Interpretacja indywidualna
Sygnatura: 0112-KDIL3.4012.175.2021.2.MS
Organ: Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej
Data wydania: 2021-07-27
Teza: Brak prawa do odliczenia podatku VAT w całości w odniesieniu do realizowanego projektu.
Słowa kluczowe: odliczenia-prawo do odliczenia; projekt; termomodernizacja
Przepisy: [VAT][WIS] Ustawa o podatku od towarów i usług-Dział IX-Rozdział 1-art. 86; [VAT][WIS] Ustawa o podatku od towarów i usług-Dział IX-Rozdział 2 -art. 90; [VAT][WIS] Ustawa o podatku od towarów i usług-Dział IX-Rozdział 2 -art. 90a; [VAT][WIS] Ustawa o podatku od towarów i usług-Dział IX-Rozdział 2 -art. 90b; [VAT][WIS] Ustawa o podatku od towarów i usług-Dział IX-Rozdział 2 -art. 90c

INTERPRETACJA INDYWIDUALNA

Na podstawie art. 13 § 2a, art. 14b § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2020 r. poz. 1325 ze zm.) Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej stwierdza, że stanowisko Wnioskodawcy przedstawione we wniosku z dnia 10 czerwca 2021 r. (data wpływu 14 czerwca 2021 r.) uzupełniony pismem z dnia 20 lipca 2021 r. (data wpływu 22 lipca 2021 r.) o wydanie interpretacji przepisów prawa podatkowego dotyczącej podatku od towarów i usług w zakresie braku prawa do odliczenia podatku VAT w całości w odniesieniu do realizowanego projektu pn.: „(…)” – **jest nieprawidłowe**.

UZASADNIENIE

W dniu 14 czerwca 2021 r. wpłynął do tutejszego organu ww. wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej dotyczącej podatku od towarów i usług w zakresie prawa do odliczenia podatku VAT w całości lub w części w odniesieniu do realizowanego projektu pn.: „(…)”. Wniosek uzupełniono pismem z dnia 20 Lipca 2021 r. o doprecyzowanie opisu sprawy.

We wniosku przedstawiono następujące zdarzenie przyszłe.

(…) rozpoczął realizację projektu pn. „(…)”. Projekt ten uzyskał dofinansowanie ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa (…) na lata 2014-2020. Okres rzeczowej realizacji projektu został określony na maj 2016 r. - czerwiec 2022 r.

Projekt w swoim zakresie dotyczy kompleksowej termomodernizacji głównego budynku szpitala w (…), w ramach której zostaną wykonane: prace termomodernizacyjne - docieplenie ścian, docieplenie stropów, wymiana instalacji CO wraz z zabudową nowych grzejników i zaworów termostatycznych, zabudowa instalacji fotowoltaicznej, modernizacja instalacji oświetleniowej na instalację LED oraz modernizacja instalacji CWU. Właścicielem majątku powstałego w wyniku realizacji przedmiotowego projektu będzie (…), który działa jako samodzielny publiczny zakład opieki zdrowotnej (SP ZOZ) na podstawie przepisów ustawy z dnia 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej (Dz. U. z 2021 r. poz. 711) i na podstawie statutu.

Szpital udziela świadczeń opieki zdrowotnej na podstawie umowy zawartej z oddziałem wojewódzkim NFZ o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej. Wydatki związane z realizacją projektu będą udokumentowane fakturami VAT. Wnioskodawca korzysta z ustawowego zwolnienia od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, w związku z czym nie przysługuje mu prawo do obniżenia kwoty podatku od towarów i usług o kwotę podatku naliczonego. Usługi w zakresie opieki medycznej są zwolnione z podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy i dlatego (…) nie nalicza i nie odprowadza podatku należnego z tytułu sprzedaży - nie może odliczyć podatku naliczonego.

