Pembunuhan John F. Kennedy

Pada tanggal 22 November 1963, John F. Kennedy, Presiden Amerika Serikat ke-35, dibunuh saat berkendara dalam iring-iringan mobil kepresidenan di Dealey Plaza, Dallas, Texas. Saat itu, Kennedy sedang berada di dalam mobil bersama istrinya, Jacqueline, John Connally (Gubernur Texas), dan istri Connally, Nellie. Detailnya, dalam kejadian ini, ia ditembak di dekat Texas School Book Depository oleh seorang mantan Marinir AS bernama Lee Harvey Oswald. Setelah kejadian penembakan, iring-iringan mobil presiden lalu bergegas ke Rumah Sakit Parkland Memorial. Di rumah sakit tersebut, Kennedy dinyatakan tewas–sekitar 30 menit setelah penembakan. Di samping itu, Connally juga terluka dalam peristiwa penembakan ini, tetapi berhasil pulih. Oleh karena insiden kematian Kennedy, Wakil Presiden Lyndon B. Johnson kemudian diangkat menjadi presiden.
Setelah menembak Kennedy, Oswald pulang ke rumahnya untuk mengambil pistol. Sekitar 70 menit setelah penembakan Kennedy dan Connally ia menembak seorang polisi Dallas bernama J. D. Tippit. Oswald ditangkap oleh Departemen Kepolisian Dallas dan didakwa sesuai hukum negara bagian Texas atas pembunuhan Kennedy dan Tippit. Pada pukul 11.21 tanggal 24 November 1963, ketika kamera televisi meliput secara langsung pemindahan Oswald dari basemen Mabes Kepolisian Dallas, ia ditembak oleh seorang pemilik klub malam di Dallas bernama Jack Ruby. Sama seperti Kennedy, Oswald dilarikan ke Rumah Sakit Parkland Memorial dan tewas. Ruby dijatuhi hukuman atas pembunuhan Oswald, tetapi putusan tersebut dibatalkan setelah ia mengajukan banding. Ruby tewas di penjara pada tahun 1967 selagi menunggu persidangan barunya.
Setelah melakukan penyelidikan selama 10 bulan, Komisi Warren menetapkan bahwa Kennedy dibunuh oleh Oswald. Komisi tersebut juga mengungkapkan bahwa Oswald bertindak sendirian, begitu pun Ruby yang juga bertindak sendirian saat membunuh Oswald. Empat tahun kemudian, Jim Garrison, jaksa wilayah New Orleans, menggelar persidangan terhadap pengusaha Clay Shaw. Persidangan tersebut merupakan satu-satunya persidangan yang digelar terkait pembunuhan Kennedy. Penyelidik federal lainnya, seperti Komisi Rockefeller dan Komite Church, sepakat dengan hasil temuan Komisi Warren. Dalam laporannya pada tahun 1979, House Select Committee on Assassinations (HSCA) Amerika Serikat menuding bahwa pembunuhan Kennedy adalah "bagian dari konspirasi". HSCA tidak mengenali identitas pelaku pembunuh Kennedy, tetapi memperkirakan bahwa Kennedy ditembak oleh "dua orang pria bersenjata". Kesimpulan demikian bersumber dari arsip rekaman kepolisian, yang kemudian dibantah oleh Departemen Kehakiman Amerika Serikat.
Pembunuhan Kennedy masih diperdebatkan secara luas dan telah memunculkan banyak teori konspirasi serta skenario alternatif. Jajak pendapat menunjukkan bahwa mayoritas warga Amerika Serikat percaya adanya konspirasi dalam pembunuhan Kennedy. Pembunuhan tersebut berdampak besar dan menjadi pembunuhan pertama dari empat pembunuhan besar pada tahun 1960-an di Amerika Serikat. Pembunuhan Kennedy terjadi dua tahun sebelum pembunuhan Malcolm X pada tahun 1965, dan lima tahun sebelum pembunuhan Martin Luther King Jr. dan adik laki-laki Kennedy, Robert, pada tahun 1968. Kennedy adalah presiden Amerika Serikat keempat yang dibunuh dan presiden terakhir yang tewas saat menjabat setelah Abraham Lincoln, James Abram Garfield dan William McKinley.
Pada tahun 1960, John F. Kennedy, yang sebelumnya merupakan Senator AS dari Massachusetts, terpilih sebagai presiden Amerika Serikat ke-35 bersama Wakil Presiden Lyndon B. Johnson. Masa pemerintahan Kennedy bertepatan dengan puncak Perang Dingin, dan sebagian besar kebijakan luar negerinya bertujuan untuk melawan Uni Soviet dan komunisme. Saat menjadi presiden, ia melancarkan operasi penggulingan pemerintahan komunis Fidel Castro di Kuba. Kebijakan tersebut berujung pada kegagalan dalam Invasi Teluk Babi pada tahun 1961, ketika ia menolak untuk menerjunkan langsung pasukan Amerika Serikat. Setahun kemudian, Kennedy berhasil meredakan Krisis Rudal Kuba, yang hampir menghantarkan umat manusia ke ambang kiamat nuklir.
Pada tahun 1963, Kennedy memutuskan mengunjungi Texas untuk meredakan perselisihan di dalam tubuh Partai Demokrat antara senator liberal Ralph Yarborough dengan Gubernur konservatif John Connally. Kunjungan tersebut pertama kali disepakati oleh Kennedy, Johnson, dan Connally dalam pertemuan di El Paso pada bulan Juni. Rute yang akan ditempuh oleh iring-iringan mobil kepresidenan ditetapkan pada tanggal 18 November dan diumumkan tidak lama kemudian. Kennedy juga menganggap kunjungannya ke Texas sebagai upaya kampanye tidak resmi sehubungan dengan pencalonan kembali dirinya dalam pemilu presiden 1964.
Lee Harvey Oswald (lahir 1939) adalah mantan Marinir Amerika Serikat yang pernah bertugas di Jepang dan Filipina. Ia memutuskan untuk mendukung komunisme setelah membaca karya Karl Marx saat berusia 14 tahun. Setelah tidak sengaja menembak sikunya sendiri dengan pistol ilegal dan berkelahi dengan seorang petugas, Oswald disidang oleh pengadilan militer dan diturunkan pangkatnya. Pada bulan September 1959, ia dibebaskan dari tugas militer setelah mengaku bahwa ibunya adalah penyandang cacat. Oswald yang saat itu berusia 19 tahun menumpang dengan kapal barang dari New Orleans ke Prancis. Ia kemudian berangkat ke Finlandia dan diberi visa Soviet.
Oswald memutuskan membelot ke Uni Soviet, dan pada bulan Januari 1960 ia dipekerjakan di sebuah pabrik di Minsk, Belarus. Pada tahun 1961, ia bertemu dengan seorang wanita Rusia bernama Marina Prusakova. Keduanya kemudian menikah dan dikaruniai seorang anak. Pada tahun 1962, ia kembali ke Amerika Serikat setelah diberi pinjaman repatriasi oleh Kedubes AS. Ia menetap di kawasan Dallas/Fort Worth, dan berteman dengan para emigran asal Rusia, termasuk George de Mohrenschildt. Pada bulan Maret 1963, sebuah peluru nyaris mengenai Jenderal Edwin Walker di kediamannya di Dallas. Saksi mata mengaku melihat dua orang pria mencurigakan. Dengan mengandalkan kesaksian Marina, catatan yang ditinggalkan oleh Oswald, dan barang bukti peluru, Komisi Warren mengaitkan percobaan pembunuhan tersebut dengan keterlibatan Oswald.
