ข้อโต้เถียงเรื่องอาหารดัดแปรพันธุกรรม

ข้อโต้เถียงเรื่องอาหารดัดแปรพันธุกรรม(อังกฤษ:Genetically modified food controversies) เป็นความขัดแย้งกันในเรื่องการบริโภคอาหารและผลิตภัณฑ์อย่างอื่น ๆ ที่ทำมาจากพืชดัดแปรพันธุกรรมไม่ใช่จากพืชปลูกโดยวิธีตามที่เคยทำมาก่อน (คือแบบธรรมดา) และในเรื่องการใช้พันธุวิศวกรรมแบบอื่น ๆ ในกระบวนการผลิตอาหาร
เป็นความขัดแย้งกันระหว่างผู้บริโภคเกษตรกรบริษัทเทคโนโลยีชีวภาพองค์กรควบคุมของรัฐองค์การนอกภาครัฐและนักวิทยาศาสตร์ข้อโต้เถียงสำคัญรวมทั้ง
แม้ว่าสาธารณชนจะกังวลว่า การบริโภคอาหารดัดแปรพันธุกรรมอาจเป็นอันตราย แต่ก็มีมติที่คล้องจองกันโดยทั่วไปจากนักวิทยาศาสตร์ว่า อาหารวางขายในตลาดที่มาจากพืชเหล่านี้ เสี่ยงต่อสุขภาพมนุษย์ไม่มากไปกว่าอาหารธรรมดายังไม่เคยมีรายงานที่เชื่อถือได้ว่า มีผลเสียหายต่อสุขภาพมนุษย์เนื่องจากอาหารดัดแปรพันธุกรรมดังนั้น นักวิทยาศาสตร์จึงมักจะเป็นห่วงเรื่องโอกาสความเสียหายต่อระบบนิเวศมากกว่า
ส่วนองค์กรควบคุมอาหารจะตรวจสอบความปลอดภัยเริ่มที่การประเมินว่า อาหารพันธุวิศวกรรมนั้นสมมูลอย่างสำคัญ (substantial equivalence) กับอาหารที่ไม่ได้ผ่านกระบวนการเช่นนั้น ที่ยอมรับกันแล้วว่าเหมาะสมเพื่อการบริโภคของมนุษย์หรือไม่แม้ว่า การขึ้นป้ายอาหารว่า เป็นผลิตภัณฑ์จากสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม(genetically modified organism หรือ GMO) จะบังคับใช้ในหลายประเทศ แต่ก็ไม่ได้บังคับใช้ในประเทศสหรัฐอเมริกาหรือแคนาดานอกจากนั้นแล้ว องค์การอาหารและยาของสหรัฐ ยังไม่ยอมรับความแตกต่างกันระหว่างอาหารจาก GMO กับอาหารที่ไม่ใช่อีกด้วย
องค์กรที่ต่อต้าน GMO เช่น Organic Consumers Association,Union of Concerned Scientists, และกรีนพีซอ้างว่า ความเสี่ยงต่าง ๆ ยังไม่ได้ศึกษาและควบคุมให้ดี นอกจากนั้นแล้ว ยังตั้งความสงสัยในความเป็นกลางขององค์กรของรัฐที่มีหน้าที่ควบคุมดูแล
นอกจากองค์กรเหล่านี้ ยังมีสมาคมเกี่ยวกับสุขภาพต่าง ๆ ที่อ้างว่า ยังไม่มีคำตอบเกี่ยวกับผลระยะยาวต่อสุขภาพมนุษย์ และดังนั้น จึงเสนอให้บังคับการขึ้นป้ายอาหารหรือให้ระงับการใช้ไว้ช่วยคราวประเด็นความกังวลรวมทั้งการปะปนกันระหว่างผลิตภัณฑ์อาหาร GMO และที่ไม่ใช่ผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมความเข้มงวดของกระบวนการควบคุมและการรวมอำนาจการควบคุมแหล่งอาหารของบริษัทที่ผลิตและขายสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม
กลุ่มผู้บริโภคที่สนใจเรื่องคุณภาพอาหาร ได้เกิดชื่อเสียงเด่นดังก่อนแม้การประดิษฐ์อาหารดัดแปรพันธุกรรมในช่วงคริสต์ทศวรรษ 1990นิยายเกี่ยวกับความยากลำบากของชีวิตคนต่างด้าวเรื่องThe Jungleนำไปสู่กฎหมายสำคัญฉบับแรกเกี่ยวกับอาหารและยาของสหรัฐในปี ค.ศ. 1906ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของความกังวลเรื่องความบริสุทธิ์และ "ความเป็นธรรมชาติ" ของอาหาร ที่พัฒนามาจากความกังวลเรื่องความสะอาดที่กล่าวถึงในนิยาย กลายเป็นประเด็นต่าง ๆ รวมทั้ง
คือในที่สุด สาธารณชนได้กลายมาเห็นอาหารดัดแปรว่า "ไม่เป็นธรรมชาติ" ซึ่งเป็นความเอนเอียงทางประชานแบบเทิดทูน(halo effect) แบบตรงข้าม ตามแนวคิดทางจิตวิทยาโดยมีความรู้สึกเฉพาะคือพันธุวิศวกรรมกำลังคุกคามกระบวนการชีวภาพตามธรรมชาติ และวิทยาศาสตร์มีจุดจำกัดที่จะเข้าใจผลลบที่อาจจะเกิดขึ้นส่วนความรู้สึกด้านตรงกันข้ามก็คือพันธุวิศวกรรมความจริงเป็นวิวัฒนาการจากวิธีการคัดเลือกพันธุ์ที่ทำกันมาแล้วเป็นเวลานาน
งานสำรวจต่าง ๆ แสดงว่า สาธารณชนกังวลว่า การบริโภคอาหารดัดแปรพันธุกรรมมีอันตรายว่าเทคโนโลยีชีวภาพมีความเสี่ยง
ว่า ควรจะสืบหาข้อมูลเพิ่มขึ้น
และว่า ผู้บริโภคควรจะเลือกได้ว่าจะเสี่ยงบริโภคผลิตภัณฑ์หรือไม่คือ ความรู้สึกพื้น ๆ ทั่ว ๆ ไปที่มีอยู่แล้วว่า ความเปลี่ยนแปลงทางสังคมและเทคโนโลยีกำลังเร่งเร็วยิ่งขึ้น และไม่สามารถควบคุมได้ กลายเป็นจุดเด่นในประเด็นนี้เมื่อมีความเปลี่ยนแปลงต่ออาหาร
ผู้ที่ขับเคลื่อนความรู้สึกว่าอันตรายของสาธารณชนในสหรัฐ รวมทั้งสื่อเช่นโอปราห์ วินฟรีย์องค์กรเช่น Organic Consumers Association (สมาคมผู้บริโภคผลิตภัณฑ์อินทรีย์)กรีนพีซ(โดยเฉพาะในเรื่องข้าวทอง)และUnion of Concerned Scientists(สหภาพนักวิทยาศาสตร์ผู้ห่วงใย)ยังมีกลุ่มศาสนาที่กังวลว่า อาหารที่ได้จากเทคโนโลยีเช่นนี้ จะเหมาะสมกับคำสอนของศาสนาหรือไม่
แต่ว่าโดยปี พ.ศ. 2544 ก็ยังไม่มีอาหารที่กำหนดว่าไม่ควรโดยกลุ่มชนยิวหรือกลุ่มชนอิสลามแต่ว่าก็ยังมีคนยิวเป็นบางส่วนที่ไม่เห็นด้วย
มีกลุ่มอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม (เช่น Friends of the Earth)ที่จัดพันธุวิศวกรรมว่าเป็นประเด็นน่าเป็นห่วงโดยทั่วไปทั้งในเรื่องสิ่งแวดล้อมและการเมืองแต่ก็มีกลุ่มอื่น ๆ ด้วย (เช่น GMWatch) ที่ตั้งขึ้นเพื่อต่อต้านพืชดัดแปรพันธุกรรมโดยเฉพาะหรือโดยหลัก
ในปี พ.ศ. 2546วารสารวิชาการทางวิทยาศาสตร์ที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันรายงานว่าโครงการ Public Perceptions of Agricultural Biotechnologies in Europe (ความรู้สึกสาธารณชนเกี่ยวกับเทคโนโลยีชีวภาพในยุโรปตัวย่อ PABE) ที่ได้รับมอบหมายหน้าที่โดยสหภาพยุโรปพบว่าสาธารณชนทั้งไม่ได้ยอมรับหรือปฏิเสธ GMO
แต่พบว่า ประชาชนมีคำถามสำคัญเกี่ยวกับ GMO คือ
PABE ยังพบด้วยว่า ความรู้ทางวิทยาศาสตร์ของประชาชนไม่ได้เปลี่ยนความเห็น เพราะว่า ข้อมูลทางวิทยาศาสตร์ไม่ได้ตอบปัญหาเหล่านี้และว่า ประชาชนไม่ได้เรียกร้องให้มีความเสี่ยงเป็นศูนย์ และตระหนักเป็นอย่างดีว่า ชีวิตเต็มไปด้วยความเสี่ยงต่าง ๆ ที่ต้องนำมาดุลกัน แล้วประเมินเทียบกับผลประโยชน์ที่พึงได้
สิ่งที่ประชาชนร้องเรียกก็คือ การประเมินความเสี่ยงที่ตรงกับความจริงยิ่งขึ้น โดยองค์กรควบคุมของรัฐและโดยผู้ผลิต GMO
ในปี พ.ศ. 2549 มีการตีพิมพ์งานปฏิทัศน์ของงานสำรวจต่าง ๆ ในสหรัฐระหว่างปี พ.ศ. 2544-2550ซึ่งแสดงว่า ความรู้คนอเมริกันเกี่ยวกับอาหารและสัตว์ดัดแปรพันธุกรรม น้อยมากในช่วงงานสำรวจ
เช่น มีการประท้วงมะเขือเทศดัดแปรพันธุกรรมของบริษัท Calgene (ปัจจุบันเป็นส่วนของบริษัทมอนแซนโต) โดยเข้าใจอย่างผิด ๆ ว่า มะเขือเทศมียีนของปลาเป็นการสับสนกับมะเขือเทศยีนปลา (Fish tomato) ของบริษัท DNA Plant Technology ซึ่งเป็นสิ่งมีชีวิตแบบตัดต่อพันธุกรรมข้ามพันธุ์ (transgenic) ที่ไม่ได้วางตลาด
ส่วนงานสำรวจในปี พ.ศ. 2550 ขององค์กรอาหารของประเทศออสเตรเลียนิวซีแลนด์ (Food Standards Australia New Zealand) พบว่า ในออสเตรเลียที่บังคับการขึ้นป้ายประชาชนส่วนน้อยในอัตรา 27% จะตรวจดูป้ายเพื่อดูว่ามีองค์ประกอบดัดแปรพันธุกรรมในผลิตภัณฑ์อาหารที่จะเริ่มซื้อหรือไม่
งานปฏิทัศน์งานสำรวจผู้บริโภคชาวยุโรปในปี พ.ศ. 2552 สรุปว่า ความรู้สึกต่อต้านสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรมในยุโรป ค่อย ๆ ลดลงเรื่อย ๆและผู้ที่ให้คำตอบแก่งานสำรวจประมาณ 80% "ไม่ได้หลีกเลี่ยงผลิตภัณฑ์ดัดแปรพันธุกรรมอย่างจงใจเมื่อไปช็อปปิ้ง"
ในปี พ.ศ. 2553 งานสำรวจความเห็นประชาชนของสหภาพยุโรปเกี่ยวกับเทคโนโลยีชีวภาพและวิทยาศาสตร์ชีวภาพพบว่าพืชดัดแปรพันธุกรรมประเภทที่ก็สามารถทำได้ด้วยโดยวิธีธรรมดา จะทำให้เกิดปฏิกิริยาจากประชาชนน้อยกว่าพืชที่ทำโดยการตัดต่อพันธุกรรม (transgenic) ซึ่งใช้ยีนจากสปีชีส์ที่แตกต่างกันอย่างมากทางอนุกรมวิธาน
ในปี พ.ศ. 2553 งานสำรวจในสหรัฐพบว่า ผู้บริโภค 34% เป็นห่วงกังวลอย่างมากหรืออย่างยิ่งเรื่องอาหารดัดแปรพันธุกรรม แต่มีอัตราลดลง 3% จากปี 2551ผลที่พบแตกต่างกันระหว่างเพศ คือ 10% ของผู้ชายเป็นห่วงอย่างยิ่ง เทียบกับ 16% ในหญิง และมี 27% ของชายที่ไม่ห่วงเรื่องนี้เลย เทียบกับ 16% ในหญิง
ในงานสำรวจปี พ.ศ. 2556 โดยหนังสือพิมพ์เดอะนิวยอร์กไทมส์พบว่า คนอเมริกัน 93% ต้องการให้ขึ้นป้ายอาหารดัดแปรพันธุกรรมแต่หลังจากมีการให้รางวัลอาหารโลกปี พ.ศ. 2556 กับพนักงานของบริษัทพืชดัดแปรพันธุกรรมมอนแซนโตและ Syngentaประชาชนในรัฐวอชิงตันสหรัฐอเมริกาก็ลงประชามติปฏิเสธการบังคับขึ้นป้ายอาหารดัดแปรพันธุกรรม
ถ้าเป็นคำถามที่ว่า "อาหาร GMO ปลอดภัยที่จะบริโภคหรือไม่" ความเห็นของสาธารณชนและของนักวิทยาศาสตร์สมาคมอเมริกันเพื่อความก้าวหน้าของวิทยาศาสตร์(American Association for the Advancement of Science ตัวย่อ AAAS เป็นสมาคมวิทยาศาสตร์ทั่วไปที่ใหญ่ที่สุดในโลก) แตกต่างกันมาก คือประชาชน 37% เห็นว่าปลอดภัย แต่นักวิทยาศาสตร์ 88% เห็นว่าปลอดภัย
ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2555 กลุ่มที่ชื่อว่า "Take the Flour Back (เอาแป้งคืนมา)" ประท้วงแผนงานของกลุ่ม Rothamsted Experimental Station (ปัจจุบันเรียกว่า Rothamsted Research) ที่อยู่ในประเทศอังกฤษที่จะทดลองข้าวสาลีดัดแปรพันธุกรรมที่สามารถขับเพลี้ยสกุลAphididaeออกได้นักวิจัยได้เขียนจดหมายไปหาชนในกลุ่มเมื่อต้นเดือนพฤษภาคม ขอให้ระงับการประท้วงที่กำหนดจะทำในวันที่ 27แต่สมาชิกในกลุ่มกล่าวว่า กลุ่มเป็นห่วงเรื่องการหลุดออกไปสู่ธรรมชาติของพืชทดลอง โดยอ้างตัวอย่างเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในสหรัฐและแคนาดาต่อมา Rothamsted Research และองค์กรกุศลที่โปรโหมตความรู้วิทยาศาสตร์ของประชาชน Sense About Science จึงได้จัดช่วงคำถาม-คำตอบ เพื่อตอบคำถามเกี่ยวกับโอกาสที่เหตุการณ์เช่นนั้นจะเกิดขึ้น
วันที่ 25 พฤษภาคม พ.ศ. 2556 กลุ่ม "March Against Monsanto (สวนสนามต่อต้านมอนแซนโต)" นัดชุมนุมกันเพื่อประท้วงในเมืองบัวโนสไอเรสและเมืองอื่น ๆ ทั่วโลก
ส่วนในเมืองพอร์ตแลนด์รัฐออริกอนเจ้าหน้าที่ตำรวจรายงานว่า มีคนชุมนุมประท้วงกันถึง 6,000 คนและก็มีคนหลายร้อยสวนสนามประท้วงในนครลอสแอนเจลิสตามทีวีช่องหนึ่ง มีคนเป็นร้อยชุมนุมประท้วงในเมืองคิตเชเนอร์ รัฐออนแทรีโอแม้ว่าจำนวนผู้ประท้วงรวมทั้งหมดทั่วโลกจะไม่ชัดเจน แต่ประเมินว่ามี "หลายแสน"จนกระทั่งถึง "2 ล้าน"และตามผู้จัดการประท้วง มีคนมาชุมนุมประท้วงในเมือง 436 เมือง ในประเทศ 52 ประเทศ
ต่อมา ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2556 บริษัทต่าง ๆ ในอุตสาหกรรมเทคโนโลยีชีวภาพการเกษตรจึงริเริ่มโครงการที่เรียกว่า GMO Answers (คำตอบ GMO) เพื่อตอบคำถามของผู้บริโภคเกี่ยวกับอาหารดัดแปรพันธุกรรมในประเทศสหรัฐอเมริกาโครงการริเริ่มนี้มีผู้เชี่ยวชาญอาชีพต่าง ๆ ช่วยตอบคำถาม เริ่มตั้งแต่เกษตรกรธรรมดา เกษตรกรอินทรีย์ ไปจนถึงผู้เชี่ยวชาญจากอุตสาหกรรมเกษตรกรรม นักวิทยาศาสตร์ นักวิชาการ แพทย์ นักโภชนาหาร และผู้เชี่ยวชาญจากบริษัทที่เป็นผู้จัดตั้งองค์กรอุตสาหกรรม Council for Biotechnology Information ซึ่งเป็นองค์กรที่ให้เงินทุนกับโครงการริเริ่มบริษัทเทคโนโลยีชีวภาพผู้จัดตั้งรวมทั้ง BASF,ไบเออร์, Dow AgroSciences, DuPont Pioneer,มอนแซนโตและ Syngenta
ในเดือนตุลาคม 2556 กลุ่มที่เรียกว่า European Network of Scientists for Social and Environmental Responsibility (เครือข่ายนักวิทยาศาสตร์ยุโรปเพื่อความรับผิดชอบทางสังคมและสิ่งแวดล้อม ตัวย่อ ENSSER) ได้เผยแพร่คำแถลงการณ์ว่า ยังไม่มีมติส่วนใหญ่ของนักวิทยาศาสตร์เกี่ยวกับความปลอดภัยของอาหารดัดแปรพันธุกรรมซึ่งมีนักวิทยาศาสตร์ประมาณ 200 คนในสาขาต่าง ๆ ที่ลงลายเซ็นร่วมด้วยภายในอาทิตย์แรกที่เผยแพร่และกลายเป็นคำแถลงการณ์ที่นิยมใช้โดยกลุ่มต่อต้าน GMO ต่าง ๆแต่นี่เป็นคำแถลงการณ์ที่ขัดแย้งกับมติส่วนใหญ่ของนักวิทยาศาสตร์ดังที่ AAAS และงานศึกษาต่าง ๆ ได้แจ้ง
มีองค์กรปฏิบัติการหัวรุนแรงต่าง ๆ เช่น Earth Liberation Front,กรีนพีซ, และอื่น ๆ ที่ทำลายทรัพย์สินของผู้ที่ทำงานวิจัยสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม โดยทำกระจายไปทั่วโลกในประเทศสหราชอาณาจักรและประเทศยุโรปอื่น ๆ โดยปี พ.ศ. 2557 ผู้ประท้วงได้ทำลายงานทดลองพืชแล้ว 80 งานที่ทำโดยสถาบันวิชาการหรือรัฐในบางกรณี ก็ยังมีคำข่มขู่และความรุนแรงกระทำต่อบุคคลและทรัพย์สินอีกด้วยเช่นในปี พ.ศ. 2542 นักปฏิบัติการหัวรุนแรงวางเพลิงแล็บเทคโนโลยีชีวภาพที่มหาวิทยาลัยมิชิแกนสเตตทำลายงานที่ทำมานานหลายปี และทรัพย์สินมูลค่า 400,000 ดอลลาร์สหรัฐ (ประมาณ 15 ล้านบาท)
ในปี พ.ศ. 2526 กลุ่มอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมต่าง ๆ ได้ฟ้องศาล มีผลยังการทดสอบภาคสนามของแบคทีเรียลดการเกาะของน้ำแข็ง (Ice-minus bacteria) ให้ล่าช้าแต่ในปี พ.ศ. 2530 แบคทีเรียที่ว่านี้ ก็กลายเป็นสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม(GMO) ที่ปล่อยออกสู่สิ่งแวดล้อมเป็นอย่างแรกหลังจากสเปรย์แบคทีเรียลงในสวนสตรอว์เบอร์รีทดสอบในรัฐแคลิฟอร์เนียแล้วตามด้วยการสเปรย์ลงบนต้นอ่อนมันฝรั่งผู้ประท้วงก็ได้ถอนพืชที่ปลูกในสนามทดสอบทั้งสองออก แต่ก็มีการปลูกทดแทนในวันต่อมา
ในปี พ.ศ. 2554 กรีนพีซต้องจ่ายค่าเสียหาย เมื่อสมาชิกได้บุกรุกเข้าไปในสถานที่ของ Australian scientific research organization (CSIRO) แล้วทำลายแปลงข้าวสาลีดัดแปรพันธุกรรมแปลงหนึ่ง
ผู้พิพากษากล่าวว่า กรีนพีซไม่มีความจริงใจโดยใช้สมาชิกอ่อนอาวุโสเพื่อทำการ มีจุดประสงค์เพื่อไม่ให้โทษมาถึงตน
แล้วให้คำพิพากษารอการลงโทษเป็นเวลา 9 เดือนแก่จำเลย
