DOCUMENT DE TRAVAIL
ARRÊT DU TRIBUNAL (huitième chambre)
21 septembre 2017 (*)
« FEAGA et Feader – Dépenses exclues du financement – Règlement (CE) n° 1290/2005 – Régime de soutien direct en faveur des agriculteurs – Règlements (CE) nos 73/2009 et 1122/2009 – Régime des quotas laitiers – Règlements (CE) nos 1788/2003 et 595/2004 – Remplacement des contrôles sur place des exploitations agricoles par des contrôles administratifs »
Dans l’affaire T‑261/16,
République portugaise, représentée par MM. L. Inez Fernandes, M. Figueiredo, J. Saraiva de Almeida et Mme P. Estȇvão, en qualité d’agents,
partie requérante,
contre
Commission européenne, représentée initialement par MM. A. Lewis, G. Braga da Cruz et J. Guillem Carrau, puis par MM. Lewis et B. Rechena, en qualité d’agents,
partie défenderesse,
ayant pour objet une demande fondée sur l’article 263 TFUE et tendant à l’annulation de la décision d’exécution (UE) 2016/417 de la Commission, du 17 mars 2016, écartant du financement de l’Union européenne certaines dépenses effectuées par les États membres au titre du Fonds européen agricole de garantie (FEAGA) et du Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader) (JO 2016, L 75, p. 16), dont celles effectuées par la République portugaise dans le cadre des « [a]utres aides directes – [a]rticles 68 à 72 du règlement n° 73/2009 » pour les exercices financiers 2011 à 2013 d’un montant total de 385 762,22 euros,
LE TRIBUNAL (huitième chambre),
composé de MM. A. M. Collins, président, R. Barents (rapporteur) et J. Passer, juges,
greffier : Mme G. Predonzani, administrateur,
vu la phase écrite de la procédure et à la suite de l’audience du 28 avril 2017,
rend le présent
Arrêt
Cadre juridique
Réglementation de l’Union régissant le financement de la politique agricole commune et réglementation de l’Union relative aux mesures de soutien spécifique
1        La réglementation de base relative au financement de la politique agricole commune est constituée par le règlement (CE) n° 1290/2005 du Conseil, du 21 juin 2005, relatif au financement de la politique agricole commune (JO 2005, L 209, p. 1), applicable au présent litige, ainsi que l’a reconnu la Commission européenne lors de l’audience à une question posée par le Tribunal, ce qui a été acté au procès-verbal d’audience.
2        L’article 3 du règlement n° 1290/2005 dispose :
« 1.      Le [Fonds européen agricole de garantie (FEAGA)] finance, en gestion partagée entre les États membres et la Communauté européenne, les dépenses suivantes, effectuées conformément au droit communautaire :
a)      les restitutions fixées pour l’exportation des produits agricoles vers les pays tiers ;
b)      les interventions destinées à la régulation des marchés agricoles ;
c)      les paiements directs aux agriculteurs prévus dans le cadre de la politique agricole commune ;
d)      la contribution financière de la Communauté aux actions d’information et de promotion en faveur des produits agricoles sur le marché intérieur de la Communauté et dans les pays tiers, dont la réalisation est effectuée par l’intermédiaire des États membres sur la base des programmes, autres que ceux visés à l’article 4, retenus par la Commission.
2.      Le FEAGA finance de manière centralisée les dépenses suivantes, effectuées conformément au droit [de l’Union] :
a)      la contribution financière de la Communauté à des actions vétérinaires ponctuelles, à des actions de contrôle dans le domaine vétérinaire, dans celui des denrées alimentaires et des aliments pour animaux, à des programmes d’éradication et de surveillance des maladies animales (mesures vétérinaires) ainsi qu’à des actions phytosanitaires ;
b)      la promotion en faveur des produits agricoles, effectuée directement par la Commission ou par l’intermédiaire d’organisations internationales ;
c)      les mesures, arrêtées conformément à la législation communautaire, destinées à assurer la conservation, la caractérisation, la collecte et l’utilisation des ressources génétiques en agriculture ;
d)      la mise en place et la maintenance des systèmes d’information comptable agricoles ;
e)      les systèmes d’enquête agricole, y compris les enquêtes sur la structure des exploitations agricoles ;
f)      les dépenses relatives aux marchés de la pêche. »
3        L’article 9, paragraphe 1, sous a), du règlement n° 1290/2005, intitulé « Protection des intérêts financiers de [l’Union] et assurances relatives à la gestion des Fonds [de l’Union] », précise :
« Les États membres prennent, dans le cadre de la politique agricole commune, toutes les dispositions législatives, réglementaires et administratives, ainsi que toute autre mesure nécessaire pour assurer une protection efficace des intérêts financiers de l’[Union] […] »
4        L’article 31 du règlement n° 1290/2005, intitulé « Apurement de conformité », prévoit :
« 1.      La Commission décide des montants à écarter du financement communautaire lorsqu’elle constate que des dépenses visées à l’article 3, paragraphe 1, et à l’article 4 n’ont pas été effectuées conformément aux règles communautaires, selon la procédure visée à l’article 41, paragraphe 3.
2.      La Commission évalue les montants à écarter au vu, notamment, de l’importance de la non-conformité constatée. La Commission tient compte de la nature et de la gravité de l’infraction, ainsi que du préjudice financier causé à la Communauté.
3.      Préalablement à toute décision de refus de financement, les résultats des vérifications de la Commission ainsi que les réponses de l’État membre concerné font l’objet de notifications écrites, à l’issue desquelles les deux parties tentent de parvenir à un accord sur les mesures à prendre.
À défaut d’accord, l’État membre peut demander l’ouverture d’une procédure visant à concilier les positions respectives dans un délai de quatre mois, dont les résultats font l’objet d’un rapport communiqué à la Commission et examiné par elle avant qu’elle ne se prononce sur un éventuel refus de financement.
[…] »
5        Le règlement (CE) n° 73/2009 du Conseil, du 19 janvier 2009, établissant des règles communes pour les régimes de soutien direct en faveur des agriculteurs dans le cadre de la politique agricole commune et établissant certains régimes de soutien en faveur des agriculteurs, modifiant les règlements n° 1290/2005, (CE) n° 247/2006 et (CE) n° 378/2007, et abrogeant le règlement (CE) n° 1782/2003 (JO 2009, L 30, p. 16), prévoit, en son article 20, intitulé « Vérification des conditions d’admissibilité au bénéfice de l’aide » :
« 1.      Les États membres procèdent au contrôle administratif des demandes d’aide, afin de vérifier le respect des conditions d’admissibilité au bénéfice de l’aide.
2.      Les contrôles administratifs sont complétés par un système de vérifications sur place visant à vérifier l’admissibilité au bénéfice de l’aide. À cet effet, les États membres établissent un plan d’échantillonnage des exploitations agricoles.
Les États membres peuvent utiliser des techniques de télédétection ou un système global de navigation par satellite (GNSS) pour réaliser les vérifications sur place des parcelles agricoles.
3.      Chaque État membre désigne une autorité chargée d’assurer la coordination des contrôles et des vérifications prévus au présent chapitre.
