蒼穹のファフナー

『蒼穹のファフナー』（そうきゅうのファフナー）は、2004年7月から12月までテレビ放送された日本のテレビアニメ作品。制作はXEBEC（“ 無印 ”または“ 1期 ”、RIGHT OF LEFT、HEAVEN AND EARTH）→XEBECzwei（EXODUS）→IGzwei（THE BEYOND）→Production I.G（BEHIND THE LINE）。
本作の放送後、続編シリーズが数作造られ、劇場版も公開されている。2005年にスペシャル番組『蒼穹のファフナー RIGHT OF LEFT』放送、2010年に劇場版『蒼穹のファフナー HEAVEN AND EARTH』公開、2015年にTVシリーズ2期『蒼穹のファフナー EXODUS』放送、2019年から2021年にOVA『蒼穹のファフナー THE BEYOND』が2019年から2021年にかけて計4度劇場公開され、2023年にはOVA『蒼穹のファフナー BEHIND THE LINE』が劇場公開された。
これらのシリーズ作品は「島・ロボット・群像劇・少年少女」をキーワードにオリジナルアニメとして企画・制作されている。近未来に未知の生命体“フェストゥム”によって侵略され人類存亡の危機に瀕した地球で、南海の孤島“竜宮島”を主な舞台とし、少年少女たちが巨大ロボット“ファフナー”に搭乗して島を守る。シリーズ化されてからは物語内の時間経過も十数年に及び世代交代も進んでおり、「年代記」的な趣きも出ている。
2004年7月4日から12月26日までTVシリーズ1期『蒼穹のファフナー』がテレビ東京ほかで放送された。全26話。1期では少年少女達の日常が人類の存亡を賭けた戦いへと転じ、敵性存在との接触を経て、最終的には普通の中学生としてのドラマに帰結する物語が描かれた。
2005年12月29日、TVシリーズの前日談に当たる『蒼穹のファフナー RIGHT OF LEFT』（そうきゅうのファフナー ライト オブ レフト）がテレビスペシャル番組としてテレビ東京他で放送。TVシリーズ1期の少し前に竜宮島で起こった悲劇が描かれた。「RIGHT OF LEFT」には、「去り行く者達（LEFT）の権利（RIGHT）」という意味が込められている。平成18年度（第10回）文化庁メディア芸術祭審査委員会推薦作品を受賞。
2010年12月25日、長編アニメーション映画『蒼穹のファフナー HEAVEN AND EARTH』（そうきゅうのファフナー ヘブン アンド アース）がシネマサンシャイン池袋他全国10館で公開。TVシリーズの2年後（2148年）を舞台に、TVアニメ2期『EXODUS』に繋がる物語が描かれた。キャッチコピーは「命をもったフェストゥム 人になりたかった… そう皆城総士という名の人間に だから俺はここに来たんだ」。映画公開記念として2010年12月18日にはTVシリーズのオールナイト上映会も実施された。ぴあ初日満足度ランキング（ぴあ映画生活調べ）では第2位になるなど小規模公開ながら高評価されている。2019年1月18日より4DXバージョンが上映。
2015年、TVシリーズ2期『蒼穹のファフナー EXODUS』（そうきゅうのファフナーエグゾダス）が制作され、MBSをキー局とするアニメ枠『アニメイズム』（TBS・CBCおよびBS-TBS、ほか）にて、1月より4月まで第1クールが放送され、10月より12月まで第2クールが放送された。全26話。また、今シリーズからBS-TBSで全国無料放送が実現されたものの、地上波での放送地域は縮小された。2期では劇場版（第二次蒼穹作戦）の流れを踏まえ、混迷の只中にある西暦2150年を起点とした世界を舞台とし19歳に成長した一騎と総士に迫る生存限界とその帰結を中心にした物語が描かれた。歴代シリーズで脚本を手がけてきた冲方丁、メカニックデザインを手がけてきた鷲尾直広などが制作に関わった。他局のアニメをテレビ東京が引き継ぐかたちで放送する例は過去にもあったが、本作もその逆である。
2016年12月29日、OVA『蒼穹のファフナー THE BEYOND』の制作が発表され、2019年から2021年にかけてBlu-rayおよびDVD発売と4度に渡る劇場での先行上映が行われた。
