Venancio Flores

Venancio Flores Barrios (Trinidad,​ 18 de mayo de 1808-Montevideo, 19 de febrero de 1868) fue un militar, caudillo y político uruguayo, que gobernó Uruguay en dos ocasiones. La primera como miembro del Triunvirato de 1853 a continuación como 5.º presidente constitucional de Uruguay, de 1853 a 1855; y la segunda de facto como «Gobernador Provisorio», de 1865 a 1868. Desde la década de 1850 hasta su muerte fue el caudillo más influyente del Partido Colorado, sucediendo al liderazgo de su fundador Fructuoso Rivera.
Nacido en una familia acaudala cercana a la causa independentista, la acompañó con solo 3 años en el Éxodo oriental siguiendo a José Artigas en 1811. Sus padres lo impulsaron a que se uniera al sacerdocio, pero tras el desembarco de los Treinta y tres orientales el 19 de abril de 1825, se unió con casi 17 años a la causa revolucionara luchando en batallas como las del Rincón, Sarandí e Ituzaingó. Cercano a Fructuoso Rivera, defendió su primer gobierno contra las rebeliones de Juan Antonio Lavalleja y lo acompañó posteriormente en su rebelión contra Manuel Oribe. Se destacó ampliamente como militar durante la Guerra Grande luchando para el gobierno de la Defensa, pero en 1846 se dio de baja ante la negativa del gobierno de comenzar negociaciones de paz, regresando en 1851 como parte de la escolta del argentino Justo José de Urquiza.
Tras el fin de la Guerra Grande, fue elegido como presidente Juan Francisco Giró, quien llevó a cabo un gobierno de fusión entre ambos partidos tradicionales en el que Flores desempeñó altos cargos. Con la renuncia de Giró en 1853, debido a presiones internas y falta de apoyos, Flores quedó como dueño de la situación nacional por su cargo de ministro de Guerra. Como gobierno provisional se pactó un triunvirato compuesto por los veteranos caudillos Rivera y Lavalleja, y el mismo Flores. Pero tras la pronta muerte los otros dos caudillos, Flores fue elegido por la Asamblea General como presidente de la República en 1854. Al año siguiente, se vio obligado a renunciar tras un golpe de Estado encabezado por los sectores «doctorales» del Partido Colorado. Pactó con el caudillo Manuel Oribe la elección de Gabriel Pereira como presidente, y en 1865 se exilió en Argentina. Allí, sirvió militarmente al bonaerense Bartolomé Mitre en su guerra contra Urquiza.
En 1863 desembarcó en Uruguay y dio inicio a una revolución contra el gobierno del presidente fusionista de origen blanco, Bernardo Prudencio Berro, contando con el apoyo discreto de Mitre y del Imperio de Brasil. En 1865 triunfó militarme y tomó las riendas del Estado uruguayo como «Gobernador Provisorio». En consecuencia a los pactos establecidos, Uruguay formó parte junto a Brasil y Argentina de la Triple Alianza contra Paraguay, luchando en ese frente de batalla entre 1865 y 1866. Durante su gobierno de facto se continuó el proceso de modernización del Estado uruguayo; resalta la aprobación del Código de Comercio y el Código Civil, la realización de la primera conexión telegráfica con Buenos Aires, la inauguración de la primera línea de tranvías a tracción de caballo, las primeras concesiones para la construcción de ferrocarriles, y el crecimiento del sector bancario, entre otros.
La dictadura de Flores terminó con su voluntaria renuncia, el 15 de febrero de 1868. Cuatro días después, en medio de una revuelta armada encabezada por el expresidente Bernardo Berro, fue asesinado en las calles de Montevideo por un grupo de desconocidos. Décadas después, durante el gobierno del militar Máximo Santos, de 1882 a 1886, se creó en 1885 el departamento de Flores, denominado así por su persona.
Venancio Flores nació el 18 de mayo de 1808 en villa Porongos, actual ciudad de Trinidad. Era hijo de Felipe Flores, un acaudalado estanciero dueño de extensos campos situados al este del Arroyo Grande, y de Cecilia Barrios, cuya familia era oriunda de Víboras, al norte del actual departamento de Colonia.​​En total, la pareja tuvo tres hijos: Manuel, Cecilia y Venancio; siendo este último el más joven.​
La familia poseía una estancia con quince esclavos y una casa en Porongos a media cuadra de la iglesia.​ Felipe Flores, muy vinculado a José Artigas, y en especial a Fructuoso Rivera, se adhirió a la Revolución oriental, por lo que el pequeño Venancio de solamente tres años debió marchar junto a su familia en el Éxodo oriental en 1811.​​La familia fue acompañada por una numerosa escolta de sus esclavos, la más grande entre las que registró «la redota», y transportando muchas de sus pertenencias en la caravana formada por sus cinco carretas.​
Las circunstancias de la época impidieron que Venancio Flores recibiera una educación sistemática, pero sus padres se encargaron personalmente de que tuviera por lo menos los rudimentos de una enseñanza elemental.​
Era habitual en las familias pudientes del siglo XIX que los progenitores impulsaran que uno de sus hijos hiciera una opción de vida a favor del sacerdocio. Venancio era el elegido, pero su vida dio un cambio con el desembarco de los Treinta y tres orientales el 19 de abril de 1825.​
Flores se incorporó rápidamente en territorio oriental a la Cruzada Libertadora, en las milicias del coronel Adrián Medina. Participó activamente durante toda la Guerra del Brasil, luchando en la batalla del Rincón el 24 de septiembre de 1825, comandado por Fructuoso Rivera, y luchando luego en la batalla de Sarandí el 12 de octubre de ese mismo año, comandado por Juan Antonio Lavalleja. Más tarde acompañó a Fructuoso Rivera en su campaña en las Misiones Orientales, estando presente en la victoria de la batalla de Ituzaingó, en febrero de 1827.​
Durante el conflicto fue nombrado como alférez del 2.º escuadrón de línea que comandaba Bernabé Rivera, sobrino de Fructuoso Rivera. Luego fue ascendido a teniente y más tarde a capitán, grado con el que, terminado el conflicto, juró la Constitución de 1830, la primera Constitución de Uruguay, en San Pedro de Durazno, alineado en la compañía N.º 4, en la que ejerció como mayor en forma provisoria.​​ Continuó en servicio durante pocos meses, retornando a sus pagos en 1831 para, desoyendo los pedidos de Rivera, dedicarse a las faenas camperas en la estancia de su padre.​
Sus actividades rurales duraron poco tiempo. En 1832, el gobierno de Fructuoso Rivera, primer presidente constitucional de Uruguay, experimentó una sublevación militar urdida por Juan Antonio Lavalleja, por lo que Flores regresó al ámbito militar dentro de la causa del gobierno tras ser convocado por el coronel Gregorio Salado con el grado de capitán.​ En 1833 también colaboró para sofocar otra insurrección lavallejista de parte de Eugenio Garzón y Manuel de Olazábal.​​ Sofocados los movimientos, volvió a la estancia de su padre.​
En el año 1836, Fructuoso Rivera se levantó en armas contra el gobierno de Manuel Oribe, segundo presidente constitucional de Uruguay, a raíz de una polémica sobre la titularidad del cargo de «Comandante General de Campaña».​ Venancio Flores, partidario incondicional de Rivera, se proclamó en rebeldía contra el presidente Manuel Oribe, por lo que fue preso y conducido a Montevideo antes de que pudiera incorporarse a la rebelión. Sin embargo, logró fugarse y acudir a las filas sublevadas de Rivera —identificadas con la divisa colorada—, llegando a participar el 15 de julio de 1838 en la decisiva batalla del Palmar, que significó una fuerte derrota para el bando oribista —identificado con la divisa blanca—.​​ En octubre de 1838, Manuel Oribe renunció a la presidencia de la República y se dirigió a Buenos Aires, buscando el apoyo del gobernador Juan Manuel de Rosas.​ A su vez, el 10 de noviembre, Rivera y su hueste entraron a Montevideo. Acto seguido, Rivera ordenó realizar elecciones y la Asamblea General lo eligió como presidente de la República el 1º de marzo de 1839.​ Una de sus primeras acciones fue declararle formalmente la guerra a Juan Manuel de Rosas el 10 de marzo.​ Este evento fue el inicio formal del conflicto conocido como la «Guerra Grande».​ Además, Rivera designó a Flores como jefe político y de policía de San José —que en aquel entonces también comprendía los territorios de los actuales departamentos de Flores y de Florida—.​​
