BENDROJO TEISMO (penktoji kolegija) SPRENDIMAS
2018 m. gegužės 17 d.(*)
„Sanglaudos fondas – Nefinansuojamos išlaidos – Techninė parama Sanglaudos fondui Lietuvoje valdyti – PVM – Reglamento (EB) Nr. 16/2003 11 straipsnio 1 ir 3 dalys – Finansinės paramos sumažinimas“
Byloje T‑205/16
Lietuvos Respublika, atstovaujama D. Kriaučiūno, R. Krasuckaitės ir D. Stepanienės,
ieškovė,
prieš
Europos Komisiją, atstovaujamą B.‑R. Killmann ir J. Jokubauskaitės,
atsakovę,
dėl pagal SESV 263 straipsnį pateikto prašymo panaikinti 2016 m. vasario 23 d. Komisijos sprendimą Nr. C(2016) 969 final dėl Sanglaudos fondo paramos Lietuvoje vykdomam projektui „Techninė parama Sanglaudos fondui Lietuvos Respublikoje valdyti“ sumažinimo, kiek juo numatyta sumažinti paramą 137 864,61 EUR suma, atitinkančia PVM išlaidas,
BENDRASIS TEISMAS (penktoji kolegija),
kurį sudaro pirmininkas D. Gratsias, teisėjai I. Labucka ir I. Ulloa Rubio (pranešėjas),
posėdžio sekretorius L. Grzegorczyk, administratorius,
atsižvelgęs į rašytinę proceso dalį ir įvykus 2017 m. spalio 10 d. posėdžiui,
priima šį
Sprendimą
Teisinė sistema
1        1994 m. gegužės 16 d. Europos Sąjungos Taryba priėmė Reglamentą (EB) Nr. 1164/94, įsteigiantį Sanglaudos fondą (OL L 130, 1994, p. 1; 2004 m. specialusis leidimas lietuvių k., 14 sk., 1 t., p. 9). Šis reglamentas buvo daug kartų iš dalies keistas 1999 m. birželio 21 d. Tarybos reglamentu (EB) Nr. 1264/1999 (OL L 161, 1999, p. 57; 2004 m. specialusis leidimas lietuvių k., 14 sk., 1 t., p. 73), 1999 m. birželio 21 d. Tarybos reglamentu (EB) Nr. 1265/1999 (OL L 161, 1999, p. 62; 2004 m. specialusis leidimas lietuvių k., 14 sk., 1 t., p. 78) ir Aktu dėl Čekijos Respublikos, Estijos Respublikos, Kipro Respublikos, Latvijos Respublikos, Lietuvos Respublikos, Vengrijos Respublikos, Maltos Respublikos, Lenkijos Respublikos, Slovėnijos Respublikos ir Slovakijos Respublikos stojimo sąlygų ir Sutarčių, kuriomis yra grindžiama Europos Sąjunga, pritaikomųjų pataisų (OL L 236, 2003, p. 33).
2        2003 m. sausio 6 d. Komisija priėmė Reglamentą (EB) Nr. 16/2003, nustatantį specialias išsamias Tarybos reglamento (EB) Nr. 1164/94 įgyvendinimo taisykles dėl išlaidų priemonėms, kurias iš dalies finansuoja Sanglaudos fondas, tinkamumo (OL L 2, 2003, p. 7; 2004 m. specialusis leidimas lietuvių k., 14 sk., 1 t., p. 189).
3        Reglamento Nr. 1164/94 1 straipsnyje „Apibrėžimas ir tikslas“ nurodyta:
„1.      Šiuo dokumentu įsteigiamas Sanglaudos fondas (toliau – Fondas).
2.      Fondas prisideda prie Bendrijos ekonominės ir socialinės sanglaudos stiprinimo bei veikia pagal šio reglamento nuostatas.
