ARRÊT DE LA COUR (deuxième chambre)
11 juin 2015 (*)
«Pourvoi – Clause compromissoire – Contrats Cocoon et Dicoems, conclus dans le cadre du sixième programme-cadre pour des actions de recherche, de développement technologique et de démonstration contribuant à la réalisation de l’espace européen de la recherche et à l’innovation (2002-2006) – Irrégularités – Dépenses inéligibles – Résiliation des contrats»
Dans l’affaire C‑100/14 P,
ayant pour objet un pourvoi au titre de l’article 56 du statut de la Cour de justice de l’Union européenne, introduit le 28 février 2014,
Association médicale européenne (EMA), établie à Bruxelles (Belgique), représentée par Mes A. Franchi, L. Picciano et G. Gangemi, avvocati,
partie requérante,
l’autre partie à la procédure étant:
Commission européenne, représentée par Mmes S. Delaude et F. Moro, en qualité d’agents, assistées de Me D. Gullo, avocat,
partie défenderesse en première instance,
LA COUR (deuxième chambre),
composée de Mme R. Silva de Lapuerta, président de chambre, M. K. Lenaerts (rapporteur), vice-président de la Cour, MM. J.‑C. Bonichot, J. L. da Cruz Vilaça et C. Lycourgos, juges,
avocat général: M. Y. Bot,
greffier: M. A. Calot Escobar,
vu la procédure écrite,
vu la décision prise, l’avocat général entendu, de juger l’affaire sans conclusions,
rend le présent
Arrêt
1        Par son pourvoi, l’Association médicale européenne (EMA) demande l’annulation de l’arrêt du Tribunal de l’Union européenne EMA/Commission (T-116/11, EU:T:2013:634, ci-après l’«arrêt attaqué»), par lequel celui-ci a partiellement accueilli son recours ayant pour objet un litige contractuel relatif aux projets de recherche et de développement technologique Cocoon et Dicoems.
Le cadre juridique
Le cadre contractuel
2        L’article 166, paragraphe 1, CE (actuellement article 182, paragraphe 1, TFUE) prévoit l’adoption d’un programme-cadre pluriannuel comprenant l’ensemble des actions de l’Union européenne dans les domaines de la recherche et du développement technologique.
3        Dans le cadre du sixième programme-cadre, adopté par la décision n° 1513/2002/CE du Parlement européen et du Conseil, du 27 juin 2002, relative au sixième programme-cadre de la Communauté européenne pour des actions de recherche, de développement technologique et de démonstration contribuant à la réalisation de l’espace européen de la recherche et à l’innovation (2002-2006) (JO L 232, p. 1), le contrat n° 507126 relatif au projet Cocoon (ci-après le «contrat Cocoon») et le contrat n° 507760 relatif au projet Dicoems (ci‑après le «contrat Dicoems») ont été conclus, respectivement, les 7 et 19 décembre 2003, par la Commission européenne, d’une part, et par les coordinateurs et les participants aux projets, dont l’EMA, d’autre part.
4        Conformément à l’article 7 de chacun de ces deux contrats, au titre de chaque période de rapport, les consortiums adressent, dans un certain délai, à la Commission des rapports concernant l’activité menée, l’état d’avancement des projets, l’utilisation des ressources ainsi que le «formulaire C Financial Statement» établi et fourni par chaque cocontractant, relatif aux coûts qu’il supporte dans le cadre de l’exécution des contrats et dont il demande le remboursement.
5        Un mécanisme de préfinancement est prévu pour chacun des deux projets et les modalités d’octroi de la contribution financière sont définies notamment à l’article 8 du contrat Cocoon et à l’article 8 du contrat Dicoems. En vertu de l’article 8, paragraphe 2, sous d), de chacun des contrats en cause, tout paiement effectué à la fin d’une période de rapport accompagné d’un certificat d’audit sera considéré comme final sous réserve des résultats de tout audit ou contrôle qui pourrait être mis en œuvre en vertu de l’article II.29 des conditions générales, figurant à l’annexe II de chacun desdits contrats (ci-après les «conditions générales»).
6        Selon l’article 12 de chacun des contrats Cocoon et Dicoems, la loi belge leur est applicable.
7        L’article 13 de chacun desdits contrats prévoit une clause compromissoire précisant que le Tribunal est seul compétent pour statuer sur les litiges entre la Commission et les cocontractants concernant la validité, l’application ou l’interprétation des mêmes contrats.
8        Les conditions générales qui, conformément à l’article 14 de chaque contrat, en font partie intégrante comportent une première partie, correspondant aux articles II.2 à II.18, concernant notamment l’exécution des projets en cause, la fin des contrats et la responsabilité, une deuxième partie, comprenant les articles II.19 à II.31, concernant les dispositions financières et les contrôles, les audits, les remboursements et les sanctions, et une troisième partie, composée des articles II.32 à II.36, concernant les droits de propriété intellectuelle.
9        L’article II.1, paragraphe 11, des conditions générales définit la notion d’«irrégularité» comme signifiant «toute méconnaissance d’une disposition de droit [de l’Union] ou toute violation d’une obligation contractuelle résultant d’un acte ou d’une omission par un cocontractant qui porte préjudice ou serait susceptible de porter préjudice au budget général [de l’Union] ou aux budgets gérés par [l’Union] en entraînant une dépense injustifiée».
10      L’article II.6 des conditions générales stipule que la sous-traitance est possible pour des services mineurs qui ne représentent pas le cœur du projet. Pour que les coûts afférents à un contrat de sous-traitance soient éligibles, certaines conditions doivent être remplies.
11      Aux termes de l’article II.7, paragraphe 1, des conditions générales, les rapports sont soumis à la Commission dans les 45 jours suivant la fin des périodes pertinentes. L’article II.7, paragraphe 2, sous a), de ces conditions prévoit que le consortium doit soumettre à la Commission, pour chaque période de rapport, un rapport d’activité résumant les activités entreprises par le consortium durant cette période. L’article II.7, paragraphe 2, sous b), desdites conditions précise que, pour chaque période, le consortium doit également fournir à la Commission un rapport de gestion contenant, notamment, les formulaires C de déclarations financières.
12      Par l’article II.8, paragraphe 2, des conditions générales, la Commission s’engage à évaluer les rapports d’activité des projets, visés à l’article II.7, paragraphe 2, sous a), de ces conditions, dans un délai de 45 jours suivant leur réception. Dans la mesure où des commentaires, des modifications ou des corrections substantielles de ces rapports d’activité ne sont pas requis, ces derniers sont considérés comme approuvés 90 jours après leur réception. L’article II.8, paragraphe 3, des conditions générales prévoit que la Commission s’engage également à évaluer tous les autres rapports soumis dans les 45 jours de leur réception. Son absence de réponse dans ce délai ne vaut pas approbation. La Commission peut rejeter ces rapports même après la date limite de paiement fixée par le contrat en cause. L’article II.8, paragraphe 4, des conditions générales stipule que l’approbation des rapports n’implique pas une exemption des audits et des contrôles menés conformément à l’article II.29 de ces conditions.
13      L’article II.16, paragraphe 1, des conditions générales prévoit que, si le cocontractant manque à ses obligations contractuelles, la Commission enjoint au consortium de trouver une solution appropriée dans un délai maximal de 30 jours et, en l’absence de solution satisfaisante dans ce délai, la Commission met fin à la participation du cocontractant concerné.
14      L’article II.16, paragraphe 2, des conditions générales stipule que la Commission peut immédiatement mettre fin à la participation d’un cocontractant au contrat:
«a)      si le cocontractant a commis, délibérément ou par négligence, une ‘irrégularité’ dans l’exécution du contrat;
b)      si le cocontractant a manqué aux principes éthiques fondamentaux visés dans les règles de participation.»
15      L’article II.19, paragraphe 1, des conditions générales définit les dépenses éligibles au financement et stipule ce qui suit:
«Les dépenses éligibles exposées pour la mise en œuvre du projet doivent satisfaire aux conditions suivantes:
a)      elles doivent être réelles, économiquement rationnelles et nécessaires à la mise en œuvre du projet;
b)      elles doivent être déterminées conformément aux principes comptables habituels du cocontractant;
c)      elles doivent être exposées pendant la durée du projet telle que définie à l’article 4, paragraphe 2 [...]
d)      elles doivent être enregistrées dans la comptabilité du cocontractant qui les a encourues, au plus tard à la date de l’établissement du certificat d’audit prévu à l’article II.26. Les procédures comptables employées pour enregistrer les dépenses et les recettes doivent respecter les règles comptables de l’État d’établissement du cocontractant ainsi que permettre le rapprochement direct entre les dépenses et les recettes encourues pour la mise en œuvre du projet et les déclarations d’ensemble relatives à l’ensemble de l’activité du cocontractant [...]»
16      Les articles II.20, paragraphe 1, et II.21 des conditions générales définissent deux types de coûts éligibles dans les conditions prévues à l’article II.19 de celles-ci, à savoir, premièrement, les coûts directs, imputables directement aux projets et, deuxièmement, les coûts indirects, non imputables directement aux projets, mais susceptibles d’être identifiés et justifiés par le système comptable du cocontractant comme étant supportés en relation avec les coûts directs.
17      Aux fins de la déclaration des coûts supportés pour la réalisation des projets et l’exécution des contrats correspondants, l’article II.22 des conditions générales prévoit trois modèles de déclaration des coûts («cost reporting models»), dont le modèle des coûts additionnels («additional cost model») qui peut être utilisé par les organismes non commerciaux et les associations sans but lucratif de droit public ou privé ou par les organisations internationales, qui ne disposent pas d’un système comptable permettant de distinguer la part des coûts, directs et indirects, qu’ils supportent pour la réalisation des projets.
18      L’article II.20, paragraphe 2, des conditions générales précise que les cocontractants utilisant le modèle des coûts additionnels ne peuvent déclarer au titre d’un projet que les coûts directs additionnels à leurs coûts récurrents et que les coûts directs de personnel sont limités aux coûts réels du personnel affecté au projet lorsque le cocontractant a conclu avec ce personnel un contrat relevant de l’un des trois types spécifiques énumérés à cette disposition.
19      L’article II.26 des conditions générales prévoit l’établissement de certificats d’audit par un auditeur externe. Cette stipulation énonce, in fine, que la certification effectuée par des auditeurs externes ne réduit en rien la responsabilité des cocontractants aux termes du contrat, ni les droits conférés à l’Union par l’article II.29 des conditions générales.
20      L’article II.29 des conditions générales, qui se rapporte aux contrôles et aux audits dont les cocontractants peuvent faire l’objet, stipule:
«1.      La Commission peut, à n’importe quel moment pendant la durée du contrat et jusqu’à cinq ans après la fin du projet, organiser des audits, menés ou bien par des réviseurs scientifiques ou techniques ou par des auditeurs externes ou bien par les services de la Commission elle-même, incluant l’[Office européen de lutte antifraude (OLAF)]. De tels audits peuvent porter sur les aspects scientifiques, financiers, technologiques ou sur d’autres aspects (incluant les principes de comptabilité et de management) relatifs à la bonne exécution du projet et du contrat. Tous ces audits doivent être réalisés conformément à un principe de confidentialité. Les montants éventuellement dus à la Commission en conséquence des conclusions de ces audits peuvent donner lieu à récupération ainsi qu’il est prévu à l’article II.31.
[...]
2.      Les cocontractants sont tenus de mettre à la disposition de la Commission l’ensemble des données détaillées qui peuvent lui être demandées par la Commission dans le but de vérifier que le contrat est correctement géré et exécuté.
3.      Les cocontractants sont tenus de conserver l’original ou, dans des cas exceptionnels, dûment motivés, des copies authentifiées, de tous les documents relatifs au contrat jusqu’à cinq ans à compter de la fin du projet. Ces documents doivent être mis à la disposition de la Commission sur demande présentée au cours de l’exécution de tout audit prévu par le contrat.
[...]»
Le droit belge
21      L’article 1134 du code civil prévoit:
«Les conventions légalement formées tiennent lieu de loi à ceux qui les ont faites.
Elles ne peuvent être révoquées que de leur consentement mutuel, ou pour les causes que la loi autorise.
Elles doivent être exécutées de bonne foi.»
22      Aux termes de l’article 1135 du code civil:
«Les conventions obligent non seulement à ce qui y est exprimé, mais encore à toutes les suites que l’équité, l’usage ou la loi donnent à l’obligation d’après sa nature.»
23      Aux termes de l’article 1142 de ce code, «[t]oute obligation de faire ou de ne pas faire se résout en dommages et intérêts, en cas d’inexécution de la part du débiteur».
24      L’article 1147 dudit code dispose:
«Le débiteur est condamné, s’il y a lieu, au payement de dommages et intérêts, soit à raison de l’inexécution de l’obligation, soit à raison du retard dans l’exécution, toutes les fois qu’il ne justifie pas que l’inexécution provient d’une cause étrangère qui ne peut lui être imputée, encore qu’il n’y ait aucune mauvaise foi de sa part.»
Les antécédents du litige
25      L’EMA est une association sans but lucratif de droit belge établie à Bruxelles (Belgique) ayant participé aux projets Cocoon et Dicoems.
26      Par lettre du 12 février 2009, la Commission a informé l’EMA qu’elle avait décidé de la soumettre à un audit, au titre de l’article II.29 des conditions générales, afin de vérifier la bonne exécution des contrats relatifs aux projets Cocoon et Dicoems. L’audit a eu lieu les 3 et 4 mars ainsi que le 7 avril 2009. Par lettre du 19 mai 2009, la Commission a transmis un projet de rapport d’audit à l’EMA l’invitant à présenter ses observations, ce qu’elle a fait par lettre du 19 août 2009.
27      Le 30 septembre 2009, la Commission a informé l’EMA de la clôture de l’audit et lui a transmis le rapport d’audit final (ci-après le «rapport d’audit final»).
28      Dans le cadre du rapport d’audit final, la Commission a considéré que l’EMA avait enfreint les dispositions contractuelles et commis de graves irrégularités, au sens de l’article II.1, paragraphe 11, des conditions générales, dans l’exécution des contrats Cocoon et Dicoems. Elle a notamment relevé le défaut de traçabilité, dans la comptabilité de l’EMA, des coûts dont cette dernière a demandé le remboursement, l’absence des originaux des documents relatifs à l’exécution de ces contrats, le fait que certains coûts déclarés par l’EMA n’étaient pas réels et ne correspondaient pas aux documents justificatifs, le fait que l’EMA, en signant la documentation financière transmise à la Commission, a certifié des circonstances non conformes à la réalité en ce qui concernait les coûts supportés et les justificatifs y afférents et le fait que des contrats de sous-traitance avaient été conclus en violation des dispositions contractuelles. Elle a donc considéré que, sur le montant de 329 140,69 euros réclamés au titre des coûts éligibles, la somme de 315 739,99 euros devait être rejetée et elle a conclu à la nécessité de mettre fin à la participation de l’EMA aux projets en cause.
