dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
La langue choisie pour la recherche de littérature est l'anglais. Concernant la volumétrie des textes, aucune restriction temporelle n'a été opérée (tout le corpus utilisant les termes d'intérêt a été exploité, sans limite de temps). Il n'y a donc pas eu de critères d'exclusion des textes. Un travail de post-traitement a permis d'exclure les principaux synonymes. Rappelons que l'exploration de données textuelles est une méthode d'extraction permettant d'accéder à des informations quantitatives à partir d'une base de données qualitative  [15]. Un algorithme de segmentation de texte permet d'identifier et d'extraire des séquences grammaticales. Les termes extraits sont regroupés dans une même classe lorsque leur version dérivée (stemmed-version) est identique (les termes « personnalisée » et « personnalisées » sont par exemple indexés comme « personnalisée »).
Les données précliniques indiquent un bénéfice potentiel du CHI sur les concentrations sanguines de glucose et de cholestérol, ainsi que l'activité enzymatique mitochondriale, la glycolyse et l'oxydation des acides gras  [69, 70]. Chez l'humain, le CHI a été proposé comme moyen de potentialiser les effets bénéfiques de l'activité physique sur le poids et le statut métabolique. Dans une étude contrôlée, randomisée et conduite en simple aveugle, Haufe et al. [71]  ont montré sur un groupe de 20 sujets normo-pondérés ou en surpoids qu'un entraînement en endurance en condition hypoxique (60 minutes de course sur tapis, 3 fois par semaine Les effets combinés d'une prise en charge en réentraînement à l'effort associée au CHI ont également été évalués chez les patients présentant un diabète de type 2, sur la base de données précliniques  [78].
L'application du CHI au spectre des démences n'a à ce jour pas encore été évaluée chez l'homme, toutefois, les résultats apparaissent prometteurs sur des modèles animaux de maladie d'Alzheimer  [106]. Comme l'activité physique, en favorisant des adaptations neurovasculaires positives  [107]  et en modifiant les facteurs de risque cardio-et neurovasculaires, le CHI représente une stratégie attractive et innovante pour prévenir ou ralentir le vieillissement cérébral  [108]. Sur la base de données précliniques prometteuses, d'autres travaux de recherche sont ainsi nécessaires, pour évaluer le potentiel préventif et thérapeutique du CHI dans les pathologies neurologiques. Si peu de données sont actuellement disponibles chez l'homme concernant les effets du CHI au niveau cérébral, une littérature abondante fait état de réels bénéfices de l'application de cette technique chez les patients blessés médullaires.
On peut y représenter, notamment, les relations méréologiques et exprimer des axiomes comme celui qui affirme que tout arbre a pour partie au moins une feuille. De nombreuses ontologies appliquées sont construites en utilisant le Web Ontology Language (OWL). Le cadre OWL est un cadre logique pour les langages du Web sémantique. (Obitko 2007 ; Arp, Smith et Spear, 2015, 151) Il est basé sur la logique de description. Ainsi, les axiomes spécifiés dans une ontologie appliquée construite selon le cadre OWL sont fondés sur les principes de la logique de description. La logique de description est un sous-ensemble décidable de la logique du premier ordre. La décidabilité de la logique de description est cruciale dans les ontologies appliquées car elle permet d'élaborer des procédures de décision, c'est-à- dire des algorithmes qui retourneront toujours un résultat lors d'une requête dans une base de données.
Les tri- plets ainsi formés constituent une base de données RDF dans laquelle sont stockées des données d'un domaine déterminé. Chacun des éléments d'un triplet RDF est étiqueté à l'aide d'un URI (Uniform Resource Identifier, un nom unique) qui permet de trouver l'élément recherché dans une base de don- nées. Lorsqu'une base de données RDF (un « triple store ») est constituée, un utilisateur peut y lancer une requête à l'aide du langage de requête SPARQL (Harris et Seaborne, 2013; Arp, Smith et Spear, 2015, 155). Par exemple, si un entrepôt de données d'hôpital a été structuré sous la forme d'un triple store, une requête SPARQL adéquate pourrait permettre de retrouver tous les patients suivis dans cet hôpital à une cer- taine période, ou bien toutes les références de maladies de ces patients qui ont causé un infarctus.