3.      Fondas gali prisidėti prie finansavimo:
–        projektų
arba
–        techniškai ir finansiškai savarankiškų projekto etapų,
arba
–        projektų, susijusių su aiškia strategija, sudarančia nuoseklią visumą, grupių.“
4        Reglamento Nr. 1164/94 2 straipsnyje „Taikymo sritis“ nurodyta:
„1.      Fondas finansiškai prisideda prie projektų, kurie padeda siekti Europos Sąjungos sutartyje nustatytų tikslų aplinkos apsaugos ir transeuropinių transporto infrastruktūros tinklų srityse valstybėse narėse, kurių bendrasis nacionalinis produktas (BNP), tenkantis vienam gyventojui ir nurodytas perkamosios galios paritetais, yra mažesnis nei 90 % Bendrijos vidurkio, ir kurios yra priėmusios programą Sutarties 104c straipsnyje nustatytoms ekonominės konvergencijos sąlygoms įgyvendinti.
<...>“
5        Reglamento Nr. 1164/94 3 straipsnyje „Tinkamos priemonės“ nurodyta:
„1.      Fondas gali teikti paramą šiose srityse:
–        aplinkos apsaugos projektams, kuriais siekiama Sutarties 130r straipsnyje nustatytų tikslų <...>
–        valstybių narių finansuojamiems bendrus interesus atitinkantiems transporto infrastruktūros projektams, nurodytiems Steigimo sutarties 129c straipsnyje minėtose gairėse <…>
2.      Parama gali būti skirta ir:
–        parengiamosioms studijoms, susijusioms su tinkamais projektais, įskaitant tas, kurios reikalingos jiems įgyvendinti,
–        techninės paramos priemonėms, pirmiausia:
a)      horizontaliosioms priemonėms, kaip antai palyginamosios studijos, kad būtų įvertintas Bendrijos paramos poveikis;
b)      priemonėms ir studijoms, kurios padeda įvertinti, prižiūrėti ar vertinti projektus bei gerinti ir užtikrinti projektų koordinavimą ir nuoseklumą, ypač jų atitikimą kitoms Bendrijos politikos kryptims;
c)      priemonėms ir studijoms, kurios padeda atlikti būtinus projektų įgyvendinimo koregavimus.“
6        Reglamento Nr. 1164/94 7 straipsnyje „Paramos dydis“ nurodyta:
„1.      Fondo skirtos Bendrijos paramos dydis yra 80–85 % viešųjų arba jas atitinkančių išlaidų, įskaitant įstaigų, kurios dirba administravimo ar teisės srityje ir todėl jos gali būti prilygintos valstybinėms, išlaidas.
<...>
4.      Parengiamosios studijos ir techninės paramos priemonės, tarp jų [tos], kurios buvo įgyvendintos Komisijos iniciatyva, išimties tvarka gali būti finansuojamos 100 % visų jų išlaidų.
Visos išlaidos, kurios buvo patirtos vadovaujantis šia dalimi, negali viršyti 0,5 % Fondo viso asignavimo sumos.“
7        Reglamento Nr. 1164/94 su pakeitimais II priedo „Įgyvendinimo nuostatos“ D straipsnis „Mokėjimai“ suformuluotas taip:
„1.      Finansinės paramos išmokos atliekamos pagal atitinkamus biudžeto įsipareigojimus tam tikslui paskirtai institucijai ar įstaigai, kuri nurodyta atitinkamos valstybės narės naudos gavėjos pateiktoje paraiškoje. Mokėjimai gali būti atliekami išankstinių, tarpinių arba likučių mokėjimų būdu, tačiau tik už realiai padarytas išlaidas.
2.      Jeigu įsipareigojimas dėl Bendrijos paramos priimamas vadovaujantis šio reglamento C straipsnio 2 dalies a punktu, mokėjimai atliekami taip:
a)      išankstinis mokėjimas, kuris yra ne didesnis kaip 50 % įsipareigotos pirmos metinės išmokos sumos, sumokamas tada, kai priimamas sprendimas skirti Bendrijos paramą;
b)      tarpiniai mokėjimai gali būti mokami, jeigu projekto eiga yra patenkinama, ir padaryta ne mažiau kaip du trečdaliai išlaidų, susijusių su ankstesniu mokėjimu.
