Kristiyanismo

Ang Kristiyanismo ay Abrahamiko at monoteistang relihiyon na nakabatay sa buhay at mga aral ni Hesu Kristo, ang itinataguriang Anak ng Diyos at tagapagligtas ng sangkatauhan. Sa kasalukuyan, ito ang pinakamalaking relihiyon sa mundo, na may humigit-kumulang 2.4 bilyong kasapi o 31.2% ng pandaigdigang populasyon.
Ang Kristiyanismo sa simulang kasaysayan nito noong mga maagang siglo nito ay hindi isang nagkakaisang kilusan ngunit binubuo ng mga pangkat na may mga magkakatunggaling pananaw na gumagamit ng mga iba't ibang kasulatan. Ang kanon ng Bagong Tipan (na tinatanggap ng marami ngunit hindi lahat ng Kristiyano sa ngayon) na nabuo lamang noong ika-4 siglo CE ang kanon na pinagpasyahan ng isang pangkat ng Kristiyano. Sa karagdagan, ang mga kasunduan sa teolohiya ay nabuo lámang sa mga Unang Pitong Konsilyo na nagsimula lamang noong ika-4 siglo CE kung saan ang pangkat na nanalo sa mga halalang ito ang naging ortodoksiya. Ang mga konsehong ito ay inumpisahan ni Emperador Constantino upang maabot ang isang pagkakaisa ng mga magkakatunggaling sektang Kristiyano sa kanyang Imperyong Romano. Sa mga konsehong ito na kinondena ng nanalong ortodoksiya ang kanilang mga katunggaling sektang Kristiyano na natalo sa mga halalang ito bilang mga eretiko. Ang ortodoksiya ang ginawang opisyal na relihiyon ng Imperyo Romano ni Emperador Theodosius I at kanyang sinupil ang ibang mga sektang Kristiyano gayundin ang mga relihiyong pagano na katunggali ng ortodoksiyang ito. Kalaunan, ang ortodoksiya ay nagkabaha-bahagi sa iba't ibang mga pangkat dahil sa mga hindi mapagkasunduang doktrina.
Ang mga pagkakabaha-bahaging ito ay nagpapatuloy pa rin hanggang sa kasalukuyang panahon dahil sa iba't ibang magkakatunggaling interpretasyon tungkol sa tunay na kalikasan at mga katuruan ni Hesus. Ang mga karamihan sa mga sektang ito ay nag-aangkin na sila ang isang totoong simbahang Kristiyano at ang ibang mga sektang Kristiyano ay hindi totoo.
Ang pangalang Kristiyano (Griyegong Χριστιανός, "Christianos" Strong's G5546), ay may kahulugang "kabílang kay Kristo" o "pagmamay-ari ni Kristo", na naging tawag para sa mga sinaunang disipulo sa lungsod ng Antioke na kilala rin bilang Antioque o Antioch (Gawa 11:26). Si San Ignacio ng Antioch ang unang gumamit ng "Kristiyanismo" (Χριστιανισμός, "Christianismos") bílang pangalan ng pananampalataya kay Kristo. Sa diwà ng Kristiyanismo, kapag ginamit ang salitang Kristiyano - kasáma at katulad ng mga katagang alagad, apostol, disipulo, mananampalataya, sumasampalatáyà, nanalig, o naniniwala - nagpapahiwatig ito ng pagtitiwala at pagsunod kay Hesukristo. Ginamit ni Simon Pedro at Haring Agrippa ang katawagang Kristiyano.
Ang pinaniniwalaan (ng mga Kristiyano) na tagapagtatag ng Kristiyanismo na si Hesus ay pinaniwalaang ipinanganak sa Romanong Judea sa pagitan ng 7 BCE at 2 CE. Ang Kristiyanismo ay nagsimulang kumalat mula sa Herusalem tungo sa mga lugar gaya ng Syria, Assyria, Mesopotamia, Phoenicia, Asia Minor, Jordan at Ehipto. Ang Kristiyanismo ay ginawang opisyal na relihiyon ng estado ng Armenia noong 301 CE, Georgia noong 319 CE, Imperyong Aksumnite noong 325 CE at ng imperyo Romano noong 380 CE. Ang mga kondisyon sa imperyo Romano ay nagpadali sa pagkalat ng mga bagong ideya. Ang mga mahuhusay na lansangan at mga daanang pantubig ay pumayag sa madalíng paglalakbay samantalang ang Pax Romana ay gumawa sa paglalakbay mula sa isang rehiyon tungo sa isa pa na ligtas. Ang mga sinaunang Kristiyano ay nakaakay ng mga pamayanang Hudyo sa buong Dagat Meditteraneo. Bagaman ang karamihan ng mga naakay sa Kristiyanismo ay mula sa Imperyo Romano, ang mga kilalang pamayanang Kristiyano ay itinatag rin sa Armenia, Iran at sa kahabaan ng Baybaying Malabar. Ang bagong relihiyon na Kristiyanismo ay pinakamatagumpay sa mga lugar na urbano at kumalat muna sa mga alipin at mga tao na may mabababang mga katayuan sa lipunan.
Sa simula, ang Hudaismo at Kristiyanismo ayon sa mga iskolar ay hindi pa hiwalay at ang mga Kristiyano ay sumasambang kasáma ng mga Hudyo na tinatawag ng mga historyan na Hudyong Kristiyano gaya ng mga Ebionita. Ang mga Hudyong Kristiyano ang bumubuo sa karamihan ng mga Kristiyano sa unang siglo ng Kristiyanismo at sumusunod pa rin sa mga Kautusan ni Moises ayon sa Mga Gawa ng mga Apostol. Gayunpaman, dahil ang mga ibang Kristiyano ay nagsimulang umakay sa mga hentil (hindi Hudyo), nagkaroon ng alitan sa pagitan ng mga Kristiyano kung dapat pang sundin ng mga hentil (hindi-Hudyo) ang mga kautusan ni Moises. Upang malutas ang mga magkakatunggaling pananaw tungkol sa Kautusan ni Moises, ang konseho ng Herusalem ay tinipon ng mga haligi ng iglesia (simbahan) na sina Pedro at Santiago (Galacia 2:9). Nagpasya si Santiago ang Makatarungan na ang mga hentil (hindi-Hudyo) ay maaaring maging mga Kristiyano nang hindi sumusunod sa ilang mga kautusan ni Moises gaya ng pagtutuli ngunit kailangan pa ring silang sumunod sa ilang mga kautusan ni Moises gaya ng paglayo sa mga pagkaing inihandog sa mga diyos-diyosan at binigti at dugo, imoralidad...sapagkat ang kautusan ni Moises ay ipinapangaral sa bawat lungsod mula pa nang unang panahon at binabasa ito sa mga sinagoga bawat araw ng Sabat (Mga Gawa*). Gayunpaman, ayon Mga Gawa*, tinuli ni Pablo si Timoteo at sa pagtahak nila sa mga lungsod, ibinigay nila Pablo sa mga iglesia ang pinagpasiyahan ng mga apostol at ng mga nakakatanda sa konseho ng Herusalem na kanilang dapat sundin. Ang alitan tungkol sa pagsunod sa Kautusan ni Moises ay hindi natapos sa konseho ng Herusalem. Ayon sa Mga Gawa*, nabalitaan ng mga Hudyo patungkol kay Pablo, na tinuturuan mo ang lahat ng mga Hudyo na nasa mga hentil, ng pagtalikod kay Moises. Sinabi mo na huwag tuliin ang kanilang mga anak, ni mamuhay ng ayon sa mga kaugalian...Dalisayiin mo ang iyong sarili kasama nila. Bayaran mo ang kanilang magugugol upang magpaahit sila ng kanilang mga ulo. Upang malaman ng lahat na hindi totoo ang mga bagay na nabalitaan nila patungkol sa iyo. At malalaman din na ikaw ay lumalakad ng maayos na tumutupad ng kautusan.". Ayon sa Galacia 2:11–14, kinompronta at sinaway ni Pablo si Pedro dahil sa pamimilit ni Pedro sa mga hentil na sumunod sa kautusan ni Moises. Taliwas sa pinagpasyahan sa Konseho ng Herusalem na bawal kainin ang pagkaing inihandog sa diyos-diyosan, binigti at dugo, isinaad ni Pablo sa 1 Corinto 10:25, "anumang ipinagbibili sa pamilihan ay kainin ninyo". at sa 1 Corinto 8:4–8 ay "hindi tayo nagiging katanggap-tanggap sa Diyos sa pamamagitan ng pagkain". Ang pagkain ng mga inihandog sa diyos-diyosan ay ipinagbawal rin ni Hesus sa Pahayag 2:20,14.
Bagaman nakapasok sa kanon na Katoliko ang mga sulat ni Pablo, ang mga sulat na ito ay itinakwil ng mga Hudyong-Kristiyanong Ebionita na naniniwalang si Apostol Pablo ay isang natalikod at impostor na apostol.
Ang ilang mga pamayanang Kristiyano sa ikalawang siglo CE ay nagebolb sa isang mas may istrukturang hierarka na ang isang sentral na obispo ay may autoridad sa siyudad at humantong sa pagpapaunlad ng Obispong Metropolitan. Ang organisasyon ng Simbahang Kristiyano ay nagsimulang gumaya sa organisasyon ng Imperyo Romano. Ang mga obispo sa mga siyudad na mas mahalaga sa politika ay naglapat ng mas malaking autoridad sa mga obispo sa mga kalapit na siyudad. Ang mga simbahan sa Antioquia, Alehandriya at Roma ang humawak ng pinakamatataas na mga posisyon. Kabilang sa mga magkakatunggaling pananaw na Kristiyanong lumaganap noong ika-2 siglo ang Marcionismo, Gnostisismo, Montanismo, Docetismo. Si Marcion ang pinaniniwalang ang unang nagtipon ng isang kanon na binubuo lamang 11 mga aklat na isang Ebanghelyo ni Lucas at 10 sulat ni Pablo. Ang ibang mga aklat nang kalaunang naging kanon ng Bagong Tipan ay itinakwil ni Marcion. Si Irenaeus ang unang nagmungkahi ng pagtanggap lamang sa apat na ebanghelyo at nangatwiran laban sa mga ibang pangkat na Kristiyano na gumagamit ng mga ebanghelyo na kaunti o higit pa sa 4. Kanyang binatikos ang Gnostisismo at itinakwil ang Ebanghelyo ng Katotohanan dahil sa nilalamang gnostiko nito. Tinangka ni Victor na obispo ng Roma na ideklarang erehiya at itiwalag ang mga nagdiriwang ng paskuwa sa Nisan 14. Bago ni Victor, may isang pagkakaiba sa petsa ng pagdiriwang ng Paskuwa sa pagitan ng mga obispo ng Asya menor at Kanluran. Ipinagdiriwang ito ng mga simbahan sa Asya menor tuwing ika-14 ng buwang Nisan ng mga Hudyo na araw bago ang paskuwa ng mga Hudyo nang hindi isinasaalang kung anong araw ng linggo ito mahulog na kanilang binatay sa Ebanghelyo ni Juan sa Juan 18:28 at Juan 19:14–15. Ang kasanayang ito ay sinunod ni Policarpio na obispo ng Smyrna sa Asya (na inangking alagad ni Apostol Juan) gayundin ni Melito ng Sardis. Salungat sa Ebanghelyo ni Juan, ang Marcos 14:12–18, Mateo 26:17–21 at Lucas 22:8 ay nagsasaad na ang Huling Hapunan ang Seder na Paskuwa na isinasagawa ng mga Hudyo sa simula ng Nisan 15. Ipinagdiriwang ng Kanluran ang Paskuwa tuwing linggo kasunod ng ika-14 ng Nisan. Ang mga synod ay idinaos sa Palestina, Pontus at Osrhoene sa silangan at Roma at Gaul sa kanluran na ang bawat isa ay nagpasyang ang pagdiriwang ng paskuwa ay dapat tuwing linggo. Ang isang pagpupulong sa Roma ay idinaos na pinangasiwaan ni Victor at nagpadala ng liham kay Polycrates ng Efeso at mga simbahan sa probinsiya ng Asya. Sa parehong taon, tinipon ni Polycrates ang isang pagpupulong sa Efeso na dinaluhan ng mga obispo sa buong probinsiya ng Asya at nagpasya silang sawayin si Victor at panatilihin ang kanilang tradisyon ng paskuwa. Pinutol ni Victor ang kanyang kaugnayan sa mga obispong gaya nina Polycrates ng Efeso na sumalungat sa kanyang mga pananaw tungkol sa Paskuwa. Ang isyu ng paskuwa ay sinagot sa Unang Konseho ng Nicaea noong 325 CE na nagpasyang ang paskuwa ay dapat idaos tuwing linggo kasunod ng buong buwan pagkatapos ng equinox na tagsibol. Itinakwil rin ni Victor si Theodotus ng Byzantium dahil sa kanyang paniniwalang adopsiyonismo tungkol kay Kristo. Naniwala si Theodotus na si Hesus ay ipinanganak bilang isang hindi-Diyos na tao at kalaunan lamang "inampon" ng Diyos sa kanyang bautismo at naging Diyos pagkatapos ng kanyang pagkabuhay muli.