Pada bulan April 1963, Oswald kembali ke kampung halamannya di New Orleans. Di sana, ia mendirikan cabang independen organisasi Fair Play for Cuba Committee yang pro-Castro, dengan satu-satunya anggota adalah dirinya sendiri. Saat membagikan selebaran pro-Castro bersama rekan-rekan seperjuangannya, Oswald ditangkap setelah berkelahi dengan warga eksil Kuba yang anti-Castro. Pada akhir September 1963, Oswald bepergian ke Mexico City, dan menurut keterangan Komisi Warren, ia mengunjungi kedutaan Soviet dan Kuba. Perjalanannya ke Mexico City ini memunculkan perdebatan, laporan internal House Select Committee on Assassinations (HSCA) menerangkan bahwa orang yang mengunjungi kedutaan bukanlah Oswald, melainkan seorang penyaru. Pada tanggal 3 Oktober, Oswald kembali ke Dallas dan mendapat pekerjaaan di Texas School Book Depository di Dealey Plaza. Pada hari kerja, ia tinggal di sebuah rumah kos di Dallas. Pagi hari menjelang terjadinya pembunuhan, ia terlihat membawa sebuah paket panjang (menurut rekan kerjanya berisi batang gorden) ke tempat kerjanya. Komisi Warren menduga bahwa paket tersebut berisi senapan Oswald yang belum dirakit.
Pada tanggal 22 November, Air Force One tiba di Dallas Love Field pada pukul 11.40. Presiden Kennedy dan Ibu Negara menaiki sebuah limosin konvertibel Lincoln Continental 1961 untuk makan siang di Dallas Market Center. Mobil Kennedy adalah mobil kedua dalam iring-iringan, yang juga ditumpangi oleh Agen Dinas Rahasia Bill Greer di kursi pengemudi, Agen Khusus Roy Kellerman di kursi penumpang depan, dan Gubernur Conally beserta istrinya Nellie, yang duduk tepat di depan Kennedy. Empat sepeda motor kepolisian Dallas mengiringi limosin Kennedy. Wakil Presiden Johnson beserta istrinya, Lady Bird, dan Senator Yarborough berada di limosin di belakangnya.
Rute iring-iringan yang berkelok-kelok sepanjang 10 mil melintasi Dallas dirancang agar Kennedy bisa disaksikan oleh banyak orang. Rute tersebut melewati kawasan pinggiran kota Dallas, dan Main Street di Downtown Dallas, kemudian berbelok ke kanan ke Houston Street. Setelah itu, iring-iringan akan berbelok ke kiri menuju Elm Street, melewati Dealey Plaza, dan menempuh jalan pendek dari Stemmons Freeway ke Trade Mart. Rencana rute tersebut telah diberitakan di surat kabar beberapa hari sebelumnya. Meskipun muncul kekhawatiran akan adanya aksi unjuk rasa — Duta Besar Kennedy untuk PBB, Adlai Stevenson, diludahi di Dallas pada tahun 1961 — Kennedy disambut dengan semarak oleh kerumunan warga Dallas yang antusias.
Limosin Kennedy memasuki Dealey Plaza pada pukul 12.30. Nellie Connally menoleh dan berkata kepada Kennedy yang duduk di belakangnya, "Bapak Presiden, sekarang Anda tidak bisa mengatakan bahwa Dallas tidak mencintai dan menghargai Anda," Kennedy menjawab, "Tidak, tentu saja tidak", yang menjadi kata-kata terakhirnya.
Dari Houston Street, limosin hendak berbelok ke kiri menuju Elm, melewati Texas School Book Depository. Saat mobil melewati Elm Street, terdengar suara letusan senapan beberapa kali. Kira-kira 80% saksi mata bersaksi mendengar tiga suara tembakan. Komisi Warren menyimpulkan bahwa tiga tembakan dilepaskan dan sebagian besar saksi mengungkapkan bahwa tembakan kedua dan ketiga dilontarkan hampir bersamaan. Saat Kennedy sedang melambaikan tangan kepada kerumunan, beberapa saksi mendengar suara tembakan pertama, tetapi hanya segelintir orang di kerumunan maupun di iring-iringan mobil yang bereaksi, banyak yang mengira bahwa suara tersebut adalah suara petasan atau letusan knalpot mobil.
Sepersekian detik setelah tembakan pertama, Gubernur Connally dan Ny. Kennedy mendadak menoleh ke samping. Sebagai seorang pemburu berpengalaman, Connally langsung mengenali suara tersebut sebagai suara senapan dan menoleh ke kanan, tetapi tidak menemukan ada yang ganjil di belakangnya. Ia mengungkapkan bahwa ia tidak bisa melihat Kennedy, sehingga ia kembali menoleh ke depan, dan ketika hendak menghadapkan kepala ke depan, sebutir peluru yang tembakannya tidak didengarnya menghantamnya, tepat di punggung kanannya. Ia lantas berteriak, "Ya Tuhan. Mereka akan membunuh kita semua!"
Menurut Komisi Warren dan HSCA, Kennedy sedang melambai kepada kerumunan orang di sebelah kanannya ketika sebuah tembakan mengenai punggung atas dan menembus tenggorokannya tepat di bawah laring. Ia mengangkat siku dan mengepalkan tangan di depan wajah dan lehernya, lalu mencondongkan tubuh ke depan dan ke kiri. Nyonya Kennedy menghadap ke arahnya dan memeluknya. Meskipun mengalami luka serius, kemungkinan besar Kennedy masih bisa diselamatkan.
Menurut teori satu peluru yang dikemukakan oleh Komisi Warren, yang kemudian dicemooh dengan sebutan "teori peluru ajaib" oleh para pendukung teori konspirasi, Gubernur Connally dihantam oleh peluru yang menembus leher Kennedy. Peluru tersebut menciptakan luka berbentuk oval di dekat bahu kanan Connally, mengenai dan meremukkan tulang rusuk kanannya, serta menembus dada tepat di bawah puting susu kanan, yang menusuk dan menghancurkan paru-parunya. Peluru yang sama kemudian menyambar lengannya tepat di atas pergelangan tangan kanan dan meretakkan tulang radius kanannya. Peluru tersebut tembus sampai ke bawah pergelangan tangan di sisi dalam telapak tangan kanan dan akhirnya bersarang di paha kirinya.
Saat limosin melewati Grassy Knoll, Kennedy dihantam peluru untuk kedua kalinya di kepala. Komisi Warren tidak mengetahui apakah ini peluru yang kedua atau ketiga, dan menyimpulkan bahwa tembakan kedua yang menyasar Kennedy mengenai bagian belakang kepalanya. Peluru menembus tengkoraknya, menciptakan lubang besar "berbentuk bulat telur" di sisi kanan kepala bagian belakang. Darah dan pecahan tengkoraknya berhamburan. Percikan otak dan darah Kennedy memencar hingga ke mobil milik Dinas Rahasia dan sepeda motor di belakangnya.
Agen Dinas Rahasia Clint Hill mengendarai mobil tepat di belakang limosin Kennedy. Hill mengungkapkan kepada Komisi Warren bahwa setelah mendengar suara tembakan, ia melompat ke jalan dan berlari menuju limosin untuk melindungi Kennedy. Hill menyatakan bahwa ia mendengar suara tembakan kedua saat ia tiba di limosin, "kira-kira lima detik" setelah ia mendengar tembakan pertama. Setelah Kennedy tertembak di kepala, Nyonya Kennedy mulai memanjat bagasi limosin, tetapi ia kelak mengungkapkan bahwa ia tidak ingat pernah melakukan hal tersebut. Hill meyakini bahwa ia telah meraup sepotong tengkorak Kennedy. Ia melompat ke bumper limosin dan berpegangan pada mobil saat mobil tersebut keluar dari Dealey Plaza dan melaju ke Rumah Sakit Parkland Memorial. Setelah Nyonya Kennedy kembali ke kursinya, Gubernur dan Nyonya Connally mendengarnya berulang kali berkata: "Mereka telah membunuh suami saya. Otaknya ada di genggaman saya."
Seorang penonton bernama James Tague menderita luka ringan di pipi, entah akibat peluru atau pecahan beton, saat ia tengah berdiri di dekat jalur tiga perlintasan bawah. Sembilan bulan kemudian, FBI menyingkirkan pembatas jalan di jalur tersebut. Analisis spektografi di kawasan tersebut menemukan residu logam yang serupa dengan inti timah pada amunisi milik Oswald. Tague memberikan kesaksiannya di hadapan Komisi Warren dan pada awalnya menyatakan bahwa dari tiga tembakan yang didengarnya, ia terluka akibat tembakan kedua atau ketiga. Ketika Komisi Warren mendesaknya untuk menjelaskan lebih spesifik, Tague akhirnya mengungkapkan bahwa ia terluka akibat tembakan kedua.
