Krigen i Afghanistan (2001–2021)

Krigen i Afghanistan (2001–2021) begynte da USA innledet operasjon Enduring Freedom (OEF) i Afghanistan 7. oktober 2001. Det angitte formålet med den amerikanske invasjonen var å fange Osama bin Laden, ødelegge hans terrornettverk al-Qaida og styrte Taliban-regimet som hadde støttet al-Qaida og gitt nettverket et tilfluktssted etter terrorangrepet mot USA 11. september 2001.
OEF var en amerikansk-ledet militæroperasjon hovedsakelig i de østlige og sørlige delene av landet, langs grensen mot Pakistan. Omkring 28 300 amerikanske soldater tjenestegjorde i OEF i 2008.
International Security Assistance Force (ISAF) ble etablert av FNs sikkerhetsråd i slutten av desember 2001 for å sikre hovedstaden Kabul og byens omgivelser. NATO overtok styringen av ISAF i 2003. I januar 2009 hadde ISAF rundt 55 100 soldater fra 41 land, deriblant flere Nato-land. USA hadde omkring 23 300 soldater som tjenestegjorde i ISAF. Den 1. januar 2015 ble ISAF erstattet av Resolute Support Mission.
I 2020 fremforhandlet USA under president Trump en avtale med Taliban om en tilbaketrekking av de amerikanske og øvrige Nato-styrker innen 1. mai 2021. President Joe Biden endret fristen til 31. august 2021. Taliban gjenvant kontrollen over landet i en lynkrig i august 2021, og de siste amerikanske styrkene forlot landet natt til 31. august 2021. Krigen i Afghanistan er den lengste i USAs historie.
Fra mai 1996 hadde Osama bin Laden og medlemmer av Al-Qaida-nettverket søkt tilflukt i fjellområdene i Afghanistan, hvor de hadde drevet treningsleirer som blant annet instruerte i terrorisme.
I februar 1998 erklærte Osama bin Laden og Ayman al-Zawahiri en fatwa, som var en oppfordring til alle muslimer om å drepe amerikanske borgere – sivile og militære – og deres allierte i hele verden. Følgende ble de amerikanske ambassadene i Kenya og Tanzania ble bombet den 7. august 1998 av Al-Qaida, som krevde 223 menneskeliv.
Etter at de amerikanske ambassadene i Kenya og Tanzania ble bombet den 7. august 1998, innledet president Bill Clinton Operasjon Infinite Reach, med formål å bombe mål assosiert med Al-Qaida i Sudan og Afghanistan. Amerikanske kryssermissiler ble avfyrt mot disse leirene, med en begrenset effekt.
FNs sikkerhetsråd hadde utstedt Resolusjon 1267 og 1333 i 1999 og 2000, som var rettet mot Taliban, som ga Al-Qaida finansiell og materiell støtte, for at få styret til å utlevere bin Laden til rettsforfølgelse for ambassadebombingene, og få dem til å lukke treningsleirene.
En National Security Presidential Directive eksisterte 9. september 2001, hevdes det. Planen omhandlet en krig mot al-Qaida, inkludert diplomatiske initiativer, militære operasjoner i Afghanistan, og planer om å overtale Taliban-regimet til å utlevere al-Qaida-leder Osama bin Laden til USA.
USAs regjering bestemte seg, 10. september 2001, for en plan for å styrte Taliban-regimet med makt, dersom Osama bin Laden ble nektet utlevert.
I det møtet mellom Bush-regjeringens øverste nasjonale sikkerhetstjenestemenn ble det avtalt at Taliban vil bli presentert med et siste ultimatum om å overlate bin Laden. Hvis de nektet, ville de støtte anti-Taliban-grupperinger gjennom skjult militær bistand. Og hvis begge disse alternativene mislyktes ble «tjenestemennene enige om at USA ville styrte Taliban-regimet gjennom mer direkte handling.»
Men i en artikkel publisert i mars 2001 av Jane's antydet et mediaorgan tilhørende militær- og etterretningstjenester at USA allerede hadde planlagt og nettopp gjort slike tiltak mot Taliban seks måneder før 11. september 2001. Ifølge Jane's ga Washington Nordalliansen informasjon og logistisk støtte som en del av skjult felles aksjon med India, Iran og Russland mot Afghanistans Taliban-regime, med bruk av baser i Tadsjikistan og Usbekistan.
BBC News rapporterte den 18. september 2001, nøyaktig en uke etter at den terrorangrepet 11. september, om at Niaz Naik, Pakistans tidligere utenriksminister, hadde fått beskjed av ledende amerikanske embetsmenn i midten av juli 2001 at en militær aksjon mot Afghanistan ville senest bli igangsatt i slutten av oktober. Meldingen ble formidlet under et møte om Afghanistan mellom ledende amerikanske, russiske, iranske og pakistanske diplomater. (Ett foregående møte, fant sted i mars 2001.) På juli-møtet ble Naik fortalt at USA kom til å starte sin militære operasjonen fra baser i Tadsjikistan – hvor amerikanske rådgivere allerede var på plass – og at den bredere målsettingen var å velte Taliban-regimet og innsette en annen regjering.
En embetsmann fra det amerikanske forsvarsdepartementet, Dr. Jeffrey Starr, besøkte Tadsjikistan i januar 2001 og den amerikanske generalen Tommy Franks besøkte landet i mai 2001 for å formidle en melding fra Bush-regjeringen at USA vurderte Tadsjikistan som et «strategisk viktige land». US Army Rangers opptrente spesialstyrker i Kirgisistan, og det var ubekreftede rapporter om at tadsjikiske og usbekisk spesialstyrker var under opplæring i Alaska og Montana. USA hadde, på slutten av sommeren, en plan om å angripe Afghanistan fra nord, med amerikanske militære rådgivere allerede på plass i Tadsjikistan og Usbekistan, hevdes det.
Etter terrorangrepet 11. september 2001 fant etterforskere bevis som kunne tyde på at bin Laden var delaktig i planlegging av angrepet. Bin Laden nektet først offentlig å være involvert i angrepet (men hyllet de ansvarlige for angrepet), men kort før det amerikanske presidentvalget i 2004, bekreftet han på et båndopptak at han og Al-Qaida var ansvarlig for angrepet.
I en tale til den amerikanske kongressen den 20. september 2001 ga president George W. Bush Taliban et ultimatum:
«De vil utlevere terroristene eller de vil dele deres skjebne» sa Bush. Ingen detaljer ble festet til trusselen, men det fulgte en erklæring som antydet planer om militær handling: «Vår krig mot terror begynner med al-Qaida, men den stopper ikke der.»
Taliban nektet å tale direkte med Bush og uttalte at det ville «være en fornærmelse mot Islam å forhandle med en ikke-muslimsk politisk leder». Men Taliban ga gjennom deres ambassade i Pakistan uttrykk for at de avslo ultimatumet, da de mente at de ikke var i besittelse av beviser som knyttet bin Laden til terrorangrepet. De understreket også at bin Laden var en gjest i deres land. Pashtuntradisjoner og Talibans egne regler for oppførsel krevde at gjester i deres land skal få gjestfrihet og asyl.
Den 22. september trakk de De forente arabiske emirater og senere Saudi-Arabia tilbake sin anerkjennelse av Taliban som den lovlige regjeringen i Afghanistan. Dermed var nabolandet Pakistan det eneste landet med diplomatiske relasjoner til styret. Det menes at Taliban den 4. oktober 2001 i all hemmelig foreslo å utlevere bin Laden til Pakistan, så han kunne dømmes ved en internasjonal domstol som dømte etter Sharia-loven. Pakistan avslo tilbudet, og bombeangrepene mot mål i Afghanistan utført av amerikanske og britiske styrker startet senere samme dag.
Den 7. oktober 2001, før de militære operasjonene startet, tilbød Taliban åpent å rettsforfølge bin Laden i en islamsk domstol i Afghanistan. Dette tilbudet ble øyeblikkelig avslått av USA, som mente at tilbudet var utilstrekkelig. Ikke før den 14. oktober 2001, syv dager etter krigen startet, tilbød Taliban åpent å utlevere bin Laden til rettsforfølgelse i et tredje land, men kun hvis de fikk beviser for hans involvering i terrorangrepet den 11. september. Dette tilbudet ble også avvist av president Bush, som erklærte at «det er ikke nødvendig å diskutere uskyld eller skyld. Vi vet at han er skyldig».
FNs sikkerhetsråd (UNSC) har ikke godkjent det amerikansk-ledede militæroperasjonen i Afghanistan (Operasjon Enduring Freedom). Det er en debatt med hensyn til om en autorisasjon av sikkerhetsrådet var nødvendig, hovedsakelig sentrert rundt spørsmålet om invasjonen var en handling av kollektivt selvforsvar for under artikkel 51 i FN-pakten, eller en angrepskrig. Den amerikanske regjeringen erklærte offisielt aldri krig og merket Taliban-styrkene og deres støttespillere som terrorister snarere enn soldater, nektet dem beskyttelse ifølge Genève-konvensjonen og rettssikkerhet. Dette har blitt utfordret i USAs høyesterett og av militære jurister ansvarlig for påtalemyndigheten mot de berørte innsatte.
Bombing av Taliban- og al-Qaida-mål, startes av styrker tilhørende USA og Storbritannia, 7. oktober 2001 klokken 16:15 UTC, omtrent (20:45 lokal tid). Det ble rapportert om luftangrep mot mål i hovedstaden Kabul, hvor elektrisitetsforyningen ble avbrutt, lufthavnen i Kandahar og byen Jalalabad. USAs regjering rettferdiggjorde angrepene som et svar på terrorangrepet 11. september, og Talibans manglende etterlevelse av det amerikanske ultimatumet. Taliban fordømte angrepene og kalte dem "et angrep på Islam."
Klokken 17:00 UTC bekreftet president Bush angrepet på landsdekkende fjernsyn, og den britiske statsministeren Tony Blair talte også til britisk fjernsyn. Bush sa at samtidig med at Talibans og terroristenes treningsleirer ble angrepet, ble mat, medisin og forsyninger nedkastet til "de sultende menn, kvinner og barn i Afghanistan."
Den første angrepsbølgen besto blant annet av omkring 50 Tomahawk kryssermissiler avfyrt fra ubåter og krigsskip, 15 angrepsfly fra hangarskip, 25 bombefly som B-1 Lancer, B-2 Spirit, B-52 Stratofortress og F-16 Fighting Falcon.
