dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
1B ). To confirm this interaction at the endogenous level, we next performed an in situ proximity ligation assay (PLA) in Neuro2A cells, using anti-NFATc3 and anti-Trim39 antibodies. Close proximity was detected between endogenous NFATc3 and endogenous Trim39 as assessed by a PLA signal (Fig. 1C ) that was predominantly cytoplasmic (Fig. 1C , endo 1 slice). Overexpression of Trim39 increased the PLA signal (Fig. 1C ). To confirm the specificity of the assay, we used a specific shRNA against Trim39 and first verified that it effectively reduces the level of endogenous Trim39 protein (Fig. 1D ). As expected, silencing of Trim39 using this shRNA strongly decreased the PLA signal (Fig. 1E ). Taken together, these data indicate that Trim39 interacts with both Trim17 and NFATc3. We next examined whether Trim39 could mediate the ubiquitination of NFATc3.
, 2012). Consistently, silencing of endogenous Trim39 using a specific siRNA also significantly increased the protein level of endogenous NFATc3 in Neuro2A cells (Fig. 3B ). Taken together, these data strongly suggest that Trim39-mediated ubiquitination is involved in the proteasomal degradation of NFATc3. To examine whether the effect of Trim39 on the protein level of NFATc3 could have an impact on its activity as a transcription factor, we measured the mRNA level of one of its target genes: Trim17. Indeed, in a previous study, we have shown that Trim17 is transcriptionally induced by NFATc3  (Mojsa et al. , 2015). Consistently, in the present study, Trim17 mRNA level was increased when NFATc3 was overexpressed (Fig. 3C ). Interestingly, this induction was completely abrogated by co-expression of wild type but not inactive Trim39 (DRING).
4 OIL HCX PL APO CS objectives. Images were acquired by the Confocal head TCS SP5 II using the Leica Application Suite X software. Images were processed using Image J. When indicated, z-stacks of images were submitted to maximum intensity projection. The number of dots per transfected cell was estimated in one slice, in around 100 cells in each condition, with an automated procedure using plugins from the Image J software.
Protein sequence analysis The sequence of mouse Trim39 (GenBank: NM_024468) was analyzed by using the prediction web-based tools JASSA (Joined Advanced SUMOylation site and SIM analyzer, (http://www. jassa. fr/) and GPS SUMO (group-based prediction system, http://sumosp. biocuckoo. org/online. php) to identify putative SUMO-interacting motifs.
NFATc3 using the QuickChange® II XL kit (Agilent Technologies) using the indicated primers. To increase the expression of NFATc3, HA-NFATc3 and HA-NFATc3-EallA from respective pCS2-3´HA expression vectors were first sub-cloned between XhoI and NheI sites of the pCDNA3. 1 plasmid, and then sub-cloned between SalI and NheI sites of the pCI plasmid, to generate pCI-3´HA-NFATc3 and pCI-3´HA-NFATc3-EallA. The plasmid pCS2-GFP-NFATc3-EallA was obtained by removing the WT NFATc3 cDNA from the plasmid pCS2-GFP-NFATc3 and by replacing it with NFATc3-EallA between EcoRI and XhoI sites of the plasmid. The cDNA of mouse Trim39 (GenBank: NM_024468) was amplified, from primary CGN cDNAs, by using PCR with the indicated primers. Amplicons were then cloned into pCI-3´Flag plasmid between EcoRI and XbaI sites to obtain mouse pCI-3´Flag-Trim39.
