Catedral Metropolitana de la Ciudad de México

La Catedral Metropolitana de la Asunción de la Santísima Virgen María a los Cielos de la Ciudad de México (también, Catedral de la Asunción de María de México o Catedral Metropolitana de la Ciudad de México o, coloquialmente, la Catedral) es la sede de la arquidiócesis Primada de México y se ubica en el lado norte de la plaza de la Constitución (el Zócalo) en el centro histórico de la Ciudad de México, en la demarcación Cuauhtémoc. Al formar parte del mencionado conjunto arquitectónico en esa área de la ciudad, es en consecuencia Patrimonio de la humanidad desde 1987.
Fundada en 1570 como sustituta de la antigua catedral construida en 1524, fue basada en la Catedral de Jaén. La primera piedra fue colocada en 1571, sin embargo las obras comenzaron formalmente en 1573, concluyeron en el interior en 1667 y en el exterior en 1813.​ Edificada sobre un área de al menos dos hectáreas, ocupa una superficie de 7752 metros cuadrados;​ las medidas aproximadas de este templo son 61 metros de ancho por 128 de largo y una altura de 67 metros hasta la punta de las torres. Es una de las obras más sobresalientes de la arquitectura hispanoamericana.​​​ Fue construida según los planos del arquitecto español Claudio de Arciniega, quien se inspiró en catedrales españolas,​ alrededor de una iglesia que fue erigida en el lugar poco después de la conquista española de Tenochtitlán.
Debido al prolongado tiempo que llevó su construcción, poco menos de 250 años, prácticamente todos los principales arquitectos, pintores, escultores, doradores y demás artistas plásticos del virreinato trabajaron en algún momento en la edificación del recinto. El prolongado tiempo de edificación permitió que se integraran en ella los diversos estilos arquitectónicos que estuvieron vigentes y en boga en esos siglos: gótico, barroco, churrigueresco y neoclásico, entre otros; algo similar a lo que pasó en su interior con los distintos ornamentos, pinturas, esculturas y mobiliario.​​
Su realización significó un punto de cohesión social, pues en ella participaron autoridades eclesiásticas, gubernamentales, distintas cofradías, hermandades religiosas y múltiples generaciones de grupos sociales.​
Como consecuencia de la influencia de la Iglesia católica en la vida pública, el inmueble se entrelazó con acontecimientos de trascendencia histórica para las sociedades de la Nueva España y del México independiente. Por citar algunos, se encuentran la coronación de Agustín de Iturbide y Ana María Huarte como emperadores de México por el presidente del Congreso; el resguardo de los restos fúnebres del mencionado monarca; la sepultura hasta 1925 de varios de los próceres de la independencia como Miguel Hidalgo y Costilla y José María Morelos y Pavón; las disputas entre liberales y conservadores ocasionadas por la separación de la iglesia y el estado en la Reforma; el cierre del inmueble en los días de la Guerra Cristera; las visitas de los Papas Juan Pablo II (26 de enero de 1979) y Francisco (13 de febrero de 2016); y los festejos del bicentenario de la independencia, entre otros.​
La catedral presenta cuatro fachadas en las que se abren portadas flanqueadas por columnas y estatuas. Cuenta con cinco naves que se componen de 51 bóvedas, 74 arcos y 40 columnas; hay dos torres que contienen actualmente 35 campanas. En su interior se destacan dos grandes altares, la sacristía y el coro. Existen dieciséis capillas dedicadas a diferentes santos, cuya construcción fue patrocinada por diferentes hermandades religiosas. Las capillas están ricamente adornadas con altares, retablos, pinturas, muebles y esculturas. En el coro catedralicio se encuentran dos de los órganos dieciochescos más grandes del continente. Bajo el edificio hay una cripta en la que reposan los restos de algunos arzobispos de México. Junto a la catedral se encuentra el sagrario, en cuyo interior se ubica el baptisterio.
Luego de concluida la conquista española del imperio mexica, y tras el regreso de Hernán Cortés de la exploración de la actual Honduras, los conquistadores decidieron construir una iglesia en el lugar en el que se encontraba el Templo Mayor de la ciudad de Tenochtitlán; de este modo consolidarían el poder español sobre el territorio recién conquistado.​​​​ Luego de considerar la traza urbana hecha por los españoles a partir de una plaza central, el área escogida para la iglesia correspondió a los solares que cerraban el antiguo complejo mexica por el norte.
El arquitecto Martín de Sepúlveda fue el primer director del proyecto que comenzó en 1524 y se concluyó en 1532, esto en tiempos de Juan de Zumárraga, el primer obispo de la entonces recién fundada (1530) diócesis de México. La antigua catedral se encontraba en la parte noreste de lo que es la actual. Tenía tres naves separadas por columnas toscanas, el techo central presentaba intrincados grabados realizados por Juan Salcedo Espinosa y dorado por Francisco de Zumaya y Andrés de la Concha. La puerta principal era probablemente de estilo renacentista. El coro tenía 48 sitiales realizados a mano por Adrián Suster y Juan Montaño en madera de ayacahuite. Para la construcción, utilizaron las piedras del destruido templo del dios Huitzilopochtli, dios de la guerra y deidad principal de los mexicas. A pesar de todo, este templo pronto fue considerado insuficiente para la creciente importancia de la capital del virreinato de Nueva España. Esta primera iglesia fue elevada a catedral por el rey Carlos I de España y el papa Clemente VII según la bula del 9 de septiembre de 1534 y, posteriormente, nombrada metropolitana por Paulo III en 1547.​​
Esta iglesia pequeña, austera, vilipendiada por todos los cronistas de la época, que la juzgaban indigna de una tan grande y famosa ciudad, prestó sus servicios durante largos años. En virtud de la importancia alcanzada por la ciudad, elevada desde 1545 al rango de arquidiócesis, pronto se ordenó que se levantase un nuevo templo, de proporcionada suntuosidad a la grandeza del creciente virreinato, sin embargo esta nueva fábrica tropezó con tantos obstáculos para su comienzo, con tantas dificultades para su prosecución, que el templo viejo vio pasar en sus naves estrechas, suntuosas ceremonias coloniales; y solo cuando el hecho que las motivaba revestía gran importancia, se utilizaba otra iglesia, como la de San Francisco, para levantar en su enorme capilla de San José de los Indios el túmulo para las honras fúnebres de Carlos V.
Dado que la conclusión de la iglesia nueva se prolongaría mucho tiempo, en el año de 1584 se decidió reparar totalmente la catedral vieja, que estaría poco menos que ruinosa, para celebrar en ella el tercer Concilio Novohispano.
La iglesia, de planta basilical, tenía de largo poco más que el frente de la catedral nueva; sus tres naves no alcanzaban 30 metros de ancho, separadas por dos danzas de pilares ochavados de orden toscano; estaban techadas, la central con una armadura de media tijera, las de los lados con vigas horizontales. Además de la Puerta del Perdón, había otra llamada de los Canónigos, y quizás una tercera quedaba a la placeta del marqués.​ Permaneció en uso hasta 1625 cuando fue demolida para acelerar los trabajos de la nueva catedral.
