DOCUMENT DE TRAVAIL
ARRÊT DU TRIBUNAL (cinquième chambre)
13 septembre 2018 (*)
« FEAGA – Dépenses exclues du financement – Dépenses effectuées par la République tchèque – Aides directes découplées – Contrôles par télédétection – Secteur vitivinicole – Conditionnalité – Répétition des cas de non-conformité »
Dans l’affaire T‑627/16,
République tchèque, représentée par MM. M. Smolek, J. Pavliš et J. Vláčil, en qualité d’agents,
partie requérante,
soutenue par
Royaume de Suède, représenté par M. F. Bergius, Mmes A. Falk, C. Meyer-Seitz et H. Shev, en qualité d’agents,
partie intervenante,
contre
Commission européenne, représentée par M. D. Triantafyllou, Mmes Z. Malůšková et K. Walkerová, en qualité d’agents,
partie défenderesse,
ayant pour objet une demande fondée sur l’article 263 TFUE et tendant à l’annulation de la décision d’exécution (UE) 2016/1059 de la Commission, du 20 juin 2016, écartant du financement de l’Union européenne certaines dépenses effectuées par les États membres au titre du Fonds européen agricole de garantie (FEAGA) et du Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader) (JO 2016, L 173, p. 59), en ce qu’elle écarte les paiements effectués par la République tchèque au titre du FEAGA pour un montant de 30 206 401,58 euros,
LE TRIBUNAL (cinquième chambre),
composé de MM. D. Gratsias (rapporteur), président, A. Dittrich et P. G. Xuereb, juges,
greffier : Mme N. Schall, administrateur,
vu la phase écrite de la procédure et à la suite de l’audience du 31 janvier 2018,
rend le présent
Arrêt
Antécédents du litige
1        Dans le cadre de trois missions ayant eu lieu du 8 au 12 septembre 2014, du 12 au 16 novembre 2012 et du 10 au 14 septembre 2012, la Commission européenne a enquêté sur la compatibilité des paiements effectués par les autorités tchèques au titre du Fonds européen agricole de garantie (FEAGA) avec les règles du droit de l’Union européenne relatives, respectivement, aux aides directes découplées, aux investissements dans le secteur vitivinicole et à la conditionnalité.
2        Après avoir mis en œuvre la procédure établie par le règlement (CE) no 1290/2005 du Conseil, du 21 juin 2005, relatif au financement de la politique agricole commune (JO 2005, L 209, p. 1), et par le règlement (UE) no 1306/2013 du Parlement européen et du Conseil, du 17 décembre 2013, relatif au financement, à la gestion et au suivi de la politique agricole commune et abrogeant les règlements (CEE) no 352/78, (CE) no 165/94, (CE) no 2799/98, (CE) no 814/2000, (CE) no 1290/2005 et no 485/2008 du Conseil (JO 2013, L 347, p. 549), la Commission a adopté, le 20 juin 2016, la décision d’exécution (UE) 2016/1059, écartant du financement de l’Union européenne certaines dépenses effectuées par les États membres au titre du FEAGA et du Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader) (JO 2016, L 173, p. 59, ci-après la « décision attaquée »).
3        En vertu de la décision attaquée, la Commission a écarté du financement de l’Union, en ce qui concerne la République tchèque, notamment :
–        462 517,83 euros au titre du régime d’aides directes découplées pour les exercices financiers 2013 à 2015 ;
–        636 516,20 euros au titre du régime d’aides à l’investissement dans le secteur vitivinicole pour les exercices financiers 2011 à 2014,
–        29 485 612,55 euros au titre des exigences liées à la conditionnalité pour les exercices financiers 2011 à 2014.
4        L’essentiel des motifs sous-tendant ces corrections est exposé dans un rapport de synthèse établi par la Commission et portant la date du 20 mai 2016 (ci-après le « rapport de synthèse »).
Procédure et conclusions des parties
5        Par requête déposée au greffe du Tribunal le 31 août 2016, la République tchèque a introduit le présent recours.
6        Par décision du président de la cinquième chambre du Tribunal, du 16 janvier 2017, le Royaume de Suède a été admis à intervenir dans la présente affaire au soutien des conclusions de la République tchèque.
7        La République tchèque conclut à ce qu’il plaise au Tribunal :
–        annuler la décision attaquée en ce qu’elle écarte du financement de l’Union un montant de 30 206 401,58 euros au titre de dépenses effectuées par elle ;
–        condamner la Commission aux dépens.
8        Le Royaume de Suède conclut à ce qu’il plaise au Tribunal d’annuler la décision attaquée dans la mesure où elle écarte du financement de l’Union certains montants au titre du régime d’aides découplées.
9        La Commission conclut à ce qu’il plaise au Tribunal :
–        rejeter le recours ;
–        condamner la République tchèque aux dépens.
Sur le recours
Sur la correction concernant le régime d’aides directes découplées
10      Il ressort du chapitre 12.2.1 du rapport de synthèse que la Commission a imposé une correction ponctuelle d’un montant de 462 517,83 euros, au total, au titre des exercices financiers 2013 à 2015. Cette correction repose sur trois motifs, à savoir, premièrement, une mise à jour déficitaire du système d’identification des parcelles agricoles, deuxièmement, des carences relatives à l’analyse des risques sous-tendant les contrôles sur place des parcelles agricoles et, troisièmement, des carences affectant les taux minimaux de contrôle des parcelles agricoles.
11      Dans le cadre d’un moyen pris de la violation de l’article 52, paragraphe 1, du règlement no 1306/2013, la République tchèque conteste le bien-fondé de la décision attaquée uniquement en ce qui concerne le deuxième motif, relatif à l’analyse des risques, et le troisième motif, relatif aux taux minimaux de contrôles sur place. Selon la République tchèque, la correction imposée pour les deux motifs en question s’élève à un montant de 84 272,83 euros, dont 69 054,23 euros au titre du deuxième motif et 15 218,60 euros au titre du troisième motif.
Sur l’analyse des risques et les contrôles par télédétection
12      S’agissant de l’analyse des risques, la Commission expose, au point 12.2.1.2(1) du rapport de synthèse que les contrôles par télédétection doivent, en principe, produire un taux d’irrégularités similaire à celui produit par les contrôles sur place classiques. Or, en 2012 et en 2013, les taux d’irrégularités produits par les contrôles sur place classiques effectués suivant une analyse des risques étaient trois à quatre fois supérieurs à ceux produits par les contrôles par télédétection. Compte tenu du fait qu’environ 50 % des contrôles sont effectués par télédétection, la Commission a conclu que l’approche inappropriée mise en œuvre par les autorités tchèques aux fins des contrôles par télédétection a affecté leur efficacité. Il en résulterait une violation des articles 26 et 31 du règlement (CE) no 1122/2009 de la Commission, du 30 novembre 2009, fixant les modalités d’application du règlement (CE) no 73/2009 du Conseil en ce qui concerne la conditionnalité, la modulation et le système intégré de gestion et de contrôle dans le cadre des régimes de soutien direct en faveur des agriculteurs prévus par ce règlement ainsi que les modalités d’application du règlement (CE) no 1234/2007 du Conseil en ce qui concerne la conditionnalité dans le cadre du régime d’aide prévu pour le secteur vitivinicole (JO 2009, L 316, p. 65).
13      La République tchèque fait valoir que l’autorité compétente a organisé tant des contrôles sur place classiques que des contrôles par télédétection en appliquant des facteurs de risque valables et actualisés chaque année et en respectant les exigences relatives à l’échantillonnage établies par le règlement no 1122/2009. La présente affaire concernerait exclusivement les années de demande 2012 et 2013. La Commission n’aurait pas mis en doute la pertinence des facteurs en question. Soutenue par le Royaume de Suède, la République tchèque explique que la comparaison des taux d’irrégularités produits à la suite des contrôles sur place classiques, d’une part, et des contrôles par télédétection, d’autre part, ne permettrait pas de fonder un manque d’efficacité. En effet, premièrement, ces deux types de contrôle ne seraient pas réalisés simultanément chez les mêmes agriculteurs et concerneraient donc des profils de risque différents. Deuxièmement, la sélection des zones à contrôler par télédétection se ferait avant le dépôt des demandes d’aide de l’exercice en cours, de sorte que, contrairement à ce qui est le cas s’agissant des contrôles sur place classiques, l’analyse des risques reposerait sur des considérations géographiques et sur des données relatives aux demandes d’aide des années précédentes. Troisièmement, pendant la période concernée, la Commission aurait fourni un nombre limité de photographies servant de base de télédétection. Quatrièmement, le règlement no 1122/2009 ne requerrait ni un échantillonnage particulier compte tenu du niveau de risque, ni que les différents types de contrôle donnent lieu au même résultat. À cet égard, la République tchèque fait valoir que les contrôles par télédétection visent généralement les agriculteurs à profil de risque plus bas, de sorte qu’un écart statistique tel que celui mis en exergue par la Commission est très probable. Le Royaume de Suède souligne que les écarts observés en l’espèce sont marginaux et concernent des taux d’irrégularités inférieurs au seuil de 2 %, qui est considéré comme le taux d’irrégularités acceptable dans ce domaine.
14      La Commission, pour sa part, fait valoir qu’un taux d’irrégularités issu de la partie de l’échantillon constituée de manière aléatoire qui serait similaire ou supérieur au taux d’irrégularités issu de la partie de l’échantillon sélectionnée sur la base d’une analyse des risques implique que cette dernière n’a pas été conçue correctement. En outre, les exigences concernant l’analyse des risques sont identiques indépendamment de la question de savoir s’il s’agit de contrôles sur place classiques ou par télédétection. Compte tenu du fait que les contrôles par télédétection donnent en général des taux d’irrégularités plus bas que les contrôles sur place classiques, il serait fondamental que l’analyse des risques soit efficace, de sorte que les contrôles sur place classiques et les contrôles par télédétection donnent des résultats similaires. Cette obligation de résultat serait d’autant plus importante qu’au moins la moitié des contrôles sur place sont effectués par télédétection Or, entre 2011 et 2013, les contrôles organisés par les autorités tchèques auraient donné des taux d’irrégularités révélant des lacunes relatives soit à l’analyse des risques, soit à la télédétection.
15      Le titre III du règlement no 1122/2009, qui comprend les articles 26 à 54 de ce règlement, est consacré aux contrôles. Selon l’article 26, paragraphe 1, dudit règlement, relevant du chapitre I dudit titre, intitulé « Règles communes », « les contrôles administratifs et les contrôles sur place prévus par le présent règlement sont effectués de façon à assurer une vérification efficace du respect des conditions d’octroi des aides ainsi que des exigences et des normes applicables en matière de conditionnalité ». Le chapitre II dudit titre est consacré aux contrôles relatifs aux critères d’admissibilité des demandes d’aide. La section II de ce chapitre est consacrée aux contrôles sur place.
16      À cet égard, l’article 30 du règlement no 1122/2009, qui concerne en particulier les contrôles sur place relatifs aux critères d’admissibilité, prévoit notamment que le nombre total de contrôles sur place effectués chaque année concerne au moins 5 % de l’ensemble des agriculteurs présentant respectivement une demande au titre du régime de paiement unique, du régime de paiement unique à la surface ou des paiements « surfaces » dans le cadre du soutien spécifique. Quant à la sélection des échantillons de contrôle, l’article 31, paragraphe 1, du règlement no 1122/2009 prévoit que ceux-ci sont sélectionnés par l’autorité compétente sur la base d’une analyse des risques ainsi que de la représentativité des demandes d’aide introduites. Pour assurer, en particulier, la représentativité de l’échantillon, les États membres sélectionnent au hasard entre 20 et 25 % du nombre minimal d’agriculteurs, à savoir 5 % de l’ensemble des agriculteurs, devant être soumis à un contrôle sur place, conformément à l’article 30 du même règlement.
17      En outre, s’agissant des régimes d’aides « surfaces », l’article 33, second alinéa, du règlement no 1122/2009 prévoit que les États membres peuvent utiliser la télédétection conformément à l’article 35 de celui-ci et les techniques des systèmes globaux de navigation par satellite lorsque c’est possible. Cette dernière disposition prévoit que tout État membre qui opte pour la possibilité de réaliser des contrôles sur place par télédétection procède à la photo-interprétation d’images satellites ou de photographies aériennes de toutes les parcelles agricoles à contrôler sélectionnées pour chaque demande, en vue de reconnaître les couvertures végétales et de mesurer les superficies. Lorsque la photo-interprétation ne permet pas de conclure, à la satisfaction de l’autorité compétente, que la déclaration est exacte, l’État membre procède à des inspections physiques sur le terrain.