Trim39 mutants were generated by site-directed mutagenesis using GST-Trim39 as a template and the same primers as for pCI-3´Flag-Trim39 SIM mutants. The cDNA of human TRIM39 (GenBank: NM_172016. 2), N-Terminally fused to a histidine tag in the plasmid pET-15, and the cDNA of human TRIM17 (GenBank: NM_016102), C-terminally fused to GFP in the pEGFP plasmid were obtained from the ORFeome library of the Montpellier Genomic Collections facility. Human TRIM17 was first amplified by PCR using p-TRIM17-EGFP as a template and indicated primers, and the amplicons were cloned between the EcoRI and SalI sites of the pGEX-4T1 expression vector. In order to produce recombinant N-terminally MBPtagged TRIM17 protein in Escherichia coli, the pMAL-c2-TRIM17 plasmid was generated by subcloning. The insert was released from the plasmid pGEX-4T1-TRIM17 and sub-cloned between the EcoRI and SalI sites of the plasmid pMAL-c2 to obtain pMAL-c2-TRIM17.
Acknowledgements: This work was supported by the  Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) , the  Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) , the  Université de Montpellier ,  La Fondation de l'Association pour la Recherche contre le Cancer (ARC) ,  La Ligue contre le Cancer and La Fondation pour la Recherche Médicale (FRM). This article is based upon work from  COST Action  ( PROTEOSTASIS BM1307 ), supported by  COST (European Cooperation in Science and Technology). We would like to thank the staff of the  Montpellier Genomic Collection platform  for providing human TRIM39 and human TRIM17 cDNA clones. We acknowledge the imaging facility  MRI (Montpellier Ressources Imagerie ), member of the national infrastructure  France-BioImaging  infrastructure supported by the  French National Research Agency  ( ANR-10-INBS-04 ,  «Investments  for the future».
Absolute quantities of SO 2 and RPP30 cfDNA copies are determined using the QuantaSoft software. Briefly, the system uses a 2-color detection system for the wild type (HEX) and mutant (FAM) alleles to count the number of droplets positive for each fluorophore. The ratio of the positive signal in FAM (SO 2 )/positive signal in HEX (RPP30, non-polymorphic gene) illustrates the ratio man/woman.
Les objectifs secondaires étaient l'évaluation des caractéristiques de la population, des modalités pratiques des interventions réalisées et des suites opératoires ainsi que l'analyse de l'évolution du statut Covid des patients et des chirurgiens et la recherche d'éventuels effets néfastes. Matériel et Méthode. Six services universitaires (Paris Centre, Paris Nord, Paris Est et Paris Sorbonne) d'ORL en Ile de France ayant une activité de chirurgie carcinologique participaient à cette étude prospective, multicentrique, observationnelle. Aucun avis auprès d'un comité de protection des personnes n'était sollicité, cette étude ne rentrant pas dans le cadre de la loi relative aux recherches impliquant la personne humaine en France [2]. Une base de données Excel (Annexe 1) était créée et mise à disposition de chaque service, afin de collecter les données sur les interventions réalisées dans le mois précédant (Groupe A du 17/02/2020 au 17/03/2020) et le mois suivant (Groupe B du 18/03/2020 au 18/04/2020) l'instauration du confinement.
Acknowledgements We would like to thank  Pr Olivier Bouchaud ,  Pr Jean Dupouy-Camet ,  Dr Simon Escoda ,  Pr Frédéric Galacteros ,  Dr Justine Gellen-Dautremer ,  Dr Ludovic Lassel ,  Pr Jean-Daniel Lelièvre ,  Dr Nicolas Limal ,  Pr Bernard Maitre ,  Dr Alexis Mandelcwacj ,  Dr Olivier Patey , and  Dr Christophe Rodriguez.
Introduction L'analyse de données nécessite bien souvent de savoir manipuler des tableaux de données, par exemple pour sélectionner des colonnes, filtrer des lignes, ou encore calculer des paramètres sur un sous-groupe d'observations. Sous R, toutes ces manipulations peuvent facilement être réalisées, en employant le package dplyr (qui appartient, comme le package ggplot2, au super package tidyverse). Les principales fonctions à connaître, pour débuter dans la manipulation de données sont : • select() : pour sélectionner des colonnes, • filter() : pour sélectionner des lignes, • mutate() : pour créer des variables, • summarise() : pour résumer des données, en calculant des paramètres descriptifs, • group_by() : pour regrouper les données (avant de calculer un paramètre descriptif par exemple).