Desde 1544 se habían publicado documentos oficiales que solicitaban el reemplazo de la austera catedral de la Ciudad de México por una más grande, sin que esto pasara más allá de una intención. Finalmente el 28 de agosto de 1552 se expidió la cédula que normaba e indicaba los pasos a seguir para el proyecto de construcción. En ese mismo año, se llegó a un acuerdo por el cual el coste de la nueva catedral sería compartido por la Corona española, los comendadores y los indígenas bajo la autoridad directa del arzobispo de la Nueva España.​ Los planes iniciales para la fundación de la nueva catedral comenzaron en 1562, dentro del proyecto para la edificación de la obra, el entonces arzobispo Alonso de Montúfar habría propuesto una monumental construcción compuesta de siete naves y basada en el diseño de la catedral de Sevilla; un proyecto que, a palabras del propio Montúfar, llevaría 10 o 12 años. El peso de una obra de tales dimensiones en un subsuelo de origen pantanoso requeriría de una cimentación especial. Inicialmente se colocaron vigas cruzadas para construir una plataforma, algo que requería altos costos y un constante drenado, al final dicho proyecto se abandonaría no solo por el mencionado coste, sino por las inundaciones sufridas por el centro de la ciudad. Es entonces que apoyados en técnicas indígenas se inyectan sólidos pilotes de madera a gran profundidad, alrededor de veinte mil de estos pilotes en un área de seis mil metros cuadrados. El proyecto es disminuido de las siete originales naves a solo cinco: una central, dos procesionales y dos laterales para las 16 capillas. La construcción comenzó con los diseños y modelos creados por Claudio de Arciniega y Juan Miguel de Agüero, inspirados en las catedrales españolas de Jaén y Valladolid.​​
En 1571, con algo de retraso, el virrey Martín Enríquez de Almansa y el arzobispo Alonso de Montufar colocaron la primera piedra del actual templo. La catedral comenzó a construirse en 1573 (siendo arzobispo Pedro Moya) en torno a la iglesia existente que sería derribada hasta 1625, cuando las obras avanzaron lo suficiente para albergar las funciones básicas del templo.​
La obra comenzó con una orientación norte-sur, contraria a la de la mayoría de las catedrales, esto debido a las aguadas del subsuelo que afectarían el inmueble con una orientación tradicional oriente-poniente. Primero se edificaron la sala capitular y la sacristía; la construcción de las bóvedas y las naves tomó cien años.​
El inicio de las obras se encontró con un terreno fangoso e inestable que complicó los trabajos, debido a ello, el tezontle y la piedra de chiluca fueron favorecidos como materiales de construcción en varias áreas, sobre la cantera, al ser estos más livianos. En 1581, se comenzaron a levantar los muros y en 1585 se iniciaron los trabajos en la primera capilla, en esos momentos los nombres de los canteros que trabajaban en la obra eran: en las capillas las labraba Juan Arteaga y los encasamentos Hernán García de Villaverde, que además trabajaba en los pilares torales cuyas medias muestras esculpía Martín Casillas. En 1615 los muros alcanzaron la mitad de su altura total. Las obras del interior comenzaron en 1623 por la sacristía, derribándose a su conclusión la primitiva iglesia. El 21 de septiembre de 1629, las obras fueron interrumpidas por la inundación que sufrió la ciudad, en las que el agua alcanzó los dos metros de altura, causando daños en lo que actualmente es la plaza de la Constitución y otras partes de la ciudad. A causa de los daños, se inició un proyecto para construir la nueva catedral en las colinas de Tacubaya, al oeste de la ciudad pero la idea fue descartada y el proyecto continuó en la misma ubicación, bajo la dirección de Juan Gómez de Trasmonte.​
El arzobispo Marcos Ramírez de Prado y Ovando realizó la segunda dedicación el 22 de diciembre de 1667, año en que se cerró la última bóveda. A la fecha de consagración, (careciendo, en ese momento, de campanarios, fachada principal y otros elementos construidos en el siglo XVIII), el coste de lo construido era equivalente a 1 759 000 pesos. Dicho coste fue cubierto en buena parte por los reyes de España Felipe II, Felipe III, Felipe IV y Carlos II.​ Anexos al núcleo central del edificio se agregarían con el paso de los años el colegio seminario, la capilla de las animas, y los edificios del Sagrario y de la Curia.
En 1675 fue concluida la parte central de la fachada principal, obra del arquitecto Cristóbal de Medina Vargas, que incluía la figura en relieve en piedra, de la Asunción de María, advocación a la que está dedicada la catedral, y las esculturas de Santiago el mayor y San Andrés custodiando. Durante lo que resta del siglo XVII se construye el primer cuerpo de la torre del oriente, obra de los arquitectos Juan Lozano y Juan Serrano. La portada principal del edificio y las del lado del oriente fueron construidas en 1688 y la del poniente en 1689. Se concluyeron los seis contrafuertes que sostienen la estructura por el lado de su fachada principal y los botareles que apoyan las bóvedas de la nave mayor.​​
Durante el siglo XVIII poco se hizo para adelantar en el término de la construcción de la catedral; en gran medida porque, ya concluida en su interior y útil para todas las ceremonias que se ofrecían, no se presentaba la necesidad urgente de continuar trabajando en lo que faltaba.
Aunque la obra hubiese sido suspendida de hecho, algunas obras al interior continuaron; hacia 1737 era maestro mayor Domingo de Arrieta. El hizo, en compañía de José Eduardo de Herrera, maestro de arquitectura, las tribunas que rodean el coro. En 1742 Manuel de Álvarez, maestro de arquitectura, dictaminó con el mismo Herrera acerca del proyecto de presbiterio que presentó Jerónimo de Balbás.
El 17 de septiembre de 1752, se colocó en la coronilla del cimborrio de esta iglesia una cruz de fierro, de más de tres varas, con su veleta, grabada en uno y otro lado la oración del Sanctus Deus, y en medio de ella un óvalo de a cuarta, en que se puso por un lado una cera de Agnus con su vidriera y en el otro lado una lámina en que se esculpió a Señora Santa Prisca, abogada de los rayos. La espiga de dicha cruz es de dos varas y todo su peso de catorce arrobas; se clavó en una peana de cantería.​
En 1787, el arquitecto José Damián Ortiz de Castro fue designado, tras un concurso en el que se impuso a los proyectos de José Joaquín de Torres e Isidro Vicente de Balbás, a dirigir las obras de construcción de los campanarios, la fachada principal y la cúpula. Para la edificación de las torres, el arquitecto mexicano Ortiz de Castro diseño un proyecto para hacerlas eficaces ante los sismos; un segundo cuerpo que parece calado y un remate en forma de campana. Su dirección en el proyecto continuó hasta su fallecimiento en 1793. Momento en el que fue sustituido por Manuel Tolsá, arquitecto y escultor impulsor del Neoclásico, quien llegó al país en 1791. Tolsa se encarga de concluir la obra de la catedral. Reconstruye la cúpula que resultaba baja y desproporcionada, diseña un proyecto que consiste en abrir un anillo mayor sobre el que edifica una plataforma circular, para levantar desde ahí una linternilla mucho más alta. Integra los flameros, las estatuas y las balaustradas. Corona la fachada con figuras que simbolizan las tres virtudes teologales (Fe, esperanza y caridad).​​​
Concluida la independencia de México, la catedral no tardó en ser escenario de capítulos importantes de la historia del nuevo país. Al ser el principal centro religioso y sede del poder eclesiástico, fue parte de distintos acontecimientos que involucraba la vida pública del México independiente.
El 21 de julio de 1822 se realizó la ceremonia de coronación de Agustín de Iturbide como emperador de México. Desde temprano sonaron las salvas de veinticuatro cañones, se adornaron balcones y las fachadas de los edificios públicos fueron engalanadas, así como atrios y portales de iglesias. En la catedral se colocaron dos tronos, el principal junto al presbítero y el menor cerca del coro.​ Poco antes de las nueve de la mañana, los miembros del Congreso y del Ayuntamiento ocuparon sus lugares destinados. Tropas de caballería e infantería hicieron valla al futuro emperador y a su séquito. Tres obispos oficiaron la misa. El presidente del Congreso, Rafael Mangino, fue el encargado de colocar la corona a Agustín I, acto seguido el propio emperador ciñó la corona a la emperatriz. Otras insignias les fueron impuestas a los recién coronados por los generales y damas de honor, el obispo Juan Cruz Ruiz de Cabañas y Crespo exclamó ¡Vivat Imperator in aeternum!, «¡vivan el emperador y la emperatriz!».​ Terminada la ceremonia, el tañido de las campanas y el estrépito de los cañones comunicaron al pueblo que la coronación se había consumado.​
En 1825 las cabezas de Miguel Hidalgo, Ignacio Allende, Juan Aldama y Mariano Jiménez rescatadas y resguardadas tras haber permanecido colgadas frente a la Alhóndiga de Granaditas en Guanajuato, fueron trasladadas desde la Parroquia de Santo Domingo hasta la Catedral Metropolitana en una procesión solemne. La marcha de los cráneos resguardados en una urna cubierta con terciopelo negro fue acompañada por el repicar de las campanas, las voces del Coro del Cabildo y las cofradías que en aquel entonces eran las responsables de las capillas de la catedral. Meses antes, esos mismos cráneos pendían frente a la Alhóndiga y ahora el arzobispo Pedro José de Fonte y Hernández Miravete daba autorización de que la Puerta Jubilar del recinto fuese abierta de par en par para recibir a los ya llamados ‘héroes’ de la Independencia.
