dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
, Hungary. Ethical review was conducted according to national requirements and in accordance with the Declaration of Helsinki  [9, 10]. All tumour and serum samples and clinical data were registered in a common database using a unique barcode system assuring data privacy. A radiotherapy dummy run was performed before patient recruitment to homogenize contouring among centers (Rivin del Campo et al. , Radioth Oncol 2017, Supplementary material). Treatment decisions were based on guidelines defined in the clinical protocol as detailed in  Ngo et al. , 2015 [7]  and in Supplementary material. Since FIGO staging at the time of patient accrual did not take into account lymph node staging, for the purpose of the present analysis, the patient population is shown both as a function of initial FIGO staging as well as the new FIGO 2018 staging, upstaging early stage patients with lymph node positivity to stage IIIC and down staging patients with previous stage IVA to stage IIIC2.
WES & targeted sequencing and bioinformatics analyses Paired-end whole exome sequencing of 87 samples and paired-end targeted gene panel sequencing (608 genes) of 96 paired tumour/normal samples was performed at SeqOmics (Hungary) on a HiSeq2500 platform to date. The sequencing was performed to reach an average depth of coverage of ~150× for WES and ~730× for targeted sequencing. The data were further processed by the Institut Curie bioinformatics pipeline. Somatic alterations (point mutations, insertions/deletions and copy number changes) were identified from the aligned sequences of matched-samples using dedicated tools (Supplementary methods). Biologically relevant variants were selected regarding their functional impact per gene category (oncogene, tumour suppressor gene, or uncharacterized) and compared with patients' outcome.
Biostatistical analysis Quantitative data were described as median with range. Qualitative data were presented as numbers and proportions leaving out missing data. Survival curves were constructed according to Kaplan-Meier and were compared using the log-rank test. Overall Survival (OS) and Progression-Free Survival (PFS) were calculated from the date of inclusion to the date of event, (disease related death for OS and relapse/or disease related death for PFS). Patients without event at the date of last follow-up were censored at this time. Univariate and multivariate Cox proportional hazard models were performed to determine prognostic factors associated with relapse or death. All analyses were performed using R version 3•4•4 software.
The genetic landscape of treatment-naive cervical cancer In our cohort of 182 patients [out of the 377 evaluable BioRAIDS patients (48%)] analyzed, using next generation sequencing (NGS) all novel and previously confirmed significantly altered genes reported by The Cancer Genome Atlas  [3]  were detected in the RAIDs dataset; the most frequent alterations are represented in Fig. 1. PIK3CA mutations (Supplementary Fig  3 ) and/or gene amplifications were the most frequently diagnosed oncogenic alteration, present in 40% of BioRAIDs patients. The most frequently diagnosed suppressor alterations were loss-of-function (LOF) mutations in KMT2A-D (Lysine methyl transferase) genes leading to defective histone H3K4 methylation. The cumulative frequency of tumours harboring any suppressor gene alterations in the epigenetic pathway (involving KMT2C, KMT2D, EP300, ARID1A, ARID2, ATRX, CREBBP, KMT2A, KDM5C) was 45% of which 32% also had alterations in PI3KCA.
Future prospects for clinical decision making While routine molecular diagnostic testing has yet to be introduced to guide personalized cervical cancer treatment, the BioRAIDs dataset defined activated genetic pathways and expression signatures that are associated with poor outcome based on the present standard therapies. IMRT and prophylactic irradiation to paraaortic lymph nodes in high risk patients has been shown to mitigate risk and improve outcome, yet, despite occasional abscopal effects, they cannot effectively target micro or macro metastases outside of the radiation field. Higher rates of abscopal effect in many tumour sites may be reached through the integration of radiation or chemoradiation with immunotherapy and combination trials (NICOL, PRIMMO) are ongoing. Key biomarkers for CC diagnostics appear dominated by alterations in the PI3K pathway, in genes coding for epigenetic remodeling enzymes, for DNA repair and for inflammatory pathways.
