dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
Ils donnent aux tricoteuses la possibilité de s'approvisionner aussi bien en matériaux qu'en modèles, d'accéder à de multiples informations et techniques, d'échanger sur leur pratique et de nouer des relations avec d'autres pratiquantes. Nous nommons infrastructure informationnelle(Bowker et al. , 2010)l'ensemble que composent ces espaces reliés par un ensemble de conventions techniques et sociales, et dédiés à l'échange d'informations et de biens autour d'une pratique. Ravelry se distingue comme élément central de cette infrastructure en se présentant comme une plateforme complexe qui couvre presque l'ensemble des ressources et constitue un point de passage quasi obligatoire pour l'accès à celles-ci. Puisque le site offre une interface de recherche dans une vaste base de données quasi exhaustive, et évolutive, de modèles de tricot gratuits et payants, d'utilisatrices et de projets, de fils, de boutiques et de créatrices, presque tous les espaces dédiés en ligne tendent à renvoyer vers lui.
Ainsi des techniques du jacquard (ou fair isle) et du steek 7 , découvertes via les espaces en ligne, peuvent faire l'objet d'apprentissages « par challenge, parce que ça faisait partie de la technique suivante, dans la liste des difficultés » (Emma, 29 ans, teinturière indépendante). Ceci contribue à ajouter ces nouvelles techniques maîtrisées à un tableau de chasse qui vient conférer à la pratique une valeur distinctive dès lors qu'elle s'inscrit dans le souci d'une réalisation personnelle. La possibilité de publier et de rendre visible pour les autres, mais aussi pour soi sur le long terme ce tableau de chasse n'est bien entendu pas un élément négligeable du plaisir pris à l'apprentissage. Si Ravelry se prête plus qu'Instagram a des recherches précises dans sa base de données, les deux sites permettent à leurs utilisatrices des formes d'exploration curieuse de la profusion de ressources qui leur y sont accessibles(Auray, 2016).
D'importantes ressources sont aussi disponibles sur les plateformes des réseaux socionumériques plus généraux, et en particulier Instagram et YouTube. Une autre singularité de Ravelry, et peut-être la plus importante, est de donner la possibilité de créer et de diffuser des documents (publications, pages projets) qui participent à alimenter la base de données. Il s'agit là bien sûr d'un autre niveau d'engagement, qui concerne la majorité des femmes qui ont répondu à notre enquête mais probablement une proportion réduite des utilisatrices. Produire des publications sur leurs réalisations fait partie intégrante des processus de leur activité, et les partager est explicitement une forme de restitution au regard de ce qu'elles considèrent avoir reçu. Ces productions sont cruciales pour le dispositif d'apprentissage que constitue Ravelry : pour les utilisatrices qui les produisent, elles inscrivent et archivent matériellement et durablement leur compétence singulière.
Distribution électronique Cairn. info pour La Pensée sauvage. Distribution électronique Cairn. info pour La Pensée sauvage. La reproduction ou représentation de cet article, notamment par photocopie, n'est autorisée que dans les limites des conditions générales d'utilisation du site ou, le cas échéant, des conditions générales de la licence souscrite par votre établissement. Toute autre reproduction ou représentation, en tout ou partie, sous quelque forme et de quelque manière que ce soit, est interdite sauf accord préalable et écrit de l'éditeur, en dehors des cas prévus par la législation en vigueur en France. Il est précisé que son stockage dans une base de données est également interdit. Article disponible en ligne à l'adresse Article disponible en ligne à l'adresse https://www. cairn.
L'utilisation conjointe de plusieurs bases de données n'est pas une technique anodine, d'autant plus quand les caractéristiques de la collecte et de l'échantillonnage sont différentes. Cependant, il est possible d'anticiper les effets induits par chacune des collectes sur les populations interrogées. Des travaux ont montré les conséquences des caractéristiques d'échantillonnage sur l'analyse des violences conjugales  (Johnson, 1995 (Johnson, , 2006 ; ; Myhill, 2015). D'une part, les échantillons de convenance dans les hôpitaux, refuges pour femmes et tribunaux, saisissent majoritairement les actes les plus graves. D'autre part, les échantillons représentatifs sous-estiment ces faits, les victimes les plus sévères présentant un taux de refus plus important et ayant une probabilité plus faible d'être atteintes par les techniques classiques d'échantillonnage.