18      En l’espèce, il ressort du point 12.2.1.2(1) du rapport de synthèse que la Commission reproche à la République tchèque des écarts, selon elle inacceptables, entre les taux d’irrégularités révélés à la suite des contrôles sur place classiques sur le fondement d’une analyse des risques, d’une part, et ceux révélés à la suite des contrôles par télédétection, d’autre part (voir point 12 ci-dessus). En particulier, il ressort de la lettre de la Commission en date du 29 octobre 2014, adressée aux autorités tchèques, que, en 2012, les contrôles par télédétection ont révélé un taux d’irrégularités de 0,29 %, alors que les contrôles sur place classiques ont révélé un taux d’irrégularités de 0,87 %. De même pour l’année 2013, lorsque les contrôles par télédétection ont révélé un taux d’irrégularités de 0,28 %, les contrôles sur place classiques ont révélé un taux d’irrégularités de 1,13 %.
19      En outre, la Commission estime que le fait, pour la partie de l’échantillon choisie de manière aléatoire, d’avoir révélé un taux d’irrégularités de 0,44 % à la suite des contrôles par télédétection, alors que, pour la partie de l’échantillon choisie sur le fondement d’une analyse des risques, un taux d’irrégularités de 0,29 % a été révélé fait preuve d’insuffisances dans l’analyse des risques.
20      À cet égard, il convient de rappeler que, lorsque la Commission refuse de mettre à la charge du FEAGA certaines dépenses pour cause de violations des dispositions du droit de l’Union imputables à un État membre, elle doit prouver l’existence de ces violations. La Commission est tenue non de démontrer de façon exhaustive l’insuffisance des contrôles effectués par les autorités nationales ou l’irrégularité des données transmises, mais de présenter un élément de preuve du doute sérieux et raisonnable qu’elle éprouve à l’égard de ces contrôles ou de ces données (voir arrêt du 3 avril 2017, Allemagne/Commission, T‑28/16, EU:T:2017:242, points 31 et 32 et jurisprudence citée).
21      Il appartient ensuite à l’État membre de démontrer que les conditions sont réunies pour obtenir le financement refusé par la Commission. En d’autres termes, l’État membre concerné ne saurait infirmer les constatations de la Commission sans étayer ses propres allégations par des éléments établissant l’existence d’un système fiable et opérationnel de contrôle. Dès lors qu’il ne parvient pas à démontrer que les constatations de la Commission sont inexactes, celles-ci constituent des éléments susceptibles de faire naître des doutes sérieux quant à la mise en place d’un ensemble adéquat et efficace de mesures de surveillance et de contrôle (voir arrêt du 3 avril 2017, Allemagne/Commission, T‑28/16, EU:T:2017:242, point 33 et jurisprudence citée).
22      Comme l’expose la Commission au point 12.2.1.2(1) du rapport de synthèse, les contrôles sur place par télédétection et les contrôles sur place classiques doivent donner lieu à des taux d’irrégularités « en principe similaires ». En effet, s’agissant de deux variantes des contrôles sur place effectués sur des échantillons représentatifs couvrant le territoire du pays concerné, il est raisonnable de s’attendre à ce que les taux d’irrégularités en résultant au niveau national ne présentent pas des écarts tels que ceux mentionnés au point 18 ci-dessus, lesquels consistent en des taux d’irrégularités de trois à quatre fois plus importants constatés dans le cadre des contrôles sur place classiques, comparés à ceux constatés dans le cadre des contrôles par télédétection.
23      Ainsi, lorsque de tels écarts sont constatés, il incombe à l’État membre concerné de fournir des éléments détaillés justifiant les écarts en question par référence à des facteurs tels que le profil de risque des « populations » contrôlées par chaque type de contrôle sur place, les limites imposées par la technologie et celles résultant des contraintes objectives quant au moment auquel doit être fait le choix des régions et des parcelles faisant l’objet des contrôles par télédétection, compte tenu des périodes de dépôt des demandes d’aide. Ces éléments doivent, à la fois, ne pas être attribuables à des défaillances du système des contrôles, et être suffisamment spécifiques pour permettre une appréciation de leur influence sur les résultats obtenus.
24      Or, en l’espèce, s’il est vrai que la République tchèque fait valoir des arguments tels que ceux exposés au point 23 ci-dessus, elle n’avance pas d’éléments spécifiques susceptibles de démontrer que les écarts observés sont attribuables aux facteurs mentionnés au point 23 plutôt qu’à des défaillances quant aux choix effectués par les autorités nationales s’agissant de la mise en place des contrôles par télédétection.
25      Il s’ensuit que l’argumentation de la République tchèque concernant le motif relatif à l’analyse des risques doit être écartée.
Sur les taux minimaux des contrôles sur place
26      S’agissant du troisième motif de la correction concernant le régime d’aides directes découplées, à savoir des carences affectant les taux minimaux des contrôles sur place relatifs aux critères d’admissibilité des demandes concernant les régimes d’aides « surfaces », la Commission expose, au point 12.2.1.2(2) du rapport de synthèse, que la constatation d’irrégularités dans l’échantillon de contrôle, qui inclut au minimum 50 % des parcelles agricoles pour lesquelles une demande d’aide a été présentée, rend obligatoire le contrôle de l’ensemble des parcelles concernées par cette demande si les irrégularités en question prennent la forme d’une surdéclaration de surfaces dépassant les 3 %. En cas de constatation d’irrégularités ne dépassant pas ce seuil, l’efficacité des contrôles requerrait un élargissement de l’échantillon jusqu’à ce qu’aucune irrégularité ne soit constatée. Les autorités tchèques n’ayant pas procédé de la sorte, la Commission estime qu’elles ont enfreint l’article 33 du règlement no 1122/2009.
27      La République tchèque fait valoir que le contrôle est élargi à l’ensemble des parcelles faisant l’objet d’une demande d’aide lorsque l’audit portant sur un échantillon de 55 % de celles-ci révèle des surdéclarations de surface au-delà d’un seuil de 3 %. En outre, dans 85 % des cas, cet élargissement du contrôle se fait aussi lorsque les surdéclarations se situent en deçà dudit seuil, même si une telle action n’est pas obligatoire. Cette méthode serait plus apte à sauvegarder l’objectif de l’article 33 du règlement no 1122/2009 que ne l’est celle proposée par la Commission.
28      Il ressort de l’article 33, premier alinéa, du règlement no 1122/2009 que les contrôles sur place portent sur l’ensemble des parcelles agricoles faisant l’objet d’une demande d’aide au titre des régimes d’aides visés à l’annexe I du règlement (CE) no 73/2009 du Conseil, du 19 janvier 2009, établissant des règles communes pour les régimes de soutien direct en faveur des agriculteurs dans le cadre de la politique agricole commune et établissant certains régimes de soutien en faveur des agriculteurs, modifiant les règlements (CE) no 1290/2005, (CE) no 247/2006 et (CE) no 378/2007, et abrogeant le règlement (CE) no 1782/2003 (JO 2009, L 30, p. 16). Cependant, selon la même disposition, la détermination effective des superficies dans le cadre d’un contrôle sur place peut être limitée à un échantillon représentant au moins 50 % des parcelles agricoles pour lesquelles une demande a été présentée dans le cadre des régimes d’aide établis aux titres III, IV et V du règlement no 73/2009, à condition que l’échantillon garantisse un niveau fiable et représentatif de contrôle, à la fois en ce qui concerne la superficie vérifiée et l’aide demandée. Lorsque ce contrôle de l’échantillon révèle des anomalies, l’échantillon de parcelles agricoles effectivement inspectées est élargi.
29      C’est sur cette dernière exigence que porte le litige. En particulier, la République tchèque estime être en droit d’établir un seuil de surdéclaration constatée, en l’occurrence 3 %, à partir duquel les autorités compétentes réagissent en élargissant au-delà de l’échantillon de 50 % le nombre des parcelles contrôlées faisant l’objet d’une demande d’aide. En revanche, la Commission estime que la constatation d’irrégularités appelle, quelle que soit leur ampleur, soit un élargissement de l’échantillon de contrôle, soit une extrapolation des résultats issus de l’échantillon à l’ensemble des parcelles concernées par la demande d’aide.
30      À cet égard, il ressort de l’article 33 du règlement no 1122/2009 que, lorsque les autorités nationales ont recours à la faculté de procéder à un échantillonnage, elles ont également l’obligation d’élargir l’échantillon en cas de constatation d’irrégularités. En outre, cette disposition ne fixe pas de seuil au-delà duquel cet élargissement doit avoir lieu et ne précise pas non plus l’ampleur dudit élargissement.
31      En l’espèce, afin de trancher le différend entre la Commission et la République tchèque, il y a lieu de tenir compte des éléments qui suivent.
32      Premièrement, le recours à la constitution d’un échantillon représentatif garantissant un contrôle fiable constitue une exception à la règle établie par l’article 33 du règlement no 1122/2009, selon laquelle l’ensemble des parcelles faisant l’objet d’une demande d’aide sélectionnée pour un contrôle sur place doit être contrôlé.
33      Deuxièmement, il ressort de l’article 57, paragraphe 3, du règlement no 1122/2009, que si la différence entre la superficie totale déterminée et la superficie totale déclarée pour le paiement est inférieure ou égale à 0,1 hectare, la superficie déterminée est considérée comme étant égale à la superficie déclarée, sauf si cette différence représente plus de 20 % de la superficie totale déclarée pour les paiements.
34      Troisièmement, il ressort de l’article 58 du règlement no 1122/2009 que, s’agissant d’un groupe de cultures, si la superficie déclarée au titre de l’un ou l’autre régime d’aide « surfaces » est supérieure à la superficie déterminée conformément à l’article 57 du même règlement, le montant de l’aide est calculé sur la base de la superficie déterminée, réduite du double de la différence constatée, si celle-ci dépasse 3 % ou deux hectares, mais n’excède pas 20 % de la superficie déterminée.
35      Compte tenu de ces éléments, il y a lieu de constater que les règles applicables, en ce qu’elles sont pertinentes pour le présent litige, distinguent les cas de surdéclaration selon que celle-ci :
–        est inférieure ou égale à 0,1 hectare sans que cette surdéclaration représente plus de 20 % de la superficie totale déclarée pour les paiements ;
–        se situe entre 0,1 et 2 hectares ou 3 % de la superficie déterminée ;
–        se situe entre 3 % ou 2 hectares et 20 % de la superficie déterminée.
36      Il ressort de l’article 57, paragraphe 3, du règlement no 1122/2009 que la première hypothèse n’appelle pas de réduction du montant de l’aide versée par l’État membre à l’agriculteur. En revanche, selon cette même disposition, lue conjointement avec l’article 58 du même règlement, la réalisation de la deuxième hypothèse entraîne une réduction du montant de l’aide au niveau correspondant à la superficie déterminée. La réalisation de la troisième hypothèse entraîne, quant à elle, une réduction de l’aide à concurrence du double de la différence constatée entre la superficie déclarée et la superficie déterminée.
37      Dans ce contexte, force est de constater que les contrôles auxquels se réfère l’article 33 du règlement no 1122/2009 ne visent pas à déceler seulement les cas qui appellent l’imposition de sanctions conformément à l’article 58 du même règlement, mais aussi les cas dans lesquels l’aide doit être calculée sur la base de la superficie déterminée à la suite du contrôle et non sur la base de la superficie déclarée, à savoir l’hypothèse évoquée au point 35, deuxième tiret, ci-dessus (voir, en ce sens, arrêt du 28 janvier 2016, Slovénie/Commission, T‑667/14, EU:T:2016:34, points 39 et 40).
38      Par conséquent, lorsque le contrôle portant sur un échantillon de parcelles couvertes par une demande d’aide unique révèle des surdéclarations représentant entre 0,1 et 2 hectares ou 3 % de la superficie déterminée, il incombe à l’autorité nationale compétente d’élargir l’échantillon de contrôle, conformément à l’article 33 du règlement no 1122/2009, jusqu’à ce qu’aucune surdéclaration de cet ordre ne soit plus constatée.
39      En l’espèce, la République tchèque expose que, en cas de surdéclaration dépassant 3 % de la superficie déterminée, l’autorité compétente a automatiquement contrôlé l’ensemble des parcelles couvertes par la demande d’aide, ce que la Commission ne conteste pas. S’agissant des cas dans lesquels les irrégularités constatées se sont situées en deçà de 3 % de la superficie déterminée, la République tchèque fait valoir que, entre 2012 et 2014, les autorités compétentes ont identifié 1 691 demandeurs d’aide relevant de cette catégorie. Pour 1 205 d’entre eux, les autorités compétentes auraient élargi les contrôles à l’ensemble des parcelles couvertes par les demandes d’aide respectives et, pour 225 autres, les contrôles auraient été élargis, mais sans atteindre 100 % des parcelles. Pour seulement 261 agriculteurs, les contrôles n’auraient pas été élargis. La République tchèque souligne que ces choix ont été fondés sur une analyse des irrégularités constatées.
