dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
Les analyses exploratoires suggèrent une amélioration de la PFS et de la survie globale chez les patientes ayant des tumeurs PD-L1+. Par ailleurs, l'étude de phase III randomisée JAVELIN 100 dans le cancer de l'ovaire évaluant la combinaison avélumab + chimiothérapie par carboplatine paclitaxel (trois bras : chimiothérapie seule, chimiothérapie suivie d'avélumab en maintenance et chimiothérapie et avélumab en concomitant suivi d'avélumab seul) a été prématurément interrompu pour futilité suite à une analyse intermédiaire. L'étude Néopembrov (ClinicalTrials. gov Identifier: NCT03275506), actuellement en cours d'analyse, est une étude de phase II multicentrique randomisée, ouverte, évaluant l'ajout du Pembrolizumab à une chimiothérapie standard, vs chimiothérapie seule, en traitement néoadjuvant chez des patientes présentant un adénocarcinome de l'ovaire non éligible à une chirurgie d'emblée.
Concentration of avANP32A was 300 μM and 627-NLS(E) 600 μM. The cross-interaction between hANP32A and 627-NLS(E) is shown for comparison at the same stoichiometric ratio (orange). The avian-specific insert is highlighted by shifting data from hANP32A from residues following the beginning of the insert by 33 amino acids. for the interaction of hANP32A with 627(K) (1700 μM for avANP32A with 627(E)). Notably, the interactions between hANP32A and 627(E) are also weaker (>1400 μM), suggesting that the single E627K mutation plays an important role. Interaction with integral 627-NLS is weaker due to the openclosed equilibrium reducing the population of available binding states. Interaction of the LRR of ANP32A alone with the 627 domain reveals weaker affinity (>1500 μM). Although these interactions are weak, the extended interaction surface involving 80-100 disordered amino acids in h and avANP32A nevertheless results in tighter binding as experienced by 627-NLS.
The folded domain of ANP32A has been assigned previously  52, 53. 13 C α chemical shifts of the intrinsically disordered regions were compared to random coil values using the software SSP  54. 15 N R 1ρ relaxation rates were measured at 293 K and a 1 H frequency of 850 MHz using a spin lock of 1. 5 kHz as described  55. A typical set of relaxation delays included points measured at 1, 15, 30, 50, 100, 140, 200 and 230 ms, including repetition of one delay. Relaxation rates were determined using in-house software and errors were estimated on the basis of noise-based Monte Carlo simulation. Interaction experiments with full-length polymerase were acquired with  15  N-labelled hIDD or full-length  15  N-hANP32A at a concentration of 4 μM after the addition of 32 μM of human FluB polymerase bound to the 5′ terminal viral RNA promoter (5′-pAGUAGUAACAAGAG-3′ OH).
Acknowledgements This project has received funding from the  European Union 's  Horizon 2020 research and innovation programme  under the  Marie Skłodowska-Curie  grant agreement no. 796490  (AvInfluenza) and  HFSP  postdoctoral  HFSP  fellowship  LT001544/2017  'Molecular basis of avian influenza polymerase adaptation to human hosts'. This work used the platforms of the Grenoble Instruct-ERIC centre (ISBG;  UMS 3518 CNRS-CEA-UGA-EMBL ) within the  Grenoble Partnership for Structural Biology  (PSB), supported by  FRISBI  ( ANR-10-INBS-05-02 ) and GRAL, financed within the  University Grenoble Alpes graduate school (Ecoles Universitaires de Recherche) CBH-EUR-GS  ( ANR-17-EURE-0003 ). IBS acknowledges integration into the  Interdisciplinary Research Institute of Grenoble (IRIG CEA ).
