dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
mnhn. fr). Pour des raisons de facilité (EC est éditeur de la revue depuis 2012), Adansonia a été choisie pour publier l'article qui décrit    Côtez E. et al. D'un côté, l'ensemble des champs insérés dans le fichier InDesign du catalogue sont stylés (application d'un style de caractère sur chaque champ), ce qui les rend facilement manipulables via des scripts ou des expressions régulières (GREP). De l'autre, le fichier CSV source contient les colonnes suivantes (certaines ne sont pas utilisées dans le catalogue, comme l'URL des planches par exemple, qui est généré à la volée depuis un script directement dans InDesign) : La procédure suivante a ensuite permis de générer le catalogue : -export des données au format « texte unicode » ; -import dans le fichier de modèle InDesign (Fig. 16  ; Annexe 5) ; génération du catalogue en utilisant la fusion de données d'InDesign (Fig.
Les scripts suivants, écrits en Javascript sous InDesign, ont ensuite été « passés » sur le catalogue (voir Fig. 17) :  -extraction de données via l'API fournie par l'INPN (nom actuel des taxons, auteurs des genres, statut de protection [UICN 2012]), etc. ) ; -insertion de liens vers la flore Bonnier en ligne, vers les identifiants Tela Botanica ou TaxREF ; -insertion des références vers la Flore de Coste ; -ajout de liens vers les spécimens de l'Herbier P et vers les fichiers de l'herbier DP en ligne (sur Zenodo) ; -coordonnées géographiques cliquables. Une fois ces opérations effectuées, nous disposons d'un jeu de fichiers PDF comprenant toutes les informations sur l'herbier, les métadonnées complètes des planches et le contenu de la première analyse que nous avons menée, sous la forme de cet article.
CONCLUSION La conservation de la version physique de l'herbier est assurée, depuis 2020, par le Muséum d'Histoire naturelle de la ville de Troyes ; les données numériques de l'herbier sont disponibles sur le site d'archivage Zenodo et sur le site Récolnat (d'ici à la fin de l'année 2023 pour ce dernier), du Muséum national d'Histoire naturelle. Une fois cette publication en ligne cette collection -qui a failli être détruite -ne risque plus de disparaître. L'intérêt scientifique de l'herbier DP sera-t-il avéré ? La première analyse scientifique de Christophe Reveillard a confirmé cet intérêt, de par la rareté des récoltes effectuées dans les régions visitées par Daniel Pellé durant la période de récolte de son herbier d'une part, et d'autre part, de par le nombre de planches comportant des spécimens récoltés par René Prin, qui herborisait avec Daniel Pellé.
Remerciements EC et SL remercient Francis Bianic, qui leur a permis de récupérer l'herbier de Daniel Pellé en 2008. Nous remercions également Jean-Christophe et Renée Pellé, respectivement le fils et la femme de Daniel, pour avoir accepté de transmettre l'herbier dont ils avaient la charge depuis le décès de leur père et mari au Muséum d'Histoire naturelle de Troyes. Nous remercions également Juliette Galpin, Conservatrice en charge de ce dernier, qui a accepté de prendre le temps d'étudier l'herbier et de trouver les bons arguments auprès de ses instances pour le faire accepter au sein des collections patrimoniales de la Ville de Troyes. EC remercie également Vanessa Invernon (Responsable du service conservation des collections de Botanique, UMR 7205, MNHN), qui a accepté que Christophe Reveillard fasse une partie de cette étude sur son temps de travail au Muséum et Olivier Escuder (botaniste, chargé d'études scientifiques et d'enseignements ; OFB, MNHN), qui nous a donné de précieux conseils sur la manière d'informatiser cette collection et sur la procédure à mettre en place pour valider la détermination des planches, et qui a également vérifié une partie des déterminations de l'herbier DP.
Enfin, EC tient tout particulièrement à remercier Luis O'Dogherty, pour ses précieux conseils lors de la préparation d'un volume thématique sur les radiolaires pour Geodiversitas, qui lui ont permis de se familiariser avec l'import massif de données dans le logiciel InDesign, et Thierry Deroin, rédacteur en chef de la revue Adansonia, pour tous ses bons conseils à la rédaction de cette revue ces dix dernières années. Anne Mabille, éditrice de la revue Zoosystema du Muséum, est également remerciée pour le soin apporté lors de la préparation de cet article. Enfin, EC remercie sa compagne, Sophie, et ses enfants, Clémentine et Ulysse, qui ont accepté que leur papa passe une partie de ses vacances et soirées sur ce projet.
2013). Le fait de pouvoir conserver le jeu de données de l'herbier DP en tant que tout nous a convaincus de le proposer aux collections de la Ville de Troyes (qui avaient un intérêt tout particulier à le conserver en tant que « tout ») plutôt qu'à l'Herbier de Paris, qui débordait déjà de spécimens non informatisés et qui n'avait pas les moyens de traiter rapidement cette masse de données. le premier site mon-herbier  (2011) (2012) (2013) (2014) (2015) (2016)  La première version du site mon-herbier (en ligne de mars 2011 à 2016 ; voir Fig. 18 ) servait donc autant à la présentation de l'herbier au public qu'à l'informatisation des planches. Ces premières versions du site et de la base de données attenante, très simplifiées, ont vite montré leurs limites. Côté interface publique, en sus des pages de présentation de l'herbier de Daniel Pellé et de la démarche suivie (Fig.
Lissage des données Lors de la rencontre entre EC et OE du 4 septembre 2018, et après avoir confirmé l'intérêt scientifique de l'herbier DP (voir partie Analyse), OE a décrit les étapes qu'il restait à suivre pour pouvoir importer les données de l'herbier dans les bases de données nationales (celle de l'INPN notamment, et celle du MNHN plus généralement ensuite). En effet, une erreur logique dans l'enregistrement des planches avait été commise, en les saisissant sous leur nom actuel et pas sous leur détermination princeps. Cette erreur devait être corrigée avant toute chose. Il était donc nécessaire de repasser une nouvelle fois sur les planches de l'herbier, déjà corrigées plusieurs fois, selon l'évolution de la structure du site. Mais il restait également à finaliser la réorganisation des lieux de récolte de l'herbier (afin de les classer par commune/département/pays, ce qui n'était pas encore le cas à ce moment-là), et à saisir les étiquettes de l'herbier (ce qui nécessitait aussi de repasser sur chacune des planches de l'herbier).
Ce dernier passage a finalement servi à compléter toutes ces informations, afin que les données de l'herbier soient les plus fidèles aux planches originales que possible. Détermination princeps/Copie des étiquettes. Selon OE, l'erreur la plus importante commise dans la saisie des données de l'herbier concernait la méthode suivie pour enregistrer les déterminations des planches sur le site mon-herbier, à savoir selon leur classification actuelle (au moment de la saisie de la planche, ce qui avait déjà posé problème, plusieurs espèces ayant changé de genre pendant les dix ans qu'avaient pris leur informatisation). Il fallait donc en premier lieu modifier la structure de la base de données pour ajouter un champ « Détermination princeps », et renseigner ce nouveau champ. Ce nouveau passage sur les planches a également permis de recopier intégralement le contenu des étiquettes et de préciser les lieux de récolte de l'herbier.
Le jeu complet des données (https://doi. org/10. 5281/ zenodo. 4443430) contient donc maintenant les planches de l'herbier, nommées selon leur identifiant, dans la meilleure définition disponible (les planches ont été numérisées en 600, 400 ou 300 ppp, format JPEG, pour des fichiers sources pesant entre 1 et 20 Mo chacun, pour un total d'environ 18,5 Go de données). Une fois cette opération effectuée, il devenait possible de mettre en parallèle ces fichiers avec un export des données du site. Cela a permis, début 2020, de transmettre au muséum de Troyes, avec les planches physiques de l'herbier, le jeu de données complet qui servirait à l'inventaire de cette nouvelle collection.