Pathway specific druggability, using distinct compounds to define the genomic correlates for drug specific sensitivity or resistance in cell lines and tumours as well as drug synergies and synthetic lethality need to be tested in future preclinical and clinical studies. For the purpose of translational studies, the continuous pretreatment collection of frozen tissues in advanced stage CC appears mandatory. EMT MAPK/PI3K signaling Fig. 3. Progression free survival by RPPA analysis from the total evaluable population with available RPPA data (n = 136). Comparison of outcome of cluster "EMT" (Red) versus pooled gene expression clusters of DNA damage and MAPK/PI3K signaling (Blue), suggests a poorer PFS for the patients whose tumours showed EMT associated gene expression. Gene expression of epigenetically active enzymes was not assessed.
Acknowledgments We thank  Charlotte Lecerf ,  Claire Morel ,  Choumouss Kamoun ,  Sébastien Armanet ,  Marie-Emmanuelle Legrier ,  Sinette Ngoumou Mabiala ,  Corine M Beaufort ,  Kirsten Ruigrok-Ritstier ,  Coralie Errera ,  Dora Latinovics ,  Judit Cseklye ,  Peter Bihari ,  Anika Hävemeier ,  Isabel Brito ,  Bérengère Ouine ,  Aurélie Cartier , for their precious help in the conduct of the  RAIDs  project.
43 m, 1. 49 m, 2. 49 m, and 3. 47 m from the left support end with a sampling frequency of 2000 Hz, and 5 % white noise was added to the output data. After applying a heat source at element 17, the temperature field is computed at the elements of the finite element model. Their stiffness is then computed from the obtained temperatures and used for the data simulation for different magnitudes of the heat flux. Moreover, Figure  5  shows that how the first modal frequency is varying in terms of increasing heat flux for both healthy and damaged states. Figure  5. Temperature effect on the first modal frequency for both healthy and damaged states. Damaged at elements 12, 13 and 14 (30% stiffness loss).
Notice that the generation of several datasets allows the evaluation of the success rate, while usually only one dataset is available. In Figure  6 , the mean of the success rates of damage localization (e. g. both estimated stress and its statistical evaluation) for values of Laplace variable s with Im(s) = 100, 150,. ,1300 are shown in dependence of the heat flux in the damaged state with and without the temperature rejection approach. Without using rejecting the temperature effect, it is seen that the success rate decreases when the heat flux increases, since no heat flux is present in the healthy state. The performance of the localization results is significantly improved by using the temperature rejection strategy. Considering temperature rejection, figure shows that the success rate is constantly high and nearly independent of the heat flux.
Consumption of products containing potassium The impact of the campaigns was monitored through the consumption of products containing potassium that was obtained by querying the financial database of the hospital. Quantities (in number of units) were converted into millimoles. For each care unit, the number of millimoles administered using injectable ampoules and galenic forms for the oral route was calculated. This was used to determine the proportion of KCl administered via the oral route; results are expressed as the proportion of PO to IV+PO. We decided to analyze in detail the seven departments (intensive care, visceral surgery, emergency, pulmonology, gastroenterology, infectious diseases, and cardiology) accounting for 98. 9% of the total number of consumed ampoules in 2006; the remaining 1.
10 -10 m 2. For the thermal properties, the thermal conductivity and the specific heat capacity were measured. Different methods were used and confronted on the same material. The thermal conductivity was measured with a guarded hot plate (kdry=0. 103±0. 002 W. m -1. K -1 ) and a hot wire (kdry=0. 112±0. 007 W. m -1. K -1 ); the second method led to a value 9% higher, although close to one method uncertainty. Even when an extensive literature comparison was included, no general tendency could be drawn for any method. The dependence of the dry thermal conductivity on the temperature was assessed experimentally. Concerning the impact of moisture on the thermal conductivity, the experimental data were fitted with the SCS scheme. The specific heat capacity was measured with two direct measurements, differential scanning calorimetry and a Calvet calorimeter, and with one indirect method relying on the effusivity measurement, which required additional measurements of thermal conductivity and density.
