Expédition de Saint-Domingue

L'expédition de Saint-Domingue, débutant en décembre1801et s'achevant en novembre1803, est décidée par lePremier ConsulBonapartepour rétablir l'autorité de lamétropoledans lacolonie françaiseen pleinsoulèvement.
L'île est alors sous le contrôle deToussaint Louverture, esclave noir affranchi devenu général de laRépublique française, qui a conquis lapartie espagnolede l'île en 1795, puis obtenu l'armistice du 30 mars 1798avec les Anglais, à qui les propriétaires d'esclaves avaient offert la partie française de colonie dès 1794.
L'expédition est commandée par legénéral Leclerc, beau-frère de Napoléon, qui lui fixe pour objectif de renverserToussaint Louverture, puis derétablir l'esclavage, qui avait étéaboli unilatéralementà Saint-Domingue le29 août 1793dans le cadre de larévolution haïtienne, abolitionconfirmée pour l'ensemble des coloniesle4 février 1794. À laGuadeloupevoisine, l'esclavage est rétablide force en mai 1802 par l'expédition dugénéral Richepance, qui suit de peu celle de Saint-Domingue, et se heurte à la résistance ducolonel noir Delgrès.
L'expédition Leclerc est d'abord victorieuse, avec la capitulation dès mai 1802 deToussaint Louverture, déporté ensuite en métropole où il meurt quelques mois plus tard. Toutefois, les craintes du rétablissement de l'esclavage amènent les insurgés à poursuivre les combats, sous le commandement du général noirJean-Jacques Dessalineset du mulâtreAlexandre Pétion. Le corps expéditionnaire est alors décimé par les combats et lafièvre jaune. Celle-ci emporte notamment le commandant de l'expédition, le général Leclerc, remplacé fin 1802 par son second, legénéral Rochambeau. Ses troupes sont finalement défaites par Jean-Jacques Dessalines à labataille de Vertières, le18 novembre 1803.
LaRévolution françaiseentraîne de grands bouleversements sociaux, dont le plus important est la révolte des esclaves qui aboutit à l’abolition de l'esclavageen1793par les commissaires civilsSonthonaxetPolverel. Cette décision fut avalisée et généralisée à l’ensemble des colonies françaises par une loi votée enfévrier 1794par laConvention nationale, six mois plus tard.
Toussaint Louverture, nommé Gouverneur par la nouvelle République Française, rétablit ensuite la paix avec les Anglais, qui avait envahiSaint-Domingueà la demande des grands propriétaires d'esclaves. Il obtient l'armistice du 30 mars 1798puis unaccord commercial anglo-américain en 1799. Une partie des esclavagistes français fuient, formant ladiaspora de Saint-Domingue:Louisiane,Jamaïqueet les7000 exilés à Cuba, qui lancent laquasi-guerreet lapiraterie esclavagiste de la Caraïbe.
Lecoup d'État du 9 novembre 1799change la donne car il place le généralNapoléon Bonaparteau pouvoir. Ce dernier envisage une expédition dèsdécembre 1799puis en tente une enjanvier 1800mais abandonne le projet car les Anglais risquent de s'y opposer. Par la suite Napoléon considère queToussaint Louvertureest allé trop loin en révoquant le27 janvier 1801Don Joaquino Garcia, gouverneur de la partie orientale de l’île, cédée par l'Espagne à la République française six ans plus tôt lors dutraité de paix de Bâle.Toussaint Louverturesouhaitait à cette occasion déployer des soldats dans cette partie orientale, pour y décourager un débarquement de Napoléon. La constitution du12 juillet 1801, par ailleurs jugée autonomiste par Napoléon, constituera un autre prétexte pour lancer l'expédition.
Sous l’influence insistante des créoles et des négociants en matières premières et en esclaves, lePremier Consuldécide d'envoyer son beau-frère le généralLeclerc, avec pour instructions de ménager Toussaint Louverture. Afin de lui prouver la bienveillance du gouvernement, on lui renvoie ses deux fils élevés en France par le gouvernement. Depuis 4 ans, l'article 2 de l'arrêté du 30 thermidoran IV, décidé sous le Directoire, confirmait en effet la nomination de Toussaint Louverture au grade degénéral de divisionet ordonnait de prendre en charge l'éducation en France de ses deux fils accompagnés de leur précepteur Jean-Baptiste Coisnon.
Bonaparte avait prévu dès son arrivée au pouvoir en 1799 la résistance de la part de Toussaint, et toutes les mesures sont prises fin 1801 pour la vaincre : Louverture ne dispose tout au plus que de 16 000 hommes,Leclercrecevra donc le commandement de 30 000 hommes, provenant d’à peu près toutes les armées françaises, ainsi que de corps disciplinaires.
