dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
WordNet We include binary features indicating whether WordNet classifies p1 and p2 according to any of the following relations: synonym, hypernym, hyponym, antonym, holonym, meronym, cause, entailment, derivationally-related, similar-to, also-see, or attribute. The SICK data has a relatively small vocabulary, with 86% of words types and <1% of the phrase types covered by WordNet. Still, over half of the words in SICK which are covered by PPDB do not appear in WordNet. In general, PPDB covers a much larger vocabulary (1. 6MM words) than does WordNet (155K words), and we expect the potential benefit of using PPDB in addition to or in place of WordNet to be larger on datasets with richer vocabularies.
Data Release Upon publication, we are releasing a new PPDB fully annotated with semantic relations. We are also releasing the set of 14K manually labeled phrase pairs occurring in RTE data, and our software for extracting features and running the classifier, so that researchers can apply our model to their own paraphrase collections. This will constitute the largest lexical entailment resources available, while also offering new fine-grained annotation necessary for challenging NLU tasks. An evaluation of the predicted relations appearing in the entire Paraphrase Database (not just those occurring in RTE data) is given in the supplementary material.
OsMADS26 Is Preferentially Expressed in Peripheral Tissues and Regulated by Biotic and Abiotic Stresses Accumulation of OsMADS26 transcripts in roots, leaves, and panicles has been previously reported  (Shinozuka et al. , 1999; Pelucchi et al. , 2002; Arora et al. , 2007)  and was found to increase with organ aging  (Lee et al. , 2008b). To further precisely study the expression pattern of OsMADS26, we carried out quantitative reverse transcription (qRT)-PCR and in situ hybridization assays in the organs of 7-d-old rice seedlings. OsMADS26 was found to be expressed in all of the investigated organs (i. e. leaf blade, stem bases, and seminal and crown roots; Fig. 1A ) in a consistent manner with regards to the available expression data (www. genevestigator. com with Os. 4174. 1. S1_at). In seminal roots, the expression of OsMADS26 in the 0.
Mannitol treatment induced the expression level of OsMADS26 in both shoot and root tissues (Fig. 1, B  and C ). Because available microarray data indicate that OsMADS26 is slightly down-regulated late after infection (48 h postinoculation [hpi]) by the FR13 virulent isolate of the blast fungus M. oryzae  (Ribot et al. , 2008;  Gene Expression Omnibus accession no. GSE7256), we further investigated its expression time course after inoculation with virulent and avirulent isolates  (FR13 and CL3. 6. 7, respectively; Delteil et al. , 2012)  of M. oryzae (Fig. 3 ). We confirmed that OsMADS26 transcription is slightly repressed late after inoculation (72 hpi) with the virulent isolate FR13 but not the avirulent isolate CL3. 6. 7. More strikingly, OsMADS26 was strongly repressed in an early phase of infection by both isolates (4 and 8 hpi) before the fungus had penetrated into the leaf (Fig.
oryzae pv oryzae. Similar data were obtained for resistance to bacterial blight X. oryzae pv oryzae as with M. oryzae. In this case, the length of the necrotic and yellowing zone extending from the wounded extremity of the infected leaves was measured 14 dpi. The symptoms had a significantly higher severity for OX1 and OX2 lines compared with the control lines (Supplemental Fig. S4,  A  and B ). Conversely, the symptoms developed by down-regulated lines (DR5-1, DR5-2, DR3-1, and DR3-2) were limited to a short necrosis just below the Table  I. Plant phenotype of control and transgenic OsMADS26 lines after 7 d of in vitro culture (MS), 72 DAG in greenhouse, and from flowering to harvest Results shown are from one of two independent biological repetitions that produced similar results. Reported values are the means and SE for three individual plants of each line.
Using the Archipelago database referencing genes in rice involved in disease resistance  (Vergne et al. , 2008)  or the drought-responsive genes data set  (Minh-Thu et al. , 2013) , we could establish that a large proportion of the genes differentially regulated in down-regulated and overexpressing lines is known to be regulated by biotic (53%) or abiotic (41%) stresses. This was similar (49% and 39%, respectively) to what was found by  Lee et al. (2008b)  after dexamethasone-induced OX of OsMADS26. Thus, these transcriptome analyses show that OsMADS26 participates in the transcriptional regulation of defenserelated genes. The low overlap with the data set obtained by  Lee et al. (2008b)  probably reflects the fact that we determined the genes regulated at steady-state levels after constitutive OX or DR of OsMADS26 expression, whereas  Lee et al.