También se recibieron los restos de José María Morelos, Francisco Javier Mina, Mariano Matamoros y Hermenegildo Galeana. Los restos fueron colocados en la Cripta de los Arzobispos y Virreyes y en aquel entonces se escribió: “A los honorables restos de los magnánimos e impertérritos caudillos, padres de la libertad mexicana, y víctimas de la perfidia y el nepotismo, la patria llorosa y agradecida erigió este público monumento”.
Sin embargo, allí no permanecieron mucho tiempo; hacia 1885, por órdenes del entonces presidente Porfirio Díaz Mori, los restos fueron sacados de la catedral y luego, de nueva cuenta, fueron llevados en procesión hacia el recinto catedralicio, pero esta vez, la procesión estaba encabezada por el presidente de la República, los Ministros y Secretarios de Ayuntamiento, autoridades civiles, organizaciones populares, banderas mexicanas y estandartes laicos que reflejaban el carácter de la época. De nueva cuenta, la Puerta Jubilar vio desfilar a los héroes de la Patria, aunque esta vez sin Morelos.
Entonces fueron colocados en la Capilla de San José, y allí estuvieron cerca de cuarenta años hasta que en 1925 salieron de la catedral para ser colocados en la base de la Columna del Ángel de la Independencia sobre paseo de la Reforma. El gobierno mexicano no se llevó el cuerpo, sin embargo, de Agustín de Iturbide, que permanece en la Capilla de San Felipe de Jesús.​
Siendo Arzobispo de México José Lázaro de la Garza y Ballesteros, se pronunció en contra de las Leyes de Reforma contenidas en la Constitución de 1857. En marzo de 1857, declaró durante un sermón, que las nuevas leyes eran "hostiles a la Iglesia". El 17 de abril, envió una circular a todos los sacerdotes de su diócesis "previniendo que no se absolviera sin previa retractación pública a los fieles que hubiesen jurado la constitución". Su postura fue escuchada por muchos empleados que se negaron a jurar la Carta Magna, quienes fueron destituidos de sus puestos por el gobierno mexicano. En diferentes partes del país, se realizaron diferentes pronunciamientos y levantamientos armados bajo el grito de "Religión y fueros".​
En consecuencia, la sociedad mexicana quedó dividida en dos facciones. Los liberales que apoyaron las reformas a la Constitución y los conservadores que la detractaban apoyando al clero. Estalló la guerra de Reforma en el territorio mexicano, estableciéndose dos gobiernos. Por una parte el Constitucional a cargo de Benito Juárez y el promulgado por una Junta del Partido Conservador bajo el mando de Félix María Zuloaga. El 23 de enero de 1858 el gobierno conservador quedó formalmente establecido, el gobierno de liberal tuvo que escapar de la capital. El Arzobispo ofició una misa en la catedral y para celebrar el acontecimiento se cantó el Te Deum. El 12 de febrero De la Garza envió una carta al presidente interino Zuloaga para congratular a su gobierno de forma oficial y brindarle su apoyo.​
Durante buena parte de los siglos XIX y XX, una serie de diversos factores influyeron para una parcial perdida de su patrimonio artístico; al natural deterioro del tiempo se le sumaron, los cambios generacionales en el gusto, los incendios, los robos, pero también la falta de un marco normativo y de una conciencia para la conservación del inmueble y sus propiedades, esto claro, tanto por las autoridades eclesiásticas como las gubernamentales. De esta manera ambos entes hicieron uso de los tesoros artísticos para solventar las consecuencias de la inestabilidad política y económica del país. Por ejemplo las lámparas y atriles de plata, así como los vasos de oro y otras joyas se fundieron para financiar las guerras de mediados del siglo XIX.
El cambio en la moda artística también influyó cuando el altar mayor del siglo XVII fue sustituido con un ciprés barroco en el siglo XVIII hecho por Jerónimo de Balbás; mismo que fue sustituido por el de Lorenzo de la Hidalga de estilo neoclásico y retirado para mejorar la visibilidad del Altar de los Reyes en 1943.
El 12 de junio de 1864 fue parte de la fastuosa recepción en la Ciudad de México de los emperadores Maximiliano de Habsburgo y Carlota Amalia, quienes asistieron a un misa de acción de gracias ese día en el inmueble.​
Como parte de la serie de eventos que derivaron en el desencadenamiento de la Guerra Cristera, el 4 de febrero de 1926, en el periódico El Universal se publicó una protesta que había declarado el arzobispo José Mora y del Río nueve años antes en contra de la nueva Constitución, pero la nota se presentó como una noticia nueva,​ es decir, como si se tratase de una declaración reciente.​ Por órdenes del presidente Calles —quien consideró la declaración como un reto al Gobierno— Mora y del Río fue consignado ante la Procuraduría General de Justicia y detenido; se clausuraron varios templos, entre ellos la misma catedral y se expulsó a los sacerdotes extranjeros. El artículo 130 constitucional fue reglamentado como la Ley de Cultos (conocida como Ley Calles), se cerraron las escuelas religiosas y se limitó el número de sacerdotes para que solo uno oficiara por cada seis mil habitantes. El 21 de junio de 1929, durante la presidencia de Emilio Portes Gil, la Iglesia y el Gobierno firmaron los arreglos que pusieron fin a las hostilidades en el territorio mexicano, con lo cual quedó reabierto el recinto.
El 26 de enero de 1979 recibió por primera vez en la historia la visita un sumo pontífice de la Iglesia católica, el Papa Juan Pablo II, quien en medio de un acto multitudinario, ofreció una histórica misa en la que habría de pronunciar una de sus célebres frases: ¡México siempre fiel!​ Sería hasta el 13 de febrero de 2016 que habría de sucederse una nueva visita por parte de un máximo líder católico, cuando el Papa Francisco acudió a una reunión con todos los obispos de las diócesis de México.​
La noche del 15 de septiembre de 2010 fue uno de los escenarios protagónicos de los festejos del bicentenario de la independencia; un espectáculo multimedia de imágenes y sonido proyectado sobre su fachada principal, acompañada de fuegos artificiales, fue el cierre de los eventos principales en el Zócalo capitalino.
El 17 de enero de 1967, un cortocircuito generó un importante incendio en la catedral. En el altar del perdón, se perdió parte de la estructura y decoración, así como las pinturas La Santa Faz de Alonso López de Herrera, El Martirio de San Sebastián de Francisco de Zumaya y La Virgen del Perdón de Simon Pereyns. En el coro se perdieron 75 de sus 99 asientos, una pintura de Juan Correa y muchos libros que se encontraban en el mismo. Los dos órganos de la catedral fueron muy dañados al fundirse parcialmente sus tubos. En otras partes de la catedral se dañaron destacadas pinturas de Rafael Ximeno y Planes (en la cúpula), Juan Correa y Juan Rodríguez Juárez. Cuatro años después del incendio, en 1972, se iniciaron las obras de restauración de la catedral, para devolverle su aspecto original.​
Los altares del perdón y de los reyes fueron limpiados y restaurados. En el Altar del Perdón, se añadieron varias pinturas que sustituyeron a las quemadas, La huida de Egipto, El Divino Rostro y El martirio de San Sebastián, todas obras de Pereyns. Además, se encontraron 51 pinturas, obras de Nicolás y Juan Rodríguez Juárez, Miguel Cabrera y José de Ibarra, ocultas tras el altar. Los órganos fueron desmantelados y enviados a los Países Bajos donde fueron reparados en un proceso que se prolongó hasta 1977. En el interior de uno de los órganos se encontró una copia de 1529 del nombramiento de Hernán Cortés como gobernador de Nueva España. El coro fue reconstruido en 1979. En el exterior, algunas de las estatuas fueron reparadas o sustituidas por réplicas debido a los daños que presentaban por la contaminación. En la pared del arco central de la catedral fue encontrado el sepulcro del presidente Miguel Barragán.​
La construcción de la catedral en suelo inestable conllevó problemas desde el inicio de las obras. La catedral, junto con el resto de la ciudad, se hunde en el lecho del lago desde el comienzo de su construcción. Este proceso se aceleró a raíz de la sobreexplotación de los acuíferos subterráneos por parte de la enorme población que habita en el lugar. Aunque desde finales del siglo XIX, se hicieron trabajos de intervención en la áreas afectadas por el hundimiento diferencial, especialmente bóvedas y muros, estas eran únicamente labores correctivas, que no atendían el proceso degradador del progresivo descenso de la estructura, acrecentado por su peso (incluidos cimientos) de 127 000 toneladas.
