Podle poskytnutých informací spadá většina činností uzavřeného nakládání v členských státech do třídy 1 nebo 2. Činností třídy 3 a 4 bylo provedeno méně. Z vnitrostátní zprávy vyplývá, že v Rumunsku nebyla v období, o němž se podává zpráva, prováděna žádná činnost uzavřeného nakládání, která by zahrnovala GMM.

Spojené království oznámilo osm nehod souvisejících s uzavřeným nakládáním s GMM nebo GMO. Z osmi oznámených nehod se šest týkalo GMM třídy 2 a dvě GMM třídy 3. Mezi oznámenými případy byla dvě píchnutí jehlou (Toxoplasma gondii a Mycobacterium marinum), porucha měřícího nástroje, náhodné vyšplíchnutí (kapka kultury Pseudomonas aeruginosa se dostala do oka), upuštění krabice s destičkami obsahující 36 destiček s Yersinia pestis, porucha centrifugy, která mohla potenciálně vést k expozici aerosolu geneticky modifikované Legionella pneumophila, porucha drenážního systému (Fusarium graminearum) a dva problémy s filtrací související s geneticky modifikovanými viry (lentivirový vektor s vloženou kódující sekvencí pro shRNA proti KIAA0020 a virus hepatitidy C).

Belgie měla potíže při výkladu směrnice 2009/41/ES, pokud jde o komerční činnosti zahrnující bakteriální transformaci. V jednom případě byl vyprodukován GMM spadající do působnosti směrnice 2009/41/ES, a to při použití technik (samoklonování), které do působnosti uvedené směrnice nespadají. V jiném případě byla využita komerčně dostupná (na internetu) sestava pro bakteriální transformaci k produkci GMM třídy 1. Přestože se sestava pro transformaci v Belgii neprodává, její dostupnost na internetu by případně mohla znesnadnit prosazování ustanovení směrnice 2009/41/ES. Belgie a Polsko se potýkaly s otázkou, zda lze činnosti s použitím buněk geneticky modifikovaných rostlin a zvířat považovat za činnosti GMM. Definice mikroorganismu podle směrnice 2009/41/ES však hovoří jasně, pokud jde o zahrnutí zvířecích a rostlinných buněčných kultur do oblasti její působnosti.

Belgie, Česká republika, Finsko, Maďarsko, Nizozemsko, Spojené království a Španělsko narazily na problémy při posuzování toho, zda použití některých nových technik vedoucích k produkci GMM spadá do oblasti působnosti směrnice 2009/41/ES. Domnívají se, že je třeba revidovat unijní regulační rámec pro nové techniky, aby se vyjasnilo, zda organismy získané díky těmto novým technikám spadají do působnosti uvedené směrnice.

Belgie, Finsko, Slovinsko, Spojené království a Švédsko poukázaly na to, že velký počet oznámení, nepřiměřené požadavky na informace v souvislosti s každým oznámením, detailní systém podávání zpráv a složitá povaha různých postupů mohou vést k výrazné administrativní zátěži kladené na orgány a oznamovatele. Španělsko a Francie také upozornily na zátěž, kterou představuje vysoký počet inspekcí vyžadovaných v zájmu prosazování ustanovení směrnice 2009/41/ES. Belgie se domnívá, že by postupy týkající se oznamování uzavřených nakládání s GMM a patogeny měly být jednotnější. V Maďarsku probíhá před podáním a/nebo po podání oznámení velké množství konzultací mezi oznamovateli a příslušným orgánem týkajících se dokumentace a požadavků na informace. Ve Slovinsku došlo ke zpoždění v případech, kdy byli do zpracování oznámení zapojeni externí odborníci (vědecký výbor) nebo jiný vnitrostátní orgán.

Nizozemsko ohlásilo řadu specifických technických problémů, včetně rozdílů mezi (přísnými) předpisy o GMO a méně přísnými předpisy upravujícími přirozené patogeny (Nizozemsko). Nizozemsko se rovněž domnívá, že je nezbytné zjednodušit a harmonizovat ustanovení týkající se dezinfekčních látek používaných v laboratořích jako biocidní přípravky.

V Belgii se v případech, kdy bylo oznámeno první využití zařízení pro činnosti s konkrétní třídou uzavřeného nakládání, vyskytly určité problémy s interpretací pojmu „následné činnosti uzavřeného nakládání“. Oznamovatel také v některých případech neví, kdy je činnost považována za následné uzavřené nakládání v rámci stejné třídy uzavřeného nakládání, zejména v případech, kdy dojde ke změně povolené činnosti. Navíc není vždy možné rozlišit mezi změnami předchozího oznámení a jinými typy činností následného uzavřeného nakládání (pokračování činnosti nebo nová činnost). V regionu hlavního města Bruselu byly zaznamenány problémy v procesu oznamování způsobené legislativou tohoto regionu, která stanoví řadu odlišných postupů, pokud jde o třídu rizika (celkově 8).

Ve Finsku se jako problematická v některých případech ukázala klasifikace oslabených virů, buněčných kultur a zejména patogenů. V této souvislosti se Finsko, Nizozemsko a Spojené království domnívají, že by měly být definice obsažené ve směrnici přezkoumány takovým způsobem, aby zohledňovaly nové techniky či technologický pokrok.

Finsko dále podotklo, že v souvislosti s případným stěhováním výzkumných týmů z jedné instituce do druhé vzniká při každém novém oznámení nových zařízení dodatečná administrativní zátěž.

Irsko a Dánsko jsou přesvědčeny, že je třeba deregulovat GMM třídy 1, neboť požadavky obsažené v části B přílohy II směrnice jsou s ohledem na to, že GMM třídy 1 mají status „neškodné“, považovány za nepřiměřeně náročné. Spojené království, Španělsko a Švédsko by obdobně chtěly zjednodušit postupy pro činnosti třídy 1 a 2. V případě Slovinska by zahrnutí bezpečných organismů do části C přílohy II směrnice 2009/41/ES mohlo přispět ke snížení počtu oznámení a k jejich menší obsáhlosti.

Belgie, Česká republika, Litva, Maďarsko a Nizozemsko by uvítaly, kdyby byly v případě genové terapie, syntetické biologie a dalších nových technik nebo pokroku v oblasti technologií k dispozici lepší vysvětlení, včasné poradenství a harmonizovaná interpretace v celé EU.

Estonsko, Litva a Malta by přivítaly intenzivnější výměnu zkušeností a informací o školeních mezi členskými státy.