40      Toutefois, ainsi qu’il ressort des points 37 et 38 ci-dessus, l’élargissement de l’échantillon de contrôle est obligatoire non seulement en cas de constatation de surdéclarations suggérant une possibilité non négligeable de dépasser le seuil de 3 % ou de 2 hectares de la superficie déclarée, mais aussi en cas de surdéclarations suggérant une possibilité non négligeable de dépasser 0,1 hectare. Or, la République tchèque n’indique pas si les surdéclarations constatées dans les 261 cas pour lesquels les contrôles n’ont pas été élargis relèvent de la première ou de la deuxième des catégories décrites au point  35 ci-dessus. En particulier, cet État membre indique que les cas en question relèvent du groupe d’agriculteurs ayant soumis des demandes entachées de surdéclarations ne dépassant pas le seuil de 3 %, ce qui n’exclut pas la possibilité qu’une réduction de l’aide au niveau correspondant à la superficie déterminée, non assortie d’une sanction, soit nécessaire, comme cela est exposé au point 36 ci-dessus.
41      Eu égard à tout ce qui précède, il y a lieu de constater que la correction d’un montant de 15 218,60 euros, au total, résultant d’une extrapolation des irrégularités constatées sur le fondement de l’échantillon aux parcelles n’ayant pas fait l’objet d’un contrôle, est justifiée.
42      Il y a donc lieu de rejeter le moyen tiré de la violation de l’article 52, paragraphe 1, du règlement no 1306/2013 en ce qu’il concerne les taux minimaux des contrôles sur place et, partant, en ce qu’il concerne la correction concernant le régime d’aides directes découplées dans son ensemble.
Sur la correction concernant le régime d’aides à l’investissement dans le secteur vitivinicole
43      Il ressort du chapitre 7.1.3 du rapport de synthèse que la Commission a imposé une correction forfaitaire de 10 % des dépenses effectuées dans le secteur vitivinicole, à savoir une correction de 636 516,20 euros, au titre des exercices financiers 2011 à 2014. Cette correction repose sur deux motifs, à savoir, premièrement, des paiements concernant des investissements finalisés avant que la demande de subvention n’ait été approuvée et, deuxièmement, des contrôles sur place insuffisants en ce qui concerne les investissements financés dans le secteur vitivinicole.
Sur les paiements rétroactifs
44      En particulier, au point 7.1.1.1 du rapport de synthèse, la Commission fournit un exemple d’investissement finalisé le 29 septembre 2009, avant même que le programme d’aide national dans le secteur vitivinicole n’ait été mis en place, alors que la demande d’aide a été déposée le 30 août 2010 et que l’aide a été déboursée le 5 septembre 2011. Or, ce type de financement rétroactif serait exclu en vertu du règlement (CE, Euratom) no 1605/2002 du Conseil, du 25 juin 2002, portant règlement financier applicable au budget général des Communautés européennes (JO 2002, L 248, p. 1).
45      Dans le cadre d’un moyen pris de la violation de l’article 52, paragraphe 1, du règlement no 1306/2013, la République tchèque fait valoir que, dans le secteur vitivinicole, la Commission a approuvé le programme d’aide national conformément à la partie II, titre I, chapitre IV, section IV ter, du règlement (CE) no 1234/2007 du Conseil, du 22 octobre 2007, portant organisation commune des marchés dans le secteur agricole et dispositions spécifiques en ce qui concerne certains produits de ce secteur (règlement OCM unique) (JO 2007, L 299, p. 1). En effet, à l’expiration du délai dont disposait la Commission pour formuler des éventuelles observations sur le programme d’aide national, tout investissement en presses à raisin, filtres à vin et récipients de fermentation spéciaux ouvrirait le droit à une aide selon le programme d’aide national, ce qui serait connu des opérateurs concernés. Dans ces conditions, l’interdiction de subventionner des actions déjà engagées prévue à l’article 112 du règlement no 1605/2002 et à l’article 130 du règlement (UE, Euratom ) no 966/2012 du Parlement européen et du Conseil, du 25 octobre 2012, relatif aux règles financières applicables au budget général de l’Union et abrogeant le règlement no 1605/2002 (JO 2012, L 298, p. 1), serait, en l’espèce, sans objet. De surcroît, en tant qu’instruments de gestion partagée, les aides versées au titre du FEAGA ne relèveraient pas des subventions régies par les dispositions précitées. Enfin, la réalisation immédiate d’un investissement pourrait se révéler fondamentale pour l’exploitation de la récolte. La République tchèque précise qu’elle ne conteste pas huit cas d’investissements finalisés avant même que ne soit connu le contenu du programme d’aide national.
46      À cet égard, selon l’article 103 duodecies du règlement no 1234/2007, chaque État membre producteur visé à l’annexe X ter du même règlement soumet à la Commission un projet de programme d’aide sur cinq ans dans le secteur vitivinicole. Les programmes d’aide deviennent applicables trois mois après la date de leur soumission à la Commission. Si, toutefois, le programme d’aide soumis ne répond pas aux conditions établies à la partie II, titre I, chapitre IV, section IV ter, du règlement no 1234/2007, la Commission en informe l’État membre concerné. Dans ce cas, l’État membre soumet à la Commission une version révisée de son programme d’aide, qui devient alors applicable deux mois après la date de sa notification.
47      Comme cela a été rappelé au point 44 ci-dessus, il ressort du point 7.1.1.1 du rapport de synthèse que la Commission a reproché à la République tchèque d’avoir financé un projet d’investissement dans le secteur vitivinicole au titre des programmes d’aide prévus par la partie II, titre I, chapitre IV, section IV ter, du règlement no 1234/2007, alors que cet investissement avait été entièrement achevé avant même que le programme d’aide national n’ait été mis en place conformément à l’article 103 duodecies du règlement no 1234/2007.
48      La République tchèque, pour sa part, réitère la position qu’elle a exprimée lors des contacts bilatéraux avec la Commission, selon laquelle elle ne conteste pas que le fait d’avoir accepté au bénéfice de l’aide des investissements réalisés avant même que le programme d’aide national n’ait été mis en place conformément à l’article 103 duodecies du règlement no 1234/2007 constitue une violation des règles se rapportant à cette aide. Toutefois, elle fait valoir que ce phénomène n’a concerné que huit cas. Or, force est de constater, à l’instar de la Commission, que la République tchèque ne se réfère pas à des circonstances spécifiques ou à des éléments de preuve qui seraient aptes à démontrer la véracité de ses dires quant à l’envergure de l’irrégularité.
49      S’agissant de l’argument concernant les aides versées au profit d’investissements réalisés après la mise en place du programme d’aide national, mais avant l’approbation de la demande d’aide individuelle, selon lequel la Commission a commis une erreur de droit en estimant que ces investissements ne sauraient bénéficier d’une aide, il apparaît inopérant.
50      En effet, en ce qui concerne les paiements rétroactifs, la correction litigieuse repose exclusivement sur le phénomène lié aux investissements ayant reçu une aide en dépit du fait qu’ils avaient été matérialisés avant que le programme d’aide national n’ait été mis en place. À cet égard, la Commission a observé, au point 7.1.1.1 du rapport de synthèse, que les autorités tchèques n’ont pas fourni d’éléments démontrant que les constatations de la Commission ont concerné uniquement huit cas. Aucune constatation ne figure dans le rapport de synthèse concernant des investissements réalisés après la mise en place du programme d’aide national, mais avant l’approbation de la demande d’aide individuelle.
51      Par conséquent, l’argumentation de la République tchèque relative aux paiements rétroactifs doit être écartée.
Sur les contrôles sur place
52      La Commission expose, au point 7.1.1.2 du rapport de synthèse, que l’article 19 du règlement (CE) no 555/2008 de la Commission, du 27 juin 2008, fixant les modalités d’application du règlement (CE) n
o 479/2008 du Conseil portant organisation commune du marché vitivinicole, en ce qui concerne les programmes d’aide, les échanges avec les pays tiers, le potentiel de production et les contrôles dans le secteur vitivinicole (JO 2008, L 170, p. 1), impose de contrôler sur place l’ensemble des investissements ayant bénéficié d’une aide. Or, les autorités tchèques n’auraient contrôlé qu’un échantillon proche de 5 % de ceux-ci.
53      Dans le cadre d’un moyen pris de la violation de l’article 52, paragraphe 1, du règlement no 1306/2013, la République tchèque fait valoir qu’elle s’est pleinement conformée aux obligations découlant de l’article 77, paragraphe 5, du règlement n
o 555/2008 et de l’article 25, paragraphes 1 et 2, du règlement (UE) n
o 65/2011 de la Commission, du 27 janvier 2011, portant modalités d’application du règlement (CE) n
o 1698/2005 du Conseil en ce qui concerne l’application de procédures de contrôle et de conditionnalité pour les mesures de soutien au développement rural (JO 2011, L 25, p. 8). Ces dispositions seraient applicables en matière d’aide aux investissements dans le secteur vitivinicole, ce qui serait démontré par le renvoi à l’article 15 du règlement (CE) n
o 479/2008 du Conseil, du 29 avril 2008, portant organisation commune du marché vitivinicole, modifiant les règlements (CE) n
o 1493/1999, (CE) n
o 1782/2003, (CE) n
o 1290/2005 et (CE) n
o 3/2008, et abrogeant les règlements (CEE) n
o 2392/86 et (CE) n
o 1493/1999 (JO 2008, L 148, p. 1). En outre, ni l’article 19 ni l’article 77, paragraphe 3, du règlement n
o 555/2008 ne sauraient être interprétés comme primant sur l’article 77, paragraphe 5, de celui-ci, sauf à vider cette dernière disposition de sa substance.
54      Il convient de rappeler que, selon l’article 19, premier alinéa, du règlement no 555/2008, tel que modifié par l’article 1er, sous 3, du règlement (CE) no 702/2009 de la Commission, du 3 août 2009, modifiant et corrigeant le règlement n
o 555/2008 fixant les modalités d’application du règlement [no 479/2008] (JO 2009, L 202, p. 5), « [l’]aide est versée une fois qu’il a été établi qu’une action individuelle ou la totalité des actions couvertes par la demande de soutien, selon le mode de gestion de la mesure choisi par l’État membre, ont été mises en œuvre et contrôlées sur place ».
55      Cette disposition relève de la section 6, intitulée « [i]nvestissements », du chapitre II, intitulé « [m]esures admissibles », du titre II, intitulé « [p]rogrammes d’aide », du règlement no 555/2008. Les investissements dans le secteur vitivinicole concernés par la décision attaquée sont visés par ladite section 6, ce que la République tchèque ne conteste d’ailleurs pas.
56      Force est de constater que, en tant qu’il établit une condition spécifique devant précéder le déboursement d’une aide particulière, à savoir celle à l’investissement, l’article 19 du règlement no 555/2008 constitue une lex specialis par rapport à l’article 77 du même règlement, qui, à l’instar de son intitulé, établit les « principes généraux » régissant les contrôles, sur place et administratifs, dans le secteur vitivinicole. Cette appréciation est confirmée par l’article 77, paragraphe 3, du règlement no 555/2008, selon lequel « [s]auf lorsque des contrôles sur place systématiques sont prévus par le règlement [n°] 479/2008 ou par le présent règlement, les autorités compétentes procèdent à des contrôles sur place portant sur un pourcentage approprié de bénéficiaires/producteurs déterminé par échantillonnage sur la base d’une analyse des risques conformément à l’article 79 du présent règlement ». Il ressort de cette disposition que les contrôles sur place sont à effectuer par échantillonnage « sauf lorsque » des contrôles sur place systématiques sont prévus par le règlement no 555/2008. Tel est le cas de l’article 19 du même règlement, qui prévoit un contrôle sur place avant tout versement d’aide à l’investissement.
57      Toutefois, la République tchèque fait valoir que son approche consistant à opérer des contrôles par échantillonnage en matière d’aide à l’investissement est fondée sur l’article 77, paragraphe 5, du règlement no 555/2008. En effet, selon cette disposition, « [e]n ce qui concerne les mesures prévues à l’article 15 du règlement [n°] 479/2008, les articles 26, 27 et 28 du règlement [n°] 1975/2006 s’appliquent mutatis mutandis ».
58      L’article 15 du règlement no 479/2008, devenu article 103 duovicies du règlement no 1234/2007, prévoit qu’un soutien peut être accordé pour des investissements matériels ou immatériels dans les installations de transformation, l’infrastructure de vinification, la commercialisation du vin qui améliorent les performances globales de l’entreprise et concernent la production ou la commercialisation des produits de vin, tels que définis à l’annexe XI ter du même règlement, ou l’élaboration de nouveaux produits, processus et technologies liés à ces mêmes produits.