29      Un entretien a eu lieu le 3 décembre 2009 entre l’EMA et la Commission.
30      Par lettre du 15 septembre 2010, à la suite d’un échange de courriers et d’une nouvelle réunion, tenue le 1er juillet 2010, l’EMA a envoyé à la Commission des observations sur le rapport d’audit final. Le 22 octobre 2010, la Commission a répondu à ces observations en concluant que les éléments et les arguments présentés n’étaient pas de nature à remettre en question les conclusions formulées à l’issue de la procédure d’audit.
31      Par lettre du 5 novembre 2010, la Commission a notifié à l’EMA la cessation de sa participation aux projets Cocoon et Dicoems sur la base de l’article II.16, paragraphe 2, des conditions générales. Elle a également indiqué que, en application de l’article II.16, paragraphe 8, de ces conditions, elle procéderait au recouvrement, par note de débit, des sommes indûment versées à l’EMA.
32      Le 13 décembre 2010, la Commission a adressé à l’EMA une note de débit, précisant, pour chaque contrat, le montant considéré comme éligible, les sommes déjà versées et le montant à recouvrer.
La procédure devant le Tribunal et l’arrêt attaqué
33      Par requête déposée au greffe du Tribunal le 21 février 2011, l’EMA a introduit un recours fondé sur les articles 268 TFUE, 272 TFUE et 340 TFUE.
34      Le recours visait, en substance, à ce que le Tribunal déclare que l’EMA a correctement exécuté les obligations contractuelles qui lui incombaient sur le fondement des contrats Cocoon et Dicoems et qu’elle a, dès lors, droit au remboursement des frais qu’elle a exposés pour l’exécution de ces contrats.
35      La Commission a formulé, dans son mémoire en duplique, une demande reconventionnelle visant à ce que le Tribunal confirme la note de débit et la fin de la participation de l’EMA aux contrats Cocoon et Dicoems et, par conséquent, condamne l’EMA à verser la somme de 164 080,03 euros, majorée des intérêts.
36      Le Tribunal a accueilli le recours de l’EMA dans la mesure où il visait le remboursement des coûts directs de personnel afférents aux contrats Cocoon et Dicoems d’un montant de 17 231,28 euros, ainsi que des coûts indirects y afférents, et l’a rejeté pour le surplus. Il a également rejeté comme étant irrecevable la demande reconventionnelle présentée par la Commission.
Les conclusions des parties
37      L’EMA demande à la Cour:
–        d’annuler l’arrêt attaqué et de renvoyer l’affaire devant le Tribunal, et
–        de condamner la Commission aux dépens.
38      La Commission demande à la Cour:
–        de rejeter le pourvoi comme étant irrecevable et/ou non fondé, et
–        de condamner l’EMA aux dépens.
Sur le recours
Sur la recevabilité des conclusions de l’EMA
39      La Commission fait valoir que les conclusions de l’EMA ne sont pas conformes aux exigences de l’article 170, paragraphe 1, du règlement de procédure de la Cour, selon lesquelles les conclusions d’un pourvoi doivent viser à ce qu’il soit fait droit aux conclusions en première instance. Elle précise, dans son mémoire en duplique, que, en formulant des moyens nouveaux dans le cadre du pourvoi, l’EMA a violé cette disposition. L’EMA n’aurait pas non plus exposé les raisons pour lesquelles elle demande le renvoi de l’affaire devant le Tribunal en cas d’annulation de l’arrêt attaqué, violant ainsi l’article 170, paragraphe 2, du règlement de procédure.
40      L’EMA s’oppose à ces arguments et demande à la Cour de statuer au fond.
41      À cet égard, il convient de rappeler que, aux termes de l’article 169 du règlement de procédure, les conclusions du pourvoi tendent à l’annulation de la décision du Tribunal telle qu’elle figure dans le dispositif de cette décision. L’article 170 de ce règlement, qui en est le corollaire, concerne, en revanche, les conclusions du pourvoi relatives aux conséquences d’une éventuelle annulation de ladite décision. Il s’ensuit que, en demandant à la Cour d’annuler l’arrêt attaqué et de renvoyer l’affaire devant le Tribunal, l’EMA s’est conformée à ces dispositions.
42      Quant au fait que l’EMA n’a pas explicitement précisé les raisons pour lesquelles elle demande le renvoi de l’affaire devant le Tribunal en cas d’annulation de l’arrêt attaqué, conformément à l’article 170, paragraphe 2, du règlement de procédure, il y a lieu de rappeler que, dans cette hypothèse, c’est la Cour qui décide, en vertu de l’article 61, premier alinéa, du statut de la Cour de justice de l’Union européenne, soit de statuer elle-même sur le litige si l’affaire est en état d’être jugée, soit de renvoyer l’affaire devant le Tribunal pour qu’il statue. Il s’ensuit que l’absence d’un exposé des raisons pour lesquelles l’affaire ne serait pas en état d’être jugée n’empêche pas la Cour de décider de la suite qu’il convient de donner au litige et ne saurait donc emporter l’irrecevabilité des conclusions du pourvoi tendant à ce que l’affaire soit renvoyée devant le Tribunal.
43      Dans ces conditions, l’exception d’irrecevabilité soulevée par la Commission doit être rejetée.
Sur le premier moyen, tiré de ce que l’arrêt attaqué est entaché d’erreurs d’interprétation des dispositions contractuelles et légales applicables
Argumentation des parties
44      L’EMA conteste, en substance, le bien-fondé des points 91 à 97 de l’arrêt attaqué, dans lesquels le Tribunal a considéré que les coûts facturés à l’EMA, mais non encore payés, ne sont pas des coûts éligibles, conformément à l’article II.19, paragraphe 1, sous c) et d), des conditions générales.
45      Selon l’EMA, les notions de «dépenses supportées» et de «dépenses encourues» visées, respectivement, à l’article II.19, paragraphe 1, sous c) et d), des conditions générales ne peuvent être arbitrairement restreintes aux seuls coûts qui auraient déjà été payés. Cet article II.19, paragraphe 1, sous d), exigerait simplement que les coûts aient été «encourus» pendant la réalisation du projet, ce qui serait le cas de coûts visés par les factures «devant être payées». En outre, le Tribunal se serait trompé, notamment au point 93 de l’arrêt attaqué, quant à la signification du système de comptabilité «simplifiée» d’encaissement appliqué par l’EMA, en tant qu’association, en vertu des dispositions applicables du droit belge. Par ailleurs, le Tribunal aurait fait une mauvaise application de l’article II.19, paragraphe 1, sous d), des conditions générales, au point 95 de l’arrêt attaqué, car les dépenses en cause auraient été «enregistrées» dans la comptabilité de l’EMA, et notamment dans son inventaire, au plus tard à la date d’établissement du certificat d’audit, conformément aux dispositions contractuelles.
46      La Commission demande à la Cour de rejeter ces arguments dans leur ensemble.
Appréciation de la Cour
47      Il convient de rappeler que l’article II.19, paragraphe 1, des conditions générales prévoit quatre conditions cumulatives, énoncées audit paragraphe 1, sous a) à d), pour que des dépenses puissent être considérées comme éligibles au financement par la Commission au titre des contrats Cocoon et Dicoems.
48      À cet égard, l’article II.19, paragraphe 1, sous c), des conditions générales prévoit que seules des «dépenses exposées» pendant la durée du projet constituent des dépenses éligibles.
