dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
Ceci peut s'expliquer en partie par des effectifs souvent plus faibles dans les études cas-témoins en comparaison aux cohortes sur bases de données médico-administratives, mais pourrait également suggérer l'existence d'un potentiel biais de mesure (biais de mémorisation). Ce biais différentiel est moindre dans les cohortes, car l'exposition (tabagisme déclaré par la femme) est recueillie avant le diagnostic de pathologie maligne chez l'enfant. aux femmes non exposées (méta-analyse de 14 études) [89] (NP2). Cette différence, d'environ 1 mois, était statistiquement significative bien que son impact clinique soit discutable. D'autres études ont mis en évidence chez les foetus féminins exposés au tabac une diminution du nombre de cellules germinales dans les gonades embryonnaires [90] et des modifications des profils d'expression de gènes impliqués dans le développement gonadique [91] (NP3).
A phase profile for a given illumination pattern was calculated using the Gerchberg and Saxton (GS) iterative algorithm  28, 29  , implemented on a custom-designed software (Wave Front Designer). Lens-phase modulations were added to 2D-phase holograms to enable remote axial displacement and 3D positioning of 2D light patterns. The performance of the illumination system for single cell photostimulation was assessed by the reconstruction of the illumination volumes corresponding to circular holographic patterns (diameter: 3 μm, 6 μm and 12 μm) (Supplementary Fig. 3 ). A thin layer of rhodamine-6G (spin coated and dried on a glass coverslip) was positioned at the focal plane of the objective lens and then a disk illumination pattern was scanned axially by the lens-phase modulation and the resulting fluorescence was imaged by the widefield epifluorescence imaging setup described above (Supplementary Fig.
This protocol elicits the corresponding number of spikes in the sensory neurons  30. The stimulation voltage was calibrated to elicit an identifiable response to a single pulse in Rohon-Beard cells without stimulating muscle cells. Regions of interest were selected manually, and data were analyzed using MATLAB (MathWorks). Two-photon absorption spectra of jRGECO1b were collected by John Macklin as previously described  31  (Supplementary Fig. 2a ).
sc/). The activated cell for each stimulation trial was identified in this stitched z-stack based on the x-y position of the stage and the z position of the objective lens for each trial, and further confirmed by manual inspection. In order to pool data from multiple fish, the positions of the activated cells were transformed to a common space using a procedure similar to the one described previously  21. First, for a given rostrocaudal position, the midline was identified based on the presence of central canal in Dodt gradient contrast image, and the dorsal edge and ventral edge of the spinal cord were marked using segmented lines in Fiji. This procedure was repeated to define the dorsal and ventral edges of the spinal cord from muscle segments 4 to 23. Then the distances from a given activated cell to the nearest line segments for the dorsal and the ventral edge were calculated.
Then the two dimensional distributions of synaptic connection probability, coupling probability and synaptic strength were modeled with generalized additive models using the mgcv package (https://cran. rproject. org/web/packages/mgcv/) in R (https://www. r-project. org/). This statistical technique is widely used to model spatial data in ecology and epidemiology  32. Probability distributions were modeled as a combination of a full tensor product smooth (te) of the normalized dorsoventral position, a full tensor 22 product smooth (te) of the rostrocaudal position, and a tensor product interaction (ti) of the normalized dorsoventral position and the rostrocaudal position with a logit link function for binomial distribution. Synaptic strength was modeled similarly but with log transformed to satisfy the assumptions of the linear model (normality, homogeneity of variance, independence and linearity).
Acknowledgements We thank  A. Pujala  and  M. Tanimoto  for critical feedback and helpful comments on the manuscript; J. Macklin and  GENIE  project for providing two-photon absorption spectra of jRGECO1b;  V. de Sars  for the development of the Wave Front Designer software for holographic phasemask calculation; V. Goncharov for help with our optical system. This work was supported by  Howard Hughes Medical Institute , the  National Institute of Health  (Grant  NIH   1UF1NS107574 -01 ), the  Fondation Bettencourt Schueller  ( Prix Coups  d'élan pour la recherché française) and the  Getty Lab.
