dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
Acknowledgements We thank our fish facility team for zebrafish care,  K. Kawakami  ( National Institute of Genetics, Mishima ) for providing us with the BAC recombineering plasmids,  J. Eberhart  ( University of Texas at Austin ) for the pdgfra:pCR4 plasmid,  B. Appel  ( University of Colorado ) for the cspg4:pJC53. 2plasmid, and  A. Kudo  ( Tokyo Institute of Technology, Nagatsuta ) for the pax9:pPICT3 plasmid. We also thank  Stephane Rigaud ,  Dmitry Ershov  and  Jean-Yves Tinevez  ( IAH of Institut Pasteur ) for implementation of Python scripts for filopodia analysis. We gratefully acknowledge K. McElreavey,  D. Houzelstein  and  C. Eozenou  ( Institut Pasteur ) for their help with Luciferase assays. We are also thankful to  N. Wolff  and  M. Genera  ( Institut Pasteur ) for their help with Western blotting.
Funding This work was supported by  Institut Pasteur ,  CNRS , and by grants to P. H. from the  Fondation pour la Recherche Médicale  (# DEQ20160334881 ), the  Fondation ARC pour la Recherche sur le Cancer , and the  Agence Nationale de la Recherche Laboratoire d'Excellence Revive  ( Investissement d'Avenir ;  ANR-10-LABX-73 ).
MAteRiAL AND MethoDs Herbarium material was examined at MAO, MO, and P (Thiers, updated continuously), as well as images of types deposited at other institutions available through the JSTOR Global Plants website [http://plants. jstor. org]. Measurements of leaf sizes were made using the Annotate-on software version 1. 7. 37 (https://www. recolnat. org/fr/annotate), a powerful image annotation tool for the natural sciences that enables physical measurements from digitized images of herbarium specimens, zoological and paleontological samples, and other digitized objects. The format of the descriptions presented below follows those in other papers describing new species in Erythroxylum (e. g. ,  Loiola & Sales 2008). All specimens cited have been seen. Information provided on distribu-tion and habitat is based on specimen label data and field observations made by the second author.
Geo-coordinates calculated post-facto, when needed, are mentioned in square brackets. Maps based on georeferenced specimen data were generated using the ArcGis software. A preliminary risk of extinction assessment was performed for each species using the IUCN Red List categories and criteria  (IUCN 2012   pheNoLogy. -Flowering material has been collected in June (Pascal 593) and from November to December. Fructification starts at the end of November and extends through February, with a peak of fruit maturation at the end of January. CoNseRvAtioN stAtus. -Erythroxylum choungiense sp. nov. is endemic to Mayotte and known from 17 collections made between 1995 and 2019, only 10 of which provide precise geographical coordinates, although all of them came from the same area on Mount Choungi. These collections represent a single extant subpopulation, and while the total number of individuals has not been counted, the population size is estimated to exceed 50 individuals.
Since then, allosteric pharmacology has developed considerably. It includes benzodiazepines, the most prescribed psychoactive drugs, which are powerful positive allosteric modulators of the GABAA receptor  [21, 22]. About 80 allosteric modulators are used clinically  [23, 24]. These are, for example, Aniracetam, Cinacalcet, Maraviroc and especially anti-receptor monoclonal antibodies  [25]. The allosteric database lists 82,070 substances as potential modulators and 538 as effective allosteric drugs. The introduction of the concept of allosteric modulation has a major impact on our understanding of the mode of action of drugs on the brain and on rational drug design. But it also opened the way to a deeper understanding of higher brain functions  [11]. In 1972, Jacques Monod created a Molecular Neurobiology Unit at the Pasteur Institute, followed by the creation of the Department of Neuroscience in 2002.
C'est elle aussi qui me fit rencontrer le Pr Chen Yuan Lee de Taiwan qui me confia la précieuse toxine de venin de serpent la bungarotoxine qui permit l'isolement du récepteur nicotinique. Depuis une pharmacologie allostérique s'est considérablement développée. Elle inclut les benzodiazépines, les drogues psychoactives les plus prescrites, puissants modulateurs allostériques positifs du récepteur GABA A  [21, 22]. Environ 80 modulateurs allostériques sont utilisés en clinique (rev  [23, 24] ). Ce sont par exemple, Aniracetam, Cinacalcet, Maraviroc et surtout des anticorps mo-noclonaux anti-récepteurs  [25]. L'allosteric database mentionne 82 070 substances comme modulateurs potentiels et 538 comme drogues allostériques efficaces. L'introduction du concept de modulation allostérique a un impact majeur dans notre compréhension du mode d'action des drogues sur le cerveau et la conception rationnelle de médicaments.
Par exemple, la figure  3  illustre que 90 % des relations PGx représentées dans PharmGKB  [23] , base de données  de référence du domaine, ne sont pas directement applicables en pratique clinique par manque de validation. Le but de PractiKPharma a été de fournir des méthodes et outils de gestion de connaissances pour progresser dans la validation de ce qui ne l'est pas, en extrayant et comparant des connaissances issues de sources diverses comme les bases de données spécialisées, la littérature biomédicale et les dossiers patients informatisés (DPI). Dans cet objectif, le projet a suivi quatre axes de travail illustrés en figure  4  et décrits ci-dessous : (1) l'extraction de connaissances de l'état de l'art à partir de bases de données spécialisées et de la littérature ; (2) l'extraction de connaissances « observationnelles » à partir des DPI pour identifier les connaissances pouvant être mises en oeuvre en médecine personnalisée ; (3) la comparaison des connaissances extraites en (1) et (2) ; (4) la valorisation des connaissances extraites en cherchant des relations gènesmédicaments plus probables et des mécanismes moléculaires capables d'expliquer la survenue d'effets indésirables.
Principaux résultats Extraction de connaissances pharmacogénomiques à partir de l'état de l'art L'objectif de cet axe de travail est de permettre une extraction automatique des connaissances de l'état de l'art en pharmacogénomique (PGx) et de les intégrer dans une plateforme qui permet leur comparaison et leur analyse. Nous avons extrait des connaissances de deux types de sources : des textes, avec les résumés d'articles scientifiques de la base de données PubMed, et des données structurées et parfois semistructurées de la base de données PharmGKB  [23] , référence en PGx. Les connaissances extraites (et les entités impliquées comme les gènes et les phénotypes) ont d'abord été normalisées à l'aide de vocabulaires spécialisés du domaine (ici appelés ontologies) avant d'être intégrées dans PGxLOD 4  [16] , un graphe de connaissances que nous avons construit en suivant les principes du Web Sémantique  [3]  et les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable)  [24].
Nous pensons que PGxCorpus permettra d'évaluer des outils de TAL génériques pour l'extraction de ces entités ou relations particulières. Concernant l'extraction de connaissances à partir de bases de données expertes, nous avons développé des scripts d'extraction automatique des variants, médicaments, et réponses aux médicaments décrits dans PharmGKB, ainsi que de leurs relations disponibles de façon structurée ou semi-structurée dans la base. Cette extraction ne constitue pas une contribution scientifique en tant que telle, mais le résultat de l'extraction vient compléter notre graphe de connaissances appelé PGxLOD et constitue la version la plus récente de PharmGKB en RDF disponible à la communauté depuis que le projet Bio2RDF n'est plus maintenu  [11]. L'ensemble des relations extraites de la littérature ainsi que les relations extraites de PharmGKB sont structurées selon une ontologie minimale appelée PGxO et regroupées au sein d'un graphe de connaissances appelé PGxLOD  [16].
