Colonisation bactérienne chronique de l'intestin grêle

Lacolonisation bactérienne chronique de l'intestin grêle(CBCG), aussi appelé SIBO (pourSmall Intestinal Bacterial Overgrowth), consiste en une prolifération excessive et pathologique debactériesau niveau de l'intestin grêle. Normalement, c'est dans lecôlonque se trouve la majorité dumicrobiote intestinal, soit 1 à 2 kilos de bactéries, selon les individus.
En cas de CBCG, la lumière et la paroi de l'intestin grêle, voire duduodénum, abritent en surnombre bactéries et virus qui en détruisent lemucusprotecteur, altèrent profondément l'architecture de labarrière muqueuse intestinalequi doit en assurerl'imperméabilité, perturbent le bon fonctionnement desentérocyteset du système immunitaire sous-jacent (tissu lymphoïde associé au tube digestif ou GALTen anglais). Il s'ensuit une malabsorption progressive de nutriments alimentaires dont se nourrissent les bactéries. S'installe alors un cercle vicieux infectieux, amplifié par les carences nutritionnelles ainsi que par une dysimmunité induite via la stimulation deslymphocytes Trégulateurs.
La CBCGest souvent dénommée (par les médecins et les médias sur l'Internet notamment), par son acronyme anglais : SIBO(pourSmall Intestinal Bacterial Overgrowth).
Il n'y a pas de consensus pour la terminologie francophone, qui utilise aussi« Pullulation Bactérienne du grêle »,« Surcroissance Bactérienne de l'intestin grêle »,« Prolifération Bactérienne Chronique du Grêle »(PBCG).
Elle est inconnue dans le monde, et encore difficile à déterminer car très sous-diagnostiquée, les médecins y étant peu sensibilisés lors de leurs études, hormis dans les pays anglo-saxons.
De plus les tests de détection produisent beaucoup defaux négatifs, pour des raisons détaillées ci-dessous.
La fréquence de la CBCG augmente avec l'âge.
Les glucides dont les apports alimentaires sont trop importants par rapport à la capacité d'absorption de la muqueuse jéjunale ou dont l'absorption muqueuse est réduite pour quelque raison que ce soit, subissent une fermentation rapide par les bactéries du tractus digestif. Ces bactéries, en recevant suffisamment de substrat nutritif, se multiplient rapidement et se retrouvent en concentration excessive au niveau de l'intestin grêle, voire du duodénum et même parfois de l'estomac. Il y a donc compétition entre la capacité d'absorption muqueuse des glucides et leur fermentation par les bactéries.
Il en résulte une production importante de multiples gaz, dont l'hydrogène, le méthane, le méthylacétate, l'hydrogène sulfureux… par ordre de fréquence. L'hydrogène se dilatant énormément entraîne de gros ballonnements abdominaux, particulièrement désagréables.Escherichia coli,Streptococcus,Lactobacillus,BacteroidesetEnterococcussont couramment impliqués. Le méthane, quant à lui, donne peu de ballonnement, mais est responsable d'un ralentissement du transit digestif, favorisant lesreflux gastro-œsophagiens(RGO) et une constipation terminale. Une production d'hydrogène sulfureux se reconnait aisément de par son odeur caractéristique d’œuf pourri au niveau de l'haleine à jeun ou lors d'émission de gaz aboraux.
Outre les gaz, les bactéries, en consommant l'excès de glucides alimentaires, produisent de nombreux métabolites en grande quantité, dont des acides gras volatils, encore nommés acides gras à chaîne courte (AGCC) tels qu'acétate, propionate, butyrate... Ces derniers surchargent le foie, y installant stéatose et inflammation chronique. Il y a également la production de D-lactate qui est impliquée notamment dans la symptomatologie du syndrome de la fatigue chronique.
