ยูฟ่ายูโรปาลีก ฤดูกาล 2016–17 รอบแพ้คัดออก

รอบแพ้คัดออก หรือรอบน็อกเอาต์ ในการแข่งขันยูฟ่ายูโรปาลีก ฤดูกาล 2016–17เริ่มแข่งขันในวันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2560 (ค.ศ. 2017) จนถึงวันที่ 24 พฤษภาคม พ.ศ. 2560 (ค.ศ. 2017) ซึ่งเป็นรอบชิงชนะเลิศที่เฟรนด์ส อาเรนาในเขตซอลนา, ประเทศสวีเดน, เพื่อที่จะตัดสินแชมเปียนส์ของยูฟ่ายูโรปาลีก ฤดูกาล 2016–17. ทั้งหมด 32 ทีมที่เข้าร่วมในรอบแพ้คัดออก.
จนกระทั่งถึงวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ. 2560 (ค.ศ. 2017) (รอบ 32 ทีมสุดท้าย และ รอบ 16 ทีมสุดท้าย) เป็นCET(UTC+1), หลังจากนั้น (รอบ 8 ทีมสุดท้ายและนอกจากนี้) เวลาก็จะเป็นCEST(UTC+2).
ตารางของการแข่งขันมีดังนี้ (การจับสลากทั้งหมดจะจัดขึ้นที่สำนักงานใหญ่ของยูฟ่าในเมืองนียง,ประเทศสวิตเซอร์แลนด์, ยกเว้นที่ระบุไว้จะเป็นอย่างอื่น).
บางนัดอาจจะลงเล่นในวันอังคารหรือวันพุธแทนที่จะเป็นประจำทุกวันพฤหัสบดีเนื่องจากการขัดกันของการจัดวางโปรแกรมการแข่งขัน.
รอบแพ้คัดออกหรือรอบน็อกเอาต์นี้มีทั้งหมด 32 ทีมประกอบไปด้วย: 24 ทีมที่ผ่านเข้ารอบในฐานะแชมป์กลุ่มและรองแชมป์กลุ่มจาก 12 กลุ่มในรอบแบ่งกลุ่ม, และ 8 ทีมที่จบอันดับที่ 3 จากแชมเปี้ยนส์ ลีก รอบแบ่งกลุ่ม
โดยแข่งขันกันในระบบเหย้า–เยือน โดยหากประตูรวมทั้ง 2 นัดเท่ากัน นับผลประตูจากการทำประตูในเมื่อเป็นทีมเยือน หากยังเท่ากันอีก ให้ต่อเวลาพิเศษ เป็นเวลา 30 นาที (ครึ่งละ 15 นาที) และหากว่ายังเสมอกันจะมีการยิงลูกโทษที่จุดโทษเพื่อตัดสินผลแพ้–ชนะ
ในรอบ 16 ทีมสุดท้าย ทีมที่เป็นแชมป์กลุ่มนั้นจะได้เล่นเป็นทีมเหย้าเป็นนัดที่สอง ส่วนทีมรองแชมป์กลุ่มเมื่อจับสลากแล้วจะได้เล่นเป็นทีมเหย้าในนัดแรก
เมื่อวันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ. 2557 (ค.ศ. 2014), คณะกรรมการกรณีฉุกเฉินของยูฟ่าได้ตัดสินว่าสโมสรจากยูเครนและรัสเซียจะไม่สามารถจับสลากมาพบกับทีมอื่นๆได้ "จนกว่าจะมีการประกาศ" เนื่องจากเหตุการณ์ความไม่สงบระหว่างประเทศ.
การจับสลากประกบคู่ในรอบ 32 ทีมสุดท้ายจะมีขึ้นในวันที่ 12 ธันวาคม พ.ศ. 2559 (ค.ศ. 2016).รอบ 32 ทีมสุดท้าย นัดแรก ลงเล่นในวันที่ 16 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2560 (ค.ศ. 2017), และรอบ 32 ทีมสุดท้าย นัดที่สอง ลงเล่นในวันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2560 (ค.ศ. 2017).
