ISSN 1831-0788
EVROPSKÝ  
ÚČETNÍ DVŮR
2012
CS
Zvláštní zpráva č. 3
STRUKTURÁLNÍ FONDY: VYŘEŠILA 
KOMISE ÚSPĚŠNĚ NEDOSTATKY  ZJIŠTĚNÉ 
V ŘÍDICÍCH A KONTROLNÍCH SYSTÉMECH  
ČLENSKÝCH STÁTŮ?

STRUKTURÁLNÍ FONDY: 
VYŘEŠILA KOMISE ÚSPĚŠNĚ 
NEDOSTATKY ZJIŠTĚNÉ V ŘÍDICÍCH 
A KONTROLNÍCH SYSTÉMECH 
ČLENSKÝCH STÁTŮ?Zvláštní zpráva č. 3  2012
(podle čl. 287 odst. 4 druhého pododstavce Smlouvy o fungování EU)
EVROPSKÝ ÚČETNÍ DVŮR
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?EVROPSKÝ ÚČETNÍ DVŮR
12, rue Alcide De Gasperi
1615 Luxembourg
LUCEMBURSKO
Tel. +352 4398-1
Fax +352 4398-46410
E-mail: eca-info@eca.europa.eu
Internet: http://eca.europa.eu
Zvláštní zpráva  č. 3  2012
Mnoho doplňujících informací o Evropské unii je k dispozici na internetu.
Můžete se s nimi seznámit na portálu Europa (http://europa.eu).
Katalogové údaje jsou uvedeny na konci této publikace.
Lucemburk: Úřad pro publikace Evropské unie, 2012
ISBN 978-92-9237-461-7
doi:10.2865/51958
© Evropská unie, 2012
Reprodukce povolena pod podmínkou uvedení zdroje.
Printed in Luxembourg
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?3
OBSAH
Body
	 GLOSÁŘ
I–IV	 SHRNUTÍ
1–16	 ÚVOD
1–7	 STRUKTURÁLNÍ 	FONDY
8–16 	 SYSTÉMOVÉ 	NEDOSTATKY 	A	NÁPRAVNÁ 	OPATŘENÍ
17–20 	 ROZSAH 	A	KONCEPCE 	AUDITU
21–77 	 PŘIPOMÍNKY
21–28 	 	INICIOVALA 	KOMISE 	VHODNÁ 	NÁPRAVNÁ 	OPATŘENÍ,	 POKUD 	BYLY 	V	ŘÍDICÍCH 	A	KONTROLNÍCH 	SYSTÉMECH 	
ČLENSKÝCH 	STÁTŮ 	ZJIŠTĚNY 	NEDOSTATKY?
21–22	 OBECNÉ 	INFORMACE 	A	KRITÉRIA 	AUDITU
23–24	 	NÁPRAVNÁ 	OPATŘENÍ 	BYLA 	SYSTEMATICKY 	INICIOVÁNA
25–28	 	V	90	%	 PŘÍPADŮ 	BYLY 	ZJIŠTĚNÉ 	NEDOSTATKY 	NÁLEŽITĚ 	VYŘEŠENY
29–41 	 BYLA 	NÁPRAVNÁ 	OPATŘENÍ 	REALIZOVÁNA 	V	PŘIMĚŘENÉ 	LHŮTĚ?
29–31	 	OBECNÉ 	INFORMACE 	A	KRITÉRIA 	AUDITU
32–34	 V 	PRŮMĚRU 	TRVÁ 	REALIZACE 	NÁPRAVNÝCH 	OPATŘENÍ 	30	MĚSÍCŮ
35–39	 	ZA	ZPOŽDĚNÍ 	JSOU 	ODPOVĚDNÉ 	PŘEDEVŠÍM 	ORGÁNY 	ČLENSKÝCH 	STÁTŮ,	 ALE	I	KOMISE…
40–41	 …	 A	KOMISE 	PODNIKLA 	URČITÉ 	KROKY,	 ABY	TUTO 	DOBU 	ZKRÁTILA
42–77 	 DOSPĚLA 	KOMISE 	K	ZÁVĚRU,	 ŽE	NEDOSTATKY 	BYLY 	NAPRAVENY,	 S	DOSTATEČNOU 	JISTOTOU?
42–43	 OBECNÉ 	INFORMACE 	A	KRITÉRIA 	AUDITU
44–46	 RŮZNÉ 	ZPŮSOBY,	 JEŽ	KOMISI 	UMOŽŇUJÍ 	ZÍSKAT 	JISTOTU
47–52	 	K	VĚTŠINĚ 	PROGRAMŮ 	BYLY 	PŘIJATY 	FINANČNÍ 	OPRAVY…
53–57	 	…	ALE	POKUD 	JDE	O	PŘESNOST 	FINANČNÍCH 	OPRAV,	 VYSOKÁ 	MÍRA 	JISTOTY 	BYLA 	ZÍSKÁNA 	POUZE 	V	67	%	
PŘÍPADŮ…
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?4
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?58–64	 	…	A	JISTOTA 	OHLEDNĚ 	ÚČELNÉHO 	FUNGOVÁNÍ 	ŘÍDICÍCH 	A	KONTROLNÍCH 	SYSTÉMŮ 	BYLA 	PODSTATNĚ 	MENŠÍ
65–72	 …	 A	DALŠÍ 	JISTOTU 	JE	TEDY 	TŘEBA 	ZÍSKAT 	PŘI	UZÁVĚRCE 	PROGRAMU…
73	 	…	I	KDYŽ 	DALŠÍ 	FINANČNÍ 	OPRAVY 	NEMUSÍ 	MÍT	ŽÁDNÝ 	DOPAD,	 PROTOŽE 	VYKÁZANÉ 	VÝDAJE 	JDOU 	NAD 	
RÁMEC 	PŘIDĚLENÉHO 	ROZPOČTU
74–77	 ZAJIŠTĚNÍ 	ÚČELNOSTI 	SYSTÉMŮ 	V	PROGRAMOVÉM 	OBDOBÍ 	2007–2013	 SI	VYŽÁDÁ 	DALŠÍ 	ÚSILÍ
78–88 	 ZÁVĚRY 	A	DOPORUČENÍ
80–81	 	KOMISE 	PŘIJÍMÁ 	VHODNÁ 	OPATŘENÍ,	 POKUD 	ZJISTÍ 	V	SYSTÉMECH 	ČLENSKÝCH 	STÁTŮ 	NEDOSTATKY,	
ALE CELÝ 	PROCES 	AŽ	DO	PROVEDENÍ 	TĚCHTO 	OPATŘENÍ 	JE	ZDLOUHAVÝ
82	 	PŘI	ZAJIŠŤOVÁNÍ 	SPRÁVNÉHO 	UPLATŇOVÁNÍ 	FINANČNÍCH 	OPRAV 	DOSÁHLA 	KOMISE 	URČITÉHO 	ÚSPĚCHU
83–84 	 	PŘI	ZÍSKÁVÁNÍ 	JISTOTY,	 ŽE	JEJÍ	OPATŘENÍ 	VEDLA 	KE	ZLEPŠENÍ 	NÁRODNÍCH 	ŘÍDICÍCH 	A	KONTROLNÍCH 	
SYSTÉMŮ,	 BYLA 	KOMISE 	MÉNĚ 	ÚSPĚŠNÁ
85	 PROSTOR 	PRO	ZLEPŠENÍ
86–88 	 	NAHRAZENÍ 	NEZPŮSOBILÝCH 	VÝDAJŮ 	SI	ZASLOUŽÍ 	UVÁŽENÍ 	V	KONTEXTU 	ROZHODNUTÍ 	O	BUDOUCÍCH 	
VÝDAJÍCH 	NA	SOUDRŽNOST
	 PŘÍLOHA 	–	PROGRAMY 	KONTROLOVANÉ 	DOKUMENTÁRNÍMI 	KONTROLAMI
ODPOVĚDI 	KOMISE
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?5
Evropský 	fond 	pro	regionální 	rozvoj 	(EFRR) :	Jeden ze strukturálních fondů, který se soustřeďuje na posilo -
vání hospodářské a  sociální soudržnosti, a  to tak, že vyrovnává zásadní regionální rozdíly podporou rozvoje 
a strukturálních změn regionálních ekonomik. Podporuje rovněž přeshraniční, nadnárodní a  meziregionální 
spolupráci. Intervence EFRR se provádějí prostřednictvím programů, jichž se účastní mnoho projektů. 
Evropský 	sociální 	fond 	(ESF) :	Jeden ze strukturálních fondů, který se soustřeďuje na posilování hospodářské 
a sociální soudržnosti podporou vysoké úrovně zaměstnanosti, zvyšováním počtu pracovních míst a  jejich kva -
lity. Intervence ESF se provádějí prostřednictvím programů, jichž se účastní mnoho projektů. 
Finanční 	oprava :	Postup spočívající v  neuznání částky výdajů, kterou již Komise proplatila členskému státu, 
protože tato částka byla shledána nesprávnou. Pokud členské státy takové opravy provedou samy, mohou 
nesprávné částky nahradit jinými způsobilými výdaji. Pokud členské státy opravy neprovedou, Komise může 
uplatnit finanční opravy sama. V  takových případech nelze nesprávné výdaje nahradit jinými způsobilými výdaji 
a dochází k  čistému snížení příspěvku ze strukturálních fondů. 
Míra 	chyb :	Zjištěné nesprávné výdaje jako podíl celkových zkontrolovaných výdajů.
Nápravná 	opatření :	Opatření, která Komise vyžaduje po zjištění nedostatků v  řídicích a  kontrolních sy   stémech. 
Spočívají v  provádění finančních oprav výdajů, které již byly vykázány Komisi, a  ve změnách sy   stémů, které 
vedou k  jejich větší účelnosti. 
Nesprávné 	výdaje :	Výdaje, které nejsou způsobilé, protože nejsou v  souladu s  pravidly EU anebo vnitro  státními 
pravidly nebo protože jsou nadhodnoceny. 
Operační 	program 	a jednotný 	programový 	dokument, 	ve	zprávě 	se	na	ně	odkazuje 	jako 	na	„programy“ :	
Dokumenty připravené na ústřední či regionální úrovni členským státem a  schválené Komisí; měly by mít 
podobu soudržného souboru priorit včetně příslušných opatření. Projekty, které mají být spolufinancovány ze 
strukturálních fondů, musí spadat do působnosti opatření. Rámec podpory Společenství (strategie a  priority 
opatření strukturálních fondů a  členského státu, které se budou provádět prostřednictvím různých programů) 
a operační program je možno sloučit do podoby „jednotného programového dokumentu“. Každý program má 
svůj rozpočet, který sestává jednak z  národních, regionálních a  místních veřejných zdrojů, jednak z  prostředků 
na spolufinancování ze strukturálních fondů. 
Orgán 	vydávající 	prohlášení 	při	ukončení 	podpory :	Orgán vydávající prohlášení při ukončení podpory na 
konci programového období. Může jít o  týž orgán, který provádí sekundární kontroly. 
Platební 	orgán :	Orgán určený členským státem pro přípravu a  podání žádostí o  platby a  příjem plateb od 
Komise. 
Primární 	kontroly 	(kontroly 	podle 	článku 4 	v příslušném 	nařízení) :	Postupy prováděné orgánem, který 
odpovídá za řízení programu podle článku 4 nařízení Komise (ES) č.  438/2001. Jejich smyslem je ověřit skuteč -
nost nárokovaných výdajů a  zajistit dodržování platných vnitrostátních a  evropských pravidel. Tato pravidla se 
týkají zejména způsobilosti výdajů v  rámci příslušného programu, zadávání veřejných zakázek a  státní podpory. 
Primární kontroly jsou součástí řídicích a  kontrolních systémů. 
Programové 	období :	Víceletý rámec, v  němž se výdaje strukturálních fondů plánují a  provádějí, například 
období 2000–2006.GLOSÁŘ
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?6
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?Prohlášení 	při	ukončení 	podpory :	Výrok orgánu vydávajícího prohlášení při ukončení podpory k  platnosti 
konečné žádosti o  platbu a  konečné certifikace výdajů vykázaných k  programu spolufinancovanému ze struk -
turálních fondů. Důležité nedostatky v  řízení a  kontrolách či velká četnost nesrovnalostí by měla vést k  vydání 
záporného výroku. V  případě velké četnosti nesrovnalostí se ve výroku na tyto okolnosti poukáže, odhadne se 
rozsah problému a  jeho finanční dopad. 
Řídicí 	a kontrolní 	systémy :	Systémy zavedené za účelem řízení a  kontroly podpory poskytované ze strukturál -
ních fondů a  spravované členskými státy. Měly by zajišťovat řádné finanční řízení strukturálních fondů a  posky -
tovat přiměřenou jistotu ohledně přesnosti, správnosti a  způsobilosti prohlášení o  výdajích předkládaných 
Komisi. 
Řídicí 	orgán :	Orgán určený členským státem k  řízení programu. Může rozhodnout o  postoupení úkolů tzv. 
zprostředkujícím subjektům. 
Sekundární 	kontroly 	(kontroly 	na	základě 	vzorku 	nebo 	kontroly 	podle 	článku 	10	v příslušných 	naříze -
ních) :	Kontroly prováděné podle článku 10 nařízení Komise (ES) č. 438/2001 orgánem nezávislým na řídicím 
a platebním orgánu. Jejich smyslem je ověřit účelnost zavedených řídicích a  kontrolních systémů a  výběro -
vým způsobem ověřit prohlášení o  výdajích připravená na různých úrovních. Kontroly se provádějí na základě 
reprezentativního vzorku schválených projektů. Musí pokrýt minimálně 5  % celkových způsobilých výdajů již 
vykázaných Komisi a  být rovnoměrně rozloženy na celé  programovém období. Výsledky kontrol se vykazují 
Komisi ve výročních zprávách (zprávy podle článku 13) a  jsou východiskem pro prohlášení při ukončení pod -
pory programu. Sekundární kontroly jsou součástí řídicích a  kontrolních systémů. 
Strukturální 	fondy :	Základní politický nástroj Unie na podporu cílů Smlouvy týkajících se hospodářské a  soci -
ální soudržnosti. Strukturální fondy jsou dva: EFRR a  ESF.
Uzávěrka 	programu :	Provádí se na základě prohlášení při ukončení podpory. Jde o  finanční vypořádání zbý -
vajících závazků EU k  programu platbou zůstatku členskému státu nebo vydáním oznámení o  dluhu. Konečné 
vypořádání nezbavuje Komisi práva přijmout později finanční opravy.
Zpráva 	podle 	článku 13 :	Výroční zpráva podle článku 13 nařízení Komise (ES) č. 438/2001, v  níž se zveřejňují 
výsledky sekundárních kontrol a  jež se zasílá Komisi. 
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?7
SHRNUTÍ
I.
Jsou -li v řídicích a  kontrolních systémech členských 
států zjištěny nedostatky, je cílem Komise zajistit, aby 
nesrovnalosti, k  nimž v  minulosti došlo, byly opraveny 
a systémy v  budoucnu fungovaly lépe. Za tímto úče -
lem Komise může:
a) požádat členské státy, aby provedly finanční opra -
vy. Pokud členský stát s  provedením finanční opra -
vy nesouhlasí, Komise mu ji může uložit;
b) požádat členské státy o  provedení nápravných 
opatření, aby výdaje, které teprve mají být vyká -
zány, byly zpracovány účelně fungujícími systémy 
schopnými předcházet nesrovnalostem, případně 
je zjišťovat a  opravovat;
c) pozdržet platby do doby, kdy budou provedeny 
náležité opravy.
II.
Účetní dvůr prováděl audit především na základě 
přezkumu 40 programů, v  nichž byly zjištěny pod -
statné nedostatky. Soustředil se na posouzení toho, 
zda Komise nedostatky zjištěné v  řídicích a  kontrol -
ních systémech členských států uspokojivě vyřešila, 
zejména zda:
a) iniciovala vhodná nápravná opatření;
b) zajistila, aby tato opatření byla provedena včas;
c) měla dostatečnou jistotu, že její opatření ved -
la k náležitým finančním opravám u  v minulosti 
vzniklých nesrovnalostí a  ke zlepšením systémů, 
která opětovnému vzniku takových nesrovnalostí 
v budoucnu zabrání.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?8
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?IV.
Doporučení Účetního dvora:
a) Co se týče provádění nápravných opatření, Komise 
by měla:
 —omezit délku trvání správního postupu od 
zjištění nedostatku po provedení nápravných 
opatření;
 —zaměřit více svou auditní práci na činnost 
auditních orgánů a  zajistit, aby tyto orgány 
poskytovaly spolehlivé údaje o  mírách chyb, 
aby se pak na jejich základě mohly uplatňovat 
finanční opravy;
 —šířit používání kontrolních seznamů, jež fun -
gují jako příklad osvědčené praxe a  jimiž se 
budou orgány členských států při svých pri -
márních kontrolách řídit;
 —zajistit, aby finanční opravy provedené před 
uzávěrkou pokryly veškeré vzniklé výdaje zpra -
cované v  nedostatečných řídicích a  kontrol -
ních systémech.
b) Co se týče nahrazování nezpůsobilých výdajů, Ko -
mise, Rada a  Evropský parlament by měly:
 —v rámci diskuse o  budoucích plánech výdajů 
na soudržnost znovu uvážit, zda není třeba 
provést za účelem posílení přidané hodnoty 
evropských fondů určité změny v  mechanis -
mech možností nahrazování výdajů, které byly 
shledány nezpůsobilými.III.
Účetní dvůr obecně konstatoval, že:
a) Komise obvykle přijímá vhodná opatření, jsou -li 
v řídicích a  kontrolních systémech zjištěny nedo -
statky, provádění těchto opatření je ale zdlouhavé;
b) Komise dosáhla při zajišťování správného uplat -
ňování finančních oprav určitého úspěchu;
c) míra jistoty Komise, že opatření vedla k  zlepšením 
v národních řídicích a  kontrolních systémech, se 
různila;
d) orgány členských států byly schopny nahradit ne -
uznané nezpůsobilé výdaje novými výdaji a  mít 
rezervu pro kompenzaci dalších finančních oprav.SHRNUTÍ
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?9
ÚVOD
STRUKTURÁLNÍ 	FONDY
1.	 Strukturální fondy představují přibližně jednu třetinu rozpočtu EU. Fi -
nanční zdroje určené na hlavní fondy v  programových obdobích 2000–
2006 a  2007–2013 uvádí tabulka 1  (k 3.1.2012).
2.	 Řízení výdajů strukturálních fondů sdílí Komise a  členské státy1: členské 
státy připravují víceleté programy, které posuzuje a  schvaluje Komise 
a posléze provádějí členské státy. Komise musí zajistit, aby členské státy 
disponovaly řádně fungujícími řídicími a  kontrolními systémy, aby moh -
ly být finanční prostředky EU efektivně a  správně využívány. Za plnění 
rozpočtu EU nese konečnou odpovědnost Komise2.1 V rámci Komise řídí 
Evropský fond pro regionální 
rozvoj Generální ředitelství 
pro regionální politiku 
(GŘ pro regionální politiku) 
a Evropský sociální fond 
Generální ředitelství pro 
zaměstnanost, sociální věci 
a sociální začleňování (GŘ pro 
zaměstnanost, sociální věci 
a sociální začleňování).
2 Čl. 17 odst. 1 SEU a článek 
317 SFEU.
TABULKA 	1
FINANČNÍ 	ZDROJE 	PRO 	STRUKTURÁLNÍ 	FONDY
(v miliardách eur)
2000–2006 2007–2013
Přidělené 
prostředky 
celkem1Částky vyplacené 
členským státůmPřidělené 
prostředky 
celkem1Částky vyplacené 
členským státům
Evropský fond pro 
regionální rozvoj (EFRR)129,6 124,3 200,3 68,7
Evropský sociální fond 
(ESF)68,5 64,5 76,6 27,1
1 Finanční prostředky poskytnuté EFRR a ESF ve finančním rámci na dané období. Tento rámec je 
víceletým výdajovým plánem, který převádí politické priority Unie do finanční reality.
Zdroj : InfoView, databáze Komise.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?10
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?3.	 Řídicí a  kontrolní systém pro období 2000–2006 je znázorněn v  diagramu  
a popsán v  níže uvedených bodech. Mechanismus pro období 2007–2013 
usiloval o  posílení tohoto systému3. Pokud jsou v  rámci této zprávy rozdí -
ly v řídicím a  kontrolním systému mezi těmito dvěma obdobími důležité, 
budou zmíněny v  příslušném oddíle.
3 Povinnosti Komise a členských států na programové období 2000–2006 definuje především nařízení Rady (ES) č. 1260/1999 ze dne 21. června 1999 
o obecných ustanoveních o strukturálních fondech (Úř. věst. L 161, 26.6.1999, s. 1) 	a nařízení Komise (ES) č. 438/2001   ze dne 2. března 2001, kterým 
se stanoví prováděcí pravidla k nařízení Rady (ES) č. 1260/1999, pokud jde o řídicí a kontrolní systémy pro pomoc poskytovanou ze strukturálních 
fondů (Úř. věst. L 63, 3.3.2001, s. 21). Pokud jde o období 2007–2013, příslušné povinnosti stanoví především nařízení Rady (ES) č. 1083/2006 ze dne 
11. července 2006 o obecných ustanoveních o Evropském fondu pro regionální rozvoj, Evropském sociálním fondu a Fondu soudržnosti a o zrušení 
nařízení (ES) č. 1260/1999 (Úř. věst. L 210, 31.7.2006, s. 25) a nařízení Komise (ES) č. 1828/2006 ze dne 8. prosince 2006, kterým se stanoví prováděcí pravidla 
k nařízení Rady (ES) č. 1083/2006 o obecných ustanoveních týkajících se Evropského fondu pro regionální rozvoj, Evropského sociálního fondu a Fondu 
soudržnosti a k nařízení Evropského parlamentu a Rady (ES) č. 1080/2006 o Evropském fondu pro regionální rozvoj (Úř. věst. L 371, 27.12.2006, s. 1).
