Pendudukan Timor Leste oleh Indonesia

Pendudukan Indonesia atas Timor Timur dimulai pada bulan Desember 1975 dan berlangsung hingga Oktober 1999. Setelah berabad-abad diperintah oleh Portugis, kudeta tahun 1974 di Portugal memicu dekolonisasi di bekas koloninya, menciptakan ketidakstabilan di Timor Timur dan ketidakpastian akan masa depannya. Setelah perang saudara berskala kecil, Fretilin yang pro-kemerdekaan mendeklarasikan kemenangan di ibu kota Dili dan mendeklarasikan kemerdekaan Timor Timur pada tanggal 28 November 1975.
Menyusul "Deklarasi Balibo" yang ditandatangani oleh perwakilan Apodeti, UDT, KOTA dan Partai Trabalhista pada tanggal 30 November 1975, pasukan militer Indonesia menginvasi Timor Timur pada tanggal 7 Desember 1975, dan pada tahun 1979 mereka berhasil menghancurkan perlawanan bersenjata terhadap pendudukan. Pada tanggal 17 Juli 1976, Indonesia secara resmi mencaplok Timor Timur sebagai provinsinya yang ke-27 dan mendeklarasikan provinsi Timor Timur.
Segera setelah invasi tersebut, Majelis Umum dan Dewan Keamanan Perserikatan Bangsa-Bangsa mengeluarkan resolusi yang mengutuk tindakan Indonesia di Timor Timur dan menyerukan penarikan segera dari wilayah tersebut. Australia dan Indonesia adalah satu-satunya negara di dunia yang mengakui Timor Timur sebagai provinsi Indonesia, dan segera setelah itu mereka memulai negosiasi untuk membagi sumber daya yang terdapat di Celah Timor. Pemerintah lain, termasuk Amerika Serikat, Jepang, Kanada dan Malaysia, juga mendukung pemerintah Indonesia. Namun invasi ke Timor Timur dan penindasan terhadap gerakan kemerdekaannya menimbulkan kerugian besar terhadap reputasi Indonesia dan kredibilitas internasional.
Selama dua puluh empat tahun, pemerintah Indonesia menjadikan rakyat Timor Timur sebagai sasaran penyiksaan, perbudakan seksual, interniran, penghilangan paksa, pengasingan paksa secara rutin dan sistematis, eksekusi di luar hukum, pembantaian, dan kelaparan yang disengaja. Pembantaian Santa Cruz tahun 1991 menyebabkan kemarahan di seluruh dunia, dan banyak laporan mengenai pembunuhan serupa lainnya. Perlawanan terhadap pemerintahan Indonesia masih kuat; pada tahun 1996 Hadiah Nobel Perdamaian dianugerahkan kepada dua orang dari Timor Leste, Carlos Filipe Ximenes Belo dan José Ramos-Horta, atas upaya berkelanjutan mereka untuk mengakhiri konflik secara damai pekerjaan. Pemungutan suara tahun 1999 untuk menentukan masa depan Timor Leste menghasilkan mayoritas suara yang mendukung kemerdekaan, dan pada tahun 2002 Timor Leste menjadi negara merdeka. Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi di Timor Timur memperkirakan jumlah kematian selama pendudukan akibat kelaparan dan kekerasan adalah antara 90.800 dan 202.600, termasuk antara 17.600 dan 19.600 kematian atau penghilangan akibat kekerasan, dari jumlah penduduk tahun 1999. sekitar 823.386. Komisi Kebenaran menyatakan pasukan Indonesia bertanggung jawab atas sekitar 70% pembunuhan dengan kekerasan.
Setelah pemungutan suara kemerdekaan pada tahun 1999, kelompok paramiliter yang bekerja sama dengan militer Indonesia melakukan gelombang kekerasan terakhir yang menghancurkan sebagian besar infrastruktur negara. Pasukan Internasional untuk Timor Timur yang dipimpin Australia memulihkan ketertiban, dan setelah kepergian pasukan Indonesia dari Timor Timur, Administrasi Sementara PBB di Timor Timur mengatur wilayah tersebut selama dua tahun, membentuk Unit Kejahatan Berat untuk menyelidiki dan mengadili kejahatan yang dilakukan pada tahun 1999. Cakupan pengadilan yang terbatas dan kecilnya jumlah hukuman yang dijatuhkan oleh pengadilan di Indonesia telah menyebabkan banyak pengamat menyerukan dibentuknya pengadilan internasional untuk Timor Timur.
Universitas Oxford mengadakan konsensus akademis yang menyebut pendudukan Timor Timur sebagai genosida dan Universitas Yale mengajarkannya sebagai bagian dari program Studi Genosida.
Portugis pertama kali tiba di Timor pada abad ke-16, dan pada tahun 1702 Timor Timur berada di bawah pemerintahan kolonial Portugis. Kekuasaan Portugis sangat lemah sampai pulau itu dibagi dengan Kerajaan Belanda pada tahun 1860. Menjadi sebuah medan pertempuran yang signifikan selama Perang Pasifik, Timor Timur diduduki oleh 20.000 tentara Jepang. Pertempuran tersebut membantu mencegah pendudukan Jepang di Australia tetapi mengakibatkan 60.000 kematian orang Timor Timur.
Ketika Indonesia memperoleh kemerdekaannya setelah Perang Dunia II di bawah kepemimpinan Sukarno, Indonesia tidak mengklaim kendali atas Timor Timur, dan selain dari retorika anti-kolonial umum, Indonesia tidak menentang kendali Portugis atas wilayah tersebut. Pemberontakan tahun 1959 di Timor Timur melawan Portugis tidak didukung oleh pemerintah Indonesia. Sebuah dokumen PBB tahun 1962 mencatat: "pemerintah Indonesia telah menyatakan bahwa mereka memelihara hubungan persahabatan dengan Portugal dan tidak memiliki klaim atas Timor Portugis...". Jaminan ini berlanjut setelah Suharto mengambil alih kekuasaan pada tahun 1965. Pada bulan Desember 1974, seorang pejabat Indonesia menyatakan: "Indonesia tidak memiliki ambisi teritorial ... Jadi tidak ada pertanyaan tentang Indonesia yang ingin mencaplok Timor Portugis."
Pada tahun 1974, sebuah kudeta di Lisbon menyebabkan perubahan signifikan dalam hubungan Portugal dengan koloninya di Timor. Pergeseran kekuasaan di Eropa memperkuat gerakan kemerdekaan di koloni-koloni seperti Mozambik dan Angola, dan pemerintah Portugis yang baru memulai proses dekolonisasi untuk Timor Timur. Yang pertama merupakan pembukaan proses politik.
Ketika partai politik Timor Leste pertama kali disahkan pada April 1974, tiga kelompok muncul sebagai pemain penting dalam lanskap pascakolonial. União Democrática Timorense (Uni Demokrasi Timor, atau UDT), dibentuk pada bulan Mei oleh sekelompok pemilik tanah yang kaya. Awalnya didedikasikan untuk melestarikan Timor Timur sebagai protektorat Portugal, pada bulan September UDT mengumumkan dukungannya untuk kemerdekaan. Seminggu kemudian, Frente Revolucionária de Timor-Leste Independente (Front Revolusi untuk Timor Timur Merdeka, atau Fretilin) muncul. Awalnya diorganisir sebagai ASDT (Associacão Social Democrata Timorense), kelompok ini mendukung "doktrin universal sosialisme", serta "hak untuk merdeka". Namun, ketika proses politik menjadi lebih tegang, kelompok tersebut mengubah namanya dan menyatakan dirinya sebagai "satu-satunya wakil rakyat yang sah". Pada akhir Mei, terbentuklah partai ketiga, Associacão Popular Democratica Timorense (Asosiasi Demokratik Rakyat Timor, atau APODETI). Menganjurkan integrasi Timor Leste dengan Indonesia dan awalnya bernama Associacão Integraciacao de Timor Indonesia (Asosiasi Integrasi Timor ke Indonesia), APODETI menyatakan keprihatinannya jika Timor Timur yang merdeka akan menjadi lemah dan rentan secara ekonomi di kemudian hari.
Nasionalis dan militer garis keras Indonesia, khususnya para pemimpin badan intelijen Kopkamtib dan unit operasi khusus, Kopassus, melihat kudeta Portugis sebagai peluang untuk integrasi Timor Timur dengan Indonesia. Pemerintah pusat dan militer khawatir bahwa Timor Lorosa'e yang diperintah oleh kaum kiri dapat digunakan sebagai basis serangan oleh kekuatan-kekuatan yang tidak bersahabat ke Indonesia, dan juga bahwa Timor Lorosa'e yang merdeka di dalam kepulauan dapat mengilhami sentimen pemisahan diri di provinsi-provinsi Indonesia. Ketakutan akan disintegrasi nasional diperlihatkan oleh para pemimpin militer yang dekat dengan Suharto dan tetap menjadi salah satu pembenaran terkuat Indonesia untuk menolak kemungkinan kemerdekaan Timor Timur atau bahkan otonomi sampai akhir 1990-an. Organisasi intelijen militer awalnya mencari strategi pencaplokan non-militer, berniat menggunakan APODETI sebagai kendaraan integrasinya.
Pada bulan Januari 1975, UDT dan Fretilin membentuk koalisi tentatif yang didedikasikan untuk memperjuangkan kemerdekaan Timor Timur. Pada saat yang sama, pemerintah Australia melaporkan bahwa militer Indonesia telah melakukan latihan "pra-invasi" di Lampung. Selama berbulan-bulan, Komando Operasi Khusus Indonesia, Kopassus, diam-diam mendukung APODETI melalui Operasi Komodo (dinamai dari kadal dengan nama yang sama). Dengan menyebarkan tuduhan komunisme di antara para pemimpin Fretilin dan menabur perselisihan dalam koalisi UDT, pemerintah Indonesia mendorong ketidakstabilan di Timor Timur, dan menurut pengamat, Indonesia menciptakan sebuah dalih untuk dapat menyerang Timor Timur. Pada bulan Mei, ketegangan antara kedua kelompok menyebabkan UDT menarik diri dari koalisi.
Dalam upaya untuk merundingkan penyelesaian perselisihan mengenai masa depan Timor Timur, Komisi Dekolonisasi Portugis mengadakan konferensi pada bulan Juni 1975 di Makau. Fretilin memboikot pertemuan itu sebagai protes atas kehadiran APODETI; perwakilan UDT dan APODETI mengeluh bahwa hal tersebut merupakan upaya untuk menghalangi proses dekolonisasi. Dalam memoarnya tahun 1987, Funu: The Unfinished Saga of East Timor, pemimpin Fretilin José Ramos Horta mengenang "protes kerasnya" terhadap penolakan partainya untuk menghadiri pertemuan tersebut. "Ini", tulisnya, "adalah salah satu kesalahan politik taktis kami yang saya tidak pernah dapat menemukan penjelasan yang cerdas."
Ketegangan mencapai titik didih pada pertengahan tahun 1975 ketika rumor tentang kemungkinan perebutan kekuasaan dari kedua pihak kemerdekaan mulai beredar. Pada bulan Agustus 1975, UDT melakukan kudeta di ibu kota Dili, dan perang saudara skala kecil pecah. Ramos-Horta menggambarkan pertempuran itu sebagai "berdarah", dan merinci kekerasan yang dilakukan oleh UDT dan Fretilin. Dia mengutip Komite Internasional Palang Merah, yang menghitung 2.000–3.000 orang tewas setelah perang. Pertempuran memaksa pemerintah Portugis pindah ke pulau Atauro. Fretilin mengalahkan pasukan UDT setelah dua minggu, yang sangat mengejutkan Portugal dan Indonesia. Para pemimpin UDT melarikan diri ke Timor Barat yang dikuasai Indonesia. Di sana mereka menandatangani petisi pada 7 September yang menyerukan integrasi Timor Timur dengan Indonesia; sebagian besar laporan menunjukkan bahwa dukungan UDT untuk posisi ini dipaksakan oleh Indonesia.