Remiantis c punktu, kiekvienas toks mokėjimas negali būti didesnis kaip 50 % kiekvienos įsipareigotos metinės išmokos sumos;
c)      bendra visų pagal a ir b punktus mokamų išmokų suma negali būti didesnė kaip 80 % visos suteiktos paramos sumos. Šis procentinis dydis svarbiems projektams pagrįstais atvejais gali būti padidintas iki 90 %;
d)      Bendrijos paramos likutis sumokamas, jeigu:
–        projektas, projekto etapas arba projektų grupės darbai atlikti atsižvelgus į jo tikslus;
–        1 dalyje nurodyta paskirtoji institucija ar įstaiga pateikia mokėjimo paraišką Komisijai per šešis mėnesius po to, kai projektas, projekto etapas arba projektų grupė yra realiai baigta vykdyti,
–        šio reglamento F straipsnio 4 dalyje minima galutinė ataskaita pateikiama Komisijai,
–        valstybė narė patvirtina Komisijai, kad mokėjimo paraiškoje ir ataskaitoje pateikta informacija yra teisinga.
3.      Jeigu įsipareigojimas buvo prisiimamas vadovaujantis šio reglamento C straipsnio 2 dalies b punktu, mokėjimai atliekami taip:
a)      išankstinis mokėjimas, sumokėtas po to, kai buvo priimtas sprendimas, gali būti ne didesnis kaip 50 % paramos, susijusios su pirmaisiais metais planuojamomis išlaidomis, kurios nurodytos Komisijos patvirtintame finansavimo plane;
b)      vėlesni tarpiniai mokėjimai gali būti mokami, jeigu projekto eiga iki jo įvykdymo yra patenkinama ir padaryta ne mažiau kaip du trečdaliai išlaidų, susijusių su ankstesniu mokėjimu, bei visos išlaidos, susijusios su dar ankstesniais mokėjimais.
Remiantis c punktu, kiekvieno tokio mokėjimo suma gali būti ne didesnė kaip 50 % paramos, skirtos išlaidoms, kurios buvo planuotos atitinkamais metais, ir nurodyta Komisijos patvirtintame pradiniame ar peržiūrėtame finansavimo plane;
c)      bendra visų mokėjimų, minimų a ir b punktuose, suma negali būti didesnė nei 80 % visos paramos sumos;
d)      Bendrijos paramos likutis sumokamas, jeigu:
–        projektas, projekto etapas arba projektų grupės darbai atlikti atsižvelgus į jo tikslus;
–        1 dalyje nurodyta paskirtoji institucija ar įstaiga pateikia Komisijai mokėjimo paraišką per šešis mėnesius po to, kai yra baigtas vykdyti projektas, projekto etapas arba projektų grupė;
–        šio reglamento F straipsnio 4 dalyje minima galutinė ataskaita pateikiama Komisijai.
–        valstybė narė patvirtina Komisijai, kad mokėjimo paraiškoje ir ataskaitoje pateikta informacija yra teisinga.
4.      Valstybės narės paskiria institucijas, kurios turi teisę išduoti šio straipsnio 2 dalies d punkte ir 3 dalies d punkte minimus patvirtinimus.
5.      Mokėjimai atliekami valstybės narės paskirtai institucijai arba įstaigai, paprastai ne vėliau nei praėjus dviem mėnesiams po to, kai buvo gauta priimtina mokėjimo paraiška.
6.      Studijoms ir kitoms šio reglamento 3 straipsnio 2 dalyje minimoms priemonėms Komisija nustato tinkamą mokėjimo tvarką.“
8        Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnyje „Pridėtinės vertės mokestis“ nurodyta:
„1.      Pridėtinės vertės mokestis (PVM) yra tinkamos išlaidos, jeigu jį iš tikrųjų ir galutinai sumokėjo už įgyvendinimą atsakinga įstaiga. Grąžintinas PVM, nepaisant grąžinimo būdo, nėra tinkamos išlaidos net ir tuo atveju, kai jo realiai nesusigrąžina už įgyvendinimą atsakinga įstaiga arba galutinis naudos gavėjas.
2.      Jeigu vadovaujantis Tarybos direktyvos 77/388/EEB XIV antraštine dalimi galutiniam naudos gavėjui yra taikoma vienodo tarifo schema, sumokėtas PVM yra laikomas grąžintinu šio straipsnio 1 dalyje minėtais tikslais.
3.      Bendrijos [bendras] finansavimas jokiu būdu negali viršyti visų tinkamų išlaidų, be PVM.“
9        Reglamento Nr. 16/2003 12 straipsnyje „Kiti mokesčiai“ nurodyta:
„Kiti mokesčiai, rinkliavos ar įmokos, pirmiausia tiesioginiai mokesčiai ir socialinio draudimo įmokos, skaičiuojamos nuo darbo užmokesčio, atsirandantys dėl Bendrijos [bendro] finansavimo, yra tinkamos išlaidos, tačiau tik tuo atveju, jeigu jas iš tikrųjų ir visas padengia už įgyvendinimą atsakinga įstaiga.“
Ginčo aplinkybės
10      2005 m. rugpjūčio 18 d. Lietuvos Respublika pateikė Komisijai paraišką dėl paramos skyrimo iš Sanglaudos fondo projektui „Techninė parama Sanglaudos fondui Lietuvos Respublikoje valdyti“ (toliau – projektas).
11      2005 m. gruodžio 8 d. Sprendimu C(2005) 5291 final Komisija skyrė projektui didžiausio galimo dydžio – 1 451 400 EUR – paramą iš Sanglaudos fondo. Šis sprendimas buvo iš dalies pakeistas 2008 m. balandžio 15 d. Komisijos sprendimu C(2008) 1566 final ir 2011 m. gegužės 20 d. Komisijos sprendimu C(2011) 3668 final.
12      2007 m. spalio 15 d., 2008 m. birželio 30 d., 2009 m. birželio 30 d., 2010 m. birželio 19 d. ir 2011 m. lapkričio 5 d. Lietuvos finansų ministerija pateikė Komisijai avansinio mokėjimo paraišką ir tarpinių mokėjimų paraiškas, į kurias įtrauktos išlaidos, susijusios su pridėtinės vertės mokesčiu (PVM).
13      2012 m. birželio 29 d. raštu Lietuvos finansų ministerija pateikė Komisijai projekto galutinio mokėjimo paraišką, kurioje deklaruota 176 475,96 EUR išlaidų suma; šioje paraiškoje PVM išlaidos nebuvo nurodytos.
14      Atsižvelgdama į Lietuvos Respublikos valstybės kontrolės pastabas dėl PVM tinkamumo finansuoti, Lietuvos Respublika 2014 m. vasario 6 d. raštu pateikė Komisijai patikslintą projekto galutinio mokėjimo paraišką; joje deklaruota 1 011 419,13 EUR išlaidų, iš kurių 137 864,61 EUR susidarė dėl PVM.
15      2014 m. gegužės 8 d. raštu Komisija informavo Lietuvos Respubliką, kad perskaičiavo projektui skirtų lėšų galutinį likutį ir kaip paramą iš Sanglaudos fondo suteikė 873 554,52 EUR sumą. Komisija minėtą sumą gavo iš deklaruotų įgyvendinant projektą patirtų tinkamų finansuoti išlaidų – 1 011 419,13 EUR – pagal Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 1 dalį atėmusi deklaruotą PVM sumą – 137 864,61 EUR.
16      2014 m. birželio 6 d. rašte Lietuvos Respublika pareiškė nesutinkanti su Komisijos nuomone ir nurodė, kad, viena vertus, Lietuvos finansų ministerija sumokėjo PVM vykdant projektą; kita vertus, pagal Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 1 dalį jos pačios patirtos PVM išlaidos yra tinkamos finansuoti ir negali būti vertinamos atskirai nuo bendros tinkamų finansuoti projekto išlaidų sumos.
