Nukleotida

Nukleotidaadalahsenyawa organikyang terdiri dari sebuahnukleosidadan sebuah gugusfosfat. Nukleotida berperan sebagaimonomeryang menyusunpolimerberupaasam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA); keduanya adalahbiomolekulpenting yang menyusun makhluk hidup di Bumi. Nukleotida diperoleh dari makanan dan juga disintesis di hati darinutrien.
Nukleotida tersusun dari tiga subunit, yaitu sebuah gugus basa nitrogen heterosiklik (yang disebutbasa nukleotidaatau nukleobasa), sebuah gulapentosa(beruparibosaataudeoksiribosa), dan setidaknya satu gugus fosfat. Empat jenis nukleobasa pada DNA yaituguanina(G),adenina(A),sitosina(C), dantimina(T); pada RNA, nukleobasa yang digunakan adalahurasil(U) alih-alih timina.
Nukleotida berperan penting dalam metabolisme di tingkat dasar dan seluler. Nukleotida mengandung energi kimia dalam bentuknukleotida trifosfat, yaituadenosina trifosfat(ATP),guanosina trifosfat(GTP),sitidina trifosfat(CTG), danuridina trifosfat(UTP). Paket energi ini tersebar di sel-sel tubuh dan menyediakan energi untuk fungsi metabolisme seperti sintesis asam amino, protein,membran sel, danorganel; pergerakan sel dan organel (intraselular dan ekstraselular); hingga pembelahan sel melaluimitosisdanmeiosis.Selain itu, nukleotida juga berpartisipasi dalampersinyalan selmelaluiguanosina monofosfat siklik(cGMP) danadenosina monofosfat siklik(cAMP), serta merupakan salah satu subunit untuk beberapakofaktor, sepertiCoA,FAD, FMN,NAD, danNADP⁺. Dalamsel, kofaktor ini memainkan peran penting dalam fiksasi energi (misalnyafotosintesis),metabolisme, dantransduksi sinyal seluler.
Dalam biokimia eksperimental, nukleotida bisa bereaksi denganradionuklidauntuk membentuk radionukleotida. Proses ini dinamakan radiolabel dan sangat penting untuk mengeksplorasi mekanisme reaksi kimia.
Sebuah nukleotidatersusun atas tiga subunit kimiawi yang berbeda: molekul gula dengan lima atom karbon (disebut pentosa), sebuah gugus basa nitrogenheterosiklik(disebutbasa nukleotidaatau nukleobasa), serta paling tidak satugugusfosfat.Gabungan gula pentosa dan nukleobasa disebutnukleosida. Saat ketiga subunit itu bergabung, nukleotida juga disebut sebagai "nukleosida monofosfat", “nukleosida difosfat”, atau “monosakaridatrifosfat”, bergantung pada jumlah fosfat yang menyusunnya.
Dalamasam nukleat, nukleotida mengandung basa nitrogen berupapurina(terdiri dariadeninaatauguanina) ataupirimidina(terdiri daritimina,sitosinaatauurasil), dan disebut sebagai ribonukleotida jika gulanya adalahribosaatau deoksiribonukleotida jika gulanya adalahdeoksiribosa. Pada dua monomer nukleotida yang berdekatan, gugus fosfat dari satu nukleotida dihubungkan dengan gula pentosa dari nukleotida lainnya melalui karbon nomor 5 (disebut 5') oleh ikatan ester kovalen. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester. Ikatan antara satu nukleotida dengan lainnya membentuk satu rantai panjang yang dinamakan rantai polinukleotida. Rantai dari gabungan molekul gula dan fosfat ini menciptakan unting sebagai 'tulang punggung' berbentuk pilinan tunggal atauganda. Dalam satu unting, orientasi kimiawi (arah) dari rantai disebutkan dari ujung-5' ke ujung-3'. Angka ini mengacu pada lima lokasi karbon di molekul gula pada nukleotida-nukleotida yang berdekatan. Dalam pilinan ganda, kedua unting memiliki orientasi yang berlawanan. Satu rantai mempunyai orientasi dari 5' ke 3', sedangkan rantai lainnya mempunyai orientasi dari 3' ke 5'. Hal ini memungkinkanpasangan basasaling bersifat komplementer di antara mereka. Semua sifat ini berperan penting dalamreplikasi DNAsertatranskripsiinformasi genetik yang disandi di dalam DNA.