Ostéoporose Les données sur l'ostéoporose dans le RPso sont moins nombreuses et moins robustes que dans la PR. Dans le psoriasis, une étude de cohorte au Royaume Uni à partir des bases de données de santé a montré une augmentation du risque de fracture de 10 % (HR = 1,10 ; 95 % IC : 1,04, 1,16) par rapport à des sujets contrôles appariés  [38]. Le risque est un peu plus élevé chez les hommes, similaire quels que soient le site fracturaire, la prise de méthotrexate ou la sévérité de l'atteinte cutanée. Il est un peu plus élevé chez les patients avec un RPso par rapport à un psoriasis isolé mais non significatif. Dans une autre étude toujours au Royaume-Uni, mais à partir d'une autre base de données de santé, le risque de fracture (hanche et vertèbre) par rapport à la population contrôle est augmenté de 7 % dans le psoriasis modéré, 26 % dans le psoriasis sévère, 16 % dans le RPso, et 23 % dans la PR.
Accidents vasculaires cérébraux (AVC) et accidents ischémiques transitoires (AIT) Une étude prospective de cohorte  [45]  a montré que parmi 70 enfants âgés de 6 mois à 10 ans ayant présenté un AVC, 31 % avaient présenté la varicelle dans l'année précédente (contre 9 % dans une population contrôle sans AVC). Une étude anglaise à partir de bases de données et portant sur plus de 100 millions de personnes/année  [46]  a montré chez les enfants une multiplication par 4 du risque de survenue d'un AVC dans les six mois suivant la varicelle. Dans la série canadienne  [43]  , les dix cas d'AVC rapportés sont survenus entre 2 et 25,5 semaines après la varicelle et se sont traduits le plus souvent par une hémiparésie. À la sortie de l'hôpital, 40 % présentaient des séquelles neurologiques qui persistaient dans 33 % des cas à un an.
Une méta-analyse faite par Sanchez-Ramos a identifié 263 études sur le sujet dans les bases de données. Seules 20 études ont répondu aux critères qualité sélectionnés. Dans ces 20 études 2164 femmes asthmatiques étaient inclues. 425 d'entre elles avaient un APM : le risque d'APM est double chez les femmes ayant eu des règles précoces. Chez ces patientes la durée du cycle menstruel est rapportée plus courte (27,8 vs30,2 p<0. 01) ont plus de jours de saignement (6,6 vs 5,5 p=0,05) et une plus grande fréquence des dysménorrhées. La sensibilité à l'aspirine est retrouvée plus fréquemment (9). La plupart des auteurs rapportent un lien très clair entre un syndrome prémenstruel et un APM chez les asthmatiques : plus grande fréquence de l'anxiété, d'un syndrome abdominal, d'une tension mammaire et d'une hyper sialorrhée (29).
Exclusion criteria included: incomprehension of French and contraindication to receiving HZ vaccine such as immunosuppressive therapy. Data was collected anonymously. Individuals were interviewed on their knowledge and perceptions of HZ disease and vaccine, their history of HZ, treatment received and whether they had had PHN. The acceptability of vaccination was assessed by asking people whether they would agree to be vaccinated against HZ if they had risk factors. A proven document of vaccine against HZ was requested.
recherche d'articles originaux a été réalisée sur une seule base de donnée PubMed en utilisant les mots-clés suivants : « psoriatic arthritis[MeSH Major Topic] » and (« Natural History[All Fileds] » or « Pronostic[All Fields] » or « Structural Progression[All Fields] » or « mutilans[All Fields] » or « deformities[All Fields] » or « dactilytis[All Fields] » or « axial[All Fields] » or « Functional[All Fields] » or « Quality of life[All Fields] » or « Work[All Fields] » OR « Uveitis[All Fields] » or « Inflammatory bowel disease[All Fields] » or « comorbidities[All Fields] » or « mortality[All Fields] ».