Lelipopolysaccharide(LPS) ouEndotoxineprovenant de la paroi des bactéries gram négatif provoque une augmentation de la perméabilité de l'intestin grêle, en venant se fixer sur son récepteurTLR4(de la famille desToll-like Receptorsou TLR) situé notamment à la surface des entérocytes. Il s'ensuit une augmentation de laZonuline, que l'on peut doser aussi bien dans le sang que dans les selles et qui entraîne une dislocation des jonctions serrées entre les entérocytes. Cela a trois conséquences : ouverture du passage para-cellulaire pour de grosses molécules ; diminution des capacités d'absorption du grêle à la suite des altérations du pôle apical des entérocytes avec, d'une part, réduction en hauteur de la bordure brosse et, d'autre part, dépolarisation des transporteurs transmembranaires (il n'y a donc plus ségrégation des phénomènes d'import du contenu luminal à la face apicale et d'export vers les lymphatiques à la face basale) ; les enzymes intestinales, telles la lactase ou la lipase intestinale ne sont plus sécrétées par les cellules altérées, expliquant entre autres l'intolérance au lactose.
Le LPS en passant dans le sang se fixe sur tous les TLR4 qu'il rencontre, notamment sur les monocytes circulants et les macrophages tissulaires, mais également au niveau de toutes les barrières physiologiques du corps, comme la barrière hémato-encéphalique(BHE) interface entre le sang et le cerveau. Le même phénomène se retrouve au niveau de tous les vaisseaux, des muqueuses pulmonaires ou des voies aériennes supérieures, des voies urinaires et génitales, du placenta...
Il s'ensuit notamment : 1) une dys-immunité et des phénomènes inflammatoires par stimulation excessive du système immunitaire sous-muqueux et mésentérique, 2) une surcharge de la détoxification hépatique par les toxines bactériennes et les macromolécules alimentaires non digérées qui prennent la voie de la veine porte, après être passé entre les entérocytes, 3) des carences nutritionnelles par mal-digestion et mal-absorption, 4) un stress oxydant.
Une muqueuse agressée en continu entraîne une immunodépression chronique qui fait le lit des maladies auto-immunes via la production de globules blancs autoréactifs (TH17) et ouvrira la voie au développement depolypesetcancers.
De plus en plus d'études récentes démontrent l'importance des répercussions de toute pathologie gingivale chronique sur de nombreuses pathologies générales. Qu'elle soit due à une prolifération virale ou à une dysbiose bactérienne, voire des deux, toute gingivite ou parodontite doit être traitée avec le plus grand soin et le plus précocement possible.
Lesfacteurs de risqueincluent la résection intestinale, lachirurgie bariatrique, les troubles de la motilité gastro-intestinale, les désordres du système immunitaire tels que le déficit enIgA sécrétoires, l'utilisation prolongée d'inhibiteurs de la pompe à protons(IPP), l'utilisation récurrente d'antibiotiques, l’infection àHelicobacter pylori, certainesparasitoses, la prise deprobiotiques, l’insuffisance pancréatique, les traitementsimmunosuppresseurs, laradiothérapieet lachimiothérapie, les affections qui affectent la motilité de l'intestin, telles que lasclérodermie, la maladie cœliaque, la maladie de Crohnet autres maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), l'insuffisance rénale, l'hypothyroïdie, les neuropathies diabétiques ou autres qui atteignent le nerf vague, une consommation excessive de sucres, l’intolérance au gluten, au fructose, au lactose, une mauvaisemastication, un excès de stress…
Ils varient considérablement en fonction selon la composition de la flore bactérienne de l’intestin grêle, selon sa concentration et selon sa localisation : proximale (gastroduodénale, jéjunale), ou plus distale (au niveau de l'iléon).
Les symptômes comprennentdyspepsie,reflux gastro-œsophagien, ballonnements,flatulencesplus ou moins malodorantes suivant la nature des gaz produits, douleurs abdominales,syndrome de l'intestin irritable(SII), diarrhéeou constipation,stéatorrhée, fatigue, "brain-fog" ou esprit embrumé avec lenteur d'idéation et mauvaise mémoire à court terme,céphalées,arthralgies,intolérance au lactoseet à d'autres saccharides,intolérancesetallergiesà diverses protéines alimentaires,syndrome d'intolérance à l'histamine.