59      Il ressortégalement de l’article 27, paragraphes 1 et 2, du règlement (CE) no 1975/2006, de la Commission, du 7 décembre 2006, portant modalités d’application du règlement (CE) no 1698/2005 du Conseil en ce qui concerne l’application de procédures de contrôle et de conditionnalité pour les mesures de soutien au développement rural (JO 2006, L 368, p. 74), que les États membres organisent des contrôles sur place des opérations approuvées sur la base d’un échantillon approprié. Ceux-ci seront, dans la mesure du possible, effectués avant que soit réalisé le dernier paiement pour un projet. En outre, les dépenses contrôlées représentent au moins 4 % des dépenses publiques admissibles qui ont été déclarées à la Commission au cours de chaque année civile et au moins 5 % des dépenses publiques admissibles déclarées à la Commission au cours de toute la période de programmation. L’article 25, paragraphes 1 et 2, du règlement no 65/2011, qui a abrogé le règlement no 1975/2006 avec effet au 1er janvier 2011, contient des dispositions analogues.
60      Il apparaît donc que, dans la mesure où l’article 19 du règlement no 555/2008 et l’article 77, paragraphe 5, du même règlement visent les contrôles sur place en matière d’investissements dans le secteur vitivinicole et où le premier de ces deux articles exige des contrôles portant sur l’ensemble des projets financés alors que le second se contente de la constitution d’un échantillon de contrôle, le règlement en question établit deux exigences d’étendue différente. Toutefois, une lecture de l’article 27 du règlement n
o 1975/2006 dans son contexte permet d’interpréter ces dispositions de manière cohérente.
61      En particulier, il ressort de l’article 25 du règlement n
o 1975/2006 que les dispositions de l’article 27 dudit règlement portant sur les contrôles sur place s’appliquent à un éventail d’au moins 33 sortes d’actions différentes éligibles aux aides prévues par le règlement (CE) n
o 1698/2005 du Conseil, du 20 septembre 2005, concernant le soutien au développement rural par le Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader) (JO 2005, L 277, p. 1). Compte tenu du nombre important et de la nature très variée des actions visées, il est raisonnable d’organiser le système des contrôles sur place en se fondant sur l’échantillonnage des dépenses prévu à l’article 27 du règlement no 1975/2006.
62      En revanche, les projets d’investissement financés en vertu de l’article 15 du règlement n
o 479/2008, devenu article 103 duovicies du règlement no 1234/2007, et de l’article 17 du règlement n
o 555/2008 sont beaucoup plus limités en nombre et circonscrits dans leur portée. Ils représentent, ainsi, pour chaque bénéficiaire, des opérations à caractère unique.
63      Dans ces circonstances, force est de constater que l’application par analogie de l’article 27 du règlement n
o 1975/2006 s’agissant des contrôles des investissements dans le secteur vitivinicole, conformément à l’article 77, paragraphe 5, du règlement n
o 555/2008, ne saurait neutraliser l’obligation pesant sur les États membres de se conformer au devoir de ne pas verser l’aide s’y rapportant sans procéder au contrôle sur place exigé par l’article 19 de ce dernier règlement.
64      Il s’ensuit que le moyen pris de la violation de l’article 52, paragraphe 1, du règlement no 1306/2013 en ce qu’il concerne les contrôles sur place et, partant, en ce qu’il concerne les corrections imposées dans le cadre du secteur vitivinicole doit être rejeté.
Sur la correction concernant les exigences liées à la conditionnalité
65      Il ressort du chapitre 13.1.3 du rapport de synthèse que la Commission a imposé les corrections qui suivent au titre des exercices financiers 2011 à 2014 :
–        24 571 301,16 euros, au total, au titre de plusieurs corrections forfaitaires de 10 % pour les déficiences concernant l’identification et l’enregistrement des animaux,
–        4 914 260,22 euros, au total, au titre de plusieurs corrections forfaitaires de 2 % pour les déficiences ne concernant pas l’identification et l’enregistrement des animaux.
66      La Commission a, par ailleurs, tenu compte des corrections déjà imposées sur les mêmes dépenses à la suite de deux enquêtes antérieures et a établi le montant final de la correction imposée en l’espèce à 29 482 571,23 euros. Les motifs sous-tendant cette correction concernent les neuf sujets exposés ci-après :
–        l’échantillonnage des exploitants ;
–        la rotation des cultures ;
–        la protection des habitats naturels ;
–        l’étendue des contrôles de la part de l’autorité compétente ;
–        les registres des exploitations d’élevage d’animaux ;
–        l’obligation de signaler certains événements concernant les bovins à l’autorité compétente ;
–        l’identification des bovins ;
–        l’obligation de déclarer les mouvements des ovins et des caprins ;
–        l’exclusion de l’aide des agriculteurs qui empêchent la réalisation d’un contrôle sur place.
67      La Commission expose que chacune des irrégularités constatées serait suffisante pour justifier les corrections imposées.
68      À cet égard, la République tchèque soulève deux moyens. Le premier est tiré de la violation de l’article 52, paragraphe 1, du règlement no 1306/2013, alors que le second est tiré de la violation du paragraphe 2 de la même disposition.
Sur le moyen tiré de la violation de l’article 52, paragraphe 1, du règlement no 1306/2013
69      Dans le cadre de ce moyen, la République tchèque remet en cause les constatations de la Commission sous-tendant les huit premiers motifs de correction.
70      Selon une jurisprudence constante, rappelée au point 21 ci-dessus, afin de neutraliser la preuve du doute sérieux et raisonnable que la Commission éprouve à l’égard de l’efficacité des contrôles effectués par les autorités nationales, l’État membre doit démontrer que les conditions sont réunies pour obtenir le financement refusé par la Commission. En d’autres termes, l’État membre concerné ne saurait infirmer les constatations de la Commission sans étayer ses propres allégations par des éléments établissant l’existence d’un système fiable et opérationnel de contrôle. Dès lors qu’il ne parvient pas à démontrer que les constatations de la Commission sont inexactes, celles-ci constituent des éléments susceptibles de faire naître des doutes sérieux quant à la mise en place d’un ensemble adéquat et efficace de mesures de surveillance et de contrôle (voir arrêt du 3 avril 2017, Allemagne/Commission, T‑28/16, EU:T:2017:242, point 33 et jurisprudence citée).
71      C’est à la lumière de ces éléments qu’il y a lieu d’examiner les griefs soulevés par la République tchèque.
–       Sur l’échantillonnage des exploitants
72      S’agissant de la prétendue irrégularité relative à la constitution de l’échantillon d’agriculteurs devant être soumis à un contrôle sur place en vertu de l’article 50, paragraphe 1, premier alinéa, du règlement no 1122/2009, la Commission a constaté que l’inspection de l’environnement tchèque, qui contrôle le respect, de la part des agriculteurs, de deux exigences réglementaires en matière de gestion, n’avait pas respecté les conditions posées par l’article 51, paragraphe 2, du règlement no 1122/2009. Cette dernière disposition prévoit qu’entre 20 et 25 % du nombre minimal d’agriculteurs devant être soumis à un contrôle sur place en vertu de l’article 50, paragraphe 1, premier alinéa, du même règlement doit être sélectionné de façon aléatoire (point 13.1.1.1 du rapport de synthèse).
73      À cet égard, la République tchèque fait valoir que l’article 51, paragraphe 2, du règlement no 1122/2009 n’impose pas que le pourcentage de 20 à 25 % d’agriculteurs choisis de manière aléatoire doive être atteint au niveau de chaque autorité de contrôle. Le renvoi à l’article 50, paragraphe 1, du règlement no 1122/2009 n’affecterait pas cette conclusion. Dès lors que le pourcentage de l’ensemble des agriculteurs choisis de manière aléatoire s’est élevé à 20,87 % pour l’année de demande 2010, les exigences découlant de l’article 51, paragraphe 2, du règlement no 1122/2009 auraient été respectées. Il s’agirait donc d’établir le taux moyen de sélection aléatoire pour toute la République tchèque.
74      Les articles 50 et 51 du règlement no 1122/2009 concernent les contrôles sur place relatifs à la conditionnalité.
75      Selon l’article 50, paragraphe 1, premier alinéa, du règlement no 1122/2009, « l’autorité de contrôle compétente effectue, pour les exigences et les normes qui relèvent de sa responsabilité, des contrôles sur place portant sur 1 % au moins de l’ensemble des agriculteurs ayant présenté des demandes d’aides au titre des régimes de paiement direct au sens de l’article 2, [sous] d), du règlement [n°] 73/2009 et qui relèvent de la responsabilité de ladite autorité de contrôle ». En vertu du deuxième alinéa de cette même disposition, « [l]e taux minimal de contrôles visé au premier alinéa peut être atteint au niveau de chaque autorité de contrôle compétente, au niveau de chaque acte ou de chaque norme ou encore au niveau d’un ensemble d’actes ou de normes ».
76      L’article 51, paragraphe 1, du règlement no 1122/2009 prévoit notamment que « la sélection de chacun des échantillons d’exploitations à contrôler conformément à l’article 50 se fonde, s’il y a lieu, sur une analyse des risques répondant aux prescriptions de la législation applicable ou sur une analyse des risques adaptée aux exigences ou normes concernées ». Toutefois, dans le but d’assurer la représentativité de l’échantillon, le paragraphe 2 du même article prévoit qu’entre 20 et 25 % du nombre minimal d’agriculteurs devant être soumis à un contrôle sur place en vertu de l’article 50, paragraphe 1, premier alinéa, du règlement no 1122/2009 est sélectionné de façon aléatoire.
77      Comme le relève la Commission, il va de soi qu’une autorité de contrôle se doit de veiller à ce que l’échantillon qu’elle constitue aux fins d’un contrôle satisfasse tant au critère relatif à l’analyse des risques, établi à l’article 51, paragraphe 1, du règlement no 1122/2009, qu’à celui relatif à la représentativité, établi au paragraphe 2 de la même disposition. En effet, ces critères garantissent l’efficacité des contrôles qui portent, à chaque occurrence, sur un échantillon déterminé. Comme seul objet du contrôle, l’échantillon en question doit, par conséquent, répondre à ces exigences. La partie de l’échantillon qui est sélectionnée de manière aléatoire sert d’« indicateur de contrôle » de la partie de l’échantillon choisie sur le fondement d’une analyse des risques. Considérer qu’un échantillon de contrôle portant sur une norme doive remplir uniquement une de ces conditions, au motif que d’autres échantillons constitués à des fins de contrôles différents remplissent l’autre et que les échantillons, pris dans leur ensemble, satisfont aux deux conditions met manifestement en péril la raison d’être des conditions en question.
78      Il y a donc lieu de rejeter les griefs de la République tchèque concernant la constatation de la Commission relative à l’échantillonnage des exploitants.
–       Sur la rotation des cultures
79      S’agissant de la rotation des cultures en tant que bonne condition agricole et environnementale, la Commission estime que les autorités tchèques n’avaient pas défini les exigences minimales s’agissant de la rotation des cultures en tant que norme de bonne condition agricole et environnementale, alors qu’elles avaient déclaré que cette norme était d’application en République tchèque, en vertu de l’article 6, paragraphe 1, du règlement no 73/2009. Dans ces conditions, cette omission constituerait une violation de cette dernière disposition (point 13.1.1.2 du rapport de synthèse).
80      À cet égard, la République tchèque fait valoir que, en vertu de l’article 6, paragraphe 1, sous a) et b), du règlement no 73/2009, elle n’était pas tenue de définir les exigences minimales relatives à cette condition. En effet, il ressortirait de cette disposition que seuls les États membres qui avaient déjà, à la date du 1er janvier 2009, défini lesdites exigences étaient tenus de les appliquer. Or, la République tchèque n’aurait pas défini ces exigences avant cette date, ni n’était obligée de le faire.
81      À titre liminaire, il importe de rappeler le libellé de l’article 6, paragraphe 1, du règlement no 73/2009, intitulé « Bonnes conditions agricoles et environnementales » :
« Les États membres veillent à ce que toutes les terres agricoles, en particulier celles qui ne sont plus exploitées à des fins de production, soient maintenues dans de bonnes conditions agricoles et environnementales. Les États membres définissent, au niveau national ou régional, des exigences minimales pour les bonnes conditions agricoles et environnementales sur la base du cadre fixé à l’annexe III, en tenant compte des caractéristiques des zones concernées, y compris des conditions pédologiques et climatiques, des modes d’exploitation existants, de l’utilisation des terres, de la rotation des cultures, des pratiques agricoles et de la structure des exploitations. Les États membres ne peuvent pas définir des exigences minimales qui ne sont pas prévues dans ce cadre.