Bombefly som opererte høyt oppe (utenfor luftvernets rekkevidde) begynte den første dagen med å bombe Al-Qaidas treningsleirer og Talibans luftforsvar. Under forberedelsene til krigen hadde det vært spekulasjoner i mediene om hvorvidt Taliban ville forsøke å bruke amerikansk-fremstilte FIM-92 Stinger bakke-til-luft raketter til å skyte ned angripernes kampfly. Under den afghansk-sovjetiske krig på 1980-tallet hadde USA forsynt Afghanistans mujahedin med rakettene. som ble brukt til å skyte ned de russiske Mi-24 Hind kamphelikoptre. Hvis disse rakettene stadig eksisterte, ble de i hvert fall ikke brukt, og USA og Storbritannia mistet ingen fly til fiendtlig ild. Utover de kanskje-eksisterende Stinger-rakettene hadde Taliban ikke noe nevneverdig luftvern, og det de hadde var primært rester fra den sovjetiske okkupasjonen. Angripernes fly kunne operere uforstyrret.
Luftangrepene var til å begynne med fokusert i området i og omkring byene Kabul, Jalalabad og Kandahar. Innen få dager ble de fleste av treningsleirene alvorlig beskadiget, og Talibans luftvern ødelagt. Deretter skiftet man til at angripe mål vitale for Talibans kommando, kontroll og kommunikasjon. To uker inne i luftkampanjen krevde Nordalliansen at fokuset ble skiftet til å hjelpe deres offensiv. Etterhånden som krigen fortsatte, begynte de sivile tapstall å stige i de krigsherjede områdene. I mellomtiden kom tusener av Pashtun-militser inn i landet fra Pakistan og forsterket Taliban. Amerikanske spesialstyrker ble satt inn for å støtte Nordalliansen og kalte inn flystøtte.
Det neste stadiet i luftkampanjen begynte med hangarskipsbaserte F/A-18 Hornet jagerbombere, som presisjonsramte talibanstyrkenes kjøretøyerer i nålestikksangrep. Andre fly brukte klasebomber.
Nordalliansen vant terreng støttet av luftangrepene. Talibans kommandostruktur begynte å erodere under presset fra luftbombardementene. Amerikanske spesialstyrker startet nå et angrep inn i det sentrale Kandahar. Fremskrittene skjedde derimot langsomt. Det var nå begyndelsen av november.
Det neste skrittet i luftkampanjen var rettet spesifikt mot Talibans frontlinje mot Nordalliansen. Frontlinjen ble bombarderet med 6800 kg tunge bomber og AC-130 fly bevæpnet med artillerikanoner. Talibansoldatene hadde ikke erfaring med flyenes ildkraft, og kunne finne på å stille seg fullt synlig på fjerne bakkedrag, hvilket gjorde det enda lettere for de amerikanske spesialstyrkene å tilkalle luftstøtte mot deres posisjoner. Den 2. november var Talibans frontlinje desimert og det så for første gang ut som om Nordalliansen kunne marsjere mot Kabul. Utenlandske kombatanter fra Al-Qaida overtok ansvaret for sikkerheten i de afghanske byene, hvilket viste talibanregimets svekkelse. I mellomtiden planla Nordalliansen og deres rådgivere fra CIA og spesialstyrkene offensivens neste stadium.
Den 9. november 2001 begynte slaget om Mazār-e Sharīf. Amerikanske bombefly teppebombet talibanstyrkene som var konsentrert i Chesmay-e-Safa-kløften, som markerer inngangsveien til byen. Klokken 14:00 beveget tropper fra Nordalliansen seg inn på byen fra sør og vest, og erobret byens primære militærbase og lufthavn. Troppene nedkjempet deretter de resterende talibantropper i kløften foran byen, og møtte kun lett motstand. Innen fire timer var slaget om byen overstått. Ved solnedgang trakk de resterende talibantropper seg ut mot sør og øst. Neste dag gjennomsøkte tropper fra Nordalliansen byen, og det gikk rykter om summariske henrettelser av talibanstøttere. Omkring 100 talibanere ble drept i en skolebygning. En talsmann for FN uttalte senere at de ble henrettet på stedet, mens Nordalliansen påstod at de hadde gjort motstand, og hadde nektet å overgi seg.
Samme dag, den 10. november, overrant Nordalliansen fem nordlige provinser i et raskt fremstøt. Mazār-e Sharīfs fall hadde utløst et komplett sammenbrudd i Talibans stillinger. Mange lokale kommandører skiftet side istedenfor å kjempe mot Nordalliansen. Regimet var ved at gå opp i sømmene i den nordlige del av landet. Mange av Talibans frontsoldater ble flankert og overga seg deretter i byen Kunduz mens Nordalliansen fortsatte forbi dem mot sør. Selv i det sørlige Afghanistan minsket Talibans kontroll med makten. Det religiøse partiet begynte med jevnlige patruljer. Det så ut som om talibanstyret var ved å kollapse.
Talibanstyrkene flyktet fra Kabul, i kveldsmørket den 12. november. Da troppene fra Nordalliansen ankom byen om ettermiddagen den 13. november var det kun bombekratere, brent bevoksning og den utbrente ammunisjonen fra Talibans kanonstillinger igjen i byen. En gruppe på omkring 20 fanatiske islamistiske soldater, som gjemte seg i byens park, var de eneste tilbakeværende forsvarere. Denne gruppen ble nedkjempet på omkring et kvarter. Dermed var Kabul nå under kontroll av NATO-tropper og Nordalliansen.
Kabuls fall markerte begynnelsen på Talibans sammenbrudd over hele landet. Innen 24 timer var alle de afghanske provinsene langs grensen til Iran, heriblant byen Herat, falt. Lokale Pashtun-kommandører og krigsherrer hadde overtatt makten i det nordøstlige Afghanistan, herunder nøkkelbyen Jalalabad. De siste gjenværende talibantropper i nord (som primært bestod av pakistanske frivillige) falt tilbake til den nordlige byen Kunduz for å holde stand der. Den 16. november ble Talibans siste tilholdssted i det nordlige Afghanistan beleiret av Nordalliansen. Omkring 10 000 talibansoldater, ledet av utenlandske kombatanter, nektet å overgi seg, og fortsatte en ferilsk motstand. Samtidig var Taliban blitt drevet tilbake til sitt maktsentrum i det sørøstlige Afghanistan, omkring Kandahar.
Den 13. november hadde tropper fra Al-Qaida og Taliban i følgeskap med Osama bin Laden, regruppert, og konsentrerte sine styrker i hulekomplekset Tora Bora ved den pakistanske grensen, 50 km sørvest for Jalalabad. Her forberedte de seg for en kamp mot Nordalliansen og NATO-troppene. Nesten 2 000 Al-Qaida- og Taliban-tropper befestet sine stillinger i bunkere og fjellhuler. Den 16. november begynte amerikanske bombefly å bombe forsvarsstillingene i Tora Bora. Samtidig begynte personell fra CIA og spesialstyrkene å arbeide i området. De betalte lokale krigsherrer for å delta i kampene, og planla angrepet på Tora Bora-komplekset.
Mens bombardementet av Al-Qaidas stillinger i Tora Bora ble opptrappet, fortsatte beleiringen av Kunduz. Til sist, etter ni dager med voldsomme kamper og amerikanske luftbombardementer, overga Taliban-styrkene seg til Nordalliansens tropper den 25. og 26. november. Kort før overgivelsen evakuerte pakistanske fly omkring hundre etterretnings- og militærfolk, som hadde vært i landet før invasjonen for å hjelpe Taliban med bekjempelsen av Nordalliansen. Det menes at opp mot fem tusen personer ble evakuert fra regionen i helhet, heriblant Taliban- og Al-Qaida-tropper.
Den 25. november begynte de tilfangetagne talibansoldatene å bli samlet sammen i fortet Qala-i-Jangi nær Mazār-e Sharīf. Noen av fangene angrep vaktene, erobret deres våpen og åpnet ild. Dette startet et større fangeopprør blant 600 fanger, som snart inntok den sørlige delen av fortet. Fortet stammet fra middelalderen, men hadde et våpenlager med håndvåpen, som snart ble erobret av fangene. En amerikansk CIA-offiser, John Michael Spann, som var i gang med å avhøre fanger, ble drept, og var den første drepte amerikaneren i Afghanistan-krigen. Opprøret ble først slått ned etter syv dager med voldsomme kamper mellom fangene og en blanding av britiske spesialstyrker fra Special Boat Service, amerikanske Green Berets og tropper fra Nordalliansen. AC-130-fly og andre luftstøttefly beskjøt ved flere anledninger fortet. Kun 86 av de mange hundre av talibanfangene overlevde, og omkring 50 soldater fra Nordalliansen ble drept. Det har siden vært kritikk av den brutaliteten fangeopprøret ble nedkjempet med. Det knuste fangeopprøret markerte slutten på kamphandlingene i det nordlige Afghanistan, hvor krigsherrer fra Nordalliansen nå satt sikkert på makten.
I slutten av november var talibanbevegelsens sentrum, Kandahar, dens siste større tilfluktssted. Kandahar var under stigende press. Nesten 3 000 stammekrigere, under ledelse av Hamid Karzai, og Kandahars tidligere guvernør Gul Agha Sherzai, la press på Talibans styrker fra øst, og avskar byens forsyningslinjer. Mot nord og nordøst nærmet Nordalliansen seg. I mellomtiden hadde de første amerikanske landtroppene i større antall ankommet Afghanistan. Nesten 1 000 marinesoldater opprettet en fremskutt base i ørkenen sør for Kandahar den 25. november. De første egentlige kamphandlinger med amerikansk innblanding fant sted dagen etter, da 15 pansrede kjøretøyer nærmet seg basen og ble angrepet med helikoptre, som ødela mange av dem. I mellomtiden fortsatte luftangrepene mot Talibans stillinger i selve Kandahar, hvor også Mullah Omar befant seg. Omar, talibantroppenes leder, beordret sine tropper til å kjempe til døden, selv om de nå kun kontrollerte 4 av Afghanistans 30 provinser.
Mens Taliban således var nær ved å miste sitt siste tilfluktssted, økte de amerikanske styrkenes oppmerksomhet på Tora Bora. Lokale militser på omkring 2 000 mann var betalt og organisert av Green Berets og CIA -operatører. De samlet seg til et angrep på hulene, mens de voldsomme bombardementene av Al-Qaidas stillinger fortsatte. 100-200 sivile ble rapportert drept da bomber traff en landsby nær Tora Bora. Den 2. desember ble en gruppe på 20 amerikanske spesialtropper satt inn med helikopter for å støtte operasjonen. Den 5. desember sikret militssoldatene området under hulene, og lagde stridsvognsstillinger der de kunne beskyte fienden. Al-Qaida-troppene trakk seg tilbake til høyere beliggende stillinger og befestet dem til det kommende slaget.