En plus des relations PGx, PGxLOD regroupe des connaissances associées aux gènes, médicaments et phénotypes en intégrant notamment le contenu des bases de données Clin-Var, DrugBank, SIDER, et CTD. PGxLOD est une ressource qui suit les préceptes du Web Sémantique et respecte les principes FAIR. Notons, par exemple, que chaque connaissance représentée dans ce graphe est associée à une provenance bien définie. PGxLOD est indexé dans Google Dataset Search et LOD Cloud. Ce graphe de 5. https://pgxcorpus. loria. fr. 1024 -Bulletin de la Société informatique de France -numéro 19, Avril 2022 connaissances constitue la plateforme expérimentale du projet pour la comparaison de connaissances PGx de provenances différentes (Section ) et la recherche d'éléments explicatifs et mécanistiques quant à la survenue d'effets indésirables (Section ).
Et, poussé par l'absence de données génétiques, nous 6. Résultat non encore publié, https://github. com/equipe22/pymedext core. 1024 -Bulletin de la Société informatique de France -numéro 19, Avril 2022 avons expérimenté l'utilisation des changements de doses de traitement comme marqueur des profils de réponse, en faisant l'hypothèse qu'une réduction de dose est le signe d'une surréaction à un traitement. Dans ce contexte, nous avons montré pour une vingtaine de médicaments connus en PGx que nous pouvions, avec des données récoltées de façon routinière dans les DPI, prédire si un patient bénéficierait d'une réduction de dose pour éviter un effet indésirable et cela avant que le médicament ne soit prescrit  [5]. Les résultats obtenus sont conséquents et illustrent l'intérêt d'utiliser les DPI.
Remerciements Ces travaux ont été soutenus par l' Agence nationale de la recherche dans le cadre du projet PractiKPharma  ( ANR-15-CE23-0028 ), par  Inria dans le cadre de l'équipeassociée Inria-Stanford Snowball, et par l'IDEX « Lorraine université d'excellence »  ( 15-IDEX-0004 ).
Acknowledgments The authors thank  Mathieu Chouteau ,  Annabel Whibley  and  Violaine Llaurens  for their participation in this research,  MGX (Montpellier)  for sequencing, and  INIBICO (Peru)  for insectary work. Research grants:  ANR-12-JSV7-0005  and  ANR-18-CE02-0019-01. Research permits (Peru):  236-2012-AG-DGFFS-DGEFFS ,  201-2013-MINAGRI-DGFFS/DGEFFS  and  002-2015-SERFOR-DGGSPFFS. Remerciements Les auteurs remercient  Mathieu Chouteau ,  Annabel Whibley  et  Violaine Llaurens  pour leur participation à cette recherche, MGX (Montpellier) pour le séquençage, et  INIBICO (Pérou)  pour l'élevage. Subventions de recherche :  ANR-12-JSV7-0005  et  ANR-18-CE02-0019-01. Permis de recherche (Pérou) :  236-2012-AG-DGFFS-DGEFFS ,  201-2013-MINAGRI-DGFFS/DGEFFS et 002-2015-SERFOR-DGGSPFFS.
How do modern technologies impact our scientific approach? As I sit at my computer writing these lines, I can only imagine Louis Pasteur's reaction if he came out of his crypt, in the basement of the building that once housed his laboratories and apartments, to visit me. The sterile culture techniques he invented are still central to our practices, even though plastic has almost universally replaced glass, and the flame has given way to laminar flow hoods. Data acquisition methods, on the other hand, have changed: optical, electron or atomic force microscopes compete with spectrometers, cytometers and sequencers to produce ever more data. Carefully recorded observations and measurements by hand have given way to databases and analysis software, and the laboratory notebook itself has become electronic.
Comment les technologies modernes impactent-elles notre démarche scientifique ? Assis devant mon ordinateur à écrire ces lignes, je ne peux qu'imaginer la réaction de Louis Pasteur s'il sortait de sa crypte, au sous-sol du bâtiment qui autrefois abritait ses laboratoires et appartements, pour me rendre visite. Les techniques de culture stérile qu'il a inventées restent toujours au coeur de nos pratiques, même si le plastique a presque partout remplacé le verre, et la flamme a fait place à des hôtes à flux laminaire. Les méthodes d'acquisition de données ont en revanche bien changé : microscopes optiques, électroniques ou à force atomique rivalisent avec les spectromètres, cytomètres et séquenceurs pour produire toujours plus de données. Les observations et mesures soigneusement enregistrées à la main ont fait place à des bases de données et logiciels d'analyses, et le cahier de laboratoire luimême est maintenant devenu électronique.
Remerciements Nous remercions les patients et les familles concernés par la maladie de Huntington pour leur précieuse collaboration. Nous remercions également tous les auteurs impliqués dans cette étude ainsi que le personnel des plateformes du GIN. Ce travail a été soutenu par des subventions de l' Agence Nationale pour la Recherche, la Fondation pour la Recherche Médicale et la Fondation pour la Recherche sur le Cerveau.
Remerciements Nous tenons à remercier tous les participants à la réalisation de cette étude tant en Algérie qu'en France, chercheurs, ingénieurs, techniciens et forestiers de terrain. Nous remercions aussi le ministère de l' Enseignement supérieur et de la Recherche scientifique d'Algérie, l'Université Djilali Liabes de Sidi Bel Abbès et le Cirad-Montpellier pour le soutien scientifique , technique et financier de ces travaux.
Il est actuellement en cours d'évaluation dans la drépanocytose de l'adulte (ClinicalTrials NCT04244240). Le SDMT (Symbol Digit Modalities Test)  [44] , simple et rapide à réaliser, évalue quant à lui la vitesse de traitement de l'information et les fonctions attentionnelles, mobilisant également les capacités de mémoire de travail. Fréquemment utilisé dans le repérage des troubles cognitifs associés à la sclérose en plaques (SEP)  [45] , il semble intéressant dans le LS  [46]. La batterie ANAM (Automated Neuropsychological Assessment Metrics) montre de bonnes qualités psychométriques  [47] , mais n'a pas encore fait l'objet d'une validation en langue franc aise. La facilité d'utilisation d'un outil automatisé rend cette solution séduisante, mais la présence humaine pour interpréter les résultats et orienter les patients reste indispensable.
Il a été proposé, par exemple, que l'effet anti-recombinaison du polymorphisme neutre était suffisant pour entraîner la spéciation sympatrique 7 chez les bactéries, à condition que le taux de recombinaison soit suffisamment faible REMERCIEMENTS IM est soutenu par les financements : FRM DBF20160635736, Labex « Who am I? » Idex ANR-11-IDEX-0005-01 / ANR-11-LABX-0071-Idex- Sorbonne Paris, ANR-18-CE35-007-02 et ANR-21-CE12-0006. OT est soutenu par les financements : ANR Gewiep : ANR-18-CE35-0005-01 et par la Fondation pour la Recherche Médicale : FRM EQU201903007848. LIENS D'INTÉRÊTLes auteurs déclarent n'avoir aucun lien d'intérêt concernant les données publiées dans cet article. autre.
Acknowledgements This work was supported by the grant from the  National Natural Science Foundation of China  ( 31961133008  to YG), the  National Science Center (NCN, Poland ; No. UMO-2018/30/Q/NZ3/00497  to AB) and the  Agence Nationale de la Recherche  ( ANR-10-LABEX-04   GRAL Labex, Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology ;  ANR-11-BTBR-0008  Oc eanomics; IDEX  UGA CDP Glyco@Alps ;  Institut Carnot   3BCAR ).
I O Le modèle à base d'agents et le Module Écosystème ont été implantés avec JADE  [4]  dans le langage de programmation orienté-objet Java. JADE intègre notamment des mécanismes de communication, et une architecture adaptée à notre modèle et à son évolution : les comportements sont indépendants de l'agent, et JADE propose notamment une classe FSMBehavior permettant d'exprimer directement le diagramme d'états et ses transitions. Ce choix de plateforme repose aussi sur la nécessité d'implanter un modèle dans un langage de programmation standard (i. e. à l'inverse de langages spécifiques comme celui de NetLogo  [34] , par exemple), pour rendre le code plus réutilisable, extensible et distribuable. Par défaut, à un pas de temps de la simulation (time_step) correspond une seconde en réalité. Par défaut également, la vitesse de la simulation est de 1 000 : cela signifie que les actions qui prennent une seconde à une abeille réelle, prennent une milliseconde à nos Agents Butineuses dans la simulation.
The data collected were demographic data (age, sex), the type of MEK inhibitors and BRAF inhibitors used, the length of time from melanoma diagnosis, mean duration of ophthalmological follow-up, time differential between starting therapy and the emergence of ocular complications, initial and final logMAR visual acuity, biomicroscopic examination of the anterior segment, dilatated fundus examination, and treatment administered. Results. -Fifty-four eyes of 27 patients with a mean age of 61. 3 ± 14. 3 were included. The mean time delay between melanoma diagnosis and initiation of treatment was 23. 2 ± 8 months. Twenty patients (74%) were treated with a combination of MEK inhibitors and BRAF inhibitors (trametinib/dabrafenib), 5 patients (19%) were treated with MEK inhibitor monotherapy (cobimetinib), and 2 patients (7%) were treated with BRAF inhibitor monotherapy (vemurafenib).
During the 2009-2010 breeding season, 128 nests of RTTR were monitored every 3-5 d from incubation until failure, fledging or the end of the fieldwork. We used these data to estimate the daily survival rate of nests with a nest survival model  (Rotella et al. 2004). We tested the effect of the age of the nest on the daily nest survival to determine when most breeding failures occurred. For each nest, we considered the day of hatching as the day when a chick was first observed, considering an accuracy of about 3-5 d matching our visitation frequency. The age of a nest is defined as the number of days since egg laying. We calculated the laying date of all nests for which the hatching date was known by subtracting 42 d from the date of hatching (the duration of incubation is 42 d in RTTR;  Fleet 1972).
Demographic rates The only demographic parameter estimated from our study populations is the breeding success. We did not estimate the survival rates of the adult tropicbirds of Europa because the capture-mark-recapture data were insufficient. Therefore, we used estimates of adult and juvenile survival ranging from the highest to the lowest values published in the literature (Append. 2). We hypothesized that the survival rates of Europa tropicbirds were situated within these ranges, as there are no environmental specificities on Europa that could impact adult or juvenile survival more than those observed at other study sites. In particular, there are no introduced cats on Europa, which would have a strong impact on adult survival (Le Corre 2008). We defined two scenarios for survival rates: an optimistic scenario using survival rates at the upper limit of their range and a pessimistic scenario with survival rates at the lower limit of their range.
france-genomique. org/bases-de-donnees/frex-the-french-exome-project-database/ (accessed on 12 November 2021)). Their frequency in the general population was taken from the Genome Aggregation database (gnomAD; http://gnomad. broadinstitute. org/ (accessed on 6 November 2020)). Their pathogenicity was evaluated using the Varsome tool (The Human Genomic Variant Search Engine; https://varsome. com (accessed on 12 November 2021))  [50] , according to ACMG guidelines  [33]  and CADD score (Combined Annotation Dependent Depletion; https://cadd. gs. washington. edu/snv (accessed on 6 November 2020)). In addition, the in silico prediction tools PolyPhen-2 (Polymorphism Phenotyping version 2; https://genetics. bwh. harvard. edu/pph (accessed on 6 November 2020)), Provean (Protein Variation Effect Analyzer; https://provean.