1. Méthodologie de l'analyse de la littérature La recherche d'articles originaux a été réalisée sur une seule base de donnée PubMed en utilisant les mots-clés suivants : « psoriatic arthritis[MeSH Major Topic] » and (« Natural History[All Fileds] » or « Pronostic[All Fields] » or « Structural Progression[All Fields] » or « mutilans[All Fields] » or « deformities[All Fields] » or « dactilytis[All Fields] » or « axial[All Fields] » or « Functional[All Fields] » or « Quality of life[All Fields] » or « Work[All Fields] » OR « Uveitis[All Fields] » or « Inflammatory bowel disease[All Fields] » or « comorbidities[All Fields] » or « mortality[All Fields] ». Tableau 1 Facteurs associés au pronostic du rhumatisme psoriasique. Critère Facteurs associés Références Facteurs généraux de mauvais pronostics Atteinte polyarticulaire Gossec et al.
Cette donnée n'a pas été investiguée pour les publications suite à la communication dans un congrès franc ais. Aussi, nous avons mené une étude comparant les principaux outils de mesure bibliométrique avec pour objectifs d'évaluer : • le taux de publications après une communication orale aux congrès de la Société francophone d'arthroscopie (SFA) 2013 et 2014 en fonction de la source de données bibliographiques utilisée ; • le taux de citations de ces publications en fonction de la source de données bibliographiques. L'hypothèse était que le taux de publications et de citations étaient différents selon la base de données bibliographiques consultée.
Discussion À partir d'un exemple sur les publications après communication aux congrès de la SFA, l'hypothèse de l'étude a été confirmée. Il existe une différence en ce qui concerne le taux de publications référencées à la suite d'un congrès en fonction des bases de données consultées. Nous observons ainsi un taux de publications référencées par Web of Science inférieur de 4 % (7/199) par rapport aux bases de données Medline et Google Scholar (p = 0,002). Le développement d'internet au début des années 2000 a fait que les bases de données bibliographiques informatisées sont devenues le standard pour l'accès aux données scientifiques  [9]. De multiples sources bibliographiques sont disponibles mais il n'est pas simple de définir la source la plus adaptée pour répondre à une question donnée. En effet, plusieurs critères peuvent être pris en compte tels que le fonctionnement de la base de données, sa spécialisation, sa pertinence, son objectivité et son volume de références  [19] [20] [21].
Web of Science est la base de données généraliste la plus ancienne  (1960). Elle est détenue par la société privée Clarivate Analytics et son accès internet depuis 1997 est payant. Elle référence plusieurs bases de données spécialisées notamment en médecine, biologie, agriculture, mathématiques, droit. Les documents référencés sont au nombre de 100 millions environ, et les plus anciens datent du début du XX e siècle  [9]. Google Scholar est la base de données généraliste libre d'accès créée par Google en 2004. C'est aujourd'hui la base de données la plus utilisée au monde  [22]  du fait de son accessibilité et de sa facilité d'utilisation. C'est aussi la base de données la plus critiquée car il semble que cette base de données souffre d'un problème de validité des documents référencés  [9].
En effet, son mode de référencement n'est pas contrôlé par un comité ou selon des règles préétablies et officielles. La qualité des documents référencés est donc très variable, allant d'articles dans des revues de référence (avec comité de lecture), des articles dans des revues en accès libre (open access), des thèses de doctorat, des livres, mais aussi des documents libres ou commerciaux non validés (la littérature grise)  [23]. Environ 389 millions de documents étaient référencés en 2019, dont les plus anciens datant du XVIII e siècle  [9]. Medline, est une base de données spécialisée en sciences de la vie et biomédicale depuis 1972, avec des documents référencés depuis le début du XX e siècle. Elle est gérée avec des fonds publiques par la Bibliothèque Nationale de Médecine Américaine (United States National Library of Medicine).
Son accès est gratuit via PubMed. En 2019, elle comprenait plus de 31 millions de documents référencés dans environ 5600 revues sélectionnées par un comité d'experts (Literature Selection Technical Review Committee)  [24, 25]. Cette sélection est faite sur un ensemble de critères dont : la qualité et la portée des études publiées, la crédibilité et l'indépendance du comité de rédaction, la méthodologie de sélection d'un manuscrit. Seul 20 à 25 % des revues analysées seront finalement indexées. Cela en fait la base de données la plus utilisée par les chercheurs en biologie et médecine. Ces observations sur le fonctionnement des 3 bases de données utilisées pour cette étude permettent donc d'expliquer les résultats de ce travail. Sur les 7 articles  [6] [7] [8] [15] [16] [17]  non retrouvés dans la base de données Web of Science, 5 articles  [6] [7] [8] 15, 17]  étaient publiés dans des revues non référencées directement par cette base de données.
