Holocaust

Holocaust (gresk for fullstendig brent, brukt om brennoffer), også kjent som ha-shoah (hebraisk השואה, tilintetgjørelse) (jiddisk האַלאָקאַוסט, halokaust, eller mer korrekt חורבן, khurbn) og porajmos eller samudaripen på romani, var det statsledede folkemord av jøder, i Europa og Nord-Afrika som det nasjonalsosialistiske Tyskland gjennomførte fra 1941 til 1945. Holocausts gjerningsmenn tok livet av cirka 6 millioner jøder.
Da nasjonalsosialistene (nazistene) kom til makten i Tyskland 30. januar 1933, begynte undertrykkelsen av jødene etter kort tid. Dels som lover med det mål å utelukke jødene fra samfunnslivet og undergrave dem økonomisk, dels som kampanjer med propaganda, trakassering og vold. Målet var blant annet å presse jødene til å utvandre. Med den tyske okkupasjonen av det vestlige Polen i 1939 kom 2 millioner polske jøder under tysk herredømme. I Polen ble jødene stuet sammen i gettoer der det i Warszawagettoen alene var flere jøder enn i Tyskland. Jødene i Polen ble brukt som slavearbeidere.
Den systematiske utryddelsen av jødene begynte i form av massehenrettelser to dager etter invasjonen av Sovjetunionen (operasjon Barbarossa) 22. juni 1941. Massakrene på sovjetisk område inkludert de baltiske landene ble utført ved skyting av flere Einsatzgruppen som fulgte rett etter fremrykkende tyske militærstyrker (Wehrmacht og Waffen-SS). Den systematiske utryddelsen fortsatte i utryddelsesleirer i det okkuperte Polen, særlig Auschwitz, Treblinka, Sobibór, Bełżec (utryddelsesleir), Kulmhof og Majdanek. I leirene ble jødene avlivet med gass og likene som regel brent. Omkring halvparten av de jødiske ofrene var polske og 1 million var sovjetiske borgere, og de fleste av disse var drept ved utgangen av 1942. Folkemord på jødene og andre folkegrupper foregikk i hovedsak i området som tilsvarer Polen, Hviterussland, Ukraina, Litauen og Latvia. Disse område ble også hardt rammet av undertrykkelsen under Stalin. Holocaust kulminerte med drap på de ungarske jødene i 1944 og evakuering av dødsleirene i det okkuperte Polen til arbeidsleirer i Tyskland (dødsmarsjene) mot slutten av krigen.
Massedrapene bak østfronten ble påvist av britisk etterretning et par måneder etter at det begynte sommeren 1941. Utryddelsesleirene ble kjent gjennom etterretningsrapporter fra Polen i 1942. I løpet av 1942 var det allment kjent at holocaust pågikk.
Det er ikke dokumentert noen skriftlige ordre fra toppledelsen om å sette i gang massedrapene i forbindelse med invasjonen av Sovjetunionen. Overordnet beslutninger ble trolig tatt og overordnete planer lagt etter at massedrapene hadde pågått i uker eller måneder. Det er fortsatt uklart i hvilken grad nazistene hadde en stor, systematisk plan i utgangspunktet. Massedrapene på jøder, sovjetiske krigsfanger og andre ble gjennomført særlig av SS, tysk politi og Wehrmacht og til dels av politi eller milits i okkuperte områder. Motivasjonen hos de tusenvis som utførte drapene debatteres og studeres stadig. Anslagsvis 200 000 personer utenfor Tyskland medvirket på en eller annen måte til gjennomføringen av holocaust.
Betegnelsen «holocaust» kommer fra det greske ordet «holókauston», som betyr dyreoffer gitt til en gud og der hele («holo») dyret er fullstendig brent («kaustos»). Dets latinske form (holocaustum) ble først brukt med spesifikk referanse til en massakre på jøder av kronikøren Roger av Howde og Richard av Devizes i 1190-årene.
I hundrevis av år ble ordet holocaust brukt på engelsk til å bety store ofre, slakt og massakre. Det har vært og blir også brukt (i tråd med ordets opprinnelige betydning) om katastrofebranner som Peshtigo-brannen, hvor hundrevis av mennesker bokstavelig talt ble til aske som ble spredt med vinden.
Holocaust eller holokauston ble brukt om folkemordet på armenerne under første verdenskrig. Massakren på 30 000 etniske armenere i Kilikia i 1909 ble av minst en forfatter beskrevet med det greske ordet.
I løpet av andre verdenskrig ble ordet brukt om nasjonalsosialismens grusomheter uansett om ofrene var jøder eller ei. Siden 1960-årene har begrepet blitt brukt av noen fagfolk og forfattere utelukkende om forsøket på å utrydde jødene. Men også uttrykk som Sigøynernes Holocaust og homofiles holocaust er i bruk om nasjonalsosialistenes forsøk på å utrydde dem. Dekningen av rettssaken mot Adolf Eichmann i 1961, og utfyllende historisk stoff i forbindelse med rettssaken gjorde informasjon om holocaust bredt tilgjengelig i USA: Dette var første gangen amerikanere fikk presenterte holocaust som en historisk hendelse i seg selv og ikke bare som del av nazistenes brutale fremferd generelt. Betegnelsen «holocaust» om folkemordet på det europeiske jødene ble etablert i USA som følge saken mot Eichmann. Uavhengighetserklæringen for staten Israel i 1948 brukte betegnelsen «shoah» som i den offisielle oversettelsen til engelsk var «holocaust». Innen 1970 var «holocaust» den dominerende betegnelsen i USA på folkemordet.
Begrepet gikk inn i vanlig bruk etter 1978 da TV-serien Holocaust ble sendt på den amerikanske TV-kanalen NBC. Serien viste at emnet hadde stor offentlig interesse så vel som at den ble leverandør av en begrepsbruk som har gått inn i de aller fleste språk. I Sovjetunionen i årene etter krigen ble ikke jøder omtalt som ofre spesielt, alle ofre nazismen skulle ifølge retningslinjene omtales som sovjetiske borgere. Minnesmerket ved Babij jar nevnte ikke jøder før etter oppløsningen av Sovjetunionen. Betegnelsen Holocaust var lenge ukjent og ble vanlig først i 1990-årene. Tidligere var utslettelse eller katastrofe brukt.
Det bibelske ordet shoah (שואה) (også stavet sho'ah og shoa), som betyr «katastrofen», ble standard hebraisk benevnelse for holocaust fra 1940-årene av Shoah foretrekkes fremfor «holocaust» av mange grunner, deriblant den teologiske betydningen av ordet som refererer til greske hedenske skikker.
I skriftlig form brukes både Holocaust med stor forbokstav og holocaust med liten forbokstav for å karakterisere nasjonalsosialistenes massakre/massedrap på jøder. Respekt for hendelsene gjør at mange mener at navnet bør skrives med stor forbokstav. Språkrådet anbefaler liten forbokstav, etter generelle retningslinjer for navn på historiske hendelser.
Det var nær 10 millioner jøder i Europa i mellomkrigstiden, over halvparten av disse bodde i Polen og Sovjetunionen. Jødene utgjorde 1,7 % av innbyggerne i Europa og 2/3 av verdens jøder bodde i Europa. I Polen var nær 10 % av borgerne jødiske, 7,6 % i Litauen og i Romania 4 %. Ungarn og Tyskland hadde begge nær en halv million jødiske borgere, i Ungarn utgjorde dette 5 % av befolkningen og i Tyskland 0,7 %.
I Øst-Europa arbeidet jødiske borgere i hovedsak innenfor småhandel og håndverk, men gikk etter hvert inn i akademiske yrker da de fikk anledning til å ta utdanning. I Polen, Romania, Ungarn og de baltiske landene ble jødene hindret fra å arbeide i offentlig sektor, mens det i Sovjetunionen var slutt på tsartidens diskriminering og mange jøder søkte seg til offentlig tjeneste. Sekularisering av jødisk utdanning begynte midt på 1800-tallet i Vest-Europa og tidlig på 1900-tallet i Øst-Europa. I Polen og Sovjetunionen var hebraisk eller jiddisch det vanlige undervisningsspråket for jødiske barn.
Etter første verdenskrig gikk imperiene Russland og Østerrike og til dels Tyskland i oppløsning, der særlig Russland ble satt økonomisk tilbake. Tidligere russiske områder i vest ble etter den russiske revolusjon til en serie nye stater: (Finland, Polen, Estland, Latvia, Litauen) eller ble overført til nabolandene: (Bessarabia, Bukovina). Østerrike og Ungarn sto igjen som relativt små land. Sentralt i Europa ble Tsjekkoslovakia dannet, og på Balkan ble den nye staten Jugoslavia etablert. Med unntak av Sovjetunionen var alle de nye statene demokratiske. Traktatene etter fredskonferansen i Paris garanterte minoritetenes rettigheter i de nye landene.
Ved innledningen til andre verdenskrig var det omkring 375.000 jødiske innbyggere i den hviterussiske sovjetrepublikken og 1,5 millioner i den ukrainske republikken, mens den russiske delrepublikken hadde rundt 850.000 jødiske innbyggere hvorav 250.000 i Moskva og 200.000 i Leningrad (200.000 jødiske innbyggere av Russland bodde i områder som kom under tysk okkupasjon fra 1941). Det baltiske landene var okkupert av Sovjetunionen og hadde rundt 250.000 innbyggere hovedsakelig i Litauen.
Jødene i tsarens Russland ble diskriminert på alle områder. De hadde lenge vært tvunget til bo i et bestemt område vest i imperiet. De fikk heller ikke bo i byene, var utelukket fra visse yrker og fra deler av utdanningssystemet. Jødene ble presset sammen i landsbyer, shetl, og hadde ofte småhandel og håndverk som eneste yrkesmuligheter. I 1804 fikk jødene lov til å bosette seg i det sørlige Ukraina langs Svartehavet og på Krim - områder som på 1700-tallet var erobret fra det osmanske riket. Odessa fikk etter hvert et stort jødisk samfunn. Tsaren annekterte i 1812 Bessarabia og lot jøder bosette seg der. Pogromer og diskriminering gjorde at om lag 1,85 millioner jøder forlot Russland fra 1880 til første verdenskrig. Ved utbruddet av første verdenskrig var det 5,2 millioner jøder i det russiske imperiet. Begrensingen i geografisk bosetting ble delvis oppløst under første verdenskrig på grunn av krigshandlingene der og etter revolusjonen i 1917 ble diskrimineringen fra tsartiden opphevet. Frigjøringen av jødene førte til økende integrasjon eller assimilering for eksempel ved at stadig færre, særlig i storbyene, regnet jiddisch som sitt morsmål. Jødene fikk anledning til å ta høyere utdanning og i Ukraina og Hviterussland var i 1939 halvparten eller mer av leger, tannleger og farmasøyter jøder. Fra å være en marginalisert del av befolkningen under tsaren, ble jødene i Sovjetunionen trukket inn i samfunnslivet på linje med andre. De sovjetiske myndighetene drev i mellomkrigstiden aktive tiltak mot antisemittisme. Myndighetene drev også kampanjer mot religion ved blant annet å stenge synagoger og etterlot rabbinerne uten rettigheter og levebrød.
Polen var del av Tsar-Russland til første verdenskrig, og de jødiske innbyggerne var underlagt restriksjoner. Ved siste folketelling før andre verdenskrig var 3,1 millioner av Polens borgere jøder, og utgjorde 10 % av befolkningen. De fleste jødiske polakkene bodde i byer og utgjorde enkelte steder flertallet. For eksempel i Lublin var på 1800-tallet over halvparten av innbyggerne. jødiske Polen var før krigen et multietnisk land, der etnisk polske utgjorde omtrent to tredjedeler av innbyggerne (andre store etniske grupper var jøder, tyske, ukrainere og hviterussere), og etnisk polske var i mindretall i de østlige områdene. Etter første verdenskrig da Polen ble løsrevet fra Russland, ble jødene utsatt for diskriminering og pogromer. Den russiske revolusjonen førte til at Polen ble sentrum for jødisk kultur i Europa. Landet fikk i mellomkrigstiden en demokratisk forfatning som i prinsippet garanterte like retter for folkegrupper. Antisemittismen tiltok i 1930-årene. For eksempel ble schächting (rituell slakting) forbudt, noe som i praksis bare berørte jøder. I 1938 ble flere tusen polske statsborgere av jødisk opphav deportert fra Tyskland til Polen, og de ble tvunget til å slå leir langs grensen fordi polske myndigheter mente at statsborgerskapet var utgått etter lang tid utenlands.
Jødiske polakker var stort sett fattige, men de fleste av Polens leger, advokater og kjøpmenn var jøder, og jøder betalte mer enn en tredjedel av all skatt i Polen. Jødiskeide virksomheter stod for rundt halvparten av landets utenrikshandel. Der var omtrent like mange assimilerte jøder i Polen som i Tyskland. Men for hver assimilerte polske jøde var det ti jiddischtalende med et mer ortodokst forhold til religion. Jøder i Polen hadde et parallelt skolesystem, partisystem og en parallell presse. De hadde formel, juridisk status, og de jødiske institusjonenes virke var anerkjent av myndighetene i form av fødselsattester, vielser, gravferd og utdanning.
Białystok overgikk til tsaren fra Preussen i 1807, og videreførte den prøyssiske diskrimineringen av jødene, blant annet fikk ikke jøder gifte seg, skifte arbeid eller bosted uten myndighetenes tillatelse. Jødene ble også pålagt å ha familienavn. Białystok hadde på den tiden flertall jødiske innbyggere. Under pogromen i 1906 ble nær 100 av Białystoks jødiske innbyggere drept, og et stort antall boliger og butikker tilhørende jøder plyndret. Før første verdenskrig hadde over 60 000 av Białystoks 90 000 innbyggere vært jødiske. Krigshandlinger, hungersnød og utskriving til hæren reduserte folketallet. Fra 1916 begynte også utvandring til USA. Etter første verdenskrig ble Białystok en del av Polen. Tilflytting av etnisk polske gjorde at folketallet vokste til nær 100 000 i 1936, mens andelen jødiske innbyggere falt til 40 %. De jødiske innbyggerne drev stort sett handel og annen næringsvirksomhet i byens sentrum, mens etniske polakker var bønder bosatt i utkantene. Det var egne jødiske skoler med undervisning på jiddisch eller hebraisk, alt etter politisk orientering, og det ble utgitt en rekke jødiske tidsskrifter på jiddisch eller polsk. Myndighetene i Białystok forsøkte å begrense det jødisk preget ved blant annet å kreve alle oppslag og skilt skrevet på feilfritt polsk.
Nederland hadde i 1940 om lag 140 000 (halvparten i Amsterdam) godt integrerte jødiske innbyggere samt 15 000 flyktninger. Antisemittismen i landet tiltok i 1930-årene på grunn av tysk påvirkning. Mange jøder innvandret til Belgia fra Øst- og Sentral-Europa tidlig på 1900-tallet, og antallet jødiske innbyggere var i 1940 om lag 66 000 hvorav bare 10 % var statsborgere. De fleste bodde i Brüssel eller Antwerpen. De nylig innvandrede snakket hovedsakelig jiddisch. I Luxembourg bodde det 3 500 jøder, de fleste innvandret fra Øst-Europa eller flyktninger Tyskland og Østerrike. Jødene i Luxembourg var assimilert i majoritetsbefolkningen og spilte liten rolle politisk. Omkring 2 000 jøder flyktet før krigen til Danmark, der det fra før var 6 000 jødiske dansker. I Norge var det omkring 1 700 jødiske innbyggere med fulle borgerretter.
Frankrikes jødiske innbyggere hadde fulle rettigheter etter frigjøringen på 1800-tallet. Tross antisemittismen rundt århundreskiftet (noe som kom til syne i Dreyfus-saken) var de franske jødene godt integrert og giftet seg ofte med ikke-jøder. I mellomkrigstiden innvandret mange jøder fra Øst-Europa til Frankrike og utgjorde halvparten av de 350 000 jødene i landet i 1940. Omkring halvparten av jødene i Frankrike hadde ikke statsborgerskap i landet. To tredjedeler bodde i Paris. De nylig innvandrete jødene hadde sine egne foreninger og aviser på jiddisk. På slutten av 1930-årene strammet myndighetene inn muligheten for å komme inn i landet som flyktning, og de som kom, ble holdt i leirer.
Jødene i Italia, som utgjorde 0,1 % av befolkningen, hadde oppnådde fulle borgerretter og var godt integrert. Assimilering var tiltagende blant annet ved utbredt ekteskap med andre italienere. Mussolini innførte ikke antisemittiske tiltak etter maktovertakelsen i 1922. Etter Hitlers maktovertakelse i 1933 svingte Mussolini mellom å erklære sin sympati for jødene og uoffisielle antijødiske tiltak. Jødenes juridiske situasjon var uendret til 1938 da Mussolini innførte raselover, og i 1940 utstedte han antijødiske dekreter.
Folketellingen i 1928 viste at det var 73 000 jødiske innbyggere i Hellas og rett før krigen var det omkring 77 000 (hvorav 76 % i Thessaloniki). De fleste jødisk grekerne oppga ladino som morsmål. En stor del av jødene levde under trange kår (blant annet etter storbrannen i Thessaloniki i 1917 der 32 synagoger gikk tapt) og jødene hadde sine egne skoler. Antisemittismen tiltok i 1920-årene, og avtok under Ioannis Metaxas' regime.
I 1931 var 73 000 av jugoslavene jødiske, i 1940 var det 80 000 jøder i landet medregnet flyktninger. Jødene bodde særlig i hovedbyene Beograd, Zagreb og Sarajevo. Over halvparten av jødene arbeidet innenfor handel og finans, og med unntak av noen fattige i Makedonia hadde de jødiske jugoslavene gunstig økonomi. Landets sjefsrabbiner var medlem av senatet og det var mange jødiske foreninger innenfor sosialt arbeid, utdanning og kultur samt sionistiske foreninger. Det var ingen antisemittisme av betydning av Jugoslavia før nazistene kom til makten. Etter tysk press innførte myndighetene enkelte antijødiske tiltak som forbud mot salg av enkelte matvarer.
I 1930 hadde Romania 760 000 jødiske borgere, vel 4 % av befolkningen. Antisemittismen tiltok fra 1937 der jøder gjennom lovgiving ble utelukket fra sentral områder i samfunnet. I 1937 forsøkte Goga-Cuza regimet å frata jødene statsborgerskap og under Carol IIs styre i 1938 ble jødene utestengte fra økonomi og samfunnsliv. Fra 1940 ble jord, fabrikker, boliger og annen eiendom konfiskert. Etter at Romania hadde avstått territorier var det 342 000 jøder i territoriet som regjeringen kontrollerte. På grunn av grenseendringene etter første verdenskrig var statsborgerskapet for mange innbyggere uavklart.
Etter første verdenskrig ble to tredjedeler av Ungarns territorium overført til naboland: Nordlige Transilvania til Romania, Bačka til Jugoslavia og noen områder til Tsjekkoslovakia og Ukraina. Den «hvite» hæren under ledelse av Miklós Horthy tok kontroll over landet i en kontrarevolusjon i 1920. Ungarn allierte seg med Tyskland og med tysk hjelp fikk i 1938-1941 tilbake områder avstått 20 år tidligere. Omtrent 3000 jøder ble drept i de hvites terror etter kommunistenes fall. Ved folketellingen i 1930 var 445 000 av landets borgere jødiske innenfor de daværende grensene. De jødiske ungarerne ble stadig mer assimilert tross tiltagende antisemittisme. I 1920 innførte myndighetene begrensninger i jødenes mulighet til å ta høyere utdanning. Under tysk påvirkning agiterte ungarske aviser i 1930-årene for å utestenge jøder fra ulike deler av samfunnslivet. I 1938 begrenset myndighetene andelen jøder innenfor handel, industri og profesjonene til 20 %, i 1939 ble dette skåret ned til 6 % og i 1941 ble det innført lover etter mønster av Nürnberg-lovene i Tyskland. Jødiske ungdommer måtte utføre arbeidstjeneste i stedet for tjeneste i de væpnede styrkene. I juni 1941 deltok Ungarn i det tyske angrepet på Sovjetunionen. Omkring 42 000 jødiske ungarere døde i arbeidstjeneste ved østfronten. Medregnet tilbakeførte områder var det 725 000 jøder i Ungarn i 1941.
Yehuda Bauer, Raul Hilberg og Lucy Dawidowicz skriver at fra middelalderen av, var de tyske samfunn gjennomsyret av antisemittisme og at det var en direkte forbindelse mellom middelalderens pogromer og de nasjonalsosialistiske dødsleirene. Hans Küng har skrevet at «nazistisk anti-judaisme var skapt av gudløse anti-kristne kriminelle. Men den ville ikke vært mulig uten nesten to tusen års forhistorie av «kristen» anti-judaisme...»
Etter maktovertakelsen anla Hitlers regime flere konsentrasjonsleirer der regimets motstandere ble internert. Regimet etablerte Dachau, Oranienburg, Sachsenhausen, Buchenwald og Ravensbrück før 1939. Etter 1939 ble disse en del et større nettverk av leirer der de internerte ble brukt til slavearbeid. Dachau ble etablert i 1933 som den første og der ble politiske fanger og tyske sigøynere samt vanlige kriminelle internert. Før krigen hadde Hitler-regimet opprettet leirer for politiske fanger på tysk jord, blant annet Dachau og Sachsenhausen. Senere ble blant annet krigsfanger, sigøynere og homofile holdt i disse leirene. Disse første leirene var ikke utryddelsesleirer, slike kom først i stand under krigen i okkuperte områder i Øst-Europa.
Aktion T4 var den systematiske ufrivillige avlivingen av mentalt syke og funksjonshemmede i Tyskland. Flere titusen ble drept hovedsakelig i gasskamre i Tyskland i løpet av programmet. Programmet ble innledet i 1939 og ble midlertidig stanset 24. august 1941 etter omfattende protester fra byråkratiet, privatpersoner og representanter for forskjellige kirkesamfunn. Mannskap og erfaringer fra T4 ble brukt til å gjennomføre massedrap på jøder under Aksjon Reinhardt fra høsten 1941 etter at T4 var stanset.
USA begynte omkring 1900 å innføre lover som skulle begrense innvandringen til landet. Loven av 1924 satte kvoter for opphavsland og reglene ble i 1930 strammet inn under Herbert Hoover. Konsulatene kunne nekte visum til personer som kunne bli en økonomiske byrde for det offentlige. Disse amerikanske reglene begrenset sterkt muligheten for å unnslippe forfølgelse i Europa. Før 1938 var mange land motvillige til å bli involvert i det som ble ansett som intern sak for Tyskland. I tillegg til jødene i Tyskland ble situasjonen for jøder i Polen og Romania stadig vanskeligere før krigen.
Holdningen i andre land endret seg i løpet av 1938 først med Anschluss så med Krystallnatten. President Roosevelt inviterte i juli 1938 til Éviankonferansen for å diskutere utfordringen med flyktninger fra Tyskland og Østerrike, der 32 land og 24 frivillige organisasjoner møttes. Konferansen ga få resultater. Storbritannia motsatte seg mer innvandring til Palestinamandatet der innvandringen allerede var stramt svært til etter det arabiske opprøret i 1936. Europeiske land som allerede hadde tatt i mot flyktninger ville ikke ta i mot flere. USA ville ta i mot en kvote på 27 230, mens Den dominikanske republikk tilbød seg å ta i mot 100 000 - det urealistiske tilbudet var trolig et PR-fremstøt. Australias representant uttalte: «As we have no racial problem, we are not desirous of importing one.» (Vi har ikke et raseproblem og er derfor ikke interessert i å importere et.)
Krystallnatten 9-10. november 1938 utløste bred fordømmelse fra omverdenen. USA tilbakekalte sin ambassadør til Tyskland 15. november. Roosevelt lot 15 000 jødiske tyskere med turistvisum bli på ubestemt tid. Storbritannia slapp inn 50 000 flyktninger før krigsutbruddet i september 1939, inkludert 9000 enslige barn i den såkalte kindertransport. Samtidig stengt Storbritannia for ytterligere innvandring til Palestina særlig motivert av å opprettholde et godt forhold til de arabiske nabolandene.
I mai 1939 seilte skipet MS St. Louis fra Hamburg til Cuba med over 900 jødiske flyktninger. I Havanna nektet myndighetene å ta mot dem, skipet forlot Cuba og seilte langs USAs østkyst der myndighetene nektet å ta mot dem. På vei tilbake til Europa ble det samlet sammen penger og forhandlet slik at flyktningene slapp inn i Nederland, Belgia, Frankrike og Storbritannia. Av flyktningene ble 250 drept under holocaust.
International Committee on Refugees (ICR) ble etablert etter Evian. ICR fikk i oppgave å finne mottakerland for flyktningene og forhandle med tyske myndigheter om at jødene kunne forlate landet uten å gi fra seg alle sine verdier. ICR fikk i stand en ordning med Hjalmar Schacht i januar 1939 og ICR fullførte forhandlingene med Helmuth Wohlthat juni. Jøder utenfor Tyskland var opprørt over avtalen som de mente innebar betaling av løsepenger og aksept for at den tyske staten kunne stjele jødenes eiendeler. Krigen brøt ut før særlig var gjort.