49      Or, contrairement à ce que prétend l’EMA, des dépenses facturées, mais non encore payées, ne constituent pas des «dépenses exposées» au sens de ladite disposition. En effet, seul le remboursement des dépenses effectivement supportées par l’EMA assure l’utilisation correcte et efficace des ressources financières de l’Union dans le cadre des contrats Cocoon et Dicoems.
50      Cette interprétation de l’article II.19, paragraphe 1, sous c), des conditions générales est corroborée par la jurisprudence de la Cour développée par rapport à une disposition comparable régissant l’éligibilité de certaines dépenses dans le contexte de concours des Fonds structurels. En vertu de cette jurisprudence, les dépenses effectuées par les organismes nationaux sont éligibles au financement desdits Fonds lorsqu’elles se rapportent à des frais qui ont été effectivement payés (voir, en ce sens, arrêt Länsstyrelsen i Norrbottens län, C‑289/05, EU:C:2007:146, point 23).
51      C’est donc à bon droit que le Tribunal a jugé, au point 96 de l’arrêt attaqué, que les frais «devant être payés» ne constituent pas des coûts effectivement «supportés».
52      Partant, c’est également à bon droit que le Tribunal a pu conclure, au même point de l’arrêt attaqué, que ces dépenses, n’ayant pas été exposées au sens de l’article II.19, paragraphe 1, sous c), des conditions générales, ne pouvaient pas non plus être considérées comme ayant été «enregistrées» dans la comptabilité de l’EMA, conformément à la condition posée à l’article II.19, paragraphe 1, sous d), des conditions générales.
53      Partant, le premier moyen doit être rejeté.
Sur le deuxième moyen, tiré de ce que l’arrêt attaqué est entaché de défauts de motivation et d’une motivation insuffisante ou contradictoire
Argumentation des parties
54      Par son deuxième moyen, l’EMA, se référant à l’arrêt Evropaïki Dynamiki/Commission (C-200/10 P, EU:C:2011:281), fait valoir que l’arrêt attaqué est entaché de défauts de motivation et d’une motivation insuffisante ou contradictoire. Ce moyen comporte trois branches.
55      Par la première branche du deuxième moyen, l’EMA soutient que le Tribunal s’est limité à répéter la position de la Commission en jugeant, au point 95 de l’arrêt attaqué, que les dépenses qui n’avaient pas encore été payées ne pouvaient être considérées comme enregistrées dans la comptabilité de l’EMA dans le cadre de sa comptabilité d’encaissement. Ainsi, le Tribunal n’aurait pas répondu aux arguments de l’EMA qui remettaient en cause l’interprétation de l’article II.19, paragraphe 1, des conditions générales défendue par la Commission.
56      Par la deuxième branche du deuxième moyen, l’EMA fait valoir, en substance et en premier lieu, que l’arrêt attaqué est entaché d’un défaut de motivation en ce qui concerne les arguments relatifs à l’éligibilité de certains coûts de personnel, notamment ceux concernant E. C. et J. G. dans le cadre du projet Dicoems.
57      En ce qui concerne les coûts de personnel relatifs à E. C., l’EMA reproche au Tribunal de s’être appuyé, aux points 172 et 173 de l’arrêt attaqué, exclusivement sur le rapport d’audit final. En omettant de vérifier l’existence d’un contrat de travail au sens de l’article II.20, paragraphe 2, des conditions générales, le Tribunal aurait entaché ledit arrêt d’un défaut de motivation. À cet égard, l’EMA souligne que la circonstance que les conditions posées dans le cadre d’un contrat de consultance interne ne seraient pas réunies n’empêchait pas pour autant que des dépenses auraient pu être éligibles au titre d’un contrat de travail conclu entre l’EMA et E. C.
58      Quant aux coûts de personnel relatifs à J. G., le Tribunal n’aurait pas non plus examiné l’existence d’un contrat, en s’appuyant, au point 175 de l’arrêt attaqué, sur l’absence d’indications relatives aux coûts éventuellement supportés et sur l’absence de comptabilisation de ces derniers dans les comptes de l’EMA. Cette dernière reproche au Tribunal de ne pas avoir examiné et pris en compte les éléments de preuve qu’elle a produits, relatifs aux coûts en cause. Les éléments produits devant le Tribunal attesteraient d’ailleurs l’existence d’un contrat entre l’EMA et J. G.
59      Par ailleurs, l’arrêt attaqué n’expliquerait pas en quoi la circonstance selon laquelle J. G. participait à la fois au projet Cocoon et au projet Dicoems rendait les coûts de personnel relatifs à cette personne inéligibles.
60      Dans le cadre de cette même branche, l’EMA soulève, en second lieu, une incohérence dans les motifs des points 184 et 186 de l’arrêt attaqué, qui se rapportent aux coûts de personnel relatifs à L. S. dans le cadre du projet Dicoems. En substance, cette incohérence serait la conséquence du fait que le Tribunal n’a pas posé une question écrite à l’EMA relative à la date à laquelle certains coûts ont été encourus, ainsi qu’il ressort du point 186 de l’arrêt attaqué, alors qu’il a posé une telle question pour résoudre une incohérence relative au taux horaire de cette même personne, ainsi qu’il résulte du point 184 dudit arrêt.
61      Par la troisième branche du deuxième moyen, l’EMA soulève un défaut de motivation en ce que le Tribunal n’a pas pris en compte, aux points 133 à 136 de l’arrêt attaqué, la note d’honoraires de L. S. du 25 juin 2007, relative au projet Cocoon, produite devant le Tribunal en réponse à une question de ce dernier et mentionnée au point 132 dudit arrêt.
62      L’EMA ajoute que le Tribunal a refusé à tort, au point 279 de l’arrêt attaqué, de procéder à l’expertise demandée par elle lors de l’audience.
63      La Commission invite la Cour à rejeter comme étant irrecevables les arguments par lesquels l’EMA cherche à remettre en cause les appréciations factuelles du Tribunal et fait valoir, pour le surplus, que l’arrêt attaqué est motivé à suffisance de droit.
Appréciation de la Cour
64      La première branche du deuxième moyen se rapporte au raisonnement du Tribunal qui a été contesté au fond dans le cadre du premier moyen. Ainsi qu’il a été constaté aux points 47 à 53 du présent arrêt, c’est à bon droit que le Tribunal a conclu que les dépenses en cause ne satisfaisaient pas aux conditions posées à l’article II.19, paragraphe 1, sous c) et d), des conditions générales. Il s’ensuit que l’argumentation de la requérante, selon laquelle le Tribunal s’est limité à répéter la position de la Commission en jugeant, au point 95 de l’arrêt attaqué, que les frais non encore payés ne peuvent pas être considérés comme ayant été enregistrés en comptabilité par la requérante dans le cadre de sa comptabilité d’encaissement, doit être écartée comme étant inopérante.
65      La première branche du deuxième moyen doit donc être rejetée.
66      Par la deuxième branche du deuxième moyen, l’EMA invoque un défaut de motivation de l’arrêt attaqué en ce qui concerne le rejet par le Tribunal des coûts de personnel relatifs à E. C., à J. G. et à L. S. dans le cadre du projet Dicoems.
67      À cet égard, il convient de rappeler que, selon une jurisprudence constante, la motivation de l’arrêt attaqué doit faire apparaître de façon claire et non équivoque le raisonnement du Tribunal, de manière à permettre aux intéressés de connaître les justifications de la décision prise et à la Cour d’exercer son contrôle juridictionnel (voir arrêt Deutsche Telekom/Commission, C‑280/08 P, EU:C:2010:603, point 136 et jurisprudence citée).