วันที่ 8 สิงหาคม 2556 ผู้ประท้วงได้ถอนพืชในแปลงทดลองข้าวทองในประเทศฟิลิปปินส์แต่มีอดีตผู้ปฏิบัติการหัวรุนแรงที่มีชื่อเสียงท่านหนึ่งคือนายมาร์ค ไลนาสได้เขียนบทความให้สำนักข่าว Slate ว่า กลุ่มย่อยนำโดยองค์กรหัวรุนแรงคือ Kilusang Magbubukid ng Pilipinas (KMP) เป็นตัวการทำลายทรัพย์สิน ในขณะที่ผู้ประท้วงอื่น ๆ ได้แต่ดูอย่างตระหนกตกใจส่วนองค์กรการกุศลเพื่อคนตาบอด Helen Keller International แจ้งว่า ข้าวทองออกแบบมีจุดประสงค์เพื่อป้องกันการขาดวิตามินเอที่ทำให้เด็กตายหรือตาบอดเป็นแสน ๆ คนต่อปีในประเทศกำลังพัฒนา
การตีพิมพ์ข้อมูลความปลอดภัยและผลของอาหารดัดแปรพันธุกรรมมักจะทำให้เกิดการขัดแย้ง
กรณีแรก ๆ กรณีหนึ่ง เกิดขึ้นในปี 2542 เมื่อวารสารวิชาการทางวิทยาศาสตร์เนเจอร์พิมพ์ผลงานที่แสดงพิษภัยที่อาจจะมีของข้าวโพดดัดแปลงพันธุกรรม (Bt maize) กับแมลงผีเสื้อซึ่งมีผลเป็นความวุ่นวายในสาธารณชนและเป็นการประท้วง
แต่ว่า โดยปี 2544 ได้มีงานศึกษาที่ติดตามมาอีกหลายงานที่สรุปว่า "ละอองเรณูของ Bt maize ชนิดสามัญต่าง ๆ ไม่มีพิษต่อตัวอ่อนของผีเสื้อพันธุ์Danaus plexippus(Monarch butterfly) ในระดับความเข้มข้นที่ผีเสื้อจะพบจริง ๆ ในสนาม" ซึ่งปิดประเด็นปัญหาในเรื่องนั้นนักวิทยาศาสตร์ที่เป็นห่วง จึงเริ่มตรวจสอบวรรณกรรมทางวิทยาศาสตร์แล้วแสดงปฏิกิริยาที่ชัดเจน ทั้งโดยส่วนตัวทั้งในสาธารณชน เพื่อทำลายความน่าเชื่อถือของความเห็นที่ตนเห็นว่าคลาดเคลื่อน เพื่อป้องกันการคัดค้านจากสาธารณชนและการบังคับใช้กฎหมายที่ไร้เหตุผลในปี 2556 บทความหนึ่งในนิตยสารวิทยาศาสตร์Scientific Americanให้ข้อสังเกตว่า มีเพียงนักชีววิทยาเป็นส่วนน้อยกระจิริด ที่ได้ตีพิมพ์เหตุข้อกังวลเกี่ยวกับอาหารดัดแปรพันธุกรรมแต่ก็กล่าวด้วยว่า นักวิทยาศาสตร์ที่สนับสนุน GMO ในการผลิตอาหาร มักจะให้ความสำคัญกับเหตุข้อกังวลเหล่านั้นน้อยไป
ก่อนปี พ.ศ. 2553 นักวิทยาศาสตร์ที่ต้องการทำงานวิจัยกับพืชหรือเมล็ดพืชดัดแปรพันธุกรรรม ไม่สามารถจะทำได้เพราะว่ามีสัญญาผู้ใช้ (end-user agreement) ที่จำกัดเกินไป
ต่อมาก็เกิดนักวิทยาศาสตร์กลุ่มหนึ่งที่ต่อต้านข้อจำกัดเช่นนั้น
แล้วส่งคำแถลงการณ์ไปยังสำนักงานปกป้องสิ่งแวดล้อมสหรัฐ(EPA) ในปี 2552 โดยประท้วงว่า
"เพราะเหตุที่เข้าถึงได้อย่างจำกัด จึงไม่สามารถจะทำงานวิจัยที่เป็นอิสระอย่างแท้จริงและที่ถูกต้องตามกฎหมาย เกี่ยวกับคำถามสำคัญต่าง ๆ เกี่ยวกับเทคโนโลยีนี้"บทความบรรณาธิการในปี 2552 ของนิตยสารScientific Americanอ้างนักวิทยาศาสตรผู้หนึ่งผู้กล่าวว่า มีงานศึกษาหลายงานที่ได้รับอนุมัติจากบริษัท แต่ต่อมาก็ถูกห้ามไม่ให้ตีพิมพ์เผยแพร่ผลงานเมื่อไม่แสดงผลที่น่าชอบใจ
คณะบรรณาธิการจึงเสนอให้ EPA บังคับว่า การอนุมัติพืชดัดแปรพันธุกรรมจะทำได้ก็ต่อเมื่อบริษัทเปิดโอกาสให้นักวิจัยอิสระเข้าถึงผลิตภัณฑ์เพื่องานวิจัยได้อย่างไม่จำกัด แม้ว่าคณะบรรณาธิการจะเห็นด้วยกับการปกป้องทรัพย์สินทางปัญญา
ต่อมาในเดือนธันวาคม 2552 สมาคมการค้าเมล็ดอเมริกัน (American Seed Trade Association) ตกลงที่จะ "อนุญาตผู้วิจัยสาธารณะ ให้มีอิสระมากขึ้นในการศึกษาผลกระทบของพืชดัดแปรพันธุกรรมที่ใช้ทำอาหาร"
โดยมีบริษัทเซ็นให้สัญญาแบบรวม ๆ ที่จะอนุญาตงานวิจัยเช่นนี้ ซึ่งทำให้นักวิทยาศาสตร์เป็นจำนวนมากรู้สึกดีต่ออนาคตโดยมีนักวิทยาศาสตร์ท่านหนึ่งจาก Agricultural Research Service (ARS) ซึ่งเป็นองค์กรหนึ่งของกระทรวงเกษตรสหรัฐ ได้กล่าวไว้ว่า "[สัญญานี้] ดีและเฉพาะเจาะจงมาก ARS จะสามารถทำทุกสิ่งทุกอย่างโดยทั่วไปตามที่ต้องการ"
แต่ว่า ก็ยังมีนักวิทยาศาสตร์บางพวกที่ยังเป็นห่วงกังวลว่า สัญญานี้จะมีผล "เปลี่ยนแปลงภาวะแวดล้อมงานวิจัยที่เต็มไปด้วยการกีดขวางและความไม่ไว้วางใจ" ได้หรือไม่คือความจริงมอนแซนโตก็ได้มีสัญญางานวิจัย (คือ Academic Research Licenses - สัญญาอนุญาตงานวิจัยวิชาการ) กับมหาวิทยาลัยประมาณ 100 แห่งอยู่แล้ว ที่อนุญาตให้นักวิทยาศาสตร์ของมหาวิทยาลัย สามารถทำงานวิจัยกับผลิตภัณฑ์ดัดแปรพันธุกรรมของบริษัท โดยที่บริษัทไม่เข้าไปควบคุมจัดการ
โดยปี พ.ศ. 2546 การทดสอบภาคสนามของพืชดัดแปรพันธุกรรมได้ลดลง 87% จากปี 2541 เนื่องจากการถอนตัวของบริษัทต่าง ๆ เพราะเหตุ "สถานกาณ์ทางกฎหมายที่ไม่ชัดเจน การยอมรับผลิตภัณฑ์แปรพันธุกรรมในระดับต่ำของสาธารณชน และตลาดที่ไม่แน่นอน" และการตัดงบประมาณให้ทุนจากภาครัฐ
งานปฏิทัศน์ปี 2556 กับสิ่งตีพิมพ์ 1,783 บทความระหว่างปี 2545-2556 เกี่ยวกับพืชและอาหารดัดแปรพันธุกรรมพบว่า ไม่มีหลักฐานที่น่าเชื่อถือว่ามีอันตรายจากการใช้พืชดัดแปรพันธุกรรมที่วางตลาดแล้วในเวลานั้น ๆและ Biology Fortified, Inc. (เรียกสั้น ๆ ว่า Biofortified) ซึ่งเป็นองค์การไม่แสวงหาผลกำไรอิสระ ที่มีจุดประสงค์เพื่อให้ข้อมูลความจริงและสนับสนุนการอภิปรายประเด็นต่าง ๆ เกี่ยวกับเกษตรกรรมโดยเฉพาะในเรื่องพันธุศาสตร์และพันธุวิศวกรรมได้วางแผนเพื่อเพิ่มสิ่งตีพิมพ์อื่น ๆ รวมกับงานที่รวบรวมโดยงานปฏิทัศน์ปี 2556 ในฐานข้อมูลขององค์กรซึ่งรวบรวมงานศึกษาเกี่ยวกับพืชดัดแปรพันธุกรรม เป็นฐานข้อมูลที่เรียกว่า GENERA
มีงานวิเคราะห์ในปี 2554 ที่ปฏิทัศน์งานศึกษา 94 งานที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันเกี่ยวกับความปลอดภัยของ GMO เพื่อประเมินว่าความขัดแย้งกันทางผลประโยชน์ (conflicts of interest) มีสหสัมพันธ์กับผลที่แสดง GMO ในทางบวกหรือไม่
แล้วพบว่าแม้ว่าจะไม่มีสหสัมพันธ์ระหว่างการขัดกันทางผลประโยชน์กับผลที่ได้ (p = 0.631) แต่ว่าก็ยังมีสหสัมพันธ์ระหว่างความเกี่ยวข้องกับอุตสาหกรรม (คือมีความขัดแย้งกันทางอาชีพ) กับผลของการศึกษา (p < 0.001)แต่ว่า ในบรรดางานศึกษา 94 งาน 52% ไม่ได้แจ้งเรื่องแหล่งเงินทุน 10% จัดว่า "กำหนดไม่ได้" ในเรื่องความขัดแย้งกันทางอาชีพ และในบรรดางาน 43 งานที่มีความขัดแย้งกันทางผลประโยชน์หรือทางอาชีพ งาน 28 งานเป็นแบบ "compositional"
และตามอดีตนักปฏิบัติการหัวรุนแรงผู้หนึ่ง ความสัมพันธ์ระหว่างความขัดแย้งกันทางอาชีพและผลบวกที่ได้ อาจจะไม่ถูกต้อง เพราะว่า บริษัทมักจะว่าจ้างผู้ทำงานอิสระ เพื่อทำงานศึกษาต่อเมื่อพบผลบวกในงานวิจัยที่ทำในบริษัทแล้ว
แต่ว่าถ้ามีผลลบ ก็จะไม่ทำการศึกษาต่อ ๆ ไปในเรื่องนั้น ๆดังนั้น งานวิจัยที่บริษัทว่าจ้าง จะมีโอกาสสูงกว่าที่แสดงผลบวก
มีมติส่วนใหญ่ของนักวิทยาศาสตร์ว่าอาหารดัดแปรพันธุกรรมที่วางตลาดแล้วในบัดนี้ ไม่ได้เสี่ยงสูงกว่าอาหารธรรมดาคือไม่มีรายงานเกี่ยวกับผลลบในประชากรมนุษย์สมาคมอเมริกันเพื่อความก้าวหน้าของวิทยาศาสตร์(American Association for the Advancement of Science ตัวย่อ AAAS) ซึ่งเป็นสมาคมทางวิทยาศาสตร์ทั่วไปที่มีสมาชิกมากที่สุดในโลก และเป็นผู้พิมพ์นิตยสารScienceในปี 2555 อ้างว่า "การบริโภคอาหารที่มีส่วนผสมจากพืชดัดแปลงพันธุกรรมไม่ได้เสี่ยงกว่าอาหารเดียวกันที่มีส่วนผสมมาจากพืชที่พัฒนาขึ้นผ่านวิธีธรรมดา"สมาคมการแพทย์อเมริกัน (American Medical Association) วิทยาศาสตรบัณฑิตสถานแห่งชาติ (National Academies of Sciences) และราชสมาคมการแพทย์ (Royal Society of Medicine) ล้วนแต่กล่าวว่า ยังไม่มีการรายงานผลลบต่อสุขภาพมนุษย์เนื่องกับอาหารดัดแปรพันธุกรรม ผ่านวรรณกรรมที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกัน
โครงการ ENTRANSFOOD เป็นกลุ่มนักวิทยาศาสตร์ที่ให้ทุนโดยคณะกรรมาธิการยุโรปและจัดตั้งขึ้นเพื่อให้วางแผนโปรแกรมงานวิจัย เพื่อจัดการปัญหาความกังวลของสาธารณชนเกี่ยวกับความปลอดภัยและคุณค่าของเทคโนโลยีชีวภาพเพื่อการเกษตรENTRANSFOOD สรุปว่า "วิธีการทดสอบแบบผสมที่มีอยู่ เป็นระบบการทดสอบที่สมควร สามารถใช้ประเมินความปลอดภัยของพืชแปรพันธุกรรมได้"ดังนั้น ในปี 2553 ผู้อำนวยการของหน่วยการวิจัยและนวัตกรรมของคณะกรรมาธิการยุโรปจึงรายงานว่า "ข้อสรุปหลักที่ได้จากงานวิจัยกว่า 130 โครงการ ที่ทำเป็นเวลานานกว่า 25 ปี ทำโดยกลุ่มนักวิจัยอิสระกว่า 500 กลุ่ม ก็คือ เทคโนโลยีชีวภาพโดยเฉพาะ GMO ไม่ได้เสี่ยงกว่าเทคโนโลยีเพาะพันธุ์พืชแบบธรรมดา"
แต่ว่ามติส่วนใหญ่ของนักวิทยาศาสตร์และขององค์กรควบคุมของรัฐชี้ว่า ต้องพัฒนาเทคโนโลยีและกฎระเบียบ ที่ใช้ในการทดสอบสิ่งมีชีวิตทั้งแบบ transgenesis (โดยใช้ยีนจากสิ่งมีชีวิตตระกูลอื่น) และ cisgenesis (โดยใช้ยีนจากสิ่งมีชีวิตที่เป็นญาติใกล้ชิด) ยังมีการทดสอบเหมือนกัน
ในปี 2555 กลุ่ม GMO ขององค์กรควบคุมความปลอดภัยอาหารยุโรป (European Food Safety Authority ตัวย่อ EFSA) กล่าวว่า "อันตรายที่ไม่เคยมีมาก่อน" อาจจะเกิดขึ้นสัมพันธ์กับสิ่งมีชีวิตแบบ transgenesis
ผลิตภัณฑ์เกษตรธรรมดาโดยมาก มาจากการจัดการพันธุกรรมผ่านกระบวนการผสมพันธุ์แบบข้ามพันธุ์ (cross-breeding) และแบบลูกผสม(hybridization)
รัฐบาลประเทศต่าง ๆ ควบคุมการวางตลาดและการปล่อยอาหารดัดแปรพันธุกรรมเป็นกรณี ๆ
ประเมินความเสี่ยงและมีกฎควบคุมที่ต่าง ๆ กัน
ประเทศสหรัฐอเมริกาและประเทศในยุโรปมีความแตกต่างกันที่สำคัญ
พืชผลที่ไม่ใช้เป็นอาหารจะไม่มีการตรวจสอบความปลอดภัยเพื่อเป็นอาหารอาหารดัดแปรพันธุกรรมจะไม่ทดสอบในมนุษย์ก่อนวางตลาด เพราะไม่ใช่สารเคมีชนิดใดชนิดหนึ่งโดยเฉพาะ และไม่ได้มุ่งหมายให้บริโภคเฉพาะปริมาณเป็นระยะ ๆ จึงทำให้การศึกษาแบบคลินิกนั้นยากขึ้นเจ้าหน้าที่องค์กรควบคุมจะตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงของยีนที่สัมพันธ์กับโปรตีนที่เป็นผล และผลของโปรตีนเช่นนั้นต่ออาหาร
เจ้าหน้าที่ควบคุมจะเช็คว่า อาหารดัดแปรพันธุกรรมนั้นสมมูลอย่างสำคัญ (substantial equivalence) กับอาหารธรรมดา เพื่อจะตรวจจับผลลบที่ไม่ได้ตั้งใจโปรตีนใหม่ที่ต่างไปจากโปรตีนในอาหารปกติ หรือความผิดปกติอย่างอื่นที่พบในการเปรียบเทียบ จะต้องผ่านการวิเคราะห์ทางด้านพิษวิทยาต่อไป
ในปี 2542 นักวิชาการที่ Rowett Research Institute ในประเทศสกอตแลนด์เตือนว่า การทดสอบโดยความสมมูลอย่างสำคัญ "อาจจะมีปัญหาในบางกรณี" และการทดสอบความปลอดภัยที่มีในปัจจุบัน อาจจะปล่อยสารอันตรายเข้าสู่ระบบเก็บส่งอาหารของมนุษย์ในปีเดียวกับมีนักวิทยาศาสตร์กลุ่มหนึ่งที่วิจารณ์ว่า ระเบียบมาตรฐานที่ว่านี้เป็นผลของงานวิทยาศาสตร์เทียมที่มีเหตุมาจากการเมืองและการวิ่งเต้น เพื่อสร้างความมั่นใจให้ผู้บริโภค และเพื่อช่วยบริษัทเทคโนโลยีชีวภาพให้ลดทั้งเวลาและค่าใช้จ่ายในการทดสอบความปลอดภัย
แล้วเสนอว่า ให้ทดสอบอาหารดัดแปรพันธุกรรมทางชีววิทยาทางพิษวิทยาและทางวิทยาภูมิคุ้มกันอย่างเข้มงวด และให้ทิ้งมาตรฐานความสมมูลอย่างสำคัญไปเสียต่อมาข้อวิจารณ์นี้ถูกวิจารณ์ว่า บิดเบือนประวัติบิดเบือนข้อมูลที่มีอยู่ และมีเหตุผลที่ไม่ดีมีนักวิชาการท่านอื่นอีก (รวมทั้ง Kuiper) ที่อ้างว่า ข้อวิจารณ์พูดถึงการประเมินความปลอดภัยอย่างง่าย ๆ เกินไป และการทดสอบความสมมูลนั้น เป็นอะไรที่มากกว่าการทดสอบโดยเคมี และอาจจะรวมการทดสอบความเป็นพิษด้วยแต่ก็ยังมีนักวิชาการอื่นอีกที่สนับสนุนกฎหมายเพื่อทดแทนมาตรฐานความสมมูลอย่างสำคัญ ด้วยการศึกษาความปลอดภัยแบบอื่น ๆ
นักวิชาการ Kuiper ตรวจสอบกระบวนการนี้เพิ่มเติมในปี 2545 แล้วพบว่า ความสมมูลอย่างสำคัญไม่ได้วัดความเสี่ยงสัมบูรณ์ (absolute risk) แต่กำหนดความแตกต่างกันระหว่างผลิตภัณฑ์ใหม่กับผลิตภัณฑ์ที่มีอยู่ เขาอ้างว่า การกำหนดความแตกต่างเช่นนี้ เป็นจุดเริ่มต้นที่เหมาะสมในกระบวนการประเมินความปลอดภัยและว่า "แนวคิดเกี่ยวกับความสมมูลอย่างสำคัญ เป็นเครื่องมือที่พอเพียงในการกำหนดปัญหาความปลอดภัยของผลิตภัณฑ์แปรพันธุกรรมที่มีผลิตภัณฑ์ธรรมดาที่คล้ายกัน"
แต่เขาก็ยังตั้งข้อสังเกตว่า มาตรฐานนี้ประยุกต์ใช้ได้ยากโดยเหตุผลต่าง ๆ รวมทั้งความจริงว่า อาหารธรรมดาก็มีสารเคมีที่เป็นพิษหรือก่อมะเร็งและอาหารที่มีอยู่ก็ยังไม่ได้พิสูจน์ว่าปลอดภัย
การขาดความรู้ที่สมบูรณ์เกี่ยวกับอาหารธรรมดา อาจหมายความว่า อาหารดัดแปรอาจจะแตกต่างกันโดยสิ่งที่ไม่ใช่สารอาหาร (anti-nutrient) และโดยพิษธรรมชาติที่ยังกำหนดไม่ได้ในพืชดั้งเดิม ซึ่งอาจจะทำให้การทดสอบไม่สามารถตรวจจับความเปลี่ยนแปลงที่เป็นอันตรายนอกจากนั้นแล้ว ความเปลี่ยนแปลงในทางบวกก็อาจจะตรวจไม่เจอเช่นกัน
ยกตัวอย่างเช่นข้าวโพดที่เสียหายเพราะแมลงมักจะมีพิษเห็ดราfumonisins ในระดับสูง เป็นสารก่อมะเร็งเกิดจากเห็ดราทีเกาะไปตามหลังของแมลงแล้วเติบโตขึ้นในข้าวโพดตรงที่แมลงกัดกิน
งานศึกษาหลายงานแสดงว่า ข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม Bt maize มีระดับ fumonisins ที่ต่ำกว่าข้าวโพดธรรมดาที่เสียหายเพราะแมลงมีการสัมมนาเชิงปฏิบัติการ (เวิ้ร์กฉ็อป) และการประชุมปรึกษาหารือหลายครั้งที่จัดโดยองค์กรต่าง ๆ รวมทั้งองค์การเพื่อความร่วมมือทางเศรษฐกิจและการพัฒนาองค์การอนามัยโลกและองค์การอาหารและการเกษตรแห่งสหประชาชาติที่ทำงานรวบรวมข้อมูลและพัฒนาความเข้าใจเกี่ยวกับอาหารธรรมดา เพื่อใช้ประเมินอาหารดัดแปรพันธุกรรม
งานสำรวจสิ่งตีพิมพ์ในปี 2554 ที่เปรียบเทียบคุณสมบัติภายในของพืชดัดแปรพันธุกรรมและพืชธรรมดา (โดยตรวจสอบจีโนมproteome และ metabolome) สรุปว่า พืชดัดแปรพันธุกรรมมีผลกระทบต่อการแสดงออกของยีนหรือต่อโปรตีนและระดับเมทาบอไลท์ ในระดับที่ต่ำกว่าพืชที่เพาะพันธุ์แบบธรรมดางานปฏิทัศน์ปี 2556 ต่อมาเสนอว่า การดัดแปรพันธุ์แบบ transgenesis เปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ในระดับที่น้อยกว่าเทคนิคการเพาะพืชธรรมดา เพราะว่า การเพาะพืชธรรดาเปลี่ยนแปลงยีนในระดับที่สูงกว่า เป็นความเปลี่ยนแปลงแบบต่าง ๆ รวมทั้งการกลายพันธุ์การหลุดหายการแทรก (insertion) และการจัดแจงใหม่ (rearrangement) เมื่อเทียบกับการเปลี่ยนแปลงโดยพันธุวิศวกรรมที่จำกัด ซึ่งบ่อยครั้งเปลี่ยนแค่ยีนเดียว