Objectif: En raison des enjeux cliniques actuels concernant les troubles bipolaires et des arguments théoriques en faveur de l'approche centrée sur les schémas comme modèle de compréhension, cette revue systématique de la littérature a pour objectif d'évaluer la pertinence de ce modèle au regard des données empiriques. Méthodes : Cette revue a été menée suivant la méthode Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses (PRISMA) sur les bases de données électroniques Cochrane, PsycArticles, Psychology and Behavioral Sciences Collection, PsycInfo, PubMed, ScienceDirect et Scopus avec les mots-clés « early maladaptive schemas » et « bipolar disorder ». Seuls les articles répondant aux critères d'éligibilité pouvaient être inclus (ex. population et mesures). Résultats : Parmi 39 publications, 10 articles ont été retenus après analyse de leur titre, résumé et contenu intégral.
Actuellement, le niveau de preuve EBMT pour la réalisation de l'autogreffe de cellules hématopoïétiques (CH) est de III en option clinique  [28]. Dans la littérature, 21 cas de patients traités par autogreffe de CH pour une PIDC ont été rapportés. Le taux de réponse précoce est de 100%, avec un risque de rechute à 33% (Tableau 1  [29] ). [30] [31] [32] [33] [34] [35] [36] [37] [38] ) Au niveau du registre de l'European Bone Marrow Transplantion (EBMT), 56 patients atteints de PIDC ont déjà été traités par autogreffe de CH. Un essai randomisé comparant l'autogreffe de CH au traitement standard après échec d'une 2ème ligne est en cours (https://clinicaltrials. gov/ct2/show/NCT00278629).
Remerciements La SFGM-TC remercie les partenaires industriels pour leurs soutiens financiers qui ont permis la réussite de cette neuvième édition des ateliers d'harmonisation des pratiques : ASTELLAS, BIOTEST, CELGENE, GILEAD, JAZZPHARMACEUTICAL, KEOCYT, MACOPHARMA, MALLINCKRODT THERAKOS, MSD  FRANCE, NEOVII, NOVARTIS, OCTAPHARMA ,  PFIZER , SANOFI.
Résumé Objectifs : Cet article correspond à un examen approfondi et à une synthèse des principales explications cognitives des hallucinations acoustico-verbales dans la schizophrénie d'après des données discutées au sein d'articles empiriques, de revues de la littérature ou encore de méta-analyses. Méthode : La recherche bibliographique s'est appuyée sur des bases de données scientifiques (Pubmed, Medline, PsycInfo) afin de répertorier l'ensemble des modèles cognitifs explicatifs des Hallucinations Acoustico-Verbales (HAVs) discuté au sein de la littérature. Résultats : Les modèles originels des HAVs reposent sur des substrats tantôt mécanistes, tantôt sensoriels. Les études en imagerie cérébrale ont permis de valider les hypothèses sensorielles et considèrent l'émergence des HAVs selon des perturbations dans le fonctionnement de certaines aires corticales et sous corticales impliquées dans le traitement du langage et des émotions.
Methodology: In order to identify the most pertinent studies in the electronic search, the three following databases were systematically searched: PubMed, PsycINFO and MEDLINE. For both the analysis and synthesis we selected original articles, literature reviews as well as meta-analysis referring to any cognitive explanation of the auditory hallucinatory experience in schizophrenia. A cognitive model of auditory hallucinations refers to any incorporation of cognitive frameworks and explanations in one's conceptualization of the hallucinatory phenomenon in schizophrenia. We also focused our work on past conceptualization of auditory hallucinations in order to explain the development and the contribution of current cognitive models in the understanding of the onset and the maintaining of AVHs.
Le partage de ces caractéristiques suggère l'existence d'un continuum au niveau du phénomène hallucinatoire où les différences entre les populations sont davantage quantitatives que qualitatives. À l'heure actuelle, la majorité des études portent sur la schizophrénie où les HAVs y représentent un symptôme caractéristique selon la sémiologie psychiatrique. En effet, leur prévalence sur la vie entière de ces sujets est estimée à 70 %  [16]. Le présent article de synthèse analyse les principales modélisations cognitives explicatives des HAVs dans la schizophrénie. La recherche bibliographique s'est appuyée sur des bases de données scientifiques (Pubmed, Medline, PsycInfo) afin de répertorier l'ensemble des modèles cognitifs explicatifs des HAVs discuté au sein de la littérature scientifique.