En 1839 Flores derrotó en el arroyo La Virgen a una avanzada de 500 hombres comandados por el coronel Pascual Echagüe, y el 29 de diciembre de ese año participó en la victoria de la batalla de Cagancha, dirigiendo un regimiento de la reserva.​​ En 1842 fue designado como comandante del departamento de San José.​ El 6 de diciembre de ese año las fuerzas riveristas sufren una dura derrota en la batalla de Arroyo Grande, en territorio argentino, que dio inicio a una retirada hacia territorio uruguayo, durante la cual Flores buscó retardar a las tropas rosistas y oribistas con guerrillas continuas, pero que culminó con el inicio del sitio de Montevideo en febrero de 1843.​ El asedio de Montevideo, que se inició el 16 de febrero de 1843 y se prolongó hasta octubre de 1851, provocó la convivencia en el Estado Oriental del Uruguay de dos gobiernos, uno sitiado en Montevideo y su línea defensiva —denominado por la historiografía como el gobierno de la Defensa— y el otro conocido como el gobierno del Cerrito —por la zona en que se ubicó—, que en el correr de la década de 1840 controló los extramuros de la ciudad y la mayor parte del territorio.​
Al principio de esta nueva etapa de la guerra, Flores desarrolló sus operaciones militares principalmente en el departamento de Colonia: derrotó al militar Ángel Núñez en el combate de la Horqueta del Rosario, el 18 de julio de 1843; triunfó sobre Crispín Velázquez en el Real de San Carlos, impidiendo que este acudiera a reforzar a los sitiadores de Mercedes; y luchó contra efectivos de Servando Gómez.​ A finales de ese año también intervino en combates en el este del país, como los desarrollados en las localidades de La Paloma y de Arequita.​
Recién a fines de 1844 Flores logró entrar en Montevideo, todavía sitiado por Oribe, y el 17 de febrero de 1845 logró infiltrarse entre los sitiadores con una división de 400 hombres para entrar en el Cerro de Montevideo y llevar a la guarnición allí sitiada los elementos que carecía.​ El 28 de marzo de ese mismo año, Venancio Flores, junto al italiano Giuseppe Garibaldi, lograron al frente de 2.000 hombres una victoria en el Cerro ante el general Ángel Núñez, quien resultó muerto en la pelea con 200 de los suyos.​ Flores se acantonó en el Cerro, donde días después resistió un ataque de las fuerzas sitiadoras.​ Ese mismo año se generó una situación de tensión entre el gobierno de la Defensa y los principales oficiales del ejército, instigado por el militar Melchor Pacheco y Obes, por lo que el presidente Joaquín Suárez encomendó a Venancio Flores el cargo de la «Comandancia de Armas», y con ello Flores arrestó y desterró a Pacheco en noviembre de ese año.​​​
En 1845 se embarcó en Montevideo acompañado por 40 hombres, se escabulló de la escuadra marítima sitiadora de Guillermo Brown, y desembarcó en San José, cerca del río Santa Lucia, donde emprendió lucha y posterior retirada, logrando llegar a cercanías de Durazno donde fue herido en un combate.​ Continuó atravesando la campaña, hasta que la grave derrota sufrida en la batalla de India Muerta, el 27 de marzo de 1845, obligó a los supervivientes, Flores entre ellos, a emigrar al Brasil junto a Rivera, lo que significó el alejamiento del fundador de la divisa colorada de la toma de decisiones del bando de la Defensa y un mayor predominio del sector «doctoral» en ese gobierno.​​
En septiembre de ese año, Venancio Flores volvió a Montevideo, en donde no se harían esperar las discrepancias con la clase doctoral de la Defensa; y a finales de ese año también se produjo el regreso de Pacheco y Obes, quien no tardó en recuperar su posición. A inicios de 1846, se le encomendó a Flores una misión sobre los departamentos de Maldonado y de Minas, sufriendo el 16 de enero un revés que el gobierno de Montevideo, reacio a los sectores más cercanos a Rivera, condenaron como falta grave y dictaron el arresto domiciliario de Flores. En abril se produjo y tuvo éxito un motín dentro del gobierno de la Defensa que logró el desembarco de Rivera en Montevideo y la renuncia de varios miembros «doctorales» del gobierno; Flores fue liberado y designado por el caudillo como Jefe de Estado Mayor.​​
Como Jefe de Estado Mayor, y junto a Rivera, Flores intervino en 1846 en distintas escaramuzas como en la toma de Las Vacas y del pueblo de Víboras, en el combate del Arenal, en el combate de Piedras de Espinosa y en la toma de Mercedes; en esta última localidad, las fuerzas del gobierno de la Defensa situadas en el litoral debieron retirarse ante el avance de la columna comandada por Ignacio Oribe.​Posteriormente, Flores mantuvo una entrevista con Manuel Oribe, y en agosto solicitó al gobierno la autorización para «abrir negociaciones de paz», pero ante la falta de apoyos Flores renunció a su puesto, solicitó su baja y el pasaporte para retirarse del país; el gobierno le concedió todo menos la baja y Flores viajó a Rio Grande.​​Flores retornó al país en agosto de 1851, como jefe de escolta en la invasión del gobernador de Entre Ríos Justo José de Urquiza.​ El 8 de octubre se dio por finalizada la Guerra Grande, la «paz de octubre» estableció que no hubo «ni vencidos, ni vencedores».​​ Pocos días después, el 12 de octubre, se firmaron en Río de Janeiro los cinco tratados entre Uruguay y Brasil.​
Tras el final de la Guerra Grande, y con las principales figuras caudillescas debilitadas —Rivera desterrado; y Oribe derrotado y relegado—, el candidato a presidente aconsejado por Justo José de Urquiza fue su compañero el general Eugenio Garzón, pero su inesperada muerte en diciembre de 1851 desbarató esta intención. La nueva Asamblea General, electa por los pocos orientales que podían votar de acuerdo a la Constitución de 1830 y originados de listas acordadas por sectores «doctorales» de la sociedad, consagró a Juan Francisco Giró, un integrante de la clase alta montevideana asociado con el gobierno del Cerrito, como presidente de la República por 35 votos en un total de 38, el 1 de marzo de 1852. Los propósitos del nuevo presidente, en coincidencia con la nueva corriente conocida como «política de fusión», empezaron por ser de coparticipación política, asignado a figuras coloradas a cargos importantes, como a César Díaz como Ministro de Guerra y a Venancio Flores como Jefe de Policía de la capital, y respetando la jerarquía de los jefes militares colorados.​​​
Ante las críticas a los tratados de 1851 entre Uruguay y Brasil realizadas por el jurista y diplomático Cándido Juanicó, el gobierno de Giró envió a Venancio Flores y a Bernardo Prudencio Berro ante Urquiza para cambiar su posición, quien apoyaba los acuerdos con muy leves recortes; pero no logrando convencerlo. En junio de 1852, Díaz renunció al ministerio de Guerra, por lo que Flores es designado en su lugar. Un amago de levantamiento armado del militar Servando Gómez en Paysandú obligó a Flores a acudir al lugar, y ayudó a incentivar la visita de Giró a varios departamentos del interior del país.​
Entre tanto, en octubre se efectuaron reuniones entre antiguos dirigentes colorados que fundaron una «Sociedad Amigos del País» que publicó un manifiesto, redactado por Juan Carlos Gómez, con propósitos de unión nacional. Sin embargo, fueron rechazados antiguos blancos que buscaron acercarse, como Cándido Juanicó, Juan José de Herrera y otros. Este movimiento derivó en la fundación del Partido Conservador —en alusión a «conservar los principios» del gobierno de la Defensa—, una facción colorada antifusionista y anticaudillista compuesta por «doctores». Mientras tanto, continuaron las tensiones dentro del gobierno de Giró, como el debate acontecido en la Asamblea General acerca de la vigencia de la última resolución del gobierno de Joaquín Suárez, que asignó medallas a los «héroes de Caseros». Esto sirvió de pretexto para que Flores, que no admitía cuestionamientos a la validez del gobierno de la Defensa, renunciara al ministerio de Guerra el 16 de marzo de 1853. También se sospechó que el motivo principal de la renuncia consistió en que Flores había exigido el nombramiento de seis jefes políticos colorados en compensación de la disolución, aceptada previamente por él, de la «División Oriental» que luchó en la Batalla de Caseros de 1852, cuando Giró pretendía conceder solo dos jefaturas. Giró aceptó la renuncia de Flores, y en su lugar designó al general José Brito del Pino, un blanco al frente de un ejército de línea en su mayor parte colorado. Posteriormente, también renunció Manuel Errazquín en Hacienda, y fueron vanos los intentos de Giró de llamar a dirigentes colorados para ocupar dicho cargo, ya que la condición de estos era que se nombrara a un ministro de Guerra colorado.​​​​