Fue hasta 1933 que se implementó el primer plan de diagnóstico y solución a los problemas estructurales, a cargo de los arquitectos Manuel Ortiz Monasterio y Manuel Cortina García. Partiendo de este se concretaron tres alternativas para aminorar el impacto del hundimiento, que básicamente se limitaron a restar peso a la estructura y carga a la cimentación: Demolición de los edificios del Seminario; Iniciar la reparación de la estructura del Sagrario, que evidentemente era la que mayores problemas mostraba en su esqueleto; Vaciar las celdas de la cimentación formadas en la retícula de contra trabes y el empleo de este espacio para la implementación de criptas funerarias. Todas estas obras se realizaron entre 1933 y 1942.​
Sin embargo los movimientos sísmicos y las obras del metro acrecentaron el problema primigenio de la catedral, el suelo irregular de su asentamiento. Este hecho provocaba el hundimiento a ritmos diferentes en distintas secciones de la catedral, así, los campanarios, presentaban una peligrosa inclinación en la década de 1970. Luego del sismo de 1985, en el que no se habían presentaron daños mayores, las pequeñas grietas de las bóvedas, se agrandaron con las lluvias de abril de 1989, provocando la fractura de una de ellas.
En 1990, dieron comienzo unos trabajos para la estabilización de la catedral, aunque se encontraba construida sobre una base sólida,​ esta se localizaba a su vez sobre un suelo de arcilla blanda que era una amenaza para su integridad estructural, puesto que se sufría un hundimiento sobre las capas freáticas inferiores, produciendo un daño de la estructura. Por ello, la catedral fue incluida en la World Monuments Fund como uno de los cien sitios en mayor riesgo. Tras la estabilización y conclusión de los trabajos, la catedral fue eliminada de dicha lista en 2000.​ Antes de comenzar la subexcavación se tomaron precauciones para salvaguardar la estructura ante algún movimiento imprevisto en la cimentación. Se colocó una estructura de apuntalamiento de la cubierta en la parte que es soportada por las columnas; esto, a base de torres y arcos formados por tubos de acero, provistos de mecanismos que permiten ajustar su altura y controlar la carga que va variando por los asentamientos del piso que son producidos por la subexcavación. Adicionalmente, se colocaron tirantes para restringir la posible abertura de arcos y bóvedas de la nave principal y las procesionales. Considerando la situación particularmente crítica para algunas columnas sujetas a cargas axiales y desplomos elevados, se colocó en siete de ellas un zuncho a base de elementos de acero, para protegerlas de alguna sobrecarga accidental durante el proceso. Una vez terminados los trabajos preparatorios, la subexcavación comenzó en agosto de 1993 y se dio por terminada en mayo de 1998.
La subexcavación consiste en hacer descender de manera lenta y controlada las partes más altas en la base del edificio, mediante la extracción de suelo en los estratos más compresibles debajo de ellas. Se excavaron 32 lumbreras, a partir del nivel de criptas y una profundidad de 20 m, distribuidas en las zonas donde era necesario generar los hundimientos bajo la catedral y el sagrario. Bajo la catedral se excavaron pozos y se colocaron ejes de hormigón que propiciaron una base más sólida al edificio. Con ello no se detuvo el hundimiento pero sí asegura que sea uniforme. Además, se corrigió la inclinación de las torres.
El propósito no sólo fue eliminar parte de los hundimientos diferenciales, sino también producir movimientos que favorecieran la estabilidad estructural de ambos edificios. El desnivel máximo que existía entre puntos del piso de la catedral, era de 240 cm. Este se redujo en 83 cm, lo que representa una corrección de 34%.​​
A la par del rescate estructural del edificio, también se iniciaron trabajos de remodelación, acondicionamiento y rescate del interior del conjunto arquitectónico, sobresaliendo entre otras, la del Altar de los Reyes, que se realizó en colaboración con el gobierno de España; la consolidación de las grietas en los muros y las bóvedas, teniendo especial atención la del Sagrario Metropolitano, que era la de mayor deterioro; y el refuerzo interior de las columnas con costuras armadas. El proyecto de intervención a cargo del ingeniero Sergio Zaldívar Guerra, entonces director general de Sitios y Monumentos del Patrimonio Nacional, se convirtió en un programa permanente de monitoreo, diagnóstico y atención emergente del recinto catedralicio, a través de sistemas de seguimiento y control de los movimientos sísmicos, hundimientos y variaciones en la estructura para garantizar la estabilidad del edificio.​​​
El sistema de monitoreo y protección a la cimentación de la catedral, fue puesto a prueba durante el terremoto del 19 de septiembre de 2017, y en efecto respondió de manera positiva; sin embargo no ocurrió lo mismo para interiores y exteriores del recinto, que por primera vez sufrieron daños que, si bien eran superficiales y estéticos, evidenciaron desgastes y degradación de las estructuras no ligadas a la cimentación, sino al valor patrimonial del templo.
Entre los daños más significativos estuvo la caída de la escultura de la Esperanza del conjunto escultórico de las virtudes teologales en el remate de la fachada principal; el derrumbe de la cruz de la torre oriente (que a la vez perforó una bóveda del Sagrario Metropolitano); grietas en la bóvedas, desfasamiento de dovelas en los arcos y desprendimiento de aplanados.
En 2019 inició el proyecto más exhaustivo de intervención a la catedral desde el rescate de los años 1990. En una primera etapa de atención, a cargo de la Dirección General de Sitios y Monumentos del Patrimonio Cultural, con el acompañamiento del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH), y del Instituto de Ingeniería de la Universidad Nacional Autónoma de México, se realizaron trabajos de mantenimiento al sistema de pilotes de control, erradicación de flora parásita, calafateo de grietas, y rehabilitación de instalación eléctrica y sistema de pararrayos; trabajos que tuvieron una inversión de 20 millones de pesos y una duración de dos años.​
La segunda etapa de la restauración, enmarcada en el proyecto nacional de reconstrucción del gobierno federal, inició el 7 de septiembre de 2022. En esta ocasión se intervendrían, con un costo de 84 millones de pesos, las torres, la cúpula, la fachada principal y la bóveda central del Sagrario. Las dos torres fueron cubiertas con gigantescos andamios para trabajos de consolidación de su estructura y soporte, esto a través de la inyección de una sustancia semilíquida para anclar la grietas y fisuras; al tiempo que se hicieron trabajos de mantenimiento a los campanarios y las piezas ornamentales o escultóricas de ambos soportes, entre ellos la reposición de la cruz caída en 2017; en el caso de la bóvedas se realizó un cosido de grietas con piezas de mampostería; en tanto la cúpula, así como su linternilla recibieron trabajos de limpieza, eliminación de flora nociva, apuntalamiento y consolidación; finalmente, la fachada principal recibió trabajos de limpieza y restauración de elementos perdidos en el sismo de 2017. Esta segunda etapa concluyó en enero de 2023.​​
La tercera etapa (y última) de esta intervención tuvo como finalidad la reinstalación de las tres esculturas de las "Virtudes teologales", retiradas después del sismo del 2017, esta concluyó el 27 de febrero de 2024. La primera de ellas, "La Esperanza", la única que cayó a causa del terremoto, fue restaurada completamente, en tanto "La Fe" y "La Caridad" tuvieron únicamente trabajos de reparación superficial y limpieza; a las tres se les recolocaron elementos ornamentales perdidos a lo largo de dos siglos y finalmente serían fijadas definitivamente, recordando que originalmente solo estaban superpuestas.​
