Ejército Zapatista de Liberación Nacional

El Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN) es una organización mexicana que, en enero de 1994 y hasta 2006, fue principalmente militar, trasformándose con posterioridad en un movimiento político. Su inspiración política conjuga el zapatismo, el marxismo y el socialismo libertario, y su estructura militar es la de una guerrilla. Su objetivo es, según el subcomandante Marcos: «¿La toma del poder? No, apenas algo más difícil: un mundo nuevo»;​ y en la Declaración de la Selva Lacandona se estableció:​
Salió a la luz pública en el estado mexicano de Chiapas el 1 de enero de 1994, cuando un grupo de indígenas armados intentaron ocupar siete cabeceras municipales el mismo día que entraba en vigor el Tratado de Libre Comercio de América del Norte (TLCAN en español, NAFTA en inglés) —firmado por Canadá, Estados Unidos y México durante el gobierno de Carlos Salinas de Gortari—, cuestionando al sistema político mexicano sobre sus promesas de modernidad. Su objetivo era el derrocamiento del presidente elegido y el establecimiento de una democracia participativa. Cabe aclarar que, siendo inicialmente un movimiento marxista leninista, cambió la estrategia de imagen y se autocatalogó como un grupo que reivindicaba los derechos indígenas, quizás previendo que una imagen de guerrilla dura e ideológicamente desconectada de la mayoría del pueblo mexicano no causaría la empatía ni el apoyo deseado, cuestiones que no se mencionan en la Primera Declaración de la Selva Lacandona. Asimismo, la improvisación de una imagen enigmática dada por el pasamontañas, que utilizaron debido al golpe mediático que significó la aparición de su vocero principal, el autodenominado subcomandante Marcos, con esta prenda, da cuenta del excelente manejo de imagen, pues impactó en el imaginario popular mexicano, dado a recordar figuras históricas y hechos concretos por medio de simbología y actos de esta naturaleza, la creación de mitos. Tras la represión militar recibida, se emprendió una actividad política. Su mando recibió el nombre de Comité Clandestino Revolucionario Indígena-Comandancia General (CCRI-CG) del EZLN.​
El Comité Clandestino Revolucionario Indígena-Comandancia General del Ejército Zapatista de Liberación Nacional, a veces abreviado CCRI, es el conjunto de mando del Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN). Su nombre se deriva de su composición, mayoritariamente indígena.
Este liderazgo colectivo del EZLN se compone de 23 comandantes (prácticamente todos indígenas chiapanecos) y un subcomandante (subcomandante Galeano, que actúa básicamente como un portavoz). Esta es una de las características únicas del Comité Clandestino Revolucionario Indígena.
A la mayoría de los comandantes del CCRI solo se les conoce por sus nombres de guerra: Comandante Brunel, Comandante Abraham, Comandante Alejandro, Comandante Bulmaro, Comandante Daniel, Comandante David, Comandante Eduardo, Comandanta Esther, Comandanta Fidelia, Comandante Filemón, Comandante Gustavo, Comandante Isaías, Comandante Ismael, Comandante Javier, Comandante Maxo, Comandante Míster, Comandante Moisés (†), Comandante Omar, Comandanta Ramona (†), Comandante Sergio, Comandanta Susana, Comandante Tacho, Comandanta Yolanda, Comandante Zebedeo.
El EZLN surgió durante el gobierno del Partido Revolucionario Institucional (PRI), que hasta 1994 llevaba en el poder más de sesenta años, en un sistema de partido de Estado en México. La situación dio paso a que muchos jóvenes consideraran los canales legales de participación política cerrados y apostaran por la formación de organizaciones armadas clandestinas para buscar el derrocamiento de un régimen que desde su punto de vista era autoritario, y mejorar así las condiciones de vida de la población.
De una de estas organizaciones, las Fuerzas de Liberación Nacional (FLN),​ surgió el Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN).
Las FLN se fundaron el 6 de agosto de 1969 en el norte del país (Monterrey, Nuevo León) y, a decir del general Mario Arturo Acosta Chaparro, en su informe Movimientos subversivos en México, «tenían establecidas sus zonas de operaciones en los estados de Veracruz, Puebla, Tabasco, Nuevo León y Chiapas».
En febrero de 1974 se suscitó en San Miguel Nepantla, estado de México, un enfrentamiento entre una unidad del Ejército federal, al mando del entonces teniente coronel Mario Arturo Acosta Chaparro, e integrantes de las FLN. Algunos perdieron la vida a raíz del combate, como Carmen Ponce y Dení Prieto,​ y otros serían arrestados, como María Gloria Benavides Guevara Elorriaga, quien denunció haber sido torturada.​
Como consecuencia de este enfrentamiento, la FLN perdió su capacidad operativa. A principios de la década de los ochenta, algunos de sus militantes decidieron la fundación del Ejército Zapatista de Liberación Nacional. Así, el 17 de noviembre de 1983, un grupo de personas, entre los que se encontraban indígenas y mestizos, declararon formalmente constituida la formación de un ejército regular que el 1 de enero de 1994 salió a la luz pública declarando la guerra al Gobierno mexicano.​
La principal problemática que impulsó la creación del EZLN y posteriormente la toma de San Cristóbal de las Casas y ciudades próximas, fue las injusticias y desigualdades que estaban recibiendo los habitantes originarios y pertenecientes a grupos mayas de la zona. Los zapatistas están conformados por pueblos tseltal, tsotsil, chol y tojolabal en específico. Estos demandaban la retribución agrial y el cumplimiento de sus Derechos Humanos fundamentales, como la educación, alimentación, salud, entre otros.​
En el mismo centro histórico de San Cristóbal de las Casas, existía una fuerte separación de los espacios públicos a los que se les permitía acceder o utilizar a las personas pertenecientes a comunidades indígenas y a turistas y personas mestizas (ladino) e hispanizadas. De igual forma, los Derechos Humanos de las comunidades indígenas no eran sólo transgredidos en el ámbito de tránsito cotidiano, también se veía presente en los espacios permitidos para la vendimia, en los cuales se les exigía una baja de precios e incluso llegaba a extremos de violencia física hacia los vendedores indígenas.​
El punto más grande de contención y de petición hacia el gobierno, era la devolución del patrimonio territorial que les fue arrebatado a las comunidades indígenas. Estos mismos territorios después fueron transformados en pueblos turísticos con intención de incentivar la inversión económica para aumentar el atractivo extranjero. Los otros territorios que fueron arrebatados de las comunidades fueron utilizados para agricultura y ganadería, dentro de los cuales los mismos dueños previos, fueron contratados para la mano de obra, recibiendo salarios mínimos a la par de un trato degradante y deshumanizante.​
Las acciones del EZLN se articulan sobre la base de tres planteamientos mínimos:
Desde el principio, el EZLN ha hecho de la comunicación con el resto de México y el mundo una alta prioridad: ha utilizado la tecnología, incluyendo teléfonos celulares y, por consiguiente, comunicaciones por satélite y la internet, para generar solidaridad internacional entre personas y organizaciones simpatizantes.
La banda de rap rock Rage Against the Machine es bien conocida por su apoyo al EZLN, pues utiliza el símbolo de la estrella roja como telón de fondo en sus espectáculos en vivo, y muchas veces informa a las multitudes en los conciertos acerca de la situación actual. Como resultado, en viajes al extranjero, el presidente de México se ha topado rutinariamente a pequeños grupos de activistas sobre «la situación en Chiapas». Los zapatistas son parte destacada en los temas de las canciones de RATM, en particular People of the Sun, Wind Below, Sangre de Zapata y War Within a Breath.​ Otra banda que ha apoyado abiertamente la causa del EZLN es el grupo mexicano de ska Los de Abajo.​
Antes del 2001, los escritos de quien entonces se presentaba como subcomandante Marcos se publicaban a menudo en algunos periódicos mexicanos e internacionales. Cuando el portavoz tomó silencio, su relación con los medios declinó. Cuando volvió a escribir en el 2002, asumió un tono más agresivo y sus ataques contra antiguos aliados enojaron a algunos de los partidarios del EZLN. A excepción de estas cartas y comunicados críticos ocasionales sobre el clima político, el EZLN fue en gran medida silencioso hasta agosto del 2003, cuando se lanzó Radio Insurgente desde un lugar desconocido.
