dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
Dans le cadre de l'enquête « MPF », une première base de données, dite « mpf » (pour mariage-population-famille), a été élaborée par Carole Rathier 9 (Université de Bordeaux 3), à partir du programme « Fichoz »  10. Ce dernier a déterminé le travail de structuration informelle de l'ANR. « Mpf » devait être capable, après l'injection des données issues des campagnes de dépouillement d'archives, de répondre à des interrogations historiques de nature très différente (démographie, histoire sociale, histoire des migrations, histoire de la famille), et de publier ces différents résultats  11. Un projet historique lié aux potentialités nouvelles des humanités numériques La construction numérique a été un processus long et tributaire de la mise en place d'un lien solide entre ces différentes données (fig.
La démographie historique à l'heure de la donnée massive ou « Big Data »   dans des systèmes informatiques variés (MS-DOS, MAC-OS, LINUX, etc. ), dans des systèmes de requêtes différents (SQL  19  , POSTGRESQL, MYSQL par exemple) et exploités par des logiciels spécifiques (MySQLWorkbench, PGADMIN, ACCESS par exemple) sous la forme de données standardisées  20. Nouveauté par rapport à la première base de données (développée sous format propriétaire), cet outil autorise le stockage et l'analyse : -du facteur temporel (ponctuel et intervalles), -de la donnée spatiale (ponctuelle, linéaire et surfacique), -des métadonnées relatives aux documents archivistiques et aux campagnes de saisie de données associées. Il est désormais possible, par exemple, de lier le temps et l'espace aux individus et aux documents (fig.
5 ). Cette mise en place de « Demo-Hist » nous a permis de diviser par 25 le poids de cette prime base de données (environ 10 mégas par rapport aux 250 d'origine) et par 7 le nombre de champs (de 350 à 50). De plus, « Demo-Hist » est interopérable avec des logiciels libres de tableur, de cartographie, et de statistiques, limitant ainsi grandement les futurs problèmes de conservation numérique. Grâce à cette grande légèreté physique et à sa simplicité d'utilisation, il sera possible, dès la fin de l'injection des données cartographiques déjà numérisées, d'effectuer des traitements axés sur la population carolopolitaine (champ informel unique)  21. Il sera également permis de lancer des analyses multivariées (deux à trois champs informels) des informations chronologiques, sociales et spatiales comme éléments d'étude centrale (conjointement et séparément)  22.
Pour finir, des analyses longitudinales (chronologiques) des liens individuels et collectifs basées sur les notions de proximité, d'éloignement, d'ascendance et de descendance tirées de la théorie des graphes  23  seront également disponibles pour tous les utilisateurs de bases de données. Dans ce registre de 200 folios  25  , allant de 1836 à 1843, chaque parcelle est numérotée en fonction du plan cadastral général levé en 1834  26. Chaque parcelle cadastrale constitue une unité au numéro unique à laquelle sont rattachées toutes les informations fournies par les sources manuscrites. Big Data, maquette 3D et patrimoine numérique comme instruments d'étude démog.
Discussion et ouverture Cette méthodologie alliant base de données démographiques et cartographiques a été développée par l'équipe scientifique pour associer, au sein d'une maquette numérique, la représentation du patrimoine urbain avec les populations qui y ont vécu au fil des siècles couverts par le projet. Le fait que Charleville soit une ville neuve, créée au début du XVII e siècle, dont il est possible, idéalement, de suivre tous les habitants sur près de trois siècles, rend l'entreprise particulièrement passionnante même si dans son format actuel, seule une partie de la population se trouve entrée dans la base de données 32. Le    The demographic and historical database baptised 'Charleville' was created between 2007 and 2011. It was made possible by one of the more remarkable characteristics of the city of Charleville in the Ardennes department, where the history of its population is concerned.
From the end of the seventeenth century up to the beginning of the twentieth, the municipal authorities carried out nominative, spatialized and annual censuses of the inhabitants. These censuses counted populations of around 66,000 inhabitants at a time. In the database, the census information has been coupled with that of parish registers which exist since the beginning of the seventeenth century, and civil registers of births marriages and deaths, available from 1792. In this way we can identify individuals whose name begins with the letter B (used as a sample), and follow them in the evolution of their families and households. The 'Charleville' database has recently been reconfigured by means of a massive data management tool (or big data) called 'Demo-Hist'. This tool authorizes the identification and integration of documentary and spatial sources over time.
