Maladie à coronavirus 2019

Lamaladie à coronavirus 2019, communément appelée laCovid-19(acronymede l'anglaiscoronavirus disease 2019), est unemaladie infectieuse émergentemajeure de typezoonosevirale causée par lasouchedecoronavirusSARS-CoV-2. Lessymptômesles plus fréquents sont lafièvre, latoux, la fatigue et lagêne respiratoire. Dans les formes les plus graves, l'apparition d'unsyndrome de détresse respiratoire aigupeut entraîner la mort, notamment chez les personnes plus fragiles du fait de leur âge ou en cas decomorbidités. Une autre complication mortelle est une réponse exacerbée dusystème immunitaireinné(choc cytokinique).
Une perte brutale de l'odorat (anosmie), associée ou non à une perte du goût (agueusie), est une manifestation relativement fréquente et à l'origine révélatrice de l'infection par le SARS-CoV-2. La diffusion des tests PCR permet en 2022 un diagnostic fiable.
La transmission interhumaine se fait surtout pargouttelettes respiratoiresetaérosolisation, lorsqu'une personne respire dans un même lieu clos ou à proximité immédiate d'autres personnes. La transmission augmente en intérieur mal ventilé et lorsque la personne infectée tousse, éternue, parle ou chante. La transmission indirecte par surface contaminée, bien que possible, n'a pas été formellement démontrée. Lapériode d'incubationest en moyenne de 5 à 6 jours, avec des extrêmes pouvant aller de deux à quatorze jours.
Le taux de formesasymptomatiquesest estimé à près de 20 % des personnes infectées. Une proportion importante de personnes infectées, notamment d'enfants, peu symptomatiques ou asymptomatiques peuvent néanmoins transmettre la maladie. De plus, chez les personnes symptomatiques, lacontagiositépeut précéder les symptômes de 2 à 3 jours et apparait maximale durant les premiers jours de la maladie.
La mortalité concerne principalement les personnes âgées, l'âge moyen des décès dus à la Covid-19 étant de 81 ans au début de l'épidémie, et les personnes présentant des comorbidités (diabète, obésité, etc.). Le taux de létalité, initialement estimé à environ 0,5 % en moyenne, varie de 0,01 % pour les moins de 15 ans à 17,4 % pour les plus de 90 ans.
Au début desannées 2020, la maladie à coronavirus 2019 est unepandémie, qui bouleverse l'activité humaine sur la totalité de la planète, à travers des confinements généraux, de strictes mesures sanitaires, la fermeture des frontières, et le ralentissement ou l'annulation dans de nombreux secteurs économiques ou événementiels. Plusieurs types de vaccins anti-covid sont fabriqués, notamment àARN messagerqui à partir de 2021, sont administrés à une grande partie de la population dans les pays riches, en Europe, Amérique du Nord et du Sud, Asie et Océanie, pour tenter de freiner la pandémie.
De nombreux variants apparus successivement depuis le début de la pandémie compliquent le tableau, concernant notamment les risques de réinfection et l'efficacité à terme des différents vaccins.
Le11 février 2020, l'OMSnomme officiellement la maladie dans plusieurs langues, dont lalangue française, où le terme retenu est : « maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) ». La désignation COVID-19, donnée de façon identique à toutes les langues, est unacronymedusyntagmeenlangue anglaise(coronavirusdisease 2019). L'organisation, dans la version du texte en langue française, emploie majoritairement l'acronyme au féminin :« La COVID-19 est la maladie infectieuse causée par le dernier coronavirus qui a été découvert ».
L'acronyme Covid-19 est repris enFranceet enBelgiqueavec la typographieCovid-19et un genre masculin, y compris dans les communicationsgouvernementalesmalgré quelques exceptions. Dans les textes législatifs et réglementaires français instaurant l'état d'urgence sanitaireen mars 2020, le mot est utilisé au masculin, mêlant l'épidémie et levirus. Dans la législation suisse en français et dans les communications gouvernementales en français au niveau fédéral, il est écrit en majuscules et utilisé au masculin.
Dans le décret françaisn2020-545 du11 mai 2020« prescrivant les mesures générales nécessaires pour faire face à l'épidémie de covid-19 dans le cadre de l'état d'urgence sanitaire », le mot est écrit en minuscule covid-19 avec un emploi au masculinmais sert indifféremment à désigner la maladie et le virus, comme dans d'autres textes ultérieurs. On retrouve le même genre d'usage dans des textes officiels belges.
Débutmai 2020, le site de l'Académie françaiseécrit sa préférence pour l'emploi du féminin pour Covid-19, son noyau étant un équivalent du nom français féminin « maladie ». Dans ses échos à cet avis, la presseeuropéennedoute de son impactsur des usages bien ancrés, observant qu’il ne s’agit pas d’une position collégiale de l’Académiemais qu’il s’agirait d'une décision d'Hélène Carrère d'Encausseseule, son secrétaire perpétuel, en raison de la difficulté à réunir les académiciens en période de confinement.
Un sondage réalisé en France par l'Ifopenmars 2021montre que 56 % des Français emploient le mot « Covid » exclusivement au masculin, contre 19 % au féminin et 25 % aux deux genres, bien que, dans le même temps, seuls 23 % de Français considère le genre masculin comme le genre correct.
La recommandation de l’Académie française a eu peu d’effet sur les médias français.
Le4 juin 2020, le nom « covid » entre dans le dictionnaire en ligne duRobertqui le considère masculin ou fémininen raison des usages différents en France et au Québec. Dans la version 2022 duPetit Robert, le mot « Covid-19 » fait également son entrée au masculin ou féminin.
En 2021, le nom « COVID-19 » (avec la graphie « Covid-19 » comme variante) entre également dans l’édition 2022 duPetit Laroussequi le considère féminin ou masculin.
AuCanada, le nom est repris avec la typographieCOVID-19. Si l'usage du masculin pour COVID-19 l'emporte dans un premier temps, l’Office québécois de la langue françaisese prononce rapidement pour un emploi au féminin. Début mars, le média nationalRadio-Canadarecommande l'emploi du féminin sur son antenne. Par la suite, leBureau de la traduction du gouvernement canadienprécise également le même genre. Ces démarches aboutissent à un usage beaucoup plus fréquent du féminin au Canada que dans le reste de lafrancophonie. Dans leurs allocutions, les premiers ministresJustin Trudeau, du Canada, etFrançois Legault, duQuébec, emploient le féminin.
Une étude a montré que 100 % des médias canadiens francophones suivent la recommandation d’utiliser le féminin.
Bien que l'origine exacte du virus soit encore inconnue, la première éclosion officiellement reconnue a eu lieu àWuhanen Chine ennovembre 2019. Néanmoins, en mars 2022, une analyse publiée dans la revue médicaleBMJ Global Health, rédigée par un groupe de scientifiques italiens et co-écrite par Sergei Pond, cite un nombre croissant d'études indiquant que le virus pourrait s'être propagé dans le monde entier des semaines, voire des mois, avant la date de début officiellement reconnue de novembre/décembre 2019. Un mois plus tard, quelques dizaines de cas sont recensés, incluant plusieurs personnes qui, travaillant aumarché de gros de fruits de mer de Huanan, sont hospitalisées à l'hôpitaldeWuhandans la région duHubei, pourpneumopathie. Des médias ont par la suite rapporté qu'un premier cas aurait été un patient de 55 ans tombé malade le17 novembre 2019enChine.
Le21 décembre, un kit diagnostic ciblant vingt-deux germes pathogènes respiratoires (dix-huit virus et quatrebactéries) donnant un résultat négatif, les médecins réalisent qu'ils sont en présence d'un nouvelagent pathogènerespiratoire.
Le31 décembre 2019, l'Organisation mondiale de la santé(OMS) est officiellement informée par les autorités chinoises de la survenue de cas de cettepneumonied'origine inconnue dans la ville de Wuhan. Au 3 janvier 2020, un total de 44 cas sont signalés.
Le7 janvier 2020, les autorités chinoises confirment qu'il s'agit bien d'un nouveau virus de la famille des coronavirus, baptisé temporairement« 2019-nCoV »et isolent un nouveau type decoronavirus: leSARS-CoV-2(deuxièmecoronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère). Le coronavirus de Wuhan, désigné internationalement sous le terme« 2019 novel Coronavirus »abrégé 2019-nCov, parfois appelé« virus de la pneumonie du marché aux fruits de mer de Wuhan », est le coronavirus à l'origine de l’épidémie de « pneumonie de Wuhan », nom provisoire repris par l'Institut Pasteur. LaChinea annoncé la nommer provisoirement « pneumonie à nouveau coronavirus », lui donnant le sigle anglais officiel de NCP (pournovel coronavirus pneumonia).
Le23 janvier, l'OMS annonce que la maladie est transmissible entre humains. Dans la semaine qui suit, elle indique que les modes de transmission de la maladie sont probablement les mêmes que pour d'autrescoronavirus. La Commission nationale de la santé de Chine annonce que le nouveau virus a une période d’incubation pouvant aller jusqu’à deux semaines, et surtout que la contagion est possible durant la période d’incubation. De ce fait, s'il ne fait pas l'objet d'une politique de détection systématique et précoce, il est susceptible de se répandre avec unecroissance exponentielle.
Le30 janvier, l'OMS déclare que l'épidémieconstitue uneurgence de santé publique de portée internationale(USPPI). Certains évoquent la «maladie X», nom donné en 2018 par l'OMSà une maladie susceptible de causer un danger international.
Le11 février, l'OMS nomme officiellement la maladie : «maladie à coronavirus 2019 (Covid-19)». Le virus est lui nommé : « coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) ».
Le11 mars 2020, le directeur général de l'OMS qualifie la Covid-19 depandémie, soulignant que c'est la première fois qu'une pandémie est causée par un coronavirus.
Fin 2021, il apparait qu'entre le 31 décembre 2019 et la semaine 52 de 2021, le nombre de décès par continent se répartit comme suit : Amérique : 2 417 863 ; Europe : 1 650 836 ; Asie : 1 148 634 ; Afrique : 228 801 ; Océanie : 4 818 ; autre : 6. Soit un total mondial d'environ 5,5 millions de décès. Sur cette période, 290 613 933 cas ont été détectés dont 5 450 958 décès. Dans l'union européenne, cela correspond à 56 969 698 de cas et 908 731 décès.
Officiellement les principaux pays et territoires touchés par ordre décroissant sont :
Lamaladie infectieuseCovid-19 est provoquée par lecoronavirusSARS-CoV-2. Il est probable que ce virus ait été initialement transmis à l'homme par des animaux infectés (notamment deschiens viverrinset descivettes), en vente sur le marché deWuhan(Hubei,Chine) fin 2019. Cette hypothèse, proposée dès l'incidence de la maladie, est confortée en septembre 2024 par une étudemétatranscriptomiqued'échantillons prélevés sur les stands du marché en janvier 2020 ainsi que par l'étude desgénomesviraux des premiers patients atteints de Covid-19.
Lesvirusinfectent généralement lescellulesen y entrant via uneendocytosemédiée par unrécepteurauquel chaque virus doit d'abord se lier. Le récepteur utilisé par leSARS-CoV-2est uneprotéinede surface cellulaire : l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2(ACE2), la même que pour leSARS-CoVmais avec une affinité10 à20 fois plus importante que le SARS-CoV. Le virus se lie avec le récepteur ACE2 par ses protéines présentes dans les épines (spicules) de sa couronne(protein spike).
L'ACE2est uneenzyme de conversiondes récepteurs cellulaires de l'angiotensine II. Elle est présente sur les «cellules épithélialesalvéolaires AT2 » situées dans lesalvéoles pulmonaires, mais aussi dans l'œsophage(dans les cellules épithéliales supérieures et stratifiées), dans lesentérocytesabsorbants de l'iléonet ducôlonet dans lepancréas(de légèrespancréatitessont d'ailleurs observées, via analyses d'amylase et de lipase et via l'imagerie médicale, chez les malades légèrement ou sévèrement atteints par la Covid-19). Les « cellules à AT2 » sont connues pour être sujettes aux infections virales.
Le virus, en utilisant l'ACE2, empêche l'élimination naturelle de l'angiotensine II. Cette accumulation d'angiotensine II pourrait entraîner une stimulation des récepteurs AT1R présents sur les lymphocytes TCD8entraînant une libération decytokinespouvant, en l'absence de régulation, entraîner unchoc cytokinique.
L'implication dusystème rénine-angiotensine-aldostérone, régulant la pression artérielle dans laréponse immunitaire innée, a fait l'objet de nombreuses publications(plusde 15). Ce système agit par l'intermédiaire du récepteurAT1Rprésent sur leslymphocytes TCD8+ (12 publications).
Le virus pourrait s'introduire dans leliquide cérébrospinaldes personnes contaminées.
Leslymphocytes cytotoxiquessont chargés de détruire les cellules dans lesquelles un virus commence à se répliquer : ce sont d'abord lescellules tueuses naturelles(éléments de l'immunité innée), et les lymphocytes T cytotoxiques qui viennent compléter le travail des précédentes et le poursuivre dans la durée. Ces cellules du système immunitaire permettent de bloquer en quelques heures ou quelques jours une infection virale en cours.
Une équipe médicale chinoiseconstate qu'au début de la maladie, l'organisme des patients (panel de 68 malades, âge médian de 47 ans) n'arrive pas à produire les cellules NK et les lymphocytes T CD8nécessaires pour combattre le virus. Le nombre moyen de ces cellules a même chuté sous la moyenne normale. Ceci a été révélé par le suivi des niveaux d'expression du récepteurNKG2A,« récepteur inhibiteur »déjà connu comme indicateur d'« épuisement » de ces types cellulaires lors d'autresinfections viraleschroniques. Et, le jour de leur admission, laleucocytoseet lalymphopéniedes patients est proportionnelle à la gravité de la maladie(atteignant surtout les LT CD8). Autrement dit : la phase de progression du virus dans les cas sévères de Covid-19 correspondait à un « épuisement fonctionnel des lymphocytes cytotoxiques », avec un nombre total decellules tueuses naturelleset deLT CD8qui s'effondrait quand le SARS-CoV-2 se développait, alors que l'expression deNKG2Aaugmentait. Par contre, chez les convalescents, on voyait le nombre de cellules tueuses NK et de LT CD8se restaurer, pendant que l'expression de NKG2A diminuait. Ceci laisse penser que dans les cas les plus graves, le SARS-CoV-2 peut bloquer précocement, efficacement (et durablement) notre immunité antivirale. Les auteurs de l'article estiment que le récepteur NKG2A pourrait être une ciblethérapeutiqueà étudier.
Une caractéristique commune à de nombreux coronavirus est que« la gravité de la maladie augmente lors de la phase d'élimination du virus, suggérant que la réponse immunitaire de l'hôte est à la fois protectrice et pathogène. De plus, l'inhibition d'aspects spécifiques de la réponse immunitaire entraîne une maladie moins grave et moins de destruction des tissus, sans diminuer la cinétique de laclairancevirale ».
