Roger Federer

Roger Federer (Basilea, 8 de agosto de 1981) es un extenista suizo, considerado uno de los mejores de todos los tiempos.
Ha sido ganador de 20 torneos de Grand Slam, cifra que lo ubica en tercer lugar del palmarés, sólo superado por el serbio Novak Djokovic (24) y el español Rafael Nadal (22). Consiguió ganar el Abierto de Australia en seis ocasiones, el Torneo de Roland Garros en una ocasión, el Campeonato de Wimbledon en ocho ocasiones (siendo el tenista que más veces lo ha conseguido en toda la historia) y el Abierto de Estados Unidos en cinco ocasiones. Logró conquistar en seis ocasiones el ATP Finals, lo que le convierte luego de Novak Djokovic (7) en el jugador más exitoso de la historia del torneo. Se encuentra en tercera posición, tras Novak Djokovic (40) y Rafael Nadal (36) como jugador con más títulos de Masters 1000 en modalidad individual, con 28; y por delante de otros célebres tenistas como el checo Ivan Lendl (22) y los estadounidenses John McEnroe (19), Jimmy Connors (17) o Andre Agassi (17).
Fue número 1 del mundo durante 310 semanas en total, cifra sólo superada por Novak Djokovic. Posee el récord de mayor número de semanas consecutivas como número 1 del mundo, con 237. Además, ha finalizado el año como número 1 del mundo en cinco ocasiones, las mismas que Rafael Nadal y Jimmy Connors, y sólo por detrás de los seis años de Pete Sampras y los ocho de Novak Djokovic.
Entre sus récords más importantes en Grand Slam destacan los siguientes: único tenista de la historia que posee cinco o más títulos en tres de los cuatro Grand Slam: en el Abierto de Australia (6), en el Campeonato de Wimbledon (8) y en el Abierto de Estados Unidos (5). Es el tenista que más veces ha participado en torneos de Grand Slam (81).
Ocupa la segunda posición en la lista de jugadores con más títulos ATP con 103, sólo por detrás deJimmy Connors (109). Asimismo, es el tenista con más títulos y victorias en pista dura (71 y 783) y en hierba (19 y 192) y el tercer tenista con más títulos conseguidos en outdoor (77) de la Era Abierta. Adicionalmente, es el tenista que más títulos ATP Tour 500 ha logrado, con 24, y el segundo tenista con más títulos ATP Tour 250, con 25, sólo por detrás del austriaco Thomas Muster, con 26. Es el único tenista en toda la Era Abierta que ha logrado diez o más títulos en dos torneos sobre dos superficies diferentes: Basilea (pista dura) y Halle (hierba). Además, es el segundo tenista por cantidad de victorias en toda la historia, con 1251, y cuenta con el cuarto mejor rendimiento de la historia con un 81,97% de victorias.
Con su país, Federer ha participado en cuatro Juegos Olímpicos, consiguiendo una medalla de plata en los Juegos Olímpicos de Londres 2012 en individuales​ y una medalla de oro en los Juegos Olímpicos de Pekín 2008 en dobles, junto a Stanislas Wawrinka. Además, también conquistó el título de Copa Davis en 2014 y la Copa Hopman en 2001, 2018 y 2019.
Federer fue un jugador versátil en todo tipo de pistas y superficies. Su percepción del juego, unida a su facilidad y elegancia lo hizo un jugador muy popular entre todos los aficionados del tenis. Originalmente carente de autocontrol cuando era júnior, logró transformar su actitud en la cancha para acabar convirtiéndose en un jugador muy querido por su plasticidad técnica y amabilidad en general. Entre sus premios más importantes destacan el premio Stefan Edberg a la Deportividad, que logró en 13 ocasiones. También ha ganado el Premio Laureus al Mejor Deportista Masculino Internacional del Año cinco veces, siendo el deportista que más veces lo ha logrado. Federer estableció la Fundación Roger Federer, que ayuda a los niños necesitados del sur de África y que recaudó fondos para el Match for Africa, una serie de partidos de exhibición benéficos anuales. Federer es habitualmente uno de los diez deportistas mejor pagados del mundo, además de ocupar el primer lugar en 2020 como deportista con 100 millones de dólares de ingresos.​
Roger Federer nació el 8 de agosto de 1981 en Binningen, Suiza, una pequeña población cercana a la ciudad de Basilea; pero se crio en Riehen y, sobre todo, en Münchenstein. Es hijo de Lynette y Robert Federer y tiene una hermana mayor llamada Diana. Roger, además de hablar el dialecto alemán suizo, habla alemán, francés e inglés con fluidez, aunque considera el alemán como su idioma nativo. Mientras jugaba en el Masters Series de Roma 2006, se reunió con el papa Benedicto XVI.​
Al igual que todos los ciudadanos suizos masculinos, Federer tendría que haber cumplido el servicio obligatorio en las Fuerzas Armadas de Suiza. Sin embargo, en 2003, fue considerado no apto para el servicio debido a un problema en la espalda que tenía desde hace mucho tiempo, de modo que no tuvo que cumplir el servicio militar.​ En su adolescencia fue seleccionado para tocar la trompa alpina durante eventos de lanzamiento de bandera suiza.​​ De niño, practicaba una amplia gama de deportes. Además de tenis, jugaba al baloncesto, bádminton, tenis de mesa. También jugaba al fútbol, en las categorías inferiores del FC Basel, aunque finalmente terminó optando por el tenis.
Federer está casado con Mirka Vavrinec. Se conocieron en los Juegos Olímpicos de Sídney 2000 mientras jugaban juntos el torneo de dobles mixto de tenis por Suiza. Vavrinec se retiró del tenis en 2002 debido a una lesión en el pie; después ha trabajado como gestora de la fundación Federer. Se casaron en Basilea el 11 de abril de 2009, en una fiesta a la que asistieron sus familiares y amigos más cercanos. El 23 de julio de 2009, Vavrinec dio a luz a dos niñas gemelas, Myla Rose y Charlene Riva. De nuevo se convirtieron en padres de gemelos, Leo y Lenny, nacidos el 6 de mayo de 2014.​​
Federer ha participado en varias organizaciones benéficas. En diciembre de 2003 creó la fundación que lleva su nombre,​ dedicada a financiar distintos proyectos humanitarios, dirigidos sobre todo a niños, principalmente en Sudáfrica, país de nacimiento de su madre, a través de la organización de voluntariado "Imbewu". También ayudó a Japón después del temblor y del maremoto tectónico en 2011.​ En 2005, subastó la raqueta que usó en el Abierto de los Estados Unidos para ayudar a las víctimas del huracán Katrina. En abril de 2006 fue el primer suizo en ser nombrado Embajador de buena voluntad de la UNICEF.​ En el Masters de Indian Wells 2005, Federer organizó una exhibición, llamada Rally for Relief (Rally para el alivio), en la que participaron varios jugadores de la ATP y la WTA. Las ganancias del evento fueron destinadas a las víctimas del tsunami causado por el Terremoto del Océano Índico de 2004. Desde entonces, ha visitado Sudáfrica y Tamil Nadu, una de las zonas de la India más afectadas por el tsunami.​ Federer también ha aparecido en los mensajes de la UNICEF para aumentar la conciencia pública sobre el sida.​ En respuesta al Terremoto de Haití de 2010, Federer organizó otra exhibición de la que participaron Rafael Nadal, Novak Djokovic, Andy Roddick, Kim Clijsters, Serena Williams, el australiano Lleyton Hewitt y Samantha Stosur antes del comienzo del Abierto de Australia 2010. Este evento de caridad fue llamado Hit for Haití. Todas las ganancias del evento fueron donadas a las víctimas del terremoto de Haití.​ En el Masters de Indian Wells de ese mismo año, Pete Sampras, Andre Agassi, Rafael Nadal y Roger Federer organizaron otro partido para recaudar fondos para el terremoto de Haití, que también fue llamado "Hit For Haiti".​ A finales de 2010 organizó con Rafael Nadal el "Match For África" (Partido por África), en el que jugaron dos partidos, uno en Suiza y otro en España con el objetivo de entregar recursos a los más necesitados.​
Federer tenía cuatro años cuando Boris Becker, su ídolo de la infancia, gana su primer título en Wimbledon en 1985. A partir de entonces, Federer empieza a mirar los partidos de tenis en la televisión durante horas y horas. Poco después de inscribirse en la escuela a la edad de seis años, Federer se convierte en el mejor jugador de tenis de su categoría y se entrena tres veces por semana en los alrededores de Basilea. Es ahí donde se hace amigo de Marco Chiudinelli. Cuando tiene 10 años, Federer comienza a entrenar en privado con Adolf Kacovsky, en el Club de Tenis Old Boys. Al principio Federer entrena con un grupo de chicos, pero cuando Kacovsky nota su enorme talento, empieza a darle clases particulares que son financiadas en parte por el club. Juega al fútbol hasta la edad de doce años, cuando decide centrarse exclusivamente en el tenis. A los catorce años, llega a ser el campeón nacional de todos los grupos en Suiza y es elegido para entrenarse en el Centro Nacional Suizo de Tenis en Écublens. Finalmente, deja la escuela a la edad de 16 años y se dedica solo al tenis.
El principal logro de Federer como jugador júnior es en 1998, en Wimbledon, donde gana el torneo en individuales ante Irakli Labadze por 6-4, 6-4, y en dobles junto con Olivier Rochus, derrotando a Michael Llodra y a Andy Ram por 6-4, 6-4. Además Federer pierde la final del Abierto de los Estados Unidos Júnior en 1998, ante David Nalbandian por 3-6, 5-7. En total, el suizo gana cinco torneos ITF Júnior en individuales, incluyendo el prestigioso Orange Bowl, donde vence a Guillermo Coria en la final por 7-5, 6-3. Federer termina 1998 como el número 1 Júnior.
En 1998, Federer entra en el circuito profesional apenas unos días después de ganar el torneo júnior de Wimbledon y caer en Gstaad, Suiza, ante el argentino Lucas Arnold por 4-6 y 4-6. Alcanza los cuartos de final de Toulouse y disputa la primera ronda de Basilea ante Andre Agassi, que por aquel entonces volvía a las pistas, tras haber caído al puesto 141 de la clasificación ATP, con quien pierde 3-6 y 2-6. Este es el primero de los numerosos choques entre ambos, que finalmente terminaría dominando Federer.
Federer finaliza la temporada con una marca de: 2-3 (40%)
En 1999, Federer se asienta en el circuito, demostrando progresos y ser una potencial figura del futuro. Llega a los cuartos de final de los eventos de Marsella, Róterdam y Basilea, además de unas semifinales en Viena. Debuta en la Copa Davis con Suiza ante Italia, ganando a Davide Sanguinetti. También debuta en Roland Garros y Wimbledon, cayendo en las primeras rondas frente a Patrick Rafter y Jiri Novak, respectivamente. Federer termina el año entre los 100 mejores del mundo (64).
Federer finaliza la temporada con una marca de: 13-17 (43%)
En 2000, Federer disputa dos finales ATP, en el Marsella, en el Basilea y alcanza las semifinales en los Juegos Olímpicos de Sídney 2000 donde cae ante Tommy Haas por 6-3 y 6-2. Queda en cuarta posición en el partido por el bronce ante Arnaud Di Pasquale por parciales de 6-7(5), 7-6(7) y 3-6. Allí conoce a Miroslava (Mirka) Vavrinec, una tenista eslovaca de 22 años, con quien, tiempo después, se casa y tiene dos pares de gemelos: dos hijas y dos hijos. Juega por vez primera en el Abierto de Australia y en el Abierto de Estados Unidos, llegando a tercera ronda en ambos y en París logra meterse en octavos de final de Roland Garros, frenado por Àlex Corretja. Al finalizar el año ya está situado entre los 30 primeros del mundo.
Federer finaliza la temporada con una marca de: 36-30 (55%)
Federer consigue su primer título venciendo a Julien Boutter en la final del torneo Milan Indoor. Sin embargo, su consagración definitiva se produce en Wimbledon, donde derrota épicamente a Pete Sampras en octavos de final por 7-6, 5-7, 6-4, 6-7 y 7-5. Sampras a estas alturas había ganado siete veces Wimbledon, incluidas las cuatro últimas ediciones del evento. Este partido es un guiño del destino o un "traspaso de poderes", ya que en el futuro Federer se convertiría en el gran dominador de dicho Grand Slam emulando al estadounidense, pese a que a continuación caería ante Tim Henman, en cuartos de final.
Por lo demás, Federer disputa otras dos finales, en Róterdam y Basilea y unos meritorios cuartos de final en Roland Garros, mejorando así la actuación del año anterior, pero una vez más Àlex Corretja se cruza en su camino. Otro dato para destacar es su victoria en la Copa Hopman, representando a Suiza junto a Martina Hingis. Federer es en ese momento el líder indiscutible del equipo suizo de Copa Davis y asciende al puesto 13 en el ranking.
En 2001, siendo todavía un adolescente de 19 años, entra al top 30 y avanza notoriamente finalizando el año 2002 entre los primeros 10.
Inicia 2001 en Australia, jugando una divertida exhibición que le sirve como preparativo en la Hopman Cup. Sus resultados tanto en Sídney como en el Abierto de Australia son regulares: un récord de 2-4 global. Tan pronto Federer vuelve a Europa para la temporada bajo techo en febrero, obtiene mejores resultados.
Gana el torneo en Milán, su primer título en la gira. Tiene que ganar tres partidos a tres mangas para reclamar el título, incluyendo una batalla en la final que termina 6-4 en el decisivo. El suizo continúa con su gran racha derrotando tanto a Jan-Michael Gambill como a Todd Martin en la Copa Davis, ambos encuentros decididos en cuatro mangas. Una aparición en semifinales en Marsella seguida de otra en las finales de Róterdam (incluyendo una derrota en desempate de la tercera manga contra Nicolas Escudé) colocan a Federer en el número 20 del mundo. Obtiene buenos resultados jugando bajo techo en las fases tempranas de su carrera.
Federer, de 19 años de edad, cae en primera ronda contra Nicolas Kiefer en Indian Wells, pero más tarde llega a tercera ronda en Miami, antes de ser derrotado por Patrick Rafter en los cuartos. El juego de Federer continúa mejorando.
Después de una derrota en cinco tantos contra Francia en la Copa Davis, llega la temporada de arcilla, en donde tiene una buena temporada, con una aparición en cuartos en Monte Carlo, tercera ronda en Roma y primera ronda en Hamburgo. En Roland Garros Federer alcanza los cuartos de final, el mejor resultado en Grand Slam en su joven carrera, torneo que años después llegaría a dominar.
Es en Wimbledon de 2001 donde Federer empieza a demostrar su enorme talento. Una apretada derrota contra Patrick Rafter en La Haya, seguida de una paliza recibida por Lleyton Hewitt en Nottingham, preparan a Federer para el tradicional Grand Slam de Wimbledon.
Vence en primera ronda a Christophe Rochus con relativa facilidad, antes de tener que luchar con dientes y uñas para imponerse sobre Xavier Malisse en cinco sets para avanzar a tercera ronda, donde encuentra al dificilísimo Jonas Bjorkman. Pero es en cuarta ronda contra Sampras donde Federer empieza a hacerse notar. Pete Sampras había ganado Wimbledon siete veces en los anteriores ocho años y parecía que iba a agregar uno más a su récord. Intercambian los cuatro primeros sets –todos de altísima calidad– para llegar a un definitivo quinto set, en el que Federer supera al estadounidense por 7-5. En la ronda siguiente es derrotado en cuatro sets por Tim Henman, pero su estrella brillaba aún más. Después de Wimbledon asciende hasta el número 14 del mundo.
Quizá solo era la resaca de la gran victoria, pero Federer fue vencido por Ivan Ljubičić en Gstaad la semana siguiente, ganando solo tres juegos. No vuelve a jugar otro partido por el resto del verano y entra al Abierto de EE. UU. demasiado frío. Consigue llegar a la cuarta ronda y pierde mansamente contra Andre Agassi. La temporada bajo techo fue también muy débil y Federer logra un récord de 2-4, mal, aparte de otra aparición en finales en Basilea, donde perdió contra Henman en sets seguidos.
Termina 2001 en la posición número 13 del mundo.
Federer finaliza la temporada con una marca de: 49-21 (70%); 1-1 vs Top-5 y 5-5 vs Top-10
Comienza el año ganando el torneo de Sídney y siendo finalista en Milán, donde defendía el título. Cae ante Tommy Haas en un duro duelo de octavos de final del Abierto de Australia y otorga dos puntos a Suiza en su eliminatoria de Copa Davis contra Rusia, pero no puede evitar la derrota de su país.
Obtiene excepcionales resultados en los ATP Masters Series, siendo finalista en Miami, (cayendo ante Andre Agassi) y ganando su primer torneo de esta categoría en Hamburgo, donde supera al ruso Marat Safin. Todo ello lo complementa con un título más en Viena; por el contrario, sufre inesperados reveses en Roland Garros y Wimbledon, cayendo en primera ronda en ambos. En el Abierto de Estados Unidos se queda a las puertas de los cuartos, y consigue acceder por vez primera en su carrera a la Masters Cup, donde Federer completa un grupo perfecto, en el que se impone a Juan Carlos Ferrero, Jiri Novak, Thomas Johansson; Lleyton Hewitt es capaz de eliminarlo en semifinales.
Arrancó la temporada con una victoria en Sídney, derrotando a Marcelo Ríos, Malisse y Andy Roddick en el camino. En el Abierto Australiano alcanzó la cuarta ronda, donde encontró a un enrachado Tommy Haas, quien lo derrotó 8-6 en el quinto. Federer ganaba más y más mangas apretadas y partidos, y su récord en desempates era de 10-5 en la primera parte de la temporada.
No logró defender su título en Milán, perdiendo contra David Sanguinetti en las finales. Después fue a Rusia y obtuvo dos victorias cruciales contra Marat Safin y Yevgeny Kafelnikov sobre arcilla en Copa Davis. Desafortunadamente, el resto del equipo fue incapaz de hacer algo y los rusos ganaron la serie 3-2. Otra derrota contra Escude, esta vez en Róterdam seguida de una derrota en segunda ronda en Dubái terminaron con su temporada bajo techo. Sus resultados este año no estuvieron ni cerca de sus resultados en años anteriores. Rebotó en Indian Wells, ganando sus primeros dos partidos ahí y alcanzando la tercera ronda antes de sorprender arrasando con la competencia para llegar a finales en Miami. Hasta derrotó a Hewitt en semifinales. Federer perdió la final en cuatro sets contra Agassi. Su ranking pasó hasta el n.º 11 del mundo después de Miami y Federer hizo su resultado más confuso sobre la arcilla.
Después de tempranas derrotas en Monte Carlo y Roma, arrasó con la competencia en Hamburgo y se llevó el título, derrotando a Marat Safin en sets seguidos en la final. En los cuartos se impuso al campeón de Roland Garros, Gustavo Kuerten, y sus esperanzas para el Abierto Francés eran muy altas. Entró al evento preclasificado en 8, pero perdió fácil en primera ronda contra Hicham Arazi.
La temporada de Federer en pasto: alcanzó semifinales en La Haya, cuartos en Países Bajos y una sorpresiva derrota en primera ronda de Wimbledon contra Mario Ančić. Federer se veía fuera de sí mismo. Obtuvo venganza contra Arazi en Gstaad por la derrota en París, pero después perdió cuatro partidos al hilo y no volvió a ganar hasta el Abierto de Estados Unidos.
Federer alcanzó la cuarta ronda en el Abierto de EE. UU. y perdió contra Max Mirnyi. Su ranking cayó de 8 a 13 y sus oportunidades de calificarse a la Copa Masters en Shanghái aún estaban vivas, pero no muy probables. En septiembre, ayudó a Suiza a volver al grupo mundial de Copa Davis con una victoria sobre Marruecos, derrotando nuevamente a Arazi.​
La temporada techada de Federer fue muy buena, mientras hacía un último intento por lograr meterse a los ocho en Shanghái. Cuartos en Moscú, una victoria en Viena, cuartos en Madrid, semifinales en Basilea, y una derrota en cuartos de final contra Hewitt en París ayudaron a que Federer se calificara para el evento de fin de año. Su victoria en Viena fue enorme y sus resultados lo empujaron hasta el n.º 6 del mundo.
En Shanghái, Federer ganó sus primeros tres partidos de round robin y alcanzó las semifinales contra Hewitt. Esta fue una apretada victoria en tres mangas para el australiano, 7-5, 5-7 y 7-5; un brillante encuentro para ambos, especialmente para Lleyton Hewitt, que ganó el evento y terminaría el año como 1 del mundo, tras mantener esa posición toda la temporada.
Federer finaliza la temporada con una marca de: 58-22 (72,5%; 4-3 vs Top-5 y 10-5 vs Top-10)
Este año supone el estallido de Federer al estrellato mundial. Aunque no pasa de octavos de final en el Abierto de Australia y Abierto de Estados Unidos, y aunque vuelve a tropezar en Roland Garros, donde cae ante el tenista peruano Luis Horna, Federer gana Wimbledon por primera vez con facilidad, y además suma trofeos en Dubái, Halle, Marsella, Múnich y Viena. También está presente en la final del Masters Series de Roma, cayendo ante Félix Mantilla y en Gstaad, perdiendo con Jiri Novak. Esa final será la última que se le escapará en muchísimo tiempo.
La gran decepción viene en las semifinales de la Copa Davis ante Australia, en donde Suiza cae eliminada y Federer pierde un partido que difícilmente olvidará con Lleyton Hewitt por 7-5, 6-2, 6-7, 5-7 y 1-6. Al término de la temporada, Federer ya había obtenido la madurez y experiencia necesarias que le harían prevalecer por encima del resto en los años venideros. Esto se refleja en la Masters Cup de Houston, donde derrota a todo aquel que se enfrenta con él, incluidos jugadores como Juan Carlos Ferrero o David Nalbandian, de quienes más problemas le habían estado dando en los últimos tiempos.
Concluye la temporada como número 2 del mundo (a partir del 17 de noviembre) a mínima distancia de Andy Roddick y gracias a los resultados de este último en las pistas americanas, ya que en sus confrontaciones particulares más importantes (en Wimbledon o la propia Masters Cup), el suizo había ganado.
Federer finaliza la temporada con una marca de: 78-17 (82,1 %); 5-1 vs Top-5 y 9-5 vs Top-10
Federer gana casi todos los torneos que juega, incluyendo el Abierto de Australia, Wimbledon y el Abierto de Estados Unidos. Solamente Roland Garros consigue escapar a las zarpas del suizo. Aquí, Federer se encuentra en tercera ronda con un Gustavo Kuerten inspirado que le inflige su única derrota en torneo Grand Slam de todo el año.
Federer además se hace con los Masters Series de Indian Wells, Toronto y Hamburgo, a lo que hay que sumar torneos dispares en Gstaad, Halle, Bangkok y Dubái. Gana en todas las superficies y se confirma como número 1 del mundo.
Sus únicos puntos negros son derrotas prematuras en los Masters Series de Miami, Roma y Cincinnati, y una decepcionante actuación en los Juegos Olímpicos de Atenas, donde pierde en segunda ronda. Como colofón, Federer defiende su título de la Masters Cup en Houston. Federer se fija como objetivos prioritarios ganar Roland Garros, ganar la Copa Davis con Suiza y mantener su ranking tantos años como le sea posible.
El primer gran evento del año fue el Abierto de Australia. Roddick entró como primer cabeza de serie, Federer #2, Ferrero #3. Roddick alcanzó los cuartos de final y cayó ante Marat Safin en cinco mangas. Ferrero perdió contra Federer en las semifinales mientras Federer ganó su segundo Slam imponiéndose sobre Safin en las finales. Esto llevó a Federer al #1 900 puntos sobre Ferrero, con Roddick pisándole los talones.
Ferrero se enfermó de varicela en 2004 y nunca se recuperó para alcanzar el nivel que alcanzó en 2003. El español nunca fue el mismo mientras Roddick, por otro lado, aún pensaba en 2004 que podía competir con Federer.
Tanto Roddick como Federer ganaron un par de partidos en Copa Davis antes de volver a sus respectivos continentes. Roddick obtuvo algunos resultados decentes en febrero, pero nada especial. Federer perdió por primera vez ese año en Róterdam, pero rebotó para defender su título en Dubái antes de que ambos hombres fueran a Indian Wells con Federer aventajándolo en puntos por 710. Roddick alcanzó los cuartos antes de caer ante Tim Henman mientras Federer ganó el evento sin perder un solo set. La siguiente semana en Miami, sin embargo, cayó ante un joven español llamado Rafael Nadal, mientras Roddick ganó el título. La distancia eran apenas 745 puntos.
Ambos hombres avanzaron en Copa Davis, ganando un par de tantos de individuales en mangas seguidas mientras eran ellos quienes dictaban el nivel al resto de la gira. Roddick alcanzó las finales en Houston a mediados de abril, y ambos perdieron temprano en Roma. La ventaja estaba en 350 puntos. Ninguno de los dos hicieron buen papel en Roland Garros y ambos defendían muchos puntos durante la temporada sobre césped. Federer sabía esto e hizo lo mejor que pudo para llevarse el título en Hamburgo, como lo había hecho dos años antes. Roddick perdió en segunda ronda en Francia mientras Federer cayó en tercera frente a Gustavo Kuerten, la última actuación grande del brasileño.
La distancia al entrar a la temporada sobre césped era de 915 puntos. Federer defendió fácilmente su título en La Haya mientras Roddick trabajó duro para defender el suyo en Queens. En Wimbledon, sabían que solo podrían enfrentarse en la final, y eso fue lo que sucedió. Roddick llegó hasta la final perdiendo un solo set, al igual que Federer.
La final de Wimbledon 2004 era la oportunidad para Roddick para sobreponerse a Federer, y estuvo muy cerca. Roddick ganó la primera manga e iba arriba un rompimiento en la segunda cuando se le fue la concentración. Varias suspensiones por lluvia le rompieron la cadencia al estadounidense y le ayudaron al suizo a obtener su victoria. Federer jugó impecable ese día; una gran final de Wimbledon por los dos hombres, Federer se la llevó en cuatro mangas. Roddick no tendría otra oportunidad como esta en dos años.
Después de la final, Federer iba arriba por 665 puntos, pero Roddick defendía muchos puntos aquel verano y Federer jugaba mucho mejor que el estadounidense. Esto fue lo más cerca que estuvo Roddick de volver al #1.
Roddick ganó Indianápolis ese verano nuevamente, mientras que Federer ganó Gstaad. Ambos hicieron las finales en Toronto. Roddick sabía que ganaría distancia, pero quería evitar que fuera demasiada. 720 puntos los separaban entonces y después de que Federer derrotó a Roddick en mangas corridas ese día, brincó a 975. Roddick tuvo buena suerte la semana siguiente, puesto que Federer perdió decepcionantemente contra Dominik Hrbaty en Cincinnati y contra Tomáš Berdych en las Olimpiadas. Estas serían las últimas derrotas de Federer por un buen tiempo. Federer ya no perdía y las esperanzas de Roddick de volver al #1 parecían imposibles.
Roddick solo alcanzó las semifinales en Cincinnati y la tercera ronda en las Olimpiadas, así que Federer se mantuvo a la cabeza. El suizo lideraba por 1390 puntos antes de entrar al Abierto de EE. UU. Esta era la última oportunidad para Roddick, no podía permitir que Federer ganara tres de los cuatro Slams del año y adjudicarse con el #1 del mundo tan fácilmente, especialmente tras la escaramuza del año anterior. Roddick jugó sin piedad en Nueva York, ganando sus primeros cuatro partidos en mangas seguidas, incluido un 6-0 sobre Rafael Nadal. En su partido de cuartos de final contra Joachim Johansson, perdió las primeras dos mangas, ganó los siguientes dos, pero perdió 6-4 en el quinto. Federer llegó a los cuartos y tuvo una batalla en el viento que duró dos días contra Andre Agassi, Federer se impuso en cinco mangas. Continuó derrotando a Henman en las semifinales y a Hewitt en la final para reclamar el título.
Roddick estaba desanimado. Federer tenía casi 3000 puntos sobre él, Hewitt estaba siguiéndolo de cerca. Federer se convirtió en líder destacado después de ese Abierto de Estados Unidos, y la batalla era solo por el segundo lugar. Federer, por lo visto para divertirse, fue a Bangkok a jugar un torneo en septiembre, y terminó derrotando a Roddick. Roddick se veía fatigado y no estaba en su mejor juego.
Federer se perdió la temporada bajo techo por una leve lesión y solo volvió para la Copa Masters en Houston. Su ventaja era de 2230 después de que perdió unos centenares de puntos, pero aún era una gran ventaja. El suizo ganó la Copa Masters nuevamente, terminando invicto. Hewitt y Roddick acabaron como 2 y 3, con Roddick terminando solo 90 puntos por delante del australiano.
Federer terminó 2004 con una ventaja de 2680 puntos sobre Roddick y había ganado tres Slams de los cuatro ese año. Adicionalmente, su historial frente a jugadores del Top-5 terminó 11-0 y frente a los Top-10 acabó 18-0.
Federer finaliza la temporada con una marca de: 74-6 (92,5 %); 11-0 vs Top-5 y 18-0 vs Top-10
Tras un más de un año sin entrenador, Tony Roche pasa a ser su entrenador.​ El suizo domina el circuito nuevamente. Los únicos resbalones del helvético vienen en momentos aislados, puesto que en términos de largo recorrido, su regularidad y consistencia marcan diferencias exageradas; Federer cae en semifinales del Abierto de Australia ante Marat Safin (partido cercano a las cinco horas de duración que se resuelve con 9-7 en la quinta manga a favor del ruso e inclusive llegó a tener el punto de partido), y en la misma ronda de Roland Garros contra un nuevo talento que irrumpe en ese 2005, Rafael Nadal.
Nadal arrasa en la temporada de tierra batida y deniega el preciado título francés a Federer. Tras esa derrota, Federer encadena la impresionante marca de 35 partidos ganados consecutivamente y mantiene el ranking de número uno sin mayores complicaciones, defendiendo por el camino sus galardones de Wimbledon y el Abierto de Estados Unidos, registrando un nuevo récord histórico de cuatro Masters Series en un año: Indian Wells, Miami (en donde derrota en la final a Rafael Nadal en cinco mangas, después de que este se alzase con las dos primeras), Hamburgo y Cincinnati, y obteniendo otros torneos menores como Doha, Róterdam, Dubái, Halle y Bangkok, que elevan su total a once.
Ya en el tramo último del año y sin mayores presiones que las de defender puntos insustanciales para la clasificación, Federer sufre una lesión en el tobillo derecho que le obliga a no tomar parte en ningún evento y que pone en duda su participación en la Tennis Masters Cup a disputar en Shanghái. Federer decide competir en Asia, pese a estar lejos de su condición óptima. No obstante, derrota al croata Ivan Ljubičić y a los argentinos Guillermo Coria y David Nalbandian, para adjudicarse su grupo invicto. En semifinales se impone al también argentino Gastón Gaudio hasta plantarse en la final contra David Nalbandian. Después de cuatro horas y media de partido, Federer cae ante el tenista argentino, que obtiene la copa en tie-break en el quinto set, rompiendo en el acto la marca de 24 finales vencidas ininterrumpidamente del suizo.
Federer mejora sustancialmente con respecto a 2004, terminando con 1345 puntos.
Federer finaliza la temporada con una marca de: 81-4 (95,3 %); 6-2 vs Top-5 y 15-2 vs Top-10
Otro año en el que Federer domina por completo el circuito, y mejora sus anteriores marcas de títulos y victorias, ganando 12 torneos, contra los 11 de las dos temporadas anteriores y sumando 92 partidos ganados (habían sido 81 en 2005). A su récord de 24 finales ganadas consecutivamente, ahora le suma una racha de 17 torneos consecutivos llegando a la final, desde su derrota frente a Rafael Nadal en las semifinales de Roland Garros en 2005 hasta su caída en la segunda ronda del Masters Series de Cincinnati de 2006 ante el británico Andy Murray, único torneo en la temporada donde no alcanza la final.
Logra cerrar la temporada con 29 victorias consecutivas registradas, acercándose a su mejor marca de 35. En la Carrera de Campeones registra 1674 puntos, superando ampliamente sus anteriores récords. Prácticamente el doble de puntos respecto a los 839 con los que el brasileño Gustavo Kuerten ganó la primera Carrera de Campeones en 2000. Simultáneamente, alcanza la mayor cantidad de puntos que ningún jugador haya logrado en el ranking de entrada, puntuando 8370 y superando ampliamente el antiguo récord histórico de Pete Sampras de 5792 puntos. Otro récord que alcanza Federer es el del jugador con más finales consecutivas en torneos de Grand Slam en la era abierta, con seis.
Llega a la final de Roland Garros pero una vez más el español Rafael Nadal le impide completar su colección de títulos de Grand Slam.
Gana el Abierto de Australia, Wimbledon derrotando a Rafael Nadal en la final, y el Abierto de Estados Unidos. Llega a 48 victorias consecutivas sobre hierba, la mejor marca de la historia.
Además se vuelve a imponer en 4 torneos de Masters Series, Indian Wells, Miami, Toronto, y Madrid, pero pierde en las finales de Montecarlo y Roma ante Rafael Nadal (esta última en un partido de antología tras cinco horas de juego y dos puntos de partido desperdiciados).
Se da el gran gusto de ganar por primera vez en su tierra a Fernando González, al llevarse el ATP de Basilea. También se impone en Doha, Halle y Tokio.