Basa purin, yaitu adenina (A) dan guanina (G), serta basa pirimidin, yaitu sitosina (C), ditemukan baik pada DNA maupun RNA. Sementara itu, basa pirimidin yaitu timina (T) hanya ditemukan pasa DNA saja, sedangkan urasil (U) hanya ditemukan pada RNA saja. Adenina terhubung dengan timin membentuk pasangan basa melalui duaikatan hidrogen, sedangkan guanina berpasangan dengan sitosina dengan tiga ikatan hidrogen.
Selain menjadi blok pembangun untuk asam nukleat, nukleotida tunggal berperan dalam penyimpanan dan penyediaan energi seluler,persinyalan seluler, sebagai sumber gugus fosfat yang digunakan untuk memodulasi aktivitas protein dan molekul persinyalan lainnya, dan sebagai kofaktor enzimatik yang sering melakukan reaksiredoks.Nukleotida siklikdalam persinyalan dibentuk dengan mengikat gugus fosfat dua kali ke molekul gula yang sama, dan menjembatani gugus hidroksil 5' dan 3' dari gula.Beberapa nukleotida persinyalan memiliki konfigurasi gugus fosfat yang berbeda karena mereka memiliki beberapa gugus fosfat yang terikat pada lokasi berbeda pada gula.Kofaktor nukleotida mengandung gugus kimia yang lebih luas yang terikat pada gula melaluiikatan glikosidik, termasuknikotinamidadanflavin; dalam kasus flavin, gula ribosa lebih linier dibandingkan bentuk cincin yang terlihat pada nukleotida lain.
Nukleotida dapat disintesis baik secarain vitromaupunin vivo.
Secarain vitro,gugus pelindungbisa dipakai dalam produksi nukleotida di laboratorium. Nukleosida yang dimurnikan kemudian dilindungi untuk membentuk fosforamidit, yang selanjutnya digunakan untuk membentuk analog yang tidak ditemukan di bumi atau digunakan untuk oligonukleotida sintesisasi.
Secarain vivo, nukleotida bisa disintesis de novo atau didaur ulang melalui jalur reaksi penyelamatan. Komponen yang digunakan dalam sintesis nukleotida de novo berasal dari prekursor biosintetik dari metabolisme karbohidrat dan asam amino, dan dari amonia dan karbon dioksida. Hati adalah organ penting yang melakukan sintesis de novo untuk semua nukleotida. Sintesis de novo untuk basa pirimidina dan purina melalui dua jalur yang berbeda. Pirimidina disintesis pertama dari aspartat dan karbamoil fosfat di dalam sitoplasma, membentuk struktur prekursor cincin umum asam orotik. Gugus ribosil yang difosforilasi kemudian digabungkan dengan struktur asam orotik tersebut, melalui ikatan kovalen. Purina disintesis pertama dari templat gula dimana sintesis ring dilakukan. Sintesis nukleotida pirimidina dan purina dijalankan oleh beberapa enzim di sitoplasma, bukan di dalam organel tertentu. Nukleotida mengalami penguraian dan bagian-bagian berguna bisa digunakan kembali dalam reaksi sintesis untuk membuat nukleotida baru.
Sintesis pirimidina CTP dan UTP dilakukan di sitoplasma dan dimulai dengan pembentukan karbamoil fosfat dariglutaminadan karbon dioksida, Selanjutnya, enzim aspartat karbamoil fosfat transferase mengkatalisis reaksi kondensasi antara aspartat dan karbamoil fosfat untuk membentuk asam karbamoil aspartik, yang kemudian disiklisasi menjadi 4,5-asam dihidrotik dengan bantuan enzim dihidroorotase. 4,5-asam dihidrotik dikonversi menjadi orotat oleh enzim dihidroorotate oksidase. Reaksi ini adalah:
(S)-Dihydroorotate + O2→ Orotate + H2O2
Selanjutnya, orotat digabung dengan gugus ribosil yang telah difosforilasi, melalui ikatan kovalen. Ikatan kovalen antara ribosa dan pirimidina berada di posisi karbon 1 (C1) di gugus ribosa, yang mengandung satu pirofosfat, dan posisi nitrogen 1 (N1), di cincin pirimidina. Orotate fosforibosyl transferase (PRPP transferase) mengkatalisasi reaksi yang menghasilkan orotidina monofosfat (OMP):
Orotate + 5-Phospho-α-D-ribose 1-diphosphate (PRPP) → Orotidine 5'-phosphate + Pyrophosphate
Orotidina 5'-monofosfat kemudian dekarboksilasi oleh orotidina-5'-fosfat dekarboksilase untuk membentuk uridina monofosfat (UMP). PRPP transferase mengkatalisasi reaksi ribosilasi dan dekarboksilasi, membentuk UMP dari asam orotik dalam kandungan PRPP. Nukleotida pirimidina lain diturunkan dari UMP. Kemudian, UMP difosforilasi oleh dua enzim kinase untuk membentuk uridina trifosfat (UTP) melalui dua reaksi berurutan dengan ATP. Pertama, difosfat membentuk UDP itu diproduksi, dan kemudian difosforilasi menjadi UTP. Kedua reaksi memakai ATP untuk energi melalui hidrolisis ATP:
ATP + UMP → ADP + UDP
UDP + ATP → UTP + ADP
Selanjutnya, CTP dibentuk oleh reaksi aminasi UTP melalui aktivitas katalisasi dari enzim CTP sintetase.Glutaminaadalah donor NH3dan reaksi tersebut memakai energi melalui hidrolisis ATP.
UTP + Glutamine + ATP + H2O → CTP + ADP + Pi
Sitidina monofosfat (CMP) berasal dari sitidina trifosfat (CTP) melalui kehilangan dua gugus fosfat.
Atom yang digunakan untuk membangun nukleotida purina berasal dari berbagai sumber:
Sintesis de novo untuk nukleotida purina dijalankan dengan prekursors yang dimasukkan ke dalam cincin purina melalui jalur 10 langkah ke senyawa perantara IMP, nukleotida dari basa hipoksantin. AMP dan GMP selanjutnya disintesis dari senyawa prenantara ini melalui jalur terpisah dua langkah. Karena itu, gugus purin pada awalnya terbentuk sebagai bagian dari ribonukleotida, dan bukan sebagai basa bebas.
Enam enzim terlibat dalam reaksi sintesis IMP. Di antara enzim itu, tiga enzim mempunyai peran multifungsi:
Jalur reaksi termulai dengan pembentukan PRPP. PRPS1 adalah enzim yang mengaktifkan R5P, yang dibentuk oleh jalur pentosa fosfat, menjadi PRPP yang dibuat reaksi dengan ATP. Reaksi ini tidak biasa karena gugus pirofosforil ditransfer langsung dari ATP ke C1dari R5P, dan senyawa yang terbentuk mempunyai konfigurasiαdi C1. Reaksi ini juga berbagi dengan jalur sintesis asam aminoTrp,Hisdan nukleotida pirimidina. Reaksi ini sangat diatur karena reaksi ini berada di dalam metabolisme utama dan memakai banyak energi.