Elle pourrait varier selon lessouchesvirales ; par exemple chez un patient de Wuhan,« des populations de virus à séquence distincte ont été systématiquement détectées dans des échantillons de gorge et de poumon du même patient, prouvant une réplication indépendante »(réplication démontrée par des ARN réplicatifs viraux).
La première synthèse basée sur 1 070 échantillons prélevés en hôpital en Chine en janvier-février 2020a montré que l'ARN viral était fortement présent dans les lavages bronchoalvéolaires (14 cas sur 15 ; soit 93 %). Venaient ensuite lesexpectorations(72 cassur 104; 72 %), lesécouvillons nasaux(5 cassur 8; 63 %), labiopsiepar fibroscopie bronchique (6 cassur 13; 46 %), le pharynx (126 cassur 398; 32 %), lesmatières fécales(44 cassur 153; 29 %) et enfin dans le sang (3 cassur 307; 1 %).Le virus infectieux n'a jamais été retrouvé dans l'urine. Mais il a été trouvé dans les selles, dont chez deux patients sansdiarrhées.
En avril, on découvre, comme pour les virus du SRAS et du MERS, que le virus peut infecter lesystème nerveux central: un patient de 56 ans atteint de la Covid-19 à l'hôpital Ditan de Pékin présente des troubles neurologiques (contractions de muscles du visage après quelques jours de traitement), des coronavirus sont retrouvés dans sonliquide cérébrospinalet il développe uneencéphalite.
Le virus semble aussi affecter lefoieet lesreins(lamétabolisationdes médicaments administrés peut de ce fait être modifiée).
Les sécrétionsvaginaleset la voie vaginale ne semblent pas être une voie d'infection.
Fin avril 2020, le virus a été détecté dans les cellules épithéliales alvéolaires de type II, les monocytes, les cellules épithéliales du tube digestif, les cellules tubulaires rénales distales, les cellules des glandes sudoripares cutanées, les éosinophiles parathyroïdes et hypophysaires, les cellules du cortex surrénalien, les cellules pariétales gastriques, les cellules pancréatiques, les cellules acineuses et les cellules de la glande séreuse trachéale. Différent duSARS-CoV-1, le SARS-CoV-2 a été principalement détecté dans les cellules épithéliales alvéolaires de type II et les macrophages pulmonaires, et en partie dans les ganglions lymphatiques hilaires, la rate et les testicules.
Fin octobre 2020, une prépublication américaine, encore à confirmer par les pairs, a recherché, parmi les cellules épithéliales, mésenchymateuses et immunitaires de la bouche, celles qui expriment le plus l’ACE2 (récepteur du virus) ; ce sont les glandes salivaires, la langue et les amygdales. Les autopsies ont confirmé cette spécificité, qui pourrait expliquer que la Covid-19 induit non seulement une perte de l’odorat, mais aussi du goût et une sécheresse persistante de la bouche chez certains patients. Un essai clinique a aussi conclu que les cellules épithéliales de la bouche peuvent effectivement être infectées par le SARS-CoV-2. Le taux de virus dans la salive des patients était positivement corrélé aux changements de goût et d’odeur ressentis. La dynamique d'excrétion virale était distincte pour les zones buccale et nasale et les patients en guérison ont présenté des anticorps salivaires contre les protéines du SARS-CoV-2. Le SARS-CoV-2 installé dans les glandes salivaires pourrait contribuer à une prolongation ou évolution de la maladie, quand la salive infectée est avalée (induisant un risque d’infection intestinale) ou aspirée vers les poumons (avec alors un risque de pneumonie) ou expulsés lors des crachats, éternuements, postillons, d’une manière « peut-être sous-estimée » et parfois asymptomatique. Ceci confirme, s'il en était besoin, l’enjeu du port du masque facial correctement ajusté  et de la distanciation physique.
La première étude (portant sur les 425 premiers cas) dansThe New England Journal of Medicine, montre que la transmission inter-humaine date au moins de la mi-décembre 2019.
Pour éviter la contagion, une distance supérieure à un mètre semble généralement suffisante. Par précaution 2 mètres, voire plus, sont parfois proposés ou imposés. Une étude publiée le26 mars2020 dans leJAMAmontre qu'en cas de toux ou d'éternuement, la diffusion du virus est possible lors de l’expiration jusqu'à une distance pouvant atteindre 8 mètres, très loin des deux mètres recommandés par le CDC. En présence d'aérosols et non de gouttelettes, unmasque FFP2est efficace.
L’existence de patients totalement asymptomatiques, en grand nombre (20 % des individus infectéset contagieux), semble se confirmer et modifie les recommandations initiales de l'OMS de ne pas porter de masque.
Toutefois, Antoine Flahault, épidémiologiste et directeur de l’Institut de santé globale de l'université de Genève, considère que la communication sur la transmission est un échec, car elle se focalise sur des points secondaires et oublie l'aération des milieux fermés. Selon lui, de nombreuses études scientifiques ont démontré que la transmission par aérosols était le mode de transmission quasi exclusif du SARS-Cov-2, les autres modes de transmission étant considérés comme secondaires.
Lacontagiositédu SARS-CoV-2 serait notamment due à sa capacité à êtreclivépar lafurine(protéine présente dans de nombreux tissus), ce qui n'était pas le cas des deux autres coronavirus hautement pathogènes pour l'humain.
Mesurer la contagiosité du virus n'est pas simple. Le test-diagnostic RT-PCR n'indique que la présence d'ARN viral (en fait d'un fragment qui diffère selon les tests), il ne peut pas différencier l'ARN de virus activement infectieux de celui de restes de virus inactivés par le système immunitaire. Il ne mesure donc pas le degré de contagiosité du patient. La réplication active du virus peut cependant être démontrée par l'analyse d'intermédiaires réplicatifs sous-génomiques viraux, mais ce n'est pas une pratique de routine en laboratoire.
Un bon moyen d'établir le pouvoir infectieux et la contagiosité est la culture virale (in vitro), mais elle n'est pas utilisable en pratique, car elle est longue, non représentative de la vitesse de reproduction du virusin vivo, et de faible sensitivité (beaucoup d'échec de culture). Pour la grippe, il existe une corrélation entre la quantité de copies retrouvée par RT-PCR et la quantité de virus retrouvée par culture virale. Il n’existe aucune donnée pour le SARS-CoV-2.
Le11 avril 2020, leSouth China Morning Postcite une étude post-mortem de l’université de Hong-Kong sur la multiplication du SARS-CoV-2 (par rapport auSARS-Cov, responsable duSARS) dans le tissu pulmonaire. Le SARS-CoV-2 se multiplie de 5 à 10 fois plus que le SARS-Cov dans la même unité de temps, aboutissant à une production de virus 3 fois supérieure auSARS-Cov. Cette multiplication importante s'accompagne d'une réponse immunitaire plus faible de l'organisme.
C'est le temps durant lequel un malade est potentiellement contagieux. Elle commence dans les heures qui suivent la contamination, donc avant toute manifestation perceptible de la maladie.
En général :
À la mi-mars 2020, peu de données concernent les porteurs asymptomatiques et/ou non hospitalisés, mais chez les patients hospitalisés, la duréemédianed'excrétion virale était de 20 jours environ chez les survivants. Et le SARS-CoV-2 était détectable jusqu'à la mort chez tous les non-survivants. Il est probable que ces patients sont ceux qui excrètent le plus de virus, et le plus longtemps. La durée la plus longue d'excrétion virale observée parmi près de 200 cas étudiés a été (parmi les survivants) de 37 jours.
Cette excrétion, plus précoce et plus longue qu'attendue, est à prendre en compte dans les modélisations épidémiologiques. Elle confirme la nécessité d'isoler les patients infectés et de rechercher desantivirauxplus efficaces. La contagiosité ne disparaît pas nécessairement quand l’excrétion du virus disparaît de la gorge, notamment chez l'enfant qui peut encore excréter le virus via l'intestin jusqu'à 8 à 20 jours après que le virus n'est plus présent dans la gorge.
L'enfant ne présente souvent que des symptômes bénins (ou aucun symptôme) mais tout en excrétant le virus et pouvant alors êtrecontagieux. De plus, l'excrétion virale dans lessellespersiste même après la disparition du virus dans les excrétions nasales ou dans lesécouvillonagesde la gorge, avec des écarts constatés de8 à20 jours. Ce fait évoque des mécanismes différents de ceux constatés chez l'adulte.
Selon de premiers travaux de recherche, letaux de reproduction de base(noté R0) qui est un indice de contagiosité se situerait entre 2,2 et 3,5. Il est de 2,2 (intervalle de confiance95 %, de 1,4 à 3,9) sur les 425 premiers cas confirmés.
Unerevue de la littératurepubliée entre le1janvier 2020et le7 février 2020indique une médiane du taux de reproduction de base à 2,79.
En avril 2020, le taux de contagiosité est réévalué fortement à la hausse, entre 3,8 et 8,9, avec une médiane à 5,7.
Ce taux décrit le nombre de foyers secondaires apparaissant à partir d'un foyer primaire. Il indique la facilité d'une infection à se propager dans un lieu clos (foyer…). Une publication du27 févrierdans leLancet, estime ce taux d'attaque secondaire à 35 %.
Elle a dans un premier temps été estimée comprise entre trois heures (en milieu sec) et trois jours (en milieu humide), mais, comme pour la plupart des virus, elle varie beaucoup selon les conditions de température, d'humidité, de lumière (lesUV solairesle détruisent), et selon le type de surface sur laquelle le virus, ou le résidu sec de gouttelettes en contenant, se sont déposés.
Enfévrier 2020, on estimait que le pouvoir infectieux du virus disparaissait en quelques heures. On notait cependant que le virus de la Covid-19 se montrait bien plus contagieux que celui du SRAS et encore bien plus que celui du MERS, surtout pour le personnel soignant, surexposé, et ce malgré les masques chirurgicaux utilisés.
Une étude américaine parue le10 marsdans leNEJMa mesuré le temps de « survie » des virusSARS-Cov-1etSARS-CoV-2dans différentes conditions :
Les résultats peuvent être résumés ainsi :
Important: trois heures est la durée maximale testée ci-dessus pour les aérosols (virus en suspension dans l'air) ;trois heures après l'aérosolisation, le taux deSARS-CoV-2viables était encore très significatif (letitre infectieuxn'était passé que de 10à 10TCID50/mL). Il en allait de même pour leSARS-CoV-1qui en 3 heures passait de 10à 10TCID50/mL.
Remarque : cette étude visait à « prévenir le milieu hospitalier et les chercheurs qui manipulent le virus en laboratoire — qui sont en contact étroit avec les agents infectieux — sur différentes surfaces, pour minimiser les risques de contamination et d'infections nosocomiales ». Les quantités de virus (charge virale) utilisées pour ces tests en laboratoire étaient très élevées, non représentatives de contaminations accidentelles en milieu ordinaire. L'étude américaine précisait d'ailleurs que le virus résiste moins de 5 minutes en dessous de 10 000 particules (contre 100 millions de copies pour test).
Une étude chinoise sur la température et le taux d'humidité dans la transmission du virus conclut que celle-ci semble peu influencée par ces paramètres.
Le chef du service de virologie duCHU de Caen, leDAstrid Vabret, rappelle que l'épidémie de SRAS s'est produite denovembre 2002àjuillet 2003, puis deseptembre 2003àmai 2004. De l'automne au printemps, voire à l'été, donc. Et« on ne sait pas quel a été le rôle de la saisonnalité sur le SRAS ». Certes,« les virus sont tués par les hautes températures, mais on parle là de plus de56°C», insiste la virologue.« Si l'organisme d'un humain atteint cette température-là, s'il ne peut pas se refroidir, lui aussi meurt. C'est déjà compliqué de survivre à43°C».
Le directeur de l'Institut de santé globale au sein de la faculté de médecine de l'université de Genève, Antoine Flahault, estime que, « sous les latitudes tempérées, les virus respiratoires, comme ceux de la grippe ou les coronavirus, sont sensibles aux saisons et l'hiver est leur saison de prédilection ».
Les entreprises sont les lieux où l'on a le plus de chances de se faire contaminer (une contamination sur quatre). Viennent ensuite le milieu scolaire, universités en tête, et les établissements de santé.
Selon une étude américaine basée sur de la modélisation, et réalisée en mars 2020, les lieux clos et mal aérées, qui accueillent beaucoup de monde, ont un taux de contamination plus fort qu'ailleurs. Cette étude pointe ainsi les restaurants, les salles de sports, les cafés et les hôtels comme étant des hauts lieux de contamination, sachant toutefois qu'à l'époque, aucun protocole sanitaire n'était respecté, et aucun masque n'était porté dans ces lieux. Pour des raisons pratiques, les entreprises n'ont pas été incluses dans cette étude.
En France, un collectif de six médecins estime que l'on se contamine surtout lors de rassemblements privés, et appelle donc la population à limiter ces rassemblements.
Selon « Santé Publique France », la majorité des clusters de contamination en France viennent des milieux universitaires, desEHPAD, et des entreprises.
En Espagne, les discothèques sont considérées comme des lieux propices à la transmission, en raison d'une moindre aération, du non port du masque durant la consommation des boissons, du non-respect des distances physiques, et du parler fort nécessaire pour couvrir une sonorisation bruyante.
Ces discothèques ne génèrent pas de nombreux foyers de contagion, mais les foyers de contagion générés par les discothèques touchent une plus grande population.
L'environnement peut jouer un rôle dans la transmissibilité du virus et ou de la maladie :
En avril 2021, en France, avant l'arrivée du variant anglais/delta, il est estimé que« Le virus comme on le sait maintenant se transmet via les postillons à une distance de moins d’un mètre, les surfaces contaminées par ces postillons, le contact physique direct, ou les aérosols en suspension dans les espaces clos. Le fait que les lieux à risque - les réunions privées, les bars, les restaurants, les salles de sport en intérieur, et les voitures partagées - soient des lieux clos où les gestes barrières ne peuvent pas, ou ont pu ne pas, être complètement respectés va dans le sens de ce que l’on sait sur la physiopathologie de la transmission du virus. »
En 2021, une étude menée entre le 23 mai et le 31 aout a été réalisée en France.
La réouverture des terrasses extérieures des bars et restaurants  n'a pas créé de sur-risque, sans doute en raison de la faible capacité et de la bonne aération.
L'augmentation du covid a coïncidé avec trois possibles facteurs :
Le 9 juillet, l'ouverture des clubs de nuit en a fait un lieu de haute contamination, prenant le dessus sur les autres lieux de contamination.
Au14 mars, les modalités précises de transmission sont encore mal cernées. Certaines personnes infectées n'ont pas transmis le virus, tandis que d'autres l'ont transmis à plusieurs personnes.
Plusieurs voies de transmission semblent coexister :
Une étude deseptembre 2020suggère que le port régulier delunettesréduit le risque de contamination, confirmant ainsi que les yeux sont un point d'entrée possible pour le virus.
