ke zpracování chyb, 
které byly před svým formálním sdělením rozsáhle projed -
nány s auditními orgány.
66. První odrážka
Komise souhlasí, že tyto povinné informace mohly být dále 
doplněny dalšími pokyny týkajícími se výsledků operací. 
Komise má v úmyslu poskytnout v tomto ohledu audit -
ním orgánům do konce roku 2013 dodatečné písemné 
vysvětlení.
66. Druhá odrážka
Komise obdrží dodatečné informace o výsledcích auditů 
operací, a to buď v písemné podobě, nebo v případě 
potřeby při zjišťovacích misích na místě, v závislosti na 
tom, jak vyhodnotí riziko (viz odpověď k bodu 32).
Komise zváží možnost vydat další písemné vysvětlení k této 
otázce.
66. Třetí odrážka
Při uzávěrce programu se od auditních orgánů již vyža -
duje, aby provedly víceleté posouzení fungování řídicích 
a kon trolních systémů, jakož i schopnosti zajistit nápravu 
při uzávěrce (viz pokyny pro uzávěrku vydané v roce 2013).
66. Čtvrtá odrážka
Dopady událostí po datu účetní závěrky na výrok audi -
tora jsou již částečně zahrnuty v pokynech ke zpracování 
chyb vydaných v prosinci 2011, a to pokud jde o události 
„pozitivní“.
Komise zváží možnost vydat další písemné vysvětlení k této 
otázce.
Komise předložila návrhy na zahrnutí všech předchozích 
aspektů do prováděcích aktů / aktů v přenesené pravomoci 
na programové období 2014–2020 s cílem provádění dále 
harmonizovat.69
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISE67.
Nařízení, a tím pádem i pokyny vydané Komisí, zohledňují 
mezinárodní auditorské standardy, ale musí odrážet speci -
fika a terminologii používané pro politiku soudržnosti.
Společná odpověď k bodům 68 až 69
Rozsáhlá auditní činnost, jež se od roku 2009 zaměřuje na 
přezkum práce auditních orgánů, zahrnovala rovněž kom -
plexní budování kapacit s dotčenými auditními orgány. To 
následně umožnilo výměnu osvědčených postupů se všemi 
auditními orgány prostřednictvím dalších pokynů a tech -
nických setkání.
72.
Komise nadále poskytuje auditním orgánům odbornou pří -
pravu zejména v oblasti technik výběru vzorků, auditní čin -
nost s výhledem na uzavření období 2007–2013 a auditu 
na nové programové období.
73.
Komise bere na vědomí, že vydání prohlášení o věrohod -
nosti podle článku 73 některým programům neznamená 
omezení její kontrolní činnosti. Hlavní výhoda pro Komisi 
spočívá v tom, že bude moci své omezené auditní zdroje 
soustředit na rizikovější programy a orgány a nebude 
nucena omezit kontrolní činnost jako takovou. Kromě 
toho jednotný audit neznamená, že nebude třeba prová -
dět žádný audit. Zůstane nutnost provádět monitorování 
a následná opatření, aby bylo možné zajistit spolehlivost 
auditní činnosti vnitrostátních auditních orgánů i do 
budoucna.
Společná odpověď k bodům 74 až 76
Komise zdůrazňuje, že prostřednictvím regulačního rámce 
na období 2007–2013 se výrazně zvýšila úroveň věrohod -
nosti, jíž je schopna dosáhnout, zejména proto, že umož -
ňuje posoudit věrohodnost jednotlivých operačních pro -
gramů za každý rok od počátku jejich provádění. Proto by 
měly být náklady na kontroly posuzovány spíše z hlediska 
efektivity nákladů než v absolutním měřítku.Komise konstatuje, že fondy mohou financovat činnosti 
programů v oblasti přípravy, řízení, monitorování, hodno -
cení, informování a kontroly prostřednictvím technické 
pomoci.
77.
Po řadě let v období 2000–2006, kdy míra chyb dosaho -
vala vysokých hodnot, se Komise rozhodla na období 
2007–2013 navrhnout posílená řídicí a kontrolní opatření 
zahrnující i výběr statistických vzorků. Tyto návrhy se do 
značné míry odrážejí v současném legislativním rámci. 
Komise konstatuje, že v současném programovém období 
je míra chyb podstatně nižší.
78.
Komise předpokládá, že náklady na kontroly v programo -
vém období 2014–2020 budou i nadále stabilní.
Díky nejrůznějším zjednodušením auditu stanoveným 
v tomto nařízení může snížení administrativní zátěže 
(například omezené požadavky na vykazování a rozšířené 
využití zjednodušeného vykazování nákladů) nebo pou -
žívání aktualizovaných pokynů pro výběr vzorků vést ke 
značnému zkvalitnění auditního šetření.
Tato skutečnost by více než vynahradila další úsilí, které by 
bylo nutné vynaložit při auditu účetnictví a při přezkumu 
prohlášení řídicího subjektu.70
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISESpolečná odpověď k bodům 79 a 80
Komise vítá závěr Účetního dvora. Domnívá se rovněž, že 
členské státy a Komise v porovnání s předchozími progra -
movými obdobími posílily rámec vnitřní kontroly programů 
na období 2007–2013. Komise je toho názoru, že tato sku -
tečnost přispívá k zajištění spolehlivé kapacity pro prová -
dění auditů v celé Unii.
83.
Pokud jde o rizika identifikovaná Účetním dvorem, zaujímá 
Komise následující stanovisko:
83. První odrážka
Od roku 2009 prováděla Komise za účelem přezkoumání 
práce auditních orgánů rozsáhlé audity na místě. Uskuteč -
nila 269 auditních misí a přezkoumala 47 auditních orgánů 
pro EFRR a 84 auditních orgánů pro ESF. Jednalo se při -
bližně o 96 % celkových prostředků z EFRR/FS a 99 % cel -
kových prostředků z ESF. Tyto přezkumy umožnily Komisi 
poskytovat poradenství, přispívat k budování kapacit a pře -
počítávat sazby, případně je nahradit sazbami paušálními, 
pokud byly považovány za nespolehlivé.
Celkově lze říci, že Komise má důkladný postup ověřo -
vání spolehlivosti míry chyb vykazované auditními orgány, 
jež je v případě potřeby revidována. Skutečnost, že míra 
chyb vykazovaná ve výročních zprávách o činnosti GŘ 
pro zaměstnanost a GŘ pro regionální a městskou poli -
tiku je v souladu s mírou chyb stanovenou Účetním dvo -
rem, potvrzuje spolehlivost systému auditu a systému 
výkaznictví.
83. Druhá odrážka
Komise zavedla rovněž spolehlivou metodiku ověřování 
a potvrzování míry chyb vykazované auditními orgány, 
včetně případných dalších žádostí o informace a/nebo zjiš -
ťovacích misí na místě (v roce 2013 se jednalo o 64 ope -
račních programů v rámci EFRR/FS v 11 členských státech 
a o 23 operačních programů v rámci ESF v 10 členských 
státech).
Dobrá znalost fungování velkého počtu auditních orgánů, 
kterou Komise získala prostřednictvím svého rozsáhlého 
auditního šetření, se ukázala jako velmi užitečná v oka -
mžiku, kdy Komise posuzovala vykazovanou míru chyb.83. Třetí odrážka
Komise se domnívá, že kumulativní riziko zbytkových chyb, 
které zohledňuje míru chyb a finančních oprav v průběhu 
programového období, je ukazatelem celkové schopnosti 
programů zajistit nápravu, kterou Komise každoročně hod -
notí ve svých výročních zprávách o činnosti.
Vychází ze všech dostupných údajů vykazovaných za před -
chozí období a z nejlepšího odhadu za posuzovaný rok.
Pomáhá Komisi řešit – zejména, nikoli však výlučně – situ -
aci programů, jejichž potvrzená míra chyb za daný rok se 
pohybuje mezi 2 a 5 %.
U těchto programů, k nimž se v minulosti výhrady nevy -
dávaly, lze nyní výhradu vyjádřit a následně zahájit soudní 
řízení (přerušení / pozastavení / finanční opravy).
Díky použití kumulativního rizika zbytkových chyb lze vyja -
dřovat výhrady i k dalším programům, což zmírňuje riziko 
podhodnocení rizik těchto programů identifikované Účet -
ním dvorem.
