ナインティナインのオールナイトニッポン

『ナインティナインのオールナイトニッポン』は、ニッポン放送をキーステーションに全国36局ネットで放送されているラジオ番組。お笑いコンビのナインティナイン（岡村隆史・矢部浩之）がパーソナリティを務める。
第1期は1994年4月4日から2014年9月25日まで、放送回数は全1013回。第2期は2020年5月14日から放送開始。2024年4月に『ナインティナイン岡村隆史のオールナイトニッポン』も含めて放送開始30年を迎えた。
1967年（昭和42年）から放送され、深夜のラジオ番組として半世紀以上の歴史を誇る『オールナイトニッポン』において、通算1000回を超える歴代最多放送回数の記録を打ち立てた番組シリーズである。1994年4月4日の月曜2部（月曜27:00 - 29:00）の第1回から数えて、2014年9月の第1期終了時まで20年半にわたり放送され続けた。同一時間帯での連続放送記録という観点でも1999年10月 - 2014年9月までの、『福山雅治のオールナイトニッポンサタデースペシャル・魂のラジオ』と並ぶ15年間という記録を保持し、岡村個人では2024年4月時点で『オールナイトニッポン』のパーソナリティを担当して30年を迎えた。
リスナーから送られてくるネタコーナーとフリートークを中心に構成されるスタイル。ネタに関しては岡村自身が毎週全ての投稿に目を通している。また、メールでネタ投稿を募集するスタイルのラジオ番組が多い中、長らくハガキのみで受付をしていた稀有な番組だったが、第2期（後述）の開始に伴って全てのコーナーでメール投稿の受け付けを開始した。
2014年8月21日、番組終了数分前のエンディングにおいて突如、矢部の口から「1994年の4月以来、20年以上にわたってお送りしてきました『ナインティナインのオールナイトニッポン』なんですけども、来月・9月いっぱいで終了させていただくことになりました」との発表が行われた。「ボケでもフザケてる訳でもない。びっくりした方も多いと思いますが、今日は時間もないので、（番組終了の経緯が）どういうことかは、来週詳しくお話します」と予告したうえで、当日の放送は締められた。
この段階では岡村一人での継続（後述）は発表されていなかったため、二人ともが降板するかのように受け止められた。終了の経緯を説明するとした翌週8月28日はいわゆるスペシャルウィーク期間に該当したこともあり、一番組の終了だけに留まらない様々な憶測を呼ぶこととなった。また、翌週までの1週間に爆笑問題・おぎやはぎ・バナナマンらがそれぞれのラジオ番組でこの件を大なり小なり話題として取りあげた。
そして2014年8月28日、本来はフリートーク部分となる番組前半から、終了に至る経緯の説明が始まった。マイクを渡された矢部は「実は、番組を辞めさせてほしいと申し出たのは、僕の方からなんです」と自ら切り出した。「原因はひとつではない」「番組を辞めて、良いことはないのはわかっている」などと前置きしたうえで、矢部は以下のような旨を語った。
こうした状況で矢部は、騙し騙し番組を続けるのは忍びないと考え始め、「番組を卒業したい」との申し出を行うに至ったという。ただし、こうした“達成感”や“ゴール”という感覚は、あくまでもオールナイトニッポンのみに対してのものであり、本業のお笑い及びタレント活動については情熱を失ってはいないとした。また、ここ数年のうちに次々と迎えた自身のプライベートでの節目も「全く関係ない」とし、さらに番組終了発表を機に後日取り沙汰されたコンビ解散説に関しても「それこそ郷ひろみさんの歌じゃないけど『ナインティナインは終わらない』です」と、いち早くこの時にやんわりと否定している。
この説明がなされた後、緊急ゲストとして出川哲朗が登場し、番組終了を惜しんだり考え直すように説得しようとするなどしたが、番組終了は覆らないことが確認された。しかし番組終盤で、10月からは岡村一人でのオールナイトニッポンが始まり、矢部が抜ける以外はほぼ全ての体制が継続されることが発表されると、出川は「とんだ茶番だ」と突っこんだ。
矢部の降板希望の申し出を受けた岡村は「長年コンビでやっていて、矢部の方から仕事の相談をされたのは初めて」だったといい、辞めたいというのを軽い気持ちで言ってはいないと悟ったことから、スタッフも交えての協議を重ねた末、矢部の意向を汲んで番組を一区切りすることになった、という。
しかし岡村個人は「やはりラジオという場でしゃべり続けたい」という思いが強く、パーソナリティとしての続投を熱望。その旨の打診をニッポン放送は快諾。よしもとからは「一区切りの後は冷却期間をおいたらどうか」との提案があったり、ニッポン放送も「オールナイトニッポンではなく、別の時間枠に番組を用意することもできる」と提案されたりしたが、岡村は「やるなら間を空けずに始めたい。オールナイトニッポンを継続したい」とした。こうして、9月25日の最終回をもって矢部が番組を卒業、翌週の10月2日からは、岡村が単独残留する形で『ナインティナイン岡村隆史のオールナイトニッポン（以下「岡村ANN」）』が開始されることになった。
その後9月に入り、まず9月4日は通常進行ながらも半数のコーナーを終了させ、そして最終回へ向けてのカウントダウン的な企画として、9月11日には「さよならジャネット祭り」、9月18日には「復活!コーナー祭り!」を、それぞれ行った。
2014年9月25日、深夜近くながらもニッポン放送の前に集まった、500人以上の「入り待ち」のリスナーが出迎えたなかで、ナインティナインの2人は最終回に臨んだ。「オッケーイ！」の怒鳴り（後述）と共に定刻どおりに始まった生放送で、さっそく2人は、それだけのリスナーが集まってくれたことに感謝を述べ、その後は多少の脱線はありながらも、番組にまつわる思い出話を中心にフリートークを行った。
