Sitio de Baler

Elsitio de Baler(1 de julio de 1898-2 de junio de 1899) fue unasedioal que fue sometido undestacamentoespañolpor parte de losfilipinos insurrectosen la iglesia del pueblo deBaler, en la isla filipina deLuzón, durante 337 días. Desde diciembre de 1898, con la firma delTratado de ParísentreEspañayEstados Unidos, se ponía fin formalmente a la guerra entre ambos países (que habían firmado unalto el fuegoen agosto) y España cedía a Estados Unidos la soberanía sobreFilipinas. Debido a esto, los sitiados en Baler son conocidos como "los últimos de Filipinas".
En 1896 lasociedad secretafilipinaKatipunaninició unainsurrección contra el gobierno colonial español, pero a finales de 1897, con elPacto de Biak-na-Bató, se llegó a la aparente resolución del conflicto. Como parte del pacto,Emilio Aguinaldoy otros líderes de la revolución se exiliaron enHong Kong. En ese clima de aparente paz, el gobierno español redujo el número de efectivos destinados en algunas de susguarniciones. A principios de 1898, los 400 hombres del destacamento de Baler fueron relevados por otro de 50 soldados. El 15 de febrero, enCuba, el hundimiento delMainesirvió decasus bellipara el inicio de laGuerra hispano-estadounidense. Tras la derrota de la flota española por la estadounidense enCaviteel 1 de mayo, Aguinaldo y los suyos, financiados y armados porEstados Unidos, volvieron a Filipinas y reanudaron la revolución. Al mes siguiente el destacamento de Baler, desconocedor del estallido de la guerra con Estados Unidos y de la recién proclamadaindependencia de Filipinas, fue atacado por los revolucionarios filipinos y se refugió en la iglesia, comenzando así el sitio.
Desde el principio del asedio, las fuerzas sitiadoras intentaron en vano la rendición de las tropas españolas mediante el envío de noticias, que les informaban del desarrollo del conflicto entre los españoles con los insurrectos filipinos y los invasores estadounidenses. Tras la caída deManilaen manos estadounidenses, en agosto, las autoridades españolas mandaron repetidamente misivas y enviados para lograr su rendición, igualmente sin conseguirlo. Los sitiadores también enviaron en agosto a dosfranciscanosespañoles que tenían prisioneros para que convencieran a los sitiados, sin éxito. Estos, sin embargo, se quedaron con el destacamento español durante el resto del asedio.
ElTratado de París, que dio por finalizada la guerra entreEspañayEstados Unidos, se firmó el 10 de diciembre de 1898 y entró en vigor en abril del año siguiente. En el mismo, y como parte de las condiciones impuestas, España cedía la soberanía sobreFilipinasa Estados Unidos. En febrero de 1899 los filipinos, engañados y atacados por los estadounidenses a los que creían aliados, decidieron resistir por las armas, con lo que empezó una nueva fase del conflicto: laGuerra filipino-estadounidense, de la que los españoles eran ya solo espectadores, mientras las últimas tropas eran repatriadas a España. Nuevos emisarios españoles fracasaron en el intento de convencer a los sitiados de que depusieran las armas y volvieran a Manila. En abril, las autoridades militares estadounidenses enviaron, a petición española, una cañonera para liberar al destacamento de Baler, pero las tropas desembarcadas cayeron en manos de los filipinos, sin lograr su propósito.
A finales de mayo, un nuevo enviado español, el teniente coronelAguilar, llegó a Baler por orden del gobernador general español, con órdenes de que los sitiados depusieran su resistencia y le acompañaran a Manila, pero estos volvieron a desconfiar y tuvo que marcharse sin conseguir su objetivo. Sin embargo, al hojear los sitiados unos periódicos dejados en la iglesia por Aguilar, descubrieron una noticia que no podía haber sido inventada por los filipinos, lo cual finalmente lo convenció de que España ya no ostentaba la soberanía de Filipinas y de que no tenía sentido seguir resistiendo en la iglesia. El 2 de junio de 1899, el destacamento español de Baler se rindió, tras un sitio de 337 días.
Las autoridades filipinas aceptaron unas condiciones honrosas de capitulación y permitieron su paso, sin considerarles prisioneros, hasta Manila, con el presidente filipinoAguinaldoemitiendo un decreto en el que exaltaba su valor. Tras un recibimiento apoteósico en la capital filipina, los supervivientes fueron repatriados a España.
Las Filipinas fueron colonizadas por los occidentales durante la expediciónMagallanes-Elcano. En 1521, Magallanes arribó a las islas Filipinas al mando de una expedición española, resultando muerto en un enfrentamiento con los naturales deMactán, una pequeña isla perteneciente actualmente a laprovincia de Cebú. Fue Elcano el responsable de finalizar la que sería la primera vuelta al mundo. Sin embargo, la colonización occidental no comenzó hasta 1565, cuando una expedición comisionada por el rey de España,Felipe II, partida deNueva Españay al mando deAndrés de UrdanetayMiguel López de Legazpi, capturóCebúy tomó posesión del archipiélago en nombre de España.​ La presencia española se circunscribía, fundamentalmente, a las zonas costeras, escapando al control efectivo de la potencia colonial la mayor parte del territorio del archipiélago.​ Filipinas nunca fue colonizada en sentido de establecimiento de población metropolitana. El número de españoles (hasta la independencia hispanoamericana principalmente novohispanos) siempre fue muy reducido, y la mayor parte de la población siguió siendo exclusivamente indígena (si bien compuesta por etnias muy diversas) con aportación de inmigrantes fundamentalmentechinos. Elmestizajefue escaso, pero debido fundamentalmente a la penuria de la poblaciónmetropolitana​ (a mediados del sigloXIX, la población española era de tres mil a cuatro mil personas; a finales de siglo había entre 12 000 y 14 000 peninsulares, ante todofuncionarios).​ La población malaya que habitaba las tierras bajas de las islas principales, el grueso de la población filipina, a la que pertenecían lostagalos, había sido intensamentecristianizada.
Durante el sigloXIXse había producido una transformación notable de la sociedad y economías filipinas, al tiempo que se había acentuado el abandono por parte de la metrópoli. Dicha transformación, ligada a laagricultura de exportacióny a la liberalización del comercio, con el nacimiento de una incipienteburguesíaautóctona, contrastaba con el inmovilismo de la vida política de la colonia, dependiente tanto de la administración española como del inmenso poder de lasórdenes regulares, los «frailes». Esto comenzó a cambiar en la década de 1880, cuando el gobierno metropolitano intentó «recolonizar» económicamente Filipinas, con iniciativas como la abolición delestanco de tabaco(1881), con la creación de laCompañía General de Tabacos de Filipinas, laExposición Filipinade Madrid (1887) o la instauración de unarancelproteccionista (1891). Sin embargo, la intelectualidad filipina empezaba a reclamar la instauración de reformas, ciertamente limitadas, como ser considerada una provincia española o que los filipinos gozasen de los mismos derechos y libertades que los españoles.
Ante estas reivindicaciones, el gobierno español se mostró incapaz de encontrar una solución política, reprimiendo militarmente elmotín de Cavitede 1872 o, una vez que había comenzado laRevolución Filipina, en 1896, ejecutando al líder nacionalista filipinoJosé Rizal.​ Fue el bloqueo de la solución reformista o autonomista la que abrió paso a otra independentista y revolucionaria, encarnada por elKatipunan, una sociedad secreta fundada porAndrés Bonifacioen 1892 que, aparte del componente revolucionario, mostraba un acusadoanticlericalismo,​ fruto de la preeminencia que las órdenes regulares, los «frailes», habían tenido en la administración y la vida económica de la colonia.
La transformación de la sociedad filipina y la reivindicación de reformas habían dado lugar a diversas revueltas contra el dominio colonial español. Todas fueron sofocadas por las autoridades españolas. La que se ha denominadoRevolución Filipina, que gracias a la intervención estadounidense fue la que terminó expulsando a los españoles de las islas, estalló el 26 de agosto de 1896 con lo que se conoce como «Grito de Balintawak». Ese día, un grupo de «katipuneros» dirigido porAndrés Bonifaciose alzó contra las autoridades españolas en las inmediaciones de la localidad deCaloocan, en los arrabales de Manila.​ Aunque el levantamiento fue inmediatamente sofocado, en días posteriores se sucedieron las escaramuzas entre katipuneros y tropas españolas en otros arrabales de Manila, enSan Juan del Monte... que no tuvieron éxito. Sin embargo, la sublevación sí se consolidó en laprovincia de Cavite, en el sureste de labahía de Manila, comandada porEmilio Aguinaldo, capitán municipal (alcalde) deCavite el Viejo, que luego sería el presidente de la efímera Filipinas independiente antes de su aplastamiento por los estadounidenses. No obstante, elarsenal de Cavitesiguió en manos de los españoles. Por otra parte, en los meses iniciales de la insurrección, esta se circunscribió a los territorios más cercanos a Manila. Eldistrito de El Príncipe, en la Contra Costa, permaneció tranquilo.
En el momento del Grito de Balintawak, había en el archipiélago unos 13 000 soldados del Ejército español, de los que 9 000 eran filipinos.​ La consolidación de la insurrección en Cavite hizo que el gobierno español reforzase los efectivos presentes en la isla enviando 25 000 soldados más, al mando delgeneral Polavieja, que fue nombradoGobernador General de Filipinasa su llegada a Filipinas el 3 de diciembre.​ Con las tropas traídas de la península, Polavieja lanzó una ofensiva contra los sublevados, utilizando una política represiva en contra de los nacionalistas filipinos, con consejos de guerra y ejecuciones (como el episodio de losTrece Mártires de Cavite). En este marco, ordenó la ejecución deJosé Rizal, el 30 de diciembre, el cual, aunque opuesto al dominio español, había condenado la insurrección por su carácter popular y campesino.​ La política de Polavieja tuvo éxito en su propósito de sofocar la sublevación en Cavite, provincia prácticamente pacificada en marzo de 1897. Hacia julio, Aguinaldo, cercado en su cuartel general deTalisay, fue capaz de rodear Manila con quinientos de sus partidarios y refugiarse en la zona montañosa deBulacánconocida como Biak-na-Bató, con lo que la insurrección se extendió por las provincias del centro de Luzón (Nueva Écija,Tarlac,Bulacán,Pampanga...). La guerra se acercó así mucho a El Príncipe, solo separado de Nueva Écija por la Sierra Madre.​ Mientras tanto, Polavieja había sido sustituido en abril como gobernador general por el generalFernando Primo de Rivera.​
Durante el verano comenzaron los contactos secretos entre Aguinaldo yPrimo de Rivera. Aguinaldo se encontraba asediado en Biak-na-Bató y sin perspectivas de derrotar a los españoles, en tanto que el gobierno español buscaba un acuerdo que pusiera fin a la rebelión, vista la preocupante situación enCubay la no menos preocupante actitud estadounidense.​
El área donde se encuentra actualmenteBalerfue explorada en 1572 porJuan de Salcedo, el primer europeo que visitó la zona en su periplo explorador de la costa oriental deLuzón,​ lo que los españoles denominaban «Contra Costa»,​ al hallarse en el extremo opuesto a Manila de la isla de Luzón. En 1609, misionerosfranciscanosencabezados por frayBlas Palominocruzaron laSierra Madrey fundaron el poblado de Baler​ en la costa del Pacífico, a orillas de la bahía que tomó el nombre del poblado, labahía de Baler, y junto a la desembocadura del río San José (actualmente Aguang). Aunque en línea recta no se encontraba a más de 150 km deManila, la actual carretera desde la capital, que serpentea por laSierra Madre, tiene unos 232 km.​ La dificultad de acceder a Baler por tierra originaba que las comunicaciones con la capital del archipiélago se hicieran por mar. En 1753, untsunamiarrasó Baler y se tomó la decisión de reconstruirlo medialeguahacia el interior,​ en unos terrenos elevados,​ también a orillas del río San José, pero protegidos al este por las montañas que formaban el cabo Punta del Encanto, que cerraba la bahía de Baler por el sur.
Durante la administración española de Filipinas, laisla de Luzónse encontraba dividida en provincias.​ De ellas se iban desgajando, cuando alcanzaban un nivel de desarrollo suficiente, territorios que se iban catalogando como distritos. En 1818, el área de Baler fue transferida de la provincia deTabayas(coincidente a grandes rasgos con la actualprovincia de Quezón) a la provincia deNueva Écija.​ En 1856, los territorios de Nueva Écija situados entre laSierra Madrey elocéano Pacíficofueron desgajados para constituir eldistrito de El Príncipe. Las principales localidades de este nuevo distrito eranBaler, la capital («cabecera» en la terminología de la época, al tratarse de un establecimiento de bajo rango, del nuevo distrito),Casigurán(ambas en la costa, situada esta última a unos 16 km de Baler) ySan José de Casignán(actual María Aurora, en el interior, a 15 km de Baler).​ Religiososfranciscanosse encargaban de la atención religiosa de la localidad desde su fundación (salvo un periodo de cuarenta y cinco años, entre 1658 y 1703, en que fueron sustituidos poragustinos recoletos).​
Al frente del distrito se encontraba un comandante político-militar con residencia en Baler, puesto desempeñado por un capitán del Ejército, el cual, en virtud de su cargo, era también delegado deHaciendapara la recaudación de impuestos, subdelegado de Marina, juez de primera instancia y administrador de la oficina decorreos.​ En 1897 el pueblo se componía de una iglesia con la residencia del párroco adosada (habitualmente denominado «convento» en la Filipinas española), la casa del comandante y barracones para la tropa, además de las viviendas de los habitantes del poblado. La guarnición permanente consistía en un destacamento de laGuardia Civilcon un cabo, «europeo», y cinco números filipinos.​ Habitaban la población unas 1700 personas.​
La iglesia, el edificio más sólido del poblado, fue construida después de la refundación de Baler en 1735, con el objetivo de que resistiese los fenómenos meteorológicos extremos (tifones,inundaciones,tsunamis...) que caracterizan el área. Los muros, de metro y medio de espesor, consistían en una amalgama de pedruscos, cal y arena.​ Además de su solidez, la iglesia era un edificio simbólicamente de la mayor importancia, puesto que además de las ceremonias religiosas, era la sede delpárroco, depositario de inmensos poderes no solo espirituales, sino también temporales. Tenía una forma aproximadamente rectangular, de 30 metros de longitud y 10 de anchura, con orientación sur-norte. Tenía seis ventanas, dos de ellas en la fachada principal, que daba al sur.​ La torre del campanario era de madera y el techo, ados aguas, decinc. Adosada a la iglesia, a la izquierda de la entrada principal, se encontraba el convento, de diez metros de longitud y tres de anchura. A su izquierda, un corral de unos cinco por cinco metros. También en el lado izquierdo (oeste) de la iglesia, se hallaba lasacristía. Sacristía y convento estaban comunicados mediante un pequeño patio.
En la iglesia de Baler quedaron sitiados un contingente español de cincuenta soldados y clase de tropa, al mando de dos oficiales, junto con la dotación de una enfermería: tres sanitarios (dos de ellos filipinos, «indígenas» en la terminología de la época) y un oficial médico, el comandante político-militar del distrito y el párroco de Baler. A ellos se unieron posteriormente otros dos religiososfranciscanosdel vecino pueblo deCasigurán. En total, 57 militares y tres religiosos. De ellos, desertaron seis (entre ellos los dos sanitarios filipinos) y fallecieron otros 16, entre ellos el párroco de Baler. En total, sobrevivieron al asedio 38 personas. En el lado filipino se desconoce el número de tropas sitiadoras, que no formaban parte todavía de un ejército regular, pasando el mando del asedio por manos de varios oficiales. Sufrieron 700 bajas entre muertos y heridos.​
El capitán de InfanteríaEnrique de las Morenas y Fossiera el comandante político-militar del distrito de El Príncipe. Había nacido enChiclana de la Fronteraen 1855. Ingresó con 19 años en elColegio de Infantería, del que salió como alférez en 1875. Participó en laTercera Guerra Carlistaen Cataluña y en Navarra (fue ascendido a teniente) y, tras pasar la mayor parte de los años posteriores destinado en Andalucía, fue ascendido a capitán de la Escala de Reserva en 1896. En 1897 fue destinado a Filipinas, a donde llegó, como parte del Batallón Expedicionario de Cazadores n.º 9, en enero de 1898. Poco después, a petición suya fue nombrado comandante de El Príncipe. Cuando llegó a Baler, se encontraba ya enfermo. Dirigió la resistencia del destacamento de Baler hasta su muerte por enfermedad, casi cinco meses después de iniciado el sitio.​
El segundo tenienteJuan Alonso Zayasestaba al mando del destacamento del Batallón Expedicionario de Cazadores n.º 2 destinado en Baler. Había nacido enPuerto Ricoen 1868, donde su padre, también militar, se encontraba destinado. Vivía con su familia enBarcelonay era fotógrafo cuando se alistó como soldado voluntario en el ejército en 1888. Sirvió en Cuba entre 1889 y 1895, ascendiendo a sargento. En 1897 fue destinado a Filipinas, ya ascendido a segundo teniente de la Escala de Reserva y, en 1898, a Baler al mando de un destacamento de 50 soldados. Allí pereció deberiberitras casi cuatro meses asediado con sus hombres.​
El segundo tenienteSaturnino Martín Cerezoera el segundo al mando del destacamento de Cazadores estacionado en Baler. Provenía de una familia campesina y había nacido enMiajadas(Cáceres) en 1866.