รวมผลสองนัด อาโปเอล ชนะ 4–3.
รวมผลสองนัด อายักซ์ ชนะ 1–0.
รวมผลสองนัด เสมอ 3–3. อันเดอร์เลคต์ เข้ารอบด้วยกฏประตูทีมเยือน.
รวมผลสองนัด เคงก์ ชนะ 3–2.
รวมผลสองนัด แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด ชนะ 4–0.
รวมผลสองนัด โรมา ชนะ 4–1.
รวมผลสองนัด โคเปนเฮเกน ชนะ 2–1.
รวมผลสองนัด เซลตา บีโก ชนะ 2–1.
รวมผลสองนัด โอลิมเปียกอส ชนะ 3–0.
รวมผลสองนัด เกนต์ ชนะ 3–2.
รวมผลสองนัด รอสตอฟ ชนะ 5–1.
รวมผลสองนัด คราสโนดาร์ ชนะ 2–1.
รวมผลสองนัด โบรุสซีอาเมินเชินกลัทบัค ชนะ 4–3.
รวมผลสองนัด ลียง ชนะ 11–2.
รวมผลสองนัด เบซิกตัส ชนะ 5–2.
รวมผลสองนัด ชัลเคอ 04 ชนะ 4–1.
การจับสลากประกบคู่มีขึ้นในวันที่ 24 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2560 (ค.ศ. 2017). รอบ 16 ทีมสุดท้าย นัดแรก ลงเล่นในวันที่ 9 มีนาคม (ค.ศ. 2017), และรอบ 16 ทีมสุดท้าย นัดที่สอง ลงเล่นในวันที่ 16 มีนาคม พ.ศ. 2560 (ค.ศ. 2017).
รวมผลสองนัด เซลตา บีโก ชนะ 4–1.
รวมผลสองนัด อันเดอร์เลคต์ ชนะ 2–0.
รวมผลสองนัด เสมอ 3–3. ชัลเคอ 04 เข้ารอบด้วยกฏประตูทีมเยือน.
รวมผลสองนัด ลียง ชนะ 5–4.
รวมผลสองนัด แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด ชนะ 2–1.
รวมผลสองนัด เบซิกตัส ชนะ 5–2.
รวมผลสองนัด เคงก์ ชนะ 6–3.
รวมผลสองนัด อายักซ์ ชนะ 3–2.
การจับสลากจะมีขึ้นเมื่อวันที่ 17 มีนาคม พ.ศ. 2560 (ค.ศ. 2017).นัดแรกจะลงเล่นในวันที่ 13 เมษายน, และนัดที่สองจะลงเล่นในวันที่ 20 เมษายน พ.ศ. 2560 (ค.ศ. 2017).
รวมผลสองนัด แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด ชนะ 3–2.
รวมผลสองนัด เซลตา บีโก ชนะ 4–3.
รวมผลสองนัด อายักซ์ ชนะ 4–3.
รวมผลสองนัด เสมอ 3–3. ลียง ชนะลูกโทษ 7–6.
การจับสลากจะมีขึ้นเมื่อวันที่ 21 เมษายน พ.ศ. 2560 (ค.ศ. 2017).นัดแรกจะลงเล่นในวันที่ 4 พฤษภาคม, และนัดที่สองจะลงเล่นในวันที่ 11 พฤษภาคม พ.ศ. 2560 (ค.ศ. 2017).
รวมผลสองนัด อายักซ์ ชนะ 5–4.
รวมผลสองนัด แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด ชนะ 2–1.
นัดชิงชนะเลิศจะลงเล่นในวันที่ 24 พฤษภาคม พ.ศ. 2560 (ค.ศ. 2017) ที่สนามเฟรนด์ส อาเรนาในซอลนา, สวีเดน.ทีม "เจ้าบ้าน" (สำหรับวัตถุประสงค์ในการจัดการ) จะถูกกำหนดขึ้นโดยการจับสลากเกิดขึ้นหลังจากเสร็จสิ้นการจับสลากรอบรองชนะเลิศ.