Les taxons invalidés se sont vus, eux, associer un CD_NOM correspondant à la détermination corrigée, différente de celle de Daniel Pellé. L'association de l'identifiant CD_NOM aux planches de l'herbier DP, allait rendre possible la récolte d'autres informations depuis la base de données de l'INPN (via son API), et la génération automatique du catalogue de l'herbier (voir Annexe 3). Enfin, une fois ces informations enregistrées sur le site mon-herbier, il devenait possible d'exporter le contenu complet de l'herbier, validations scientifiques comprises, et de le convertir vers le format Darwin Core, pour les réimporter dans la base de données du Muséum, https://science. mnhn. fr (voir Annexe 5).
Côtez E. et al. l'herbier DP. Les fichiers numériques des planches ont, depuis le piratage du site, été envoyés sur le site d'archivage Zenodo (https://doi. org/10. 5281/zenodo. 4443430) et les données de l'herbier (planches et métadonnées complètes) seront disponibles sur le site Récolnat d'ici à la fin de l'année 2023 (https:// www. recolnat. org/). De cette manière, les données de l'herbier, tout comme sa version physique, devraient être protégées des aléas du temps, tout en restant largement accessibles.
VIII. 1923--Lieu de naissance : Talange, Moselle, France -Année(s) de collecte : 1944-2006 -Localité(s) de collecte : France (Ain, Moselle, Pas-de-Calais, Bas-Rhin, Haut-Rhin, Pyrénées-Atlantiques, Savoie, Haute-Savoie, Seine-et-Marne), Italie (Trentin-Haut-Adige), Suisse (Berne, Grisons) -Collection(s) / Société(s) / Herbier(s) : Herbier R. Engel -Bibliogr. : HUH Index of botaniste database -IH-C ; Hoff. Faurel (Louis)* -Dates naissance / décès : 1907-1973 -Année(s) de collecte : 1952-1963 -Localité(s) de collecte : Algérie -Collection(s) / Société(s) / Herbier(s) : Société française pour l'échange des plantes vasculaires. Exsicc. B. de Retz.
-Recherches effectuées (en 2020) pour trouver les spécimens contenus dans l'herbier P correspondant aux critères précisés dans la première colonne du tableau. Les données correspondant à l'herbier DP sont également indiquées. Trois planches de l'Aube ne sont pas datées, et n'apparaissent pas dans ce tableau. la base de données du MNHN, les localités ne sont pas hiérarchisées ; les signalements pour le département de l'Aube ne sont donc pas comptabilisés avec la région Champagne-Ardenne (d'où la différence affichée dans le tableau) ; dans les données de l'herbier DP, en revanche, les enregistrements de la région correspondent à la somme des enregistrements de chaque département (soit l'Aube [565], les Ardennes [0], laMarne [15]  et la). Nombre de résultats Recherche effectuée [champ] P DP [Région] « Aube », « 10 Aube » [Région] « Champagne-Ardenne » nb : dans 290 423, 418 565 596 [Région] « Aube », par années, 1942-1950 [Région] « Aube », par années, 1951-1959 [Région] « Aube », par années, 1960-1969 [Région] « Aube », par années, 1970-1979 [Région] « Aube », par années, 1980-1989 0 12 20 41 60 0 80 352 61 69 Total 133 562 Nombre de planches Récolteur attribuées Daniel PELLÉ René PRIN (leg.
-BdTFX : <<bdtfx>> ; Isfan : <<isfan>>. Fiche de l'espèce sur l'INPN (cd_nom). -<<cd_nom>>. Catégorie Liste rouge. -Pour la région <<region>>#<<cd_nom>> ; pour la France : <<cd_nom>>. URL Zenodo. -<<no_planche>> système de gestion de contenu Drupal, qui animait la seconde version du site mon-herbier, nous a ainsi permis d'exporter les données au format CSV (pour Comma Separated Values).