Concernant les 2 derniers articles  [16, 18] , ils étaient publiés dans une revue référencée par Web of Science et il s'agissait donc probablement d'un problème de référencement de l'article en lui-même au niveau de son « identifiant numérique d'objet » DOI. Concernant le taux de citations, ce dernier est d'autant plus important que le volume des références (la taille de la base de données) est grand. Google Scholar permet donc de retrouver un taux de citation 1,5 à 3,4 fois plus élevé en moyenne que les autres bases de données pour un article. Néanmoins, plusieurs études estiment que Google Scholar ne peut pas être considéré comme un outil fiable pour des travaux bibliométriques ou l'évaluation de la visibilité d'un chercheur ou d'une revue  [26, 27]  car son fonctionnement est « obscur »  [9]  et les résultats non contrôlés.
Cette étude présente 2 limites principales : • le choix de prendre comme liste de recherche initiale les articles publiés après une communication orale à un congrès généraliste d'orthopédie dédié à la chirurgie arthroscopique (SFA). En l'occurrence ? les publications à propos des données bibliométriques des congrès notamment en orthopédie-traumatologie sont nombreuses sur les dernières années  [11]  mais cela permettait donc d'avoir un repère quant au taux de publications que l'on pouvait attendre. En utilisant une méthodologie de recherche des publications similaire à celles d'articles publiés sur le sujet  [3] , cela a permis de retrouver un taux compris entre 44,7 et 48,2 %, ce qui correspond à la moyenne des congrès comparables  [3, 11]. Ainsi, l'utilisation des communications à la SFA comme base de travail et exemple pour illustrer l'hypothèse était validée ; • la recherche des publications sur chaque base de données a pu être non exhaustive car réalisée manuellement pour 2 d'entre elles.
Conclusion Le taux de publications après une communication orale aux congrès de la SFA 2013 et 2014 varie de 44,7 % à 48,2 % selon la base de données utilisée. Cet exemple illustre les différences bibliométriques que l'on peut observer d'une base de données à une autre. Il semble que Google Scholar et Medline permettent de retrouver le plus publications référencées (à égalité). Des différences encore plus marquées existent concernant les taux de citations d'un article (1,5 à 3,4 fois plus de citations avec Google Scholar). Tout travail de bibliométrie, quel qu'en soit le but, doit donc présenter une méthodologie de recherche claire et rigoureuse et multiplier les sources de données afin d'être exhaustif et permettre les comparaisons entre études.
Ainsi en 2016, une base de données dénommée LiSSa pour littérature scientifique en santé (http://www. chu-rouen. fr/cismef), dédiée à la littérature médicale en langue française était inaugurée. La même année, l'Académie Nationale de Médecine (http://www. academiemedecine. fr/wp-content/uploads/2016/01/Communiqu%C3%A9-vot%C3%A9-le-26janvier. pdf) soulignait sa convergence de vue avec les doyens des facultés de médecine soutenant l'initiative prise par les structures universitaires d'inclure dans le dossier de candidature universitaire un score pédagogique -affublé de l'acronyme SIAPS pour score individuel d'aptitudes pédagogiques en santé -calculé sur les articles de formation publiés en français. Enfin, le 15 avril 2019, une prestigieuse revue médicale en langue anglaise, Lancet Global Health, publiait -en français !!! -un plaidoyer contre l'exclusion des francophones dans la recherche en santé mondiale  [23].