番組中盤からは、特別企画「ありがとうやべっち!ナイナイオールナイト20年!矢部浩之流行語大賞」、今回で一区切りとなる「第75回ハガキ職人大賞」、やはりこの日で最終回となった「矢部浩之のどりちんクラブ」へと進み、ラスト10数分前からは、矢部がサプライズとして「お手紙書いてきたんですよ」と、最終回に寄せての手紙という体で、リスナー・歴代のスタッフやマネージャー・岡村への謝辞を述べていった。
加えて矢部はエンディングでも「番組が終わるだけで、（ナインティナインは）何も変わらないので」と語り、これと前後して岡村からも「（新番組は最低でも）僕が休んだ半年はやらせていただきます」「（矢部が）しゃべりたいことがあれば（新番組に）遊びに来てください」と述べ、互いにエールを送りあう形で、「ほんとに皆さん、長い間ありがとうございました」の挨拶の後、番組は普段と同じく「わーわー言うとります」「お時間です」「さようなら」というフレーズで締められた。エンディングのBGMは、番組全体のテーマ曲である「BITTERSWEET SAMBA」であった。
引き続き放送された『ウーマンラッシュアワーのオールナイトニッポン0(ZERO)』内では、集まった大勢のリスナーから歓声や感謝の言葉を受け、それに応えながらニッポン放送を去る2人の様子が中継された。
2014年10月以降は前述の通り岡村が単独でパーソナリティーを担当していた。しかし、2020年4月24日（23日深夜）放送回で岡村が発した不適切発言に伴い、翌週5月1日（4月30日深夜）の放送で番組冒頭から発言を謝罪。番組開始から約30分後に矢部が緊急生出演し、"公開説教"として番組の最後まで出演した。矢部は第2期初回の5月14日放送分で、緊急生出演を決意した背景に妻の青木裕子から「行ってあげたら?」という言葉をかけられたことを明かしている。
矢部は翌週の8日（7日深夜）放送分・翌々週の15日（14日深夜）にも出演。15日の放送内でおよそ5年半ぶりに矢部がパーソナリティへ復帰することが明かされたと同時に、番組タイトルも『ナインティナインのオールナイトニッポン』に復題して放送することを発表。矢部が番組に復帰するきっかけとなったのは、「公開説教」後、「番組終了かコンビでの再開か」の二択を迫られた岡村から「もう一度、一緒にやってくれ」とお願いされたことだったという。結局、岡村ANNは8日放送分、岡村単独の放送は4月24日放送分が最終回という扱いになった。同時にTwitterで使用するハッシュタグが変更され、第1期や岡村ANNで使用された「#99ANN」から「#ナインティナインANN」となった。これは「数字で始まるハッシュタグがTwitterの仕様変更でトレンドに入らなくなった」という事情によるもの。
2020年5月29日（28日深夜）以降は原則として事前収録放送となり、スペシャルウィーク（レーティング週）などが生放送の形態を取っていた。これについてニッポン放送の檜原麻希社長は「大河ドラマ『麒麟がくる』の収録などの岡村のスケジュールの都合に加え、矢部も加わったことで収録になっているものの、時間があれば早期に生放送に戻す」旨を明かしており、2021年4月2日（1日深夜）放送分からは再び生放送に戻されている。
第2期の放送回数の「通算」は、特番などを含まずに岡村ANNの281回を含めた放送回数となる。第2期の放送では生放送時に使う「Qシート」と呼ばれる台本に、第2期単体の回数・『ナインティナインのオールナイトニッポン』単体の通算回数・岡村ANNを含めた上記の「通算」がそれぞれ記載されている。
時報直後に岡村・矢部が声を揃えて一言を叫ぶ、通称「怒鳴り」を発してからタイトルコールを読み上げ、「BITTERSWEET SAMBA」が流れる。怒鳴りは時事問題やナインティナイン周辺の近況などに関連したオープニングトークへのネタ振りが主だが、同日の企画やゲストにまつわるワードも発される。例外としては、岡村の体調不良によって自身の主演公演が延期となったことに対する謝罪から始まり、謝罪が終わってから2人で「せーの!」と言ってタイトルコールをした2010年6月10日の放送や、オープニングトークから開始して番組中盤で怒鳴り→タイトルコールを行った2020年5月14日の放送（前述）、番組が岡村の歌唱から始まり、中盤でタイトルコールを行った2023年10月12日の放送（前述）などがある。2023年5月25日の放送は初めて怒鳴りそのものが無くタイトルコールから始まり、それ以降も冒頭でニュース速報がある場合は怒鳴りなしで始まることがある。岡村はオープニングトークと怒鳴りを本番直前まで考えているため、矢部に伝達されるのは番組開始の数秒前となる。矢部は時に「岡村は普段声が小さいため、稀に何と発したかすら不明なまま番組に入る」「（岡村の発する）怒鳴りを読唇術のように読み取った」という。
テーマ曲のイントロの後、各々の挨拶が行われる。イベントなどが無い場合は時報からここまで（怒鳴りを除いて）毎回ほぼ同じトーン・同じリズムだが、芸能人の結婚報道がその週にあると「おめでとう」と叫ぶ確率が高い。また、2008年7月3日の放送では岡村の誕生日当日だったため、合間に竹内まりやの「今夜はHearty Party」が流れ、テーマ曲がフルで流れなかった（後述を参照）。
「怒鳴り」→タイトルコール→オープニングトーク→協賛スポンサー読みと、他曜日の同番組に比べやや変則的だった。なおかつ、オープニングトークが10分前後なされるため、タイトルコール後に流れる「BITTERSWEET SAMBA」がフル尺で流れる（途中の部分を5回繰り返しの4分15秒バージョン）。
