dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
Acknowledgments The authors acknowledge all the couples involved in the study and the  ALIFERT collaborative group. The Alifert Collaborative Group is composed of:  Isabelle Aknin: Unitefonctionnelle de biologie de la reproduction , histologie-embryologie-cytogenetique, hopital Nord, Saint-E ´tienne, France;  Isabelle Cedrin-Durnerin :  Service de Medecine de la Reproduction, Hopital Jean Verdier, APHP, Bondy, France; Steven Cens: Centre d'AMP de PAU, Polyclinique de Navarre, Pau, France ;  Pascale Chavatte-Palmer :  INRA ,  UMR1198   Biologie du Developpement et Reproduction ,  Jouy en Josas , France; Serge Hercberg: EREN, INSERM U557; INRA; CNAM; UniversiteParis 13,  CRNH IdF, 93017 Bobigny, France; Khaled Pocate: Service d'Histologie-Embryologie-Biologie de la Reproduction, Hopital Cochin APHP, Paris, France; Nathalie Sermondade: Service de biologie de la reproduction-CECOS, Hopital Tenon, APHP, Paris, France; Claude Uthurriague: Centre d'AMP de PAU, Polyclinique de Navarre, Pau; Jean-Philippe Wolf: Service d'Histologie-Embryologie-Biologie de la Reproduction, Hopital Cochin, APHP, Paris, France.
Analyses statistiques Les courbes de survie ont été estimées à l'aide de la méthode de Kaplan-Meier et comparées à l'aide du test du log-rank. Tous les tests étaient bilatéraux, et des valeurs de p < 0,05 étaient considérées comme statistiquement significatives. Toutes les analyses statistiques ont été réalisées avec SAS 9. 3 (SAS Institute, Cary, NC, Etats-Unis). Les principaux diagnostics codés à la sortie du SAU sont présentés dans le Tableau 2. La septicémie grave et le choc septique étaient les plus souvent retenus (n = 29, 36 %), puis les maladies respiratoires chez 16 (20 %) patients.
Methods We conducted a cross-sectional study. All travelers who attended the TMC (University Hospital of Saint-Etienne, France) were proposed to participate in the study between August 1, 2013 and July 31, 2014. Demographic data and travel characteristics were collected using an anonymous self-administered questionnaire. Vaccination coverage for Td-IPV, HBV, MMR, and Bacillus Calmette-Guérin (BCG) vaccinations were checked by three physicians using health booklets and/or vaccination certificates provided by the travelers at the consultation. Complete (for HBV, MMR, and BCG) and up-to-date (for Td-IPV) immunization was defined as per the national immunization schedule during the investigational period  [6]. Immunization against diphtheria and tetanus is mandatory for children under 18 months; immunization against poliomyelitis is mandatory for children aged under 13 years; the Td-IPV vaccine is recommended in adults (with a booster at 25, 45, 65 years, and every 10 years after 65 years); the BCG vaccine was mandatory and became optional for people born after 2007; the MMR vaccine is recommended for people born after 1981 (two doses, and one dose in non-immune women of childbearing age); and the HBV vaccine (three doses) is recommended for people born after 1979.
SPSS version 24. 0 software 70 (24. 0 Statistics IBM, Armonk, New York, NY) was used for the statistical analysis. The chi-square test and Fisher's exact test were used to compare the proportions with a 5% significance threshold (p<0. 05). To assess the precision of estimates for vaccine coverage in travelers with a vaccination certificate, we used a confidence interval of 95% (95% CI). In the multivariate analysis, all variables with p<0. 02 in the univariate analysis were included in the regression model. Our institution ethical committee approved the study.
Results A total of 2,336 travelers attended the TMC during the study period. Overall, 2,019 of them (86. 4%) answered the survey. General characteristics of travelers attending the TMC are detailed in Table  1. A total of 1,216 (60. 2%) travelers provided their vaccination certificate or booklet at the consultation. Travelers who provided a proof of vaccination were significantly younger than those who did not (mean age 34. 8 ± 17. 8 vs 46 ± 18. 4 years, p<0. 005). Hajj pilgrims were less likely to bring a vaccination certificate at the TMC than other travelers. Only 60 of them (15. 7%) provided a vaccination certificate (p<0. 005). The analysis of vaccine coverage was performed using the data of patients who provided a vaccination certificate. Vaccine coverage for Td-IPV, MMR, HBV, and BCG vaccine were respectively 91.
