dataesr/scientific-paragraphs-categorization huggingface dataset:
Sample Methanogen DNA extraction, PCR and sequencing. The manual protocol was carried out using the NucleoSpin® Tissue Mini Kit (Macherey Nagel, Hoerdt, France) as previously described 11,  17. Extraction of 250 µL of sterile PBS was included in each DNA extraction series as a negative control. Methanogen PCR and sequencing was performed as described in previous articles 11,  17  using the 16S rRNA broad range archaeal forward primer 5'-CCGGGTATCTAATCCGGTTC-3' and reverse primer 5'-CTCCCAGGGTAGAGGTGAAA-3' 18 , and the mcrA gene forward primer 5'-GCTCTACGACCAGATMTGGCTTGG-3' and reverse primer 5'-CCGTAGTACGTGAAGTCATCCAGCA-3'  19. All PCR products were sequenced and the various fragments were assembled using the ChromasPro1. 34 software (Technelysium Pty. Ltd. , Tewantin, Australia) and compared with sequences available in the GenBank database using the online NCBI BLAST program (http://blast.
Results Population and routine investigations. A total of 383 urine specimens from 383 patients were collected and analysed prospectively, 183 specimens in laboratory 1 and 200 specimens in laboratory 2. Mean patient age was 56 years (0-95 years) and 61% of the patients were women. Leukocyturia was significant in 205 of the 383 specimens ( > 10 4 leukocytes/mL) and 142 specimens yielded bacterial growth. Comparison of the data collected from laboratory 1 and from laboratory 2 is shown in Table  1. samples in laboratory 2. Fifteen of the 18 cultured samples in laboratory 1 and all 16 cultured samples in laboratory 2 yielded colonies, which were obtained after 20 days of incubation. All the colonies were identified as M. smithii on the basis of PCR sequencing of the 16S rRNA and mcrA genes, which revealed 100% sequence similarity with the reference homologous genes in M.
Acknowledgements/funding GG benefits a PhD grant from the  Fondation Méditerranée Infection, Marseille, France. This work was supported by the  French Government  under the  «Investissements d'avenir» (Investments for the Future) program  managed by the  Agence Nationale de la Recherche  ( ANR , fr:  National Agency for Research) , (reference: Méditerranée Infection  10-IAHU-03 ). S.
Les critères permettant d'identifier les patients asthmatiques sévères cibles de chacun des traitements d'anticorps monoclonaux actuels ont été définis par les essais cliniques de phase 3  [6, [16] [17] [18] [19]. Toutefois, peu d'études se sont intéressées à la population de patients qui pourrait bénéficier davantage de l'un ou l'autre des différents traitements biologiques et à estimer l'éligibilité à chacun d'eux. Dans ce contexte, une étude internationale, l'étude IDEAL (GSK NCT02293265), a été menée dans six pays incluant la France (Australie, Canada, France, Allemagne, Royaume-Uni et Etats-Unis) pour décrire, au sein d'une cohorte de patients asthmatiques sévères, la population de patients remplissant les critères d'éligibilité d'un traitement par anti-IgE (omalizumab) selon les critères locaux de prescription et de deux traitements par anti-IL5 (mépolizumab et reslizumab) selon les critères d'inclusion/exclusion des études cliniques, ces deux produits étant en cours d'enregistrement lors de la mise en place de l'étude.
Analyse statistique des données L'analyse des données est uniquement descriptive. Les données quantitatives sont présentées avec leur moyenne + écart-type pour les variables continues après vérification de leur distribution normale, sinon leur médiane avec leur 25 e et 75 e percentile. Les données qualitatives sont présentées avec leur effectif et pourcentage. Tous les patients asthmatiques sévères pour lesquels des données permettaient l'évaluation de l'éligibilité aux traitements biologiques ont été inclus dans la population totale de la cohorte française. L'analyse a été faite sur deux sous-groupes, l'un composé des patients ne recevant pas omalizumab au moment de la visite et l'autre de patients en cours de traitement par omalizumab. Le logiciel SAS 9. 2 (SAS Institute, Cary, NC) a été utilisé pour l'analyse statistique.
