dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
Testing the Lake El'Gygytgyn time scale for the last 2. 8 Ma An exceptional lacustrine record from Lake El'Gygytgyn in northeast Russia was recovered in the frame of the International Continental Drilling Project  (Melles et al. , 2012 (Melles et al. , , 2011)). The time scale of this record is based on an integrated approach using information from magnetostratigraphy, correlation to the LR04 stack and astronomical tuning  (Nowaczyk et al. , 2013). Investigating the obliquity component of the magnetic susceptibility record (which represents a proxy for lake oxygenation, as during anoxic phases magnetic minerals were dissolved;  Melles et al. , 2012; Nowaczyk et al. , 2013; Fig. 5 ) indicates a p-value of <0. 049 for the correlation between the dataset-and astronomical obliquity amplitudes, significant at >95% confidence.
The method is tested using two model series (obliquity, Fig. 3 ; the Imbrie ice model, Fig. 5 ), and three proxy data series. It is critical to note that in our assessment of data sets, the specific tuning options investigated may not be the only ones that would result in a statistically significant relationship. A good fit of the data amplitude envelope and ~1. 2 Myr obliquity amplitudes probably allows for a shift in tuning by several individual obliquity cycles. Misfits between data and tuning target may be the result of various issues. Further, the choice of cut-off frequencies for investigating long-term obliquity variations influences results. In the late Quaternary, and specifically the last ~1. 4 Ma, obliquity is not a dominant property of most datasets (e. g. Lisiecki and Raymo, 2005) , and amplitude investigations may give a less good fit than for the time interval from ~3-1.
Both the ~1. 2 Myr and also the ~175 kyr obliquity amplitude components can be seen in Quaternary paleoclimate proxy data and may be used for time scale evaluation and also paleoclimate research. We suggest to generally use wideband filters when amplitudes are to be investigated, which are less affected by frequency modulation effects than narrowband filters, facilitating 'robust amplitudes'. We consistently find elevated obliquity amplitudes around 750 ka in three geological datasets from the northern hemisphere, which may be related to the Mid-Pleistocene transition.
Acknowledgements: C. Z. is funded by a PSL fellowship. The research leading to these results has received funding from the [European Community's] Seventh Framework Programme  ([FP7/2007 ([FP7/ -2013] ]  under grant agreement n°  [215458] , and was also supported by the U. S. National Science Foundation (award EAR-1151438 to SRM). An ESF grant and support from IMMCE, Observatoire de Paris, facilitated personal communication. All data used here is available in the Pangaea database and from other web resources; the R code for generating figures is appended. The  Imbrie & Imbrie (1980)  ice model was constructed using the 'imbrie' function of the 'astrochron' R package, and the 'testTilt' function for 'astrochron' has been created to allow rapid execution and reproduction of results. These two functions will be made available in the 'astrochron' R package parallel to publication of this manuscript.
For plotting purposes, all data series have been standardized (zero mean, unit standard deviation). Figure  8 : Comparison of theoretical obliquity amplitude (black), the three paleoclimate data sets investigated (blue: LR04, red: dust record from ODP Site 659, orange: Lake El'Gygytgyn), and the  (Imbrie and Imbrie, 1980)  ice model (green). Note that all datasets show higher than expected obliquity amplitude in the time interval from 700-900 ka, but this feature is not seen in the ice model nor the theoretical obliquity.
1 2 Table 1 : 21 Properties of tested datasets. MS denotes magnetic susceptibility, * denotes correlations (Spearman rank) between obliquity amplitudes. The 3 p-values, adjusted correlation and noise addition are not useful to determine for several datasets, because original correlation is negative. 4 See the text 5 for interpretations. (Investigated) average data AR(1) standardized original adjusted dataset time span in ka Figure resolution [kyr] correlation noise added correlation* correlation* p-value Obliquity 0-6000 3 1 0. 988 0. 376 1 0. 99 <0. 01 demodulated Obliquity 0-6000 3 1 0. 988 0. 291 0. 54 -0041 - demodulated Obliquity + noise 0-6000 3 1 0. 976 0. 239 -0. 06 -0. 28 - LR04 benthic isotope stack 0-5000 5, 8 2. 5 0. 975 0. 112 0. 638 0. 632 0. 0145 Imbrie & Imbrie 1980 ice model 0-5000 4, 8 1 0.