; mise en place de la base de données de stockage des métadonnées de l'herbier ; EC est actuellement Responsable éditorial au Muséum national d'Histoire naturelle, et éditeur des revues Geodiversitas et Adansonia. La rédaction de cet article s'est faite intégralement sur son temps personnel. Côtez E. et al. Sonja Laubscher (SL) : numérisation et informatisation des 1974 planches de l'herbier DP ; recherche des détermi- nations sur le site Tela Botanica (premier site), sur l'INPN (second site, dernière phase de validation des déterminations par des botanistes) ; recherche des lieux et lissage général des données de l'herbier ; relecture et correction de la version finale de l'article. Christophe Reveillard (CR ; USM 602, Taxonomie et collections, UMS CNRS 2700, MNHN) a étudié et validé (ou invalidé) l'ensemble des 1974 planches de l'herbier DP.
, 2011 ; Daoui et Fatemi, 2014 ; Kmoch et al. , 2018). Les données ont été analysées grâce à une analyse factorielle de données mixtes (AFDM) combinée à une classification ascendante hiérarchique (CAH). Seules huit variables ont été prises en compte dans cette analyse (Richesse spécifique totale « RST », Espèces de grandes cultures « EGC », Espèces de cultures maraîchères « ECM », Espèces d'arbres fruitiers « EAF », Région « REG », Cultures associées « C. ASSO », Espèces de bétail élevé « EBE », Végétation spontanée « VEG_SPO » et Âge des oliviers « AGE_OLIV »). Les variables supplémentaires ont servi à interpréter les dimensions de la variabilité. Le logiciel R (version 3. 6. 3, R Core Team, 2022) et les packages FactoMineR et FactoExtra  (Kassambara, 2017)  ont été utilisés.
cahiersagricultures. fr/10. 1051/cagri/2023017/olm. Remerciements. Ce travail a été financé dans le cadre du projet VIANA à travers l'appel conjoint ARIMNet2 2018 par les organismes de financement suivants : ANR (France, convention de subvention n°ANR-17-ARM2-0004), SEESRS (Maroc), FNRSDT-DGRSDT (Algérie). L'ARIMNet2 (ERA-NET) a reçu un financement du 7 e programme-cadre de l'Union européenne pour la recherche, le développement technologique et de démonstration sous la convention de subvention n°618 127. Pour la rédaction de cet article, l'auteur principal a reçu le soutien financier du projet Biodiversity « Boost ecosystem services through highly Biodiversity-based Mediterranean Farming sYstems » financé par le Bundesministerium für Bildung und Forschung -BMBF, Allemagne -(numéro de subvention 01DH20014) dans le cadre européen de la Fondation PRIMA, Section 2 Call 2019 -Multi-topic.
Fonction de mobilisation efficiente des ressources Pour construire le changement, les acteurs de la filière doivent déployer de nouvelles ressources. Cette fonction de mobilisation efficiente des ressources (Fonction 6) se matérialise par des investissements matériels (nouvelles infrastructures ou matériel techniques) et immatériels (ressources humaines, chartres, référentiels techniques…) à l'échelle de chaque organisation ou à l'échelle du réseau formé par la filière (au sens de « network ressources » chez  Musiolik et al. , 2012). Dans la fonction 2, nous avons insisté sur la construction des connaissances qui est une fonction essentielle des activités d'innovation. Ici nous mettons l'accent sur les activités visant à organiser et partager les ressources internes aux opérateurs de la filière (par exemple, organisation de base de données partagées, de méthode commune de diagnostics d'évaluation des pratiques), tout autant que les activités visant à mobiliser d'autres ressources externes de manière efficiente (par exemple mobilisation de nouvelles compétences ou savoirs externes à la filière, investissements collectifs dans de nouvelles infrastructures, négociation tarifaire sur des prestations de services pour les opérateurs de la filière, accès à des subventions et crédits, …).