Une HTA à plus haut risque de complications Le poids de l'HTA sur le risque de mortalité cardio-cérébro-vasculaire est supérieur chez la femme comparativement à l'homme  (30). La cohorte IDACO (International Database on Ambulatory blood pressure in relation to Cardiovascular Outcomes) note que le risque relatif d'accidents CV lié à l'augmentation de la PAS était plus élevé chez les femmes quinquagénaires que chez les hommes du même âge. L'augmentation de la PAS des 24H de 15 mm Hg augmente le risque relatif cardio-vasculaire de 56% chez la femme et de 32% chez l'homme  (2). L'élévation de la PAS nocturne augmente le risque de mortalité totale de 30% chez les femmes versus 14% chez l'homme. Cette étude démontre aussi que la réduction de la PAS des 24h et de la PAS nocturne apportait davantage de bénéfices aux femmes en termes de diminution du risque cardio-vasculaire  (2).
Chez onze patients (50%), la récidive est survenue dans les 42 semaines après la métastasectomie. Après un suivi médian de 109 semaines, 21 patients étaient en vie. Une étude de cohorte plus récente et plus conséquente a utilisé la base de données nationale américaine (National Cancer Database)  [32]. Au total, 6994 patients atteints principalement de carcinome à cellules claires métastatique, entre 2006 et 2013, ont été identifiés : 1976 patients ont eu une métastasectomie soit 28,3%. Parmi ceux-ci, 849 patients ont reçu une thérapie ciblée (43,0%). Il est à noter que 2 581 (36,9%) ont reçu une thérapie ciblée sans métastasectomie, alors que 2 437 (34,8%) n'ont pas reçu de thérapie ciblée et n'ont pas subi de traitement par métastasectomie. Un score de propension après ajustement sur des covariables (peu de données cliniques pertinentes) a été utilisé afin de mitiger les biais.
Ce type d'approche chirurgicale doit tenir compte de la morbimortalité inhérente à toute intervention. Sur cette question, une base de données nationale américaine, de patients hospitalisés, apporte des éléments de réponse pour 45 279 patients atteints de cancer du rein entre 2000 et 2011  [33]. Les sites métastatiques étaient les poumons, l'os, le foie, les ganglions lymphatiques, les glandes surrénales et le cerveau, respectivement chez 52%, 29%, 19%, 14%, 11% et 3,4% des patients. Au total, 1102 métastasectomies ont été identifiées. La métastasectomie était principalement réalisée pour des lésions pulmonaires (43,5%), des os (27,1%) et du foie  (16,1%). Le taux global de complications était de 45,7% dont 7,9% de complications peropératoires et 25,1% de complications majeures (Clavien III -IV).
Dans les deux cas, la survie globale et la survie sans récidive ne bénéficiaient pas de l'adjonction d'un traitement systémique, avec même une tendance délétère en termes de survie globale pour le pazopanib. Ces résultats soulignent l'impact de la rémission complète macroscopique. La question est posée actuellement avec les inhibiteurs des checkpoints immunitaires : exemple de l'étude adjuvante MK-3475-564/KEYNOTE-564 (NCT03142334) randomisant douze mois de pembrolizumab contre placebo chez des patients opérés de leur tumeur primitive qui peuvent avoir eu aussi une chirurgie complète de site métastatique. La biologie tumorale n'est pour le moment pas prise en compte hormis le côté péjoratif d'avoir une composante sarcomatoïde  [5]. Les nouvelles signatures biologiques, permettant de mieux orienter le choix du traitement systémique pourraient avoir un intérêt sur le choix de réaliser ou pas un traitement local, mais aussi sur le type de traitement local  [36].