W uzupełnieniu do wniosku z dnia 20 Lipca 2021 r. Wnioskodawca wskazał:

1.  (…) jest czynnym podatnikiem podatku VAT;
2.  Budynek główny Szpitala (segment A, B i C) w którym przeprowadzana jest termomodernizacja nie jest wykorzystywany wyłącznie na cele związane z czynnościami zwolnionymi od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18;
3.  W budynku głównym Szpitala są pomieszczenia, które są wynajmowane i wystawiane są faktury z podatkiem VAT 23%. Łączna powierzchnia wynajmowana stanowi (…) m2, co stanowi 8,05% powierzchni użytkowej. Całkowita powierzchnia użytkowa budynku głównego Szpitala wynosi (…) m2;
4.  Faktury za wydatki związane z przedmiotowym Projektem będą wystawiane na (…).

W związku z powyższym opisem zadano następujące pytanie.

Czy w odniesieniu do realizowanego projektu pn. „(…)” Beneficjent – (…) ma prawo do odliczenia podatku VAT w całości lub w części?

Zdaniem Wnioskodawcy, nie ma On możliwości odzyskania podatku VAT w ramach realizowanego projektu, ponieważ Wnioskodawca korzysta z ustawowego zwolnienia od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług. Usługi w zakresie opieki medycznej są zwolnione z podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy i dlatego (…) nie nalicza i nie odprowadza podatku należnego z tytułu sprzedaży - w związku z czym nie może odliczyć podatku naliczonego.

W świetle obowiązującego stanu prawnego stanowisko Wnioskodawcy w sprawie oceny prawnej przedstawionego zdarzenia przyszłego jest nieprawidłowe.

Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2021 r., poz. 685 ze zm.), zwanej dalej „ustawą” lub „ustawą o VAT”, w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124.

W myśl art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. a ustawy, kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług.

Z cytowanych regulacji wynika, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, tzn. takich, których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).

Powyższa zasada wyklucza możliwość dokonania odliczenia podatku naliczonego przez podmiot niebędący czynnym, zarejestrowanym podatnikiem podatku VAT oraz podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do czynności opodatkowanych.

Podkreślić należy, że ustawodawca stworzył podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części, pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno przesłanek pozytywnych, wynikających z art. 86 ust. 1 ustawy oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy. Przepis ten określa listę wyjątków, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

W myśl art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy, nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku gdy transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku.

Wyrażoną w cytowanym wyżej art. 86 ust. 1 ustawy generalną zasadę uprawniającą do odliczenia podatku naliczonego, uzupełniają regulacje zawarte w art. 90 ustawy.

Zgodnie z art. 90 ust. 1 ustawy, w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego.

Jeżeli nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot, o których mowa w ust. 1, to na mocy art. 90 ust. 2 ustawy, podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, z zastrzeżeniem ust. 10.

Proporcję, o której mowa w ust. 2, ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo (w myśl art. 90 ust. 3 ustawy).

Art. 90 ust. 4 ustawy stanowi, że proporcję, o której mowa w ust. 3, określa się procentowo w stosunku rocznym na podstawie obrotu osiągniętego w roku poprzedzającym rok podatkowy, w odniesieniu do którego jest ustalana proporcja. Proporcję tę zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej.

W świetle art. 90 ust. 5 ustawy, do obrotu, o którym mowa w ust. 3, nie wlicza się obrotu uzyskanego z dostawy towarów i usług, które na podstawie przepisów o podatku dochodowym są zaliczane przez podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji, oraz gruntów i praw wieczystego użytkowania gruntów, jeżeli są zaliczane do środków trwałych podatnika - używanych przez podatnika na potrzeby jego działalności.

Stosownie do art. 90 ust. 6 ustawy, do obrotu, o którym mowa w ust. 3, nie wlicza się obrotu uzyskanego z tytułu transakcji dotyczących:

1.  pomocniczych transakcji w zakresie nieruchomości i pomocniczych transakcji finansowych;
2.  usług wymienionych w art. 43 ust. 1 pkt 7, 12 i 38-41, w zakresie, w jakim transakcje te mają charakter pomocniczy.

Jak stanowi art. 90 ust. 8 ustawy, podatnicy, którzy w poprzednim roku podatkowym nie osiągnęli obrotu, o którym mowa w ust. 3, lub u których obrót ten w poprzednim roku podatkowym był niższy niż 30 000 zł, do obliczenia kwoty podatku naliczonego podlegającej odliczeniu od kwoty podatku należnego przyjmują proporcję wyliczoną szacunkowo, według prognozy uzgodnionej z naczelnikiem urzędu skarbowego, w formie protokołu.