นอกจากนั้นแล้ว องค์การอาหารและยาของสหรัฐยังพบว่า งาน 148 งานที่องค์กรประเมินทั้งหมด มีความสมมูลอย่างสำคัญกับพืชธรรมดา และเจ้าหน้าที่ควบคุมญี่ปุ่นก็พบความสมมูลในงานทั้งหมด 189 งานที่รัฐตรวจสอบ รวมทั้งผลิตภัณฑ์ต่าง ๆ ที่มีลักษณะสืบสายพันธุ์รวมกันหลายอย่าง
ความสมมูลที่พบเช่นนี้รับการยืนยันโดยงานที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันกว่า 80 ชิ้น
ดังนั้น ผู้เขียนงานปฏิทัศน์จึงอ้างว่า การศึกษาแบบ compositional equivalence ที่บังคับให้ทำในพืชดัดแปรพันธุกรรมเท่านั้น เป็นสิ่งที่ไม่ควรทำต่อไปเพราะเพียงเหตุผลว่า มีความไม่แน่นอนทางวิทยาศาสตร์ ซึ่งเป็นเหตุผลที่ให้เมื่อเริ่มใช้วิธีนี้ในปี 2536
ความเสี่ยงของการเปลี่ยนแปลงยีนที่รู้จักกันดีก็คือการก่อสารก่อภูมิแพ้
ดังนั้น การทดสอบสารภูมิแพ้จึงเป็นเรื่องปกติสำหรับผลิตภัณฑ์อาหาร ที่ต้องผ่านการทดสอบตามกฎควบคุม
และองค์กรต่อต้าน GMO เช่น European Green Party และกรีนพีซมักจะเน้นกล่าวถึงความเสี่ยงนี้แต่ว่างานปฏิทัศน์ในปี 2548 ที่ทบทวนการทดสอบสารภูมิแพ้พบว่า "ยังไม่มีโปรตีนเทคโนโลยีชีวภาพในอาหารที่ก่อให้เกิดปฏิกิริยาภูมิแพ้"ทั้ง ๆ ที่เจ้าหน้าที่ควบคุมดูแลก็บังคับให้อาหารดัดแปร มีการทดสอบตรวจดูสารภูมิแพ้ก่อนที่จะวางตลาด
ผู้สนับสนุน GMO ให้ข้อสังเกตว่า เพราะว่ามีการบังคับให้ทดสอบความปลอดภัย ความเสี่ยงการปล่อยพันธุ์พืชที่มีสารก่อภูมิแพ้หรือสารพิษใหม่ ๆ จะน้อยกว่ากระบวนการเพาะพันธุ์พืชธรรมดา ที่ไม่บังคับให้มีการทดสอบเลย
นอกจากนั้นแล้วพันธุวิศวกรรมมีผลกระทบต่อการแสดงออกของยีนหรือต่อโปรตีนและระดับเมทาบอไลท์ น้อยกว่าการเพาะพันธุ์พืชแบบธรรมดา ซึ่งเป็นการเปลี่ยนพันธุ์พืชแบบไม่สามารถทำให้เฉพาะเจาะจงและนักพิษวิทยาก็ตั้งข้อสังเกตด้วยว่า "อาหารธรรมดาไม่ใช่ไม่เสี่ยง (เพราะว่า) สารก่อภูมิแพ้มีอยู่ในอาหารธรรมดาทั้งชนิดที่มีอยู่แล้วและทั้งที่เกิดขึ้นใหม่ ๆ
ยกตัวอย่างเช่นมีการวางตลาดลูกกีวีในประเทศสหรัฐอเมริกาและประเทศยุโรปในช่วงคริสต์ทศวรรษ 1960 ซึ่งในขณะนั้นไม่ปรากฏสารก่อภูมิแพ้ใด ๆ แต่ว่า ทุกวันนี้ มีคนที่แพ้ผลไม้ชนิดนี้"
นอกจากนั้นแล้ว การแปรพันธุกรรมยังสามารถกำจัดสารก่อภูมิแพ้ ซึ่งอาจจะลดความเสี่ยงการแพ้อาหารเช่นในปี 2546 มีการทดสอบถั่วเหลืองพันธุ์ลดสารภูมิแพ้ แล้วพบว่า ไม่มีสารก่อภูมิแพ้สำคัญ ๆ ในถั่วแปรพันธุกรรมที่พบในถั่วธรรมดาวิธีการเดียวกันก็ทดลองแล้วในหญ้าสกุลLoliumซึ่งปกติมีละอองเรณูที่เป็นเหตุสำคัญของโรคเยื่อจมูกอักเสบจากภูมิแพ้ในกรณีนี้ มีการสร้างหญ้าดัดแปรพันธุกรรมที่สืบลูกหลานได้ โดยไม่มีสารก่อภูมิแพ้หลัก ซึ่งแสดงให้เห็นว่าการสร้างหญ้าปราศจากสารก่อภูมิแพ้นั้นเป็นไปได้
บริษัท GMO ได้ระงับผลิตภัณฑ์ GMO ที่พบว่าทำให้เกิดปฏิกิริยาภูมิแพ้ ก่อนที่จะวางตลาด
เช่นในต้นคริสต์ทศวรรษ 1990 บริษัท Pioneer Hi-Bred (ปัจจุบันเป็น Dupont Pioneer) พยายามปรับปรุงสารอาหารในถั่วเหลืองเพื่อเลี้ยงสัตว์โดยเติมยีนจากต้นบราซิลนัตแต่เพราะว่ามีคนที่แพ้ถั่ว บริษัทจึงได้ทดสอบการเกิดภูมิแพ้ทั้งแบบ in vitro (คือในสถานการณ์เทียม) ทั้งแบบเจาะผิวหนังทดสอบ
แล้วพบว่า ถั่วเหลืองดัดแปรพันธุกรรมทำให้เกิดภูมิแพ้บริษัทจึงระงับการพัฒนาผลิตภัณฑ์นั้นต่อมาในปี 2548 องค์กร Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (องค์การวิจัยทางวิทยาศาสตร์และอุตสาหกรรมแห่งเครือจักรภพ) แห่งประเทศออสเตรเลียได้พัฒนาถั่วลันเตาต้านทานโรคขึ้น แต่พบว่าทำให้เกิดภูมิแพ้ในหนูดังนั้น องค์กรจึงได้ระงับงานที่ทำกับพืชพันธุ์นี้อย่างทันที
กรณีเหล่านี้ ได้ใช้เป็นหลักฐานว่า การแปรพันธุกรรมสามารถก่อให้เกิดการเปลี่ยนแปลงที่ไม่คาดหวังและเป็นอันตรายในอาหาร แต่ก็ใช้เป็นหลักฐานด้วยว่า การทดสอบความปลอดภัยสามารถป้องกันระบบเก็บส่งอาหารได้
ในเหตุการณ์เรียกคืนผลิตภัณฑ์ข้าวโพด Starlink ปี 2543 ผลิตภัณฑ์ข้าวโพดในซูเปอร์มาร์เก็ตและร้านอาหารในสหรัฐอเมริกาเกิดปนเปื้อนด้วยข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมที่มีโปรตีนของแบคทีเรียบาซิลลัสทูริงเยนซิส(Bt) คือ โปรตีน Cry9C
แล้วต่อมาก็พบในประเทศญี่ปุ่นและเกาหลีใต้ด้วยข้าวโพดชนิดนี้ความจริงได้รับอนุมัติเฉพาะให้เป็นอาหารสัตว์เท่านั้น ด้วยเหตุว่า Cry9C สามารถดำรงอยู่ในระบบย่อยอาหารได้นานกว่าโปรตีนชนิดอื่น ๆ ของ Bt ซึ่งทำให้เกิดความเป็นห่วงเรื่องความเป็นสารภูมิแพ้ของผลิตภัณฑ์เหตุการณ์เริ่มขึ้นในเดือนกันยายน 2543 เมื่อองค์กรตรวจสอบอาหาร (Genetic ID) ที่จัดตั้งโดยกลุ่มต่อต้าน GMO ตรวจพบข้าวโพด Starlink ในผลิตภัณฑ์ของบริษัท Taco Bell ในซูเปอร์มาร์เก็ต จึงมีผลให้บริษัทเรียกคืนผลิตภัณฑ์ แล้วในที่สุดบริษัทต่าง ๆ ในสหรัฐอเมริกาก็เรียกคืนผลิตภัณฑ์ของตนทั้งที่ตรวจพบ Starlink ทั้งที่เรียกคืนเป็นการระวังล่วงหน้า ทั้งหมดรวมกันกว่า 300 ผลิตภัณฑ์บริษัท Aventis จึงได้เลิกขายข้าวโพดชนิดนี้โดยสมัครใจเองในเดือนตุลาคม 2543ในปี 2545 อาหารที่สหประชาชาติและประเทศสหรัฐอเมริกาส่งไปช่วยประเทศต่าง ๆ ในแอฟริกากลางก็พบว่าปนเปื้อนด้วยข้าวโพด StarLink เหมือนกัน อาหารช่วยเหลือจึงถูกปฏิเสธตั้งแต่ปี 2544 ก็มีการจับตรวจโปรตีนของ Starlink Bt ได้ต่อมาเรื่อย ๆ จนกระทั่งถึงปี 2547 จึงไม่พบโปรตีนนี้อีกในระบบเก็บส่งอาหารของสหรัฐในปี 2548 องค์กรต่อต้านสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม GeneWatch UK และกรีนพีซก่อตั้งทะเบียนการปนเปื้อนด้วยสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม (GM Contamination Register)ในช่วงที่มีการเรียกคืนผลิตภัณฑ์ ศูนย์ควบคุมโรคสหรัฐ (Centers for Disease Control) ประเมินรายงานเกี่ยวกับปฏิกิริยาภูมิแพ้ต่อข้าวโพด StarLink แล้วตัดสินว่าไม่มีปฏิกิริยาภูมิแพ้เกิดขึ้น
การถ่ายทอดยีนในแนวราบ(horizontal gene transfer) เป็นการถ่ายทอดยีนจากสิ่งมีชีวิตอย่างหนึ่ง ไปยังอีกอย่างหนึ่ง ที่ไม่ใช่โดยการสืบพันธุ์การถ่ายทอดยีนเช่นนี้ระหว่างพืชดัดแปรพันธุกรรมกับสัตว์มีความเสี่ยงน้อยมาก และโดยมากคาดหวังได้ว่าจะน้อยกว่าอัตราพื้นฐาน (background rate)งานวิจัยสองงานเกี่ยวกับผลของการเลี้ยงสัตว์ด้วยอาหารดัดแปรพันธุกรรมพบว่า ไม่มี recombinant DNA หรือโปรตีนแปลกปลอมหลงเหลืออยู่ในอวัยวะหรือในเนื้อเยื่อของสัตว์แต่มีงานวิจัยอื่นที่พบดีเอ็นเอของแบคทีริโอฟาจ M13, ยีนโปรตีนเรืองแสงสีเขียว (green fluorescent protein), และยีนเอนไซม์ rubisco ในเลือดและเนื้อเยื่อของสัตว์และในปี 2555 ก็มีงานวิจัยหนึ่งที่เสนอว่าไมโครอาร์เอ็นเอจากข้าว มีอยู่แต่ต่ำมาก ในซีรั่มของมนุษย์และสัตว์แต่ว่ามีงานวิจัยหลายงานอื่น ๆ ที่คัดค้านคือพบว่า มีการถ่ายทอดไมโครอาร์เอ็นเอจากพืช ในระดับที่ไม่มีนัยสำคัญ ไปยังเลือดของมนุษย์และสิ่งมีชีวิตแบบจำลอง (model organism) 3 อย่างที่ทดลอง
ความกังวลอีกอย่างหนึ่งก็คือ ยีนดื้อยาปฏิชีวินะที่ใช้ทั่วไปเป็นเครื่องหมายดีเอ็นเอ(genetic marker) ในพืชดัดแปรพันธุกรรม อาจถ่ายทอดไปยังแบคทีเรียอันตราย ซึ่งจะกลายเป็นแบคทีเรียดื้อยางานวิจัยปี 2547 ในอาสาสมัครมนุษย์ตรวจสอบว่า ยีนตัดต่อ (transgene) จากถั่วเหลืองดัดแปรพันธุกรรม จะถ่ายทอดไปยังแบคทีเรียที่อยู่ในทางเดินอาหารมนุษย์หรือไม่
แม้โดยปี 2555 นี่ก็ยังเป็นงานศึกษาอาหารดัดแปรพันธุกรรมในมนุษย์เพียงแค่งานเดียว
แต่ก่อนการบริโภคอาหารดัดแปร มีการตรวจพบยีนตัดต่อที่ว่าในอาสาสมัคร 3 คน จาก 7 คน ผู้ที่ตัดลำไส้ออกเพราะเหตุผลทางการแพทย์
แต่เพราะว่า ไม่มีการถ่ายทอดยีนที่เพิ่มขึ้นหลังจากการบริโภคถั่วเหลืองดัดแปร นักวิจัยจึงสรุปว่า ไม่มีการถ่ายทอดยีนจากการบริโภคอาหาร
และในอาสาสมัครที่มีลำไส้ปกติ ยีนตัดต่อก็ไม่สามารถรอดผ่านทางเดินอาหารไปได้
นอกจากนั้นแล้ว ยีนยาปฏิชีวนะที่ใช้ในพันธุวิศวกรรม ก็มีอยู่ในเชื้อโรคมากมายตามธรรมชาติอยู่แล้วตัวยาปฏิชีนะเองก็เป็นยาที่ใช้โดยทั่วไปในการเลี้ยงสัตว์ถึงแม้ว่าแพทย์จะไม่ได้สั่งใช้สำหรับมนุษย์โดยทั่วไป
งานปฏิทัศน์ที่ศึกษางานวิจัยการเลี้ยงสัตว์โดยมากไม่พบผลอะไร
งานปฏิทัศน์ในปี 2557 พบว่า สมรรถภาพของสัตว์ที่เลี้ยงด้วยอาหารดัดแปรพันธุกรรม คล้ายกับสัตว์ที่เลี้ยงด้วยอาหารธรรมดางานปฏิทัศน์ในปี 2555 ของงานศึกษาระยะยาว 12 งาน และงานหลายชั่วยุค (multigenerational) 12 งาน ที่ทำโดยแล็บวิจัยของรัฐสรุปว่า ไม่เคยพบปัญหาความปลอดภัยสืบเนื่องจากการบริโภคอาหารแปรพันธุกรรมส่วนงานปฏิทัศน์ในปี 2552 พบว่า แม้ว่างานศึกษาโดยมากจะสรุปว่า อาหารดัดแปรไม่แตกต่างในเรื่องโภชนาการและไม่เป็นพิษต่อสัตว์ แต่ก็ยังมีรายงานเกี่ยวกับความเปลี่ยนแปลงเชิงลบในระดับเซลล์ที่เกิดจากอาหารดัดแปรบางอย่าง
ดังนั้น งานปฏิทัศน์จึงสรุปว่า "ต้องพยายามตรวจสอบทางวิทยาศาสตร์มากขึ้น เพื่อให้มั่นใจได้ว่า การบริโภคอาหารดัดแปรพันธุกรรมมีโอกาสน้อยที่จะทำให้เกิดปัญหาสุขภาพ"งานปฏิทัศน์ในปี 2552 งานหนึ่งสรุปว่า ผลงานวิจัยเกี่ยวกับอาหารดัดแปรพันธุกรรมแสดงว่า "อาหารอาจเป็นเหตุเกิดพิษอะไรบางอย่างเช่นต่อตับตับอ่อนไตหรือระบบสืบพันธุ์และอาจเปลี่ยนตัวแปรต่าง ๆ ทางเลือดทางชีวเคมีและทางภูมิคุ้มกัน"แต่การตอบสนองต่องานปฏิทัศน์นี้ต่อมาในปีเดียวกันและปีต่อมาให้ข้อสังเกตว่า ผู้เขียนงานพุ่งจุดสนใจไปที่บทความที่มีความเอนเอียงเพื่อไม่ให้ทำการดัดแปร และที่ถูกคัดค้านปฏิเสธมาแล้วโดยบทความที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันอื่น ๆ
งานปฏิทัศน์ปี 2548 สรุปว่า อาหารที่ดัดแปรเพียงแค่ยีนหนึ่ง ๆ จะเหมือนกันทางด้านโภชนาการและความปลอดภัยกับอาหารที่ไม่ได้ดัดแปร แต่ให้ข้อสังเกตว่า อาหารที่มียีนหลายยีนดัดแปร ยากกว่าที่จะทดสอบและควรจะต้องมีการศึกษาในสัตว์เพิ่มขึ้นงานปฏิทัศน์การทดสอบเลี้ยงอาหารสัตว์ปี 2547 ไม่พบความแตกต่างอะไร ๆ ในบรรดาสัตว์ที่กินพืชดัดแปรพันธุกรรมหรือกินพืชธรรมดา
งานปฏิทัศน์ปี 2550 โดยโดมิงโก (JL Domingo) ที่ค้นฐานข้อมูลของPubMedโดยใช้บทค้นหา 12 บท พบว่า "จำนวนการอ้างอิง" เรื่องความปลอดภัยของพืชผลแปรพันธุกรรมนั้น "มีความจำกัดอย่างน่าแปลกใจ" และตั้งกระทู้ว่า ความปลอดภัยของอาหารดัดแปรพันธุกรรมเป็นเรื่องที่พิสูจน์แล้วหรือไม่
แล้วยืนยันว่า ข้อสรุปของงานเหมือนกับงานปฏิทัศน์ที่มีก่อน 3 งานอื่น ๆแต่ว่า นักวิชาการท่านหนึ่งอ้างว่า มีงานวิจัยถึง 692 งานในปี 2550 เกี่ยวกับพืชผลดัดแปรพันธุกรรมและความปลอดภัยของอาหาร และอัตราสิ่งตีพิมพ์เช่นนี้ได้เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ในปีที่ผ่าน ๆ มาแล้วให้ข้อคิดว่า งานวิจัยการดัดแปรพันธุกรรมต้องอาศัยหลักวิชาหลายสาขา ซึ่งทำให้การค้นหางานศึกษาเป็นเรื่องซับซ้อน จึงต้องใช้บทค้นหาเป็นจำนวนมาก (เขาใช้เกินกว่า 300) และต้องใช้ฐานข้อมูลหลายฐาน
ต่อมาในปี 2554 โดมิงโกและเพื่อนร่วมงาน ทบทวนวรรณกรรมวิทยาศาสตร์อีกและกล่าวว่า แม้ว่าจะมีงานศึกษาเพิ่มขึ้นอย่างสำคัญจากจำนวนที่พบในปี 2549 แต่งานโดยมากทำโดยบริษัทเทคโนโลยีชีวภาพที่จะวางตลาดพืชดัดแปรพันธุกรรมที่ศึกษาเหล่านั้น
แม้ว่าจะมีกลุ่มชนและบุคคลต่าง ๆ ที่เรียกร้องให้ทดสอบอาหารดัดแปรพันธุกรรมในมนุษย์แต่ก็มีอุปสรรคหลายอย่างที่จะทำงานเช่นนี้สำนักงานบัญชีกลางสหรัฐ(General Accounting Office) ที่ทบทวนการทำงานขององค์การอาหารและยาของสหรัฐเนื่องด้วยอาณัติจากรัฐสภา, กลุ่มงานขององค์การอาหารและการเกษตรแห่งสหประชาชาติและองค์กรต่าง ๆ ขององค์การอนามัยโลกล้วนแต่กล่าวว่า การศึกษาระยะยาวในมนุษย์เกี่ยวกับผลของอาหารดัดแปรพันธุกรรมไม่สามารถทำได้
โดยเหตุผลรวมทั้งการไม่มีเหตุผลสมควรที่จะทำการศึกษา การขาดองค์ความรู้เกี่ยวกับผลระยะยาวของอาหารธรรมดา ปฏิกิริยาหลายหลากที่มนุษย์มีต่ออาหาร และความเป็นไปไม่ได้ที่จะแยกแยะผลต่อสุขภาพจากอาหารระหว่างอาหารดัดแปรพันธุกรรมกับอาหารธรรมดา ซึ่งอาหารธรรมดาก็มีโทษต่อสุขภาพด้านต่าง ๆ อยู่แล้วด้วย
นอกจากนั้นแล้ว ยังมีหลักจริยธรรมที่จะต้องปฏิบัติตามในงานวิจัยกับมนุษย์
คือ สิ่งที่ทดลองต้องมีโอกาสเป็นประโยชน์ต่อมนุษย์ผู้รับการทดลอง เช่น เป็นการรักษาโรค หรือมีประโยชน์ทางโภชนาการ (และดังนั้น จึงทดสอบสารพิษกับมนุษย์ไม่ได้)นักวิชาการท่านหนึ่งอ้างว่า "ข้อจำกัดทางจริยธรรมและทางเทคนิคในการทดสอบในมนุษย์ และความจำเป็นในการทำเช่นนั้น เป็นเรื่องที่ต้องให้ความใส่ใจพอสมควร"
แต่ว่า อาหารที่มีประโยชน์ทางโภชนาการอาจจะไม่มีปัญหาในเรื่องนี้
เช่น มีการทดสอบข้าวทองในมนุษย์เกี่ยวกับประโยชน์ทางโภชนาการ ซึ่งก็คือมีวิตามินเอเพิ่ม
ในปี 2542 ดร. Arpad Pusztai (พูซตาย) ตีพิมพ์บทความที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันบทความแรกที่แสดงว่า มีผลลบในการบริโภคอาหารดัดแปรพันธุกรรม