Por parte española, son dos las fuentes principales de lo acontecido durante el sitio de Baler. Ambas provienen de protagonistas del suceso: el tenienteMartín Cerezo, el segundo del destacamento sitiado, que asumió el mando tras la muerte del primer oficial, y el padreMinaya, un sacerdote franciscano que fue utilizado por los sitiadores para trasmitirles informaciones que pudieran llevar al destacamento español a la rendición y que se quedó con los sitiados hasta el final del sitio.
Martín Cerezo escribióEl Sitio de Baler, obra publicada en 1904, que conoció otras tres ediciones durante la primera mitad del sigloXXy fue traducida al inglés en 1909.​ Es la fuente más conocida,​ e incluía fotografías y mapas de Baler, así como una relación de los soldados sitiados. Constituyó la base del guion deLos últimos de Filipinas, lo que le dio una enorme popularidad.​ El padre Minaya fue el autor de unDiario, un manuscrito que permaneceinédito. Estuvo guardado en el Archivo de Pastrana (elArchivo Franciscano Ibero-Oriental) y fue trasladado a Madrid con dicho archivo en 1977,​​ donde permanece. Su contenido salió a la luz en 1956, cuando un resumen comentado de dicho manuscrito fue publicado por los padres franciscanos Antolín Abad y Lorenzo Pérez, archiveros enPastrana, en dos números deArchivo Ibero-Americano. Revista de Estudios Históricos, con el título «Los últimos de Filipinas: tres héroes franciscanos». Algunos autores han aventurado que podrían existir discrepancias entre el original deDiariodel padre Minaya y el extracto publicado, al haber sido expurgado este para eliminar menciones comprometedoras o poco decorosas.​ Sin embargo, el escritor y diplomático españolPedro Ortiz Armengol, quien tuvo acceso al original entre 1985 y 1990, no consignó discrepancias entre ambos.
No existen discrepancias esenciales entre ambas fuentes primarias, si bien la primera se centra en los aspectos militares del asedio, en tanto que la segunda introduce datos humanos de gran interés.​
Otras fuentes primarias, si bien no sobre el episodio completo, son, por ejemplo,Mi prisión en Palanan el año de 1898, un folleto publicado en Manila en 1904 por el padre franciscanoMariano Gil Atienza, que era el párroco dePalanan, enIsabela, Mariano Gil Atienza, y que fue hecho prisionero por los rebeldes filipinos, los cuales le obligaron a trabajar como escribano, redactándoles cartas en español.​ Se conserva en el Archivo Franciscano Ibero-Oriental y datos tomados de él aparecen en «Los últimos de Filipinas: tres héroes franciscanos».​ También existen telegramas y otros materiales disponibles en los archivos militares españoles. Entre dichos materiales se encuentra elDiario de Operaciones de la defensa del Fuerte de Baler (Filipinas), del propio Martín Cerezo, finalizado el 10 de julio de 1899.​
En el lado filipino, sin embargo, no existe ninguna narración similar y solo están disponibles los testimonios de los descendientes de los balerinos y de las tropas filipinas que intervinieron en el asedio.​
Por parte estadounidense, el teniente J. C. Gillmore, que fue capturado por los insurrectos filipinos en una operación estadounidense para rescatar a los sitiados españoles en Baler y que pasó ocho meses en manos de los filipinos, contó sus experiencias tras su liberación en una revista estadounidense.​
A finales de agosto de 1897, el capitánAntonio López Irisarri, comandante político-militar de El Príncipe, preocupado por los rumores que circulaban sobre el malestar de los filipinos y la existencia de contrabando de armas para los insurgentes, llevó a cabo una investigación que no arrojó resultados, pero aun así, solicitó ayuda para vigilar la costa (Irisarri no poseía guarnición más allá del destacamento de laGuardia Civil). El mando español en Manila decidió el envío delcruceroMaría Cristinay de un cañonero para patrullar la costa,​ así como reforzar la guarnición con un destacamento de 50 soldados del Batallón Expedicionario de Cazadores número 2. Este destacamento había combatido enCavitey acababa de ocupar, el 7 de septiembre, la localidad deAliaga, enNueva Écija, a 80 km de Baler y hasta entonces en manos de los insurrectos.​ Dirigía el destacamento de Cazadores el tenienteJosé Mota, un oficial de 19 años que se había distinguido por su valor y había recibido varias condecoraciones. Tras atravesar laSierra Madre, Mota y sus hombres llegaron a San José de Casignán el 20 de septiembre. Al llegar las noticias de su llegada, López Irisarri, acompañado del párroco de Baler,Cándido Gómez Carreñoy de otro religioso, el padre Dionisio Luengo, que estaba en Baler aprendiendo las lenguas del país, acudieron a San José a recibirles.​ El grupo llegó a Baler al día siguiente.​
Posiblemente alentado por la cálida recepción de los balerenses, Mota decidió repartir a su tropa entre varias construcciones del pueblo. Diez soldados se instalaron en el cuartel de la Guardia Civil, 18 en la casa del maestro del pueblo,Lucio Quezón(Quezón era un mestizo deManilaque había formado parte de la Guardia Civil y que era el único filipino del pueblo autorizado a portar armas; su hijoManuelsería posteriormente el primer presidente de laMancomunidad de Filipinas)​ y el resto en la comandancia, residencia oficial del gobernador y sede de sus oficinas. Mota se quedó también en la casa de Quezón, ya que la construcción estaba en el centro de Baler.​ Colocaron guardia solamente en la plaza.​ La estrategia de dividir el destacamento en varias ubicaciones no fue descabellada, puesto que, descontando la iglesia (la única construcción de piedra de la zona), las construcciones elegidas eran las mayores y más sólidas de Baler, con techo de paja y paredes de madera, siendo el resto de nipa y bambú. Mota ordenó hacer dos trincheras construidas de tal manera que, en caso de un ataque, los soldados pudieran abandonar la primera (de forma circular que rodeaba el centro de la ciudad), la segunda les llevaría a las puertas de la iglesia en la que los soldados podrían atrincherarse hasta que llegaran refuerzos de Manila.​
Las noticias del envío del destacamento de Cazadores en Baler llegó pronto al cuartel de Aguinaldo en Biak-na-Bató, que pensó que la toma de la población sería sencilla y un golpe de efecto en la guerra contra los españoles. Para ello, ordenó a uno de sus partidarios,Teodorico Luna Novicio, natural de Baler y familiar del pintorJuan Luna, el autor deSpoliarium, la toma de la localidad, prometiendo hacerle comandante de Baler. Luna Novicio dejó Biak-na-Bató y procedió a reclutar una partida enDingalanyBinangonan de Lampon(actual Infanta), al sur de Baler. La partida incluía también algunos balerenses. El 20 de septiembre, la partida acampó en las afueras de Baler, y Luna Novicio mandó aviso a los habitantes de Baler informando de su llegada. Consiguió el apoyo de Antero Amatorio, antiguo «gobernadorcillo» o capitán municipal (alcalde) de Baler,​ así como su apoyo financiero y logístico. Durante los siguientes días, Luna Novicio volvió a su casa en Baler y, clandestinamente, contactó con muchos vecinos, pidiéndoles su apoyo en reuniones nocturnas que tenían lugar en un campo de arroz propiedad de Amatorio. Entre los reclutados estaban los «cuadrilleros» (policía nativa) de Baler. La noche del 3 al 4 de octubre, procedió a organizar la toma de la localidad, lo que tendría lugar la noche siguiente. Durante el día 4 noticias del complot llegaron a oídos de López Irisarri, pero el hecho de que fuese una niña (que había oído la conversación entre Antero Amatorio y su mujer) quien dio noticia de los hechos hizo que Irisarri los descartara.​
A las once de la noche del 4 de octubre, los katipuneros, armados únicamente con «bolos» (tipo demachetefilipino) atacaron las posiciones españolas. Un primer grupo, vistiendo uniformes de «cuadrilleros», eliminó al centinela situado en la plaza, en el exterior de la comandancia, sin impedir que antes de morir disparase su fusil y diese aviso del ataque («¡A las armas, Cazadores!»).​ Otros dos grupos atacaron el resto de las construcciones donde pernoctaban los soldados españoles. Con el estrépito del ataque, los soldados se despertaron y trataron de repelerlo. Mientras que en la comandancia y el cuartel de la Guardia Civil la mayor parte de los soldados resultaron muertos o heridos y los atacantes pudieron hacerse con armas y municiones, los ocupantes de la casa del maestro pudieron rechazar con éxito el ataque, con lo que los katipuneros huyeron aprovechando la oscuridad.​ En la comandancia, López Irisarri trató de organizar a los supervivientes. Armado con un rifle, con el que disparaba desde el piso superior, mientras su esposa se escondía en la habitación, llamó a gritos a Mota, que no respondió. Tampoco respondió el sargento. Sí que lo hicieron varios soldados que se habían ocultado al producirse el enfrentamiento, a lo que el capitán les dijo que recogieran las armas y se agruparan en la comandancia. Desafortunadamente, uno de los soldados escondidos avanzó hacia la comandancia sin decir su nombre, posiblemente nervioso. En la oscuridad, sus compañeros le dieron muerte, pensando que se trataba de un nuevo ataque de los filipinos.​
El episodio más trágico de la noche fue el relacionado con el teniente Mota. Al producirse el ataque, se encontraba durmiendo con parte de sus hombres en la casa del maestro. Despertó rápidamente y descargó su revólver contra los atacantes pero, pensando que los atacantes habían acabado con el destacamento, saltó por la ventana y corrió hacia el convento, donde encontró al padre Gómez Carreño que iba hacia la iglesia para orar ante elSantísimo Sacramento. Preguntado Mota acerca del estrépito y sobre el hecho de encontrarse en ropa interior, le dijo al sacerdote que todo el destacamento había sido exterminado y le pidió algún arma. Gómez Carreño pensó que la pistola de Mota se había encasquillado y le dio la suya. Mientras, Gómez Carreño volvía a la iglesia encontrándose en el camino al cabo de la Guardia Civil Pío Enrique, que huía del ataque. Ambos cambiaron impresiones y, mientras hablaban, oyeron un disparo en el convento. El teniente Mota se habíaquitado la vida, pensando que todo estaba perdido, utilizando la pistola del religioso. Gómez Carreño y Enrique se separaron y huyeron al bosque. Cuando a la mañana siguiente los supervivientes examinaron el convento y encontraron a Mota en ropa interior muerto y con la pistola de Gómez Carreño al lado, pensaron que este se había unido a los katipuneros y disparado al teniente.​​ Ni Martín Cerezo ni Minaya presenciaron el incidente, al que dedican un espacio muy desigual. Dos páginas el primero y casi doscientas el segundo. Es de suponer que la fuente de Minaya fue Gómez Carreño. Sin embargo, la discrepancia principal es la omisión, por parte de Martín Cerezo, de las circunstancias de la muerte del teniente, que atribuye a los asaltantes y no al propio Mota.​ Por otra parte, parece ser que hubo una investigación oficial que estableció que Mota fue reducido por los insurrectos y torturado y muerto por estos. Esta versión es también la sostenida por la familia del teniente Mota.​
Resultaron muertos en el asalto el teniente y seis soldados del destacamento español.​ Nueve más fueron heridos.​ Los filipinos sufrieron diez bajas, resultando herido de bala el propio Luna Novicio.​ En el lado español, desaparecieron nueve soldados, un sargento, el cabo de la Guardia Civil, así como el párroco del pueblo, el padre Gómez Carreño.​​ Los supervivientes, incluyendo a López Irisarri, se atrincheraron en la iglesia esperando ayuda.
Las noticias del ataque insurrecto llegaron a Manila gracias alManila, un transporte de laArmada Española​ que llegó a Baler el 7 de octubre. El contable del barco y el padre Dionisio Luengo habían bajado a tierra para recabar novedades, encontrando en la playa varios cadáveres de españoles y filipinos. Ante la situación en la que se encontraban los supervivientes, el capitán del barco reforzó la guarnición con la mayor parte de su dotación (12 hombres), así como con el médico del buque,​ y embarcó para transmitir las noticias a la capital. En su base en Binangonan el capitán delManilainformó al de la cañoneraBulusán, el cual enfiló haciaAtimonanpara telegrafiar a Manila.​ Tras recibir las noticias, el mando militar dispuso el envío de un destacamento de cien hombres del Batallón de Cazadores n.º 2 al mando del capitánJesús Roldán Maizonadaque llegaron a bordo del transporteCebúa Baler el 16 de octubre. Inicialmente les fue imposible desembarcar, puesto que las fuerzas de Luna Novicio, que disponían de los fusiles capturados a los españoles, habían dispuesto trincheras en la playa. Pero al día siguiente, el destacamento de Roldán se las arregló para tomar el pueblo, cubiertos en el desembarco por la artillería delCebú, y establecer un perímetro de seguridad de dos o tres kilómetros de profundidad, si bien diariamente se seguirían produciendo escaramuzas.​ Roldán estableció su cuartel en la iglesia y las tropas relevadas partieron en barco dos días más tarde.
Por su parte, los soldados huidos tras el ataque del 4 de octubre, muchos de ellos heridos, se habían agrupado en el bosque bajo el mando del sargento Serrano. Con ellos se encontró el padre Gómez Carreño por la mañana mientras vagaba por la espesura. Sin embargo, poco después fueron capturados por los katipuneros y llevados a su campamento en las montañas, 20 km al sur de Baler. Cuando las noticias sobre la captura llegaron a Aguinaldo, ordenó que los enviaran inmediatamente a Biak-na-Bató. Aunque, a petición de los balerenses, Luna Novicio se resistió a enviar también al párroco, finalmente tuvo que ceder y enviarle también al cuartel general de Aguinaldo, donde fue condenado a muerte.​ El único superviviente que se echó al monte y no cayó en manos de los insurrectos fue el cabo de la Guardia Civil. Su retorno a Baler unos días después, hambriento y demacrado tras haber estado escondido en la espesura, permitió aclarar qué había ocurrido con el teniente Mota.​
El capitán Roldán tenía órdenes de mantenerse a la defensiva, puesto que, aunque no era público, el capitán general Fernando Primo de Rivera había establecido conversaciones con Aguinaldo, que culminaron los días 14 y 15 de diciembre con la firma delPacto de Biak-na-Bató. La paz ponía fin a la revuelta, estipulando que Aguinaldo y sus partidarios podrían vivir en un país extranjero de su elección, recibiendo a cambio una indemnización de 800 000pesospagados en tres plazos (400 000 a su salida del país; 200 000 tras la entrega por los insurrectos de un determinado número de armas; y el resto una vez que se considerase terminada la revuelta, simbolizada por unTe deumque debía celebrarse en Manila). Otras condiciones estipulaban que el gobierno español realizaría reformas en el país, que se amnistiaría a todos los alzados en armas y que una suma adicional de 900 000 pesos se repartiría entre la población civil como indemnización por los daños de la guerra. Aguinaldo escogióHong Kongcomo residencia para él y sus hombres, a donde partió el 27 de diciembre con 25 de ellos, tras recibir los 400 000 pesos convenidos. La paz quedó en una simple tregua, puesto que aunque el 23 de enero se celebró elTe deumen Manila, proclamando una amnistía dos días después, ni el gobierno español implementó las reformas, ni Aguinaldo cesó en sus actividades, guardando el dinero recibido para la preparación de una nueva rebelión.​​​​ Por aquellas fechas, llegó a Baler la noticia de que el capitán Roldán sustituía a López Irisarri como gobernador político-militar de El Príncipe, quedando el destacamento al mando de un teniente, lo que no satisfizo a Roldán, que solicitó el relevo por enfermedad.​
Por otra parte, la firma de la paz supuso la liberación de los prisioneros hechos en Baler por los insurrectos. El padre Gómez Carreño fue liberado el 20 de diciembre, llegando a Manila el 27. Aunque solicitó al provincial su retorno a España, no le fue concedido, por lo que eligió volver a Baler en lugar de ser enviado a otra parroquia.
