進化

進化（粵拼：zeon3 faa3），又叫演化（jin2 faa3），喺生物學上係指一個族群嘅生物嘅可遺傳特徵一代一代噉演變，而進化嘅操作定義（實際科研用嘅定義）係「一個族群內部各基因嘅出現頻率隨住時間而改變」嘅過程。
進化論基於遺傳學：所有物種（包括人）都有 DNA，呢啲 DNA 係由基因組成，而多數物種都或多或少有個體差異－就算係同種嘅生物，隻隻身上帶嘅基因都同同類個體身上嘅有啲唔同，而呢點引致每個個體喺特徵上都有啲唔同；根據物競天擇，因為個體差異，一個族群嘅個體當中可能有啲比較擅長生存同繁殖，生存同繁殖能力勁嘅個體會更加大機會能夠將自己嘅基因傳俾下一代，所以一個族群嘅基因代代都會有些少唔同咗樣；除咗噉，繁殖嘅細胞分裂等嘅過程之中仲會有突變等嘅現象。因為呢啲緣故，經過幾百萬年嘅時間，一個族群變變吓就會變到同之前完全唔同咗樣，而呢群新嘅生物嘅 DNA 帶嘅基因同之前嘅好唔同，差異可能大到算係一個新嘅物種。
進化同生物多樣性好有拏褦，新物種出現主要係靠進化引起嘅：例如有個族群，佢哋因為氣候變化等嘅原因搞到佢哋原本住嘅地方唔再啱佢哋住，於是佢哋就遷徙去第啲地方，可能喺過程入面分開咗做兩組，一組遷徙去地方 A，另一組遷徙去地方 B，而呢兩個地方嘅環境好唔同，一個凍啲一個熱啲，但兩個都啱嗰種生物住；長遠嚟講，喺凍地區住嗰組會進化出有利喺寒冷環境生存嘅特徵（例如係皮下脂肪變厚），而喺熱地區住嗰組會進化出有利喺炎熱環境生存嘅特徵（例如係皮下脂肪變薄）。十萬年後，兩組變到好唔同－變咗做兩個唔同嘅物種，不過佢哋仲有個共同祖先。地球上面次次有親啲族群內部分開搬去唔同環境嗰度住嗰陣，個族群嘅各組就會慢慢噉適應各自嘅新環境而變樣－令地球有豐富嘅生物多樣性。
對進化嘅研究好有用：喺實際應用方面，科學上對進化嘅了解經已俾人應用喺農業同醫學等嘅領域嗰度，例如了解細菌嘅進化對於醫藥研究者整抗生素嚟講好緊要；而且進化嘅相關概念仲喺人工智能上有用，例如進化演算法就運用咗物競天擇嘅原理做機械學習，用「一代一代淘汰表現差嘅模型」嘅方法得出表現優良嘅模型。
英文入面嘅 evolution 一詞係嚟自拉丁文嘅 evolvere，後者嘅意思本嚟係「將一嚿卷埋咗嘅嘢打開」，而家吓生物學上用呢隻詞係指「喺地球歷史上，唔同類嘅生物點樣由早期嘅形式發展出嚟」嘅一種自然現象。呢個詞喺廿一世紀初嘅英文入面亦有歧義嘅問題：喺日常英文用語裏面，evolution 呢隻字有時俾人用嚟指發展或者進步等嘅意思，又或者係喺某啲大眾媒體嗰度指一啲「有啲似生物學上嘅進化，但又唔係生物學上嘅進化嘅嘢」。因為噉，家陣啲生物學家喺做親乜嘢有關進化嘅學術討論嗰陣，好多時都會清楚噉講到明佢哋傾緊嘅係
－指一個族群嘅生物隨住世代而出現遺傳上嘅改變嘅一種自然現象。
對進化論嘅發展貢獻重大嘅達爾文都有用 evolve 呢隻字：達爾文喺佢本名著《物種起源》嘅 1859 年第一版係用 evolved 呢隻字結尾嘅；而雖然達爾文打後又有用
等嘅字眼嚟形容生物進化嘅概念，不過到咗《物種起源》最後嘅 1876 年第六版，達爾文用咗 evolution 呢隻字好多次，仲直接嗌佢套理論做進化論，奠定咗 evolution 呢隻字嘅使用。
粵語會用嘅進化一詞，被指係由日本嘅和製漢字嗰度借過嚟嘅：《物種起源》第一本中文版由馬君武翻譯，同早期少少嘅日文版一樣用而家用緊嘅進化一詞；而喺廿一世紀初，臺灣以外嘅大中華地區普遍都係用緊進化呢兩隻漢字表示 evolution 嘅意思－喺粵語入邊，呢兩隻字係讀做 zeon3 faa3 嘅。
順帶一提，廿世紀漢語又有用天演（粵拼：tin1 jin2）呢隻字詞指 evolution，呢隻少人用嘅字詞係由嚴復譯嗰本《天演論》嗰度走出嚟嘅。
廿一世紀進化論最基本嘅概念係遺傳，即係父母將自己嘅特徵傳俾仔女嘅過程。由日常生活嘅觀察可以得知以下嘅事實：
由呢啲簡單嘅觀察嗰度，可以作出以下嘅假說：是但搵任何一隻生物，佢會由父母身上繼承一啲嘢（呢啲嘢就係所謂嘅基因型），呢啲嘢會對佢最後嘅整體特徵（表現型）有深遠嘅影響，但後天得到嘅特徵（例如疤痕）似乎多數都唔會影響返基因型轉頭，所以唔會直接由父母傳俾仔女。上述嘅假說喺廿世紀初引起咗學界一個疑問：特徵係點樣由父母傳去仔女嗰度嘅呢？對於呢個問題，生物學界喺 1940 至 1950 年代做嘅研究表明，DNA 正正就係喺遺傳過程發生嘅媒介，而呢個重大發現定立咗現代遺傳學嘅基礎。