Data, maquette 3D et patrimoine numérique comme instruments d'étude démog. In Situ, 39 | 2019 « Demo-Hist » donne également la possibilité d'exploiter les données démographiques carolopolitaines directement liées à un système d'information géographique (SIG), ouvrant ainsi de nouveaux champs exploratoires partiellement accessibles jusqu'à présent. L'outil « Demo-Hist » et Charleville : du système d'information géographique local à la création d'une maquette numérique 3D en ligne La création d'un SIG 2D alliant des données cartographiques à la base de données est le prolongement le plus évident du projet MPF. Il a commencé à être réalisé pour le quartier du Saint-Sépulcre (quart nord-est de Charleville) en se basant sur une matrice cadastrale de 1834 24 qui est malheureusement unique en son genre.
Big Data, maquette 3D et patrimoine numérique comme instruments d'étude démog. -Le projet « Charleville » offre la même potentialité scientifique et suivra le même processus méthodologique que le projet « Venice Time Machine » mis en place par l'université fédérale de Lausanne ; voir : https://vtm. epfl. ch/page-109836-en. html [consulté le 14/03/2019]. 33. -Établissement public à l'expertise reconnue dans le domaine du BIM, voir : http:// www. cstb. fr/cstb/missions-activites/ [consulté le 14/03/2019]. RÉSUMÉS La base de données démographique et historique « CHARLEVILLE », forte d'environ 66 000 personnes (et de plus d'un million d'entrées), a été constituée entre 2007 et 2011. La principale caractéristique de la ville de Charleville (Ardennes), en ce qui concerne l'histoire de sa population, est la réalisation par les autorités municipales d'un recensement nominatif, spatialisé et annuel des habitants, entrepris de la fin du XVII e siècle, et jusqu'au début du XX e siècle.
Big Data, maquette 3D et patrimoine numérique comme instruments d'étude démog. In Situ, 39 | 2019 « Demo-Hist » donne également la possibilité d'exploiter les données démographiques carolopolitaines directement liées à un système d'information géographique (SIG), ouvrant ainsi de nouveaux champs exploratoires partiellement accessibles jusqu'à présent. L'outil « Demo-Hist » et Charleville : du système d'information géographique local à la création d'une maquette numérique 3D en ligne La création d'un SIG 2D alliant des données cartographiques à la base de données est le prolongement le plus évident du projet MPF. Il a commencé à être réalisé pour le quartier du Saint-Sépulcre (quart nord-est de Charleville) en se basant sur une matrice cadastrale de 1834 24 qui est malheureusement unique en son genre.
12 10 Pour être utilisables, les informations contenues dans les recensements devaient Big Data, maquette 3D et patrimoine numérique comme instruments d'étude démog. d'abord être insérées dans une base de données nominative. Elles devaient ensuite y être complétées par les indications apportées par deux autres sources majeures : les registres paroissiaux et d'état civil (à partir de 1792), d'une part, autorisant une reconstitution des familles sélectionnées, et les actes notariés, d'autre part, offrant une approche qualitative des trajectoires sociales de ces familles. Au terme de ces reconstitutions, il devrait être théoriquement possible de repérer un individu ayant résidé dans la ville, de le suivre dans l'évolution de son ménage et de reconstituer sa famille ainsi que son parcours géographique et social.
Dans la base de données, ces informations ont été couplées à celles des registres paroissiaux qui existent dès le XVIII e siècle, et de l'état civil, disponibles à partir de 1792. Nous pouvons donc repérer des 32. BIBLIOGRAPHIE BERTAUX, Daniel. « Social Genealogies Commented on and Compared: An Instrument for Observing Social Mobility Processes in the "Longue Durée" ». Current Sociology, 1995, 43, n o 2, p. 69-88. BOUDJAABA, Fabrice, GOURDON, Vincent, RATHIER, Carole. « Charleville's census reports: an exceptional source for the longitudinal study of urban populations in France ». Popolazione e Storia , 2010, vol. 11, n o 2, p. 17-42. BOUDJAABA, Fabrice, GOURDON, Vincent. « Quitter Charleville dans les années 1860-1870 : une analyse de la mobilité urbaine à court et à moyen terme ». Histoire & Mesure, 2013/2, vol.