Concernant les minorités sexuelles, les deux stratégies de collecte du dispositif Virage amènent à enquêter des populations homosexuelles et bisexuelles qui présentent des caractéristiques différentes. S'appuyant sur des partenariats avec des actrices et acteurs du milieu LGBT, il est probable que les femmes des minorités sexuelles de l'échantillon de convenance accordent une place plus importante à leur sexualité que celles de l'échantillon en population générale, et qu'elles présentent des parcours conjugaux différents  (Meyer et Wilson, 2009 ; Kuyper et al. , 2016). L'absence de base de sondage sur les minorités sexuelles empêche de savoir dans quelles mesures les échantillons de convenance ou en population générale cernent plus ou moins bien ces populations minoritaires. Mais outre l'anticipation des effets induits par les collectes, il est possible d'encadrer statistiquement l'utilisation conjointe de ces deux bases de données.
La fusion des bases de données Virage La fusion de base de données (data pooling), est une technique statistique qui consiste en l'utilisation conjointe d'échantillons collectés séparément  (Blettner et al. , 1999 ; Ellsberg et al. , 2001 ; Newell et al. , 2004 ; Lankoande et Sié, 2017 ; Gandhi et al. , 2018). Elle permet surtout de résoudre les problèmes associés aux bases de taille insuffisante ou aux évènements de faible occurrence. Différentes techniques peuvent être utilisées pour étudier des données fusionnées, l'objectif étant de contrôler une potentielle hétérogénéité entre les bases, souvent dans le but de calculer des prévalences, c'est-à-dire des chiffres indiquant que dans une population donnée tant de personnes ont subi l'évènement considéré. L'impossibilité de vérifier la représentativité des données de l'enquête Virage sur les minorités sexuelles ne permet pas de produire des prévalences.
Si elles offrent des informations importantes, elles restent insuffisantes pour saisir et analyser les mécanismes entourant les violences conjugales subies par les femmes homosexuelles, bisexuelles et hétérosexuelles. Une solution est de s'intéresser à la multiplicité des parcours sexuels et conjugaux des femmes victimes de violences conjugales. Les données des enquêtes Virage PG et Virage LGBT ont l'avantage d'avoir été collectées à la même période et d'interroger les violences de la même façon. Ces critères ne sont pas un prérequis à la fusion de bases de données, mais ils sont importants lorsque l'étude porte sur un sujet comme les violences dont les contours flous rendent leur qualification changeante dans le temps et entre individus  (Cavalin, 2016). Une méthode simple est utilisée pour encadrer la fusion des bases de données : tronquer la base Virage LGBT pour éliminer les répondant•es dont les caractéristiques d'âge et d'identification de genre sont différentes de celles en population générale (5).
MATÉRIEL ET MÉTHODES Le présent travail est basé sur des récoltes sur le terrain, les collections physiques des herbiers de K, MA, P et RB ainsi que sur les données et les images disponibles dans les herbiers virtuels et les bases de données en ligne  (CRIA 2022 ; JBRJ 2022 ; Reflora 2022 et RECOLNAT 2022). Les acronymes des herbiers suivent Thiers (2022), le vocabulaire morphologique,  Harris & Harris (2001) , sauf la terminologie des trichomes qui utilise  Payne (1978) , et la terminologie spécifique des Monimiaceae qui suit  Perkins (1898 Perkins ( , 1900)) , laquelle a été suivie par les différents auteurs traitant de la famille (e. g. ,  Lundell 1974 ; Peixoto 1985 ; Lorence 1999 ; Aymard 2001 ; Lírio et al. 2021 ; Molz & Silveira 2021). La morphométrie a été réalisée à partir des spécimens d'herbier, ainsi que de leurs photos avec l'outil Annotate-on version 1.