He will also visit the neighbouring island of Santa Luzia and the close Razo and Branco islets, where he will find the storied giant skink Chioninia coctei (Duméril & Bibron 1839) that is now extinct (Ceríaco 2012); a specimen (MNHN-RA-0. 8299) is available on the MNHN database (science. mnhn. fr). He also went on excursions to Sal and Boavista islands, but these went undocumented unfortunately. April 1785. The arrival on the island of Santiago of the newly appointed governor of Cabo Verde, António de Faria e Maia (succeeding the tyrannical Colonel João Freire de Andrade) improves the situation of Feijó. Indeed, the new governor is very interested in the work of the naturalist and they will have good relations. May-July 1785. Expedition to the island of Santo Antão, poorly documented. Feijó described the island as hard to access.
):NationalMuseum of Natural History in Paris (P & PC), University of Lisbon (LISU), Institut Fondamental d'Afrique Noire in Dakar (IFAN), Firenze (FI), Kew (K) and Berlin (B); *, voucher digitized (D) and available on MNHN, FI, K and B online database/Liste des spécimens d'herbiers provenant de l'archipel du Cap Vert, attribués à João da Silva Feijó et collectés entre 1783 et 1789 ; spécimens déposés dans les Herbiers suivants : Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN) à Paris (P et PC), Université de Lisbonne (LISU), Institut Fondamental d'Afrique Noire à Dakar (IFAN), Florence (FI), Kew (K) et Berlin (B) ; *, spécimens numérisés (D) et accessibles dans les bases de données en lignes du MNHN, FI, K et B. The scientific expedition of João da Silva Feijó to the Cabo Verde Islands/L'expédition scientifique de João da Silva Feijó aux îles du Cap VertThe scientific expedition of João da Silva Feijó to the Cabo Verde Islands/L'expédition scientifique de João da Silva Feijó aux îles du Cap Vert.
Acknowledgements This article is dedicated to the memory of lieutenant colonel João da  Silva Feijó , pioneer of the scientific exploration of the Cabo Verde archipelago. We would like to extend our thanks to  C. Gonçalves  and  M. Pignal  ( MNHN-P ),  A. C. Roque  and  M. M. Torrão  ( University of Lisbon ) and  W. Lobin  ( BONN ) who gave us precious bibliography; to the  Lisbon Academy of Science (ACL)  and the  Lisbon Museum of Natural History (MUN-HAC)  that provided us with high-resolution illustrations; to  C. Aupic ,  T. Deroin  et  J. Florence  ( MNHN-P ) for their valuable commentary concerning the manuscript; to  W. Greuter  ( BGBM-B ) for his help with the botanical nomenclature and  D. Geffard-Kuriyama  from the  Atelier d'Iconographie Scientifique  ( UMS 2700 2AD CNRS MNHN ) for preparing the illustrations.
):NationalMuseum of Natural History in Paris (P & PC), University of Lisbon (LISU), Institut Fondamental d'Afrique Noire in Dakar (IFAN), Firenze (FI), Kew (K) and Berlin (B); *, voucher digitized (D) and available on MNHN, FI, K and B online database/Liste des spécimens d'herbiers provenant de l'archipel du Cap Vert, attribués à João da Silva Feijó et collectés entre 1783 et 1789 ; spécimens déposés dans les Herbiers suivants : Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN) à Paris (P et PC), Université de Lisbonne (LISU), Institut Fondamental d'Afrique Noire à Dakar (IFAN), Florence (FI), Kew (K) et Berlin (B) ; *, spécimens numérisés (D) et accessibles dans les bases de données en lignes du MNHN, FI, K et B. The scientific expedition of João da Silva Feijó to the Cabo Verde Islands/L'expédition scientifique de João da Silva Feijó aux îles du Cap VertThe scientific expedition of João da Silva Feijó to the Cabo Verde Islands/L'expédition scientifique de João da Silva Feijó aux îles du Cap Vert Gardère M.