A mediados del 2004 el jefe de la Cocopa, Luis H. Álvarez, afirmó que el subcomandante Marcos no había sido visto en Chiapas por algún tiempo. El EZLN recibió poca cobertura de prensa durante este tiempo, aunque siguió desarrollando los gobiernos locales que había creado anteriormente. Entre el 20 y el 28 de agosto de ese año, el subcomandante Marcos envió ocho breves comunicados a la prensa mexicana.
En el 2005 Marcos volvió a las noticias al comparar al entonces candidato presidencial, Andrés Manuel López Obrador, con Carlos Salinas de Gortari (como parte de una amplia crítica de los tres principales partidos políticos en México: el PRI, el democristiano Partido Acción Nacional y el socialdemócrata Partido de la Revolución Democrática), y declarando públicamente que el EZLN se hallaba en «alerta roja». Poco después, los comunicados anunciaron que el EZLN había sufrido una reestructuración que les permitía soportar la pérdida de su liderazgo público —Marcos y el CCRI—. Después de consultar con su base de apoyo, los zapatistas emitieron la Sexta Declaración de la Selva Lacandona.​
Desde el primer levantamiento de los zapatistas, el periódico La Jornada los ha venido cubriendo continuamente. La mayoría de los comunicados y muchas de las cartas del subcomandante Marcos se entregan a La Jornada; incluso la edición en línea del periódico tiene una sección dedicada a La Otra Campaña. La organización de medios independientes Indymedia también cubre e imprime desarrollos zapatistas y comunicaciones.​
Benoît Rivéro, de la editorial francesa Actes Sud y subdirector de Photo Poche, colección de libros de fotografía, llamó al movimiento zapatista «un emblema del movimiento altermundialista».​
Según documentos zapatistas, la historia del EZLN tuvo seis etapas. La primera fue la de selección de los insurgentes (cinco hombres y una mujer) que formarían la primera célula político-militar de la organización. La segunda sería la de la fundación propiamente dicha del Ejército Zapatista de Liberación Nacional, tras la instalación del primer campamento zapatista en Chiapas, al que llamarían «La Pesadilla».
La tercera etapa fue de preparación y estudio de estrategia y táctica militar, a partir de manuales de los Ejércitos estadounidense y mexicano; así como de instalación de nuevos campamentos como El Fogón, Reclutas, Baby Doc, De la Juventud e incluso de uno llamado Margaret Thatcher.​ En la cuarta etapa, hacia 1985, el grupo insurgente hizo los primeros contactos con los pueblos de la zona. A la quinta etapa el mismo EZLN la llama «de crecimiento explosivo», porque su área de influencia abarcó no solo la Selva Lacandona, sino también las zonas de Los Altos y el norte de Chiapas.
La sexta etapa enmarcó una votación interna de la organización respecto a ir o no a la guerra contra el Gobierno mexicano. Luego del «sí» mayoritario, en diciembre de 1993, el EZLN, amparándose en el artículo 39 de la Constitución, planteó inicialmente el derrocamiento del entonces presidente, Carlos Salinas de Gortari, bajo la acusación de que en las elecciones de 1988 «había usurpado el puesto de primer mandatario tras un fraude electoral de enormes proporciones». Con ese mismo supuesto declaraba la guerra al Ejército federal, llamando a los poderes legislativo y judicial «a restaurar la legalidad y la estabilidad de la Nación deponiendo al dictador».​
El EZLN consideraba que el sexenio salinista tenía como punto de partida un proceso electoral plagado de irregularidades que iban desde un padrón con ciudadanos que inclusive ya habían fallecido —y aun así aparecía que habían votado— hasta un sistema de cómputo de los resultados que, cuando iba arrojando cifras a favor del contrincante, el exmiembro del PRI Cuauhtémoc Cárdenas Solórzano, se «vino abajo»; pasando por la quema de la paquetería electoral cuando la sociedad y los partidos políticos de oposición demandaban la revisión de esta para esclarecer y dar certeza a la elección. Más aún, para 1994 el Gobierno de Salinas de Gortari llegó a postularse para presidir la Organización Mundial del Comercio (OMC) y se manejaba en algunos círculos de la política nacional la posibilidad de reformar la Constitución para permitir su reelección.
Entre la madrugada del 18 de diciembre de 1993 y la tarde del 31 tuvo lugar la séptima etapa programada por el EZLN. El objetivo: atacar simultáneamente cuatro cabeceras municipales y otras tres más «al paso», reducir a las tropas policiacas y militares en esas plazas y asaltar dos grandes cuarteles del Ejército federal.
Aunque ya existían diversos informes que daban cuenta de la presencia zapatista en la región conocida como los Altos de Chiapas, el acto tomaría desprevenido al Gobierno federal, que se preparaba para la entrada en vigor del Tratado de Libre Comercio de América del Norte entre Estados Unidos, Canadá y México.
El 1 de enero de 1994 el Ejército Zapatista de Liberación Nacional, de forma sorpresiva y sin una declaración previa, inició una insurrección armada en el estado de Chiapas, conocida como Levantamiento Zapatista. Una vez producidas las ocupaciones, emitieron la Declaración de la Selva Lacandona, por la que declararon la guerra al Gobierno mexicano a la vez que pedían «trabajo, tierra, techo, alimentación, salud, educación, independencia, libertad, democracia, justicia y paz».​
En las primeras horas de 1994 atacaron y consiguieron ocupar las cabeceras municipales de San Cristóbal de Las Casas, Altamirano, Las Margaritas y Ocosingo, Oxchuc, Huixtán y Chanal.​
El 1 de enero el EZLN atacó la XXXI Zona Militar, en un combate que duró más de diez horas, a pesar de que el comandante militar, el general Gastón Menchaca Arias, había concedido el día franco a varios integrantes de sus tropas con motivo del Año Nuevo. Finalmente, el EZLN no consiguió su objetivo y se replegó selva adentro.
Al mismo tiempo se llevó a cabo la batalla de Ocosingo, una de las batallas más sangrientas de aquellos primeros días de enfrentamientos. Según fuentes gubernamentales, el ejército federal combatió al EZLN con la instrucción de cuidar a la población civil. En una de estas acciones resultó muerto el Subcomandante Insurgente Pedro, jefe del Estado Mayor del EZLN.
El día 3 de enero los rebeldes capturaron al general Absalón Castellanos Domínguez, exgobernador de Chiapas, y para el 4 de enero el ejército ya tenía el control total de Ocosingo y de las demás cabeceras municipales que el EZLN había tomado. Durante los siguientes ocho días, la capacidad de ataque del EZLN fue casi nula. Los informes castrenses confirmaban la derrota del EZLN a manos del ejército federal y su fracaso respecto a la Primera Declaración de la Selva Lacandona en cuanto a «marchar hasta la Ciudad de México», ya que militarmente los rebeldes no tuvieron oportunidad de ir más allá de los municipios inicialmente tomados.​
El ataque de los subversivos se cobró un balance de 57 muertos y 40 heridos.​
Tras la sorpresa inicial, el presidente de la República Mexicana, Carlos Salinas de Gortari, dirigió un primer mensaje a la nación el 6 de enero, donde negó que se tratara de un alzamiento indígena y ofreció el perdón a quienes depusieran las armas. Desde el Gobierno se acusó al EZLN de recibir apoyo extranjero, mientras que el EZLN emitió un comunicado donde rechazaba esas acusaciones y denunciaba abusos de los militares que combatían contra ellos.