คือ ดร. พูซตายเลี้ยงหนูด้วยมันฝรั่งแปรพันธุ์ด้วยยีนGalanthus nivalis agglutinin (GNA) จากพืชหยาดหิมะทำให้ต้นมันฝรั่งสามารถสังเคราะห์โปรตีนเลกติน (lectin) ได้ในช่วงนั้น มีการแปรพันธุ์หลายอย่างที่สามารถทำให้พืชสามารถสังเคราะห์เลกตินได้ แต่เลกตินจาก GNA มีโอกาสน้อยที่สุดที่จะมีผลลบต่อมนุษย์เลกทินมีฤทธิ์เป็นพิษ โดยเฉพาะต่อเซลล์เนื้อเยื่อบุผิวในท้องดร. พูซตายรายงานในวารสารการแพทย์เดอะแลนเซ็ตว่า มีความแตกต่างอย่างสำคัญต่อความหนาของเซลล์บุผิวที่ท้อง แต่ไม่มีความแตกต่างในเรื่องการเติบโตหรือระบบภูมิคุ้มกัน
แต่ในวันที่ 22 มิถุนายน 2541 ดร. พูซตายให้สัมภาษณ์ออกทีวีรายการWorld in Actionว่า หนูที่เลี้ยงด้วยมันฝรั่งเติบโตอย่างผิดปกติ และมีระบบภูมคุ้มกันที่อ่อนแอซึ่งมีผลเป็นความแตกตื่นในสื่อ
ต่อมา สถาบัน Rowett Institute ให้พักงาน ดร. พูซตาย
แล้วดำเนินการว่า มีความประพฤติไม่ชอบ แล้วยึดข้อมูลการทดลองและห้ามเขาไม่ให้พูดต่อสาธารณะต่อมาทั้งสถาบันและราชสมาคมแห่งลอนดอนได้ทบทวนงานของเขา แล้วสรุปว่า ข้อมูลหลักฐานไม่สนับสนุนข้อสรุปของเขางานของ ดร.พูซตายถูกวิจารณ์ว่า มีการดำเนินการกับหนูกลุ่มควบคุมอย่างไม่สมบูรณ์ และว่า หนูที่ได้แต่อาหารมันฝรั่งย่อมจะมีปัญหาขาดโปรตีนดร. พูซตายโต้ว่า อาหารของทุกกลุ่มมีปริมาณโปรตีนและพลังงานเท่ากัน และหนูก็กินอาหารเท่ากัน
งานศึกษาปี 2554 เป็นงานแรกที่ตรวจสอบสหสัมพันธ์ระหว่างการรับพิษของ Bt ของแม่กับเด็ก โดยกำหนดระดับการรับสารฆ่าศัตรูพืชและสัตว์และเมทาบอไลท์ที่เกี่ยวข้องกับสาร
ผู้ทำการวิจัยรายงานการมีอยู่ของสารฆ่าศัตรูพืชและสัตว์ที่ใช้คู่กับอาหารดัดแปร ในผู้หญิงที่ตั้งครรภ์และไม่ตั้ง และในทารกในครรภ์ต่อมา ทั้งบทความและสื่อที่เสนอข่าว ถูกวิจารณ์ว่ากล่าวเกินผลที่พบในงานองค์กรมาตรฐานอาหารของออสเตรเลียและนิวซีแลนด์ (FSANZ) กล่าวถึงปัญหานี้ตรง ๆ ว่า ประสิทธิภาพการทดสอบโปรตีนฆ่าแมลง Cry1Ab (เกิดจากแบคทีเรียBacillus thuringiensis) ด้วยวิธี ELISA ที่ใช้ในงานศึกษา ยังไม่มีการตรวจสอบยืนยัน และไม่มีหลักฐานที่แสดงว่า อาหารแปรพันธุกรรมเป็นแหล่งกำเนิดของโปรตีนฆ่าแมลง
องค์กรยังเสนออีกด้วยว่า ถ้าแม้พบ Cry1Ab จริง ๆ แหล่งของมันก็น่าจะมาจากอาหารธรรมดาและอาหารอินทรีย์มากกว่า
ในปี 2550 2552 และ 2554 ศ.ดร.เซราลินี ตีพิมพ์งานวิจัยแบบวิเคราะห์ใหม่ โดยใช้ข้อมูลการทดลองเลี้ยงหนูของบริษัทมอนแซนโตที่เลี้ยงด้วยข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม 3 ชนิด คือ ข้าวโพดทนแมลง MON 863 กับ MON 810 และข้าวโพดทนสารกำจัดวัชพืช"ไกลโฟเสต" พันธุ์ NK603
เขาได้สรุปว่า ข้อมูลแสดงว่ามีความเสียหายต่อตับไตและหัวใจต่อจากนั้น องค์กรควบคุมความปลอดภัยอาหารยุโรป (EFSA) สรุปขัดกันว่า ค่าความแตกต่างที่พบอยู่ในขอบเขตปกติEFSA ยังกล่าวด้วยว่าการวิเคราะห์ทางสถิติของงานนั้นผิดพลาดโดยข้อสรุปของ EFSA ได้รับการยืนยันสนับสนุนโดย FSANZโดยคณะกรรมการผู้เชี่ยวชาญทางพิษวิทยาและโดยองค์กรอิสระของประเทศฝรั่งเศสHigh Council of Biotechnologies Scientific Committee
ต่อมาในปี 2555 แล็บของ ศ.เซราลินี ตีพิมพ์บทความในวารสารวิชาการสาขาวิทยาศาสตร์Food and Chemical Toxicologyที่ตรวจสอบผลระยะยาวของการเลี้ยงหนูด้วยข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมทนสารไกลโฟเสตข้าวโพดธรรมดาที่ฉีดไกลโฟเสต และข้าวโพดที่รวมพันธุ์ทั้งสอง โดยเลี้ยงหนูในระดับต่าง ๆบทความสรุปว่า หนูที่เลี้ยงด้วยข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมมีปัญหาสุขภาพอย่างรุนแรง รวมทั้งความเสียหายต่อตับ ไต และการเกิดเนื้องอกขนาดใหญ่งานศึกษานี้ถูกวิจารณ์อย่างกว้างขวาง และ ศ.เซราลินีเอง ก็จัดการแถลงข่าวก่อนที่จะตีพิมพ์บทความ โดยประกาศการพิมพ์หนังสือและการสร้างภาพยนตร์ในการแถลงข่าวนั้นด้วยเขาอนุญาตให้นักข่าวเข้าถึงบทความก่อนการแถลงข่าวนั้นได้ ต่อเมื่อนักข่าวเซ็นสัญญารักษาความลับ ที่นักข่าวจะไม่สามารถสื่อการตอบสนองจากนักวิทยาศาสตร์อื่น ๆ ต่อบทความ ก่อนที่บทความจะตีพิมพ์
การแถลงข่าวมีผลเป็นการออกสื่อที่เน้นความสัมพันธ์ระหว่าง GMO, ไกลโฟเสต และโรคมะเร็งการเผยแพร่ข่าวเช่นนี้ทำให้นักวิทยาศาสตร์ท่านอื่น ๆ วิพากษ์วิจารณ์โดยเฉพาะเรื่องไม่ให้สื่อพิมพ์ความคิดเห็นที่คัดค้านข้อวิจารณ์รวมทั้งการวิเคราะห์ทางสถิติที่ไม่มีกำลังและหนูทดลองพันธุ์ Sprague-Dawley ไม่เหมาะสมกับการศึกษาแบบทั้งชีวิต (เทียบกับการศึกษาทางพิษวิทยาที่จะสั้นกว่าและเหมาะกับพันธุ์หนู) เพราะว่าหนูโดยทั่วไปมักจะเกิดมะเร็ง โดยมีงานศึกษาหนึ่งที่พบว่า หนูกว่า 80% เกิดมะเร็งโดยปกติและเพราะแนวทางปฏิบัติขององค์การเพื่อความร่วมมือทางเศรษฐกิจและการพัฒนาแนะนำให้ให้ใช้หนู 65 ตัวต่อการทดลอง แทนที่จะใช้แค่ 10 ตัวในการทดลองเหมือนของ ศ.เซราลินีข้อวิจารณ์อื่นรวมทั้งความไม่มีข้อมูลเกี่ยวกับปริมาณอาหารและอัตราการเติบโตของตัวอย่างการไม่มีข้อมูลความสัมพันธ์ระหว่างปริมาณยากับการตอบสนอง (เช่น ตัวเมียที่ได้ยา 3 เท่าจากมาตรฐานมีจำนวนเนื้องอกที่น้อยลง)และการไม่แสดงกลไกการเพิ่มขึ้นของเนื้องอก
บัณฑิตยสถานแห่งชาติประเทศฝรั่งเศส 6 สถาบัน แถลงข่าวร่วมกันอย่างไม่เคยมีมาก่อน โดยติเตียนทั้งงานศึกษาและวารสารที่ตีพิมพ์งานนั้นวารสารที่ตีพิมพ์ผลงานเบื้องต้น ได้ตีพิมพ์จดหมายวิจารณ์เป็นจำนวนมาก โดยมีไม่กี่ฉบับที่ให้ความสนับสนุนองค์กรควบคุมความปลอดภัยอาหารแห่งชาติประเทศต่าง ๆ ทบทวนดูผลงาน แล้วล้วนแต่ไม่ยอมรับผลงาน
ในเดือนมีนาคม 2556 ศ.เซราลินีตอบข้อวิจารณ์เหล่านั้นในวารสารเดียวกันที่ตีพิมพ์ผลงานวิจัยที่เป็นประเด็นและก็ยังมีนักวิทยาศาสตร์ 2-3 คนที่สนับสนุนคำตอบของเขาแต่ต่อมาในเดือนพฤศจิกายน 2556บรรณาธิการของวารสาร ได้ถอนคืนผลงานดั้งเดิมภายใต้การประท้วงของ ศ.เซราลินี และกลุ่มผู้สนับสนุนหลังจากนั้นในปี 2557 งานศึกษานั้นก็ได้ตีพิมพ์ใหม่ในวารสารอีกฉบับหนึ่งคือEnvironmental Sciences Europeโดยมีข้อมูลดิบที่ ศ.เซราลินีตอนแรกปฏิเสธที่จะเปิดเผย
พืชผลดัดแปรพันธุกรรมก็ปลูกในไร่เหมือนกับพืชทั่วไป
ในที่ที่ต้องอยู่ร่วมกับสิ่งมีชีวิตที่กินพืช และกับสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ ในระบบโซ่อาหารละอองเรณูของพืชจะกระจายไปในสิ่งแวดล้อมเหมือนกับพืชอื่น ๆ
ซึ่งทำให้เกิดความกังวลถึงผลของพืชต่อสิ่งแวดล้อม ผลซึ่งรวมทั้งการถ่ายเทของยีน (gene flow) การดื้อยาฆ่าวัชพืชและแมลงและการปล่อยแก๊สเรือนกระจก
ประโยชน์สำคัญในการใช้พืชผลดัดแปรพันธุกรรมก็เพื่อควบคุมแมลง ผ่านการแสดงออกของยีนcry(crystal delta-endotoxins) และVip(vegetative insecticidal proteins) จากแบคทีเรียBacillus thuringiensis(Bt)
ซึ่งเป็นโปรตีนที่เป็นพิษต่อแมลงอื่น ๆ นอกจากแมลงที่เป็นเป้าหมายเช่น หนอนเจาะข้าวโพดยุโรป (European corn borer)
แต่ว่ามีการใช้โปรตีนของ Bt เป็นยาฆ่าแมลงอินทรีย์ในประเทศฝรั่งเศสตั้งแต่ปี 2481 และประเทศสหรัฐอเมริกาตั้งแต่ปี 2501 โดยไม่มีรายงานว่ามีผลเสียอะไรอื่น ๆโปรตีนCryเป็นพิษเฉพาะเจาะจงกับผีเสื้อ (แมลง)ทำงานโดยยึดจับกับหน่วยรับความรู้สึกของเยื่อหุ้มเซลล์ที่ทางเดินอาหารส่วนกลาง มีผลให้เซลล์แตก
ดังนั้น สิ่งมีชีวิตใดที่ไม่มีหน่วยรับความรู้สึกที่สมควรในทางเดินอาหาร ก็จะไม่ได้รับผลจากโปรตีน และจะไม่มีผลเสียจาก Btนอกจากนั้นแล้ว องค์กรควบคุมของรัฐจะประเมินโอกาสที่พืชดัดแปรพันธุกรรมจะมีผลต่อสิ่งมีชีวิตไม่ใช่เป้าหมาย ก่อนที่จะอนุมัติให้วางขาย
ในปี 2542 มีงานวิจัยที่อ้างว่า ในห้องแล็บละอองเรณูจากข้าวโพด Bt ที่ตกลงบนพืชวงศ์นมตำเลียสกุลAsclepias(milkweed) ซึ่งเป็นอาหารอย่างเดียวของตัวอ่อนผีเสื้อสปีชีส์Danaus plexippus(Monarch butterfly) มีอันตรายต่อผีเสื้อต่อมามีกลุ่มนักวิจัยที่ทำงานร่วมกันในสหรัฐและแคนาดาตลอดสองปี เพื่อศึกษาผลของละอองเรณูทั้งในห้องแล็บทั้งในภาคสนาม เป็นผลงานวิจัยประเมินความเสี่ยงปี 2544 ที่สรุปว่า ความเสี่ยงต่อผีเสื้อไม่มีนัยสำคัญงานทบทวนวรรณกรรมในปี 2545 สรุปว่า "การปลูกข้าวโพดลูกผสมBt พันธุ์ปัจจุบันอย่างกว้างขวางเพื่อพาณิชย์ ไม่ได้สร้างความเสี่ยงอย่างมีนัยสำคัญต่อประชากรของผีเสื้อ Monarch" แล้วให้ข้อสังเกตว่า แม้จะปลูกพืชดัดแปรพันธุกรรมมากมายขนาดนี้ ประชากรของผีเสื้อก็กำลังเพิ่มพูนขึ้นแต่ต่อมาในปี 2555 กลับพบว่า ยาฆ่าวัชพืชไกลโฟเสตที่ใช้กับพืชดัดแปรพันธุกรรมฆ่าต้น milkweed ซึ่งเป็นอาหารชนิดเดียวของผีเสื้อ และดังนั้นโดยปี 2558 ประชากรผีเสื้อในสหรัฐอเมริกาได้ลดลงประมาณ 90%
งานวิจัยปี 2552 พบว่า พิษของ Bt มีผลต่อสิ่งมีชีวิตไม่ใช่เป้าหมาย โดยทั่วไปเป็นสิ่งมีชีวิตที่เป็นญาติใกล้ชิดของเป้าหมายโดยทั่วไปแล้ว การรับสารจะเกิดขึ้นเนื่องจากการบริโภคส่วนของพืช เช่นละอองเรณูหรือเศษพืช หรือบริโภคสัตว์ที่กินพืช
แต่ว่า ก็มีกลุ่มนักวิทยาศาสตร์ที่วิจารณ์วิธีการวิเคราะห์ของงาน โดยกล่าวว่า "พวกเราเป็นห่วงอย่างยิ่งถึงวิธีที่ไม่เหมาะสมที่ใช้ในงาน ถึงการไม่แสดงถึงบริบทของระบบนิเวศ และถึงการรณรงค์ของผู้เขียนว่า การศึกษาในแล็บเกี่ยวกับสัตว์ขาปล้องควรจะทำและตีความหมายอย่างไร"
ความหลายหลากทางพันธุกรรมของพืชผล อาจลดลงได้เนื่องจากมีพันธุ์ดัดแปรที่เก่งกว่า ที่สามารถขับพันธุ์อื่น ๆ ไม่ให้อยู่รอดได้
ยังมีผลโดยอ้อมที่สามารถเกิดกับสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ อีกด้วย
คือ สารเคมีเกษตรที่ใช้สามารถมีผลต่อความหลากหลายทางชีวภาพ เพราะการดัดแปรอาจจะทำให้ต้องใช้สารเคมีต่าง ๆ เพิ่มขึ้นเพราะว่าจำเป็นสำหรับพันธุ์พืชใหม่ หรือว่าเพราะการดื้อยาเกิดเพิ่มขึ้นในศัตรูพืช ทำให้ต้องใช้สารเคมีในจำนวนเพิ่มขึ้น
ผลงานศึกษาต่าง ๆ ที่เปรียบเทียบความหลายหลายทางกรรมพันธุ์ของต้นฝ้ายพบว่า ในประเทศสหรัฐอเมริกาความหลากหลายไม่เพิ่มขึ้นก็เหมือนเดิม แต่ในประเทศอินเดียความหลากหลายกลับลดลง
มีการให้เหตุผลว่า สหรัฐและอินเดียแตกต่างกันเพราะว่า มีพืชดัดแปรหลายพันธุ์ในสหรัฐมากกว่าในอินเดียงานทบทวนผลของพืชผลแบบ Bt ต่อระบบนิเวศของดินพบว่า โดยทั่วไปแล้ว พืชดัดแปร "ดูเหมือนจะไม่มีผลที่แน่นอน ที่มีนัยสำคัญ ที่เป็นระยะยาวต่อสิ่งมีชีวิตเล็ก ๆ (microbiota) และฤทธิ์ของพวกสิ่งมีชีวิตในดิน"
ความหลายหลากของวัชพืชปรากฏกว่าลดลงในการทดลองในระดับฟารม์ ทั้งในสหราชอาณาจักรและประเทศเดนมาร์กเมื่อเปรียบพืชดัดแปรที่ทนต่อยาฆ่าวัชพืช เทียบกับพืชธรรมดาการทดลองในสหราชอาณาจักรบอกเป็นนัยว่า ความหลากหลายของนกอาจจะเกิดผลลบเนื่องจากมีเมล็ดวัชพืชเป็นอาหารลดลงคือ ข้อมูลฟารม์ที่ตีพิมพ์แล้วแสดงว่า นกที่กินเมล็ดวัชพืชปรากฏว่ามีมากกว่าในกรณีที่ไม่ได้ฉีดยาฆ่าวัชพืช (ที่ข้าวโพดธรรมดาทนไม่ได้) ซึ่งนักวิจัยแจ้งว่า น่าจะเป็นเพราะอาหารของนกลดลงถ้าฉีดยาฆ่าวัชพืชสำหรับพืชดัดแปรพันธุกรรมงานศึกษาในปี 2555 พบสหสัมพันธ์ระหว่างการลดลงของวัชพืชวงศ์นมตำเลียสกุลAsclepias(milkweed) ในไร่สหรัฐที่ใช้พืชดัดแปรทนยาฆ่าวัชพืชไกลโฟเสตกับการลดประชากรของผีเสื้อ (monarch butterfly) ในประเทศเม็กซิโกหนังสือพิมพ์เดอะนิวยอร์กไทมส์รายงานว่า งานศึกษานี้ตั้งแนวความคิดแบบสุดโต่งที่ว่า บางทีวัชพืชในไร่นาควรจะอนุรักษ์เอาไว้
งานศึกษาปี 2005 ที่ออกแบบเพื่อเลียนแบบผลของการฉีดยาเกินต่อพื้นที่ชุ่มน้ำโดยใช้สารเคมีเกษตร 4 อย่าง คือ carbaryl (ยี่ห้อ Sevin), malathion,กรด 2,4-ไดคลอโรฟีนอกซีแอซีติก(2,4-D) และไกลโฟเสตเป็นการทดลองทีสร้างระบบนิเวศเทียมในถังขนาดใหญ่แล้ว ฉีดสารเคมีแต่ละอย่างในอัตราสูงสุดตามคำแนะนำของผู้ผลิต แล้วพบว่า ความอุดมสมบูร์ณของสปีชีส์ลดลง 15% สำหรับ carbaryl ลดลง 30% สำหรับ malathion ลดลง 22% สำหรับไกลโฟเสต แต่ 2,4-D ไม่มีผลจึงกลายเป็นงานศึกษาที่ใช้โดยกลุ่มอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมต่าง ๆ โดยเป็นหลักฐานว่า การใช้สารเคมีเกษตรมีผลลบที่ไม่ตั้งใจต่อสิ่งแวดล้อมและความหลากหลายทางชีวภาพ
งานศึกษาหลายงานพบการเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วของศัตรูพืชทุติยภูมิภายใน 2-3 ปีที่เริ่มใช้ฝ้ายBt
ในประเทศจีนงานวิจัยในปี 2553 พบว่า ปัญหาหลักก็คือแมลงในวงศ์Miridaeซึ่งในบางกรณีนักวิจัยได้กล่าวว่า "หักประโยชน์ที่ได้จากการปลูกฝ้าย Bt อย่างสิ้นเชิง"ส่วนงานวิจัยในปี 2552 ในเมืองจีนสรุปว่า การเพิ่มขึ้นของศัตรูพืชทุติยภูมิขึ้นอยู่กับอุณหภูมิและฝนที่ตกในพื้นที่ และเกิดขึ้นในหมู่บ้านประมาณครึ่งหนึ่งในงานศึกษา
และการใช้ยาฆ่าแมลงทุติยภูมิที่เพิ่มขึ้น มีปริมาณน้อยกว่าปริมาณยาฆ่าพืชทั้งหมดที่ประหยัดได้เนื่องจากการปลูกฝ้าย Btส่วนงานวิจัยในปี 2554 ที่สำรวจไร่นา 1,000 แห่งที่เลือกโดยสุ่มในจังหวัด 5 จังหวัดในเมืองจีนพบว่า การลดปริมาณยาฆ่าศัตรูพืชที่เป็นผลจากการปลูกฝ้าย Bt อยู่ในระดับที่น้อยกว่าที่รายงานในงานวิจัยในที่อื่น ๆ ซึ่งสนับสนุนสมมติฐานที่ว่า จะต้องใช้ยาฆ่าศัตรูพืชมากขึ้นในระยะยาวเพื่อควบคุมศัตรูพืชทุติยภูมิเช่น แมลงวงศ์     Aphididae, Tetranychidae, และสกุลLygusในประเทศอินเดียก็พบปัญหาคล้ายกัน แต่กับเพลี้ยแป้งและแมลงวงศ์ Aphididae
ยีนจากสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรมสามารถถ่ายเทไปยังสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ เหมือนกับยีนธรรมดา
เป็นกระบวนการธรรมดาที่สามารถเกิดขึ้นในพืชผลทุกอย่างที่ปล่อยละอองเกสรให้ไปหาตัวเมียตามธรรรมชาติ
ลักษณะสืบสายพันธุ์ที่เกิดขึ้นใหม่สามารถถ่ายทอดไปยังพืชที่อยู่ใกล้ ๆ ไม่ว่าจะเป็นสปีชีส์เดียวกัน หรือญาติใกล้เคียงกัน โดยมีการถ่ายเทยีน 3 แบบ คือ crop-to-crop, crop-to-weedy และ crop-to-wild.