The nine samples that tested negative for B. aphidicola were excluded from the final data set. Because we had a particular interest in Spiroplasma infecting pea aphids  (Mathé-Hubert, Kaech, Ganesanandamoorthy, & Vorburger, 2019) , we also analysed the distribution of intraspecific diversity in this symbiont. This phylogenetic analysis is further described in the Supplementary material S1 and uses the strains of Spiroplasma described in Table  S2. This analysis identified three main clades of Spiroplasma from pea aphids that are later referred to as clades 1, 2 and 3. A natural population of D. neotestacea was sampled monthly from May through September from 2010 through 2016. During this time of year, the generation time of D. neotestacea is probably on the order of one month or less. Adult flies were collected by sweep netting over mushroom (Agaricus bisporus) baits that had been placed in a forested area in the city of Rochester, New York.
| Statistical analysis All analyses were performed using the r software (version 3. 4. 4; R Core Team, 2018). Generally, associations of symbionts that are more or less abundant than expected under random assortment would be analysed using statistical tests that assume independence of observations. Our data do not fulfil this assumption as aphid samples were obtained from many different locations and dates. We thus accounted for potential spatiotemporal autocorrelation by predicting the presence or absence of symbiont species with a regression random forest model (RF). This approach is of similar efficiency as usual spatial models  (Fouedjio & Klump, 2019; Hengl, Nussbaum, Wright, Heuvelink, & Gräler, 2018). In each RF explaining the presence or absence of one symbiont species in pea aphid individuals, the following explanatory variables were used: latitude, longitude, season (number of days since the start of the year), host plant on which the aphid has been sampled, aphid colour (pink or green), presence or absence of the six other symbionts (one variable per symbiont) and the total number of other symbiont species infecting the aphid.
DATA AVAILABILITY STATEMENT The DNA sequences used in this study are available in Genbank (accession numbers: MG288511-MG288588). The main data set for D. neotestacea and A. pisum as well as the R function implementing the model are available on Dryad (10. 5061/dryad. ch4dp8n). O R C I D Hugo Mathé Hubert https://orcid. org/0000-0003-4785-433X Heidi Kaech https://orcid. org/0000 0002 2149 8050 Corinne Hertaeg https://orcid. org/0000 0002 2730 4042 Christoph Vorburger https://orcid. org/0000 0002 3627 0841 R E F E R E N C E S Anbutsu, H. , Lemaitre, B. , Harumoto, T. , & Fukatsu, T. (2016). Male-kill ing symbiont damages host's dosage compensated sex chromo.
La comparaison de la survie sans événement selon la conformité de la prise en charge a été réalisée par un test du log-rank. Les analyses statistiques ont été réalisées à l'aide du logiciel SAS, version 9. 3 (SAS Institute Inc. , Cary, NC, USA. ). Le niveau de significativité était fixé à 5%. Les caractéristiques de la population sont résumées dans le tableau 1.
étude a été menée à l'Institut de Cancérologie de Lorraine (I. C. L) qui est le centre de compétence de la région au même titre que le CHU. Entre le 01/01/2010 et le 01/09/2016, tous les dossiers présentés à la réunion de concertation pluridisciplinaire (RCP) sarcome du centre de référence et enregistrés dans la base de données NetSarc ont été inclus. Les données cliniques ont été recueillies via NetSarc et complétées avec le dossier du patient. Les critères d'inclusion étaient : -Patients d'au moins 18 ans. -Enregistrement dans la base de données NetSarc entre le 01/01/2010 et le 01/09/2016 au décours de la RCP Sarcome.