No habiendo alcanzado sus objetivos y ante la respuesta militar, los rebeldes reaccionaron buscando en un primer momento una salida negociada y proponiendo la participación del obispo de San Cristóbal de las Casas, Samuel Ruiz, de Rigoberta Menchú Tum y del periodista Julio Scherer García como mediadores del diálogo. Días después el EZLN estableció los requisitos que debería cumplir la comisión negociadora. El Gobierno respondió nombrando el día 10 de enero a Manuel Camacho Solís como comisionado para la Paz y la Reconciliación en Chiapas, y ofreció al EZLN «paz con justicia y democracia».​
El EZLN prosiguió con su actividad guerrillera y el día 8 hostigó, mediante disparos, las instalaciones del cuartel general de la XXXI Zona Militar (San Cristóbal de las Casas). Se registraron atentados contra torres de abastecimiento eléctrico y contra un gasoducto de Petróleos Mexicanos. Presuntos zapatistas también derribaron dos torres de abastecimiento eléctrico en los estados de Puebla y Michoacán, y al día siguiente estalló un coche bomba en la capital mexicana; además, grupos simpatizantes de los zapatistas arrojaron una bomba en el palacio de gobierno de Acapulco. Después estallaron coches bomba cerca de un campo militar en el estado de México, en Hidalgo y en la capital mexicana, respectivamente. Los rebeldes advirtieron la posibilidad de más atentados en la capital mexicana.​
El día 12 de enero el presidente Carlos Salinas de Gortari ordenó un alto al fuego unilateral del ejército en Chiapas como primer paso para iniciar el diálogo, y envió a la Comisión Permanente del Congreso de la Unión su propuesta de ley de amnistía general. En ese momento los enfrentamientos motivados por la insurrección habían causado 108 muertos, según datos oficiales, mientras que el Subcomandante Marcos afirmó, años después, que 46 rebeldes murieron durante los 12 días de combate entre la guerrilla y el ejército mexicano en enero de 1994.​
En el ámbito político, el 18 de enero se produjo la renuncia del gobernador interino de Chiapas, Elmar Setzer Marseille, quien fue sustituido por Javier López Moreno. Por su parte, el EZLN, que había aceptado a Manuel Camacho como comisionado de Paz, propuso una agenda de cuatro puntos y estableció, mediante un comunicado, la agenda para iniciar la negociación. Los rebeldes también anunciaron intenciones de intercambiar al exgobernador secuestrado por prisioneros zapatistas. Camacho Solís aceptó la propuesta. Unas 70 000 personas marcharon en la Ciudad de México a favor de la paz.​
Justo un mes después de haber comenzado su insurrección, el EZLN hizo una llamado a los indígenas de Guerrero para que no les dejaran solos. También llamaron a organizaciones no gubernamentales a formar un cinturón de paz en torno al diálogo. La Cruz Roja, la sociedad civil y la policía militar instalaron cinturones para resguardar las negociaciones mientras iban llegando a San Cristóbal de las Casas 19 delegados zapatistas para participar en las Jornadas por la Paz y la Reconciliación, y fue así como se iniciaron las primeras conversaciones entre el EZLN y el Gobierno federal, el 16 de febrero.
El primero de marzo, el EZLN presentó al Gobierno salinista una lista con sus demandas, y el Ejecutivo propuso cambios políticos ordenados en el marco de la ley. El diálogo terminó el día 22, sin acuerdos, y los zapatistas anunciaron una consulta para revisar el documento gubernamental entre sus comunidades indígenas y de sus bases de apoyo, a la vez que restringieron el acceso de la prensa a la zona de conflicto. Sin embargo, la crisis política terminó por hacerse manifiesta. En la tarde del 23 de marzo, el candidato priísta a la presidencia de la República y exsecretario de Desarrollo Social durante el sexenio salinista, Luis Donaldo Colosio Murrieta, fue asesinado en Lomas Taurinas, una colonia de la ciudad de Tijuana, al norte de México. Las circunstancias del asesinato dieron lugar a sospechas de la complicidad de algunos altos mandos políticos y militares e incluso de la misma oficina presidencial.
Para mediados de 1994 el Ejército federal tenía apostados, según los cálculos más conservadores, doce mil efectivos y centenares de retenes y bases de operaciones militares. La opinión pública pensaba que de un momento a otro se firmaría de la paz. El Gobierno fue recuperando parte del control político de la situación, a pesar de las acusaciones de estar militarizando la llamada «zona de conflicto» y de extender la presencia castrense a lo largo y ancho del territorio nacional, de modo que no se veía ningún obstáculo serio para la realización de las elecciones federales de ese año. El EZLN, por su parte, había comenzado en febrero los «Diálogos de Catedral», en un esfuerzo para la paz, de los que posteriormente brindaría informes.​ En la «Catedral de la Paz» los zapatistas, el comisionado Manuel Camacho y el obispo Samuel Ruiz rindieron tributo conjunto a la bandera nacional.
El 10 de junio el EZLN emitió la Segunda Declaración de la Selva Lacandona, donde propone replantear el problema del poder, libertad y justicia para que nazca una nueva cultura política dentro de los partidos del país. Dos días después dio a conocer el resultado de su consulta y rechazó las propuestas gubernamentales; esto provocó la renuncia de Manuel Camacho Solís como Comisionado para la Paz en Chiapas, a la vez que acusaba al candidato presidencial del PRI, Ernesto Zedillo Ponce de León, de sabotear las negociaciones. En su lugar fue nombrado Jorge Madrazo.
El 6 de agosto, convocada por el EZLN, se inició en San Cristóbal de las Casas la Convención Nacional Democrática (CND) —«nacional, soberana y revolucionaria»—, que finalizaría tres días después en la localidad de Guadalupe Tepeyac, en Ocosingo Chiapas. Su apuesta a mediano plazo sería la «instauración de un gobierno de transición» y la conformación de un «nuevo Constituyente» que, a su vez, redactaría una «nueva Carta Magna».
Sin embargo, la CND se vería desmovilizada luego de las elecciones federales de 1994 y del triunfo de Ernesto Zedillo, quien, siendo coordinador de campaña de Colosio, tras la muerte de este se convertiría en el candidato priísta a la presidencia de la República. En el estado de Chiapas, Eduardo Robledo Rincón, candidato priísta a la gubernatura de la entidad, se proclamó ganador en medio de protestas y acusaciones de fraude por parte de la Alianza Cívica Nacional y Chiapaneca. Esta argumentaba que un conjunto de irregularidades (el amaño de la cartografía, la aprobación de distritos y casillas atravesando montañas y cañadas —en vez de secciones electorales según la geografía natural— para impedir que miles de campesinos e indígenas pudieran votar, la recolección de credenciales de elector por parte del Ejército federal, la presencia de caciques en las urnas, la coacción del voto a través de formas clientelares diversas, amenazas directas y de desaparición o cambio de actas, etcétera) había afectado a los resultados de la elección a favor del candidato local del PRI.
El obispo Samuel Ruiz presentó el 13 de octubre una iniciativa para un nuevo diálogo y para reiniciar las conversaciones entre el EZLN y el Gobierno federal, que el fue saludada positivamente por el EZLN en noviembre. Sin embargo, a primeros de diciembre los zapatistas consideraron que la imposición de Eduardo Robledo formalizaba la ruptura al cese del fuego por parte de las tropas militares. En cambio, nombraron a Amado Avendaño Figueroa, director del periódico local El Tiempo y candidato perredista a la gubernatura, como «gobernador en rebeldía»; ello incluyó la entrega del bastón de mando por parte de los pueblos indígenas del estado, los cuales habían decretado su autonomía desde octubre. Pese a todo, el día 14 de diciembre se estableció la Comisión para el Diálogo y la Mediación por la Paz, integrada por legisladores. La respuesta del EZLN fue romper el cerco militar y lanzar una ofensiva política, de forma que aparecieron 38 nuevos municipios de Chiapas declarados territorios rebeldes el 19 de diciembre. El día 23 la Secretaría de Gobernación reconoció a la Comisión Nacional de Intermediación (Conai) como instancia mediadora para el diálogo con los insurgentes, quienes anunciaron el día 29 un repliegue de sus fuerzas y ofrecieron una tregua militar hasta el 6 de enero de 1995.
A principios de enero de 1995, el EZLN lanzó la Tercera Declaración de la Selva Lacandona, donde propuso a la sociedad la creación de un movimiento para la liberación nacional. A mediados de mes el secretario de Gobernación, Esteban Moctezuma, se reunió con una delegación zapatista, y juntos se comprometieron a lograr un cese al fuego estable y reabrir el proceso de solución política. En febrero y durante tres días se realizó la tercera sesión de la Convención Nacional Democrática, en Querétaro.