Une prolifération bactérienne et l'hyperperméabilité intestinales favorisent, entre autres, des maladies cutanéestelles qu'acné,rosacée,psoriasis,eczéma,urticaire,photosensibilité,syndrome de l'intestin irritable, maladies infectieuses et inflammatoires de l’intestin,maladies rhumatismales,hépatitestoxiques,pancréatiteschroniques,fibromyalgie, syndrome de fatigue chronique(SFC), sensibilité chimique multiple,anxiété,dépression,hyperactivité,syndrome des jambes sans repos, certaines formes d'autisme,maladie de Parkinson,maladies auto-immunes,polypesetcancers.
Les bactériesméthanogènes(productrices de méthane) consomment dutryptophane, l'acide aminé précurseur de lasérotonine, pouvant ainsi générer un syndrome dépressif. Le méthane, en se combinant à d’autres gaz ou à des acides gras volatils, peut former des composés cycliques capables d'induire destroubles du comportement.
Uneinfertilitépeut découler de l'altération de l'intégrité de la muqueuse utérine et d'une dysfonction ovarienne, concomitantes à une hyperperméabilité digestive. Le nouveau-né hérite en grande partie la flore digestive de sa mère lors de l'accouchement puis lors de l'allaitement (où 30% de la flore sont transmis) et lors des contacts rapprochés. Une bonne flore maternelle est donc indispensable avant la conception, pendant la grossesse et après l'accouchement car unedysbiose intestinalematernelle (via les nombreux métabolites produits) va modifier l'ADN par voieépigénétique; l'expression des gènes maternels, mais aussi fœtaux (et même desgamètesde ce dernier) est alors modifiée. Trois générations successives au moins sont alors sous l'influence de cette dysbiose.
Unestasegastrique peut générer une constipation terminale à la suite du réflexe reliant vidanges gastrique et rectales. Les tests respiratoires montrent alors une surproduction de gaz à jeun de type méthylacétate (Méthane + Acétate). L’échographie montre un estomac distendu par des gaz et hypotonique avec stase gastro-duodénale. Le reflux duodénal vers l’estomac entraîne des sels biliaires qui irritent la paroi gastrique avant d'être détruits par l’acidité. L’acide acétiqueva être source decellulite, de graisse viscérale et destéatose hépatique, avec développement d'unsyndrome métabolique: hypertension, hypercholestérolémie, résistance à l'insuline puis diabète de type 2 et maladies cardio-vasculaires.
Une PBIG sévère peut causer :
Depuis lesannées 1980, il est souvent posé à l'aide d'untest respiratoire.
Après ingestion de 10 gr delactulosela machine dose l'hydrogèneet leméthanedans l'air expiré, à intervalles réguliers (15, 20 ou 30 minutes) durant 2 heures. On doit assister à une élévation précoce du taux d'hydrogène. Si l'élévation est plus tardive, il s'agit généralement d'unedysbiose colique.
La CBCG peut aussi être diagnostiquée parculture bactérienne, aprèsgastroscopieet aspiration de liquide duodénal, voire mieux, jéjunal. L'examen est plus invasif, avec des faux négatifs en cas d'aspiration trop haute de l'intestin grêle ou en présence degermes anaérobiesne se développant pas dans les milieux de culture utilisés.
Au fil du temps la pullulation microbienne s’installe dans des couches de plus en plus profondes du mucus en formant un biofilm particulièrement résistant qui abrase la muqueuse et dans lequel on retrouve des bactéries à l'état quiescent, donc insensibles à tout traitement, même drastique. La prise en charge pourra donc durer plus d'un an. Au-delà d'une simple action sur les ballonnements ou le transit, il faudra gérer les infections virales chroniques, qu'elles soient buccales ou hépatiques. Pour ce qui concerne la stéatose hépatique, il faudra, avant tout, tenir compte de la stase gastroduodénale.
