Karl III Johan

Karl III Johan i Norge, Karl XIV Johan i Sverige, opprinnelig Jean Baptiste Bernadotte (1763–1844) var en fransk soldat, offiser og senere konge av Sverige og Norge fra 1818 frem til sin død. Som norsk konge brukte han sitt ordenstall i den svenske kongerekken, Karl XIV Johan, og ble aldri kalt Karl III Johan.
Bernadotte vervet seg som menig soldat i den franske hæren i 1780. Etter en lengre periode som underoffiser avanserte han raskt under den franske revolusjonen og ble general i 1794. Han utmerket seg ved flere slag og felttog og var i en kort periode også Frankrikes krigsminister. Etter flere års opposisjon mot Napoléon Bonaparte ble de i 1804 forsonet og Bernadotte ble utnevnt til marskalk, landets høyeste offiserstittel.
Bernadotte ble i 1810 valgt av Sveriges riksdag som svensk tronfølger, og under navnet Karl Johan tok han raskt over som reelt statsoverhode, da den regjerende kongen Karl XIIIs helse var dårlig. Karl Johan var valgt i håp om at han kunne styrke forbindelsene med Frankrike og gjenerobre Finland, som var avstått til Russland i 1809. Han la om den svenske utenrikspolitikken og ledet Sverige inn i allianse med Russland og Storbritannia mot Frankrike. Som belønning for å gå imot Napoléon Bonaparte fikk Sverige løfte om å få Norge som kompensasjon for tapet av Finland. I 1813 ledet Karl Johan koalisjonens nordarmé i den sjette koalisjonskrigen. Etter seier mot franske styrker i slaget ved Leipzig tvang han Danmark til å avstå Norge ved Kielfreden. Til tross for sin stilling som svensk tronarving arbeidet Karl Johan for og håpet på en rolle i Frankrike etter Napoléon Bonaparte, noe hverken det franske folk eller koalisjonspartnerne ønsket. Etter invasjon i Norge sensommeren 1814 inngikk partene våpenstillstand. I Mossekonvensjonen anerkjente Karl Johan den norske 17. mai-grunnloven, mens kong Christian Frederik godtok å abdisere og la landet gå inn i en personalunion med Sverige.
Ved Karl XIIIs død i februar 1818 ble Karl Johan konge av både Sverige og Norge. I Sverige arbeidet han for å bedre landets økonomi. Den ble fundert ved balansering av budsjett og nedbetaling av statens utenlandsgjeld, samtidig som store infrastrukturprosjekter som Göta kanal ble gjennomført. Overfor Norge forsøkte Karl Johan gjennom amalgamasjonspolitikken å få landet tettere knyttet til Sverige, men hans utspill ble i stor grad avvist av det norske Stortinget. Utenrikspolitisk forlot han «1812-års politikk» og sørget for at Sverige og Norge skulle være alliansefrie i fred og nøytrale i krig. Karl Johan styrte ganske egenrådig i Sverige, og utover i 1830-årene ble han sterkt kritisert av en liberal opposisjon. Mot slutten av sitt liv ga han mer etter for opposisjonens krav, og ved hans død ble det sørget både i Sverige og Norge.
Jean-Baptiste Bernadotte ble født 26. januar 1763 i Pau, provinshovedstaden i den tidligere provinsen Béarn i den sydvestlige delen av Kongeriket Frankrike som yngst av fem søsken. Foreldrene var Jean Henri Bernadotte og Jeanne de Saint-Jean. Han ble født for tidlig, og foreldrene fikk ham derfor døpt allerede dagen etter. Han het opprinnelig Jean Bernadotte, men ble også kalt Baptiste siden han var oppkalt etter Johannes Døperen. Kort etter fødselen ble han sendt til en amme noen kilometer fra Pau og ble der i ett år. Bernadotte skal ha hatt et kjølig forhold til sin mor, og etter at han forlot barndomshjemmet for å bli soldat, besøkte han hjemstedet kun én gang.
Faren Jean Henri Bernadotte var sakfører (fransk: procureur au sénéchal, anklager) ved en av domstolene i Béarn. Han hadde så dårlig betalt at han muligens ikke fikk råd til å gifte seg før han var 43 år gammel, og han døde rett etter Jean Baptiste hadde fylt 17 år.
Jean Baptiste Bernadotte fikk antakelig undervisning i et lokalt benediktinerkloster, men en del av utdannelsen kan han også ha fått hjemme, noe som ikke var uvanlig på den tiden. Han begynte i 15-årsalderen som lærling med arbeid som skriver hos en ansett lokal jurist, Jean Pierre de Batsalle.
Jean Henri Bernadotte døde den 31. mars 1780 og etterlot familien i en anstrengt økonomisk situasjon. Den 3. september 1780 vervet Bernadotte seg som menig i regimentet Royal-La Marine. Styrken var spesielt beregnet for bruk i koloniene og ved havner. Grunnutdannelsen fikk han i Collioure i Roussillon, og han tilbrakte deretter halvannet år i tjeneste på Korsika. Etter et lengre opphold hjemme av helsemessige grunner fra høsten 1782 til våren 1784 fulgte han regimentet til nye garnisonsbyer – blant andre Besançon, Grenoble, Vienne, Marseille og Saint-Martin-de-Ré.
Jean Baptiste Bernadotte avanserte fra grenader til korporal den 16. juni 1785 og ble sersjant samme høst. I 1784 fikk regimentet en ny oberst og øverstkommanderende, som merket seg Bernadotte og ga ham flere oppgaver. Han fikk blant annet ansvar for drilling av nye rekrutter, utlevering av uniformer og instruksjon i fekting.
I 1788 var Bernadottes regiment stasjonert i Grenoble. Det ble utkommandert for å hindre protester på den såkalte taksteinsdagen 7. juni 1788. Bernadotte var nettopp blitt utnevnt til sergent-major (høyere underoffisersgrad), og dette var første gang han ledet en styrke i angrep. Opptøyene han befant seg i ble i ettertid vurdert som en av gnistene som førte til den franske revolusjon. Hans bataljon ble våren 1789 forflyttet først til Avignon, deretter sommeren 1789 til det urolige Marseille, landets tredje største by, som var preget av revolusjonær stemning.
Bernadotte ble adjudant 7. februar 1790, på den tiden den høyeste underoffisersgraden i den franske hær. Der hadde hans videre avansement stoppet – han kunne maksimalt ha blitt kaptein – om ikke den franske revolusjonen hadde brutt ned skillet som i 1783 ble satt mellom underoffisers- og offisersgradene.
I løpet av sin tjeneste som underoffiser hadde Jean Baptiste Bernadotte ved adskillige anledninger vist initiativ. Etter i 1790 å ha blitt stasjonert i Marseille, støttet han sin sjef, Louis de Merle, marki d'Ambert, i en konflikt med lokale myndigheter. Bernadotte reddet ham muligens fra en mobb. Under regimentets opphold i den lille byen Lambesc nær Marseille skal Bernadotte takket være sin veltalenhet ha klart å forhindre at soldatene gjorde mytteri. Hendelsen skal ha funnet sted i en nedlagt kirke, der noen kompanier hadde sitt losji; Bernadotte skal ha gått opp på prekestolen og holdt en straffepreken for oppviglerne, som deretter avbrøt mytteriforsøket. Episoden er uklar og omstridt, men det synes som Bernadottes regiment var mindre utsatt for desertering enn andre tilsvarende enheter i denne perioden.
Sommeren 1790 ble Bernadottes regiment flyttet til Île d'Oléron utenfor byen Rochefort. I april 1791 ble bataljonen sendt videre til Île de Ré, hvor han tjenestegjorde ett år.
I slutten av mars 1792, etter 12 års tjeneste i regimentet Royal-La Marine, ble Bernadotte utnevnt til løytnant og beordret til 36. regiment, stasjonert i Saint-Servan i Bretagne. Kort etter ble hans regiment beordret til den franske Rhin-arméen ved fronten i øst. Mens regimentet marsjerte østover gikk revolusjonen over i en ny fase, og politiske kommissærer ble utnevnt for å kontrollere armeen. Etter den franske seieren i slaget ved Valmy ble Bernadottes regiment stasjonert vinteren over i Bingen am Rhein. Våren 1793 gikk prøyssiske styrker på offensiven og krysset Rhinen, og de franske styrkene var hardt presset. Med Spanias inntreden i krigen fryktet Bernadotte for Pau og prøvde forgjeves gjennom broren å bli overflyttet til den franske Pyrené-armeen. I et brev til broren beskriver Bernadotte hvordan han avverget panikk blant frivillige ved et østerriksk motangrep ved Rülzheim, sør for Speyer i mai 1793.
Dette var den første av en rekke situasjoner hvor Bernadotte klarte å hindre panikk og oppildne troppene. Han utmerket seg i kampene og steg raskt i gradene. Etter kampene ved Speyer og Mainz ble han i juli 1793 utnevnt til kaptein, og i august tre uker senere ble han av soldatene i regimentet stemt frem til graden oberstløytnant. Avansementet ble først bekreftet av krigsministeriet året etter, og den 8. februar 1794 ble han bataljonssjef. Forfremmelsen skjedde mens Bernadottes 36. regiment var på marsj fra Rhinen mot kysten av Belgia. De kjempet mot britiske styrker ved Wervik og Menen og truet med å avskjære britene fra deres base ved Oostende.
Bernadotte avanserte til oberst den 4. april 1794 og fikk kommando over 71. halvbrigade (fransk: demibrigade, en sammensatt brigade hvor halvparten var profesjonelle og halvparten frivillige), et resultat av krigsminister Lazare Carnots reformer. Bernadottes styrke ble overført til Sambre- og Meuse-arméen. De første trefningene gikk dårlig, og Bernadotte måtte oppildne sine menn da de begynte å flykte for fienden.
Bernadottes styrker utmerket seg særlig ved det avgjørende slaget ved Fleurus den 26. juni 1794, hvorpå han «for tapperhet og lysende bragder» på general Jean-Baptiste Klébers begjæring ble utnevnt til brigadegeneral. Etter beleiringen av Maastricht i oktober samme år og slaget ved Aldenhoven ble Bernadotte den 22. oktober 1794 utnevnt til divisjonsgeneral, den høyeste permanente grad i revolusjonsarméen. I motsetning til de fleste av datidens hærførere utmerket Bernadotte seg ved sin respekt og omtanke for sivilbefolkningen. Han holdt streng disiplin med sine styrker for å hindre plyndring.
Bernadottes korrespondanse fra felttoget i 1795 viser hans omsorg for soldatenes velferd, spesielt for matforsyningen, som tidvis var problematisk, men også for pleien av syke og sårede. Han ga blant annet detaljerte anvisninger for hvordan militærsykehusene skulle drives og hvordan pasientene skulle pleies – noe som var svært uvanlig for den tidens generaler.
I 1795 deltok han i fortsatte operasjoner med Sambre- og Meuse-arméen. I desember 1795 inntok hans styrker Bad Kreuznach. Noen av soldatene forsøkte å plyndre, men Bernadotte holdt streng justis og sørget for at skyldige ble straffet og at hushold som ble plyndret fikk erstatning.
Etter vinteropphold i Boppard gikk Bernadottes styrker den 11. juni 1796 over Rhinen ved Neuwied. Etter innledende østerriksk motstand rykket han frem til Darmstadt og Nürnberg. Ordren fra Jean-Baptiste Jourdan var å innta Regensburg. Styrkene befant seg ved Deining i Landkreis Neumarkt i Oberpfalz da de 22. august 1796 ble angrepet av overlegne østerrikske styrker og måtte trekke seg tilbake. Retretten med en opptil fire ganger så stor østerriksk styrke i hælene var Bernadottes første store strategiske utfordring, og han løste den med ubetydelige tap. Sammen med andre generaler var Bernadotte oppgitt over Jourdans mislykkede strategi. Da Jourdan presset frem et slag mot østerrikske styrker ved Würzburg 3. september 1796, meldte Bernadotte seg syk.
Etter retretten fra Bayern befant de franske styrkene seg på vestsiden av Rhinen. Mens Bernadotte høsten 1796 var guvernør i Koblenz, ble han av en fransk avis anklaget for å ha tillatt plyndring i Nürnberg under felttoget. Bernadotte ble rasende. Han var stolt av sin strenge disiplin og forlangte å bli fristilt så han kunne reise til Paris og møte anklagerne. Krigsminister Carnot ønsket ingen ilsk general i Paris, og samtidig trengte de franske styrkene i Italia forsterkning. Carnot løste derfor i begynnelsen av 1797 to problemer ved å beordre Bernadotte til å føre en armé mot Lombardia for å støtte Napoléon Bonaparte i felttoget mot østerrikerne.
Med to divisjoner, totalt rundt 20 tusen mann, marsjerte Bernadottes styrke via Dijon, Lyon og Chambéry mot passet ved Mont Cenis, derfra til Susa i Piemonte og videre til Torino. Den store styrkens marsj gjennom Alpene midt på vinteren, i snøstorm, ble i ettertid ansett som en bemerkelsesverdig prestasjon. Den 22. februar 1797 nådde styrkene Milano, hvor de ble kjølig mottatt. Bernadotte ble så forarget over byens militærkommandant, oberst Dominique Dupuy, at han lot mannen arrestere for uforskammethet og ordrenekt. Det var et forståelig men uheldig trekk av Bernadotte, da Dupuy var en nær venn av Bonapartes stabssjef general Berthier.