El día 9 el presidente Ernesto Zedillo anunció que se había logrado descubrir la identidad de los dirigentes zapatistas y que, en aplicación de la ley, se habían librado contra ellos las correspondientes órdenes de captura. Así, el Gobierno federal mexicano identificó al portavoz de la guerrilla, alias subcomandante Marcos, como el exprofesor y filósofo Rafael Sebastián Guillén Vicente, de 38 años, y giró una orden de aprehensión en su contra, bajo los cargos de uso de armas exclusivas del Ejército y terrorismo, entre otros delitos. El subcomandante Marcos aparece en público con pasamontañas y, muchas veces, fumando una pipa.​ Dos días después el ejército mexicano avanzó sobre varias poblaciones de Chiapas y retomó el control de algunos poblados que habían sido ocupados por la insurgencia zapatista. En tan solo 15 días más de 20 000 personas huyeron desplazadas de sus comunidades hacia la selva, mientras el ejército ocupaba el territorio abandonado. De esta forma, el Gobierno federal seguía una doble estrategia de combate a contrainsurgencia: por un lado, se buscaban negociaciones políticas con el EZLN por parte de la Secretaría de Gobernación, mientras que, por el otro, la Procuraduría General de la República solicitaba al Poder Judicial de la Federación girar órdenes de aprehensión en contra de quienes supuestamente conformaban su dirigencia, de forma que se tuviera cobertura judicial a la acción del ejército.​
A mediados de mes, y acosado por la presión militar, el EZLN llamó a detener la guerra. Los partidos y asociaciones de izquierdas iniciaron grandes movilizaciones a nivel nacional e internacional para obligar al Gobierno a iniciar un diálogo. En estas circunstancias y una vez recuperada la iniciativa política, los zapatistas condicionaron el inicio del diálogo que ellos solicitaron a que el ejército mexicano saliera de la selva y a que la justicia mexicana anulara las órdenes de aprehensión emitidas.
La persecución y arresto de una parte de la dirigencia zapatista llamó a la sociedad civil a volcarse de nuevo a las calles, como protesta contra lo que la izquierda radical consideraba una nueva escalada represiva. En marzo el presidente Zedillo y la Comisión Legislativa de Diálogo y Conciliación en el estado de Chiapas firmaron la Iniciativa de Ley para el Diálogo, la Conciliación y la Paz Digna, que sería enviada al Congreso de la Unión y discutida en la Cámara de Diputados. El resultado inmediato fue la aprobación de la Ley para el Diálogo, la Conciliación y la Paz Digna en Chiapas,​ que a finales de mes se envió al EZLN por mediación de la Conai. Por un lado, dio paso a las Mesas de San Miguel, escenario de la firma el 9 de abril, entre el Gobierno federal y el EZLN, del Protocolo de Bases para el Diálogo y Negociación del Acuerdo de Concordia y Pacificación con Justicia y Dignidad, punto de partida del diálogo en San Andrés (San Andrés Larráinzar para el Gobierno, San Andrés Sakamch’en para los rebeldes); por otro lado, propició la organización de lo que el EZLN llamó la Consulta Nacional e Internacional por la Paz y la Democracia.
El día 22 de abril se inició el diálogo entre los zapatistas y el Gobierno federal, con la intermediación de Marco Antonio Berna, pero no se llegó a ningún acuerdo. El 12 de mayo el EZLN rechazó la propuesta gubernamental de distensión, por lo que el día 14 el Gobierno propuso siete rutas para que los zapatistas concentraran a sus integrantes, conservando sus armas y organización. La tercera fase del diálogo entre el Gobierno federal y el EZLN se inició el 7 de junio. Unos días después las bases zapatistas acordaron con la Alianza Cívica Nacional y la Convención Nacional Democrática realizar una Consulta Nacional por la Paz y la Democracia en agosto. Las negociaciones prosiguieron en julio y, durante los días 4 y 5 de ese mes, el EZLN y el Gobierno discutieron sus propuestas. Los zapatistas presentaron cuatro demandas y propusieron instalar quince mesas de trabajo. Al fin, el 27 de agosto se realizó la Consulta Nacional por la Paz y la Democracia en todas las entidades de la República.
El 5 de septiembre y siguiendo la instrucción presidencial de Ernesto Zedillo, la Comisión para la Concordia y Pacificación (Cocopa) invitó de manera formal al EZLN a participar en el diálogo para la reforma del Estado y a la mesa nacional de negociación. El último día del mes se reunieron algunos dirigentes del EZLN y miembros de la Cocopa, como el diputado Óscar González Yáñez, en la comunidad La Realidad (Chiapas) y se discutió la realización del foro especial propuesto por los zapatistas. El 2 de octubre se reanudaron las pláticas de paz en San Andrés Larráinzar. Se fijaron las reglas para la instalación y funcionamiento de las mesas de trabajo, y poco después se iniciaron los trabajos de la mesa 1 («Derechos y Cultura Indígena»). También se instalaron los seis grupos de trabajo pactados entre el Gobierno y el EZLN. La Procuraduría General de la República anunció el arresto de Fernando Yáñez Muñoz, acusado de ser el Comandante Germán, lo que motivó la interrupción de las conversaciones. Al día siguiente fue liberado. El 20 de noviembre los enfrentamientos entre chamulas provocaron seis muertos.
Como cada año desde su insurrección armada, el EZLN lanzó otra declaración: la Cuarta Declaración de la Selva Lacandona. En ella planteó su decisión de ayudar a construir una política de nuevo tipo (no partidaria) que no luche por el poder, independiente, autónoma, pacífica, «basada en el EZLN». El día 5 de enero el Subcomandante Insurgente Marcos abandonó su escondite en la selva y viajó a San Cristóbal, para participar en el Foro Nacional Especial de Cultura y Derechos Indígenas, que se había iniciado dos días antes. El día 10 se clausuró el Foro Nacional Indígena, con la propuesta de integrar una nueva organización, que posteriormente se conocería como el Congreso Nacional Indígena.​
El 16 de febrero los zapatistas y el Gobierno federal firmaron los Acuerdos sobre Derecho y Cultura Indígena, por los que el Ejecutivo se comprometía a reconocer a los pueblos indígenas en la Constitución.​
El 2 de mayo Javier Elorriaga Berdegué y Sebastián Etzin Gómez fueron sentenciados a trece y seis años de prisión, respectivamente, por delitos de terrorismo. Tras conocer la sentencia, el EZLN declaró que constituía una provocación contra la paz y una violación a la Ley para el Diálogo, por lo que suspendió su participación en el proceso de diálogo.​ El 6 de junio, tras una intensa campaña nacional e internacional que pedía la liberación de los sentenciados, una corte de apelación revocó la sentencia contra los presuntos zapatistas y fueron liberados. El EZLN suspendió el estado de alerta de sus tropas.
Entre junio y julio, en San Cristóbal de las Casas, se realizó el Foro Especial para la Reforma del Estado. En el mes de agosto, en Oventic, La Realidad y los demás Aguascalientes, el EZLN organizó el Primer Encuentro Intercontinental por la Humanidad y contra el Neoliberalismo, al que asistieron tres mil personas de cuarenta y dos países de los cinco continentes, así como dos mil provenientes de México. Todos los asistentes se distribuyeron en cinco mesas de trabajo. La plenaria tuvo lugar en La Realidad. El subcomandante Marcos dio a conocer la Declaración de La Realidad por la Humanidad y contra el Neoliberalismo.