Finalmente se hace nuevamente de la Tennis Masters Cup (por tercera vez), derrotando en semifinales a Rafael Nadal y en la final a James Blake por 6-0, 6-3 y 6-4.
Federer finaliza la temporada con una marca de: 92-5 (95,04%); 8-4 vs Top-5 y 19-4 vs Top-10
Federer comienza el año adjudicándose el Abierto de Australia una vez más al derrotar al chileno Fernando González. Gana todos sus partidos sin perder un solo set, algo que no sucedía desde el triunfo de Björn Borg en el Roland Garros, en 1980. Gana el torneo de Dubái y consigue superar las 160 semanas consecutivas como número 1 (récord que pertenecía a Jimmy Connors) e igualar las 41 victorias consecutivas de Björn Borg, siendo esta racha cortada en la 2.ª ronda de Indian Wells por una derrota 7-5 y 6-2 ante el argentino Guillermo Cañas, que también lo vence en los octavos de final del Masters de Miami.
En la temporada europea de polvo de ladrillo vuelve a caer en la final del Masters Series de Montecarlo ante Rafael Nadal, y se despide rápidamente en Roma tras una sorpresiva caída frente al italiano Filippo Volandri en segunda ronda.
En el Masters Series de Hamburgo se convierte en el primer jugador en vencer a Rafael Nadal en una final de polvo de ladrillo, con un resultado de 2-6 6-2 y 6-0, cortándole además la racha de 81 victorias consecutivas sobre esta superficie. Tras esta victoria, Rafa Nadal lo derrota una vez más en la final de Roland Garros y le impide ser el tercer tenista en la era abierta en ganar los cuatro torneos de grand slam.
Posteriormente, Federer se proclama pentacampeón de Wimbledon, derrotando nuevamente en la final por segunda vez consecutiva al español Rafael Nadal, en un partido de antología, e iguala a Björn Borg, siendo el segundo jugador en conseguir ganar cinco veces seguidas Wimbledon en la era abierta (desde 1968). Este título de Grand Slam supone su corona número 11, y lo sitúa a solo tres torneos de igualar a Pete Sampras.
En la preparación para el Abierto de Estados Unidos, llega a la final del Masters Series de Montreal (cayendo con Novak Djokovic) y gana el título en Cincinnati derrotando en la final a James Blake con este lograría su título n.° 50.
Luego se convierte en el primer jugador en la era abierta en ganar cuatro veces consecutivas el US Open, venciendo en la final al mismo Novak Djokovic y convirtiéndose en el primero en ganar tres títulos de Grand Slam por tercera vez en un año. Su racha de finales de Grand Slam consecutivas asciende a 10 y 14 semifinales consecutivas.
En septiembre tuvo uno de los momentos más decepcionantes de su carrera al no poder mantener la categoría que tenía Suiza en el Grupo Mundial de la Copa Davis, pues en uno de los Play Offs, perdió la serie contra República Checa en Praga por 3 a 2. Los dos puntos para su país los obtuvo él mismo venciendo a Tomáš Berdych y a Radek Štěpánek en sus enfrentamientos individuales y perdiendo el partido de dobles haciendo pareja con Yves Allegro frente a la pareja Berdych-Stepanek. Sus compatriotas lo culparon a él por la eliminación del Grupo Mundial, debido a que en el cruce frente a España jugado en febrero en Viena Federer declinó de participar defendiendo los colores de su país y finalmente España se quedó con la serie por 3-2, lo que provocó que Suiza disputara la repesca contra los checos.
Finalizando el año se ve derrotado por el argentino David Nalbandian en la final del Masters Series de Madrid (6-1, 3-6, 3-6), luego gana el 28 de octubre en Basilea al vencer al finlandés Jarkko Nieminen, y pierde la semana siguiente de mano de David Nalbandian en el Masters Series de París, donde cayó en octavos de final.
En el torneo que cierra la temporada, la Masters Cup de Shanghái, quedó encuadrado en el Grupo Rojo en la Round Robin, junto a Andy Roddick, Nikolái Davydenko y Fernando González. En su primer partido fue derrotado por el chileno Fernando González, por 6-3, 6-7 y 5-7. Y así rompiendo 2 récords de Federer, uno haber perdido su primer partido en la fase de grupos del Masters Cup de Shanghái, en el que llevaba una cuenta de 22-2 (derrotado en semifinales en 2002 por Lleyton Hewitt, invicto en 2003 y 2004, derrotado en la final de 2005 por David Nalbandian e invicto el año 2006). Y el segundo récord, haber sido derrotado en partidos consecutivos, ya que desde el año 2003 no perdía 2 partidos seguidos, después de perder en París frente al argentino David Nalbandian y posteriormente en Shanghái con el chileno Fernando González. Su segundo partido en la Masters Cup de Shanghái es disputado con Nikolái Davydenko, donde Federer gana 6-4, 6-3. Luego en el tercer partido contra Andy Roddick, le gana en dos mangas por parciales 6-4 y 6-2. En las semifinales se enfrenta por segunda vez consecutiva (ya lo había derrotado en 2006 en la misma instancia de este torneo) a Rafael Nadal, donde en 57 minutos logra ganarle en dos mangas 6-4 y 6-1, impidiéndole de esta forma el paso a la final al jugador español por segundo año consecutivo. El 17 de noviembre se enfrenta contra el español David Ferrer, en la final del Masters de Shanghái, ganándole en tres mangas 6-2, 6-3 y 6-2. Así superó por segunda vez consecutiva la barrera de los ocho millones en premios, y ganando su octavo título de la temporada.
Federer finaliza la temporada con una marca de: 68-9 (88,3 %): 9-3 vs Top-5 y 17-4 vs Top-10
Federer comienza el año aquejado de un virus estomacal que lo mantiene alejado del circuito durante la preparación del Abierto de Australia. En dicho torneo no desarrolla su mejor tenis, como ante el serbio Janko Tipsarević donde consigue su récord de 39 saques directos en un partido –superado en la final de Wimbledon 2009 con 50–, pero aun así avanza hasta semifinales donde cae eliminado ante la revelación del circuito, el serbio Novak Djokovic, terminando así su racha de 10 finales consecutivas en torneos de Grand Slam.
En marzo Federer cae en primera ronda en Dubái en manos del británico Andy Murray sembrando así la duda respecto a su continuidad como monarca del tenis. Poco después se conoció que Federer había estado enfermo de mononucleosis durante al menos 6 semanas, aproximadamente desde finales de diciembre, jugando ambos torneos físicamente tocado.
En el primer Masters Series de la temporada, celebrado en Indian Wells, cae en semifinales ante el sorpresivo juego de Mardy Fish, quien viniera de eliminar a Nikolái Davydenko, Lleyton Hewitt y David Nalbandian. Pese a este resultado, Federer logró superar su desempeño de 2007, donde fuera eliminado tempranamente.
En el segundo Masters Series del año, Miami, Federer pierde en cuartos con Andy Roddick, quien logró frenar la racha de derrotas ante el suizo, que ya sumaban 11 encuentros seguidos. Esta derrota, si bien truncaba las expectativas de Federer de conseguir su primera final en la temporada, no le recortó puntos en el sistema de entradas, debido a que el año anterior había llegado solo hasta cuarta ronda. Sin embargo, en línea con el gran desempeño de Rafael Nadal, Federer pasa a ser constantemente cuestionado acerca de si su momento como emperador del tenis está llegando a su fin.
La semana siguiente, en Estoril, después de un inicio algo tibio, Federer logra alcanzar su primer campeonato de la temporada, derrotando al ruso Nikolái Davydenko, lo que siembra un importante precedente para su gran desafío: Roland Garros. Para rendir Estoril, y en línea con su sueño de lograr coronarse en Francia, Federer vuelve a contar con los servicios de un preparador, en este caso, del español José Higueras, quien aparte de haber tenido una destacada trayectoria en tierra batida, también entrenó a grandes jugadores como Michael Chang y Jim Courier en su obtención del grand slam francés.
En el ATP Masters Series de Montecarlo, primero de la serie en tierra batida, Federer, después de un complicado inicio, logra afianzar su juego, dejando en el camino a Rubén Ramírez-Hidalgo, Gaël Monfils, David Nalbandian y Novak Djokovic, para encontrarse en la final con su ya archirrival Rafael Nadal, quien lo derrota en mangas corridas por 7-5 y 7-5. En el segundo Masters Series de tierra batida, Roma, el suizo dejó escapar una buena oportunidad de ganar por primera vez este Masters, con su gran enemigo en esta superficie Rafael Nadal fuera de juego a las primeras de cambio, el suizo solo pudo con el argentino Guillermo Cañas y con el croata Ivo Karlović, para caer definitivamente en cuartos de final contra el checo Radek Štěpánek por un doble 7-6.
En el ATP Masters Series de Hamburgo en su primer encuentro barrió a Jarkko Nieminen por 6-1 y 6-3. Luego derrota con facilidad a Robin Söderling y a Fernando Verdasco, pasando a semifinales. El siguiente paso de Roger Federer en este torneo fue derrotar al italiano Andreas Seppi con parciales de 6-3 y 6-1 en un tiempo aproximado de 80 minutos. Finalmente la final la disputó con Rafael Nadal con quien perdió 5-7, 7-6 y 3-6, con una impresionante remontada de Nadal 1-5 en el primer set.
Roger Federer llegó a la final de Roland Garros tras vencer al chileno Fernando González en cuartos y al francés Gaël Monfils en semifinales. Pero por tercera vez consecutiva, volvió a caer en la final ante Rafael Nadal y esta vez en una humillante derrota por 6-1, 6-3 y 6-0, Nadal ha ganado los últimos cuatro títulos del Roland Garros igualando la marca de Björn Borg.
Después de la derrota en Roland Garros, Federer consigue llegar a la final del Torneo de Halle donde vence cómodamente en la final al jugador alemán Philipp Kohlschreiber por un marcador de 6-3 y 6-4.
El 6 de julio disputó el último encuentro del torneo de Wimbledon ante Rafael Nadal, en la que fue la final más larga de la historia del All England Club (de 14:35 a 21:35, casi cinco horas, más dos interrupciones debidas a la lluvia). En ese partido Federer salvó dos puntos de campeonato, uno en la cuarta manga y otro en la quinta. El partido finalizó con derrota del suizo con el resultado de 4-6, 4-6, 7-6, 7-6 y 7-9 a favor de Nadal. Esta final fue según algunos, el mejor partido de la historia del tenis. Previamente había vencido a Dominik Hrbatý, Robin Söderling, Marc Gicquel, Lleyton Hewitt, Mario Ančić y Marat Safin. Con su derrota en la final ante Rafael Nadal se frustra su sueño de superar los seis títulos consecutivos en Wimbledon de Björn Borg y pone fin a una racha de 65 triunfos consecutivos sobre el pasto y 40 en el All England Club.
En el Masters de Canadá, Federer sufre una sorprendente derrota en segunda ronda a manos de Gilles Simon por 6-2, 5-7, 4-6. Federer que defendía la final estaba más cerca que nunca de perder el N.º 1 del mundo.
En el Masters de Cincinnati, Federer cae en tercera ronda a manos del croata Ivo Karlović (con quien mantenía hasta entonces un cara a cara de 6-0) por 7-6(2), 4-6 y 7-6(5), a pesar de no sufrir ningún "break" en todo el partido, entregando finalmente a Rafael Nadal el trono de la ATP después de que el tenista español tuviera que esperar 160 semanas (3 años y 1 mes) como número 2 de ATP (récord mundial).
Tras una temporada gris, el tenista suizo pretendía hacer un buen papel en los Juegos Olímpicos y así recomponerse de las recientes derrotas de Wimbledon y los Masters de Canadá y Cincinnati.
Es el abanderado de Suiza en los Juegos Olímpicos de Pekín. Durante el torneo vence con comodidad a Dmitri Tursúnov, a Rafael Arévalo y a Tomáš Berdych, pero cae en cuartos de final ante el estadounidense James Blake (con el que tenía hasta entonces un cara a cara de 8-0) por un marcador de 6-4, 7-6(2), quedándose sin opciones de lograr una medalla en la categoría de individual. No así en dobles, donde siguió compitiendo junto a su compatriota Stanislas Wawrinka; sorprendentemente, llegaron hasta la final, celebrada el 16 de agosto, dejando en el camino en cuartos de final a los experimentados doblistas indios Mahesh Bhupathi/Leander Paes y en semifinales a la pareja favorita y clasificada número uno Bob Bryan/Mike Bryan. De esta forma, disputarían la medalla de oro contra la pareja sueca Simon Aspelin/Thomas Johansson, logrando imponerse, tras casi tres horas de partido, por 6-3, 6-4, 6-7(4) y 6-3. Roger Federer consiguió así una medalla de oro olímpica, uno de los pocos galardones/premios que no figuraban en su palmarés, "haciendo realidad un sueño" como declaró al acabar dicha final.
El 26 de agosto comienza su andadura en el Abierto de Estados Unidos. Derrota a Máximo González, Thiago Alves, Radek Štěpánek, Ígor Andréiev, Gilles Müller, Novak Đoković (6-3, 5-7, 7-5 y 6-2) y, en la final disputada el 8 de septiembre, al escocés Andy Murray, por 6-2, 7-5 y 6-2. Roger Federer se convierte en el primer jugador de la era Open (tras Bill Tilden en la década de los 20) que ha ganado cinco campeonatos consecutivos en este Grand Slam y en el primer tenista capaz de lograr cinco títulos seguidos en dos Grand Slam diferentes (Wimbledon y Abierto de Estados Unidos).
En el Masters de Madrid cae eliminado por el escocés Andy Murray en semifinales, evitando así la tercera final consecutiva del suizo en el torneo. Previamente, Federer había eliminado a Radek Štěpánek, Jo-Wilfried Tsonga y Juan Martín del Potro. En su siguiente torneo vence a David Nalbandian por 6-3 6-4 en la final de Basilea, consagrándose campeón por tercera vez consecutiva en su casa. Después jugaría el Masters de París ganándole a Robin Söderling y a Marin Čilić y abandonaría el torneo en cuartos. de final por una molestia en su espalda antes de iniciar su partido contra James Blake. Cabe destacar que este es el primer retiro del jugador suizo durante el transcurso de un torneo en su carrera como profesional.
Como colofón a la temporada llegó la Tennis Masters Cup en Shanghái, uno de sus torneos favoritos puesto que había ganado 4 de las últimas 5 ediciones. En el primer partido pierde ante el francés Gilles Simon dejando una mala imagen. En el segundo partido se rehizo y venció al checo Radek Štěpánek que había llegado al torneo en sustitución del lesionado Andy Roddick. En el tercer partido se jugaba la clasificación a las semifinales ante el escocés Andy Murray. En un partido vibrante, que jugó con problemas en la espalda, terminó perdiendo por 4-6 7-6 y 7-5, estando lejos de revalidar el título. De esta forma, Federer culmina un año bastante irregular, con récord negativo frente a los top-5 y top-10, en gran parte por problemas de salud (primer semestre del año) donde se le diagnosticó una mononucleosis y debido a algunas lesiones menores en la espalda hacia finales de la temporada.
Federer finaliza la temporada con una marca de: 66-15 (81,5 %)
Federer inicia el año jugando el torneo de exhibición Capitala World Tennis en Abu Dhabi. En dicho torneo, cae ante el británico Andy Murray en la ronda de semifinales, por 6-4, 2-6, 6-7(6). La temporada oficial da comienzo con el torneo ATP World Tour 250 series Torneo de Doha, donde Andy Murray vuelve a vencer a Federer en la semifinal por 6-7(6), 6-2 y 6-2.
Posteriormente, el tenista suizo logra llevarse el título en el torneo de exhibición "Clásico de Kooyong", donde vence primero a Carlos Moyá, por 6-2 y 6-3, luego obtiene una dura victoria frente a otro español, Fernando Verdasco, por 6-3, 3-6 y 7-6 (7/5), y ya en la final, vence a su compatriota Stanislas Wawrinka, por 6-1 y 6-3, dando una clara muestra de gran tenis. De esta forma, Federer culmina su preparación para el Abierto de Australia.
En la primera ronda del Abierto de Australia 2009 Federer tendría su primera prueba del año ante el italiano Andreas Seppi. El partido se definió en tres mangas a favor del suizo: 6-1, 7-6(7/4) y 7-5, en segunda ronda Federer se cruzó con el ruso Yevgueni Koroliov donde dio una exhibición de su mejor tenis, con parciales de 6-2, 6-3, 6-1, dando la impresión de que daría todo su esfuerzo para volver a adjudicarse el torneo, en tercera ronda volvería a enfrentar a un viejo conocido, Marat Safin, lo que se suponía sería una dura prueba para Federer. El suizo resolvió el partido con un claro 6-3, 6-2 y 7-6(7/5), y ya se vislumbraba una gran final entre el suizo y Rafael Nadal, quien también venía jugando un tenis excelente. En octavos de final chocó contra Tomáš Berdych. Sorpresivamente, Berdych se llevó las dos primeras mangas, pero luego vendría una impresionante reacción de Federer, quien logró llevarse el partido con un épico 4-6, 6-7(7/4), 6-4, 6-4 y 6-2. Su próximo rival en los cuartos de final sería el argentino Juan Martín del Potro quien venía de eliminar al croata Marin Čilić por 5-7, 6-4, 6-4 y 6-2. Federer hizo simple lo que parecía complicado, ya que el argentino venía jugando un gran tenis. El partido se resolvió a favor de Federer por 6-3, 6-0 y 6-0. En las semifinales lo esperaba el estadounidense Andy Roddick, contra quien Federer contaba con un récord de 15 victorias contra dos derrotas. El partido fue duro, Roddick dio batalla a tal punto que Federer tuvo que poner lo mejor de sí en las últimas dos mangas para llevarse el partido por 6-2, 7-5 y 7-5. Así Federer llegaba a la final, donde como era previsto se enfrentaría al español Rafael Nadal.
En la final del Abierto de Australia Roger Federer cayó en un reñido partido de 4 horas y 53 min ante Rafael Nadal por 7-5, 3-6, 7-6(3), 3-6 y 6-2. El español impidió al ex número 1 ganar su Grand Slam n.º 14 con el que empataría a Pete Sampras, el ex número 1 del mundo se echó a llorar a la hora de la premiación en la clausura del certamen.
Antes de Indian Wells, Federer cambia de entrenador pasando a ser Darren Cahill.​ En el primer Masters Series de la temporada, Roger Federer se preparaba arduamente para revalidar y cambiar la imagen que tenían de él y cambiar su posición ya que el año pasado cayó en semifinales del torneo frente al estadounidense Mardy Fish, comienza su trasegar en el torneo en 2.ª Ronda frente al galo Marc Gicquel ganándole con dos parciales, el primero con una muerte súbita 7-6(4) y el segundo por 6-4. En la tercera ronda contra el croata Ivo Karlović ganándole en dos mangas con un 7-6(4) y 6-3. Pero es en octavos de final en donde se exige y le obligan a jugar su mejor tenis porque por primera vez en el torneo juega una definitoria tercera manga, el jugador que hace que el partido se alargue más es el chileno Fernando González que la segunda manga todo fue de él y no le permitió al helvético poner cuentas claras; 6-3, 5-7 y 6-2, en cuartos se le pone en el camino el español Fernando Verdasco que aunque la segunda manga se definió con una muerte súbita el español no encontró respuestas para entender el sencillo juego del ex número 1 del mundo, venciéndole en 6-3 y 7-6(5).
Pero en las semifinales se veía las caras con un aparente fácil Andy Murray, que atrevidamente le ganó la primera manga 6-3, proponiéndole un juego vertical y fácil de seguir para el suizo que supo amilanar al escocés y gana la segunda batalla 6-4 pero es en la tercera manga en donde el número 4 del mundo deja ver que si es contra Federer será fácil ganarle 6-1, acabando con los sueños de pasar a la final de Roger Federer. Más tarde en Miami, Federer logra pasar la 1.ª ronda (Kevin Kim 6-3, 6-2), 2.ª ronda (R32 Nicolas Kiefer 6-4, 6-1), ronda 16 (Taylor Dent 6-3, 6-2), cuartos de final (Andy Roddick 6-3, 4-6, 6-4) y finalmente llega a semifinales donde es derrotado por Novak Djokovic con un épico 6-3, 2-6, 3-6 (en el cual Novak logra cobrar venganza por la derrota que sufrió en semifinales del Abierto de Estados Unidos 2008). Este perdería más adelante la final contra Andy Murray, dos mangas a favor del escocés.
Posteriormente, el de Basilea, entraría en el torneo de Montecarlo a través de una carta de invitación (Wild Card) tras haber anunciado que no participaría en el torneo. En su debut ante Andreas Seppi, venció por un doble 6-4, pero en octavos de final, su compatriota de Copa Davis Stanislas Wawrinka lo derrotó sorpresivamente por 6-4 y 7-5. Luego perdería en las semifinales de Roma contra Novak Djokovic por 4-6 6-3 y 6-3. Mostrando una gran mejoría en esta superficie. Su oportunidad llegaría en el Masters 1000 de Madrid después de vencer a Robin Söderling, James Blake, Andy Roddick 7-5, 6-7 y 6-1 y luego en semifinales a Juan Martín del Potro 6-3 y 6-4. En la final vence al español Rafael Nadal, "en su casa", con cierta holgura por un doble 6-4 (Roger Federer es el único tenista en vencer a Nadal en finales sobre polvo de ladrillo durante su carrera profesional, es la segunda vez que lo consigue) coronándose campeón del Masters 1000 de Madrid, y así igualando en títulos (15) de ATP World Tour 1000 al mismo Rafael Nadal y colocarse a tan solo dos de Andre Agassi.
En primera ronda de Roland Garros, Federer venció sin contratiempos a Alberto Martín por 6-4 6-3 y 6-2. En segunda ronda, Federer venció en un partido ajustado a José Acasuso. Después de las dos primeras mangas, el partido se encontraba 7-6 5-7; en la tercera manga el suizo iba cayendo 5-1 pero logró darle la vuelta y colocarlo 7-6 en la muerte súbita, y en el cuarto lo ganó con facilidad con un 6-2. En tercera ronda, el ex número 1 del mundo venció a Paul-Henri Mathieu por 4-6 6-1 6-4 y 6-4. En cuarta ronda se vería contra Tommy Haas, quien ganaba las dos primeras mangas por 6-7(4), 5-7. En la tercera, yendo 3-4 abajo, al servicio y con bola de rotura para Tommy, Federer dio una cátedra de tenis y de ahí en adelante Haas solo pudo ganar dos juegos en el resto del partido 6-4, 6-0 y 6-2. Roger Federer (2.º) superó al francés Gaël Monfils (11.º) por 7-6, 6-2 y 6-4 en los cuartos de final de Roland Garros y se aseguró el pase a semifinales del segundo Grand Slam del año.
El número dos del mundo completó un partido muy sólido, jugando por momentos un tenis de alto vuelo y respondiendo con autoridad en las ocasiones de mayor presión, Roger Federer (2.º) superó al argentino Juan Martín del Potro (5.º) en cinco mangas, con parciales de 3-6, 7-6(2), 2-6, 6-1 y 6-4 en las semifinales de Roland Garros y se aseguró el pase a la final del segundo Grand Slam del año. Ya en el partido final, el suizo muy centrado a lo largo de todo el encuentro; derrota en tres mangas, 6-1, 7-6 y 6-4 al sueco Robin Söderling, que había sido la revelación del torneo al derrotar, con una victoria contundente, al tetracampeón Rafael Nadal. Con la consecución de este título, su primera victoria en el Roland Garros, Federer completa el Grand Slam Carrera, al ser vencedor de los cuatro torneos más importantes del mundo, y al mismo tiempo iguala al estadounidense Pete Sampras como el tenista con mayor cantidad de títulos de Grand Slam con 14.
En Wimbledon gana en tres mangas en las dos primeras rondas (7-6, 6-3, 6-2 al coreano Lu Yen-hsun y 6-2, 6-2, 6-4 al español Guillermo García López). En tercera ronda tuvo un partido relativamente duro ante Philipp Kohlschreiber, pero lo venció en cuatro mangas (6-3, 6-2, 6-7 y 6-1). En una interesante cuarta ronda Federer derrota a Robin Söderling (a quien había vencido en la final del último Roland Garros) en tres mangas muy ajustadas: 6-4, 7-6(5) y 7-6(5). En cuartos de final supera con maestría a Ivo Karlović, a pesar de su potentísimo saque, por 6-3, 7-5 y 7-6. Con esto, Federer consigue su vigésima primera semifinal consecutiva en torneos de Grand Slams. En esa instancia vence a Tommy Haas en mangas corridas por 7-6(3), 7-5, 6-3 avanzando así a su final número 20 en un Grand Slam. En la final en el All England Club, Roger Federer ganó en partido maratónico a Andy Roddick, quien había vencido en semifinales al local Andy Murray, por 5-7, 7-6(6), 7-6(5), 3-6 y 16-14. Con este triunfo, Federer consigue su sexta victoria en Wimbledon, se convierte el primer tenista de la historia que consigue 15 Grand Slams, superando el récord que compartía con el estadounidense Pete Sampras, y vuelve al número 1 en la siguiente publicación del ranking de la ATP (6 de julio), desplazando definitivamente al tenista Rafael Nadal de ese puesto. En la Rogers Cup, Federer inicia en segunda ronda, ahí supera a Frederic Niemeyer por 7-6 y 6-4 y en tercera ronda a Stanislas Wawrinka (22.º) por 6-3 7-6, en cuartos de final, el francés Jo-Wilfried Tsonga (7.º) frenó al suizo por 7-6, 1-6 y 7-6, tras remontar un 1-5 en el tercer set, este es el primer partido que Federer pierde desde la derrota ante Novak Djokovic en las semifinales de Roma.
El 23 de agosto de 2009, Roger Federer consiguió su tercer título en el Masters de Cincinnati, al vencer a Novak Djokovic, quien venía de destrozar a Rafael Nadal en semifinales. El partido fue de corta duración, debido a la amplia superioridad mostrada por Federer de principio a fin. El partido culminó 6-1 7-5, y el serbio en ningún momento pudo igualar el nivel mostrado por Federer.
Resta un Grand Slam en 2009, el Abierto de Estados Unidos y Federer busca conseguir su sexto título consecutivo en Flushing Meadows (2004/05/06/07/08) y de esa manera terminar el año como el hombre récord confirmando ser el mejor jugador de todo los tiempos.
En primera ronda derrota al peor posicionado en el Abierto de Estados Unidos 2009, Devin Britton por 6-1, 6-3, 7-5 en un gran partido por parte de Federer ya que el rival era un primerizo en los torneos de Gran Slams. En segunda ronda derrota a Simon Greul por 6-3, 7-5, 7-5 en un partido atípico pero que Federer resolvió sin serios problemas. En tercera ronda derrotó a Lleyton Hewitt por 4-6, 6-3, 7-5, 6-4 y aunque cedió una manga, se llenó de confianza y el suizo reaccionó con firmeza. En cuarta ronda se enfrentaría a Tommy Robredo a quien vencería de forma sencilla por 7-5, 6-2 y 6-2. El partido de los cuartos de final lo disputó ante el sueco Robin Söderling derrotándolo por 6-0, 6-3, 6-7(6), 7-6(6), en un partido que si bien en las primeras mangas fue un ejemplo de la contundencia y gran juego habituales del suizo, se complicó más de lo debido, habiendo concluido en una ajustada muerte súbita. En semifinales (22.º semifinal consecutiva en Grand Slams), se enfrentó al serbio Novak Djokovic, a quien venció por 7-6,7-5 y 7-5. En la final del Abierto de Estados Unidos ocurrió algo inesperado: el suizo cae ante el argentino Juan Martín del Potro, quien venía de aplastar a Rafael Nadal en semifinales por 6-2 6-2 6-2, en un maratónico partido, donde Federer dejó crecer al argentino, cediendo de esta manera el título que había sido suyo durante cinco años consecutivos. El suizo comenzó arrasando al argentino en la primera manga, y la gana por 6-3, en la segunda Federer consiguió tempranamente un quiebre, y desde ahí mantuvo esa ventaja con dificultades, se colocó 5-4, sacó para la manga pero el argentino con un passing paralelo increíble, iguala a 5, y luego el tenista de Tandil se impuso en el juego decisivo igualando a una manga por lado. El tercero, se mantuvo la paridad hasta que, el argentino, sacando 4-5 y 30-30 cometió dos doble faltas seguidas y cedió la manga 6-4. El cuarto se lo llevaron a la muerte súbita donde Juan Martín del Potro volvió a imponerse, igualando a dos mangas por lado. Ya en el definitivo, «Delpo» quebró temprano y se puso 5-2, y sin necesidad de buscar el cierre con su saque, se impuso 6-2. El resultado final fue 3-6, 7-6, 4-6, 7-6, 6-2.
Federer vuelve a las pistas en el ATP 500 de Suiza (Basel). En la primera ronda, se enfrenta con Olivier Rochus —quien venía de ser finalista en el ATP 250 de Estocolmo—, a quien derrota por un cómodo 6-3, 6-4. En segunda ronda, derrota al italiano Andreas Seppi por un doble 6-3. En cuartos, Federer vence de manera muy sencilla al ruso Yevgueni Koroliov por un marcador de 6-3 y 6-2. Para acceder a la final, Federer tuvo que emplear su maestría desde el fondo de la pista ante su compatriota Marco Chiudinelli, 73 del ranking, quien le forzó a una muerte súbita en el primer set, que acabó ganando Federer por 9-7; al número uno del mundo solo le hizo falta un break en el arranque del segundo parcial para alzarse con la victoria con el tanteo de 7-6(7) y 6-3. De esta manera, Federer accedía a su sexta final en 'casa'. De nuevo ocurre el mismo tropiezo que en el Abierto de Estados Unidos, esta vez contra Novak Djokovic, pierde por 6-4, 4-6, 6-2, entregando de esta forma la corona de su casa.
En el Masters de París, se despide rápidamente del torneo ante el sorpresivo tenista galo N.º 43 de la ATP Julien Benneteau por 3-6, 7-6, 6-4; que acabó el partido llorando de emoción, (quien luego caería ante el también local Gaël Monfils, que a la postre sería el finalista del torneo.
El 22 de noviembre, debuta victoriosamente en el ATP World Tour Finals con una dura victoria sobre el español Fernando Verdasco (quien accedía al torneo por primera vez en su carrera). De menos a más, Federer remontó en la Copa Masters de Londres a Verdasco, que arrancó el duelo con un gran tenis para venirse abajo en el tercer parcial, y a quien el helvético logró derrotar por 4-6, 7-5 y 6-1 en 1 hora y 59 minutos. Luego, en su segundo partido, Federer vence al ídolo local Andy Murray en un interesante partido, donde el suizo fue de menos a más, 3-6, 6-3, 6-1. Con esta victoria asegura finalizar el año como número 1 del mundo. En su tercer partido en el ATP World Tour Finals el tenista helvético pierde contra el campeón del Abierto de Estados Unidos 2009, Juan Martín del Potro, por 2-6, 7-6, 3-6. A pesar de esta derrota, Federer se clasifica para las semifinales del ATP World Tour Finals, como primero en su grupo.
Posteriormente, le tocó enfrentarse con el segundo clasificado del grupo B, el ruso Nikolái Davydenko quien nunca lo había vencido en doce oportunidades. El suizo sacó muy mal, y estuvo muy errático en la primera manga por lo que se declinó a favor de Davydenko. Posteriormente se recuperó en el segundo set, pero perdió en el tercero en un partido apretadísimo por 6-2, 4-6 y 7-5. Con el muy mal torneo del n.º 2 de la ATP Rafael Nadal, que cayó en round robin perdiendo en forma categórica sus tres partidos en dos mangas todos ellos, Federer finalizó como n.º 1 de la ATP, con 10 550 puntos. Terminando así con la ilusión del "Rafa" de recuperar el liderazgo mundial. Por ello durante la Copa de Maestros de Londres, el suizo recibió nuevamente el trofeo que le designa como el Número 1 de la ATP al final de la temporada por 5.º año (cuatro de ellos fueron en forma consecutiva) cerrando así 2009. [3]
Federer finaliza la temporada con una marca de: 61-12 (83,6%; 7-7 vs top-5 y 15-10 vs Top-10)
Federer inició el año jugando en el torneo de exhibición Abu Dhabi, como preparación hacia la temporada 2010, donde perdería en semifinales ante el sueco Robin Söderling con parciales de 7-6(6), 6-7(1) y 2-6.
Federer abriría el ATP World Tour 2010 en el Torneo de Doha, derrotando en primera ronda a Christophe Rochus por 6-1 y 6-2. En segunda ronda derrotó a Yevgueni Koroliov por 6-2 y 6-4. Avanzaría a semifinales después de derrotar a Ernests Gulbis con parciales de 6-2, 4-6 y 6-4, aunque no llegaría a la final de este certamen, después de caer por un doble 6-4 ante Nikolái Davydenko, quien, a la postre, sería el ganador del torneo venciendo en la final al tenista "Rafa" Nadal.