Il sera donc nécessaire de prendre en charge simultanémentla prolifération bactérienne, la stase, qu'elle soit gastrique, duodénale, jéjunale, iléale ou généralisée, l'hyperperméabilité et l'inflammation intestinales, l'optimisation des apports alimentaires et le traitement des carences, l'immunité, la stéatose hépatique, les pathologies sous-jacentes.
Ils constituent encore malheureusement le seul traitement de base pour beaucoup de praticiens. La rifaximineest un antibiotique qui est très peu absorbé par la muqueuse intestinale. En cas de constipation, certains recommandent d'y ajouter la néomycine, cette dernière semblant plus active sur les bactéries méthanogènes et qui est responsable de cette constipation. Malheureusement, la symptomatologie récidive souvent au bout de quelques semaines, ce qui nécessite de réitérer régulièrement le traitement antibiotique, ce qui n'est pas anodin. Cependant, une étude comparant deux formulations à base de plantesou d'un mélange d'huiles essentielles par rapport au traitement antibiotique standard a démontré que les herbes avaient un effet égal ou supérieur à celui des antibiotiques.
Notamment des mélanges d'HE peuvent être utilisés par voie orale, tels que : (origan compact+ écorce de cannelle + clou de girofle) en cas d'excès de production de méthane, (thym à linalol+ menthe poivrée+ clou de girofle) en présence d'un excès d'hydrogène. Mais, comme toute huile essentielle prise par voie orale, à utiliser en très petite quantité et pour une durée déterminée.
Pour contrer la dysmotilité digestive avec stase gastro-duodénale ou grêle, l'érythromycine, parfois à forte dose (3x 650mg/jour), est prescrite dans les cas graves tels que la sclérodermie, mais plus souvent à doses nettement plus faible, de l'ordre de 50mg. Les sels de Magnésium sont utiles, notamment sous forme de sulfate, ousel d'Epsom, à raison de 5 gr dilués dans 300 à 500 ml d'eau et additionnés de jus de citron afin de masquer le goût extrêmement amer. Il faut attendre quelques heures pour que le sel soit parfaitement dissout. Cette solution se boit 1 à 2 heures après les repas principaux. L'acide ursodéoxycholique (AUDC) commercialisé sous les noms de Ursochol (cp à 150, 300 voire 500mg) à raison de 20mg/kgpermet 1° de restaurer les stocks hépatiques ensels biliaireset leurcycle entéro-hépatique, 2° exerce une activité prokinétique sur l'intestin et les voies biliaires, 3° exerce une action bactéricide sur certaines bactéries pathogènes. Les sels de Magnésium et les sels biliaires ayant un effet laxatif, ils sont utiles en cas de constipation opiniâtre, mais leur usage est limité en présence de diarrhée.
Une activité physique ou sportive modérée à intense, pratiquée de façon régulière, permet d'entraîner une hypoglycémie, qui réduit la sécrétion deGLP1(Glucagon-like peptide-1) au niveau iléal, ce qui accélère le transit grêle.
L'HE de gingembre est active contre la stase gastrique.
Ils sont également souvent utilisés, comportant une seule souche bactérienne tel leLactobacillus caseiou une association de diverses souches.
LesFODMAPsont fortement fermentesciblesà la suite de leur pauvre absorption naturelle par la muqueuse grêle. Ils favorisent la croissance de nombreuses bactéries. Beaucoup d'entre eux font d'ailleurs partie des prébiotiques.