L'expédition de Saint-Domingue est envisagée par Napoléon dès le lendemain de sonCoup d'État du 9 novembre 1799. Mais après plusieurs tentatives prudentes et limitées, il n'investira les deux-tiers de la Marine française qu'en décembre 1801. Reconquérir la colonie par la force, allait de pair avec un rétablissement de l'esclavage, selon l'historien Philippe Girard, mais Napoléon, pragmatique, a d'abord tenu compte du fait que ce serait difficile dans la ville.
Pendant deux ans, c'estl'hésitation persistante de Napoléon à ce sujet qui va prévaloir. Au cours de cette période, propriétaires d'esclaves, officiers, et bureaucrates transmettent au ministère de la marine d'un« déluge de mémoires et de pétitions », conservés dans les archives, pour tenter de peser sur Napoléon, conscient que la domination navale britannique empêchait ses navires de participerà une expédition en trop grand nombre. Toutes sortes de scénarios sont étudiés avec pragmatisme : selon l'historienThierry Lentz, Napoléon a même un moment imaginé maintenir l'abolition dans la partie ouest de l'île et l'esclavage dans l'autre.
L'esclavage avait la préférence de Napoléon« puisqu’il le rétablit où le maintint partout où il le put », mais il a tenu compte du fait que ce serait difficile à Saint-Domingue, la population noire y étant cinq fois plus nombreuse qu'en Martinique et bien armée. Napoléon n'a ensuite pas cessé pendant ces deux ans d'hésiter entre deux choix difficilement compatibles: s’allier àToussaint Louverture,« dont l’armée était la plus puissante des Antilles », et immunisée contre les épidémies tropicales, afin de conquérir la Jamaïque voire le Mexique, ou au contraire« rétablir l’autorité blanche par le biais d’une expédition militaire »assez massive pour se passer d'un accord avecToussaint Louverture. Parmi lesdifférents projets d'invasiontransmis par ses conseillers, c'est celui des'emparer de la Jamaïque, qui avait doublé sa production de sucreen profitant du vide créé par laRévolution haïtienne, qui prévalait.
Endécembre 1799, dès son arrivée au pouvoir, Napoléon envisage d'envoyer une expédition maritime àSaint-Domingue, mais quelques jours plus tard décide à la place d’envoyer plutôt trois émissaires pour renouer les liens avecToussaint Louverture. En janvier 1800, il prépare une autre flotte, qui fut dispersée par une tempête, puis envoyée en Egypte. En février 1801, une troisième flotte est destinée, cette fois officiellement, dans la capitale, mais elle sert finalement de ruse pour détourner l'attention de la Marine anglaise et ainsi faciliter le départ de renforts pour l’Egypte. C'est finalement au cours du même février 1801 que Napoléon décide« enfin quelle politique il allait embrasser: celle de s’allier avec Louverture », dont les enfants étudiaient en France. Il lui adresse une lettre signée de sa main, égard peu commun pour un simple gouverneur, annonçant que l’abolition serait maintenue dans la ville. Mais cette lettre ne fut jamais envoyée: Napoléon décida à la place de radier Louverture de la liste des officiers.
Vient alors de se produire un événement grave:l'assassinat début mars 1801 par une conspirationdePaul Ier, empereur de Russie. Et son filsAlexandre Ier de Russiene partage pas ses options depolitique étrangère aventureuse, notamment le projet de s'emparer d'une partie de l'Inde britannique. L’idée d'en profiter, pour la France, en menant une attaque simultanée contre la Jamaïque, également britannique, tombe soudain à l'eau.
Le contexte était déjà à la paix depuis letraité de Lunévillesigné le9 février 1801par lesAutrichiens, suivis duroyaume de Naples. Peu après la mort du Tsar, l'Angleterre ajuste sa diplomatie et transmet à la France ses premières propositions de paix vraiment sérieuses, qui vont ensuite évoluer. Pour Bonaparte, elles ont d'abord l'inconvénient de devoir renoncer à l'Egypte, l'un de ses premiers champs de bataille. Mais les Anglais acceptent finalement de rendre à la France laMartinique, qui abandonne aussi en échangeNaples, Rome et des droits de pêche, et dès octobre 1801, des préliminaires de paix sont signés entre les deux pays. Le même moisAlexandreIavait signé une convention de paix secrète avec Napoléon le10 octobre 1801.
Entre-temps, ce dernier a lui aussi changé ses plans. Puisqu'il doit renoncer à tout projet d'envahir la Jamaïque, et que la paix avec l'Angleterre se dessine, il n'a plus besoin de l'armée deToussaint Louverture. Le4 mai 1801, un mois et demi après l'assassinat du Tsar, Napoléon ordonne de réunir 3 600 soldats à Brest, pour former le noyau dur de l'expédition de Saint-Domingue, qui prend la Mer six mois plus tard après avoir vu entre-temps son effectif multiplié par cinq.
Alerté,Toussaint Louverture, venait d'installer des troupes dans la partie orientale de son île, cédée en 1795 à la France par l'Espagne, afin d'empêcher Napoléon d'y débarquer. Au cours de cette même année 1801,Toussaint Louverturetente renforcer ses liens avec l'Angleterre, en proposant aux planteurs de Jamaïque de vendre leurs esclaves, pour en faire des "cultivateurs libres" mais astreints au travail obligatoire. Pour les rassurer, il diminue le salaire de ces dernierset rédige même à l'été 1801 uneconstitution autoritaire. Les délais de plus de deux mois pour échanger des lettres de l'Europe à la Caraïbe compliquent sa tâche mais aussi celle de Napoléon: à partir de décembre 1801, Paris est contraint de déléguer les décisions, une fois démarrée l'expédition, à son chef,Charles Victoire Emmanuel Leclerc, beau-frère de Napoléon, nommé d'avance capitaine général de la capitale. Peu avant son départ, le18 novembre 1801, Napoléon signe une nouvelle lettre promettant de maintenir l’abolition de l’esclavage.
C'est le14 décembre 1801, alors que la paix n'est pas encore définitivement signée avec l'Angleterre, qu'une flotte commandée parVillaret de Joyeusepart pourSaint-Domingue. Elle est composée de 21frégateset de 35navires de ligne, dont l'un est armé de 120 canons, quitteBrest,Lorient,Rochefortemportant 7 à 8 000 hommes.
Cette flotte est suivie de l'escadre ducontre-amiralGanteaume, qui quitteToulonle14 février, avec 4 200 hommes, puis par l'escadre du contre-amiralLinois, qui quitteCadixle17 février, avec 2 400 hommes. Dans les mois qui suivirent, plusieurs navires quitteront la France, emportant des troupes fraîches, dont une division hollandaise et unelégion polonaisemenée par le généralWladyslaw Jablonowski. Il convient d'y ajouter encore les 4 000 hommes de l'artillerie de marine.
Au total, 31 131 hommes débarqueront à Saint-Domingue lors de la première des deux expéditions.
Parmi eux se trouvent des hommes de couleur, commeAndré Rigaudqui en1779s'était engagé dans la célèbre brigade des 1 500Chasseurs volontaires de Saint-Dominguepour participer à laGuerre d'indépendance des États-Unis, tout commeAlexandre Pétion, qui a avec lui participé à révolte degens de couleur libres, àJacmelen1799.
Les navires ont rendez-vous dans labaie de Samaná. L'amiralVillaret de Joyeusey parvient le29 janviersuivi de peu parLatouche-Tréville. Sans attendreGanteaumeetLinois, les navires présents se répartissent dans différents ports, afin de surprendreToussaint. Le généralKerversaudoit se rendre àSanto Domingodans la partie espagnole de l'île. Le généralBoudet, conduit parLatouche-Tréville, doit s'emparer dePort-au-Prince. Le chef de l'expédition, conduit parVillaret de Joyeusefait voile vers leCap.
LorsqueToussaintdécouvre les navires dans labaie de Samaná, il donne l'ordre àChristophe, chef du département du nord, àDessalinesdu département de l'ouest et à Laplume du sud, de répondre aux sommations de l'escadre, qu'ils n'ont pas ordre de la recevoir, puis si elle insiste et en cas de débarquement de menacer de détruire les villes avant de se retirer dans les montagnes.
L'armée française est placée sous les ordres ducapitaine généralCharles Leclerc.
Le corps expéditionnaire n'est pas seulement français mais aussi composé d'Européens, notamment une division hollandaise, deslégions polonaisesainsi qu'un bataillon allemand, ainsi que quelques dizaines de Noirs.
L'envoi des troupes s'effectue en 3 fois.
Leclerc est mécontent de l'attitude de Villaret de Joyeuse lors du premier voyage :« il a rendu notre arrivée à Saint-Domingue trop tardive par les points où il nous a fait arrêter comme rendez-vous ». En raison de la durée du voyage, les réserves de vivres ont été entamées et les approvisionnements, chargés sur deux navires de l'escadre de Cadix, leDesaixet leSaint-Génard, ont été perdus lorsqu'ils ont touché des roches en manœuvrant dans la rade duCap Français.