基因組最基本嘅單位係鹼基對：一條 DNA 分子由一排排成雙成對嘅核苷酸（ 蛋白質嘅一種）組成，後者可以有四個唔同款－ C、G、A、T －呢啲款嘅配對同排列會影響到隻生物體內蛋白質嘅產生等嘅生命過程，而呢啲生命過程會影響隻生物嘅特徵（例：肌肉就係由蛋白質組成嘅，所以影響身體嘅蛋白質產生就會影響隻動物嘅肌肉嘅粗幼）；呢啲配對同排列喺隻隻生物入面都唔同，所以物種同物種之間同埋個體同個體之間會喺特徵上有差異。
基因組嘅分層結構如下：
舉個例說明，人嘅基因組由 23 對（46 條）染色體組成，呢 23 對染色體嘅 DNA 分子上面總共有成超過 30 億對嘅鹼基對；每一對鹼基對都可以係 CG、AT 等嘅唔同款，所以有好多個可能嘅組合；是但搵兩個人，佢哋身上嘅鹼基對有 99.5% 都係一樣嘅；之但係 30 億嘅 0.5% 都仲係一個好可觀嘅數字，所以人與人之間有唔細嘅個體同種族差異。如果一條 DNA 上面有某一段入面嘅鹼基對會一齊做某個特定功能（例如係決定頭髮嘅色水），噉佢哋就為止「一個基因」。人類嘅頭髮色水可以有黑、紅、同埋棕幾款，而「黑頭髮嘅基因」同埋「金頭髮嘅基因」就係嗰段 DNA 嘅等位基因。
基因組喺理論思考上可以攞嚟定義進化：隨住時間過去，一班生物嘅基因組會（因為物競天擇等嘅原因）一代一代慢慢噉變，而某啲等位基因可能會完全取代其他等位基因又或者消失－例如有某啲表現型特徵可能好幫到班生物生存同繁殖，令到同佢相關嘅等位基因喺幾代之後就完全支配嗮個物種嘅基因庫（ 指個族群身上帶嘅所有基因），又或者因為個特徵太過唔啱生存（例如有個基因會搞到個個體不育）等嘅原因所以好快消失咗。亦即係話喺呢個過程入面，某啲基因喺個物種嘅基因庫入面出現嘅頻率會慢慢變化，而呢個就係進化嘅操作定義（實際搞科研嗰陣用嘅定義）。
數學化啲噉睇，進化嘅過程可以噉樣嚟想像：喺是但一點時間點搵個基因 g 0 {\displaystyle g_{0}} ， g 0 {\displaystyle g_{0}} 嘅第 i {\displaystyle i} 個複製品叫 g 0 i {\displaystyle g_{0i}} ， g 0 i {\displaystyle g_{0i}} 傳到去下一代基因庫 x 1 {\displaystyle x_{1}} 嗰度嘅機會率會唔等同於另一個基因嘅一個複製品（ g 1 i {\displaystyle g_{1i}} ），即係
例如係好出名嘅樺尺蠖噉：樺尺蠖係一種飛蛾，本來係白色帶黑斑點嘅，不過喺 18 世紀工業革命嘅英格蘭，工廠排出大量黑色嘅廢氣，引致樺尺蠖族群嘅色水有所改變－生態學家發現喺工業革命嗰兩個世紀期間，英格蘭樺尺蠖嘅色水變到黑鼆鼆噉色。根據生物學家嘅研究，呢個現象嘅原因如下－樺尺蠖嘅身體色水係由等位基因話事嘅，隻隻樺尺蠖身上都有決定佢身體色水嘅基因，而「白色帶斑點嘅基因」同埋「黑色嘅基因」係呢個基因嘅等位基因，喺英格蘭樺尺蠖由白色帶斑點變成近乎全黑嘅色水嘅過程當中，「黑色嘅基因」喺呢個族群嘅基因庫入面出現嘅頻率提升咗（黑色身體喺污染得勁嘅環境嗰度起到保護色作用），而「白色帶斑點嘅基因」嘅出現頻率就相應跌咗－喺定義上就係一個進化嘅例子。
按照呢個定義，進化有得按時間尺度同差異程度分做微進化同埋宏進化兩種：
遺傳係繁殖嘅一部份：
有性繁殖係一把雙面刃：首先，有性繁殖效率相對低，喺兩性有明顯差異嘅物種（例如係人）嗰度，父母淨係得一方可以佗仔；而且靠有性繁殖生下一代嘅個體淨係有得將佢一半嘅基因傳俾下一代，再過多兩代就得返嗰八分之一；雖然有性繁殖理論上有缺點，真核生物同多細胞生物比較多係行有性繁殖嘅。廿一世紀生物學界一般認為原因在於有性繁殖令一個族群內部有返咁上下多樣性：就噉複製母體嘅無性繁殖創造出嚟嘅後代同母體一個板；相比之下，有性繁殖當中嘅基因洗牌過程令一個物種嘅基因庫更加多樣化，好多時會令到進化嘅過程更加快，而呢一點可能會令個物種更加有能力適應係噉變嘅環境－如果一個物種嘅個體全部都係靠無性繁殖生產後代，個物種繁殖嗰陣就會少咗「唔同個體嘅基因溝埋同重新組合」呢個步驟，噉佢哋嘅基因多樣性就會低得好交關－佢哋啲個體個個都差唔多樣，爭嘅資源都一樣，噉一發生起啲乜嘢天然災害，資源短缺起上嚟就好容易會一吓過死嗮。