Kromě toho Komise provedla konkrétní auditní činnosti na 
základě analýzy rizika s cílem zajistit, aby opravy vykazo -
vané u 68 operačních programů v posledních třech letech 
byly účinně provedeny, a v případě pochybností nebo 
nedostatečných důkazů odečte příslušné částky od kumu -
lativních finančních oprav zohledněných pro účely výpočtu 
míry zbytkových chyb.71
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISEKomise se vždy snaží zajistit, aby zprávy předkládané 
orgánu udělujícímu absolutorium poskytovaly přesný 
a spolehlivý obraz odhadovaného rizika ovlivňujícího roz -
počet EU pro jednotlivé členské státy a přitom zohled -
ňovaly rovněž schopnost ve víceletém výhledu zajistit 
nápravu. Útvary Komise uvádějí ve svých výročních zprá -
vách o činnosti zcela transparentně veškeré dostupné 
informace.
Komise každoročně důkladně přezkoumává míru chyb 
vykazovanou auditními orgány. Tento proces ověřování 
společně s rozsáhlými výsledky auditních šetření umožňuje 
Komisi zveřejňovat ve svých výročních zprávách o činnosti 
úplnou a spolehlivou potvrzenou míru chyb a v případě 
potřeby vyjadřovat příslušné výhrady.
Komise se domnívá, že platnost a spolehlivost jejího pří -
stupu potvrzuje skutečnost, že po dobu tří let po sobě 
v případě GŘ pro zaměstnanost a po dobu dvou let po 
sobě v případě GŘ pro regionální a městskou politiku se 
Komisí odhadovaná míra chyb uvedená ve výroční zprávě 
o činnosti shodovala s mírou chyb Účetního dvora.
Doporučení 1
Komise je toho názoru, že toto doporučení již bylo 
realizováno.
Komise má zaveden důkladný proces ověřování včetně 
zjišťovacích misí na místě, jehož účelem je zajistit přesnost 
a spolehlivost míry chyb vykazované vnitrostátními audit -
ními orgány. Považuje-li míru chyb za nespolehlivou, pou -
žívá alternativně rovněž paušální sazby. Tento proces od 
roku 2009 doplňuje vyčerpávající auditní šetření Komise, 
kdy provedení 269 auditních misí umožnilo přezkoumání 
práce auditních orgánů pokrývající více než 90 % přídělů 
v rámci fondů, a to i pomocí opakovaného provedení 
auditů. Komise rovněž provádí audity zaměřené na riziko 
s cílem ověřit správnost vykázaných finančních oprav.
Komise bude i nadále zajišťovat přísnou kontrolu vykazo -
vané míry chyb s cílem monitorovat a přezkoumávat práci 
auditních orgánů a provádět cílené audity, které se týkají 
kvality postupů certifikačních orgánů při účtování a vyka -
zování finančních oprav.Doporučení 2
Komise ve svém návrhu nařízení o společných ustanove -
ních na období 2014–2020 zavedla možnost finančních 
oprav v čisté výši, jsou-li po předložení roční účetní závěrky 
zjištěny závažné nedostatky, které nebyly zjištěny a/nebo 
vykázány auditním orgánem již dříve, a tvůrce právních 
předpisů tuto možnost odsouhlasil.
Komise má rovněž v úmyslu navrhnout v rámci sekundární 
legislativy možnost zvýšení paušálních sazeb oprav v pří -
padě opakovaného porušení týkajícího se stejných nedo -
statků, pokud členský stát nepřijme přiměřená nápravná 
opatření pro danou část systému, která byla zatížena a byla 
předmětem předcházející opravy.
84.
Údaje popsané Účetním dvorem jsou důsledkem přísných 
podmínek stanovených v nařízení, které umožňují Komisi 
a členskému státu posoudit fungování celého řídicího 
a kontrolního systému až po provedení komplexní auditní 
činnosti, včetně opakovaného provedení auditu v souladu 
s mezinárodními auditorskými standardy. Komise navíc 
musela vzhledem k pomalému postupu provádění ve vět -
šině případů počkat na poskytnutí míry chyb do roku 2010, 
někdy dokonce až do roku 2011. Komise musela tyto sazby 
pečlivě ověřovat, stejně jako výsledky svého prvního opa -
kovaně provedeného auditu činnosti auditních orgánů na 
místě, jehož účelem bylo posouzení účinnosti uplatňování 
řídicích a kontrolních systémů.
85.