Dalam reaksi pertama yang unik hanya untuk sintesis nukleotida purina, PPAT mengkatalisis perpindahan gugus pirofosfat (PPi) dari PRPP melalui gugus nitrogen amida disumbangkan olehglutamina(N),glisina(N dan C),asam aspartat(N),asam folat(C1) ataukarbon dioksida. Ini adalah langkah berkomitmen dalam sintesis purina. Reaksi ini terjadi dengan inversi konfigurasi di ribosa C1, yang kemudian membentukβ-5-fosforibosilamine (5-PRA) dan meneguhkan bentuk anomerik nukleotida mendatang.
Selanjutnya, glisina dimasukkan dengan energi dari hidrolisis ATP dan gugus karboksil membuat ikatan amina dengan NH2dari sebelumnya. Satu-karbon unit dari koenzim asam folat N10-formyl-THF kemudia ditambahkan ke gugus amina dari glisina yang disubtitusi, diikuti dengan penutupan cinicin imidazole. Kemudian, gugus NH2kedua ditransfer dari glutamina ke karbon pertama dari gugus glisina. Karboksilasi satu-karbon unit kedua dari gugus glisina ditambahkan secara bersama. Gugus karbon baru ini kemudian dimodifikasi dengan menambahkan gugus NH2ketiga, kali ini ditransfer dari residu aspartat. Akhirnya, satu-karbon unit kedua dari formil THF ditambahkan ke gugu nitrogen dan cincin itu ditutupkan secara kovalen untuk membentuk gugus prekursor purina umum inosin monofosfat (IMP).
Inosin monofosfat dikonversi ke adenosin monofosfat melalui dua langkah. Pertama, hidrolisis GTP menyediakan energi untuk menambahkan aspartat ke IMP oleh enzim adenilosuccinate sintase, menggantikan oksigen karbonil dengan nitrogen dan membentuk senyawa perantara adenilosuccinate. Kemudia, fumarat dibelah untuk membentuk adenosin monofosfat. Langkah ini dikatalisis oleh enzim adenilosuccinate liase.
Inosin monofosfate dikonversi ke guanosin monofosfate melalui reaksi oksidasi IMP membentuk xantilat, diikuti dengan penyisipan gugus amina di C2. NADadalah akseptor elektron di reaksi oksidasi ini. Transfer gugus amida didorong oleh energi dari hidrolisis ATP.
Dalam tubuh manusia, cincin pirimidina (C,T, U) dapat didegradasi sepenuhnya menjadi karbon dioksida, CO2dan NH3(ekskresi urea). Cincin purina (G, A) tidak bisa didegradasi melalui jalur yang sama. Cincin purina didegradasi menjadi asam urat yang selanjutnya dikeluarkan dari tubuh. Asam urat terbentuk ketika GMP dibelah menjadi basa guanina dan ribosa. Guanina dideaminasi menjadi xantin, yang selanjutnya dioksidasi menjadi asam urat. Reaksi terakhir ini permanen. Demikian pula, asam urat bisa dibentuk ketika AMP dideaminasi untuk membentuk IMP, yang menjadi sumber gugus ribosa yang dikeluarkan untuk membentuk hipoksantin. Hipoksantin dioksidasi menjadi xantin dan selanjutnya menjadi asam urat. Guanina dan IMP bisa digunakan untuk daur ulang untuk reaksi sintesis asam nukleat di dalam kandungan PRPP dan aspartat (sebagai donor NH3).
Nama-nama nukleotida disingkat menjadi kode empat-huruf standar. Huruf pertama berupa huruf kecil dan menandakan bawa nukleotida yang dipertanyakan adalah sebuahribonukleotida(r) atau deoxiribonukleotida (d). Huruf ke-2 menandakannukleosidayang berhubungan dengannukleobasa:
Huruf ke-3 dan ke-4 menandakan panjang dari rantai fosfat yang terikat (Mono-, Di-, Tri-) dan keberadaan sebuah fosfat (P). Sebagai contoh, deoksi-sitidin-trifosfat disingkat sebagai dCTP.