Les relations que Leclerc entretient avec l'amiral espagnol Gravina lui permettent d'obtenir 20 jours de vivres et60 000livres de poudre, une aide précieuse mais insuffisante. Il envoie àLa Havanele préfet colonial de la partie espagnole demander au gouvernement un mois de vivres pour 1 000 hommes et àPhiladelphiele commissaire de marine Vatrin acheter des farines et du biscuit. À la veille de son entrée en campagne, il veut faire partager àBonaparteses inquiétudes : il n'a pas de vivres pour deux mois.
Le 17 février, les soldats se mettent en marche, avec 60 cartouches chacun et six jours de biscuits pour tout approvisionnement, mais les commandants d'unités ont été autorisés à prélever sur les habitants, patates, bananes, volailles et bestiaux.
Au moment où les troupes vont affronter un pays hostile à tous égards, le général Dugua, chef d'état-major général, leur fait passer, à la demande du service de santé, des directives d'hygiène élémentaire en zone tropicale.
Il réclame de nouveau à Paris 6 000 hommes et un renfort de 2 000 par mois pendant trois mois, 30 000 paires de souliers, des draps légers pour confectionner 20 000 capotes nécessaires aux soldats pour lutter la nuit contre le froid et l'humidité, de la toile de coton pour remplacer les tenues inadaptées au climat, 30 000 chemises, 20 000 guêtres de toile, 20 000 chapeaux ronds à haute forme « pour préserver les hommes des coups de soleil qui les mènent à l'hôpital », 10 000 fusils neufs, des effets d'hôpitaux, du linge à pansements, des caisses d'instruments et des médicaments pour 6 000 malades et 3 000 blessés pendant un an. Et, bien entendu, du vin, des farines, des salaisons, de l'eau-de-vie.
L'ambassadeur de France et chargé d'affaires à Washington (1801-1804)Louis-André Pichonse démène aussi pour assurer un bon approvisionnement à l'armée de Leclerc, mais déplore la sècheresse de celui-ci envers les marchands américains, au point que les deux hommes cesseront de s'écrire.
Louis Alexandre Amélie Bauduyest par ailleurs capitaine dans l'armée de Leclerc, après avoir combattu en 1797 aux côtés des Anglais contreToussaint Louverture. Il est cité dans une lettre de Victor Dupont de Nemours àÉleuthère Irénée du Pont de Nemours, compilée dans la biographie de ce derniercomme pouvant informer l'entreprise familiale sur l'obtention d'un contrat d'approvisionnement de 100 000 dollars de lainepour l'entreprise opérée par son frèrePierre de Bauduy de BellevueetÉleuthère Irénée du Pont de NemoursàWilmington,Delaware, qui deviendra la multinationaleDuPontet qui élevait alors des moutonsdepuis avril 1801, en privilégiant la racemerinos.Louis-André Pichonest alors démarché par le père et le fils Du Pont, tandis que l'un des frères Victor Du Pont, envisage d'importantes commissions. Pour clarifier les choses, tous les actifs sont transférés à Pariset le contrat signé aux États-Unis, maisNapoléonne paiera pas l'entreprise, en raison de l'échec de l'expédition.
Le vice-amiralVillaret de Joyeusearrive le 3 février 1802 devant leCap. L'attaque se fait par terre et par mer, le 5 février.Henri Christopheexécute les ordres, la ville est en flammes.
Le 6 février, le généralRochambeaudébarque dans la baie de Mancenille et s'empare deFort-Dauphin. Après avoir éteint les incendies et procédé à quelques travaux,Leclercétablit son quartier général auCap, et envoie quelques navires faire du ravitaillement vers le continent américain.
Pendant ce tempsLatouche-TrévilleetBoudets'emparent dePort-au-Princeet deLéogâneet obtiennent la reddition du général Laplume. Débarqué àSanto Domingoavec 2 000 hommes, le général Kerversau prend possession d'une bonne moitié de la partie espagnole, dirigée par Paul Louverture, frère deToussaint.
Dans les dix premiers jours, le corps expéditionnaire occupe les ports, les villes et une grande partie des terres cultivées. Réfugié dans le massif de l'Artibonite,Toussaint Louverturen'a plus que quelques brigades sous les ordres des générauxMaurepas,ChristopheetDessalines. Mais il détient aussi une grande quantité de blancs qui ont été emmenés en otages. Pour le déloger il faut franchir des gorges rendues impénétrables par la végétation tropicale, où les Noirs tendent embuscades sur embuscades, mais les soldats de métropole reçoivent les renforts deGanteaumeetLinoisqui viennent de débarquer.