Identification du composé ChemBridge ID : 7739526, non testé in vivo Les dockings (ou arrimages moléculaires) 10 modélisés à partir de la structure cristallographique obtenue par interaction de NRP1 avec la tuftsine (code PDB : 2ORZ) 11 ont permis aux équipes de B. Villoutreix et G. Perret (Lille) d'identifier 508 molécules potentiellement capables d'interagir avec NRP1. Leur capacité d'inhibition de la liaison entre le VEGF165 et NRP1 a été examinée (à une concentration de 100 µM) faisant émerger 7 hits (inhibition supérieure à 40 %). Une nouvelle étape 9 https://www. chembridge. com/about/ 10 Méthode de modélisation permettant de définir à partir de deux structures modélisées la meilleure configuration spatiale aboutissant à une interaction optimale. 11 La banque de données sur les protéines Protein Data Bank ou PDB est une collection de données sur la structure tridimensionnelle de macromolécules biologiques.
Cela permettrait d'en dégager une ou plusieurs hypothèses physiopathologiques et de déterminer quelle place peuvent avoir ces examens dans le diagnostic et le suivi de ces pathologies psychiatriques. MATERIEL & METHODES Afin de mettre en évidence l'intérêt de l'utilisation des examens ophtalmologiques dans le trouble dépressif, le trouble bipolaire et la schizophrénie, nous avons effectué des recherches dans les bases de données Pubmed et Google Scholar, en utilisant les mots clés suivants (« examens ophtalmologiques » OU « tomographie par cohérence optique » OU « électrorétinogramme » OU « flash électrorétinogramme » OU « pattern électrorétinogramme ») ET (« trouble dépressif majeur » OU « dépression » OU « trouble de l'humeur » OU « trouble bipolaire » OU « schizophrénie »).
Statistiques Les résultats du TVOV, du TC et du VHIT latéral (L-VHIT) ont été transformés en données catégorielles (Fig. 1 ). L'hypovalence a également été classée comme intéressant les basses fréquences (lorsque le TC montrait une hypovalence), les hautes fréquences (lorsque L-VHIT montrait une hypovalence) et les très hautes fréquences (lorsque le TVOV montrait une hypovalence). Le test du Chi 2 ( 2 ) et le test exact de Fisher (F) ont été utilisés pour comparer les résultats entre groupes. Le niveau de signification a été considéré à p < 0,05. Pour l'analyse des données, la version 25. 0 du progiciel statistique pour les sciences sociales (SPSS) a été utilisée. Pour calculer la caractéristique du test, les formules indiquées ci-dessous ont été utilisées : • sensibilité = vrai.
Produits et Matériel utilisés • Tampon phosphate salin 10X = 10X PBS -Phosphate Buffered Saline 10X Solution (Ref : BP3994 ; Thermo Fisher Scientific, Waltham, Massachusetts, Etats-Unis). • Paraformaldéhyde = PFA (Ref : P6148 ; Sigma-Aldrich), • Acide éthylène diamine tétra-acétique = EDTA (Ref : E9884 ; Sigma-Aldrich), • Triton X-100 (Ref : X100 ; Sigma-Aldrich). • Gélatine de peau de poisson d'eau froide (Ref : G7041 ; Sigma-Aldrich). • DAPI -4',6 Diamidino-2-Phenylindole Dihydrochloride (Ref : D8417 ; Sigma-Aldrich). • Phalloïdine-TRITC -Phalloidin-Tetramethylrhodamine Isothiocyanate (Ref: P1951; Sigma-Aldrich). • Anticorps polyclonaux (IgG) de lapin anti-neurofilament 200 = Polyclonal IgG Anti Neurofilament 200 antibodies produced in rabbit (Ref : N4142 ; Sigma-Aldrich). • Anticorps polyclonaux (IgG) de Lapin anti-myosine VIIA = Polyclonal IgG Anti-MYO7A antibodies produced in rabbit (Ref : HPA028918 ; Sigma-Aldrich).
Acknowledgements. We thank  Jean-Louis Colliot-Thélène ,  Zinovy Reichstein  and an anonymous referee for helpful comments and suggestions. Our original proof of Lemma 5 used the classification of indecomposable C pmodules (see [3, §74]). Colliot-Thélène sent us an alternative proof, which avoids this classification. The proof presented here owes much to a suggestion of the referee.
A number of methods had been developed for the problems of detecting a single change in a parameter (often the signal mean) of an observed process in the iid noise case and under dependency conditions (see  [17] ,  [25] ). Later on those methods were generalized to the problem of estimating multiple change points with known or bounded number of changes. The early techniques include, for example, the binary segmentation  [81] , the least squares estimation  [62] , and the dynamic programming approach  [51]  that allows to estimate the unknown change-points in quadratic time with respect to the sample length. Several techniques were proposed for the 1. Offline detection of multiple changes using an adaptive penalty Consider the following example of a real dataset, i. e. log-ratio of the closing values of the FTSE (The Financial Times Stock Exchange 100 Index) index from 27 july 2005 to 18 march 2011 (Figure  1 ).