Przepis ust. 8 stosuje się również, gdy podatnik uzna, że w odniesieniu do niego kwota obrotu, o której mowa w tym przepisie, byłaby niereprezentatywna (art. 90 ust. 9 ustawy).

Na mocy art. 90 ust 9a ustawy, przy ustalaniu proporcji zgodnie z ust. 2-6 do obrotu nie wlicza się kwoty podatku.

Stosownie do art. 90 ust. 10 ustawy, w przypadku gdy proporcja określona zgodnie z ust. 2-8:

1.  przekroczyła 98% oraz kwota podatku naliczonego niepodlegająca odliczeniu, wynikająca z zastosowania tej proporcji, w skali roku, była mniejsza niż 500 zł – podatnik ma prawo uznać, że proporcja ta wynosi 100%;
2.  nie przekroczyła 2% – podatnik ma prawo uznać, że proporcja ta wynosi 0%.

Analiza powołanych wyżej przepisów wskazuje, że na podstawie art. 90 ust. 1 ustawy, występuje obowiązek wyodrębnienia podatku naliczonego związanego z czynnościami, w stosunku do których przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego oraz kwot podatku naliczonego związanego z czynnościami, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje.

Natomiast w sytuacji, gdy nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot podatku związanego z czynnościami, w stosunku do których przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego oraz kwot podatku naliczonego związanego z czynnościami, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do proporcjonalnego rozliczenia podatku naliczonego, zgodnie z art. 90 ust. 2 ustawy.

Zgodnie z art. 91 ust. 1 ustawy, po zakończeniu roku, w którym podatnikowi przysługiwało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, o którym mowa w art. 86 ust. 1, jest on obowiązany dokonać korekty kwoty podatku odliczonego zgodnie z art. 90 ust. 2-10a, z uwzględnieniem proporcji obliczonej w sposób określony w art. 90 ust. 2-6, 10 lub 10a lub przepisach wydanych na podstawie art. 90 ust. 11 i 12, dla zakończonego roku podatkowego.

W myśl art. 91 ust. 2 ustawy, w przypadku towarów i usług, które na podstawie przepisów o podatku dochodowym są zaliczane przez podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji, a także gruntów i praw wieczystego użytkowania gruntów, jeżeli zostały zaliczone do środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych nabywcy, z wyłączeniem tych, których wartość początkowa nie przekracza 15 000 zł, korekty, o której mowa w ust. 1, podatnik dokonuje w ciągu 5 kolejnych lat, a w przypadku nieruchomości i praw wieczystego użytkowania gruntów – w ciągu 10 lat, licząc od roku, w którym zostały oddane do użytkowania. Roczna korekta w przypadku, o którym mowa w zdaniu pierwszym, dotyczy jednej piątej, a w przypadku nieruchomości i praw wieczystego użytkowania gruntów – jednej dziesiątej kwoty podatku naliczonego przy ich nabyciu lub wytworzeniu. W przypadku środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, których wartość początkowa nie przekracza 15 000 zł, przepis ust. 1 stosuje się odpowiednio, z tym że korekty dokonuje się po zakończeniu roku, w którym zostały oddane do użytkowania.

W świetle art. 91 ust. 3 ustawy korekty, o której mowa w ust. 1 i 2, dokonuje się w deklaracji podatkowej składanej za pierwszy okres rozliczeniowy roku następującego po roku podatkowym, za który dokonuje się korekty, a w przypadku zakończenia działalności gospodarczej – w deklaracji podatkowej za ostatni okres rozliczeniowy.

Z opisu sprawy wynika, że Wnioskodawca jest zarejestrowanym czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług.

W przeważającej części wykonywane czynności przez Wnioskodawcę korzystają z ustawowego zwolnienia od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług. Szpital udziela świadczeń opieki zdrowotnej na podstawie umowy zawartej z oddziałem wojewódzkim NFZ o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej.

