dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
Western blotting Nuclear protein extracts from schistosomula or adult worms were prepared as previously described  [31]. From each sample, 10 μg of each extract was loaded on 7-12% precast SDSpolyacrylamide gels (Bio-Rad). After transference, membranes were blocked with Tris-buffered saline (TBS) containing 0. 1% Tween 20 and 2% bovine serum albumin (TBST/2% BSA) and then probed overnight with specific antibodies in TBS/2% BSA. Membranes were washed with TBST and incubated for 1 h in TBST/2% BSA with secondary antibody (Immunopure goat anti-mouse # 31430, Thermo Scientific, and peroxidase-labeled affinity anti-rabbit # 04-15-06, KPL). After washing the membranes in TBST, the bands were visualized and images were recorded with the Amersham Imaging System (GE Healthcare), and quantified with Ima-geJ software (NIH).
Caspase 3/7 activity The activity of caspase 3/7 was measured using the Caspase-Glo 3/7 assay kit (Promega) following the instructions. Cell lysates from schistosomula were obtained from 2,000 parasites cultivated in a 24-well plate with complete medium (as described above) and treated with MC3935 25 μM or vehicle (DMSO 0. 25%). The luminescence was measured in a white-walled 96-well plate in a Wallac Victor2 1420 multilabel counter (PerkinElmer). The graphs were plotted using GraphPad Prism 8 software, and statistical significance was calculated with the Student´s t-test.
Double stranded RNA interference (RNAi) The coding sequence of lysine-specific histone demethylase 1 (SmLSD1) (GenBank accession #: XM_018797592. 1) was amplified by PCR using the oligonucleotides listed in S12 Table, with adult parasite cDNA synthesized using 5 ng of total RNA as template. Two different amplicons (SmLSD1_1 and SmLSD1_2) were used in a second PCR (nested PCR), diluted 1:500, with the oligonucleotides containing an upstream T7 tail sequence (primers are listed in S12 Table ). The GFP gene was used as a nonrelated dsRNA control and was amplified from pEGFP-N3. Double-stranded RNA (dsRNA) was synthesized from templates of amplified PCR with oligonucleotides containing the T7 tail. The dsRNA was delivered by soaking the parasite couples in media containing 30 μg/mL of the desired dsRNA, and everyday, 70% of the medium was changed to a fresh medium also containing 30 μg/mL of dsRNA.
At the end of the 2 nd , 4 th , and 7 th days of incubation, parasites were collected, washed twice in PBS and stored in RNAlater (Ambion) until RNA extraction. At the end of the 2 nd , 4 th and 7 th days of incubation the total number of eggs, the number of parasites attached to the plate and the number of couples still paired were quantified. For the H3K4me1 and H3K4me2 western blotting, parasites were collected on the 7 th day of incubation with dsRNA and stored in PBS at -80˚C. The viability of the parasites was determined on the 7 th day of incubation as described above. Male and female adult worms were ground with glass beads in liquid nitrogen for 5 minutes. RNA extraction and cDNA synthesis were performed as described above. qPCR results were analyzed by the comparative Ct method. Real-time qPCR data were normalized in relation to the level of expression of the Smp_090920 and Smp_062630 reference genes.
Primers for all transcripts were designed using the IDT Real time PCR tool (https://www. idtdna. com/Primerquest/Home/ Index). The sequences of the primers are listed in S12 Table. Each real-time qPCR was run in three technical replicates. The results were analyzed by comparative Ct method  (38). Analysis of Relative Gene Expression Data Using Real-Time Quantitative PCR and the 2-ΔΔCT Method. Real-time data were normalized in relation to the level of expression of the Smp_092920 and Smp_062630 as reference genes. The graphs were plotted using GraphPad Prism 8 software, and statistical significance was calculated with the Student´s t-test.
Molecular docking and catalytic inhibition of SmLSD1 by MC3935 Since no crystal structure of SmLSD1 is yet available, a homology model of the parasite's enzyme was first generated using an available crystal structure of the orthologous human LSD1. By analyzing the reported crystal structures of hLSD1 in complex with covalently bound tranylcypromine (TCP) derivatives, two crystal structures were found to be most relevant: a crystal structure of the N5 adduct of the highly analogous MC2584, which only lacked the ethynyl group found in MC3935, and the crystal structure with the N5 adduct of the bulky tranylcypromine derivative MC2580 (PDB IDs 2XAQ and 2XAS; respectively  [29] ). The latter crystal structure (PDB ID 2XAS) was preferred for the use as a template for the homology model since the conformation of residues Glu682 and Asp669 resulted in a more open binding site.