L’application des normes énumérées dans la troisième colonne de l’annexe III est facultative, sauf dans les cas suivants :
a)      un État membre a défini pour cette norme, avant le 1er janvier 2009, une exigence minimale pour les bonnes conditions agricoles et environnementales, et/ou
b)      des règles nationales concernant la norme en question sont appliquées dans l’État membre. »
82      Les normes en matière de rotation des cultures figurent parmi les normes facultatives, figurant dans la troisième colonne de l’annexe III du règlement no 73/2009, visant à maintenir les niveaux des matières organiques du sol par des méthodes appropriées. Seule la gestion du chaume est prévue comme norme obligatoire à cet effet.
83      Dans ce contexte, la République tchèque fait valoir que le fait de ne pas avoir défini, avant le 1er janvier 2009, une exigence minimale pour cette norme facultative, l’exonère perpétuellement de le faire.
84      Cet argument ne saurait être retenu. En effet, ainsi qu’il ressort de sa première phrase, l’article 6, paragraphe 1, du règlement no 73/2009 établit une obligation des États membres à veiller à ce que « toutes » les terres agricoles soient maintenues dans de bonnes conditions agricoles et environnementales. À cette fin, les États membres sont tenus de définir des exigences minimales pour les bonnes conditions agricoles et environnementales sur la base du cadre fixé à l’annexe III du règlement no 73/2009, en tenant compte des caractéristiques des zones concernées. Selon la même annexe, la rotation des cultures compte parmi ces caractéristiques et l’établissement des normes s’y rapportant vise à maintenir les niveaux des matières organiques du sol.
85      Par conséquent, s’il est vrai que le caractère facultatif de l’établissement des normes en matière de rotation des cultures laisse aux États membres une marge pour apprécier l’opportunité de les introduire (arrêt du 14 juillet 2016, Lettonie/Commission, T‑661/14, EU:T:2016:412, point 47), il n’en demeure pas moins que ces derniers se doivent, premièrement, d’évaluer l’opportunité en question et, deuxièmement, de le faire en tenant compte des caractéristiques des zones concernées. En d’autres termes, il incombe à chaque État membre d’apprécier si l’introduction d’exigences minimales en matière de rotation des cultures est nécessaire afin de respecter l’obligation de maintenir toutes les terres agricoles donnant droit aux aides de l’Union dans de bonnes conditions agricoles et environnementales.
86      En l’espèce, la Commission fait valoir que la République tchèque a itérativement déclaré que l’introduction d’exigences minimales en matière de rotation des cultures était nécessaire et que, pour cette raison cet État membre a, dans les faits, établi des exigences présentées comme concernant la rotation des cultures, et ce avant le 1er janvier 2009. En effet, ainsi qu’il ressortirait du document Ares (2010)102782 (no 61/2010‑18000), dont un extrait est reproduit par la Commission dans l’annexe B7 du mémoire en défense, la République tchèque « [avait] fixé une exigence minimale pour [la rotation des cultures] […] avant le 1er janvier 2009 [si bien que] cette norme [était] obligatoire en République tchèque ». Selon ce même document, « [l]es autorités tchèques considèrent que la norme [relative à la rotation des cultures] constitue un complément adéquat aux dispositions légales de la Communauté ». Or, selon la Commission, ces exigences visent, dans leur substance, non pas la rotation des cultures, mais l’érosion des sols, qui constitue une bonne condition agricole et environnementale distincte, ou bien la gestion du chaume, qui constitue également une norme distincte, même si elle vise aussi à préserver les matières organiques du sol.
87      Ainsi, s’il est vrai que la République tchèque n’a pas effectivement établi des normes minimales concernant réellement la rotation des cultures avant le 1er janvier 2009, il n’en demeure pas moins que les déclarations des autorités tchèques ainsi que d’autres éléments objectifs, telle l’introduction des normes présentées comme garantissant ladite rotation, démontrent que, selon l’appréciation de cet État membre, l’exigence en question est nécessaire afin d’atteindre les objectifs de l’article 6, paragraphe 1, du règlement no 73/2009. Or, ainsi qu’il ressort du point 85 ci-dessus, ce sont ces objectifs qui déterminent l’obligation de l’État membre d’établir des normes minimales en matière de rotation des cultures.
88      Dans ces conditions, l’argumentation de la République tchèque doit être écartée.
–       Sur la protection des habitats naturels
89      S’agissant de l’exigence réglementaire en matière de gestion concernant la conservation des habitats naturels, la Commission considère que les autorités tchèques ont indûment limité le contrôle du respect, de la part des agriculteurs, de cette exigence, prévue à l’article 13, paragraphe 1, sous a), de la directive 92/43/CEE du Conseil, du 21 mai 1992, concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages (JO 1992, L 206, p. 7), aux seules exploitations situées dans des sites présentant un intérêt pour l’Union ou bien dans des sites Natura 2000. Il s’agirait d’une violation de l’article 22 du règlement no 73/2009, qui impose le respect des exigences découlant des articles 4 et 5 et de l’annexe II, point A.5, dudit règlement, ainsi que des obligations découlant de l’article 2, point 35, et de l’article 26, paragraphe 1, du règlement no 1122/2009 (point 13.1.1.3 du rapport de synthèse).
90      À cet égard, la République tchèque fait valoir qu’elle supervise le respect de l’exigence réglementaire mentionnée au point 89 ci-dessus moyennant des contrôles sur place visant les agriculteurs exploitant dans des zones requérant une protection accrue, alors qu’elle utilise les systèmes de gestion et de contrôle à sa disposition s’agissant des autres agriculteurs. En outre, la superficie minimale concernée par la directive 92/43 en République tchèque exclurait le risque de violations de la part des agriculteurs.
91      L’article 13, paragraphe 1, de la directive 92/43 oblige les États membres à instaurer un système de protection stricte des espèces végétales figurant à l’annexe IV, sous b), de celle-ci. Cette protection inclut notamment l’interdiction de cueillir, de ramasser, de couper, de déraciner ou de détruire intentionnellement les plantes concernées dans leur aire de répartition naturelle. Du point de vue des aides versées dans le cadre de la politique agricole commune, le respect de ces interdictions est également érigé en exigence règlementaire en matière de gestion en vertu des articles 4 et 5 et de l’annexe II, point A.5, du règlement no 73/2009. Par conséquent, en vertu de l’article 22 du même règlement, les États membres sont tenus de procéder à des vérifications sur place et, le cas échéant, à l’aide de leurs systèmes de gestion et de contrôle, afin de vérifier le respect de cette exigence réglementaire.
92      La République tchèque ne conteste pas que les contrôles en question doivent être effectués auprès de tous les agriculteurs opérant dans des sites présentant un intérêt pour l’Union et pas seulement auprès de ceux opérant dans des zones Natura 2000. Elle se limite à faire valoir que l’inspection de l’environnement tchèque procède à ces contrôles en utilisant les systèmes de contrôle et de gestion à sa disposition. Toutefois, la République tchèque n’oppose aucune explication plausible au grief de la Commission selon lequel elle n’a pas présenté la moindre trace de tels contrôles. À cet égard, il importe de relever que les contrôles en question sont à effectuer selon les modalités prescrites aux articles 50 à 54 du règlement no 1122/2009, ce qui présuppose la constitution d’échantillons de contrôle (voir points 75 et 76 ci-dessus) et l’établissement de rapports de contrôle. La République tchèque n’ayant pas présenté d’élément rendant plausible la mise en œuvre de tels contrôles, ses affirmations ne sont pas susceptibles de dissiper les doutes sérieux et raisonnables que la Commission a pu éprouver.
–       Sur l’étendue des contrôles de la part de l’autorité compétente
93      S’agissant de l’obligation pour chaque autorité de contrôle de procéder au contrôle des exploitants au regard de l’ensemble des exigences réglementaires de gestion qui relèvent de sa responsabilité, la Commission estime que, en limitant le contrôle des agriculteurs relevant de l’échantillon de contrôle à la seule exigence réglementaire en matière de gestion au regard de laquelle ils ont été choisis pour faire partie de l’échantillon, l’autorité tchèque responsable des audits a enfreint l’article 53 du règlement no 1122/2009. En particulier, il ressortirait des documents obtenus par la Commission que l’inspection de l’environnement tchèque, autorité responsable du contrôle des exigences réglementaires en matière de gestion concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages, d’une part, et la conservation des oiseaux sauvages, d’autre part, n’a pas systématiquement contrôlé les exploitants au regard des deux exigences relevant de sa responsabilité, mais plutôt au regard de celle pour laquelle chaque exploitant avait été choisi (point 13.1.1.4 du rapport de synthèse).
94      À cet égard, la République tchèque fait valoir que, contrairement à ce qu’expose la Commission, l’inspection de l’environnement tchèque a procédé au contrôle des deux exigences mentionnées au point 93 ci-dessus. Les preuves pertinentes auraient été fournies à la Commission.
95      Selon l’article 53, paragraphe 1, du règlement no 1122/2009, « [l]ors de l’exécution des contrôles portant sur l’échantillon visés à l’article 50, l’autorité de contrôle compétente veille à ce que tous les agriculteurs sélectionnés à cette fin fassent l’objet de vérifications portant sur les exigences et les normes qui relèvent de sa responsabilité ».
96      Il ressort de cette disposition qu’une autorité de contrôle doit contrôler un exploitant relevant d’un échantillon de contrôle non seulement au regard de l’exigence ou de la norme pour laquelle il a éventuellement été sélectionné, mais également pour l’ensemble des exigences ou des normes qui relèvent de la responsabilité de l’autorité de contrôle.
97      En l’espèce, la Commission fait valoir que les exploitants choisis pour participer à l’échantillon ont été contrôlés par l’inspection de l’environnement tchèque au regard de l’exigence réglementaire en matière de gestion pour laquelle ils avaient été choisis et non pour toutes les exigences relevant de la responsabilité de ladite autorité de contrôle. La Commission fonde cette conclusion, d’une part, sur les lignes directrices émises par l’inspection de l’environnement tchèque, qui prévoient que chaque exploitant est contrôlé uniquement au regard de l’exigence pour laquelle il a été choisi et, d’autre part, sur l’absence de toute preuve démontrant que l’autorité de contrôle en question a systématiquement fait porter ses contrôles sur l’ensemble des exigences relevant de sa responsabilité.
98      La République tchèque, pour sa part, affirme que les contrôles effectués ont effectivement porté sur les deux exigences relevant de la responsabilité de l’inspection de l’environnement tchèque, sans toutefois qu’une trace écrite puisse l’attester, puisque, en l’absence d’irrégularité au regard de l’exigence autre que celle pour laquelle l’exploitant avait été choisi, aucun rapport de contrôle n’était établi. Or, cette pratique n’est pas compatible avec l’article 54 du règlement no 1122/2009, selon lequel « tout » contrôle sur place effectué au titre des contrôles relatifs à la conditionnalité prévus par le chapitre III dudit règlement fait l’objet d’un rapport de contrôle établi par l’autorité de contrôle compétente. L’obligation de principe consistant à établir un rapport de contrôle ne dépend pas des résultats de celui-ci.
99      Les arguments de la République tchèque ne sont donc pas aptes à dissiper les doutes sérieux que la Commission a pu éprouver, si bien qu’il y a lieu de les écarter.
–       Sur les registres des exploitations d’élevage d’animaux
100    S’agissant des registres des exploitations d’élevage d’animaux, la Commission reproche à la République tchèque de ne pas avoir prévu de sanctions en cas d’inobservation par les exploitants de l’obligation de tenir à jour trois types de registre. Il s’agit :
–        du registre indiquant le nombre d’animaux de l’espèce porcine présents sur l’exploitation, prévu à l’article 4 de la directive 2008/71/CE du Conseil, du 15 juillet 2008, concernant l’identification et l’enregistrement des animaux de l’espèce porcine (JO 2008, L 213, p. 31) ;
–        du registre des bovins, prévu à l’article 7 du règlement (CE) no 1760/2000, du Parlement européen et du Conseil, du 17 juillet 2000, établissant un système d’identification et d’enregistrement des bovins et concernant l’étiquetage de la viande bovine et des produits à base de viande bovine, et abrogeant le règlement (CE) n
o 820/97 du Conseil (JO 2000, L 204, p. 1) ;
–        du registre des ovins et des caprins, prévu à l’article 3 du règlement (CE) no 21/2004 du Conseil_du 17 décembre 2003, établissant un système d’identification et d’enregistrement des animaux des espèces ovine et caprine et modifiant le règlement (CE) n
o 1782/2003 et les directives 92/102/CEE et 64/432/CEE (JO 2004, L 5, p. 8).