Selepas iring-iringan mobil meninggalkan Dealey Plaza, sejumlah orang di kerumunan bergegas mencari perlindungan, sedangkan yang lainnya bergabung dengan polisi untuk mencari sang penembak. Akan tetapi, tidak ada penembak yang ditemukan di balik pagar kayu di rerumputan. Dari 178 orang yang memberikan kesaksian kepada Komisi Warren, 78 di antaranya tidak mengetahui secara pasti dari mana suara tembakan tersebut berasal, sedangkan 49 orang yakin bahwa suara tembakan berasal dari gedung Depository, dan 21 orang mengira-ngira bahwa suara tembakan berasal dari rerumputan. Tidak ada saksi yang melaporkan melihat seseorang berada di balik pagar kayu pada saat terjadinya penembakan.
Lee Bowers tengah berada di menara saklar setinggi 120 yard (110 m) di balik pagar kayu saat penembakan terjadi. Ia menyaksikan iring-iringan mobil lewat dan bisa melihat tanpa terhalang satu-satunya jalan yang bisa dilewati oleh penembak untuk melarikan diri dari rerumputan. Ia tidak melihat seorang pun yang meninggalkan tempat kejadian. Bowers mengungkapkan kepada Komisi Warren bahwa ada "satu atau dua" orang yang berdiri di antara dirinya dan pagar saat terjadinya pembunuhan, salah seorangnya adalah petugas parkir yang dikenalinya dan satu lagi mengenakan seragam seperti pegawai pengadilan. Ia mengungkapkan bahwa ia menyaksikan "kegaduhan" di rerumputan pada saat terjadinya pembunuhan Kennedy: "sesuatu yang tidak biasa, semacam kehebohan, tetapi sesuatu yang di luar kebiasaan telah terjadi di tempat khusus ini, yang menarik perhatian saya untuk alasan yang tidak saya ketahui".
Pada pukul 12.36, seorang remaja bernama Amos Euins mendekati polisi Dallas, Sersan D.V. Harkness. Ia melaporkan telah melihat "seorang pria kulit berwarna ... bersandar pada jendela, memegang senapan" di lantai enam gedung Depository saat terjadinya pembunuhan. Sebagai tanggapan, Harkness memerintahkan untuk menutup Depository. Saksi Howard Brennan lantas mendekati seorang inspektur polisi untuk melaporkan bahwa ia telah melihat si penembak, seorang pria kulit putih mengenakan pakaian khaki, yang bersandar di jendela yang sama. Polisi menyebarluaskan keterangan Brennan mengenai pria tersebut pada pukul 12.45. Brennan menjelaskan bahwa setelah tembakan kedua, "Orang itu ... sedang membidik tembakan terakhirnya ... dan tampaknya berhenti sejenak seolah-olah meyakinkan dirinya bahwa ia telah mengenai sasarannya." Saksi James R. Worrell Jr. juga melaporkan melihat laras senapan menyembul dari jendela di lantai enam Depository. Bonnie Ray Williams, yang tengah berada di lantai lima gedung Depository, mengungkapkan bahwa suara tembakan senapan terdengar sangat keras dan dekat sehingga plester langit-langit jatuh menimpa kepalanya.
Saat menggeledah lantai enam Depository, dua polisi menemukan sebuah senapan Carcano Italia M91/38 bolt-action. Oswald membeli senapan bekas tersebut pada bulan Maret yang lalu dengan memakai nama samaran "A. Hidell" dan mengirimkannya ke kotak pos miliknya di Dallas. FBI menemukan sidik telapak tangan Oswald pada laras senapan, dan serat yang ditemukan pada senapan cocok dengan bahan baju yang dikenakan Oswald pada saat kejadian. Sebuah peluru yang ditemukan di brankar Gubernur Connally di rumah sakit dan dua pecahan peluru yang ditemukan di limosin juga dicocokkan dengan senapan Carcano secara balistik.
Oswald kabur dari Depository dan pulang ke rumah kosnya dengan menaiki bus. Di sana, ia mengambil jaket dan pistol. Pada pukul 13.12, petugas polisi J. D. Tippit menyaksikan Oswald berjalan kaki di lingkungan perumahan Oak Cliff dan memanggilnya ke mobil patrolinya. Setelah menanyai Oswald, Tippit keluar dari mobilnya dan Oswald menembak Tippit tiga kali di dada. Ketika Tippit tergeletak di tanah, Oswald melontarkan tembakan terakhir ke pelipis kanan Tippit. Oswald lantas berjalan pergi dengan tenang, kemudian mulai berlari ketika para saksi mata muncul.
Ketika polisi Dallas mengabsen karyawan Depository, atasan Oswald, Roy Truly, menyadari bahwa Oswald tidak ada dan memberi tahu polisi. Berbekal tanda pengenal palsu milik Oswald, polisi Dallas menggerebek sebuah perpustakaan di Oak Cliff sebelum menyadari kekeliruan tersebut. Pada pukul 13.36, polisi menerima sebuah panggilan yang menjelaskan bahwa Oswald terlihat sedang berlarian dan menyelinap memasuki Texas Theatre tanpa membeli tiket. Setelah pergulatan singkat, polisi Dallas membekuk Oswald saat ia tengah menonton film War Is Hell. Oswald membantah telah menembak orang dan menyatakan bahwa dirinya dijadikan "kambing hitam" karena pernah tinggal di Uni Soviet.
Pada pukul 12.38, Kennedy tiba di ruang gawat darurat Rumah Sakit Parkland Memorial. Meski Kennedy masih bernapas setelah ditembak, dokter pribadinya, George Burkley, menyadari bahwa nyawanya sudah tidak bisa diselamatkan. Setelah para ahli bedah Parkland melakukan upaya pijat jantung dengan sia-sia, Kennedy dinyatakan tewas pada pukul 13.00, 30 menit setelah penembakan. Pembawa acara CBS, Walter Cronkite, menyampaikan kabar duka tersebut melalui siaran langsung di televisi.
Dinas Rahasia khawatir mengenai kemungkinan adanya komplotan yang lebih besar dan mendesak Johnson agar segera meninggalkan Dallas dan kembali ke Gedung Putih, tetapi Johnson menolak pergi tanpa adanya bukti kematian Kennedy. Johnson akhirnya kembali ke Air Force One kira-kira pukul 13.30. Tidak lama kemudian, ia menerima panggilan telepon dari penasihat presiden, McGeorge Bundy dan Walter Jenkins, yang menyarankan agar ia lekas kembali ke Washington, D.C.. Johnson bersikeras bahwa ia tidak akan meninggalkan Dallas tanpa Jacqueline Kennedy, dan Jacqueline tidak akan pergi tanpa jenazah suaminya. Menurut Esquire, Johnson "tidak ingin dikenang sebagai sosok yang menelantarkan janda cantik".
Pada saat terjadinya pembunuhan Kennedy, pembunuhan seorang presiden tidak berada dalam kewenangan hukum negara bagian. Oleh sebab itu, dokter forensik Dallas County, Earl Rose, bersikukuh bahwa hukum Texas mengharuskannya untuk melakukan autopsi. Terjadi perselisihan sengit antara para ajudan Kennedy dengan pejabat Dallas. Perselisihan tersebut nyaris berubah menjadi perkelahian sebelum pihak Texas akhirnya menyerah dan mengizinkan jenazah Kennedy diangkut ke Air Force One. Pada pukul 14.38, didampingi Jacqueline Kennedy di sisinya, Johnson disumpah oleh hakim federal Sarah Tilghman Hughes di atas pesawat Air Force One sesaat menjelang bertolak ke Washington bersama peti mati Kennedy.