Acknowledgments I wish to thank  F. Bernicot ,  P. Castillon ,  B. Devyver  and  M. Herzlich  for valuable conversations and useful suggestions. I would also like to thank  P. Bérard  for his wise advice leading to the final version of the document. I am also grateful to the referee for their helpful comments on the manuscript. I thank the  Centre Henri Lebesgue   ANR-11-LABX-0020-01  for creating an attractive mathematical environment. I was partially supported by the  ANR  grant:  ANR-12-BS01-0004  " Geometry and Topology of Open Manifolds ".
Funding. The first author is partially supported by  MTM2016-76868-C2-2-P  from the  Departamento de Industria e Innovación del Gobierno de Aragón and Fondo Social Europeo   E22 17R Grupo  Consolidado Álgebra y Geometría, and by  FQM-333  from  Junta de Andalucía. The second author is partially supported by the  LISA  Project  ANR-17-CE40-0023. The third author is partially supported by the  Research Foundation -Flanders (FWO)  project  G. 0792. 18N. The fourth author is supported by a PhD Fellowship of the  Research Foundation -Flanders  (no. 71587 ).
Chargement des données. Les bases de données saisies dans un tableur de type Excel ou LibreOffice sous format de type texte (*. txt, *. csv) peuvent être importées directement dans l'application. La visualisation de la base permet de vérifier que le chargement des données s'est bien déroulé. Cela permet également de vérifier que les données ont été préalablement bien préparées (saisie homogène, recodage, changement d'échelle, etc. ).
Analyse descriptive. La description des données est généralement la première étape de l'exploration des données  (6). La description statistique comprend des statistiques sur les tendances centrales published at doi. org/10. 1016/j. pharma. 2020. 06. 001 Fig. 2. Aperçu de l'onglet permettant de construire le tableau des caractéristiques des patients de l'étude par groupe. telles que la moyenne et la médiane ; ainsi que sur la dispersion des variables avec des indicateurs comme l'écart-type ou l'intervalle inter-quartile. Une étape critique, pourtant souvent négligée, de l'analyse descriptive consiste -avant même de décrire les variables d'une base de données -à explorer les données manquantes du recueil  (7). Celles-ci peuvent être sources de biais et il est important de décrire avec soin les données manquantes pour pouvoir interpréter correctement les résultats qui seront obtenus.
Cas des analyses en sous-groupes. Les analyses en sous-groupes ont pour but d'explorer un effet dans une sous-population de patients d'une étude. Il s'agit souvent d'évaluations post hoc. Ceci peut être réalisé facilement dans GMRC Shiny Stats en ajoutant un/des filtre(s) sur la base de donnée dans l'onglet « Base de donnée ». Les filtres se combinent à l'aide de l'opérateur logique ET (AND en anglais) et conservent toutes les lignes du tableau de données qui répondent à l'ensemble des conditions sélectionnées. L'ensemble des analyses descriptives ou inférentielles réalisées dans les onglets suivants ne portent alors plus que sur le sous-groupe sélectionné. Il est important de rappeler que les résultats des analyses en sous-groupe ne doivent pas être envisagés comme preuve de démonstration  (19, 20).
Contrairement à des serveurs web qui ne bénéficient pas nécessairement de l'agrément hébergeur de santé, la sécurité des données est totalement assurée dans GMRC Shiny Stats car les données restent uniquement à leur emplacement initial et aucun enregistrement des données n'est réalisé. Le prix à payer est qu'il n'est pas possible d'enregistrer sa session GMRC Shiny Stats -il est donc nécessaire de recharger la base de données à chaque fois que l'on reprend une session de travail. Une des limites des analyses faites à l'aide de GMRC Shiny Stats et qui résulte de la nature entièrement cliquable de l'application est relative aux bonnes pratiques en terme de reproductibilité des analyses. La recherche reproductible repose sur l'idée que les analyses de données, et plus généralement les allégations scientifiques, sont publiées avec leurs données et leur code logiciel afin que d'autres puissent vérifier les résultats et les exploiter  (24).
attempt to estimate or approximate these transmission chains but the accuracy and validity of such methods generally lack formal assessment on datasets for which the actual transmission chain was observed. 2. We here introduce nosoi, an open-source r package that offers a complete, tunable and expandable agent-based framework to simulate transmission chains under a wide range of epidemiological scenarios for single-host and dual-host epidemics. nosoi is accessible through GitHub and CRAN, and is accompanied by extensive documentation, providing help and practical examples to assist users in setting up their own simulations. 3. Once infected, each host or agent can undergo a series of events during each time step, such as moving (between locations) or transmitting the infection, all of these being driven by user-specified rules or data, such as travel patterns between locations.