進化定義係指一個族群嘅基因庫隨時間演變嘅過程：當某個等位基因喺個物種嘅基因庫入面出現嘅頻率變嗰陣，進化就發生咗。進化機制係指引致基因庫一代一代噉改變嘅原因。根據廿一世紀嘅進化論，進化機制主要有以下呢啲：
物競天擇係由達爾文喺佢本名著《物種起源》嗰度提出嘅。「通過物競天擇進行嘅進化」係指某啲等位基因因為有利於生存同繁殖而變得更加常見嘅過程。例如身上帶有「抗藥能力勁嘅基因」嘅細菌個體比較能夠生存落去同埋繁殖，所以喺下一代入面「抗藥能力勁嘅基因」呢個等位基因就變得更加常見。呢個機制成日俾人話佢係不證自明嘅，因為個機制係三個簡單事實嘅必然結果：
喺野外，好多時「生咗出嚟嘅下一代」數量大過「有得生存落去嘅下一代」，而呢啲原因令到同一個物種之間嘅個體會爭生存所需嘅資源（例如係爭嘢食）同埋繁殖嘅機會（例如係爭伴侶）。喺呢啲競爭嗰度，某啲個體因為先天優勢所以比較大機會爭贏，好似係天生大隻啲聰明啲所以比較擅長搵嘢食，或者天生個樣靚啲所以比較容易搵到伴侶，於是乎呢啲有先天優勢嘅個體同冇咁有優勢嘅比起上嚟，會比較有能力生存同繁殖－將自己身上嘅基因傳去下一代嗰度。
物競天擇帶出咗進化適應度呢個概念。一隻生物嘅進化適應度係指佢生存同繁殖嘅能力，而呢個能力決定佢有幾大機會將自己身上嘅基因傳去下一代。某隻生物嘅進化適應度係以「比例上有幾多後代帶有嚟自嗰隻生物嘅基因」嚟量度嘅，所以進化適應度唔係齋睇佢可以生到幾多個後代嘅－就算佢生到嘅仔女嘅數量係同類個體嘅十倍，如果嗰啲仔女因為太虛弱或者佢唔識照顧等嘅原因而生存唔到，呢隻生物嘅進化適應度都唔會好高。
一個特徵（或者等位基因）嘅進化適應度唔係定死咗唔變嘅。如果個族群住嘅環境變咗，本嚟係中性或者有害嘅特徵可能會變成有利嘅特徵，反之亦然，例如係頭先講咗嘅樺尺蠖嘅例子噉樣，喺一個乾淨嘅自然環境嗰度，生到成身黑色會令到隻蠖變得更加樣眼，更加容易俾啲獵食者睇到同捉嚟食，但喺工業革命嗰陣，啲工廠噴咗好多污染物出嚟，搞到佢哋住嘅地方好多都變咗黑鼆鼆噉嘅色，喺呢個環境當中，「成身黑色」反而變咗做個有利嘅特徵，令到隻蠖變得冇咁樣眼。地球一路都有好多地殼活動、氣候同埋洋流等嘅嘢令地球嘅環境不斷噉變化，而呢啲變化令到地球上嘅生物要係噉進化嚟適應新環境，亦都令地球嘅生物多樣性變得更加高。
物競天擇可以大致上噉用以下嘅 JavaScript 碼嚟模擬：
人工選擇同物競天擇一樣，都係一個物種入面「有啲個體有得生存繁殖、有啲冇」而令個物種嘅基因庫一代一代噉變樣。同物競天擇唔同嘅係，喺人工選擇當中，負責揀「邊啲個體有得生存繁殖」嘅唔係大自然，而係人：喺人嘅歷史裏面，人有養好多唔同種對佢哋有用嘅動物，好似係有得攞嚟看門口同打獵嘅狗、用嚟捉老鼠嘅貓、用嚟幫手耕田嘅牛、用嚟騎同拉車嘅馬同埋用嚟食嘅豬呀噉。人好多時都有能力主宰佢哋養嘅動物嘅生存同埋繁殖－就自然有得決定佢哋所養嘅個體入面邊啲有得將自己嘅基因傳俾下一代。呢種機制就係所謂嘅人工選擇。
人工選擇一個出名嘅例子係比利時藍：呢個品種嘅肉牛身上有種特殊嘅基因變異，個變異令佢哋生肌肉生得好勁（而牛肌肉係最好賣嘅牛肉之一），同時亦都搞到佢哋啲乸嘅生產道變窄咗，成日都要靠開刀先至成功生到仔。呢種牛如果擺喺自然環境嗰度，應該會冇能力自己正常噉繁殖，好快會絕種，但呢種牛係由人養嘅，而佢哋咁好肉令佢哋好有經濟價值，亦都令到啲牧場肯揼錢幫佢哋開刀生仔－呢種喺自然環境嗰度冇能力成功生存繁殖嘅動物，喺人養嘅環境之下因為人嘅選擇而有得生存繁殖，所以就係人工選擇嘅一個例子。除咗比利時藍之外，動物靠人工選擇而進化嘅過程喺牧場或者係寵物配種當中日日都發生緊。
基因突變係指一個細胞嘅基因組嘅某段 DNA 突然有變化。當有一段 DNA 變咗樣，相應嘅基因會有變化，可能會搞到個細胞冇能力繼續做佢做開嗰個功能，而如果呢個細胞屬於一隻多細胞生物（例如係人類），隻多細胞生物可能會受害，例如一個人隻手臂嘅肌肉細胞突變，可能會搞到嚿肌肉喪失功能，而呢點會對個人嘅生存造成危害。根據對黑腹果蠅嘅研究，如果一個突變令某個基因所產生嘅蛋白質有所改變，噉個突變通常（70% 嘅情況下）會係有害嘅，而喺淨低嘅情況下，個突變就會係冇影響或者有些少好處嘅。