Proses autopsi Kennedy dilakukan di Rumah Sakit Angkatan Laut Bethesda di Maryland pada malam hari tanggal 22 November. Jacqueline Kennedy memilih rumah sakit angkatan laut sebagai tempat autopsi karena Presiden Kennedy pernah menjadi perwira angkatan laut semasa Perang Dunia II. Proses autopsi dilakukan oleh dua orang dokter, yakni komandan angkatan laut James Humes dan J. Thornton Boswell, dengan Humes bertindak sebagai ketua. Di bawah tekanan dari keluarga Kennedy dan staf Gedung Putih untuk mempercepat proses autopsi, para dokter tersebut mengautopsi jenazah Kennedy dengan terburu-buru dan tidak lengkap. Dokter pribadi Kennedy, Laksamana George Burkley, menandatangani akta kematian pada tanggal 23 November dan mencatat sebab kematian Kennedy adalah luka tembak di tengkorak.
Tiga tahun setelah diautopsi, otak Kennedy, yang diambil dan disimpan untuk dianalisis, diketahui hilang dari Arsip Nasional. Para ahli teori konspirasi menduga bahwa otak tersebut memperlihatkan tembakan yang berasal dari arah depan. Di samping itu, ada dugaan bahwa adik laki-laki Kennedy, Jaksa Agung Robert F. Kennedy, telah menghancurkan otak kakaknya untuk menyembunyikan bukti penyakit kronis yang diidap Kennedy beserta pengobatan yang dilakukannya. Sejumlah hasil rontgen dan foto autopsi juga hilang.
Sebagian besar sejarawan berpendapat bahwa hasil autopsi Kennedy adalah proses penyelidikan pemerintah yang "paling gagal". Ketua patologi forensik HSCA mengungkapkan bahwa proses autopsi tersebut adalah sebuah "kegagalan besar". Saat proses autopsi dilakukan, dokter forensik gagal mengambil foto yang layak, gagal menentukan titik keluar atau masuk peluru di kepala, tidak membedah bagian belakang kepala dan leher, dan gagal menyesuaikan sudut luka tembak dengan sumbu tubuh. HSCA juga mengungkapkan kedua dokter yang mengautopsi Kennedy tidak memenuhi syarat untuk melakukan autopsi forensik. Dokter forensik HSCA, Milton Helpern, berpendapat bahwa memilih Humes (yang hanya mengambil satu kuliah patologi forensik) untuk mengepalai proses autopsi "seperti mengirim seorang bocah laki-laki berusia tujuh tahun yang tiga kali ikut les biola ke New York Philharmonic dan mengharapkannya menampilkan simfoni Tchaikovsky".
Setelah diautopsi, Kennedy disemayamkan di East Room Gedung Putih selama 24 jam. Presiden Johnson mengesahkan Proklamasi Kepresidenan 3561, yang menetapkan tanggal 25 November sebagai hari berkabung nasional, dan hanya pekerja darurat penting yang diperkenankan untuk masuk kerja. Peti mati Kennedy lalu dinaikkan ke kereta kencana dan ditarik oleh seekor kuda menuju Gedung Capitol untuk disemayamkan di sana. Ratusan ribu pelayat berbaris di sepanjang jalan untuk melepas peti mati, dan kurang lebih seperempat juta orang mendatangi rotunda selagi jenazah Kennedy disemayamkan di sana selama 18 jam. Menurut keterangan Direktur FBI J. Edgar Hoover, di Uni Soviet, berita pembunuhan Kennedy "disambut dengan sangat terkejut dan ketakutan. Lonceng gereja dibunyikan untuk mengenang Presiden Kennedy".
Upacara pemakaman Kennedy diselenggarakan pada tanggal 25 November di Katedral St. Matthew Washington, D.C.. Misa Rekuiem dipimpin oleh Kardinal Richard Cushing. Upacara tersebut dihadiri oleh kurang lebih 1.200 tamu, termasuk perwakilan lebih dari 90 negara. Meskipun tidak ada pembacaan eulogi resmi, Uskup Philip M. Hannan membacakan kutipan pidato dan tulisan-tulisan Kennedy. Usai upacara kebaktian, Kennedy dimakamkan di Pemakaman Nasional Arlington di Virginia. Api abadi dinyalakan di makamnya pada tahun 1967.
Pada pukul 11.21 hari Minggu, 24 November, ketika Oswald sedang dikawal menuju mobil di basemen markas besar Kepolisian Dallas untuk dipindahkan dari penjara kota ke penjara county, ia ditembak oleh seorang pemilik klub malam di Dallas bernama Jack Ruby. Aksi penembakan tersebut disiarkan langsung di televisi. Robert H. Jackson dari Dallas Times Herald memotret penembakan tersebut, dan ia dianugerahi Penghargaan Pulitzer untuk Fotografi pada tahun 1964.
Dalam keadaan setengah sadar, Oswald dilarikan dengan ambulans ke Rumah Sakit Parkland Memorial. Ia dirawat oleh ahli bedah yang sama yang dulu berupaya menyelamatkan Kennedy. Timah panas menembus dada kirinya di sebelah bawah. Pembuluh darah utama jantung seperti aorta dan vena cava inferior putus, limpa, ginjal, dan hatinya juga terkena peluru. Meskipun sudah menjalani operasi bedah dan defibrilasi, Oswald tewas pada pukul 13.07.
Ruby ditangkap tidak lama setelah penembakan. Ia bersaksi di hadapan Komisi Warren bahwa ia sangat terguncang atas kematian Kennedy, dan dengan membunuh Oswald, "Ny. Kennedy tidak perlu repot-repot untuk kembali ke pengadilan". Ia juga menyatakan bahwa ia menembak Oswald secara mendadak begitu ada kesempatan, tanpa mempertimbangkan alasan kenapa ia melakukannya. Pada awalnya, Ruby tidak berminat membela diri dalam persidangannya, tetapi pengacaranya, Melvin Belli, membujuknya agar membela diri. Belli berpendapat bahwa Ruby mengidap epilepsi psikomotorik dan oleh sebab itu tidak dapat mempertanggungjawabkan perbuatannya. Ruby dinyatakan bersalah, tetapi putusan tersebut dibatalkan dalam proses banding. Selagi menunggu persidangan ulang pada tahun 1967, Ruby tewas akibat emboli paru dan kanker. Sama halnya dengan Oswald dan Kennedy, Ruby juga dinyatakan tewas di Rumah Sakit Parkland.
Seorang tukang jahit bernama Abraham Zapruder berdiri di depan dinding pergola, kira-kira berjarak 65 kaki (20 m) dari jalan raya. Ia merekam peristiwa pembunuhan Kennedy dalam film bisu 8 mm berdurasi 26 detik, yang dikenal dengan film Zapruder. Bingkai film 313 menangkap dengan tepat momen ketika kepala Kennedy meledak. Majalah Life menerbitkan foto pembesaran bingkai film Zapruder, tidak lama berselang setelah pembunuhan Kennedy. Rekaman tersebut pertama kali dipertunjukkan kepada publik dalam pengadilan Clay Shaw pada tahun 1969, dan ditayangkan di televisi pada tahun 1975 oleh Geraldo Rivera. Pada tahun 1999, pengadilan arbitrase memerintahkan agar pemerintah federal membayar $615.384 per detik film kepada ahli waris Zapruder, dengan nilai keseluruhan film mencapai $16 juta (setara dengan $22.3 juta pada 2022).
Zapruder hanyalah satu dari sekian banyak orang di Dealey Plaza yang diketahui telah mengambil video atau foto saat terjadinya penembakan. Salah seorang fotografer yang paling dikenal adalah Mary Moorman, yang mengambil sejumlah foto Kennedy dengan kamera polaroid, termasuk satu foto Kennedy beberapa detik setelah ditembak.