El 18 de julio de 1853, con motivo de los festejos por el aniversario de la jura de la Constitución, Giró movilizó a la «Guardia Nacional» —milicia con simpatías oribistas—, pero esta fue dispersada en la Plaza Matriz por el 2.º batallón de Cazadores. Tras esto, Giró cedió ante las presiones de los conservadores: renombró a Venancio Flores como ministro de Guerra y asignó al colorado Manuel Herrera y Obes en Hacienda. De nuevo como ministro, Flores ordenó a todos los departamentos que disolvieran a la «Guardia Nacional», y Giró le encomendó una recorrida por el interior, donde visitó San José, Durazno y Cerro Largo. En San José se entrevistó con Oribe, y Flores juzgó que era conveniente que este regresara a Montevideo. Tiempo después, Flores volvió a entrevistarse con Oribe en la capital, y logró convencerlo para que se fuera del país, partiendo luego el expresidente a Europa. Mientras tanto, la prédica conservadora impugnó en la prensa cualquier tentativa de fusión, por lo que Berro —único ministro blanco en el gabinete—, le pidió a Flores que firmara un decreto para acallar a la prensa opositora. Flores accedió a firmar si se nombraba a colorados como titulares en otras tres jefaturas políticos, la mitad de los gobiernos departamentales, pero al ver a Berro irreductible, el 17 de agosto Flores resolvió nuevamente renunciar al ministerio. Giró recurrió al embajador brasileño José Paranhos, quien invitó a Flores a hablar con el presidente. Flores accedió y volvió al ministerio, con la condición de que se equilibraran las posiciones de ambos partidos en los cargos de gobierno. Giró exigió por su parte que Melchor Pacheco y Obes se marchara del país, conociendo sus intenciones revolucionarias. Sin embargo, el 24 de septiembre de 1853, siendo Giró consciente de que los colorados conservadores y Flores contaban con el apoyo de Brasil, y de que su gobierno estaba en jaque, el presidente y su ministro Bernardo Berro tomaron asilo en la legación de Francia. El vacío de poder dejó a Flores, en ese momento ministro de Guerra, como dueño de la situación en el país.​​​
Flores se dirigió a la Comisión Permanente de la Asamblea General y expresó que, ausente Giró, quedó en sus manos de ministro de Guerra la fuerza pública, y le pidió al organismo que se congregara y resolviera lo que juzgara conveniente. Desde su condición de asilo, Giró consideró tal pedido como una rebelión, pero su llamado no tuvo apoyos. El 26 de septiembre de 1853 se reunieron en el Fuerte —sede del Poder Ejecutivo del novel Estado uruguayo— figuras como Flores, Lavalleja, Pacheco y Obes, César Díaz, José María Muñoz, Juan Carlos Gómez, entre otros. Allí se resolvió la creación de un triunvirato provisional compuesto por los generales veteranos Lavalleja y Rivera, y el mismo Flores. Flores fue además designado Comandante General de la Campaña, y pocas horas después salió a efectuar una recorrida por el interior uruguayo. Los tres ministerios nacionales fueron ocupados por colorados conservadores —Juan Carlos Gómez en el de Relaciones Exteriores, Lorenzo Batlle en el de Guerra, y Santiago Sayago en Hacienda— y como Jefe del Ejército fue asignado Melchor Pacheco y Obes.​​​
Giró se escabulló hacia un barco francés, seguido por Berro, y ambos reclamaron desde allí la intervención de Brasil apelando a los tratados de 1851. Flores reclamó entonces ante la legación de Francia que no permitiera a Giró trasladarse a ningún punto del país. Berro volvió a tierra el 20 de octubre, y el 8 de noviembre se refugió en la embajada brasileña. El 22 de octubre falleció Juan Antonio Lavalleja en el Fuerte. Con la muerte de uno de los triunviros, el 27 de octubre se convocó a elecciones de la Asamblea Constituyente Legislativa —llamada como «Doble Asamblea», por haber duplicado el número de asambleístas establecido constitucionalmente—; los conservadores pidieron que se aplazara la elección, lo que Flores aceptó pero decidiendo el plazo sin consultarles, provocando la renuncia de los tres ministros Gómez, Batlle y Sayago, que fueron reemplazados por Juan José Aguiar, el general Enrique Martínez y José Zubillaga, respectivamente. El 24 de noviembre, Flores salió de la capital, quedando César Díaz a cargo del gobierno. Al regresar Flores a Montevideo, Pacheco y Obes abandonó el país para no volver tras un altercado con el caudillo. Pocos años después, Pacheco y Obes fallecería en Buenos Aires. El 24 de diciembre de 1853, Flores volvió a recorrer la campaña, quedando nuevamente Díaz a cargo del gobierno; este decretó una serie de medidas represivas que Flores se había cuidado de no establecer, como una orden de captura y fusilamiento sumario a Bernardo Berro, que no tuvo éxito. Flores regresó a la capital a principios de enero de 1854, tras eliminar el último foco de resistencia al gobierno. El 12 de enero de 1854 se volvió a convocar a la «Doble Asamblea», y al día siguiente llegaron las noticias de la muerte de Rivera en Cerro Largo, quedando Flores como único dueño de la situación nacional.​​​​
Flores quedó dueño de la situación nacional, con el apoyo de la campaña y neutralizados los blancos y los conservadores. En las elecciones legislativas celebradas en febrero de 1854, en las que los blancos se abstuvieron y los conservadores criticaron la influencia de Flores en la confección de listas, los floristas consiguieron una amplia mayoría. El 12 de marzo de 1854 fue reunida la Asamblea General —la «Doble Asamblea»—, que con 57 votos a favor y 5 abstenciones eligió a Venancio Flores, de 45 años en ese momento, como presidente del Uruguay hasta el 1 de marzo de 1856, para completar el período del presidente Giró. Asimismo, se estableció el llamado a nuevas elecciones legislativas en 1854 y se nombró a Flores como general.​​​​
Para asegurar la nueva administración, el novel gobierno resolvió pedir una intervención brasileña, de acuerdo a las condiciones y tiempo que la Asamblea General admitiese. Con esto, el presidente Flores se adelantó a las intenciones de sus enemigos políticos: un núcleo de personalidades fusionistas y blancas habían pedido el 30 de enero de 1854 a José María de Amaral, diplomático brasileño en Montevideo, la intervención del Imperio brasileño para restituir el gobierno de Giró; y por otra parte, los conservadores mantenían una prédica muy dura contra el caudillo. Así fue que el 4 de mayo de 1854 entraron nuevamente las fuerzas brasileñas a territorio oriental. Además, Flores trató de estrechar relaciones con Andrés Lamas, cónsul uruguayo en Río de Janeiro, comenzando un intercambio de cartas entre ambos en el que Lamas admitió ser contrario al golpe de Estado contra Giró, pero Flores afirmó que continuaría en su cargo. Posteriormente, en septiembre de 1854, Flores comenzó a recorrer la campaña en preparación de las elecciones, que se llevaron a cabo a partir de noviembre de 1854 hasta enero de 1855, siendo la nueva legislatura inaugurada el 15 de febrero de 1855. Poco después, el 28 de febrero de 1855, Flores fue ungido oficialmente como presidente titular de Uruguay por la Asamblea General. La oposición a su presidencia, con el conservador José María Muñoz a la cabeza, se hizo sentir de entrada, mientras que Juan C. Gómez, desde Buenos Aires, pugnó por la incorporación de Uruguay a Argentina.​​​
En julio de 1855, Andrés Lamas, desde Brasil, hizo público y llegó a Montevideo un manifiesto «a sus compatriotas», en el que rechazó su divisa colorada, pero también la blanca; fue un alegato en contra de las divisas y el caudillismo, y a favor de la creación de un nuevo partido y de la alianza con Brasil. El manifiesto fue bien recibido por las clases doctorales, y dio un sentido muy definido a la oposición del gobierno de Flores. Flores sintió la necesidad de tomar algunas contramedidas en el mismo plano de las declaraciones; auspició entonces la fundación de la «Sociedad de la Paz», por donde civiles y militares floristas publicaron un manifiesto contrapuesto al de Lamas, pero dicha sociedad fue denostada por los opositores como una imitación de la «Sociedad Popular» —identificada con la Mazorca— de Juan Manuel de Rosas. Flores tuvo en su contra a los blancos, a lo conservadores y a la diplomacia brasileña cada vez más alejada de su gobierno.​​​
El 9 de agosto de 1855, Manuel Oribe volvió a Uruguay desde España, y desde el periódico opositor La Libertad, dirigido por José María Muñoz, se publicó un ataque contra los caudillos que Flores respondió con la clausura dicho órgano de prensa al día siguiente, pero poco tiempo reapareció bajo la inmunidad parlamentaria de Muñoz, aumentando las tensiones entre el gobierno y sus opositores. A finales de ese mes, tras ser aprisionado un redactor de este periódico, una delegación compuesta por Manuel Herrera y Obes, Manuel Basilio Bustamante y Lorenzo Batlle, seguidos por una manifestación, se dirigieron a dialogar con Flores, pero el caudillo se encontraba rumbo a Las Piedras para recibir fuerzas que iban a Montevideo. En Montevideo, la guardia del Fuerte se replegó, y los blancos, de acuerdo a lo resuelto en una reunión el día anterior, se unieron a los conservadores. Ante la vacancia de la presidencia se invitó al presidente del Senado, Manuel B. Bustamante, para que ocupe dicho cargo, pero Bustamante, amigo de Flores, opuso reparos y no aceptó. Se nombró entonces a un gobierno provisorio con el legislador Luis Lamas, padre de Andrés Lamas, como gobernador, y con Lorenzo Batlle, Manuel Herrera y Obes, y Francisco Solano Antuña, dos colorados y un blanco respectivamente, como ministros.​​​