Den 6. desember begynte Omar å sende signaler om at han var klar til å overgi Kandahar til stammekrigerne etter langvarige luftbombardementer. Den amerikanske regjeringen nektet derimot å gi ham og de øvrige lederne amnesti. Den 7. desember slapp Mullah Omar ut av byen med en gruppe lojale folk, og bevegde seg mot nordvest inn i fjellene i provinsen Uruzgan. Andre medlemmer av Talibans ledelse flyktet inn i Pakistan gjennom avsidesliggende fjellpass i provinsene Paktia og Paktika. De fleste av talibantroppene i Kandahar hadde nå flyktet. Grensebyen Spin Boldak overga seg samme dag, og Taliban kontrollerte nå ikke lenger byer i landet. De afghanske stammekrigerne under Gul Agha inntok Kandahar, etter de resterende forsvarere la ned sine våpen.
De amerikanske marinesoldatene inntok lufthavnen uten for byen, og etablerte en amerikansk base der.
Al-Qaida-troppene holdt stadig stand i Tora Bora-fjellene, men stammemilitsene rykket stadig frem gjennom terrenget, støttet av amerikanske luftbombardementer tilkalt av spesialstyrker. Da situasjonen ble vanskelig innvilget Al-Qaida-troppene en våpenhvile, så de kunne overgi seg. Noen mener at dette var et knep som tillot de viktigste Al-Qaida-ledere å flykte fra området. Den 12. desember brøt kampene ut igen. Igjen presset stammefolk og spesialstyrker frem mot hulene og Al-Qaidas bunkere som var spredt i området. Den 17. desember var det siste hulekomplekset inntatt. En ettersøkning i området fortsatte til ut i januar 2002, men det var ingen spor etter bin Laden eller den øvrige Al-Qaida-ledelsen. Det menes at de allerede hadde sluppet unna til Pakistan mot sør og øst. Det anslås at omkring 200 Al-Qaida-soldater ble drept i kampene. Antallet for stammemilitsene kjennes ikke, og det ble ikke rapportert amerikanske tap.
Fra 1. mars til 18. mars 2002, varte operasjonen.
Etter slaget om Tora Bora konsoliderte de amerikanske styrkene og deres afghanske allierte, kontroll over landet. Etter et stort møte (et såkalt «loya jirga») mellom de større afghanske grupperingene og stammeledere, ble det dannet en midlertidig regjering under Hamid Karzai. De amerikanske troppene etablerte deres hovedbase ved Bagram flybasen nord for Kabul. Kandahar lufthavn ble også en viktig base. En rekke fremskutte baser ble etablert i de østlige provinsene, hvorfra man ettersøkte taliban-opprørere og al-Qaidafolk. Antallet av vestlige tropper under amerikansk ledelse økte etterhånden til over 10 000. I desember 2001 ble Forsvarets spesialkommando (FSK) sammen med soldater fra Marinejegerkommandoen (MJK) sendt til Afghanistan i forbindelse med «Operasjon Enduring Freedom». Deres oppgave var å operere sammen med de amerikanske spesialstyrkene, selv om det verken fra norsk eller amerikansk hold har blitt opplyst om hvilke eksakte oppgaver de norske soldatene hadde.
Men Taliban og al-Qaida hadde ikke gitt opp kampen. Al-Qaidas tropper begynte å regruppere seg ved Shahi-Kot-fjellene Paktia-provinsen i januar og februar 2002. En Talibanleder som hadde flyktet til provinsen, Mullah Saifur Rehman, begynte også å gjenopbygge sine militsstyrker. Sammenlagt var de omkring 1 000 i begynnelsen av mars 2002. Deres mål var å bruke regionen som utgangspunkt for geriljaangrep og muligvis en større offensiv etter samme mønster som Mujahedinkrigerne, som hadde bekjempet den sovjetiske okkupasjonsmakten på 1980-tallet.
De amerikanske styrkene og deres allierte afghanske etterretningskilder etter kort tid over denne troppeoppbygningen. Man forberedte et stort angrep for å imøtegå den økende trusselen. Den 2. mars 2002 startet amerikanske, afghanske og andre NATO-allierte, herunder norske, styrker en offensiv mot al-Qaida og Talibans styrker i Shahi-Kot fjellene. Opprørsstyrken, hovedsakelig bevæpnet med automatvåpen, RPG-raketter og bombekastere hadde forskanset seg i huler og bunkere på fjellsidene i høyder som hovedsakelig var over 3 000 meter over havet. Herfra beveget de seg ut og angrep de amerikanske og afghanske styrkene, hvoretter de trakk seg tilbake til hulene og bunkerne som beskyttelse mot de amerikanske bombeflyene. De amerikanske lederne undervurderte først motstanden til å være en isolert gruppe på under 200 opprørere, men det viste seg at de var langt flere, ifølge noen kilder omkring 1 000–5 000 opprørere, og de mottok forsterkninger.
Den 6. mars 2002 hadde åtte amerikanske og syv afghanske soldater blitt drept. Tapene blant koalisjonstyrkene stammet fra en «friendly fire»-episode som drepte en soldat, to helikoptre skutt ned av RPG-raketter og mindre håndvåpen som drepte syv soldater, og en skuddveksling hvor amerikanske styrker ble satt inn i det som senere ble døpt «Objective Ginger» som resulterte i flere titalls ble såret.
Det ble rapportert om at 400 av opprørerne hadde blitt drept kampene. Da operasjonen ble erklært avsluttet den 18. mars hadde også en australsk soldat blitt drept, og det ble anslått at omkring 650 Taliban-opprørere og al-Qaidatropper hadde blitt drept. Hundrevis av opprørere hadde derimot flyktet til stammeområdene i Waziristan over grensen til Pakistan.
Under Operasjon Anaconda og andre operasjoner i 2002 and 2003 var spesialstyrker fra flere vestlige land (hovedsakelig andre NATO-land) også involvert i kamphandlingene. Disse inkluderer Australias Australian Special Air Service Regiment, det canadiske Joint Task Force 2, det tyske KSK, det newzealandske Special Air Service, det danske Jegerkorpset og som allerede nevnt det norske FSK og HJK.
I mars 2002 ble de norske soldatene satt inn i «Operasjon Anaconda» som utviklet seg til et regelrett slag der minst 500 Al-Qaida – og Talibansoldater ble drept . De første norske soldatene inngikk i «Task Force K-Bar», under ledelse av kaptein Robert Harward, som i ettertid selv har fortalt at styrken de første månedene utførte 65 kampoppdrag for å «nøytralisere» Al-Qaida og Taliban . 42 av disse oppdragene var rekognoseringsoppdrag, mens 23 var offensive operasjoner. Harward har også fortalt om bombetokter og angrep og pågripelser av antatte ledere. «Task Force K-Bar» varte fram til 30. mars 2002. Den flernasjonale elitestyrken «K-Bar» tok 107 fiendtlige soldater til fange og drepte 115 .
4 ISAF-soldater fra Canada ble drept av 3 laserstyrt bomber sluppet fra et ISAF-fly (utlånt fra USA), den 18. april 2002 ved Tar nak Farm.
Etter slaget ved Shahi-Kot menes det at al-Qaidakrigerne etablerte mellom vennligsinnede stammer i Pakistan, hvor de kunne gjenoppbygge deres styrker. Senere begynte de å utføre mindre angrep mot amerikanske tropper over grensen til Afghanistan i løpet av sommeren. Geriljagrupper på mellom 5 og 25 menn fortsatte jevnlig med å krysse grensen fra sine skjulesteder i Pakistan for å avfyre raketter mot amerikanske baser og utføre bakholdsangrep mot amerikanske konvoier og patruljer, samt den afghanske hærens tropper, afghanske militsstyrker som samarbeidet med den amerikansk-ledede koalisjonen, og frivillige organisasjoner. Området rundt den amerikanske basen ved Shkin i Paktika-provinsen har sett noe av Talibans tyngste geriljaaktiviteter mot koalisjonsstyrkene.
Samtidig forble Taliban i sine skjulesteder i de rurale områdene i de fire sørlige provinsene som dannet deres territorium; Kandahar, Zabol, Helmand og Oruzgan. I kjølvannet av Operasjon Anaconda ba Pentagon om at de britiske Royal Marines, som er godt opplært i krigføring i fjellandskap, skulle settes inn i Afghanistan. De gjennomførte en rekke oppdrag over flere uker med varierende resultater. Taliban, som i løpet av sommeren 2002 nummererte til flere hundre krigere, unngik å kjempe mot de amerikanske styrkene og deres afghanske allierte så mye som mulig og forsvant i huler og tunneler i de fjerne afghanske fjellkjedene eller over grensen til Pakistan under koalisjonsstyrkenes operasjoner.
Fra april til juli 2002, varte Operasjon Jacana, som ble utført av koalisjonsstyrker. Operasjonen var en oppfølger til Operasjon Anaconda, og var ment å drepe eller fange de resterende Al-Qaida og Talibanopprørerne. ( Operasjonen er oppkalt etter en afrikansk fugleart, Bladhøns, som er «sjenert, tilbaketrukket, lett å overse», ifølge en håndbok. )
Operasjon Jacana inkluderer følgende operasjoner:
Alle disse operasjonene var ment å "rydde" resten av Al-Qaida og Talibanstyrkene ut av området. Operasjon Condor begynte 17. mai 2002 rett etter en patrulje fra det australske SAS ble overfalt. Det australske SAS tilkalte et luftangrep som drepte ti opprørere mens en annen ble skutt av en av australierne. Soldater fra avdelingen 45 Commando i britiske Royal Marines fløy så inn for å ødelegge geriljaen som hadde vist seg.
Grotter og bunkere med våpen, ammunisjon og forsyninger ble funnet og ødelagt. Over 100 bombekastere, hundre panservernvåpen sammen med hundrevis av rakettdrevne granater, antipersonellminer, raketter og artilleriammunisjon og tusenvis av skudd for håndvåpen og luftvern. To britiske marinesoldater konfronterte ni væpnede opprørere som måtte overgi seg.
45 Commando ble valgt til denne operasjonen på grunn av sin ekspertise på krigføring i stor høyde, som de jevnlig trener på i den norske fjellheimen, men til tross for erfaringene derfra ble høydesyke fortsatt et problem for noen av marinesoldatene, som trengte å bli fraktet ut på grunn av dette. Norske spesialstyrker ble også spesifikt bedt av NATO om å operere i disse områdene i høylandet på grunn av sin erfaring i Norge. Ingen av de norske soldatene måtte bli fraktet ut på grunn av høydesyke.