The inferred evolutionary history has been used in recent years to estimate the timing, the origin or the effectiveness of mitigation measures of several epidemics  (Dellicour et al. , 2018; Dudas, Carvalho, Rambaut, & Bedford, 2018; Grubaugh et al. , 2019; Hill et al. , 2019). The accuracy, validity or limitations of both currently available and future methods, however, generally lack formal assessment on datasets for which we have been able to observe the actual geographical spread and the complex factors that shaped its pattern. In that context, a simulated dataset is extremely useful as the exact transmission history is known and can be compared to the histories inferred from different software packages. The last decade has seen the development of several integrated epidemic and genetic simulation tools that can be used to assess the performance of some of these models, such as TreeSim  (Stadler & Bonhoeffer, 2013) , Seedy  (Worby & Read, 2015) , ouTbreaker2  (Campbell et al.
The simulation ends when the user-specified value of the number of infected agents or when the targeted simulation time is reached. K E Y W O R D S agent-based simulation, infectious disease, pathogen, r package, simulator, stochastic model, transmission chain In essence, nosoi allows the user to simulate and keep track of one or more transmission chains occurring during an infectious disease outbreak and, as such, to store and output a (collection of) transmission tree(s). Genetic data can be subsequently simulated along each transmission tree using sequence simulation software such as πbuss  (Bielejec et al. , 2014)  or SantaSim  (Jariani et al. , 2019) , which can then serve as input for phylodynamic inference methods. nosoi is accompanied by extensive tutorials, helping the user to set up and visualize their simulation, available as documentation in the package, or at https://slequ ime.
Because the package does not rely on mathematical formalism but uses a more intuitive algorithmic approach, even extensive changes of the entire model or part of it can be easily and quickly implemented. The documentation provides suggestions for visualization using well-known external r-pack- ages, such as ggploT2  (Wickham, 2009)  or ggTree  (Yu, Lam, Zhu, & Guan, 2018; Yu, Smith, Zhu, Guan, & Lam, 2016). The package is also fully integrated in the r and phylogenetic environments, and, through the use of the Treeio and TidyTree r packages  (Wang et al. , 2019) , simulated transmission trees can be exported in a wide variety of formats for downstream analyses, such as the beaST  (Suchard et al. , 2018)  or jplace  (Matsen, Hoffman, Gallagher, & Stamatakis, 2012)  formats.
N. M. and B. V. were supported by the  Institut Universitaire de France  and by the grant  ANR-14-CE25-0008-01  project  SAT. H. T. was supported by an  NSERC   Discovery Grant  and the  Canada Research Chairs program. A. T was partially supported by the grant  MTM2016-76453-C2-2-P (AEI/FEDER ,  UE ).
Summary Medication errors (ME) are frequently encountered and present at every step of the therapeutic process. This study's aims were to take stock of the ME reported to the region's pharmacovigilance (CRPV) and poison control centers (CAPTV) and to identify potential regional actions. A 2-months (January and February 2017) prospective gathering of the calls to the CAPTV regarding the ME and of the ME declarations to the region's CRPV (Clermont-Ferrand, Grenoble, Lyon, Saint-Etienne) has been carried out. The place of occurrence, the event's description and its consequences and data regarding the patient were collected. In addition to that, the regional drug observatory OMEDIT analysis has allowed to determine the ME's types (REMED characterization, never event?) and to look for the results of a potential thorough analysis.
Empirical results We apply the methods outlined in the previous section to our database of 81 financial, energy, and other commodity markets. We use the β representation of the market factor as the basis of our empirical work. The fact that the implied unconditional model nests the static CAPM facilitates direct comparison of three asset pricing models under consideration: (i) the unconditional CAPM, (ii) the conditional regime-switching CAPM, and (iii) the conditional regime-switching GARCH CAPM. In the conditional CAPM, an asset's beta is the ratio of the conditional covariance between the asset and market returns, and in the conditional variance of the market return  (Bodurtha and Mark, 1991). We compare the βs across these models and summarize the goodness-of-fit of each empirical specification based on sensitivity tests.