Ces cinq fonctions peuvent s'utiliser les unes après les autres, en utilisant le symbole %>% (pipe en anglais), que l'on pourrait traduire par "et puis". Nous allons les explorer une à une à travers quelques exemples. Le package dispose d'une cheat sheet, elle peut être téléchargée à partir de R Studio et de l'onglet Help -> Cheatsheets -> Data Transformation with dplyr.
Avant de commencer 2. 1 Organiser son travail Avant de commencer à explorer les fonctions du package dplyr je vous recommande de créer un dossier de travail dédié à votre analyse de données, et de l'associer à un projet R. Vous trouverez plus d'information sur cette étape dans le premier article de cette série dédiée à l'utilisation du logiciel R https://www. bdd. rdplf. org/index. php/bdd/article/view/20513. Les données utilisées dans les exemples ci-dessous, sont les mêmes que celles des articles précédents, elles sont téléchargeables au format csv, à cette adresse : https://www. rdplf. org/ exempleR/FichierExempleStat. csv Une fois téléchargé, placez le fichier csv dans le dossier "data" de votre projet R, puis utilisez la commande suivante pour les importer dans R : Remarque : à ma connaissance les fonctions mutate(), summarise() et group_by ne sont pas (actuellement) concernées par un éventuel conflit de package.
Le quatrième article expliquait comment générer un rapport d'analyse automatiquement, et de façon dynamique, en utilisant "Rmarkdown". Le cinquième article était consacré à la manipulation des données avec le package dplyr : https://doi. org/10. 25796/ bdd. v3i1. 54523 Ce sixième et derner article explique la réalisation des tableaux de bords avec le logiciel R : https://doi. org/10. 25796/ bdd. v3i3. 58203 Comme dans les numéros précédent un fichier exemple, tiré de la base de données du RDPLF sera utlisé. Claire Della Vedova est Ingénieure en biostatistique / data analyste, Elle utilise quotidiennement le logiciel R pour analyser des données. Elle a travaillé pendant plus de 15 ans dans les domaines de l'environnement et de la santé, et a formé de nombreux étudiants et chercheurs à l'utilisation de R.
comme une carte leaflet (https://rstudio. github. io/leaflet/), Vous pourrez consulter un tutoriel ici : https://statistique-et-logiciel-r. com/premiers-pas-en-cartographie-avec-r/ • ou encore, plus simplement, du texte. journal officiel du Registre de Dialyse Péritonéale de Langue Française RDPLF www. rdplf. org www. bdd. rdplf. org Volume3, n°3 ,Septembre 2020 https://doi. org/10. 25796/bdd. v3i3. Vous pouvez ensuite, très facilement déployer votre tableau de bord, sur le site Rpubs, par exemple, en cliquant sur le bouton publish en haut à droite du viewer. Conclusion J'espère que cette initiation vous aura convaincu que la réalisation de tableaux de bord avec le logiciel est relativement simple à mettre en oeuvre, et qu'elle vous aura donné envie d'essayer! Car les tableaux de bord peuvent vraiement être une bonne solution pour présenter et partager vos analyses de données.
Remerciements Cette étude a été réalisée dans le cadre du thème d'intérêt transversal « Valeur économique totale des récifs coralliens et écosystèmes associés des territoires d'outremer français  » de l'IFRECOR (Financements Ministère Outre-Mer : MOM, Ministère de l'Écologie, du Développement Durable et de l'Énergie  :  MEDDE, Direction de l'Environnement de l'Aménagement et du Logement de Mayotte : DEAL ).