Napoléon Bonaparte tok allikevel vel imot Bernadotte og var imponert over troppenes holdning etter den lange og slitsomme marsjen. Bernadotte fikk kommando over 4. divisjon, som utgjorde arméens høyre flanke i fremrykkingen mot østerrikerne. Første ildprøve var krysning av elven Tagliamento, hvor Bernadotte ved en krigslist overrasket østerrikerne og imponerte Bonapartes adjutant. Den neste seieren i erobringen av grevskapet Görz og Gradisca kostet Bernadottes styrker dyrt. Ved et frontalangrep på Gradisca d'Isonzo mistet han 500 mann. Bonaparte anså tapet som unødvendig, mens Bernadotte mente at grunnen var uklare ordrer fra Bonaparte.
Bernadotte forfulgte en kroatisk divisjon og inntok Postojna, hvor hans styrker nok en gang fikk heder fra innbyggerne for svært korrekt opptreden. Ved okkupasjonen av Krain fikk Bernadottes styrker kontroll over kvikksølvgruven i Idrija, som han konfiskerte etter ordre fra Bonaparte. Det gav Bonaparte en fjerdedel av 3 millioner franc, mens Bernadotte fikk 50 000 franc, begynnelsen på hans store private formue. Fra Laibach (dagens Ljubljana) via Klagenfurt fulgte Bernadotte etter Bonaparte inn i Steiermark. De møttes på Eggenberg slott ved Graz, hvor Bonaparte drev fredsforhandlinger. Bernadotte fikk der en første innføring i europeisk maktpolitikk. Etter en våpenhvile undertegnet 18. april 1797 begynte de franske styrkene å trekke seg ut av Steiermark, og Bernadotte ble utnevnt til guvernør i provinsen Friuli med hovedkvarter i Udine. Denne stillingen ga ham for første gang et utstrakt administrativt ansvar over både militære og sivile.
I august 1797 beordret Bonaparte Bernadotte til Paris. Den offisielle grunnen var å overlevere erobrede faner til direktoriet. Reelt var hensikten dels å smigre Bernadotte, dels å få en alt for selvstendig kommandant vekk fra sine tropper, men også å få rapporter om den politiske utviklingen. Støtte til det såkalte fructidorkuppet 4. september 1797 kan også ha vært en faktor. Bernadotte forholdt seg imidlertid avventende og støttet ikke kuppmakerne. Under sitt opphold i Paris ble Bernadotte introdusert for den politiske og sosiale eliten, blant dem Germaine de Staël, som han senere holdt tett kontakt med.
Napoléon Bonaparte intrigerte for å unngå å få Bernadotte tilbake til Italia. Bernadotte ble utnevnt til øverstkommanderende i Sør-Frankrike, men han frasa seg stillingen og vendte i oktober tilbake til Udine. For å rådføre seg med Bernadotte inviterte Bonaparte ham og hans høyeste stabsoffiser, general Sarrazin, til middag i sitt hovedkvarter i Villa Manin 14. oktober 1797. Et utbrudd fra Bernadotte førte til at Bonaparte ydmyket ham i gjestenes påhør ved å beskylde ham for manglende klassisk militærkunnskap. Fornedrelsen gjorde et dypt inntrykk på Bernadotte og førte til at han utover vinteren leste mengder av bøker om krigsteori og historie. Hendelsen kan også ha bidratt til det varig anspente forholdet mellom Bernadotte og Bonaparte.
Freden i Campo Formio 18. oktober 1797 avsluttet den første koalisjonskrigen, og Napoléon Bonaparte forlot Italia. Frankrike planla en invasjon av Storbritannia, og i den forbindelse ble styrken i Italia redusert. Bernadotte mistet deler av sin divisjon, noe han reagerte sterkt mot. Derfor forlangte han overføring til koloniene eller til en invasjon av India. Ved årsskiftet ble han av direktoriet utnevnt til øverstkommanderende på Korfu. Bernadotte begynte straks å forberede seg, men som følge av intrigene rundt Bonaparte ble beslutningen omgjort, og han ble i stedet utnevnt til øverstkommanderende i Italia. Bernadotte var selv meget fornøyd, men Bonaparte så seg ikke tjent med ham som sin etterfølger. Derfor rådet han utenriksminister Talleyrand til heller å utnevne Bernadotte til fransk ambassadør i Wien.
Den 11. januar 1798 ble Bernadotte utnevnt til Frankrikes ambassadør i Wien, på den tiden det franske diplomatiets viktigste og høyest ansette post. Bernadotte anså utnevnelsen som en besynderlighet, grensende til en fornærmelse, men den bitre pille ble sukret med en høy lønn. Han fikk 144 tusen franc i årslønn og rundelig dekket reisen, med et slag ble formuen hans tredoblet. I Østerrike var bestyrtelsen over Bernadottes utnevnelse stor, og den franske utenriksminister Talleyrand mottok et protestbrev, men Bernadotte med følge var allerede ankommet Wien. Det var vanskelig å få leid et hus for ambassaden, men til sist fikk de Palais Caprara-Geymüller i Wallner Strasse 8. Den 2. mars 1798 var Bernadotte i audiens hos keiser Frans II og gjorde et godt inntrykk på det østerrikske hoffet.
Østerrike hadde etter den franske revolusjonen vært Frankrikes bitreste fiende, og styresmaktene i Wien anså fredstilstanden kun som midlertidig. Den franske ambassadøren ble derfor nøye overvåket av Wiens politi. Bernadottes omgang var svært begrenset, det var mange franske rojalister i eksil som han ikke ønsket å møte, og bortsett fra rideturer i parken Prater holdt han seg stort sett i ambassaden. I sin stab hadde han fiolinisten Rodolphe Kreutzer; blant de få lokale besøkende var komponisten Johann Nepomuk Hummel og dennes venn, komponisten Ludwig van Beethoven.
I tillegg til et fiendtlig vertsland var flere i ambassadens stab fanatiske republikanere, noe som begrenset Bernadottes handlingsrom. En i staben var også polsk, noe som var svært delikat og tildels utfordrende for vertslandet på grunn av Østerrikes medvirkning til delingen av Polen. Wienerpressen spekulerte også over at ambassadøren forbød personalet å bruke kokarde offentlig for å unngå å provosere, noe som kom direktoriet i Paris for øre. Utenriksminister Talleyrand sendte et brev som Bernadotte sannsynligvis tolket som en korreks. I tiden etter fruktidorkuppet med dens økte republikanske fanatisme kunne en mistanke om manglende revolusjonær glød være farlig, og Bernadotte svarte med et brev hvor han ba seg frabeordret fra posten som ambassadør.
Sannsynligvis som følge av Talleyrands brev lot Bernadotte den 13. april 1798 heise det franske flagget fra ambassaden. Reaksjonen kom raskt, en mobb samlet seg og knuste ruter. Situasjonen utviklet seg til det verre da Bernadotte selv kom ut på gaten og på et for folkemassen uforståelig språk truet dem med sabel. Mobben ødela vogner, rev ned og brente flagget, og forsøkte også å trenge inn i ambassadebygningen. Det tok over 5 timer før østerrikske tropper ankom og orden kunne opprettes.
Bernadotte avviste østerrikernes beklagelser og forlot byen to dager etter. Hans opphold i Wien og avreise ble ivrig kommentert, både av østerrikerne og deres allierte, spesielt britene. Den østerrikske diplomaten Franz Maria von Thugut så Bernadottes handling som en provokasjon for å innlede en ny krig. Bernadotte derimot anså Wien som en forvisning, samtidig som han var pålagt å gjennomføre en strikt iakttagelse av respekt for republikken og dens symboler. Det viktigste resultatet av Bernadottes flaggheising var kanskje den britiske ambassadørens rapport hjem. Den medførte at en britisk marinestyrke oppgav blokaden av Cádiz og seilte inn i Middelhavet, noe som i sin tur ledet til slaget på Nilen, som endte med britisk seier.
Etter å ha kommet tilbake til Frankrike ble Bernadotte tilbudt en ny diplomatisk stilling som minister (sendemann) i Holland. Det var en svært viktig post, men Bernadotte avslo fordi han hadde fått nok av diplomatiet. Uten noen militær kommando holdt han seg en tid i ro. Han leide et hus i Sceaux om lag en mil sør for Paris, og med en liten stab fortsatte han å utdanne seg ved flittig lesing. Han tok turer inn til Paris og besøkte gjerne Joseph Bonaparte, som han var blitt kjent med i Italia. Han var også i kontakt hos direktoriet i Palais du Luxembourg.
Hos Joseph Bonaparte møtte han Désirée Clary, en kjøpmannsdatter fra Marseille; hennes eldre søster Julie var gift med Joseph Bonaparte. Den 17. august 1798 giftet han seg med Désirée. Giftermålet skapte til en viss grad bånd mellom slektene Bonaparte og Bernadotte. I tillegg til å være politisk gunstig for Bernadotte hadde Désirée også en betydelig medgift. Désirée flyttet først inn i huset i Sceaux, men fant raskt ut at det var for langt fra sosietetslivet i Paris. Et par måneder etter flyttet paret Bonaparte til et lite hus på rue Cisalpine (i dag rue de Monceau), nær Josephs og Julies hus.
Ved utløpet av Bernadottes permisjon i oktober 1798 ble han beordret til å ta kommando over en divisjon ved Gießen øst for Rhinen, hvor han igjen var nøye med å ikke pålegge sivilbefolkningen unødige byrder. Han viste også stor interesse for byens universitet og ble i takknemlighet tildelt et æresdoktorat fra Justus-Liebig-Universität Gießen. Bernadotte satte stor pris på denne for en general uvanlige utmerkelse, spesielt fordi han hele livet var svært interessert i vitenskapelige og kunstneriske institusjoner.
Désirée var gravid og ble igjen i Paris, hvor hun fødte sønnen François-Joseph-Oscar. I november 1798 ble Bernadotte innkalt til Paris og tilbudt kommandoen over styrkene i Italia. Året før ville han ha takket ja, men nå var han mer forsiktig og satte opp en liste med de ekstra tropper og administrative rammer han mente var nødvendig for å løse oppgaven. Det endte med at krigsminister Schérer selv tok kommandoen, og Bernadotte ble sendt tilbake til Rhinområdet. Den 5. februar ble han sjef for observasjonsarméen, en styrke som skulle støtte Mainzarméen (senere kalt Donauarméen) under Jourdan og Helvetiaarméen under André Masséna.
I mars 1799 brøt krigen igjen ut mellom Frankrike og den andre koalisjonen ved Rhinen. Med mangel på tropper og dårlig organisering fra direktoriet gikk krigen dårlig for Bernadotte, tillike ble han syk i begynnelsen av april. Etter noen ukers rekonvalesens i Tyskland returnerte han til Paris i juni 1799 midt i de politiske intrigene rundt direktoriet. Han ble av Paul Barras tilbudt kommando over alle væpnede styrker i Paris. På tross av at han ble rådet av sine adjutanter og Joseph Bonaparte til å støtte statsomveltningen, holdt Bernadotte seg utenfor kuppet 18. juni 1799, som han hadde gjort ved kuppet 4. september 1797.
Etter kuppet kom Bernadottes grundige gjennomgang av styrkene i Italia til sin rett. Felttoget der under Schérer hadde gått elendig, og brødrene Bonaparte overtalte Emmanuel-Joseph Sieyès til å utnevne Bernadotte til krigsminister (minister for landstridskreftene). Etter sterke innledende protester aksepterte han og tiltrådte den 2. juli 1799. I praksis ble Bernadotte med denne stillingen øverstkommanderende for de franske styrkene. Bernadotte arbeidet energisk med å omorganisere arméen, som da hadde lidd flere nederlag. Blant tiltakene var utnevnelsen av generaler som var blitt avsatt som følge av politiske intriger. For å styrke stridsmoralen arbeidet han for at styrkene skulle få bedre mat og klær og regelmessig betaling av lønn, tiltak som han var vel kjent med fra sin egen tid som soldat. Han skrev entusiastiske innlegg i avisene, noe som også bidro til at mange veteraner meldte seg til ny tjeneste. Bernadotte viste også stor interesse for sanitetstjenesten og innførte en rekke tiltak for å forbedre den, som jevnlige inspeksjoner av militærsykehusene.
Bernadotte hadde ofte et anstrengt forhold til de andre ministrene. En gang truet han finansministeren med sabel da han fikk høre at det ikke var penger til å betale lønninger og leverandører. Samtidig var flere av kollegene imponert over hvordan han behersket detaljer, og hvordan han fikk frem forsterkninger som gjorde at en britisk-russisk landstigning i Nederlandene ble slått tilbake. På denne tiden var det stor misnøye med det franske styret under direktoriet. Bernadotte var blant de skarpeste kritikerne, med sympati for de venstreekstreme nyjakobinerne. I det pågående politiske intrigespillet ble han avsatt fra embetet den 14. september samme år gjennom et listig trekk av Sieyès, som fryktet at Bernadotte var med og planla et nytt statskupp.
I oktober 1799 vendte Napoléon Bonaparte tilbake fra Egypt og ble entusiastisk mottatt av de fleste i Frankrike. Men Bernadotte var opprørt over at han hadde forlatt sin styrke uten en ordnet kommandooverføring til general Jean Baptiste Kléber. Han anså det som så klanderverdig at Bonaparte burde stilles for krigsrett og tok det opp med Barras, men ble avvist. Først ti dager etter Bonapartes ankomst dro Bernadotte, etter påtrykk fra Joseph og Désirée, til Bonapartes losji for et første treff etter leksjonen i Campo Formio. Møtet gikk dårlig, og i dagene fremover avviste Bernadotte følere fra Bonaparte om støtte ved et statskupp.