Szpital rozpoczął realizację projektu pn. „(…)”. Projekt ten uzyskał dofinansowanie ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa (…) na lata 2014-2020. Okres rzeczowej realizacji projektu został określony na maj 2016 r. - czerwiec 2022 r.

Projekt w swoim zakresie dotyczy kompleksowej termomodernizacji głównego budynku szpitala w (…), w ramach której zostaną wykonane: prace termomodernizacyjne - docieplenie ścian, docieplenie stropów, wymiana instalacji CO wraz z zabudową nowych grzejników i zaworów termostatycznych, zabudowa instalacji fotowoltaicznej, modernizacja instalacji oświetleniowej na instalację LED oraz modernizacja instalacji CWU.

Budynek główny Szpitala (segment A, B i C) w którym przeprowadzana jest termomodernizacja nie jest wykorzystywany wyłącznie na cele związane z czynnościami zwolnionymi od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18;

W budynku głównym Szpitala są pomieszczenia, które są wynajmowane i wystawiane są faktury z podatkiem VAT 23%. Łączna powierzchnia wynajmowana stanowi (…) m2, co stanowi 8,05% powierzchni użytkowej. Całkowita powierzchnia użytkowa budynku głównego Szpitala wynosi (…) m2.

Właścicielem majątku powstałego w wyniku realizacji przedmiotowego projektu będzie (…), który działa jako samodzielny publiczny zakład opieki zdrowotnej (SP ZOZ) na podstawie przepisów ustawy z dnia 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej i na podstawie statutu.

Faktury za wydatki związane z przedmiotowym Projektem będą wystawiane na (…).

Wątpliwości Wnioskodawcy dotyczą prawa do odliczenia podatku VAT od towarów i usług naliczonego w związku z zakupami w ramach przedmiotowego projektu.

W uwagi na brzmienie wskazanych powyżej przepisów należy zauważyć, że w celu dokonania odliczenia, podatnik ma obowiązek odrębnego określenia, z jakim rodzajem działalności będzie związany podatek wynikający z otrzymanych faktur zakupu, czyli dokonania tzw. bezpośredniej alokacji. Jeżeli takie wyodrębnienie jest możliwe, podatnikowi przysługuje pełne prawo do odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług związanych wyłącznie ze sprzedażą opodatkowaną, brak jest natomiast takiego prawa w stosunku do towarów i usług wykorzystywanych do wykonywania czynności niepodlegających temu podatkowi oraz zwolnionych od podatku.

Jednocześnie z zasady tej wynika, że odliczenie podatku naliczonego może być częściowe, tzn. w tej części, w jakiej dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych, z pominięciem tej części podatku od tych towarów i usług, w jakiej towary te (lub usługi) są wykorzystywane do wykonywania czynności zwolnionych od podatku.

Natomiast w sytuacji, gdy nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot podatku związanego z czynnościami, w stosunku do których przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego oraz związanego z czynnościami, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do proporcjonalnego rozliczenia podatku naliczonego, zgodnie z art. 90 ust. 2 ustawy.

Z powołanych wyżej przepisów wynika, że zasadę proporcjonalnego odliczenia, o której mowa w art. 90 ust. 2 należy zastosować do tych wydatków, których nie można jednoznacznie przypisać do konkretnego rodzaju sprzedaży, czyli do wydatków określanych jako „zakupy związane ze sprzedażą zwolnioną i opodatkowaną”.

Należy przy tym zauważyć, że dokonując odliczenia podatku naliczonego w trakcie roku podatkowego w odniesieniu do zakupów związanych z działalnością „mieszaną” odliczeniu podlega jedynie część podatku naliczonego. Odliczyć w całości można podatek naliczony, który jest związany wyłącznie z transakcjami opodatkowanymi podatnika. Wskazana zasada wyłącza tym samym możliwość dokonywania odliczeń podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych.

Tak więc podstawowym warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do odliczenia jest bezpośredni i bezsporny związek zakupów z czynnościami, których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).