DIAGRAM
ŘÍZENÍ 	A KONTROLA 	PROGRAMU 	STRUKTURÁLNÍCH 	FONDŮ
Navrhovatel
projektu
Řídicí orgán /
Zprostředkující
subjektPlatební
orgánEvropská
komise
Nezávislý orgán /
Orgán vydávající
prohlášení při
ukončení podporyVzniklé
výdajeSouhrnné
výdajeCerti/f_ikované
prohlášení 
o výdajíchNavrhovatel
projektu
Navrhovatel
projektuPrimární kontroly
Primární kontrolyAudity
Platby
Sekundární kontrolyKontroly
Výroční výkazy
a prohlášení přiukončení podpory
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?11
4.	 Jednotlivé projekty předkládané navrhovateli4 hodnotí a  schvaluje ří -
dicí orgán programu nebo pod jeho dohledem zprostředkující orgány. 
Výdaje vzniklé při provádění projektu se v  pravidelných intervalech vy -
kazují řídicímu orgánu, který je rovněž odpovědný za provádění kontrol 
na primární úrovni. Tyto kontroly se provádějí s  cílem zajistit legalitu 
a správnost výdajů.
5.	 Výdaje vzniklé různým navrhovatelům projektů jsou pak sloučeny a  po-
stoupeny platebnímu orgánu, který odpovídá za certifikaci prohlášení 
o výdajích zaslaných Komisi. Platební orgán je povinen ujistit se, že řídicí 
orgán náležitě splnil svou povinnost a  že v  prohlášení o  výdajích jsou 
uvedeny pouze legální a  správné výdaje. Na základě tohoto certifiko -
vaného prohlášení o  výdajích vyplácí Komise členským státům částku 
spolufinancování5 ze strukturálních fondů.
6.	 Za provádění sekundárních kontrol, jejichž smyslem je ověřit účelnost 
zavedených systémů a  prohlášení o  výdajích, odpovídá orgán, který musí 
být na řídicím a  platebním orgánu nezávislý. Výsledky, které zejména ke 
konci období 2000–2006 často zahrnovaly i  míry chyb u  zkontrolovaných 
výdajů, jsou každoročně vykazovány Komisi v  rámci tzv.  výročních zpráv 
podle článku 136.
7.	 Po skončení programového období vstupují programy do fáze uzávěrky, 
kdy Komise a  členské státy provedou konečné vypořádání účtů. Tento po -
stup začíná nejpozději 15 měsíců po skončení programového období po -
dáním dokumentace k  uzávěrce programu Komisi7. Patří sem prohlášení 
o ukončení podpory, v  jehož rámci musí orgán vydávající prohlášení při 
ukončení podpory (může jít o  týž nezávislý orgán) vydat výrok o  legalitě 
a správnosti výdajů uvedených v  certifikovaném prohlášení o  konečných 
výdajích. Tento výrok vychází především z  míry chyb zjištěné na úrovni 
programu při sekundárních kontrolách, které v  průběhu programového 
období prováděl nezávislý orgán.4 Navrhovateli mohou být 
veřejné i soukromé subjekty 
a osoby. Příklad veřejného 
navrhovatele: správa 
pozemních komunikací 
staví novou dálnici. Případ 
soukromého navrhovatele: 
soukromá společnost zamýšlí 
racionalizovat svou výrobu 
pořízením nového strojního 
zařízení.
5 Rozpočet přidělený 
programu se financuje 
z veřejných zdrojů členského 
státu, soukromých prostředků 
a ze strukturálních fondů.
6 Nazývají se tak proto, že 
povinnost je předkládat 
se odvozuje od článku 13 
nařízení (ES) č. 438/2001.
7 V programovém období 
2000–2006 byly výdaje 
u většiny programů způsobilé 
od okamžiku, kdy Komise 
obdržela žádost o schválení 
programu (většinou 
1.1.2000), do 30.6.2009. 
Uzávěrka byla zahájena 
podáním dokumentace 
15 měsíců po této lhůtě, tj. 
dne 30.9.2010. U některých 
programů však tento postup 
začal dříve, neboť příslušné 
datum rozhodné pro určení 
způsobilosti bylo stanoveno 
na 31.12.2008, naopak 
u řeckých programů byla 
uzávěrka zahájena později, 
neboť v jejich případě 
byla lhůta způsobilosti 
prodloužena do 31.12.2009.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?12
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?SYSTÉMOVÉ 	NEDOSTATKY 	A NÁPRAVNÁ 	OPATŘENÍ
8.	 Požadavky na kontrolní systémy v  členských státech (určení orgánů a  sta-
novení kontrol, které se mají provádět) byly poprvé stanoveny v  polovině 
programovacího období 1994–19998. Následně je rozvinula nařízení na 
následující programová období.
9.	 Systémy jsou účelné, pokud zabraňují vzniku nesprávných výdajů či je 
zjišťují a  opravují. Hlavními prvky systémů pro období 2000–2006 jsou 
primární a  sekundární kontroly9:
a) primární kontroly se musí provádět před vykázáním výdajů Komisi, 
a není -li důvod provést kontrolu na základě vzorku, musí pokrývat 
všechna prohlášení o  výdajích podaná navrhovatelem projektu;
b) sekundární kontroly musí pokrýt jak zavedené systémy, tak výdaje 
vykázané na projekty. Kontroly projektů se musí provádět na vzorku, 
který pokryje minimálně 5  % výdajů již vykázaných Komisi, přičemž 
tento vzorek nemusí být statisticky reprezentativní. Mírou chyb se 
rozumí podíl nesprávných výdajů zjištěných ve vzorku na zkontro -
lovaných celkových výdajích.
10.  Pokud jsou tyto kontroly nedostatečné, riziko, že budou vykázány a  pro-
placeny nesprávné výdaje, je vysoké, což potvrzují i  trvale vysoké míry 
chyb zjištěné Účetním dvorem při jeho každoročních auditech progra -
mového období 2000–2006. Příklady systémových nedostatků a  chyb 
jsou uvedeny v  rámečku  1.
11.  Komise zjišťuje nedostatky v  řídicích a  kontrolních systémech na zá -
kladě svých vlastních auditů, auditů Evropského účetního dvora či au -
ditů a  kontrol orgánů členských států (uvedených ve zprávách podle 
článku  13). GŘ pro zaměstnanost, sociální věci a  sociální začleňování a  GŘ 
pro regionální politiku uvádějí ve svých výročních zprávách o  činnosti 
posouzení účelnosti systémů každého schváleného programu.8 Co se týče programového 
období 1994–1999, 
viz nařízení Komise 
(ES) č. 2064/97 ze dne 
15. října 1997, kterým 
se stanoví podrobný 
mechanismus provádění 
nařízení Rady (EHS) 
č. 4253/88, pokud jde 
o finanční kontrolu operací 
spolufinancovaných ze 
strukturálních fondů 
prováděnou členskými státy 
(Úř. věst. L 290, 23.10.1997, 
s. 1). Toto nařízení bylo 
zrušeno nařízením (ES) 
č. 438/2001, které se 
uplatňovalo v období 
2000–2006.
9 Kontroly prováděné 
platebními orgány (viz bod 5) 
se nepovažovaly za součást 
hlavních prvků, protože ze své 
podstaty mohly jen zřídkakdy 
kompenzovat nedostatečné 
primární a sekundární 
kontroly. Rovněž byly jen 
výjimečně předmětem 
rozsáhlých nápravných 
opatření.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?13
12.  Jakmile jsou nedostatky zjištěny, Komise může volit mezi těmito kroky10:
a) po zaslání tzv. sdělení před oznámení o  pozastavení plateb, v  němž 
se orgány členského státu žádají o  vyjádření, pozastavit platby do 
doby, než budou nedostatky napraveny;
b) požádat členské státy, aby provedly nápravná opatření. V  závislosti 
na zdroji zjištění nedostatků má žádost Komise podobu doporuče -
ní uvedených v  jejích auditních zprávách nebo oznámení, v  nichž 
odkazuje na připomínky ve zprávách jiných orgánů. Je možné je 
doplnit samostatně dojednanými plány postupu.10 Viz články 38 a 39 nařízení 
(ES) č. 1260/1999.
RÁMEČEK 	1
PŘÍKLADY 	SYSTÉMOVÝCH 	NEDOSTATKŮ 	A CHYB
Nízké pokrytí výdajů primárními kontrolami či nedostatečná kvalita těchto kontrol zvyšují riziko, že nebudou 
zjištěny nesprávné výdaje, jako jsou:
 οnezpůsobilé výdaje: pokud jsou například při auditu zjištěny vykázané výdaje týkající se projektu, který 
se nenachází ve způsobilé oblasti, povede tato nesrovnalost k  100 % míře chyb,
 οvýdaje, které ve skutečnosti nevznikly nebo nebyly zdokumentovány: pokud jsou například vykázány 
osobní náklady na čtyři osoby pracující na projektu a  při auditu se zjistí, že jedna z  těchto osob se ve 
skutečnosti na tomto projektu nepodílela, povede tato nesrovnalost ke 25  % míře chyb.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?14
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?13.  Cílem Komise je dosáhnout stavu, kdy výdaje budou legální a  správné, 
a zdokonalovat budoucí řízení (viz příklady v  rámečku 2 ).
a) Pokud jde o  již vzniklé, Komisí proplacené výdaje, jsou orgány člen -
ských států požádány, aby zhodnotily rozsah nesrovnalostí a  na zá -
kladě svého hodnocení uplatnily finanční opravy. Pokud členský stát 
s opravou souhlasí, uvolněné finanční prostředky na financování 
ze strany EU lze opětovně využít pro jiné způsobilé výdaje v  rámci 
příslušného programu11. Pokud členský stát s  tímto postupem ne -
souhlasí, může Komise finanční opravu provést sama. V  případě, že 
opravu provede Komise, členský stát o  prostředky EU přichází.
b) Pokud jde o  výdaje, které Komisi zatím nebyly vykázány, jsou orgány 
členského státu požádány, aby provedly změny v  řídicích a  kontrol -
ních systémech tak, aby tyto systémy byly účelné.11 Čl. 39 odst. 1 nařízení (ES) 
č. 1260/1999.
RÁMEČEK 	2
PŘÍKLADY 	OPATŘENÍ 	POŽADOVANÝCH 	KOMISÍ 	K NÁPRAVĚ 	NEDOSTATKŮ
Po provedení auditu v  jednom členském státě Komise požadovala realizaci akčního plánu, který se týkal tří programů 
a souvisel s  veřejnými zakázkami12. Sestával z  těchto opatření:
 οprovést na základě statisticky získaného vzorku retrospektivní ověření smluv na veřejné zakázky, k  nimž byly 
vykázány výdaje, a  kvantifikovat finanční dopad zjištěných chyb,
 οrevidovat metodiku kontroly legality postupů pro zadávání veřejných zakázek a  zaslat její popis Komisi.
V jiném případě Komise při auditu zjistila nenáležité primární kontroly. Požádala proto vnitrostátní orgány, aby:
 οzvýšily počet kontrolovaných výdajových položek,
 οzajistily, aby se při primárních kontrolách kontrolovala pravidla způsobilosti (používané kontrolní seznamy by 
měly být dostatečně podrobné).
12 Existují evropské směrnice, které stanoví pravidla, jak postupovat u zakázek na stavební práce, služby a dodávky, pokud původní rozpočet 
příslušných smluv překročí strop stanovený v těchto směrnicích. Aktuálně platné (a v legislativě členských států provedené) směrnice 
Evropského parlamentu a Rady jsou: směrnice Evropského parlamentu a Rady 2004/17/ES ze dne 31. března 2004 o koordinaci postupů při 
zadávání zakázek subjekty působícími v odvětví vodního hospodářství, energetiky, dopravy a poštovních služeb (Úř. věst. L 134, 30.4.2004, 
s. 1) a směrnice Evropského parlamentu a Rady 2004/18/ES ze dne 31. března 2004 o koordinaci postupů při zadávání veřejných zakázek 
na stavební práce, dodávky a služby (Úř. věst. L 134, 30.4.2004, s. 114). Pro zakázky, na něž se ustanovení směrnic nevztahují (rozpočet 
nepřekračuje strop), mohou platit zvláštní ustanovení národních či regionálních právních předpisů.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?15
14.  Jakmile Komise získá dostatečné a  spolehlivé důkazy o  úspěšném prove -
dení požadovaných opatření, může tato opatření uzavřít anebo pozasta -
vení zrušit a  na základě obdržených prohlášení o  výdajích znovu zahájit 
vyplácení plateb.
15.  V průběhu uzávěrky programu, která v  současné době probíhá pro pro -
gramové období 2000–2006, má Komise poslední možnost systémové 
nedostatky vyřešit. Komise provádí kontroly kvality, aby mimo jiné získala 
jistotu o  platnosti míry chyb uvedené v  prohlášení o  ukončení podpo -
ry. Pokud konečná míra chyb, jejíž platnost byla potvrzena Komisí, pře -
sáhne 2  %, uloží Komise finanční opravy na základě extrapolace. Pokud 
míry chyb nedosahují 2  %, provádějí se individuální opravy nesprávných 
částek.
16.  V návaznosti na výroční zprávu Účetního dvora za rok  2006 přijala Komise 
v roce  2008 akční plán13 k posílení svého dohledu nad členskými státy. 
Jeho smyslem bylo řešit vysokou míru chyb v  náhradách na strukturální 
opatření a  nedostatky v  systémech členských států. O  dva roky později, 
v únoru 201014, dospěla Komise k  závěru, že první audity programů na 
období 2007–2013 vykazují pozitivní výsledky a  že četná preventivní 
opatření provedená v  souvislosti s  uzávěrkou, včetně finančních oprav, 
vyústila v  očekávání, že k  datu uzávěrky bude celkové riziko chyb pod -
statně nižší, čímž se sníží riziko ztrát z  rozpočtu EU15.13 „Akční plán na posílení 
kontrolní úlohy Komise 
v rámci sdíleného řízení 
strukturálních opatření“, 
KOM(2008) 97 v konečném 
znění ze dne 19. února 2008. 
Tento akční plán, který se týká 
Komise samotné, by se neměl 
zaměňovat s konkrétním 
druhem nápravných opatření, 
jimž se rovněž říká „nápravný 
akční plán“ a jež vyžaduje 
Komise a provádějí členské 
státy (viz bod 12).
14 „Dopad akčního plánu 
na posílení kontrolní úlohy 
Komise v rámci sdíleného 
řízení strukturálních opatření“, 
KOM(2010) 52 v konečném 
znění ze dne 18. února 2010.
15 Podle účetní závěrky 
Evropské unie za rok 2010 
činí celková výše finančních 
oprav potvrzených za 
období 2000–2006 
u EFRR 4 165 milionů EUR 
a u ESF 1 174 milionů EUR. 
Celková výše finančních 
oprav vykázaných za 
období 1994–1999 činila 
1 758 milionů EUR u EFRR 
a 397 milionů EUR u ESF.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?16
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?17.  Úkolem auditu bylo posoudit, zda Komise úspěšně řeší nedostatky zjiš -
těné v  řídicích a  kontrolních systémech členských států.
18.  Účetní dvůr se zabýval následujícími dílčími otázkami:
a) Iniciovala Komise vhodná nápravná opatření, pokud byly v  řídicích 
a kontrolních systémech členských států zjištěny nedostatky?
b) Byla nápravná opatření realizována v  přiměřené lhůtě?
c) Dospěla Komise k  závěru, že nedostatky byly napraveny, s  dosta -
tečnou jistotou?
19.  Audit se soustředil na opatření přijatá Komisí za účelem nápravy nedo -
statků zjištěných především v  letech 2005–2006 a  později u  EFRR a  ESF 
na programové období 2000–2006.
20.  Audit vycházel z  přezkumu:
a) 210 programů, u  nichž Komise mezi roky 2006 a  2008 zjistila vý -
znamné nedostatky (viz tabulka  2), s cílem posoudit, zda Komise 
přijímala opatření vždy, když byly nedostatky zjištěny;
b) náhodného vzorku 40 programů (viz příloha ) (23 programů za EFRR 
a 17 programů za ESF s  přidělenými rozpočtovými prostředky v  cel-
kové výši 43  109 milionů EUR) s  cílem posoudit vhodnost přijatých 
opatření, dobu nutnou pro jejich realizaci a  míru jistoty Komise, 
s jakou vyslovila své závěry k  těmto opatřením. U  čtyř programů ze 
vzorku byly provedeny návštěvy na místě;
c) hodnocení míry jistoty, kterou Komise má ohledně účelnosti řídi -
cích a  kontrolních systémů nástupnických programů 40 programů 
ze vzorku, provedené Komisí v  jejích výročních zprávách o  činnosti 
(viz bod 11) za programové období 2007–2013.ROZSAH A KONCEPCE AUDITU
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?17
TABULKA 	2
SOUBOR 	PROGRAMŮ
ERDF ESF
Programy celkem 1223 212
Programy, u nichž Komise mezi lety 2006 a 2008 zjistila 
podstatné nedostatky113 97
Programy, u nichž se Komise a členské státy shodly na finančních 
opravách 110 58
Programy, u nichž Komise přijala rozhodnutí o pozastavení plateb 27 5
1 Tento soubor nezahrnuje programy pro iniciativu Interreg (podpora příhraniční, nadnárodní 
a meziregionální spolupráce), Urban (podpora hospodářské a sociální obnovy měst a městských 
okrajových oblastí postižených krizí) a Equal (podpora rozvoje lidských zdrojů v kontextu rovných 
příležitostí). Jeden program může obsáhnout některá opatření spolufinancovaná z ESF a jiná 
spolufinancovaná z EFRR. V takových případech je program uveden jak ve sloupci EFR, tak ve 
sloupci ESF.
Zdroj : Evropský účetní dvůr na základě údajů Komise.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?18
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?INICIOVALA 	KOMISE 	VHODNÁ 	NÁPRAVNÁ 	
OPATŘENÍ, 	POKUD 	BYLY 	V ŘÍDICÍCH 	A KONTROLNÍCH 	
SYSTÉMECH 	ČLENSKÝCH 	STÁTŮ 	ZJIŠTĚNY 	
NEDOSTATKY?
OBECNÉ 	INFORMACE 	A KRITÉRIA 	AUDITU
21.  Jakmile se Komise doví o  podstatných nedostatcích v  řídicích a  kon-
trolních systémech programu, musí v  rámci řádného provádění dozoru 
iniciovat řízení s  orgány odpovědného členského státu. Cílem tohoto 
postupu je definovat relevantní nápravná opatření, která provedou or -
gány členského státu, s  cílem opravit již vykázané nesprávné náklady 
a zajistit účelnost systémů.
22.  Účetní dvůr posuzoval, zda
a) Komise přijala opatření ve všech případech, kdy byly zjištěny pod -
statné nedostatky;
b) byly veškeré podstatné nedostatky vyřešeny vhodnými nápravnými 
opatřeními.
NÁPRAVNÁ 	OPATŘENÍ 	BYLA 	SYSTEMATICKY 	INICIOVÁNA
23.  Z prověrky 210 programů, u  nichž byly mezi lety 2006 a  2008 zjištěny 
podstatné nedostatky, vyplynulo, že Komise přijala opatření ve všech 
případech.
24.  Formulace žádostí Komise na základě informací ve zprávách podle článku 
13 (šlo především o  GŘ pro zaměstnanost, sociální věci a  sociální začle -
ňování) byly nutně obecné, neboť podrobnosti o  nedostatcích nebyly 
k dispozici. Ve většině případů (přibližně 75  %) nevedly žádosti na základě 
zpráv podle článku 13 k  finančním opravám.PŘIPOMÍNKY
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?19
V	90	%	PŘÍPADŮ 	BYLY 	ZJIŠTĚNÉ 	NEDOSTATKY 	NÁLEŽITĚ 	VYŘEŠENY
25.  U většiny ze 40 programů, které byly předmětem přezkumu Účetního 
dvora, řešila opatření Komise ke zlepšení systémů v  členských státech 
všechny zjištěné nedostatky.
26.  Pokud Komise u  projektů zjistila chyby systémové povahy16, žádala, aby 
byly podniknuty kroky s  dopadem na další výdaje, které mohly být těmito 
chybami zasaženy. Dále v  některých případech vedla zjištění u  jednoho 
či více programů v  konkrétním členském státě Komisi k  tomu, aby po -
žadovala realizaci opatření i  u jiných programů v  tomto členském státě, 
i když tyto programy nebyly předmětem auditu. Příklad takové rozšířené 
žádosti o  přijetí opatření je uveden v  rámečku 3 .
27.  U většiny ze 40 programů, které byly předmětem přezkumu Účetního 
dvora (90  %), byla opatření požadovaná Komisí vhodnou reakcí na zjiš -
těné nedostatky. Příklad reakce, jejíž rozsah nebyl adekvátní, je uveden 
v rámečku  4.16 Chyba se považuje za 
systémovou, pokud existuje 
velká pravděpodobnost, že 
týž problém může mít dopad 
na jiné projekty podobné 
povahy. Pak je nutno stanovit 
rozsah takové systémové 
chyby. Příklad: navrhovatel 
projektu si chybně vyložil 
pravidlo o způsobilosti. Pokud 
realizoval několik projektů, 
je možné, že tento chybný 
výklad uplatnil u všech. 
U všech těchto projektů 
mohly proto být vykázány 
nesprávné výdaje.
