datasets-CNRS/ThesoTM huggingface dataset:
ProteinBERT / ProteinBERT
Definition: "a deep language model specifically designed for proteins" (Brandes et al., 2022).
Définition : « modèle de langage spécialement conçu pour les protéines » (Brandes et al., 2022)
Broader concept: large language model / grand modèle de langue
Application field: biology / biologie
Tasks performed: word embedding / plongement lexical
Implements: transformer / transformeur
Input languages: English / anglais
Programming language: Python
Design country: Israel / Israël
Licence: MIT License / licence MIT
Based on: BERT / BERT
Repository: https://github.com/nadavbra/protein_bert
Reference: Brandes, N., Ofer, D., Peleg, Y., Rappoport, N., & Linial, M. (2022). ProteinBERT : A universal deep-learning model of protein sequence and function. Bioinformatics, btac020. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac020
PsychWordVec / PsychWordVec
Definition: "Toolkit for Word Embedding Research in Psychological Science." (source: https://github.com/psychbruce/PsychWordVec).
Définition : « Boîte à outils pour la recherche sur les plongements lexicaux dans les sciences psychologiques. » (source : https://github.com/psychbruce/PsychWordVec).
Broader concept: R package / paquet R
Application field: psychology / psychologie
Tasks performed: word embedding / plongement lexical
Implements: Word2Vec / Word2Vec
Input data: .txt
Programming language: R language
Platforms: Linux§§Windows§§macOS
Interface: command-line interface / interface en ligne de commande
Design country: United Kingdom / Royaume-Uni
Licence: GNU GPL v3 / GNU GPL v3
Uses software: R / R
Repository: https://cran.r-project.org/web/packages/PsychWordVec/index.html§§https://github.com/psychbruce/PsychWordVec
psychology / psychologie
Broader concept: scientific knowledge / connaissances scientifiques
Application field of: PsychWordVec / PsychWordVec
Related: Psyctm / Psyctm
Psyctm / Psyctm
Definition: "Provides text mining methods for social science research. The package implements estimation, inference, summarization, and goodness-of-fit methods for topic models including Latent Dirichlet Allocation (LDA), supervised LDA, and supervised LDA with covariates using Bayesian Markov Chain Monte Carlo." (source: https://cran.r-project.org/web/packages/psych/index.html).
Définition : Méthodes de topic modeling pour les sciences sociales et psychologiques.
Broader concept: R package / paquet R
Tasks performed: topic detection / identification de topics
Implements: latent Dirichlet allocation§§supervised latent Dirichlet allocation / allocation de Dirichlet latente§§allocation de Dirichlet latente supervisée
Programming language: C++§§R language
Platforms: Linux§§Windows§§macOS
Interface: command-line interface / interface en ligne de commande
Design country: United States / États-Unis
Licence: GNU LGPL v3 / GNU LGPL v3
Uses software: R / R
Related: psychology / psychologie
Repository: https://cran.r-project.org/web/packages/psychtm/index.html§§https://github.com/ktw5691/psychtm/
Reference: Wilcox, K. T., Jacobucci, R., Zhang, J., & Ammerman, B. A. (2021). Supervised latent dirichlet allocation with covariates: A bayesian structural and measurement model of text and covariates. PsyArXiv. https://doi.org/10.31234/osf.io/62tc3
PubMedBERT / PubMedBERT
Definition: Language pretraining model on PubMed abstracts for the biomedical domain.
Définition : Modèle de langage pré-entrainé sur les résumés de PubMed pour le domaine biomédical.
Broader concept: large language model / grand modèle de langue
Application field: biology§§medicine / biologie§§médecine
Tasks performed: word embedding / plongement lexical
Implements: transformer / transformeur
Input languages: English / anglais
Programming language: Python
Design country: United States / États-Unis
Licence: MIT License / licence MIT
Based on: BERT / BERT
Repository: https://huggingface.co/microsoft/BiomedNLP-PubMedBERT-base-uncased-abstract-fulltext
Reference: Gu, Y., Tinn, R., Cheng, H., Lucas, M., Usuyama, N., Liu, X., Naumann, T., Gao, J., & Poon, H. (2020). Domain-specific language model pretraining for biomedical natural language processing. https://arxiv.org/abs/2007.15779v4
PubRunner / PubRunner
Definition: PubRunner is a framework for keeping biomedical text mining result up-to-date.