Begitu mereka menguasai Timor Timur, Fretilin menghadapi serangan dari barat, oleh pasukan militer Indonesia—yang kemudian dikenal sebagai Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (ABRI)—dan oleh sekelompok kecil pasukan UDT. Indonesia merebut kota perbatasan Batugadé pada 8 Oktober 1975; Balibó dan Maliana di dekatnya direbut delapan hari kemudian. Selama penyerbuan Balibó, anggota kru berita televisi Australia—yang kemudian dijuluki sebagai "Balibo Five"—dibunuh oleh tentara Indonesia. Para pejabat militer Indonesia mengatakan kematian itu tidak disengaja, sementara saksi mata dari Timor Timur mengatakan para wartawan itu sengaja dibunuh. Kematian, dan kampanye serta investigasi selanjutnya, menarik perhatian internasional dan menggalang dukungan untuk kemerdekaan Timor Timur.
Pada awal November, para menteri luar negeri dari Indonesia dan Portugal bertemu di Roma untuk membahas penyelesaian konflik. Meskipun tidak ada pemimpin Timor yang diundang ke pembicaraan, Fretilin mengirim pesan yang menyatakan keinginan mereka untuk bekerjasama dengan Portugal. Pertemuan berakhir dengan kedua belah pihak sepakat bahwa Portugal akan bertemu dengan para pemimpin politik di Timor Timur, tetapi pembicaraan tidak pernah terjadi. Pada pertengahan November, pasukan Indonesia mulai menembaki kota Atabae dari laut dan merebutnya pada akhir bulan.
Frustrasi karena kelambanan Portugal, para pemimpin Fretilin percaya bahwa mereka dapat menangkis kemajuan Indonesia dengan lebih efektif jika mereka mendeklarasikan kemerdekaan Timor Timur. Komisaris Politik Nasional Mari Alkatiri melakukan tur diplomatik ke Afrika, mengumpulkan dukungan dari pemerintah di sana dan di tempat lain.
Menurut Fretilin, upaya ini menghasilkan jaminan dari dua puluh lima negara—termasuk Republik Rakyat Tiongkok, Uni Soviet, Mozambik, Swedia, dan Kuba—untuk mengakui negara baru itu. Kuba saat ini memiliki hubungan dekat dengan Timor Timur. Pada tanggal 28 November 1975, Fretilin secara sepihak mendeklarasikan kemerdekaan Republik Demokratik Timor Timur. Indonesia mengumumkan bahwa pemimpin UDT dan APODETI di dan sekitar Balibó akan merespon keesokan harinya dengan mendeklarasikan wilayah merdeka itu untuk secara resmi menjadi bagian dari Indonesia. Bagaimanapun Deklarasi Balibo, dirancang oleh intelijen Indonesia dan ditandatangani di Bali. Hal ini kemudian digambarkan sebagai 'Deklarasi Balibohong', sebuah permainan kata dalam bahasa Indonesia untuk 'kebohongan'. Portugal menolak kedua deklarasi tersebut, dan pemerintah Indonesia menyetujui tindakan militer untuk memulai aneksasinya atas Timor Timur.
Pada tanggal 7 Desember 1975, pasukan Indonesia menyerbu Timor Timur. Operasi Seroja adalah operasi militer terbesar yang pernah dilakukan oleh Indonesia. Pasukan dari organisasi militer Fretilin, Falintil, melawan pasukan ABRI di jalan-jalan Dili dan melaporkan 400 pasukan penerjun payung Indonesia terbunuh saat mereka turun ke kota. Majalah Angkasa melaporkan 35 tentara Indonesia dan 122 dari pihak Fretilin tewas. Pada akhir tahun, 10.000 tentara menduduki Dili, dan 20.000 lainnya telah dikerahkan di seluruh Timor Timur. Kalah jumlah secara besar-besaran, pasukan Falintil melarikan diri ke pegunungan dan melanjutkan operasi tempur gerilya.
Sejak awal invasi dan seterusnya, pasukan ABRI terlibat dalam pembantaian besar-besaran terhadap warga sipil Timor. Pada awal pendudukan, radio Fretilin mengirimkan siaran berikut: "Pasukan Indonesia membunuh tanpa pandang bulu. Perempuan dan anak-anak ditembak di jalan-jalan. Kita semua akan dibunuh.... Ini adalah seruan untuk bantuan internasional. Tolong lakukan sesuatu untuk menghentikan invasi ini." Seorang pengungsi Timor kemudian diberitahu tentang "pemerkosaan [dan] pembunuhan berdarah dingin terhadap wanita dan anak-anak dan pemilik toko China". Uskup Dili saat itu, Martinho da Costa Lopes, kemudian berkata: "Para prajurit yang mendarat mulai membunuh semua orang yang mereka temukan. Ada banyak mayat di jalan-jalan – yang bisa kami lihat hanyalah tentara yang membunuh, membunuh, membunuh." Dalam satu insiden, sekelompok lima puluh pria, wanita, dan anak-anak – termasuk wartawan lepas Australia Roger East – berbaris di tebing di luar Dili dan ditembak, kemudian tubuh mereka jatuh ke laut. Banyak pembantaian seperti itu terjadi di Dili, di mana para penonton diperintahkan untuk mengamati dan menghitung dengan keras saat setiap orang dieksekusi. Diperkirakan sedikitnya 2.000 orang Timor dibantai dalam dua hari pertama invasi di Dili saja. Selain pendukung Fretilin, para migran Cina juga dipilih untuk dieksekusi; lima ratus terbunuh di hari pertama saja.
Pembunuhan massal terus berlanjut saat pasukan Indonesia maju ke daerah pegunungan yang dikuasai Fretilin di Timor Timur. Seorang pemandu Timor untuk seorang perwira senior Indonesia mengatakan kepada mantan konsul Australia untuk Timor Portugis James Dunn bahwa selama bulan-bulan awal pertempuran pasukan ABRI "membunuh sebagian besar orang Timor yang mereka temui." Pada bulan Februari 1976 setelah merebut desa Aileu – di selatan Dili – dan mengusir pasukan Fretilin yang tersisa, pasukan Indonesia menembaki sebagian besar penduduk kota dengan senapan mesin, diduga menembak semua orang yang berusia di atas tiga tahun. Anak-anak kecil yang selamat dibawa kembali ke Dili dengan truk. Pada saat Aileu jatuh ke tangan pasukan Indonesia, populasinya sekitar 5.000 orang; pada saat pekerja bantuan Indonesia mengunjungi desa tersebut pada bulan September 1976, hanya tersisa 1.000 orang. Pada bulan Juni 1976, pasukan ABRI yang sangat terpukul oleh serangan Fretilin menuntut pembalasan terhadap sebuah kamp pengungsi besar yang menampung 5–6.000 orang Timor di Lamaknan dekat perbatasan Timor Barat. Setelah membakar beberapa rumah, tentara Indonesia membantai sebanyak 2.000 pria, wanita dan anak-anak.
Pada bulan Maret 1977 mantan konsul Australia James Dunn menerbitkan sebuah laporan yang merinci tuduhan bahwa sejak Desember 1975 pasukan Indonesia telah membunuh antara 50.000 dan 100.000 warga sipil di Timor Timur. Hal ini sesuai dengan pernyataan yang dibuat pada tanggal 13 Februari 1976 oleh pemimpin UDT Lopez da Cruz bahwa 60.000 orang Timor telah terbunuh selama enam bulan perang saudara sebelumnya, menunjukkan jumlah korban tewas sedikitnya 55.000 dalam dua bulan pertama invasi. Delegasi pekerja bantuan Indonesia setuju dengan statistik ini. Sebuah laporan akhir tahun 1976 oleh Gereja Katolik juga memperkirakan jumlah korban tewas antara 60.000 dan 100.000. Angka-angka ini juga dikuatkan oleh orang-orang di pemerintahan Indonesia sendiri. Dalam sebuah wawancara pada 5 April 1977 dengan The Sydney Morning Herald, Menteri Luar Negeri Adam Malik mengatakan jumlah korban tewas adalah "50.000 orang atau mungkin 80.000 orang."
Pemerintah Indonesia menyatakan pencaplokannya atas Timor Timur sebagai masalah anti-kolonial. Sebuah buklet 1977 dari Departemen Luar Negeri Indonesia, berjudul Dekolonisasi di Timor Timur, memberikan penghormatan kepada "hak penentuan nasib sendiri yang suci" dan mengakui APODETI sebagai perwakilan sejati dari mayoritas orang Timor Timur. Ia mengklaim bahwa popularitas Fretilin adalah hasil dari "kebijakan ancaman, pemerasan dan teror". Kemudian, Menteri Luar Negeri Ali Alatas menegaskan kembali posisi ini dalam memoarnya tahun 2006, The Pebble in the Shoe: The Diplomatic Struggle for East Timor. Pembagian asli pulau itu menjadi timur dan barat, menurut pendapat Indonesia setelah invasi, adalah "hasil dari penindasan kolonial" yang dilakukan oleh kekuatan imperium Portugis dan Belanda. Dengan demikian, menurut pemerintah Indonesia, pencaplokan provinsi ke-27 itu hanyalah langkah lain dalam penyatuan nusantara yang telah dimulai pada tahun 1940-an.
Sehari setelah invasi, komite Majelis Umum Perserikatan Bangsa-Bangsa bersidang untuk memperdebatkan situasi tersebut. Negara-negara yang bersekutu dengan Indonesia—termasuk India, Jepang, dan Malaysia—menulis resolusi yang menyalahkan Portugal dan partai politik Timor Leste atas pertumpahan darah; hal itu ditolak demi rancangan yang disiapkan oleh Aljazair, Kuba, Senegal, dan Guyana, dan yang lain. Hal ini diadopsi sebagai Resolusi GA 3485 (XXX) pada 12 Desember, menyerukan Indonesia untuk "menarik diri tanpa penundaan". Sepuluh hari kemudian, Dewan Keamanan Perserikatan Bangsa-Bangsa dengan suara bulat mengadopsi Resolusi 384 (1975), yang menggemakan seruan resolusi GA untuk penarikan segera Indonesia. Satu tahun kemudian Dewan Keamanan mengungkapkan sentimen yang sama dalam Resolusi 389 (1976), dan Majelis Umum mengeluarkan resolusi setiap tahun antara tahun 1976 dan 1982 yang menyerukan penentuan nasib sendiri di Timor Timur. Pemerintah negara-negara besar seperti Cina dan Amerika Serikat menentang tindakan lebih lanjut; negara-negara kecil seperti Kosta Rika, Guinea-Bissau, dan Islandia adalah satu-satunya delegasi yang menyerukan penegakan resolusi yang kuat. Resolusi 1982 menyerukan kepada Sekretaris Jenderal PBB untuk "memulai konsultasi dengan semua pihak yang terkait secara langsung, dengan maksud untuk menjajaki jalan untuk mencapai penyelesaian masalah yang komprehensif".
Pakar hukum Roger S. Clark mencatat bahwa invasi dan pendudukan Indonesia melanggar dua elemen penting hukum internasional: hak untuk menentukan nasib sendiri dan larangan melakukan agresi. Baik petisi 7 September 1975 yang menyerukan integrasi, maupun resolusi selanjutnya dari "Majelis Rakyat" pada Mei 1976, tidak memenuhi syarat sebagai "proses demokratis yang dilakukan secara tidak memihak dan berdasarkan hak pilih orang dewasa universal", sebagaimana disyaratkan oleh Resolusi Majelis Umum PBB 1541 (XV), yang menetapkan pedoman norma-norma penentuan nasib sendiri. Ketidakcukupan lainnya juga ada dalam petisi.
Penggunaan kekuatan militer Indonesia di Timor Timur disebut-sebut sebagai pelanggaran Bab I Piagam Perserikatan Bangsa-Bangsa, yang menyatakan: "Semua Anggota harus menahan diri dalam hubungan internasional mereka dari ancaman atau penggunaan kekuatan terhadap integritas teritorial atau kemerdekaan politik dari setiap negara...." Beberapa pengamat berpendapat bahwa Timor Timur bukanlah negara pada saat invasi, dan dengan demikian tidak dilindungi oleh Piagam PBB. Klaim ini mencerminkan klaim yang dibuat terhadap Indonesia oleh Belanda selama Revolusi Nasional Indonesia. Seperti yang ditunjukkan oleh ahli hukum Susan Marks, jika Timor Timur dianggap sebagai koloni Portugis, maka meskipun "mungkin ada beberapa keraguan tentang penerapan ketentuan ini [Piagam PBB Bab I] dalam konteks konflik bersenjata antara kekuatan kolonial dan koloninya sendiri, hampir tidak ada keraguan bahwa hal itu juga berlaku untuk kekuatan oleh satu negara berdaulat terhadap koloni negara lain".