Centres de Référence Maladies Rares (CRMR) La filière OSCAR est constituée par le rapprochement de 2 centres de référence, qui coordonnent 11 sites constitutifs et 71 centres de compétences, soit un maillage territorial de 84 centres de soins sur le territoire national (Figure  3 ). Ces deux CRMR sont : Les principales actions de la filière sont : • Améliorer la visibilité de la filière OSCAR auprès des patients et des professionnels de santé : Un site internet de la filière OSCAR a été créé en (https://www. filiere-oscar. fr/ ) affichant : -la répartition des acteurs de la filière sur le territoire afin de proposer un accès de proximité aux patients -les productions téléchargeables de la filière en termes de guides de bonnes pratiques, fiches d'urgence ou guides thérapeutiques, -les actions de prise en charge proposées par la filière en direction des patients (actions d'éducation thérapeutique, journées soignants-patients, manifestations des Associations de Patients) ou des professionnels de santé (formations proposées, journées thématiques) -les actions de recherche initiées ou soutenues par la filière (résumé des projets en cours ; appels d'offres pour développer notre recherche, essais cliniques en cours ou à venir, résultats des études terminées), -interface et l'interopérabilité des bases de données existantes avec les bases de données BNDMR/BaMaRa et RaDiCo pour les cohortes MR -liens vers les sites associatifs, des CMRs, des laboratoires de génétique moléculaire et des Institutions.
Questionnaires, measurements of clinical parameters and laboratory methods Extensive questionnaires were filled in by specifically trained medical staff during a faceto-face interview with the participant. Information on exposures was collected. Data concerning socio-economic level, previous personal and family medical history, cardiovascular risk factors, lifestyle habits and drug intake were recorded. Lipid-lowering, antihypertensive and hypoglycemic drug use was defined as the current consumption of a drug prescribed by a physician for treating cholesterol, blood pressure or glucose disturbances. The intensity of statin therapy (high, moderate and low-intensity statin therapy) was assessed using the 2013 ACC/AHA blood cholesterol guideline  [11]. Cholesterol screening within the past 12 months was determined via self-report together with awareness of hypercholesterolemia using the following question: "Have you ever been told by a doctor or other health professional that your blood cholesterol level was high?".
Subjects with potential secondary hypercholesterolemia (hypothyroidism, chronic renal failure, chronic liver disease or cirrhosis without fatty liver) or mixed dyslipidemia (triglycerides >3. 4 mmol/L) were not considered to have FH. Among the 8171 participants, 243 (3%) had missing data for the DLCN score (LDL-C), thus leading to a sample of 7928 subjects analyzed.
Statistical analysis Statistical analysis was performed on STATA statistical software, release 14. 2 (STATA Corporation, College Station, TX, USA). We first described the main characteristics of the participants according to definite, probable, possible or unlikely FH (Table  S1  in Supplementary Materials). The prevalence of FH was presented as a percentage together with the 95% confidence interval [95% CI]. The prevalence of FH was weighted according to the age and sex distribution of the 35-74 year old populations in the French 1995 and 2005 censuses (in Lille, Strasbourg and Toulouse areas) using Taylor linearization  [15, 16]  (Table  1 ). We then compared the main characteristics of the participants with and without definite or probable FH (Table  2 ). Categorical variables were compared between groups using the χ 2 -test (or Fisher's exact test when necessary).