crop-to-crop เป็นการถ่ายทอดยีนจากพืชผลดัดแปรพันธุกรรมไปยังพืชผลที่ไม่ได้ดัดแปร
crop-to-weedy เป็นการถ่ายทอดยีนไปยังวัชพืช
ส่วน crop-to-wild เป็นการถ่ายทอดยีนไปยังพืชหรือพืชผลที่ไม่ได้เพาะปลูกมีความเป็นห่วงว่าการถ่ายทอดยีนจากสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรมไปยังพืชอื่น ๆ อาจก่อให้เกิดวัชพืชต่าง ๆ ที่ทนต่อยาฆ่าวัชพืชอาจปนเปื้อนกับพืชผลธรรมดาที่ปลูกอยู่ใกล้ ๆ หรืออาจสร้างปัญหาให้กับระบบนิเวศและนี่ก็จะเป็นเรื่องน่าเป็นห่วงหลัก ถ้าสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรมสามารถอยู่รอดได้เก่ง และสามารถเพิ่มพูนจำนวนแล้วอยู่รอดได้เองในประชากรธรรมชาติให้สังเกตว่า กระบวนการถ่ายทอดยีนจาก GMO ไปยังพืชธรรมชาติ เพื่อเกิดเป็นพืชที่ดื้อยา เป็นพัฒนาการที่ต่างไปจากการคัดเลือกโดยธรรมชาติที่สร้างความต้านทานยาฆ่าศัตรูพืชให้กับพืชและแมลง
ในประเทศโดยมาก งานศึกษาทางสิ่งแวดล้อมเป็นสิ่งที่ต้องทำก่อนจะอนุมัติให้วางตลาดขาย GMO ซึ่งจะต้องมีแผนการเฝ้าตรวจเพื่อกำหนดผลที่ไม่ได้คาดหวังของการถ่ายทอดยีน
ในงานศึกษาปี 2547 นักวิจัยพบโปรตีน Bt ในพืชธรรมดาที่ปลูกเลี้ยงศัตรูพืช (refuge) มีจุดประสงเพื่อไม่ให้เกิดความต้านทานต่อยาฆ่าศัตรูพืชที่ขายพร้อมกับ GMO เป็นผลที่บอกเป็นนัยว่า มีการถ่ายทอดยีนจากพืชดัดแปรพันธุกรรมในงานศึกษาปี 2548 นักวิจัยในองค์กรของรัฐ Centre for Ecology and Hydrology รายงานหลักฐานแรกว่ามีการถ่ายทอดยีนในแนวราบ(horizontal gene transfer) จากพืชทนยาฆ่าศัตรูพืชไปยังวัชพืช แม้ว่าจะไม่มีหลักฐานว่าพืชเหล่านั้นอยู่รอดไปจนถึงฤดูเพาะปลูกต่อไป
ในปี 2550 กระทรวงเกษตรสหรัฐได้ปรับบริษัท Scotts Miracle-Gro 500,000ดอลลาร์สหรัฐ(ประมาณ 16.25 ล้านบาท) เมื่อพบดีเอ็นเอดัดแปรของหญ้าเลี้ยงสัตว์สปีชีส์Agrostis stoloniferaในพืชอื่นที่อยู่ในสกุลเดียวกันและในหญ้าท้องถิ่นอื่น ๆ ที่อยู่ห่างออกไปถึง 21 กม. จากสถานที่ทดสอบ ซึ่งเป็นการปล่อยเนื่องจากการตัดหญ้าแล้วลมพัดพาไป
ในปี 2552ประเทศเม็กซิโกออกกฎควบคุมข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมแต่เพราะว่าเม็กซิโกเป็นศูนย์ความหลายหลาก (center of diversity) ของข้าวโพด จึงเกิดความกังวลถึงผลของข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมต่อพันธุ์ต่าง ๆ ในท้องที่งานศึกษาในปี 2544 พบว่า ข้าวโพด Bt ได้ผสมพันธุ์กับข้าวโพดธรรมดาในเม็กซิโกแต่ว่า ข้อมูลในงานศึกษานั้นต่อมาปรากฏว่า เป็นข้อมูลเทียม (artifact) และวารสารที่พิมพ์งานศึกษาคือเนเจอร์ก็กล่าวว่า "หลักฐานที่มี ไม่เพียงพอที่จะเป็นเหตุให้ควรตีพิมพ์ผลงานดั้งเดิม" แม้ว่าจะไม่ได้ถอนคืนงานศึกษางานศึกษาขนาดใหญ่ต่อมาในปี 2548 ไม่พบหลักฐานว่า มียีนที่ถ่ายทอดจากพืชดัดแปรในรัฐวาฮากาแต่ว่า ก็มีผู้เขียนท่านอื่น ๆ (เช่นในงานปี 2552) ที่อ้างว่า พบหลักฐานของการถ่ายทอดยีน
งานศึกษาในปี 2553 แสดงว่า ประมาณ 83% ของพืชหรือวัชพืชวงศ์ผักกาดที่ตรวจสอบ มียีนดัดแปรที่ทนยาฆ่าวัชพืชนักวิจัยกล่าวว่า การขาดรายงานถึงการกระจายของยีนในสหรัฐแสดงว่า การควบคุมดูแลและการเฝ้าสังเกตไม่เพียงพอรายงานปี 2553 กล่าวว่า การเกิดขึ้นของวัชพืชที่ดื้อไกลโฟเสตอาจมีผลให้พืชผลดัดแปรพันธุกรรมหมดประสิทธิภาพ นอกจากชาวเกษตรที่ใช้ไกลโฟเสตพร้อมกับวิธีการกำจัดวัชพืชอื่น ๆ
วิธีหนึ่งเพื่อป้องกันการปนเปื้อนสิ่งแวดล้อมก็คือการใช้เทคโนโลยี genetic use restriction technology (GURT) หรือที่รู้จักกันว่า Terminatorเทคโนโลยีที่ยังไม่ได้วางตลาดนี้ ทำให้สามารถผลิตพืชผลที่มีเมล็ดสืบพันธุ์ไม่ได้ จึงสามารถป้องกันการปล่อยลักษณะสืบสายพันธุ์ไปสู่สิ่งแวดล้อมได้ แต่ว่า กลุ่มที่เป็นห่วงเรื่องระบบเก็บส่งอาหารแสดงความกังวลว่า เทคโนโลยีจะถูกใช้เพื่อจำกัดการเข้าถึงเมล็ดที่สืบพันธุ์ได้
ส่วนแนวคิดเทคโนโลยีอีกอย่างหนึ่งที่เรียกว่า T-GURT (หรือ Traitor) จะไม่ทำให้เมล็ดเป็นหมัน แต่จะบังคับให้สเปรย์สารเคมีชนิดหนึ่งต่อพืชแปรพันธุกรรมเพื่อให้ลักษณะสืบสายพันธุ์ของพืชดัดแปรออกฤทธิ์ได้แต่ก็มีกลุ่มสิ่งแวดล้อมต่าง ๆ (เช่น Rural Advancement Foundation International) ที่แสดงความคิดว่า ความปลอดภัยของอาหารและของสิ่งแวดล้อมต้องมีการทดสอบยิ่ง ๆ ขึ้นก่อนที่จะวางขาย T-GURT
เมล็ดแปรพันธุ์ที่หลุดเข้าไปสู่ไร่นาข้างเคียง แล้วเกิดการปนกันของผลผลิตที่ได้ เป็นประเด็นปัญหาของเกษตรกรที่ส่งผลิตภัณฑ์ไปยังประเทศที่ไม่ยอมรับสินค้า GMO
ในปี 2542 นักวิทยาศาสตร์ในประเทศไทยอ้างว่า ได้พบข้าวสาลีแปรพันธุกรรมทนไกลโฟเสตในระบบการขนส่งข้าว แม้ว่าจะยังไม่ได้รับอนุมัติให้ขาย และให้ปลูกในแปลงทดลองเท่านั้น แต่ก็ไม่ได้กำหนดว่าพืชหลุดออกสู่สิ่งแวดล้อมได้อย่างไรในปี 2543 มีการพบข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม StarLink ของบริษัท Aventis (ปัจจุบันเป็นบริษัท Bayer CropScience) ในตลาดและร้านอาหารสหรัฐ
มีผลเป็นเป็นการเรียกคืนผลิตภัณฑ์ข้าวโพด ที่เริ่มเมื่อผลิตภัณฑ์ของบริษัทอาหาร Taco Bell ที่ขายในซูเปอร์มาร์เก็ตปรากฏว่า มีข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม
ต่อมาข้าวโพดพันธุ์นี้จึงหยุดวางตลาดและบริษัทก็ได้งดลงทะเบียนเพื่อขายพันธุ์ต่าง ๆ ของข้าวโพด StarLink โดยอาสาเอง
ในปี 2549 ข้าวจากสหรัฐที่ส่งไปยังยุโรปถูกระงับ เมื่อพบข้าวแปรพันธุ์แบบ LibertyLink แม้ว่าจะเป็นพันธุ์ที่ยังไม่ได้รับอนุมัติให้วางตลาดแต่กรมตรวจสอบสุขภาพพืชของกระทรวงเกษตรสหรัฐไม่สามารถกำหนดเหตุของการปนเปื้อนได้
ในเดือนพฤษภาคม 2556 มีการพบข้าวสาลีแปรพันธุกรรมทนต่อไกลโฟเสตที่ยังไม่ได้รับอนุมัติให้วางตลาดในนาของรัฐออริกอนที่ปลูกข้าวสาลีพันธุ์ฤดูใบไม้ร่วงเป็นข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมที่ผลิตโดยบริษัทมอนแซนโตที่ทดสอบภาคสนามระหว่างปี 2541-2548
ซึ่งมีผลกระทบต่อการส่งออกข้าวสาลีของสหรัฐซึ่งมีมูลค่า 8.1 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ (ประมาณ 253,000 ล้านบาท) ในปี 2555จึงมีผลให้บริษัทถอนการทดสอบผลิตภัณฑ์
ต่อมาประเทศญี่ปุ่นเกาหลีใต้และไต้หวันได้หยุดซื้อข้าวสาลีพันธุ์ฤดูใบไม้ร่วง เพราะประเด็นปัญหาที่ผู้รณรงค์อาหารอินทรีย์ได้ยกขึ้นโดยวันที่ 30 สิงหาคม 2556 แม้ว่า ที่มาของข้าวสาลีดัดแปรพันธุกรรมจะยังไม่ชัดเจน แต่ว่า ประเทศเหล่านั้นก็ได้ดำเนินการซื้อผลิตภัณฑ์ต่อไปแล้ว
สหรัฐอเมริกาไม่มีกฎหมายบังคับการอยู่ร่วมกันของเกษตรกรรมที่ปลูกพืชอินทรีย์ พืชธรรมดา หรือพืชดัดแปรพันธุกรรม
แต่อาศัยระบบที่ซับซ้อนแต่ไม่เข้มงวดโดยมีองค์กรรัฐบาลกลาง 3 องค์กร (คือ องค์กรอาหารและยา องค์กรอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม และองค์กรของกระทรวงเกษตร) และกฎหมายคอมมอนลอว์ว่าด้วยการละเมิดสิทธิในระดับรัฐ ที่ควบคุมดูแลการอยู่ด้วยกันเลขาธิการกระทรวงเกษตรได้ตั้งคณะกรรมการที่ปรึกษาเกี่ยวกับเทคโนโลยีชีวภาพและเกษตรกรรมในศตวรรรษที่ 21 (AC21) เพื่อศึกษาปัญหาของการปลูกร่วมกันแล้วให้คำแนะนำเกี่ยวกับปัญหา
โดยมีสมาชิกจากอุตสาหกรรมเทคโนโลยีชีวภาพ อุตสาหกรรมอาหารอินทรีย์ กลุ่มเกษตรกร อุตสาหกรรมเมล็ดพันธุ์พืช ผู้ผลิตอาหาร รัฐบาลระดับรัฐ กลุ่มผู้บริโภคและพัฒนาชุมชน กลุ่มการแพทย์ และกลุ่มนักวิชาการ
AC21 ให้ข้อแนะนำดังต่อไปนี้คือ
คือ โดยทั่วไปแล้ว รายงานนี้สนับสนุนให้มีระบบการเกษตรที่หลากหลายสนับสนุนพืชหลายชนิด
ส่วนสหภาพยุโรปมีกฎหมายโดยเฉพาะบังคับการปลูกร่วมกันและการสืบหาต้นตอได้ (traceability)
แม้ว่า การสืบหาต้นตอได้จะเป็นเรื่องทั่วไปเกี่ยวกับอาหารคนและสัตว์ในประเทศโดยมาก แต่การหาต้นตอของ GMO ได้ เป็นเรื่องที่ยากกว่าเพราะว่ามีกฎหมายที่เคร่งครัดกว่าในเรื่องการไม่ปะปนกัน
ตั้งแต่ปี 2544 เป็นต้นมา อาหารธรรมดาและอาหารอินทรีย์ทั้งของคนและสัตว์สามารถมีอาหารดัดแปรพันธุกรรมที่อนุมัติแล้วถึง 0.9% โดยไม่ต้องขึ้นป้ายแต่ว่า ถ้ามีร่องรอยของพืชที่ยังไม่ได้รับอนุมัติ การส่งในครั้งนั้นอาจถูกปฏิเสธได้องค์กรควบคุมของรัฐต้องสามารถสืบหาต้นตอ ตรวจจับและแยกแยะ GMO ได้ ดังนั้น ประเทศหลายประเทศและกลุ่มที่สนใจ จึงได้ก่อตั้งองค์การนอกภาครัฐคือ Co-Extra เพื่อพัฒนาวิธีการเหล่านั้น
ยาฆ่าศัตรูพืชเป็นสารที่มีจุดประสงค์เพื่อล่อแล้วทำลาย หรือบรรเทาศัตรูพืชงานวิเคราะห์อภิมานปี 2557 ที่ตรวจดูงานศึกษาดั้งเดิม 147 งานที่สำรวจไร่นาและการทดลองภาคสนามสรุปว่า การใช้เทคโนโลยีแปรพันธุกรรมได้ลดระดับการใช้สารเคมีฆ่าศัตรูพืชโดย 37% โดยมีผลในพืชผลที่ทนแมลง ดีกว่าพืชผลที่ทนยาฆ่าวัชพืช
การพัฒนาพืชทนไกลโฟเสตได้ เปลี่ยนรูปแบบการใช้ยาฆ่าวัชพืชโดยลดยาที่คงทนอยู่ได้นานกว่า มีพิษสูงกว่าเช่น atrazine metribuzin และ alachlor และลดระดับปริมาณและผลลบของน้ำพัดผ่านผิวดินที่นำยาฆ่าศัตรูพืชไปแต่ว่าก็ยังมีงานศึกษาปี 2555 (โดย ดร.ชาลส์ เบ็นบรุก) ที่เผยแพร่กันอย่างกว้างขวางที่สรุปว่า การกระจายตัวของวัชพืชที่ดื้อไกลโฟเสตได้เพิ่มการใช้ยาฆ่าวัชพืชในสหรัฐอเมริกาโดยอ้างว่า มีการใช้ยาเพิ่มขึ้น 23% (0.3 กก./เฮกตาร์) สำหรับถั่วเหลืองระหว่างปี 2539-2549 43% (0.9 กก./เฮกตาร์) สำหรับฝ้ายระหว่างปี 2539-2553 และมีการใช้ยาลดลง 16% (0.5 กก./เฮกตาร์) สำหรับข้าวโพดระหว่างปี 2539-2553แต่ว่า ก็มีผู้วิจารณ์ว่า การศึกษานี้ไม่สมบูรณ์ เนื่องจากไม่ได้พิจารณาว่า ไกลโฟเสตมีพิษน้อยกว่ายาฆ่าวัชพืชอื่น ๆ และดังนั้น ความเป็นพิษสุทธิอาจจะลดลงแม้ว่าการใช้ยาฆ่าวัชพืชจะมีปริมาณสูงขึ้นนอกจากนั้นแล้ว นักเศรษฐศาสตร์เกษตรจากบริษัทให้คำปรึกษา PG Economics (คือนายเกรแฮม บรุกส์) ยังตำหนิผู้วิจัยว่า ใช้ค่าประเมินยาฆ่าวัชพืชที่คิดเอง เพราะว่า ข้อมูลที่ใช้ในงานศึกษา ดังที่ได้จากกรมสถิติการเกษตรแห่งชาติ (National Agricultural Statistics Service) ไม่ได้แยกแยะพืชผลแปรพันธุกรรมและที่ไม่ได้แปร
นอกจากนั้นแล้ว นายบรุกส์ยังได้ตีพิมพ์งานศึกษาในปีเดียวกันที่พบว่า การใช้พืชดัดแปรพันธุกรรมได้ลดทั้งปริมาณยาฆ่าศัตรูพืชและผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมจากยา ซึ่งไม่ตรงกับผลงานของ ดร.เบ็นบรุกนายบรุกส์ยังกล่าวอีกด้วยว่า ดร.เบ็นบรุก มีข้อสันนิษฐานที่ "มีอคติและไม่ถูกต้อง"
ประโยชน์ทางสิ่งแวดล้อมของฝ้ายและข้าวโพด Bt ก็คือ ลดระดับการใช้สารเคมีฆ่าแมลงงานศึกษาโดยบริษัทให้คำปรึกษา PG Economics สรุปว่า การใช้ยาฆ่าศัตรูพืชทั่วโลกลดลง 286,000 ตันในปี 2549 และลดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมของยาโดยประมาณ 15%งานในปี 2555 ที่สำรวจไร่นาขนาดเล็กในประเทศอินเดียระหว่างปี 2545-2551 สรุปว่า การปลูกฝ้าย Bt ทำให้เกิดผลผลิตที่สูงขึ้นและลดการใช้ยาฆ่าศัตรูพืชลงส่วนงานที่เสนอวิธีการคำนวณผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมที่ตีพิมพ์ครั้งแรกในปี 2535 แล้วอัปเดตเป็นประจำ บอกเป็นนัยว่า การใช้ยาฆ่าแมลงต่อฝ้ายและข้าวโพดระหว่างปี 2539-2548 ลดลง 35,600 ตันโดยนับแค่ตัวยาสำคัญ(active ingredient) ซึ่งเกือบเท่ากับปริมาณที่ใช้ปีต่อปีในสหภาพยุโรปส่วนงานวิจัยปี 2555 กับฝ้าย Bt ในจังหวัด 6 จังหวัดด้านเหนือของประเทศจีนระหว่างปี 2533-2553 สรุปว่า การปลูกฝ้ายแปรพันธุกรรมได้ลดการใช้ยาฆ่าศัตรูพืชลงครึ่งหนึ่ง เพิ่มปริมาณของด้วงเต่าลายแมงมุมและแมลงอันดับNeuroptera ขึ้นสองเท่า (ซึ่งล้วนแต่เป็นแมลงที่โดยมากพิจารณาว่าให้ประโยชน์กับเกษตรกรรม) และขยายประโยชน์ทางสิ่งแวดล้อมให้แก่พืชผลที่อยู่ใกล้ ๆ รวมทั้งข้าวโพดถั่วลิสงและถั่วเหลือง