Pada 17 Desember, Indonesia membentuk Pemerintahan Sementara Timor Timur (PSTT) yang dipimpin oleh Arnaldo dos Reis Araújo dari APODETI sebagai presiden dan Lopez da Cruz dari UDT. Sebagian besar sumber menggambarkan lembaga ini sebagai ciptaan militer Indonesia. Salah satu kegiatan pertama PSTT adalah pembentukan "Majelis Rakyat" yang terdiri dari perwakilan dan pemimpin terpilih "dari berbagai lapisan masyarakat Timor". Seperti PSTT itu sendiri, majelis rakyat biasanya dicirikan sebagai alat propaganda yang diciptakan oleh militer Indonesia; meskipun wartawan internasional diundang untuk menyaksikan pertemuan kelompok itu pada Mei 1976, walaupun gerakan mereka dibatasi secara ketat. Majelis menyusun permintaan untuk integrasi formal ke Indonesia, yang digambarkan sebagai "tindakan penentuan nasib sendiri" di Timor Timur.
Indonesia membuat Timor Timur tertutup dari dunia luar, kecuali selama beberapa tahun di akhir 1980-an dan awal 1990-an, dengan mengklaim bahwa sebagian besar orang Timor Timur mendukung integrasi. Hal ini diikuti dengan cermat oleh media Indonesia sehingga penerimaan orang Timor Timur atas integrasi mereka dengan Indonesia diterima begitu saja, dan tidak menjadi masalah bagi mayoritas orang Indonesia. Timor Timur dilihat sebagai tempat pelatihan bagi korps perwira dalam taktik penindasan untuk Aceh dan Irian Jaya dan sangat penting dalam memastikan dominasi sektor militer Indonesia.
Para pemimpin intelijen Indonesia yang berpengaruh dengan Suharto pada awalnya membayangkan bahwa invasi, penundukan perlawanan Fretilin, dan integrasi dengan Indonesia akan berlangsung cepat dan relatif tidak menyakitkan. Kampanye-kampanye Indonesia berikutnya hingga tahun 1976 sangat menghancurkan bagi orang Timor Timur, menguras sumber daya Indonesia secara besar-besaran, sangat merusak Indonesia secara internasional, dan akhirnya gagal. Pembunuhan besar-besaran yang dilakukan ABRI di dekat daerah pesisir selama bulan-bulan awal invasi telah mendorong sebagian besar penduduk dan sebagian besar Falintil yang tersisa ke daerah-daerah pusat. Ini terbukti kontraproduktif karena membiarkan pasukan Indonesia berperang melawan musuh yang diperlengkapi dengan baik dan memiliki akses ke sumber daya pertanian dan penduduk. Penduduk sipil mulai melihat Falintil sebagai penyangga terhadap ekses pasukan Indonesia, yang menyebabkan meningkatnya dukungan untuk perlawanan. Dari tahun 1975 hingga 1977, Fretilin melindungi setidaknya 40% dari populasi yang telah meninggalkan daerah pesisir, dalam kondisi yang tidak ramah, dengan dukungan aktif dari komunitas yang berkumpul. Schwarz memberi fakta bahwa basis kekuatan militer Indonesia tetap hampir tidak penyok oleh kesalahan perhitungan intelijen pada pertengahan 1970-an dan kegagalan yang terus berlanjut adalah ukuran dominasi militer dalam urusan Indonesia.
Pada akhir tahun 1976, terjadi kebuntuan antara Falintil dan tentara Indonesia. Tidak dapat mengatasi perlawanan besar-besaran dan menguras sumber dayanya, ABRI mulai mempersenjatai diri. Angkatan Laut Indonesia membeli kapal patroli penembak rudal dari Amerika Serikat, Australia, Belanda, Korea Selatan, dan Taiwan, serta kapal selam dari Jerman Barat. Pada bulan Februari 1977, Indonesia juga menerima tiga belas pesawat OV-10 Bronco dari Rockwell International Corporation dengan bantuan kredit penjualan bantuan militer asing resmi pemerintah AS. Bronco sangat ideal untuk invasi Timor Timur, karena dirancang khusus untuk operasi kontra-pemberontakan di medan yang curam. Pada awal Februari 1977, setidaknya enam dari 13 Bronco beroperasi di Timor Timur dan membantu militer Indonesia menentukan posisi Fretilin. OV-10 Bronco memberikan pukulan berat bagi Falintil ketika pesawat itu menyerang pasukan mereka dengan senjata konvensional dan Napalm yang dipasok Soviet yang dikenal sebagai 'Opalm.' Bersamaan dengan persenjataan baru, 10.000 tentara tambahan dikirim untuk memulai kampanye baru yang dikenal sebagai 'solusi akhir'.
Ahli strategi TNI menerapkan strategi atrisi melawan Falintil mulai September 1977. Hal ini dilakukan dengan membuat wilayah tengah Timor Timur tidak mampu menopang kehidupan manusia melalui serangan napalm, perang kimia dan perusakan tanaman. Hal ini dilakukan untuk memaksa penduduk agar menyerahkan diri ke dalam penjagaan pasukan Indonesia dan merampas makanan dan penduduk Falintil. Pejabat Katolik di Timor Timur menyebut strategi ini sebagai kampanye "pengepungan dan pemusnahan". 35.000 tentara ABRI mengepung daerah-daerah yang didukung Fretilin dan membunuh pria, wanita, dan anak-anak. Pengeboman udara dan laut diikuti oleh pasukan darat, yang menghancurkan desa-desa dan infrastruktur pertanian. Ribuan orang mungkin telah terbunuh selama periode ini. Pada awal 1978, seluruh penduduk sipil desa Arsaibai, dekat perbatasan Indonesia, dibunuh karena mendukung Fretilin setelah dibombardir dan kelaparan. Keberhasilan kampanye 'pengepungan dan pemusnahan' mengarah pada 'kampanye pembersihan akhir', di mana anak-anak dan laki-laki akan dipaksa untuk berpegangan tangan dan berbaris di depan unit-unit Indonesia mencari anggota Fretilin. Ketika anggota Fretilin ditemukan, anggota akan dipaksa untuk menyerah atau menembaki rakyatnya sendiri.
Selama periode ini, tuduhan penggunaan senjata kimia di Indonesia muncul, karena penduduk desa melaporkan belatung muncul di tanaman setelah serangan bom. Radio Fretilin mengklaim pesawat Indonesia menjatuhkan bahan kimia, dan beberapa pengamat—termasuk Uskup Dili—melaporkan bahwa mereka melihat napalm dijatuhkan di pedesaan. Komisi PBB untuk Pengakuan, Kebenaran, dan Rekonsiliasi di Timor Leste, berdasarkan wawancara dengan lebih dari 8.000 saksi, serta dokumen militer Indonesia dan intelijen dari sumber-sumber internasional, menegaskan bahwa Indonesia menggunakan senjata kimia dan napalm untuk meracuni persediaan makanan dan air di wilayah yang dikendalikan Fretilin selama kampanye "pengepungan dan pemusnahan".
Meskipun brutal, kampanye 'pengepungan dan pemusnahan' Indonesia tahun 1977–1978 terbilang efektif karena berhasil mematahkan punggung milisi utama Fretilin. Presiden dan komandan militer Timor yang cakap, Nicolau Lobato, ditembak dan dibunuh oleh pasukan Indonesia yang menggunakan helikopter pada tanggal 31 Desember 1978.
Akibat rusaknya tanaman pangan, banyak warga sipil terpaksa meninggalkan perbukitan dan menyerah kepada ABRI. Seringkali, ketika penduduk desa yang selamat turun ke daerah dataran rendah untuk menyerah, militer akan mengeksekusi mereka. Mereka yang tidak langsung dibunuh oleh pasukan ABRI dikirim ke posko penerima untuk pemeriksaan, yang telah dipersiapkan sebelumnya di sekitar pangkalan ABRI setempat. Di kamp-kamp transit ini, warga sipil yang menyerah didaftarkan dan diinterogasi. Mereka yang dicurigai sebagai anggota perlawanan akan dibunuh.
Kamp-kamp tersebut sering dibangun dari gubuk jerami tanpa toilet. Selain itu, militer Indonesia melarang Palang Merah membagikan bantuan kemanusiaan, dan tidak ada perawatan medis yang diberikan kepada para tahanan. Akibatnya, banyak orang Timor – yang dilemahkan karena kelaparan dan hanya bertahan hidup dengan jatah kecil yang diberikan oleh penculiknya – meninggal karena kekurangan gizi, kolera, diare, dan TBC. Pada akhir 1979, antara 300.000 dan 370.000 orang Timor telah melewati kamp-kamp ini. Setelah tiga bulan, para tahanan dipindahkan kembali di "dusun strategis" di mana mereka dipenjara dan mengalami kelaparan yang dipaksakan. Mereka yang berada di kamp-kamp tersebut dilarang bepergian dan mengolah lahan pertanian dan dikenakan jam malam. Laporan komisi kebenaran PBB mengkonfirmasi penggunaan kelaparan paksa oleh militer Indonesia sebagai senjata untuk memusnahkan penduduk sipil Timor, dan bahwa sejumlah besar orang "secara positif ditolak aksesnya ke makanan dan sumber-sumbernya". Laporan tersebut mengutip kesaksian dari orang-orang yang tidak diberi makan dan penghancuran rinci tanaman dan ternak oleh tentara Indonesia. Disimpulkan bahwa kebijakan kelaparan yang disengaja ini mengakibatkan kematian 84.200 hingga 183.000 orang Timor. Seorang anggota gereja melaporkan bahwa lima ratus orang Timor Timur meninggal karena kelaparan setiap bulan di suatu distrik.
World Vision Indonesia mengunjungi Timor Timur pada bulan Oktober 1978 dan mengklaim bahwa 70.000 orang Timor Timur terancam kelaparan. Seorang utusan dari Komite Internasional Palang Merah melaporkan bahwa pada tahun 1979, 80% dari populasi satu kamp kekurangan gizi, dalam situasi yang "seburuk Biafra". ICRC memperingatkan bahwa "puluhan ribu orang" terancam kelaparan. Indonesia mengumumkan bahwa mereka bekerja melalui Palang Merah Indonesia yang dikelola pemerintah untuk meringankan krisis, tetapi LSM Action for World Development menuduh organisasi tersebut menjual pasokan bantuan yang disumbangkan.
Pelecehan Indonesia terhadap wanita di Timor Timur yang diketahui sangat banyak dan terdokumentasi dengan baik, though meskipun cakupan sebenarnya dari masalah sulit dipastikan, karena kontrol militer yang ketat yang diberlakukan selama pendudukan, ditambah dengan rasa malu yang dirasakan oleh para korban. Dalam laporan tahun 1995 tentang kekerasan terhadap wanita di Indonesia dan Timor Leste, Amnesty International AS menulis: "Perempuan enggan menyampaikan informasi kepada organisasi non-pemerintah tentang pemerkosaan dan pelecehan seksual, apalagi melaporkan pelanggaran kepada otoritas militer atau polisi."
Perbudakan seksual secara institusional ditoleransi dan didukung oleh ABRI dan wanita dapat dipanggil untuk dilecehkan secara seksual oleh prajurit ABRI. Menurut sebuah investigasi yang kredibel, ABRI menyimpan file yang menunjukkan wanita Timor yang akan disediakan untuk pemerkosaan dan pelecehan seksual oleh tentara Indonesia. Daftar-daftar ini dapat diteruskan di antara batalyon-batalyon militer, yang membuat wanita cenderung berulang kali menjadi korban seksual. Kawin paksa juga merupakan komponen kebijakan TNI di Timor Timur. Laporan Amnesty mengutip kasus seorang wanita yang dipaksa tinggal dengan seorang komandan di Baucau, kemudian dilecehkan setiap hari oleh tentara setelah dia dibebaskan. "Perkawinan" semacam itu terjadi secara teratur selama masa pendudukan.