Lorsqu’un État membre confie certaines parties des tâches à effectuer en application du présent chapitre à des agences ou à des entreprises spécialisées, l’autorité désignée doit en garder la maîtrise et la responsabilité. »
6        L’article 22, paragraphe 1, du règlement n° 73/2009 précise :
« Les États membres procèdent à des vérifications sur place pour vérifier si l’agriculteur respecte les obligations visées au chapitre 1. »
7        L’article 68 du règlement n° 73/2009 dispose, notamment :
« 1.      Les États membres peuvent accorder un soutien spécifique aux agriculteurs dans les conditions énoncées au présent chapitre :
[…]
b)      pour compenser des désavantages spécifiques dont souffrent certains agriculteurs des secteurs du lait, de la viande bovine, de la viande ovine et caprine, et du riz dans des zones vulnérables sur le plan économique ou sensibles du point de vue de l’environnement, ou, dans les mêmes secteurs, pour des types d’agriculture vulnérables sur le plan économique ;
[…]
e)      sous forme de contributions à des fonds de mutualisation en cas de maladies animales ou végétales et d’incidents environnementaux […]
4.      Le soutien visé :
[…]
b)      au paragraphe 1, [sous] b), prend la forme de paiements annuels supplémentaires tels que des paiements par tête ou des primes à l’herbage ;
[…]
d)      au paragraphe 1, [sous] e), prend la forme de paiements compensatoires […] »
8        L’article 142 du règlement n° 73/2009, intitulé « Modalités d’application », dispose :
« Conformément à la procédure visée à l’article 141, paragraphe 2, des règles détaillées sont adoptées pour la mise en œuvre du présent règlement. Elles incluent notamment :
[…]
n)      des règles relatives aux contrôles administratifs ainsi qu’aux contrôles sur place et par télédétection ;
[…] »
9        C’est dans cette perspective qu’a été adopté le règlement (CE) n° 1122/2009 de la Commission, du 30 novembre 2009, fixant les modalités d’application du règlement n° 73/2009 en ce qui concerne la conditionnalité, la modulation et le système intégré de gestion et de contrôle dans le cadre des régimes de soutien direct en faveur des agriculteurs prévus par ce règlement ainsi que les modalités d’application du règlement (CE) n° 1234/2007 du Conseil en ce qui concerne la conditionnalité dans le cadre du régime d’aide prévu pour le secteur vitivinicole (JO 2009, L 316, p. 65).
10      Sous le titre III « Contrôles », les articles 26 à 54 du règlement n° 1122/2009 définissent les modalités desdits contrôles.
11      L’article 26, paragraphe 1, du règlement n° 1122/2009 prévoit que « [l]es contrôles administratifs et les contrôles sur place prévus par [ledit] règlement sont effectués de façon à assurer une vérification efficace du respect des conditions d’octroi des aides ainsi que des exigences et des normes applicables en matière de conditionnalité ».
12      La section I du chapitre II dudit règlement relative aux « Contrôles administratifs » prévoit, en son article 28, intitulé « Contrôles croisés » :
« 1. Les contrôles administratifs visés à l’article 20 du règlement […] n° 73/2009 ont pour objet de permettre la détection d’irrégularités, en particulier la détection automatisée par voie informatique, y compris les contrôles croisés :
[…]
b)      visant à vérifier la réalité des droits au paiement ainsi que l’admissibilité au bénéfice de l’aide ;
[…]
e)      réalisés à l’aide de la base de données informatisées relative aux bovins dans le but de vérifier l’admissibilité au bénéfice de l’aide et d’éviter qu’une même aide ne soit indûment octroyée plusieurs fois au titre de la même année civile ;
[…] »
13      L’article 29 du règlement n° 1122/2009, intitulé « Contrôles administratifs du soutien spécifique », dispose :
« 1.      Pour chaque mesure relevant du soutien spécifique pour laquelle des contrôles administratifs sont techniquement possibles, toutes les demandes doivent être vérifiées. Les contrôles garantissent notamment que :
a)      les conditions d’admissibilité au soutien spécifique sont remplies ;
b)      il n’y a aucun double financement par d’autres régimes communautaires ;
c)      il n’y a aucune surcompensation pour les agriculteurs en ce qui concerne les contributions financières prévues par l’article 70, paragraphe 3, et l’article 71, paragraphe 7, du règlement […] n° 73/2009 et,
d)      le cas échéant, les pièces justificatives ont été présentées et prouvent l’admissibilité.
2.      Les États membres peuvent, le cas échéant, utiliser les éléments de preuve transmis par d’autres services, organismes ou organisations pour veiller au respect des critères d’admissibilité. Cependant, ils doivent avoir l’assurance que ces services, organismes ou organisations opèrent selon des normes suffisantes pour le contrôle de la conformité avec les critères d’admissibilité. »
14      La sous-section I, intitulée « Dispositions communes », de la section II du chapitre II du règlement n° 1122/2009, relative aux « [c]ontrôles sur place », prévoit, en son article 30, intitulé « Taux de contrôle » :
« 1.      Le nombre total de contrôles sur place effectués chaque année concerne au moins 5 % de l’ensemble des agriculteurs présentant respectivement une demande au titre du régime de paiement unique, du régime de paiement unique à la surface ou des paiements “surfaces” dans le cadre du soutien spécifique. Les États membres font en sorte que les contrôles sur place concernent au moins 3 % des agriculteurs présentant une demande d’aide au titre de chacun des autres régimes d’aide “surfaces” prévus aux titres III, IV et V du règlement […] n° 73/2009.
2.      Le nombre total de contrôles sur place effectués chaque année concerne au moins :
[…]
b)      5 % de tous les agriculteurs demandant une aide au titre des régimes d’aide aux bovins, des paiements par tête ou des paiements par unité de gros bétail pour les bovins au titre du soutien spécifique ou de l’aide spécifique basée sur le quota laitier individuel déterminé conformément à l’article 65 du règlement (CE) n° 1234/2007 ou de l’aide spécifique basée sur la production laitière réelle. Toutefois, si la base de données informatisée relative aux bovins n’offre pas le niveau de garantie et de mise en œuvre nécessaire pour la bonne gestion des régimes d’aides concernés, ce taux est porté à 10 %.
Pour chacun des régimes, les contrôles sur place portent également sur 5 % au moins de l’ensemble des animaux faisant l’objet d’une demande d’aide ;
[…] »
15      La sous-section IV de la section II du règlement n° 1122/2009, relative aux « [c]ontrôles sur place du soutien spécifique », précise, en son article 46, intitulé « Dispositions spéciales concernant le soutien spécifique » :
« 1.      En ce qui concerne le soutien spécifique prévu à l’article 68 du règlement […] n° 73/2009, les États membres appliquent les dispositions du [titre III du présent règlement]. Cependant, s’il n’est pas opportun de procéder ainsi en raison de la structure du régime concerné, les États membres prévoient des contrôles garantissant un niveau de contrôle équivalent à celui établi par le [titre III du présent règlement].
Les États membres vérifient notamment :
a)      lors du contrôle des demandes de paiement de fonds de mutualisation conformément à l’article 68, paragraphe 1, [sous] e), du règlement […] n° 73/2009, que :
i)      les agriculteurs étaient effectivement admissibles au bénéfice de l’indemnisation payée par le fonds ;
ii)      l’indemnisation a été effectivement payée aux agriculteurs affiliés conformément à l’article 71 du règlement […] n° 73/2009 ;
b)      lors du contrôle sur place des opérations d’investissement devant bénéficier d’une aide au titre du soutien spécifique prévue à l’article 68 du règlement […] n° 73/2009, que l’investissement a été réalisé.
Les contrôles visés au deuxième alinéa, [sous] a), peuvent être effectués en utilisant un échantillon d’au moins 10 % des agriculteurs concernés.
2.      Pour autant que l’État membre garantisse que l’efficacité des contrôles est au moins équivalente à celle des contrôles sur place, il est possible de remplacer les contrôles dans l’exploitation par des contrôles administratifs ou des contrôles au niveau des services, organismes ou organisations qui fournissent des preuves permettant de vérifier le respect des critères d’admissibilité visé à l’article 29, paragraphe 2. »
16      Le règlement (CE) n° 595/2004 de la Commission, du 30 mars 2004, portant modalités d’application du règlement (CE) n° 1788/2003 du Conseil établissant un prélèvement dans le secteur du lait et des produits laitiers (JO 2004, L 94, p. 22), précise, en son article 20, intitulé « Contrôles sur place » :
« Les contrôles sur place sont effectués sans préavis. Néanmoins, un préavis limité au strict minimum est possible, pour autant qu’il n’ait pas d’incidence sur l’objectif du contrôle.
Le cas échéant, les contrôles sur place prévus par le présent règlement peuvent être effectués en même temps que d’autres contrôles prévus par la réglementation communautaire. »
17      L’article 21 du règlement n° 595/2004, intitulé « Contrôles des livraisons et des ventes directes », prévoit :
« 1.      En ce qui concerne les livraisons, les contrôles sont effectués sur l’exploitation, durant le transport du lait et auprès de l’acheteur. À tous ces stades, les États membres contrôlent dans les faits, grâce à des visites sur place, l’exactitude de la comptabilisation du lait commercialisé, et notamment :
a)      au niveau de l’exploitation, le statut du producteur au sens de l’article 5, [sous] c), du règlement (CE) n° 1788/2003 ainsi que la compatibilité entre les livraisons et la capacité de production ;
[…]
2.      En ce qui concerne les ventes directes, les contrôles doivent notamment viser à vérifier :
a)      au niveau de l’exploitation, le statut de producteur au sens de l’article 5, [sous] c), du règlement (CE) n° 1788/2003 ainsi que la compatibilité entre les ventes directes et la capacité de production ;
b)      l’exactitude de la déclaration visée à l’article 11, paragraphe 1, du présent règlement, notamment grâce aux documents visés à l’article 24, paragraphe 6. »
18      L’article 22 du règlement n° 595/2004, intitulé « Intensité des contrôles », dispose :
« 1.      Les contrôles visés à l’article 21, paragraphe 1, doivent porter au minimum sur :
a)      1 % des producteurs pour la période de douze mois 2004/2005, 2 % des producteurs pour les périodes de douze mois suivantes ;
[…]
2.      Les contrôles visés à l’article 21, paragraphe 2, doivent porter sur un minimum de 5 % des producteurs.
3.      Chaque acheteur est contrôlé au moins une fois tous les cinq ans. »
Orientations de la Commission
19      Les orientations de la Commission pour l’application des corrections financières ont été définies dans le document n° VI/5330/97 de la Commission, du 23 décembre 1997, intitulé « Orientations concernant le calcul des conséquences financières lors de la préparation de la décision d’apurement des comptes du FEOGA-Garantie » (ci-après le « document n° VI/5330/97 »).
20      L’annexe 2 du document n° VI/5330/97, relative aux conséquences financières, pour l’apurement des comptes de la section « Garantie » du Fonds européen d’orientation et de garantie agricole (FEOGA), des carences des contrôles effectués par les États membres, énonce, dans sa partie intitulée « Introduction » :
« Lorsque la Commission constate qu’une dépense spécifique concerne une demande qui ne satisfait pas aux règles communautaires, les conséquences financières sont claires : sauf si le paiement irrégulier a déjà été détecté par les organismes nationaux de contrôle et a donné lieu aux mesures de correction et de recouvrement appropriées (voir annexe 4), la Commission doit refuser son financement par le budget communautaire. Lorsque les conséquences financières découlent de l’examen des dépenses concernant un grand nombre de dossiers, le montant exclu du financement communautaire est calculé, dans la mesure du possible, sur la base d’une extrapolation des résultats tirés de l’étude d’un échantillon représentatif de dossiers. La même méthode d’extrapolation doit être appliquée pour tous les États membres, y compris en ce qui concerne le niveau de fiabilité et d’ampleur des inexactitudes, la stratification de la population, la taille de l’échantillon et l’évaluation des erreurs lors de l’échantillonnage compte tenu des conséquences financières globales.
Lorsqu’un État membre ne respecte pas les règles communautaires visant à vérifier l’éligibilité des demandes, ce seul manquement implique que les paiements contreviennent aux dispositions communautaires applicables à la mesure concernée et à l’obligation générale, pour les États membres, de détection et de prévention des irrégularités prévue par l’article 8 du règlement n° 729/70. Cela ne signifie pas nécessairement que toutes les demandes satisfaites constituent des irrégularités, mais le risque de voir le [FEOGA] supporter des dépenses indues s’en trouve accru. S’il est vrai que, dans certains cas flagrants, la Commission pourrait être habilitée à refuser toutes les dépenses concernées lorsque les contrôles requis par un règlement ne sont pas effectués, dans un certain nombre de cas le montant des dépenses à écarter excéderait, selon toute probabilité, la perte financière subie par la Communauté. Il convient alors d’estimer la perte lors de l’évaluation des corrections financières.
[...] »
21      L’annexe 2 du document n° VI/5330/97 énonce, dans sa partie intitulée « Orientations pour l’application de corrections forfaitaires » :
« Des corrections forfaitaires peuvent être envisagées lorsque les informations fournies par l’enquête ne permettent pas au contrôleur d’évaluer la perte à partir d’une extrapolation des pertes déterminées, par des moyens statistiques, ou par référence à d’autres données vérifiables, mais qu’elles lui permettent néanmoins de conclure que l’État membre a manqué à son obligation de vérifier de manière appropriée l’éligibilité de certaines demandes satisfaites.
[…]
Sur la base de ces principes, il est possible de classer les contrôles en deux catégories :
les contrôles clés sont les vérifications physiques et administratives requises pour contrôler les éléments au fond, en particulier la réalité de l’objet de la demande, la quantité et les conditions qualitatives, y compris le respect des délais, les exigences de récoltes, les délais de rétention, etc. Ils sont effectués sur le terrain et par recoupement avec des informations indépendantes, telles que les registres cadastraux ;
les contrôles secondaires sont les opérations administratives nécessaires pour traiter correctement les demandes, telles que la vérification du respect des délais de soumission, l’identification de demandes en doublon pour un même objet, l’analyse du risque, l’application de sanctions et la supervision adéquate des procédures.
[…]
Les corrections forfaitaires ne sont pas pertinentes lorsque les propres services des États membres décèlent de telles erreurs dans les conditions visées à l’annexe 4.