Estando Flores estacionado en la Unión con sus hombres, convocó a la Asamblea General para que se reuniera fuera de Montevideo, lo que consiguió el 10 de septiembre de 1855. Allí estuvieron presentes Manuel Oribe y los diplomáticos de Francia, España e Inglaterra. Reunida la Asamblea, Flores presentó su renuncia, asumiendo interinamente el Poder Ejecutivo Manuel B. Bustamante como presidente del Senado. Esta acción, realizada dentro de la legalidad, dejó sin motivo a los rebeldes, los cuales finalmente depusieron sus armas. Flores abandonó la presidencia, pero momentáneamente el «florismo» se mantuvo en el poder. Tras esto hubo dos atentados, uno contra la casa de Bustamante y otro contra el coche de Manuel Oribe, pero no hubo luchas formales.​​​ Durante estos días, en septiembre, los restos de José Artigas son repatriados a Montevideo.​ Además, a comienzos de octubre, basado en los postulados del manifiesto de Lamas, se fundó la «Unión Liberal», como un intento de formar un partido de fusión, con Muñoz y Berro a la cabeza, pero tuvo escasa vida, solo constituyendo un breve directorio mixto.​​
El 11 de noviembre de 1855, se divulgó un pacto firmado en la Unión entre Flores y Oribe. Ambos caudillos suscribieron que ninguno de los dos aspiraría a la presidencia, llamaron a la unión nacional y se acordó que defenderían la legalidad y al presidente que votara la Asamblea General. Asimismo, este pacto funcionó como una respuesta caudillista a la Unión Liberal de los «doctores». El 24 de noviembre de 1855, a media noche, comenzó un breve levantamiento de los conservadores cuando un grupo de hombres encabezados por Muñoz asaltaron y se apoderaron del Cabildo, el fuerte San José y del cuartel de artillería. El presidente interino Bustamante se refugió en la jefatura de policía, y nombró a Flores como Comandante de Armas, quien junto con Oribe procedió a organizar sus efectivos. La hostilidades duraron casi una semana y terminaron tras el ofrecimiento de garantías y el embarque de múltiples jefes y oficiales conservadores. La Unión Liberal no acompañó a los insurgentes, pero los acontecimientos terminaron de dispersar a sus seguidores.​​​
En enero de 1856, Oribe y Flores visitaron a Gabriel Pereira, hombre respetado y considerado como el más acaudalado de Uruguay, para instarlo a aceptar una candidatura a la presidencia. El otro candidato era César Díaz, quien hizo campaña contra el pacto de la Unión y sus firmantes, pero terminó por asilarse en la legación de España después de que Flores apoyara una declaración que afirmaba que Díaz era el candidato de los revolucionarios de 1855. El 1 de marzo de 1856, la Asamblea General votó al nuevo presidente: 24 votos para Pereira, 7 para Florentino Castellanos —según Flores, candidato de los brasileños—, uno para José Longinos Ellauri y otro para Juan Miguel Martínez.​​​
A pocas horas de asumir el mando, Pereira suprimió el cargo de Comandancia de Armas, ocupado por Flores, y pidió informes detallados del uso y destino del armamento que se le confiara al caudillo. El 28 de marzo, César Díaz es puesto preso y deportado a Buenos Aires por sospechas de conspiración. Pereira buscó lograr una política de fusión creando una fuerza política por encima de las divisas tradicionales —el «Club de la Unión»—, lo que fue apoyado tanto por Andrés Lamas en Río de Janeiro, como por antiguos dirigentes del gobierno del Cerrito como Berro y Luis de Herrera. Poco a poco Pereira se alejó más de Flores, y cuando el gobierno sospechó que el caudillo estaba en tratos con la oposición, Flores dirigió una nota a Pereira desmintiendo las suposiciones y anunciando que estaba dispuesto a abandonar el país para evitar tensiones. El gobierno le concedió el pasaporte pedido y, apenas dio a luz su mujer, Flores partió el 18 de agosto de 1856 para Entre Ríos, tierras de Urquiza, siendo seguido por centenares de partidarios y donde pasó a administrar un saladero en Ibicuy de Paraná.​​​
Radicado en Entre Ríos, Flores volvió momentáneamente a Uruguay para asistir a los funerales de Manuel Oribe, fallecido el 12 de noviembre de 1857.​​ A finales de ese año, se realizaron elecciones legislativas, donde triunfó el «Club de la Unión», el grupo que apoyaba al presidente Pereira, causando focos de rebelión y deportaciones. El 6 de enero de 1858, César Díaz y otros 70 hombres desembarcaron en pleno día en el Cerro de Montevideo; intentaron copar la capital pero ante la carencia de apoyos fueron obligados a retirarse al interior. Este grupo fue vencido el 28 de enero por los hombres de Anacleto Medina en el Paso de Quinteros, sobre el río Negro; siendo todos fusilados el 1 de febrero. Este hecho se constituiría en una bandera de guerra para el Partido Colorado durante muchos años —bautizada como la «Hecatombe de Quinteros»—. Se sospechó que Flores estuvo dispuesto a entrar en la revolución, pero esta acabó rápidamente y careció de apoyos.​​​
Al año siguiente, en 1859, estalló la guerra entre la Confederación Argentina presidida por Urquiza, vinculada al gobierno de Pereira; y el gobierno de Buenos Aires, presidido por Bartolomé Mitre, quien colaboró con la revolución de César Díaz. En julio de ese año, Flores junto a otros orientales como Francisco Caraballo, Máximo Pérez, Ambrosio Sandes y Fausto Aguilar se embarcaron para ofrecer sus servicios a Mitre. El 23 de octubre participó en la batalla de Cepeda, al mando del ala izquierda del ejército mitrista; la batalla terminó con la retirada de este ejército, pero Flores se destacó por cubrir la retaguardia, permitiendo que los remanentes del ejército se retiraran hasta San Nicolás. La batalla de Cepeda tuvo como consecuencia la firma del Pacto de San José de Flores, celebrado el 11 de noviembre de 1859, con el que Buenos Aires se incorporó a la Confederación Argentina. El nuevo gobierno confió a Flores la Comandancia del Ejército del Sur. Pero una vez reiniciada la contienda, en septiembre de 1861, a Flores le fue encargada una división de 5.000 hombres. El 17 de septiembre de 1861 tuvo lugar la batalla de Pavón, que significó una importante victoria mitrista y en la que Flores participó. Después de Pavón, Flores protagonizó la batalla de Cañada de Gómez del 22 de noviembre de 1861, que afianzó el triunfo del mitrismo. Terminada la campaña, con Argentina unificada y Mitre encargado del Poder Ejecutivo, Flores volvió con otros emigrados a realizar tareas rurales en el establecimiento de José Gregorio de Lezama.​​​
A través del intercambio de cartas durante el conflicto en Argentina, Flores le comunicó a Mitré sus intenciones de regresar e intervenir en Uruguay. Mitre le prometió inicialmente su apoyo, pero después el líder argentino buscó disuadirlo de todo propósito de invasión, intentando rehuir de compromisos y posibles complicaciones que el gobierno de Buenos Aires no estaba dispuesto a enfrentar. Entre tanto, el 1 de marzo de 1860 terminó el mandato de Gabriel Pereira, y fue electo como su sucesor Bernardo Prudencio Berro, de raíces blancas, que encabezó otro gobierno fusionista. Berro no tardó en tomar providencias contra una posible invasión de emigrados orientales: dividió el país en cuatro zonas bajo el mando de Diego Lamas, Lucas Moreno, Bernardino Olid y Dionisio Coronel; y Anacleto Medina asumió la Comandancia General. Asimismo, desde el comienzo de su gobierno, Berro propuso la amnistía a los emigrados, pero fueron prohibidas las divisas políticas tradicionales —blanca y colorada—, desde su exhibición pública en cintillos hasta sus manifestaciones en la prensa. El 5 de septiembre de 1860 se excluyó de la amnistía a quienes tomaron parte de la breve revolución de César Díaz de 1858 —que terminó con la «Hecatombe de Quinteros»—, lo que Flores acusó de ser una «media amnistía». En octubre de 1861, Berro envió al diplomático Octavio Lapido a Argentina para convencer a Flores de que regresara.​​