Wanita di wilayah kekuasaan Indonesia juga dipaksa untuk menerima prosedur sterilisasi, dan beberapa yang lain ditekan atau dipaksa langsung untuk menggunakan alat kontrasepsi Depo Provera. Para pemimpin desa sering didesak untuk bekerja sama dengan kebijakan ABRI, dan klinik-klinik lokal yang bertanggung jawab untuk memberikan kontrasepsi suntik didirikan di bawah kendali ABRI di pedesaan. Dalam satu kasus khusus, sekelompok gadis sekolah menengah disuntik dengan kontrasepsi tanpa sepengetahuan mereka. Bentuk-bentuk lain dari pengendalian kelahiran terdiri dari pembunuhan anak-anak yang baru lahir dari perempuan yang dicurigai terkait dengan Fretilin.
Selain mengalami perbudakan seksual sistematis, sterilisasi paksa, pernikahan paksa, penyiksaan, dan eksekusi di luar proses hukum, wanita juga menghadapi pemerkosaan dan pelecehan seksual selama interogasi oleh pihak berwenang Indonesia. Wanita-wanita ini termasuk istri anggota perlawanan, aktivis perlawanan dan tersangka kolaborator Fretilin. Seringkali, wanita menjadi sasaran dan mengalami penyiksaan sebagai bentuk kekerasan proksi ketika kerabat laki-laki yang dicurigai sebagai Fretilin tidak hadir. Pada tahun 1999, seorang peneliti Rebecca Winters merilis sebuah buku berjudul Buibere: Voice of East Timorese Women, yang mencatat banyak kisah pribadi tentang kekerasan dan pelecehan yang berasal dari masa-masa awal pendudukan. Seorang wanita bercerita tentang diinterogasi sambil ditelanjangi, disiksa, dianiaya, dan diancam akan dibunuh. Yang lain menceritakan tentang saat dirantai di tangan dan kaki, diperkosa berulang kali, dan diinterogasi selama berminggu-minggu. Seorang wanita yang telah menyiapkan makanan untuk gerilyawan Fretilin ditangkap, disundut, disiksa dengan listrik, dan dipaksa berjalan telanjang melewati barisan tentara ke dalam tangki berisi air seni dan kotoran.
Selama pendudukan, sekitar 4.000 anak-anak diusir secara paksa dari keluarga mereka oleh tentara Indonesia serta oleh organisasi negara dan agama. Meskipun beberapa diperlakukan dengan baik, yang lain menjadi sasaran berbagai bentuk pelecehan, termasuk pelecehan seksual. Ada yang masuk Islam. Sejumlah tentara yang menculik anak-anak ini masih memegang posisi senior dalam militer Indonesia.
Pada tahun 1981 militer Indonesia melancarkan Operasi Keamanan, yang oleh beberapa orang disebut program "pagar kaki". Selama operasi ini, pasukan Indonesia mengerahkan 50.000 hingga 80.000 pria dan anak laki-laki Timor untuk berbaris melewati pegunungan di depan pasukan ABRI yang maju sebagai tameng manusia untuk menutup serangan balik Fretilin. Tujuannya adalah untuk menyapu gerilyawan ke bagian tengah wilayah di mana mereka dapat diberantas. Banyak dari mereka yang wajib militer di "pagar kaki" meninggal karena kelaparan, kelelahan atau ditembak oleh pasukan Indonesia karena membiarkan gerilyawan lolos. Saat "pagar" menyatu di desa-desa, pasukan Indonesia membantai sejumlah warga sipil yang tidak diketahui jumlahnya. Sedikitnya 400 penduduk desa dibantai di Lacluta oleh Batalyon 744 Angkatan Darat Indonesia pada bulan September 1981. Seorang saksi mata yang bersaksi di depan Senat Australia menyatakan bahwa tentara dengan sengaja membunuh anak-anak kecil dengan membenturkan kepala mereka ke batu. Operasi tersebut gagal untuk menghancurkan perlawanan, dan kebencian yang meluas terhadap pendudukan tumbuh lebih kuat dari sebelumnya. Ketika pasukan Fretilin di pegunungan melanjutkan serangan sporadis mereka, pasukan Indonesia melakukan banyak operasi untuk menghancurkan mereka selama sepuluh tahun berikutnya. Sementara itu, di kota-kota dan desa-desa, gerakan perlawanan tanpa kekerasan mulai terbentuk.
Kegagalan kampanye kontra-pemberontakan Indonesia yang berturut-turut membuat elit militer Indonesia menginstruksikan komandan Koresor Sub regional Dili, Kolonel Purwanto untuk memulai pembicaraan damai dengan komandan Fretilin Xanana Gusmão di daerah yang dikuasai Fretilin pada Maret 1983. Ketika Xanana berusaha untuk meminta Portugal dan PBB dalam negosiasi, Panglima ABRI Benny Moerdani melanggar gencatan senjata dengan mengumumkan serangan kontra-pemberontakan baru yang disebut "Operasi Sapu Bersih" pada Agustus 1983, menyatakan, "Kali ini jangan main-main. Kali ini kita akan pukul mereka tanpa ampun."
Runtuhnya perjanjian gencatan senjata diikuti oleh gelombang pembantaian baru, eksekusi kilat dan "penghilangan" di tangan pasukan Indonesia. Pada Agustus 1983, 200 orang dibakar hidup-hidup di desa Creras, dengan 500 lainnya tewas di sungai terdekat. Antara Agustus dan Desember 1983, Amnesty International mendokumentasikan penangkapan dan "penghilangan" lebih dari 600 orang di ibu kota saja. Kerabat korban diberitahu oleh pasukan Indonesia bahwa "orang yang hilang" dikirim ke Bali.
Mereka yang dicurigai menentang integrasi sering ditangkap dan disiksa. Pada tahun 1983 Amnesty International menerbitkan manual bahasa Indonesia yang diterimanya dari Timor Timur yang menginstruksikan personel militer tentang cara menimbulkan penderitaan fisik dan mental, dan memperingatkan pasukan untuk "Hindari pengambilan foto yang menunjukkan penyiksaan (seseorang yang disetrum, ditelanjangi, dan sebagainya)". Dalam memoarnya tahun 1997 East Timor's Unfinished Struggle: Inside the Timorese Resistance, Constâncio Pinto menggambarkan bagaimana disiksa oleh tentara Indonesia: "Dengan setiap pertanyaan, saya akan mendapatkan dua atau tiga pukulan di wajah. Ketika seseorang meninju Anda begitu banyak dan sangat keras, itu terasa seperti wajahmu patah. Orang-orang memukul punggung dan sisi saya dengan tangan mereka dan kemudian menendang saya.... [Di lokasi lain] mereka menyiksa saya secara psikologis; mereka tidak memukul saya, tetapi mereka menguatkan saya ancaman untuk membunuh saya. Mereka bahkan menodongkan pistol di atas meja." Dalam buku karya Michele Turner Telling East Timor: Personal Testimonies 1942–1992, seorang wanita bernama Fátima menggambarkan penyiksaan yang terjadi di penjara Dili: “Mereka membuat orang duduk di kursi dengan bagian depan kursi di jari kaki sendiri. Gila, ya. Tentara buang air kecil di makanan lalu mencampurnya untuk dimakan orang. Mereka menggunakan sengatan listrik dan mereka menggunakan mesin listrik...."
Pada tahun 1977, pemerintah Indonesia melaporkan bahwa beberapa kuburan massal yang berisi "puluhan" orang yang dibunuh oleh Fretilin telah ditemukan di dekat Ailieu dan Samé. Amnesty International mengkonfirmasi laporan-laporan ini pada tahun 1985, dan juga menyatakan keprihatinannya tentang beberapa pembunuhan di luar proses hukum yang mana Fretilin telah mengaku bertanggung jawab. Pada tahun 1997, Human Rights Watch mengutuk serangkaian serangan yang dilakukan oleh Fretilin, yang menyebabkan kematian sembilan warga sipil.
Bahasa Portugis dilarang di Timor Timur dan bahasa Indonesia sebagai dijadikan bahasa pemerintah, pendidikan dan perdagangan umum, dan kurikulum sekolah. Ideologi nasional resmi Indonesia, Pancasila, diterapkan di Timor Timur dan pekerjaan pemerintah dibatasi hanya bagi mereka yang memiliki sertifikasi dalam pelatihan Pancasila. Sistem kepercayaan animisme Timor Timur tidak sesuai dengan sistem monoteisme konstitusional Indonesia, yang mengakibatkan konversi massal menjadi Kristen. Pendeta Portugis diganti dengan imam Indonesia, dan misa Latin dan Portugis digantikan oleh misa Indonesia. Sebelum invasi, hanya 20% orang Timor Timur yang beragama Katolik Roma, dan pada tahun 1980-an, 95% terdaftar sebagai Katolik. Dengan lebih dari 90% populasi Katolik, Timor Leste saat ini merupakan salah satu negara dengan persentase penduduk Katolik terbesar di dunia.
Timor Timur merupakan fokus khusus program transmigrasi pemerintah Indonesia, yang bertujuan untuk memindahkan penduduk Indonesia dari daerah padat penduduk ke daerah yang lebih sedikit penduduknya. Sensor media di bawah "Orde Baru" berarti bahwa keadaan konflik di Timor Timur tidak diketahui oleh para transmigran, yang sebagian besar merupakan petani Jawa dan Bali yang miskin. Setibanya di sana, mereka mendapati diri mereka berada di bawah ancaman serangan yang terus-menerus oleh para pejuang perlawanan Timor Timur, dan menjadi objek kebencian lokal, karena sebidang tanah yang luas milik orang Timor Timur telah diambil alih oleh pemerintah Indonesia untuk pemukiman transmigran. Meskipun banyak yang menyerah dan kembali ke pulau asal mereka, para migran yang tinggal di Timor Timur itu berkontribusi pada "Indonesianisasi" integrasi Timor Timur. 662 keluarga transmigran (2.208 orang) menetap di Timor Timur pada tahun 1993, sedangkan sekitar 150.000 pemukim bebas Indonesia tinggal di Timor Timur pada pertengahan 1990-an, termasuk mereka yang ditawari pekerjaan di bidang pendidikan dan administrasi. Migrasi meningkatkan kebencian di antara orang Timor karena banyak hal yang diambil alih oleh imigran yang paham bisnis.
Setelah invasi, kepentingan komersial Portugis diambil alih oleh orang Indonesia. Perbatasan dengan Timor Barat dibuka yang mengakibatkan masuknya petani Timor Barat, dan pada Januari 1989 wilayah tersebut terbuka untuk investasi swasta. Kehidupan ekonomi di kota-kota kemudian dikendalikan oleh pengusaha pendatang dari Bugis, Makassar, dan Buton dari Sulawesi Selatan, sedangkan produk Timor Timur diekspor melalui kemitraan antara pejabat militer dan pengusaha Indonesia. Denok, sebuah perusahaan yang dikendalikan militer, memonopoli beberapa kegiatan komersial paling menguntungkan di Timor Timur, termasuk ekspor kayu cendana, hotel, dan impor produk konsumen. Namun, bisnis yang paling menguntungkan bagi grup tersebut adalah monopolinya atas ekspor kopi, yang merupakan hasil bumi paling berharga di wilayah itu. Pengusaha Indonesia mendominasi perusahaan non-Denok/militer, dan manufaktur lokal dari zaman Portugis memberi jalan bagi impor Indonesia.