) dans les situations de travail. Un point particulièrement notable est que de plus en plus de secteurs sont concernés (industrie, santé, agriculture, finance, banque, assurance, transport, etc. ). L'IA est ainsi sur le point Activités, 17-1 | 2020 de prendre une place de plus en plus importante dans les organisations et les systèmes de production. Les champs d'application de l'IA dans ces secteurs ne cessent de se multiplier (automatisation de tâches, relation client, logistique, analyse prédictive, diagnostic, analyse de grandes bases de données, etc. ). Dans ce cadre, l'IA est le plus souvent vue comme un ensemble de technologies pouvant produire de nombreux bénéfices, notamment en termes de performance (optimisation de processus internes, rapidité d'exécution de tâches, accroissement de la productivité, etc.
Par exemple,  Froomkin, Kerr et Pineau (2018)  considèrent que le déploiement généralisé de systèmes basés sur l'apprentissage automatique dans le domaine médical pourrait amoindrir la qualité des traitements médicaux et poser le problème de la compréhension par les médecins des diagnostics générés par ces machines, et ce précisément en raison de l'opacité de ce type de système : « Si nous en arrivons au point où la majorité des résultats cliniques recueillis dans les bases de données sont des diagnostics générés par l'apprentissage machine, il pourrait en résulter des scénarios de décisions futures qui ne sont pas facilement vérifiables ou compréhensibles par les médecins humains. Étant donné le fait bien documenté que les stratégies de traitement ne sont souvent pas aussi efficaces lorsqu'elles sont déployées dans la pratique clinique réelle qu'au stade de l'évaluation préliminaire, le manque de transparence introduit par les algorithmes de Machine Learning [ML] pourrait mener à une diminution de la qualité des soins.
3. 3 Produit ou installation démontrant la robustesse d'une idée en simulant toutes les contraintes susceptibles d'en venir à bout. Stade intermédiaire entre le prototype et la présérie (source wiktionary). Co-présence ou colocalisation qualifient une situation de travail dans laquelle des travailleurs -et dans notre cas des machines -partagent un même espace de travail et n'ont pas les mêmes buts ni de manière immédiate ni à moyen terme. 9. « People engage in cooperative work when they are mutually dependent in their work and therefore are required to cooperate in order to get the work done. »10. « Two agents are in a cooperative situation if they meet two minimal conditions. (1) Each one strives towards goals and can interfere with the other on goals, resources, procedures, etc. 4. Agence Nationale pour la Recherche -ICARO « Robotique Collaborative et Industrie » (ANR-10- CORD-0025), programme : Contenus et Interactions (CONTINT 2010) 5.
Corpus The corpus serving this research will be composed of verbal and visual data. As for the verbal data, a sample of political speeches on the theme of Brexit was collected. These speeches were taken from emblematic British politicians from either the Vote Leave or the Remain campaign. The aim will be to undertake an analysis revealing how metaphors and manipulation are related in the context of Brexit. To try and answer this question, five verbal speeches, two written documents, and two visual items will be analysed. Among these objects of study, there will be both spoken and written data. The written data include the Conservative Manifesto from 2015, in support of David Cameron, and the one from 2017, in support of Theresa May. The spoken data include speeches from David Cameron, Theresa May, Boris Johnson, and Nicola Sturgeon.
Acknowledgements The authors acknowledge the Seed Money funds for supporting a new international collaboration as part of the  RTS-Biosensor  project. This work was partially supported by the  JSPS Core-to-Core Program (A. Advanced Research Networks). Y. Kutovyi  greatly appreciates a research grant from the  German Academic Exchange Service (DAAD). I. Madrid acknowledges the interdisciplinary research funds from  CNRS  for the  BIOSTAT  project. N. Clement  acknowledges  ANR SIBI  and  KAKENHI (26289238 ) scientific research projects. Y. Kutovyi  and  S. Vitusevich  also gratefully acknowledge the  Innovation Award of RWTH Aachen University  as part of RWTH transparent 2016. Open access funding provided by Projekt DEAL.