2021年12月27日、スピンオフとなるOVA『蒼穹のファフナー BEHIND THE LINE』の制作が発表され、2023年1月20日より劇場での先行上映が行われた。公式サイトによれば「1話完結の"平和なスピンオフ"ストーリー」であるとのこと。
太平洋に浮かぶ孤島・竜宮島。ある夏の日、好奇心に駆られた少年たちはラジオから流れ出す未知なる者の声を聞く。「あなたはそこにいますか…」。
それから数年後の西暦2146年、竜宮島に再びその声がこだまする。それこそ正しく未知の生命体“フェストゥム”による侵攻の合図だった。突如飛来した金色に輝く美しき“敵”は平和な島を一瞬にして地獄へと変える。島の大人たちはフェストゥムに対抗すべく組織された“アルヴィス”の人間だった。彼らにより、島は武装した要塞へと姿を変え、死力を尽くした抵抗が始まる。搭乗予定者・蔵前果林の死により窮地に立たされたアルヴィス司令・皆城公蔵は最適格者である真壁一騎の実戦投入を決断する。幼馴染みの皆城総士に促されるまま、一騎は人型決戦兵器・“ファフナー”に搭乗し、総士も戦闘指揮システムジークフリード・システムを起動する。何の疑いもなく信じていた世界は偽りだった。仰ぎ見ていた美しい空も偽りだった。祖国日本は既になく、人類はフェストゥムの侵略で全滅の危機に瀕していた。
一騎は尋ねる。「俺たちはどこへ行くんだ?」。総士は答える。「楽園だよ」。こうして少年たちは、人類の存亡をかけた激しい戦いの渦に巻き込まれていくのだった。
公蔵を初めとした犠牲者を出した後、新たに司令となった真壁史彦の指揮の下で戦いに身を投じることとなった子供達。その中で羽佐間翔子が命を落とし、春日井甲洋がフェストゥムに同化されて倒れる。二人の後に続き近藤剣司、要咲良、小楯衛がパイロットとなるが、仲間の犠牲よりもファフナーを重んじる総士の意志が分からなくなってしまった一騎は教員の一人である狩谷由紀恵に誘われて島の外を見るべく旅だった。しかし、それはフェストゥムと戦う新国連が擁する人類軍のスパイである狩谷の罠であり、彼女は一騎とファフナーを手土産に人類軍に寝返る。更に、連行された人類軍モルドヴァ基地にはかつて島を出て行ったミツヒロ・バートランド、日野洋治と彼の息子である日野道生の姿もあった。そして、かつて一騎の母であった真壁紅音を同化したフェストゥム、ミョルニアが洋治によって匿われていた。
洋治から自らの下で働くことを誘われ戸惑う一騎。しかし、考える間もなく基地内に侵入していたフェストゥムによって一騎は再び戦うこととなる。危機に陥る一騎を救ったのはミョルニアであった。彼女は洋治が開発したファフナーザルヴァートル・モデル　マークザインを一騎に託すために現れた。マークザインの暴走の中で一騎はかつて総士の左目を傷つけた過去の真相とそれからの総士の意志を知る。そして、迎えに来た遠見真矢と溝口恭介と共に島へ戻る決意をする。
同じ頃、竜宮島のファフナーを手に入れるべく人類軍大佐ダッドリー・バーンズは狩谷と道生、道生の部下である少女パイロットカノン・メンフィスを率いて竜宮島へ襲来、人間と戦うことを禁ずる史彦は島民の安全を第一に島をバーンズに明け渡すが、間もなくフェストゥムが襲来する。しかし、ファフナーはおろかシステムの扱い方を把握していない人類軍はフェストゥムに対抗できずに窮地に追い込まれる。その状況下、島のコアである皆城乙姫が目覚め、史彦らを導く。そして、帰還した一騎の活躍で敵を退けることに成功する。占領に失敗した人類軍は撤退するが、島に残ったカノンは命令により島もろとも自爆しようとしていた。一騎の必死の説得でカノンは投降、道生もまた狩谷の協力を得て島へ帰還した。
人類軍とフェストゥムを退けてからしばらく、遠見一家とミツヒロの間で真矢のパイロット適性を巡る査問委員会、同化された甲洋の覚醒およびスレイブ型フェストゥムへの変化など事件はあったものの島は敵を退けながらも平和な時を過ごしていた。道生は5年ぶりに我が家に戻り、恋人の遠見弓子と生活を始め、カノンもまた羽佐間家に住み、一騎達の同級生として暮らすことになる。同様に捨て駒にされた人類軍兵士達も島で平和という文化を学びながら新たな生活を始める。
一方、ミツヒロは新たなザルヴァートル・モデルマークニヒトの開発を進めていた。それは北極に存在するフェストゥムの中枢であるミールを討つ最終決戦ヘヴンズドアのためであった。島もまた、その作戦への参加の選択肢を迫られているのも事実であり、その日は徐々に近づいていた。