Restene av Taliban forberedte seg på det opprør som Mullah Omar hadde lovet i Talibans siste dager ved makten. I september påbegynte Taliban en rekrutteringskampanje i Pashtun-områdene i både Afghanistan og Pakistan for å starte et fornyet «jihad», eller hellig krig, mot den afghanske regjeringen under Hamid Karzai og den amerikansk-ledete koalisjonen. Flygeblader som oppfordret til jihad ble distribuert i all hemmelighet og begynte å dukke opp i landsbyer i det tidligere Taliban-sentrumet i det sørøstlige Afghanistan. Ifølge afghanske kilder og en rapport fra FN ble små mobile treningsleirer etablert langs grensen til Pakistan av flyktninger fra al-Qaida og Taliban for å trene nye rekrutter i geriljakrigføring. De fleste av de nye rekruttene kom fra «madrassaer», eller koranskoler, i stammeområdene i Pakistan. Større baser, noen av dem med opp til 200 opprørere, ble etablert i de fjellrike områdene i Pakistan sommeren 2003. De pakistanske grensetroppenes vilje til å forhindre infiltreringen ble dratt i tvil, og de pakistanske militæroperasjonene gjorde ikke mye nytte.
Taliban reorganiserte og gjenoppbygget gradvis sine styrker i løpet av vinteren og forberedte seg på en sommeroffensiv. De etablerte nye operasjonsformer, hvor de samlet seg i grupper på omkring 50 mann og angrep isolerte forposter og konvoier. Deretter brøt de opp til mindre grupper på 5-10 mann for å unnvike forfølgelse av koalisjonstroppene. I denne strategien ble de internasjonale styrkene kun angrepet indirekte med RPG-raketter og veisidebomber. For å koordinere denne strategien utpekte Mullah Omar et ti-mann stort råd med ham selv som leder. Det ble opprettet fem operasjonssoner med deres egne ansvarlige ledere, for eksempel Mullah Dadullah som stod for operasjonene i Zabol-provinsen. Al-Qaidas tropper i det østlige Afghanistan hadde en mer aggressiv strategi hvor de gikk målrettet etter de amerikanske troppene og forsøkte å fange dem i bakholdsangrep.
De første tegn på at Talibans styrker regrupperte seg kom den 27. januar 2003 under Operasjon Mongoose, hvor en gruppe alliert med Taliban og Hezb-i-Islami ble oppdaget og angrepet av amerikanske tropper ved hulekomplekset Adi Ghar 24 km nord for Spin Boldak. 18 opprørere ble drept og 12 overga seg. Man mistenkte at stedet ble brukt til å formidle forsyninger og tropper fra Pakistan. De første isolerte angrepene fra relativt store grupper av Taliban-opprørere fant også sted omkring dette tidspunktet. Etter hvert som sommeren skred fram tok angrepene til i styrke og hyppighet. Dusinvis av afghanske soldater, medarbeidere fra NGO'er og humanitære organisasjoner, samt atskillige amerikanske soldater ble drept i Taliban-opprørernes angrep. Ut over geriljaangrepene begynte Taliban å samle tropper i distriktet Dai Chopan i Zabol-provinsen. Distriktet består av høye fjell og dype kløfter, og for Taliban var dette et perfekt sted å kjempe mot de afghanske regeringsstyrkene og koalisjonstroppene. Over sommeren ble det opprettet den kanskje største konsentrasjonen av militante Taliban-opprørere siden Taliban-regimets fall i området, med opp til 1 000 geriljasoldater. Over 220 personer, inklusive adskillige afghanske politifolk, ble drept i august 2003.
Som motsvar begynte koalisjonsstyrkene å forberede offensiver som skulle rydde området for opprørsstyrker. I slutten av august 2005 angrep afghanske tropper støttet av amerikanske landtropper og luftangrep Talibans stillinger i fjellene. Etter en ukes kamp ble Talibantroppene drevet tilbake med tap på omkring 124 mann ifølge afghanske regjeringskilder. Talibans talsmenn benektet dog tallene, og også de amerikanske estimatene er noe lavere.
Fra januar 2006 begynte NATOs International Security Assistance Force (ISAF) å erstatte USAs tropper i det sørlige Afghanistan. Den britiske 16th Air Assault Brigade, som senere ble forsterket med britiske marinesoldater, utgjorde kjernen i denne styrken, sammen med tropper fra Australia, Canada og Nederland. Styrken bestod av omkring 3 300 britiske soldater, 2 300 fra Canada, 1 400 fra Nederland, 290 fra Danmark, 300 fra Australia og 150 fra Estland. Luftstøtte ble levert av USA, Storbritannia, Nederland, Norge og Frankrike. Norge deployerte fire F-16 jagerfly som tjenestegjorde sammen med nederlandske F-16-fly. Denne enheten er kjent som «1st Netherlands-Norwegian European Participating Forces Expeditionary Air Wing» (1 NLD/NOR EEAW).
I januar 2006 var NATOs fokus i Afghanistan å danne såkalte «Provincial Reconstruction Teams» som under militær beskyttelse skulle levere hjelp til gjenoppbygning av området. De britiske styrkene skulle gjøre dette i Helmand-provinsen, mens Nederland og Canada ville lede likende prosjekter i provinsene Orūzgān og Kandahar. Amerikanerne ville med 2200 soldater opprettholde kontrollen over Zabol-provinsen. Lokale Talibanledere var imot disse planene og kalte til motstand.
I 2006 så det sørlige Afghanistan den voldsomste stigningen i vold i landet siden Taliban-styret blev veltet i 2001, da de nyligt ankomne NATO-troppene kjempet imot Taliban-opprørerne. NATO-operasjonene ble ledet af britiske, canadiske og nederlandske ISAF-ledere. Den 17. mai 2006 startet Operasjon Mountain Thrust som skulle bekjempe Talibanstyrkene. Canadierne var en av de ledende stridende og de første til å kjempe imot opprørerne da slaget om Panjwaii begynte. Enkelte steder i det rurale Panjwaii-distriktet fikk de komplekse leire-bygningene kampene til å likne kamper i urbane områder. Daglige skuddvekslinger, artilleribombardementer og allierte flyangrep vendte kampene til canadiernes fordel. Den 3. juli 2006 ble det rapportert at britiske hærledere advarte statsminister Tony Blair om at seier i Afghanistan ennå ikke kunne garanteres og ba om flere forsterkninger. 1 134 Taliban-opprørere ble drept og 387 tatt til fange i operasjonen.
I juli 2006 overtok NATO kommandoen over de internasjonale styrkene i Sør-Afghanistan under den britiske generalen David J. Richards' kommando. Den regionale kommandoen i sør, NATO Regional Command South in Afghanistan, var ledet av den canadiske generalen David Fraser. I november 2006 overtok generalmajor Ton van Loon over NATO Regional Command South in Afghanistan for en seksmåneders periode.
Kampene i Operasjon Medusa ledet veien til det andre og mest barske slaget om Panjwaii der daglig skuddvekslinger, bakholdsangrep og bombekaster/rakett-angrepene ble rettet mot de canadiske troppene. Taliban hadde mobilisert seg til kamp med omkring 1500 til 2000 opprørere. Taliban var motvillige til å gi opp området, og etter å ha blitt omringet av de canadiske styrkene gravde de seg ned og kjempet med en mere konvensjonell taktikk. Etter uker med harde kamper hadde opprørerne blitt nedkjempet i områder i og omkring Panjwaii og dermed kunne det canadiske gjenoppbyggingsarbeidet i området begynne. NATO rapporterte at de hadde drept mer enn 500 mistenkte Taliban-opprørere. Under operasjon Medusa ble canadierne støttet av amerikanske, britiske, nederlandske og danske styrker. Den tyske selvdrevne haubitsen PzH 2000 sin stridsdebut med den nederlandske hæren som artilleristøtte i operasjonen.
Sangin er en by med 30 000 innbyggere i Helmand-provinsen, og ligger i den såkalte «grønne sonen», som er et frodig jordbruksområde kjent for å være sentrumet for Afghanistans opiumsproduksjon og et av Talibans hovedseter. Koalisjonens etterretningskilder mente at området var godt forsvart av Taliban-opprørere, lokale krigsherrer og narkotikahandlere. Etter flere bakholdsangrep mot koalisjonsstyrker ble britiske styrker sendt til Sangin etter press fra Afghanistans president Hamid Karzai.
Et kompani ble sendt til Sangin den 25. juni, og et "distriktssenter" en halv kilometer fra byens sentrum ble basen for omkring 120 britiske soldater. Stillingen ble forsterket med skyttehuller gravd ned omkring stillingen og bygningen forsterket med sandsekker. I starten stødte de ikke på noen opprørere, og innbyggerne i byen var vennlig innstilt overfor de britiske soldatene, men situasjonen forverret seg etter at to soldater fra Special Reconnaissance Regiment ble drept på et rekognoseringsoppdrag ikke langt fra Sangin. Holdningen til britene blant lokalbefolkningen endret seg dramatisk, og basen ble angrepet like etter med lette håndvåpen. Taliban-angrepene økte til fem eller seks om dagen, inkludert ild fra RPG-7-raketter. Alle veiene ut av byen ble avskåret, og distriktssenteret ble dermed beleiret av Taliban. De britiske soldatene var helt avhengig av logistikkhjelp fra helikopter som opererte ut fra Camp Bastion. Disse helikopterleveransene ble noen ganger avbrutt så lenge som fem dager, da rakettild fra Taliban satte helikoptrene i fare. En enhet av Royal Engineers omringet hele helikopterlandingsplassen dobbel mur av Hesco-barrierer til tross for at de kom under ild fra Taliban.
Beleiringen fortsatte, og britene slo tilbake hvert Taliban-angrep som kom, støttet av kamphelikoptre, jagerfly og artilleri. Situasjonen forverret seg da afghanske politimenn begynte å desertere til Talibans side og ga dem informasjon om utformingen av basen. Den 16. juli ble 200 britiske fallskjermjegere landsatt i Sangin med Chinook-helikoptre under Operasjon Mountain Thrust. Sammen med soldatene allerede i Sangin klarte de, støttet av 700 amerikanske, canadiske, afghanske og estiske koalisjonssoldater å bryte beleiringen av distriktsentret, støttet av stridsvogner fra Household Cavalry Regiment og canadiske LAV III. Grunnet den overveldende overmakt trakk de fleste av Taliban-opprørerne tilbake, og konvoien kunne dermed eskorteres til byen. Garnisonen kunne dermed styrke deres forsvar etter ankomsten av en ingeniørenhet.