Mając na uwadze przedstawiony opis sprawy oraz obowiązujące przepisy prawa należy stwierdzić, że skoro projekt termomodernizacji budynku Szpitala dotyczy budynku, który jest wykorzystywany zarówno do czynności zwolnionych od podatku jak i opodatkowanych oraz nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot podatku naliczonego, o których mówi art. 90 ust. 1 ustawy o VAT, to w sytuacji przedstawionej we wniosku Wnioskodawca ma prawo do odliczenia kwot podatku naliczonego w oparciu o proporcję, zgodnie z art. 90 ustawy w związku z art. 90 ust. 1 ustawy o VAT.

Zatem stanowisko Wnioskodawcy zgodnie z którym nie ma On możliwości odzyskania podatku VAT w ramach realizowanego projektu, ponieważ Wnioskodawca korzysta z ustawowego zwolnienia od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług jest nieprawidłowe.

Interpretacja dotyczy zdarzenia przyszłego przedstawionego przez Wnioskodawcę i stanu prawnego obowiązującego w dniu wydania interpretacji.

Zaznacza się także, że zgodnie z art. 14b § 3 ustawy Ordynacja podatkowa, składający wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej obowiązany jest do wyczerpującego przedstawienia zaistniałego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego. Organ jest ściśle związany przedstawionym we wniosku stanem faktycznym (opisem zdarzenia przyszłego). Zainteresowany ponosi ryzyko związane z ewentualnym błędnym lub nieprecyzyjnym przedstawieniem we wniosku opisu stanu faktycznego (zdarzenia przyszłego). Interpretacja indywidualna wywołuje skutki prawnopodatkowe tylko wtedy, o ile rzeczywisty stan faktyczny sprawy będącej przedmiotem interpretacji pokrywał się będzie ze stanem faktycznym (opisem zdarzenia przyszłego) podanym przez Wnioskodawcę w złożonym wniosku. W związku z powyższym, w przypadku zmiany któregokolwiek elementu przedstawionego w opisie sprawy, udzielona odpowiedź traci swą aktualność.

Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej przepisów art. 14k-14n nie stosuje się, jeżeli stan faktyczny lub zdarzenie przyszłe będące przedmiotem interpretacji indywidualnej stanowi element czynności będących przedmiotem decyzji wydanej:

1.  z zastosowaniem art. 119a;
2.  w związku z wystąpieniem nadużycia prawa, o którym mowa w art. 5 ust. 5 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług;
3.  z zastosowaniem środków ograniczających umowne korzyści.

Przepisów art. 14k-14n nie stosuje się, jeżeli korzyść podatkowa, stwierdzona w decyzjach wymienionych w § 1, jest skutkiem zastosowania się do utrwalonej praktyki interpretacyjnej, interpretacji ogólnej lub objaśnień podatkowych (art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej).

Powyższe unormowania należy odczytywać łącznie z przepisami art. 33 ustawy z 23 października 2018 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, ustawy – Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. poz. 2193 ze zm.), wprowadzającymi regulacje intertemporalne.

Stronie przysługuje prawo do wniesienia skargi na niniejszą interpretację przepisów prawa podatkowego z powodu jej niezgodności z prawem. Skargę wnosi się do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego za pośrednictwem organu, którego działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania jest przedmiotem skargi (art. 54 § 1 ww. ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi – Dz. U. z 2019 r. poz. 2325 ze zm.). Skargę wnosi się w dwóch egzemplarzach (art. 47 § 1 ww. ustawy) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Teodora Sixta 17, 43-300 Bielsko-Biała lub drogą elektroniczną na adres Elektronicznej Skrzynki Podawczej Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/SkrytkaESP (art. 54 § 1a ww. ustawy), w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia skarżącemu rozstrzygnięcia w sprawie albo aktu, o którym mowa w art. 3 § 2 pkt 4a (art. 53 § 1 ww. ustawy). W przypadku wnoszenia skargi w okresie obowiązywania stanu zagrożenia epidemicznego i stanu epidemii jako najwłaściwszy proponuje się kontakt z wykorzystaniem systemu teleinformatycznego ePUAP. W przypadku pism i załączników wnoszonych w formie dokumentu elektronicznego odpisów nie dołącza się (art. 47 § 3 ww. ustawy).

Jednocześnie, zgodnie z art. 57a ww. ustawy, skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie, opinię zabezpieczającą i odmowę wydania opinii zabezpieczającej może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną.