Histoire du karaïsme

Lekaraïsme(קראותqaraout; peut aussi s'écrire « caraïsme », « qaraïsme » ou « charaïsme ») est uncourant du judaïsmequi s'est séparé dujudaïsme rabbiniqueau plus tard auVIIIsiècle. Contrairement au judaïsme rabbinique, le karaïsme refuse la sacralité de laLoi orale, compilée notamment dans leTalmud. Ses adhérents sont appelés les « karaïtes » ou les « karaïmes » (קראיםqaraïm), et sont parfois surnommésbneiouba'alei haMiqra(« fils » ou « maîtres de laMiqra»). Pour les karaïtes, seule la Bible hébraïque (laMiqra) possède une valeur sacrée.
Le karaïsme admet que chaque croyant peut interpréter personnellement le sens de la Bible, en restant toutefois au plus près du texte. Cette possibilité a engendré des sensibilités puis des divergences, qui ont multiplié les écoles, et parfois les oppositions entre celles-ci. Le karaïsme n'est donc pas historiquement un mouvement unitaire, mais un ensemble de mouvements religieux juifs se réclamant d'une même démarche de fidélité à la Bible hébraïque, de rejet du Talmud et de l'autorité des rabbins.
Le premier groupe karaïte connu, celui desAnanites, fut fondé auVIIIsiècle, mais il est possible que des mouvements karaïtes moins importants l'aient précédé. Les karaïtes ont tendance à faire remonter leur mouvance  à l'époque duSecond Temple de Jérusalem, voire auPremier Temple.
Le karaïsme connut un âge d'or duIXsiècle auXIsiècle, étant adopté selon certaines sources par 40 % de la population juive mondiale, aussi bien en Europe que dans lemonde arabe. Son influence déclina ensuite progressivement, et il n'y aurait plus, auXXIsiècle, que 30 000 karaïtes dans le monde, dont 20 000 à 25 000 enIsraël, principalement àRamle,AshdodetBeersheba.
À l'origine, les mots « karaïte » et « karaïme » (les deux versions les plus souvent rencontrées en français pour désigner les adeptes) sont interchangeables. À compter duXIXsiècle, cependant, les karaïtes résidant dans l'empire tsariste(et uniquement eux) se redéfinirent majoritairement comme un peuple distinct du peuple juif, d'ethnie turquetatare, pratiquant une religion spécifique issue dumosaïsmeet possédant salangue propre. L'habitude s'est alors assez largement répandue de désigner les tenants de cette nouvelle approche par le terme « Karaïme » ou «Qaraylar». Le mot « karaïte » s'utilise dorénavant plutôt pour désigner les karaïtes extra-européens (qui continuent tous à se définir commeJuifs), mais aussi comme terme générique pour désigner l'ensemble des groupes. Cependant, ces utilisations ne sont pas pleinement normalisées, et des utilisations inverses peuvent encore être trouvées.
Pour le judaïsme rabbinique, la Torah est inséparable de son commentaire, laTorah orale, donnée à Moïse en même temps que les Tables de la Loi sur le mont Sinaï. Compilée depuis dans laMishnaet lesTalmuds, cette exégèse fixe le sens de la Bible, déterminant des règles qui n’y apparaissent pas explicitement comme l’allumage de bougies à l’entrée du chabbat.
La validité et la sacralité de la Torah orale sont débattues dès l’Antiquité : le mouvementpharisiens’en fait le champion tandis que d’autres groupes la contestent. LesSadducéenssont les plus illustres représentants de cette position mais il est probable que d’autres courantsscripturalistesaient existépour lesquels laTorah oralecompilait des traditions populaires sans valeur religieuse.
On ne connaît pas la filiation entre ces mouvements religieux juifs de l'Antiquité et le karaïsme ultérieur, mais ce dernier a probablement utilisé des idées religieuses qui pré-existaient.
Après la destruction du temple de Jérusalem en 70 de notre ère, et la disparition des Sadducéens qui lui étaient liés, le judaïsme pharisien devint le judaïsme dominant. Les deuxTalmudscompilent la loi orale entre leIIsiècleet leVsiècle, et imposent leur interprétation de la Bible.
Le karaïsme n'accorde aucun crédit à toute source autre que la Bible hébraïque pour déterminer laloi religieuse. Les interprétations talmudiques ne sont considérées que comme des interprétations humaines, acceptables ou non selon les cas. Les commandements qui n'apparaissent pas clairement dans la Bible (comme la transmission du judaïsme par les femmes) sont rejetés.
Corollaire du refus de la loi orale, les karaïtes rejettent le principerabbiniquede laEmounat Hakhamim« la foi dans les sages». Selon ce principe, chaque Juif pieux doit se donner unrabbin, versé dans laTorah oraleet ses interprétations, qui guidera sa vie, au moins religieuse. Les termes de « sages », « grands de la Torah », « luminaires » ou « décisionnaires » désignent les rabbins les plus importants, qui« ont accès à la “connaissance suprême” [et] voient ce qui va se passer dans le long terme, à un niveau supérieur». L'autorité des rabbins, et plus spécifiquement des grands « sages », en matière d'interprétation de la Torah, ne peut être remise en question que par l'un de ses pairs.
Pour les karaïtes, la seule autorité légitime est celle desprêtresdutemple de Jérusalem, disparue depuis la destruction de celui-ci en 70 EC, que seule lareconstruction du Templepourrait restaurer. Les rabbins ne peuvent donc avoir le monopole de l'interprétation des textes. Chacun peut en théorie participer à l'organisation du culte, bien qu'en pratique, lesHazzanim(officiants) etHakhamim(sages) tiennent un rôle religieux plus important. Dans la communauté karaïte cairote à la veille de son émigration en Israël, les officiants, bien que refusant toute référence au rabbinat du Caire, portaient soit le titre derabbi, soit celui dehakham.
Les karaïtes ne rejettent ni la nécessité de l'exégèse biblique, ni même le besoin d'une tradition orale, mais réfutent cette « sacralisation » des prédécesseurs et des experts, et n'hésitent pas à s'éloigner de leurs enseignements s'ils estiment rester plus fidèles ausens obvie des versetsdans leurexégèse biblique, tanthomilétiqueque légalistique.
De ce principe découle la compréhension que la détermination de la pratique religieuse à adopter est également à la discrétion de chacun. Cependant, loin d'être une exhortation au choix personnel, il s'agit d'un appel à la responsabilité personnelle, ainsi que l'énonce leHakhamSahl ben Matzliah HaCohen,« sachez,enfants d'Israëlque chacun est responsable de son âme, et que notre Dieu n'entendra pas les paroles de celui qui se justifie en disant : “ainsi m'ont appris mes maîtres” ». LeHakhamDaniel ben Moshe Al-Qumisidéclare de façon plus tranchée encore :« Celui qui se repose sur les enseignements de l'exil, sans bien chercher par sa propre sagesse, est comme un idolâtre».
Malgré cette absence de norme interprétative absolue, les mouvements karaïtes surent éviter l'anarchie. Leshakhamim, s'ils n'avaient pas un rôle communautaire aussi prépondérant que celui desrabbins, étaient malgré tout considérés comme une autorité importante à défaut d'être définitive, et ce en matière d'exégèse, dehalakhaet de tradition, et les exégèses individuelles avaient tendance à se conformer aux leurs.
Les karaïtes refusent cependant toute exégèse antérieure comme définitive, y compris celle deshakhamim, bien qu'ils en tiennent fortement compte. Le dernierHakham al-Akbar(1934-1956) de la communauté du Caire, Touvia Levi Babovich, égyptien d'origine russe, répondait à l'objection selon laquelle le karaïsme élabore un code tout comme lerabbanisme, en appuyant sur le caractère non-définitif des décrets deshakhamim:« De nombreux chercheurs ont établi la différence entre les fondements de foi des karaïtes et ceux des rabbanites, en ce que le karaïsme s'appuie à chaque génération sur laTorahécrite, et dans la possibilité deshakhamimde la génération de modifier les coutumes et lois en fonction de l'époque sans dévier à droite ni à gauche de la Lettre, alors que lejudaïsme rabbiniques'appuie sur les paroles dessages, qui ont préséance sur les paroles de laTorah».
Du fait de ces divergences d'interprétation, les karaïtes ont aussi des rituels différents de ceux des rabbanites. Si, comme les rabbanites, les karaïtes prient ainsi trois fois par jour, c'est en référence auLivre de Daniel. Suivant la même source biblique, les karaïtes prient en se prosternant. Les karaïtes n'utilisent généralement pas le terme debeth knesset(synagogue), mais celui, assez proche, dekenessa(ces deux termes sont dérivés de l'hébreuכנסתknesset, assemblée). Enfin, les karaïtes, même pratiquants, se déplacent tête découverte (sanskippa), sauf à lakenessaet lorsqu'ils lisent les textes saints.
Le calendrier utilisé par les karaïtes n'est, contrairement àcelui des rabbanites, ni fixé d'avance ni basé sur le calcul, mais fondé sur l'observation de lalune. Ainsi,« les karaïtes rejettent [...] la réforme du calendrier présentées par les rabbins au neuvième siècle, et leurs fêtes peuvent tomber à des moments légèrement différents des fêtes rabbanites».
Alors que karaïtes et rabbanites débattaient âprement de points de loi (Mitzvot) et de pratiques, ils étaient assez largement en concordance sur la théologie.
Précédant d'un siècle la formulation deMoïse Maïmonide, leHakhamYehouda ben Eliya Hadassiexpose àConstantinopleles principes de foi dans sonEshkol ha-Kofer(1148) :
Ces principes sont donc assez similaires auxtreize principes de Maïmonide, à l'exception des articles 5 et 6, qui mettent l'exergue sur le rejet de la Loi orale et l'obligation de connaître l'hébreu.
Les karaïtes adhèrent à la croyance eschatologique en la venue duMessieet en larésurrection des morts, et se basent pour cela sur diverses sources bibliques. Dans ce domaine, les karaïtes ont donc une croyance tout à fait similaire à celle des Juifs rabbanites, mais divergent fondamentalement d'avec lesSadducéens(qui n'y croyaient pas), autre courantscripturaliste(basé sur l'écriture), dont certains karaïtesconsidèrent pourtant qu'ils sont les héritiers. Les adhérents à cette thèse tentent de résoudre le paradoxe en postulant l'existence de plusieurs courants sadducéens d'une part, et d'une possible croyance antérieure de ce courant dans la résurrection des morts d'autre part.
Le premier auteur karaïte généralement identifié estAnan Ben David, à la fin duVIIIsiècle. Rapidement, dans un mouvement qui accorde à chaque croyant le droit d'interpréter les écritures, moyennant le respect du texte, d'autres auteurs apparaissent, et diversifient le mouvement, tant dans ses doctrines que dans son implantation géographique.
Bien que leshakhamimaient par la suite réduit ce pluralisme, plusieurs écoles d'interprétation, d'ampleur et de durée inégales, se font concurrence et engendrent des courants comme l'ananisme, ou lebenjaminisme.
La karaïsme a dans les premiers siècles de son existence connu une extension assez rapide, attirant à lui de larges pans de la communauté juive.
AuVIIIsiècle, un talmudiste nomméAnan ben David, d'ascendance davidique supposée, s'élève contre l'hégémonie de l'exilarcatet desgueonim. Il se rend, ou est peut-être exilé à Jérusalem, où il se livre à une activité missionnaire intense, reprend des pratiques abandonnées, comme la détermination des mois en fonction de la lunaison, ainsi que certaines ordonnances d'Abou Issa, unhérésiarquejuif qui l'aurait précédé d'un siècle environ, selonYaakov Al-Qirqissani(unhakhamet historiographe karaïte duXsiècle), et en abroge d'autres, comme le port destefilin.
Cependant, s'il fonda à n'en pas douter le courant dit ananite, et est considéré comme un personnage important pour le karaïsme, il n'est pas certain qu'il en soit le créateur : Ya'acov Al-Qirqisani, unhakhamkaraïte duXsiècle, estime que ses disciples le suivaient en tout comme les rabbanites, voire que son exégèse était fortement entachée de rabbinisme. Certains historiens ont formulé, en s'appuyant sur les textes de Qirqissani et de Messaoudi, un lettré musulman ayant écrit à la même période, l'hypothèse que la séparation entre l'ananisme et le judaïsme rabbanite n'eut pas lieu du temps d'Anan ben David (ils fréquentaient en effet les mêmes académies religieuses) mais de son arrière-petit-fils, Anan II. À l'inverse, il est possible que le karaïsme ait une origine plus ancienne qu'Anan, fondée sur les sectesscripturalistesantérieures.