Los efectos de la firma de la paz no fueron inmediatos en Baler, puesto que Luna Novicio, recuperado de las heridas sufridas en el ataque del 4 de octubre, dispuso la construcción de nuevas trincheras y fortificaciones que fueron estrechando el cerco sobre la iglesia y sus alrededores. El desembarco de suministros era cada vez más problemático y requería, cada vez más frecuentemente, organizar descubiertas para poder hacer llegar los pertrechos y provisiones a la posición.​ A principios de enero había gran cantidad de enfermos y heridos y apenas quedaban medicinas. El destacamento español desconocía las noticias sobre la firma del pacto de Biak-na-Bató y, al menos en un primer momento, tampoco Luna Novicio. Debido a que el efecto de la firma de la paz no había tenido un efecto instantáneo, las autoridades militares españolas dispusieron que destacamentos españoles recorrieran Luzón, acompañados de filipinos rendidos, para dar noticia de la firma del pacto y recoger las armas de los insurrectos.​ Prueba de la inestabilidad de la situación en Baler fue una escaramuza sucedida el 11 de enero, en el que la fuerza de Roldán sufrió dos bajas y seis heridos graves.​
El 23 de enero de 1898 llegaron por tierra 400 hombres de refuerzo al mando delcomandante Génova Iturbe,​ con el objetivo de conseguir la rendición de las partidas rebeldes que pudieran quedar en el territorio. Le acompañaban tres emisarios de Aguinaldo.​ El día 26, Génova reconoció Casigurán, del que no había noticias desde noviembre, encontrándolo en calma.​ Interrumpida la insurrección más que terminada, las autoridades de Manila decidieron el relevo de las fuerzas de Génova por un destacamento de 50 hombres. Estos 50 hombres debían ser los dereemplazosmás modernos del destacamento de Cazadores llevado a Baler por Roldán en octubre y quedarían al mando de dos oficiales. La orden del mando de Manila ordenaba también el regreso de Roldán.​
El 12 de febrero llegaba a Baler el vapor «Compañía de Filipinas». Además de provisiones para cuatro meses, el buque transportaba al recién nombrado gobernador político-militar de El Príncipe, el capitán de InfanteríaEnrique de las Morenas y Fossi, a los segundos tenientes Alonso y Saturnino Martín Cerezo, que debían hacerse cargo del destacamento, al supervisor provisional del Cuerpo Médico (con grado de teniente)​ «En dicho transporte fueron también con nosotros [..] el entonces médico provisional de Sanidad Militar (asimilado al empleo de teniente), D.Rogelio Vigil de Quiñonesy Alfaro...», y al padreGómez Carreño,franciscanopárroco de Baler, que había sido hecho prisionero por los insurrectos durante el ataque al destacamento del teniente Mota y que, liberado tras la paz de Biak-na-Bató, volvía a su parroquia. Los expedicionarios habían salido de Manila el 7 de febrero y se habían trasladado por vía fluvial y terrestre hastaMauban, en el Pacífico, al sur de Baler. Desde ahí, el «Compañía de Filipinas» les transportó a Baler.​ El estado físico de Las Morenas era, no obstante, delicado, puesto que sufría de fuertesneuralgiasy tuvo que ser llevado en parihuelas.​
En cuanto lamarealo permitió, las tropas de Génova y Roldán partieron hacia Manila en la embarcación que había traído a los oficiales. Las provisiones traídas por el «Compañía de Filipinas» serían las últimas que recibieron del Ejército español. Si bien teníanmunicionessuficientes, la cantidad de raciones era escasa y además la mayor parte de las que habían dejado almacenadas en la iglesia las tropas relevadas estaban en mal estado.
Mientras tanto, al otro lado del mundo, un inexplicado incidente serviría de excusa para el inicio de la guerra entreEstados UnidosyEspañados meses después. El 15 de febrero una explosión hizo zozobrar al acorazado estadounidenseUSS Mainecuando se encontraba fondeado en el puerto deLa Habana(Cuba). Laprensa amarillaestadounidense, tras años de agitación antiespañola, inmediatamente culpó a España de haber atacado al buque.​ Inmediatamente después del incidente, el gobierno estadounidense movilizó a sus tropas en previsión de una inminente guerra. El 25 de febrero, laEscuadra Asiática(la flota estadounidense en elExtremo Oriente) recibió la orden de partir deYokohama, en Japón, donde se encontraba fondeada desde enero, y concentrarse en la colonia británica deHong Kong,​ donde debía prepararse para atacar Filipinas, en tanto que elCongresoaprobaba el 20 de abril una resolución exigiendo a España que abandonase Cuba y reconociese su independencia, y autorizando al presidenteWilliam McKinleya tomar cualquier medida necesaria. Ante la negativa española a someterse al ultimátum, los Estados Unidos declararon la guerra el 25 de abril.​
Ajenos a los sucesos que tenían lugar en Cuba, la única preocupación del destacamento era la recientemente apaciguada insurrección y la posibilidad de que resurgiera. Por ello inicialmente la tropa se instaló en la iglesia, donde se encontraban almacenadas provisiones y municiones, que era el único lugar con perspectivas de poder servir como refugio en caso de asalto. Sin embargo, el capitán, deseoso de generar confianza en la población del país y de regenerar administrativamente eldistrito, sugirió a Alonso que trasladara la tropa a la comandancia, y así se hizo. A los pocos días de la llegada hubo que tirar la mayor parte de las provisiones debido a su mal estado, lo que llevó a los militares a decidir comprar víveres a los habitantes del pueblo. El comercio generado y la vuelta a la relativa normalidad en las islas tras lapaz de Biak-na-Bató, además de paliar la escasez de alimentos de la guarnición de Baler, contribuyó al regreso de los habitantes del pueblo. Sin embargo, corrían rumores de que la tranquilidad duraría únicamente hasta junio.
Al poco tiempo, Las Morenas tomó por consejero a Lucio Quezón, el maestro de escuela. Este hecho no fue bien visto por Martín Cerezo, que albergó siempre desconfianza hacia este.​ Por otra parte, Las Morenas decidió que los terrenos de la comandancia fuesen cultivados, de forma que la guarnición dispusiese de un mejor suministro de alimentos, para lo que decidió hacer uso de los quince días de servicio gratuito a la comunidad a los que estaban obligados los balerenses, el conocido como «polo». El «polo», que anteriormente había ascendido a cuarenta días, era utilizado para la construcción de infraestructuras necesarias para la comunidad, como carreteras, puentes y regadíos, aunque también iglesias y conventos. A pesar de la reducción de duración, el «polo» era particularmente odiado por los filipinos, puesto que se había convertido en un abuso. Las Morenas puso a Quezón a cargo del cultivo. Lo que para el capitán era una muestra de confianza en la paz y en la población, para esta era explotación y el maestro acabó siendo asesinado por los revolucionarios.​
Al problema de la escasez de alimentos había que añadir que la única fuente de suministro de agua era el río que circundaba la población y este, además de poder ser desviado en caso de insurrección, era un escondite perfecto para los insurrectos filipinos en lasselvasque comenzaban en la otra orilla, lo que convertía en un riesgo el ir a recoger agua. Por ello, Martín Cerezo sugirió al capitán que se abriera unpozoen la plaza del pueblo, pero Las Morenas lo descartó tras consultarlo con Quezón, el cual le dijo que se había intentado varias veces sin éxito.
En abril llegaron noticias de que la frágil paz se estaba resquebrajando, puesto que los revolucionarios filipinos estaban reclutando más hombres en los cercanos municipios nororientales deNueva Écija. Martín Cerezo confirmó los rumores mediante la gente del pueblo, que iba a otros lugares a comprar arroz y a la que habían intentado reclutar ofreciéndoles una buena paga,​ «A nosotros —me dijeron— también nos han querido alistar y nos han ofrecido un buen dinero» e informó al gobernador y a Alonso. Ya en marzo se habían producido sublevaciones en diversas provincias de Luzón yCebú, que fueron dominadas. El 11 de abril, como consecuencia de un cambio de gobierno en España, Primo de Rivera era sustituido como gobernador general por el teniente generalAugustín.
El 27 de abril, la flota estadounidense de laEscuadra Asiática, al mando del comodoroDewey, abandonó Hong Kong hacia Filipinas.​ El 1 de mayo llegó a labahía de Manilay derrotó a la flota española, al mando del almiranteMontojo, resultando ésta hundida en su totalidad. Elarsenaly la plaza de Cavite se rindieron a los estadounidenses el día siguiente. Labatalla de Cavitesignificó el principio del fin de la presencia española en Filipinas. El 19 de mayo,Aguinaldovolvió a Filipinas en un buque estadounidense para ponerse al frente de la revolución, que se extendió por toda la isla de Luzón. El despliegue de tropas españolas, compuesto en su mayor parte de pequeños destacamentos estacionados en las poblaciones filipinas, hizo que fuesen un blanco fácil por los rebeldes. Los destacamentos que no fueron superados se replegaron a Manila (sin éxito en su mayor parte) y otros puntos fuertes, con lo que la isla de Luzón quedó casi enteramente en manos de los rebeldes. El 1 de junio, Manila quedó definitivamente sitiada por tierra.
Tras la victoria del comodoroGeorge Deweysobre la flota española del almiranteMontojoen labatalla de Caviteen mayo de 1898, el gobierno estadounidense comenzó a organizar un cuerpo expedicionario de fuerzas terrestres para atacar y capturar la capital filipina,Manila. El generalWesley Merrittsolicitó el mando del VIII Cuerpo de Ejército que estaba siendo organizado en California, que le fue concedido. El 19 de mayo, Merritt recibió sus órdenes: derrotar a los españoles, pacificar Filipinas y mantenerla en poder de los Estados Unidos, al tiempo que no debía juntar sus fuerzas con los insurgentes filipinos al mando deEmilio Aguinaldo. El futuro de las islas quedaba en un estado indefinido, pero Merritt asumió que su soberanía quedaría en manos de los Estados Unidos.​
A finales de mayo llegaron a Baler noticias sobre el inicio de la guerra contra Estados Unidos y la derrota de la flota española en Cavite. Estas fueron unas de las últimas noticias recibidas por tierra del exterior, puesto que los sublevados impedían el paso de noticias por la cordillera. El correo enviado el 1 de junio fue interceptado y los mensajeros apresados, aunque cinco días más tarde lograron escapar y avisar a la guarnición de lo ocurrido. En la última carta enviada por Las Morenas a dos misioneros franciscanos de Casigurán les comunicaba que estaba aislado sin poderse comunicar con Nueva Écija.​ Al no poder enviar noticias por tierra a Manila, el gobernador se puso en contacto con Teodorico Novicio Luna, antiguo líder insurrecto y habitante del pueblo, aparentemente amigo ahora, para pedirle que le indicase una persona que pudiera llevar un mensaje al gobernador deNueva Écijapara que este, a su vez, lo remitiera a Manila explicando la situación. Luna le proporcionó un mensajero, al que se le entregó un mensaje cifrado, pero que al poco volvió a Baler diciendo que ha sido capturado y el mensaje interceptado, aunque afirmó que los insurrectos no han sido capaces de leerlo.​ Pronto supieron que Novicio Luna era en realidad el líder de la sublevación en Baler.​ Poco después llegaron dos naves deBinangónancon «palay» (arroz con cáscara) para vender y la guarnición encargó el envío de un mensaje al comandante de la guarnición de aquella población al capitán de los barcos, sin saber que la región ya estaba en plena revuelta. Por su parte, el padre García Carreño compró 70cavanesde «palay» que posteriormente resultaron de extremada utilidad para la supervivencia del destacamento (se muestra aquí una de las discrepancias entre los relatos de Martín Cerezo y Minaya; mientras que el militar insinúa que el párroco había comprado el arroz para hacer negocio, el franciscano afirma que lo había hecho «para su manutención y la de su servidumbre»).​
El 12 de junio, Aguinaldo había declarado laindependencia filipinaenCavite el Viejo, ante la frialdad estadounidense,​ que ocupaba el arsenal de Cavite y tenía la flota de Dewey bloqueando por mar a Manila. Fuerzas filipinas cercaban Manila por tierra.
En Baler, el día 26 se dieron las primeras huidas. Alguna gente del pueblo empezó a abandonarlo, cosa que hizo pensar en la inminencia de un ataque. A la mañana siguiente el pueblo estaba desierto. No solo eso, sino que se habían producido tres deserciones: el cabo y el sanitario filipinos, además del asistente, peninsular, de Martín Cerezo, Felipe Herrero López.​ Ante esta situación el destacamento decidió atrincherarse en la iglesia llevando consigo las provisiones que quedaban en la comandancia y los barriles de «palay» que había comprado el padre Gómez Carreño.
Dos días más tarde, por la mañana, Martín Cerezo salió de patrulla con 14 hombres, regresando sin novedad, mientras los que no estaban de guardia recorrieron las casas del pueblo para llevarse a la iglesia las tinajas de agua que quedaban en ellas. Al día siguiente, la patrulla salió al mando de Alonso, comandante del destacamento, produciéndose la deserción de uno de los soldados, Félix García Torres. La tropa continuó con el acondicionamiento de la iglesia, demoliendo parte del convento. La madera obtenida fue almacenada y el espacio que ocupaba el convento convertida en un corral, dejando intacta la base del muro. Martín Cerezo se llevó cuatro caballos para poder tener carne en caso de necesidad, pero tanto la tropa como Alonso y el capitán se negaron y los soltaron.
La mañana del día 30 de junio, la patrulla que mandaba Martín Cerezo fue emboscada en la ribera del río. Pudieron replegarse hasta la iglesia sin más baja que un cabo,Jesús García Quijano, que resultó herido en el pie. Comenzaba así el sitio.​
El primer día de sitio los españoles encontraron cerca de la iglesia una nota en la que los filipinos les advertían que contaban con tres compañías para el asalto y los conminaban a rendirse: «Estáis rodeados, los españoles han capitulado, evitad el derramamiento de sangre...».​ Aunque los sitiados no dieron mucho crédito a las noticias sobre las rendiciones, no dudaron de la cantidad de las fuerzas enemigas y temieron un largo asedio. Por ello, Martín Cerezo retomó la idea de construir un pozo en el interior. Las Morenas le asignó cinco hombres y al poco tiempo encontraron agua en abundancia a cuatro metros de profundidad.​
Al día siguiente, 2 de julio, apareció otra nota. En esta nueva carta, los insurrectos —al no haber recibido respuesta a la anterior— insistieron en las victorias que se estaban produciendo sobre las tropas españolas y les informaron de la caída en sus manos de casi todas las provincias deLuzón, y de que la capital,Manila, se encontraba sitiada. Según la nota, 20 000filipinoscercaban la ciudad, la cual, sin suministro de agua, estaría a punto de capitular).​ Las Morenas, como gobernador político-militar, los instó a volver a someterse a la obediencia aEspañay se mostró dispuesto a recibirlos con los brazos abiertos si así lo hacían. El mensaje acababa recomendando que no se dejaran más notas en los alrededores de la iglesia sino que fueran enviadas, después de un sonido de aviso, mediante un mensajero con bandera blanca. Las respuestas, por parte española, se entregarían en la misma iglesia a un mensajero enviado también por parte filipina, tras dar el respectivo aviso e izar la bandera blanca. La decisión de no enviar hombres fuera de la iglesia se tomó para evitar posibles deserciones. De hecho, Felipe Herrero López, uno de los soldados que había servido con Martín Cerezo, fue el primer mensajero que enviaron los filipinos a recoger una respuesta. El teniente intento persuadirle para que se reincorporara, pero este se marchó sin decir palabra. Ante el envío de un nuevo desertor, Félix García Torres, como mensajero, los sitiados comunicaron que si continuaban eligiendo ese tipo de emisarios, serían recibidos a balazos.​ En la tarde del día 3 de julio comenzaron a construir un horno para hacer pan en el patio que había dejado la demolición del convento. Allí se dispuso también la cocina.
