dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
Des méthodes traduisent les avis qualitatifs des experts en valeurs numériques. 4-Collecter les données géographiques correspondant aux facteurs identifiés. Selon l'unité de calcul, ces données sont collectées sur le terrain ou proviennent d'instituts nationaux ou de bases de données géographiques accessibles sur internet. 5-Créer des indices de risque spatialisés et standardisés. Pour chaque unité géographique élémentaire, les données géographiques sont transformées pour attribuer à chaque critère une valeur numérique reflétant le risque selon le critère étudié : de 0, risque très faible, à 1, risque fort. Cette transformation reflète la relation entre le critère et le risque étudié, relation qui peut prendre différentes formes (croissante, décroissante, avec un optimum, linéaire ou non) et qui doit traduire les avis qualitatifs des experts.
C'est à partir de ces bases de données géo-référencées que nous avons effectué des requêtes thématiques et spatiales, et que nous avons construit des cartes thématiques par l'intermédiaire du logiciel QGIS 2. 14. de 1976, 1986, 2002, 2017 et  proviennent respectivement des satellites Landsat 2, Landsat 5 TM, Landsat 7-ETM+ (Enhanced Thematic Mapper Plus) et Landsat 8. Ces quatre années ont été choisies car les quatre scènes datent toutes du mois de janvier. La qualité des images prises par le satellite à ces dates offre une base comparative. Le mois de janvier est généralement un mois sec car il correspond à la période d'harmattan (vent sec, poussiéreux et frais venant du Sahara) particulièrement présent au nord-est de la Côte d'Ivoire. Ainsi la couverture nuageuse est souvent très faible à cette période.
Remerciements Nous remercions le  LABEX ITEM (Innovations et Territoires de Montagne) pour son soutien financier à la recherche présentée ici, via le projet AlpSols « Approche interdisciplinaire des rapports sols/sociétés en milieu de montagne à l 'heure du changement climatique » (juillet 2016-juin 2018). Nous tenons à remercier tout particulièrement les participants au projet AlpSols :  Jérôme Poulenard ,  Isabelle Arpin ,  Coralie Mounet ,  Roberto Geremia  et  Yves Perrette. La réflexion présentée ici n'aurait pu voir le jour sans leur participation ; elle s'est nourrie des discussions menées avec eux au cours du projet. Nous remercions également vivement toutes les personnes qui nous ont accordé leur temps lors d'une interview, contribuant ainsi largement à l'avancement de cette recherche.
Introduction La demande pour une science qui réponde aux besoins sociétaux est de plus en plus forte chez les décideurs et les bailleurs publics et privés  (Rafols et al. , 2015). Cette demande interroge une offre de progrès scientifique et technologique susceptible d'induire des processus d'innovation connectés aux préoccupations sociétales. Dans les pays en développement, où les structures scientifiques, technologiques et industrielles sont relativement fragiles, les études tendent principalement à référencer les conditions d'existence de leurs interactions plutôt qu'à discuter de l'utilité de ces dernières  (Gallaud, 2014 ; Casadella et Tahi, 2017). Une partie des difficultés à évaluer l'utilité de la science réside dans la faiblesse des bases de données statistiques et des compétences pour mesurer la capacité des politiques de recherche à stimuler les processus d'innovation intégrant les attentes de développement des divers acteurs.
Certaines questions, par exemple, celle de la corruption, sont délicates à aborder du fait des biais d'observations. Cependant, les aspects relevant de la fiscalité  ou de l'accès au crédit des entreprises constitueraient potentiellement des champs de recherche fertiles pouvant déboucher sur des recommandations fortes en termes de financement de l'innovation. La faible correspondance entre les priorités des entreprises agroalimentaires et la production de connaissances scientifiques est mise en évidence par nos résultats. De fait, une contribution majeure de la recherche scientifique est restée non analysée au regard d'une démarche méthodologique focalisée sur l'usage d'une base de données bibliométriques et d'une enquête nationale sur les besoins du secteur entrepreneurial. Cette contribution concerne la formation de compétences et de capacités d'apprentissage, parfois rassemblées sous le vocable de « capital humain »  (Arvanitis et al.
, 2016) , qui sont aussi des sources majeures de processus d'innovation plus fondés sur l'imitation et le transfert de technologies que sur la conception d'innovations technologiques  (Godin et Vinck, 2017). Enfin, l'hypothèse méthodologique retenue pour assurer les critères de pertinence et de légitimité restreint l'analyse de l'offre de connaissances aux seules publications scientifiques. Cela écarte la production des revues sans comité de lecture et les rapports de recherche, qui constituent une part importante des publications des chercheurs du Sud. Résoudre ce problème pose un autre défi méthodologique, et nécessite donc d'autres travaux, pour sécuriser différemment les indicateurs de pertinence et de légitimité. Le test d'applicabilité d'un cadre d'analyse méthodologique d'évaluation de la relation offre-demande de recherche dans le contexte des bases de données secondaires disponibles dans un pays en développement apporte des informations sectorielles mais ne peut être exhaustif sur l'analyse d'un alignement général.
Remerciements La recherche dont est issu cet article a bénéficié d'un financement de l' Agence Nationale de la Recherche  (programme  AGROBIOSPHERE) sous l'agrément n°   ANR-13-AGRO-0006  pour le projet « Transition agroécologique des territoires : une boîte à outils pour concevoir et mettre en oeuvre une transition agroécologique des territoires agricoles avec les acteurs locaux » (TATABOX) et du projet  PSDR ATA-RI financé par l'INRA et la Région Occitanie. Les auteurs remercient les relecteurs pour leurs remarques sur ce texte.
L'enquête auprès des producteurs Les enquêtes ont été réalisées auprès des producteurs de PAM. Du fait de l'absence de base de données sur ces types de producteurs dans la ville  (Dasylva, 2013) , la collecte des données s'est appuyée sur le porte-à-porte. La procédure a consisté à repérer des parcelles de PAM et à identifier ensuite de proche en proche leurs exploitants. Les levées de surface et la prise des coordonnées géographiques des parcelles ont été réalisées à l'aide d'un GPS. Pour l'enquête, nous avons établi un questionnaire qui porte sur les caractéristiques des ménages des producteurs, les pratique de culture, le statut et la tenure du foncier exploité, les services environnementaux et socioéconomiques des microexploitations des PAM. Il a servi à collecter les données auprès de 70 producteurs répartis dans 5 quartiers.
Le traitement des données Les données cartographiques ont été corrigées et extraites par le logiciel MapSource sous format de fichier gpx. Elles ont été vectorisées à l'aide du logiciel Qsis. Les cartes ont été réalisées l'aide du logiciel ArcGIS 10. 2. 2. Les données issues des enquêtes ont été traitées à l'aide du logiciel Sphinx Plus 2. Il a permis de réaliser des analyses univariées portant sur les micro-exploitations de PAM. Elles ont permis de déterminer les tendances centrales des différentes variables.
Log(Var(E ijk )) = µ + α i + β j + γ k (Éq. 2) De façon à tenir compte de son contexte spatial, le secteur est considéré comme appartenant à une zone agro-climatique. L'effet « secteur » sur l'espérance comme sur la variance de l'erreur de prévision a ainsi été hiérarchisé en « zones agro-climatiques » et « secteur dans les zones agro-climatiques ». L'analyse statistique a été réalisée au moyen de la procédure MIXED du logiciel SAS 9. 4 (SAS Institute Inc. , Cary, NC, USA).
Remerciements Ce projet a été financé par la SODEFITEX et appuyé scientifiquement par le CIRAD. Les auteurs adressent leurs remerciements aux collègues de la SODEFITEX et aux partenaires producteurs de la FNPC, pour leur contribution extrêmement précieuse dans la collecte de données. Notre gratitude à  Monsieur Alfousseynou Coly de BAMTAARE  pour la réalisation des cartes du bassin cotonnier avec toutes les informations requises.
Évaluation des méthodes d'estimation du rendement technique (RT) -délimitation des parcelles -carnets de gestion (typologie des -gestion des intrants et du crédit agricole exploitations, superficies, utilisation des -messages techniques intrants) et du crédit agricole -suivi de la culture -fiches techniques (langues vernaculaires) -recensement des pratiques culturales -manuel de reconnaissance et de contrôle des bioagresseurs -manuels d'entretien et réparation des équipements agricoles Conseiller technique (CT) -organisation et suivi de la production -fiches de suivi de campagne agricole -relevés pluviométriques -organisation de chantiers : réparation du -carnets de situation du crédit et des matériel agricole, traitements stocks phytosanitaires, etc. -base de données informatisée de -formation des RT et des producteurs statistiques agricoles -gestion des intrants (réception + stocks) et du crédit agricole Chef de secteur (CS) -définition du plan de campagne agricole et -procédures d'observation des parasites, logistique -base de données producteurs et -organisation, suivi et supervision des statistiques agricoles activités agricoles et logistiques -protocoles d'essais et procédures de -suivi du programme de recherche et certification des semences développement et de production de -rapports mensuels/déroulement de la semences campagne et la gestion des intrants -relations avec les autorités administratives et religieuses locales Responsable régional (RR) -gestion administrative et financière de la -procédures administratives, budgétaires Région et comptables -traitement des statistiques agricoles -planning de commercialisation du -supervision des programmes de recherche et développement et de production de semences -relations avec les autorités administratives, -pilotage des Processus Achat coton-graine et -calcule, pour chaque paire d'experts, la combinaison -toutes les prévisions de rendement délivrées sont coton-graine -documents de management opérationnel linéaire des différences de valeur entre les critères, indépendantes les unes des autres.
