การเพาะเลี้ยงวงศ์ปลาแซลมอน

การเพาะเลี้ยงปลาแซลมอนในน้ำ (อังกฤษ: aquaculture of salmonids) เป็นการเลี้ยงแล้วจับปลาในวงศ์ปลาแซลมอน (Salmonidae) ในสถานการณ์ที่ควบคุมไว้ไม่ว่าจะเพื่อการพาณิชย์หรือเพื่อนันทนาการ ปลาในวงศ์ (โดยเฉพาะจำพวกปลาแซลมอนและปลาเรนโบว์เทราต์) บวกกับปลาคาร์ป และปลาทิลาเพีย เป็นปลาสามชนิดที่เพาะเลี้ยงกันมากที่สุด ส่วนปลาในวงศ์เองที่เลี้ยงทางพาณิชย์มากที่สุดก็คือปลาแซลมอนแอตแลนติก สหรัฐเลี้ยงปลาแซลมอนชินูกและปลาเรนโบว์เทราต์มากที่สุดเพื่อตกเป็นกีฬาและจับกินแบบโลว์เท็ค (subsistence fishing) เป็นฟาร์มเนื่องกับระบบบริหารจัดการของรัฐบาลกลางสหรัฐคือ National Fish Hatchery System ยุโรปเลี้ยงปลาเทราต์สีน้ำตาลมากสุดเพื่อตกเป็นนันทนาการ ปลานอกวงศ์ปลาแซลมอนที่เลี้ยงอย่างสามัญที่สุดก็คือ ปลาทิลาเพีย, ปลาหนัง, black sea bass (วงศ์ปลากะรังพันธุ์ Centropristis striata) และปลาบรีม
ในปี 2007 การเลี้ยงปลาแซลมอนมีมูลค่าถึง 10,700 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 347,000 ล้านบาท) ทั่วโลก ผลผลิตของฟาร์มปลาแซลมอนเพิ่มเป็นสิบเท่าในช่วง 25 ปีระหว่าง 1982-2007 ในปี 2012 ประเทศผลิตชั้นนำคือนอร์เวย์ ชิลี สกอตแลนด์ และแคนาดา
เป็นเรื่องโต้แย้งอย่างมากว่า การเลี้ยงปลาแซลมอนจำนวนมากขนานี้มีผลต่อระบบนิเวศและต่อสุขภาพมนุษย์เท่าไร ที่น่าเป็นห่วงมากก็คือผลต่อปลาแซลมอนธรรมชาติและสิ่งมีชีวิตในทะเลอื่น ๆ ประเด็นบางอย่างมีมูลจากการแข่งขันทางพาณิชย์ในเรื่องการครองตลาดและราคาปลาระหว่างชาวประมงปลาแซลมอน (ธรรมชาติ) เพื่อการพาณิชย์กับอุตสาหกรรมเลี้ยงปลาแซลมอนที่กำลังพัฒนาเปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็ว
การทำฟาร์มปลาแซลมอนสามารถเปรียบเทียบกับการจับปลาธรรมชาติที่ใช้เทคนิกการประมงพาณิชย์ แต่แนวคิดว่าอะไรเป็นปลา "ธรรมชาติ" (wild) ตามสถาบันการตลาดอาหารทะเลอะแลสก้าก็รวมเอาปลาที่ฟักในบ่อเลี้ยงปลา เลี้ยงไว้ระยะสั้น ๆ แล้วปล่อยลงทะเล ซึ่งบางคนจัดเป็นการเลี้ยงปลาแบบ ocean ranching เปอร์เซ็นต์ปลาแซลมอนที่จับได้เนื่องกับ ocean ranching จะขึ้นอยู่กับสปีชีส์และทำเล
วิธีเลี้ยงปลาแซลมอนเริ่มจากการทดลองผสมพันธุ์ปลาในยุโรปคริสต์ศตวรรษที่ 18 ในปลายคริสต์ศตวรรษที่ 19 ที่ฟักไข่ปลา (fish hatchery) ก็ได้ตั้งขึ้นทั้งในยุโรปและอเมริกาเหนือแล้ว ในปลายคริสต์ทศวรรษ 1950 โปรแกรมการเพิ่มจำนวนปลาอาศัยที่ฟักไข่ปลาก็ได้ตั้งขึ้นในสหรัฐ แคนาดา ญี่ปุ่น และรัสเซีย ส่วนการใช้กรงตาข่ายลอยน้ำเริ่มที่นอร์เวย์ในปลายคริสต์ทศวรรษ 1960
ปลาแซลมอนที่เลี้ยงในฟาร์มบางที่จะแบ่งเป็นสองระยะแต่บางที่ก็มากกว่านั้น ระยะแรก แซลมอนจะฟักจากไข่แล้วเลี้ยงในบ่อน้ำจืดบนดิน การเพิ่ม accumulated thermal unit (ATU) หรือการเพิ่มอุณหภูมิน้ำในช่วงฟักไข่จะทำให้ปลาออกจากไข่ได้เร็วขึ้น เมื่อลูกปลาถึงอายุ 12-18 เดือน ซึ่งเรียกว่า smolt ก็จะย้ายเข้าไปอยู่ในกรงตาข่ายลอยน้ำในทะเลที่ยึดไว้ในอ่าวหรือฟยอร์ดที่บังลมบังกระแสน้ำได้บ้างตามชายฝั่ง การฟาร์มปลาในทะเลเช่นนี้เรียกในภาษาอังกฤษว่า mariculture โดยเลี้ยงด้วยอาหารอัดเม็ดเป็นเวลา 12-24 เดือนแล้วจึงจับ
นอร์เวย์ผลิตปลาแซลมอนเลี้ยง 33% ของโลกและชิลีผลิต 31% เพราะชายฝั่งทะเลของประเทศต่างก็มีอุณหภูมิน้ำเหมาะสมและมีบริเวณหลายแห่งที่ปลอดภัยจากพายุ อนึ่ง ชิลียังอยู่ใกล้ที่มีการประมงปลาเหยื่อซึ่งใช้เป็นอาหารสำหรับปลาแซลมอนเลี้ยง สกอตแลนด์และแคนาดาก็เป็นผู้ผลิตสำคัญด้วย
ระบบการเลี้ยงปลาแซลมอนในปัจจุบันให้ผลผลิตสูง (intensive) เจ้าของเป็นบริษัทธุรกิจการเกษตรอันมหึมา ผลิตเป็นสายการประกอบ (assembly line) ในระดับอุตสาหกรรม ในปี 2003 บริษัทเพียงแค่ 5 บริษัทผลิตปลาแซลมอนเลี้ยงครึ่งหนึ่งของโลก
ที่ฟักไข่ปลาเพื่อพาณิชย์ที่ส่งลูกปลาแซลมอนคือ smolt ให้กับผู้เลี้ยงปลาในกรงทะเล ได้เริ่มพัฒนาการเลี้ยงโดยนำน้ำจืดที่ใช้แล้วกลับมาใช้ใหม่ภายในที่ฟักไข่ปลา (เป็นระบบที่เรียกว่า recirculating aquaculture systems ตัวย่อ RAS) จึงไม่จำเป็นต้องอยู่ใกล้แหล่งน้ำจืดขนาดใหญ่ ทำให้ควบคุมอุณหภูมิเพื่อเพิ่มหรือลดอัตราการเติบโตของปลาตามความต้องการของลูกค้าได้อย่างประหยัดกว่า
การฟักไข่ดั้งเดิมใช้น้ำแบบไหลผ่าน คือ น้ำที่ได้จากน้ำพุหรือแหล่งอื่นจะให้ไหลเข้าไปในที่ฟักไข่ ให้ปลาออกจากไข่ในถาด แล้วเลี้ยงลูกปลาให้โตเป็น smolt ในรางน้ำ (raceway) ของเสียของลูกปลาระยะ fry ที่กำลังโตและจากอาหารโดยปกติจะปล่อยลงในแม่น้ำใกล้ ๆ ที่ฟักไข่แบบน้ำไหลผ่าน (flow-through hatcheries) ดั้งเดิมเช่นนี้ เช่นที่พบในระบบการเพิ่มประชากรปลาอาศัยที่ฟักไข่ในรัฐอะแลสกา ใช้น้ำมากกว่า 100 ตันเพื่อให้ได้ลูกปลา (smolt) หนัก 1 กก.