Selain Zapruder, Charles Bronson, Marie Muchmore, dan Orville Nix juga merekam pembunuhan tersebut, meskipun pada jarak yang lebih jauh dari Zapruder. Dari ketiga orang tersebut, hanya Nix yang benar-benar merekam jelas penembakan Kennedy. Nix merekam video pembunuhan dari sisi berlawanan dengan Zapruder di seberang Elm Street. Pada tahun 1966, Nix mengungkapkan bahwa setelah ia memberikan film tersebut kepada FBI, duplikat yang mereka kembalikan memiliki cuplikan yang "hilang" atau "rusak". Meskipun ada duplikat film dengan kualitas lebih rendah, film aslinya hilang sejak tahun 1978. Video lain yang dibuat oleh George Jefferies dirilis pada tahun 2007. Video tersebut direkam beberapa saat menjelang penembakan, yang memperlihatkan jas Kennedy yang senjang. Hal tersebut menjelaskan kenapa letak lubang peluru di punggung dan jas Kennedy tidak selaras.
Sejumlah film dan foto memperlihatkan seorang wanita tak dikenal yang kelihatannya sedang merekam pembunuhan tersebut. Para ahli menjulukinya Babushka Lady karena selendang yang dikenakannya di kepala. Pada tahun 1978, seorang pria bernama Gordon Arnold muncul dan mengaku bahwa ia telah memfilmkan pembunuhan Kennedy dari rerumputan dan seorang polisi telah menyita filmnya. Arnold tidak terlihat dalam satu pun foto yang diambil di kawasan tersebut. Vincent Bugliosi, penulis buku Reclaiming History, mengutarakan bahwa "bukti fotografi meyakinkan kita bahwa cerita Arnold hanya dibuat-buat".
Di markas besar Kepolisian Dallas, polisi menginterogasi Oswald terkait penembakan Kennedy dan Tippit. Wawancara yang terputus-putus tersebut berlangsung dalam waktu kurang lebih 12 jam dari pukul 14.30 tanggal 22 November sampai pukul 11.00 tanggal 24 November. Dalam wawancara tersebut, Oswald menyangkal keterlibatannya dan memberikan pernyataan yang kemudian terbukti tidak benar.
Kompol J. W. Fritz dari Biro Pembunuhan bertugas menginterogasi Oswald dan hanya mencatat hal-hal mendasar. Beberapa hari kemudian, Fritz menulis laporan berdasarkan catatan yang ia buat setelah interogasi. Tidak ada stenografi maupun perekaman suara. Sejumlah perwakilan dari lembaga penegak hukum lainnya juga turut hadir, termasuk FBI dan Dinas Rahasia, yang sesekali ikut serta menginterogasi. Beberapa agen FBI yang hadir dalam proses interogasi menulis laporan pada saat itu juga.
Pada malam tanggal 22 November, Kepolisian Dallas melakukan tes parafin pada tangan dan pipi kanan Oswald untuk mencari tahu apakah ia baru saja menembakkan senjata atau tidak. Hasilnya positif pada tangan dan negatif pada pipi kanan. Hasil tes semacam itu tidak bisa diandalkan, dan Komisi Warren tidak begitu memedulikan hasil tes tersebut.
Kepolisian Dallas memaksa Oswald mengadakan konferensi pers selepas tengah malam tanggal 23 November, dan ketika penyelidikan dimulai, banyak informasi yang telah bocor ke media. Tindakan tersebut membuat Johnson berang. Ia memerintahkan FBI meminta mereka agar "berhenti menyebarluaskan kabar pembunuhan tersebut". Setelah FBI menyatakan kekhawatiran mengenai keselamatan Oswald, Kepolisian Dallas meyakinkan FBI bahwa mereka akan memberinya perlindungan yang memadai.
FBI segera mengadakan penyelidikan tidak lama setelah pembunuhan Kennedy, mengandalkan undang-undang yang melarang penyerangan petugas federal. Dalam waktu 24 jam setelah pembunuhan, Direktur FBI, Hoover, mengirimkan laporan awal kepada Presiden Johnson yang menerangkan bahwa Oswald adalah pelaku tunggal pembunuhan tersebut. Setelah Ruby membunuh Oswald, Johnson berpendapat bahwa penegak hukum Texas tidak becus, dan memerintahkan FBI untuk mengambil alih keseluruhan penyelidikan.
Pada tanggal 9 Desember 1963, Komisi Warren menerima laporan penyelidikan FBI yang menyimpulkan bahwa tiga peluru telah ditembakkan‍: peluru pertama menghantam punggung atas Kennedy, peluru kedua mengenai Connally, dan peluru ketiga bersarang di kepala Kennedy. FBI terus berperan sebagai badan penyelidik utama Komisi Warren di lapangan. Sebanyak 169 agen FBI menangani kasus tersebut, melakukan lebih dari 25.000 wawancara dan menulis lebih dari 2.300 laporan.
Kesaksamaan penyelidikan FBI masih diperdebatkan. Bugliosi memuji mutu penyelidikan FBI dan sepakat dengan ahli teori konspirasi Harrison Edward Livingstone, yang menghargai upaya FBI dalam memecahkan semua petunjuk. Dalam laporan pada tahun 1979, HSCA mengungkapkan bahwa penyelidikan FBI terhadap orang-orang Kuba yang pro dan anti-Castro, serta seluruh penyelidikan yang berhubungan dengan Oswald atau Ruby, tidaklah cukup. HSCA juga berpendapat bahwa Hoover "kelihatannya bertekad [menjadikan Oswald sebagai pembunuh tunggal] dalam waktu 24 jam setelah pembunuhan Kennedy".
Pada tanggal 29 November, Presiden Johnson membentuk "Komisi Presiden atas Pembunuhan Kennedy" dan memilih Earl Warren dari Mahkamah Agung Amerika Serikat untuk mengepalai penyelidikan, yang lebih dikenal dengan nama Komisi Warren. Laporan akhir setebal 888 halaman diserahkan kepada Johnson pada tanggal 24 September 1964, dan dipublikasikan tiga hari kemudian. Laporan tersebut menyimpulkan bahwa Lee Harvey Oswald bertindak sendiri dalam membunuh Kennedy dan melukai Connally, begitupun Jack Ruby yang juga bertindak sendiri dalam membunuh Oswald. Laporan tersebut tidak membahas secara rinci mengenai motif Oswald membunuh Kennedy, meskipun menjelaskan bahwa motifnya adalah Marxisme, antiotoritarianisme, kecenderungan melakukan kekerasan, kegagalan membangun hubungan pribadi, dan keinginan untuk dikenang oleh sejarah.
Setelah memeriksa film Zapruder, anggota komisi menyadari bahwa teori penembakan yang dikemukakan oleh FBI tidak masuk akal sama sekali. Waktu bereaksi Kennedy dan Connely teramat dekat sehingga tidak mungkin disebabkan oleh dua peluru berbeda. Rentang waktu bereaksi kedua korban kurang dari 2,3 detik dan mustahil untuk memuat ulang peluru dalam waktu sesingkat itu. Anggapan tersebut menjadi salah satu temuan komisi yang paling penting, bahwa Kennedy dan Connally ditembak oleh peluru yang sama. Teori tersebut dikenal dengan sebutan "teori satu peluru". Pada bulan Mei 1964, Arlen Spectre mereka ulang lintasan peluru tunggal di Dealey Plaza, dan dampak lintasan peluru tersebut sama persis dengan luka yang didapat oleh Kennedy dan Connally.
Dari delapan anggota komisi, tiga di antaranya (Hale Boggs, John Cooper dan Richard Russell) meragukan teori tersebut dan menganggapnya "lengkara", tetapi keraguan tersebut tidak dituangkan dalam laporan akhir. Para pendukung teori konspirasi menjuluki teori tersebut dengan "teori peluru ajaib", dijuluki demikian karena kondisi peluru yang konon masih utuh dan asli. Namun, Michael Baden dari HSCA mengungkapkan bahwa meskipun peluru tersebut tidak pecah, pada dasarnya peluru telah berubah bentuk. Pada tahun 2023, Agen Dinas Rahasia Paul Landis mengungkapkan kepada The New York Times bahwa ialah yang memungut "peluru ajaib" dari belakang kursi Kennedy saat tiba di Parkland, dan ia juga yang meletakkannya di brankar Kennedy. Landis yakin peluru tersebut terlepas dari luka dangkal di punggung Kennedy.