การดื้อยาจะเกิดขึ้นเองโดยธรรมชาติ ถ้าประชากรพืชหรือแมลงถูกกดดันภายใต้กระบวนการคัดเลือกที่เกิดจากการใช้ยาฆ่าศัตรูพืชชนิดเดียวซ้ำ ๆในเดือนพฤศจิกายน 2552 นักวิทยาศาสตร์ของมอนแซนโตพบว่า แมลงสปีชีส์Pectinophora gossypiella(pink bollworm) ดื้อยาต่อฝ้าย Bt รุ่นแรก ในส่วนต่าง ๆ ของรัฐคุชราตประเทศอินเดีย เป็นฝ้ายที่มีการแสดงออกของยีนBtCry1Acซึ่งเป็นการดื้อยา Bt กรณีแรกที่มอนแซนโตยืนยันได้ต่อมาการดื้อยาเช่นกันก็พบในประเทศออสเตรเลียจีนและสหรัฐอเมริกา
วิธีอย่างหนึ่งที่สามารถใช้หน่วงการเกิดขึ้นของการดื้อ Bt ก็คือ การปลูกพืชธรรมดาเลี้ยงศัตรูพืช (refuge) เพื่อทำยีนดื้อยาให้เจือจาง
อีกวิธีหนึ่งก็คือ การสร้างพืชผลที่มียีน Bt หลายยีนที่ยิงเป้าไปที่ตัวรับความรู้สึก(receptor) แบบต่าง ๆ ของแมลงในปี 2555 การทดสอบภาคสนามในรัฐฟลอริดาแสดงว่า หนอนสปีชีส์Spodoptera frugiperda(fall armyworm) ดื้อยาของข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมผลิตโดยบริษัท Dupont และ Dow ซึ่งพบในครั้งแรกในเปอร์โตริโกในปี 2549 มีผลให้บริษัททั้งสองเลิกขายผลิตภัณฑ์ในที่นั้นนอกจากนั้นแล้ว หนอนเจาะข้าวโพดยุโรป (European corn borer) ซึ่งเป็นเป้าหมายหลักอย่างหนึ่งของ Bt ก็สามารถพัฒนาเป็นแมลงดื้อยาได้เช่นกัน
คุณค่าทางเศรษฐกิจของอาหารแปรพันธุกรรมเป็นประโยชน์สำคัญอย่างหนึ่งของพืช รวมทั้งเศรษฐกิจของประเทศกำลังพัฒนาด้วยงานศึกษาในปี 2553 พบว่า ข้าวโพด Bt ให้ผลประโยชน์ทางเศรษฐกิจเป็นมูลค่า 6,900 ล้านเหรียญสหรัฐระหว่างปี 2538-2552 ในมลรัฐ 5 รัฐในสหรัฐ
แต่ว่า ผลประโยชน์ส่วนใหญ่ที่ได้ (ประเมินที่ 4,300 ล้านเหรียญ) กลับเกิดกับเกษตรกรที่ไม่ได้ใช้ข้าวโพด Bt
เพราะว่า ประชากรหนอนเจาะข้าวโพดยุโรปลดลง เนื่องจากประสบกับข้าวโพด Bt ทำให้มีหนอนน้อยลงที่จะทำลายข้าวโพดธรรมดาที่อยู่ใกล้ ๆ กันนักเศรษฐศาสตร์เกษตรคำนวณว่า "กำไรทั่วโลกเพิ่มขึ้น 240.3 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 6,091 ล้านบาท) ในปี 2539 จากกำไรทั้งหมดนี้ เกษตรกรชาวอเมริกันได้แชร์ใหญ่ที่สุด (59%) บริษัทขายเมล็ดพันธุ์มอนแซนโตได้แชร์ใหญ่รองต่อมา (21%) ตามมาด้วยผู้บริโภคชาวอเมริกัน (9%) ตามมาด้วยกลุ่มต่าง ๆ ในโลกที่เหลือ (6%) และบริษัทขายเชื้อพันธุ์ Delta and Pine Land (5%)"งานศึกษาที่กว้างขวางในปี 2555 ของบริษัทให้คำปรึกษา PG Economics สรุปว่า พืชผลแปรพันธุกรรมเพิ่มรายได้ให้กับเกษตรกรทั่วโลก 14,000 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 441,000 ล้านบาท) ในปี 2553 โดยครึ่งหนึ่งเป็นเกษตรกรในประเทศกำลังพัฒนาที่เป็นผู้ได้
ส่วนผู้ไม่เห็นด้วยคัดค้านเรื่องผลประโยชน์ที่เกษตรกรได้ เนื่องจากความแพร่หลายของผู้สังเกตการณ์ที่มีอคติ และการไม่มีการทดลองแบบสุ่มและมีกลุ่มควบคุมพืชผล Bt หลักที่ปลูกโดยเกษตรกรรายย่อยในประเทศกำลังพัฒนาก็คือฝ้ายงานปฏิทัศน์ในปี 2549 ของฝ้าย Bt ทำโดยนักเศรษฐศาสตร์เกษตรสรุปว่า "แม้ว่าจะดูสดใส บัญชีงบดุลโดยทั่วไปแล้วปน ๆ กันไป รายได้แตกต่างกันมากโดยปี โดยประเภทไร่นา และโดยภูมิภาค"แต่ว่า อดีตผู้ปฏิบัติการณ์หัวรุนแรงที่มีชื่อเสียงท่านหนึ่งคือมารค์ ไลนาส ได้กล่าวว่า การปฏิเสธพันธุวิศวกรรมโดยสิ้นเชิง "เป็นเรื่องไม่มีเหตุผล และอาจจะมีผลลบต่อประโยชน์ของคนที่ยากจนกว่าและต่อสิ่งแวดล้อม"
ในปี 2556 คณะกรรมการให้คำปรึกษาทางวิทยาศาสตร์ของบัณฑิตยสถานยุโรป (European Academies Science Advisory Council ตัวย่อ EASAC) เรียกร้องให้สหภาพยุโรป(EU) อนุญาตการพัฒนาเทคโนโลยีแปรพันธุกรรมสำหรับเกษตรกรรม เพื่อเพิ่มความสามารถการทำเกษตรกรรมยั่งยืนและเพื่อใช้พื้นที่เพาะปลูก ทรัพยากรน้ำและสารอาหารอื่น ๆ ที่น้อยกว่า
นอกจากนั้นแล้ว EASAC ยังวิจารณ์ "ระบบควบคุมที่เปลืองเวลามากและมีค่าใช้จ่ายสูง" ของ EU แล้วกล่าวว่า EU ล้าหลังในการใช้เทคโนโลยีแปรพันธุกรรม
พืชผลแปรพันธุกรรมเป็นหลักสำคัญในเกษตรกรรมระดับอุตสาหกรรม (intensive crop farming) ซึ่งอาจใช้ระบบเกษตรกรรมพืชเดี่ยวใช้ยาฆ่าวัชพืชและยาฆ่าศัตรูพืช ใช้อุปกรณ์เครื่องมือที่ใช้พลังงานจำนวนมหาศาลและต้องพึ่งระบบชลประทาน
มีผู้ต่อต้านสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรมบางท่าน ที่ปฏิบัติต่อเกษตรกรรรมระดับอุตสาหกรรมและพืชดัดแปรพันธุกรรม โดยเป็นประเด็นใกล้เคียงกัน และเรียกร้องให้มีข้อปฏิบัติทางเกษตรกรรมที่ลดประเด็นปัญหาต่อสิ่งแวดล้อม
ส่วนผู้สนับสนุนชี้ว่า พืชดัดแปรพันธุกรรมให้ผลผลิตสูง มีราคาต่ำ ให้ทางเลือกมากกว่า และอ้างว่า เทคโนโลยีนี้จำเป็นต่อการเลี้ยงประชากรโลกที่เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ
มีความเห็นแย้งกันเกี่ยวกับประเทศกำลังพัฒนารวมทั้งข้ออ้างว่า จำเป็นต้องเพิ่มเสบียงอาหารและวิธีดำเนินการเพื่อให้ถึงเป้าหมายนั้น
ยังมีนักวิมตินิยมที่อ้างว่า การขาดแคลนอาหารดังที่ปรากฏ มีเหตุจากการแจกจ่ายอาหารและการเมือง ไม่ใช่เพราะการผลิต
นักวิทยาศาสตร์บางพวกเสนอว่า ปฏิวัติสีเขียว (การปฏิวัติการผลิตพืชผลทำให้ได้ผลมากขึ้นอย่างมหาศาล) ครั้งที่สอง ซึ่งรวมการใช้พืชดัดแปรพันธุกรรม เป็นเรื่องจำเป็นเพื่อที่จะผลิตอาหารได้เพียงพอโอกาสที่อาหารดัดแปรพันธุกรรมจะช่วยประเทศกำลังพัฒนา เป็นเรื่องที่องค์กรของธนาคารโลกคือ International Assessment of Agricultural Science and Technology for Development (IAASTD) รับรู้ แต่ว่า โดยปี 2551 IAASTD ก็ยังไม่พบหลักฐานที่ชัดเจนว่าการแก้ปัญหาควรจะเป็นอย่างไร
นักวิจารณ์พวกอื่นกล่าวว่า โลกมีคนมากมายอย่างนี้ก็เพราะว่าการปฏิวัติสีเขียวครั้งที่สองเริ่มใช้ข้อปฏิบัติทางเกษตรกรรมที่ไม่ยั่งยืน มีผลให้เกิดคนมากกว่าที่โลกจะสามารถรับรองได้มีนักวิจารณ์อื่นอีกที่กล่าวว่า แม้ว่า การใช้เทคโนโลยีแปรพันธุกรรมจะสามารถเลี้ยงประชากรโลกปัจจุบันได้ แต่เพราะว่าเป็นระบบที่ต้องใช้เชื้อเพลิงซากดึกดำบรรพ์ในที่สุดราคาเชื้อเพลิงและอาหารก็จะเพิ่มสูงขึ้นในระดับหายนะ
ข้อจำกัดในการใช้ในประเทศกำลังพัฒนาที่อ้างรวมทั้งการเข้าถึงได้ยาก อุปกรณ์มีราคาแพง และสิทธิทรัพย์สินทางปัญญาที่มีผลลบต่อประเทศกำลังพัฒนา
อุปสรรคอื่น ๆ รวมทั้งการเข้าถึงสิทธิบัตรสัญญาการใช้เพื่อการค้า และปัญหาอื่น ๆ ที่ประเทศกำลังพัฒนามี ในการเข้าถึงทรัพยากรเกี่ยวกับพันธุกรรมและทรัพย์สินทางปัญญาอื่น ๆ
สนธิสัญญาระหว่างประเทศเกี่ยวกับทรัพยากรพันธุกรรมของพืชสำหรับอาหารและการเกษตร (International Treaty on Plant Genetic Resources for Food and Agriculture) พยายามที่จะแก้ปัญหานี้ แต่ผลที่ได้ยังไม่สม่ำเสมอ
ดังนั้น "พืชผลกำพร้า" อย่างเช่น หญ้าสปีชีส์Eragrostis tefข้าวฟ่างถั่วฝักยาวและพืชเฉพาะพื้นที่อื่น ๆ ที่มีความสำคัญในประเทศกำลังพัฒนา ก็ยังได้รับความสนใจน้อย
ในหนังสือปี 2543การหยุดความโหยหิวในโลก: ความหวังในเทคโนโลยีชีวภาพและภัยจากความบ้าคลั่งต่อต้านวิทยาศาสตร์ของผู้ได้รับรางวัลโนเบลสาขาสันติภาพผู้มีชื่อว่าเป็นบิดาของปฏิวัติสีเขียวคือ ดร.นอร์แมน บอร์ล็อกมีเนื้อความที่นักวิชาการหลายท่านยังยอมรับว่าเป็นจริงแม้ในปี 2553มีการกล่าวถึงหนังสือของ ดร.บอร์ล็อก ว่า
ผลผลิตข้าวโพดในสหรัฐไม่เพิ่มขึ้นจนถึงคริสต์ทศวรรษ 1930 เมื่อการใช้พืชพันธุ์ลูกผสมแบบธรรมดาเริ่มเพิ่มผลผลิตขึ้นประมาณ .8 bushel/เอเคอร์/ปี ระหว่าง ค.ศ. 1937-1955
ต่อจากนักนั้น วิธีการปลูกรวมทั้งพันธุ์ที่ดีขึ้น ปุ๋ย ยาฆ่าศัตรูพืช การใช้เครื่องกล เพิ่มอัตราการเพิ่มผลิตเป็น 1.9 bushel/เอเคอร์/ปี
และในปีหลังจากการผลิตข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม อัตราการเพิ่มเพิ่มขึ้นเป็น 2.0 bushel/เอเคอร์/ปีในสหรัฐอเมริกา ผลผลิตเฉลี่ยข้องข้าวโพดอยู่ที่ 174.2 bushel/เอเคอร์ ในปี 2557
พืชผลดัดแปรพันธุกรรมที่วางตลาดแล้วมีลักษณะสืบสายพันธุ์ (trait) ที่ลดความเสียหายจากแมลงและวัชพืชทั้งพืชผลและสัตว์ที่กำลังได้รับการพัฒนา ล้วนแต่มีการแสดงออกของยีนที่เพิ่มผลผลิตผลิตภัณฑ์ที่ใกล้จะวางตลาดก็คือปลาแซลมอนแปรพันธุกรรม ที่ผลิตฮอร์โมนการเติบโตได้เองมีผลเป็นการโตเร็วได้ 2 เท่า
งานปฏิทัศน์ปี 2557 ที่ใหญ่ที่สุดที่เคยมีมาสรุปว่า พืชผลดัดแปรพันธุกรรมมีผลบวกต่อเกษตรกรรมเป็นงานวิเคราะห์อภิมานที่พิจารณางานวิจัยภาษาอังกฤษทั้งหมดที่เคยตีพิมพ์ เกี่ยวกับผลทางเกษตรและทางเศรษฐกิจของพืช ระหว่างปี 2538 จนถึงเดือนมีนาคม 2557
งานศึกษาพบว่า พืชผลทนยาฆ่าวัชพืชมีค่าใช้จ่ายในการผลิตน้อยกว่าพืชธรรมดา ในขณะที่พืชผลทนแมลงที่ลดระดับการใช้ยาฆ่าแมลง จะมีค่าใช้จ่ายสูงกว่าเพื่อซื้อพันธุ์พืช จึงมีค่าใช้จ่ายเท่ากับพืชธรรมดา
ผลผลิตเพิ่มขึ้น 9% สำหรับพืชทนยาฆ่าวัชพืช และเพิ่มขึ้น 25% สำหรับพืชทนแมลง
เกษตรกรที่ใช้พืชดัดแปรพันธุกรรมทำกำไรได้ 69% สูงกว่าผู้ที่ไม่ได้ใช้
งานปฏิทัศน์ยังพบอีกด้วยว่า พืชผลดัดแปรพันธุกรรมช่วยเกษตรกรในประเทศกำลังพัฒนา โดยเพิ่มผลผลิตประมาณ 14%
ผู้วิจัยรวมงานศึกษาบางงานที่ไม่มีการทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันและงานศึกษาจำนวนหนึ่งที่ไม่ได้รายงานขนาดตัวอย่าง (sample sizes)
ผู้วิจัยพยายามแก้ความผิดพลาดที่มาจากความเอนเอียงในการตีพิมพ์(publication bias) โดยรวมเอางานที่ไม่ได้พิมพ์ในวารสารวิชาการการมีข้อมูลเป็นจำนวนมากทำให้ผู้วิจัยสามารถควบคุมตัวแปรกวนเช่นการใช้ปุ๋ยในงานนี้ได้
นอกจากนั้นแล้ว ผู้วิจัยยังสรุปว่า แหล่งเงินทุนงานวิจัยไม่ได้มีผลต่อผลงานวิจัย
บทความในปี 2553 ที่สนับสนุนโดยสมาคมการค้าเกษตร CropLife International สรุปผลของงานวิจัยที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกัน49 งานโดยเฉลี่ยแล้ว มีการเพิ่มผลผลิตในอัตรา 6% สำหรับเกษตรกรในประเทศพัฒนาแล้ว และ 29% สำหรับประเทศกำลังพัฒนา
การไถนาลดลง 25-58% สำหรับถั่วเหลืองที่ทนยาฆ่าวัชพืช
คือพืชที่ทนไกลโฟเสตทำให้เกษตรกรปลูกพืชเป็นแนวชิดต่อกันยิ่งขึ้น เพราะว่าไม่ต้องควบคุมวัชพืชด้วยการไถนาการใช้ยาฆ่าแมลงสำหรับพืช Bt ลดลง 14-76% และเกษตรกร 72% ทั่วโลกประสบผลบวกทางเศรษฐกิจ
ในปี 2552 กลุ่มUnion of Concerned Scientists(สหภาพนักวิทยาศาสตร์ผู้ห่วงใย) ซึ่งเป็นกลุ่มต่อต้านพันธุวิศวกรรมและการโคลนสัตว์เลี้ยงเป็นอาหาร สรุปงานวิจัยที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันเกี่ยวกับผลผลิตที่ได้จากถั่วเหลืองและข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมในสหรัฐว่า วิธีการเกษตรกรรมอื่น ๆ มีผลต่อผลผลิตในระดับชาติเมื่อเร็ว ๆ นี้ มากกว่าพันธุวิศวกรรม
งานวิจัยที่มีลักษณะการตีพิมพ์ที่ไม่ทั่วไปโดยเป็นจดหมายถามตอบแทนที่จะเป็นบทความ ตรวจสอบข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมออกแบบเพื่อให้มีการแสดงออกของยีน4 อย่างคือ ทนต่อหนอนเจาะข้าวโพดยุโรป ทนต่อหนอนรากข้าวโพด (corn rootworm) ทนต่อไกลโฟเสตและทนต่อกลูโฟสิเนต แบบทีละอย่าง ๆ หรือแบบผสมผสานกันในแปลงปลูกพืชรัฐวิสคอนซินระหว่างปี 2533-2553แล้วพบว่า ผลผลิตที่ได้ปีต่อปีแตกต่างกันน้อยกว่าพืชธรรมดา โดยมีการเพิ่มผลผลิต 0.8-4.2 bushel/เอเคอร์ โดยที่พันธุ์ทนหนอนเจาะข้าวโพดยุโรปเพิ่มขึ้น +6.4 bushel/เอเคอร์ พันธุ์ทนกลูโฟสิเนตเพิ่มขึ้น +5.76 พันธุ์ทนไกลโฟเสตลดลง -5.98 และพันธุ์ทนหนอนรากข้าวโพดลดลง -12.22
งานศึกษาพบการปฏิสัมพันธ์กันระหว่างยีนในพันธุ์ที่มีการแปรพันธุ์หลายลักษณะ โดยที่ผลรวมกันที่ได้แตกต่างจากการบวกผลของลักษณะสายพันธุ์แต่ละอย่างเข้าด้วยกัน
ยกตัวอย่างเช่น การรวมลักษณะสายพันธุ์ทนต่อหนอนเจาะข้าวโพดยุโรปกับลักษณะทนต่อกลูโฟซิเนตเพิ่มผลผลิตเพียงแค่ 3.13 bushel/เอเคอร์ ซึ่งน้อยกว่าพันธุ์ที่มีลักษณะต่างหาก ๆ สองพันธุ์รวมกัน
มีบริษัทไม่กี่บริษัทที่ครองตลาดอุตสาหกรรมเมล็ดพันธุ์พืช ล้วนแต่เป็นบริษัทที่รวมหน่วยธุรกิจตามแนวยืน (vertically integrated)ในปี 2554 บริษัทเพียงแค่ 10 บริษัทควบคุม 73% ของตลาดโลก