Tanggapan utama pemerintah Indonesia terhadap kritik terhadap kebijakannya adalah menyoroti pendanaan pembangunan di bidang kesehatan, pendidikan, komunikasi, transportasi, dan pertanian Timor Timur. Bagaimanapun, Timor Timur tetap miskin setelah berabad-abad diabaikan oleh kolonial Portugis, dan kritikus Indonesia George Aditjondro menunjukkan bahwa konflik di tahun-tahun awal pendudukan menyebabkan penurunan tajam dalam produksi beras dan kopi dan populasi ternak. Kritikus lain berpendapat bahwa pembangunan infrastruktur, seperti pembangunan jalan, seringkali dirancang untuk memfasilitasi kepentingan militer dan perusahaan Indonesia. Sementara militer mengendalikan bisnis-bisnis utama, investor swasta, baik Indonesia maupun internasional, menghindari wilayah tersebut. Meskipun ada perbaikan sejak tahun 1976, sebuah laporan pemerintah Indonesia tahun 1993 memperkirakan bahwa di tiga perempat dari 61 distrik di Timor Timur, lebih dari setengah pendudukannya hidup dalam kemiskinan.
Investasi besar oleh pemerintah Indonesia untuk meningkatkan infrastruktur, fasilitas kesehatan dan pendidikan Timor Timur sejak tahun 1975 tidak mengakhiri perlawanan orang Timor Timur terhadap pemerintahan Indonesia. Meskipun pada tahun 1980-an pasukan Fretilin telah berkurang menjadi beberapa ratus orang bersenjata, Fretilin meningkatkan kontaknya dengan pemuda Timor khususnya di Dili, dan perlawanan sipil tak bersenjata yang mencari penentuan nasib sendiri mulai terbentuk. Banyak dari mereka yang berada dalam gerakan protes adalah anak-anak kecil pada saat invasi dan telah dididik di bawah sistem Indonesia. Mereka membenci penindasan dan penggantian kehidupan budaya dan politik Timor, yang ambivalen pembangunan ekonomi Indonesia, dan berbicara bahasa Portugis di antara mereka sendiri, menekankan warisan Portugis mereka. Mencari bantuan dari Portugal untuk penentuan nasib sendiri, mereka menganggap Indonesia sebagai kekuatan pendudukan. Di luar negeri, anggota Fretilin—terutama mantan jurnalis José Ramos Horta (kemudian menjadi perdana menteri dan presiden)—mendorong perjuangan mereka di forum-forum diplomatik.
Berkurangnya perlawanan bersenjata mendorong pemerintah Indonesia pada tahun 1988 untuk membuka Timor Timur guna meningkatkan prospek komersialnya, termasuk pencabutan larangan bepergian bagi wartawan. Kebijakan baru datang dari Menteri Luar Negeri Ali Alatas. dan diplomat lainnya mempengaruhi Suharto untuk mendukung kebijakan tersebut sebagai tanggapan terhadap kekhawatiran internasional meskipun ada kekhawatiran di antara para pemimpin militer bahwa hal itu akan menyebabkan hilangnya kendali. Pada akhir tahun 1989, komandan militer garis keras Brigadir Jenderal Mulyadi digantikan oleh Brigadir Jenderal Rudolph Warouw yang menjanjikan pendekatan yang lebih "persuasif" terhadap anti-integrasi. Pembatasan perjalanan di dalam wilayah dikurangi, kelompok tahanan politik dibebaskan, dan penggunaan penyiksaan dalam interogasi menjadi lebih jarang. Warouw berusaha meningkatkan disiplin militer; pada bulan Februari 1990 seorang tentara Indonesia diadili atas perbuatan melawan hukum di Timor Timur, tindakan tersebut merupakan yang pertama sejak invasi berlangsung.
Berkurangnya ketakutan akan penganiayaan mendorong gerakan perlawanan; protes anti-integrasi disertai kunjungan profil tinggi ke Timor Timur, termasuk kunjungan Paus Yohanes Paulus II pada tahun 1989. Selain itu, berakhirnya Perang Dingin menghilangkan banyak pembenaran untuk dukungan Barat terhadap pendudukan Indonesia. Meningkatnya perhatian internasional terhadap penentuan nasib sendiri dan hak asasi manusia memberikan tekanan lebih lanjut bagi Indonesia. Peristiwa-peristiwa berikutnya di Timor Timur pada 1990-an membantu meningkatkan profil internasional Timor Timur secara dramatis, yang pada gilirannya secara signifikan meningkatkan momentum kelompok-kelompok perlawanan.
Dalam misa peringatan pada tanggal 12 November 1991 untuk seorang pemuda pro-kemerdekaan yang ditembak oleh pasukan Indonesia, para demonstran yang berjumlah 2.500 orang itu membentangkan bendera Fretilin dan spanduk dengan slogan-slogan pro-kemerdekaan dan meneriakkan dengan riuh namun damai. Setelah konfrontasi singkat antara tentara Indonesia dan pengunjuk rasa, 200 tentara Indonesia melepaskan tembakan ke arah kerumunan yang menewaskan sedikitnya 250 orang Timor Timur.
Kesaksian orang asing di kuburan dengan cepat dilaporkan ke organisasi berita internasional, dan rekaman video pembantaian itu disiarkan secara luas secara internasional, sehingga menyebabkan kemarahan. Menanggapi pembantaian itu, para aktivis di seluruh dunia mengorganisir solidaritas dengan orang Timor Timur, dan urgensi baru dibawa untuk menyerukan penentuan nasib sendiri. TAPOL, sebuah organisasi Britania Raya yang dibentuk pada tahun 1973 untuk mengadvokasi demokrasi di Indonesia, meningkatkan pekerjaannya di sekitar Timor Timur. Di Amerika Serikat, Jaringan Aksi Timor Timur (sekarang Jaringan Aksi Timor Timur dan Indonesia) didirikan dan segera memiliki cabang di sepuluh kota di seluruh negeri. Kelompok solidaritas lainnya muncul di Portugal, Australia, Jepang, Jerman, Malaysia, Irlandia, dan Brasil. Pemberitaan pembantaian tersebut merupakan contoh nyata bagaimana pertumbuhan media baru di Indonesia semakin mempersulit "Orde Baru" untuk mengontrol arus informasi yang masuk dan keluar dari Indonesia, dan bahwa pada pasca-Perang Dingin 1990-an, pemerintah berada di bawah pengawasan internasional yang meningkat. Beberapa kelompok mahasiswa pro-demokrasi dan majalah mereka mulai secara terbuka dan kritis membahas tidak hanya Timor Timur, tetapi juga "Orde Baru" dan sejarah dan masa depan Indonesia yang lebih luas.
Kecaman tajam terhadap militer datang bukan hanya dari komunitas internasional, tetapi juga dari kalangan elit Indonesia. Pembantaian itu mengakhiri pembukaan wilayah pemerintah 1989 dan periode baru penindasan dimulai. Warouw dicopot dari posisinya dan pendekatannya yang lebih akomodatif terhadap perlawanan orang Timor ditegur oleh atasannya. Terduga simpatisan Fretilin ditangkap, pelanggaran hak asasi manusia meningkat, dan larangan jurnalis asing diberlakukan kembali. Kebencian meningkat di antara orang Timor akan kehadiran militer Indonesia. Grup 3 Kopassus milik Mayjen Prabowo melatih geng-geng milisi yang mengenakan kerudung hitam untuk menghancurkan perlawanan yang tersisa.
Pada tanggal 20 November 1992, pemimpin Fretilin Xanana Gusmão ditangkap oleh pasukan Indonesia. Pada Mei 1993, ia dijatuhi hukuman penjara seumur hidup karena melakukan "pemberontakan", tetapi hukumannya kemudian diringankan menjadi 20 tahun. Penangkapan pemimpin perlawanan yang diakui secara universal merupakan pukulan besar bagi gerakan anti-integrasi di Timor Timur, tetapi Gusmão terus menjadi simbol harapan dari dalam LP Cipinang. Sementara itu, perlawanan tanpa kekerasan yang dilakukan orang Timor Timur terus menunjukkan jati dirinya. Ketika Presiden Bill Clinton mengunjungi Jakarta pada tahun 1994, dua puluh sembilan mahasiswa Timor Timur menduduki kedutaan AS untuk memprotes dukungan AS kepada Indonesia.
Pada saat yang sama, para pengamat hak asasi manusia meminta perhatian atas berlanjutnya pelanggaran oleh tentara dan polisi Indonesia. Sebuah laporan tahun 1995 oleh Human Rights Watch mencatat bahwa "pelanggaran di wilayah tersebut terus meningkat", termasuk penyiksaan, penghilangan, dan pembatasan hak-hak dasar. Setelah serangkaian kerusuhan pada bulan September dan Oktober 1995, Amnesty International mengkritik pihak berwenang Indonesia atas gelombang penangkapan dan penyiksaan yang sewenang-wenang. Laporan tersebut menunjukkan bahwa para tahanan dipukuli dengan jeruji besi, ditendang, dicabik, dan diancam akan dibunuh.
Pada tahun 1996 Timor Timur tiba-tiba menjadi perhatian dunia ketika Penghargaan Nobel Perdamaian dianugerahkan kepada Uskup Carlos Filipe Ximenes Belo dan José Ramos Horta "atas pekerjaan mereka menuju solusi yang adil dan damai untuk konflik di Timor Timur". Komite Nobel menyatakan dalam siaran persnya bahwa mereka berharap penghargaan itu akan "memacu upaya untuk menemukan solusi diplomatik atas konflik di Timor Timur berdasarkan hak rakyat untuk menentukan nasib sendiri". Seperti yang dicatat oleh sarjana Nobel Irwin Abrams:
Sementara itu, para diplomat dari Indonesia dan Portugal melanjutkan konsultasi yang disyaratkan oleh resolusi Majelis Umum 1982, dalam serangkaian pertemuan yang dimaksudkan untuk menyelesaikan masalah yang oleh Menteri Luar Negeri Ali Alatas disebut sebagai "kerikil di sepatu Indonesia".
Upaya mediasi baru yang ditengahi PBB antara Indonesia dan Portugal dimulai pada awal 1997.
Kemerdekaan Timor Timur, atau bahkan otonomi daerah yang terbatas, tidak diperbolehkan di bawah rezim Orde Baru. Kendati opini publik Indonesia pada tahun 1990-an kadang-kadang menunjukkan apresiasi yang kurang baik terhadap orang Timor, secara luas dikhawatirkan bahwa kemerdekaan Timor Timur akan mengacaukan persatuan Indonesia. Upaya mediasi baru yang ditengahi PBB antara Indonesia dan Portugal dimulai pada awal 1997. Krisis finansial Asia 1997, bagaimanapun, menyebabkan pergolakan luar biasa di Indonesia dan menyebabkan pengunduran diri Suharto pada Mei 1998, mengakhiri 32 tahun masa kepresidenannya. Prabowo yang pada saat itu menjabat sebagai komandan Cadangan Strategis Indonesia yang kuat, pergi ke pengasingan di Yordania dan operasi militer di Timor Timur merugikan pemerintah Indonesia yang bangkrut satu juta dolar per hari. Periode "reformasi" yang relatif terbuka, termasuk perdebatan yang belum pernah terjadi sebelumnya tentang hubungan Indonesia dengan Timor Timur. Selama sisa tahun 1998, forum-forum diskusi berlangsung di seluruh Dili untuk mengupayakan referendum. Menlu Ali Alatas menggambarkan rencana otonomi bertahap yang mengarah pada kemungkinan kemerdekaan sebagai "hanya rasa sakit, tanpa ada keuntungan" bagi Indonesia. Pada tanggal 8 Juni 1998, tiga minggu setelah menjabat, B. J. Habibie mengumumkan bahwa Indonesia akan segera menawarkan Timor Timur rencana khusus untuk otonomi.
Pada akhir tahun 1998, Pemerintah Australia John Howard mengirim surat kepada Indonesia yang berisi nasihat tentang perubahan kebijakan Australia, dan menganjurkan referendum kemerdekaan dalam satu dekade. Presiden Habibie melihat bahwa rencana Indonesia di Timor Timur seperti "pemerintahan kolonial" dari Indonesia dan dia memutuskan untuk mengadakan referendum cepat mengenai masalah ini.