Définition : PubRunner est un environnement pour maintenir à jour les résultats de l'exploration de textes biomédicaux.
Broader concept: software application / application logicielle
Application field: biology§§medicine / biologie§§médecine
Tasks performed: support operation / opération support
Design country:  / États-Unis
Repository: https://github.com/jakelever/pubrunner
PubTator / PubTator
Definition: PubTator is a Web-based tool for accelerating manual literature curation.
Définition : PubTator est un outil basé sur le Web pour accélérer la curation manuelle de la littérature.
Broader concept: software application / application logicielle
Application field: biology§§medicine / biologie§§médecine
Tasks performed: named entity recognition§§word sense disambiguation / reconnaissance d'entités nommées§§désambiguïsation du sens des mots
Input languages: English / anglais
Interface: web user interface§§application programming interface / interface utilisateur web§§interface de programmation d’application
Design country: United States / États-Unis
Licence: free to use license / licence libre d'utilisation
Reference: Wei, C.-H., Kao, H.-Y., & Lu, Z. (2013). PubTator : A web-based text mining tool for assisting biocuration. Nucleic Acids Research, 41(Web Server issue), W518-522. https://doi.org/10.1093/nar/gkt441
Pulaar / pulaar
Broader concept: natural language / langage naturel
IETF language tag: fuc
ISO 639-3: fuc
Punjabi / pendjabi
Also known as: Panjabi / 
Broader concept: natural language / langage naturel
IETF language tag: pa
ISO 639-1: pa
ISO 639-2: pan
ISO 639-3: pan
PurePos / PurePos
Definition: "PurePos is an open source hybrid morphological tagger." (source: https://github.com/ppke-nlpg/purepos)
Définition : « PurePos est étiqueteur morphologique hybride en open source. » (source: https://github.com/ppke-nlpg/purepos)
Broader concept: Java library / librairie Java
Application field: generic / générique
Tasks performed: lemmatization§§PoS tagging / lemmatisation§§étiquetage morpho-syntaxique
Input languages: Hungarian / hongrois
Input data: .txt
Programming language: Java
Platforms: Linux§§Windows§§macOS
Interface: command-line interface / interface en ligne de commande
Design country: Hungary / Hongrie
Licence: GNU LGPL v3 / GNU LGPL v3
Reference: Orosz, G. & Novák, A.PurePos 2.0 (2013). A hybrid tool for morphological disambiguation. In Proceedings of the International Conference on Recent Advances in Natural Language Processing (RANLP 2013), page 539–545, Hissar, Bulgaria. INCOMA Ltd. Shoumen, BULGARIA.§§Orosz, G. &Novák, A. (2012). PurePos – an open source morphological disambiguator. . In Sharp, B.; and Zock, M. (Eds.), Proceedings of the 9th International Workshop on Natural Language Processing and Cognitive Science, page 53–63, Wroclaw, 2012.
PyCobalt / PyCobalt
Definition: A Python library for coreference resolution.
Définition : Librairie Python pour la résolution de coréférence.
Broader concept: Python library / librairie Python
Application field: generic / générique
Tasks performed: coreference resolution / résolution de coréférence
Input languages: English / anglais
Programming language: Python
Platforms: Linux§§Windows§§macOS
Interface: command-line interface / interface en ligne de commande
Design country: Germany / Allemagne
Repository: https://github.com/Lambda-3/PyCobalt
PyNLPI / PyNLPI
Definition: A Python library for natural language processing.
Définition : Librairie Python pour le traitement automatique du langage naturel.
Broader concept: Python library / librairie Python
Application field: generic / générique
Tasks performed: term alignment§§information retrieval§§PoS tagging§§term extraction§§tokenization / alignement terminologique§§recherche d'information§§étiquetage morpho-syntaxique§§extraction de termes§§tokenisation
Programming language: Python
Platforms: Linux§§Windows§§macOS
Interface: command-line interface§§application programming interface / interface en ligne de commande§§interface de programmation d’application
Design country: Netherlands / Pays-Bas
Licence: GNU GPL v3 / GNU GPL v3
Repository: https://github.com/proycon/pynlpl
PySS3 / PySS3
Definition: "A Python package implementing a new interpretable machine learning model for text classification (with visualization tools for Explainable AI)." (source: https://github.com/sergioburdisso/pyss3).
Définition : « Librairie Python implémentant un nouveau modèle d'apprentissage automatique interprétable pour la classification de textes (comprenant des outils de visualisation pour l'IA explicable). » (source : https://github.com/sergioburdisso/pyss3).
Broader concept: Python library / librairie Python
Application field: generic / générique
Tasks performed: text categorization§§visualization / catégorisation de textes§§visualisation
Programming language: Python
Platforms: Linux§§Windows§§macOS
Interface: command-line interface / interface en ligne de commande
Licence: MIT License / licence MIT
Repository: https://github.com/sergioburdisso/pyss3
Reference: Burdisso, S. G., Errecalde, M., & Montes-y-Gómez, M. (2019). A text classification framework for simple and effective early depression detection over social media streams. Expert Systems with Applications, 133, 182‑197. https://doi.org/10.1016/j.eswa.2019.05.023
Python library / librairie Python
Also known as: Python package / paquet Python
Broader concept: software library / bibliothèque logicielle
quadratic discriminant analysis / analyse discriminante quadratique
Also known as: QDA / ADQ
Definition: Quadratic discriminant analysis is closely related to linear discriminant analysis, where it is assumed that the measurements from each class are normally distributed. (Wikipedia,retrieved 2021/07/02).
Définition : L'analyse discriminante quadratique est étroitement liée à l'analyse discriminante linéaire, où il est supposé que les mesures de chaque classe sont normalement distribuées. (Wikipédia, récupéré le 02/07/2021).
Broader concept: classification algorithm / algorithme de classification
Implemented by: scikit-learn / scikit-learn
Reference: Tharwat, A. (2016). Linear vs. quadratic discriminant analysis classifier : A tutorial. International Journal of Applied Pattern Recognition, 3, 145. https://doi.org/10.1504/IJAPR.2016.079050
Quechuan / quechua
Also known as: Kechuan / kichwa§§quichua
Broader concept: natural language / langage naturel
ISO 639-1: qu
ISO 639-5: qwe
R / R
Definition: R is a free software environment for statistical computing and graphics.
Définition : R est un environnement logiciel libre pour le calcul statistique et la visualisation graphique de données.
Broader concept: software application / application logicielle
Application field: generic / générique
Tasks performed: visualization / visualisation
Platforms: Linux§§Windows§§macOS
Design country: Canada§§New Zealand / Canada§§Nouvelle-Zélande
Is software for: BTM§§KeyATM§§LDABiplots§§LDAShiny§§LDAvis§§Mallet R§§OpenNLP§§PsychWordVec§§Psyctm§§R.TeMIS§§RKEA§§RTextTools§§RWeka§§Rainette§§rollingLDA§§RSentiment§§slowraker§§SnowballC§§textcat§§TextTinyR§§Textrank R package§§Twitmo§§vader R package§§bibliometrix§§cld3§§corpustools§§crfsuite§§doc2vec R§§fastTextR§§franc§§golgotha§§jiebaR§§kgrams§§koRpus§§lda§§ldaPrototype§§ldatuning§§lsa package§§maptpx§§nametagger§§oolong§§qdap§§quanteda§§revtools§§rsyntax§§ruimtehol§§seededlda§§semgram§§sentencepiece§§SentimentAnalysis§§sentimentr§§sentometrics§§sentopics§§spacyr§§stm§§svs§§Syuzhet§§text2vec§§textfeatures§§textmineR§§textplot§§textrecipes§§textstem§§tidytext§§tm§§tokenizers§§tokenizers.bpe§§topicdoc§§topicmodels§§topicmodels.etm§§tosca§§udpipe§§word2vec R§§wordVectors§§x.ent§§zipfR / BTM§§KeyATM§§LDABiplots§§LDAShiny§§LDAvis§§Mallet R§§OpenNLP§§PsychWordVec§§Psyctm§§R.TeMIS§§RKEA§§RTextTools§§RWeka§§Rainette§§rollingLDA§§RSentiment§§slowraker§§SnowballC§§textcat§§TextTinyR§§paquet R Textrank§§Twitmo§§paquet R vader§§bibliometrix§§cld3§§corpustools§§crfsuite§§doc2vec R§§fastTextR§§franc§§golgotha§§jiebaR§§kgrams§§koRpus§§lda§§ldaPrototype§§ldatuning§§Paquet lsa§§maptpx§§nametagger§§oolong§§qdap§§quanteda§§revtools§§rsyntax§§ruimtehol§§seededlda§§semgram§§sentencepiece§§SentimentAnalysis§§sentimentr§§sentometrics§§sentopics§§spacyr§§stm§§svs§§Syuzhet§§text2vec§§textfeatures§§textmineR§§textplot§§textrecipes§§textstem§§tidytext§§tm§§tokenizers§§tokenizers.bpe§§topicdoc§§topicmodels§§topicmodels.etm§§tosca§§udpipe§§paquet R word2vec§§wordVectors§§x.ent§§zipfR
R.TeMIS / R.TeMIS
Definition: R.Temis is a graphical work environment under R allowing to create, manipulate and analyze text corpora.
Définition : R.Temis est un environnement graphique de travail sous R permettant de créer, manipuler et analyser des corpus de textes.
Broader concept: R package / paquet R
Application field: generic / générique
Tasks performed: co-occurrence analysis§§chunking§§stemming§§text categorization§§topic detection§§visualization / analyse des cooccurrences§§chunking§§racinisation§§catégorisation de textes§§identification de topics§§visualisation
Implements: correspondence analysis§§hierarchical clustering / analyse factorielle des correspondances§§partitionnement hiérarchique
Input languages: Danish§§Dutch§§English§§Finnish§§French§§German§§Hungarian§§Italian§§Norwegian§§Portuguese§§Romanian§§Russian§§Spanish§§Swedish§§Turkish / danois§§néerlandais§§anglais§§finnois§§français§§allemand§§hongrois§§italien§§norvégien§§portugais§§roumain§§russe§§espagnol§§suédois§§turc
Platforms: Linux§§Windows§§macOS
Interface: command-line interface / interface en ligne de commande
Design country: France / France
Uses software: R / R
Repository: https://cran.microsoft.com/snapshot/2022-09-14/web/packages/R.temis/index.html§§https://github.com/nalimilan/R.TeMiS
RAKE / RAKE
Definition: A Python implementation of the Rapid Automatic Keyword Extraction (RAKE) algorithm.
Définition : Implémentation en Python de l'algorithme RAKE (Rapid Automatic Keyword Extraction).
Broader concept: Python library / librairie Python
Application field: generic / générique
Tasks performed: keyword extraction / extraction de mots-clés
Input languages: English / anglais
Programming language: Python
Platforms: Linux§§Windows§§macOS
Interface: command-line interface / interface en ligne de commande
Licence: MIT License / licence MIT
Repository: https://github.com/aneesha/RAKE
RBERT / RBERT
Definition: Implementation of BERT in R.
Définition : Implémentation de BERT sous R.
Broader concept: R package / paquet R
Application field: generic / générique
Tasks performed: word embedding / plongement lexical
Implements: transformer / transformeur
Input languages: English / anglais
Programming language: R language
Platforms: Linux§§Windows§§macOS
Interface: command-line interface / interface en ligne de commande
Design country: United States / États-Unis
Licence: Apache License Version 2.0 / Apache License Version 2.0
Based on: BERT / BERT
Repository: https://github.com/jonathanbratt/RBERT
RDF Triple API / RDF Triple API
Definition: "RDF Triple API that returns the RDF triple of any sentence" (source: https://github.com/tdpetrou/RDF-Triple-API/).
Définition : « RDF Triple API renvoie le triplet RDF d'une phrase » (source : https://github.com/tdpetrou/RDF-Triple-API/).