El 4 de julio, con el objetivo de aliviar el cerco, dos voluntarios, Gregorio Catalán y Manuel Navarro, hicieron una salida, en la que destruyeron los barracones de laGuardia Civil, los edificios de la escuela y algunas casas cercanas a la iglesia desde las que los filipinos disparaban constantemente.​​ Ese mismo día, llegaron a Cavite las primeras tropas terrestres estadounidenses, al mando delgeneral Anderson, como avanzadilla del VIII Cuerpo de Ejército del general Merritt.​ En su trayecto, se habían desviado para tomar, el 20 de junio,Guam, en lasMarianas.​ A finales de julio, tras recibir seguridades de los estadounidenses que permitirían a los filipinos tomar Manila, Aguinaldo les permitió que las tropas de Merritt tomaran posiciones en torno a la capital sitiada.​
El día 8,Cirilo Gómez Ortiz, al mando de las tropas sitiadoras, hizo gala de caballerosidad para conseguir la rendición del destacamento sitiado y les ofreció una tregua hasta la caída de la noche; además, enviaron una cajetilla de tabaco para el capitán y unpitillopara cada soldado. Los españoles aceptaron la suspensión de hostilidades, la única en todo el asedio, e informaron a Ortiz de que tenían abundantes provisiones; le regalaron a su vez una botella dejerez.​​ Los combates se reanudaron y los filipinos, en un intento más de que los españoles se rindieran, enviaron a varios desertores para que, desde el exterior, intentaran convencer a la tropa para que siguieran sus pasos.
Durante los días sucesivos, el destacamento se afanó en fortificar la iglesia. Ya el día 29 de junio habían demolido el convento. El piso inferior, que tenía dos metros de alto y muros de piedra, fue respetado para que sirviese de corral. Toda la madera obtenida de la demolición fue almacenada en el nuevo corral. Las dos puertas de la iglesia fueron tapiadas: se dejaron únicamenteaspilleraspara poder disparar, al igual que en las seis ventanas del edificio. Abrieron también trestronerasen elbaptisterio. Lasacristía, que era de madera, fue respetada, pero su muro fue reforzado, construyendo otro a medio metro y rellenando el hueco con cajones llenos demantillo. Se dejaron cuatro troneras orientadas al oeste y dos al norte. Ante el nuevo muro, se construyó también unfoso. La puerta sur de la sacristía, que daba a un pequeño patio por el que se accedía al convento, fue parapetada, de forma que solo se podía pasar de uno en uno. En la pared situada entre el primer patio (el antiguo convento) y el segundo se abrieron también troneras. Las seis ventanas del segundo patio (al norte, sur y oeste) se aspillaron. Exteriormente, se construyeron un foso y una trinchera formando un ángulo recto, que protegían las dos puertas.​ Un cabo y ocho soldados se dispusieron en la trinchera que protegía las puertas. El resto en las ventanas y troneras de la iglesia, con dos tiradores en la torre.​
El 18 de julio resultó herido uno de los sitiados, el cabo Julián Galvete Iturmendi, que murió diez días después: fue la primera baja por fuego enemigo de la guarnición. Ese mismo día llegó una carta para Las Morenas y el padre Gómez Carreño firmada por el padre Leoncio Gómez Platero, párroco deCarranglán, en Nueva Écija. En ella se les exhortaba en tono cordial para que depusieran las armas y se rindieran al capitánCalixto Villacortaporque si así lo hacían, serían tratados con consideración y embarcados rápidamente hacia España.​ La carta no fue respondida así que al día siguiente temprano, los filipinos enviaron otra —esta vez menos cortés y firmada por Villacorta— con unultimátumde 24 horas, trascurridas las cuales el oficial filipino les decía: «No tendré ninguna compasión de nadie y haré responsables a los oficiales de cualquier fatalidad que pueda ocurrir». La respuesta española fue enviada a la mañana siguiente: «Nos une la determinación de cumplir con nuestro deber, y deberás comprender que si tomas posesión de la iglesia, será solamente cuando no haya nada en ella más que los cuerpos muertos. La muerte es preferible a la deshonra». Al finalizar el plazo del ultimátum, los filipinos comenzaron a disparar desde todos los puntos de sus líneas, durando el tiroteo hasta la mañana siguiente. Los españoles, para economizar munición e incitar a los filipinos al asalto, decidieron no responder a este fuego. Ante esta actitud, Villacorta en vez de enviar sus columnas contra la iglesia, envió un mensaje en el que dijo que no iba a gastar pólvora inútilmente, pero no levantaría el sitio, aunque tuviera que prolongarlo tres años, hasta que los españoles se rindiesen.​
En la iglesia habían encontrado varios cañones viejos, posiblemente no más queculebrinas,​ pero sin accesorios ni carro para transportarlos. Los sitiados mezclaron los explosivos de algunos cohetes rotos con lapólvorade algunos cartuchos de losfusilesRemingtony pusieron parte de la mezcla y las balas en uno de los cañones más pequeños, que llevaron a uno de los disparaderos que habían construido en el antiguo convento, ahora corral, y colgaron la parte trasera de una viga con una cuerda que les permitía variar el ángulo de tiro. Con una larga caña de bambú con fuego en el extremo, para evitar el golpe del retroceso, consiguieron disparar el cañón, que hizo temblar los cimientos del corral.
Los insurrectos enviaban casi a diario mensajes a los sitiados y un día, uno de los mensajes fue entregado por dos desertores. Algunos soldados, que habían pertenecido al destacamento de Mota, creyeron reconocer a uno de ellos como uno de losguardias civilesque había comandado el puesto deCarranglán, y al que habían conocido cuando pasaron por dicha población en su trayecto a Baler a principios de septiembre. El asistente de Alonso, Jaime Caldentey, aseguró que era un paisano y amigo suyo deMallorca, por lo que este le pidió que invitara a los enviados, enmallorquín, a unírseles, diciéndoles que la guarnición española contaba con suficientes provisiones y municiones para aguantar el asedio.​ El guardia, fingiendo no conocer el idioma, replicó mencionando su amor por su familia y su deseo de volver a España, añadiendo que, de persistir en su resistencia acabarían muertos porque todas las tropas españolas se habían rendido y no iban a recibir refuerzos.
A finales de julio, el general Merritt, que había partido el 29 de junio deSan Franciscojunto con el último contingente del VIII Cuerpo de Ejército estadounidense, llegó a Luzón.
En Baler, Villacorta volvió a enviar otro ultimátum el 31 de julio. En él amenazaba con utilizar fuego de cañón si no se entregaban al día siguiente. Los rebeldes filipinos habían recibido algunos cañones, al parecer del mismo tipo que los que tenían los españoles y tal como había amenazado Villacorta, a las doce de la noche comenzó el bombardeo desde el sur, el este y el oeste, que causó daños en las puertas y en el techo, por lo que el bastión quedó prácticamente a la intemperie.​ Ese día, en la también sitiada Manila, se producía el primer choque entre tropas españolas y estadounidenses.​
El 3 de agosto, Caldentey, el ayudante de Alonso, aprovechando un turno de guardia, desertó. Martín Cerezo pensó que había acordado la deserción en su conversación en mallorquín con el guardia civil que estaba con los filipinos.​ Cuatro días después, gracias a la información de Caldentey sobre el temor del teniente Alonso a un ataque por el norte, donde solo había un guardia, los filipinos atacaron concentrando el fuego en la zona y poniendo una escala en el muro, cerca de donde se encontraba el guardia, que dio la alarma. Los españoles se dispusieron a repeler el ataque y, ante la tenacidad del ataque, simularon una salida para asaltar una de las casas fortificadas del exterior. Al oír el incremento del fuego, los filipinos se retiraron, aunque continuaron disparando desde las trincheras. Aunque no lo supieron entonces, un día después de desertar Caldentey, éste murió alcanzado por una bala de los sitiados mientras trataba de abrir fuego con un cañón contra la iglesia.
Mientras tanto, el 7 de agosto, Merritt enviaba un ultimátum aFermín Jáudenes y Álvarez, gobernador general interino de Filipinas tras el cese de Augustín, anunciando que en 48 horas comenzaría el asalto a la capital filipina, y que permitiría que los civiles evacuasen la ciudad. Unos 20 000 soldados estadounidenses se encontraban ya en Filipinas. Jáudenes anunció que resistiría, a lo que Merritt respondió con un nuevo ultimátum de cinco días. Jáudenes, estimando su situación como desesperada, sin posibilidad de auxilio desde la metrópoli (el 20 de julio se supo que la anunciada flota de Reserva no llegaría a Filipinas), entró en conversaciones secretas con Merritt a través del cónsul belga. Se rendiría ante los estadounidenses, pero no ante los filipinos. El día 13, tras un simulacro de asalto, Jáudenes dio orden de rendición ante las tropas estadounidenses al mando de Merritt, protegidas por la flota de Dewey, sin contar con Aguinaldo.​ Los contendientes no habían recibido noticias de que el día anterior se había firmado elprotocolo de Washington, por el que se establecía alto el fuego entre España y Estados Unidos, y en el que se disponía que Manila debía quedar en poder estadounidense como garantía hasta que la formalización de un tratado estableciese el destino de Filipinas.​
El 15 de agosto los rebeldes filipinos hirieron al soldadoPedro Planas Basagañas. Días después, Villacorta hizo un nuevo intento para conseguir la rendición de la guarnición española. Los párrocos franciscanos deCasigurán, otra de las poblaciones importantes de El Príncipe, Juan López Guillén y Félix Minaya, habían sido hechos prisioneros por los insurrectos. El 20 de agosto, Villacorta decidió enviarles a hablar con los asediados con las últimas noticias de la situación, suponiendo que al recibir información sobre la caída de Manila decidirían deponer su resistencia. El mensaje que portaban decía así:​
Villacorta envió inicialmente al padre López solo, acompañado de un soldado filipino portador de una bandera blanca. Mientras López se encontraba en el interior de la iglesia, Minaya, según cuenta en suDiario, entró en un estado de gran excitación que terminó cuando el comandante filipino le dijo «Puedes ir tú también». El franciscano dejó las líneas filipinas y penetró también en la iglesia.​
La descripción de la conversación de los sacerdotes con los asediados es muy diferente en las narraciones del teniente Martín Cerezo y en el diario del padre Minaya,​ protagonistas ambos de los hechos. Ambos coinciden en que los sitiados no creyeron las noticias que llevaban.​ Pero mientras que según Martín Cerezo,​ «[a]mbos hicieron cuanto les fue posible para inclinarnos a la rendición, sin añadir nuevos argumentos a los que tan oídos teníamos, pero esforzándolos con el más imponente colorido que pudo suministrarles su elocuencia»,​ en el relato del franciscano, este cuenta como había recibido con «entusiasmo» la orden de Las Morenas de quedarse con ellos (frente a los escrúpulos de López Guillén, que temía futuras represalias contra ellos). La decisión de Las Morenas, fruto de la necesidad de ofrecer la menor información posible a los sitiadores,​ fue apoyada por el teniente Alonso, por el párroco Gómez Carreño y por el doctor Vigil de Quiñones, pero no por Martín Cerezo, que los consideró «dos bocas inútiles» (Manuel Leguineche estima que a Martín Cerezo no le caían bien los franciscanos, de los que afirma se quedaron satisfechos con los filipinos cuando estos los retuvieron, terminado el sitio).​ Minaya terminó la discusión: «Nos quedamos aquí. Somos españoles. Lo que sea de uno será de todos. Haremos lo que podamos. No hablemos más del asunto. Está terminado».​ Decidido el asunto, el teniente Alonso ordenó arriar la bandera blanca y disparar a cualquiera que se aproximase.
El 25 de agosto se registró la primera víctima mortal. El padreGómez Carreño, debilitado por un catarro intestinal,​ falleció a causa deberiberi.​ Fue enterrado en elpresbiteriode la iglesia.​ Ese mismo día tuvieron la primera noticia de la caída de Manila en manos estadounidenses. Se presentó en la iglesia Pedro Aragón, un vecino de Baler que había participado en el asedio al destacamento de Mota meses antes y que había sido prisionero de los españoles en Manila. Al caer la ciudad, fue liberado y volvió a su pueblo, donde el comandante de las fuerzas sitiadoras le ordenó que hablase con el párroco para informarle de la caída de Manila y pedirle que convenciera a los soldados españoles de que se rindieran, sin conseguirlo.
Otro soldado, Francisco Rovira Mompó, enfermo también, murió dedisenteríael 30 de septiembre, día en que llegó a la guarnición una carta del gobernador civil deNueva Écijaen la que informaba a Las Morenas de que se habían perdido las Filipinas. En los días siguientes llegaron noticias sobre la rendición de varios destacamentos españoles por todo el archipiélago.​ Finalmente, llegó una carta escrita por el padre Gil Atienza, en la que les confirmaba las noticias sobre las rendiciones de las guarniciones españolas e intentaba hacerles ver que era inútil seguir resistiendo. Sin embargo los sitiados no dieron crédito al gobernador de Nueva Écija (conocido de Las Morenas y cuya letra había sido reconocida por el capitán) ni al resto de informaciones recibidas, creyéndolos una treta de los filipinos.
El 1 de octubre Estados Unidos y España comenzaron a negociar enParíslas condiciones de la paz entre ambos países.​ Las negociaciones durarían más de dos meses. Por su parte, Emilio Aguinaldo nombró un representante diplomático en Estados Unidos,Felipe Agoncillo, que no fue reconocido como tal por el gobierno estadounidense ni accedió a sus pretensiones de formar parte de las negociaciones. El traslado de Agoncillo a París para tratar de influir en la delegación estadounidense no tuvo tampoco ningún éxito.​
En Baler, el 9 de octubre se produjeron dos nuevas bajas por enfermedad entre los sitiados: el cabo José Chaves Martín y el soldado Ramón Donat Pastor murieron deberiberi. Días después cayó gravemente herido el doctor Vigil y el día 18 falleció el teniente Alonso Zayas, ambos afectados por el beriberi, por lo que el teniente Martín Cerezo asumió el mando del destacamento.​
Pensando evitar en lo posible el avance del beriberi, las tropas españolas abrieron nuevas vías de ventilación, intentando no comprometer la seguridad (en ese tiempo se pensaba que el beriberi lo favorecía el hacinamiento y la falta de ventilación). Las medidas no dieron resultado y la mayor parte de la tropa apenas se tenía en pie, por lo que se organizaron guardias de seis horas, en las que los relevos se hacían con ayuda de los soldados sanos, que llevaban a la cama al soldado relevado y colocaban en una silla al nuevo guardia, mientras el cabo de turno hacía rondas comprobando el estado de los distintos centinelas.
Mientras tanto los revolucionarios siguieron intentando conseguir la rendición del destacamento español, informándoles de la situación de la guerra con Estados Unidos, ante lo que cosecharon una nueva negativa. Antes de final de mes se registraron otras tres bajas. El día 22 murió de beriberi un soldado, José Lafarga; el 23, otro soldado, Miguel Pérez, resultó herido; el 25 murió, también de beriberi el soldado Román López Lozano.​ Para evitar la humedad del suelo, algunos de los soldados españoles improvisaron una especie dezuecoscon pedazos de madera que se ataban a los pies con cordones.