平和な時を過ごす中、史彦は敵の襲来に意図的なものを感じるが、ある日島の生態系に異変が起こる。突然花が咲き乱れ、多くの虫が溢れかえった。それから間もなく、突然島中の植物が枯れ、虫が死んでしまう。そして、咲良が同化現象の進行によって倒れてしまい、直後の戦闘では衛が命を落とし、剣司も恐怖に駆られて引きこもってしまう。これまでの敵はパイロットの同化現象を促すための犠牲、すなわちフェストゥムが犠牲という概念を理解し消耗戦を仕掛けてきた証であった。咲良が倒れて間もなく、カノンは島に自らの居場所を見出し、フェストゥムの因子を移植する。更に、人類軍ではミツヒロが開発したマークニヒトが狩谷諸共マスター型フェストゥムイドゥンに同化され、ミツヒロも自らの悲願そのものによって葬られる。憎しみという感情を学んだイドゥンは島に来襲し、ジークフリード・システム諸共総士を連れ去り、道生も犠牲になり、一騎も同化現象の進行で身体機能が大きく衰えてしまう。
多くの犠牲を出した島は北極の最終作戦への参加を決定する。そこへミョルニアが現れ、総士の生存を告げる。それと同時に共鳴核となった紅音がこれまでの会話の末に得たデータの一部を提供する。その中には同化現象の緩和方法、洋治の設計思想に基づく機体の改良方法も含まれており、北極にある紅音の共鳴核には更に多くの回答があることを知る。機体を改良したアルヴィスは総士の奪還とデータの入手をするべく薬の投与を受けた一騎と真矢、因子が定着したカノン、母の死をきっかけに立ち直った剣司の四人に出撃を命ずる。北極の天候は快晴、それに因み蒼穹作戦と名付けられた作戦が開始され、一騎達は総士を救い五人で島へ帰る決意を胸に北極へ旅立った。
そして、乙姫にも最後の時が近づいていた。竜宮島には島周囲の空気としてミールが存在していた。そのミールが生と死を誤った形で理解していたためにミール共々島が死んでしまうことを防ぐべく、乙姫は岩戸へ戻り、生と死の循環を教えるのだった。
『蒼穹のファフナー』から1年前、人類軍とフェストゥムの両方から追われ身を隠してきた竜宮島は、フェストゥムに探知される危機を迎えていた。
いまだ戦闘準備の整わない竜宮島は、ついに「L計画」という危機回避プランを実行に移すことを決定する。それは、島の一部・アルヴィス左翼部L区画を切り離して囮とし、本島へのフェストゥムによる探知をかわすという陽動作戦だった。
将陵僚はずっと想いを寄せ、まだ島の真実を知らない幼なじみの生駒裕未と穏やかに暮らす中で計画参加を決めていた。そんなある日、祐未の父生駒正幸が病で動く事も喋ることも出来ないにも拘わらず庭に倒れていた。「アルヴィスへ…」と言い残す息を引き取る父を看取った祐未は葬儀の後、ある計画書を発見する。それはL計画の計画書であった。同時に祐未はメモリージングにより島の真実を知り、僚や総士もそれに関わっていたことを知らされる。そして、父が立案した計画への参加を決意する。僚もまた愛犬のプクを蔵前に預け、8人の少年少女達は、対フェストゥム兵器ファフナー「ティターン・モデル」のパイロットとして過酷な戦いに身を投じることとなる。
僚達が厳しい戦いを強いられている頃、総士は一騎が付けた左目の傷が原因でファフナー搭乗が適わず、ジークフリード・システムの搭乗者を命じられる。仲間を前線に出す役割を負わせる父に反発し、L計画の承認も疑うが、公蔵は計画立案者でもある祐未の父が全員の生還を念頭に置いていたからこそ承認したと告げる。
そして、僚達は敵との戦いよりも同化現象によるパイロットの死によって精神的にも追い詰められていく中、L計画最終日が訪れる。Lボート最終区画には参加者全員分の脱出を考慮した潜水艇が配置されていたのだった。同時にフェストゥムが現れ、僚と祐未が迎撃に出る。その間生き残った計画参加者達は潜水艇に搭乗し、アルヴィスも蔵前のマークツヴァイを発進させて潜水艇との合流を図る。そこで思いもよらない事態が発生する。海に適応できないはずのフェストゥムが海に現れたのだった。潜水艇の消滅を知った僚は島へ帰りたいと叫ぶ祐未を制止し、2人で海底へ降りる。同じ頃、公蔵は総士と蔵前に合流中止を言い渡すが、機体に残されたデータ回収の目的で、最悪の事態を考慮しつつマークツヴァイを向かわせた。