DNA 上好多時會有複製咗幾次嘅基因，而呢啲「多咗幾份出嚟」嘅基因被指係有利於突變嘅發生：喺好多生物物種嘅 DNA 當中都會有「做同一樣功能嘅基因多咗幾份」嘅情況，例例如係喺人 DNA 負責整眼珠嘅基因當中，有 4 個基因係用嚟整感光結構嘅，而有 3 個基因整視錐細胞同 1 個基因整視桿細胞，而呢柞基因本來都係由一個基因演變出嚟嘅；想像家陣有個基因因為突變而壞咗，做唔到佢原有嘅功能，但條 DNA 上有呢個基因嘅複製品，噉啲複製品就可以做埋嗰個基因嗰份，等隻生物唔會因為突變搞到佢做唔到某啲對生存繁殖嚟講必要嘅功能－「一個基因多咗幾份」可以間接令「靠突變嚟進化」呢家嘢對個體以至成個物種嚟講風險冇咁高。除此之外，第啲類型嘅突變仲可以由本來冇用嘅 DNA 嗰度變啲全新嘅基因出嚟。
新基因嘅產生可以涉及由幾個基因嗰度每個切一截出嚟再組合。喺呢個過程入面，每個基因嘅功能嘅某一部份會俾佢拆出嚟再組合埋一齊做一個新功能－雖然呢個新功能唔一定有用或者有益。
基因流動係指同一個物種唔同族群之間或者物種之間交流基因嘅過程，係一個族群或者物種攞前所未接觸過嘅基因嘅一種方法：一個族群嘅個體可以搬去第啲同物種嘅族群嗰度住，並且同新族群嘅個體交配同生下一代－人就成日都做呢樣嘢，好似係移民去第個國家，跟手喺嗰度落地生根同埋同當地人通婚。除咗人之外，喺同一笪大陸嗰度嘅老鼠都可能分做好多個族群，而啲老鼠耐唔耐就會搞遷徙，造成唔同老鼠族群之間嘅基因流動。
上圖係基因流動嘅抽象圖解；想像家陣有兩個族群（唔同顏色）嘅甲蟲，佢哋兩個群體俾座山隔開咗，箭咀表示基因嘅傳遞，右邊族群具有令到隻蟲深色嘅等位基因，而右邊族群入面有隻個體遷徙去左邊族群嗰度，喺嗰度搵到伴侶生後代，令左邊地區首次有咗隻深色嘅甲蟲。睇埋顯性。
物種之間嘅基因流動會涉及所謂嘅橫向基因轉移－即係一啲基因由一隻生物傳去另一隻唔係佢仔女嘅生物嗰度。呢種事通常喺細菌入面至會發生，而且仲會搞到醫學研究者好頭痛：一個物種嘅細菌俾藥殺到咁上下會開始抗藥－冇抗藥能力嘅個體話咁快死嗮，淨返抗藥能力勁嘅個體先會生存到落嚟，抗藥能力勁嘅個體跟手會繁殖（抗藥能力受基因影響）生一啲同佢哋一樣抗藥能力勁嘅下一代，最後成個物種變到抗藥能力愈嚟愈強。除咗噉，細菌仲有可能做橫向基因轉移將自己嘅抗藥基因傳俾第啲物種嘅細菌，搞到成柞細菌物種都變到有抗藥能力。
基因漂變係指一個等位基因喺一個族群入面出現嘅頻率因為抽樣誤差而有所改變嘅過程：有性繁殖嘅父母基因洗牌過程（即係由阿爸嗰度抽一半、由阿媽嗰度又抽一半）係帶有些少隨機嘅－就算一個等位基因嘅適應度唔差過第啲等位基因，個基因都可能會喺「抽基因」過程當中咁啱抽唔到佢傳落去後代嗰度，搞到佢嘅出現頻率喺兩代之間有隨機性質嘅下降。
數學化啲噉講，可以想像上圖，X 軸代表時間，而三條唔同色嘅線分別代表三個描述緊一個隨機過程（例如進化）嘅變數。隨機過程本質上就會有誤差：例如 x t = f ( x t − 1 ) + e {\displaystyle x_{t}=f(x_{t-1})+e} ，當中 x t {\displaystyle x_{t}} 指喺時間點 t {\displaystyle t} 嘅 x {\displaystyle x} 數值（例：喺時間點 t {\displaystyle t} ，某等位基因喺基因庫入面嘅出現頻率）， f {\displaystyle f} 係一個特定嘅函數（反映 x t {\displaystyle x_{t}} 點樣受到 x t − 1 {\displaystyle x_{t-1}} 影響），而 e {\displaystyle e} 係帶有隨機性質嘅誤差值；條線會有好多相對細幅度嘅上上落落。
基因漂變淨係會喺兩種情況之下停止：一係個等位基因完全喺個物種嘅基因庫嗰度消失（例：個族群完全冇嗮金頭髮嘅個體），一係個等位基因完全取代嗮第啲等位基因（例：個族群淨係得返金頭髮嘅個體）；如果以上兩個情況冇發生，噉一個等位基因嘅出現率喺唔同世代之間實會有些少上上落落。同時，如果有個屬同一個物種嘅族群（例如係人）因為遷徙等嘅原因而分開做兩組各自獨立發展，就算佢哋各自本來嘅基因庫同埋新環境完全一樣，兩組喺好幾代之後嘅基因庫都梗會有些少唔同。