Il semble en tout cas qu'Anan ben David ait donné aux opposants à la Loi orale deux bases qui leur avaient manqué jusque-là : la légitimité d'une ascendance davidique supposée, et les outils pour la critique d'un système talmudique autrement impénétrable.
Le code d'Anan, qualifié par certains de tentative de créer « un nouveau Talmud », comporte certes des ressemblances avec l'hanafismeislamique mais emprunte aussi auTalmud(plus précisément aux opinions exposées dans le Talmud, mais n'ayant pas convaincu les Sages du Talmud) et aux sectes juives. Ce foisonnement, qui attire initialement tous ceux que le Talmud laisse « mécontents », finit par ne trouver grâce aux yeux ni des rabbanites, ni même de beaucoup de karaïtes. De plus, la pratique très ascétique de l'ananisme est difficilement compatible avec une vie ordinaire.
Les descendants d'Anan ben Davidrègnent àJérusalemen princes, et mènent une activité missionnaire intense auprès des communautés juives.« Les communautés karaïtes assurent leur protection grâce à des membres éminents de la secte, personnages en vue à la cour des puissants [...]. Dirigées par desnessi'im(princes) s'affirmant volontiers descendant de lamaison de David, elles s'enorgueillissent de nombreux savants qui font autorité dans leurs disciplines :exégèse bibliquedroit,hébreu,philosophie... L'effort intellectuel des karaïtes vise [...] à prouver les erreurs du judaïsme talmudique. La méthode critique qu'ils mettent au point et leur excellente connaissance des doctrines et des coutumes rabbiniques rendent compte de l'indéniable qualité de la polémique religieuse. Mais la critique sociale n'est pas moins acerbe : les karaïtes s'en prennent durement aux chefs du judaïsme rabbinique,exilarques,ghe'onimet dignitaires de leur entourage». Le poids des intellectuels karaïtes de l'époque est important, et le serait d'autant plus siAharaon ben Asheret les autresMassorètesqui ont fixé letexte massorétiquede la Bible hébraïque étaient karaïtes, comme les karaïtes eux-mêmes se plaisent à le croire. Toutefois, cette importance pourrait être en tout ou partie surévaluée, certains chercheurs ayant, commeSimhah Pinsker, identifié tout érudit concentrant sa recherche sur la Bible comme un karaïte.
La coïncidence de la montée de l'islam et celle du karaïsme a été relevée par certains auteurs, et, de façon plus ancienne et plus polémique, dans les milieux dujudaïsme rabbanite, où l'on accusait les karaïtes d'être des imitateurs de l'islam.
Il existe en effet certaines ressemblances de pratiques (prosternation lors de la prière, qui se fait pieds déchaussés, abstention de vin, etc.) et d'approches (rapport direct entre le fidèle et Dieu, entre le fidèle et le texte sacré).
Mais au-delà de ces pratiques, le poids exact de l'islam dans la naissance du karaïsme reste inconnu.
Le rabbin Bernard Revel nie même que le karaïsme puisse n'être qu'une conséquence juive de la montée de l'islam, et duchiismeen particulier.
La place de Anan dans l'apparition du karaïsme et des mouvements juifs opposés au Talmud a dès l'origine fait débat, et n'est d'ailleurs toujours pas clairement définie.
Lors de ses polémiques avec les karaïtes auIXsiècle,Saadia Gaonaccuse ce mouvement d'être d'origine récente, et motivé par les seuls désirs de revanche d'Anan ben David. Son adversaire karaïteSalomon ben Yerouham, considéré comme un historien sérieux, ne réfute pas le caractère récent des karaïtes.
Cependant, moins d'un siècle après Saadia Gaon, lehakhamYaaqov al-Qiriqissaniécrit dans sonKitab al-Anwarqu'Anan ne fonda que les ananites et que ceux-ci ne s'intégrèrent aux karaïtes qu'ultérieurement. L'auteur karaïte égyptien contemporain Mourad el-Kodsi fait état d'un document égyptien estampillé parAmru ben al-As, le premier gouverneur islamique, daté de l'année 20 après l'Hégire(641) où les karaïtes seraient mentionnés par ce nom. Ce document aurait cependant disparu aux alentours du début duXXsiècle. L'origine du karaïsme ne peut donc pas être datée avec certitude, la plupart des karaïtes (ainsi que certains historiens, dont Moshe Gil) estimant qu'Anan ben David, s'il fut le premier dirigeant d'envergure à s'opposer au rabbinisme, n'était pas le créateur du mouvement karaïte.
En règle générale, les karaïtes ont tendance à faire remonter leur mouvement à la plus haute antiquité. Ainsi, auXVIIIsiècle, leHakhamMordecai ben Nissan, reprenant les idées deCaleb AfendopoloetEliyahou Bashiatzi, fait remonter leur existence àJuda ben Tabbaï, un contemporain deShimon ben Shetah(Isiècle avant l'ère chrétienne).
Selon d'autres, les karaïtes descendraient de la secte destzaddiqim(« justes »), à ne pas confondre avec lestzedouqim, les sadducéens.
AuXIXsiècle,Abraham Firkovichdéfendait l'idée que« les ancêtres des Karaïtes [de Crimée] étaient venus enCriméeau septième siècle avant l'ère chrétienne».
Certains karaïtes ont aussi défendu la thèse selon laquelle ils descendaient de la plus célèbre école juivescripturaliste(donc opposée à la loi orale) de l'antiquité, lesSadducéens. Ce rattachement supposé, qui fut utilisée plus tard par les Karaïmes de l'Europe de l'Est afin de se disculper de l'accusation depeuple déicide, avait été condamnée auXIIsièclepar leHakhamJuda Hadassi, qui démontrait leurs nombreux désaccords théologiques, dont la croyance en la résurrection des morts (refusée par les Sadducéens). Elle avait cependant été soutenue par les rabbins médiévaux, dontJuda Halevi,Abraham ibn Ezra,Abraham ibn DawdetMoïse Maïmonide, mais cette opinion pourrait également n'être que le reflet d'une volonté de discréditer la secte en la présentant comme la rémanence de la secte du second Temple, haïe par les rabbanites. Elle fut reprise par l'un des fondateurs dujudaïsme réformé, lerabbinAbraham Geiger, mais contestée par le rabbinBernard Revel, qui remarque une singulière analogie entre lahalakhakaraïte et celle dePhilon d'Alexandrie
Le karaïsme aurait également des points communs avec lesEsséniens. Des auteurs (Kowzalsky et al.) ont en effet constaté une « analogie singulière » entre les écrits des anachorètes de la mer Morte et les textes karaïtes. Les écrits duHakhamBenjamin al-Nahawendiporteraient l'influence desMagâriyah(Hommes des Grottes), qu'Abraham Harkavyidentifie aux Esséniens. L'auteur Karaïme moderneSimon Szyszmandéfend ainsi une origine essénienne de la doctrine religieuse karaïte.
Quelle que soit leur version des origines, les karaïtes ne se perçoivent pas comme des innovateurs, mais bien au contraire comme les légitimes continuateurs des courants originels du judaïsme, dont le judaïsme talmudique (ourabbinique) se serait éloigné.
DuVIIIauIXsiècle, soit pendant un peu plus d'un siècle, ce sont des religieux babyloniens ou perses qui se montrent les plus influents au sein du karaïsme, ce qui est cohérent avec la zone d'apparition du mouvement, elle-même située au centre de gravité du monde juif de l'époque (le judaïsme rabbinique est également dominé par des religieux babyloniens, lesGueonim).
Tant les interprétations que la méthodologie d'Anan commencent à être critiquées auIXsièclepar ces religieux perses et babyloniens, karaïtes eux-mêmes.
Vers 830-860 EC,Benjamin al-Nahawendi, originaire, ainsi que son nom l'indique deNehavend(Perse), s'éloigne de certaines méthodes d'interprétation d'Anan (peut-être marquée par l'hanafisme). Il se fie aux allégories de l'ancienne école judéo-alexandrine, et semble fortement influencé par les écrits esséniens. Il est le premier, selon Yaaqov al-Qirqissani, à vraiment mettre en forme la doctrine karaïte: faisant fi de l'anti-talmudisme, il adopte de nombreuses ordonnances rabbiniques, tout en énonçant les principes de libre exégèse et de rejet de l'argument d'autorité. Toutefois, bien que ses analyses diffèrent totalement d'Anan, Benjamin al-Nahawendi n'émet aucune critique explicite à son encontre, du moins qui soit parvenue jusqu'à nous.
Tel n'est pas le cas de son contemporain, Ishmaël d'Akbara, et de ses disciples. Ishmaël, fondateur des Akbarites, n'hésite pas quant à lui à traiter Anan d'« âne » et à abroger ses mesures. D'autres sous-courants du karaïsme, fondés par ses disciples, comme les Mashwites, les Tiflissites et les Ramlites font de même.
Daniel Al-Kumisi, dernière grande figure karaïte duIXsiècle, également originaire dePerse, passe de l'admiration pour Anan (l'appelantrosh hamaskilim, le chef des éclairés) à la dérision (rosh hakessilim, chef des fous). Contrairement à Anan, il fait montre d'un grand respect pour la science et la médecine. Il considère que le principe des prescriptions bibliques ne doit pas être interprété allégoriquement, ni expliqué en désaccord avec le sens simple des versets. Il semble avoir été quelque peu influencé par les idées sadducéennes, notamment dans sa conception des anges, et par l'islam.
« Le véritable karaïsme débuta vraiment avec Daniel Al-Kumisi (à la fin duIXsiècle), qui abandonna l'ananisme. Durant leXsiècle, certains des descendants d'Anan se joignirent aux karaïtes [plutôt influencés par Daniel Al-Kumisi] à Jérusalem, amenant avec eux à la fois leur lignage davidique et le prestige de leur ancêtre », et l'ananisme lui-même finira par disparaitre.
C'est Al-Qumisi qui aurait développé le karaïsme en Palestine vers 875. Le nouveau centre palestinien devient auXsiècledominant dans l'enseignement karaïte, et le restera jusqu'auxcroisades, deux siècles plus tard. La communauté de la ville aurait été plus importante à l'époque que la communauté rabbanite. Beaucoup des livres importants desXsiècleetXIsièclesy sont rédigés, mais pas tous.
Dans la seconde moitié duXsiècle, Levi ben Japhet rédige àJérusalemun code de lois religieuses,le livre des préceptes.
Mais la plus importante autorité duXsiècleestYaaqov al-Kirkissani. Outre son importante œuvre sur les sectes juives, il est exégète, législateur, et surtout philosophe. Lui aussi commence par admirer de la personne d'Anan ben David sans parvenir à accepter ses interprétations. C'estYaaqov al-Kirkissaniqui rédige en arabele livre des lumièresettours de garde, code systématique de la loi karaïte. Outre son développement durikkoub(considérant mari et femme comme consanguin, il multiplie les unions interdites), il joue un rôle capital pour l'avenir du karaïsme en adoptant la démarche musulmane duKalâmsans modification, et en prônant l'usage du sens commun et de la connaissance lors de l'exégèse.
Il en résulte une séparation auXIsiècleau sein du karaïsme entre karaïtes « philosophes », dontJoseph ben Abrahamet son élèveYeshoua ben Yehoudaet « non-philosophes », dont Salmon ben Yerouham, Sahl ben Matzlia'h ou Yefet ben Ali. Ces derniers développent une activité nouvelle, la polémologie, pour contrer les attaques deSaadia Gaon, les premières à réellement ébranler le karaïsme après deux siècles.
LeXIsiècle compte aussi des grammairiens notables, commeAaron de Jérusalem.
Au début duXIsiècle Joseph ben Abraham Hacohenha-ro'é(« le voyant »)« polémique contre legaon Saadia, et contribue à la diffusion du karaïsme».
La destruction de la puissante communauté de Jérusalem lors de lapremière croisade(1099), et la lutte entreprise contre la communauté karaïte d'Égypte parMoïse Maïmonideet ses descendants, affaiblissent durablement le karaïsme d'orient, dont le centre de gravité se déplace partiellement (mais pas totalement) vers l'Empire byzantin(Grèce ou Turquie actuelles, essentiellement). Des missionnaires venus deJérusalemy avaient en effet implantés des centres karaïtes dès la seconde moitié duXIsiècle.
Les karaïtes ne produiront plusde penseurs religieux originaux après leXIsiècle. La doctrine apparaît désormais comme fixée, et plus sur la défensive face à un rabbanisme qui reprend progressivement l'avantage. Mais la fin de l'innovation ne signifie pas que la production littéraire karaïte cesse.