En mars 2020, un cas de transmission de l'humain vers l'animal semble documenté àHong Kong. Il s'agit d'unspitz naintesté faiblement positif après que son propriétaire a développé la Covid-19. Selon le ministère de l'Agriculture, des Pêches et de la Conservation de Hong Kong, les experts pensaient unanimement que ce chien avait « un faible niveau d'infection et qu'il s'agirait probablement d'un cas de transmission d'humain à animal ». Des experts médicaux, notamment de l'OMS, enquêtent pour déterminer si le chien a été directement infecté ou s'il s'agit d'une contamination acquise via un objet porteur du virus. Pour l'OMS, il n'y avait pas encore de preuve que des animaux, comme les chiens ou les chats, puissent être infectés par ce coronavirus. Les autorités locales recommandent cependant de ne plus embrasser les animaux de compagnie. Le chien est mort 7 jours après avoir été testé et le propriétaire a refusé l'autopsie.
Un deuxième cas de transmission de l'humain vers l'animal a été recensé en Belgique ; il s'agit d'un chat qui a été contaminé par son maître testé positif à la Covid-19.
En avril 2020, une étude d'une équipe de scientifiques de l'Institut de recherche vétérinaire de Harbin, foyer de la seconde vague deCovid-19 en Chine, montre que le chat peut être infecté par le virus mais sans présenter de symptôme ; son rôle semble néanmoins très minime dans la propagation du virus, mais les scientifiques chinois ont toutefois constaté que la transmission entre chats pouvait être possible par crachats et que les chatons étaient plus gravement atteints que les adultes, avec « des lésions massives dans la muqueuse nasale et trachéale, ainsi que les poumons ». Par contre, le furet serait plus sensible au virus, puisque certains d'entre eux auraient perdu l’appétit et eu de la fièvre. Les autres animaux étudiés, dont le chien, le porc, le poulet ou le canard, ne semblent pas être atteints par le virus.
Selon une étude pré-publiée sur BioRxiv l'inoculation expérimentale sur la conjonctive de l'œil du singemacaques'est montrée infectieuse.
En novembre 2020, un variant dit « Cluster 5 » du SARS-CoV-2 est identifié chez des visons d'élevage.« A ce jour, six pays, à savoir le Danemark, les Pays-Bas, l'Espagne, la Suède, l'Italie et les États-Unis ont rapporté des cas de SARS-CoV-2 chez des élevages de visons auprès de l'Organisation mondiale de la santé animale »déclare l'OMS. La France rapporte à son tour un cas le 22 novembre dans un élevage d'Eure-et-Loir et ordonne l'abattage immédiat des mille bêtes de l'exploitation.
Début 2021, il a été relevé que les espèces suivantes étaient susceptibles d'être infectées par le SARS-CoV-2 : les chauves-souris, les chats, les chiens, les lions et les tigres (du zoo de New-York), les visons d'élevage, les furets sauvages, les hamsters, les macaques, lecerf de Virginie… Une étude publiée par Sean King et Mona Singh en novembre 2021 suggère que les rongeurs seraient résistants aux coronavirus et pourraient être d'importants porteurs asymptomatiques du Covid-19.
Elle est prouvée par des tests faits systématiquement chez des sujets ayant eu un contact avec un cas « index ». Ont été ainsi mis en évidence :
En novembre 2020, les preuves suggèrent qu'environ une personne infectée sur cinq ne présentera aucun symptôme et qu'elle transmettra le virus à beaucoup moins de personnes qu'une personne présentant des symptômes. Une méta-analyse publiée en octobre 2020 a calculé un taux d'infections asymptomatiques à 17 %. Cette analyse révèle également que les personnes asymptomatiques étaient 42 % moins susceptibles de transmettre le virus que les personnes symptomatiques (le risque qu'une personne asymptomatique transmette le virus à d'autres personnes chez elle serait, lui, d'environ un quart du risque de transmission par une personne symptomatique).
Un programme de dépistage de masse de plus de 10 millions d'habitants deWuhan, en Chine, réalisé après la maîtrise du SRAS-CoV-2, a identifié 300 cas asymptomatiques de covid-19, dont aucun n'était infectieux. Les chercheurs n'ont trouvé aucun « virus viable » dans les cultures d'échantillons asymptomatiques. Ils ont néanmoins déclaré que leurs découvertes ne montraient pas que le virus ne pouvait pas être transmis par des porteurs asymptomatiques, et n’ont pas suggéré que leurs résultats étaient généralisables.
Lapériode d'incubationde la Covid-19 serait d'environ cinq jours, le plus souvent comprise entre trois et sept jours. Exceptionnellement, pour un peu plus de 1 % des cas, le temps d'incubation dépasse quatorze jourset très exceptionnellement pourrait durer jusqu'à 24 jours.
Quatorze jours est donc considéré comme un bon délai de sécurité pour savoir si une personne est symptomatiquement infectée, et pour éviter qu'elle ne contamine d'autres gens hors de sa zone de confinement.
Historiquement, fin janvier, l'OMS, en se basant notamment sur les observations anciennes faites sur leMERS, a estimé la durée d'incubation à en moyenne cinq jours (entre deux et dix jours). On savait aussi déjà qu'« on peut être contagieux avant que les signes cliniques soient là », voire sans symptômes, comme avec lagrippe; et« que les cas secondaires sont de plus en plus fréquents ».
Le6 février 2020, une étude chinoise supervisée parZhong Nanshan(médecin ayant découvert leSRASen 2003), menée sur près de 1 100 patients conclut à une incubation de0 à24 jours, avec une duréemédianede trois jours.
Le 10 mars, une étude internationaleestime la durée médiane d'incubation à 5,1 jours (5,5 jours en moyenne), et que 97,5 % des personnes seront malades 11,5 jours après le contact infectieux.
Même si dans 101 cassur 10 000(99percentile), les 14 jours sont dépassés, les auteurs principaux, le docteur Lauer et Ms. Grantz, jugent qu'il n'y a pas lieu de remettre en cause la durée de 14 jours de quarantaine.
Une étude française publiée le27 mars 2020décrit trois types de malades:
Dans certains cas, la maladie peut durer de 30 à 60 jours.
L’installation des symptômes se fait progressivement sur plusieurs jours, contrairement à la grippe qui débute brutalement.
Enavril 2020, les signes cliniques sont, selon leBritish Medical Journal, en fonction de leur fréquence :
D'autres signes cliniques ont été peu à peu rapportés :
Les critères de gravité sont les suivants :
Les études enmicroscopie électroniqueet sur coupeshistologiquesde tissus pulmonaires (faites aprèsautopsies) ont montré que les virions sont dans le poumon essentiellement localisés dans les pneumocytes.
Comme dans le cas du SARS, puis du MERS, la Covid se traduit dans l'arbre respiratoirepar des lésions alvéolaires diffuses, caractérisées par des phases exsudatives et prolifératives de ces lésions, avec une congestion des vaisseaux capillaires et unenécrosesystématique despneumocytes, et très souvent une atteinte des membranes hyalines, unœdèmeinterstitiel et intra-alvéolaire.
Les autopsies ont aussi révélé de fréquents événements thromboemboliques (« parfois cliniquement insoupçonnés au décès »). Outre une hyperplasie pneumocytaire detype 2, on a souvent observé une métaplasie squameuse avec atypie et micro-thrombusplaquettaire-fibrine.
L'infiltrat inflammatoire est toujours majoritairement composé de macrophages, souvent présents dans la lumière alvéolaire, souvent accompagnés de lymphocytes dans l'interstitium. Des membranes hyalines se forment fréquemment, et une hyperplasie atypique des pneumocytes est également fréquemment constatée post-mortem. Le thrombus plaquettaire-fibrine des petits vaisseaux artériels peut être relié à unecoagulopathieapparemment fréquente chez les malades de Covid-19 et qui selon Carsana & al (2020) devrait être l'une des principales cibles du traitement.
Quatre mois après l’apparition de la maladie, celle-ci fait l'objet de plusieurs nouvelles descriptions.
Dèsdécembre 2019, des symptômes gastroentériques sont épisodiquement signalés chez les malades, suivis de preuves éparses d'atteintes entériques.
Ces études laissaient penser que les symptômes gastro-intestinaux ne survenaient qu'au cours de la maladie, mais une autre étudea signalé que des patients atteints de Covid-19 avaient déjà des diarrhées1–2 joursavant apparition d'unefièvreet/ou dedyspnée.
Début avril 2020, une analysevirologiquedétaillée de 9 malades conclut que dans ces 9 cas, des virus infectieux était abondants dans la gorge et les poumons, mais pas dans les échantillons de sang, d'urine ou deselles(malgré une forte concentration en ARN viral dans les selles).
Mi-avril 2020, la fréquence d'atteintes gastroentériques est rétrospectivement confirmée par une étude multicentrique, menée en Chine dans laprovince du Hubei, où les cas de 232 patients testés positifs auSARS-CoV-2entre le19 janvieret le6 mars 2020ont été étudiés. Ces malades se répartissaient en 129 hommes et 101 femmes ; ils étaient âgés de7 à90 ans (âge médian : 47,5 ans). Desdiarrhéesont été signalées chez49 (21 %) patients, plutôt chez les plus âgés, et chez les plus susceptibles d'avoir des comorbidités et plus souvent touchés par une pneumonie grave (par rapport à la moyenne des malades).
Singulièrement, plus l'épidémie avançait dans le temps, plus la part des malades souffrant de diarrhée augmentait ; ainsi 43 % des patients accueillis entre le12 févrieret le6 mars 2020présentaient des diarrhées contre 19 % des malades accueillis dans le mois précédent (entre le19 janvieret le11 février 2020). Les auteurs n'ont pas trouvé de corrélation entre le risque de diarrhée et la supplémentation en oxygène. Mais chez les patients souffrant de diarrhée, la part de ceux ayant nécessité des soins intensifs et une assistance respiratoire a été significativement plus élevée. Les résultats aux tests de laboratoire, de même que la part des patients ayant reçu un traitement antibiotique et/ou antiviral, étaient globalement identiques chez les patients avec ou sans diarrhée. Dans quelques cas (4 % des 230 malades du panel), des problèmes hémorragiques ont été signalés (selles sanglantes) et 1 % des cas ont manifesté des douleurs abdominales, mais en aucun cas (dans ce panel) les symptômes gastroentériques n'étaient seuls. Les auteurs notent que parmi les malades du SRAS en 2003, on avait déjà noté que les patients diarrhéiques avaient été plus nombreux à nécessiter des soins intensifs et une ventilation (par rapport aux non-diarrhéiques).
Expliquer ces diarrhées et ces corrélations, et pourquoi le nombre de maladies diarrhéiques augmente entre janvier et mars (passage de 2 à 3 % avec diarrhée à 21 %)pourrait selon Yunle Wan et al. (enavril 2020)« aider à identifier de nouvelles stratégies d'intervention pour réduire ou prévenir les conséquences graves de COVID-19 ».
Le taux apparent d'atteintes gastroentériques signalées intrigue car ayant plus que doublé en un mois. Il pourrait en partie s'expliquer par une sous-estimation de ces symptômes par les cliniciens en début d'épidémie, et/ou refléter des différences géographiques entre les populations humaines ou virales étudiées (car les premières études portent sur des malades de Wuhan et le panel a ensuite été élargi à quatre autres villes de la province). Le manque de données sur le nombre de casasymptomatiquesa pu faire surestimer la part des patients présentant des troubles gastro-intestinaux. Et par ailleurs, lelopinaviret leritonavirici utilisés comme antiviraux contre leSARS-CoV-2ont comme effet secondaire fréquent des diarrhées, il aurait pu être source de quelques biais, mais l'étude n'a rétrospectivement pas constaté chez les malades de corrélation entre diarrhée et utilisation d'antiviraux ou d'antibiotiques. Il est donc possible que le virus ait muté en modifiant son tropisme, en l'élargissant aux intestins, ce qui invite à des travaux approfondis. Le virus étant présent dans les diarrhées, cesexcrétasdevraient faire l'objet d'une gestion adaptée (déchet à risque infectieux).
Une hypothèse, testée par deux études à partir d'avril 2020, est qu'une faible diversité dumicrobiote intestinalfacilite l'infection.
On sait que le virus du SRAS ou celui du MERS peuvent infecter les cerveaux des souris, notamment lethalamuset letronc cérébral. Il en va de même pour l'humain, et les cellulesglialesdu cerveau ont bien des récepteursACE2(utilisés par le virus pour pénétrer les cellules qu'il infecte, respiratoires notamment).Une seconde porte d'entrée dans le système nerveux central (SNC) peut être la circulation périphérique via le franchissement desbarrières qui séparent la circulation du cerveau et la circulation générale.Une troisième voie possible est sa dispersion des poumons dans lenerf vague, via les récepteurs d'étirement pulmonaire, atteignant éventuellement le tronc cérébral(d'autres coronavirus peuvent infecter le cerveau via une voiesynaptiquevers lecentre respiratoiresitué dans lamoelle allongée, par le biais demécanorécepteurscomme les récepteurs pulmonaires extensibles et leschimiorécepteurs(principalement les chimiorécepteurs centraux) dans les poumons).Dans tous les cas, un dysfonctionnement du centre respiratoire pourrait aggraver lesyndrome de détresse respiratoire aigüeobservé chez beaucoup de patients Covid-19.
Les manifestations neurologiques signalées chez des patients Covid-19 concernent :
Depuis avril 2020, quelquesencéphalopathies(alors éventuellement accompagnés de convulsions ou des signesextrapyramidaux)et/ouméningitesont été observées chez certains patients (et confirmée par imagerie), avec certains rapports de détection du virus parponction lombaire. La présence debandes oligoclonalessemble être un point commun à tous ces patients.
Une étude australienne invite les autorités de santé à exercer une vigilance sur les manifestations neurologiques consécutives à la Covid-19, notamment en recherchant la présence deneurofilamentsdans les prélèvements sanguins.
Le12 janvier 2021, une étude parue dans leJournal of Experimental Medicinedémontre la capacité du SARS-CoV-2 à infecter les neurones, avec des effets divers : maux de tête,perte d'odorat, perte de conscience ouaccident vasculaire cérébral.
En octobre 2021, les chercheurs mettent au jour l'impact de la maladie sur les cellules endothéliales vasculaires cérébrales, « composantes essentielles de labarrière hémato-encéphaliquequi protège le cerveau ». En infectant ces cellules, le SARS-CoV-2 leur fait produire un ciseau moléculaire dégradant la protéine NEMO indispensable à leur survie. La mort de ces cellules conduit à dégrader la barrière hémato-encéphalique avec deux effets opposés : soit une sous-irrigation du cerveau, soit des microhémorragies. Heureusement l'effet de la maladie sur ces vaisseaux sanguins est réversible.