El 2 de septiembre el Ejército Zapatista decidió suspender su participación en los Diálogos de San Andrés, y planteó cinco condiciones para regresar a las negociaciones:
Mientras, en octubre, el EZLN resolvió enviar a la Comandanta Ramona (enferma terminal de cáncer de riñón) a la Ciudad de México, para participar en el acto del 12 de octubre del Congreso Nacional Indígena. Durante el acto la Comandanta Ramona pronunció, en el Zócalo capitalino, un discurso que terminaba con la frase: «Nunca más un México sin nosotros». Ya en diciembre, el presidente Zedillo rechazó algunas formulaciones de la propuesta de la Cocopa, así como aspectos fundamentales de los Acuerdos de San Andrés.​
En vista del rechazo, el EZLN se reunió con la Cocopa y rechazó la contrapropuesta gubernamental. Asimismo, afirmó que no regresaría a la mesa de negociación hasta que se implementasen los Acuerdos de San Andrés sobre Derechos y Cultura Indígenas. De inmediato se organizaron las medidas de presión contra el Gobierno: la Comandante Ramona, junto con el Congreso Nacional Indígena, participó en un mitin en la explanada de la Ciudad Universitaria para exigir respeto a los Acuerdos de San Andrés. En julio los rebeldes impidieron la votación en varios centros electorales de Chiapas, ante la presumible victoria del PRI. En septiembre más de mil zapatistas acudieron en autobús a la capital federal, para participar en un gran mitin.
El 22 de diciembre un grupo paramilitar armado asesinó a 45 tsotsiles simpatizantes del EZLN en Acteal, una comunidad situada a 50 kilómetros de San Cristóbal. Estos hechos se conocerían como la Matanza de Acteal, y quedaron impunes. Los ocho oficiales que instigaron los actos de violencia pasaron únicamente tres años en la cárcel.​
En enero una mujer resultó muerta por disparos de la policía municipal chiapaneca, cuando esta se puso nerviosa al paso de una marcha de indígenas, en Ocosingo.
Al mes siguiente comenzó una campaña de la Secretaría de Gobernación para sacar de la zona del conflicto en Chiapas a miles de activistas políticos extranjeros. El 25 de febrero, en una entrevista concedida a la agencia de noticias Reuters, Vicente Fox (que se postulaba como candidato a la presidencia del país por el PAN) afirmó que, si el Subcomandante Marcos quería la mejoría de Chiapas, del país y del mundo indígena, «nos deberíamos poner de acuerdo en un ratito». Y añadió que «eso no debe de tomar más de 15 minutos».
Desde abril el gobierno de Chiapas comenzó a desmantelar municipios instaurados en el estado por simpatizantes zapatistas, incluido el municipio Ricardo Flores Magón, cuya cabecera municipal es Taniperlas. En esta acción, 12 extranjeros provenientes de Bélgica, Estados Unidos y España fueron detenidos y extraditados. Un campamento castrense y un retén policial se instalaron en el centro de la comunidad, y a su amparo creció en la zona el grupo paramilitar denominado Movimiento Indígena Revolucionario Antizapatista (MIRA). El 1 de mayo se desmanteló el municipio autónomo zapatista Tierra y Libertad, en el municipio oficial de Las Margaritas, con un saldo de 63 detenidos, 3 heridos y 140 desplazados. Hubo tres acusaciones de violación. Un campamento militar y varios retenes policiales se instalaron en los accesos y en el pueblo. A las 6 de la mañana del 3 de junio, más de dos mil efectivos de la policía y del ejército desmantelaron el municipio autónomo de Nicolás Ruiz. Necesitaron usar gases lacrimógenos y el uso de la fuerza en el centro de la población, ante la resistencia de simpatizantes del EZLN. Según diversas informaciones, varias mujeres embarazadas fueron golpeadas, decenas de personas y niños fueron heridos e intoxicados, las casas fueron registradas sin órdenes de cateo y robaron todo el dinero y las pertenencias de valor. Finalmente, el 10 de junio las fuerzas armadas mexicanas, apoyadas por efectivos de la policía, enfrentaron las bases de apoyo zapatistas y penetraron en las comunidades de Chavajeval y Unión Progreso, en el municipio de El Bosque (Chiapas), donde existía un consejo rebelde zapatista; allí vencieron la resistencia zapatista, donde fallecieron nueve integrantes del EZLN en los enfrentamientos. La población huyó de los combates y se adentró en el monte, y otra parte huyó hacia la cabecera municipal. Fueron aproximadamente más de mil los desplazados. Hubo acusaciones de robos, saqueos y de profanación de templos y capillas. Muchos animales resultaron muertos y algunas cosechas se destruyeron. La policía incautó las identificaciones personales que existían en las viviendas.
A mediados de julio el Subcomandante Marcos propuso una nueva iniciativa ciudadana que agilizara el proceso de paz en Chiapas, y dio a conocer la Quinta Declaración de la Selva Lacandona, donde se propuso que la ley de derechos y culturas indígenas fuese llevada a una consulta nacional.
En marzo se celebró una consulta nacional sobre derechos y culturas indígenas, patrocinada por los zapatistas, pero solo hasta junio hubo una respuesta política. Esta se dio cuando el gobernador de Guanajuato manifestó, en una entrevista, que «le urge dialogar con el subcomandante Marcos para platicar sobre el futuro del país y llegar a coincidencias».
El EZLN fijó su postura ante la huelga en la UNAM de 1999-2000, la cual inició en abril.
En agosto se reinició el choque armado entre los rebeldes y los soldados del Ejército Federal en Chiapas. Ambos se acusaban mutuamente de haber iniciado las hostilidades. Resultaron heridos nueve soldados. Sin embargo, solo se trató de un hecho aislado. Poco después, el Gobierno liberó a presos zapatistas en Chiapas como una señal de que se deseaba la reanudación del diálogo.
En abril Vicente Fox, candidato a la presidencia, envió una nueva propuesta de diálogo al Subcomandante Insurgente Marcos, sin obtener respuesta. En mayo un grupo de civiles atacó a dos indígenas del municipio autónomo de Polhó (Chiapas). Miembros de la Policía Federal Preventiva (PFP) fueron enviados para garantizar la seguridad de la zona. Las coordinadoras zapatistas y diversos organismos no gubernamentales lo consideraron «una clara provocación al EZLN».​
Vicente Fox fue elegido presidente y, como una de sus primeras órdenes, tomó la decisión de retirar al ejército de la zona de conflicto, por lo que todos los militares ubicados en Chiapas comenzaron a salir de ella. Tras este gesto, el Subcomandante Insurgente Marcos aceptó iniciar el diálogo con el Gobierno de Vicente Fox, pero poco después exigió condiciones para la paz —especialmente, que el Gobierno federal desarticulara a los demás grupos en armas (los grupos paramilitares priistas)—.​
A comienzos del año, el Subcomandante Insurgente Marcos anunció la creación del Centro de Información Zapatista, mediante el cual se intercambiaría información sobre el viaje de la delegación de los guerrilleros a la Ciudad de México en la Marcha del Color de la Tierra y se articularían movilizaciones para exigir el cumplimiento de las condiciones del EZLN para el diálogo, las llamadas tres señales: la aprobación de la Propuesta de iniciativa de Ley Indígena (promovida desde la Cocopa en diciembre de 1996 y aceptada por el EZLN), la liberación de presos políticos zapatistas y la desmilitarización de la zona de influencia zapatista en Chiapas.​
El presidente Vicente Fox urgió el 9 de enero al EZLN a entablar el diálogo con el Gobierno federal para alcanzar la paz en Chiapas. Sin embargo, el EZLN insistió en que no regresaría a las negociaciones mientras no se cerraran las siete posiciones militares solicitadas. Entretanto el ejército federal se retiró de la comunidad de Cuxuljá, municipio de Ocosingo, manifestándose los indígenas y bases de apoyo del EZLN «contentos y no contentos» por esta salida.​
El EZLN realizó la marcha del 24 de febrero al 2 de abril de 2001. En ella recorrió 17 estados de México, reuniendo en eventos multitudinarios a miles de personas que animó a exigir el cumplimiento de las tres señales.​
El 13 de marzo de 2001 el EZLN rechazó desde la Escuela Nacional de Antropología e Historia (ENAH) la propuesta de los diputados de dialogar en privado, con diferentes comisiones legislativas, la iniciativa de la Cocopa; en cambio, animó a un diálogo público. Negociaciones del PRD y el PRI, con la oposición del PAN, permitieron que las y los milicianos hablaran en la tribuna principal. El 28 de marzo los comandantes Tacho, Zebedeo, David y la Comandanta Esther dirigieron un mensaje en la tribuna principal de la Cámara de Diputados. Esther señaló la triple inequidad de las mujeres zapatistas —ser mujeres, ser pobres y ser indígenas— ante diputados mayoritariamente del PRD y el PRI; fuera del Congreso miles de personas escuchaban los mensajes. A la salida de los milicianos del recinto, el EZLN concluyó en un mitin posterior la marcha con un mensaje de Marcos. En Juchitán, ya de vuelta hacia Chiapas, Marcos agradeció a la sociedad civil el apoyo dado a la marcha. El 1 de abril la delegación rindió un informe de la marcha al CCRI-CG.​
Los diputados del PRI, el PAN, el PRD y el Partido Verde Ecologista de México (PVEM) aprobaron el 19 de abril de 2001 un proyecto de ley diferente al trabajado por la Cocopa y el EZLN, con 109 votos a favor. El EZLN acusó de traición a los diputados y rompió el diálogo con el Gobierno federal.​
En 2005 el EZLN emitió la Sexta Declaración de la Selva Lacandona y anunció que dejaría las armas y que haría política.​
Entre el 5 de agosto y el 18 de septiembre del 2005, el EZLN sostuvo reuniones con organizaciones políticas de izquierda, organizaciones indígenas, organizaciones sociales, organizaciones no gubernamentales, grupos y colectivos culturales y de artistas, y con adultos, ancianos y jóvenes que a título individual, familiar, de comunidad, calle, barrio o vecindad habían suscrito la Sexta Declaración de la Selva Lacandona. En dichas reuniones, siendo la más numerosa la de organizaciones, grupos y colectivos artísticos y culturales, se abordaron seis puntos que sirvieron para guiar las reflexiones y las discusiones: ratificación, ampliación o modificación de las características de La Otra Campaña; definición de quiénes están convocados y quiénes no; estructura organizativa de La Otra Campaña; lugar especial de las diferencias en La Otra Campaña (indígenas, mujeres, otros amores, jóvenes, niños y otros); posición de La Otra Campaña frente a otros esfuerzos organizativos; y tareas inmediatas.