Acknowledgements The authors acknowledge financial support from the  French-German ANR-DFG  project " Femto-ASR" , ( ANR-14-CE35-0015-01 ) and  ANR  support via grant no. ANR-11-JS04-010-01  " IPQCS ", and the " Investissement d'Avenir" program :  Labex NIE   ANR-11-LABX-0058_NIE ,  Labex CSC   ANR-10-LABX-0026_CSC ,  Equipex  UNION  ANR-10-EQPX-52-01. Other funding came from the  Université de Strasbourg  for a  USIAS Fellowship , from the "Alsace" region, the  NSF  grant no. CHE-1710191 , and the  Italian MIUR  for grant PRIN 2015. MO acknowledges the  Ohio Supercomputer Center , the  Mésocentre of the Université de Strasbourg and CINECA  for granted computer time. The  Centre de Calcul Intensif d'Aix-Marseille  is acknowledged for granting access to its high performance computing resources.
High-cadence PAD capture scheme In order to further the ability of the SWA-EAS sensor to contribute to the kinetic physics goals of Solar Orbiter, we devised a BM operational scheme, whereby we sample the minimum number of measurement elements required to provide a valid 2D PAD of the electrons at subsecond resolution. Fundamental to this operation is the availability to the SWA-DPU of the near-contemporaneous B-field unit vector, b, from the MAG instrument  (Horbury et al. 2020). This need was addressed by the MAG and SWA teams, together with ESA and Airbus UK, during the mission planning phase, so this data product is communicated between MAG and SWA onboard over an inter-experiment link, known as Service 20 (S20). This data product is communicated at 0. 125 second cadence and with minimal latency.
We therefore show, as the blue grid, the pixelated FoV of the EAS1 sensor head transformed onto this sky map. Selection of an elevation band containing the FoV means we capture all data from the region shaded orange and passing across the red diamond symbol. The selection of the elevation band containing the anti-field aligned direction captures the data from the orange band passing through the triangle symbol (and wrapping across the left and right edges of the plot). Superimposed over the plot are a set of red contours, which represent the loci for particles arriving with 30 • , 60 • , 90 • , 120 • , and 150 • pitch angles for this orientation of the B-field. We note that the first selected band crosses pitch angle contours from 180 • (red diamond) down to < 30 • (near [-120 • , -15 • ]), while the second crosses contours from 0 • (red triangle) up to > 150 • (near [60 • , 15 • ]).
It is anticipated that the ground-validated, rebinned PAD's, at 0. 125 s resolution, will be a regular SWA Level 3 data product available from the Solar Orbiter Archive 1. In summary, we have deployed an important new tool for the study of solar wind electrons and their interactions with electromagnetic fields and waves. Electrons are highly mobile and carry a substantial heat flux into the solar system. Thus, attaining an understanding of both how that heat flux is carried into the heliosphere by the creation of suprathermal features within the distribution and how it is dissipated via kinetic processes operating on small timescales is key to understanding the overall energetics of the plasma. While it is unlikely that particle instruments will soon achieve the kind of time resolution for measurements that are currently available through EM fields instruments, the algorithm described and illustrated here will shift the boundaries of what is possible with the application of particle data.
Acknowledgements. Solar Orbiter is a space mission of international collaboration between  ESA  and  NASA , operated by  ESA. Solar Orbiter Solar Wind Analyser (SWA) data are derived from scientific sensors which have been designed and created, and are operated under funding provided in numerous contracts from the  UK Space Agency (UKSA) , the  UK Science and Technology Facilities Council (STFC) , the  Agenzia Spaziale Italiana (ASI) , the  Centre National d'Etudes Spatiales (CNES, France) , the  Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS, France) , the Czech contribution to the  ESA PRODEX  programme and  NASA. Solar Orbiter SWA work at  UCL /MSSL is currently funded under STFC grants  ST/T001356/1  and  ST/S000240/1. The Solar Orbiter MAG was funded by the  UK Space Agency  (grant  ST/T001062/1 ).
