Universidad Nacional Mayor de San Marcos

La Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM) es una universidad pública ubicada en el distrito de Lima, en la ciudad homónima, capital del Perú. Es la primera universidad establecida en la América continental,​​​​ la primera universidad en ser fundada oficialmente por real provisión y autorizada por real cédula en las Américas,​​​ y la de mayor tiempo en funcionamiento ininterrumpido desde su establecimiento en el continente;​​​ por lo que suele ser denominada como la universidad más antigua de América,​ y figura en documentos y publicaciones oficiales como «Universidad del Perú, Decana de América».
Si bien la institución tuvo sus inicios en los estudios generales que se brindaron en el convento del Rosario de la orden de Santo Domingo —actual Basílica y Convento de Santo Domingo— hacia 1548, su fundación oficial y real fue gestada por fray Tomás de San Martín y se concretó el 12 de mayo de 1551 con el decreto del emperador Carlos I de España y V del Sacro Imperio Romano Germánico.​ En 1571 la universidad es reafirmada mediante bula papal de Pío V, adquiriendo también el grado de pontificia.​​ Durante el Virreinato la universidad tuvo bajo tutela un total de cuatro colegios mayores: el Colegio Real y Mayor de San Martín, el Colegio Real y Mayor de San Felipe y San Marcos, el Real Colegio de San Carlos —enfocado en derecho y letras, derivado de la fusión de los dos anteriores— y el Real Colegio de San Fernando —enfocado en medicina y cirugía—. En los tiempos de la emancipación la universidad adquirió un rol principal en la formación de varios líderes gestores de la independencia del Perú y las Américas. Mientras que en la era republicana, la Universidad de San Marcos fue la entidad absorbente de la educación superior ofrecida en aquel entonces también por el Colegio Mayor de la Independencia, el Colegio Mayor de San Carlos y el Colegio Guadalupe.​ Posteriormente, en 1946, la institución oficializó su nombre actual y denominación como universidad Nacional y Mayor.​ Los documentos fundacionales y el archivo histórico colonial de la universidad, el cual preserva documentos y escritos de los siglos XVI, XVII, XVIII y XIX, forman parte del Registro de la Memoria del Mundo de la UNESCO, en reconocimiento de su significancia para la memoria colectiva mundial.​
En sus más de 470 años de funcionamiento, la Universidad de San Marcos ha pasado y contado con varias sedes y locales, de los cuales mantiene y destacan: la «Casona de San Marcos», parte del área y de la lista de edificaciones del centro histórico de Lima que fueron reconocidas como Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO en 1988;​​​​ el campus de la Facultad de Medicina «San Fernando», inaugurado en 1901 para la primera escuela de medicina del país; y la llamada «Ciudad Universitaria», que desde 1960 es su sede principal, por lo que allí se ubican la mayoría de facultades, la biblioteca central, el estadio universitario y el rectorado. La institución cuenta actualmente con 73 escuelas profesionales, agrupadas en 20 facultades, y estas a su vez en 5 áreas académicas, siendo la universidad peruana con la mayor diversidad de programas de pregrado y posgrado. Cuenta además con dos centros culturales, diez museos, diversas bibliotecas, una clínica y consultorios universitarios, un fondo editorial, entre otros.
La Universidad de San Marcos es actualmente la 1.era institución peruana en producción científica, tanto anualmente​ como en el acumulado histórico.​​ Así también, ha llegado a posicionarse en el 1.er lugar a nivel nacional en determinadas ediciones de diversas clasificaciones académicas de universidades,​​​​​​​​​ siendo una de las tres únicas universidades peruanas que alguna vez alcanzaron tal ubicación, así como la única pública en conseguirlo. Cuenta con licenciamiento institucional de diez años otorgado por la Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria y con una acreditación institucional internacional.​ A la fecha, veintiún Presidentes de la República del Perú,​ siete candidatos peruanos a los Premios Nobel de Física, Literatura y Paz,​ y el único peruano ganador de un Premio Nobel​​​ han sido egresados y/o profesores de esta casa de estudios. Debido a su relevancia histórica y académica, la Universidad de San Marcos es usualmente referida como la institución educativa más importante y representativa del Perú.​​​​​​​​
El origen de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos es también el origen oficial de la educación superior en el Perú y América; este se remonta a los Estudios Generales llevados en los claustros del Convento del Rosario de la Orden de Santo Domingo —actual Basílica y Convento de Santo Domingo—, cerca de la plaza de Armas de Lima hacia 1548. Tenían como objetivo principal formar y educar al clero en los nuevos territorios incorporados al Imperio español. Posteriormente, el cabildo limeño enviaría a España a fray Tomás de San Martín y al capitán Jerónimo de Aliaga, quienes —en gran parte gracias a las gestiones del primero— consiguen la orden de fundación de la universidad por parte del emperador Carlos I de España y V del Sacro Imperio Romano Germánico y la reina Juana I de Castilla, hija de los reyes católicos, mediante la real provisión expedida el 12 de mayo de 1551 en Valladolid; de ese modo se efectuó oficialmente la fundación de la Real Universidad de la Ciudad de los Reyes, también referida como Real Universidad de Lima.​​ La lectura también de la real cédula, que autorizó oficialmente el funcionamiento de la «Universidad de Lima», indicó como misión: «adoctrinar a los vecinos de estas tierras en la fe cristiana y el sometimiento al Rey». Con este principio, la universidad comenzó a funcionar oficialmente el 2 de enero de 1553, en la Sala Capitular del Convento de Nuestra Señora del Rosario de la Orden de Santo Domingo, bajo la dirección de su primer rector fray Juan Bautista de la Roca; la cátedra inicial fue dictada por Andrés de Cianca y Corona Cosme Carrillo, bajo la supervisión del rector.​
La orientación, en principio estrictamente monástica, así como el exclusivismo y conservación de los dominicos, y la continua disminución de miembros de otras congregaciones dio lugar a que los dominicos perdieran el predominio y generó además una reacción por parte de los profesores laicos; el reclamo de mayor apertura los llevó a solicitar a la Real Audiencia el cumplimiento de la real cédula de 1570, que disponía una libre elección del rector por parte de los docentes del claustro. El reclamo recayó en el virrey Francisco Álvarez de Toledo quien favoreció y dio fin al reclamo con la elección de Pedro Fernández de Valenzuela el 11 de mayo de 1571, el primer rector laico, y el significativo cambio en la orientación de la universidad. La oficialidad de la universidad es reafirmada por la bula papal Exponi Nobis de San Pío V del 25 de julio de 1571, luego de recibir el Pase Regio del Consejo de Indias; en ella sustraía a los tribunales eclesiásticos al declarar que «absuelve a frailes, lectores, maestros, estudiantes y a cualquiera de vosotros de todas y cualesquiera censuras, sentencias y penas eclesiásticas, por cualquier razón y causa contraídas», asimismo la universidad adquiere con esta bula su grado de pontificia, por lo que pasa a denominarse Real y Pontificia Universidad de la Ciudad de los Reyes de Lima. Producida esta primera reforma, la universidad se traslada a su segundo local, cercano a los extramuros de la iglesia de San Marcelo, donde antes había funcionado el Convento de la Orden de San Agustín.​ El 6 de septiembre de 1574, se elige por sorteo —entre los nombres de los cuatro evangelistas— la denominación oficial de la universidad, resultando finalmente el nombre oficial de Real y Pontificia Universidad de San Marcos y por ende al evangelista San Marcos como patrono de la institución.​ En 1575, la universidad cambia otra vez de establecimiento y se sitúa en la antigua Plaza del Estanque, después llamada Plaza de la Inquisición, donde actualmente se encuentra el edificio del Congreso del Perú,​ lugar donde continuaría su funcionamiento durante toda la época del Virreinato del Perú.​
En 1576 llegó a su término el proceso —iniciado cuatro años antes— a Francisco de la Cruz, quién se había desempeñado previamente como el sexto rector de la universidad. Este había sido apresado por la Inquisición y acusado de ser alumbrado, hereje, falso profeta, promotor de conductas anómalas en un exorcismo y de ideas tildadas de aberrantes como la restitución de tierras a los indígenas. Al ser hallado culpable y no retractarse fue quemado en la hoguera durante un auto de fe el 1 de abril de 1578.​ En dichos años, la ya oficialmente nombrada Universidad de San Marcos, conocida entonces también como Universidad de Lima, desarrollaba sus labores en la época virreinal con las facultades de Teología y de Artes,​ a las que posteriormente se sumarían los cánones de Leyes y Medicina. En lo académico, mantuvo las normas que regían en España, es decir desarrollaba sus funciones con la enseñanza de Filosofía como base para cualquier otro estudio superior. El 7 de julio de 1579 la universidad estableció la «Cátedra de la Lengua General de los indios» para el estudio de la familia de lenguas andinas más extendida entre los nativos durante el Imperio incaico y el Virreinato del Perú: el quechua; su primer catedrático fue Juan de Balboa.​ El 27 de noviembre de 1579, los profesores solicitaron al rey Felipe II la institución de fuero que regía en la Universidad de Salamanca, figura jurídica medieval —antecedente de la actual autonomía universitaria— que facultaba al rector para que, con exclusión de los tribunales ordinarios, tuviera jurisdicción civil y criminal sobre los miembros del claustro. En 1581, y luego de la presencia absoluta de rectores laicos entre 1571 y 1581, el virrey Francisco Álvarez de Toledo autorizó que clérigos y laicos puedan ser elegidos; así ambos sectores gobernaron de manera alternada la Universidad de San Marcos, durante el periodo virreinal, hasta 1820.​ El 23 de enero de 1639 se da la quema de otro sanmarquino en un auto de fe, esta vez del protomédico y egresado Francisco Maldonado da Silva, luego de ser acusado de judaizante y hereje por la Inquisición.
