المسيحية في إندونيسيا

تُشكّلالمسيحية في إندونيسياثاني أكثر الديانات انتشاراً بين السكان بعدالإسلام،وفقًا لتعداد السكان عام 2024تُشّكل مجمل الطوائف المسيحيَّة حوالي 10,73% أي حوالي30.277.477 مليون نسمة.حكومةإندونيسياتعترف رسميًا في قسمين مسيحيين رئيسيين في إندونيسيا، وهماالبروتستانتيةوالكنيسة الرومانية الكاثوليكية.يشكل البروتستانت حوالي 70,8% من مجمل مسيحيي إندونيسيا، ويشكل الكاثوليك 29,2% من مجمل مسيحيين إندونيسيا. وتحوي إندونيسيا على واحدة من أكبر التجمعاتالمسيحية في العالم الإسلامي.
إندونيسيا هي موطن لأكبر مجتمع مسيحي يتألف من المتحولين من الإسلام إلى المسيحية؛ وفقًا لمصادر مختلفة، منذ منتصف وأواخر الستينيات من القرن العشرين، تحول ما بين مليونين إلى 2.5 مليون مسلم إلى المسيحية.في الآونة الأخيرة أزداد معدلنمو المسيحيةوانتشارها بشكل خاص بين الأقلية الصينية خاصًة من المتعلمين.وذكرت تقارير صحفية أن بعض الدول الآسيوية، وعلى رأسها إندونيسيا، تشهد حملة ملحوظة من التبشير، أدت إلى تزايد كبير في أعداد المتحولين للمسيحية بحيث بات أفراد هذه الفئة أكثر ظهوراً في الحياة الاجتماعية بالبلاد،وبحسب دراسة تعود إلى عام 2015 كان هناك حوالي 6.5 مليونمسيحي إندونيسي من خلفية إسلامية.
على الرغم من أنَّ نسبة المسيحيين تبلغ 10% من مجموع سكان إندونيسيا، لكن تأثيرهم الاقتصادي ملحوظ ومشاركتهم السياسية آخذة في التزايد على خلفية تجارب سابقة لأحزاب مسيحية اندمجت ضمن أحزاب قومية كبيرة منذ عقود، وقد صُرح لحزبين مسيحيين بالنشاط السياسي وهما حزب السلام والإزهار وحزب حب الديمقراطية للمشاركة في الانتخابات التشريعية. ويعد المسيحيين المجموعة الدينيَّة الأكثر تعلمًا في إندونيسيا حيث وفقًا لدراسة قامت بهامركز بيو للأبحاثعام2016تحت اسمالدين والتعليم حول العالمحوالي 15% من المسيحيين في إندونيسيا حاصلين علىتعليم عالومن حملةالشهادات الجامعيَّة، بالمقارنة مع 12% منالبوذيينوحوالي 9% منالهندوسوحوالي 7% منالمُسلمينفي إندونيسيا.
يعود تاريخ أول وجود لكنائس المسيحية في البلاد إلىالقرن الثاني عشرحيث تشير السجلات إلى تأسيس كنيسة في باروس، على الساحل الغربيلسومطرة الشمالية، وهو مركز تجاري معروف كان يتردد عليه التجار الهنود، وبالتالي ارتبطت الكنيسة معمسيحيون مار توما.ومن الملاحظ أن عدة رحالة ذكروا كذلك وجود أماكن أخرى مرتبطةبتوما الرسولفيسومطرةوهو ما يرى على أنه دليل على نشاطلكنيسة المشرقفي تلك الأنحاء.وصلت أول بعثة كاثوليكيَّة إلى إندونيسيا فيالقرن الرابع عشر، بقيادة الراهب الفرنسيسكاني الإيطالي ماتيوسي. وذكر الراهب في كتابه «سفر الراهب من بوردينوني» أنه زار عدة أماكن مثلسومطرةوجاوةوبنجرماسينفي بورنيو بين عام1318وعام1330. وكان قد أرسله البابا لإطلاق مهمة تبشيريَّة في البلدان الآسيوية. في عام1318غادر الراهب ماتيوسي منبادوفا، عبرالبحر الأسودإلىبلاد فارس، على طول الطريق فيكالكوتاومدراسوسريلانكا. ثم توجه إلى جزيرة نيكوبار على طول الطريق إلى سومطرة، قبل زيارة جاوا وبنجرماسين. وعاد إلىإيطالياعن طريق البر عبرفيتناموالصينعلى طولطريق الحريرإلىأوروبافي عام1330. وكانت المملكة الجاوية المذكورة في سجله ذات تقاليدهندوسيةوبوذية. وكانت هذه المهمة التبشيرية هامة حيث توفرت للكنيسة بعض المعلومات حول آسيا. في ذلك الوقت لم يتم تأسيس الكنيسة الكاثوليكية بعد في المنطقة، وكان معظم السكان من معتنقيالهندوسيَّةوالبوذيَّة.
فيالقرن السادس عشرأرسل شمعون مطرانًا إلى جنوب الصين التي كانت ضمن بطريركية تشمل الهندوجاوابعد انقطاع طال عدة أجيال.كما أرسل البطريرك إلياس الخامس (1502-1503) ثلاثة رهبان إلى كل من هذه المناطق الثلاث تمكنوا خلالها من إعادة بناء هيكلية تلك الكنائس.وشهدت نفس الفترة كذلك نشاطًا بحريًا أوروبيًا فيالمحيط الهنديفالتقوا مسيحيي القديس توما من أتباع كنيسة المشرق الذين كانوا يتمتعون باستقلالية وامتيازات تجارية. كما التقى المستكشف الإيطاليلوكوفيكو دي فارتيمابمجتمعات مسيحية تتبعكنيسة المشرقفيماليزياوسومطرة.
يعود الوجود الفعلي المسيحي في البلاد وأول دليل هام على النشاط المسيحي مع وصول التجار البرتغاليين فيالقرن السادس عشر، حيث أبحر البرتغاليون شرقاً إلى آسيا واستولوا علىسلطنة ملقافي1511. كان هدف الغزو أساسًا من أجل تجارةالتوابلوسعيًا للعثور على ثروتها، لكن مع السيطرة البرتغالية على المنطقة وصل المبشرين الكاثوليك إلى المنطقة، وكان على رأسهمفرنسيس كسفاريوسوالذي عمل فيأمبونوجزيرة تيرناتوموروتاي فيهالماهيرابين عام1546وعام1547. كما قام المبشرونالدومينيكانبتحويل العديد من السكان المحليين للمسيحية فيجزيرة سولور. وعلى الرغم من أنَّ الغزو البرتغالي لاقى استقبالاً جيدًا في البداية من قبل السكان المحليين، الا أنَّ الاستيلاء علىغوافضلاً عن الصراعات الإسلامية المسيحية أقنع المسلمين المالاكان أنَّ وجود المسيحيين البرتغاليين سيكون وجود عدائي. ويعتقد أن الاستيلاء علىسلطنة ملقاأدى إلى تعزيز الشعور بالتضامن الإسلامي ضد البرتغاليين المسيحيين، ومقاومة مستمرة ضد البرتغاليين منآتشيهوالدولة العثمانية. وعلى الرغم من أن البرتغاليين قاموا ببناء بعض الكنائس في ملقا البرتغالية نفسها، إلا أن تأثيرهم الإنجيلي في الأقاليم المجاورة ربما كان أكبر في نشر المسيحية. مع طرد البرتغاليين منجزيرة تيرناتفي عام1574، وقتل العديد من الكاثوليك في شمالجزر الملوكوأجبر بعضهم على التحول إلى الإسلام. في عام1605احتلتشركة الهند الشرقية الهولنديةأمبون، وفي وقت لاحق اضطر الكاثوليك إلى التحول إلى البروتستانتية. وحدث الشيء نفسه فيمانادووجزر سينغيهوجزر تالاود. في عام1613سقطتجزيرة سولورأيضاً على يد الهولنديين، وانخفضت أنشطة البعثة الكاثوليكية في فلوريس وتيمور، على الرغم من أنها لا زالت واقعة تحت الإدارة البرتغالية.