Ces propriétés ont de multiples conséquences sur les plans énonciatif et pragmatique. En premier lieu, elles créent un discours aoristique, dont toute origine énonciative est effacée. L'emploi des déterminants, notam- 9. Straumann défend l'idée d'un anglais distinct disposant de sa propre grammaire (ibid. ). 10. Outre Straumann, voir notamment Mårdh, I. , Headlinese: On the grammar of 5) Risky lending no solution to housing crisis, says Central Banker (Irish Times, 15/10/2015) (5') Risky lending is no solution to the housing crisis, says the Central Banker • la juxtaposition nominale, avec des structures N 2 N 1 significativement plus fréquentes que dans le corpus témoin, et l'implicitation des liens sémantiques à l'intérieur du syntagme nominal : (6) Michel Hecht is new suspect in French Alps murder mystery (Daily Mail, 3/01/2016) • le recours systématique au présent simple pour la référence au passé (récent) : (7) Donald Trump Calls for Surveillance of « Certain Mosques » and a Syrian Refugee Database (New York Times, 21/11/2015) (7') Donald J.
Remerciements Les auteurs remercient les autres membres du groupe d'expert pour l'élaboration des recommandations du CNGOF « prévention et protection périnéale obstétricale » pour la relecture du questionnaire :  Bernard Jacquetin ,  Guillaume Ducarme ,  Anne Cécile Pizzoferrato ,  Renaud de Tayrac ,  Clémence Schantz ,  Thibaud Thubert ,  Camille Le Ray ,  Didier Riethmuller ,  Eric Verspyck  et  France Artzner. Nous remercions également l'ensemble des membres du CNGOF qui ont pris le temps de répondre au questionnaire.
L'accès progressif aux données médico-administratives ouvre aussi des perspectives prometteuses. La pharmaco-épidémiologie bénéficie de l'utilisation des bases de données du SNIIRAM (système national d'information interrégimes de l'Assurance maladie) et PMSI (programme de médicalisation des systèmes d'information), « données de vie réelle ». Les effets secondaires du Mediator sont, par exemple, repérables par l'analyse de ces mégadonnées, générées en routine, lors du traitement et du parcours de soins des patients  [47]  (p. 13). D'une manière générale, il talité et de morbidité, installé près de l'hôpital du Vésinet, en banlieue parisienne  [34]  (p. 21).
La difficulté est de sensibiliser les jeunes et plus particulièrement les hommes âgés de vingt à cinquante ans qui demeurent à l'écart. C'est pourtant de ce même segment que viennent les volontaires utilisant un détecteur. Cette pratique peut donc représenter un bon indicateur du soutien dont jouit l'archéologie dans l'opinion publique. De nombreux amateurs fournissent aux musées d'importantes quantités d'objets précieux. Les découvertes sont géolocalisées et une nouvelle base de données, réservée aux trouvailles effectuées au moyen de détecteurs, intitulée DIME, a été mise en place ces dernières années, sur laquelle se fait l'essentiel du travail d'enregistrement. La relative proximité et la confiance entre amateurs et professionnels (dans la société en général) fournit probablement une raison supplémentaire à cette collaboration (fig.
de 375 patients âgés d'au moins 70 ans et pris en charge pour pré-et per habilitation gériatriques sont à l'étude en France, référence pour les protocoles de radio-chimiothérapie La troisième, également rétrospective, a été rapportée en 2011 par Yuge un cancer (tout site confondu et pour 58,7% digestifs), Caillet et notamment au sein de l'étude PROADAPT (NCT03659123) concomitante, l'irradation vésicale hypofractionnée a été al. ont démontré que l'évaluation gériatrique approfondie incluant tout type de cancer. évaluée par Hammer et al. dans 2 études cumulant 125 aboutissait à une modification de la prise en charge patients [81, 82]. La morbidité liée au traitement a été jugée initialement proposé par l'équipe oncologique dans 1 cas sur 5 satisfaisante par les auteurs, avec 8% de toxicité de grade 3, Toutefois, il est indispensable de considérer que les résultats ainsi rapportés de la radio-chimiothérapie concomitante concernaient des individus sélectionnés, répondant à des L'inclusion de tous les patients dans un protocole de RAAC En revanche, l'application des modalités pré-opératoires de la critères tumoraux (i.