แทนการเลี้ยงปลาในถังน้ำจืด อีกวิธีหนึ่งก็คือใช้ช่องน้ำวางไข่ (spawning channel) คือเป็นช่องน้ำที่ทำขึ้น ปกติจะอยู่ใกล้ ๆ กับทางน้ำธรรมชาติที่มีอยู่ ผนังด้านข้างจะทำเป็นคอนกรีตหรือหินดาดโดยพื้นเจะป็นก้อนกรวด น้ำจากทางน้ำข้าง ๆ จะปัมพ์เข้าไปที่ต้นช่องน้ำโดยบางครั้งมีสระพักน้ำให้ตกตะกอน การวางไข่จะได้ผลในช่องน้ำนี้มากกว่าทางน้ำธรรมชาติที่ติดกันเพราะควบคุมน้ำท่วมได้ดีกว่า เพราะบางปีน้ำอาจพัดเอารังวางไข่ (redd) ของปลาไป แต่เพราะไม่มีน้ำท่วม ช่องเช่นนี้บางครั้งต้องลอกเอาสิ่งตกตะกอนออก เพราะจริง ๆ น้ำท่วมที่พัดพาเอารังปลาไปก็ทำความสะอาดทางน้ำธรรมชาติไปด้วย แต่การเปิดให้ปลารับปรสิตและจุลชีพก่อโรคที่มีอยู่ตามธรรมชาติจากน้ำที่ไม่ได้ควบคุม บวกกับค่าใช้จ่ายสูงเพื่อทำช่องน้ำวางไข่ ทำให้เทคโนโลยีนี้ไม่เหมาะแก่ธุรกิจเลี้ยงเแซลมอน ดังนั้น โปรแกรมเพิ่มจำนวนปลาที่ไม่หวังผลกำไร (ของรัฐ หรือของเอกชน) เท่านั้นที่ใช้ประโยชน์ได้
กรงในทะเล (อังกฤษ: sea cages, sea pens, net pens) ปกติทำเป็นตาข่ายมีเหล็กกล้าหรือพลาสติกเป็นโครง อาจล้อมเป็นวงกลมหรือเป็นสี่เหลี่ยมจตุรัส มีหน้าตัด 10-32 ม. ลึก 10 ม. มีปริมาตร 1,000-10,000 ลูกบาศก์เมตร กรงใหญ่อาจมีปลาถึง 90,000 ตัว
กรงมักจะวางต่อ ๆ กันรวมกับเป็นฟาร์ม (seafarm, seasite) โดยมีท่าเรือลอยน้ำและทางเดินตามขอบ ๆ กรง อาจขึงตาข่ายรอบฟารม์อีกทีหนึ่งเพื่อกันสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมทะเลที่ล่าเหยื่ออื่น ๆ ปลาจะอยู่อย่างหนาแน่นต่างกันขึ้นอยู่กับสปีชีส์ สำหรับปลาแซลมอนแอตแลนติกอยู่ที่ 8-18 กก./ม และสำหรับปลาแซลมอนชินูกอยู่ที่ 5-10 กก./ม เทียบกับระบบปิด กรงตาข่ายเปิดเช่นนี้ลดค่าใช้จ่าย แต่ไม่มีอะไรกั้นการปล่อยของเสีย ปรสิต และโรคลงในน้ำทะเลตามชายฝั่งรอบ ๆ ปลายังอาจหนีออกจากกรงไปสู่ทะเลได้ เช่นในช่วงมีพายุ
วิธีเลี้ยงปลาแซลมอนเช่นนี้เริ่มใช้กับปลากินเหยื่ออื่น ๆ เช่น ปลาคอด ปลาทูน่าครีบน้ำเงิน (bluefin tuna) ปลาแฮลิบัต และปลาสแน็ปเปอร์ (snapper) โดยเป็นนวัตกรรม แต่นี่ก็น่าจะสร้างปัญหาทางสิ่งแวดล้อมเช่นเดียวกับการเลี้ยงปลาแซลมอน
นวัตกรรมอีกอย่างก็คือการใช้โลหะผสมทองแดงเป็นวัสดุของตาข่าย เพราะมีคุณสมบัติต้านจุลชีพ (คือทำลายแบคทีเรีย ไวรัส รา สาหร่าย หนอนปล้อง เพรียง มอลลัสกา และสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ) ดังนั้นจึงช่วยป้องกันไม่ให้สิ่งเหล่านี้เกาะที่กรง/ตาข่าย (เป็นสิ่งสะสมที่เรียกว่า biofouling) จึงช่วยให้ไม่ต้องเสียค่าใช้จ่ายสูงในการเปลี่ยนตาข่ายที่จำเป็นถ้าใช้วัสดุอื่น การต้านจุลชีพของโลหะผสมทองแดงยังทำให้สิ่งแวดล้อมสะอาดและถูกอนามัยสำหรับปลาเลี้ยง
ปลาแซลมอนเป็นสัตว์กินเนื้อ ปัจจุบันเลี้ยงด้วยอาหารผสมที่มีทั้งเนื้อปลาและส่วนผสมอื่น ๆ รวมทั้งผลผลิตพลอยได้จากข้าวสาลี ถั่วเหลือง และขนเป็ดไก่ที่ทำเป็นอาหารสัตว์ เพราะเป็นสัตว์น้ำกินเนื้อ ปลาจึงไม่สามารถรับหรือแปรคาร์โบไฮเดรตที่มาจากพืชให้เป็นพลังงาน และใช้ไขมันเป็นแหล่งพลังงานหลัก เพราะอาหารสัตว์ที่ผลิตจากปลาทั่วโลกไม่ได้เพิ่มขึ้นภายในระยะ 30+ ปีที่ผ่านมาโดยอยู่ในระดับสูงสุดที่ผลิตได้อย่างคงยืน (maximum sustainable yield) อยู่แล้ว ึจึงแสดงว่า อาหารนี้ได้เปลี่ยนจากใช้เลี้ยงไก่และหมูไปเลี้ยงปลาและกุ้งแทนเพราะการเลี้ยงสัตว์น้ำได้มากขึ้นในช่วงเวลาเดียวกัน
นักวิชาการก็ยังพยายามแทนที่โปรตีนในอาหารปลาโดยสกัดทำจากพืช จนถึงปี 2014 มีกระบวนการซึ่งใช้เอนไซม์ที่สามารถลดคาร์โบไฮเดรตของข้าวบาร์เลย์ จึงทำให้เป็นอาหารปลามีโปรตีนสูงที่เหมาะกับแซลมอน ของที่มาใช้ทดแทนเนื้อปลาอื่นก็ยังมีอยู่ และอาหารที่ไม่มีเนื้อปลาเลยก็เป็นไปได้ ยกตัวอย่างเช่น ฟารม์เลี้ยงปลาแซลมอนเป็นระบบปิดในสกอตแลนด์ใช้หนอน (ragworm วงศ์ Nereididae), สาหร่าย และกรดอะมิโนเป็นอาหาร อาหารสัตว์ทางพาณิชย์ปกติจะกำหนดโดยกำหนดการเชิงเส้นซึ่งให้ผลเป็นค่าใช้จ่ายน้อยที่สุด ซึ่งเท่ากับแข่งขันกับอาหารเลี้ยงไก่และสุกรที่ใช้กำหนดการแบบเดียวกัน ใช้องค์ประกอบอาหารอย่างเดียวกัน แต่กำหนดการเหล่านี้ก็แสดงว่าอาหารสัตว์เป็นเนื้อปลามีประโยชน์ต่อสัตว์น้ำเลี้ยงมากกว่าเป็นอาหารไก่ เพราะสามารถทำให้ไก่มีรสชาติคล้ายปลา
การทดแทนส่วนประกอบอาหารอาจลดระดับกรดไขมันโอเมกา-3 ที่ผู้บริโภคให้คุณค่ามากในปลาแซลมอน แต่ถ้าใช้น้ำมันพืชเป็นแหล่งพลังงานเมื่อปลากำลังโตแล้วให้อาหารที่มีกรดไขมันโอเมกา-3 สูงไม่ว่าจะจากน้ำมันปลา น้ำมันสาหร่าย หรือน้ำมันพืชบางอย่าง 2-3 เดือนก่อนจับปลา ปัญหานี้ก็จะไม่มี ปัจจุบัน น้ำมันปลาที่ผลิตได้เกินครึ่งในโลกใช้เลี้ยงปลาแซลมอน
อนึ่ง ยังให้ปลาแซลมอนเลี้ยงกินสารรงควัตถุประเภทแคโรทีนอยด์ (carotenoid) คือ แอสตาแซนทิน (astaxanthin) แต่ก็มีแคนทาแซนทิน (canthaxanthin) ด้วย เพื่อให้สีเนื้อเหมือนกับสีธรรมชาติ ซึ่งก็มีสารรงควัตถุเดียวกันแต่ได้จากอาหารตามธรรมชาติ