En París, mientras tanto, una vez acordados los términos de la paz relativos aCubayPuerto Rico, comenzaron las negociaciones en relación con Filipinas. En la sesión del 31 de octubre los estadounidenses reclamaron la cesión del archipiélago, a lo que se opusieron infructuosamente durante las siguientes sesiones los representantes españoles.​
En la iglesia de Baler, el estado sanitario siguió agravándose. Durante la primera quincena de noviembre murieron cuatro soldados: Juan Fuentes Damián, Baldomero Larrode Paracuellos, Manuel Navarro León y Pedro Izquierdo Arnáiz. El capitán Las Morenas, pese a hallarse gravemente enfermo de beriberi, siguió firmando las contestaciones a los rebeldes filipinos. Poco antes de morir envió una última carta en la que invitaba a los insurrectos a rendirse, proclamando que serían tratados benévolamente y amnistiados. Los rebeldes respondieron con insultos y amenazas. Finalmente, la madrugada del 22 falleció, después de llevar tres semanas sin comer y haber perdido el conocimiento.​ Martín Cerezo contaba en aquel entonces con 35 soldados, una corneta y tres cabos, casi todos enfermos. Apenas quedaban víveres, aunque había munición suficiente para seguir resistiendo.​
Los filipinos intentaron varias veces comunicarse con los españoles, pero Martín Cerezo rechazaba los mensajes. Ante el temor de que esta actitud pudiera hacer pensar a los sitiadores que la moral de los sitiados empezaba a flaquear, el teniente ordenó organizar pequeñas «fiestas» todas las tardes con el personal fuera de servicio, en las que se cantaban canciones y se aplaudía ostensiblemente. La actitud de los españoles irritó a las tropas filipinas, que arreciaron el fuego y los insultos, lo que al mismo tiempo estimuló el ánimo de los sitiados.​
Mientras tanto, los insurrectos finalizaron la construcción de trincheras en torno a la posición española y fortificaron varias casas situadas a unos cuarenta metros al oeste de la iglesia. En una de ellas los sitiadores habían colocado algunos cañones que habrían podido destruir fácilmente lasacristía. Un par de soldados, Juan Chamizo Lucas y José Alcaide Bayona (este último omitido en la narración de Martín Cerezo)​ se ofrecieron para efectuar una salida. Aprovechando uno de los momentos en los que cesó el fuego filipino, ambos, cubiertos desde la retaguardia, consiguieron salir, prender fuego a las casas cercanas y volver sin ser interceptados.​
Al otro lado de la isla, la República Filipina se iba dotando de los medios necesarios para constituirse en un Estado. Desde el 15 de septiembre llevaba reunido en laiglesia de Barásoain, enMalolos, elCongreso de la Primera República Filipina, más conocido como el Congreso de Malolos, con el objetivo de redactar unaconstitución, que fue ratificada por dicho congreso el 29 de noviembre.​ Ignorantes de todo ello, un día antes, el 28, los representantes españoles en París habían aceptado el ultimátum estadounidense y acordaban ceder Filipinas a Estados Unidos.​
El 8 de diciembre, falleció otro soldado, Rafael Alonso Mederos, a causa del beriberi. Deseando disipar el pesimismo causado por una nueva muerte, Martín Cerezo ordenó la celebración de un modesto banquete, ya que se trataba del día de laInmaculada Concepción, festivo en España. Aunque el estado de lo servido,buñuelos, una lata desardinasycafé, era precario, sirvió para elevar la moral de la tropa.​
Dos días más tarde, el 10 de diciembre, se firmaba en la capital francesa eltratadopor el queEspañarenunciaba a la soberanía sobreCubay cedía aEstados Unidossus territorios dePuerto Rico,GuamyFilipinas, con lo que se daba por finalizada la guerra entre ambos países.​ Mientras que los dos primeros se cedían en concepto de indemnización de guerra,​ por Filipinas se pagaban 20 millones de dólares estadounidenses. También se encargaría Estados Unidos de gestionar «la libertad de todos los prisioneros españoles en poder de los insurrectos de Cuba y Filipinas».​
Mientras tanto, los sitiadores decidían hacer un nuevo intento para conseguir la rendición de los defensores de la iglesia de Baler. El general filipinoLlaneraordenó enviar a unprisionero de guerraespañol de entre los mantenidos enSan Isidropara utilizarle como parlamentario.​ El elegido fue el capitán de laGuardia CivilCarlos Belloto, que había participado en la defensa de San Isidro a primeros de septiembre. El 16 de diciembre el coronel Villacorta salió de Nueva Écija con Belloto, el cual había tratado de negarse, infructuosamente, a desempeñar la misión ideada por los insurrectos.​ Informó de ello en Manila el capitán Roldán, el cual, también prisionero en San Isidro logró fugarse ese día.​
Por su parte, en Baler, los filipinos de Villacorta y Ortiz continuaban con sus ataques de cañón pero sin atacar de la manera contundente, lo que podría haber acabado con los españoles. Entre el ruido de los fusiles y cañones, se oían también insultos y gritos de los soldados filipinos, entre ellos los desertores, que hacían ostentación de su presencia, cosa que enfurecía a los sitiados.​
La escasez de alimentos hizo que se planteara una salida con el fin de obtenercalabazasfrescas y otros frutos que crecían cerca de la iglesia (según el escrito de Martín Cerezo, fue idea suya; según el padre Minaya, fue idea del conjunto de los cazadores).​ Para ello, concentrarían el fuego sobre todo el pueblo, creando confusión. El plan, inicialmente previsto paraNochebuena, tuvo que anticiparse debido a la debilidad del doctor, el cual, de no comer algo fresco, moriría en poco tiempo. Para intentar la salida, Martín Cerezo contaba con apenas 20 hombres,​ que debían arriesgarse a salir a campo abierto ante un enemigo bastante más numeroso, en mejor estado de salud y atrincherado, por lo que la única ventaja con la que contaban era el factor sorpresa. El teniente llamó al cabo José Olivares Conejero para que seleccionara 14 soldados para la misión. El grupo debía salir de la iglesia por el boquete de acceso al foso de la trinchera de la sacristía, rodear la casa más cercana al norte de la iglesia y prenderle fuego. Los hombres que permanecieran en la iglesia debían cubrir al grupo de Olivares. En torno a las diez y media de la mañana del 14 de diciembre,​ el cabo y sus hombres salieron de la iglesia según lo planeado. La sorpresa y la velocidad a la que se propagó el fuego por el pueblo hizo que los rebeldes se retirasen rápidamente. Tras el ataque, la mayor parte del pueblo y las trincheras circundantes resultaron destruidas. Los españoles despejaron también la zona sur, lo que les permitió abrir las puertas de la iglesia, que habían permanecido cerradas desde el inicio del sitio, así como clarear una zona que les permitía ver el río, utilizado por los filipinos para el suministro de provisiones y pertrechos en barca. La acción se llevó a cabo sin ninguna baja por parte de los españoles, desconociéndose el número, siquiera aproximado, de bajas en el campo filipino. Con la operación, los sitiados obtuvieron una gran cantidad de frutas y verduras frescas, además de tableros, vigas y varas de metal que sacaron de la comandancia.​ En agradecimiento por su arrojo, Vigil de Quiñones le regaló su reloj al cabo Olivares.​ La aportación de víveres frescos hizo reducirse drásticamente la incidencia del beriberi.
Después del ataque, con la zona despejada, los españoles pudieron iniciar la construcción de unpozo de aguas negrasa unos cuatro o cinco metros de la pared del corral, con lo que la situación higiénica mejoró considerablemente. Además, cerca de la entrada a las trincheras que protegían las puertas, plantaron un huerto para disponer de alimentos frescos sin tener que arriesgarse bajo el fuego enemigo.​ Usando los materiales obtenidos en la incursión, los españoles repararon como pudieron la techumbre destruida por la artillería filipina. A pesar de los esfuerzos, cuando la lluvia era fuerte el techo apenas servía y una noche de tormenta parte de la cornisa se vino abajo, dejando a los españoles sin posibilidad de volver a repararla hasta que amainara el tiempo.​ Mientras tanto, los filipinos volvieron al sitio utilizando las casas que no se habían quemado y cavando nuevas trincheras, esta vez más lejanas, en cuyo fondo tuvieron que poner plataformas debido a las inundaciones que provocaban las lluvias y las crecidas del río.
Mientras tanto, en Manila se desconocía en qué estado se encontraba la guarnición de Baler. El 14 de diciembre llegó a la capital filipina Tomás Paladio, el sanitario filipino que había desertado al inicio del asedio. Prestó declaración ante el capitán López Irisarri, que había sido gobernador político-militar de El Príncipe durante el primer asedio de Baler. Paladio declaró falsamente que el destacamento había capitulado el 23 de octubre.​ No fue hasta la llegada a Manila del capitán Roldán, hacia el 25 de diciembre, que se supo que los cazadores seguían resistiendo en Baler.
Durante el mes de diciembre, sin que Martín Cerezo haga constar fecha, los sitiadores utilizaron nuevas fórmulas para conseguir la rendición de los españoles, que el teniente describeeufemísticamentecomo «reclamos femeninos». Al parecer, los filipinos situaron a mujeres semidesnudas a la vista de los sitiados, así como a parejas simulando relaciones sexuales. Para evitar tentaciones, el teniente ordenó retirarse al interior, procurando los soldados distraerse con distintos recursos como lasoracioneso cánticos.​ No obstante, Martín Cerezo señala que «la situación lamentabilísima en que vivíamos quitábale su poder al "reclamo femenino", nos guardaba muy bien contra la sensualidad y sus deseos».
El 21 de diciembre el presidente estadounidense McKinley emitió su célebre proclama de la «Asimilación Benevolente»,​ anunciando el paso de la soberanía de las Filipinas a Estados Unidos (incluso si el tratado de París no había sido ratificado aún), con lo que el gobierno militar estadounidense pasaba a extenderse de Manila a todo el archipiélago, así como el uso de toda la fuerza necesaria para conseguir sus fines.​
El 23 de diciembre arribó a Baler el destacamento encabezado por Villarcorta, al que acompañaba Belloto y un asistente. Belloto se las arregló para hablar con el padre Gil Atienza, con el que compartió su disgusto por la situación en la que se encontraba. «¿Qué autoridad tengo yo para decir a todo un destacamento que se entregue?» le dijo al franciscano. A continuación, fue obligado a escribir una carta en la que explicaba que había sido traído a Baler para hablar con el destacamento sitiado.​
Tal como narra Martín Cerezo, al día siguiente los filipinos llamaron a parlamentar, para lo que un enviado les entregó tres cartas. Una de ellas era del coronel Villarcorta, informando de que el capitán Belloto había llegado al campamento para parlamentar con ellos y que, con el fin de facilitar su propósito, las hostilidades cesarían hasta el final de la conferencia, que se celebraría cómo y cuándo los sitiados dijeran. La segunda carta era la de Belloto y la tercera, escrita por Gil Atienza, les rogaba que dieran crédito a Belloto y a lo que este les iba a comunicar.​ Existe en este punto una discrepancia entre lo narrado por Martín Cerezo y lo descrito por Gil Atienza. Según el teniente, ante la posibilidad de poder confirmar de forma «oficial» las noticias que habían llegado sobre la pérdida de Filipinas, contestó que lo esperaría en descubierto, en la plaza del pueblo, y así lo hizo, pero nadie se presentó, por lo que ordenó arriar la bandera blanca en cuanto empezó a oscurecer y ordenó a sus hombres que dispararan a cualquier insurrecto que apareciera, porque, a su entender, todo había sido una trampa con el fin de comprobar si recibirían a alguien que no tuviera miedo a presentarse. Según Gil Atienza, los sitiados no respondieron a la carta de Belloto, lo cual alegró mucho al capitán. Belloto habría seguido en Baler hasta el día 26, algo de lo que le informó el propio Belloto el día de Navidad, cuando oficia lamisa.​
Los españoles celebraron laNochebuenacon una ración extraordinaria decalabaza, dulce de cáscara denaranjaycafé. Con algunos instrumentos musicales que encontraron en la iglesia y que habían pertenecido a la banda municipal, improvisaron una fiesta.​
Para final de año, se había acabado el arroz y hubo que recurrir alpalaycomprado por el padre García Carreño, que tuvo que ser descascarillado casi grano por grano. Las raciones tuvieron que reducirse un poco más. En el exterior, el 4 de enero de 1899, elgeneral Otispublicó la proclama del presidente estadounidense McKinley, estableciendo la soberanía deEstados UnidossobreFilipinas, pero con varias modificaciones sobre el texto original con el objetivo de no suscitar reacciones adversas de los filipinos.​​ Al día siguiente, Aguinaldo, que había sido proclamado presidente de laPrimera República Filipinael 1 de enero, emitió una protesta oponiéndose a la demanda de soberanía de los estadounidenses.​
El 13 de enero, otro soldado, Marcos José Petanas, resultó herido. Durante una de esas noches los insurrectos dejaron en la puerta de la iglesia algunos periódicos filipinos que los sitiados encontraron a la mañana siguiente y en los que se podían leer noticias que causaron gran desazón en Martín Cerezo, como la relativa a los españoles arrestados por soldados estadounidenses por pequeños robos a filipinos o la historia del párroco de Albulug (Cagayán), que había apoyado a los insurrectos a cambio de que estos le permitieran seguir a cargo de su plantación de café. «Secreciones de oruga» llamó Martín Cerezo a estas noticias, ante cuya lectura decidió romper los periódicos filipinos y no volver a leer ninguno.​
El 1 de febrero, el general De los Ríos, gobernador general de Filipinas, envió al capitán de infanteríaMiguel Olmedoa Baler para que le ordenara rendirse. Con dos acompañantes y vestido de paisano, llegó dos semanas después a Baler, por tierra, cuando ya había estallado laGuerra Filipino-Estadounidense.​ El 4 de febrero se produjo el incidente que dio comienzo a la guerra. Ese día, soldados estadounidenses habían disparado sobre un grupo de soldados filipinos en los arrabales de Manila y tres de ellos resultaron muertos.​ Al día siguiente, sin investigar el incidente, el generalMacArthurordenó avanzar sobre las líneas filipinas, lo que dio comienzo a labatalla de Manila. Aunque Aguinaldo trató de evitar el enfrentamiento, enviando un parlamentario a hablar con el general Otis, este se negó a detener la ofensiva. Aguinaldo emitió entonces una proclama, informando al pueblo filipino de que estaban de nuevo en guerra.​
En Baler, el 13 de febrero se produjo la última muerte por beriberi del asedio, la del soldado José Sáus Meramendi. Al día siguiente los filipinos llamaron a parlamento, y un español apareció ante la iglesia: el capitán Olmedo. El teniente, encaramado a la torre de la iglesia, le dio el alto y Olmedo preguntó si se trata del capitán Las Morenas (este detalle no aparece en la narración de Minaya).​ Martín Cerezo contestó que era uno de los oficiales del destacamento y que Las Morenas no hablaba ni recibía a nadie y que le dijera a él cuál era el mensaje que quería transmitir. Olmedo le informó de que traía un comunicado oficial y que tenía órdenes de entregarlo en persona a Las Morenas. Ante la ausencia de Las Morenas, al que Cerezo simuló consultar en el interior de la iglesia, y la negativa del teniente a dejarle entrar, Olmedo finalmente cedió y entregó a un soldado el mensaje para el gobernador,​ firmado por el generalDe los Ríosy fechado el 1 de febrero, en el que ordenaba abandonar la plaza, siguiendo las instrucciones de Olmedo, dado que España había cedido la soberanía de las islas a Estados Unidos tras la firma deltratado de pazentre ambos países:​
Martín Cerezo no se convenció de la autenticidad del mensaje (tampoco Minaya, que escribió que «[d]esde las primeras palabras que pronunció nos figuramos que aquel hombre ni era capitán de nuestro ejército, ni comisionado del general Ríos, sino un insurrecto o un desertor»)​ y le dijo a Olmedo que el capitán Las Morenas se había dado por enterado y que podía irse. El enviado pidió quedarse a dormir en la iglesia, pero el teniente se negó, lo que sorprendió a Olmedo, ya que había ido al colegio con Las Morenas. Resignado, preguntó cuándo podía volver a por la respuesta y Cerezo contestó que cuando tocaran a llamada e izaran bandera blanca. De vuelta a las líneas filipinas, conversó con el padre Gil Atienza, al que comentó que en la iglesia pasaba «algo raro»:​
Al día siguiente, Gil Atienza y Olmedo se preparon para hablar de nuevo con los sitiados, pero ese día no hubo toque a parlamento y a las nueve y media los sitiados comenzaron a disparar desde la torre​ (esto no es consignado por Martín Cerezo, aunque sí por Gil Atienza), por lo que el nuevo enviado desistió y volvió a Manila.​ Martín Cerezo sí afirma que Olmedo permaneció algunos días en las líneas filipinas, ya que oyó su voz en alguna de las casas fortificadas que estaban usando los sitiadores.Carlos Ría-Baja, que habría hablado posteriormente con Olmedo en Malolos, afirma que permaneció en Baler cinco días.​ No es descabellado que Olmedo hablase con alguno de los desertores que permanecían con los filipinos, Alcaide o Herrero.​
Según el testimonio de Martín Cerezo, desconfió de Olmedo por presentarse de paisano a pesar de la importancia del mensaje, utilizando las formas y maneras de llamada de los filipinos. Además, a pesar de afirmar ser compañero de colegio de Enrique de las Morenas, le había preguntado si él era Las Morenas (detalle no consignado por Minaya) y, por otra parte, el extraño suceso del capitán Belloto, que no apareció en la plaza, era demasiado reciente. A pesar de la necesidad de acabar con aquella situación, Martín Cerezo consideró que, de acuerdo con lasordenanzas militares, en situación de guerra la ejecución de órdenes escritas de rendir una plaza provenientes de un superior no debía hacerse hasta comprobar fehacientemente la autenticidad de dichas órdenes, enviando, si era posible, una persona de confianza que las confirmara.​
A la llegada de Olmedo a Manila se corrió la voz de que el destacamento no se rendía porque habrían asesinado a Las Morenas y temían el juicio militar.​​
El 25 de febrero, un soldado, Loreto Gallego García, informó a Martín Cerezo de que otro de los soldados, Antonio Menache Sánchez, tenía intenciones de desertar.​ Gallego guardaba una pequeña cantidad de dinero de Menache y este se la había reclamado un par de meses antes; además, le había confesado que tenía intención de unirse a los filipinos. En su momento, Gallego lo tomó a broma y no lo tuvo en cuenta, pero la noche anterior, Menache fue visto subiendo sigilosamente la escalera cercana a laletrinapara observar de cerca el campo filipino y dirigirse a gatas a la ventanaaspilleradamás cercana. Uno de los centinelas cercanos, al verlo, le dio el alto dos veces y Menache, sin contestar, dio la vuelta y volvió por el mismo camino, lo que fue confirmado por el centinela. Martín Cerezo abrió un juicio sumario y Menache, unvagabundoque tras ser encarcelado había sido enviado con el ejército a Filipinas, aunque al principio lo negó todo, acabó confesando. Para sorpresa del teniente, la intentona iba más allá de una iniciativa individual, y Menache reveló que otros dos miembros del destacamento, el soldado José Alcaide Bayona y el cabo Vicente González Toca, pensaban también desertar. Aunque en aquella situación podía haber ordenado una ejecución sumaria, decidió encerrar y encadenar a los desertores en elbaptisterio.​ El hecho impresionó al teniente, que comenzó a sospechar de todo y de todos.