RÁMEČEK 	3
PŘÍKLAD 	ROZŠÍŘENÍ 	ŽÁDOSTI 	O PŘIJETÍ 	OPATŘENÍ 	NA	NEAUDITOVANÉ 	PROGRAMY
Při auditech prováděných Komisí u  dvou programů v  členském státě (Sardinie a  Latium) byly zjištěny problémy 
s uplatňováním pravidel pro zadávání veřejných zakázek. Jelikož tyto problémy byly vyhodnoceny jako problémy 
systémové povahy, Komise neomezila svou žádost o  provedení finančních oprav pouze na auditované projek -
ty. Členský stát byl požádán, aby provedl kontrolu reprezentativního vzorku všech zakázek, na něž se vztahují 
pravidla pro zadávání veřejných zakázek, a  všech svých programů. Na základě výsledků pak byly provedeny 
finanční opravy.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?20
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?28.  Jak ukazují příklady v  rámečku 5 , rozsah požadavků Komise se někdy 
různí, zejména co se týče provádění primárních kontrol. Zatímco u  ně-
kterých programů orgány kontrolovaly 100  % vykázaných výdajů, u  jiných 
programů to bylo jen 1  %. Pokud je pokryto pouze malé procento výdajů, 
znamená to vyšší riziko nezjištění nesprávných výdajů, jež je nutno řešit 
nejpozději při uzávěrce.
RÁMEČEK 	5
PŘÍKLADY 	VÍCE 	ČI	MÉNĚ 	PŘÍSNÝCH 	POŽADAVKŮ 	NA	PRIMÁRNÍ 	KONTROLY
U programů v  jednom členském státě (Estremadura) Komise žádala, aby se v  případě zjištění významné chyby 
kontrolovalo více než minimálních 25  % výdajů.
U programů v  jiném členském státě Komise přijala pokyny orgánů tohoto členského státu, které nestanovily 
žádné číselné požadavky, pokud jde o  počet kontrolovaných projektů, ale specifikovaly, že u  kontrolovaných 
projektů bude z  podkladové dokumentace analyzováno pět nákladových položek na kategorii nákladů. Například 
u programu Merseyside byla zkontrolována podkladová dokumentace k  1,3 % celkových vykázaných výdajů.
V dalším případu (Sársko) se Komisi nepodařilo prosadit žádné její požadavky na tyto kontroly.RÁMEČEK 	4
PŘÍKLAD 	PŘÍPADU, 	KDY 	POŽADOVANÉ 	KROKY 	NEBYLY 	ÚPLNÉ
V roce  2007 provedla Komise audit u  jednoho programu (Galicie), který se týkal zprostředkujícího subjektu a  šesti 
orgánů (ze 13), které byly dále pověřeny řízením. Přestože členské státy provedly mezi lety 2003–2005 řadu 
systémových auditů, byly při auditu zjištěny podstatné nedostatky. I  když zpráva Komise dochází k  závěru, že 
zprostředkující subjekt by měl na všechny dále pověřené orgány dohlížet a  měl by odečítat veškeré nesprávné 
výdaje, konkrétní doporučení se týkala pouze auditovaných šesti dále pověřených orgánů. Šlo přitom o  nej-
důležitější orgány z  hlediska výše spravovaných prostředků (přibližně 80  %). Nicméně s  ohledem na závažnost 
zjištěných skutečností (nefunkční primární kontroly, vykazování nesprávných výdajů atd.) měla Komise orgány 
členských států požádat, aby provedly další práci, která by jim poskytla jistotu, že podobné problémy neměly 
i neauditované orgány.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?21
BYLA 	NÁPRAVNÁ 	OPATŘENÍ 	REALIZOVÁNA 	
V PŘIMĚŘENÉ 	LHŮTĚ?
OBECNÉ 	INFORMACE 	A KRITÉRIA 	AUDITU
29.  Doba mezi zjištěním nedostatků a  jejich nápravou by měla být pokud 
možno co nejkratší. Předejde se tak tomu, aby nebyly nadále vykazovány 
výdaje s  vysokým rizikem chyb nebo aby se projekty dostávaly do potíží 
v souvislosti s  přerušením či pozastavením plateb.
30.  Délka fáze provádění nápravných opatření závisí:
a) na tom, jak členské státy dodržují lhůty stanovené Komisí pro jed -
notlivá opatření;
b) na tom, zda Komise vydá své auditní zprávy (zjištění nedostatků 
a audity přijatých opatření) v  interně stanovených lhůtách (tři mě -
síce po auditu pro GŘ  pro regionální politiku a  devět týdnů pro GŘ 
pro zaměstnanost, sociální věci a  sociální začleňování), a  na její 
okamžité reakci na odpovědi orgánů členských států (dva měsíce).
31.  Účetní dvůr posuzoval:
a) dobu nutnou pro uzavření nápravných opatření a
b) odpovědnost za vzniklá zpoždění.
V PRŮMĚRU 	TRVÁ 	REALIZACE 	NÁPRAVNÝCH 	OPATŘENÍ 	30	MĚSÍCŮ
32.  U vzorku, který byl předmětem přezkumu, činila průměrná doba uplynu -
lá od zjištění nedostatků po realizaci nápravných opatření 30 měsíců17. 
GŘ pro zaměstnanost, sociální věci a  sociální začleňování potřebovalo 
v průměru méně času (27 měsíců) než GŘ pro regionální politiku (32 mě -
síců). Tato skutečnost odráží rozdíly v  typu spolufinancovaných projektů 
i rozdíly ve způsobu, jímž se provádí kontrola přijatých opatření.
a) Řešení problémů zjištěných u  EFRR trvá obecně déle než u  ESF z  dů-
vodů větší rozmanitosti projektů, které jsou způsobilé pro spolufi -
nancování, a  také většího počtu pravidel, jež je nutno ověřovat18. Do 
projektů a  programů EFRR je obvykle také zapojeno více finančních 
zdrojů než do projektů a  programů ESF, a  objem dodatečné práce, 
jež může být pro nápravu zjištěných nedostatků nutná, je tak větší.17 Výpočet průměrné doby 
trvání považuje okamžik, 
kdy byla uzavřena poslední 
opatření, za okamžik, kdy 
byly nedostatky vyřešeny. Je 
nicméně nutno podotknout, 
že často se různá jednotlivá 
opatření k jednomu 
programu uzavírala v různou 
dobu.
18 Taková pravidla, například 
pravidla týkající se veřejných 
zakázek a státní podpory, se 
častěji uplatňují u projektů 
spolufinancovaných z EFRR.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?22
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?b) GŘ pro regionální politiku provedlo audit přijatých opatření u  více 
případů ze vzorku než GŘ pro zaměstnanost, sociální věci a  soci -
ální začleňování (viz bod 46). Organizace a  předchozí oznamování 
takových auditů jsou nutností, stejně jako rozeslání jejich výsledků, 
jímž se zahajuje nová fáze korespondence o  případných zjištěných 
skutečnostech. Dobu strávenou touto činností bere nyní Účetní 
dvůr v  úvahu při výpočtu času stráveného příslušnou prací;
c) U 30  % programů řízených GŘ pro zaměstnanost, sociální věci a  so-
ciální začleňování nebylo zjištění nedostatků výsledkem auditu pro -
vedeného GŘ  pro zaměstnanost, sociální věci a  sociální začleňování, 
ale vyplynulo ze zpráv orgánů členských států či auditu Evropského 
účetního dvora. To znamená, že doba pracovní činnosti GŘ pro za -
městnanost, sociální věci a  sociální začleňování byla kratší, neboť 
nezahrnovala dobu od ukončení auditu, při němž byly zjištěny ne -
dostatky, do odeslání výsledků.
33.  Výpočet této doby nezahrnuje dobu nutnou pro provedení finančních 
oprav, jakmile tyto byly dohodnuty. Ve většině případů se dohodnuté 
finanční opravy prováděly bez prodlení při předložení dalšího prohlášení 
o výdajích Komisi. Přibližně u  poloviny z  nich to znamenalo, že všechny 
finanční opravy či jejich část musely být provedeny při podání koneč -
ného prohlášení o  výdajích při uzávěrce programu, neboť následujícím 
prohlášením o  výdajích bylo právě toto prohlášení.
34.  Co se týče provádění nápravných opatření, dospěla Komise u  87 % pro -
gramů, které byly předmětem přezkumu Účetního dvora, k  pozitivnímu 
závěru. Sem patří i  programy (přibližně 8  % případů), u  nichž některé 
problémy přetrvávají i  po uzavření případu. U  zbývajících 13  % programů, 
u nichž provádění nápravných opatření trvalo k  datu uzávěrky v  průměru 
35 měsíců, se Komise rozhodla řešit nedostatky při uzávěrce programu.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?23
ZA	ZPOŽDĚNÍ 	JSOU 	ODPOVĚDNÉ 	PŘEDEVŠÍM 	ORGÁNY 	ČLENSKÝCH 	
STÁTŮ, 	ALE	I KOMISE…
35.  Pokud jde o  40 přezkoumaných programů, ve 35  % případů byly za zpož -
dění odpovědné členské státy a  ve 39  % případů šlo o  sdílenou odpověd -
nost. U  dalších 5  % případů nesla odpovědnost převážně Komise. V  21 % 
reagovaly obě strany bez prodlení.
36.  Některé orgány v  členských státech nedostatky uznaly a  souhlasily s  přije -
tím požadovaných opatření. Jiné orgány nedostatky rozporovaly a  opat -
ření přijaly až tehdy, kdy bylo zřejmé, že Komise ze svého stanoviska 
neustoupí (viz rámeček  6).
37.  Komise byla při rozesílání výsledků svých auditů orgánům členských 
států občas pomalá. U  16 % auditů provedených Komisí u  40 programů 
to trvalo přibližně rok, přestože interní lhůta Komise je v  závislosti na 
konkrétním generálním ředitelství tři měsíce nebo devět týdnů po auditu 
(viz bod 30 písm.  b)).
RÁMEČEK 	6
PŘÍKLADY 	OBTÍŽNÉ 	SPOLUPRÁCE 	MEZI 	KOMISÍ 	A ORGÁNY 	ČLENSKÝCH 	STÁTŮ
V jednom členském státě (Irsko) zjistila Komise při auditech v  polovině roku  2006 několik nedostatků týkajících 
se řady programů (Jižní a  východní region). Příslušné orgány členského státu se při realizaci akčního plánu ujaly 
vedoucí role a  pro Komisi bylo obtížné  – někdy nemožné  – získat požadované informace. Při uzávěrce programu 
nebyla nápravná opatření dosud dokončena.
U jiného programu (Sardinie) orgány členských států nápravná opatření požadovaná Komisí rozporovaly. V  další 
korespondenci Komise setrvávala na svém stanovisku a  orgány argumenty Komise uznaly u  25 z  33 nápravných 
opatření až 20 měsíců po prvotní žádosti.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?24
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?38.  U 40 programů, které byly předmětem přezkumu, se v  60 % případů sdě -
lení před oznámením o  pozastavení plateb zasílalo v  průměru 16 měsíců 
po zjištění nedostatků. Rozhodnutí o  pozastavení plateb bylo přijato 
v 10 % případů. A  konečně v  několika případech Komise nemohla takové 
sdělení zaslat ani přijmout rozhodnutí o  pozastavení plateb, protože před 
uzavřením programu se již žádné další platby provádět neměly.
39.  Vzhledem k  malému počtu rozhodnutí o  pozastavení plateb ve vzorku 
není možné vyslovit závěr, zda a  v jaké míře by taková rozhodnutí postup 
urychlila.
…	A KOMISE 	PODNIKLA 	URČITÉ 	KROKY, 	ABY 	TUTO 	DOBU 	ZKRÁTILA
40.  Podle svého akčního plánu z  roku  2008 (viz bod 16) usilovala Komise 
o to, aby splnila svůj cíl, tj. 24 měsíců od zjištění nedostatků do ukonče -
ní postupu pro pozastavení platby / finanční opravy. Tento cíl byl však 
přijat příliš pozdě, než aby mohl mít podstatný dopad na průměrnou 
dobu nutnou pro provedení nápravných opatření v  programovém ob -
dobí 2000–2006.
41.  Nařízení pro období 2007–2013 umožňuje přerušit platby a  rozhodnout 
o finanční opravě bez předběžného řízení o  pozastavení plateb. Komise 
očekává, že to orgány členských států přiměje rychle reagovat na zjištěné 
problémy. Rovněž je nutno podotknout, že jelikož smyslem přerušení či 
pozastavení plateb až do provedení nápravných opatření týkajících se 
zjištěných nedostatků je předejít realizaci nesprávných plateb Komisí, 
je pravděpodobné, že to bude mít pozitivní dopad na roční míry chyb 
vykazované Účetním dvorem.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?25
DOSPĚLA 	KOMISE 	K ZÁVĚRU, 	ŽE	NEDOSTATKY 	BYLY 	
NAPRAVENY, 	S DOSTATEČNOU 	JISTOTOU?
OBECNÉ 	INFORMACE 	A KRITÉRIA 	AUDITU
42.  Pokud Komise dospěje k  závěru, že podstatné nedostatky byly uspokojivě 
vyřešeny (což byl případ 87  % vzorku 40 programů, které byly předmětem 
přezkumu, viz bod 34), měl by se tento závěr zakládat na nezvratných 
důkazech o  provedených nápravných opatřeních. Tato opatření měla 
podobu:
a) finančních oprav vyžadovaných na základě posouzení rozsahu chyb 
v již vykázaných výdajích a
b) zlepšení systémů, která vedla k  jejich větší účelnosti při předcházení 
vzniku nesprávných výdajů, jejich zjišťování a  opravě.
43.  Účetní dvůr zkoumal, zda Komise:
a) má dostatečnou jistotu, že byly provedeny náležité finanční opravy 
a že došlo ke zlepšení systémů, aby se zabránilo opakování podob -
ných chyb;
b) posuzuje, že nástupnické programy v  programovém období 2007–
2013 nevykazují podstatné nedostatky.
RŮZNÉ 	ZPŮSOBY, 	JEŽ	KOMISI 	UMOŽŇUJÍ 	ZÍSKAT 	JISTOTU
44.  Komise disponuje různými prostředky, jejichž prostřednictvím může 
získat jistotu, že nápravná opatření byla provedena uspokojivě. Komise 
může získat jistotu prováděním auditů přijatých opatření. Dále se může 
spolehnout na prohlášení/závazky orgánů členských států nebo provést 
posouzení na základě podkladové dokumentace poskytnuté orgány člen -
ského státu. Podkladová dokumentace může zahrnovat popis metodiky 
používané pro výběr vzorku a  dodatečná ověření, aktualizované kontrolní 
seznamy a  zprávy o  jednotlivých provedených kontrolách. Tyto metody 
lze kombinovat.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?26
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?45.  Tyto zdroje nutně neskýtají stejnou míru jistoty. To dokládá i  skutečnost, 
že když Komise využila audit přijatých opatření ke kontrole spolehlivosti 
poskytnutých prohlášení a  výsledků kontrol provedených orgány člen -
ských států, dospěla po prvním auditu přijatých opatření k  pozitivnímu 
závěru pouze ve 22  % případů. Ve všech ostatních případech musela 
požádat o  provedení dalších nápravných opatření a  někdy prováděla 
i další audity přijatých opatření.
46.  Komise musí uvážit zdroje nutné pro získání možných spolehlivějších 
důkazů. K  auditu přijatých opatření je potřeba mnohem více lidských 
zdrojů a  času než pro posouzení na základě podkladové dokumentace 
či prohlášení členských států (viz příklad v  rámečku  7). Komise proto 
musí nalézt rovnováhu mezi mírou jistoty, kterou chce získat, a  mírou, 
v níž se na základě analýzy rizika spolehne na orgány členských států. 
Audity přijatých opatření se nicméně prováděly před tím, než byl vyslo -
ven závěr, že nápravná opatření byla provedena uspokojivě. Stalo s  tak 
u 89 % programů ze vzorku řízených GŘ pro regionální politiku a  u 47  % 
programů ze vzorku řízených GŘ pro zaměstnanost, sociální věci a  soci -
ální začleňování.
RÁMEČEK 	7
PŘÍKLAD 	RIZIKA 	VZNIKLÉHO 	PŘI	UZAVŘENÍ 	ZJIŠTĚNÍ 	NA	ZÁKLADĚ 	ZÁVAZKU/
PROHLÁŠENÍ 	ORGÁNU 	ČLENSKÉHO 	STÁTU
U jednoho programu (Východní Skotsko) Komise zaznamenala, že zprávy podle článku 13 neuvádějí žádný závěr, 
co se týče systémové či nesystémové povahy chyb. Tento bod byl uzavřen v  roce  2009, když se orgány členských 
států zavázaly veškeré systémové problémy identifikovat. Prohlášení při ukončení podpory však neuvádí žádné 
informace o  povaze chyb, pouze se v  něm konstatuje, že veškeré zjištěné systémové nedostatky byly účelně vyře -
šeny. V  roce  2011 Komise následně provedla audit uzávěrky, který zahrnul i  prověrku řešení systémových problémů.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?27
K	VĚTŠINĚ 	PROGRAMŮ 	BYLY 	PŘIJATY 	FINANČNÍ 	OPRAVY…
47.  Výdaje zpracovávané v  systémech s  nedostatky a  vykázané Komisi byly 
ve většině případů finančními opravami zúčtovány.
48.  Existují tři druhy finančních oprav19:
a) opravy s  vyčíslením konkrétní částky se uplatňují, pokud lze na 
úrovni projektu zjistit rozsah chyby (dále jen „vyčíslitelné opravy“);
b) opravy na základě extrapolace se uplatňují, pokud soubor projektů, 
které obsahují určitý typ / určité typy chyb, lze identifikovat a  chybu 
vyčíslit, ale kvůli velkému počtu projektů není možné zkontrolovat 
celý soubor;
c) paušální opravy pro obecná systémová selhání nebo u  projektů, kte -
ré nedodržují pravidla pro zadávání veřejných zakázek, se uplatňují, 
pokud dopad chyb nelze vyčíslit.
49.  Opravy na základě extrapolace se provádějí uplatněním míry chyb zjiště -
né u  vzorku projektů na celý soubor projektů, v  němž se tento nedostatek 
vyskytuje.
50.  Paušální opravy pro systémová selhání se provádějí uplatněním pro -
centní sazby na výdaje, jež byly zpracovány v  systémech s  nedostatky. 
Povětšinou se týkají výdajů vykazovaných do doby, kdy došlo k  nápravě 
systémových nedostatků. Použitá procentní sazba, stanovená v  pokynech 
Komise, se odvozuje od závažnosti nedostatků.19 Pokyny týkající se zásad, 
kritérií a orientačního rozsahu 
používaných odděleními 
Komise při vyměřování 
finančních oprav podle 
čl. 39 odst. 3 nařízení (ES) 
č. 1260/1999 a v případě 
veřejných zakázek dokument 
COCOF 07/0037/03 
v konečném znění ze dne 
29. listopadu 2007.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?28
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?51.  Tabulka 3  uvádí počet programů podle typu finanční opravy u  40 progra -
mů, které byly předmětem přezkumu. Dohodnuté finanční opravy týkající 
se spolufinancování ze strukturálních fondů představují přibližně 650  mi-
lionů EUR a  jednání o  dalších finančních opravách probíhají. Podstatná 
část finančních oprav se týkala porušování evropských a  vnitrostátních 
pravidel pro zadávání veřejných zakázek.
52.  Téměř všechny finanční opravy provedly členské státy. Uvolněné finanční 
prostředky EU bylo tedy možné znovu použít pro jiné způsobilé výdaje20 
v rámci příslušného programu, a  mohly tedy být vykázány Komisi ještě 
před koncem programového období (viz poznámka pod čarou 7). U  části 
výdajů sedmi programů však uvalila finanční opravy Komise, protože 
členské státy požadované finanční opravy neuplatnily. Tyto prostředky 
byly proto pro členské státy ztraceny (viz bod 13).20 Nově vykázané výdaje se 
mohou týkat nových, zatím 
nedokončených projektů 
nebo projektů, které již byly 
dokončeny a původně, 
než byly předloženy ke 
spolufinancování ze strany 
EU, byly financovány 
z vnitrostátních zdrojů. Ve 
druhém případě jde o tzv. 
„retrospektivní financování“. 
Praxe ohledně příjímání 
retrospektivních projektů se 
v různých GŘ liší. Účetní dvůr 
zjistil, že u těchto projektů se 
chyby vyskytovaly častěji než 
u projektů vybraných běžným 
způsobem (viz bod 6.19 
výroční zprávy Účetního 
dvora za rok 2008).
TABULKA 	3
POČET 	PROGRAMŮ 	PODLE 	TYPU 	FINANČNÍ 	OPRAVY
Typ finančních opravPočet programů
Regionální politikaZaměstnanost, 
sociální věci a sociální 
začleňování 
Vyčíslitelné opravy 15 13
Opravy na základě extrapolace 2 4
Paušální opravy
Obecná systémová selhání
Veřejné zakázky 8
1313
2
Pozn.: U jednoho a téhož programu mohly být v závislosti na povaze a počtu nedostatků dohodnuty 
různé typy finančních oprav.
1 Není zde zahrnuto sedm programů, u nichž byly dohodnuty paušální opravy za systémová 
selhání; šlo především o problémy související s veřejnými zakázkami.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?29
…	ALE	POKUD 	JDE	O PŘESNOST 	FINANČNÍCH 	OPRAV, 	VYSOKÁ 	MÍRA 	
JISTOTY 	BYLA 	ZÍSKÁNA 	POUZE 	V 67 	%	PŘÍPADŮ…
53.  Účetní dvůr má za to, že Komise získává vysokou míru jistoty ohledně 
přesnosti finanční oprav zjištěných nedostatků za těchto podmínek:
a) při uplatnění vyčíslitelných oprav: všechny projekty, které vykazují 
nějaké nedostatky, jsou identifikovány a  použitá finanční oprava 
odpovídá chybě zjištěné na základě kvalitní kontroly provedené 
orgány členského státu21;
b) při uplatnění extrapolované opravy: příslušný dílčí soubor, jehož se 
nedostatek týká, je správně identifikován22 a vzorek zkontrolován 
s cílem posoudit, zda je míra chyb reprezentativní a  kon troly pro -
vedené orgány členského státu jsou kvalitní;
c) při uplatnění paušální opravy: použité procento odpovídá pokynům 
stanoveným Komisí.