ถ้าวัดน้ำหนักเมื่อแห้ง ต้องจับปลาธรรมชาติถึง 2-4 กก. เพื่อผลิตปลาแซลมอน 1 กก. เทียบกับปลาแซลมอนธรรมชาติที่ต้องได้ปลาเหยื่อประมาณ 10 กก. จึงจะได้เนื้อ 1 กก. โดยเป็นการโอนต่อพลังงานตามระดับโซ่อาหารที่มีตามธรรมชาติ ที่ต่างกันเช่นนี้ก็เพราะอาหารเลี้ยงปลาแซลมอนมีส่วนผสมอื่น ๆ นอกจากเนื้อปลาและเพราะปลาเลี้ยงไม่ต้องใช้พลังงานล่าเหยื่อ
บริษัทอเมริกันคือคาร์กิลล์ได้ทำงานวิจัยร่วมกับบริษัทขายอาหารเลี้ยงปลาคือ EWOS เพื่อผลิตอาหารทางเลือกในโปรแกรมอาหารราพิด (RAPID) และคอมพาส (COMPASS) ในนอร์เวย์ ซึ่งตรวจดูสารอาหารหลักที่จำเป็นในอาหารปลาโดยขึ้นอยู่กับเขตภูมิภาคและฤดู เมื่อใช้อาหารราพิด ฟาร์มแซลมอนอาจลดเวลาเลี้ยงปลาเหลือเพียงแค่ 15 เดือนซึ่งเร็วกว่าปกติ 1/5 (20%)
วิธีการจับปลาปัจจุบันได้เปลี่ยนไปใช้เรือที่มีบ่อน้ำเพื่อส่งปลาเป็น ๆ ไปยังโรงงาน ทำให้สามารถฆ่าปลา เอาเลือดออก แล้วแกะกระดูกออกก่อนที่ตัวปลาจะแข็ง ทำให้สามารถส่งผลิตภัณฑ์คุณภาพดีกว่า โดยเป็นกระบวนการที่มีมนุษยธรรมดีกว่า เพื่อให้ได้คุณภาพดีสุด จำเป็นต้องทำให้ปลาเป็น ๆ เครียดน้อยที่สุดจนกระทั่งฆ่าด้วยไฟฟ้าและการตี แล้วกรีดเหงือกเพื่อเอาเลือดออก การปรับปรุงเวลาการแปรรูปและความสดของปลามีผลสำคัญทางพาณิชย์ ซึ่งจึ้ให้ผู้ประมงปลาธรรมชาติต้องปรับปรุงวิธีการแปรรูปของตนเพื่อให้ได้ความเท่าเทียมกัน
วิธีก่อนหน้านี้เป็นการใช้อวนแบบ sweep net ซึ่งทำงานคล้ายกับอวนล้อมจับมีสายมาน (purse seine) คือเป็นอวนขนาดใหญ่ที่มีน้ำหนักถ่วงข้างล่าง จะกางข้ามตลอดกรงปลาโดยส่วนล่างสุดจะไปถึงก้นกรงปลา แล้วก็จะยกดึงเชือกที่ผูกติดกับมุมอวนด้านล่าง รวบปลาเข้าไปในตาข่าย ก่อนฆ่า ปลาจะทำให้หมดสติด้วยน้ำที่มีคาร์บอนไดออกไซด์มาก แต่วิธีเช่นนี้กำลังเลิกใช้ในบางประเทศเพราะปัญหาทางจริยธรรมและคุณภาพสินค้า ระบบที่ก้าวหน้ากว่าจะฆ่าปลาโดยทันทีและมีมนุษยธรรมยิ่งกว่าโดยตีปลาที่หัวด้วยลูกสูบลมอัด (pneumatic piston) แล้วตัดเหงือก (gill arch) เอาเลือดออกตามด้วยแช่ในน้ำเย็น วิธีฆ่าเช่นนี้มีเป้าหมายให้เสียเกล็ดปลาน้อยที่สุด หลีกเลี่ยงไม่ให้ปลาหลั่งฮอร์โมนเครียดซึ่งมีผลเสียต่อคุณภาพเนื้อ
ปลาแซลมอนธรรมชาติจะจับจากที่อยู่ตามธรรมชาติด้วยเทคนิกการประมงทางพาณิชย์ โดยมากจับได้ในอเมริกาเหนือ ญี่ปุ่น และรัสเซีย ตารางต่อไปนี้แสดงผลผลิตของการประมงปลาธรรมชาติและการเลี้ยงปลาแซลมอนในระยะ 25 ปีตามรายงานของ FAO แต่รัสเซีย ญี่ปุ่น และอะแลสก้าต่างก็มีที่ฟักปลาเพื่อปล่อยเพิ่มจำนวนปลาธรรมชาติ ซึ่งจริง ๆ จัดเป็นการเลี้ยงปลาที่เรียกว่า ocean ranching แต่ก็ระบุว่าเป็นปลาธรรมชาติ (wild) ทั้งในรายงานของ FAO และในการตลาด
ปัจจุบันมีเรื่องโต้แย้งอย่างมากว่า การเลี้ยงปลาแซลมอนจำนวนมากขนาดนี้มีผลต่อระบบนิเวศและต่อสุขภาพมนุษย์เท่าไร ที่น่าเป็นห่วงมากก็คือผลต่อปลาแซลมอนธรรมชาติและสิ่งมีชีวิตในทะเลอื่น ๆ และผลต่อรายได้ของชาวประมงปลาแซลมอนเพื่อพาณิชย์ แต่ผลที่ได้จากโปรแกรมเพิ่มลูกปลาตามธรรมชาติ เช่น ที่เพิ่มการจับปลา "ธรรมชาติ" ในรัฐอะแลสกาได้เป็นสิบ ๆ เปอร์เซ็นต์ (20-50%) ก็ไม่ใช่ว่าเป็นเรื่องปราศจากข้อโต้แย้ง และจำนวนปลาที่จับได้ในอะแลสกาก็ขึ้นอยู่กับโปรแกรมที่ดำเนินการโดยสมาคมเลี้ยงปลาแถบอะแลสก้าเป็นอย่างมาก อนึ่ง ความยั่งยืนของการเพิ่มลูกปลาแล้วจับเป็นปลา "ธรรมชาติ" ก็เป็นเรื่องที่ก่อข้อโต้แย้งอย่างเผ็ดร้อน ทั้งในมุมมองทางวิทยาศาสตร์ ทางการเมือง และทางการตลาด
ข้อโต้แย้งจากมุมมองต่าง ๆ เช่นนี้เป็นเหตุให้องค์กร Marine Stewardship Council (MSC) พักการให้การรับรองการประมงปลาแซลมอนในอะแลสก้าในปี 2012 (เป็นการรับรองว่าเป็นการประมงแบบ "ยั่งยืน") แล้วต่อมาจึงถึงให้อีก แต่การรับรองการประมงในเขต Prince William Sound ซึ่งเป็นบริเวณที่ตกปลาได้มีมูลค่ามากที่สุดในรัฐ ก็ยังไม่ได้การรับรองมาหลายปีแล้ว (คือยู่ในสถานะ "กำลังประเมิน")
ในปี 1972 ปรสิตนอก (ectoparasite) ชั้นหนอนตัวแบน (monogenea) สกุล Gyrodactylus จากปลาเทราต์และแซลมอนเป็น ๆ จากสวีเดน (เพราะปลาในทะเลบอลติกมีภูมิต้านทาน) ได้กระจายไปในที่ฟักไข่ปลาซึ่งรัฐเป็นผู้ดำเนินการในนอร์เวย์ จากที่ฟักไข่ปลา ไข่และลูกปลา (ทั้ง smolt และ fry) ก็ได้นำไปปล่อยที่แม่น้ำต่าง ๆ มากมายเพื่อเพิ่มจำนวนปลาแซลมอนธรรมชาติ แต่กลับทำลายล้างกลุ่มประชากรบางกลุ่ม
ในปี 1984 มีการค้นพบโรคโลหิตจางในแซลมอนที่ติดต่อได้ (ISAv) ในที่ฟักไข่ปลาแซลมอนแอตแลนติกในนอร์เวย์ โรคระบาดคราวนี้ทำให้ปลาตาย 80% เป็นโรคเกิดจากไวรัส และปัจจุบันเป็นภัยสำคัญต่อการอยู่รอดของธุรกิจฟาร์มปลาแซลมอน เป็นโรคที่อยู่ในรายการ List One ของคณะกรรมาธิการยุโรป ซึ่งบังคับให้ฆ่าปลาทั้งฝูงถ้ายืนยันได้ว่าเกิดโรคระบาดในฟาง ISAv มีผลเสียหายทางธุรกิจต่อฟาร์มแซลมอนในประเทศชิลี นอร์เวย์ สกอตแลนด์ และแคนาดาที่เกิดโรค