I ettertid hevdet Germaine de Staël at den eneste som kunne ha reddet republikken var Bernadotte. Hverken fra direktoriet eller nasjonalforsamlingen fikk han noen oppfordring om å stoppe kuppmakerne. Han forholdt seg passiv da Bonaparte iverksatte kuppet den 18 brumaire år VIII (9. november 1799) og i praksis innsatte seg selv som diktator. Etter Bonapartes kupp fryktet Bernadotte for represalier, og sammen med Désirée søkte han derfor noen dager tilflukt hos general Sarrazin. Brumairekuppet markerte slutten på Bernadottes rolle som en faktor i fransk politikk, som fra da frem til 1814 ble kontrollert av Napoléon Bonaparte.
På tross av manglende støtte til kuppet lå det i Bonapartes interesse å stå på god fot med ledende menn fra ulike deler av landet, og Bernadottes militære og administrative kunnskaper ble derfor benyttet. Bernadotte ble i januar 1800 medlem av det nyskapte statsrådet (fransk: Conseil d'état), en stilling han aktivt fulgte opp i tre måneders tid. Før Bonapartes avreise i mai 1800 til det italienske felttoget ble Bernadotte 18. april 1800 utnevnt til sjef for vestarméen. Med hovedkvarter i Rennes var oppgaven å slå ned opprøret i Vendée og møte eventuelle britiske landstigninger. Bernadotte trodde ved utnevnelsen at oppdraget var viktig. Men selv om britene rett etter ankomsten faktisk forsøkte en landstigning, kom den daglige tjenesten til å bestå i å jage lokale rojalistiske opprørere, kalt «les Chouans». Sentralt sto brødrene Cottereau, og lederen Jean Cottereau fikk tilnavnet «Chouan», avledet av det bretonske ordet for nattugle. Bonaparte instruerte ved avreisen Bernadotte om å overta makten om han skulle falle under felttoget i Italia.
Formelt var Bernadotte kommandant over vestarméen til langt ut på våren 1802, men han tilbrakte lange perioder i Paris, der han fremdeles satt i statsrådet. I denne tiden ble det avdekket flere komplotter mot Bonaparte, som kunne synes å involvere Bernadotte. Han ble frikjent for mistanker, men mistanken og hans kritiske omtale av Napoléons styre bidro til at forholdet mellom dem tidvis var svært anstrengt. Den 30. oktober 1800 solgte paret Bernadotte huset i rue Cisalpine og kjøpte i stedet La Grange la Prévôte, 35 km sørøst for Paris, ved Savigny-le-Temple. Mens Désirée ofte foretrakk å bo hos sin mor eller søster i Paris, var herregården Bernadottes foretrukne oppholdssted når han var i Frankrike.
Mot slutten av november 1800 blusset krigen igjen opp, og Bernadotte håpet å få en kommando. Men etter general Jean Victor Marie Moreaus seier den 3. desember 1800 i slaget ved Hohenlinden ble den andre koalisjonskrigen avsluttet med Freden i Lunéville. Blant de litterære salonger Bernadotte søkte når han var i Paris, var Juliette Récamiers. Da hennes far urettmessig ble anklaget for å spre rojalistpropaganda, bisto han ved å gå i forbønn hos Napoléon Bonaparte. I slutten av april 1801 var han endelig tilbake ved vestarméen; han håpet å lede en fransk invasjon av Storbritannia. Ryktene om det hadde også nådd London.
Høsten 1801 ble det imidlertid klart at det ikke ble noen fransk invasjon av Storbritannia. I stedet fikk han tilbud om å bli ambassadør i Konstantinopel eller generalguvernør på Guadeloupe (De vestindiske øyer), noe han avviste. Misnøyen blant mange offiserer og politikere over Napoléon Bonapartes stadig mer dominerende stilling ble ikke mindre med hans forsoning med den katolske kirken ved konkordatet av 1801.
Våren 1802 bodde han mye på herregården La Grange og reiste ofte inn til Paris. Det var en periode med politisk uro, og Bonaparte og hans støttespillere var usikre på Bernadottes lojalitet. Sammen med flere andre offiserer ble han nøye overvåket av det hemmelige politiet. Med andre høyere offiserer og politikere diskuterte Bernadotte mulige lovlige fremgangsmåter for å avsette Bonaparte. At Bernadotte ble knyttet til et komplott mot Bonaparte med utgangspunkt i Rennes (fransk: complot des libelles), satte ham i en vanskelig stilling. Bonaparte anså seg best tjent med å få Bernadotte vekk og tilbød han å bli generalguvernør i Fransk Louisiana. Etter å ha rådført seg med La Fayette, stilte Bernadotte som betingelse at han skulle få med tre tusen gode nybyggere og tilsvarende soldater, hvilket Bonaparte avviste.
I desember 1802 begynte Bonapartes irritasjon over Bernadotte å nå en grense, men utenriksminister Talleyrand tilbød Bernadotte å bli Frankrikes sendemann (ambassadør) i USA. Den offisielle utnevnelsen kom 21. januar 1803 med ordre om snarest å begi seg dit, men Bernadotte drøyde, noe som førte til at en rasende Bonaparte den 1. april instruerte Bernadotte om å avreise neste dag. Det drøyde imidlertid til begynnelsen av mai før paret Bernadotte var i havnebyen La Rochelle, og første skip med plass avseilte først to uker senere. I mellomtiden ble freden i Amiens brutt, og landet var igjen i krig med Storbritannia. Bernadotte skrev til Bonaparte at han i lys av omstendighetene ikke kunne reise og stilte seg til tjeneste for felttog.
Bernadotte var deretter uten oppdrag på La Grange i nær et år. Bonaparte var forbitret over hva han anså som nonchalant håndtering av ambassadørposten i Washington. Da Lucien Bonaparte ble beordret i eksil, avla han Bernadotte et langt besøk før avreisen, så i april 1804 var Bernadotte fremdeles blant generalene som var kritiske til Bonaparte. I begynnelsen av mai 1804 ble imidlertid Bernadotte innkalt til Bonaparte. Han ankom med bange anelser, men Bonaparte ønsket å ha ham på sin side, noe Bernadotte gikk med på.
Bernadotte aksepterte Bonapartes tilbud og underkastet seg. I et brev til Lucien skrev han at «noen annen ære enn hos ham, med ham, gjennom ham, og dessverre, for ham» ikke fantes. Bernadotte ble den 14. mai 1804 utnevnt til guvernør og øverstkommanderende i kurfyrstedømmet Hannover. Etter at Napoléon Bonaparte utnevnte seg selv til keiser, ble Bernadotte sammen med ni andre generaler utnevnt til marskalk av Frankrike.
Bernadotte ankom Hannover den 17. juni 1804 og ble vel mottatt; ryktene hadde gått om ham og hans soldaters disiplinerte opptreden ved Rhinen. I løpet av få uker ga Bernadotte både lokal administrasjon og Universitetet i Göttingen klare tegn på en mer rettferdig forvaltning enn hva forgjengerne hadde stått for. Bernadottes gode omdømme må sees i lys av hans offiserskollegers fremferd, det var på denne tiden vanlig for franske generaler å berike seg på flere måter i okkuperte områder.
Den britiske kongen Georg III var også konge over Hannover. Britene fulgte derfor nøye med fra det nøytrale Hamburg, ved diplomaten George Rumbold. Bernadotte fikk ordre fra Napoléons politiminister Joseph Fouché om å pågripe Rumbold, da han var mistenkt for å være britenes spionleder i Tyskland. Det var en enkel operasjon for de franske styrkene, men vakte stor oppstandelse, og Rumbold ble senere satt fri etter prøyssisk påvirkning. I sin propaganda gikk britene hardt ut mot Bernadotte, men underhånden erkjente de at Rumbold var blitt behandlet hensynsfullt.
I desember 1804 var Bernadotte i Paris for å delta ved kroningen av Napoléon som keiser. Bernadottes forsoning med Napoléon ga et rikt utbytte. I tillegg til økt lønn fikk paret Bernadotte overta huset til general Moreau i rue ďAnjou 28, etter at Moreau ble sendt i eksil. Bernadotte returnerte til Hannover i midten av februar 1805. Vinteren 1804 og våren 1805 lindret han en hungersnød ved organisering av kornimport. På forsommeren 1805 kom Désirée til sin mann i Hannover, hun likte seg der, men oppholdet ble kortvarig. I 1805 ansatte Bernadotte barndomsvennen Louis Marie de Camps som sin sekretær og fortrolige. Tiden i Hannover var en milepæl for Bernadotte, det var første gang han over lengre tid virket selvstendig for en større enhet og administrerte både militære og sivile.
I august 1805 oppgav Napoléon planene om invasjon av Storbritannia og sendte sin Grande Armée østover mot den tredje koalisjonen. Bernadotte ble den 29. august beordret til å føre 15 000 av sine soldater fra Hannover til Würzburg. Der skulle han møte hovedstyrken fra Frankrikes bayerske allierte med 20 000 soldater, og de to styrkene skulle danne I. korps med Bernadotte som sjef. I den franske fremrykkingen skulle Bernadottes I. korps danne venstre fløy og avskjære mulig retrett for den østerrikske hovedstyrken under general Mack, i det som senere ble kjent som Ulm-felttoget.
Bernadottes styrker holdt god disiplin tross den slitsomme marsjen, 350 km på ti dager. Fra Würzburg gikk ferden via Ansbach til Eichstätt og Ingolstadt. Ansbach tilhørte det nøytrale Preussen, og den franske nøytralitetskrenkelsen ble av Bernadotte gjennomført med så lite belastning for lokalbefolkningen som mulig. Den 12. oktober gikk Bernadottes styrke inn i München, tok 1500 fanger og avventet et mulig angrep fra Mikhail Kutuzovs styrke for å unnsette Mack.
Etter den franske seieren ved Ulm-felttoget ble Bernadottes styrker fra den 26. oktober 1805 sendt mot general Kutuzovs russiske armé. Den 30. oktober inntok de Salzburg. Hans korps ble deretter beordret nordover mot Melk, for der å krysse Donau og kjempe mot Mikhail Kutuzovs styrke. Det var umulig for Bernadotte å krysse Donau så raskt som Bonaparte forlangte, og Kutuzovs armé unnslapp. Det gjorde Bonaparte rasende. I et brev til broren Joseph skrev han: «Bernadotte har klart å miste en dag for meg, og på én dag henger verdens skjebne.»
Etter kryssingen av Donau drev Bernadotte sitt korps nordover og etablerte kvarter i Iglau, da det var klart at et avgjørende slag kom til å bli utkjempet i Mähren. Den 29. november 1805 ble den franske delen av hans korps beordret mot den lille byen Austerlitz. Bonapartes plan var å lokke fienden til å angripe noe de trodde var en mindre styrke. Bernadottes I. korps ble holdt tilbaketrukket, men gjorde en viktig innsats da de 2. desember 1805 ble satt inn i slaget ved Austerlitz. Napoléon var svært fornøyd med Bernadottes bidrag til seieren, og etter den fransk-østerrikske fredsavtalen i Pressburg ble han utnevnt til guvernør i Ansbach.
I Ansbach gjorde Bernadotte igjen et bra inntrykk som rettferdig administrator. På denne tiden begynte Napoléon å dele ut landområder til slektninger og nære medarbeidere, og mange forventet at Bernadote skulle bli utnevnt til hertug av Ansbach. I stedet ble han den 6. juli 1806 utnevnt til fyrste av Pontecorvo i Italia. Paret Bernadotte besøkte aldri Pontecorvo, og inntektene derfra var såpass sparsomme at Bonaparte garanterte et visst tilskudd. Utnevnelsen vakte likevel misunnelse blant mange av Napoléons marskalker og generaler.
Høsten 1806 brøt krigen igjen ut, og Bernadotte fikk på ny kommando over I. korps i felttoget mot Preussen. Han skulle samle sine 21 000 mann ved Nürnberg og derfra være fortropp i fremrykkingen mot Leipzig i Sachsen (Preussens allierte) og til sist Berlin. I midten av oktober 1806 tilbakela Bernadottes I. korps 120 km i vanskelig skogsterreng og var langt foran de andre styrkene, noe som ga ham en dårlig utgangsposisjon da Napoléon endret stridsplan. Det ble ikke bedre av at Napoléons stabssjef Berthier ga uklare ordrer og at forholdet mellom marskalkene Davout og Bernadotte, som opererte nær hverandre, ikke var det beste.
Da kampene begynte den 14. oktober, valgte Bernadotte å forsøke å nå Napoléons styrke ved Jena i stedet for å støtte marskalk Louis Nicolas Davouts kamp mot overlegne prøyssiske styrker ved Auerstedt. Det førte til at Bernadottes I. korps uteble fra det som senere ble kjent som slaget ved Jena-Auerstedt eller «dobbeltslaget». Ifølge Napoléons memoarer undertegnet han rett etter slaget en ordre om krigsrett mot Bernadotte, men lot den ligge ved tanke på familiens, dvs Joseph, Julie og Désirées reaksjon, Bernadottes innsats de følgende dagene var også formildende. Mye tyder på at feilen lå hos Napoléon selv, planleggingen var svært sentralisert, og marskalkene hadde ikke selv oversikt over strategien. Når så Napoléon og hans stabssjef Berthiér hadde gjort en så alvorlig feil, var det viktig å finne en syndebukk, i dette tilfelle Bernadotte, så myten om Napoléons ufeilbarlighet kunne vedlikeholdes.
Bernadotte opptok forfølgelsen av fienden, og tre dager senere lyktes det ham å overrumple de prøyssiske styrkene ved Halle. Den første uken etter dobbeltslaget tilbakela hans styrker 150 km i ilmarsj over slettene i Nord-Tyskland. Bernadottes I. korps gikk over Elben den 22. oktober, inntok Brandenburg tre dager etter, og stormet den 6. november Lübeck, der Gebhard Leberecht von Blücher dagen etter ble tvunget til å kapitulere og overga seg. De franske soldatenes herjing i det de antok var en fiendtlig by var fryktelig. Bernadotte tok grep om de styrker som var underlagt ham og beordret dødsstraff for plyndring, noe han i ettertid både ble takket og belønnet for av byens senat.