Protocole des investigations Les habitats de G. truncatula et d'O. glabra ont été recherchés en mars ou en avril en utilisant la méthode des plantes indicatrices  (Over, 1962)   (Shapiro et Wilk, 1965). Comme leurs distributions n'étaient pas normales, le test de Kruskal-Wallis a été utilisé ensuite pour établir les niveaux de signification statistique. Nous avons également utilisé le package R pgirmess  (Siegel et Castellan, 1988)  comme test post-hoc pour effectuer des comparaisons par paires. Les différentes analyses ont été réalisées à l'aide du logiciel R 3. 3. 0 (R Core Team, 2016).
, 2013 (Jones et al. , , 2015)). Here we apply the CWP forward operator to SatCORPS gridded retrievals of three phases: liquid water path (LWP), supercooled water path (SWP), and ice water path (IWP). These retrievals are derived from the Spinning Enhanced Visible and InfraRed Imager (SEVIRI) sensor aboard Meteosat-8. This work is the first to evaluate the impact of geostationary satellite DA on (1) LAM cloud representation in the SWIO and (2) short-term GHI forecasts for Réunion Island using an innovative cloud property DA method. This contributes to an assessment and quantification of the impact of satellite-based cloud observation DA with LAMs in the tropics. Section 2 introduces the methods and data used, and the results are presented in Sect. 3, which consists of an evaluation of the DA cycling, a case study to investigate the link between DA and free forecasts of GHI, and an analysis of solar irradiance forecasts for a total of 44 d.
In this case the forward operator constrains the model CWP to the level of the observed cloud, leading to a larger impact in the analysis, and a cloud is introduced at the correct vertical location. The SatCORPS cloud products are retrieved using algorithms originally developed to analyse the MODerateresolution Imaging Spectroradiometer (MODIS) aboard Terra and Aqua for the NASA Clouds and the Earth's Radiant Energy System (CERES) project  (Minnis et al. , 2011; Trepte et al. , 2019). These algorithms have been adapted to other imagers aboard geostationary  (Minnis et al. , 2008)  and other low-Earth-orbit satellites  (Minnis et al. , 2016). Among other parameters, the SatCORPS data set includes both a pixel and a gridded CWP product. Depending on the cloud-top phase, as determined from cloud-top temperature (CTT), a given pixel is defined as ice, supercooled liquid, or liquid under the assumption that the cloud phase and particle size are vertically homogenous.
DA evaluation using radiosoundings Independent observations are used to evaluate the DA method in addition to the assimilated observations. The WRF domain in this study contains one radiosonde station at Gillot-Aéroport (Fig. 2 ) where radiosondes are launched daily at 12:00 UTC. These soundings provide valuable independent in situ observations that are used for observation space diagnostics. The soundings are available via the National Center for Environmental Prediction (NCEP) Global Data Assimilation System (GDAS) data set and are evaluated within DART.
Acknowledgements. We are grateful for the help of  Nancy Collins  and  Glen Romine  from the  DART  team at the  National Center for Atmospheric Research. Moreover, we would like to thank  Météo-France  for providing us with the pyranometer observations via the  Laboratoire de l'Atmosphère et des Cyclones. Review statement. This paper was edited by  Simon Unterstrasser  and reviewed by two anonymous referees.
Code and data availability. The WRF-ARW source code is publicly available at http://www2. mmm. ucar. edu/wrf/users/ (last access: 4 September 2019). Version 3. 9. 1. 1 of WRF-ARW (released on 28 August 2017) is used for this work. The DART source code  (Anderson et al. , 2009)  including the CWP forward operator  (Jones et al. , 2013)  is publicly available at https://www. image. ucar. edu/DAReS/DART/ (last access: 4 September 2019). The Manhattan version of DART (release 12002) is used for this work. The WRF-ARW and DART namelists used in the experiments are available here: https://doi. org/10. 5281/zenodo. 3354949 (Kurzrock, 2019). The WRF configuration for the cycling and the free forecast experiments is identical. The SatCORPS Meteosat-8 retrievals  (Minnis et al. , 2016)  are available in near-real time at https://cloudsway2.