امتدت أراضي مملكة لارانتوكا التاريخيَّة على أراضينوسا تنقارا الشرقيةالحاليَّةبإندونيسيا. وكانت واحدة منالكيانات السياسيَّةالقلائل، إن لم تكن الوحيدة، الرومانية الكاثوليكية المحليَّة في أراضي اندونيسيا الحديثة. وكان أدوبالا أول حاكم للبلاد أولرجاأو «حاكم» للمملكة يتمتعميدهفي عام1650،تلاه تحول عموم المملكة إلىالمذهب الكاثوليكي. كان أدوبالا قد نشأ على التعليم البرتغالي، وهو تقليديًا الحاكم التاسع للمملكةوتعمدفي عهدبيدرو الثاني ملك البرتغال.بالإضافة إلى ذلك، تشير المصادر البرتغالية إلى حٌكم حاكم كاثوليكي آخر وهو دوم كونستانتينو بين عام1625إلى عام1661، مما يعني أنَّ أدوبالا قد لا يكون الأول في خطالملوك الكاثوليكفي لارانتوكا.وكان دورالرهبان الدومينيكانحيوياً في انتشار الكاثوليكية في المنطقة حتى تم استبدالهم لاحقًا في القرن التاسع عشرباليسوعيين.
حافظ النظام على شكل من أشكال سياسة إغلاق الميناء للأجانب في أواخر القرنالقرن السابع عشر.وكانت هناك أيضًا بعض التفاعلات مع المسلمين خصوصاً معسلطنة بيماالمُجاورة، وكان سلطانسلطنة بيماقد فرض سلطته على أجزاء منفلوريس الغربيةفي عام1685.ولم تكن مناطق المملكة متجاورة، وكانت تتخللها ممتلكات لعدد من الأنظمة السياسية والتي كان بعضها إسلاميَّة. تطورت في المملكةتقاليد كاثوليكية فريدةمن نوعها، ومن مظاهرها الفن المعماري للكنائسوالمطبخوالأعيادخصوصاً مواكب يومالجمعة العظيمةوعيد القيامة. وفقاً لتعداد عام2010، فإن غالبية السكان في المناطق السابقة للمملكة، ومقاطعةنوسا تنقارا الشرقيةككل، ظلوا على المذهب الكاثوليكي.والتي لديها أعلى نسبة من المسيحيين بالمقارنة أي مقاطعة أخرى في إندونيسيا، إلى جانب أعلى نسبة للسكان الكاثوليك في البلاد.
فيالقرن السابع عشربدأ النزاع بين التجار الهولنديين والبريطانيين، في1602أنشأ الهولنديونشركة الهند الشرقية الهولندية(VOC) وأصبحت القوة الأوربية المهيمنة. وبعد إفلاسها في عام1800، أنشأت حكومةهولندامستعمرةجزر الهند الشرقية الهولنديةالمؤممة.كانت السيطرة الهولندية خلال معظم الفترة الاستعمارية مقتصرة على المناطق الساحلية، بينما كان النفوذ ضعيفاً داخل الجزر، لكن في أوائل القرن العشرين امتدت الهيمنة الهولندية لتشمل حدود إندونيسيا الحالية. خلال الفترة الاستعماريَّة في البلاد، ساهمت سياسة حظر الكاثوليكية في زيادة كبيرة في نسبة وعدد المؤمنين البروتستانت في إندونيسيا. العداء من قبل الهولنديين تجاه الكاثوليكية يعود تاريخها بسبب استقلالالأمّة البروتستانتية الهولنديةبعد الحرب الدامية التي امتدت ثمانين عامًا ضد الحكم القمعي الكاثوليكي لأسرةهابسبورغفيإسبانيا. في القرن السادس عشر فتح باب التبشير الهولنديالإصلاحيواللوثري، وبحلول منتصف عقد1700تواجد مجتمع لوثري كبير فيجاكرتا، وكان يتعبد السكان المحليين في الكنيسة اللوثرية التي بناها الحاكم اللوثري الجنرال غوستاف ويليم فان إمهوف في عام1749.وفي عام1817أسس الهولنديون «إنديش كيرك» كاتحاد مكون من الطوائفالإصلاحيةواللوثرية،والمعمدانيةوالأرمينيانيةوالمينوناتية.في عام1835قررفيلم الأولملك هولندي أن مجلس الكنيسة سوف يقوم بالإشراف على الطوائف البروتستانتية في المستعمرة الهولندية.خلالالقرن الثامن عشرقدم التجار الأرمن للتجارة فيجزيرة جاوة، ومع وصولهم للجزيرة واستقرارهم فيها قاموا ببناء الكنائس الأرمنيَّة الأرثوذكسيَّة إلى جانب المدارس الأرمنيَّة للاهتمام بالجالية.
وبعد رفع الحظر عن قانون التبشير في الكاثوليكية تم إضفاء الصفة القانونية على الكنيسة الكاثوليكية في المملكة الهولندية بدءًا من عام 1800، عادت الكاثوليكية في الانتشار من جديد في جزر الهند الهولندية. على الرغم من أن هذا الإجراء كان موجهًا أساسًا إلى الكاثوليك الأوروبيين، منذ تولي ديندلز الحكم تحت سلطةنابليون، وتم تعميم هذه الحرية لاحقًا من قبل توماس رافلز. ومنذ عام1835كانت الكنيسة الكاثوليكية تابعة للدولة الاستعمارية حيث حصل رجال الدين على رواتب من الحكومة الإستعمارية والتي كان لها الحق في رفض التعيينات الكنسيَّة. في عام1846، أدت الاشتباكات حول السياسة إلى طرد جميع البعثات الكاثوليكية بإستثناء كنيسة واحدة من المستعمرة. في عام1848كانت هناك كنائس كاثوليكية في أربعة مراكز فقط في المستعمرة.لم يبدأ العمل النشط للبعثات حتى النصف الثاني منالقرن التاسع عشروكان يتركز في عدد قليل من المناطق.
كانت لارانتوكا فيجزيرة فلوريسحقل مهم للبعثات التبشيريةاليسوعية، لأن حرية للكنيسة الكاثوليكية بالعمل كانت مضمونة هناك بموجب معاهدة1859معالإمبراطورية البرتغالية، وكانت كل منبنغكولووبانغكا وبورنيو الغربية وجزرغينيا الجديدةمن المناطق التي عملت فيها البعثات الكاثوليكية بنشاط. وأكدت المعاهدةالإمبراطورية البرتغاليةأيضًا على أن السكان الكاثوليك في المنطقة سيظلون كذلك تحت سلطةالإمبراطورية الهولنديةالبروتستانتيَّة، وكانت السلطات الهولندية قد أرسلتالرهبان اليسوعيينإلى المنطقة للتبشير بين السكان.واعتنق العديد منشعب الداياكفي المناطق الداخلية منشمال سومطرةالكاثوليكية في هذا الوقت، على الرغم من أن السلطات حظرت المبشرين الكاثوليك بالعمل في أجزاء أخرى من المحافظة. في عام1898بدأ برنامج البعثة الكاثوليكية أيضًا في منتيلان، على الرغم من أنه لم يتم تثبيت أول كاهن منالعرقية الجاويَّةحتى عام1926.