Den 6. november 1806 kom Bernadotte for første gang i kontakt med svenske tropper. På elven Trave overrasket og tok han til fange en liten svensk styrke på rundt 1 000 mann, som etter retrett fra Lauenburg befant seg på vei hjem.
Fangene ble behandlet vel og ble siden på den franske marskalkens ordre sendt videre til hjemlandet. De svenske soldatenes sjef, oberst Gustaf Fredrik Mörner, ble innkvartert hos Bernadotte i påvente av hjemsendelse, og marskalken var nysgjerrig på skandinaviske forhold. Den svenske styrken ble imponert av Bernadotte, etter god forpleining ble de hjemsendt til Östergötland. Ved hjemkomsten fortalte de hvor fornøyd de selv og innbyggerne av Lübeck var med fyrsten av Pontecorvo.
Selv om Preussen var slått fortsatte Russland krigen, og Bernadotte fikk ordre om å forlate Lübeck med I. korps mot Thorn via Posen så snart som mulig. På tross av kraftig sludd marsjerte styrken 200 km på 35 timer. Ved ankomst til Thorn ble han velvillig mottatt av Napoléon og fikk kommando over den venstre flanken av la Grande Armée, med marskalkene Michel Ney og Jean-Baptiste Bessières under seg. I over to måneder kjempet Bernadottes styrker mot den tyske generalen Levin August von Bennigsen, som ledet de russiske styrkene, i et område som Bernadotte beskrev for sin svoger Joseph Bonaparte som «det verste i verden».
Bernadottes styrker utmerket seg i stridigheter i desember 1806 langs veien mellom Thorn og Grodno, men det var dårlig med proviant, og Bernadotte presset på Napoléon for å få tillatelse til å gå i vinterkvarter. Bennigsens styrker fortsatte å kjempe tross vinteren og angrep overraskende ved Osterode. Kun en rask reaksjon fra Bernadotte gjorde det mulig for ham å slå Bennigsen i slaget ved Mohrungen den 25. januar 1807.
I januar 1807 forsøkte Napoléon å lure Bennigsen i en felle, men de russiske styrkene fanget en rekke av de franske kurérene, og han trakk seg i stedet tilbake mot nordøst i retning Königsberg. Det førte til at Bernadottes I. korps var uten ordrer i en uke og derfor ikke ble satt inn i slaget ved Eylau. I ettertid ble Bernadotte klandret av Napoléon for at hans styrker ikke deltok. Under selve felttoget innså staben ved hovedkvarteret at Bernadotte ikke kunne lastes; feilen lå hos Berthier, som var uforsiktig med utsendelse av ordrer. Et par uker etter Eylau skrev Napoléon til Bernadotte og omtalte respektfullt hans omtanke for I. korps, og senere på vinteren ble Bernadotte meddelt at hans bror i Pau hadde fått en pensjon og blitt tildelt æreslegionen.
Bernadotte etablerte hovedkvarter på slottet Schlobitten i mars 1807, og uventet kom Désirée på besøk, en reise på 1300 km på dårlige vinterveier. I begynnelsen av juni angrep Bennigsens styrker Bernadottes I. korps ved Elbląg. Bernadotte skyndte seg til Spanden, hvor korpset 4. juni slo tilbake en rekke angrep fra prøyssiske tropper. Dagen etter, mens han oppildnet forsvarerne av det franske brohodet ved Spanden, ble han truffet av en kule i halsen og alvorlig såret. Han ble ført tilbake til Marienburg, og med pleie av leger og Désirée kom han på bedringens vei. Grunnet skaden var Bernadotte fremdeles syk under det avgjørende slaget ved Friedland, men ved festlighetene rundt markeringen av freden i Tilsit var Bernadotte såpass frisk at han kunne delta.
Etter freden i Tilsit i juli 1807 ble han samme måned utnevnt til guvernør over hansabyene Hamburg, Bremen og Lübeck, med hovedkvarter i Hamburg. Napoléons ordre var å innordne Nord-Tyskland i kontinentalblokaden ved å sperre havnene for handel med Storbritannia og oppmuntre til handel med Frankrike. Bernadotte skulle hindre britene i å få fotfeste i Danmark og forberede en invasjon av Sverige om landet fikk ytterligere subsidier fra Storbritannia. Han forsto snart at en streng håndheving av blokaden ville bety økonomisk ruin for byene, og innbyggerne var svært takknemlige for hans fleksible praktisering av handelsforbudet. Danmark var et like følsomt spørsmål, det overraskende britiske angrepet på København og konfiskeringen av flåten fant sted knapt en måned etter Bernadottes ankomst til Hamburg. Han hadde hverken disponible tropper eller planer for assistanse til danskene. Etter Danmark-Norges allianse med Frankrike flyttet Bernadotte i oktober 1807 hollandske soldater til Jylland og spanske soldater til Fyn.
I begynnelsen av februar 1808 var Bernadotte i posisjon for å invadere Skåne i Sverige med en kombinert spansk, hollandsk, dansk og fransk styrke. På tross av Napoléons løfte til tsar Alexander om støtte i Finskekrigen forholdt Napoléon seg passiv, han ønsket ikke en rask russisk seier. I brev til Napoléons stabssjef Berthier skrev Bernadotte at han var overbevist at han kunne ta seg over Øresund, erobre det sørlige Sverige og «kanskje til og med innta Stockholm». Samtidig var han lettet over å slippe, han var ikke sikker på de spanske styrkenes lojalitet, og byrden ved å okkupere nok et land med franske styrker var heller ikke fristende.
I tiden i Hamburg holdt Bernadotte seg godt orientert om svenske forhold, og han meldte til Napoléon at det var en innflytelsesrik gruppe innen den svenske adelen som var positive til Frankrike, men hatet Danmark. Han anså det derfor som en alvorlig feilbedømming å blande seg inn i skandinavisk politikk som danskenes beskyttere. Da troppene hans ble stasjonert i Danmark, bodde Bernadotte en periode i Odense og fikk besøk der i mars 1808 av Désirée og sønnen Oscar. Hun ble ikke lenge, da hun fant Odense kjedelig, men høsten 1808 besøkte hun og sønnen sammen Bernadotte i Hamburg og ble der vinteren over.
Bernadotte selv var mismodig, på tross av inntekter fra gods han hadde fått av Napoléon i Polen, Westfalen og Hannover følte han seg tilsidesatt. Da over 9 tusen av hans spanske soldater i Danmark i august 1808 rømte med britiske skip for å slutte seg til den spanske selvstendighetskrigen, mistenkte han at det ble brukt av hans motstandere. De spanske troppenes flukt ble muliggjort ved Bonapartes direktiv om utplassering på de danske øyene. Bernadotte bar også et ansvar, siden han viste en svært stor tillit til styrkene og deres kommandant, general Pedro Caro y Sureda, marki av Romana.
I februar 1809 ble Bernadotte igjen syk. Han spyttet blod, og Désirée fikk etterhvert overtalt ham til å holde sengen. Samtidig var det nye trusler om krig med Østerrike. Bernadotte fikk ordre om å marsjere til Hannover med general Dupas franske divisjon. Deretter skulle de rykke raskt frem til Dresden, hvor Bernadotte skulle ta kommando over den saksiske arméen. Sammen med Dupas' divisjon skulle det utgjøre IX. korps av la Grande Armée i Tyskland. Bernadotte protesterte, dels var helsen dårlig, og dels var han negativ til å ha ansvar for en tysk styrke etter misforståelsene som hadde hindret ham fire år tidligere.
Bernadottes innvendinger fikk ingen aksept i Paris, og i midten av mars 1809 hadde han frisknet såpass til at han begynte på reisen til Hannover og Sachsen. Da han ankom Sachsens hovedstad Dresden i slutten av mars, viste det seg at han ikke var ventet, og han ble rasende da han fant ut at ordre til han ble sendt via Davouts hovedkvarter. Bernadotte truet igjen med å trekke seg tilbake, men det ble ikke godtatt. Mer sårende enn intrigene rettet mot Bernadotte, var det at han ble mistenkt for å være en del av inkompetansen i den franske generalstaben. Et av mange eksempler var hvordan Dresden ble uten forsvar etter Bernadottes avmarsj med de saksiske troppene. En østerriksk styrke plyndret byen to uker senere. Da Bernadottes saksiske tropper fikk vite at deres hjemland ble plyndret, mens de var i felt for Frankrike, sank stridsmoralen.
Bernadottes to saksiske divisjoner marsjerte fra Dresden den 16. april 1809. Etter stadig skiftende ordre fra Berthier var styrken ved Linz den 17. mai, og sammen med en annen tysk styrke under fransk kommando slo de tilbake et østerriksk angrep i slaget om Linz-Urfahr. Etter et par uker i Linz forflyttet styrken seg og hadde i tre uker før slaget hovedkvarter ved Sankt Pölten. Bernadottes klager ble etterhvert delvis fulgt opp, han ble tildelt general Dupas' divisjon som strategisk reserve og ble invitert til Napoléon som da residerte i slottet Schönbrunn.
Etter å ha ankommet Wien og tatt seg over pongtongbroen over Donau, nådde Bernadottes styrke den lille byen Aderklaa på ettermiddagen 5. juli 1809. Ved videre angrep mot de østerrikske stillingene ble de slått tilbake, og da Bernadotte ba om sin reserve, fikk han vite at den var avgitt til andre, noe han sterkt beklaget overfor en stabsoffiser. Han kritiserte også Napoléon for et hensiktsløst frontalangrep med tilsvarende store tap. Om morgenen den 6. juli forkortet Bernadotte frontlinjen ved en retrett fra Aderklaa, da han etter mange års erfaring med kamp mot østerrikerne regnet med at de ville gå til motangrep, noe som viste seg å stemme. Napoléons stab fikk imidlertid ikke beskjed om retretten, og Napoléon tolket det som at Bernadotte ikke fulgte ordre, noe som gjorde at forholdet dem imellom igjen ble forverret.
Bernadottes saksiske styrker betalte en høy pris for den franske seieren i slaget om Wagram. Over en tredjedel av dem ble skadet eller drept, og han forsøkte i flere dager å få bedre pleie for de sårede. Ettersom Bernadotte anså at hans styrker urettmessig ble utelatt i Napoléons bulletin om slaget, skrev han en egen dagsordre hvor han hyllet deres innsats. Da Napoléon fikk kjennskap til dette, ble han så misfornøyd at Bernadotte uken etter ble gitt tillatelse til å vende hjem «grunnet helsen». I virkeligheten var han i dyp unåde hos keiseren.
Han var tilbake hos Désirée og Oscar den 25. juli, uten oppdrag. Tre dager etter begynte britene et invasjonsforsøk av Walcheren med Antwerpen som første mål. Den 12. august fikk Bernadotte av politi- og innenriksminister Joseph Fouché, etter ordre fra Napoléon, oppdraget å lede forsvaret av keiserdømmet mot invasjonsstyrken. Situasjonen i den strategiske havnebyen Antwerpen var kaotisk ved Bernadottes ankomst den 15. august, og han organiserte omfattende forsvarsstillinger. Byen ble imidlertid aldri angrepet fordi invasjonsforsøket løp ut i sanden.
Etterpå utstedte Bernadotte en ny dagsordre hvor han priset forsvarernes mot og patriotisme. Da Napoléon fikk høre om det, mistenkte han Bernadotte og Fouché for å konspirere mot seg, og han kalte Bernadotte til seg i Wien. Etter å ha brukt 9 dager på den 1350 km lange reisen var Bernadotte den 9. oktober 1809 igjen i Wien og hos Napoléon på Schönbrunn. En meget kjølig keiser utba seg forklaring, noe Bernadotte turnerte ved elskverdige og imøtekommende svar. Napoléon ønsket ham imidlertid vekk fra Paris og tilbød ham å bli generalguvernør i Roma. Bernadotte avviste ikke tilbudet, men ba om og fikk innvilget en tids sykepermisjon, som han ønsket å tilbringe ved et kursted. I åtte måneder etter tilbakekomsten fra Wien var han uten offisielle oppgaver og i halvveis unåde. Hans modus vivendi med Bonaparte fra 1804 hadde nådd sin grense.
I 1809 gjorde svenske offiserer opprør mot kong Gustav IV Adolf etter nederlaget mot Russland i finskekrigen og tapet av Finland. Den avsatte kongens barnløse onkel, Karl XIII, ble valgt til ny svensk konge, og svensk utenrikspolitikk ble diametralt endret. Fra å være motstandere av Frankrike under Napoléon ble målet vennskapelige forbindelser med Europas dominerende hersker og makt. Tronfølgen ble sikret i 1810 ved at kongen adopterte en dansk prins, Christian August av Augustenborg. Christian August tok navnet Carl August som svensk kronprins, men døde brått i mai 1810, samme år som han kom til Sverige som tronarving.
Christian Augusts død skapte en vanskelig situasjon, og general Georg Adlersparre fryktet at de såkalte gustavianerne ville samle seg om den avsatte kongens sønn, prins Gustav, som ny kronprins. Adlersparre rådet Karl XIII og statsrådet til snarest å tilby tronen til den avdødes eldre bror, hertug Fredrik Kristian II av Holstein-Augustenburg og å få den franske keiser Napoléons godkjennelse. Det ble sendt to kurerer til Frankrike, den ene var friherre og løytnant Carl Otto Mörner. Mörner sympatiserte med en gruppe som anså at en fremstående franskmann kunne løfte Sverige ut av forfallet og lede en revansjekrig mot Russland.