El apoyo a la secularización de la Universidad de San Marcos dado por el virrey Francisco Álvarez de Toledo, así como a la institución del fuero que ejercía su rector y el del Real Convictorio de San Carlos —fundado el 7 de julio de 1770—, fueron los factores decisivos que condujeron a la comunidad de estudiantes y profesores sanmarquinos hacia la realización del ideal boloñés que concebía a la universidad como un espacio de libertad. De este modo, empezó a nacer el clima académico que posibilitó el cuestionamiento y las críticas al sistema colonial.​ En 1811 las cátedras de medicina de la Universidad de San Marcos comenzaron a desarrollarse en el Hospital Real de San Andrés, local que la universidad ya había comenzado a utilizar desde 1792, cuando inauguró allí su primer anfiteatro anatómico. Este recinto que formó parte de la universidad entre fines del siglo XVII e inicios del siglo XVIII es considerado como el hospital más antiguo de Sudamérica, y como el último lugar que —según académicos como Garcilaso de la Vega y José de Acosta— habría albergado un conjunto de momias de la realeza inca, entre estas las del emperador Pachacútec.​​ Por aquellos años, tanto la Universidad de San Marcos como el Colegio de Derecho y Letras de San Carlos y el Colegio de Medicina de San Fernando —incorporados gradualmente a la universidad— comenzaron a ser vigilados cuidadosamente por el Virrey, por el hecho de albergar a profesores y alumnos sospechosos de avizorar y gestionar el fin del régimen colonial y el surgimiento de lo que es hoy la República Peruana.​ Presumiblemente fueron los privilegios de los que gozaban tanto la universidad y el convictorio, lo que permitió el ingreso del pensamiento de la ilustración en sus claustros, así surgen en su seno los planteamientos doctrinarios teóricos e ideológicos de la emancipación. En 1813, durante la administración del virrey José Fernando de Abascal, fue establecida la Facultad de Medicina «San Fernando» en homenaje al rey Fernando VII de España, en la plaza de Santa Ana —hoy plaza Italia— en el local que ocupó el Ministerio de Gobierno, la facultad se formó tomando como base el Colegio de Medicina del mismo nombre que estuvo ubicado en la plaza del Estanque.​ De este modo, hasta el pase al sistema de facultades, la universidad tuvo bajo su tutela durante el virreinato un total cuatro colegios mayores: el Colegio Real y Mayor de San Martín y el Colegio Real y Mayor de San Felipe y San Marcos, el Real Colegio de San Carlos —enfocado en derecho y letras, derivado de la fusión de los dos anteriores— y el Real Colegio de San Fernando —enfocado en medicina y cirugía—.
En los tiempos de la emancipación la universidad adquiere un rol principal en la formación de varios de los principales líderes gestores de la independencia del Perú.​ Desde el punto de vista jurídico con relación a la propiedad, la Universidad de San Marcos que perteneció al Estado monárquico, pasó a pertenecer a la joven República del Perú desde su independencia en 1821. En dicho contexto, el Real Colegio de San Fernando adoptó por decreto supremo la nueva denominación de Colegio de la Independencia, preservando su enfoque médico. El Primer Congreso Constituyente del Perú, que definió como realidad y como proyecto a la nueva República Peruana, fue presidido inicialmente por quien fue rector de la Universidad de San Marcos, Toribio Rodríguez de Mendoza; de los 64 diputados constituyentes, eran 54 los sanmarquinos y carolinos; y el local donde se reunía esta magna asamblea era la Capilla de la Universidad de San Marcos.​​ Hoy en día, el Congreso de la República del Perú sigue funcionando en ese mismo local. En 1822, la universidad entrega su colección de 50 000 libros para formar la recién fundada Biblioteca Nacional del Perú. En 1826 la universidad le otorga al Libertador Simón Bolívar el grado de doctor honoris causa, ante lo cual el Libertador declara:​
En 1855, bajo el gobierno de Ramón Castilla, se promulgó como decreto supremo el Reglamento de Instrucción Pública, que reorganizó la educación superior ofrecida por la Universidad de San Marcos, el Colegio Mayor de la Independencia, el Colegio Mayor de San Carlos y el Colegio Guadalupe. Esta fusión fortaleció a la Universidad de San Marcos, que absorbió a las otras instituciones, y llevó a que sus facultades de Jurisprudencia, Matemática y Ciencias Naturales funcionaran en el Convictorio de San Carlos, mientras que su Facultad de Medicina lo hiciera en el Colegio de la Independencia. El Colegio Guadalupe, tras la absorción de sus componentes de educación superior, quedó exclusivamente como una institución de educación media. Asimismo, también durante el gobierno de Ramón Castilla, San Marcos fue facultada oficialmente por el presidente para aprobar la creación de nuevas universidades y supervisar las de reciente fundación.​ A lo largo del siglo XIX, el local de la Universidad de San Marcos fue dejando de lado sus funciones académicas, volviéndose más regular su uso como espacio para las reuniones de la Cámara de Diputados y del Congreso de la República en general. La ausencia de cuidados y el abandono parcial de sus funciones universitarias conllevaron a un gradual deterioro de sus ambientes. Es en este contexto de fines del siglo XIX que la universidad dona totalmente su local al entonces aún joven Congreso de la República del Perú.​ El crecimiento exponencial de la ciudad durante la revolución industrial del siglo XIX, además de los esfuerzos del entonces presidente del Perú Manuel Pardo por mejorar la arquitectura y la planificación urbana de la ciudad durante 1870, obligó a la universidad trasladarse a un nuevo campus adyacente al antiguo monasterio Jesuita donde residía el Real Convictorio de San Carlos —actualmente este es llamado la «Casona del Parque Universitario» o simplemente la «Casona de San Marcos»—. Por esos años San Marcos ya era considerada el núcleo tutelar de las instituciones científicas y culturales durante el Virreinato y la naciente República; a ello se añadía el hecho de que sus profesores, graduados y hasta alumnos formaron parte de misiones que crearon diversas universidades hispanoamericanas.​ En 1878, durante el gobierno de Manuel Pardo, se expidió el Reglamento General de Instrucción Pública, instituyéndose el concepto de universidades mayores y menores, correspondiendo a San Marcos el primer título y a las universidades de Arequipa y del Cusco, el segundo. Durante la guerra del Pacífico y específicamente durante la ocupación de Lima por las tropas chilenas, se toman de la universidad objetos y bienes de arte y culturales, con el fin de ser llevados a Chile, vía marítima.​ A fines del siglo XIX, la Facultad de Medicina «San Fernando», que estaba ubicada en un local en la antigua plaza de Santa Ana —hoy plaza Italia—, se traslada a su ubicación actual, la del histórico local de la avenida Miguel Grau, en el centro histórico de Lima.​ Una vez finalizada la guerra, por ley de 1901, se señala que la educación universitaria peruana corresponde a la Universidad Nacional Mayor de San Marcos y a las menores de Trujillo, Cusco y Arequipa, a las que se unió posteriormente la Universidad Católica de Lima y las escuelas técnicas.​
En los inicios del siglo XX, activistas universitarios promovieron una reforma dentro de la Universidad de San Marcos; este esfuerzo trascendió los límites de la universidad y se convirtió en un reflejo de un gran movimiento social en el Perú.​ La reforma universitaria planeaba el acceso a la educación de la clase media y popular, que hasta entonces tenía presencia minoritaria en San Marcos. Estos ideales iniciaron una larga tradición de activismo estudiantil en la universidad y alteraron el panorama político peruano. En 1909, los estudiantes de la Universidad de San Marcos tuvieron una activa participación en protestas contra los gobiernos dictatoriales peruanos. En 1916, se constituyó la Federación de Estudiantes del Perú (FEP), liderada principalmente por estudiantes de San Marcos. Las demandas de la FEP incluían reformas universitarias como la actualización de los currículos, la remoción de profesorado no capacitado y la eliminación de la interferencia del gobierno peruano en la universidad. Durante el gobierno del presidente Augusto Leguía, se reorganizó el sistema educativo universitario y se concedió la autonomía universitaria.​ En 1928, se da la visita al Perú de Herbert Hoover, 31.º presidente de los Estados Unidos. En su discurso durante el banquete que ofreció el presidente peruano Augusto B. Leguía, el presidente estadounidense destacó a Lima como «centro de civilización» y de radiante cultura y a la Universidad de San Marcos como la «decana del saber».​ En el contexto de la Segunda Guerra Mundial, el médico sanmarquino Ernesto Pinto-Bazurco entonces radicado en Alemania llegó a sufrir persecución por la Gestapo, llegando a estar en prisión política en el castillo de Laufen en 1942. Poco después, al ser excarcelado, asumió el cargo de cónsul de Perú en Alemania, lo cual le permitió expedir documentación y pasaportes que ayudaron a varios judíos a escapar del holocausto fomentado por el régimen nazi. En la actualidad, el castillo de Laufen donde estuvo encarcelado, tiene una placa recordatoria en su memoria.​
Desde la época virreinal, pasando por la independencia y la república, hasta 1946 la universidad había sido referida tanto coloquialmente como formalmente —en diversos tratados y documentos históricos— como «Universidad de Lima».​ Sin embargo, dicho año se oficializa su denominación como Universidad Nacional Mayor de San Marcos, la cual permanece hasta la actualidad. Entre los años de 1950 y 1960, la afluencia de mayor cantidad de alumnos de clase media en la Universidad de San Marcos llevó al gobierno a poner énfasis y crear áreas científicas y de investigación universitaria. En el contexto de las conmemoraciones por los 400 años de fundación de la Universidad de San Marcos, la institución adquirió un nuevo terreno para construir su Ciudad Universitaria, registrándose una grabación a color de Alfred William Gauger de la colocación simbólica de la primera piedra el 12 de mayo de 1551 —registro que fue recuperado en 2011 por el Archivo Peruano de Imagen y Sonido para su preservación—.​ Ese mismo año e inauguró el Estadio de la Universidad de San Marcos, ubicándose en el centro del nuevo campus sanmarquino. Con motivo del cuatricentenario se realizó también una ceremonia que reunió a los rectores de las principales universidades iberoamericanas, quienes decidieron darle el título y reconocimiento de «Decana de América». Debido a ello —y dada también su primacía en el país— la universidad conserva desde entonces las denominaciones de Universidad del Perú y Decana de América.​ Finalmente, en el marco de su 400.º aniversario, la Universidad de San Marcos otorgó a Albert Einstein el grado de doctor honoris causa, quien ante ello expresó: ​​​​​​