17      2014 m. liepos 3 d. raštu Komisija informavo Lietuvos Respubliką, kad, remdamasi Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 3 dalimi, nefinansuos sumos, atitinkančios PVM išlaidas, t. y. 137 864,61 EUR.
18      2014 m. rugpjūčio 6 d. raštu Lietuvos Respublika, nesutikdama su tokia nuomone, pagal Reglamento Nr. 1164/94 II priedo H straipsnio 2 dalį paprašė Komisijos surengti taikinimo posėdį, kad būtų pašalinti nesutarimai.
19      2014 m. spalio 9 d. rašte Komisija pakartojo savo nuomonę, nurodytą 2014 m. liepos 3 d. rašte, ir pagal Reglamento Nr. 1164/94 II priedo H straipsnio 2 dalį pakvietė Lietuvos Respubliką į taikinimo posėdį.
20      2014 m. lapkričio 4 d. rašte Lietuvos Respublika pabrėžė, kad projektui neturi būti taikoma Komisijos siūloma finansinė pataisa.
21      2015 m. gegužės 8 d. raštu Komisija atmetė Lietuvos Respublikos argumentus ir patvirtino savo poziciją, kad Lietuvos Respublikos patirtos PVM išlaidos nėra tinkamos finansuoti iš projektui skirtų lėšų.
22      2015 m. birželio 16 d. rašte Lietuvos Respublika pakartojo nesutinkanti su Komisijos pasiūlyta galutine finansine pataisa ir teigiamai atsakė į 2014 m. spalio 9 d. Komisijos kvietimą.
23      2015 m. spalio 6 d. rašte Komisija laikėsi savo pozicijos ir pasiūlė surengti posėdį 2015 m. gruodžio 2 d., jeigu Lietuvos kompetentingos institucijos nepritartų Komisijos pasiūlytai projekto finansinei pataisai, nurodytai 2014 m. gegužės 8 d. rašte.
24      2015 m. spalio 26 d. raštu Lietuvos Respublika informavo Komisiją, kad nekeičia nuomonės dėl PVM išlaidų tinkamumo finansuoti, ir teigiamai atsakė į Komisijos kvietimą.
25      2015 m. gruodžio 2 d. įvyko dvišalis Lietuvos Respublikos ir Komisijos atstovų posėdis. Šio posėdžio protokolas Lietuvos Respublikai buvo perduotas 2015 m. gruodžio 22 d.
26      Iš šio protokolo matyti, kad per posėdį Lietuvos Respublikos ir Komisijos atstovai diskutavo dėl projektui skirtų lėšų galutinio likučio perskaičiavimo, tačiau šiuo klausimu nepasiekė susitarimo. Viena vertus, Lietuvos Respublika tvirtino, kad PVM išlaidos yra tinkamos finansuoti iš projektui skirtų lėšų pagal Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 1 dalį ir turi būti kompensuotos, nes projektui skirta 100 % parama. Kita vertus, Komisija laikėsi savo pozicijos ir manė, kad Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 3 dalis, kurioje numatyta didžiausia galima parama be PVM, turi būti taikoma projektui ir kad Sprendime C(2005) 5291 nenumatyta pareiga kompensuoti PVM išlaidų, nepaisant to, ar jos tinkamos finansuoti.
27      2016 m. vasario 23 d. Komisija priėmė Sprendimą C(2016) 969 final dėl Sanglaudos fondo paramos projektui sumažinimo (toliau – ginčijamas sprendimas), juo paramą sumažino 137 864,61 EUR suma, atitinkančia PVM išlaidas. Todėl buvo nustatyta galutinė 873 554,52 EUR iš Sanglaudos fondo teikiamos paramos suma.
28      Iš ginčijamo sprendimo 34 konstatuojamosios dalies matyti, jog per dvišales diskusijas Lietuvos Respublika teigė, kad pagal nacionalinius PVM teisės aktus Lietuvos finansų ministerija neturi teisės susigrąžinti PVM iš valstybės biudžeto, todėl šio mokesčio išlaidos turi būti laikomos tinkamomis finansuoti pagal Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 1 dalį.