Na základě vlastního posouzení Komise zásadně nesou -
hlasí se všemi 15 případy uvedenými v rámečku 6 a je 
toho názoru, že na konci roku 2013 jsou splněny poža -
davky pro všech 61 programů. Ve svém posouzení Komise 
vychází z výsledků rozsáhlých auditních šetření zahájených 
v roce 2009, jejichž cílem bylo účinně ověřit spolehlivost 
auditních orgánů. Dále bere v úvahu veškerá regulační 
ustanovení včetně výběru nestatistických vzorků, který 
v některých případech představuje nejlepší odhad rizika 
a účinnosti řídicího a kontrolního systému, a rovněž „kumu -
lativní riziko zbytkových chyb“, vypočtené pro každý pro -
gram nebo skupiny programů od roku 2012, jak je uvedeno 
výše. Vznesené námitky jsou kromě toho obzvláště nepří -
padné pro malé operační programy.72
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISEKomise navíc konstatuje, že programy, na které odkazuje 
Účetní dvůr v rámečku 6, představují 5 % celkových pro -
středků z EFRR/FS a méně než 1 % celkových prostředků 
z ESF.
86.
Po provedení auditu Účetním dvorem příslušná gene -
rální ředitelství Komise společně vypracovala a v září 2013 
přijala auditní šetření s cílem monitorovat rozhodnutí 
o vydání prohlášení o věrohodnosti podle článku 73, která 
byla poprvé přijata v roce 2012. Navíc v září 2013 přijala 
společné rozhodnutí o aktualizaci plánu postupu ve věci 
článku 73 a postupů monitorování.
Viz níže odpověď k doporučení 4.
Doporučení 3
Komise je toho názoru, že status jednotného auditu byl 
udělován na základě spolehlivých, jednotných a transpa -
rentních kritérií. Dále se domnívá, že do konce roku 2013 
budou všechny požadavky těchto programů splněny.
Komise bude i nadále uplatňovat robustní přístup, dále 
vyjasněný na základě provádění plánu postupu ve věci 
článku 73 aktualizovaného v září 2013.
Doporučení 4
Komise se domnívá, že toto doporučení je prováděno pro -
střednictvím aktualizovaného plánu postupu a auditního 
šetření monitorování článku 73 přijatého v září 2013.
Po přijetí první skupiny rozhodnutí podle článku 73 v první 
polovině roku 2012 a na základě pilotních misí vypraco -
valy útvary Komise metodiku auditu za účelem provádění 
monitorovacích misí, která zahrnuje opakované provádění 
auditů a přezkoumání pracovních dokumentů v souladu 
s mezinárodními auditorskými standardy.87.
Komise vítá posouzení Účetního dvora a i nadále úzce spo -
lupracuje s auditními orgány s cílem neustále zdokonalo -
vat své pokyny a podporu. Komise aktivně prosazuje uplat -
ňování svých přepracovaných pokynů pro výběr vzorků 
z dubna 2013 prostřednictvím vzdělávacích seminářů 
v jednotlivých decentralizovaných členských státech, aby 
tak zajistila patřičné poskytování informací všem dotčeným 
auditním orgánům v těchto členských státech.
Komise zahájila dialog s auditními orgány s cílem nále -
žitě se připravit na zahájení období 2014–2020 a zkvalitnit 
sekundární legislativu týkající se problematiky práce audit -
ních orgánů.
Doporučení 5
Komise s tímto doporučením souhlasí a přijímá opatření 
s cílem zajistit zdokonalení sekundární legislativy a včasné 
a úplné pokyny ve stabilním metodickém rámci nezbytné 
pro činnost auditních orgánů, přičemž využívá zkušeností 
nashromážděných za programové období 2007–2013.
Komise do konce roku 2013 dále vyjasní některé aspekty 
stávajících pokynů vedení formou písemného vysvětlení.
Komise je kromě toho podle nařízení pro programové 
období 2014–2020 zmocněna přijímat prostřednictvím 
prováděcích aktů a aktů v přenesené pravomoci závazné 
modely a/nebo požadavky na auditní činnost auditních 
orgánů, které by měly vycházet ze zkušeností a osvěd -
čených postupů získaných v  programovém období  
2007–2013.
89.
Smlouva, finanční nařízení a odvětvové předpisy jedno -
značně stanoví rozdělení odpovědnosti. V rámci evrop -
ských strukturálních fondů a Fondu soudržnosti je člen -
ským státům k dispozici rozsáhlý rozpočet na technickou 
pomoc. Způsob využití těchto prostředků závisí na jejich 
rozhodnutí.