En 1958, ocurre un significativo incidente en la visita del entonces vicepresidente Richard Nixon,​​​ quien luego sería el 37° presidente de los Estados Unidos y también el primer presidente en dimitir tras el escándalo Watergate. Nixon tenía programada una conferencia en la Universidad de San Marcos como parte de su visita a Latinoamérica, sin embargo esta no se dio debido a la protesta de sanmarquinos, quienes se manifestaron en contra de la política de Estados Unidos en la región con frases como: Nixon, Go Home!.​​​ Dado el incidente la conferencia fue trasladada a la Universidad Católica de Lima, donde Nixon tuvo una recepción particularmente fría.​ A mediados de la década de 1960, por requerimiento de un espacio aún mayor, varias facultades de la universidad empezaron a trasladarse al terreno de la Ciudad Universitaria, donde actualmente se ubican 17 de las 20 facultades de la universidad. Este nuevo campus se ubicaba en una zona que albergó complejos arqueológicos de la Cultura Maranga, los cuales fueron restaurados y protegidos —como en el caso de la huaca San Marcos—, luego de haber sido parcialmente destruidos durante la construcción de la avenida Venezuela, en la década de 1940. En 1969 se introdujo además el sistema de organización por departamentos académicos —hoy escuelas académicas—.​ El 22 de septiembre de 1984 fue promulgado el actual estatuto de la universidad. Caracterizada durante gran parte del siglo XX por su activismo político y social, así como por la representatividad de su estudiantado, a finales de la década de 1980 y en el contexto del periodo de violencia que afectó al país, la Universidad de San Marcos —junto con otras instituciones educativas superiores peruanas— tuvo que hacer frente a la expansión de la presencia y violencia generada por grupos subversivos y por el propio gobierno peruano, el cual adoptó una estrategia de represión y militarización en varias instituciones educativas del país —incluso a principios de la década de 1990 cuando la presencia subversiva ya no era predominante—. La eventual captura de los principales líderes militantes de los grupos subversivos en el país y los subsiguientes acuerdos de paz posibilitaron el retorno de las universidades del país afectadas a sus actividades habituales durante la década de 1990.​​
Dado que tanto sus avances como vicisitudes han ido de la mano con el devenir nacional a través de la historia, la Universidad de San Marcos ha sido referida muchas veces como un «reflejo del Perú». Así también, dada la diversidad y representatividad de su alumnado, algunos autores han referido a la institución como una «muestra del Perú».​ Asimismo, los diferentes peruanos y latinoamericanos destacados que han salido de las aulas sanmarquinas han usualmente reconocido y valorado a la universidad como principal ente educativo del país, así como resaltado la activa y relevante participación académica y política que ha tenido la institución y su alumnado a través de la historia del Perú. Uno de ellos ha sido el escritor samarquino Mario Vargas Llosa, quien en 2010 obtuvo el Premio Nobel de Literatura, siendo la primera —y hasta la fecha única— vez que un peruano ha recibido un Nobel.​ Siendo Vargas Llosa uno de los egresados más destacados que ha tenido la institución,​​ la universidad le había otorgado ya previamente el título de doctor honoris causa en el 2001. Dado ello, y como homenaje por la obtención del Premio Nobel, el 30 de marzo del 2011 en el marco de las celebraciones por su 460.º aniversario, la Universidad de San Marcos distinguió a Vargas Llosa con su máxima condecoración: la «Medalla de honor sanmarquina» en el grado de Gran Cruz; creando además una cátedra a su nombre e inaugurando una sala museo sobre el escritor y sus años en su alma mater. La ceremonia se realizó en la «Casona de San Marcos» y contó con la participación de académicos sanmarquinos quienes también fueron compañeros, amigos y profesores sanmarquinos.​​​​​ En dicho reconocimiento, Mario Vargas Llosa, premio Nobel de Literatura 2010, declaró lo siguiente respecto a su institución:​
Entrado el siglo XXI se originaron diversas clasificaciones académicas de universidades para evaluar bajo distintas metodologías el desempeño anual de las instituciones educativas superiores del mundo. En dicho contexto, el primer ranking académico de universidades que evaluó universidades peruanas fue el desarrollado en 2007 por la entonces Asamblea Nacional de Rectores del Perú, bajo el auspicio de la UNESCO, donde la Universidad de San Marcos obtuvo la 1.era posición.​ Posteriormente, con la expansión de las clasificaciones académicas internacionales que gradualmente fueron incorporando la evaluación de más universidades peruanas, la Universidad de San Marcos ha logrado posicionarse usualmente dentro de los tres primeros lugares a nivel nacional. Asimismo ha sido una de las tres únicas universidades peruanas que han llegado a ocupar la 1.era posición a nivel nacional en determinadas ediciones de las clasificaciones académicas internacionales, tales como en los QS World University Rankings de Quacquarelli Simonds,​​ el University Ranking by Academic Performance del URAP Research Laboratory,​​​ el Webometrics Ranking of World Universities del Consejo Superior de Investigaciones Científicas​​ y el University Web Ranking de 4 International Colleges & Universities;​ siendo a la fecha la única universidad pública peruana en haber alcanzado en determinadas ocasiones dicha ubicación. Adicionalmente, en cuanto a producción científica, la Universidad de San Marcos se ha ubicado en la 1.era posición a nivel nacional en los últimos años, así como en el acumulado histórico.​​
La Universidad de San Marcos obtuvo su primera acreditación internacional en el 2011.​ Posteriormente, la universidad se convirtió en embajadora y licenciataria de la Marca Perú al recibir de PromPerú la licencia de uso de la marca país peruana en el 2017, esto en reconocimiento de su significancia histórica y académica para el país y el continente americano.​ Un año después, en el 2018, la universidad obtuvo su licenciamiento institucional de 10 años brindado por la Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria. Ese mismo año, la Benemérita Sociedad Fundadores de la Independencia reconoce a la Universidad Nacional Mayor de San Marcos como institución Benemérita en virtud de su participación, valor y trascendencia histórica en la construcción y defensa del Perú, colocándose además el estandarte de la universidad en su Salón de los Héroes.​ Al año siguiente, en 2019, la universidad otorgó por primera vez en su historia moderna un grado de doctorado con base en una tesis elaborada y defendida enteramente en quechua.​​​​​​
En la actualidad y con alrededor de 45 000 estudiantes y 3000 docentes, la universidad ofrece estudios de pregrado en 66 áreas, maestrías en 77 y doctorados en 27, siendo hoy en día la mayor oferta académica del país. La institución cuenta hoy en día con 20 facultades agrupadas en 5 bloques principales, las cuales cuentan con departamentos académicos publican varias revistas especializadas y operan diez museos, así como varios institutos de investigación.​ Según los criterios e indicadores de la UNESCO, la Universidad de San Marcos es a la fecha la única universidad peruana que cubre el total de principales áreas del conocimiento tales como ciencias puras, ciencias humanas, ciencias histórico-sociales, ciencias de la salud, ciencias económico-empresariales y técnicas e ingenierías.​ Por toda su relevancia histórica y académica a lo largo de la historia del país, la Universidad de San Marcos es usualmente considerada la institución peruana de educación superior más importante y representativa.​​​​​​​​ Ello se ha manifestado en diversas publicaciones, encuestas y estudios recientes realizados en Perú por empresas investigadoras de mercados y medios de comunicación, tanto nacionales como internacionales, los cuales han identificado a la Universidad de San Marcos como la más representativa del país, así como la opción preferida por los jóvenes peruanos para sus estudios universitarios y por los empleadores nacionales para sus contrataciones.​
La Universidad Nacional Mayor de San Marcos, fundada oficialmente el 12 de mayo de 1551, es usualmente referida como la universidad más antigua de las Américas, al ser la universidad americana que más tiempo ha funcionado ininterrumpidamente desde su fundación, y la única de las fundadas durante el siglo XVI en permanecer en operación sin ser clausurada permanentemente.​​​ Dada su antigüedad y continuidad, contrastando con los casos de otras universidades fundadas en la época virreinal que fueron clausuradas durante las guerras de independencia hispanoamericanas o debido a conflictos internos, y con motivo del cuatricentenario de su fundación, en 1951 se realizó una ceremonia que reunió a los rectores de las principales universidades iberoamericanas, quienes decidieron darle la denominación de «Decana de América».
Respecto a la primera universidad en las Américas, son dos las universidades que usualmente han recibido esta denominación:​
Desde su fundación en 1551, la Universidad de San Marcos ha tenido diversos símbolos institucionales, entre los cuales destacan los siguientes:​
La Universidad Nacional Mayor de San Marcos menciona también otros documentos simbólicos para la universidad. Entre ellos destacan la real provisión y la real cédula con las cuales el rey Carlos I de España fundó la universidad el 12 de mayo de 1551, y el quipu hallado en la huaca San Marcos, ambos permanecen bajo custodia de la universidad como documentos y materiales de alto valor histórico.​
La Universidad de San Marcos fue originalmente gobernada por clérigos de órdenes monásticas; durante el periodo de la Ilustración, las reformas Borbónicas la transformaron en una institución secular, que mantiene continuidad hasta hoy en día.