Isinaad ni Duffy na noong ikatlong siglo CE, ang obispo sa Roma ay nagsimulang umasal bilang korte ng pag-aapela sa mga problema na hindi malutas ng ibang mga obispo sa ibang mga siyudad. Ang ilang mga Kristiyano na humahawak ng paniniwalang proto-ortodokso na kilala bilang mga ama ng simbahan ay nagsimulang maglarawan ng mga katuruan nito bilang pagsalungat sa ibang mga pangkat ng Kristiyano gaya ng Gnostisismo. Hindi katulad ng karamihan ng mga relihiyon sa Imperyo Romano sa panahong ito, ang mga Kristiyano ay inaatasan na magtakwil ng ibang mga diyos na isang kasanayang minana mula sa Hudaismo. Ang pagtanggi ng mga Kristiyano na lumahok sa mga pagdiriwang na pagano ay nangangahulugang hindi nito magawang makilahok sa karamihan ng buhay pampubliko na nagtulak sa mga hindi Kristiyano kabilang ang pamahalaan ng Imperyo Romano na matakot na ginagalit ng mga Kristiyano ang mga diyos at nagiging banta sa kapayapaan at kasaganaan ng imperyo. Sa karagdagan, ang pagiging malapit ng mga lipunang Kristiyano at pagiging masikreto sa mga kasanayan nito ay lumikha ng mga tsismis na ang mga Kristiyano ay nagsasagawa ng insesto at kanibalismo. Ito ay nagresulta sa mga pag-uusig na Romano sa mga Kristiyano na karaniwan ay lokal at bihira bago ang ikaapat na siglo CE. Ang isang sunod sunod na mas sentral na organisadong mga pag-uusig sa Kristiyano ay lumitaw noong ikatlong siglo nang inatas ng mga emperador na ang mga krisis sa militar, pampolitika at pang-ekonomiya ng imperyo ay sanhi ng galit ng mga diyos. Ang lahat ng mga mamamayan ay inatasang maghandog sa mga diyos o kundi ay paparusahan. Ang mga Hudyo ay hindi isinama hangga't nagbabayad ang mga ito ng fiscus Judaicus (buwis ng Hudyo). Ang ilang mga kristiyano ay pinaslang, lumisan sa imperyo o tumakwil sa kanilang paniniwalang Kristiyano. Ang mga hindi pagkakasunduan sa papel sa Iglesia (kung meron man) na dapat magkaroon ang mga tumalikod na ito ay humantong sa mga paghahati ng mga Donatista at Novatianista. Ang mga relasyon sa pagitan ng pamayanang Kristiyano at Imperyo Romano ay hindi konsistente: Ninais na Tiberius na ilagay ang Kristo sa panteon ng mga diyos at tumanggi sa simula na usigin ang mga Kristiyano. Ang ilang mga emperador ay umusig sa mga Kristiyano ngunit ang iba gaya nina Commodus at iba pa ay pumapabor sa mga Kristiyano.
Noong Abril 311 CE, si Galerius na nakaraang nangungunang pigura sa mga pag-uusig ng mga Kristiyano ay naglabas ng isang kautusan na pumapayag sa pagsasanay ng relihiyong Kristiyano sa ilalim ng kanyang pamumuno. Mula 313 hanggang 380 CE, ang Kristiyanismo ay nagtamasa ng isang katayuan bilang isang legal na relihiyon sa loob ng Imperyo Romano. Noong 380 CE, Ang Kristiyanismo ang naging relihiyong pang-estado ng Imperyo Romano.
Ayon sa mga manunulat na Kristiyano, nang maging emperador si Dakilang Constantino I ng Kanlurang Imperyo Romano noong 312 CE, kanyang itinuro ang kanyang pagkapanalo sa isang labanan sa diyos ng Kristiyanismo. Inangkin ng mga sangguniang Kristiyano na si Constantino I ay tumingin sa araw bago ang labanan sa tulay na Milvian at nakita ang isang krus ng liwanag sa itaas nito na may mga salitang "ΕΝ ΤΟΥΤΩ ΝΙΚΑ" ("sa pamamagitan nito, sumakop!"). Iniutos ni Constantino sa kanyang mga hukbo na palamutian ang kanilang mga kalasag ng isang simbolong Kristiyano (Chi Ro) at pagkatapos nito ay nanalo sa labanan.
Pagkatapos ng labanan sa tulay ng Milvian, ang bagong emperador na Constantino I ay hindi pumansin sa mga dambana ng mga diyos na Romano sa Capitolino at hindi rin nagsagawa ng mga handog ayon sa kustombreng Romano upang ipagdiwang ang pagpasok ng pagwawagi sa Roma. Sa halip nito, siya ay tuwirang tumungo sa palasyo ng emperador. Gayunpaman, ang karamihan ng mga maimpluwensiyal na tao sa imperyo Romano lalo na ang mga opisyal ng militar ay hindi nagpaakay sa Kristiyanismo at nanatiling lumalahok sa relihiyon ng Sinaunang Roma. Sa pamumuno ni Constantino I, kanyang sinikap na pahupain ang mga paksiyong ito na hindi Kristiyano. Ang mga salaping Romano na inilimbag hanggang 8 taon pagkatapos ng labanan sa tulay na Milvian ay naglalaman pa rin ng mga imahen ng mga Diyos na Romano Ang mga monumentong unang kinomisyong itayo ni Constantino I gaya ng Arko ni Constantino ay hindi naglalaman ng anumang reperensiya sa Kristiyanismo. Sa halip, ang mga munting estatwa ng Diyos na Romanong si Sol Invictus na dala dala ng mga tagapagdala ng pamantayan ay lumilitaw sa tatlong lugar sa mga relief ng Arko ni Constantino. Ang mga opisyal na barya ni Constantino I ay patuloy na naglalaman ng mga imahen ni Sol Invictus hanggang noong 325/6 CE.
Kasama ng emperador ng Silangan Imperyo Romano na si Licinius, si Constantino ay naglabas ng Kautusan ng Milan na nag-atas ng pagpayag ng lahat ng mga relihiyon sa imperyo kabilang ang mga tradisyonal na relihiyong Romano at ang Kristiyanismo. Ang kautusang ito ay humigit din sa mas maagang Kautusan ni Galerius noong 311 dahil sa pagbabalik nito ng mga kinumpiskang mga pag-aari ng Simbahang Kristiyano. Gayunpaman, ang atas na ito ay may kaunting epekto sa mga saloobin ng tao. Ang mga bagong batas ay nilikha upang isabatas ang ilan sa mga paniniwala at kasanayang Kristiyano. Ang pinakamalaking epekto sa Kristiyanismo ni Constantino ang kanyang pagtangkilik sa relihiyong ito. Siya ay nagkaloob ng malalaking regalo ng mga lupain at salapi sa simbahan at nag-alok ng mga eksempsiyon sa buwis at iba pang mga legal na katayuan sa mga pag-aari ng simbahan at mga tauhan nito. Ang pinagsamang mga regalong ito at ang mga kalaunan pang regalo ni Constantino sa simbahan ay gumawa sa simbahan na pinakamalaking may ari ng lupain sa Kanluranin noong ikaanim na siglo CE. Ang karamihan sa mga regalong ito ay pinondohan sa pamamagitan ng malalang mga pagbubuwis sa mga kultong pagano. Ang ilang mga kultong pagano ay pinwersang tumigil sa kawalan ng mga pondo. Nang ito ay mangyari, pinalitan ng simbahang Kristiyano ang nakaraang papel ng mga kulto sa pagkalinga sa mga mahihirap ng lipunan. Sa isang repleksiyon ng tumaas na katayuan ng kaparian sa imperyo Romano, ang mga ito ay nagsimulang magsuot ng kasuotan ng mga sambahayan ng mga marharlika. Sa paghahari ni Emperador Constantino I, ang tinatayang kalahati ng mga Kristiyano ay hindi sumusunod sa kalaunang nagwaging bersiyon ng Kristiyanismo at may pagkakaiba iba sa mga paniniwala ang mga Kristiyano. Natakot si Constantino na ang kawalang pagkakaisa ay magpagalit sa diyos at humantong sa mga problema sa imperyo. Dahil dito, siya ay nagsagawa ng mga kautusang militar at panghukuman upang lipulin ang ilang mga sekta ng Kristiyanismo. Upang lutasin ang ibang mga alitan, si Constantino ay nagsimula ng kasanayan na tumatawag sa mga konsehong ekumenikal upang matukoy ang mga nagtataling interpretasyon ng doktrina ng Kristiyanismo. Pinagtibay sa Unang Konseho ng Nicaea noong 325 CE ang pananaw ng ilang mga obispo na si Hesus na Anak ay isang tunay na Diyos mula sa Tunay na Diyos, ipinanganak at hindi nilalang, at nang isang substansiya o kaparehong substansiya sa Ama (homoousios sa Griyego). Kinondena ng Unang Konseho ng Nicaea ang mga katuruan ng heterodoksong teologong si Arius na may suporta ng ilang mga obispo na ang Anak ay nilikhang nilalang ng Ama, mas mababa sa Diyos Ama, may pasimula at hindi kapwa walang hanggan sa Ama at ang Ama at Anak ay ng isang katulad na substansiya (homoiousios) ngunit hindi ng kaparehong substansiya. Kabilang sa mga talatang ginamit ni Arius upang suportahan ang kanyang pananaw ang Juan 14:28, Colosas 1:15, Kawikaan 8:22 (Nilikha ako ng Panginoon sa pasimula ng kanyang gawa) at iba pa. Sa tinatayang mga 250–318 Kristiyano na dumalo, ang lahat maliban sa 2 ang bumoto laban sa pananaw ni Arius. Si Atanasio na kalahok sa Unang Konseho ng Nicaea noong 325 CE ay nagsaad na napilitang gumamit ang mga obispo ng terminolohiyang homoousios na hindi matatagpuan sa kasulatan dahil ang mga pariralang biblikal na kanilang nais gamitin ay inangkin ng mga Ariano na mapapakahulugan sa itinuring ng mga obispong isang kahulugang eretiko. Dahil dito, "kanilang sinunggaban ang wala sa kasulatan na katagang homoousios (parehong substansiya) upang ingatan ang mahalagang ugnayan ng Anak sa Ama na itinanggi ni Arius". Sa Unang konseho ng Nicaea, si Eusebio ng Caesarea ay nagmungkahi ng isang kredong kompromiso na ang Anak ay "Diyos ng DIyos, ang unang ipinanganak sa lahat ng mga nilalang, ang bugtong ng Ama bago ang lahat ng panahon". Ang mga obispong anti-Ariano ay umayon dito at kahit ang mga Ariano ngunit ang partido ni Alejandro ang malakas na tumutol dito. Sa pang-uudyok ni Hosius, iminungkahi ni Emperador Constantino I sa Unang Konseho ng Nicaea na ipasok ang katagang homoousios (parehong substansiya) sa Kredong Niceno ngunit ito ay hindi inayunan ng mga Ariano na nagmungkahi ng katagang homoiousios (katulad na substansiya). Si Hosius na pinakamalapit na tagapayo at kompidante ng Emperador Constantino I sa lahat ng mga bagay na pangsimbahan ay maaaring nagtulak sa konseho na tanggapin ang homoousios. Sa karagdagan, itinuro ni Atanasio ang pagkatha ng kredong Niceno kay Hosius. Ang kontrobersiya ay hindi nagtapos dito at maraming mga kleriko sa Silangan Kristiyanismo ay tumakwil sa terminong homoousios (parehong substansiya) dahil sa mas maagang pagkondena ng ilang Kristiyano sa paggamit nito ni Pablo ng Samosata. Sa karagdagan, ang relihiyong Arianismo ay yumabong sa labas ng imperyo Romano. Pinaniniwalaang ipinatapon ni Constantino I ang mga tumangging tumanggap sa Kredong Niceno kabilang ang mismong si Arius, ang deakonong si Euzois at ang mga obispong Libyano na sina Theonas ng Marmarica at Secundus ng Ptolemais gayundin ang mga obispong lumagda sa kredong Niceno ngunit tumangging sumali sa pagkokondena kina Arius, Eusebio ng Nicomedia at Theognis ng Nicaea. Inutos rin ni Constantino I na sunugin ang lahat ng mga kopya ng Thalia na aklat na pinaghayagan ni Arius ng kanyang mga katuruan.
Noong 331 CE, kinomisyon ni Constantino I si Eusebio ng Caesarea na maghatid ng 50 bibliya para sa Simabahn ng Constantinople. Itinala ni Atanasio na ang mga 40 skribang Alehandriyano ay naghanda ng mga bibliya para kay Constans. Pinaniniwalaang ang mga bibliyang inutos ni emperador Constantino ang naging dahilan upang likhain ang mga kanon.