54.  Míru jistoty Komise rovněž ovlivňuje typ důkazů, které je schopna získat, 
pokud jde o  plnění těchto podmínek (viz body 44–46). Komise provedla 
audity přijatých opatření u  65 % programů, jichž se finanční opravy týka -
ly. Pokud závěr auditu Komise nebyl pozitivní, musely orgány členského 
státu buď provést další práci, která byla v  této fázi velmi přesně vymezena 
Komisí, nebo byly dohodnuty další finanční opravy. Příklad, kdy měla být 
provedena další práce, je uveden v  rámečku  8.21 Kontroly prováděné 
na základě striktně 
uplatňovaných kontrolních 
seznamů pokrývajících 
podrobně všechna rizika.
22 Například:
i)  všechny zakázky, na 
něž se vztahují pravidla 
o zadávání veřejných 
zakázek, nebo
ii)  část výdajů (například 
správní/osobní výdaje) 
pro všechny vykázané 
projekty.
RÁMEČEK 	8
PŘÍKLAD 	PŘÍPADU, 	KDY 	AUDIT 	PŘIJATÝCH 	OPATŘENÍ 	NEVEDL 	K POZITIVNÍMU 	ZÁVĚRU
U jednoho programu (Průmysl a  podnikání v  České republice) byly odpovědné orgány požádány, aby ověřily 
vykázané výdaje týkající se konkrétních problémů (například dodržování pravidel zadávání veřejných zakázek). 
Závěrem auditů přijatých opatření provedených Komisí s  cílem posoudit kvalitu ověřování bylo, že při těchto 
ověřováních nebyla zjištěna řada problémů nebo pro tyto problémy nebyly navrženy náležité finanční opravy. 
Orgánům bylo tedy uloženo přepočítat míru chyb u  zkontrolovaných projektů a  vzít přitom v  úvahu zjištění Ko -
mise. To obnášelo revizi všech původních kontrol, která byla nutná k  tomu, aby se ověřilo, že kontroly pokrývají 
všechny dříve nepokryté problémy, a  následně výpočet příslušné finanční opravy.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?30
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?55.  Účetní dvůr má za to, že v  67 % případů ze vzorku byla získaná míra jistoty 
vysoká. Ve zbývajících případech (33  %)23 se vyskytly nedostatky, které 
míru jistoty snížily.
56.  Jedním z  takových nedostatků je neexistence informací či neúplné in -
formace týkající se:
a) úplnosti provedených finančních oprav;
b) odůvodnění částky finančních oprav na základě původně zjištěných 
nedostatků. Příklad je uveden v  rámečku 9 .
57.  Další nedostatek se týká rozsahu kontrol, které byly skutečně provedeny. 
V některých případech nebyl tento rozsah dostatečný, Komise přesto 
tyto kontroly nezpochybnila (viz příklady v  rámečku 10 ). Výsledkem byly 
nespolehlivé závěry o  míře chyb.23 Je nutno podotknout, 
že u dvou programů ze 
vzorku nebyly členské státy 
požádány o provedení 
finančních oprav. Tyto případy 
proto nejsou do výpočtu 
započteny.
RÁMEČEK 	9
PŘÍKLAD 	NEDOSTATEČNÝCH 	INFORMACÍ 	TÝKAJÍCÍCH 	SE	ZDŮVODNĚNÍ 	PROVEDENÝCH 	
FINANČNÍCH 	OPRAV
U jednoho programu (Galicie), kde zprostředkující subjekt delegoval provádění opatření na různé subjekty, poža -
dovala Komise finanční opravy výdajů vykázaných orgány v  případech, kdy zprávy podle článku 13 poukázaly na 
vysoké míry chyb. Opravy byly provedeny u  čtyř orgánů, z  toho jedna na základě statistického ověření. Komise 
však neměla k  dispozici informace, které by jí umožnily odsouhlasit částku oprav s  mírami chyb zjištěnými při 
primárních kontrolách. Co se týče zbývajících třech orgánů, nebyly předloženy vůbec žádné nebo jen neúplné 
informace. Komise další informace nevyžadovala a  znovu zahájila  provádění plateb.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?31
…	A JISTOTA 	OHLEDNĚ 	ÚČELNÉHO 	FUNGOVÁNÍ 	ŘÍDICÍCH 	
A KONTROLNÍCH 	SYSTÉMŮ 	BYLA 	PODSTATNĚ 	MENŠÍ
58.  Účetní dvůr se domnívá, že Komise má vysokou míru jistoty o  účelnosti 
řídicích a  kontrolních systémů, pokud kvantita a  kvalita primárních a  se-
kundárních kontrol umožňuje orgánům členských států zjišťovat a  opra -
vovat nesprávné výdaje (viz body 9, 10 a  28). Z  důvodu nedostatečného 
zakotvení sekundárních kontrol v  právním rámci byly klíčovým prvkem 
řídicích a  kontrolních systémů pro období 2000–2006 primární kontroly 
(viz bod 9).
59.  Účetní dvůr uvedl, že ve všech případech, kdy posoudil míru jistoty jako 
vysokou, prováděla Komise audity přijatých opatření.
RÁMEČEK 	10
PŘÍKLAD, 	KDY 	ROZSAH 	PRO 	DEFINOVÁNÍ 	MÍRY 	CHYB, 	A TEDY 	I FINANČNÍCH 	OPRAV,	
NEBYL 	DOSTATEČNÝ
U jednoho programu (Doprava v  Itálii) byla při auditu Komise ve vzorku auditovaných programů zjištěna řada 
možných systémových chyb. Orgánům bylo uloženo provést šetření a  posoudit úplný rozsah těchto systémových 
chyb a  následně uplatnit finanční opravy. Šetření vyústilo ve finanční opravu pouze jednoho konkrétního typu 
chyby. U  ostatních typů nebyly navrženy žádné opravy.
V jiném případě (Rozvoj lidských zdrojů v  Polsku) zjistila Komise (u dvou projektů řízených jedním orgánem 
s přibližnou celkovou hodnotou 214  milionů  EUR) řadu různých chyb v  zadávání veřejných zakázek udělených 
na základě zvláštního zadávacího řízení (zrychlené řízení). Byla provedena finanční oprava ve výši 25  milionů 
EUR. Komise nicméně nepožadovala, aby se ověřilo, zda se tyto různé druhy chyb vyskytují i  u zakázek, které 
byly rovněž řízeny tímto orgánem, ale nebyly uděleny ve zrychleném řízení.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?32
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?60.  Účetní dvůr posoudil míru jistoty jako střední v  případech, kdy zave -
dená řešení týkající se systémů byla dostatečná s  výjimkou některých 
aspektů primárních či sekundárních kontrol. V  těchto případech se Ko -
mise spoléhala hlavně na prohlášení orgánů členských států (viz příklad 
v rámečku  11).
61.  Účetní dvůr posoudil míru jistoty jako nízkou, pokud podstatné aspekty 
primárních kontrol nebyly dostatečné. Tyto nedostatky se týkaly zejména 
množství provedených kontrol (viz bod 28), což bylo někdy ještě kom -
plikováno nedostatky v  sekundárních kontrolách.
62.  U programů, které spadají do kategorie „nízké míry jistoty“, Komise pro -
vedla audity přijatých opatření v  64 % případů. V  rámci většiny těchto 
auditů se posuzovala kvalita primárních kontrol, zatímco jejich kvantita 
nebyla zpochybněna.
RÁMEČEK 	11
PŘÍKLAD, 	KDY 	IDENTIFIKACE 	NEDOSTATKŮ 	A JEJICH 	ZÚČTOVÁNÍ 	KOMISÍ 	VYCHÁZELO 	ZE	
ZPRÁV 	NEZÁVISLÉHO 	SUBJEKTU
Poprvé požádala Komise o  přijetí opatření kvůli významným nedostatkům u  primárních kontrol jednoho progra -
mu (Akvitánsko). Orgány členského státu začaly s  konkrétním ověřováním u  vzorku výdajů vykázaných v  období 
2000–2004. Komise obdržela zprávu s  výsledky ověřování, kde se uvádí 2,12  % míra chyb. Domnívala se, že tento 
stav je uspokojivý, a  žádné další kroky nepodnikla. Komise si nevyžádala žádnou podkladovou dokumentaci, 
jako vyplněné kontrolní seznamy, a  nezpochybnila rozdíl mezi touto mírou chyb a  mírou chyb zjištěnou při 
sekundárních kontrolách, jež byla mnohem vyšší. Audit přijatých opatření nebyl proveden. Ve zprávě se neu -
vádí nic o  povaze chyb, zejména zda byly, či nebyly systémové. Pokud jde o  zlepšení postupů po roce  2005, 
Komise získala od odpovědných orgánů potvrzení, že postupy pokrývající výdaje budou v  souladu s  nařízeními 
ke strukturálním fondům.
Podruhé požádala Komise o  přijetí opatření do roka po uzávěrce prvního opatření kvůli trvale vysoké míře 
chyb zjištěné při sekundárních kontrolách; tato míra se blížila 12  %. Komise žádala o  zjištění příčin takto vysoké 
míry chyb. Příslušné orgány zahájily další ověřování. Byla provedena analýza jedné systémové chyby a  identifi -
kován příslušný soubor, k  tomu však mělo dojít už po první žádosti. Díky těmto dalším krokům mohla být míra 
zbytkových chyb u  sekundárních kontrol snížena na 4,7  %. Ačkoliv i  tato hodnota se nachází nad 2  % prahem 
(viz bod  5), Komise se rozhodla ponechat konečné řešení těchto problémů na uzávěrku programu, která byla 
zahájena v  říjnu  2010.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?33
RÁMEČEK 	12
PŘÍKLAD, 	KDY 	BYLO 	ZJIŠTĚNÍ 	UZAVŘENO 	NA	ZÁKLADĚ 	POPISU 	POSKYTNUTÉHO 	
ORGÁNEM 	ČLENSKÉHO 	STÁTU
U jednoho programu (Navarra) se při identifikaci a  zúčtování nedostatků vycházelo ze zpráv orgánů členských 
států. Národní orgány informovaly Komisi, že u  některých z  různých subjektů, na něž bylo delegováno řízení, 
byly zavedeny nové postupy pro několik opatření řízených jedním orgánem (neuvádějí však podrobnější infor -
mace, které by Komisi mohly umožnit posoudit kvantitu a  kvalitu těchto nových kontrol). Pro opatření řízená 
jedním orgánem byly vypracovány příručky, nadále ale přetrvávaly problémy s  obsahem kontrol. Další subjekty 
neměly k  dispozici žádné příručky a  kontrolní seznamy, jež jsou pro zajištění účelnosti kontrol klíčové. Komise 
si nevyžádala žádné další informace.TABULKA 	4
MÍRA 	JISTOTY 	O ÚČELNÉM 	FUNGOVÁNÍ 	ŘÍDICÍCH 	
A KONTROLNÍCH 	SYSTÉMŮ 	V HODNOCENÍ 	ÚČETNÍHO 	DVORA
Míra jistoty Procento dotčených programů1
Vysoká 28 
Střední 34 
Nízká 38 
1 U šesti programů se zdokonalení systémů neposuzovala, neboť finanční opravy se vztahovaly 
na veškeré vykázané výdaje v programovém období. Dopad nápravných opatření na tyto 
programy je zohledněn v bodu 55.63.  V případech, kdy se neprováděly žádné audity nebo kdy jejich rozsah ne -
byl dostatečný, byla přinejmenším část nápravných opatření uzavřena na 
základě prohlášení/závazků či podkladových dokumentů poskytnutých 
orgány členských států. Příklad uvádí rámeček 12 .
64.  Posouzení míry jistoty, kterou Komise získala ohledně výdajů zpracova -
ných zdokonalenými řídicími a  kontrolními systémy, provedené Účetním 
dvorem na základě stanovených kritérií je uvedeno v  tabulce 4 .
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?34
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?…	A DALŠÍ 	JISTOTU 	JE	TEDY 	TŘEBA 	ZÍSKAT 	PŘI	UZÁVĚRCE 	
PROGRAMU…
65.  Jedním z  cílů následné kontroly nedostatků Komisí bylo vyhnout se 
zdlouhavé a  na zdroje náročné uzávěrce programů a  narušení probí -
hajícího programového období 2007–2013. Nicméně zejména u  těch 
programů, kde nebyla míra získané jistoty vysoká, bude muset konečné 
posouzení rizika zbytkových chyb provést Komise při uzávěrce programu, 
která právě probíhá (viz bod  15).
66.  Komise při přípravách na uzávěrky programů prováděla od roku  2007 
audity na úrovni orgánů vydávajících prohlášení o  ukončení podpory, 
které odpovídaly za programy, u  nichž se předpokládalo, že s  sebou ne -
sou velké riziko s  ohledem na finanční zájmy rozpočtu EU. Nedostatky 
zjištěné při těchto auditech Komise však většinou na základě prohlášení 
dotčených orgánů považovala za vyřešené (viz příklad v  rámečku 7 ).
67.  Na základě přezkumu prohlášení o  ukončení podpory u  programů ve 
vzorku, při němž Komise dospěla k  pozitivnímu závěru (87  %, viz bod  34), 
Účetní dvůr konstatuje, že:
a) v 23  % případů (ke konci června 2011) povedou informace uvedené 
v prohlášení o  ukončení podpory k  dalším finančním opravám, což 
se týká především případů, kdy se Účetní dvůr domnívá, že Komise 
nemá vysokou míru jistoty (viz bod 55 a  tabulka  4);
b) v 57  % případů jsou výrok či míra chyb prezentované v  prohlášení 
o ukončení podpory zpochybnitelné, především proto, že míra chyb 
je ve srovnání s  nedostatky zjištěnými v  programech příliš nízká. 
Z hodnocení Účetního dvora dále vyplývá, že vzhledem k  tomu, že 
se sekundární kontroly nemusely provádět u  statistického vzorku, 
existují pochybnosti o  reprezentativnosti výsledků. Výsledky těchto 
kontrol byly nicméně využity jako hlavní východisko pro zhodno -
cení potřeby dalších finančních oprav.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?35
68.  U auditovaného vzorku se vyskytly případy (viz rámeček 13 ), kdy se vý -
daje, které byly původně z  prohlášení o  výdajích staženy, objevily znovu 
v konečném prohlášení o  výdajích. Existovaly i  případy, kdy byly výdaje 
k nově schváleným projektům zahrnuty krátce před uplynutím lhůty pro 
uzávěrku. Existuje riziko, že tyto projekty nemusely být kvůli tlaku na 
absorpci prostředků EU náležitě zkontrolovány.
69.  Na základě posouzení rizika programů a  s ohledem na posouzení plat -
nosti prezentované míry chyby může Komise rozhodnout o  provedení 
auditů v  rámci uzávěrky programu. Takové audity se nyní provádějí při -
bližně u  poloviny těch případů, kdy Účetní dvůr nepovažuje jistotu za 
vysokou (66  % případů uvedených v  bodě 55 a  36 % případů uvedených 
v tabulce 4 , kategorie „nízká“). Počet auditů se může ještě zvýšit.
RÁMEČEK 	13
PŘÍKLADY 	OPĚTOVNÉHO 	UVEDENÍ 	NEZPŮSOBILÝCH 	VÝDAJŮ 	NEBO 	POZDNÍHO 	
ZAHRNUTÍ 	NOVÝCH 	PROJEKTŮ
U jednoho programu (Severovýchodní Anglie), u  něhož se od března 2006 do září 2007 uplatňovala nápravná 
opatření, řídicí orgán do konečného prohlášení o  výdajích znovu zahrnul výdaje ve výši 19,3  milionu EUR, které 
byly původně odečteny. V  tomto případě postupoval orgán vydávající prohlášení při ukončení podpory účelně 
a informace o  této skutečnosti byly zveřejněny.
U jiného programu (Sardinie), kde se nápravná opatření prováděla od září 2007 a  v době uzávěrky stále probíhala, 
byly do konečného prohlášení o  výdajích v  samém závěru přidány výdaje ve výši 80  milionů EUR. U  žádného 
z kontrolovaných projektů neprováděl sekundární kontroly nezávislý subjekt. Komise tyto skutečnosti zjistila, 
neboť o  nich informovalo  prohlášení o  ukončení podpory, které k  programu neuvádí konečný výrok. Aby se 
nerealizovalo riziko proplácení nezpůsobilých výdajů, bude nutné na posouzení způsobilosti souvisejících vý -
dajů ještě dále pracovat.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?36
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?70.  Ve všech případech, kdy Komise neplánuje provádět audit v  rámci uzávěr -
ky programu, se bude muset ve svém konečném rozhodnutí o  uplatnění 
dalších finančních oprav spoléhat na informace a  prohlášení, jež orgán 
vydávající prohlášení při ukončení podpory uvede v  prohlášení při  ukon -
čení podpory, nebo na informace, které vyplynou z  dalších žádostí Komi -
se. Komise tedy nemusí být schopna posoudit věrohodnost a  přesnost 
poskytnutých informací, které se mohou týkat klíčových záležitostí, např. 
argumentace24, jíž orgány obhajují snížení původně vyšší míry chyb na 
2 % práh (viz bod 15). Rámeček  14 je příkladem výzev, s  nimiž se Komise 
při uzávěrce potýká.24 Příklady předložené 
argumentace: i) určité 
chyby jsou vykazovány jako 
„atypické“ nebo ii) všechny 
systémové chyby jsou 
vykázány jako uspokojivě 
vyřešené.
RÁMEČEK 	14
PŘÍKLAD 	RŮZNÝCH 	INTERPRETACÍ 	KONEČNÉ 	MÍRY 	CHYB 	PROGRAMU
Výsledkem auditů Komise byla ve druhé polovině roku  2005 přijatá dohoda o  akčním plánu pro řadu programů 
v jednom členském státě. Kromě některých specifických problémů, které byly vhodným způsobem řešeny, bylo 
požadovaným klíčovým krokem posílení primárních kontrol. Byly tedy zavedeny anebo formálně stanoveny 
kontroly a  vypracovány příslušné pokyny, a  Komise proto považovala akční plán za úspěšně provedený. Nebyly 
nicméně stanoveny žádné požadavky na pokrytí kontrol, jako procento projektů nebo zkontrolovaných výdajů. 
Komise u  několika programů provedla audity přijatých opatření, při nichž posuzovala i  kvalitu primárních kontrol. 
Nebyly zjištěny žádné zásadní nedostatky.
Účetní dvůr však na základě auditu provedeného u  jednoho z  dotčených programů (Yorkshire a  Humberside) 
dospěl k  závěru, že pokrytí primárními kontrolami je velmi malé a  dosahuje pouhých 3  %. Navíc míra chyb, která 
vyplynula z  primárních kontrol, je mnohem nižší než míra chyb zjištěná sekundárními kontrolami, což vzbuzuje 
pochybnosti o  kvalitě primárních kontrol. V  důsledku to znamená, že při uzávěrce programu je nutno plně spo -
léhat na výsledky sekundárních kontrol.
Míra chyb uvedená v  prohlášení o  ukončení podpory pro celý program činí 1,959  %. Z  auditu provedeného 
Účetním dvorem nicméně vyplynulo, že tento údaj není statisticky správný, neboť nebere v  úvahu skutečnost, 
že program sestává ze tří dílčích souborů25. Závěrem auditu Účetního dvora při použití stejných údajů tedy bylo, 
že míra chyb činí 9,3  %. Komise míru chyb uvedenou v  prohlášení o  ukončení podpory akceptovala s  odkazem 
na právní rámec. 
25 Soubor (celkový počet projektů) lze rozdělit na skupiny projektů do homogenních dílčích souborů (vrstev).
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?37
71.  V nařízeních k  programovému období 2007–2013 byla zavedena nová 
ustanovení s  cílem vyřešit některé z  výše popsaných problémů:
a) Sekundární kontroly se mají provádět na základě náhodně vybra -
ného statistického vzorku, což by mělo zlepšit platnost míry chyb 
prezentované Komisi při uzávěrce programu.
b) Auditní orgán (srovnatelný s  nezávislým subjektem / orgánem vy -
dávajícím prohlášení při ukončení podpory v  programovém období 
2000–2006) musí každoročně Komisi předkládat svůj výrok k  účel -
nému fungování řídicích a  kontrolních systémů. Předpokládá se, že 
díky statistické metodě výběru vzorku budou tyto sy  stémy spoleh -
livější než zprávy podle článku 13 a  stanou se základem, na němž 
bude Komise při rozhodování o  jistotě účelnosti systémů stavět.
72.  Právní rámec pro programové období 2007–2013 byl rovněž modifikován 
zejména zavedením jednoho zjednodušení, jehož smyslem bylo snížit 
míru chyb. Orgány členských států mají nyní možnost vykazovat namís -
to skutečných nákladů režijní výdaje v  podobě paušálních sazeb nebo 
jednorázových částek.