68      S’agissant, premièrement, des coûts de personnel relatifs à E. C., le Tribunal a rappelé, au point 172 de l’arrêt attaqué, les constatations et les conclusions du rapport d’audit final. Il a observé qu’il ressort de cet audit que les conditions posées dans le cadre d’un contrat de consultance interne ne sont pas remplies et que les coûts relatifs à E. C. doivent être considérés comme des coûts de sous-traitance, qui ne remplissent toutefois pas les conditions fixées à l’article II.6 des conditions générales pour pouvoir être qualifiés de dépenses éligibles.
69      Le Tribunal a relevé, aux points 173 et 174 de l’arrêt attaqué, que, en substance, l’EMA ne contestait pas lesdites constatations du rapport d’audit final et qu’il n’était, partant, pas nécessaire de vérifier l’existence d’un contrat entre l’EMA et E. C. au sens de l’article II.20, paragraphe 2, des conditions générales.
70      Dans ces conditions, le Tribunal a motivé de manière suffisante la raison pour laquelle il a considéré que les coûts de personnel relatifs à E. C. ne constituent pas des dépenses éligibles. Par ailleurs, dès lors que l’EMA n’a pas contesté devant le Tribunal les constatations du rapport d’audit final selon lesquelles les coûts relatifs à E. C. devaient être considérés comme des coûts de sous-traitance, ladite juridiction n’était pas tenue d’examiner l’existence d’un contrat de travail au sens de l’article II.20, paragraphe 2, des conditions générales entre l’EMA et E. C.
71      S’agissant, deuxièmement, des coûts de personnel relatifs à J. G., le Tribunal a relevé, au point 175 de l’arrêt attaqué, que, outre l’absence de contrat, le rapport d’audit final mentionne également d’autres motifs d’inéligibilité. Le Tribunal a relevé, à cet effet, l’absence d’indications sur les coûts éventuellement supportés et l’absence de comptabilisation de ces derniers dans la comptabilité de l’EMA avant l’émission du certificat d’audit visé à l’article II.19, paragraphe 1, sous d), des conditions générales. Il s’est appuyé, en outre, sur le fait que le rapport d’audit final évoque l’incohérence de la demande de remboursement présentée dans le cadre du projet Dicoems dès lors que J. G. apparaissait en tant que membre permanent du personnel du projet Cocoon.
72      Au point 176 de l’arrêt attaqué, le Tribunal a relevé que l’EMA n’a pas contesté les constatations du rapport d’audit final à cet égard et, en particulier, l’incohérence de la demande de remboursement avec le fait que ladite personne apparaissait en tant que membre permanent du personnel du projet Cocoon. Il en a déduit, au point 177 dudit arrêt, que la demande de l’EMA devait être rejetée concernant ces frais de personnel indépendamment de la question de l’existence d’un contrat.
73      Contrairement à ce que prétend l’EMA, le Tribunal n’était pas tenu de prendre position, dans l’arrêt attaqué, sur l’argumentation formulée par l’EMA concernant l’existence d’un contrat entre elle-même et J. G. En effet, dans l’arrêt attaqué, le Tribunal a exposé à suffisance de droit les raisons pour lesquelles il a considéré que l’existence ou non d’un tel contrat n’était pas de nature à affecter sa conclusion relative à l’inéligibilité des dépenses en question.
74      L’EMA fait encore valoir que le Tribunal aurait dû motiver davantage la prétendue incohérence de la demande de remboursement dans le cadre du projet Dicoems due à la participation de J. G. au projet Cocoon. Ni le rapport d’audit final ni l’arrêt attaqué ne fourniraient de motivation sur ce point.
75      Selon une jurisprudence constante, l’obligation de motivation n’impose pas au Tribunal de fournir un exposé qui suivrait, de manière exhaustive et un par un, tous les raisonnements articulés par les parties au litige et la motivation peut donc être implicite à condition qu’elle permette aux intéressés de connaître les raisons pour lesquelles le Tribunal n’a pas fait droit à leurs arguments et à la Cour de disposer des éléments suffisants pour exercer son contrôle (arrêts FIAMM e.a./Conseil et Commission, C-120/06 P et C-121/06 P, EU:C:2008:476, point 96 et jurisprudence citée, ainsi que British Telecommunications/Commission, C-620/13 P, EU:C:2014:2309, point 56).
76      À cet égard, il suffit de constater, comme le Tribunal l’a relevé au point 176 de l’arrêt attaqué, que l’EMA n’a pas contesté devant lui ladite incohérence qui avait déjà été relevée dans le rapport d’audit final. Par ailleurs, rien n’aurait empêché l’EMA de remettre en cause, devant le Tribunal, les motifs liés à cette constatation faite dans ce rapport. En effet, dans sa lettre du 22 octobre 2010, la Commission a expliqué que les coûts en question ne satisfaisaient pas à la condition, mentionnée à l’article II.20, paragraphe 2, des conditions générales en plus de la condition de l’existence d’un contrat de travail, selon laquelle les cocontractants utilisant le modèle des coûts additionnels ne peuvent déclarer au titre d’un projet que les coûts directs additionnels à leurs coûts récurrents.
77      Enfin, dès lors que la constatation du rapport d’audit final, telle qu’explicitée dans la lettre du 22 octobre 2010, selon laquelle les coûts de personnel relatifs à J. G. constituaient des dépenses inéligibles en vertu de l’article II.20, paragraphe 2, des conditions générales, n’a pas été contestée devant le Tribunal, ce dernier n’avait pas non plus à prendre position dans l’arrêt attaqué sur les différents éléments de preuve produits devant lui et dont il ressortirait que lesdits coûts avaient été comptabilisés par l’EMA. En effet, lesdits éléments de preuve n’étaient, en tout état de cause, pas de nature à affecter sa conclusion relative à l’inéligibilité desdites dépenses résultant de l’application de ladite disposition.
78      Partant, le Tribunal a motivé à suffisance de droit l’inéligibilité des coûts de personnel relatifs à J. G. en tant que dépenses afférentes au projet Dicoems.
79      S’agissant des coûts de personnel relatifs à L. S. dans le cadre du projet Dicoems, il convient de rappeler que le prétendu défaut de motivation relevé résulte du fait que le Tribunal n’a pas posé une question écrite à l’EMA relative à la date à laquelle certains coûts ont été encourus, ainsi qu’il ressort du point 186 de l’arrêt attaqué, alors qu’il a posé une telle question pour résoudre une incohérence relative au taux horaire de cette même personne, ainsi qu’il résulte du point 184 de l’arrêt attaqué.
80      Cet argument doit être rejeté. En effet, le Tribunal est seul juge de la nécessité éventuelle de compléter les éléments d’information dont il dispose sur les affaires dont il est saisi. Le caractère probant ou non des pièces de la procédure relève de son appréciation souveraine des faits, laquelle échappe au contrôle de la Cour dans le cadre du pourvoi, sauf en cas de dénaturation des éléments de preuve présentés au Tribunal ou lorsque l’inexactitude matérielle des constatations effectuées par ce dernier ressort des documents versés au dossier (arrêts Der Grüne Punkt – Duales System Deutschland/Commission, C‑385/07 P, EU:C:2009:456, point 163, et Deltafina/Commission, C‑578/11 P, EU:C:2014:1742, point 67). Or, dans le cadre du présent pourvoi, l’EMA n’a allégué aucune dénaturation des éléments de preuve présentés au Tribunal ni aucune inexactitude matérielle des constatations effectuées par le Tribunal qui ressortirait des documents versés au dossier.