Leclerca gardé son joker : les deux enfants deToussaintqu'il a amenés de France. Tous deux sont porteurs d'une lettre duPremier Consulle menaçant et lui promettant la seconde autorité de l'île au vieux gouverneur qui ne cède pourtant pas.
Le17 févrierLeclerclance l'attaque simultanée des divisions qu'il a constituées.Rochambeauà sa gauche part deFort-Dauphinpour se rendre àSaint-Michel, Hardy marche surMarmeladeet Desfourneaux marche surPlaisance, pendant que Humbert doit débarquer àPort-de-Paixet remonter la gorge deTrois Rivièreset queBoudetdoit remonter du sud au nord. Le but est de surprendre l'ennemi, de le forcer à se replier surLes Gonaïveset de l'encercler.
Malgré les difficultés du terrain et la résistance deMaurepasqui finit par se rendre augénéral Humbert, le plan a dans l'ensemble bien fonctionné. Le 23 février, la division Desfourneaux entre auxGonaïvesqui est en flammes. Legénéral BoudetoccupeSaint-Marcégalement incendié, et inondé du sang des habitants égorgés parDessalinesqui parvient à s'échapper du piège. Maurepas résiste encore, mais finit par se rendre avec 2 000 guerriers.
Un siège en règleest nécessaire pour prendre le fort de la Crête-à-Pierrot. Les assiégeants sont attaqués à revers par des attaques successives de Dessalines et deToussaintqui tentent de porter secours aux assiégés. Mais le fort doit finalement se rendre. À l'intérieur on trouve des quantités d'armes et de munitions mais aussi beaucoup de blancs assassinés.
Aux Verrettes, l'armée découvre un horrible spectacle. À bout de force, ne parvenant plus à suivre la marche effrénée des révoltés, 800 hommes, femmes, enfants et vieillards ont été égorgés. Les assassins sont poursuivis à outrance, aucun quartier n'est fait à ceux qui sont rattrapés.
À bout de ressources, leur espace de liberté de plus en plus restreint, les rebelles sont de plus en plus découragés.Christophesonge à déposer les armes en échange du même traitement que celui qui a été réservé à Laplume etMaurepas. La reddition deChristopheentraîne celle de Dessalines et finalement celle de Toussaint. Il obtient deLeclercle droit de se retirer sur ses terres avec son grade.
Fin avril, début mai, l'ordre se rétablit peu à peu dans l'île. Le commerce reprend dans les ports. Les insurgés ont conservé leurs biens et leur grade et semblent s'accommoder de leur condition.
Dans sa retraite d'Ennery, où il est assigné à résidence,Toussaintsonge à sa revanche, et guette les progrès de sa meilleure alliée, lafièvre jaune, qui fait des ravages dans les rangs des Français et frappe particulièrement les derniers arrivés sur l'île. Environ 15 000 hommes périssent ainsi en deux mois.Toussaintne cesse de correspondre avec ses affidés, les incitant à se tenir prêts. Certains, cependant, n'ayant aucune envie de recommencer la guerre, avertissent le général en chef. En juin, sentant le danger,Leclercconvoque le rebelle à une entrevue et le fait arrêter. Emmené à bord d'un bateau, il est envoyé en Europe et gardé prisonnier auFort de Jouxoù il meurt rapidement de froid et de malnutrition.
LaMartiniqueretourne à la France avec letraité d’Amienset laloi du 20 mai 1802qui y consacre le maintien de l'esclavage. La nouvelle du rétablissement de l'esclavage enGuadeloupe, entrepris par Richepance et officialisé par l'arrêté consulaire du 16 juillet 1802, parvient àSaint-Domingue. La révolte gronde. La maladie fait de nombreuses victimes dans le corps expéditionnaire. Leclerc reçoit l'instruction de rétablir l'esclavage à Saint-Domingueet commence pour cela à désarmer les Noirs. Il écrit le 7 octobre à Napoléon :« Voici mon opinion sur ce pays. Il faut détruire tous les Nègres des montagnes, hommes et femmes, ne garder que les enfants au-dessous de douze ans, détruire moitié de ceux de la plaine et ne laisser dans la colonie un seul homme de couleur qui ait porté l’épaulette, sans cela jamais la colonie ne sera tranquille ».
L'armée française, qui ne compte plus que 8 à 10 000 hommes, à peine en état de servir, est débordée. Réfugié sur l'île de la Tortue, pour tenter d'échapper à la maladie,Leclercsuccombe à son tour, le1novembre 1802.