9. 56 (RECOLNAT, ANR-11-INBS-0004), dans ce cas, le résultat des mesures (au nombre de 400 environ), est présenté de la façon suivante : (valeur minimale-) 1 er quartile-3 ème quartile (-valeur maximale). Pour l'évaluation du risque d'extinction, nous avons suivi les critères de l'UICN  (IUCN 2012 (IUCN , 2022) )     (2,7-)3,7-4,8(-5,8) mm de largeur et (2,4-)3,1-3,7(-5,7) mm de hauteur, organisées en thyrses courtes comportant jusqu'à cinq cymes (3-flores), axillaires ou terminales, blanches-tomenteuses, trichomes de deux types, granuleux et érigés, rachis (5,7-)7-9(-12) × (0,5-) 0,6-0,9 (-1) mm, pédoncule 3-3,4 × 1 cm, pédicelle (4,8-)5,8-7,6(-9,6) × (0,6-)0,8-1(-    La nouvelle espèce présente également des affinités avec deux autres espèces, Mollinedia triflora (Spreng. ) Tul. et Mollinedia uleana Perkins en raison de la pilosité de ses feuilles sur la face abaxiale et de la forme du réceptacle des fleurs staminées, mais elle en diffère par les deux types de trichomes sur les fleurs staminées.
Les auteurs remercient les conservateurs des herbiers visités. Ils souhaitent aussi remercier le Dr Bruno Wallnoefer (herbier W), pour les échanges scientifiques concernant le matériel du Dr Wilfried Morawetz, le Dr Jacques Florence pour la correction de la diagnose latine, le Dr Joelcio Freitas pour l'illustration scientifique , les deux relecteurs anonymes et Thierry pour leurs suggestions à ce manuscrit et Chiara Gentile pour l'aide aux récoltes sur le terrain. Le MNHN est membre du réseau national des collections naturalistes, RECOLNAT (ANR-11-INBS-0004). EJL remercie le Conseil National de Développement Scientifique et Technologique (Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Universal #437106/2018-7) et la Coordination de l'amélioration du personnel de l'enseignement supérieur (Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior #88887.
LncRNAs transcribed from the promoter of a gene may constitute a promoter-lncRNA and the intergenic lncRNAs (lincRNAs) are lncRNAs transcriptional units localized in-between two genes (including their promoter region (e. g. 1 kb before the TSS) although this is not an absolute definition  [1]. The number of discovered lncRNAs increased together with the development of sequencing and bioinformatic prediction tools. For example, in 2017 the FANTOM5 project identified around 27,919 lncRNAs in humans, whereas in 2018 it has been estimated that the human genome contains around 270,044 lncRNAs (https://fantom. gsc. riken. jp/5/). Similarly in plants, the number of annotated lncRNAs significantly increased over time. For example, the study of Ben Amor (2009) identified only 76 lncRNAs in Arabidopsis from detailed expertise of full length cDNA databases  [26] , whereas RNAseq identified 6510 lncRNAs, among which 4050 NAT-lncRNAs and 2460 lincRNAs  [27].
Now, thousands of lncRNAs have been identified within more than 40 plant species. For example the Green Non-Coding Database (GreeNC) annotated more than 120,000 lncRNAs within 37 plant species and six algae  [28]. There is an increasing number of pipelines able to decipher if a transcript is coding or non-coding based on multiple parameters including, the transcript sequence, secondary structure and RNA conservation that allowed to significantly improve genomic annotations. For example, the CPC program uses both sequence alignment and Open Reading Frame (ORF) length and coverage whereas the phy-loCSF uses known protein databases together with sequence alignment to classify a transcript as coding or non-coding  [29]. CNCI and PLEK use nucleotide composition such as GC content and k-mer occurrence  [30, 31] , whereas COME uses structural features of the transcript and epigenetic information to decipher its coding ability  [32].