โรคทำให้ปลาที่ติดโรคมีเลือดจางเหมือนกับชื่อ ไม่เหมือนกับสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม เซลล์เม็ดเลือดแดงของปลามีดีเอ็นเอ จึงทำให้ติดไวรัสได้ ทำให้ปลามีเหงือกซีด ว่ายน้ำใกล้ ๆ ผิวน้ำ พยายามหายใจ แต่โรคก็อาจเกิดโดยปลาไม่ปรากฏอาการภายนอก โดยปลาจะอยากอาหารตามปกติแต่ในที่สุดอยู่ดี ๆ ก็ตาย โรคอาจจะระบาดไปอย่างช้า ๆ ทั่วฟาร์มปลา และในกรณีแย่สุด อัตราการตายอาจถึง 100% โรคยังเป็นอันตรายต่อปลาธรรมชาติที่มีน้อยลงเรื่อย ๆ ด้วย การแก้ไขรวมการพัฒนาวัคซีนและเพิ่มความต้านทานโรคทางพันธุกรรม
ตามธรรมชาติ ระดับการติดต่อโรคและปรสิตจะค่อนข้างน้อย เพราะปลาที่อ่อนแอจะถูกล่ากินโดยธรรมชาติ แต่ในกรงตาข่ายที่ปลาอยู่อย่างหนาแน่น นี่อาจกลายเป็นโรคระบาด โรคและปรสิตในปลาเลี้ยงอาจไปติดปลาธรรมชาติอีกด้วย งานศึกษาในรัฐบริติชโคลัมเบียได้สัมพันธ์การกระจายปรสิตคือ sea lice (วงศ์ Caligidae) จากฟารม์แซลมอนในแม่น้ำไปยังปลาแซลมอนชมพูธรรมชาติที่อยู่ในแม่น้ำเดียวกัน คณะกรรมาธิการยุโรปสรุปในปี 2002 ว่า แม้การลดลงของปลาแซลมอนธรรมชาติจะสัมพันธ์กับปัจจัยอื่น ๆ แต่ก็มีหลักฐานทางวิทยาศาสตร์มากขึ้นเรื่อย ๆ ที่แสดงความสัมพันธ์โดยตรงระหว่างจำนวนปลาธรรมชาติที่ติด sea lice กับการมีกรงเลี้ยงปลาในบริเวณน้ำกร่อย (estuary) เดียวกัน
มีรายงานปี 2007 (Krkosek et al) ว่าปลาแซลมอนธรรมชาติทางชายฝั่งตะวันตกของแคนาดากำลังจะสูญพันธุ์เนื่องกับ sea lice ที่มาจากฟาร์มแซลมอนใกล้ ๆ แต่นักวิทยาศาสตร์อื่น ๆ ก็ขัดแย้งไม่เห็นด้วย โดยจำนวนปลาที่จับได้ต่อ ๆ มาก็บ่งว่านี้เป็นพยากรณ์ที่ผิดพลาด
ในปี 2011 ฟารม์แซลมอนในสกอตแลนด์เริ่มใช้ปลานกขุนทองเลี้ยงเพื่อทำความสะอาดปรสิตนอกของแซลมอน
ทั่วโลก การผลิตแซลมอนลดลง 9% ในปี 2015 โดยมากเพราะการระบาดของ sea lice ในสกอตแลนด์และนอร์เวย์ มีการใช้แสงเลเซอร์เพื่อลดการติดปรสิต
ในปี 2017 ฟารม์แซลมอนครึ่งหนึ่งของสกอตแลนด์ติด sea lice นี่เป็นปัญหาเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ทั่วโลก โดยปรสิตทนการกำจัดได้ยิ่งกว่าที่คิด นักวิทยาศาสตร์ที่ได้เปลี่ยนเป็นนักประท้วงและผู้ทำการตรวจสอบ เป็นประธานองค์กรต่อต้านการเลี้ยงปลา คือ Global Alliance Against Industrial Aquaculture กล่าวว่า โรคต่าง ๆ แพร่ไปทั่วฟาร์มปลา ปัญหาของเสียควบคุมไม่ได้ และสารเคมีก็ใช้เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ตามบุคคลนี้ อุตสาหกรรมเลี้ยงปลาใกล้จะทำลายตัวเองเข้าทุกที
ฟาร์ปลาแซลมอนปกติจะอยู่ในระบบนิเวศทางทะเลที่มีคุณภาพน้ำดี มีน้ำไหลเวียนในอัตราสูง มีกระแสน้ำเร็วพอไม่ให้พื้นทะเลเกิดมลภาวะแต่ช้าพอไม่ให้กรงตาข่ายเสียหาย มีการป้องกันจากพายุหนัก ๆ มีน้ำลึกพอ อยู่ในระยะทางพอควรจากสาธารณูปโภคต่าง ๆ เช่นท่าเรือ โรงงาน และบริการทางโลจิสติกส์เช่นสนามบิน โลจิสติกส์เป็นเรื่องสำคัญ เพราะอาหารและแรงงานต้องส่งไปที่ฟาร์มปลาและผลผลิตต้องส่งไปยังสถานโลจิสติกส์ การเลือกที่ตั้งฟารม์ยังยุ่งยากเพราะปัญหาการได้ใบอนุญาตซึ่งมีแรงกดดันทางการเมืองที่ซับซ้อนในประเทศต่าง ๆ ทำให้ไม่สามารถตั้งฟาร์มในสถานที่ดีสุดได้ ในฟาร์มที่ไม่มีกระแสน้ำดีพอ โลหะหนักอาจสะสมที่พื้นทะเลใกล้ ๆ ฟารม์ โดยเฉพาะทองแดงและสังกะสี
สารปนเปื้อนยังพบในเนื้อปลาทั้งปลาเลี้ยงปลาธรรมชาติอย่างสามัญอีกด้วย งานศึกษาปี 2004 ที่พิมพ์ในวารสารวิทยาศาสตร์ Science วิเคราะห์ปลาแซลมอนเลี้ยงและปลาธรรมชาติว่ามีสารปนเปื้อนคือ organochlorine (เช่น dioxin) หรือไม่ แล้วพบว่าปลาเลี้ยงมีสารปนเปื้อนมากกว่า ในบรรดาปลาเลี้ยง ปลาแซลมอนยุโรป (โดยเฉพาะจากสกอตแลนด์) มีระดับสูงสุด และปลาแซลมอนจากชิลีมีระดับต่ำสุด
งานศึกษาติดตามในปี 2005 ได้ยืนยันข้อมูลนี้ คือได้พบระดับ dioxin, สารฆ่าศัตรูพืชและสัตว์ที่มีคลอรีน, PCB และสารปนเปื้อนอื่น ๆ ในปลาแซลมอนเลี้ยงอาจถึงสิบเท่าของปลาแซลมอนแปซิฟิกธรรมชาติ งานนี้พบว่า บุคคลสามารถรับประทานกรดไขมันโอเมกา-3 คือ EPA (Eicosapentaenoic acid) + DHA (Docosahexaenoic acid) จากปลาแซลมอนเลี้ยง (หรือธรรมชาติ) ให้ถึงระดับที่แนะนำได้โดยเสี่ยงปัญหาที่ไม่เกี่ยวมะเร็งในระดับที่ยอมรับได้ แต่ก็เสี่ยงมะเร็งในระดับที่ยอมรับไม่ได้ จนถึงทำให้สรุปว่า
แต่ก็มีเรื่องดีที่ตรวจพบ งานศึกษาต่อมาในปี 2005 ที่ชักตัวอย่างปลาเดียวกันกับงานศึกษาก่อนแสดงว่า ปลาแซลมอนเลี้ยงมีระดับกรดไขมันที่มีประโยชน์เป็น 2-3 เท่าของปลาธรรมชาติ เพราะงานวิเคราะห์ความเสี่ยงมะเร็งจะเทียบกับประโยชน์ของการบริโภคกรดไขมันโอเมกา-3 ในปลา จึงต้องพิจารณาระดับไขมันในตัวอย่างที่ตรวจสอบ เพราะ PCB เป็นสารที่ชอบไขมัน (lipophilic) ดังนั้นจึงพบอย่างเข้มข้นกว่าในปลาที่มีไขมันสูงโดยทั่วไป ระดับ PCB ที่สูงกว่าในปลาเลี้ยงก็เพราะมีระดับกรดไขมันโอเมกา-3 และโอเมกา-6 ที่สูงกว่า