La génomique récréative (qui propose au consommateur des informations d'ancestralité, de prédisposition à des pathologies et concernant certains traits complexes) est un mode de socialisation des données génomiques, qui sortent maintenant des seuls circuits académiques pour être diffusés aux consommateurs et internautes. Comme les données génomiques ne sont informatives 9 Ibid. que par comparaison, il y a une relation particulière entre le client et les entreprises de génomique. En effet, le consommateur paye alors qu'il permet au prestataire d'augmenter la valeur de sa base de données. La prise en compte de cette valeur économique conduit à l'heure actuelle au développement d'un espace marchand dit DNA data marketplace où sont mis en relation vendeurs et acheteurs de données génomiques (Ahmed et Shabani, 2019).
Acknowledgements CCG acknowledges funding from the  European Molecular Biology Organization  ( 297-2021 ). BP acknowledges funding from  European Research Council  under the European Union's  Seventh Framework Programme  (FP/2007-2013)/ ERC  grant agreement  615789 , and support from the  CNRS. Remerciements CCG  remercie l'EMBO pour son financement ( 297-2021 ). BP remercie l' ERC pour son financement dans le cadre du septième programme-cadre de l'Union européenne  (FP/2007-2013)/accord de subvention 615789, ainsi que le CNRS pour son soutien.
PDB : protein data bank (https://www. rcsb. org). Ragulator isolée  [14] , et par cryo-EM, associé à l'adaptateur RAPTOR isolé  [12] , au sein du complexe pré-activé lié à la sous-unité kinase mTOR  [14] , et en complexe avec les GAP GATOR1  [11]  et folliculine  [13, 15].
Extraction de la terminologie La deuxième phase de la démarche proposée consiste à identifier les termes pertinents pour les différentes tâches (cf. partie 3) par fouille de textes à partir de corpus dédiés. Dans un premier temps, les termes sont extraits des textes à l'aide des paramètres génériques propres au logiciel BioTex  (Lossio-Ventura et al. , 2016)  qui permet de traiter des textes en anglais, français et espagnol. La motivation d'utiliser BioTex tient au fait que ce système permet de paramétrer librement l'extraction selon plusieurs critères numériques et méthodes décrits dans ce paragraphe. Le logiciel BioTex exploite à la fois des informations statistiques et linguistiques pour extraire une terminologie à partir de textes libres. Les termes candidats sont tout d'abord retenus s'ils respectent des patrons syntaxiques définis (adjectif-nom, nom-nom, nompréposition-nom, etc.
Remerciements Cette démarche a été menée à travers différents projets et expertises. Dans ce contexte, je remercie vivement les différents chercheurs qui ont contribué à consolider l'approche présentée dans cet article, en particulier  Juan Antonio Lossio-Ventura ,  Clément Jonquet ,  Maguelonne Teisseire , pour le développement du logiciel BioTex, et les chercheurs, ingénieurs, étudiants qui l'ont appliqué dans les différents cas d'études décrits dans cet article :  Elena Arsevska ,  Sarah Valentin  (veille en épidémiologie animale),  Muriel Bonin ,  Jacques Fize ,  Éric Kergosien  (analyse des dires d'acteurs),  Thierry Helmer ,  Pierre Martin  (sécurité alimentaire). Ces travaux ont été soutenus par la région  Occitanie, par le Fonds européen de développement régional (FEDER) dans le cadre du projet SONGES (Science des données hétérogènes) et par l'Agence nationale de la recherche dans le cadre du programme Investissements d'avenir , référencé  ANR-16-CONV-0004.
Nos travaux ont été financés par la Fondation pour la recherche médicale (FRM) (DEQ20170336757), L'Infrastructure nationale en biologie et santé INGESTEM, Le LabEx REVIVE (ANR-10-LABX-73), le LabEx DEVweCAN (ANR-10-LABX-0061), le LabEx CORTEX (ANR-11-LABX-0042), et le programme Investissements d'Avenir de l'université de Lyon (ANR-11-IDEX-0007).
Toutes les images des biopsies humaines sont associées à un diagnostic définitif confirmé par analyse génétique, et à une référence bibliographique si l'observation a été publiée. L'Atlas du Muscle est en accès libre mais les images ne sont pas destinées à être téléchargées. Cette base de données propose ainsi des images de référence pour différentes maladies bien caractérisées, dans un but de recherche ou d'enseignement. Cet outil fournit également du matériel aux développeurs d'IA pour la création d'algorithmes permettant de détecter automatiquement des caractéristiques particulières dans les biopsies musculaires. L'idéal serait ainsi de n'avoir besoin d'aucun marquage, ou a minima un seul, pour être capable d'extrapoler les caractéristiques nécessaires au diagnostic.
La base de donnéesLes images totalement anonymisées ainsi que leurs informations spécifiques ont été téléchargées sur la solution Web fournie par Zegami ® (Université d'Oxford), et hébergées sur le site Web de l'Institut de Myologie (https://www. institut-myologie. org/en/ recherche-2/laboratoire-dhistopathologie-dr-norma-bromero/muscle-atlas/). Chaque image est associée aux informations suivantes : organisme, muscle biopsié, groupe/type de maladies neuromusculaires et nom précis de la myopathie, gène muté et mutation, traitement le cas échéant, genre, âge, méthode de coloration, référence anticorps le cas échéant, numéro OMIM, et publication dans laquelle les images ont été utilisées. Le filtrage en utilisant l'un de ces paramètres ou une combinaison de ceux-ci est possible pour affiner un sous-ensemble d'images (Figure1).
Cependant, son évaluation clinique en phase II/III (NCT03907072) n'a montré aucune induction de l'expression de la dystrophine après des administrations intraveineuses, et le développement clinique du suvodirsen pour la DMD a été suspendu. La recherche de chimies alternatives d'ASO a conduit à l'identification des tricyclo-ADN (tcDNA) comme des ASO prometteurs pour les approches de modulation d'épissage thérapeutiques  [17, 18]. Les tricyclo-ADN sont des analogues synthétiques de conformation contrainte, ayant notamment démontré des propriétés de biodistribution intéressantes, y compris une capacité à franchir la barrière hémato-encéphalique après une administration par voie générale  [19]  (➜). causée par des mutations dans le gène SMN1 (survival motor neuron 1) codant la protéine SMN, impliquée dans la maturation des ARNm via l'assemblage du spliceosome.
[19, 22]  et chez le chien Golden retriever muscular dystrophy (GRMD) 2  [23, 24] , ont montré que cette approche permet une localisation subcellulaire appropriée des séquences antisens avec les pré-ARNm, grâce à l'accumulation des particules U7snRNP dans le noyau  [25] , ainsi qu'une restauration de l'expression de dystrophine jusqu'à cinq ans post-injection chez le chien GRMD. À la suite de ces résultats encourageants, un essai clinique de phase I/II (NCT04240314) pour le saut de l'exon 2 a été entrepris chez des patients atteints de DMD et présentant une duplication de cet exon. Les duplications d'exon représentent en effet 11 % des mutations touchant le gène DMD, et la duplication de l'exon 2 est la plus commune chez les patients  [26]. Le saut d'exon ciblant les duplications vise à restaurer une dystrophine complète et donc entièrement fonctionnelle, ce qui présente un avantage significatif par rapport aux quasi-dystrophines résultant de l'élimination d'exon(s) interne(s) pour corriger le cadre de lecture ou les mutations non-sens.