Broader concept: Python library / librairie Python
Application field: generic / générique
Tasks performed: relation extraction / extraction de relations
Input languages: English / anglais
Programming language: Python
Platforms: Linux§§Windows§§macOS
Interface: application programming interface / interface de programmation d’application
Design country: United States / États-Unis
Licence: MIT License / licence MIT
Repository: https://github.com/tdpetrou/RDF-Triple-API/
RIS format / format RIS
Broader concept: data format specification / specification du format de données
Is specified data input of: Gargantext / Gargantext
RKEA / RKEA
Definition: RKEA (for R Keyphrase Extraction Algorithm) is an R interface which allows extracting keyphrases from text documents. It can be either used for free indexing or for indexing with a controlled vocabulary.
Définition : RKEA (pour R Keyphrase Extraction Algorithm) est une interface R qui permet d'extraire des phrases-clés de documents textuels. Peut être utilisé soit pour une indexation libre, soit pour une indexation avec un vocabulaire contrôlé.
Broader concept: R package / paquet R
Application field: generic / générique
Tasks performed: keyword extraction / extraction de mots-clés
Implements: naive Bayes classifier / classifieur bayésien naïf
Programming language: Java§§R language
Platforms: Linux§§Windows§§macOS
Interface: command-line interface / interface en ligne de commande
Licence: GNU GPL v2 / GNU GPL v2
Uses software: R / R
Repository: https://cran.r-project.org/web/packages/RKEA/index.html
RNNTagger / RNNTagger
Definition: The RNNTagger is a tool for annotating text with part-of-speech and lemma information. It comes with pretrained parameter files for many languages. RNNTagger was implemented in Python using the Deep Learning library PyTorch.
Définition : Le RNNTagger est un outil permettant d'annoter des textes avec des informations sur les parties du discours et les lemmes. Il est livré avec des fichiers de paramètres pré-entraînés pour de nombreuses langues. RNNTagger a été implémenté en Python en utilisant la bibliothèque de Deep Learning PyTorch.
Broader concept: Python library / librairie Python
Application field: generic / générique
Tasks performed: lemmatization§§PoS tagging / lemmatisation§§étiquetage morpho-syntaxique
Implements: recurrent neural network / réseau de neurones récurrents
Input languages: Bulgarian§§Catalan§§Czech§§Danish§§Dutch§§English§§Estonian§§Finnish§§French§§Galician§§German§§Greek§§Hindi§§Hungarian§§Icelandic§§Italian§§Korean§§Latin§§Norwegian§§Polish§§Portuguese§§Romanian§§Russian§§Slovak§§Slovenian§§Spanish§§Swahili / bulgare§§catalan§§tchèque§§danois§§néerlandais§§anglais§§estonien§§finnois§§français§§galicien§§allemand§§grec§§hindi§§hongrois§§islandais§§italien§§coréen§§latin§§norvégien§§polonais§§portugais§§roumain§§russe§§slovaque§§slovène§§espagnol§§swahili
Input data: .txt
Programming language: Python
Platforms: Linux
Interface: command-line interface / interface en ligne de commande
Design country: Germany / Allemagne
Licence: proprietary commercial software license§§free to use license / licence de logiciel commercial propriétaire§§licence libre d'utilisation
Reference: Schmid, H. (2019). Deep learning-based morphological taggers and lemmatizers for annotating historical texts. Proceedings of the 3rd International Conference on Digital Access to Textual Cultural Heritage - DATeCH2019, 133‑137. https://doi.org/10.1145/3322905.3322915
R package / paquet R
Also known as: R library / librairie R
Broader concept: software library / bibliothèque logicielle
RTextTools / RTextTools
Definition: Automatic Text classification via supervised learning.
Définition : Classification automatique de textes par apprentissage supervisé.