Men selv om at Talibans tak på byen ble forminsket, fortsatte Taliban sine angrep på de britiske stillingene. Den 20. august ble en 20-talls gruppe av fallskjermjegere angrepet av Taliban i et bakhold. En seksjon ledet av korporal Bryan Budd gikk til motangrep og Budd selv drepte to fiendtlige opprørere, men seksjonen ble tvunget til å trekke under tung ild, hvor to av fallskjermjegerne ble skadet. Det var først senere at kompanisjefen oppdaget at Budd manglet, men det å prøve å redde ham viste seg umulig på grunn av tung ild fra Taliban-opprørerne. Kompanisjefen, major Jamie Loden, organiserte en unnsetningsstyrke bestående av menn fra forskjellige enheter, inkludert elementer av Royal Engineers og to militærpolitimenn som tilfeldigvis var i Sangin. Støttet av to AH-64 Apache-helikoptre klarte britene å reddet Budd en time etter at han hadde blitt skutt, men det var for sent å redde ham og han døde av sine skader. For hans mot under denne aksjonen ble korporal Budd tildelt Victoria Cross, den høyeste utmerkelsen i de britiske væpnede styrker.
Etter 14. september døde kampene hen i Sangin. Den 21. september ble fallskjermjegere erstattet av en enhet fra 42 Commando, Royal Marines. I mars 2007 ble marinesoldatene i sin tur erstattet av C Company Group, 2nd Battalion, Royal Regiment of Fusiliers Til den tid hadde Taliban gjenopptatt sine operasjoner i sektoren, og Royal Fusiliers ble angrepet 79 ganger i løpet av sine første tjue dager i Sangin.
Den 16. september 2006 starter Operasjon Mountain Fury for å bekjempe Taliban-opprørere som langs grensen til Pakistan i de østlige provinsene Paktika, Paktia, Khost, Ghazni, Lowgar og Nurestan. 10th Mountain Division ledet operasjonen med å etablere mange eksterne utposter i områder som tidligere var dominert av Taliban. Disse utpostene og de amerikanske patruljene kom under nesten kontinuerlige angrep som medførte at de amerikanske soldatene ble påført 16 døde og 190 sårede i de to og en halv måned som operasjonen varte.
ISAF-styrkne begynte gjenoppbyggingsarbeidet etter at de største kamphandlingene i Operasjon Medusa hadde opphørt. Men de britiske og canadiske styrkene fortsatte med å støte inn i Taliban-opprørere, som blant annet angrep dem ved Panjwaii og i Kandahar med bakholdsangrep, veisidebomber og selvmordsbombere, som kostet flere canadiske og amerikanske soldater livet. Den canadiske deltakelsen i Operasjon Mountain Fury ble trappet opp da de den 15. desember 2006 igangsatte sin egen operasjon kalt Operasjon Falcon Summit. Styrker fra Canada, Storbritannia, Danmark og Estland forberedte seg på oppretholde presset den tidligere Operasjon Medusa hadde lagt på Taliban, og rydde distrikterne Panjwaii og Zhari for Taliban-styrker. I operasjonen vant de canadiske ISAF-styrkene kontrollen av flere hovedlandsbyer omkring Panjwaii som tidligere ble brukt som tilfluktssteder av Taliban. Et område ved byen Howz-e-Madad, med omkring 400 Taliban-opprørere, ble omringet. I den første uken av operasjonen ble massive canadisk artilleri- og stridsvognsbeskytning benyttet med stor suksess for å nedkjempe kommer med Taliban-opprørere.. Den 2. januar 2007 erklærede lederen af de canadiske tropper at operationen var en suksess og at distriktene hadde blitt sikret. Det ble også rapportert om at en rekke Talibanledere hadde blitt drept, blant andre Mullah Akhtar Mohammad Osmani, lederen for Talibans operasjoner i Sør-Afghanistan, som ble drept i et luftangrep utført av NATO-kampfly den 19. desember.
I 2007 fortsatte koalisjonsstyrkene å gjennemføre en rekke offensive operasjoner i både sør og nord. Hovedfokuset lå fortsatt i sør, hvor ISAF-styrkene fortsatte fokuset på nedkjempe Taliban-opprørerne og overta kontrollen i de sørlige provinsene Helman og Kandahar, og i nord gikk tyske og norske ISAF-styrker for første gang i direkte strid mot Taliban-opprørerne.
I januar og februar gennemførte britiske marinesoldater Operasjon Volcano der skulle rydde landsbyen Barijku nord for vandkraftanlegget ved Kajaki-demningen for Taliban-opprørere. I februar meldte det britiske forsvarsdepartementet at det britiske kontingentet i Afghanistan skulle økes med 1 400 soldater til 7 700.
Fra mars til slutten av mai ble Operasjon Achilles gjennomført. Dette var en større ISAF-operasjon rettet mot nedkjempelsen av Taliban i Helmand-provinsen. Operasjonen begynte 6. mars og offensiven var den største NATO-baserte operasjonen noensinne gjennomført i Afghanistan hittil. NATO-tjenestemenn rapporterte at i motsetning til hva som skjedde i tidligere operasjoner begynte Taliban å unngå direkte konfrontasjon med ISAF-styrkene til fordel for geriljataktikker og veisidebomber. Operasjonen ble ledet av britiske ISAF-styrker og fokuserte på Kajaki-demningen og byene i området. Kajaki-demniner er en stor strømkilde for Afghanistan som i flere år hadde vært ute av drift. En del av operasjonen var Operasjon Volcano og Operasjon Kryptonite hvor området omkring demningen ble ryddet for opprørere, hvoretter reparasjonsarbeidet kunne begynne.
Ytterligere militæroperasjoner, såsom Operasjon Silver og Operasjon Silicon, ble gjennomført for å opprettholde presset på Taliban og i håp om å forebygge den forventede våroffensiv.
Den 4. mars 2007 ble minst 12 sivile drept og 33 skadet av U.S. Marines i Shinwar-distriktet av Nangarhar-provinsen i Afghanistan da de amerikanske soldatene reagerte på en veisidebombe. Episoden er blitt kjent som Shinwar-massakren. De 120 soldatene i marineenheten ansvarlig for episoden ble bedt om å forlate landet fordi hendelsen skadet enhetens omdømme og forhold til den lokale afghanske befolkningen.
Den 12. mai drepte ISAF-styrker Mullah Dadullah, Talibans øverste militære leder og lederen for geriljaaktiviteten i Sør-Afghanistan, og elleve andre Taliban-opprørere i en skuddveksling i Helmand-provinsen.
I slutten av oktober 2007 igangsatte ISAFs Regional Command North sammen med den afghanske hæren og afghanske sikkerhetsstyrker sin første større operasjon mot fiendtlige Taliban-opprørere i Nord-Afghanistan. Det var sammensatt av omkring 2000 koalisjonssoldater fra Afghanistan, Norge, Tyskland, Italia, Spania og Ungarn, og formålet var å fjerne Taliban-opprørernes tilstedeværelse i flere steder i Ghowrmach-distriktet, Faryab-provinsen, Faizabad, Badakhshan-provinsen, hvorfra de hadde operert og forårsaket en rekke ANA og koalisjon tap siden sommeren 2007. Offensiven kom som et respons mot trusler fra ledende Taliban-ledere om å utvide opprøret til det relativt fredelige Nord-Afghanistan.
Dette var første gang den norske QRF-styrken i Meymaneh deltok i større kamphandlinger, og sammen med håndvåpen, Barret M82A1 materiellødeleggelsesrifler, bombekastere og CV9030N (som hadde sin stridsdebut her) brukt for å bekjempe opprørerne på lang avstand. Mens koalisjonsstyrkene ikke led noen tap selv påførte de Taliban store tap, hvorav mellom 59-79 opprørere ble drept.
Den 8. november ble den norske soldaten Kristoffer Sørli Jørgensen (22) tilknyttet Opplandske heimvernsdistrikt drept og en annen hardt skadet etter at deres upansrede Toyota Landcruiser kjørte på en veisidebombe nær basen til den norske stabiliseringsstyrken i Meymaneh.
Krigføringen i Afghanistan har hatt lavere prioritet for den amerikanske regjeringen enn krigen i Irak. Admiral Mike Mullen, formannen for den Den militære sjefsnemnda, sa at selv om situasjonen i Afghanistan er prekær og haster», de 10 000 ekstra troppene nødvendig for krigføringen i Afghanistan ville være utilgjengelig «på en betydelig måte» med mindre at tilbaketrekking av styrker fra Irak ble gjort. Men Admiral Mullen uttalte også at «mine prioriteringer... gitt til meg av øverstkommanderende [Bush] er: Fokuser på Irak først. Det har vært sånn i noen tid. Deretter fokusér på Afghanistan.»
I løpet av de første 5 månedene i 2008 ble antallet av amerikanske tropper i Afghanistan økt med over 80 % med en troppeøkning på 2 643 flere soldater, og det totale antallet av amerikanske tropper i Afghanistan økte dermed fra 26 607 i januar til 48 250 i juni. I september 2008 kunngjorde USAs president George W. Bush kunngjorde en tilbaketrekning av over 8 000 soldater fra Irak i de kommende månedene og en ytterligere økning på opptil 4 500 amerikanske tropper i Afghanistan.
I mai utførte ISAF-styrker og afghanske regjeringssoldater, Operasjon Karez i Badghis-provinsen i det nordlige Afghanistan. Dette var andre gang på et halvt år at norske og tyske ISAF-styrker hadde deltatt i en offensiv i Badghis-provinsen. Målet var å eliminere nærværet av Taliban-opprørerne som hadde omgruppert seg i området i kjølvannet av Operasjon Harekate Yolo i oktober og november 2007. Den 23. mai endte den ISAF-ledede operasjoner med ingen dødsfall blant ISAF-soldater eller de afghanske sikkerhetsstyrkene. Det oppgitte tapstallet blant Talibanopprørere varierer, men ble anslått mellom 13 og 15 drepte. De norske soldatene og offiserene i Telemark Bataljon fikk svært god respons fra NATO for vellykket bruk av NATO-taktikk i kamp, som fokuserer på en bevisst strategi om å unngå tap og å bruke tunge våpen over lang avstand. I stridighetene brukte de norske styrkene flybomber, CV9030N stormpanservogner og bombekastere.
Den 29. april angrep 2300 amerikanske marinesoldater fra 24th Marine Expeditionary Unit byen Garmsir i Helmand-provinsen, et tilfluktssted brukt av Taliban. Angrepet startet tidlig om morgenen støttet av jagerfly og artilleristøtte, hvoretter soldatene rykket inn i byen med transporthelikoptre og Humvee mannskapsvogner. Operasjonen økte ISAFs tilstedeværelse i et område littered med valmue felt brukt til narkotikaproduksjonen og som er klassifisert som Taliban-kontrollert territorium. I juni 2008 kunngjorde Storbritannias statsminister Gordon Brown at den britiske ISAF-kontingenten i Afghanistan ville til 8030 med ytterligere 230 soldater. Senere samme måned ble den 100. britiske soldaten drept i kamp siden 2001.