Yehouda ben Eliya Hadassiécrit ainsi àConstantinopleen 1148 sonEshkol ha-kofer,« somme de théologie karaïte, et sans doute l'œuvre karaïte la plus importante jamais rédigée enhébreu». On y trouve en particulier lesdix principes de foi karaïtes.
« Aharon ben Élie, le “maimonide karaïte”, écrit également son “paradis”, compilation systématique des lois et croyances karaïtes».
D'autres auteurs d'une certaine importance marquent aussi la période, commeAaron ben Joseph de ConstantinopleetAaron ben Eliya de Nicomède.
Vers la fin de la période, lorsque l'empire ottomans'impose comme successeur et remplaçant de l'Empire byzantin,Andrinopleabrite une illustre lignée deHakhamim, les Bashiyatzi, qui donneront, entre autres,Eliya Bashyatzi(XVsiècle), l'auteur de l'Adderet Eliyahou(codehalakhiquemajeur du karaïsme, rédigé avec son beau-frèreCaleb Afendopolo) et son petit-fils Moïse (première moitié duXVIsiècle) qui, malgré son décès prématuré à 28 ans, rédigera de nombreux traités.
La période marque cependant le déclin de l'influence du karaïsme dans les pays méditerranéens, maintenant totalement sur la défensive face au rabbanisme, et en régression démographique.
Les disciples de Yeshoua ben Yehouda transportent ses enseignements à travers l'Europe.
Sous l'impulsion d'ibn al-Tarras, le karaïsme s'implante en Espagne auXIIsiècle, mais le missionnaire est sans doute trop agressif, car il entraîne une réaction rabbanite, qui finit par circonscrire les karaïtes dans une citadelle. Leur passage en Espagne suscite la création d'œuvres rabbiniques de premier plan, comme leSefer HaKabbalad'Abraham ibn Dawdou leKuzarideJuda Halevi, tous deux rédigés en vue de défendre lejudaïsme rabbinique, ce qui indique le succès rencontré par les thèses karaïtes.
À compter duXVsiècle, les communautés du monde arabo-musulman semblent moins actives, et les communautés de la Crimée, qui se répandent à travers laVolhynieet laLituanie, voient des auteurs importants apparaître.
À la fin duXVIsiècle,Isaac de Trokiécrit enLituanieson « affermissement de la foi», vigoureuse défense du judaïsme contre le christianisme, où l'auteur rejette fermement la messianité de Jésus ou le caractère prophétique de l'enseignement deMahomet.
En1698, Mordecaï ben Nissan écrit sonDod Mordekai, dans lequel il répond à trois des quatre questions posées à David ben Shalom par Jacob Trugland, un professeur dethéologiede l'université de Leyden. Deux de ces questions (origine des karaïtes et livres saints) lui permettent de définir le judaïsme karaïte vis-à-vis dujudaïsme rabbiniqueou duchristianisme. Il y indique en particulier :
À compter de la fin duXVIIIsiècle, les karaïtes est-européens commencent à cesser tout travail religieux. LeXIXsiècleva surtout être consacré à la recherche d'une meilleure intégration à la société russe, et au-delà à la « modernité » occidentale. Les derniers centres de réflexions religieux disparaissent au bénéfice des études laïques, et l'assimilation commence à menacer la petite société des karaïmes est-européens.
Certaines innovations semblent cependant apparaître à l'époque, peut-être en relation avec cette volonté d'intégration. Ainsi, un courant européen actuel se réclamant deAnan ben Davidlui-même n'hésite pas à indiquer« L'enseignement d'Anan était une nouvelle approche [...] de la croyance et de la religion basée sur la tolérance complète et la conviction personnelle de chaque croyant, à condition qu'il croit au Dieu unique, à la vie après la mort et identifieMoïse, Jésus leChristetMahometcomme prophètes».« La religion des Karaïtes reconnaît l'Ancien Testamentavec lesDix commandements[...] et voitJésus-ChristetMahometcomme de grands prophètes».
Cette nouvelle approche semble dater du début duXXsiècle, à un moment où la rupture avec les juifs est bien affirmée, et vise sans doute à la renforcer. Un des principaux propagateurs de cette idée, et peut-être son inventeurest Sheraya Szapszal, élu en 1911 responsable des  karaïtes de l'empire russe, puis devenu responsable des karaïtes de Pologne entre les deux guerres. En 1936, il déclare« le Christ est pour nous un grand prophète mais pas le Messie». La communauté de Pologne qu'il dirige résume en 1938 sa vision :« Les Karaïtes voient leChristetMahometcomme prophètes».
Cette approche ne se retrouve pas chez les fondateurs du karaïsme, commeAnan ben David, pas plus que dans des textes plus récents, puisque le Karaïme Isaac de Troki écrit en 1593 dans son livrel'affermissement de la foi:« nous voyons beaucoup de preuves incontestables à l'appui de notre conviction selon laquelle Jésus n'était nullement le Messie [...]. Nous devons considérer les promesses contenues dans les paroles des prophètes, qui n'ont pas été accomplies à l'époque de Jésus, mais devront être réalisées à l'avenir, à l'heure du vrai Messie». ConcernantMahomet, l'auteur Karaïme déclare« même vous, chrétiens, convenez que l'islam n'est rien d'autre qu'un faux système introduit par leur prétendu prophèteMahomet».
Mary Holderness rapporte aussi en 1816 :« les Juifs karaïtes [...] ne reçoivent pas Jésus comme le Messie promis [et considèrent] qu'ils ne sont en aucun cas concernés [...] par sa mort».
L'acceptation deJésuset deMahometchez les Karaïmes européens est donc relativement récente, et est sans doute connectée à la volonté de se séparer des Juifs apparue auXIXsiècle. Elle est formellement rejetée par les autres karaïtes.
Le judaïsme rabbinique (ou rabbanite) a réagi très négativement au karaïsme, et a rejeté les Karaïtes en dehors de la communauté, en tant qu'hérétiques.
À compter duXsiècle, l'avancée du karaïsme semble enrayée, et il commence un déclin d'abord lent, puis plus prononcé. ÀFayyoum, en Égypte,Saadia Ben Joseph Gaon,rabbinet philosophe (892-942), entame une polémique contre les Karaïtes jouissant d'un tel retentissement qu'il est considéré tant par les rabbanites que les karaïtes comme l'un des plus influents artisans de ce reflux.« Leader autoritaire, polémiste érudit et incisif, Saadia »utilisa autant l'arme de l'exégèse, affirmant« que l'interprétation talmudique n'était nullement contraire aux exigences de la raison»que celle de la polémique, parfois très agressive, faisant des karaïtes des hérétiques marqués par l'islam. Les trois livres écrits parSaadia Ben Joseph Gaoncontre les karaïtes (le premier contreAnan ben Davidlui-même en 915) ont disparu, mais sont connus par les larges citations que l'on retrouve chez des auteurs ultérieurs, preuve du poids de Saadia.
AuXIsiècle, la prise de Jérusalem par les Turcsseldjoukidesen1071puis par lescroisésen1099a profondément affaibli le principal centre spirituel karaïte, ce qui a sans doute contribué au déclin. Ainsi, lors de la prise deJérusalem, lesCroisésjettent karaïtes etrabbanitesdans unesynagogue, et les brûlent vifs.
Au Caire auXIIsiècle,Moïse Maïmonidecontinue le combat contre les idées karaïtes, rédigeant en particulier sonMishneh Torah. Devenu médecin de cour en 1170, il use de toute son influence politique pour réduire celle des karaïtes. On trouve en effet en Égypte une importante communautékaraïme, d'autant plus influente que lenaggid(autorité rabbinique suprême) d'Égypte, un nommé Zoutta, a de bonnes relations avec eux.
La première épître que Maïmonide rédige à propos des karaïtes est empreinte de réserve et d'humanité : le karaïte n'est pas un idolâtre, et tant qu'il n'impose pas ses rites au rabbanite, le rabbanite peut le compter parmi ses hôtes, boire de son vin, et entretenir commerce avec lui. Toutefois, le karaïte ne peut faire partie d'unminyane.
Néanmoins, devant les tensions mutuelles, le ton se durcit très vite. C'est en partie pour lutter contre l'influence karaïte que Maïmonide rédige sonMishneh Torah. Ceux-ci, en retour, n'auront de cesse de porter des accusations sur sa prétendue conversion à l'islam.
La lutte se poursuivra à travers les générations. Son arrière-petit-fils, Avraham Maïmonide II, aurait fait retourner une grande communauté karaïte dans le giron du judaïsme rabbanite en une journée.
Le conflit, étalé sur des siècles, a été marqué par des affrontements très durs, parfois haineux.« Cette secte avait fait courir de si graves danger à l'unité d'Israël, que les rabbins prononcèrent contre elle les plus graves excommunications. Fait sans précédent, ils interdirent la réintégration des karaïtes au sein du judaïsme officiel. [...] Et le souvenir des anathèmes d'antan est resté [...] vivace»jusqu'à nos jours. Cependant, l'interdit sur la réintégration des karaïtes ne fut pas respecté en tout lieu et à toutes les époques, comme l'indique l'exemple d'Avraham Maïmonide II ci-dessus.
Quoique les relations aient souvent été tendues, les documents retrouvés dans laguenizah du Caire(dépôt d'environ 200 000 manuscrits juifs usagés datant de 870 à 1880) attestent de cas de mariages entre karaïtes et rabbanites, preuve que les relations entre communautés juives n'étaient pas toujours aussi conflictuelles que ce que les textes émis par les autorités religieuses peuvent laisser penser.
Il a donc existé de nombreuses communautés karaïtes, en fait dans pratiquement tous les pays où il y avait des Juifs : de l'Espagneà laPerse, de laLituanieauMaroc. Mais elles ont toutes fini par disparaître, à l'exception essentielle de celles d'Europe orientale, et de celle d'Égypte. La communauté espagnole semble ainsi disparaître auXIIIsiècle, et la dernière communauté maghrébine a disparu du Maroc auXVIIIsiècle.
Les karaïmes se seraient installés dans le sud de l'Ukraine au plus tôt auVIIIsiècle, voire postérieurement (voir ci-dessous «l'hypothèse turque» sur la conversion possible de TurcsKhazarsau judaïsme karaïte).
Cette région est restée du début du Moyen Âge à la fin duXVIIIsièclesous domination de diverses populations turques (avec des épisodes ponctuels de conquêtes extérieurs :Mongols,Lituaniens…).
LaCriméeavec sa capitale Cufut-Kalé, (sud de l'Ukraine), apparaît en tout cas à la fin duMoyen Âgecomme un centre karaïte important, attirant d'ailleurs des immigrants d'autres communautés karaïtes. Les communautés locales sont bien sûr de langue turque.
AuXIVsiècle, les karaïmes y jouissent d'une organisation politique autonome tout en reconnaissant la souverainetémongole(Horde d'or) qui s'exerce alors sur l'ancien territoire desKhazarspuis sur leKhanat de Crimée.
C'est à la fin duXIVsiècleque se situe le transfert de prisonniers depuis laCriméevers laLituanie. Ce transfert fait suite à la victoire sur laHorde d'ordeVytautas le Grand, Grand Duc deLituanie. Parmi ces prisonniers, se trouvaient une majorité deTatars, mais aussi un certain nombre de Karaïmes. Ces populations s'établiront en particulier dans et autour de la capitale de Vytautas le Grand :Trakai(ou Troki). Le Grand Duc leur accorde un statut officiel de communauté religieuse reconnue. Les Karaïmes du nord réussiront leur implantation, tout en conservant leur langue d'origine turque, au moins pour un usage religieux.
« Devant les menaces extérieures répétées de laHorde d'oret desChevaliers Teutoniques, ajoutées aux risques de trahisons intérieures,Vytautas le Grandse dote d'un dispositif de défense »où sont intégrées des troupes Karaïmes.« En échange les militaires karaïmes reçoivent des terres ce qui leur permet dans certains cas de prétendre à des titres de noblesse. Parallèlement se développe une bourgeoisie karaïme qui se consacre au commerce et au fermage des douanes. Cette communauté jouit d'un statut exceptionnel, proche de celui de la noblesse et qui s'apparente aux privilèges accordés aux villes par la charte de Magdebourg. [...] Ils entretiennent d'excellentes relations avec les communautés karaïmes de Crimée tout en jouissant d'une parfaite intégration locale. »
Ces Karaïmes lituaniens au statut enviable conserveront leurs traditions, y compris vis-à-vis de leurs coreligionnairesrabbanitesvenus d'Europe centrale. Un de leurs plus grands érudits,Isaac de Troki, qui entend réfuter« les arguments d'auteurs contre la religion juive et [...] montrer la supériorité du judaïsme»rendra public en1593son traité contre la théologie chrétienne, « Le renforcement de la foi», qui attirera plus tard l'attention bienveillante deVoltaire.