Les complications cardiovasculaires aiguës sont une partie dutableau cliniquede la Covid-19, comme l'a montré une vaste étude basée sur 86 742 patients atteints de Covid-19 en Suède entre le1février et le 14 septembre 2020 (patients comparés à 348 481 sujets-témoins). L'étude a montré un triplement du risque d'infarctus aigu du myocarde(et d'accident vasculaire cérébralischémique) lors des 15 jours suivant le diagnostic de Covid-19, si l'on comptabilise les cas survenus à partir du jour suivant le diagnostic, et ceci« même après ajustement pour lesfacteurs de risque»; le risque diminue (0,60 fois plus) les3et4semaines après le diagnostic. Par contre si l'on prend en compte le jour même de l'exposition, l'incidence de l'infarctus est encore plus importante (risque 8,44 fois plus élevé lors de la1semaine, 2,56 fois plus la2semaine, et 0,62 fois plus les3et4semaines). En incluant le jour d'exposition, l'incidence de l'AVC ischémique est multipliée par 6,18 au cours de la1semaine, par 2,85 lors de la2semaine et par 2,14 les semaines 3 et 4.Remarques : 1) l'étude avait exclu les personnes ayant déjà subi un infarctus du myocarde et/ou un AVC car le risque d'une récidive est accru après un premier incident de ce type. 2) Ces chiffres valent pour 2020, le risque peut avoir diminué depuis le début de la pandémie, à la suite de l'amélioration des traitements, et il peut ensuite encore diminuer avec la généralisation de la vaccination.
Les principalescomplicationssont unedétresse respiratoire aiguëdans 30 % des cas, unemyocarditedans 10 % des cas et unesurinfectionbactériennedans 10 % des casou une libération importante decytokineresponsable d'unelymphohistiocytose hémophagocytaire secondairequi est une forme particulière dechoc cytokinique.
Ces complications peuvent entraîner la mort spécialement, mais pas exclusivement, chez les personnes rendues fragiles par l'âge ou par descomorbidités.
Le risquethrombo-emboliqueest une complication des formes critiques. Ces dernières s'accompagnent d'un état d'hypercoagulabilité, et on observe une corrélation entre le taux deD-dimèreet le risque de mortalité. L'emboliemassive est une cause majeure de mortalité, surtout chez les sujets jeunes et chez les patients sévèrement atteints. Un temps de prothrombine prolongé et des niveaux élevés de protéine C-réactive à l'admission à l'hôpital sont associés au déroulement sévère du COVID-19 et au transfert enunité de soins intensifs(USI).
Mi-avril, une étude sur 183 patients de Wuhan estimait qu'environ 71 % des morts de Covid-19 ont présenté unethromboseet unehémostaserépondant aux critères de diagnostic d'unecoagulation intravasculaire disséminée(CID).
On avait déjà montré (2013) que le virus du SRAS, via une voie anormale d'urokinase, pouvait induire une lésion du poumon par leSARS-CoV, ce qui évoquait une interaction complexe entre les nouveaux coronavirus, la coagulation et les systèmes fibrinolytiques.
En avril 2020, la Chine a publié un consensus d'experts sur les troubles de lacoagulationliés à la Covid-19 sévère, sur les tests de coagulation, le traitement anticoagulant, un traitement de remplacement et sur un traitement de soutien et la prévention, avec 18 recommandations cliniques. L'effet inflammatoire multi-organes endommage aussi le système microvasculaire, ce qui suractive le système de coagulation, avec comme manifestation unevascularitegénéralisée des petits vaisseaux et une microthrombose largement répartie.
Larhabdomyolyseest une complication sous-estimée car se manifestant principalement par des douleurs musculaires mais qui persiste et se focalise. Le diagnostic de cette complication est facile car elle se fait par le dosage de lacréatine-kinaseet de lamyoglobine. Mais ces examens ne font pas partie des examens biologiques de routine.
Plusieurs articles avaient signalé en Chine et à Singapour un aspect cardiovasculaire chez des patients, mais sans les étudier systématiquement.
Le 25 mars 2020, un article scientifique confirme que de nombreux patients sévèrement touchés avaient une maladie cardiovasculaire sous-jacente et/ou des facteurs de risque cardiovasculaires et cérébrovasculaires. Une lésion cardiaque aiguë (notamment démontrée par des taux élevés detroponine) est fréquente dans les cas graves et très associée à la mortalité. Les auteurs estiment que la Covid-19 induit plus souvent qu'on ne le pensait initialement une inflammation vasculaire, unemyocarditeet desarythmies cardiaques, ce qui invite à mieux étudier les facteurs de risque, cardiovasculaires.
Le 10 avril 2020, Sandro Giannini, professeur de médecine à l'université de Bologneestime que les décès dus à la Covid-19 qu'il a observés ont une cause cardiovasculaire plutôt que respiratoire. La Covid-19 induit unaffolement du système immunitaireoù l'inflammation induit aussi uneembolie pulmonaire(caillots sanguins). Ceci expliquerait l'efficacité desanti-inflammatoireset l'inefficacité de la ventilation assistée. LeDCameron Kyle-Sidell (médecin urgentiste du centre médical Maïmonide de New York) pense de même : les poumons des patients sont sains et remplis d'air, mais le niveau d'oxygène sanguin est insuffisant. 50 % des patients soignés par Luciano Gattinoni (professeur au service d’anesthésie-réanimation de l’université de Göttingen en Allemagne, et expert renommé en ventilation mécanique) étaient dans ce cas.
Avertissements:
En décembre 2020, la maladie tue principalement les personnes âgées, 78 % des victimes de la Covid-19 en France ayant 75 ans et plus. Ce taux monte à 92 % pour les personnes de 65 ans et plus. L'âge moyen des décès liés à la Covid-19 est de 81 ans, et l'âge médian de 84 ans. Les moins de 50 ans ne représentent que 1,9 % des décès liés à la maladie.
Selon une étude réalisée sur 540 667 adultes hospitalisés avec COVID-19 entre mars 2020 et mars 2021 par lesCentres pour le contrôle et la prévention des maladies, 94,9 % d'entre eux avaient au moins un problème de santé sous-jacent, c'est-à-dire qu'ils avaient, en plus de la Covid-19, une autre maladie susceptible d'avoir causé leur hospitalisation. Les facteurs de risque de décès les plus importants étaient l'obésité, lestroubles liés à l'anxiété et à la peuret lediabèteavec complication.
Le taux médian de létalité chez les plus jeunes serait beaucoup plus faible qu'estimé initialement. Il serait de 1 sur 333 333 (0,0003 %) entre 0 et 19 ans, 1 sur 50 000 (0,002 %) entre 20 et 29 ans, 1 sur 9000 (0,011 %) entre 30 et 39 ans, 1 sur 3000 (0,035 %) entre 40 et 49 ans, 1 sur 800 (0,123 %) entre 50 et 59 ans et 1 sur 200 (0,506 %) entre 60–69 ans ; soit 1 sur 1500 (0,07 %) entre 0 et 69 ans.
Source : Centre chinois pour le contrôle et la prévention des maladies. Données au 11 février.
L'hypertension artérielle(HTA) semble être le facteur de risque le plus important dans une étude du 24 mars. Les coronavirus SARS et SARS-CoV-2 utilise le récepteur ACE2 pour pénétrer dans l'épithélium respiratoire. Plusieurs hypothèses sont avancées notamment la perturbation du fonctionnement des ACE2 par un traitementantagoniste des récepteurs de l'angiotensine IIou les enzymes impliquées dans le fonctionnement de ces récepteurs. Un autre mécanisme évoqué est la surexpression des ACE2 chez les patients atteints d'hypertension ou de diabète. LeDKarol Watson, éditeur associé duNEJM Journal Watch Cardiologyindique qu'il n'y a aucune donnée actuelle qui laisse penser à un risque supplémentaire chez les patients prenant un antagoniste des récepteurs de l'angiotensine II ou uninhibiteur de l'enzyme de conversion. Au contraire, une étude rétrospective sur 511 patients montre que la prise d'antagoniste des récepteurs de l'angiotensine II pour HTA s’accompagne d'une mortalité diminuée par rapport aux hypertendus ne prenant pas ce traitement. L'effet est net après 65 ans. Ce caractère protecteur du traitement anti-HTA est spécifique des antagonistes des récepteurs de l'angiotensine II. Il n'est pas retrouvé dans les autres catégories d'anti-hypertenseurs (bêta-bloquant, inhibiteur calcique).
Ce même mécanisme pourrait être à l'origine de l'effet délétère de l'ibuprofènesur la maladie.
Le nombre de malades est égal entre les sexes, mais parmi les personnes sévèrement touchées, les hommes survivent moins à la maladie. Ainsi :
Causes de surmortalité masculineCettesurmortalitémasculine est particulièrement marquée chez les 40-70 ans (d'après les statistiques OMS). Elle pourrait s'expliquer par :
En juillet 2021, l'ECDCindique que la maladie a tué 3 986 982 personnes dans le monde, dont 740 809 dans l'union européenne et l'espace économique européen, 605 526 aux États-Unis, 524 417 au Brésil, 402 728 en Inde, 233 689 au Mexique, 193 389 au Pérou, 137 925 en Russie et 128 231 au Royaume-Uni entre le31 décembre 2019et lasemaine 26de l'année 2021.
Au 24 novembre 2021, le nombre de morts officiellement dues au Covid-19 est de 5,2 millions, mais sur la période prise en compte, l'excès de morts par rapport aux années précédentes est de 20,1 millions ; l'écart entre ces deux nombres est variable selon les pays : +20 % dans l'Union Européenne et en Amérique du Nord, +700 % en Asie, +800 % en Afrique.
L'OMS estime que l'excès de mortalité dû à la Covid-19 dans le monde en 2020 et 2021 est de 15 millions.
Connaître les facteurs favorisant ou non l'infection, le développement des symptômes et le diagnostic aide les cliniciens à mieux identifier, et précocementtrierles patients à risque.
Selon une étude portant sur 540 667 adultes hospitalisés avec la COVID-19 entre mars 2020 et mars 2021, les facteurs de risques de mortalité sont :
En France, leministère des Solidarités et de la Santéinforme, le24 mars 2020, que, dans le cadre de la procédure d’arrêt de travail simplifiée, sont considérés comme « à risque » au regard de la Covid-19 et susceptibles de développer une forme grave d’infection, les cas suivants:
Les personnes avec unIMCsupérieur à 30 sont plus à risque d'avoir une forme grave de la maladie et celles avec un IMC supérieur à 40 sont plus à risque d'en décéder.
Une étude réalisée en Chine montre que les femmes enceintes ou venant juste d'accoucher ont une perception juste des risques liés au coronavirus: la contamination est inférieure à celle de la grippe mais les complications peuvent être supérieures aux autres évènements malencontreux que peuvent rencontrer une femme enceinte, elles sont vigilantes sur les possibles contaminations de leurs proches. Elles sont mieux renseignées sur les risques que l'ensemble de la population éduquée.
La covid accroît le risque d'enfant mort-né, particulièrement le variant delta.
De premières études estimaient un risque plus élevé de 50 % chez les fumeurs de développer une forme grave (notamment en raison des effets nocifs du tabac sur les poumons et/ou le système cardiovasculaire). Mais alors que le fumeur double son risque de déclarer une grippe, qu'il n'est pas protégé pour leSRASet alors qu'il semblait nettement plus vulnérable auMERS, des faisceaux d'indices statistiques plaident pour une moindre vulnérabilité à la Covid-19 :
On a pensé au début de la pandémie que lanicotinepouvait protéger de la Covid-19.
Plusieurs des études citées ci-dessus présentent de possibles biais. Par exemple, le personnelsoignantetenseignant(moins susceptibles de fumer) y est sur-représenté. Ou (dans l'étude de la Pitié-Salpétrière) les patients viennent d'Île-de-France, une région où l'on compte moins de fumeurs qu'ailleurs en France. Mais au moins deux de ces études laissent fortement penser que les fumeurs sont mieux protégés du virus.
Une pré-étude (du 8 mai 2020) rappelle que d'après les bases de données disponibles, les tissus pulmonaires et rénaux desfumeurs(tout comme ceux des patients souffrant d'hypertension artérielle pulmonaire, d'insuffisance rénale chroniqueet denéphropathie diabétique) expriment plus que la normale la protéine ACE2 (consensuellement considérée comme principale voie d'entrée pour le virus dans les cellules qu'il infecte).
Des études utilisant despatchsnicotiniques (ou contenant d'autres « agents nicotiniques ») sont prévues ; ces patchs seront testés sur du personnel soignant, et en essai thérapeutique sur des patients hospitalisés (dont en réanimation). Ils doivent permettre de confirmer ou infirmer que leproduit actifest bien dans ce cas la nicotine (sachant que la chimie de lafumée de tabacest particulièrement complexe).
Finalement, en mai 2021 la principale étude concluant à un« effet protecteur du tabac »est rétractée par la revueThe European Respiratory Journal, à la suite de la mise en évidence de nombreux biais (notamment par une contre-étude publiée dans leBritish Medical Journal), et surtout à la révélation que les deux principaux auteurs de l'article avaient« oublié »de déclarer qu'ils travaillaient pour le lobby du tabac. Le consensus scientifique penche donc très clairement pour un rôle aggravateur du tabagisme sur la COVID-19.
On a d'abord craint que l'asthmeet lamaladie pulmonaire obstructive chronique(MPOC), et d'autres maladies respiratoires chroniques, prédisposeraient à l'infection par leSARS-CoV-2et/ou à développer les formes les plus sévères de Covid-19. Contre toute attente et au contraire, lors des trois premiers mois de pandémie, ces deux maladies ont été sous-représentées dans les comorbidités signalées. Une même tendance, non expliquée, avait concerné le SRAS.
Il y a plusieurs hypothèses expliquant pourquoi elles sont sous-représentées:
Début avril 2020, les chercheurs ayant fait ce constat invitent à documenter avec précision les comorbidités, et les traitements antérieurs des malades de Covid-19, pour préciser les facteurs favorisant ou non l'infection, le développement des symptômes et le diagnostic, et pour définir les avantages/inconvénients du traitement de l'asthme et de la MPOC lors de la pandémie de Covid-19.
Parmi les plus utilisés au monde, surtout chez des gens âgés, ces médicaments peuvent exacerber le risque de septicémie et d'hypotension (en modifiant l'homéostasie et notamment le système nerveux sympathique, l'équilibre sodique et/ou lesystème rénine-angiotensine-aldostérone(RAS) qui est impliqué dans la Covid-19). Malgré une préoccupation théorique concernant une expression accrue de l'ACE2par blocage dusystème Rénine-Angiotensine-Aldostérone(RAS), début mai 2020, on n'a pas démontré que lesantihypertenseurssoient nuisibles lors d'une infection à Covid-19 (sur le modèle animal, ils semblent même bénéfiques). Sur ces bases, le 7 mai 2020, un groupe de spécialité de l'hypertension (Sungha Park & al.) a recommandé de maintenir leblocage RASchez les hypertendus lors de la pandémie de Covid-19.
En octobre2020, un facteur génétique de comorbidité est découvert. Il augmente (jusqu'à trois fois)le risque d'insuffisance respiratoire aiguë après infection par le SRAS-CoV-2 ; et chez les moins de 65 ans, il double le risque de mourir de complication.