Broader concept: R package / paquet R
Application field: generic / générique
Tasks performed: stemming§§text categorization / racinisation§§catégorisation de textes
Implements: bagging§§decision tree§§maximum entropy§§random forest§§supervised latent Dirichlet allocation§§support vector machine§§Neural networks models / bagging§§arbre de décision§§entropie maximale§§forêt aléatoire§§allocation de Dirichlet latente supervisée§§machine à vecteurs de support§§modèles de réseaux de neurones
Input languages: English / anglais
Programming language: C§§R language
Platforms: Linux§§Windows§§macOS
Uses software: R / R
Repository: https://cran.r-project.org/web/packages/RTextTools/index.html§§https://github.com/cran/RTextTools
Reference: Jurka, T., P., Collingwood, L., Boydstun, A., E., Grossman, E., & Atteveldt, W., van. (2013). RTextTools: A supervised learning package for text classification. The R Journal, 5(1), 6. https://doi.org/10.32614/RJ-2013-001
RWeka / RWeka
Definition: An R interface for Weka.
Définition : Interface R pour Weka.
Broader concept: R package / paquet R
Application field: generic / générique
Tasks performed: text clustering§§stemming§§text categorization§§tokenization§§visualization / partitionnement de textes§§racinisation§§catégorisation de textes§§tokenisation§§visualisation
Implements: Adaboost§§bagging§§cost sensitive classifier§§DBScan§§decision tree§§lazy bayesian rules classifier§§linear regression§§logistic regression§§LogitBoost§§MultiBoostAB§§naive Bayes classifier§§rule learning algorithm§§sequential minimal optimization§§stacking§§support vector machine§§X-Means§§Cobweb§§farthest first clustering algorithm§§k-means§§k-nearest neighbor classification / Adaboost§§bagging§§classifieur sensible au coût§§DBScan§§arbre de décision§§classifieur de règles bayésien paresseux§§régression linéaire§§régression logistique§§LogitBoost§§MultiBoostAB§§classifieur bayésien naïf§§algorithme d'apprentissage de règles§§optimisation minimale séquentielle§§stacking§§machine à vecteurs de support§§X-moyennes§§Cobweb§§algorithme farthest first§§k-moyennes§§méthode des k plus proches voisins
Programming language: Java§§R language
Platforms: Linux§§Windows§§macOS
Interface: command-line interface / interface en ligne de commande
Design country: Austria / Autriche
Licence: GNU GPL v2 / GNU GPL v2
Uses software: R / R
Repository: https://cran.r-project.org/web/packages/RWeka/index.html
Reference: Hornik, K., Buchta, C., & Zeileis, A. (2009). Open-source machine learning: R meets Weka. Computational Statistics, 24(2), 225–232. https://doi.org/10.1007/s00180-008-0119-7
RadBERT / RadBERT
Definition: A language model for radiology.
Définition : Modèle de langage pour le domaine de la radiologie.
Broader concept: large language model / grand modèle de langue
Application field: medicine / médecine
Tasks performed: word embedding / plongement lexical
Implements: transformer / transformeur
Input languages: English / anglais
Programming language: Python
Design country: United States / États-Unis
Licence: GNU GPL v3 / GNU GPL v3
Based on: BERT / BERT
Repository: https://github.com/rAIdiance/bert-for-radiology
Reference: Yan, A., McAuley, J., Lu, X., Du, J., Chang, E. Y., Gentili, A., & Hsu, C.-N. (2022). RadBERT adapting transformer-based language models to radiology. Radiology: Artificial Intelligence, 4(4), e210258. https://doi.org/10.1148/ryai.210258
Rainette / Rainette
Definition: An R package for textual data clustering based on the Reinert method.
Définition : Paquet R pour le partitionnement de données textuelles basé sur la méthode de Reinet.
Broader concept: R package / paquet R
Application field: generic / générique
Tasks performed: text clustering / partitionnement de textes
Implements: Reinert clustering / partitionnement de Reinert
Input languages: desktop graphical user interface / interface utilisateur graphique desktop
Programming language: R language
Platforms: Linux§§Windows§§macOS
Interface: command-line interface / interface en ligne de commande
Design country: France / France
Licence: GNU GPL v3 / GNU GPL v3
Uses software: R / R
Repository: https://cran.r-project.org/web/packages/rainette/index.html§§https://github.com/juba/rainette
Rajasthani / rajasthani
Broader concept: natural language / langage naturel
IETF language tag: raj
ISO 639-2: raj
ISO 639-3: raj