The data collection (between 2012 and 2018) consisted of gathering responses to non-directive interviews, especially with certain staff from the department store (archive manager, heritage manager, salesperson, customer relationships manager). In addition, we spent some observation periods watching visitors to Les Galeries Lafayette Haussmann at different times of the year and day. Less intensively, we also used the field analysis conducted at Les Galeries Lafayette Haussmann at other Parisian department stores. In total, six places were included in the analysis for this research. Although Les Grands Magasins du Louvre no longer exist as they closed their doors in 1974, Le Bazar de l'Hôtel de Ville (BHV) still displays a strong singularity compared to other Parisian department stores. Its offer is centered around home-improvement and decoration, unlike Le Bon Marché, Le Printemps and Les Galeries Lafayette, which are dedicated to luxury fashion in the broad sense (clothing, accessories, cosmetics, etc.
Des efforts sont entrepris afin de quantifier ce poids, en intégrant des effets secondaires tels que la gravité, la durée et le coût de la maladie, selon les recommandations du Groupe de références épidémiologiques sur la charge des maladies d'origine alimentaire (FERG) de l'OMS, plutôt que la seule prise en compte de la morbidité et la mortalité. Lors de l'évaluation des risques liés à la nourriture, le volume de consommation d'un aliment spécifique a des conséquences directes sur le risque puisqu'il quantifie l'exposition. C'est pourquoi il est important d'accuenter les efforts pour quantifier les consommations d'aliments afin de permettre des évaluations exactes. Au cours des dernières années, l'AESA a développé la Base de données exhaustive européenne sur la consommation alimentaire, qui comprend une liste des aliments d'origine animale destinés à la consommation humaine.
Cette liste est un exemple de la manière dont les informations liées à l'agriculture et aux animaux peuvent être utilisées pour la traçabilité et les objectifs sanitaires dans les évaluations des risques  (AESA, 2009). La base de données est en cours de développement et sera en mesure de fournir de meilleures données à l'avenir. Cependant, les données de consommation des aliments sont également nécessaires pour les autres régions, et des efforts doivent être fournis afin de développer la base des connaissances et renseigner les évaluations des risques. Afin de respecter l'approche One Health, des évaluations des risques multi-résultats sont nécessaires. Une approche One Health intègre également une compréhension des boucles de rétroaction entre les conditions de travail et de vie des éleveurs, les politiques commerciales et économiques, les préférences des consommateurs, les tarifs de l'énergie, les habitats de la faune sauvage, la santé humaine et l'agriculture.
Développement du cadre conceptuel Les détails du cadre conceptuel ont été précédemment publiés  (Nguyen-Viet et al. , 2009). La conception du cadre commence avec une analyse de l'état de santé, de même que l'état des environnements physiques, sociaux, culturels et économiques (fig. 9. 1). En commençant par une analyse des bases de données classiques, l'état de santé peut être davantage évalué par le biais d'études épidémiologiques spécialement conçues. De la même manière, l'état de l'assainissement environnemental (qui comprend la gestion des déjections, des eaux usées et des déchets solides, ainsi que la gestion du drainage et de l'approvisionnement en eau) peut être évalué par le biais d'études, de l'observation et de la cartographie de l'approvisionnement en eau, de la gestion des déjections, des eaux usées et des déchets solides et des services et infrastructures de drainage, tout en tenant compte des facteurs techniques, économiques, institutionnels et organisationnels.
Si le groupe A est supérieur à l'intervalle de sondage -comme c'est le cas dans l'exemple B -il n'y a pas de plan d'échantillonnage valide pour une probabilité de sélection individuelle égale ; à moins que le sujet de recherche et la conception de l'étude permettent que les groupes puissent être sélectionnés plus d'une fois, par exemple la couverture vaccinale des enfants. Différents progiciels statistiques peuvent traiter ce problème de différentes façons. L'environnement logiciel R (v3. 0. 1) sonde séquentiellement, ce qui n'aboutit pas à un échantillonnage proportionnel à la taille. SAS (proc surveyyselect) renverra un message d'erreur si une unité est trop grande. Stata n'a pas de commande intégrée pour sélectionner proportionnellement à la taille. La commande écrite par l'utilisateur « gsample » s'arrêtera également avec un message d'erreur.