29      Šiuo klausimu ginčijamo sprendimo 25 ir 45 konstatuojamosiose dalyse Komisija nurodė, kad pagal Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 3 dalį PVM išlaidos visiškai nefinansuojamos.
Procesas ir šalių reikalavimai
30      2016 m. gegužės 4 d. Bendrojo Teismo kanceliarija gavo šį Lietuvos Respublikos ieškinį.
31      2016 m. liepos 18 d. Komisija pateikė Bendrojo Teismo kanceliarijai atsiliepimą į ieškinį.
32      Dublikas ir triplikas buvo pateikti Bendrojo Teismo kanceliarijai atitinkamai 2016 m. rugsėjo 28 d. ir 2016 m. lapkričio 8 d.
33      Teisėjo pranešėjo siūlymu 2017 m. liepos 18 d. Bendrasis Teismas (penktoji kolegija) nusprendė pradėti žodinę proceso dalį.
34      Šalys buvo išklausytos ir atsakė į Bendrojo Teismo pateiktus klausimus per 2017 m. spalio 10 d. posėdį.
35      Lietuvos Respublika Bendrojo Teismo prašo:
–        panaikinti ginčijamą sprendimą, kiek jame numatyta sumažinti paramą 137 864, 61 EUR suma, atitinkančia PVM,
–        priteisti iš Komisijos bylinėjimosi išlaidas.
36      Komisija Bendrojo Teismo prašo:
–        atmesti ieškinį kaip nepagrįstą,
–        priteisti iš Lietuvos Respublikos bylinėjimosi išlaidas.
Dėl teisės
37      Grįsdama ieškinį Lietuvos Respublika nurodo tris pagrindus. Pirmasis ieškinio pagrindas grindžiamas Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 1 dalies pažeidimu, nes Komisija neatsižvelgė į tai, kad PVM yra tinkamos finansuoti išlaidos, antrasis – klaidingu Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 3 dalies aiškinimu, o trečiasis – teisėtų lūkesčių apsaugos principo pažeidimu, nes Lietuvos Respublika įgijo tokių lūkesčių tikėdamasi, kad visos projekto išlaidos bus padengtos Sanglaudos fondo lėšomis.
38      Pirmuosius du ieškinio pagrindus reikia nagrinėti kartu.
39      Lietuvos Respublika teigia, kad Komisija pažeidė Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 1 dalį. Šiuo klausimu, pirma, ji tvirtina, jog iš minėtos straipsnio dalies matyti, kad PVM yra tinkamos finansuoti išlaidos, jeigu jį iš tikrųjų ir galutinai sumokėjo už įgyvendinimą atsakinga įstaiga, ir kad tik negrąžintinas PVM turi būti laikomas tinkamomis finansuoti išlaidomis. Be to, Lietuvos Respublika tvirtina, kad įgyvendinant projektą patirtos PVM išlaidos yra nesusigrąžinamos išlaidos, kaip tai suprantama pagal Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 1 dalį, nes, viena vertus, Lietuvos finansų ministerija nėra PVM mokėtoja, kadangi nevykdo minėtu mokesčiu apmokestinamos ekonominės veiklos, taigi negali jo susigrąžinti iš valstybės biudžeto, kita vertus, sukurti produktai nebus panaudoti vykdant tolesnę ekonominę veiklą, taigi nesukurs naudos gavėjui pajamų.
40      Antra, Lietuvos Respublika tvirtina, kad turi būti taikomos visos Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio dalys. Šiuo klausimu ji mano, kad Komisija taiko tik šio reglamento 11 straipsnio 3 dalį.
41      Komisija ginčija Lietuvos Respublikos argumentus.
42      Šiuo klausimu reikia priminti, kad pagal Reglamento Nr. 1164/94 7 straipsnio 4 dalį techninės paramos priemonių išlaidos gali būti 100 % finansuojamos iš Sanglaudos fondo. Taip buvo nagrinėjamu atveju, kaip matyti iš ginčijamos sprendimo 2 konstatuojamosios dalies.