, 1996 ; White et al. , 1997 ; Benito et al. , 1998). Dans ce cas, la défaillance du dispositif a été principalement imputée à la conception des ouvrages qui présentaient des erreurs manifestes (notamment des cuvettes de barrages sous-dimensionnées et des ancrages des ailes dans les berges très insuffisants) dans une configuration de site avec certaines spécificités aggravantes (matériaux morainiques très érodables, cassure de pente très marquée à l'apex du cône). L'absence d'une maintenance adéquate de certains ouvrages est aussi de plus en plus pointée comme une source potentielle additionnelle d'aléa en cas de ruine  (Sodnik et al. , 2014). D'autres catastrophes équivalentes pourraient être observées en cas de maintenance inexistante ou inadaptée ou de mauvais standard de conception. Des retours d'expériences à la suite de grandes catastrophes ou tirées de bases de données sur les ouvrages  (Dell'Agnese et al.
Remerciements Cette étude a bénéficié des financements des  Ministères de l'Agriculture et de l'Environnement , des projets européens  INTEREG ALCOTRA RISBA et ALPINE SPACE SEDALP et Horizon 2020 NAIAD  (Grant Agreement n°73097). Les auteurs tiennent à remercier Christine KOSMOPOULOS pour son travail d'éditeur, Sebastian SCHWINDT pour son aide avec les publications en allemand ;  Johannes HÜBL ,  Mike CHURCH ,  Stefano CREMA, Oldrich HUNGR et Haruo NISHIMOTO qui ont fourni des éléments sur les travaux de correction torrentielle en Autriche, Amérique du Nord, Italie et Japon  ;  Stuart LANE ,  Mike CHURCH , et Francesco COMITI pour leurs suggestions ayant permis d'améliorer le manuscrit. Cette version a bénéficié des corrections additionnelles de  Roxane MARCHAL  et de Colette CAUVIN et des remarques éclairées de deux relecteurs anonymes que nous remercions profondément pour leurs commentaires.
These results will be described in section 5. All perturbations were instantaneous, and simulations were performed in two modes for both the baseline and perturbed states: 1. A fully coupled mode, for which equilibrium simulations were run for 100 years. Years 51-100 were used in our analyses. These simulations give the total climate response. 2. A setup with fixed sea surface temperatures (fixed-SST), which were run for 15 years. Years 6 to 15 were used in the analyses. These simulations give the fast (on the order of days to months) climate response. The baseline represents present-day conditions focused at the beginning of this century (except HadGEM2-ES, which used preindustrial conditions), but the exact year and emission data set used varies slightly between models (see Table  S1 ). For the aerosol experiments, five of the models (Table  S1 ) performed concentration-driven simulations using identical aerosol concentrations based on the year 2000 monthly multimodel mean of the models in AeroCom Phase II  (Myhre et al.
Annually and Seasonally Resolved Precipitation Responses While the Arctic surface temperature amplification has been thoroughly investigated, less attention has been given to changes in Arctic precipitation. Here we find that Arctic precipitation change per degree warming, often termed the apparent hydrological sensitivity, is similar (6-8%/K) for all the global perturbations (Figure  1 ). Samset et al. (2016)  analyzed the globally averaged precipitation change for the PDRMIP data set and found a stronger apparent hydrological sensitivity for changes in aerosols and solar insolation (around 3%/K) than for greenhouse gas perturbations (around 2%/K). It was also found that the global average response to BCx10 was negative (i. e. , a decrease). The Arctic hydrological sensitivity is thus found to be stronger than the global averages, consistent with previous findings from simulations using the RCP4.
Acknowledgments The PDRMIP model output is publicly available; for data access, visit http:// www. cicero. uio. no/en/PDRMIP/PDRMIP-data-access. PDRMIP is partly funded through the  Norwegian Research Council  project  NAPEX  (project number  229778 ). O. B. acknowledges HPC resources from TGCC under the gencmip6 allocation provided by  GENCI  ( Grand Equipement National de Calcul Intensif ). Climate modeling at GISS is supported by the  NASA   Modeling, Analysis and Prediction program , and GISS simulations used resources provided by the  NASA   High-End Computing (HEC) Program  through the  NASA Center for Climate Simulation (NCCS)  at  Goddard Space Flight Center. T. T. was supported by the supercomputer system of the  National Institute for Environmental Studies, Japan , the  Environment Research and Technology Development Fund  ( S-12-3 ) of the  Ministry of the Environment, Japan , and  JSPS KAKENHI  grants  15H01728  and  15K12190.