[…]
Lorsqu’un ou plusieurs contrôles clés ne sont pas effectués ou sont si mal réalisés qu’ils sont inefficaces pour déterminer l’éligibilité d’une demande ou prévenir les irrégularités, il convient alors d’appliquer une correction à hauteur de 10 %, car il est raisonnablement permis de penser qu’il existait un risque élevé de pertes importantes pour le FEOGA.
Lorsque tous les contrôles clés sont effectués, mais sans respecter le nombre, la fréquence ou la rigueur préconisés par les règlements, il convient alors d’appliquer une correction à hauteur de 5 %, car il peut raisonnablement être conclu que ces contrôles n’offrent pas le niveau attendu de garantie de régularité des demandes et que le risque de pertes pour le FEOGA était significatif.
Lorsqu’un État membre effectue correctement les contrôles clés, mais omet complètement d’effectuer un ou plusieurs contrôles secondaires, il convient alors d’appliquer une correction à hauteur de 2 %, compte tenu du risque plus faible de perte pour le FEOGA et de la gravité moindre de l’infraction.
Une correction de 2 % est également justifiée lorsqu’un État membre omet de prendre des mesures en vue d’améliorer l’application des contrôles secondaires ou des mesures induites par les règlements communautaires et que la Commission lui a notifié, notamment en application de l’article 8 du règlement n° 1663/95, que ces mesures doivent être appliquées afin d’atteindre l’objectif poursuivi par les règlements ou de garantir un niveau raisonnable de protection contre les fraudes et les irrégularités ou d’assurer un contrôle adéquat des fonds communautaires.
[…]
Le taux de correction doit être appliqué à la part des fonds pour laquelle la dépense a constitué un risque. Lorsque la carence résulte de l’absence d’adoption, par un État membre, d’un système de contrôle approprié par un État membre, la correction doit être appliquée à toutes les dépenses auxquelles ce système de contrôle était applicable. Lorsqu’il y a des raisons de supposer que la carence est limitée à la non-application du système de contrôle adopté par l’État membre dans un département ou une région, la correction doit être appliquée aux dépenses gérées par ledit département ou ladite région.
[…]
Lorsque les règlements imposent explicitement une vérification particulière, l’État membre n’a d’autre possibilité que d’effectuer cette vérification ou de saisir l’autorité pour obtenir une dispense. Les États membres doivent soumettre une demande écrite à la Commission, comme l’indique la note de bas de page, et après consultation du service juridique et du contrôle financier, la Commission doit répondre dans les deux mois ou, s’il y a lieu, indiquer qu’une réponse sera apportée à une date ultérieure. »
22      La note de bas de page est rédigée ainsi :
« Les conditions particulières dans un État membre peuvent rendre impossible la réalisation d’un contrôle requis selon la méthode spécifiée. Sous réserve d’une demande écrite visant à substituer audit contrôle des contrôles équivalents ou compensatoires, et si aucune objection n’est émise dans les deux mois, la demande est acceptée et les contrôles sont considérés comme compensatoires pour la non-conformité, à condition que l’audit d’apurement en atteste l’efficacité. »
Réglementation nationale relative aux mesures de soutien spécifique
23      La République portugaise a, sur le fondement de l’article 68 du règlement n° 73/2009, adopté le despacho normativo n° 2/2010 du Ministério da Agricultura, do Desenvolvimento Rural e das Pescas (arrêté normatif n° 2/2010 du ministère de l’Agriculture, du Désenclavement rural et des Espaces), du 22 janvier 2010 (Diário da República, 2e série, n° 20, du 29 janvier 2010) (ci-après l’« arrêté normatif n° 2/2010 »). L’arrêté normatif n° 2/2010 prévoit notamment des mesures de soutien spécifique en faveur des agriculteurs, pour des types spécifiques d’agriculture qui sont importants pour la protection ou la valorisation de l’environnement, pour l’amélioration de la qualité des produits agricoles et pour certains types d’agriculture vulnérables sur le plan économique dans le secteur des produits laitiers
24      Plus spécifiquement, l’une de ces mesures vise à maintenir les niveaux de production actuels de certains types d’exploitations qui produisent du lait de vache ou du lait de brebis, en vue de compenser les inconvénients spécifiques qui touchent ces types d’agriculture (article 22 de l’arrêté normatif n° 2/2010).
25      Aux termes de l’article 23, paragraphe 1, de l’arrêté normatif n° 2/2010 :
« Le soutien spécifique est versé annuellement sous la forme de paiements complémentaires, à travers deux actions :
a)      aide par tête équivalente de vache laitière ;
b)      aide par brebis laitière. »
26      L’article 23, paragraphe 2, de l’arrêté normatif n° 2/2010 dispose :
« Aux fins du paiement complémentaire visé au paragraphe 1, sous a) [aide par tête équivalente de vache laitière], l’équivalent de vaches laitières faisant l’objet d’un paiement est calculé en divisant le quota laitier détenu par l’agriculteur au 1er avril de l’année où il a introduit sa demande de soutien spécifique par le rendement laitier moyen par vache correspondant à 6 500 kg. »
27      S’agissant des « [c]onditions d’éligibilité au paiement complémentaire pour le lait de vache », l’article 24 de l’arrêté normatif n° 2/2010 précise :
« Le droit de solliciter le paiement complémentaire pour le lait de vache est ouvert aux agriculteurs qui détiennent un quota laitier au 1er avril de l’année au cours de laquelle ils se portent candidats pour le soutien et qui ont effectué des livraisons de lait de vache ou des ventes directes au cours du premier trimestre de la campagne débutant au cours de cette même année. »
28      Enfin, en ce qui concerne le système de contrôle de ce soutien spécifique, faisant usage de la faculté conférée par l’article 46, paragraphe 2, du règlement n° 1122/2009, la République portugaise a établi, à l’article 32 de l’arrêté normatif n° 2/2010, les dispositions suivantes :
« 1.      Les mesures de soutien spécifique prévues dans cette décision d’exécution sont soumises à des contrôles administratifs sur le site des exploitations agricoles.
2.      Les contrôles administratifs visés au paragraphe précédent ont pour but d’assurer, en particulier :
a)      le respect des conditions d’éligibilité ;
b)      que tous les documents requis ont été présentés ;
c)      qu’il n’existe pas de double financement à l’égard de la mesure en cause.
3.      Les contrôles réalisés sur le site des exploitations agricoles peuvent être remplacés par des contrôles des entités mentionnées dans la présente décision ou d’entités tierces qui y sont liées, afin d’en vérifier les conditions d’admissibilité.
4.      Les organisations de producteurs reconnues tiennent à la disposition des autorités nationales de contrôle les informations liées à tous les éléments figurant dans le contrat de transformation.
5.      Aux fins de la vérification des conditions d’admissibilité mentionnées à l’article 26, des documents prouvant la commercialisation du lait de brebis peuvent être demandés. »
Antécédents du litige et décision attaquée
29      Le 30 novembre 2011, les autorités portugaises ont transmis à la Commission le rapport visé à l’article 84, paragraphe 1, du règlement n° 1122/2009, accompagné, notamment, d’un cadre comprenant des informations relatives au soutien spécifique prévu à l’article 68 du règlement n° 73/2009.
30      Ainsi qu’il résulte de la « [c]ommunication “article 68” sur l’année civile précédente »/« [a]nnée de demandes 2010 »/« [a]rticle 68/72 (3°) du règlement n° 73/2009 », pour le soutien spécifique « aide par tête équivalente de vache laitière », l’organisme national payeur a fourni, à la suite des contrôles dans les exploitations, les données statistiques suivantes :
« A. Nombre total de demandes présentées : 154 672 kg
B. Nombre total de demandes admissibles/kilos éligibles : 154 672 kg
C. a) Contrôles administratifs : 154 672 kg
C. b) Contrôles sur place après sélection basée sur le risque : 0 kg
C. c) Contrôles sur place après sélection aléatoire      : 0 kg »
31      Le 28 mai 2013, la Commission a adressé aux autorités portugaises une communication au titre de l’article 11, paragraphe 1, du règlement (CE) n° 885/2006 de la Commission, du 21 juin 2006, portant modalités d’application du règlement n° 1290/2005 du Conseil en ce qui concerne l’agrément des organismes payeurs et autres entités ainsi que l’apurement des comptes du FEAGA et du Feader (JO 2006, L 171, p. 90). Dans cette communication, la Commission a indiqué que, après avoir examiné les statistiques de contrôle communiquées par lesdites autorités, elle estimait que ces contrôles n’avaient pas intégralement respecté les exigences de la réglementation de l’Union européenne, en sorte qu’il y avait lieu d’appliquer les mesures correctives définies en annexe. Dans l’annexe de la communication, la Commission a considéré que l’absence de contrôles sur place des agriculteurs souhaitant bénéficier de la mesure de soutien mise en œuvre par les autorités portugaises constituait une violation de l’article 46 et de l’article 30, paragraphe 2, sous b), du règlement n° 1122/2009.
32      Par lettre du 4 décembre 2013, les autorités portugaises ont fait valoir, en réponse aux griefs de la Commission, que l’efficacité des contrôles était fondée sur la vérification administrative de l’ensemble des demandes présentées, eu égard au type de critères d’éligibilité établi, en sorte qu’elles ont contesté l’application de l’article 30, paragraphe 2, sous b), du règlement n° 1122/2009. Les autorités portugaises ont souligné que le paiement complémentaire pour le lait de vache dans le cadre de l’« aide spécifique à des types d’agriculture vulnérables sur le plan économique dans le secteur des produits laitiers », instituée par l’arrêté normatif n° 2/2010, n’était pas accordé aux bénéficiaires « par animal, c’est-à-dire par tête effective ou par tête normale de bovin », mais par « tête équivalente de vaches laitières ». Par ailleurs, s’agissant d’une aide spécifique instituée en vertu de l’article 68 du règlement n° 73/2009, les contrôles sur place seraient plus précisément régis par les dispositions combinées de l’article 46, paragraphes 1 et 2, du règlement n° 1122/2009, par lesquelles la Commission aurait accordé aux États membres la faculté de prévoir de remplacer les contrôles dans l’exploitation par des contrôles administratifs ou des contrôles au niveau des services, organismes ou organisations.
33      Par lettre du 31 janvier 2014, la Commission a réitéré sa position selon laquelle l’absence de contrôles sur place n’était pas conforme à l’article 30, paragraphe 2, sous b), du règlement n° 1122/2009 et impliquait un risque pour le fonds en ce qui concerne les exercices financiers 2011 à 2013. La Commission a tenu à rappeler que l’article 30, paragraphe 2, sous b), du règlement n° 1122/2009 exigeait explicitement que les demandeurs d’une aide au titre du soutien spécifique se fondant sur le quota individuel de lait soient soumis à des contrôles sur place.
34      Par lettre du 19 mai 2014, les autorités portugaises ont précisé que, compte tenu, d’une part, de la réalisation de contrôles sur place dans le cadre du régime de gestion des quotas laitiers et, d’autre part, du type de critères d’éligibilité établi pour le paiement complémentaire pour le lait de vache, le contrôle administratif qui avait été effectué dans le cadre de cette aide était efficace, dans la mesure où tous les bénéficiaires ayant reçu un paiement, d’abord, avaient une capacité laitière effective pour l’année de leur candidature, ensuite, étaient détenteurs d’un quota laitier au 1er avril de l’année au cours de laquelle ils s’étaient portés candidats et, enfin, avaient effectué des livraisons de lait lors du premier trimestre de la campagne qui avait débuté au cours de l’année de la candidature ou des ventes directes.
35      Par lettre du 5 janvier 2015, la Commission a maintenu sa « position selon laquelle il existe une exigence réglementaire certaine que les bénéficiaires d’un “soutien spécifique sur la base du quota laitier individuel” doivent faire l’objet de contrôles sur place. L’absence de contrôles sur place n’est pas conforme aux dispositions réglementaires précitées et crée un risque pour le Fonds pour les exercices en cause, étant donné qu’il n’a pas été démontré que les quantités de lait livrées ont été effectivement produites par les intéressées (par exemple par la vérification sur place que les intéressées ont une capacité laitière suffisante pour justifier de telles quantités) ». Toutefois, estimant que ce risque était faible, étant donné la nature de la mesure de soutien en cause, la Commission a considéré qu’une correction financière de 10 % ne se justifiait pas, ni même une correction de 5 %, mais qu’une correction de 2 % se justifiait.
36      Le 13 février 2015, les autorités portugaises ont adressé au secrétariat de l’organe de conciliation la demande de conciliation prévue à l’article 16 du règlement n° 885/2006. Il était soutenu que, eu égard à la structure du régime de soutien spécifique en cause – à savoir « aide par tête équivalente de vache laitière » –, l’application des dispositions du titre III du règlement n° 1122/2009 ne s’était pas révélée appropriée, en sorte que l’État portugais avait prévu, à l’article 32 de l’arrêté normatif n° 2/2010, des contrôles qui assureraient une qualité de contrôle équivalente à celle établie audit titre. Les autorités portugaises ont ajouté que les exigences prévues à l’article 30, paragraphe 2, sous b), du règlement n° 1122/2009 pour les contrôles sur place étant inappropriées, elles n’étaient pas applicables aux mesures de soutien spécifique, en sorte que ces contrôles avaient été remplacés par des contrôles administratifs ou au niveau des services. Les autorités portugaises ont précisé que l’absence de contrôles sur place était justifiée en ce qui concerne le soutien spécifique « aide par tête équivalente de vache laitière », une telle absence ne constituant aucun risque pour le fonds.
37      Selon les autorités portugaises, les contrôles dans le domaine de l’exploitation agricole avaient été remplacés, conformément à l’article 46, paragraphe 2, du règlement n° 1122/2009, par des contrôles administratifs ou des contrôles au niveau des services, qui avaient permis de vérifier le respect des critères d’éligibilité prévus par l’article 29, paragraphe 2, du règlement n° 1122/2009 et par les articles 23 et 24 de l’arrêté normatif n° 2/2010 et d’assurer que l’efficacité de ces contrôles avait été à tout le moins identique à celle qui était susceptible d’être atteinte par les contrôles sur place.