Heinrich Himmler ble riksleder for SS i 1929 og under hans ledelse vokste SS til over 200 000 medlemmer i slutten av 1933. Himmler omskapte SS til en elitestyrke der rekrutteringen blant annet var basert på forestillinger om arisk utseende. Himmler forsøkte å skape en korpsånd i SS og ta til seg jødehatet han formidlet. Ideologisk opplæring og indoktrinering var sentralt i SS fra midten av 1930-årene. I 1936 ble Himmler sjef for det tyske politiet da politiet ble underlagt SS. Reichssicherheitshauptamt (RSHA) ble etablert 27. september 1939 og ble snart den viktigst aktøren i undertrykkelsen av okkuperte områder og etter hvert i gjennomføringen av folkemord. Sicherheitsdienst og Gestapo var en del av apparatet under RSHA. SS overtok konsentrasjonsleirene og påvirket etter hvert alle deler av statsapparatet. Reinhard Heydrich var sjef for RSHA og Ernst Kaltenbrunner overtok RSHA da Heydrich ble drept av tsjekkiske partisaner i 1942. Fra 1939 var Adolf Eichmann leder for Gestapos kontor for jødesaker. RSHAs ansvar for jødespørsmålets endelige løsning fremgår av et brev fra Hermann Göring til Heydrich 31. juli 1941. Himmlers apparat vokste ytterligere da Waffen-SS ble etablert i 1939-1940.
Himmler og Hitler lot SS-offiserer av relativt lav rang ha administrativt ansvar for områder som var avgjørende for løsning av «jødespørsmålet» og gjennomføring av holocaust. For eksempel da Adolf Eichmann fikk ansvar for utvandringskontoret for jøder hadde han graden Hauptsturmführer som tilsvarer kaptein i de fleste lands militære system. Da Eichmann organiserte Wannsee-konferansen i 1942 var han Obersturmbannführer og han var da fire grader under Reinhard Heydrich og seks grader under Himmler. Josef Mengele hadde kapteins grad i SS da han ble sjefslege i Auschwitz med myndighet til å avgjøre hvilke jøder som gikk rett i gasskammeret og hvilke som skulle på slavearbeid.
Molotov–Ribbentrop-pakten, eller Den tysk-sovjetiske ikke–angrepspakten, var en avtale mellom Tyskland og Sovjetunionen inngått i Moskva den 23. august 1939. Andre verdenskrig begynte en uke senere med den tyske invasjonen av Polen. Utenriksministrene Vjatsjeslav Molotov og Joachim von Ribbentrop undertegnet en hemmelig tilleggsprotokoll om deling av Sentral- og Øst-Europa. Tyskland skulle overta de vestlige områdene, som i hovedtrekk hadde vært tyske eller østerrikske før første verdenskrig, og Sovjetunionen de østlige områdene som tidligere hadde tilhørt Russland. Grensen fulgte i hovedsak Curzon-linjen fra 1919. Polens østgrense ble etter andre verdenskrig lagt på samme sted.
Jødiske innbyggere øst for delelinjen av 1939 etter Molotov-Ribbentrop-pakten omtales ofte som «sovjetiske jøder». Før 1939 hadde en stor del av disse polsk borgerskap.
Holocaust pågikk i varierende form over hele den tyskkontrollerte delen av Europa. Noen jødiske innbyggere var direkte underlagt tysk styre som i selve Tyskland, det okkuperte Polen, den okkuperte delen av Sovjetunionen og de da baltiske landene. Andre var innbyggere av land med marionettregjering som Slovakia og Kroatia, eller i land som var alliert med Tyskland (Italia, Bulgaria, Ungarn og Romania). De okkuperte landene var styrt på ulike måter: Belgia var styrt av den tyske hæren, Generalguvernementet hadde en sivil administrasjon sterkt påvirket av SS, og Danmark hadde sin egen regjering. Det relativt milde styret i Danmark og maktkamp innad i okkupasjonsmakten gjorde at jødene lot seg redde. De brutale styret og høye dødstallene i Generalguvernementet står i kontrast til Danmark. I områder med lange tradisjoner for åpenlys antisemittisme, som Litauen og Ukraina, fikk jødene lite hjelp av befolkningen for øvrig, sammenlignet med for eksempel Italia og Bulgaria der det mer utstrakt hjelp til jødene. Fra selve Tyskland kunne jøder formelt emigrere inntil oktober 1941 og før utbruddet av krigen forlot flertallet landet. Fra land med grense til de nøytrale landene (Sveits, Sverige, Tyrkia og Spania) var flukt noe lettere enn fra innestengte land. Gettoer som lå inntil skogs- eller våtmarksområder i Øst-Europa gjorde flukt lettere og innebar ofte at de sluttet seg til partisanene. For de berørte var det vanskelig å forstå eller forutse hva som skjedde fordi situasjonen var unik og stadig skiftende. Særlig masseskytingene som begynte umiddelbart etter invasjonen av Sovjetunionen ga de berørte liten tid til å reagere.
Holocaust begynte øst for delelinjen av 1939 (etter Molotov-Ribbentrop-pakten) etter at tyske styrker krysset linjen ved invasjonen av Sovjetunionen i 1941. De erobrede områdene omfattet hele det jødiske bosetningsområdet som på det meste hadde halvparten verdens jøder. I de erobrede områdene øst for linjen skjøt tyske enheter jøder i stort antall. Vest for delelinjen (de delene av Polen Tyskland okkuperte i 1939) ble jødene for en stor del holdt i ghettoer og der begynte holocaust litt senere da jødene ble drept med gass i spesielt innrettede anlegg. Fra de fleste andre land, inkludert selve Tyskland (Altreich), ble jødene deportert til ghettoer eller direkte til drapsanleggene i det okkuperte Polen. Jøder ble i hovedsak ikke drept Vest-Europa eller inne i selve Tyskland. En svært liten del av ofrene for holocaust var tyske borgere og tyske jøder hadde mye større mulighet til å overleve enn jøder i stater oppløst av den tyske okkupanten.
Michael Berenbaum skriver at Tyskland ble en «folkemordsstat» For eksempel leverte landsens kirker og innenriksministeriet dåpsattester som viste hvem som var jøde, regjeringens transportkontorer sørget for togene som gikk til leirene, og selskaper konkurrerte om kontrakter for å bygge krematorier som skulle brukes til å brenne lik.
Saul Friedländer skrev: «Ingen sosial gruppe, intet religiøst samfunn, ingen vitenskapelig institusjon eller yrkesgruppe i Tyskland eller Europa erklærte sin solidaritet med jødene.» Friedländer argumenterer for at dette gjør holocaust enestående fordi antisemittisk politikk kunne iverksettes uten at noen motkrefter ble satt i sving.
Utenriksminister Joachim von Ribbentrop forsøkte å skjule de internasjonale protestene mot krystallnatten for Hitler. I utenriksdepartementet overlot Ribbentrop til den energiske og hensynsløse Martin Luther å ta seg av jødesaker. Luther mente at utenriksdepartementet skulle være så nidkjære som mulig i anti-jødiske tiltak for å holde andre deler av parti- og statsapparat unna. Til 1941 var regimets plan å løse «jødespørsmålet» ved utvandring. Etter erobringen av Polen og Frankrike, da flere millioner jøder kom under tysk herredømme, ble det snakk om å deportere jødene fra Europa etter krigen.
Utenriksdepartementet ble involvert i saker som gjaldt utenlandske jøder bosatt i Tyskland, jøder i land som utenriksdepartementet hadde politisk ansvar for (Frankrike, Danmark og Serbia), og jøder i nøytrale og allierte land som måtte presses diplomatisk til å utlevere landets jøder til SS. Utenriksdepartementet støttet i 1941 deportasjon av rumenske, kroatiske og slovakiske jøder som bodde i Tyskland. Utenriksdepartementet motsatte seg i hovedsak ikke anti-jødiske tiltak i okkuperte områder.
I okkuperte og allierte land medvirket innbyggerne og myndighetene på ulike måter til gjennomføringen av holocaust. Den tyske historikeren Dieter Pohl anslår at minst 200 000 personer utenfor Tyskland og Østerrike (og like mange innenfor) bidro i gjennomføringen. For eksempel i Litauen ble massedrapene i hovedsak utført av lokal milits. I Norge ble deportasjonene utført i samarbeid mellom okkupasjonsmakten og Quisling-regimet der det ordinære norske politiet sto for den praktiske gjennomføringen. I Frankrike ble jødene internert av fransk politi. I Nederland utførte landets ordinære sivile tjenestemenn oppdrag for okkupasjonsmakten slik at identifisering og deportasjon av landets jødiske innbyggere var mulig. Den nederlandske administrasjonen betalte 7,50 gylden for hver jøde som ble lokalisert og noen nederlendere hadde «jakt på jøder» som beskjeftigelse i flere måneder. I utryddelsesleirene (unntatt Auschwitz) og ved massedrapene bak østfronten var det jevnt over 10 lokale medhjelpere for hver tysk. Den tyske okkupasjonsmakten hadde ikke vært i stand til å drepe 250 000 i Sobibor uten «travnikis» (tysk:Trawnikimänner) rekruttert blant krigsfanger som regel etnisk polske, ukrainske eller etnisk tysk. Rundt 5000 travnikis ble ved landsbyen Trawniki opplært til drapstjeneste. Disse begynte som vakter før de tømte gettoer og til slutt fullt kompetente arbeidere i utryddelsesleirene. Slike velvillige medhjelpere gikk under betegnelsen Hiwi (tysk: Hilfswilliger).
I Ukraina, Romania og Litauen gjorde lokalbefolkningen særlig viktig bidrag til massemord og trengte lite tilskyndelse fra tyske styrker.
Nedslaktingen ble systematisk gjennomført så godt som i alle tyskokkuperte områder som i dag utgjør 35 land. Det var på sitt verste i sentrale og østlige Europa, som hadde mer enn syv millioner jøder i 1939. Rundt fem millioner jøder ble drept der, inkludert tre millioner i det okkuperte Polen og over en million i Sovjetunionen. Hundretusener døde også i Nederland, Frankrike, Belgia, Jugoslavia og Hellas. I Wannseekonferansens referater gjøres det klart at nasjonalsosialistene også planla «å løse det jødiske spørsmål» i England og Irland, skulle disse land noengang komme under tysk jurisdiksjon.
I andre folkemord hadde mennesker vært i stand til å unnslippe døden ved å konvertere til en annen religion eller assmilleres på en eller annen måte. Denne muligheten var ikke der for jøder i det okkuperte Europa, hvis ikke deres besteforeldre hadde konvertert før 18. januar 1871. Alle personer av jødisk herkomst, så lenge de hadde tre eller fire besteforeldre som var definert som jøder, skulle drepes uten unntak. skulle tilintetgjøres i områder kontrollert av Tyskland.
Perioden august-oktober 1942 var den mest dødelige under holocaust da nær 15 000 ble drept daglig i gjennomsnitt. Lewi Stone anslår at 25 % av alle drapene under holocaust skjedde i løpet av disse 100 dagene og en stor del av disse drapene var i regi av Aksjon Reinhardt, i denne perioden var Einsatzgruppene aktive og gasskamrene i Auschwitz var tatt i bruk. I drapseffektivitet overgår dette Folkemordet i Rwanda som pågikk i 100 dager.
Kort tid etter den tyske okkupasjonen av den vestlige delen av Polen i september 1939 samlet okkupasjonsmakten jødene i overbefolkede gettoer. Heydrich ga 21. september ordre om oppløse mindre bosetninger av jøder overføre disse til byene. Jødiske «eldreråd» (Judenrat) ble satt opp i hver getto og fikk ansvar for å gjennomføre instrukser fra okkupanten. Da resten av Polen ble erobret fra Sovjetunionen gjennomførte okkupasjonsmakten samme ordning der. Noen av gettoene bar preg av konsentrasjonsleirer, andre hadde mer frihet. Gettoene i Łódź og Warszawa var særlig store. Lignende gettoer ble opprettet i Latvia, Litauen og Hviterussland. Håndverkere, kjøpmenn og personer som var vant omgå lover og regler klarte seg best i gettoene. Sult, mangel på helsestell og utbrudd av sykdom førte til høye dødstall i gettoene, i Warszawa over 10 % på ett år. Døde i gatene ble så vanlig at de ble oversett og skikkelig gravlegging var oftest umulig. Menn ble ofte skilt fra familien og satt i tvangsarbeid. Medlemmer av Judenrat nektet ofte å utføre moralsk problematiske tiltak, mens noen ga etter før tysk press og trusler. I Polen begynte massedrapene et par år etter at gettoene var opprettet, mens i de baltiske landene og Hviterussland ble gettoene satt opp etter at masseskytingen hadde begynt. Da deportasjonene fra gettoene til utryddelsesleirene begynte, tvang okkupasjonsmakten de lokale eldrerådene til å bistå i utvelgelse og oppsamling av de som skulle deporteres. I noen tilfeller måtte all i gettoen møte på en oppsamlingsplass og tyskerne valgte selv ut hvem som skulle deporteres. Det er uklart når og i hvilken grad jødene selv forsto at deportasjon var den sikre død. Tilsvarende gettoer ble ikke satt opp i de okkuperte områdene i Vest-Europa. Det amerikanske holocaustmuseet oppgir at 800 000 døde i gettoene.
Denne fasen av holocaust omtales også som «geværkulenes holocaust» (engelsk: Holocaust by bullets, tysk: Holocaust durch Erschießung).
Omfattende og systematiske drap på jøder begynte blant annet i Litauen dagen etter invasjonen av Sovjetunionen 22. juni 1941. I Bukovina og Bessarabia ble jødene massakrert og deretter fordrevet østover etter den rumenske erobringen. Massakrer i de erobrede områdene fra Østersjøen i nord til Svartehavet i sør skjedde i hovedsak i regi av SS' Einsatzgruppen der drapskommandoene var bemannet av vanlige tyske politifolk, lokalt politi og lokal milits, til dels også av vanlige Wehrmacht-soldater og rumenske styrker. Drapsmetoden var først masseskyting og disse fulgte et relativt fast mønster: Jødene ble samlet sammen og skutt gruppevis i store, klargjorte groper. Det var ofte de dødsdømte selv som måtte grave massegravene og de ble til dels skutt på kanten av graven, dels måtte de selv legge seg ned blant likene. SS var ikke fornøyd med skyting fordi det ikke var en rask nok eller hemmelig nok metode, og de tok i bruk gassvogner til avliving fra sent i 1941. Skyting var den vanligste metoden på sovjetisk territorium (inkludert Sovjetunionen hadde erobret fra Polen i 1939) også etter at gasskamrene i Generalguvernementet var tatt i bruk. Innen utgangen av 1941 var mellom 500 000 og 800 000 jøder drept og hele regioner ble erklært som «jødefrie». Omkring 1,4 millioner jøder ble drept ved skyting, hovedsakelig på sovjetisk territorium inkludert Baltikum og omkring 200 000 ble skutt og drept i Polen. I mange tilfeller drepte tyske styrker som ikke var satt opp til formålet jøder uten de ble irettesatt eller straffet for irregulær atferd.
Tilintetgjørelsesleirer ble etablert i den okkuperte delen av Polen fra 1941. Det var seks utryddelsesleirer og internerte forsto i løpet av dag eller to hvilket formål leiren hadde. Leiren Chełmno (Kulmhof, 150 000–350 000 drept) var i drift fra 8. desember 1941 for å drepe jødene i Łódź og Wartheland, og der ble gassvogner tatt i bruk i stor skala. Erfaring med bruk av gass til avliving ble overført fra Aktion T4 der titusenvis av funksjonshemmede tyskere ble ofre for ufrivillig «barmhjertighetsdrap». Omkring 100 personer fra T4 ble sendt til leirene i Polen for å bidra med sin ekspertise.
I regi av Aksjon Reinhardt ble avliving (hovedsakelig av jøder) satt i system i leirene:
I disse leirene ble nær 100 % av de internerte drept, mens i Auschwitz overlevde et stort antall. Auschwitz var først en leir for politiske fanger fra 1940, og deretter utvidet med Auschwitz II (Birkenau) der krigsfanger fra felttoget i Sovjetunionen ble internert. Etter at gasskamrene i Birkenau var klare til bruk i mars 1942 ble Auschwitz nazistenes største drapsanlegg. I Auschwitz ble fanger avlivet med Zyklon B. Jøder fra Ungarn, Vest-Europa og Hellas ble deportert til Auschwitz. Majdanek og Auschwitz er de best bevarte utryddelsesleirene.
I tre (Sobibór, Treblinka og Auschwitz) av seks utryddelsesleirer var det organiserte opprørs- eller motstandsgrupper. Det kan ha vært organiserte grupper i Belzec, Majdanek og Kulmhof, men ingen spor av dette er bevart i ettertid.
Matmangel, mishandling og slavearbeid var vanlig alle leirer, også de som ikke var innrettet som utryddelsesleirer for eksempel Bergen-Belsen, Buchenwald og Mittelbau Dora. Fangene sov vanligvis på trebenker i overfylte brakker. Dysenteri og tyfus tok livet av tusenvis. Familier ble holdt adskilt i de aller fleste leirene.
De rene utryddelsesleirene lå i områder som i løpet av krigens siste år ble befridd av sovjetiske styrker. Amerikanske og britiske styrker frigjorde arbeids- eller konsentrasjonsleirer som ikke var primært innrettet for massedrap. Auschwitzalbumet er den eneste samtidig fotodokumentasjonen fra en utryddelsesleir.
Det var ustrakt bruk av menneskelige forsøkskaniner i medisinske eksperimenter. Tyske leger utførte slike eksperimenter ved Auschwitz, Dachau, Buchenwald, Ravensbrück, Sachsenhausen og Natzweiler.
Den mest beryktede av disse legene var doktor Josef Mengele, som arbeidet i Auschwitz. Hans eksperimenter inkluderte plassering av mennesker i trykkammer, medisintesting på mennesker, nedfrysning av mennesker, forsøk på å skifte øyenfarge på mennesker ved å injisere farge i barns øyne og diverse amputasjoner og brutale kirurgiske inngrep. Det fulle omfanget av arbeidet hans vil aldri bli kjent fordi laster med hans nedtegnelser ble sendt til doktor Otmar von Verschuer ved Kaiser Wilhelm Institutt og der ble ødelagt av von Verschuer. Mennesker som overlevde hans eksperimenter ble nesten alltid drept og dissekert etterpå.
Mengele virket særlig opptatt av å arbeide med rom-barn. Han kunne gi dem sukkertøy og leker og personlig bringe dem til gasskammeret. Barna omtalte ham som «onkel Mengele». Vera Alexander var en jødisk fange i Auschwitz som hadde oppsyn med femti tvillingpar av rom-opprinnelse:
Mens deportasjon av og drap på jødiske ungarere pågikk for fullt i juni 1944 planla nazistene evakuering av leirer som snart ville havne på frontlinjen. Sommeren 1944 gjennomførte sovjetiske styrker en stor offensiv i Hviterussland der Armégruppe sentrum ble påført store tap. Kort etter offensiven i Hviterussland ga Himmler ordre om at fanger i konsentrasjonsleirer i utkanten skulle fordrives til det indre av riket. Sovjetiske styrker inntok Majdanek intakt 23. juli 1944 etter at det tyske mannskapet hadde forlatt leiren i all hast uten å avvikle leiren fullstendig.
De mest omfattende evakueringene, kjent som dødsmarsjene, begynte i januar 1945. Fangene ble fraktet delvis med båt eller jernbane, men på enkelte strekninger ble de tvunget til gå til fots. Titusenvis døde underveis av utmattelse, mangel på mat og drikke, eller kulde, mange ble skutt og drept fordi de ikke klarte å holde tempoet eller fordi de forsøkte å stikke av. Noen fanger ble skutt og drept før marsjen begynte fordi de var antatte for svake. Et fåtall klarte å stikke seg unna og ble tatt vare på av lokalbefolkningen. Jødiske og ikke-jødiske fanger ble utsatt for samme brutale behandling. De overlevende havnet i leirer inne i selve Tyskland der tanken var at de skulle bidra med arbeidskraft i den tyske krigsindustrien, noen ble senere sendt ut på nye dødsmarsjer til andre leirer. Leirene i Tyskland var stort sett svært overfylte og det var svært trangt om mat og husly.
I januar 1945 var det ifølge nazistenes egne registre 714 000 internerte i konsentrasjonsleirer på tyskkontrollert område. Minst 250 000 av disse døde før Tyskland kapitulerte - av sult og frost eller de ble massakrert av vakter og lokalbefolkning. Dødsraten var på rundt 35 % ifølge Daniel Blatman som har skrevet standardverket om dødsmarsjene. For noen dødsmarsjer overlevde bare 20 % for andre 80 %. Dødsmarsjene omfattet evakuering av flere typer leirer og de fleste ofrene var ikke jødiske, men var for en stor del krigsfanger og utenlandske tvangsarbeidere. Jødene fikk verre behandling under dødsmarsjene enn andre fanger, men fangene ble ofte kollektivt omtalt som jøder (noe som i sin tur førte til mer brutal behandling). Evakueringen fra leirene ble fortrinnsvis gjort med tog, og fangene ble sendt til fots der manglet jernbaneforbindelse eller når det var knapphet på transportmidler. Massakrene på fangene i dødsmarsjene var til dels motivert av forestilling om behov for å beskytte lokalbefolkningen mot hordene som i propaganda og i rykter ble fremstilt som farlige (mord, voldtekt og ran ble nevnt). Etter at fangene hadde forlatt leirene hadde i SS lenger full kontroll slik at vanlige soldater (fra Wehrmacht), lokalt politi, Hitlerjugend og særlig Volkssturm deltok i massakrer på de marsjerende.
I 1944-1945 var holocaust allment kjent, mens dødsmarsjene fikk liten oppmerksomhet i de frie landene - fokus var mest på forflytning av allierte krigsfanger vestover. Parallelt med dødsmarsjene flyktet hundretusenvis av tyske borgere eller etniske tyskere vestover av frykt for den fremrykkende røde hær. I alt ble det gjennomført 110 dødsmarsjer. De første evakueringene foregikk sommeren 1944 fra de baltiske landene og det østlige Polen, den andre fasen var evakueringen av de store leirene i Polen i januar 1945 og til slutt fra mars 1945 dødsmarsjer innenfor selve Tyskland.
Ifølge Daniel Goldhagen forekom det vaktene massakrerte jødiske fanger mot slutten av krigen også etter at Himmler hadde gitt ordre om at jødene skulle behandles godt. Ruth Birn skriver at det var stor variasjon i hvordan vaktene behandlet fangene i dødsmarsjene, fra ekstrem grusomhet til omsorg. Det forekom også at den tyske lokalbefolkningen hjalp fangene med mat og husly.
Det har vært omdiskutert om massedrap på og forfølgelse sigøynere er sammenlignbart med massedrap på jøder og bør regnes som del av holocaust. Begrunnelsen for å likestille massedrapet på sigøynere med massedrapet på jøder er at sigøynere ble forfulgt og drept som gruppe; dette var de eneste etniske gruppene som var gjenstand for folkemord. Forfølgelsen av signøyere var ikke begrenset til en elite. Innenfor nazikontrollerte områder i Europa ble rundt 85 % av de jødiske innbyggerne drept, mens rundt 25 % av sigøynerne ble drept. Tyskland kontrollerte deler av Europa på flere måter: Selve Tyskland og områder annektert fra og med 1938, tyskokkuperte områder og allierte land (som Ungarn og Romania). Sigøynerne overlevde fordi de hovedsakelig bodde i allierte som motsatte seg tyske forsøk på å utrydde folkegruppen. I Ungarn ble rundt 70 % av jødene drept og rundt 28 % av landets rundt 100.000 sigøynere. I Slovakia ble minst to tredeler av jødene drept, mens 99 % av sigøynerne overlevde. De slovakiske regjeringen under Jozef Tiso medvirket ivrig til deportasjon av jødene, mens sigøynerne var gjenstand for diskriminerende lover og bare et fåtall ble deportert til dødsleirene. I Polen og Böhmen-Mähren, som var under tysk okkupasjon, ble over 50 % av sigøynerne drept. I Hviterussland og Ukraina ble over 70 % av sigøynerne drept.
Hitlers tale 30. januar 1939 ser ut som en klar profeti eller plan om hva som senere viste seg å skje. Historikerne tviler på om Hitler og nazistene hadde så klar og langsiktige planer. Den vanlige oppfatningen er at nazistene faktisk ville tvinge jødene til å emigrere til et nytt «hjemland». Tanken om utrydde jødene utviklet seg gradvis etter hvert som krigen på Øst-Fronten gikk fremover.
Generalplan Ost, først skissert i 1940 og senere revidert i 1941, omhandlet omfattende tysk kolonisering av de erobrede områdene i øst. Planen innebar fordrivelse, utsulting og eventuelt drap på store deler av lokalbefolkningen. I Polen ble en halv million polakker tvangsflyttet fra de annekterte områdene. I de østlige Polen ble ti tusen polske barn drept og hundre tusen voksne polakker fordrevet.
Etter invasjonen av Sovjetunionen 22. juni 1941, Operasjon Barbarossa, gikk Tyskland, særlig SS og politiet, fra forfølgelse og undertrykking av jøder til massemord på all jøder. Ifølge Matthäus er det allmenn oppfatning blant holocaustforskere at utslettelsen av Europas jøder begynte med invasjonen av Sovjetunionen. Invasjonen av Polen ble fulgt av brutal behandling av sivilbefolkningen inkludert jødiske polakker. I Wehrmacht ble det uttrykt bekymring for brutalisering av mannskapet på grunn av massehenrettelser og andre overgrep i Polen.