Mörner ankom Paris 20. juni 1810. Etter at kurérmeldingen var levert, begynte han å arbeide for sitt eget forslag. En fransk venn hjalp ham å få kontakt med Jean Baptiste Bernadotte, og de møttes hjemme hos Bernadotte den 25. juni 1810. Overfor Bernadotte hevdet Mörner at han talte på vegne av mange svensker da han spurte om den franske marskalken ville bli svensk kronprins. Bernadotte var reservert, men avviste ikke tilbudet. Mörner møtte deretter general Fabian Wrede, som befant seg i Paris, og klarte å vinne hans støtte for forslaget.
Dagen etter avla Wrede en visitt hos Bernadotte, som da viste klar interesse for tanken og anslo at Napoléon ikke ville motsette seg det. Med dette svaret, og et brev hvor general Wrede lovpriste Bernadotte, forlot Mörner Paris. Etter hjemkomsten til Stockholm den 12. juli oppsøkte Mörner utenriksminister Lars von Engeström samt hovkanslern, statsråd Gustaf af Wetterstedt, som «til sin store forbauselse» fikk informasjon om forslaget til ny kronprins. Sveriges minister i Paris, friherre Gustaf Lagerbielke, fikk først etter Mörners avreise kunnskap om Mörners egenrådige handling.
Paret Bernadotte forlot Paris 26. juni for et tre ukers kuropphold i Plombières-les-Bains. Før avreisen sendte Bernadotte et brev til Napoléon om det svenske tilbudet. Keiseren var overrasket, dels hadde han ikke hørt noe annet fra den svenske ambassadøren enn at Sverige ønsket hertugen av Augustenborg, og dels mente han at andre franske marskalker var mer passende, som Eugène de Beauharnais, men han takket nei. I ukene ved kurbadet ble Bernadotte holdt godt orientert om forholdene i Sverige ved ekspresskurér, en hjelp han fikk fra takknemlige kjøpmenn i Hamburg.
Den 21. juli var Bernadotte tilbake i Paris. Det var ennå ikke avklart hvem som skulle få den svenske tronen, og han innså at han trengte en støttespiller. Han kontaktet derfor en fransk kjøpmann, Jean Antoine Fournier, som hadde bodd seksten år i Sverige. Fournier fikk i oppdrag å reise til Sverige som Bernadottes talsmann, utstyrt med medaljonger med portrett av ekteparet Bernadotte og sønnen, han ble videre instruert om å nevne Bernadottes formue. Kampanjen for Bernadotte i Sverige ble etterhvert et slags parti. Napoléon avventet med å si hvem han ønsket som svensk tronfølger, og det bidro til å holde flere muligheter åpne.
Grunnet den usikre situasjonen i Stockholm etter lynsjingen av Axel von Fersen ble Riksdagen åpnet i Örebro den 30. juli 1810. Den svenske regjeringen fastholdt etter noe nøling sitt første forslag. I stendenes hemliga utskottet var allerede den 8. august 11 av 12 representanter for hertugen av Augustenborg, kun Fabian Wrede var imot. Fourniers ankomst til Örebro og hans arbeide for Bernadottes kandidatur fikk imidlertid mange av riksdagsmennene til å endre oppfatning. At Napoléon tilbakekalte sin chargé d'affaires i Stockholm, Désaugiers, som hadde støttet Frederik VI, antydet for svenskene at Napoléon neppe ville være misfornøyd med valget av Jean Baptiste Bernadotte som svensk tronarving. En viktig faktor var også Bernadottes omfattende erfaring som leder, noe hertugen av Augustenborg manglet. Selv om eneveldet ble avskaffet i Sverige ved forfatningen av 1809, var staten fremdeles dominert av en sterk kongemakt, en rolle som den svekkede Karl XIII ikke kunne fylle.
Det hemliga utskottet holdt den 16. august 1810 en ny votering, som med 10 mot 2 stemmer godkjente valget av den franske marskalken. Den 21. august ble han av stendene under stormende jubel valgt til kronprins. Den allmenne følelse av behovet for en sterk leder med tanke på de dårlige tidene, ulykkene året før og senest anarkiet ved Axel von Fersens død, medvirket vesentlig til valget av Bernadotte. Håpet om at Sverige med en fransk marskalk som leder og med Napoléons hjelp kunne gjenerobre Finland, var også en viktig faktor. Nølende gav Napoléon sitt samtykke, og den 23. september skrev han en fullmakt for Bernadotte til å ta tittel og rang som kronprins av Sverige.
Bernadotte ble løst fra sine forpliktelser som fransk undersått og reiste fra Paris den 30. september 1810 med grev Mörner som følge. Han ankom Danmark i midten av oktober og antok den 19. oktober på det svenska konsulatet i Helsingør den lutherske tro i nærvær av erkebiskop Jakob Axelsson Lindblom, prostene Palm og Nordvall og noen svensker. Dagen etter, den 20. oktober, steg han i land i Helsingborg. Han ankom Drottningholm slott den 30. oktober 1810, hvor han for første gang møtte kong Karl XIII og dronning Hedvig Elisabeth. Kongen var avventende før møtet, men både han og dronningen ble raskt sjarmert og imponert av Bernadotte.
Den 2. november holdt Jean Baptiste Bernadotte sitt høytidelige inntog i Stockholm og mottok den 5. november i rikssalen stendenes hyllest, etter å ha avlagt troskapsed til Karl XIII og av ham blitt adoptert under navnet Carl Johan. Den landflyktige franske offiseren Charles Jean-Baptiste de Suremain, da i svensk tjeneste, skrev i sine memoarer om Bernadottes ankomst til Stockholm: «Jeg for min del ble forbløffet over hvor vel en tidligere revolusjonssoldat falt inn i prinsrollen.».
Selv enkedronning Sofia Magdalena, mor til den avsatte kong Gustav IV Adolf, omtalte den nye kronprinsen som «et lykkelig valg, en prins som er imøtekommende på alle sett». Désirée og Oscar forlot Paris i slutten av november og ankom Stockholm først den 6. januar 1811. For Désirée var byen og slottet en skuffelse, og den var gjensidig. I sin dagbok skrev dronning Hedvig Charlotta følgende: «Prinsessen er liten, ser ikke bra ut, og har ingen figur... Hennes sjenerthet gjør henne brysk... Et bortskjemt barn, men snill, vennlig og medfølende.»
I juni reiste Désirée til kurstedet Plombières-les-Bains, og planen var å returnere til Stockholm så snart helsen var bedre. Det tok imidlertid tolv år før hun igjen var tilbake i Sverige. Fra kuroppholdet reiste hun først til La Grange, deretter til huset i rue ďAjou 28 i Paris.
Karl Johan hadde gode talegaver, men lærte seg aldri å snakke svensk, noe han etterhvert angret dypt. Kongen fikk undervisning i svensk av bibliotekaren P.A. Wallmark i årene 1810–1813, men gjorde seg bare sporadisk nytte av det, og i korte perioder.
Det svenske hoffet var ved Karl Johans ankomst preget av streng etikette, noe han endret i en mer uformell retning. Endringene besto særlig i at flere representanter for det fremvoksende borgerskapet ble invitert og involvert i møter ved slottet. Hensikten var å forsterke båndene mellom kongehuset og borgerskapet. I de 26 år han regjerte ga Karl Johan 20-25 tusen audienser, i tillegg kom de audienser han ga under opphold i Norge.
Sentralt i hva som senere ble kjent som «1812-års politikk» var Karl Johans oppfatning at Sverige for å beskytte sine «naturlige grenser» på alle sider burde søke union med Norge. Deretter skulle Sverige-Norge unngå å dras inn i europeiske konflikter. Kronprins Karl Johan måtte snart tre inn som regent da Karl XIII fikk et slag mindre enn en måned etter hans ankomst til landet. Siden han var ukjent med svenske forhold og ikke kunne språket, måtte han støtte seg på dem innen samfunnslivet som behersket fransk flytende, blant dem grev Mörner, brødrene Gustaf Löwenhielm og Carl Axel Löwenhielm, hovkansleren Gustaf af Wetterstedt, general Carl Johan Adlercreutz, general Magnus Björnstjerna og general og diplomat Kurt von Stedingk.
Når det gjaldt utenrikspolitikk, var Karl Johan derimot overlegen sine rådgivere, og helt fra sin første tid i Sverige bestemte han egenrådig og ofte uten å konsultere statsrådet. Med seg til Sverige tok Karl Johan sin tvil om Napoléons styre. Tvilen ble forsterket ved at Frankrike kort etter hans ankomst tvang Sverige til å overholde kontinentalblokaden og erklære krig mot Storbritannia. Napoléons krav satte Sverige og Karl Johan i en svært vanskelig situasjon, krigen mot Storbritannia ble derfor bare et spill for å tekkes Frankrike, og handelsforbindelsene med britene ble opprettholdt i smug. Karl Johan viste raskt interesse for ideen om å styrke Sverige ved å erobre Norge, mens han var kjølig overfor det allmenne svenske ønsket om å forsøke å gjenerobre Finland. For å lykkes som tronfølger måtte han enten vinne Finland eller Norge, for å vinne Norge måtte han stå på seierherrenes side etter Napoléonskrigene, og Danmark måtte være blant taperne.
Kort etter sin ankomst til Sverige etablerte Karl Johan et hemmelig politisk politi. Bakgrunnen var dels hans erfaringer fra Frankrike, datidens mest utbygde politistat, dels Sveriges urolige historie med kongemord, statskupp og sist mordet på Axel von Fersen, men også basert på hans overutviklede mistenksomhet. En av dem som fikk unngjelde for dette, var generalmajor Gustaf Mauritz Armfelt, som urettmessig ble utvist fra landet.
Fra sine år i Frankrike hadde Karl Johan kunnskap om bank- og finansvesen og var vel kjent med fordelene ved en stabil økonomisk politikk. Han arbeidet derfor for å stabilisere de svenske finansene ved å få balanse i statens utgifter. For å få bedre tilgang til kreditt tok han initiativ til opprettelse av sparebanker etter britisk mønster, og de første sparebankene ble opprettet i 1810. Karl Johan mente at den kraftige inflasjonen var forårsaket av spekulanter og fremmede lands agenter. Han drev derfor dels en proteksjonistisk politikk med begrensning av import, dels valutaspekulasjoner med egne og statens midler for å motvirke den svenske valutaens fall mot hamburger banco.
Utover våren 1811 prøvde Karl Johan å få fransk støtte til tanken om svensk overtakelse av Norge. Napoléon var avvisende, men samtidig så interessert i Finland at Karl Johans utsending forsto at et fransk angrep på Russland ble forberedt.
Uten foregående krigserklæring besatte franske styrker Svensk Pommern i slutten av januar 1812. Det gav Karl Johan hva han trengte: et argument mot den svenske opinionens dyrking av Napoléon og dens fiendtlighet mot Russland. Det ble raskt innledet forhandlinger mellom Sverige og Russland gjennom den russiske ambassadøren Jan Pieter van Suchtelen i Stockholm og Carl Axel Löwenhielm i St. Petersburg. Forhandlingene førte til at tsar Alexander i april 1812 lovet å støtte dansk avståelse av Norge til Sverige. Til gjengjeld måtte Sverige akseptere russisk kontroll av Finland og gå med i krigen mot Napoléon. Karl Johan forsøkte også å bearbeide den britiske envoyé (ambassadør) Edward Thornton for å få britisk støtte til kravet om Norge. Karl Johan lovet blant annet at Norge ikke skulle innlemmes i Sverige, «men få indre selvstyre med egen nasjonalforsamling og egne lover».
Våren og sommeren 1812 var riksdagen igjen samlet i Örebro. Med en svært spent utenrikspolitisk situasjon fikk Karl Johan tilslutning til å opprette en vernepliktig armé, innkreve ekstra krigsskatter, øke apanasjeen og kontrollere pressen ved å innføre «indragningsmakten». Den ga myndighetene rett til å stanse en avis som kom med uønsket kritikk av den nye politikken. I teorien var indragningsmakten en kraftig begrensning av trykkefriheten, i praksis viste den seg mindre virkningsfull.
Blant de problemene Sverige sto overfor var finanskrise, med høy inflasjon og høy utenlandsgjeld. Utgiftene til finskekrigen belastet landets økonomi, og i 1809 ble Sveriges Riksbank tvunget til å forlate sølvmyntfoten. Under riksdagen i 1812 satte Karl Johan frem forslag om betalingsnekt til kreditorer i land under fransk kontroll. Forslaget var begrunnet med at Frankrike holdt tilbake svenske skip og fordringer. Dette vedtaket reduserte utenlandsgjelden fra rundt 11 millioner til om lag 4 millioner riksdaler. Under oppholdet i Örebro fikk Karl Johan vite om Napoléons invasjon av Russland. Det førte raskt til fredsslutning med Storbritannia. Storbritannia bidro også med økonomisk støtte for svensk opprustning, og det svenske kravet om Norge ble i prinsipp godtatt. I brev til Napoléon bekreftet Karl Johan Sveriges nøytralitet, det han kunne tilby tsar Alexander var en rekke brev med gode råd.
Svensk-russisk forståelse og Karl Johans internasjonale prestisje ble ytterligere befestet i de siste dagene av august 1812 gjennom et møte i Åbo mellom Karl Johan og tsar Aleksander I. Tsaren var i en meget presset situasjon på grunn av Napoléons fremgang, og han søkte Karl Johans råd som forhenværende fransk marskalk. Han foreslo å gjøre Karl Johan til øverstkommanderende for de russiske styrkene. Ved en formell avtale undertegnet under møtet ble Sverige gitt frie hender overfor Danmark, så sant britene godtok det.