Den 13. juni demonstrerte Taliban sin stadig økende styrke da de befridde alle fangene i Sarposa-fengslet i Kandahar. Den godt planlagte operasjonen befridde over 1200 fanger, hvorav 400 av dem var krigsfanger fra Taliban, hvilket var en stor ydmykelse for NATO i en av sine operasjonsområder i landet.
Den 13. juli angrep omkring 200 Taliban-opprørere en NATO-base ved Wanat i Waygal-distriktet, i den østlige provinsen Nuristan. NATO-stillingen ble forsvart av amerikanske soldater fra 2nd platoon, Chosen Company, 2nd Battalion, 503rd Infantry Regiment (Airborne), 173rd Airborne Brigade Combat Team, samt 6 soldater fra Charlie Company 62 Engineer Battalion, 36 Engineer Brigade. Ni amerikanske soldater ble drept og 27 såret i trefningen, mens fire afghanske soldater ble såret. 40 militante ble drept og mellom 20 og 40 såret.
Den 19. august led de franske ISAF-styrkene sitt verste tapene i Afghanistan, da 10 franske NATO-soldater ble drept av Taliban-opprørere i et bakholdsangrep i Surobi-distriktet, 50 kilometer øst for Kabul. Ytterligere 20 franske soldater ble såret i sammenstøtene, mens 13 opprørere, inkludert en pakistansk statsborger, ble drept.
Senere samme måned, den 22. august, ble 90 sivile drept og rekke bygninger i landsbyen truffet eller ødelagt i et luftangrep mot byen Azizabad i Herat-provinsen i Afghanistan. Luftangrepet ble utført av koalisjonsstyrkene, og målet var Taliban-kommandanten Mullah Siddiq. Angrepet førte til store protester både i Afghanistan og internasjonalt, og FNs spesialutsending Kai Eide uttalte at «sivile ofre er uakseptabelt». Amerikanske myndigheter hevdet først at kun et fåtals sivile hadde blitt drept, men uttrykte senere sine unnskyldninger etter at ytterligere beviser kom frem i dagene etter angrepet.
Den 27. august ble en av de største militæroperasjoner utført av ISAF-tropper i Helmand-provinsen, Operasjon Eagle's Summit, igangsatt. En konvoi på 100 kjøretøyer skulle transportere en 220-tonns vannturbin til Kajaki-demningen i Helmand-provinsen gjennom 180 km med Taliban-kontrollert område, med målet om å bringe elektrisitet til folket i regionen. Operasjonen involverte 2 000 britiske soldater, 1 000 andre NATO-tropper fra Australia, Canada, Danmark og USA og 1 000 afghanske soldater. Canadierne dekket den første etappen og britene tok over på et møtested i ørkenen, med 50 pansrede kjøretøyer av typen BvS 10 Viking for å ledsage konvoien. Hundrevis av spesialstyrker tropper gikk inn først og renset området for opprørere. Selv om det er vanskelig å kontrollere anslo britiske offiserer at mer enn 200 opprørere ble drept uten tap eller skader blant NATO-soldater. Britiske, nederlandske, franske og amerikanske fly, helikoptre og ubemannede droner fortsatte rekognoseringsturene over området og bidro med ildstøtte.
Operasjonen varte til den 3. september, og var en suksess for ISAF. Operasjonen ble ansett av NATO som en betydelig seier, som skulle bidra til å vinne "hjerter og sinn" blant det afghanske folket. Brigadegeneral Carleton-Smith, sjef for Task Force Helmand, beskrev den som «slutten på begynnelsen» av kampene i Helmand, men britiske ingeniører beregner at installering av turbinen og utbyggingen av et egnet strømdistribusjonsnettverk vil ta ytterligere to år.
Den 3. september spredte krigen seg til pakistansk territorium for første gang da tungt bevæpnede kommandosoldater, som antas å være amerikanske spesialstyrker, landet med helikopter og angrep tre hus i en landsby nær et kjent tilfluktssted til Taliban og al-Qaida. Mellom sju og tjue personer ble drept i angrepe. Ifølge lokale innbyggere var de fleste av de døde sivile. Pakistan fordømte angrepet. og utenriksdepartementet i Islamabad kalte operasjonen «en grov krenkelse av Pakistans territorium». Den 6. september kunngjorde den føderale regjeringen at forsyningslinjer til koalisjonsstyrkene stasjonert i Afghanistan gjennom Pakistan skulle frakobles på ubestemt tid, hvilket ble ansett som en reaksjon på de grenseoverskridende angrepet 3 dager tidligere.
11. september ble to amerikanske soldater drept av Talibanopprørere i den østlige delen av landet. Dette brakte det totale amerikanske tapstallet til 113, noe som gjør 2008 til det dødeligste året for amerikanske tropper i Afghanistan siden starten av krigen. Året var også det dødeligste for flere europeiske land i Afghanistan, blant andre Danmark.
Det første terrorangrepet i Afghanistan i 2008 skjedde 14. januar 2008, da terrorister med tilknytning til Taliban gikk til angrep med granater og skytevåpen på Kabul Serena Hotel. Kabul Serena Hotel er et femstjerners hotell i Kabul som siden nyåpningen i 2005 har vært mye brukt av internasjonale pressefolk og politikere. Hotellet har et eget rom som ofte har vært benyttet av utlendinger til møter, middager og diverse selskaper. En norsk delegasjon, under utenriksminister Jonas Gahr Støre, var på hotellet under angrepet, og umiddelbart etter angrepet ble det spekulert om det var utenriksministeren som var målet for angrepet, men dette ble senere motbevist. I alt ble syv drept, blant dem Dagbladet-journalisten Carsten Thomassen, og flere skadd i angrepet, deriblant en UD-ansatt.
27. april unnslapp president Hamid Karzai et attentatsforsøk på ham, da han under den offisielle markering av 16-årsdagen for kommuniststyrets fall i Afghanistan ble beskutt av Talibanopprørere med automatvåpen under en militærparade. Karzai ble umiddelbart omringet av livvakter, og brakt i sikkerhet. Det oppsto etter hvert rene skuddvekslinger mellom angriperne og afghanske soldater som var på arrangementet. I alt ble tre drept og over ti såret.
I januar 2009 kom Taliban ut med en ekstremt overdrevet påstand om at de hadde drept 5 220 utenlandske tropper, skutt ned 31 fly, ødelagt 2 818 NATO og afghanske militærkjøretøyer og drept 7 552 afghanske soldater og politi i 2008. The Associated Press anslår at totalt 286 utenlandsk militært personell faktisk ble drept i Afghanistan i 2008.
Blant koalisjonsmedlemmene som led hardest i 2008 var Danmark, som mistet 12 soldater i 2008 alene, av i alt 22 drepte siden den danske innsatsen begynte i Afghanistan i 2002. Tross de relativt få tapene er Danmark det NATO-landet som per millioner innbyggere har hatt de største tapene i ISAF.
Ved Torkham på den afghanske siden av Khyber-passet, har «Khyber Border Coordination Center» som koordinerer aktivitetene mellom USA, Pakistan og Afghanistan, vært i drift i ni måneder. Men amerikanske tjenestemenn ved Khyber Center sier at språkbarrierer, grensetvister mellom pakistanske og afghanske feltoffiserer, og lang mistillit blant de tre hærene har hindret fremgang.
I januar 2009 ankom omkring 3000 amerikanske soldater fra 3rd Brigade Combat Team av 10th Mountain Division til provinsene Lowgar og Vardak. Disse troppene var den første bølgen av en forventet troppeøkning opprinnelig beordret av George W. Bush, og som ble økt etter at Barack Obama tiltrådte presidentembetet 20. januar 2009.
17. februar opplyste Obama-regjeringen at 17 000 soldater skulle sendes til Afghanistan i løpet av våren. Obama uttalte at «For å stabilisere situasjonen har jeg etterkommet et ønske fra forsvarsminister Robert Gates om å sende to brigader til Afghanistan». Troppeøkningen ville bestå av to brigader; 2nd Marine Expeditionary Brigade med 8000 mann og 5th Brigade, 2nd Infantry Division, en såkalt Stryker Brigade, med 4000 mann. De resterende 5000 soldatene består av logistikkpersonell, militærpoliti og liknende.
Den amerikanske øverstkommanderende i Afghanistan, General David D. McKiernan, har anmodet om ytterligere 30 000 amerikanske tropper, hvilket vil doble antallet av 30 000 amerikanske tropper som tjenestegjør i landet.
Mandag 4. mai brøt det ut kamper mellom koalisjonsstyrker og Taliban-opprørere fra Afghanistan, Pakistan og Iran da opprørerne angrep politistasjoner i Shiwan og Gunj Abad i Bala Baluk-distriktet i Farah-provinsen vest i Afghanistan. Tre sivile ble drept av Taliban for å ha arbeidet for utenlandske styrker, hvoretter afghanske sikkerhetsstyrker og koalisjonstropper tok opp kampen mot opprørerne. Ifølge politisjef Abdul Ghafar ble 25 militante og tre politifolk ble drept i kampene nær landsbyen Ganjabad, som ligger blant jorder med opiumsvalmuer og hvete.
Taliban-opprørerne søkte deretter tilflukt i Ganjabad, hvor de ifølge provinsguvernør Ruh-ul-Amin gjemte seg i boligområder og skjøt på de afghanske sikkerhetsstyrkene. De afghanske styrkene ba NATO om støtte fra luften, hvoretter amerikanske bombefly droppet omkring 13 bomber mot mål i landsbyen, inkludert 500-punds og 1000-punds bomber. Åtte bygninger i landsbyen ble ødelagt i bombeangrepet. Kort tid etter angrepet meldte både afghanske kilder og Røde Kors at flere titalls sivile hadde blitt drept i angrepet.
I løpet av de neste dagene økte det anslåtte antallet sivile ofre i angrepet. Opprinnelig oppga afghanske talsmenn i området det anslåtte antallet sivile ofre etter kampene til å være mellom 30 og 70. Innbyggerne i de to landsbyene har utarbeidet en liste med navnene på 147 sivile som ble drept. For å bevise det store antall drepte kjørte landsbyboerne alle likene på lastebiler, til rådhuset i provinshovedstaden. En talsmann for det afghanske politiet, Abdul Rauf Ahm, uttalte at «25 til 30 av de drepte er Taliban-opprørere, inkludert opprørere fra Tsjetsjenia og Pakistan, og resten er sivile, deriblant barn, kvinner og eldre.» Dersom de afghanske tallene skulle stemme, er dette det største enkelttap av sivile liv siden den amerikanske invasjonen i 2001.