Bagaman nakatuon si Constantino I sa pagpapanatili ng Kredong Niseno, si Constantino ay naging determinado na papayapain ang sitwasyon at kalaunan ay naging mas maluwag sa mga kinondena at ipinatapon ng Unang Konseho ng Nicaea. Pinayagan ni Constantino I si Eusebio ng Nicomedia na protégé ng kanyang kapatid na babae at si Theognis na bumalik matapos lumagda ng isang hindi malinaw na pahayag. Ang dalawang ito at ibang mga kaibigan ni Arius ay gumawa para sa rehabilitasyon ni Arius. Sa Unang Synod ng Tyre noong 335 CE, sila ay nagdala ng mga akusasyon laban kay Atanasio na obispo ng Alehandriya at tagapagtaguyod ng pananampalatayang Niseno. Si Atanasio ay ipinatapon ni Constantino na tumuring sa kanyang isang hadlang sa pakikipagkasunduan. Kalaunan ay naakay si Dakilang Constantino I sa Arianismo at binautismuhan ng obispong Ariano na si Eusebio ng Nicomedia noong 2 Mayo 337 CE bago mamatay si Constantino. Si Eusebio ng Nicomedia ay napakaimpluwensiyal sa Imperyo kahit pagkatapos ng kanyang kamatayan na pinakinggan ni anak ni Constantino na si Emperador Constantius II ang kanyang payo at ni Eudoxus ng Constantinople na tangkaing akayin ang Imperyo Romano sa Arianismo sa pamamagitan ng paglikha ng mga Konsehong Ariano at opisyal na mga doktrinang Ariano. Dahil kay Eusebio ng Nicomedia na "Sa kabuuan, si Constantino at ang kanyang mga kahalili sa trono ay gumawang miserable sa mga pinuno ng Simbahan na naniwala sa Niseno at sa pormulang Trinitariano nito." Si Constantino I ay namatay noong 337 CE na nag-iwan sa kanyang anak na si Constantius II na pumabor sa Arianismo bilang emperador ng Silangang Imperyo Romano at ang isa pang anak ni Constantino I na si Constans na pumabor naman sa Kredong Niseno bilang emperador ng Kanlurang Imperyo Romano. Ang isang konseho sa Antioquia noong 341 CE ay naglabas ng isang pagpapatibay ng pananampalataya na hindi nagsama ng sugnay na homoousion (ng parehong substansiya). Si Constantius na nakatira sa Sirmium ay nagtipon ng Unang Konseho ng Sirmium noong 347 CE. Ito ay sumalungat kay Photinus na obispo ng Sirmium na isang Anti-Ariano na may paniniwalang katulad kay Macellus. Noong 350 CE, si Constantius ang naging tanging emperador ng parehong Silangan at Kanluran ng Imperyo na naging dahilan ng isang temporaryong paglakas ng Arianismo. Sa Ikalawang Konseho ng Sirmium noong 351 CE, si Basil na obispo ng Ancyra at pinuno ng mga semi-Ariano ay nagpatalsik kay Photinus. Ang mga semi-Ariano ay naniwala na ang Anak ay "ng katulad na substansiya" (homoiousios) sa Ama. Ang mga konseho ay idinaos sa Arles noong 353 CE at Milan noong 355 CE kung saan kinondena ang pro-Nicenong si Atanasio. Noong 356 CE, si Atanasio ay ipinatapon at si George ay hinirang na obispo ng Simbahan ng Alehandriya. Ang Ikatlong Konseho ng Sirmium noong 357 CE ay isang mataas na punto ng Arianismo. Ang Ikapitong Konpesyong Ariano (Ikalawang konpesyong Sirmium) ay nagsaad na ang parehong homoousio (ng parehong isang substansiya) at homoiousios (ng katulad ngunit hindi parehong substansiya) ay hindi biblikal at ang Ama ay mas dakila sa Anak. Ang isang konseho sa Ancyra noong 358 CE na pinangasiwaan ni Basil ay naglabas ng isang pahayag na gumagamit ng terminong homoousios. Gayunpaman, ang ikaapat na Konseho ng Sirmium noong 358 ay nagmungkahi ng isang malabong kompromiso na ang Anak ay homoios (katulad na substansiya) ng Ama. Sa dalawang mga konseho noong 359 CE sa Rimini at Seleucia ay tinangka ni Constantius na ipataw ang pormulang homoios ng Sirmium IV sa Simbahang Kristiyano. Ang Konseho ng Constantinople noong 360 CE ay sumuporta sa isang kompromiso na pumapayag sa parehong magkatunggaling pananaw na Niceno at Arianismo. Ang isang konseho sa Constantinople noong 361 CE ay nagpatibay ng homoios (katulad sa substansiya) na nagsasaad na ang Anak ay "katulad ng Ama na nagpanganak sa kaniya". Itinakwil din nito ang ousia (substansiya). Gayunpaman, sa kamatayan ni Constantius noong 361 CE, ang partidong Niceno na nagpatibay ng homoosuios (ng parehas na substansiya) ay nagpalakas ng posisyon nito. Sa kamatayan ni Athanasio noong 373 CE, ang mga mga amang Capadocio ay nanguna sa pagsuporta ng pananampalatayang Niceno.
Sa kanyang pamumuno, kailangang komprontahin ni Emperador Valens ang pagkakaiba sa mga teolohiya ng Kristiyanismo na nagsisimulang lumikha ng pagkakahati sa Imperyo. Tinangka ni Emperador Julian (361–363) na muling buhayin ang mga relihiyong pagano. Gayunpaman, sa kabila ng malawak na suporta, ang kanyang aksiyon ay nakitang malabis at bago mamatay ay kinamuhian. Tulad ng mga magkapatid na mga Emperador na si Constantius II at Constans, sina Emperador Valens at Valentinian I ay nag-aangkin ng magkaibang mga pananaw teolohikal. Si Valens ay isang Ariano samantalang si Valentinian I ay naniwala sa Kredong Niceno. Pinaboran ni Valens ang pangkat na gumamit ng pormulang homoios na teolohiyang kilala sa karamihan ng Silangan at sa ilalim ng mga anak ni Constantino ay tumibay sa Kanluran. Gayunpaman, nang mamatay si Valens, ang sanhi ng Arianismo sa Romanong Silangan ay nagwakas. Noong 380 CE, ang Kristiyanismong Niceno bilang pagsalungat sa Arianismo ay naging opisyal na relihiyon ng Imperyo Romano. Itinaguyod ng kanyang kahaliling emperador na si Theodosius I ang Kredong Niceno na interpretasyon na pinaniniwalaan ng Simbahan sa Roma at Simbahan sa Alehandriya. Noong 27 Pebrero 380 CE, sina Theodosius I, Gratian at Valentinian II ay naglimbag ng "Kautusan ng Tesalonica" upang ang ihayag ng lahat ng kanilang mga nasasakupan ang pananampalataya ng mga obispo ng Roma na si Papa Damaso I at ng papa ng Simbahan ng Alehandriya na si Papa Pedro II ng Alehandriya na pananampalatayang Niceno. Kanyang binigyan ng pinahintulutan ang mga tagasunod ng kautusang ito na kunin ang pamagat na "Katolikong Kristiyano". Ang Kautusang ito ay inilbasa sa ilalim ng impluwensiya ni Acholius at kaya ay ni Papa Damaso I na humirang sa kanya. Si Acholius ang obispo ng Tesalonika na nagbautismo kay Theodosius I pagkatapos nitong magkaroon ng malalang sakit. Noong 26 Nobyembre 380 CE, dalawang araw pagkatapos niyang makarating sa Constantinople, kanyang pinatalsik ang obispong hindi-Niceno na si Demophilus ng Constantinople at hinirang si Meletius patriarka ng Antioch at Gregorio ng Nazianzus na isa sa mga mga amang Capadocio, patriarka ng Constantinople. Noong Mayo 381 CE, hinimok ni Theodosius ang isang bagong konsehong ekumenikal sa Constantinople upang kumpunihin ang pagkakahati sa pagitan ng Silangan at Kanluran sa batayan ng ortodoksiyang Niceno. Inilarawan ng konseho ang ortodoksiya kabilang ang misteryosong Ikatlong Persona ng Trinidad, na Banal na Espirito na bagaman katumbas ng Ama ay nagmula sa kanya samantalang ang Anak ay ipinanganak ng Ama. Hanggang noong mga 360 CE, ang mga debateng teolohikal ay pangunahing nauukol sa pagkadiyos ng Anak. Gayunpaman, dahil hindi nilinaw sa Unang Konseho ng Nicaea (325 CE) ang pagkadiyos ng Banal na Espirito, ito ay patuloy na naging paksa ng debate sa pagitan ng mga pangkat Kristiyano. Ang paniniwala ng sektang Pneumatomachi na ang Banal na Espirito ay isang nilalang ng Anak at lingkod ng Ama at Anak ay nagtulak sa Unang Konseho ng Constantinople (381 CE) na tinipon ni Theodosius I na idagdag sa Kredong Niseno ang, "At sa Banal na Multo, ang Panginoon, ang Tagabigay ng Buhay, Na nagmumula sa Ama, na kasama ng Ama at Anak ay katumbas na sinasamba at niluluwalhati..." Kinondena rin ng Konsehong ito (381 CE) ang mga paniniwalang Kristiyano na Arianismo, Apollinarismo at Pneumatomachi at niliwanag ang mga hurisdiksiyon ng simbahang estado ng Imperyo Romano ayon sa mga hangganang sibil at nagpasya na ang Constantinople ay ikalawa sa karapatan sa pangunguna sa Roma. Noong 383 CE, iniutos ni Theodosius I sa iba't ibang mga hindi-Nicenong sektang Kristiyano na Arianismo, Anomoeanismo, Macedoniano at Novatian na magsumite ng isinulat na mga kredo sa kanya na kanyang siniyasat at pagkatapos ay sinunog maliban sa kredo ng mga Novatian. Ang ibang mga sekta ay nawalan ng karapatan na magpulong, mag-ordina ng mga pari nito at ikalat ang kanilang mga paniniwala. Ipinagbawal ni Theodosius I ang pagtira ng mga eretiko sa loob ng Constantinople at noong 392 CE at 394 CE ay sinamsam ang kanilang mga lugar ng sambahan.. Ang Ikatlong Konsehong Ekumenikal na Unang Konseho ng Efeso (431 CE) ay muling nagpatibay ng orihinal na bersiyon ng Kredong Niceno (325 CE) at idineklara na "hindi nararapat para sa anumang tao na magsulong o sumulat o lumikha ng isang ἑτέραν (na isinaling "iba", "kasalungat" at hindi "iba pa") na Pananampalataya na itinatag ng mga banal na ama na nagtipon kasama ng Banal na Multo sa Nicæa (i.e. Kredong Niceno noong 325 CE)". Ang ilang mga modernong skolar ay naniniwalang ang kredong Niceno ng 381 CE ay isinaad ng mga obispo sa Constantinople ngunit hindi prinomulga bilang isang opisyal na akto sa Konseho. Ang ilang mga skolar ay tumututol rin kung ang Kredong Niceno ng 381 CE ay isang simpleng pagpapalawig ng Kredong Nicseno ng 325 CE o ng isang tradisyonal na kredo na kapareho ngunit hindi katulad ng kredong Niceno ng 325 CE. Noong 451 CE, tinukoy ng Konseho ng Chalcedon ang Kredong Niseno ng 381 CE bilang "ang kredo...ng 150 banal na mga amang nagtipon sa Constantinople."
Ang pag-uusig ng mga Kristiyano sa paganismo sa ilalim ni Theodosius I ay nagsimula noong 381 CE pagkatapos ng unang ilang taon ng kanyang pamumuno sa Silangang Imperyo Romano. Noong 380, inulit ni Theodosius I ang pagbabawal ni Constantino sa paghahandog na pagano, ipinagbawal ang haruspicy sa parusa ng kamatayan, pinangunahan ang kriminalisasyon ng mga Mahistrado na hindi nagpapatupad ng mga batas na anti-pagano, winasak ang mga ugnayang pagano at winasak ang mga templong pagano. Sa pagitan ng 389–391, kanyang inihayag ang mga atas na Theodosian na nagbabawal ng paganismo. Siya ay nag-atas ng komprehensihibong batas na nagbabawal sa anumang paganong ritwal kahit sa pribasiya ng tahanan ng mga ito at umapi sa mga Manichean. Ang paganismo ay pinagbabawal na, isang "religio illicita." Noong 385, ang bagong legal na autoridad na ito ng nananaig na bersiyon ng Kristiyanismo ay humantong sa unang paggamit ng parusang kamatayan na inihahayag bilang sentensiya sa eretikong Kristiyanong si Priscillian.