Antes del final de febrero, una noche los centinelas avistaron uncarabao(o búfalo de agua) acercándose a la iglesia. El carabao es un mamíferorumiante, propio de Asia, similar al búfalo, de color gris azulado y cuernos largos y planos, ligeramente curvos y dispuestos hacia atrás. Al parecer, los filipinos, para disponer de carne fresca, habían traído un pequeñorebañoa la zona, al que dejaban pastar en el espacio entre las trincheras españolas y filipinas. Esa noche uno de los centinelas disparó sobre uno de los animales: únicamente consiguió que se alejase. A la noche siguiente, Cerezo y cinco tiradores se apostaron en la trinchera y consiguieron cobrarse una pieza. Los españoles celebraron un banquete con la carne asada del animal, que apenas duró tres días (carecían además desal, por lo que no podían conservar la carne). Cuando se acabó, el 6 de marzo, trataron de abatir otro carabao, pero esta vez los sitiadores estaban sobre aviso y tuvieron que hacerlo bajo el fuego filipino. Al carecer de sal, en cuanto se pudrió la carne, los españoles tuvieron que intentarlo de nuevo. Tuvieron éxito el día 12, pero los filipinos se llevaron de la zona el ganado que quedaba y las cacerías terminaron. Estas piezas así cobradas dieron un respiro a los españoles en lo relativo a su alimentación y a la posibilidad de fabricarabarcascon las pieles de los animales.​ A la escasez de alimentos se unía el estado lastimoso de la ropa que portaban. Para marzo, ya no tenía con qué remendar la que quedaba, por lo que Martín Cerezo ordenó que se confeccionara ropa con las sábanas y camisas de los suministros de la enfermería.
El 19 de marzo, la reinaMaría Cristinaratificó elTratado de París​ (el 6 de febrero elSenado de Estados Unidoshabía recomendado también, con la mayoría de dos tercios necesaria y en medio de la fiebre patriótica creada por el inicio de la guerra con los filipinos,​ la ratificación del tratado al presidente McKinley,​ el cual lo hizo ese mismo día). Pocos días más tarde, el 25 de marzo, los sitiados en Baler descascarillaron el últimocavándepalay, por lo que Martín Cerezo, con el fin de mantener ocupada a la tropa, ordenó ejecutar acciones ofensivas: ordenó abrir una trinchera en una de las calles próximas desde la que podían dominar dos de las casas fortificadas de los sitiadores, impidiendo las comunicaciones entre ambas. El trabajo se completó sin llamar la atención de los filipinos y se efectuó de manera que la trinchera pudiese ocuparse y evacuarse sin ser vistos. Tres días después, el teniente colocó en la trinchera a algunos hombres que sorprendieron a los sitiadores, que dejaron sobre la calle dos muertos y un herido grave. Los filipinos contraatacaron durante la madrugada del 30 de marzo, utilizando un cañón moderno de los entregados por los españoles enCavite. Aguinaldo, que había tenido que trasladar su gobierno deMalolosaSan Fernandoante el avance de las tropas estadounidenses, y conocedor de lo prolongado del sitio de Baler, envió un cañón moderno con la intención de acabar con la resistencia de los atrincherados en la iglesia. Sin embargo, el cañón no causó daños de consideración, ya que los tiradores españoles se las arreglaron para eliminar a los artilleros filipinos, a lo que se unió la falta de municiones suficientes para el cañón.​ Durante los primeros ocho días de abril, el fuego apenas cesó.
El día 8 se acabó eltocinoy apenas quedabanalubiasy café, por lo que a los sitiados no les quedaba prácticamente otro remedio que rendirse. Sin embargo Cerezo pensó que eso sería un deshonor y que además deberían confiar sus vidas a los furiosos sitiadores y a los desertores así que optó por continuar con la resistencia.​
En abril, las autoridades españolas que seguían en Filipinas y elarzobispo de ManilaNozaleda​ se dirigieron a las autoridades estadounidenses para pedirles que acudieran a Baler y consiguieran la rendición de los sitiados, presumiendo que, aunque estos no querrían hacerlo ante los sitiadores filipinos sí podrían hacerlo ante los estadounidenses.​ El mando estadounidense envió elcañoneroYorktown, que participaba el bloqueo naval de Luzón para impedir elcontrabandode armas en favor de los insurrectos filipinos.​ LaYorktownestaba equipada concañonesde seis pulgadas (15,2 cm.) y ametralladoras de repeticiónGatling.​ Portaba el comandante delYorktownuna misiva del arzobispo para convencerles de que desistieran en su resistencia.​
El 11 de abril fueron canjeadas en Washington las ratificaciones del tratado de París, por lo que este entró en vigor y se producía la transferencia oficial de soberanía.​ Ese mismo día, el cañonero llegó a la bahía de Baler. Hacia las dos de la tarde, los sitiados oyeron el sonido de varios disparos de cañón (Martín Cerezo afirma que el sonido de los cañones provenía del interior, en dirección aSan José de Casignán;​ el padre Minaya los hace provenir del mar).​ Los sitiados estallaron de alegría pensando que aquellos disparos significaban la llegada de una columna de rescate. Ignorantes de lo que ocurría en la costa, la alegría de los españoles fue en aumento, sobre todo al llegar la noche y ver cómo un reflector del barco iluminaba tierra firme desde la bahía. La excitación de los sitiados hizo que pocos durmieran esa noche.​
Mientras los españoles aguardaban un pronto rescate, el comandante delYorktown, el comodoroSperry​ (que posteriormente llegaría acontraalmirante), había enviado durante la tarde a un alférez,William Harrison Standley(futuro almirante), a tierra para parlamentar con los filipinos. Sus instrucciones eran conseguir comunicarse con los sitiados, si los filipinos lo permitían y si lo consideraba seguro. Parece que los filipinos lo permitieron, pero Standley sospechó de la buena disposición mostrada por los sitiadores, por lo que volvió al buque sin tratar de acercarse a Baler.​ Dado que el poblado no se hallaba en la costa y que no podía divisarse desde alta mar, se decidió que Standley y un recluta desembarcaran de madrugada procurando no ser advertidos por las tropas filipinas con el objetivo de reconocer el terreno y localizar Baler. El desembarco se produjo a las cuatro de la madrugada del día 12.​ Tras desembarcar a los exploradores, el bote, con catorce hombres al mando del teniente James C. Gillmore, y armado con unaametralladoraColt, se dirigió a la desembocadura del río con el objetivo de hacer de señuelo.
Aunque sus órdenes consistían únicamente en atraer la atención de los centinelas filipinos que pudiera haber en la costa, Gillmore decidió remontar el río, temiendo que los filipinos se hubiesen apercibido del desembarco de los dos exploradores. Para afrontar la posible reacción de los centinelas, Gillmore confiaba en la potencia de su ametralladora.​ Sin embargo, esta confianza resultó excesiva, puesto que al adentrarse en el río cayeron en unaemboscada: dos de los tripulantes resultaron muertos y el resto, heridos, dos de ellos muy graves. Los supervivientes tuvieron que rendirse y fueron hechos prisioneros.​​ Los sitiados en la iglesia, sin saber exactamente qué estaba ocurriendo, oyeron el tiroteo aproximadamente a partir de las seis de la mañana, y más tarde las expresiones de júbilo de los sitiadores: «¡Viva, viva, hemos vencido!»​
Por la tarde, los españoles oyeron nuevamente disparos de cañón desde el mar. Martín Cerezo ordenó a sus hombres que se apostaran en lasaspillerasdel sitio y dispararan tres descargas para hacer ver a la que creían unidad de rescate que seguían vivos y defendiendo la posición y evitar así que desistieran. Llegada la noche, los sitiados vieron con esperanza que el proyector eléctrico del barco volvía a enfocar la costa, ante lo que el teniente español envió dos hombres para que subieran a la torre con una larga pértiga debambúque llevaba un trapo impregnado dequerosenoardiendo en la punta, pero tampoco obtuvieron respuesta.​​ A las cuatro de la madrugada del 13 de abril el reflector se apagó y elYorktownabandonó la zona.​
En el cañonero estadounidense, el alférez Standley y su acompañante habían logrado volver a embarcar,​ habiendo oído las ráfagas del combate de sus compañeros con los filipinos así como voces de los asediados, confirmando que seguían vivos.​
En su relato de los hechos publicado en agosto de 1900, una vez liberado, Gillmore consignó cómo, tras la rendición, habían pasado por Baler y visto la iglesia en la que seguía resistiendo el destacamento español,​ pero no indicó que la rendición se hiciese con ninguna condición​ ni que él o alguno de sus hombres hubiesen sido enviados a la iglesia.​ Con todo, tras conseguir fugarse de su cautiverio en manos filipinas varios meses tras su captura, uno de los marineros del grupo de Gillmore declaró que, al pedir los términos de la rendición, las tropas irregulares filipinas les habían propuesto conseguir la rendición de la guarnición española de Baler y entregar a los sitiadores armas y pertrechos, prometiendo, si la gestión tenía éxito, que tanto los sitiados como la tripulación del bote estadounidense serían enviados de vuelta alYorktown. Tratando de cumplir su parte del trato con los filipinos, Gillmore envió a uno de sus hombres a la ermita sitiada para ofrecer a los españoles su barco para transportarlos, como aliados que eran, a cambio de rendir sus armas a los filipinos. Martín Cerezo respondió que eso sería un insulto al ejército español y despidió al estadounidense, al que dispararon intimidatoriamente al alejarse.​ Así lo relataron también los testigos españoles (Martín Cerezo y Minaya), que cuentan como la tarde del 13 de abril apareció una bandera estadounidense en las trincheras filipinas, hecho que sorprendió a la guarnición española, desconocedora de lo acontecido en el exterior en los últimos meses. Se presentó también un desconocido vestido de marinero estadounidense, que les dijo que había un barco estadounidense fondeado en la bahía, preparado para llevarles a España, sin que consiguiera que los sitiados aceptasen la oferta.​ El mando estadounidense comunicó a las autoridades españolas el fracaso de la misión el día 19.​
Por orden de Aguinaldo, Gillmore y sus hombres fueron conducidos aSan Isidro, donde se encontraba en aquel momento el cuartel general del líder filipino.​ Allí, el generalLunaordenó su ejecución,​ salvándose en última instancia el grupo gracias a la intervención de Aguinaldo,​ si bien fueron mantenidos como prisioneros durante meses. A medida que las tropas estadounidenses avanzaban por Luzón, el grupo fue siendo trasladado hasta el norte de la isla hasta su liberación por los estadounidenses enAparri, enCagayán, en diciembre de 1899.​
Durante la noche del día 20 se produjo un intenso ataque con el objetivo de incendiar la iglesia. Fueron rechazados con gran esfuerzo, tomando parte en los combates el doctor Vigil, que tuvo una participación crucial en la lucha.​ Para finales de mes, se acabaron las alubias y el café, por lo que la ración se reducía a algo dearroz, hojas decalabacín, infusiones de hojas denaranjo, algunoscaracolesy cualquier animal que se acercara por la iglesia y que pudieran cazar, comoperros,gatos,reptilesocuervos.​
A partir del inicio de mayo, los ataques se convirtieron en diarios, resultando herido leve otro soldado,Pedro Planas Basagañas. El día 7 el soldadoSalvador Santa María Apariciofue alcanzado de gravedad y murió cinco días después.​ Los disparos eran constantes y tenían como fin evitar que los tiradores españoles causaran bajas entre losartillerosde las baterías filipinas.
El 8 de mayo los tres soldados que estaban encerrados en el baptisterio por haber intentado desertar, cayeron heridos, no de gravedad, por la explosión de unagranada, que dejó el habitáculo lleno de escombros. Tras ser atendidos de sus heridas, en un momento de despiste, Alcaide logró escapar de la iglesia. Aunque el padre López dio la voz de alarma, y uno de los soldados, José Jiménez, salió en su persecución, los disparos de los vigías a Alcaide hicieron desistir a Jiménez. Aunque los centinelas creyeron haberle alcanzarlo, pudo alcanzar latrincherade los sitiadores. El odio acumulado por Alcaide se manifestó a partir de entonces. No solo puso al día a los sitiadores sobre el estado de los sitiados, las provisiones que les quedaban y si estado de ánimo, sino que ya desde esa misma noche comenzó a gritar y amenazar a los sitiados desde las posiciones filipinas. A la mañana siguiente, pidió disparar el cañón traído de Cavite. El proyectil perforó el muro, destrozó varias columnas del coro e hirió a varios soldados.​
Los días posteriores continuaron entre los ataques y los intentos de los sitiadores de convencer a los españoles de que la guerra entre ellos había terminado y que el enemigo común eraEstados Unidos. Además sabían por Alcaide que la intención de los sitiados, como última opción antes de rendirse, era escapar al bosque y resistir allí. A aquellas alturas del sitio la torre de la iglesia, que servía tanto para acciones ofensivas como para la defensa, estaba prácticamente destrozada, por lo que una noche —haciendo ruido como si estuvieran de fiesta— aprovecharon para repararla en lo posible, momento que los filipinos utilizaron a su vez para cavar dos nuevas trincheras más cerca del edificio. Las nuevas trincheras dificultaban el relevo de los tiradores de la torre y el cambio de la bandera, que alternaban con una confeccionada por ellos con telas encontradas en la iglesia. Casi a finales de mes, el día 19, murió el soldadoMarcos José Petanadedisentería.​
La noche del 28 al 29, el centinela avisó de que había gente en la zona del corral y Martín Cerezo despertó a todos los hombres preparándose para un asalto. Aunque los ruidos eran claros, no distinguían a nadie en la oscuridad, por lo que el personal que no estaba de guardia se fue a dormir. Al amanecer del día siguiente, los sitiados descubrieron que los filipinos habían reabierto una ventana en el muro oeste del corral que los sitiados habían tapado al inicio del sitio. También habían derruido el urinario, de manera que el pozos de agua del corral quedaba descubierto ante el fuego enemigo.​ Una vez se hizo completamente de día, los filipinos atacaron de nuevo la iglesia. El teniente, junto a algunos hombres, logró cerrar los boquetes hechos durante la noche, mientras intentaban repeler a los atacantes, que trataban de volver a destrozar el muro, resguardados tras él. Los sitiados lograron hacerles retroceder utilizando técnicas imaginativas. Pusieron a hervir agua y, con latas de conserva de carne de Australia atadas a pértigas de bambú se las arreglaban para verterla al otro lado del muro, mientras los tiradores disparaban impidiendo a los atacantes moverse. Según el padre Minaya, la idea había sido de un corneta. Según Martín Cerezo, era de su autoría. Aunque los filipinos inicialmente hicieron bromas: «No somos gallos para que nos peléis de este modo», finalmente huyeron profiriendo gritos de dolor.​ El ataque se saldó con 17 bajas entre los atacantes según corroboraron a Martín Cerezo los asaltantes tras finalizar el sitio.
Aproximadamente una hora después del combate, los sitiadores hicieron sonar la corneta y mostraron una bandera española. Martín Cerezo aceptó el parlamento, presentándose ante la iglesia un militar español uniformado. Era el teniente coronel de Estado MayorAguilar, que había sido comisionado por el generalDe los Ríos, gobernador general de Filipinas, para la evacuación de las tropas españolas deJoló,ZamboangayBasilán,​ y que había recibido de este una nueva misión: convencer al destacamento de Baler para que depusiese su actitud y retornase con él inmediatamente aManila. De los Ríos le había ordenado que «con el destacamento de Baler o sin él regresara a Manila el día 2 de junio a más tardar, puesto que él se embarcaba el 3 en elLeón XIIIpara España».​
El 26 de mayo había partido en el vaporUranusdeIsabela, en la isla deBasilán. En su misión le había acompañado el fotógrafo español de ManilaManuel Arias Rodríguez, que publicó varias fotografías de Baler enLa Ilustración Artística.​ ElUranusfondeó ante la costa de Baler el día 29 a las ocho de la mañana. Tras su llegada, obtuvo la autorización de los sitiadores para poder parlamentar con Martín Cerezo.