Real-Time qRT-PCR Analysis Total RNA was extracted from 100 mg of grounded leaf tissues with 1 mL of TRIzol  (INVITROGEN)  following the recommendation of the supplier; 2 mg of RNA was treated by RQ1 DNAse (PROMEGA) to remove residual genomic DNA. The first strand cDNA synthesis was performed in 20 mL of final volume using the kit Superscripts III (INVITROGEN) following the manufacturer's instructions. For qRT-PCR analysis, specific forward and reverse primers were designed to amplify a fragment of 200 to 400 bp in the 39 UTR of each studied gene using the Vector NTI (version 10. 1) software with default parameters. Primer sequences are given in Supplemental Table  S2. qRT-PCR was performed with a LighCycler 480 (ROCHE) using the SYBR Green Master Mix (ROCHE). The reaction was carried out in 96-well optical reaction plates (ROCHE).
These cDNAs were used to generate sense or antisense digoxigenin-labeled RNA probes by in vitro transcription using the T7 primer (T7 MAXIScript Kit; AMBION). Plant samples were fixed in 4% (v/v) paraformaldehyde in phosphate buffer (0. 2 M, pH 7. 5); inclusion, section preparation, and hybridization were done as previously described  (Jabnoune et al. , 2009). Sections were observed with a DM6000 (LEICA) Microscope under white light. Photographs were taken with a Retiga 2000R Camera (QIMAGING), and images were processed through Volocity 4. 0. 1 (IMPROVISION). In situ hybridization experiments have been conducted on the Plate-Forme d'Histocytologie et d'Imagerie Cellulaire Végétale (http://phiv. cirad. fr/) using microscopes of the Montpellier Rio Imaging platform (www. mri. cnrs. fr).
Microarray Hybridization and Analysis For microarray hybridization experiments, total RNA was extracted from 100 mg of frozen leaves and roots after removal of the remaining seeds from 7-d-old seedlings using a RNeasy Plant Mini Kit (QIAGEN) according to the manufacturer's instructions. Residual genomic DNA was removed with the RNAse-Free DNase Set (QIAGEN) during RNA purification. Two independent biological experiments were used for each studied plant line. Microarray hybridization and data processing were carried out with Affymetrix Custom Service (AFFYMETRIX) by following the standard protocol for Affymetrix DNA chip as previously described  (Coudert et al. , 2011). The complete transcriptome data are accessible through Gene Expression Omnibus Series accession number GSE52640 (http://www.
ncbi. nlm. nih. gov/geo/ query/acc. cgi?acc=GSE52640). Expression values were normalized with the robust multiarray average method  (Irizarry et al. , 2003). Differential analysis and extraction of Affymetrix microarray analysis suite 5 call flags were done with linear models and empirical Bayes and Student's t tests relative to a threshold methods within affy and limma R packages (www. r-project. org; Gautier et al. , 2004; Smyth, 2004; Smyth et al. , 2005; McCarthy and Smyth, 2009). Raw P values were adjusted with the Benjamini-Hochberg method to control the false discovery rate  (Benjamini and Hochberg, 1995). Empirical Bayes method with the Benjamini-Hochberg correction was kept for further analysis, because it allowed us to confirm the DRs and up-regulations of OsMADS26 in the two replicates in the DR and OX lines, respectively.
Orygenes DataBase (http://orygenesdb. cirad. fr/; Droc et al. , 2006)  was used to retrieve gene annotation corresponding to selected Affymetrix probes. Microarray control probe sets and probe sets without annotation were discarded for further analysis. Only probe sets with present detection call were kept for subsequent analysis. The two biological repetitions for each type of DR or OX transgenic lines were compared with the corresponding controls. A gene was considered significantly regulated if it presented a fold change $ 2 and a Benjamini-Hochberg-corrected P # 0. 05 in at least two of the four different contrasts. Genes showing inconsistent regulations, such as (1) inverse regulation in two biological repeats of the same type of DR or OX line or (2) similar regulation in the two different types of DR and OX line, were discarded.
After 6 weeks of growth, plants were sprayed twice a week during 6 weeks using a fresh M. oryzae VT15 isolate spore solution (500,000 spores mL 21 and 1% [w/v] gelatin). Symptoms were observed 15 weeks after sowing. Leaves were collected and scanned, and the number of susceptible lesions was numbered according to  Berruyer et al. , 2003. Resistance assays against Xanthomonas oryzae pv oryzae were carried out on 8-week-old rice plants. The X. oryzae pv oryzae strain PXO99A  (Salzberg et al. , 2008)  was inoculated using the leaf-clipping method as previously described  (Kauffman et al. , 1973). The data presented are representative of two independent experiments. Before inoculation and after symptom development, infected leaves were collected in liquid nitrogen and used for RNA extraction and qRT-PCR analysis to measure the expression level of different defense genes using specific primers (Supplemental Table  S2 ).
1 This work was supported by the  Hoa Sen Lotus French-Vietnamese Collaboration Program  (no. 18346RB ), the  Agropolis Fondation and Fondazione Cariplo (Rice Connections  grant no. 1201-001 ), the  French Agence Nationale de la Recherche  ( Program Investissement d'Avenir no. ANR-10-LABX-0001-01 ), the  French Embassy in Vietnam  ( Evariste Galois Program  for PhD fellowship to G. N. K. ), the  Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement  (PhD fellowship to G. N. K. ), and the  Indian Government (Boycast Postdoctoral  Fellowship to P. K. P. ).
Additional Control Variables We augment the model specification by including a set of economic variables which, according to the empirical literature presented in section 2, are expected to significantly impact on the probability of implementation of financial reforms. In particular, we consider the following variables provided by the World Bank's World Development Indicators (WDI):  the interest rate spread;  the inflation rate;  the merchandise trade as percentage of GDP; and  the real effective exchange rate. In addition, we construct the dummy variable contraction, which takes the value of one if the annual growth rate of the real GDP is negative, and zero otherwise. Data on GDP are retrieved from the WDI database.
2011) identify policy actions that aim at reducing the public deficit by examining accounts and records of what countries were intending to do at the time of the official IMF and OECD publications. Consequently, by tracking the decisions of policymakers, this approach eliminates the endogeneity of the response of fiscal policy to economic developments. For each of the 17 OECD countries included in their analysis, the authors widely document the characteristics of all the fiscal consolidation plans implemented by the national governments over the period 1978-2009. Based on Devries" et al. (2011)  dataset, we construct a variety of dummy variables to account for the duration of the fiscal consolidation episodes (i. e. , the number of consecutive years of consolidation) and their typology (i.
( 2011) identify policy actions that aim at reducing the public deficit by examining accounts and records of what countries were intending to do at the time of the official IMF and OECD publications. Consequently, by tracking the decisions of policymakers, this approach eliminates the endogeneity of the response of fiscal policy to economic developments. For each of the 17 OECD countries included in their analysis, the authors widely document the characteristics of all the fiscal consolidation plans implemented by the national governments over the period 1978-2009. Based on Devries" et al. (2011)  dataset, we construct a variety of dummy variables to account for the duration of the fiscal consolidation episodes (i. e. , the number of consecutive years of consolidation) and their typology (i.
Analyse statistique Les analyses numériques et statistiques étaient réalisées à l'aide des programmes Excel et SPSS. Les valeurs moyennes des seuils EMG étaient mesurées à chaque point de la langue aux différents stades (0 et 1) au sein des deux groupes. Les tests de Wilcoxon et de Mann-Whitney étaient utilisés pour la signification statistique au sein et entre les groupes. La corrélation entre l'âge, le type d'anesthésie et les seuils électro-gustométriques était effectuée avec le test rho de Spearman. Le niveau de significativité était fixé à p ≤ 0,05. Dans cette tranche, indépendamment de l'âge, tous les sites avaient subi une augmentation significative des seuils EMG (p ≤ 0,05) après anesthésie régionale du NAI contrairement au groupe soumis à l'anesthésie maxillaire où aucune augmentation des seuils n'était constatée (Fig.
12 ). Dans le cadre de cet exemple, l'enjeu pour les industriels de la plasturgie ou des composites est ainsi de sélectionner les renforts les mieux adaptés à leurs procédés, au niveau de performance recherchées, à un prix d'acquisition acceptable. Les enjeux pour la filière fibres végétales techniques sont ainsi principalement de : rendre disponible cette gamme de semi-produits pour couvrir l'ensemble des besoins industriels, sur le modèle des gammes de fibres de verre disponibles sur le marché ; adapter les performances de cette gamme aux besoins des industriels des matériaux, que ce soit en matière de performance intrinsèque ou de processabilité (incorporation, imprégnation, découpe, réparation. ) (Fig. 13 ) ; rendre visible la réalité des performances obtenables à partir des semi-produits disponibles sur le marché, par la constitution notamment de bases de données dédiées ; améliorer les procédés de production et créer les conditions d'économie d'échelle afin de mettre sur le marché des produits à des prix compétitifs.