Self-reported vaccine uptake may lead to an overestimation of vaccine coverage  [27]. Secondly, as approximately 20% of travelers attending our TMC were aged above 60, and did not have serological makers, it was difficult to evaluate natural immunization. Consequently, we restrained the analysis of vaccine coverage to travelers targeted by French general recommendations for vaccinations  [28]. We also did not collect data on pertussis, but traveling adults might be responsible for the spread of this disease  [29]. Moreover, vaccine coverage was only estimated in travelers seeking pre-travel health advice at the TMC, which may not reflect the vaccine coverage in all travelers. Only travelers who required immunization against yellow fever, Neisseria meningitidis, or Japanese encephalitis consulted at our TMC.
1-Population and study's design This work is an observational and descriptive study involving patients of the Angers University Hospital (Centre Hospitalier Universitaire d'Angers). All the adult patients who underwent a total thyroidectomy in our centre between January 2010 and December 2015 were consecutively included in the study. Patients who underwent an isthmolobectomy, any other partial thyroidectomy (including completion thyroidectomy), or parathyroid surgery were excluded. Patients who had a surgical indication for additional dissection (central neck dissection and/or dissection of the deep cervical lymph chain) were also excluded. Patient data were collected prospectively by the medical team during patient hospitalisation in our centre using a standard questionnaire and were subsequently entered into a database.
In our study, drainage of the thyroid bed was left to the surgeon's discretion based on intraoperative observations, and it is therefore not included in the final results. However, it does not seem to be a protective factor for haemorrhages and seems rather to increase the risk of infection  [31]. Moreover, a meta-analysis of the Cochrane Library has shown its futility in routine thyroidectomies  [32]. There are several limitations to this study. First of all, our rate of recurrent nerve paralysis may be underestimated. Indeed, we did not perform a nasofibroscopy systematically but only in case of dysphonia. Thus some of the paralysies which were not associated with postoperative dysphonia were not taken into account. Secondly, although our data were collected prospectively, we did not show the rate of definitive hypocalcaemia.
Notre recherche vise à décrire la parole publique du président français Macron par rapport à celle de ses prédécesseurs de la V e République. L'article montre comment la textométrie est mobilisable pour effectuer différents types d'investigations linguistiques : irrégularités de répartition des mots, évolution diachronique du vocabulaire, relevés systématiques et organisés d'attestations en contexte, synthèse statistique des contextes syntagmatiques locaux par cooccurrence, visualisations de la structure lexicale globale du corpus par analyse factorielle des correspondances et analyse arborée. Notre objectif est double : il s'agit d'une part d'analyser le discours macronien et d'autre part de montrer comment la textométrie permet de répondre à des questionnements linguistiques classiques en corpus, en mobilisant les logiciels Hyperbase Web et TXM.
La partie correspondant à Macron compte 27 discours, pour un peu plus de 200 000 mots. Il a été annoté automatiquement en morphosyntaxe par le logiciel TreeTagger  (Schmid 1994 ) en utilisant le fichier de paramètres d'Achim Stein pour le français  (Stein & Schmid 1995). Nous avons choisi d'interroger le corpus à l'aide de deux logiciels de textométrie, Hyperbase  (Brunet 2011a)  principalement dans sa version Web (http://hyperbase. unice. fr) 2 et TXM (http://textometrie. ens-lyon. fr) (Heiden et al. 2010)   3. Tous deux sont développés en contexte académique et diffusés gratuitement, et implémentent les principaux calculs textométriques (concordance, spécificités, cooccurrences, AFC, présentés dans les sections suivantes), mais ils sont complémentaires pour certains calculs spécifiques et pour les propriétés des sorties graphiques.
SÉLECTION DE BILLET Grâce à AntWeb, les fourmis partent à la conquête de Wikipédia !  11  Publié le 9 novembre 2009 par Calimaq AntWeb  12  est une extraordinaire base de données développée par la California Academy of Science  13  qui a pour but de recenser et de faire connaître la diversité du monde des fourmis. Elle contient plus de 30 000 photographies d'une qualité exceptionnelle, décrivant chaque espèce. Le site AntWeb fait plus que nous faire connaître toutes les fourmis du monde : il les libère sur la Toile ! À l'origine, le site avait été placé sous licence Creative Commons BY-NC-SA  14  (Attribution-Usage Non Commercial-Partage à l'identique), relativement permissive, mais incompatible avec les règles de l'encyclopédie collaborative Wikipédia  15. Qu'à cela ne tienne ! Waldir Pimenta, un wikipédien qui raconte cette histoire sur ce blog  16  , n'a pas hésité à demander aux développeurs d'AntWeb de modifier leur licence pour passer en Creative Commons BY-SA  17  , ce qu'ils ont accepté : Je leur ai envoyé un mail leur suggérant de changer leur licence.
Mais c'est peut-être dans leur modèle économique que ces partenariats sont justement les plus critiquables. Financés par le biais des Investissements d'avenir, ces programmes mobilisent de l'argent issu de l'Emprunt national lancé sous l'ère Sarkozy, qui impliquent un remboursement et donc des formes de commercialisation. Or ici, l'exclusivité accordée à Proquest en ce qui concerne les livres va lui permettre de revendre l'accès aux ouvrages à d'autres bibliothèques ou à des universités, étrangères, mais aussi françaises, les corpus concernés présentant un grand intérêt pour la recherche. On aboutira donc à ce paradoxe que l'argent public de l'emprunt sera remboursé par de l'argent public, versé par des collectivités ou des établissements publics. Pire encore, on peut penser que l'accès à la base de données de Proquest pourra se faire par le biais d'une licence nationale, négociée par l'ABES dans le cadre du projet ISTEX 131.
C'est probable, car deux licences nationales 132 ont déjà été conclues pour des produits similaires de bases de données de documents numérisés du domaine public, développés par Gale Cengage et Chadwick. Mais l'absurdité économique serait encore plus forte ici, car le projet ISTEX est lui aussi financé en partie par les Investissements d'avenir. L'argent de l'emprunt national servira à rembourser… l'emprunt national ! Avec au passage des firmes privées qui sauront faire leur beurre au sein de ce grand capharnaüm financier… Est-ce cela le principe de « l'investisseur avisé » qui devait servir de guide à l'emploi des Investissements d'avenir ? Sans doute, la création d'une filiale 133 pour gérer ces partenariats doit-elle apparaître aux yeux de certains comme le summum de la « branchitude managériale », mais économiquement, ces partenariats ne tiennent absolument pas la route et ils se révéleront à l'usage autant un piège pour les finances publiques que pour l'intérêt général.
Vive la révolution numérique ! Pour terminer, il faut relever que l'arrogance (et/ou la maladresse) a conduit à ce que ces partenariats soient annoncés officiellement quelques jours seulement après que l'on ait appris le suicide de l'activiste américain Aaron Swartz 147 , qui avait justement choisi de s'en prendre à la base de données JSTOR pour libérer des articles scientifiques et des textes du domaine public. Le produit qui sera développé par Proquest à partir du coeur patrimonial de la BnF est très largement similaire à la base JSTOR. Sans doute, les dirigeants de la BnF et du ministère ne voient-ils même pas le lien entre la mort d'Aaron Swartz et les partenariats qu'ils ont annoncé. Mais qu'ils se rassurent, beaucoup le voient très bien et ils ne laisseront pas faire cela.
V) Encadrer strictement les partenariats public-privé de numérisation Le contrat signé par la Ville de Lyon avec Google 116 pour la numérisation des ouvrages de la bibliothèque municipale avait mis en lumière le problème des exclusivités accordées par des personnes publiques à des firmes privées, à propos de l'usage des oeuvres du domaine public. L'autorité de la Concurrence s'était alarmée 117 de ces pratiques en 2010, en estimant que les exclusivités commerciales accordées à Google étaient trop longues et de nature à renforcer sa position dominante. Depuis, cette question a encore rebondi, avec la révélation que la Bibliothèque nationale de France s'apprêtait à conclure des partenariats public-privé 118 de numérisation avec des firmes privées, qui auront pour effet, non seulement de leur accorder des exclusivités, mais d'empêcher la mise en ligne de documents du domaine public, au profit de la commercialisation de bases de données.
Il est absolument inconcevable que l'on puisse en arriver à de telles extrémités, simplement parce que le domaine public n'a pas reçu la protection juridique suffisante contre toutes les manoeuvres, plus ou moins frauduleuses, visant à refaire naître des droits pour le contrôler et le monétiser. C'est en pensant très fort à Aaron Swartz que j'avais inclus dans les propositions de la Loi pour le domaine public en France 156 des dispositions qui permettraient de « neutraliser » le droit des bases de données lorsqu'il recouvre des objets correspondants à des oeuvres du domaine public : Depuis, il me semble qu'un mouvement est en train de se lever en France pour mettre fin à cet « interminable hiver juridique ». Le scandale du copyfraud 158 commence à percer dans les médias et la question du domaine public revient plus régulièrement 159.
N. B. : Article 6, I, 4° de la loi 2004-575 du 21 juin 2004 :Ma recherche doctorale de sociologie prend pour objet d'étude les communs numériques. On définit classiquement un commun numérique comme une ressource numérique en accès partagé (base de données, logiciel, etc. ) administrée par une communauté de participants (appelés commoners), s'organisant au moyen d'une structure de gouvernance qui distribue entre eux les droits et les obligations et dont le but est de produire, maintenir et enrichir la ressource dans le temps. Wikipédia est un des exemples paradigmatiques. Je m'intéresse plus particulièrement aux communs numériques mis en place par -ou en collaboration avec -l'État. Je voudrais à travers ce « billet de lecteur » faire entrer en résonance l'article « L'émergence de la figure d'un État "contributeur aux Communs numériques" » publié le 30 décembre 2017, avec mon travail de recherche.
Statistical analysis All statistical analyses were carried out with R version 3. 2. 5 (R Development Core Team, 2016). A principal component analysis (PCA) was performed with FactoMineR package  (Lê et al. , 2008)    We chose this type of analysis because it summed up a dataset of individuals x variables. It helped characterize farms or groups of farms by the studied variables. PCA reduces the dimensionality of a dataset with a large number of interrelated variables while retaining as much as possible the variations present in the dataset  (Jolliffe, 2002). PCA was carried out with 14 quantitative variables (Figure  1 ) as active variables, and 27 farming systems as individuals. To perform PCA, the five qualitative variables (building, batch management, health, product marketing and system type) were transformed into standardized notes by the first author of this article.
Some information was missing on the total surface area of the whole farming system (about 52% of missing values), because some farmers in the informal sector did not know the surface area of their farms and others did not want us to know it, therefore PCA did not take into account this variable. The data was standardized before performing PCA because the 14 variables had different units (year, number, percentage, and minutes). Without standardization, each variable would have had the weight corresponding to its standard deviation, whereas with standardization each variable had the same weight. To help interpret the principal components, a variance analysis model was used for each component to explain the contribution of each variable with dimdesc function of FactoMineR. A cluster analysis was then carried out with HCPC function of Facto-MineR, based on the results of the PCA analysis.
58), number of boars (correlation of 0. 48), average time spent in pig activities   two groups (Groups 3 and 5) with one group comprising only conventional farms (Group 5). As we expected, clusters with non-conventional farms were in greater number than clusters with conventional farms for at least two reasons. Firstly, in our dataset, the number of conventional farms was lower than that of non-conventional farms (6 vs 21). Secondly, the management of conventional farms was generally well standardized (following COOPMAR recommendations: batch and feeding management, prophylaxis, among others) so that the variability among them was expected to be lower than that among non-conventional farms. One farm stood alone in a group. This might seem surprising, but plots of each farm on the first four principal components (Figure  5A  and B ) showed that farm F12 was isolated from the other farms.
Study design and participants This was a phase 2, open-label, multicenter study sponsored by the Lymphoma Academic Research Organisation (LYSARC) to assess the efficacy and safety of obinutuzumab plus lenalidomide in patients with relapsed/refractory follicular lymphoma. Patients were enrolled from 24 LYSARC centers in France. The protocol was approved by the central Independent Ethics Committee and the Agence Nationale de Sécurité du Médicament et des Produits de Santé; the study was conducted according to the principles of the Declaration of Helsinki, Good Clinical Practices, and applicable regulatory requirements. All patients gave written informed consent before participating. The study (GALEN trial; NCT01582776) was registered with ClinicalTrials. gov. Eligible patients were ≥18 years of age with histologically confirmed (local pathology report) CD20-positive relapsed/refractory follicular lymphoma of World Health Organization grade 1, 2, or 3a.
Response rates were reported as percentages with 95% confidence intervals (CIs) of patients. Time-to-event data were presented as Kaplan-Meier plots for time to first event and as summary tables for fixed time points. Median time to event and response rates were calculated with 95% CIs. Chi-square test analysed the effect of prognostic factors on response rates (post hoc analyses), and Cox proportional-hazards regression model was used to estimate hazard ratios and 95% CIs. All analyses were performed with SAS 9•3 software. Safety was reviewed every 6 months by an independent data safety monitoring committee.
The GALEN regimen has been further shown as effective without unexpected toxicity in patients with advanced, untreated follicular lymphoma in need of systemic therapy. 30  patients with relapsed/refractory follicular lymphoma, GALEN is also being evaluated combined with atezolizumab,  7  and versus umbralisib plus obinutuzumab or chemotherapy plus obinutuzumab in another study (NCT03269669) by the National Cancer Institute.
Acknowledgments: The authors would like to thank the Lymphoma Academic Research Organization team (LYSARC) team for management of the study, statistical analyses, and data review; Celgene and Roche for supporting the study; the patients and their families; and the Independent Data Monitoring Committee (André Bosly and Natacha Heutte). The authors also acknowledge the medical writing assistance provided by Laura J. Ninger, ELS and Kathleen Ohleth, PhD, CMPP (Precise Publications, LLC).
L'interprétation du coefficient de Kappa a suivi la classification suivante : <0 : désaccord ; 0,01 à 0,20 : accord très faible ; 0,21 à 0,40 : accord faible ; 0,41 à 0,60 : accord modéré ; 0,61 à 0,80 : accord fort ; 0,81 à 1 : accord très fort. Les résultats ont été considérés comme significatifs si p < 0,05. Les analyses statistiques ont été réalisées à l'aide du logiciel R, version 3. 2. 2 (avec le package « rel » version 1. 3. 1). Tous les tests étaient bilatéraux.
05a; Cambridge Electronic Design). Statistical analyses were performed with XLSTATS 2017 (Addinsoft) and the MATLAB R2017b environment (The MathWorks Inc. ). Mann-Whitney U tests and Fisher's exact tests were used to compare continuous data and categorical data, respectively. An affine relationship between time from implantation and maximal MUP amplitude was first evaluated in each group separately using ordinary least squares. The corresponding residuals were Gaussian (Shapiro-Wilk test), and the variances were significantly different (s 2  Sham /s 2 Active =9. 2, P = 0. 015, Fisher's test). Then, the following model was used to model the data simultaneously in the two groups: y k = u 1 1 u 2 x k 1 u 3 c k 1 u 4 c k x k 1 w k , w h e r ek indexes the patient, y k denotes the maximal MUP amplitude, x k is the time from implantation, c k is the group (c k = 0 for the active group, and c k =1 for the sham group), and w k is a zero-mean Gaussian variable.
by the Hospital Program for Clinical Research, French Ministry of Health (grant number P110133) and by a Contrat de Recherche Clinique of the Direction de la Recherche Clinique et du D éveloppement (DRCD), Assistance Publique-H ôpitaux de Paris, Paris, France (grant number CRC15017-R02); by the Association pour la Recherche sur la Scl érose Lat érale Amyotrophique and by the Thierry Latran Foundation for ALS; and by the program Investissement d'Avenir ANR-10-AIHU 06 of the French government.
Acknowledgment: The authors thank  Laura Hurrell-Morizot , clinical research assistant at the  Piti é-Salp êtri ère Hospital , for her help with the English style and grammar. RespiStimALS team:  Maria del Mar Amador  ( neurologist, Paris, France );  Jean Christophe Antoine (neurologist, St. Etienne, France) ;  Marie Christine Arne-Bes  ( neurologist, Toulouse, France );  Val érie Attali  (pneumologist, Paris, France);  Katell Beauvais  ( neurologist, Dijon, France );  Veronique Brunaud-Danel  ( neurologist, Lille, France );  Gaelle Bruneteau  ( neurologist, Paris, France );  Jean-Philippe Camdessanche  ( neurologist, St. Etienne, France );  William Camu  (neurologist, Montpellier, France);  Laurence Carluer  ( neurologist, Caen, France );  Julien Cassereau  (neurologist, Angers, France);  Maud Chapart  (pathologist, Paris, France);  Bruno Chenuel  ( neurologist, Nancy, France );  Nathalie Chereau  ( surgeon, Paris, France ); Pascal Cintas (neurologist, Toulouse, France);  Pierre Clavelou  ( neurologist, Clermont-Ferrand, France );  Philippe Corcia  ( neurologist, Tours, France); Andr é Cornette (pneumologist, Nancy, France );  Philippe Couratier  (neurologist, Limoges, France);  Isabelle Court-Fortune  (pneumologist, St.
Funded by the Hospital Program for Clinical Research, French Ministry of Health (grant number P110133) and by a Contrat de Recherche Clinique of the Direction de la Recherche Clinique et du D éveloppement (DRCD), Assistance Publique-H ôpitaux de Paris, Paris, France (grant number CRC15017-R02); by the Association pour la Recherche sur la Scl érose Lat érale Amyotrophique and by the Thierry Latran Foundation for ALS; and by the program Investissement d'Avenir ANR-10-AIHU 06 of the French government.