Introduction. -La réalisation d'une revue (systématique) de la littérature repose sur les recomman dations PRISMA dont les quatre étapes sont détaillées dans le diagramme de fl ux. À ce jour, il n'existe pas de procédure qui détaille ces quatre étapes et qui repose sur l'utilisation d'outils simples et gratuits. Cet article pédagogique vise à présenter cette procédure. Matériel. -Le logiciel de gestion de bibliographie Zotero (5. 0. 84) et le tableur Microsoft ® Excel (16. 16. 18). Méthode. -La première étape décrit l'importation des références dans Zotero puis dans Excel. La seconde, permet d'identifi er les doublons, puis de les supprimer. La troisième porte sur l'identification des articles éligibles d'après la lecture du titre et du résumé. La quatrième présente l'éligibilité des articles pour leur inclusion dans la revue sur la base de la lecture entière du manuscrit.
La procédure de la revue (systématique) de la littérature est décrite dans les recommandations PRISMA « Preferred Reporting Item for Systematic Review an d Meta-Analysis ». Celles-ci détaillent, en particulier, les étapes d'identifi cation et de sélection des articles  [7, 8]. Le diagramme de fl ux de PRISMA résume ces quatre phases : • identifi cation des références  [7, 8]  après interrogation d'une ou plusieurs bases de données (revue systématique) ; • sélection des références basée sur la lectu r e du titre et du résumé après suppression des doublons lorsque plusieurs bases de données ont été consultées  [7, 8]  ; • éligibili té des articles après lecture du texte intégral ; • inclusion des études. La sélection, l'éligibilité et l'inclusion dépendent des critères d'inclusion et d'exclusion fi xés a priori selon la question de recherche  [7].
À ce jour, en part iculier, dans la perspect ive de la réalisation d'un mémoire, il existe différents outils pour guider la réalisation d'un travail de revue de la littérature. Pour n'en citer que quelques uns : Covidence (https://www. covidence. org/home), Rayyan (https://rayyan. qcri. org/welcome), Rev Manager (https:// community. cochrane. org/help/tools-and-software/revman-5), ou DistillerSR (https://www. evidencepartners. com/products/distillersr-systematic-review-software/) [9]. Mais tous nécessitent au minimum une inscription et la majorité ne sont pas gratuits ou simples d'utilisation. L'objectif de cet article « pratique » est de détailler les différentes actions nécessaires pour réaliser une revue (systématique) de littérature et compléter la cellule correspondante du diagramme de fl ux ainsi que des étapes de contrôle.
MATÉRIEL ET MÉTHODE Pour réaliser cette procédure, deux logiciels ont été utilisés : Zotero (5. 0. 84), un gestionnaire de bibliographie opensource et gratuit (https://www. zotero. org/), ainsi que Microsoft ® Excel (16. 16. 1 8). L'utilisation de Zotero permet une gestion simplifi ée des références, mais comporte l'inconvénient de ne pas pouvoir simplement permettre de « retour en arrière » en cas d'erreur (e. g. , suppression ou déplacement d'une référence entre collections) à la différence d'Excel. Excel est donc utilisé pour indiquer les décisions quant aux différentes étapes de PRISMA  [7]. Ces décisions sont ensuite appliquées dans Zotero. Enfi n, la comparaison entre Zotero et Excel permet de vérifi er l'absence d'erreurs aux différentes étapes. Cet article repose sur l'utilisation de documents Excel supplémentaires vierges (Annexe 1.
Pratique Procédure pour conduire avec succès une revue de littérature selon la méthode PRISMA OR ''quadriplegia'' AND ''rehabilitation'' AND ''upper extremity'' AND ''clinical trial'' NOT ''surgery'' NOT ''tendon transfer'' NOT ''nerve transfer'' NOT ''implanted electrodes'' NOT ''review'' »  [12 ]  (Fig. 1A ). La recherche, réalisée sans limitation de date de début et jusqu'au 12 décembre 2019, a identifi é 76 références  1. Avant de réaliser l'import de ces références vers la sous-collection « 1. 1 base de donnée A » (ici PubMed) contenue dans la collection « 1. Identifi cation » de Zotero, il convient de vérifi er que la page Internet consultée affi che bien l'ensemble des références (e. g. , ici affi chage par 100 références). Après cette vérifi cation, l'ensemble des références est sélectionné, puis exporté (Fig.