進化會影響一個生物族群每一方面嘅特徵：基因左右一隻生物身體嘅蛋白質產生，所以會影響隻生物嘅外型同身體功能；除此之外，進化仲有可能改變一個物種嘅行為－蛋白質產生會影響神經系統嘅結構同生理，而神經科學上嘅研究表明咗，神經系統嘅結構同生理特性主宰一隻動物嘅行為同心理特徵，例如喺人身上做嘅研究就發現，智商（IQ）相當大程度上係受遺傳因素主宰嘅。進化造成嘅各方面改變會影響一個物種嘅生存同繁殖，亦都會影響到佢哋嘅進化適應度，主要會有幾個效果：
適應指「一個物種慢慢噉變到更加適合喺佢哋嘅環境嗰度生存同繁殖」嘅一個過程。好似喺正話提到嘅樺尺蠖例子噉，樺尺蠖族群整體嚟講變成黑鼆鼆噉嘅色水，呢點令佢哋更加能夠匿埋喺周圍黑鼆鼆嘅環境嗰度，更加擅長避開獵食者同生存落去－而噉樣主要係因為物競天擇嘅過程，白晒晒噉色嘅樺尺蠖更加容易俾獵食者擔走，而後者冇咁生存到落嚟，淨係得黑色樺尺蠖有得繁殖，所以佢哋更加大機會將自己嘅基因（包括「令佢哋黑鼆鼆噉色」嘅基因）傳俾下一代，於是「黑鼆鼆噉色」嘅等位基因出現頻率上升，令到個物種變到多數都係黑鼆鼆噉嘅色水。呢種「透過進化變到更加適合喺環境嗰度生存同繁殖」嘅過程，生物學家喺好多個細菌、植物同動物物種身上都有觀察得到。
喺進化適應嘅過程入面，一個族群嘅已有身體結構會慢慢噉變，佢哋可能會得到一啲新特徵，又或者失去某啲已有特徵。好似係鬚鯨嘅進化史噉，對化石等證據嘅研究顯示，鬚鯨嘅遠古祖先（可以睇巴基鯨科）係有腳嘅陸上動物，後嚟因為某啲原因走咗去近海嘅地方住，甚至乎開始游水（嚟捉魚食或者避開一啲唔識游水嘅獵食者）；打後佢哋嘅後代嘅腳就愈嚟愈變到似鰭，令到佢哋變得更加擅長游水（同時失去喺陸地上面行嘅能力）。同樣嘅適應過程喺蝙蝠身上都見得到：蝙蝠對翼嘅骨架同老鼠嘅腳嘅骨架有好多相似嘅地方，而研究亦都顯示蝙蝠同老鼠有某啲共同祖先，但兩者打後就分開各自進化。
喺進化適應嘅過程當中，某啲身體結構可能會失去原有功能，但又未完全消失得嗮，變成所謂嘅痕跡器官。好似係雞同埋企鵝呢啲唔曉飛嘅鳥類噉樣，查實佢哋嘅祖先有好強壯嘅翼，而且佢哋有好多現代近親物種都曉飛，但雞同企鵝已經唔曉飛（雖然企鵝進化到好擅長游水），淨係得返對又冇力又飛唔起、但仲未消失嗮嘅翼。除咗噉，痕跡器官例子仲有一啲喺黑暗環境生活，進化到得返對盲眼嘅魚類同埋係明明經已冇腳但係仲有盤骨嘅鯨魚同蛇呀噉。人亦都有啲好似係智慧齒等嘅痕跡器官。
物種形成係指「本來同屬一個物種嘅族群分開，並且各自獨立發展做兩個或者以上唔同物種」嘅過程。
物種喺廿一世紀初嘅生物學界都仲係一個有些少爭議性嘅概念。最基本上，物種可以用交配嚟定義嘅，即係所謂嘅生物物種概念：喺呢個定義下，一個「物種」嘅生物指嘅係一個或者多個族群嘅生物，而呢啲族群係
例如係人類呢個族群噉，白種人同黃種人－又或者日本人同漢人、又或者粵人同第啲漢族民系－之間有住血統同埋外型上嘅差異，但佢哋之間有能力配種（白人同黃種人通婚可以生到有生殖能力嘅後代出嚟），而呢幾個族群都係冇能力同人以外嘅生物配種嘅，例如一個人－無論佢係邊個人種都好－同一隻馬交配唔會生到啲乜嘢後代出嚟，所以人類係一個同馬唔同嘅物種；又例如係獅虎噉，公嘅獅子同乸嘅老虎交配可以生到獅虎呢種動物出嚟，但獅虎幾乎係一定冇生殖能力嘅，所以獅子同埋老虎喺生物學界先會俾人當做兩個唔同嘅物種嚟睇。
物種形成主要有兩大機制：異域型同埋同域型。異域指多過一個族群嘅生物受地理上嘅隔離而由同一個物種變成多個唔同物種嘅過程，例如係因為遷徙等嘅原因同一個物種分開做幾組，搬去唔同嘅地方度住，再分別噉適應各自嘅環境而進化，如果佢哋要適應嘅環境唔同或者有明顯嘅基因漂變，進化到咁上下呢幾組之間嘅差異會大到冇能力同對方配種－變咗做唔同嘅物種。呢種分化喺人身上都睇得到：各個人種嘅膚色等特徵因為住嘅環境唔同而進化到唔一樣，只不過係人仲未分化到冇能力彼此之間配種，所以仲算係同一個物種。如果將異域物種形成嘅過程畫做抽象化嘅圖解（色水表示基因庫嘅特徵）：