…	I KDYŽ 	DALŠÍ 	FINANČNÍ 	OPRAVY 	NEMUSÍ 	MÍT	ŽÁDNÝ 	DOPAD,	
PROTOŽE 	VYKÁZANÉ 	VÝDAJE 	JDOU 	NAD 	RÁMEC 	PŘIDĚLENÉHO 	
ROZPOČTU
73.  Z analýzy konečných prohlášení o  výdajích k  40 programům, které byly 
předmětem přezkumu, vyplývá, že u  50 % z nich (70  % u programů EFRR 
a 24 % u programů ESF) orgány členských států vykázaly výdaje, které 
přesahují rozpočet přidělený danému programu26. Rozsah nadměrně vy -
kázaných prostředků se pohybuje mezi 1  % a 28 %. To znamená, že ve 
všech těchto případech byly orgány členských států schopny nahradit 
celou částku v  minulosti dohodnutých finančních oprav (viz bod 51) 
nově vykázanými výdaji a  že orgány členských států mají rezervu na 
další finanční opravy při uzávěrce27. Jinak řečeno, další finanční opravy 
by nevedly ke snížení konečné částky vyplácené Komisí.26 Členské státy mohou 
disponovat souborem 
projektů, který je objemově 
větší než finanční zdroje 
přidělené příslušnému 
programu.
27 K datu vydání této zprávy 
Komise zatím nepřijala 
konečné rozhodnutí o tom, 
na jakou částku finanční 
opravu uplatní, tj. zda na 
rozpočtovanou částku nebo 
vykázanou částku, pokud je 
vykázaná částka nad rámec 
rozpočtu.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?38
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?ZAJIŠTĚNÍ 	ÚČELNOSTI 	SYSTÉMŮ 	V PROGRAMOVÉM 	OBDOBÍ 	2007–
2013 	SI	VYŽÁDÁ 	DALŠÍ 	ÚSILÍ
74.  Vzhledem k  tomu, že mezi roky 2006 a  2008 bylo zjištěno mnoho nedo -
statků, a  s ohledem na dobu nutnou pro provedení nápravných opatření 
(viz bod 32) byly jednotlivé nedostatky často těsně před zahájením uzá -
věrky programu prohlášeny za napravené. To znamená, že na skutečné 
zlepšení řídicích a  kontrolních systémů dojde až v  programovém období 
2007–2013.
75.  Hodnocení systémů nástupnických programů v  programovém období 
2007–2013 provedené v  roce  2010 Komisí u  deseti programů, které byly 
předmětem přezkumu, bylo opět negativní, což se odrazilo i  ve výročních 
zprávách o  činnosti GŘ pro regionální politiku a  GŘ pro zaměstnanost, 
sociální věci a  sociální začleňování. Komise tedy bude muset k  těmto 
programům přijmout další nápravná opatření.
76.  Výroční zprávy o  činnosti rovněž uvádějí, že míra chyb uvedená auditními 
orgány překročila 2% práh (viz bod  15) u  35,6  % programů řízených GŘ 
pro regionální politiku a  47,4  % programů řízených GŘ pro zaměstna -
nost, sociální věci a  sociální začleňování28. Výsledkem vlastních posou -
zení účelnosti systémů v  období 2007–2013 provedených generálními 
ředitelstvími bylo, že 15,4  % programů řízených GŘ pro regionální politiku 
a 25,8  % programů řízených GŘ pro zaměstnanost, sociální věci a  sociální 
začleňování vykazuje podstatné nedostatky. Nejpravděpodobnější míra 
chyb, kterou Účetní dvůr uvádí ve své výroční zprávě za rok  2010 pro 
oblast „soudržnost, energetika a  doprava“, je 7,7  %29.
77.  Je nutno podotknout, že i  v případech, kdy Komise byla úspěšná a  dostala 
řídicí a  kontrolní systémy členského státu na úroveň, kdy by tyto systémy 
fungovaly účelně, neexistuje přesto žádná záruka, že systémy nástupnic -
kých programů budou stejně účelné. Je tomu tak proto, že členské státy 
mohou libovolně měnit subjekty, systémy i  osoby odpovědné za kont -
rolu programů strukturálních fondů, například z  rozpočtových důvodů. 
Komise se již s  řadou takových případů setkala.28 Pokud jde o programy 
řízené GŘ pro regionální 
politiku, míra chyb se u 22,5 % 
programů pohybovala 
mezi 2 % a 5 % a u 13,1 % 
programů přesahovala 
5 %. Pokud jde o programy 
řízené GŘ pro zaměstnanost, 
sociální věci a sociální 
začleňování, míra chyb se 
u 19 % programů pohybovala 
mezi 2 % a 5 % a u 28,4 % 
programů přesahovala 5 %.
29 Dolní hranice míry chyb: 
4,7 %; horní hranice míry 
chyb: 10,7 %.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?39
78.  Při přijímání nápravných opatření si Komise klade za cíl zajistit, aby již 
provedené nesprávné platby prošly náležitými finančními opravami a  aby 
byly řídicí systémy zdokonaleny natolik, aby poskytovaly dostatečnou 
jistotu, že budoucí platby se budou provádět podle pravidel.
79.  Z auditu provedeného Účetním dvorem vyplynulo, že pokud byly zjištěny 
nedostatky, Komise obvykle přijímala vhodná opatření, ale tento proces 
byl zdlouhavý. Pokud jde o  auditované programy, míra jistoty Komise, že 
nedostatky v  národních řídicích a  kontrolních systémech jsou v  důsledku 
nápravných opatření opravovány, se různila.
KOMISE 	PŘIJÍMÁ 	VHODNÁ 	OPATŘENÍ, 	POKUD 	ZJISTÍ 	
V SYSTÉMECH 	ČLENSKÝCH 	STÁTŮ 	NEDOSTATKY, 	ALE	
CELÝ 	PROCES 	AŽ	DO	PROVEDENÍ 	TĚCHTO 	OPATŘENÍ 	
JE	ZDLOUHAVÝ
80.  Pokud byly zjištěny nedostatky, Komise systematicky zahajovala nápravná 
opatření. V  90 % případů Komise tyto nedostatky náležitě vyřešila (viz 
body 23–27).
81.  Provedení nápravných opatření však v  průměru trvalo 30 měsíců. Nedo -
statky týkající se období 2000–2006 byly povětšinou zjištěny v  období 
2005–2006 a  později, což spolu se zdlouhavým řízením vedlo k  tomu, 
že u  přibližně poloviny případů ve vzorku se finanční opravy musely 
provádět při uzávěrce programu. Současná politika Komise stanoví, že 
nápravná opatření by měla být provedena do 24 měsíců (viz body 32–40).
PŘI	ZAJIŠŤOVÁNÍ 	SPRÁVNÉHO 	UPLATŇOVÁNÍ 	
FINANČNÍCH 	OPRAV 	DOSÁHLA 	KOMISE 	URČITÉHO 	
ÚSPĚCHU
82.  Komise získala velkou míru jistoty, že přibližně ve dvou třetinách přípa -
dů zkoumaných Účetním dvorem se finanční opravy uplatňovaly řádně. 
U zbývajících případů se vyskytly nedostatky, které míru jistoty snížily. 
Důvodem byly buď nedostatečné informace, nebo nedostatky, jež se 
týkaly rozsahu kontrol prováděných s  cílem posoudit částku finančních 
oprav (viz body 44–57).ZÁVĚRY A DOPORUČENÍ
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?40
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?PŘI	ZÍSKÁVÁNÍ 	JISTOTY, 	ŽE	JEJÍ	OPATŘENÍ 	VEDLA 	
KE ZLEPŠENÍ 	NÁRODNÍCH 	ŘÍDICÍCH 	A KONTROLNÍCH 	
SYSTÉMŮ, 	BYLA 	KOMISE 	MÉNĚ 	ÚSPĚŠNÁ
83.  Míra jistoty Komise, že v  důsledku nápravných opatření Komise se ne -
dostatky v  řídicích a  kontrolních systémech členských států u  audito -
vaných programů opravují, se různila (viz příloha ). Účetní dvůr zjistil, 
že u  auditovaných programů byla míra jistoty vysoká u  28 % programů, 
střední u  34 % programů a  nízká u  38 % programů. Při uzávěrce progra -
mu provádí Komise další práci. Obtíže je nicméně nutno řešit, aby bylo 
možné získat přiměřenou míru jistoty ohledně poskytovaných informací 
a zejména ohledně konečné míry chyb uváděné v  prohlášení při ukon -
čení podpory (viz body 28 a  58–73).
84.  Co se týče deseti programů, které byly předmětem přezkumu Účetního 
dvora, Komise v  roce  2010 opět zhodnotila jejich nástupnické programy 
na období 2007–2013 negativně. Míry chyb vykazované vnitro  státními 
auditními orgány v  současném období jsou navíc velmi často významné 
(viz body 74–77). Komise bude muset k  těmto programům ještě přijmout 
další nápravná opatření.
PROSTOR 	PRO 	ZLEPŠENÍ
85.  I když nápravná opatření Komise mohou mít podstatné přínosné účinky, 
prostor pro zlepšení a  stabilizaci systémů na uspokojivé úrovni kvality zů -
stává v  období 2007–2013 otevřen. Zdokonalení se však pravděpodobně 
neobejde bez dopadu na zdroje, což bude muset Komise vzít v  úvahu.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?41
Komise by měla:
— omezit délku trvání správního postupu od zjištění nedostatku po pro -
vedení nápravných opatření,
— zaměřit více svou auditní práci na činnost auditních orgánů a zajistit, aby 
produkovaly spolehlivé údaje o mírách chyb, aby se pak na jejich základě 
mohly uplatňovat finanční opravy,
— šířit používání kontrolních seznamů, jež fungují jako příklad osvědčené 
praxe a jimiž se budou orgány členských států řídit při svých primárních 
kontrolách,
— zajistit, aby finanční opravy provedené před uzávěrkou pokryly veške -
ré vzniklé výdaje zpracované v nedostatečných řídicích a kontrolních 
sy stémech.DOPORUČENÍ 	1
NAHRAZENÍ 	NEZPŮSOBILÝCH 	VÝDAJŮ 	SI	ZASLOUŽÍ 	
UVÁŽENÍ 	V KONTEXTU 	ROZHODNUTÍ 	O BUDOUCÍCH 	
VÝDAJÍCH 	NA	SOUDRŽNOST
86.  U poloviny programů zkoumaných Účetním dvorem vykázaly orgány 
členských států výdaje nad rámec rozpočtu přiděleného konkrétnímu 
programu. To znamená, že byly schopny nahradit neuznané nezpůsobilé 
výdaje výdaji novými a  mít rezervu pro případnou kompenzaci možných 
dalších finančních oprav (viz bod  73).
87.  Pravidla taková nahrazení výdajů umožňují (viz bod 13 a)) a  dovolují, 
aby členské státy využily částky podpory ze strukturálních fondů, které 
jim byly přiděleny, v  rámci výdajových programů k  posílení hospodářské 
a sociální soudržnosti.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?42
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?88.  Schopnost členských států opětovně využít podpory ze strukturálních 
fondů nicméně podněcuje otázky, jež si zaslouží pozornost, zejména 
v kontextu rozhodnutí o  budoucích výdajích na soudržnost:
a) Některé zjištěné nedostatky jsou systémové (např. nesprávné 
uplatňování pravidel pro zadávání veřejných zakázek). Dokud tyto 
problémy nebudou úspěšně vyřešeny, bude existovat riziko, že 
nezpůsobilé výdaje jednoho projektu by mohly být nahrazeny ne -
způsobilými výdaji jiného projektu.
b) Existují případy, kdy se nové výdaje nahrazující nezpůsobilé výdaje 
týkají projektů plně financovaných z  národních zdrojů (retrospek -
tivní financování). Účetní dvůr již v  jiných svých zprávách poukázal 
na skutečnost, že takové projekty jsou více náchylné k  chybám (viz 
poznámka pod čarou 20). Navíc pokud se používá retrospektivní 
financování, výdaje na soudržnost se stávají podporou ex post  roz-
počtů členských států.
c) S nápravnými opatřeními Komise se pojí podstatné správní náklady 
a náklady na zdroje. Pokud je třeba podporu přerozdělit a  členský 
stát má výraznou rezervu projektů, které podmínky skutečně plní 
(viz poznámka pod čarou 26), pak nápravné opatření vede ke změ -
nám dokumentace (podpora EU se přidělí na jinou skupinu projek -
tů), vlastní prováděná činnost se ale nijak nemění. Účetní dvůr již 
dříve konstatoval30, že finanční opravy nečiní podkladové operace 
méně nesprávnými, ale vedou k  přesunu nákladů na neuznané ne -
správné operace z  rozpočtu EU na rozpočty členských států.
Komise, Parlament a Rada by měly v rámci diskuse o budoucích plánech výdajů 
na soudržnost znovu uvážit, zda není třeba provést za účelem posílení přidané 
hodnoty evropských fondů určité změny v mechanismech možností nahrazo -
vání výdajů, které byly shledány nezpůsobilými.DOPORUČENÍ 	230 Bod 1.65 výroční zprávy 
za rok 2005 (Úř. věst. C 263, 
31.10.2006, s. 1).
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?43
 Tuto zprávu přijal senát II, jemuž předsedá pan Harald NOACK, člen Účet -
ního dvora, v  Lucemburku na svém zasedání dne 18.  ledna  2012.
Za Účetní dvůr
předseda
Vítor Manuel da SILVA CALDEIRA

Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?44
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?PŘÍLOHA
PROGRAMY 	KONTROLOVANÉ 	DOKUMENTÁRNÍMI 	KONTROLAMI
EFRR
Země Číslo programu Název programuPřidělený rozpočet
(v mil. EUR)
Česká republika 2003CZ161PO003 Průmysl a podnikání 347,8
Německo 2000DE162DO003 Sársko 293,0
Španělsko2000ES161PO004 Asturie 1 695,4
2000ES161PO008 Ceuta 89,4
2000ES161PO010 Estremadura 2 262,4
2000ES162DO006 Madrid 781,4
Spojené království1999GB161DO002 Merseyside 2 600,3
2000GB162DO005 Severovýchodní Anglie 1 716,6
2000GB162DO012 Východní Skotsko 661,4
Řecko2000GR051PO003  Zdraví a péče 220,2
2000GR161PO004 Západní Řecko 530,0
2000GR161PO007 Epirus 464,7
2000GR161PO011 Jónské ostrovy 268,5
2000GR161PO016 Konkurenceschopnost 2 826,2
2000GR161PO026 Kultura 647,6
Irsko 2000IE161PO005 Jižní a východní region 829,5
Itálie1999IT161PO010 Sardinie 2 601,0
1999IT161PO005 Doprava 4 520,2
2000IT162DO009 Latium 884,4
Polsko 2003PL161PO001 Integrovaný program pro regionální rozvoj  3 485,3
Portugalsko1999PT161PO008 Ekonomika 4 009,3
1999PT161PO004 Informační společnost 652,3
Slovensko 2003SK161PO002 Průmysl a služby 291,0
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?45
ESF
Země Číslo programu Název programuPřidělený rozpočet
(v mil. EUR)
Belgie 1999BE053DO002 Federální ministerstvo pro zaměstnanost a práci 140,3
Španělsko2000ES051PO015 Podnikatelská iniciativa a průběžná odborná příprava 2 279,3
2000ES053PO305 Navarra 173,4
2000ES161PO011 Galicie 579,7
Francie1999FR161DO002 Nord-Pas-de-Calais 202,1
2000FR162DO003 Lorraine 84,5
2000FR162DO019 Picardie 66,2
2000FR162DO013 Akvitánsko 125,4
Spojené království1999GB161DO002 Merseyside 1 032,8
1999GB161DO003 Jižní  Yorkshire 1 043,7
2000GB162DO010 Jihozápadní Anglie 81,8
2000GB162DO003 Yorkshire a Humberside 142,0
Itálie1999IT161PO007 Kampánie 1 003,5
1999IT053PO003 Piemont 1 054,2
Nizozemsko 1999NL161DO001 Flevoland 71,4
Polsko 2003PL051PO001 Rozvoj lidských zdrojů 1 960,1
Slovensko 2003SK051PO001 Rozvoj lidských zdrojů 367,2
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?46
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?SHRNUTÍ
I.	a)
Při provádění politiky soudržnosti jsou za prevenci, zjišťo -
vání a  nápravu nesrovnalostí odpovědné v  prvé řadě člen -
ské státy, a  to v souladu se zásadou sdíleného řízení.
Finanční opravy by měly být založeny na jednotlivých 
nesrovnalostech nebo, pokud to není možné nebo není 
nákladově efektivní, na extrapolaci, nebo by měly mít 
formu paušální opravné sazby stanovené v  souladu 
s pokyny Komise.
III.	a)
Komise zahájila provádění nápravných opatření ve všech 
případech, kdy byly zjištěny nedostatk y. Komise se 
domnívá, že toto hodnocení představuje pozitivní výsle -
dek, který dokládá její odhodlání plně a  správně vykonávat 
její kontrolní úlohu v  rámci řízení strukturálních fondů.
Komise souhlasí s  tím, že tento proces je zdlouhavý a  proto 
akční plán z  roku  2008 na posílení kontrolní úlohy Komise 
v rámci strukturálních opatření obsahoval opatření, jejichž 
cílem bylo urychlit soudní řízení a  stanovit lhůty pro při -
jetí rozhodnutí o  finančních opravách (24 měsíců po při -
jetí konečné zprávy o  auditu). Podle programů na období 
2007–2013 byla tato politika prováděna dále, přičemž bylo 
přijato rozhodnutí o  včasném přerušení běhu platebních 
lhůt v  případech, kdy audity zjistí nedostatky. To se odráží 
na nižších mírách výskytu chyb, jež Účetní dvůr uvedl 
v nedávných prohlášeních o  věrohodnosti ve srovnání se 
spisy, které Účetní dvůr kontroloval v  této zvláštní zprávě.
V rámci sdíleného ř ízení však programy jsou více -
leté a  Komise a  členské státy mohou provádět veškeré 
potřebné opravy před ukončením programů. Zejména 
velké infrastrukturní projekty, jakož i  složité právní a  regu -
lační otázky, vyžadují na své řešení čas. Komise se domnívá, 
že hlavním cílem je, aby nedostatky byly odstraněny a  veš-
keré nesprávné výdaje opraveny.ODPOVĚDI KOMISE
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?47
ODPOVĚDI KOMISE
III.	b)
Komise získala vysoký stupeň jistoty, že finanční opravy 
byly řádně prováděny přibližně ve dvou třetinách případů, 
které Účetní dvůr zkoumal.
Pokud jde o  zbývající auditované programy, při nichž 
Komise obdržela nižší stupeň jistoty, zavedené postupy 
byly řádně dodrženy a  finanční opravy provedeny jakožto 
výsledek náležité péče Komise o  zajištění přiměřených 
návazných opatření ve všech jednotlivých případech. 
U těchto programů se Komise rozhodla provést závěrečné 
audity vycházející z  rizika těchto programů, které umožní 
dosáhnout vysokého stupně věrohodnosti rovněž po ukon -
čení činnosti těchto programů.
III.	c)
Komise provedla následné audity, včetně kontrol na místě, 
s cílem otestovat systémy, které byly předmětem akčních 
plánů nápravy a  zohlednila výsledky své analýzy rizik pro 
ukončení.
Účelem zavedení dobrých systémů je zajistit, aby z  roz-
počtu EU byly propláceny pouze zákonné a  způso -
bilé výdaje, zejména při ukončení programů. Komise se 
domnívá, že výše finančních oprav, kterou použila kumula -
tivně na programy pro období 2000–2006, vedle vlastních 
oprav členských států, a  její přísný přístup v  průběhu pro -
cesu uzávěrky umožní dosažení přiměřené věrohodnosti, 
takže úroveň zbytkových chyb v  celé oblasti soudržnosti 
bude při ukončení nízká.
Komise rozhoduje o  obnovení plateb po jejich přerušení 
nebo rozhodnutí o  pozastavení v  rámci operačního pro -
gramu až tehdy, když od vnitrostátních orgánů získá dosta -
tečné ujištění o  zákonnosti a  řádnosti výdajů zahrnutých 
v následných žádostech o  platbu.
III.	d)
Vedle zabezpečení zákonnosti a  řádnosti výdajů, které 
Komise proplácí, je celkovým cílem politiky soudržnosti 
efektivní posílení hospodářské a  sociální soudržnosti. 
Komise odhaduje, že dobrovolné provádění finančních 
korekcí zpětvzetím a  nahrazením je v  souladu s  řádným 
finančním řízení. Hned po nahrazení příslušných výdajů 
novými oprávněnými projekty je rozpočet EU skutečně 
chráněn. Nově podané projekty by měly být způsobilé, 
zákonné, řádné a  v souladu s  požadavky programu.Při ukončení se výdaje vykázané nad rámec rozpočto -
vých položek programů zohledňují až po provedení všech 
potřebných finančních oprav. Výsledkem finančních oprav 
systémových nedostatků v  procesu uzávěrky programu 
i nezpůsobilých výdajů zjištěných po uzávěrce je vždy čisté 
snížení výše podpory EU.
Cílem této praxe je zajistit nejlepší možné využití finanč -
ních zdrojů, poskytnout pobídku pro účinné vnitrostátní 
kontroly a  zároveň zajistit řádné hospodaření s  finančními 
prostředky a  ochranu rozpočtu EU.
IV.	a)	odrážka 	první
V rámci akčního plánu přijatého v  roce  2008 Komise při -
jala přísnou politiku pozastavení plateb a  finančních oprav, 
která přinesla kratší lhůty a  zvýšenou úroveň ujištění při 
platbách, což potvrzuje vývoj mír y chybovosti, kter ý 
v posledních letech Účetní dvůr uváděl ve svých zprávách.
Komise konstatuje, že v  letech 2007–2013 přerušení pla -
teb, což je nový a  v porovnání s  pozastavením pružnější 
právní nástroj, má pozitivní vliv na délku trvání nápravných 
opatření.