前回の放送から1週間の間で、岡村が関心を持ったことや印象深かった出来事、身の回りで起こった出来事などを軸に展開させていく。トーク内容が脇道に逸れるなどで大幅に時間が伸び、協賛スポンサーを読まなければならない時間を大幅に遅らせることもあるため、担当ディレクターや矢部が岡村の話の腰を折り強引に進行される場合もある。ただし、思わぬ盛り上がりを見せたトークはリアクションメールや後半のネタコーナーへ影響を与え、トークで盛り上がった人物が後日コーナーの投稿やトークのネタ振りとして登場することもある。また、前回の放送から1週間の間に起きたニュースなど、放送直前に起きた出来事を語る場合もある。
岡村と矢部が出演した番組・映画・舞台・イベントなどの裏話や見所が語られることも多く、番組初期の頃には「仕事の現場で起きた失敗や体験談を他では喋らず、フリートーク用に温存している」旨も語られた。裏側についてのトークはリスナーも楽しみにしており、その人気のバロメーターはリアクションメールやハガキの数で判断されている。
また、プライベートはあまり関わりを持たない2人の意志の疎通の場所としても使われており、2人にとってオールナイトニッポンはテレビでのナインティナインとは違い、素顔の自分たちを出すことが出来る唯一の場でありライフワークとしてラジオを大切にしていると語ることもある。このためラジオのギャランティは低く設定されていることや、遠回しの言い方で芸能界の裏事情などテレビ番組では触れないぶっちゃけトークなども飛び出すこともある。
第1期では岡村が一方的に話し、矢部は聞き役に回ることが多かったが、第2期では矢部が身の回りのことを話し、それを岡村が聞くというパターンも増えている。
岡村はフリートーク内での話題で出たキーワードやフレーズなどで自分が気になってしまった言葉を、突然語感のリズムだけで喋ってしまうことがよく見受けられる。本人は「言葉のスタンプ」「言葉のだるまおとし」と表現しており、各フレーズは年末恒例のコーナーである流行語大賞で取り上げられることが多い。
その他、ゲストが若手俳優や俳優業に進出したばかりの芸人などの時に、話題が芝居や演技のことに及ぶと「僕はブルーリボン新人賞を獲ってね…」などと過去の栄光を自慢し先輩風を吹かせようとするボケがお約束になっている。ほとんど興味のないスポーツ関係の話題に触れるときに優勝チームや選手を「我らが○○が〜」と話し始めるがすぐにネタが尽きて終わることも非常に多い。センター入試の直前など受験シーズンには受験生へのアドバイスとして、金八先生のセリフを引用して「鉛筆を2本持っていけ」や自身の大阪藝術大学受験時のエピソードなど毎年ほぼ同じことを口にする。
岡村は午前2時（JST）の時報（ネット局によっては鳴らない）とともに「2時!」と怒鳴る。ニッポン放送の入居する糖業会館が建て替えられることに伴い（2004年に竣工）、1997年3月20日に台場のフジテレビ本社ビル内へと放送局機能が移転した際、インカムから時報が聞こえ始めるようになったのをきっかけに始められたもので、初期は「2時をお知らせします」という言い方だった。約半年間ほど続いたが、リスナーから「（後述の）爆笑問題が先に使用していた」と指摘を受けたことで終了する。
次にこの時報のお知らせが始まったのは2002年5月30日放送から。番組コーナーの「悪い人の夢」が2時開始になることが多く、タイトルコールと合わせて発し始めた。ただ、進行状況により開始時間が前後するため、2時の時報が気になり進行できない岡村は、2時になるとコーナーの開始に関係なくネタとして「悪い人の夢!」と叫ぶようになっていった。その後、「悪い人の夢」のコーナーが早い時間に移動になり、2006年6月13日の放送から単に「2時!」と叫ぶようになった。その後、再び2時開始になることが増え、その際は「2時!悪い人の夢」とエコー付の怒鳴りが入るようになる。ただし、ゲストが来ている場合やトークの途中の場合は「2時!」や「2時!（コメントあり）」と言う。CM中に時報になった場合は「2時○○秒」や「2時ちょっと過ぎ」と言っていたが、最近はフィラー中でも強制的にBGMを止め岡村が「2時」と言っている。現在は時報タイミングがフリートーク中のことが多いため、テンションの低い「2時」で時報を知らせることが多くなった。
長引いた場合など、やらない（または忘れる）週がたまにある（2008年7月17日放送分では、スラムダンクについて熱く語ってしまい忘れてしまった）。2008年10月23日（当日は矢部の誕生日）放送分で、ゲストで来た上戸彩との話で盛り上がり、岡村が叫ぶのを忘れていたので、代わりに矢部が叫ぶということもあった（例:（キー局ニッポン放送での時報）喋り・ピポ、ピポ、ピポ、ポーン「2時」）。
なお、この時報のどなりには岡村いわく裏テーマがあり、長い2時間の深夜放送で眠くなってしまうリスナーの眠気を覚ますための行動であるらしい。しかしこれは後付けの理由で、岡村自身がただ気持ちがいいからというだけのことである。進行が早く、タイミングが合わない場合は内容のないトークで強引に時間調整をしている。この意味のないこだわりに、当初矢部も少々困惑して遠まわしに注意をしていた。しかし岡村は「繰り返すことに意味がある笑い」であることにこだわり続けた。現在では矢部は文句すら言わなくなったが困惑していることは変わらない。
また、矢部のみになってからはコールを行っていなかったが、2010年9月9日の「ナインティナインの日」の放送で「2時」とコールを行った。矢部が一人で放送している期間に2時のコールは現在この回のみであるが、2013年10月24日の放送でも岡村が「有楽町一丁目ミニマラソン」の参加のため、CM明けにはスタジオから居なかったので代理でコールを行った。
2時の時報と共に叫ぶのは岡村が始めたネタであったが、爆笑問題の太田光が『火曜JUNK 爆笑問題カーボーイ』で「2時!」と叫んでいたため、議論になった。この問題については太田が一方的に謝罪して決着した。実際には岡村のほうが少し早い時期から言っていたため現在も使用している。ただし、このような時報の叫びはナインティナイン以前にも、「スーパーギャング コサキン無理矢理100%」でもかつて行われていた。