38      Le 16 juin 2015, l’organe de conciliation a adressé au gouvernement portugais son rapport. L’organe de conciliation a constaté l’absence de conciliation. Il a considéré que les contrôles administratifs et sur place, dans le cadre du régime des quotas laitiers, semblaient donner des garanties suffisantes quant au bon fonctionnement du régime de soutien spécifique et il a indiqué que, puisque les paiements effectués en vertu dudit régime étaient fondés sur l’« équivalent de vaches laitières » – par le biais du quota laitier détenu par le bénéficiaire – et non sur le nombre de vaches laitières présentes dans l’exploitation, il ne voyait pas quelle était la pertinence des contrôles sur place des animaux.
39      C’est dans ces conditions que la Commission a adopté la décision d’exécution (UE) 2016/417, du 17 mars 2016, écartant du financement de l’Union certaines dépenses effectuées par les États membres au titre du Fonds européen agricole de garantie (FEAGA) et du Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader) (JO 2016, L 75, p. 16), dont celles effectuées par la République portugaise dans le cadre des « [a]utres aides directes – [a]rticles 68 à 72 du règlement n° 73/2009 » pour les exercices financiers 2011 à 2013 d’un montant total de 385 762,22 euros (ci-après la « décision attaquée »).
Procédure et conclusions des parties
40      Par requête déposée au greffe du Tribunal le 25 mai 2016, la République portugaise a introduit le présent recours.
41      La Commission a déposé au greffe du Tribunal un mémoire en défense le 15 juillet 2016. La République portugaise a déposé au greffe du Tribunal une réplique le 30 août 2016 et la Commission a déposé une duplique le 12 octobre 2016.
42      La République portugaise conclut à ce qu’il plaise au Tribunal :
–        annuler la décision attaquée en ce qu’elle lui applique une correction financière relative à des dépenses déclarées dans le cadre de la mesure de soutien spécifique au titre de l’article 68 du règlement n° 73/2009 pour les exercices financiers 2011 à 2013 pour 385 762,22 euros ;
–        condamner la Commission aux dépens.
43      La Commission conclut à ce qu’il plaise au Tribunal :
–        rejeter le recours ;
–        condamner la République portugaise aux dépens.
En droit
44      La République portugaise invoque deux moyens au soutien de son recours : le premier moyen est tiré de la violation de l’article 46, paragraphe 2, du règlement n° 1122/2009 et le second moyen est tiré de la violation de l’article 31, paragraphe 2, du règlement n° 1290/2005.
Sur le premier moyen, tiré de la violation de l’article 46, paragraphe 2, du règlement n° 1122/2009
45      Le gouvernement portugais indique avoir utilisé la faculté offerte par l’article 46, paragraphe 2, du règlement n° 1122/2009, selon laquelle dès lors que l’État membre garantit que l’efficacité des contrôles est au moins équivalente à celle des contrôles sur place, il est possible de remplacer ces derniers par des contrôles administratifs ou des contrôles au niveau des services, organismes ou organisations qui fournissent des preuves permettant de vérifier le respect des critères d’admissibilité. Selon les autorités portugaises, les contrôles sur place ont été remplacés par des contrôles administratifs ou des contrôles au niveau des services, au motif qu’ils étaient plus appropriés. Cette disposition permettrait donc de remplacer les contrôles dans les exploitations par des contrôles administratifs. Par ailleurs, les autorités portugaises ont précisé que, compte tenu, d’une part, de la réalisation de contrôles sur place dans le cadre du régime des quotas laitiers et, d’autre part, du type de critères d’éligibilité pour le paiement complémentaire pour le lait de vache, le contrôle administratif qui a été effectué dans le cadre de l’aide litigieuse était totalement efficace. Ainsi, selon la jurisprudence, il appartiendrait à la Commission de produire une preuve du doute sérieux et raisonnable qu’elle éprouverait à l’égard des contrôles effectués. Or, étant donné que les paiements au titre du régime de soutien direct en faveur des agriculteurs étaient fondés sur l’« équivalent de vaches laitières » – par le biais du quota laitier détenu par le bénéficiaire – et non sur le nombre de vaches laitières présentes dans l’exploitation, il ne serait pas pertinent de faire un contrôle sur place, en sorte que les contrôles administratifs permettraient une efficacité des contrôles au moins identique aux contrôles sur place.
46      À cet égard, d’une part, il convient de rappeler que, selon la jurisprudence de la Cour, l’article 9, paragraphe 1, du règlement n° 1290/2005 impose aux États membres l’obligation générale de prendre les mesures nécessaires pour s’assurer de la réalité et de la régularité des opérations financées par le FEOGA, de prévenir et de poursuivre les irrégularités et de récupérer les sommes perdues à la suite d’irrégularités ou de négligences, même si l’acte de l’Union spécifique ne prévoit pas expressément l’adoption de telle ou telle mesure de contrôle. D’autre part, il découle de cette disposition, considérée à la lumière de l’obligation de coopération loyale avec la Commission, instituée par l’article 4, paragraphe 3, TUE, que, pour ce qui est plus particulièrement de l’utilisation correcte des ressources de l’Union, les États membres sont tenus d’organiser un ensemble de contrôles administratifs et de contrôles sur place permettant d’assurer que les conditions matérielles et formelles à l’octroi des primes en cause soient correctement observées (voir, en ce sens, arrêts du 11 janvier 2001, Grèce/Commission, C‑247/98, EU:C:2001:4, point 81, et du 9 janvier 2003, Grèce/Commission, C‑157/00, EU:C:2003:5, point 11).
47      Par ailleurs, la Cour a souligné que, d’une part, le contrôle administratif et l’inspection sur place avaient été conçus par le législateur de l’Union comme deux moyens de vérification qui, tout en étant distincts, se complétaient réciproquement et, d’autre part, que le contrôle administratif, qui précède les inspections sur place, devait être effectué de manière à permettre aux autorités nationales de tirer toutes les conclusions possibles, certitudes ou doutes, quant au respect des conditions de l’octroi des aides et des primes (voir arrêt du 24 avril 2008, Belgique/Commission, C‑418/06 P, EU:C:2008:247, point 72 et jurisprudence citée).
48      Il importe de rappeler que l’article 20 du règlement n° 73/2009, qui a été adopté par le Conseil de l’Union européenne et qui est le règlement de base en matière de régimes de soutien direct en faveur des agriculteurs, prévoit, d’une part, en son paragraphe 1, que les États membres procèdent aux contrôles administratifs des demandes d’aide introduites par les agriculteurs, afin de vérifier le respect des conditions d’admissibilité au bénéfice de l’aide, et, d’autre part, en son paragraphe 2, que lesdits contrôles sont complétés par un système de vérifications sur place (arrêt du 10 avril 2014, Maatschap T. van Oosterom en A. van Oosterom-Boelhouwer, C‑485/12, EU:C:2014:250, points 39 et 42).
49      Il est donc clairement établi par le règlement n° 73/2009, qui est un règlement du Conseil et qui est spécifique au régime de soutien direct en faveur des agriculteurs, que les contrôles sont à la fois administratifs et sur place.
50      Le gouvernement portugais se fonde, toutefois, sur l’article 46, paragraphe 1, du règlement n° 1122/2009, qui dispose que, « s’il n’est pas opportun de procéder [en appliquant les dispositions du titre III du présent règlement] en raison de la structure du régime concerné, les États membres prévoient des contrôles garantissant un niveau de contrôle équivalent à celui établi par le présent titre ».