El 21 de diciembre del 2012, decenas de miles de bases de apoyo del EZLN marcharon en silencio por cinco ciudades del estado de Chiapas: Ocosingo, Las Margaritas, Palenque, Altamirano y San Cristóbal. Horas después de la marcha se difundió un comunicado del CCRI-CG en forma de poema, firmado por el Subcomandante Marcos, en el portal Enlace Zapatista:​
Esta movilización, que contó con la participación de alrededor de 40 000 zapatistas, fue la más numerosa desde el levantamiento de 1994. De esta cifra, La Jornada estimó que la mitad habrían marchado por las calles de San Cristóbal de las Casas, 7000 en Las Margaritas y 8000 en Palenque; por su parte, El País calculó que San Cristóbal habría concentrado unos 10 000 participantes.​​
Más allá del número de personas, el silencio con que marcharon y la falta de un discurso de apertura o cierre fueron los elementos que marcaron esta acción. El poeta y periodista Hermann Bellinghausen, especialista en la cobertura del movimiento,​ terminaba su crónica de esta manera:​
En junio de 2015, el EZLN denunció que hubo agresión a indígenas en El Rosario (Chiapas). El reporte, firmado por el Subcomandante Moisés, indicó que la agresión ocurrió ese mismo mes y año. Aparte, hubo una denuncia por parte de la Organización de la Sociedad Civil Las Abejas que expresó que un indígena tsotsil fue asesinado el 23 de junio del 2015.​
En septiembre del 2021, el Subcomandante Insurgente Galeano, a nombre del CCRI-CG del EZLN, denunció que el 11 de septiembre de ese año, en la mañana, miembros de la ORCAO, organización paramilitar al servicio del gobierno del estado de Chiapas, secuestraron a dos autoridades autónomas de la Junta de Buen Gobierno de Patria Nueva, Chiapas, y los liberaron el día 19, gracias a la intervención de los párrocos de San Cristóbal de las Casas y de Oxchuc, pertenecientes a la diócesis de San Cristóbal. Advirtieron que Chiapas se encuentra al borde de una guerra civil.​​
El EZLN utilizó la sorpresa para atacar en la mañana del año nuevo de 1994 a las fuerzas del orden gubernamentales. Los alzados utilizaron armamento y estrategias militares proporcionados por sus militantes extranjeros, por lo que no dudaron en utilizar las comunidades indígenas para ocultarse, reposicionarse y organizar la ofensiva en otros frentes. Además, el EZLN había estrenado una nueva forma de lucha, la guerra en red, una especie de respuesta a la guerra psicológica que desarrolla la llamada Guerra de Baja Intensidad (GBI), que vino a eufemizar las operaciones de contrainsurgencia de las décadas de los setenta y ochenta,​ cuya meta era otorgar a las comunidades indígenas la posibilidad de defenderse de los grupos subversivos armados que, a falta de trabajo, sobreviven a costa de las aportaciones voluntarias o, cuando no, del saqueo a los indígenas. Para luchar contra esto, el EZLN, con la guerra en red busca convencer a las comunidades indígenas para que les ayuden a luchar por cambiar los sistemas de explotación nacionales, al tiempo que “apuntan a afectar lo que su antagonista sabe o piensa que sabe no nada más sobre quien lo desafía, sino también sobre él y el mundo que le rodea”.​
Cámaras fotográficas, grabadoras de audio y video, equipos de radiocomunicación electrónica y celular y, por supuesto, computadoras u ordenadores se convirtieron entonces en los principales conductos por los que se transmitieron la palabra y el silencio zapatistas. Así, "los insurgentes se pusieron al frente de las operaciones de información", lo que provocó que "descentralizaran su organización aún más y desenfatizaran las operaciones de combate para lograr vínculos más firmes con las organizaciones no gubernamentales de la sociedad civil global, cuyo enfoque es más informativo que económico, político o militar". De esta forma, se pretendía ocultar sus ataques violentos para utilizar a la opinión pública nacional e internacional de una forma global para convertirse, después de ser una revuelta popular prolongada tipo maoísta, en la primera demostración mundial de la guerra en red.​
Las Fuerzas Armadas de México actuaron según las estrategias de contrainsurgencia, propias de la década de los años 70. Por ello, se vieron en la necesidad de modernizarse, decisión que los insurgentes y las organizaciones sociales que simpatizaban con su lucha identificaron como una escalada a la militarización. Este proceso incluyó una extensa reorganización del ejército, incluyendo su participación directa en la seguridad interna, un aumento significativo en el presupuesto y la ayuda directa de El Pentágono.
En palabras de José Luis Piñeyro, especialista en temas castrenses de la Universidad Autónoma Metropolitana, "La estrategia del gobierno fue la de establecer un cerco, no clásico, de aniquilamiento a la subversión, sino un cerco de aniquilamiento por aislamiento, y fue lo que se ensayó con mayor éxito y eficacia, para evitar que el movimiento guerrillero se extendiera fuera de territorio chiapaneco." El gobierno federal desarrolló diversas tácticas de cerco, como la introducción de vías de comunicación, carreteras para el ingreso de las tropas y para dividir a las comunidades zapatistas con políticas de combate a la pobreza; el control militar de la entrada y salida de personas en las zonas zapatistas, el paramilitarismo, así como el bloqueo parcial del apoyo extranjero al EZLN a través de las organizaciones no gubernamentales de España e Italia.​
Hubo una cantidad indeterminada de desplazados de la zona en conflicto que huían tanto de los efectivos gubernamentales como de los paramilitares o de los zapatistas.
En Chiapas, se expulsó por lo menos a 64 ciudadanos extranjeros, provenientes de Italia, Suiza, España, Noruega, Francia, Estados Unidos y Canadá, entre otros países, en aplicación del artículo 33 de la Constitución mexicana, por ejercer actividades para las que no se había autorizado su entrada en México. Así, el vocero en turno de la Comisión de Concordia y Pacificación, Oscar López Velarde, comentó que "la expulsión de los extranjeros fue porque pretendieron ejercer acción de autoridad, pasando por encima de las leyes mexicanas".​
El coste económico es difícil de cuantificar. El Gobierno federal destinó 28 000 millones de pesos mexicanos para apoyar a los gobiernos de los municipios ubicados en la zona del conflicto.