海底に降りた僚は祐未にこれまで秘めていた想いを打ち明け、祐未もまたそれに応える。それから間もなく祐未は同化現象により命を落とし、僚もそれまでの戦いの音声記録を残し、機体のフェンリルを起動する。自爆直前に現れたフェストゥムを見た僚は、フェストゥムも命があると悟り、海へ消える。2機のティターン・モデルの消滅を確認した公蔵は、それが海にフェストゥムがいるという無言のメッセージと悟る。
数か月後、ティターン・モデルの残骸が流れ着き、回収されたコクピットブロックにプクが駆け寄る。それを見た総士と蔵前はそれが僚の機体であると確信し、音声メッセージは大人達に告げられ、皆が涙を流す。それから間もなく、プクも遼の機体のコクピットで、もういない主人の側で寄り添い眠るように息を引き取る。
そして、総士は一足先に帰る蔵前を見送り、共に戦えることを願い一時的な別れを告げる。こうして、一騎達がまだ何も知らない頃に起きた竜宮島の戦いは幕を下ろしたのだった。
北極の「第一次蒼穹作戦」作戦以降、フェストゥムは群体活動をやめ、個体としての活動を開始していた。引き続き人類に敵対するもの、共生を選択したもの、様々な個体が様々な「状況」を起こしたことで、世界は混迷の時代を迎えていた。
2148年、島の平和は守られたはずだった。総士は存在が消滅しながらも、いつか竜宮島へ戻ると一騎と約束をした。少年少女たちは取り戻した平和の中、日々を生きていた。その中でお盆祭りが行われる日、島で初めての自然受胎で生まれた子日野美羽が真矢と遊んでいる時に「おおきなおふねがくるよ」と告げる。祭りの夜、美羽の言葉通り、1隻の艦が竜宮島へ打ち揚げられる。中には1人の少年が眠っており、同時に人類の武器を使用するフェストゥムエウロス型が現れ、苦戦する中一騎達はこれを撃退する。
少年の名は来主操。北極での決戦後に新たに誕生したミールの元で活動するフェストゥムであった。彼はミールの使者として、人類と他のミールの統括する群れに対し、共同戦線を申し入れていた。これまでにない事態にアルヴィスは困惑するが、彼は告げる。「空がコアの命を奪う」と。新たなミールの存在、フェストゥムの側にいる総士、島は新たな戦いに巻き込まれていく。
一騎達の後輩である西尾里奈、西尾暉、立上芹、堂馬広登がパイロットとして参戦し、戦いが激化する中、一騎は総士が操に何かを託したことを感じ、対話を始めるのだった。しかし、戦いの中で島は徐々に蝕まれていき、史彦を初めとした大人達はかつて人類軍と戦った後遺症に苦しむ中、史彦は意識体となった乙姫からある可能性を告げられる。
戦いの中、芹はフェストゥムが「いたい。たすけて」と泣いていることを知り、慟哭する。そして、コアの負荷を軽減すべくワルキューレの岩戸に入り、乙姫と束の間の再会をする。戦いを見ていることしか出来ない一騎はミールを「神様」、自身を「ミールの手」と表現する操に「空を奪う悲しみ」をミールに伝えるよう訴える。しかし、操はミールに抗うことが出来ずにマークザインの中に封じられていたマークニヒトのパイロットとなる。一騎はマークザインで出撃するが、マークニヒトとの戦闘で消滅してしまう。同時に窮地に陥る剣司達を、自らをマークフィアーのコアとして帰還した甲洋が救った後、突然敵が去って行った。
ミールの元へ帰った操は仲間の痛みと憎しみに苦しむ中、真壁紅音だったミョルニアに問われる。「お前はなぜそこにいる？」と。操は北極ミールが消滅した後に初めて存在することを望んだフェストゥムであった。しかし、操はその問いに答えることは出来ず、痛みを消すべく竜宮島との決戦を決意する。
敵を退けたのは美羽であった。彼女は人間と異なるフェストゥムの言葉と感情を理解する島で唯一の存在であり、「おはなし」によってエウロス型の群れを撤退させたのであった。そして、弓子を通して美羽から一騎はまだ帰ってこられると告げられた史彦は、島のミールの経験を操のミールに伝えるべく、美羽とミールの対話を決定する。
戦力を大きく削がれたアルヴィスは、機体を失った里奈と暉をゼロファフナーに搭乗させ、甲洋も戦力に配属することで第二次蒼穹作戦を開始する。それは、フェストゥムから対話を求められたのとは逆に、人類から対話を求める最後の戦いの始まりであった。