ในปี 2005 รัสเซียห้ามการนำเข้าปลาแช่เย็นจากนอร์เวย์ หลังจากตรวจพบตัวอย่างปลาเลี้ยงที่มีระดับโลหะหนักสูง ตามรัฐมนตรีการเกษตรรัสเซีย ระดับตะกั่วที่พบอยู่ที่ 10-18 เท่าสูงกว่ามาตรฐานความปลอดภัยของประเทศ และระดับแคดเมียมก็สูงกว่าเกือบ 4 เท่า
ส่วนงานศึกษาปี 2008 ที่เทียบความเสี่ยงกับประโยชน์ของปลาในกลุ่มประชากรที่ไวความเสี่ยงได้สรุปตรงกันข้ามกับข้อแนะนำปี 2005 เพราะ
แนวทางอาหารของแคนาดาแนะนำให้รับประทานปลาสองที่ทุกสัปดาห์และให้เลือกปลาเช่นปลาชาร์ (สกุล Salvelinus ในวงศ์ปลาแซลมอน) ปลาเฮร์ริง ปลาแมกเคอเรล ปลาแซลมอน ปลาซาร์ดีน และปลาเทราต์ ส่วนแนวทางอาหารสหรัฐปี 2010 ให้ทานอาหารทะเลหลายชนิดประมาณ 8 ออนซ์ต่ออาทิตย์ (ประมาณ 227 ก.) หรือ 12 ออนซ์ (ประมาณ 340 ก.) สำหรับแม่ที่ให้นมลูก โดยไม่มีขีดกำหนดหรือข้อจำกัดในการกินปลาแซลมอนเลี้ยงหรือธรรมชาติ ส่วนรายงาน "อัปเดตของการเฝ้าตรวจระดับ dioxins และ PCBs ในอาหารและอาหารสัตว์" ที่ส่งแก่ EFSA ในปี 2012 ระบุว่าปลาแซลมอนและปลาเทราต์ที่เลี้ยงโดยเฉลี่ยมี dioxins และ PCBs น้อยกว่าปลาธรรมชาติ
ประธานขององค์การนอกภาครัฐที่อนุรักษ์สิ่งแวดล้อมของนอร์เวย์ คือ Green Warriors of Norway อ้างว่า จำนวนปลาที่เลี้ยงในนอร์เวย์ไม่อาจยั่งยืนได้ เพราะปริมาณอาหารปลาที่ไม่ได้กินและขี้ปลาที่กลายเป็นมลพิษในท้องทะเล ในขณะที่สารเคมีที่ใช้ต้าน sea lice ก็รวมเข้าไปในโซ่อาหาร เขากล่าวว่า "ถ้าคนรู้เรื่องนี้ ก็จะไม่กินปลาแซลมอน" โดยเรียกปลาเลี้ยงว่า "เป็นอาหารมีพิษมากที่สุดในโลก" ประธานองค์กรต่อต้านการเลี้ยงปลา คือ Global Alliance Against Industrial Aquaculture ก็เห็นด้วย โดยกล่าวว่า มีการใช้สารเคมีบางอย่างเพิ่มขึ้นเป็น 10 เท่าในช่วงปี 2015-2016 การใช้ยาฆ่าแมลง emamectin ซึ่งมีพิษเพื่อฆ่า sea lice ก็กำลังเพิ่มอย่างรวดเร็ว และงานศึกษาต่าง ๆ ก็พบว่า ระดับสารเคมีต่าง ๆ ที่ใช้ฆ่า sea lice ได้เกินขีดความปลอดภัยของสิ่งแวดล้อมมากกว่า 100 เท่าภายใน 10 ปีก่อนปี 2017
ปลาแซลมอนเลี้ยงอาจหนีไปจากกรงตาข่ายได้ ถ้าไม่ใช่ปลาท้องถิ่น มันก็จะแข่งขันแย่งชิงอาหารและที่อยู่กับปลาท้องถิ่นธรรมชาติ ถ้าปลาเลี้ยงเป็นปลาท้องถิ่น มันก็อาจผสมพันธุ์กับปลาท้องถิ่นธรรมชาติ ซึ่งอาจลดความหลากหลายทางพันธุกรรม ภูมิต้านทานโรค และการปรับตัวได้
ในปี 2004 ปลาแซลมอนและปลาเทราต์ 500,000 ตัว ได้หนีไปจากกรงทะเลในนอร์เวย์ รอบ ๆ สกอตแลนด์ ปลา 600,000 ตัวได้หลุดออกไปจากกรงในช่วงเกิดพายุ ชาวประมงพาณิชย์ที่มุ่งจับปลาแซลมอนธรรมชาติก็จับปลาแซลมอนเลี้ยงได้บ่อย ช่วงระยะหนึ่งที่หมู่เกาะแฟโร ในบรรดาปลาที่จับได้ทั้งหมด ถึง 20-40% เป็นปลาแซลมอนเลี้ยงที่หนีมา ในปี 2017 ปลาแซลมอนแอตแลนติกเลี้ยงที่ไม่ใช่ปลาท้องถิ่น 263,000 ตัวได้หนีจากรงตาข่ายในทะเลรัฐวอชิงตัน
sea lice (ในไฟลัมย่อย Crustacea) โดยเฉพาะสปีชีส์ Lepeophtheirus salmonis และหลายพันธุ์ในสกุล Caligus รวมทั้ง C. clemensi และ C. rogercresseyi อาจก่อโรคถึงตายทั้งในปลาแซลมอนเลี้ยงและปลาธรรมชาติ sea lice เป็นปรสิตภายนอก (ectoparasite) ที่กินหนอง เลือด และหนัง และมาเกาะผิวหนังของปลาแซลมอนธรรมชาติในระยะพัฒนาการต่าง ๆ คือ free-swimming planktonic nauplii และ copepodid larval โดยอาจคงอยู่หลายวัน
ฟาร์มปลาแซลมอนที่เลี้ยงในกรงตาข่ายภายในทะเลเปิด (open-net salmon farm) อาจเป็นจุดรวม sea lice อย่างมหาศาล ถ้าลูกปลาธรรมชาติผ่านมาในบริเวณน้ำกร่อยที่มีฟาร์มเช่นนี้มาก ลูกปลาก็จะติดปรสิตแล้วไม่สามารถรอดชีวิตได้ ปลาที่โตแล้วอาจรอดชีวิตจากปรสิตที่มีมากเช่นนี้ แต่ลูกปลาที่ยังเล็ก ผิวบาง ซึ่งกำลังอพยพไปสู่ทะเลก็จะเสี่ยงตายมาก รายงานปี 2007 (Krkosek et al) ระบุว่า ทางชายฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิกของแคนาดา อัตราการตายของปลาแซลมอนชมพูเนื่องกับ sea lice ในที่บางแห่งอาจสูงเป็นปกติถึง 80%
ต่อมาปีเดียวกันโดยเป็นปฏิกิริยาต่อรายงานการสูญพันธุ์ปี 2007 ตามที่ว่า นักวิทยาศาสตร์ของสำนักงานการประมงรัฐบาลกลางแคนาดาสองท่านได้ตีพิมพ์ข้อความวิจารณ์รายงานโดยติดชื่อที่แปลว่า ทัศนคติเรื่องปลาแซลมอนชมพูและ Sea Lice: หลักฐานทางวิทยาศาสตร์ไม่สนับสนุนสมมติฐานการสูญพันธุ์ ต่อจากงานศึกษาเหล่านั้น ปลาแซลมอนชมพูก็ได้เพิ่มขึ้นในกลุ่มเกาะบร็อตตัน (Broughton Archipelago) ตามชายฝั่งรัฐบริติชโคลัมเบีย และก็มีการโต้แย้งในวรรณกรรมวิทยาศาสตร์ของนักวิทยาศาสตร์การประมงของรัฐบาลกาลางแคนาดาอีกกลุ่มหนึ่งที่สรุปว่า ไม่มีสหสัมพันธ์ระหว่างจำนวน sea lice ที่พบในปลาแซลมอนเลี้ยงกับจำนวนปลาแซลมอนชมพูที่กลับไปสู่หมู่เกาะบร็อตตัน โดยกล่าวถึงทฤษฎีสูญพันธุ์ปี 2007 ว่า "ข้อมูลถูกเลือกใช้และข้อสรุปก็ไม่ตรงกับการกลับมาของปลาแซลมอนเมื่อเร็ว ๆ นี้"