La fachada principal de la catedral presenta orientación sur. En ella se abren tres puertas, siendo la central de mayor tamaño que las laterales. La puerta central está flanqueada por parejas de columnas separadas por hornacinas en las que se encuentran las esculturas de san Pedro y san Pablo. Sobre la puerta se encuentra un altorrelieve en mármol de la Asunción de la Virgen María, inspirado en una obra del pintor flamenco Peter Paul Rubens, al igual que el resto de relieves de las fachadas; flanqueada igualmente por parejas de columnas, estas tritóstilas, en cuyas hornacinas se encuentran las esculturas de san Andrés y San Mateo. Por encima, se encuentra el escudo de México, con el águila con las alas extendidas. El conjunto lo culmina la torre del reloj, sobre el cual se encuentran las esculturas que representan la Fe, la Esperanza y la Caridad, obras del escultor Manuel Tolsá.​​ La escultura de la Esperanza cayó durante el terremoto del 19 de septiembre de 2017 y sería reinstalada, luego de su restauración, en 2024.​​
La fachada oeste fue construida en 1688 y reconstruida en 1804. Presenta una portada dividida en tres secciones con imágenes de los cuatro evangelistas. Presenta un gran relieve que representa a Jesús entregando las llaves del cielo a san Pedro. Por su parte, la portada este es similar a la anterior, con cuatro apóstoles ocupando las hornacinas, con san Pedro a la cabeza, y un relieve de la nave de la iglesia navegando por los mares de la eternidad. La fachada norte fue construida en el siglo XVI en estilo herreriano, es la parte más antigua de la catedral y la de menor altura.​​
Las torres fueron construidas entre 1787 y 1791, a pesar de que entre 1642 y 1672 se construyó la base y primer cuerpo de la torre oriental. Las obras estuvieron a cargo del arquitecto José Damián Ortiz de Castro. Las torres de la catedral presentan una altura de entre 64 y 67 metros cuyo acceso interior se realiza mediante unas escaleras elipsoidales construidas en madera. El remate de las torres presenta forma de campana, construida con roca tezontle procedente de Chiluca. Ambas torres, están coronadas por una cruz de metal sobre una esfera también de metal. La esfera de la torre oriental fue utilizada como cápsula del tiempo, en 2007, durante los trabajos restauración de la catedral, fue abierta y se descubrió en su interior una caja de plomo con medallas religiosas, monedas de la época, un relicario, una cruz de palma, diversas imágenes de santos y oraciones y testimonios autorizados por el cabildo de la catedralicio. Bajo la esfera, en la parte más alta de la torre, se encontró la inscripción «14 de mayo de 1791. Tibursio Cano» tallada en la piedra.​ La cruz de la torre oriente cayó durante el terremoto del 19 de septiembre de 2017.
Cada torre tiene ocho esculturas representativas de santos protectores de la ciudad, siendo cuatro de doctores de la Iglesia occidental y las otras cuatro de doctores de la Iglesia en España. Las esculturas de la torre occidental son obra de José Zacarías Cora y representan a Gregorio Magno, Agustín de Hipona, Leandro de Sevilla, Fulgencio de Cartagena, san Francisco Javier y a santa Bárbara. Por su parte, las de la torre oriental fueron esculpidas por Santiago Cristóbal de Sandoval y representan a san Ambrosio, san Jerónimo, santa Rosa de Lima, santa María, san Felipe de Jesús, san Hipólito y san Isidro Labrador.
Las dos torres cuentan con espacio para albergar 56 campanas, aunque, a día de hoy existen 35, ubicándose 23 en la torre oriental, 11 en la occidental, y una más fuera de las dos torres que se ubica bajo un nicho cerca del coro. La campana de mayor tamaño de todas tiene el nombre de «Santa María de Guadalupe», fue fundida por Salvador de la Vega en 1791 y colocada en 1793, pesa alrededor de trece toneladas. La campana más antigua se fundió en 1578, y es conocida como «Santa María de la Asunción» o «Doña María», tiene un peso aproximado de 7 toneladas y fue colocada en 1653, al igual que «La Ronca», conocida así por su tono grave. La más moderna es del año 2002, fue colocada con motivo de la canonización de Juan Diego Cuauhtlatoatzin y fue bendecida por el papa Juan Pablo II.
Las campanas de la catedral han repicado en momentos importantes en la historia de México, así, convocaron al pueblo al recate de El Parián en 1682; repicaron en la coronación del emperador Agustín de Iturbide, en su fallecimiento y entierro; convocaron al pueblo a las defensa de la ciudad ante la invasión estadounidense el 14 de septiembre de 1847 y marcaron el inicio de las festividades del centenario de la Independencia nacional el 15 de septiembre de 1910 y del Bicentenario de la Independencia Nacional el 15 de septiembre de 2010. Repican en su totalidad todos los años en la fiesta de Corpus Christi; en la noche del 15 de septiembre; en la noche de Navidad, en la misa de Año Nuevo y en la misa de Pascua de resurrección.
Se terminó con adaptaciones al proyecto de Ortiz de Castro. En el interior también se representó la Asunción de la Virgen (Rafael Ximeno y Planes, 1810). La cúpula que existe hoy en día, es obra de Manuel Tolsá, y de tambor octogonal, levantada al centro del crucero, sobre cuatro columnas y rematada por una linternilla. Las actuales ventanas son de Matías Goeritz. En el incendio de 1967, ocasionado por un corto circuito en el Altar del Perdón la pintura de la Asunción se consumió.​
La Catedral Metropolitana ha tenido a lo largo de su historia cuatro altares mayores, los tres primeros, con forma de tabernáculo exento de los muros, de modo que este podía rodearse y colocar altares en sus caras principales; el primero fue elaborado en el s. XVI, este fue sustituido por un ciprés barroco en la modalidad estípite, que a su vez fue remplazado a mediados del s. XIX, por un ciprés de estilo neoclásico, obra de Lorenzo de la Hidalga. Este último fue demolido en los años cuarenta del siglo XX. Con motivo del Jubileo del año 2000, se realizó una nueva mesa del altar mayor para sustituir a la anterior. Esta fue construida en estilo modernista por el arquitecto Ernesto Gómez Gallardo.
El Altar de los Reyes se encuentra en el ábside del templo, detrás del Altar Mayor. Es obra de Jerónimo de Balbás, autor entre otros, del Altar del Perdón de esta misma catedral, y del desaparecido Altar Mayor de la iglesia del Sagrario de la catedral de Sevilla. Su construcción se inició en 1718, está realizado en estilo churrigueresco​ en madera de cedro blanco y ayacahuite pandorada, fue finalizado en 1737 por Francisco Martínez, lo que lo convierte en la obra churrigueresca más antigua de México. Mide 25 metros de altura, 13.75 m de ancho y 7.5 m de profundidad, debido a estas dimensiones es conocido como «la cueva dorada». Fue restaurado en 2003.​
El retablo se divide en tres calles, presentando una exuberante composición de pilastras, columnas, follaje, guirnaldas y querubines. Toma su nombre de las tallas de santos pertenecientes a la realeza que forman parte de su decoración.​ En la parte inferior, de izquierda a derecha, aparecen seis reinas canonizadas: Margarita de Escocia, Helena de Constantinopla, Isabel de Hungría, Isabel de Portugal, Cunegunda de Luxemburgo y Edith de Wilton. En el centro del altar se encuentran seis reyes canonizados: Hermenegildo, Enrique II del Sacro Imperio Romano Germánico, Eduardo el Confesor y Casimiro de Polonia, ubicados en una posición inferior, y Luis IX de Francia y Fernando III de Castilla, ubicados en una posición superior a los cuatro anteriores. En el centro de estos reyes se encuentra una pintura al óleo de la Adoración de los Reyes de Juan Rodríguez Juárez que muestra a Jesús como Rey de reyes. La parte superior cuenta con una pintura de la Asunción de la Virgen, del mismo autor, como reina celeste. La pintura de asunción está flanqueada por dos bajorrelieves ovalos que representan a San José con el niño Jesús y a Santa Teresa de Ávila con una pluma en la mano y el Espíritu Santo, que la inspira a escribir, por encima de ella. El retablo se completa con las imágenes de Cristo y María rodeados de ángeles que portan atributos de alabanzas a la virgen como Fuente Sellada, Casa de Oro, Pozo de Agua Viva y Torre de David. El conjunto está coronado por una doble bóveda dorada en la que aparece la imagen de Dios Padre sosteniendo el mundo.​
La sillería del coro está fabricada en una excelente talla de tapincerán. Tiene dos niveles de sitiales: el alto para canónigos y el bajo para seises y sochantres. En la parte superior presenta 59 relieves de obispos y santos realizados en caoba, nogal, cedro y tepehuaje. La sillería del coro fue realizada por Juan de Rojas entre 1696 y 1697. También fue dañada en el incendio de 1967.
En el centro del coro, entre la reja y la sillería, está un facistol de caoba, adornado con figuras de marfil, una de las cuales, es un crucifijo que corona toda la obra. Se usa para sostener los libros de canto, y está conformado por tres cuerpos.
La portada del coro y la crujía fueron realizadas según el diseño del pintor Nicolás Rodríguez Juárez bajo la supervisión del sangley Quiauló. La reja del coro fue realizada en 1722 por Sangley Queaulo. La construyó en Macao, China, utilizando tumbaga y calain. Fue estrenada en 1730 sustituyendo a una anterior de madera.​
La catedral ha tenido varios órganos en su historia.​ La primera vez que consta de su existencia es un informe por escrito al rey de España en 1530, aunque no aparecen detalles del mismo. En 1655, Diego de Sebaldos construyó un órgano. El primer gran órgano, que es el órgano de la Epístola (lado derecho) lo construyó Jorge de Sesma en Madrid en 1690 y fue instalado en la catedral por Tiburcio Sanz en 1695.​​ Los dos órganos actuales de la catedral fueron construidos en México por el español José Nassarre entre 1734 y 1736.​ En el órgano del Evangelio, Nassarre reutilizó elementos del órgano de Jorge de Sesma.​ En el incendio de 1967 sufrieron importantes daños, por lo que fueron restaurados en 1978 por la compañía organera Flentrop y posteriormente restaurados entre 2008 y 2014 por Gerhard Grenzing.​
Se ubica en el trascoro, en la parte delantera de la nave central. El retablo fue realizado por el arquitecto español Jerónimo de Balbás en 1735, siendo una de sus obras más importantes. Es barroco, acabado en pan de oro, representa el primer uso del estípite en las Américas, en el cual, las columnas representan el cuerpo humano. A principios de 1967 hubo un incendio en la catedral que dañó el altar. Gracias a la restauración practicada, se puede apreciar el día de hoy.​
Se llama así porque se encuentra detrás de la puerta del mismo nombre. Aunque hay otras dos leyendas sobre el origen del nombre, la primera establece que los condenados por la Inquisición eran llevados al altar para pedir perdón antes de su ejecución. La segunda, se refiere al pintor Simon Pereyns, autor de muchas obras en la catedral, que al parecer fue acusado de blasfemia y condenado a prisión, mientras estaba en la cárcel, pintó una bella imagen de la Virgen María, por lo que su crimen fue perdonado.​
En este altar se encuentra la imagen de Jesucristo crucificado realizada en pasta de caña de maíz conocida como el Señor del Veneno.​ La imagen data del siglo XVIII y originalmente se encontraba en la capilla del Seminario de Porta Coeli de Ciudad de México, pero tras ser clausurada al culto público en 1935, fue trasladada a la Catedral Metropolitana.​
La capilla sirve de asiento a la torre más antigua del templo, fue techada entre los años 1624 y 1627, y se utilizó originalmente como sacristía. La capilla presenta un estilo medieval, con la bóveda acanalada y dos retablos simples. En su retablo lateral derecho cuenta con una pintura ovalada del siglo XVI, obra del pintor flamenco Martín de Vos, San Rafael, arcángel y el joven Tobías. En la parte superior de este retablo se encuentra una pintura de la Virgen del Carmen y por encima de esta otra pintura de la Última cena. El retablo frontal que preside la capilla, es de estilo churrigueresco, y está presidido por una pintura de la Virgen de las Angustias de Granada.
En el siglo XIX se perdió el banco original del retablo lateral por lo que en 1964 le fue colocado otro elaborado por Miguel Ángel Soto, por encargo de la Comisión Diocesana de Orden y Decoro. El retablo principal fue mutilado en el siglo XX. Una escultura que albergaba de san Felipe de Jesús se encuentra ahora en Tepotzotlán y un lienzo de san Nicolás de Bari se integró a la colección pictórica que se ubicó en el sagrario y que fue posteriormente desmantelada.
Conocida también como capilla del Santo Cristo Negro, El Señor del Veneno. También terminada entre 1624 y 1627, comunica internamente a la catedral con el sagrario, debido a que el Cabildo decidió abrir un acceso que la convirtió en “simple pasadizo”. Cuenta con una portada barroca en cantera gris, obra de Lorenzo Rodríguez (de fines de 1767 y principios de 1768).
Terminada su bóveda durante el período constructivo de 1624-1648, contó originalmente en su testero con un “retablo reticulado, con soportes salomónicos datable en el último tercio del siglo XVII” dedicado a Santa Ana y con seis tablas de Juan Sánchez Salmerón. Tan solo se conservan en la iglesia dos pinturas colocadas en la capilla de la Divina Providencia: la Anunciación a Santa Ana y Los desposorios de la Virgen. Las telas dedicadas a La Purísima con San Joaquín y Santa Ana, La aparición del Arcángel a San Joaquín y El nacimiento de la Virgen se localizan ahora en el Museo del Virreinato.
El 21 de julio de 1752 el canónigo Joaquín Zorrilla regaló a la capilla una importante lámpara de plata que fue fundida en 1847. El sacristán mayor, bachiller Ventura López, no se quedó atrás y también donó un “nicho de vidrios azogados, dentro del cual había dos ceras de Agnus y algunas reliquias; más un Santo Niño recostado en una cruz de madera, con dos chapetas de plata sobredorada”, además de esmeraldas y perlas finas. No se sabe el destino de estas piezas.
El arzobispo michoacano Labastida y Dávalos –quien decidió su nueva advocación- ordenó la primera remodelación de la capilla, colocando un altar neoclásico de alabastro proveniente de la Hacienda de los Negros en Guadalajara, y que fue compartido con la Capilla de San José. Finalmente reconstruido fue enviado al templo de la Asunción en la colonia Industrial, donde desapareció en 1985.
En pleno siglo XX la capilla obtuvo nuevamente un retablo barroco de la modalidad anástila (sin columnas), el del Altar de San José localizado primeramente en el muro oriente de la portada norte. Este altar contiene obras de Simón Pereyns, Baltasar de Echave Orio y José de Ibarra.
Desaparecieron de la capilla un medio punto del siglo XVII que representaba a Jesús en gloria y una pintura de la Asunción de la Virgen de José Ibarra, además de las esculturas representativas de Santa Ana, San Joaquín, San Antonio de Padua, San Lorenzo, San Nicolás Tolentino y dos santos niños.
Fue techada en la tercera etapa de cerramiento del edificio, entre 1653 y 1660, y utilizada antes de la segunda consagración catedralicia, primero como bautisterio y después como sala de juntas de la archicofradía del Santísimo Sacramento y de la Caridad.
Contó con retablos del siglo XVII ensamblados entre 1670 y 1675, que fueron renovados en 1754 mediante un contrato entre la archicofradía y José Joaquín de Sáyago, incluyendo el retablo de Guadalupe y los costados dedicados a San Juan Bautista y lienzos de Cristo Nuestro Señor. En 1807 se decide intervenir nuevamente estos retablos en virtud de que “ya están muy antiguos, están notablemente deteriorados e indecentes por lo que no corresponde al decoro de la misma Santa Iglesia ni al esplendor de un cuerpo tan ilustre y distinguido como la Archicofradía”. La obra es realizada entre 1807 y 1809 (conforme al dictamen de la Real Academia de San Carlos), por José Martínez de los Ríos, con la colaboración, para diecisiete esculturas, de Clemente Terrazas.
Fueron trabajados tres altares: el central continuó dedicado a la Guadalupana, flanqueada por San Joaquín y Santa Ana; el izquierdo dedicado a San Juan Bautista, con sus padres San Zacarías y Santa Isabel; y el derecho que cambió de advocación en 1809, antes con lienzos de Cristo vinculado al Santísimo Sacramento y después dedicado a los jesuitas San Luis Gonzaga, San Estanislao Kostka y San Juan Francisco Regis.