18 Les travaux, résolutions et directives adoptées, sont accessibles depuis la page : https://www. ilo. org/global/statistics-and-databases/meetings-and-events/international-conference-of-labourstatisticians/20/lang--fr/index. htm 19 A. Supiot, La Gouvernance par les nombres, Cours au Collège de France (2012-2014), Paris, Fayard, 2015 ; T. Sachs, « La raison économique en droit du travail », Revue de Droit du Travail, 2011, p. 550 (Partie 1) et p. 618 (Partie 2) ; voir aussi les réflexions développées par E. Peskine, J. Porta, T. Sachs et C. Wolmark, « Protection et efficacité économique : un couple dans la crise », Droit ouvrier, 2012, p. 69. 20 Voir le document de travail examiné lors de cette conférence : https://www. ilo. org/wcmsp5/ groups/public/---dgreports/---stat/documents/meetingdocument/wcms_644598.
Communiquer largement sur les objectifs et possibilités de diffusion des travaux de la recherche 2. Rappeler l'article L533-4 du code de la recherche, qui donne aux chercheurs le droit de déposer leurs écrits scientifiques en archive ouverte. 3. Rappeler que le programme européen de financement de la recherche H2020, qui comporte l'obligation d'assurer le libre accès aux publications issues des recherches auxquelles elle aura attribué un financement, même partiel, en Green ou en Gold OA. 4. Mener des campagnes nationales de communication régulières, notamment à l'occasion de l'Open Access Week, sur les établissements ayant adopté un mandat de libre accès et/ou créé des services autour de l'OA. 16. Produire les données de l'ESGBU avec le module statistique de HAL. 17. Faire une revue systématique de l'interface de HAL.
Créer une plateforme fédératrice de l'action des bibliothèques pour l'Open Access en France 18. Porte d'entrée de l'OA pour les bibliothèques de France, cette plateforme ferait principalement de la veille et de l'agrégation de ressources validées. Subsidiairement, la plateforme pourrait aussi produire de nouvelles ressources et améliorer des ressources existantes. La plateforme comprendrait aussi un observatoire de l'OA en France, base de données servant également de source à la publication d'un état des lieux annuel.
Les mégarevues Une mégarevue 98 est une forme particulière du Gold OA, généralement sur le modèle auteur-payeur. Sa caractéristique principale est de ne pas se limiter à un champ disciplinaire restreint, mais, au contraire, à publier, exclusivement en ligne, des articles dans de nombreux domaines, tant en SHS qu'en STM. Les articles font l'objet d'une évaluation par les pairs allégée et d'une publication rapide. L'expression « mégarevue » est entrée dans les moeurs. Cependant, en l'absence d'organisation par secteurs disciplinaires pointus, avec un comité éditorial et une politique propres, on peut considérer qu'il s'agit plus d'une base de données d'articles indépendants que d'une vraie revue. Le concept de mégarevue a été inventé en 2006 par PLOS, avec PLOS ONE. 99 ondé en 2012 par un ancien collaborateur de PLOS One, PeerJ 100 se caractérise par un mode de financement original, dans lequel le chercheur peut éviter les APC en payant une seule fois une cotisation de quelques centaines de dollars, lui donnant le droit de publier à vie.