La noticia, por ese entonces, de que Flores dejó Buenos Aires tras el fin del conflicto argentino para reintegrarse a sus tares en los saladeros de José Gregorio de Lezama tranquilizó al gobierno uruguayo.​ Sin embargo, el gobierno de Berro experimentó nuevas tensiones a nivel doméstico, entre ellos dos conflictos con la Iglesia católica.​ El primero ocurrió en abril de 1861, cuando el párroco de San José se negó a enterrar al médico Enrique Jacobson, un alemán masón, en el cementerio local.​​​ Este conflicto se resolvió relativamente rápido y con pleno acuerdo entre el presidente Berro y el vicario Jacinto Vera: los cementerios fueron secularizados, y a cambio la Iglesia tuvo permitido bendecir las tumbas de los difuntos católicos.​ El segundo conflicto, más grave, ocurrió en septiembre, cuando el vicario Jacinto Verá intentó remover de su cargo al padre Juan José Brid —cercano a la masonería, senador de la República y afín al gobierno—, alegando que cometió conductas impropias de su cargo.​​​ Berro negó las peticiones de Vera valiéndose del derecho de patronato, heredado del Imperio español pero rechazado por la jerarquía en Uruguay, que dictaba que para otorgar o remover cargos eclesiásticos era necesario que la autoridad religiosa contara con el visto bueno del gobierno.​​​ El vicario Vera solicitó en distintas ocasiones el permiso de Berro, pero sin éxito, por lo que decidió remover a Brid por su cuenta.​ Tras ser removido de su cargo, el padre Brid se negó a entregar las llaves de la Catedral de Montevideo por un año, hasta que en septiembre de 1862 Jacinto Vera le prohibió a Brid ejercer su ministerio sacerdotal.​ Entonces, el 8 de octubre de 1862, el gobierno de Berro ordenó el destierro del vicario Vera y el de su suplente, el presbítero Victoriano Conde.​​​​Tiempo después el problema se solucionó por mediación del diplomático Florentino Castellanos, quien viajó a Buenos Aires y logró acordar con Jacinto Vera, quien regresaría a Montevideo; pero la tensión entre el gobierno y la Iglesia era irreversible, y fue uno de los pretextos enarbolados por Venancio Flores para justificar su sublevación armada.​ Además, Berro resistió durante su gobierno la reconstrucción del Partido Blanco, que experimentó una discordia interna en dos facciones: los «amapolas», moderados que confraternizaban con el caudillismo, y los «vicentinos», más cercanos a las políticas de Berro.​​​
A mediados de 1862, el gobierno uruguayo incautó varias cartas de Flores donde invitaba a dirigentes para que lo acompañaran en un movimiento revolucionario.​ En septiembre de ese año, Berro decretó una amnistía sin excepciones incluyendo a los acompañantes de César Díaz, varios de los cuales aceptaron y fueron reintegrados al escalafón militar aunque con carácter de pasivos.​ Poco después, Berro despidió de sus ministerios a Eduardo Acevedo y a Tomás Villalba, partidarios de Urquiza, con el fin de evitar desavenencias extras con Mitre.​ A fines de ese año los rumores de una invasión se fueron convirtiendo en una realidad: Manuel Flores, hermano de Venancio Flores, fue detenido en territorio uruguayo; Fortunato Flores, uno de los hijos del caudillo, es visto en el país; y Diego Lamas, jefe político de Salto, se enteró de que Flores viajó a Palmar para entrevistarse con Nicasio Borges y otros caudillos.​ Mediante cartas, Mitre se comprometió con Berro de adoptar medidas para impedir una invasión de Flores.​ El 3 de marzo de 1863, Flores pidió la baja del ejército argentino, y en la noche del 16 de abril de 1863, Flores se embarcó en Tigre, en una ballenera, acompañado del coronel Francisco Caraballo, del teniente coronel Clemente Cáceres y del asistente Silvestre Farías.​
El 19 de abril de 1863, 39 años exactos después del desembarco de los Treinta y Tres Orientales, Flores y sus acompañantes pusieron pie en territorio uruguayo, al norte del actual Fray Bentos. En una proclama fechada el 20 de abril, Flores exhortó a combatir «los escándalos originados en la bárbara hecatombe de Quinteros», abrazando abiertamente dicha causa como uno de los motivos de su revolución. Aunque inicialmente muchos «doctores» colorados rechazaron la invasión de Flores, para luego vincularse a ella cuando resultó triunfante. En esta primera etapa, Flores recorrió el norte del país contactando con caudillos y reclutando hombres para su causa, burlando a su paso a efectivos del gobierno. Asimismo, Flores adoptó «la defensa de la Iglesia» como una causa, en respuesta al previo destierro del vicario Vera; así Flores empleó banderolas blancas con una cruz roja, la misma seña que los cruzados medievales. Berro, por su parte, impuso la divisa celeste para el ejército y para todos los ciudadanos, y como bandera el pabellón nacional; Berro trató de que no se considerara la contienda como una lucha entre partidos políticos.​​​
El 25 de mayo de 1863 cruzó el río Negro hacia el sur, disponiendo ya de 1.400 hombres, mal vestidos y armados pero bien montados, factor fundamental en la guerra. El 2 de junio las avanzadas de Flores chocaron contra las del ejército de Servando Gómez que mandaba Bernardino Olid, cercanos al arroyo Coquimbo, departamento de Soriano. La batalla de Coquimbo resultó en una victoria para Flores, donde además conoció y adoptó a un perro, a quien bautizó como «Coquimbo». El can acompañó a Flores durante la guerra, y hasta en su posterior gobierno; cuando falleció el animal, Flores ordenó su embalsamiento —el perro embalsamado se encuentra hoy en día en el Museo de la Casa de Gobierno—. Después de la batalla de Coquimbo, Flores siguió su paso entrando el 7 de junio en Florida, luego de derrotar sin esfuerzo a la guarnición. Continuó marchando evitando combates formales, acompañado por sus hijos Venancio, Fortunato y Eduardo, de 23, 22 y 20 años respectivamente. El 25 de junio Flores derrotó en el combate de Las Cañas al general Diego Lamas. En agosto Flores volvió al sur, llegando a situarse a tres leguas de Montevideo, por lo que el gobierno de Berro cerró el periódico opositor El Siglo, deportó a un centenar de sospechosos y nombró un Consejo de Guerra integrado por Ignacio Oribe y José Brito del Pino. Entre tanto, gestiones de paz comenzaron a ser promovidas por el banquero Barón de Maúa, pero fracasaron por la exigencia de Flores que las amnistías fueran garantizadas por el gobierno argentino, aludiendo al precedente de Quinteros. El 16 de septiembre ocurrió la usualmente denominada «segunda batalla de Las Piedras», con Flores sufriendo una derrota por parte del militar Lucas Moreno. A finales del año 1863, Flores recorrió el litoral uruguayo donde recibió material de guerra desde Argentina.​​
En enero de 1864 Flores se unió a Caraballo, que sitiaba la ciudad de Paysandú defendida por el militar Leandro Gómez; tras dieciocho días las fuerzas floristas abandonaron el sitio, por lo que las fuerzas gubernamentales fueron premiadas por Berro con una medalla en la que se leía «Defensa de Paysandú». Flores volvió a Montevideo llegando hasta el Paso del Molino, mientras que las fuerzas que salieron de la capital lo buscaban por el interior. A un año de comenzada la invasión, las fuerzas floristas no tenían más de 2.000 hombres, pero tenían a su favor estar mejor montados y disponer de dinero.​ El 18 de febrero de 1846, tras múltiples conflictos entre los «amapolas» y los «vicentinos» dentro del gobierno de Berro, el presidente logró reunir al Senado y lograr que la presidencia de dicho cuerpo recayera en Atanasio Aguirre.​Como dictaba la Constitución, terminado el mandato de Berro el 1 de marzo de ese año, la titularidad interina del Poder Ejecutiva recayó en Aguirre.​​ El Partido Blanco, a diferencia del gobierno liderado por Berro, se identificó entonces con la situación política presidida por Aguirre.​ Apenas ocurrido el cambio de mando del gobierno, Flores lanzó un extenso manifiesto denunciando el hecho como ilegal, sosteniendo que el poder estaría acéfalo y que correspondería efectuar elecciones libres.​
El 6 de mayo de 1864, llegó a Montevideo el diplomático brasileño José Antonio Saraiva, quien le aseguró a Aguirre la amistad del emperador Pedro II pero afirmó que portaba un pliego de reclamos de Brasil hacia Uruguay.​​ A su vez, una división naval brasileña comandada por el Barón de Tamandaré entraba al Río de la Plata.​En junio de 1864 se trasladaron a Montevideo Rufino de Elizalde, ministro de relaciones exteriores de Argentina; el diplomático británico Edward Thornton; y el diplomático brasileño José Saraiva, buscando iniciar una mediación para poner fin a la guerra.​ El gobierno de Aguirre precisó distintos puntos para la paz como: amnistía plena a los que despusieran las armas, pleno goce de derechos civiles y políticos, y realización de comicios legislativos.​ Andrés Lamas y Florentino Castellanos acompañaron a los extranjeros hasta la conferencia con el general Flores, pero los representantes del gobierno no empeñaron su misión directamente ante Flores porque para el caudillo recibirlos equivalía a reconocer la autoridad del gobierno de Aguirre.​ El 18 de junio de 1864, en Puntas del Rosario, en el departamento de Colonia, Flores presentó sus puntos a los mediadores extranjeros, que fueron aceptados y luego ratificados por el gobierno el 23 de junio.​ Pero Flores, como garantía para el cumplimiento de las cláusulas pactadas exigió luego, mediante carta particular dirigida a Aguirre, la formación de un nuevo ministerio que asegurase la libre reorganización de los poderes; un reclamo rechazado por el gobierno y, por el cual, el 30 de junio los mediadores se trasladaron nuevamente al campamento del caudillo.​​ Flores insistió en su pretensión sobre el ministerio sin tener éxito, e hizo movimientos con sus tropas que equivalían a la ruptura del armisticio subsistente desde el comienzo de las negociaciones, por lo que finalmente se dieron por terminadas las negociaciones y se reanudó el conflicto.​​