Après laRéforme protestante, l'intérêt qu'ils suscitent se renforce.« La recherche d'un judaïsme rigoureusementscriptural, qui rejette entièrement la traditiontalmudiqueetrabbiniquea servi immédiatement de miroir et d'allié dans la lutte contre le catholicisme. Certains principes fondamentaux du karaïsme, tels que la foi comme seule condition du salut, et l'insistance presque obsédante sur l'étude de l'Écriture combinée avec la demande de liberté dans son interprétation, a exercé un magnétisme sur les cercles d'érudits protestants». C'est ainsi que le roiCharles XI de Suèdedépêche en mission un professeur de l'université d'Uppsala, Gustav Peringer, qui en 1690 se rend àRīga, en Lituanie. SonEpistola de Karaitis Lithuaniaeest une mine de renseignements, sur la langue notamment. Il insiste aussi sur la distinction entre Juifs et Karaïmes de Lituanie, preuve que la divergence entre les communautés est déjà bien amorcée. Selon Peringer, les Karaïmes de Lituanie parlent encore leturcet utilisent cette langue pour leurliturgie:« Ils diffèrent considérablement des rabbanites, qui sont beaucoup plus abondants dans cette région, par leurs coutumes, leur langue, leur religion, et même leurs visages ; leur langue esttartar, ou plutôt turque». Cependant, Peringer compare des rabbanites lituaniens de langue germanique (Yiddish) et des karaïtes d'origine criméenne et de culture turque. Une comparaison entre les karaïtes et les rabbanites (Krymtchak) deCriméeaurait montré des différences plus réduites, les deux populations partageant une même culture turcophone.
Après cette époque d'épanouissement, les territoires karaïmes sont le siège de guerres, d'invasions, d'épidémies, de famines qui affaiblissent la position des Karaïmes.
En1783, la Russie conquiert laCriméesur l'Empire ottoman.
Après letroisième partage de la Pologneen1795, qui rattache laLituanieà l'empire russe, la majeure partie de la population karaïme d'Europe orientale (Lituanie,Ukraine,Crimée) se retrouve dans l'Empire russe. Seule exception : de petites communautés, enGalicie, qui sont depuis1772dans l'empire d'Autriche, empire qui leur concédera un statut particulier en 1775.
Après une forte période d'expansion avant l'an mil, les communautés karaïtes ont commencé un lent reflux démographique, surtout à partir duXIIIsiècle.
À la fin duXVIIIsiècle, il restait des petites communautés résiduelles : une enTurquie(àConstantinople), une enIrak(à Hitt), une à Jérusalem (refondée en 1744 par des membres des autres communautés) et une autre àDamas(en Syrie, détruite par les massacres de1860). Mais subsistaient surtout deux grands ensembles karaïtes :
les karaïmes d'Europe orientale ont profondément modifié la définition même du terme karaïte, puisque les Karaïmes européens ont auXIXsièclechoisit de se redéfinir comme un groupe ethno-religieux totalement indépendant du judaïsme, là où de tous temps les karaïtes s'étaient auto-définis comme Juifs. Il y a donc une rupture entre les karaïtes considérés juifs et les karaïmes se redéfinissant comme un groupe ethno-religieux indépendant du judaïsme traditionnel.
Les lois anti-juives de l'empire russe pesaient en effet lourdement lourdement sur les populations juives soumises, et la question s'est inévitablement posée du statut des populations karaïtes nouvellement rattachées (entre1783et1795) à l'empire. La problématique n'était pas théorique : il s'agissait du bien-être de la communauté tout entière dans la Russie profondément anti-juive.
La population karaïte bénéficiait aussi d'un statut social et économique assez favorisé par rapport à celui des populationsjuives rabbanites: commerçants, négociants, souvent des notables socialement bien intégrés, et ce aussi bien en Lituanie/Pologne qu'en Crimée, les deux grands centres de population Karaïme de l'époque.
Dès le départ, la domination russe s'annonça sous de bons auspices : en1795, une délégation de trois responsables karaïmes auprès deCatherine II de Russie(la grande Catherine), obtint une reconnaissance particulière dont ne bénéficiaient pas les Juifs. Les Karaïmes de Crimée furent en effet exonérés de la double taxe qui pesait sur les Juifs, exonération ensuite étendue aux autres Karaïmes de l'Empire.
Les Karaïmes furent ensuite exemptés de conscription militaire en1827, puis reconnus comme une communauté jouissant de l'autonomie religieuse en1837et obtinrent les mêmes droits que les citoyens russes en1863.
Cette construction d'un statut largement supérieur à celui des Juifs s'est faite sur trois générations, et a engendré un travail intense des Karaïmes pour justifier leur non-judaïté.
Les Karaïtes de l'empire russe vivaient à l'origine sur la rive nord de la mer noire (sud de l'Ukraine), zone dominée par des populationsturcophonesdepuis le début du Moyen Âge, et restées sous le contrôle politique de l'empire ottoman jusqu’à la fin duXVIIIsiècle.
Il n'est donc pas surprenant que les Karaïtes locaux aient été profondément marqués par la culture turque. Philip Miller note d'ailleurs que les juifs rabbanites de Crimée parlaient également des dialectes Tatars au même titre que les Karaïmes, ayant vécu dans le même contexte culturel que ces derniers.
Dès lors, les Karaïmes étaient-il desJuifskaraïtes sous influence culturelle turque, ou des Turcs convertis au karaïsme ? Et le karaïsme était-il une forme de judaïsme, ou une religion s'étant séparée du judaïsme ?
Les partisans de la thèse de l'origine turque du karaïsme ont en particulier fait référence à la conversion probable au judaïsme d'une partie au moins d'une des populations turques de la région, lesKhazars, auVIIIsiècle, conversion attestée par certains textes.
L'histoire de cette conversion est surtout connue grâce à l'EspagnolJuda Haleviqui écrivit auXIIsièclesonKuzari, en réponse à un « hétérodoxe » (hawarik al-din, c'est-à-dire probablement un karaïte). Construit sur le modèle d'Al-Ghazali, le Kuzari rapporte un dialogue imaginaire entre lehaver, undocteur de la loi juivequ'on identifie àIsaac Sangari, et le Kuzari, le roi desKhazars. Cependant le texte, écrit quatre siècles après les événements rapportés, n'est pas d'une grande précision historique, ainsi que le signale l'auteur dans son introduction. Une autre version de la conversion des Khazars se trouve dans lacorrespondanceentreHasdaï ibn ShaprutetJoseph ben Aaron, le roi des Khazars, qui cite nommément son ancêtreBulan. Enfin, selon ledocument de Cambridge, découvert parSolomon Schechterdans laGuéniza du Caire, et auquel certains savants accordent une créance relative, les Juifs d'Iran et d'Arménie, fuyant les persécutions, se sont mêlés aux tribus khazares nomades, jusqu'à ce qu'un chef militaire khazare, nommé Sabriel, possédant lui-même une certaine ascendance juive, se convertisse au judaïsme à l'instigation de sa femmeSerakh. Malgré le caractère légendaire de ces documents, les conversions semblent probables, et sont également attestées par des traces archéologiques.
Les conversions se firent-elles au judaïsme talmudique, ou au judaïsme karaïte ? Quelle proportion de la population touchèrent-elles ? Ces questions restent aujourd'hui débattues, mais on considère souvent que seule l'élitekhazar, c'est-à-dire une minorité, se convertit.
Compte tenu du manque de documentation sur les populations en cause, rien ne permet de dire si les Juifs rabbiniques ou les karaïtes locaux descendent totalement, partiellement ou pas du tout de cette population de Khazars convertis. 
On peut seulement noter que certains noms de famille karaïtes semblent d'origineperse, et non turque.
La thèse turque n'a pas seulement été soutenue par les Karaïtes. D'autres l'ont étendue aux rabbanites est-européens, ou à certains d'entre eux. Ainsi, lesKrymtchak, les Juifs rabbanites turcophones de Crimée, furent l'objet de débats lors de l'invasion nazie, ceux-ci étant enclins à croire qu'il s'agissait d'autochtones, voire de Khazars convertis, plutôt que d'individus « de race juive ».Arthur Koestlerira encore plus loin, dans son livreLa13tribu(éditions Calmann-Levy, 1976), selon laquelle ce sont tous les Juifs d'Europe orientale qui sont d'originekhazar. Cette thèse est très minoritaire chez les historiens.
Avant leXIXsiècle, la définition que les karaïmes donnent d'eux-mêmes est encore juive, comme le montre l'œuvre deIsaac de Trokià la fin duXVIsiècle. Celui-ci y critique les« Chrétiens qui tendent à jeter le doute sur les vérités de la foi juive », et demande à Dieu la« Divine protection sur moi et tout Israël»(Israël signifie ici « peuple d'Israël »).
En 1993, Philip Miller note d'ailleurs« Beaucoup de Karaïtes [...] ont défendu la vue selon laquelle ils descendaient de Juifs qui s'installèrent en Crimée après la destruction duPremier Temple[en -586] [...] coupés des principaux centres d'enseignements rabbiniques», bien avant le développement de ceux-ci (leTalmudfut rédigé entre leIIsiècle et leVsiècle de l'ère chrétienne). Les Karaïtes deCriméese sont donc longtemps considérés comme Juifs, et tiraient arguments de la supposée ancienneté de leur installation aux temps pré-talmudiques pour affirmer qu'ils avaient de tout temps été Karaïtes, adeptes d'un judaïsme plus fidèle aux formes anciennes, et par la même plus légitime. Cependant« il n'est pas accepté aujourd'hui de définir toutes les variétés de judaïsme non-talmudique ou pré-talmudique comme du Karaïsme. [... On] applique le terme à un mouvement très spécifique».
Après 1744 et la recréation d'une communauté karaïte à Jérusalem par« Samuel ben Abraham ha-Levi de Damas, la communauté fut ensuite composée de karaïtes de Syrie, d'Égypte, de Turquie et de Russie qui [...] se marièrent entre eux. [...] À aucun moment il n'apparut que la communauté [qui comportait des européens] ne se considérait elle-même autrement que comme juive».
En 1834, le maréchal d'EmpireMarmontvisiteEupatoria(Gozlow), en Crimée, et y estime la population à 12 000 personnes,« entièrement composés de Juifs karaïtes et de Tatars». En 1839, toujours concernant les karaïmes de Crimée,« les missionnaires écossais Bonar et McCheyne [...] ajoutent qu'ils “sont les plus respectables de tous les juifs”». Ces deux citations de l'époque semblent bien confirmer que malgré la redéfinition « turque » défendue depuis quelque temps, la vision des Karaïmes commeJuifsreste encore bien ancrée dans les années 1830.
Ce travail en faveur du caractère non-juif des Karaïmes, par le biais de l'hypothèse d'une origine turque, fut donc complexe, et sujet à opposition.
Dans un premier temps, sans remettre en cause leur origine juive, les Karaïtes qui venaient d'entrer dans l'Empire russeinsistèrent surtout sur leur non-implication dans lacrucifixion de Jésus, un des motifs officiels des politiques anti-juives de l'Empire, et expriment une autre hypothèse sur leurs origines :« dans leurs comptes-rendus écrits, les voyageurs européens enCriméeauxXVIIIetXIXsiècles rapportent que les Karaïtes se considéraient eux-mêmes comme les descendants desSadducéens[les prêtres juifs duSecond Temple de Jérusalem] et donc non coupables de la crucifixion de Jésus»attribuée aux pharisiens, c'est-à-dire auxJuifs rabbanites. Mary Holderness rapporte en 1816« les Juifs karaïtes, bien qu'ils ne reçoivent pas Jésus comme le Messie promis [considèrent] qu'ils ne sont en aucun cas concernés [...] par sa mort».« De façon intéressante, affirmer l'innocence dans la crucifixion de Jésus en proclamant descendre dessadducéensétait un stratagème bien connu des Karaïtes lituaniens etvolhyniens[Ukraine actuelle], qui l'avaient fréquemment utilisé quand ils étaient les sujets des rois polonais. [...] La charge de déicide n'était pas pertinente [...] sous les autorités islamiques [qui dirigèrent la Crimée jusqu'en 1783], [et] que les Karaïtes de Crimée prirent conscience [de l'argument] et l'utilisèrent à leur avantage si rapidement après leur absorption par l'Empire russe indique leur degré de sophistication dans leurs négociations avec leurs nouveaux maîtreschrétiens orthodoxes». Pour confirmer l'origine assez récente de la thèse sadducéenne, on peut noter qu'un siècle plus tôt, leHakhamMordekhaï ben Nissan(XVIIsiècle-XVIIIsiècle) soutenait qu'une congrégation karaïte séparée (donc distincte desSadducéens) et ne se distinguant pas extérieurement des autres congrégations, existait déjà à l'époque duSecond Temple de Jérusalem, au temps deShimon ben Sheta'h. AuXIIsiècle, l'auteur karaïteYehouda ben Eliya Hadassi« s'indigne de ceux qui identifient les karaïtes avec les Sadducéens».