51      Cependant, cette disposition ne saurait être interprétée en ce sens qu’elle permettrait de substituer aux contrôles sur place des contrôles administratifs. En effet, l’article 46, paragraphe 1, sous a) et b), du règlement n° 1122/2009, lequel est le règlement d’application du règlement n° 73/2009, prévoit les modalités du contrôle. Or, l’article 46, paragraphe 1, sous b), du règlement n° 1122/2009 dispose, en particulier, que les États membres vérifient, notamment, « lors du contrôle sur place des opérations d’investissement devant bénéficier d’une aide au titre du soutien spécifique prévue à l’article 68 du règlement n° 73/2009, que l’investissement a été réalisé ». Ainsi, en prévoyant la mise en œuvre de contrôles sur place, cette disposition ne saurait être invoquée au soutien de la thèse selon laquelle les contrôles sur place pourraient être remplacés par des contrôles administratifs.
52      En revanche, il est exact, ainsi que le fait valoir le gouvernement portugais, que l’article 46, paragraphe 2, du règlement n° 1122/2009 précise que, « [p]our autant que l’État membre garantisse que l’efficacité des contrôles est au moins équivalente à celle des contrôles sur place, il est possible de remplacer les contrôles dans l’exploitation par des contrôles administratifs ou des contrôles au niveau des services, organismes ou organisations ».
53      À titre liminaire, il doit être d’ores et déjà relevé que les autorités portugaises ne prétendent pas véritablement que les contrôles qu’elles ont mis en œuvre garantissent une équivalence d’efficacité par rapport aux contrôles sur place, mais elles se fondent plutôt sur des considérations de nature pratique ayant guidé leur choix, en ce sens qu’il aurait été approprié d’effectuer ces mêmes contrôles dans le cadre des contrôles prévus au titre du règlement n° 595/2004, puisque les quotas laitiers dépendent des quantités de lait produites, c’est-à-dire du nombre de vaches présentes sur l’exploitation.
54      En effet, ainsi qu’il ressort des observations du gouvernement portugais, les contrôles sur place des bénéficiaires des aides au titre du règlement n° 73/2009 ont été effectués conformément aux conditions établies par la réglementation en matière de quotas laitiers, à savoir le règlement n° 595/2004, au motif que les bénéficiaires des aides au titre des quotas laitiers et au titre du régime de soutien direct étaient identiques, et non pas conformément aux conditions établies par le règlement n° 73/2009.
55      Le gouvernement portugais a ainsi considéré, dans sa lettre du 13 février 2015, que « l’application des dispositions du [t]itre III du règlement n° 1122/2009 ne s’[était] pas révélée appropriée », sans pour autant indiquer les raisons pour lesquelles les contrôles sur place n’étaient pas, en l’espèce, appropriés.
56      Par ailleurs, il convient de constater que, en tout état de cause, les contrôles administratifs mis en place par la République portugaise ne sauraient être considérés comme équivalents aux contrôles sur place dans les exploitations, dès lors que les contrôles effectués dans le cadre du régime des quotas laitiers au titre du règlement n° 595/2004 ne sauraient se substituer aux contrôles sur place prévus dans le cadre du règlement n° 73/2009.
57      En effet, en premier lieu, l’objectif des contrôles n’est pas identique. L’objectif des contrôles au titre du règlement n° 1122/2009 est, ainsi que l’a fait valoir à juste titre la Commission, de vérifier que l’exploitation agricole assujettie au contrôle sur place comporte effectivement le nombre d’animaux pour lesquels une demande de soutien spécifique a été introduite. Ainsi, le but ultime de cette réglementation est de soutenir certaines exploitations afin qu’elles maintiennent leur niveau de production.
58      À cet égard, alors que les contrôles prévus par l’arrêté normatif n° 2/2010 portent sur l’« aide par tête équivalente de vache laitière » – ainsi qu’il ressort, notamment, de l’article 23, paragraphe 1, dudit arrêté, cité au point 25 ci-dessus – et donc sur la quantité de lait effectivement produite ou livrée, le règlement n° 73/2009 ne se réfère nullement à cette notion, mais à celle de « paiements par tête » – ainsi qu’il ressort de l’article 68, paragraphe 4, sous b), dudit règlement, cité au point 7 ci-dessus. De même, l’article 30, paragraphe 2, sous b), second alinéa, du règlement n° 1122/2009 prévoit, en particulier, que « les contrôles sur place portent également sur au moins 5 % de l’ensemble des animaux faisant l’objet d’une demande ».
59      Ainsi, les contrôles prévus par le règlement n° 73/2009 devaient porter directement sur la présence des animaux eux-mêmes et non pas, ainsi que l’a fait valoir la République portugaise, de manière indirecte, par le biais du calcul de la production de lait.
60      Cette interprétation se trouve confortée par le considérant 36 du règlement n° 1122/2009, qui fait référence uniquement aux « paiements accordés pour des […] animaux ». Le contrôle des animaux présents sur l’exploitation au moyen de la notion d’« aide par tête équivalente de vache laitière », appliquée par la République portugaise, ne figure dans aucune disposition du règlement n° 73/2009 ou du règlement n° 1122/2009.
61      En revanche, l’objectif des contrôles sur place dans le cadre du régime des quotas laitiers prévu au règlement n° 595/2004 est de s’assurer que les producteurs ne produisent pas plus de lait que le quota qu’ils détiennent. Le contrôle consiste donc à vérifier, ainsi qu’il ressort précisément de l’article 21 du règlement n° 595/2004, le statut du producteur ainsi que la compatibilité entre les livraisons et la capacité de production. Dès lors, ainsi que l’a souligné à juste titre la Commission, il n’est pas nécessaire, dans le cadre de l’application du règlement n° 595/2004, de vérifier le nombre d’animaux de l’exploitation, les contrôles sur place ayant un caractère documentaire et comptable en ce qui concerne les livraisons de lait et les ventes directes.
62      La République portugaise a d’ailleurs confirmé, dans sa requête, que les contrôles sur place qu’elle avait mis en place dans le cadre du soutien instauré en vertu du règlement n° 1122/2009 étaient, en réalité, des contrôles obligatoires effectués dans le cadre du règlement n° 595/2004, en ce qu’ils portaient non pas sur le nombre d’animaux de l’exploitation, mais sur plusieurs autres données administratives et comptables.
63      En second lieu, l’intensité des contrôles est également, ainsi que l’a souligné à juste titre la Commission, différente.
64      En effet, ainsi qu’il ressort de l’article 30 du règlement n° 1122/2009, le nombre total des contrôles sur place effectués chaque année concerne au moins 5 % de l’ensemble des agriculteurs ayant présenté une demande d’aide au titre du régime de soutien spécifique et, pour chacun des régimes, les contrôles sur place portent également sur 5 % au moins de l’ensemble des animaux faisant l’objet d’une demande d’aide.
65      En revanche, conformément à l’article 22, paragraphe 1, sous a), du règlement n° 595/2004, la réalisation des contrôles sur place par les autorités nationales est limitée à 2 % des producteurs bénéficiant du régime des quotas laitiers.
66      Il résulte de ce qui précède que, en effectuant les contrôles selon les modalités prévues par le règlement n° 595/2004, la République portugaise ne saurait prétendre que ceux-ci répondaient aux exigences découlant des règlements nos 73/2009 et 1122/2009, en sorte qu’une substitution des contrôles sur place prévus par le règlement n° 1122/2009 par des contrôles administratifs conformément au règlement n° 595/2004 n’était pas appropriée et que les contrôles n’étaient pas équivalents.