101    Les obligations en question constituent des exigences réglementaires en matière de gestion mentionnées, respectivement, à l’annexe II, points A.6, A.7 et A.8 du règlement no 73/2009. L’omission de la part des autorités tchèques dénoncée par la Commission constituerait une violation de l’article 22 du règlement no 73/2009 et de l’article 26, paragraphe 1, du règlement no 1122/2009 (point 13.1.1.5 du rapport de synthèse).
102    À cet égard, la République tchèque fait valoir que l’autorité compétente a procédé aux contrôles nécessaires moyennant les systèmes de gestion et de contrôle à sa disposition et en conformité avec la législation nationale pertinente.
103    Selon l’article 4, paragraphe 1, de la directive 2008/71, « [l]es États membres veillent à ce que tout détenteur figurant sur la liste prévue à l’article 3, paragraphe 1, [sous] a), tienne un registre indiquant le nombre d’animaux présents sur son exploitation. Ce registre contient un relevé actualisé des mouvements (nombre d’animaux concernés par chaque opération d’entrée et de sortie) sur la base minimale des flux et précise, selon le cas, l’origine ou la destination des animaux et la date des flux. La marque d’identification appliquée conformément aux articles 5 et 8 doit être mentionnée dans tous les cas ».
104    Selon l’article 7, paragraphe 1, du règlement no 1760/2000, « [c]haque détenteur d’animaux, à l’exception des transporteurs […] tient à jour un registre ».
105    Selon l’article 3 du règlement no 21/2004, le système d’identification et d’enregistrement des animaux comprend notamment des registres à jour conservés dans chaque exploitation.
106    Au point 13.1.1.5 du rapport de synthèse, la Commission expose en détail les résultats de ses enquêtes, dont il ressort que l’inspection de l’élevage tchèque, autorité de contrôle compétente en matière d’élevages, limite ses audits à l’existence d’un registre sans pour autant vérifier que les exploitants se conforment à leur obligation de le remplir avec des données correspondant à la réalité. Or, cette obligation des exploitants ressort des dispositions mentionnées aux points 103 à 105 ci-dessus, qui prévoient l’établissement de registres comportant des données « actualisées » ou « à jour ».
107    La République tchèque, pour sa part, se limite à affirmer que l’inspection de l’élevage tchèque se conforme à ses obligations, en dépit des instructions de contrôle qu’elle émet et dont il ressort que les inspecteurs ne doivent pas contrôler l’exactitude des entrées dans les registres, ni qualifier les inexactitudes éventuellement repérées d’infractions. Dans ces circonstances, les affirmations de la République tchèque ne sont pas aptes à dissiper les doutes sérieux que la Commission a pu éprouver, si bien qu’il y a lieu de les écarter.
–       Sur l’obligation de signaler certains événements concernant les bovins à l’autorité compétente
108    S’agissant de l’obligation de signaler à l’autorité compétente, dans le délai prévu à cet effet, tous les déplacements à destination et en provenance de l’exploitation, ainsi que toutes les naissances et tous les décès des bovins de l’exploitation, et d’en préciser la date, la Commission reproche à la République tchèque de ne pas avoir contrôlé, ni sanctionné l’inobservation de celle-ci par les exploitants. Cette obligation, prévue à l’article 7, paragraphe 1, du règlement no 1760/2000 constitue une exigence réglementaire en matière de gestion mentionnée à l’annexe II, point A.7, du règlement no 73/2009. L’omission de la part des autorités tchèques dénoncée par la Commission constituerait une violation de l’article 22 du règlement no 73/2009 et de l’article 26, paragraphe 1, du règlement no 1122/2009 (point 13.1.1.6 du rapport de synthèse).
109    À cet égard, la République tchèque fait valoir qu’elle utilise les systèmes de contrôle et de gestion prévus par le droit national et se conforme ainsi pleinement aux obligations qui lui incombent en vertu du règlement no 1760/2000. Le document décrivant la méthodologie des contrôles invoqué par la Commission concernerait d’autres contrôles et non ceux relatifs aux mouvements des bovins.
110    Selon l’article 7, paragraphe 1, du règlement no 1760/2000, chaque détenteur d’animaux, à l’exception des transporteurs, « signale, dès le moment où la base de données informatisée est pleinement opérationnelle, à l’autorité compétente, dans un délai fixé par l’État membre et compris entre trois et sept jours, tous les déplacements à destination et en provenance de l’exploitation, ainsi que toutes les naissances et tous les décès d’animaux dans l’exploitation, en en précisant la date. Toutefois, à la demande d’un État membre, la Commission peut, conformément à la procédure visée à l’article 23, paragraphe 2, déterminer les circonstances dans lesquelles les États membres peuvent prolonger le délai maximal et prévoir les règles spécifiques applicables aux mouvements de bovins destinés à pâturer durant l’été dans différents lieux situés en montagne ».
111    Au point 13.1.1.6 du rapport de synthèse, la Commission expose que les autorités tchèques n’ont pas expliqué la manière dont elles contrôlaient que tous les animaux mentionnés dans le registre de l’exploitation comme présents l’étaient effectivement, ni les mesures correctives adoptées en cas de constatation d’infraction à cet égard. La Commission étaye ses constatations en soulignant que les rapports de contrôle ne font aucune mention de la vérification de l’obligation de notifier les événements relatés au point 110 ci-dessus, autres que la naissance de veaux âgés de plus de 28 jours au moment du contrôle.
112    La République tchèque se limite à affirmer que l’inspection de l’élevage tchèque se conforme à ses obligations. Or, cette affirmation n’est pas apte à dissiper les doutes sérieux que la Commission a pu éprouver, si bien qu’il y a lieu de l’écarter.
–       Sur l’identification des bovins
113    S’agissant du contrôle portant sur l’identification des bovins, la Commission reproche à la République tchèque d’avoir omis de sanctionner l’absence de moyens d’identification sur les bovins, lorsqu’une trace d’identification antérieure désormais perdue peut être détectée. Or, l’absence de moyens d’identification sur les bovins constituerait une infraction à l’article 4 du règlement no 1760/2000, qui prévoit l’obligation d’identification des bovins, indépendamment de toute trace d’identification antérieure. Cette obligation constitue une exigence réglementaire en matière de gestion mentionnée à l’annexe II, point A.7, du règlement no 73/2009. L’omission de la part des autorités tchèques dénoncée par la Commission constituerait une violation de l’article 22 du règlement no 73/2009 et de l’article 26, paragraphe 1, du règlement no 1122/2009 (point 13.1.1.7 du rapport de synthèse).
114    À cet égard, la République tchèque fait valoir qu’elle exige que tous les animaux soient identifiés moyennant des marques auriculaires. Toutefois, la perte d’une marque auriculaire serait un événement sur lequel l’exploitant ne saurait avoir d’influence directe. En outre, l’identification de chaque animal pourrait se faire au moyen d’autres instruments, alors que la perte d’une marque auriculaire donne lieu à un remplacement par une copie. Enfin, les autorités tchèques n’auraient jamais considéré comme identifié un animal dont les marques auriculaires ont été enlevées ou remplacées par l’exploitant sans autorisation administrative préalable.
115    Selon l’article 4, paragraphe 1, du règlement no 1760/2000, « [t]ous les animaux d’une exploitation située en République tchèque […] nés au plus tard à la date d’adhésion ou destinés après cette date aux échanges intracommunautaires sont identifiés par une marque approuvée par l’autorité compétente, apposée à chaque oreille ». Selon le paragraphe 2 du même article, « Aucun animal né en République tchèque […] après la date d’adhésion ne peut quitter une exploitation sans être identifié conformément aux dispositions du présent article ». Le paragraphe 5 du même article édicte qu’aucune marque auriculaire ne peut être enlevée ou remplacée sans l’autorisation de l’autorité compétente.
116    Au point 13.1.1.7 du rapport de synthèse, la Commission expose que, selon le manuel de conformité en matière de conditionnalité émis par l’autorité tchèque responsable des contrôles en question, la perte d’une ou de deux marques auriculaires ne donne pas lieu à la constatation d’une infraction de la part de l’exploitant à condition qu’il puisse être constaté que l’animal a porté une marque auriculaire par le passé.
117    La République tchèque ne conteste pas la portée du manuel de conformité susmentionné, mais souligne que la perte d’une marque auriculaire ne révèle pas forcément un comportement fautif de la part de l’exploitant, de sorte qu’elle ne saurait donner lieu à la constatation d’une infraction.
118    Toutefois, ainsi que le fait valoir la Commission, il ressort des dispositions mentionnées au point 115 ci-dessus que l’exploitant a l’obligation d’entreprendre dans les meilleurs délais toutes les démarches nécessaires pour le remplacement des marques auriculaires perdues. L’éventuelle possibilité d’identifier l’animal à l’aide d’autres moyens, tels que les bases de données ou les passeports, n’affecte en rien cette obligation, puisque le marquage auriculaire des animaux relevant du champ d’application du règlement no 1760/2000 constitue une mesure à part entière visant la protection de la santé publique et animale établie par ledit règlement. Par conséquent, le seul fait que la perte des marques auriculaires ne résulte pas d’un acte fautif de l’exploitant, circonstance dont la preuve est intrinsèquement difficile à rapporter, ne suffit pas pour exclure toute constatation d’infraction.
119    Les arguments de la République tchèque relatifs à l’identification des bovins doivent donc être écartés.
–       Sur l’obligation de déclarer les mouvements des ovins et des caprins
120    Enfin, quant à la déclaration des mouvements des ovins et des caprins à l’autorité compétente dans un délai de sept jours, la Commission reproche à la République tchèque d’avoir omis de contrôler le respect de l’obligation en question par les exploitants. Cette obligation, prévue à l’article 8, paragraphe 2, du règlement no 21/2004, constituerait une exigence réglementaire en matière de gestion mentionnée à l’annexe II, point A.8, du règlement no 73/2009. L’omission de la part des autorités tchèques dénoncée par la Commission constituerait une violation de l’article 22 du règlement no 73/2009 et de l’article 26, paragraphe 1, du règlement no 1122/2009 (point 13.1.1.8 du rapport de synthèse).
121    À cet égard, la République tchèque conteste que l’obligation pour les exploitants de procéder aux déclarations de mouvements d’ovins et de caprins dans un délai de sept jours constitue une exigence réglementaire en matière de gestion. Ainsi, les autorités de contrôle n’étaient pas tenues de vérifier si cette obligation était respectée par les exploitants. Cette analyse aurait été confirmée par l’arrêt du 28 septembre 2016, Royaume-Uni/Commission (T‑437/14, EU:T:2016:577).
122    En vertu de l’article 8, paragraphe 2, du règlement no 21/2004, chaque détenteur d’animaux, à l’exception du transporteur, fournit à l’autorité compétente, dans un délai de trente jours pour les informations relatives au détenteur ou à l’exploitation et dans un délai de sept jours pour les informations relatives aux mouvements d’animaux les informations destinées à être consignées dans le registre central et le résultat du recensement, mentionnés à l’article 7, paragraphe 2, du même règlement ainsi que les informations nécessaires à la mise en place de la base de données mentionnée à l’article 8, paragraphe 1, de ce règlement. Chaque fois qu’un animal est déplacé, l’exploitant doit également fournir, dans les mêmes délais, les informations concernant ce mouvement.
123    Or, il ressort de l’annexe II, point A.8, du règlement no 73/2009 que seules les obligations résultant des articles 3 à 5 du règlement no 21/2004 sont érigées en exigences réglementaires en matière de gestion. L’article 8 de ce dernier règlement ne figurant pas parmi les articles mentionnés au point A.8 de l’annexe susmentionnée, la Commission ne saurait constater une violation de l’article 26, paragraphe 1, du règlement no 1122/2009 au motif que les autorités tchèques n’ont pas contrôlé les exploitants sous leur responsabilité à l’égard des exigences qui en découlent (voir, en ce sens, arrêt du 28 septembre 2016, Royaume-Uni/Commission, T‑437/14, EU:T:2016:577, points 63 à 71).
124    Par conséquent, il y a lieu d’accueillir les arguments de la République tchèque relatifs à l’obligation de déclarer les mouvements des ovins et des caprins.
–       Conclusion
125    Il convient de rappeler que, comme cela a été exposé en détail au point 65 ci-dessus, la Commission a imposé, s’agissant des exigences liées à la conditionnalité, deux sortes de corrections forfaitaires sur le fondement des motifs concernant les neuf sujets exposés au point 66 ci-dessus pris ensemble : une correction de 2 % pour les déficiences ne concernant pas l’identification et l’enregistrement des animaux et une correction de 10 % pour les déficiences concernant l’identification et l’enregistrement des animaux.