La tentative d'échapper au sort des autres Juifs obtint assez rapidement un premier succès. En1794, les Karaïtes et lesJuifsfurent ensemble soumis à un impôt local doublé par rapport à celui des chrétiens. Après une délégation de trois de leurs dirigeants, laGrande Catherineadressa le8 juin 1795une lettre à Platon Zubov, gouverneur de la Crimée, exemptant« les Juifs de Crimée appelés karaïtes »de la double taxe. Cette exemption ne concernait pas ceux d'Ukraine ou de Lituanie. LeHazzan(chef religieux) Isaac ben Salomon, membre de la délégation, indique dans un bref compte-rendu que la délégation a également obtenu une exemption de l'obligation de loger les soldats, une obligation lourde et coûteuse.« Bien que les Karaïtes eussent toujours été considérés comme des Juifs, ils avaient reçu pour la première fois une reconnaissance gouvernementale officielle d'une identité et d'un statut distincts de celui des rabbanites [...]. Il est admis que les exemptions [...] ont été étendues aux Karaïtes deVolhynieet deLituanie, bien qu'un édit spécifique n'ait pas été publié».
Une seconde crise survint en 1827, avec un résultat similaire. En effet, cette année-là, les autorités tsaristes décidèrent de soumettre les Juifs (Karaïmes inclus) à un long service militaire (25 ans).« Intentionnellement séparés des autres Juifs, les conscrits étaient mélangés avec des troupes d'autres origines ethniques, exposés aux intenses activités missionnaires de l'église orthodoxe [...] et dispersés à travers l'empire ».
Une délégation de trois membres fut alors envoyée auprès du gouvernement impérial par les Karaïmes de Crimée (représentants de facto tous les Karaïmes de l'empire). Son dirigeant étaitSima Babovitch, à cette date un marchand assez prospère.
La délégation se rendit àSaint-Pétersbourget obtint un statut spécifique pour les Karaïmes, exonérés de cette obligation. Après cette date, Babovich devint célèbre parmi les siens, et vit son influence grandir.
Le rapport laissé par Joseph Solomon Lutsky, un des trois membres de la délégation de 1827, montre qu'à cette date le basculement vers une identité « non-juive » n'a pas encore eu lieu. L'auteur s'y adresse« aux membres de notre nation Karaïte, qui étaient inclus parmi les Hébreux», et intitule son rapport (écrit enalphabet hébraïque)épître sur la délivrance d'Israël. La présentation des arguments défendus par Sima Babovich, le principal négociateur, ne parle pas encore de la thèse turque. Babovitch aurait seulement déclaré (selon Lutsky)« les Karaïtes ont été considérés comme distincts des rabbanites depuis les jours de la grandetsarineCatherina». Cette partie du rapport parle bien des Karaïtes et des rabbanites, et non des Karaïtes et des Juifs, ce qui confirme, après les références du début au caractère «hébreu» des Karaïtes, membres « d'Israël » (c'est-à-dire du peuple d'Israël), que les Karaïtes et les rabbanites sont toujours vus comme des sous-ensembles « d'Israël ». On note cependant que l'auto-désignation faite par Lutsky dans son rapport sur sa délégation de 1827 décrit les karaïtes comme « Karaïtes », « Hébreux », « Israël » ou « nation karaïte », et jamais directement comme « Juifs », ce qui confirme déjà une nette volonté de différenciation, même si celle-ci n'est pas aussi totale qu'elle le deviendra.
La crise de 1827, faisant suite à celle de 1794, a montré que se présenter comme des Juifs « innocents » de la mort de Jésus (hypothèse Saducéenne) restait manifestement risqué dans les relations avec des autorités impériales profondément anti-juives. Certains au sein de la communauté karaïme ont donc commencé à prôner une nouvelle interprétation : les Karaïtes deRussien'étaient pas Juifs, maisturcs. Leur religion n'était pas une forme particulière de judaïsme, mais une religion spécifique, issue du judaïsme (comme lechristianisme, par exemple).
Les deux principaux propagandistes de la théorie turque, infatigables défenseurs de leur peuple, essayant à tout prix de le faire échapper au sort desJuifs, furentAbraham FirkovichetSima Babovich, l'ancien responsable de la délégation de 1827. Babovich, devenu responsable des Juifs de Crimée, n'eut de cesse, avec d'autres Karaïmes, surtout Criméens, de redéfinir l'identité des Karaïtes est-européens, non plus comme Juifs, mais comme Turcs de confession karaïme. Lui et Avraham Firkovich organisèrent des recherches historiques pour défendre leur thèse (surtout Firkovich, qui apparaît comme l'historien du mouvement), et furent des interlocuteurs des autorités tsaristes, parvenant à convaincre progressivement celles-ci du caractère non-juif des Karaïtes. L'obtention du statut de communauté religieuse autonome des Juifs en1837leur est directement imputable, et l'égalité civique avec les citoyens russes de1863est une conséquence plus lointaine de leurs actions.
La principale thèse des deux hommes était un mélange entre une thèse religieuse proche de la thèse sadducéenne, et la thèse ethnique turque :« les ancêtres des Karaïtes étaient venus en Crimée au septième siècle avant l'ère chrétienne et ne pouvaient donc pas avoir été impliqués dans la crucifixion de Jésus». Leurs descendants avaient convertis les kazars turcophones. Les karaïtes étaient donc des turcs convertis par une variante ancienne du judaïsme, très éloignée du judaïsme rabbinique. Cette position sera particulièrement formalisée« quand en 1839 le gouverneur général de la Crimée, Voronzow adressa six questions de base sur les origines des Karaïtes à Babovich [...] [et que] Firkovich [sera] chargé d'y répondre». C'est vers cette époque que les documents officiels gouvernementaux cessent de parler des« Juifs de Crimée appelés Karaïtes»et se mettent à utiliser le terme révélateur de« Karaïtes russes de la foi du vieux testament». Les Karaïmes n'étaient plus desJuifsprivilégiés, situation toujours réversibles dans un empire très anti-juif, ils devenaient officiellement non-juifs.
Les travaux de Firkovich s'avérèrent après sa mort entachés d'erreurs, voire de faux grossiers, mais il a également fourni un travail reconnu dans le recueil d'une importante collection de documents karaïtes, dont le célèbrecodex de Léningrad. Autre point contesté chez Firkovitch, son anti-judaïsme. Dans ses souhaits de convaincre les autorités russes de différencier Juifs et Karaïmes, il n'hésita pas à leur envoyer un courrier en1825où il conseillait d'évacuer (ou de déporter) les Juifs hors des zones frontières de l'ouest, pour éviter la contrebande.
Au-delà de ces critiques justifiées,Abraham FirkovichetSimhah Babovichfurent considérés comme les sauveurs de leur peuple, et ont joui d'un grand prestige au sein de leur communauté. Si certains ont continué à se considérer comme juifs, ils ont préféré le faire discrètement, pour éviter la discrimination et lespogromstsaristes.
Si ces deux auteurs restent les plus connus de ce qui est parfois appelé le « Mouvement national karaïte», on peut aussi citer« Benjamin ben Samuel Aga, [...] Joseph Solomon Luzki [...], Samuel ben Moshe Pampolov. [...] Isaac ben Solomon, Abraham Luzki, Mordecai Kukizow et Mordecai Sultansky».
Dans le judaïsme, les notions dePeuple juifet dereligion juivesont traditionnellement très confondues (encore que pas totalement : selon lahalakha, un Juif converti à une autre religion reste membre du Peuple). Dans la nouvelle démarche qui s'impose auXIXsiècleenEurope orientale, les notions de religion et de peuple se retrouvent totalement séparées. Les Karaïmes est-européens considèrent ainsi appartenir à la même communauté religieuse que les karaïtes des pays arabes (qui se considèrent pourtant comme Juifs), mais ils considèrent aussi qu'ils appartiennent à un peuple différent, d'origine turque, autant différent des Juifs en général que des autres communautés juives karaïtes en particulier.
En 1917, des représentants Karaïmes adoptent une déclaration qui fait la synthèse de cette nouvelle démarche :« [les Karaites sont] le peuple autochtone de laCrimée, uni par la communauté d'ascendance, de langue et de traditions, qui se considèrent eux-mêmes comme ethniquement spécifiques, liés à d'autrespeuples turcs, ayant une culture originale et une religion indépendante. Ils se sentent attachés à la Crimée en tant que leur patrie historique».
Un auteur karaïme moderne écrit ainsi en 1980 des karaïtes qu'ils« ont rejeté [...] l'idée de se présenter comme un seulpeuple élu, [...] [et] le sentiment d'appartenance à une même communauté ethnique». L'auteur ne cache d'ailleurs pas sa critique des karaïtes se définissant comme juifs, accusés d'être« peu confiants en leur force », ni son hostilité ausionismedont les« dirigeants [...] cherchent vainement à étouffer depuis plus de deux mille ans»les idées karaïtes. Le termesionismecouvrant deux mille ans désigne ici manifestement les communautés juives en général. Les juifs rabbanites, toujours désignés par le seul terme de « Juifs », sont aussi régulièrement accusés par l'auteur, par exemple d'avoir« ruinés matériellement»les karaïtes de Pologne et de Lituanie.
Au-delà de la volonté de rupture ethnique, les Karaïmes ont eu la volonté de maintenir l'idée de communauté religieuse karaïte. Les Karaïmes deCriméevont ainsi établir des liens religieux avec les karaïtes égyptiens, et ceux-ci prendront souvent des dirigeants religieux d'origine européenne.
On peut noter que la question de l'origine biologique peut se poser pour n'importe quelle communauté juive vivant depuis longtemps dans un pays, et profondément marquée par la culture de celui-ci. Sont-ils desindigènesconvertis, desallogènessemi-assimilés, ou un mélange des deux ? Lesjuifs d'Éthiopieou desIndesont ainsi une apparence physique similaire aux populations dans lesquelles ils vivent. Leur origine ethnique est donc largement locale. Ils se considèrent cependant comme juifs.
Il n'y avait de prime abord pas de raison historique particulière pour que ces questions d'origine soient plus posées à propos des Karaïtes est-européens, d'autant que les juifs rabbanites de Crimée (lesKrymtchaks) parlaient également des dialectesTatarsau même titre que les Karaïmes, ayant vécu dans le même contexte culturel que ces derniers. Deux raisons semblent pourtant avoir entraîne le succès de « l'hypothèse turque » auprès des Karaïmes :
Deux autres raisons peuvent expliquer le succès de cette même thèse auprès des autorités impériales, justifiant l'attribution progressive de l'égalité des droits :
Vers1690, Gustav Peringer notait déjà une nette tendance des Karaïtes à se différencier des Juifs rabbanites. En1794, les représentants karaïtes avaient obtenu  l'amorce d'un statut à part dans l'empire russe (tout en restant Juifs du point de vue des autorités et semblent-il du leur).
Dans la première moitié duXIXsiècle, certains membres de la communauté ont structuré sur ces bases une nouvelle définition de leur identité. Ils ont officiellement choisi de se définir très majoritairement comme des Turcs pratiquant une religion venue dujudaïsme, voire n'étant plus le judaïsme. Certains Karaïtes européens ont cependant continué à se considérer comme juifs, ou au moins à hésiter entre une identité turque et une identité juive, comme le montrera l'émigration de certains vers Israël à la fin des années 1940.
Compte tenu des rapports assez mauvais entre les Karaïtes et les Juifs orthodoxes, l'empire russe a progressivement accepté l'hypothèse turque, et a exonéré les Karaïtes des contraintes pesant sur les Juifs.
Au milieu duXIXsiècle, les deux grands ensembles karaïtes (Europe etmonde musulman) ne sont plus seulement séparés par l'espace, ils le sont aussi de fait par la définition qu'ils donnent d'eux-mêmes :
À compter de la fin duXIXsiècle, seules subsistent réellement les communautés karaïtes de l'empire russeet duCaire, enÉgypte. On peut y rajouter une petite communauté turque, culturellement assez proche en fait des communautés russes, et un tout petit groupe en Irak.