Patients and method This study included 189 women with an average age of 35. 7 years (SD = 13. 14). Table  1  shows the socio-demographic data of the participants. The eligibility criteria were to be a woman aged at least 18 years old and to have experienced at least one sexual violence (sexual harassment, rape, sexual assault) and to be of French nationality. Women who received psychological support related to this or these sexual violence(s) were excluded from the study. The sample was recruited through the Thionvilloise Association of Victims Assistance and Criminal Offenses and through an online victim assistance forum between January 2015 and January 2017. The data was collected using the online software SurveyMonkey.
, 2011). Our results, in short, confirm the importance of the role of insecure attachment on the beginning and maintenance of life. PTSD. These data highlight the need to recognize the attachment styles and representations of victims to prevent the chronicity and severity of PTSD symptoms. Nevertheless, our study has some limitations. First, the participants are not representative of the population; indeed, the study was aimed at women whose participation was voluntary, which prevented the generalization of our results. Second, the data was collected through selfreports. Such measures may be biased by social desirability and may not provide accurate reports. Future research should fill these gaps. In addition, a longitudinal approach would provide important information on the role of early attachment experiences in terms of preventing undesirable psychological effects after a traumatic event such as sexual violence.
Les analyses quantitatives multi-niveaux menées à l'aide de l'extension « annotation URS » du logiciel TXM indiquent que les chaînes de référence jouent un rôle dans le marquage de la continuité et de la discontinuité textuelle. Le thème des chapitres est plutôt associé aux chaînes longues, tandis que le thème des paragraphes s'exprime par des chaînes courtes et souvent discontinues par rapport à celles des autres paragraphes (nouvelles et spécifiques au paragraphe d'occurrence). Mots-clés : chaînes de référence, marques configurationnelles, Introduction L'analyse des chaînes de référence a connu ces dernières années un essor important en France grâce à la constitution et à la diffusion de ressources annotées, notamment le corpus ANCOR pour le français parlé et le corpus DEMOCRAT pour le français écrit 1  , ainsi qu'au développement d'outils adaptés à leur exploitation 2.
Annotation du corpus Le corpus a d'abord été annoté automatiquement au moment de son import dans le logiciel TXM. Il s'agit d'un étiquetage des mots en morphosyntaxe et en lemmes à l'aide du logiciel TreeTagger 7  pour le français moderne. Le corpus a ensuite fait l'objet d'une annotation manuelle en CR dans le cadre du projet DEMOCRAT 8. Cette annotation se base sur la définition traditionnelle de la chaîne : font partie d'une chaîne de référence toutes les expressions coréférentes d'un texte. Les limites d'unités structurelles n'entraînent pas de rupture de chaîne, ce qui nous permettra d'étudier de manière à la fois distincte et corrélée la structure textuelle et l'évolution des chaînes au fil du texte. Les maillons des CR sont annotés comme mentions. Les mentions sont chacune associées à un référent et regroupées dans une même CR lorsqu'elles ont le même référent.
Remerciements Nous tenons en tout premier lieu à remercier les relecteurs de la revue Discours pour la qualité et la précision de leurs remarques qui nous ont permis d'améliorer le présent article. Notre gratitude va également à nos collègues du projet Democrat, notamment  Matthieu Decorde ,  Serge Heiden  et  Bénédicte Pincemin  pour toute l'aide apportée à notre recherche et aux annotatrices Zeina Tmart et  Audrey Arpin-Pont  pour leur travail si précieux.
Ainsi, les données recueillies pour chacun des questionnaires respectent les exigences de la Commission Nationale de l'Informatique et des Libertés (CNIL) et comprennent 4 grandes catégories : -La description succincte des caractéristiques des sujets : le sexe, l'âge, la profession des parents et le régime scolaire (interne, externe, demi-pensionnaire). Il est à noter que bien qu'initialement recueilli via les questionnaires, l'âge des enquêtés n'a pas été enregistré dans la base de données générée afin de mieux garantir l'anonymat des élèves, la connaissance du niveau scolaire nous semblant suffisante. La profession des parents n'a pas été enregistrée dans la base de données afin de suivre les recommandations de la CNIL. Ainsi nous avons converti les professions indiquées par les enquêtés par les catégories socio-professionnelles correspondantes qui sont précisément définies par l'Institut National de la Statistique et des Etudes Economiques (INSEE).
Les ex-fumeurs, les adolescents qui ont expérimenté une seule fois le tabac fumé ainsi que les non-fumeurs sont classés dans cette étude dans le statut « non-fumeur », car ils ne sont plus usagers de produits de tabac fumé au moment de l'enquête. De manière similaire, le statut « vapoteur » (par opposition au statut « non-vapoteur ») correspond aux adolescents qui déclarent vapoter tous les jours mais aussi uniquement occasionnellement (par exemple seulement le week-end). Les ex-vapoteurs, les adolescents qui ont expérimenté une seule fois la cigarette électronique, ainsi que les nonvapoteurs sont classés dans cette étude dans le statut « non-vapoteur », car ils ne sont plus usagers de produits de vapotage au moment de l'enquête. Le traitement des questionnaires a été réalisé de manière totalement anonyme, à l'aide du logiciel Excel.
Les analyses statistiques ont été effectuées avec le logiciel IBM SPSS Statistics 21 ®. Les données ont été tout d'abord étudiées de manière univariée, à l'aide du test du Khi2 pour les comparaisons de pourcentages, de l'analyse de la variance ou de test non paramétrique (test H de Kruskal-Wallis) pour les comparaisons de moyennes, et du coefficient de corrélation de Pearson calculé pour mesurer le lien entre les variables quantitatives.
1b ). After gain correction, frame alignment and manual inspection, 8,701 micrographs were selected out of 11,833 initial movie frames coming from four datasets (Supplementary Table  2 ). Several rounds of 2D classification in RELION2  29, 30  yielded class averages displaying high-resolution features such as the DNA wrapped around the β-pinwheels and defined alpha helices (Fig. 1c ). An ab-initio 3D model was calculated with a final stack of 191,456 particles using cryoSPARC 31 (Supplementary Fig. 2 ). Multiple classification and refinement steps were then performed in RELION2 using global and local approaches to deconvolute different structures of the DNA-bound DNA gyrase (Supplementary Figs. 3 4 5 ). The overall DNA-bound DNA gyrase complex was solved at 6. 6 Å using 94,633 particles. The estimation of the local resolution showed a broad spectrum from 5.
Deconvolution of the DNA-gate conformations. The deconvolution of different particles population in the dataset has led to distinct 3D reconstructions of the DNA-binding/cleavage domain. The 4. 0 Å (State 1) and 4. 6 Å (State 2) structures of the DNA-binding/cleavage domain bound to the double-nicked Gsegment reside in a configuration similar, but not identical, to the cleavage complex in presence of DNA and ciprofloxacin with a RMSD of 1. 78 and 2. 01 Å, respectively  12. The overall RMSD between State 1 and State 2 conformations is of 2. 2 Å. In state 2, very subtle changes occur in structural elements lining the Gsegment groove compared to State 1. The 2 conformations mostly differ in the GyrB subunit, more particularly the TOPRIM insertion that rotates around the GyrA N-terminal arm with a 5.
Images were recorded in EFTEM nanoprobe mode with Serial EM  53  in super-resolution counting mode at nominal magnification of 130,000x with a super-resolution pixel size of 0. 44 Å and a constant defocus target of -500 nm (Supplementary Fig. 2c ). The VPP was advanced to a new position every 100 min (Supplementary Fig. 2b ). Four datasets were collected with a dose rate of 6 to 8 e -/pixel/s (0. 88 Å pixel size at the specimen) on the detector. Images were recorded with a total dose of 50 e -/Å 2 , exposure time between 7 to 10 s and 0. 2 to 0. 25 s subframes (35 to 50 total frames). A total of 11,833 movies were recorded after data collection of the 4 datasets. Data processing. Data processing of each dataset was done separately following the same procedure until the 3D refinements when particles were merged.