Étant l'officier le plus ancien,Rochambeauprend le commandement. Il déteste lesmulâtresplus encore que les Noirs et il étend le désarmement des officiers à ces hommes de couleur qui s'étaient opposés à Toussaint et qui étaient revenus dans les bagages de l'expédition.Rigaud, ancien ennemi et rival deToussaint Louverture, est prié d'embarquer pour lesÉtats-Unis. Dans le sud où ils sont plus nombreux, lesmulâtres, comprenant qu'ils n'ont plus rien à attendre de la France s'unissent aux Noirs. Le vent de révolte, qui soufflait particulièrement dans le nord, se répand maintenant dans le sud. Rochambeau tente de réprimer l'insurrection mais il ne peut faire face.
LeCap-Françaisest le dernier bastion des Français. Quand il y parvient,Christophea déjà enlevé l'un des forts.Rochambeaule reprend.
Le18 novembre 1803, près duCap-Français, les Français sont vaincus à labataille de Vertièrespar le général insurgéDessalines. L'acte de reddition est signé le lendemain au nom de Rochambeau. Les vaincus ont dix jours pour quitter l'île et livrer la ville du Cap. À peine ont-ils quitté la rade qu'ils sont capturés par une escadre britannique qui les attendait.Rochambeauest envoyé auRoyaume-Unioù il est interné pendant presque neuf années.
Le4 décembre 1803, les derniers soldats français stationnés auMôle Saint-Nicolasquittent le tiers occidental de l’île, berceau historique de la colonie.
Une faible présence militaire, sous les ordres des générauxJean-Louis Ferrandetde Kerversau, subsistera encore pendant quatre ans dans la partie de l'Est encoreoccupée par les Français, aujourd'hui République dominicaine, et dut faire face à une révolte espagnole en1808, fomentée par le gouverneur dePorto Rico.
L'impact de lafièvre jaunedans l'issue de la guerre est discuté.
Selon l'épidémiologisteRenaud Piarroux, la fièvre jaune a joué un rôle dans la reprise de contrôle de leur territoire par les haïtiens face à Napoléon. Après la reddition deToussaint Louverture, la France avait l'avantage, mais lorsque la saison des pluies arrive en mai 1802, les troupes françaises sont décimées par les moustiques porteurs de la fièvre jaune.
Pour les chercheurs Bernard Gainot et Mayeul Macé, il faut relativiser cet impact. La fièvre jaune, qui est notée dèsavril 1802au sein du Corps expéditionnaire, ne se déclare qu'à partir du début juin dans la grande ville duCap Français, où le milieu urbain a favorisé sa propagation. Elle a joué un rôle, parmi d'autres facteurs, dans la défaite finale, mais son importance a été surévaluée. Dans les récits, elle a servi à« dévaloriser l'action des insurgés »sur le plan militaire, accusés de n'avoir« jamais osé nous combattre en bataille rangée »et« minimiser les pertes causées »par leurs embuscades ou les combats rangés. Les historiens rappellent ainsi qu'un grand nombre de victimes de l'expédition sont en réalité mortes au combat, notamment les 5000 morts des affrontements très durs dusiège de la Crête à Pierrot, marqué par deux assauts successifs en mars 1802, qui a fait l'objet d'untimbre postehaïtien représentant Louis Daure Lamartinière et sa femme, Marie-Jeanne Lamartinière défendant le fort, pour fêter le150anniversaire de laRévolution haïtienne. Il s'agit alors d'occulter les défaites face à ce qui est appelé« les brigands », en réalité« un adversaire que l'on refuse de reconnaître », même si des« témoins survivants de l'expédition ont lourdement chargé la mémoire de Rochambeau »sur le plan tactique et politique. Pour les historiens Bernard Gainot et Mayeul Macé, malgré les nombreux récits de« marches pénibles et forcées »menées par le corps expéditionnaire pour approcher« un ennemi fuyant sans cesse », ce sont« bien les insurgés qui ont vaincu les Français et non pas la maladie »car ils ont réussi à partir de l'automne 1802 à« retourner contre leurs initiateurs le principe de la Nation armée qui avait fait la force de la France »lors des levées en masse de la Révolution. L'épidémie a connu deux périodes: juin à novembre 1802, puis juin à novembre 1803, la seconde se combinant à une famine, qui affaiblit les défenses immunitaires et l'entassement des hommes dans des réduits côtiers. La maladie a surtout frappé dans les secteurs du Cap et de Fort Dauphin, où ont dû se replier au cours de l'année 1803 la majorité des soldats français, faute de pouvoir tenir l'intérieur des terres. Ils se concentrent alors dans des zones côtières chaudes et humides, propices au développement de l'épidémie du fait des moustiques qui y pullulent.