งานวิเคราะห์อภิมานของข้อมูลที่มีอยู่ปี 2008 แสดงว่า การเลี้ยงปลาแซลมอนลดการรอดชีวิตของปลาธรรมชาติพันธุ์เดียวกัน ซึ่งเป็นจริงสำหรับปลาแซลมอนแอตแลนติก ปลาเรนโบว์เทราต์ ปลาแซลมอนชมพู ปลาแซลมอนชัม และปลาแซลมอนโคโฮ การรอดชีวิตบ่อยครั้งลดลงมากกว่า 50% แต่งานศึกษาเหล่านี้เป็นการวิเคราะห์โดยสหสัมพันธ์ และมีสหสัมพันธ์ก็ไม่ได้หมายความว่าเป็นเหตุ โดยเฉพาะเมื่อปลาแซลมอนธรรมชาติก็ได้ลดลงเช่นกันในรัฐออริกอนและแคลิฟอร์เนียซึ่งไม่เลี้ยงปลาแซลมอน แม้งานเหล่านี้จะพยากรณ์การล้มของการกลับมาของแซลมอน แต่จำนวนปลาแซลมอนธรรมชาติที่จับได้ในแคนาดาปี 2010 ก็เป็นเหตุการณ์ประวัติศาสตร์
งานศึกษาปี 2010 ที่ใช้ข้อมูลจำนวน sea lice บวกกับข้อมูลผลิตปลาจากฟาร์มแซลมอนในหมู่เกาะบร็อตตันเป็นครั้งแรกไม่พบสหสัมพันธ์ระหว่างจำนวน sea lice ในฟาร์มกับการรอดชีวิตของปลาแซลมอนธรรมชาติ ผู้เขียนสรุปว่า การล้มของกลุ่มประชากรในปี 2002 ไม่ได้เป็นเพราะ sea lice คือ แม้ sea lice ในฟาร์มปลาในช่วงที่ลูกปลาธรรมชาติออกสู่ทะเลในปี 2000 จะมีจำนวนมากกว่าปี 2001 จำนวนปลาแซลมอนที่กลับมาวางไข่ในปี 2001 (จากกลุ่มลูกปลาปี 2000) ก็ได้ทำประวัติ/สถิติ เทียบกับการล้มจำนวนประชากรถึง 97% ในปี 2002 (จากกลุ่มลูกปลาปี 2001) ผู้เขียนให้ข้อสังเกตว่า งานศึกษาที่ทำเบื้องต้นไม่ได้ตรวจสอบเหตุทางแบคทีเรียหรือไวรัสในเหตุการณ์ แม้จะมีรายงานว่ามีเลือดออกที่โคนครีบซึ่งเป็นอาการที่สัมพันธ์กับการติดเชื้อโดยไม่เกี่ยวกับการติด sea lice เมื่อเกิดในห้องทดลอง
ปลาแซลมอนธรรมชาติจะกลับสู่น้ำจืดจากทะเลเพื่อวางไข่ และลูกปลาจะออกสู่ทะเลเมื่อโตขึ้น ปลาโดยมากกลับสู่แม่น้ำที่เกิดแม้จะมีบางส่วนที่หลงเข้าแม่น้ำอื่นไปบ้าง มีความเป็นห่วงเรื่องความหลากหลายทางพันธุกรรมเกี่ยวกับการกลับมาวางไข่ของปลา ความฟื้นสภาพได้ของกลุ่มประชากรจะขึ้นอยู่กับปลาบางส่วนที่สามารถรอดชีวิตจากสิ่งแวดล้อมที่รุนแรง เช่น อุณหภูมิร้อนหนาวสุด ๆ ผลของการเลี้ยงปลาต่อความหลากหลายทางพันธุกรรมก็ไม่ชัดเจนเช่นกัน
ปลาแซลมอนได้ดัดแปลงพันธุกรรมในแล็บเพื่อให้โตเร็วขึ้น บริษัท AquaBounty Technologies ได้พัฒนาปลาแซลมอนแอตแลนติกดัดแปลงพันธุกรรมซึ่งโตเร็วแทบเป็นสองเท่า (ให้ปลาสามารถโตได้ภายใน 16-18 เดือน เทียบกับปลาปกติที่ 30 เดือน) โดยทนโรคทนหนาวได้ดีกว่า และยังกินอาหารน้อยกว่า 10% อีกด้วย ซึ่งทำโดยใช้ลำดับยีนของปลาแซลมอนชินูกที่มีผลต่อฮอร์โมนการเติบโต (growth hormone) และใช้ promoter sequence จากปลาในอันดับปลากะพงพันธุ์ Zoarces americanus (Ocean pout) ที่มีผลต่อการผลิตสารกันเยือกแข็ง (antifreeze) ปกติแล้วปลาแซลมอนจะผลิตฮอร์โมนการเติบโตต่อเมื่อมีแสง แต่ปลาแซลมอนดัดแปลงพันธุกรรมกลับไม่ระงับการผลิตฮอร์โมน
บริษัทได้ยื่นเรื่องขออนุมัติจากองค์การอาหารและยาสหรัฐ (FDA) ครั้งแรกในปี 1996 ในปี 2015 FDA ได้อนุมัติให้ผลิตปลาแซลมอนแปลงพันธุกรรม (AquAdvantage Salmon) เพื่อการพาณิชย์
ความเป็นห่วงในเรื่องปลาแซลมอนที่ได้ยีนมาจากสัตว์อื่น (transgenic) ก็คือจะเกิดอะไรขึ้นถ้ามันหลุดออกไปอยู่เองตามธรรมชาติ งานศึกษาหนึ่งที่ทำในแล็บพบว่า ปลาแปลงพันธุกรรมที่อยู่กับปลาธรรมชาติรุ่นเดียวกันจะดุในการแข่งขันเพื่อทรัพยากร แต่ในที่สุดก็แพ้
กรงตาข่ายอาจล่อสัตว์หล่าเหยื่อธรรมชาติต่าง ๆ ซึ่งอาจมาติดที่ตาข่าย ทำให้รับบาดเจ็บหรืออาจถึงตาย ในรัฐแทสเมเนีย กรงตาข่ายเลี้ยงแซลมอนเคยพันกับนกออก ซึ่งกระตุ้นให้ผู้เลี้ยงปลาบริษัทหนึ่งคือ Huon Aquaculture ช่วยสร้างศูนย์คืนสภาพประชากรนกแล้วใช้ตาข่ายที่ดีกว่า
การใช้ปลาเหยื่อ (forage fish) เพื่อผลิตอาหารสัตว์ค่อนข้างจะคงที่เป็นเวลา 30 ปีแล้วโดยทำในอัตราสูงสุดที่คงยืนได้ (maximum sustainable yield) ในขณะที่ตลาดได้เปลี่ยนไปจากใช้อาหารเช่นนี้เลี้ยงไก่ สุกร และสัตว์เลี้ยง ไปเป็นอาหารเลี้ยงสัตว์น้ำเลี้ยง ตลาดที่เปลี่ยนไปในขณะที่ระดับการผลิตที่คงที่จึงดูเหมือนจะเป็นการตัดสินทางเศรษฐกิจซึ่งก็แสดงนัยว่า การพัฒนาฟาร์มเลี้ยงปลาไม่มีผลกระทบต่อการประมงปลาที่เป็นเหยื่อ
เพราะปลาปกติไม่ผลิตกรดไขมันโอเมกา-3 เอง แต่สะสมจากการกินสาหร่ายเซลล์เดียว (microalgae) ซึ่งผลิตกรดไขมันเช่นนี้ เช่นที่พบในปลาเหยื่อ คือ ปลาเฮร์ริงและปลาซาร์ดีน หรือจากการกินปลาเหยื่อดังที่พบในปลาล่าเหยื่อมีไขมันสูง เช่น ปลาแซลมอน เพื่อให้ปลาแซลมอนได้กรดไขมันสูง ผลผลิตน้ำมันปลาของโลกเกินครึ่งจึงใช้เป็นอาหารปลาแซลมอนเลี้ยง อนึ่ง ปลายังต้องกินโปรตีนซึ่งได้จากอาหารที่ทำจากปลาอันเป็นโปรตีนราคาถูกสุด ปลาแซลมอนเลี้ยงกินปลารวม ๆ กันมีน้ำหนักมากกว่าตน แม้ปลาแซลมอนจะเป็นปลาอาหารที่มนุษย์นิยมกว่า