Está consagrada a la advocación mariana del mismo nombre, y en el retablo principal, neoclásico, obra de Juan de Rojas (1718), hay una copia de la imagen de la Virgen de la Antigua cuyo original se encuentra en la catedral de Sevilla. Esta imagen de influencia bizantina era muy venerada por la población española de la Ciudad de México durante el período colonial.
Bajo la imagen de la virgen hay una magnífica escultura sevillana del Niño Jesús, original de la primera mitad del siglo XVII y atribuida a Juan Martínez Montañés. Es conocida popularmente como El Santo Niño Cautivo, debido a que permaneció en Argel junto a Francisco Sandoval de Zapata, racionero de la catedral, quien fue hecho prisionero por piratas del norte de África en 1622, cuando llevaba la escultura hacia México.
La capilla de San Pedro custodia otros dos retablos. El primero y principal está dedicado a honrar la vida del santo apóstol y fue edificado hacia 1670. En él se observan ya los lineamientos del barroco temprano en los que aún se observan elementos manieristas como los relieves de lacería, las ménsulas y los pinjantes.
El retablo está formado por tres cuerpos, el último de los cuales se integra al espacio arquitectónico dejando al centro el vano de la ventana. El retablo se merece una mención especial por su decoración general en la que sobresalen los variados motivos vegetales e inanimados propios del barroco. En cuanto a las pinturas de este retablo, no se ha podido saber a ciencia cierta quiénes fueron los autores, se trata de obras cuyo tema es la vida de San Pedro, y en un pasaje se recuerda el martirio del apóstol que pidió ser crucificado de cabeza “por no ser digno de morir como su maestro”.
Se construyó entre 1610 y 1615 dedicada al Santo Cristo de los Conquistadores. También recibe el nombre de Capilla de reliquias por las reliquias insignes guardadas en los retablos barrocos. Según algunos historiadores la imagen de Cristo crucificado conocida como el "Santo Cristo de los Conquistadores" (s. XVI o XVII) fue un regalo de Carlos V, otros sostienen que se trata de una obra realizada en estas tierras, lo cierto es que ya en la primera catedral recibía gran veneración.
Las pinturas y esculturas escenifican momentos de la pasión de Cristo uniendo a este tema la pasión o tormento de los santos y santas màrtires. La escultura del "Santo Entierro" es utilizado todos los años en la procesión del Viernes Santo. El retablo de la derecha tiene al centro una Virgen de Guadalupe, de José de Ibarra, ante la que se juró a Santa María de Guadalupe como la Patrona General y Universal de todos los reinos de la Nueva España el 4 de diciembre de 1746, y que conserva una reliquia del ayate de Juan Diego Cuauhtlatoatzin. Las reliquias de esta capilla se exponen anualmente el día de todos los santos y el día de los fieles difuntos (1 y 2 de noviembre). De acuerdo a la tradición, en esta capilla se custodian reliquias de, entre otros, San Vicente de Zaragoza, San Vito, Santa Úrsula, San Gelasio, San Vital de Milán, así como una astilla de la Vera Cruz y una espina de la corona de Jesús.
La Capilla de San Felipe de Jesús se terminó en la primera etapa constructiva de la catedral, en 1615; su bóveda fue cerrada en piedra de cantera con nervaduras al estilo gótico, ya que es una de las techumbres más antiguas del templo. Aquí se encuentran los restos de Agustín de Iturbide. Asimismo, aquí se conserva el corazón de Anastasio Bustamante. En esta capilla se encuentra una escultura alusiva al primer santo mexicano: San Felipe de Jesús. Esta obra, a modo de ver de muchos críticos de arte, es la escultura estofada, tallada y policromada mejor elaborada de Iberoamérica.​
Es de las más antiguas de la catedral. Terminada hacia 1600 estuvo dedicada a la archicofradía del Santísimo Sacramento, que la decoró suntuosamente. Fue dedicada a la Virgen de los Dolores cuando se colocó en el altar central la escultura, obra de Clemente Terrazas. Esta imagen estuvo en la capilla de Palacio Nacional en la época de Maximiliano I de México.
Se estrenó el 8 de diciembre de 1648 estuvo dedicada al gremio de los plateros que colocaron en ella dos imágenes de plata maciza, una de la purísima concepción y otra de San Eligio o Eloy.
La decoración de toda la capilla es estilo neoclásico pertenece la primera mitad del siglo XIX.
La capilla dedicada a la Virgen de la Soledad fue abierta al culto en la segunda mitad del siglo XVII. Ella protege a los albañiles y obreros que participaron en la construcción de la catedral. El retablo principal está formado por dos cuerpos y un remate, en él se aprecian las columnas salomónicas de capitel corintio que separan las entrecalles. Es una virgen de la Soledad copia de una imagen española. El retablo puede ser ubicado en la década de 1670-1680 gracias a las pinturas con el tema de la Pasión de Cristo hechas por el pintor Pedro Ramírez.
Su retablo principal es barroco, procedente de la antigua iglesia de Nuestra Señora de Montserrat y tiene en el centro la imagen de San José con el Niño, rodeado de santos, entre los que destaca Santa Brígida de Suecia. El retablo lateral es una composición de pinturas barrocas, que consiste en El triunfo de la Fe, La transfiguración, La circuncisión y La asunción.
Hay un antiguo Ecce homo sedente, llamado popularmente el Señor del cacao. Es una escultura mexicana de caña de maíz procedente de la primera catedral, y muy venerada por los indígenas durante la colonia, quienes a falta de monedas depositaban como ofrenda semillas de cacao, que en época prehispánica se consideraban valiosas piezas de cambio. En la actualidad es común que los niños depositen ofrendas en forma de caramelos.
Entre los retablos que decoran el interior de la capilla, el principal está dedicado a honrar a los santos tutelares de la capilla. Consta de dos cuerpos, el remate y tres entrecalles. Es uno de los retablos catedralicios del siglo XVII en los que se puede afirmar que tiene un acento manierista y como prueba de ellos están las columnas clasicistas estriadas. El retablo fue concebido para albergar pinturas, las cuales exaltan la vida de los santos médicos Cosme y Damián y se deben al pintor Sebastián López Dávalos. Al centro hay un antiguo crucifijo de madera conocido como el Señor de la Salud, que es invocado contra enfermedades y se considera protector de la ciudad en casos de epidemias. La última vez que la imagen fue sacada a la calle en procesión y trasladada al altar del perdón fue en 2009, con ocasión de la epidemia de gripe A (H1N1); la imagen no se sacaba desde 1850,​ cuando hubo una epidemia de peste en la ciudad. Por su parte, en 2020 la imagen fue expuesta en el Altar de los Reyes para pedir por la finalización de la pandemia por coronavirus.​
Un pequeño retablo lateral está consagrado al nacimiento de Jesús, y proviene del templo franciscano de Zinacantepec.
Sirve de basamento a la torre occidental, y fue concluida entre 1653 y 1660. Esta primera capilla fue destruida por un incendio en 1711, por lo que fue inmediatamente sustituida por la actual, finalizada en 1713. Cuenta con unos fastuosos retablos barrocos con esculturas estofadas y policromadas, obras de Manuel de Nava, que representan a los siete arcángeles.
Es el espacio más antiguo de la catedral. En 1626, al ordenar el virrey Rodrigo Pacheco y Osorio, Marqués de Cerralvo (1624-1635) la demolición del antiguo templo, la Sacristía funcionó (hasta 1641) como el lugar donde se celebraban los oficios. Lógicamente ahí fue colocado el altar mayor y según el inventario de 1632, este contaba con dos atriles, uno de hierro dorado y el otro de plata hecho por el maestro Pedro Ceballos.
En el interior de la sacristía se pueden admirar enormes cuadros de los pintores novohispanos Cristóbal de Villalpando y Juan Correa. Los títulos de los cuadros son: El Triunfo De La Iglesia, La aparición de San Miguel, La Mujer del Apocalipsis (Villalpando); El Tránsito De La Virgen y La Entrada De Cristo A Jerusalén (Correa). Asimismo, hay una pintura atribuida al pintor español Bartolomé Esteban Murillo.