في عام1941كان هناك 1.7 مليون بروتستانتي وحوالي 600,000 كاثوليكي من أصل 60 مليون أندونيسي.وانتهى الإستعمار الهولنديبغزو اليابان لإندويسياخلالالحرب العالمية الثانية،وقد ساند الغزو ثورة استقلال إندونيسيا المقموعة سابقاً.وبعد يومين من استسلاماليابانفيأغسطس1945، قام الزعيم الوطني المؤثرسوكارنوبإعلان الاستقلال وعُيّن رئيساً.لكن هولندا حاولت إعادة سيطرتها فجوبهت بكفاح مسلح ووجهود دبلوماسية استمرت حتىكانون الأول1949اعترفت هولندا على إثرها رسمياً باستقلال إندونيسيا بعد مواجهتها ضغوطاً دولية.وكان السياسيأمير شريف الدينثاني رئيس وزراء إندونيسيا بين عام1947وعام1948قد تحول منالإسلامإلىالمسيحيةفي عام1931.وبحسبالموسوعة المسيحية العالميةتحول بين عام1965إلى عام1985حوالي 2.5 مليون مُسلم إندونيسي إلى الديانة المسيحية.
في29 يونيومن عام1967أصبح ألبيرتوس سيجيجابراناتا أول إندونيسي يترأس منصب رئيس أساقفة، ويتذكر الكاثوليك الجاويين سيجيجابراناتا بفخر،والذين يمتدحون قوة إرادته خلال الاحتلال والثورة الوطنية.وصف المؤرخ أنهار غونغ قونغ ألبيرتوس سيجيجابراناتا بأنه ليس فقط أسقفًا، ولكنه زعيم إندونيسي.وشارك العديد من الإساقفة الإندونيسيين فيالمجمع الفاتيكاني الثانيالذي عقد من عام1962إلى عام1965. زار البابابولس السادسالبلاد في عام1970ثم تبعه البابايوحنا بولس الثانيفي عام1989. نمت عضوية الكنيسة الكاثوليكية فيتيمور الشرقيةبشكل كبير في ظل الحكم الإندونيسي،حيث أن عقيدة الدولة الاندونيسيَّة (بانكاسيلا) لا تعترف بالمعتقدات التقليدية، وتطلب من جميع المواطنين الإيمان بالله. أسفربانكسيلا اندونيسياعلى تحويلات جماعيَّة إلى الديانة المسيحية، وتم استبدال رجال الدين البرتغاليين بكهنة إندونيسيين وتم تغيير لغة القداديس الدينيَّة مناللغة البرتغاليةواللاتينيَّةباللغة الإندونيسية.بينما أطلق فقط 20% من سكان تيمور الشرقية على أنفسهم كاثوليك عشيَّة غزو واحتلال البلاد من قبل إندونيسيا عام 1975، لترتفع نسبة الكاثوليكي إلى حوالي 95% بحلول نهاية العقد الأول بعد الغزو.على الرغم من أن الصراع بينتيمور الشرقيةوإندونيسيالم يكن حول الدين، فإن المؤسسة الكنسيَّة ذات الجذور المحلية العميقة في تيمور الشرقية لم تميز المنطقة فقط عن اندونيسيا المسلمة، ولكنها لعبت دورًا هامًا في حركة المقاومة، ممثلة في المطرانكارلوس فيليبي خيمينيس بيلوالحائز علىجائزة نوبل للسلاملعام 1996.
بين عام1991حتى12 فبرايرمن عام2002شهدتجزر الملوكشهدت صراع طائفي وإثني بين السكان المسيحيين والمسلمين، وتعزى الأسباب الرئيسية للصراع إلى عدم الإستقرار السياسي والاقتصادي العام في إندونيسيا بعد سقوط سوهارتو وتخفيض قيمة الروبية خلال وبعد أزمة اقتصادية أوسع فيجنوب شرق آسيا.وقد أدى التقسيم المقبل لمقاطعة مالوكو آنذاك إلى مقاطعة مالوكو الحالية ومقاطعة مالوكو الشمالية إلى تفاقم النزاعات السياسية القائمة في المنطقة، كما اتسم النزاع السياسي على أسس دينية، واندلع القتال بين الطائفة المسيحية والمسلمة فيينايرمن عام1999، ما أدى إلى يمكن وصفه بأنه حرب شاملة وفظائع ضد السكان المدنيين ارتكبها الجانبان.وبالتالي فإن المتحاربين الرئيسيين كانوا من الميليشيات الدينيَّة من كلا الديانتين،بما في ذلك تنظيم الجهاد الإسلامي والقوات العسكرية الحكومية الإندونيسية. وفيديسمبرمن عام2000استهدفت عدد من الكنائس ورجال دين مسيحيين في عدة مدن اندونيسية من بينها العاصمة واوقعت التفجيرات تسعة عشرة قتيلاً.وحتى بعد تراجع نزاعجزر الملوك، ما يزال المسيحيين ضحايا لهجمات بسيطة، ولكن مُنتظمة من قبل المنظمات الإسلامية المتطرفة مثلالجبهة الدفاعية الإسلامية.وفي عام2005صُدم المجتمع المسيحي بحادثة قطع رؤوس لثلاث تلميذات مسيحيات، ارتكبها متطرفون مسلمون في جزيرةسولاوسي.في عام2014نُصّب باسكوكي تاجاهاجا بورنام كأول مسيحي حاكماً لمدينةجاكرتاللمرة الأولى منذ 50 عاماً، رُغم أسابيع من احتجاجات الإسلاميين في إندونيسيا.وفي عام2017أصدرت محكمة أندونيسية حكماً بالسجن، ضد باسكوكي تاجاهاجا بورنام حاكم العاصمة جاكرتا المنتهية ولايته لمدة عامين بتهمة التجديف، وذلك في حكم أقسى من المتوقع.واتُهم «باسوكي تجاهاجا بورناما»، ويعرف أيضاً بـ «أهوك» بإهانة الإسلام، وذلك بالإشارة إلى آية في القرآن خلال خطاب انتخابي عام2016.من جانبه نفى بورناما، تهمة التجديف وأعلن عزمه الطعن على الحكم.وفي13 مايومن عام2018، كانتثلاث كنائس هدفاً للتفجيرات الانتحاريةفيسورابايا.
في العقود الأخيرة أزداد معدلنمو المسيحيةوانتشارها بشكل خاص بين الأقلية الصينية خاصًة من المتعلمين، وذكر تقرير أريس انانتا في عام 2008 أن «الأدلة تشير إلى أن المزيد من الصينيين البوذيين في إندونيسيا أصبحوا مسيحيين مع إزياد مستويات تعليمهم».وذكرت تقارير صحفية أن بعض الدول الآسيوية، وعلى رأسها إندونيسيا، تشهد حملة ملحوظة من التبشير، أدت إلى تزايد كبير في أعداد المتحولين للمسيحية بحيث بات أفراد هذه الفئة أكثر ظهوراً في الحياة الاجتماعية بالبلاد، وبحسب دراسة قامت جامعة سانت ماريوجامعة أدنبرةتعود إلى عام 2014 وعام 2015 يوجد حوالي 6.5 مليونمسيحي إندونيسيمن خلفية إسلامية، وتعتمد الدراسة في تقديرها للعدد على تقدير أفيري ويليس -القيادي السابق لأحد المنظمات التبشيرية- سنة (1977)، ويشمل العدد المذكور (6.5 مليون) هؤلاء المتحولين الأوائل -الذين قد مات بعضهم- وكذلك أطفالهم. وتشير دراسةجامعة أدنبرةأن الانقلاب الشيوعي الفاشل في عام 1965، وبسبب المذابح التي تلت ذلك هذا الانقلاب من قبل المسلمين، والتشريعات التي تطلبت التسجيل لواحدة من الأديان الرسمية الخمسة في البلاد، أدت إلى تحول ضخم للكنائس المسيحية بسبب ما اعتبره البعض من المتحولين وحشيةترتكب باسم الإسلام.وفقاً لتقرير حول الحقوق الدينية في العالم، اتهم بعض المسلمين المبشرين المسيحيين باستخدام الطعام وتمويل المشروعات الصغيرة لجذب المسلمين الفقراء إلى المسيحية.وشهدت الكنيسة الكاثوليكية نموًا كبيرًا خاصةً في المناطق التي يسكنها عدد كبير من الإندونيسيين الصينيين والجاويين. على سبيل المثال في عام2000ضمت جاكرتا حوالي 301 ألف كاثوليكي، في حين لم يكن هناك سوى 26 ألف كاثوليكي في عام1960.
البروتستانتية هي واحدة من الأديان الستة المعترف فيها في البلاد، ويشكل أتباعها يشكل الجزء الأكبر من المسيحيين في إندونيسيا، وهي ثاني أكبر طائفة في البلاد بعدأهل السنة والجماعة. تشهد البروتستانتية نموًا في البلاد حيث وفقا لإحصاءاتكتاب حقائق العالمفي عام 2000 كان 5.7% من سكان إندونيسيا من أتباع الكنائس البروتستانتية.في حين أشار تعداد عام 2010 إلى أن ما يقرب من 7% من السكان أي 16.5 مليون يعتبرون أنفسهم بروتستانت،وهم أكبر تجمع بروتستانتي فيجنوب شرق آسيا، وينتمي معظم البروتستانت إلىالكنائس الإصلاحيَّةواللوثرية.
وصلت البروتستانتية في إندونيسيا إلى حد كبير نتيجة جهود التبشير الهولنديالإصلاحيواللوثريخلال الفترة الإستعماريَّة في البلاد، بدايًة من خلالشركة الهند الشرقية الهولنديةفيالقرن السادس عشر. وساهمت سياسة حظر الكاثوليكية في زيادة كبيرة في نسبة وعدد المؤمنين البروتستانت في إندونيسيا. لم تمتد جهود التبشير إلىجاوةأو غيرها من المناطق ذات الأغلبية مسلمة.توسعت البروتستانتية بشكل كبير في القرن العشرين، مع وصول المبشرين الأوروبيين إلى بعض أجزاء من البلاد، مثلغينيا الغربية الجديدةوجزر سوندا الصغرى.وبعد الانقلاب عام 1965، شهدت الكنائس البروتستانتية نموًا كبيرًا في عدد الأعضاء، ويرجع ذلك جزئيًا إلى الشعور بعدم الارتياح تجاه التطلعات السياسية للأحزاب الإسلامية.
يشكل البروتستانت حاليًا أقلية كبيرة في بعض أنحاء البلاد. على سبيل المثال حوالي 17% من المواطنين في جزيرةسولاوسيهم من البروتستانت، وخاصًة فينوسا تنقارا الشرقيةوفي جنوب اقليمسولاوسيوسولاوسي الوسطى. وعلاوة على ذلك، تصل نسبة البروتستانت إلى 65% بين السكان من عرقية تورجان. الإندونيسيين الصينيين يشكلون جزء كبير من السكان البروتستانت، المنتشرون في جميع أنحاء إندونيسيا مع أغلبية تتركز في المناطق الحضرية الرئيسية. في عام 2000 كان ما يقرب من 35% من الصينيين في أندونيسيا يعتنقون المسيحية وهناك زيادة مستمرة بين جيل الشباب. اثنين من المحافظات في اندونيسيا ذات أغلبية بروتستانتية وهيبابواوسولاوسي الشمالية، مع 60% وحوالي 64% من مجموع السكان على التوالي.
الكنيسة الكاثوليكية الإندونيسيَّة هي جزء من الكنيسة الكاثوليكية العالمية في ظل القيادة الروحيةللبابافيروما. واعتبارا من عام2010، كان هناك أكثر من 7.5 كاثوليكي في ماليزيا أي حوالي 2.9% من مجموع السكان. ويتوزع كاثوليك البلاد على أسقفيَّة وسبعة وعشرينأبرشيةيقودهم روحيًا مجلس الأساقفة الإندونيسي. ويعيش معظم الكاثوليك فيكالمنتان الغربيةوفيمحافظة بابواونوسا تنقارا الشرقية. تعد محافظةنوسا تنقارا الشرقيةوالتي تقع ببن تقع جزيرة فلوريسوتيمور الغربيةالمقاطعة الوحيدة في اندونيسيا ذات الغالبية الكاثوليكية حيث يشكلون حوالي 54.5% من مجموع السكان.وتضم كل منسومطرة الشماليةوكالمنتان الغربيةوسولاوسي الجنوبيةومالوكووجاوة الوسطىأعداد معتبرة وكبيرة من السكان الكاثوليك.
وصلت الكاثوليكية إلى إندونيسيا مع وصول البرتغاليين للتجارة في التوابل.كان هدف العديد من البرتغاليين نشر الرومانية الكاثوليكية في إندونيسيا، بدءًا منجزر الملوك(مالوكو) في عام 1534. بين عام 1546 وعام 1547 نشطت الارساليّات المسيحية التبشيرية وّعمدت العديد من السكان المحليين.خلال حقبةالهند الشرقية الهولنديةانخفض عدد الممارسين للكاثوليكية بشكل كبير، وذلك بسبب سياسة التي اتبعتها الحكومة الهولندية الإستعمارية في حظر الكاثوليكية. العداء من قبل الهولنديين تجاه الكاثوليكية يعود تاريخها بسبب استقلالالأمّة البروتستانتية الهولنديةبعد الحرب الدامية التي امتدت ثمانين عامًا ضد الحكم القمعي الكاثوليكي لأسرةهابسبورغفيإسبانيا. وكانت النتيجة الأكثر أهمية للكاثوليكية انتشارها في جزيرة فلوريسوتيمور الشرقية. وبعد رفع الحظر عن قانون التبشير في الكاثوليكية تم إضفاء الصفة القانونية على الكنيسة الكاثوليكية في المملكة الهولندية بدءًا من عام 1800، عادت الكاثوليكية في الانتشار من جديد في أندونيسيا.
تعرض الكاثوليك لبعض منالأعمال المعادية للمسيحيةمنهاأعمال شغب بنجرماسين مايو 1997التي وقعت في 23 مايو 1997 في اليوم الأخير من الحملة الانتخابية لـلانتخابات التشريعية الإندونيسية، 1997. حصلت أعمال العنف في مدينةبنجرماسينالإسلامية المتشددة، حيث كان مؤيدو حزب التنمية المتحدة (PPP) يشعرون بالظلم من استغلال السلطة الواضح من حزب جولكار الحاكم. وبعد صلاة الجمعة، قام آلاف بالهجوم على المؤيدين المتجهين إلى مسيرة تابعة لحزب جولكار. تسبب العنف الناتج في مقتل العديد من مؤيدي جولكار، بالإضافة إلى الهجوم على أعمال تجارية ضخمة وعلى مسيحيين وصينيين. حرقت كنيسة باتاك البروتستانتية، القريبة من مسجد كبير، ومنازل مجاورة يمتلكها صينيون وكاتدرائية سانت ماري الكاثوليكية وكنيستين كاثوليكيتين والعديد منالمدارس الكاثوليكيةومنزل أحد المسنين. هذا بالإضافة إلى تخريب أو تدمير 8 مراكز تسوق ومتجر ليما كاهايا (الأكبر في المنطقة في ذلك الوقت) وأعمال تجارية يمتلكها صينيون وكنائس تابعة لسبع طوائف ومعبد بوذي وفندقين و21 سيارة و130 منزلاً وأربعة مبان حكومية.
بحسب التعداد السكاني انخفض تعداد الكاثوليك من عام1990إلى عام2000بسبب استقلالتيمور الشرقيةذات الأغلبيَّة الكاثوليكية. ومنذ تعداد السكان عام1980تم فصل الكاثوليك والبروتستانت في التعداد السكاني.
المسيحية حسب الإثنية وفقاً لتعداد السكان عام 2010
المسيحية حسب الأقاليم وفقاً لتقديرات عام 2018
المسيحية هي أقلية في إندونيسيا، ولا ينتشر أتباعها بالتساوي في جميع أنحاء الأرخبيل. المقاطعات الإندونيسية مع غالبية السكان الذين يعتنقون المسيحية هيبابواوبابوا الغربيةونوسا تنقارا الشرقيةوسولاوسي الشمالية.
آتشه دار السلام أوآتشيههي إحدى الأقاليم الخاصة فيإندونيسيا. تلقب بشرفات مكة، ويقصدها المسلمون المالايو للتطهر قبل السفرللحجبمكة، ومن ذلك جاء اللقب. وفقًا لإحصائية تعود لعام 2010 يقطن في الإقليم حوالي 50,300 بروتستانتي و3,310 كاثوليكي.القضايا الدينية غالبًا ما تكون حساسة في آتشيه. هناك دعم قوي جدا للإسلام في جميع أنحاء المحافظة وأحياناً للمجموعات الدينية الأخرى، مثلالمسيحيينأوالبوذيين، تشعر الأقليّات الدينيّة أنها تخضع لضغوط اجتماعية للحد من أنشطتها. على سبيل المثال، في أواخر عام 2012 أغلقت تسعة كنائس مسيحية ومعابد بوذية في آتشيه بناءً على أوامر من الحكومة المحلية. وردًا على ذلك أعرب بعض المسيحيين عن قلقهم بشأن هذه الإجراءات. ويضم الإقليم حوالي مائة كنيسة تخدم حوالي عشرين ألف مسيحي، لكن السلطات المحليَّة تسمح فقط لكنيسة وأربعة مصليات صغيرة للعبادة والتي تخدم حوالي 10,000 مسيحي.
بحسب التعداد السكاني عام2010حوالي 8% من سكان جزيرةسومطرةمسيحيين، وحوالي 34.9% من سكانسومطرة الشماليةمن أتباع الطوائف المسيحية المختلفة، في حين أنَّ حوالي 2.2% من سكانسومطرة الغربيةمن المسيحيين معظمهم من أتباع الكنائس البروتستانتيَّة وتعتنق أقلية من شعبالمينانغكابوالمسيحيَّة دينًا، ويصل نسبة أتباع الكنائس المسيحية فيبنغكولوإلى حوالي 2% من السكان، ويعتنق حوالي 9.5% من سكانرياوالمسيحيَّة دينًا ومعظمهم على المذهب البروتستانتي، ويعتنق حوالي 13.4% من سكانجزر رياوالمسيحيَّة دينًا ومعظمهم على المذهب البروتستانتي، في حين أنَّ حوالي 3% من سكانجمبيمن المسيحيين، حوالي 1.5% من سكانسومطرة الجنوبيةمن المسيحيين ومعظمهم من العرقية الصينيَّة، ويعتنق حوالي 2.4% من سكانلامبونغالمسيحيَّة دينًا ومعظمهم على المذهب البروتستانتي، وحوالي 3.3% من سكانبانغكا - بليتونغمن المسيحيين.
هناك مجتمعات مسيحية تقطن فيجزيرة جاوة، معظمها في المدن الكبيرة، على الرغم من أن بعض المناطق الريفية في جنوب وسط جاوة تضم مجتمعات رومانية كاثوليكيَّة ذات حضور قوي. ابتداء من القرن الخامس عشر، وصل كل من الإسلام والمسيحية إلى جاوة وانتشروا ببطء. بسبب الصراعات الداخلية والخارجية، انهارت إمبراطوريةماجاباهيتفي القرن السادس عشر. انتشر الإسلام بسرعة في ظل سلطة الملوك المسلمين الجدد، بينما كان انتشار المسيحية تحت إشراف القوى الاستعمارية. وكان المبشرين البروتستانت الهولنديين نشطين فيجزيرة جاوةوناجحين إلى حد ما. وكان المبشر اليسوعي الكاثوليكي الهولندي فرانس فان ليث قد حقق بعض النجاح، وخاصةً في المناطق المحيطة بالوسط منجاوة الوسطىويوغياكارتافي بداية القرن العشرين، ودفن في المقبرة اليسوعية في منتيلان.
هناك أقلية منالجاويينالذين يعتنقون الديانة المسيحية على المذهب البروتستانتي والكاثوليكي، والذين يتركزون فيجاوة الوسطى(خاصةًسمارانغوسوراكارتاوسالاتيغاومجلانغ)، في حين تُعتبر مدينةيوجياكارتامن معاقل الكاثوليكية في جاوة.وقد تطورتثقافة مسيحيةجاوية لها خصائص مميزة ومنفردة.وفقًا لمصادر مختلفة، منذ منتصف وأواخر الستينيات من القرن العشرين، تحول ما بين مليونين إلى 2.5 مليون مسلم من العرقيةالجاويةإلى المسيحية.
وفقاً لتعداد السكان حوالي 12.6% من سكان العاصمةجاكرتامن المسيحيين وثلثهم من أتباع الكنائس البروتستانتية، يذكر أنه في عام2014أدى أول حاكم مسيحي لجاكرتا اليمين الدستورية رغم الاحتجاجات التي نظمها متشددون دينياً والذين كانوا يعارضون تولي غير مسلم المنصب، والذي يُعتبر من أهم المناصب السياسية في إندونيسيا.بحسب التعداد السكاني عام2010حوالي 2.3% من سكانجاوة الغربيةوحوالي 3.6% من سكانبنتنوحوالي 2.7% من سكانجاوة الوسطىوحوالي 7.2% من سكانيوغياكارتاوحوالي 2.3% من سكانجاوة الشرقيةمن أتباع الطوائف المسيحيَّة.
تتراوح نسبة المسيحيين بين 25% إلى حوالي 35% من سكانكليمنتانومعظمهم منشعب الداياكوالذين اعتنقوا المسيحية خلال القرن التاسع عشر.بحسب التعداد السكاني عام2010حوالي 34.3% من سكانكالمنتان الغربيةوحوالي 18% من سكانكالمنتان الوسطىوحوالي 1.7% من سكانكليمنتان الجنوبيةوحوالي 13.4% من سكانكالمنتان الشرقيةوحوالي 33.6% من سكانكالمنتان الشماليةمن أتباع الطوائف المسيحية.
بحسب التعداد السكاني عام2010حوالي 2.4% من سكان جزيرةباليمن أتباع الديانة المسيحية. واحتفظتبالي، على عكسجزيرة جاوةالمجاورة،بثقافتها الهندوسيةعندما وصل الإسلام إلىالأرخبيل الإندونيسي. بدأ الهولنديون في بناء وجودهم في الجزيرة بعد عام1846فيسنغاراجا، وخضعت الجزيرة لاحقًا بالكامل في عام1908. بدأ ثلاثة مبشرين من جمعية بعثة أوترخت البروتستانتية العمل حولسنغاراجافي عام1864. وفي عام1930، حصل مبشر ناطق بالصينيَّة من كاما على إذن للعمل في بالي من أجل تلبية احتياجات المسيحيين الصينيين، وقرر عدة مئات من الباليين المحليين التحول للمسيحية. كان رد فعل الباليين الهندوس معاديًا للتبشير المسيحي ونتيجة لذلك، سحب الهولنديون مرة أخرى الإذن للتبشير من قبل المبشرين الأجانب، اعتبارًا من عام1933، على أساس أن المبشر لم يحافظ على عمله بين المجتمعات الصينية، ولكن قام بالتبشير بين الباليين الأصليين. وكان الرد الهولندي على عداء الباليين للمتحولين المسيحيين من خلال إنشاء قرية بروتستانتية في بالي، وهي بليمبينغساري، في عام1939. وتأسست بالاساري وهي قرية كاثوليكية في عام1940. وتبقى المجتمعات المسيحية في بلمبينغساري وبالاساري حجر أساس المسيحية البالية، علمًا أن أتباع الديانة المسيحية في بقية أنحاء الجزيرة.
بحسب التعداد السكاني عام2010حوالي 0.5% من سكاننوسا تنقارا الغربيةمن المسيحيين، في حين أن حوالي 88.8% من سكاننوسا تنقارا الشرقيةمن أتباع الديانة المسيحية وينتمي نصفهم إلى المذهب الروماني الكاثوليكي. وحوالي 91% من سكانتيمور الغربيةمن المسيحيين وينتمي أكثر من نصفهم إلى المذهب الروماني الكاثوليكي.
يشكل المسيحيون أقلية كبيرة في جزيرةسولاوسي. وفقًا للديموغرافي توبي أليس فولكمان حوالي 17% من سكانسولاوسيهم من البروتستانت وأقل من 2% من الرومان الكاثوليك. ويتركز المسيحيون على طرف شبه الجزيرة الشمالية حول مدينةمانادوحيث يشكلون حوالي 67% من السكان، والتي يسكنها شعب ميناسا، وهم في الغالب شعب بروتستانتي،وجزر سينغيهوجزر تالاودالواقعة في أقصى الشمال. وتحول شعبتوراجامن تانا توراجا فيالمنطقة الجبليةمنسولاوسي الجنوبيةإلى حد كبير إلى المسيحية منذ استقلال إندونيسيا. وهناك أيضا أعداد كبيرة من المسيحيين حول بحيرة بوسو في سولاويسي الوسطى، وبين الشعوب الناطقة بلغة بامونا في سولاويسي الوسطى، وبالقرب من ماماسا.
بحسب التعداد السكاني عام2010حوالي 15.1% من سكانسولاوسي الغربيةوحوالي 73.4% من سكانسولاوسي الشماليةوحوالي 17.8% من سكانسولاوسي الوسطىوحوالي 9.1% من سكانسولاوسي الجنوبيةوحوالي 2.3% من سكانسولاوسي الجنوبية الشرقيةوحوالي 1.6% من سكانغورونتالومن أتباع الطوائف المسيحية المختلفة خصوصًا على المذهب البروتستانتي.
حوالي 48.1% من سكانمالوكومن أتباع الديانة المسيحية ويعتنق حوالي 41.6% من السكان المذهب البروتستانتي في حين أنَّ 6.7% من السكان من أتباع المذهب الروماني الكاثوليكي. في حين كان التأثير الديني البرتغالي على ملقا وسومطرة صغير جدًا، كانت مهمتهم إلى مالوكو، وهي جزر التوابل الهامة من الأرخبيل الشرقي، أكثر أهمية. هبطوا أولا فيأمبون، حيث استقطبوا السكان الأصليين بالفعل ووجد البرتغاليون أنفسهم متحالفين مع أولو سيوا، والتي جعلت معارضتهم للولي-ليما المسيحية خيارًا جذابًا.وسعتسلطنة تيرناتالإسلامية إلى رعاية البرتغاليين، وتقدم الاحتكار التجاري في مقابل الدعم العسكري ضد الممالك المحلية المتنافسة. في عام1534، تم تأسيس أول طائفة كاثوليكية فيهالماهيرا، نتيجة لنداء إلى البرتغاليين للحماية من هالماهيرا ضد التوغلات التيرناتية الحماية المقدمة على شرط التحول إلى المسيحية. وقد أدى المزيد من التبشير إلى تحول العديد من نبلاء تيرنات إلى المسيحية، في حين عمل المبشراليسوعيفرنسيس كسفاريوسوالذي عمل فيأمبونوجزيرة تيرناتوموروتاي فيهالماهيرابين عام1546وعام1547. ويقال انه قد تعمد خمسمائة شخص على يدفرنسيس كسفاريوس. رفض السلطان هايرون منسلطنة تيرناتالتحول إلى المسيحية، كمدافع عن العقيدة الإسلامية، وشن ابنه الحرب ضد البرتغاليين وحلفائهم المسيحيين المحليين. ونتيجة لذلك، تم التخلي عن البعثة اليسوعية تقريبا في عام1573، وقتل المسيحيون أو تم اجبارهم على اعتناق الإسلام. ولم ينج القاطنين حول الحصن اليسوعي في أمبون. خلال الحقبة الإستعمارية عاد نشاط البعثات المسيحية وجذبت العديد من السكان المحليين. وتم دعم الطائفة المسيحية من خلال إنشاء العديد من المدارس البروتستانتية.
بحسب التعداد السكاني عام2010حوالي 25.4% من سكانمالوكو الشماليةوحوالي 60.3% من سكانبابوا الغربيةمن المسيحيين ومعظمهم على المذهب البروتستانتي. وفقًا لتعداد عام 2010 حوالي 83.15% من سكانبابواعرّفوا أنفسهم بأنهممسيحيونمع 65.48% بروتستانت و17.67% رومان كاثوليك. إلى جانب 15.89% من السكان هم من المسلمين، وأقل من 1% من أتباع البوذية أو الهندوسية.وهناك أيضا ممارسة كبيرةللمعتقدات الأرواحيةمن قبل سكان بابوا.
على الرغم من أنَّ نسبة المسيحيين تبلغ 10% من مجموع سكان إندونيسيا، لكن تأثيرهم الاقتصادي ملحوظ ومشاركتهم السياسية آخذة في التزايد على خلفية تجارب سابقة لأحزاب مسيحية اندمجت ضمن أحزاب قومية كبيرة منذ عقود، وقد صُرح لحزبين مسيحيين بالنشاط السياسي وهما حزب السلام والإزهار وحزب حب الديمقراطية للمشاركة في الانتخابات التشريعية. ويعد المسيحيين المجموعة الدينيَّة الأكثر تعلمًا في إندونيسيا حيث وفقًا لدراسة قامت بهامركز بيو للأبحاثعام2016تحت اسمالدين والتعليم حول العالمحوالي 15% من المسيحيين في إندونيسيا حاصلين علىتعليم عالومن حملةالشهادات الجامعيَّة، بالمقارنة مع 12% منالبوذيينوحوالي 9% منالهندوسوحوالي 7% منالمُسلمينفي إندونيسيا.
وفقًا لمصادر مختلفة، منذ منتصف وأواخر الستينيات من القرن العشرين، تحول ما بين مليونين إلى 3 ملايين مسلم إلى المسيحية في إندونيسا،وبحسب دراسة نُشرت من قِبل معهد دراسات الدين في جامعة بايلور عام2015،وجدت أنه في عام 2015 كان هناك حوالي 6.5 مليونمسيحي إندونيسي من خلفية إسلامية، ويضم الرقم المتحولين للمسيحية وأبناءهم.وتعتمد الدراسة في تقديرها للعدد على تقدير أفيري ويليس سنة (1977)، ويشمل العدد المذكور (6.5 مليون) هؤلاء المتحولين الأوائل -الذين قد مات بعضهم- وكذلك أطفالهم.وبحسب أفيري ويليس أن «سبب التحولات كان الانقلاب الشيوعي الفاشل في عام 1965،والمذابح التي تلت ذلك هذا الانقلابمن قبل المسلمين، والتشريعات التي تطلبت التسجيل لواحدة من الأديان الرسمية الخمسة في البلاد، أدت إلى تحول ضخم للكنائس المسيحية بسبب ما اعتبره البعض من المتحولين وحشية ترتكب باسم الإسلام».
وتُظهر بعض التقارير أيضًا أن العديد من أقليةالإندونيسيين الصينيينتحولوا إلى المسيحية. أفاد عالم الديموغرافيا آريس أنانتا في عام 2008 أن «الأدلة تُشير إلى أن المزيد من الصينيين البوذيين أصبحوا مسيحيين لأنهم رفعوا معاييرهم ومستواهم التعليمي». ويعزو ذلك بأن المسيحية، على عكس البوذية، غالبًا ما ترتبط بـ«الحداثة» و«التعليم الغربي».وفقًا للباحث جافين دبليو جونز منالجامعة الوطنية الأسترالية«كان هناك نمو سريع في عدد المسيحيين الصينيين» في إندونيسيا وخاصةُ في صفوفالشباب، و«تسارع تحول الصينيين إلى المسيحية في عقد1960، خاصةً فيجاوة الشرقية، وبالنسبة لإندونيسيا ككل، ارتفعت نسبة الصينيين الذين كانوا كاثوليك من 2% عام 1957 إلى 6% عام 1969».
بحسب تقرير لجامعة سنغافورة للإدارة «يتحول المزيد والمزيد من الناس في جنوب شرق آسيا إلى المسيحية. ولكن هؤلاء المتحولين الجدد - ومعظمهم من الصينيين العرقيين - ينجذبون بشكل خاص إلى المسيحية الكاريزمية». ويشير التقرير إلى دراسة الباحثة جولييت كونينغ وهايدي داهلس منالجامعة الحرة بأمستردامحيث وفقاً لهم «هناك توسعاً سريعاً للمسيحية الكاريزمية منذ الثمانينات فصاعداً. ويقال إن سنغافورة والصين وهونغ كونغ وتايوان وإندونيسيا وماليزيا لديها أسرع المجتمعات المسيحية نمواً، وأن غالبية المؤمنين الجدد هم صاعدون متحركون، وحضريون، وشباب من الطبقة المتوسطة». وبحسب التقرير تمتلك آسيا ثاني أكبر عدد مسيحيين من الخمسينيين من أي قارة، حيث ارتفع عدد الخمسينيين من 10 ملايين في عام 1970 إلى 135 مليونًا في عام 2000.وبحسب تيرينس تشونج من معهد دراسات جنوب شرق آسيا «تنمو حركة الخمسينية المستقلة بسرعة في جنوب شرق آسيا في العقود الأخيرة، مستفيدة من التوسع الأوسع في المسيحية الكاريزمية منذ الثمانينيات فصاعداً في سنغافورة وإندونيسيا وماليزيا، وكذلك في تايوان وكوريا الجنوبية».
ينظر العديد من الإندونيسيين إلى المسيحية والمسيحيين نظرة إيجابيَّة ففي سنة2010وحسب دراسة لمعهد بيو حوالي 52% من لإندونيسيين لديهم نظرة إيجابية للمسيحية مقارنةً بحوالي 61% سنة2006،وقال حوالي 6% من الإندونسيين أن المسيحية هي الديانة الأكثر عنفاً.بحسب مسحلمركز بيو للأبحاثنُشر عام2013يقول 21% منالمسلمين الإندونيسيينإن جميع المسلمين في بلدهم، أو الكثير منهم،معادون للمسيحيين، وفقاً لمسح أجراه مركز بيو للأبحاث حول مسلمي العالم. ونحو 16% من تم استطلاع آرائهم من المسلمين في إندونيسيا يقولون إن كل أو معظم أو كثير من المسيحيين معادون للمسلمين.وبحسبمركز بيو للأبحاثحوالي 12% منالمسلمين الإندونيسيينيقولون إنهم يعرفون بعضًا أو كثيرًا عن المعتقدات المسيحية،ويقول حوالي 87% منالمسلمين الإندونيسيينأنَّالمسيحيةتختلف كثيراً عنالإسلام، بالمقارنة مع 12% منهم يقولون أنَّ للمسيحية الكثير من القواسم المشتركة مع الإسلام.ويقول حوالي 2% منالمسلمين الإندونيسيينأنهم سيكونون مرتاحين بحالة زواج ابنتهم من مسيحي، بالمقارنة مع 6% بحالة زواج ابنهم من مسيحيَّة.وقال 9%المسلمين الإندونيسيينأنهم يشاركون في اجتماعات دينيَّة منظمة مع المسيحيين.
تعرض الآلاف من المسيحيينللختان القسريوالإجبار على اعتناق الإسلام بين السنوات 1999-2002 خلالالصراع بين المسلمين والمسيحيينفيجزر الملوك،بالإضافة إلى الهجمات على الكنائس في جميع أنحاء إندونيسيا. اتهم الجيش، وخاصة وحدة القوات الخاصة «كوباسوس»، بمساعدة في الهجمات خلالالنزاع الطائفيفيجزر الملوك،وكان الرد الرسمي على هذه الهجمات غائبًا، بينما تم استخدام القوة الكاملة للقانون ضد المسيحيين المتورطين في العمليات أو الهجمات الانتقامية. عزز إعدام ثلاثة مواطنين كاثوليك فيسولاوسيعام2006مخاوف من أن الدولة الإندونيسية تُحابي المسلمين بينما تعاقب الأقلية المسيحية.