IV.	a)	odrážka 	druhá
Provádění auditů činnosti vnitrostátních kontrolních 
orgánů je ústředním opatřením strategie auditu Komise 
pro programy na období 2007–2013. Komise provádí více -
leté auditní šetření se základním cílem prověřit práci nej -
rizikovějších auditních orgánů, aby bylo možné spoléhat 
se na stanoviska jejich ročních auditů. Umožnilo to zlepšit 
práci kontrolovaných orgánů, se všemi kontrolními orgány 
se diskutovalo o  dalším poradenství a  byly s  nimi sdíleny 
rady na základě poznatků získaných z  prvních výsledků 
tohoto šetření. Proto byl důraz kladen na zajištění toho, 
aby kontrolní orgány předkládaly spolehlivé míry chybo -
vosti a  výroční výroky auditora k  programům.
V případech, kdy práci prováděné auditorskými orgány lze 
připsat omezenou spolehlivost, nebo jí nelze připsat žád -
nou spolehlivost, Komise provádí vlastní audity řídících 
a certifikačních orgánů s  cílem získat přímé ujištění.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?ODPOVĚDI KOMISE48
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?IV.	a)	odrážka 	třetí
Jelikož pravidla způsobilosti na programové období 2007–
2013 jsou definována na vnitrostátní úrovni, kon  trolní 
seznamy způsobilosti mohou být stanoveny pouze řídícími 
orgány na vnitrostátní úrovni nebo na úrovni programu. 
Komise však členským státům poskytuje pokyny o  způ-
sobu, jakým by řídící orgány měly definovat a  vykonávat 
ověřování.
Kromě toho vypracovala Komise v  roce  2009 komplexní 
pokyny týkající se kontrol první úrovně a  nástroj sebehod -
nocení pro řídící orgány, jichž mohou využít pro zlepšení 
svojí práce. Komise dále vyvinula a  v roce  2011 auditním 
orgánům předala kontrolní seznamy pro audit ověřování 
řízení, jichž mohou řídící orgány samy používat jako refe -
renčních kritérií.
IV.	a)	odrážka 	čtvrtá
Komise se domnívá, že již zaručuje, aby se finanční opravy 
vztahovaly na všechny výdaje provedené v  rámci nedo -
statečných systémů řízení a  kontroly. Konečné ověření, 
že se provedené finanční opravy dotkly všech příslušných 
výdajů, je možné provést až při ukončení programu, kdy se 
sečtou všechny finanční opravy a  vypočítá míra zbytkových 
chyb.
V tomto smyslu se Komise domnívá, že toto doporučení již 
provedla.
IV.	b)	odrážka 	první
Komise se domnívá, že členské státy by měly mít právo 
nahradit nezpůsobilé výdaje, které zjistí, zákonnými a  řád-
nými s  cílem optimalizovat využívání výdajů na politiku 
soudržnosti, což přispívá k  jejich přidané hodnotě a  zajiš -
tění účinných kontrol na úrovni členských států. V  návrhu 
regulačního rámce na období 2014–2020 předloženého 
Komisí se stanoví, že „Pokud Komise nebo Evropský účetní 
dvůr zjistí nesrovnalosti ovlivňující roční vyúčtování pře -
dané Komisi, výsledná finanční oprava provedená Komisí 
sníží podporu z  fondů na operační program (čl. 137 
odst.  6)“, čímž se omezí možnosti zpětvzetí / nahrazení 
v probíhajícím finančním roce. Toto ustanovení má působit 
jako pobídka, aby výdaje zahrnuté v  ověřené roční účetní 
závěrce byly zákonné a  řádné.ÚVOD
3.
Komise uvádí, že rámec řízení a  kontroly na období 2007–
2013 obsahuje podstatné zlepšení ve srovnání s  obdobím 
2000–2006.
6.
Komise chce ujasnit, že podle právního rámce na období 
2000–2006 nebylo zapotřebí provádět vykazování měr chy -
bovosti každoročně, nýbrž až při ukončení programu.
7.
Spolehlivost míry chybovosti podporují také jiné významné 
prvky prohlášení při ukončení projektu, např. výrok nezá -
vislého auditora vydávajícího prohlášení při ukončení pro -
jektu, odhad frekvence chyb, posouzení kvality a  dosta -
tečnosti auditorské práce provedené během období, 
posouzení dostatečnosti řešení chyb a  zjištěných nedo -
statků atd. Viz rovněž odpověď na odstavec 6.
9.
Kromě kontrol první a  druhé úrovně je další klíčovou funkcí 
systému kontroly a  řízení certifikace výdajů zavedená 
v regulačním rámci na období 2000–2006.
Proto kontroly výdajů vzniklých na úrovni příjemců pro -
vedené platebním orgánem (2000–2006) a  certifikačním 
orgánem (2007–2013) na základě kontrol první úrovně, 
které již provedl řídící orgán, by se při posouzení celkové 
úrovně jistoty měly rovněž zohlednit.
9.	a)
Požadavky na kontroly první úrovně by měly být stanoveny 
zvlášť na období 2000–2006 a  na následující období. Pro 
dokumentární kontroly a  kontroly na místě neexistoval 
regulační limit, zatímco pro období 2007–2013 se vyžaduje 
100 % dokumentárních kontrol.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?49
ODPOVĚDI KOMISE
10.
Roční míry chybovosti, které uvádí Účetní dvůr ve své 
výroční zprávě, poskytují „přehled“ o  situaci v  době prove -
dení auditů Účetního dvora před provedením všech kon -
trol stanovených v  příslušných nařízeních, jako jsou např. 
kontroly druhé úrovně. Jelikož programy politiky soudrž -
nosti jsou prováděny během několika let a  výdaje jsou 
během této doby kontrolovány na několika úrovních, je 
možné dopad těchto kontrol z  hlediska snížení měr chybo -
vosti a  uplatnění potřebných nápravných opatření sledovat 
obvykle až v  dalších letech.
Jak se uvádí v  pracovním dokumentu útvarů Komise 
ze dne 6.  října  2011 a  ve výroční zprávě Účetního dvora 
za rok  2010, přestože celková míra chybovosti zůstává 
v případě politiky soudržnosti vysoká, nejnovější míry 
chybovosti, které vypočítal Účetní dvůr pro prohlášení 
o věrohodnosti za roky 2009 a  2010, jsou výrazně nižší ve 
srovnání s  úrovní, která byla dosahována v  předchozích 
prohlášeních o  věrohodnosti (2006–2008).
Komise odkazuje rovněž na svou odpověď v  odstavci 41.
Rámeček 	1	–	odrážka 	první
Analýza vyčíslitelných chyb vykázaných Účetním dvorem 
od roku  2006, kterou provedla Komise, dokazuje, že způso -
bilost představuje hlavní zdroj chyb (39  %).
Rámeček 	1	–	odrážka 	druhá
Z téže analýzy vyplývá, že významným zdrojem chyb je 
i neexistující nebo nepřiměřená auditní stopa (11  %), ale 
podíl tohoto zdroje v  posledních letech klesá.
11.
Komise má při plnění svých povinností dohledu k  dispo -
zici vedle auditů EU a  národních ročních kontrolních zpráv 
mnoho zdrojů informací. Například dvoustranná koordi -
nační setkání s  orgány auditu, každodenní výměna infor -
mací o  auditech a  řízení programů a  výsledky vyšetřování 
úřadu OLAF.12.	a)
Pozastavení plateb pro program je přijaté ve formě roz -
hodnutí Komise po sporném řízení s  vnitrostátními orgány. 
Dopisem o  předběžném pozastavení plateb se tento pro -
ces teprve začíná, přičemž nemusí nutně vést k  pozasta -
vení plateb, pokud členský stát včas provede potřebná 
nápravná opatření.
V případě, že v  období 2000–2006 byly odhaleny vážné 
systémové nedostatky, a  s cílem plně respektovat zásadu 
řádného finančního řízení GŘ pro zaměstnanost, sociální 
věci a  sociální začleňování přijalo opatření zaručující, aby 
předběžné platby nebyly provedeny.
13.	a)
Během období 2000–2006 a  v případech nedostatečných 
kontrol první úrovně Komise požádala vnitro  státní orgány, 
aby zavedly akční plány nápravných opatření zaměřené na 
zvýšení kvality a  rozsahu těchto kontrol. V  některých přípa -
dech šlo o  rozsáhlé zpětné kon  troly, při kterých vnitrostátní 
orgány musely kontrolovat výdaje vykázané Komisi v  před -
chozích letech a  uplatnit nezbytné opravy.
15.
Při odhadu potřeby provést finanční opravy při ukon -
čení programu Komise vedle míry chybovosti zohledňuje 
všechna nápravná a  zmírňující opatření, která již provedly 
členské státy nebo sama Komise. Proto se problémy známé 
v době ukončení vyřeší před uvolněním konečné platby 
Komise.
K ro m ě  to h o  m á  K o m i s e  m ož n o s t  u k l á d a t  f i n a n č n í 
opravy i  po ukončení programů, pokud se odhalí nové 
nesrovnalosti.
16.
Akční plán, který Komise přijala v  roce  2008, prokázal její 
pevný politický závazek k  intenzivní práci na snížení míry 
chybovosti průběžných plateb a  zlepšení systémů řízení 
a kontroly strukturálních opatření.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?ODPOVĚDI KOMISE50
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?POZNÁMKY
23.
Komise vítá tento pozitivní výsledek, který dokládá její 
odhodlání zlepšovat systémy kontroly a  řízení a  napravovat 
zjištěné nesrovnalosti.
25.
Komise vítá hodnocení Účetního dvora a  domnívá se, že 
představuje pozitivní výsledek. V  ostatních případech se 
Komise domnívá, že zbývající problémy byly zvládnutelné 
a proto budou vyřešeny při ukončení programů.
Komise odkazuje rovněž na svou odpověď v  odstavci 15.
26.
Komise vítá hodnocení Účetního dvora a  domnívá se, že 
představuje pozitivní výsledek. Komise se efektivně snaží 
zajistit, aby po zjištění nedostatků byla provedena opatření 
v co nejširším rozsahu a  aby do rozsahu takových opat -
ření byly začleněny i  všechny oblasti nebo programy, které 
mohou být postiženy stejnými nedostatky.
27.
Komise vítá hodnocení Účetního dvora a  domnívá se, že 
představuje pozitivní výsledek. I  v případech, které uvádí 
Účetní dvůr, se Komise domnívá, že zbývající problémy 
byly zvládnutelné a  proto budou vyřešeny při ukončení 
programů.
Pokud jde o  program Galicie, Komise odkazuje na svoji 
odpověď v  rámečku 4.
Rámeček 	4
Subjekty s  nejvyšším finančním rizikem byly pro audit 
Komise vybrány na základě analýzy rizika.Ostatní subjekty zahrnuté do tohoto programu byly před -
mětem vnitrostátních auditů (11 auditů systémů), jejichž 
výsledky jsou dostupné ve zprávách podle článku 13, které 
jsou předkládány Komisi.
Zbývající otázky budou řešeny při ukončení. Budou prová -
děny další finanční opravy vzhledem k  tomu, že zbytková 
míra chybovosti činí více než 2  %.
28.
Pro rozsah kontrol první úrovně programů v  období 2000–
2006 neexistoval regulační limit. Procento pokrytí kon -
trolami prvního stupně je nutno posoudit s  ohledem na 
souvislosti programu; nižší pokrytí mohlo být dostatečné, 
pokud byly kontrolované vzorky reprezentativní a  pokud 
byla zavedena i  jiná zmírňující opatření. Proto z  nižší zkon -
trolované částky nemusí nutně plynout zvýšené riziko, že 
vykázané výdaje nebyly řádné.
Rámeček 	5
Pokud jde o  anglické programy, orgány neuvedly počet 
kontrol podle článku 4 pokynů ESF. Tento členský stát 
skutečně přijal přístup založený na posouzení rizik, který 
Komise v  určitém rozsahu akceptovala.
Po 6 auditech, které Komise provedla od roku  2002 do 
roku  2005, byly pokyny ESF týkající se provádění kontrol 
řízení zpřísněny:
 — Vytvoření standardizovaných postupů (jako je povinnost 
místních orgánů každoročně předkládat plán těchto kon  trol 
ústřednímu orgánu ESF v Anglii)
 — Zavedení kontrolních seznamů vypracovaných na podporu 
úrovně kontrol řízení.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?51
ODPOVĚDI KOMISE
Pokud jde o  konkrétní případ (Jižní Yorkshire), byly pro 
všechny projekty během jejich provádění stanoveny kon -
troly prvního stupně. Pro program Merseyside byly audi -
tované projekty vybrány na základě analýzy rizika. Členský 
stát uvedl, že byly naplánovány kontroly „významného 
počtu“ z  celkového počtu projektů (160 z  454, tj. 35  %). 
V rámci kontrolovaných projektů byl zkontrolován soubor 
dokumentů. Po srovnání tohoto celkového počtu zkont -
rolovaných dokumentů s  celkovým počtem dokumentů 
dostupných pro všechny projekty tohoto programu je 
možné určit procentuální podíl zkontrolovaných doku -
mentů  – 1,3  %. Komise se však domnívá, že tato nízká per -
centuální hodnota poukazuje na mnohem nižší úroveň 
kontroly, než odpovídá skutečnosti.
Řídící orgán odmítl provést zpětnou kontrolu, namísto 
toho souhlasil s  tím, že provede finanční opravy v  souvis -
losti s  ukončením programu (7,3  %).
32.
Toto posouzení je v  souladu s  posouzením provedeným 
v rámci akčního plánu Komise z  roku  2008 a  bylo důvodem 
návrhu urychlit soudní řízení, což má být jedno z  opatření 
akčního plánu.
32.	b)
Komise vynaložila maximální úsilí, aby se realizovalo co nej -
více následných auditů a  to s ohledem na omezené zdroje 
v případě, že byly zavedeny akční plány nápravy. Následné 
audity byly prováděny na základě analýzy rizika s  přihléd -
nutím poměru nákladů a  přínosů a  k jiným zdrojům důkazů 
o věrohodnosti, které má Komise k  dispozici.
Komise odkazuje rovněž na svou odpověď v  odstavci 45.
33.
Komise poznamenává, že během programového období 
byly finanční opravy v  převážné většině členských států 
provedeny velmi rychle poté, co vnitrostátní orgány opravy 
přijaly.34.
Vzhledem k  významnému počtu problémů, které jsou 
obvykle v  rámci realizace akčních plánů nápravy a  v pokro -
čilé fázi programového období řešeny, je velmi praktické 
případ uzavřít a  jakékoliv nevyřešené problémy řešit při 
ukončení programů. Díky tomuto postupu jsou lidské 
zdroje k  dispozici pro další priority auditů, aniž se snížila 
míra věrohodnosti, kterou Komise dosáhne na konci více -
letého programovacího cyklu v  souvislosti se zákonností 
a řádností výdajů proplacených v  rámci programu.
35.
Komise konstatuje, že akční plány nápravných opatření, 
navazující na auditní zjištění, mají za následek rozsáhlou 
výměnu dokumentů, které musejí být pro potřeby konzul -
tací mezi útvary přeloženy.
Kromě toho mohou být průtahy rovněž důsledkem sku -
tečnosti, že provedení auditů na místě je často zadáváno 
externím auditorským společnostem. Komise využívá 
externích auditorských společností, protože počet jejích 
vlastních auditorů není pro provedení celého plánu auditu 
dostatečný. Postup přijetí zpráv vypracovaných auditor -
skou společností může trvat déle, než se očekávalo.
36.
Jedním z  cílů akčního plánu Komise na rok  2008 je vyzvat 
členské státy, aby provedly okamžitá nápravná opatření, 
jakmile jsou zjištěny nedostatky, a  prokázat odhodlání 
Komise zahajovat včas soudní řízení, je -li to nezbytné.
37.
Ačkoliv Komise ve většině případů dodržuje lhůty, které si 
stanovila pro oznamování výsledků auditů, zpoždění při 
vypracování zprávy o  auditu může vzniknout kvůli nároč -
nosti spisu, potřebě konzultací mezi útvary nebo potřebě 
přeložit obsáhlou dokumentaci.
Komise odkazuje rovněž na svou odpověď k  odstavci  35.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?ODPOVĚDI KOMISE52
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?38.
Jedním z  důsledků akčního plánu Komise z  roku  2008 bylo 
právě zrychlení postupů, přičemž bylo zároveň zohledněno 
právo členských států poskytnout dodatečné informace 
a argumenty s  cílem zaručit jejich právo na obhajobu.
Postup pozastavení plateb nebyl zahájen, nebo byl přeru -
šen, když byla požadovaná opatření provedena dle dohody, 
nebo pokud již neexistovala možnost pozastavit platby 
před ukončením programů. Proto mohla realizace náprav -
ných opatření v  polovině případů pokračovat bez zaslání 
dopisu o  předběžném pozastavení plateb.
39.
Komise uvádí, že přijala rozhodnutí o  pozastavení plateb, 
kdykoli bylo nezbytné.
Pozastavení plateb není primárně určeno k  urychlení pro -
cesu provádění akčních plánů nápravy. Pozastavení pla -
teb je právním opatřením, které má Komise k  dispozici 
na to, aby zajistila, že nebudou realizovány žádné platby 
v rámci programů, v  nichž jsou zjištěny významné nedo -
statky a  pokud orgány členských států neprovedou vhodná 
opatření.
40.
Komise ve zprávě o  prvním dopadu svého akčního plánu 
z roku  2008 konstatuje, že opatření zaměřená na zlepšení 
podávání zpráv a  zvýšení vlivu auditní činnosti Komise 
umožnila urychlit většinu probíhajících a  v té době nových 
postupů pozastavení plateb a  finančních oprav (19 rozhod -
nutí o  pozastavení plateb přijatých v  rámci akčního plánu 
a dalších 6 v  roce  2010) a  zvýšit vykázané údaje o  finanč -
ních opravách od roku  2008.
Komise zdůrazňuje, že do konce roku  2010 a  v progra -
movém období 2000–2006 uplatnila kumulativní finanční 
opravy ve výši 5,3  miliardy  EUR v  případě EFRR a  ESF, 
tato částka dokazuje významnou práci odvedenou v  této 
oblasti.
Komise chce zdůraznit skutečnost, že referenční období 
operačních programů, které Účetní dvůr zařadil do vzorku, 
časově předchází akční plán z  roku  2008.41.
Přerušení plateb, právní nástroj použitelný na období 
2007–2013, umožňuje provést okamžitá opatření, jakmile 
se zjistí nedostatky, pokud ještě nebylo provedeno úplné 
schválení. Tento nástroj zvýšil schopnost Komise ještě lépe 
chránit rozpočet EU tím, že zrychlil proces v  případě stá -
vajících programů po námitkách uvedených ve výročních 
zprávách o  činnosti za roky 2010 a  2011. Komise systema -
ticky využívá možnost přerušit platební lhůty v  případě, že 
má důkazy, z  nichž plyne, že existují nedostatky, a  zasílá 
písemná varování, pro daný program není podána a  nevy -
řízena žádost o  platbu.
Od 1.  ledna  2008 do 22.  prosince  2011 provedlo GŘ pro 
regionální politiku v  rámci EFRR a  Fondu soudržnosti 
opatření, v  jehož důsledku nebyly provedeny průběžné 
platby celkem pro 122 programů a  Komise přijala celkem 
12 rozhodnutí o  pozastavení plateb. Případě operačních 
programů ESF bylo přijato 76 rozhodnutí o  přerušení lhůt 
splatnosti a  18 rozhodnutí Komise pozastavení plateb.
Komise uvádí, že v  roce  2010 a  pro druhý následující 
rok zůstává míra chyb, kterou nahlásil Účetní dvůr hlu -
boko pod mírou uvedenou v  jeho výročních zprávách za 
období 2006–2008. Komise se domnívá, že na tento pří -
znivý a  slibný vývoj měla vliv posílená kontrolní opatření 
pro programová období 2007–2013 a  její akční plán pro 
rok 2008.
Pokud jde o  ESF, jak je uvedeno v  pracovním dokumentu 
útvarů Komise ze dne 6.  října  2011, příspěvek projektů ke 
kumulativním měřitelným chybám v  oblasti politiky sou -
držnosti v  letech 2008 a  2009 se výrazně snížil a  byl velmi 
omezený. Tento pozitivní trend, potvrzený v  roce  2010, 
odráží neustále provádění přísné politiky přerušování 
a pozastavování (kterou GŘ EMPL zahájilo již v  roce  2008) 
a první pozitivní vliv zjednodušujících opatření na období 
2007–2013.
43.	b)
Komise konstatuje, že programy dvou programových 
období nejsou přesně stejné, protože v  porovnání s  před -
chozím obdobím se orgány a  odpovědnosti v  rámci pro -
gramů mohly změnit.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?53
ODPOVĚDI KOMISE
45.
Pro dohled nad programy prováděnými v  rámci sdíleného 
řízení musí Komise získat prohlášení o  věrohodnosti z  více 
zdrojů (na vnitrostátní úrovni nebo na úrovni EU), jak popi -
suje Účetní dvůr, a  přitom musí zohlednit náklady a  přínosy 
svého výběru (viz odstavec 46).
Komise v  rámci své dozorčí úlohy systematicky přezkou -
mává vnitrostátní prohlášení z  členských států, která by 
měla být založena na pevných vnitrostátních důkazech. 
Zároveň provádí následné audity na základě posouzení 
rizik, což je doloženo skutečností, že případy nebyly uza -
vřeny po prvním následném auditu.
V některých případech navíc následné audity prostě nejsou 
vhodné, například když se finanční opravy provádějí pau -
šálně, nebo když členskému státu není možné proplatit 
další průběžné platby (po dosažení hodnoty 95  %) a  zbý-
vající částka, která se má proplatit při ukončení programů, 
je velmi nízká.
46.