Remerciements Les auteurs tiennent à remercier les 43 autres experts scientifiques qui ont participé à l'expertise scientifique collective « Impacts des produits phytopharmaceutiques sur la biodiversité et les services écosystémiques » :  Marcel Amichot ,  Joan Artigas ,  Stéphanie Aviron ,  Carole Barthélémy ,  Rémy Beaudouin ,  Carole Bedos ,  Annette Bérard ,  Philippe Berny ,  Cédric Bertrand ,  Colette Bertrand ,  Stéphane Betoulle ,  Ève Bureau-Point ,  Sandrine Charles ,  Arnaud Chaumot ,  Bruno Chauvel ,  Michaël Coeurdassier ,  Marie-France Corio-Costet ,  Marie-Agnès Coutellec ,  Olivier Crouzet ,  Isabelle Doussan ,  Juliette Faburé ,  Clémentine Fritsch ,  Nicola Gallai ,  Patrice Gonzalez ,  Véronique Gouy ,  Mickaël Hedde ,  Alexandra Langlais ,  Fabrice Le Bellec ,  Christophe Leboulanger ,  Christelle Margoum ,  Fabrice Martin-Laurent ,  Rémi Mongruel ,  Soizic Morin ,  Christian Mougin ,  Dominique Munaron ,  Sylvie Nélieu ,  Céline Pelosi ,  Magali Rault ,  Sergi Sabater ,  Sabine Stachowski-Haberkorn ,  Elliott Sucré ,  Marielle Thomas ,  Julien Tournebize  ainsi que les 3 documentalistes,  Anne-Laure.
The authors highlight ASF impacts on prices will benefit certain producers and disincentivize on-farm disease reporting. Chanchaidechachai et al. conducted a regional level study between 2015 and 2016 to investigate the epidemiological consequences of foot and mouth disease (FMD) outbreaks in four Thai districts. The researchers examined epidemiological data from FMD-affected dairy, beef, and pig farms. The differences in FMD outbreak management strategies in each area were investigated to determine the cause of a significant difference in morbidity rates between dairy farms in each area. The authors stress the importance of FMD control in reducing FMD's significant epidemiological and economic impact on Thai farms.
BD geniveg : une base de données française sur les ouvrages de protection de berges en génie végétal BD geniveg : une base de données française sur les ouvrages de protection de berges en génie végétal ans les zones où la pression foncière est forte, l'espace disponible pour les forêts riveraines est souvent réduit et les endiguements et protections de berges associées y sont fréquents. La place disponible pour la conservation ou la restauration d'un espace de mobilité pour le cours d'eau (EBF : espace de bon fonctionnement) est ainsi souvent limitée. En conséquence, les aménagements construits dans l'objectif de protéger les enjeux humains (habitations, infrastructures…) des risques d'érosion sont très contraints. D'une façon générale, les ouvrages de protection de berges sont de trois types : • les ouvrages de génie civil constitués de maçonneries en pierre ou en béton, de gabions ou d'enrochements ; • les ouvrages de génie végétal constitués de végétaux vivants ou morts et qui utilisent les caractéristiques des plantes pour protéger les berges contre l'érosion ; • les ouvrages mixtes qui associent ces deux techniques.
Anne viviER Office français de la biodiversité, Le Nadar, Hall C, 5, square Félix Nadar, F-94300 Vincennes, France. Nous tenons à remercier l'ensemble des personnes qui ont pris le temps de nous répondre, de nous recevoir et de nous transmettre des données sur les ouvrages en génie végétal ainsi que Abigail Killick et Camille Guilloteau qui ont réalisé leurs stages autour de cette base de données.
Depuis 2017 , 2017 INRAE et l'Office français de la biodiversité développent une base de données recensant les ouvrages français de génie végétal pour la protection des berges de cours d'eau : BD GeniVeg. Destinée aux gestionnaires pour faire connaître les ouvrages réalisés, mais également aux chercheurs pour capitaliser des données et faire avancer les connaissances sur ces techniques, cette base comporte aujourd'hui plus de mille ouvrages. Partiellement disponible en ligne, elle permet de faire un premier état des lieux de ces techniques en France en 2020. Son enrichissement doit se poursuivre ces prochaines années afin de mieux couvrir le territoire français et de fournir encore plus d'informations sur les avantages et limites de ces techniques.