I mange land ble det gjennomført egne folketellinger eller opprettet egne register for jøder med tanke å kartlegge antallet og hvor stor andel som var arbeidsføre. Utfylte skjema med fullt navn og adresse ble senere brukt som grunnlag for å finne jøder som skulle deporteres. I tilfeller der det ikke var fullt navn, ble folketellinger blant annet i Nederland brukt til å identifisere bydeler i Amsterdam med særlig stor tetthet av jødiske innbyggere. I Norge ble detaljerte folketelling for jøder iverksatt i januar 1942 av NS statistiske kontor; disse skjemaene ble høsten 1942 brukt som grunnlag for å identifisere de som skulle deporteres. Den tyske okkupasjonsmakten brukte NS partiapparat trolig for Statistisk sentralbyrå ble ansett som upålitelig (direktør Gunnar Jahn var med i motstandsbevegelsen).
Etter Wannsee-konferansen 20. januar 1942 sendte Heydrich ut et rundskriv, med Görings fullmakt vedlagt, til regionale sjefer for sikkerhetspolitiet med instruks om at alle forberedende tiltak skulle iverksettes. Adolf Eichmann sendte 31. januar 1942 et rundskriv til alle regionale gestapokontorer med orientering om det nye deportasjonsprogrammet. Ifølge rundskrivet var manglende kapasitet i øst til å absorbere deporterte en begrensende faktor, men snart ville nye muligheter for absorbering bli utarbeidet (dette siste var kodespråk for massemord). Himmler og Friedrich-Wilhelm Krüger (HSSPF i Generalguvernementet) beholdt de to mest radikale (Odilo Globocnik og Fritz Katzmann) og byttet ut de andre SS-sjefene Generalguvernementet. I februar 1942 ble det lagt planer for utvidelse av krematorier og gasskamre i Auschwitz. Fra midten av februar ble tyske jøder deportert til Belarus myrdet der. I mars var det en bølge av deportasjoner fra Tyskland til Lublin-området og slovakiske jøder ble deportert til Auschwitz. I Belzec ble jøder fra Lublin drept i stort antall fra mars 1942 og i Sobibor begynte massemordet i april.
I 1942 begynte det å bli allment kjent i Vest-Europa at det foregikk massedrap i øst. Den tyske ledelsen forsøkte da å skjule sporene ved å åpne massegravene i Sovjetunionen, Polen og Jugoslavia, brenne likene og knuse beinrestene. Prosjektet var kjent som Sonderkommando 1005 eller Sonderaktion 1005. Arbeidet ble utført av fanger som deretter ble myrdet for at det ikke skulle være vitner. Mange massegraver ble på denne måten utvisket noe som gjorde det vanskelig å fastslå i ettertid det eksakte omfanget av holocaust i Sovjetunionen og Polen. Noen få fanger klarte å rømme ogfortalte om hva de hadde vært med på. Sonderkommando 1005 besto av mange forskjellige enheter i ulike regioner og alle gikk under samme navn.
Høsten 1943 var det tydelig Tyskland ville tape krigen. Tyske myndigheter prioriterte fortsatt leting etter jøder som skulle drepes. De fleste tyske og polske jøder var døde, mens det fortsatt var jøder i blant annet Hellas, Italia og ikke minst Ungarn.
Etter okkupasjonen av Polen og invasjonen av Sovjetunionen ble forestillingen om jødene som mindreverdig og undermennesker selvoppfyllende: Okkupsasjonsregimet og samling av jøder i lukkede gettoer gjorde levekårene stadig vanskeligere for jødene som endte utsultede, skitne og fillete. Den nazistiske ideen om ideologisk krig innebar at tradisjonelle regler for disiplin og underordning ble erstattet av et mer fleksibelt system som tillot tyske funksjonærer på alle nivå å ta raske egne initiativ. Wehrmachts overkommando utarbeidet retningslinjer for krigen i Sovjetunionen og la der til grunn «nådeløse og energiske tiltak mot bolsjevikiske oppviglere, partisaner, sabotører, jøder og total fjerning av enhver form for passiv eller aktiv motstand». Retningslinjene understreket at fienden var undermennesker (Untermenschentum). SS og politimenn betraktet etter hvert jødespørsmålet ikke som noe abstrakt, men som et praktisk, presserende problem som måtte håndteres av hensyn til riket, av hensyn til etaten og av hensyn til deres egen karriere. Etter den sovjetiske annekteringen av de baltiske landene sammenfalt tyske tjenestemenns fordommer med antisemittisme hos baltiske nasjonalister. For eksempel mottok Hans Joachim Böhme ved kontoret i Tilsit rapporter om at andelen russere og jøder statsapparatet økte, Böhme konkluderte utfra dette at jødene i Litauen er primært aktive spioner for Sovjetunionen.
Før invasjonen av Sovjetunionen satte Himmler i mai 1941 opp en egen kommandostab for Reichsführer-SS som skulle organisere SS og politi i de erobrede områdene. Himmler hadde alle SS-enheter i okkuperte områder til rådighet og etter invasjonen av Sovjetunionen sto alle SS-enheter der direkte under Himmlers kommando. Tidlig i 1941 hadde han seksten brigader hovedsakelig Allgemeine-SS. Per mai 1941 hadde han bare i Polen samlet 20 000 SS-menn.
«Rengjøringssaksjonene» i øst ble koordinert av tre-fire Einsatzgruppen med hvert sitt geografiske område fra Østersjøen til Svartehavet. Einsatzgruppen jaktet på intelligentsiaen, politiske kommissærer, jøder, sigøynere og partisaner. Til disse var det knyttet underavdelinger, kalt Sonderkommando eller Einsatzkommando, som utførte drapene.
Medlemmer av Einsatzgruppen var i stor grad motivert av ideologisk overbevisning. Sammenlignet med de flere millioner ordinære soldater som strømmet inn i Sovjetunionen var disse drapsenhetene ubetydelige i størrelse. De fleste medlemmer i Einsatzgruppen ble rekruttert utenfor sikkerhetspolitiet og SD. Medlemmene kom ofte fra SS eller Ordnungspolizei. Noen enheter fra SS og ordenspolitiet opererte til dels selvstendig fra, men på samme måte som Einsatzgruppen. Christopher Browning studerte Reserve-Polizei-Bataillon 101 fra Hamburg og konkluderte i sin bok Ordinary Men med at det menige mannskapet var alminnelige middelaldrende menn. Browning skriver at med hensyn til alder, opphavssted og sosial bakgrunn var mennene i 101 de man skulle tro var minst egnet som kandidater til fremtidige massemordere. Medlemmene av 101 hadde blitt utsatt for lite politisk indoktrinering og var trolig ikke ivrige tilhengere av Hitler. Ved massakrene i Józefów, Biłgoraj i Polen fikk 10-20 % slippe å være med på drapene, ifølge Browning deltok flertallet av ulike grunner: krigssituasjonen, lydighet, gruppepress, dehumanisering av ofrene, karrierejag og antisemittisme. Daniel Goldhagen kritiserte Brownings forklaring og mente bødlene var drevet av ekstrem antisemittisme og var mer enn velvillige bidragsytere til folkemordet. Etter Hitlers maktovertakelse hadde ideologisk opplæring vært obligatorisk for tysk politi. Fra 1936 var Himmler også sjef for det tyske politiet og forsøkte å samordne SS og ordinært politi. Sterk rivalisering mellom ulike deler førte i stedet til mer fragmentering og fremvekst av «små-Himmlere» som først og fremst var lojale til Himmler personlig. På samme måte som tyske soldater ble politi og SS daglig eksponert for antisemittiske budskap. Det hadde ingen alvorlige konsekvenser for tyske soldater, politi og offiserer som nektet å delta i drapene.
Blant de tusenvis som ble utpekt til bødler i de erobrede delene av Sovjetunionen var mange ikke ivrige nazister. Også i Einsatzkommandoene (ledet av offiserer fra SD) var det mange alminnelige politiet, grensepolitiet og fra Waffen-SS. Grensepolitimennene gjennomgikk opplæring blant annet i Pretzsch ved Elben og fikk en viss ideologisk opplæring blant i Nürnberglovene og i regimets syn fordrivelser av jødene fra Europa. Det ble der klart at skulle inngå i mobile enheter i Sovjetunionen, men ikke at oppgavene omfattet henrettelser av jøder. Mange av lederne for Einsatzgruppen, Sonderkommandoene og Einsatzkommandoene var byråkrater og høyt utdannede profesjonelle før 1941.
I forbindelse med invasjonen av Sovjetunionen ble Hans-Adolf Prützmann, Erich von dem Bach-Zelewski, og Friedrich Jeckeln av Himmler utpekt til høyere SS og politiledere (Höherer SS- und Polizeiführer, HSSPF) for henholdsvis Russland-Nord, Russland-Mitte og Russland-Süd. De skulle rapportere direkte til Himmler og hadde ansvaret for å politiets og SS' virksomhet, sikre total lydighet til Himmler og sikre orden i de erobrede områdene. Sammen med Einsatzgruppen A, B, C and D, hadde øverste operative kommando over enhetene som begynte masseskytingene av jøder sommeren 1941. Disse tre mennene hadde nøkkelroller i gjennomføring av holocaust i de erobrede delene av Sovjetunionen. Jeckeln var en innovativ massemorder og utviklet blant annet «sardinmetoden» (Sardinenpackung) mens han arbeidet i Ukraina. Ved sardinmetoden måtte ofrene legge seg med hodet mot føttene på likene nede i massegraven før det ble skutt ovenfra. På denne måten ble det mindre tomrom mellom likene i massegraven enn når ofrene ble skutt på kanten og falt uryddig ned i grøften. Etter at store deler av Ukraina høsten 1941 ble beskrevet som jødefritt, byttet Prützmann og Jeckeln område. I rettssaken etter krigen fortalte vitnene at Jeckeln var en ivrig og målrettet massemorder som gikk mye lenger enn bare å adlyde ordre. Både Jeckeln og Bach-Zelewski identifiserte seg med og var lojale mot Hitler. Jeckeln anså Himmler som den øverste ansvarlige for holocaust, sammen med Göring. Sardinmetoden førte i enkelttilfeller til overlevende som senere kom seg ut av likhaugen.
Einsatzgruppenes og underenhetenes geografiske ansvar ble avtalt våren 1941 mellom RSHA og hærens overkommando. Einsatzgruppe A var knyttet til armégruppe nord (tysk: Heeresgruppe Nord), B til armégruppe sentrum, C til armégruppe syd, mens D var knyttet til Wehrmachts 11. armé som etter planen sammen med rumenske styrker skulle ta det sørlige Ukraina med Krim og avansere mot Kaukasus. Einsatzgruppe B besto opprinnelig av 650 mann, og dennes underenheter Sonderkommando 7a og 7b skulle sikre det nylig erobrede område under militær administrasjon «bak» hæren (tysk: rückwärtige Armeegebiete). Einsatzkommando 8 og 9 skulle operere lenger fra fronten og der etterforsk og bekjempe tyskfiendtlig aktivitet. Einsatzkommando 9 ble klargjort i Warszawa og hadde i utgangspunktet et mannskap på 144 personer - av disse var 15 SS-offiserer; 84 var fra Gestapo, kriminalpolitiet, Ordungspolizei (bataljon nummer 9), SD eller reservister fra Waffen-SS; 46 var sjåfører og annen støtte. Personellet fra Waffen-SS og Orpo hadde oppgave som Sicherungskräfte som i praksis betød at de skulle utføre arrestasjoner og henrettelser. Einsatzkommando 9 var «fullt motorisert» med 35 biler, fire lastebiler og tre motorsykler.
HSSPF og SS- und Polizeiführer (SSPF) var de sentrale lederne i sine distrikter for utryddelsen av jøder samt bekjempelse av partisaner, og utgjorde omkring 100 personer. Lokalbefolkningen og motstandsbevegelsen hadde kjennskap til at disse var ledere for undertrykkelsen i okkuperte områder. Flere av naziledere var mål for attentater utført av motstandsbevegelsen eller de allierte. Reinhard Heydrich døde etter et angrep i 1942, Friedrich-Wilhelm Krüger (HSSPF i Generalguvernementet) ble angrepet i 1943 som hevn for ødeleggelsen av Warzsawagettoen, og Hans Frank ble angrepet av polsk motstandsbevegelse i 1944. Jürgen Stroop ble angrepet to ganger: første gang av jødisk motstandsbevegelse i Galicia, andre gang etter utslettelsen av Warszawagettoen. Franz Kutschera ble drept av polsk undergrunnsbevegelse i 1944.
Orpo-styrkene som beveget seg inn i Sovjetunionen sommeren og høsten 1941 var mindre forberedt enn de andre medlemmene av drapskommandoene. Ordenspolitiet ble ledet av Himmlers gamle venn Kurt Daluege. Orpo besto av det ordinære bypolitiet (Schutzpolizei) og politiet på landsbygda (Gendarmerie), men uten kriminalpolitiet. Ordenspolitiets kjerne besto av menn med militær bakgrunn og var organisert i bataljoner. Minst tolv Orpo-bataljoner ble straks etter invasjonen av Sovjetunionen tildelt Himmlers «kommandostab», i praksis en privat hær under Himmlers kontroll. Disse Orpo-bataljonene utgjorde omkring 6000 mann, mens selve Einsatzgruppen besto av 3000 mann til sammen. Utover i juli 1941 fikk Himmler mer mannskap til rådighet og disse ble involvert i stadig mer omfattende massakrer.
Fra 1939 ble Orpo-bataljonene utvidet ved å opprette reservebataljoner av erfarne Orpo-menn. De menige i reservebataljonene var for gamle til vanlig militærtjeneste - de var dermed utdannet før nazistene kom til makten og mange var heller ikke medlemmer av nazipartiet. Mannskap fra reservebataljon nummer 9 ble fordelt til Einsatzkommandoer og en annen reservebataljon virket som enhet ved drap på jøder og andre forestilte fiender av Tyskland.
Enheter fra Ordnungspolizei (Orpo), som hadde et samlet mannskap på omkring 100 000, deltok i internering og drap på jøder. For eksempel i Amsterdam drev Orpo arrestasjon og internering av jøder som så ble sendt østover. I Øst-Europa holdt Orpo vakt ved ghettoene. Enheter fra Orpo deltok i Einsatzgruppenes massakrer på jøder og kommunister etter invasjonen i Sovjetunionen, blant annet ved Babij Jar. Orpo-mannskap var ordinært politi og ikke primært ideologisk motivert. Det er ikke kjent tilfeller der Orpo-menn ble skutt eller straffet for å nekte å delta i massakrer. Himmler var svært opptatt av å verne drapsmannskapet mot mulige psykologiske effekter av massehenrettelser og instruerte offiserene om å avholde selskap og tilby mannskapet adspredelse etter en «aksjon». Inntrykkene fra dagens drapsaksjon skulle dempes eller viskes ut av sosiale sammenkomster, ifølge Himmlers instrukser. Videre skulle mannskapet stadig formanes om at massedrapene var nødvendige tiltak i den politiske situasjonen. Ifølge Matthäus er det fortsatt usikkert hvor dyptgripende den ideologiske indoktrineringen var og om det var vesentlig forskjell på SS, Wehrmacht og den tyske befolkningen ellers. Matthäus mener indoktrineringen i SS ikke var hjernevask eller en ren teoretisk øvelse. Bare «jobben ble gjort» var det ikke nødvendig at alle deltok i massehenrettelsene. Tilgang på en del ivrige og rutinerte drapsmenn (som Max Täubner) gjorde avlivingstiltakene effektive og ga ifølge Matthäus de andre en illusjon om at de var vanlige menn som måtte utføre et brutalt arbeid.
Max Täubner er det eneste kjente tilfellet der en SS-mann ble dømt av SS selv i forbindelse med massedrap på jøder. Täubner fotograferte ugjerningene han og hans tropp gjennomførte i Ukraina, blant annet drap på barn og hauger av lik. Fotografiene viste han til familie og bekjente. SS var redd for at bildene skulle bli offentlig kjent og Täubner ble derfor dømt til 10 års fengsel. I forbindelse med saken utarbeidet Himmler kriterier for når SS-menn kunne straffeforfølges for urettmessig drap på jøder «uten myndighet eller uten etter ordre»: Drap på jøder bare av politiske motiv skulle ikke straffes, mens drapshandlinger av egoistiske, sadistiske eller seksuelle motiv kunne straffes som mord.
Da Tyskland okkuperte Polen i september 1939 kom nesten 3 millioner jøder under tysk styre. I Warzsawa alene var det flere jødiske innbyggere enn i hele Tyskland. Ved siste folketelling før krigen var 3,1 millioner av Polens borgere jøder og utgjorde 10 % av befolkningen. I Warszawa bodde det over 350 000 jøder og i Lodz over 200 000. Mange polakker flyktet østover fra den tyske invasjonen, blant disse var 300 000–400 000 jøder - antallet er usikkert fordi mange flyttet igjen eller ble deportert til det indre av Sovjetisk territorium.
Holocaust er utenkelig uten invasjonen av Polen ifølge Timothy Snyder.
Nazistenes mål var å oppløse Polen som land og bryte ned den polske nasjonalbevisstheten. Dette ble forsøkt oppnådd med tvangsflytting av flere millioner, internering og massedrap på fremstående personer. Fra 16. mai 1940 begynte systematisk drap på fremstående polakker, den såkalte AB Aktion, på ordre fra Hans Frank. Omkring 3000 polakker ble massakrert. Samme sommer begynte okkupasjonsmakten internering av tusenvis av polakker i Auschwitz. Tyskernes voldsbruk og internering var langt mer omfattende enn Franks plan om en kirurgisk aksjon mot intellektuelle og eliten. Heydrich ga sine Einsatzgruppen i Polen en liste over 61 000 polakker med antatt anti-tyske holdninger. Den følelsesmessige belastningen på mannskapet som henrettet sivile polakker i juni 1940 førte til at Himmler satte inn Oskar Dirlewanger og en bataljon rekruttert blant straffedømt (blant annet krypskyttere) til å gjennomføre henrettelser andre ikke ville takle.
Med okkupasjonen av det vestlige Polen i 1939 kom flere millioner jøder under tysk herredømme. De jødiske polakkene fikk forbud mot å skifte bosted, måtte ha hvitt armbånd med David-stjernen på armen og eiendom ble beslaglagt. Fra høsten 1939 begynte tyske myndigheter å deportere jøder fra Danzig, Vest-Preussen, Poznan og Schlesien til Generalguvernementet. Mellom oktober 1939 og mars 1940 ble 95 000 jøder (blant annet deporterte fra Wien) samlet i en leir ved Nisko nær Lublin som et ledd i planen om et «reservat» for jøder. Nisko-planen ble skrotet og arbeidet stanset trolig på grunn av krangel om ansvar innad i den tyske administrasjonen. Polske jøder i alderen 14 til 60 år ble satt i tvangsarbeid. Jøder ble også fordrevet fra Tyskland og Tsjekkoslovakia til Polen. Samtidig arbeidet Hitlers regime med planer for å deportere jødene til Madagaskar. Etter at Tyskland tok kontroll over det meste av Frankrike i juni 1940 foreslo tyske tjenestemenn å samle 4 millioner europeiske jøder på Madagascar under tysk kontroll. Etter britisk okkupasjon av Madagascar ble ideen lagt bort.
Jødene ble stuet sammen i gettoer der det i Warszawagettoen (etablert oktober 1940) alene var flere jøder enn i Tyskland. Gettoene gjør det lettere å beslaglegge jødenes eiendeler og utnytte dem i tvangsarbeid. Gettoene ble som regel etablert i fattige bydeler eller allerede overbefolkede jødiske strøk. Jødene ble isolert i gettoer omgitt av gjerder og de fikk bare med seg noen personlige eiendeler. Matmangel, overbefolkning og dårlig hygiene ga høye dødstall på grunn av sult og sykdom. I Warszawagettoen døde 10 % av beboerne i løpet av 1941, og dødstallene økte i 1942. Omkring 300 000 jødiske polakker flyktet til sovjetisk okkupert område etter delingen av Polen.
Jødene i Polen ble tvunget til å arbeide uten lønn og ble trakassert og mishandlet i arbeidet. Sommeren 1940 ble mange tusen jøder skilt fra familien og plassert i egne tvangsarbeidsleirer der de arbeidet på blant annet festningsanlegg, veier og fabrikker. De første leirene ble opprettet i Lublin-området og etter hvert opparbeidet tyskerne et nettverk av tvangsarbeidsleirer over hele Generalguvernementet og andre okkuperte områder.
Før invasjonen av Sovjetunionen i juni 1941 pågikk det ikke systematisk utryddelse av jøder i Polen. SS og tysk Ordnungspolizei gjennomførte drap og enkeltstående massakre som i Ostrów Mazowiecka der over 350 jødiske menn, kvinner og barn ble henrettet av politiet etter at de hadde gravd en massegrav til seg selv. Massegraven i Ostrów Mazowiecka ble noen år senere åpnet av Sonderkommando 1005 og likrestene brent i et forsøk på å skjule forbrytelsen. Politibataljonen deltok senere i massehenrettelser i erobrede deler av Sovjetunionen.
I juli 1941 tok SS-major Rolf-Heinz Hoppner ved Ghetto Litzmannstadt til orde for å kvitte seg med (det vil si avlive) ikke-arbeidsføre jøder i ghettoen i stedet for å la dem sulte sakte ihjel. Hoppner antydet avliving med hurtigvirkende innretning.
Mangel på mat og brensel ført til mange død av sult og kulde i Warszawagettoen vinteren 1941-1942. De første overføringene fra Warszawagettoen til utryddelse i Treblinka skjedde 27. juli 1942. Tyskerne forlangte at jøderådet i gettoen skulle plukke ut 60 000 gamle og arbeidsudyktige til «omplasseringen». I gettoen var det kjent at omplassering ville innebære likvidering. Jøderådets formann tok sitt eget liv i fortvilelse.
Avliving av utviklingshemmede i «Aktion T4» pågikk fra 1939, og «aksjonen» tok etter hvert i bruk eksos fra forbrenningsmotorer som avlivingsmetode. Christian Wirth ledet eutanasiaksjonen i Brandenburg og ble overført til Kulmhof ved Chełmno. Erfaringene ble sammen med en del av personalet fra T4 overført til Aksjon Reinhardt, som fra oktober 1941 begynte utryddelsen av jødene i det polske Generalguvernementet. Leiren Chełmno (Kulmhof) var i drift fra 8. desember 1941 for å drepe jødene i Łódź og Wartheland, og der ble gassvogner tatt i bruk i stor skala.
Hans Frank administrerte en del av det okkuperte Polen som Generalguvernementet. I hvert av de fire distriktene i Generalguvernementet (Krakow, Warszawa, Radom og Lublin) ble det etablert Selbstschutz-enheter under SS- og politilederen. Disse «selvforsvarsenhetene» ble bemannet med etnisk tyske lokale innbyggere. Odilo Globocnik, SS- og politisjef i Lublin-distriktet, lot disse Selbstschutz-mennene drive brutal undertrykking av sivilbefolkningen, særlig jødiske polakker. Allerede i 1940 forsynte Selbstchutz-folk seg av eiendeler tilhørende jøder i Lublin og drev irregulær handel med tyvgodset. Mannskap fra disse enhetene brukte Globocnik senere i Aksjon Reinhard. I oktober 1941 beordret Globocnik SS-offiseren Karl Streiber til å anlegge en treningsleir ved byen Trawniki, SS-Ausbildungs- und Arbeitslager Trawniki. I Trawniki-leiren ble sovjetiske (hovedsakelig ukrainske) og baltiske krigsfanger omskolerte til en reservepolitistyrke, Trawnikimänner, under Globocniks kommando. John Demjanjuk var blant disse. Globocnik forsøkte å gjennomføre Generalplan Ost og snakket i 1940 om behovet for å bosette tyske gårdbrukere i Generalguvernementet som bolverk mot østlig påvirkning. Han arbeidet for å gjøre Lublin til et tysk bosettingsområde. Sent på høsten 1941 tømte han åtte landsbyer i Zamość-området for polske innbyggere. Globocnik arbeidet for at Lublin skulle ha den første rent tyske bosettingen i det østlige Polen, etter instruks fra Himmler. Tanken var å forflytte etnisk polske, og internere og drepe jødene, slik at det ble plass til tyske bosettere (særlig fra Volhynia). Fra november 1942 til sommeren 1943 hadde Globocniks menn fordrevet 100 000 beboere i 300 landsbyer for å gi plass til tyske bosettere. Enkelte innbyggere endte i Majdanek eller Auschwitz.
I Lublin ansatte Globocnik østerrikere i nesten alle viktige stillinger og mange var Globocniks gamle kamerater. Hermann Höfle var hans nestkommanderende under Aksjon Reinhardt. Amon Göth fra Wien arbeidet i staben sammen med Höfle før han flyttet til Płaszów. Bygningsingeniøren Richard Thomalla kom fra Øvre Schlesien og ledet arbeidet med oppføring av de tre rene dødsleirene. Franz Stangl var en nær medarbeider. Ernst Lerch fra Klagenfurt var Globocniks personlige adjutant. Globocnik rekrutterte folk med erfaring fra T4 til drapsanleggene i det okkuperte Polen blant andre Franz Stangl. Den første gruppen på et titalls T4-folk, inkludert Christian Wirth og Josef Oberhauser, kom til Lublin oktober-desember 1941. I løpet av de første månedene i 1942 kom ytterligere mannskap fra T4. Viktor Brack besøkte Lublin i mai 1942 og diskuterte hvordan T4 kunne bidra til å utrydde jødene. Globocnik ba om å få flere T4-folk til disposisjon. T4-mannskapet var fritatt fra tjeneste nær fronten i øst av frykt for at de skulle bli tatt til fange og avsløre T4. I forbindelse med Aksjon Reinhardt sto de under Globocniks kommando og hadde SS-uniform, men fikk lønn fra T4 og reiste på ferie til T4s feriested i Østerrike. Ved Globocniks hovedkvarter var det perioder omkring 300 personer utlånt fra blant annet T4. I tillegg var det flere tusen Trawniki-menn som voktet drapsanleggene.
