Il museo raccoglie una ricca documentazione relativa allo sviluppo storico e alle dinamiche di popolamento della città e del territorio modenese dalla preistoria al medioevo.La nascita del museo;nel 1871;si ricollega in modo diretto all'intenso dibattito culturale e politico sul tema delle ricerche preistoriche e dell'istituzione dei musei civici come luoghi deputati alla conservazione dell'identità cittadina nello scenario di profondo cambiamento degli anni immediatamente post unitari.Anche la sezione etnologica;con i suoi reperti di provenienza extraeuropea;si riallaccia strettamente alla genesi del museo e all'affermarsi delle teorie antropologiche comparative;che ampio contributo hanno dato alla nascente disciplina della paletnologia.Strettamente collegato è il Lapidario Romano;ubicato nel cortile ovest del Palazzo dei Musei;che con i suoi monumenti;per lo più provenienti dalle grandi necropoli urbane estese lungo le principali direttrici stradali;consente di ampliare il patrimonio di conoscenze sul tessuto demografico e sociale della città romana.Il primo nucleo delle raccolte museali si deve alle ricerche condotte nella seconda metà dell'Ottocento da Giovanni Canestrini;Carlo Boni;Francesco Coppi e Arsenio Crespellani sui resti delle terramare;abitati protetti da argine e fossato diffusi nella Pianura padana centrale durante l'età del Bronzo media e recente.A queste si sono aggiunti successivamente i numerosi materiali recuperati dall'archeologo modenese Ferdinando Malavolti;specialmente sul pianoro del Pescale e alle Fornaci Carani;e le importanti testimonianze degli scavi recenti in città e nel territorio.Il percorso espositivo;ripresentato nel 1990 nel rispetto dell'originale sistemazione ottocentesca;descrive un tracciato cronologico che permette di seguire il percorso storico della città e del territorio:dai manufatti in pietra del Paleolitico alle prime ceramiche del Neolitico rinvenute a Fiorano;dai raffinati reperti in bronzo delle terramare (Gorzano;Montale;Gaggio) ai corredi delle tombe villanoviane disseminate in varie parti del territorio (Savignano;Bazzano;Castelfranco;Nonantola);dalla necropoli etrusca della Galassina alle preziose suppellettili delle 'domus' di 'Mutina' romana e ai corredi delle tombe longobarde.La sezione etnologica è costituita da materiali di diverse aree geografiche che in molti casi testimoniano culture ormai scomparse o in via di estinzione.La sistemazione attuale delle raccolte rispetta l'originaria suddivisione ottocentesca per aree geografiche:Nuova Guinea;America del Sud;Africa;Asia e Perù Precolombiano;rievocando la stagione delle grandi spedizioni esplorative e le figure di studiosi e ricercatori che hanno dato il loro contributo alla conoscenza di nuove terre e altre culture.Il Lapidario Romano;allestito al piano terra del Palazzo dei Musei;espone materiali provenienti dalle aree esterne al perimetro della città romana occupate in età imperiale da necropoli monumentali.Particolarmente rilevanti sono i sepolcri rinvenuti lungo la via Emilia a est della città;come l'ara funeraria del centurione Clodio;l'ara di Vetilia Egloge e il monumento a forma di prua di nave appartenuto probabilmente ad un alto ufficiale della flotta augustea.