Unjeûne intermittent, peut être intéressant, notamment celui durant environ 16 heures consécutives, ce qui veut dire manger deux repas distants de 8 h avec éventuellement une collation entre les deux. Souvent, le plus simple et le plus acceptable socialement consiste à manger vers 12 h et 20 h, avec une collation vers 16 h. Mais entre le repas du soir à 20 h et celui du lendemain midi il ne faut rien absorber, solide comme liquide qui puisse servir de nourriture aux bactéries. De l'eau, du café, du thé ou une tisane sont bien sûr permis, à condition de ne pas abuser de sucre et surtout d'éviter tous les édulcorants, qui eux entretiennent ladysbiose. Bien sûr, à condition de respecter la durée de 16 h de jeûne, on peut placer les repas pendant la période de la journée qui semble être la plus propice en fonction des préférences et du mode de vie du patient. Ce jeûne en plus de réduire lesapports caloriques, le poids et surtout lamasse grasse, il permet d'améliorer lasensibilité à l'insulinetout en affamant les bactéries du grêle et en favorisant le péristaltisme qui les élimine vers le colon.
Ont déjà été mentionnés les sels de magnésium, l'acide ursodéoxycholique, l'activité physique et un apport suffisant en fibreset en eau. À cela il faut ajouter lesgraines de lin, dechiaou depsyllium (plantain). La flore méthanogèneest le plus souvent le responsable de cetteconstipation terminale. Parfois, il faut avoir recours à des antibiotiques actifs contre cette flore méthanogène. Une alternative est l'utilisation d'huiles essentielles.
Faciliter l'absorption des sucres: mastication suffisante, réduire et fractionner surtout les apports en sucres rapides: une à deux portions de fruits maximum et pris à distance des repas, blanchir les légumes afin d'éliminer les FODMAP en excès, cuire et mixer fruits et légumes.
En restaurant l’intégrité de la muqueuse intestinale grâce au champignon Shiitake et à l'HE de menthe poivrée. Certains champignons tels lepleuroteou lePhellinuslinteussont également conseillés. Il s’agira également de favoriser une meilleure trophicité des cellules de l’intestin grâce à un autre champignon (Hericium erinaceus) et à la spiruline.
Rechercher et traiter les proliférations virales, qu'elles soient buccales ou digestives, grâce à certains champignons (Trametes versicolor).
Doser la vitamine D : des taux sanguins supérieurs à70mg/mlsont primordiaux pour une bonne immunité (cancer, maladie auto-immune) et le maintien d'une force musculaire optimale.
Favoriser les graisses riches enoméga-3.
Il faut réduire les apports de gluten et éviter l’alcool ; HE de Citron, gingembre et arbre à thé. Utiliser des cholagogues (chardon-marie, Boldo, Berbéris, Chrysantellum) mais seulement après avoir traité la stase gastroduodénale, sinon les toxines sont réabsorbées par la circulation entéro-hépatique.
Recherche et traitement d'une hypothyroïdie, même fruste.
Recherche et complémentation des carences éventuelles : Vit ADEK, les vitamines B, Fer, Zinc.
Prendre en charge une neuropathie, qu'elle soit diabétique ou d'autre origine, qui peut toucher le nerf vague.
Après un diagnostic de CBCG suivant les symptômes caractéristiques présentés par le patient et éventuellement la réalisation d'untest respiratoire à l'hydrogène, un traitement antibiotique est instauré pendant 7 à 10 jours (par exemple Rifaximine 1,650mg/jouren trois prises).
Si les symptômes disparaissent et qu'un nouveau test respiratoire à l'hydrogène est négatif, le diagnostic de CBCG est confirmé.
Il faudra alors prendre en charge le traitement de la cause sous-jacente (cf. Tableau 1) pour éviter les récidives. Il est notamment utile d'envisager l'arrêt des IPP, voire de supplémenter en HCl, si nécessaire. Parfois, on aura même recours à une intervention chirurgicale pour résoudre un problème mécanique, tel qu'une sténose, une bride, des adhérences, une anse borgne, des diverticules du grêle, etc.
Un traitement nutritionnel voire de la phytothérapie ou des compléments alimentaires seront souvent utiles. Si nécessaire, en présence de stase gastro-duodénale ou grêle marquée, on devra employer des pro-kinétiques. Par exemple sera prescrite de l'Erythromycine à la dose de 50 mg/jour si problème léger, mais à forte dose dans des cas graves tels que la sclérodermie.