ADN fossile

Le termeADN fossilefait référence à l'ADNprovenant d'un échantillon très ancien, comme lesfossiles.L'étude de l'ADN fossile est utilisée enpaléogénétiqueet engénétique des populations. En 2016, les restes d'ADN humains les plus anciens qui ont pu être récupérés et analysés appartiennent auxprénéandertaliensde laSima de los Huesos, unavende lasierra d'AtapuercaenEspagne, et sont âgés de 430 000 ans. L'ADN d'un fossile d'unchevalde 700 000 ans a également pu être analysé. Bien que dans lesannées 1990, certains scientifiques aient pu croire avoir réussi à construire des séquences d'ADN d'échantillons vieux de plusieurs millions d'années (notamment celui d'uncoléoptère, voire, en 1994, celui d'undinosaure, qui se révéla en fait être de l'ADN humain) grâce à la techniquePCR, on s'accorde aujourd'hui à dire qu'ils avaient en fait été contaminés par l'intervention humaine, et que l'ADN ne parvient pas à résister à une telle échelle de temps.
La possibilité d'extraire les restes d'ADNde cellules issues fossiles, et de les amplifier par PCR (Réaction en chaîne par polymérase) afin d'obtenir une séquence d'ADN suffisamment grande, est récente. Dès la fin desannées 1980, cette technique a été utilisée: les premiers restes d'ADN, respectivement dequagga(une sorte de zèbre éteint auXIXsiècle) et d'unemomieégyptienne, ont été analysés en 1984. Cependant, on s'est rendu compte que l'utilisation de l'analyse PCR posait des problèmes de contamination, l'ADN fossile étant très souvent contaminé par l'intervention humaine. Des annonces spectaculaires, et attirant de façon substantielle l'attention du public (notamment après la parution deJurassic Park), faites au cours desannées 1990, ont ainsi été rétractées par la suite.
Désormais, plutôt que la PCR, on utilise des techniques dites denext generation sequencing(NGS), lesquelles permettent d'extraire de courtes séquences d'ADN, moins susceptibles de contamination. Emergeant vers 2010, cette technique a été utilisée sur des fossiles deNéandertalet demammouth. Elles ont permis notamment de mettre en évidence une petite portion d'ADN commun entrehomo sapienset Néandertal, accréditant la thèse d'existence de relations sexuelles entre ces deux espèces (ce qui fut d'abord montré par l'équipe deSvante Pääbo, de l'Institut Max-Planck d'anthropologie évolutionniste, avant d'être confirmé par d'autres études). En 2010, toujours grâce à cette technique, l'équipe de Pääbo identifia une nouvelle espèce, l'Hominidé de Denisova, déclarant qu'elle s'était mêlée àHomo sapiens.
Quelques années après, il y eut aussi une multitude de tels exemples chez lesplanteset même bactéries. Ainsi, Golenberg et son équipe ont obtenu une séquence partielle d'ADN dechloroplasteappartenant à un fossile deMagnolia. Selon leWeb of Science, le nombre d'articles ayant « ADN fossile » dans leur titre est ainsi passé de 30 en 1995 à 275 en 2014. Quatorze articles en particulier, datant en moyenne de 2013 et portant sur des fossiles humains, sont cités de façon récurrente.
Cependant, la controverse sur la fiabilité des procédures utilisées a persisté. L'ADN fossile permettrait d'établir des relations phylogenétiques entre divers taxons, et en outre de faciliter une vision globale des diverses branches évolutives. De plus, il facilite l'estimation dutaux de mutationexistant entre taxons liés. Ainsi enmars 2016les équipes de Svante Pääbo ont pu proposer une hypothèse de reconstruction de l'arbre phylogénétiqueprobable entre leslignées humainesrécentes dont l'ADNest déjà connu :homme de Néandertal, l'hominidé de Denisovaet l'homme moderne.
Les méthodes proposés sont: