dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
Dans la feuille Excel intitulée « 1. Id ref par base de données », (10) ajouter dans la colonne A l'en-tête « 1. 2. base de données A (e. g. , PubMed) » correspondant à celui utilisé dans la sous-collection Zotero et ; (11) coller le contenu du presse-papier (i. e. , la bibliographie générée) dans la colonne A de la feuille intitulée « 1. Id ref par base de données » puis attribuer une couleur à l'ensemble de cette bibliographie (e. g. , rouge). Puis répéter ces opérations (i. e. , en-tête, bibliographie et mise en couleur) pour les 4 autres bases de données (i. e. , 1. 3 à 1. 6, avec le code couleur différent, ici : orange, vert, jaune et bleu). D. Classement des références exportées par ordre alphabétique du premier auteur (style APA 7e édition). E. Dans Zotero, vérifi cation de l'absence d'erreurs et visualisation des doublons.
F. Identifi cation des doublons dans Excel (méthode manuelle et automatique). Dans Excel, (12) sélectionner l'ensemble des références et en-têtes de la colonne A de cette feuille. (13) Copier les références dans la colonne A de la feuille intitulée « 2. id. tot ref avec doublons » puis supprimer les cinq en-têtes (n = 5, pour chaque base de données). (14) Classer par ordre alphabétique du premier auteur ; (15) en continuant avec la sélection en cours dans la fenêtre qui s'ouvre. (16) Le nombre total de références avec doublon apparaît lorsque l'intégralité des références est sélectionnée (n = 155). (17) Copier les références classées de la colonne A et les coller dans la colonne C de cette feuille Excel. Dans la collection Zotero, « 2. id tot ref avec doublons », (18) vérifi er que le nombre de références affi chées est identique (n = 155).
Children & Society, vol. 24, n o 4, p. 339-351. VERGNOLLE MAINAR C. , JULIEN M. -P. , CHALMEAU R. , CALVET A. et LÉNA J. -Y. (2016). « Recherches collaboratives en éducation à l'environnement et au développement durable : l'enjeu de la modélisation de l'ingénierie éducative, pour une transférabilité d'un territoire à un autre ». Éducation Relative à l'Environnement, vol. 13, n o 1, p. 55-70. En ligne : https://ere. revues. org/333WALLISER B. (1977). Systèmes et modèles. Paris : Le Seuil. Il faut entendre réalité comme l'espace matériel, le topos (dimension physique d'un lieu, en opposition à la chôra soit la dimension sensible). 3. Ce travail a bénéficié d'une aide de l'État gérée par l'Agence Nationale de la Recherche au titre du Labex DRIIHM, programme « Investissements d'avenir » portant la référence ANR-11-LABX-0010.
-Sur la période 2008-2017 le taux de publications des orthopédistes franc ais dans les revues prédatrices était inférieur à 5 %. Matériel et méthode. -A partir des données de la base SIGAPS détaillant les publications des orthopédistes franc ais membres de la SOFCOT, une analyse de tous les articles (Journal Article, Review, Editorial) a été menée afin d'extraire les articles PubMed Not Medline des revues catégorie SIGAPS non classés (NC) et d'étudier leur origine prédatrice ou non à l'aide des listes connues de revues prédatrices telles que la liste de Beall ainsi que celle émanant de StopPredatoryJournals. En cas de difficulté d'identification du caractère prédateur, nous avions recours aux critères définis par Beall et du Committee on Publication Ethics (COPE). Résultats. -Sur les 6056 articles extraits de la base de données SIGAPS correspondant aux publications des orthopédistes franc ais entre 2008 et 2017, 323 articles étaient susceptibles d'appartenir à des revues prédatrices.
Ces revues se soucient peu de qualité ou d'intégrité scientifique. Leur fonctionnement éditorial, financier, ou scientifique est opaque. Elles ne répondent pas, ou seulement en partie, aux recommandations éthiques et professionnelles de la publication scientifique notamment du Committee on Publication Ethics (COPE) et de l'International Committee of Medical Journal Editors (ICMJE). Le nombre de revues prédatrices a lui aussi augmenté lors de cette dernière décennie : de 18 revues prédatrices en 2011  [6] , elles ont augmenté de manière exponentielle pour atteindre 1319 en septembre 2019  [7]  (dans la Blacklist de Cabell elles sont au nombre de 4000 à 8000  [8] , base de donnée avec souscription de 12000$ non investiguée). Les revues prédatrices fonctionnent sur le mode de l'Open Access  [9]  par le fait qu'elles sont en accès libre (auteurpayeur) et demandent des frais de publication [Article Processing Charge (APC)], dont le montant est difficile à identifier car non explicité lors de la soumission  [10].
La base de données SIGAPS est alimentée à partir de PubMed. Si un article est publié dans une revue prédatrice non référencée dans PubMed, cet article ne sera pas retrouvé dans SIGAPS. Nous avons ensuite intégré le statut aux données dont nous disposions déjà : liste des auteurs, titre, revue, Impact Factor (IF), catégorie SIGAPS. À partir de ces données, nous avons effectué le travail d'identification d'éventuelles revues prédatrices.
Résultats Sur les 6056 articles extraits de la base de données SIGAPS correspondant aux publications des orthopédistes franc ais entre 2008 et 2017, 455 articles répondaient au statut PubMed-Not-Medline (Fig. 1 ). En appliquant le filtre aux revues catégories NC, 323 articles ont été extraits de la base de données. Le nombre d'auteurs moyen était de 6,2 ± 2,52 (DS)  [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] [9] [10] [11] [12]. Aucune de ces revues ne possédait d'impact factor et 186 articles (58 %) avaient nécessité des frais de publications allant de 200 à 1500 dollars. L'APC moyen était de 400 dollars environ et le cout total de soumission estimé pour les 186 articles nécessitant des frais de publications était d'environ 74400 dollars. Après analyse, 290 articles ont été définis comme issus de revues non prédatrices avec certitude par les observateurs soit 89,6 % des articles PubMed-Not-Medline catégorie NC.
Remerciements Les auteurs tiennent à remercier le président et le secrétaire du CNP-SOFCOT pour l'accès au listing des membres,  Mme Laure Maillant ,  Responsable du Département Recherche Clinique et Innovation  ( PF4 ),  Direction Générale de la Santé (DGOS) , et  Henri Migaud  pour son aide et ses conseils pour la réalisation de ce travail.
ils sont en attente d'emploi ou en reconversion. ‡ The aux autres membres des équipes des laboratoires Tous Chercheurs et en particulier Amina Mokrane, Lionel Vaux, Elodie Stamm (Marseille) ; Harry Ramenah, Frédéric Lecerf, Souad Morsli, Moustapha Ba, Michel Kam (Metz) ; Blandine Caquet, Michelle Cussenot (Vittel) et à nos partenaires (voir touschercheurs. fr). Le Laboratoire Tous Chercheurs Nancy a bénéficié d'aides de la Région Grand Est, du FEDER et de l'État au titre du Programme Investissements d'Avenir : ANR-11-LABX-0002-01 (Laboratoire d'Excellence ARBRE), ANR-15-IDEX-04-LUE, Territoire d'Innovation « Des Hommes et Des Arbres ».
open labs Tous Chercheurs REMERCIEMENTS Remerciements ils sont en attente d'emploi ou en reconversion. ‡ The aux autres membres des équipes des laboratoires Tous Chercheurs et en particulier Amina Mokrane, Lionel Vaux, Elodie Stamm (Marseille) ; Harry Ramenah, Frédéric Lecerf, Souad Morsli, Moustapha Ba, Michel Kam (Metz) ; Blandine Caquet, Michelle Cussenot (Vittel) et à nos partenaires (voir touschercheurs. fr). Le Laboratoire Tous Chercheurs Nancy a bénéficié d'aides de la Région Grand Est, du FEDER et de l'État au titre du Programme Investissements d'Avenir : ANR-11-LABX-0002-01 (Laboratoire d'Excellence ARBRE), ANR-15-IDEX-04-LUE, Territoire d'Innovation « Des Hommes et Des Arbres ».
Patients et méthodes Il s'agissait d'une étude rétrospective, observationnelle, réalisée grâce aux Directions Régionales du Service Médical de l'Assurance Maladie (DRSM). Grâce à l'aide du groupe des délégués régionaux de la Société Francophone de Nutrition Clinique et Métabolisme (SFNCM), il était demandé aux DRSM d'extraire de leur base de données les données épidémiologiques concernant la NED chez les enfants âgés de moins de 15 ans dans leurs régions respectives. Étaient ainsi collectés : • le nombre de patients âgés de moins de 15 ans ayant débuté une NED (à l'aide du code LPP du forfait de première installation) entre le 1 er janvier 2012 et le 31 décembre 2012 ; • le nombre de patients âgés de moins de 15 ans ayant une NED (à l'aide des codes LPP des forfaits hebdomadaires de suivi) entre le 1 er janvier 2012 et le 31 décembre 2012 ; • la population cible définie comme étant la population âgée de moins de 15 ans couverte par le régime général de la sécurité sociale, également dite « population protégée », au 1 er janvier 2013.
Remerciements Les auteurs remercient les  Directions Régionales du Service Médical (DRSM) de l'Assurance Maladie des régions d'Alsace, Bretagne ,  Île-de-France, Franche-Comté, Bourgogne, Auvergne, Limousin, Nord-Pas-de-Calais et Picardie, Poitou-Charentes et La Réunion.
Il n'est pas certain que l'Agence européenne du médicament (EMA) accepte une telle étude, car habituellement elle réclame des études d'efficacité dans lesquelles le contrôle est le traitement de référence (la BHD sublinguale associée ou non à la naloxone). Au final donc, les usagers consommaient moins d'opiacés avec cette nouvelle forme galénique de buprénorphine qu'avec un placebo, mais, avec le design choisi, il est impossible de savoir si l'efficacité de Sublocade ® est comparable, plus efficace ou non que la forme sublinguale. Néanmoins, des études cliniques comparant Sublocade ® à des comparateurs actifs (buprénorphine sans naloxone qui est la forme la plus utilisée dans notre pays et méthadone) sont annoncées (Numéro EudraCT : 2018-004460-63), ainsi que des études explorant l'efficacité dans le cadre d'une initiation par Sublocade ® pour des usagers non traités auparavant avec de la buprénorphine sublinguale (NCT03993392).
Les variables quantitatives et qualitatives ont été transformées en variable dichotomique en utilisant différents cut-off. Dans un second temps, toutes les variables avec une valeur P < 0,15 en analyse univariée ont été testées dans un modèle de régression logistique. Les résultats de l'analyse multivariée sont présentés avec des odds ratio (OR), leur intervalle de confiance de 95% (IC95%), et la valeur du P. Le seuil de significativité P est fixé à 0,05. L'ensemble des analyses a été réalisé à l'aide du logiciel SAS ® 9. 4.
Summary Objectives. -The aim of this study was to evaluate the French use, misuse and abuse/dependence of non-injectable forms of fentanyl (transdermal and transmucosal fentanyl formulations). Methods. -Problematic use of transdermal and transmucosal fentanyl formulations was evaluated using an approach combining multiple sources of information: (1) spontaneous notifications recorded during 6 years (2010-2015) for transdermal fentanyl form and 3 years for transmucosal fentanyl forms and (2) data from annual epidemiological systematic surveys conducted by the French Addictovigilance Network during 6 years (2010-2015). Results. -In all, 147 cases were notified for transdermal fentanyl formulation and 109 cases for transmucosal fentanyl formulations. According to the galenic formulation, analysis of these cases emphasizes different profiles: for transdermal fentanyl formulation, two consumption profiles: 1/mainly for analgesic effects (74 %): women (61 %), 47 years, with addictive and/or psychiatric history (46 %), treated for chronic non-cancer related pain (93 %), 2/seeking positive psychic effects other than analgesia (26 %): men (82 %), 32 years, with addictive and/or psychiatric history (87 %) and having obtained the fentanyl patch illegally (60 %) for non-medical use.
Généralités Les modalités thérapeutiques des TFS/HMP sont peu standardisées. Elles reposent essentiellement sur l'analyse de séries rétrospectives, de petites cohortes multicentriques et l'analyse de la base de données Surveillance, epidemiology and end results (SEER)  [1, 6, 24]. Le risque de récidive locale et locorégionale est élevé, variant entre 38,7 % et 91 % selon la thérapeutique initiale. La prise en charge des TFS/HMP repose sur un traitement multimodal associant une chirurgie complète suivie d'une radiothérapie adjuvante  [1, [4] [5] [6] 25]. Les traitements locaux demeurent la pierre angulaire de la prise en charge des tumeurs récidivantes jusqu'à ce qu'ils ne soient plus possibles. Les TFS/HMP présentent une chimiosensibilité médiocre. De nombreuses thérapies ciblées sont étudiées pour traiter les formes disséminées  [9, 13, [26] [27] [28] [29] [30].
Perspectives et essais cliniques tome 107 > n812 > décembre 2020 pour la chimiothérapie, une étude de phase II étudie l'éribuline dans les tumeurs fibreuses solitaires progressives (NCT03840772). Une autre étude de phase II compare la trabectidine à l'association dacarbazine et doxorubicine (NCT03023124) ; un essai de phase II évalue l'impact d'une immunothérapie anti-PD1 par le pembrolizumab dans les récidives de TFS/HMP et des méningiomes (NCT03016091) ; l'association du pembrolizumab à un schéma métronomique du cyclophosphamide a été étudiée dans un essai de phase II comprenant 50 patients présentant divers sarcomes des tissus mous à un stade avancé. Le seul cas de réponse partielle observé correspondait à une TFS. En outre, il s'agissait de la seule tumeur exprimant PDL1 à plus de 10 % au niveau des cellules immunes  [38].
[37] 150 mg/ m 2 + bevacizumab 5 mg/kg Martin-Broto 2014-2018 Phase II 31 Pazopanib ND 49,8 0 58 39 3 et al. [20] 800 mg/j Les perspectives et essais sont : une étude de phase II étudie la protonthérapie dans les méningiomes et hémangiopéricytomes intracrâniens (NCT01117844) ; ND : non disponible ; TM : TFS/HMP des tissus mous ; IC : TFS/HMP intracrânien ; TM + IC : TFS/HMP des tissus mous et intracrâniens.
Il s'agit d'une étude rétrospective, entre 2010 et 2015, sur les dossiers de patients hospitalisés, identifiés dans la base de données hospitalière PMSI (programme de médicalisation des systèmes d'information) du groupe hospitalier Cochin comme porteurs conjointement d'une BPCO et d'une affection aspergillaire. Inclusion des patients Les critères d'inclusion étaient : l'existence d'une BPCO selon le codage PMSI (J41 ; J42 ; J43 ; J44 ; J961 + 0) avec confirmation spirométrique rapportée dans le dossier et l'existence d'une affection aspergillaire pulmonaire, quel qu'en soit le type selon le codage PMSI (B44 ; J17. 2), au cours d'une hospitalisation au moins. Etaient exclus les patients porteurs d'asthme seul (sans BPCO associée), avec TVO fixé sans cause identifiée, présentant une mucoviscidose ou atteints de dilatation des bronches (DDB) comme pathologie principale.
Two consecutive samples obtained by needle aspiration yielded mycobacteria after prolonged culture (10 days for the first, and 20 days for the second) on standard medium (Middlebrook 7H9 broth supplemented with 10% oleic acidalbumin-dextrose (OADC) at 37°C under microaerophilic condition). The isolate was identified as Mycobacterium abscessus complex by mass spectrometry (MALDI-TOF: Microflex, Bruker Daltonik GmbH, Germany) (score 1. 92). Sequencing of rpoB gene confirmed Mycobacterium bolletii on the basis of 99. 3% sequence similarity with the reference sequence (Genbank HQ404268)  [3]. The patient received multiple antibiotic treatments because the susceptibility of the strain to antibiotics was difficult to ascertain (finally found to be in vitro susceptible only to amikacin and tigecycline), and because the patient experienced drug intolerance: linezolid/amikacin for one week, then linezolid/clarithromycin for four weeks, clarithromycin/rifabutin for three weeks, and finally intravenous tigecycline /amikacin for five weeks.
Analyse statistique Grâce au logiciel SPSS Statistics v20 (IBM Inc. ), les données qualitatives ont été exprimées en effectifs et pourcentage, les données quantitatives continues en moyennes avec les valeurs extrêmes entre parenthèses. La normalité des distributions a été vérifiée graphiquement et à l'aide du test Shapiro-Wilk. Un test de Wilcoxon a été réalisé pour comparer les moyennes des HLT et IT postopératoires par rapport à celles au dernier recul, et les mesures de force dynamométriques du côté opéré par rapport au côté controlatéral. Un test de Mann-Whitney a été réalisé pour comparer l'évolution de la HLT et de l'IT pour les trapézectomies totales associées à une LRTI, avec celles associées à une TI. Le seuil de significativité a été fixé à 0,05. Enfin, des tests de corrélation de Spearman entre variables radiologiques et cliniques ont été effectués.
It is compared to a corpus of Earth Negotiation Bulletins, reports published during COP21 in 2015. The metaphors related to the field of climate were identified and analyzed especially with the help of WMatrix software and its semantic field identification tool. It appears from the analysis that newspapers are inspired by specialised texts, but they do not necessarily use the metaphors in the same manner. The time period, geographical area and editorial line of newspapers also influence the use of metaphors. The papers in this issue reflect the large and growing range of corpora that metaphor studies can help analyze and point to the fact that although metaphor studies are well-developed, they seem to be an inexhaustible source of research. We hope that this volume will contribute to arousing new lines of research blending different theories on metaphor, and more broadly further research on manipulation through language and conceptualisation.
Developmental and physiological measurements The morphological parameters were measured using a Zeiss axiozoom microscope and the Zen Pro software. The physiological parameter was measured using an optical microscope. The growth of embryos was recorded at 4 dpf (days post-fertilization) by measuring the diameter (mm), area (mm 2 ) and eye distance (mm). The hatching rate was calculated as the proportion of fish that hatched to the total number of fish from the same condition for each observation time. The cardiac physiology was assessed at 6 dpf by counting the heart beat rate (beats/min). The growth of larvae was recorded at 10 dpf by measuring the length (mm) and head width (mm) of the larvae through the glass tubes.
4  5. 2 M paired reads per sample (Table  S4 ). Quality control of raw fastq reads was conducted using fastQC (bioinformatics. babraham. ac. uk/projects/fastqc/). Reads were trimmed using the Trim Galore script to remove adapter sequences and low quality sequence tails (bioinformatics. babraham. ac. uk/projects/trim_galore/). Trimmed reads were mapped against the BROAD S1 Gasterosteus aculeatus 3-spined stickleback genome from Ensembl 30 using the STAR universal RNA seq aligner  31  with parameters '--outSAMmultNmax 300'. Reads that mapped uniquely to the genome in a proper pair with mapping quality score greater that 20 were used in downstream analyses.
Differential expression analyses Differential expression analyses were conducted using the DESeq2 package  33  in R. Gene models were taken from Ensembl version 82  31  , and read counts over unique genes were quantified using the "summarizeOverlaps()" function in the GenomicAlignments package  34  using mode "Union". Raw read counts were normalised using the regularised log transformation in DEseq2 for visualisation (Figure  S2 ). P values were adjusted for multiple testing by using the Benjamini and Hochberg correction  35. To account for potential confounding effects of lineage due to a systematic difference in the pooling for replicate 3 compared to replicates 1 and 2 (Table  S3 ), lineage was included as a covariate in the analysis. Significant differentially expressed genes were identified based on a fold-change of 2-fold or greater (up-or down-regulated) and an adjusted p-value less than 0.
Differential expression analysis Analysis of the NGS data quality identified these data as showing excellent base calling qualities and post-filtering mapping rates of approximately 90% were seen throughout (Table  S4 ). Following gene abundance identification, principal component analysis identified little difference between the dosage treatments in these data (Figure  3 ). A batch effect, resulting from the parentage of individuals pooled in the different replicates was found (Table  S3 ). This batch effect was incorporated into the model for differential expression analysis. Differential expression analysis was performed to identify genes whose expression was significantly deregulated following radiation exposure by comparing each of the three dosed treatments against a control treatment as described.
Proteolytic enzymes and embryos movement contribute to the chorion disruption to allow hatching. Hatching may be delayed because of potential changes induced by radiation to those enzymes, as evidenced by studies on the effects of copper on rainbow trout eggs  41. The delay could also reflect a protective response to stress where the chorion would protect the embryos from external hazard. A similar delay has been reported in zebrafish embryos exposed to metals  42, 43. The present data suggest that a delay in hatching is a good indicator of exposure to environmental low dose of radiation in laboratory settings, which is in agreement with the study by Bourrachot et al (2008) 39 that uses waterborne 233 U. A developmental delay of maturing fish eggs has also been observed in organism exposed in their natural environment.
The expression of genes seemed dependent on the embryonic stage of development and the dose level. Transcriptional changes of genes involved in antioxidant defence were found in early stage zebrafish embryos exposed to low doses, but not to high doses. These gene transcriptional levels were unchanged at a later stage for both exposure conditions  25. The environmental doses used in the present study and currently existing at Chernobyl may be too low to induce a significant oxidative stress  45  and subsequent DNA damage. No genotoxic effect was evidenced as measured by micronuclei in erythrocytes of perch, roach 3 and catfish 46 exposed to environmental radiation at Chernobyl. These data suggest that low levels of radiation exposure have a negligible effect on gene expression profiles and embryo growth and physiology but result in subtle delays to hatching times that does not affect the final numbers of fish that hatched.
The current levels of environmental radiation at NPP sites are therefore unlikely to negatively impact embryonic development of future offspring. These results support the findings from a previous large-scale environmental study that found a delay in the maturation of perch eggs, and that fish were otherwise in good general health  3. Moreover, these results corroborate other environmental studies led at Chernobyl on aquatic macro-invertebrate development and physiology  45, 46. Finally, this laboratory study is important as it provides environmentally relevant data to refine the current thresholds for which an effect is observed. 10 mGy/day or 2500 Bq/mL see Figure  S1  for the dose calculation) renewed every 3 days (mean ± SD, n = 3). Measurements were performed using a HIDEX liquid scintillation counter.
Analyse statistique Les tests statistiques ont été réalisés à l'aide du logiciel PRISM™ (GraphPad, San Diego, CA, USA). L'analyse de la survie prothétique était analysée par la méthode de Kaplan-Meier, avec des intervalles de confiance (IC) à 95%. La comparaison de variables quantitatives était analysée par un test de Fisher et les moyennes par un test non paramétrique de Mann-Whitney. La comparaison des complications et échecs entre le groupe fémur distal et tibia proximal était exprimée par un Odds Ratio (OR) avec un IC à 95%. Aucune donnée n'était manquante pour chaque variable disponible. Les patients décédés et les perdus de vue ont été inclus dans l'analyse. Une valeur p≤0,05 était considérée comme statistiquement significative.