81      Il s’ensuit que la deuxième branche du deuxième moyen doit être rejetée.
82      Quant à la troisième branche du deuxième moyen concernant les coûts de personnel relatifs à L. S. dans le cadre du projet Cocoon, il ressort d’une lecture d’ensemble des points 132 et 133 de l’arrêt attaqué que le Tribunal a tenu compte des seules notes qui avaient été fournies à la Commission pendant la procédure d’audit, engagée au titre de l’article II.29 des conditions générales. Ainsi, il a motivé, implicitement mais nécessairement, sa décision de ne pas tenir compte de la note du 25 juin 2007 qui n’avait pas été produite pendant ladite procédure, à la différence des deux autres notes, des 1er janvier et 27 décembre 2006, dont il a tenu compte aux fins de calculer les coûts éligibles.
83      Enfin, quant à l’argument tiré du fait que le Tribunal n’a pas ordonné une expertise supplémentaire, suggérée par l’EMA lors de l’audience, il suffit de constater que l’EMA n’explique pas devant la Cour la raison pour laquelle cette expertise aurait été nécessaire ni les éléments spécifiques sur lesquels elle devait porter. Cet argument, non étayé par des précisions suffisantes, doit être rejeté comme étant irrecevable. Partant, la troisième branche du deuxième moyen ne peut être accueillie.
84      Il ressort de tout ce qui précède que le deuxième moyen doit être rejeté.
Sur le troisième moyen, tiré d’une application erronée par le Tribunal des principes de bonne foi et d’exécution loyale des contrats ainsi que de certains défauts de motivation entachant l’arrêt attaqué sur ce point
Argumentation des parties
85      L’EMA conteste le bien-fondé et la motivation de l’arrêt attaqué en ce que, aux points 201 à 238, 250 et 251 de celui-ci, le Tribunal a jugé que la Commission n’avait pas violé les principes de bonne foi et d’exécution loyale des contrats.
86      Après avoir rappelé que, conformément à l’article II.3, paragraphe 4, sous a), des conditions générales, la Commission surveille les exécutions scientifique, technologique et financière du projet concerné, l’EMA fait valoir que le Tribunal n’a pas apprécié correctement, au point 205 de l’arrêt attaqué, la portée de l’article II.8, paragraphe 3, des conditions générales, qui prévoit que la Commission «s’engage» à évaluer les rapports et les éléments qui lui sont envoyés par chaque consortium, en principe, dans les 45 jours suivant la réception de ceux‑ci. En outre, le Tribunal aurait omis de relever, au point 205 de l’arrêt attaqué, que, en vertu de l’article II.8, paragraphe 2, des conditions générales, les rapports sont considérés comme approuvés 90 jours après leur réception si aucun commentaire ni modification ou correction substantielle n’est envoyé.
87      Conformément aux principes de bonne foi et d’exécution loyale des contrats, tels que reconnus par le code civil, le Tribunal aurait dû considérer que la Commission, eu égard à son devoir de surveillance résultant de l’article II.8 des conditions générales, était obligée de communiquer, dès réception des rapports prévus par le contrat en cause, les éventuelles erreurs et omissions qu’elle identifiait, afin qu’elles puissent être corrigées en temps utile. Contrairement à ce qu’a jugé le Tribunal au point 207 de l’arrêt attaqué, la Commission serait soumise à une obligation de contrôle non seulement lors de l’audit prévu à l’article II.29 des conditions générales, mais également dès la phase d’exécution des contrats concernés.
88      Dès lors, contrairement à ce qu’a jugé le Tribunal, aux points 221 à 227 de l’arrêt attaqué, le fait que la Commission ait attendu la conclusion des projets et les résultats de l’audit, avant d’invoquer les erreurs, les omissions ou les irrégularités prétendument commises par l’EMA dans la déclaration des dépenses supportées en exécution des contrats Cocoon et Dicoems, violerait les principes de bonne foi et d’exécution loyale des contrats. Le Tribunal n’aurait pas non plus motivé le constat, aux points 224 à 226 de l’arrêt attaqué, selon lequel la procédure d’audit était nécessaire pour déceler les irrégularités reprochées à l’EMA, ni sa conclusion, au point 264 de l’arrêt attaqué, quant à la gravité de celles‑ci.
89      Enfin, le Tribunal aurait rejeté à tort, au point 238 de l’arrêt attaqué, la demande de réparation fondée sur la responsabilité contractuelle que l’EMA avait formulée, sur le fondement de l’article 1142 du code civil, en vue d’obtenir une compensation équitable pour son travail dans le cadre de l’exécution des contrats en cause. Les défaillances imputables à la Commission auraient causé à l’EMA un préjudice réparable, les trois conditions prévues à cette fin à l’article 1147 du code civil, à savoir l’inexécution des obligations contractuelles, l’existence d’un dommage et celle d’un lien de causalité, étant remplies.
90      La Commission estime que le troisième moyen est irrecevable, dès lors que l’EMA se borne à répéter les arguments avancés devant le Tribunal, sans identifier des erreurs commises par ce dernier, et, en tout état de cause, non fondé.
Appréciation de la Cour
91      S’agissant de la recevabilité du troisième moyen, c’est à juste titre que la Commission rappelle que, selon la jurisprudence de la Cour, est irrecevable un pourvoi qui se limite à répéter ou à reproduire textuellement les moyens et les arguments qui ont été présentés devant le Tribunal. En effet, un tel pourvoi constitue en réalité une demande visant à obtenir un simple réexamen de la requête présentée devant le Tribunal, ce qui échappe à la compétence de la Cour.
92      Cependant, dès lors qu’un requérant conteste l’interprétation ou l’application du droit de l’Union faite par le Tribunal, les points de droit examinés en première instance peuvent être à nouveau discutés au cours d’un pourvoi. En effet, si un requérant ne pouvait fonder de la sorte son pourvoi sur des moyens et des arguments déjà utilisés devant le Tribunal, la procédure de pourvoi serait privée d’une partie de son sens.
93      Dès lors, les arguments avancés par l’EMA sont recevables dans la mesure où ils remettent en cause l’interprétation ou l’application du droit par le Tribunal.
94      S’agissant du bien-fondé du troisième moyen, il convient de constater que l’approbation implicite des rapports conformément à l’article II.8, paragraphe 2, des conditions générales, 90 jours après leur réception par la Commission, ne s’applique qu’aux «rapports d’activité du projet» visés à l’article II.7, paragraphe 2, sous a), de celles-ci. En revanche, l’article II.8, paragraphe 3, des conditions générales précise que, nonobstant l’engagement de la Commission d’«évaluer» tous les autres rapports dans un délai de 45 jours, y compris ceux relevant de l’article II.7, paragraphe 2, sous b), des conditions générales qui contiennent les formulaires C, l’absence de réponse dans ce délai de la part de la Commission n’implique pas que ces rapports soient approuvés. Pour les documents comptables et financiers, les règles contractuelles excluaient dès lors expressément une quelconque forme d’approbation implicite.
95      Il s’ensuit que l’argumentation de l’EMA tirée d’une approbation implicite des documents comptables et financiers qu’elle a soumis à la Commission doit être rejetée.
96      Les autres arguments tirés d’une violation des principes de bonne foi et d’exécution loyale des contrats reposent sur la prémisse selon laquelle la Commission avait connaissance des irrégularités comptables constatées avant la procédure d’audit.
97      Cependant, la Commission a affirmé devant le Tribunal qu’elle n’était pas informée de telles irrégularités avant la procédure d’audit et le Tribunal a jugé, au point 225 de l’arrêt attaqué, que seul un examen attentif au moyen d’audits comptable et financier pouvait permettre d’identifier les irrégularités en cause.