De façon générale, les karaïtes non européens conservent des principes voisins sinon identiques à ceux dujudaïsme rabbinique, avec des interprétations spécifiques dues au refus duTalmud, tandis que certains courants européens, pour des raisons partiellement tributaires de circonstances historiques, sortent clairement du cadre du judaïsme traditionnel au bénéfice d'une redéfinition non-juive des karaïsmes est-européens à compter duXIXsiècle.
« Selon le recensement de 1897, l'ensemble de la population karaïte de l'Empire russes'élevait à 12 894 âmes ». Bien intégrées, avec une situation sociale favorisées, les populations karaïtes avaient une natalité relativement basse.
À la veille de la Première Guerre mondiale, la population Karaïme de l'Empire russe (de laCriméeà laLituanie) était modeste, mais majoritairement (57 %) en Crimée :« en 1914, leur nombre était de 8 000 personnes, alors que leur population totale dans l'empire russe était de 14 000».
En1910, afin de renforcer encore leur différenciation d'avec lesJuifsdans un contexte ou lespogromssont devenus réguliers,« le congrès desHakhamimet desHazzanimdécida de ne plus autoriser les mariages entre Rabbanites et Karaïtes, ou l'acceptation des Rabbanites souhaitant devenir Karaïtes».
En1911,Sheraya Szapszalest élu leHakhamen chef des communautés Karaïtes deCrimée(le groupe le plus important de l'empire). Cette élection est révélatrice de l'évolution deskaraïmesà double titre. D'une part, Szapszal n'avait pas de formation religieuse spécifique. On note ici la laïcisation progressive des karaïtes de l'empire russe, population en voie de modernisation et de laïcisation rapide, ou les études séculières étaient devenues plus prestigieuses que les études religieuses. D'autre part, Szapszal exprimait une vision accentuant encore la rupture avec lejudaïsme. Il défendait en particulier l'idée queJésus-ChristetMahometdevaient être reconnus par lesKaraïmescomme de grandsprophètes. En1936, devenu responsable des Karaïtes dePologneet deLituanie, il déclare« leChristest pour nous un grand prophète mais pas leMessie». La communauté de Pologne qu'il dirige résume en1938sa vision :« Les Karaïtes voient leChristetMohamedcomme prophètes». À ce stade, ce n'est plus seulement une rupture ethnique avec lesjuifs(mais aussi avec les karaïtes juifs d'Orient) qui est recherchée, c'est une rupture avec les principes même du judaïsme, ainsi que duscripturalismekaraïte (la stricte interprétation de laBible hébraïque). Cette rupture radicale aurait d'ailleurs soulevé certaines oppositions à l'époque dans les milieux Karaïmes.
Outre les éventuelles convictions religieuses de Szapszal, cette évolution semble avoir eu trois avantages :
En 1917, les communautés Karaïmes de Crimée proclament, rejetant toute assimilation aux Juifs :« [Les Karaïtes sont] le peuple autochtone de laCrimée, uni par la communauté d'ascendance, de langue et de traditions, qui se considèrent eux-mêmes comme ethniquement spécifiques, liées à d'autrespeuples turcs, ayant une culture originale et une religion indépendante. Ils se sentent attachés à la Crimée en tant que leur patrie historique».
LaPremière Guerre mondiale(qui aurait fait 700 morts dans les rangs des soldats karaïmes), puis la guerre civile ukrainienne (1918-1920), particulièrement violente enCrimée, et enfin l'émigration d'une partie de l'élite vers l'occident a éprouvé la petite population karaïte.
Après larévolution bolchévique, les frontières ont beaucoup bougées, et les communautés karaïmes, alors presque toute en Russie (à part la petite communautégalicienne(Halitch) de l'Empire austro-hongrois), se retrouvent coupées en deux groupes.
Les Karaïmes deCriméeet de l'Ukrainesoviétique, environ les deux tiers de l'ancienne communauté russe, se retrouvent placés au sein de l'URSS. Conformément à la politique générale du régime en matière de religion, la culture religieuse a également été sévèrement touchée par la politique anti-religieuse du gouvernement soviétique, leskenessaet les institutions communautaires (écoles, séminaires religieux) étant rapidement fermées. L'Holodomor, la grande famine Ukrainienne de 1932-1933 (4 à 10 millions de morts selon les estimations), a sans doute contribué  à frapper la population karaïte à la veille de laSeconde Guerre mondiale.  Cette période marque le début du déclin démographique des populations karaïmes, qui sera encore amplifiée par la Seconde Guerre mondiale et par l'assimilation à la culture soviétique de l'après-guerre.
Les autres Karaïmes (environ un tiers) se retrouvent inclus dans les frontières de laPologne(deHalitchau sud àVilniusau nord), et plus marginalement dans la petite Lituanie indépendante. Dans ces pays, les libertés de culte subsistent.
Les quelques centaines de réfugiés soviétiques émigrés à l'Ouest s'installent pour beaucoup en France, où ils créeront une petite communauté surtout parisienne d'environ 300 membres, rapidement menacée d'assimilation. Ils se regroupent au sein d'une association "L'Association des Karaïmes à Paris". Durant la seconde guerre mondiale les membres de cette association devront être porteur d'une carte de membre leur permettant de faire reconnaître leur statut de Karaïme et d'échapper aux déportations.
Le refus de se considérer comme juifs a permis aux Karaïtes de Russie d'échapper partiellement au génocide des Juifs, lesNazisayant décidé dès avant la guerre de ne pas les considérer comme juifs mais comme turcs, parfois avec quelques doutes (la question de la judaïté des Karaïtes a été posée dans l'Allemagne nazie d'avant-guerre car quelques familles y vivaient).
Cependant, les communautés d'Europe orientale furent souvent touchées par les massacres nazis, ceux-ci ayant parfois du mal à les distinguer desJuifs rabbanites, ou ne s'en donnant pas la peine. Des civils de toutes origines étaient de toute façon régulièrement tués par les forces d'occupation ou du fait des combats.
EnUkraineet enCrimée, les communautés karaïtes auraient perdu d'après certains 70 % de leurs membres du fait de la guerre (soit dans les combats, soit du fait des Nazis eux-mêmes). Ces statistiques sont bien sûr à prendre avec précaution, car il n'y a pas d'étude démographique approfondie. Le chiffre est peut-être trop élevé, mais les destructions dues à la guerre sont indéniables.
On peut noter que certains habitants de laCrimée, en particulier de langue turque (Tatars de Crimée) s'enrôlèrent dans différentes troupes allemandes, soit par hostilité au régime deStaline, soit pour se gagner les faveurs des Allemands. Une lettre du27 septembre 1944de Gerhard Klopfer, un assistant deMartin Bormannà la chancellerie du parti Nazi, estime que 500 à 600 Karaïtes se battent dans laWehrmacht, laWaffen-SSou laLégion Tatar(des volontaires Tatars pro-allemands). Selon un survivant Juif dughetto de Loutsk(en Ukraine), des Karaïmes locaux auraient assistés lesnazisdans leur politique contre les Juifs.« En Lituanie, il y a des rapports selon lesquels les nazis ont placé un Karaïte sadique comme responsable dughetto de Vilnius».
À l'inverse, des soldats karaïmes se sont battus dans l'armée rouge, et les Karaïmes ayant des postes de responsabilité dans l'administration soviétique et le parti communiste ont été exécutés, selon la politique habituelle des nazis. Quelques Karaïmes polonais auraient aussi ralliés la résistance dans ce pays.
Après les destructions partielles de la guerre, les Karaïtes ont également été touchés par les actions anti-Tatars du régime communiste (déportation desTatars de Crimée).
Après la chute du communisme, quelqueskenessaont rouvert, mais la tendance à l'assimilation, également sensible chez les Juifs, est particulièrement forte chez les Karaïmes, qui s'appuient, qui plus est, sur des communautés numériquement bien moins nombreuses.
Le nombre des Karaïmes vivant en Europe orientale ou originaires de celle-ci est aujourd'hui très difficile à estimer. Ceux-ci constituent en toute hypothèse la quasi-totalité des populations karaïtes vivant hors d'Israël, ce pays ayant accueilli quasiment tous les karaïtes des pays musulmans (Irakiens et surtout Égyptiens). Les estimations, très vagues, vont ainsi de 2 000à 25 000.
Le vieux centre de population criméen ne compte plus beaucoup de Karaïmes. Selon une enquête de« 1991, M. EL-Kodsi a dit qu'il en restait 800, dont 250 àSimferopol, 90 àGozlov(Eupatoria), 70 àFeodosia, 60 àSébastopol, 50 à Bakhchisarai (Chufut-Kale), 30 àYaltaet les autres ailleurs». Soit 10 fois moins qu'en 1914. L'ensemble de l'Ukraine en compterait 1 200.
EnLituanie, devenu un centre Karaïme important depuis leXIVsiècle,« une étude ethno-statistique importante fut menée par le Département de la Statistique de Lituanie, dont on peut extraire le chiffre global de 257 Karaïtes dont 16 enfants en Lituanie en 1997». Ce chiffre montre une décroissance régulière de la communauté :« 1959, 423 ; 1970, 388 ; 1979, 352 ; 1989, 289, encore que pour la période soviétique les statistiques soient unanimement considérées comme peu fiables». Cette décroissance régulière semble liée à l'assimilation rapide. À compter de laperestroïkapuis de l'indépendance de la Lituanie, une certaine réorganisation communautaire se fait jour :« L'année 1988 voit la reconstitution d'une association culturelle karaïme, 1990 l'organisation d'une école du dimanche. En 1992, on rend solennellement lakenessadeVilniusau culte, après que la communauté a récupéré le bâtiment précédemment nationalisé». Mais avec une population si peu importante et dont tant de membres ont oublié leurs traditions religieuses, le maintien d'une communauté lituanienne semble douteux à long terme.
D'importantes différences d'approches religieuses divisent aussi ces communautés peu nombreuses et en voie d'assimilation. La question de la judaïté n'est ainsi pas totalement tranchée.
La majorité des Karaïmes est-européens ayant conservé une conscience communautaire (ce qui n'est pas le cas de tous, eu égard au degré d'assimilation des Karaïmes) semblent se définir comme turcs et non comme juifs :« les Karaïmes criméens sont un peuple d'ascendance Turque qui a adopté le karaïsme [...], une religion abrahamique indépendante, non sectaire, monothéiste». Dans les années 1990,« les communautés de Karaïtes de laCrimée, deDniepropetrovsk, duKharkiv, deGalicieet d'autres régions du pays [l'Ukraine] ont établi l'association des Karaïtes criméens de toute l'UkraineKrimkaraylar. [...] Les objectifs [.... de] l'association sont de sauver le peupleKaraiet ses reliques, de l'assister dans sa renaissance religieuse et culturelle, et de l'aider à maintenir son identité ethnique et culturelle». Dans cette optique,Krimkaraylara adopté, exactement dans les mêmes termes, la déclaration de 1917 selon laquelle« [les Karaïtes sont] le peuple autochtone de laCrimée, uni par la communauté d'ascendance, de langue et de traditions, qui se considèrent eux-mêmes comme ethniquement spécifiques, liées à d'autrespeuples turcs, ayant une culture originale et une religion indépendante. Ils se sentent attachés à la Crimée en tant que leur patrie historique».
Quelques Karaïmes affirment par contre leur judaïté, comme ceux ayant émigré vers laPalestine mandatairepuisIsraël, en 1947-1948. On note également qu'une petite émigration a repris vers Israël depuis la chute de l'URSS, preuve que la redéfinition non juive n'est toujours pas acceptés par tous les karaïmes. Cette émigration ne peut cependant qu'accélérer le déclin des communautés.
La communauté égyptienne karaïte était en pratique uniquement installée auCaire(du moins à l'époque moderne, c'est-à-dire à compter duXIXsiècle), à l'exception d'un petit groupe installé vers 1860 àAlexandrie, et qui comptait 243 membres en 1947. La communauté égyptienne était pauvre et très traditionaliste, avec une petite élite de commerçants et d'artisans un peu aisés. Jamais une redéfinition non-juive de son identité n'y a été tentée, et la communauté est toujours restée très pénétrée de son caractère juif.
Autrefois importante au Moyen Âge, La population égyptienne était devenue modeste, guère plus de mille personnes en 1834, mais elle a par la suite connu une assez forte expansion démographique (plus de 5 000 personnes un siècle plus tard), tant du fait d'une croissance interne que de l'émigration de karaïtes syriens vers le milieu duXIXsiècle, puis de Karaïtes russes à compter de la fin duXIXsiècle.