The super-resolution dose-fractionated subframes were gain-corrected with IMOD  54  and binned twice by Fourier-cropping, drift-corrected and dose-weighted using MotionCor2  55  yielding summed images with 0. 88 Å pixel size. The contrast transfer function of the corrected micrographs was estimated using GCTF v1. 06  56. Thon rings were manually inspected for astigmatism and micrographs with measured resolutions worse than 4 Å were discarded yielding 8,701 remaining micrographs. Particles were automatically picked by reference-free Gaussian blob picking protocol in RELION2  29, 30. Taking together the 4 datasets, a total of 1,572,962 particles were selected. Four times binned particles from each dataset were separately subjected to two rounds of 2D classification in RELION2 to remove junk particles and contaminations resulting in a total of 479,667 particles for further processing.
Particles from the four datasets were merged into one unique dataset followed by a re-extraction with centering in 3 × 3 binned format. A last round of 2D classification was then performed yielding a final particle stack of 338,616 particles. The subsequent particle stack was subjected to one round of 3D ab-initio classification in cryoSPARC  31. After discarding the poor-quality models, the remaining ab-initio model resulted in a final dataset of 191,456 particles, with a class probability threshold of 0. 9 (Supplementary Fig. 2a ). The ab-initio model was low-pass filtered to 30 Å and was used as a reference for homogeneous refinement in cryoSPARC resulting in a 5. 4 Å map. The refined particle coordinates were then used for local CTF estimation using GCTF v1. 06 followed by re-extraction of 2 × 2 binned particles with centering.
4a ). All reconstructions were sharpened by applying a negative B-factor that was estimated using automated procedures  59. Local resolution of maps was calculated using Blocres 60 (Supplementary Fig. 4c ). The cryo-EM maps of the overall complex, ATPase-core, CTD-core and the DNA-binding/cleavage domain in closed (with and without TOPRIM insertion) and in pre-opening state have been deposited in the EM Data Bank under accession numbers EMD-4913, EMD-4914, EMD-4915, EMD-4910, EMD-4909, EMD-4912, respectively. Model building and refinement. The EM reconstruction of the DNA-binding/ cleavage domain lacking the TOPRIM insertion solved at 4. 0 Å was of the best quality. Almost all side chains could be seen and Gepotidacin density was clearly visible. This map was used to refine a crystal structure of the DNA-binding/cleavage domain of the E.
A half-map cross-validation was performed to define 1. 5 as the best refinement weight in PHENIX allowing atom clash reduction and prevention of model overfitting (Supplementary Fig. 4e ). All refinement steps were done using the resolution limit of the reconstructions according to the gold standard FSC-0. 143 criterion  57. Refinement parameters, model statistics and validation scores are summarized in Supplementary Table  2. The atomic models of the E. coli DNA-binding/cleavage domain in closed (with and without insertion) and pre-opening conformations have been deposited in the Protein Data Bank under accession numbers 6RKU, 6RKS, 6RKV, respectively. For the overall complex, we used a combination of different EM reconstructions to build the DNA gyrase overall complex atomic model. The ATPase-Core structure solved at 5.
Conformational changes associated with G-segment binding, cleavage and opening. a Superimposition of the cleavage complex in a closed state (this study) to the DNA-free DNA-binding/cleavage domain (apo state, PDB ID 3NUH). Only one monomer of GyrB and GyrA is displayed for clarity. The superimposition shows that the majority of the movements are performed by the TOPRIM and Tower domains upon DNA binding and cleavage. b Superimposition of the cleavage complex in the pre-opening state to the closed state. The superimposition shows the upward movement of the TOPRIM domain while the tower domain remains fixed. The TOPRIM insertion domain pivots around the N-terminal GyrA arm preceding opening of the G-segment after cleavage. c RMSD analysis of the DNA-binding/cleavage domain in apo state and cleavage complex in closed conformation.