Actualmente, los órganos de gobierno de la universidad son:
El gobierno y administración de las facultades y escuelas está a cargo de los Decanos y Directores de Escuela, respectivamente.​ Además, las unidades de posgrado de cada facultad están a cargo sus respectivos directores, siendo el Director de la Escuela de Posgrado el director general.​
La Universidad de San Marcos cuenta con 20 facultades agrupadas en 5 áreas académicas, en las cuales se ofrece 65 programas de pregrado, 77 maestrías y 27 doctorados; siendo así la universidad que cuenta con mayor cantidad de programas de estudio, tanto para pregrado como posgrado, en el Perú. En la actualidad, la organización de la universidad por áreas académicas es supervisada por su Vicerrectorado Académico de Pregrado.
El área de Ciencias de la Salud está compuesta por las siguientes facultades:
El siguiente cuadro recoge las facultades que componen el área A, así como las escuelas profesionales que las conforman:
El área de Ciencias Básicas está compuesta por las siguientes facultades:
El siguiente cuadro recoge las facultades que componen el área B, así como las escuelas profesionales que las conforman:
El área de Ingenierías está compuesta por las siguientes facultades:
El siguiente cuadro recoge las facultades que componen el área C, así como las escuelas profesionales que las conforman:
El área de Ciencias Económicas y de la Gestión está compuesta por las siguientes facultades:
El siguiente cuadro recoge las facultades que componen el área D, así como las escuelas profesionales que las conforman:
El área de Humanidades y Ciencias Jurídicas y Sociales está compuesta por las siguientes facultades:
El siguiente cuadro recoge las facultades que componen el área E, así como las escuelas profesionales que las conforman:
La admisión para los estudios de pregrado, que otorgan bachillerato universitario y luego licenciatura, se realiza principalmente mediante un examen de admisión. Si bien existen exámenes especiales para los casos de postulantes de su centro preuniversitario, traslados nacionales e internacionales, primeros puestos de colegios y para estudiantes con discapacidad, el tipo de examen más requerido es el ordinario, el cual se realiza dos veces al año: usualmente en fines de semana de marzo y septiembre. El examen de admisión de la Universidad de San Marcos es considerado uno de los procesos de ingreso a estudios de pregrado más rigurosos del Perú y estadísticamente el más selectivo a nivel nacional;​ presentándose al año en todas sus modalidades un aproximado de 60 000 postulantes para alrededor de 6000 vacantes, siendo aproximadamente un 10 % el ratio de selectividad en la admisión. Desde 2016, el nuevo método de evaluación para cada concurso de admisión es la aplicación del examen de destrezas cognitivas a los postulantes: «prueba DECO», el cual busca que los postulantes demuestren habilidad y razonamiento crítico, antes que la teorización y el memorismo al responder sobre diferentes temas evaluados. Consta usualmente de una evaluación de 100 preguntas —30 de habilidades (5 en idioma inglés) y 70 de conocimientos— y tiene una duración aproximada de tres horas.​ Desde el año 2022, los exámenes de admisión realizados por los aspirantes a las carreras del área de Ciencias de la Salud, y en específico por aquellos postulantes a la Escuela Profesional de Medicina, se toman por separado del resto, esto debido a algunos incidentes suscitados en los exámenes de dicho año.​​​​
En el caso de los estudios de postgrado, tanto para los estudios de especializaciones, maestrías y doctorados, la admisión se realiza mediante una inscripción en la Escuela de Posgrado de la Universidad de San Marcos. Al existir un número de vacantes limitadas, cada programa suele realizar un examen de admisión que es elaborado y calificado por un jurado especial de acuerdo al área de estudios a la que se postula, por lo cual el proceso cuenta también con una alta competencia.
La Universidad de San Marcos ha contado con más de 500 convenios de cooperación internacional y actualmente con más de 150 convenios activos del tipo marco y específico con diversas universidades e instituciones a nivel mundial. La oficina general de cooperación y relaciones interinstitucionales, ubicada en la sede central del rectorado, es la entidad de la universidad encargada de la gestión, difusión y asesoría respecto de las becas y convenios para la población universitaria.​ Los convenios interinstitucionales de la universidad pueden involucrar la cooperación en investigaciones, el desarrollo y capacitación de docentes, programas de intercambio para estudiantes de pregrado y posgrado, organización de conferencias científicas, entre otros. Entre las principales instituciones educativas con las que la Universidad de San Marcos ha tenido convenios para intercambios de estudiantes e investigadores destacan la Universidad de Harvard —a través de Laspau—, Universidad Nacional Autónoma de México, Universidad de Oxford, Universidad de Bolonia, Universidad de Roma "La Sapienza", Academia China de Ciencias, Universidad de Fudan, Universidad de Salamanca, Universidad Complutense de Madrid, Universidad Autónoma de Madrid, Universidad Autónoma de Barcelona, Universidad de Colonia, Universidad de Montreal, Universidad de Buenos Aires, Universidad de Chile y la Universidad de São Paulo. Mientras que entre las principales organizaciones con las que se han mantenido vínculos de cooperación cabe mencionar al Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo, el Programa Mundial de Alimentos, la Unión Astronómica Internacional, la Organización Mundial de la Salud y UNICEF. Además de los convenios de la propia universidad mencionados, esta ha contado —como miembro principal de la Alianza Estratégica— con convenios para lograr intercambios de estudiantes de pregrado y posgrado entre las tres principales universidades públicas peruanas: la Universidad de San Marcos, la Universidad Nacional de Ingeniería y la niversidad Nacional Agraria La Molina. Estos programas de intercambio se han dado principalmente con universidades de Alemania, Francia e Italia, España y Japón, además de otros países latinoamericanos, europeos, norteamericanos y asiáticos.​
La Universidad de Harvard, fundada en Cambridge, Massachusetts en 1636, es considerada la institución educativa superior más antigua y en continuo funcionamiento de la América Anglosajona, mientras que la Universidad de San Marcos, fundada en Lima, Perú en 1551, es lo propio en la América Latina. Esta peculiaridad histórica ha contribuido a que recientemente se incremente la cooperación entre ambas instituciones en temas de intercambio y capacitación. En dicho contexto, la universidad estadounidense ha indicado su apoyo a investigaciones de su contraparte peruana, facilitando estudios de postgrado de profesores y alumnos sanmarquinos.​​​ Así también, en el año 2016 la Universidad de San Marcos firmó un convenio con la Universidad de Harvard a través de Laspau, organización sin fines de lucro afiliada a dicha institución.​ Posteriormente la universidad peruana estableció el programa denominado «Sanmarquinos para el Perú y el mundo», el cual consistió en la selección de sus alumnos más destacados y con mejor rendimiento académico en sus estudios de pregrado al 6.º ciclo, para viajar conjuntamente con docentes sanmarquinos a la Universidad de Harvard y llevar capacitaciones presenciales en liderazgo, emprendimiento e investigación, además de conocer otras instituciones de la zona como el MIT​ y la cultura estadounidense.​​ El programa se llevó satisfactoriamente en los años 2017, 2018 y 2019, permitiendo que alrededor de 60 docentes y 420 estudiantes viajen y reciban las correspondientes capacitaciones.​​​​​​ En el 2020, debido a las restricciones de viajes derviadas de la pandemia del COVID-19, la primera etapa del programa tuvo que ser reprogramada y posteriormente dada por finalizada en septiembre del año siguiente, fecha de culminación programada del convenio dado el posterior cese de operaciones de Laspau. Con la llegada de una nueva administración al rectorado, el programa «Sanmarquinos para el Perú y el mundo» se reactivó en 2022 con una nueva etapa,​ siendo esta vez la Universidad Nacional Autónoma de México la institución receptora de los alumnos sanmarquinos ubicados en los primeros puestos.​​ Para las próximas ediciones el rectorado apunta a firmar convenios con otras destacadas universidades del mundo para el desarrollo del intercambio estudiantil.​
Desde su fundación, la Universidad de San Marcos ha contado con siete locales principales, teniendo dos importantes traslados durante el siglo XVI, uno a mediados del siglo XIX, y el último a mediados del siglo XX:​
Adicionalmente, la Universidad de San Marcos cuenta actualmente con otros locales y filiales ubicados en varios distritos de Lima y en diversas provincias del país.
Desde el año 1966, la Ciudad Universitaria de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, conocida generalmente como «Ciudad Universitaria de Lima» o simplemente Ciudad Universitaria, es el campus principal de la Universidad de San Marcos y el punto focal de la avenida Universitaria —al darle a esta su nombre y por ser el punto desde el cual esta vía se expande tanto al norte como al sur—. Sus principales entradas se ubican en las avenidas Universitaria, Venezuela, Germán Amézaga y Óscar Benavides —ex avenida Colonial—, en el distrito de Lima. En la Ciudad Universitaria de San Marcos se ubican las principales instalaciones administrativas de la universidad, como el rectorado. En ella se localizan 17 de las 20 facultades de la Universidad de San Marcos, la biblioteca central, el Estadio de la Universidad de San Marcos, el gimnasio universitario, el comedor de la Ciudad Universitaria y una de las residencias universitarias. Además, la Ciudad incluye el complejo arqueológico de la huaca San Marcos, que es preservado y estudiado por alumnos e investigadores sanmarquinos.