西暦2150年6月25日、人類の数少ない生存圏にして太平洋圏最大の輸送基地であるハワイが、フェストゥムの大群に襲われる。40年の時を経て、彼らは人類が命を保つ術、食事という行為とその根幹を成すものを理解したのであった。救援に駆けつけたファフナー部隊さえも同化し、攻撃させるまでに進化したフェストゥムに人類軍はなすすべもなく、新国連本部が発令した「交戦規定アルファ」により人類軍の爆撃機はフェストゥムだけでなく、基地部隊と増援部隊、そして市民諸共核で焼き払った。生存者の救助へ向かった基地司令官ナレイン・ワイズマン・ボースは、1体のフェストゥムに守られた1人の少女を保護した。少女の名はエメリー・アーモンド、ミールの欠片を持つ新たな希望であった。
それから1年後の西暦2151年、フェストゥムとの戦いから一歩引き、再び世界から隠れていた竜宮島にも遂に「状況」の影響が起こる。過去に島を幾度も襲撃していた人類軍が再びやってきたのだ。身構えるアルヴィスの人々だったが、一人の少女と共に来訪したペルセウス中隊を統率するナレイン将軍に敵意は無かった。そしてそれを追い、北極ミールの欠片から生まれた、人類に敵意を持つ巨大なフェストゥム・アザゼル型・ウォーカーが現れる。
ナレインが連れてきた少女エメリーが美羽とミールを通じてクロッシングで交信していたこと、六体のアザゼル型と「間もなく外宇宙から襲来する新たなミール・アルタイルが世界のパワーバランスを変革する」ことを知る史彦。アルタイルを味方にして人類とフェストゥムの長い戦いを終わらせるため、美羽に自身が管理するミール・世界樹を通してアルタイルと対話してほしいと真摯に要請するナレインに対し、積年の因縁と戦力の都合から即答出来ないアルヴィスのメンバー。だが、エメリーが島のコアと対話することで、コアがファフナーに新たなる力を与え、島外へ美羽を護衛するファフナーを派遣する余力が出来たこともあり、人類へ希望をもたらす可能性のある要請に応えることにした。
一方、立派な大人に成長した第1世代のファフナーパイロットたちは、溝口に弟子入りして戦闘機乗りに転向した真矢を除き、それぞれ現役パイロットを退いて訓練教官や整備士に転向していた。一騎は「料理人」として、総士もアルベリヒト研究機関の「研究者」として第2の人生を歩んでいた。だが、「二度と一騎をファフナーに乗せない」という強い覚悟を抱いていた真矢とカノンの想いは、再び激化するフェストゥムとの戦いにより、はかなくも裏切られてしまうことになる。ファフナー乗りの証であった「今も指に残る傷跡」を持つ彼らは、やがてそれぞれの戦う理由と決意を胸に、再びファフナーやジークフリードシステムに搭乗することになる。
一騎達がペルセウス中隊のパイロット、ジョナサン・ミツヒロ・バートランド、アイシュワリア・フェイン、ビリー・モーガンとの一時の交流を終えた後、新世代のファフナーパイロット・鏑木彗、御門零央、水鏡美三香を島の防衛に残し、選抜メンバーたちはナレインの管轄するエリア・シュリーナガルへと向かう。だが、シュリーナガルはアザゼル型･ロードランナーに蹂躙され、世界樹も破壊されて真矢や広登、美羽たちは絶体絶命の窮地に陥る。彼らの危機を救うため一騎と総士が追加派遣される。2人はフェストゥムの大軍を殲滅し、ロードランナーも退け、同化された人類軍のパイロットたちも救う「奇跡」を見せる。だが、それは同時にシュリーナガルで生き残った2万人の人々とミールを新天地まで退避させる過酷な旅の始まりでもあった。一騎は、組織的かつ戦略的に消耗殲滅戦を仕掛けるフェストゥムの背後に何者かの悪意を感じ取る。旅の果てに人類軍ダッカ基地付近に到達した彼らを待ち受けていたのは、「交戦規定アルファ」発動によりナレイン一行を「同化された人類」として殲滅しようとする人類軍のファフナー部隊だった。一方的に殺される市民達、広登もその犠牲となってマークフュンフが奪われる。
そして、島でも変化が起こる。新たな島のコア皆城織姫の元で戦うファフナーパイロット達がフェストゥムの力・SDPを発揮し、新たな同化現象に苦しむ。後輩達を支えるべく咲良と共にパイロットに復帰したカノンは、未来を見る能力に目覚め、分岐する運命の果てに竜宮島が無残にも壊滅し、仲間が一人もいない未来を見てしまう。カノンは未来改変を信じ、孤独な戦いを続ける。その果てに一騎と2人だけ生き残る未来に辿り着いたカノンだったが、カノンはそれを選ばず一人消滅する。しかし、カノンは新たなファフナー、エインヘリアル・モデルの設計データ、そして派遣部隊との合流ポイントを記していた。それはカノンが自らの命を使い遺した希望であった。