Sa panahong ito, ang kasalukuyang bersiyon kanon ng katoliko ng bibliya ay unang opisyal na inilatag sa mga konseho ng simbahan at synod. Bago ang mga konsehong ito, ang iba't ibang mga pangkat Kristiyano ay may kanya kanyang pinaniniwalaang kanon. Si Marcion ng Sinope na isang obispong Kristiyano ng Asya menor na tumungo sa Roma at kalaunang itiniwalag ng kanyang mga kalabang Kristiyano para sa kanyang mga pananaw ang pinaniniwalaan na kauna-unahang Kristiyano na nagmungkahi ng isang depinitibo, eksklusibo, at isang kanon ng mga kasulatang Kristiyano na kanyang tinipon sa pagitan nang 130–140 CE. Kanyang itinakwil ang ibang mga ebanghelyo maliban sa kanyang bersiyon ng Ebanghelyo ni Lucas at 10 sa kanyang bersiyon ng mga sulat ni Pablo at hindi kasama ang 1 Timoteo, 2 Timoteo, Tito at Sulat sa mga Hebreo. Ang mga sektang Kristiyanong gaya ng mga Ebionita at iba pa ay tumakwil sa lahat ng mga sulat ni Pablo at tumuring kay Apostol Pablo na isang impostor na apostol. Ang isang sekta ng Kristiyanismo noong ca. 170 CE na tinawag ng kanilang kalaban na si Epiphanius ng Salamis na alogi ay tumakwil sa Ebanghelyo ni Juan (at posibleng ang Aklat ng Pahayag at mga sulat ni Juan) bilang hindi apostoliko at itinuro ng sektang ito ang ebanghelyo ni Juan na isinulat ng gnostikong si Cerinthus. Si Cerinthus ay tumanggap lamang sa isang ebanghelyo na Ebanghelyo ni Mateo. Ang isang apat na ebanghelyong kanon (Tetramorph) ay unang isinulong ni Irenaeus noong c. 180 CE. Si Ireneaus rin ang kauna-unahang Kristiyano na nagbanggit ng apat na ebanghelyo sa mga pangalan na Mateo, Marcos, Lucas at Juan. Sa kanyang akdang Adversus Haereses, kinondena ni Irenaeus ang mga sinaunang pangkat na sekta ng Kristiyanismo na gumamit lamang ng isang ebanghelyo gaya ng Marcionismo (na gumamit lamang ng Ebanghelyo ni Lucas) o mga Ebionita na tila gumamit ng isang bersiyong Aramaiko ng Ebanghelyo ni Mateo gayundin ang ilang mga pangkat na gumamit ng higit sa apat na mga ebanghelyo gaya ng mga Valentinian (A.H. 1.11). Ang dahilang ibinigay ni Irenaeus sa kanyang pagtanggap ng 4 na ebanghelyo ay, "hindi posibleng may higit o kakaunti sa apat na ebanghelyo" dahil ang daigdig ay may apat na sulok at apat na hangin (3.11.8). Ang may akda ng Pragmentong Muratorian na ipinagpapalagay na isinulat noong ca. 170 CE dahil sa pagbanggit sa Obispo ng Roma na si Papa Pío I (bagaman ang ilan ay naniniwalang isinulat ito noong ika-4 siglo CE) ay nagtala ng karamihan ngunit hindi lahat ng mga aklat ng naging 27 aklat ng bagong tipan. Hindi binanggit sa Pragmentong Muratorian ang Sulat sa mga Hebreo, Unang Sulat ni Pedro, Ikalawang Sulat ni Pedro, Sulat ni Santiago at tumakwil sa mga liham na inangking isinulat ni Apostol Pablo na Sulat sa mga taga-Laodicea at Sulat sa mga taga-Alehandriyano na isinaad ng pagramentong Muratorian na "pineke sa pangalan ni Pablo upang isulong ang erehiya ni Marcion." Ilan sa mga kasamang "kinasihang kasulatan" para kay Origen ang "Sulat ni Barnabas, Pastol ni Hermas at 1 Clemente" ngunit ang mga aklat na ito ay inalis ni Eusebio ng Caesarea. Ang mga mga aklat na ito ay tinawag ni Eusebio ng Caesarea na "antilegomena" o mga tinutulang aklat. Kabilang din sa antilegomena ang Santiago, Judas, 2 Pedro, 2 at 3 Juan, Apocalipsis ni Juan, Apocalipsis ni Pedro, Didache, Ebanghelyo ayon sa mga Hebreo, Mga Gawa ni Pablo. Noong 331 CE, kinomisyon ni Emperador Constantino si Eusebio ng Caesarea na maghatid ng 50 bibliya para sa Simabahn ng Constantinople. Itinala ni Atanasio na ang mga 40 skribang Alehandriyano ay naghanda ng mga bibliya para kay Constans. Pinaniniwalaang ang mga bibliyang inutos ni emperador Constantino ang naging dahilan upang likhain ang mga kanon. Noong 367 CE, si Atanasio na obispo ng Simbahan ng Alehandriya at tagapagtaguyod ng pananampalatayang Niceno ay nagbigay ng listahan ng eksaktong parehong mga aklat na naging 27 aklat na kanon ng Bagong Tipan at kanyang ginamit ang salitang "kanonisado" (kanonizomena) tungkol sa mga ito. Pinaniniwalaan ng ilan na sa Konseho ng Roma noong 382 CE nang i-atas ng Obispo ng Roma na si Papa Damaso I ang kanon na nagtatala ng mga tinanggap na aklat ng Lumang Tipan (kasama ang Deuterokanoniko) at 27 aklat ng Bagong Tipan. Gayunpaman, ang talaan ni Damaso (na isinaad na nagmula sa Konseho ng Roma) na isinama sa pseudepigrapikal na Decretum Gelasianum ay maaring hindi mula kay Damaso. Noong 391 CE, kinomisyon ni Papa Damaso I si Jeronimo na isalin ang Lumang Tipan sa Latin na tinawag na Vulgata. Ang mga pinakamaagang salin ni Jeronimo ng Lumang Tipan ay batay sa mga rebisyon ni Origen ng Septuagint ngunit kalaunang direktang bumase sa orihinal na tekstong Hebreo na iba sa Septuagint sa maraming mga lugar. Ang kanyang desisyon na gumamit ng tekstong Hebreo sa halip na nakaraang isinaling Septuagint ay sumalungat sa payo ng karamihang ibang mga Kristiyano kabilang si Agustin ng Hipona na naniwalang ang Septuagint ay kinasihan ng Diyos. Gayunpaman, ang mga modernong skolar ay nagdududa sa aktuwal na kalidad ng kaalamang Hebreo ni Jeronimo. Ang mga modernong skolar ay naniniwalang ang Griyegong Hexapla ang pangunahing sanggunian para sa saling "iuxta Hebraeos" ni Jeronimo ng Lumang Tipan. Itinakwil rin ni Jeronimo ang apokripa. Gayunpaman, ang kanyang mga pananaw ay hindi nanaig. Noong 393 CE sa Synod ng Hipona, ang Septuagint (kasama ng Deuterokanoniko at 27 aklat ng Bagong Tipan) ay pinaniniwalaang kinanonisa dahil sa impluwensiya ni Agustin ng Hipona. Si Agustin ng Hipona ay naghayag na ang isa ay "magnanais ng mga tinatanggap ng lahat ng mga Simbahang Katoliko kesa sa mga hindi tinatanggap ng ilan sa kanila". Isinaad ni Augstin na ang mga sumasalungat na simbahan ay dapat mas higitan sa timbang ng mga opinyon ng mas marami at mas matimbang na mga simbahan. Epektibong pinwersa ni Augustin ang kanyang opinyon sa Simbahan sa pamamagitan ng pag-uutos ng tatlong mga synod tungkol sa kanonisidad: Ang synod ng Hipona (393 CE), synod ng Carthage (397 CE) at isa pa sa Carthage (419 CE). Ang mga synod na ito ay tinipon sa ilalim ng kapangyarihan ni Agustin ng Hipona na tumuring sa kanon bilang sarado na. Ang unang konseho na tumanggap ng kasalukuyang kanon ng mga aklat ng Bagong Tipan ay maaaring ang Synod ng Hipona sa Hilagang Aprika noong 393 CE. Kalaunang kinumpirma sa Mga Konseho ng Carthage noong 397 CE at 419 CE ang aksiyong kinuha sa Synod ng Hipona na muli ay dahil sa malaking impluwensiya ni Agustin ng Hipona. Ang Aklat ng Pahayag ay idinagdag sa talaan noong 419 CE. Ang kontrobersiya ay hindi natapos dito at hindi lahat ng mga Kristiyano ay tumatangap sa naging kanon na 27 aklat ng Bagong Tipan. Ang kanon ng Bagong Tipan ng Bibliyang Peshitta ng Kristiyanismong Syriac ay naglalaman lamang ng 22 aklat at hindi kasama rito ang 2 Pedro, 2 Juan, 3 Juan, Sulat ni Judas at Aklat ng Pahayag. Ang kanon na may 22 aklat ng Bagong Tipan ang binanggit nina Juan Crisostomo at Theodoret mula sa eskwelang Antioquia. Ang kanon ng Bagong Tipan ng Simbahang Etiopianong Ortodoksong Tewahedo ay naglalaman naman ng 35 aklat. Tinangkang alisin ni Martin Luther (1483–1546) sa kanon ng Bagong Tipan ang Sulat sa mga Hebreo, Sulat ni Santiago, Sulat ni Judas at Aklat ng Pahayag. Gayunpaman, ito ay hindi pangkalahatang tinatanggap ng kanyang mga tagasunod. Ang mga aklat na ito ay nilagay sa huli ng Bibliyang Luther hanggang sa kasalukuyan. Inilipat rin ni Luther ang mga deuterokanoniko sa isang seksiyong kanyang tinawag na apokripa. Sa De Canonicis Scripturis ng Konseho ng Trent (1545–1563) na pumasa sa isang boto (24 oo, 15 hindi, 16 nangilin) noong 1546, kinumpirma ng Konseho na ang mga aklat na deuterokanoniko ay kalebel ng ibang mga aklat ng kanon ng Lumang Tipan. Winakasan rin ng konseho ang debate sa antilegomena ng Bagong Tipan.
Pagkatapos ng Konseho ng Efeso noong 431 CE, ang Iglesiang Assyrian ng Silangan ay humiwalay sa ibang mga obispo ng simbahan sa Bizantino. Ang konsehong ito ay ipinatawag ng mga obispo upang lutasin at talakayin ang mga paniniwala ng mga Nestorian na isinulong ni Nestorio na Patriarka ng Constantinople noong 428–431 CE. Ang doktrina ni Nestorio ay nagbibigay-diin sa hindi pag-iisa ng kalikasang tao at diyos ni Hesus. Sa ibang salita, ang Nestorianismo ay nagtuturong si Hesus ay umiral bilang dalawang natatanging kalikasan na isang taong Hesus at isang diyos na anak ng diyos sa halip na pinag-isang persona at kaya ay tumutol rin sa paggamit ng Theotokos (Ina ng Diyos) para kay Maria na ina ni Hesus at sa halip ay gumamit ng Christotokos (Ina ni Kristo). Ang mga katuruang ito ni Nestorio ang nagdulot sa kanya sa pakikipag-alitan sa ibang mga mahalagang pinuno ng Iglesia na ang pinakilala dito ay si Cirilo ng Alehandriya. Si Nestorio at ang kanyang mga katuruan ay kalaunang kinondena ng Konseho ng Efeso noong 431 CE gayundin sa Konseho ng Chalcedon noong 451 CE. Ang pagkondenang ito sa Konseho ng Efeso ang nagtulak sa ibang mga simbahan ng Kristiyanismo na sumusuporta sa katuruan ni Nestorio na humiwalay sa Simbahan sa Bizantino. Ang mga simbahang ito na humiwalay ay naging Simbahan ng Silangan. Sa Konseho ng Chalcedon na nasa Constantinople noong 451 CE, ang di pagkakasunduan ay nabuo sa pagitan ng karamihan ng mga obispo sa mga sakop ng Kristiyano at sa mga obispo na nakatalaga sa Ethiopia, Alehandriya, Armenia, Syria at India hinggil sa paglalarawan ng pagkatao at pagkadiyos ni Hesus. Ang pakikipag-hiwalay ay dulot sa isang bahagi ng pagtanggi ni Papa Dioscoro I ng Alehandriya na Patriarka ng Alehandriya na tanggapin ang dogma na pinalaganap ng Konseho ng Chalcedon na si Hesus ay may dalawang kalikasan na isang diyos at isang tao sa isang persona. Ang pananaw ni Dioscoro ay sumusunod sa pananaw ni Cirilo ng "isang kalikasan ng Diyos na Salitang naging tao" na nangangahulugang pagkatapos ng pagkakatawang ni Kristo, ang kanyang pagkaDiyos at pagkatao ay buong nagkakaisa sa isang kalikasan kay Kristo. Isinaad ni Dioscoro na hindi niya tinatanggap "ang dalawang mga kalikasan pagkatapos ng pagkakaisa" ngunit hindi siya tumututol sa "mula sa dalawang mga kalikasan pagkatapos ng pagkakaisa". Para sa mga pinuno o hierarka na naging pinuno ng Ortodoksong Oriental, ang pananaw ng Konseho ng Chalcedon ay katumbas ng pagtanggap sa Nestorianismo. Ang Konseho ng Chalcedon ay kumondena sa posisyon ni Dioscoro na kanilang inalis sa tungkulin at pinatapon. Ang mga humiwalay na simbahan at tumakwil sa Konseho ng Chalcedon na tinatawag na Kristiyanismong hindi-Chalcedoniano ang mga Simbahang Oriental na Ortodokso. Ang sektang Oriental na Ortodokso sa kasalukuyang panahon ay kinabibilangan ng Coptikong Simbahan ng Ehipto, Etiopianong Ortodoksong Simbahang Tewahedo, Simbahang Ortodoksong Syriac, Simbahang Armenianong Ortodokso, at Simbahang Malankara (Indian) Ortodokso. Si Dioscoro ay namatay sa pagkakatapon noong 454 CE. Pinahintulutan ng emperador ang paglalagay ng obispo (partiarka) na Alehandriyanong si Proterio na humalili sa sede (diocese) ng Alehandriya, Ehipto. Ang pagkahirang kay Proterio na isang Chalcedoniano ay humantong sa pagkakabahagi sa pagitan ng hindi-Chalcedonianong Koptikong Ortodoksong Simbahan ng Alehandriya at Chalcedonianong Simbahang Ortodoksong Griyego ng Alehandriya na hindi kailanman na nalutas. Kalaunan, ang mga Kristiyano sa Alehandriya na sumusuporta kay Dioscoro ay naghimagsik sa hinirang na dayuhang obispo. Pinagsasaksak ng mga Kristiyanong Alehandriyano si Proterio, kanilang kinaladkad ang kanyang bangkay sa buong lungsod at pinagpuputol-putol ang kanyang bangkay at sinunog at ikinalat ang mga abo nito sa hangin. Si Proterio ay hinalinan ng hindi-Chalcedonianong si Papa Timoteo II ng Alehandriya ngunit noong 460 CE ay pinatalsik ng Emperador na naglagay sa Chalcedonianong si Timoteo III bilang Patriarka. Ang mga Alehandriyanong Kristiyano na hindi-Chalcedoniano ay tumugon sa pamamagitan ng muling paglalagay sa katunggaling patriarkang hindi-Chalcedoniano na si Papa Timoteo II ng Alehandriya. Ang pinakamahalagang pagkakabahagi ay naganap noong 1054 CE na nagdulot ng matinding pinsala sa pagkakaisa ng Kristiyanismong Chalcedoniano. Ito ay resulta sa ilang siglo na pagkakaibang kultural (o teolohikal) sa pagitan ng Silangan (Bizantino) at Kanlurang bahagi ng Iglesiang Kristiyano. Ito ay nangyari nang itiwalag ng papa sa Roma ang patriarka ng Bizantino at itiniwalag naman nang patriarka ng Bizantino ang papa sa Roma. Ang pagkakabahagi ay sanhi ng pag-aangkin na ang papa sa Roma ang pangkalahatang autoridad sa buong mga kristiyano. Kabilang din sa mga pinag-talunan ng mga ito ang araw na isasagawa ang easter, kung ang purgatoryo ay tamang konsepto, kung ang may lebadura o walang lebadurang tinapay ay ihahandog bilang komunyon at kakainin sa mga banal na araw gayundin ang katayuan ng banal na espiritu. Ang mga Kristiyanong Bizantino ay naniwalang ang banal na espiritu ay nagmula "lamang" sa Diyos Ama samantalang ang Kanlurang simbahan na nakabase sa Roma ay naniwalang ang banal na espiritu ay nagmula sa parehong Ama at Anak. Ang Silangang Kristiyanismo ay tinawag na Simbahang Silangang Ortodokso at ang Kanluraning Kristiyanismo ang naging Simbahang Katoliko Romano.