En el año 2007 se estuvieron realizando obras viales en los exteriores de la Ciudad Universitaria durante la gestión de Luis Castañeda, entonces alcalde de Municipalidad Metropolitana de Lima. Estas obras fueron ampliamente cuestionadas por el alumnado sanmarquino, principalmente debido a la construcción de un anillo vial que hubiera implicado la desaparición de áreas verdes y parte de la zona amortiguamiento necesaria para las actividades académicas en el campus. En el año 2008, especialistas de la Universidad Nacional de Ingeniería y del Colegio de Ingenieros del Perú señalaron que las obras municipales carecían de sustentos técnicos suficientes y sugerían otras opciones para los flujos de tránsito en la zona. Posteriormente, las obras se paralizaron por una medida cautelar del entonces Instituto Nacional de Cultura, al constatarse que esas obras dañaron parte del patrimonio cultural en la huaca San Marcos. La mayoría de gestiones municipales posteriores propusieron mesas de diálogo para solucionar la problemática actual del campus, al considerar las obras viales construidas como injustificadas y mal diseñadas. Sin embargo, hasta la actualidad no existe un acuerdo de conciliación ni plan para corregir la situación actual del sistema vial y la parte de la Ciudad Universitaria afectada.​​
Desde 1768 la universidad buscó instituir —además de las colecciones propias de cada facultad— una biblioteca central, sin embargo, esta no llegaría a concretizarse del todo hasta 1871. Saqueadas durante la ocupación chilena durante la guerra del Pacífico, a inicios del siglo XX se inició un proceso modernización emprendido por el bibliotecólogo Pedro Zulen y el historiador peruano Jorge Basadre, proceso que logró la reorganización y catalogación total de los títulos habidos.​ La actual Biblioteca Central «Pedro Zulen» de la universidad es la culminación de varios proyectos de informatización y modernización. La biblioteca central funciona en un edificio de 19 800 m², siendo así la biblioteca universitaria más grande del Perú y una de las más grandes de América Latina. Está constituida de cuatro edificios unidos entre sí, tiene cinco niveles y se ubica en la Plaza cívica del campus universitario.
El edificio tiene la capacidad de atención a 2500 usuarios simultáneamente. Posee un escenario multifuncional, 400 butacas y diversos sistemas de alta tecnología que permiten la vigilancia por video cámara, conexión a Internet, sistemas de videoconferencia, proyectores multimedia, radio enlaces y equipos de audio y sonido profesional. La biblioteca cuenta con todos sus procesos automatizados, como por ejemplo lo relacionado con la adquisición de publicaciones de la universidad, así como la catalogación y clasificación de los textos y recursos que ofrece la biblioteca. La universidad busca digitalizar toda la información de origen nacional que se encuentra en la biblioteca a través de su servicio de biblioteca virtual, de este modo a mediano plazo incluiría colecciones de periódicos y revistas —que datan del siglo XVIII—, libros de autores peruanos y obras que, por su escaso número o al ser ejemplares únicos, son de uso restringido. La Biblioteca Central «Pedro Zulen», con el auspicio de la UNESCO, dirige la iniciativa de desarrollar e implementar procesos de digitalización y publicación electrónica en el área de las tesis y otros documentos, utilizando para ello estándares internacionales como OAI-PMH, Dublin Core, XML, entre otros. Esta iniciativa, denominada «Cybertesis» de la Universidad de San Marcos, fue en sus inicios el repositorio académico más grande del Perú.​
Cada una de las facultades de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos cuenta con su propia biblioteca especializada en las áreas de estudio de cada facultad, estas se conectan entre sí a través del Sistema de Bibliotecas (SISBIB) de la universidad. Actualmente además del sistema de bibliotecas, la Universidad de San Marcos cuenta con la Biblioteca Central «Pedro Zulen», que incluye la mayor parte de los títulos de la universidad, y que dirige la actividad principal del SISBIB. Además de la biblioteca central y de las bibliotecas de cada facultad ubicadas en la Ciudad Universitaria el SISBIB tiene también a su cargo cuatro bibliotecas especializadas localizadas como otras dependencias universitarias: Biblioteca España de las Artes, Biblioteca «Instituto Raúl Porras Barrenechea», Biblioteca del Museo de Historia Natural «Javier Prado», y Biblioteca Museo «Temple Radicati».​
La actual Clínica de la Universidad de San Marcos, inaugurada en febrero de 1998 reorganizando los consultorios clínicos anteriores, se ubica dentro del campus universitario. En este centro de salud se realizan atenciones a estudiantes, jubilados, docentes, personal administrativo y a la comunidad vecina, realizando operaciones y otros casos de emergencia por traumatismo, quemaduras y lesiones graves. Brinda servicios de farmacia, radiología, atención de enfermedades respiratorias, despistaje de diabetes, despistaje de sida, psicología, odontología, ginecología, cirugía estética, etc.​ Regularmente realiza, en conjunto con otras instituciones, campañas de vacunación, de donación de sangre y de educación sexual.​
La Universidad Nacional Mayor de San Marcos cuenta con dos residencias universitarias destinadas a sus dos campus principales:
El Estadio de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, también denominado oficialmente como el «Coloso de América», se encuentra ubicado prácticamente en el centro de la Ciudad Universitaria. Sus accesos principales son por la cuadra 5 de la Av. Amézaga y por la cuadra 36 de la Av. Venezuela, en la ciudad de Lima, Perú. Fue inaugurado en 1951 conmemorando los 400 años de fundación de la Universidad de San Marcos. El estadio de San Marcos contó inicialmente con una capacidad total para 70 000 personas, llegando a ser en su momento el estadio de mayor capacidad en el Perú.​ El recinto fue remodelado como escenario oficial del Campeonato Sudamericano de Fútbol Sub-17 de 2019 y los Juegos Panamericanos de 2019, siendo acondicionado para una capacidad oficial actual de 32 000 personas.
En el plano local, ha sido el estadio oficial del Club Deportivo Universidad San Marcos, el cual jugó hasta 2011 en la Segunda División del Perú. Además de la práctica deportiva, el estadio ha sido utilizado también como espacio para el desarrollo de actividades extra-académicas de los estudiantes, docentes y personal administrativo de la universidad. En las últimas décadas ha sido también escenario de varios conciertos, presentándose en él bandas y artistas como Metallica, Korn, Gustavo Cerati, Marc Anthony, Bon Jovi, Green Day, The Smashing Pumpkins, Fania All-Stars, Iron Maiden, Shakira, Slayer, Van Halen, Bad Religion, Juanes, Aerosmith, Pearl Jam, Noel Gallagher, Lady Gaga, entre otros.​​​
El complejo de la Casona de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos es una de las propiedades con mayor trayectoria histórica y culturarl de la universidad, por lo cual forma parte del área y de la lista de edificaciones del centro histórico de Lima que fueron reconocidas como Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO, en 1988.​​ Actualmente este complejo comprende a la casona que data de 1605 ―lugar donde funcionó el Real Convictorio de San Carlos y posteriormente la Universidad de San Marcos hasta mudarse a la Ciudad Universitaria―, el Panteón de los Próceres y el Parque Universitario ―el cual cuenta con la Torre Alemana y su reloj niversitario, así como con monumentos a destacados sanmarquinos como Bartolomé Herrera, Sebastián Lorente e Hipólito Unanue, los cuales son Patrimonio Cultural de la Nación.
El campus principal de la Facultad de Medicina «San Fernando» de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos es el área que comprende la mayor cantidad de facultades —Medicina y Farmacia y Bioquímica— y unidades académicas relacionadas al área de ciencias de la salud de la universidad —Medicina, Farmacia y Bioquímica, Enfermería, Tecnología Médica, Toxicología, Obstetricia, Ciencia de los Alimentos y Nutrición—. Además de los edificios académicos y administrativos, este campus comprende el Jardín botánico «San Fernando» —también denominado en sus inicios como Jardín botánico de Lima—, principal jardín botánico de la Universidad de San Marcos, fundado el 18 de marzo de 1787 por el rey Carlos III de España; el comedor de estudiantes de Cangallo y unas cuadras más allá la residencia universitaria «Julio C. Tello». Se ubica junto a la Morgue Central de Lima y cerca de dos de los principales centros de salud de la capital: el Hospital Nacional Dos de Mayo y el Hospital Guillermo Almenara Irigoyen, referido antes como Hospital Obrero.
La Universidad Nacional Mayor de San Marcos ha colaborado en el desarrollo científico del Perú a lo largo de su historia. Está entre las 10 universidades peruanas, de más de 80, que realizan investigación con estándares internacionales;​ esto debido principalmente a que el desarrollo de la investigación no ha sido un área financiada correctamente por el gobierno peruano en las últimas décadas.​ La Universidad de San Marcos es también actualmente la institución de mayor producción científica del Perú, tanto anualmente como en el acumulado histórico.​​​
En relación con el desarrollo de la actividad investigadora en San Marcos, a mediados del siglo XX, el gobierno peruano dio disposiciones para poner énfasis y crear áreas científicas y de investigación universitaria. En tal sentido, en esos años, se crearon en la Universidad de San Marcos diversos museos e institutos que han promovido la investigación en diversas ramas del saber humano. Durante los últimos años de la década de 1990 y a inicios del año 2000, la universidad volvió una renovar su sistema de investigación; esta vez enfocando muchos puntos del conocimiento humano a través de la asignación de proyectos específicos a diversos departamentos académicos.​ En la actualidad, el desarrollo de las investigaciones de la universidad es supervisado por su Vicerrectorado de Investigación y Postgrado.