ในปี 2004 องค์กรนอกภาครัฐ World Wide Fund for Nature (WWF) ได้เริ่มงานประชุมเกี่ยวกับการเลี้ยงปลาแซลมอน คือ Salmon Aquaculture Dialogue ซึ่งเป็นงานประชุมหนึ่งในบรรดางานประชุมเลี้ยงสัตว์น้ำที่จัด จุดมุ่งหมายก็เพื่อสร้างมาตรฐานทางสิ่งแวดล้อมและสังคมสำหรับฟารม์ปลาแซลมอนและฟาร์มสัตว์สปีชีส์อื่น ๆ (รวม 12 สปีชีส์จนถึงปี 2018) ตั้งแต่ปี 2012 มาตรฐานที่สร้างขึ้นโดยผู้ที่มีผลประโยชน์ร่วมได้ส่งต่อไปให้องค์กร Aquaculture Stewardship Council (ASC) ซึ่งตั้งขึ้นในปี 2010 เพื่อเป็นผู้บริหารและพัฒนามาตรฐานให้ยิ่งขึ้น มาตรฐานแรกที่เผยแพร่ในปี 2012 แล้วอัปเดตในปี 2017 หลังจากได้รับความเห็นจากสาธารณชน ก็คือ ASC Salmon Standard เก็บถาวร 2023-04-19 ที่ เวย์แบ็กแมชชีน WWF เบื้องต้นได้ระบุ "ผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมและสังคมหลัก 7 อย่าง" รวมทั้ง
รูปแบบการผลิตปลาแซลมอนอีกอย่างซึ่งปลอดภัยกว่าแต่ควบคุมได้ยากกว่า ก็คือการเลี้ยงปลาในที่ฟักไข่ (hatchery) จนกระทั่งโตพอเลี้ยงตัวเองได้ แล้วปล่อยลงในแม่น้ำเพื่อพยายามเพิ่มจำนวนประชากรปลาแซลมอน เป็นวิธีที่สามัญในประเทศต่าง ๆ เช่นสวีเดน ก่อนที่ชาวนอร์เวย์จะได้พัฒนาระบบฟาร์มแซลมอน แต่บริษัทเอกชนจะไม่ค่อยทำเช่นนี้ เพราะใคร ๆ (หรือสัตว์ใด ๆ) ก็สามารถจับปลาเมื่อกลับมาวางไข่ได้ บริษัทจึงได้ผลประโยชน์จำกัดจากการลงทุน เพราะเหตุนี้ ผู้ใช้วิธีนี้จึงเป็นเจ้าหน้าที่ฝ่ายรัฐบาลและองค์กรไม่แสวงหาผลกำไร มีจุดประสงค์เพื่อเพิ่มจำนวนประชากรแซลมอนที่ลดลงเนื่องจากการประมงเกิน, การสร้างเขื่อน และการทำลายหรือรบกวนแหล่งที่อยู่ ผลลบก็มีบ้างเหมือนกัน เพราะยีนของปลาธรรมชาติจะลดน้อยถอยลง (เหตุ genetic dilution) ดังนั้น รัฐบาลระดับต่าง ๆ จึงเริ่มไม่ให้ปล่อยปลาเช่นนี้ แต่ให้ควบคุมการประมง ปรับปรุงแหล่งที่อยู่ของปลา และดูแลป้องกันเป็นหลัก
ocean ranching เป็นการเพิ่มจำนวนปลาอีกวิธีหนึ่งและกำลังพัฒนาอยู่ที่รัฐอะแลสกา คือจะปล่อยลูกปลาลงในทะเลห่างจากสายน้ำของแซลมอนธรรมชาติอื่น ๆ เมื่อถึงเวลาจะวางไข่ ปลาก็จะกลับมาสู่ที่ที่ปล่อย ซึ่งชาวประมงสามารถจับมันได้
ในสายน้ำที่เกิด การตกปลาปลาแซลมอนแอตแลนติกจัดเป็นยอดนันทนาการในช่วงกลับมาวางไข่ ในครั้งหนึ่ง สปีชีส์นี้สำคัญทั้งในการประมงพาณิชย์และการตกปลาหาอาหาร แต่การประมงปลาธรรมชาติทางพาณิชย์เป็นเรื่องที่ไม่ทำแล้ว หลังจากเกิดความเสียหายต่อแหล่งที่อยู่และการตกปลาเกิน ปัจจุบัน ปลาธรรมชาติขายในตลาดโลกเพียงแค่ 0.5% ของปลาแซลมอนแอตแลนติกที่ขายทั้งหมด ที่เหลือเป็นปลาเลี้ยงโดยมากมาจากฟาร์มในประเทศชิลี แคนาดา นอร์เวย์ รัสเซีย สหราชอาณาจักร และรัฐแทสเมเนีย
ปลาแซลมอนแอตแลนติกเป็นปลาที่เลือกเลี้ยงมากที่สุด เพราะจัดการได้ง่าย โตได้ดีในกรงตาข่ายทะเล มีราคาสูงในตลาด และปรับตัวเป็นปลาเลี้ยงได้ดีแม้เมื่ออยู่ไกลจากแหล่งที่อยู่ธรรมชาติ
เพื่อทำพันธุ์ ปลาตัวผู้ตัวเมียที่โตแล้วจะวางยา แล้วรีดไข่และตัวอสุจิ และก็จะทำควาดสะอาดปลาแล้วเอาผ้าเช็ดให้แห้ง ผสมไข่กับตัวอสุจิ ล้างแล้วใส่ลงในน้ำจืด ส่วนปลาตัวพ่อแม่ก็จะฟื้นตัวในน้ำไหลที่สะอาดมีออกซิเจนดี นักวิชาการยังได้ศึกษาการแช่แข็งถนอมไข่ไว้ (cryopreservation) ด้วย
ลูกปลาระยะ fry ปกติจะเลี้ยงในบ่อน้ำจืดเป็นเวลา 12-20 เดือน เมื่อถึงระยะ smolt ก็จะนำไปอยู่ในทะเลเป็นเวลาอาจถึง 2 ปี ในช่วงนี้ ปลาจะโตเต็มที่ในกรงตาข่ายขนาดใหญ่นอกฝั่งของแคนาดา สหรัฐ และบางส่วนของยุโรป ปกติแล้ว กรงจะมีตาข่ายสองชั้น ตาข่ายในจะพันรอบกรงซึ่งปลาอยู่ และตาข่ายนอกจะตรึงไว้ด้วยทุ่นลอยน้ำเพื่อกันสัตว์ล่าเหยื่อไม่ให้เข้าไป
ปลาแซลมอนแอตแลนติกจำนวนมากหนีจากกรงไปสู่ทะเล ซึ่งถ้าผสมพันธุ์ต่อไปก็มักจะลดความหลากหลายทางพันธุกรรมของสปีชีส์ ลดอัตราการรอดตาย ทำให้จับปลาได้น้อยลง ทางฝั่งตะวันตกของอเมริกาเหนือ ปลาแซลมอนที่ไม่ใช่ปลาท้องถิ่นอาจเป็นอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตท้องถิ่น โดยเฉพาะในอะแลสกาและบางส่วนของแคนาดา เพราะจะแข่งขันเพื่อทรัพยากรกับปลาแซลมอนท้องถิ่น มีโครงการใหญ่หลายอย่างที่พยายามป้องกันการหนีและการกระจายพันธุ์ของปลาแซลมอนแอตแลนติกในมหาสมุทรแปซิฟิกและที่อื่น ๆ
แต่ความเสี่ยงที่ปลาแซลมอนแอตแลนติกจะกลายเป็นสปีชีส์ที่กระจายตัวอย่างรวดเร็วทางชายฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิกของอเมริกาเหนือ ก็เป็นเรื่องน่าสงสัย เพราะรัฐบาลสหรัฐและแคนาดาได้พยายามกระจายพันธุ์ปลาเหล่านี้โดยปล่อยปลาเป็นล้าน ๆ ตัวในช่วง 100 ปีเริ่มตั้งแต่คริสต์ทศวรรษ 1900 แม้จะตั้งใจพยายามทำเช่นนี้ที่ชายฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิก แต่ก็ไม่เคยมีรายงานว่ามีปลาที่ตั้งกลุ่มประชากรได้สำเร็จ
ในปี 2007 ปลาแซลมอนแอตแลนติกผลิตได้ 1,433,708 ตันทั่วโลกโดยมีมูลค่า 7,580 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 246,000 ล้านบาท) อีกทศวรรษหนึ่งต่อมาในปี 2017 มีการผลิตปลาเลี้ยงถึง 2 ล้านตันทั่วโลก
