SARS-CoV-2

SARS-CoV-2atauKoronavirus sindrom pernapasan akut berat 2(bahasa Inggris:Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) adalah salah satu anggotakoronavirusyang mengakibatkan infeksi pernapasanCOVID-19. Virus ini pertama kali diidentifikasi di KotaWuhan,Tiongkokdan menyebabkanwabah COVID-19. Virus ini juga dikenal sebagaikoronavirus Wuhandanvirus pneumonia pasar makanan laut Wuhan(Wuhan seafood market pneumonia virus).
Genomvirus ini telah diurutkan.Perbandingan urutan genetik antara virus ini dan sampel virus lain menunjukkan tingkat kesamaan denganSARS-CoVsebesar 79,5% dan dengan koronavirus kelelawar sebesar 96%.Beberapa teori menyimpulkan bahwa virus ini berasal dari kelelawar.
Selama wabah yang sedang berlangsung, virus ini sering disebut secara umum sebagai "koronavirus", "koronavirus baru" dan "koronavirus Wuhan",sedangkan WHO merekomendasikan penamaan sementara "2019-nCoV" di tengah kekhawatiran bahwa tidak adanya nama resmi dapat menyebabkan penggunaan nama-nama informal yang merugikan, per pedoman WHO tahun 2015,
Kelompok Studi Koronavirus dariKomite Internasional Taksonomi Virus(ICTV) memberi nama virus inikoronavirus sindrom pernapasan akut berat 2(SARS-CoV-2) yang merupakan galur dalam spesiesSARS-CoV.Penyakit yang disebabkan oleh virus ini diberi nama "penyakit koronavirus 2019" (Covid-19) oleh WHO.
Penyakit akibat infeksi SARS-CoV-2 pada manusia pertama kali terjadi pada akhir Desember 2019. Pendekatanjam molekulermenyatakan waktu infeksi yang serupa atau sedikit lebih awal.Wabah penyakit pertama kali terdeteksi di Kota Wuhan, ProvinsiHubei, Tiongkok pada pertengahan Desember 2019. Virus ini kemudian menyebar keThailand(Bangkok);Jepang(Tokyo);Korea Selatan(Seoul); provinsi lain diTiongkok Daratan;Hong Kong;Taiwan(Taoyuan); dan kemudian ke dunia internasional. Korban jiwa berjumlah 1.669 orang yang sebagian besar berada di Wuhan dan sekitarnya, dengan 69.268 kasus per 15 Februari 2020.
Pada 30 Januari 2020, wabah akibat SARS-CoV-2 ditetapkan sebagai darurat kesehatan global olehOrganisasi Kesehatan Dunia(WHO).WHO menciptakan istilah sementara "penyakit pernapasan akut 2019-nCoV" untuk menggambarkan penyakit yang disebabkan oleh virus tersebut.
Penularan dari manusia ke manusia dikonfirmasi diProvinsi Guangdong, Tiongkok.Beberapa laporan menyatakan bahwa virus telah bersifat infeksius bahkan ketika dalammasa inkubasi.
Para ilmuwan telah menelitiangka reproduksi dasar(R0) yang dimiliki virus ini. Dalamepidemiologi, angka ini menunjukkan jumlah infeksi baru yang diakibatkan oleh setiap orang yang terinfeksi. Salah satu penelitian menyatakan bahwa setiap orang yang terinfeksi menyebarkan virus ke antara 3 hingga 5 orang.Penelitian lain memperkirakanR0sebesar 1,4 hingga 3,8.Selain itu, virus ini diketahui mampu menular dalam rantai infeksi sebanyak empat orang.
Saat ini belum ada pengobatan khusus untuk SARS-CoV-2 sehingga perawatan difokuskan pada pengurangan gejala.Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit Tiongkok(CDC Tiongkok) sedang menguji prosedur perawatan pneumonia yang telah ada untuk diterapkan pada pneumonia akibat koronavirus.