Actualmente la Universidad de San Marcos cuenta con 37 unidades académicas de investigación referidas usualmente como institutos. Cada uno de estos se agrupan de acuerdo al área académica en que desarrollan su investigación, así se clasifican principalmente en las áreas de: ciencias de la salud, ciencias básicas, ingenierías, ciencias económicas y de la gestión, y humanidades y ciencias jurídicas y sociales. De acuerdo a sus áreas de estudio, los centros de investigación cuentan con museos y laboratorios especializados donde exhiben y realizan estudios en materias concernientes a sus áreas. Cada instituto también cuenta con sus propias publicaciones donde presentan informes y resultados de los trabajos y estudios de sus investigadores.​ Además de estos institutos, la Universidad de San Marcos también tiene a su cargo otros institutos, museos, centros, bibliotecas, y seminarios en Lima que —de forma no obligatoria— realizan investigaciones conjuntamente con sus facultades afines.​
Desde 2015, luego de ganar el primer concurso de centros de excelencia convocado por el Consejo Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación Tecnológica del Perú, la Universidad de San Marcos cuenta también con el Centro de Investigaciones Tecnológicas, Biomédicas y Medioambientales (CITBM), siendo este el primer centro de excelencia del Perú dedicado a la integración de la investigación científica con el desarrollo y la innovación tecnológica. Está liderado por la Universidad de San Marcos y conformado por tres empresas nacionales y tres centros de excelencia internacionales. Cuenta además con varios colaboradores nacionales e internacionales. Las dos líneas de investigación del centro son: biotecnología y salud; y agua, suelo y sociedad.​
A continuación se brinda una relación de las principales institutos de investigación de la Universidad de San Marcos:​
A continuación se describen algunos de los institutos de investigación de la Universidad de San Marcos anteriormente mencionados:​
Además de los institutos de investigación, la universidad cuenta con alrededos de 500 grupos de investigación agrupados por áreas académica y facultad, estos son los núcleos de investigación de temáticas específicas que operan bajo el liderazgo de docentes investigadores apoyados por estudiantes, egresados e investigadores asociados.​
Según un balance que elaboró el Consejo Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación Tecnológica del Perú en el año 2009, se identificó que el 20 % de la producción científica peruana había sido generada por la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, siendo la institución peruana de mayor producción científica en todas las líneas de actividad.​ De la misma forma, según diversas recientes ediciones del Ranking Iberoamericano de instituciones de investigación —elaborado por SCImago research group—, la Universidad de San Marcos se ha posicionado en el Perú como la institución de mayor cantidad de producción científica y la principal universidad pública en actividad investigadora.​​​​​​​​ Varias publicaciones científicas de la Universidad de San Marcos y sus institutos de investigación aparecen en prestigiosas revistas de divulgación científica, como en las revistas Nature​ y Science.​
A continuación se incluye el número de publicaciones científicas de la Universidad de San Marcos desde 1990 hasta el 2021 —año más reciente de data publicada y considerada por la edición 2023 del SCImago Institutions Rankings—:
Las principales publicaciones científicas de la Universidad de San Marcos se realizan en las revistas académicas Alma Máter —humanidades, ciencias sociales, y ciencias empresariales— y Theorema —ciencias básicas, ciencias de la salud, e ingenierías—,​ y en las 20 revistas oficiales de cada una de las facultades de la universidad, las cuales se listan a continuación —es preciso indicar que además de las revistas listadas abajo, cada escuela profesional cuenta también con una revista académica propia:​
A continuación se da una breve descripción de las principales publicaciones académicas de las facultades de la Universidad de San Marcos, listadas anteriormente:​
El Fondo Editorial de la Universidad de San Marcos es la división encargada de publicar libros, revistas y periódicos bajo el sello de la universidad, luego de que el contenido de las propuestas hayan superado las instancias de selección, cumplan con las normas de publicación requeridas, y sigan el manual de estilo del sello editorial. Las publicaciones pueden realizarse tanto en formato impreso como digital, y pueden adquirirse en librerías y a través del Centro de Producción, Librería y Distribuidora (CENPROLID) de la universidad, ubicado en la Ciudad Universitaria.
En la actualidad la Universidad Nacional Mayor de San Marcos cuenta con dos centros culturales en dos de sus edificios históricos. La conocida Casona de San Marcos —su principal centro cultural— y el Colegio Real de San Marcos.
El Centro Cultural «Casona» de San Marcos (CCSM), conocido también como la «Casona del Parque Universitario», es el principal local histórico de la universidad. Fundado como sede del noviciado jesuita de San Antonio Abad, se convierte en la sede central de la universidad el año 1861, quedando como tal hasta mediados del siglo XX, cuando la universidad se traslada a su actual campus de la Ciudad Universitaria. Tras su reciente restauración, la «Casona» es el principal referente de la actividad cultural y artística de la Universidad, y una de las construcciones mejor conservadas de la época colonial en la ciudad de Lima.​ Es uno de los principales atractivos turísticos del centro histórico de Lima. El complejo forma parte del área y de la lista de edificaciones del centro histórico de la capital que en 1988 fue declarado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO.​​
La historia de la Casona se remonta al año 1605, cuando Antonio Correa Ureña hace entrega a los jesuitas de un donativo para la construcción de su noviciado o casa de probación. En los primeros años el complejo consistía tan solo de una capilla y dos patios. Tras su destrucción por el terremoto de 1746 fue reconstruida por los jesuitas siguiendo el mismo trazado anterior. Permanecería así hasta 1767, cuando expulsada la orden jesuita del Virreinato del Perú, pasa a ser el local del Real Convictorio de San Carlos. En 1821, proclamada la independencia del Perú, el complejo de la Casona pasó a ser el local principal de la Universidad de San Marcos, alcanzando entonces su máximo esplendor. El salón general de la Casona sanmarquina tuvo importancia histórica como local del primer Congreso Constituyente del Perú en tiempo de independencia, además de ser testigo de los sucesos de la guerra del Pacífico con la invasión chilena en Lima y la destrucción y apropiación de varias de sus colecciones.​​​
Desde el traslado de la universidad, la Casona permaneció como un local de gran valor histórico e importancia no solo para la universidad sino para la ciudad, razón por la cual en 1989 la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, la Agencia Española de Cooperación Internacional y el entonces Instituto Nacional de Cultura suscribieron un convenio Perú-España para conseguir la restauración del complejo arquitectónico y adecuándolo a nuevo uso como espacio dedicado a la cultura, investigación y creación artísticas. En la actualidad la Casona, como Centro Cultural de San Marcos, ofrece cursos de extensión cultural, exposiciones y es sede de varios museos universitarios y centros de investigación. Dentro de la Casona destaca el Salón de Grados —antigua Capilla de Loreto—, donde se realizan las ceremonias oficiales de los doctorados honoris causa que otorga la universidad.​​
El Centro Cultural «Colegio Real» de las Culturas Peruanas Contemporáneas, constituido como tal en el 2006, es el segundo centro cultural de la Universidad de San Marcos y también uno de los edificios históricos de Lima al localizarse en los ambientes del antiguo «Colegio Real» de San Marcos que data del período colonial, al costado del Congreso de la República del Perú. Está conformado por tres dependencias de la universidad: El Instituto de Lingüística Aplicada CILA, el Archivo Histórico «Domingo Angulo» de la Universidad de San Marcos, y del Seminario de Historia Rural Andina. Regularmente se realizan exposiciones y muestras, que principalmente toman lugar en la sala de exposiciones del Colegio Real.​​
La historia del Colegio Real se remonta a fines del siglo XVI, cuando fue fundado por iniciativa del virrey Francisco Álvarez de Toledo en 1592. Fue un colegio con estudios de cánones y leyes, para la educación de los hijos, nietos y descendientes de los conquistadores españoles y pobladores del reino, así como para las personas de reconocidos méritos. El rector del colegio era también el rector de la Universidad de San Marcos; la administración cotidiana del colegio recaía en el vicerrector, que residía en el claustro. Ambos cargos tenían una duración de dos años y se mantenían aún en el caso de que el rector dejase de serlo de la Universidad. El bienio rectoral corría a partir del 28 de junio, víspera de la festividad de San Pedro y San Pablo. En el Colegio se guardaban las constituciones y ceremonias del Colegio Mayor Santa Cruz. Después de las reformas borbónicas que provocaron la expulsión de los jesuitas, el plantel se refundió en el Convictorio de San Carlos. A fines del siglo XVIII, el Inspector de Guerra Gabriel de Avilés y del Fierro dedicó el local a cuartel del Regimiento Real de Lima. Posteriormente durante la época republicana fue sede del Estado Mayor del Ejército. Desde fines del siglo XX, la Universidad de San Marcos le ha dado al Colegio Real las funciones de un Centro Cultural y Archivo Histórico.
Además de sus centros culturales, la Universidad de San Marcos cuenta con varias organizaciones que cumplen funciones de preservación, investigación y difusión cultural.
La Universidad de San Marcos cuenta con los siguientes centros de altos estudios y de investigaciones, dos de los cuales funcionan además como casas-museo y cuentan con sus respectivas bibliotecas especializadas:
Además de los dos centros de altos estudios y de investigaciones que funcionan también como casas-museo, la Universidad de San Marcos cuenta actualmente con diversas instituciones que funcionan exclusivamente como museos, estas son:
La Universidad de San Marcos, además de su Biblioteca central y las bibliotecas de sus facultades ubicadas principalmente en la Ciudad Universitaria, cuenta con otras cuatro bibliotecas especializadas:​
La Universidad de San Marcos cuenta con organismos y direcciones que promueven actividades culturales, a continuación la descripción de algunas de ellas:
Dado su antigüedad, la Universidad de San Marcos preserva un amplio patrimonio cultural, el cual no solo incluye su infraestructura reconocida como patrimonio nacional o mundial, sino también sitios arqueológicos y paleontológicos, además de un amplio archivo de colecciones culturales.
La Universidad Nacional Mayor de San Marcos tiene bajo su custodia sitios arqueológicos y paleontológicos, destacando los siguientes:
A través de su Archivo Histórico «Domingo Angulo», la Universidad Nacional Mayor de San Marcos preserva ejemplares de documentos y escritos de gran relevancia histórica que datan de los siglos XVI, XVII, XVIII y XIX, tales como la real provisión y la real cédula del emperador Carlos I de España y V del Sacro Imperio Romano Germánico del 12 de mayo de 1551 y la bula papal Exponi Nobis de Pío V del 25 de julio de 1571, con las que se funda y se reafirma el establecimiento de la Universidad de San Marcos como la primera universidad del continente americano, cumpliendo todos los requerimientos reales y canónicos de la época. En 2019, el «Fondo Colonial y Documentos Fundacionales de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos: 1551-1852» se incorporó en el Registro de la Memoria del Mundo de la UNESCO, en reconocimiento de su significancia para la memoria colectiva mundial.​
Diversas instituciones de la Universidad de San Marcos como la Biblioteca central, el Museo de historia natural, el Museo de arqueología y antropología, el Instituto Raúl Porras Barrenechea, entre otros, cuentan además con colecciones y manuscritos privados de ilustres sanmarquinos que dejaron como legado a su universidad; trabajos de autores e investigadores como César Vallejo, José María Arguedas, Raúl Porras Barrenechea, Ella Dunbar Temple, Julio César Tello, Antonio Raimondi, etc. Estas colecciones son usualmente conservadas por la Universidad de San Marcos y encargadas a la dependencia universitaria correspondiente de acuerdo al contexto histórico y científico de cada material. Un caso de interés particular es la colección de la Universidad de San Marcosde varias decenas de quipus, las cuales fueron recolectadas por historiador italiano sanmarquino Carlo Radicati di Primeglio. Esta colección estuvo inicialmente ubicada en la Fundación Biblioteca Museo Temple Radicati hasta su préstamo al Museo de Arte de Lima para su preservación y exposición permanente correspondiente.