[36] de 6 mois à 60 ans, ayant déjà été traités par d'autres molécules, et l'essai RAINBOWFISH est en cours chez des nourrissons âgés de moins de 6 semaines et pré-symptomatiques. Une autre molécule modifiant la maturation de l'ARNm SMN2, le branaplam, a été identifiée par Novartis Pharmaceuticals lors d'un crible à haut débit. Elle permet de stabiliser l'interaction entre l'épissosome et le pré-ARNm SMN2[36]. En raison des résultats encourageants obtenus dans un modèle sévère de souris SMA, démontrant une augmentation significative de l'expression de la protéine SMN et de la survie des animaux, le branaplam est actuellement en cours d'évaluation clinique chez des patients SMA de type I (NCT02268552).
[36] de 6 mois à 60 ans, ayant déjà été traités par d'autres molécules, et l'essai RAINBOWFISH est en cours chez des nourrissons âgés de moins de 6 semaines et pré-symptomatiques. Une autre molécule modifiant la maturation de l'ARNm SMN2, le branaplam, a été identifiée par Novartis Pharmaceuticals lors d'un crible à haut débit. Elle permet de stabiliser l'interaction entre l'épissosome et le pré-ARNm SMN2[36]. En raison des résultats encourageants obtenus dans un modèle sévère de souris SMA, démontrant une augmentation significative de l'expression de la protéine SMN et de la survie des animaux, le branaplam est actuellement en cours d'évaluation clinique chez des patients SMA de type I (NCT02268552). Les auteurs déclarent n'avoir aucun lien d'intérêt concernant les données publiées dans cet article.
a b s t r a c t Objectives. -This systematic literature review focused on patients suffering from schizophrenia (SZ), psychotic disorders or mental illness (MI) including SZ. It was interested in data on prevalence of electronic cigarette (EC) use, patient perceptions and expectations, as well as caregivers' attitudes towards the EC and its benefit in helping to stop or reduce smoking. Method. -The research was carried out on Medline for the period 2000-2020. Cross-sectional, casecontrol, prospective, randomized controlled studies and preliminary studies were included in this review.
Les auteurs n'ont aucun conflit d'intérêts à déclarer. (Inserm) ; l'institut Imagine, Paris ; les réseaux nationaux pour les pneumopathies rares : Centre de référence des maladies respiratoires rares (RespiRare), Centre de référence des maladies pulmonaires rares (OphaLung) et Filière de soins pour les maladies respiratoires rares (RespiFIL) ; les réseaux nationaux pour les maladies auto-immunes et auto-inflammatoires rares : Centre de référence des rhumatismes inflammatoires et maladies auto-immunes systémiques rares de l'enfant (RAISE) et Filière de soins des maladies auto-immunes et auto-inflammatoires rares (FAI2R) ; le projet Rare Disease Cohort (RaDiCo)-ILD (ANR-10-COHO-0003) ; le projet FP7-305653-child-EU ; le projet COST Action European network for translational research in children's and adult interstitial lung disease (COST-ILD) (CA16125) et la Fondation Square.
Remerciements Les auteurs remercient la collectivité territoriale de Corse (Financement du projet NovPath), le programme GISA de l'Inra ainsi que tous les collègues du projet PACMAN. Nous remercions chaleureusement  François Casabianca et Nathalie Raulet-Croset pour leur concours à la maturation intellectuelle de la notion de sociopathosystème.
La métabolomique est une nouvelle approche permettant de quantifier un grand nombre de métabolites dans un fluide ou un tissu par le biais d'analyses en spectrométrie de masse  [10]. Elle permet ainsi d'étudier l'état d'activation d'un grand nombre de voies métaboliques par le biais d'analyses statistiques et par confrontation à des bases de données. Les données de métabolomique ont l'avantage de refléter la dernière étape des différentes cascades de signaux exercés sur les tissus. Cette approche a notamment déjà apporté des résultats pertinents dans le cadre du cancer du sein  [11]. L'objectif de ce travail a été de rechercher des corrélations entre des données de métabolomique et l'intensité de captation tumorale du FDG puis analyser les métabolites corrélés afin d'identifier des facteurs pronostiques et des radiopharmaceutiques potentiellement utiles en cas de faible captation du FDG.