Acknowledgements We thank the teams of  B. Klaholz  and  P. Schultz , as well as  A. Weixlbaumer  and  X. Guo  for useful technical suggestions and help with computational resources. This work was supported by the  Fondation ARC  and the grant  ANR-10-LABX-0030-INRT  (managed by the  Agence Nationale de la Recherche  under the frame programme  Investissements d'Avenir   ANR-10-IDEX-0002-02 ). The authors acknowledge the support and the use of resources of the  French Infrastructure for Integrated Structural Biology FRISBI   ANR-10-INBS-05  and of Instruct-ERIC. Computational resources were provided by the  Mésocentre de Calcul (University of Strasbourg ).
Data availability Model coordinates and density maps are available in the Protein Data Bank (PDB ID 6RKS [https://www. rcsb. org/structure/6RKS], 6RKU [https://www. rcsb. org/structure/ 6RKU], 6RKV [https://www. rcsb. org/structure/6RKV], 6RKW [https://www. rcsb. org/ structure/6RKW]) and the EM Data Bank (EMD-4909 [https://www. ebi. ac. uk/pdbe/ entry/emdb/EMD-4909], EMD-4910 [https://www. ebi. ac. uk/pdbe/entry/emdb/EMD-4910], EMD-4912 [https://www. ebi. ac. uk/pdbe/entry/emdb/EMD-4912], EMD-4913 [https://www. ebi. ac. uk/pdbe/entry/emdb/EMD-4913], EMD-4914 [https://www. ebi. ac. uk/pdbe/entry/emdb/EMD-4914], EMD-4915 [https://www. ebi. ac. uk/pdbe/entry/emdb/ EMD-4915]). The source data underlying Figs. 1a, 4c, d and Supplementary Fig. 9b are provided as a Source Data file. Other data are available from the corresponding author upon reasonable request.
ig. 5 5 Conformational changes associated with G-segment binding, cleavage and opening. a Superimposition of the cleavage complex in a closed state (this study) to the DNA-free DNA-binding/cleavage domain (apo state, PDB ID 3NUH). Only one monomer of GyrB and GyrA is displayed for clarity. The superimposition shows that the majority of the movements are performed by the TOPRIM and Tower domains upon DNA binding and cleavage. b Superimposition of the cleavage complex in the pre-opening state to the closed state. The superimposition shows the upward movement of the TOPRIM domain while the tower domain remains fixed. The TOPRIM insertion domain pivots around the N-terminal GyrA arm preceding opening of the G-segment after cleavage. c RMSD analysis of the DNA-binding/cleavage domain in apo state and cleavage complex in closed conformation.
Ces listes nominatives permettent donc de suivre les habitants de la ville nominalement et annuellement pour une période allant de la fin du XVII e siècle à la fin du XIX e siècle. C'est une situation unique en France et, vraisemblablement, en Europe, surtout pour des périodes aussi anciennes. Afin de pouvoir exploiter ce gisement exceptionnel, a été lancé le programme ANR-06-CORP (Corpus et outils de la recherche en sciences humaines et sociales)-0005 : « Mobilités, populations, familles dans la France du Nord de la fin du XVII e siècle à la fin du XIX e siècle » ou « MPF » (2007-2011)  6. Il a permis de mener une vaste enquête sociodémographique associant les universités de Bordeaux-3, Paris-Sorbonne et de Picardie-Jules Verne. Dès son origine, ce projet s'est inscrit dans la tradition des grandes enquêtes démographiques menées en France, à l'image de celle dite « des trois mille familles » (« TRA » 7 ) ou de l'enquête « Vernon » (Vernon-sur-Seine)  8.