ในปี 2544 กระทรวงเกษตรสหรัฐรายงานว่า การรวมตัวบริษัทแม้จะนำไปสู่การประหยัดค่าใช้จ่ายเนื่องจากขนาด แต่ก็ตั้งข้อสังเกตว่า การที่บริษัทบางบริษัทได้ขายหน่วยธุรกิจผลิตเมล็ดพันธุ์พืช ทำให้การอยู่รอดของบริษัทรวมธุรกิจเหล่านี้ ยังเป็นที่น่าสงสัยนักเศรษฐศาสตร์สองท่าน ผู้เป็นแขกรับเชิญให้พูดใน AgBio Forumอ้างว่า อำนาจการตลาดของบริษัทเมล็ดพันธุ์พืชอาจจะเพิ่มผลประโยชน์ให้แก่สังคม ถึงแม้ว่าจะมีการตั้งราคาที่ดูจะไม่อำนวย เพราะว่า "แม้ว่า การตั้งราคาแตกต่างกันจะบ่อยครั้งพิจารณาว่า เป็นความบิดเบือนการตลาดที่ไม่น่าปรารถนา แต่มันอาจจะเพิ่มประโยชน์โดยรวม (ให้กับสังคม) ด้วยการเพิ่มผลผลิตโดยรวม และด้วยการวางจำหน่ายในตลาดที่จะไม่มีผลิตภัณฑ์นี้โดยประการอื่น"
การครองตลาดช่วยให้บริษัทสามารถตั้งหรือมีอิทธิพลในการตั้งราคา กำหนดกติกา และเป็นอุปสรรคในการเข้าสู่ตลาดของบริษัทใหม่ ๆ
และช่วยให้มีอำนาจต่อรองกับรัฐบาลในการออกนโยบายต่าง ๆในเดือนมีนาคมปี 2553 กระทรวงยุติธรรมและกระทรวงเกษตรสหรัฐประชุมกันเพื่อพิจารณาการแข่งขันกันในตลาดของอุตสาหกรรมเมล็ดพันธุ์พืช
หัวหน้าแผนกการป้องกันการผูกขาดขอองกระทรวงยุติธรรมแจ้งว่า กำลังตรวจสอบว่า มีการใช้สิทธิบัตรของเมล็ดพันธุ์พืชแปรพันธุ์โดยไม่ชอบหรือไม่ประเด็นปัญหาที่สำคัญก็คือ สัญญาอนุญาตให้ใช้ลักษณะสายพันธุ์ทนต่อไกลโฟเสตของบริษัทมอนแซนโตที่พบในถั่วเหลือง93% ที่ปลูกในสหรัฐปี 2552มีกลุ่มเกษตรกร ผู้บริโภค และผู้ที่คัดค้านเกษตรกรรมแบบบริษัทกว่า 250 คนที่จัดการประชุมหมู่บ้านก่อนการประชุมของรัฐ เพื่อประท้วงการซื้อบริษัทเมล็ดพันธุ์พืชที่เป็นอิสระโดยมอนแซนโต แล้วจดสิทธิบัตรและขึ้นราคาเมล็ดพันธุ์พืช
โดยธรรมดาทั่วไปแล้ว เกษตรกรของทุก ๆ ชาติเก็บเมล็ดพันธุ์พืชของตนเองเพื่อเพาะปลูกในปีต่อไป
แต่ว่า เริ่มตั้งแต่ต้นคริสต์ทศวรรษ 1900 มีการใช้พืชลูกผสมอย่างกว้างขวางในประเทศพัฒนาแล้ว และเมล็ดพืชเหล่านี้ต้องซื้อปีต่อปีจากผู้ผลิตคือลูกหลานของข้าวโพดลูกผสม แม้ว่าจะไม่เป็นหมัน แต่ก็จะสูญเสียประโยชน์ (heterosis) ที่ได้จากพันธุ์ลูกผสม
นี่เป็นเหตุหลักที่จะไม่ปลูกเมล็ดพันธุ์พืชรุ่นที่สอง
แต่ว่า สำหรับพืชผลแปรพันธุกรรมเช่นถั่วเหลือง บริษัทเมล็ดพันธุ์จะใช้สัญญาบังคับโดยกฎหมายทรัพย์สินทางปัญญาและกฎหมายเกี่ยวกับการมอบการครอบครองทรัพย์ (bailment) เพื่อป้องกันเกษตรกรไม่ให้ปลูกเมล็ดพันธุ์ที่เก็บไว้
ยกตัวอย่างเช่น ใบอนุญาตการมอบการครอบครองทรัพย์ของบริษัทมอนแซนโตจะห้ามการเก็บเมล็ดพันธุ์ไว้ และบังคับให้ผู้ซื้อเซ็นสัญญาใบอนุญาตให้ใช้สิทธิบัตรต่างหาก
บริษัทผู้ผลิตกล่าวว่า จำเป็นที่จะป้องกันการละเมิดลิขสิทธิ์ของเมล็ดพันธุ์พืช เพราะเป็นหน้าที่ต่อผู้ถือหุ้นบริษัท และเพื่อเป็นทุนสำหรับการพัฒนายิ่ง ๆ ขึ้นไป
บริษัทดูปองท์ใช้เงินครึ่งหนึ่งจากงบประมาณการวิจัยและพัฒนา 2,000 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 61,000 ล้านบาท) สำหรับเกษตรกรรมในปี 2554ในขณะที่มอนแซนโตใช้จ่าย 1,500 ล้านเหรียญสหรัฐในปี 2557
แต่ผู้ไม่เห็นด้วยเช่นกลุ่มกรีนพีซกล่าวว่า กฎหมายสิทธิบัตรให้อำนาจทางเกษตรกรรมกับบริษัทมากเกินไปและศูนย์เพื่อการศึกษาเกี่ยวกับระบบนิเวศ (Center for Ecoliteracy) อ้างว่า "การจดสิทธิบัตรสำหรับเมล็ดพันธุ์พืชให้อำนาจกับบริษัทมากเกินไป ในเรื่องจำเป็นสำหรับชีวิตของทุกคน"ส่วนรายงานปี 2543 ภายใต้การสนับสนุนของบัณฑิตยสถานนานาชาติกล่าวว่า "ถ้าสิทธิของเครื่องมือ (ทางกฎหมาย)เหล่านี้มีการบังคับใช้อย่างเข้มงวดและทั่วไป และไม่มีการอนุญาตให้ใช้ หรือให้ใช้ฟรีในประเทศกำลังพัฒนา โอกาสการประยุกต์ใช้เทคโนโลยีแปรพันธุกรรมที่อธิบายมาก่อนแล้ว ก็จะไม่ให้ประโยชน์กับประเทศด้อยพัฒนาเป็นระยะเวลายาวนาน" (คือจนกระทั่งสิทธิบัตรหมดอายุ)
บ.มอนแซนโตได้จดสิทธิบัตรพืชพันธุ์ของตน และบังคับให้เกษตรกรผู้เลือกที่จะซื้อเมล็ดพืชของ บ. เซ็นสัญญาให้ใช้สิทธิ โดยบังคับให้เก็บหรือขายพืชผลที่ปลูกเท่านั้น ไม่ให้ปลูกใหม่โดยที่ บ. มีประวัติฟ้องคดีละเมิดสิทธิบัตรในศาลต่อเกษตรกร 145 รายเริ่มแต่ปี 2540 แต่มี 11 รายเท่านั้นที่สู้คดีในศาลและใน 11 คดีเหล่านั้น เกษตรกรล้วนแต่อ้างว่า เกิดการปนเปื้อนที่ไม่ได้ตั้งใจเพราะเหตุการถ่ายเทของยีน แต่ บ. ได้ชนะคดีเหล่านั้นทั้งหมดหัวหน้าแผนกมนุษยสัมพันธ์ของมอนแซนโตแคนาดากล่าวว่า "มันไม่ใช่ และไม่เคยใช่ นโยบายของมอนแซนโตแคนาดาที่จะบังคับใช้สิทธิบัตรของพืชผล Roundup Ready ถ้ามันเกิดขึ้นในแปลงเกษตรกรโดยอุบัติเหตุ แต่ต่อเมื่อมีการละเมิดสิทธิทั้งที่รู้และตั้งใจเท่านั้น ที่มอนแซนโตจะดำเนินการ"ในปี 2552 มอนแซนโตประกาศว่า หลังจากสิทธิบัตรถั่วเหลืองหมดอายุลงในปี 2557 บ. จะไม่ห้ามเกษตรกรไม่ให้ปลูกเมล็ดถั่วเหลืองที่เป็นผลผลิตอีกต่อไป
ตัวอย่างของการฟ้องศาลเช่นนี้คือคดีบริษัทมอนแซนโตแคนาดากับนายชไมเซอร์ซึ่งเป็นคดีที่เข้าใจผิดกันอย่างกว้างขวางคือในปี 2540 นายเพอร์ซี ชไมเซอร์ ผู้เป็นเกษตรกรที่ปลูกและเพาะพันธุ์พืชวงศ์ผักกาดในเมืองบรูโนรัฐซัสแคตเชวันพบว่าแปลงพืชของเขาแปลงหนึ่งดื้อต่อยาฆ่าวัชพืช Roundup
เขาไม่ได้ซื้อเมล็ดพันธุ์เช่นนี้ ซึ่งพัดเข้ามาในที่ของเขาจากแปลงข้างเคียง
ต่อมาเขาเก็บผลผลิตจากแปลงนั้น แล้วก็เก็บไว้ที่หลังรถกระบะก่อนปีเพาะปลูก 2541 ปีต่อไป ผู้แทนของ บ.มอนแซนโตได้แจ้งนายชไมเซอร์ว่า การใช้พืชผลอันนี้เพื่อปลูกพืชจะเป็นการละเมิดสิทธิบัตร แล้วยื่นข้อเสนอให้ใบอนุญาตแก่เขา ซึ่งเขาปฏิเสธตามศาลสูงสุดของประเทศแคนาดา แม้ว่าหลังจากการคุยกันเช่นนี้ "นายชไมเซอร์ก็ยังนำเอาผลผลิตที่เก็บไว้ที่รถกระบะไปยังโรงงานบำบัดเมล็ด แล้วบำบัดพืชผลนั้นเพื่อจะใช้เมล็ด และเมื่อบำบัดแล้ว มันก็ไม่สามารถจะใช้อะไรอย่างอื่นได้อีก นายชไมเซอร์ปลูกเมล็ดที่บำบัดในไร่ 9 แปลง เต็มเนื้อที่ประมาณ 1,000เอเคอร์(ประมาณ 2,529 ไร่) การทดสอบที่เป็นอิสระต่อ ๆ กันทำโดยผู้เชี่ยวชาญต่าง ๆ ยืนยันว่า พืชวงศ์ผักกาดที่นายชไมเซอร์เพาะปลูกในปี 2541 95-98% เป็นพันธุ์ทนยา Roundup"หลังจากการคุยกันนอกศาลระหว่างนายชไมเซอร์กับมอนแซนโตล้มเหลว มอนแซนโตฟ้องนายชไมเซอร์ในข้อหาละเมิดสิทธิบัตรแล้วชนะคดีในศาลเบื้องต้น
ต่อมานายชไมเซอร์ได้อุทธรณ์ต่อศาลและแพ้คดี แล้วจึงยื่นฎีกาต่อศาลสูงสุดแคนาดาอีก ซึ่งในปี 2547 ตัดสินโดยเสียงข้างมาก 5 ต่อ 4 ให้มอนแซนโตชนะ โดยกล่าวว่า "มันชัดเจนในการสืบคดีของศาลชั้นต้นว่า ผู้อุทธรณ์เก็บ ปลูก เก็บเกี่ยว แล้วขายผลผลิตจากต้นพืชที่มียีนและเซลล์พืชที่มอนแซนโตได้จดสิทธิบัตร"
พืชผลดัดแปรพันธุกรรมเป็นจุดชนวนหนึ่งของข้อพิพาทในประเทศที่ส่งอาหารออกขายว่า การเริ่มใช้พืชผลดัดแปรพันธุกรรมจะเป็นอันตรายต่อการส่งสินค้าออกไปยังประเทศอื่นหรือไม่
ในประเทศแคนาดาปี 2553 การส่งแฟลกซ์ (ต้นไม้คล้ายป่าน) ไปยังยุโรปถูกปฏิเสธ เมื่อพบร่องรอยของแฟลกซ์แปรพันธุกรรมที่ยังอยู่ในขั้นทดลองซึ่งมีผลให้สมาชิกรัฐสภาท่านหนึ่งเสนอกฎหมาย (C-474) ที่บังคับให้ "มีงานวิเคราะห์เกี่ยวกับโอกาสผลลบที่มีต่อการส่งออก ก่อนที่จะอนุญาตให้ขายเมล็ดพันธุ์พืชแปรพันธุกรรมใหม่ ๆ"ส่วนผู้คัดค้านอ้างว่า "การรวมมาตรฐานทางสังคม-เศรษฐกิจที่เข้มงวดเข้ากับระบบการควบคุมที่มีมูลฐานอยู่บนวิทยาศาสตร์ อาจเป็นเหตุระงับการลงทุนทำงานวิจัย (เกี่ยวกับเทคโนโลยีชีวภาพ) ของเอกชน เพราะว่า ถ้าบริษัทเทคโนโลยีชีวภาพไม่เห็นผลตอบแทนจากการลงทุน ก็จะลงทุนงบประมาณการวิจัยของตนในเรื่องอื่น ๆ"ต่อมาในปี 2554 กฎหมายไม่ผ่านรัฐสภาโดยมีคะแนนเสียง 97-176
ในปี 2557 มีประเทศ 64 ประเทศที่บังคับให้ขึ้นป้ายอาหารดัดแปรพันธุกรรมทั้งหมด
สหภาพยุโรปประเทศญี่ปุ่นออสเตรเลียนิวซีแลนด์รัสเซียจีนอินเดียและไทยล้วนแต่บังคับให้ใช้ฉลากอาหาร GMO
โดยเดือนธันวาคม 2558ประเทศอิสราเอลไม่ปรากฏว่ามีกฎหมายบังคับฉลากอาหารที่มีส่วนผสมจาก GMOและมีเขตปกครองอื่น ๆ ที่อนุญาตให้ขึ้นป้ายโดยสมัครใจ หรือว่ามีแผนที่จะบังคับให้ขึ้นป้าย
สมาคมสาธารณสุขอเมริกัน (American Public Health Association)สมาคมแพทย์อังกฤษ (British Medical Association)และสมาคมสาธารณสุขออสเตรเลียสนับสนุนให้บังคับขึ้นฉลากอาหาร
คณะกรรมาธิการยุโรป (European Commission) อ้างว่า การบังคับให้ขึ้นฉลากและการสืบหาต้นตอได้ จำเป็นเพื่อให้ผู้บริโภคสามารถเลือกได้ ป้องกันการโฆษณาลวงและช่วยอำนวยการเรียกคืนผลิตภัณฑ์ถ้าพบผลลบต่อสุขภาพหรือสิ่งแวดล้อมแต่งานศึกษาปี 2550 เกี่ยวกับกฎหมายให้ขึ้นฉลากพบว่า เมื่อบังคับให้ขึ้นฉลาก มีผลิตภัณฑ์น้อยที่จะยังมีส่วนผสมแปรพันธุกรรม
ประเทศที่ส่งอาหารออกเช่นสหรัฐอเมริกาอาร์เจนตินาและแคนาดาอนุญาตให้ขึ้นป้ายโดยอาสา ส่วนประเทศที่นำอาหารเข้าโดยทั่วไปบังคับให้ขึ้นป้าย
ในประเทศสหรัฐอเมริกา การขึ้นป้าย GMO ไม่บังคับโดยองค์การอาหารและยาตราบเท่าที่ไม่มีความแตกต่างกันในเรื่องสุขภาพ ความปลอดภัยทางสิ่งแวดล้อม และความคาดหวังของผู้บริโภคเพราะการบรรจุผลิตภัณฑ์สมาคมการแพทย์อเมริกัน (American Medical Association ตัวย่อ AMA)และสมาคมอเมริกันเพื่อความก้าวหน้าของวิทยาศาสตร์(American Association for the Advancement of Science ตัวย่อ AAAS)ต่างต่อต้านการบังคับขึ้นฉลากเพราะไม่มีหลักฐานทางวิทยาศาสตร์ถึงอันตราย
AMA กล่าวว่า การขึ้นฉลากแม้โดยอาสาก็ยังชักนำให้เข้าใจผิด นอกจากจะมีการให้ข้อมูลอื่น ๆ กับผู้บริโภคอย่างจริงจัง
ส่วน AAAS กล่าวว่า การบังคับให้ขึ้นฉลาก "ก็จะเป็นเพียงการชักนำผู้บริโภคให้เข้าใจผิด และทำให้ตื่นตระหนกอย่างผิด ๆ"
มีความพยายามหลายครั้งหลายหนที่จะออกกฎหมายการขึ้นป้ายในสหรัฐ โดยเฉพาะในระดับมลรัฐสมาคมสาธารณสุขรัฐอิลลินอยและสมาคมการแพทย์รัฐอินเดียนาล้วนแต่กล่าวว่า
ความพยายามแรกสุดเกิดขึ้นในปี 2545 ในรัฐออริกอนแต่ไม่ผ่านรัฐสภาด้วยคะแนนเสียงในอัตรา 7 ต่อ 3 และเมื่อต้นปี 2555 มีรัฐสภาของ 18 มลรัฐที่อภิปรายเรื่องการออกฎหมายบังคับการขึ้นป้ายในปี 2555 ชาวรัฐแคลิฟอร์เนียออกเสียงปฏิเสธกฎหมายที่บังคับการขึ้นป้าย (California Proposition 37)ในปี 2556รัฐคอนเนตทิคัตออกฎหมายบังคับการขึ้นป้ายเป็นฉบับแรกในสหรัฐ โดยมีเงื่อนไขว่า จะไม่มีผลจนกระทั่งรัฐอื่น ๆ ออกกฎหมายตามในปีเดียวกัน ชาวรัฐวอชิงตันลงมติปฏิเสธกฎหมายบังคับให้ขึ้นป้ายโดยเดือนกันยายนปีเดียวกัน ยังมีการอภิปรายถึงกฎหมายขึ้นป้ายในรัฐไม่ต่ำกว่า 20 รัฐในสหรัฐในวันที่ 9 มกราคม 2556รัฐเมนออกกฎหมายบังคับการขึ้นป้าย โดยมีเงื่อนไขคล้ายกับของรัฐคอนเนตทิคัตในวันที่ 21 กุมภาพันธ์ 2556 มีกฎหมายร่างบังคับการขึ้นป้ายในวุฒิสภาของรัฐแคลิฟอร์เนียในเดือนพฤษภาคมปีเดียวกันรัฐเวอร์มอนต์ออกกฎหมายบังคับการขึ้นป้าย
กลุ่มต่าง ๆ ที่ต่อต้านการอนุมัติสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรมหรือการใช้เป็นอาหาร ได้ตั้งข้อสงสัยว่า องค์กรควบคุมของรัฐสนิทสนมกับบริษัทที่ต้องการให้อนุมัติผลิตภัณฑ์ของตนเกินไปหรือไม่
ผู้ต่อต้านในสหรัฐได้ประท้วงการตั้งนักวิ่งเต้นในตำแหน่งสูง ๆ ภายในองค์การอาหารและยา (ตัวย่อ FDA)
เช่นในปี 2534 นักวิ่งเต้นของมอนแซนโตคนหนึ่ง (Michael R. Taylor) ได้รับแต่งตั้งให้เป็นผู้ปรึกษาอาวุโสของ FDA เกี่ยวกับความปลอดภัยอาหาร
ต่อมาเมื่อลาจากตำแหน่งแล้ว เขาได้กลายเป็นรองประธานคนหนึ่งในบริษัท
ต่อมาในวันที่ 7 กรกฎาคม 2552 เขากลับไปทำงานกับรัฐบาลอีกโดยเป็นผู้ปรึกษาอาวุโสของกรรมาธิการขององค์กร
ในปี 2554 เมื่อเกิดกรณีเรียกคืนข้าวโพด Starlink บุคลากรขององค์การไม่แสวงหาผลกำไร"ศูนย์ความปลอดภัยอาหาร (Center for Food Safety)" ได้วิจารณ์สำนักงานปกป้องสิ่งแวดล้อมสหรัฐว่า ตอบสนองต่อปัญหาช้าและวิจารณ์ทั้งองค์กรและบริษัท Aventis CropScience (ปัจจุบัน Sanofi) เพราะคำแถลงการณ์ว่า ทั้งสององค์กรไม่ได้คาดหวังว่าเหตุการณ์เช่นนี้จะเกิดขึ้น