67      Dans ces conditions, la preuve de l’équivalence des contrôles n’ayant pas été rapportée par la République portugaise, il n’y a pas lieu d’examiner la position soutenue par la Commission, aux points 52 à 56 de son mémoire en défense, selon laquelle elle considère, en se fondant sur les orientations figurant dans le document n° VI/5330/97, que, si la République portugaise avait voulu remplacer les contrôles sur place par un autre type de contrôles, tel que les contrôles mis en place en l’espèce, elle aurait dû, « conformément à la législation applicable », faire une demande expresse en ce sens auprès d’elle et obtenir une autorisation.
68      Il résulte de l’ensemble de ce qui précède que le premier moyen doit être rejeté.
Sur le second moyen, tiré de la violation de l’article 31, paragraphe 2, du règlement n° 1290/2005
69      Selon le gouvernement portugais, dans le cadre de la structure du régime d’aide en cause, à savoir l’« aide par tête équivalente de vache laitière », les contrôles sur place dans l’exploitation ne sauraient être considérés comme des contrôles clés ou même comme des contrôles secondaires au sens du document n° VI/5330/97. Il soutient en effet que la Commission ne saurait raisonnablement supposer ou présumer que les contrôles qu’il a effectués dans le cadre de la gestion de cette aide ont créé un risque quelconque pour le fonds. Ainsi, en appliquant une correction financière de 2 % sur le fondement du document n° VI/5330/97, alors que, au vu de la preuve documentaire dont il s’agit, les conditions d’application de cette correction n’étaient pas réunies, la Commission aurait méconnu les règles dudit document et, partant, l’article 31, paragraphe 2, du règlement n° 1290/2005.
70      Il convient de rappeler que, selon une jurisprudence constante, le FEOGA ne finance que les interventions effectuées conformément aux dispositions de l’Union dans le cadre de l’organisation commune des marchés agricoles. À cet égard, il appartient à la Commission de prouver l’existence d’une violation de ces dispositions. Par conséquent, la Commission est obligée de justifier sa décision constatant l’absence ou les défaillances des contrôles mis en œuvre par l’État membre concerné (voir arrêt du 9 janvier 2003, Grèce/Commission, C‑157/00, EU:C:2003:5, point 15 et jurisprudence citée).
71      En l’occurrence, force est de constater que, dans le cadre de ce moyen, le gouvernement portugais part de la prémisse qu’il pouvait remplacer les contrôles sur place par des contrôles administratifs et utiliser le résultat des contrôles sur place effectués dans le cadre du règlement n° 595/2004 pour se conformer à ses obligations découlant du règlement n° 1122/2009.
72      En effet, le gouvernement portugais fait valoir qu’« il ne s’est pas avéré adéquat d’effectuer des contrôles sur place dans l’exploitation, ce qui fait que, du fait de la faculté conférée par la Commission aux États membres, ces contrôles [pouvaient] être remplacés, en vertu de l’article 46, paragraphe 2, du règlement n° 1122/1999, par des contrôles assurant un niveau de contrôle équivalent à celui prévu dans le titre III [dudit] règlement ». Le gouvernement portugais ajoute avoir également effectué tous les contrôles prévus par l’arrêté normatif n° 2/2010.
73      Toutefois, il convient de rappeler que, au vu de l’ensemble des raisons mentionnées dans le cadre de l’examen du premier moyen, le gouvernement portugais n’a pas démontré que les contrôles administratifs qu’il avait effectués étaient équivalents aux contrôles sur place prévus par les règlements nos 73/2009 et 1122/2009.
74      Il s’ensuit qu’il appartenait à la Commission d’évaluer, conformément aux orientations figurant dans le document n° VI/5330/97, le risque de perte financière pour le fonds, dès lors que le niveau réel des dépenses irrégulières, et donc le montant des pertes financières subies par l’Union, ne pouvait être déterminé.
75      Dans cette perspective, la Commission devait donc déterminer la nature des irrégularités, en particulier si les irrégularités constatées portaient sur des contrôles clés ou sur des contrôles secondaires, au sens du document n° VI/5330/97.
76      À cet égard, en ce que le gouvernement portugais prétend que les contrôles sur place ne sauraient, dans le cas de l’aide en cause, être considérés comme des contrôles clés au sens du document n° VI/5330/97, ni même comme des contrôles secondaires au sens dudit document, il convient de rappeler que les contrôles clés sont les vérifications physiques et administratives requises pour contrôler les éléments quant au fond (arrêt du 4 octobre 2012, Grèce/Commission, T‑215/10, non publié, EU:T:2012:521, point 71).
77      En outre, d’une part, le Tribunal a déjà jugé que des irrégularités concernant la réalisation des contrôles sur place en dehors des délais impartis affectaient des contrôles clés, tels que définis dans le document n° VI/5330/97 (arrêt du 2 décembre 2014, Italie/Commission, T‑661/11, EU:T:2014:1016, point 108). Il en est donc nécessairement de même lorsque l’irrégularité consiste non pas seulement en ce que les délais pour effectuer les contrôles sur place ont été dépassés, mais en une absence totale de contrôles sur place conformément à la réglementation applicable.
78      D’autre part, au regard de la catégorie des contrôles affectée, la Commission était, conformément aux orientations figurant dans le document n° VI/5330/97, fondée à appliquer un taux de correction financière forfaitaire de 10 %, dans la mesure où la mise en œuvre d’un contrôle clé n’avait pas été respectée.
79      Toutefois, la Commission a pris en considération le fait que, nonobstant l’absence de contrôles sur place au titre du règlement n° 1122/2009, la République portugaise avait procédé à des contrôles administratifs des dossiers au titre du règlement n° 595/2004. De plus, même si les contrôles sur place effectués dans le cadre de ce dernier règlement ne sauraient être considérés comme étant de même nature que ceux qui doivent être pratiqués dans le cadre du règlement n° 1122/2009, il convient de constater que la Commission a pris en considération cet élément et a considéré que, compte tenu de la nature de l’irrégularité constatée, le risque inhérent de perte pour le fonds était faible, en sorte qu’elle a estimé la correction de 2 % justifiée.
80      En procédant ainsi, c’est sans commettre d’erreur que la Commission a appliqué une correction inférieure, à savoir une correction de 2 %, prenant en considération le risque plus faible de perte pour le fonds.
81      Il résulte de ce qui précède que le second moyen doit être rejeté ainsi que le recours dans son ensemble.
Sur les dépens
82      L’article 134, paragraphe 1, du règlement de procédure du Tribunal dispose que toute partie qui succombe est condamnée aux dépens, s’il est conclu en ce sens. La République portugaise ayant succombé, il y a lieu de la condamner aux dépens, conformément aux conclusions de la Commission en ce sens.
Par ces motifs,
LE TRIBUNAL (huitième chambre)
déclare et arrête :
1)      Le recours est rejeté.
2)      La République portugaise est condamnée aux dépens.
Collins
Barents
Passer
Ainsi prononcé en audience publique à Luxembourg, le 21 septembre 2017.
Signatures
*      Langue de procédure : le portugais.