最近では福山雅治が『福山雅治のオールナイトニッポンサタデースペシャル・魂のラジオ』で「12時!」と言っており、また、岡村が2005年12月18日に『笑福亭鶴瓶 日曜日のそれ』にゲスト出演した際、鶴瓶とのトークの最中に時報が入り「5時!」と叫んでいる。この日の放送は通常より30分長い拡大版で放送されオールナイトを聞いているヘビーリスナーにしかわからないネタを披露した。
点取り占いと同じだが、エンディング前にナインティナインの2人が前回の放送から1週間の間におきたニュースや出来事をとりあげ、岡村が話題を提供し矢部が聞き手となるという形をとっている。話題に対しての2人が率直な感想を語り、特に話を引っ張るわけでもなくスカして終わる（岡村不在時は矢部が独自で話題を提供している）。当初第2期では行っていなかったが、2021年6月3日放送分から再開された。
3時の放送終了前、最後のジングル明けで協賛スポンサーと協力スポンサーの読み上げがなされ（第1期では矢部が前後共に、第2期では岡村が前半・矢部が後半を担当）、コーナー「僕の点取り占い」の採用者が矢部から発表される。その後、エンディング曲が流れるのと同時にエンディングトークに入る。毎年1月の受験シーズンが近い週の放送では、ここで岡村から受験生に試験でのアドバイスを話すのが恒例となっている（単独でANNを担当していた期間もこのアドバイスは行っていた）。
2時58分00秒前後に矢部が「わーわー言うとります」、岡村が「お時間です」、最後に2人で「さようなら」と漫才の締めに言う台詞を言ってフェードアウトとなる。これは、「番組が静かに終わってしまうのが寂しい」というリスナーのハガキをきっかけとして定番化した締め台詞である。この締め台詞が初めて登場したのは2部時代の1994年5月23日であるが、当初は岡村が1人で全ての台詞を言っていた。現在の掛け合いパターンになったのはそれから2週間後の6月6日である。なお、どちらか1人で放送を行う場合は当日の担当者が言うことになっており、岡村不在時には矢部が、岡村ANNとしての放送期間中は岡村が全て発していた。
その後はBGMの曲が流れ続け、ニッポン放送など「オールナイトニッポン0(ZERO)」を続けて放送する局では、3時の時報前に「ナインティナインのオールナイトニッポン」とタイトルコールが入る（CMアイキャッチと共通の音声）。かつてはタイトルコールの前に「ニッポン放送」の文言を付けていたが、これはキー局がニッポン放送であることを知らせるものでもあった。一部ネット局（「オールナイトニッポン0(ZERO)」非ネット局など）では、局名告知もしくはCMのため2時59分頃にフェードアウトして終了する。このため、トークが3時間際まで続いた場合、ネット局では強制終了する形となっていた。近年は改善され、2時59分までに必ず「さようなら」の台詞を言って終了している。
1995年頃まではホブルディーズの「月夜の星空」を使用。後に当日のトーク内で出た話題に絡む曲が週替わりで流れる方式に変更され、以降「月夜の夜空」は番組スタッフやナインティナイン周辺で「卒業（人事異動）」があった際のみに使われている。月曜2部時代の初期3か月と2014年の終了発表回、及び第1期の番組最終回は「BITTERSWEET SAMBA」が使われた。
岡村ANNでも日替わりエンディングを継続していたが、第2期から再び固定制に回帰し、ネクライトーキーの「明日にだって」が使われている。ただし前述の通り、番組スタッフの卒業や人事異動がある場合は第2期以降も「月夜の星空」に差し替えられる他、2021年8月19日放送では、ナイナイの盟友にして前々日8月17日をもって解散した雨上がり決死隊らと若手時代に活動していた吉本印天然素材のダンスで使用されていた「No Limit」が使用され、1年ぶりに通常放送にて別の曲を使用した。
第2期になって新しく収録したものも流れるが、第1期時代のジングルも流れることがある。
季節の行事やスペシャルウィーク毎にナインティナインの2人のコントのジングルが製作されている。シュールな内容のコントがほとんどで、これらはほぼノープランで作成されており（番組内での岡村のコメントで明かされた）時に岡村のアドリブによる暴走で矢部が我慢できずに笑い出してしまうこともある。それも普通のジングルとして使用されている。後述のよくネタにされる代表的な言葉での水谷豊の「ジ〜グ〜ザ〜グ〜」はこのコントジングルからヒットしたもので、勢いあまって付け足したことが、トークで話題となり「こんなの僕ら世代にしかわからない」と忘れた頃にネタとして登場する。
番組初期に作成されたジングルには岡村・矢部が高校時代に所属していたサッカー部での伝統の「した」と呼ばれる部活の終了の挨拶をつかった物や、吉本印天然素材のネタで使われていた物などもあり、現在でもたまに使用されている。
ゲストがいる場合、Hi-STANDARDのNEW LIFEのイントロをバックにゲストがコメントを言っているジングルが流れる。また、そのゲストが過去に出演したときのもの、関わりのある人のものが使われることがある。ただし、前回出演時の芸名から改称し権利の影響により使用できないタレント（能年玲奈【現:のん】等）や諸般の事情により再収録をする場合もある。
BGM中あるいは前に「ニッポン放送、ナインティナインのオールナイトニッポン」（.com時代は「ニッポン放送LF+R、ナインティナインの@llnightnippon.com」）と入る。かつては岡村か矢部の声で「“ニッポン"はカタカナで」というSEが入っていたが、2005年のライブドアによる株式大量取得事件で一躍有名となって以降は廃止された。第2期では単に「ナインティナインのオールナイトニッポン」と発する。