126    Étant donné que les arguments de la République tchèque ont été accueillis uniquement en ce qui concernait l’obligation de déclarer les mouvements des ovins et des caprins et que cette dernière n’a pas contesté les constatations de la Commission au sujet de l’exclusion de toute aide des agriculteurs qui empêchaient la réalisation d’un contrôle sur place (voir points 66 et 69 ci-dessus), force est de constater que les corrections imposées demeurent amplement justifiées compte tenu des motifs non entachés d’une quelconque illégalité. En effet, l’importance des constatations de la Commission examinées aux points 72 à 119 ci-dessus dépasse de loin celle relative à l’obligation de déclarer les mouvements des ovins et des caprins, si bien qu’il y a lieu de rejeter le présent moyen (voir, en ce sens et par analogie, arrêts du 28 janvier 2004, Euroagri/Commission, T‑180/01, EU:T:2004:26, points 191 et 192, et du 28 septembre 2016, Royaume-Uni/Commission, T‑437/14, EU:T:2016:577, point 73).
127    Il y a donc lieu de rejeter le moyen tiré de la violation de l’article 52, paragraphe 1, du règlement no 1306/2013.
Sur le moyen tiré de la violation de l’article 52, paragraphe 2, du règlement no 1306/2013
128    Ce moyen comporte trois branches.
–       Sur la possibilité d’effectuer une correction ponctuelle en lieu et place d’une correction forfaitaire
129    Dans le cadre de ce moyen, la République tchèque fait valoir, premièrement, que chacune des constatations de la Commission donne lieu à un risque encouru par le FEAGA pouvant être chiffré. À cet égard, la République tchèque estime que, selon une approche aussi ponctuelle et stricte que possible, le risque en question devait être chiffré à 21,25 millions d’euros au lieu de 29 485 612,55 euros, montant des dépenses écartées du financement de l’Union au titre des exigences liées à la conditionnalité pour les exercices financiers 2011 à 2014 (voir point 3 ci-dessus). Le degré d’efficacité des contrôles serait une question qui ne serait pas liée à celle de l’application par priorité d’une correction ponctuelle, puisque les calculs proposés reposent sur des hypothèses extrêmement pessimistes quant au degré de conformité des opérateurs. Au demeurant, la Commission n’aurait pas fourni de justification valable pour refuser les calculs des autorités tchèques. Par conséquent, ce serait en violation de l’article 52, paragraphe 2, du règlement no 1306/2013 que la Commission a eu recours à l’imposition des corrections financières forfaitaires, qui constitueraient un instrument de dernier ressort.
130    Selon l’article 52, paragraphe 2, du règlement no 1306/2013, « [l]a Commission évalue les montants à exclure au vu, notamment, de l’importance de la non-conformité constatée. La Commission tient compte de la nature de l’infraction, ainsi que du préjudice financier causé à l’Union. Elle fonde l’exclusion sur la mise en évidence des montants indûment dépensés et, lorsque ceux-ci ne peuvent être mis en évidence en déployant des efforts proportionnés, elle peut appliquer des corrections extrapolées ou forfaitaires. Des corrections forfaitaires ne sont appliquées que lorsque, en raison de la nature du cas ou parce que l’État membre n’a pas fourni les informations nécessaires à la Commission, il n’est pas possible, en déployant des efforts proportionnés, de déterminer plus précisément le préjudice financier causé à l’Union ».
131    Force est de constater que l’article 52, paragraphe 2, du règlement no 1306/2013 prévoit trois types de corrections. Une correction « ponctuelle », une correction « extrapolée » et une correction « forfaitaire ».
132    Ainsi qu’il ressort de cette disposition, une correction ponctuelle est à appliquer lorsque des montants précis qui ont été indument dépensés peuvent être mis en évidence.
133    À cet égard, l’article 12, paragraphe 1, du règlement délégué (UE) no 907/2014 de la Commission, du 11 mars 2014, complétant le règlement [n°] 1306/2013 en ce qui concerne les organismes payeurs et autres entités, la gestion financière, l’apurement des comptes, les garanties et l’utilisation de l’euro (JO 2014, L 255, p. 18), prévoit que « [a]ux fins d’adopter, conformément à l’article 52, paragraphe 1, du règlement [n°] 1306/2013, la décision relative aux montants à exclure du financement de l’Union, la Commission fait la distinction entre les montants ou partie de montants reconnus comme indûment dépensés et ceux déterminés par application de corrections extrapolées ou forfaitaires. »
134    En outre, selon l’article 12, paragraphe 2, du règlement délégué no 907/2014, « [l]a Commission fonde l’exclusion sur la mise en évidence des montants indûment dépensés uniquement si ceux-ci peuvent être déterminés en déployant des efforts proportionnés. Lorsque la Commission ne peut déterminer les montants indûment dépensés dans ces conditions, les États membres peuvent, dans le respect des délais prévus par la Commission durant la procédure d’apurement de conformité, soumettre des données relatives à la vérification de ces montants sur la base d’un examen des différents cas potentiellement concernés par la non-conformité. »
135    En vertu de l’article 12, paragraphe 3, du règlement délégué no 907/2014, « [l]orsque les montants indûment dépensés ne peuvent être mis en évidence conformément au paragraphe 2, la Commission peut déterminer les montants à exclure en appliquant des corrections extrapolées. » Selon cette même disposition, une correction extrapolée repose sur un calcul du montant à exclure du financement de l’Union en extrapolant par des moyens statistiques les résultats des contrôles effectués sur un échantillon représentatif de ces cas. Le paragraphe 4 de la disposition en question fixe les exigences de fiabilité auxquelles doit satisfaire le calcul en cause.
136    Lorsque, en revanche, les conditions pour appliquer une correction ponctuelle ou une correction extrapolée ne sont pas remplies ou lorsque la nature du cas est telle que les montants à exclure ne peuvent être déterminés sur la base de ces méthodes, l’article 12, paragraphe 6, du règlement délégué no 907/2014 habilite la Commission à appliquer des corrections forfaitaires appropriées, en tenant compte de la nature et de la gravité de l’infraction et de sa propre estimation du risque de préjudice financier pour l’Union.
137    Contrairement à ce que fait valoir la République tchèque, les conditions d’application d’une correction ponctuelle pour chaque irrégularité constatée par la Commission ne sont pas réunies en l’espèce.
138    En effet, ainsi qu’il ressort de l’article 52, paragraphe 2, du règlement no 1306/2013 et de l’article 12, paragraphe 1, du règlement délégué no 907/2014, une correction ponctuelle présuppose la détermination de montants précis reconnus comme ayant été dépensés de manière qui ne respecte pas les règles applicables. En d’autres termes, il est nécessaire que l’irrégularité constatée soit, de par sa nature, en rapport avec des montants déterminés. Tel est le cas lorsque la Commission constate qu’un exploitant ou un groupe d’exploitants se sont vu admis au bénéfice de l’aide de l’Union alors qu’ils ne remplissaient pas les conditions nécessaires à cet effet. Dans ce cas, il suffit que la Commission se renseigne sur les montants perçus par les exploitants afin d’imposer la correction appropriée à la charge de l’État membre qui n’a pas agi pour faire en sorte d’empêcher l’admission des exploitants en question au bénéfice de l’aide de l’Union.
139    En revanche, lorsque les constatations de la Commission portent sur des carences qui, par leur nature, ne sont pas en rapport direct avec un montant déterminé, mais créent une incertitude quant à la régularité des dépenses mises à la charge du FEAGA en provoquant ainsi un risque de perte pour celui-ci, une correction par extrapolation ou forfaitaire est indiquée selon les distinctions particulières prévues par l’article 12, paragraphes 3 à 6, du règlement délégué no 907/2014.
140    Les constatations de la Commission examinées aux points 72 à 119 ci-dessus ont mis en évidence des carences systémiques dans les contrôles que devait effectuer la République tchèque. Les contrôles en question visent à s’assurer de la régularité des dépenses engagées sous forme d’aides dans le cadre de la politique agricole commune. Quant à leur nature, les carences constatées empêchent d’évaluer avec la précision requise si certains exploitants ont satisfait à l’ensemble des conditions dont dépend leur droit à recevoir les montants d’aide qui leur ont été versés. Par conséquent, il convient de conclure, à l’instar de la Commission, que les postulats dont part la République tchèque pour argumenter que le risque de perte maximal pour le FEAGA était inférieur aux corrections forfaitaires imposées n’étayent pas utilement la conclusion selon laquelle une correction ponctuelle aurait dû être appliquée en l’espèce, selon l’article 52, paragraphe 2, du règlement no 1306/2013.
141    Toutefois, l’argument de la République tchèque selon lequel le préjudice financier maximal causé au FEAGA est sensiblement inférieur aux montants résultant des corrections forfaitaires appliquées semble se référer à l’article 12, paragraphe 8, du règlement délégué no 907/2014.
142    Selon cette disposition, « [l]orsqu’un État membre fait valoir des éléments objectifs, qui ne remplissent pas les conditions énoncées aux paragraphes 2 et 3 du présent article, mais qui permettent de démontrer que la perte maximale pour les fonds est limitée à un montant inférieur à ce qui résulterait de l’application d’un taux forfaitaire inférieur à celui qui est proposé, la Commission utilise le plus bas taux forfaitaire pour décider des montants à exclure du financement de l’Union conformément à l’article 52 du règlement [n°] 1306/2013 ».
143    Il est ainsi inhérent à l’article 12, paragraphe 8, du règlement délégué no 907/2014 que, si l’État membre souhaite profiter de la possibilité qui y est décrite, il doit fournir à la Commission, durant la procédure administrative, tous les éléments dont il ressort que la perte maximale pour le FEAGA est limitée à un montant inférieur à celui qui résulterait de l’application d’un taux forfaitaire inférieur à celui qui est proposé. La même exigence ressort de l’article 12, paragraphes 2 à 6, du règlement délégué no 907/2014, s’agissant des éléments tendant à ce qu’une correction ponctuelle ou extrapolée soit appliquée en lieu et place d’une correction forfaitaire.
144    Or, la République tchèque n’est pas parvenue à remettre en cause la véracité de l’affirmation de la Commission, exposée au point 209 du mémoire en défense, selon laquelle cet État membre n’a produit pendant la procédure administrative aucun calcul structuré répondant aux critères énoncés au point 143 ci-dessus.
145    Par conséquent, les arguments avancés par la République tchèque au soutien de la première branche du présent moyen ne sont pas aptes à établir qu’une correction ponctuelle, en application de l’article 12, paragraphe 2, du règlement délégué no 907/2014, ou bien, en tout état de cause, une correction forfaitaire moins élevée, en application du paragraphe 8 de la même disposition, aurait dû être appliquée en l’espèce. Par suite, il y a lieu de rejeter la première branche du présent moyen.
–       Sur la légalité du taux de correction appliqué
146    La République tchèque fait valoir, deuxièmement, que, eu égard à leur nature et à leur gravité, les infractions constatées ne justifient pas une correction forfaitaire de 10 %, qui serait disproportionnée quant au risque maximal encouru par le FEAGA. En effet, les autorités tchèques auraient procédé à des contrôles concernant la conditionnalité, de sorte qu’une correction de 2, voire de 5 % au maximum, serait justifiée en conformité avec l’article 12, paragraphe 8, du règlement délégué no 907/2014.
147    À cet égard, il y a lieu de rappeler que l’article 12, paragraphe 8, du règlement délégué no 907/2014 requiert que l’État membre démontre, en prenant appui sur des éléments objectifs, que la perte maximale pour le FEAGA est limitée à un montant inférieur à celui qui résulterait d’un taux forfaitaire inférieur à celui proposé par la Commission. Or, ainsi qu’il ressort des points 101 à 119 ci-dessus, les affirmations selon lesquelles les autorités tchèques ont procédé à des contrôles au moyen de leurs systèmes de contrôle et de gestion, en dépit des constatations relatives à l’exactitude des inscriptions aux registres des animaux et du port des marques auriculaires en conformité avec les dispositions s’y rapportant, ne sont pas susceptibles de dissiper les doutes sérieux et raisonnables que la Commission a pu éprouver. De surcroît, ces simples affirmations ne sont pas aptes à invalider l’appréciation de la Commission selon laquelle les carences observées rendent les contrôles inefficaces pour déterminer l’éligibilité d’une demande ou prévenir les irrégularités. Elles constituent encore moins des éléments objectifs démontrant que la perte maximale pour le FEAGA est inférieure au montant résultant de l’application de la correction forfaitaire imposée, si bien qu’un taux forfaitaire plus bas aurait dû être appliqué en vertu de l’article 12, paragraphe 8, du règlement délégué no 907/2014. Par conséquent, une correction forfaitaire de 10 % est justifiée au regard du document VI/5330/97 intitulé « Orientations concernant le calcul des conséquences financières lors de la préparation de la décision d’apurement des comptes du FEOGA-Garantie », adopté par la Commission le 23 décembre 1997.