Ved disse avtalene forpliktet Sverige seg til å delta i kampen mot Napoléon (senere kjent som den sjette koalisjonen), mot at Russland lovet å arbeide for at Sverige skulle få Norge. Dessuten ble det inngått en hemmelig såkalt familieavtale mellom de to fyrstene, hovedsakelig for å beskytte Karl Johans dynasti. Under møtet i Åbo antydet tsaren at Karl Johan burde bli Napoléons etterfølger, en mulighet som i det påfølgende felttoget kom til å komplisere Karl Johans strategi.
Utover høsten 1812 fortsatte Karl Johan å bearbeide britene, samtidig som han via svenske agenter forsøkte å påvirke opinionen i Norge for en sammenslutning med Sverige. I september 1812 kom Germaine de Staël og August Wilhelm von Schlegel til Stockholm og stilte seg til rådighet for Karl Johan og svensk diplomati. Selv om han hadde forutsett russisk seier, ble han overrasket over Napoléons katastrofale retrett fra Russland høsten 1812. Med et svekket Frankrike var det mulig at Russland og Storbritannia alene kunne vinne krigen, og uten svensk deltakelse ville kravet om Norge bli avvist.
Storbritannia og Russland forsøkte å få Danmark til å bryte med Napoléon, men Karl Johan bidro til å stoppe dette ved å varsle sterke økonomiske og territoriale krav ved en allianseendring. Ved å anerkjenne den avsatte spanske kongen, fjernet Sverige ved Karl Johan seg ytterligere fra Frankrike, og svenske og franske diplomater ble gjensidig trukket tilbake.
I begynnelsen av 1813 ble det tilnærming mellom Sverige og Preussen, som brøt alliansen med Frankrike. Og i mars inngikk Storbritannia og Sverige en formell allianse. Britene lovet Sverige subsidier på en million pund, og hjelp fra den britiske flåten for å ta Norge, mot at svenske styrker først ble overført til Pommern for innsats mot Napoléon. Danmark fikk imidlertid fremdeles støtte fra det innflytelsesrike Østerrike. Utenriksminister Metternich mislikte Karl Johan og så et svekket Danmark som uheldig for den fremtidige europeiske maktbalanse.
Den 17. mars 1813 beordret Karl Johan svenske tropper til Stralsund og Rügen for å gjenerobre Svensk Pommern, en fortropp til styrken på 30 000 mann som Sverige hadde lovet å sette inn mot Napoléon. Den opprinnelige svenske planen om erobring av Norge allerede samme år måtte utsettes. Napoléon hadde samlet nye styrker, og i slaget ved Lützen den 2. mai 1813 var det kun mangel på kavaleri som hindret franskmennene i å påføre de russisk-tyske styrkene et avgjørende nederlag. Den 18. mai 1813 ankom Karl Johan Stralsund, mens hans hustru Désirée fremdeles oppholdt seg i Frankrike, hvor hun forsøkte å megle mellom Karl Johan og Napoléon. Han fikk også en offisiell henvendelse fra Napoléon om fortsatt nøytralitet, men begge ble avvist.
Russlands og Preussens våpenhvile med Frankrike 4. juni 1813 kom svært overraskende på Karl Johan, og han var rasende overfor tsarens budbringer, general Pozzo di Borgo. Karl Johan mistenkte de to alliansepartnerne for å sammensverge seg mot ham. General Pozzo lyktes etterhvert å overbevise Karl Johan om at våpenhvilen kun var taktisk, hensikten var å gi Preussen tid til å bygge opp sine styrker og bearbeide Østerrike til å tre inn i alliansen mot Napoléon.
Ved et møte i Trachenberg i Schlesien i juli mellom Karl Johan og Russlands og Preussens statsoverhoder ble strategien for den videre kampen mot Frankrike diskutert. Med sin bakgrunn som fransk marskalk var Karl Johan til stor nytte som bidragsyter til en plan for det kommende felttoget, av den britiske general William Cathcart omtalt som «kronprinsens plan». Hovedgrepet i planen var å la tre selvstendige arméer engasjere mindre franske styrker, men unngå Napoléon, inntil alle tre kunne samles mot ham. Karl Johan fikk kommando over nordarméen, bestående av svenskene sammen med omkring 95 000 prøyssere og russere. I alt ledet Karl Johan en hær på 158 000 soldater. I Sverige var alliansen med Russland svært upopulær. De fleste svensker holdt i 1813 fremdeles mest med Napoléon, noe som skapte en krevende situasjon for Karl Johan.
Under felttoget var det en interessekonflikt internt i koalisjonen mellom de andre som ønsket å gjenerobre tapte områder, og Sverige som under fremrykkingen stadig fjernet seg fra målet om å erobre Norge. Karl Johan forsøkte å spare de svenske troppene foran oppgjøret med Danmark. Under Karl Johan forsvarte nordarméen Berlin mot franske angrep. I slaget ved Großbeeren den 23. august 1813 og i slaget ved Dennewitz 6. september 1813 fikk de prøyssiske troppene den tyngste byrden. Dennewitz var det første større slaget hvor svenske styrker i stor grad bidro til seier for koalisjonen, og svenskene hadde kun få sårede.
Etter Dennewitz forholdt Karl Johan seg tilsynelatende passiv i ukevis i Zerbst, noe som bekymret alliansepartnerne Russland, Østerrike og Preussen. Først den 4. oktober beordret Karl Johan nordarméen til å gå over Elben og rykke forsiktig sørover gjennom Köthen mot Leipzig.
Under folkeslaget ved Leipzig fra 16. til 19. oktober ble de svenske styrkene igjen holdt som reserve og ble kun satt inn mot slutten. Den 18. ledet Karl Johan selv nordarméen i kamp. Flyveblad med propaganda, og Karl Johans gode rykte fra tidligere felttog i Tyskland, gjorde at en rekke tyske avdelinger i fransk tjeneste gikk over til nordarméen i selve slaget. Perioden fra møtet i Trachenberg til slaget ved Leipzig markerte høydepunktet for Karl Johans internasjonale betydning. I planleggingen av felttoget og i ledelsen av nordarméen ga han et stort bidrag til seieren over Napoléon. Østerrikes og andre lands inntreden i koalisjonen, Karl Johans forsiktige disposisjon av de svenske styrkene, sammen med fremrykkingen mot Danmark for å tvinge Norges avståelse, bidro til at hans posisjon i koalisjonen ble sterkt redusert etter slaget ved Leipzig.
Etter koalisjonens seier over Napoléon i folkeslaget ved Leipzig hadde Karl Johan krasse diskusjoner med de andre statslederne om strategien videre. Mens de andre forfulgte Napoléons styrker inn i Frankrike, marsjerte Karl Johans styrker nordover. Fra slutten av oktober 1813 til midten av februar 1814 deltok Karl Johans hovedstyrke ikke i større operasjoner mot Napoléon. Formelt var hensikten med fremrykkingen nordover å støtte britene mot franske styrker i Hannover og Hamburg. Men Karl Johans reelle mål var å tvinge kong Frederik VI av Danmark-Norge til å kapitulere ved å angripe Holstein.
Etter slaget ved Bornhøved 7. desember 1813, Christianspris' kapitulasjon 19. desember og overgivelsen av Glückstadt 4. januar 1814, var Danmark tvunget til å gi opp. Ved undertegningen av Kielfreden 14. januar 1814 ble kongeriket Norge avstått til kongen av Sverige, forent med Sverige i en personalunion. I Kiel mottok Karl Johan rapporter fra agentene han hadde i Norge om at den danske stattholderen i Norge, prins Christian Frederik, ville gripe makten om landet ble forsøkt innlemmet i Sverige.
Etter traktaten i Kiel var det krav fra deler av svensk opinion om at kronprinsen skulle vende hjem. Samtidig ble Karl Johan advart av den britiske utenriksminister Castlereagh mot å trekke svenske styrker ut av koalisjonen før Napoléon var endelig avsatt. Fra Kiel førte Karl Johan sine styrker sørover, først til Köln, hvor han utstedte en proklamasjon til det franske folk. I proklamasjonen forsøkte han å forklare sin kamp for sitt nye fedreland Sverige, men den ble kjølig mottatt. Til tross for tsarens tilsynelatende støtte var Karl Johan på sidelinjen som kandidat til å bli Napoléons etterfølger.
Karl Johan fortsatte i slutten av februar 1814 med sin hovedstyrke til Liège i Belgia, hvor han stoppet videre fremrykking, dels på grunn av uenigheter med de allierte, dels av motvilje mot med militær makt å trenge inn i sitt gamle fedreland. I Liège ble Karl Johan oppsøkt av en budbringer fra Désirée og Napoléon, og han ble forespeilet at han ville bli foretrukket som Frankrikes nye statsoverhode om han som den første av de allierte lederne rykket inn i Paris. Karl Johan meddelte budbringeren at Napoléon burde abdisere, og selv ville han ikke gjøre noe som kunne fremkalle borgerkrig, men svare på enhver bønn fra en samlet nasjon. Karl Johan kom under oppholdet i Liège i stadig sterkere opposisjon til sine koalisjonspartnere og forsøkte forgjeves å spille en rolle i spørsmålene rundt Frankrikes kapitulasjon. Hans personlige ambisjoner ble møtt med mistro og tildels bitterhet av hans svenske stab. Hans holdning til koalisjonen og lange uvirksomhet i Liège satte unionen med Norge på spill. Fraværet fra Sverige og mangelen på initiativ for å realisere Kiel-traktatens bestemmelser ga prins Christian Frederik handlefrihet til å sette seg i spissen for norske motstandere av unionen med Sverige. Prinsen lot seg utrope til regent og utskrev valg til en grunnlovgivende forsamling som skulle tre sammen på Eidsvoll 10. april.
Russiske styrker inntok Paris 31. mars 1814, og som den første av de allierte statsledere kom tsar Alexander. De første dagene bodde han hos den forhenværende utenriksministeren Talleyrand og antydet for ham at Jean Baptiste Bernadotte (Karl Johan) kunne være et bedre alternativ for Frankrike enn Ludvig Bourbon, men Talleyrand var avvisende.
Fra Liège flyttet Karl Johan sitt hovedkvarter til Brussel. Etter at Napoléon var styrtet og Huset Bourbon gjeninnsatt i Frankrike reiste han så til Paris, hvor han ankom 12. april 1814. Karl Johan forsøkte å balansere sin lojalitet til Sverige og Frankrike. Han støttet ikke de alliertes krav mot Frankrike, og det ble inngått en separatfred mellom de to landene. Hensikten med besøket i Paris var å være nær de andre allierte lederne for å kunne sikre unionen med Norge. Han hadde mottatt urovekkende rapporter fra sine agenter om norsk motstand og selvstendighetserklæring. Han hadde møter med tsaren, kong Fredrik Wilhelm av Preussen og Storbritannias utenriksminister Castlereagh. Sistnevnte lovet fortsatt britisk blokade av norske havner for å legge press på nordmennene. I midten av mai 1814 forlot Karl Johan Paris og Frankrike, det var siste gang han satte sin fot i Europa sør for Østersjøen.
I slutten av mai 1814 var Karl Johan tilbake på svensk jord i Karlskrona, og den 10. juni ble han feiret i Stockholm. For Karl Johan var feiringen kortvarig. Unionen med Norge var ikke gjennomført, og på tross av sendebud fra koalisjonen i Christiania nektet nordmennene under kong Christian Frederik å godta en forening med Sverige. I motsetning til de fleste svensker tok Karl Johan den norske motstanden mot unionen alvorlig. For ham og Sverige var det avgjørende å få unionen på plass før fredskongressen i Wien skulle tre sammen høsten 1814. Norsk motstand gjorde en fredelig unionsinngåelse umulig, og begge parter innså i løpet av sommeren at en krig var uunngåelig. Men Karl Johan var også klar over at en svensk invasjon ikke måtte føre til varig fiendskap. Sverige måtte unngå å bli ansett som okkupasjonsmakt, og derfor måtte Norge tilbys en union som ga landet utstrakt selvstyre. Med tanke på opinionen i utlandet, og særlig i Frankrike, og en mulig posisjon for ham som statssjef der, var det også viktig at unionen med Norge måtte oppfattes som en forening mellom to likeverdige stater.
Da Karl Johan gikk til angrep på Norge 26. juli 1814, trakk de norske styrkene i Østfold seg generelt tilbake uten kamp. På Kongsvinger-fronten ble invasjonen møtt med væpnet motstand, fremst ved Lier skanse og i Matrand 5. august. Samtidig var den svenske fremrykkingen forsiktig, og styrkene var nøye instruert om å respektere norske uniformerte soldater og privat eiendom. Ettertidens dom er at både Christian Frederik og Karl Johan handlet klokt i forhandlingene som fulgte og som resulterte i våpenstillstand 14. august ved Mossekonvensjonen. Christian Frederik aksepterte det uunngåelige - Norges union med Sverige og hans egen abdikasjon. Til gjengjeld godtok Karl Johan i hovedsak Norges Grunnlov og aksepterte at unionen skulle inngås på Mossekonvensjonens vilkår, ikke på Kiel-traktatens. Til tross for intern svensk motstand ga Karl Johan nordmennene så gode vilkår at de frivillig kunne gå i union med Sverige som selvstendig stat, ikke som erobret land.
Sveriges stilling var således raskt endret siden bunnåret 1810. Karl Johan hadde bidratt til å løfte landet etter statskuppet mot Gustav IV Adolf, og tross alle vanskeligheter gjennomførte han sitt mål for 1812 års politikk, Norges union med Sverige.
Etter våpenstillstanden 14. august 1814 oppholdt Karl Johan seg en tid i sitt hovedkvarter i Fredrikstad i påvente av at Christian Frederik skulle innkalle et overordentlig Storting for å revidere Norges Grunnlov i henholdt til Mossekonvensjonen. Grunnloven måtte få de forandringer som var nødvendige for å inngå i union med Sverige innen våpenstillstandens utløp 14 dager etter at Stortinget var trådt sammen. Christian Frederik overlot statsstyret til sin regjering og trakk seg tilbake til Bygdøy. Etter at Stortinget var åpnet, abdiserte han 10. oktober og forlot Norge. Stortinget drøftet grunnlovsrevisjonene og forhandlet med svenske kommissærer om formuleringer som begge parter kunne godta. Den 4. november ble Novembergrunnloven vedtatt, Karl XIII ble av stortingsmennene enstemmig valgt som norsk konge. Den 9. november ankom Karl Johan og sønnen Oscar for første gang Christiania med en eskorte av norske soldater, noe Karl Johan selv hadde insistert på. De besøkende ble innkvartert i Paléet, og dagen etter holdt Karl Johan hilsningstalen til Stortingets representanter og avla på den nye kongens vegne ed til Grunnloven.
Til stillingen som norsk førsteminister i Stockholm valgte Karl Johan godseier Peder Anker, mens hans svigersønn Herman Wedel Jarlsberg fikk den viktige stillingen som norsk finansminister og reell leder for den norske regjeringen i Christiania. For å forsøke å styre opinionen i Norge prøvde Karl Johan å kontrollere hovedstadspressen, dels ved rene bestikkelser og dels ved å nekte portomoderasjon for kritiske publikasjoner. Karl Johan var skeptisk til den norske embetsmannsstandens lojalitet, og med god grunn, med studietid i København var mange av dem nært knyttet til Danmark.
Karl Johan var av flere grunner bekymret over forhandlingene ved Wienerkongressen. Stortingets aksept av unionen forbedret hans og Sveriges stilling, men det var flere andre vanskelige spørsmål som måtte avklares, og over det hele lå Karl Johans frykt for å bli avsatt som tronfølger til fordel for prins Gustav av Wasa. Mens Wienerkongressen var samlet tok Napoléon igjen makten i Frankrike og beholdt den i «de hundre dagene» etter tilbakekomst fra eksil på Elba. Karl Johan tok formelt avstand fra Napoléon og han knesatte samtidig prinsippet om Sveriges og Norges nøytralitet. Karl Johan hadde på denne tiden ennå ikke oppgitt håpet om å bli kalt til å lede Frankrike, idet han anså seg som en kompromisskandidat mellom de for franskmenn forhatte Bourbonerne og den for stormaktene uspiselige Napoléon.
Samtidig som Karl Johan var overbevist om at Napoléons forsøk på revansj ikke ville føre frem, var han forferdet over skjebnen flere av hans gamle kamerater led etter Napoléons nederlag i slaget ved Waterloo. Det kan ha bidratt til at Sverige i årene etter ble et fristed for mange landflyktige politiske aktivister. Frankrike ved dets sendemann Rumigny antok at Karl Johan hadde sympati for sin gamle sjef Napoléon og tilsvarende antipati overfor det nye styret, noe som var gjensidig.
På tross av Karl Johans bekymring kom Sverige og han selv stort sett godt ut av forhandlingene under Wienerkongressen. Grunnet oppgjøret etter krigen og avståelse av Svensk Pommern og Guadeloupe kunne landet og han selv innkassere solide summer i erstatning. Sverige var samtidig politisk ganske isolert. Av stormaktenes ledere kunne Karl Johan kun regne tsar Aleksander som støttespiller. I den politiske reaksjon etter Napoleonskrigene antok mange europeere at Karl Johans styre ville bli kortvarig. Den utenlandske skepsis til Karl Johan sto i sterk motstrid til holdningen i Sverige. Etter det vellykkede felttoget på kontinentet og inngåelsen av unionen med Norge var Karl Johan våren 1815 svært populær.
Etter Napoleonskrigene vokste det etterhvert frem en for Karl Johan ganske besværlig opposisjon blant de svenske stendene. Ved riksdagen samling i 1815 hadde regjeringen i tilfredshet over forbedret økonomi, og tilsynelatende uten full innsikt om krisens omfang, unnlatt å ta nødvendige initiativer. I stedet ble det stendene med grev Fredrik Bogislaus von Schwerin i spissen som presset igjennom endringer i den økonomiske politikken.
Riksdagens beslutning fremmet en proteksjonistisk økonomisk politikk, noe Karl Johan var mer åpen for enn sine rådgivere. Samtidig fortsatte han fra 1815 å forsøke å styre den svenske valutaens kurs og benyttet betydelige deler av egne midler. En politisk beslutning av stor økonomisk betydning som med Karl Johans medvirkning ble gjennomført i 1815, var nedbetalingen av gjenværende statsgjeld med pengene fra Svensk Guadeloupe, mot en årlig bevilgning til kongehuset.
En sak som ikke ble løst ved Wienkongressen, var den andel av den dansk-norske statsgjelden som Sveriges konge på vegne av Norge hadde påtatt seg ved Kielfreden, i ettertid kjent som gjeldsoppgjøret med Danmark. Norges svake finansielle stilling gjorde det nødvendig at beløpet ble redusert. Under forhandlingene ble det fremmet flere motkrav og fra norsk side bedrevet uthaling for å nå dette mål.
På grunn av den økonomiske krisen i Sverige etter Napoleonskrigen ble det innkalt en «urtima riksdag» (ekstraordinær) 1817–1818. Mot rådet fra en ekspertkomité arbeidet Karl Johan for en økning av seddelmengden (med tilsvarende fare for inflasjon), men fikk ikke støtte for det av riksdagen. Ettertidens økonomiske eksperter har og gitt en negativ vurdering av denne siden ved hans økonomiske politikk.
I sine siste år som kronprins ble Karl Johan stadig mer urolig over sin stilling, etter restaurasjonen i Frankrike og den reaksjonære bølgen under den hellige allianse som fjernet andre av Napoléons menn. Ifølge en av hans motstandere var han «en stygg flekk på et Europa som igjen hadde blitt vakkert».
Da Karl II døde, ble Karl Johan dagen etter, den 6. februar 1818, utropt til konge. Den 11. mai ble han kronet i Storkyrkan i Stockholm og den 7. september i Nidarosdomen i Trondheim. Både i Sverige og Norge var begeistringen over kroningen stor, og Karl Johan ble lykkønsket av de europeiske stormaktene, noe som bidro til å minske hans bekymring over legitimiteten som tronfølger.
En annen viktig sak for familien Bernadottes legitimitet var prins Oscars giftermål. Sommeren 1822 dro Oscar med følge på en europeisk reise for å møte mulige prinsesser. Valget falt på Josefine av Leuchtenberg, noe Karl Johan selv ivret for. Han mente at hennes tilknytning til både «de gamle og nye interessene», med en far som var Napoléons general og en mor som stammet fra flere betydelige tyske fyrsteslekter, var viktig. Til tross for at hun var blitt dronning av Sverige og Norge, holdt Désirée seg fremdeles i Frankrike under påskudd av dårlig helse. Dessverre for Karl Johan utviste hun stor interesse for hertugen av Richelieu, noe han fant høyst upassende for dronningen av Sverige og Norge. I forbindelse med kronprins Oscars forlovelse og giftermål valgte Désirée å returnere til Sverige i 1823 sammen med sin kommende svigerdatter.
I 1819 begynte byggingen av det som skulle bli Karlsborgs festning, et enormt byggverk midt i Sverige. Det skulle være tilfluktssted for styresmaktene om Sverige ble angrepet. Bakgrunnen for bygget var tapet av Finland til Russland og den såkalte sentralforsvarstanken. Festningen lå nær Göta kanal og var planlagt sammen med kanalbygget. Etter Napoleonskrigene bygget Sverige delvis ned handelsbegrensninger mot utlandet og avskaffet produktplakatet. Arbeidet ble ledet av Carl David Skogman, men ble kun motstrebende akseptert av Karl Johan som sto for en mer proteksjonistisk linje i handelspolitikken.
Grunnet manglende fremdrift i forhandlingene tok Danmark kontakt med stormaktene og ba om støtte for gjeldsoppgjøret med Norge. Fra kongressen i Aachen i 1818, hvor stormaktene påtok seg et slags formynderskap over de mindre europeiske statene, fikk Karl Johan kraftig press for å løse saken. Han lyktes å få Storbritannia til å megle, og det ledet til en avtale med Danmark. Den innebar at de opprinnelige fordringene på 6 millioner riksdaler hamburger banco ble redusert til 3 millioner med 10 års løpetid (nedbetalingstid). Gjeldsoppgjøret bidro for en tid til å kjøle ned forholdet til Russland, mens Storbritannias megling knyttet det nærmere til Sverige. Stormaktenes press næret også opp under Karl Johans bekymring for hans posisjon som valgt monark av Sverige og Norge.
Stortinget var misfornøyd med avtalen om gjeldsoppgjøret og ville ved behandlingen i 1821 at Sverige skulle påta seg en del av gjelden, noe Karl Johan avviste. Blant midlene han åpnet for, var betaling av stortingsrepresentanter for å skifte standpunkt, altså bestikkelse. Da beløpet var avklart, forsøkte Karl Johan å bruke oppgjøret til å presse Norge til en tettere union, hvor kongen fikk en sterkere stilling. Saken endte med at Karl Johan samlet svenske og norske tropper på Etterstad utenfor Christiania og understreket at fortsatt vegring kunne sette Norges forfatning i fare, hvoretter Stortinget omsider ga etter i mai 1821.
Et av de første stridsspørsmål mellom Karl Johan og Stortinget var spørsmålet om avskaffelse av adelen. Karl Johan så norsk adel som en viktig støtte for kongehuset i Norge. Adelen ble vedtatt avskaffet av Stortinget i 1815 og igjen i 1818, og i 1821 var saken oppe for tredje gang. Selv om Karl Johan bestred Stortingets begrensning av hans vetorett, valgte han å akseptere loven om adelens avskaffelse i 1821. Det var første gang kongens begrensede veto førte til at han ikke fikk sin vilje igjennom. Høsten 1814 hadde han gått med på § 79 i Grunnloven, som lar et tredje gangs stortingsvedtak bli lov uten kongens sanksjon.
Karl III Johan ville knytte de to landene tettere sammen ved den såkalte amalgasjonspolitikken, men den norske Grunnloven var til hinder, og norske politikere, fremst blant dem Herman Wedel-Jarlsberg, var imot. Til Stortinget i 1824 kom han derfor med flere endringsforslag til Grunnloven. De ville medføre utvidet makt til kongen, som absolutt veto og oppløsningsrett. Dette ble avvist av Stortinget og medførte stridigheter. Karl Johan hadde heller ingen støtte fra datidens stormakter for en tettere union, og den russiske tsaren var spesielt negativ.
En gammel grensetvist mellom Norge og Russland ble avklart i 1824 og en endelig grenseavtale undertegnet i 1826. Karl Johans gode forhold til tsaren bidro sannsynligvis til å få saken endelig løst. Mot slutten av Karl Johans regjering ble det nye problemer ved den norske Finnmarksgrensen mot Russland.
Ved Stortingets samling i 1827 ble den såkalte Bodøsaken behandlet, og Stortinget stilte krav om at den norske statsministeren i Stockholm skulle ha innflytelse ved behandling av utenrikssaker som angikk Norge. Den første saken for riksrett ble også fremmet, bakgrunnen var kritikk mot regjeringens bruk av midler uten Stortingets godkjennelse, reelt en kritikk mot Karl Johan. Riksrettssaken var en kamp mellom Storting og regjering om forholdet mellom statsmaktene, og finansminister Jonas Collett ble til slutt dømt på mindre punkter. Karl Johan ble rasende og oppløste Stortinget før tiden, men oppnådde i praksis lite.
Opposisjonen i Sverige ble styrket frem mot riksdagen i 1823, og det ble reist krav om økt næringsfrihet. Det ble igjen strid om finanspolitikken, og Karl Johan tapte også kampen om økt seddelmengde. Opposisjonen var ennå overveiende saklig, og kongens person ble som regel holdt utenfor den politiske kampen. Grev Carl Henrik Anckarswärds økte tyngde blant opposisjonens ledere bidro til å gi den en mer personlig karakter, og det var også tendenser til å minske bevilgningene til forsvaret.
Det oppsto konflikter i forbindelse med nordmennenes ønske om å markere Grunnloven ved å feire 17. mai. Den første større markering av dagen fant sted i 1824, da den ble feiret privat. I 1825 og 1826 ble dagen igjen markert privat, mens den i 1827 ble markert mer offisielt. Under Karl Johans besøk tolket den svenske stattholderen, Johan August Sandels, hans utsagn som at han ville «se gjennom fingrene» med feiring, noe som senere viste seg å være en misforståelse.
I kampen for en tettere union grep Karl Johan, mot sin norske regjerings råd, til det drastiske tiltak å innkalle et ekstraordinært Storting. For å sikre seg støtte hos fra tsar Nikolaj I av Russland, informerte den svenske sendemannen i St. Petersburg om en mulig opphevelse av den norske Grunnloven. Slike tiltak ble til svenskenes store forbauselse sterkt frarådet av tsaren. Kongen var selv i Christiania under det ekstraordinære Stortinget i 1828, og han ga klar beskjed om at feiring av 17. mai var uønsket, noe som ble respektert.