We further develop this argument through mathematical modeling of the helical tubes. Two distinct ESCRT-III filament bundles on helical tubes. To obtain a more detailed understanding of how the filaments are organized, we performed STA on slices along the membrane tube axis. The variability in tube dimensions in the dataset made it impossible to resolve the entire tube. We, therefore, focused on the filaments on the outer tube surface and obtained a ~32 Å reconstruction (Fig. 2 ). This map revealed that the filaments cluster in three separate regions with two clearly defined grooves between them (Fig. 2a , Supplementary Fig. 2a ). The central cluster, containing two filaments, covered a 13 nm wide region around the equator of the tube (equatorial filaments, blue). Two additional filament clusters, each containing 2-3 filaments, were shifted up and down from the equator, respectively, (polar filaments, red) and appeared wider (16-20 nm) (Fig.
Vitrified liposomes and helical tubes were imaged in low-dose mode on the same instrument. High-resolution cryogenic EM data collection. 962 Transmission electron cryomicrographs of helical filaments on bicelles were collected on a FEI Titan Krios XFEG microscope at the University of California San Francisco, USA, equipped with a GIF K2 Quantum System (Gatan) and operated by Serial-EM software at 300 kV. Micrographs were collected at a nominal magnification of ×105,000 in super-resolution mode, corresponding to a super-resolution pixel size of 0. 69 Å. Images were collected as dose-fractionated stacks for a total of 80 frames (0. 2 s/frame) and total dose of 67. 2 electrons/Å 2. Coma-free beam alignments were performed prior to data collection and automated data collection was conducted with SerialEM 26.
0 software (twist rotation angle (degrees) = 6. 7, rise along axis = 10. 6 Å). Independent half maps were post-processed using automated procedures. Reported resolutions based on FSC 0. 143 criteria  30. Electron cryo-tomography data collection. 73 tilt series were collected on a FEI Titan Krios XFEG microscope at the European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg, Germany, equipped with a GIF K2 Quantum System (Gatan) and operated by Serial-EM software at 300 kV. The tilt series were collected using a dose-symmetric scheme  31  ranging ±61°with 2°increments and defoci between -2. 5 and -3. 5 µm. The nominal magnification was ×65,000 with a calibrated pixel size of 2. 14 Å. Images were recorded in counting mode with five frames per tilt angle and a total dose of 120 e -Å -2 (2 e -Å -2 s -1 per tilt angle).
Tomogram reconstruction and subtomogram averaging. Tilt series of combined frames were aligned using the gold fiducials markers in IMOD  32. Tomograms were then reconstructed from these aligned tilt series using weighted back-projection in IMOD. Tomograms were binned four times and a 3D Gaussian filter of radius 2 was applied to increase contrast. Tomograms were then filtered using Hide Dust in UCSF Chimera  33  , or manually segmented and analyzed using 3dmod from the IMOD suite  32. We used the Dynamo software for particle extraction and subtomogram averaging  34. We selected 8150 particle positions along the center of a helical axis of membrane tubes in 17 bin2 tomograms. The table containing these positions was used to extract 160 3 pixel particles from bin2 tomograms (bin2 particles).
Acknowledgements The authors would like to thank  Alexander Myasnikov ,  Arthur Melo  and  Wim Hagen  for help with electron microscopy data collection and processing. The tomography data collection was funded through iNEXT  EM HEDC (PID: 6073 ). J. M. F. acknowledges funding through an  EMBO   Long-Term Fellowship  ( ALTF 1065-2015 ), the  European Commission   FP7  ( Marie Curie Actions ,  LTFCOFUND2013 ,  GA-2013-609409 ) and a  Transitional Postdoc fellowship  ( 2015/345 ) from the  Swiss SystemsX. chinitiative, evaluated by the  Swiss National Science Foundation. A. R. acknowledges funding from the  Swiss National Fund for Research Grants   N°31003A_130520 ,  N°31003A_149975  and.
Data availability Data supporting the findings of this manuscript are available from the corresponding authors upon reasonable request. A reporting summary for this Article is available as a Supplementary Information file. The source data underlying Figs. 1h, 2d-g, 3a, b and 4a, b, Supplementary Figs. 2c, 3h and Supplementary Table  1  are provided as a Source Data file. Structural data is available from the Electron Microscopy Data Bank, accession numbers for electron density maps are EMD-10136, EMD-10137, EMD-10138, and EMD-10139.