Noong ika-labing anim na siglo (1517–1648), Ang Repormasyong Protestante ay nagsanhi ng pagkakabahagi ng Kristiyanismo sa sektang Protestante, Calvinismo, Anabaptismo, Lutheranismo, Anglikanismo at iba pa mula sa Romano Katolisismo. Sa kalaunan, ang mga sektang ito ay nagkabaha-bahagi pa sa iba't ibang mga sekta ng Kristiyanismo.
Pagkatapos ng pagbagsak ng imperyo Romano noong 476 CE, ang Simbahang romano katoliko ay nakipagtunggali sa Arianismo sa pang-aakay ng mga tribong barbarian. Ang kombersiyon ng paganong haring si Clovis sa Kristiyano ay nakakita ng pagsisimula ng isang patuloy na pag-akyat ng Kristiyanismo sa Kanluranin. Noong 530, isinulat ni Benedicto ng Nursia ang isang gabay na praktikal sa buhay ng pamayanang monastiko. Ang mensahe nito ay kumalat sa mga monasteryo sa buong Europa. Sa simula ng ikawalong siglo CE, ang ikonoklasmong Bizantino ay naging pangunahing pinagmulan ng alitan sa pagitan ng mga simbahang Silanganin at Simbahang Kanluranin. Ipinagbawal ng mga emperador na Bizantino ang paglikha at benerasyon ng mga larawang relihiyoso o mga imahe bilang paglabag sa ikalawang utos ng Hudaismo na Huwag kang gagawa ng imahen ng anumang nilalang na nasa langit, nasa lupa, o nasa tubig upang sambahin. Huwag mo silang yuyukuran ni sasambahin sapagkat akong si Yahweh na iyong Diyos ay mapanibughuing Diyos. Ang kasalanan ng mga magulang ay sinisingil ko sa kanilang mga anak hanggang sa ikatlo at ikaapat na salinlahi (Aklat ng Exodo 20:4-5). Para sa mag ikonoklasto (anti-ikono), ang tanging tunay na imahe ay dapat eksaktong wangis ng prototipo na parehong substansiya na kanilang itinuturing na imposible dahil ang kahoy at mga imahe ay hindi naglalaman ng espirito at buhay. Para sa mga anti-ikono, ang tanging tunay na ikono ni Hesus ang Eukarista na katawan at dugo ni Kristo. Si Papa Gregorio III ay hindi umayon. Bilang tugon sa mga ikonoklasto, ang mga ikonodulo (pro-ikono) ay nangatwirang inutos ng Diyos kay Moises na gumawa ng dalawang mga estatwa ng kerubin sa Arko ng tipan (Exodus 25:18–22) at burdahan ang kurtina ng tabernakulo ng mga kerubin (Exodo 26:31). Sa karagdagan, kanila ring ikinatwiran na ang mga idolo ay kumakatawan sa mga taong walang realidad samantalang ang mga ikono ay naglalarawan ng mga tunay na persona. Samakatuwid sa kanilang pananaw, ang lahat ng mga imahe na hindi ng kanilang pananampalataya ay mga idolo at ang lahat ng mga imahe ng kanilang pananampalataya ay mga ikonong pinapipitagan na maihahambing sa kasanayan sa Lumang Tipan ng paghahandog lamang ng mga handog sa Diyos ng Hudaismo at hindi sa ibang mga Diyos ng ibang relihiyon. Ang Simbahang Kanluranin ay nanatiling matibay sa pagsuporta nito sa paggamit ng mga imahe sa panahong ito na humantong sa malaking paghahati ng mga tradisyong simbahang Silanganin at Simbahang Kanluranin. Ang Konseho ng Hieria ay tinipon ng emperador na Bizantinong si Constantino V noong 754 CE na nagpatibay sa posisyong ikonklasto (anti-ikono) ng emperador. Ideneklara ng konseho ng Hieria ang sarili nito bilang ang ikapitong konsehong ekumenikal ngunit ito ay hindi tinatanggap ng Silangang Ortodokso at Romano Katoliko. Ang bagong emperatris na si Irene ay tumawag sa Ikalawang Konseho ng Nicaea noong 787 na muling bumuhay sa benerasyon ng mga ikono sa Simbahang Silanganin na muling nagsanhi ng pagkakaisa ng Simbahangang Silanganin sa Simbahang Kanluranin. Ideneklara ng Ikalawang Konseho ng Nicaea ang sarili nito bilang ang ikapitong konsehong ekumenikal. Sa pagtatapos, ang 300 mga obispo na pinangunahan ng mga kinatawan ni Papa Adriano I ay tumangap sa katuruan ng Papa na pabor sa mga ikono. Gayunpaman, ang Konseho ng Constantinople noong 815 ay idinaos na muling nagbabalik ng pagbabawal sa mga ikono at tumatakwil sa desisyon ng mas maagang Ikalawang Konseho ng Nicaea at muling nagpapatibay ng desisyom ng Konseho ng Hieria.
Sa koronasyon ni Carlomagno ni papa Leo III noong 800, ang kapapahan ay nagkamit ng bagong protektor sa kanluran. Ito ay nagpalaya sa mga papa mula sa kapangyarihan ng emperador sa Constantinople. Ito ay humantong sa paghahating Silangan-Kanluran dahil ang mga emperador at ang mga patriarka ng Constantinople ay nagbigay kahulugan sa kanilang mga sarili na mga tunay na inapo ng imperyo Romano na may petsang bumabalik sa mga pagsisimula ng simbahan. Tumanggi si Papa Nicholas II na kilalalin ang Patriarkang Photios I ng Constantinople na umatake naman sa papa bilang eretiko dahil pinanatili nito ang filioque sa kredo na tumutukoy sa banal na espirito na nagmumula sa diyos ama at anak. Ang kapapahan ay napalakas sa pamamagitan ng kanyang mga bagong alyansa na lumikha ng bagong problema para sa mga papa nang sa kontrobersiyang imbestitura, ang mga humaliling emperador ay naghangad na hirangin ang mga obispo at kahit ang panghinaharap na mga papa. Pagkatapos ng disintegrasyon ng imperyo ni Carlomagno at paulit ulit na pananakop ng mga pwersang Islamiko, ang kapapahan nang walang anumang proteksiyon ay pumasok sa yugto ng isang malaking kahinaan. Ang repormang Cluniac ng mga monasteryo na nagsimula noong 910 ay naglagay sa mga abbot sa ilalim ng direktang kontrol ng papa kesa sa sekular na kontrol ng mga panginoong feudal. Sa ikalabingisang siglo CE, ang Paghahating Silangan-Kanluran ay permanenteng naghati sa Kristiyanismo. Ito ay lumitaw sa isang alitan kung ang Constantinople o Roma ay may hurisdiksiyon sa Sicily at humantong sa mga mutual na pagtitiwalag ng papa sa patriarka at ng patriarka sa papa noong 1054. Mula nito, ang Kanluran (Latin) na nasa Roma na sangay ng Kritiyanismo ay naging Romano Katoliko samantalang ang Silanganing (Griyego) na nasa Constantinople sangay ay naging Simbahang Silangang Ortodokso. Ang ikalabingisang siglo CE ay nakakakita ng kontrobersiyang imbestitura sa pagitan ng emperador at papa sa karapatan na gumawa ng mga paghirang ng simbahan na isang pangunahing yugto ng paglalaban sa pagitan ng estado at simbahan sa mediebal na Europa. Ang kapapahan ang mga nanalo sa simula ngunit dahil ang mga Italyano ay nahati sa pagitan ng mga Guelph at Ghibelline sa mga paksiyon na kadalasang ipinapasa sa pamamagitan ng mga pamilya o estado hanggang sa wakas ng Gitnang Panhon, ang alitan ay unti unting nagpahina sa kapapahan.
Inilunsad ni Papa Urban II ang Unang Krusada noong 1095 nang makatanggap ito ng apela mula sa emperador na Byzantine na si Alexius I Komnenos upang pigilan ang mga pananakop ng Turko. Si papa Urban II ay naniwala na ang Krusada ay makakatulong upang magdulot ng rekonsilyasyon sa Silanganing Kristiyanismo. Ang sermon ni Urban II as Clermont ang simula ng walong buwang pangangaral na isinagawa ng papa sa buong Pransiya na humihimok ng banal na digmaan at humimok sa mga Kristiyano na ipagtanggol ang Byzantine laban sa mga Muslim. Siya ay nagpadala rin ng mga mangangaral sa buong Kanluraning Europa upang ipalaganap ang tungkol sa Krusada. Ang pangangaral na ito ni Urban II ay humimok ng isang pagsiklab ng karahasan laban sa ma Hudyo. Sa Pransiya at Alemanya, ang mga Hudyo ay nakita na mga kaaway ng mga Kristiyano gaya ng mga Muslim at pinaniniwalaang responsable sa pagpapapako kay Hesus. Ang sunod sunod na mga kampanyang militar na tinatawag na mga krusada ay nagsimula noong 1096. Ang mga ito ay nilayon upang ibalik ang Banal na Lupain (Israel) sa kontrol ng mga Kristiyano. Ang layuning ito ay hindi naisakatuparan at ang mga episodyo ng brutalidad na isinagawa ng mga hukbo ng parehong panig ay nag-iwan ng isang legasiya ng mutual na kawalang pagtitiwala sa pagitan ng mga Muslim at mga Kristiyano. Ang mga nagkrusada ay nabigo na magtatag ng mga permanenteng estadong Kristiyano sa Banal na Lupain. Ang pagsalakay sa Constantinople noong Ikaapat na Krusada ay nag-iwan sa mga Kristiyano sa Silanganin na mapoot sa kabila ng pagbabawal ni Papa Inosento III ng anumang gayong pag-atake. Noong 1199, kasunod ng Ikatlong Krusada, inatas ni Inosente III na palayain ng mga nagpautang na Hudyo ang mga nagkrusada. Maraming mga nagkrusada ay nangailangan mangutang sa mga Hudyo upang bumili ng mga sandata para sa Krusada. Ang batas sa Pransiya noong ika-13 siglo ay nagrereplekta sa mga pagsisikap ng Simbahang Katoliko na buwagin ang mga pagpapautang ng mga Hudyo. Ang patakarang ito ay may malalang epekto sa mga Hudyo ng Pransiya dahil ang pagpapautang ang isa sa kakaunting tanging mga bukas na trabaho para sa kanila. Ang papa ay tumawag rin ng panloob na Krusada laban sa mga hindi mananampalataya ng Katolisismo, lalo na ang mga heretiko ng katimugang Pransiya. Ang masaker ng mga libo libong heretiko sa Bezier, Pransiya noong 1209 ay humantong sa pagmamasaker ng mga 800 Hudyo. Ang Ikaapat na Krusada na may autorisasyon ni Papa Inosente III noon 1202 na nilayong muling kunin ang Banal na Lupain ay sandaling pinabagsak ng mga Venetian na gumamit ng mga pwersa upang salakayin ang siyudad na Kristiyano ng Zara. Kalaunan, ang mga nagkrusada ay dumating sa Constantinople ngunit sa halip na tumuloy sa Banal na Lupain ay sinalakay ang Constantinople at ibang mga bahagi ng Asya menor na nagtatag ng Imperyong Latin ng Constantinope sa Gresya at Asya minor. Noong 2001, si Papa John Paul II ay humingi ng tawad para sa mga kasalanan ng Katoliko kabilang ang pagsalakay sa Constantinope noong 1204. Ang mga impluwensiya at reporma ng mongheng Cistercian na si Bernard ng Clairvaux ay nagtulak kay Papa Alexander III na magpasimula ng mga reporma na humantong sa pagkakatatag ng batas na kanon ng Romano Katoliko. Noong ikalabingdalawang siglo, ang Pransiya ay nakasaksi ng paglago ng Catharismo sa Languedoc, Pransiya. Ang Catharismo ay isang sektang Kristiyano na may pilosopiyang neo-manichean. Pagkatapos na akusahan ang mga Cathar ng pagpatay sa isang legato ng papa noong 1208, si Papa Inosente III ay nagdeklara ng Krusadang Albigensian na nag-aalok ng mga lupain ng mga heretikong Cathar sa sinumang Maharlikang Pranses na makikidigma sa mga Cathar. Ang karahasan nito ay humantong sa pagkakamit ng Pransiya ng mga lupain na may malapit na ugnayang pampolitika at kultural sa Catalonia..
Ang Inkisisyon ay itinatag sa Toulouse noong Nobyembre 1229 at ang mga natirang mga elemento ng Catharismo ay nilipol sa rehiyon. Ang inkisisyong ito ay pumaslang sa aberahang tatlong katao kada taon sa tugatog nito. Sa paglipas ng panahon, ang mga inkisisyon ay inilunsad ng mga pinuno ng Romano Katoliko upang usigin ang mga heretiko, upang tumugon sa banta ng pananakop ng mga Moor o para sa mga layuning pampolitika. Ang mga nilitis ay hinikayat na bawiin ang kanilang heresiya at ang mga tumanggi ay pinarusahan ng mga pangungumpisal, mga multa, mga pagkabilanggo, pagpapahirap o pagpatay sa pamamagitan ng pagsunog. Sa isang liham mula sa mga Consul ng Carcassone noong 1285 kay Jean Garland, inilarawan ito ng isang inkwisitor na:
Ang mga kondemnasyon noong 1210–1277 ay isinabatas sa mediebal na Unibersidad ng Paris upang limitahan ang ilang mga katuruan na heretikal. Ang mga ito ay kinabibilangan ng ilang mga mediebal na katuruang teolohikal ngunit ang isa pinakamahalaga ang mga tratadong pisikal ni Aristotle. Ang mga imbestigasyon ng mga katuruang ito ay isinagawa ng mga obispo ng Paris. Ang tinatayang 16 na mga talaan ng mga hindi inaprobahang tesis ay inisyu ng Unibersidad ng Paris noong mga ika-13 at ika-14 siglo. Ang mga talaan ng proposiyong ito ay tinipon sa isang sistematikong mga kalipunan ng mga pinagbawal na artikulo.
Sa huli at simula ng ikalabinglima at ikalabinganim na mga siglo CE, ang mga misyong Europeo at mga maglalayag ay nagpakalat ng Romano Katolisismo sa mga Amerika, Asya, Aprika at Oceania. Si Papa Alexander VI sa kanyang papal bull na inter caetera ay naggawad ng mga karapatang kolonyal sa karamihan ng mga bagong natuklasang lupain sa Espanya at Portugal. Noong Disyembre 1511, bukas na sinuway ng prayleng Dominikano na si Antonio de Montesinos ang mga autoridad na Espanyol na namamahala sa Hispaniola sa masasamang pagtrato sa mga katutubong Amerikano na nagsasabi sa mga ito na "...kayo ay nasa mortal na kasalanan... para sa kalupitan at kabagsikan na ginagamit ninyo sa pakikitungo sa mga inosenteng taong ito." Bilang tugon, isinabatas ni Haring Ferdinand ang Mga Batas ng Burgos. Ang pagpapatupad ay maluwag at ang ilan ay nagsisi sa Simbahang Katoliko sa hindi paggawa ng sapat upang mapalay ang mga Amerikanong Indiyano. Ang isyung ito ay nagresulta sa krisis ng konsensiya noong ikalabing anim na siglong Espanya. Ang pagbubuhos ng pagbatikos sa sarili at pagninilay nilay na pilosopikal sa mga teologong Katoliko ay humantong sa debate sa kalikasan ng mga karapatang pantao. Noong ikalabinglimang siglo, Si Nicolaus Copernicus na isang astronomo ng Renasimiyento ay unang bumuo ng isang komprehensibong kosmolohiyang heliosentriko na nag-aalis sa planetang mundo mula sa sentro ng uniberso. Sa orihinal na paglilimbag ng De revolutionibus orbium coelestium, ang aklat ni Copernicus ay nagsanhi ng katamtamang kontrobersiya at hindi pumukaw ng anumang mga mabagsik na sermon mula sa simbahan tungkol sa pagsasalungat ng teoriyang ito sa bibliya. Pagkatapos ng tatlong taon noong 1546, ang Dominikanong si Giovanni Maria Tulosi ay bumatikos sa teoriya ni Copernicus sa kanyang papel na natatanggol sa absolutong katotohanan ng bibliya. Kanya ring isinaad na pinlano ng Panginoon ng Sagradong Palasyo (i.e. ang hepe ng censor librorum ng Simbahang Katoliko) na Dominikanong si Bartolomeo Spina na kondenahin ang De revolutionibus ngunit napigilang gawin ito dahil sa pagkakasakit at kamatayan.. Pagkatapos ng 1610, nang publikong suportahan ni siyentipikong si Galileo ang heliosentrismo ni Copernicus siya ay nakatagpo ng mapait na pagsalungat mula sa ilang mga pilosopo at mga kaparian na ang dalawa ng mga pari ay kalaunang nagakusa sa kanya sa inkisisyon ng Simbahang Katoliko noong 1615. Ang karamihan ng mga astronomo at pilosopo sa panahong ito ay naniniwala pa rin sa heosentrismong pananaw na ang planetang daigdig ay nasa sentro ng uniberso. Sa kanyang sermon noong 1614 (na ang paksa ay Aklat ni Josue 10 kung saan pinatigil ni Josue ang araw), ang prayleng Dominikanong Tommmaso Caccini ang unang gumawa ng pag-atake kay Galileo. Si Galileo ay hinimok sa Roma upang litisin sa Inkisisyon at natagpuang "malalang suspek ng heresiya sa pagsunod sa posiyon ni Copernicus na salungat sa tunay na kahulugan at autoridad ng Banal na Kasulatan". Siya ay inilagay sa pagkakabilanggo sa kanyang tahanan sa natitira ng kanyang buhay. Ang isa pang biktima ng Inkisisyon ng Simbahang Katoliko si Giordano Bruno na lumagpas sa modelong Copernican at nagmungkahi na ang araw ay isang bituin at ang uniberso ay naglalaman ng walang hangganang bilang mga tinatahanang daigdig na tinatahanan ng ibang mga matatalinong nilalang. Pagkatapos ng inkisiyon ni Bruno, siya ay natagpuang nagkasala ng heresiya at ipinagsunog ng buhay. Noong 1521, sa pamamagitan ng pamumuno at pangangaral ng Portuges na maglalayag na si Ferdinand Magellan, ang unang mga Katoliko ay nabautismuhan sa unang bansang Krisityano sa Asya na Pilipinas. Sa sumunod na taon, ang mga misyong Franciscan ay dumating sa Mehiko at naghangad na akayin ang mga Indiyano sa Katolisismo. Ang mga katutubong Indiyano ay inilarawan sa batas bilang mga bata at ang mga pari ay nagkaroon ng papel na pang-ama na kadalasang pinapatupad ng mga parusang pisikal. Sa India, ang mga misyonaryong Portuges at Heswitang si Francis Xavier ay nang-akay ng mga hindi Kristiyano at isang pamayanang Kristiyano na nag-aangkin na itinatag ni Apostol Tomas. Sa Europa, ang Renasimiyento ay nagmarka sa panahon ng binagong interest ssa pagkatutong sinauna at klasiko. Ito ay nagdulot rin sa muling pagsisiyasat ng mga tinatanggap na paniniwala. Ang pagtanggap sa europa ng humanismo ay nagkaroon ng mga epekto sa Simbahan na yumakap rin dito. Noong 1509, ang skolar na si Erasmus sa kanyang "Ang Papuri sa Kahangalan" ay bumihag ng isang malawak na pagkabalisa sa korupsiyon ng Simbahang Romano Katoliko. Ang mismong kapapahan ay kinuwestiyon ng mga kousilarismo na inihayag sa mga konsilyo ng Constance at Basel. Ang mga tunay na pagbabago sa mga konsehong ekumenikal ay tinangka ng ilang mga beses ngunit napigilan. Ang mga ito ay nakitang kinakailangan ngunit hindi nagtagumpay dahil sa panloob na mga alitan sa simbahang Romano Katoliko gayundin sa patuloy na mga alitan sa imperyong Ottoman at Saracen at sa simoniya at nepotismo na sinasanay sa Simbahang Romano Katoliko nang ika-15 at ika-16 na siglo. Dahil dito, ang mga mayayaman, makapangyarihan at makamundong mga tao tulad ni Rodrigo Borgia na naging Papa Alexander VI ay nagawang manalo sa halalan ng kapapahan.
Ang Ikalimang Konsehong Lateran ay naglabas ng ilan ngunit mga maliliit na reporma noong Marso 1517. Pagkatapos ng ilang mga buwan noong 31 Oktubre 1517, ang paring Katoliko na si Martin Luther ay nagpaskil ng Ang Siyamnaputlimang Tesis sa publiko na umaasang magpasimula ng debate. Ang kanyang tesis ay nagprotesta sa mga mahahalagang punto ng doktrinang Katoliko gayon din ang pagbebenta ng mga indulhensiya. Ang iba pa gaya nina Huldrych Zwingli, John Calvin ay bumatikos rin sa mga katuruan ng Romano Katoliko. Ang mga hamong ito na sinuportahan ng mga makapangyarihang pwersang pampolitika sa rehiyon ay umunlad sa Protestanteng Repormasyon. Sa Alemanya, ang Repormasyon ay nagresulta sa digmaan sa pagitan ng Protestang Ligang Schmalkaldic at emperador na Katolikong si Charles V, Banal na Emperador Romano. Ang unang siyam na taong digmaan ay nagwakas noong 1555 ngunit ang patuloy na mga tensiyon ay lumikha ng higit na malalang alitan na TatlumpungTaong Digmaan na sumiklab noong 1618. Sa Pransiya, ang sunod sunod na mga alitang tinaguriang Mga Digmaang Pranses ng Relihiyon ay nilabanan mula 1562 hanggang 1598 sa pagitan ng mga Huguenot at mga pwersa ng Ligang Katolikong Pranses. Ang mga sunod sunod na papa ay pumanig at naging mga tagasuportang pinansiyal ng Ligang Katoliko. Ito ay nagwakas sa ilalim ni Papa Clemente VIII na may pag-aatubiling tanggapin ang Atas ng Nantes ni Haring Henry IV ng Pransiya noong 1598 na nagkakaloob ng tolerasyong relihiyoso at sibil sa mga Protestante. Ang Repormasyong Ingles ay maliwanag na batay sa pagnanais ni Henry VIII ng Inglatera sa pagpapawalang bisa ng kanyang kasal kay Catherine ng Aragon at sa simula ay mas pampolitika at kalaunang naging alitang teolohikal. Ang Mga Akto ng Supremasya ay gumawa sa hari ng Inglatera na maging pinuno ng simbahan ng Inglatera at sa gayon ay sa pagkakatatag ng Simbahan ng Inglatera. Pagkatapos nito sa simula ng 1536, ang ilang mga monasteryo sa Inglater, Wales at ireland ay nahinto at ang mga simbahang Katoliko ay sinunggaban. Nang mamatay si Henry noong 1547, ang lahat ng mga monasteryo, priaryo, mga kombento at ma dambana ay winasak o hininto. Si Maria I ng Inglatera ay muling nagpaisa ng Simbahan ng Inglatera at Roma laban sa payo ng ambahador na Espanyol at inusig ang mga Protestante sa panahon ng mga pag-uusig na Marian. Pagkatapos ng ilang probokasyon, ang sumunod na reynang si Elizabeth I ay napatupad ng Akto ng Supremasya. Ito ay pumigil sa mga Katoliko na maging mga kasapi ng propesyon, humawak ng opisyong pampubliko, pagboto o pagbibigay edukasyon sa mga anak nito. Ang Simbahang Katoliko Romano ay tumugon sa mga hamong pang doktrina at mga pang-aabuso na binigyang diin ng Repormasyon sa Konseho ng Trent (1545–1563). Ang konsehong ito ay naging nagpapatakbong pwersa ng Kontra-Repormasyon at muling pinagtibay ang mga sentral na doktrinang Katoliko gaya ng transubsansiasyon. Ito ay nagbago rin sa ibang mga mahalagang sa simbahan gaya ng pag-iisa ng hurisdiksiyon ng Roman Curia. Ang mga batikos ng Repormasyon ang kabilang na paktor na nagpasimula ng mga bagong orden kabilang ang mga theatine, Barnabite at Heswita.