La Casona de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos —local de la universidad con más de 400 años de historia—, el Colegio Real de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos y la Basílica y Convento de Santo Domingo, son monumentos que forman parte del área y de la lista de edificaciones del centro histórico de Lima reconocidas como Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO desde 1988:​
La Universidad Nacional Mayor de San Marcos cuenta —o se relaciona históricamente— también con varios monumentos considerados por el Ministerio de Cultura del Perú como Patrimonio Cultural de la Nación, al ser obras arquitectónicas o lugares de valor artístico, histórico, cultural y social:​
La Universidad de San Marcos ha sido regularmente usada como tema central o complementario en diversas obras de arte y ficción, así como referida en varias ocasiones en la cultura popular, principalmente debido a su larga histora en el continente y su representatividad del Perú. Adicionalmente, la universidad cuenta con varias tradiciones y personajes propios de la cultura sanmarquina que han alcanzado visibilidad en la cultura peruana contemporánea.​​ Entre sus tradiciones más conocidas se encuentran las verbenas de cada facultad, así como las regulares presentaciones de los sikuris;​ mientras que entre sus personajes más conocidos se encuentran el título de «gusano legendario» para el primer comensal en los almuerzos especiales de fin de cada ciclo,​ las mascotas sanmarquinas denominadas como «Perrovaca»​​ y el «Gato de la puerta 2»,​ así como la movilidad interna referida como coloquialmente el «Burro».​​
La Universidad de San Marcos y su simbología han sido representadas en diversas obras de arte y composiciones musicales, tales como:
Adicionalmente, los símbolos, edificios históricos y personajes de la Universidad de San Marcos han sido representados en múltiples oportunidades en billetes, monedas, postales y estampillas peruanas conmemorativas, especialmente en el contexto de su 400° y 450° aniversarios, acontecidos en 1951 y 2011, respectivamente. Una de dichas representaciones más reconocidas es la versión de 1991 del billete de 20 nuevos soles —actualmente aún en circulación junto con nuevas versiones— donde se observa al catedrático y diplomático sanmarquino Raúl Porras Barrenechea y el patio principal de la Casona de la Universidad de San Marcos.​
La universidad ha sido también tema o locación de algunas obras de ficción y no ficción de autores peruanos como Ricardo Palma, Alfredo Bryce Echenique y Mario Vargas Llosa, premio Nobel de Literatura del 2010; entre estas:
Así también, otros autores extranjeros, como los estadounidenses Thornton Wilder y August Derleth, han hecho referencia a la universidad en sus obras; principalmente en relatos de aventura, misterio y terror:
Tanto formalmente como coloquialmente los personajes que han formado parte de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos; alumnos, catedráticos, investigadores, e incluso a quienes se les ha conferido la distinción de profesor honorífico o de doctor honoris causa, han recibido el título de sanmarquinos.​​ El vocablo ha sido de común uso por la población peruana a lo largo de su historia para referirse a los personajes allegados y destacados de esta casa de estudios, e incluso a las mascotas y animales adoptados por la comunidad universitaria.​​​
En sus más 470 años de historia la Universidad Nacional Mayor de San Marcos ha visto transitar en sus instalaciones a numerosos alumnos, catedráticos, investigadores, decanos y rectores que han destacado en el ámbito local, nacional, latinoamericano y mundial. La Universidad de San Marcos ha tenido una influencia muy significativa en el desarrollo de materias de ciencias,​​ medicina,​ ingenierías, derecho,​ política,​​ sociales,​ letras,​ humanidades, artes y deportes,​ a lo largo de la historia del Perú, logrando destacar los alumnos y catedráticos en épocas decisivas para la realidad nacional como: a lo largo del Virreinato —siglos XVI, XVII y XVIII—; durante el proceso de la Independencia —siglos XVIII y XIX—; y en la actual época republicana —siglos XIX, XX y XXI. Entre los sanmarquinos más destacados se puede mencionar a científicos e ingenieros como Pedro Peralta y Barnuevo, Santiago Antúnez de Mayolo —candidato al premio Nobel de Física en 1943—, Federico Villarreal, Antonio Raimondi, Alfred Rosenblatt, Eduardo de Habich, Carlos Bustamante Monteverde y Harald Helfgott; médicos como Hipólito Unanue, Cayetano Heredia, Daniel Alcides Carrión, Laura Rodríguez Dulanto, Honorio Delgado y Alberto Barton; escritores y artistas como Mario Vargas Llosa —premio Nobel de Literatura del 2010, único Nobel peruano hasta la fecha—, César Vallejo, Alfredo Bryce Echenique, José María Arguedas —candidato póstumo al premio Nobel de Literatura en 1971—, Ricardo Palma, Manuel González Prada, José Santos Chocano, Abraham Valdelomar, Javier Heraud, Blanca Varela, Ventura García Calderón —candidato al premio Nobel de Literatura en 1934— y Alberto Hidalgo —candidato al premio Nobel de Literatura en 1966—; investigadores sociales como Julio César Tello, María Rostworowski, Ruth Shady, Federico Kauffmann, José de la Riva Agüero y Osma, Javier Prado y Ugarteche, Alberto Tauro del Pino, Luis Valcárcel, Raúl Porras Barrenechea y Jorge Basadre; abogados y políticos como Francisco García-Calderón Landa —candidato al premio Nobel de Literatura en 1934—, Mariano H. Cornejo Zenteno —candidato al premio Nobel de la Paz desde 1931 hasta 1939—, José Bernardo de Tagle, Víctor Raúl Haya de la Torre, Víctor Andrés Belaúnde y Beatriz Merino; economistas como Javier Silva Ruete, Manuel Ulloa, Pedro Beltrán y Daniel Schydlowsky Rosenberg; líderes independentistas y héroes nacionales como Túpac Amaru II, José Joaquín de Olmedo y Bernardo O'Higgins; veintiún Presidentes de la República del Perú; entre muchos otros.​​​​​​​​​
El doctorado honoris causa es, junto con la «Medalla de honor sanmarquina» y la «Medalla sanmarquina del bicentenario», una de las más altas distinciones que confiere esta casa superior de estudios. La Universidad de San Marcos comenzó a entregar este reconocimiento en el siglo XIX, brindándoselo entonces a los dos principales libertadores de Sudamérica: José de San Martín y Simón Bolívar. Además de ellos, entre las principales figuras que han recibido este reconocimiento sanmarquino durante los siglos XX y XXI destacan el papa Juan Pablo II, el presidente francés Charles de Gaulle, el escritor argentino Jorge Luis Borges, los investigadores Alberto Barton, Germán Berríos, y Maria Reiche, los secretarios generales de Naciones Unidas Javier Pérez de Cuéllar y Ban Ki-moon, y los laureados con el Premio Nobel: Albert Einstein, Peter Agre, Peter C. Doherty, Pablo Neruda, Camilo José Cela, Mario Vargas Llosa, Muhammad Yunus, Adolfo Pérez Esquivel, Peter Diamond, Robert C. Merton, Eric Maskin, Cristóbal Pissarides, entre otros.​​​
En los últimos años se ha generalizado el uso de rankings universitarios para evaluar el desempeño de las universidades a nivel nacional y mundial; siendo estos rankings clasificaciones académicas que ubican a las instituciones de acuerdo a una metodología del tipo bibliométrica que incluye criterios objetivos, medibles y reproducibles como la producción científica, y/o también tomando en cuenta, por ejemplo, las percepciones sobre la reputación académica, empleabilidad de los egresados, impacto en la web, entre otros. En 2007, la entonces Asamblea Nacional de Rectores, con el auspicio de la UNESCO, elaboró un estudio que concluyó con un ranking universitario peruano en el cual la Universidad de San Marcos ocupó la 1.era posición.​ Posteriormente, conforme a la expansión de los rankings universitarios internacionales en los años de 2010, estos gradualmente fueron incorporando en su evaluación a diversas universidades peruanas. En la actualidad, del total de 92 universidades licenciadas en el Perú,​ la Universidad de San Marcos se ha ubicado usualmente dentro de los tres primeros lugares a nivel nacional en los principales rankings universitarios internacionales. Junto a la Universidad Peruana Cayetano Heredia y la Pontificia Universidad Católica del Perú, es una de las tres únicas universidades peruanas que han llegado a ocupar la 1.era posición a nivel nacional en determinadas ediciones de las clasificaciones académicas internacionales, tales como en los QS World University Rankings de Quacquarelli Simonds,​​ el University Ranking by Academic Performance del URAP Research Laboratory,​​​ el Webometrics Ranking of World Universities del Consejo Superior de Investigaciones Científicas​​ y el University Web Ranking de 4 International Colleges & Universities;​ siendo a la fecha la única universidad pública peruana en haber alcanzado en determinadas ocasiones dicha ubicación. Asimismo, en cuanto a producción científica, la Universidad de San Marcos se ha ubicado en los últimos años y en el acumulado histórico en la 1.era posición a nivel nacional.​​
La Universidad de San Marcos ha tenido mucha importancia en la actividad deportiva universitaria del Perú.​​ El 7 de agosto de 1924, alumnos sanmarquinos fundaron la Federación Deportiva Universitaria del Perú. Esta federación organiza desde 1936 los Juegos deportivos universitarios nacionales, los Juegos deportivos universitarios regionales y los Campeonatos nacionales universitarios. Además, desde 1963 es partícipe de los Juegos mundiales universitarios que se denominan Universiadas.​