These tools are based on a machine learning approach, where the software is trained on a set of known non-coding and coding transcripts. More recently, newly developed tools use a whole set of alignment and non-alignment methods to analyze multiple transcripts features, such as the ORF, RNA secondary structure, encoded peptides isoelectric point and Ficket score. Among these tools, CPC2, emerged as a widely used coding prediction tool for a large range of species  [33]. Even though lncRNAs share common features with coding RNAs (polyA, spliced transcripts) they also have distinct characteristics such as generally be shorter in length, contain less exons and produce a lower number of isoforms as compared to coding RNAs  [34, 35]. Moreover, they are often less abundant than coding RNAs and frequently retained in the nucleus whereas the coding RNAs are rapidly translocated to the cytoplasm to be translated.
[26]  using a genome-wide bioinformatics analysis of Arabidopsis full-length cDNA databases, ASCO is encoded within an intergenic region of chromosome 1 (AT1G67105). It has a size of 786 nt and no obvious protein-coding capacity and accumulates in the nucleus. Consistently, ASCO was not found to be associated with ribosomes  [44]. A ClustalW and MUS-CLE alignment identified at least 4 ASCO paralogs in A. thaliana, and suggested a wide conservation of ASCO and its paralogs in Arabidopsis ecotypes and even between different Brassicaceae species. Interestingly, detailed analysis of AS in the nsra/b double mutant uncovered an important number of AS events, notably in response to auxin  [100]  that were similarly observed in the ASCO overexpressing lines. Moreover, RNA immunoprecipitation assays using NSR-GFP lines established that NSRs bind in vivo not only to their alternatively spliced mRNA targets, but also to the ASCO lncRNA and many other lncRNAs  [101].
Coder ou ne pas coder : telle est la question. Peptides ou ARN ? La sensibilité accrue des méthodes de séquençage de nouvelle génération a permis de détecter de grandes quantités de longs ARN non codants chez les eucaryotes  [14]. [26] , alors qu'une étude plus récente utilisant RNAseq a identifié 6510 lncRNAs, dont 4050 NAT-lncRNAs et 2460 lincRNAs  [27]. Aujourd'hui, plus de milliers de lncRNA ont été identifiés dans plus de 40 espèces végétales. Par exemple, la Green Non-Coding Database (GreeNC) a annoté plus de 120 000 lncRNA dans 37 espèces végétales et six algues  [28]. Il existe un nombre croissant de pipelines capables de déchiffrer si un transcrit est codant ou non codant sur la base de multiples paramètres, notamment la séquence du transcrit, la structure secondaire et la conservation de l'ARN, qui ont permis d'améliorer considérablement les annotations génomiques.
Par exemple, le programme CPC utilise à la fois l'alignement des séquences et la longueur et la couverture des cadres de lecture ouverts (ORF), tandis que le programme phyloCSF utilise des bases de données de protéines connues ainsi que l'alignement des séquences pour classer un transcrit comme codant ou non codant  [29]. CNCI et PLEK utilisent la composition nucléotidique telle que la teneur en GC et l'occurrence des k-mer  [30, 31] , tandis que COME utilise les caractéristiques structurelles du transcrit et les informations épigénétiques pour déchiffrer sa capacité de codage  [32]. Ces outils sont basés sur une approche d'apprentissage automatique, où le logiciel est entraîné sur un ensemble de transcriptions codantes et non codantes connues. Plus récemment, des outils récemment développés utilisent un ensemble de méthodes d'alignement et de non-alignement pour analyser les caractéristiques de plusieurs transcrits, comme l'ORF, la structure secondaire de l'ARN, le point isoélectrique des peptides codés et le score de Ficket.