Only two studies have assessed the prevalence of FH in France, but the first was conducted in statin-treated patients  [42]  and the second used a large database of patients of a French university hospital  [43]. These studies were not representative of the French general population. Moreover, we can consider that our study was the first to be conducted in the general population in southern Europe. The other two studies conducted in southern Europe (in Spain  [4]  and in Italy  [44] ) used primary care patients and the SAFEHEART Spanish registry includes only FH with genetic diagnosis  [45] , underestimating the number of FH  [4, 25]. DLCN (modified version of the Dutch Lipid Clinic Network criteria): first degree relative (parents) with known premature (<55 years in men; <60 years in women) coronary or vascular (cerebral or peripheral) disease or hyperlipidemia (1 point); subject with premature coronary artery disease (2 points); subject with premature cerebral or peripheral vascular disease (1 point); LDL-C ≥8.
Acknowledgments Authors would like to thank nurses, physicians, dieticians, computer scientists and secretaries of Lille, Strasbourg and Toulouse and the  Centre de Médecine Préventive de Lille , the  Laboratoire d'Analyses Génomiques  and the  Service de Biologie Spécialisée de l'Institut Pasteur de Lille , the  Centre de Santé de la MGEN de Strasbourg , the  Unité de Coordination de la Biologie des Essais Cliniques des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg , the  Departments of Cardiology of the Toulouse University Hospital , the  Institut National de la Statistique et des Études Économiques (INSEE)  and the city halls which have participated in the three regions. This article is dedicated to  Robert Dufour , a fellow traveller in lipidology.
Funding Sources This work was supported by the  Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) , the  Direction Générale de la Santé (DGS) , the  Institut Pasteur de Lille , the  University Hospital of Lille , the  Fonds d'intervention en Santé Publique , the  Mutuelle Générale de l'Education Nationale, ONIVINS , the  Fondation de France , the  CPAM of Sélestat , the  Fédération Française de Cardiologie , the  Conseil Régional du Nord-Pas de Calais, Parke-Davis ,  Bayer Pharmaceuticals , and the  Centre de Recherche et d'Information Nutritionnelles (CERIN). The  MONALISA Study  was made possible by an unrestricted grant of  Pfizer  and by a grant from  ANR  ( ANR-05-PNRA-018 ). The sponsors did not take part or interfere in the collection, analysis and interpretation of the data, in the writing of the report, or in the decision to submit the article for publication.
La prospection des plans d'eau durait entre 1 et 3 h selon le nombre d'individus détectés et de prises de vues. Les prises de vue étaient analysées sur grand écran pour identifier au niveau spécifique ou infra spécifique chaque spécimen et lui attribuer une identité. Les traits morphologiques remarquables ayant permis l'identification de chaque individu étaient notés afin de s'affranchir des éventuels doublons et assurer l'exhaustivité des recensements. La base de données ainsi constituée a permis d'estimer l'effectif de chaque population par espèce et par parc et d'identifier les espèces les plus propices à l'observation. plus régulièrement les lieux que les usagers de l'Orangerie. Cet échantillon présente un panel socioprofessionnel très large. On notera que les usagers de la Citadelle sont souvent moins formés en biologie/écologie que ceux de l'Orangerie (respectivement 10 % et 15 %).
Remerciements 46 Cette recherche a été initiée  dans le cadre de la Zone atelier environnementale urbaine de Strasbourg (ZAEU)  à l'occasion de l'appel à projet annuel (2017 et 2018). Les auteurs remercient la  ZAEU ainsi que l'Eurométropole de Strasbourg pour le soutien logistique et financier qu 'ils ont apporté à cette étude.
Les quatre taxons toujours repérés lors de nos passages sont les trois sous-espècesde  Trachemys scripta (elegans, scripta, troostii)et Graptemys pseudogeographica (toutes quatre originaires d'Amérique du Nord). Les autres espèces apparaissent moins fréquentes : Pseudemys concinna (Nord américaine) commune aux deux parcs, Pseudemys nelsonii (Nord américaine) et Pelodiscus sinensis (asiatique). Enfin, Ocadia sinensis (asiatique), absente de la base de données naturalistes régionale, a été également identifiée à la Citadelle. Aucune cistude d'Europe Emys orbicularis ni émyde lépreuse Mauremys leprosa, les deux seules espèces de tortues d'eau douce naturellement présentes en France métropolitaine, n'a été repérée au cours de nos inventaires. Parmi les espèces observées en liberté à Strasbourg, deux espèces potentielles de remplacement citées par Bringsoe (2006) ont été retrouvées : G.