فيديسمبرمن عام2000استهدفت عدد من الكنائس ورجال دين مسيحيين في عدة مدن اندونيسية من بينها العاصمة واوقعت التفجيرات تسعة عشرة قتيلاً.حتى بعدانحسارالصراع بين المسلمين والمسيحيينفيجزر الملوك، أصبح المسيحيون ضحايا لهجمات صغيرة، ولكنها منتظمة، من قبل المنظمات الإسلامية المتطرفة مثلالجبهة الدفاعية الإسلامية.في عام2005، صُدم الإندونيسيونبقطع رؤوس ثلاث فتيات مسيحياتعلى أيدي جهادين مسلمين فيسولاوسي.
في8 فبرايرعام2011، هاجم المتفرجون في المحاكمة على أنطونيوس باوينجان والمدعين العامين والقضاة،وتعرضت الكنائس البروتستانتية والكاثوليكية والمدارس والممتلكات المسيحية الأخرى للتخريب فيمنطقة وصاية تيمانغونغبجاوة الوسطىاحتجاجًا على أن المدعين طالبوا فقط بحكم المحكمة على أنطونيوس باوينجان بالسجن خمس سنوات (أقصى عقوبة يُسمح بها القانون) بتهمةالتجديفضد الإسلام من خلال المنشورات الموزعة.ويُزعم أن رجل دين مسلم محلي طالب بتوقيع عقوبةالإعدامعلى أنطونيوس، بالمقابل حكم القاضي على أنطونيوس على الفور بالسجن خمس سنوات.وبحسب ما ورد قام السكان المسلمون المحليون بحماية قس كاثوليكي وحاولوا تقليل الضرر. وحُكم على رجل الدين المسلم المحلي فيما بعد بالسجن لمدة عام بتهمة التحريض على أعمال الشغب في منطقة تيمانغونغ. وقعت أعمال الشغب في تيمانغونغ بعد يومين من قيام 1,500مُسلم سنيبمهاجمةمسلمين أحمديينفيبنتن،وقتل ثلاثة منهم.
في9 مايوعام2017، حكمت محكمة منطقة شمال جاكرتا على الحاكم المسيحي لجاكرتاباسوكي تجاهاجا بورنامابالسجن لمدة عامين بعد إدانته بالتجديف،وكان قد اتُهم «باسوكي تجاهاجا بورناما»، ويُعرف أيضاً بـ «أهوك» بإهانة الإسلام، وذلك بالإشارة إلى آية في القرآن خلال خطاب انتخابي عام2016.
في13 مايوعام2018، كانت ثلاث كنائس هدفًالتفجيرات انتحاريةفيسوراباياتبناهاتنظيم الدولة الإسلامية،
في28 نوفمبرعام2020، قتل حوالي عشرة أشخاص، يُزعم أنهم منمجاهدي شرق إندونيسيا، أربعة مسيحيين وأحرقوا موقعًا لجيش الإنقاذ ومنازل للمسيحيين فيسولاوسي الوسطىبإندونيسيا.وقُتل ثلاثة من الضحايا بقطع رقابهم، وقتلت الضحية الأخرى بقطع رأسها.من ناحية أخرى، نفت الشرطة الوطنية الإندونيسية أن تكون الهجمات بدوافع دينية، رُغم أن الشرطة تعهدت بالبدء في ملاحقة الجناة.
وفقاً لمصادر يُعاني غير المسلمين من التمييز المستمر في إندونيسيا، بما في ذلك العقبات التي تحول دون الالتحاق بالجامعة ووظائف الخدمة المدنية.أشارت دراسة استقصائية أٌجريت في عام 2002 في جاكرتا إلى أن 80% من المستطلعين أرادوا تحريم أديان أخرى غير الإسلام، وأراد 73% أرادوا استبعاد غير المسلمين من التدريس في المدارس الحكومية، وعارض 42% بناء كنائس في منطقتهم.من الأمور ذات الأهمية الخاصة للمنظمات الدينية غير الإسلامية، المرسوم الوزاري المشترك لعام 2006 بشأن دور العبادة (الموقع من قبل وزارة الشؤون الدينية ووزارة الداخلية) والذي يتطلب من المجموعات الدينية الحصول على موافقة 60 أسرة على الأقل في المنطقة المجاورة مباشرة قبل بناء دار عبادة. تم استخدام هذا المرسوم بشكل متكرر لمنع بناء أماكن عبادة غير المسلمين وقد استشهدت به المنظمات الإسلامية المتطرفة لشن هجمات مختلفة على غير المسلمين.
فرَّ عدد من المسيحيين الإندونيسيين من الاضطهاد، ويشكلون جالية كبيرة في الخارج، في دول مثلالولايات المتحدة.
في عام2010، أقرت محكمة الاستئناف الأمريكية للدائرة التاسعة، لأغراض قانون الهجرة الأمريكي: "سجل يفرض نتيجة مفادها أن المسيحيين في إندونيسيا هم مجموعة محرومة".وتعريف هذا المصطلح هو "مجموعة من الأفراد في بلد معين أو جزء من بلد، وجميعهم يشتركون في خاصية مشتركة ومحمية، والعديد منهم يتعرضون لسوء المعاملة، كما أن عدد كبير منهم يتعرض للاضطهاد "ولكنهم" غير مهددون بنمط أو ممارسة اضطهاد منهجي". وألقت المحكمة باللوم فيتصاعد المشاعر المعادية للمسيحيينعلى تحالفسوهارتومع الجماعات الإسلامية المتشددة في التسعينيات من القرن العشرين من أجل الحفاظ على سلطته، مشيرة إلى أنه "طهرَّ حكومته وجيشه من المسيحيين وقام باستبدالهم بالمسلمين الأصوليين"، مضيفة المحكمة أنه أُستمر الدعم والحمايةللميليشيات الإسلامية العنيفةمثللشكر جهادمن قبل النخبة العسكرية والسياسية منذ خروج سوهارتو من السلطة. وجاء في الحُكم أن "الكنائس المسيحية في جميع أنحاء إندونيسيا تعرضت للحرق والتفجير والتخريب من قبل متطرفين مسلمين، وغالبًا ما تكون هذه الاعتداءات مصحوبة بتهديدات مثل: "ليس لله ابن، أو لم يستطيع المسيح مساعدتك. لا يُصنع السلام مع المسيحيين .. الموت لكل المسيحيين".
وجدت أدلة من منظمة حقوق الإنسان الدولية بما في ذلكهيومن رايتس ووتشومنظمة العفو الدوليةأن الحكومة الإندونيسية ترعى هجرات المسلمين منجاوةوغيرها من المقاطعات ذات الأغلبية المسلمة إلى مناطق مسيحية مثلبابواوبابوا الغربيةوسولاوسي الشماليةوسولاوسي الغربيةومالوكوونوسا تنقارا الغربيةونوسا تنقارا الشرقيةفي محاولة لطرد المسيحيين والأقليات الأصلية وعرقلة محاولات الانفصال. تم منع وسائل الإعلام الدولية من الإبلاغ عن الهجرة، خاصةً في الجزء الغربي منغينيا الجديدة، حيث تم حظر وسائل الإعلام الدولية فيبابواوبابوا الغربيةمن قبل جاكرتا.