ネタコーナーでは、下ネタの含まれたハガキも読まれる。通常のコーナーでは、最後に下ネタハガキが読まれることが多い。さらには「ジャネット」をはじめとした下ネタを前面に押し出したコーナーもあった。岡村は下ネタを読む前に、営業中のタクシードライバーなどに対して、ラジオのボリュームを下げるように注意喚起をすることがあった。性用語が含まれていても採用される一方で、女性器の直接的な呼称などの放送禁止用語が含まれるハガキはボツになる。稀に放送禁止用語を含んだ下ネタが投稿された時には、ナインティナインの2人が話題に取り上げ、下ネタの内容に関してルールがあることを説明していた。
主にビビアン・スー、梨花、ジャネット・ジャクソン、反町隆史、アニータ・アルバラード、加藤鷹、村西とおる、笑福亭鶴瓶、杉本彩、杉田かおる、坂下千里子、知念里奈、豊丸、「笑福亭鶴光のオールナイトニッポン」の人気コーナーであった「鶴光のミッドナイトストーリー」がネタにされた。また、番組内で多くの性体験を暴露していたナインティナインの2人も、そのことを絡めてネタにされていた。
過激な下ネタや、下ネタを通り越してただの罵倒になっている場合は、罰則の対象になり、合わせてナインティナインの2人からハガキ職人に説教が行われる。罰則になることは逆に名誉とされているが、その場合はノベルティが送られない傾向にある。また、下ネタの上限ラインのネタには「毒まんじゅう」と呼ばれるノベルティが不定期で配布されている。罰則対象のハガキ職人に説教するも、そのネタハガキを選んで読み上げたのは岡村の判断であるため、説教途中に矢部がそのことを岡村へ突っ込んだり、岡村も自省することがあった。
ノベルティが送るかどうかの判断は、番組の担当ディレクターに委ねられている。時によっては、岡村がネタを読み終えて即座に「何ももらえません（何もあげません）」と言い放つこともあった。あまりにも酷いネタだった場合は、何ももらえないどころか、1週休みや反省文を書くなど、より重い罰則になる。
第2期以降は、二人とも既婚者であることを踏まえて今までのようなあからさまな下ネタは控えられている。
1994年の年末より開始。原則として3か月に1回（番組初期の頃は次の回まで4ヶ月〜半年空くもあったが、現在はこの期間に定着している）行われ、該当期間中にネタコーナーで読まれた回数を競う。放送では1位から5位、また、入賞しなかった数名（頑張り屋さん）が発表され、上位3名の入賞者には順位に応じて、「ナインティナインのオールナイトニッポン」の判子が押してあるハガキがプレゼント（1位は50枚、2位は30枚、3位は20枚送られる）される。コーナーBGMは東京スカパラダイスオーケストラの「パンドラタイムス」。岡村ANNでも継続して開催されていた。
このランキングにカウントされる枚数はネタハガキだけではなく、普通のお便り、FAX投稿やメールでの意見なども含まれている。これはハイレベルなネタを投稿してくる職人が多く投稿枚数の多い激戦の番組でハガキ職人大賞に参加しやすくするための配慮である。
大賞で獲得した賞品のハガキを使って他の番組に送ったことが発覚するとハガキ職人を破門になる。
第二期からはメールでもネタ投稿を受け付けているため、ハガキ部門・メール部門で各3名入賞者を発表しており、それぞれの1位には職人大賞ノベルティのキャップが贈られる（ハガキ部門には【I am HAGAKI master】、メール部門には【I am MAIL master】と刺繍がしてある）
毎年恒例となっている行事がいくつか存在する。長く聴き続けているヘビーリスナーにとって欠かせない1年の通過儀式となっている。
番組内では概ね、岡村がフリートークの主導とネタハガキ読み、矢部は聞き役及びリアクションメールや協賛クレジット・各種告知文の読み上げといったように、役割分担がある。放送開始から現在に至るまでこれらの分担に関しては様々な試行錯誤され、現在のような形が出来上がった。かつては矢部に対抗して岡村が協賛の読み上げを何度か挑戦するも、緊張して上手く喋れない、または大事な部分で失敗するなどから、矢部が読み上げる形に収まった。対してネタハガキでは、岡村のネタ読みのテクニック・センスを矢部自身が認めたことから一任している（一部コーナーは矢部による読み上げもある）。協賛クレジットに関しては、岡村ANNで全て岡村が読み上げを担当したことから、第2期になってからは岡村が前協賛、矢部が後協賛と読み分けをするようになっている。
ネタを投稿する職人はこれらを考慮してネタに盛り込んでくる場合があり、細かい音楽や物真似の指示を出してくることも多いため、岡村はそれに応えるべく事前に物真似の練習をしたり、ネタのシチュエーションや構成が適切でない場合に訂正・脚色を行うこともある。これらの作業を放送開始前までにこなす岡村の姿勢を、矢部も信頼している。役割分担に関しては岡村の方の仕事量が多いため、一時期ケンカになることもあった。番組初期からこの役割は変化せず、1997年に出版された『オールナイトニッポン大百科』で番組を取材した記事が掲載されており、机の上に岡村を囲むようにつまれたハガキとは別に写真週刊誌やスポーツ新聞に目を通す矢部と両極端な写真が掲載された。
また、2010年に発売された「小栗旬のオールナイトニッポン」の番組本『旬刊小栗』の付録に収録された岡村と小栗旬との対談が納められたCDでは、小栗が岡村への挨拶に訪れたところ、打ち合わせ中の会議室の張り詰めた空気に驚き、「自分のやっていたオールナイトでは時間が来るまで雑談でだらだらとしていたが、この2人の出す何とも言えない空気に耐え切れずすぐに帰ってしまった」と語っている。岡村いわく、ハガキ選びに集中しているため小栗にかまっていられない状態で申し訳なかったと謝罪している。小栗は普段、岡村とよく酒を一緒に飲みに行く間柄で自分には見せない仕事中の岡村を見た感想を「昼間のパパの仕事をしている場所を見ちゃった、みたいな」と裏側を目撃した感想を述べている。小栗以外にも番組開始前の2人に挨拶にいった人たちは、小栗と同様にナインティナインの番組では見せない部分に驚くという。
これらの作業をこなしハガキを書いてくる職人の苦労と労力を2人はありがたく感じ、感謝しており、番組に来たゲストが出演時間をオーバーした場合にたとえ先輩であろうとも「ハガキ読まなアカンから早く帰って」と言ったり話の腰を折ったりして、ネタハガキの時間を優先させる努力をしている。それでも消化できなかったネタハガキが出てしまうこともあり、スペシャルウイークで、あえてゲストを呼ばずに「ハガキ倍増スペシャル」と題して年に数回、感謝の意味をこめてハガキを読みまくるという枠を設けている。これらに関して2人は照れくさい部分もあり、あまりこのことをくどくど説明をせず職人いじりでおちゃらけるイメージが定着していたが、16年という長期にわたる放送の中で築き上げてきたこの「分担」も新しく聞き始めるリスナーには説明不十分であったため、ネタハガキを数枚読まれたことのあるリスナーから「ハガキ職人に対するねぎらいの言葉もなく、矢部さんの宛先読みも機械的だ」と言われ、破門騒ぎに発展してしまうハプニングもあった（#罰則参照）。
コーナーは構成作家らによる立ち上げで立案される時と注目の番組や芸能人、既存のコーナーでとりわけ勢いのあるネタやキャラクターから発案される。
担当ディレクターや構成作家からの提案で立ち上がる場合はネタの説明や例題が始まる前週の告知の時におこなわれる。この例題からハガキ職人たちの投稿がある。初回はネタの方向性の探りあいで投稿してくるが、優秀なハガキ職人の場合、ナインティナインの2人が笑いそうなシチュエーションを把握している場合があり、独自の世界観を展開してくることもある。最初に提案された例題からまったく意図しない方向の転がる場合の方が多い。「最初どんなコーナーだったっけ？」や「いい方向に転がり始めた」と岡村が言う場合もある。逆にイマイチ方向性が定まらない場合は「もう一週様子を見てみましょうか」や「（職人に対して）君らはやればできる子なんだから」ということがある。
あるコーナーで人気になったネタ、キャラクターへのネタハガキの投稿が増えることやナインティナインの2人の提案で新コーナーが立ち上がる場合がありこれらを「独立」という（大笑福亭悪びん、悪い人の夢、ジモンさんのコーナー、三村さんのコーナー、爆笑田中問題、オパブンミ一家など、これらは独立で始まったコーナー）。
人気になるキャラクターやネタは、投稿されるハガキの人気が集中する場合が多くナインティナインも殺到するはがきの多さに困惑することが多い。このような時にはコーナー内で別のキャラクターやネタを生み出して投稿した場合の方が採用される確率が高くなると注意をしている。
一方終了のタイミングは、勢いがなくなった、コーナーの元ネタとなった番組が終了、元ネタの芸能人がこの番組に出演し区切りがついたなどさまざまである。当初予想していた方向と違った方向へ行ってしまい、収拾がつかなくなり終了することも少なくない。このような事態を、壊れるという。また、投稿するハガキ職人がもうそろそろいいんじゃないかという意味も込めてコーナーを壊すために意味不明な投稿で潰しにかかる場合もある。このため壊し屋の異名を持つ職人もいる。ゲスト出演に合わせて1度しかやらないコーナーもある。
新コーナーは告知後の次の週に始まり、コーナーが終了する際には通常岡村の「終〜了〜!」という怒鳴りと「ファンファーレ」で「長々と愛されてきた○○（コーナー名）ですが今回を持ちまして無事終了となります、ありがとうございました」と言い終了となる。
ネタハガキとネタメールは岡村がすべて選出して読む。一方、コーナー「ファミリークラブ」に送られてきたハガキとフツオタ、メールは矢部が選出して読む。ただし、番組初期は矢部もネタハガキを読んでいたことがある。
ネタハガキは岡村に分かりやすいように文字を書かないと不採用とされる場合がある。鉛筆で記入することはハガキが汚れたり文章が消えたりするという理由で、蛍光ペンなどでハガキの枠に色をつけたり文章を書くことは岡村が見づらいという理由で、それぞれ禁止されており、黒ペンの利用を推奨している。ジャネットのコーナーで片言を表現するためにカタカナで書かれたネタに、読みづらいためひらがなを使うようにと注意したこともある。
ハガキを選ぶ基準はあくまでもネタの内容や出来であり、細工を施したとしてもあまり意味がなく、ネタ職人の名前により選ぶこともない（当番組の構成作家を務めていたメルヘンうんこが投稿したネタを、放送中にペンネームを読みあげるまで気付かず選出したことがある）長文のネタはハガキ複数に分けて投稿することとなっており、原則封書での投稿は禁止されている。開封時に中の便箋を破いてしまう可能性があるためである（過去にノートにネタを書いて封書で投稿したハガキ職人時代のメルヘンうんこが注意を受けている）。このため長文のネタの場合ハガキ複数枚に分けて投稿するハガキ職人もいる。パソコンで印刷されたネタの投稿は可能だが、常連の職人になった場合にたまに手書きで投稿するとワープロ書きとのギャップをいじられる場合がある。
ネタの記入は「ハガキ1枚あたりに1つ」が原則と定められ、特にコーナーを跨いで複数個のネタを書くことは禁止されていた（選別面での問題なども含む。「僕の点取り占い」のみ複数のネタを書き込むことが可能）。この約束事を知らない新しいリスナーからの投稿が増えた頃に、番組内でネタハガキの書き方・注意などを促している。2014年4月からはハガキの本体価格が値上げされたことに伴い、「同一コーナーのみ1枚あたり2つまでの記入なら可」としていたものの、「文字サイズが小さくなることで岡村が読みづらい」などから暫定運用が続く状態だったが、2024年10月1日に価格が1枚85円に値上げされたことを考慮し、同10月3日の放送の中で正式に記入数の縛りが撤廃された。