ในปี 1989 ปลาเรนโบว์เทราต์หรือปลาสตีลเฮด (steelhead) ได้จัดพันธุ์ใหม่เป็นปลาเทราต์แปซิฟิกพันธุ์ Oncorhynchus mykiss จากเดิมซึ่งเป็น Salmo gairdneri (Columbia River redband trout) และจาก Salmo irideus (coastal rainbow trout) ชื่อว่าสตีลเฮดเป็นรูปแบบปลาเรนโบว์เทราต์ที่อยู่ในทะเลและวางไข่ในน้ำจืด และในบางที่ก็เรียกว่า steelhead salmon หรือ ocean trout ด้วย
ประเทศหลายประเทศทั่วโลกเลี้ยงปลาสตีลเฮด ตั้งแต่คริสต์ทศวรรษ 1950 การผลิตได้เพิ่มขึ้นเป็นเลขชี้กำลังเร็ว ๆ นี้โดยเฉพาะในยุโรปและในชิลี ทั่วโลกในปี 2007 ปลาสตีลเฮดขายได้ 604,695 ตันโดยมีมูลค่า 2,590 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 84,000 ล้านบาท) ผู้ผลิตรายใหญ่ที่สุดก็คือประเทศชิลี ในชิลีและนอร์เวย์ การผลิตปลาสตีลเฮดที่เลี้ยงในกรงตาข่ายทะเลได้ขยายขึ้นมากพอเพื่อส่งออก ส่วนการผลิตปลาเรนโบว์เทราต์บนบกเพื่อตลาดภายในประเทศได้ขยายเพิ่มขึ้นอย่างมากในประเทศต่าง ๆ รวมทั้งอิตาลี ฝรั่งเศส เยอรมนี เดนมาร์ก และสเปน ประเทศที่ผลิตได้อย่างสำคัญอื่น ๆ รวมทั้งสหรัฐ อิหร่าน และสหราชอาณาจักร
ปลาเรนโบว์เทราต์ รวมทั้งลูกปลาสตีลเฮดในน้ำจืด ปกติกินตัวอ่อน (larva), ดักแด้ (pupa) และแมลงน้ำที่โตแล้ว ทั่วไปเป็น caddisflies (จากอันดับ Trichoptera), stoneflies (จากอันดับ Plecoptera), แมลงชีปะขาว (จากอันดับ Ephemeroptera) และแมลงวันน้ำ (จากอันดับ Diptera) แต่ก็ยังกินไข่ปลาและแมลงบกที่โตแล้วด้วย ธรรมดาเป็นมด ด้วง ตั๊กแตน และจิ้งหรีด เหยื่ออื่น ๆ รวมทั้งปลาเล็ก ๆ จนถึงขนาด 1/3 ของตนเอง เครย์ฟิช กุ้ง และสัตว์พวกกุ้งกั้งปูอื่น ๆ เมื่อโตขึ้น ปลาโดยมากก็จะกินอาหารมากขึ้น สายพันธุ์ที่อยู่ในทะเลสาบอาจเปลี่ยนเป็นกินแพลงก์ตอน ในแม่น้ำและสายน้ำที่มีปลาวงศ์แซลมอนอื่น ๆ ปลาเรนโบว์เทราต์จะกินไข่ของปลาต่าง ๆ รวมทั้งของปลาแซลมอน, ปลาเทราต์สีน้ำตาล, ปลาเทราต์คัตโทรต (cutthroat trout พันธุ์ Oncorhynchus clarkii), mountain whitefish (Prosopium williamsoni) และปลาเรนโบว์เทราต์อื่น ๆ ปลายังกินเนื้อเน่าจากซากปลาอื่น ๆ ส่วนปลาสตีลเฮดในทะเลโดยหลักกินปลาอื่น หมึก และสัตว์อันดับ Amphipoda
ปลาสตีลเฮดจะเลี้ยงด้วยอาหารที่ทำคล้ายกับอาหารธรรมชาติรวมทั้งเนื้อปลา น้ำมันปลา วิตามิน แร่ธาตุ และสารรงควัตถุประเภทแคโรทีนอยด์คือแอสตาแซนทิน ปลาเสี่ยงติดโรค enteric redmouth disease (มีอาการตกเลือดใต้ผิวหนังที่ปาก ครีบ และตา) เป็นพิเศษ มีงานวิจัยในรื่องนี้พอสมควรเพราะมีผลกระทบต่อผู้เลี้ยงปลาอย่างสำคัญ แต่โรคไม่มีผลต่อมนุษย์
ปลาที่ใช้ผสมพันธุ์ (broodfish) จะเลือกจากปลาแซลมอนในฟาร์ม และย้ายไปในถังน้ำจืดเพื่อให้โตเต็มที่แล้ววางผสมพันธุ์ ทั่วโลกปี 2007 ปลาเลี้ยงขายได้ 115,376 ตัน โดยมีมูลค่า 456 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 14,774 ล้านบาท) ประเทศชิลีผลิตปลา 90% และญี่ปุ่นกับแคนาดาผลิตที่เหลือ
ปลาแซลมอนชินูกเป็นปลาประจำรัฐของรัฐออริกอน โดยเรียกปลาว่า king salmon เพราะขนาดใหญ่และเนื้ออร่อย ปลาจากแม่น้ำค็อปเปอร์ (Copper River) ในรัฐอะแลสการู้จักเป็นพิเศษเพราะสี รสอร่อย เนื้อแน่น และกรดไขมันโอเมกา-3 สูง อะแลสก้าห้ามเลี้ยงปลาขายมาตั้งแต่ปี 1989 แล้ว (Alaska Stat. § 16.40.210)
ทั่วโลกในปี 2007 ปลาแซลมอนชินูกขายได้ 11,542 ตันโดยมีมูลค่า 83 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 2,689 ล้านบาท) นิวซีแลนด์เป็นผู้ผลิตปลา king salmon รายใหญ่สุดโดยผลิตเกินครึ่งของโลก (7,400 ตันในปี 2005) แซลมอนโดยมากเลี้ยงในทะเลในกรงตาข่ายลอยน้ำ (ซึ่งเรียกอีกอย่างว่า sea-cage ranching) ขนาดตัดขวางประมาณ 25 ม. ลึก 15 ม. ยึดอยู่กับพื้นทะเลในน้ำไหลเร็วใกล้ฝั่ง ลูกปลาระยะ smolt จะย้ายจากที่ฟักไข่ในน้ำจืดไปยังกรงที่มีแซลมอนหลายพันตัวแล้วอยู่ที่นั่นตลอดชีวิต เลี้ยงด้วยเม็ดอาหารที่ทำจากปลา (fishmeal) ซึ่งมีโปรตีนและไขมันสูง
ปลายังเลี้ยงในกรงตาข่ายที่ตั้งในน้ำจืดหรือเลี้ยงในรางน้ำ (raceway) โดยใช้เทคนิกคล้ายกับปลาที่เลี้ยงในทะเล มีการเลี้ยงปลาแซลมอนน้ำจืดที่คลองปั่นไฟฟ้ากำลังน้ำในนิวซีแลนด์ คือที่เมือง Lake Tekapo มีฟาร์มเลี้ยงปลาที่ได้น้ำเย็นไหลเร็วจากเทือกเขา Southern Alps เป็นฟาร์มเลี้ยงปลาที่อยู่สูงที่สุดในโลก สูงกว่าน้ำทะเล 677 ม.
ก่อนฆ่า ปลาจะถูกวางยาสลบก่อนด้วยสมุนไพร แล้วใช้เดือยแหลมตอกเข้าไปในสมองส่วนหลัง หัวใจจะเต้นอยู่พักหนึ่งในขณะที่เอาเลือดออกทางเหงือกปลา วิธีการทำให้ปลาผ่อนคลายแล้วฆ่าทำให้ได้เนื้อแน่นเก็บไว้ได้นาน การไร้โรคเพราะไม่มีปลาธรรมชาติและการไม่เลี้ยงปลาจนแน่นในกรงจึงหมายความว่า ผู้เลี้ยงปลาแซลมอนนิวซีแลนด์ไม่ต้องใช้ยาปฏิชีวนะและสารเคมีที่บ่อยครั้งจำเป็นในที่อื่น ๆ