Komise se pokusila o  vyvážení, když rozhodla o  provedení 
následných auditů. Následné audity nejsou jedinou meto -
dou na získání vysoké úrovně ujištění při provádění náprav -
ných opatření a  provádějí se na základě analýzy rizika. Exis -
tují alternativní způsoby jako jsou dokumentární prověrky 
revidovaných postupů zavedených členskými státy. Roz -
hodnutí, zda získat ujištění ohledně provádění doporučení 
auditora (EÚD, vnitrostátní zdroj nebo ES zdroj) násled -
ným auditem závisí na důvěře, kterou Komise má v  orgány 
odpovědné za programy, závažnosti zjištění, stejně jako na 
jejich povaze.
Rámeček 	7
Orgán vydávající prohlášení o  ukončení v  souvislosti se 
skotskými programy Komise podrobila auditu a  zhodnotila 
jako spolehlivý v  rámci její přípravné práce před ukonče -
ním programů na období 2000–2006 a  provedla závěrečný 
audit s  cílem posoudit platnost prohlášení při ukončení 
projektu. Auditoři Komise tak při ukončení programů získali 
dostatečnou jistotu, že všechny zjištěné systémové nedo -
statky byly skutečně vyřešeny. Komise odkazuje rovněž na 
svou odpověď v  odstavci 45.48.	b)
Extrapolované opravy jsou možné pouze v  případech, kdy 
audity byly prováděny u  statistického vzorku operací. Míra 
chybovosti se následně projektuje na celý soubor dotče -
ných projektů nepodrobených auditu. Obvykle je to možné 
v případě omezených a  dostatečně homogenních souborů, 
ale je to náročné na zdroje.
48.	c)
Komise přijala pokyny a  interní pokyny týkající se stano -
vení přiměřených paušálních oprav v  případě systémových 
chyb nebo nesouladu s  pravidly zadávání veřejných zaká -
zek. Tyto míry používají rovněž členské státy.
49.	a	50.	Společná 	odpověď
Komise při dojednávání extrapolovaných a  paušálních 
korekcí s  členskými státy zajišťuje, aby byly opraveny 
všechny příslušné žádosti o  platbu do chvíle, dokud nejsou 
opraveny systémové nedostatky.
51.
I z analýzy kvantifikovatelných chyb vykázaných Účetním 
dvorem od roku  2006, kterou Komise předložila v  pra-
covním dokumentu útvarů Komise ze dne 6.  října  2011, 
vyplývá, že veřejné zakázky představují velký zdroj chyb 
(41 % vykázaných kvantifikovatelných chyb v  případě EFRR 
a Fondu soudržnosti). Komise kromě toho odkazuje na své 
odpovědi na výroční zprávu Účetního dvora z  roku  2009, 
zejména na odstavec 4.20, v  nichž uvedla, že „možné 
nedostatky při uplatňování pravidel pro veřejné zakázky 
na vnitrostátní, regionální nebo místní úrovni při uplatňo -
vání práva EU se nevztahují výlučně na realizaci projektů 
v oblasti politiky soudržnosti“. Komise provádí preventivní 
a nápravná opatření s  cílem řešit taková porušení pravidel 
zadávání veřejných zakázek v  programech financovaných 
v rámci politiky soudržnosti.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?ODPOVĚDI KOMISE54
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?52.
V souladu s  článkem 39 nařízení (ES) č. 1260/1999 částky 
uvolněné prostřednictvím finančních oprav dohodnutých 
a realizovaných členskými státy mohou být znovu použity 
na jiné způsobilé výdaje a  pouze finanční opravy, o  kte-
rých rozhodla Komise, jsou čistými opravami. Komise se 
domnívá, že jde o  pobídku pro členské státy, aby vhodně 
odhalovaly nesrovnalosti a  zrušily všechny nezpůsobilé 
výdaje z  předchozích žádostí o  platbu, které již Komise pro -
platila. Komise odkazuje rovněž na svou odpověď v  odstav -
cích 68 a  88 b) a  c).
54.
Komise odkazuje na svou odpověď v  odstavcích 45 a  46.
Rámeček 	8
Tento příklad skutečně dokazuje, že Komise zajišťuje uspo -
kojivou nápravu problémů, než případ uzavře.
55.
Provedená nápravná opatření (akční plány a  finanční 
opravy uplatněné Komisí, v  celkové výši 5,3  miliardy  EUR 
v případě EFRR a  ESF kumulativně za programové období 
2000–2006) zmírnila riziko týkající se provádění programů 
během programového období Proto byla podle názoru 
Komise v  případě většiny programů úroveň jistoty vysoká.
Pokud jde o  omezený počet zbývajících programů s  nižší 
jistotou, Komise se rozhodla provést závěrečné audity na 
základě analýzy rizik, které umožnily dosáhnout vysoké 
úrovně ujištění i  při ukončení těchto programů.
Pokud jde o  konkrétní problémy, viz odpověď Komise na 
rámečky 9 a  10.56.	a)
Komise při ukončení získává ujištění o  úplnosti a  přesnosti 
všech finančních oprav provedených během trvání pro -
gramu. Komise může kromě toho provést závěrečné auditní 
mise v  platebních nebo jiných programových orgánech, 
během nichž na vzorku programů zkontroluje provedení 
finančních oprav. To bylo skutečně provedeno u  jednoho 
z programů, ve kterém Účetní dvůr zjistil nedostatky.
Rámeček 	9
Než bylo zahájeno další provádění plateb, mohla Komise 
zhodnotit veškeré provedené opravy. Nejrozsáhlejší oprava 
byla provedena na základě práce statistického úřadu 
Galicie, která v  každém ohledu odpovídala požadavkům 
Komise.
57.
Komise odkazuje na svou odpověď v  odst. 9 písm. a), v  níž 
uvádí, že pro příslušné období se nevyžadovaly ani 100  % 
kontroly projektů, ani přístup výběru statistického vzorku.
Rozsah kontrol je nutné posuzovat s  ohledem na souvis -
losti programu; nižší pokrytí mohlo být dostatečné, pokud 
byly kontrolované vzorky reprezentativní a  pokud byla 
zavedena i  jiná zmírňující opatření. Proto z  nižší zkontrolo -
vané částky nemusí nutně plynout zvýšené riziko, že vyká -
zané výdaje nebyly řádné.
Rámeček 	10
Komise ostatní problémy identifikovala jako konkrétní 
rizika pro ukončení tohoto programu. Komise posoudí 
konečné výsledky šetření během závěrečné auditní mise 
týkající se tohoto konkrétního programu. Mohou být tedy 
uplatněny dodatečné finanční opravy.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?55
ODPOVĚDI KOMISE
Pokud jde o  zakázky, které nebyly zadány na základě zrych -
leného postupu, Komise nekontrolovala výskyt různých 
druhů chyb systematicky, protože se domnívá, že neměla 
dostatečný základ pro provedení dodatečných finančních 
oprav. Další auditní práce nebyla považována za nutnou 
vzhledem k  tomu, že hlavní nedostatky byly opraveny.
58.
Komise odkazuje na svou odpověď v  odstavcích 9, 10, 11 
a 28.
Komise se domnívá, že právní rámec na období 2000–2006 
byl s  ohledem na požadavky na kontroly druhé úrovně při -
měřený a  poskytoval dobrý základ pro práci kontrolních 
orgánů.
Právní rámec na období 2007–2013 dále posílil ustanovení 
předchozího období. Zdůrazňuje se však, že kon  troly první 
úrovně zůstávají klíčovým prvkem i  v období 2007–2013; 
z toho však nevyplývá, že právní požadavky na kontroly 
druhého stupně byly v  předchozím programovém období 
nedostatečné.
59.
Následný audit ze strany Komise není jedinou metodu pro 
získání vysoké úrovně jistoty o  provádění nápravných opat -
ření. Rozhodnutí o  získání jistoty o  provádění doporučení 
obsažených v  auditech (vypracovaných Evropským účetním 
dvorem, vnitrostátním zdrojem nebo zdrojem Komise) pro -
střednictvím následného auditu nebo alternativními způ -
soby jako dokumentární prověrky (nových) postupů, závisí 
také na tom, do jaké míry se Komise může spolehnout na 
programové orgány, závažnost zjištění a  jejich charakter. 
V jiných situacích, kdy vnitrostátní kontrolní orgány jsou 
společné pro různé programy, mohou být výsledky násled -
ného auditu, který byl proveden jedním útvarem Komise, 
sdíleny s  jinými dotčenými útvary.60.
Komise posuzuje míru jistoty, kterou může systémům při -
soudit, na základě všech zavedených klíčových požadavků, 
a v případě programů období 2000–2006 mezi tyto poža -
davky patří i  práce platebního orgánu před potvrzením 
výdajů. Komise se domnívá, že s  ohledem na zásady sdíle -
ného řízení a  jednotného auditu může část svého ujištění 
zakládat na vnitrostátních zprávách auditorů pro programy 
období 2000–2006 a  spoléhat se na ně, pokud měla infor -
mace potvrzující spolehlivost, nezávislost a  profesiona -
litu takových auditních orgánů. Jak se uvádí v  odpovědi 
Komise v  odstavci 45, Komise by měla zároveň co nejlépe 
využívat své zdroje k  získání jistoty a  ke sledování akčních 
plánů nápravy, které jsou prováděny v  členských státech.
Rámeček 	11	–	první 	žádost
Tento první akční plán byl proveden na velkém statistickém 
vzorku (1/7 všech spisů, o  počtu 269). Analýza míry chyb 
o výši 2,12  % prokázala, že chyby byly soustředěny v  letech 
2000 a  2001. Míra chyb byla pro roky 2002, 2003 a  2004 
výrazně nižší než 2  %. Je třeba poznamenat, že první akční 
plán se uskutečnil na mnohem větším souboru (vybraném 
na statistickém základě) než kon  troly druhé úrovně, což by 
podle názoru Komise mohlo vysvětlovat rozdíl oproti kon -
trolám druhé úrovně.
S ohledem na celkovou míru chybovosti prvního akčního 
plánu, která byla nepatrně nad úrovní 2  % a nízké míry chy -
bovosti od roku  2002 spolu s  potvrzením, že postupy byly 
posíleny, došla Evropská komise k  závěru, že platby tohoto 
programu bylo možné získat zpět.
Rámeček 	11	–	druhá 	žádost
Rozdíl mezi mírou chybovosti z  akčního plánu (2,12  %) 
a mírou chybovosti kontrol podle článku 10 je způsoben 
postupem výběru vzorků: vzorek pro akční plán byl vybrán 
na základě statistiky (1/7 projektů období 2000–2004), 
zatímco vzorek pro kontroly podle článku 10 zahrnuje pro -
jekty vybrané na základě analýzy rizika. To vysvětluje vyšší 
míry chybovosti kontrol podle článku 101.
1 Podle čl. 10 odst. 2 nařízení 438/2001 členské státy organizují kontroly 
akcí na základě reprezentativního vzorku, který zahrnuje tyto prvky: 
potřebu zkontrolovat přiměřenou kombinaci akcí, všechny rizikové faktory 
identifikované vnitrostátními kontrolami nebo kontrolami Společenství 
a koncentraci akcí v  rámci určitých zprostředkujících subjektů nebo 
konečných příjemců.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?ODPOVĚDI KOMISE56
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?Komise nezpochybňovala ihned rozdíl mezi výsledky prv -
ního akčního plánu a  kontrolami druhé úrovně, protože 
se očekávalo, že výsledky kontrol druhé úrovně se sníží 
v důsledku prvního akčního plánu. Komise však ani ne 
o rok později požádala o  zahájení druhého akčního plánu 
kvůli pokračující vysoké míře chybovosti kontrol druhé 
úrovně.
Během realizace druhé žádosti o  opatření Komise francouz -
ským orgánům jasně zdůraznila, že zbytková míra chybo -
vosti vyšší než 2  % ve fázi ukončení programů by mohla 
znamenat potřebu finančních oprav. Francouzské orgány 
by proto měly pokračovat v  nápravných opatřeních s  cílem 
ještě více snížit míru chybovosti.
Postup uzavírání programu Ak vitánie byl přerušen 
a Komise si vyžádala dodatečné informace o  výpočtu zbyt -
kové míry chybovosti. Informace byly Komisi doručeny dne 
1. dubna  2011 a  Komise je podrobila analýze.
61.
Komise posuzuje míru jistoty, kterou může získat ze sys -
témů, na základě všech zavedených klíčových požadavků, 
a v případě programů na období 2000–2006 i  činnost 
platebního orgánu před osvědčením výdajů, což může 
být polehčující okolnost při posuzování celého sy   stému 
jakožto uspokojujícího. Jelikož neexistuje regulatorní poža -
davek na to, jaký objem kontrol první úrovně má být prove -
den, posouzení musí zohlednit všechny existující polehču -
jící okolnosti (viz také odpověď na odstavec 28).
62.
Pokud jde o  anglické programy EFRR, které Účetní dvůr 
zjistil v  této kategorii, objem kontrol, které mají být pro -
vedeny, byl dohodnut s  příslušnými orgány. Akční plán 
dohodnutý s  orgány odpovědnými za programy měl zahr -
novat nejméně 30  % výdajů programů a  měl být podložen 
kontrolami minimálně 10  % výdajů, které měly sahat až po 
zdrojovou dokumentaci při každé místní kontrole útvaru 
odpovědného za ověřování. Kromě toho bylo stanoveno 
minimální krytí v  závislosti na celkovém počtu projektů.
Komise odkazuje rovněž na svou odpověď v  odstavci 28.Rámeček 	12
Pokud jde o  program Navarra, Komise se domnívá, že 
hlavní zjištěné nedostatky byly odstraněny na základě vni -
trostátní auditorské zprávy:
Komise potvrzuje, že ve zprávě uváděné dvorem jsou pro -
vedená opatření popsána uspokojivým způsobem a  ve 
stupni podrobnosti, který stanoví platné předpisy.
64.
Komise uvádí, že systematicky iniciovala nápravná opat -
ření, když byly zjištěny nedostatky a  audity v  90 % případů 
doložily provedená opatření (buď prostřednictvím vlast -
ních auditů nebo prostřednictvím auditorského orgánu 
programu). Komise navíc zbylé programy zahrne do svých 
závěrečných auditů (viz odpověď na odstavec 69).
Pokud jde o  šest programů ve vzorku, u  nichž provedené 
finanční opravy zahrnovaly celé programové období (viz 
poznámka pod čarou u tabulky 4), Komise měla vysokou 
míru jistoty i  u souvisejících výdajů.
65.
Jak Komise často uváděla, ukončení je klíčový proces 
víceletého opravného mechanismu strukturálních fondů 
a konečnou bezpečnostní sítí pro zajištění zákonnosti 
a řádnosti. V  každém případě se při ukončení programů 
provádí důkladná analýza dostatečnosti nápravných opat -
ření již provedených členskými státy a  Komisí s  cílem 
umožnit řešení všech zbývajících rizik pro rozpočet Spole -
čenství. Provádějí se dodatečné závěrečné audity, při kte -
rých mohou být odhaleny další nesrovnalosti, na základě 
hodnocení rizik v  rámci procesu ukončení programů.
66.
V rámci přípravného auditorského průzkumu prováděného 
od roku  2007 s  cílem prověřit orgány vydávající prohlášení 
o ukončení pomoci, aby se ověřila míra jistoty, kterou lze 
přičíst jejich práci na ukončení programů, která je podkla -
dem pro prohlášení o  ukončení pomoci v  souvislosti s  pro-
gramy na období 2000–2006, bylo provedeno 42 auditních 
misí se záměrem ověřit přípravu členských států na ukon -
čení programů a  identifikovat a  zmírnit rizika. Audity na 
konci roku  2010 pokrývaly přibližně 85  % částky, o  níž bylo 
rozhodnuto, u  programů na období 2000–2006.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?57
ODPOVĚDI KOMISE
Zjištěné nedostatky byly řešeny během standardních kon -
tradiktorních řízení, které v  některých případech vedly 
i k následným misím, které Komise v  případě potřeby 
provedla.
Komise odkazuje rovněž na svou odpověď v  rámečku 7.
67.	a)
Připomínka Účetního dvora, že se provedou další opravy 
na základě informací uvedených v  prohlášeních o  ukončení 
pomoci, potvrzuje skutečnost, že Komise ukončení pro -
gramů bere velmi vážně jako poslední bezpečnostní síť pro 
zajištění zákonnosti a  řádnosti programových výdajů, i  když 
se usoudilo, že problémy byly dostatečně vyřešeny během 
životnosti programu.
67.	b)
Komise má k  dispozici zmírňující opatření za účelem řešení 
rizik identifikovaných při ukončení. Na základě svého 
posouzení rizik provádí Komise přímo konkrétní závěrečné 
audity pro ověřování a  potvrzování kvality prohlášení při 
ukončení pomoci.
Informace poskytované orgánem pověřeným vydáváním 
prohlášení při ukončení projektu na základě souhrnných 
informací ze všech auditních zdrojů (vnitrostátních zdrojů, 
EÚD a  auditů Komise), včetně informací z  dodatečných 
auditů provedených při ukončení orgánem pověřeným 
vydáváním prohlášení, je -li to nezbytné.
Kontrolní seznam, který Komise při ukončení programů 
používá, tyto problémy zahrnuje.
GŘ REGIO má k  dispozici zvláštní skupinu odborníků pro 
posuzování otázek při ukončení programů, která se pra -
videlně schází, aby zajistila jednotnost v  nejsložitějších 
případech.
68.
Komise ujasnila členským státům, že postup obnovení 
nezpůsobilých výdajů, které byly předtím vzaty zpět, není 
obecně povolen.Komise si uvědomuje riziko následně financovaných pro -
jektů, které se týká zejména omezeného počtu členských 
států a  programů.
Během posouzení prohlášení o  ukončení pomoci Komise 
proto důkladně řeší tato rizika (zejména v  rámci hodnocení 
rizik při ukončení programů, které Komise vypracovává pro 
každý členský stát).
Společné 	odpovědi 	pro	oba	příklady 	v 	
rámečku 	13
V těchto případech se orgány vydávající prohlášení o  ukon -
čení pomoci osvědčily jako efektivní při zveřejnění pro -
blému v  prohlášení o  ukončení pomoci. Obnovení rizi -
kových výdajů bylo zváženo v  souvislosti s  ukončením 
příslušného programu. Jedním z  cílů závěrečných auditů je 
ověřit úroveň dozoru vykonávaného orgánem vydávajícím 
prohlášení o  ukončení pomoci v  souvislosti s  prací, kterou 
provádí řídící orgán v  rámci zvláštního vyšetřování veřej -
ných zakázek před vydáním prohlášení o  ukončení pomoci.
69.
Jak se uvádí v  odpovědi Komise na odstavec 64, proces 
ukončení programů včetně závěrečných auditů umožní 
doplnit ujištění získané při posouzení provádění náprav -
ných opatření v  mnoha případech, čímž se zaručí vysoká 
míra jistoty u  všech programů. Ukončení programů je 
dynamický proces, při kterém se může rozhodnout o  pro-
vedení dodatečných auditů na základě výsledků posouzení 
prohlášení o  ukončení pomoci nebo dodatečných infor -
mací vyžádaných a  předaných nebo nepředaných člen -
skými státy.
70.
Strukturální fondy jsou spravovány na základě sdíleného 
řízení, a  proto v  nich je vždy obsažen prvek důvěry v  práci 
orgánů členských států.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?ODPOVĚDI KOMISE58
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?Útvary Komise dále mají při ukončení programů k  dispozici 
výsledky obrovského množství auditorské práce vykonané 
během programového období, která pomohla identifiko -
vat jakékoliv problémy či rizika související se spolehlivostí 
systémů řízení a  kontroly, například pokud jde o  nezávis -
lost auditorských subjektů. Komise zároveň odkazuje na 
rozsáhlé šetření, kterým prověřuje práci a  postupy orgánů 
vydávajících prohlášení při ukončení pomoci před ukon -
čením programů. Pokud výsledky předchozích auditů 
vzbudily obavy v  souvislosti se spolehlivostí orgánu vydá -
vajícího prohlášení o  ukončení pomoci, útvary Komise to 
zohlednily ve svém hodnocení rizik a  analýze odevzdaných 
dokumentů týkajících se ukončení programů. Když infor -
mace, které obsažené v  prohlášení o  ukončení pomoci, 
nejsou vyčerpávající, Komise si od členského státu vyžádá 
dodatečné podkladové informace. Přezkum při ukončení 
programů na základě rizik stanovený ve strategii auditu 
Komise, zahrnuje 50 programů, což odpovídá 9,5  % ze 
všech 525 programů EFRR a  ESF. Je -li to považováno za 
nezbytné, může být během tří let po doručení dopisu 
o ukončení proveden další audit na místě.
Komise navíc přepočítává zbytkovou míru chybovosti uve -
denou v  prohlášení o  ukončení pomoci, pokud se vyskyt -
nou určité chyby nebo nesprávné výklady, a  ukládá povin -
nost provést finanční opravy v  případě, že taková míra 
chybovosti překročí hranici 2  %
Rámeček 	14
Proces ukončení programu Yorkshire a  Humberside byl 
založen na výsledcích auditů, jež představovaly podkladové 
informace a  které byly uplatňovány konzistentně po celé 
období 2000–2006. Výpočet míry chybovosti v  prohlášení 
o ukončení pomoci byl přiměřeně přizpůsoben výběru 
vzorku, který probíhal po celé období  – na základě meto -
diky stanovené na začátku období a  v souladu s  čl. 10 odst. 
2 nařízení (ES) č. 438/2001.
Tato metodik a splňovala dvojí požadavky týk ající se 
vzorků  – reprezentativního (náhodného) a  vzorku vycháze -
jícího z  analýzy rizika.
Výpočet míry chybovosti a  zbytkové míry chybovosti při 
ukončení byl proveden orgánem vydávajícím prohlášení 
o ukončení pomoci podle stejné metodiky výběru vzorku. 