ノベルティはネタコーナーで採用された職人に送られる。初期は面白かったネタハガキにのみノベルティが配られていたが、現在は読まれた人全員にノベルティが送られている。第1回から第8回ハガキ職人大賞で連続で1位を獲得した現在放送作家の谷中つよしはノベルティを独占することが多くなり、何ももらえなくなってしまった。岡村はしばしばネタハガキを読んだ後に「なにもあげません」と述べる場合がある。これは常連のハガキ職人にのみ与えられる名誉とみなされてきた。しかし、谷中が送ったビビアン・スーの下ネタの印象が大きくなり、次第に秀逸な内容の下ネタに対して「なにもあげません」が使われていくようになった。ただし、この「なにもあげません」は恥じるべきことではなく、あくまでも名誉であることをナインティナインの2人は強調している。このほか、昔からの常連の古いハガキ職人が久々に読まれた場合「なにもあげません」と最後にオチで使われることもある。
ノベルティは2種類あり、普通のネタには岡村の名前がついたノベルティ、ウケたネタには矢部の名前がついたノベルティが進呈される。ただし、後述の「クイズ!アホ学王」（同様のコーナーも含む）のみ紹介されたネタすべてに対して同じノベルティが送られる。2人が大爆笑したときのみ、「ダブル（2個）」となる。独自のノベルティがあるコーナーもあり、「点取り占い」では「ナイナイバッジ」、「今週のインパクト」では「インパクトコンパクト」が、それぞれ送られる。インパクトコンパクトは面白かった内容のネタのみ選出され送られる。「点取り占い」の採用者はエンディングで矢部が紹介する。
過去には面白かったネタの採用者に岡村の私物が送られることがあった。ガンプラや、岡村がその場で適当に考えたグッズで届くまで何がくるのかわからないものもあった。スペシャルウィークのプレゼントなどで無茶な内容のものも本当に製作して贈られた（河内マネージャー特製糸鋸トンファー、神田ディレクター特製サイコロ、つるつるの石など）。また、岡村がハガキの内容を読み間違えたり、途中で噛んだりするなどミスを犯した場合には私物が送られることがある（番組で明かされた私物でテレビ番組のスタッフジャンパーが送られた時があった）。
ノベルティの画像はすべて非公開とされ（過去のノベルティも含む）、実際に貰わなければどんなものなのかわからなくなっている。ネットオークションでの転売、サイトでの画像の公開が発覚した場合、破門になる。
ナイナイバッジ、ステッカーで使用されているデザインは藤井フミヤによるもの。当時、藤井が番組にゲスト出演した際、コンピューターグラフィックスでのデザイン制作に興味を持っているという話をし、ナイナイの2人が「作ってください」と頼んだどころ、本当に作ってきてくれたので採用された。
オカニオ、ヤベニオはB-DASHのGONGONの弟のSOTAがデザインを担当している。
この番組にはハガキ職人に対する処罰があり、ナインティナインの2人とディレクターで判断を下す。上位の項目ほど罰が重いと見られる。
読み手である岡村自身に対する罰則として、ネタを読んでいる時に著しく噛んだり読み間違えたりした時に、投稿者へのお詫びとして岡村の私物を送ることが恒例となっている（軽度の場合や、噛みや読み間違いを物ともしない程に大きくウケた場合は適用外となることがある）。
ネタに関して忠告やお願いが発せられることがあり、これに従わなかったハガキ職人が複数出て番組中に岡村が説教を始めたこともある。説教でやめろという言葉をいかに職人がネタとしての前フリとしてどのようにリアクションをしてくるのか、どう受け取るかという部分も含まれている場合もあり、反省文も職人としてのテクニックがためされる場合もある。
以下、第2期から新設。
近年放送されたコーナーのみ一部掲載。その他のコーナーはこちらを参照。
ある人物が話題に上ったりネタになったりすると、それにまつわる以前に収録した本人の声によるキーワードがすかさず挿入されることがある。また、ネタの中には周期的に登場する人物名やフレーズがあり、フリートークや過去のコーナーでナインティナイン・ハガキ職人達が作り上げた悪いキャラが忘れた頃に登場する。
採用時に岡村は「こんなん（今も）扱ってるのウチのラジオだけやで」と言う（新しく立ち上げる短文のコーナーに多い）。ヘビーリスナーにとっては懐かしいと同時に笑いのツボにはまるフレーズである。長期にわたる放送期間のため分かる人には分かり、分からない人には何のことなのかわからない。現在では世代にギャップがおきており、岡村が元ネタについての解説をすることもある。
関西芸人（及び関西人）を扱うネタの際は2人が大爆笑することが多い。その際関西地域のみ伝わるネタの場合は、岡村が「関西地区は大爆笑」、「関西の人しか分からへんやろ」と全国ネットを配慮したコメントをする。
毎年最初（原則）の生放送では、岡村が正月休みを利用して大阪に帰省し、中学、高校の頃の同級生と再会した時の話をするのが恒例となっている。特に、矢部も後輩として所属していた大阪府立茨木西高等学校サッカー部の同級生（俳優の鈴木健介も同席している）の変化（主に頭髪に関してで、禿げネタが番組内で非常に大きな笑いになる）や酒の席の様子の話は、リスナーのみならず、相方であり後輩でもある矢部も楽しみにしている。
岡村は年1ペースでみつまJAPAN'（旧：「美妻隆盛」）のたこ焼き屋さんの近況を気にし、中山秀征がプロボウラーに挑戦したこと、西川峰子が那須に建てた別荘が新築から僅か1ヶ月後に豪雨で流されたこと、元ミモ・ファルスのメンバーの1人が楽屋泥棒の常習犯であったこと、海老名美どりがミステリー作家宣言で記者会見を開いたことなど、同じ内容をぼんやりと思い出す。