Konsentrasjonsleiren Belzec var den første tillintetgjørelsesleiren i Generalguvernementet og var i drift fra mars 1942. I Belzec ble fangene drept i et gasskammer med eksos fra en dieselmotor, og likene ble lagt i massegraver. Belzec var den første leiren med faste gasskamre som var utformet som et slags badehus. Sobibór var i drift fra april 1942, og der ble det også brukt eksos i gasskamrene, men likene ble brent. Den første Auschwitz-leiren var i drift som fangeleir fra 1940, og den første store fangetransporten dit var politiske fanger og polske motstandsfolk den 14. juni. Auschwitz II (Birkenau) ble anlagt fra oktober 1941 for å avlaste den opprinnelige leiren. De første fangene i Birkenau var krigsfanger fra felttoget i Sovjetunionen. Gasskamrene i Birkenau var klare til bruk i mars 1942, og der ble Zyklon B tatt i bruk til avliving av fangene. I Majdanek ble også Zyklon B brukt i gasskamre som var klare i september 1942.
Eutanasiekspertene fra T4 medvirket til utforming av drapsleiren Sobibór og den var i drift i slutten av april 1942. I Treblinka nær Warszawa ble den tredje drapsleiren satt opp tidlig på sommeren 1942. Små transittleirer ble satt opp nær hovedleirene og disse hadde ukrainske vakter. Belzec, Sobibór og Treblinka var små anlegg. Belzec var om lag 200 meter bred og 250 lang i et tynt befolket område med god jernbaneforbindelse. I Belzec fantes stort sett bare selve drapsanlegget (mottakelsesområdet, avkledningsrom og gasskamrene) samt innkvartering for vakter og jødiske tvangsarbeidere som håndtere likene. De små leirene skulle være hemmelige, men lokalbefolkningen kjente lukten og forsto hva som foregikk.
Treblinka og Sobibór ble anlagt våren 1942, noe som ifølge Longerich tyder på at Globocnik senhøstes 1941 ikke hadde fått ordre om å forberede drap på alle jødene i Generalguvernementet. Himmler møtte 20. oktober 1941 Jozef Tiso, Vojtech Tuka og Alexander Mach fra Republikken Slovakia. De slovakiske lederne tok med glede i mot Himmlers tilbud om å deportere jødene fra Slovakia og dette kan ha vært bakgrunnen for anlegg av en utryddelsesleir nummer to ved Lublin, Sobibor. Opprinnelig var det bare jøder som ikke var av verdi som arbeidskraft som skulle likvideres. Trolig var det i april eller mai 1942 at Globocnik fikk ordre om systematisk å drepe alle jødene i området.
I juni 1942 uttrykte Globocnik at aksjonen mot jødene måtte gjennomføres så raskt som mulig slik at man ikke ble «stående midt opp i det» dersom det av en eller annen grunn ble stans i arbeidet. Himmler hadde også uttrykt at hurtighet var viktig for å kunne skjule det som foregikk. Himmler besøkte Globocnik i Lublin 19. juli 1942 og sa klart i fra at han ønsket total rengjøring (totale Bereinigung) i Polen; Himmler ville ha «forflytningen» (det vil si utryddelse) av jøder fullført innen 31. desember 1942 og på den datoen skulle det ikke være noen jøder igjen i Generalguvernementet bortsett fra i interneringsleirer. Himmlers ordre ble ikke fullstendig gjennomført, men ble fulgt av sterk opptrapping av drapstakten og innledet den mest dødelig fasen av Holocaust. Fra tidlig 1942 til februar 1943 falt antallet levende jøder i det vestlige og sentrale Polen med 1,75 millioner. Ved slutten av 1942 falt drapstakten trolig fordi det var få jøder igjen i Generalguvernementet.
Drapstakten avtok omkring årsskiftet 1942-1943. I Belzec var drapsvirksomheten stanset, mens i Sobibór og Treblinka ble det trappet ned vinteren 1943 etter at holocaust i Generalguvernementet nesten var fullført. Leirene skulle stenges så snart alle lik var brent og sporene etter forbrytelsen var skjult. Himmler ga 5. juli 1943 ordre om at Sobibór ikke skulle avvikles, men omgjøres til en konsentrasjonsleir og lager for ammunisjon.
Aktion Erntefest («operasjon høstfest») ble gjennomført 3. november 1943. Da ble 43 000 jøder i slaveleirene Trawniki og Poniatowa (i Lublin-distriktet) og Majdanek drept - de ble skutt med maskingevær i massegraver. Operasjonen omfattet de gjenværende 18 000 jødene i Majdanek. Denne operasjonen avsluttet Operasjon Reinhard, den utslettet de gjenværende jødene i Lublin-området og var det største antallet drept av tyske styrker i en enkelt operasjon. Etter opprør i Warszawa, Bialystok, Treblinka og Sobior tidligere i 1943 bestemt SS å eliminere jødene i Lublin og omland. Jakob Sporrenberg planla og ledet operasjonen.
Få uker etter den tyske invasjonen av Sovjetunionen 22. juni 1941 hadde tyske styrker erobrer store områder med en stor andel jøder i befolkningen. Dette inkluderte områder som tilhørte Sovjetunionen før krigen (Hviterussland, Ukraina og vestlige deler av Russland) og nylig annekterte områder (Latvia, Estland, Litauen, Bessarabia, det østlige Polen og det nordlige Bukovina). Til sammen var det 3,9 millioner jødiske innbyggere i disse områdene før 1941. Flere hundre tusen jøder klarte å flykte østover til de indre av Sovjetunionen, men de fleste ble fanget i erobrede områder bak fremrykkende tyske styrker.
Innen utgangen av 1941 var omkring 1 million drept hovedsakelig av Einsatzgrupper støttet av Wehrmacht, politi og lokale medhjelpere (blant annet fra ukrainsk og litauisk politi). Drapene foregikk nær ofrenes bosted i raviner, stridsvognsfeller, skoger eller forlatte bygninger. Fremgansmåten var stort sett den samme alle steder: En offiser fra SS eller Wehrmacht ga ordre om at jødene skulle møte på et oppsamlingssted til et best tidspunkt og bare ta med seg noen få personlige eiendeler. Noen ganger ble det fremstilt som evakuering eller overføring til arbeidsleir, men ofte fikk ofrene ingen forklaring. Fra oppsamlingsstedet ble de ført til massegraven hvor de på veien ble beordret til å kle av seg og puljevis drept ved skyting. Noen få overlevde skytingen og klatret ut av massegraven om natten og kunne slik gi øyenvitnebeskrivelser.
Folketellingen fra januar 1939 oppga 3,28 millioner jøder i hele Sovjetunionen, hovedsakelig i Ukraina og Hviterussland. I Moskva bodde over 300 000 og i Kiev, Leningrad og Odessa over 200 000 hver. Arad oppgir 4,1-4,2 millioner jøder til sammen i de baltiske landene, den annekterte delen av Polen, det vestlige Russland, vestlige Ukraina, Bessarabia og Bukovina. Etter invasjonen evakuerte sovjetiske myndigheter store områder på sovjetisk side av fronten: fabrikker, utstyr og omkring 5 millioner innbygger hvorav 1 million jøder ble transport til det indre av Russland. I Hviterussland og Ukraina forble det enkelte åpninger i fronten der flyktninger kunne ta seg østover.
Invasjonen av Sovjetunionen i 1941, «Operasjon Barbarossa», var trolig en hovedgrunn til beslutningen om å tilintetgjøre jødene. Hitler og de andre topplederne så får seg en «jødisk krig» og «endelig løsning», men det er ikke påvist noen skriftlige ordrer om å drepe alle jødene i de erobrede områdene i øst før Barbarossa ble satt i gang. De ordrene som eventuelt ble gitt var ofte muntlige, vage («ta seg av Tysklands fiender») og gitt etter at massedrapene var godt i gang dels i form av oppmuntring eller godkjenning. I juni 1941 så den tyske ledelsen fortsatt for seg at «jødespørsmålet» skulle løses ved tvangsflytting, selv om en slik tvangsflytting ville være brutalt ville det ikke innebære massemord på all jøder. Goebbels satte 5. juli, etter at store landområder var erobret og tusenvis henrettet, i gang en propagandakampanje mot det «kriminelle, jøde-bolsjevikiske» regimet. Overgrep begått av NKVD (Sovjetunionens hemmelige politi) i Lviv og andre steder før sovjetisk tilbaketrekning ble brukt som eksempel på den «blodig galskapen hos de jøde-sovjetiske herskerne».
Nazistene var besatt av ideen om å ødelegge den sovjetiske kommunismen, en ide som mange østeuropeere hadde til felles med nazistene. Nasjonalister i Latvia, Litauen, Hviterussland og Ukraina utnyttet den første tiden etter «frigjøringen» til å massakrere jøder som ble ansett som forbundet med bolsjevismen.
I ettertid, blant annet ved rettsoppgjøret, ble det vist til en Führerbefehl om utryddelse av jødene etter invasjonen av Sovjetunionen. Dersom en slik ordre faktisk ble gitt, var den trolig abstrakt og generell. Det har også blitt henvist til en politiinstruks om å henrette jøder i partiet og statsapparatet, sabotører, propagandamakere, snikskyttere etc. Det er uklart om denne ordren fra Berlin utløste drapene på alle jøder. Det er i ettertid ikke sikkert dokumentert at det fantes en slik ordre. Drapene ble i tyske meldinger og notater ofte omtalt med eufemismer som «likvidert», «evakuert» eller «avhendet», andre ganger direkte som «henrettet» eller «skutt og drept». Den enkelte massehenrettelse ble ofte kalt Aktion.
De første ukene etter invasjonen var det systematiske drap på voksne jødiske menn. En gang mot slutten av juli 1941 ble dette utvidet til å omfatte alle jøder ved at også kvinner og barn ble drept systematisk, noe som signaliserte at et fullstendig folkemord var i gang. Omfanget og opptrappingen har historikerne rekonstruerte fra dokumenter gjerningsmennene etterlot seg. Det er stadig uklart hvem som ga den opprinnelige ordren om også å drepe kvinner og barn, eksakt når ordren ble gitt og hvordan ordren kom frem til drapskommandoene. De første rapportene om massedrap beskriv ofrene som lokale jødiske menn i militær tjenestedyktig alder og særlig intelligensia i ledende stillinger i lokalsamfunnet. Helt fra begynnelsen var det uklart hvem som skulle henrettes: Den første massakren i Bialystok 27. juni viser at gjerningsmennene hadde små motforestillinger mot å henrette helt harmløse personer. Waffen-SS divisjonen Wiking henrettet i slutten av juni og tidlig juli et stort antall tilfeldige soldater og sivilister som ble ansett som mistenkelige, inkludert 600 jøder i Zboriv i Ukraina. I Brest tidlig i juli henrettet politibataljon 307 og 162. infanteridivisjon 5000 jøder i en "opprydningsaksjon". Til forskjell fra Polen ble massedrapene umiddelbart og direkte knyttet til andre antijødiske tiltak som beslag av eiendom og utskilling av den jødiske befolkningen med spesielle merker på klærne. Flere steder ble de første massedrapene utført av Wehrmacht og senere mer systematiske massedrap utført av Einsatzgruppene.
Massedrapene de første ukene etter invasjonen av Sovjetunionen var preget av tilfeldigheter og lokal initiativ; og det var kjennetegnet av at tyske tjenestemenn aksept for stadig tiltagende vold som det normale i øst. I krigssituasjoner forekommer det ofte at soldater begår overgrep mot lokalbefolkningen. Krigen mot Sovjetunionen var særegen ved at den tyske ledelsen med vilje satte nye rammer og regler for styrkenes fremferd: Kriminelle ordrer ovenfra kombinert med voldelige impulser nedenfra skapte et klima for ubegrenset voldsbruk. Massedrap på jøder ble ofte fremstilt som praktiske tiltak for å «passifisere» de nylig erobrede områdene.
Litauens jøder var holocausts første ofre. Ifølge Karl-Heinz Schoeps begynte holocaust i Litauen da tyske styrker invaderte Sovjetunionen. Umiddelbart etter invasjonen av Sovjetunionen begynte massakrer på den jødiske befolkningen i Litauen, Latvia, Hviterussland og Ukraina. De første ukene ble ikke kvinner og barn drept, da også disse ble henrettet fra midten av august og Himmler ikke så mulighet til en «territoriell løsning» på jødespørsmålet var systematisk massemord på jødene i erobret området i gang. Raul Hilberg kalte sommeren og høsten for «the first sweep» av holocaust. Christopher Browning kalte sommer og tidlig høst 1941 for «fateful months». I begynnelsen ble bare voksne menn drept, senere på sommeren 1941 ble også kvinnene henrettet og til slutt ble alle jøder mål for massehenrettelsene. Matthäus skriver at grensen til folkemord entydig ble krysset da også barna ble henrettet.
Få dager etter at tyske styrker invaderte Litauen (som hadde vært okkupert av Sovjetunionen siden året før) begynte massakrene på landets over 210 000 jøder. De første systematiske massakrene ble gjennomført etter initiativ av en lokal politisjef i Øst-Preussen uten konkret ordre fra Berlin. I Iași (tysk: Jassy), Romania, var det også massedrap på sivile jøder de første dagene etter at Operasjon Barbarossa var i gang. Massakrene i Iaşi hadde i mer preg av lite koordinert og mer tilfeldige aksjoner der jøder ofte ble drept på stedet når soldater fant dem, mens massakrene i Litauen i hovedsak var mer metodiske og i skjul for offentligheten ved at jødene ble dumpet i massegraver.
Hilter, Himmler, Heydrich og Kurt Daluege kom selv til Øst-Preussen noen dager etter at Operasjon Barbarossa var i gang. Etter å blitt briefet av Heydrich og Daluege reiste SS og politifolk til Tilsit for å koordinere drapskommandoene som allerede var i gang i Litauen. Ordrene gikk via Hans-Adolf Prützmann, som da var sjef for SS og politi i Nord-Russland, og han koordinerte større «jødeaksjoner». I slutten av juni intensiverte kontoret i Tilsit drapsvirksomheten. Himmler og Heydrich reiste 30. juni til den polske byen Augustowo der 316 jøder var drept, og uttalte at det var svært fornøyd med tiltakene satt i verk. De to var 1. juli i Hrodna (Grodno) og var misfornøyde med at drapsarbeidet ikke var påbegynt der. Slik inspeksjonsturer ble utført av de øverste lederne for utryddelsen av jødene over hele det erobrede området fra Østersjøen til Svartehavet. De ble da utstedt nye ordrer om massakrer og ingen av disse nevner «Führerbefehl».
På sovjetisk område inkludert Baltikum ble jødene hovedsakelig skutt og dumpet i massegraver. Etter invasjonen ble Himmlers SS-brigader satt inn for å «passivisere» de erobrede områdene noe som hovedsakelig innebar å drepe jødene. SS-brigade nummer 1 var motorisert og en av de mest effektive, den besto av 7000 mann inkludert støtteenheter. SS-dødsskvadroner (såkalte Einsatzgruppen) beveget seg bak Wehrmacht og hadde en sentral rolle i utryddelsen av jøder og andre «uønskede elementer». Norske frontkjempere i SS «Wiking» deltok trolig i massakrer blant annet i Ukraina og Russland. Massakrene foregikk til dels med bistand fra lokale kollaboratører, og det forekom også massakrer i gatene der jødene ble slått i hjel i med stokker. De ble oftest drept nær hjemstedet. I Litauen ble de fleste av landets jøder drept i løpet av sommeren og høsten 1941. Himmler var selv til stede ved en massehenrettelse ved skyting utført av Einsatzgruppen sommeren 1941. Tyske ledere ønsket å involvere lokale i masseskytingene dels for å lette arbeidsbyrden for tysk mannskap og dels for å gjør lokalbefolkningen medansvarlige. Walter Stahlecker i Einsatzgruppe A ønsket «å etablere som et utvilsomt faktum at den frigjorte befolkningen hadde tatt i bruk de mest alvorlige tiltak mot den bolsjevikiske og jødiske fienden på eget initiativ og uten instrukser fra tyske myndigheter». De fleste baltere og ukrainere var ikke involvert i massakrene, men var likegyldige eller passive til drapene på sine landsmenn. Vincentas Brizgys, katolsk hjelpebiskop i Kaunas, forbød prestene å hjelpene jøder.
Einsatzgruppene ble i det sørlige området forsterket med rumenske soldater og de skal til dels ha vært så brutale at tyske vitner ble sjokkert. Ved Svartehavskysten ble Einsatzgruppe D forsterket med lokale etniske tyskere som var svært ivrige etter å skyte jøder. En kommandant bemerket at de nesten ble skremt av blodtørsten hos disse folkene.
Tyske styrker tok kontroll over Lviv 30. juni og sovjetiske styrker inkludert NKVD forlot byen i all hast. Omtrent en tredjedel (nær 100 000) av byens innbyggere var jøder. Samme ettermiddag lot innbyggerne sitt sinne over NKVDs brutalitet gå utover byens jødiske borgere. Jødene ble blant annet ydmyket ved at de måtte gå på kne og vaske gatene, noen kvinner ble avkledd, jaget gjennom gatene, banket opp eller voldtatt. Tyske styrker og ukrainsk milits drepte omkring 4000 jøder i Lviv 1. og 2. juli.
Himmler snakket 21. juli med lederne i SS-kavaleriet om den tunge oppgaven som lå foran dem ved opprydning i Pripjatmyrene. Gustav Lombard viderebragte dette som en ordre om at ikke en eneste mannlig jøde skulle være i live og ingen jødiske familie skulle være igjen i landsbyene. De følgende dagene meldte Lombard at de drev «avjødifisering» (Entjudung) og innen 11. august hadde SS-kavaleriet drept 11 000 jøder i alle aldre, i gjennomsnitt 1000 mennesker daglig. Lombard utvidet på eget initiativ drepingen til kvinner og barn, uten en konkret ordre. Aksjonen innebar ikke kamp og ingen SS-menn ble drept. Lombard ble forfremmet etter aksjonen i myrene.
I løpet av siste halvår 1941 tok Tyskland kontroll over store landområder fra Østersjøen til Svartehavet øst til Leningrad, Moskva, Kursk og Rostov. Den brede stripen øst for Minsk og Kiev var okkupert av hæren, mens det vestlige beltet ble administrert som Reichskommissariat Ostland (Baltikum og Hviterussland) og Reichskommissariat Ukraine. Innen utgangen av 1941 var mellom 500 000 og 800 000 jøder drept og hele regioner ble erklært som «jødefrie». Walter Stahlecker, sjef for Einsatzgruppe A, rapporterte 31. januar 1942 at hans enhet hadde drept 229 052 jøder i de baltiske landene. Høsten 1941 døde sovjetiske soldater i tysk krigsfangenskap i en takt på omkring 6000 daglig, og innen våren 1942 var 2 millioner av 3,5 millioner krigsfanger døde. Innen den tyske tilbaketrekkingen i 1943-1944 var store områder ødelagt og avfolket.
Ved slaget om Moskva ble SS-enheter som drev massakrer bak fronten midlertidig overført til Wehrmacht for delta ved fronten.
Den tyske fremrykkingen over sovjetisk territorium etterlot et maktvakum langs forsyningslinjer og infrastruktur i erobret område. I dette området var tyske interesser sårbare for irregulær sovjetisk motstand. Wehrmachts ledere anså Einsatzgruppene for å «verd sin vekt i gull» fordi de sikret dette bakrommet. I et møte 16. juli konstaterte Hitler at dette svære området måtte «pasifiseres» så raskt som mulig og at det best kunne oppnås ved å skyte alle som så mistenkelige ut. I slutten av juli ble okkupasjonen radikalisert samtidig som SS- og politistyrkene ble utvidet. Innen utgangen av juli hadde Einsatzgruppene blitt forsterket med 6000 politifolk og 11000 SS-menn, sammen med det eksisterende mannskapet hadde da Einsatzgruppene 20.000 mann til disposisjon.
Den polske byen Białystok med omland ble inntatt av tyske styrker 15. september 1939, men ble etter en uke overtatt av Sovjetunionen i 1939 i henhold til et hemmelig vedlegg til Molotov-Ribbentrop-pakten. De tyske styrkene inntok byen uten motstand fra den polske hæren. Omkring 100 jøder ble drept og en rekke jødiske eiendommer rasert av tyske styrker i løpet av den korte uken før tyskerne trakk seg tilbake til grenselinjen fastsatt i den hemmelige avtalen. Innbyggerne var lettet og ønsket de sovjetiske styrkene velkommen. Białystok ble hovedstad i «Vest-Hviterussland» i Sovjetunionen og fra oktober 1939 ble området integrert unionen. Vilnius (Vilna) ble overført til det da uavhengige Litauen. Mange flyktet østover fra det tysk okkuperte Polen blant annet til Białystok til grensen ble stengt i desember 1939. En stor del av de ikke-jødiske flyktningene reiste etter dette tilbake til tyskokkupert Polen, mens de fleste jødiske ble værende på sovjetisk side. Flyktningene i Białystok kom særlig fra Warszawa og Łódź, og utgjorde i slutten av 1939 omkring 33 000. Noen jødiske flyktninger reiste videre til Vilnius eller Lwów (Lviv) i håp om at situasjonen var bedre der. Ettervinteren 1940 ble både innbyggere og flyktninger tildelt sovjetisk statsborgerskap samtidig som polske dokumenter ble inndratt. Samme vår ga de nye myndighetene anledning for flyktningene til å vende tilbake til tyskokkupert område. En del jøder reiste tilbake av frykt for å miste kontakt med familien eller av skuffelse over sovjetiske myndigheter. Den sovjetiske okkupanten forfulgte tidligere sionister og andre jødiske aktivister samt tidligere kommunister. Det jødiske utdanningssystemet ble tvangsnedlagt. Sovjetiske myndigheter var fiendtlig til religion og jødenes religiøse organisasjoner ble stengt. NKVD gjennomførte flere omfattende deportasjoner, den siste var 20. juni 1941 og omfattet hovedsakelig jødiske som ble sett med kuvogner til det indre av sovjetisk territorium (blant annet Kasakhstan, Komi og Vologda).
Ved invasjonen av Sovjetunionen inntok tyske styrker på nytt byen 26-27. juni 1941. Byen og distriktet ble administrert av den tyske okkupanten som Bezirk Bialystok. Planen var å integrere området i det tyske riket, dette ble ikke noe av og det var grensekontroll mellom Bezirk Bialystok og resten av det okkuperte Polen. Erich Kochble utnevnt til sivil administrator og han styrte fra sitt kontor i Østpreussen. Ved grensejustering etter andre verdenskrig ble deler av Bezirk Bialystok innlemmet i Sovjetunionen.
Polizei-Bataillon 309 fulgte like bak Wehrmacht og sammen med Wehrmacht-soldater drepte de raskt minst 2000 jøder. Massakrene i Białystok var en del av det første «sveip» av drap i de erobrede områdene under Holocaust. Minst 500 av ble stuet sammen i en synagoge som tyskerne satte fyr på - disse som forsøkte å unnslippe brannen ble skutt. Massakren 27. juni var satt i gang av noen få målrettede offiserer og uten spesifikke ordrer ovenfra. Massakrene ble gjort under påskudd av gjengjeldelse og pasifisering av befolkningen. Rettsoppgjøret i Vest-Tyskland pekte ut en troppsleder og kompanikommandant in bataljon 309 som fanatiske nazister. Personer som passet til stereotype oppfatninger av jødisk utseende ble drept først. Flere jøder ble hånet og nedverdiget før de ble drept. Ortodokse jøder ble skutt og drept på åpen gaten og fikk skjegget brent. Politimenn som uttrykte ubehag ved framferden ble avfeid. Kommandanten for 309 og Wehrmachts general på stedet brydde seg ikke og forsøkte senere å dekke over massakren og beskrev det som gjengjeldelse. Himmler kom til byen 8. juli, dagen etter kom politisjef Daluege og holdt en tale om kampen mot den store fienden, bolsjevismen. Bach-Zelewski ga 11. juli ordre om å henrette mannlige jøder «dømt» for plyndring, henrettelsene skulle skje i skjul utenfor byen. I landsbyen Jedwabne massakrerte sivile polakker 340 jøder 10. juli 1941.
Białystok-gettoen ble helt avstengt i november 1942 og hundrevis av jøder fra omlandet ble presset inn i gettoen. Tilreisende kunne fortelle om deportasjoner til Auschwitz og Treblinka, og i januar ble det kjent at gettoen skulle tømmes i februar, men bare noen tusen ble deportert til Treblinka i februar. Deportasjoner til Treblinka gikk blant annet i august 1943.
Den daværende polske byen Lwów (ukrainsk: Lviv) var før andre verdenskrig en multietnisk by. Etnisk polske var så vidt i flertall med 157 000 av i alt 312 000 innbyggere. En tredjedel var jødisk 100 000 og 50 000 var etniske ukrainere. Høsten 1939 hadde 100 000 flyktninger ankommet fra den tyskokkuperte delen av Polen. Byen ble omringet av tyske styrker 14. september 1939 etter invasjonen av Polen to uker før. Sovjetisk styrker angrep 17. september og polske styrker ga opp byen 22. september. Polske offiserer og menige ble internert av sovjetiske styrker, mange av offiserene ble henrettet i Katyn. Byen med omland var deretter besatt av sovjetiske styrker i henhold til avtale med Tyskland og ble forsøkt integrert i Sovjetunionen.
I 1939 ved innledningen til andre verdenskrig ble det østlige Galicja okkupert av Sovjetunionen mens den vestlige delen av Polen ble okkupert av Tyskland. Det østlige Galicja, for en stor del befolket av etniske ukrainere samt jøder og etnisk polske, ble etter første verdenskrig lagt under Polen og ble etter andre verdenskrig lagt under Sovjetunionen (senere under uavhengig Ukraina).
Tyske styrker inntok byen 30. juni 1941 etter angrepet på Sovjetunionen. Samme dag begynte lokalbefolkningen å hevne seg på jødiske innbyggere for overgrep og massakrer utført av NKVD. Jødene ble beskyldt for å ha samarbeidet med bolsjevikene. Tirsdag 1. juli utartet dette til et omfattende pogrom. Omkring 4000 jøder ble drept de to første dagene i juli. Byens jødiske innbyggere ble banket opp og ydmyket blant ved at de måtte krype på kne og vaske gatene med tannbørste. Noen av overgrepene ble filmet av tyske fotografer med sikte på publisering i Der Stürmer (det ble ikke noe av). Ukrainske nasjonalister tvang jøder til å grave opp likene av NKVDs ofre i Lviv og det østlige Galicia ellers. I tillegg til milits av etniske ukrainere deltok sivile innbyggere i overgrepene mot jødene. Tyske styrker hadde kontroll i byen og kunne stanset overgrepene om de ønsket. Tyske styrker, trolig fra Einsatzgruppe C, deltok også i drap på jøder, særlig fra 2. juli. Einsatzkommando 4b ankom Lviv ettermiddagen 30. juni. På dette tidspunktet var ikke utryddelsen av jødene trappet trappet opp til full skala og Einsatzgruppen fokuserte på å henrette stridsdyktige menn og menn fra intelligentsiaen. I løpet av tre dager i slutten av juli henrettet ukrainsk milits rundt 2000 jøder på den jødiske gravlunden og i Lunecki-fengselet. I gettoen i Stanisławów (senere kjent som Ivano-Frankivsk) det østlige Galicja ble omkring 10 000 jøder (halvparten av beboerne) drept i oktober 1941 fordi gettoen var for trang.
I det østlige Galicja var det omkring 570 000 jøder ved innledningen til krigen og Holocaust begynte sommeren 1941 med pogromer med opp mot 35 000 drepte jøder. Pogromene ble utført av tyske politimenn og soldater, nasjonalister fra OUN, og andre etniske ukrainere. Utover høsten 1941 drepte Einsatzgruppe C titusenvis av jøder. I det østlige Galicja ble 200 000 jøder deportert til utryddelsesleiren Bełżec, 150 000 ble henrettet og dumpet i massegraver og 80 000 døde i ghettoene. Omkring 10 % av jødene i Galicja unnslapp i første omgang deportasjon eller masseskyting, og de gikk i dekning i skogen eller i byene. De fleste som på denne måten forsøkte å unnslippe ble funnet og massakrert av tyske enheter, ukrainsk politi, lokalbefolkningen eller UPA-enheter dannet av OUN-B. Rundt 2 % av jødene i det østlige Galicja overlevde krigen.
Tyske styrker angrep Brest og festningen der på første dag av operasjon Barbarossa og hadde kontroll over byen etter seks dagers kamp. Nær halvparten av byens 50000 innbyggere var jødiske, og 5000 av disse ble henrettet i løpet av de første dagene under tysk okkupasjon. Resten ble stuet sammen i en ghetto og de fleste fra ghettoen ble massakrert utenfor byen sent på høsten 1942.
I Brest i Hviterussland ble det i 2019 avdekket en massegrav i sentrum av byen. Levninger av over 1000 mennesker med tydelige spor etter å ha blitt henrettet ved skyting i hodet kom for dagen i forbindelse med anlegg av tomt for en boligblokk. De fleste av Brests omkring 25 000 jødiske innbyggere ble skutt og dumpet i massegraver utenfor byen. Massegraven i sentrum skriver seg trolig fra jøder som unnslapp de store massakrene og i stedet ble henrettet og dumpet på stedet.
I alt ble minst 1 million ukrainske jøder drept. Sovjetiske myndigheter iverksatte den brente jords taktikk for å skape minst mulig betingelser for invasjonshæren og store deler av sivilbefolkningen trakk østover. Da tyske styrker inntok Kiev hadde 100.000 av byens 160.000 jødiske innbyggere forlat byen.
Ved utbruddet av andre verdenskrig hadde sovjetrepublikken Ukraina omkring 1,5 millioner jødiske innbygger. Ved utgangen av oktonber 1941 hadde tyske styrker okkupert mesteparten av republikken og satte den under administrasjon som Reichskommissariat Ukraina. Det østlige Galicia ble lagt under Generalguvernementet. Mange ukrainere anså Sovjetunionen som en ulovlig okkupant og tok i mot den tyske invasjonen som en frigjøring. Waffen-SS rekruttere mange frivillige lokalt. Bukovina og Bessarabia ble overlatt til Romania som deporterte jødene derifra til den ukrainske provinsen Transnistria. Frem til sommeren 1942 ble 195 000 jøder deportert til Transnistria og mot slutten av 1943 var omkring 50 000 av disse i live. Mot slutten av 1943 var det i tillegg 20 000 igjen av de omkring 300 000 ukrainske jødene som bodde i området da det ble annektert av Romania.
I det vestlige Ukraina (Volhynia) massakrerte etniske ukrainere omkring 24000 jøder sommeren 1941. Tyske styrker inntok Kiev 19. september og i slutten av måneden ble 33 771 jødiske menn, kvinner og barn henrettet og dumpet i Babij Jar. Senere var det flere omfattende massakrer på stedet. Einsatzgruppe C var på plass i Kiev 25. september og beskyldte byens jøder for de mange minene som gikk av og brannene som startet. Etter at Wehrmacht hadde utkommandert voksne menn til tvangsarbeid var omkring 100 000jøder igjen i byen. De som ble henrettet i Babij Jar ble tvunget til først å kle av seg. Einsatzgruppe C rapporterte 3. november at 75 000 var drept i Babij Jar og klaget samtidig over at det fortsatt var gjenlevende jøder i området.
Odessamassakren 1941 kostet omkring 30 000 jøder livet i løpet av 22-23. oktober 1941. Tyske og rumenske styrker sammen med ukrainske medhjelpere utførte massakren.
Massakrene i Ukraina ble utført av tysk mannskap, i noen tilfeller også personell fra tollvesenet, og ukrainsk hjelpepoliti tildels iført gamle sovjetiske uniformer.
Av landets 210 000 jødiske innbyggere ble minst 95 % massakrert under den tyske okkupasjonen. Dette er det største enkeltstående tap av menneskeliv i Litauens historie. Innen utgangen av 1941 var 80 % jødene i landet drept, utenom Latvia hadde ingen land gjennomgått et slikt massedrap allerede i 1941. Drapene ble i hovedsak utført av lokal litauisk milits og politi under tysk ledelse, og skjedde som regel ved skyting litt utenfor byene. Innenfor landets grenser overlevde bare 1700 jøder. Omkring 170 000 sovjetiske soldater døde i tysk fangenskap i Litauen.
Den første Judenaktion skjedde i Gargždai (litt øst for Klaipėda) da tyske styrker og politi henrettet 201 mennesker to dager etter invasjonen av Sovjetunionen. Gjerningsmennene hevdet etter krigen at ordren om å drepe hadde kommet fra Hitler selv (Führerbefehl), men ordren hadde kommet fra den lokale politiledelsen i Tilsit. Politimennene deltok i avrettingen vel vitende at de drepte uskyldige sivile. En rekke på ti menn ble stilt på kanten av gropen og den neste gruppen på ti menn måtte da sørge for at alle likene fra forrige runde havnet i massegraven. Dette var den vanlige fremgangsmåten for massakrer bak østfronten.
Litauiske grupper begynte massakre på jøder i Kaunas etter oppfordring fra offiserer i Sicherheitspolizei og Sicherheitsdienst. Etniske litauere massakrerte omkring 5 000-10 000 jødiske litauere i spontane aksjoner før disse ble mer organisert under tysk ledelse.
De første dagene ble i utgangspunktet bare mannlige jøder drept. Fra månedsskiftet juli-august 1941 ble kvinner og barn drept fordi de ifølge tyskerne ville bli en byrde for lokalbefolkningen («unyttig spisere»). SS-oberst Karl Jäger utarbeidet en detaljert rapport med tid, sted og antall drepte. Denne «Jäger-rapporten» er den mest detaljerte beskrivelsen av en Einsatzkommandos aktiviteter som er bevart.
I 1920 hadde Latvia omkring 80 000 jødiske borgere og halvparten bodde i Riga. Det var 70 000 jøder i landet da Tyskland invaderte i juni 1941. Seks måneder etter at tyske styrker tok kontroll i juli 1941 var 90 % av Latvias jødiske innbyggere drept. Omkring 12 000 jøder flyktet til Russland. I Lativa overlevde bare 1-2 % av jødene som var i landet da Tyskland invaderte. Halvparten av landets sigøynere ble drept.
Tyske styrker rekrutterte latviere til dødsskvadroner som deltok i massakrene. Sent i november og tidlig i desember 1941 drepte Einsatzgruppe A sammen med Viktors Arājs milits 27 000 av Rigas jøder i Rumbula-skogen utenfor byen. Tolv tyske politimenn (SD) drepte de 27 000 i Rumbula med maskingeværsalver, mens 1500 lokalt politi og Arājskommando holdt vakt. I tillegg til latviske borgere ble omkring 25 000 jøder fra andre tyskkontrollerte områder deportert til Latvia og drept der.
De estiske jødene var en marginal gruppe. I 1934 ble det opprett et professorat for jødiske studier ved Universitetet i Tartu, og det var særlig jøder fra Latvia som søkte seg dit. Estland ble uavhengig av Russland i 1918. Det var utslag av antisemittisme i landet og jødene ble utsatt for noe diskriminering. Sovjetunionen okkuperte landet 21. juni 1940. I Estland var det 5000 jøder (eller 4500 og de fleste klarte å flykte. De 929 gjenværende ble drept i september 1941 og senere. Walter Stahleckers kart over utryddelse til 31. januar 1942 er 963 drepte angitt og Estland merket med «Judenfrei». Ved Wannsee-konferansen 20. januar 1942 på Eichmanns liste over jøder i Europa var Estland som første og eneste land listet som «jødefritt». Den estiske «selvforsvarsstyrken» (Omakaitse) utførte henrettelsene under ledelse av Einsatzkommando 1a. 900 franske jøder ble deportert til Estland og drept der. Over 100 000 sovjetiske krigsfanger døde i tyske leirer i Estland. Mange estere anså den sovjetiske okkupasjonen som verre enn nazistenes. Estiske styrker deltok i massakrer på jøder blant annet i Navahrudak i Hviterussland. Det var få jøder i Estland og et større antall sigøynere ble drept.
I slutten av juni 1941 satte Wehrmacht opp en fangeleir som på det meste hadde 100.000 sovjetiske krigsfanger og 40.000 sivile menn i militær tjenestedyktig alder. Forholdene i leiren var så forferdelige at tyske tjenestemenn protesterte. SiPo og SD plukket sammen med Geheime Feldpolizei ut 10.000 fanger som ble henrettet, mange av disse var jødiske. Det var også mange jøder blant de 20.000 som i midten av juli ble sluppet fri.
En del av jødene sendt til interneringsleirer eller getto i Minsk overlevde flere måneder og noen helt til 1943 eller 1944. I november 1941 fikk firmaet Topf i Erfurt bestilling fra SS' hovedkontor på et stort krematorium som skulle settes opp i Mogilev (Mahiljow). Planen var trolig å frakte en del av de europeiske jødene langs Prypjats og Dnepr til Mahiljow for avliving. Ovnene SS bestilte hadde en kapasitet på 3000 lik per dagen. Ved nyttår 1941 ble en ovn med fire kremeringskammer levert og montert. Tre ovner var klare til levering i august 1942, men disse ble omdirigert til Auschwitz. I Mahiljow var det en arbeids- og utryddelsesleir under kommando av Erich von dem Bach-Zelewski som hadde sitte hovedkvarter i byen (Einsatzgruppe B holdt til i Smolensk). Jødene i byen ble tvunget inn i en getto ved Dubrovenka-broen fra 25. september 1941, deretter ble jøder fra gettoen drept jevnlig. På Bach-Zelewskis ordre ble 2273 jøder drept 2. og 3. oktober (dette begynte samtidig med utslettelsen av alle større gettoer innenfor armégruppe sentrums område), og 3726 ble drept 19. oktober og det var da 1000 jøder igjen i Mahiljow.
Høsten 1941 begynte deportasjoner fra Riksprotektoratet Böhmen-Mähren, Østerrike og selv Tyskland. I november 1941 ble 12.000 jøder fra gettoen i Minsk henrettet for å gi plass til deporterte fra Hamburg.
De to første ukene i august 1941 ledet Bach-Zelewski «opprenskingsaksjonen» i Pripjat-sumpene og omegn. Aksjonen ble gjennomført at SS-kavaleriet og Himmler ga ordre om å skyte mennene og drive kvinnene ut i sumpen for å la dem dø der. Bach-Zelewski rapporterte 7. august at antallet henrettede jøder i hans område var passert 30 000. I midten av august var Himmler selv i Minsk og var sammen med Bach-Zelewski tilskuer til at et hundretalls fanger inkludert kvinner og jøder ble henrettet. Henrettelsen var klønete utført og noen av kvinnene ble først bare såret, både Himmler og Bach-Zelewski var misfornøyde med manglende effektivitet. Himmler uttalte ved denne anledningen at ordren om å drepe utøy som jøder og slavere kom fra Hitler personlig at Føreren alene hadde ansvaret. I august og september undersøkte Bach-Zelewski muligheten for å bruke gas til avliving. Senere på høsten ble jøder fra selve Tyskland sendt til gettoen i Minsk for å bli avlivet der.
Deportasjon fra selve Tyskland til ghettoer i det okkuperte Polen og andre erobrede områder i øst begynte høsten 1941, senere gikk deportasjoner til rene utryddelsesleirer. Etter at nazistene kom til makten i 1933 hadde over 304 000 av de om lag 525 000 jødiske tyskerne flyktet eller blitt presset til å emigrere. Av 237 723 gjenværende jøder i Tyskland i 1939 ble 165 200 myrdet. De siste deportasjonen fra selve Tyskland til Theresienstadt og Auschwitz gikk tidlig i 1943. Jødiske tyskeres eiendeler ble beslaglagt av staten og fordelt etter egne bestemmelser.
NSDAP under ledelse av Adolf Hitler kom til makten i Tyskland 30. januar 1933 og forfølgelsen av og utstøtelsen av landets 525 000 jøder begynte nesten med en gang. Regimet ønsket å få flere jødiske tyskere til å emigrere. Med Krystallnatten i 1938 ble de antijødiske tiltakene trappet opp. De tyske jødenes pass ble da stemplet med J etter påtrykk fra Sveits og Sverige, slik at de to landene kunne nekte jødiske flyktninger adgang uten å stenge andre tyske borgere ute.
Vold, økonomisk press og etterhvert tvang ble brukt for å få jøder til å emigrere fra Tyskland til blant annet Palestina. Etter Eichmanns arbeid med å presse jødiske østerrikere til å utvandre, opprettet Heydrich en tilsvarende ordning i selve Tyskland fra januar 1939. Fra januar til mai 1939 ble omkring 34 000 jøder presset til å utvandre fra selve Tyskland (Altreich). Formelt hadde jødiske borgere av Tyskland anledning til å utvandre også etter krigsutbruddet..
Polske myndigheter gjorde polske jøder bosatt i Tyskland og Østerrike statsløse, og det var da over 70 000 jøder uten pass som ikke kunne emigrere. I slutten av oktober 1938 ble 17 000 av disse passløse polske jødene sendt med godsvogner til den tysk-polske grensen. Dette var den første storstilte og koordinerte deportasjonen av jøder.
Østerrike ble annektert av Tyskland i mars 1939. I 1938 var det omkring 200 000 jødiske borgere i landet noe som utgjorde 40 % av jødene i det utvidete tyske riket. I august 1938 ble Zentralstelle für jüdische Auswanderung (sentralkontoret for jødisk utvandring) etablert under ledelse av Adolf Eichmann. Eichmann fikk til en raskere byråkratisk prosess og jødene måtte gi fra seg alle sine verdier for å et gyldig pass og utreiseløyve. Heydrich opprettet i januar 1939 ble Reichszentrale für jüdische Auswanderung etablert i Berlin etter mønster av Eichmanns kontor i Wien. Tilsvarende kontorer ble satt opp i Amsterdam og Praha underlagt Reichszentrale i Berlin. Fra januar til mai 1939 ble omkring 34 000 jøder presset til å utvandre fra Tyskland (Altreich) og omtrent samme antall fra Østerrike. I alt 126 483 jøder forlot Østerrike før holocaust og av de gjenværende ble rundt 65 000 drept i utryddelsesleirene i Polen og om lag 9 000 overlevde.
Tyskland innlemmet sudettyske områdene etter Münchenavtalen. I mars 1939 tok Tyskland kontroll over resten av Böhmen og Mähren og opprettet av Riksprotektoratet Böhmen-Mähren. Samtidig ble Republikken Slovakia opprettet og en marionettregjering innsatt. En stripe langs grensen ble avstått til Ungarn som dessuten annekterte det østligste området ved Karpatene. Et stort antall tysktalende tsjekkere (sudettyskere) ble rekruttert til Wehrmacht og Schutzstaffel (SS).
I hele Tsjekkoslovakia utgjorde jøder 75-80 % av alle dødsofre under andre verdenskrig. Flere tusen sigøynere (opptil 7 000 ifølge Sniegon) ble deportert til Auschwitz eller drept på annen måte Av de 92 199 jødiske innbyggere i Riksprotektoratet ved begynnelsen av okkupasjonen ble 78 154 drept av okkupasjonsmakten, 14 045 overlevde. I republikken Slovakia ble minst 60 000 drept. Områdene annektert av Ungarn (det sørlige Slovakia og Transkarpatia) hadde i 1939 en jødisk befolkning på 142 000–148 000, hvorav 114 000–120 000 ble drept ved holocaust i Ungarn. I alt ble 260 000 av Tsjekkoslovakias omkring 350 000 jøder drept (regnet etter grensene av 1937).
Jødene i Slovakia var blant de første som ble deportert til dødsleirer i Polen. Fra mars til oktober 1942 ble 57 628 (to tredjedeler av landets omkring 90 000) jøder deportert fra Republikken Slovakia til dødsleirer i Generalguvernementet i det okkuperte Polen. Blant de få overlevende var Rudolf Vrba som flyktet fra Auschwitz og skrev en detaljert rapport om forholdene. Deportasjonene ble utført av den tyskvennlige regjeringen under Jozef Tiso og Vojtech Tuka. President Jozef Tiso holdt igjen videre deportasjoner av de gjenværende 24 000. Det totale tallet på ofre kan være så høyt som 71 000. Deportasjonen fra Slovakia dannet trolig mønster for senere deportasjoner fra okkuperte områder.
I 1938-1939 kom det tsjekkoslovakiske jøder som flyktninger til Norge, blant annet legen Leo Eitinger som overlevde både Auschwitz og Buchenwald. Nansenhjelpen ordnet innreisetillatelse for 60 barn og 200 voksne jøder fra Tsjekkoslovakia etter Hitlers okkupasjon våren 1939.
Konsentrasjonsleiren Theresienstadt ble etablert i den tsjekkiske byen Terezín. Fra Theresienstadt ble jøder transportert til drapsanleggene i det okkuperte Polen. I perioden november 1941 til tidlig 1943 ble først 70 000 fra Böhmen-Mähren og etter hvert 60 000 jøder fra Tyskland, Nederland, Belgia og Danmark internert i Theresienstadt. Theresienstadt fungerte som propaganda for regimet og vist frem som en god jødisk bosetting. De fleste ble sendt videre til andre leirer og færre enn 20 000 overlevde.
De fleste sudettyskere eller tysktalende ble etter krigen fordrevet som følge av de såkalte Beneš-dekretene og Potsdamavtalen. Omkring 20 000 deporterte jøder kom tilbake, litt over 10 % av den jødiske befolkningen fra før krigen. Jøder innvandret også fra Karpato-Ruthenia som Sovjetunionen hadde annektert. Jøder ble ikke tatt godt i mot Tsjekkoslovakia og andre østeuropeiske land etter krigen. Noen jøder ble utvist fordi de ble kategorisert som tyske. De få overlevende jødene som ble værende tok en tsjekkoslovakisk (og anti-tysk) ikke-religiøs identitet etter krigen.
Hovedmålet med holocaust var eliminering av jødene i Europa, ut fra det som nasjonalsosialistene kalte «Den endelige løsning på det jødiske problem». Den 20. januar 1942 sammenkalte Reinhard Heydrich femten høyt rangerte medlemmer av SS, NSDAP, den nasjonalsosialistiske politiledelsen og ledere av ulike departement til en konferanse i Berlin ved innsjøen Wannsee. Wannsee-konferansens formål var å trekke opp retningslinjene for hvordan utryddelsene rent praktisk skulle gjennomføres. I protokollen fra konferansen ser man at tanken var å myrde 11 millioner jøder, selv om ord som «massemord» og «utryddelse» ikke ble nevnt. RSHA koordinerte utryddelsene og Ernst Kaltenbrunner overtok som sjef der etter drapet på Heydrich.
På Wannsee-konferansen 20. januar 1942 ble samordning av den allerede påbegynte jødeutryddelsen diskutert.
Våren og sommeren 1940 okkuperte Tyskland Norge, Danmark, Nederland, Belgia, Luxembourg og Frankrike. I disse landene ble det ikke opprettet lukkede gettoer som i Polen. Det ble innrettet noen lokale leirer i disse landene dels for internering av utenlandske jøder og senere som transittleirer ved deportering til Øst-Europa. Forholdene i disse leirene var generelt langt bedre enn leirer i Tyskland og Øst-Europa. Fra våren 1942 måtte jøder i Belgia, Nederland og Frankrike gå med jødemerke på klærne, noe som var et tiltak for å skille jøder fra andre innbyggere før deportasjonen og samtidig skapte det til dels mer sympati med jødene i befolkningen ellers. I Frankrike og Belgia var landets egne borgere bedre beskyttet enn jøder med annet statsborgerskap. Frankrikes topografi og plassering gjorde flukt lettere enn i det flate og innstengte Nederland. Sveits og Spania utgjorde mulige fluktruter. I Frankrike ble det satt opp interneringsleirer for utenlandske jøder, disse leirene tok okkupasjonsmakten kontrollen over og brukte dem som transittleirer ved deportering til utryddelsesleirene i Øst-Europa. I det okkuperte Belgia ble jøder internert og deportert østover fra 4. august 1942. Fra Vest-Europa ble jøder deportert fra sommeren 1942 til 1944 til forskjellige leirer, der Auschwitz var den viktigste. I det okkuperte Belgia ble jøder internert og deportert østover fra 4. august 1942.
Registrering og merking av jøder et avgjørende grunnlag for den anti-jødiske politikken i Tyskland og okkuperte områder i Vest-Europa. I Belgia, Nederland og Frankrike ble «jøde» definert i egne bestemmelser høsten 1940. I disse tre landene var det okkupasjonsmakten som gjennomførte tiltakene, mens det i Norge var norsk politi og byråkrati som sto for gjennomføringen. Det tyske politiet var for få til å kunne gjennomføre aksjonen uten det norske politiet. Det var ingen organiserte protester mot deportasjonene fra embetsverkets side. Etter den tyske invasjonen flyktet omkring 3000 jøder fra Luxembourg, mens 816 ble værende og nesten alle disse ble deportert og drept.
Fra Belgia ble 40 prosent deportert, mens 75-80 prosent av de omkring 140 000 jødene i Nederland ble drept. Fra Nederland ble 110 000 deportert til utryddelsesleirene og av disse overlevde 5000.
Etter tysk seier i slaget om Frankrike ble landet delt i en militær okkupasjonssone i nord og i sør Vichy-regimet som samarbeidet med nazistene. Fra det okkuperte Frankrike gikk den første deportasjonene til Auschwitz 27. mars 1942.
Fra den «frie sonen» som ble kontrollert av Vichy-regimet, ble jøder deportert til den okkuperte delen av Frankrike fra august 1942. Jødene under Vichy-regimet var i utgangspunktet tryggere enn jødene i den tyske sonen i nord. Noen jøder flyktet til den smale stripen okkupert av Italia, noen få lyktes å flykte til Spania eller Sveits, og mange franske bønder skjulte jøder, spesielt barn. I Belgia og Frankrike var landets egne borgere bedre beskyttet enn flyktninger fra andre land. Jødiske innbyggere i fransk Nord-Afrika var underlagt Vichy-regimets antijødiske tiltak, men ble ellers lite berørt av holocaust som pågikk i Europa.