彗たちの同化現象が深刻化し、島を脱出するプランデルタの実行が考慮されるほどに島の生態系も狂い始め、住人の健康が脅かされる絶望的で暗い状況に、剣司と咲良は夫婦になることを決め、結婚式を挙げる。そしてカノンが遺したエインヘリアル・モデルが完成し、剣司もパイロットに復帰する。史彦は竜宮島を奪還し、一騎達と合流すべく第三次蒼穹作戦を開始する。だが、作戦は開始当初からウォーカーの激しい妨害に遭う。そんな絶体絶命の窮地を救ったのは、一騎との約束を守るため目覚めた甲洋だった。甲洋の参戦により島は優勢を取り戻し、島の奪還に成功する。
人類とフェストゥム双方から攻撃を受け続け、絶望的な状況に立たされた一騎達はようやく島を目前にする。島の人々と再会出来ると喜ぶ一同だったが、人類軍とアザゼル型が現れてアイが命を落とし、劣勢に苦しむ一騎たち。しかし、美羽とエメリーに呼ばれた二代目・来主操とボレアリオスが救援に現れ、島も合流したことで形勢は一挙に逆転する。だが、その戦いの背後で人類軍はジョナサンとビリーを拘束し、真矢を拉致する。ダーウィン基地で新国連事務総長ヘスター・ギャロップは、真矢にザルヴァートル・モデルマークレゾンへの搭乗を依頼すると共に、真矢は新国連は第三アルヴィス海神島、別名アトランティスのコアをプロメテウスとして利用し、ジョナサンがそれから産み出されたパペットであり、本人が意図することなく「スパイ」として人類軍が保有する宇宙ステーションアザゼル型･ベイグラントに竜宮島やナレインたちの情報を与えていたことが明かされる。ヘスターは不要となったジョナサンの人格を無情にも消し去るよう命じる。だが、人類への復讐を目論むプロメテウスはジョナサンを憎しみの器とし、フェストゥムとして覚醒させるのだった。
一方、合流を果たしたナレインは史彦に、世界樹を根付かせる新天地もまた第三アルヴィスであることを告げ、総士は真矢を奪還するべく行動を開始する。しかし、一騎は度重なる同化現象の負荷により昏睡状態に陥っていた。総士や溝口達はダーウィン基地に向かい、交渉の途中で生じたバーンズによるヘスター暗殺未遂、プロメテウスの蜂起による混乱に乗じて真矢を助け出す。混乱の中でコアに支配されたジョナサンはマークレゾンを奪い、わずかに残った自我で真矢達を見送る。ヘスターが基地を放棄した後、バーンズは解放され、新国連から独立した人類軍のトップに据えられる。同時に島では第三アルヴィス上陸に向けた動きが進められた。途中の戦闘で暉が犠牲になるも、竜宮島の祝福を受けた一騎が駆けつけ上陸は成功。島に帰還した総士や真矢を含めた第1世代のパイロットが成人式を迎えた後、コアに支配されたジョナサンと人類軍が接近していた。人の恐ろしさを学んだ子供達に史彦は同時に信じることを伝え、アルタイルと対話すべく第四次蒼穹作戦を開始する。
「第四次蒼穹作戦」から2年後、新国連から独立し、バーンズを司令官とする独立人類軍とフェストゥムが交戦するハワイで、アルヴィスのファフナー部隊は、美羽を新たなマークザインのパイロットとして、第五次蒼穹作戦を開始する。それはエスペラントでありながらフェストゥムに寝返った少年マリス・エクセルシアによって連れ去られた、転生した総士と2人のパイロット候補生を救出するものであった。だが、マリスは自分が憎んでいるプロメテウスと結託していた。プロメテウス・ミールはベイグラントを失いながらも生き延び、力を蓄えていた。その群れにいる弓子を模したフェストゥム・セレノアはファフナーのクロッシングに侵入して同化するという新たな力でファフナー隊を壊滅させ、さらに新たな力を得た一騎も、マリスが奪ったファフナーに乗るレガートとの戦闘中で力を失い、ファフナーを奪われる。
マリスは総士たちを連れてロケットで宇宙へ脱出し、マリスをよく知る美羽はそれを撃つことが出来ずに逃してしまう。そして、プロメテウスは自らを絶望を意味するマレスペロと名乗り、ミールの力で赤い月が空に出現する。エメリーが転生した海神島のコア・ルヴィ・カーマはそれを感じ取り、未来のために対策を練る。
3年後、総士は竜宮島で両親と妹、そして親友のマリスと共に平和に暮らしながらも外の世界へ憧れを募らせ、古い通信機で外へ連絡を試みる。祭りの夜、その通信に応えた男が「真実を見せる」と告げる。すると、それを阻止しようとする妹と島の人々は金色の怪物になり、その男・真壁一騎はファフナーでそれを撃退し、総士の目の前で妹を消し去る。そして、告げる。総士の家族も、住んでいる島も偽物であると。竜宮島の敵「エスペラント軍」と信じていた彼らは、半世紀もの間フェストゥムとの戦いを繰り広げており、世界を守る軍隊と総士が信じていたベノンこそが、かつて総士を連れ去ったマレスペロが統率する群れで、世界を脅かす存在であると告げる。総士の暮らす島は、マレスペロが統率する群れに人間の感情を学ばせるため作られたものだった。美羽は真実を認めない総士を説得し、海神島に着いた総士はルヴィの導きで、5年間沈黙していたマークニヒトに搭乗し、それが自分の機体であると悟ると共に、一騎もろとも海神島を消し去ろうとする。
記載に関しては『EXODUS』公式サイトのキャラクターリストにある人物を基準とした。
「たつみやじま」と読む。アーカディアン・プロジェクトのために作られた、移動可能な人工要塞島のひとつ。名前の由来は竜宮。所在地は西経(W)144°南緯(S)04°。人口はおよそ2,000人（いずれも1期第1話の時点）。
海上に出ている「島」と町並みは日本の平和と文化を継承するための「施設」であり、島の中枢たる施設の大部分は「島」を乗せている海中の移動要塞艦にある（劇中でも、島の上空から島の全景が見えるシーンがあるが、うっすらと島の海中に見える「影」が、この要塞艦）。緊急時には「島」が丸ごと移動可能で、その際には電磁推進システムを用いる（島の施設自体の主機関は重水素反応核融合炉を用いている）。戦闘時には各所に隠された防衛機構が現れ、要塞へと姿を変える。
島の擁するコアが同化した、偽装鏡面圏内にある島の空気中に存在する瀬戸内海ミールによって環境が保たれている。当初は新国連及び人類軍からは「API-1」と呼ばれ、『EXODUS』からは島の名前を英訳した「D・アイランド」という呼称がついている。
『EXODUS』終盤の第四次蒼穹作戦においてコアたる織姫の判断により、新たに宇宙から飛来した純粋ミール・アルタイルと交渉するための、美羽やアショーカといった「力」が十分に成長するまで、島民はプランデルタで脱出させた上で竜宮島はアルタイルとともに海中に沈め封印させることとなった。最終的にそれらの作戦は自ら残った澄美、芹をともに封印する形とはなったものの成功、自動潜行モードによって海中に没していった。
『EXODUS』18話以降のEDで　海中に隠れている基地全体が浮上した状態の島の全貌が見える。
人類がフェストゥムに対抗するために専用開発した「思考制御・体感操縦式」有人兵器。名称は竜を意味するファフニールから。フェストゥムの持つ読心能力を防ぐことができるのが最大の特徴。
身体の99%をケイ素で構成されたシリコン型生命体。他の生物と同化、もしくは消滅を目的に行動する。様々な種類があるが、フェストゥムという存在は全体で一つである。各々のコア（ペルソナ）を通し、ミールから送られてくる情報と意志を全体で共有するため、基本的に固有の意志を持たず、個体という概念自体がない。各個体は、単にミールという「脳」からの命令を具現化する「手足」に過ぎず、コア部分を完全に破壊しなければ倒せない。読心能力によって相手の思考を読むことができ、人類の戦術はことごとく読まれてしまうため、対等に渡りあうためにはファフナーに搭乗して読心能力を防ぎながら戦うことが求められる。当初は海中では活動不可能とされていたが、後に進化して活動可能となる。フェストゥムが有する同化やワームスフィアー（歪曲回転体と呼ばれる黒い球体で、これに触れた物質はゼロ次元へ向かって捩じ切られる。倒された場合でも発生する）等の能力を総称してSDP（超次元現象：Super Dimensional Phenomenon）と呼ぶ。フェストゥムとは「祝祭」を意味する。
通常兵器で撃破できないわけではないのだが、あまりに数が多すぎるために基本的にファフナーでなければ対抗しきれない。
『EXODUS』では通信を経由して相手の精神に入り込み同化するようになり、更にファフナーの構造を理解して対ファフナーに特化した個体も出現する。広域通信を利用すればフェストゥムを呼び寄せてしまうことになるので、人類軍では迂闊に使用することが出来ない。第二次脱出行ではナレインがアルゴス小隊の追撃を振り切るためにこの特性を逆手に取った。