Luftangrepet har blitt kraftig kritisert av både afghanske myndigheter og av FN. Under sitt besøk i Washington D.C. uttalte Afghanistans president Hamid Karzai at «luftangrepene er ikke akseptable» og at «terrorisme finnes ikke i afghanske landsbyer og ikke i afghanske hjem. Og man kan ikke beseire terroristene gjennom luftangrep. Vi kan ikke på noen måte rettferdiggjøre, uansett hvor stort antallet av Taliban-opprørere er, uansett antallet av betydningsfulle terrorister, utilsiktet eller på annet vis tap av sivile». FNs spesialutsending til Afghanistan Kai Eide uttrykte sin bekymring for rapportene om sivile tap og kampene i Farah-provinsen, og at FN ville gjøre alt for å hjelpe med å få klarhet i situasjonen.
Ifølge landsbyboere forsøkte de afghanske tjenestemennene å redde sivile ved å samle dem i landsbyen Gerani, der de skulle være på trygg avstand fra kamphandlingene, hvoretter kampflyene angrep bygningene de evakuerte befant seg i.
Afghanistans president Hamid Karzai beskrev de sivile tapene som uakseptable, og krevde øyeblikkelig stans i luftangrepene. Til CNN uttalte han at «det er ikke terrorisme i afghanske landsbyer og afghanske hjem, og du kan ikke bekjempe terrorister med luftangrep». Den uavhengige afghanske menneskerettskommisjonen (AIHRC) bekreftet at det var 97 sivile blant de drepte i angrepet, blant dem minst 86 kvinner og barn. Deretter bestred det amerikanske militæret først tapstallet som de afghanske myndighetene hadde oppgitt.
Derimot ville det amerikanske militæret ta ansvaret for de sivile tapstallene, og presiserte søndag at de ikke ville endre strategi. Sikkerhetsrådgiveren i Det hvite hus, James Jones, uttalte at «Vi vil ikke slutte med flyangrep slik Hamid Karzai krever. Jeg tror han forstår at vi må ha hele vår offensive styrke tilgjengelig når vi har behov for det. Vi kan ikke kjempe med en hånd bundet på ryggen». En talsmann for det amerikanske militæret, oberst Greg Julian, uttalte først at det ikke var noen fysiske bevis som kunne underbygge påstanden om at 147 sivile hadde blitt drept, og at opprørerne har skylden for antallet drepte, siden de tvang innbyggerne til å bli hjemme mens kampene foregikk. Det amerikanske militæret fortsatte også å bestride antallet sivile ofre som ble oppgitt, og en annen militær talsmann uttalte at noen av navnene kunne være falske.
Men senere bekreftet det amerikanske militæret og den afghanske regjeringen at uskyldige mennesker ble drept i flyangrepet mot Bala Baluk. I uttalelsen sto det blant annet at «Våre felles undersøkelser bekrefter at et utall sivile mistet livet. Det er umulig å si noe sikkert om hvor mange av de drepte som er talibankrigere og hvor mange som er sivile ettersom alle sammen ble begravet». USAs utenriksminister Hillary Clinton beklaget hendelsen på det sterkeste, i et møte mellom Obama, Karzai og Zardari den 6. mai beklaget også Obama hendelsen.
Da de internasjonale styrkene møtte økt motstand til deres tilstedeværelse blant den afghanske sivilbekoflkningen, grunnet flyangrep med sivile tap som følge, la Obama-regjeringen ytterligere fokus på å redusere sivile tap. Den 22. juni uttalte admiral Gregory Smith, talsmann for øverstkommanderende for ISAF og de amerikanske styrkene i Afghanistan, general Stanley A. McChrystal, at McChrystal ville utstede et klassifisert direktiv som skal begrense bruken av amerikanske flyangrep mot områder der sivile tap kan være en risiko. Restriksjonene ville bli særlig strenge i områder der sivile kunne befinne seg, som i bygninger der antatte opprørere skjuler seg.
McChrystal uttalte at «Flyangrepene kan ødelegge for oss dersom vi ikke bruker dem på en ansvarlig måte», og fortsatte at «Dersom det bare er snakk om å nedkjempe fienden, kommer vi ikke til å bruke flyangrep, selv om dette innebærer at vi må trekke oss ut av kampen og heller ta den opp igjen på et senere tidspunkt».
Direktivet omfattet troppenes rett til å kunne forsvare seg når de er under ild, men at de må vurdere muligheten for tap ved skyting i et område der det kan være sivile. De nye retningslinjene til offiserene innebar at i en situasjon hvor du blir beskutt av fienden i en potensielt befolket bygning og det er et alternativ for soldatene å trekke seg tilbake, anser man det som det første alternativet. Ikke returner ilden hvor du har ukjente konsekvenser mot uskyldige sivile som kan være inne i bygningen.
Midnatt den 19. juni 2009 ble operasjon Panchai Palang (på engelsk: Operation Panther's Claw) igangsatt, med målet om å sikre kontroll over ulike kanaler og elvekryssinger og etablere en varig ISAF tilstedeværelse i et område som beskrevet av oberstløytnant Richardson som "en av Talibans største befestninger" i forkant av det afghanske presidentvalget.
I hva det britiske forsvarsdepartementet beskrev som «en av de største luftoperasjonene i moderne tid», ble mer enn 350 soldater fra The Black Watch og 3rd Battalion, Royal Regiment of Scotland (3 SCOTS) transportert av tolv Chinook helikoptre, deployert i Bābājī Faşal, nordvest for provinshovedstaden Lashkar Gah i Helmand-provinsen. Operasjonen, som involverte tretten andre fly, inkludert Apache og UH-60 Black Hawk helikoptre, Harriers, ubemannede droner, og et AC-130H Spectre gunship – involverte både britiske og amerikanske luftstyrker, og ble støttet av mer enn 150 bakkestyrker fra Black Watch og Royal Engineers. Taliban-opprørere i området startet flere motangrep mot britiske styrker, som alle ble nedkjempet, og den 23. juni hadde 3 SCOTS sikret tre viktige krysninger – Lui Mandey Wadi-krysningen, Nahr e-Burgha-kanalen og Shamalan-kanalen.
I den tredje fasen av operasjon Panther's Claw ihverksatte 700 britiske soldater fra Light Dragoons og 2nd Battalion, Mercian Regiment (Worcesters and Foresters), støttet av Danish Battle Group («Den Danske Kampgruppe») og den afghanske hæren, en bakkeoffensiv mot de Taliban-kontrollerte områdene nord for Lashkar Gah. Ihverksettelsen av offensiven ble synkronisert med Operasjon Strike of the Sword, hvor amerikanske marinesoldater hadde til oppgave å rykke inn i de Taliban-kontrollerte områdene langs Helmand-elvedalen. Den 3. juli rapporterte BBC at britiske tropper hadde tatt noen viktige byer, men at deres fremgang ble hindret av utilstrekkelige ressurser. Den 4. juli hadde britiske styrker kun møtt lite motstand i motsetning til amerikanske og afghanske styrker i Operasjon Khanjar, som hadde møtt hard motstand fra Taliban. Per 5. juli ble det rapportert at rundt 3000 tropper fra Storbritannia, Danmark, Estland og afghanske regjeringsstyrker (Task Force Helmand) deltok i Panther's Claw, og det britiske forsvarsdepartementer rapportere om nærkamper mellom Taliban og ISAF-styrker.
Etter at den første fasen av operasjonen ble erklært en suksess den 27. juli 2009, startet britiske styrker den andre fasen av operasjonen, som vil fokusere på å sikre og holde området ryddet for Taliban-opprørere.
Den 25. juni 2009 kunngjorde amerikanske tjenestemenn lanseringen av Operasjon Khanjar (på engelsk Operation Strike of the Sword; «sverdstøt»). Målet med operasjonen var å rykke inn i de Taliban-kontrollerte områdene langs Helmand-elvedalen med marinesoldater og sikre disse, med hovedmålet om å sørge for sikkerheten for den afghanske sivilbefolkningen mot Taliban og å sørge for sikkerheten forut for presidentvalget 20. august 2009, og sikre velgere som på det tidspunkt ikke hadde muligheten skulle kunne registrere seg som stemmegivere.
Operasjonen representerte et skifte i Afghanistan-strategien etter år med mislykket amerikansk-ledet arbeid med å ødelegge Talibans skjulesteder i Afghanistan og utvide den afghanske regjeringens myndighet i landets sørlige og østlige regioner. Operasjon Khanjar var den første større operasjonen i president Barack Obamas nye krigstrategi for Afghanistan. Operasjonen er så langt årets største fremstøt siden Pentagon deployerte flere tropper i konfliktområdet. Amerikanske tjenestemenn kalte operasjonen den største luftbro-offensiven siden Vietnamkrigen. Amerikanske marineoffiserer har uttalt at operasjonen, som krevde måneders planlegging, er US Marines største operasjon siden slaget om Fallujah i Irak i 2004.
Den 2. juli 2009 rykket omkring 4000 marinesoldater fra 2nd Marine Expeditionary Brigade og 650 afghanske soldater inn i tre strategisk viktige byer langs en 120 km lang strekning av Helmand-elvedalen sør for Lashkar Gah. Minst to marineinfanteribataljoner og en LAR-bataljon (Marine Light Armored Reconnaissance) ledet an i operasjon. I nord rykket 2nd Battalion, 8th Marines inn i Garmsir-distriktet. I det sentrale Helmand rykket 1st Battalion, 5th Marines inn i Nawa-I-Barakzayi sør for Lashkar Gah, mens 2nd Light Armored Reconnaissance Battalion rykket inn i Khanashin i Khan Neshin-distriktet. Den 12. august møtte amerikanske marinesoldater hard motstand ved byen Dahaneh, og først den 15. klarte de å sikre byen for Taliban-opprørere. Amerikanske og afghanske styrker møtte relativt hard motstand i forhold til britene, og ved avslutningen av operasjonen den 20. august hadde amerikanerne mistet 20 soldater, mens de afghanske regjeringsstyrkene hadde mistet to. Talibans tap ble antatt å ligge mellom 49 og 62 drepte.
Den 13. februar 2010 startet Operasjon Moshtarak i Helmand-provinsen.
Høsten 2014 begynte den NATO-ledede operasjonen Resolute Support Mission (RS) å gi støtte til afghanske myndigheter i form av opplæring og rådgivning. Fra 1. januar 2015 erstattet Resolute Support Mission den NATO-ledede internasjonale militære styrken International Security Assistance Force (ISAF).