Omkring 25 prosent (75 000–80 000) av Frankrikes 320 000–350 000 jøder ble deportert til utryddelselseleirene og de allere fleste av deporterte ble drept (3-5 % overlevde). De fleste ble deportert til Auschwitz og resten ble sendt til Majdanek og Sobibor samt noen få til Buchenwald. Omtrent to tredeler av de deporterte var utenlandske borgere.
Det okkuperte Nederland var underlagt sivilt tysk styre bestående av en gruppe SS-folk fra Østerrike. Den sivile nederlandske statsadministrasjonen som var igjen i landet adlød det sivile tyske styret. Belgia hadde en eksilregjering i London og belgiske tjenestemenn støttet ikke det tyske styret i landet. I januar 1941 ga Arthur Seyss-Inquart ordre om at alle jøder måtte registrere seg: 160 820 fulgte ordren og få unnlot, av disse var 140 000 jøder ifølge den tyske regelen om minst 3 jødiske besteforeldre. Deportasjonen fra transittleiren Westerbork til utryddelsesleirene i Polen begynte i midten av juli 1942.
Fra Norge ble 770 jøder deportert i 1942 og 1943, av disse overlevde omkring 30. Etter Nederland var Norge det vesteuropeiske landet med størst relativt tap av den jødiske befolkningen. Sammenlignet med Frankrike, Belgia og Nederland gikk interneringen og deporteringen av jødene i Norge svært raskt.
De vel 7000 jødene i Danmark skulle etter planen interneres og deporteres høsten 1943. Den danske regjeringen vernet om sine jødiske innbyggere, og gjennom en stor aksjon klarte 95 prosent å komme seg til Sverige. De fleste danske jødene som ble deportert overlevde med hjelp fra Danmark og bare 77 ble drept. Av de danske jødene ble 477 deportert (en stor del skrøpelige eldre som ikke klarte å flykte) til Theresienstadt der de blant annet fikk pakker hjemmefra og besøk av Røde Kors. Omkring 60 døde dansker av sykdom og alderdomssvakhet. Arvid Brodersen mener at advarsel fra tyske motstandsfolk og direkte støtte fra sentrale personer i okkupasjonsmakten var avgjørende for redningen av de danske jødene. Blant annet var holdningen hos riksfullmektig i Danmark, Werner Best, og hans fortrolige Georg Ferdinand Duckwitz vesentlige. Danskene ble varslet av den tyske offiseren Helmuth James von Moltke som (i september 1942 ifølge Brodersen) også hadde advart om en forestående aksjon mot jødene i Norge. Werner Best advarte også ledelsen i Berlin om at en aksjon mot de danske jødene ville bli møtt med sterke protester og ville skade samarbeidet med danskene. Ifølge Hannah Arendt var Danmark det eneste okkuperte landet som fullt ut beskyttet sine jødiske innbyggere. Bernt Hagtvet skrev i 2000 at det har oppstått tvil om Danmark på grunn av samarbeidet med okkupanten egentlig bør regnes blant de allierte.
I Finland var det omkring 2000 jøder. Den finske regjeringen ville ikke utlevere egne borgere og heller ikke jødiske flyktninger fra andre land. Andre kilder oppgir at 11 av Finlands 2300 jøder ble drept i konsentrasjonsleirer.
Bulgaria var alliert av Hitlers Tyskland og landet innførte streng anti-jødisk lovgivning. Det bulgarske regimet satte seg mot utlevering av sine omkring 50 000 jødiske borgere. Fra Makedonia og Trakia annektert av Bulgaria i 1941 fikk ikke jødene beskyttelse av bulgarske myndigheter og fra disse områdene ble det deportert 11 000 jøder til utryddelsesleirene tidlig i 1943. Deportasjonene skjedde etter en avtale fremforhandlet av Adolf Eichmanns utsending i Bulgaria. Eichmann reserverte 26 tog til operasjonen. Flere hundre døde underveis og likene ble kastet ut av vognene ved stans underveis. Transporten gikk til Treblinka der alle ble avlivet. Ofrenes eiendom ble avhendet og salgssummen (fratrukket kostnaden ved transporten til Treblinka) ble satt på konto. Lutz oppgir tapene i Trakia og Makedonia til 14 000, noe som utgjorde 22 % av 64 000 jødiske innbyggere før krigen.
Italia var en alliert av Tyskland og deporterte ikke sine jødiske borgere. Den italienske okkupasjonsmakten i Jugoslavia og Albania tok i mot jødiske flyktninger og utleverte ikke jøder. Det var omkring 50 000 jødiske borgere i landet (inkludert Rhodos) og omkring 7000 forlot landet etter at Mussolini iverksatte antijødiske tiltak fra 1938. Etter at Italia gikk over til alliert side og tyske styrker tok kontroll ble omkring 8000 italienske jøder deportert fra 16. oktober 1943. Deportasjonene fra Italia begynte 12. september 1943 da Himmlers mann i Roma fikk ordre fra Berlin om å deportere jødene i byen. Ernst Kaltenbrunner sendte ny ordre 7. oktober om at en rask og grundig fjerning av jødene i Italia var absolutt nødvendig. Den tyrkiske konsulen på Rhodos, Selahattin Ülkümen, tok stor personlig risiko da han forsøkte å redde øyens jødiske innbyggere fra deportasjon. De fleste av Rhodos 1700 jøder ble deportert til Auschwitz i juli 1944.
Etter at massakrene under Aksjon Reinhardt var fullført flyttet en god del av SS-personalet, blant andre Odilo Globocnik og Hermann Höfle, til Nord-Italia, med base i San Sabba rett utenfor Trieste. Der drev Globocnik jakt på partisaner og gjenværende jøder. På øya Arbe ved Rijeka og i Abazia ble gjenværende jøder samlet og ført til leiren Sussak. En del jøder ble drept i Sussak, de øvrige i drapsanlegget Risiera di San Sabba. Simon Wiesenthal skriver at Globocnik forsøkte å unngå at hans lojale medhjelpere skulle bli tatt til fange av de allierte der de kunne komme med tilståelser. I kamp med partisanene i Jugoslavia var det stor mulighet for at de ikke ville overleve. Franz Reichleitner og Christian Wirth ble drept av partisaner. Gustav Franz Wagner og Franz Stangl overlevde krigen og flyktet til Brasil. Ernst Lerch prøvde å gjemme seg i Kärnten sammen med Globocnik.
Fra 15. mai til 8. juli 1944 ble 437 402 jøder sendt fra Ungarn (inkludert Transilvania) til Auschwitz for å bli avlivet. Hver dag på forsommeren ble opp mot 12 000 jødiske ungarere sendt med tog gjennom Slovakia til utryddelsesleiren. Ungarn hadde i 1944 det siste intakte jødiske samfunnet i Europa og dette var den siste store transporten til Auschwitz. Ungarn var formelt en uavhengig stat med mange utenlandske legasjoner og diplomater fra nøytrale land kunne kommunisere fritt med omverdenen. Internasjonalt press på den ungarske regjeringen førte til at deportasjonene stanset 8. juli og da var Ungarns provinser utenom Budapest praktisk talt tømte for jøder. Etter deportasjonene til Auschwitz var de gjenværende jødene samlet i arbeidsleirer eller i Budapest der flere tusen ble myrdet før byen ble frigjort.
Holocaust i Ungarn omfattet også landområder Ungarn hadde avstått etter 1. verdenskrig, blant annet nordre Transilvania, Karpato-Ruthenia og det sørlige Slovakia. Innenfor Ungarns grenser av 1930 bodde det 445 000 jøder, og 725 000 i 1941 innenfor de utvidete grensene. Den ungarske regjeringen motsatte seg lenge tysk krav om å deportere sine jødiske borgere. Da tyske styrker i mars 1944 tok kontroll over Ungarn og ungarsk politi internerte jødene og deporterte dem til grensen.
Bukovina og Bessarabia ble annektert av Sovjetunionen i 1939, og Ungarn overtok nordlige Transilvania og Dobrudsja ble overført til Bulgaria. Landet hadde i 1930 om lag 760 000 jødiske borgere, vel 4 % av befolkningen, redusert til 342 000 etter avgivelse av territorier. Romania under fascisten Ion Antonescu deltok i Tysklands angrep på Sovjetunionen i juni 1941. Rumenske og tyske styrker inntok Bukovina, Bessarabia og Transnistria inkludert Odessa. Bortsett fra Tyskland var Romania det landet som på egen hånde drepte flest jøder under holocaust.
I Bessarabia og nordre Bukovina ble 150 000 massakrert i juli og august 1941, samtidig ble eiendommer plyndret. De overlevende ble deportert til Transnistria i september og oktober og måtte gå dit til fots. I Transnistria ble jødene massakrert av SS-styrker, rumenske soldater, rumensk politi (gendarmerie) og lokale kollaboratører fra ukrainsk politi og frivillige etnisk tyske. I alt var tapstallene i Transnistria (årene 1941-1944) 250 000 der omkring 130 000 var jøder som bodde der fra før. Holocaust i Bessarabia og Bukovina ble i hovedsak utført av det rumenske regimet. Jødene i det rumenske kjerneområdet (Regat) ble terrorisert, men ikke forsøkt utryddet. Omkring 20 000 jøder ble drept i forskjellige massakrere i det rumenske kjerneområdet. Jødene i Transilvania delte skjebne med jødene i Ungarn der omkring tre fjerdedeler ble drept i krigens siste år.
Etter Italias invasjon av Albania i oktober 1940 angrep Italia også Hellas som slo tilbake og tok en del av Albania. I april 1941 fikk den italienske hæren bistand av tyske styrker og tross britisk støtte ga greske styrker opp. Ved innledning til krigen var det 77 000 jøder i Hellas hvorav tre fjerdedeler bodde i Thessaloniki. De fleste jødene i Hellas ble deportert til dødsleirene i perioden mars-august 1943, noen også sommeren 1944. Transporten gikk med kuvogner på jernbanen via Serbia, Kroatia og Wien. Minst 80 % eller opp til 90 % av jødene i Hellas ble drept etter deportasjon til utryddelsesleirene. I Thessaloniki overlevde 5 %. Dette var den laveste andelen overlevende på Balkan og blant de laveste i Europa.
Jugoslavia ble i mars 1941 tvunget til å samarbeide med aksemaktene og Tyskland invaderte 6. april etter et motrevolusjon, og landet gikk i oppløsning som stat. I 1941 var det 80 000 jøder i landet medregnet noen tusen flyktninger fra blant annet Italia. Jødene bodde særlig i hovedbyene Beograd, Zagreb og Sarajevo. Det var generelt lite antisemittisme i landet før krigen. Etter tysk press innførte myndighetene enkelte antijødiske lover. Ustasja-regimet i Kroatia medvirket i massedrapene og innen våren 1943 var de fleste jødene i Kroatia drept. I Serbia ble jødene drept av tyske enheter blant annet med gassvogner i Sajmište konsentrasjonsleir. Adriaterhavskysten var kontrollert av Italia og der overlevde de fleste.
De italienske okkupasjonsmakten i Jugoslavia og Albania tok i mot jødiske flyktninger. Opp til 2000 jødiske flyktninger kom til Albania der det bare var 200 jøder fra før. Alle overlevde krigen tross italiensk og tysk okkupasjon. I Kosovo ble halvparten av jødene drept.
Etter omfattende partisanvirksomhet i Serbia ble Reinhard Heydrich og utenriksdepartementets Martin Luther enige om sende sine jødeeksperter til Beograd høsten 1941; dette tilskyndet Wilhelm Fuchs (lokal SD-sjef) og Harald Turner (leder for den militære administrasjonen) til å trappe opp henrettelse av jødiske menn. Jøder samt sigøynere var overflødige og kunne henrettes for å fylle kvoten i gjengjeldeslesaksjonen.
I løpet 1944 og 1945 ble områder med internerte gradvis frigjort av allierte styrker. Flere tusen av de som fortsatt var i liv var så svake at de døde kort tid etter frigjøringen. Velmenende alliert personell ga de utsultede fangene mat og mange døde av mat som de nedbrutte kroppene ikke tålte. En del fanger hevnet seg på sin tidligere fangevoktere.
Et allment akseptert tall på jødiske drepte som følge av holocaust, er 6 millioner. Anslag utført av historikere varierer imidlertid fra 4,8 millioner til over 6 millioner. Men om en tar med de andre gruppene som var omfattet av massakrene, regnes 11 millioner for å være et pålitelig tall, skjønt enkelte estimater ligger på opp mot 26 millioner. Ved innledningen til Nürnbergprosessen la aktoratet til grunn at 5,7 millioner jøder (av 9,6 millioner før krigen) var forsvunnet hvorav 4,5 millioner ikke lot seg forklare som utvandring eller påregnelige dødsfall. Tallet 6 millioner drepte ble nevnt første gang i New York Times 8. januar 1945. Aktoratet i Nürnberg la senere i prosessen dette tallet til grunn basert på vitnemål av Wilhelm Höttl 26. november 1945, Höttls anslag på 6 millioner hadde han fra sin kollega Adolf Eichmann. Eichmann hadde ansvar for transport av deporterte og holdt slik god oversikt over denne delen av holocaust. Rolf Günther, Eichmanns assistent, skal ha sammenstilt tallene og tegnet en graf på veggen i avdelingen slik at alle som kom inn kunne se fremdriften i massedrapet. Dommen mot Ernst Kaltenbrunner la til grunn at 2 millioner var drept av Einsatzgruppene og 4 millioner i utryddelsesleirene. Holocaust var opprinnelig ikke del av oppdraget for Nürnbergprosessen (hovedprosessen), men fremsto i løpet av prosessen som et viktig aspekt.
I tyskkontrollert område ble i gjennomsnitt to tredjedeler av jødene drept. Andelen drepte var høyest i Polen, Baltikum, Nederland, Jugoslavia, Hellas og protektoratet Böhmen-Mähren. Andelen overlevende var høyest (mer enn halvparten) i Danmark, Frankrike, Italia, Belgia, Luxembourg og Norge. Andelen drepte i Nederland skiller seg tydelig ut fra andre vesteuropeiske land og er på høyde med Øst-Europa. I Litauen ble 95 % av landets vel 200 000 jødiske borgere drept. Fra selve Tyskland hadde omkring 300 000 av landets vel 500 000 jødiske borgere forlatt landet før krigen, ytterligere 13 000 emigrerte til 1. oktober 1941 da utreiseforbud ble innført. I Østerrike var 185 000 jøder ved Anschluss, og 120 000 av disse hadde emigrert før krigen. En del av de tyske og østerrikske jødene hadde slått seg ned i Nederland, Belgia og Frankrike, og fra disse landene ble omkring 100 000 statsløse (trolig en stor del tyskere og østerrikere) jøder deportert. Omkring 9 000 av de vel 60 000 jødene i Østerrike overlevde.
I det største utryddelsesanlegget, Auschwitz-Birkenau, ble anslagsvis 1 100 000–1 500 000 mennesker myrdet, derav en million jøder. Det har vist seg umulig å beregne antall drepte eksakt, fordi mange ble sendt direkte i gasskamrene uten å være registrert.
Drepte og overlevende på okkupert sovjetisk territorium inkludert de baltiske landene. Yitzhak Arads oppstilling inkluderer jøder som ble myrdet og jøder som ble sultet i hjel eller på annen måte døde av de brutale forholdene i leirene. Lutz oppgir for Ukraina og Hviterussland til sammen et tap på 1,15 millioner som utgjør 60 % av den jødiske befolkningen før krigen.
Før krigen var det omkring 870 000 sigøynere i områder under tysk kontroll eller i land alliert med Tyskland. Av disse ble omkring 212 000 drept. I områder under direkte tysk kontroll (Tyskland, Østerrike samt okkuperte og annektere områder) døde over halvparten av sigøynerne, i andre områder (medregnet Frankrike) døde 16 %. Italienske myndigheter beskyttet sigøynerne mot forfølgelse i Italia og på Balkan, forfølgelsen i disse områdene begynte etter at tyske styrker tok kontroll over det nordlige og sentrale Italia. I Ungarn skjedde forfølgelsen særlig etter at et fascistisk regime ble innsatt etter den tyske okkupasjonen i 1944. De fleste sigøynere drept i rumensk-kontrollert område var i de erobrede områdene i øst og ikke kjerneomårdet Regat. På Balkan overlevde en større andel av sigøynerne enn av jødene blant annet fordi de skilte seg mindre ut: Sigøynerne hadde i stor grad samme religion som majoritetsbefolkningen og mange hadde en nomadisk livsstil som gjorde at de lettere unnslapp nazistenes interneringsaksjoner.
Før sommeren 1941 var forholdene i gettoer og tvangsarbeidsleirer kjent i USA og Storbritannia. Journalister fra nøytrale land som USA hadde en viss adgang til okkuperte land og tyske myndigheter verken ønsket eller forsøkte å skjule de brutale tiltakene mot jøder i krigens første 21 måneder.
Folkemordet på armenerne i ly av første verdenskrig var kjent i samtiden og godt kjent i mellomkrigstiden. Da tyske jøder ble utsatt for forfølgelse etter 1933 henviste de ofte til armenernes skjebne av frykt og advarsel om hva som kunne skje.
Storbritannia hadde fra sommeren 1941 god kjennskap til folkemordet som pågikk på Østfronten og i januar 1942 informerte utenriksminister Molotov ambassadene i Moskva. S. Bertrand Jacobson, i Joint Distribution Committee for Ungarn, fortalte på en pressekonferanse 13. mars 1942 i USA at drapsskvadroner hadde tatt livet av 300 000 i Øst-Europa. Verken Molotov eller Jacobson trakk konklusjon om at nazistene hadde satt i gang drap på alle jøder. I desember 1942 fordømte de allierte offisielt folkemordet. Vatikanet ble informert senest sommeren 1942 om hva som foregikk. Władysław Sikorski varslet 10. juni 1942 de allierte om at «utryddelsen av den jødiske befolkningen skjer i et ufattelig omfang». Edward Raczyński leverte etter Jan Karskis ankomst til London en note til de allierte regjeringer med beskrivelse av folkemordet som var i gang og bønn om handling.
I den polske lokalbefolkningen var det allment kjent hva som foregikk i Auschwitz og de klaget blant annet over lukten av brennende lik. Ansatte i IG Farben og AEG visste også mye om hva som foregikk i leiren.
Richard Breitman konkluderte i 1998 med at britiske myndigheter hadde god informasjon om holocaust mens det pågikk og de fikk kjennskap til folkemordet relativt tidlig. Amerikanske myndigheter var ikke fullt så godt informert. På dette området delte britiske myndigheter mer etterretningsinformasjon med sovjetiske myndigheter enn med amerikanske. Feingold skriver at dette reiser spørsmål om hvorfor britiske myndigheter ikke advarte jøder om hvilken skjebne som ventet om de havnet i nazistenes hender. Informasjonen ble ikke brukt i rettsoppgjøret og i denazifisering av Tyskland etter krigen. Britisk etterretning satt på informasjon som ifølge Breitman viste at blant andre Kurte Daluege hadde en viktigere rolle en antatt. Breitman mener at britiske og amerikanske myndigheter av strategiske grunner ikke ønsket å fremstille krigen mot Hitler som en krig for å redde jødene, blant annet kunne dette svekke britisk stilling i Midtøsten. Britisk kringkasting informerte etter hvert om hva som foregikk bak østfrontene og dette nådde de flere millioner radioapparatene som var i bruk i Tyskland, noe som blant annet utløste Rosenstrasseprotesten. Trussler om rettsforfølgelse av de medvirkende til folkemordet bidro trolig til å forsinke deportasjon av de ungarske jødene. Breitman mener Churchill burde ha sagt fra offentlig om at Tyskland forsøkte å utrydde Europas jøder, noe som var godt kjent av britisk myndigheter sommeren/høsten 1941.
Fleming konkluderer med at forholdene Auschwitz var kjent for de allierte i 1943 og at etterretningsrapportene ble betraktet som troverdige. Informasjonen ble holdt tilbake britisk og amerikansk policy.
Himmler var nøye med hemmelighold og ga Heinrich Müller i Gestapo ordre om at alle lik skulle graves ned eller brennes. Rumenske styrker hadde til forskjell latt likene etter massakrer bli liggende i veikanten. Det ble et tema særlig etter massedrapene i 1942 ble omtalt i pressen i Storbritannia og USA, og etter saken mot Max Täubner. Enkelte steder, som i Chelmno, forekom det lik som lå fremme i vårsmeltingen skapte stank og helsefare for lokalbefolkningen. Sommeren 1942 instruerte Müller Paul Blobel om å sette i gang brenning av lik for å skjule sporene. Både i Chelmno og i Auschwitz hadde likene blitt gravd ned, og Sonderkommando 1005 gravde opp og brente likene der. Deretter ble samme operasjon gjennomført i Sobibor, Belzec og Treblinka. Arbeidet fortsatte på erobret sovjetisk territorium og pågikk til sommeren 1944. Fanger som deltok i arbeidet ble deretter skutt og drept.
Den jødiske organisasjonen Bund i Warszawa smuglet i mai 1942 ut en rapport som omtalte drap på 700 000 i Polen. Rapporten opplyste hvor drapene ble gjennomført, antall og drapsmetode. Dette var den første rapporten som beskrev en plan om å utrydde jødene. Rapporten ble omtalt i Daily Telegraph (25. juni 1942), internasjonale sendinger på BBC og senere i andre aviser i USA og Storbritannia. Britiske myndigheter og den polske eksilregjeringen holdt en felles pressekonferanse 8. juli der Bund-rapporten ble offisielt presentert. Britiske myndigheter lot skinne gjennom at de anså rapporten som god propaganda og at innholdet kunne være delvis korrekt.
I november 1942 kom 78 polske flyktninger til Palestina som del av sivil fangeutveksling mellom Tyskland og Storbritannia. De ga øyenvitneskildringer av massedrapene som pågikk i det okkuperte Polen. Opplysningene ble slått stort opp på forsiden i palestinsk-jødiske aviser 23. november. I slutten av 1942 hadde britiske og amerikanske myndigheter tre uavhengig rapporter om massedrapene som da pågikk for fullt: De 78 flyktningenes beretning, Bund-rapporten og Riegner-telegrammet.
Gerhart M. Riegner ved World Jewish Congress i Genève sendte 8. august 1942 et telegram til London og New York. Meldingen kom frem til Stephen Samuel Wise, president i organisasjonen, 28. august 1942. Telegrammet meldte at det tyske regimet diskuterte planer om i et sveip («at one blow») å drepe opp til 4 millioner jøder i Øst-Europa ved hjelp av hydrogencyanid (blåsyre). Schulte hadde ofte tjenesreiser til Schlesien og til Sveits, i Sveits holdt Schulte kontakt med blant andre Allen W. Dulles. Stephen Wise tok opp saken med USAs viseutenriksminister Sumner Welles, som syntes det var ulogisk å drepe jødene når tyskerne hadde behov for arbeidskraft. En amerikansk etterretningsoffiser som oppsummerte Riegners melding kalte det «a wild rumor inspired by jewish fears». Stephen Wise holdt 24. november en pressekonferanse der han fortalte om tyskernes planer om å drepe alle jødene og at likene blant annet ble brukt til å lage såpe og gjødsel. Dette ble omtalt i enkelte aviser og Himmler fikk trolig kjennskap til avisoppslagene. Opplysningene som ble formidlet i telegrammet hadde to feil: Prosjektet med å drepe jødene var allerede godt i gang og det hadde så stort omfang at det ville ta mange måneder. Browning mener at i den historiske konteksten må telegrammet forstås som «an astonishingly accurate piece of wartime intelligence».
I november 1941 rapporterte Jewish Telegraphic Agency at 50 000 ble massakrert i september i Kiev (stedet ble senere påvist som Babij Jar). Rapporter som dette omtalte ikke noen plan eller noe mønster i mordene, og ble til dels oppfattet som for ville til å bli trodd.
I løpet av 1942 ble det allment kjent at det foregikk deportasjoner og massedrap andre steder i Europa. «Endlösung» ble første gang omtalt i The Times 2. april 1942 etter en massakre på nederlandske jøder i Mauthausen, – massakren utløste en omfattende streik i det okkuperte Nederland. Massedrapene i øst ble for alvor alminnelig kjent etter at den polske eksilregjeringen i juni 1942 publiserte en rapport som anslo tallet på drepte jøder til 700 000, BBC gjenga 2. juni hovedpunktene i rapportene. Den norske illegale avisen London-Nytt videreformidlet nyheten 27. juni 1942.
Jødeforfølgelsene ble omtalt av BBC og britiske aviser (som The Times, The Guardian og Daily Mail), der det sommeren 1942 ble meldt om én million massakrerte jøder. Det svenske utenriksdepartementet fikk høsten 1942 melding om fabrikklignende utryddelsesleirer i Polen, og den svenske konsulen i Stettin meldte 20. august 1942 at det foregikk massemord blant annet ved bruk av gass. En annen svensk diplomat formidlet personlige opplysninger fra SS-mannen Kurt Gerstein som selv hadde sett «likfabrikken i Belzec». Foreign Affairs skrev i juli 1942 om fordriving av jøder til «reservater», gettoer og konsentrasjonsleirer, og at 6,9 millioner jøder hadde kommet under tysk herredømme: «How many of these were killed by the war, by starvation or by organized Nazi terror,...., cannot be stated exactly.»
Fra sommeren 1941 ble radiomeldinger om massedrap fra tysk politi på østfronten til Berlin fanget opp av britisk etterretning og dekodet i Bletchley Park. Britisk etterretning fanget 18. juli 1941 for første gang opp en melding som omhandlet massedrapene bak østfronten da Erich von dem Bach-Zelewski meldte til Himmler: «1150 jødiske plyndrere skutt og drept av politiet i gårsdagens rengjøringsaksjon i Slonim». Bach-Zelewski meldte for eksempel at SS-kavaleriet spå kvelden 3. august likviderte 3 274 partisaner og jødiske bolsjeviker. Bach-Zelewski ønsket trolig å gjøre mest mulig ut av tallene og at lederne av Einsatzgruppene konkurrerte om høyest mulig drapstall. Britisk etterretning snappet opp over 10 000 tyske meldinger bare i siste halvår 1942 og de fleste ble dekodet.
Britenes statsminister Winston Churchill fikk regelmessig notater om drapene i de erobrede områdene i øst. Churchill leste notatene nøye, og ringet rundt antall drepte. Offentlig snakket Churchill bare om drap på uskyldige og patrioter, han skal ha unnlatt å nevne jøder for ikke å gi Hitlers regime en propagandafordel. Han kan også ha tonet ned jødenes situasjon av hensyn til britiske interesser i Midtøsten. Basert på meldingene fra østfronten holdt Churchill en radiotale der han understreket at hele distrikter i øst ble «exterminated» uten å nevne at ofrene stort sett var jøder.
Mange av meldingene om massakrer i øst ble ikke kryptert med Enigma. Britisk etterretning fikk tidlig kjennskap til at vanlig politi, Orpo, og SS selv var hovedaktørene i massedrapene. Midt i september 1941 konkluderte etterretningen i Bletchley Park med at dokumentasjonen på systematisk massedrap av jøder var så omfattende at det ikke lenger var nødvendig med særskilt rapporter om dette til Churchill: «The fact that the Police are killing all Jews that fall into their hands should by now be sufﬁciently appreciated. It is not therefore proposed to continue reporting these butcheries specially, unless so requested.»
Jan Karski kom fra Polen til London i november 1942 og rapporterte om forholdene blant annet i konsentrasjonsleiren Belzec. Karski snek seg inn i ghettoen i Warszawa og han ble smuglet inn i Belzec. Han tok seg til London i november 1942 der han rapporterte til de allierte. Jan Nowak (egentlig Zdzisław Jeziorański) reiste som Karski til London og bekreftet Karskis beretning overfor britisk etterretning. Nowak var den første kureren etter kampene om Warszawa-ghettoen. De jødiske lederne i vest rådet Nowak til ikke å fokusere på antall ofre (som ingen ville tro på) og i stedet fokusere på enkeltskjebner. Agenten Tadeusz Chciuk-Celt ble sluppet i fallskjerm over Polen, første gang i desember 1941 og han ble da til juni 1942 da han reiste til Budapest. Fra Budapest begynte han retur til London i november 1942 og kom etter mange besværligheter frem i juni 1943. Ifølge egen beretning sendte Chciuk-Celt en rapport fra Budapest til London om massehenrettelser og arbeidet med å utvide kapasiteten i Auschwitz.
Den polske motstandsmannen Witold Pilecki lot seg i 1940 ta til fange og rømte i april 1943 fra Auschwitz. Rapporten han skrev kom til London samme år. Vrba-Wetzler-rapporten (også kjent som Auschwitz-rapporten eller Auschwitz-protokollen) ble laget av Rudolf Vrba og Alfréd Wetzler som hadde rømt fra Auschwitz 10. april 1944. En amerikanske diplomat i Sveits formidlet rapporten til USAs utenriksdepartement. En kortversjon av Vrba-Wetzler-rapporten ble telegrafert til utenriksdepartementet i London 4. juli 1944. En av de viktigste opplysningene fra Vrba-Wetzler-rapporten var at Auschwitz ble klargjort for mottok og utryddelse av jødiske ungarere.
Polske kilder la 15. mai 1942 i London frem tallmaterialet om drapet på 40 000 jøder i Ponary ved Vilnius. Avisen Evening Standard skrev 16. mai at tallet var nærmere 60 000. Etter krigen har antallet drepte i Ponary blitt anslått til 70 000–100 000.
Frem til slutten av 1942 hadde svensker bosatt i Warszawa formidlet informasjon om forholdene via det nøytrale Sverige. I et tilfelle i 1942 gikk Sven Norrman (ansatt i ASEA) inn i ghettoen og tok flere filmer som senere ble overlevert til polsk etterretning i Stockholm. Mange av svenskene ble arrestert av Gestapo fra juli 1942. Den svenske ruten var stengt da Jan Karski formidlet sin detaljerte rapport og likvideringen av Warszawa-ghettoen begynte. Den amerikanske ambassadøren til Sverige, Hershel Johnson, rapporterte til Washington 5. april 1943 at det bare var 50 000 igjen av Warszawas 450 000 jødiske innbyggere. Johnson skrev i meldingen til Washington at historien han formildet var så «fantastisk» at nølte med å ta den inn i en offisiell rapport.
Sovjetiske myndigheter hadde omfattende etterretning fra kommunister bak tyske linjer og det var lettere å rømme til sovjetisk område enn vestover. NKVD fikk detaljer om Auschwitz i november 1943, og fortsatte å få motta etterretning i 1944. A.S. Piatko og V.J. Pugev tok seg fra Auschwitz gjennom Østfronten og ga detaljer om gasskamrene og krematoriene til NKVD i Ukraina i november 1943. Sovjetiske styrker frigjorde Majdanek 3. juli 1944. General Petrenko fikk der tak i dokumenter med detaljer om Auschwitz og andre dødsleirer, deler av Majdaneks administrasjon ble også arrestert.
Det har vært en omfattende akademisk diskusjon om Auschwitz og jernbanelinjen til leiren kunne ha vært bombet av de allierte for å stanse massemordet og deportasjonen. Særlig muligheten for å redde de jødiske ungarerne som sommeren 1944 ble fraktet i et antall på nær 12 000 på slovakisk jernbanenett hver dag til Auschwitz og drept der.
Den første forespørselen om å bombe Auschwitz kom i 1941 mens leiren fortsatt bare var en fange- og tvangsarbeiderleir. Charles Portal, sjef for RAF, avslo ønsket blant annet fordi de straks skulle innlede bombing av Tysklands oljelager.
I 1944 var de alliertes mulighet for vellykket bombing av Auschwitz helt endret. Fra flybaser i Italia var det bare 1000 km til målet og nye bombefly var tatt i bruk, blant annet Avro Lancaster med stor lastekapasitet og lang rekkevidde. USAs War Refugee Board ba om områdebombing og ikke kirurgisk bombing fordi de som allerede var i Auschwitz var dødsdømte uansett, mens de fleste andre støttet presisjonsbombing. Churchill og Anthony Eden mente det var en god ide, men ble frarådet av militære rådgivere.
Til omkring 1990 var det en bred kritikk av amerikanske og britiske ledere for at de hadde unnlatt å bombe Auschwitz for å stanse massemordet der. Kritikerne påpekte blant annet at USAAF allerede hadde bombet Monowitz (en underleir av Auschwitz 9 kilometer unna Birkenau) og IG Farbens anlegg der gjentatte ganger sommeren 1944. I 1990-årene begynte forskerne å studere det tekniske og taktiske forutsetningene for en vellykket bombing: Bombetokt var teoretisk mulig, men lite aktuelt på grunn av store tap av fly og mannskap, usikkerhet om det lot seg gjøre å treffe gasskamrene (som var vanskelige bombemål) og små utsikter til å redde de internerte. Mangelen på presis etterretningsinformasjon og på faren for at mange internerte ville blitt drept av bombene. Stuart Erdheim og Rondall Rice mente bombetokt kunne gjennomføres med gode utsikter til å stanse eller forsinke massedrapene i Auschwitz.
Auschwitz var 1000 km i luftlinje fra den allierte basen i Foggia, Italia, og innenfor rekkevidde for United States Army Air Forces (USAAF) bombet i dagslys. Bombing kunne ha lykkes, men bare små feil i sikting ville ha sendt bombene midt inn i leiren i stedet for mot gasskammeret. Bombing fra lav høyde kunne utføres med RAFs Mosquito, men stor avstand og dagslys ville gjort operasjonen svært risikabel. Det sovjetiske flyvåpenet var trolig mye bedre posisjonert enn USA og Storbritannia, og hadde rett utrustning, til å gjennomføre effektive bombetokt. I juli 1944 da bombing av Auschwitz ble diskutert sto den røde arme bare 160 km unna og leiren var innenfor rekkevidde av alle sovjetiske fly.
Det er usikkert om bombing kunne ha skjedd tidsnok til å redde mange liv. Vrba-Wetzler-rapporten, den viktigste etterretning om detaljene i Auschwitz, nådde London midt i juli. Det var da stort sett for sent å redde jødene fra Łódź og Ungarn. NKVD hadde andre kilder og fikk detaljer om Auschwitz i november 1943. Sovjetiske styrker frigjorde Majdanek 3. juli 1944 og fikk der tak i dokumenter med detaljer om Auschwitz og andre dødsleirer. Anthony Eden og David Ben-Gurion appellerte til Molotov uten resultat. Stalin og Sovjetunionens toppledelse hadde trolig god kjennskap til Auschwitz og unnlot bevisst å hjelpe jødene. Ungarske myndigheter stanset deportasjonene 8. juli og de siste togtransportene kom frem et par dager senere.
I slutten av august 1944 appellerte ungarske jøder via den polske eksilregjeringen om snarest mulig allierte bombing av jernbanelinjer og -knutepunkter i Slovakia. Forespørselen ble avslått med begrunnelsen at bombing bare ville gi kortvarig forsinkelse i deportasjonene og at USAs 15th air force hadde viktigere oppdrag. USAs krigsdepartement hadde som prinsipp å ikke bruke ressurser på bombemål som var lite viktige for det overordnete målet om seier over Tyskland. Bombing av jernbaneanlegg til støtte for det slovakiske opprøret høsten 1944 viser at slike tokt var innenfor 15th air force' rekkevidde.
Den norske NS-ledelsen visste godt hvilken skjebne som ventet jødene. NS-lederne, spesielt Sverre Riisnæs, Jonas Lie og Axel Stang, hadde nær kontakt med ledende tyske politikere og tjenestemenn. Jonas Lie fulgte høsten 1941 med Einsatzgruppe D og var i Odessa da de massakrerte jødene i byen 23. oktober. Hans S. Jacobsen fikk i juni 1942 brev fra en bekjent i SD som skrev at Katowice-distriktet gjør man «kort prosess» med polakker og jøder. Norske frontkjempere, spesielt i SS-Division «Wiking», var vitner og medvirket trolig selv til massakrer i Sovjetunionen. Beretninger om dette ble også offentliggjort i NS-pressen. Siegfried Wolfgang Fehmer i Gestapo kjente til at jødene skulle «likvideres i Tyskland».
Et brev fra Finn Koren ved legasjonen i Bern (17. august 1942) om massemord ved gassing ble lest av utenriksminister Trygve Lie og andre statsråder i London, og legasjonen i Bern sendte et nytt brev 23. september 1942. Den norske eksilregjeringen i London fikk 1. desember 1942 kjennskap til at også de norske jødene var deportert. 27. november 1942 ba . Utenriksminister Lie avslo forespørsel fra World Jewish Congress om at radiosendingene fra London skulle inneholde appeller til Norge om å redde jødene. Trygve Lies svar var et uttrykk for maktesløshet, ifølge Ole Kolsrud. Etter et initiativ fra norske jøder i Sverige 8. januar 1943 forsøkte Trygve Lie å få de allierte med på å bytte sårede tyske krigsfanger mot norske jøder i tysk fangenskap. Britiske myndigheter avslo.
Etter krigen var det rundt 374 000 jødiske displaced persons som hadde overlevd holocaust. Flertallet av disse reiste til Israel og innen 1953 hadde 140 000 reist til USA. Omkring 20 000 jøder vendte tilbake til Tsjekkoslovakia sommeren 1945, litt over 10 % av den jødiske befolkningen fra før krigen. Deres eiendom var beslaglagt av nazistene. Jøder innvandret også fra Karpato-Ruthenia som Sovjetunionen hadde annektert. Jøder ble ikke tatt godt i mot Tsjekkoslovakia og andre østeuropeiske land etter krigen. Mange av de overlevende jøder ønsket å forlate Europa. USA og Storbritannia tok i mot bare et lite antall. Mange tusen reiste til Palestina (mot Storbritannias ønske) og Israel da staten ble opprettet i 1948. Tyskland betalte erstatningsbeløp til Israel.
Auschwitz er særlig godt kjent og dokumentert fordi det var både en arbeidsleir og en utryddelsesleir, og fordi det var relativt mange overlevende vesteuropeiske jøder. Bare to-tre personer overlevde Belzec der over 400 000 ble drept. Til sammen var det få overlevende fra Treblinka, Sobibor og Belzec. Overlevende og vitner som havnet bak jernteppet fikk ikke fortelle historien om holocaust som historien om massedrap på jødene. Vasilij Grossman kom til Treblinka med den Røde arme i september 1944, men Stalin insisterte på at utryddelsen av jødene måtte fremstilles som en lidelse «borgere» gjennomgikk. Timothy Snyder skriver at det tyske regimet med vilje lot omkring 3 millioner sovjetiske krigsfanger dø av sult og sykdom. Ifølge Snyder har dette massemordet kommet i skyggen av holocaust, og uten holocaust ville det gått inn i historien som den største krigsforbrytelsen. Tyske styrker massakrerte dessuten omkring 350 000 hviterussere, og et litt mindre antall polske og jugoslaviske sivile.
I Auschwitz var det 6000 overlevende da de sovjetisk styrkene kom frem, i tillegg hadde hundretusen blitt flyttet vestover til Tyskland. I Auschwitz fantes store mengder bevis for ugjerningene, blant annet 836 255 kåper/kjoler og syv tonn menneskehår. Den røde arme frigjorde Majdanek i juli 1944 og tyskerne hadde bare ødelagt krematoriene slik at Majdanek er den best bevarte ved siden av Auschwitz. Mange av de kjente bildene skriver seg fra Buchenwald og Bergen-Belsen, leirer som ikke primært var utryddelsesleirer, og som ble grundig fotografert av britiske og amerikanske styrker. Mange av de overlevende fra Auschwitz befant seg i krigens sluttfase i leirer som ble frigjort av britiske og amerikanske styrker. Britiske soldater trodde Bergen-Belsen var en utryddelsesleir da de fant tusenvis av syke og døende sammen med hauger av lik. Etter opprøret i Treblinka 2. august 1943 rømte et 200 og et titalls av disse overlevde og fortalte om forholdene i leiren.
Omkring 2 millioner jøder ble drept på okkupert sovjetisk territorium. Sovjetiske myndigheter omtalte etter krigen ikke jødene som en særskilt gruppe ofre og de ble i stedet slått sammen med andre offer til en stor kategori sivile «sovjetiske borgere» myrdet av tyskerne. Sovjetisk litteratur brukt de første 50 år etter krigen ikke «holocaust», men «tilintetgjørelse» eller «katastrofe». Antisemittisme ble en del av sovjetisk politikk etter krigen blant annet på grunn av den kalde krigen og forholdet til Israel. Sovjetunionen støttet opprinnelig opprettelse av staten Israel, men gikk senere over til å fordømme støtte til Israel som «borgerlig nasjonalisme». Jøder ble i Sovjetunionen omtalt som upatriotiske, rotløse og kosmopolitter; antallet jøder i statsapparatet og utdanningssystemet ble begrenset. Anti-semittismen i selve Sovjetunionen ble gjenspeilet i satellittstatene i Øst-Europa blant i form i skueprosesser der personer ble anklaget for å være «sionistiske konspiratører». Myndighetene ville for eksempel ikke anerkjenne Babij Jar som et jødisk gravsted. Da sovjetiske myndigheter oppdaget at nesten alle de døde i Babij Jar var jøder, ville de ikke sette opp et minnesmerke og satte i stedet i gang oppføring av et idrettsanlegg.
I 1998 opprettet Polens nasjonalforsamling et eget institutt, Instytut Pamięci Narodowej (IPN), for den nære historie, årene 1939 til 1990 da Polen ble utsatt for tysk og sovjetisk undertrykking. IPN har et par tusen ansatte og driver forskning, opplysning og etterforskning. Vinteren 2018 utvidet nasjonalforsamlingen loven om IPN og gjorde det straffbart å hevde at Polen medvirket til nazistenes ugjerninger på polsk jord. Samtidig ble det straffbart å hevde at ukrainske nasjonalister (i Volhynja og Øst-Galicia) ikke deltok i drap på jøder der. Blant de ukrainske nasjonalistene og antatt medhjelper for nazistene var Stepan Bandera som regnes som en helt i Ukraina.
Ukraina var del av Sovjetunionen etter krigen og der ble ikke holocaust minnet spesielt. Det er stadig en tendens til ikke å se holocaust som en del av landets historie. Myndighetene i Ukraina har ikke tatt ansvar for minnesmerker som er avhengig av frivillige.
I 1980-årene pågikk den tyske historikerstriden (Historikerstreit) med Ernst Nolte i spissen på den politiske høyresiden. Nolte mente at holocaust i ettertiden var kommet ut av proporsjoner som noe unikt og burde i stedet jevnføres særlig med bolsjevikenes overgrep etter revolusjonen og i mellomkrigstiden samt den røde hærs atferd ved fremrykking gjennom Polen og Østprøyssen. Mot dette sto folk på den politiske venstresiden blant andre Jürgen Habermas og Eberhard Jäckel. Omer Bartov skrev i New Republic 29. april 1996: «Det som var – og er – uten sidestykke ved Holocaust (...) var den industrielle drepingen av millioner av mennesker i dødsfabrikker, beordret av en moderne stat, organisert av et pliktoppfyllende byråkrati, og støttet av et lovlydig, patriotisk, «sivilisert» samfunn.» Som svar til den tyske filosofen Ernst Nolte som hevdet at holocaust ikke var unikt, skrev den tyske historikeren Eberhard Jäckel i 1986 at «det nasjonalsosialistiske drapet på jøder var unikt fordi aldri før hadde en stat med autoriteten til en ansvarlig leder bestemt og annonsert at en spesifikk menneskelig gruppe, inkludert dennes gamle, kvinner, barn og nyfødte, skulle drepes så raskt som mulig og deretter gjennomført denne politikken med alle tilgjengelig statlige midler.»
I norsk historiereskriving etter krigen var oppmerksomheten om holocaust begrenset helt frem til 1980- og 1990-årene, men i den bredere offentligheten fikk holocaust mye oppmerksomhet. Jon Reitan skriver i sitt doktogradsarbeid at holocaust ikke på noen påviselig måte «ble glemt eller utdefinert av den offentlige samtalen i tidlig etterkrigstid.» I den første fasen etter 1945 utkom det flere bøker om massedrapet på jøder, og i norsk presse ble holocaust utførlig omtalt.
Til slutten av 1970-årene var holocaust et relativ perifert tema i historiefaget, mens det særlig etter åpningen av arkivene i Øst-Europa fra 1990 har blitt et av de sentrale temaene i forskningen på andre verdenskrig. Etter andre verdenskrig sikret de allierte seg skriftlig og filmet dokumentasjon av holocaust og noe av dette ble brukt i Nürnbergprosessene. En del materiale ble offentliggjort senere på 1900-tallet, mens en mindre del av materialet i amerikansk forvaring forble gradert til etter år 2000 og gjennomgang av dette arkivmaterialet bekrefter tidligere forskning.
Holocaust ble etter krigen fortrengt og ikke nevnt spesielt i tyske historiebøker. I 1960- og 1970-årene vokste en ny generasjon tyskere opp og ble forferdet da de fikk kjennskap til hva foreldregenerasjonen hadde vært med på. Protestene mot det studentene anså som manglende oppgjør med fortiden medvirket til studentopprøret på slutten av 1960-årene. De første etterkrigsårene ble Wehrmacht fremstilt eller oppfattet som en «ren» institusjon som ikke var tilsmusset av nazistenes forbrytelser. Kritisk forskning fra 1960-årene av endret dette bildet vesentlig.
I USA var nazistenes overgrep godt kjent i de første årene etter krigen, men holocaust ble ikke oppfattet som en selvstendig historisk hendelse. Rettssaken mot Adolf Eichmann og Hannah Arendts bok Eichmann i Jerusalem var et vendepunkt i oppmerksomheten omkring holocaust i seg selv, ifølge historikeren Peter Novick. Novick konkluderte med at den forsinkede oppmerksomheten skyldtes de politiske forholdene under den kalde krigen der oppmerksomheten i stedet ble rettet mot overgrepene under Stalins regime. En del jødiske ledere foretrakk å være tause om holocaust for ikke å bli forbundet med stereotypier knyttet til bolsjevismen og forestillingen om jødene som evige offer.
Historikeren Timothy Snyder fremhever ingenmannslandet skapt av oppløsningen av den polske staten (som avtalt ved Molotov–Ribbentrop-pakten i 1939), og Sovjetunionens erobring av Baltikum som viktig betingelse for holocaust. Ifølge Snyder var områdene av statsløshet skapt først av sovjetisk okkupasjon, og deretter av tysk okkupasjon der forsøksvise massemord ble til systematisk folkemord. Ifølge Snyder ble jødene reddet først og fremst i områder der den opprinnelige statsdannelsen var intakt.
Blant historikerne har spørsmålet om beslutningstaking og iverksetting vært gjenstand for den mest omfattende vitenskapelig debatten. Bakgrunnen for debatten er særlig at det ikke er påvist noen klar (skriftlig) ordre om å sette i gang utryddelsene. Et viktig skille i synet på det tredje riket går mellom «intensjonalistene» og «funksjonalistene». Intensjonalistene mener at holocaust var et resultat av en tidlig og stor plan hos Hilter og de ledende nazistene, eller i det minste at holocaust var resultat av Hitlers uttrykte ønske. Funksjonalistene mener at holocaust vokste frem inkrementelt og til dels byråkratisk på lavere nivå i statsapparatet som resultat av stadig flere anti-jødiske tiltak.
Fra funksjonalistenes perspektiv får man et misvisende inntrykk av den store planen ved tilbakeblikk. Blant ledende funksjonalister er Raul Hilberg og Hans Mommsen. Mommsen regnet Hitler som en svak diktator som ble drevet av omstendighetene og motstridende fraksjoner. Funksjonalistene mener at en god del av forklaringen på holocaust ligger i den kaotiske nazistaten med konkurrerende administrative enheter. Den tyske historikeren Christian Gerlach tror at hensikten med Wannsee-konferansen var å ordne opp i mangfoldet av svært ulike anti-jødiske tiltakene i Tyskland og okkuperte områder. Ifølge Mommsen var ikke Hitlers ide om å drepe jødene tilstrekkelig til å sette i gang eller styre det store prosjektet: Flere deler av den tyske eliten og «servilt tjenestevillige» lavere tjenestemenn måtte mobiliseres ut fra egeninteresse. Funksjonalismen har vært kritisert for å overse enkeltpersonenes ansvar og skyld for forbrytelsene. Karl Dietrich Bracher advarte i 1976 mot at dette kunne lede til en bagatellisering av nazismen og at barbariet 1933-1945 som moralsk problem ble glemt.
Historikerne er stort sett enige om at det foregikk en kumulativ radikalisering innad i regimet. Innad i nazistaten og -partiet var det tautrekking om ansvaret for «jødesaker» noe som førte til stadig mer radikale anti-jødiske tiltak. Det var konkurranse om å markere seg selv innenfor Judenpolitik fordi dette ga makt og prestisje.
Timothy Snyder tror at Tysklands tilbakeslag i slaget om Moskva og USAs inntreden i krigen ved angrepet på Pearl Harbor medvirket til opptrapping av massedrapene dra desember 1941. Med Tysklands krigserklæring mot USA (11. desember) var det en virkelig verdenskrig. Den tyske historikeren Christian Gerlach mener at den prinsipielle beslutningen om å drepe alle jødene ble tatt mellom 7. og 14. desember 1941, før Wannsee-konferansen.
Ifølge Christopher Browning var den tyske euforien ved den raske fremrykkingen sommeren 1941 den avgjørende drivkraften bak holocaust: Browning tror at Hitler i løpet av juli 1941 bestemte seg for å utrydde jødene i Sovjetunionen, mens beslutningen om å drepe jødene i resten av Europa ble tatt i oktober.
Eberhard Jäckel og Daniel Goldhagen er kjente intensjonalister. Goldhagen og Richard Breitman har antatt at Hitler tok beslutningen om utryddelse en gang tidlig i 1941 før de storstilte massakrene begynte senere samme år. Alan Bullock mener Hitler selv unnfanget ideen om å drepe jødene og at Himmler umulig kunne gjort dette på egen hånd uten Hitlers godkjenning. Breitman mener at Hitler hadde en gammel og fastspikret ide om folkemord på jødene, mens de konkrete strategiene og planen for massemord ble utviklet operativt.
Yitzhak Arad mener at Einsatzgruppen at ordren om å drepe alle jøder kom til noen uker etter invasjonen av Sovjetunionen. Ifølge Arad skjedde opptrappingen etter møte mellom nazitoppene og Hitler 16. juli der temaet var administrasjonen og fremtiden for de erobrede områdene; og ordren om å drepe alle jødene ble overbragt muntlig fra Himmler til SS-enhetene i erobrede områder i løpet av andre del av juli 1941.