A los ataques militares del EZLN se sucedieron una serie de respuestas por parte de efectivos militares gubernamentales y de civiles armados y agrupados en fuerzas de autodefensa (paramilitares) con diverso grado de apoyo por parte de efectivos gubernamentales. Los alzados en armas denunciaron las siguientes operaciones en su contra:
El 22 de diciembre de 1997, mientras el Gobierno federal y el EZLN continuaban sentados en la Mesa de Democracia y Justicia (segunda de los diálogos de San Andrés), en una incursión paramilitar en la zona zapatista, atacaron a indígenas tsotsiles de la organización Las Abejas, que se encontraban en el interior de una capilla rezando. El resultado fue 45 muertos. En julio de 1998, los 20 involucrados fueron condenados por la justicia mexicana a 35 años de prisión.
Fueron una serie de enfrentamientos violentos en la ciudad de San Salvador Atenco entre la Policía Federal Preventiva de México y militantes del Frente de Pueblos en Defensa de la Tierra y otros adherentes a "La Otra Campaña" del EZLN, acaecidos durante los días 3 y 4 de mayo del 2006.
Incidentes entre comerciantes informales (floristas), militantes zapatistas y autoridades locales, apoyados por sus militantes, provocaron una grave alteración del orden público que motivó la intervención de la Policía Federal Preventiva, que instaló un cerco policíaco-militar a la población. La intervención de las fuerzas del orden logró detener a 290 personas. También, se registraron dos muertos y varias acusaciones de violación por elementos de las fuerzas del orden.​
A consecuencia de esos hechos, el líder del Frente de Pueblos en Defensa de la Tierra en Atenco, Ignacio del Valle Medina, fue conducido a prisión, acusado del delito de secuestro equiparado.​ Un año después, sería sentenciado, junto a otros dos cómplices, a 67 años y medio de prisión. Otras diez personas acusadas por el delito de secuestro equiparado fueron sentenciadas a 31 años, 11 meses y 15 días de cárcel en el Penal de Molino de Flores Texcoco.
Por otra parte, 21 policías fueron acusados formalmente, de los cuales 15 fueron expulsados de la fuerza policial y 6 más siguieron bajo investigación. El 23 de septiembre de 2008, un tribunal superior requirió que fuese despedido el policía Doroteo Blas Marcelo, y le ordenó que pagara daños y perjuicios a una de las víctimas; los otros cinco policías fueron acusados de abuso de autoridad y fueron sometidos a juicio penal.​
La organización Human Rights Watch (HRW) denunció que los movimientos guerrilleros de México atentan contra los derechos y la salud mental y física de menores de edad, al reclutarlos para cumplir actividades militares. Si bien el ejército mexicano tiene establecida una edad de reclutamiento de 16 años, en abril de 1994, periodistas de medios mexicanos e internacionales fueron invitados por la guerrilla a una zona de selva donde se celebró un desfile de niños guerrilleros de entre 6 y 15 años. El mando del EZLN envió una carta a varios periodistas para invitarlos a que evitaran mencionar a los niños guerrilleros.​
Se ha adjudicado, durante las ocupaciones de poblaciones, a algunos miembros del EZLN, diversos actos de vandalismo, como la quema de edificios públicos, la destrucción del Palacio Municipal y la destrucción de archivos, mobiliario y material de oficina de los organismos públicos. También se les culpa de haber producido el saqueo de algunos establecimientos comerciales, el robo a particulares de vehículos y de ganado. Se especulan estas acusaciones.
En el 2002, el Subcomandante Insurgente Marcos criticó a diversas personalidades políticas españolas y al juez Baltasar Garzón por ilegalizar la coalición radical vasca Batasuna por sus vínculos con la banda terrorista independentista vasca ETA. Unos días después, envió una nueva carta a ETA para aclarar su posición en relación con el terrorismo. En ella, se posiciona a favor de las razones de ETA para luchar y de la necesidad de hacerlo, pero radicalmente en contra de atentados contra civiles:
y finalmente la instó a declarar una "tregua unilateral de 177 días" y a participar junto a ellos en un encuentro que se llamaría: "El País Vasco: caminos".​ Sin embargo, ETA rechazó cualquier diálogo, en carta dirigida al Subcomandante Marcos:
La respuesta de Subcomandante Marcos no fue menos agria, dado que manifestaba conocer a la vez que criticaba los métodos de ETA:
En el 2010, un supuesto exguerrillero del EZLN​ reveló que en marzo, con motivo de la visita de extranjeros de Italia y País Vasco (España), se produjeron aportaciones financieras. Así, "el País Vasco", dice el documento incautado, "hace entrega de 150.000 euros a los Consejos Autónomos". "El desertor dijo que el EZLN tiene conexiones con etarras y recibe dinero de grupos europeos".​ La Junta de Buen Gobierno de La Garrucha se benefició de 750,000 y posteriormente de 350,000 euros, aunque en ningún momento se menciona a ETA.​ También facilitó diversas fotografías en donde se podrían ver a los extranjeros con miembros del EZLN, y tres en las que aparece un hombre "delgado y barbudo" al que se identificaba como Marcos sin capucha. Sin embargo, Leuccio Rizzo, un italiano integrante de una organización de apoyo a la comunidad indígena del estado de Chiapas (sureste), donde está establecido el EZLN, declaró ser él la persona que aparece en esas fotografías. Además anunció que interpondrá los “recursos legales que procedan por daños y perjuicios”, ya que la información aparecida le "causa perjuicio, dado que es falsa y calumniosa", a la vez que reclamaba una aclaración en carta dirigida al periódico que publicó las fotografías.​ Senadores de los partidos Revolucionario Institucional (PRI), de la Revolución Democrática (PRD) y de Acción Nacional (PAN) pidieron indagar los nexos entre la organización armada independentista vasca ETA y el Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN) y, especialmente, investigar si hay financiamiento de ETA hacia el EZLN. El legislador Carlos Jiménez Macías, del PRI, se pronunció incluso por que las autoridades soliciten al gobierno español que verifiquen los supuestos nexos, al tratarse de "algo muy delicado".​
Además de las Declaraciones, el EZLN decidió crear una serie de comunidades que denominaría genéricamente de dos formas: Aguascalientes y Caracoles.
Hacia 1994, en el marco de su llamado a la Convención Nacional Democrática, el EZLN se dio a la tarea de construir un espacio para facilitar el encuentro político y cultural con los sectores de la sociedad civil que según los zapatistas habían detenido la escalada de la guerra unos meses antes. A ese espacio le llamó Aguascalientes (Comunas ocupas, en Europa), en memoria del estado que abrigara a finales de 1914 a la Soberana Convención Revolucionaria donde se dieron cita, entre otras, las fuerzas más progresistas de la llamada revolución mexicana: los magonistas, los villistas y los zapatistas.
Será hasta finales de 1995 cuando el EZLN propondrá de nuevo a la sociedad civil la construcción de nuevos Aguascalientes, como símbolo de resistencia y rebeldía. Para 1996, los Aguascalientes I (La Realidad), Aguascalientes II (Oventic), Aguascalientes III (La Garrucha), Aguascalientes IV (Morelia) y Aguascalientes V (Roberto Barrios), serán las sedes de las iniciativas político-culturales del zapatismo de ese año: Foro Nacional Indígena, Encuentro Nacional de Comités Civiles para el Diálogo Nacional, Foro Especial para la Reforma del Estado, Primer Encuentro Americano contra el Neoliberalismo y por la Humanidad y Primer Intergaláctico. Estos centros culturales, que contaban con auditorios, clínicas de salud, letrinas, bañeras, bibliotecas, gradas y dormitorios, estaban siempre rodeados por campamentos y bases del Ejército federal.