Il s'agit d'uncluster de gènessitué sur leChromosome 3 humain(et plus précisément  dans la région3p21.31).
Une étude distincte, sur 3 199 patients hospitalisés et un groupe témoin, a confirmé que ce cluster est le principal facteur de risque génétique pour les symptômes graves post-hospitalisation.
Cette séquence de gènes est héritée du génome de l'Homme de Néandertal, il y a environ entre 50 000 et 60 000 ans en Europe du Sud.
Elle est très inégalement répartie dans le monde : en Asie du Sud, environ 50 % de la population en est porteuse, contre 16 % en Europe alors qu'elle est presque absente en Asie de l'Est. Lors de la publication de l'étude on ignorait comment et pourquoi ces gènes augmente le risque de forme grave de la malade.
Une autre étude (pré-impression, décembre 2020), a pointé unenzymeditdipeptidyl peptidase-4(DPP4). Le gène à l'origine du risque accru de forme grave de Covid-19 a ensuite été identifié comme étant le« facteur de transcription leucine zipper like 1 »(LZTFL1), un gène encore peu connu.
La méthode standard dediagnosticconsiste à effectuer uneréaction en chaîne par polyméraseàtranscription inverse(rRT-PCR) à partir d'unécouvillonnasopharyngé. Au début de l’épidémie, des critères avaientété définispour réaliser les tests diagnostiques. Au 6 mars 2020, devant la diffusion mondiale du virus et l’apparition de plusieurs foyers importants, ces critères sont devenus de plus en plus obsolètes. Le fait de revenir d'un séjour dans une région infectée est suffisant pour justifier une recherche par RT-PCRet/ou la réalisation d'unCT scandes poumons si un patient présente les signes décrits ci-dessus.
LesCDCdéfinissent un « contact étroit » comme le fait d'être à moins de deux mètres d'un malade suspecté ou confirmé ou dans une pièce ou une zone de soins pendant une période prolongée sans équipement de protection individuelle ou exposé directement auxsécrétionsd'une personne infectée par leSARS-CoV-2.
En complément du test PCR, unoxymètrepeut également être utilisé pour détecter une contamination au COVID-19 ou pour surveiller une personne contaminée afin d'être alerté en cas de détresse respiratoire.
Le test-diagnostic le plus utilisé est la mise en évidence dugénomedu virus par la technologieRT-PCR(amplification génique après transcription inverse) sur des frottis nasopharyngés. Cependant, ce diagnostic n'est pas à la portée de tous lessystèmes de santé. De plus, desfaux négatifssont possibles enRT-PCR, ce pourquoi l'imagerie médicalereste essentielle pour le bon diagnostic des patients.
Laspécificitéde ce test est de 100 % mais on ignore sa sensibilitécependant tout dépend de la charge virale du prélèvement laquelle est variable selon le moment (primo-infection) selon l’état immunitaire du sujet (risque élevé chez les sujets immunodéprimés). L'existence de faux négatifs est connue. La RT-PCR a été largement déployée en virologie diagnostique et a donné peu de résultats faussement positifs. Lesvaleurs prédictivespositive et négative ne sont pas actuellement connues avec précision, car, pour les calculer il faut avoir le chiffre exact de l'incidenceet de laprévalencede la maladie. Le22 janvier 2020, leministère français des Solidarités et de la Santéannonce qu'un test diagnostic développé par le centre national de référence des virus respiratoires, à savoir l'Institut Pasteur, est disponible en France.
La sensibilité du test dépend aussi de son lieu et mode de prélèvement. Ainsi la sensibilité de la RT-PCR est meilleure pour les prélèvements faits dans le nez que dans la bouche. Pour échantillonner l'ARN duSARS-CoV-2, on a d'abord recommandé d'analyser le mucus de fond de gorge par écouvillonnage. Les gouttelettes d'expectorations ont été jugées ensuite plus représentatives de la charge virale. En cas de RT-PCR négative au niveau nasopharyngés chez un patient suspect de maladie à coronavirus 2019, il est préférable d'effectuer des prélèvements parlavage bronchoalvéolaire(lavage bronchique au cours d'unefibroscopie pulmonaire), mais cette méthode (recommandée pour toute maladie respiratoire à risque) est impossible à appliquer en contexte épidémique.
La RT-PCR nécessite du temps, or le nombre d'appareils et leur capacité sont limités. Des diagnostics rapides sont donc proposés, par exemple en s'appuyant sur l'âge, le sexe, la température, les images radiologiques et le rapportneutrophilesurlymphocyte.
Une étude rétrospective chinoise, publiée le11 avril 2020dans leJournal of Clinical Virology, portant sur 301 malades hospitalisés présentant des formes moyennes ou sévères (mais dont aucune n'a nécessité un transfert en U.S.I.), 1 113 RT-PCT  ont été effectuées chez ces patients sur des prélèvements nasaux ou laryngés (nez et bouche). Cette étude permet d'établir la dynamique de la RT-PCR:
Une méta-analyse publiée le13 mai 2020dans leAnnals of Internal Medicineévoque aussi des faux négatifs évoluant de 38 % à J5 (jour moyen de début des symptômes) à 20 % à J8 pour remonter à 21 % à J9 puis 66 % à J21.
Il existe une certaine confusion sur la notion de charge virale pour la maladie à coronavirus 2019 comme le rappelle Alexandre Bleibtreu, infectiologue à l'hôpital de la Pitié-Salpêtrière à Paris. La charge virale est la quantité de virus dans une unité de volume. Le test RT-PCR dose la quantité de génome virale c'est-à-dire après destruction de l’enveloppeet de la membrane du virus.
La persistance d'une excrétion virale par l'épithélium nasal est aussi un facteur de risque. Toutes les personnes dans une étude comprenant 171 personnes admises en USI avec 53 décès ont gardé une charge virale jusqu'à la fin. Une lettre adressée à l’éditeur de la revueLancetrappelle que la charge virale dans le cas du SARS restait positive jusqu'à 1 mois après la guérison alors que la culture virale se négativait plus rapidement relativisant la charge virale dans la contagiosité.
La présence d'unecharge viralesanguine (assez fréquente lors de maladies à coronavirus) semblerait être un facteur de gravité. Elle invite aussi à une bonne gestion desdons de sangfaits pour lestransfusions.
Une première étude s'intéresse à la présence desanticorpsIgGetIgM. La recherche des IgG et IgM est beaucoup plus simple et rapide que le RT-PCR. Elle permettrait de rattraper lesfaux positifs(par pollution d'ARNdans le laboratoire) et les faux négatifs (mauvais prélèvement) mais le faible nombre de cas ne permet pas de conclure définitivement.
Une autre étude sur 173 patients porte sur laréaction sérologiqueà l'infection à SARS-CoV-2 : le taux deséroconversion(passage de l'absence d'anticorps spécifique à la présence d'anticorps spécifiques) pour les anticorps IgG et IgM étaient de 93,1 % (161/173) 82,7 % (143/173) avaient des IgM sans IgG et 64,7 % (112/173) des IgG sans IgM ; La séroconversion est apparue séquentiellement pour anticorps IgG et IgM, IgM puis IgG, avec un temps médian respectivement de onze, douze et quatorze jours. Moins de 40 % de patients avaient des anticorps les sept premiers jours de la maladie puis ce pourcentage a rapidement augmenté à 100,0 %, 94,3 % et 79,8 % pour IgG et IgM, IgM et IgG respectivement quinze jours après le début de la maladie. En revanche, le taux positif du RT-PCR est passé de 66,7 % (58/87) dans les échantillons prélevés avant le7jour à 45,5 % (25/55) entre J15 et J39. La combinaison de la détection d’ARNet d’anticorps a amélioré la sensibilité du diagnostic (p < 0,001), même en phase précoce (première semaine).
Une autre étude a conclu que chez la moitié des patients, laséroconversionse produit après une semaine (parfois au14jour), et elle n'est pas suivie d'une baisse rapide de la charge virale.
Une étude remarque que les IgG apparaissent un ou deux jours seulement après les IgM, soit de façon beaucoup plus rapide qu’habituellement.
Un titre anticorps IgG et IgM élevé serait indépendamment associé à une gravité de la maladie.
Début mai, la HAS rappelle que les tests sérologiques ne permettent pas de statuer sur une potentielle immunité protectrice nia fortiorisur sa durée. Et ils n’apportent pas d’information sur la contagiosité. Outre leur intérêt épidémiologique, elle précise les indications dans le diagnostic de la maladie:
Ce virus peut se cultiver par culture virale (faite le27 janvier 2020à l'Institut Pasteur de Paris; par contre, c'est une équipe australienne qui isole le virus par culture pour la première fois), mais celle-ci n'est pas utilisée en pratique clinique.
Un premier essai d'un test à faire chez soi a été publié dans la revue Journal of Clinical Virology le20 avril. Ce test, bien qu'ayant une sensibilité de 100 % et une spécificité de 97 %, se montre pas assez spécifique lors de l'essai, puisque sa valeur prédictive positive n'est que de 55 % (donc, si ce test est positif, le virus détecté sera le SARS-CoV-2 une fois sur deux et une fois sur deux un autre virus), mais sa valeur prédictive négative est de 100 % : s'il est négatif, vous êtes sûr de ne pas avoir le virus.
Les signes biologiques les plus importants car semblant en rapport avec la gravité de la maladie sont:
Les autres anomalies évaluent le retentissement de l'infection virale sur les différents organes (cœur, rein, foie) : on peut retrouver une cytolyse hépatique modérée (transaminaselégèrement augmentée) ; le taux deprocalcitonineest normal ; leslactates déshydrogénaseset lacréatine kinasepeuvent être augmentées.
Une aggravation de la maladie se traduit par l'aggravation de lalymphopénieavec aggravation de laleucocytose.
Les taux de 13cytokinessont significativement corrélés avec le risque de développer une forme grave nécessitant une prise en charge enunité de soins intensifs. Un bon marqueur pronostique est constitué de deux d'entre elles:
Des indicateurs d'inflammation ont été recherchés chez des patients légers, graves et critiques, pour discriminer rapidement ceux dont lapneumopathiepourrait évoluer vers une forme sévère ou mortelle. Les critères associés à la gravité de la maladie étaient l'âge, le récepteur de l'interleukine 2, de l'interleukine 6(IL-6), de l'interleukine 8, de l'interleukine 10, le facteur de nécrose tumorale α, laprotéine C réactive(CRP), laferritine, laprocalcitonine, la numération desglobules blancs, la numération deslymphocytes, la numération desneutrophileset la numération deséosinophiles, avec en conclusion un risque maximal pour les plus de 67 ans, avec un taux d'interleukine 2 supérieure à 793,5U/mL, de CRP supérieure à30,7ng/mL, de ferroprotéine supérieure à2 252μg/L, une leucocytose supérieure à 95 × 10Lou un nombre de neutrophiles dépassant 7 305 × 10L. Un niveau élevé d'IL-6 à l'admission serait associé à une manifestation clinique sévère. La diminution de l'IL-6 semble indiquer l'efficacité du traitement, tandis que son augmentation indique une progression de la maladie. L'évolution du niveau d'IL-6 est donc un marqueur utile pour la surveillance de la maladie chez les patients atteints de Covid-19 sévère. Une étude montre une présence de l'ARN viral dans le sang et que la charge virale est directement corrélée avec le taux sanguin d'interleukine 6, ce qui fait de cette molécule un marqueur pronostique important. Cette augmentation associée à un taux de fer sanguin élevée doit faire rechercher unelymphohistiocytose hémophagocytaire secondaire. Le taux de CRP semble être en rapport avec une réaction inflammatoire inappropriée du foie.
Une étudesemble montrer que le taux de lymphocytes est un moyen efficace et un indicateur fiable pour la classification et le pronostic de la maladie : durant le passage d'une forme bénigne vers une forme grave, le taux de lymphocyte sanguin diminue et reste bas. Au moment où l'état du malade s’améliore, le taux de lymphocyte sanguin remonte vers des taux normaux. Les patients ayant moins de 5 % de lymphocytes par rapport aux normes, avaient souvent un mauvais pronostic. Une autre étude confirme l'existence d'une corrélation élevée entre le taux des lymphocytes sanguins et la progression de la maladie. Pour les auteurs de cette étude, le lymphocyte est la cellule clé de la pathologie du SARS-CoV-2.
L'augmentation desD-dimèresest un signe de gravité ainsi que l'augmentation de lacréatinémie. Ce marqueur est aussi retrouvé dans cette publication qui a été étudié les facteurs de risque chez les patients décédés de Covid-19 pour un taux supérieur à 1 microgramme par ml.
Comme le fait remarquer le professeur Christine Jenkins, responsable de la Fondation australienne des maladies pulmonaires et expert en pneumologie, la particularité des pneumopathies virales est leur propension à atteindre tout le poumon alors que les pneumopathies bactériennes sont souvent localisées à un lobepulmonaire. La Covid-19 atteint très rapidement ensemble des deux poumons.
Une équipe chinoise décrit enfévrier 2020l’évolution de la pneumopathie chez des patients peu sévères en la divisant en quatre stades selon l’aspect auscanner:
Les mêmes auteurs concluent que les patients présentant une pneumonie modérée (sans détresse respiratoire sévère), les anomalies pulmonaires auscannerthoracique sont maximales environ dix jours après l'apparition initiale des symptômes, et régresse à partir de quatorze jours.
Généralement, plus la maladie avance, plus les opacités linéaires, un motif de pavage fou » et/ou un signe de « halo inversé sont présents sur l’image.
Chez les sujets asymptomatiques ou encore symptomatiques (c'est-à-dire à un stade infraclinique) le scanner (tomodensitométrieou TDM) montre néanmoins des changements précoces dans les poumons(opacités en verre dépoli unilatérales). Le scanner peut donc contribuer au diagnostic de la Covid-19, associé à un test RT-PCR concordant, voire en cas de faux-négatif de ce test.
Le 23 avril l'équipe duPDelabrousse duCentre hospitalier régional universitaire de Besançonpublie un article dans la revue internationale RADIOLOGY qui fait figure d'avancée majeure dans la prise en charge des patients atteints de Covid-19. Cette étude établit que 23 % des patients atteints présentent uneembolie pulmonairedétectée par angioscanner (qui utilise une injection de produit de contraste).« Le diagnostic d'embolie pulmonaire chez les patients COVID-19 est impératif et impose la réalisation d'unangioscannerpulmonaire au lieu du scanner thoracique sans injection actuellement recommandé ». Cette nouvelle recommandation est aussitôt suivie par leCHU de Strasbourg.
Latélémédecinea montré son intérêt dans plusieurs situations de crises sanitaires. Elle pourrait permettre de trier les cas nécessitant une hospitalisation et pour les autres une surveillance à domicile. Le recueil des données associées avec un programme d'intelligence artificielle permet de trier et d'évaluer le risque. En cas d'hospitalisation, l'équipe médicale peut isoler et prendre en charge le patient de façon plus rapide, protégeant aussi les autres patients attendant dans le service des urgences.