Ante el fracaso de las negociaciones, la guerra continuó. El 4 de agosto de 1864, cayó la ciudad de Florida ante las tropas de Flores, batalla en la que murió el hijo tocayo del caudillo.​​ La versión más extendida indica que Flores mandó a fusilar al mayor Jacinto Párraga y a otros oficiales gubernamentales; pero otras voces afirmaron que fue obra del caudillo Eduardo Bertrand.​​ Ese mismo día, el 4 de agosto, pero en Montevideo, el brasileño José Saraiva presentó ante el gobierno un ultimátum para resolver reclamaciones por daños a súbditos brasileños residentes en Uruguay desde fines de la Guerra Grande, con un plazo de respuesta de seis días que, en el caso de no darse satisfacciones al Imperio, Brasil intervendría militarmente.​​​ El 9 de agosto, Juan José de Herrera, ministro de relaciones exteriores uruguayo, rechazó mediante una carta el ultimátum de Saraiva.​ El 22 de agosto, en Buenos Aires, Saraiva y el ministro argentino Elizalde firmaron el Protocolo Saraiva-Elizalde, con el que Argentina y Brasil disiparon los temores de un choque entre ambos Estados ante la inminente intervención brasileña en territorio oriental.​​ El 28 de agosto, Flores tomó Mercedes, donde permaneció hasta el 5 de septiembre.​ A fines de septiembre Leandro Gómez abandonó brevemente Paysandú para enfrentar a Flores, quien no se movió de su campamento, debiendo regresar a la ciudad sin haber entablado combate.​
Finalmente, el 12 de octubre de 1864, aniversario de la batalla de Sarandí, el Imperio de Brasil invade territorio uruguayo.​ Con el apoyo terrestre del general Antônio de Sousa Neto, y el marítimo de la escuadra del Barón de Tamandaré, se puso sitio a la ciudad de Salto en noviembre de 1864, cayendo en pocos días después de ser evacuada por iniciativa de un grupo de vecinos con el permiso de Flores.​ Posteriormente, el 2 de diciembre de 1864 inició el sitio de Paysandú.​ Los sitiadores permitieron salir a las mujeres y niños hasta la isla argentina de Caridad, situada frente a Paysandú, en donde 1.500 civiles fueron espectadores de la defensa de la ciudad, encerrados sus mil defensores dentro de un rectángulo de ocho manzanas bajo el mando del coronel Leandro Gómez.​El 3 de diciembre Flores envió al coronel Gómez una nota ultimátum de rendición, que fue devuelta por Gómez con una lacónica respuesta: «Cuando sucumba».​ Entre tanto, el 16 de diciembre el gobierno de Aguirre declaró «rotos, nulos y cancelados» los tratados suscritos con Brasil en 1851, y ordenó su quema pública en la plaza Matriz.​​ El 29 de diciembre, Flores volvió a exigir la rendición de los sitiados, pero fue nuevamente rechazado.​ El 31 de diciembre se inició el asalto final a la ciudad, cayendo Paysandú el 2 de enero de 1865.​​ Estando Gómez en calidad de prisionero, el caudillo Gregorio Suárez ordenó su fusilamiento, matando a Leandro Gómez y a otros defensores.​​ Tanto Flores como Tamandaré expresaron su indignación ante Suárez, quien negó haber ordenado los fusilamientos.​​ El 15 de febrero de 1865, terminado el interinato de Aguirre, se eligió como nuevo presidente del senado, y encargado interino del Poder Ejecutivo, a Tomás Villalba.​ El 20 de febrero de 1865, aniversario de la batalla de Ituzaingó, las tropas brasileñas y floristas entraron en Montevideo, y se firmó el convenio de paz que consagró el triunfo absoluto de la rebelión de Flores.​​​
El convenio de paz del 20 de febrero de 1865 consagró el triunfo absoluto de la revolución de Flores y lo ungió como «Gobernador Provisorio» de Uruguay.​ El 23 de febrero Flores entró a la capital, y el 26 de febrero designó un gabinete diverso compuesto por: Francisco A. Vidal en Gobierno; Juan R. Gómez, hermano de Leandro Gómez, en Hacienda; Carlos de Castro en Relaciones Exteriores y Lorenzo Batlle en Guerra.​​
Una de sus primeras acciones fue derogar el decreto de Aguirre que anulaba los tratados de 1851.​​ También proclamó por decreto como «Mártires de la Libertad de la Patria» a los muertos de Quinteros, pensionando a sus viudas y a sus hijos menores.​​ Además, se anuló el decreto de expulsión de los jesuitas aprobado por el gobierno de Gabriel Pereira.​ Simultáneamente se produjo un cambio casi total, en cuanto a la filiación política, de los empleados de la administración pública y de la Universidad de la República, en tanto en el ejército se dio de baja a los jefes y oficiales ausentes en el país al iniciarse las tratativas de paz.​ El gobierno no llevó a cabo persecución política violenta y se respetó la vida y libertad de sus antiguos opositores.​ El 11 de marzo de 1865 fueron derogados los decretos de enajenación de terrenos públicos promovidos por el gobierno de Berro, y suspendidas las ventas de tierras estatales tramitadas; esto con la intención de establecer un catastro nacional y recuperar las tierras públicas, por lo que se creó la Comisión de Tierras enfocado principalmente en la regularización de terrenos ocupados.​ Además, se promovió una fuerte descentralización y regionalización del poder entre los caudillos locales, lo que construyó un fuerte entramado de complejas redes sociales que aseguró el apoyo al gobierno de parte de los peones y pequeños propietarios.​
Durante la revolución de Flores, el 4 de agosto de 1864 el diplomático brasileño José Saraiva presentó ante el gobierno de Atanasio Aguirre un ultimátum con un plazo de respuesta a seis días que, en el caso de no ser satisfechas, Brasil intervendría militarmente en territorio oriental.​​​El mariscal Francisco Solano López, presidente de Paraguay, que ya venía advirtiendo desde años atrás acerca de desequilibrios en el balance de poder regional que afectaban negativamente los intereses paraguayos, respondió a su vez el 30 de agosto con otro ultimátum en el que afirmaba que cualquier intervención brasileña en Uruguay sería considerada motivo de guerra.​​ De igual manera, Brasil invadió Uruguay el 12 de octubre de 1864, por lo que Solano López respondió inmediatamente con una enfática declaración de guerra al imperio e invadiendo la provincia brasileña de Mato Grosso en diciembre de 1864, cuya capital, Corumbá, sería ocupada y fortificada por fuerzas paraguayas en los primeros días de enero de 1865.​ Posteriormente, el presidente paraguayo solicitó la autorización del gobierno argentino para cruzar por sus territorios en Misiones y así invadir la provincia brasileña de Rio Grande do Sul.​ El presidente argentino Bartolomé Mitre negó el permiso solicitado, y Solano López le declaró la guerra a Argentina el 28 de marzo de 1865 e invadió Corrientes el 13 de abril.​​​ En respuesta, el 1 de mayo de 1865 se firmó en Buenos Aires el tratado de Triple Alianza entre Brasil, Argentina y Uruguay, consumando una unión virtualmente ya concertada con el Protocolo Saraiva-Elizalde del 22 de agosto de 1864.​​​En representación de Flores, firmó el canciller de su gobierno, Carlos de Castro.​​
Uruguay formó un batallón de «voluntarios», con uno de cada diez guardias nacionales y obligando a cada departamento a contribuir con 250 soldados; formándose un ejército de 5.000 orientales. El 21 de junio de 1865 partió Flores con sus huestes, llevando como secretario a Julio Herrera y Obes, futuro presidente de Uruguay.​ El 17 de agosto de 1865, Flores y el ejército oriental tuvieron un rol importante en la sangrienta batalla de Yatay, que se saldó como una importante victoria de la Triple Alianza.​​​ Tras esto, en septiembre las fuerzas aliadas se apoderaron de Uruguayana, donde se encontraron los tres jefes de los ejércitos aliados: Flores, Mitre y Pedro II.​​ El 2 de mayo de 1866, los orientales participaron en el triunfo aliado en la batalla de Estero Bellaco, de los primeros enfrentamientos en suelo paraguayo.​ El 12 de septiembre de 1866, se dio la reunión conocida como la entrevista de Yataytí Corá entre Flores, Mitre y Solano López.​​ Venancio Flores se retiró al inicio de la conferencia, luego de haber discutido con Solano López, quien lo catalogó como responsable de la guerra, dejando al presidente argentino Bartolomé Mitre como único representante de la Triple Alianza en la negociación.​​ Pocos días después, el 22 de septiembre, ocurrió la batalla de Curupayty que significó una importante victoria paraguaya; Flores dejó los escasos restos del ejército oriental al mando del general Enrique Castro y en octubre regresó a Montevideo.​​ Cerca de cuatro años después, el 1 de marzo de 1870, ya muerto Venancio Flores, ocurrió el combate de Cerro Corá donde murió Solano López, y poco después las hostilidades finalizaron.​​