Det er stadig uklart og omstridt hvem som sommeren 1941 egentlig ga ordren om å trappe opp massedrapene på østfronten til også å omfatte kvinner og barn, eksakt når ordren ble gitt og hvordan ordren kom frem til drapskommandoene. Himmler møtte Hitler 18. desember og noterte at møtet blant annet handlet om jødespørsmålet og at jødene skulle utryddes som partisaner. Alan Bullock antar at drap på jødene var et tema under de hemmelige samtalene under fire øyne mellom Hitler og Himmler. Det finnes ingen notater fra samtalene.
Det finnes lite skriftlig dokumentasjon om beslutningstaking og iverksetting. Himmler og hans nærmeste medarbeidere bestrebet seg på hemmelighold og unngikk skriftlige ordrer. Det som fantes av skriftlig materiale ble forsøkt ødelagt mot slutten av krigen. Kurt Daluege ga ordre om å ikke nevne konkret antall henrettede over radio av frykt for at det kunne bli avlyttet av britisk etterretning.
Høyreradikale holocaustfornektere som David Irving har utnyttet mangelen på skriftlige bevis for overordnet plan og ordre til å bagatellisere Hitlers rolle.
Den tyske staten under nazistene var preget av konkurranse mellom ulike bastioner innenfor statsapparatet og var til en viss grad preget av «autoritært anarki» snarere enn den monolittisk «førerstaten» som nazistenes propaganda ga inntrykk av.
Ifølge Ian Kershaw dikterte ikke Hitler alle aspekter av tysk politikk, i stedet arbeidet statsapparatet med å tolke og oppfylle Hitlers ønsker («working towards the Führer»). Hitlers ordrer, «Führerbefehle», ble ofte gitt i form av tilsynelatende uvesentlige eller krytptiske bemerkninger, men var viktig for den indre krets for eksempel Martin Bormann som tok notater. Statsapparatet i det tredje riket var til dels fragmentert i konkurrerende fraksjoner og med uklare kommandolinjer - et «føydalt anarki» ifølge Kershaw. Holocaust ble gjennomført av ulike og delvis koordinerte deler av statsapparatet, og disse forskjellige grenene av apparatet var misunnelige på og konkurrerte til dels med hverandre. Auschwitz ble drevet SS-Wirtschafts- und Verwaltungshauptamt (SS' økonomiske avdeling), Odilo Globocnik var SS- og politisjef som i forbindelse med Aksjon Reinhardt tok ordre direkte fra Himmler og på østfronten ble drapene utført av Einsatzgruppen.
Historikerne har forsøkt å rekonstruere ordrer og tidslinje gjennom indirekte kilder som vitnemål fra de politimennene som faktisk utførte henrettelsene. Himmlers, Heydrichs og Dalueges reiser og møter, og hendelser som fulgte i deres fotspor, gir flere holdepunkt for å rekonstruere hvordan ordrene om utryddelsen av jødene ble gitt.
I oktober 1939 etter okkupasjonen av Polen beordret Hitler Philipp Bouhler og Karl Brandt til å igangsette et program for eutanasi (Gnadentot) på mentalt uhelbredelig syke. Ordren ble skrevet på Hitlers eget brevpapir og tilbakedatert til 1. september. Hitlers ordre av 24. august 1941 er også sikkert dokumentert.
Franz Walter Stahleckers rapporter om Einsatzgruppens virksomhet er et særlig viktig og detaljert dokumentasjon om holocausts tidlige fase. Stahlecker leverte sin første rapport 15. oktober 1941 og der noterte han at i henhold til den grunnleggende ordren ble målet om fullstendig fjerning av jødene iverksatt besluttsomt med alle midler. Stahlecker noterte at det «for øyeblikket» ikke var mulig å utslette jødene uten spor. Arthur Nebe i Einsatzgruppe B noterte at en løsning på jødeproblemet mens krigen pågår er upraktisk i denne regionen fordi det bare kan løses ved forflytning på grunn av det overveldende antallet jøder.
I mai og juni 1941 gikk det ut ordre fra Hitlers hovedkvarter om at på østfronten gjaldt ikke de vanlige reglene for behandling av sivile og krigsfanger.
De første ukene etter invasjonen av Sovjetunionen ble stort sett bare voksne jødiske menn (i stridsdyktig alder) drept av Einsatzgruppen. Yitzhak Arad mener at dette styrker hypotesen om at ordren til Einsatzgruppen før invasjonen var begrenset til å drepe menn og at ordren om å drepe alle jøder kom til noen uker etter invasjonen. Einsatzkommando 9 fikk trolig ordren om å inkludere kvinner og barn i massedrapene i slutten av juli 1941. Einsatzkommando 9 var den første enheten som begynte systematiske drap også på kvinner og barn, en endring som indikerte at et totalt folkemord var i gang.
Göring hadde 31. juli 1941 et møte med Heydrich. Dette møtet var trolig på Heydrichs initiativ fordi han trengte Görings signatur. De pågående massakrene bak østfronten hadde fått et slikt omfang at Heydrich trolig måtte involvere større deler av statsapparatet der lederne ventelig ikke ville medvirke uten klar, skriftlig tillatelse fra toppledelsen.
Heydrichs retningslinje for sovjetiske krigsfanger av 17. juli 1941 innebar at alle jøder i krigsfangeleirer skulle skilles ut og henrettes, retningslinjen omfattet jødiske sivile som var internert i krigsfangeleir. I mange sovjetiske byer ble alle menn i «militær alder» (16 til 45 eller 60 år) internert av Wehrmacht og Einsatzkommandoene hadde oppdrag fra Heydrich om å skille ute jøder og andre «utålelige politiske elementer» fra disse.
Otto Ohlendorf, leder for Einsatzgruppe D, fortalte i retten etter krigen at Himmler briefet lederne for Einsatzgruppen tidlig i juni 1941 at en viktig oppgave var å eliminere jøder - menn, kvinner og barn. Ohlendorfs vitnemål kan ha vært en del forsvarsstrategien ved rettsoppgjøret. Det er nokså sikkert at Heydrich 17. juni 1941 briefet lederne for drapskommandoene og noen andre (30-40 personer til sammen) om fjerning av jødene i Sovjetunionen - Heydrich snakket i generelle vendinger. Heydrich beskrev østjødene som «bolsjevismens intellektuelle reservoar».
Einsatzgruppene samarbeidet med Wehrmacht bak østfronten. Det var ikke opplagt at Wehrmacht ville være samarbeidsvillig. Flere rapporter fra Einsatzgruppe B viser til samarbeid med Wehrmacht. Arthur Nebe noterte at alle avdelinger av Wehrmacht anerkjente og støttet Nebes Einsatzgruppes aktiviteter.
De tiltalte i Nürnberg forsøkte å opprettholde en fasade som uskyldige og forførte enkeltpersoner, og la opp til å gi inntrykk av Wehrmacht som «ren» og uten noen befatning med krigsforbrytelser. Rudolf Höß forklarte at Himmler hadde fortalt ham tyskerne måtte utrydde jødene ellers kom jødene til å utrydde tyskerne. Höß anså det ikke som hans oppgave å be om ytterlige begrunnelse. I rettsoppgjør brydde nazilederne seg lite om regimets forbrytelser. Hermann Göring mente jødene var for fremmede til å bli værende i Tyskland. Alfred Rosenberg sa at jødene «spyttet på tysk kultur». Joachim von Ribbentrop skyldte holocaust på jøder som trakk i trådene i USA. Walter Funk mente russerne gjorde mye verre ting da de inntok Pommern enn de tyskerne noen gang gjorde i Russland. Otto Ohlendorf insisterte på at de alliertes behandling av tyskerne var minst like ille som skytingen av jødene.
Adolf Eichmann ble undersøkt av mange israelske psykiatere før rettssaken mot ham i Jerusalem, uten at noen av dem var i stand til å påvise noe unormalt. I forbindelse med rettssakene i Nürnberg ble seksten ledende nazister undersøkt av en psykiater og en psykolog. Ingen av de 16 ble beskrevet som sadister, men Rudolf Hess og Joachim von Ribbentrop ble vurdert som svært forstyrrede personer. Arthur Seyss-Inquart oppnådde 141 i intelligenstesten, høyest av de testede, mot for eksempel Ernst Kaltenbrunner som skåret lavest (113) blant de som ble testet.
Vanlige tjenestemenn i Einsatzgruppen, politiet og hæren viste seg å være langt bedre i stand til å drepe jøder med kaldt blod ble enn det topplederne ventet. Flere tusen «vanlige menn» deltok i systematisk massemord som pågikk over flere år. Forskningen har blant vært opptatt av å forklare hvordan og hvorfor gjerningsmennene lydig utførte drapsoppdraget ansikt til ansikt med forsvarsløse og uskyldige kvinner og barn. Saken mot Adolf Eichmann gjorde det tydelig at gjerningsmenn og bakmenn ikke nødvendigvis var sadistiske monstre eller psykologisk avvikende på andre måter. Stanley Milgram utførte sin studie av lydighet og han mente at organisert ondskap baserte seg på ansvar for handlingen og utførelsen var adskilt: Den som skjøt ved massegraven eller utløste Zyklon B i gasskammeret følte at han bare var en del av en stor prosess der andre satte målene, tok ansvar og bestemte hva som var moralsk forsvarlig. I 1990-årene mente flere forskere at det var viktige forskjeller mellom Milgrams forsøkspersoner og Hitlers bødler: gjerningsmennene hadde vært eksponert for propaganda, de foraktet ofrene, de deltok frivillig i massakrer, de var entusiastiske og i ettertid uttrykte de som regel ikke anger. Holocausts første fase med «primitiv» masseskyting ikke hadde preg av en distansert, byråkratisk prosedyre, det var først i senere faser at holocaust fikk et byråkratisk preg.
Enkelte politimenn og soldater satt til å drepe uskyldige ble plaget av samvittigheten, ble alkoholisert og nervesammenbrudd. Erich von dem Bach-Zelewski skal selv ha fått nerveproblemer som SS' sjefslege mente skrev seg fra medvirkning i massedrapene. Himmler forutså de psykologiske problemene massedrapene kunne forårsake hos bødlene og veiledet kommandantene i felten hvordan byrden på mannskapene kunne lettes.
Christopher Browning studerte en bataljon på 500 vanlige tyske politifolk som drepte 35 000 jøder (en stor del kvinner og barn) i løpet av ett år. Browning ble slått av hvor få som uttrykte moralske betenkeligheter ved drapene. Den nederlandske historikeren Dick de Mildt konkluderte med at gjerningsmennene generelt ikke hadde og heller ikke trengte å hate ofrene eller å ha noen ideologisk overbevisning som begrunnet drapene. Mildt skrev at gjerningsmennene vente seg til drap og vold som en daglig rutine. Politimennene returnerte til Tyskland og normal tilværelse der som om massedrapene aldri hadde skjedd.
Den tyske sosialpsykologen Harald Welzer fremsatte en teori om at i visse situasjoner kunne det å stige ut av gruppen (avstå fra å delta i drap) være psykologisk og moralsk vanskeligere enn å delta i drap på uskyldige. Ved bataljon 45s første massakre nølte politifolkene først, men da kommandanten nøye hadde demonstrert fremgangsmåten ved å skyte et offer, fulgte de menige politifolkene etter; de menige fokuserte på prosedyren og ferdigheten i å skyte på en bestemt måte, de var opptatt av gjøre drapene korrekt snarere enn at det var drap de utførte. En politimann ble kvalm av drepingen han utførte, men ville ikke gå ut av linjen for å kaste opp fordi det ville skape uorden og forstyrre prosedyren. Rudolf Höß andre la vekt på orden, funksjon og arbeidsdeling i leiren, noe som ifølge forskerne fordelte ansvaret for massemordet samtidig som det skapte forpliktelse til gjennomføring.
Daniel Goldhagen påpekte at politimennene hadde muligheten til å trekke seg fra skytingene, men bare en liten brøkdel gjorde det noe Goldhagen tolker som et ønske om å drepe jøder. Noen historikere mener at ideologisk indoktrinering og kulturell betinging i det tredje riket spilte en viktig rolle for å viljen til å utføre massakrene. Jürgen Matthäus konkluderte med at massemord ble en daglig rutine støttet av en felles ideologi der det er vanskelig å påvise den enkeltes motivasjon.
Den israelske historikeren Yaacov Lozowick trakk i tvil forestillingen om blant andre Adolf Eichmann som vanlige byråkrater uten spesiell motivasjon (en vanlig tolkning av Hannah Arendts kjente bok). Lozowick påpekte at folk som Eichmann var ideologisk motivert og tok initiativ og arbeidet langt hardere enn det som var ventet. Lozowick dokumenterte at Hermann Görings kjente direktiv av 30. juli 1941 til Heydrich i RSHA opprinnelig var utformet av Eichmanns avdeling og sendt oppover kommandokjeden (til Göring) for godkjenning.
Hilter og Goebbels begikk selvmord i april 1945. Himmler tok sitt eget liv i alliert fangenskap i mai 1945 før rettsoppgjøret. Heinrich Müller forsvant i Berlin 1. mai 1945. Odilo Globočnik, leder for Aksjon Reinhardt, tok sitt eget liv etter å ha blitt arrestert av britiske styrker 31. mai 1945. Rolf Günther, Eichmanns nestkommanderende for jødesaker, tok sitt liv i amerikanske fangenskap august 1945. Richard Thomalla, som ledet oppbyggingen av utryddelsesleirene under Aktion Reinhard, ble tatt til fange av sovjetiske styrker i Tsjekkoslovakia og henrettet av NKVD i mai 1945. Christian Wirth ble drept av jugoslaviske partisaner i mai 1944. Oskar Dirlewanger døde i alliert arrest, trolig av mishandling. Franz Walter Stahlecker ble drept i kamp med sovjetiske partisaner i 1942.
Josef Mengele rømte etter krigen til Argentina og deretter til Brasil. Mossad var på sporet av ham, men prioriterte andre saker.
Erich von dem Bach-Zelewski ble ikke tiltalt for sin rolle i holocaust i Sovjetunionen. I 1960-årene ble han dømt for noen drap i 1930-årene, og han døde i fengsel.
Lorenz Hackenholt overlevde trolig krigen, men lot seg ikke oppspore. Friedrich-Wilhelm Krüger tok sitt liv 10. mai 1945.
Den første større prosessen ble gjennomført etter frigjøringen av Majdanek høsten 1944 før krigen var over. Seks personer (SS-menn og vakter) ble dømt av en polsk domstol og hengt. Robert H. Jackson la i sitt innledningsforedrag 21. november 1945 i Nürnberg til grunn at mellom 4,5 og 5,6 millioner jøder var drept.
Nürnbergprosessen (hovedprosessen) var rettssakene mot de ledende tyske nasjonalsosialistene etter annen verdenskrig gjennomført av de allierte fra november 1945 til oktober 1946. Churchill ønsket ikke rettssak mot topplederne i naziregimet fordi det ville bli politisert, han ville i stedet henrette dem summarisk. Sovjeterne og amerikanerne gikk etter hvert inn for rettsoppgjør særlig etter at den allierte krigsforbryterkommisjonen ble etablert og Moskvakonferansen (1943) ble avholdt 30. oktober 1943. Ernst Kaltenbrunner ble dømt til døden og hengt i Nürnberg. Kaltebrunner var den eneste blant de øverste ansvarlige for folkemordet i hovedprosessen i Nürnberg. Evelyn Waugh noterte at blant de tiltalte i Nürnberg var Kaltenbrunner den eneste som fremsto som en forbryter. Foruten Kaltenbrunner var lederne for SS og politi (HSSPF og SSPF) de øverste lederne som ble holdt ansvarlige i rettsoppgjøret. Göring skulle henrettes i Nürnberg, men tok sitt eget liv kvelden før. Arthur Seyss-Inquart ble henrettet i Nürnberg i 1946. Den kjente antisemitten Robert Ley hengte seg i cellen før rettssaken. Hans Frank ble henrettet i Nürnberg i 1946. USA innså etter hvert at det ikke var mulig å straffeforfølge så mange krigsforbrytere som man så for seg på slutten av krigen.
Einsatzgruppenprosessen omfattet 24 ledere fra Einsatzgruppen og var den eneste av Nürnbergprosessene som kun omhandlet holocaust. Opprinnelig var det ikke planlagt noen sak mot lederne av Einsatzgruppene. Disse lederne ble i praksis tiltalt for over 1 million mord. Da Whitney R. Harris forberedte saken mot Kaltenbrunner spurte han Otto Ohlendorf «Well, Ohlendorf, how many men, women, and children did you kill during that year [1941]?» og Ohlendorf svarte overraskende «90 000». Dette var det første konkrete beviset for Einsatzgruppenes bidrag til holocaust, og introduserte holocaust som et element i Nürnberg. Pohlprosessen omfattet Oswald Pohl og 17 andre offiserer fra SS-Wirtschafts- und Verwaltungshauptamt. Pohl og flere andre fikk dødsstraff, bare Pohl ble henrettet.
Auschwitzprosessen foregikk i Krakow i regi av polske myndigheter og dels mot personer utlevert fra de allierte, blant andre Arthur Liebehenschel som var Rudolf Höß' etterfølger som kommandant. Höß ble dømt og henrettet i 1947 før de andre Auschwitz-sakene. Liebehenschel ble utlevert til Polen og hengt etter Auschwitzprosessen.
Til oktober 1945 hadde 300 nazister blitt dømt og hengt i Polen. Gustav Lombard ledet drap på 11 000jøder i Pripjatmyrene, han ble dømt til 25 års fengsel i Sovjetunionen og slapp fri i 1955. Arthur Greiser ble dømt av en polsk domstol og hengt i 1946. Jakob Sporrenberg ble dømt av polsk domstol og hengt i 1952. Erich Koch ble dømt til døden av en polsk domstol, dommen ble etter hvert omgjort til livsvarig og han døde i 1986 som den siste gauleiter fra nazitiden.
Kurt Daluege, sjef for Ordnungspolizei til 1942, ble utlevert til Tsjekkoslovakia og dømt og henrettet der for sin forbrytelser i landet. Friedrich Jeckeln ble tatt til fange av Sovjetiske styrker, dømt og hengt i sentrum av Riga foran flere tusen tilskuere. Jürgen Stroop ble utlevert til Polen, dømt for utslettelsen av Warszawagettoen og andre massedrap, og hengt i Warszawa i 1952. Vojtech Tuka ble dømt til døden i Tsjekkoslovakia i 1946.
Adolf Eichmann ble kidnappet fra sitt skjulested i Argentina og stilt for retten i Israel i 1961. Rettssaken ble en internasjonal begivenhet og ofrene for nazistenes utryddelsespolitikk var i sentrum i rettssalen. Frankrike fikk Klaus Barbie utlevert fra Bolivia og stilte ham for retten for deportasjon av over 800 jøder. Saken mot Barbie satte på dagsorden Frankrikes samarbeid med nazistene.
I Nederland ble 16 000 lokale medhjelpere stilt for retten fra rett etter krigen til 1951 og de fleste ble dømt.
Den første store saken under tysk lov var Ulm-Einsatzgruppe-prosessen i 1958 og vakte stor oppsikt i Vest-Tyskland. Ti Gestapo-menn fra Tilsit-kommandoen ble tiltalt for drap på over 5000 jøder i Litauen. Saken viste at nazistenes forbrytelser i Øst-Europa ikke var skikkelig etterforsket. Konrad Adenauer sørget for å opprette «sentralkontoret for etterforskning av nazistenes forbrytelser» (Zentrale Stelle der Landesjustizverwaltungen zur Aufklärung nationalsozialistischer Verbrechen) i Ludwigsburg.
I 1963-1965 gjennomførte vesttyske myndigheter sin egne Auschwitz-rettssaker i Frankfurt (også kalt Frankfurt-prosessen), trolig den viktigste i Tyskland etter krigen. Tysk lov krevde at både selve drapshandlingen og intensjon («blodtørst») måtte bevises for å dømme noen for mord. Mord måtte inngå i tiltalen fordi mindre alvorlige forbrytelser hadde en foreldelse på 10 år og tyske myndigheter la til grunn straffeloven av 1871 som gjaldt da forbrytelsene ble begått. Fordi personell i Auschwitz handlet i henhold til regler og ordrer som i seg selv var onde, måtte «blodtørst» bevises utover SS-standard. Johan Vogt bemerket at mange av funksjonærene fra Auschwitz fremsto som skikkelige og «brave» borgere som var overrasket over at de ble trukket for retten: «Vi alle gjorde intet annet enn vår plikt, selv om det ofte falt oss tungt og selv om det gjorde oss fortvilt.»
SS-offiseren Karl Wolff var adjutant for Himmler. Han unngikk rettssak i Nürnberg og opptrådte der bare som vitne blant annet i saken mot Oswald Pohl. Han ble i Vest-Tyskland i 1964 dømt til 15 års fengsel og slapp ut etter fem. Wilhelm Koppe, SS-sjef i Warthegau og Generalguvernmentet, gjorde etter krigen karriere under nytt navn før han ble avslørt i 1960-årene og tiltalt for medvirkning til 145 000 mord. Rettssaken ble avlyst på grunn av Koppes helse.
Franz Stangl rømte til Brasil via Syria og ble utlevert til Tyskland i 1967 og dømt for 400 000 mord i Treblinka. I retten fremstilte Stangl seg som en som bare utførte ordrer og skjøv ansvaret for massemord over på andre. Han ble dømt til livsvarig fengsel og døde i varetekt før dommen var rettskraftig.
Viktors Arājs forsvant på uforklarlig vis fra vesttysk fangenskap i 1949. Det ble ikke gjort noe forsøk på oppspore ham før han ble arrestert i Frankfurt i 1975 og dømt i 1979 for medvirkning til 13 000 drap.
I 2016 ble Oskar Gröning (da 94 år gammel) dømt til fire års fengsel for medvirkning til drap på 300 000 mennesker, de fleste ungarske jøder, i Auschwitz.
I det norske rettsoppgjøret etter krigens slutt var Vidkun Quisling den eneste nordmann som ble tiltalt for medvirkning til drap. Oppgjøret omhandlet bare hendelser i Norge og for eksempel frontkjempernes handlinger i andre land ble ikke berørt. Andre ble tiltalt bare for medvirkning til deportasjonene. Wilhelm Wagner var den eneste som ble funnet skyldig i forsettlig medvirkning til drap. De norske jødene ble internert og arrestert av norsk politi og ingen norske politifolk ble dømt for dette. Knut Rød i statspolitiet var ansvarlig for koordinering av aksjonen mot jødene i Oslo og Aker, og han ble frifunnet basert på en samlet vurdering av Røds innsats. Hellmuth Reinhard, Gestapo-sjef i Norge, ble i 1960-årene av en tysk domstol funnet skyldig i deportasjonene fra Norge, men punktet var foreldet etter tysk strafferett.
Willy Brandt var til stede under minnesmarkeringen for Warszawagettoen, Warszawa 7. desember 1970. Han gikk spontant ned på kne foran minnesmerket uten å si et ord. I selvbiografien skrev Brandt at «under byrden av millioner myrdete gjorde jeg det folk gjør når ordene kommer til kort» (Unter der Last der jüngsten Geschichte tat ich, was Menschen tun, wenn die Worte versagen. So gedachte ich Millionen Ermordeter.) I en spørreundersøkelse av Der Spiegel mente 48 % av tyskerne at Brandts knefall var en overdrivelse.
Luxembourg-avtalen ble inngått i 1952 mellom Forbundsrepublikken Tyskland (Vest-Tyskland) og staten Israel. Avtalen gjaldt erstatning for materielle skader som nasjonalsosialismen hadde påført det jødiske folk. Luxembourg-avtalen forpliktet Tyskland til å utbetale eller levere varer til Israel og Claims Conference, til en verdi av 3,5 milliarder tyske mark, over en periode på 14 år.
Yad Vashem er Israels offisielle minnesmerke for de jøder som ble drept under holocaust og ble etablert i 1953. Navnet er fra Jesaja, 56. kapittel, 5. vers: «Dem vil jeg i mitt hus og innenfor mine murer, gi «et minne og et navn» (Yad Vashem) som er bedre enn sønner og døtre. Et evig navn vil jeg gi dem, som ikke skal slettes ut.» Rettskaffen blant nasjonene (engelsk: Righteous Among the Nations) er en ærebevisning for personer som satte seg selv i fare i forsøk på å hjelpe jødene under holocaust. Per 2018 var 26 973 personer oppført på listen, flest i Polen, Nederland, Frankrike og Ukraina.
Minnesmerket over Europas myrdete jøder var ferdig i 2005 og dekker 19 dekar i sentrum av Berlin. Den internasjonale holocaustdagen ble av FN fastsatt til 27. januar, dagen da sovjetiske styrker frigjorde Auschwitz. I Tyskland ble Holocaustdagen etablert 10 år tidligere ved en proklamasjon av president Roman Herzog.
På bakgrunn av Skarpnesutvalget kartlegging hva som skjedde med jødenes eiendeler i Norge under den annen verdenskrig og oppgjøret etter krigen, bevilget Stortinget 250 millioner kroner til å ivareta jødisk kultur og tradisjon, og til Senter for studier av Holocaust og livssynsminoriteter.
Ipsos gjennomførte i 2024 en spørreundersøkelse i 102 land. Der fremkom at 1 av 5 ikke hadde hørt om holocaust, 17 % mentet at antall drepte var overdrevet og 4 % tror ikke at det skjedde. Blant de spurte hadde 46 % antisemittiske holdninger.