Aguilar se identificó como militar español, preguntando si alguien de los sitiados había servido en Mindanao, puesto que si así fuese, lo conocería (pero nadie del destacamento había estado) y proporcionando sus credenciales. A continuación, comunicó a Martín Cerezo las órdenes que traía de De los Ríos. Ante las dudas de Martín Cerezo, Aguilar acordó con él dejar ver el vapor en la bahía a la mañana siguiente y a disparar su cañón a modo de señal. La conversación estuvo presidida por la desconfianza de Martín Cerezo, que ante la afirmación de Aguilar de que elUranus, como mercante, solo tenía unfalconete, insinuó que podría usar el cañón de Cavite que tenían los sitiadores.​ De hecho, tal como registró en su libro, Martín Cerezo estaba absolutamente convencido de que Aguilar (e incluso De los Ríos) se había pasado al campo filipino.​ En el interior de la iglesia, el destacamento se dividió. Mientras que una parte, encabezada por Martín Cerezo, creen que se trata de otra añagaza de los filipinos, otros, como los franciscanos Minaya y López, creen en la sinceridad de Aguilar. Sin embargo, el teniente se las arregló para convencer a los sitiados. Por otra parte, según lo convenido, el buque apareció la mañana del 30 de mayo e hizo dos disparos, tras lo cual Aguilar volvió a presentarse ante los sitiados. Martín Cerezo, que observó las evoluciones de la embarcación desde la torre de la iglesia, se convenció de que no se trataba de un mercante, sino de un simulacro construido por los filipinos para que pareciera un vapor y transportado a mano por ellos en aguas poco profundas. El poder de persuasión de Martín Cerezo era tal que los sitiados se convencieron también de lo afirmado por el teniente. Tras el retorno de Aguilar, Martín Cerezo justificó su negativa a acompañarle en el barco no era suficiente para llevarlos a ellos, sus provisiones, municiones y armamento. Lo cierto es que solo les quedaban algunas latas de sardinas y unas pocas balas, pero Cerezo quería, por un lado, que los sitiadores pensaran que todavía podían defenderse durante varios meses y, por otro, comprobar la reacción de Aguilar. El enviado dijo que solo tenía que llevarlos a ellos y dejar el material, al igual que habían hecho las tropas españolas enZamboanga. Esta respuesta afianzó la desconfianza del teniente, ya que pensó que la excusa del rescate no era más que otra maniobra de los sitiadores para quedarse con el armamento.​ Siguiendo esos razonamientos, Martín Cerezo despidió a Aguilar. Este no se rindió y siguió tratando de persuadirle, solicitándole también permiso para que Arias Rodríguez, el fotógrafo, tomase una foto de la iglesia y de los sitiados, a lo que no accedió Martín Cerezo. El parlamento terminó con el teniente diciéndole a Aguilar que comunicara al general De los Ríos su intención de resistir al menos tres meses más y que si antes de ese tiempo no enviaba un buque de guerra español a rescatarlos, él mismo se presentaría en Manila con los hombres que pudiera salvar. Aguilar, que dejó un paquete de periódicos junto a la puerta de la iglesia, preguntó a Cerezo si estaría dispuesto a salir en caso de que el mismo general fuera a pedírselo, a lo que el teniente sitiado respondió afirmativamente.​
A continuación embarcó en elUranus, el cual levó anclas llegando a Manila el 2 de junio, tal como había exigido el general De los Ríos. Aguilar, aunque justificó de alguna forma su actitud, expresó su perplejidad: «Mis esfuerzos han tropezado con una obstinación jamás vista, o un esfuerzo perturbado».​ La negativa de los sitiados a retornar a Manila causó la peor impresión al general, el cual envió untelegramaal ministro de la Guerra, el generalPolavieja, en el que le describía que «regresó el Uranus con teniente coronel Aguilar, que estuvo en Baler y convenció filipinos sitiadores embarque destacamento con todos honores de guerra; pero teniente Martín, jefe del mismo, negóse en absoluto abandono Baler a pesar de mis órdenes y razonamiento jefe de Estado Mayor; personalmente daré cuenta a V.E. de motivos se cree esto obedece».​ Entre los rumores que circularon por Manila se afirmó que Aguilar, tras tratar con los desertores del destacamento, se había convencido de que tanto Las Morenas como Alonso habían sido asesinados para apoderarse de los fondos de la caja de la comandancia de El Príncipe.​ No obstante, esta desconfianza no era, en absoluto, generalizada.El Noticiero de Manilapublicaba el día 3 un editorial refutando los rumores que circulaban por Manila. La narración de los hechos por parte delManila Times, diario estadounidense, del día 2 terminaba con un (en español): «¡Bravo! ¡Viva España!».​
Por su parte, tras la partida de Aguilar, los sitiados retiraron los periódicos que había dejado el militar español. Entre ellos varios ejemplares deEl Imparcialde Madrid. El padre Minaya y el doctor Vigil de Quiñones los consideraban auténticos. Martín Cerezo, fruto de su desconfianza, incluso tras compararlos con algunos ejemplares viejos que tenían y comprobar que tipografía, calidad de papel y demás características del diario eran idénticas, mantuvo que se trataba de hábiles falsificaciones.​ De todas formas, Martín Cerezo pensó que había ganado algo de tiempo y que al haber anunciado su intención de rendirse si acudía el general De los Ríos a pedírselo, los sitiadores relajarían su guardia, por lo que creyó posible escapar al bosque con sus hombres sin que los filipinos se dieran cuenta. Así, fijó la salida para la noche del 1 de junio. La mañana del día previsto para la fuga inutilizaron el armamento sobrante y distribuyeron la munición que quedaba. Además, ordenó fusilar a Vicente González y a Antonio Menache, los soldados que habían intentado desertar.​​ «...convictos y confesos del delito de traición en puesto sitiado e incursos además en la pena de muerte ordenada por el Capitán general del Archipiélago, D.Basilio Augustíen su bando terminante del 23 de abril de 1898». Los prisioneros murieron sin recibir laextremaunciónporque los misioneros no fueron informados de la ejecución. Esa noche, los filipinos reforzaron la guardia y aunque no había luna, el cielo estaba despejado, por lo que los españoles decidieron posponer la acción.
La mañana del 2 de junio, Martín Cerezo comenzó a releer los periódicos que había dejado Aguilar y de los que pensaba eran falsificaciones filipinas con el fin de confundirlos para que se rindieran. En uno de ellos, encontró una pequeña reseña que le hizo ver que los periódicos eran verdaderos, así como sus noticias: se dio cuenta de que la guerra había terminado y que no tenía sentido seguir combatiendo. La reseña, dentro de la sección de destinos militares, era el anuncio del nuevo destino enMálagadel teniente de la escala de la reserva de Infantería Francisco Díaz Navarro. Martín Cerezo había coincidido con el oficial, del que era íntimo amigo, antes de ser destinado aquel aCuba. Díaz le había comentado que al finalizar la campaña pensaba pedir traslado a la capital andaluza, donde vivían su novia y su familia, así que Martín Cerezo dio por cierta la noticia y, por extensión, todos los periódicos y noticias que Aguilar había dejado.​
Al ser consciente de la situación, consultó con el padre López primero, y con Vigil de Quiñones y el padre Minaya después, acerca de las opciones que tenían. Intentar escapar o rendirse. Martín Cerezo era favorable a la rendición, en tanto que Vigil de Quiñones prefería la huida y Minaya se oponía a esta, por considerarla irrealizable.​ «"Me decido por la capitulación. Es lo más sensato", anunció Minaya». Sin llegar a ninguna conclusión, se reunió a la tropa para informarla y someter a su criterio los siguientes pasos. Martín Cerezo argumentó a favor de la rendición, a lo que se opuso la mayoría de la tropa. Vigil de Quiñones también propuso rendirse, en caso de que se respetasen algunas condiciones. Solo la intervención de los padres Minaya y López, abogando por la capitulación, convenció a los opuestos, así que Martín Cerezo escribió un borrador de condiciones de rendición y ordenó izar bandera blanca (existe aquí una discrepancia entre las narraciones de Martín Cerezo y Minaya, ya que aquel omite las intervenciones de los religiosos y su papel decisivo).​ Pronto se acercó un centinela de los sitiadores al que Martín Cerezo le solicitó que avisase a Aguilar. Al poco rato se acercó un oficial filipino que informó de que Aguilar había vuelto a Manila, pero que acudía el teniente coronel al mando.
Una vez llegóSimón Tecson, oficial al mando de las fuerzas filipinas sitiadoras, con su plana mayor, Martín Cerezo pidió mesa y sillas, así como útiles de escritura y, acompañado de Vigil de Quiñones y de los religiosos españoles, le hizo saber que estaba dispuesto a rendir la plaza, siempre y cuando se hiciese honrosamente y se aceptaran una serie de condiciones. Tecson le dijo a Martín Cerezo que las redactara y que si no había nada que resultara degradante, aceptaría la rendición y permitiría a los españoles salir con las armas hasta el borde de su jurisdicción, donde deberían entregarlas. Martín Cerezo indicó que para evitar posibles incidentes dejarían las armas en la iglesia. Luego redactó y entregó al teniente coronel el siguiente escrito:​
Los religiosos no ratificaron el acta, algo de lo que se arrepentirían posteriormente.
337 días después de iniciarse el sitio, este acabó con la aceptación de las condiciones propuestas. 35 personas, incluyendo a los religiosos franciscanos, habían sobrevivido al asedio. Murieron 19 y 6 más desertaron.
Firmada la capitulación, se entregaron por la tarde los pertrechos del destacamento, incluyendo las armas. Tecson había puesto centinelas en la iglesia, formalmente para prevenir el expolio del material, pero según Minaya para impedir que nadie le quitara a las tropas de Tecson el botín, que no enviaron a Aguinaldo. También advirtió Tecson a los españoles de que no salieran de la población, puesto que los balerenses estarían tremendamente resentidos contra los españoles sitiados.​ Sin embargo, la actitud de los habitantes de Baler fue amistosa. Así, el presidente municipal (que sustituía algobernadorcilloo alcalde en la nueva administración filipina)​ de la localidad, Antero Amatorio, dio orden a los vecinos de Baler para que vendieran víveres a los españoles a precios normales. También felicitaron a los miembros del destacamento por su tesón y valentía.
Por su parte, Martín Cerezo realizó una serie de preparativos antes de iniciar la marcha hacia Manila. Entre ellos, hizo certificar a Vigil de Quiñones la muerte de González Toca y Menache de disentería y en fechas distintas. A continuación informó a los miembros del destacamento.​
Sin embargo, mientras que no hubo reparos en que los militares españoles abandonaran Baler rumbo a Manila, a los misionerosfranciscanosse los retuvo allí por órdenes de Simón Tecson, a pesar de la negativa de estos a quedarse y de que el teniente coronel Aguilar ofreció dos mil pesos de rescate por cada uno de ellos. Tecson alegó que los vecinos del pueblo reclamaban su presencia porque no querían «verse privados de los bienes que reconocen en los sacerdotes de la religión que profesan». Además, pronosticó que aunque fuesen con los soldados, serían finalmente separados de ellos y encarcelados, dado que no estaban incluidos en el acta de capitulación. No les quedó más remedio que quedarse, en contra de su voluntad. En palabras de Minaya «ellos disponían de la fuerza; nosotros éramos los débiles».​ Quedaron alojados en la casa de Antero Amatorio.
Entre tanto, Aguinaldo ordenaba el traslado de la capital de la República Filipina aTarlac, acosado por el avance de las tropas estadounidenses.
Por fin, el 7 de junio por la tarde, Martín Cerezo y sus hombres abandonaron Baler escoltados por las tropas sitiadoras (entre las que se contaban algunos de los desertores del destacamento), llegando aSan José de Casignánpor la noche, donde se detuvieron.​ Al día siguiente franquearon losCaraballosy llegaron aMarikithaciendo noche allí. La mañana del 9 de junio salieron hacia Pantabangán. Allí, los soldados se alojaron en la iglesia y Martín Cerezo y Vigil de Quiñones en una de las mejores casas del pueblo, que les habían preparado. Allí estaba previsto que se quedaran unos tres días. Tras la primera noche de descanso, los jefes de las tropas filipinas indicaron a Vigil que debía informar a Martín Cerezo de la necesidad de reformar la tercera cláusula de la declaración para que quedase constancia de que «si no quedábamos como prisioneros de guerra, era en consideración a que había cesado la soberanía española en Filipinas». Los filipinos aseguraron que el motivo era evitar cualquier tipo de oposición al acuerdo por parte de su gobierno y, pese a su enfado, Martín Cerezo se avino a la modificación.
Durante la noche del día 11, Martín Cerezo vio, mientras está mirando por la ventana, cómo se acercaba Herrero López, uno de los desertores. Decidió volver a la cama y esperar. Momentos después, oyó ruidos de forcejeos y disparos en la habitación contigua, que ocupaba Vigil junto con tres soldados. En su habitación se encontró con dos hombres armados de machetes y, al saltar por la ventana, se torció untobillo. El soldado que dormía en la habitación de Cerezo también saltó por la ventana y los asaltantes salieron tras él. Martín Cerezo vio al joven que les habían asignado como asistente y le dijo que fuera a avisar a los jefes de la tropa filipina. Al momento se presentó el comandante, aparentemente preocupado. Juntos entraron en la habitación de Vigil, al que encontraron en el suelo atado y descubrieron a un asaltante escondido al que Martín Cerezo agarró y entregó al oficial filipino. Martín Cerezo fingió creer que habían podido ser ladrones buscando el dinero que llevaba y le entregó al comandante filipino los 590 pesos que le quedaban para que los «guardara».​
El día 12 por la mañana se pusieron en marcha. Los filipinos proporcionaron un carabao para que trasportase el equipaje de la tropa, en tanto que Martín Cerezo y Vigil esperaron a que aparecieran los caballos que les habían prometido para su transporte.​ Una vez solucionado el problema de los caballos, los oficiales españoles se pusieron en camino tras la columna, acompañados de varios oficiales filipinos. Ya casi llegando aBongabónse encontraron con el guía del carabao atado en el bosque, tras haber sido asaltado por unos bandidos que le habían robado el dinero y el carabao.​ Llegados a Bongabón se alojaron en la misma casa que el teniente coronel del Estado Mayor filipino,Celso Mayor Núñez. Cerezo denunció ante él el robo del carabao, sin resultados.
Los españoles del destacamento de Baler se establecieron en Bongabón hasta el día 14, momento en el que partieron haciaCabanatuán. Allí Martín Cerezo, Vigil de Quiñones y uno de los soldados, que había resultado herido, acudieron al hospital que los filipinos tenían establecido para ser atendidos de sus heridas. Entre la población quedaban algunas autoridades del gobierno filipino y entre ellas,Hilaria del Rosario Aguinaldo, esposa de Aguinaldo, que dirigía laCruz Roja Filipina.​ Esta, al enterarse de la presencia de los españoles, fue a visitarlos junto al coronelSityar, un mestizo hispanofilipino que había servido como capitán en el Ejército español y que posteriormente se pasó al bando insurgente: en ese momento, era el segundo al mando del Estado Mayor General filipino. Tras intercambiar algunas palabras, la mujer de Aguinaldo dio a Martín Cerezo y al resto de los soldados españoles atendidos en el hospital algo de dinero.​ El resto de los soldados fueron alojados cerca del hospital.