La communauté était organisée sur le modèle duMilletottoman (communauté religieuse auto-organisée disposant d'un statut officiel).« LeHatti-Humayoun, promulgué àIstanbulpar le SultanAbdel Magiden 1856, et les deux Hautes Circulaires des 3 février et1avril 1891 règlementaient les tribunaux confessionnels, et la compétence des conseils communautaires [...] dans tout l'Empire ottoman. Après un début d'application ponctuelle de ces textes en Égypte, le gouvernement demanda en 1906 à toutes les communautés de présenter les projets de leur règlement intérieur pour les approuver et leur donner vigueur de loi exécutive. En 1933, seules quatre communautés non musulmanes, dont la communauté karaïte n'avaient pas présenté leur règlement intérieur. Ainsi, les jugements de leurs tribunaux religieux ou mixte ne recevaient pas force exécutoire de la part des bureaux administratifs du gouvernement. Les karaïtes étaient cependant organisés selon le schéma classique d'une communauté. À la base, on trouvait les contribuables, qui payaient le don du culte ; le conseil communal, lemaglis milli, existait depuis1901. Ses membres étaient tous issus de la haute bourgeoisie [...]. Le conseil communal élisait un président, un vice-président et un secrétaire général, qui ont toujours été égyptiens. Ainsi, les affaires communautaires semblaient réservées aux seuls cairotes, sauf pour lehakham, qu'une tradition faisait venir »de Crimée.
Les relations traditionnelles avec les rabbanites étaient distantes, sans affrontements ni rapprochement, du moins jusqu'à la laïcisation partielle duXXsiècle, où les relations sont devenues plus chaleureuses entre certains segments des deux communautés. Les mariages mixtes étaient très peu nombreux. Le dernierHakham al-Akbar(1934-1956) de la communauté du Caire, Touvia Levi Babovich, égyptien d'origine russe (né en 1879), considérait que c'était un motif d'exclusion de la communauté, mais des intellectuels karaïtes comme Murad Farag (1866-1956) les défendaient.
Une amorce d'occidentalisation d'une élite karaïte s'amorce avec l'ouverture en1897d'une école de l'alliance israélite universelle. Elle était destinée aux Juifs de toutes obédiences, et s'ouvre donc aussi aux karaïtes, avec même une place dans l'enseignement pour l'histoire karaïte.
À compter du début duXXsiècle, le mouvementsioniste, qui reconnaît les karaïtes comme juifs, tentera également d'encadrer les karaïtes, comme les autres communautés juives égyptiennes, dans des organisations nationalistes « modernes ».« Ainsi, le 22 février 1922, le Docteur Pilpoul, Président de la Commission de Propagande de la Fédération Sioniste d'Égypte, déclara, en français, lors d'une soirée de la Fédération : “Il faut supprimer les dénominationsAshkénazim,Sépharadimet Karaïtes ; ne doit subsister qu'une seule communauté sous les auspices de l'Organisation Sioniste”». Le résultat sera longtemps très modeste, les karaïtes restant une communauté pauvre et largement analphabète (50 % en1927), se sentant peu concernée par une politique sans doute trop théorique pour elle. Joel Beinin note d'ailleurs que cet intérêt limité pour le sionisme se retrouvait chez les rabbanites, également réservés. Il note d'ailleurs que les journaux « modernes » de la communauté karaïtes (comme ceux des rabbanites) insistaient beaucoup, jusqu'à l'émigration, sur le caractère égyptien et patriote de la communauté, et que des articles à caractère nationaliste y paraissaient régulièrement, les karaïtes y étant régulièrement présentés comme «abna’ al-balad» (fils du pays).
La volonté de « modernisation » des élites juives, karaïtes ou rabbanite, s'est traduite par un certain rapprochement, complété par l'usage commun que les deux communautés font de l'hôpital Juif, dirigé par les rabbanites, mais auquel les karaïtes font des dons, et où certains travaillent, comme le docteur Moche Marzouk, également militant sioniste et agent israélien des années 1950.
La minorité touchée par la modernisation portée par l'alliance israélite universelle, également peu attirée par lesionisme« n'avaient de cesse de s'intégrer à une communauté francophone cairote qui, sous l'action de l'Alliance israélite universelle, se tournait de plus en plus vers l'étranger. [...] Le français représentait le passage obligé de l'émancipation sociale, mais entérinait aussi un clivage avec le reste des habitants [karaïtes]». Attiré par une assimilation à la modernité francophone et occidentale, ce segment de la communauté connaîtra d'ailleurs plus tard une petite émigration vers laFrance, qui donnera naissance à la très petite communauté de Karaïtes d'origine égyptienne qui existe encore en France au début duXXIsiècle, et qui y a rejoint des karaïmes émigrés d'Europe orientale.
Sous l'influence de cette « modernisation » occidentale, la communauté constitua des institutions non strictement religieuses. Ainsi, dans les années 1930« l'organisation de la jeunesse karaïte du Caire,al Gama'iya al Chobban al Israliyin al Karaiyn be Misr[« Association des jeunes israélites karaïtes d'Égypte »], dirigée par Yakub Farag Abdallah, installait également son siège rue Tur Sinaï, à 'Abbasseya. La communauté fondait à cette époque un journal en langue arabe,Al Chobban, qui, sous le nom deAl Kalim(l'instituteur) à partir de 1945, continua de paraître jusqu'en 1957».
Dès leXIXsiècle, il y a eu une petite immigration de Karaïmes russes vers l'Égypte, produit des liens entre Karaïmes européens et karaïtes égyptiens, lesquels prenaient souvent des dirigeants religieux d'origine européenne, perçus comme plus prestigieux et plus éduqués. Dans les années 1920, Cette émigration a connu une accélération, résultante des troubles nés de larévolution bolchevique.
« En 1927, on recensait dans la communauté karaïte 1 848 étrangers, surtout russes et syriens [issus de la communauté de Damas, détruite auXIXsiècle], et 2 659 égyptiens». Ces étrangers d'origine européenne ou syrienne n'ont pas cherché à recréer une direction religieuse autonome, même si« la plupart d'entre eux vivaient à 'Abbasseya », et non dans le quartier karaïte.« Une synagogue [y] fut construite en 1927, laKhan 'Abbasseya, après une souscription publique de 12 000 Livres égyptiennes», commune aux trois groupes (égyptiens, syriens et russes). Compte tenu de la redéfinition officielle du karaïsme de Russie comme non juif, et ce depuis leXIXsiècle, cette fusion religieuse avec un groupe égyptien/syrien se voulant très fortement juif est à noter, et s'explique par les liens entre les deux communautés, certains « russes » étant à des postes de direction en Égypte. Aucune reprise des idées (assez récentes) de Szapszal sur leChristouMahometcomme prophètes ne semble avoir été tentée, ou en tout cas réussie.
La population karaïte en Égypte dépassait 5 000 personnes en 1937.« La création de l'État d'Israëlet laguerre de 1948prit [la communauté égyptienne] au dépourvu. En effet, seule la minorité étrangère s'était préparée à quitter l'Égypte et avait pu prendre quelques dispositions financières. La plupart d'entre eux avait déjà quitté l'Égypte en 1947 [pour laPalestine mandataireou d'autres pays]. Il est vraisemblable que, contrairement à leurs coreligionnaires égyptiens, mal à l'aise dans les structures de plus en plus nettement affirmées de l'état-nation, ils furent séduits par la loi du retour [israélienne] et la citoyenneté qu'elle leur apporterait». La majorité des karaïtes « russes » d'Égypte étaient en effet apatrides. 
Pour la seconde fois (après l'adhésion à la communauté religieuse du Caire dans les années 1920 et 1930), les « russes » faisaient un choix « juif », à rebours des choix majoritaires du karaïsme européen. Tout comme les choix « anti-juif » duXIXsièclefurent en partie contraints par la politique anti-juive du régime tsariste, le choix « pro-juif » des karaïmes russes d'Égypte semble être une réponse à la pression des circonstances, en l'occurrence à la difficulté d'être apatride et sans attaches communautaires claires dans l'Égypte nationaliste des années 1940 et 1950.
« En 1950, le problème de l’application de la loi du Retour se posa aux Caraïtes ; le Gouvernement israélien y répondit favorablement mais après des hésitations. […] En effet, les Caraïtes [d'Union Soviétique] qui se présentaient comme partie du peuple tartare avaient même servi dans la Wehrmacht, la Waffen SS et plus de la moitié dans la Légion tartare. […] Beaucoup d’Israéliens jugèrent que les Caraïtes ne méritaient pas la loi du Retour.Yitzhak Ben-Zvi, qui allait devenir le second président de l’État hébreu, leur répondit par voie de presse que les Caraïtes désireux d’émigrer en Israël étaient des Caraïtes orientaux, d’une parfaite loyauté : ils avaient notamment fondé un centre sioniste en Égypte et avaient soutenu les bataillons juifs de l’armée britannique». Mais aucune différence ne fut fait en fonction de l'origine.
En Égypte, les Karaïtes de souche égyptienne, plus pauvres, moins politisés, moins éduqués, partirent en second, après le durcissement anti-juif qui se développa à partir de1952(émeutes duCaire) et surtout de laguerre israélo-égyptiennede1956.« Le discours dugénéral Naguibau siège de la communauté karaïte, puis à laGrande Synagogue du Cairele soir du Yom Kippour de 1953 rassurèrent un temps les esprits. Maisl'affaire Lavonen juillet1954marqua la fin de ce rapprochement ». Un des agents israélien impliqué dans les attentats du Caire était en effet un karaïte, le docteur Moshe Marzouk.« La vague d'émigration qui succéda au coup de force de Suez [de 1956] emporta la quasi-totalité d'une communauté profondément traumatisée, qui abandonna presque tous ses biens immobiliers».
La mort en 1956 du dernierHakham al-Akbar(1934-1956) Touvia Levi Babovich, égyptien d'origine russe émigré en 1934, favorisera aussi l'accélération de l'émigration. D'une part celui-ci s'opposait au sionisme, peut-être une réminiscence de l'attitude anti-juive des karaïtes occidentaux, d'autre part il n'est pas remplacé après son décès, accélérant la destruction des cadres institutionnels de la communauté. Le journal karaïteal-Kalimferme également ses portes après la guerre de 1956.
« Entre octobre 1956 et mars 1957, environ 40 % des karaïtes ont quitté l'Égypte, la plupart du temps pour Israël. Environ 2 000 karaïtes restaient auCaire[...] en 1959».
Les départs se terminent à la fin des années 1960, après laGuerre des Six Joursde1967qui achève de dégrader les relations judéo-arabes en Égypte. En 1966, il reste 1 000 karaïtes, et 200 en 1970.
L'installation se fera surtout autour deRamla, à proximité deTel Aviv, où les Karaïtes égyptiens seront rejoints par les membres de la dernière communauté karaïte en pays arabe, celle de Hitt, enIrak(environ 200 personnes).« La synagogue centrale de la communauté, qui est maintenant le “Karaite World Center”, s'est ouverte dans cette ville en 1961». Israël créera aussi deuxmochavim(villages coopératifs) pour les nouveaux émigrants : Matzliah et  Ranen, établis en 1950 et 1951.
La population s'est ensuite dispersée vers d'autres villes, en particulierAshdod,Beer-ShevaetOfaqim. Les karaïmes occidentaux, beaucoup moins nombreux,« Criméens, Polonais et Turcs, [...] ont préféréOfaqimetJérusalem».
Souvenir des vieilles oppositions entre rabbanites et karaïtes, legrand rabbinat israéliens'est opposé à l'arrivée des karaïtes dès la fin des années 1940, mais sans succès eu égard à la vision laïque et nationaliste du gouvernement israélien. Celui-ci a refusé d'entrer dans des polémiques religieuses, et a au contraire encouragé l'émigration des karaïtes, reconnus par l'état comme juifs sans difficultés. Il y aura cependant une courte crise en 1949-1950, quand sous la pression du partiMizrahi(sionistes religieux), l'Agence juivedemandera l'arrêt de l'immigration karaïte, demande rapidement annulée devant les protestations du mouvement sioniste égyptien. On a également pu noter qu'après l'exécution du docteur Moshe Marzouk par les autorités égyptiennes à la suite de l'opération Susannah, les documents israéliens officiels le présentait comme un juif égyptien, et jamais comme un juif karaïte  égyptien, ce qui avait été à l'époque mal vécu par la communauté, qui ressentait une volonté de masquer son existence.