Traitement informatique des données de spectrométrie de masse couplée à la chromatographie liquide Les données de spectrométrie de masse couplée à la chromatographie liquide ont été traitées avec le logiciel Compound Discoverer (Version 3. 0, ThermoFischer). Les données issues des modes d'ionisation positifs et négatifs ont été traitées séparément. Les paramètres utilisés sont décrits en annexe. Les résultats obtenus en mode positif et négatif ont été combinés. Quand un métabolite était identifié dans les deux modes, le mode permettant d'obtenir l'intensité moyenne la plus élevée a été privilégié. Les pics correspondant à des contaminants d'origine pharmacologique, tels que la Lidocaïne, ont été supprimés avant les analyses statistiques.
Analyses univariées Pour chaque métabolite identifié, un test t a été réalisé pour comparer les moyennes d'intensité dans le groupe « peu avide en FDG » et le groupe « avide en FDG ». Des analyses par courbe sensibilité/spécificité ont également étaient réalisées. Les métabolites présentant des différences statistiquement significatives ont été testées dans une seconde base de données de métabolomique portant sur 30 patientes prises en charge pour des tumeurs du sein pour lesquelles des données de TEP-TDM au 18 FDG réalisées avant tout traitement étaient disponibles.
Validations de l'identification des métabolites d'intérêts Les métabolites d'intérêts issus des analyses statistiques ont été validés en termes de spectres de masses de premier ordre (MS1) et de second ordre (MS2) par comparaison des spectres obtenus avec ceux des bases de données METLIN. Le MS1 correspond au spectre de masse issu du premier analyseur du spectromètre de masse en tandem, il contient les pics correspondants au métabolite d'intérêt sous différentes formes d'ionisation avec son profil isotopique. Le MS2 correspond au spectre de masse issu du second analyseur et contient les pics correspondants aux fragments obtenus après passage du métabolite dans la chambre de collision. Si plusieurs métabolites peuvent être isobares, leurs fragments respectifs sont susceptibles de présenter des masses différentes ce qui permet de les différencier.
Biais lié à une variabilité lot à lot Les ACP ont montré la présence d'une variabilité lot à lot dans nos données. Cette variabilité pourrait être due au changement de colonne de chromatographie entre les passages de ces deux lots d'échantillons. L'utilisation de standards internes au cours des analyses CL-SM aurait pu limiter cette variabilité. Celle-ci peut représenter un biais de confusion dans nos résultats. Certains résultats ont pu être validés en confrontant nos résultats à une seconde base de données et ne sont donc probablement pas le résultat de cette variabilité. Cependant, cette seconde base étant de plus petite taille, il n'a pas été possible de valider tous nos résultats. On peut espérer que le fait que les deux classes étudiées aient été présentes dans des proportions équivalentes dans les deux lots présents limite l'influence de cette variabilité lot à lot.
Cela indique que la pertinence clinique des VE en tant que biomarqueur est indissociable de la notion de mesurabilité de la cible 1  biologique qu'elles vectorisent, grâce à une méthodologie robuste et standardisée, comme Une caractéristique commune à toutes les VE est qu'elles sont entourées d'une bicouche lipidique qui en fait de véritables vecteurs capables de transporter des protéines solubles ou membranaires, des lipides, des acides nucléiques, mais aussi des organelles provenant de leur cellule d'origine. Grâce à la puissance des analyses de cytomique, de protéomique, de lipidomique et de génomique, ces différents cargos vectorisés par les VE ont été répertoriés dans des bases de données, telles que EVpedia  [2]. Libérées dans les milieux extracellulaires, les VE ont été identifiées dans de nombreux liquides biologiques de l'organisme, comme le plasma, l'urine, les liquides articulaires, les ascites ou encore le liquide pleural.