MtRBP1 est un homologue proche des facteurs d'épissage AtNSRs ; il est connu pour réguler la SA et il a été démontré que des changements majeurs dans la SA pendant la différenciation des nodules sont concomitants à l'expression de ENOD40  [99]. Bien qu'un effet direct d'ENOD40 sur les SA n'ait pas encore été démontré chez Medicago truncatula, la relocalisation d'un FS dans le cytoplasme peut affecter les modèles de SA. Comme mentionné précédemment, il a été démontré que la surexpression du lncRNA nommé ASCO modulait l'AS des cibles de l'ARNm NSR pendant le développement des racines latérales chez A. thaliana  [86]. Identifié pour la première fois par Ben Amor et al. [26]  en utilisant une analyse bioinformatique à l'échelle du génome des bases de données d'ADNc complets d'Arabidopsis, ASCO est codé dans une région intergénique du chromosome 1 (AT1G67105).
Acknowledgements I would like to thank  Michel Caboche  for interesting discussion about non-coding RNA (which were cautiously perceived by geneticists) and his support of non-coding RNA research in Genoplante programs. I also thanks  Adam Kondorosi  for his encouragement and mentoring to follow on non-coding RNA biology when this was just emerging. I would also like to deeply thank people of my group and all PhD students along these years for their enthusiasm and passion on this quest for understanding non-coding RNAs, notably  Federico Ariel  who was for many years a close collaborator. I would also like to thank  Hervé Vaucheret  for fruitful and inspiring discussions about "strange" cellular RNAs as well as for long-term collaborations with his team.
Remerciements Je tiens à remercier  Michel Caboche  pour nos discussions intéressantes sur les ARN non codants (qui étaient alors perçus avec prudence par les généticiens) et son soutien à la recherche sur les ARN non codants  dans les programmes de Génoplante. Je remercie également  Adam Kondorosi  pour ses encouragements et son mentorat dans le domaine de la biologie des ARN non codants à l'époque de son émergence. Je tiens également à remercier profondément les membres de mon groupe de recherche et tous mes doctorants au cours de ces années pour leur enthousiasme et leur passion dans cette quête de compréhension des ARN non codants, notamment  Federico Ariel  qui a été pendant de nombreuses années un proche collaborateur. Je voudrais également remercier  Hervé Vaucheret  pour nos discussions fructueuses et inspirantes sur les ARN cellulaires « étranges », ainsi que pour les collaborations à long terme avec son équipe.
The data here show that the mysterious spectral feature in the Soret region does not seem to contain a contribution from a PheD1 bandshift. However, it is not certain that a change in the Qx band of the absorption spectrum of PheD1 would also be accompanied by a change in the Soret region  (Sugiura et al. 2014). Probing the modifications on the D2 side is more difficult. By comparing the Figure  6 : spectra recorded 20 ns after a laser flash illumination in Mn-depleted PsbA3/E130Q PSII, which was dark adapted for 3-4 h at pH 8. 6. The black full circles were recorded after the 1 st flash and the red full circles are the average the measurements done from the 5 th to the 10 th flash. The blue spectrum is the red spectrum minus the black spectrum. The Chl concentration was 25 µg/ml and 100 µM PPBQ was added before the measurements.
Acknowledgements This work has been in part supported by (i) the  French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)   ANR-10-INBS-05 , (ii) the  Labex Dynamo  ( ANR-11-LABX-0011-01 ), (iii) the  JSPS-KAKENHI Grant in Scientific Research on Innovative Areas   JP17H064351  and a  JSPS-KAKENHI Grant   21H02447  and (iv) the  BBSRC  grants  BB/R001383/1 ,  BB/V002015/1  and  BB/R00921X.
Le statut scintigraphique (MIBG) ou TEP Ga-DOTATOC, le statut génétique (SDH) et de méthylation du promoteur de la O6-methylguanine-DNA methyltransferase (MGMT) permettent également de personnaliser la décision. À chaque fois, les décisions de réunion de concertation pluridisciplinaire favoriseront les protocoles d'essais cliniques (si disponibles) puis les demandes d'ATU ou compassionnelles. Le tableau VI résume les données actuelles sur les traitements généraux des phéochromocytomes/paragangliomes métastatiques. Le tableau VII résume les essais en cours dans les phéochromocytomes/paragangliomes métastatiques (https://clinicaltrials. gov).