Adopter ce point de vue permet de dépasser certains écueils liés aux analyses des circulations qui se focalisent sur les déplacements de concepts et d'auteurs, et négligent parfois la persistance de formes collectives variées d'appréhension du global. Dans le cas des catastrophes, des travaux récents ont montré comment des dispositifs globaux portés par des experts et des organisations circulent et sont mobilisés pour prévenir, anticiper et gérer les désastres, du Sri Lanka à Hong-Kong  (Revet et Langumier, 2013) , en passant par la Colombie  (Zeiderman, 2012)  ou l'Afrique du Sud  (Cabane, 2013). La manière dont ces communautés scientifiques ont développé des modèles globaux, tels que la base de données internationale EM-DAT 1  qui recense les catastrophes naturelles, a également été décrite  (Revet, 2011).
17). En ce sens, les conditions de la globalité différeraient en fonction des niveaux de développement : l'augmentation des catastrophes et de la vulnérabilité aux risques est intimement liée aux processus inégaux de développement et aux interconnexions du monde contemporain. Par-delà ces points communs, l'insistance chez les auteurs de At Risk sur les pressions environnementales et économiques déplace la focale des événements extrêmes, qui captent l'attention des médias, vers les petites et moyennes catastrophes affectant quotidiennement les populations des pays en développement, et dont l'impact, s'il est moins visible, n'en est pas moins cumulativement plus important aussi bien à l'échelle des pays qu'à l'échelle mondiale  (Bull-Kamanga et al. , 2003). Ce déplacement de l'attention se traduit concrètement par la construction de bases de données (Desinventar, aujourd'hui référencée par les organisations internationales en complément d'EM-DAT  [Revet, 2011] ) recensant des petites et moyennes catastrophes en Afrique du Sud ou en Amérique latine.
EM-DAT (Emergencies Data) est la base de donnée internationale de référence comptabilisant les catastrophes naturelles chaque année. Elle est réalisée au Centre de recherche sur l'épidémiologie des désastres (CRED) à l'Université de Louvain en Belgique. Le CRED collabore notamment avec le PNUD (Programme des Nations unies pour le développement) pour centraliser les différentes bases de données dans une plateforme transversale et accessible à tous, le GRIP (Global risk information portal).
ITERATIVE RESOLUTION PROCEDURE Based on the modeling features of the viscoelastic behavior and the presence of local nonlinearities, the resulting nonlinear differential equation of motion (20) were numerically solved using a variant of the Newmark integration scheme  (Bathe, 1996)  performed in the MATLAB environment. Figure  3  shows the main steps of the numerical procedure which can be summarized as follows: (i) at the beginning of the process, 0 t , after defining the operating temperature of the viscoelastic material, v T , the Newmark integration parameters,   ,   , and the variables   0 , , , E E    for FDM model obtained from curve-fitting of experimental data  (Galucio et al. , 2004) , it is possible to compute the real and anelastic displacements, velocities and accelerations fields,   0 t u ,   0 t u ,   0 t  u and   0 t  u , respectively, and the full mass, M , and stiffnesses matrices   , , , e v l nl  K K K K taking into account the mechanical boundary conditions; (ii) next, an eigenvalue problem is performed according to Eq.
Acknowledgements The authors are grateful to the  Minas Gerais State Agency FAPEMIG  for the financial support to their research activities and the  Brazilian Research Council -CNPq  for the continued support to their research work, especially through research projects  308310/2010-1  ( A. M. G. de Lima ) and 482963/2009-3 ( D. A. Rade ). The authors express their acknowledgements to the  National Institute of Science and Technology of Smart Structures in Engineering , jointly funded by  CNPq ,  CAPES  and  FAPEMIG.
Quantifier la structure métropolitaine Les approches quantitatives de la structure métropolitaine s'appuient sur des indicateurs qui sont calculés à partir de bases de données. La diversité des données utilisées et la diversité des techniques de mesures mobilisées font que ce champ de recherche est dans une situation de foisonnement. Pour chaque dimension, plusieurs dizaines d'indicateurs sont disponibles. Nous présentons dans cette partie les bases de données utilisées dans cet article ainsi que le choix et le calcul des huit indicateurs qui éclairent les huit dimensions de la forme métropolitaine qui ont été détaillées au §1.
Bases de données Nous travaillons dans cet article sur la configuration spatiale des densités résidentielles à l'intérieur des principales métropoles européennes. Par rapport à la densité de bâti, utilisée dans une majorité de travaux européens sur cette question  (De Keersmaecker et al. , 2004; Guérois & Pumain, 2008) , la densité de population résidentielle offre une description de la métropole plus riche puisqu'il est possible à l'échelle infra-métropolitaine de comparer les niveaux de population de plusieurs centres urbains et qu'à l'échelle inter-métropolitaine, elle offre à voir la hiérarchie des niveaux de densités moyens. Les données utilisées sont des bases européennes : les contours des aires métropolitaines (LUZ) de l'Audit Urbain (  2004 ) et la grille de densité de population de l'Agence Européenne pour l'Environnement  (2002).
Cette dernière base de données est disponible pour 28 pays d'Europe à un pas de 100 mètres  (Gallego, 2010)      Pour le choix des indicateurs mobilisés dans cet article, nous nous sommes inspirés de l'approche de  Tsai (2005)  qui consiste à tester les valeurs extrêmes prises par chaque indicateur pour des configurations théoriques.
G : toutes les corrélations évoquées dans les quatre études mentionnées sont retrouvées à l'exception des liens entre intensité et continuité, et entre intensité et linéarité, qui sont ici non significatifs. Ces différences peuvent être dues à des raisons variées (corpus de métropoles, date, indicateurs utilisés, bases de données).  L'analyse des corrélations suggère également une relation positive entre intensité et hiérarchie, indiquant que la trame intra-urbaine se desserre lorsque des densités plus faibles apparaissent (la baisse de densité n'est pas uniforme spatialement). L'absence de lien entre la hiérarchie et l'indice d'acentrisme suggère l'existence de multiples formes de polycentrisme. Les corrélations significatives sont nombreuses même si aucun R 2 n'est strictement supérieur à 0,5, indiquant des relations assez lâches.
Nous souhaitons ainsi relativiser ces biais potentiels : les différenciations suggérées entre indicateurs de structure métropolitaine pour les villes européennes semblent bien pouvoir être reliées à une réelle diversité en termes de structure métropolitaine et pas seulement à des biais causés par la qualité des données. La grille de densité de l'Agence Européenne de l'Environnement (2002) provient du croisement de deux bases de données, l'une donnant les populations communales des pays européens, dont les mailles sont différentes selon les pays et l'autre les types d'usage du sol internes à ces communes, obtenus par télédétection ; la grille de densité possède donc nécessairement une marge d'erreur. Le problème du biais lié à la qualité de la grille est cependant pour nous négligeable pour la plupart des métropoles.
L'approche adoptée par cet article, croisant une base de données fine de densité de population et une délimitation des contours des LUZ européennes, nous semble être une direction de recherche prometteuse, permettant une approche multidimensionnelle des formes d'organisation spatiales, adaptée à la complexité des systèmes urbains. Il ne s'agit pas d'une démarche entièrement nouvelle du point du vue empirique puisque d'autres démarches ont poursuivi les mêmes objectifs sur cette base de données, avec un autre jeu d'indicateurs  (Schwarz, 2010). Toutefois la combinaison des résultats empiriques et du travail théorique réalisé sur la quantification multidimensionnelle de la structure de métropoles théoriques et réelle nous semble intéressante pour proposer une grille de lecture quantitative des dynamiques urbaines qui soit ancrée dans le champ thématique.
et est obtenue par un travail de modélisation qui est extérieur à cet article (figure 2. A). Elle est produite par l'Agence Européenne pour l'Environnement (2002) à partir de la donnée conjointe de la base d'usage du sol Corine Land Cover et des populations communales, au niveau LAU2 1 (Gallego 2010). Cette base de données fournit en 2004 les contours de 287 LUZ, qui sont des aires fonctionnelles ou administratives, parmi lesquelles les 110 LUZ de plus de 500 000 habitants.
et est obtenue par un travail de modélisation qui est extérieur à cet article (figure 2. A). Elle est produite par l'Agence Européenne pour l'Environnement (2002) à partir de la donnée conjointe de la base d'usage du sol Corine Land Cover et des populations communales, au niveau LAU2 1 (Gallego 2010). Cette base de données fournit en 2004 les contours de 287 LUZ, qui sont des aires fonctionnelles ou administratives, parmi lesquelles les 110 LUZ de plus de 500 000 habitants 1Les LAU (Local Administrative Units) sont un des niveaux d'entités administratives en Europe.