98      Dans la mesure où l’EMA soutient que cette conclusion n’est pas motivée, il convient de relever que le Tribunal l’a justifiée, audit point 225, par référence aux constatations spécifiques et détaillées retenues dans le rapport d’audit final. Pour le surplus, l’argument est irrecevable. En effet, la conclusion selon laquelle la procédure d’audits comptable et financier était nécessaire pour déceler les irrégularités en cause relève de l’appréciation des faits par le Tribunal qu’il n’appartient pas à la Cour de contrôler dans le cadre du présent pourvoi, en l’absence d’une dénaturation des éléments de preuve. Or, l’EMA n’a pas même allégué une dénaturation des faits commise par la Commission.
99      Quant à l’argument tiré d’un défaut de motivation en ce qui concerne la gravité des irrégularités en cause, constatée au point 264 de l’arrêt attaqué, il y a lieu de relever que le raisonnement exposé aux points 260 à 264 dudit arrêt, aux termes duquel ces irrégularités étaient susceptibles de porter préjudice aux intérêts financiers de l’Union, au sens de l’article II.1, paragraphe 11, des conditions générales, dans l’exécution des contrats Cocoon et Dicoems, suffit pour motiver la qualification de ces irrégularités de «graves».
100    Enfin, c’est à bon droit que le Tribunal a rejeté la demande en indemnité formulée par l’EMA sur le fondement des articles 1142 et 1147 du code civil, aux points 228 à 238 de l’arrêt attaqué. En effet, le Tribunal a relevé, aux points 232 à 234 dudit arrêt, que l’une des trois conditions cumulatives prévues en droit belge pour l’indemnisation d’un dommage d’origine contractuelle, à savoir l’inexécution d’obligations contractuelles de la part de la partie défenderesse, n’est pas remplie en l’espèce. Or, l’EMA n’a pas démontré, dans le cadre du présent pourvoi, que le Tribunal a fait une mauvaise interprétation ou une mauvaise application des conditions contractuelles relatives aux projets Cocoon et Dicoems. Dans ces conditions, la constatation selon laquelle la condition relative à l’inexécution d’obligations contractuelles n’est pas remplie doit être considérée comme étant justifiée.
101    Il résulte de ce qui précède que le troisième moyen doit être rejeté dans son ensemble.
Sur le quatrième moyen, tiré d’une violation par le Tribunal de différents principes généraux du droit de l’Union
Argumentation des parties
102    Le quatrième moyen s’articule en trois branches tirées, respectivement, d’une violation du principe de proportionnalité, d’une violation du principe de non-discrimination et d’une violation des droits de la défense.
103    Par la première branche du quatrième moyen, l’EMA fait valoir que, en rejetant, au point 265 de l’arrêt attaqué, ses arguments en première instance relatifs à une violation du principe de proportionnalité, en raison du fait que la Commission a décidé de résilier les contrats en cause de façon immédiate en application de l’article II.16, paragraphe 2, des conditions générales, le Tribunal a fait une mauvaise application de ce principe.
104    Dans le cadre de cette première branche, l’EMA fait également valoir que les dispositions contractuelles ne permettent pas une résiliation immédiate des contrats qu’elle avait conclus. En effet, cette solution ne serait prévue que dans les deux cas indiqués à l’article II.16, paragraphe 2, des conditions générales, à savoir, premièrement, si le contractant a commis des irrégularités, délibérément ou par négligence, ou, deuxièmement, s’il a violé les principes éthiques énoncés dans les «règles de participation» relatives aux contrats. En premier lieu, l’EMA conteste avoir commis de telles irrégularités et, s’agissant de l’élément subjectif requis, la Commission aurait elle-même reconnu l’absence de fraude de sa part. L’EMA n’aurait pas non plus commis une négligence. En second lieu, l’EMA n’aurait violé aucune des «règles de participation» applicables aux projets Cocoon et Dicoems.
105    L’EMA remet en cause, par la deuxième branche du quatrième moyen, les points 101 à 103 de l’arrêt attaqué, par lesquels le Tribunal a rejeté ses arguments tirés d’une violation du principe de non-discrimination. Elle estime, en substance, que l’interprétation erronée faite, dans l’arrêt attaqué, de l’article II.19, paragraphe 1, des conditions générales, donne lieu à une discrimination entre les associations et les sociétés.
106    Enfin, par la troisième branche du quatrième moyen, l’EMA fait valoir que le Tribunal a rejeté, à tort, aux points 268 à 273 de l’arrêt attaqué, ses arguments tirés d’une violation de ses droits de la défense dans le cadre de l’audit. L’EMA rappelle notamment que, selon la jurisprudence, le respect des droits de la défense dans toute procédure ouverte à l’encontre d’une personne et susceptible d’aboutir à un acte lui faisant grief constitue un principe fondamental du droit de l’Union. En l’espèce, la procédure d’audit n’aurait pas été contradictoire dans sa phase préliminaire et l’EMA n’aurait été mise en mesure d’y participer que lorsque le projet de rapport avait déjà été préparé. De même, la Commission aurait dû se réunir avec l’EMA avant l’envoi du rapport d’audit final, le 30 septembre 2009. L’EMA considère que le Tribunal a retenu une approche excessivement formaliste, au point 271 de l’arrêt attaqué, en considérant qu’elle n’avait pas établi en quoi la suite de la procédure aurait pu être différente si ses droits de la défense avaient été respectés.
107    La Commission conteste la recevabilité de certains des arguments de l’EMA, et notamment de ceux relevant de la première branche du quatrième moyen, ainsi que le bien-fondé de l’ensemble de ce moyen.
Appréciation de la Cour
108    S’agissant de la première branche du quatrième moyen, il convient de rappeler d’emblée que, ainsi qu’il a été indiqué au point 92 du présent arrêt, dès lors qu’un requérant conteste l’interprétation ou l’application du droit de l’Union faite par le Tribunal, les points de droit examinés en première instance peuvent être à nouveau discutés au cours d’un pourvoi.
109    Il s’ensuit que l’EMA est en droit de contester devant la Cour l’application faite par le Tribunal du principe de proportionnalité dans l’arrêt attaqué.
110    Quant au fond, l’EMA allègue, dans le cadre de la première branche du quatrième moyen, non seulement une violation du principe de proportionnalité, en tant que tel, en raison de la résiliation des contrats en cause, mais aussi une violation par le Tribunal des dispositions contractuelles applicables, lesquelles, selon elle, n’autorisaient pas la Commission à résilier ces contrats sans préavis dans les circonstances de l’espèce.
111    S’agissant de cette dernière allégation, il convient de relever que, selon l’article II.16, paragraphe 2, des conditions générales, la Commission peut mettre immédiatement un terme à la participation d’un cocontractant s’il a commis délibérément ou par négligence une irrégularité dans l’exécution d’un contrat ou s’il a manqué aux principes éthiques fondamentaux visés dans les règles de participation. Eu égard au rejet des deux premiers moyens du pourvoi, l’existence de plusieurs irrégularités, qui ont été constatées par le Tribunal, notamment aux points 215 et 260 à 262 de l’arrêt attaqué, est désormais définitivement établie.
112    Quant à l’élément subjectif requis par l’article II.16, paragraphe 2, des conditions générales, le Tribunal, tout en observant, au point 217 de l’arrêt attaqué, que l’existence d’une intention frauduleuse n’est pas indispensable, a jugé sans ambiguïté, au point 219 dudit arrêt, que les conditions posées par cette disposition contractuelle étaient remplies en l’espèce. Ce faisant, il a considéré, implicitement mais nécessairement, que l’EMA avait commis les irrégularités constatées par négligence.