Selain menerbitkan 27 jilid laporan, Komisi Warren juga menulis ratusan ribu halaman dokumen penyelidikan. Relman Morin menyatakan bahwa "Tidak pernah ada kejahatan yang diselidiki semendalam ini dalam sejarah". Bugliosi mengemukakan bahwa hasil temuan dasar Komisi Warren "disimpan dengan sangat baik". Menurut Gerald Posner, laporan Warren "dicemooh secara terang-terangan" oleh publik Amerika Serikat. Sedangkan Walter Cronkite berpendapat bahwa "Meskipun Komisi Warren memiliki kekuasaan penuh untuk melakukan penyelidikan secara mandiri, Komisi juga mengizinkan FBI dan CIA untuk melakukan penyelidikan sendiri, dan dengan demikian turut membayang-bayangi temuan penyelidikannya. Menurut sebuah laporan tahun 2014 yang disusun oleh Sejarawan CIA David Robarge, kepala CIA pada saat itu, John A. McCone, berupaya "menyembunyikan" informasi dari komisi.
Pada tanggal 22 Maret 1967, Jaksa Wilayah New Orleans, Jim Garrison, menangkap dan mendakwa seorang pengusaha bernama Clay Shaw atas tuduhan berkonspirasi untuk membunuh Presiden Kennedy, dibantu oleh Oswald, David Ferrie, dan pihak lainnya. Shaw adalah seorang pengusaha terpandang yang banyak membantu merenovasi dan melestarikan French Quarter, dan dijuluki sebagai "penjahat paling tak terduga setelah Oscar Wilde". Shaw maupun Ferrie, yang mengidap neurotik dan anti-Castro garis keras, adalah anggota perkumpulan gay di New Orleans. Ferrie tewas bunuh diri empat hari setelah kabar penyelidikannya tersebar. Dalam acara The Tonight Show Starring Johnny Carson pada tahun 1968, Garrison secara terbuka menuduh bahwa Shaw dan Ferrie telah ambil bagian dalam rencana besar CIA untuk membunuh Kennedy dan menjebak Oswald. Dalam persidangan yang digelar selama 34 hari pada tahun 1969, Garrison memutar film Zapruder dan berpendapat bahwa gerakan kepala Kennedy ke belakang setelah penembakan merupakan tanda bahwa ia ditembak dari arah depan.
Setelah pertimbangan singkat, dewan juri memutuskan bahwa Shaw tidak bersalah. Mark Lane mewawancarai para juri usai persidangan, dan terungkap bahwa sejumlah juri percaya Shaw kemungkinan besar terlibat dalam konspirasi, tetapi tidak ada bukti yang cukup untuk mendakwanya. Pernyataan Lane tersebut dibantah oleh teman dekat Clay Shaw, James Kirkwood, yang mengungkapkan bahwa ia telah bertemu dengan para juri dan mereka menyangkal pernah diwawancarai oleh Lane. Kirkwood juga mempermasalahkan perkataan Lane mengenai konspirasi. Ketua juri Sidney Hebert berkata kepada Kirkwood, "Saya tidak terlalu memikirkan Laporan Warren dalam persidangan. Sekarang saya lebih memikirkannya daripada sebelumnya."
Menurut akademisi E. Jerald Ogg, saat ini, pengadilan Shaw dipandang sebagai "parodi keadilan". Kirkwood menyamakan pengadilan tersebut dengan pengadilan Inkuisisi Spanyol. Pengamat lainnya memandang pengadilan Shaw dilandasi oleh homofobia. Pengadilan tersebut masih menjadi satu-satunya pengadilan yang digelar terkait pembunuhan Kennedy. Pada tahun 1979, mantan direktur CIA, Richard Helms, bersaksi bahwa Shaw pernah bekerja paruh waktu di Layanan Kontak Domestik CIA. Shaw dengan sukarela membagikan informasi perjalanannya ke luar negeri kepada CIA. Namun, Max Holland menentangnya, beralasan bahwa ada kurang lebih 150.000 warga Amerika yang juga dipekerjakan sebagai kontak CIA. Pada tahun 1993, acara TV PBS Frontline berhasil mendapatkan sekumpulan foto dari tahun 1955 yang memperlihatkan Ferrie dan Oswald mengikuti acara masak-memasak Civil Air Patrol bersama, meskipun sebelumnya Ferrie menyangkal pernah mengenal Oswald.
Anggota Komisi Warren yang melihat hasil foto atau sinar-X autopsi Kennedy hanyalah Ketua Mahkamah Agung Justice Warren. Menurut Warren, hal tersebut dilakukan untuk menghindari tersebarnya meteri eksplisit kepada media. Karena spekulasi yang terus bermunculan, Jaksa Agung Ramsey Clark membentuk panel yang beranggotakan empat ahli medis untuk memeriksa foto dan sinar-X autopsi Kennedy pada bulan Februari 1968. Hasil temuan mereka selaras dengan temuan Komisi Warren: Kennedy terkena dua peluru, dua-duanya ditembakkan dari arah belakang.
Pada tahun 1975, Presiden Gerald Ford, yang menjadi anggota Komisi Warren satu dekade yang lalu, membentuk Komisi Presiden atas Kegiatan CIA di Amerika Serikat, yang lebih dikenal dengan Komisi Rockefeller, dinamai sesuai nama ketuanya, Wakil Presiden Nelson Rockefeller. Komisi tersebut bertugas menyelidiki apakah ada kegiatan CIA di dalam negeri yang melanggar hukum dan kemudian memberikan saran yang tepat. Oleh karena itu, komisi tersebut juga kembali menyelidiki pembunuhan Kennedy.
Setelah melakukan penyelidikan selama lima bulan, Komisi Rockefeller menyerahkan laporannya kepada Presiden Ford. Laporan tersebut meninjau bukti medis autopsi Kennedy, dan komisi sepakat bahwa Kennedy tewas akibat dua tembakan dari belakang. Komisi Rockefeller juga membantah pernyataan Garrison yang berpendapat bahwa gerakan kepala Kennedy ke belakang sebagaimana diperlihatkan dalam film Zapruder merupakan tanda bahwa si penembak berada di depan. Komisi menyatakan bahwa "gerakan demikian disebabkan oleh pelurusan dan penegangan seluruh tubuh secara paksa akibat reaksi neuromuskuler terhadap kerusakan pusat saraf di otak". HSCA kelak juga berpendapat bahwa "gerakan refleks bersumber dari otak" yang menghambur dari luka luar bisa menyebabkan terjadinya hal demikian. Ahli patologi Vincent Di Maio mengungkapkan kepada HSCA bahwa gagasan mengenai penembakan dari depan adalah hal yang tidak berdasar dan mungkin diilhami oleh film-film Arnold Schwarzenegger".
Komisi Rockefeller juga berupaya memastikan apakah agen CIA, terkhusus E. Howard Hunt dan Frank Sturgis, berada di Dealey Plaza saat terjadinya pembunuhan, dan apakah mereka berdua termasuk dalam "tiga gelandangan" yang konon terlihat tak lama setelah pembunuhan. Komisi tidak menemukan bukti atas tuduhan tersebut. Komisi juga menyelidiki dugaan adanya hubungan antara CIA dengan Oswald dan Ruby, tetapi tidak menemukan bukti dan menyimpulkan bahwa dugaan tersebut hanyalah "spekulasi yang tidak masuk akal". Komisi menjelaskan "tidak ada bukti terpercaya mengenai keterlibatan CIA [dalam pembunuhan Kennedy]".
Pada tahun 1976, setelah skandal Watergate dan terungkapnya pelanggaran CIA oleh Seymour Hersh melalui laporan yang dijuluki "Family Jewels", Senat Amerika Serikat membentuk Komite Terpilih Senat Amerika Serikat untuk Mengkaji Operasi Pemerintah Sehubungan dengan Kegiatan Intelijen, yang lebih dikenal dengan Komite Church, dinamai sesuai nama ketuanya, Senator Frank Church. Komite Church bertugas menyelidiki seluruh tindakan tidak pantas dan melanggar hukum yang dilakukan oleh CIA dan FBI, baik di luar maupun di dalam negeri. Komite Church lantas membentuk subkomite yang beranggotakan Senator Richard Schweiker dan Gary Hart untuk menyelidiki tindakan CIA dan FBI sehubungan dengan pembunuhan Kennedy.
Dalam laporan akhirnya, Komite Church menyimpulkan bahwa tidak ditemukan bukti mengenai adanya konspirasi yang dikomandoi oleh CIA ataupun FBI. Komite mengemukakan bahwa penyelidikan awal pembunuhan Kennedy "kurang akurat" dan mengkritik FBI dan CIA karena menyembunyikan informasi dari Komisi Warren. Secara khusus, laporan tersebut juga membahas mengenai proses penyelidikan yang banyak dipengaruhi oleh kegagalan CIA dalam membunuh Castro. Di samping itu, Komite Church mengungkapkan bahwa CIA berkomplot dengan Mafia dalam melawan Castro. Pengungkapan tersebut kembali meningkatkan minat publik terhadap pembunuhan Kennedy.
Akibat makin meningkatnya keraguan publik dan kongres atas temuan Komisi Warren dan kurangnya transparansi lembaga pemerintah, HSCA dibentuk oleh Kongres pada tahun 1976. Komite tersebut bertugas menyelidiki pembunuhan Kennedy dan Martin Luther King, Jr.
HSCA melakukan penyelidikan sampai tahun 1978 dan menerbitkan laporan terakhirnya setahun kemudian. Laporan tersebut menyimpulkan bahwa kemungkinan besar pembunuhan Kennedy adalah hasil konspirasi. HSCA mengungkapkan dugaan mengenai adanya tembakan keempat yang dibidik dari balik rerumputan, tetapi tembakan tersebut tidak mengenai Kennedy. Berkaitan dengan dugaan konspirasi, empat dari dua belas anggota komite memiliki pendapat berbeda.
HSCA juga mengkritik penyelidikan sebelumnya yang dinilai tidak akurat dalam menyelidiki dugaan konspirasi dan kekurang kompetenan lembaga federal, tetapi memuji proses penyidikan menyeluruh terhadap Oswald. Secara khusus, FBI dan CIA dikritik karena tidak membagi informasi yang mereka miliki kepada Komisi Warren dan lembaga lainnya. Alih-alih memberikan semua informasi yang relevan, FBI dan CIA hanya menanggapi permintaan spesifik dan terkadang informasi yang diberikan kurang memadai. Lebih lanjut, HSCA juga mengecam Dinas Rahasia karena tidak menganalisis dengan baik informasi yang mereka miliki menjelang pembunuhan, serta ketidakcakapan mereka dalam melindungi Kennedy.
Alasan utama pernyataan "dugaan konspirasi" HSCA didasarkan oleh analisis akustik terhadap rekaman Dictabelt siaran kepolisian. Atas saran HSCA, rekaman Dictabelt dan bukti akustik yang berkaitan dengan pembunuh kedua diperiksa ulang. Laporan penyelidikan oleh Divisi Layanan Teknis FBI dan Akademi Sains Nasional, yang sebelumnya ditunjuk secara khusus untuk memeriksa rekaman, menemukan bahwa "data akustik yang ada tidak mendukung kesimpulan mengenai adanya pria bersenjata kedua". Departemen Kehakiman menyimpulkan bahwa "tidak ada bukti meyakinkan yang bisa mendukung teori konspirasi" dalam pembunuhan Kennedy.
Pada tahun 1991, film JFK karya Oliver Stone kembali membangkitkan minat publik terhadap misteri pembunuhan Kennedy, khususnya terhadap berkas rahasia yang berkaitan dengan pembunuhan tersebut. Sebagai tanggapan, Kongres mengesahkan JFK Records Act, yang meminta Arsip Nasional untuk mengumpulkan dan merilis seluruh dokumen yang berkaitan dengan pembunuhan dalam rentang waktu 25 tahun ke depan. Undang-undang tersebut juga mengamanatkan pembentukan lembaga independen Dewan Peninjau, yang bertugas meninjau arsip yang diserahkan untuk kemudian dikumpulkan dan disimpan. Dari tahun 1994 sampai 1998, Dewan Peninjau telah mengumpulkan dan mengungkap kurang lebih 60.000 dokumen sepanjang 4 juta halaman lebih.
Dalam laporannya pada tahun 1998, Dewan Peninjau mengungkapkan bahwa foto-foto otak pada arsip pembunuhan kemungkinan bukanlah otak Kennedy. Otak tersebut dilaporkan mengalami kerusakan yang jauh lebih kecil daripada kerusakan otak Kennedy. Dr. Boswell membantah tuduhan tersebut. Dewan Peninjau juga menemukan bahwa tidak seperti yang terlihat di foto, beberapa saksi (baik di rumah sakit Parkland maupun di tempat autopsi) mengatakan terdapat luka besar di bagian belakang kepala Kennedy. Anggota Dewan Peninjau, Jeremy Gunn, mempermasalahkan pernyataan para saksi, dan membiarkan masyarakat untuk menilai seluruh bukti dengan mempertimbangkan kesalahan manusia, bukannya menjadikan pernyataan tunggal sebagai "pembenaran" bagi suatu teori.
Seluruh sisa arsip yang berkaitan dengan pembunuhan Kennedy dijadwalkan akan dirilis pada bulan Oktober 2017, dengan pengecualian dokumen absah yang ditunda perilisannya sampai presiden berikutnya karena mengandung "bahaya yang dapat diidentifikasi ... berkaitan dengan militer, pertahanan, operasi intelijen, penegakan hukum, atau kebijakan luar negeri ... sedemikian seriusnya sehingga harus mengesampingkan keterbukaan demi kepentingan publik." Presiden Donald Trump memberi pernyataan pada bulan Oktober 2017 bahwa ia tidak akan menghalangi perilisan dokumen-dokumen tersebut, tetapi pada bulan April 2018—batas waktu yang ia tetapkan untuk perilisan semua arsip JFK—Trump menunda perilisan beberapa arsip sampai bulan Oktober 2021. Presiden Joe Biden juga menunda perilisan arsip lebih lanjut sehubungan dengan pandemi COVID-19. Biden akhirnya merilis 13.173 dokumen yang belum disunting pada tahun 2022. Kumpulan arsip kedua diungkap kepada publik pada bulan Juni 2023, dan dengan demikian, 99 persen arsip pembunuhan Kennedy telah dipublikasikan.
Tiga hari setelah dilantik untuk kedua kalinya pada Januari 2025, Trump menandatangani sebuah perintah eksekutif untuk mengungkap dokumen tersisa yang berkaitan dengan pembunuhan tersebut dalam 15 hari. Lebih dari 60.000 dokumen dirilis dua bulan kemudian pada 18 Maret.
Pembunuhan Kennedy dikatakan sebagai "induk dari segala konspirasi". Hasil jajak pendapat menunjukkan bahwa mayoritas warga Amerika mempercayai adanya konspirasi dalam pembunuhan Kennedy. Kurang lebih 1.000 sampai 2.000 buku telah ditulis mengenai pembunuhan Kennedy, sebagian besarnya mendukung adanya konspirasi. Menurut bermacam-macam teori, peran Oswald dalam pembunuhan bervariasi, mulai dari anggota komplotan sampai tidak bersalah sama sekali. Pelaku pembunuhan yang paling dicurigai adalah FBI, CIA, militer AS, Mafia, kompleks militer–industri, Wakil Presiden Johnson, Castro, KGB, atau gabungan di antaranya. Bugliosi memperkirakan sebanyak 42 kelompok, 82 pembunuh, dan 214 orang telah dituduh dalam beragam teori pembunuhan.