Viz též odpověď Komise k doporučení 6.73
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
ODPOVĚDI  
KOMISEDoporučení 6
Komise se domnívá, že toto doporučení již bylo realizováno 
v rámci posouzení dopadů z roku 2011 (viz poznámka pod 
čarou 57). Dále konstatuje, že o zařazení technické pomoci 
do jednotlivých kategorií nákladů rozhodují členské 
státy v rámci sdíleného řízení, přičemž respektují zásadu 
subsidiarity.
Kromě toho Komise v nařízení na období 2014–2020 rozši -
řuje svůj nákladově efektivní přístup v oblasti soudržnosti. 
V důsledku toho musí nově navrhovaná ustanovení pro 
provádění fondů i ve vztahu ke kontrolám „(…) dodržovat 
zásadu proporcionality s ohledem na výši přidělené podpory 
a musí brát v úvahu celkový cíl snížení administrativní zátěže 
pro subjekty zapojené do řízení a kontroly programů“ .74
Zvláštní zpráva č. 16/2013 – Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
Evropský účetní dvůr
Zvláštní zpráva č. 16/2013
Inventura „jednotného auditu“ ( single audit ) a spolehlivost práce vnitrostátních auditních orgánů v oblasti soudržnosti z hlediska Komise
Lucemburk: Úřad pro publikace Evropské unie
2014 – 74 s. – 21 × 29,7 cm
ISBN 978-92-9241-539-6
doi:10.2865/93517

JAK ZÍSKAT PUBLIKACE EU
Bezplatné publikace :
•		jeden	výtisk:  
prostřednictvím stránek EU Bookshop ( http://bookshop.europa.eu );
•		více	výtisků,	plakáty	či	pohlednice:  
v zastoupeních Evropské unie ( http://ec.europa.eu/represent_cs.htm )  
a v delegacích Evropské unie v zemích mimo EU ( http://eeas.europa.eu/delegations/index_cs.htm );  
můžete se také obrátit na síť Europe Direct na adrese http://europa.eu/europedirect/index_cs.htm   
nebo na telefonní lince 00 800 6 7 8 9 10 11 (zdarma v rámci EU) (*).
(*) Informace jsou poskytovány zdarma, stejně jako většina telefonních hovorů (někteří operátoři, telefonní automaty nebo hotely však mohou  
 telefonické spojení zpoplatnit).
Placené publikace:
•	 prostřednictvím	 stránek	EU	Bookshop	 (http://bookshop.europa.eu ).
Předplatné:
•		u	některého	 z	prodejců	 Úřadu	pro	publikace	 Evropské	 unie	  
(http://publications.europa.eu/others/agents/index_cs.htm ).
QJ-AB-13-016-CS-C
EVROPSKÝ ÚČETNÍ DVŮRÚČETNÍ DVŮR SE DOMNÍVÁ, ŽE KOMISE UČINILA VÝRAZNÝ POKROK VE VÝVOJI 
SYSTÉMU „JEDNOTNÉHO AUDITU“ , JENŽ JÍ UMOŽŇUJE ODVOZOVAT Z PRÁCE VNI -
TROSTÁTNÍCH AUDITNÍCH ORGÁNŮ JISTOTU O LEGALITĚ A SPRÁVNOSTI VÝDA -
JŮ Z EFRR/FS A ESF . ÚČETNÍ DVŮR ODHADUJE SOUVISEJÍCÍ NÁKLADY TĚCHTO 
AUDITNÍCH ORGÁNŮ ZA CELÉ PROGRAMOVÉ OBDOBÍ 2007–2013 NA PŘIBLIŽNĚ 
860  MILIARD EUR (0,2 % ROZPOČTU EFRR/FS A ESF). ÚČETNÍ DVŮR ZJISTIL, ŽE  MÍRY 
CHYB VYKAZOVANÉ AUDITNÍMI ORGÁNY A INFORMACE ČLENSKÝCH STÁTŮ O FI -
NANČNÍCH OPRAVÁCH NEJSOU NATOLIK SPOLEHLIVÉ, ABY UMOŽNILY ÚČINNĚ 
REALIZOVAT USTANOVENÍ „JEDNOTNÉHO AUDITU“ U VŠECH PROGRAMŮ. KOMISE 
TEDY MŮŽE VE SVÝCH ZPRÁVÁCH URČENÝCH EVROPSKÉMU PARLAMENTU A RADĚ 
PROBLÉMY V OBLASTI SOUDRŽNOSTI PODCEŇOVAT.