Une étude scientifique semble montrer l'intérêt d'utiliser des logiciels d'IA, qui en analysant les anomalies pulmonaires visibles au scanner initial permettent de prédire avec de bonnes performances la durée d'hospitalisation des patients.
Des chercheurs de l'EPFLont développé une application web,CoughVid, ayant pour objectif de diagnostiquer la Covid-19 en analysant lesonproduit par latoux.
L'Institut Pasteur met en ligne un outil de diagnostic tout public qui comprend 22 questions.
Lescomposés organiques volatilsexcrétéspar l'organisme, notamment exhalés par la respiration, pourraient devenir un moyen de diagnostic de la Covid-19.
Unestart-updeSingapourpropose de détecter la Covid-19, entre autres maladies, en faisant souffler le patient dans un appareil.
L’École nationale vétérinaire d’Alfort, quant à elle, travaille au dépistage canin de la Covid-19. C'est alors le flair de l'animal qui détecterait des signaux olfactifs marqueurs du coronavirus.
L'utilisation d'un kit permettant de détecter plusieursagents pathogènesresponsables desmaladies respiratoiresa révélé un taux élevé d'infections par levirus de la grippe, représentant 28,5 % de tous les cas suspects d'infection par leSARS-CoV-2.
La classification de la gravité de la Covid-19 est très importante. Lors du déclenchement d'une épidémie les ressources médicales sont relativement rares. Une classification en optimise l’utilisation permettant de limiter le sur-traitement ou le sous-traitement. Le guide du Centre national de contrôle des maladies chinois classe la maladie principalement sur des critères radiologiquesen quatre types. Une étude suggère d'utiliser le taux de lymphocytes pour classer la maladie.
Dès le début de la pandémie, les chiens « renifleurs » sont rapidement envisagés pour dépister les patients atteints de Covid-19.
Le professeur Dominique Grandjean de l'École nationale vétérinaire d’Alfortest à l’initiative du projetEnvA Equipe Nosaïsaprès avoir constaté « que la signature olfactive du virus est forte et très spécifique ». Aussi, une étude est lancée dans le cadre de Salicov AP-PH et les résultats donnés le 19 mai 2021 sont très positifs : l'analyse olfactive est rapide, non invasive, ne « nécessite qu’une fraction de seconde par prélèvement avec un résultat instantané » et ne coûte « que quelques millions d’euros pour le déploiement des chiens », « par rapport aux milliards engendrés par les tests de RT-PCR ». Aussi, le professeur assure se battre « avec l’OMS pour que cette technique soit développée à bas coût dans des pays comme Madagascar, le Mali, le Rwanda, ou au Congo, par exemple… » et envisage « de créer une plateforme de formateurs à Dubaï qui inviterait des personnes de pays plus pauvres à se former ».
Peu de données issues d'un examen microscopique sont disponibles sur la Covid-19. Les principales constations anatomopathologiques à l'autopsie sont :
La médecine légale ou toute pratique d'autopsie nécessite des précautions particulières en période derisque pandémique. Le Collège royal des pathologistes a publié des recommandations sur la pratique de l'autopsie sur des corps pouvant être infectés à la Covid-19.
En septembre 2021, il n'existe pas de traitement efficace ou de cure spécifique contre le SARS-CoV-2, reconnu par l'OMS.« Les soins de soutien les plus efficaces sont l’oxygénothérapie pour les patients dans un état grave et ceux qui risquent de développer une forme grave de la maladie, ainsi qu’une assistance respiratoire plus poussée, comme la ventilation pour les patients dans un état critique. La dexaméthasone est un corticostéroïde qui peut contribuer à réduire la durée de placement sous respirateur et à sauver des patients dans un état grave ou critique ».
Le 4 novembre 2021, leRoyaume-Unidevient le premier pays au monde à commercialiser lemolnupiravir, unantiviralcontre la COVID-19, pris sous forme de comprimés et destiné aux malades présentant un risque de forme grave. Ce traitement a été développé par le laboratoire américainMerck, commercialisé sous le nom de Lagevrio.
Les objectifs de la vaccination contre le SARS-CoV-2 sont divers : protéger chaque individu de la maladie, protéger les personnes particulièrement à risque, stopper une vague pandémique, maintenir la liberté individuelle, protéger l'économie, protéger les moins menacés des effets secondaires de la vaccination, justice mondiale . Ces objectifs en partie divergents impliquent différentes stratégies possibles concernant la distributionet la priorité des vaccins, l'intervalle entre la première et la deuxième vaccination, le nombre de vaccinations de rappelet la sélection de la dose.
Les vaccins contre la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) font l'objet de recherches dès le début de lapandémiede maladie à coronavirus 2019, dans plusieurs pays. Ainsi, le cofondateur deBioNTecha expliqué ennovembre 2020, queson vaccina été conçu en quelques heures dèsjanvier 2020.
Différentes approches sont explorées pour forcer l'organisme à développer une réponse immunitaire permettant d'éliminer le virusSARS-CoV-2: l'utilisation de formes atténuées ou inactivées du coronavirus, de virus anodins modifiés génétiquement pour exprimer uneprotéinedu coronavirus, de protéines du coronavirus, ou d'acides nucléiquesinsérés dans des cellules humaines pour y produire des protéines virales.
Enjanvier 2021, selon l'Organisation mondiale de la santé(OMS), il y aurait soixante vaccins contre le coronavirus SARS-CoV-2 autorisés ou en phase d'étude clinique, ainsi que 172 vaccins potentiels à l'étude.
La Russie, la Chine et Cuba sont les premières à injecter à grande échelle un vaccin et à le commercialiser. Levaccin russe Spoutnik Vest le premier au monde à être homologué, son nom faisant référence aupremier satellite envoyé dans l'espace. La Chine aurait déjà vacciné 350 000 personnes débutoctobre 2020.
Le9 novembre 2020,Pfizer, qui mène la course dans l'industrie occidentale, annonce que le candidat vaccin contre la Covid-19 qu'il prépare en partenariat avecBioNTech(leTozinaméran) est efficace à 90 %. Cette nouvelle provoque un envol desbourses mondiales. Le17 novembre 2020,Modernaannonce à son tour que son vaccin est efficace à 94,5 %. Le2 décembre, le vaccin Pfizer-BioNTech est approuvé par leMHRA(en)pour leRoyaume-Uni, et la vaccination y débute le8 décembre. Le11 décembre 2020, ce vaccin est autorisé auxÉtats-Unispar laFood and Drug Administrationet la campagne de vaccination commence à New York le14 décembre. Leshomologationsde ce1vaccin ont lieu endécembre 2020au Royaume-Uni, aux États-Unis, au Canada, en Israël, en Arabie saoudite, aux Émirats arabes unis et enUnion européenne.
Le 27 décembre 2020, Mauricette M. âgée de 78 ans, devient la première personne vaccinée sur le territoire français.
3 milliards de dose de vaccin ont été administré dans le monde entre le début des campagnes de vaccination et juin 2021.
40 millions de français ont reçu leur première dose de vaccin avant la fin du mois de juillet 2021.
À l'été 2023, 54,7 millions de français avaient reçu une dose de vaccin, 53,7 millions en ont reçu deux, 41 millions ont reçu leur première dose de rappel, 10,2 millions ont reçu leur deuxième dose de rappel.
En janvier 2024, l'Organisation mondiale de la santé(OMS) annonce qu'au moins 1,4 million de personnes ont été sauvées en Europe grâce aux vaccins contre le Covid-19. L’OMS favorise également l'émergence de centres de production de vaccins et un transfert de compétence sur l'ARN messageer pour les pays aux revenus plus limités, de façon à réduire leur dépendance à l’importation de vaccins et le coûts des vaccins pour ces pays. C'est ainsi qu'émerge le projetAfrigenenAfrique du Sud, point d'appui pour un programme de transfert de technologie.
Lavaccinationdoit toucher un public suffisamment large pour que l'immunité collectivesoit atteinte. Dans le cas contraire, le virus continue à circuler et àmuterdans la population non vaccinée ce qui peut aboutir à l'apparition de variants de nature à compromettre l'efficacité des vaccins. Une étude montre que ce risque est maximal avec une couverture vaccinale de l'ordre de 60 % (situation de beaucoup de pays développés à l'été 2021).
L'un des aspects marquants de la Covid-19 porte sur les grandes différences d'intensité d'expression clinique de la maladie ; allant de l'asymptomatisme complet à des formes rapidement mortelles, note le généticien Kári Stefánsson, selon qui desprédispositions génétiquespourraient expliquer certaines de ces différences.
En juillet 2020, dans le cadre de la « COVID-19 Host Genetics Initiative » (consortiuminternational de chercheurs partageant des données utiles pour l'étude des liens entregénome humainet COVID-19), les données génomiques acquises chez 4 000 patients (tombés malades en Italie et en Espagne) ont mis en évidence de premiers liens génétiques solides entre la sévérité de la Covid-19 et certaines caractéristiques du génome des malades.
Le risque d'insuffisance respiratoireétait nettement accru chez les porteurs de deux variantes génétiques:
Ces deux variantes ne joueraient cependant qu'un rôle modeste dans le caractère fatal ou non de la maladie (des immunologistes, tels Jean-Laurent Casanova à l'université Rockefellerde New York, recherchent d'autres mutations jouant un rôle plus significatif.
Des études de septembre 2020 et août 2021 indiquent que« 20 à 25% des formes sévères de Covid-19 »s’expliquent par des anomalies génétiques et immunologiques:
15 à 20 % des formes graves seraient dues à une composanteauto-immuneconduisant à une production importante d'anticorps dirigés contre lesinterférons de type Idu patient (contre 0,33 % dans la population générale). Les patients à risque pourraient bénéficier d'uneplasmaphérèseou de traitements de nature à réduire la production de ces auto-anticorps par leslymphocytes B.
Ceci semble confirmé par une étudeprépubliée le 11 décembre 2020, avant relecture par des pairs, par des chercheurs de l'Université de Yale (Ring, et l’immunobiologiste Akiko Iwasaki, qui étudie la réponse immunitaire contre le SARS-CoV-2, déjà auteur de plusieurs découvertes sur le virus) : le système immunitaire de certains patients infectés par le SARS-CoV-2 se retourne contre eux, causant alors une maladie grave et de longue durée, « post-Covid-19 »; plus de 5 % des hospitalisés testés par cette étude produisaient des auto-anticorps affaiblissant le rôle des interférons. Des dizaines de types d’autoanticorps aberrants ont été trouvés chez ces malades, expliquant des symptômes persistants alors même qu’on ne trouve plus de traces du virus dans leur organisme. Ces anticorps ciblent divers tissus et organes (cerveau, vaisseaux sanguins, foie, tissu conjonctif, tube digestif) du patient supposé guéri, mais aussi — parfois — le système immunitaire du malade (ex : anticorps s’attaquant à certains globules blancs importants :lymphocyte Bet/ou T (Cellule tueuse naturelle) chargés de nous protéger contre le virus et d'autres infections). Les malades de la Covid-19 présentaient« des augmentations spectaculaires de la réactivité des auto-anticorps »(par rapport à 30 travailleurs hospitaliers en bonne santé n’ayant pas été infectés par le virus).
« La somme agrégée de ces réponses multiples peut expliquer une partie importante de la variation clinique chez les patients ». 10 % des 18 à 49 ans touchés pourraient développer une post-Covid longue (et un sur cinq chez les plus de 70 ans). Chez la souris, certains de ces auto-anticorps augmentent la sensibilité à l'infection et le risque de mourir.Des autoanticorps de ce type ont déjà été soupçonnés de causer des « symptômes à long terme » après des viroses de typeEbolaouChikungunya, certains cas de maladie de Lyme (alors que le pathogène n’est plus détectable). De même chez des patients cancéreux ayant subi uneimmunothérapie. Des traitements immunosuppresseurs existent (par ex utilisés contre certaines maladies rhumatologiques) mais ils rendent vulnérables à d’autres infections.
En 2020, au sein de lapopulation générale, « exactement la moitié » des personnes confirmées infectées par le SARS-CoV-2 sont des hommes. Mais de nombreuses études ont montré que l'homme est souvent plus gravement touché. Selon les données disponibles en décembre 2020, l'homme a statistiquement près de trois fois plus (2,84 fois exactement) de risques qu'une femme d'être admis en soins intensifs ; avec également un risque significativement plus élevé de mourir de la maladie (+ 39 %). Cette différence a été confirmée par uneméta-analysebritannique publiée en décembre 2020 ayant porté sur 3 111 714 cas signalés entre le1janvier et le1juin 2020 dans 46 pays et 44 États des États-Unis.
On sait que le système immunitaire (inné et adaptatif) diffère légèrement selon le sexe :
L'exposition auxperturbateurs endocrinienspourrait favoriser l'apparition de formes graves.
Selon une étude espagnole, 8 patients sur 10 hospitalisés pour cause de Covid-19 étaient carencés envitamine D, mais on manque d'études randomiséespour attester une éventuelle causalité.
Le vaccin contre lesoreillonspourrait réduire le risque de formes graves de la maladie. Jeffrey E. Gold constate« une corrélation inverse entre les niveaux d'anticorpsIgGdes oreillons et la gravité de la Covid-19 chez les personnes de moins de 42 ans vaccinées avec leROR». Ce fait expliquerait pourquoi les jeunes enfants vaccinés sont moins touchés par la maladie. Les auteurs préconisent de revacciner les personnes de plus 40 ans.
La grossesse n'induit pas de risque supplémentaire d'attraper la maladie. En revanche, elle peut augmenter le risque d'aggravation, notamment lors du troisième trimestre, ce risque étant comparable à celui d'une femme plus âgée de 15 ans. Cette aggravation peut s'expliquer par la baisse de l'immunitéet une sollicitation plus forte dusystème cardiovasculaire. Par ailleurs, en fin de grossesse, l'utérus exerce une pression sur les poumons, ce qui ne facilite pas la ventilation. Certaines femmes placées encoma artificielet proches dutermeont dû êtrecésarisées.
Cependant une étude de 2021 suggère que la grossesse permettrait une meilleure résistance face auviruspar une modification du système immunitaire chez la femme enceinte. En effet, un des problèmes majeurs lors d’une infection au SARS-CoV-2, est la surproduction decytokines, pouvant causer plus de dégâts à la personne que l’infection virale. Les femmes pourraient contrebalancer cette production exagérée decytokines(interleukine-6) avec des molécules anti-inflammatoires produites naturellement lors de grossesses. Ces molécules anti-inflammatoires ont normalement pour but d’éviter que le système immunitaire maternel attaque le fœtus.
Le SRAS pendant la grossesse était associé à une incidence élevée de complications maternelles et fœtales telles quefausse couche spontanée, accouchement prématuré, retard de croissance intra-utérine, insuffisance rénale et coagulation intravasculaire disséminée. L'admission enunité de soins intensifs(USI) et laventilation mécaniqueassistée peuvent aussi interférer avec le déroulement de la grossesse.
Une infectionpérinatalepar leSARS-CoV-2peut être acquise auprès de l'entourage, des soignants (éventuellement de manièrenosocomiale) ou via la mère (transmission verticalein uteroou postnatale).