另一方面，同域物種形成係指有個新物種去到某一個環境，同一個固有物種喺同一個地區度住，但因為繁殖或者溝通等嘅行為差異而同唔到對方配種，最後兩者分化到變做兩個唔同嘅物種，例如係印尼就有一種蝙蝠因為佢哋之間把聲有差異，而且佢哋係靠認對方把聲嚟搵伴侶嘅，搞到佢哋產生咗幾個把聲唔同嘅族群。呢幾個族群仲要拒絕同其他族群交配，最後產生咗三個從來都未雜交嘅族群。如果畫做抽象化圖解嘅話：
同域物種形成可以再細分做兩種：近域型同埋鄰域型。近域物種形成指一個族群地理上同原本嘅族群隔離咗，打後因為呢個新族群擴大而同本嚟嗰個族群有接觸，但喺呢個時候兩個族群嘅差異經已大到配唔到種－變咗做兩個唔同嘅物種；鄰域物種形成指嘅係一個族群分咗個細族群出嚟，而呢個細族群搬咗去就喺旁邊嘅地區度住，雖然兩個族群喺地理上相連，但係某啲交流上嘅困難搞到佢哋最後分化咗做唔同嘅物種。
最出名嘅鄰域物種形成例子係環狀物種。環狀物種係生物學上一個廣受討論嘅進化現象：一柞族群分別噉住喺一柞相鄰嘅區域嗰度，因為上述嘅進化過程令到佢哋當中地理上離對方愈遠嘅族群（遺傳上）愈係同對方唔同，而相鄰嘅族群之間嘅相似度高到足以同對方配種，但唔相鄰嘅族群就做唔到呢樣嘢。住喺北極圈嗰頭嘅各黑脊鷗族群就被指有噉嘅情況。
環狀物種等嘅現象反映出「物種」之間嘅分界查實係有些少含糊嘅。喺進化嘅過程入面，一個族群係慢慢噉變樣嘅，由一個物種進化到變成第個物種（宏進化）嘅過程唔係一吓就變出嚟，而係慢慢逐啲逐啲噉變嘅，所以同一個族群入面兩代之間實有配種嘅能力，世代同世代之間嘅差異唔係「一係就似一係就唔似」，而係「有幾似」：
如此類推，個族群慢慢噉變吓變吓，（譬如）可能去到第 500 代，佢哋先會同第 1 代差異大到冇能力配種，之但係喺呢個情況嗰度，第 250 代同第 1 代有能力配種，而第 250 代又有能力同第 500 代配種。因為噉，對於進化嘅研究令到科學界理解到一點：唔同嘅生物「物種」之間查實冇話有乜嘢完全明確嘅分界線，而物種呢個概念到咗廿一世紀初，科學界一般都當佢只不過係一種為咗溝通方便嘅用詞，而唔係一個嚴謹嘅科學概念。
絕種係指某一個物種或者屬某個生物分類上嘅族群成個消失：當有一個物種，佢哋最後淨低嗰個個體都死埋嗰一刻，呢個物種算係絕咗種。
絕種喺生物進化史上面唔係啲乜嘢出奇嘅事，而係係噉不斷發生緊嘅。事實係據估計，地球上曾經存在過嘅物種當中絕大多數嘅都經已絕咗種，而且地球上曾經發生過好多次生物大規模絕種嘅情況（即係所謂嘅集體絕種），集體絕種多數係源於地球嘅環境－尤其係氣候－突然之間變得好犀利，搞到有好多生物族群嚟唔切進化去適應新嘅環境，並且因為噉而死嗮。最嚴重嗰五次集體絕種分別係發生喺
當中嘅白堊紀-古近紀滅絕事件因為涉及到恐龍嘅絕種而好出名。除此之外，廿一世紀初嘅研究指，當時生物物種絕種嘅速度係正常速度嘅 100 到 1,000 倍，據估計主要係因為人嘅各種活動污染咗地球環境同埋全球暖化嘅現象。
生物學同第啲科學領域一樣，會跟足科學方法嚟做研究。噉講意思即係話，生物學界會根據手上已知係真嘅事實，諗一啲理論出嚟解釋研究緊嘅現象，然後靠邏輯嘅思考，去諗吓呢柞理論會做點樣嘅預測，跟手做實驗同觀察嚟攞數據，驗證吓個理論嘅預測係咪真確。根據廿世紀嘅生物學研究，進化論呢一個理論得到嚟自多個源頭嘅證據支撐，大致上有兩大流：
微進化係指一個物種內部喺短時間內嘅基因庫變動，變動嘅幅度未至於令最新嗰代成為新嘅物種（最新嗰代同原初嗰代仲有能力配種）。微進化可以輕易噉觀察得到：生物學家可以由野外嘅動植物嗰度抽樣，睇吓唔同嘅動植物物種基因庫會點樣隨時間變化，再睇吓呢啲基因上嘅變化會同啲動植物嘅特徵有乜嘢相關，而呢啲研究的確發現咗野生動植物之間會有微進化嘅現象。
除咗觀察性質嘅研究，生物學家仲有得做實驗：實驗係用科學方法嚟驗證科學理論嘅手法之一，指做研究嘅人主動噉對研究緊嘅現象作出一啲操控，再睇吓個操控會產生點樣嘅結果（以及係個結果同理論所預測嘅有冇出入）。哈佛大學就曾經做過一個噉嘅實驗驗證微進化：
－展示咗「一個族群嘅生物進化，並且變到愈嚟愈適應自己住嘅環境」呢一個過程。呢啲有關細菌進化嘅研究對醫學嚟講極之有價值。可以睇埋進化醫學。
睇微進化過程嘅實驗喺複雜啲嘅多細胞生物身上都做過。例如係相當之出名嘅家紅狐狸噉：喺 1959 年，蘇聯生物學家迪米璀·貝里葉指出，一隻動物嘅行為係受制於好似荷爾蒙同腦結構呢啲生理因素嘅，而呢啲生理因素又係受到基因影響嘅，所以生物嘅進化過程會影響到一個物種嘅行為；為咗驗證呢啲諗法，貝里葉佢開始咗做一個實驗，搵咗一柞紅狐狸返嚟，再做以下嘅步驟諗住馴養佢哋：