คณะกรรมการที่ปรึกษาเกี่ยวกับเทคโนโลยีชีวภาพแคนาดาที่ทำหน้าที่ทบทวนกฎหมายควบคุมของแคนาดาระหว่างปี 2542-2546 ถูกตำหนิโดยกลุ่มสิ่งแวดล้อมและกลุ่มพลเมืองต่าง ๆ ว่า ไม่ได้เป็นผู้แทนเพื่อสาธารณประโยชน์ในทุก ๆ ด้าน และใกล้ชิดกับกลุ่มอุตสาหกรรมต่าง ๆ มากเกินไป
สมาชิกโดยมากของคณะกรรมการความปลอดภัยทางชีวภาพแห่งชาติจีนมีส่วนร่วมในเทคโนโลยีชีวภาพ ซึ่งทำให้เกิดคำวิจารณ์ว่า ไม่เป็นตัวแทนเพื่อสาธารณประโยชน์ที่กว้างขวางเพียงพอ
มีการฟ้องคดีในศาลรัฐบาลกลางสหรัฐ 4 คดี ต่อกรมตรวจสอบสุขภาพของสัตว์และพืช (Animal and Plant Health Inspection Service ตัวย่อ APHIS) ซึ่งอยู่ใต้อำนาจของกระทรวงเกษตรสหรัฐ ที่มีหน้าที่ดูแลควบคุมพืชดัดแปรพันธุกรรม
คือคดี 2 คดีเนื่องด้วยการทดสอบภาคสนามของหญ้าทนยาฆ่าวัชพืชในรัฐออริกอนและข้าวโพดและอ้อยที่สามารถผลิตยาได้ในรัฐฮาวายกับอีก 2 คดีเนื่องด้วยการยกเลิกกฎบังคับถั่วอัลฟัลฟาแปรพันธุกรรมและต้นน้ำตาลบีท (Sugar beet) แปรพันธุกรรมAPHIS แพ้ทั้ง 4 คดีในศาลเบื้องต้น โดยผู้พิพากษาตัดสินว่า ไม่ทำตามนโยบายที่ตั้งไว้ในกฎหมาย
แต่ว่า ต่อมาศาลสูงสุดของสหรัฐยกเลิกการห้ามถั่วอัลฟัลฟาแปรพันธุกรรมทั่วประเทศดังนั้น ศาลอุทธรณ์จึงอนุญาตให้ลดกฎข้อบังคับของต้นน้ำตาลบีทแปรพันธุกรรมหลังจากที่ APHIS เตรียมคำแถลงผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมของถั่วอัลฟัลฟาและต้นน้ำตาลบีท การยกเลิกกฎบังคับจึงได้รับการอนุมัติ
ในปี 2557 ชนในเทศมณฑลเมาวีในรัฐฮาวายออกเสียงให้ระงับการผลิตและการวิจัยสิ่งมีชีวิตแปรพันธุกรรมอย่างชั่วคราว
โดยให้ลงโทษทั้งจำและปรับถ้าฝ่าฝืนโดยเจตนา และไม่จำกัดเพียงแค่เกษตรกรรมเพื่อการค้าเท่านั้นโดยมีปชามติผ่านกฎหมายในอัตรา 50.2% ต่อ 47.9%
จนกระทั่งถึงคริต์ทศวรรษ 1990 กฎหมายควบคุมในยุโรปเข้มงวดน้อยกว่าในสหรัฐในปี 2541 (ค.ศ. 1998) ข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม Bt (พันธุ์ MON810) ที่ทนต่อหนอนเจาะข้าวโพดยุโรป ได้รับอนุมัติให้ใช้เพื่อการเพาะปลูกสำหรับการค้าในยุโรป
แต่ว่าในช่วงนั้น มีปัญหาเกี่ยวกับอาหารที่ไม่ใช่ GMO หลายอย่างที่ทำให้ผู้บริโภควิตกกังวลด้านความปลอดภัยของอาหารโดยทั่ว ๆ ไป แล้วทำให้ประชาชนเสื่อมความเชื่อใจในการดูแลตรวจสอบของรัฐบาล
โดยมีปัญหาโรควัวบ้าระบาดเป็นเรื่องดังที่สุดดังนั้น ในปี 2541 สหภาพยุโรปจึงระงับการอนุมัติสิ่งมีชีวิตแปรพันธุกรรมชั่วคราวโดยปริยาย เป็นการรอให้แก้กฎบังคับที่มีอยู่แล้ว
ในช่วงกลางคริสต์ทศวรรษ 1990 การอนุมัติพืชผลแปรพันธุกรรมของรัฐบาลสหรัฐทำให้ชาวยุโรปวิตกกังวล มีผลเป็นการลดการส่งออกจากสหรัฐไปยังยุโรป
คือ "ก่อนปี 2540 การส่งออกข้าวโพดไปยังยุโรปอยู่ในอัตรา 4% ของการส่งออกสหรัฐทั้งหมด โดยมีรายได้ประมาณ 300 ล้านดอลลาร์สหรัฐต่อปี ยกตัวอย่างเช่น ก่อนปี 2540 สหรัฐขายข้าวโพดประมาณ 1.75 ล้านตันต่อปีให้แก่ประเทศสเปนและโปรตุเกสแต่ในช่วงปี 2540 และ 2541 สเปนซื้อข้าวโพดน้อยกว่า 1/10 ของที่เคยซื้อปีก่อน โดยที่โปรตุเกสไม่ได้ซื้อเลย"
ในเดือนพฤษภาคม 2546 สหรัฐและประเทศอื่น ๆ อีก 12 ประเทศ ส่งคำร้องเรียนไปยังองค์การการค้าโลกว่า สหภาพยุโรปละเมิดสนธิสัญญาการค้าระหว่างประเทศ เพราะห้ามการนำเข้าผลิตภัณฑ์เกษตรสหรัฐโดยการห้ามอาหารแปรพันธุกรมและอ้างว่า กระบวนการดูแลควบคุมของสหภาพยุโรปเนิ่นช้า และใช้มาตรฐานที่ไม่มีเหตุผลเพราะมีหลักฐานทางวิทยาศาสตร์ที่แสดงว่า พืชผลเหล่านั้นปลอดภัย
กรณีนี้มีการวิ่งเต้นโดยบริษัทมอนแซนโตและ Aventis (ปัจจุบัน Sanofi-Aventis) แห่งประเทศฝรั่งเศส และโดยกลุ่มเกษตรกรรมสหรัฐต่าง ๆ เช่น สมาคมผู้ปลูกข้าวโพดแห่งชาติ (National Corn Growers Association)
ในเดือนมิถุนายน 2546รัฐสภายุโรปจึงเซ็นสัญญาระเบียบการเพื่อความปลอดภัยทางชีวภาพ(Cartagena Protocol on Biosafety) ของสหประชาชาติซึ่งควบคุมการค้าอาหารแปรพันธุกรรมระหว่างประเทศ และในเดือนต่อมา อนุมัติกฎบังคับให้มีการขึ้นป้ายและการสืบหาต้นตอได้ โดยมีเงื่อนไขที่แต่ละประเทศสมาชิกจะสามารถเลือกทำได้
การอนุมัติสิ่งมีชีวิตแปรพันธุกรรมใหม่ ๆ จึงเริ่มขึ้นอีกในเดือนพฤษภาคม 2547
แม้ว่าจะมีสิ่งมีชีวิตแปรพันธุกรรมที่ได้รับอนุมัติตั้งแต่นั้น แต่การอนุมัติก็ยังเป็นประเด็นให้ถกเถียงกันมาก และประเทศหลายประเทศก็ได้เลือกใช้เงื่อนไขที่จะไม่ทำ
ต่อมาในปี 2549องค์การการค้าโลกตัดสินว่า กฎจำกัดที่มีก่อนปี 2547 เป็นการละเมิดสนธิสัญญาแม้ว่า คำตัดสินจะไม่มีผลอะไรทันที เนื่องจากการห้ามชั่วคราวได้ยกเลิกไปแล้ว
ในช่วงท้ายปี 2550เอกอัครราชทูตสหรัฐประจำประเทศฝรั่งเศสแนะนำ "นโยบายแก้เผ็ด" เพื่อตอบโต้ประเทศฝรั่งเศสและสหภาพยุโรป ในเรื่องการห้าม GMO ของฝรั่งเศสและเรื่องความเปลี่ยนแปลงนโยบายของยุโรปต่อพืชผลแปรพันธุกรรม เนื้อความนี้มาจากข้อความรั่วระหว่างสถานทูตกับกระทรวงการต่างประเทศสหรัฐที่เผยแพร่โดยวิกิลีกส์
ประเทศยุโรป 20 ประเทศจาก 28 ประเทศ (รวมทั้งสวิตเซอร์แลนด์) ไม่ยอมให้ปลูก GMO จนกระทั่งถึงเดือนตุลาคมปี 2558ต่อเป็นนี้เป็นรายการประเทศยุโรปที่ห้ามไม่ให้ปลูก GMO
ในเดือนพฤษภาคมปี 2557 ศาลสูงสุดของรัฐเวสเทิร์นออสเตรเลียยกฟ้องคดี มาร์ช์กับแบกซเตอร์ (Marsh v. Baxter)โจทก์คือเกษตรกรอินทรีย์นายสตีฟ มาร์ช และจำเลยคือนายไมเคิล แบกซเตอร์ ผู้เป็นเกษตรกรเพื่อนบ้านมาทั้งชีวิต ผู้ปลูกพืชวงศ์ผักกาดแปรพันธุกรรมคือในปลายปี 2553 นายมาร์ชพบเมล็ดพืชผลของนายแบ็กซ์เตอร์ในแปลงของเขา
แล้วต่อมาพบพืชแปรพันธุกรรมกำลังเจริญเติบโตขึ้น
เมื่อเขารายงานว่าพบเมล็ดและพืชไปยังสำนักงานการรับรองอาหารอินทรีย์
พืชผลประมาณ 70% ในไร่ประมาณ 3 พันไร่ของเขาจึงไม่ได้การรับรองจากสำนักงานนายมาร์ชจึงฟ้องนายแบ็กซ์เตอร์ในศาลโดยกล่าวหาว่า วิธีการเก็บเกี่ยวพืชผลของนายแบ็กซ์เตอร์ไม่ได้มาตรฐานและทำอย่างปล่อยปละละเลย เพราะว่า ได้ปนเปื้อนไร่ของเขาอย่างกว้างขวางแต่ศาลพิพากษาวินิจฉัยว่า
ต่อมาในวันที่ 18 มิถุนายน 2557 นายมาร์ชประกาศว่าตนได้ร้องอุทธรณ์ต่อศาลโดยเหตุผลหนึ่งว่า ตนถูกปรับ $803,989 (ประมาณ 24,407,885 บาท)
การฟังความคดีอุทธรณ์เริ่มขึ้นวันที่ 23 มีนาคม 2558 แต่เลื่อนออกไปในวันที่ 25 เพื่อสืบความว่า การสู้คดีของนายแบ็กซ์เตอร์ได้รับการสนับสนุนทางการเงิน
จากบริษัทขายเมล็ดพันธุ์พืชคือมอนแซนโตและ/หรือจากสมาคม Pastoralists and Graziers Association of Western Australia หรือไม่ และดังนั้น ค่าเสียหายที่ปรับนายมาร์ชไม่ควรจะรวมค่าใช้จ่ายที่มือที่ 3 ได้ช่วยออกให้นายแบ็กซ์เตอร์แล้ว
พืชดัดแปรพันธุกรรมแรกสุดทำด้วยยวิธี transgenesis คือโดยใช้ยีนของอีกสิ่งมีชีวิตหนึ่ง และบางครั้งใช้แบคทีเรียเพื่อถ่ายโอนยีน
ซึ่งในประเทศสหรัฐอเมริกาพืชผ่านกรรมวิธีเช่นนี้จะอยู่ใต้การควบคุมของกระทรวงเกษตร (USDA)แต่ต่อมาในปี 2553 เทคโนโลยีพันธุวิศวกรรมใหม่ ๆ เช่น การตัดต่อจีโนม (genome editing) ทำให้นักวิทยาศาสตร์สามารถเปลี่ยนจีโนมพืชได้โดยไม่ต้องเพิ่มยีนจากสิ่งมีชีวิตอีกอย่างหนึ่ง ดังนั้น พืชทำโดยวิธีนี้ จึงพ้นจากการควบคุมของกระทรวงเกษตรจึงมีเสียงวิพากษ์วิจารณ์ว่า กฎหมายควบคุมจะต้องเปลี่ยนเพื่อให้ทันเทคโนโลยีที่เปลี่ยนไปเรื่อย ๆ
ในปี 2545 แม้ว่าจะอยู่ในเหตุการณ์ทุพภิกขภัยประเทศแซมเบียก็ยังปฏิเสธอาหารช่วยเหลือฉุกเฉินจากต่างประเทศที่มีพืชผลดัดแปรพันธุกรรม โดยอาศัยหลักระวังไว้ก่อน
แต่ในการประชุมในเมืองหลวงประเทศเอธิโอเปียคืออาดดิสอาบาบาเลขาธิการบริหารของคณะกรรมการเศรษฐกิจแอฟริกาของสหประชาชาติได้สนับสนุนให้ประเทศในแอฟริการับอาหารดัดแปรพันธุกรรม และแสดงความไม่ชอบใจต่อความเห็นเชิงลบของสาธารณชนต่อเทคโนโลยีชีวภาพ
งานวิจัยต่าง ๆ ในประเทศยูกันดาแสดงว่า กล้วยดัดแปรพันธุกรรมมีโอกาสสูงที่จะช่วยลดความยากจนในชนบท แต่ว่าชาวเมืองที่มีรายได้สูงกว่าอาจจะไม่ยอมรับ
มีนักวิจารณ์ที่อ้างว่า การส่งอาหารของสหรัฐไปยังแอฟริกาใต้เป็นการโปรโหมตให้ยอมรับพืชผลแปรพันธุกรรม มากกว่าเป็นการช่วยบรรเทาความหิวโหย
คือ สหรัฐได้อุปถัมภ์เรื่องอาหารภายใต้วิกฤติอาหารที่มีมาตั้งแต่ต้นคริสต์ทศวรรษ 2000
แต่ว่า หลังจากที่ประเทศแอฟริกาบางประเทศเริ่มรู้ว่า อาหารที่ส่งมีข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม ก็เลยเริ่มปฏิเสธความช่วยเหลือและไม่แจกจ่ายอาหารที่ส่งไปให้แล้ว
นักวิจารณ์โจทสหรัฐว่า "ฉวยประโยชน์จากทุพภิกขภัยในแอฟริกาโดยทำเป็นการประชาสัมพันธ์"
ส่วนสหรัฐกล่าวโต้ตอบว่า ประเทศยุโรปปล่อยให้ชาวแอฟริกันเป็นล้าน ๆ ประสบทั้งความหิวและความอดอยากเนื่องจาก "ความกลัวไร้เหตุผลในเรื่องความเสี่ยงที่เป็นเพียงแต่ความคิดพิสูจน์ยังไม่ได้"
สหรัฐมีนโยบายแม้ก่อนจะเกิด GMO ที่จะส่งพืชผลสหรัฐเป็นอาหารช่วยเหลือ โดยไม่ได้ซื้อพืชผลจากประเทศที่อยู่ใกล้ ๆ ประเทศที่ต้องการความช่วยเหลือ
เป็นนโยบายซึ่งมีผู้อ้างว่า มีค่าใช้จ่ายสูงกว่าของยุโรป
อินเดียเป็นประเทศเกษตรโดยมีประชากร 60% ที่มีรายได้โดยตรงหรือโดยอ้อมจากเกษตรกรรมระหว่างปี 2538-2556 มีเกษตรกร 296,438 คนที่ฆ่าตัวตายหรือโดยเฉลี่ย 16,469 คนต่อปีในช่วงเวลาเดียวกัน มีคน 9.5 ล้านคนที่ตายต่อปีในอินเดียจากเหตุอื่น ๆ รวมทั้งทุพโภชนาการโรคการฆ่าตัวตายที่ไม่เกี่ยวกับเกษตร หรือประมาณ 171 ล้านคนในช่วงเวลาเดียวกันนักปฏิบัติการและนักวิชาการให้เหตุผลที่ขัดแย้งกัน เช่น เพราะมรสุม เพราะมีหนี้มาก เพราะ GMO เพราะนโยบายของรัฐ เพราะสุขภาพจิตที่ไม่ดี เพราะเรื่องส่วนตัว และเพราะปัญหาทางครอบครัวมีแม้กระทั่งการโจทว่า รัฐต่าง ๆ ทำข้อมูลการฆ่าตัวตายของเกษตรกรลวง
ฝ้ายแปรพันธุกรรมในรัฐมหาราษฏระกรณาฏกะและทมิฬนาฑูเพิ่มผลผลิตโดยเฉลี่ย 42% ในปี 2545 ซึ่งเป็นปีแรกที่ใช้เพาะปลูกโดยทั่ว ๆ ไป
แต่ว่า ความแห้งแล้งอย่างรุนแรงในรัฐอานธรประเทศในปีเดียวกันไม่ได้เพิ่มผลผลิตในรัฐ เพราะว่าไม่ใช่พันธุ์ทนแล้งแต่พันธุ์ทนแล้งก็ได้พัฒนาขึ้นในภายหลัง และโดยปี 2554 88% ของฝ้ายทั้งหมดมาจากพืชดัดแปรพันธุกรรม โดยหลักเพราะเสียหายจากแมลงน้อยแม้ว่าจะมีข้อมูลที่ไม่ลงรอยกันแต่ก็มีหลักฐานว่าเกษตรกรฝ้ายแปรพันธุกรรมได้ผลประโยชน์ทั้งทางเศรษฐกิจและทางสิ่งแวดล้อมงานวิจัยระหว่างปี 2545-2551 เกี่ยวกับผลทางเศรษฐกิจของฝ้ายแปรพันธุกรรมในอินเดียพบว่า ฝ้าย Bt ให้ผลผลิตที่สูงขึ้น ให้กำไรที่มากขึ้น และเพิ่มมาตรฐานการครองชีพของเกษตรกรรายย่อย ๆแต่ว่า ในเมื่อเร็ว ๆ นี้ หนอนฝ้ายพันธุ์Helicoverpa armigeraเกิดดื้อยาที่ผลิตโดยฝ้าย Bt
ดังนั้น ในปี 2555รัฐมหาราษฏระจึงให้เลิกปลูกฝ้าย Bt แล้วสั่งให้นักวิชาการอิสระทำการศึกษาทางสังคมเศรษฐกิจในเดือนตุลาคม 2552 องค์กรควบคุมของรัฐอนุมัติมะเขือยาวBt
แต่ต่อมาภายหลังการประท้วงจากนักวิทยาศาสตร์บางพวก กลุ่มเกษตรกรและสิ่งแวดล้อม จึงระงับการอนุมัติชั่วคราวเริ่มที่เดือนกุมภาพันธ์ 2553 เป็นช่วงระยะเวลา "ที่จำเป็นเพื่อสร้างความเชื่อใจและความมั่นใจให้แก่ประชาชน"
โดยวันที่ 1 มกราคม 2556 อาหารที่มี GMO ต้องขึ้นป้าย
คือมีกฎว่า "อาหารทุกชุดที่มีอาหารแปรพันธุกรรมจะต้องมีอักษรว่า 'GM' ที่ด้านบนสุดของป้ายหลัก" โดยมีผลต่อผลิตภัณฑ์ 19 ชนิดรวมทั้งขนมปังธัญพืชถั่วและอื่น ๆแต่กฎหมายนี้มีการคัดค้านทั้งจากกลุ่มพิทักษผู้บริโภคและจากอุตสาหกรรมอาหารสำเร็จรูป โดยทั้งสองเป็นห่วงว่าไม่มีการออกกฎเกณฑ์ที่ช่วยในการบังคับกฎหมายวันที่ 21 มีนาคม 2557 รัฐบาลอินเดียอนุมัติพืชผลแปรพันธุกรรม 10 ชนิดอีกครั้ง แล้วอนุญาตให้ทดสอบพืชแปรพันธุกรรมภาคสนามรวมทั้งข้าวสาลีข้าวและข้าวโพด