El «gobierno provisorio» de Flores, de 1865 a 1868, tuvo a su favor: el auge económico sostenido desde el final de la Guerra Grande, una creciente inmigración, el interés de países europeos en comerciar con países sudamericanos, crecientes exportaciones de lana, y la formación de un tránsito de abastecimiento para las tropas brasileñas de la Triple Alianza que benefició al puerto de Montevideo y fortaleció al sector importador oriental.​​​ Aún así, Flores pasó casi la mitad de su gobierno, desde junio de 1865 hasta octubre de 1866, fuera de Uruguay luchando en la guerra contra Paraguay; muchas iniciativas públicas fueron responsabilidad de distintos «doctores» parte de su gobierno.​
En este período se produjo un auge en la edificación nacional: la sede de la «Sociedad Bolsa Montevideana»; el edificio de la Administración Nacional de Correos; el trazado, empedrado y macadamizado de calles y caminos en el interior y capital; se denominó como «plaza General Flores» al espacio donde décadas después se construiría el Palacio Legislativo; se instaló en Montevideo el alumbrado a queroseno y se inauguró el primer monumento público de la capital —la «estatua de la Paz», diseñada por el escultor José Livi e instalada en la plaza Cagancha para celebrar el fin de la revolución de Flores—.​​​Por el lado de concesiones e inversiones, se realizó la primera conexión telegráfica con Buenos Aires, se inauguró la primera línea de tranvías de tracción a caballo, se otorgó la primera concesión para la construcción de baños en la playa Ramírez, se otorgaron las primeras concesiones para la construcción de líneas de ferrocarriles con capitales nacionales —posteriormente entregadas a inversores ingleses en 1872—, y se instaló en la ciudad de Fray Bentos el frigorífico Liebig's Extract of Meat Company, que décadas después se convertiría en el Frigorífico Anglo.​​​Asimismo, se comenzaron a gestar los primeros movimientos de organización laboral —en 1865 se fundó la Unión de Tipógrafos, una sociedad de socorro mutuo— que culminaron, durante la presidencia de Lorenzo Batlle, en la creación del primer sindicato uruguayo en 1870: la Sociedad Tipográfica Montevideana.​​ Además, en materia legal se aprobaron dos nuevos códigos: el Código de Comercio aprobado en 1865 y el Código Civil aprobado en 1866.​
En el plano financiero, poco después de asumir el gobierno provisorio quedó sin efecto un decreto de Atanasio Aguirre del 7 de enero, unos pocos días después de la caída de Paysandú, que dispuso: la inconvertibilidad de los billetes del Banco Comercial y del Banco de Mauá —ambos propiedad del barón de Mauá, y con el poder de emitir papel moneda—; y el reclamo a ambos bancos de sendos empréstitos forzosos de 250.000 pesos para comprar armas y equipos militares.​​ El 23 de marzo de 1865 se promulgó un decreto-ley, frecuentemente denominado como «Ley Villalba» —Flores designó a Tomás Villalba, presidente interino que le entregó el poder, como contador general del Estado y comisario general de bancos— que permitió la instalación de entidades financieras en tanto cumplieran con ciertas condiciones, lo que acrecentó el sistema de banca libre vigente en Uruguay.​​ En consecuencia, durante el gobierno de Flores surgirían múltiples nuevos bancos: en 1865 se estableció el Banco Montevideano, en 1866 se establecieron el Banco Navia y el Banco Italiano, y en 1867 el Banco Oriental.​​​ En junio de 1866 llegó a Montevideo la noticia del pánico financiero del «viernes negro» del 11 de mayo en Inglaterra, lo que causó una corrida en el Banco Mauá y luego un decreto gubernamental de inconvertibilidad dictado el 20 de junio que duró hasta el 12 de diciembre.​​ Entre 1866 y 1867, alentados por una fuerte alza en valores inmobiliarios —consecuencia de una mayor demanda de terrenos por el aumento de producción ganadera y lanar—, algunos bancos, notablemente el de Mauá, propiciaron una fuerte expansión del crédito generando una burbuja especulativa.​​ A fines de 1867, el Banco Mauá logró que el gobierno decretara inconvertibilidad junto con curso forzoso por seis meses, pero bajo este régimen el Banco Mauá, a diferencia de otros como el Comercial, expandió aún más el crédito, multiplicándose por más de tres su emisión crediticia entre diciembre de 1867 y mayo de 1868.​Esto provocó que en la posterior presidencia de Lorenzo Batlle, de 1868 a 1872, ocurriera una fuerte crisis financiera a mediados de 1868.​
En el ámbito político, después de volver de la guerra de la Triple Alianza en octubre de 1866, Flores tuvo una reunión con diversos dirigentes en noviembre y tras esta resolvió postergar las elecciones de representantes durante un año más.​ Decretada la postergación, distintos grupos opositores fomentaron de un modo u otro movimientos revolucionarios en su contra: blancos en Entre Ríos liderados por Timoteo Aparicio; blancos en Montevideo encabezados por Berro; jóvenes liberales del Partido Colorado, como Carlos María Ramírez, José Pedro Varela, Julio Herrera y Obes, José E. Ellauri, Elbio Fernández, entre otros; y algunos caudillos colorados, siendo el más notorio José Gregorio Suárez, conocido como «Goyo Jeta», o despectivamente como «Goyo Sangre».​ A mediados de 1867 la policía descubrió una mina destinada a hacer volar el Fuerte, dos barriles de pólvora colocados por un ingeniero alemán de apellido Neumayer.​​​ La responsabilidad cayó sobre Eduardo Bertrand, antiguo capitán de Flores convertido en enemigo y cercano a Gregorio Suárez, que huyó a Buenos Aires tras descubrirse el atentado; para luego ser detenidos varios militares sospechosos, entre ellos el mismo Gregorio Suárez, que quedaron libres por falta de pruebas.​​​​
El 27 de noviembre de 1867 se efectuaron las elecciones de representantes, triunfando, sin la participación de oposición, el Partido Colorado Popular que respondía a Flores.​​ En diciembre, en un banquete ofrecido a Héctor Varela llegado desde Buenos Aires, Francisco Caraballo declaró que si Flores no era elegido presidente por la Asamblea General se sublevaría contra toda elección, asociándosele Fortunato Flores, uno de los hijos de Venancio.​ Entre tanto, Eduardo Flores, otro de los hijos del caudillo, sostenía por la prensa que su padre debía continuar en el poder.​ Finalmente, el 6 de febrero de 1868, Eduardo y Fortunato Flores iniciaron un movimiento armado para obligar a su padre a proclamarse candidato, logrando capturar el Cabildo —donde los rebeldes mantuvieron preso a los ministros Lorenzo Batlle y Alberto Flangini—, el Fuerte, y levantar barricadas en torno a la plaza Matriz.​​​ Poco después, viéndose los hijos de Flores sin fuerzas suficientes ni apoyo popular, entregaron sus términos de rendición al cónsul francés y posteriormente su padre los dio de baja y los desterró del país.​​​ Simultáneamente, Timoteo Aparicio invadió desde Entre Ríos la ciudad de Salto, pero su ataque fue repelido y volvió a Argentina.​ Finalmente, entre crecientes problemas en el sector bancario y una pandemia de cólera, Flores dejó el poder el 15 de febrero de 1868, entregándoselo al presidente de la Cámara de Senadores, el banquero Pedro Varela, hasta la elección de un nuevo presidente de la República prevista para el 1 de marzo.​
Desde enero de 1867 los blancos de Montevideo comenzaron a planear un movimiento revolucionario contra Flores, quedando el plan redactado por el expresidente Bernardo P. Berro a mediados de ese año. Se previó ejecutar el levantamiento el 15 de febrero de 1868, coincidiendo con el cambio de mando, pero diversos contratiempos impidieron su realización. A pesar de esto, Flores estaba al tanto de muchos de estos preparativos y llegó a entrevistarse con Berro, quien apareció inesperadamente en la apertura de las Cámaras el mismo 15 de febrero. Flores ordenó a varios de sus oficiales que mantuvieran bajo vigilancia los movimientos de los blancos al igual de los de Gregorio Suárez.​​