En el Abierto de Australia 2010 en primera ronda derrotaría con cierta dificultad a Ígor Andréiev, en un partido donde Federer sufrió pero al final dejó las cosas en claro, ganando por parciales de 4-6, 6-2, 7-6(2) y 6-0. En la segunda ronda lograría vencer a Victor Hanescu por 6-2, 6-3 y 6-2. En el partido correspondiente a la tercera ronda, Federer demostró gran contundencia para llevarse una cómoda victoria ante el español Albert Montañés por 6-3,6-4 y 6-4. En cuarta ronda, dando una de sus mejores cátedras de tenis, derrotó al local Lleyton Hewitt por 6-2, 6-3 y 6-4. En cuartos de final derrotaría a Nikolái Davydenko (verdugo de Rafael Nadal y del mismo Federer en el anterior torneo), en un partido donde el suizo vino de menos a más y tuvo que desempeñarse a fondo, y dando cátedra de su mejor tenis, podría finalmente imponerse en mangas finales de 2-6, 6-3, 6-0 y 7-5. De esta forma Federer alcanza su semifinal número 23 de manera consecutiva en torneos de Grand Slam. Roger Federer dijo: «definitivamente, es una de las cosas más increíbles que tengo en mi currículum». Roger Federer, quien busca su cuarta corona en Melbourne Park, se aseguró además mantener el liderazgo, igualando la marca de Jimmy Connors de 268 semanas al tope del ranking de la ATP, superada solo por Pete Sampras (286) e Ivan Lendl (270). El ruso Nikolái Davydenko, sexto favorito, rompió dos veces el saque del maestro suizo y salvó un punto de partido para volver a la pelea, pero perdió su servicio con la cuenta 5-5, lo que permitió que Roger Federer sirviera con calma para llevarse el partido y sellar el triunfo con un tiro ganador de derecha. En semifinales, Roger Federer demolió al francés Jo-Wilfried Tsonga (verdugo de Novak Djokovic) sin siquiera transpirar por 6-2, 6-3, 6-2 y definiría el torneo ante el escocés Andy Murray quien venció al croata Marin Čilić por 3-6, 6-4, 6-4, 6-2. El escocés Andy Murray se manifestó deseoso de jugar el Abierto de Australia ante el suizo Roger Federer, quien nunca se vio en problemas ante el atlético francés apodado "Alí" Jo-Wilfried Tsonga, avanzó para llegar a su octava final consecutiva de Grand Slam y la vigésima segunda de su carrera. Ha ganado 15 de las anteriores 21. El máximo favorito Roger Federer nunca dio una oportunidad al atlético francés Jo-Wilfried Tsonga, usando una inteligente mezcla de toques profundos, ángulos y cambios de ritmo mientras se imponía con facilidad al finalista del Abierto de Australia de 2008 en apenas 88 minutos.
Ganando en la final de dicho torneo al británico Andy Murray, 5.º preclasificado y verdugo de Rafael Nadal, quien sería el flamante número 4 del mundo al finalizar el torneo, en cuartos de final y de Marin Čilić en semifinales, por 6-3, 6-4 y 7-6(11) en 2 horas y 40 minutos. Con este título, Federer, se convirtió en el mayor ganador del torneo junto con Agassi en la Era Abierta, con cuatro coronas. También es el quinto jugador en la historia en alcanzar esa marca. Antes lo lograron Roy Emerson (6), Agassi, Jack Crawford y Ken Rosewall, con cuatro. Además, se trata del 16.º título de Grand Slam para la máquina suiza, un récord absoluto de todos los tiempos.
No pudo hacerse presente en el torneo de Dubái (que empezaba el 22 de febrero), debido a que sufrió una infección pulmonar que lo marginó de dicha competición
Para el primer Masters 1000 de la temporada, Indian Wells, empezó ganando a su rival de la segunda rueda, el rumano Victor Hanescu, por 6-3, 6-7 (5) y 6-1, donde se llevó con comodidad la primera manga, pero luego se desconcentró y sufrió la pérdida de su servicio, que recuperó cuando Hanescu servía para la manga, pero finalmente perdió en la muerte súbita, aunque luego ganó la tercera manga quebrando dos veces el servicio de su rival. En tercera ronda, cayó ante Marcos Baghdatis por 7-5, 5-7 y 6-7(4), donde desperdició tres puntos de partido, cayendo en la muerte súbita. Baghdatis había perdido ante Federer los seis anteriores enfrentamientos, y el número siete fue "el número de la suerte" como dijo luego el chipriota.
Al iniciar el Masters de Miami, venció al ecuatoriano Nicolás Lapentti por un doble 6-3 (un quiebre en la primera manga y dos quiebres de servicio en la segunda), en el que cometió varios errores no forzados, sobre todo en la primera manga, pero su servicio fue su gran arma. En Tercera Ronda venció a Florent Serra por 7-6(2) 7-6(3) (habiendo estado 4-1 y saque en la segunda manga) para luego perder con Tomáš Berdych después de haber desaprovechado una bola de partido en la 6-5 del TieBreak del 3.ºSet finalmente perdiendo por parciales de 4-6 7-6(3) 6-7(6). En el Masters 1000 de Roma cae en primera ronda ante un iluminado Ernests Gulbis con parciales de 2-6, 6-1 y 7-5, quien terminaría en semifinales contra Rafael Nadal en un discutido encuentro, demostrando así que el suizo no perdió con un cualquiera. En el ATP 250 de Estoril termina su camino perdiendo en semifinales frente al español Albert Montañés por 6-2, 7-6, anteriormente había vencido en octavos a Björn Phau por 6-3, 6-4 y en cuartos de final a Arnaud Clement por 7-6, 6-2.
Llegaba el Masters de Madrid 2010, donde el suizo defendía el título obtenido el año 2009, y derrotó en segunda ronda al alemán Benjamin Becker por parciales de 6-2 y 7-6, luego en tercera ronda venció a su compatriota Stanislas Wawrinka por un claro 6-3 y 6-1. En cuartos de final se enfrentó a su verdugo en el abierto de Roma, el letón Ernests Gulbis, y aunque empezó perdiendo el primer set, finalmente logró encontrar un buen nivel de juego para terminar imponiéndose por 3-6, 6-1 y 6-4. La semifinal de este torneo lo enfrentó al español David Ferrer, a quien derrotó 7-5, 3-6 y 6-3, triunfo que lo llevó a luchar la final con Rafael Nadal. En un partido muy parejo, y donde Federer desaprovechó muchas bolas de break, el español se hizo con el título por 6-4 y 7-6.
En el segundo Grand Slam de la temporada, Roland Garros, venció en primera ronda al australiano Peter Luczak por 6-4, 6-1 y 6-2. En segunda ronda derrotó al colombiano Alejandro Falla por 7-6, 6-2 y 6-4. Luego venció en tercera ronda al joven alemán Julian Reister con parciales de 6-4, 6-0 y 6-4. Vence en octavos de final a su compatriota Stanislas Wawrinka por 6-3, 7-6 y 6-2, pero perdió en cuartos de Roland Garros contra el sueco Robin Söderling por 6-3, 3-6, 5-7 y 4-6.
En junio logró llegar a la final del Torneo de Halle, pero fue derrotado en tres mangas por Lleyton Hewitt.
Apenas un mes más tarde de su fracaso en Roland Garros, durante el Campeonato de Wimbledon, Federer derrotó con dificultad en primera ronda a Alejandro Falla. Aunque no tuvo dificultades en los siguientes partidos, en la instancia de cuartos de final fue derrotado por Tomáš Berdych. Con este resultado, Federer perdió el segundo lugar en el ranking ATP, y –por primera vez desde noviembre de 2003, es decir en seis años y siete meses– pasó a ser el número 3 de ese ranking, por debajo de Nadal y Djokovic.
En el Masters de Canadá 2010 disputado en Toronto consigue recuperar este número, pues consigue vencer a Novak Djokovic en la semifinal por 6-1, 3-6 y 7-5. En la final se enfrenta a Andy Murray y termina perdiendo por un doble 7-5.
Una semana después de perder la final en la Rogers Cup, el suizo gana el título del Masters 1000 de Cincinnati jugando tan solo tres partidos debido a que sus primeros dos oponentes se retiraron del torneo por lesión. El suizo ganaría la final frente a Mardy Fish por 6-7 7-6 6-4 para llegar a su 17.º título en un Masters 1000.
En el inicio del último Grand Slam del año, el US Open 2010, vence en primera ronda al argentino Brian Dubal por un contundente 6-1, 6-4, 6-2. En este partido Federer consigue un tanto apoteósico mediante la jugada conocida como la Gran Willy, posteriormente valorado como uno de los mejores puntos de la historia. Avanza a la segunda ronda donde se enfrenta al alemán Andreas Beck a quien gana 6-3, 6-4, 6-3. Ya en tercera ronda el suizo vuelve a demostrar su poderío tenístico doblegando con facilidad al tenista francés Paul-Henri Mathieu, con un marcador de 6-4, 6-3, 6-3. El suizo se clasificó para los cuartos de final, tras superar al austríaco Jurgen Melzer por 6-3, 7-6(4), 6-3 y acceder a esta instancia por 26.ª vez, acercándose al récord que ostenta Jimmy Connors con 27.
Federer accede a las semifinales tras superar al sueco Robin Söderling en tres mangas corridas por 6-4, 6-4 y 7-5. Ya en semifinales, es derrotado por Novak Djokovic en un encuentro muy disputado a cinco mangas, en el que el suizo llegó a disponer de dos bolas de partido.
En el mes de octubre entre el 11 y el 17 participa en el Masters 1000 en Shanghái donde vence a Robin Söderling en cuartos (6-1, 6-1) y a Novak Djokovic en semifinales 7-5, 6-4, y finalmente es derrotado por Andy Murray en la final por 6-3, 6-2, a pesar de ello Roger Federer recupera el puesto n.º 2, relegando a Djokovic al tercer lugar.
Una semana después compite en el Abierto de Estocolmo, en donde se consagra campeón tras derrotar alemán Florian Mayer por 6-4 y 6-3 desarrollando un buen tenis y un gran despliegue físico.
Federer compite durante la primera semana del mes de noviembre en el torneo celebrado en su ciudad natal (Basilea) en donde alguna vez fue recogepelotas. Con gran despliegue tenístico, deja en el camino en primera ronda al ucraniano Aleksandr Dolgopólov con parciales de 6-4, 5-2 y retiro, en Octavos de final choca con el serbio Janko Tipsarević que con una cátedra de su buen tenis el suizo logra una holgada victoria con parciales de 6-3, 6-4, en cuartos de final vence al checo Radek Stepanek con el marcador de 6-3, 6-2 en 1 hora de juego. Ya instalado en semifinales elimina al estadounidense Andy Roddick con marcador 6-2 y 6-4 en 61 minutos de juego, llegando así, a la instancia final del torneo, en donde pudo tomar revancha de la final de 2009, venciendo al serbio Novak Djokovic, por parciales de 6-4, 3-6 y 6-1, para conseguir así su cuarto título en cinco finales consecutivas jugadas en territorio suizo y su título 65 en torneos de ATP, donde superó al estadounidense Pete Sampras que quedó con 64.
En la última cita de la temporada en el ATP World Tour Finals 2010, Roger Federer en la fase de grupos derrota en su primer partido a David Ferrer con parciales de 6-1 y 6-4. En el siguiente partido derrota a Andy Murray con parciales de 6-4 y 6-2, en su último partido en la fase de grupos logra despachar a Robin Söderling con parciales de 7-6(7-5) y 6-3, logrando así tomar revancha de su única derrota ante el jugador sueco sufrida en el Torneo de Roland Garros, que le costó a Federer su récord de 23 semifinales consecutivas en Grand Slam. Ya en semifinales se enfrenta ante Novak Djokovic, en cuyo partido el suizo hizo un despliegue de su mejor tenis y logra derrotar al serbio con parciales de 6-1 y 6-4. Ya en la final el suizo se mediría ante su eterno rival, el español Rafael Nadal, único jugador activo aparte de Federer en conseguir el Grand Slam, tras la primera manga Federer logra quebrar en el octavo juego a Nadal, lo que le costaría al español la primera manga por 6-3, ya en la segunda manga Nadal logra quebrar al suizo y llevarse el parcial por el mismo marcador 6-3. En la última manga Federer despliega un formidable juego y logra llevárselo por 6-1. Con este triunfo el suizo quedaría en enfrentamientos personales 14-8 a favor aún del español Rafa Nadal.
Con este triunfo el suizo logra empatar la marca del checo Ivan Lendl y el estadounidense Pete Sampras, únicos jugadores en haber ganado al menos cinco Copas de Maestros. Gracias a este triunfo el suizo se ubica como el 4.° jugador más ganador en la historia del tenis con 66 títulos.
Federer cierra así su año con los títulos del Abierto de Australia, Masters 1000 de Cincinnati, Abierto de Estocolmo, Abierto de Basilea y por último la Copa de Maestros en Londres. Una vez acabado el año, contrata a Paul Annacone como entrenador.​
Federer finaliza la temporada con una marca de: 65-13 (83,3 %); 10-4 vs Top-5 y 16-6 vs Top-10
Terminaría su preparación a la temporada en el torneo de exhibición Mubadala World Tennis Championship en Abu Dhabi, en semifinales enfrentaría a Robin Söderling a quien venció por 6-7(3), 6-3 y 6-3, en la final sería derrotado por Rafael Nadal​ por 6-7(4) y 6-7(3).
La temporada oficial comenzaría en el Qatar ExxonMobil Open, donde en primera ronda derrotaría a Thomas Schoorel por 7-6(3) y 6-3, en la segunda ronda a Marco Chiudinelli por 7-6(5) y 7-5, en cuartos de final vence a Viktor Troicki por 6-2 y 6-2, en la semifinal pararía al francés Jo-Wilfried Tsonga por 6-3 y 7-6(2), en la final se mediría ante el campeón vigente Nikolái Davydenko, a quien derrotaría por 6-3 y 6-4, consiguiendo su primer título del año.​
En el primer Grand Slam del año, Abierto de Australia, abriría ante Lukáš Lacko, a quien venció por un contundente 6-1, 6-1 y 6-3, en segunda ronda enfrentaría a Gilles Simon,​ con quien tendría un duelo de poder a poder pero al final el suizo se llevaría la victoria por 6-2, 6-3, 4-6, 4-6 y 6-3, en tercera ronda enfrentaría a Xavier Malisse, a quien derrotaría de forma rápida por 6-3, 6-3 y 6-1, en cuarta ronda venció a Tommy Robredo por 6-3, 3-6, 6-3 y 6-2, de esta forma igualaría la marca de Jimmy Connors de más cuartos de final consecutivos con 27. En cuartos de final enfrenta a su compatriota y amigo Stanislas Wawrinka quien venía de jugar un gran partido contra Andy Roddick y también un buen torneo, pero al final Federer se pudo imponer fácilmente con parciales de 6-1, 6-3 y 6-3. Federer tuvo que enfrentar en semifinales al serbio Novak Djokovic, resultado que terminaría con una sorpresiva derrota en tres mangas por 6-7(3), 5-7 y 4-6​ y al final el jugador serbio conquistó el Abierto de Australia derrotando en la final a Andy Murray.
En este torneo Federer se convierte en el jugador con más victorias en la Era Abierta (59) superando la marca de Stefan Edberg de 56 victorias.
Federer debutaría en Dubái contra Somdev Devvarman con quien nunca se había enfrentado en ocasiones anteriores. El partido finalizaría con victoria para el suizo en dos mangas con un doble 6-3 en el marcador, con lo que lograría avanzar a la siguiente ronda. En instancias de octavos de final Federer tuvo que enfrentar a Marcel Granollers con quien tampoco nunca antes se había enfrentado, pero igualmente se lograría imponer con facilidad con parciales de 6-3 y 6-4 para instalarse en la siguiente ronda. Ya en cuartos de final se tendría que enfrentar a Sergiy Stajovski que al igual que con sus anteriores oponentes nunca se habían enfrentado y también el partido terminó del lado del jugador de Suiza con un resultado de 6-3 y 6-4 y así conseguiría obtener una plaza en semifinales donde se tuvo que enfrentar frente a Richard Gasquet en un partido donde Federer mostró un gran nivel de juego en el primer set. En el noveno juego de la segunda manga Gasquet quebró el servicio del Helvético para colocarse 5-3 y servir para el set, pero Federer reaccionó y recuperó el quiebre y ganó los tres siguientes juegos para conseguir la victoria con parciales de 6-2 y 7-5 e instalarse en otra final. Ya en el partido decisivo Federer tuvo como rival a Novak Djokovic con quien perdió en las semifinales del Abierto de Australia y por segunda vez este año se terminaría por imponer el serbio con un doble 6-3 en el marcador.​
En Indian Wells, el primer Masters 1000 del año, Federer debuta contra el ruso Ígor Andréiev, a quien derrota con cierta dificultad por 7-5 y 7-6(4). Ya en tercera ronda vence fácilmente al argentino Juan Ignacio Chela por 6-0 y 6-2. En cuarta ronda el que sufre el juego del suizo es Ryan Harrison, quien sucumbe por 7-6(4) y 6-3. Ya instalado en cuartos de final demuestra nuevamente frente a su compatriota Stanislas Wawrinka quién es el que manda, derrotándolo por 6-3, 6-4, en su camino a la final como en los 2 enfrentamientos anteriores se cruza con el serbio Novak Djokovic número 3 del mundo, y tal como sucedido en Dubái y en Australia vuelve a imponerse al helvético​ por 6-3, 3-6, 6-2 y con ello, no solo se consagra campeón del torneo al ganarle a Rafael Nadal sino que además destrona a Federer como número 2 del ranking ATP.
En el Masters de Miami inicia su andadura con una clara victoria contra el checo Radek Štěpánek por un doble 6-3 igualando de esta manera el número de victorias conseguidas por el histórico Pete Sampras (762) conseguidas hace casi una década, en tercera ronda vence al argentino Juan Mónaco por 7-6(4)y 6-4 con lo que además de avanzar a cuarta ronda del torneo, consigue superar a Sampras en número de victorias con 763 y convertirse en el séptimo jugador de la historia con más número de partidos ganados detrás de Jimmy Connors 1241, Ivan Lendl 1071, Guillermo Vilas 923, John McEnroe 875, Andre Agassi 870 y Stefan Edberg 806. En la cuarta ronda su rival sería el belga Olivier Rochus, a quien venció fácilmente por parciales de 6-3 y 6-1, clasificando para disputar los cuartos de final ante el francés Gilles Simon, y mejorando de hecho los octavos de final alcanzados en la temporada anterior, ya en cuartos de final, Federer no tuvo ninguna molestia para pasar a semifinales, ya que venció al francés Gilles Simon, tras retirarse este cuando estaba perdiendo 3-0 ante el helvético en el primer set, ya en la semifinal se toparía con su gran rival Rafael Nadal quien logra vencer al suizo en dos mangas 6-3 y 6-2.
En Montecarlo inicia su aventura con una clara victoria ante el alemán Philipp Kohlschreiber en dos mangas 6-2 y 6-1, para así situarse en la siguiente ronda. En octavos de final se enfrentaría al croata Marin Čilić en dos mangas corridas por 6-4 y 6-3. Ya en cuartos de final se enfrentaría al austriaco Jurgen Melzer, sorpresivamente el suizo cae en un doble 6-4, siendo la primera vez que el austriaco ganaría al helvético. De esta manera el suizo deberá esperar otra oportunidad de alzar el trofeo en este torneo.
En el Masters de Madrid 2011 debutaría ante el español Feliciano López en un partido muy cerrado y de antología donde el helvético estuvo a punto de perder el partido en un punto de partido en la tercera manga, pero se pudo levantar y salió al final victorioso 7-6(13), 6-7(1) y 7-6(7), ya en la siguiente ronda el suizo se mediría con el belga Xavier Malisse a quien sometió por 6-4 y 6-3 y de esta manera situándose en cuartos de final. En la siguiente instancia se enfrentaría al sueco Robin Söderling a quien derrotó por 7-6(2) y 6-4 así de esta manera pasar a semifinales y una vez más enfrentarse a Rafael Nadal. En esta ocasión, una vez más se impondría el español Rafael Nadal al helvético por 5-7, 6-1 y 6-3 en un partido muy disputado como solo estos dos tenistas lo hacen. Así el suizo quedó en el camino por llegar a una final más en su carrera.
En Roma ingresa a jugar a segunda ronda con el francés Jo-Wilfried Tsonga ganando el partido en dos mangas 6-4 y 6-2. El Masters de Roma sería muy corto para el suizo ya que en la siguiente ronda se enfrentaría a otro francés, Richard Gasquet, quien dejaría fuera de competencia al helvético en tres mangas 4-6, 7-6(2) y 7-6(4).
En el segundo Grand Slam del año, Roland Garros, el suizo comienza la primera ronda enfrentando al español Feliciano López, a quien vuelve a derrotar, esta vez se deshace del español en tres mangas, finalizando el partido 6-3, 6-4 y 7-6(3). En segunda ronda del torneo se enfrentaría al joven francés Maxime Teixeira a quien arrollaría en tres mangas consecutivas, por 6-3, 6-0 y 6-2. En tercera ronda tampoco tuvo problemas para acceder a la siguiente instancia, se enfrentaría al serbio Janko Tipsarević a quien derrota por 6-1, 6-4 y 6-3, siendo el séptimo año consecutivo que alcanza la cuarta ronda de Roland Garros, ya instalado en los cuartos de final derrota a su amigo y compatriota Stanislas Wawrinka con parciales de 6-3, 6-2 y 7-5 con una soberbia actuación de Federer, con esta victoria Roger Federer pudo encadenar la mayor racha de cuartos de final de Grand Slam en forma consecutiva con 28 participaciones, racha que se inició en Wimbledon 2005 hasta ahora superando a Jimmy Connors que quedó con 27. En la siguiente instancia se enfrentaría al francés Gaël Monfils a quien vence en tres mangas por 6-4, 6-3 y 7-6(3), así el helvético logra eliminar esta ronda para instalarse en semifinales y una vez más toparse contra Novak Djokovic. Ya instalado en semifinales el suizo acabaría con la racha de Novak Djokovic de 43 victorias consecutivas (41 esta temporada), superándolo en cuatro mangas por 7-6(5), 6-3, 3-6 y 7-6(5), llegando a la final de Roland Garros una vez más. A pesar del gran nivel mostrado durante el partido contra Djokovic, le fue imposible batir una vez más a Rafael Nadal en tierra batida, perdiendo su séptima final de Grand Slam por 7-5, 7-6, 5-7, 6-1.
En el tercer Grand Slam del año, Wimbledon, Federer comienza en la primera ronda derrotando al kazajo Mijaíl Kukushkin por 7-6 (2), 6-4, 6-2, ya en la segunda ronda el suizo derrotaba al francés Adrian Mannarino por 6-2, 6-3, 6-2. En la tercera ronda venció al argentino David Nalbandian por 6-4, 6-2, 6-3, en la cuarta ronda derrotó al ruso Mijaíl Yuzhny por 6-7(2), 6-3, 6-3, 6-3. En los cuartos de final tuvo que enfrentar al francés Jo-Wilfried Tsonga, en donde sería eliminado en cinco mangas después de imponerse en las dos primeras; el francés remontó las tres últimas mangas derrotándolo por 6-3, 7-6(4), 4-6, 4-6, 4-6.
En el Masters de Canadá el suizo empieza en segunda ronda con una victoria sin mayores problemas ante el jugador canadiense Vasek Pospisil por 7-5 y 6-3. Cayó de nuevo en la siguiente ronda ante Jo-Wilfried Tsonga, por 6-7, 6-4, 1-6.
Comenzando en Cincinnati, el helvético empezaría en segunda ronda derrotando al argentino Juan Martín del Potro por 6-3 y 7-5 cortando así sus dos victorias seguidas del argentino contra el suizo. En tercera ronda se enfrentaría al estadounidense James Blake, a quien derrotaría en dos mangas 6-4 y 6-1. Finalmente se despide en cuartos de final siendo derrotado por el checo Tomáš Berdych por 2-6, 6-7(3).
donde llegaría a semifinales siendo derrotado por Novak Djokovic en cinco mangas, tras haber ganado las dos primeras mangas y tener dos bolas de partido con su saque en el quinto set]
En el Abierto de Estados Unidos 2011, Federer se enfrentó a Santiago Giraldo en primera ronda, ganándole fácilmente en tres mangas por 6-4, 6-3 y 6-2 en 1 hora y 46 minutos de partido. En segunda ronda, frente al israelí Dudi Sela logra una cómoda victoria por 6-3, 6-2 y 6-2 desplegando la mejor versión de su tenis en 1 hora y 17 minutos de juego. En tercera ronda, supera al croata Marin Čilić en cuatro mangas de 6-3, 4-6, 6-4 y 6-2. En cuarta ronda vence rápidamente al único sudamericano que quedaba en el torneo, Juan Mónaco por 6-1, 6-2 y 6-0, en 1 hora y 23 minutos de juego. Más tarde, Federer derrota en tres mangas al francés Jo-Wilfried Tsonga por 6-4, 6-3, 6-3, para asegurar su pase a semifinales contra el serbio Novak Djokovic, quien ostenta el primer lugar de la ATP.​ El suizo se adelantó rápidamente en las dos primeras mangas a Djokovic por 7-6(9), 6-4. El suizo dominó las dos primeras mangas, pero Djokovic reaccionó y ganó las dos siguientes y en la quinta manga Federer tuvo dos puntos de partidos en el 5-3, 40-15 luego Federer perdería cuatro juegos consecutivos; el marcador final fue de 7-6(9), 6-4, 3-6, 2-6, 5-7 favorable al serbio Djokovic.
Federer decide no participar en Shanghái por molestias físicas, en consecuencia, desciende al número 4 de la ATP tras 8 años entre el top 3 de la ATP, siendo Andy Murray el nuevo número 3 del mundo, esto sucedió porque el británico defendió su título conseguido el año pasado, precisamente ante el suizo. Tras esto ganaría el torneo de Basilea ganando su título número 47, superando el anterior récord histórico de 47 títulos sobre superficie dura del estadounidense Andre Agassi y el Masters de París 2011 tras superar a Nikishori y Tsonga respectivamente en las finales.
Federer gana su sexta Copa Masters, siendo el primer jugador de la historia en conseguirlo, al ganar su título número 70 en su final número 100. Consigue la victoria sin perder un partido en toda la Copa Masters, incluyendo una contundente victoria ante Rafa Nadal en la fase de grupos por 6-3 y 6-0 en menos de una hora de partido, en las semifinales venció a David Ferrer y consiguió el título tras superar a Tsonga en la final. Con este nuevo título, Roger Federer retoma el puesto 3 en el ranking.
Federer finaliza la temporada con una marca de: 64-12 (84,21 %); 4-7 vs top-5 y 10-9 vs Top-10
Como todos los años desde 2009, Federer comenzó su temporada como N.º 3 del mundo jugando el torneo de exhibición Mubadala World Tennis Championships en Abu Dabi, donde perdió ante Novak Djokovic en la semifinal por un contundente 1-6, 2-6. Y en el partido por el tercer puesto perdió contra Rafael Nadal por 1-6, 5-7. Su primer torneo oficial de la temporada fue el ATP 250 de Doha. El suizo afronta su primer partido contra el ruso y finalista del año anterior Nikolái Davydenko, venciéndolo por un claro 6-2 y 6-1. De esta manera, demuestra que es el mismo que cerró la anterior temporada. En su segundo partido, volvió a mostrar un juego superior al llevarse la victoria frente al 116 del mundo Grega Žemlja por 6-2 y 6-3, a quien nunca se había enfrentado. En cuartos de final se enfrentó con Andreas Seppi, con un marcador de 6-3, 5-7 y 6-4 favorable para el de Basilea. En semifinales, se enfrentaría a Jo-Wilfried Tsonga, pero por una dolencia en la espalda no se presentó, permitiendo que no mantuviera el título que ganó el año previo y siendo este apenas su segundo Walkover de su carrera.​
En el primer Grand Slam del año, el Abierto de Australia, Federer llegó como tercer preclasificado, en primera ronda derrotó al ruso Aleksandr Kudriávtsev por un cómodo 7-5, 6-2, 6-2, avanzó de forma automática a tercera ronda tras la no presentación de Andreas Beck, ahí eliminó al cañonero croata Ivo Karlović por 7-6(5), 7-5 y 6-3. En cuarta ronda eliminó a la sorpresa del torneo y local Bernard Tomic por 6-4, 6-2 y 6-2 accediendo así fácilmente a su 31vo cuartos de final consecutivo en Grand Slam muy fácilmente. En su partido número 1000 en el circuito ATP, derrotó al número 11 del mundo Juan Martín del Potro (que venía recuperando sensaciones de su gran temporada 2009) derrotándolo fácilmente por 6-4, 6-3 y 6-2 para acceder a la 30.º semifinal de Grand Slam de su carrera. Ahí se enfrentó al número 2 del mundo Rafael Nadal, Federer llegaba con un invicto de 24 partidos oficiales, aun así perdió contra el mallorquín por 7-6(5), 2-6, 6-7(5) y 4-6.​ En un partido atípico, el suizo desperdició no solo opciones de quiebre, como en anteriores ocasiones ante el español, sino breaks ya conseguidos que no pudo mantener en la tercera y cuarta manga.
En febrero representó a su país en la primera ronda de la Copa Davis 2012 contra Estados Unidos sobre tierra batida en Fribourg donde cayeron sorpresivamente por 0-5 de local. Federer perdió un singles contra John Isner por 6-4, 3-6, 6-7(4), 2-6, y en dobles con su compañero Stanislas Wawrinka contra la dupla estadounidense Mike Bryan - Mardy Fish por 6-4, 3-6, 3-6, 3-6.
Dos semanas después, jugó el Torneo de Róterdam, donde derrota a Nicolás Mahut, Mijaíl Yuzhny (no presentación), Jarkko Nieminen en sets corridos; en las semifinales vence a Nikolái Davydenko, en un gran partido, donde Federer necesitó recuperarse de estar una manga abajo y break abajo en la segunda manga para ganar por 4-6, 6-3 y 6-4. En la final, derrota nuevamente al argentino Juan Martín del Potro, por un claro 6-1 y 6-4, en apenas una hora y media de encuentro ganando el torneo por primera vez desde 2005 y el título 71 de su carrera.​
En el Torneo de Dubái ganó su quinto título ahí derrotando a Michaël Llodra, Feliciano López, Mijaíl Yuzhny; en las semifinales derrota a Juan Martín del Potro en el mejor partido desde hace mucho en pista dura para el argentino, que no pudo forzar la tercera manga estando 6-2 en la muerte súbita de la segunda manga, perdiendo finalmente 7-6(5) y 7-6(6) en dos horas de partido. En la final, derrota al británico Andy Murray por 7-5 y 6-4 en 1 hora y 36 minutos, en un gran partido con posibilidades para ambos tenistas, ganando su título 50 en pista dura y 72 en general.​
Con gran entusiasmo Roger Federer juega el primer Masters 1000 de la temporada en Indian Wells. Derrota en segunda ronda a Denis Kudla por 6-4 y 6-1; en tercera ronda, le esperaba el ascendente canadiense Milos Raonic, a quien derrotaría en tres mangas por 6-7(4), 6-2 y 6-4. En cuarta ronda, tendría su partido (en números) más difícil ante el brasileño Thomaz Bellucci. Era el primer enfrentamiento entre ambos tenistas, y Federer comenzó muy mal la primera manga y lo cedió por 3-6. Se recuperó en el segundo y lo ganó por 6-3. Ganó la manga definitiva, salvando con cuatro saques y animado por el público cuando sacaba 4-4 y 0-30, para romper el servicio en el siguiente juego y ganar por 6-4. En cuartos de final, ganaría a Juan Martín del Potro una vez más, por parciales de 6-3 y 6-2 en solo 1 hora y 10 minutos, con 13 saques directos. En las semifinales, le esperaba su clásico rival, el español Rafael Nadal, a quien derrotaría, en un corto pero disputado partido con grandes puntos, por parciales de 6-3 y 6-4 en 1 hora y 31 minutos.​ En la final enfrentaría y derrotaría al estadounidense John Isner, por 7-6(7) y 6-3,​ ganando su título Masters 1000 número 19 igualando a Rafael Nadal, cuarto en tierras californianas y también su 73.º título de su carrera.
En el Masters de Miami, venció en la segunda ronda al Will Card local Ryan Harrison por 6-2 y 7-6 (3), antes de perder en la tercera ronda contra Andy Roddick por 6-7(4), 6-1 y 4-6, terminando su racha de 16 victorias consecutivas.​
Federer después de seis semanas desde su último partido participa en el Masters de Madrid donde comienza su temporada de tierra batida, enfrenta en segunda ronda al canadiense y 23 del ranking ATP Milos Raonic, en un disputado partido donde el suizo pierde 4-6 el primer set, gana 7-5 la segunda manga, salvando cuatro oportunidades de break; gana la manga definitiva 7-6(4), salvando tres break point más.​ El global final sorprende: Raonic superó a Federer en todas las estadísticas, pero la maestría de Federer y el temple para ganar lo que debía y salvar las oportunidades en contra, le dieron la victoria. En tercera ronda, derrota a Richard Gasquet por un fácil 6-3 y 6-2. En cuartos de final a David Ferrer por doble 6-4 calificando para su octava semifinal consecutiva en la capital española. Derrota en semifinales a Janko Tipsarević por 6-3 y 6-2 para acceder a su quinta final en Madrid. Posteriormente gana y recupera el segundo lugar del ranking mundial al derrotar por 3-6, 7-5 y 7-5 en la final a Tomáš Berdych tras 2 horas y 40 minutos de lucha.​ Berdych, de 26 años y n.º 7 mundial, presentó batalla a Federer durante todo el choque. Su primera manga ha sido de libro —solo dos errores no forzados—, pero no ha podido mantener semejante nivel de acierto. Con todo, el checo ha mantenido un buen tono y ha tenido sus opciones de decantar el duelo a su favor. Sin embargo, la experiencia y el temple de Federer han sido un valor añadido en los puntos decisivos del encuentro. Los dos tenistas despliegan un juego buscando el punto por la vía rápida, un modelo que ha hallado una buena horma en las condiciones de Madrid, la altitud de la capital y la rapidez de la controvertida y resbaladiza tierra azul. Con esta victoria, el suizo iguala el récord de títulos de Masters 1000 de Nadal (20) y arrebata de paso al balear el n.º 2 del ranking mundial. Es el tercer trofeo del helvético en el torneo madrileño, este en tierra batida azul, el primero en pista después de triunfar en 2006 en pistas duras y en 2009 en tierra batida roja, ganando en todas las superficies en que se jugó este evento.
Federer suma así su cuarta corona de una temporada 2012 muy provechosa para él y la 74.ª de su carrera. Previamente había reinado este año en Róterdam, Dubái, y el Masters de Indian Wells. Desde su derrota en las semifinales del Abierto de Estados Unidos de 2011 frente a Djokovic, el suizo presenta un espectacular balance de 45 victorias y solo 3 derrotas, ante Rafael Nadal en el Abierto de Australia 2012, John Isner en la Copa Davis 2012 y Andy Roddick en el Masters de Miami 2012.
A la semana siguiente, jugó el último Masters 1000 sobre tierra batida de la temporada, el de Roma, se enfrentó a Carlos Berlocq en segunda ronda a quien venció por 6-3 y 6-4. En tercera ronda batió al español Juan Carlos Ferrero por parciales de 6-2, 5-7 y 6-1. En cuartos de final venció al local Andreas Seppi por un claro 6-1 y 6-3, perdió en las semifinales contra el número 1 del mundo, Novak Djokovic, por 2-6, 6-7(4). Posteriormente Rafael Nadal venció al serbio en la final y recuperó el número 2, dejando a Federer tercero de cara a Roland Garros.
En el segundo Grand Slam de la temporada Roland Garros, Federer derrota en primera ronda a Tobias Kamke por 6-2, 7-5 y 6-3. Posteriormente derrota a Adrian Ungur por 6-3, 6-2, 6-7(6) y 6-3 para enfrentarse a Nicolas Mahut en tercera ronda y derrotarlo por 6-3, 4-6, 6-2 y 7-5. En cuarta ronda se enfrenta a David Goffin derrotándolo por 5-7, 7-5, 6-2 y 6-4 y quien previamente y al finalizar el partido reconoció tener todo su cuarto lleno de pósteres de Federer, así el suizo alcanzó los cuartos de final de un torneo de Grand Slam por 32.ª vez consecutiva.​ Ahí se midió con Juan Martín del Potro, con quien juega su partido más complicado, ya que tuvo que remontar dos mangas abajo por séptima vez en su carrera: ganando por 3-6, 6-7(7), 6-2, 6-0 y 6-3 en 3 horas y 14 minutos.​ En el partido de semifinales es derrotado por Novak Djokovic por 6-4, 7-5 y 6-3 en solo 2 horas de juego, en una revancha de la semifinal del año anterior.​
Comienza la temporada de césped en el Torneo de Halle, donde pierde la final ante el local y 87 del mundo Tommy Haas en mangas corridas por 7-6(5) y 6-4, sin desmotivarle este hecho para la cita máxima del tenis sobre hierba.​
A la semana siguiente comenzó Wimbledon, la mejor oportunidad de Federer para volver a alzarse con un grande y retomar el número 1. En primera ronda derrota al español Albert Ramos por triple 6-1 y en segunda al italiano Fabio Fognini por 6-1, 6-3 y 6-2, mostrando un gran nivel de tenis. En tercera ronda el francés Julien Benneteau le ganó las dos primeras mangas por 6-4 y 7-6(3), poniendo en serios aprietos al suizo en sus aspiraciones para ganar su séptimo Wimbledon y ser nuevamente número 1 del mundo. Sin embargo, Federer revierte la situación ganando las tres últimas mangas por 6-2, 7-6(8) y 6-1 en 3 horas y 34 minutos de juego.​ En la cuarta manga tuvo que batallar al máximo y, aunque no tuvo punto de partido en contra, llegó a estar a dos puntos de caer. En cuarta ronda, ante el belga Xavier Malisse volvió a tener problemas, pero esta vez no por su juego ni por el del rival, sino por problemas físicos en la zona lumbar, hasta el punto en que tuvo que pedir asistencia médica. Malisse llegó a sacar para ganar la primera manga con 6-5, pero Federer reacciona, quiebra y lo termina ganando en la muerte súbita por 7-6(1). Finalmente Federer supera sus problemas y gana en cuatro mangas por 7-6(1), 6-1, 4-6 y 6-3 en 2 horas y 10 minutos alcanzando su 33.º cuartos de final en un Grand Slam. En los cuartos de final se deshace del ruso Mijaíl Yuzhny, partido en el que Federer vuelve a exhibir su mejor tenis y le derrota por 6-1, 6-2 y 6-2 después de una hora y media para alcanzar la 32va semifinal de Grand Slam en su carrera (récord absoluto). Ante el serbio Novak Djokovic fue su 27.º enfrentamiento y primera en La Catedral, Federer, con gran maestría, logra jugar su mejor partido y gana en 4 mangas por 6-3, 3-6, 6-4 y 6-3 en 2 horas y 19 minutos para acceder a su séptima final de Wimbledon.​ Además Federer volvía a vencer a un número 1 desde la final del ATP World Tour Finals 2010 ante Rafael Nadal y derrotó a un campeón de Grand Slam por primera vez desde su triunfo sobre Pete Sampras en Wimbledon en 2001. En la final le esperaba el favorito local Andy Murray. Después de perder la primera manga por 4-6 y superar tres bolas de rotura en la segunda manga, logra ganar e imponerse por 4-6, 7-5, 6-3 y 6-4 en 3 horas y 28 minutos de juego (durante la final el techo se desplegó debido a la lluvia),​ logrando su 17.º Grand Slam y su séptimo Wimbledon (igualando el récord de Pete Sampras). También recuperó el número uno en el mundo dos años después de haberlo perdido en 2010, y a la vez iguala el récord de semanas como #1 de Pete Sampras con 286, un récord que es batido siete días después, la semana del 16 de julio. Para Sampras, llegar al hasta entonces récord de 286 semanas le tomó 11 veces ser número uno del mundo, mientras que Federer lo logró en un tiempo récord de solo tres períodos. Su primer período como número uno fue del 2 de febrero de 2004 hasta el 17 de agosto de 2008. Su segundo período fue del 6 de julio de 2009 al 6 de junio de 2010 y el último del 9 de julio de 2012 hasta el 4 de noviembre de 2012.​
Tres semanas después de su reconquista de Wimbledon, jugó los Juegos Olímpicos de Londres 2012 justamente en el All England Lawn Tennis and Croquet Club de Wimbledon sobre el césped sagrado. Federer enfrenta en primera ronda al colombiano Alejandro Falla a quien derrota por 6-3, 5-7 y 6-3. En segunda ronda se enfrenta al francés Julien Benneteau a quien derrota por doble 6-2. En tercera ronda derrota al uzbeko Denis Istomin por 7-5 y 6-3. En cuartos de final derrota al estadounidense John Isner por 6-3 y 7-6(5). En semifinales jugaría el partido de tres sets más largo de la historia del tenis en la era abierta ante el argentino y N.º 9 del mundo Juan Martín Del Potro, ganando por 3-6, 7-6(5) y 19–17 en 4 horas y 26 minutos. Esto le permitía asegurar medalla por primera vez en individuales y la victoria de Andy Murray sobre el serbio Novak Djokovic por doble 7-5 le permitía a Federer asegurarse terminar el torneo olímpico como número uno del mundo. En la final Federer sentiría como pocas veces el cansancio físico previo y perdería ante el escocés y 4 del mundo Andy Murray por 2-6, 1-6 y 4-6, obteniendo la medalla de plata y a la vez no pudiendo completar el Golden Slam (que consiste en ganar los 4 Grand Slam + el oro olímpico).​
Federer renuncia al Masters de Toronto, hecho que anuncia horas después a su partido de semifinales en los Juegos Olímpicos de Londres 2012.
Así es como comienza su temporada de canchas duras norteamericanas en el Masters de Cincinnati venciendo en la segunda ronda al ruso Alex Bogomolov Jr. por 6-3 y 6-2 y en tercera ronda a Bernard Tomic por 6-2 y 6-4. En cuartos de final despacharía al local Mardy Fish por 6-3, 7-6(4), y en semifinales a su compatriota y amigo Stanislas Wawrinka por 7-6(4) y 6-3. En la final se encontraría con el serbio Novak Djokovic, número 2 del mundo, que buscaba recuperar la cima del ranking que Federer le había arrebatado semanas atrás. Esta era la primera vez en la Era Abierta que dos jugadores llegaban a la final de un torneo ATP sin haber perdido su servicio en todo el torneo. Al final, Federer se impondría por un contundente 6-0 y 7-6(7) ganando el torneo por quinta vez y de esta forma se convertiría en el primer jugador en ganar un torneo ATP World Tour Masters 1000 sin ceder el servicio, además aseguraría el número 1 del ranking mundial hasta después del Abierto de Estados Unidos (294 semanas) y también iguala el récord de Rafael Nadal de títulos de Masters 1000 ganados con 21.​ Para concluir el 6-0 del primer set es el primer rosco de la rivalidad Federer-Djokovic en 27 enfrentamientos.
Federer comienza el último Grand Slam del año, el US Open derrotando de manera cómoda a Donald Young por 6-3, 6-2 y 6-4. En segunda ronda derrotaría a Bjorn Phau por parciales de 6-2, 6-3 y 6-2. En tercera ronda derrota a Fernando Verdasco por 6-3, 6-4 y 6-4. Ya en cuarta ronda, su rival Mardy Fish anunció que no se presentaría ante el helvético por razones de salud (hecho por el cual renunció entre otros, a participar en los Juegos Olímpicos de Londres 2012). A partir de esto, Federer no jugó sino tres días después del partido con Verdasco, su partido ante el checo y número 7 del mundo Tomáš Berdych por los cuartos de final. Federer aquejaría los tres días sin tenis y enfrentarse a un rival de peligro como el checo fue una prueba que no pudo superar, cayendo derrotado por parciales de 6-7(1), 4-6, 6-3 y 3-6. No perdía antes de semifinales en Nueva York desde antes de su primer trofeo en 2003. Esta se convirtió en la segunda ocasión en que Berdych elimina a Federer en instancias de cuartos de final de un Grand Slam, habiéndolo ya hecho en Wimbledon 2010, también en cuatro mangas.
Una semana después participa en los playoffs de la Copa Davis contra Países Bajos en Ámsterdam sobre tierra batida. Logra el primer punto para Suiza en la primera llave tras derrotar al neerlandés Thiemo de Bakker por 6-3, 6-3 y 6-4. Juega el dobles con Stanislas Wawrinka, y pierden contra los neerlandeses Robin Haase y Jean-Julien Rojer en cuatro mangas por 4-6, 2-6, 7-5, 3-6. En el cuarto punto superó a Robin Haase por 6-1, 6-4 y 6-4 logrando asegurar la permanencia de Suiza en el Grupo Mundial.
Después de un poco de descanso, comenzó la Gira Asiática en el Masters de Shanghái que comenzó para Federer con una amenaza de muerte en la que un cibernauta manifestaba: "Planeo asesinar a Federer el 6 de octubre para exterminar el tenis", lo que obligó a los organizadores a duplicar la seguridad de los tenistas,​ días después este personaje se disculpó y el torneo inicio con normalidad, con federer derrotando en segunda ronda a Lu Yen-Hsun por 6-3, 7-5, en tercera ronda a Stanislas Wawrinka por 4-6, 7-6(4) y 6-0. Con esta victoria, se aseguró mantener el número uno una semana más sumando un total de 300 semanas, récord absoluto. En cuartos de final a Marin Čilić por 6-3, 6-4 y perdiendo en semifinales ante Andy Murray por doble 4-6, esta derrota sumada al hecho de que Djokovic ganará el torneo, ubican al serbio a solo 195 puntos del suizo, obligándole a llegar a semifinales en Basilea para mantener el uno.
El 22 de octubre empezó su temporada en pista cubierta en el Torneo de Basilea en su natal Suiza. Con la misión de llegar a semifinales para mantener el #1, debuta en primera ronda con un triunfo sobre el alemán Benjamin Becker por 7-5, 6-3, luego derrota al brasileño Thomaz Bellucci en tres sets por 6-3, 6-7(6) y 7-5 para acceder a octavos de final. Ahí venció al francés Benoît Paire por un claro doble 6-2 asegurándose mantener el uno una semana más. En las semifinales venció a otro francés, Paul-Henri Mathieu en dos sets por 7-5 y 6-4. Perdió la final contra el argentino Juan Martín del Potro, quien lo venció por 4-6, 7-6(5) y 6-7(3).​
Después de su derrota en la final del Torneo de Basilea, decidió bajarse del Masters de París-Berçy, que se jugará la semana siguiente, prefiriendo descansar y prepararse mejor de cara al Masters de Londres. En la rueda de prensa dijo incluso que si hubiera ganado Basilea, igual se habría bajado de París Berçy, argumentando tener algunos pequeños problemas y algo de agotamiento. Esta retirada le asegura a Novak Djokovic recuperar el número 1 del mundo al final de la temporada.​
En la última cita de la temporada el ATP World Tour Finals (de la cual es doble campeón defensor), siendo esta su undécima participación consecutiva, Roger Federer es ubicado en el Grupo B de la fase de grupos, donde derrota en su primer partido a Janko Tipsarević por parciales de 6-3 y 6-1. Con este triunfo, rompe el récord de cantidad de partidos ganados en la Copa Masters con 40 victorias (superando la 39 victorias de Ivan Lendl, el récord anterior). En su segundo partido derrota a David Ferrer por 6-4 y 7-6(5) en 1 hora y 38 minutos siendo esta su decimocuarta victoria sobre el español en igual cantidad de partidos, ya clasificado pierde ante el argentino Juan Martín del Potro por 7-6(3), 4-6 y 6-3, ganando la manga que necesitaba para pasar a semifinales como primero del grupo. En semifinales se enfrentaría ante el local Andy Murray, al que derrotaría por 7-6(5) y 6-2, después de arrancar el partido cediendo su saque. El serbio Novak Djokovic le esperaría en la final, donde ambos jugadores dieron muestra de un gran nivel y paridad entre sí, pero el serbio mostró mayor estabilidad en los momentos de cierre de las mangas, desperdicio el suizo estar 3-0 arriba en la primera manga y sacar 5-4 y 40-15 en la segunda, al final cayó derrotado con parciales de 6-7(6) y 5-7.​
De esta forma culmina la temporada 2012 del suizo dejando grandes resultados como volver a ganar un Grand Slam, su 7.º título en Wimbledon, seis títulos ATP, retomar el número uno del mundo durante 17 semanas, más que suficiente para ser el tenista con mayor cantidad de semanas de número uno del mundo según los puestos de la ATP, ganar plata en las Olimpidas y dar muestra de una gran vigencia compitiendo en gran forma con los demás grandes, pues a todos les ganó al menos una vez.
El suizo disputó una exhibición en Buenos Aires; por primera vez en Argentina, jugó frente a Juan Martín del Potro, el 12 y el 13 de diciembre, siendo un gran espectáculo para los argentinos; fue un gran espectáculo, además Federer aprovechó para visitar las Cataratas en Misiones. Después de su paso por Argentina, Federer llegó a Bogotá, la capital de Colombia donde disputó un partido de exhibición con el francés Jo-Wilfried Tsonga.
Federer finaliza la temporada con una marca de: 71-12 (86 %); 7-6 vs Top-5 y 16-9 vs Top-10
El 17 de noviembre de 2012 Roger Federer dio a conocer su calendario de torneos para la temporada 2013, en el que descarta la Copa Davis, el Masters de Miami, el Masters de Montecarlo y el Torneo de Basilea. Espera participar solamente en 14 torneos, considerando los muchos años que lleva en los primeros puestos del ranking y el cansancio físico y mental que esto supone. Iniciara la temporada directamente en el Abierto de Australia, un torneo que gana desde 2010. Llega a este importante torneo fresco debido al descanso que se ha dado y con la gran expectativa de llegar lo más lejos posible. Inicia en la primera ronda enfrentado a Benoît Paire. Además, con tan solo jugar este primer partido inicia su camino hacia un nuevo récord: las 56 apariciones consecutivas en torneos de Grand Slam en poder del sudafricano Wayne Ferreira. De participar en los cuatro torneos grandes de este año igualará el récord.
Federer inicia la temporada ante Benoît Paire ganando contundentemente en la primera ronda del Abierto de Australia con parciales de 6-2, 6-4, 6-1. En la segunda ronda el suizo se midió a un viejo conocido; Nikolái Davydenko. En este nuevo juego entre ambos Federer no tuvo problemas en derrotar con claridad a su rival con parciales de 6-3, 6-4, 6-4. Para la tercera ronda el suizo tuvo un enfrentamiento muy difícil ante Bernard Tomic. Este partido lo sacó adelante empleándose a fondo, en especial en la segunda manga que llegó al desempate, luego el cierre lo pudo simplificar quebrando el saque de su rival rápidamente y cerrando el partido con la contundencia acostumbrada. Así los parciales fueron de 6-4, 7-6(5), 6-1. Para la fase de octavos de final tuvo un gran partido, al no cederle ninguna oportunidad de quiebre a su rival, Milos Raonic, logra una sobresaliente victoria 6-4, 7-6(5), 6-2 en solo 1 hora y 53 minutos con 34 tiros ganadores y apenas 12 errores no forzados sigue su marcha sólida ahora para enfrentar a Jo-Wilfried Tsonga en cuartos de final (la cual fue su 35va cuarto de final consecutiva en Grand Slam), en un apasionante encuentro Federer logra vencer al francés por 7-6(4), 4-6, 7-6(4), 3-6 y 6-3 en 3 horas y 34 minutos,​ alcanzando así su décima semifinal consecutiva en el Abierto de Australia donde se enfrentó a Andy Murray que le derrota en cinco apretadas mangas por parciales de 6-4, 6-7(5), 6-3, 6-7(2) y 6-2 en cuatro horas de partido, en un partido donde Federer acusó el cansancio y el desgaste físico del partido anterior contra Tsonga.​
En su segundo torneo del año Federer buscó defender el título obtenido el año anterior en el Torneo de Róterdam; en la primera ronda derrotó al jugador esloveno Grega Zemlja por parciales de 6-3, 6-1; en la segunda ronda se encontró con el neerlandés Thiemo de Bakker, venciéndolo por parciales de 6-3, 6-4; sin embargo tuvo una sorpresiva caída en cuartos de final a manos del francés Julien Benneteau por parciales de 6-3, 7-5. Su tercer torneo del año fue el Torneo de Dubái del cual es campeón defensor; en la primera ronda perdió un set contra el tunecino Malek Jaziri, pero después ganó 7 games consecutivos y ganó en 3 sets por 5-7, 6-0, 6-2. En segunda ronda venció al español Marcel Granollers en dos sets 6-3, 6-4. En cuartos de final doblegó a un viejo conocido, Nikolái Davydenko por doble 6-2 para acceder a semifinales, y así Roger elevó a 19–2 sus enfrentamientos con el ruso. En semifinales se encontró con el 6 del mundo Tomáš Berdych, quien lo venció por segunda vez consecutiva, en 3 sets con un resultado final de 6-3, 6-7(8) y 4-6, después de perderse tres bolas de partido en la muerte súbita.​
Tras un inicio de temporada sin títulos, participó en el primer M1000 del año en Indian Wells como segundo cabeza de serie, con el propósito de revalidar el título conseguido en 2012. En segunda ronda venció al uzbeko Denis Istomin (6-2, 6-3); en tercera ronda se enfrentó con el croata Ivan Dodig, al cual venció en dos mangas (6-3, 6-1) en solo 61 minutos; en octavos de final derrotó a su compatriota Stanislas Wawrinka en tres mangas por 6-3, 6-7(4), 7-5 en 2 horas 20 minutos. Se encuentra con su eterno rival Rafael Nadal en los cuartos de final. Ambos jugadores volvían a enfrentarse después de 1 año, su último duelo había sido en las semifinales de Indian Wells 2012 duelo ganado por el suizo. Con un Federer con molestias físicas (dolores en la espalda), es vencido fácilmente por el mallorquín por 4-6, 2-6.​ Este es el tercer torneo consecutivo en el que el suizo participa y no puede defender su título.
Después de un descanso de un mes y medio, Federer comienza su gira de tierra batida con el Masters de Madrid siendo segundo cabeza de serie y campeón defensor. Empezó desde la segundo ronda venciendo a Radek Štěpánek doble 6-3, en la tercera ronda es derrotado por el japonés Kei Nishikori por 4-6, 6-1 y 2-6, después de ese partido Nishikori manifestó que vencer a Federer su ídolo, era uno de los objetivos de su carrera.​ Así no logra defender otro título más durante la temporada y además pierde el segundo lugar del ranking a manos del británico Andy Murray.
A la semana siguiente disputó el Masters de Roma donde disfrutó de un lado del cuadro algo accesible gracias a las eliminaciones tempranas de Jo-Wilfried Tsonga, Andy Murray y Juan Martín del Potro en la parte baja del cuadro. Comenzó de forma arrasadora tras vencer a Potito Starace 6-1, 6-2 y también a Gilles Simon por 6-1 y 6-2. En cuartos de final venció al polaco Jerzy Janowicz en un partido más cerrado por un score de 6-4, 7-6(2). En las semifinales eliminó al francés Benoît Paire 7-6(5) y 6-4 para acceder a la final. Ahí se encontró Rafael Nadal, con quien perdió por un contundente 1-6, 3-6 en solo 1 hora 9 minutos.​
En el segundo Grand Slam de la temporada: Roland Garros, Federer llegó a la capital francesa sin títulos por primera vez desde el año 2000. Roger fue preclasificado 2 y le tocó un cuadro bastante accesible. Comienzo con dos victorias rápidas contra dos qualys, Pablo Carreño (6-2, 6-2, 6-3) y Somdev Devvarman (6-2, 6-1, 6-1). En tercera ronda venció al local Julien Benneteau 6-3, 6-4 y 7-5. En los octavos de final, volvió a enfrentar a un francés, Gilles Simon, al cual doblegó después de tres horas por 6-1, 4-6, 2-6, 6-2 y 6-3,​ lo que le permitió alcanzar la victoria número 900 de su carrera y su 36.º cuartos de final de Grand Slam consecutivo. Ahí perdió contra el francés Jo-Wilfried Tsonga por 5-7, 3-6 y 3-6 en 1 hora y 51 minutos.​
Comenzó la temporada de césped en Halle, como preparación para Wimbledon. En la modalidad de dobles se asoció con Tommy Haas, quien se llevó el título de individuales en 2012 y derrotó a Federer en la final. Fueron derrotados en la primera ronda. En individuales, debutó venciendo doble 6-3 al alemán Cedrik-Marcel Stebe en segunda ronda. En los cuartos de final, derrotó fácilmente a otro jugador local, el alemán Mischa Zverev, por doble 6-0 en menos de 40 minutos. Fue solo la segunda vez en su carrera que obtuvo un marcador tan mordaz, después del doble 6-0 infligido al argentino Gastón Gaudio en las semifinales del Tennis Masters Cup el 14 de noviembre de 2005. En semifinales, se encuentra con su verdugo en la final de 2012 y 11.º del mundo Tommy Haas, Federer cobró venganza y lo venció en 3 sets por 3-6, 6-3, 6-4.​ Ganó la final contra el ruso Mijaíl Yuzhny por 6-7(5), 6-3 y 6-4 en un partido complicado de 2 horas y 4 minutos para ganar el primer título de su temporada y el sexto en Halle, todo esto a una semana de Wimbledon.​ Además logró el título 77 de su carrera igualando a la leyenda John McEnroe y junto con el estadounidense convertirse en el tercer tenista con más títulos en la Era Abierta.
Comenzó la defensa del título de Wimbledon con una fácil victoria en sets corridos sobre el rumano Victor Hănescu por 6-3, 6-2 y 6-0. Sin embargo, cayó derrotado en la segunda ronda ante el ucraniano y 116 del mundo Sergiy Stajovski por un score de 6-7(5), 7-6(5), 7-5 y 7-6(5) y se despide sorprendente y prematuramente del torneo. El suizo, que aspiraba a ganar en Londres por octava vez, no caía antes de una tercera ronda de un Grand Slam desde los 21 años, cuando quedó eliminado de Roland Garros 2003 en el primer partido.​ Así además se pone fin a su récord de 36 cuartos de final consecutivos en Grand Slam y también por primera vez desde julio de 2003 que salió del top 4 quedando en el quinto puesto, siendo adelantado por los españoles Rafael Nadal (a pesar de su derrota en la primera ronda) y David Ferrer.
Después de la derrota en Wimbledon, Federer decidió jugar en el Torneo de Hamburgo, por lo que recibió una wild card, y entró en el cuadro final como el primer cabeza de serie. En Hamburgo empezó a usar una nueva raqueta, 20 cm más grande que su anterior raqueta. En segunda ronda ganó al alemán Daniel Brands por 3-6, 6-3 y 6-2. En tercera ronda Federer venció a Jan Hájek por 6-4 y 6-3. En cuartos de final Federer venció en tres mangas a Florian Mayer por 7-6(4), 3-6 y 7-5.​ Ya en semifinales Federer se mediría frente al argentino y 114 del mundo Federico Delbonis cayendo frente en parciales de 6-7(7) y 6-7(4).​ A la semana siguiente, jugó el Torneo de Gstaad en su natal Suiza, perdiendo en el debut frente al alemán Daniel Brands por 3-6 y 4-6, debido a sus graves problemas en la espalda.
Debido a esto decidió bajarse del Masters de Canadá jugado en Montreal para recuperarse de sus molestias en la espalda y centrarse en el Masters de Cincinnati,​ que comienza la próxima semana y del cual es campeón defensor. Empezó la defensa de la corona con una victoria convincente sobre Philipp Kohlschreiber por 6-3 y 7-6(7), en tercera ronda quedó muy cerca de la eliminación pero logró remontar ante Tommy Haas para ganar por 1-6, 7-5, 6-3, después de ir cayendo 1-6, 1-3. En cuartos de final, se vio las caras con su eterno rival Rafael Nadal, y en un disputado partido, cayó por 7-5, 4-6, 3-6 en su 31vo enfrentamiento entre ambos (con 21 victorias para Nadal y solo 10 Federer).​ Esta derrota le hizo descender dos puestos en el Ranking ATP al séptimo lugar, siendo superado por Juan Martín del Potro y Tomáš Berdych. Esta es la clasificación más baja del suizo desde 2002.
Empezó el US Open con el pie derecho al ganar en primera ronda frente a Grega Žemlja por 6-3, 6-2 y 7-5, así el suizo avanzaba a la segunda ronda donde le gana al argentino Carlos Berlocq en mangas corridas con parciales de 6-3, 6-2 y 6-1. En la tercera ronda se enfrenta al francés Adrian Mannarino a quien venció con marcadores de 6-3, 6-0 y 6-2 presentando un juego excelente que no se había visto. En la cuarta ronda pierde frente al español Tommy Robredo en mangas corridas por 6-7(3), 3-6 y 4-6, quien lo venció por primera vez en 11 enfrentamientos.​
Regresó a la competencia casi 1 mes después en la gira asiática con el Masters de Shanghái. Exento de la primera ronda, venció en la segunda ronda al italiano Andreas Seppi por 6-4 y 6-3. Sin embargo, perdió en los octavos de final contra Gael Monfils, 42 del mundo, por 4-6, 7-6(5) y 3-6.​
El final de la temporada está a la vuelta de la esquina y Federer jugó su antepenúltimo torneo antes del Torneo de Maestros, que cierra la temporada. Aún no se encontraba clasificados, así que decidió jugar el ATP 500 de Basilea y el Masters 1000 de París-Berçy para obtener un boleto a Londres.
En Torneo de Basilea, ciudad en la que nació, comenzó venciendo al francés Adrian Mannarino (6-4, 6-2), y en octavos de final venció a Denis Istomin por 4-6, 6-3, 6-2. En cuartos de final venció al búlgaro Grigor Dimitrov 6-3 y 7-6(2). En semifinales se opuso al canadiense Vasek Pospisil, en 3 sets por 6-3, 6-7(3) y 7-5. Repitió la final del año pasado con Juan Martín del Potro y el resultado fue el mismo, perdió por 6-7(3), 6-2 y 4-6 a pesar de haber mostrado un alto nivel de juego.​
Mientras que en París-Berçy tuvo la misión de clasificarse al Masters de fin de año. En segunda ronda venció al sudafricano Kevin Anderson doble 6-4 y así aseguró su boleto para la Copa Masters. En octavos de final derrotó al alemán Philipp Kohlschreiber por 6-3 y 6-4, y en cuartos de final se vengó del argentino Juan Martín del Potro, cinco del mundo, por 6-3, 4-6 y 6-3. En las semifinales se enfrentó con el serbio y 2 del mundo Novak Djokovic. Federer perdió esta semifinal con un marcador de 6-4, 3-6, 2-6.​
Llega al ATP World Tour Finals como 6.º preclasificado y también siendo ésta su 12.ª participación consecutiva. Integró el Grupo B, junto a Novak Djokovic, Juan Martín del Potro y Richard Gasquet. Contra el serbio, pierde en tres parciales, por 4-6, 7-6(2) y 2-6 en 2 horas y 22 minutos.​ Frente al francés tuvo una cómoda victoria por 6-4 y 6-3 en 1 hora 21 minutos. Contra el argentino, tuvo que luchar para ganar en tres mangas por 4-6, 7-6(2) y 7-5 en 2 horas y 26 minutos para así clasificarse a semifinales como segundo del grupo.​ En las semifinales, perdió contra el N.º 1 del mundo, Rafael Nadal por 5-7 y 3-6 en 1 hora 20 minutos, lo que significa la primera derrota del suizo contra Nadal en Copa Masters y también sobre superficie en pista cubierta.​
Roger Federer tuvo una temporada deficiente con muchos altibajos, pero logró clasificarse para el Masters de fin de año. Bajó al sexto lugar del ranking ATP y salió del top 3 al final del año por primera vez desde 2002, acabando sexto. Permaneció durante 10 años seguidos entre los 3 primeros del ranking mundial.
Federer termina la temporada: 45-17 (72,58 %); 2-8 vs Top-5 y 4-10 vs Top-10
El 27 de diciembre de 2013, Federer anunció que Stefan Edberg se uniría a su equipo como co-entrenador junto con Severin Lüthi.
Tras un mal año Federer empieza la temporada como n.º 6 del mundo. Su primera cita fue el Torneo de Brisbane donde llegaba como el máximo favorito. En segunda ronda venció a Jarkko Nieminen por parciales de 6-4 y 6-2, en cuartos de final derrota fácilmente al local Marinko Matosevic por un doble 6-1 en menos de una hora de juego, en semifinales sufre para derrotar a Jérémy Chardy por 6-3, 6-7(3) y 6-3. En la final se mediría al ex n.º 1 del mundo y actual n.º 60, Lleyton Hewitt quien le sorprende y le derrota en la final por parciales de 1-6, 6-4 y 3-6.​ En esta temporada supera a Guillermo Vilas en la lista de tenistas con más victorias en la ATP.
Como n.º 6 del mundo llegaba al primer Grand Slam de la temporada el Abierto de Australia. En primera ronda derrotó al wild-card local James Duckworth por 6-4, 6-4 y 6-2. En segunda ronda tampoco tuvo problemas para superar a Blaz Kavcic por un tanteo de 6-2, 6-1 y 7-6(4). En tercera ronda derrotó claramente al ruso Teimuraz Gabashvili por 6-2, 6-2 y 6-3. En cuarta ronda no tuvo muchos problemas para deshacerse del n.º 10, el francés Jo-Wilfried Tsonga por 6-3, 7-5 y 6-4 en 1 hora y 52 minutos. En cuartos de final consiguió vencer al n.º 4 de la ATP, el británico Andy Murray por 6-3, 6-4, 6-7(6) y 6-3 en 3 horas y 20 minutos mostrando un sólido juego y también alcanzando su undécima semifinal consecutiva en Melbourne. En semifinales se vio claramente superado por el n.º 1 del mundo y uno de sus grandes rivales Rafael Nadal en un partido que acabó en parciales de 6-7(4), 3-6 y 3-6 en 2 horas y 24 minutos.​ Al comenzar el Campeonato, Federer era el n.º 6 del mundo, pero al acabarlo bajó hasta la n.º 8, viéndose superado por su compatriota Stanislas Wawrinka, que le arrebató tras 13 años consecutivos la condición de mejor tenista suizo. Además Wawrinka se alzó con el Grand Slam.
Participa en Dubái, donde gana el torneo derrotando a Benjamin Becker, Radek Štěpánek, Lukáš Rosol; en las semifinales derrota a Novak Djokovic por 3-6, 6-3, 6-2 en un gran partido por parte del suizo.​ En la final, derrota a Tomáš Berdych por parciales de 3-6, 6-4 y 6-3,​ en un partido con posibilidades para ambos tenistas, ganando su título 78 superando en títulos a John McEnroe y también el primero desde junio de 2013 en Halle, superando los problemas físicos que lo aquejaron en la segunda mitad del año 2013, ya que en lo poco que lleva la temporada ha sumado las mismas victorias ante top 10 que en todo 2013, cuatro hasta ahora.
Luego jugaría el primer Masters 1000 del año, el Masters de Indian Wells. Llega a la final sin perder ni una sola manga y con un gran juego tras derrotar a Paul-Henri Mathieu (segunda ronda), Dmitry Tursúnov (tercera ronda), Tommy Haas (cuarta ronda), Kevin Anderson (cuartos de final) y Alexandr Dolgopolov (semifinales). En dicha final (en la que buscaba su quinto entorchado en el Desierto Californiano) perdió en un gran partido ante el serbio Novak Djokovic con quien no jugaba una final desde noviembre de 2012 en el ATP World Tour Finals por 6-3, 3-6 y 6-7(4) en casi tres horas de juego en una Pista Central abarrotada en un partido intenso y apretado.​ A pesar de esta derrota, Federer regresa al top 5 y demuestra que todavía tiene nivel para jugar en la élite del tenis por unos años más. También participó en el dobles junto a su compatriota Stan Wawrinka con quien perdió en semifinales contra el austriaco Alexander Peya y el brasileño Bruno Soares.
Una semana después jugó el Masters de Miami donde continuó demostrando un buen juego en sus primeros partidos. En segunda ronda venció a Ivo Karlović por un estrecho 6-4 y 7-6(4), en tercera ronda al clasificado Thiemo de Bakker por doble 6-3 y en cuarta ronda a Richard Gasquet por un score de 6-1 y 6-2 en menos de 50 minutos. En cuartos de final cayó sorpresivamente con el japonés Kei Nishikori (en ese entonces 21 del mundo) en tres mangas por 6-3, 5-7 y 4-6.​
Después jugó la Copa Davis contra Kazajistán en Ginebra en pista dura (bajo techo) por los cuartos de final. Ganó sus dos juegos en individuales, pero perdió su partido en dobles con Wawrinka. Los suizos finalmente ganaron 3-2 tras el triunfo de Federer sobre Andréi Golúbev y se clasificaron para las semifinales contra Italia.​
Después de dos años de ausencia en el Masters de Montecarlo, regresó gracias a un Wild Card a pesar de que Montecarlo no estaba programado en el calendario de Federer y uno de los pocos títulos importantes que aún faltan en su lista. En segunda ronda vence a Radek Štěpánek por un fácil 6-1, 6-2. En la tercera ronda, se enfrenta a otro checo, Lukáš Rosol contra quien no tiene dificultad ganando 6-4, 6-1. En cuartos de final supera a Jo-Wilfried Tsonga tras salvar dos puntos de partido en la muerte súbita del segundo set ganando 2-6, 7-6(6) y 6-1 dominando ampliamente el último set.​ En semifinales, derrota al número 2 del mundo Novak Djokovic por 7-5 y 6-2,​ en un partido en el que al serbio se le vio muy mermado físicamente luciendo un vendaje en la muñeca derecha y también en el antebrazo. Así el suizo llegaba a la final en el principado por primera desde 2008 donde se enfrentó a su compatriota Stan Wawrinka, contra quien tiene un H2H muy a favor de 13-1, siendo esta también la primera final ATP entre tenistas suizos desde el año 2000. Dicho esto, Roger perdió 6-4, 6-7(5) y 2-6 después de haber dominado los 2 primeros sets quedando una vez más a las puertas del título en el torneo monegasco.​
Luego decidió renunciar a disputar el Masters de Madrid prefiriendo estar con su esposa Mirka que estaba a punto de dar a luz. El 6 de mayo pública en Twitter que su esposa había dado a luz a dos gemelos varones que se llamaban Leo y Lenny.​
Poco antes del inicio del Masters de Roma, Federer dice en rueda de prensa que no está realmente con el espíritu de competición porque habría preferido quedarse un poco más de tiempo con sus dos nuevos hijos. Su deseo pareció concedérsele después de que perdiera en la segunda ronda contra Jérémy Chardy por 6-1, 3-6 y 6-7(6) a pesar de tener punto de partido.​
Tras su sorpresiva derrota en Roma, dos semanas después disputa Roland Garros, en sus dos primeras rondas venció fácilmente al eslovaco Lukáš Lacko (6-2, 6-4, 6-2) y al joven argentino Diego Schwartzman (6-4, 6-3, 6-4). En tercera ronda tiene algunas dificultades con el ruso Dmitri Tursúnov contra el que debe sudar un poquito para ganar en 4 mangas por 7-5, 6-7(7), 6-2 y 6-4.​ En octavos de final se enfrenta al letón Ernests Gulbis quien pone fin a los nueve cuartos de final consecutivos en Roland Garros registrados por Federer desde 2005 cayendo en cinco mangas por 7-6(5), 6-7(3), 2-6, 6-4 y 3-6 en 3 horas y 42 minutos.​ Sin embargo, el suizo pudo llevarse la segunda manga tras disponer dos bolas de set con su servicio cuando sacaba 5-3 40-15, pero justo le quebraron y Gulbis se llevó el segundo set.
En junio, Federer anunció que después del final de su tercer mandato, dimitiría como Presidente del Consejo de Jugadores de la ATP, un cargo que había ocupado desde 2008.
Luego defiende su único título de 2013: Halle, comienza remontando en segunda ronda contra el portugués João Sousa ganando 6-7(8), 6-4 y 6-2. Luego en tercera accede automáticamente a semifinales tras el W/O (no presentación) de Lu Yen-Hsun donde batió al japonés Kei Nishikori 6-3 y 7-6(4) para acceder a la final. Finalmente, ganó el título por séptima vez al vencer al colombiano Alejandro Falla en dos sets muy ajustados pero dominados durante las muertes súbitas por el suizo ganando 7-6(2) y 7-6(3) conquistando el título 79 de su carrera y el séptimo en el torneo alemán.​
En Wimbledon no perdió ningún set en sus primeros cuatro partidos: batiendo al italiano Paolo Lorenzi, el luxemburgués Gilles Müller, el colombiano Santiago Giraldo y en octavos de final se venga de su verdugo del US Open 2013: Tommy Robredo al que batió 6-1, 6-4 y 6-4. En los cuartos de final, derrotó a su compatriota Stanislas Wawrinka quien era 3 del mundo, después de un luchado partido de 2 horas y 34 minutos Federer gana 3-6, 7-6(5), 6-4 y 6-4 logrando su triunfo 72 en Wimbledon y superando a Boris Becker en la lista de tenistas con más victorias en el torneo londinense teniendo solo por delante a Jimmy Connors.​ En semifinales se enfrenta al canadiense Milos Raonic contra quien juega un partido maestral ganando por triple 6-4 en solo 1 hora y 41 minutos y logrando su noveno boleto a la final de Wimbledon. En la final, se enfrenta al serbio Novak Djokovic en la disputa por su octavo título en la catedral, después de casi cuatro horas de lucha pierde en un gran partido por un score de 7-6(7), 4-6, 6-7(4), 7-5 y 4-6.​ Como resultado de su gran torneo, volvió al tercer lugar en el Ranking ATP superando a su compatriota Stanislas Wawrinka.
A principios de agosto, comienza la gira por Norteamérica con el Masters de Canadá. Llegó a la final después de derrotar sucesivamente a Peter Polansky, por parciales de 6-2, 6-0 en segunda ronda, a Marin Čilić, por 7-6(5), 6-7(3) y 6-4 (octavos de final); a David Ferrer (cuartos de final), por parciales de 6-3, 4-6 y 6-3;​ y a Feliciano López (semifinales) por 6-3 y 6-4. Pierde la final contra Jo-Wilfried Tsonga, por parciales de 5-7 y 6-7(3),​ en un partido donde cometió 37 errores no forzados, a la vez esta es la quinta derrota del suizo en un torneo durante esta temporada.
Apenas sin descanso acudió al Masters de Cincinnati después de perder la final en Toronto, en segunda ronda venció al canadiense Vasek Pospisil por un estrecho 7-6(4), 5-7 y 6-2. En octavos de final tuvo otra batalla contra Gael Monfils al que venció en tres mangas por un score de 6-4, 4-6 y 6-3. En los cuartos de final, venció fácilmente a Andy Murray 7-5, 6-3; y luego a Milos Raonic por 6-2 y 6-3 para llegar a la final. Donde se encontró con el 6 del mundo el español David Ferrer, contra quien nunca perdió en 15 enfrentamientos, finalmente hizo valer esa estadística y terminó ganando en tres sets por 6-3, 1-6 y 6-2 ampliando a 16-0 el cara a cara, conquistando su título n.º 80 como profesional, 22 en Masters 1000 y su sexto título en Ohio y primero en Cincinnati desde 2012.​
Luego jugaría el último major de la temporada, el US Open, ganó fácilmente sus dos primeras rondas en sets corridos contra jugadores australianos: Marinko Matosevic y luego a Sam Groth. En la tercera ronda necesitó tres sets para vencer al español Marcel Granollers 4-6, 6-1, 6-1 y 6-1.​ En octavos de final batió a otro español, Roberto Bautista por parciales de 6-4, 6-3 y 6-2. En los cuartos tuvo un duro encuentro contra Gael Monfils, en el que estuvo dos sets a cero abajo, y también salvando dos puntos puntos de partido con su servicio en el 4.º set para terminar ganando en cinco mangas por 4-6, 3-6, 6-4, 7-5 y 6-2 después de 3 horas y 20 minutos.​ Además tras este triunfo se convirtió en el tenista con más triunfos sobre pista dura con 599 superando a Andre Agassi.​ Sin embargo fue eliminado en semifinales por el croata Marin Čilić por un score de 6-3, 6-4 y 6-4 en apenas 1 hora y 45 minutos, quien luego ganó el US Open.​
En la semifinales de Copa Davis, Federer logró clasificar a su país a la final por primera vez desde 1992 al ganar sus 2 partidos individuales en 3 sets sobre Simone Bolelli y Fabio Fognini de Italia.​ Al igual como hizo Nadal en Cincinnati 2013, Federer llegó a la final de todos los torneos importantes: los 9 Masters 1000, los 4 Grand Slams, el ATP Finals, los Juegos Olímpicos y la Copa Davis. Este es un nuevo récord en la ya impresionante carrera de Federer ya que con Nadal son los únicos 2 jugadores en la historia que han logrado esta hazaña. Djokovic podría ser el tercero porque solo le falta jugar la final en los Juegos Olímpicos.
Federer debuta en el Masters de Shanghái, ganándole al argentino Leonardo Mayer por 7-5, 3-6 y 7-6(7), salvando cinco puntos de partido en un partido lleno de suspenso. Esta victoria le asegura el segundo lugar del ranking desbancando al español Rafael Nadal que fue eliminado en segunda ronda del torneo, volviendo a ser 2 del mundo por primera vez desde mayo de 2013. En tercera ronda vence fácilmente al español Roberto Bautista por 6-4 y 6-2 y en cuartos de final a Julien Benneteau por 7-6(4) y 6-0. En las semifinales vencería con un gran nivel al número 1 del mundo Novak Djokovic por un doble 6-4, terminando con una racha de 28 triunfos consecutivos del serbio en suelo chino.​ El 12 de octubre de 2014, el tenista suizo logra su título 81 como profesional y 23.º título Masters 1000, y el primero en Shanghái, al vencer por un global de 7-6(6) y 7-6(2) al tenista Gilles Simon después de un partido bastante ajustado.​
De vuelta en su ciudad natal para el Torneo de Basilea, Federer gana al luxemburgués Gilles Müller por 6-2 y 6-1 en primera ronda en solo 45 minutos de juego, luego elimina en la segunda ronda al uzbeko Denis Istomin en un partido más reñido por 3-6, 6-3 y 6-4. En los cuartos de final eliminó al búlgaro Grigor Dimitrov 7-6(4) y 6-2.​ En las semifinales, derrotó al cañonero croata Ivo Karlović por 7-6(8), 3-6 y 6-3. En la final, logró el 82.º título de su carrera y el sexto en la capital suiza contra el joven belga David Goffin al que batió en 51 minutos por doble 6-2. Con este resultado, Federer se vuelve a acercar al primer puesto del ranking, ya que se colocó a tan solo 1000 puntos del serbio Djokovic.
En el Masters de París, debuta en la segunda ronda contra el local Jérémy Chardy ganando por 7-6(5), 6-7(5) y 6-4 después de una dura batalla.​ En tercera ronda derrotó al joven francés Lucas Pouille por un score de 6-4 y 6-4. Sin embargo, perdió en los cuartos de final contra el cañonero canadiense Milos Raonic por 6-7(5) y 5-7, partido en el cual el canadiense logró 22 aces.​ Desde que perdió en las semifinales del US Open que no sufría una derrota habiendo ganado 14 partidos consecutivos con 2 títulos incluidos, además sus esperanzas de regresar al número 1 se diluyeron después de que Djokovic ganara el torneo.
En el ATP World Tour Finals, es seleccionado para el grupo B del round robin siendo esta su 13.ª participación en el Torneo de Maestros. En su primer partido vence y toma venganza de lo ocurrido hace una semana atrás en los cuartos de final del Masters de París contra Milos Raonic, por 6-1, 7-6(0). Luego triunfa contra Kei Nishikori, por 6-3 y 6-2 clasificándose para semifinales. Y en su último partido, aplasta al británico Andy Murray por un score de 6-0 y 6-1 en menos de una hora.​ En las semifinales vence en un duelo muy apretado a su compatriota y 4 del mundo Stanislas Wawrinka, por 4-6, 7-5, 7-6(6) en 2 horas y 48 minutos de juego salvando cuatro puntos de partido,​ y dejando una polémica, ya que Wawrinka se quejó durante y después del partido porque, según él, la esposa de Federer, Mirka Vavrinec, le gritaba cuando sacaba. Debido al malgaste físico, se ve obligado a abandonar en la final, frente a Novak Djokovic por una molestia en la espalda, realizando un walkover por tercera vez en su carrera y el serbio a la vez ganando su cuarto Torneo de Maestros.​
Una semana después llegó a la final de la Copa Davis 2014, en Lille, frente a Francia, con mucho dolor de espalda. Es por esto que Federer juega deficientemente frente a Monfils, cayendo por 1-6, 4-6 y 3-6.​​ Jugando el dobles con Wawrinka, vencen a Julien Benneteau y a Richard Gasquet, 6-3, 7-5 y 6-4. Enfrenta a Gasquet, en el cuarto punto, y triunfa por un score de 6-4, 6-2 y 6-2, sentenciando la serie, y consiguiendo con Suiza finalmente la Copa Davis y a la vez la primera ensaladera de Suiza en su historia.​
Al mismo tiempo, se convierte en el cuarto hombre en ganar los cuatro torneos de Grand Slam y la Copa Davis en la Era Open.
Federer termina la temporada con una marca de: 73-12 (85,82 %); 7-4 vs Top-5 y 17-5 vs Top-10
Federer comienza la temporada como dos del mundo. Al contrario de los años anteriores, Federer sigue siendo muy evasivo con respecto a su calendario 2015. Comienza su año con el torneo de Brisbane, en vez de jugar el habitual Torneo de Doha con el que empezaba todos los años. Roger declara que jugó mucho en 2014 y también confiesa que debe preservar su cuerpo y que los torneos de Grand Slam son su prioridad. En febrero anunció en las redes sociales su calendario provisional para la primera parte del año, y luego participará en el Torneo de Estambul para su primera edición.
Comienza la temporada con el Brisbane Open, donde queda exento de la primera ronda al ser cabeza de serie, comenzando el torneo con 996 victorias en su carrera y sabiendo que si gana el título llegará a las 1000. En octavos de final se enfrenta al australiano John Millman, al que vence en un partido apretado por 4-6, 6-4, 6-3. En los cuartos de final, dominó a otro australiano James Duckworth en solo 39 minutos por un marcador de 6-0 y 6-1. En las semifinales, vence fácilmente al búlgaro Grigor Dimitrov doble 6-2 y logra su victoria 999 en el circuito. Roger Federer gana su partido número 1000 en su carrera contra el canadiense Milos Raonic en la final ganando por 6-4, 6-7(2) y 6-4.​ Ganando su 83.º título ATP y su primer título en Brisbane. Con esta victoria se unió a Jimmy Connors e Ivan Lendl en el selecto grupo de jugadores que logrado las 1000 victorias en su carrera. Además, cabe destacar que es el único tenista en actividad que posee el milenario logro de cara al Abierto de Australia 2015.
Después de su victoria N.º 1000, Roger participa en una exhibición con Lleyton Hewitt en Sídney, donde prueba el nuevo formato Fast4 Tennis. Federer vencería a Hewitt por 4-3(3), 2-4, 3-4(3), 4-0 y 4-2.​
El 19 de enero, comenzó el Abierto de Australia llegando como uno de los favoritos al título, debuta contra el taiwanés Yen-Hsun Lu al que gana fácilmente en la primera ronda por 6-4, 6-2 y 7-5. En la segunda ronda, derrota al italiano Simone Bolelli en un partido trabajado por 3-6, 6-3 y doble 6-2.​ En la tercera ronda es sorprendentemente eliminado por el italiano Andreas Seppi perdiendo por 4-6, 6-7(5), 6-4 y 6-7(5).​ Es necesario volver al 2003 para no ver a Federer en las semifinales de Melbourne.
Ya en el mes de febrero, regresa a la competencia en el Torneo de Dubái, donde, después de eliminar sucesivamente al ruso Mijaíl Yuzhny (6-3, 6-1), al español Fernando Verdasco (6-4, 6-3), al francés Richard Gasquet (6-1 ab.) en los cuartos de final, y en las semifinales al joven croata Borna Ćorić por 6-2 y 6-1 para llegar a la final donde se enfrenta a Novak Djokovic al que vence por 20.ª vez en su carrera ganando por 6-3 y 7-5.​ Siendo esta la 7.ª vez que Roger se impone en Dubái y obteniendo su título N.º 84. Además, Federer aprovechó la final para cruzar la barrera de 9000 aces. Con 12 primeros servicios ganadores, aumentó su total personal a 9007. Sin embargo en la clasificación esta detrás de Andy Roddick (9074 aces), Ivo Karlović (9322) y Goran Ivanišević (10 183).
En el Masters de Indian Wells, debuta venciendo a Diego Schwartzman fácilmente por 6-4 y 6-2. En tercera ronda toma venganza contra su verdugo del Abierto de Australia, Andreas Seppi y lo vence por 6-3, 6-4. En la ronda de 16, derrotó fácilmente al estadounidense Jack Sock por 6-3, 6-2. En los cuartos de final, vence con comodidad a Tomáš Berdych en poco más de una hora de juego por 6-4 y 6-0, incluido un segundo set que le recuerda a Federer como de sus mejores parciales en estos últimos años llegando a semifinales con plena confianza después de sus buenos resultados. En semifinales, derrotó al cañonero canadiense y seis del mundo Milos Raonic por 7-5 y 6-4​ para llegar a la final donde se enfrentaría a Novak Djokovic en su duelo número 38 entre los dos, terminaría perdiendo contra el serbio como el año anterior en más de 2 horas por 3-6, 7-6(5) y 2-6.​ Tras esto se bajaría del Masters de Miami para prepararse bien de cara a la gira de tierra batida.
Después de tres semanas de descanso, reanuda la competencia en la gira de tierra batida europea específicamente en el Masters de Montecarlo contra el francés Jérémy Chardy al que vence por 6-2 y 6-1 en menos de 1 hora de juego. En los octavos de final, se enfrenta a otros francés: Gael Monfils. Este último muestra un nivel de juego muy sólido y derrota al suizo, en dos sets intensos por 6-4 y 7-6(5) eliminando al subcampeón del año pasado, donde perdió con Stanislas Wawrinka.​ Tras esta tempranera eliminación, participa de la primera edición del Torneo de Estambul. Llegó a la final tras vencer sucesivamente a Jarkko Nieminen (6-2, 7-5), Daniel Gimeno-Traver (7-6, 6-7, 6-3)​ y Diego Schwartzman (2-6, 6-2, 7-5), en este último encuentro hizo seis aces (9076 en total), superando a Andy Roddick y sube al podio de los servidores con más saques ganadores (aces) de la historia. Luego juega su primera final en arcilla desde Montecarlo en 2014 (siendo derrotado por Wawrinka), después de un intensivo partido contra el uruguayo Pablo Cuevas gana por 6-3 y 7-6(11) en 1 hora y 37 minutos de juego.​ Tras esto levanta un nuevo trofeo, el 85 en 19 países diferentes y el primero en tierra batida desde el Masters de Madrid 2012.
En el Masters de Madrid sería eliminado en su debut tras ser derrotado por Nick Kyrgios en un partidazo por 6-7(1), 7-6(5) y 7-6(12).​ En el Masters de Roma, Federer se enfrenta en segunda ronda al uruguayo Pablo Cuevas al que bate por 7-6(3) y 6-4. En la ronda de 16, derrotó al sudafricano Kevin Anderson por 6-3 y 7-5, ya en cuartos de final derrota al 6 del mundo el checo Tomáš Berdych por doble 6-3. En semifinales vence a su compatriota y 9 del mundo Stan Wawrinka por un contundente 6-4 y 6-2 en apenas una hora de juego.​ En la final se enfrentó al número 1 del mundo Novak Djokovic siendo vencido por 4-6 y 3-6 siendo esta su cuarta final que pierde en el Masters de Roma.​
Tras esto llegaría el segundo Grand Slam del año: Roland Garros, clasificó a cuartos de final tras vencer sucesivamente a Alejandro Falla (6-3, 6-3, 6-4), Marcel Granollers (6-2, 7-6(1), 6-3), Damir Džumhur (6-4, 6-3, 6-2) en sets corridos y en cuarta ronda derrotó al 13 del mundo Gael Monfils por 6-3, 4-6, 6-4, 6-1 en dos días diferentes,​ por la falta de luz, y en cuartos de final cayó ante el futuro ganador del torneo, Stan Wawrinka en tres sets por 6-4, 6-3 y 7-6(4) quien lo derrotó por primera vez en Grand Slam.​ Así Federer acababa su temporada de tierra batida ese año.
Después de su derrota en Roland Garros, Federer comienza la temporada de césped con el habitual torneo preparatorio antes de Wimbledon el Torneo de Halle que se había actualizado a ATP 500 este año. Comienza el torneo con un primer partido muy complicado contra el local Philipp Kohlschreiber. Quedando a dos puntos de la derrota pero finalmente gana en la final en más de dos horas de juego por 7-6(8), 3-6, 7-6(5) mientras estuvo 5-3 abajo en el último desempate.​ Después de esta difícil primera ronda, vence fácilmente a Ernests Gulbis (6-3, 7-5) y Florian Mayer (6-0, 7-6) en dos sets para clasificarse para a las semifinales, donde enfrentaría a Ivo Karlović, el verdugo de Berdych en la ronda anterior, en un partido lleno de suspenso de una hora y media, concluyó en dos sets por doble 7-6 a favor del suizo a pesar de los 20 aces del croata clasificándose para su décima final en Halle. Ahí se enfrenta a la sorpresa del torneo, el italiano Andreas Seppi que se benefició de dos abandonos previos a la final pero logró una buena semana. En un juego bastante equilibrado, Federer hizo la diferencia en los puntos importantes y junto a su servicio le permite ganar en 1 hora 48 minutos por 7-6(1) y 6-4 para conquistar su 8.º título en Halle.​
Luego jugó Wimbledon, comenzó con dos primeras rondas accesibles venciendo a Damir Džumhur y Sam Querrey en sets corridos, Federer concedió un set contra el australiano Sam Groth en la tercera ronda ganando por 6-4, 6-4, 6-7(5) y 6-2, en octavos de final derrotó fácilmente al español Roberto Bautista por doble 6-2 y 6-3 para clasificarse a cuartos por 13.ª vez en la catedral,​ ahí se enfrenta al francés Gilles Simon al que supera por 6-3, 7-5, 6-2 en una 1 hora y 35 minutos. En semifinales se enfrenta al 3 del mundo Andy Murray siendo este su segundo enfrentamiento en el césped de Londres (el primero tuvo lugar en la final de la edición de 2012 lugar donde el suizo ganaría su 17.º Grand Slam). Federer quien nunca ha perdido una semifinal en Wimbledon, confirma esta estadística al clasificarse en tres sets por 7-5, 7-5 y 6-4 con 56 tiros ganadores,​ 20 aces y solo 11 errores no forzados, en solo dos horas, repitió la final del año pasado contra el serbio Novak Djokovic, cae nuevamente en otro gran partido por 6-7(1), 7-6(10), 4-6 y 3-6​ en 2 horas y 55 minutos y nuevamente no se pudo convertir en el jugador con más título en la historia de Wimbledon quedando igualado con Pete Sampras con 7 y siendo además la tercera vez que pierde una final en este torneo.
Después de bajarse del Masters de Canadá,​ para preservarse y llegar en una forma más óptima para el US Open. Como resultado, al llegar a la final el año anterior en Toronto, perdió el 2.º lugar del Ranking ATP contra Andy Murray que venció a Novak Djokovic en la final para ganar su tercer Masters de Canadá, la semana siguiente, jugó el Masters de Cincinnati donde defendía título, Federer implementó una nueva técnica de ataque llamada SABR (Sneak Attack By Roger: Ataque Sorpresa de Roger), en la cual esperaba los saques, principalmente los segundos, prácticamente en la línea del cuadrado de servicio, sorprendiendo al rival, y asfixiándolo sin manera de poder ganar el punto. en su juego de entrada venció fácilmente a Roberto Bautista por doble 6-4 y luego en tercera ronda al sudafricano Kevin Anderson por doble 6-1 para llegar a los cuartos de final donde se enfrentó a la sorpresa Feliciano López, verdugo de Rafael Nadal en la ronda anterior, gana nuevamente con facilidad por 6-3, 6-4. En las semifinales, se enfrenta al número 2 del mundo Andy Murray al que le gana por 6-4 y 7-6(6) en 1 hora y 37 minutos donde estuvo dominando con un juego agresivo desde la partida. Calificando para su 42.º final de Masters 1000, en la que se enfrenta al número uno del mundo Novak Djokovic ganando por 7-6(1) y 6-3,​ utilizando mucho su nueva técnica, en un partido parejo de una hora y media para asegurar su séptimo título en Cincinnati, como dato jamás ha perdido un final en Cincinnati, además logrando una semana casi perfecta sin perder su servicio y superando a Andy Murray y Novak Djokovic (Números 2 y 1 del mundo, respectivamente) en 2 sets sin conceder un punto de rotura, y quedando de cara al US Open como uno de los grandes favoritos al título.
Con su primer título de Masters 1000 del año en el bolsillo y el segundo lugar del Ranking ATP, Federer aborda a jugar el último Grand Slam del año: el US Open, en primera ronda enfrentó al argentino Leonardo Mayer ganando por un contundente 6-1 y doble 6-2. En la segunda ronda, se enfrenta al belga Steve Darcis al que vence por 6-1, 6-2 y 6-1. En tercera ronda vence sin dificultad a Philipp Kohlschreiber por 6-3, 6-4 y 6-4, ya en cuarta ronda tiene una victoria más trabajada frente al local John Isner venciendo por 7-6(0), 7-6(6) y 7-5 en 2 horas y 39 minutos. En cuartos de final, arrasa al francés Richard Gasquet en menos de una hora y media por 6-3, 6-3 y 6-1. Luego en semifinales enfrenta al número 5 del mundo Stanislas Wawrinka y sigue demostrando un altísimo nivel de juego durante todos esos partidos, definiéndolos rápido y sin perder un solo set, cosa que ya venía haciendo desde el final de Wimbledon derrotando a Wawrinka por 6-4, 6-3, 6-1 en una hora y media,​ y se clasifica para la final del torneo por primera vez en seis años, uno de los motivos por los que jugó tan bien fue porque siguió implementando su técnica del SABR. En la final, Federer perdió ante Novak Djokovic por 4-6, 7-5, 4-6, 4-6 en 3 horas y 20 minutos,​ habiendo convertido solo 4 puntos de quiebre de 23, muy poco para preocupar lo suficiente al serbio, siendo esta su tercera derrota consecutiva frente al serbio en el US Open en las ediciones de 2010 y 2011.
Después de quedar a un paso de sumar su Grand Slam número 18 participó en la Repesca del Grupo Mundial de la Copa Davis 2016 en la que su país suiza enfrentaría a Holanda, jugaría 3 juegos (2 singles y 1 dobles) y el mismo Roger se encargaría no mantener la permanencia de Suiza tras vencer a Thiemo de Bakker por 6-3, 6-2 y 6-4.​ Regresa a la competencia de manera oficial en el Masters de Shanghái (donde es campeón defensor). Sorprendentemente, perdió en su primer partido contra el español Albert Ramos por 6-7(4), 6-2 y 3-6,​ sin poder retener el título, a pesar de lograr 45 tiros ganadores y 30 errores no forzados pero pecando en las opciones de rotura, además perdió el segundo lugar del Ranking ATP.
Tras esta decepción juega el Torneo de Basilea en su natal Suiza, comenzó ganando a Mijaíl Kukushkin por 6-1 y 6-2, luego venció a Philipp Kohlschreiber (6-4, 4-6, 6-4) y David Goffin (6-3, 3-6, 6-1) en tres sets, ya en semifinales se deshizo de Jack Sock por 6-3 y 6-4 para lograr su 12.º final en el torneo y 10.º consecutiva, ahí se reencuentra con Rafael Nadal tras 644 días la clásica rivalidad se volvía a repetir, ya que el último antecedente fue en el Abierto de Australia 2014, con victoria de Nadal en sets corridos. Finalmente Federer se llevó el partido por 6-3, 5-7 y 6-3,​ consagrándose en Basilea por séptima vez y ganándole a Nadal por primera vez en tres años (desde Indian Wells 2012), tras cinco derrotas consecutivas. Además, Federer no vencía a Nadal en la manga decisiva desde hace cinco años, en aquella final del ATP World Tour Finals 2010, lo que le permitió recuperar el segundo lugar del Ranking ATP.
Tras su séptimo título en Basilea, en noviembre jugó el Masters de París-Bercy, en la segunda ronda derrotó a Andreas Seppi por doble 6-1, pero después en la tercera ronda fue eliminado por el cañonero estadounidense John Isner por 6-7(3), 6-3 y 6-7(5).
Llega como tercer preclasificado al ATP World Tour Finals 2015. El sorteo lo ubica en el Grupo A, o también llamado Grupo Stan Smith, con el número 1, el serbio Novak Djokovic, el checo Tomáš Berdych y el japonés Kei Nishikori. Para su primer partido vence a Berdych por 6-4 y 6-2. En su segundo punto de partido, venció por 7-5 y 6-2 con un nivel altísimo a Djokovic,​ imbatible en ese año y clasificándose a semifinales. El serbio sumó su sexta derrota en el año, siendo Federer verdugo en tres de ellas. Ya clasificado, triunfa ante el japonés Kei Nishikori, esta vez más apretado, con mangas de 7-5, 4-6 y 6-4.​ Federer termina el round robin como primero del grupo por 12.ª vez en 14 participaciones, invicto. En las semifinales, repite la del año anterior, partido que le ganó a Stanislas Wawrinka, nuevamente le vuelve a ganar a su compatriota con más facilidad esta vez por 7-5 y 6-3 en solo 1 hora y 10 minutos, para llegar a la final del Torneo de Maestros por décima ocasión.​ En la final se volvería a enfrentar con el serbio, Novak Djokovic, y los planes de un séptimo Masters se vieron frustrados nuevamente, ya que fue derrotado por 3-6 y 4-6 en solo 1 hora 20 minutos en un partido dominado de principio a fin por el serbio que obtuvo 9 puntos de quiebre contra solo 2 del suizo que no los convirtió.​ En las últimas cuatro finales del ATP World Tour Finals (contando 2015), Federer participó en tres, perdiéndolas todas con el serbio.
Tras la derrota y el triunfo de Andy Murray en la final de la Copa Davis, Roger Federer terminó el año como 3 del mundo, detrás de Murray y el indiscutible número 1 Novak Djokovic. El suizo ganó 6 títulos esa temporada (1 Masters 1000, 3 ATP 500 y 2 ATP 250) pero no ganó ningún título de Grand Slam. Sin embargo, llegó a la final de Wimbledon y el US Open, y a los Masters 1000 de Indian Wells y Roma, y el Masters de Londres, todos perdidos contra Novak Djokovic.
Durante la temporada intermedia, Roger Federer anuncia el fin de su colaboración con Stefan Edberg, después de dos años de trabajo juntos. Él contrata al croata Ivan Ljubičić para completar su personal técnico.​
Federer termina la temporada con una marca de 63-11 (85,14 %); 8-5 vs Top-5 y 15-6 vs Top-10
Federer comienza la temporada como tres del mundo. El suizo deja de trabajar con Stefan Edberg por decisiones personales del sueco e integra a su equipo a Ivan Ljubičić.
Al igual que en los años anteriores, el suizo comienza el año en Brisbane. Federer debuta un día después de lo esperado, venciendo a Tobias Kamke con facilidad por 6-2 y 6-1. En la conferencia de prensa confirma que está pasando una gripe, al igual que su familia.​ En las siguientes rondas le gana a Grigor Dimitrov (6-4, 6-7, 6-4)​ y a Dominic Thiem (6-1, 6-4). Repite la final del año pasado frente a Milos Raonic, ex pupilo de Ivan Ljubičić, y ahora entrenado por Carlos Moyá. En un gran partido del canadiense y con un Federer no al 100% por su fiebre, Raonic triunfa en dos sets por doble 6-4, llevándose el título.​
Federer llega al primer Grand Slam del año como tercer preclasificado, defendiendo la tercera ronda del año pasado. Debuta con una victoria ante Nikoloz Basilashvili por un contundente 6-2, 6-1 y 6-2. Venció a Aleksandr Dolgopólov por 6-3, 7-5 y 6-1 en segunda ronda. En una difícil tercera ronda ante Grigor Dimitrov triunfa perdiendo solo un set por 6-4, 3-6, 6-1 y 6-4, en este partido se convirtió en el primer jugador en la historia de la Era Abierta en ganar 300 partidos en Grand Slam.​ En la cuarta ronda vence a David Goffin por 6-2, 6-1, 6-4 y en cuartos al checo Tomáš Berdych por 7-6(4), 6-2 y 6-4, mostrando un gran nivel. En las semifinales se enfrentaría al número 1 del mundo Novak Djokovic. El serbio terminó apabullando al suizo ganándole por 6-1 y 6-2 los dos primeros sets, y, después de que Roger remontara y ganara 6-3 el tercero, Djokovic quebraría cuando estaba 4-3 para sacar y llevarse el partido por 6-1, 6-2, 3-6, 6-3.​
El 3 de febrero Federer da a conocer a través de su página de Facebook, que se había sometido a una operación (la primera en 18 años de carrera) debido a una rotura de meniscos.​ Debido a ello no podría jugar los torneos 500 que pensaba jugar: Dubái (defendía 500 puntos de campeón) y Róterdam (no defendía nada). Volvería en el Masters de Indian Wells, donde defendía la final, pero se retrasaría, ya que decidió días antes no jugar para descansar. Su supuesto regreso sería en el Masters de Miami, pero una inesperada gastroenteritis lo frenaría, horas antes del partido con Juan Martín del Potro.
Al final terminaría volviendo en la gira de tierra batida europea, en Montecarlo a comienzo de abril. Allí vencería a dos españoles, Guillermo García López (6-3, 6-4) Roberto Bautista (6-2, 6-4). Caería en cuartos de final ante Jo Wilfried Tsonga por 3-6, 6-2 y 7-5.​ Por dolores en la espalda renunció a jugar el Masters de Madrid.​
Volvió en mayo para jugar el último Masters 1000 sobre tierra batida de la temporada en Roma, debutaría en la segunda ronda venciendo a Alexander Zverev por 6-3 y 7-5, en tercera ronda caería ante el austriaco Dominic Thiem por 7-6(2) y 6-4 en un partido muy igualado.​
Renunció a jugar Roland Garros por sus constantes dolores en la espalda y molestias físicas. Tras participar en 65 Grand Slams consecutivos, Roland Garros 2016 sería la primera vez desde el US Open 1999 que no juegue un Grand Slam.​
El regreso del suizo sería en Alemania, en Stuttgart, Roger debutaría ante Taylor Fritz en un partido en el que el suizo tuvo que exigirse al máximo para vencer por 6-4, 5-7 y 6-4,​ en los cuartos de final vencería a Florian Mayer con dificultades por un doble 7-6 y en la semis caería ante Dominic Thiem nuevamente por 3-6, 7-6(7) y 6-4, tras tener 2 pelotas de partido.​
En Halle Federer debutó en primera ronda venciendo a Jan-Lennard Struff por un estrecho 6-4 y 7-6(3), en segunda ronda nuevamente ganaría con dificultades ante Malek Jaziri por 6-3 y 7-5, en cuartos subiría su nivel y vencería a David Goffin por 6-1 y 7-5, finalmente caería en semifinales ante Zverev por 7-6(4), 5-7 y 6-3,​ llegando sin títulos a Wimbledon por primera vez desde 2001 y con dudas en su juego.​
El helvético jugaría su segundo Grand Slam del año en Wimbledon. Iría avanzando de menos a más venciendo a Guido Pella con un poco de dificultades (7-6(5), 7-6(3), 6-3), Marcus Willis (6-0, 6-3, 6-4), Daniel Evans (6-4, 6-2, 6-2) y Steve Johnson por 6-2, 6-3 y 7-5. Con un muy buen nivel de juego y sin haber cedido sets previamente, en cuartos de final estuvo 2 sets abajo contra Marin Čilić, pero finalmente se llevó la victoria en un partido de 5 sets por 6-7(4), 4-6, 6-3, 7-6(9) y 6-3 en 3 horas y 17 minutos,​​ después de salvar varios puntos de partido en la muerte súbita del cuarto set. El cansancio de este partido se notó en semifinales frente a Milos Raonic. El suizo pudo ganar, pero finalmente perdió por 6-3, 6-7(3), 4-6, 7-5 y 6-3 en más de tres horas de partido.​
Días más tarde, anunció por su página de Facebook que no jugaría durante el resto de la temporada. Esto significaría que no iba a estar presente en los Juegos Olímpicos, tampoco. Pensaba jugar en las tres competiciones: individuales, dobles y dobles mixtos.​
Sin ningún título, Federer cerraba su peor temporada desde 2001. Finalizando el año en el puesto 16.º y jugando una sola final en Brisbane.​​
Federer comenzó la temporada participando de la Copa Hopman 2017, junto a la suiza Belinda Bencic. Suiza debutó contra Gran Bretaña en el Grupo A en el primer partido Federer venció a Daniel Evans por 6-3 y 6-4, luego junto a Bencic vencieron a la dupla Watson/Evans por 4-0 y 4-1 logrando ganar el primer punto para Suiza, en el segundo partido debían enfrentarse a Alemania, Federer inauguró la serie contra Alexander Zverev cayendo en una triple muerte súbita por 7-6(1), 6-7(4) y 7-6(4),​ luego Bencic ganaría su partido individual para igualar la serie y en el dobles mixtos vencerían a Zverev y Andrea Petkovic por 4-1, 4-2. En el tercer y último partido de grupo se enfrentaban a Francia Roger ganó el primer punto para Suiza tras vencer a Richard Gasquet por 6-1 y 6-2 luego Bencic perdería ante Mladenovic igualando la serie y finalmente la dupla Federer-Bencic caería en el dobles frente a Gasquet y Kristina Mladenovic por doble 4-2 y quedando segundos en su grupo detrás de Francia, siendo eliminados en fase de grupos.​
Reaparecería en el Abierto de Australia, donde buscaría su título número 18 de Grand Slam. No afrontaba un cuadro fácil, con varios top-ten en el camino. Comenzaría su camino el 16 de enero con una victoria contra el ex-número 8 del mundo, Jürgen Melzer. Sería triunfo en cuatro sets por 7-5, 3-6, 6-2 y 6-2 para el suizo. Luego enfrentaría a Noah Rubin, jugador que solo afrontó 10 partidos en su temprana carrera. Federer ganaría el partido por parciales de 7-5, 6-3 y 7-6(3). En su primera ardua tarea, frente a jugadores top-ten, vencería mostrando un gran nivel a Tomáš Berdych en parciales de 6-2, 6-4 y 6-4. En los octavos de final, tendría un complicado enfrentamiento contra el número 5 del ranking, Kei Nishikori. venciendo por 6-7(4), 6-4, 6-1, 4-6 y 6-3 en cinco sets sobre el japonés,​ alcanzando la ronda de cuartos de final N.º 49 en torneos de Grand Slam. Una de las sorpresas del torneo sería Mischa Zverev, quien derrotó a Andy Murray, número 1. El suizo lo despacharía en sets corridos por 6-1, 7-5 y 6-2. En las semifinales, se encontraría con su compatriota, Stanislas Wawrinka. Federer se pondría dos sets arriba, 7-5, 6-3, con un alto nivel de tenis, sin embargo, el campeón de tres Grand Slams reaccionaría llevándolo a un quinto set tras ganar el tercero y cuarto por 6-1 y 6-4 respectivamente, en el quinto set Federer se lo terminó llevando 6-3.​ En la ansiada final, jugaría su partido número 35 frente a Rafael Nadal el día 29 de enero,​ reencontrándose en esta ronda tras la final de 2009, con victoria de Nadal. Esta vez Federer tomaría venganza y lo derrotaría en un épico partido que terminó 6-4, 3-6, 6-1, 3-6 y 6-3 en 3 horas y 37 minutos.​ El suizo haría historia ganando su tan ansiado décimo octavo​ torneo de Grand Slam, después de haber perdido tres finales (todas contra Novak Djokovic, en Wimbledon 2014, 2015 y US Open 2015). Se convertiría en el primer jugador en la historia en alcanzar 5 torneos grandes en 3 de ellos (7 en Wimbledon, 5 en el US Open y ahora 5 en el Abierto de Australia), además de convertirse en el tenista más veterano (35) en ganar un Grand Slam desde que Ken Rosewall lo hiciera en Australia 1972 con 37 años.
Casi un mes después de ganar el Open de Australia, se dirigía a jugar en el ATP 500 de Dubái como tercer cabeza de serie, en primera ronda venció a Benoît Paire por 6-1 y 6-3 en tan solo 54 minutos con un gran nivel de juego, luego caería sorpresivamente en segunda ronda ante el N.º 176 del mundo Yevgueni Donskói por 6-3, 6-7(7), 6-7(5).​
En marzo, comenzaba la gira de canchas duras por Estados Unidos con los Masters de Indian Wells y Miami, en Indian Wells Federer iniciaba en la segunda ronda como 9.º cabeza de serie teniendo del mismo lado del cuadro a Nadal en la segunda derrotó al francés Stéphane Robert por un fácil 6-2 y 6-1, en tercera a Steve Johnson por doble 7-6 y en octavos de final se enfrentaría a Nadal en una final anticipada, venciéndolo por un contundente 6-2 y 6-3,​​ lográndolo vencer por primera vez en su carrera tres veces seguidas al español, en cuartos le tocaba enfrentarse a Nick Kyrgios pero pasó de forma directa a semifinales tras la no presentación del australiano, en semifinales venció a Jack Sock por 6-1, 7-5, finalmente el 19 de marzo venció a Stan Wawrinka en la final por un estrecho 6-4 y 7-5 ganando su quinto título en Indian Wells.​
A la semana siguiente se presentaba al Masters de Miami con la intención de lograr el Summer Slam (ganar Australia, Indian Wells y Miami en una sola temporada) rumbo a la final venció a Frances Tiafoe (7-6, 6-3), Juan Martín del Potro (6-3, 6-4), Roberto Bautista (7-6(5) y 7-6(4)) a Tomáš Berdych en cuartos (6-2, 3-6, 7-6)​ y a Nick Kyrgios (7-6(9), 6-7(9), 7-6(5)) en una batalla de más de tres horas,​ en la final se enfrentaba a su clásico rival Rafael Nadal por tercera vez en el año, el día 2 de abril en un partido muy parejo Federer fue certero en los momentos claves y venció por 6-3 y 6-4,​ además subió a n.º 4 en el ranking ATP logrando el Summer Slam. Esta es la tercera vez que Federer ha ganado en Indian Wells y Miami consecutivamente, (2005, 2006 y 2017).
El 15 de mayo, a través de su cuenta oficial de Twitter, Federer anunció que no jugaría Roland Garros, significando una baja importante y a considerar ya que prácticamente no participó en torneos de tierra batida esta temporada, destacando los Masters de Montecarlo, Madrid, Roma y algunos torneos ATP 500 y 250.​
En junio, reapareció para la gira de césped en Stuttgart. En su primer partido en tres meses, fue sorprendido por Tommy Haas, que lo venció en tres parciales salvando puntos de partido por 6-2, 6-7(8), 4-6 (además este fue el último triunfo de Haas cómo profesional).​ Esa fue la segunda derrota de Federer en el año, siendo la primera en Dubái, con otro jugador fuera del top 100. En el ATP 500 de Halle, venció en primera ronda el japonés Yuichi Sugita por un cómodo 6-3, 6-1, además consiguiendo su victoria 1100 en el circuito, venció a Mischa Zverev (7-6(4), 6-4), Florian Mayer (6-3, 6-4) y a Karén Jachánov (6-4, 7-6) en las siguientes rondas para llegar a la final, donde no le dio chances al joven alemán Alexander Zverev, a quien derrotó 6-1 y 6-3. Consiguió su cuarto título del año, 92 de su carrera, noveno en Halle y se mostró como el gran candidato a ganar Wimbledon.​
Llegando a Wimbledon Federer empezó el 4 de julio venciendo a Alexander Dolgopolov en primera ronda por 6-3, 3-0 y retiró del ucraniano, luego venció a Dusan Lajović (7-6(0), 6-3, 6-2), Mischa Zverev (7-6(3), 6-4, 6-4) y a Grigor Dimitrov (6-4, 6-2, 6-4) para llegar a cuartos donde se enfrentaría a Milos Raonic reviviendo la semifinal del año pasado donde el canadiense se impuso en cinco sets, Federer tomaría venganza y lo derrotaría por 6-4, 6-2 y 7-6(4), en semis jugaba contra Tomáš Berdych a quién venció en un trabajado partido por 7-6(4), 7-6(4) y 6-4 llegando a 11.º final en Wimbledon,​ finalmente 16 de julio, venció al 7 del mundo Marin Čilić por 6-3, 6-1 y 6-4 convirtiéndose en el jugador masculino con más torneos de Wimbledon (8), sin ceder ni un solo set en todo el torneo, logrando su 19.º Grand Slam en su exitosa carrera.​
En agosto, comenzó la segunda parte de la temporada en canchas duras jugando el Masters de Montreal debutando en segunda ronda contra el invitado local Peter Polansky por un contundente 6-2, 6-1, en tercera instancia venció a David Ferrer viniendo de un set abajo por 4-6, 6-4 y 6-2,​ luego venció a Roberto Bautista por doble 6-4 en semifinales y a la sorpresa del torneo Robin Haase por 6-3 y 7-6(5) en semifinales, en la final perdió frente al joven alemán Alexander Zverev por 6-3 y 6-4.​ Luego se ausentó del Masters de Cincinnati por una lesión a la espalda.​
En el US Open Federer llegaba con la misión de recuperar el número 1 después de cinco años y sumar su 20.º Grand Slam, el suizo tenía 7145 pts, mientras que Nadal tenía 7750 si Federer ganaba el campeonato aunque Nadal llegase a la final se convertía en el nuevo N.º 1, situado del mismo lado junto a Rafael Nadal en una hipotética semifinal empezó su travesía el 29 de agosto en la noche neoyorquina en primera ronda venciendo al joven local Frances Tiafoe en una ajustada victoria por 4-6, 6-2, 6-1, 1-6 y 6-4,​ en segunda ronda volvió a ganar en 5 sets, esta vez al ruso Mijaíl Yuzhny remontando un set abajo en el cuarto para ganar por 6-1, 6-7(3), 4-6, 6-4 y 6-2.​ Recuperó su nivel que estaba exhibiendo durante 2017 derrotando en sets corridos a Feliciano López (6-3, 6-3, 7-5) y al alemán Philipp Kohlschreiber (6-4, 6-2, 7-5). Llegó hasta los cuartos de final siendo eliminado por el argentino Juan Martín del Potro por 5-7, 6-3, 6-7(8) y 4-6 el 7 de septiembre reviviendo la final de 2009,​ finalmente Nadal ganaría el torneo sumando 9465 puntos mientras que Federer sumó 360 llegando a 7505.
La siguiente participación de Federer fue en septiembre en la inauguración de la Laver Cup 2017, representando al equipo de Europa junto a Rafael Nadal, Dominic Thiem, Alexander Zverev, Marin Čilić y el local Tomáš Berdych​ El equipo rival estaría formado por jugadores del resto del mundo, entre ellos el australiano Nick Kyrgios, el canadiense Denis Shapovalov, y los norteamericanos John Isner, Sam Querrey, Jack Sock y Frances Tiafoe. Federer jugó su primer partido de individuales en el segundo día el 23 de septiembre, donde derrotó a Sam Querrey por 6-4 y 6-2 dándole 2 puntos más a Europa quedando 5-1 (el que llegaba a 15 primero se quedaba con el trofeo), el mismo día, compartió pista con su gran rival Rafael Nadal en dobles, donde derrotaron a la pareja del Resto del Mundo que formaban Sam Querrey y Jack Sock por 6-4, 1-6 y 10-5 obteniendo 2 positivos más para Europa (9-3).​ Esta fue la primera vez que Federer y Nadal compitieron en el mismo lado de un partido de dobles. El tercer día, Federer selló la victoria para el Equipo Europa, tras sorpresiva derrota de Nadal ante Isner, al derrotar a Nick Kyrgios por 4-6, 7-6(5) y 11-9 salvando 3 puntos de partido, dándole los tres puntos que necesitaba Europa 15-9. Con tres victorias y siete puntos, Federer fue el jugador más eficiente del torneo.​
En la Gira asiática Federer solo jugó un torneo, el Masters de Shanghái en China, donde salió campeón tras vencer a Diego Schwartzman (7-6, 6-4), Alexander Dolgopolov (6-4, 6-2), Richard Gasquet (7-5, 6-4), Juan Martín del Potro (3-6, 6-3, 6-3)​ y en la final se enfrentaba por cuarta vez en el año a Rafael Nadal venciéndolo jugando un gran nivel de tenis por 6-4 y 6-3,​ obteniendo su tercer Masters 1000 de la temporada, además de dejar el cara a cara contra Nadal 15-23. Esta fue la quinta victoria consecutiva de Federer sobre Nadal en su rivalidad y su 94.º título de su carrera, lo que lo coloca al nivel del segundo clasificado Ivan Lendl, en la carrera a Londres Federer sumó 1000 puntos más, llegando a 8505 estando a casi 2000 pts de Nadal (10 465).
Durante la temporada bajo techo, Federer jugó el ATP 500 de Basilea en su ciudad natal, se deshizo de Frances Tiafoe (6-1, 6-3) Benoît Paire (6-1, 6-3) en la primera y segunda ronda, en cuartos tuvo su primera batalla venciendo al francés Adrian Mannarino por 4-6, 6-1, 6-3,​ en semifinales venció a David Goffin por un fácil 6-1 y 6-2 y en la final se vio las caras contra Juan Martín del Potro quién derrotó por 6-7(5), 6-4 y 6-3 siendo profeta en su tierra por octava vez y ganando su 95.º título de su carrera, superando a Ivan Lendl en número de títulos profesionales y quedando a 1460 puntos de Nadal.​ Luego en el Masters de París 2017 (Último Masters 1000 de la temporada) se retiró del torneo por motivos personales.​
En el último torneo del año el Torneo de maestros encabezaba el Grupo Boris Becker junto a Alexander Zverev, Marin Čilić y Jack Sock, debutó el 12 de noviembre ante Sock ganando por un ajustado 6-4 y 7-6(4), en su segundo partido del grupo el 14 de noviembre derrotó a Alexander Zverev en otro en el que tuvo que exigirse al máximo, ganando por 7-6(6), 5-7 y 6-1;​ además se convirtió en el deportista que más dinero ha recaudado sumando únicamente los premios deportivos con un total hasta esa fecha de 110 235 682 USD superando el récord que tenía Tiger Woods en 110 061 012 USD, en el último partido del grupo venció a Cilic en tres sets por 6-7(5), 6-4, 6-1 para termina líder en su Grupo con 3 victorias,​ sumando además 600 puntos, en semifinales caería ante David Goffin (la sorpresa del torneo) por 6-2, 3-6 y 4-6.​
De esta manera Federer cerraba el año con 9 605 puntos, quedando a solo 1040 de Nadal (10 645) terminando el año como número 2, además consiguió 7 títulos (2 Grand Slam, 3 Masters 1000 y 2 ATP 500) con un registro de 52-5 (91,2%).​​
Federer finaliza la temporada con un récord de 6-0 vs Top-5 y 14-2 vs Top-10.
Empieza el año tenístico con la Copa Hopman 2018 representando a Suiza junto con Belinda Bencic en el Grupo B junto a Japón, Rusia y Estados Unidos que se disputa anualmente en Perth del 30 de diciembre de 2017 hasta el 8 de enero de 2018; debutaría el 30 de diciembre ante Japón enfrentando a Yuichi Sugita por 6-4 y 6-3, después cerró la serie con Bencic en el dobles mixtos ante Naomi Osaka y Sugita por 2-4, 4-1 y 4-3 sumando su primer punto en el grupo, el 2 de enero enfrentaban a Rusia por la segunda jornada del Grupo B; Federer jugaría el segundo ante Karén Jachánov por 6-3 y 7-6(6) cerrando la serie y en el tercer y último punto en junto a Bencic vencieron a Karén Jachánov y Anastasiya Pavliuchenkova por 4-3, 3-4 y 4-1 dejando la serie 3-0 y ganando su segundo punto, el 4 de enero se jugó la tercera y última jornada del grupo en Perth ante Estados Unidos está vez Federer abrió la serie venciendo a Jack Sock por 7-6(5) y 7-5 y luego en el dobles mixtos vencieron a Sock y Vandeweghe por 4-3 y 4-2 ganando sus 9 partidos y los tres puntos para clasificarse a la final, el 6 de enero se disputó la final ante Alemania, Federer abriría la serie derrotando a Alexander Zverev por 6-7(4), 6-0 y 6-2,​ luego Bencic caería ante Angelique Kerber y todo se definiría en el dobles mixtos vencerían a Zverev y Kerber por un estrecho 4-3 y 4-2 y así Federer ganaba su segunda Copa Hopman 17 años después y cabe mencionar que jugó 8 partidos y ganó los 8 llegando como uno de los favoritos a ganar el Abierto de Australia.​
Federer llegaba como máximo favorito al Australian Open. Teniendo del mismo lado del cuadro a Milos Raonic y Novak Djokovic (en una hipotética semifinal con el serbio), debutó el 16 de enero ante el británico Aljaz Bedene en primera ronda, venciendo por 6-3, 6-4 y 6-3. El 18 de enero, por la segunda ronda, venció a Jan-Lennard Struff por 6-4, 6-4 y 7-6(4); el 20 de enero, por la tercera ronda, venció a Richard Gasquet por 6-2, 7-5 y 6-4; el 22 de enero, por los octavos de final, se deshizo de la sorpresa del torneo, Márton Fucsovics, por 6-4, 7-6(3) y 6-2. El 24 de enero eliminó en cuartos de final al 19.º preclasificado, Tomáš Berdych, por 7-6(1), 6-3 y 6-4; en semifinales se enfrentó al coreano Hyeon Chung (que venció a Novak Djokovic en cuarta ronda), derrotándolo por 6-1, 5-2 y retirada del coreano tras una dolencia en el pie derecho,​ llegando a la final jugando un buen tenis y además sin ceder sets. El 26 de enero, en la Rod Laver Arena, jugó la final masculina ante el sexto cabeza de serie, Marin Čilić, en un disputado encuentro, en que el suizo se impuso por 6-2, 6-7(5), 6-3, 3-6 y 6-1.​ Este fue el sexto título de Federer en el Abierto de Australia, igualando el récord de Roy Emerson y Novak Djokovic, además de convertirse en el primer hombre en ganar veinte Grand Slam. También fue la primera vez desde el US Open 2008 que Federer defendió con éxito un Grand Slam.​​
En febrero, Federer recibió una Wild Card para jugar el Torneo de Róterdam en Países Bajos. Si el suizo llegaba a semifinales, se convertiría en número 1 del mundo por primera vez en seis largos años. Su camino al número uno lo iniciaba como cabeza de serie N.º 1. En primera ronda, derrotó a Ruben Bemelmans por un contundente 6-1 y 6-2; en segunda ronda, venció al alemán Philipp Kohlschreiber por un estrecho 7-5 y 7-6(8), quedando a un paso de ser número uno.​ El 16 de febrero jugaba ante el local Robin Haase por los cuartos de final. Si ganaba, regresaba al número uno. Federer perdió el primer set por 6-4, pero luego se recuperó y ganó por doble 6-1.​ Tras este triunfo, Federer rompió en llanto. En la semifinal, derrotó al Lucky Loser Andreas Seppi por 6-3 y 7-6, y en la final el día 18 de febrero doblegó al búlgaro Grigor Dimitrov por doble 6-2,​ en tan solo 56 minutos, conquistando así el 97.º título de su carrera, 20.º título en la categoría ATP 500 y deshaciendo el empate que tenía con Rafael Nadal de 19. A los 36 años y 195 días de edad, se convirtió en el número uno del mundo ATP más veterano en la historia. También rompió el récord de ATP por el lapso más largo entre la primera y la última semana de un jugador para alcanzar el puesto N.º 1 con 14 años y 17 días de diferencia, así como la mayor cantidad de tiempo entre dos reinados consecutivos en el número 1, a 5 años y 106 días, ya que la última vez que ostentó este puesto fue en 2012.
En el Masters de Indian Wells empezó venciendo el 10 de marzo a Federico Delbonis por 6-3 y 7-6(6) en un partido de dos días por lluvia; el 12 de marzo vence al serbio Filip Krajinovic por 6-2 y 6-1; el 14 de marzo vence a Jeremy Chardy por 7-5 y 6-4; el 15 de marzo en cuartos de final vence al coreano Hyeon Chung por 7-5 y 6-1. De esta manera, conserva el número 1 por unas semanas más. Ya en semifinales el 17 de marzo, derrota al croata Borna Ćorić por 5-7, 6-4 y 6-4,​ en un duro partido donde no exhibiría su mejor versión, consolidando el mejor comienzo de su carrera en una temporada a 17-0. Su anterior mejor comienzo de temporada había sido 16-0 durante la temporada 2006. Fue derrotado en la final por Juan Martín del Potro por 4-6, 7-6(8) y 6-7(2) el 18 de marzo,​ a pesar de tener 3 puntos de campeonato en el tercer set. En el Masters de Miami, donde también se presentó como campeón defensor, perdió su primer partido frente al número 175 del mundo y clasificado desde la fase de clasificación, Thanasi Kokkinakis por 6-3, 3-6 y 6-7(4) y perdiendo en su debut en Miami por primera vez desde 1999,​ con lo que también perdió el número 1 del ranking ATP que volverá a Rafael Nadal el 2 de abril.​ Posteriormente anunció que se baja de la gira de tierra batida, incluido Roland Garros, por segunda temporada consecutiva.​
Sin embargo, recuperó el primer puesto en mayo después de que Nadal no defendiera uno de sus títulos de Masters 1000 en el Masters de Madrid.​ Luego perdió el primer puesto la semana siguiente después de que Nadal ganara el título en el Masters de Roma.
El 11 de junio volvía a la pista un poco más de dos meses después de su caída en Miami ante Thanasi Kokkinakis, en el Torneo de Stuttgart para la gira de césped (si llegaba a semifinales recuperaba el número 1); debutó en segunda ronda el 13 de junio venciendo a Mischa Zverev por 3-6, 6-4 y 6-2 donde el suizo no mostró su mejor tenis tras 2 meses sin jugar.​ En los cuartos de final, doblegó Guido Pella por doble 6-4 mejorando un poco y quedando a un triunfo del número uno. En semifinales, se enfrentó a Nick Kyrgios, en un partido parejo donde Federer sacó su experiencia en el final y ganó por 6-7(2), 6-2 y 7-6(5),​ recuperando el número uno. En la final venció a Milos Raonic por un estrecho 6-4 y 7-6(3),​ logrando su primer título en Stuttgart, siendo este el 30.º torneo diferente que gana en su carrera y 4.º en Alemania después de Halle, Hamburgo y Múnich, el 98.º de su carrera quedando a solo 11 del récord absoluto de Jimmy Connors (109), además sacándole 150 puntos a Nadal en la batalla por el número uno (Federer 8920 - Nadal 8770).
Apenas sin descanso acude al Torneo de Halle como su último torneo de preparación de cara a defender su título en Wimbledon, Federer acude al Gerry Weber Open por séptimo año consecutivo con el objetivo de revalidar el título para llegar como número 1 a Wimbledon y logra su primer Diez (Ganar diez veces un mismo torneo). Comienza su torneo contra el eslovaco Aljaž Bedene al que vence sin dificultades por 6-3 y 6-4. A continuación se enfrenta al francés Benoît Paire en segunda ronda, contra el que salva dos puntos de partido en la muerte súbita del tercer set y gana por 6-3, 3-6 y 7-6(7).​ En cuartos de final vence al australiano Matthew Ebden por un estrecho 7-6, 7-5 en un partido donde dominaron los servicios y en semifinales derrotó a la sorpresa del torneo el americano Denis Kudla por el mismo marcador logrando su duodécima final en Halle y la N.º 149 de su carrera, llegando a la final con un discreto nivel de tenis considerando que todos sus rivales estaban fuera del Top 50. En la final perdió contra el joven croata Borna Ćorić que venía de vencer a Alexander Zverev en primera ronda (Con quien nunca había perdido un partido) después una final perfectamente dominada por el joven jugador por 7-6(6), 3-6 y 6-2, además de cortarle una racha de 20 victorias consecutivas sobre hierba al suizo.​ Después de este torneo, Federer de nuevo da perdió el número 1 (por tercera vez en 2018) a manos de su eterno rival Rafael Nadal. Una semana más tarde, los organizadores del torneo de Wimbledon premiaron al suizo con ser cabeza de serie número 1 del torneo debido al sistema de puntos de ese torneo.​
En Wimbledon llega como máximo favorito teniendo del mismo lado del cuadro a Milos Raonic, Marin Čilić y Stan Wawrinka como los rivales más duros de cara a una hipotética semifinal y evitando a Novak Djokovic, Alexander Zverev y Rafael Nadal hasta la final, Federer estaba buscando defender su título de 2017 y fue primer cabeza de serie en un Grand Slam por primera vez desde el US Open 2012. Comenzó debutando ante Dušan Lajović venciéndolo fácilmente por 6-1, 6-3 y 6-4, en segunda ronda derrotó a Lukas Lacko por 6-4, 6-4 y 6-1, se enfrentó al alemán Jan-Lennard Struff en tercera ronda y lo derrotó por 6-3, 7-5 y 6-2. En cuartos ronda venció al cabeza de serie 22 Adrian Mannarino por 6-0, 7-5 y 6-4 clasificando fácilmente a los cuartos de final sin perder un set ni su servicio, con un nivel de tenis bastante mejorando de lo mostrado en Stuttgart y Halle. En cuartos se enfrenta al cañonero sudafricano Kevin Anderson (8.º cabeza de serie) contra quien nunca había perdido en sus 4 enfrentamientos previos, ganó los dos primeros sets por un cómodo 6-2 y 7-6(5) para igualar su récord de 34 sets consecutivos ganados en Wimbledon, en la tercera manga perdió su servicio por primera vez en la edición y cayó por 7-5 a pesar de tener un punto de partido, en el cuarto Anderson siguió subiendo su nivel ganando por 6-4 y enviando todo aún quinto donde ganó por un dramático 13–11 en cuatro horas y media de partido tras ir dos sets a cero abajo.​ Esta fue su segunda derrota en Wimbledon después de ganar los primeros dos sets desde su derrota contra Jo-Wilfried Tsonga en 2011.
Tras este batacazo decide no participar del Masters de Toronto, torneo en el que llegó a la final en 2017 perdiendo contra Alexander Zverev, para aligerar su calendario y ahorrar energía para otro torneos como el US Open.​
Tras esto comienza su preparación para el Masters de Cincinnati donde tiene un total de 7 títulos y no pierde desde 2013 ante Rafael Nadal en cuartos de final. Exento de la primera ronda, comienza su torneo tranquilamente contra Peter Gojowczyk ganando por doble 6-4. Debido a la lluvia, se ve obligado a jugar sus próximos 2 juegos el mismo día, el primero en poco más de una hora contra Leonardo Mayer ganando por 6-1, 7-6(6) y el segundo, más complicado, frente a Stan Wawrinka por 6-7(2), 7-6(6) y 6-2.​ Después de este día físicamente complicado, aprovechó el abandono de David Goffin en las semifinales para vencer por 7-6(3), 1-1 y retiró del belga. En la final se enfrenta al serbio Novak Djokovic, los dos jugadores no se habían enfrentado durante más de 2 años (victoria del serbio en el Australian Open 2016). Federer tenía el favorable registro de nunca haber perdido una final en Cincinnati (7 finales y 7 títulos), mientras que Djokovic perdió 5 finales (3 contra Federer en 2009, 2012 y 2015) y además estaba buscando su último título de Masters 1000 que le faltaba a su lista. Djokovic juega sólidamente a diferencia de Federer y gana la final en dos sets por doble 6-4 y además por primera vez en su historial, Djokovic le saca 2 partidos al suizo (25 victorias a 23).​ Llegando con ciertas dudas al US Open en torno a su juego.
El 27 de agosto comenzaba en Nueva York el último Grand Slam de la temporada: el Abierto de Estados Unidos. El suizo partía como cabeza de serie número 2, y no llegaba como principal candidato al título del major neoyorquino después de los títulos de Rafael Nadal en Toronto y de Novak Djokovic en Cincinnati, comienza su torneo contra el japonés Yoshihito Nishioka ganando por un cómodo 6-2, 6-2 y 6-4, en segunda ronda enfrenta al francés Benoît Paire por 7-5, 6-4 y 6-4, en tercera ronda bate a Nick Kyrgios por 6-4, 6-1, 7-5 mostrando un muy buen nivel de juego contra este último y logrando además el punto del torneo.​ En octavos de final, se enfrenta a otro australiano, John Millman contra quien pierde en cuatro sets por 6-3, 5-7, 6-7(7) y (3)6-7, perdiendo en parte debido al calor y gran nivel del 55 del mundo.​
Tras este contratiempo en los Estados Unidos, Roger Federer juega la segunda edición de la Laver Cup, en Chicago ese año. Es el líder del equipo europeo y juega su primer partido en dobles, asociándose por primera vez con Novak Djokovic. La pareja europea perdió con Kevin Anderson y Jack Sock por 7-6(5), 3-6 y 6-10.​ El segundo partido de Federer fue contra Nick Kyrgios, contra quien ganó el trofeo en 2017. Venció al australiano de manera contundente por 6-3 y 6-2 dándole a Europa dos puntos más y sacando una ventaja de 7 a 1. En el tercer y último día de competición, Federer se empareja con Alexander Zverev para jugar un dobles contra John Isner y Jack Sock. A pesar de tener un punto de partido, son los estadounidenses los que ganan por 4-6, 7-6(2) y 11-9. Juega su último partido en individuales contra John Isner. Esta vez, es el gigante americano el que obtiene puntos de partido pero pierde contra Federer por 7-6(5), 6-7(6) y 10-7 el supertiebreak dándole el suizo 3 puntos más a su equipo y volviendo a liderar la serie por 10-8.​ Unas horas más tarde, Alexander Zverev logra los 3 puntos que le permiten a Europa levantar la Copa Laver por segunda vez consecutiva tras vencer a Kevin Anderson en otro duro partido.​
Regresa a la competición en octubre para la Gira Asiática específicamente para el Masters de Shanghái. Exento de la primera ronda, comienza desde la segunda derrotando a la joven esperanza rusa Daniil Medvédev por 6-4, 4-6 y 6-4​ y luego al español Roberto Bautista en otros tres sets por 6-3, 2-6, 6-4. En los cuartos de final, vence más fácilmente a Kei Nishikori por 6-3, 7-6(4), además con este triunfo igualó a Nadal en número de victorias en Masters 1000 con 362.​ En las semifinales, fue eliminado por el croata Borna Ćorić que jugó un excelente partido con un quiebre en cada set ganando por doble 6-4.​ Esta derrota y el título de Novak Djokovic en China le hacen perder el segundo lugar del Ranking ATP a manos del serbio.
Luego juega en Basilea, en su natal Suiza, torneo del que era campeón defensor, antes del inicio del torneo Federer admite haber sufrido una lesión en la muñeca derecha en la gira de césped previo a Wimbledon. Sin embargo, se niega a usar esta información como una explicación racional de sus derrotas desde Stuttgart. Es primer cabeza de serie, comienza en la primera ronda contra el serbio Filip Krajinović, contra quien vence sin brillar por 6-2, 4-6, 6-4.​ En su segundo duelo convence un poco más al vence a Jan-Lennard Struff por 6-3, 7-5. En los cuartos de final vence al francés Gilles Simon en otro difícil partido por 7-6(1), 4-6 y 6-4. Para semifinales, Roger eleva su nivel nivel de juego y supera al ruso Daniil Medvédev por 6-1 y 6-4. Calificando para su 12.º final consecutiva en Basilea (de 2006 a 2015, luego 2017, no jugó en 2016). El domingo 28 de octubre ganó su 99.º título ATP y el noveno en Basilea, a expensas de Marius Copil por 7-6(5) y 6-4.​ Se convirtió en el primer jugador masculino en ganar 9 veces dos torneos en diferentes superficies (Halle en césped y Basilea en Hard Indoor).
En noviembre comienza la gira bajo techo y el suizo juega el último Masters 1000 del año: París-Berçy, torneo al que regresaba después de dos años de ausencia. En segunda ronda debía enfrentarse a Milos Raonic pero avanza a automáticamente a tercera ronda por W/O. En tercera ronda derrotó a Fabio Fognini por 6-4, 6-3 y en cuartos a Kei Nishikori por doble 6-4 jugando un gran tenis para llegar a semifinales donde fue eliminado por Novak Djokovic en un partido de 3 horas muy disputado por 6-7(6), 7-5 y 6-7(3).​
Ya en el último torneo del año: el ATP World Tour Finals quedó situado en el Grupo Lleyton Hewitt junto con el sudafricano Kevin Anderson, el austriaco Dominic Thiem y el japonés Kei Nishikori. En su primer juego pierde de manera sorpresiva contra Nishikori por 7-6(4) y 6-3​ generando muchas dudas en torno a su juego y si acaso sería capaz de clasificar a semifinales, despejaría las dudas del comienzo venciendo a Dominic Thiem (6-2, 6-3) y a Kevin Anderson (6-4, 6-3) en sets corridos para terminar como líder en su grupo.​ En las semifinales, se enfrenta a Alexander Zverev que lo derrotó en dos sets apretados por 7-5 y 7-6(5).​ Cierra el año con una marca de 43-7 (86%).​
Federer termina el año con un récord 1-2 vs Top-15 y 4-6 vs Top-10.
Inicia la temporada con la Copa Hopman, la cual organiza su última edición, ya que en 2020 será reemplazada por la ATP Cup. Formó dupla con Belinda Bencic al igual que en 2018. Para su primer partido de individuales, barrió al británico Cameron Norrie por doble 6-1. Luego venció al estadounidense Frances Tiafoe por un cómodo 6-4 y 6-1 en una hora de juego. Y finalmente vence al joven jugador griego Stefanos Tsitsipas, reciente ganador de las NextGen ATP Finals 2018 por un score de 7-6(5), 7-6(4).​ En la final de la competencia, se enfrenta con Alemania y en una especie de revancha del año 2017, esta vez vence fácilmente a Alexander Zverev por 6-4 y 6-2 igualando la serie 1-1, quien le pregunta en la ceremonia de entrega de premios cuando planea retirarse para dejarle ganar al resto, algo que causó muchas risas en el público. Después se disputó el dobles mixtos y los suizos Federer/Bencic ganaron un partido de antología al salvar dos puntos de partido y vencer a la dupla Zverev/Kerber por 4-0, 1-4 y 4-3(4),​ de esta forma Federer logra su tercera Copa Hopman, convirtiéndose en el único jugador en ganar el torneo tres veces.
Llega al Abierto de Australia con mucha confianza tras haber ganado la Copa Hopman hace 2 semanas atrás, aunque en rueda de prensa el propio Federer rechazó ser favorito al título. Comienza silenciosamente en primera ronda como tercer cabeza de serie venciendo por séptima vez consecutiva al uzbeko Denis Istomin por 6-3, 6-4 y 6-4. Luego en la segunda ronda tiene un partido más luchado contra el clasificado británico Daniel Evans (189.º del mundo pero ex 41 del mundo) ganando 7-6(5), 7-6(3) y 6-3. En tercera ronda se deshace del estadounidense Taylor Fritz por un score de 6-2, 7-5, 6-2 en solo 1 hora y 28 minutos mostrando un gran nivel de tenis. Sin embargo, en octavos de final caería contra Stefanos Tsitsipas en cuatro disputados sets por 7-6(11), 6-7(3), 5-7 y 6-7(5) en 3 horas y 45 minutos,​ en un partido donde el suizo tuvo 12 puntos de quiebre sin poder convertir ninguno, incluyendo 4 set points en la segunda manga. Esta derrota le hace perder 1820 puntos puntos en la clasificación mundial debido a que era el campeón defensor saliendo del Top 5 cayendo al sexto lugar. Después del partido, Federer anunció que jugará la temporada de tierra batida por primera vez desde 2016.​
Después de un mes desde su derrota en Australia, volvió a la competencia en el Torneo de Dubái el 25 de febrero. En la primera ronda vence a Philipp Kohlschreiber por 14.ª vez, pero en tres sets por un score de 6-4, 3-6, 6-1 bajo un fuerte viento.​ Vuelve a dejar un set en la batalla contra Fernando Verdasco por la segunda ronda ganando por 6-3, 3-6 y 6-3​ y luego logra vencer al húngaro Márton Fucsovics por parciales de 7-6(6) y 6-4 para alcanzar las semifinales del torneo. Donde elimina al joven croata Borna Ćorić por doble 6-2 en poco más de una hora. La final fue una venganza de Federer contra Stefanos Tsitsipas que lo eliminó en el último Abierto de Australia. Después de un partido de muy alto nivel, Federer ganó en dos sets por doble 6-4 logrando su octavo título en Dubái.​ Alcanzando los 100 títulos en el circuito ATP, segunda marca histórica en la Era Abierta detrás de Jimmy Connors (109) y además en la premiación anunció que estará allí en 2020 para defender su trofeo.​ También subió dos lugares en el ranking quedando en el cuarto lugar.
Después de una semana de descanso, el 10 de marzo empezó el primer Masters 1000 de la temporada: Indian Wells siendo el cuarto cabeza de serie y con un hipotético duelo con Rafael Nadal en semifinales. En sus tres primeras rondas vence fácilmente a Peter Gojowczyk (6-1, 7-5), a su compatriota Stanislas Wawrinka (6-3, 6-4) y al británico Kyle Edmund (6-1, 6-4) para llegar a los cuartos de final. Allí se enfrentó por primera vez con el joven polaco Hubert Hurkacz a quien venció en sets corridos por doble 6-4 alcanzando su duodécima semifinal en este torneo. Se clasificó para la final gracias a la lesión en la rodilla derecha de Rafael Nadal y también accediendo a su 49.º final en Masters 1000, igualando el récord del español.​ Perdió en tres sets por 6-3, 3-6 y 5-7 contra el austriaco Dominic Thiem que además aprovechó la oportunidad para ascender al cuarto lugar en el ranking de la ATP,​ desplazando a Federer al quinto.
El 24 de marzo, jugó su primer partido en el Masters de Miami 2019 contra el moldavo Radu Albot, partido en el que el suizo le tocó remontar para ganar por 4-6, 7-5 y 6-3.​ En tercera ronda, derrotó al serbio Filip Krajinović en sets corridos por parciales de 7-5, 6-3; en octavos de final batió al ruso Daniil Medvédev por un fácil 6-4 y 6-2. En los cuartos de final, barrió al sudafricano Kevin Anderson por un contundente 6-0 y 6-4 en 1 hora y 26 minutos clasificándose para su décima semifinal de Masters 1000 en once torneos jugados desde 2017. Allí vence fácilmente al joven canadiense Denis Shapovalov por 6-2 y 6-4 clasificando para su 50.° final en Masters 1000 y se convierte en el primer jugador en llegar a este número. El 31 de marzo ganó la final contra el campeón defensor John Isner en solo 1 hora y 3 minutos por un contundente 6-1, 6-4 conquistando el título 101 se su carrera,​ 28 en Masters 1000 y cuarto Masters de Miami (después de ganarlo en 2005, 2006 y 2017). Con este título en su segundo en 2019 (siendo el único, combinando ATP y WTA en tener 2 títulos durante la temporada), recuperó el cuarto lugar mundial desplazando a Dominic Thiem, y también quedando primero en la Race to London (Carrera a Londres) con 2280 puntos, adelantando a Novak Djokovic ganador del Abierto de Australia 2019 con 2135 puntos.​
Como anunció después de su sorpresiva eliminación en Melbourne, Federer estuvo casi dos meses preparándose para su regreso a la tierra batida en el Masters de Madrid torneo en el que no jugaba oficialmente desde 2016 y su último torneo sobre arcilla había sido en el Masters de Roma 2016 cayendo en la tercera ronda contra Dominic Thiem, siendo cuarto cabeza de serie y exento de la primera ronda. Comenzó en la segunda ronda contra el francés Richard Gasquet al que batió por un fácil 6-2 y 6-3 en solo 52 minutos en su primer partido sobre tierra batida en 3 años. En tercera ronda se enfrentó a Gaël Monfils, en un duelo algo disputado el suizo se hizo con la victoria por parciales de 6-0, 4-6 y 7-6(3), no sin antes remontar un 1-4 en el tercer set y salvar dos puntos de partido en el 5-6, siendo este su triunfo 1200 como profesional.​ En los cuartos de final se encontró con Dominic Thiem (Su último verdugo en arcilla en Roma 2016), perdiendo en tres disputadas mangas por 6-3, 6-7(11) y 4-6 a pesar de haber tenido dos puntos de partido en la muerte súbita del 2.º set.​
Tras haberlo pensado con su equipo, decide participar en el Masters 1000 de Roma. Debido al mal tiempo en la capital italiana, se vio obligado a jugar sus dos primeras rondas el mismo día y eliminó al portugués Joao Sousa 6-4, 6-3 y después al croata Borna Ćorić salvando dos bolas de partido en la muerte súbita del último set ganando por un score de 2-6, 6-4 y 7-6(7).​ Tras esto debía jugar en cuartos de final contra Stefanos Tsitsipas pero el suizo se dio de baja debido a una leve lesión en la pierna pierna.​
Después de cuatro años de ausencia, como número 3 del mundo y tercer cabeza de serie llega el segundo Grand Slam del año: Roland Garros. Clasifica fácilmente para los octavos de final tras vencer al italiano Lorenzo Sonego, 74 del mundo por 6-2, 6-4, 6-4, luego al alemán Oscar Otte, 144 del mundo por un resultado de 6-4, 6-3 y 6-4 en 1 hora y 36 minutos. Después al noruego Casper Ruud, 63.º del mundo en tres sets por 6-3, 6-1 y 7-6(8) después de salvar punto de set en la muerte súbita del último set. Y finalmente al argentino Leonardo Mayer, 68.º del mundo ganado con facilidad por 6-2, 6-3, 6-3 en 1 hora y 42 minutos para clasificar a su duodécimo cuartos de final en Roland Garros, 54.º Grand Slam, igualando el registro de Chris Evert. Allí se encuentra con su compatriota y 24 del mundo Stanislas Wawrinka quien venía de luchar durante cinco sets y más de cinco horas en su duelo de octavos de final contra el joven griego y 6 del mundo Stefanos Tsitsipas. Federer cobra revancha de su último verdugo que lo eliminó en Roland Garros el año 2015 en la misma etapa de la competencia y se las arregla para vencer a Wawrinka en 3 horas y 35 minutos y en cuatro disputados sets por 7-6(4), 4-6, 7-6(5) y 6-4 mostrando un gran nivel de tenis en los momentos claves del partido.​ Con la victoria, Federer regresó a las semifinales de Roland Garros por primera vez desde 2012, en semifinales, se enfrentó a su gran rival el español y 11 veces campeón en París, Rafael Nadal, número 2 del mundo y siendo este su primer enfrentamiento desde Shanghái 2017, en un partido en condiciones de viento y dominando totalmente el encuentro Nadal vencería a Federer por primera vez desde Australia 2014 por 6-3, 6-4 y 6-2 en 2 horas y 26 minutos.​
El 18 de junio, comienza su gira sobre césped al vencer en la primera ronda del Torneo de Halle al australiano John Millman en sets corridos por 7-6(1) y 6-3, cobrándose revancha de su último verdugo durante el último US Open. En la segunda ronda, afronta un difícil partido contra el francés Jo-Wilfried Tsonga, quien lo había derrotado en Wimbledon 2011 ganando 7-6(5), 4-6 y 7-5, para alcanzar los cuartos de final.​ Allí vence al español Roberto Bautista nuevamente en tres sets por 6-3, 4-6 y 6-4 para llegar a las semifinales donde elimina fácilmente al francés Pierre-Hugues Herbert por doble 6-3. En la final se enfrentó al belga David Goffin a quien venció 7-6(2), 6-1 para conquistar su décimo título en Halle y también convirtiéndose en el segundo hombre en llegar a 10 títulos en algún torneo ATP después de Rafael Nadal en Montecarlo 2017.​​
En Wimbledon fue segundo cabeza de serie (siendo que era #3 del mundo), comenzó su camino en La Catedral batiendo al joven sudafricano Lloyd Harris en un partido más complicado de lo esperado por 3-6, 6-1, 6-2, 6-2 y así avanzando a la siguiente ronda.​ Más fácil fue esta segunda ronda, en la cual no cedió ningún set contra Jay Clarke ganando por 6-1, 7-6(3), 6-2. El vigésimo séptimo en la clasificación ATP de ese momento le esperaba en tercera ronda, Lucas Pouille, al cual pudo vencer sin mayor dificultad por 7-5, 6-2 y 7-6(4) para ganar su partido 350 de Grand Slam y avanzar a octavos de final donde se enfrentó a Matteo Berrettini, fue el enfrentamiento más fácil del torneo hasta el momento venciéndolo por 6-1, 6-2 y 6-2 en 1 hora 14 minutos logrando también su triunfo 99 en Wimbledon, superando el récord de 98 victorias en un Grand Slam de Jimmy Connors. En cuartos de final se enfrentó al Top 8 de la lista ATP, Kei Nishikori, cedió el primer set pero se pudo imponer en 4 sets por un score de 4-6, 6-1, 6-4 y 6-4 para llegar al centenar de victorias en Wimbledon (algo inédito en el torneo).​ Llegó la semifinal y uno de los partidos más esperados del torneo, contra el español Rafael Nadal, finalmente Federer se cobró revancha de la mítica final de 2008 11 años después y venció al balear por 7-6(3), 1-6, 6-3 y 6-4 en un partido de alto nivel para lograr su 12.ª final en Wimbledon y 31 de Grand Slam.​ Ahí se enfrentó al serbio y número 1 del mundo, Novak Djokovic, contra quien perdió una final histórica por parciales de 6-7(5), 6-1, 6-7(4), 6-4 y 12–13(3) en 4 horas y 55 minutos de juego (siendo esta la final más larga en La Catedral superando las 4h48m de la final de 2008 entre Federer y Nadal) donde el suizo tuvo 2 championships points al saque en el 8-7 40-15 del quinto set.​
Tras este duro golpe, regresó a la competencia 1 mes después en el Masters de Cincinnati, comenzó desde la segunda ronda venciendo al argentino Juan Ignacio Londero por 6-3, 6-4. En tercera ronda fue sorpresivamente eliminado por el joven ruso Andréi Rubliov por 3-6 y 4-6 en solo 62 minutos siendo su derrota más rápida en 16 años,​ demostrando que aún no estaba recuperado mentalmente de la final de Wimbledon. Llegó a Nueva York para jugar su 19.º US Open, debutó con el joven y desconocido jugador indio Sumit Nagal, con quien perdió el primer set, pero después elevó su nivel y se impuso por 4-6, 6-1, 6-2 y 6-4.​ En segunda ronda nuevamente perdió el primer set contra Damir Džumhur para remontar e imponerse por 3-6, 6-2, 6-3, 6-4. Después logró victorias convincentes contra Daniel Evans por 6-2, 6-2, 6-1 y David Goffin por 6-2, 6-2 y 6-0. En los cuartos de final, se enfrentó contra el 78 del mundo, Grigor Dimitrov contra quien perdió en cinco sets, debido también a una lesión en la espalda, por parciales de 6-3, 4-6, 6-3, 4-6, 2-6.​
Dos semanas después, disputó la Laver Cup 2019 (torneo amistoso creado por el mismo), ganó sus dos partidos de individuales contra Nick Kyrgios 6-7(5), 7-5, 10–7 y John Isner por 6-4 y 7-6(3). En el dobles ganó su primer partido, asociado con Alexander Zverev, contra la dupla Jack Sock - Denis Shapovalov por 6-3 y 7-5, pero pierde su segundo dobles con Stefanos Tsitsipas contra los estadounidense John Isner y Jack Sock por 7-5, 4-6 y 8–10. Finalmente el equipo europeo se coronó campeón por tercera vez consecutiva tras el triunfo de Alexander Zverev sobre Milos Raonic en el último punto.​
En octubre disputó el Masters de Shanghái, derrotó a Albert Ramos (6-2, 7-6) y David Goffin (7-6, 6-4) en sets corridos mostrando un mejor nivel que en el US Open. Sin embargo, cayó en los cuartos de final contra Alexander Zverev por 3-6, 7-6(7) y 3-6.​ Una semana después jugó el Torneo de Basilea en su natal Suiza como el dos veces campeón defensor, en la primera ronda jugó su número 1500 de su carrera contra Peter Gojowczyk al que venció por un fácil 6-2, 6-1. En segunda ronda venció al moldavo Radu Albot 6-0, 6-3 y accedió directamente a semifinales tras retiro de Stan Wawrinka en cuartos de final. Ahí venció al 7 del mundo Stefanos Tsitsipas 6-4, 6-4 para acceder a su duodécima final consecutiva en Basilea (en cada edición donde jugó, fue a la final desde 2006). Sus únicas derrotas en la final de su ciudad natal fueron en 2009 contra Novak Djokovic y en 2012 y 2013 contra Juan Martín del Potro. En la final, venció al joven australiano Álex de Miñaur por un fácil doble 6-2 para ganar su décimo título en Basilea, el 103 de su carrera y convertirse en el primer tenista en llegar a 10 títulos en un mismo torneo sobre 2 superficies.​
Federer decidió bajarse del Masters de París el día después de su victoria en Basilea, anunciando también que jugaría Roland Garros y los Juegos Olímpicos de Tokio en 2020. Regresó a las canchas para las ATP Finals quedando situado en el Grupo Björn Borg con el serbio Novak Djokovic, el austriaco Dominic Thiem y el italiano Matteo Berrettini. Pierde su partido debut contra Thiem por 5-7, 5-7. Luego venció al italiano Berrettini por 7-6(2), 6-3 y después se enfrenta a Novak Djokovic, en un juego decisivo ya que el que ganaba pasaba a semifinales, el cual Roger ganó en 2 sets por un cómodo 6-4, 6-3 (su primera victoria sobre el serbio desde 2015) para clasificarse a las semifinales por 16.ª vez en 17 participaciones.​ En esta victoria, hizo 12 aces contra el mejor restador del circuito. En semifinales, se enfrentó al griego Stefanos Tsitsipas a quien había derrotado en Basilea unas semanas antes. Es esta vez el joven griego se impone por 6-3 y 6-4 acabando con la temporada de Federer, que terminó en el tercer lugar del ranking mundial.​
Una vez finalizada su temporada comenzó una gira por Latinoamérica con Alexander Zverev en la que los dos jugadores se enfrentaron un total de cuatro veces en los países de Chile, Argentina, Colombia (fue cancelado debido al toque de queda en Bogotá), México y Ecuador. Federer gana tres partidos de exhibición de los cuatro. El partido de exhibición en México batió un récord mundial, con 42 517 espectadores se convirtió en el partido de tenis con más espectadores de la historia.​
Federer termina el año con un récord de 2-4 vs Top-5 y 7-7- vs Top-10.
Federer comenzó su temporada 2020 con buenas sensaciones y con potencial en el Abierto de Australia 2020, pensando que sería una temporada sin contratiempos. Llegó a las semifinales después de victorias en sets seguidos sobre Steve Johnson y Filip Krajinović, una victoria en cinco sets sobre John Millman y una victoria en cuatro sets sobre Márton Fucsovics. Federer salvó siete puntos de partido en su victoria en cuartos de final en cinco sets sobre Tennys Sandgren.​ Federer luego perdió su partido de semifinales ante Djokovic en sets seguidos, después de haber sufrido una lesión en la ingle al principio del torneo.​ En febrero, Federer se sometió a una cirugía artroscópica por una lesión en la rodilla derecha y posteriormente se retiró de Dubái, Indian Wells, Miami y el Abierto de Francia para dar tiempo a que su rodilla se recuperara, anunciando que regresaría en la temporada de césped.​ El 10 de junio, debido a un revés de su rehabilitación inicial de la lesión de rodilla sufrida a principios de año, Federer anunció que tenía que someterse a un procedimiento artroscópico adicional en la rodilla derecha. Por lo tanto, cerró oficialmente su temporada para tomarse el tiempo necesario para recuperarse, prometiendo regresar en 2021. Este es solo el segundo año en la carrera de Roger Federer desde que ganó su primer título que terminó sin un título.​
En esta temporada reapareció el 8 de marzo en el ATP 250 de Doha llegando a cuartos de final venciendo en el partido de su reaparición a Daniel Evans por un 7-6, 3-6 y 7-5 y perdiendo en el siguiente contra Nikoloz Basilashvili por 3-6, 6-1 y 5-7.
Tras renunciar a los torneos ATP 500 de Dubái, el Masters 1000 de Miami y saltarse los torneos de la gira de polvo de ladrillo encabezados por los Masters 1000 de Montecarlo, Madrid y Roma, Roger volvió a jugar en su país, en concreto en el ATP 250 de Ginebra perdiendo en su debut contra Pablo Andújar 4-6,6-4 y 4-6.
Tras esta primera fase de su temporada, Roger se plantó en Roland Garros, donde alcanzó los octavos de final, para ello derroto a Denis Stomin 6-2, 6-4 y 6-3, Marin Čilić 6-2, 2-6, 7-6 y 6-2 y Dominik Koepfer 7-6, 6-7, 7-6 y 7-5, En cuarta ronda Roger debía enfrentarse a Matteo Berrettini, pero decido no disputar dicho partido y abandonar el Grand Slam parisino para no forzar su rodilla.
En la temporada de césped los sinsabores de esta temporada se agudizaron aún más.
En el ATP 500 de Halle el diez veces campeón del torneo alemán debutó con victoria contra Ilya Ivashka 7-6 y 7-5 y fue derrotado en el siguiente partido por Félix Auger-Alliassime dando una imagen más que preocupante por parte de Roger cuando ganaba el primer set para inexplicablemente el joven jugador canadiense darle la vuelta al partido por un 6-4, 3-6 y 2-6
Tras el nefasto paso por Alemania Roger aterrizo en el Wimbledon torneo que había ganado hasta en ocho ocasiones, el Grand Slam londinense fue a la postre el último torneo que disputó Roger en 2021, el suizo llegó pese a todo a los cuartos de final del torneo en su camino a la segunda semana del torneo tuvo que sudar mucho sobre todo en su primer partido contra el francés Adrian Mannarino donde la suerte tuvo mucha culpa para que pudiera pasar de ronda porque su rival se lesionó de la rodilla de forma fortuita retirándose en el comienzo del quinto set hasta ese momento el suizo tuvo pie y medio fuera del torneo más por las sensaciones que dejó en el encuentro de lo más ajustado por un 6-4, 6-7, 3-6, 6-2, 00-Ret.
Tras el primer partido, su rendimiento en el torneo fue más apacible derrotando con menos problemas a Richard Gasquet en tres sets 7-6, 6-1 y 6-4, en la siguiente ronda derrotó a Cameron Norrie en cuatro sets 6-4, 6-4, 5-7 y 6-4, en octavos derroto a Lorenzo Soniego en tres sets por 7-5, 6-4 y 6-2 para alcanzar los cuartos de final para llegar al hito de ser el jugador más veterano en llegar a dicha ronda en Wimbledon en la era open.
En cuartos de final, Roger jugó su último partido de la temporada, dejando una imagen muy preocupante a lo largo del mismo, donde los problemas físicos se dejaron notar mucho y fue derrotado en tres sets con un rosco incluido por el jugador polaco Hubert Hurkacz por 3-6, 6-7 y 0-6.
Debido a la recaída de su lesión de rodilla se bajó de los juegos Olímpicos de Tokio de 2020 (celebrados en 2021).
En agosto de ese año se operó de una lesión en la rodilla (sutura de menisco y cartílago) derecha, que le impidió participar en ningún torneo más del año.​
Desde la finalización de su participación en Campeonato de Wimbledon 2021 (se disputó entre el 28 de junio y el 11 de julio) y su recaída de su lesión de rodilla y posterior operación en agosto de 2021, se está planteando seriamente si volverá al circuito profesional de tenis o si Wimbledon 2021 es su última participación como tenista profesional.
El 15 de septiembre de 2022, a través de su cuenta de Twitter, Federer anunció que se retirará del circuito ATP después de participar de la Laver Cup 2022.​
Tras no superar las constantes lesiones en su pierna izquierda, el 15 de septiembre de 2022 anunció en un comunicado que, tras casi veintiséis años de carrera, se retirará una vez concluyera la Laver Cup.​ Su último partido como profesional lo disputó el 23 de septiembre de 2022, perdiendo por 6-4, 6-7(2) y 9-11 en partido de dobles, junto a Rafael Nadal como parte del combinado europeo de la Copa Laver, contra la pareja conformada por Frances Tiafoe y Jack Sock.​
Su máximo ídolo desde la infancia ha sido Pete Sampras. Otros referentes son Boris Becker y Stefan Edberg.​ La versatilidad de Federer ha sido descrita por Jimmy Connors como: «En una era de especialistas, eres un especialista en canchas de arcilla, un especialista en pistas de hierba o un especialista en pistas duras o eres Roger Federer».
Federer, atleta de élite, es un Jugador de todos los terrenos, conocido por su velocidad, estilo fluido de juego y excepcional toma de tiros. Federer juega desde la línea de fondo, pero también son frecuentes sus subidas a la red, donde se siente cómodo, siendo uno de los mejores voleadores en el juego. Tiene un poderoso y preciso remate y ejecuta muy eficazmente elementos raros jugando al tenis, como revés, remate y media volea, salto remate (golpe fuerte) y SABR (Ataque furtivo de Roger en español), un ataque de media volea al segundo servicio de un oponente. David Foster Wallace comparó la fuerza bruta del movimiento de derecha de Federer con la de "un gran látigo líquido", mientras que John McEnroe se ha referido a la derecha de Federer como "el mejor golpe en nuestro deporte".
Federer también es conocido por su movimiento eficiente alrededor de la cancha y excelente juego de piernas, lo que le permite correr golpes dirigidos hacia su revés y en respuesta golpear un poderoso derechazo o revés, uno de sus mejores disparos.
Federer juega con un revés a una mano, lo que le da una gran variedad; su única debilidad, manifiesta solo ante grandes jugadores en arcilla como Rafael Nadal, sin embargo, es su revés. Emplea el slice, usándolo ocasionalmente para atraer a su oponente a la red y lanzar un golpe pasante. Federer también puede disparar a topspin ganadores; esto se usa generalmente para pasar al oponente en la red. Su saque es difícil de leer porque siempre usa un lanzamiento de pelota similar, independientemente de qué tipo de golpe realizará y hacia dónde intenta golpearlo, y le da la espalda a sus oponentes durante su movimiento. A menudo puede producir grandes servicios en puntos clave durante un partido. Su primer servicio es típicamente alrededor de 200 km/h. Y empleó esta táctica con frecuencia en su carrera temprana.
Federer utiliza con precisión la dejada y puede realizar uno bien disfrazado en ambas alas. A veces usa una toma entre las piernas, que coloquialmente se conoce como "Tweener" o "hotdog". Su uso más notable del tweener fue en las semifinales del Abierto de Estados Unidos 2009 contra Novak Djokovic, lo que le dio el triple punto de partido. Federer es uno de los jugadores que emplea con mayor éxito el "tiro de squash", cuando lo empujan profundo y ancho en su golpe de ala derecha. Desde que Stefan Edberg se unió a su equipo de entrenadores al comienzo de la temporada 2014, Federer ha evidenciado un juego más ofensivo, atacando la red con más frecuencia y mejorando sus tiros de volea. En el período previo al Abierto de EE. UU. 2015, Federer añadió con éxito un nuevo tiro único a su arsenal llamado SABR (Sneak Attack by Roger), en el que se adelanta a recibir el segundo servicio y golpea una devolución en la línea de servicio. El SABR es un tiro único que posee Federer, en la forma en que logra agregar suficiente potencia y colocación en el tiro, lo que hace que sea muy difícil, o casi imposible para el oponente alcanzarlo. Con el cambio a una raqueta más grande de 97 pulgadas desde 90 pulgadas, Federer ha ganado un poder fácil al tiempo que ha renunciado a un poco de control en sus tiros. La raqueta más grande ha permitido un servicio más fácil y una mejor defensa en ambas alas con menos vástagos. Sin embargo, esto ha disminuido su golpe de derecha, rebanada de revés y dropshop. Desde su regreso en 2017, Federer se destaca por su mejor revés tanto en la línea como desde fuera de línea de saque que se citó como el motivo de su victoria contra Nadal en la Final del Abierto de Australia 2017 y en la cuarta ronda de Indian Wells.
Federer también se destaca por su actitud fría y control emocional en la cancha. En contraste con su carrera temprana, la mayor parte de su juego profesional se ha caracterizado por la falta de explosiones o frustración emocional por los errores, lo que le da una ventaja sobre los oponentes menos controlados.
Federer hizo su debut en la Copa Davis para el Equipo de Copa Davis de Suiza en el 1999 en la primera ronda del Grupo Mundial ante Italia a la edad de 17 años. En su primer partido derrotó a Davide Sanguinetti en cuatro sets y registró una segunda victoria individual en un partido de desempate dos días después, cuando Suiza avanzó a los cuartos de final del Grupo Mundial. En los cuartos de final, Federer, quien todavía tenía 17 años, sufrió su primera derrota en la Copa Davis cuando fue derrotado por el belga Christophe Van Garsse en cinco sets. El equipo suizo pasaría a perder la serie por 3-2. Un año después, Federer compitió en su primer partido de dobles de la Copa Davis donde se unió a su compatriota Lorenzo Manta para vencer a los australianos Wayne Arthurs y Sand Stolle en cuatro sets. A pesar de la victoria de dobles, Federer perdió ambos géneros de individuales ante Mark Philippoussis y Lleyton Hewitt que vieron a Suiza y los enviaron a la repesca del Grupo Mundial por primera vez en la carrera de Federer. Regresaría a los playoffs en julio de 2000 y condujo a Suiza a una victoria por 5-0 sobre Bielorrussia por conseguir victorias tanto como en individuales y dn dobles.
Su primer gran hazaña en la Copa Davis se produjo en 2003, cuando el recién coronado campeón de Wimbledon llevó a su país a una histórica carrera de semifinales. Después de registrar cinco victorias en las series contra Holanda y Francia, el equipo suizo viajó a Melbourne para jugar el equipo australiano. Federer una vez más derrotó al subcampeón de Wimbledon Mark Philippoussis en el segundo punto (igualando las cosas 1-1), pero perdió frente a los australianos en el dobles, al entrar en el Día 3 después de perder el partido de dobles en cinco sets. Federer luego jugó frente a Lleyton Hewitt en una situación de muerte súbita para Suiza y, a pesar de liderar dos sets para ganar, sucumbió ante Hewitt en cinco sets. Australia pasaría a reclamar el título de la Copa Davis meses después cuando el interés de Federer en la Copa Davis comenzó a disminuir y su enfoque cambió a su carrera personal. Pasaría por alto muchos lazos a lo largo de los años, pero a menudo competía en los Playoffs del Grupo Mundial cada año para que Suiza mantuviera su puesto en la división superior.
La aparición del helvético Stanislas Wawrinka como un campeón de individuales de Grand Slam en 2014 renovó la esperanza para Federer en su búsqueda de la Copa Davis, y ambos se comprometieron a jugar cada uno de las series ese año. Su compromiso sería rentable ya que las victorias sobre Serbia, Kazajistán y Italia permitió que el equipo suizo avanzará a la final de la Copa Davis 2014. Al llegar a la final, Federer sufría de una lesión en la espalda que planteaba serías dudas sobre las posibilidades de Suiza de reclamar el título, y una segunda derrota consecutiva ante Gaël Monfils (FRA 1-1 SUI) aparentemente anticipó lo peor para Suiza. Sin embargo, un rejuvenecido Federer regresó al día siguiente para ayudar a vencer en el doble de la serie, que estableció el cuarto punto entre Federer y Richard Gasquet. Federer derrotó a Gasquet en sets corridos y al hacerlo le dio a Suiza su primer (y solo hasta la fecha) título de la Copa Davis.
Federer tiene muchos récords de la Copa Davis para Suiza que incluyen la mayoría de las victorias, la mayoría de las victorias de los singles y la mayoría de los años jugados.
Federer, a los 18 años, hizo su debut en Juegos Olímpicos de verano en Sídney 2000, donde participó en la competencia de individuales. Sorprendió a muchos al llegar a las semifinales, pero perdió ante Tommy Haas en las semifinales y luego ante Arnaud Di Pasquale en el partido por la medalla de bronce, lo que provocó que Federer abandonara Sídney con las manos vacías. En los Juegos Olímpicos de Atenas 2004 en Grecia, Federer fue el claro favorito después de proclamarse el número 1 del mundo a principios de año y capturar los títulos del Abierto de Australia y Wimbledon. Sin embargo, perdió en la segunda ronda ante Tomáš Berdych, de 18 años de edad. En dobles, él y su compatriota Yves Allegro perdieron en la segunda ronda.
En los Juegos Olímpicos de Pekín 2008 en China, Federer volvió a ser el favorito, pero perdió en los cuartos de final contra James Blake. Sin embargo, encontró más éxito en la cancha de dobles, capturando la medalla de oro en dobles masculinos con su compatriota Stan Wawrinka, derrotando a Simon Aspelin y Thomas Johansson de Suecia en los Juegos Olímpicos de Verano de 2008, Federer fue el abanderado de Suiza en la Ceremonia de los Juegos Olímpicos.
En Londres 2012, Federer ganó su primera medalla en singles, perdiendo ante Andy Murray en la final para reclamar la plata. Él y Wawrinka no pudieron defender su medalla de oro en dobles, perdiendo en la segunda ronda contra Jonathan Erlich y Andy Ram de Israel, Federer no compitió en los Juegos Olímpicos de Río 2016 después de tomarse el resto de la temporada después de Wimbledon 2016 para recuperarse de una lesión en la rodilla, las mismas condiciones por lo que no estará en los Juegos Olímpicos de Tokio 2020, para recuperarse y centrarse en el Abierto de los Estados Unidos 2021.​
Federer ganó la Copa Hopman 2001 representando a Suiza, junto con Martina Hingis. El dúo derrotó a la pareja estadounidense de Monica Seles y Jan-Michael Gambill en la final. Federer diría más tarde que ganar la Copa Hopman con Hingis "definitivamente me ayudó a convertirme en el jugador que soy hoy". Jugó también el año próximo, junto con su actual esposa Mirka Vavrinec, pero perdieron en la etapa de round robin. Federer volvió a jugar en la Copa Hopman en 2017, junto con Belinda Bencic. Ganaron todos sus vínculos pero perdieron el último, y como resultado no pudieron llegar a la final. Además Roger volvía a jugar la Copa Hofman después de 14 años.
En 2018 Federer ganó su segundo título de la Copa Hopman y el tercero en general para Suiza. Su compañera era Belinda Bencic una vez más. El equipo suizo ganó todos los lazos y Federer ganó todos sus partidos de individuales y mixtos de dobles. Derrotaron a la pareja alemana, Alexander Zverev y Angelique Kerber, en la final con marcador de 2-1.
Federer ganó su tercer y segundo título consecutivo de Copa Hopman en 2019 junto a Belinda Bencic. Nuevamente derrotaron a Alexander Zverev y Angelique Kerber de Alemania en la final, y ganaron la llave 2–1 al ganar la muerte súbita del el set final del dobles mixtos (5–4). Federer volvió a ganar todos sus partidos individuales. El equipo suizo solo perdió una serie contra Grecia (1–2).
Roger Federer es el jugador más exitoso en la historia de la Copa Hopman (3 títulos).
Uno de sus legados más duraderos puede ser su creación de un nuevo torneo anual llamado Laver Cup, que enfrenta a Europa con el resto del mundo. Federer fundó el torneo en honor a la leyenda del tenis Rod Laver y la edición inaugural se jugó en 2017.
Federer ganó la primera Copa Laver en 2017, representando al equipo de Europa. Federer jugó su primer partido de individuales en el segundo día, donde ganó a Sam Querrey en sets corridos. Más tarde, en el segundo día, se asoció con su rival Nadal en dobles, donde derrotaron al dúo Team World de Sam Querrey y Jack Sock en el partido de desempate, que se llevó a cabo en un solo set. Esta fue la primera vez que Federer y Nadal compitieron en el mismo lado de un partido de dobles. El día tres, Federer compitió en el partido final del torneo, donde selló la victoria para el Equipo Europa al derrotar a Nick Kyrgios en el desempate del tercer set (salvando un punto de partido). Con tres victorias y siete puntos, Federer fue el jugador con mejor rendimiento del torneo.
En 2019, la ATP anunció que la Copa Laver sería un evento oficial en el ATP Tour, con victorias y derrotas que se contarán como oficiales en el récord de carrera de cada jugador en individuales y dobles.
La tercera edición se celebró en Ginebra, Suiza. Federer y el equipo europeo capturaron su tercer título consecutivo. El Team World (Resto del mundo) estuvo más cerca que nunca para ganar su primer título, perdiendo 11-13 después de haber liderado la serie durante el último día. Al igual que en 2018, Federer ganó partidos de individuales contra Kyrgios e Isner. Fue 1–1 en dobles.
Federer se ha enfrentado ante 186 rivales alguna vez Top 30, siendo la primera ocasión ante Richard Fromberg el 28 de agosto de 1998. Activos en negrita. Actualizado al 1 de julio de 2024.
La principal rivalidad de Roger Federer durante su carrera ha sido con Rafael Nadal, siendo considerada por muchos como la rivalidad más importante de la historia del tenis.​
Cuando Federer ya era el mejor tenista del mundo apareció un adolescente Nadal a desafiar su reinado. Se han enfrentado en cuarenta ocasiones, con 16 victorias para Roger Federer y 24 para Rafael Nadal,​ de las que veinticuatro han sido en finales de torneos, nueve en finales de Grand Slam (en Roland Garros 2006, 2007 2008 y 2011 todas victorias para Nadal, en Wimbledon 2006, 2007 y 2008, venciendo Federer en las dos primeras y Nadal en la tercera, y en el Abierto de Australia 2009 y 2017 con victoria para Nadal en el primero y de Federer en el segundo), una final en el ATP World Tour Finals 2010 con victoria para Federer, y doce finales de torneos Masters 1000 (Miami 2005 y 2017, Montecarlo 2006, 2007 y 2008, Roma 2006 y 2013, Hamburgo 2007 y 2008, Madrid 2009, 2010, y el último Masters de Shanghái 2017 con 7 victorias para Nadal y 5 para Federer), más la final del ATP 500 de Dubái 2006 con victoria para Nadal y la final del ATP 500 de Basilea 2015 con victoria para Federer. El récord total es de 16–24 para Nadal (4–10 en Grand Slam, 4–1 en ATP World Tour Finals, 7–12 en Masters 1000 y 1–1 en ATP 500).
En cuanto a registro por superficie Federer tiene un récord favorable sobre Nadal en césped de 3–1 y en canchas duras 11–9, mientras que Nadal domina en tierra batida 14–2. Federer y Nadal juegan entre sí desde 2004 y su último encuentro fue en Wimbledon 2019, donde Federer venció a Nadal 7-6(3), 1-6, 6-3 y 6-4 en semifinales.
Ocuparon los dos primeros puestos en el Ranking ATP desde julio de 2005 hasta el 17 de agosto de 2009, cuando Nadal cayó al n.º 3 (Andy Murray se convirtió en el nuevo n.º 2), y nuevamente desde el 11 de septiembre de 2017 hasta el 15 de octubre de 2018 (Cuando Novak Djokovic se convirtió en el nuevo n.° 2 del mundo). Son el único par de hombres que han terminado seis años consecutivos en la cima del calendario. Federer ocupó el puesto número 1 del ranking por un tiempo de 237 semanas consecutivas a partir de febrero de 2004. Nadal, que es cinco años más joven, ascendió al número 2 en julio de 2005 y ocupó ese lugar durante 160 semanas consecutivas, antes de superar a Federer en agosto de 2008.
De 2006 a 2008, jugaron en cada final de Roland Garros y Wimbledon. Luego se enfrentaron en la final del Abierto de Australia 2009, Roland Garros 2011 y Australia 2017. Nadal ganó seis de los nueve, perdiendo las dos primeras finales de Wimbledon y la segunda final del Abierto de Australia. Cuatro de estas finales fueron partidos a cinco set (Wimbledon 2007 y 2008 y en Australia 2009 y 2017), y la final de Wimbledon 2008 es considerada por muchos analistas como el mejor partido de todos los tiempos. De sus 40 enfrentamientos, trece han llegado a un set decisivo. También han jugado en doce finales de Masters 1000, incluyendo su único partido de cinco horas en el Masters de Roma 2006 con triunfo de Nadal en cinco sets por 6-7(0), 7-6(5), 6-4, 2-6 y 7-6(5) después de salvar dos puntos de partido.
Es el rival más frecuente en la carrera de Federer, pese a tener seis años de diferencia, la mayoría de los enfrentamientos que se han dado, ha sido con Djokovic como el tenista más dominante del circuito. El registro ante Novak Djokovic es de 23–27.​
Se han enfrentado en 50 ocasiones, con el historial 23–27 a favor del serbio: 4–4 en tierra batida, y Djokovic lidera 20–18 en canchas duras y 3–1 en césped. La rivalidad entre Federer y Djokovic es la rivalidad más grande en la historia de los Grand Slam con un registro de 17 partidos jugados con Djokovic liderando 11–6; además están 4-1 en finales a favor de Djokovic. El serbio es el único jugador además de Nadal que ha derrotado a Federer en torneos de Grand Slam consecutivos (US Open 2010 y Abierto de Australia 2011, también en Wimbledon y US Open 2015 además del Abierto de Australia 2016). Djokovic es uno de los tres jugadores (los otros son Nadal y Stan Wawrinka), actualmente en haber derrotado a Federer en tres mangas en un Grand Slam (Abierto de Australia 2008, 2011, 2020 y Roland Garros 2012) y el único jugador que ha alcanzado eso en cuatro oportunidades. De sus 50 encuentros, 18 han llegado a una manga decisiva. Cabe destacar que la victoria de Novak Djokovic por W/O en el ATP World Tour Finals 2014 no se cuenta (20-20).
Jugaron por primera vez en una final de Grand Slam en el US Open 2007, donde el tres veces campeón reinante y n.º 1 Roger Federer salió victorioso en sets corridos. Federer también finalizó la racha perfecta de Djokovic de 41 victorias en la temporada 2011 en las semifinales de Roland Garros, pero Djokovic obtuvo su revancha en las semifinales del US Open 2011 ganando en cinco sets tras salvar dos puntos de partido contra Federer por segundo año consecutivo. En las semifinales de Wimbledon 2012, Federer venció al campeón defensor y al n.º 1 Novak Djokovic en cuatro sets. Los dos se volvieron a encontrar durante la final de Wimbledon 2014 con Djokovic saliendo victorioso después de cinco sets. Federer también terminó con 28 victorias consecutivas de Djokovic en China en el Masters de Shanghái 2014. Volvieron a jugar otra final de Grand Slam en Wimbledon 2015 con Djokovic saliendo victorioso una vez más en cuatro mangas, meses después se volvieron a encontrar en la final del US Open 2015 y una vez más Djokovic se impuso en cuatro sets. Muchos expertos han incluido la rivalidad entre Federer y Djokovic como una de las mejores rivalidades en la Era Abierta. Su último enfrentamiento en Grand Slam tuvo lugar en el Abierto de Australia 2020, con triunfo para Djokovic en sets corridos.
En cuanto a Masters 1000 se han enfrentado en 20 ocasiones con Djokovic liderando 11–9; y en finales de torneos de esta categoría Djokovic lidera 5–3; habiendo ganado en Canadá 2007, Indian Wells 2014, Indian Wells 2015, Roma 2015 y Cincinnati 2018, mientras que el suizo ganó todas sus finales en el Masters de Cincinnati 2009, 2012 y 2015.
Y en el ATP World Tour Finals se han enfrentado en 6 ocasiones con 3 victorias para cada uno y en finales 2-0 Djokovic; ganado las finales de 2012 y 2015.
Ante Andy Murray, el miembro menos fuerte del Big Four, se enfrentó 25 veces, con Federer liderando por un parejo 14–11.​ Federer domina 12–10 en canchas duras, y del mismo modo está por encima 2–1 en césped. Nunca se han enfrentado en tierra batida.
Destacan las finales del US Open 2008, Abierto de Australia 2010 y de Wimbledon 2012, con victorias para Federer, mientras que Murray ganó en el Masters de Canadá 2010 y Shanghái 2010 y la final de los Juegos Olímpicos 2012.
Se han enfrentado seis veces a nivel de Grand Slam; las primeras tres veces fueron en una final; Federer ganó las tres; en el US Open 2008 y el Abierto de Australia 2010, los cuales ganó en mangas corridas, y en Wimbledon 2012 en la que Murray tomó la primera manga, pero perdió el partido en cuatro mangas. Sin embargo, Murray ganó su encuentro en las semifinales del Abierto de Australia 2013, derrotando al suizo por primera vez en un torneo de Grand Slam en cinco mangas. En el Abierto de Australia 2014, Federer se tomó revancha, derrotando a Murray en cuatro mangas en los cuartos de final y nuevamente en las semifinales de Wimbledon 2015, siendo este su último enfrentamiento en Grand Slam.
Se encontraron en la final de los Juegos Olímpicos de Londres de 2012, en el que Murray derrotó a Federer en tres mangas, negando al suizo el Golden Slam que consiste en ganar los 4 Grand Slam y el oro olímpico en singles (cabe destacar que posee la medalla de oro en dobles de la categoría olímpica). Murray también lidera 6-2 en torneos Masters 1000, 2-0 en finales. También se han confrontado cinco veces en los ATP World Tour Finals donde Murray ganó en Shanghái (en ese momento llamado Masters Cup) en 2008, mientras que Federer ganó en Londres en 2009, 2010, 2012, y 2014. Murray es uno de los tres jugadores que tienen 10 o más victorias sobre Federer (los otros dos son Nadal y Novak Djokovic). En el ATP World Tour Finals 2014, Federer apabulló a Murray en mangas corridas por un contundente 6-0 y 6-1.
Lleyton Hewitt fue el principal rival de su generación, pues tanto Nadal y Djokovic tienen cinco y seis años menos que él respectivamente. El récord es 18–9. Destacan las finales del Abierto de Estados Unidos 2004, del Tennis Masters Cup 2004, y del Masters de Indian Wells 2005, con victorias solo de Federer.
Lleyton Hewitt y Roger Federer se enfrentaron en 27 ocasiones. A principios de su carrera, Hewitt dominó a Federer, ganando siete de sus primeros nueve encuentros, incluyendo una victoria tras remontar 2 sets abajo en la semifinal de la Copa Davis 2003 que permitió a Australia derrotar a Suiza. Esto marcó un punto de inflexión en la rivalidad, ya que Federer ganó 16 de las siguientes 18 enfrentamientos a partir de 2004 en adelante, liderando el frente a frente 18-9. Esta es la rivalidad más extensa de Hewitt ya que estos dos primeros jugaron entre sí como juniors en 1996. Se enfrentaron en una sola final de Grand Slam, la final del US Open 2004, donde Federer ganó su primer título del US Open en un encuentro desigual en el que Federer anotó dos rosco ganando por 6-0, 7-6(3), 6-0. Federer se ha enfrentado a Hewitt en seis de los torneos de Grand Slam en el que levantó el trofeo, incluidos sus cinco triunfos entre 2004 y 2005. Su último enfrentamiento fue en el Torneo de Brisbane 2014, donde Hewitt triunfó sobre Federer en tres mangas ganando su primer título desde 2010, cuando también venció a Federer por el título en Halle.
Hewitt y Federer jugaron dobles masculinos en la categoría juniors de Wimbledon 1999. Perdiendo en la tercera ronda contra Jonas Björkman y Pat Rafter.
Andy Roddick fue el mejor de la temporada 2003, pero Federer se acercó mucho durante el segundo semestre, y comenzado 2004 iniciaría sus demoledores años como n.º 1. Su aplastante récord de 21–3, destaca como símbolo de lo que Federer hizo con el estilo de tenis que lo antecedía, dominado por estadounidenses como Pete Sampras y Andre Agassi. Roddick sería el último de los grandes tenistas de Estados Unidos de ese período. El mismo Roddick reconocería que no fue mucho una rivalidad, ya que fue bastante unilateral a favor de Federer.
Destacaron las finales del Wimbledon 2004, 2005 y 2009, del Abierto de Estados Unidos 2006, del Masters de Canadá 2004, y Cincinnati 2005, con victorias solo de Federer.
Una de las rivalidades de larga data de Federer fue con el estadounidense Andy Roddick. Roddick perdió su ranking mundial de n.º 1, puesto que Federer ganó su primer Abierto de Australia en 2004. Federer y Roddick se enfrentaron en 24 ocasiones, incluyendo cuatro finales de Grand Slam (tres en Wimbledon y uno en los EE. UU.). Lidera Federer 21-3, convirtiendo a Roddick el jugador de la ATP con la mayor cantidad de derrotas en torneos frente a Federer.
En la final de Wimbledon 2009, Roddick perdió ante Federer en cinco mangas. El partido incluyó una quinta manga de 30 juegos (un récord en finales de Grand Slam) y se extendió por más de cuatro horas. En la manga decisiva, el suizo rompió el saque de Roddick por primera vez en el partido. Con esa victoria, Federer rompió el récord de Pete Sampras de 14 títulos de Grand Slam, y Roddick se disculpó con Sampras (que estaba allí) por no ser capaz de vencer a Federer. Tres años después, Roddick se retiraría del tenis, no sin antes darse el gusto derrotar a Federer por solo tercera vez en su carrera en el Masters de Miami 2012, en lo que sería el último partido que disputaron.
Ante David Nalbandian el récord es de 11–8. Destacan las finales de Tennis Masters Cup 2005 y del Masters de Madrid 2007 con victorias de Nalbandian, destacando como derrotas para Federer en los encuentros más trascendentes que tuvieron. Fue el rival más peligroso para Federer que no haya alcanzado el n.º 1 del ranking ATP, llegando solo al n.º 3 en 2006.
David Nalbandian fue el mayor rival de Federer en los comienzos de su carrera, los dos se vieron 19 veces en partidos oficiales, con Federer liderando por un ajustado 11-8. Nalbandian dominó temprano tomando los primeros cinco partidos durante 2002-03. Federer revirtió esta tendencia en la Masters Cup 2003, donde logró su primera victoria, y pasaría a ganar 11 de sus últimos 14 encuentros. Federer lideró 6–5 en canchas duras, 1–0 en césped, y 3–1 en tierra batida, mientras que Nalbandian lideró por 2–1 en carpeta. Encuentros notables, incluyen la victoria de Nalbandian en el desempate de la quinta manga para ganar la Copa Masters de 2005, y la victoria de Federer en las semifinales de Roland Garros 2006. Se vieron las caras en seis ocasiones en torneos de Grand Slam, con Federer liderando 4-2.
Con Juan Martín del Potro ha jugado 25 veces, con Federer liderando 18–7. Se han enfrentado 7 veces en Grand Slam, con Federer liderando 5–2. Sus dos partidos más famosas en Grand Slam fueron en 2009. La primera fue en las semifinales de Roland Garros 2009, cuando Federer ganó un duelo estrecho de cinco sets cuando el suizo ganó su único título en la capital francesa. El segundo fue en la final del US Open, donde del Potro venció al cinco veces campeón defensor Federer en cinco sets, terminando su racha de 20 victorias consecutivas en Grand Slams. Otro partido de alto perfil fue en las semifinales de los Juegos Olímpicos de Londres 2012, donde Federer prevaleció 19–17 en el set final para asegurar la medalla de plata olímpica. También se encontraron en la final de Basilea en 2012, 2013 y 2017, con Del Potro prevaleciendo en las dos primeras ocasiones, y Federer en la última de ellas en partidos apretados de tres sets.
En los cuartos de final del Abierto de EE. UU. 2017, en una revancha de la final de 2009, Del Potro volvió a vencer a Federer en cuatro sets para terminar su racha invicta en Grand Slam ese año. Con esta victoria, Del Potro también negó el primer Federer-Nadal en el US Open, como en 2009, donde venció a Nadal en sets corridos en las semifinales. Federer, sin embargo, vengó esta derrota en las semifinales del Masters de Shanghái, donde venció a Del Potro en tres sets después de venir de un set abajo. En la final del Masters de Indian Wells del Potro venció a Federer en tres sets cerrados, luego de enfrentar puntos de campeonato en el tercer set. Con esta victoria del Potro ganó su primer título de Masters 1000 de su carrera.
Con Tomáš Berdych jugaron 26 veces, con Federer liderando el H2H 20–6. Federer lidera 12–5 en Hard, 3–1 en canchas de césped, 4–0 en tierra batida y 1–0 en carpeta. Berdych ganó su primer enfrentamientos entre ambos en los Juegos Olímpicos de Atenas 2004, derrotando notablemente en tres sets al número 1 del mundo Federer. Después Federer ganó sus próximos ocho encuentros, antes de que Berdych terminara la racha perdedora en 2010. Entre 2010 y 2013, Berdych ganó 5 de 8 encuentros. Federer nuevamente tomó la delantera del enfrentamiento después de cambiar a una raqueta más grande en 2014, liderando 9-0 desde entonces. Se enfrentaron diez veces en torneos de Grand Slam, con Federer liderando 8-2, y Berdych es uno de los cinco jugadores, junto con Arnaud Clément, Álex Corretja, David Nalbandian y Jo-Wilfried Tsonga, en vencer a Federer varias veces en Grand Slam antes de semifinales. Sus partidos de Grand Slam más destacados tuvieron lugar en el Abierto de Australia 2009 con Federer prevaleciendo en cinco sets después de perder los dos primeros, Wimbledon 2010 y el US Open 2012, los cuales Berdych ganó en cuatro sets. Berdych llegó a la única final de Grand Slam en su carrera después de la victoria en cuartos de final de Wimbledon, terminando la racha de 7 finales consecutivas de Federer en Wimbledon desde 2003.
Con su compatriota Stan Wawrinka se han enfrentado en 26 ocasiones, con Federer liderando 23–3. Federer lidera 7–1 en Grand Slam, 17–0 en Hard, 1–0 en césped y 5–3 en tierra batida. El par está 1–1 en finales. Su primer encuentro en una final fue en el Masters de Montecarlo 2014 en el cual Wawrinka derrotó a Federer en tres sets para ganar su primer título de Masters 1000, después Federer vengó su derrota en el Masters de Indian Wells 2017 al vencerlo en la final. Si bien la rivalidad es unilateral a favor de Federer, los dos han disputado algunos partidos cerrados. Wawrinka derrotó a Federer en sets corridos durante los cuartos de final de Roland Garros 2015 camino a ganar su primer título en Roland Garros, aunque Federer luego ganó en sets corridos en las semifinales del US Open 2015. Otros partidos luchados fueron el Masters de Shanghái 2012 y el Masters de Indian Wells 2013, los cuales Federer ganó en tres sets, los cuartos de final de Wimbledon 2014 que Federer ganó en cuatro sets, la semifinal del ATP World Tour Finals 2014, que Federer ganó en tres sets después de salvar cuatro partidos puntos y la semifinal del Abierto de Australia 2017, que Federer ganó en cinco sets. A pesar de su rivalidad en cancha, son grandes amigos fuera de ella y han jugado dobles juntos en numerosas ocasiones, especialmente cuando ganaron el oro olímpico en dobles en Pekín 2008 y al ganar la Copa Davis 2014.
Con Jo-Wilfried Tsonga se han enfrentado 18 veces, con Federer liderando 12–6. Federer lidera 5–3 en pistas duras al aire libre y 4–0 en pistas duras bajo techo. Están empatados 1–1 en césped y 2–2 en tierra batida. Ambos se han enfrentado 6 veces en Grand Slam, incluidos sus partidos de cinco sets en los cuartos de final de Wimbledon 2011 y Abierto de Australia 2013. También tienen una semifinal de Grand Slam en el Abierto de Australia 2010, con Federer ganando en sets corridos. Federer y Tsonga jugaron las final del ATP World Tour Finals 2011, con Federer ganando su sexto título de Torneo de Maestros en tres sets. También se han enfrentado en dos finales ATP Tour Masters 1000. La primera fue en París-Berçy 2011, con Federer ganando su primer título, y el segundo fue en el Masters de Toronto 2014, con Tsonga ganando su segundo título Masters 1000.
Otras rivalidades importantes son:
Roger Federer es dueño de muchos récords en el circuito ATP conseguidos a través de diecinueve años de carrera.
Además de los veinte títulos en individuales, es el segundo jugador que más finales (30) y semifinales (43) ha disputado en torneos de Grand Slam. De las treinta finales de Grand Slam disputadas, diez fueron de manera consecutiva, y estuvo en dieciocho de diecinueve finales de Grand Slam desde Wimbledon 2005 hasta el Abierto de Australia 2010, siendo el Abierto de Australia 2008 la única excepción. También llegó por lo menos hasta las semifinales de un Grand Slam desde Wimbledon 2004 hasta el Abierto de Australia 2010,​ acumulando veintitrés semifinales consecutivas,​ de cuarenta y tres totales, además hasta Roland Garros 2013, acumuló treinta y seis cuartos de final consecutivos, de un total de cincuenta y dos. Todos récords para la modalidad. Es el único tenista de la historia en ganar 4 temporadas consecutivas un doblete de grand Slam : Wimbledon y el Us Open (2004,2005,2006 y 2007).
Es uno de los siete jugadores masculinos en lograr el Grand Slam,​ y uno de los cuatro (junto a Andre Agassi, Rafael Nadal y Novak Đoković) en hacerlo en la era abierta y en tres superficies diferentes (arcilla, hierba y pista dura). Es el único jugador masculino en la historia del tenis, en haber ganado cinco veces al menos tres de los cuatro Grand Slam (Abierto de Australia, Wimbledon y Abierto de los Estados Unidos); y en haber llegado al menos a 5 finales y al menos a 7 semifinales en cada uno de los mismos.
Ganó el Abierto de Australia en seis ediciones (2004, 2006, 2007, 2010, 2017 y 2018), fue finalista en una (2009) y en catorce llegó hasta las semifinales.
Obtuvo el título del Torneo de Roland Garros en una oportunidad (2009), fue finalista en cuatro (2006, 2007, 2008 y 2011), y alcanzó semifinales en siete.
Logró el Campeonato de Wimbledon en ocho ocasiones (2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2009, 2012 y 2017, récord absoluto), perdió la final en cuatro (2008, 2014, 2015 y 2019), y avanzó a semifinales en doce.
En cinco veces venció en el Abierto de Estados Unidos (2004, 2005, 2006, 2007 y 2008, récord compartido en la era abierta), en dos fue derrotado en la final (2009 y 2015) y en diez llegó a semifinales.
El suizo ostenta el récord de ser el segundo jugador más ganador de ATP World Tour Finals, con un total de seis títulos en diez finales, solo superado por Novak Djokovic que lo ganó en siete ocasiones
Posee la marca de veintiocho títulos, en cuarenta y cinco finales de torneos ATP World Tour Masters 1000, solo siendo superado por Novak Djoković (40) y Rafael Nadal (36).​ Es el tenista que más veces ha ganado el Masters de Indian Wells con 5 títulos (junto a Novak Djokovic) y el Masters de Cincinnati con 7 títulos.
También es el tenista con más trofeos en torneos ATP 500 con 23 títulos.
Ha ganado 25 ATP 250.
En total ha ganado 103 títulos en 157 finales, solo por detrás de Jimmy Connors, quien posee la marca de 109 títulos en 161 finales en la historia de la ATP.
Representando a Suiza ganó la medalla de oro olímpica en dobles con su compatriota Stan Wawrinka en los Juegos Olímpicos de Pekín 2008,​ y la medalla de plata en individuales en los Juegos Olímpicos de Londres 2012.
Ganó la Copa Davis 2014 tras vencer en la final a Francia, dándole a Suiza, su país, la primera copa.
Federer ha participado en veintiún temporadas del ATP World Tour, y en cinco de ellas ha finalizado como número uno del ranking ATP, (en las temporadas 2004, 2005, 2006, 2007, y 2009), igualando la marca de Jimmy Connors, solo superados por Pete Sampras con seis. Además finalizó seis veces como número dos, (en las temporadas 2003, 2008, 2010, 2012, 2014 y 2017) convirtiéndose en el único tenista de la historia en terminar once temporadas entre los dos primeros puestos del ranking. Además finalizó tres veces en el tercer puesto (en 2011, 2015 y 2018), y dos veces en el sexto puesto (en 2002 y 2013), completando catorce temporadas consecutivas entre los seis mejores del mundo y dieciséis en total, además de dieciocho temporadas consecutivas entre los 20 mejores.
Es el segundo tenista con más victorias en la historia de la ATP (1202), solo por detrás de Jimmy Connors, y de más victorias en los ATP World Tour Finals (55), los Masters 1000 (355), y en total en pistas duras (725).
En 2011 fue elegido como el segundo ser humano más confiable y respetado del mundo, solo superado por el fallecido en 2013 Nelson Mandela.​ Como resultado del éxito de Federer en el tenis, fue nombrado deportista Laureus del año por ocho años consecutivos (2000-2008).​ Además, fue nombrado por la Asociación de Tenistas Profesionales como el mejor tenista de la década (2000-2010).​ También fue elegido por el periódico Marca como el mejor deportista de la misma década.​ Además ha sido elegido por los fanes como el tenista favorito de la temporada durante 15 años consecutivos (2003-2017), y ha ganado el Premio a la deportividad Stefan Edberg en 13 ocasiones. En noviembre de 2012 según el ranking de la revista Forbes, Roger Federer fue catalogado junto a su amigo y golfista Tiger Woods como el deportista más valioso del mundo.​ En 2011 se clasificó en el puesto veinticinco en la lista de Forbes Celebrity 100.​
El 14 de noviembre de 2017, tras derrotar a Alexander Zverev con parciales de 7-6(6), 5-7, 6-1 en el ATP World Tour Finals, se convirtió en el deportista que más dinero ha recaudado sumando únicamente los premios deportivos con un total hasta esa fecha de 110 235 682 USD, superando el récord que tenía Tiger Woods en 110 061 012 USD.​
En 2017 fue nombrado doctor honoris causa por la Universidad de Basilea y en 2024 recibió el doctorado honorario en Humanidades por el Dartmouth College.​​
Federer utiliza la raqueta Wilson Pro Staff RF97. Desde 1995 hasta 2018, Federer estuvo patrocinado por Nike, utilizando una remera de mangas cortas, una muñequera de doble ancho en la muñeca derecha, un pañuelo, calzado Nike Vapor 9.5 tour y un par de pantalones cortos tejidos cuando salía a la cancha.​ En julio de 2018 fichó por la marca japonesa Uniqlo, no obstante hasta 2020 seguía calzando Nike en las pistas, debido a la ausencia de zapatillas de alta competición en el catálogo de la firma nipona, desde el torneo de Doha en 2021 comenzó a utilizar calzado de la marca On.​ El contrato que firmó el tenista suizo con los japoneses fue de 30 millones por temporada. Algo que convenció a Federer de dejar Nike fue que cobraría incluso si se producía su retirada.​ Utiliza cuerdas Wilson Champions Choice Hybrid 16 String. Su marca personal tiene gran notoriedad aún después de su retirada.​