Ce traitement peut donc être considéré comme une alternative aux polychimiothérapies du fait de sa bonne tolérance. Les patients porteurs de mutations SDHB sont particulièrement sensibles aux chimiothérapies par alkylants (dacarbazine-temozolomide) en raison de l'hyperméthylation du promoteur de l'O6-méthylguanine-ADN méthyltransférase (MGMT) induite par la mutation SDHB. En outre, le temozolomide métronomique (à faibles doses : 75 mg/ m 2 /j sur 21 jours tous les 28 jours) pourrait également être efficace en tant que traitement de deuxième ligne [52]. Basés sur des hypothèses biologiques (augmentation de la toxicité cellulaire par l'inhibition de la PARP, protéine nucléaire impliquée dans la détection et la réparation des cassures d'ADN induites par des rayonnements ionisants ou des agents alkylants) et quelques données dans les glioblastomes ou les cancers bronchiques non à petites cellules, l'association temozolomide + olaparib est actuellement évaluée dans les phéochromocytomes/paragangliomes métastatiques (NCT04394858).
d'immunothérapie. L'interféron avait déjà montré dans une étude rétrospective de quatorze phéochromocytomes et paragangliomes métastatiques lentement évolutifs, une PFS médiane intéressante de dix-sept mois [63]. Plus récemment, un essai clinique de phase II a évalué le pembrolizumab chez des patients atteints de tumeurs rares (NCT02721732) [64, 65]. Tous les patients recevaient 200 mg de pembrolizumab (anti-PD-1) par voie intraveineuse toutes les trois semaines. Le critère principal était le taux de non-progression (TNP) à 27 semaines évalué par les critères irRECIST. Onze patients avec phéochromocytome et paragangliomes métastatiques progressifs ont été inclus dans cet essai, dont quatre (36%) avec des mutations germinales (SDHB (n = 2), SDHD (n = 1), PMS2 (n = 1) et sept (64 %) avec des tumeurs sécrétantes.
Par ailleurs, plusieurs essais cliniques sont en cours dontl'étude de phase Ib/II SPENCER, combinant un vaccin peptidique (EO2401) AE associé au nivolumab (anti-PD-1) ouverte en France (NCT04187404). Les premiers résultats présentés en 2022 sur treize patients rapportent un taux de réponse de 9 % et une médiane de PFS de 5,2 mois [74]. Une cohorte phéochromocytomes/paragangliomes métastatiques d'un essai évaluant la combinaison anti-PD-1 + anti-CTLA4 (ipilimumab/nivolumab) dans des tumeurs rares a été fermée au recrutement (NCT02834013).
3,6 mois (95 % CI, 3,1-6,1) sous placebo à 9,8 mois (95 % CI, 5,5-12,7) sous sunitinib et une augmentation du taux de réponse de 8 à 31 %. Les réponses partielles étaient plus fréquentes mais pas limitées aux patients présentant une mutation SDHB. Le sunitinib était associé à des effets indésirables de grade d'au moins 3 dans 72 % des cas (asthénie et hypertension artérielle principalement) vs. 51 % dans le bras placebo. Trois décès sont survenus dans le bras sunitinib dont un seulement a été relié au médicament (hémorragie rectale). Un décès est survenu dans le bras placebo (ischémie cérébrovasculaire). Cette étude valide, avec le meilleur niveau de preuve disponible à ce jour, l'utilisation du sunitinib dans la situation des phéochromocytomes et paragangliomes métastatiques progressifs. Une étude analysant le rôle des inhibiteurs de HIF2a (belzutifan/MK-6482) est en cours dans cette indication (NCT04924075) ; des anomalies des voies de signalisation PI3K/AKT/mTOR et MAPK/ERK, ont été retrouvées dans les phéochromocytomes et paragangliomes métastatiques sous-tendant quelques études cliniques évaluant notamment l'everolimus, un inhibiteur de mTOR chez des patients atteints de phéochromocytome et paragangliomes métastatiques [73].