Les historiens Bernard Gainot et Mayeul Macé ont analysé et recoupé les correspondances et archives de l'expédition avec les récits d'époque, notamment ceux deThomas Madiou, Saint-Rémy des Cayes, du baron Vastey, et deBouvet de Cressé, pour en faire une synthèse dans la revueOutre-Mersen 2003, indiquant que« les exécutions sommaires collectives, la détention arbitraire et la torture sont des moyens couramment employés »durant l'expédition. La famille et les biens des insurgés sont fréquemment visés. De nombreux récits montrent« l'inefficacité »de cette stratégie de la terreur, contestée jusque dans les rangs des officiers, selon de nombreux écrits, mais seulement rédigés après la fin de l'expédition dont la plupart des membres ne reviendront pas. On lui reproche d'avoir ainsi« fait perdre tout soutien local aux troupes françaises »et jeté« les indécis dans les bras de l'insurrection »notamment après l'été 1802.
Afin de« justifier les actes particulièrement cruels », les officiers« banalisent leurs gestes »et le plus souvent« les présentent comme une réponse à la sauvagerie des ex-esclaves ».
La majorité de ces officiers se montrent, dans les écrits archivés« racistes et convaincus de la supériorité des Blancs sur les Noirs, supériorité dont découle la mission civilisatrice de la France »selon eux. Ils tentent alors de montrer que cette mission« justifie le recours à la force »la plus aveugle et brutale.
Les récits des officiers revenant de Saint-Domingue apparaissent souvent pleins de« descriptions horrifiées du corps des torturés », en particulier les femmes et les enfants victimes de sauvagerie, ce qui selon eux permet de« justifier en retour »les sévices infligés aux adversaires,« systématiquement présentés comme  cruels, friands des tortures les plus élaborées ».
Les auteurs haïtiens racontant ces épisodes ont eux aussi une« vision manichéenne »et voient les Français« comme des tortionnaires à de rares exceptions près ».
Pour réprimer la révolte, les Français acheminent environ 300 chiens chasseurs d'esclaves. Parfois appelésdogues de Cubaet conduits par le vicomte de Noailles, ils sont censés être dressés à retrouver lesesclaves en fuite. Ils furent brièvement utilisés par les Anglais lors de la révolte des esclaves de la Jamaïque (1795-1796), suscitant en Angleterre une énorme vague de réprobation. Dans les faits, les 300 ou 400 chiens amenés à Saint-Domingue attaquèrent indifféremment tous les blessés, Français aussi bien que rebelles et il fallut s'en débarrasser.
Le général en chef de l'expéditionDonatien de Rochambeauest le« principal organisateur de la répression », qu'il décrit et assume dans son rapport sur les opérations de Saint-Domingue. Après la mort de Leclerc de la fièvre jaune, il« met en place une politique de terreur, qui est aussi une politique du massacre organisé ». C'est aussi lui qui préconise l'arrestation et la déportation des officiers de couleur, et recommande explicitement l'utilisation de dogues espagnols pour terroriser l'adversaire.
Legénéral Clauzelparticipe d'abord pleinement à l'organisation de cette politique de torture, exactions et exécutions sommaires. Puis, considérant que cette politique a pour inconvénient d'aliéner aux Français la population de la colonie, il tente de faire expulser Rochambeau, avant de soutenir à nouveau la répression. Il est en effet conscient que s'opposer aux exactions signifie pour lui rapidement« la fin d'une carrière », avec le risque d'être prestement accusé d'une chose ou d'une autre et renvoyé en France, moyen utilisé alors afin de« dissuader toute velléité d'opposition ». Finalement, Clauzel est quand même renvoyé en France en même temps que le général Thouvenot et reste sans emploi pendant près de deux ans.
Des quelque 31 000 soldats envoyés àSaint-Domingue, il n'en reste guère plus de 7 à 8 000. Plus de vingt généraux ont également péri. Une grande partie des victimes étaient des marins, parfois réquisitionnés sur les navires pour remplacer l'infanterie qui avait disparu du fait de la fièvre jaune. Les deux tiers de la Marine française ayant été mobilisée, après deux ans de réflexion et de préparation, elle est ainsi décimée.
Le1janvier 1804Dessalinesproclame l'indépendance d'Haïti. La colonie devient le deuxième État indépendant d'Amérique.
Dessalines se fait d'abord nommer gouverneur général à vie puis, le6 octobre 1804, il se fait couronner empereur sous le nom de JacquesI. Craignant une nouvelle expédition, et averti d'un projet d'annihilation de la population noire, il faitmassacrer les derniers colons français présents en Haïti— la majorité des blancs avait fui la colonie en plusieurs vagues depuis 1793 — et poursuit une politique decaporalisme agraire, sans esclavage proprement dit, destinée à maintenir les profits de l'industrie sucrière par la force. Il périt assassiné le17 octobre 1806.