HAL et les archives ouvertes institutionnelles Quel est le niveau de développement des archives ouvertes dans le monde de la recherche en France ? Pour répondre à cette question, une liste de 195 établissements d'enseignement supérieur et de recherche, d'associations de sites universitaires et d'organismes de recherche a été constituée du 21 au 30 novembre 2017. On a ensuite recherché si ces établissements disposaient d'une archive ouverte, qu'il s'agisse d'un portail ou d'une collection dans HAL ou d'une archive ouverte institutionnelles (AOI). Le corpus a été actualisé du 29 novembre au 4 décembre 2018. La méthode de constitution du corpus et de recherche des archives ouvertes, ainsi que les données pour chaque établissement constituant le corpus sont détaillées en annexe. Cette collecte a permis de constituer un embryon de base de données, à partir du quel ont été établis les graphiques ci-après.
HAL est encore un de ces machins franco-français : je préfère déposer mes publications sur Academia ou ResearchGate pour avoir une vraie visibilité internationale Contrairement à ce que pourrait laisser croire son origine française, HAL est très bien indexé par les moteurs de recherche dans le monde entier. Une recherche avec Google Scholar, qui est le moteur de recherche favori des chercheurs, fait remonter les publications déposées dans HAL parmi les premiers résultats. HAL est également référencé par d'autres moteurs de recherche et bases de données  3  Academia et ResearchGate sont des réseaux sociaux académiques (RSA) et non de dépôts d'archives ouvertes. La réponse à l'objection « Je trouve déjà ce que je cherche sur Academia ou ResearchGate », plus loin dans le présent chapitre, explique pourquoi un RSA ne peut pas tenir lieu de dépôt d'archives ouvertes.
Il y a tout sur SciHub et LibGen SciHub et Library Genesis (LibGen) sont des bases de données de publications scientifiques piratées sur les sites des grands éditeurs commerciaux. En raison de leur richesse de contenu et de leur facilité d'utilisation, elles sont très utilisées, tant dans les pays pauvres que dans les pays riches. Certains chercheurs voient dans SciHub et LibGen une nécessaire révolte visant à l'émancipation des publications scientifiques face à l'oligopole des grands éditeurs commerciaux. SciHub et LibGen n'en sont pas moins illégales et ont fait l'objet de condamnations en justice à la demande des éditeurs. Leur accès est aléatoire et elles doivent régulièrement changer d'URL au fur et à mesure des condamnations. Chaque chercheur pourra, en son âme et conscience, décider ou non de les utiliser.
HAL HAL est de loin le dépôt d'archives ouvertes le plus employé en France. Développé depuis 2001 par le CCSD du CNRS, il a démontré se qualités en matière de pérennité et d'évolutivité. HAL est une grande archive ouverte pluridisciplinaire unique, qui peut se présenter sous plusieurs interfaces spécifiques, appelés portails. Les portails institutionnels permettent de rendre visibles les publications des chercheurs d'une institution. Ce sont en quelque sorte des AOI au sein de HAL. Il existe aussi quelques portails thématiques, le principal étant HAL-SHS. Enfin, on peut créer des collections, surtout utiles pour présenter de façon personnalisées tout ou partie des productions d'un laboratoire. Il faut toujours garder en tête que les portails et collections ne sont que des vues partielles sur HAL, qui est une base de données unique.
Les recherches subventionnées H2020 Le programme européen de financement de la recherche Horizon 2020, plus connu sous son abréviation H2020, court sur la période 2014-2020. Il comporte l'obligation d'assurer le libre accès aux publications issues des recherches auxquelles elle aura attribué un financement, même partiel, en Green ou en Gold OA. La publication en OA des données de la recherche n'est pas obligatoire, mais elle est recommandée. 2 penAIRE est le projet, financé en quasi-totalité par H2020, pour promouvoir et faciliter la publication en OA des publications scientifiques et des données de la recherche. 3 OpenAIRE peut être considéré comme la brique OA d'H2020. Sa FAQ est très complète. 4 Un dépôt de données de la recherche, Zenodo a été créé dans le cadre d'OpenAIRE. 5.