RESUME Objectif : Le but de ce travail a été de préciser la place de la chirurgie dans la lombalgie chronique puis de proposer une nouvelle classification basée sur le mécanisme lésionnel. Méthode : Une revue systématique de la littérature a été réalisée en utilisant les bases de données suivantes : Medline, The Cochrane Library, Banque de Données en Santé Publique, Science direct, National Guideline Clearinghouse. Les principaux mots clefs utilisés ont été : back pain or lumbar or intervertebral disc replacement or vertebrae or spinal and surgery or surgical or fusion or laminectomy or discectomy. Résultats : Les techniques chirurgicales de la lombalgie chronique sont représentées par : les techniques de fusion, la prothèse discale, les systèmes de stabilisation dynamique et les dispositifs inter épineux.
Méthode de travail Ces recommandations ont été élaborées en s'appuyant sur une revue systématique de la littérature réalisée par le groupe de travail de l'HAS (haute autorité de santé) 2014-2015 « pertinence de la chirurgie de la lombalgie chronique ». Une revue systématique de la littérature a été conduite en utilisant les bases de données suivantes : Medline, The Cochrane Library, Banque de Données en Santé Publique, Science direct, National Guideline Clearinghouse. Les principaux mots clefs utilisés ont été : back pain or lumbar or intervertebral disc replacement or vertebrae or spinal and surgery or surgical or fusion or laminectomy or discectomy. La bibliographie des publications retenues a été analysée de façon systématique. Les articles en rapport avec les questions posées sont sélectionnés, dans un premier temps, sur le titre et l'abstract (1533 références).
Spine 2011;36(3):183-91 41 Van den Eerenbeemt KD, Ostelo RW, van Royen BJ, Peul WC, van Tulder MW. Total disc replacement surgery for symptomatic degenerative lumbar disc disease: a systematic review of the literature. Eur Spine J 2010;19(8):1262-80 42 Jacobs W, van der Gaag NA, Tuschel A, de Kleuver M, Peul W, Verbout AJ, et al. Total disc replacement for chronic back pain in the presence of disc degeneration. Cochrane Database of Systematic Reviews 2012;Issue 9:CD008326 43 Yajun W, Yue Z, Xiuxin H, Cui C. A meta-analysis of artificial total disc replacement versus fusion for lumbar degenerative disc disease. Eur Spine J 2010;19(8):1250-61 44 Berg S, Tropp HT, Leivseth G. Disc height and motion patterns in the lumbar spine in patients operated with total disc replacement or fusion for discogenic back pain.
Remerciements : Groupe expert ayant participé à la table ronde SFCR- SOFCOT-HAS (Novembre 2014, Congrès de la SOFCOT-PARIS) : Jérôme ALLAIN (Chirurgien orthopédiste), Richard ASSAKER (Neurochirurgien), Cédric BARREY (Neurochirurgien), Emmanuelle CHALEAT-VALAYER (Médecin rééducateur), Hervé HUET (Radiologue), Jean-Charles LE HUEC (Chirurgien orthopédiste), Grégoire LEBLAY (Médecin rééducateur), Gérard MORVAN (Radiologue) ,  Sylvie ROZENBERG (Rhumatologue).
Cette approche fait l'objet d'un essai clinique ouvert de phase I/IIa (NCT03333590 ; https://clinicaltrials. gov/ct2/show/NCT03333590) à doses croissantes aux États-Unis. Son objectif est d'évaluer l'innocuité (signes cliniques, dosages biologiques sériques et urinaires, réponse immunologique à rAAVrh74 et à GALGT2) et l'efficacité (test de marche de 6 minutes ou 6MWT, testing musculaire des muscles des membres inférieurs) de l'administration intravasculaire isolée de rAAVrh74. MCK. GALGT2 chez six patients âgés de plus de quatre ans atteints de DMD. Le vecteur est administré, via l'artère fémorale, aux muscles des membres inférieurs. Une procédure de perfusion intravasculaire modifiée est utilisée pour NOTES 1 Un allèle est hypomorphe lorsque le produit du gène a la même fonction que le gène sauvage, mais qu'il est moins exprimé ou qu'il donne lieu à un produit moins actif.