148    Il y a donc lieu de rejeter la deuxième branche du présent moyen.
–       Sur l’assiette de calcul de la correction imposée
149    Enfin, troisièmement, la République tchèque expose que, selon les lignes directrices de la Commission, l’assiette pour l’imposition d’une correction forfaitaire en matière de conditionnalité doit être établie à 3 % pour la première année d’application des exigences s’y rapportant et à 6 % pour la deuxième année. Or, pour huit des neuf griefs retenus par la Commission, cette dernière aurait dû établir l’assiette de calcul, pour l’année de demande 2010, à 6 % des dépenses au lieu de 10 %, puisque, en vertu du droit de l’Union, les exigences en matière de conditionnalité ne seraient d’application obligatoire en République tchèque qu’à partir de 2009.
150    La Commission, pour sa part, rétorque que les exigences relatives à la conditionnalité étaient d’application en République tchèque depuis 2007, en ce sens que cet État membre avait appliqué au moins une norme de conditionnalité cette année-là. Par conséquent, l’année 2010 ne serait pas la deuxième année d’application de celles-ci.
151    À cet égard, il convient de rappeler que les corrections forfaitaires mentionnées au point 65 ci-dessus ont été imposées au taux théorique des réductions que, selon la Commission, l’État membre aurait dû appliquer à l’adresse des exploitants si le système de contrôle avait fonctionné en conformité avec les règles du droit de l’Union.
152    En particulier, l’inobservation des exigences liées à la conditionnalité donne lieu à des réductions des aides versées à l’agriculteur concerné. Les règles spécifiques concernant les divers taux de réduction sont établies aux articles 71 et 72 du règlement no 1122/2009. Par conséquent, une défaillance des contrôles relatifs à la conditionnalité remet en cause la possibilité pour l’État membre d’imposer les réductions appropriées aux cas qui le justifient, circonstance qui est génératrice d’un risque de perte pour le FEAGA.
153    En l’espèce, il ressort d’ailleurs du tableau figurant au chapitre 13.1.3 du rapport de synthèse, lu en combinaison avec le document AGRI/2005/64043 de la Commission, adopté le 9 juin 2006 et fixant les orientations de la Commission en la matière, que les corrections forfaitaires mentionnées au point 65 ci-dessus ont été imposées au taux théorique des réductions que, selon la Commission, l’État membre aurait dû appliquer à l’adresse des exploitants si les contrôles s’y rapportant avaient fonctionné correctement. Ce taux des réductions a été établi, pour la présente affaire, à 10 % de l’aide reçue par les exploitants concernés par les constatations de la Commission. Ainsi, la correction imposée s’élève à 1 % (10 % x 10 %) de la dépense totale au profit des détenteurs d’animaux et à 0,2 % (2 % x 10 %) de la dépense totale au profit des exploitants non détenteurs d’animaux.
154    Selon l’article 71, paragraphes 1 et 5, du règlement no 1122/2009, la constatation d’un cas de non-conformité dû à la négligence de l’agriculteur est passible d’une réduction à concurrence de 3 % des montants perçus ou à percevoir par l’agriculteur, tels qu’énumérés à l’article 70, paragraphe 8, du même règlement. En cas de répétition de la non-conformité, ce taux est multiplié par 3 pour atteindre 9 % et peut même s’établir à 15 % en cas de répétitions ultérieures.
155    Ainsi, comme le précise par ailleurs le document AGRI/2005/64043 mentionné au point 153 ci-dessus, la possibilité de répétitions des cas de non-conformité, et donc la possibilité d’imposer des réductions allant au-delà de 3 %, existe uniquement à partir de la deuxième année d’application des exigences en matière de conditionnalité. Par conséquent, eu égard à la manière de constituer l’assiette de calcul des corrections forfaitaires en matière de conditionnalité, la Commission limite l’assiette d’imposition d’une correction forfaitaire à 3 ou à 6 % – moyenne entre 3 et 9 % – selon qu’il existe une possibilité objective de répétition des cas de non-conformité de la part d’un exploitant.
156    La République tchèque fait valoir que, en vertu de l’article 143 ter du règlement (CE) no 1782/2003 du Conseil, du 29 septembre 2003, établissant des règles communes pour les régimes de soutien direct dans le cadre de la politique agricole commune et établissant certains régimes de soutien en faveur des agriculteurs et modifiant les règlements (CEE) n
o 2019/93, (CE) n
o 1452/2001, (CE) n
o 1453/2001, (CE) n
o 1454/2001, (CE) n
o 1868/94, (CE) n
o 1251/1999, (CE) n
o 1254/1999, (CE) n
o 1673/2000, (CEE) n
o 2358/71 et (CE) n
o 2529/2001 (JO 2003, L 270, p. 1), les agriculteurs établis dans les États membres ayant adhéré à l’Union le 1
er mai 2004 n’étaient pas tenus de respecter les exigences réglementaires en matière de gestion avant le 1
er janvier 2009. En revanche, la Commission fait valoir que certaines de ces exigences étaient d’application en République tchèque à partir de 2007, ne fut-ce que sur une base volontaire de la part de cet État membre. La République tchèque rétorque que cette application est dénuée de pertinence, dès lors qu’elle n’était pas obligatoire en vertu du droit de l’Union.
157    À cet égard, l’élément crucial est celui de savoir à partir de quelle date la Commission était en droit d’imposer des corrections à la République tchèque, motif pris de contrôles inefficaces s’agissant des exigences réglementaires en matière de gestion. En particulier, si la Commission était en droit d’imposer de telles corrections à partir de 2007, c’est à juste titre qu’elle considère qu’à partir de 2011 des cas de non-conformité passibles de réductions allant au-delà de 9 % auraient pu être détectés si les contrôles avaient été efficaces. En revanche, si, compte tenu de l’article 143 ter du règlement n
o 1782/2003, la Commission n’était en droit d’imposer des corrections sur ce fondement qu’à partir de l’exercice financier 2010, force est de constater que, durant l’exercice financier 2011, les autorités tchèques n’auraient pu constater qu’une seule répétition des cas de non-conformité de la part des exploitants, ce qui voudrait dire que les réductions applicables en vertu de l’article 71 du règlement n
o 1122/2009 ne pouvaient s’élever qu’à 6 % au maximum.
158    Sur ce point, l’article 143 ter, paragraphe 6, du règlement n
o 1782/2003 dispose ce qui suit :
« À compter du 1er janvier 2005 et jusqu’au 31 décembre 2008, l’application des articles 3, 4, 6, 7 et 9 est facultative pour les nouveaux États membres, dans la mesure où ces dispositions concernent des exigences réglementaires en matière de gestion. À compter du 1er janvier 2009, tout agriculteur percevant des paiements au titre du régime de paiement unique à la surface dans [l]es États membres [ayant adhéré à l’Union le 1er mai 2004] respecte les exigences réglementaires en matière de gestion visées à l’annexe III […] »
159    À cet égard, ainsi qu’il ressort de l’argumentation de la Commission exposée au point 227 du mémoire en défense, les dispositions adoptées par la République tchèque en 2007 ne concernent pas les exigences réglementaires en matière de gestion, mais les bonnes conditions agricoles et environnementales, qui ne sont pas concernées par l’article 143 ter, paragraphe 6, du règlement no 1782/2003. Par conséquent, il ne saurait être inféré de l’adoption de ces règles que la République tchèque a, en quelque sorte, voulu que l’ensemble des normes de conditionnalité soient applicables sur son territoire à partir de 2007.
160    En tout état de cause, il y a lieu de relever que le caractère facultatif de l’application des articles 3, 4, 6, 7 et 9 du règlement no 1782/2003 pour les nouveaux États membres implique que le respect des exigences réglementaires en matière de gestion n’est pas, du point de vue du droit de l’Union, une condition pour le versement des aides du FEAGA à destination des agriculteurs avant le 1er janvier 2009.
161    En outre, ainsi que l’a précisé la Commission en réponse aux questions écrites posées par le Tribunal, l’introduction d’exigences réglementaires en matière de gestion avant le 1er janvier 2009 n’aurait procuré aucun avantage financier supplémentaire sous forme d’aide en provenance du FEAGA aux agriculteurs établis en République tchèque.
162    Or, selon l’article 52, paragraphe 1, du règlement no 1306/2013, la Commission impose des corrections lorsque les dépenses effectuées au titre du FEAGA n’ont pas été effectuées conformément au droit de l’Union. En outre, selon l’article 12, paragraphe 6, du règlement délégué no 907/2014, l’imposition d’une correction forfaitaire présuppose un risque de préjudice de l’Union. Il ressort des considérations exposées aux points 160 à 161 ci-dessus que le fait pour un agriculteur d’un État membre ayant adhéré à l’Union le 1er mai 2004 de ne pas respecter les exigences réglementaires en matière de gestion avant le 1er janvier 2009 ne peut pas constituer une violation du droit de l’Union et cela indépendamment de la question de savoir si l’État membre en question a introduit une telle exigence avant cette date sur une base volontaire. Cette conclusion a pour conséquence que, du point de vue du droit de l’Union, il est exclu qu’un agriculteur ne respectant pas une exigence réglementaire en matière de gestion en 2010 soit en situation de récidive pour cause de violation de ce droit pour la deuxième année consécutive. Cette conclusion a également pour conséquence qu’un risque de perte pour le FEAGA en raison de défaillances dans les contrôles concernant les exigences réglementaires en matière de gestion est à exclure pour la période antérieure au 1er janvier 2009.
163    Il ressort de ce qui précède que la position de la Commission selon laquelle la récidive est à apprécier, s’agissant des agriculteurs bénéficiaires des aides du FEAGA en République tchèque, en fonction de la première année d’application d’une norme de conditionnalité dans cet État membre sans distinguer selon que la norme en question relève des bonnes conditions agricoles et environnementales ou des exigences réglementaires en matière de gestion ne saurait être acceptée.
164    Enfin, il y a lieu de rappeler que, à l’exception des constatations relatives à la rotation des cultures (voir point 79 ci-dessus) et à l’exclusion du motif concernant l’aide des agriculteurs qui empêchent la réalisation d’un contrôle sur place (voir point 66, dernier tiret, ci-dessus), les autres motifs fondant la correction litigieuse relèvent des exigences réglementaires en matière de gestion.
165    L’établissement à 10 % de l’assiette de calcul de la correction litigieuse en raison des défaillances observées au niveau des contrôles pour l’année de demande 2010, concernant l’exercice financier 2011, n’est donc pas compatible avec les orientations que la Commission a adoptées dans le document AGRI/2005/64043 (voir point 153 ci-dessus).
166    Il s’ensuit que la troisième branche du moyen pris de la violation de l’article 52, paragraphe 2, du règlement no 1306/2013 doit être accueillie et que la correction litigieuse doit être annulée en ce qu’elle concerne les contrôles relatifs à la conditionnalité pour l’année de demande 2010, concernant l’exercice financier 2011. Il ressort de la décision attaquée et du tableau figurant au chapitre 13.1.3 du rapport de synthèse que cette correction s’élève à 5 297 424,42 euros pour les exploitants détenteurs d’animaux et à 1 059 484,88 euros pour les exploitants ne détenant pas d’animaux, soit au total à 6 356 909,30 euros.
Conclusion
167    Il ressort des appréciations qui précèdent que la décision attaquée doit être annulée en tant qu’elle concerne les exigences concernant la conditionnalité pour l’année de demande 2010, quant à l’exercice financier 2011 (voir points 149 à 166 ci-dessus). Le recours doit être rejeté pour le surplus.
Sur les dépens
168    Aux termes de l’article 134, paragraphe 3, du règlement de procédure, chaque partie supporte ses propres dépens si les parties succombent respectivement sur un ou plusieurs chefs.
169    Aux termes de l’article 138, paragraphe 1, du règlement de procédure, les États membres qui sont intervenus au litige supportent leurs dépens.
170    En l’espèce, il y a lieu de décider que chaque partie supportera ses propres dépens.
Par ces motifs,
LE TRIBUNAL (cinquième chambre)
déclare et arrête :
1)      La décision d’exécution (UE) 2016/1059 de la Commission, du 20 juin 2016, écartant du financement de l’Union européenne certaines dépenses effectuées par les États membres au titre du Fonds européen agricole de garantie (FEAGA) et du Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader), est annulée en ce qu’elle écarte les paiements effectués par la République tchèque au titre du FEAGA pour un montant de 6 356 909,30 euros au titre des contrôles en matière de conditionnalité concernant l’exercice financier 2011.
2)      Le recours est rejeté pour le surplus.
3)      La Commission européenne, la République tchèque et le Royaume de Suède supporteront chacun leurs propres dépens.
Gratsias
Dittrich
Xuereb
Ainsi prononcé en audience publique à Luxembourg, le 13 septembre 2018.
Signatures
*      Langue de procédure : le tchèque.