D. O. , A. K. , and T. I. were supported by the  Norwegian Research Council  through the projects EVA (grant  229771 ),  EarthClim  ( 207711/ E10 ), NOTUR (nn2345k), and NorStore (ns2345k). T. A. was supported by the  Joint UK BEIS/Defra Met Office Hadley Centre Climate Programme  ( GA01101 ). M. K. and A. V. are supported by the  Natural Environment Research Council  under grant  NE/K500872/1. Simulations with HadGEM3-GA4 were performed using the MONSooN system, a collaborative facility supplied under the  Joint Weather and Climate Research Programme , which is a strategic partnership between the Met Office and the  Natural Environment Research Council. T. R. and P. F. were supported by  NERC  grants  NE/K007483/1  and  NE/N006038/1.
Remerciements : Je tiens à remercier chaleureusement Daniel Compagnon, Amy Dahan, Sébastien Dutreuil et Hélène Guillemot pour leurs remarques fécondes, ainsi que les deux recenseurs anonymes de la version primitive de cet article. 19 Soit des arbitrages qui ressemblent à ceux analysés dans la littérature sur les biocarburants et sur les projets de carbone forestier déjà mis en oeuvre(voir Buck, 2016).
Marta Severo et Timothée Giraud montrent de quelle manière l'horizon des données comme gisement donnant accès à des savoirs/pouvoirs nouveaux contribue à la création de nouveaux champs d'investigation fondés sur des collaborations entre chercheurs et Le fait d'envisager la donnée comme issue d'une fabrication industrialisée ou bricolée traverse l'ensemble du dossier, selon des modalités d'investigation différentes. Les analyses abordent toutes au rivage des problématiques de l'information et des médiations documentaires : visant l'universalité, l'intégrité et la pérennité par la production de normes et de formats interopérables, la « donnée » repose, comme pour tout système d'information et architecture de base de données documentaires, sur une contingence et une prégnance du social qui sont peu surprenantes.
Sur leur terrain d'enquête, l'élaboration d'une base de données géographiques au service de l'accessibilité numérique des gares du réseau francilien, ces fameuses données s'avèrent absentes et les produire coûte de plus en plus cher. Précisons que, même lorsque ces données sont produites par une source intermédiaire (comme Twitter dans l'analyse de Marta Severo et Timothée Giraud), il est nécessaire de les acquérir moyennant un financement. Suivre le travail des acteurs pas à pas permet d'observer, loin des évidences, des pratiques qui relèvent d'une activité que l'on pourrait qualifier de « sur mesure » pour obtenir des données acceptables par tous les acteurs au regard de leur objectif de fabrication d'une base de données géographiques. L'un des points soulevés dans ce travail minutieux qui s'engage pour faire exister l'objet numérique « gare » est celui de la représentativité des données produites pour que celles-ci rendent compte du réel de référence, la gare dans ce qui la rend accessible.
Analyses statistiques Les prévalences parasitaires ont été estimées par facteur de risque: localité, sexe, classe d'âge et saison. Le logiciel STATA software version 10 (Stata Corporation, College station, USA) a servi à cet effet. Les différentes proportions ont été comparées à l'aide du test de Fischer. Les résultats sont considérés comme significatifs au niveau d'incertitude de 5 % (p<0,05). L'indice de Shannon (H') et l'indice d'équitabilité (E) ont permis d'évaluer la richesse spécifique et l'abondance des différentes espèces de parasites ainsi que leur répartition équitable au sein des populations humaines  (Colwell et.
Conclusion Au nombre des maladies tropicales négligées, les parasitoses digestives demeurent un problème majeur de santé publique dans les communautés des zones rurales pauvres. Le présent travail a permis de fournir la première base de données des parasites intestinaux chez les populations humaines riveraines du PNT. Cette étude a permis d'identifier 21 espèces de parasites intestinaux, attestant une grande diversité spécifique chez ces populations. Les prévalences parasitaires globales sont élévées (69,1%). Les acteurs du parc ont présenté la prévalence globale la plus faible, bien que la diversité parasitaire soit plus élevée dans cette population que dans les autres sites. Plusieurs parasites enregistrés suggèrent la présence potentielle de zoonoses. Les analyses moléculaires devront permettre d'évaluer la circulation de zoonoses parasitaires dans cette région.
Remerciements Nous tenons à exprimer notre gratitude au  Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique, au Ministère de l'Environnement et des Eaux et Forêts et à l'Office Ivoirien des Parcs et Réserves (OIPR)  pour nous avoir accordé les autorisations pour la conduite de ce travail. Nous sommes reconnaissants au  Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Côte d'Ivoire et au Plateau Technique de Microbiologie des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)  pour l'assistance technique. Nous remercions les Assistants de recherches du Taï Monkey Projet (TMP) pour leur aide dans la réalisation de nos travaux de terrain. Ce travail a été financé par le  Programme d'Appui Stratégique à la Recherche Scientifique  (PASRES, Project No. 48 ).