吉本の新入社員研修でラジオ見学が行われた時、ナインティナインに新人マネージャーが付いた時は、天然素材時代に吉本の新入社員が桂文珍の担当マネージャーとなり、数年後、重鎮気取りの尊大な態度で一方的に叱責され唖然としたこと、大阪時代の担当マネージャーが矢部のファンに手を出し吉本をクビになったことなど、かつて体験した吉本興業社員の愚行を語り、新入社員を戒めるような発言を必ず行う。
本番組のハガキ職人を経て、プロの放送作家になった者もいる。しかし、作家転向後にナインティナインの2人に報告に来る職人は少ないとのことで、転向した際には番組へ報告するように呼びかけている。下記は本人が投稿で申告してきたり、ナインティナインが番組中で作家になったことを明かして、判明した限りのハガキ職人出身の放送作家である。
このうち顔面凶器、メルヘンうんこ、ゴミを拾おうは当番組の放送作家としても活動していた。また、番組本『ナインティナインのオールナイトニッ本』には、顔面凶器、メルヘンうんこ、谷中つよし、おくだたいの4名が構成に参加している。
オールナイトニッポンではレイティング期間になるとスペシャルウィークと称して各番組にゲストが出演するが、この番組は通常放送時（岡村曰く「平場（ひらば）」）でもゲストが出演することがある。
ゲスト登場時に鳴るファンファーレは、コーナー終了時やハガキ職人大賞の1位発表時に鳴るものと同様のファンファーレを使用している。
告知や宣伝を目的として来たゲストに対しては岡村が「この番組で告知（宣伝）しても効果ありませんよ」という主旨の断りを必ずといっていいほど入れる。ほっしゃん。が自身の単独ライブのチケットを番組内で電話予約した際（受付先が本人の自宅であった為、自宅の電話番号が公開された上に多数のいたずら電話が寄せられた）、新たに9枚しか売れなかったというエピソード（1999年12月23日OA）を具体例として挙げて説明することが多い。
ゲスト出演時のCM明けには、Hi-STANDARDの『NEW LIFE』のイントロにのせて、ゲストが何らかのコメントとタイトルコールをしているジングルが事前に作られ使用されている。このジングルは保存されており、後日そのゲストの話題で盛り上がった時などに（そのゲストが来ていなくても）再利用されることがある。ゲストとして来訪していないがジングルが作成されたこともある。
岡村の父親や妹や親友、矢部の兄（矢部美幸）や母などの一般人もゲスト出演している。
2010年7月15日から11月25日の岡村の休養期間は9月9日放送分（「ナイナイの日記念 ハガキ倍増スペシャル」と称して矢部が1人で放送を担当）以外は「ゲストパーソナリティー」として毎週ゲストが出演していた。
2021年10月31日に神奈川県横浜市の横浜アリーナで開催。「オールナイトニッポン歌謡祭」自体の開催は2019年に行われた「岡村隆史のオールナイトニッポン歌謡祭 in 横浜アリーナ 2019」以来2年ぶりとなり、矢部及びナインティナインコンビでの出演は初となる。また当初は2021年1月17日に「ナインティナインのオールナイトニッポン in 横浜アリーナ」というタイトルで歌謡祭が行われる予定だったが、新型コロナウイルスの流行により中止することを同年1月7日に発表した。
※括弧内の数字は「岡村隆史のオールナイトニッポン歌謡祭」からの通算出演回数を表す。
2022年10月30日に横浜アリーナで開催。
2023年10月28日に横浜アリーナで開催し、岡村歌謡祭から通算して初の土曜日開催となった。
2024年10月26日に横浜アリーナで開催した。
※名前の横にがある人物は『岡村隆史のオールナイトニッポン』時期から引き続き担当。★がある人物はニッポン放送本社屋が港区お台場および第1期千代田区有楽町時代から引き続き担当。
※名前の横にがある人物は『岡村隆史のオールナイトニッポン』から引き続き担当。
番組開始15周年を記念した番組本が制作されることが2009年2月5日の放送で発表され、同年7月30日の放送ではタイトルが『ナインティナインのオールナイトニッ本（ニッポン）』に決定したことが発表された。当初15冊出版する方針であったが、全5冊出版に変更され、さらにナインティナインのオールナイトニッ本 スペシャルで番組本として初の2冊同時発売されたことから合計7冊出版することになった。
この本を出版するにあたり、本の構成するための資料として2部時代の放送用マスター音源が行方不明になっていることが番組で明かされた。このためvol.1は欠落している回が数本ある。第1回の冒頭の音源はエアチェックである。
この本のためのハガキコーナーとして番組では期間限定で「リスナー広場ビーンとこけし」というネタ募集のコーナーが立ち上がる。また、同じくこの本独自のコーナーとして矢部によるサッカーレッスン、歴代マネージャーが語るナインティナインとの思い出、歴代ディレクターの珍エピソード、ハガキ職人へのインタビューなどが掲載されている。
この本のネット販売の告知をする度に岡村が「ア〜マ〜ゾ〜ン！」と仮面ライダーアマゾンの掛け声と引っかけてAmazonで先行発売されることを告知するのが恒例になっている。ただし岡村が叫んだ後に本物のアマゾンの掛け声が流れるため「僕が叫ぶ意味があるのか」と語っている。
番組初期の頃からスペシャルウイークの時に毎回2人でカラオケを歌うことを盛り込んでいた。単独でのオールナイトニッポンの時も歌われた。空耳替え歌などのネタもあり、替え歌の詩は放送作家の顔面凶器が担当している。現在もたまに新しい曲が登場することがある。矢部の歌うDO-DO FOR MEやHOWEVERは人気があり放送回数も多い。
特別番組として放送されるケースと、ナインティナインが休暇やスケジュールの都合などで休む際に起用されるケースがある。