Acknowledgments: We thank all family members and the proband cohort for participating in the study. We thank  Sekar Kathiresan ,  Gina Peloso  and  Nathan Stitziel  ( Broad Institute of MIT, Boston, MA, USA ) for their help in the exome sequencing experiments. Sekar Kathiresan was supported by  NIH   R01 HL107816. We acknowledge the use of the bioresources of the  Necker DNA Biobank  ( BB-033-00065 ). We thank  Silvia Friedrichs  for the technical assistance in sterol and bile acid analyses by GC-MS.
Objectifs La vocation du registre est d'obtenir une meilleure connaissance des calpaïnopathies, de leur épidémiologie et de leur histoire naturelle. L'utilisation de cette base de données devrait permettre une localisation rapide et sécurisée des patients éligibles aux futurs essais cliniques avec leurs données cliniques, moléculaires et histologiques. D'autre part, elle permettra aussi, dans le cadre de projets de recherche de : 1) définir les caractéristiques cliniques de base, le cours et l'histoire naturelle de la maladie chez les patients atteints de calpaïnopathie primaire ; 2) aider la communauté médicale et paramédicale à élaborer des recommandations pratiques pour la surveillance des patients en vue d'optimiser et de standardiser les soins ; 3) mieux connaître l'épidémiologie des calpaïnopathies.
L'interférence de la 2-aminoadénine avec les systèmes CRISPR-Cas n'a toutefois pas été établie. Le génome de S-2L a été séquencé, à l'initiative de Philippe Marlière (alors à l'Institut Pasteur), en collaboration avec le Genoscope (GenBank AX955019. 1). Son analyse a révélé la présence d'un gène codant une protéine présentant des similitudes avec l'adénylosuccinate synthétase (ou PurA). Chez tous les êtres vivants, PurA catalyse la conversion de l'inosine 5'-monophosphate (IMP) en adénylosuccinate (SMP) en présence de GTP, de magnésium (Mg 2+ ) bactériophages, ces modifications de bases peuvent être pré-réplicatives. Dans ce cas, il s'agit de modifications enzymatiques touchant directement les désoxynucléotides monophosphates (dNMP), les précurseurs de l'ADN. Les dNMP ainsi modifiés enzymatiquement sont ensuite convertis en désoxynucléotides triphosphate (dNTP) modifiés puis incorporés dans l'ADN du bactériophage par une ADN polymérase.
Late steps of translation initiation The late steps of TI involve the two initiation factors aIF5B and aIF1A. These two factors act as a final check for the presence of the initiator tRNA in the P site and assembly with the LSU  (Choi et al. 1998; Maone et al. 2007; Pestova et al. 2000). The binding of aIF5B to the SSU, following the release of aIF2:GDP forms a complex called IC3. In eukaryotes, the factor is known to facilitate the recruitment of the large ribosomal subunit, but data concerning the role of aIF5B in Archaea are very sparse. The joining of the LSU, triggers the release of the remaining factors and forms an elongation competent ribosome. Importantly, e/aIF5B and e/aIF1A are orthologs of the bacterial proteins IF2 and IF1, respectively. The late steps of translation initiation have therefore, a universal character.
abyssi 16S rRNA sequence  (GenBank AJ248283. 1, www. rna. icmb. utexas. edu) their leaders do not highlight obvious features of leaderless transcripts (Figure  4 , see also  Tolstrup et al. , 2000). In contrast, ORFs that harbor a leader greater than 10 nucleotides, including distal cistrons in operons, show a G/T rich region 10 nucleotides upstream from the start codon, reflecting the occurrence of SD sequences in many cases (Figure  4 ). This agrees with a recent bioinformatics analysis  (Huber et al. , 2019) , showing that many distal cistrons in overlapping gene pairs carry an SD sequence. Furthermore, the SD motif was found essential for translation of a distal cistron in S. solfataricus  (Condo et al. , 1999). Finally, it is interesting to note that at least in S. solfataricus, genes involved in protein translation are over-represented among leadered transcripts  (Wurtzel et al.