43      Dėl Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 1 ir 3 dalių aiškinimo reikia pažymėti, kad to straipsnio 1 dalyje nustatytos sąlygos, kuriomis PVM gali būti iš Sanglaudos fondo tinkamos finansuoti išlaidos. Šioje nuostatoje numatyta, kad PVM iš esmės nėra tinkamos finansuoti išlaidos, išskyrus tuos atvejus, kai jį iš tikrųjų ir galutinai sumokėjo už įgyvendinimą atsakinga įstaiga. Tačiau pagal tą pačią nuostatą grąžintinas PVM, nepaisant grąžinimo būdo, negali būti laikomas tinkamomis finansuoti išlaidomis net ir tuo atveju, kai jo realiai nesusigrąžina už įgyvendinimą atsakinga įstaiga arba galutinis naudos gavėjas.
44      Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 3 dalyje numatyta, kad Europos Sąjungos bendras finansavimas jokiu būdu negali viršyti visų tinkamų finansuoti išlaidų, išskyrus PVM.
45      Šią nuostatą reikia aiškinti taip, kad, viena vertus, Sąjungos bendras finansavimas jokiu būdu negali būti didesnis už visas tinkamas finansuoti išlaidas be PVM ir, kita vertus, PVM išlaidų, atitinkančių tinkamas finansuoti išlaidas, tinkamumas finansuoti turi būti vertinamas pagal Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 1 dalį.
46      Tokiomis aplinkybėmis konstatuotina, jog ginčijamo sprendimo 25 ir 45 konstatuojamosiose dalyse išdėstyta Komisijos pozicija, kad pagal Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 3 dalį automatiškai nefinansuojamos PVM išlaidos, kurias padengti reikalavo Lietuvos Respublika, yra teisiškai klaidinga. Ši pozicija ne tik prieštarauja pačiam šio reglamento 11 straipsnio 3 dalies tekstui, bet ir jos laikantis šio straipsnio 1 dalis netektų prasmės.
47      Todėl atsižvelgiant į tai, jog iš ginčijamo sprendimo teksto matyti, kad Komisija aiškiai neatmetė Lietuvos Respublikos argumentų dėl Lietuvos finansų ministerijos negalėjimo susigrąžinti PVM, sumokėtą vykdant iš Sanglaudos fondo finansuojamą projektą, dėl ko šis PVM yra tinkamas finansuoti remiantis Reglamento Nr. 16/2003 11 straipsnio 1 dalimi, reikia konstatuoti, kad pirmasis ir antrasis ieškinio pagrindai yra pagrįsti.
48      Taigi reikia panaikinti ginčijamą sprendimą ir nėra reikalo nagrinėti ieškinio trečiojo pagrindo.
Dėl bylinėjimosi išlaidų
49      Pagal Bendrojo Teismo procedūros reglamento 134 straipsnio 1 dalį iš pralaimėjusios šalies priteisiamos bylinėjimosi išlaidos, jei laimėjusi šalis to reikalavo. Kadangi Komisija pralaimėjo bylą, ji padengia savo bylinėjimosi išlaidas ir Lietuvos Respublikos patirtas bylinėjimosi išlaidas pagal jos pateiktus reikalavimus.
Remdamasis šiais motyvais,
BENDRASIS TEISMAS (penktoji kolegija)
nusprendžia:
1.      Panaikinti 2016 m. vasario 23 d. Komisijos sprendimą Nr. C(2016) 969 final dėl Sanglaudos fondo paramos Lietuvoje vykdomam projektui „Techninė parama Sanglaudos fondui Lietuvos Respublikoje valdyti“ sumažinimo, kiek juo numatyta sumažinti paramą 137 864,61 EUR suma, atitinkančia PVM išlaidas.
2.      Europos Komisija padengia savo ir Lietuvos Respublikos patirtas bylinėjimosi išlaidas.
Gratsias
Labucka
Ulloa Rubio
Paskelbtas 2018 m. gegužės 17 d. viešame teismo posėdyje Liuksemburge.
Kancleris
Pirmininkas
E. Coulon
D. Gratsias
*      Proceso kalba: lietuvių.