113    Or, eu égard à la nature des nombreuses irrégularités constatées aux points 215 et 260 à 262 de l’arrêt attaqué, notamment le défaut de traçabilité, dans la comptabilité de l’EMA, de certains coûts dont cette dernière a demandé le remboursement, l’absence des originaux, ou des copies certifiées conformes, lorsqu’elles étaient admises, des documents relatifs à l’exécution des contrats en cause, le fait que certains coûts dont l’EMA a demandé le remboursement n’étaient pas réels et ne correspondaient pas aux documents justificatifs relatifs aux projets concernés, le fait que l’EMA, en signant la documentation financière transmise à la Commission, a certifié des circonstances non conformes à la réalité en ce qui concernait certains coûts supportés et les justificatifs y afférents et le fait que des contrats de sous-traitance avaient été conclus en violation des dispositions contractuelles, c’est à bon droit que le Tribunal a jugé que celles-ci impliquaient nécessairement un comportement négligent de la part de l’EMA. Ainsi, c’est à bon droit que le Tribunal a considéré que l’article II.16, paragraphe 2, des conditions générales était d’application en l’espèce.
114    En ce qui concerne la prétendue violation du principe de proportionnalité, l’EMA soutient que des irrégularités de nature purement comptable ne justifient aucunement la résiliation unilatérale des contrats en cause. Cependant, ainsi que l’a constaté le Tribunal au point 264 de l’arrêt attaqué, les irrégularités en cause étaient graves. Elles avaient une incidence réelle sur le budget de l’Union dès lors qu’elles ont amené l’EMA à réclamer à la Commission le paiement de montants importants qui, en vertu des conditions contractuelles, ne portaient pas sur des dépenses éligibles. Dans ces conditions, c’est à bon droit que le Tribunal a jugé que l’action de la Commission consistant à exercer son droit contractuel de résilier les contrats en cause sans préavis, au titre de l’article II.16, paragraphe 2, des conditions générales, n’enfreint pas le principe de proportionnalité.
115    Il s’ensuit que la première branche du quatrième moyen doit être rejetée.
116    S’agissant de la deuxième branche du quatrième moyen, il y a lieu de rappeler que, selon une jurisprudence constante, le principe d’égalité de traitement exige que des situations comparables ne soient pas traitées de manière différente et que des situations différentes ne soient pas traitées de manière égale, à moins qu’un tel traitement ne soit objectivement justifié (voir, notamment, arrêt Commission/Estonie, C‑505/09 P, EU:C:2012:179, point 64 et jurisprudence citée).
117    Il convient de relever ensuite que, en vertu de l’article II.19, paragraphe 1, sous d), des conditions générales, «[l]es procédures comptables employées pour enregistrer les dépenses et les recettes doivent respecter les règles comptables de l’État d’établissement du cocontractant».
118    Or, eu égard aux différences entre les règles comptables belges applicables aux sociétés commerciales, d’une part, et celles applicables aux associations sans but lucratif, d’autre part, force est de constater que, contrairement aux arguments de l’EMA, ces deux catégories de personnes morales ne sont pas dans des situations comparables aux fins de l’application des dispositions de l’article II.19 des conditions générales.
119    Par conséquent, la deuxième branche du quatrième moyen ne peut pas être accueillie.
120    Quant à la troisième branche du quatrième moyen, le respect des droits de la défense exige que les destinataires de décisions qui affectent de manière sensible leurs intérêts soient mis en mesure de faire connaître utilement leur point de vue (arrêt Texdata Software, C-418/11, EU:C:2013:588, point 83 et jurisprudence citée).
121    En l’espèce, toutefois, la procédure d’audition a été ouverte à l’encontre de l’EMA dans un cadre contractuel et non susceptible, en principe, d’aboutir à un acte lui faisant grief. Certes, la Commission a émis, le 5 novembre 2010, une note de débit pour le recouvrement de la somme de 164 080,03 euros. Toutefois, le Tribunal a jugé, aux points 71 à 75 de l’arrêt attaqué, que la note de débit est indissociable du cadre contractuel et ne constitue donc pas un acte dont l’annulation peut être demandée au titre de l’article 263 TFUE. Cette qualification de la note de débit n’a pas été contestée dans le cadre du présent pourvoi et il y a donc lieu de la considérer comme définitive.
122    Il s’ensuit que la jurisprudence citée au point 120 du présent arrêt ne s’applique pas en l’espèce.
123    Cependant, la Commission est tenue, conformément, notamment, aux exigences du principe de bonne administration, de respecter le principe du contradictoire dans le cadre d’une procédure d’audit telle que celle prévue à l’article II.29 des conditions générales. En effet, la Commission doit s’entourer de toutes les informations pertinentes, et notamment de celles que son cocontractant est en mesure de lui fournir, avant de prendre la décision d’émettre une note de débit, de résilier un contrat et/ou de refuser d’effectuer des paiements supplémentaires au cocontractant.
124    Or, le Tribunal a relevé à juste titre, au point 272 de l’arrêt attaqué, que l’EMA a pu faire connaître utilement son point de vue à la suite de la communication du projet de rapport d’audit le 19 mai 2009, et notamment par sa lettre du 19 août 2009, qui a d’ailleurs été explicitement prise en compte dans le cadre du rapport d’audit final, contrairement à ce que soutient l’EMA. La circonstance, relevée par l’EMA, selon laquelle elle n’a pas été entendue avant la communication du projet de rapport d’audit, ne signifie pas que le principe du contradictoire n’a pas été respecté de manière adéquate en l’espèce. De même, la circonstance selon laquelle la Commission n’a pas tenu de réunion avec l’EMA avant le mois de décembre 2009 ne l’a pas non plus privée de la possibilité de faire valoir son point de vue en temps utile.
125    Enfin, quant à l’argument selon lequel le Tribunal aurait retenu une approche excessivement formaliste, au point 271 de l’arrêt attaqué, il suffit de constater que ce point constitue un motif surabondant dans le raisonnement du Tribunal. Or, selon une jurisprudence constante, les arguments dirigés contre des motifs surabondants d’une décision du Tribunal ne sauraient entraîner l’annulation de cette décision et sont donc inopérants (arrêt Commission/IPK International, C‑336/13 P, EU:C:2015:83, point 33 et jurisprudence citée).
126    Partant, la troisième branche du quatrième moyen n’est pas fondée.
127    Il s’ensuit que le quatrième moyen doit être rejeté dans son ensemble.
128    Il résulte de tout ce qui précède que le pourvoi doit être rejeté.
Sur les dépens
129    L’article 184, paragraphe 2, du règlement de procédure prévoit que, lorsque le pourvoi n’est pas fondé, la Cour statue sur les dépens. Aux termes de l’article 138, paragraphe 1, du même règlement, applicable à la procédure de pourvoi en vertu de l’article 184, paragraphe 1, de celui-ci, toute partie qui succombe est condamnée aux dépens, s’il est conclu en ce sens. La Commission ayant conclu à la condamnation de l’EMA et cette dernière ayant succombé en ses moyens, il y a lieu de la condamner aux dépens.
Par ces motifs, la Cour (deuxième chambre) déclare et arrête:
1)      Le pourvoi est rejeté.
2)      L’Association médicale européenne (EMA) est condamnée aux dépens.
Signatures
* Langue de procédure: l’italien.