La mayoría de actividades deportivas universitarias se desarrollan en el Gimnasio y en el Estadio de San Marcos. Entre los deportes y disciplinas se encuentran: fútbol, futsal, vóley, rugby, tiro, tenis de mesa, básquet, atletismo, fondismo ―carrera de media distancia y carrera de larga distancia―, balonmano, natación olímpica, lucha grecorromana, karate, judo, kung fu tradicional, sanda, taekwondo, aikido, capoeira, wing chun, taichí, xingyi quan, pa kua chang, chi kung, powerlifting, levantamiento de pesas, aeróbicos, esgrima, entre otros. Paralelo a esto, la universidad cuenta con varios equipos que participan en las ligas nacionales y regionales de distintos deportes.​ En este ámbito destaca el equipo de básquet de la Universidad de San Marcos que participa en la Liga de baloncesto de Lima, tanto en la división varones como en la división superior damas;​​​ como el equipo de fútbol Club Deportivo Universidad Nacional Mayor de San Marcos que llegó a participar en la Segunda División del Perú.​
Algunos atletas sanmarquinos destacados son: Gladys Tejeda, maratonista peruana con récord panamericano y ganadora del oro en los Juegos Panamericanos de 2019; Andy Martínez, estudiante de Administración de Negocios Internacionales en la universidad cuando obtuvo el récord nacional de 100 m planos; entre otros.​​
Los primeros Juegos Universitarios Nacionales, conocidos popularmente como «Universiadas», se realizaron en 1936 en la ciudad de Lima. En aquella ocasión participaron, entre otras instituciones: la Universidad Nacional Agraria La Molina, la Universidad Nacional de Ingeniería, la Universidad Nacional San Agustín de Arequipa, la Universidad Nacional San Antonio Abad del Cuzco y la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, que fue la primera universidad sede del evento. Desde entonces se marcó la distancia de cuatro años entre cada Juego —recientemente se vienen desarrollando cada 2 años—, habiendo una edición especial al conmemorarse los cuatrocientos años de fundación de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos en 1951. Ese mismo año, como parte del desarrollo urbano de Lima y de incentivo al deporte universitario, fue inaugurado el estadio de la Universidad de San Marcos en el centro del campus principal.​
La Universidad de San Marcos posee equipos para las diferentes disciplinas deportivas con los cuales ha sido campeón nacional en la mayoría de ediciones de las Universiadas, específicamente en 8 de las 14 ediciones donde se declaró un campeón, siendo así la universidad más exitosa en este evento deportivo nacional.​​​
Para la celebración de los Juegos Panamericanos de 2019, el Comité Organizador de Lima 2019 eligió a diversas instalaciones deportivas situadas entre la ciudad de Lima, así como en el Callao, como sedes panamericana. Entre ellas, la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, la cual tuvo la remodelación de su estadio para acoger todos los encuentros de fútbol tanto masculino como femenino.​​
El estadio de la Universidad de San Marcos fue sede única del Campeonato Sudamericano de Fútbol Sub-17 de 2019 que se desarrolló en Perú. El campeón del torneo fue Argentina, que logró su cuarto título en esta categoría. Perú quedó en quinto lugar.
El fútbol, el deporte más popular en el Perú, ha tenido siempre especial significancia para el alumnado sanmarquino. A lo largo de su historia la Universidad de San Marcos ha contado con diversos equipos profesionales de fútbol, destacando entre ellos la Federación Universitaria de Fútbol —hoy Club Universitario de Deportes— y el Club Deportivo Universidad Nacional Mayor de San Marcos.
A inicios de la década de 1920, José Rubio Galindo, estudiante de la Facultad de Letras, y Luis Málaga Arenas, estudiante de la Facultad de Medicina, buscaron «conformar una gran institución» para la práctica de fútbol en el país.​​ A esta iniciativa, se unieron luego Plácido Galindo, Eduardo Astengo, Rafael Quirós, Mario de las Casas, Alberto Denegri, Luis de Souza Ferreira —quien anotó el primer gol peruano en una Copa Mundial de Fútbol—,​ Andrés Rotta, Carlos Galindo, Francisco Sabroso, Jorge Góngora, Pablo Pacheco, Carlos Lassus y Carlos Cillóniz entre otros.​ En este contexto, el 7 de agosto de 1924, a las 19:00 UTC-5, los estudiantes universitarios se reunieron en la sede de la Federación de Estudiantes del Perú ubicada en la calle Juan de la Coba 106, en la ciudad de Lima,​ y dieron origen a la Federación Universitaria de Fútbol, siendo esta una asociación de los equipos representativos de las Facultades de la Universidad de San Marcos y las Escuelas Especiales de Ingeniería, Agronomía y Normal Central.​​
En el acta de fundación del club, se determinó instituir como escudo una letra «U» de color granate encerrada en un círculo del mismo color con fondo blanco albo.​ El diseño estuvo a cargo del arequipeño Luis Málaga Arenas, en ese entonces delegado de la Facultad de Medicina «San Fernando» y uno de los gestores más activos de la formación de la Federación Universitaria de Fútbol.​ Los primeros escudos fueron de gran tamaño y de un acabado muy rústico, utilizándose en el lado izquierdo del pecho y en algunos casos al centro del uniforme.​ En aquel entonces, el Comité Nacional de Deportes, máximo organismo del deporte peruano en aquella época, reconoció a la Federación Universitaria como si fuese también una liga. Es por ello que, conjuntamente con la Liga Peruana de Fútbol, la Asociación Amateur, la Liga Chalaca, el Circolo Sportivo Italiano y el Lima Cricket and Football Club, estas instituciones conformaron la Federación de Fútbol.​
Tras participar en diferentes torneos interuniversitarios y partidos amistosos entre 1924 y 1927,​ la Federación Peruana de Fútbol invitó a la Federación Universitaria a participar en el Campeonato Peruano de Fútbol de 1928.​ El equipo debutó oficialmente en el campeonato nacional el 27 de mayo ante el Club José Olaya de Chorrillos, al que venció por 7:1.​ Al finalizar dicha edición, la Federación Universitaria ocupó el segundo lugar detrás de Alianza Lima, por lo cual disputó con este el título en tres encuentros obteniendo los resultados de: victoria 1:0, empate 1:1 y derrota 2:0.​ Al año siguiente, el Campeonato Peruano de Fútbol de 1929 no contó con la participación de Alianza Lima, al ser suspendido por negarse a ceder a sus futbolistas a la selección.​ En dicho torneo, la Federación Universitaria obtuvo su primer título nacional, al finalizar el campeonato con siete victorias, tres empates y una derrota, alcanzando diecisiete puntos.​ Carlos Cillóniz, futbolista de Universitario, anotó ocho goles, convirtiéndose en el máximo goleador del campeonato. Dicha ocasión sería también el único campeonato obtenido por el club bajo su denominación original y manteniendo su vínculo con la Universidad de San Marcos.​
En 1930 se llevó a cabo la primera Copa del Mundo en Montevideo, Uruguay, y la selección peruana asistió a dicho acontecimiento con una plantilla en la que destacaba la presencia de ocho futbolistas del cuadro universitario: Eduardo Astengo, Carlos Cillóniz, Luis de Souza Ferreira, Alberto Denegri, Arturo Fernández, Plácido Galindo, Jorge Góngora y Pablo Pacheco. Luego del mundial se realizó la primera gira oficial del club, en la cual este viajó para jugar en provincias y participó en la Copa Gubbins. Ese mismo año, formó parte del grupo 2 del Campeonato Peruano de Fútbol de 1930, consiguiendo dos victorias y un empate, con lo cual avanzó a la liguilla final, donde ocupó el tercer lugar.​ Al año siguiente, internamente surgieron discrepancias con las autoridades de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, pues el rector José Antonio Encinas prohibió la utilización del nombre Federación Universitaria de Fútbol. Debido a ello el equipo cambió su nombre al de Club Universitario de Deportes, independizándose también de la universidad.​ Pese a ello, debido a su origen e historia en común, el club mantiene un vínculo amistoso con la universidad, lo cual se ha visto expresado a través de diversos saludos institucionales mutuos y acciones conjuntas a lo largo de los años. En la actualidad, Universitario es el equipo con más campeonatos nacionales en la historia del fútbol peruano, con 28 títulos.​​
En el verano del 2001 la universidad creó el Club Deportivo Universidad Nacional Mayor de San Marcos, teniendo este como su sede de local al estadio de San Marcos. Al cabo de unos años, el naciente equipo ascendería rápidamente en las ligas distritales y regionales hasta alcanzar la Segunda División del Perú. En esta instancia, el equipo de los «Los Leones» —apodado así por ser este animal el símbolo del evangelista San Marcos, el cual da nombre a la universidad— alcanzaría el subcampeonato en el año 2006, siendo esta su mejor participación histórica. El club se mantendría activo de forma continua hasta el 2011, dado que al año siguiente sería inhabilitado por diez años por la Asociación Deportiva de Fútbol Profesional debido al impago de deudas.​
Posteriormente, la universidad creó diversas filiaes, siendo las más destacadas: el Club Deportivo San Marcos, el cual participó desde el 2013 hasta el 2019 en la primera división de Cercado de Lima, donde resultó subcampeón en varias ocasiones, clasificando así al torneo de Interligas de Lima en diversas oportunidades; y el Club Deportivo Leones de San Marcos, establecido en el 2017 y que reemplaza desde el 2023 a la filial anterior en la actual liga de Cercado de Lima. Otros equipos derivados de la universidad incluyen a la Asociación Deportiva Cultural San Marcos y los Estudiantes de San Marcos. Así también, destaca la Selección de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos —la cual representa desde el 2008 a la institución en la Liga Universitaria de Fútbol—, la División de Menores, y el equipo de futsal F.C. Estudiantes de San Marcos.