, 2009) , l'Inra entreprit en 2015 une nouvelle expertise scientifique pluridisciplinaire visant à effectuer une revue critique de la littérature sur la conscience animale. Ce travail a été fait à la demande de l'unité Santé et Bien-Être animal de l'Autorité européenne de sécurité alimentaire (requête EFSA-Q-2015-00390, contrat n° EFSA/Inra/2015/01), localisée à Parme en Italie. La Délégation à l'Expertise scientifique collective, à la Prospective et aux Études de l'Inra a coordonné de 2015 à 2017 le travail d'un collectif d'experts (voir la liste en fin d'ouvrage) de champs disciplinaires variés, des sciences biologiques et sociales. Leur rapport en anglais (169 pages, 659 références, Le  Neindre et al. , 2017)  s'appuie sur une analyse aussi exhaustive que possible (3 000 articles) des connaissances scientifiques et philosophiques disponibles dans la littérature internationale, issues en particulier de la base de données bibliographique Web of Science TM Core Collection.
Remerciements Nous remercions  Valeria SINISCALCHI , anthropologue de l' École des Hautes Études en Sciences Sociales pour sa relecture attentive de notre grille d 'entretien et ses conseils précieux, ainsi que deux référés anonymes pour leurs remarques et commentaires. Cette étude a bénéficié du soutien financier du  Labex DRIIHM  ( Observatoire Hommes-Milieux Littoral méditerranéen ), dans le cadre du programme Investissements d'avenir du gouvernement français pendant une période de 12 mois entre 2012 et 2013. « Les Boues Rouges  » L'usine de transformation de bauxite en alumine de Gardanne a été créée en 1893, à proximité des mines de bauxite et de charbon à l'époque. Les résidus de la transformation sont des matériaux très polluants, contenant en particulier de l'arsenic et, du fait des bauxites utilisées à l'heure actuelle, une quantité non négligeable d'uranium 238.
Pre-designed automated bioinformatics workflows will allow an efficient analysis of datasets, providing information on the presence or absence of all targeted pest(s) in the selected crop(s). Moreover, national large-scale non-targeted analysis of viruses, for example virome scanning for viruses present in cultivated and wild plants of a botanical family or genus, can be performed with these technologies. Countries that know the potential pests already present in their territory will have an advantage in managing the associated phytosanitary risks. The certification of nuclear stocks and propagation materials also requires screening of specific targeted pests. As such, HTS analysis can be applied in a similar way as described for surveillance programmes. HTS analyses have the potential to eventually replace lengthy and tedious resource-intensive biological indexing for regulated pests, shortening and streamlining indexing cycles; increasing the pace of flow of novel varieties to growers is an additional advantage.
In this respect, in several field applications, HTS has been found to be superior to standard bioassays for the detection of low-titre viruses  (Al Rwahnih et al. , 2015). Post-entry quarantine testing, as required, for example, for imports of potato germplasm, prescribes specific testing for a number of pests and a broad screen for other pests by visual inspection and bioassays. For screening of specific pests, targeted HTS analysis can be applied. However, HTS will also allow a non-targeted analysis of the generated datasets expanding the post-entry testing to unexpected and unknown pests present in imported plant material. Other advantages of HTS technologies are related to an increase in the amount of genomic data obtained compared with conventional molecular techniques. This can improve researchers' understanding of the genomic diversity within a species (or at a lower taxonomic level), resulting in a better taxonomic assignment for unambiguously identified pests, a better appraisal of the impact of a pest's genetic diversity and better design of targeted molecular tests.