呢個研究好有生物學價值：喺呢個研究嘅過程入面，一個族群嘅生物俾啲研究人員選擇，而整體成個族群嘅表現型喺幾代之後出現咗明顯改變，顯示咗好似狐狸噉嘅哺乳類－複雜過細菌好多嘅生物－都曉進化，而且進化唔淨只影響外型同埋某啲身體結構，仲可以影響一種生物嘅行為。除咗呢類實驗，日日都喺牧場同埋寵物配種嗰度發生嘅人工選擇過程亦都俾人視為進化過程嘅實驗證據（人特登操控某啲嘢，引致生物嘅基因庫同表現型起變化）。
宏進化指長時間（閒閒地幾百萬年）發生嘅進化，最後嗰一代嘅個體會冇能力同初代個體配種。原則上，宏進化難以用實驗嚟研究：宏進化定義上就係發生喺（對人嚟講）極漫長嘅時間嘅，如果要做一個宏進化實驗，研究者就要做一啲操控，再睇吓個操控喺（例如）幾百萬年後產生乜嘢影響，喺人力物力上根本冇可能做得到；不過科學家依然搵到宏進化嘅觀察性質證據。
古生物學係一門以化石做基礎嚟去研究生物物種嘅生物學子領域：當一隻生物死亡嗰陣，佢條屍會俾微生物分解而腐爛，搞到佢生存過嘅痕跡冇咗。但有陣時，呢啲遺跡可能會因為某啲因素而成功噉保存到落嚟－例如一隻生物條屍或者佢造成嘅一啲痕跡（好似係腳印噉）因為某啲特定嘅原因咁啱得咁橋好快俾啲泥土𢫏住咗，令到佢哋唔會俾水流等嘅自然力破壞，而佢哋最硬淨嘅部份－例如係骨頭－就會變成化石留低到落嚟。有時一啲化石仲會保留到成隻生物，例如係俾冰雪住咗嘅長毛象同埋一啲俾琥珀封住嘅昆蟲呀噉。研究者可以用放射性定年法等嘅技術嚟睇吓搵到嘅每個古生物樣本年代有幾久遠，靠噉嚟得知唔同地區嘅生物喺形態上點樣隨時間變化。
呢啲好多嚟自古代生物嘅痕跡令生物學家有得睇到唔同地質時代嘅生物係乜嘢樣，而且仲係進化嘅直接證據：自從達爾文嗰陣時開始，古生物學家發現咗好多佢哋之前未見過嘅過渡化石－呢啲化石顯示咗現有生物物種同佢哋啲遠古祖先之間嗰啲過渡形態，例如係好出名嘅始祖鳥，就係由某啲恐龍嗰度進化出現代鳥類嘅證據－始祖鳥喺大約 1 億 5 千萬年前存在過，由佢嘅身體構造好明顯睇得出，佢有啲似恐龍又有啲似現代鳥類，而且喺後期啲嘅化石嗰度仲睇到呢種生物嘅後代慢慢噉演變到愈嚟愈似現代鳥類，支撐咗宏進化嘅假說。
喺最廣義上，進化論可以泛指「描述生物物種一代一代噉變化嘅學說」。呢種學說歷史查實相當悠久：早喺古希臘嗰陣，經已有學者喺度討論啲類似現代進化論嘅諗頭，好似係蘇格拉底打前就有古希臘哲學家主張話一種生物可以係由第種生物嗰度嚟嘅，而打後少少嘅古羅馬哲學家盧克萊修喺佢本《物性論》入面都有提咗啲類似進化論嘅諗法。
不過喺打後嗰超過 1,000 年，西方世界由目的論主導：阿里士多德提出，唔淨只係生勾勾嘅嘢－喺所有大自然嘅嘢嚟講，進化係大自然各種可能性嘅一種唔完美嘅呈現。佢提出咗好似係理型同物種等嘅概念。而呢個亦都係佢個自然目的論嘅一部分：佢認為一切嘅事物存在嘅目的都係要喺某啲「神聖嘅宇宙秩序」入面發揮一啲作用，所以各種生物有親啲乜嘢特徵都係因為某啲「冥冥中嘅主宰」嘅意願。喺中世紀嘅歐洲，呢種「宇宙有某啲神聖秩序」嘅思想嘅變體做咗嗰時各基督教教派嘅標準知識，而佢哋心目中掌管住宇宙秩序嘅主宰就係佢哋嘅上帝。
呢種思想要去到成 17 世紀先至開始俾人挑戰：當時新興起嘅現代科學方法要求對自然現象嘅解釋應該建基喺觀察得到嘅事物上面，要遵守共同嘅物理定律，而唔好先假定咗有某啲神聖嘅宇宙秩序喺背後，就算信上帝都唔好假定咗人完全了解上帝嘅意願。好多同期學者仲係堅持舊嘅見解：例如英國博物學家莊·里就提出咗「物種」呢個詞語，並且主張每個物種都有某啲唔會隨住時間變嘅「本質」；而瑞典動物學家林奈雖然承認物種之間有分層嘅關係，但仲係主張呢啲嘢係「跟從上帝嘅計劃」嘅。即係話喺呢個時期，西方嘅思想界嘅主流仲係目的論－啲人認為宇宙入面嘅嘢都係服從一個冥冥中嘅主宰，而呢個冥冥中嘅主宰係「會為咗人著想」或者「人有能力了解」嘅。要再打後啲，呢種思想先至慢慢噉失去影響力。
喺 1859 年年底，達爾文出版咗佢嗰本名著《物種起源》。達爾文仔細噉講解咗物競天擇嘅諗法，指出人口增長會引致「生存鬥爭」，而且喺每一代入面都有好多細路因為有限嘅資源而喺去到生殖年齡之前就死咗，呢啲過程令到一個族群嘅生物入面擅長生存嘅個體會佔上風，而其他嘅會死亡並且冇能力將自己嘅基因傳俾下一代。達爾文佢靠住呢柞推論同埋佢喺加拉帕戈斯群島等地收集返嚟嘅證據，解釋咗好多當時解釋唔到嘅現象。後嚟比較解剖學家湯瑪士·赫胥黎仲將呢套理論用落去人類嗰度，運用古生物學同埋比較解剖學嘅知識提供證據，支持「人類同類人猿有共同祖先」嘅諗法，奠定咗進化論嘅學術地位。
初頭嗰陣，西人嘅社會大眾普遍都覺得呢種思想好難接受：佢哋覺得進化論係暗示人喺宇宙入面冇乜特殊地位，只不過係另一種動物（呢點同西人傳統對上帝嘅認知唔夾）；再加上達爾文等嘅科學家唔撐「宇宙入面有某啲神聖秩序，而呢啲神聖秩序可以攞嚟解釋生物點解有某啲特徵」呢個諗法，所以佢哋覺得接受進化論就等如係推無神論－而喺當時，無神論好多時都俾西人覺得係一種罪。不過，達爾文佢本人去到最後都仲係主張不可知論（ 一種中立觀點，唔肯定上帝存在，但係亦都唔否定佢存在），而唔認為自己係無神論者。
除咗科學同神學上嘅衝擊之外，達爾文嘅理論仲打破咗西人（同好多地區嘅人）傳統嘅本質主義思想：呢種思想主張唔同「類」嘅嘢之間係有住某啲唔可以打破嘅分別嘅，例如佢哋會覺得「白人」同埋「黃種人」係兩類本質上唔同嘅嘢，無論一個白人點變個樣，都冇可能變到做黃種人。不過達爾文嘅觀點就指出咗呢種思想嘅問題：物種同物種之間冇明確嘅分界線，兩個族群或者兩樣嘢之間嘅差異唔係「一係似一係唔似」，而係「有幾相似」－「相似度」呢樣嘢係連續嘅。例如如果將一個白人嘅面形同膚色等特徵逐啲逐啲噉變，最後係有得慢慢噉將佢變做一個黃種人嘅。呢種思想上嘅改革最後令到世人改變咗佢哋對「種族」呢啲概念嘅認知。而到咗廿一世紀，進化論經已廣泛噉樣俾各領域嘅科學家用嚟解釋自然現象同埋製作各種有用嘅發明，成為咗做現代科學唔可以少嘅知識。
喺 19 世紀嗰陣，尤其係喺《物種起源》出版打後嗰一排，各界嘅學者對於「進化對於哲學、社會同宗教信仰有乜嘢啓示」呢一條問題起咗相當激烈嘅爭詏。到咗今日，大量嘅科研證據令到絕大多數嘅科學家都接受咗「進化論的確能夠準確噉樣描述到自然現象」呢一點，而且除咗理論上嘅價值，進化論喺農業、醫學、寵物配種甚至乎係人工智能等多方面嘅應用科學上都好好用，成為咗好多科學家做嘢嗰陣走唔甩要學嘅知識。
進化論引起咗宗教方面嘅熱議。喺廿一世紀初，唔同嘅宗教團體對於進化論嘅意見有相當大分歧：
啲人喺批評進化論嗰陣，其中一個最常見嘅講法係話進化只不過係一個理論。對於呢個論調，英國科學家道金斯就噉講：
喺日常英文用語裏面，theory（一般會譯做理論）呢個字最廣義上可以係指「對某啲現象嘅講法」，而根據呢個定義，「地球圍住太陽轉」同「舊約聖經係歷史」等嘅諗法都一樣係「理論」。喺嚴謹嘅科學上，科學理論係指「嘗試對大自然某啲現象作出，而且有一定證據支撐」嘅解釋；事實上，進化論受到相當大量嘅證據支撐，而且喺實際應用上真係能夠攞嚟預測現象，所以一般認為，進化論算係一個嚴謹科學定義上嘅理論，而「舊約聖經係歷史」呢一個諗法唔算。
另一方面，又有唔少人批評話進化論提倡種族主義。一般認為，呢個批評係個草人謬論（ 指批評者喺度批評緊一個受批評者根本冇主張過嘅立場），例如加拿大哲學家基斯道化·天道就用美國路易斯安那州議會喺 2001 年諗過嘅一個法案嚟做草人謬論嘅例子。呢個法案嘅內容大致上係噉嘅：
天道指出，呢個法案喺度打緊草人（ 指「批評對方冇主張過嘅立場」呢一個舉動）：實際上，達爾文並冇主張過種族主義。達爾文真正講緊嘅嘢係物競天擇引致物種一代一代噉改變－即係指喺自然界，同一個生物族群入面嘅某啲個體會比較擅長生存同繁殖，所以比較大機會能夠將自己帶嘅基因傳俾後代，引致每一個族群嘅基因庫都會一代一代噉變樣，只係客觀噉描述唔同族群喺身體結構上會有唔同，而唔係邊個族群「高等」啲。對於種族之間嘅差異，達爾文個理論會講嘅係「白人同黑人等唔同種族適應咗各自唔同嘅生存環境－歐洲同非洲－而進化到身體結構上有啲唔同」，例如非洲太陽猛啲，所以黑人進化到皮膚黑色素多嚟保護皮膚。
到咗廿一世紀初，進化論有廣泛嘅應用價值，例如：
... 等等。
入門書：
進階書：
篇文用咗嘅行話、專有名詞或者引用咗嘅名句，英文（或者其他外語）版本如下：
篇文引用咗以下呢啲文獻同網頁：