The Washington Post rapporterte i 2019 at amerikanske myndigheter hadde konkludert med at krigen ikke kunne vinnes, mens de utad ga inntrykk av militær fremgang. Rapporten er basert på innsyn i statlige dokumenter. Krigen i Afghanistan er den lengste i USAs historie.
Den 29. februar 2020 hadde USA under president Trump forhandlet frem en avtale med Taliban om en tilbaketrekking av de amerikanske og øvrige Nato-styrker i løpet av 14 måneder.
I april 2021 varslet USAs president Joe Biden at USA vil trekke tilbake den resterende amerikanske styrken på 2500 personer fra Afghanistan innen 11. september 2021 – tjueårsdagen for terrorangrepene i USA i 2001. I juli 2021 informerte Biden om at datoen var endret til 31. august 2021.
I en lynkrig fra 6. til 15. august 2021 overtok Taliban kontrollen over alle provinshovedstedene og til sist Kabul, med unntak av flyplassen.. Taliban inntok presidentpalasset i Kabul 15. august 2021 og erklærte at krigen var over. Det samme gjorde president Ashraf Ghani etter at han flyktet fra landet.
Norge trakk sine siste styrker ut av Afghanistan 30. august 2021. Det var personell som hadde drevet et feltsykehus ved flyplassen i Kabul. De siste amerikanske styrkene forlot Kabul natt til 31. august 2021. Deretter overtok Taliban kontroll over flyplassen.
Som svar på den økte risikoen for å sende forsyninger gjennom Pakistan gikk amerikanerne i gang med å etablere et nordlig distribusjonsnett (NDN) gjennom Russland og flere sentralasiatiske republikker. Den 20. januar 2009 uttalte amerikanske forsvarskilder at de hadde fått tillatelse til å flytte troppeforsyninger gjennom Russland og Sentral-Asia til de amerikanske styrkene i Afghanistan, etter besøk av sjefen for CENTCOM, general David Petraeus, i regionen.
Men den 3. februar 2009 offentliggjorde Kirgisistans president Kurmanbek Bakijev sin beslutning om å lukke Manas U.S. Air Base — en beslutning som ifølge The New York Times ville hemme USAs innsats i Afghanistan alvorlig.
Med til tross for at amerikanske styrker ble kastet ut fra Manas Air Base i Kirgisistan forble allerede eksisterende transittavtaler mellom USA og Kirgisistan, samt andre sentralasiatiske republikker, i kraft. Samtidig gikk amerikanerne i gang med å anskaffe nye forsyningslinjer til styrkene i Afghanistan. Den 25. februar aksepterte Usbekistans president Islom Karimov å tillate USA å transportere ikke-militære forsyninger gjennom Usbekistan til de amerikanske soldatene i Afghanistan. Karimov uttalte at «Usbekistan har akseptert å tillate ikke-militære, og jeg understreker ikke-militære, forsyninger gjennom usbekisk territorium til Afghanistan i henhold til eksisterende usbekisk lovgivning».
Den første forsendelsen langs NDN-ruten forlot den 20. februar fra Riga i Latvia, og deretter reiste 5169 km til den usbekiske byen Termez på den usbekisk-afghanske grensen. Amerikanske hærsjefer har uttalt at de håper at 100 containere om dagen vil bli fraktet langs NDN. Til sammenligning blir 140 containere i døgnet sendt gjennom Khyber-passet.
Den 11. mai 2009 kunngjorde Usbekistans president Islom Karimov at flyplassen i Navoi i Usbekistan ble brukt til transport av ikke-militære forsyninger til Afghanistan. På grunn av det fortsatt uavklarte forholdet mellom Usbekistan og USA etter massakren i Andijon i 2005 og påfølgende utvisning av amerikanske styrker fra flybasen i Karshi-Khanabad, var amerikanske styrker ikke involvert i transporten av forsyningene. I stedet var Sør-Koreas Korean Air, som var involvert i renoveringen av flyplassen i Navoi, offisielt ansvarlig for håndteringen av logistikken på flyplassen.
The International Security Assistance Force (ISAF) er en internasjonal stabiliserings- og sikkerhetsstyrke autorisert av FNs sikkerhetsråd 20. desember 2001 med resolusjon 1386. Styrken ble til å begynne med utstasjonert omkring Kabul. I 2005 ble styrkens ansvarsområde utvidet til den vestlige del av landet. I oktober 2003 ble styrkens mandat utvidet, så den kunne overta ansvaret for den nordlige del av landet. Den 31. juli 2006 overtok ISAF kommandoen over den sørlige del av landet, og 5. oktober 2006 ble også den østlige del av Afghanistan lagt under ISAF. Dermed har ISAF nå ansvaret for den utenlandske tilstedeværelsen i hele Afghanistan.
Den 13. februar 2009 bestod styrken av 56 420 soldater fra 41 nasjoner. Alle NATO-medlemmer har bidratt med tropper til ISAF, og andre land utenfor NATO har også levert bidrag. ISAFs målsetning er å bringe fred og stabilitet til landet, samt støtte til rekonstruksjon og utvikling av lokalsamfunnet.
ISAF er støttet av 76 000 soldater fra den afghanske hæren samt 30 200 afghanske politimenn, som er beskrevet av det britiske forsvarsdepartement som "fullt utstyrt og utdannet". Andre kilder sier derimot at især politimennene i Afghanistan er dårlig trent og utstyrt.
Total oversikt over troppebidrag fra 13. februar 2009:
ISAF total – 56,420.
Norges bidrag per 27. august 2008 er 588 soldater, en rekke helikoptre og spesialstyrker i ISAF. Hoveddelen av de norske styrkene er i Nidaros-leiren i byen Mazār-e Sharīf og i Meymaneh-leiren i Faryab-provinsen. Stabiliseringsstyrken har sammenlagt tre hundre soldater fra Norge. De fordeler seg på Telemark bataljons Task Unit, mobile operasjonslag, helikopterenhet samt andre støttefunksjoner. I Mazar-e Sharif befinner det seg cirka 110 soldater som støtte for den norske staben ved regionkommando nord. Dessuten er det personell ved den militære flyplassen i Kabul samt 150 spesialstyrker. De opererer med hovedstaden som base.
6. juni 2016 la det regjeringsoppnevnte Afghanistan-utvalget frem sin rapport. Utvalget, ledet av tidligere forsvarsminister og utenriksminister Bjørn Tore Godal, slo fast at betydningen av Norges innsats hadde vært minimal. Det eneste som kunne sies å ha blitt oppnådd fra norsk side var å fremstå som en god alliert av USA. Ifølge summer fra Norad og Afghanistan-utvalget brukte Norge minst 23,8 milliarder kroner i sivil og militær bistand til Afghanistan.
3609 utenlandske militære ble drept i krigen i Afghanistan.
Pr. 7. juli 2010 hadde koalisjonsstyrkene i Afghanistan mistet 1908 mann som følge av deres deltagelse i koalisjonens to operasjoner i landet (Operasjon Enduring Freedom og International Security Assistance Force) siden den amerikansk-ledete invasjonen i 2001. Det totale tapstallet inkluderer amerikanske tap «i og omkring Afghanistan» som, ifølge USAs forsvarsdepartements definisjon, inkluderer noen dødsfall i Pakistan og Usbekistan samt 4 CIA-agenter; og det italienske tapstallet inkluderer dødsfallet til en etterretningsoffiser. I tillegg til disse tapstallene døde 62 spanske soldater da deres transportfly krasjet i Tyrkia 26. mai 2003 på vei hjem til Spania etter å ha tjenestegjort i Afghanistan. Den 23. september 2007 ble to italienske militæretterretningspersonell kidnappet i Herat-provinsen, sammen med deres tolk og sjåfør. Soldatene ble reddet dagen etter av italienske og britiske tropper i Farah-provinsen, men begge kidnapperne ble såret under raidet, en av dem dødelig. Den hardt sårede soldaten døde av sine sår 4. oktober 2007.
I de første fem årene av krigen var de aller fleste av koalisjonens dødsfall amerikanske, men i 2006, 2007 og 2008 har en betydelig andel av dødsfallene vært blant andre land, særlig Storbritannia, Canada og Danmark, som har fått ansvaret eller tjenestegjør aktivt i provinsene Helmand og Kandahar, hvor noen av de hardeste kampene mellom koalisjonsstyrkene og Taliban foregår. Dette skyldes det faktum at ISAF i 2006 utvidet sitt myndighetsområde til de sørlige delene av Afghanistan som tidligere var under direkte myndighet av USAs forsvar.
Med 294 døde soldater i både OEF og ISAF i 2008, var det siste året det dødeligste for utenlandske militære styrker siden den amerikanske invasjonen i 2001, hvilket fortsetter trenden som har økt hvert år siden 2003.
Ti norske soldater ble drept i Afghanistan i perioden 2004–2011. Norske spesialstyrker reiste til landet for første gang i 2001, og regulære norske hærstyrker reiste til landet for første gang i 2004. Norges største tap kom søndag 27. juni 2010 da et pansret kjøretøy ble rammet av en veibombe ved landsbyen Almar i Afghanistan, og fire norske soldater mistet livet.
8 ISAF-soldater (fra Norge) tilhørende stabiliseringsstyrken i Meymaneh, ble skadet 2. mai 2010.
Det finnes ingen offisielle tall på sivile dødsfall forårsaket av invasjonen. The UN Assistance Mission in Afghanistan (UNAMA) rapporterte at 2118 afghanske sivile ble drept som følge av den væpnede konflikten i 2008 (det høyeste årlige antallet, siden slutten av den opprinnelige invasjon i 2001), hvorav 55 % ble drept av opprørerne og 39 % av de internasjonale militære styrkerne.
Ifølge Marc W. Herolds ble minst 3 700 og trolig nærmere 5 000 sivile drept i slutten av 2002 som følge av den amerikanske bombingen. Herolds studie utelot de som hadde blitt drept indirekte når luftangrepene hadde avskåret befolkningens tilgang til sykehus, mat og elektrisitet. Bombeofre som senere døde av sine skader ble også utelatt. Når det var flere forskjellige tapstall fra den samme hendelsen valgte professor Herold i 90 % av tilfellene det lavere tallet.
Herolds anslag er omstridt. Den selverklærte neokonservative Joshua Muravchik fra American Enterprise Institute har stilt spørsmål ved professor Herolds studier i en artikkel publisert i det neokonservative magasinet The Weekly Standard, men gjorde det utelukkende på grunnlag av en enkelt hendelse som involverte 25-93 dødsfall.
Minst 402 opprørere ble drept i år 2010 (pr. mai 2010).