La transmission verticalein uterodu virus est décrite mais survient très rarement. Le taux d'infection néonatale est de moins de 2 %.
Une étude publiée le12 février 2020dansThe Lancetsur neuffemmes enceintes présentant une pneumonie Covid-19contractée au dernier trimestre de la grossesse est plutôt rassurante. Le tableau clinique de la pneumonie Covid-19 était identique chez les personnes non enceintes. Six patientes ont reçu desantiviraux. Elles ont toutes accouché parcésarienned'indicationobstétricale(prééclampsie, utérus cicatriciel,etc.).
Une nouvelle étude du13 marsconfirme cette impression sur 16 femmes enceintes confirmées et 18 cas suspects tout en soulignant qu'elles ont des signes radiologiques type de la maladie, les manifestations cliniques sont moins importantes que chez les femmes non enceintes.
Après environ un an de pandémie, en décembre 2020 aucune transmission mère-enfant certaine du virus par lelait materneln'a pu être démontrée(et pour le SARS, un seul cas de PCR positif avait été rapporté dans le lait maternel, mais dans ducolostrum, avant l'accouchement.
Quelques échantillons de lait maternel ont été positifs au test recherchant l'ARN du SRAS-CoV-2, mais aucun virus infectieux n'a pu y être trouvé.
En septembre 2020,The Journal of Perinatologypublie un article montrant qu'une majorité d'échantillons de lait collectés lors de la pandémie chez des mères (non infectieuses au moment du prélèvement) contenaient des niveaux élevés d'IgAet de certainesIgGetIgMdans le lait ; ces anticorps réagissant aux sous-unités S1 et S2 de laprotéine de pointedu virus SARS-CoV-2.
En novembre 2020, une autre étude confirme que le lait de femmes rétablies du COVID-19 peut contenir des anticorps ciblant la protéine de pointe du virus. Ces anticorps (immunoglobuline G,immunoglobuline M, mais surtoutIgAet d'IgG) sont transmis au bébé via l'allaitement et sous une forme favorisant l'immunité des muqueuses; allaiter durant la pandémie est donca priorisans danger, et serait même encore plus protecteur pour le nourrisson.
Remarques :
Une étude réalisée en Chine montre que les femmes enceintes ou venant juste d'accoucher ont une perception juste des risques liés au coronavirusCovid-19: la contamination est inférieure à celle de la grippe ou du virus H1N1 mais les complications peuvent être supérieures aux autres évènements malencontreux que peuvent rencontrer une femme enceinte, elles sont vigilantes sur les possibles contaminations de leurs proches. Elles sont mieux renseignées sur les risques que l'ensemble de la population éduquée.
Dans une étude chinoise du 12 février 2020 publiée dansThe Lancetet réalisée sur 9 femmes enceintes contaminées, tous les enfants nés étaient en bonne santé. Le sang fœtal, leliquide amniotique, des prélèvements au niveau de la gorge du nouveau-né et dulait maternelont été effectués sur six des neuf patientes. Tous les résultats d'analyse étaient négatifs pour le SARS-CoV-2. Deux cas n'ont pu être prélevés car lacésariennea été effectuée la nuit. Le dernier cas n'a pas été prélevé car le résultat (positif) du test maternel SARS-CoV-2 n'est parvenu qu'après la césarienne. Selon les chercheurs, le cas positif du5 février 2020serait dû à une contamination maternelle post-naissance.
Une autre étude chinoise, publiée en février 2020 dans la revueTranslational Pediatrics, est moins rassurante et concerne dix nouveau-nés deWuhan, issus de neuf mères infectées ayant présenté des symptômes avant l'accouchement dans quatre cas, le jour même dans deux cas et après l'accouchement dans trois cas. Huit bébés étaient des garçons et deux des filles ; quatre sont nés à terme et sixprématurément; deux étaient petits pour leur l'âge gestationnel(SGA) et un étaitmacrosome; six avaient un score PCIS (Pediatric Critical Illness Score) inférieur à 90. Six ont présenté un essoufflement comme premier symptôme, mais deux ont d’abord eu de la fièvre. Deux ont présenté unethrombocytopénieavec fonction hépatique anormale ; un avait une fréquence cardiaque rapide, un vomissait et un a fait unpneumothorax; cinq nouveau-nés ont guéri, un est mort et quatre sont restés hospitalisés dans un état stable. Cette étude ne donne aucune explication sur le décès du nouveau-né. Seuls des prélèvements nasaux ont été faits. Ils étaient tous négatifs.
Dans l'étude du13 marscitée plus haut, il n'y a pas de différences significatives chez les nouveau-nés des cas confirmés ou suspects par rapport à un groupe témoin de 121 cas notamment pour ce qui concerne lescore d'Apgarà la naissance.
Une autre étude chinoise datant du24 mars, et effectuée sur 33 nouveau-nés, confirme le pronostic généralement bon des enfants nés de mère PCR positif. Mais3 des33 enfants, tous nés par césarienne, présentent une pneumopathie typique de la Covid-19 survenant entre2 et4 jours après la naissance. Les prélèvements anaux et de la gorge étaient positifs auSARS-CoV-2. Aucune recherche n'a été effectuée dans lesang de cordonou leliquide amniotique. Le seul enfant ayant nécessité une prise en charge ensoins intensifsavait unehémoculturepositive àEnterobacter. Aucun enfant n'est décédé. Les auteurs de l'étude concluent que la transmission du virus s'est produite après la naissance.
Étant donné le faible risque d'infection néonatale chez les nouveau-nés d'une mère infectée, il n'est pas suggéré de séparer la mère infectée et son bébé à la naissance.
Les critères de guérison selon laCommission chinoise de la santésont:
En France les critères de guérison et de sortie de confinement des personnes infectées sont précisés par leHCSP.
En avril 2020, l'OMS reste prudente :« Il n'y a actuellement aucune preuve que les personnes qui se sont remises de la Covid-19 et qui ont des anticorps sont protégées contre une deuxième infection »; à ce jour la présence d'anticorps dans le sang signifie simplement que la personne a été en contact avec le virus. L'OMS alerte les États qui — comme leChili— envisagent de délivrer des « certificats d'immunité » aux personnes supposées guéries. Faute de preuves acquises entre janvier et avril 2020 que l'immunisation existe bien, ces certificats ou passeports pourraient ne pas être fiables, et alors aggraver la propagation virale (des personnes guéries s'exposeraient en pensant être protégées du virus, et une fois infectées seraient à nouveau contagieuses).
Toutefois, la durée de l'immunité des anticorps peut être limitée à trois mois. Des études montrent qu'une personne contaminée pourrait être immunisé de 6 mois à plusieurs années.
Chez des singes macaques ré-exposés au coronavirus après une première infection, la maladie n'a pas récidivé, sans que l'on sache si ceci est transposable à l'homme et si cette protection est systématique.
91 personnes ont été testées positives au SARS-CoV-2 enCorée du Sud, après avoir réuni les critères deguérison. Mais il se pourrait que plutôt qu'uneréinfection, il s'agisse d'une réactivation du virus déjà présent dans l'organisme (ce que seule l'étude du génome viral pourrait prouver). Une autre explication pourrait être de faux négatifs lors de la supposée guérison et/ou de faux positifs lors du test fait après guérison. Enavril 2020, des études sont encore en cours en Allemagne où de nombreux tests ont été faits.
La récurrence et l'ampleur des épidémiesde SRASet deMERSsont trop faibles pour permettre d'observer une possible immunité chez les personnes qui auraient été infectées dans le passé. Par ailleurs, aucune recherche basée sur l'inoculationn'a été tentée en raison du caractère hautement pathogène des virus duSRASet duMERS. Une étude montrerait que les anticorps provoqués par le SRAS disparaissent au bout de trois ans.
Dans les premiers mois qui suivent le démarrage de la pandémie,on constate que les malades guéris de la Covid-19 semblent développer une certaine immunité au SARS-CoV-2, mais on ignore pour combien de temps, dans quelle mesure, et à quelles conditions, et on ignore s'il y a des exceptions à cetteimmunisation.
Les coronavirus sont des virus à ARN qui mutent rapidement, ce qui est succeptible de faire fluctuer la qualité des défenses immunitaires développées à la suite d'une infection. L’hypothèse est avancée qu'une souche constitutive d'une nouvelle vague épidémique pourrait être assez différente des précédentes pour infecter des gens ayant guéri antérieurement de la Covid-19.
Le25 avril 2020, l'OMSavertit qu'il n'existe à cette date aucune preuve que les anticorps produits par le SARS-CoV-2 permet une protection efficace contre une réinfection. Par la suite, le recul permettra de dire que l’infection avec la souche originale protège largement d’une réinfection, jusqu’à la propagation, début 2022, d’un variant appeléOmicron.
Le22 juin 2020, des chercheurs chinois annoncent dansScienceavoir découvert, dans le sang de 10 patients guéris de la Covid-19, l'anticorps 4A8 efficace contre le coronavirusSARS-CoV-2, qui neutralise ce coronavirus en empêchant sa protéine Spike (indispensable au virus pour infecter des cellules) de fonctionner.
En juillet 2020, l’idée est avancée que les taux d'anticorps neutralisants contre le SRAS-CoV-2 sont élevés durant quelques semaines puis déclinent. Mais ils semblent persister plus longtemps et à des taux plus élevés chez les patients plus sévèrement touchés ; selon l'immunologiste George Kassiotis (du Francis Crick Institute de Londres)« Plus il y a de virus, plus il y a d'anticorps et plus ils dureront », comme dans le cas duSRAS(pour lequel la plupart des malades perdaient leurs anticorps neutralisants dès les premières années, hormis pour ceux qui avaient été sévèrement atteints, lesquels possédaient encore des anticorps 12 ans après).
En septembre 2020, alors que des suspicions de réinfections circulent depuis plusieurs mois, jusqu'alors sans preuves que la nouvelle infection n'était pas une simple continuation de la première, un premier cas documenté de réinfection prouvée est publié, la seconde infection étant cependant asymptomatique. Un autre cas est ensuite commenté, et dans ce cas le patient a présenté des symptômes plus graves que lors de sa première infection. Une hypothèse selon laquelle le système immunitaire pourrait protéger contre le virus tout en aggravant les choses est alors évoquée et relayée par les médias, une crainte étant que certains patients ayant vécu unetempête de cytokineslors de leur première infection répondent de manière disproportionnée en cas de nouvelle infection. Une autre crainte est que le SRAS-CoV-2 puisse continuer à circuler dans le monde, même là où une immunité collective existe (qu'elle soit naturelle ou créée par la vaccination).La seconde vague de Covid-19 apporte de nouveaux éléments pour évaluer laprévalencede ces réinfections (bénignes ou graves) face à ce qui est à présent compris comme une émergence de variants successifs.Le risque d'être réinfecté pourrait varier selon de nombreux facteurs : la charge virale initiale, les variants impliqués et leur proximité génomique, l’état général de santé général du patient, etc.. Avec deux années de recul et la compréhension du phénomène des variants, on voit à mi-2022 que le risque de réinfection est particulièrement déterminé par l’émergence de variants successifs.
Début septembre 2020, un nombre croissant d'indices ou preuves invitent à penser que l'infection par le SRASC-CoV-2 peut provoquer des dérèglements durables, dont lesyndrome de Guillain-Barré, lesyndrome de Miller Fisher, l'encéphalitenécrosante aiguë, lamyélite, l'encéphalomyélite aiguë disséminée, lamyasthénieou des troubles neurologiques, rapportés après une Covid-19. L'immunothérapiea semblé avoir parfois un effet bénéfique.
Plus de la moitié des hospitalisés survivant présenteraient des symptômes de troubles psychiatriques (para ou post-infectieux) :TSPT,anxiété,insomnie,dépression, ouTOCà un mois de l'hospitalisation.
Des alertes sur des temps de récupération longs ont aussi été émises.
Une recherche menée fin 2020 au MIT (Massachusetts Institute of Technology) et publiée en mai 2021 dans la revue scientifiquePNASmontre la possibilité d’une intégration de fragments du virus dans l'ADN du malade.
Letesticuleest un réservoir pour plusieurs virus, dont levirus Zikacomme démontré chez l'hommeet leVIH, le virus étant alorssexuellement transmissibles'il passe dans le sperme. Dans uneprépublicationpubliée surMedRxiv, des chercheurs deNew Yorket deBombaynotent que dans le panel qu'ils ont suivi, les femmes se sont rétablies plus vite que les hommes. Les auteurs pensent que le virus peut être relativement à l'abri dusystème immunitairedans lestesticules, comme cela a pu être montré pour d'autres virus. Ils notent aussi que la protéineACE2est aussi présente en grande quantité dans le testicule, alors qu'elle est presque absente dutissu ovarien. L'ACE2 est notamment présente dans lesspermatogonies(cellules inactives jusqu'à lapuberté), dans lescellules de Leydiget dans lescellules de Sertoli; cependant, ces résultats issus de base de données n'ont pas été vérifiés expérimentalement et l'ACE2 seule ne permet pas l'entrée du virus dans les cellules. D'autres facteurs sont nécessaires telle que la protéaseTMPRSS2. Or une autre étude montre que ces facteurs additionnels ne sont pas exprimés par les cellules testiculaires qui expriment ACE2. Il n'est donc pas acquis que leSARS-CoV-2puisse infecter les cellules testiculaires, mais si le virus peut infecter les testicules, lesystème immunitaireperturbé au sein de l'appareil reproducteur masculin, par des médiateurs inflammatoires notamment, pourrait altérer la barrière hémato-testiculaire et faciliter l'excrétion devirionsdans le sperme.
Une autreprépublication, mi-avril, indique que leSARS-CoV-2perturbe lesystème hormonal, avec notamment une augmentation significative de l'hormone lutéinisante[LH] observée dans le sang, alors que le ratio T/LH (c'est-à-dire entretestostérone[T] et l'hormone lutéinisante[LH]) de même que le ratio entre l'hormone folliculo-stimulante[FSH] et l'hormone lutéinisante[LH] est diminué. Les auteurs en déduisent que la fonction gonadique des patients guéris devrait faire l'objet d'une attention particulière chez les hommes en âge de procréer. Cette hypothèse est toutefois controversée par plusieurs scientifiques. La Covid-19 pouvant donc peut-être altérer la fécondité masculineen altérant le fonctionnement endocrinien, une étude massive a été envisagée car les études précédentes ne portaient que sur 81 sujets masculins âgés de20 à54 ans. Cette étude sera basée sur plusieurs recherches préalables qui postulent que toutes les cellules exprimant desrécepteurspourSARS-CoV-2. Or, lestesticulesmontrent le niveau d'expression le plus élevé de cette enzyme principalement liée auxspermatogonies, et aux cellules de Sertoli. Tous les résultats suggèrent un risque du testicule humain face à l'attaque duSARS-CoV-2.