No se cuenta aún con la suficiente documentación para darse idea de la decoración interior que presentaba entre 1641 y 1684, pero en cambio, si se registran abundantes ornamentos y orfebrería en los inventarios de 1632, 1649, 1654 y 1669, dando pistas sobre lo que había.
Los muebles que hoy alberga son del último tercio del siglo XVIII: armarios y cajoneras en madera de bálsamo “que se apegan fielmente a los preceptos que al respecto formuló San Carlos Borromeo”, cardenal y arzobispo de Milán, en sus instrucciones de la fábrica y del ajuar eclesiásticos de 1577.
Juan de Viera comenta que en las cabeceras de la Sacristía había “dos mesas de caoba de China, negras como azabache, donde se ponen los cálices preparados para el sacrificio, siendo sus tableros de una pieza de dos varas de ancho y dos y medio de largo”. Y continúa señalando que la “caxonera” es de maderas “exquisitíssimas de palo de Saongolica y otros, con sus cerrajes dorados y repartidos a proporción, alacenas con puertas de la misma madera... y en la circunferencia... junto a los caxones distantes dos varas, sillas de brazos de la misma caoba”. Dichas cajoneras fueron alteradas en fecha reciente debido, al parecer, a problemas de funcionamiento.
Todavía el libro de Toussaint de 1948 registra fotográficamente el ajuar de sillas con patas de cabriola y una credenza con cajones de faldones abombados, patas de cabriola y garra, además de relieves fitomorfos.
El armario para cálices, originalmente ubicado en el muro poniente bajo la Virgen del Apocalipsis de Cristóbal de Villalpando, albergaba gran número de “cálices de oro y vasos del mismo metal guarnecidos de finísimas piedras y otras vasijas y vasos sagrados, candeleros, pedestales, acheros de plata sobre dorada y cruceros... es mucha su riqueza. Solo de custodias de oro y diamantes tiene cinco, sin una nueva que ha costado 116 000 pesos”. El inventario de 1662 da cuenta de los aguamaniles, uno de ellos obra del platero Ena.
En 1957 se cambiaron el piso y la tarima perimetrales de madera por otro pétreo escalonado; se colocó una reja gemela a la de la sala Capitular (adaptada por el arquitecto Antonio G. Muñoz) para vestibular el espacio creándose una antesacristía. También el maestro Soto alteró las proporciones originales de algunas cajoneras: fue cortada la cajonera corrida del muro testero y se colocó al centro un oratorio de caoba “de gusto híbrido”.
Por último, el lienzo de la Virgen de Guadalupe con donante, obra de Francisco Martínez realizada en 1747 que permaneció largo tiempo en el sótano, ahora preside la sala Guadalupana del antiguo edificio de la Curia de la virgen de guadalupe
Bajo el Altar de los Reyes se encuentra la cripta de los arzobispos, en la que se encuentran los restos de los arzobispos de México, desde Fray Juan de Zumárraga hasta el Cardenal Ernesto Corripio y Ahumada, cuyos restos fueron depositados en abril de 2008. La entrada se realiza por una gran puerta de madera tras de la cual, se desciende una escalera de caracol que da acceso a la cripta, realizada por el arquitecto Ernesto Gómez Gallardo Argüelles. En el centro se encuentra un cenotafio con una escultura a tamaño natural de Zumárraga, en cuya base se encuentra un cráneo tallado en piedra en estilo mexica, puesto que era considerado protector de los indios frente a los abusos de sus amos. Detrás de este, existe un altar con otra escultura geométrica prehispánica ubicada en la parte inferior. Los demás arzobispos se encuentran en nichos en las paredes, señalados por placas de bronce en las que aparecen el nombre y el escudo episcopal de cada uno. En el suelo se encuentran losas de mármol que cubren los nichos de otras personas enterradas en la cripta.​
La catedral contiene otras criptas y nichos donde están enterrados otras figuras religiosas, incluso en las capillas. Además, cuenta con criptas para los fieles que deseen ser enterrados en la catedral.
El Sagrario Metropolitano de Ciudad de México se sitúa al este de la catedral. Fue construido siguiendo el diseño de Lorenzo Rodríguez entre 1749 y 1760,​ durante el apogeo del barroco. Tenía la función de albergar los archivos y vestimentas del arzobispo, además, es el lugar para la reserva y comunión de la Eucaristía.​
La primera iglesia que fue construida en el lugar de la actual catedral también tenía un sagrario aunque su ubicación exacta es desconocida. Durante la construcción de la catedral, el sagrario se ubicó en el lugar que actualmente ocupan las capillas de san Isidro y de la Virgen de las Angustias de Granada. Sin embargo, en el siglo XVIII se decidió construir una edificio separado pero conectado a la catedral. El actual sagrario está construido en piedra tezontle roja y piedra chiluca blanca que forma una cruz griega. Está conectado a la catedral a través de la capilla de san Isidro.​​
El edificio presenta dos entradas principales desde el exterior; la fachada principal se abre al sur, a la plaza de la Constitución; mientras que la otra se abre al este, a la plaza del Seminario. Las dos fachadas se encuentran ricamente decoradas con columnas de estilo estípite, elemento característico del Churrigueresco. El tema principal glorifica la Eucaristía con imágenes de los apóstoles, los padres de la Iglesia, los santos fundadores de órdenes religiosas, mártires, así como escenas bíblicas. Se encuentran algunos relieves zoomorfos y otros antropomorfos, destacando un león rampante y el águila real presente en el escudo de México. La fachada este, por su parte, presenta escenas del Antiguo Testamento, así como, imágenes de san Juan Nepomuceno y san Ignacio de Loyola. En esta fachada se encuentras inscritas las fechas de las diferentes fases de construcción del sagrario.​
El exterior del sagrario es de estilo barroco, presenta decoraciones tales como estantes nichos de variadas formas, cortinas flotantes y un gran número de querubines. Destacan elementos frutales como racimos de uva y granadas, que simbolizan la sangre de Cristo y la Iglesia, y elementos florales como rosas, margaritas y diversos tipos de flores de cuatro pétalos.​
El interior está construido con piedra chiluca y tezontle, la chiluca cubre las paredes y suelos, mientras que el tezontle se encuentra en los marcos de las puertas y ventanas. El crucero se cubre con una cúpula apoyada en arcos. El templo está dividido en tres naves. La nave central se dispone desde la entrada principal hasta el altar mayor, en el que se encontraba el desaparecido retablo churrigueresco que realizó Pedro Patiño Ixtolinque en 1829. En la nave oeste se encuentra el baptisterio, mientras que en la este, se encuentran unas oficinas, junto a la entrada, y una sacristía, junto al altar mayor; todo separado por muros del templo interior.​
Ubicada fuera de la catedral, vecina del ábside al nor-poniente del mismo, esta capilla del siglo XVII desentona con el resto del edificio por su magra construcción. Su sencilla portada, un arco de medio punto, flanqueado por pilastras tableradas; su segundo cuerpo- remate, a su vez flanqueado por un par de ventanas ovaladas. Esta capilla sirve hoy día, para los bautizos que se llevan a cabo en la Catedral Primada de México.
Durante todo el periodo virreinal la catedral contó con una intensa y brillante actividad musical organizada por sus correspondientes maestros de capilla. Estos tenían la obligación no solo de organizar la vida musical eclesiástica de la catedral para todas las festividades mayores, sino también la de instruir a los músicos correspondientes, componer las obras musicales necesarias y organizar los archivos musicales. Resultado de esta constante actividad es un riquísimo archivo musical que compite en América con el espléndido archivo musical de la catedral de Puebla, el de la basílica de Guadalupe o los archivos musicales conservados en Cuzco o en Chuquisaca. Ninguno de todos estos archivos musicales ha sido estudiado exhaustivamente y la mayor parte de esa música se mantiene inédita. Lamentablemente no existe un intento contemporáneo de continuar con la tradición musical de las catedrales hispanoamericanas tocando el acervo conservado o contratando a compositores que escriban nuevas obras. Los maestros de capilla de la catedral de México de los cuales en su mayoría se conservan obras en el archivo catedralicio fueron:
El archivo musical de la catedral de México es uno de los mayores de América; posee un acervo de más de 5000 obras, que abarca desde los siglo XVI al XX, en variados formatos como libros de coro, música religiosa, profana y tratados musicales.