Fuera de Chiapas, otros Aguascalientes serían inaugurados por diversas expresiones de la sociedad civil zapatista: CLETA, una organización cultural que entiende el quehacer dentro de las artes escénicas como una posición política necesariamente de izquierda, haría del espacio tomado a la UNAM en la Casa del Lago el primero de ellos; luego, el Frente Popular Francisco Villa (FPFV), en una unidad habitacional construida también sobre terrenos tomados, abriría el Aguascalientes El Molino, donde en septiembre de 1997 se hospedarían los 1.111 zapatistas que acudirían a la Ciudad de México para la fundación del FZLN.
En enero de 1996, el "gobernador" insurgente de Chiapas, Amado Avendaño Figueroa, inauguraría otro Aguascalientes en Tijuana, Baja California. En el corazón de Ciudad Universitaria, construido por estudiantes que en su mayoría participaron en la huelga de 1999-2000 en la UNAM, estaría el Aguascalientes Espejo de Agua, donde la comandancia zapatista daría un mensaje a jóvenes y estudiantes del país en el marco de la Marcha del Color de la Tierra, y lo mismo pasaría en Xochimilco, donde un colectivo de organizaciones indígenas fundarían otro Aguascalientes.
Más efímeros y hasta simbólicos serían el Aguascalientes en Cuernavaca, inaugurado por Genaro, uno de los delegados zapatistas que visitaron tierras morelenses en marzo de 1999 con motivo de la consulta de ese año, y el Aguascalientes del Ángel de la Independencia, en la Ciudad de México. Ambos funcionarían solo como espacios de información acerca de las declaraciones de la Selva Lacandona y los Acuerdos de San Andrés, así como mesas de votación; luego desaparecerían.
Entre el 8 y 10 de agosto de 2003, en el hasta entonces Aguascalientes de Oventic, se celebraría la fiesta del nacimiento de los Caracoles y las Juntas de Buen Gobierno (JBG) neo-zapatistas, como culminación de una serie de cambios surgidos en el EZLN y los 27 Municipios Autónomos Rebeldes Zapatistas (MAREZ). La decisión surgiría luego de un largo ejercicio de análisis crítico y autocrítico sobre cómo habían funcionado hasta entonces los MAREZ y los Aguascalientes, los problemas que habían enfrentado y su relación con la sociedad civil mexicana e internacional, y supondría un avance importante en el proceso autonómico que el zapatismo abrazó para con las comunidades y pueblos indios del país, al recoger lo suscrito por el Gobierno federal y el EZLN en los Acuerdos de San Andrés; aunque éstos no hayan sido recogidos en la ley correspondiente sobre cultura y derechos indígenas aprobada en abril de 2001.
Los Caracoles reemplazaron así a los antiguos Aguascalientes, pero respetando en mayor o menor medida las zonas que comprendían (circa 4 y hasta 8 municipios por cada uno). Las Juntas de Buen Gobierno se dispusieron (y hasta hoy lo hacen) en lo que se llama centro del Caracol o Caracol a secas, en donde se encuentran también las oficinas de Vigilancia del Buen Gobierno, de Información, en algunos casos clínicas, en casos secundarias autónomas, etc.
En julio de 1996, la Mayor Insurgente Ana María leería en el Aguascalientes 2, Oventic, el discurso de bienvenida al "I Encuentro Intercontinental por la Humanidad y contra el Neoliberalismo", el Primer Intergaláctico, a unas cuatro mil personas que desde diferentes latitudes del planeta acudieron a la cita que el EZLN hiciera a través de la Primera Declaración de La Realidad, desde el mes de enero; en torno a cinco mesas de trabajo:
En los trabajos participaron personalidades como: Danielle Mitterrand, Eduardo Galeano, Daniel Viglietti, Alain Touraine, Yvon Le Bot, Carlos Monsiváis, Adolfo Gilly, Octavio Rodríguez Araujo, Gisèle Halimi, Tessa Brisac, James Petras, Douglas Bravo, Pablo González Casanova, Luis Villoro, Ofelia Medina o León Gieco, y a su conclusión, el EZLN emitió la Segunda Declaración de La Realidad. En ella, los anfitriones propusieron tejer redes intercontinentales de resistencia contra el neoliberalismo y por la humanidad, sin estructura, sin mando central y sin jerarquía, y de comunicación alternativa contra el neoliberalismo y por la humanidad; llevar a cabo en sus pueblos, países y naciones la Consulta Intercontinental por la Humanidad y contra el Neoliberalismo, que incluía preguntar si suscribían la Segunda Declaración de La Realidad y, por último, realizar el Segundo Intergaláctico en el continente europeo, donde el EZLN participaría directamente.
En marzo de 1997, durante el Encuentro Europeo por la Humanidad y contra el Neoliberalismo, celebrado en Praga, se llama a la realización del Segundo Intergaláctico, con sedes en Madrid, Cataluña, Ruesta (en Aragón), Almuñécar y El Indiano (en Andalucía), y se informará de una propuesta acerca de llevar a cabo un Tercer Intergaláctico en la Zona Libre controlada por la RASD del Sahara Occidental.
En un comunicado con fecha de julio de 1997, un año después del Primer Intergaláctico, el EZLN manifestaría que acudió al segundo encuentro: “a presentar la imagen del otro México, el México indígena, el México rebelde y digno que lucha por ocupar un lugar en la historia junto a todos y no sobre todos, el México que resiste y no se rinde, el México que construye un futuro que no niegue ni se avergüence de su pasado”.
Más de tres mil personas de 48 países asistieron al Segundo Intergaláctico, y llegaron, entre otras, a las conclusiones de formar una Red Mundial por la Humanidad y contra el Neoliberalismo, que luche contra la Organización Mundial del Comercio (OMC) y contra el Tratado de Maastricht. Tiempo después se crearía Acción Global de los Pueblos (AGP) en 71 países, teniendo entre sus luchas principales ir contra el Acuerdo Multilateral de Inversiones (AMI).
En varios días de diciembre de 2008 y enero de 2009 se llevó a cabo el festival Digna Rabia en el lienzo charro de la Asociación los Charros Reyes de Iztapalapa, del Frente Popular Francisco Villa Independiente – UNOPII en la Ciudad de México del 26 al 29 de diciembre, en el Caracol de Oventic en Chiapas del 30 de diciembre al 1 de enero y en la Universidad de la Tierra- CIDECI en San Cristóbal de las Casas, Chiapas.
El 10 de octubre de 2024, el EZLN, junto con las ACEGAZ (Asambleas de Colectivos de Gobiernos Autónomos Zapatistas) y las Comunidades Zapatistas, convocaron a los "Encuentros Internacionales de Rebeldías y Resistencias 2024-2025",​​ bajo el tema: "La Tormenta y el Día Después". La convocatoria hacía un llamado a la realización de seis encuentros (sesiones), a celebrarse entre diciembre de 2024 y diciembre de 2025.
El primer encuentro (sesión) se llevó a cabo del 26 de diciembre de 2024 al 2 de enero de 2025 en Chiapas, México. Las sedes de esta primera sesión fueron la CIDECI-UniTierra, en San Cristóbal de las Casas, y el Caracol de Oventik.​
El programa de participaciones de la primera sesión se llevó a cabo los días 28 y 29 de diciembre de 2024. Las mesas celebradas el día 28 de diciembre fueron: Mesa I: La tormenta: el crimen, el verdugo y las víctimas; Mesa II: La tormenta capítulo México: el crimen, el verdugo y las víctimas; Mesa Rebeldía y Resistencia Zapatistas. Parte I - Genealogía del Común Zapatista; y La Cofa del Vigía: Un larga vista hacia el ayer. Las mesas celebradas el día 29 de diciembre fueron: Mesa Rebeldía y Resistencias Parte II. Mujeres; Mesa Rebeldía y Resistencia Zapatistas. Parte III. Los Primeros Pasos del Común Zapatista; y La Cofa del Vigía: Señales al mañana.
Además de las mesas de discusión y reflexión, se celebró el Festival Cultural Zapatista y de firmantes de la Declaración por la Vida. Este festival consistió en participaciones artísticas de danza y música de firmantes de la Declaración por la Vida y de compañeros musicales zapatistas, la Obra de Teatro en 12 escenas: "El Colapso y el Día Después. Las Partes y el Todo", y Baile de fin del año 2024 e inicio del año 2025.