1B ). Si le nombre total de références identifi ées dépasse 200, l'exportation vers Zotero doit être répétée pour chaque page (Fig. 1C ). Enfi n, reporter le nombre de références identifi ées dans la cellule correspondante du diagramme de fl ux, pour compléter l'étape d'identifi cation (Fig. 1D ). Dans le cas d'une recherche systématique, l'exportation des références se fait vers les sous-collections correspondantes (e. g. , « 1. 2. base de donnée B » jusqu'à « 1. n. base de donnée n ») de la collection « 1. identifi cation » de Zotero. À ce stade, les documents issus des autres bases de données sont utilisés. Dans le cas de l'interrogation de cinq bases de données (PubMed, PEDro, Web of Science, Scopus, et CEN-TRAL), l'exportation des références identifi ées est réalisée vers les sous-collections Zotero de « 1.
Étape de sélection : identifi cation des doublons Le risque d'une recherche systématique avec interrogation de plusieurs bases de données est d'identifi er une même réfé rence plusieurs fois. Les doublons doivent être identifi és. Pour préparer cette identifi cation dans Zotero, sélectionner les références contenues dans les sous-collections 1. 2 à 1. 6 et les coller dans la collection « 2. Id tot ref avec doublons » (Fig. 2A ). Puis, toujours dans Zotero, générer la biblio graphie de s références identifi ées (Fig. 2B ) et l'exporter vers Excel. La base de données où l'identifi cation a été effectuée et spécifi ée par un en-tête (e. g. , « 1. 2 base de donnnée A (e. g. , PubMed) »), et un code couleur (e. g. , rouge, orange, vert, jaune et bleu). Ce code couleur est utile pour faciliter l'identifi cation des doublons et déterminer de quelle base de données ils proviennent lors de la suite de la procédure dans Excel (Fig.
2C ). Dans la feuille Excel « 2. Id tot ref avec doublons », supprimer les en-têtes qui indiquent les bases de données, puis classer les références de la colonne A par ordre alphabétique selon le nom du premier auteur. Le nombre total de références avec doublons apparaît lorsque l'intégralité des références est sélectionnée (n = 155), (Fig. 2D ). Puis, retourner la collection « 2. Id tot ref avec doublons » dans Zotero et vérifi er que le nombre de références affi chées est ide ntique à Excel (n = 155). Dans Zotero, le classement par titre permet de visualiser les doublons (Fig. 2E ). Dans Excel, l'identifi cation des doublons peut être faite manuellement en indiquant le chiffre 1 à chaque doublon rencontré dans la colonne B, ou automatiquement en appliquant à la colonne C la fonction « supprimer les doublons » qui se trouve dans l'onglet « données » de Excel (Fig.
CONCLUSION Cet article pédagogique documente une procédure qui repose sur l'utilisation de Zotero, un logiciel de gestion de bibliographie gratuit, ainsi que sur celle d'Excel, un outil largement répandu et utili sé. Il détaille un processus très souvent rapidement traité, alors qu'il s'agit d'une étape cruciale pour obtenir le matériel nécessaire à la réalisation d'une revue de littérature.
(6) Une fenêtre s'ouvre et cliquer « select all » pour sélectionner l'ensemble des références de la page puis ; (7) « OK » pour exporter ; (8) Dans la sous-collection Zotero « 1. 1. PubMed […] » ; (9) vérifi er que les 76 références ont été importées et ; (10) reporter ce nombre dans le cadre correspondant du diagramme de fl ux. Répéter l'opération avec les références identifi ées dans l'exemple : (11) en sélectionnant la sous-collection « 1. 2. Base de données A (e. g. , PubMed) ; (12) en notant le nombre de documents sélectionnés et ; (13) en le reportant dans le diagramme de fl ux. Répéter cette opération pour les quatre autres bases de données (PEDro, Web of Science, Scopus et CENTRAL).