Indonesia dan Portugal mengumumkan pada tanggal 5 Mei 1999 bahwa pemungutan suara akan diadakan yang memungkinkan rakyat Timor Timur untuk memilih antara rencana otonomi atau kemerdekaan. Pemungutan suara, yang akan diselenggarakan oleh Misi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Timor Timur (UNAMET), semula dijadwalkan pada 8 Agustus tetapi kemudian ditunda hingga 30 Agustus. Indonesia juga bertanggung jawab atas keamanan; rencana ini menimbulkan kekhawatiran di Timor Timur, tetapi banyak pengamat percaya bahwa Indonesia akan menolak untuk mengizinkan penjaga perdamaian asing selama pemungutan suara.
Ketika kelompok-kelompok pendukung otonomi dan kemerdekaan mulai berkampanye, serangkaian kelompok paramiliter pro-integrasi dari Timor Timur mulai mengancam kekerasan—dan memang melakukan kekerasan—di seluruh negeri. Dengan tuduhan bias pro-kemerdekaan di pihak UNAMET, kelompok-kelompok tersebut terlihat bekerja sama dan menerima pelatihan dari tentara Indonesia. Sebelum kesepakatan Mei diumumkan, serangan paramiliter bulan April di Liquiçá menyebabkan puluhan orang Timor Timur tewas. Pada tanggal 16 Mei 1999, komplotan yang didampingi oleh tentara Indonesia menyerang tersangka aktivis kemerdekaan di desa Atara; pada bulan Juni kelompok lain menyerang kantor UNAMET di Maliana. Pihak berwenang Indonesia mengaku tidak berdaya untuk menghentikan apa yang diklaimnya sebagai kekerasan antara faksi-faksi Timor Timur yang saling bersaing, tetapi Ramos-Horta orang lain mencemooh gagasan semacam itu. Pada Februari 1999 ia berkata: "Sebelum [Indonesia] mundur, mereka ingin membuat kekacauan besar dan destabilisasi, seperti yang selalu mereka janjikan. Kami telah secara konsisten mendengar bahwa selama bertahun-tahun dari militer Indonesia di Timor."
Ketika para pemimpin milisi memperingatkan akan "pertumpahan darah", "duta besar keliling" Indonesia Francisco Lopes da Cruz menyatakan: "Jika orang menolak otonomi, ada kemungkinan darah akan mengalir di Timor Timur." Seorang pemimpin paramiliter mengumumkan bahwa "lautan api" akan terjadi saat pemungutan suara untuk kemerdekaan. Saat tanggal pemungutan suara semakin dekat, laporan tentang kekerasan anti-kemerdekaan terus menumpuk.
Hari pemungutan suara, 30 Agustus 1999, berlangsung dengan tenang dan tertib. 98,6% pemilih terdaftar memberikan suara, dan pada 4 September Sekjen PBB Kofi Annan mengumumkan bahwa 78,5 persen suara telah diberikan untuk kemerdekaan. Didorong oleh desakan "Orde Baru" bahwa orang Timor Timur mendukung integrasi, orang Indonesia terkejut atau tidak percaya bahwa orang Timor Timur telah memilih untuk tidak menjadi bagian dari Indonesia. Banyak yang menerima jika berita media menyalahkan PBB dan Australia karena telah menekan Habibie untuk sebuah resolusi.
Ketika staf UNAMET kembali ke Dili setelah pemungutan suara, beberapa kota mulai dihancurkan secara sistematis. Dalam beberapa jam setelah pengumuman hasil, kelompok paramiliter mulai menyerang orang-orang dan membakar di sekitar ibu kota Dili. Wartawan asing dan pemantau pemilu melarikan diri, dan puluhan ribu orang Timor Leste melarikan ke gunung. Geng Muslim Indonesia menyerang gedung Keuskupan Katolik Dili, menewaskan dua lusin orang; keesokan harinya, markas besar ICRC diserang dan dibakar habis. Hampir seratus orang terbunuh di Suai, dan laporan tentang pembantaian serupa membludak di Timor Timur. Sebagian besar staf PBB yang dikurung di kompleks mereka di Dili, yang telah dibanjiri pengungsi, menolak untuk mengungsi kecuali para pengungsi itu ditarik juga, bersikeras bahwa mereka lebih baik mati di tangan kelompok paramiliter. Pada saat yang sama, pasukan Indonesia dan geng paramiliter memaksa lebih dari 200.000 orang ke Timor Barat, ke kamp-kamp yang digambarkan oleh Human Rights Watch sebagai "kondisi yang menyedihkan". Setelah beberapa minggu, Pemerintah Australia menawarkan untuk mengizinkan para pengungsi di kompleks PBB bersama dengan staf PBB untuk dievakuasi ke Darwin, dan semua pengungsi kecuali empat staf PBB dievakuasi.
Ketika delegasi PBB tiba di Jakarta pada tanggal 8 September, mereka diberitahu oleh Presiden B.J. Habibie bahwa laporan pertumpahan darah di Timor Timur adalah "fantasi" dan "kebohongan". Jenderal Wiranto dari militer Indonesia bersikeras bahwa tentaranya memiliki situasi di bawah kendali, dan kemudian mengungkapkan perasaannya untuk Timor Timur dengan menyanyikan lagu hit 1975 "Feelings" di sebuah acara untuk para istri perwira militer.
Kekerasan tersebut disambut dengan kemarahan publik yang meluas di Australia, Portugal dan di tempat lain dan para aktivis di Portugal, Australia, Amerika Serikat dan negara-negara lain menekan pemerintah mereka untuk mengambil tindakan. Perdana Menteri Australia John Howard berkonsultasi dengan Sekjen PBB Kofi Annan dan melobi Presiden AS Bill Clinton untuk mendukung pasukan penjaga perdamaian internasional yang dipimpin Australia untuk memasuki Timor Timur guna mengakhiri kekerasan. Amerika Serikat menawarkan sumber daya logistik dan intelijen yang penting dan kehadiran pencegah "di luar cakrawala", tetapi tidak mengerahkan pasukan untuk operasi tersebut. Akhirnya, pada 11 September, Bill Clinton mengumumkan:
Indonesia, dalam kesulitan ekonomi yang parah, mengalah. Presiden B.J. Habibie mengumumkan pada 12 September bahwa Indonesia akan menarik tentaranya dan mengizinkan pasukan penjaga perdamaian internasional yang dipimpin Australia untuk memasuki Timor Timur. Garnisun Indonesia di timur pulau itu adalah Batalyon 745, yang sebagian besar ditarik melalui laut, tetapi satu kompi, mengambil kendaraan batalyon dan alat berat, mundur ke barat sepanjang jalan pantai utara, menuju Dili dan perbatasan Indonesia, meninggalkan kematian dan kehancuran saat mereka pergi. Mereka membunuh lusinan penduduk desa yang tidak bersalah dan tidak bersenjata di sepanjang jalan dan, di dekat Dili, membunuh seorang jurnalis dan berusaha membunuh dua lagi.
Pada tanggal 15 September 1999, DK PBB menyatakan keprihatinannya atas situasi yang memburuk di Timor Timur, dan mengeluarkan Resolusi DK PBB 1264 yang menyerukan kekuatan multinasional untuk memulihkan perdamaian dan keamanan di Timor Timur, untuk melindungi dan mendukung misi Perserikatan Bangsa-Bangsa di sana, dan untuk memfasilitasi operasi bantuan kemanusiaan sampai pasukan penjaga perdamaian Perserikatan Bangsa-Bangsa dapat disetujui dan dikerahkan di daerah tersebut.
Pasukan Internasional untuk Timor Timur, atau INTERFET, di bawah komando Mayjen Peter Cosgrove, memasuki Dili pada tanggal 20 September dan pada tanggal 31 Oktober pasukan Indonesia terakhir telah meninggalkan Timor Timur. Kedatangan ribuan tentara internasional di Timor Timur menyebabkan milisi melarikan diri melintasi perbatasan ke Indonesia, dimana serangan lintas batas sporadis oleh milisi terhadap pasukan INTERFET dilakukan
Administrasi Sementara PBB di Timor Timur (UNTAET) didirikan pada akhir Oktober dan mengatur wilayah itu selama dua tahun. Kontrol negara diserahkan kepada Pemerintah Timor Leste dan kemerdekaan dideklarasikan pada 20 Mei 2002. Pada tanggal 27 September di tahun yang sama, Timor Leste bergabung dengan Perserikatan Bangsa-Bangsa sebagai anggota ke-191.
Sebagian besar pasukan militer INTERFET berasal dari Australia—lebih dari 5.500 tentara pada puncaknya, termasuk infanteri brigade, dengan dukungan lapis baja dan penerbangan—sementara 22 negara lain akhirnya berkontribusi membentuk kekuatan yang pada puncaknya berjumlah lebih dari 11.000 tentara. Amerika Serikat memberikan dukungan logistik dan diplomatik yang penting selama krisis, kapal penjelajah USS Mobile Bay beroperasi di laut lepas, sementara kapal Australia, Kanada, dan Inggris memasuki Dili. Sebuah batalyon infanteri Marinir AS yang terdiri dari 1.000 orang—ditambah baju besi dan artileri organik—juga ditempatkan di lepas pantai di atas USS Belleau Wood untuk menyediakan cadangan strategis jika terjadi oposisi bersenjata yang signifikan.
Indonesia menggunakan ketakutan akan komunisme untuk mengumpulkan berbagai tingkat dukungan di antara negara-negara barat, termasuk Amerika Serikat dan Australia, untuk invasi dan pendudukan Timor Timur. Invasi dan penindasan gerakan kemerdekaan Timor Timur menyebabkan kerusakan besar pada reputasi dan kredibilitas internasional Indonesia. Kritik dari negara berkembang merusak upaya pada 1980-an untuk mengamankan kursi Gerakan Non-Blok yang sangat diinginkan Suharto untuk Indonesia dan kecaman terhadap Indonesia berlanjut hingga 1990-an.
Pada bulan September 1974, Perdana Menteri Australia Gough Whitlam bertemu dengan Suharto dan menunjukkan bahwa ia akan mendukung Indonesia jika Indonesia mencaplok Timor Timur. Pada 11 November 1975, pemerintahan Whitlam dibubarkan. Ini menempatkan pembatasan pada pemerintahan sementara Fraser. Sampai hasil pemilihan umum 13 Desember diketahui, setiap tindakan memerlukan persetujuan dari partai politik dan gubernur jenderal. Pada tanggal 4 Desember 1975 Australia gagal mencari resolusi PBB untuk menentukan kemerdekaan Timor Timur, dan pemerintah Australia mengevakuasi warga Australia dan warga negara asing lainnya dari Dili. José Ramos Horta tiba di Darwin pada tanggal 5 Desember dengan mengatakan bahwa lembaga bantuan Palang Merah Australia dan Australian Society for Intercountry Aid Timor (ASIAT) telah dilarang masuk ke Timor Timur. Dalam konferensi pers yang sama, Horta mengatakan bahwa pemerintah Fretilin di Timor Timur tidak akan menerima bantuan PBB apapun yang, termasuk bantuan dari Australia.
Setelah memenangkan pemilihan bulan Desember, pemerintah Fraser mengambil pendekatan bahwa perdagangan dengan Asia Tenggara dan hubungan politik dengan Asia Tenggara terlalu penting untuk dipertaruhkan yang dianggap sebagai kerugian besar. Australia abstain dari Resolusi Majelis Umum PBB tahun 1976 dan 1977, dan pada tahun 1978 menjadi satu-satunya pemerintah yang mengakui Timor Timur secara resmi sebagai provinsi Indonesia.
Setahun kemudian, Australia dan Indonesia mulai menyusun perjanjian untuk berbagi sumber daya di Celah Timor. Perjanjian itu ditandatangani pada bulan Desember 1989, dengan perkiraan mulai dari satu hingga tujuh miliar barel minyak dapat diamankan. Kesepakatan ini, bersama dengan kemitraan ekonomi umum dengan Indonesia, sering disebut sebagai faktor penting bagi posisi pemerintah Australia. Namun, mengingat bahwa hampir 60.000 orang Timor Timur tewas selama pertempuran antara pasukan Australia dan Jepang setelah invasi ke Timor oleh Jepang selama Perang Pasifik, beberapa orang Australia percaya bahwa pemerintah mereka berutang khusus kepada bekas jajahan Portugis tersebut. James Dunn, penasihat senior Urusan Luar Negeri untuk Parlemen Australia sebelum dan selama pendudukan, mengutuk tindakan pemerintah, dengan kemudian mengatakan: "Apa yang menjadi nilai strategis vital pada tahun 1941, tidak relevan dan dapat diabaikan pada tahun 1974." Beberapa orang Australia yang menjadi veteran Perang Dunia II memprotes pendudukan karena alasan yang sama.