Finalmente, el 19 de febrero de 1868, después de que en la Catedral sonó la segunda campanada de las dos, el Fuerte fue tomado por un grupo de 25 personas mandadas por Berro, revólver y lanza en mano, a los gritos de «abajo Brasil» y «viva la independencia oriental y del Paraguay»; mientras el presidente interino Pedro Varela, con algunos empleados y el encargado de negocios del Brasil, lograron escapar por la puerta del fondo. Entre tanto, otro grupo atacó el Cuartel de Dragones, pero la agresión fue repelida y el oficial del cuartel envió a su ayudante a informarle de lo acontecido a Flores, quien encontró al caudillo en su casa almorzando con Alberto Flangini, Antonio Márquez y su secretario Amadeo Errecart. Sin noticias del resto de movimientos revolucionarios, Berro proclamó en el Fuerte la revolución, pero se vio obligado a escapar por la puerta del fondo ante la aproximación de tropas gubernamentales. Berro se dirigió a pie a la costa, donde infructuosamente buscó un bote para fugarse, pero fue detenido por la calle Alzáibar y Reconquista y llevado preso al Cabildo.​​
Simultáneamente, cuando eran las dos y media de la tarde, Flores salió en carruaje con sus invitados tras recibir la noticia del ataque al Cuartel de Dragones. Al llegar a la calle Mercedes, el carruaje fue objeto de intenso tiroteo por un grupo de siete u ocho personas emponchadas y rostros casi cubiertos con sombreros. Cayó muerto el cochero y uno de los caballos, mientras que Flores contestaba el fuego con su revólver. Sus tres acompañantes lograron escapar por una de las puertas del coche, Flores forcejeó en vano para salir por la otra, atascada, y cuando logró escurrirse por el pequeño espacio que pudo abrir cayeron sobre él los asesinos que lo apuñalaron múltiples veces. Flores, caído sobre la vereda, muere en brazos del sacerdote francés Subervielle, que pasaba accidentalmente por allí. Flangini y Errecart recibieron heridas pero de poca gravedad, mientras que Márquez salió ileso y se refugió en la legación inglesa. Según el posterior certificado médico, el cadáver presentaba ocho heridas, tanto en la cabeza, como en el tórax, en la región bronquio-external, en el cuello, en la región cervical, en la región dorsal y en la región ilíaca.​​
El cadáver de Flores fue llevado al Cabildo, y minutos después llegó Berro, a quien se le atribuyó la muerte de Flores. Pocas horas después, Berro fue asesinado en represalia —difiriendo las fuentes si se trató del carcelero o de Segundo Flores, uno de los hijos del caudillo—. Después, el cadáver de Berro fue paseado en un carro de basuras por todo Montevideo. La muerte de Flores desató una ola de violencia a lo largo de Uruguay: el gobierno responsabilizó a «los blancos de Quinteros», como fueron aludidos por las autoridades; el comercio de donde habían salido los asesinos de Flores fue vandalizado, y asesinados el dueño y su ayudante; se corrió el rumor de que la pandemia de cólera era culpa de los blancos, que envenenaban el agua de los aljibes con con estricnina; y se envió la orden a los jefes políticos departamentales que acudieran a Montevideo. El mensaje que recibió el caudillo sorianense Máximo Pérez decía: «Mataron a nuestro querido general D. Venancio Flores; reúna a la gente y véngase», pero siendo Pérez analfabeto se lo hizo leer a su asistente, quien leyó «vénguense» en lugar de «vénganse», mandándose entonces a fusilar a dos jefes blancos locales. En dos días se calcularon en 500 los muertos de ambos lados, blancos en su mayoría, aunque también algunos comisarios colorados en los alrededores de Montevideo.​​
El gobierno tomó diversas providencias para encalmar la situación, como proclamar el estado de sitio y emitir pedidos a las legaciones extranjeras para que vigilaran la aduana. Mientras tanto, por la prensa de Buenos Aires se afirmaba que el asesinato no era obra de los blancos, sino de los mismos que organizaron el infructuoso atentado de la mina contra el Fuerte. La viuda de Flores, la señora María García, acusó abiertamente a Gregorio Suárez y a Francisco Caraballo de haber sido los asesinos de su marido. Posteriormente, las Cámaras legislativas votaron una elevada pensión de dos mil pesos por mes para la viuda.​​ En cuanto a la situación política, el 1 de marzo la Asamblea General pareció enfrentada en un primer momento ante los tres candidatos a presidente: el banquero Pedro Varela, muy vinculado a Flores; el periodista José Cándido Bustamante; y el general Gregorio Suárez, a quien los conservadores le redactaron un programa liberal. Sin embargo, resultó sorpresivamente electo el general Lorenzo Batlle, ministro de Venancio Flores, por 21 votos contra 20 para Suárez. Tras un acuerdo que reservó el ministerio de Guerra para Suárez, en la ronda de votos definitiva Batlle fue electo casi por unanimidad.​​
Entre tanto, el cuerpo de Flores permaneció más de un mes en el Cabildo, desde el 19 de febrero hasta el 30 de marzo, fecha en la que se lo llevó a la Catedral de Montevideo estando mal embalsamado y tras haber contribuido a infectar el Cabildo. Rumores difundidos aseguraban que del cuerpo de Flores, en avanzado estado de descomposición, solo pudo conservarse la cabeza en formol, realizándose la exhibición pública con la cabeza arriba de un monigote —dependiendo de la versión de madera o relleno de trapo y paja— vestido en uniforme militar. Tras ser exhibido por varios días, el cuerpo de Flores fue enterrado en una capilla de la Catedral.​​​
Décadas después, durante el período conocido por la historiografía uruguaya como el «Militarismo», el gobierno del militar Máximo Santos —presidente constitucional entre el 1 de marzo de 1882 hasta el 1 de marzo de 1886— promulgó el 30 de diciembre de 1885 la Ley N.º 1854 que creó el departamento de Flores, a partir de la 3.ª Sección Judicial del departamento de San José. Así, Flores fue el último departamento en ser creado. La creación de este departamento se encuadró dentro de los planes del militar Máximo Santos de reelegirse como presidente de manera indirecta y con apariencia de legalidad. El 23 de diciembre de 1885, Santos elevó al Parlamento la petición de los vecinos de la ciudad Trinidad de establecer su propio departamento, y ese mismo día la Comisión especial de la Cámara de Representantes opinó que debía accederse a lo solicitado. El nuevo departamento se denominó Flores, en memoria de Venancio Flores, según estos fundamentos: «Cuando se trata de actos trascendentales como el presente, el recuerdo de sus hombres, que concurrieron a salvar y engrandecer la patria, no debe olvidarse como ejemplo permanente de sus virtudes cívicas y como en este caso se encuentra el patriota Brigadier don Venancio Flores, con más la circunstancia de haber nacido en aquella zona». La ley se promulgó el 30 de diciembre, y se estableció en ella que su capital sería Trinidad.​​
De inmediato se designó como Jefe Político y de Policía del nuevo departamento al coronel Rolando de los Campos; el 27 de enero de 1886 se integró la primera Junta Económico-Administrativa, con cinco miembros; en las elecciones efectuadas a comienzos de año fueron electos como diputados Felipe de los Campos y Nicolás Granada, y el Colegio Elector, que por unanimidad, eligió como senador por el departamento de Flores al general Máximo Santos. Terminado el período presidencial de Santos, la Asamblea General eligió como nuevo presidente de la República al amigo del expresidente, Francisco A. Vidal, el 1 de marzo de 1886. Cuando Santos asumió su banca en el Senado, el presidente de esta Cámara renunció a su cargo y como su sucesor fue electo el mismo Santos. El 24 de mayo de 1886, el doctor Vidal renunció como presidente de la República, pretextando que la tarea era superior a sus fuerzas. La Asamblea aceptó su renuncia y, como preceptuaba la Constitución, las funciones del Poder Ejecutivo pasaron a ser ejercidas nuevamente por Máximo Santos pero en calidad de presidente del Senado. Sin embargo, Santos renunciaría meses después tras un atentado que casi le costó la vida.​​
Por el lado del cinematografía, en 1982 fue estrenada la película titulada Mataron a Venancio Flores, dirigida por Juan Carlos Rodríguez Castro, rodada en 1981 y con una duración de 91 minutos, la película se remonta a febrero de 1868, cuando el asesinato del general Venancio Flores y el expresidente Bernardo Berro y los hechos posteriores a sus muertes.​ En el ámbito musical, Venancio Flores es mencionado en la canción partidaria colorada Clavel Colorado compuesta por Washington Bado.​
En el ámbito literario, en 2021 el escritor Fernando Klein publicó un libro titulado Mataron a Flores: Intriga y poder en los albores del Uruguay moderno, una novela narrada con rigurosidad histórica y ritmo de thriller sobre el fatídico día del 19 de febrero de 1868, día en el que murieron asesinados dos expresidentes de la República: Venancio Flores y Bernardo Prudencio Berro.​ Asimismo, Venancio Flores ha aparecido en novelas del escritor Diego Fischer como El precio de una traición (2023), sobre el sitio de Paysandú, y Qué poco vale la vida (2021), sobre Bernardo Berro.​​