Le pays se partage alors entre un royaume au nord, dirigé parHenri Christopheet une république au sud, dirigée parAlexandre Pétion.
Vers la fin de l'expédition, dès le mois de mai 1803, la paix entre la France et le Royaume-Uni est rompue.
Près de trois ans plus tard, en février 1806, uneescadre britannique attaque même la ville Saint-Domingue, dans la partie espagnole de l'île toujours sousoccupation française.
Dix mois plus tard, Bonaparte décrète unblocus continentalle21 novembre 1806. Pour contraindre le Portugal, allié traditionnel du Royaume-Uni, à appliquer ce blocus, Napoléon envoie une armée traverser l'Espagne au mépris de toutes les lois de souveraineté. S'ensuit un conflit avec l'Espagne, qui s'allie au Royaume-Uni pour mener le siège de la dernière garnison française retranchée àSaint-Domingue, du 7 novembre 1808 au9 juillet 1809; totalement isolé, le général Dubarquier doit finalement capituler.
Lacommunauté des planteurs blancs de Saint-Domingue, exilés par milliers aux États-Unis, principalement enLouisiane, enAlabamaet dans la capitalePhiladelphie, conserve des liens étroits avec des journaux commeL'Abeille AméricainedeJean-Simon Chaudron, et fait jouer ses réseaux pour obtenir une indemnité. Enmars 1817, quelques-uns d'entre eux créent laVine and Olive Colony, vaste compagnie coloniale cultivant en fait du coton et s'étendant sur 370 kilomètres carrés de terres vierges aux confins des États-Unis, dans ce qui n'était pas encore l'État d'Alabamamais le vaste territoire deLouisiane, racheté à la France napoléonienne en 1803, et qui devient un haut-lieu de l'histoire de la culture du cotonjusqu'en 1930.
En1825,Charles Ximpose le versement d'uneindemnité de 150 millions de francs-orau président Boyer de la jeune république pour que la France reconnaisse l'indépendance d'Haïti et accepte de légaliser les flux, dans les ports français, du café haïtien, alors devenu la principale production du nouveau pays.
Allégée en1838à 90 millions de francs-or, après une longue négociation, cette somme sera intégralement réglée à la France par le biais d'emprunts à des banques françaises et redistribuée aux ayants droit des anciens colons. Haïti continue de rembourser les emprunts et intérêts auprès des banques françaises et américaines jusqu'en 1952. Le paiement de cette indemnité a entraîné un important retard de développement dans le pays.
La plupart des Polonais de l'expédition de Saint-Domingue sont arrivés aux moments les plus difficiles, pendant ou juste après lerétablissement de l'esclavage par Napoléonau même moment en Guadeloupe, le désarmement des cultivateurs haïtiens et le renvoi en France de militaires métis qui y sont internés commeAndré Rigaud, ce qui rend l'expédition très difficile.
Selon la légende locale, les Polonais sympathisent rapidement avec les Haïtiens, qui croient que ceux-ci soutiennentJean-Jacques Dessalinesau point que des unités changent de bord. Au moins environ 150 Polonais ontdéserté pour changer de camp.
Malgré le départ de nombreux planteurs blancs en 1804, de nombreux déserteurs survivants polonais ont fait souche dans l'île, par exemple àCasale, l'article 13 de la Constitution promulguée le 20 mai 1805 par Dessalines, devenu l'Empereur JacquesI, leur ayant octroyé la nationalité haïtienne.
Quand l'armée française se retire en 1803, 4 000 Polonais sont morts, 400 restent sur l’île, quelques dizaines se sont dispersés dans les îles alentour (Guadeloupe) ou sont partis s’établir aux États-Unis, et environ 700 retournent en France.
Conséquences pour les espoirs d'indépendance en Pologne, les très lourdes pertes subies par lesLégions polonaises (armée française), dont les quatre-cinquièmes sont anéanties à Saint-Domingue portent un coup sérieux aux espoirs des Polonais de retrouver leur indépendance. Cette expérience haïtienne subie par les troupes affaiblit la confiance envers les bonnes intentions de la France gouvernée par Napoléon envers la Pologne.
Lerétablissement de l'esclavage par Bonaparteest très critiqué en 2005 au moment de l'Affaire Olivier Grenouilleau, accusée d'avoir fait de l'ombre au bicentenaire de laBataille d'Austerlitz.