Pemerintah Australia berturut-turut melihat hubungan baik dan stabilitas di Indonesia (tetangga terbesar Australia) sebagai penyangga keamanan penting di utara Australia, tetapi masalah Timor Timur memperumit kerja sama antara kedua negara. Australia memberikan perlindungan penting bagi para pendukung kemerdekaan Timor Timur seperti José Ramos Horta, yang bermarkas di Australia selama pengasingannya. Perdagangan Australia dengan Indonesia tumbuh melalui tahun 1980-an, dan pemerintah Keating menandatangani pakta keamanan dengan Indonesia pada tahun 1995 dan memberikan prioritas tinggi kepada hubungan dengan Jakarta. Jatuhnya presiden Suharto dan pergeseran kebijakan Australia oleh pemerintahan Howard pada tahun 1998 membantu mempercepat proposal referendum mengenai masalah kemerdekaan Timor Timur. Pada akhir tahun 1998, Perdana Menteri John Howard dan Menteri Luar Negeri Alexander Downer membuat draf surat kepada Indonesia yang berisi tentang perubahan kebijakan Australia, yang menyarankan agar Timor Lorosa'e diberi kesempatan untuk memilih kemerdekaan dalam waktu satu dekade. Surat itu membuat marah Presiden B. J. Habibie, yang menganggapnya menyiratkan bahwa Indonesia adalah "kekuatan kolonial", dan dia memutuskan untuk mengumumkan referendum cepat. Sebuah referendum yang disponsori oleh PBB diadakan pada tahun 1999 menunjukkan persetujuan yang luar biasa untuk kemerdekaan tetapi diikuti oleh bentrokan kekerasan dan krisis keamanan yang dipicu oleh milisi anti-kemerdekaan. Australia kemudian memimpin Pasukan Internasional untuk Timor Timur yang didukung PBB untuk mengakhiri kekerasan, dan ketertiban dipulihkan. Sementara intervensi pada akhirnya berhasil, hubungan Australia-Indonesia akan memakan waktu beberapa tahun untuk pulih.
Partai Buruh Australia mengubah kebijakan Timor Timur pada tahun 1999 dan mengadopsi kebijakan dukungan untuk kemerdekaan Timor Timur dan menentang kehadiran Indonesia di sana melalui juru bicara Urusan Luar Negeri Laurie Brereton. Kredibilitas Breretons diserang oleh pemerintahan Koalisi Liberal-Nasional dan Menteri Luar Negeri Alexander Downer, dan Perdana Menteri Howard. Mereka dibantu dalam kampanye mereka oleh Kevin Rudd yang saat itu menjadi pendukung Buruh (yang kemudian memimpin Partai Buruh menuju kemenangan dalam pemilihan federal Australia 2007).
Karena memiliki hubungan yang kuat dengan Indonesia, Filipina pada awalnya bersikap dingin terhadap masalah ini. Bahkan, tak hanya menolak masuknya José Ramos Horta pada 1997 saat seharusnya memberikan kuliah di Universitas Filipina Diliman, Presiden Fidel V. Ramos pun memasukkannya ke dalam daftar hitam imigrasi.
Namun, dengan dukungan luas dari berbagai negara, Filipina akhirnya mengubah kebijakannya. Setelah Kemerdekaan Timor, Filipina menyumbangkan personel medis dan logistik ke Interfet, bukan pasukan darat. Pada tahun 2000, PBB menunjuk seorang dari Filipina, yaitu Letjen Jaime de los Santos untuk memimpin Interfet PBB penuh.
Berbagi warisan Katolik Roma yang sama, Filipina menjadi sekutu alami dan telah memelihara hubungan baik dengan Timor Timur sejak itu. Itu juga telah menghapus José Ramos Horta dari daftar hitam; ia sering memberikan kuliah di berbagai universitas di Filipina, terutama di Universitas Filipina Diliman, Universitas Politeknik Filipina, Universitas De La Salle dan Universitas Ateneo de Davao.
Sehari setelah invasi, Portugal memutuskan hubungan diplomatik dengan Indonesia dan terus mendukung resolusi PBB yang mengutuk invasi tersebut. Namun, pada akhir 1970-an dan awal 1980-an, pemerintah Portugis tampak enggan mendorong isu tersebut; Pakar Amerika Indonesia, Benedict Anderson memperkirakan bahwa hal ini berasal dari ketidakpastian pada saat penerapannya ke Komunitas Eropa. Kritik Portugal meningkat tajam sejak pertengahan 1980-an, dan karena tekanan publik, negara itu menjadi salah satu juru kampanye terkemuka di forum internasional untuk penentuan nasib sendiri Timor Timur. Sepanjang tahun 1990-an, Portugal mengambil bagian dalam mediasi yang ditengahi PBB dengan Indonesia.
Pada tahun 1975, Amerika Serikat sedang menyelesaikan kemundurannya dari Vietnam. Indonesia yang sangat anti-komunis dianggap oleh Amerika Serikat sebagai penyeimbang yang penting, dan hubungan persahabatan dengan pemerintah Indonesia dianggap lebih penting daripada proses dekolonisasi di Timor Timur. Amerika Serikat juga ingin mempertahankan aksesnya ke selat perairan dalam yang melintasi Indonesia untuk jalur bawah laut yang tidak terdeteksi antara Samudra Hindia dan Pasifik.
Sehari sebelum invasi, presiden AS Gerald R. Ford dan menteri luar negeri AS Henry A. Kissinger bertemu dengan presiden Indonesia Suharto dan dilaporkan memberikan persetujuan mereka untuk invasi tersebut. Menanggapi Suharto yang mengatakan "Kami ingin pengertian Anda jika dianggap perlu untuk mengambil tindakan cepat atau drastis [di Timor Timur]." Ford menjawab, "Kami akan memahami dan tidak akan menekan Anda tentang masalah ini. Kami memahami masalah dan niat yang Anda miliki." Kissinger juga setuju, meskipun dia memiliki kekhawatiran bahwa penggunaan senjata buatan AS dalam invasi akan diekspos ke pengawasan publik, memberitahukan keinginan mereka untuk "mempengaruhi reaksi di Amerika" sehingga "akan ada lebih sedikit kemungkinan orang berbicara di cara yang tidak sah." AS juga berharap invasi akan berlangsung cepat dan tidak melibatkan perlawanan yang berkepanjangan. "Yang penting apa pun yang Anda lakukan berhasil dengan cepat," kata Kissinger kepada Suharto.
AS memasok senjata ke Indonesia selama invasi dan pendudukan berikutnya. Seminggu setelah invasi ke Timor Timur Dewan Keamanan Nasional menyiapkan analisis yang menemukan penggunaan peralatan militer yang dipasok AS secara luas. Meskipun pemerintah AS mengatakan mereka akan menunda penjualan senjata baru dari Desember 1975 hingga Juni 1976 sambil menunggu tinjauan oleh Departemen Luar Negeri untuk menentukan apakah Indonesia telah melanggar perjanjian bilateral yang menetapkan bahwa Indonesia hanya dapat menggunakan senjata yang dipasok AS untuk tujuan pertahanan, bantuan militer terus mengalir, dan Kissinger menghukum anggota staf Departemen Luar Negerinya karena menyarankan agar penjualan senjata dihentikan. Kissinger khawatir tentang reaksi terhadap kebijakannya dari publik AS, termasuk saat Kongres, menyesalkan bahwa "Segala sesuatu di atas kertas akan digunakan untuk melawan saya". Antara tahun 1975 dan 1980, ketika kekerasan di Timor Timur mencapai klimaksnya, Amerika Serikat memberikan sekitar $340 juta persenjataan kepada pemerintah Indonesia. Bantuan militer dan penjualan senjata AS ke Indonesia meningkat dari tahun 1974 dan berlanjut hingga tahun-tahun Bush dan Clinton sampai dihentikan pada tahun 1999. Persediaan senjata AS ke Indonesia antara tahun 1975 dan 1995 berjumlah sekitar $1,1 miliar. Pemerintahan Clinton, di bawah program JCET Pentagon, melatih pasukan khusus Kopassus Indonesia dalam perang gerilya perkotaan, pengawasan, kontra-intelijen, taktik penembak jitu dan 'operasi psikologis'.
Komisi PBB untuk Pengakuan, Kebenaran, dan Rekonsiliasi di Timor Leste (CAVR) menyatakan dalam bab "Tanggung Jawab" dari laporan akhirnya bahwa "dukungan politik dan militer AS sangat penting bagi invasi dan pendudukan Indonesia" di Timor Lorosa'e antara tahun 1975 dan 1999. Laporan (hal. 92) juga menyatakan bahwa "Persenjataan yang dipasok AS sangat penting bagi kapasitas Indonesia untuk mengintensifkan operasi militer dari tahun 1977 dalam kampanye besar-besaran untuk menghancurkan Perlawanan di mana pesawat yang dipasok oleh Amerika Serikat memainkan peran yang penting."
Fretilin telah mengklaim bahwa tingkat dukungan AS untuk upaya pemerintah Indonesia di Timor Timur mungkin telah melampaui dukungan diplomatik dan bantuan material. Sebuah laporan UPI dari Sydney tertanggal 19 Juni 1978, mengutip siaran pers Fretilin, yang menyatakan: "Penasihat militer Amerika dan tentara bayaran bertempur bersama tentara Indonesia melawan FRETILIN dalam dua pertempuran ... Sementara itu, pilot Amerika menerbangkan pesawat OV-10 Bronco untuk Angkatan Udara Indonesia dalam serangan bom terhadap daerah-daerah yang dibebaskan di bawah kendali FRETILIN."
Amerika Serikat abstain dari sebagian besar resolusi PBB yang mengecam invasi Indonesia. Daniel Patrick Moynihan, Duta Besar AS untuk PBB pada saat itu, kemudian menulis dalam memoarnya: "Departemen Luar Negeri menginginkan agar Perserikatan Bangsa-Bangsa terbukti sama sekali tidak efektif dalam tindakan apa pun yang diambilnya. Tugas ini diberikan kepada saya, dan saya melaksanakannya tanpa keberhasilan yang berarti."
Britania Raya, Kanada, Jepang, dan negara-negara lain mendukung Indonesia selama pendudukan Timor Timur. Britania Raya abstain dari semua resolusi Majelis Umum PBB yang berkaitan dengan Timor Timur dan menjual senjata selama pendudukan. Pada tahun 1978 Indonesia membeli delapan pesawat jet BAE Hawk, yang digunakan selama kampanye "pengepungan dan pemusnahan". Britania Raya menjual lusinan jet tambahan ke Indonesia pada 1990-an. Kanada abstain dari resolusi Majelis Umum awal tentang Timor Timur. Pemerintah Kanada secara teratur menjual senjata ke Indonesia selama pendudukan, dan pada 1990-an menyetujui lebih dari CDN$400 juta ekspor untuk suku cadang senjata. Jepang memberikan suara menentang terhadap kedelapan resolusi Majelis Umum mengenai Timor Timur.
Pemerintah India juga mendukung Indonesia, menyamakan pendudukan itu dengan perebutan Goa oleh mereka sendiri pada tahun 1961. Beberapa analis mengatakan bahwa tindakan Indonesia yang tertunda juga mencegah pemindahan Timor Timur secara damai ke sana, mirip dengan bagaimana Prancis memindahkan Pondicherry ke India pada tahun 1962.
Negara-negara anggota Perhimpunan Bangsa-Bangsa Asia Tenggara (ASEAN), secara konsisten memberikan suara menentang resolusi Majelis Umum yang menyerukan penentuan nasib sendiri di Timor Timur.