Para penganut teori konspirasi beranggapan bahwa terdapat lebih dari satu penembak, tembakan fatal terhadap Kennedy dilontarkan dari rerumputan dan mengenai kepala Kennedy di bagian depan. Orang-orang yang berada di Dealey Plaza tidak luput dari subjek beragam spekulasi, termasuk tiga gelandangan, pria berpayung, dan Badge Man. Para pendukung teori konspirasi berpendapat bahwa proses autopsi dan penyelidikan resmi oleh lembaga penegak hukum memiliki banyak cacat, atau bahkan ikut terlibat dalam pembunuhan, dan para saksi pembunuhan Kennedy tewas secara misterius dan mencurigakan.
Teori konspirasi juga didukung oleh sejumlah tokoh terkemuka, seperti L. Fletcher Prouty, Komandan Operasi Khusus Kepala Staf Gabungan Amerika Serikat pada masa pemerintahan Kennedy. Ia meyakini bahwa militer dan intelijen AS berkonspirasi untuk membunuh presiden. Gubernur Connally juga menyangkal teori satu peluru. Presiden Johnson kabarnya juga meragukan temuan Komisi Warren. Menurut Robert F. Kennedy Jr., ayahnya percaya bahwa Laporan Warren adalah "hasil karya yang buruk" dan meyakini kakaknya dibunuh oleh sebuah konspirasi, yang diduga melibatkan warga eksil Kuba dan CIA. Penguasa komunis seperti Castro dan pemimpin Soviet Nikita Khrushchev beranggapan bahwa Kennedy dibunuh oleh pihak sayap kanan Amerika. Sementara mantan direktur CIA, R. James Woolsey, berpendapat bahwa pembunuhan Kennedy oleh Oswald adalah konspirasi Soviet.
Pada tanggal 27 November, lima hari setelah pembunuhan Kennedy, Presiden Johnson menyampaikan pidato "Let Us Continue" di hadapan Kongres, yang secara resmi menjadi pidato pelantikannya. Dalam pidato tersebut, Johnson bertekad meneruskan kebijakan Kennedy, terutama mengenai hak-hak sipil. Upaya tersebut diwujudkan tak lama kemudian dengan disahkannya Undang-Undang Hak Sipil 1964. Polemik seputar pelantikan Johnson sebagai presiden melahirkan Amendemen Kedua Puluh Lima Konstitusi Amerika Serikat, yang kemudian diberlakukan pada tahun 1967. Amendemen tersebut menegaskan bahwa wakil presiden otomatis menjadi presiden setelah presiden meninggal dunia.
Pada tanggal 29 November, Presiden Johnson mengeluarkan Perintah Eksekutif 11129, mengubah nama Tanjung Canaveral di Florida, nama yang telah digunakan sejak tahun 1530, menjadi Tanjung Kennedy. Pusat Operasi Peluncuran NASA, yang juga terletak di Florida, diubah namanya menjadi Pusat Antariksa Kennedy. Pemerintah federal mengenang Kennedy dengan cara lain, misalnya mengganti uang logam setengah dolar Franklin dengan setengah dolar Kennedy, dan menamai Pusat Kebudayaan Nasional Washington, D.C. dengan John F. Kennedy Center for the Performing Arts. Bandar udara di New York City juga diubah namanya menjadi Bandar Udara Internasional John F. Kennedy.
Pembunuhan Kennedy juga berakibat dirombaknya struktur dan prosedur Dinas Rahasia. Limosin beratap terbuka ditiadakan, jumlah staf ditingkatkan, dan tim khusus seperti satuan kontra penembak jitu dibentuk. Anggaran lembaga tersebut juga meningkat, dari $5,5 juta pada tahun 1963 (setara dengan $418 juta pada 2013) menjadi lebih dari $1,6 miliar pada tahun 2013.
Pembunuhan Kennedy merupakan pembunuhan pertama dari empat pembunuhan besar pada tahun 1960-an, yang terjadi dua tahun sebelum pembunuhan Malcolm X pada tahun 1965, dan lima tahun sebelum pembunuhan Martin Luther King, Jr. dan Robert F. Kennedy pada tahun 1968. Bagi rakyat Amerika, pembunuhan Kennedy menjadikan dirinya sebagai sosok heroik. Meski banyak pakar yang menganggap Kennedy sebagai presiden yang biasa-biasa saja, jajak pendapat publik secara konsisten menobatkannya sebagai presiden paling populer setelah Perang Dunia II.
Pembunuhan Kennedy meninggalkan kesan mendalam bagi banyak orang. Sama seperti pengeboman Pearl Harbor 1941 dan serangan 11 September 2001, pertanyaan "Di mana Anda ketika mendengar kabar pembunuhan Presiden Kennedy?" menjadi topik yang banyak diperbincangkan pada masa itu. Wartawan Dan Rather berpendapat bahwa pembunuhan Kennedy masih akan dibicarakan orang "seratus tahun, seribu tahun kemudian, dengan cara yang sama seperti membicarakan Iliad. Beragam generasi membaca penceritaan Homer mengenai Iliad dan menafsirkannya secara berbeda, hal demikian juga akan terjadi pada kisah Kennedy."
Selain film JFK karya Oliver Stone, pembunuhan Kennedy telah diceritakan dalam sejumlah film. Film Executive Action (1973), yang ditulis oleh pendukung teori konspirasi Dalton Trumbo, merupakan film panjang pertama yang membahas pembunuhan Kennedy. Meskipun memuat konten eksplisit, para kritikus beranggapan bahwa film Zapruder, yang telah diputar dalam banyak film dan acara televisi, turut memajukan teknik cinéma vérité dan mengilhami penggambaran kekerasan yang lebih gamblang dalam perfilman Amerika. Berbagai karya sastra juga menceritakan pembunuhan tersebut, misalnya novel Libra (1988) karangan Don DeLillo, yang mengisahkan bahwa Oswald adalah seorang agen CIA, American Tabloid (1995) karangan James Ellroy, dan 11/22/63 (2011), novel mengenai perjalanan waktu karangan Stephen King. Pembunuhan Kennedy juga telah mengilhami sejumlah karya musik, seperti Elegy for J.F.K. (1964) karya Igor Stravinsky, dan lagu "Crucifixion" (1966) oleh Phil Ochs, yang kabarnya membuat Robert Kennedy menangis. Lagu lainnya termasuk "Abraham, Martin and John" (1968) dan "Murder Most Foul" (2020) oleh Bob Dylan.
Pada tahun 1993, Jawatan Taman Nasional menetapkan Dealey Plaza, bangunan di sekitarnya, jalan layang, dan sebagian tempat pejalan kaki sebagai Distrik Tengaran Bersejarah Nasional. Gedung Depository dan Museum Lantai Enam, yang dikelola oleh pemkot Dallas, dikunjungi oleh lebih dari 325.000 wisatawan setiap tahunnya.
Pesawat Air Force One Boeing 707 yang ditumpangi Kennedy pada hari pembunuhan dipajang di Museum Nasional Angkatan Udara Amerika Serikat, sedangkan limosin Kennedy disimpan di Museum Henry Ford. Bendosa Lincoln, tempat peti mati Kennedy disemayamkan di Capitol, saat ini dipamerkan di Capitol Visitor Center. Baju merah jambu Jacqueline, hasil rontgen autopsi, dan pakaian Presiden Kennedy yang berlumuran darah disimpan oleh Arsip Nasional, dengan akses dikendalikan oleh keluarga Kennedy. Barang-barang lain yang disimpan oleh Arsip Nasional meliputi peralatan Rumah Sakit Parkland, senapan, buku harian dan pistol milik Oswald, pecahan peluru, serta kaca depan limosin. Badan Arsip Negara Bagian Texas menyimpan pakaian Connally yang berlubang akibat peluru, sedangkan senjata yang dipakai Ruby untuk membunuh Oswald dimiliki oleh saudara laki-laki Ruby, Earl, dan dijual pada tahun 1991 seharga $220.000 (setara dengan $405.000 pada tahun 2022).
Atas permintaan Robert F. Kennedy, beberapa barang yang terkait dengan pembunuhan dihancurkan. Peti mati tempat jenazah Kennedy diangkut dari Dallas ke Washington dibuang ke laut, karena "memamerkannya di depan umum akan sangat menyinggung dan bertentangan dengan kebijakan publik".