Un rêve devenu réalité dans la myopathie myotubulaire Les développements de thérapie génique sont plus avancés pour la myopathie myotubulaire, une maladie neuromusculaire congénitale liée à l'X et due à des mutations du gène MTM1 codant la myotubularine. La maladie entraine le plus souvent un décès dans la petite enfance, avant l'âge de deux ans dans plus de 50 % des cas. L'équipe d'Ana Buj-Bello (Généthon, Évry) a développé une biothérapie basée sur l'administration intraveineuse d'un AVV recombinant de type 8 pour apporter le gène MTM1 à l'ensemble des muscles. Les résultats spectaculaires chez des animaux modèles de la maladie  [6]  ont permis le lancement, en septembre 2017 aux États-Unis puis en Europe, d'un essai clinique international de phase I/II (étude ASPIRO) mené par Audentes Therapeutics en partenariat avec Généthon (NCT03199469 ; https://clinicaltrials.
gov/ct2/show/NCT03199469). Cette étude à doses ascendantes et à traitement différé vise à évaluer l'innocuité et l'efficacité préliminaire du produit AT132, un vecteur AAV8 contenant une copie fonctionnelle du gène humain MTM1 (hMTM1). Le produit est administré une seule fois par voie intraveineuse. Il est prévu d'inclure 12 participants âgés de moins de cinq ans. Des résultats préliminaires ont été dévoilés par Ana Buj-Bello. À ce stade, huit garçons atteints de myopathie myotubulaire ont été inclus : sept dans la cohorte 1 (1,0 × 10 14 vg/kg d'AT132), un dans la cohorte 2 (3. 0 × 10 14 vg/kg d'AT132). À un an de leur inclusion, les huit participants sont améliorés sur le plan moteur (échelle de mesure de la fonction motrice CHOP INTEND) et respiratoire [pression inspiratoire maximale (PImax)].
Apport du NGS dans l'amélioration des connaissances Une des raisons de l'appropriation extrêmement rapide du NGS par les biologistes est l'extraordinaire souplesse de cet outil qui leur permet de construire leur propre panel de gènes en fonction de leur activité diagnostique, mais aussi de l'intérêt qu'ils portent à un gène particulier ou à un processus cellulaire particulier, sans réelle contrainte de nombre si ce n'est celles énoncées ci-dessus. On voit ainsi que les panels « os » déclarés dans la base de données Orphanet sur l'indication de fragilité osseuse sont très différents d'un laboratoire à l'autre par la nature et le nombre de gènes testés (Tableau 1). Pour le diagnostic génétique de l'HPP nous avons fait le choix au centre hospitalier de Versailles d'une puce avec un panel de gènes très limité (Tableau 1).
Le NGS à l'origine d'un transfert de compétences Il faut noter que grâce à l'accréditation à la norme 15 189, la qualité des laboratoires de diagnostic génétique en France s'est homogénéisée et normalisée. On peut considérer aujourd'hui que n'importe lequel de ces laboratoires peut séquencer n'importe quel gène avec la même qualité technique et proposer une analyse (interprétation) standardisée basée sur la bibliographie, les bases de données et les outils in silico génériques de prédiction de la pathogénicité  [27] [28] [29]. Le constat évident « tout le monde ne peut pas tout faire » et l'expertise de la pathologie, du gène responsable et de ses mutations justifient, cependant, l'existence d'un (ou plusieurs) laboratoire(s) expert(s) du gène. Avec le NGS de nombreux laboratoires ont maintenant la compétence du séquenc age du gène auparavant étudié seulement par le laboratoire expert.