Penggunaanobat antivirusyang ada sedang diteliti,termasukprotease inhibitorsepertiindinavir,saquinavir,remdesivir,lopinavir/ritonavirdaninterferon beta.Efektivitasantibodi monoklonalyang telah diidentifikasi juga sedang diselidiki.
Pada 2 Februari 2020, Thailand melaporkan pengobatan yang berhasil untuk satu pasien. Dr. Kriengsak Attipornwanich dariRumah Sakit RajavithidiBangkokmengatakan saat konferensi pers Kementerian Kesehatan Thailand, seorang perempuan Tiongkok berusia 71 tahun dari Wuhan dinyatakan negatif koronavirus 48 jam setelah dokter memberikan obat anti-HIVlopinavir dan ritonavidalam kombinasi dengan obatinfluenzaoseltamivir.
Pada 22 Januari 2020,Journal of Medical Virologymenerbitkan laporan analisis genom yang menjelaskan bahwaulardi wilayah Wuhan adalah "reservoir hewan liar yang paling mungkin" untuk virus ini, tetapi diperlukan lebih banyak penelitian.Rekombinasi homologmungkin menyebabkan peristiwa ini.Beberapa ilmuwan percaya bahwa penyakit ini berasal dariBungarus multicinctus, ular yang sangat berbisa yang dijual di pasar Wuhan.Berita diNaturemengkritik artikelJournal of Medical Virologydengan menyatakan bahwa ular sangat tidak mungkin menjadi reservoir, dan lebih cenderung padamamalia.Banyak virolog juga sangat meragukan peranan ular sebagai inang perantara.
Selama 17 tahun penelitian tentang asal-usul epidemi SARS 2003, banyak koronavirus kelelawar yang menyerupai SARS (SARS-like) diisolasi dan diurutkan, kebanyakan dari mereka berasal dari genusRhinolophus. Dengan genom yang cukup, rekonstruksipohon filogenetikuntuk mengetahui sejarah mutasi koronavirus dapat dilakukan.
Koronavirus baru ini (SARS-CoV-2) berada dalam kategori koronavirus yang menyerupai SARS. Dua urutan genom dariRhinolophus sinicusdengan kemiripan 80% telah dipublikasikan pada tahun 2015 dan 2017.Sementara itu, artikel pracetak di jurnalbioRxivyang ditulis oleh peneliti dari Institut Virologi Wuhan,Rumah Sakit Jinyintan Wuhan, Universitas Akademi Sains Tiongkok, dan CDC Provinsi Hubei menyatakan bahwa koronavirus ini kemungkinan berasal darikelelawar, karena analisis mereka menunjukkan bahwa nCoV-2019 memiliki kemiripan 96% dengan koronavirus kelelawar yang diisolasi dari kelelawarRhinolophus affinis.Sebagai perbandingan, jumlah mutasi ini mirip dengan jumlah mutasi yang diamati selama 10 tahun pada flu manusia H3N2.
Hewan yang dijual sebagai makanan dicurigai sebagai reservoir atau perantara virus karena banyak dari individu yang terinfeksi pertama kali adalah pekerja di Pasar Makanan Laut Huanan. Akibatnya, mereka terpapar kontak yang lebih besar dengan hewan.
Virus SARS-CoV-2 tergolong dalam genusBetacoronavirus(Beta-CoV) dalam keluargaCoronaviridae. Penyakit yang disebabkan Coronaviridae dapat berkisar daripilekbiasa hingga penyakit yang lebih parah sepertisindrom pernapasan Timur Tengah(MERS) dansindrom pernapasan akut berat(SARS). Koronavirus adalah keluarga virus yang luas. Namun, hanya enam virus (229E, NL63, OC43, HKU1, MERS-CoV, dan SARS-CoV) yang sebelumnya diketahui menginfeksi manusia; SARS-CoV-2 merupakan jenis ketujuh yang menginfeksi manusia.