D ::::::::::::: Sciences Eaux & Territoires -article hors série n° 78 -2021 BD GeniVeg : une base de données française sur les ouvrages de protection de berges en génie végétalDescription de la base de donnéesLa base de données couvre l'ensemble du territoire français, métropolitain et d'outre-mer. Sa structure a été créée en langage SQL avec le système de gestion de bases de données PostGreSQL (imports automatisés via le logiciel R) et de façon à être extensible à l'échelle européenne. Elle contient des liens vers des bases de données déjà existantes telles que les codes INSEE pour les communes et est compatible avec la base de données européenne Riverwiki. La figure  présente le schéma relationnel simplifié de la base de données. Le cadre bleu montre la base de données construite, avec les différentes tables (représentées par les rectangles avec leur description à l'intérieur).
Le cadre vert contient les bases de données extérieures auxquelles font référence certains champs de la base de données. Par exemple, le code INSEE des communes sert de lien entre la table « OUVRAGE » au sein de la base de données et une table listant les communes européennes issues d'une autre base de données. La table centrale (« OUVRAGE ») regroupe les informations générales sur l'ouvrage (localisation, date de réalisation, hauteur et pente de la berge, position dans le méandre, coûts lors de la réalisation et actualisés en 2016, année précédant la création de la base de données). Elle renvoie ensuite à d'autres tables thématiques, entre autres : Proportion de données disponibles pour quelques variables.
 A. Carte des 772 ouvrages ; B. Table des codes des techniques ; C. Proportion et nombre d'ouvrages dans la base selon la technique employée en pied de berge. ::::::::::::: Sciences Eaux & Territoires -article hors série n° 78 -2021 BD GeniVeg : une base de données française sur les ouvrages de protection de berges en génie végétal ni exhaustive ni homogène : ce projet nous a permis de cibler les régions Occitanie, Bretagne, Normandie et Grand Est en plus de Rhône-Alpes où est située l'équipe qui travaille sur cette base de données (carte figure a). Le choix des régions s'est fait en fonction de la bibliographie disponible, des opportunités et aussi en renforçant les enquêtes dans les zones où peu d'information était recensée jusque-là. La figure  présente la répartition des ouvrages de génie végétal selon leur position dans le méandre (567 données disponibles) et selon l'état de l'ouvrage (574 données disponibles) (voir encadré  pour la définition de l'état de l'ouvrage).
Les ouvrages dans les tronçons linéaires (67 %, figure a) ainsi que ceux en très bon état (38 %, figure c) sont les plus représentés dans la base de données. Le faible nombre d'ouvrages en intrados était attendu du fait de contrainte plus faible : un cours d'eau érode préférentiellement en extrados 1 et peut tendre à sédimenter en intrados. Le grand nombre d'ouvrages dans les tronçons linéaires pourrait être mis en lien avec le fait que les tronçons rectifiés sont souvent linéaires et abritent potentiellement des enjeux à protéger. Les ouvrages détruits représentent eux 9 % des ouvrages recensés. Il est parfois difficile de recenser les ouvrages détruits : absence de trace sur le terrain, de document signalant leur existence, hésitation des gestionnaires à les montrer lors de visite sur le terrain.
Toutefois, il existe un manque de connaissances et de retour d'expérience sur les ouvrages existants, ce qui constitue un frein au développement de ces techniques. En effet, actuellement, on sait très peu de choses sur l'évolution dans le temps de ces ouvrages, notamment en ce qui concerne leur résistance mécanique ou la dynamique de leur végétation. Ces lacunes ont pour conséquences de privilégier encore trop souvent les techniques de génie civil là où des techniques de génie végétal pourraient être utilisées. C'est ainsi qu'est né le projet de recenser les ouvrages en berge de cours d'eau qui comportent des techniques de génie végétal dans une base de données. Ce projet est développé en coopération entre INRAE et l'Office français de la biodiversité depuis 2017. Il a pour but la construction d'une base de données, son alimentation, son actualisation et la mise en place d'une visualisation cartographique en ligne.