Perkiraan yang tepat dari jumlah korban tewas sulit ditentukan. Laporan Komisi Pengakuan, Kebenaran, dan Rekonsiliasi di Timor Leste (CAVR) tahun 2005 melaporkan perkiraan jumlah minimum kematian terkait konflik 102.800 (±12.000). Dari jumlah tersebut, laporan tersebut mengatakan bahwa sekitar 18.600 (±1.000) terbunuh atau hilang dan bahwa sekitar 84.000 (±11.000) meninggal karena kelaparan atau sakit melebihi apa yang diharapkan karena kematian masa damai. Angka-angka ini mewakili perkiraan konservatif minimum yang menurut CAVR adalah temuan utamanya yang berbasis ilmiah. Laporan tersebut tidak memberikan batas atas. Namun, CAVR berspekulasi bahwa jumlah kematian akibat kelaparan dan penyakit yang berhubungan dengan konflik bisa mencapai 183.000. Komisi kebenaran menganggap pasukan Indonesia bertanggung jawab atas sekitar 70% pembunuhan dengan kekerasan.
Peneliti Ben Kiernan mengatakan bahwa "jumlah 150.000 kematian kemungkinan mendekati kebenaran," meskipun seseorang dapat membuat perkiraan 200.000 kematian atau lebih tinggi. Center for Defense Information juga memperkirakan total kematian mendekati 150.000 jiwa. Sebuah perkiraan gereja Katolik tahun 1974 tentang populasi Timor Timur adalah 688.711 jiwa; pada tahun 1982 gereja melaporkan hanya 425.000 jiwa. Hal ini menyebabkan sekitar 200.000 jiwa tewas selama pendudukan, yang dilaporkan secara luas di seluruh dunia. Sumber lain seperti Amnesty International dan Human Rights Watch juga mendukung perkiraan bahwa lebih dari 200.000 jiwa terbunuh.
Menurut spesialis Gabriel Defert berdasarkan data statistik yang tersedia dari otoritas Portugis dan Indonesia, dan dari Gereja Katolik, antara Desember 1975 hingga Desember 1981, sekitar 308.000 orang Timor kehilangan nyawa mereka; ini merupakan sekitar 44% dari populasi sebelum invasi. Demikian pula, Profesor George Aditjondro menyimpulkan dari studinya tentang data Angkatan Darat Indonesia bahwa sebenarnya 300.000 orang Timor telah terbunuh pada tahun-tahun awal pendudukan.
Robert Cribb dari Universitas Nasional Australia berpendapat bahwa jumlah korban dibesar-besarkan secara signifikan. Dia berpendapat bahwa sensus 1980 yang menghitung 555.350 orang Timor, meskipun "sumber yang paling dapat diandalkan dari semuanya", mungkin merupakan perkiraan minimum daripada perkiraan maksimum untuk total populasi. "Perlu diingat bahwa ratusan ribu orang Timor Timur menghilang selama kekerasan September 1999, hanya untuk muncul kembali kemudian," tulisnya. Sensus tahun 1980 menjadi lebih tidak mungkin dalam menghadapi sensus 1987 yang menghitung 657.411 orang Timor – ini akan membutuhkan tingkat pertumbuhan 2,5% per tahun, hampir identik dengan tingkat pertumbuhan yang sangat tinggi di Timor Timur dari tahun 1970 hingga 1975, dan sangat tidak mungkin dapat terjadi mengingat kondisi pendudukan yang brutal, termasuk upaya Indonesia untuk mencegah reproduksi. Memperhatikan kurangnya catatan pribadi tentang kekejaman atau trauma tentara Indonesia, ia lebih lanjut menambahkan bahwa Timor Timur "tidak tampak—berdasarkan laporan berita dan laporan akademis—sebagai masyarakat yang trauma dengan kematian massal...sampai pembantaian Dili tahun 1991...menunjukkan suatu masyarakat yang mempertahankan semangat dan kemarahannya dengan cara yang mungkin tidak akan mungkin terjadi jika diperlakukan seperti Kamboja saat dikuasai oleh Pol Pot." Bahkan strategi militer Indonesia didasarkan pada memenangkan "hati dan pikiran" penduduk, fakta yang tidak mendukung tuduhan pembunuhan massal.
Kiernan, mulai dari populasi dasar 700.000 orang Timor pada tahun 1975 (berdasarkan sensus Gereja Katolik 1974), menghitung perkiraan populasi tahun 1980 sebanyak 735.000 orang Timor (dengan asumsi tingkat pertumbuhan hanya 1% per tahun sebagai akibat pendudukan). Menerima hitungan 1980 yang Cribb anggap setidaknya 10% (55.000) terlalu rendah, Kiernan menyimpulkan bahwa sebanyak 180.000 orang mungkin tewas dalam perang. Cribb berpendapat bahwa tingkat pertumbuhan 3% yang diperkirakan oleh sensus 1974 terlalu tinggi, mengutip fakta bahwa gereja sebelumnya telah mendalilkan tingkat pertumbuhan 1,8%, yang akan menghasilkan angka yang sejalan dengan perkiraan populasi Portugis sebanyak 635.000 orang untuk tahun 1974.
Meskipun Cribb menyatakan bahwa sensus Portugis hampir pasti merupakan perkiraan yang terlalu rendah, ia percaya bahwa kemungkinan besar itu lebih benar daripada sensus gereja, karena setiap upaya gereja untuk memperkirakan jumlah total populasi "harus dilihat dari sudut pandangnya terhadap akses ke masyarakat yang tidak lengkap" (kurang dari setengah orang Timor adalah Katolik). Dengan asumsi tingkat pertumbuhan sejalan dengan negara-negara lain di Asia Tenggara, maka, akan menghasilkan angka yang lebih akurat sebanyak 680.000 jiwa untuk tahun 1975, dan populasi tahun 1980 diharapkan sedikit di atas 775.000 jiwa (tanpa memperhitungkan penurunan tingkat kelahiran akibat pendudukan Indonesia). Defisit yang tersisa akan hampir menyentuh angka 200.000. Menurut Cribb, kebijakan Indonesia membatasi angka kelahiran hingga 50% atau lebih. Jadi, sekitar 45.000 di antaranya tidak dilahirkan daripada dibunuh; 55.000 lainnya "hilang" akibat orang Timor menghindari otoritas Indonesia yang melakukan sensus 1980. Berbagai faktor—eksodus puluhan ribu orang dari rumah mereka untuk melarikan diri dari FRETILIN pada tahun 1974-5; kematian ribuan orang dalam perang saudara; kematian kombatan selama pendudukan; pembunuhan oleh FRETILIN; dan bencana alam—mengurangi lebih jauh lagi korban sipil yang diakibatkan oleh pasukan Indonesia selama ini. Mempertimbangkan semua data ini, Cribb berpendapat bahwa jumlah korban jauh lebih rendah 100.000 atau kurang, dengan minimum absolut 60.000, dan hanya sepersepuluh dari penduduk sipil yang mati secara tidak wajar selama tahun 1975–80.
Bagaimanapun, Kiernan menanggapi dengan menegaskan bahwa masuknya pekerja migran selama pendudukan dan peningkatan tingkat pertumbuhan penduduk yang khas dari krisis kematian membenarkan menerima sensus 1980 sebagai sah meskipun perkiraan 1987 dan bahwa sensus gereja 1974—meskipun hanya "kemungkinan maksimum"—tidak dapat diabaikan karena kurangnya akses gereja ke masyarakat yang mungkin telah mengakibatkan jumlah yang kurang. Dia menyimpulkan bahwa setidaknya 116.000 kombatan dan warga sipil dibunuh oleh semua pihak atau meninggal secara "tidak wajar" dari tahun 1975–80 (jika benar, ini akan menghasilkan hasil bahwa sekitar 15% penduduk sipil Timor Timur terbunuh dari tahun 1975–80). F. Hiorth secara terpisah memperkirakan bahwa 13% (95.000 dari perkiraan 730.000 bila memperhitungkan pengurangan tingkat kelahiran) dari jumlah penduduk sipil meninggal selama periode ini. Kiernan percaya bahwa defisit tersebut kemungkinan besar berjumlah sekitar 145.000 bila dihitung untuk pengurangan angka kelahiran, atau 20% dari populasi Timor Timur. Nilai tengah dari laporan PBB adalah 146.000 kematian; R.J. Rummel, seorang analis pembunuhan politik, memperkirakan jumlah kematian sebanyak 150.000 jiwa.
Banyak pengamat menyebut aksi militer Indonesia di Timor Timur sebagai sebuah contoh genosida. Oxford mengadakan konsensus akademis yang menyebut peristiwa tersebut sebagai sebuah genosida dan universitas Yale mengajarkannya sebagai bagian dari program "Studi Genosida" mereka. Dalam studi tentang arti hukum dan penerapan kata tersebut pada pendudukan Timor Timur, sarjana hukum Ben Saul menyimpulkan bahwa karena tidak ada kelompok yang diakui menurut hukum internasional yang menjadi sasaran otoritas Indonesia, tuduhan genosida tidak dapat diterapkan. Namun, ia juga mencatat: "Konflik di Timor Timur paling tepat dikualifikasikan sebagai genosida terhadap 'kelompok politik', atau sebagai alternatif sebagai 'genosida budaya', namun tidak satu pun dari konsep ini yang secara eksplisit diakui dalam hukum internasional." Pendudukan ini telah dibandingkan dengan pembunuhan Khmer Merah, perang Yugoslavia, dan genosida Rwanda.
Jumlah akurat korban Indonesia didokumentasikan dengan baik. Nama lengkap sekitar 2.300 tentara Indonesia dan milisi pro Indonesia yang gugur dalam aksi maupun karena sakit dan kecelakaan selama masa pendudukan diukir di Monumen Seroja yang terletak di Markas Besar TNI di Cilangkap, Jakarta Timur.
Saul melanjutkan untuk membahas penuntutan pihak-pihak yang bertanggung jawab atas "kejahatan terhadap kemanusiaan, kejahatan perang, dan pelanggaran berat hak asasi manusia lainnya". Pada tahun-tahun setelah berakhirnya pendudukan, beberapa proses telah dilakukan untuk tujuan tersebut. Resolusi Dewan Keamanan PBB 1999 yang mengesahkan UNTAET menggambarkan sejarah "pelanggaran sistematis, meluas dan mencolok terhadap hukum internasional dan hak asasi manusia" dan menuntut "agar mereka yang bertanggung jawab atas kekerasan tersebut dibawa ke pengadilan". Untuk mencapai tujuan ini, UNTAET membentuk Unit Kejahatan Berat (SCU), yang berusaha menyelidiki dan menuntut orang-orang yang bertanggung jawab atas kekerasan tersebut. Namun, SCU telah dikritik karena pencapaiannya relatif sedikit, mungkin karena pendanaannya tidak memadai, mandatnya terbatas pada kejahatan yang dilakukan hanya pada tahun 1999, dan karena alasan lain. Pengadilan Indonesia yang dimaksudkan untuk menghukum mereka yang bertanggung jawab atas kekerasan itu digambarkan sebagai "secara nyata tidak memadai" oleh komisi PBB.
Defisiensi dalam proses ini telah menyebabkan beberapa organisasi menyerukan pengadilan internasional untuk mengadili orang-orang yang bertanggung jawab atas pembunuhan di Timor Timur, serupa dengan yang didirikan di Yugoslavia dan Rwanda. Sebuah editorial 2001 oleh LSM Timor Timur La'o Hamutuk mengatakan:
Pada tahun 2005, Komisi Kebenaran dan Persahabatan Indonesia-Timor Leste dibentuk dengan tujuan untuk menegakkan kebenaran yang berkaitan dengan kejahatan di bawah pendudukan, dan menyembuhkan perpecahan antar negara. Komisi ini telah menerima kritik dari LSM dan ditolak oleh PBB karena menawarkan impunitas.
Kesalahan pengutipan: Ditemukan tag <ref> untuk kelompok bernama "lower-alpha", tapi tidak ditemukan tag <references group="lower-alpha"/> yang berkaitan