当初は北極ミールを中心に活動していたが、北極ミールが消滅時にフェストゥムに個体であることを与えたのをきっかけにフェストゥムが個体活動を開始する。砕かれたミールも同様に分裂し、破壊前同様に憎しみを元に人類を滅ぼそうとする群れや憎しみ以外の分岐を求め、人のいない土地で群れを形成して沈静化する、生命の循環を学ぶなど多種多様に及ぶが、人類軍にとってはどの群れも同じ存在として殲滅対象となっている。
『THE BEYOND』では『EXODUS』までは有効であった核兵器による攻撃さえ防ぐ個体やフィールドの形成を可能とする群れまでも出現している。
2010年12月16日から21日にかけて、『蒼穹のファフナー FACT AND RECOLLECTION』が劇団アフリカ座により池袋のシアターグリーンBIG TREE THEATERにて全10公演上演された。舞台版では羽佐間翔子・容子・カノンを中心に置き、そこから見たファフナーの世界が描かれる。
2011年12月7日から11日にかけて、『蒼穹のファフナー FACT AND RECOLLECTION』の再演がBIG TREE THEATERにて全9公演上演された。
2012年12月20日から30日にかけて、『音楽劇 蒼穹のファフナー』が博品館劇場にて全16公演上演された。
全公演で舞台版キャスト・声優陣・angelaなどゲストによるアフタートークショーが開催された。
12月27日深夜には「皆城総士 生誕祭〜蒼穹のファフナー 年末オールナイトオフ会」イベントも開催された。
映像・音楽の販売元はKING AMUSEMENT CREATIVE（旧・スターチャイルド）。
2019年3月13日には、『BEYOND』以外の作品を（後述する「完全版」などの別バージョンも含む）ほぼ全てBD化し1BOXに同梱した「蒼穹のファフナー」シリーズ 究極BOXが初回限定生産された（映画『HEAVEN AND EARTH』はBD版とは別に初となるUHD版も同梱）。
※ 下記の2巻は究極BOX未収録
2009年2月4日にはTV第1期本編全26話、スペシャル放映された『RIGHT OF LEFT』、各種映像特典を収録したDVD-BOXが12枚組で初回限定生産発売された。88Pのブックレット付き。『RIGHT OF LEFT』は前述した「完全版」を収録。その後BD-BOXが下記の通り数量限定で販売されている。DVD-BOXの収録映像に加えて第1・2話/第25・26話を1エピソード化した「TV初回放送版」も併せて収録された。
2018年1月31日にはTV第2期本編全26話ほかイベントダイジェストなどの各種特典映像を収録した『EXODUS』BD-BOXが発売された。128Pのブックレット付き。
2019年4月17日には、下記の音楽関連CDを、ほぼ全て1BOXに同梱した「蒼穹のファフナー」シリーズ 究極CD-BOXが初回限定生産された（#ラジオの節で後述する『蒼穹のファフナーWEBラジオ』の出張版もボーナスディスク的に同梱）。
※下記曲は、究極CD-BOXでは歴代シリーズ群の「主題歌・挿入歌・イメージソング集」ディスクを新規に作成、そちらに収録。
※究極CD-BOXでは「EXODUS」キャラクターソング集ディスクを新規作成、本編BDに同梱されていた曲と一まとめにして収録。
本放送当時にメディアワークスから発刊されたものと、テレビアニメ2期『EXODUS』にあわせて2014年から『月刊少年シリウス』（講談社）で連載開始されたものとの2作品がある。
著：冲方丁。表絵・扉絵・挿絵：平井久司。本放送当時にメディアワークスから発刊されたものと、2013年2月に早川書房より発刊された増補改訂新版がある。後者は前者版を加筆・改訂し、『RIGHT OF LEFT』シナリオと描き下ろしの表紙を追加したもの（前者版の表紙絵・本編中の挿話は無し）。
下記の全作品は2015年現在バンダイナムコエンターテインメントがゲーム版権を保有・管理している。以下は当時の販売社名で記載。
2009年2月にSANKYOよりパチンコ台『CR蒼穹のファフナー』のリリースが発表され、同年3月に全国のパチンコ店に設置された。
バタフライにより実機シミュレーションアプリ化されており提供先のMobage『モバ7』にて利用可能になっている。