Data sharing Whilst it is standard practice among academics to share HTS datasets generated for research purposes, the sharing of such 'raw' datasets is less likely in a regulatory context. There could be benefits in sharing these datasets to facilitate movement of plants (e. g. by sharing information on the health status of propagative material). However, it is recognized that release of such data may pose a risk of the misuse of new findings to hamper the international movement of plants and plant products. Therefore, HTS data management and accessibility is another important decision to be taken by plant health regulators, for which a cost-benefit evaluation will be required. There may be additional complexities for regulators with datasets generated for research purposes that concern endemic pests or even healthy hosts explored by HTS technologies.
Il serait vain de recenser l'abondante littérature (notamment dans la REI qui fut un lieu de publication majeur de ces travaux) depuis les textes initiaux d  'Aujac (1960)  jusqu'au manuel de référence contemporain  de Miller et Blair (2009)   2  qui a cherché à affiner les méthodes d'identification des filières mais soulignons que cette dernière méthode connaît un regain d'intérêt avec le développement de la base de données WIOD (World Input-Output Database) sur lequel nous reviendrons. Si l'intérêt de l'approche par filière était de déployer une analyse méso-systémique, c'est également ce qui en fit la limite car, à partir des années 1980, la croissance des firmes multinationales amène à s'interroger sur la pertinence d'un raisonnement stato-centré : les filières (nationales) semblent se déliter sous le jeu des stratégies individuelles d'internationalisation des firmes  (Jacquemin et Rainelli, 1984).
(Auer et al. , 2017)l, de l'Emploi, de la Formation professionnelle et du Dialogue social, mardi 20 janvier 2015, Collège de France, Paris. 7Theimplications of Global Value Chains for trade, investment, development and jobs, OECD, WTO, UNCTAD, August 6, 2013. Preparation for the G-20 Leaders Summit Saint Petersburg (Russian Federation), September 2013. lamanièredontl'activité économique est comprise au niveau international. La création de la World Input-Output Database à partir de 2012(Timmer, Dietzenbacher, Los, Stehrer et de Vries, 2015), puis de la base de données Trade in Value Added réalisée conjointement par l'OCDE et l'OMC marquent de ce point de vue une étape importante. Avec la mise à disposition de ces séries, la problématique des chaînes globales de valeur a pu être introduite pleinement dans la réflexion macroéconomique, principalement dans le cadre des travaux empiriques portant sur l'évolution de la compétitivité internationale, de l'emploi, des salaires ou de l'investissement des différents pays en fonction de leur insertion dans les chaînes.
L'article de Kaio Costa, Marta Castilho et Martín Puchet intitulé « Structure productive et effet d'entraînements productifs à l'ère des chaînes globales de valeur : une analyse input-output » constitue un bel exemple d'un tel apport méthodologique. À partir de la base de données WIOD, les auteurs cherchent à évaluer dans quelle mesure l'insertion des pays dans les chaînes de valeur globales permet, ou non, d'engendrer des effets d'entraînement sur le système productif domestique. Mobilisant des indicateurs initialement développés pour l'étude des interdépendances intersectorielles dans une économie nationale, ils montrent que le développement d'industries amont est fort disparate selon les pays. Outre la dimension méthodologique, l'article contribue ainsi à démontrer l'absence de déterminisme entre insertion croissante dans les chaînes mondiales et développement économique.
BAC DNA was also sheared to 30 Kb and 50 Kb, to obtain two follow-up libraries (pool1 and pool2), without multiplexing. Each library was sequenced on one SMRT cell with P6/C4 chemistry and MagBeads on a PacBio RSII instrument (Pacific Biosciences) at movie lengths of 240 min for the multiplexed library and 360 min for the follow-up libraries. Assembly was performed using the PacBio module 'RS_HGAP_Assembly. 2' in SMRTpipe version v2. 3. 0 (Pacific Biosciences). The multiplexed library assembly did not result in many circularized individual BACs, possibly because of the limited fragment length required for multiplexing. We therefore mixed equal quantities of DNA from the BACs, split into two independent pools (pool1, pool2), and we sequenced the corresponding long reads. We used the partial assembly of the multiplexed BAC library to identify reads that only mapped to BACs of known origin (from demultiplexing), and we assembled those longer reads independently.
Transcript and Transposable Element Annotation RepeatMasker  [34]  was run on the genomic contigs and the BAC contigs, using the custom M. annua repeat library  [30]. This allowed us to compare the repeat content of the BACs to that of the full genome, and to produce a masked BAC assembly. BAC 8, whose ORFs were not sex-linked, was treated separately. The M. annua transcriptome ORFs were aligned to the masked BAC assembly with BLAT, using option minIdentity 92  [35]. BLAT allows large gaps that are compatible with introns. The resulting gff file was used to identify the number of sex-linked ORFs that localize on the BACs. The gff file was also used as a hints file, along with the parameter 'species = arabidopsis' by the gene predictor Augustus v3. 2. 3  [36] , which was also run on the masked BAC contigs, to identify sex-linked genes that were not expressed in the samples used for genetic map construction.