Ang Panahon ng Kaliwanagan ay bumubuo sa isang bagong hamon sa Kristiyanismo. Hindi tulad ng Protestanteng Repormasyon na kumuwestiyon ng ilang mga doktrina ng Romano Katoliko, ang Panahon ng Kaliwanagan ay kumuwestiyon sa Kristiyano sa kabuuan nito. Sa pangkalahatan, itinaas nito ang katwiran ng tao ng higit sa pahayag ng diyos at pinababa nito ang mga autoridad na pang-relihiyon gaya ng kapapahan batay dito. Tinangka ng Simbahang Romano Katoliko na itaboy ang Galicanismo at Councilarismo na mga ideolohiyang nagbanta sa kapapahan at istruktura ng Simbahang Katoliko. Tungo sa huling bahagi ng ika-17 siglo, nakita ni Papa Inocencio XI ang papataas na mga pag-atake ng Turko laban sa Europa na sinuportahan ng Pransiya bilang pangunahing banta sa Simbahang Katoliko. Kanyang itinatag ang koalisyong Polish-Austrian para sa pagkatalo ng mga Turko sa Vienna noong 1683. Ang ilang mga skolar ay tumatawag sa kanyang santong papa dahil kanyang nireporma ang mga pang-aabuso ng Simbahang Romano Katoliko kabilang ang simoniya, nepotismo at maaksayang mga paggasta ng papa na nagresulta sa kanyang magmana ng utang ng papa na 50,000,000 scudi. Sa pagtanggal ng ilang mga honoraryong posisyon at pagpapakilala ng patakarang piskal, nagawa ni Inocencio XI na muling makuha ang kontrol ng mga pinansiya ng Simbahang Romano Katoliko. Sa Pransiya, nilabanan ng Simbahang Katoliko ang Jansenismo at Gallicanismo na sumuporta sa Councilarismo at tumakwil sa primasya ng kapapahan at humingi ng mga espesyal na konsesyon para sa Simbahang Katoliko sa Pransiya. Ito ay nagpahina sa kakayahan ng Simbahang Katoliko na tumugon sa mga taga-isip na Gallicanista gaya ni Denis Diderot na humamon sa mga pundamental na doktrina ng Simbahang Romano Katoliko. Noong 1685, ang gallicanistang Haring si Louis XIV ay naglabas ng Pagbawi ng Atas ng Nantes na nagwakas sa isang siglo ng tolerasyong relihiyoso. Ang Pransiya ay pumwersa sa mga teologong Katoliko na suportahan ang councilarismo at itanggi ang impalibilidad ng Papa. Ang hari ay nagbanta kay Papa Inocencio XI sa isang pangkalahatang konseho at militar na pagsunggab ng estado ng papa. Ang absolutong monarkiya ng estado ng Pransiya ay gumamit ng Gallicanismo upang makamit ang kontrol ng halos lahat ng mga pangunahing paghirang ng Simbahang Katoliko gayundin ang mga pag-aari ng Simbahan. Ang autoridad ng Estado ng ibabaw sa Simbahang Katoliko ay naging sikat rin sa ibang mga bansa. Sa Alemanya at Belgium, ang Gallicanismo ay lumitaw sa anyo ng Febronianismo na tumakwil sa mga prerogratibo ng papa sa katulad na paraan. Si Emperador Joseph II, Banal na Emperador Romano ng Austria (1780–1790) ay nagsanay ng Josephinismo sa pamamagitan ng pagkontrol sa buhay ng Simbahang Katoliko, mga paghirang at malawak na pagsunggab sa mga pag-aari ng Simbahang Katoliko.
Maraming mga skolar ay naniniwalang ang Hudaismo ay naimpluwensiyahan ng Zoroastrianismo. Ang Zoroastrianismo ay kalaunang nakaimpluwensiya sa Kristiyanismo at Islam dahil sa malakas na impluwensiya ng Hudaismo sa parehong relihiyong ito. Kabilang sa mga paniniwala ng relihiyong Zoroastrianismo na matatagpuan rin sa Hudaismo o Kristiyanismo ang mga puripikasyon, mga saserdote, mito ng paglikha, mga anghel, mga demonyo, paglitaw ng isang Mesiyas o Tagapagligtas na bubuhay muli ng mga namatay (resureksiyon) at hahatol sa wakas ng panahon, pagtalo sa masama ng mabuti, ang ideya ng monoteismo, walang hanggang buhay at marami pang iba. Marami ring mga skolar ang naniniwala sa posibilidad na ang Budismo ay nakaimpluwensiya sa simulang pag-unlad ng Kristiyanismo. Ayon sa mga skolar, maraming pagkakatugma sa kapanganakan, buhay, mga doktrina at kamatayan nina Buddha (ipinanganak ca. 563 BCE) at Hesus (ipinanganak ca. 4 BCE) Noong ika-2 siglo CE, isinaad na at tinukoy ng Kristiyanong si Justin Martyr ang mga misteryong relihiyon bilang "mga panggagaya ng demonyo" sa relihiyong Kristiyanismo. Ikinatwiran ni Justin Martyr na umabot sa mga tenga ng diablo na hinulaan ng mga propeta sa Lumang Tipan ang pagdating ni Hesus, at inudyokan ang mga paganong manunulat (bago pa ang paglitaw ng Kristiyanismo) na magsulong ng mga tatawaging mga anak ni Hupiter upang ipaniwala sa mga tao na ang Kristo ay katulad ng mga anak ni Hupiter.
Isinaad din ni Justin Martyr na "...ang mga demonyo ay humimok sa mga pagano na pumapasok sa kanilang mga templo...na wisikan ang kanilang mga sarili ng tubig; sa karagdagan, sinanhi nila silang maghugas ng kanilang mga buong pagkatao." Isinulat ni Tertullian na "sa mga ritong Appolinariano at Eleusinian, sila ay binabautismo at kanilang naiisip na ang resulta ng bautismong ito ay muling kapanganakan at pagpapatawad ng parusa ng kasalanan ..." Isinaad ni Plutarch (46 CE – 120 CE) na "Nang si Antalcidas ay na-inisiyado tungo sa mga misteryo sa Samothrace, humiling ang pari sa kanya [na ikumpisal] ang lalong nakakatakot na bagay na kanyang nagawa sa kanyang buhay..." Mula ika-1 hanggang ika-4 na siglo CE, ang Kristiyanismo ay direktang nakipagtunggali sa mga relihiyong misteryong ito para sa mga tagasunod. Ayon kina Klauck a McNeil, " "ang doktrinang Kristiyano ng mga sakramento sa anyo na kilala natin ay hindi lumitaw nang walang ugnayan sa pagitan ng Kristiyanismo at Mga Misteryong Relihiyon. Naunawaan rin ng Kristolohiya kung paano itaas ang pagmamanang mitikal na nagdadalisay nito at itinataas ito." Tulad ng Simbahang Katoliko Romano, ang Mitraismo ay may pitong mga sakramento kabilang ang bautismo at komunyon ng tinapay na minarkahan ng krus at alak na isinasagawa ng mga tagasunod ni Mitra tuwing linggo. Ang komunyong ito ay tinawag na mizd o sa latin ay missa. Ayon kay Ulansey, ang pinakamaagang ebidensiya ng Mga Misteryong Mitraiko ay naglalagay ng kanilang paglitaw sa gitna ng unang siglo BCE. Ayon sa historyan ni si Plutarch, noong 67 BCE, ang mga pirata ng Cilicia ay nagsasanay ng mga sikretong rito ni Mitras. Ipinakita ni Ulansey na Ang isang inskripsiyon kay Mitras ay mababasang "Siya na hindi kakain ng aking katawan at iinom ng aking dugo upang siya ay sasaakin at ako ay sasakanya, ang pareho ay hindi makakaalam ng kaligtasan". Ayon sa Juan 6:53, "Sinabi nga ni Hesus sa kanila: Katotohanan, katotohanang sinasabi ko sa inyo: Malibang kayo ay makakain ng laman ng Anak ng tao at makainom ng kaniyang dugo ay wala kayong buhay". Isinaad ni Justin Martyr tungkol sa Mga Misteryong Mitraiko na mas naunang lumitaw sa Kristiyanismo na:
Sa Zoroastrianismo, si Mitra ay isang kasapi ng trinidad ng mga [ahura], mga protektor ng asha/arta "katotohanan" o "kung ano ang tama". Si Mithras ay ipinanganak noong Disyembre 25 bilang supling ng Araw, itinuturing na isang dakilang manlalakbay na guro, may 12 mga alagad, nagsagawa ng mga milagro, tinawag na "ang mabuting pastol", "ang daan, ang katotohan at ang buhay", "tagapagligtas", "mesiyas", tinukoy ng parehong leon at kordero, inilibing sa isang libingan at pagkatapos ng 3 araw ay muling nabuhay. Ang salitang "misteryo (Griyeong mystirion) ay lumilitaw ng 22 beses sa singular at 5 beses sa plural sa Bagong Tipan kabilang ang 1 Timoteo 3:9,16, Efeso 1:9,3:4,9,5:32,6:19, Colosas 1:26,4:3, 1 Corinto 4:1,15:51. Ayon kay David Ulansey, noong huli nang ika-2 siglo BCE, ang isang pangkat ng mga Stoiko sa siyudad ng Tarso ay nagpasimula ng Mitraismo. Ayon sa Mga Gawa*, si Apostol Pablo ay nagmula sa Tarso. Bilang pag-ayon kay Apostol Pablo, si Clemente ng Alexandria ay nag-anyaya sa mga pagano na maging inisiyado sa mga misteryo ng Kristiyano. Isinulat ni Clemente na "At pagkatapos ay magkakaroon kay ng pangitain ng aking Diyos, at magiging inisiyado sa mga banal na misteryong iyon at malalasap ang mga kagalakan na itinago sa langit". Inilarawan rin ni Clemente ang Kristiyanismo bilang "ang mga sagradong misteryo". Ang ilang mga wika at mga imahen na matatagpuan sa Bagong Tipan ay hinango sa Mga Misteryong relihiyon na ito. Halimbawa ang butil na isang manipestasyon ng buhay rito na sumisimbolo sa buhay sa lahat at katulad ng makikita sa 1 Corinto 15:36–38 at Juan 12:24. Sa isang seremonyang inisiasyon ng mga misteryong Eleusiniano sa madilim na kwarto ng inisiasyon, ang pari ay lumilikha ng isang korona ng liwanag na may mga dila ng apoy sa palibot ng kanyang ulo. Una ay kanilang aahitin ang kanyang ulo at tatakpan ito ng protektibong unggwento. Pagkatapos ay kanilang ikakabit sa tuktok ng kanyang ulo ang isang pabilog na metal na isang lalagyan na may alkohol na aapuyan sa dilim at liliwanag sa isang maikling panahon. Ang korona ng apoy sa ulo ng pari ay tulad ng isang dila ng apoy. Ang imaheng ito ay hiniram sa Mga Gawa*. Ang pakikipag-isa o "pananahan" sa diyos na si Dionysus ay makikita sa 1 Juan 4:15, Galacia 3:28, 2 Corinto 5:17. Ang Mga Misteryong Relihiyong ito ay may sakramental na komunyon sa kanilang diyos na si Zagreus-Dionysus na nagdusa, namatay at muling nabuhay. Sa simbolikong pagkain ng katawan at pag-inom ng dugo, ang mga nagdiriwang ay nagiging sinasapian ni Dionysus at makikita sa Juan 6:54–56. Si Dionysus ay isa sa maraming mga tagapagligtas na diyos na namatay at nabuhay. Ang kanyang kaarawan ay ipinagdiriwang tuwing Disyembre 25. Siya ay sinamba sa buong Gitnang Silangan gayundin sa Gresya. Siya ay mayroong sentro ng pagsamba sa Herusalem noong ika-1 siglo BCE. Siya ang anak ni Zeus na Diyos Ama at ang kanyang laman at dugo ay simbolikong kinakain ng kanyang mga tagasunod sa anyo ng tinapay at alak. Si Dionysus ay ipinanganak ng isang birhen, nagsagawa ng mga milagro gaya ng pagbabago ng tubig sa alak, may 12 alagad, tinawag na "Diyos na naging laman", "Tanging Bugtong na Anak" at "Tagapagligtas", ipinako sa krus at namatay bilang isang handog para sa mga kasalanan ng daigdig. Si Dionysus ay muling nabuhay pagkatapos ng 3 araw at umakyat sa langit. Ayon sa skolar na si Peter Wick, ang paggamit ng simbolismong alak sa Ebanghelyo ni Juan kabilang ang kuwento ng kasalan sa Cana kung saan binago ni Hesus ang tubig sa alak ay nilayon upang ipakita ng Juan si Hesus ay mas superior kay Dionysus. Ang pag-uusig sa demi-diyos na si Dionysus sa Ang Bacchae (405 BCE) ay makikita sa Mga Gawa* (bakit mo ako pinag-uusig? Mahirap sa iyo ang sumikad sa mga pangtaboy na patpat.). Sa Bacchae, isinaad ni Dionysus sa kanyang taga-usig na si Pentheus: "Binalewala mo ang mga salita ng aking babala...at sumikad sa mga pangtaboy na patpat." Madaling makita na pinaghiraman ng Gawa ang Bacchae dahil sa pagpapanatili ng anyong plural ng kentra sa Gawa 26:14 samantalang pagpapanatili ng metro ng Bacchae na tila wala sa lugar sa Gawa. Ang Mga Gawa* ay hinango rin sa Bacchae kung saan ang mga gapos ng mga inusig na tagasunod ni Dionysus ay nakalas at ang mga pinto ay nabuksan nang hindi hinawakan ng kamay ng tao. Inihambing rin ng ilang mga skolar ang senaryo sa Bacchae kung saan si Dionysus ay humarap at tinanong ni Pentheus sa kaso ng pag-aangkin ng pagiging diyos sa pagharap ni Hesus kay Poncio Pilato.