I 1829 var det også nedlagt forbud mot markering av dagen, men det passet slik at dampskipet med navnet «Constitutionen» anløp Christiania nettopp på dagen for konstitusjonen, altså Grunnloven. Det førte til jubelrop ved havnen, og etter hvert en ansamling av mennesker på Stortorget. Etter advarsler fra myndighetenes side ble mengden til slutt spredd av soldater, noe som senere ble kjent som Torgslaget. Torgslaget førte til sterke politiske protester i Norge, og stattholderen, grev von Platen, fikk hard kritikk. Etter hans død samme høst forble embetet ubesatt, noe som innebar en klar svekkelse av unionen. På tross av at en rekke av hans rådgivere og embetsmenn var sterkt upopulære og tildels forhatte i Norge, var Karl Johan selv svært populær, selv etter de sterke konfliktene i 1820-årene. Selv om det etterhvert ble tolerert å markere 17. mai, holdt kongen alltid et visst oppsyn med feiringen.
En hovedfaktor i datidens internasjonale politikk var rivaliseringen mellom Storbritannia og Russland. Ved en krig mellom de to land ville Sverige og Norge med lang kystlinje være særlig utsatt. På tross av flere spente situasjoner mellom de to stormaktene ble det ingen konflikt i Karl Johans levetid. Hans to riker unngikk en situasjon hvor landenes nøytralitet, som Karl Johans utenrikspolitikk bygde på, kunne settes i fare. Vennskapet mellom Karl Johan og Alexander I fortsatte stort sett til dennes død i 1825, og hans etterfølger Nikolaj I viste Karl Johan stor respekt (som ved hans uventede besøk i juni 1838). Karl Johan fikk kraftig russisk støtte i en for ham svært viktig sak, kravet om at den avsatte Gustav IV Adolfs sønn skulle slutte å kalle seg prins av Sverige.
En ganske skarp konflikt med utlandet handlet om den såkalte «skeppshandelsfrågan». I hovedsak for å skaffe midler til fornyelse av den svenske marinen ble det i 1825 solgt flere eldre svenske krigsskip, først to og deretter ytterligere tre. Formelt var kjøperne engelske handelshus, men disse var bare mellommenn for Spanias amerikanske kolonier, nylig selvstendige, men ennå kun anerkjent av Storbritannia. For Sverige var transaksjonens politiske betydning også viktig, håpet var å øke handelen med de nye landene i Amerika.
De andre stormaktene i den såkalte hellige alliansen betraktet disse statene som opprørsland og protesterte derfor mot salget av krigsskip. Den russiske keiser Alexander I truet til sist med å støtte spanske represalier mot svensk sjøfart, om ikke levering av de tre senest solgte fartøyene ble avlyst. Karl Johan sto lenge for at salget skulle gå sin gang, men ga til slutt etter for statsrådenes oppfordring om å stoppe salget. Det var for Karl Johan et tap av prestisje både nasjonalt og internasjonalt. Ifølge kontrakten var Sverige forpliktet til å betale erstatning, og i stedet for en gevinst endte affæren med tap, noe som førte til skarpe kommentarer fra statsrevisjonen (1827) og riksdagen (1828–1830).
Ved riksdagen i årene 1828–1830 hadde regjeringen ved organisering av sine tilhengere ved friherre Carl Johan af Nordin og grev Magnus Brahe for det meste overtaket. Myntrealisationen (en form av devaluering ved overgang til sølvstandard) ble vedtatt gjennomført, mot av Karl Johans energiske protest. Det var hans kanskje største politiske nederlag i Sverige, men gjorde slutt på usikkerheten i finansvesenet, som hadde skadet landets økonomiske utvikling siden krisen etter Napoleonskrigen.
Julirevolusjonen i Frankrike i 1830 kom svært overraskende på Karl Johan. Selv om han var kjølig, tidvis avvisende overfor den franske kongen Karl X, ga effekten i andre land, som ved den belgiske revolusjonen, grunnlag for bekymring overfor Norge. Opprøret ble da også en inspirasjon for unionsmotstanderne og brakte uro til det norske politiske liv. Under den polske frihetskrigen (1830–1831) var den svenske opposisjonen svært polskvennlig, noe som gjorde kongen bekymret. Hendelsene bidro til å underbygge hans konservatisme og mistenksomhet.
1830-årene var et gjennombrudd for den svenske opposisjonen. Julirevolusjonen i Frankrike styrket liberale ideer over hele Europa. I Sverige ble den nye avisen Aftonbladet et talerør for opposisjonen. Avisens innflytelse overgikk snart den konservative pressens, og kongens gamle rådgivere ble eldre og mer negative overfor endringer. På grunn av hans manglende kunnskap i svensk språk var det vanskelig for Karl Johan å ta initiativ til reformer i forfatningen når politiske stridsspørsmål kom opp, som representasjonsspørsmålet (utvidet stemmerett), statsrådets organisering og rådgivernes forhold til kongen. Et av opposisjonens sentrale krav var en klarere parlamentarisme etter britisk modell, hvor statsrådene var ansvarlig overfor Riksdagen.
Karl Johan var fremdeles opptatt av hva som skjedde i hans gamle hjemland Frankrike og forsøkte på flere vis å gi et positivt bilde av seg selv overfor fransk opinion. Dessverre for Karl Johan ble han ofte gjort narr av og til dels sett ned på som en forræder, som i en roman av den kjente franske forfatteren Honoré de Balzac.
Karl Johans siste større strid med det norske Stortinget utspilte seg i 1836. Bakgrunnen var dels ønsket om økt kommunalt selvstyre ved formannskapslovene, men også norske prinsippsaker som et eget norsk handelsflagg, utforming av mynter og norske fremstøt for en mer likestilt union. Kongen irriterte seg også over utvidet norsk feiring av 17. mai, blant annet ved det nye nasjonale monumentet Krohgstøtten. Med påskudd om at Stortinget hadde sittet samlet ut over minimumsperioden, oppløste Karl Johan tinget. Det var en kraftig og svært uventet reaksjon, muligens knyttet til hans strid med opposisjonen i Sverige og hans bekymring for underdekningen i «kabinettskassan». Stortinget reagerte med en ny riksrettstiltale, denne gang mot den norske statsminister i Stockholm, Severin Løvenskjold. Karl Johan vurderte drastiske tiltak, i praksis statskupp. Uten støtte fra Russland valgte han etter riksrettsdommen å utsette punktene det var strid om. Samme år utnevnte Karl Johan grev Herman Wedel-Jarlsberg som ny stattholder i Christiania. Det var første gang en nordmann fikk stillingen. Embetet hadde vært ubesatt siden 1829, etter Baltzar von Platens død.
Opposisjonelle skribenter som Magnus Jacob Crusenstolpe og Anders Lindeberg begynte etterhvert å rette sine angrep mot kongen personlig. Det såkalte enestyret (Svensk: allenastyrandet) og den sterke innflytelsen som hans favoritt grev Magnus Brahe ble antatt å utøve (Braheväldet) ved siden av hans egentlige rådgivere, ble kritisert. Riksdagen 1834-1835 ble vanskelig for regjeringen, som led adskillige nederlag takket være opposisjonens dominans i borger- og bondestanden og i «förstärkt statsutskott».
I de følgende årene ble striden mot opposisjonen ytterligere skjerpet gjennom den kampen mot pressen, som den svenske regjeringen ved hovkansler August von Hartmansdorff førte med indragningsmakten som våpen. Domfellelsen av forfatteren Magnus Jacob Crusenstolpe for majestetsfornærmelse sommeren 1838 ledet til uroligheter i Stockholm. To mennesker døde i opptøyene, og tanken om republikk fikk en viss støtte. Mot slutten av året minsket spenningen noe, opposisjonen tok kontakt med kronprinsen og håpet på endring etter dennes tiltreden.
Fra midten av 1830-årene vokste skandinavismen frem med en viss styrke i både Sverige og Norge, men spesielt i Danmark. Bevegelsen hadde brodd både mot Tyskland og Russland. Etter tysk misnøye og russisk press fordømte styresmaktene i Sverige ved Karl Johan skandinavismen i sterke ordelag i 1837.
Karl Johan besøkte Norge for siste gang vinteren 1838-1839. Det var hans tiende som norsk og svensk konge, og han ble hilst begeistret velkommen på de stedene han besøkte. Han oppholdt seg i Christiania fra desember 1838 til mai 1839, og politisk var det en svært rolig tid. Det var ingen store konflikter med Stortinget, og kongens samtykke til «flaggets frigjøring» hadde styrket hans popularitet. Med bakgrunn i den politiske striden med den liberale opposisjonen i Stockholm var Karl Johan nærmest en «politisk rekonvalsent» i Norge.
I 1839 ble den såkalte koalisjonen mellom en rad opposisjonsmenn i Sverige dannet, hensikten var å styrte det gamle systemet ved riksdagen 1840 og få kongen til å abdisere. Koalisjonen hadde støtte også blant statsrådene, noe som blant annet viste seg ved økende antall reservasjoner til statsrådets protokoll og regjeringens riksdagsforberedelser var svake og utilstrekkelige. Ved riksdagen fikk opposisjonen overtak ved valgene til utskottene (komiteene), men håpet om fullstendig seier brast da August von Hartmansdorff med flere lyktes i å reorganisere konservative majoriteter hos adelen og prestestanden. Deretter ble en stor del av opposisjonens angrepsplaner hemmet eller stemt ned. Karl Johan ga slipp på sine gamle rådgivere i samband med departementalstyrelsens innføring i 1840, men klarte også ved valget av nye rådgivere å holde opposisjonsmennene utenfor. De liberales kamp mot Karl Johan rant etterhvert ut i sanden.
Etter avslutningen av riksdagen i 1841 stilnet konfliktene rundt Karl Johans styre i Sverige. Da den 80-årige monarken i 1843 feiret sitt 25-årsjubileum som konge, fikk han varme lykkeønskninger fra hele riket. Man kunne ved slutten av hans regjeringstid peke på en rik og fredelig utvikling på ulike områder: en befolkning som nesten tilsvarte Sveriges og Finlands ved adskillelsen, en lav statsgjeld, nye samferdselsveier i form av kanaler (Göta kanal med flere) og veier, et sterkt voksende jordbruk, en mer enn fordoblet industri, et gjenopprettet bank- og myntvesen, reduserte skatter, men mangedoblede tollinntekter til tross for at tollsatsene på bestemte varer hadde blitt satt ned, med mer.
Karl Johans siste sykdomsperiode begynte i januar 1844 med koldbrann i en fot. På sin 81. fødselsdag, den 26. januar 1844 klokken 6 om morgenen, ble han plutselig syk og ble sengeliggende. Den 5. mars fikk han et slaganfall som ble etterfulgt av koma. Kongen døde etter 42 døgns sykdom klokken 15.30 den 8. mars 1844. Han våknet opp rett før han døde og hvisket sin sønn Oscars navn. «Ingen har fylt en bane tilsvarende min», kunne han med tyngde si under sin siste sykdom. Slik reflekterte han over endringene på Den skandinaviske halvøy som han hadde bidratt til i kriseårene 1810–1814.
Begravelsen i Riddarholmskyrkan fant sted den 26. april 1844. Jordfestelsen ble forrettet av erkebiskopen Carl Fredrik af Wingård. Karl Johan er stedt til hvile i Bernadottenes gravkammer.
I samsvar med 1812 års politikk førte Karl Johan, både som kronprins og som konge, en så fredelig politikk at Sverige ved hans død ikke tidligere hadde hatt en så lang fredsperiode. I motsetning til datidens andre europeiske kongehus kan Sverige og Norge under Karl Johan sees som unntak med sine konstitusjonelle begrensninger av kongemakten, som Karl Johan som realpolitiker forholdt seg til.
Karl Johan var nøye med å understreke at han var valgt av de svenske stendene til å bli konge, hans stilling var derfor bygd på borgernes frie valg. Han hadde lest Montesquieu og var tilhenger av maktfordelingsprinsippet. I Frankrike ble Karl Johans ettermæle farget av Napoléons memoarer, den tidligere marskalken skal både ha hatt sin del av skylden for det katastrofale franske nederlag i Russland og for den sjette koalisjonens seier i folkeslaget ved Leipzig i 1813. I Norge var Karl Johan som person populær, men hans omdømme ble i ettertid tonet ned av hensyn til nasjonal kamp under og etter unionen med Sverige.
Karl Johans død fjernet et usikkerhetsmoment i norsk politikk og førte til at arbeidet med en tettere union (amalgamasjon) for godt ble avsluttet. Av ulike grunner var det etter hans død hverken fra norsk eller svensk side ønskelig med en tettere union.
Kong Karl Johan har satt flere spor etter seg i Norge. Han ga store pengegaver til opprettelse av såkalte barneasyler (i dag kjent som barnehager), som f.eks. Børneasylet i Drammen og til diverse kulturelle organisasjoner. Hans betydeligste prosjekt var byggingen av Det kongelige slott i Christiania. Karl Johan skal ha fått idéen ved en ridetur høsten 1822 og året etter engasjerte han den danske arkitekten Linstow til arbeidet.
Det er en rekke monumenter over Karl Johan, foran slottet i Oslo står Karl Johan-monumentet med kongen til hest, det er også monumenter i Stockholm, Norrköping og Örebro. Forhenværende hovedbase for det norske sjøforsvaret, Karljohansvern, fikk navn til ære for han i 1854 som «Carljohansværn værft», i dag betegnes området ved Horten kun som Karljohansvern.
Den tyskfødte Friedrich August Reissiger komponerte «Requiem for kong Carl Johan» etter Karl Johans død. Rekviemet ble fremført første gang 30. mars 1844 i den katolske menighets lokaler i Oslo.
Oslos paradegate Karl Johans gate fikk sitt navn i 1852, åtte år etter Karl Johans død. Gater oppkalt etter Karl Johan finnes også i Trondheim (Carl Johans gate) og i Halden og Sarpsborg. I Sverige har empirestilen blitt kalt Karl Johansstil, og soppen steinsopp har blitt kalt karljohanssvamp.
Karl III Johan var innehaver av følgende ordener, medaljer og dekorasjoner.