Urutan genom betacoronavirus Wuhan menunjukkan kesamaan dengan betacoronavirus yang ditemukan pada kelelawar. Namun, virus ini secara genetik berbeda dari coronavirus lain seperti coronavirus terkait SARS dan MERS.Genus betacoronavirus terdiri atas empat garis keturunan (subgenus), SARS-CoV-2 bersama dengan SARS-CoV digolongkan dalam garis keturunan B (subgenusSarbecovirus).
Sejumlah genom koronavirus baru ini telah diisolasi dan dilaporkan termasuk BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-01/2019, BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-04/2020, BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-05/2019, BetaCoV/Wuhan/WIV04/2019, dan BetaCoV/Wuhan/IPBCAMS-WH-01/2019 dari CDC Tiongkok, Institut Biologi Patogen, dan Rumah Sakit Jinyintan Wuhan.Panjang urutanRNAyang dimilikinya sekitar 30 kbp.Model struktural komparatif dari protease koronavirus SARS-CoV-2 disediakan oleh Innophore GmbH, dengan beberapa percobaan obat melawan inhibitor protease virus telah dilakukan.Analisis filogenetik untuk sampel disediakan oleh Nextstrain.
Publikasi genom memberi jalan pada beberapapemodelan proteinuntuk protein pengikatreseptor(RBD), yaitu proteinspike(S). Protein S diketahui mempertahankan afinitas yang cukup terhadap reseptorenzim pengubah angiotensin2 (ACE2) dan menggunakannya untuk masuk ke dalam sel.Pada 22 Januari, dua kelompok yang berbeda (satu di Tiongkok yang bekerja dengan virus lengkap dan satu di AS yang bekerja dengan genetik balik) secara independen menunjukkan peranan ACE2 sebagai reseptor untuk SARS-CoV-2.
Untuk mencari protease inhibitor yang potensial, enzimendopeptidase C30dari poliproteinrangka baca terbuka1a (Orf1a) juga dimodelkan untuk percobaandockingobat. Innophore telah menghasilkan dua model komputasi berdasarkan protease SARS,dan Akademi Ilmu Pengetahuan Tiongkok telah menghasilkan struktur eksperimental rekombinan protease SARS-CoV-2 yang belum dipublikasikan
Pada bulan Januari 2020, beberapa organisasi dan lembaga mulai bekerja untuk membuat vaksin untuk koronavirus Wuhan berdasarkan genom yang dipublikasikan.Di Tiongkok, CDC Tiongkok sedang mengembangkan vaksin untuk virusSARS-CoV-2.
Tiga proyek vaksin sedang didukung olehKoalisi Inovasi Kesiapsiagaan Epidemi(CEPI), termasuk satu proyek perusahaan bioteknologiModernadan proyek lainnya olehUniversitas QueenslandAustralia.Institut Kesehatan NasionalAmerika Serikat (NIH) bekerja sama dengan Moderna untuk membuat vaksin RNA yang cocok dengan protein permukaan (proteinspike) koronavirus, yang diharapkan untuk memulai produksi pada Mei 2020.Di Australia, Universitas Queensland sedang menyelidiki potensi vaksin penjepit molekuler yang secara genetik akan memodifikasi protein virus untuk membuatnya meniru koronavirus dan merangsang reaksi kekebalan.
Dalam proyek independen,Agensi Kesehatan Masyarakat Kanadatelah mengizinkanOrganisasi Vaksin dan Penyakit Menular-Pusat Vaksin Internasional(VIDO-InterVac) diUniversitas Saskatchewanuntuk mulai mengembangkan vaksin.VIDO-InterVac menargetkan produksi vaksin dan pengujian terhadap hewan pada Maret 2020, dan pengujian terhadap manusia pada 2021.
Fakultas Kedokteran Imperial Collegedi London memiliki dana untuk mengembangkan vaksin dan membawanya ke pengujian hewan, fase penelitian yang diharapkan akan selesai pada pertengahan Februari 2020.
(Istilah pencarian yang disarankan: "2019-nCoV")