MÉTHODE Les paramètres qualitatifs étaient décrits par la fréquence et le pourcentage. La sensibilité de la cytoponction correspondait au nombre de cytologies positives sur le nombre d'atteintes axillaires avérées. Le lien entre deux paramètres qualitatifs a été étudié par le test du Chi-deux ou du Ficherexact. La comparaison des délais a été effectuée par un test de Man-Whitney. Les analyses statistiques ont été réalisées à l'aide du logiciel SAS, version 9. 4 (SAS Institute Inc. , Cary, NC, USA. ). Le seuil de significativité a été fixé à 0. 05. En cas de bilan incomplet, le délai médian entre la première consultation et le premier bilan complémentaire à l'ICL était de 8 jours  [7] [8] [9] [10] [11] [12]. Ce bilan complémentaire a pu être réalisé sur une journée pour 58,8% des patientes concernées.
(Reid, 2014) A few journalists took issue with the fact that their newspaper covered only 10% of the murders committed annually in the Californian metropolis. They thus set out to cover all homicides, first through a blog and then through a database populated by the Los Angeles Medical Examiner's Office and the Los Angeles Police Department. The search for comprehensiveness went hand in hand with the desire to treat all homicides in the same way, using a set of standardized information provided by public authorities regarding the victim, the place of the crime, and the causes and circumstances of the murder. By providing exhaustive and standardized coverage of the murders committed in Los Angeles, these journalists thus sought to break away from the "invisible Coliseum" model. In their public statements, they referred to two different types of public.
Finally, these traces can be expected to afford both the depth of a qualitative study of the public and the breadth of a quantitative survey. Depth is provided by the wealth of textual material, while breadth stems from the fact that all the homicides that have occurred over the last seven years appear on the platform, and are likely to be commented on. We therefore built a new database, based on three sets of data collected on the platform using dedicated scripts. These three sets of data relate to: (1) the information provided by the platform about each victim (name, age, gender and ethnicity); (2) the information shared by the platform regarding each homicide (date, place, causes, circumstances, crime scene); (3) all the p. 11 comments posted on the platform in relation to particular homicides (name of each comment's author, date of publication, text).
, 2015). There is no stabilized process for assessing the quality, from a social science perspective, of the categorization of a textual corpus through supervised learning. Assessing its quality is especially tricky, for machine learning algorithms can be somewhat opaque, insofar as it is often impossible to clearly identify the criteria used by the classifier to run the algorithms. The learning algorithm we used was no exception, as it was a neural network. In practical terms, we used the Prodigy software 6 , which has the benefit of offering both an annotation interface and an inference engine to build a text classifier. Prodigy, which is already used by information science and political science scholars  (Liang et al. , 2018) , combines a linguistic analysis module (including morphosyntactic analysis, semantic vectors, and a semantic parser), a user interface and an active learning module 7 coupled with the interface to allow for learning a category on the corpus.
We trained a different classifier for each of our six variables, observing the following three steps: 1. We first drew a list of about ten expressions that we thought were likely to be good markers for each category (for example, the terms "nephew" or "mother" regarding the contributor-victim relationship). Prodigy subsequently drew on these lists for the selection of comments to submit to the annotator, particularly at the start of the process. This sample was not random, as it was designed to enable the software to learn more quickly and efficiently to identify comments that fit any one of the variables. 2. We -the two authors of this article -thus manually coded about 800 unique comments for each variable (which allowed us to generate inter-5 The 28,364 comments in our corpus count nearly 1.
We are then able to produce a confusion matrix and measure the classifier accuracy, recall and associated F-score. As these measurements were satisfactory (for each of the categories learned, Prodigy calculated an F-score greater than 0. 75 see Appendix 1), we applied each model to the entire corpus to build a coding of the whole corpus of comments. 3. To capitalize on the possibilities offered by the software, in addition to the classifier performance measurements calculated on an inherently biased evaluation sample, we also assessed the quality of the classifier on a third set of comments that were drawn randomly from the corpus (after excluding comments from the training set of course). We thus carried out this ex-post evaluation on 300 random comments in the corpus and compared the categorizations produced by the neural network with those performed manually (see Appendix 2).
Autrement dit, nous retrouvons ici un trait propre à la culture de l'édition digitale, déjà souligné dans ce volume : le tournant du texte au document. En effet, à partir du moment où l'objet d'étude contient différents types de textes, canoniques et apocryphes, la logique du document qu'on voit finit par l'emporter inexorablement. On a déjà vu que dans le projet SAWS, les délimitations de contenu étaient absolument ouvertes ; de même, le projet Paratexts of the Bible signale dans sa présentation même un périmètre d'extension plus qu'appré-ciable203. Jusqu'où l'arrivée de collections digitales peut-elle ouvrir le champ ? On a vu avec Mombert qu'il y avait à tout projet des limites de ressources naturelles en temps et en argent. En même temps, la littérature arabe connaît un exemple extrême de bibliothèque ouverte avec la base de données Shamela, téléchargeable librement.