Nevertheless, we identified at most 51 ORFs that mapped across their full length to the BACs, 14 of which blasted against sequences in the NCBI's non-redundant (nr) nucleotide database. In addition, we found 87 ORFs that mapped over part of their sequence length to the BACs, and some of these may represent truncated genes on the Y-chromosome; these sequences were located in 53 broad BAC regions. Finally, we found one complete and one truncated copy of the same gene (a sulfate transporter) next to each other on BAC 3, suggesting that it might be the product of a localized, incomplete gene duplication. BAC localization of ORFs and gene annotation information is provided in Supplementary File S4. Gene prediction using Augustus v3. 2. 3 identified a further 12 putative genes on the BAC sequence (Table  1 ) that did not overlap with previously identified ORFs.
annua repeat library (bottom dark blue). Each group of non-overlapping BACs is surrounded by a black box. Identical predicted gene models are indicated by overlaid colored boxes, for visual alignment of BACs containing the same genes. Green overlaid boxes indicate mapped ORFs that also map to the BACs, and their female recombination map position. Only genes with gray overlaid boxes were not expressed at all in the RNAseq experiments. The names displayed under the gene predictions are from their first blastp hit to the non-redundant (nr)protein database. Note the BAC contigs are not illustrated at the same scale.
Content of the Sex-Determining Region Although none of the de novo predicted genes on the BACs were obvious strong candidates for sex determination, three ORFs located on the BACs might function in sex determination or in the promotion of male function: a circadian gene involved in flowering (g44/g27235); a light response gene involved in organ and boundary differentiation (g41/g29576)  [40] ; and a transcription factor associated with pollen maturation (g18/g22596)  [38]. These are interesting genes for future investigation, e. g. , in surveys of population variation. Expression of these genes in two RNAseq datasets is presented in Supplementary Figure  S1. None is significantly sex-biased. The pollen-maturation gene has higher expression in females early in development, but in males later in development.
Acknowledgments: We are grateful to  Thomas Chassaing  (Angers, France),  Yusuf Kurt  ( Harran, Turkey ) and  Fernando del Caño (Madrid, Spain)  for providing plant material, to  Melanie Dupasquier  and  Lausanne Genomic Technologies Facility, Lausanne, Switzerland , for PacBio library production and sequencing, to  Deborah Charlesworth  ( Edinburgh, UK ) for helpful comments on an earlier version of the manuscript, and to  Mathias Scharmann  and other members of the  Pannell lab (Lausanne, Switzerland)  for valuable discussion.
Remerciements Un grand merci à Maximilian Schwarz pour les informations communiquées sur ces deux espèces de Nomada et leurs sous-espèces respectives. N o u s r e m e r c i o n s A g n i è l e T o u r e t -A  l b y , conservatrice de  la collection d'Hyménoptères du Muséum de Paris , pour son accueil et son aide au cours de nos recherches.
Remerciements Les recherches doctorales sur lesquelles s'appuie cet article ont été financées par le  Réseau de recherche pour le développement soutenable de la région Ile-de-France ,  la Direction Nature , paysages,  biodiversité du département de Seine-Saint-Denis. Les auteur. estiennent à remercier leurs directrices et directeurs de thèse respectifs, Anne-.
De l'identification des impacts à leur mesure La première phase du travail a consisté à identifier l'ensemble des changements perçus par les différents acteurs sollicités à travers la diversité des descripteurs d'impact qui ont été recueillis. Les descripteurs des impacts sont les expressions orales brutes décrivant les changements ressentis, collectées lors des entretiens ou de l'atelier. Ce travail préalable s'est déroulé en trois étapes : la préparation, la confrontation et la collecte (Tab. 1). Tandis que les deux premières étapes ont servi à faire émerger les hypothèses et le chemin de l'impact  (Douthwaite et al. , 2003) , la collecte a permis d'obtenir les descripteurs d'impacts et ensuite de construire les indicateurs pour les mesurer. Une base de données de 204 descripteurs a été constituée, qui a ensuite été synthétisée par les chercheurs pour obtenir une liste d'impacts et d'indicateurs mesurables (Tab.