Les karaïtes ont une histoire ancienne dans ce qu'ils nommentEretz Israël.« En effet, la doctrine karaïte insiste fortement sur l'obligation du Juif de vivre enEretz Israël». Leur importante communauté deJérusalem(plus importante que celle des rabbanites) fut détruite lors de lapremière croisade, en 1099. Il y aura d'autres tentatives d'installation de moindre envergure, la dernière en1744, qui durera jusqu'à la fin duXIXsiècle ou au début duXXsiècle. À la veille de laSeconde Guerre mondiale, elle a disparu, et l'Agence juive ne compte que 18 karaïtes (sans doute égyptiens) en 1939, tombés à un seul en 1948. Le grand sanctuaire de Jérusalem (détruit peu après pendant laguerre de 1947-1949) était sous la protection de la communauté du Caire.
C'est en Israël que va s'installer entre 1947 et 1968  ce qui est au début duXXIsièclela plus grande communauté karaïte organisée du monde.
Il existe aujourd'hui près de 40 000 karaïtes dans le monde, dont à peu près 35 000 en Israël, et 5 000 répartis aux États-Unis, en France et en Suisse.  le mouvement karaïte est aujourd'hui en pleine renaissance avec un nombre toujours croissant de Juifs qui y adhèrent, la plupart des karaïtes actuels sont toutefois originaires d'Égypte. "En 1956, ils ont été expulsés d'Égypte bien qu'ils s'y trouvaient depuis plus longtemps que les Arabes. Beaucoup ont fui pour les États-Unis."
La croissance numérique ci-dessus est essentiellement une croissance interne : les réservoirs de population karaïte des pays arabes sont vidés depuis la fin des années 1960, et les Karaïtes est-européens, dont la relation au judaïsme est ambigüe et l'assimilation généralement très avancée, n'émigrent pas (ou presque pas). La natalité en Israël est donc très forte, en lien avec les caractéristiques socio-professionnelles de la population, globalement assez faibles.
Encore aujourd'hui, la grande majorité des karaïtes israéliens sont donc d'origine égyptienne, et dans une moindre mesure russe, syrienne ou turque.
Les karaïtes administrent d'après leurs lois, les affaires religieuses de leur communauté et traite en toute légalité leurs affaires d'état civil. Toutes leurs activités sont reconnues par l'état d’Israël. Ils sont aujourd'hui représentés auprès de l'État par le Conseil religieux du judaïsme karaïte universel ( équivalent d'un tribunal rabbinique dans le judaïsme rabbinique) . Cetteorganisation parapluiegère les synagogues, les mariages, les divorces. Les mariages karaïtes sont reconnus « juifs » par l'État d'Israël.
La communauté karaïte en Israël porte le nom deHaYahadut HaQara’it Ha‘Olamit, ouUniversal Karaite Judaism(judaïsme karaïte universel), dirigée par un conseil desHakhamim( équivalent d'un tribunal rabbinique dans le judaïsme rabbinique, lui-même présidé par le grandHakham. Voici une liste des grandsHakhamimd'Israël :
Il y a des synagogues karaïtes pratiquement dans tout le pays.  dont principalement à Bat-yam, Kiryat Gat, Beer Sheva, Ashdod, Arad et Rishon-le-Tsion. À Jérusalem, il existe une synagogue karaïte dans le quartier juif de la vieille ville, rue des Karaïm.
À l'origine population pauvre, souvent employée dans la construction, la population karaïte connaît un certain phénomène d'ascension sociale, et une classe moyenne se dessine au début duXXIsiècle.
L'État d'Israëlreconnaît les Karaïtes comme juifs. Le grand rabbinat israelien les reconnait de manière générale en tant que "juif" mais pas officiellement. Celui-ci préfère considérer les Karaïtes comme non-Juifs plutôt qu'hétérodoxes. En effet, les divorces karaïtes étant sans valeur aux yeux du rabbinat, les Karaïtes, s'ils étaient reconnus Juifs, devraient être globalement considérésMamzerim(bâtard) présumés, ne pouvant contracter de mariage avec l'assemblée d'Israëlpendant dix générations (Choulhan Aroukh, Even ha-Ezer, 4.37), tandis que s'ils ne l'étaient pas, ils pourraient, en se convertissant, y être admis.
L'attitude générale ambigüe du rabbinat orthodoxe israéliena posé deux types de problèmes aux Karaïtes.
Le premier est de ne pas autoriser des mariages, du fait de l'exclusivité du mariage religieux existant en Israël. Seul un rabbin orthodoxe a le droit de marier un ou une Juive rabbanite. Cette situation existait également en Égypte (et était défendu par les Karaïtes eux-mêmes), mais ne posait guère question dans la société traditionnelle Égyptienne ou les mariages entre rabbanites et karaïtes étaient rares. Elle en pose plus dans la société israélienne, pourtant beaucoup plus laïque.  La situation est  assez ambigüe. Deux grands rabbins, Eliahu Bakshi-Doron  et Ovadia Yosef, deux grands rabbins séfarades d’Israël) ont encouragé de tels mariages.
Le deuxième problème est posé en termes d'identité. Si la reconnaissance de la judaïté des karaïtes ne pose pas question à l'état, elle est refusée en tout ou partie par le rabbinat, qui influence une large partie du public religieux enIsraël. Dans sa thèse de doctorat, Sumi Colligan indique« en Égypte, les karaïtes étaient identifiés en tant que minorité juive [...] [mais] beaucoup d'israéliens ont une tendance à penser les karaïtes moins comme un type de juif que comme un groupe social séparé». LeJerusalem Postdu22 mai 2007confirme d'ailleurs« beaucoup de gens aujourd'hui semblent penser que les termes “karaïte” et “juif” sont mutuellement exclusifs ». L'article indique d'ailleurs que si leHakhamNehemia Gordonqui est interviewé« semble désireux d'éclaircir des idées fausses, c'est probablement parce qu'il est constamment invité à le faire». Ce doute permanent sur la judaïté des karaïtes entraine en retour l'affirmation très forte de leur judaïté par les karaïtes israéliens.
Bien que totalement intégrés à la culture israélienne, beaucoup, en particulier chez les plus âgés« préservent des éléments importants de leur culture égyptienne - langue, nourriture, musique, rituels religieux». Certains essaient aussi de préserver leur prononciation particulière de l'hébreu, mais celle-ci régresse sous l'influence de l'hébreu moderne.
Plus souple que le rabbinat orthodoxe israélien, un arrêté a été publié par le Rabbinat orthodoxe américain, reconnaissant aux Karaïtes une plus grande affinité avec les Juifs orthodoxes que ceux-ci n'en ont avec lesJuifs réformés, voire lesJuifs « conservateurs ». En vertu de cela, les conversions à l'orthodoxie (pour ceux qui le désirent) devraient être plus aisées.
Les relations avec le reste de la population juive en Israël sont normales, sans tensions particulières, mais certains karaïtes ont cependant un sentiment d'injustice lié à la non reconnaissance de leurs institutions religieuses par l'État (du fait de l'opposition des orthodoxes). Joel Beinin rapporte deux discours opposés sur ce point au début des années 1990. D'un côté, l'ancien grandHakhamd'Israël, Haïm Levy, insistait sur le fait« qu'il n'y avait aucune différence significative entre les karaïtes et les rabbanites, en Égypte ou en Israël, et que les karaïtes n'étaient soumis à aucune discrimination significative en Israël». De l'autre, l'adjoint du nouveau grandHakham, « Rabbi Gabr [les karaïtes israéliens utilisent les deux termes : rabbi etHakham], [… était] offensé par la réticence du gouvernement israélien à reconnaitre lebeth din(tribunal religieux) karaïte, et considérait que "tant que nous n'avons aucune représentation à laKnesset, nous sommes traités injustement (mekupahim)"». Beilin note d'ailleurs que la déposition de Haïm Levy au début des années 1990 par la direction religieuse karaïte venait d'une attitude considérée comme trop accommodante, et« diluant l'identité distinct et les traditions de la communauté », preuve que la vision de rabbi Gabr n'est pas isolée.
La communauté karaïte américaine est assez récente. Bien qu'il y ait eu une immigration de Karaïmes est-européens vers lesÉtats-Unis, ceux-ci n'ont jamais été assez nombreux pour créer une communauté organisée.
L'essentiel de l'actuelle communauté est constitué d'immigrants égyptiens, auxquels sont venus s'ajouter quelques convertis dernièrement.
À compter des années 1960, si l'émigration des karaïtes égyptiens se fait toujours essentiellement vers Israël,« entre 1964 et 1970, un segment substantiel de la communauté s'installe dans la région de la baie deSan Francisco, surtout des membres des classes moyennes du Caire».
Dans les années 1960 et 1970, la communauté n'a presque aucune structure organisée, ni pratique religieuse autre que sporadique. On trouve juste dans les années 1970 une petite association àChicago, organisée par Jacques Mangubi, l'ancien président de la communauté du Caire. Il n'y a d'ailleurs jusqu'aux années 1980 aucunHakhamrégulièrement ordonné auxÉtats-Unis.
Au début des années 1980 est établie laSan Francisco Bay Area Karaites, la communauté karaïte deSan Francisco. Deux options s'affrontent alors au sein de la communauté. Les plus traditionalistes veulent une communauté religieuse strictement karaïte, quand les plus assimilés« sont en faveur d'un centre éducatif qui préserverait et transmettrait l'héritage historique de la culture karaïte, mais ne ferait pas obstruction à l'intégration des karaïtes dans la communauté juive américaine»(essentiellement lesréformés, qui ne rejettent pas les karaïtes). Dans cette optique,« en mai 1983, Fred Lichaa (né en 1947), qui est arrivé aux États-Unis en 1968 [...] s'arrange pour que la communauté karaïte tienne des prières dushabbatune fois par mois àTemple Sinai, une congrégation réformé».
Toujours en 1983, en juillet, c'est la création officielle desKaraite Jews of America(Juifs karaïtes d'Amérique), une association à but non lucratif. En 1989, l'association commence la publication duKJA Bulletin, publié deux fois par an. Des rencontres et des camps d'été pour jeunes sont organisés, pour permettre aux karaïtes américains dispersés de conserver un lien communautaire, et pour encourager les mariages au sein de la communauté.
À partir de 1991, la KJA a acheté une maison à San Francisco, pour y servir de centre communautaire et desynagogue(le terme semble préféré àkenessa, sans doute par volonté d'une meilleure intégration au judaïsme américain). Les services y étaient rendus par Joseph Pessah, un laïque, en l'absence dehakham. Le nombre des pratiquants restait cependant restreint (30 ou 40), les déplacements pour se rendre à la synagogue étant importants pour une population assez dispersée, sans quartier spécifique. En 1994, la congrégation déménagea vers un local plus grand, situé dans la banlieue de San Francisco, à Daly City. Le bâtiment fut vendu à un prix avantageux par la congrégation réforméeB'nai Israel, preuve des bonnes relations entre karaïtes et réformés américains, loin des relations tendues entre karaïtes et orthodoxes.
En 1995, autre preuve de l'intégration croissante des karaïtes au paysage juif américain,« lebulletin juif de la Californie du Norda commencé à inclure le KJA dans sa liste hebdomadaire [des activités] des congrégations juives »de la région.
Pour tenter de résister à la tentation de l'assimilation, la communauté a développé les études religieuses, créant par exemple laKaraite Jewish Universityde Californie.
La communauté américaine reste assez connectée à la communauté karaïte israélienne. LaKaraite Jewish Universityde Californie compte ainsi dans ses dirigeants en 2007 d'assez nombreuxhakhamimisraéliens, et elle reconnaît l'autorité religieuse de la direction karaïte israélienne. Les activités des Karaïtes américains représentés par la " Karaite Jews of America" sont totalement reconnues par le grand conseil religieux karaïte d'Israël. La communauté israélienne et américaine travaillent aujourd'hui en étroite collaboration.
La communauté a fait un certain effort de conversion à destination des juifs rabbanites (leHakhamNehemia Gordon, membre en 2007 de la direction karaïte israélienne est ainsi un ancien rabbanite), en renouant avec l'attitude karaïte des débuts. Quelques chrétiens ont aussi été convertis. En effet, cela faisait depuis plusieurs siècles que le mouvement karaïte n'avait pas autorisé les conversions. Il était alors presque impossible de se convertir au judaïsme karaïte.
À l'inverse, la communauté connaît un problème de double assimilation : au sein dumelting-potaméricain, par mariages mixtes (il y a un haut niveau de mariages mixtes, avec desjuifs rabbanites.