Inilalarawan sa Dead Sea Scrolls tungkol sa Mga Essene ang isang sagradong pagkain ng tinapay at alak sa isang hapunan sa Paskuwa na inihanda ng walang lebadurang tinapay na kakainin sa mga pagwawakas ng mundo kasama ng mesiyas. Ang mga Essene tulad ng mga Kristiyano ay isang pamayanang Komunismo at ang lahat ng kasapi ng pamayanang Essene ay dapat ipamigay ang lahat ng kanilang ari-arian. Ayon sa Ebanghelyo ni Lucas 1:31-35, "At ikaw ay maglilihi sa iyong sinapupunan at magkakaanak ng isang anak na lalake at tatawagin siyang Hesus. Siya ay magiging dakila at tatawaging anak ng lalake ng Kataas-taasan...ang Anak ng Diyos". Ang halos parehong pangungusap ay matatagpuan sa Dead Sea Scrolls, "Siyay tatawaging dakila at siya ay tatawaging Anak ng Diyos at tatawagin nila siyang Anak na Kataas-taasan." (DDS, 4Q 246)
Ang parehong mga Essene at mga Kristiyano ay dualistiko na naniwala sa isang mundo na may labanan ng mga puwersa ng kabutihan at kasamaan liwanag at kadiliman. Sa mga Iskrolyo ng Dagat na Patay, "Ang lahat ng mga anak ng katwiran ay pinamumunuan ng Prinsipe ng Liwanag ngunit ang mga anak ng kasinungalingan ay pinamumunuan ng Anghel ng Kadiliman at lumalakad sa mga landas ng kadiliman". (Rule of the Community, 3) Kahit ang mga Sermon sa Bundok sa Mateo 5:3-12 at sa Lucas 6:20-23 ay may pagkakatulad sa mga nakasulat sa Iskrolyo ng Dagat na Patay.
Sa halos lahat ng sektang kristiyano, ang sentral na karakter ng relihiyong ito na si Hesus ay pinaniniwalaang mesiyas at tagapagligtas. Bukod dito, ang iba ibang sekta ng Kristiyanismo ay naniniwalang ang kanilang sekta ang tanging totoo at nag-ingat ng tunay na aral ni Hesus samantalang ang ibang sektang Kristiyano ay nalihis sa tamang doktrina. Halimbawa, ang Romano Katolisismo ay naniniwala na ito ang tunay na iglesia batay sa paghaliling apostoliko (apostolic succession). Ang paghaliling apostoliko ay inaangkin rin ng Silangang Ortodokso at iba pang mga sekta. Ang restorasyonismo sa kabilang dako ay naniniwalang ang Romano Katoliko ay isang nalihis na Kristiyanismo at ang mga sektang restorasiyonismo ay naniniwalang sila ang nagpanumbalik ng tunay na aral at iglesiang itinatag ni Hesus.
Ang pagkakaiba sa doktrina ng iba't ibang mga sekta ng Kristiyano ay umuukol sa "tunay" na kalikasan ni Hesus gayundin kung ano ang mga kataruan nito at kung ano pamamaraan ng pagsamba dito. Kabilang din sa pagkakaiba sa doktrina ng iba't ibang sektang Kristiyano ang ukol sa free will, sabbath, impyerno, paggamit ng mga ikono, pag-iikapu, interpretasyon ng mga talata, moralidad, predestinasyon, at iba pa.
Ang kritisismo ng Kristiyanismo ay nagsimula pa noong sinaunang panahon. Ang mga sinaunang kritiko ng Bagong Tipan ay kinabibilangan ng mga Griyegong pilosopo na sina Celsus at Porphyry. Sa modernong panahon, ang kritisismo ng Bibliya at Kristiyanismo ay sumidhi pagdating ng Panahon ng Kaliwanagan (Age of Enlightenment) noong ika 18 siglo CE at pagsulong ng historikal na kritisismo o pagsusuri sa pinagmulan ng Bibliya. Ang pagsulong din ng agham gaya ng teoriya ng ebolusyon ay lalong nagbigay duda sa pagiging totoo ng Bibliya. Ayon sa mga kritiko, ang Bibliya ay hindi salita ng diyos dahil ito ay naglalaman ng mga paniniwalang sinasalungat ng arkeolohiya, agham, at kasaysayan.
Walang arkeolohikal na ebidensiya na nagpapatunay na umiral si Hesus sa mundo. Ang tanging "pinagkunang biograpiya" ni Hesus at tinatanggap ng mga Kristiyano na "tamang" salaysay ng buhay ni Hesus ay mula lamang sa apat kanonikal na Ebanghelyo ng Bagong Tipan na Mateo, Marcos, Lucas at Juan. Ang ibang mga ebanghelyo gaya ng Ebanghelyo ni Tomas, Ebanghelyo ni Judas at iba pa na hindi nakapasok sa kanon ng katoliko ay naglalaman ng mga detalye na iba sa mga nakasulat sa apat ng ebanghelyo. Halimbawa, ayon sa aklat na Second Treatise of the Great Seth na natagpuan sa Nag hammadi noong 1945, si Hesus ay hindi ipinako sa krus kundi si Simon na Cireneo ay napagkamalang si Hesus at siyang ipinako sa krus. Inilalarawan din sa aklat na ito na si Hesus ay nakatayo sa malapit at "tumatawa sa kanilang kamangmangan". Ayon din sa aklat na ito, ang mga naniniwalang si Hesus ay namatay sa krus ay naniniwala sa "doktrina ng patay na tao". Ang mga aklat na ito ay pinasunog ng sektang proto-ortodox noong ika apat na siglo CE nang ang proto-ortodox ay gawing opisyal na relihiyon ng Imperyo Romano. Ang mga natira at naitagong manuskrito ay natagpuan sa Nag hammadi sa Ehipto noong 1945. Bukod dito ang mga tagasunod ng ibang sekta ng Kristyanismo gaya ng Gnostisismo ay pinag-usig at pinapatay rin ng sektang proto-ortodox.
Ang apat na kanonikal na ebanghelyo na Mateo, Marcos, Lucas at Juan ay hindi maituturing na mga "walang kinikilingang" (hindi biased) mga salaysay ng buhay ni Hesus dahil ang layunin ng mga aklat na ito ay mang-akay sa relihiyong Kristiyanismo (Juan 20:30). Bukod dito, ang mga salaysay na may "pagmimilagro" at mga ekstradordinaryong mga salaysay gaya ng pagkabuhay ng mga patay at pag-ahon nito sa mga libingan (Mateo 27:51-53) ay hindi itinuturing ng mga historyan na kapani-paniwala. Ang mga ibang skolar ay nagsasabing ang mga apat na kanonikal na ebanghelyo ay hindi isinulat ng mga "saksi" (eyewitness) dahil ang mga ito ay naglalaman ng mga maling heograpiya ng Palestina (o Israel) gayundin ng mga maling paglalarawan ng mga kustombre ng mga Hudyo noong unang siglo CE. Bukod dito, sinasabi din ng mga skolar na ang mga kanonikal na ebanghelyo na Mateo, Marcos, Lucas Juan ay naglalaman ng mga magkakasalungat na mga salaysay. Ayon din sa mga iskolar, ang Mateo at Lucas ay kumopya lamang sa Marcos at sa isang hindi na umiiral na dokumentong tinatawag na "Dokumentong Q". Walang kontemporaryong (nabuhay noong panahon ni Hesus o nakasaksing pagano kay Hesus) salaysay mula sa mga "hindi" Kristiyanong may-akda ang umiiral. Ang mga "paganong" salaysay sa buhay ni Hesus ay isinulat pagkatapos ng ilang mga dekada pagkatapos ng sinasabing "kamatayan ni Hesus" (ca. 30–33 CE). Halimbawa, ang Hudyong historyan na si Josephus ay sumulat ng ilang linya tungkol kay Hesus ngunit si Josephus ay hindi kakontemporaryo ni Hesus at maaaaring narinig (hearsay) lamang ni Josephus ang mga salaysay na ito dahil hindi niya ito "mismo" nasaksikhan. Dahil dito, may mga ilang iskolar na nagmungkahi na si Hesus ay hindi talaga umiral at ang mga kuwento ni Hesus sa ebanghelyo ay inimbento at kinopya lamang mula sa mga kuwento ng mga diyos na paganong namatay at nabuhay sa Ehipto at Gresya. Ang mga kapansin pansing pagkakatugma sa salaysay ng buhay ni Hesus at ang mga diyos na klasikal gaya ng mga demigod o kalahating-diyos (na anak ng diyos at tao) gaya nina Bacchus, Bellerophon o Perseus ay napansin ng mga ama ng simbahan at tinakalay ni Justyn Martyr noong ika-2 siglo CE ukol sa "panggagaya ng demonyo" kay Kristo.
Ayon sa mga skolar ng Hudaismo, ang mga sinasabing hula na katuparan ni Hesus sa Bagong Tipan ay batay sa maling salin na Septuagint ng Bibliya at misinterpretasyon ng mga talata sa Tanakh. Ang opisyal na Bibliyang ginagamit ng mga Hudyo ay ang Hebreong Masoretiko at hindi ang Griyegong Septuagint na pinaniniwalaan ng mga Hudyo na naglalaman ng korupsiyon.
Dahil sa hindi na umiiral ang mga "orihinal na manuskrito" (sulat kamay) ng Bagong Tipan at ang mga kopya ng kopya ng orihinal na manuskritong ito ay hindi magkakatugma, ang kritismong tekstwal (textual criticism) ay lumalayon na alamin ang orihinal o ang pinakamalapit na teksto ng orihinal na manuskrito. Ang ilang halimbawa ng mga tekstong sinasabi ng mga skolar na mga "interpolasyon" (dagdag) o hindi bahagi ng orihinal na manuskrito ay Juan 7:53-8:11, 1 Juan 5:7-9, Markos 16:9-20 na idinagdag lang sa ikalawang siglo CE gayundin ang mga salaysay ng kapanganakan at pagkasanggol ni Hesus na huli ng idinagdag sa mga teksto. Ayon pa sa mga skolar, ang Lukas at Mateo ay orihinal na isinulat na hindi kasama ang unang dalawang kapitulo ng mga aklat na mga ito. Ang ilan sa mga talatang ito ay inalis sa mga bagong salin ng Biblia gaya ng NIV at Magandang Balita ngunit kasama sa mga lumang salin gaya ng King James Version (1611).
Ang 5,800 manuskritong Griego ng bagong tipan ay hinati sa tatlong pangkat ng magkakatugmang uri ng teksto (text-type): Ang Alexandrian, Western at Byzantine. Ang Alexandrian na binubuo ng pinagkalumang teksto ng Bagong tipan (mula ikalawa hanggang ikaapat ng siglo) ang siyang naging basehan ng edisyong kritikal na "Novum Testamentum Graece" na naging basehan ng mga bagong salin ng Biblia tulad ng NIV, NASB at Magandang Balita samantalang ang Byzantine, na bumubuo ng 80% ng manuskrito ng Bagong Tipan at siyang pinakabagong teksto (ika 5 hanggang 15 siglo CE) ang siya namang naging basehan ng Textus Receptus na naging basehan ng mga saling gaya ng King James Version na isinalin mula 1604-1611.
Ang pag-aasal na ginawa at kasalukuyang ginagawa ng mga Kristiyano sa buong kasaysayan ng mundo ang isa pa sa tinutuligsa ng mga kritiko. Sa buong kasaysayan, ang mga katuruan sa Lumang Tipan at Bagong Tipan ay ginamit at kasalukuyang ginagamit ng mga Kristiyano upang ipangatwiran at ipagtanggol ang paggamit ng dahas laban sa mga heretiko, mga makasalanan at mga kaaway ng Kristiyanismo. Ang pinakakilala sa mga ito ang mga inkisisyon ng Romano Katoliko, mga krusada, mga digmaan sa ngalan ng Kristiyanismo at antisemitismo o pagkapoot/diskriminasyon laban sa mga Hudyo ng mga Kristiyano gaya ng ginawa ni Martin Luther. Bukod dito, ang mga Kristiyanismo sa buong kasaysayan ay nagsagawa rin ng pang-aalipin, mababang pagtrato sa mga kababaihan, pwersahang pang-aakay sa ibang tao sa relihiyong Kristiyanismo at marami pang iba. Ang mga Kristiyano ay tinutuligsa din sa kasalukuyang panahon sa pagiging laban sa agham gaya ng pagtutol sa ebolusyon, sa pagsasaliksik ng stem-cell, paggamit ng kontraseptibo at marami pang iba. Tinutuligsan rin ng mga kritiko ang pag-aasal ng mga Kristiyano ng pagiging arogante, mapanghatol, panatiko, hindi magpaparaan sa iba (intolerant), pagkakaroon ng pagtingin sa kanilang sarili na sila lang ang tama o banal (self-rigtheous), pagkakaroon ng poot sa ibang tao na may ibang paniniwala (bigot), kapaimbabawan (hipocrisy). Binabatikos din ang mga sekta ng Kristiyano dahil sa pamumwersa at pagpipilit ng kanilang mga paniniwala sa ibang mga mamamayan (na hindi Kristiyano) sa isang bansa sa pamamagitan ng pagpapasa ng mga batas ng bansa na tanging umaayon sa kanilang paniniwala o pananakot sa mga politikong hindi sumusuporta sa kanilang itinataguyod o kinokontrang panukalang batas. Bukod dito, ang mga sektang Kristiyano ay kilala rin sa panghihimasok sa politika ng isang bansa gaya ng Pilipinas kahit ang mga relihiyong ito ay hindi nagbabayad ng buwis at may separasyon ng estado at relihiyon sa konstitusyon ng Pilipinas.At ang Taong nagagalang Legaspi ay lahad ng kristyanismo dito sa pilipinas.