Pierazzo, Digital Scholarly Editing, p. 193 ; elle se réfère à K. M. Price, « Edition, Project, Database, Archive, Thematic Research Collection: What's in a Name? », DHQ 3 (2009/3), <http://www. digitalhumanities. org/dhq/vol/3/3/000053/000053. html>. Claire Clivaz -9789004402560 Downloaded from Brill. com04/16/2022 08:43:28AM via free access.
Methods We studied the verbal exchanges of nine collective nutrition education sessions (five focusing on knowledge input, and four implementing behavioral simulation). A total of 76 patients with type II diabetes (per group of six to 13 participants) and 12 group leaders (nurses, dieticians or nutritionists) contributed to this study, based on audio recording, and analysis of these sessions lasting two hours on average (with between 4345 and 8592 words per session). The nine corpora were the subject of two types of content analysis: lexical and dialogic, with the N'vivo 8 software.
Patients Fifty-eight patients (22 male and 36 female), investigated during year 2017 for suspicion of RTH syndrome, were included in the study. All patients came from several regions of France. All had either free T4 (fT4) and / or free T3 (fT3) concentration above the upper limit of the normal range of the assay used in their routine laboratory with normal or elevated TSH concentration. Clinical data were collected from referring doctor of patients. Cardiac signs were defined by a supraventricular arrythmia (flutter or fibrillation), a sinusal tachycardia, other conduction abnormalities or a cardiac failure. The hyperactivity, agitation or attention deficit were reported by the patient or his family. Ultrasonography of thyroid was performed to detect goiter or thyroid nodules.
Après suppression des mots-vides et racinisation (algorithme de Porter), 1235 termes différents ont été dénombrés. Nous avons retenus pour les analyses uniquement les substantifs, verbes et adjectifs, présents dans plus de 1 % des témoignages. Le nouveau thésaurus ainsi créé comptabilisait 83 termes. Enfin nous avons supprimé les témoignages qui, sur la base de ce thésaurus, étaient vides. Ces différentes étapes de nettoyage des données ont conduit à retenir 923 témoignages pour les analyses. Les analyses statistiques ont été conduites avec le logiciel R (https://cran. r-project. org/) et les packages tm  (Meyer, Hornik, & Feinerer, 2008) , psych  (Revelle, 2011)  et rfit  (Kloke & McKean, 2012). Les données lexicales ont été traitées suivant la méthode dites « d'extraction de signification » (« meanning extraction method ») proposée par Chung et Pennebaker  (Chung & Pennebaker, 2008).
High expression of RPAP3 correlates with poor prognosis in colorectal cancer patients Our previous findings suggest a strong link between R2TP activity and cell proliferation during intestinal homeostasis. To test if R2TP is also involved in pathogenic proliferation, we took advantage of the CODREAD dataset (available at https://xenabrowser. net/). This showed a significant enrichment of mRNAs encoding RUVBL1, 2 and RPAP3 in human primary colorectal tumors (n= 380) as compared to normal tissue (n=51), in line with a previous report on a smaller cohort  (Kim et al. , 2013)  (Fig. 6A ). This prompted us to test the expression of RPAP3 by immunohistochemistry on Tissue Microarrays (TMAs) sections from colorectal cancer (CRC) patients, employing customary anti-RPAP3 antibodies (unfortunately, this antibody detects human RPAP3 but not its murine homolog  (Machado-Pinilla et al.
Slides were prepared by RHEM platform and visualized with a NanoZoomerslide scanner controlled by the NDP. view software (MRI platform). For p53 immunofluorescence, paraffin-embedded tissue was cut into 3-µm-thick sections, mounted on slides, then dried at 37°C overnight. It was performed on the Discovery Ultra Automated IHC staining system from Roche Ventana. Following deparaffination with Discovery EZ Prep solution at 75°C for 24 minutes, antigen retrieval was performed at 95°C for 16 minutes with Discovery CC1 buffer. After blocking with (TBS-10%goat serum-5%BSA-5%milk-0, 3%triton), the slides were incubated after rinsing at 37°C for 60 minutes with a rabbit anti-P53 antibody (Leica, P53-CM5P-L, 1∶250). Signal enhancement was performed using the OmniMap anti-Rabbit HRP (Roche, 760-4457) then Cy5 Kit (Roche, 760-238).