Z tohoto důvodu Komise po zvážení platných požadavků 
právních předpisů považovala zbytkovou míru chybo -
vosti za přesnou a  prohlášení o  ukončení pomoci přijala 
bezpodmínečně.Účetní dvůr navrhuje alternativní metodiku procesu výběru 
vzorku, která ke zkoumané populaci přistupuje jinak a  roz-
děluje ji na tři dílčí populace na základě kritérií, které 
nejsou součástí metodiky výběru vzorku auditního orgánu.
71. b) Komise odkazuje na své posouzení spolehlivosti 
vzorku auditních orgánů na období 2007–2013 zveřejněné 
ve výroční zprávě Účetního dvora z  roku  2010. Komise 
pokračuje ve spolupráci s  auditními orgány na další harmo -
nizaci jejich koncepce auditu a  způsobů prezentace měr 
chybovosti ve výročních zprávách o  kontrole.
72.
Vedle možností zjednodušeného vyk azování nákladů 
v rámci programů ESF a  ERDF v  období 2007–2013 (využití 
nepřímých nákladů vykázaných paušálně do 20  % přímých 
nákladů, standardních stupnic jednotkových nákladů nebo 
paušálních částek) se využití vnitrostátních (nebo někdy 
regionálních) pravidel způsobilosti k  řízení programů rov -
něž považuje za významné zjednodušení a  způsob, jak pře -
dejít chybám v  souvislosti s  dodržováním pravidel EU, které 
nejsou vždy dobře známy a  pochopeny.
73.
Prohlášení dodatečných výdajů nad rámec zdrojů pro -
gramu (překročení kapacity) vyžaduje investici členského 
státu s  cílem zajistit optimální využití finančních pro -
středků. Ne všechny členské státy se musí nutně rozhod -
nout tuto investici provést.
Útvary Komise zohledňují překročení kapacity při prová -
dění finančních oprav během ukončování programů, jako 
i vždy během provádění programů.
Účelem finančních oprav není ukládat sankce členským 
států systematickým snižováním vyčleněného spolufinan -
cování EU, ale jsou prostředkem jak zaručit, že do okamžiku 
ukončení programů byly z  rozpočtu EU proplaceny pouze 
zákonné a  řádné výdaje. Výsledkem finančních oprav systé -
mových nedostatků v  procesu ukončení programu i  nesrov -
nalostí a  nedostatků zjištěných auditem provedeným po 
ukončení programů je však čisté snížení podpory EU.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?59
ODPOVĚDI KOMISE
74.
Zlepšení systémů období 2000–2006 mohou být přínosem 
pro systémy období 2007–2013, pokud budou splněny 
přísné podmínky, a  sice že budou využity stejné orgány 
a pravidla. Zlepšení bude dosaženo zvýšením know -how 
vnitrostátních orgánů.
75.
Jediným okamžikem, kdy je možné dospět ke konečnému 
závěru o  fungování operačního programu, je okamžik 
ukončení programu, když se zjistí zbytková míra chybovosti 
s ohledem na všechny finanční opravy provedené během 
trvání programu. Komise provádí příslušná opatření v  sou-
vislosti s  programy, jichž se týká výhrada uvedená ve výroč -
ních zprávách o  činnosti.
76.
Komise zdůrazňuje, že míry chybovosti, které vykázaly 
auditní orgány členských států na konci roku  2010, jsou 
pro Komisi pouze jedním z  prvků, které zohledňuje při 
posuzování efektivnosti systémů řízení a  kontroly pro účely 
ročního prohlášení generálních ředitelů o  věrohodnosti. 
GŘ pro zaměstnanost, sociální věci a  sociální začleňování 
uvádí ve své výroční zprávě o  činnosti za rok  2010 (strana 
45), že průměrná odhadovaná míra chybovosti pro všechny 
programy ESF na období 2007–2013 na základě výroční 
kontrolní zprávy za rok  2010 předložené auditními orgány, 
která se týká výdajů za rok  2009, je v  rozmezí 2,5  % až 3  %.
Výroční zprávy o  činnosti GŘ pro regionální politiku a  GŘ 
pro zaměstnanost, sociální věci a  začleňování poskytují 
komplexní posouzení systémů řízení a  kontroly všech 
programů v  rámci strukturálních fondů na základě všech 
zdrojů ujištění dostupných příslušným útvarům. Ve výroč -
ních zprávách o  činnosti obou útvarů Komise za rok  2010 je 
10 %, resp. 12  % všech programů postupně programového 
období 2000–2006 a  programového období 2007–2013 
klasifikováno ve dvou nejnižších kategoriích spolehlivosti. 
Zbývajících 90  % až 88  % programů je posouzeno jako pro -
gramy fungující efektivně nebo jako programy, v  jejichž 
rámci je zapotřebí pouze menších zlepšení.77.
Možnost změnit jejich vnitrostátní systémy řízení a  kon-
troly je omezena povinností předkládat popis jejich sy  -
stémů ex‑ante  Komisi ke schválení před první průběžnou 
platbou v  rámci operačního programu (článek 71 nařízení 
1083/2006) společně se strategií auditu (článek 62 nařízení 
1083/2006). Komise se domnívá, že posuzování souladu 
přispělo ke snížení výskytu chyb.
Míry chybovosti, které Účetní dvůr dosud vykázal v  letech 
2009 a  2010, také dokazují, že současné sy   stémy chybám 
brání lépe než systémy předchozí. V  analýze kvantifikova -
telných chyb vykázaných Účetním dvorem po roce  2006, 
kterou Komise předložila v  pracovním dokumentu útvarů 
Komise ze dne 6.  října  2011, útvar y Komise dospěly 
k závěru, že chyby jsou koncentrovány v  některých progra -
mech v  malém počtu členských států. Proto je stále třeba 
vyvinout další úsilí a  zajistit, aby celková míra chybovosti 
dosáhla přijatelnější úrovně.
ZÁVĚRY	A DOPORUČENÍ
79.	a 80. 	Společná 	odpověď
Komise vítá skutečnost, že Účetní dvůr došel v  odstavci 
80 k  závěru, že „Komise systematicky zahajovala nápravná 
opatření při zjištění nedostatků.“ Komise se domnívá, 
že toto hodnocení představuje pozitivní výsledek, která 
dokládá její odhodlání plně vykonávat její kontrolní úlohu 
v rámci řízení strukturálních fondů. Komise navíc zahrnula 
do svých závěrečných auditů programy, u  kterých přetr -
vávaly určité problémy, čímž umožnila dosáhnout vysoké 
úrovně ujištění u  ukončení i  těchto programů (viz odpověď 
na odstavec 69).
81.
V akčním plánu na zlepšení dozorčí úlohy Komise u  struk -
turálních opatření z  roku  2008 se jedno z  navržených opat -
ření týkalo zrychlení soudních řízení a  stanovilo lhůty pro 
přijetí rozhodnutí o  finančních opravách (24 měsíců po 
závěrečné auditorské zprávě).
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?ODPOVĚDI KOMISE60
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?V rámci sdíleného řízení jsou však programy víceleté 
a Komise a  členské státy mohou provádět veškeré potřebné 
opravy před ukončením programů. Zejména pro velké 
infrastrukturní projekty, jakož i  složité právní a  regulační 
otázky, vyžadují na své řešení čas. Komise se domnívá, že 
hlavním cílem je, aby nedostatky byly odstraněny a  veškeré 
nesprávné výdaje byly opraveny.
82.
Komise vítá závěry Účetního dvora. Domnívá se, že získala 
vysokou úroveň ujištění, že finanční opravy byly správně 
uplatněny zhruba ve dvou třetinách prozkoumaných 
případů.
Pokud jde o  zbývající auditované programy, při nichž 
Komise získala nižší stupeň věrohodnosti, byly zavedené 
postupy řádně dodrženy a  finanční opravy provedeny 
jakožto výsledek náležité péče Komise o  zajištění přiměře -
ných návazných opatření ve všech jednotlivých případech. 
U těchto programů se Komise rozhodla provést závěrečné 
audity vycházející z  rizika těchto programů, které umožní 
dosáhnout vysokého stupně věrohodnosti rovněž po ukon -
čení činnosti těchto programů.
83.
Komise se domnívá, že na základě rizika provedla následné 
audity vždy, když potřebovala dodatečné ujištění na 
základě poskytnutých údajů. Pokud jde o  ostatní případy, 
Komise musí co nejlépe využít své zdroje a  spoléhat se na 
vnitrostátní auditorské zprávy.
Při zahajování nápravných opatření se Komise snaží zajistit, 
aby bylo možné získat přiměřenou jistotu ohledně vykáza -
ných výdajů, přičemž zohledňuje celkovou spolehlivost stá -
vajících systémů a  jejich efektivnost při předcházení chybám 
(viz také odpověď na tabulku 4 v  odstavci 64). Provedená 
nápravná opatření (akční plány a  finanční opravy uplatněné 
za programové období 2000–2006) umožnily zmírnit zjištěná 
rizika ve všech případech. Pokud jde o  zbývající programy 
s nižší jistotou, Komise se rozhodla provést závěrečné audity 
na základě analýzy rizik, které umožnily dosáhnout vysoké 
úrovně ujištění i  při ukončení těchto programů.84.
Účinnost systémů řízení a  kontroly se vyvíjí v  čase a  výrok 
auditora vydaný v  souvislosti s  programy ve výročních 
zprávách o  činnosti útvarů strukturálních fondů se týkají 
pouze roku, jehož se zpráva týká. Mnoho připomínek vyda -
ných na začátku období 2007–2013 bylo způsobeno příči -
nami zcela jinými než v  případě provádění v  předchozím 
období.
Komise proto není přesvědčena, že mezi všemi programy 
těchto dvou programových období je možné dovozovat 
přímou souvislost, aby bylo možné odkazovat na nástup -
nické programy.
Komise pokračuje ve svém přísném přístupu k  dohledu 
nad programy období 2007–2013. Každé dosažené zlepšení 
systémů se musí neustále sledovat a  roční míry chybovosti 
a výroky auditorů, které poskytují orgány auditu pro pro -
gramy období 2007–2013, umožňují toto nepřetržité moni -
torování na základě zlepšených ukazatelů.
Komise provádí příslušná opatření v  souvislosti s  programy, 
jichž se týká výhrada uvedená ve výročních zprávách 
o činnosti.
85.
Komise souhlasí s  tím, že stále existuje prostor pro zlepšení 
ke stabilizaci systémů na úrovni dobré kvality pro období 
2007–2013. Je odhodlána vynaložit veškeré možné úsilí, 
aby bylo zajištěno, že k  tomuto zlepšení co nejdříve.
Doporučení 	1	–	první 	odrážka
V rámci akčního plánu přijatého v  roce  2008 Komise při -
jala přísnou politiku pozastavení plateb a  finančních oprav, 
která přinesla kratší lhůty a  zvýšenou úroveň ujištění při 
platbách, což potvrzuje vývoj mír y chybovosti, kter ý 
v posledních letech Účetní dvůr uváděl ve svých zprávách.
Komise konstatuje, že v  letech 2007–2013 přerušení pla -
teb, což je nový a  v porovnání s  pozastavením pružnější 
právní nástroj, má pozitivní vliv na délku trvání nápravných 
opatření.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?61
ODPOVĚDI KOMISE
Doporučení 	1	–	druhá 	odrážka
Provádění auditů činnosti vnitrostátních kontrolních 
orgánů je ústředním kontrolním prvkem strategie auditu 
Komise pro programy na období 2007–2013. Komise pro -
vádí víceleté auditní šetření s  hlavním cílem prověřit práci 
nejrizikovějších auditních orgánů, aby bylo možné spolé -
hat se na stanoviska jejich ročních auditů. Příležitostí pro 
rozvoj akcí zaměřených na budování kapacit vnitrostát -
ních orgánů bylo také prověřování auditních orgánů, které 
Komise zahájila v  roce  2009. Podrobnější výklad k  tomu 
uvádějí generální ředitelé GŘ pro regionální politiku a  GŘ 
pro zaměstnanost ve svých výročních zprávách o  činnosti 
za rok  2010. Toto umožnilo zlepšení práce kontrolovaných 
orgánů. Proto byl důraz kladen na to, aby se zaručilo, že 
kontrolní orgány budou k  programům předkládat spoleh -
livé výroky auditora a  míry chybovosti.
Doporučení 	1	–	třetí 	odrážka
Jelikož pravidla způsobilosti pro programové období 
2007–2013 jsou definována na vnitrostátní úrovni, kon -
trolní seznamy způsobilosti mohou být stanoveny pouze 
řídícími orgány na vnitrostátní úrovni nebo na úrovni pro -
gramu. Komise však členským státům poskytuje pokyny 
o způsobu, jakým by řídící orgány měly definovat a  prová -
dět ověřování.
Kromě toho Komise v  roce  2009 vypracovala komplexní 
pokyny týkající se kontrol první úrovně a  nástroj sebehod -
nocení pro řídící orgány, jichž mohou využít pro zlepšení 
svojí práce. Komise dále vyvinula a  v roce  2011 auditním 
orgánům předala kontrolní seznamy pro audit ověřování 
řízení, které mohou řídící orgány samy používat jako refe -
renční kritéria.
Doporučení 	1	–	čtvrté 	odrážka
Komise zajistí, aby se finanční opravy vztahovaly na 
všechny výdaje vzniklé v  rámci nedostatečných sy   stémů 
řízení a  kontroly. Konečné ověření, že se provedené 
finanční opravy dotkly všech příslušných výdajů, je možné 
provést až při ukončení programu, kdy se sečtou všechny 
finanční opravy a  vypočítá zbytková míra chybovosti.
V tomto smyslu se Komise domnívá, že toto doporučení již 
provedla.86.
Celkovým cílem politiky soudržnosti je posílení hospodář -
ské a  sociální soudržnosti.
Regulační rámec strukturálních fondů výslovně poskytuje 
členským státům možnost dobrovolně uplatňovat finanční 
opravy bez rozhodnutí Komise, zpětvzetím příslušných 
výdajů a  jejich nahrazením novými, nedotčenými výdaji 
v žádosti o  průběžnou platbu. Cílem této možnosti je zajis -
tit nejlepší možné využití finančních zdrojů a  nikoliv trestat 
členské státy systematickým snižováním vyčleněných 
finančních prostředků, a  zároveň zajistit řádné hospodaření 
s finančními prostředky a  ochranu rozpočtu EU.
Při ukončení se výdaje vykázané nad rámec rozpočtových 
prostředků programů zohledňují až po provedení všech 
potřebných finančních oprav.
Výsledkem finančních oprav systémových nedostatků 
v procesu ukončení programu i  nesrovnalostí a  nedostatků 
zjištěných auditem provedeným po ukončení programů je 
vždy čisté snížení podpory EU.
87.
Vedle zabezpečení zákonnosti a  řádnosti výdajů, které 
Komise proplácí, je celkovým cílem politiky soudržnosti 
efektivní posílení hospodářské a  sociální soudržnosti. 
Právní možnost členských států nahradit výdaje je takto 
orientovaná, neboť sleduje cíl zajistit nejlepší možné vyu -
žití finančních zdrojů a  nikoliv trestat členské státy syste -
matickým snižováním vyčleněných finančních prostředků, 
a zároveň zajistit řádné hospodaření s  finančními pro -
středky a  ochranu rozpočtu EU.
88.	a)
Pokud Komise identifikuje systémové nedostatky, ukládá 
příslušným členským států nápravná opatření s  cílem pře -
dejít podobným chybám při budoucích operacích.
Komise odkazuje rovněž na svou odpověď k  odstavci  87.
Nové výdaje musí být v  souladu se všemi platnými pravi -
dly. Navíc, když se systematicky objevují chyby v  důsledku 
nesprávného provedení nebo aplikace práva EU, Komise 
zahajuje rovněž řízení o  porušení Smlouvy.
Zvláštní zpráva č. 3/2012 – Strukturální fondy: Vyřešila Komise úspěšně nedostatky zjištěné v řídicích a kontrolních systémech členských států?ODPOVĚDI KOMISE62
88.	b)
Spolufinancování následně financovaných projektů z  roz-
počtu EU se provádí za podmínky úplného souladu těchto 
projektů s  kritérii způsobilosti souvisejících operačních 
programů a  musí být podrobeno stejné úrovni kontroly 
jako všechny ostatní výdaje, které v  rámci operačního pro -
gramu vzniknou. Pokud tyto požadavky nejsou splněny, 
Komise ukládá povinnost provést finanční opravy.
Problém následně financovaných projektů se liší od nahra -
zení nezpůsobilých výdajů zákonnými a  způsobilými výdaji 
při plném souladu se všemi pravidly použitelnými v  rámci 
operačního programu. V  tomto smyslu, jak již bylo uvedeno 
v odpovědi Komise na odstavec 86, je cílem této možnosti 
je zajistit nejlepší možné využití finančních zdrojů a  nikoliv 
trestat členské státy systematickým snižováním vyčleně -
ných finančních prostředků, a  zároveň zajistit řádné hos -
podaření s  finančními prostředky a  ochranu rozpočtu EU.
88.	c)
Komise se domnívá, že efektivnost nákladů nápravných 
opatření nemůže být založena na tom, zda jejich výsled -
kem je, nebo není čisté snížení podpory operačního pro -
gramu z  fondů, ale měla by být založena na tom, zda zaru -
čují zákonnost a  řádnost souvisejících transakcí příslušného 
programu. Náklady na taková nápravná opatření jsou tudíž 
zcela oprávněné. Tohoto cíle je dosahováno bez ohledu 
na to, zda dopad těchto oprav je absorbován skutečnými 
dodatečnými výdaji vzniklými jako překročení rámce roz -
počtových prostředků programu. Účelem nápravného 
opatření Komise je zajistit, aby výdaje strukturálních fondů 
byly vyčleněny na vyhovující projekty, a  tím chránit rozpo -
čet EU a  zároveň přispět k  cílům politiky soudržnosti. Člen -
ské státy jsou povinny získávat neoprávněné výdaje zpět 
od dotčených příjemců projektů. Proto je nelze považovat 
za zátěž pro daňové poplatníky. Když to není možné, napří -
klad proto, že odpovědnost za nesrovnalosti leží na správ -
ních orgánech členského státu (systémové nedostatky), 
a nikoliv jednotlivých příjemcích, finanční zátěž je na 
státním rozpočtu příslušné státní správy. Finanční opravy 
jsou užitečným nástrojem pro členské státy ke zlepšení 
jejich systémů řízení a  kontroly a  k zamezení nesrovnalostí 
v budoucnosti. Opravy uložené členským státům znamenají 
nižší příjmy z  rozpočtu EU, než které byly původně pláno -
vány a  potřebu nalézt dodatečné státní veřejné prostředky 
na zaplacení projektů, které nejsou způsobilé ke spolufi -
nancování ze zdrojů EU.Doporučení 	2
Komise se domnívá, že členské státy by měly mít právo 
nahradit nezpůsobilé výdaje, které zjistí, zákonnými a  řád-
nými s  cílem optimalizovat využívání výdajů na politiku 
soudržnosti, což přispívá k  jejich přidané hodnotě a  zajiš -
tění účinných kontrol na úrovni členských států. V  návrhu 
regulačního rámce na období 2014–2020 předloženého 
Komisí se stanoví, že „Pokud Komise nebo Evropský účetní 
dvůr zjistí nesrovnalosti ovlivňující roční vyúčtování pře -
dané Komisi, výsledná finanční oprava provedená Komisí 
sníží podporu z  fondů na operační program (čl. 137 
odst.  6)“, čímž se omezí možnosti zpětvzetí / nahrazení 
v probíhajícím finančním roce. Toto ustanovení má působit 
jako pobídka, aby výdaje zahrnuté v  ověřené roční účetní 
závěrce byly zákonné a  řádné.
63
Evropský účetní dvůr
Zvláštní	zpráva	č.	3/2012
Strukturální	fondy:	 Vyřešila Komise úspěšně	nedostatky	zjištěné	v	řídicích	a	kontrolních	systémech	členských	států?
Lucemburk: Úřad pro publikace Evropské unie
2012 – 62 s. – 21 × 29,7 cm
ISBN 978-92-9237-461-7
doi:10.2865/51958

JAK	ZÍSKAT 	PUBLIKACE 	EU
Bezplatné	 publikace:
• prostřednictvím stránek EU Bookshop (http://bookshop.europa.eu);
•  v zastoupeních a delegacích Evropské unie.  
Jejich kontaktní údaje naleznete na adrese http://ec.europa.eu  
nebo si je můžete vyžádat faxem na čísle +352 2929-42758.
Placené	 publikace:
• prostřednictvím stránek EU Bookshop (http://bookshop.europa.eu).
Předplatné	 (např.	 roční	 řady	 Úředního věstníku Evropské unie ,	sbírky	 rozhodnutí	
Soudního	 dvora	 Evropské	 unie):
•  u některého z prodejců Úřadu pro publikace Evropské unie  
(http://publications.europa.eu/others/agents/index_cs.htm).
QJ-AB-11-015-CS-C
JSOU-LI V ŘÍDICÍCH A KONTROLNÍCH SYSTÉMECH ČLENSKÝCH STÁTŮ 
PRO STRUKTURÁLNÍ FONDY ZJIŠTĚNY PODSTATNÉ NEDOSTATKY, MUSÍ 
KOMISE ZAJISTIT, ABY NESROVNALOSTI, K NIMŽ V MINULOSTI DOŠLO, BYLY 
OPRAVENY A SYSTÉMY V BUDOUCNU FUNGOVALY LÉPE. V TÉTO ZVLÁŠTNÍ 
ZPRÁVĚ ÚČETNÍ DVŮR POSUZOVAL, ZDA KOMISE NEDOSTATKY ZJIŠTĚNÉ 
V SYSTÉMECH ČLENSKÝCH STÁTŮ ÚSPĚŠNĚ VYŘEŠILA.
EVROPSKÝ ÚČETNÍ DVŮR