Fitness-related traits We analyzed morphological trait indicators of fitness in parasitoids species on individuals of each cohort and treatment (generation, strain, or maternal origin). Traits were measured on an equal number of females and males. The length of the front right tibia, an estimation of adult size  (Ellers, 1995)  and the surface of the right wing were measured by image analysis method. Digital pictures of tibia and wing were captured with a camera (Sony N50) mounted on a stereomicroscope and pictures were analyzed using the numeric image analysis software ImageJ (Wayne Rasband, USA). Individuals were also weighted with an electronic precision balance (Mettler-Me22; sensitivity: 1µg) to obtain fresh mass. Their dry mass (DM) was measured after they were dried out at 60 °C during 3 days in oven.
Proportions of emerged, dead and diapausing individuals were compared between cohorts by fitting generalized linear models based on a quasibinomial distribution and a logit link function for each parameter, and models were compared using a Fisher statistic. Data of each morphological trait (fresh mass, tibia length, wing surface and fat contents) was fitted to linear mixed models (package nlme), and the climate chambers identity was considered as a random factor in these models. The significance of each explanatory variable was tested using the 'Anova' function (package car, type II ANOVA). Analyses A c c e p t e d M a n u s c r i p t were followed by Tukey multiple comparison post-hoc tests (using package multcomp and lsmeans), in order to assess differences among modalities of significant variables.
Ainsi, les estimations de disponibilité en res- Le zonage PRA est un zonage cohérent avec les limites administratives (e. g. département) utilisé depuis 1946 par l'INSEE et par le ministère de l'agriculture comme unité statistique pour étudier l' évolution de l'agriculture. Ce zonage historique n'a pas été remis en cause jusqu' ici. Il est fréquemment utilisé pour étudier les impacts environnementaux de l'agriculture  (Teillard et al. , 2015 ; Dross et al. , 2018)  ACP : Analyse en Composantes Principales ; il s'agit d'une méthode statistique qui rassemble et organise l'information contenue dans de multiples variables, en créant des facteurs dé-corrélés ou « axes », en vue de faciliter l'analyse de la diversité des individus statistiques (= dans notre cas des PRA). BDNI : Base de Données Nationale d'Identification Bovine ; recense l' ensemble des informations relatives à l'identification et à la traçabilité des bovins français sur le territoire.
Inosys -Réseaux d' élevage : dispositif associant des éleveurs volontaires et des ingénieurs et techniciens de l'Idele et des Chambres d'agriculture, avec pour finalité la production de références technico-économiques sur les systèmes d' élevage herbivores français. MAT : Matières Azotées Totales, incluant les sources d'azote organique (protéines) et inorganique. La MAT est calculée à partir de la teneur en azote (N) donnée par la méthode Kjeldal (MAT = 6,25 x N). MS : Matière Sèche, incluant matière organique et matière minérale. NormaBEV : base de données nationale gérée par l'interprofession bétail et viandes (Interbev) et qui comprend les informations relatives à l'abattage des bovins. PRA : Petite Région Agricole (voir encadré 1). SAA : Statistique Agricole Annuelle, produite par le Service de la Statistique et Prospective (SSP) du ministère de l'agriculture.
Pour les productions et les consom- mations alimentaires de l'ensemble du cheptel, dans la mesure où aucune base de données ne réunit toutes les espèces, nous avons dû mobiliser des sources variées. Pour les ruminants, on considère les élevages bovins lait, bovins viande (naisseur et engrais- seur), caprins lait, ovins lait et ovins viande. Les indicateurs de produc- tion de biens animaux issus des ruminants ont fait l'objet d'un travail spécifique par l'Idele : la production de viande bovine à la résolution PRA a été estimée à partir de SPIE/BDNI, Normabev et Bovins Croissance ; les productions de lait (bovin, ovins, caprins) et de viande (ovine, caprine) à la résolution PRA ont été estimées à partir du recensement agricole de 2010 et de la SAA. Les indicateurs de consommations alimentaires pour les espèces de ruminants ont été produits par l'Idele, dans le cadre du programme « Autonomie alimentaire et protéique des systèmes d'élevage herbivore français » (2014/2017).