La difficulté, cependant, est de comptabiliser le nombre d'enfants vaccinés au sein d'une population nomade. C'est particulièrement difficile, puisque les pasteurs sont itinérants et ne peuvent pas être trouvés de manière récurrente dans la même maison au même endroit. Les premières tentatives de mesure de la couverture vaccinale avaient recours à une approche marquerrelâcher-retrouver au moyen d'empreintes digitales numériques pour obtenir une approximation de la proportion de personnes vaccinées de même que la composition démographique humaine  (Weibel, 2009 ; Weibel et al. , 2011). Initialement, les femmes et les enfants vaccinés étaient considérés comme « marqués » une fois qu'ils avaient fournis leurs empreintes digitales pour alimenter une base de données électronique et qu'ils avaient reçu une carte de vaccination.
» Un tel système serait nettement préférable pour la surveillance de la rage. Des données fiables sur l'incidence de la rage humaine et animale, réunies dans une seule base de données partagée, améliorerait de manière significative la communication avec les dirigeants sur les différents niveaux nationaux et internationaux, de même qu'avec le grand public dans son ensemble  (Lembo et al. , 2011 ; Banyard et al. , 2013 ; Meslin et Briggs, 2013 ; Taylor et  Partenaires contre la rage, 2013). En réalité, même des systèmes de surveillance distincts fiables n'existent pas aujourd'hui que ce soit pour le secteur vétérinaire ou celui de la santé publique. Une base de données en ligne créée par l'OMS, le site internet Rabnet, a été interrompue en raison de signalements incohérents et d'une faible réponse  (Nel, 2013).
, 2009 ; Banyard et al. , 2013). Une telle méthode de recherche est en droite ligne avec le concept d'une surveillance qui repose sur le risque, ce qui est avantageux sur le plan économique pour les deux secteurs  (Stark et al. , 2006). Sur l'île de Bohol aux Philippines, cette méthode de recherche des contacts a été mise en oeuvre avec succès  (Lapiz et al. , 2012). Parce que l'un des signes répandus de la rage chez le chien est une agressivité inhabituelle, un chien infecté peut être à l'origine de plusieurs victimes. Le nombre moyen de victimes mordues par un animal enragé entre 2011 et 2014 était de 2,5, comme l'indiquent les informations enregistrées dans la base de données du laboratoire de lutte contre la rage situé à N'Djamena, au Tchad. Une étude rétrospective menée au Sénégal sur les cas de rage humaine a montré que pour chaque victime décédée à l'hôpital, il en existe quatre non signalées exposées à la même source initiale d'infection  (Diop et al.
Cette démarche pose les bases d'une recherche intégrée, car le travail a commencé avec l'objectif ambitieux d'utiliser des approches intégrées, mais il a également fallu constituer une base de données témoin qui justifie le changement dans la manière dont on effectue la recherche et dont les décisions sont prises. Il apporte également une justification pour aborder le problème de l'assainissement à différents niveaux et former des chercheurs pour un futur encadrement en approches intégrées.
À cet égard, « le degré de collaboration interne à un bâtiment est positivement associé à l'impact des publications provenant de ce bâtiment »  (Lee et al. , 2010, p. 2). Pour tenter de quantifier l'effet que la proximité ou le regroupement peuvent avoir sur le degré de collaboration entre chercheurs thérapeutiques et vétérinaires, le nombre d'articles rédigés en coécriture a été déterminé pour les facultés de médecine et de médecine vétérinaire de l'université de Calgary pour les années 2006-2012. En utilisant « université de Calgary » et « École de médecine vétérinaire » pour rechercher les adresses des articles publiés dans les bases de données PubMed, Scopus et Web of Science, on a compilé un aperçu complet de toutes les recherches vétérinaires. À partir de ces résultats, tous les articles co-rédigés par un membre de l'UCFM ont été sélectionnés et combinés, avec suppression des doublons.