La revueJAMArapporte plusieurs cas de patients chinois ayant contracté la Covid-19, dont en rémission, chez lesquels le virus a été retrouvé dans lesperme.« Lesbanques de spermedoivent-elles interrompre lacryogénisationdedons de spermedurant la pandémie deCovid-19? »s'interrogaient Bright & Woodward en avril 2020. On sait en effet que certains patientsvirémiques(éventuellement asymptomatiques) excrètent des virus dans leur sperme — ceci était en 2017, déjà prouvé pour 27 virus différents— et parfois longtemps (par exemple le virus Zika était encore présent dans le sperme d'hommes réputés guéris ou ne présentant plus de symptômes« jusqu'à 1 an après la guérison »).
Selon Michael Bright Yakass et Bryan Woodward, les hommes atteint de Covid-19 excrètenta prioripeu de virus dans leurspermecar« seuls des titres très faibles deSARS-CoV-2ont été détectés dans des sites non respiratoires »de l'organisme humain(y compris dans les selles humaines selon Holshue et al., 2020).« Cependant, « faible » est-il un risque acceptable si nous devons cryoconserver des échantillons de sperme pendant la pandémie? », d'autant que la plupart des virus à ARN se conservent parfaitement durant des décennies aux températures de cryoconservation s'ils ont été stockés séchés, dans des concentrations de protéines appropriées. On n'a pas de cas documentés de contamination clinique par coronavirus à partir de spermecryoconservé, ce qui invite à penser que le risque est négligeable, mais en 2019-2020 au moins le SARS-CoV-2 pourrait être présent dans les échantillons de sperme congelés dans le monde entier. Bright & Woodward (2020) recommandent de remonter le niveau debiosécuritéet de conserver les échantillons de la période pandémique dans descryovaisseauxséparés en renforçant la traçabilité des échantillons cryoconservés envoyés entre cliniques et banques de spermes pendant et après la pandémie.
Mi-avril une revue d'étude basée sur 79 rapports, a porté sur la liaison de la « protéine de pointe » S1 duSARS-CoV-2aux récepteurs présents sur les cellules des cellules reproductrices humaines (ces récepteurs étaient notamment l'ACE2, leCD26, l'ezrineet lescyclophilines(en)). Cette étude a conclu que leSARS-CoV-1peut provoquer uneorchitegrave (avec destruction de cellules germinales) ; les données alors disponible indiquent une diminution de la concentration et de la motilité des spermatozoïdes durant 72 à 90 jours après une Covid-19. Une expression d'ACE2(dépendante de lagonadotrophinea été constatée dans lesovaires, mais sans preuve que leSARS-CoV-2nuise à lagamétogenèse.
Le 8 mai 2020, sur la base d'une analysebio-informatiquedes bases de données de génome,protéomeettranscriptome, une prépublication mise en ligne par 13 chercheurs chinois spécialistes enurologieetsanté reproductiveinsiste sur l'ACE2etTMPRSS2, deux protéines jugées nécessaires au virus pour qu'il puisse s'arrimer à une cellule et la pénétrer. Selon les bases de données, ces deux protéines sont effectivement fortement exprimés dans lesorganes génitaux masculinset le système urinaires associé. L'ACE2 est particulièrement présent à la surface desgamétocytesdans les testicules ; et il est aussi très présent dans lestubules rénaux proximaux. De plus les récepteurs descytokinespro-inflammatoires (IL-6 ST en particulier) étaient remarquablement concentrés dans les cellules endothéliales, les macrophages et les cellules souches spermatogoniales dans les testicules et les cellules endothéliales rénales, évoquant des attaques auto-immunes (desendothélitessont d'ailleurs suspectées à échelle plus systémique). Correctement traiter la Covid-19 implique d'intégrer ces aspects de la maladies.
La COVID longue, également connue sous le nom de syndrome COVID chronique (SCC)est utilisé pour nommer la condition caractérisée par des séquelles à long terme — persistant après la période de convalescence typique — de la maladie à coronavirus 2019. Les symptômes persistants comprennent lafatigue, les maux de tête, ladyspnée(essoufflement), l'anosmie(perte d'odorat), laparésie(faiblesse musculaire), une faiblefièvreet lestroubles cognitifs(agueusie,anosmie, troubles de l'attention…).
Des études sont en cours sur divers aspects de la COVID longue, y compris chez l'enfant (Covid longue pédiatrique) mais en avril 2021, il est trop tôt pour tirer des conclusions, bien qu'une étude ait suggéré des facteurs de risque pour développer la maladie. Les systèmes de santé publiques de certains pays comme leNHSauRoyaume-Uni, ont créé des structures spécialisées, et prodigué des conseils pour traiter ce genre de patients.
Une étude préliminaire dejuillet 2021relève la présence d'anticorps duvirus d'Epstein-Barr(EBV) chez 73 % de patients souffrant de «Covid long». Ce virus de la même famille que l'herpèset responsable de lamononucléose infectieuseest fréquemment contracté à l'adolescence et reste latent chez 95 % des adultes. L'affaiblissement général et l'inflammation causés par la Covid-19 pourrait, chez certains patients, réactiver ce virus dormant. Les symptômes du « Covid long » ne seraient alors pas imputables directement au coronavirus mais à l'EBV.
Pour une étude publiée dans leBritish Medical Journal, environ 10 % des personnes testées positives pour leSRAS-CoV-2présentent une gamme de symptômes qui perdurent au-delà de trois semaines. Environ 2 % des personnes testées positives déclarent avoir des symptômes qui perdurent au-delà de 12 semaines, ce que l'on appelle la COVID longue ou syndrome COVID chronique.
75 à 80 % des patients hospitalisés pour des formes graveséprouvent des problèmes à long terme, notammentfatigueetdyspnée(essouflement).
Les patients avec une infection initiale sévère, en particulier ceux qui ont besoin d'uneassistance respiratoire, sont également susceptibles de souffrir du syndrome de soins post-intensifs après la guérison.
Un rapport de cas et unerevue systématiqueréalisée enSuèdeestiment qu'une COVID longue peut également survenir chez les enfants. Les symptômes courants chez les enfants étaient lafatigue, ladyspnée, les palpitations cardiaques ou lesdouleurs thoraciques, et il semblait y avoir une prédominance féminine.
Une étude de septembre 2020 duKing's College de Londres, a dénombré 60 000 patients alors concernés par des symptômes relevant de la COVID longue au Royaume-Uni. Les statistiques publiées en décembre par l'Office for National Statisticssuggèrent que 21 % des patients souffrent de symptômes à long terme. (Bien que ces statistiques ne rapportent que l'incidence post-COVID et non pré-COVID de ces symptômes, qui peuvent avoir été préexistants).
Selon une étude du King's College de Londres initialement publiée le21 octobre 2020, les facteurs de risque les plus observés chez les patients souffrant d'une COVID longue sont:
Les symptômes rapportés par les personnes atteintes d'une COVID longue comprennent:
Le virus est sensible à tous lesdésinfectantshabituels,solution hydroalcoolique, et ausavon.
Lapréventionvise essentiellement à éviter lacontagionen suspendant tout contact proche avec une personne infectée confirmée et en limitant très fortement les autres contacts. Ceci passe notamment par l'instauration demesures-barrièrescomme ladistanciation physique, l'arrêt des embrassades et des échanges manuels, lelavage fréquent des mains, l'utilisation demouchoirsjetables ou encore la pratique detousserdans son coude pour éviter la production d'aérosols, la désinfection des surfaces potentiellement contaminées telles que des poignées de portes, boutons d'ascenseurs, etc. L'aération des locaux s'ajoute à ces comportements-barrière.
Il est vivement conseillé aux personnes présentant unétat grippalde surveiller leur température. L'ingestion de viande ou d'œuf mal cuits est déconseillée.
LaLondon School of Hygiene and Tropical Medicinepublie une étude le 6 février 2020 montrant que lesdétecteurs thermiquesdesaéroportsdétectent moins de 40 % des personnes infectéesen se basant notamment sur cette publication.
Initialement, l'OMS ne recommandait pas le port du masque systématiquement, craignant qu'il procure un faux sentiment de sécurité. Le masque n'était recommandé que si on toussait ou éternuait, ou si on s'occupait d’une personne présumée infectée par le SARS-CoV-2.
Depuis l'été 2020, l'OMS recommande  le port du masque dans les lieux très fréquentés, lorsqu’il est impossible de garder une distance d’au moins un mètre avec les autres à l'intérieur ou à l'extérieur, et dans les endroits mal ventilés ou dont on ignore la manière dont ils sont ventilés.
L'OMS rappelle en outre que le port du masque est sans intérêt s'il ne s’accompagne pas d'un lavage régulier des mains et son utilisation exige des précautions particulières.
Le port du masque diminue considérablement la transmission des gouttelettes émises au cours de la parole. La bonne manipulation du masque lors de sa mise en place et son retrait suivi d'un lavage des mains est primordiale.
Les masques avec valve sont des masques qui facilitent l'expiration pour des raisons de confort. Les masques avec valves sont surtout utilisés dans les professions dont l'activité physique nécessite une bonne ventilation du porteur (métier du bâtiment par exemple), et ne sont pas recommandés comme protection par l'OMS.
Lemasque chirurgicalest conçu pour retenir les germes sortant des poumons de la personne qui le porte : il est porté par unchirurgien(d'où le qualificatif de ce masque) pour éviter surtout d'infecter sonpatientopéré. Le port de ce masque peut apporter parfois un faux sentiment de sécurité.
Lemasque de protection individuel(de typeFFP2) est équipé d'un filtre qui empêche les germes de pénétrer dans l'organisme. Son efficacité dure de trois à huit heures. Ce masque sert à protéger lespersonnels de santélors de leurs soins aux personnes infectées. Ce masque porte le qualificatif de "bec de canard".
Pour éviter la confusion entre les masques FFP1, FFP2 et FFP3, les élastiques sont jaunes pour les FFP1, blancs ou bleus pour les FFP2 et rouges pour les FFP3.
Début avril 2020, les dirigeants de plusieurs pays changent de discours et recommandent de se couvrir le visage, avec un simple foulard ou un masque fait maison si besoin. En France, l’Académie nationale de médecineestime qu’unmasque « grand public »devrait être rendu obligatoire pour toute sortie pendant et après le confinement.
Différents mouvements d'opposition au port du masque obligatoire et aux mesures de confinement ou de restrictions des libertés durant la pandémie de Covid-19 ont vu le jour dans divers pays du monde.
Hormis si l'on est un soignant en contact avec un patient potentiellement infecté et que l'on a été au préalable formé aux bonnes pratiques, l'OMS précise que le port de gants est inutile et que« le fait de se laver les mains régulièrement protège mieux contre la Covid-19 que le port de gants en caoutchouc ».
Se laver régulièrement les mains avec du savon ou d’une solution hydroalcoolique est la plus importante des mesures de protection contre le SARS-CoV-2. Pour être efficace, le lavage au gel hydroalcoolique doit se faire en manches courtes, les ongles courts (1mmou moins) sans vernis, sans aucun bijou (ni alliance ni montre…) et les mains sèches et macroscopiquement propres (on ne désinfecte que ce qui est propre).
Face à la pandémie de Covid-19 qui sévit en France, de nombreux gestionnaires d'approvisionnement eneau potableont répondu à l’appel desAgences régionales de santé, suivant en cela les recommandations de l’Organisation mondiale de la santé. Elles leur demandent de modifier la chloration de l'eau, avec une augmentation du taux de0,3mg/là0,5mg/len sortie de station de traitement, avec une exposition auchlorelibre pendant au moins 30 minutes. C'est le cas en particulier àRennes,Strasbourg,Toulouse, dans la région parisienne,etc.
La supplémentation régulière en vitamine D chez les personnes carencées pourrait avoir un effet bénéfique pour la prévention de la Covid-19. Par contre, malgré des recommandations allant dans ce sens, une supplémentation massive ou au-delà des seuils de carence n'a pas d'effet bénéfique démontré.
De premiers travaux avaient montré que les CoV ne résistent pas à des températures de200°Cdurant une à vingt minutes. Puis une étude a montré qu'à75°Cdurant 15 minutes, il était également inactivé. Ce type de désinfection est long et très consommateur d'énergie.
Une étude américaine plus récente (mars 2021) a montré que chauffer une solution contaminée par lebetacoronavirus de l'hépatite murineà environ72°Cdurant une demi-seconde seulement permettait de réduire de 100 000 fois la concentration du fluide en virus actif. Ce taux de réduction est estimé suffisant par les chercheurs pour que le risque d'infection soit alors proche de zéro pour un hôte humain. Selon les auteurs, un tel traitement thermique de l'air contaminé limiterait la transmission aérienne à longue distance.83,4°Cdurant 1,03 seconde, désactive la totalité des coronavirus de l'hépatite murine.
De nombreuses théories concernant les causes du virus, la propagation de celui-ci ou les traitements sont diffusées sur lesmédias sociaux, et s'avèrent être liées auxthéories du complot, auxinfoxou d'être de ladésinformation. Elles sont, pour certaines, entretenues par des affirmations contradictoires émises par des dirigeants politiques, des autorités de santé et des scientifiques.
L’incertitude scientifiquesur ce nouveau virus voyant le jour dans un monde où les modes de fonctionnement, ainsi que la pression médiatique, sont différents des précédentespandémies, amènent une sollicitation accrue de l’opinion de diversexperts, qui ne sont parfois pas nécessairement qualifiés pour intervenir en cettesituation de crise. Il faut prendre en compte l'importance des biais cognitifs et rhétoriques visibles dans les prises de position de certains « experts » dans cettecrise sanitairequi restent encore largement à étudier. L'expertise décroît en raison du nombre important d'experts sollicités. L'entropie des connaissances scientifiques complexifie la tâche desjournalistesdans leur rôle de distributeurs d'informations sur le sujet, puisque la ligne de distinction entre informations prouvées et non fiables devient de plus en plus floue. La science étant à la base des sociétés modernes et communément perçue comme un vecteur de certitude, la confusion au sein de la sphère scientifique, explique le scepticisme de certains publics en lien avec le virus de la Covid-19.
En outre, la modernité de la crise qui ne permet pas toujours l'accès à des études scientifiques solides, de long terme et évaluées par des pairs (garantie habituelle de fiabilité de la source), pour ainsi permettre aux individus d'exercer un jugement critique sur la qualité de l'information transmise. Les scientifiques ignorant volontairement les règles scientifiques élémentaires sont également une source d'alimentation desthéories du complot. L'information et son contraire continuent donc de monopoliserles médias, créant sur leur passage la perplexité du public en quête de réponses. De plus, une mauvaise compréhension de la démarche scientifique, avec la perception que des résultats mouvants au fil du temps seraient des signes de mensonge, facilite la relativisation de son rôle et le recours à des pseudo-sciences.
L'importance et la gravité de la pandémie ont suscité la publication de nombreuses études scientifiques. Quelques-unes ont réussi à être publiées en dépit de problèmes méthodologiques, ce qui a alimenté la désinformation, notamment sur les vaccins. Quatre revues scientifiques réputées ont dû retirer enjuillet 2021des articles précédemment publiés maisinsuffisamment validés.