A finales de junio Martín Cerezo aún tenía dificultades para caminar. El día 29 se recibió un telegrama de Aguinaldo para que fueran aTarlaccuanto antes, aprovechando el paso por allí de la comisión española que negociaba con Aguinaldo la liberación de los presos españoles en manos de los revolucionarios filipinos y seguir marcha con ella a Manila. Martín Cerezo respondió que él no podía pero dio órdenes a Vigil de Quiñones para que partiera con la tropa, cosa que hizo inmediatamente. Los desertores acompañaron a esta columna, y Martín Cerezo no volvió a verlos (Alcaide sería repatriado en 1900; llegó a Barcelona detenido y se declaró enhuelga de hambre: falleció a causa de su negativa a comer).​ Poco tiempo después, el teniente recibió un nuevo telegrama en el que se le decía que era imprescindible que acompañara a la tropa a Manila, por lo que debía acudir inmediatamente a Tarlac utilizando todos los medios que necesitara. Martín Cerezo optó por viajar en una especie de carreta sin ruedas tirada por un carabao, que los filipinos llamabancanga. EnAliagaalcanzó a la columna,​ y, tras hacer noche en días sucesivos enZaragozayLa Paz, llegaron a Tarlac el 3 de julio. En el cuartel de Aguinaldo, este les entregó dospesosa los oficiales y uno a cada soldado y dio instrucciones de que los alojaran en una de las mejores casas, los atendieran y les dieran de comer. Más tarde les hizo llegar un número de un periódico local en el que se había publicado un decreto que el propio Aguinaldo había emitido el 30 de junio:​
En Tarlac, Aguinaldo puso al destacamento de Baler a disposición de la comisión española. Dicha comisión, enviada por el generalJaramillo, que había sucedido poco antes al general De los Ríos, había partido de Manila hacia Tarlac el 15 de junio sin haber conseguido resultados positivos, dado que los filipinos solicitaban una cifra desorbitada en canje por los prisioneros.​ La comisión, junto con los soldados de Baler y otros prisioneros liberados, partió entrenhacia Manila el 5 de julio.​ Al estar la línea férrea cortada antes deSan Fernando, en manos estadounidenses, la expedición tuvo que hacer un alto enÁngeles. Al día siguiente salieron hacia San Fernando en carruajes, deteniéndose antes de llegar enBacolor, pues había que negociar con los estadounidenses el paso por la ciudad, ocupada por estos. Desde allí salieron otra vez en tren con dirección a Manila, donde llegaron de noche, siendo conducidos alPalacio de Santa Potenciana.​
Los supervivientes de Baler recibieron múltiples homenajes en Manila, de los que destacó el ofrecido para ellos en elCasino Español, el único al que asistió Martín Cerezo. A esta fiesta asistió la oficialidad española que permanecía en Manila, uno de cuyos miembros era el teniente coronel Aguilar, que felicitó a Martín Cerezo por su proceder,​ en tanto que el teniente lamentaba no haber reconocido a Aguilar cuando este acudió a Baler.​ Durante el resto de estancia en Manila, se obsequió a los miembros del destacamento de Baler con placas conmemorativas, se abrió una suscripción y se organizó unavelada teatralen su beneficio que reportaría a cada uno de los soldados unaletrapor 140pesosque podrían cobrar una vez llegaran a España. Aparecen también en las portadas de los periódicos españoles de Manila.​ Sin embargo, la proeza de los supervivientes de Baler, muy presente desde mayo en la prensa española, oscureció la tragedia de los 9 000 españoles que aún estaban prisioneros en manos filipinas.​
Por su parte, Vigil de Quiñones, que se alojaba en distinto sitio que Cerezo, accedió solo una vez a ser fotografiado con el grupo. El día 15 de julio certificó lo siguiente:​
Por otra lado, y debido a las reiteradas negativas de Martín Cerezo a rendirse, tanto los enviados a Baler, entre ellos Aguilar, como el general De los Ríos, albergaron serias dudas acerca de sus motivaciones, de las que se hizo eco la prensa española de la época. El 2 de junio de 1899, tras el retorno de Aguilar de su infructuosa misión, el general De los Ríos había enviado un telegrama al ministro de la Guerra expresando su disgusto y la duda sobre los verdaderos motivos de Martín Cerezo para no rendirse.​ El ministro habría replicado que los defensores de Baler estaban «locos de remate».​​ Ya en España, a donde llegó el 3 de julio, hizo explícitas sus sospechas, declarando que tenía la evidencia de que la propia guarnición de Baler había asesinado a Las Morenas y por ello, Alonso se negaba a salir. El móvil, según se dejaba entrever era el robo de 3000durosque había en la caja de la guarnición.​ Habían circulado rumores similares por Manila tras el retorno de Aguilar,​ incluso versiones más fantasiosas, ante la falta de información sobre lo que pasaba en el interior de la guarnición sitiada, como la del militar y escritorCarlos Ría-Baja(autor deEl desastre filipino. Memorias de un prisionero), que aventuró que el responsable de la situación era el padre Gómez Carreño, que sería odiado por los balerenses y que, para evitar ser asesinado, habría convencido a Martín Cerezo para no rendirse, ante lo cual habrían encarcelado o asesinado al capitán Las Morenas.​​
Por todo ello, elministro de la Guerra, ordenó al general Jaramillo que abriera la instrucción de un expediente judicial. El instructor, el coronel de Artillería Francisco Rosales, tomó declaración a los supervivientes del destacamento concluyendo que «no hubo acto delictivo alguno y sí un extraordinario heroísmo».​ Jaramillo envió un telegrama al ministro expresando su satisfacción por el resultado:​
El 29 de julio la tropa de Baler embarcó en elvaporAlicantellegando aBarcelonael 1 de septiembre. Desde ahí, se trasladaron aMadrid, donde fueron recibidos por un representante de la reina María Cristina, por el ministro de la Guerra y los oficiales de la guarnición madrileña.​
Tras la partida del destacamento, los franciscanos quedaron en Baler. El siguiente domingo se reunieron en la iglesia con todos los vecinos del pueblo, salvo los revolucionarios, que no asistieron, a rezar elrosarioy algunosresponsospor los fallecidos en el asedio. Pasados unos días Luna Novicio se casó por lo civil alegando que no se casaría por la iglesia hasta que hubiera en ella un clérigo filipino al tiempo que restringía la celebración de ceremonias católicas.​
Al tiempo, como consecuencia del avance de las tropas estadounidenses, que entraron sin oposición en Baler el 20 de febrero de 1900, los filipinos fueron trasladando a los sacerdotes hacia el sur hasta que fueron liberados por fuerzas estadounidenses.​ Finalmente, el 28 de agosto López y Minaya llegaron a Manila, en manos estadounidenses, donde no tuvieron el mismo recibimiento que el destacamento de Baler casi un año atrás, solo el de sus compañeros franciscanos.​ La guerra entre los ocupantes estadounidenses y los revolucionarios filipinos dirigidos por Aguinaldo continuaba.
En 1903 el padre López exhumó los cadáveres de los soldados y el párroco muertos en Baler, los cuales fueron trasladados por barco aBarcelona.​ López murió en 1922 enPastrana, su localidad natal, mientras que Minaya, que volvió como misionero a Baler en 1901 y permaneció en Filipinas, falleció el 3 de diciembre de 1936 enLos Baños,provincia de La Laguna.​
Cuatro años y medio después del fin del sitio, el 9 de diciembre de 1903,​ el padre López exhumó los cadáveres de los soldados y el párroco muertos en Baler, los cuales fueron trasladados a Manila y de ahí, a bordo del vaporIsla de Panayy junto con los restos de los muertos hallados en el cruceroReina Cristina, hundido en labatalla de Cavite, aBarcelona. Los restos de los marinos fueron trasladados aCartagena, en tanto que los de los exhumados de Baler se depositaron en el mausoleo a los héroes de las guerras de Cuba y Filipinas en elcementerio de la Almudena de Madrid. Ahí fueron enterrados los restos del teniente Alonso Zayas, del capitán De las Morenas, del padre Gómez Carreño y de los otros 14 soldados muertos en Baler (no así los dos fusilados por orden de Martín Cerezo). Posteriormente, por deseo de las autoridades militares, se inhumaron allí también los restos del general Martín Cerezo y del médico Vigil de Quiñones.​ El resto de soldados, así como los dos misioneros descansan en sus respectivas tumbas.
El teniente Martín Cerezo y el capitán Las Morenas, este a título póstumo, recibieron en 1901​ laCruz Laureada de San Fernando.​ En 1904, la viuda de Las Morenas recibió una pensión de 5000pesetasanuales, transmisible a sus hijos.​ En 1899, Martín Cerezo fue ascendido a capitán.​
El médico Vigil de Quiñones recibió laCruz de primera clase de María Cristinaen tanto que el resto de supervivientes recibieron cada uno laCruz de plata del Mérito Militar con distintivo rojo​ y, en 1908, una pensión mensual vitalicia de 60 pesetas.​ La misma pensión recibieron las viudas (o las familias en caso de los solteros) de los soldados muertos en el asedio por las heridas recibidas o por enfermedad.​ Tras el estreno deLos últimos de Filipinasen 1945, el gobierno franquista promulgó una ley ascendiendo a tenientes honorarios a los militares supervivientes de Baler que hubiesen militado en el bando franquista durante laGuerra Civil. De los ocho que aún vivían, solo tres cumplían los requisitos, puesto que el resto tenían hijos o nietos que habían combatido en el bando republicano.​
En 1980, se inauguró el nuevoHospital Militar de Sevilla. Recibió el nombre de "Hospital Militar Vigil de Quiñones" en honor del médico de la guarnición de Baler.​ Permaneció en uso hasta 2004, cuando se anunció su transferencia alServicio Andaluz de Saludy su remodelación.​
El 13 de enero de 2020 el alcalde de Madrid,José Luis Martínez-Almeida, y elJefe de Estado Mayor del Ejército de Tierra(JEME), general de ejércitoFrancisco Javier Varela Salas, inauguraron enMadridun monumento a los Héroes de Baler. La obra, realizada por el escultor Salvador Amaya a partir de un boceto del pintorAugusto Ferrer-Dalmau, fue financiada por suscripción popular.​
En 1939, la iglesia de Baler fue reconstruida por iniciativa deAurora Quezón,​ la esposa del primer presidente de laMancomunidad de Filipinasy balerense como ella,Manuel Quezón. En la fachada de la iglesia elComité Histórico de Filipinascolocó una placa que recuerda la historia del sitio, cuando los patriotas filipinos todavía continuaban con la guerra, pero ahora no contra loskastilas, como llamaban a los españoles, sino contra losEstados Unidos:​
En 2000, elInstituto Nacional de Historia de Filipinasdeclaró la iglesia de Baler como un «hito histórico» (historical landmark).​
La fuente más conocida sobre el sitio fue la elaborada por el teniente Martín Cerezo.​ «El sitio de Baler» fue publicada en 1904 en Guadalajara, dando cuenta del episodio. Esta primera edición incluía fotografías, como la de grupo superviviente en elpalacio de Santa Potenciana, en Manila, antes de volver a España, la de un grupo de revolucionarios equipados con un cañón, o la del médico Vigil de Quiñones. Incluía también sendos mapas de Baler y de la iglesia, así como una relación de los componentes del destacamento.​ La obra conoció varias reediciones. Una segunda en 1911, una tercera en 1934 (revisada por el autor)​ y una cuarta en 1946,​ en pleno franquismo, tras el estreno de la películaLos últimos de Filipinas, cuyo éxito confirió una enorme popularidad al libro, en el que aquella estaba basado.​ La cuarta edición contenía algunas fotografías de las realizadas porManuel Arias Rodríguezcuando acompañó al teniente coronel Aguilar a Baler en su vano intento por convencer a los sitiados de que se rindieran.​ En 1915, unareal ordendispuso la difusión de la obra de Martín Cerezo entre los militares españoles.​ En 1992 el historiador militarJuan Batista Gonzálezpublicó unaedición críticade la obra de Martín Cerezo con el títuloLa pérdida de Filipinas.​ En palabras de Batista González, la obra de Martín Cerezo es la «últimacrónica de Indias».
La citada cuarta edición contó con un prólogo escrito porAzorínque incluía diverso material ya publicado por el novelista: un artículo publicado enLa PrensadeBuenos Airesel 11 de agosto de 1935, con el título de «Heroísmo español»,​ así como varios artículos publicados por Azorín en febrero de 1946. La presencia del sitio de Baler fue frecuente en la producción azoriniana de los años 1940 (como en el capítulo «Allá en en Ultramar» deValencia(1941) o en los citados artículos y otros publicados en 1942, lo que posiblemente está relacionado con las difíciles circunstancias que rodearon su vuelta a España tras su exilio durante laGuerra Civil.​ «Heroísmo español» terminaba con las siguientes palabras:​
La obra de Martín Cerezo fue traducida alinglésen 1909 por un comandante del ejército estadounidense, F. L. Dodds, que había leído en español el libro en Manila, donde había sido publicado por entregas por el periódicoEl Mercantilen 1905.​ Esta traducción tiene por título «Under the Red and Gold; Being Notes and Recollections of the Siege of Baler»​ y en 1910 fue recomendada a los alumnos de las academias militares estadounidenses como modelo deheroísmopatriótico.​
Tomando como base la narración de Martín Cerezo,Ricardo Fernández de la RegueraySusana Marchescribieron una versión novelada de los hechos, publicada en 1963 bajo el títuloHéroes de Filipinas (Los héroes del desastre), dentro de losEpisodios Nacionales Contemporáneos, una serie denovelas históricassobre la historia contemporánea española. La novela fue reeditada varias veces durante las siguientes décadas.​
La serie españolaEl Ministerio del Tiempotrata la historia del sitio en los episodios 7 y 8 de su segunda temporada ("Tiempo de valientes"). En dichos capítulos, Julián Martínez (Rodolfo Sancho) forma parte del grupo de soldados que queda atrincherado en la iglesia de Baler, y Alonso de Entrerríos (Nacho Fresneda) es enviado al lugar y momento para sacarlo de allí lo antes posible para evitar su probable muerte.​​​​
En 1945 se llevó alcineuna historia del sitio bajo el títuloLos últimos de Filipinas. La historia partió de un guionradiofónicodeEnrique Llovety de otro deEnrique Alfonso BarconesyRafael Sánchez Campoyy contó con las actuaciones deArmando Calvo,José Nieto,Fernando Rey,Guillermo Marín,Manuel Morán,Conrado San Martín,Tony Leblanc,Nani FernándezyCarlos Muñoz.
En 2008 se volvió a llevar de nuevo a la pantalla en la películaBaler, del director filipinoMark Meilyy con la actuación dePhillip Salvador,Jericho Rosales,Anne Curtis,Andrew Schimmer,Joel Torre,Carlo Aquino,DJ Durano,Rio Locsin,Nikki Bacolod,Mark Bautista,Ryan Eigenmann,Baron Geisler,Michael De Mesa,Leo MartínezyAlvin Anson.
En diciembre de 2016 se estrenó la película1898: Los últimos de Filipinas, dirigida porSalvador Calvoy con la actuación deLuis Tosar,Javier Gutiérrez Álvarez,Álvaro Cervantes,Karra Elejalde,Carlos HipólitoyEduard Fernándezentre otros.​
El 5 de febrero de 2003 elCongreso de Filipinasacordó, a propuesta del senador y balerenseEdgardo Angara(incansable promotor de la lengua y la cultura españolas en Filipinas),​ el establecimiento de unDía de la Amistad Hispano-Filipinapara conmemorar los vínculos históricos y culturales entre Filipinas y España. También acordaron elegir el 30 de junio como fecha de esta conmemoración, en memoria del sitio de Baler, puesto que este fue el día del decreto del presidente Aguinaldo por el que se consideraba a los «héroes de Baler» amigos de Filipinas y no prisioneros de guerra.
Quedó establecido en virtud de la Ley de la República n.º 9187 de 22 de julio de 2002,​ cuya introducción establece lo siguiente:
La organización de los actos asociados al Día de la Amistad Hispano-Filipina fue asignada a laComisión Histórica Nacional.​
El primer Día de la Amistad Hispano-Filipina se celebró el 30 de junio de 2003. Desde entonces, los lazos políticos y culturales entre ambos países se han fortalecido, con iniciativas como la creación en 2005 de la Tribuna España-Filipinas, por parte deCasa Asia, la reintroducción del español en el sistema de educación secundaria filipino, la concesión delPremio Casa Asiaa Edgardo Angara y delPremio Internacional Don Quijotea la presidenta filipinaGloria Macapagal-Arroyo.​
En reciprocidad, el 20 de junio de 2011, elCongreso de los Diputadosespañol aprobó una declaración institucional en conmemoración del Día de la Amistad Hispano-Filipina:​
El 30 de junio de 2017 (con motivo de la celebración del Día de la Amistad Hispano-Filipina) el ejército filipino realizó un homenaje en Baler dirigido alos últimos de Filipinas.​
En total fueron sitiadas 60 personas, incluyendo los dos misioneros enviados por los filipinos. De ellas 15 murieron deberiberiodisentería, dos por heridas de combate, 6 desertaron y 2 fueron fusilados por orden deMartín Cerezotras ser declarados culpables de intento de deserción.​