Interpretacja indywidualna
Sygnatura: 0111-KDIB1-3.4010.38.2025.1.AN
Organ: Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej
Data wydania: 2025-02-21
Teza: Brak możliwości prowadzenia jednej wspólnej ewidencji dla działalności gospodarczej prowadzonej jednocześnie w ramach posiadanego Zezwolenia nr 2, oraz w oparciu o planowaną do otrzymania w przyszłości decyzję o wsparciu.
Słowa kluczowe: decyzja-decyzja o wsparciu; ewidencja; strefy-specjalna strefa ekonomiczna (SSE); zezwolenie
Zagadnienia: Ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych-Rozdział 1. Podmiot i przedmiot opodatkowania-Ewidencja rachunkowa; Ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych-Rozdział 4. Zwolnienia przedmiotowe-Dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia (SSE)
Przepisy: [CIT] Ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych-Rozdział 1-art. 9-ust. 1; [CIT] Ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych-Rozdział 4-art. 17-ust. 1-pkt 34

## Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej

16 stycznia 2025 r., wpłynął Państwa wniosek z 4 maja 2023 r., o wydanie interpretacji
    indywidualnej, dotyczący podatku dochodowego od osób prawnych, m.in. w zakresie
    ustalenia, czy w sytuacji, w której decyzja o wsparciu zostanie wydana przed
    wykorzystaniem całego limitu pomocy publicznej dostępnej w ramach Zezwolenia 2,
    Spółka będzie mogła korzystać ze zwolnienia z opodatkowania dochodu osiągniętego z
    działalności gospodarczej prowadzonej w SSE określonej w Zezwoleniu 1 i Zezwoleniu 2
    oraz z działalności gospodarczej osiągniętej z realizacji nowej inwestycji określonej w
    decyzji o wsparciu, a co za tym idzie, uzyskiwane przez Spółkę zwolnienie z CIT (zarówno
    dochodów z działalności gospodarczej prowadzonej w SSE w oparciu o Zezwolenie 1 i
    Zezwolenie 2 oraz dochodów z działalności gospodarczej prowadzonej osiągniętej z
    realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu) będzie mogło w pierwszej
    kolejności być rozliczane w ramach Zezwolenia 2 do wyczerpania limitu pomocy publicznej
    z niego wynikającej.
    Treść wniosku jest następująca:

## Opis zdarzenia przyszłego

Spółka z o.o. („Wnioskodawca” lub „Spółka”) jest polskim rezydentem podatkowym.
    Zasadniczym przedmiotem działalności Spółki jest produkcja szkła (...).
    (...).
    Wnioskodawca prowadzi działalność w zakładzie produkcyjnym zlokalizowanym na
    terenie Specjalnej Strefy Ekonomicznej (dalej: „SSE”).
    Spółka uzyskała w (...) 2008 r. zezwolenie nr (...) na prowadzenie działalności gospodarczej
    na terenie SSE (dalej: „Zezwolenie 1”). Zakres zastosowania Zezwolenia 1 obejmuje
    działalność produkcyjną, handlową i usługową w zakresie wyrobów i usług wytworzonych
    na terenie SSE określonych w następujących pozycjach rozporządzenia Rady Ministrów z
    dnia 6 kwietnia 2004 r. w sprawie Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług („PKWiU 2004”):
    (...).
    W związku z uzyskanym Zezwoleniem 1 oraz poniesionymi nakładami inwestycyjnymi
    (kosztami kwalifikowanymi) Wnioskodawca uzyskał pomoc publiczną w postaci zwolnienia
    z opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych (dalej: „CIT”), dochodów
    uzyskanych z działalności prowadzonej na terenie SSE. Pomoc ta przysługiwała Spółce w
    granicach limitu pomocy publicznej (maksymalnej dopuszczalnej intensywności)
    określonego na podstawie właściwych przepisów w oparciu o wysokość poniesionych
    kosztów kwalifikowanych. Pomoc publiczna udzielona Spółce na podstawie Zezwolenia 1
    została zatwierdzona przez Komisję Europejską decyzją z dnia (...) ws Pomocy (...).
    Spółka obecnie wyczerpała cały limit dopuszczalnej pomocy publicznej wynikający z
    Zezwolenia nr 1.
    Spółka uzyskała w (...) 2017 r. zezwolenie nr (...) na prowadzenie działalności gospodarczej
    na terenie SSE (dalej: „Zezwolenie 2”). Zakres zastosowania Zezwolenia 2 obejmuje
    działalność produkcyjną, handlową i usługową w zakresie wyrobów i usług wytworzonych
    na terenie SSE określonych w następujących pozycjach rozporządzenia Rady Ministrów z
    dnia 4 września 2015 r. w sprawie Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług („PKWiU 2015”):
    (...).

    W związku z uzyskanym Zezwoleniem 2 oraz poniesionymi nakładami inwestycyjnymi
    (kosztami kwalifikowanymi) Wnioskodawcy przysługuje pomoc publiczna w postaci
    zwolnienia z opodatkowania CIT dochodów uzyskanych z działalności prowadzonej na
    terenie SSE. Pomoc ta przysługuje Spółce w granicach limitu pomocy publicznej
    (maksymalnej dopuszczalnej intensywności) określonego na podstawie właściwych
    przepisów w oparciu o wysokość poniesionych kosztów kwalifikowanych.
    Spółka obecnie korzysta z przedmiotowego zwolnienia z opodatkowania CIT w oparciu o
    Zezwolenie 2.
    Jednocześnie, Spółka prowadzi i prowadziła także działalność gospodarczą, która nie była
    objęta zakresem Zezwolenia 1. Działalność nieobjęta Zezwoleniem 1 polega m.in. na
    sprzedaży (...). Działalność w zakresie sprzedaży (...) ma marginalny charakter (...). W
    ramach działalności nie objętej Zezwoleniem 1 oraz Zezwoleniem 2 Wnioskodawca
    uzyskuje również przychody ze sprzedaży towarów handlowych (tj. szkła
    nieprodukowanego przez Wnioskodawcę). Wnioskodawca sporadycznie ma też przychody
    z odszkodowań.
    Obecnie Spółka planuje rozpoczęcie nowego projektu inwestycyjnego w zakresie produkcji
    (...). W tym celu, Spółka zamierza uzyskać decyzję o wsparciu na podstawie ustawy z dnia
    10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Dz. U. z 2024 r., poz. 459 ze zm.).
    Nowy projekt inwestycyjny będzie obejmować inwestycję w nowy środek trwały o nazwie
    (...) (dalej: „środek trwały”). Nowy projekt może obejmować inwestycję w postaci całkowicie
    nowej linii produkcyjnej lub w postaci częściowo używanej linii produkcyjnej. Środek
    trwały będzie mógł być wykorzystywany dla wszystkich istniejących linii produkcyjnych (...)
    (powstałych i uruchomionych w ramach inwestycji objętych Zezwoleniem 1 i Zezwoleniem
    2) jako dodatkowa część procesu technologicznego (...).
    (...).
    Jednocześnie, Spółka wskazuje, że po włączeniu środka trwałego do ciągu produkcyjnego,
    Spółka będzie nadal produkować również szkło (...), które nie będzie przechodzić przez
    etap produkcji przy użyciu środka trwałego. Szkło wyprodukowane przy użyciu Środka
    trwałego jest osobnym produktem (...). Jednakże, produkcja (...), które przejdzie przez
    dodatkowy etap cyklu produkcyjnego przy użyciu Środka trwałego nie będzie możliwa z
    pominięciem istniejących inwestycji, w tym linii produkcyjnych uruchomionych lub
    powstałych w ramach Zezwolenia 1 lub Zezwolenia 2.
    Po zrealizowaniu przez Spółkę inwestycji w ramach decyzji o wsparciu, w zakładzie będzie
    istnieć pięć linii produkcyjnych:
    (...)
    z tym, że szkło wyprodukowane przez linie produkcyjne wskazane w pkt a, b i d powyżej
    będzie mogło przejść przez dodatkowy proces technologiczny (...) i stać się odrębnym
    produktem od produktów wyprodukowanych przez ww. linie produkcyjne (...).
    Na obu liniach (...) wykorzystywana jest ta sama technologia oraz takie same materiały i
    surowce, tj. (...).
    (...).
    Ze względu na to, że Spółka nie jest obecnie w stanie przewidzieć kiedy dokładnie zostanie
    wydana decyzja o wsparciu, mogą wystąpić następujące sytuacje:
    a. Decyzja o wsparciu zostanie wydana przed wykorzystaniem całego limitu pomocy
    publicznej dostępnej w ramach Zezwolenia 2.
    b. Decyzja o wsparciu zostanie wydana po wykorzystaniu całego limitu pomocy publicznej
    w ramach Zezwolenia 2 albo po wygaśnięciu ważności Zezwolenia 2 z uwagi na
    zakończenie funkcjonowania Specjalnych Stref Ekonomiczny do końca 2026 r.

    Spółka ponadto wskazuje, że użytkuje system (...), który w przypadku uzyskania decyzji o
    wsparciu i dokonaniu nowej inwestycji może nie pozwolić w przyszłości na wyodrębnienie
    przychodów i kosztów generowanych z tytułu produkcji szkła z użyciem środka trwałego
    oraz następnie ze sprzedaży tego rodzaju szkła.

## Pytanie

Czy w sytuacji, w której decyzja o wsparciu zostanie wydana przed wykorzystaniem całego
    limitu pomocy publicznej dostępnej w ramach Zezwolenia 2, Spółka będzie mogła
    korzystać ze zwolnienia z opodatkowania dochodu osiągniętego z działalności
    gospodarczej prowadzonej w SSE określonej w Zezwoleniu 1 i Zezwoleniu 2 oraz z
    działalności gospodarczej osiągniętej z realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o
    wsparciu, a co za tym idzie, uzyskiwane przez Spółkę zwolnienie z CIT (zarówno dochodów
    z działalności gospodarczej prowadzonej w SSE w oparciu o Zezwolenie 1 i Zezwolenie 2
    oraz dochodów z działalności gospodarczej prowadzonej osiągniętej z realizacji nowej
    inwestycji określonej w decyzji o wsparciu) będzie mogło w pierwszej kolejności być
    rozliczane w ramach Zezwolenia 2 do wyczerpania limitu pomocy publicznej z niego
    wynikającej? (pytanie oznaczone we wniosku nr 1)
    Państwa stanowisko w sprawie
    Zdaniem Wnioskodawcy, w sytuacji, w której decyzja o wsparciu zostanie wydana przed
    wykorzystaniem całego limitu pomocy publicznej dostępnej w ramach Zezwolenia 2,
    Spółka będzie mogła korzystać ze zwolnienia z opodatkowania dochodu osiągniętego z
    działalności gospodarczej prowadzonej w SSE określonej w Zezwoleniu 1 i Zezwoleniu 2
    oraz z działalności gospodarczej osiągniętej z realizacji nowej inwestycji określonej w
    decyzji o wsparciu, a co za tym idzie, uzyskiwane przez Spółkę zwolnienie z CIT (zarówno
    dochodów z działalności gospodarczej prowadzonej w SSE w oparciu o Zezwolenie 1 i
    Zezwolenie 2 oraz dochodów z działalności gospodarczej prowadzonej osiągniętej z
    realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu) będzie mogło w pierwszej
    kolejności być rozliczane w ramach Zezwolenia 2 do wyczerpania limitu pomocy publicznej
    z niego wynikającej.
    Uzasadnienie stanowiska Wnioskodawcy:
    Zgodnie z art. 12 ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach
    ekonomicznych (Dz. U. z 2023 r., poz. 1604 ze zm.; „Ustawa o SSE”), dochody uzyskane z
    działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy w ramach zezwolenia, o którym
    mowa w art. 16 ust. 1, przez osoby prawne lub osoby fizyczne prowadzące działalność
    gospodarczą są zwolnione od podatku dochodowego, odpowiednio na zasadach
    określonych w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych lub w przepisach o
    podatku dochodowym od osób fizycznych. Zwolnienie to stanowi pomoc publiczną, przy
    czym wielkość tej pomocy nie może przekroczyć jej maksymalnej wielkości określonej w
    przepisach wydanych na podstawie art. 4 ust. 4.
    Jednocześnie, w świetle art. 16 ust. 1 Ustawy o SSE, podstawą do korzystania z pomocy
    publicznej, udzielanej zgodnie z ustawą, jest zezwolenie na prowadzenie działalności
    gospodarczej na terenie danej strefy uprawniające do korzystania z pomocy publicznej,
    zwane dalej: „zezwoleniem”.
    Na podstawie art. 3 ust. 1 ustawy z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji
    (Dz. U. z 2024 r., poz. 459 ze zm., dalej: „Ustawa o wspieraniu nowych inwestycji”),
    wsparcie na realizację nowej inwestycji, zwane dalej „wsparciem”, jest udzielane w formie
    zwolnienia od podatku dochodowego, na zasadach określonych odpowiednio w
    przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych albo w przepisach o podatku
    dochodowym od osób fizycznych.
    Jednocześnie, w świetle art. 4 Ustawy o wspieraniu nowych inwestycji, zwolnienie od
    podatku dochodowego, na zasadach określonych odpowiednio w przepisach o podatku
    dochodowym od osób prawnych albo w przepisach o podatku dochodowym od osób

    fizycznych, stanowi pomoc regionalną, przy czym wielkość tej pomocy publicznej nie może
    przekroczyć jej maksymalnej dopuszczalnej wielkości określonej w przepisach wydanych
    na podstawie art. 14 ust. 3.
    Zgodnie za art. 17 ust. 1 pkt 34 Ustawy o CIT, wolne od podatku są dochody, z
    zastrzeżeniem ust. 4-6d, uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie
    specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1
    ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz. U. z 2023
    r. poz. 1604), przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia
    nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla
    obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z
    odrębnymi przepisami.
    Zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a Ustawy o CIT, wolne od podatku są dochody podatników, z
    zastrzeżeniem ust. 4-6d, z działalności gospodarczej osiągnięte z realizacji nowej
    inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie z dnia 10 maja 2018 r.
    o wspieraniu nowych inwestycji (Dz. U. z 2023 r. poz. 74, 1688 i 2005), i uzyskane na
    terenie określonym w tej decyzji o wsparciu, przy czym wielkość pomocy publicznej
    udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej
    dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy
    w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami.
    Na podstawie art. 17 ust. 4 Ustawy o CIT, zwolnienia podatkowe, o których mowa w ust. 1
    pkt 34 i 34a, przysługują podatnikowi wyłącznie odpowiednio z tytułu dochodów
    uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie określonym w zezwoleniu
    lub z tytułu dochodów uzyskanych z realizacji nowej inwestycji na terenie określonym w
    decyzji o wsparciu.
    Natomiast, w świetle art. 17 ust. 6a Ustawy o CIT, w przypadku prowadzenia przez
    przedsiębiorcę działalności gospodarczej również poza terenem specjalnej strefy
    ekonomicznej określonym w zezwoleniu lub terenem określonym w decyzji o wsparciu,
    działalność prowadzoną na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu
    wydziela się organizacyjnie, a wielkość zwolnienia określa się w oparciu o przychody i
    koszty uzyskania przychodów jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność określoną
    w zezwoleniu lub w decyzji o wsparciu. Na postawie art. 17 ust. 6aa Ustawy o CIT, przepis
    ust. 6a stosuje się odpowiednio do ustalania wielkości zwolnienia od podatku
    dochodowego w przypadku, gdy na terenie określonym w zezwoleniu lub w decyzji o
    wsparciu jest prowadzona działalność gospodarcza określona w tym zezwoleniu lub
    działalność gospodarcza, w ramach której jest realizowana nowa inwestycja, oraz inna
    działalność tego podatnika.
    Analiza powyższych przepisów Ustawy o CIT wskazuje zatem na to, że na podatnikach
    prowadzących działalność na podstawie decyzji o wsparciu/zezwolenia strefowego
    spoczywa obowiązek prowadzenia ewidencji zapewniającej określenie kwoty dochodu
    zwolnionego z podatku dochodowego oraz dochodu podlegającego opodatkowaniu.
    Ustawodawca nie wymaga natomiast prowadzenia odrębnych ewidencji dla działalności
    gospodarczej prowadzonej jednocześnie w oparciu o decyzję o wsparciu oraz zezwolenie
    strefowe.
    Jak wskazano w opisie stanu faktycznego i zdarzenia przyszłego, Wnioskodawca obecnie
    korzysta ze zwolnienia z opodatkowania dochodów uzyskiwanych w związku z
    zrealizowanymi inwestycjami na podstawie Zezwolenia 1 i Zezwolenia 2. Przedmiotowe
    zwolnienie z opodatkowania rozliczane jest w ramach dostępnej pomocy publicznej
    wynikającej z Zezwolenia 2 na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 Ustawy o CIT.
    Obecnie Spółka planuje rozpoczęcie nowego projektu inwestycyjnego w zakresie produkcji
    szkła (...). W tym celu, Spółka zamierza uzyskać decyzję o wsparciu na podstawie Ustawy o
    wspieraniu nowych inwestycji.

    Nowy projekt inwestycyjny będzie obejmować inwestycję w nowy środek trwały (...). Nowy
    projekt może obejmować inwestycję w postaci całkowicie nową linii produkcyjnej lub w
    postaci częściowo używanej linii produkcyjnej. Środek trwały będzie mógł być
    wykorzystywany dla wszystkich istniejących linii produkcyjnych (...) (powstałych i
    uruchomionych w ramach inwestycji objętych Zezwoleniem 1 i Zezwoleniem 2 jako
    dodatkowa część procesu technologicznego (...).
    (...).
    W konsekwencji, Wnioskodawca będzie uprawniony do korzystania ze zwolnienia z
    opodatkowania CIT, dochodów uzyskanych w ramach nowej inwestycji na podstawie
    decyzji o wsparciu zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a Ustawy o CIT.
    Biorąc pod uwagę, że po wydaniu decyzji o wsparciu, Spółka będzie korzystać ze
    zwolnienia z opodatkowania CIT, dochodów uzyskanych w ramach inwestycji
    poczynionych na podstawie dwóch różnych instrumentów przyznających pomoc publiczną
    w postaci zwolnienia z opodatkowania CIT, tj. Zezwolenia 2 oraz decyzji o wsparciu,
    konieczne jest ustalenie w jakiej kolejności będzie rozliczane przedmiotowe zwolnienie z
    CIT.
    Zgodnie z art. 13 ust. 6 Ustawy o wspieraniu nowych inwestycji, w przypadku gdy
    przedsiębiorca posiada co najmniej dwie decyzje o wsparciu, rozliczenie pomocy
    publicznej następuje zgodnie z kolejnością wydania decyzji o wsparciu. W świetle art. 13
    ust. 7 Ustawy o wspieraniu nowych inwestycji w przypadku, gdy przedsiębiorca korzysta z
    pomocy publicznej na podstawie decyzji o wsparciu oraz na podstawie zezwolenia, o
    którym mowa w art. 16 ust. 1 Ustawy o SSE, dla rozliczenia łącznej pomocy publicznej
    przyznanej temu przedsiębiorcy przepis ust. 6 stosuje się odpowiednio. Z powyższych
    przepisów wynika zatem wprost, że w sytuacji, w której podatnik korzysta z pomocy
    publicznej na podstawie zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej w
    specjalnej strefie ekonomicznej oraz na podstawie decyzji o wsparciu, przyznana pomoc
    publiczna rozliczana jest zgodnie z kolejnością wydanego zezwolenia lub decyzji o
    wsparciu.
    Wskazane przepisy nie formułują przy tym nakazu „przypisywania” dochodu do
    poszczególnych decyzji o wsparciu/zezwolenia strefowego. Wskazują jedynie na
    konieczność wydzielenia organizacyjnego działalności „zwolnionej” (tj. takiej, że dochody z
    niej podlegają zwolnieniu na mocy ww. przepisów Ustawy CIT) i „opodatkowanej” (tj.
    podlegającej opodatkowaniu CIT „na zasadach ogólnych”, bez stosowania ww. zwolnienia).
    W analizowanej sprawie Zezwolenie 2 zostało wydane w pierwszej kolejności. Natomiast
    decyzja o wsparciu zostanie wydana w przyszłości. W efekcie, zwolnienie z CIT (zarówno
    dochodów z działalności gospodarczej prowadzonej w SSE w oparciu o Zezwolenie 1 i
    Zezwolenie 2 oraz dochodów z działalności gospodarczej prowadzonej osiągniętej z
    realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu) będzie mogło w pierwszej
    kolejności być rozliczane w ramach Zezwolenia 2 do wyczerpania limitu pomocy publicznej
    z niego wynikającej.
    Zauważyć należy, że powołane przepisy, które znalazły się w Ustawie o wspieraniu nowych
    inwestycji, nakazujące rozliczanie pomocy zgodnie z kolejnością wydania decyzji o
    wsparciu, wskazują metodę rozliczania wykorzystania pomocy, która de facto nie mogłaby
    znaleźć zastosowania w sytuacji, w której ustawodawca wymagałby „rozdziału” wielkości
    przychodu i kosztów uzyskania przychodów - a w konsekwencji dochodu - na
    poszczególne decyzje/zezwolenia.
    Z powyższych przepisów wynika, że przedsiębiorca uzyskujący dochody korzystające ze
    zwolnienia przedmiotowego określonego w art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a Ustawy CIT, oraz
    podlegające opodatkowaniu „na zasadach ogólnych”, obowiązany jest zapewnić, by na
    podstawie prowadzonych ksiąg rachunkowych możliwe było ustalenie odrębnego wyniku
    podatkowego dla działalności gospodarczej, z której dochód korzysta ze zwolnienia od

    opodatkowania oraz dla działalności, z której dochód podlega opodatkowaniu. Ww.
    przepisy nie nakazują natomiast, w przypadku prowadzenia działalności, z której dochód
    jest zwolniony od podatku w związku decyzjami o wsparciu lub zezwolenia strefowego,
    aby traktować je odrębnie.
    Powyższe stanowisko znajduje odzwierciedlenie w orzecznictwie sądów
    administracyjnych, przykładowo w:
    a. Wyroku WSA w Rzeszowie z dnia 8 października 2020 r., sygn. akt I SA/Rz 340/20, gdzie
    stwierdzono, że: „Sąd aprobuje powyższy pogląd i zauważa, że unormowania prawne
    dotyczące sposobu rozliczania pomocy publicznej przyznanej na podstawie decyzji o
    wsparciu są analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń. Brzmienie art. 13 ust. 7
    ustawy o WNI wprost stanowi o takiej sytuacji, gdy przedsiębiorca korzysta ze
    zwolnienia zarówno na podstawie wydanych zezwoleń, jak i decyzji o wsparciu. W
    świetle powyższych wywodów i powołanych orzeczeń trzeba uznać prawidłowość
    stanowiska strony skarżącej w kwestii interpretacji omawianych przepisów i
    prawidłowości proponowanej przez nią metodologii chronologicznego rozliczania
    przyznanej pomocy, tak jak wskazano to w uzasadnieniu wniosku o udzielenie
    interpretacji.
    Obowiązujące uregulowania w tym przedmiocie wprost wskazują na taki właśnie
    sposób rozliczenia pomocy w przypadku posiadania co najmniej dwóch zezwoleń (art.
    12 ust. 2 ustawy o SSE) lub co najmniej dwóch decyzji o wsparciu (art. 13 ust. 6 ustawy o
    WNI), natomiast brzmienie art. 13 ust. 7 ustawy o WNI przesądza o odpowiednim
    stosowaniu tych zasad do sytuacji, gdy przedsiębiorca korzysta z pomocy publicznej
    zarówno na podstawie zezwolenia, jak i decyzji o wsparciu”.
    Stanowisko zaprezentowane przez WSA w Rzeszowie zostało następnie utrzymane
    przez NSA w wyroku z dnia 4 lipca 2023 r., sygn. akt II FSK 78/21, gdzie wskazano, że: „Z
    powołanych przepisów wynika zatem, że skoro Skarżący we wniosku o interpretację
    wskazał, że prowadzi działalność na terenie strefy i poza tym na terenie określonym w
    decyzji o wsparciu, nie ma obowiązku wyodrębniania organizacyjnego, o którym mowa
    w powołanych przepisach, odniesieniu do działalności zwolnionej na podstawie
    posiadanych zezwoleń i z tytułu decyzji o wsparciu.
    W orzecznictwie przyjęto za prawidłowy pogląd, zgodnie z którym rozliczanie pomocy
    następuje zgodnie z chronologią wydanych zezwoleń, przy uwzględnieniu dochodu
    ustalanego łącznie z całej działalności gospodarczej prowadzonej przez podatnika na
    terenie specjalnej strefy ekonomicznej w oparciu o wszystkie posiadane przez niego
    zezwolenia, aż do wysokości ograniczeń wynikających z tych zezwoleń, bez konieczności
    przyporządkowania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych
    inwestycji określonych w kolejno wydawanych zezwoleniach (por. wyrok NSA o sygn. akt
    II FSK 2872/20 (wraz z powołanymi w nim wyrokami).
    Przykładowo jedynie do niego się odwołując, w wyroku z 19 lipca 2016 r., sygn. akt II FSK
    1849/14 (CBOSA), NSA stwierdził, że w przypadku, gdy podatnik prowadzi działalność
    gospodarczą na terenie jednej specjalnej strefy ekonomicznej (na obszarze jednego
    województwa) na podstawie kilku zezwoleń, to podatnikowi przysługuje prawo do
    sumowania przysługujących na ich podstawie limitów pomocy publicznej (niezależnie
    od zakresu przedmiotowego tych zezwoleń). Istotne jest bowiem wyłącznie to, aby
    zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. działalność prowadzona była w określonym
    miejscu (na terenie jednej SSE) i w ramach uzyskanego zezwolenia.
    Naczelny Sąd Administracyjny podzielił argumentację Sądu pierwszej instancji, że
    uregulowanie dotyczące sposobu rozliczania pomocy publicznej przyznanej na
    podstawie decyzji o wsparciu są analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń. Wbrew
    stanowisku organu prezentowanego w skardze kasacyjnej, świadczy o tym treść art. 13
    ust. 7 ustawy o WNI, regulujący sytuację, gdy przedsiębiorca korzysta ze zwolnienia
    zarówno na podstawie wydanych zezwoleń, jak i decyzji o wsparciu. W uzasadnieniu

    skargi kasacyjnej organ wskazuje, że przeciwne wnioski wynikają z analizy art. 13 ust. 8
    ustawy o WNI. Jednak w zarzutach skargi kasacyjnej wymieniając, jako naruszone
    szereg przepisów prawa materialnego nie sformułował zarzutu niezastosowania
    cytowanego przepisu”.
    b. Wyroku WSA w Krakowie z dnia 27 kwietnia 2021 r., sygn. akt I SA/Kr 1147/20, w którym
    sąd wskazał, że: „W wyroku z dnia z dnia 19 lipca 2016 r., sygn. akt II FSK 1849/14
    Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że przedsiębiorca może objąć zwolnieniem z
    podatku dochód z całej działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy
    wykorzystując sukcesywnie limity dostępnej pomocy publicznej w ramach kolejno
    otrzymywanych zezwoleń, dyskontując tym samym uzyskaną pomoc etapami. Z kolei w
    wyroku z dnia 19 lutego 2019 r. I SA/Gd 49/19 WSA w Gdańsku wyraził pogląd, że
    podatnik uprawniony jest do korzystania z pomocy publicznej do wysokości wynikającej
    z sumy pomocy publicznej dostępnej na podstawie wszystkich zezwoleń bez
    konieczności alokowania dochodu uzyskanego z działalności na terenie SSE na
    poszczególne zezwolenia.
    Sąd aprobuje powyższy pogląd i zauważa, że unormowania prawne dotyczące sposobu
    rozliczania pomocy publicznej przyznanej na podstawie decyzji o wsparciu są
    analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń. Brzmienie art. 13 ust. 7 u.w.n.i. wprost
    stanowi o takiej sytuacji, gdy przedsiębiorca korzysta ze zwolnienia zarówno na
    podstawie wydanych zezwoleń, jak i decyzji o wsparciu. W świetle powyższych
    wywodów i powołanych orzeczeń trzeba uznać prawidłowość stanowiska Skarżącej w
    kwestii interpretacji omawianych przepisów i prawidłowości proponowanej przez nią
    metodologii chronologicznego rozliczania przyznanej pomocy, tak jak wskazano to w
    uzasadnieniu wniosku o udzielenie interpretacji”.
    Stanowisko zaprezentowane przez WSA w Krakowie zostało następnie utrzymane przez
    NSA w wyroku z dnia 28 maja 2024 r., sygn. akt II FSK 1119/21, gdzie wskazano, że: „Nie
    budzi jednak wątpliwości, że ewidencję dotyczącą działalności prowadzonej w ramach
    zezwolenia lub na podstawie decyzji o wsparciu podatnik jest obowiązany prowadzić,
    aby możliwe było ustalenie zakresu i prawidłowości wykorzystania pomocy publicznej.
    Obowiązek taki można wyprowadzić z art. 12a ust. 1 uSSE oraz z art. 19 uWSN. Przepis
    te nakazują przedsiębiorcy prowadzenie ksiąg podatkowych, nie wymagają jednak, aby
    prowadzone one były odrębnie dla działalności prowadzonej na podstawie każdego
    zezwolenia i każdej decyzji o wsparciu. Nie wynika z nich także zakaz prowadzenia
    jednej ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwolenia i na podstawie
    decyzji o wsparciu. Obowiązku takiego nie można wyprowadzić także z art. 17 ust. 4 u.p.
    d.o.p., zgodnie z którym zwolnienia podatkowe, o których mowa w ust. 1 pkt 34 i 34a,
    przysługują podatnikowi wyłącznie z tytułu dochodów uzyskanych z działalności
    gospodarczej prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o
    wsparciu. Przepis ten odnosi się bowiem do określenia przedmiotu zwolnienia (mają to
    być dochody uzyskane wyłącznie z działalności na terenie strefy lub na terenie
    określonym w decyzji o wsparciu), a nie do prowadzenia ewidencji lub sposobu
    rozliczania pomocy publicznej.
    Nie ma także znaczenia w tym zakresie art. 17 ust. 6a u.p.d.o.p. Nakazuje on
    organizacyjne wydzielenie działalności prowadzonej na terenie strefy lub na terenie
    określonym w decyzji o wsparciu od działalności gospodarczej prowadzonej przez tego
    przedsiębiorcę również poza terenem specjalnej strefy ekonomicznej określonym w
    zezwoleniu lub terenem określonym w decyzji o wsparciu, oraz określenie wielkość
    zwolnienia w oparciu o przychody i koszty uzyskania przychodów jednostki
    organizacyjnej prowadzącej działalność określoną w zezwoleniu lub w decyzji o
    wsparciu. Również zatem ten przepis nie odnosi się do prowadzenia ewidencji
    dotyczącej działalności, której dochód objęty jest zwolnieniem, a jedynie wskazuje na
    obowiązek wydzielenia organizacyjnie takiej jednostki i uwzględniania tylko jej kosztów i
    przychodów przy obliczaniu wielkości pomocy publicznej.

    Nie można także wyprowadzić obowiązku prowadzenia odrębnych ewidencji dla
    działalności prowadzonej na podstawie zezwoleń i na podstawie decyzji o wsparciu z
    art. 12 ust. 2 uSSE i art. 13 ust. 6 uWNI. Oba te przepisy nie odnoszą się do sposobu
    dokumentowania przychodów i kosztów ich uzyskania, a do sposobu rozliczenia
    pomocy publicznej (jej wielkości i właściwego wykorzystania, zgodnie z zezwoleniem
    albo decyzją o wsparciu). Jednocześnie art. 12 ust. 2 uSSE i art. 13 ust. 6 uWNI, nakazują
    wykorzystanie pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydania zezwolenia lub decyzji
    o wsparciu, jeżeli w odniesieniu do danego przedsiębiorcy wydano więcej niż jedno
    zezwolenie lub decyzję o wsparciu. Nie nakazują rozdzielnego jej obliczenia i
    wykorzystywania pomocy przyznanej odrębnie na podstawie różnych zezwoleń lub
    decyzji równolegle, ale sekwencyjnie, według kolejności ich wydania.
    Po wejściu w życie ustawy o wspieraniu nowych inwestycji zezwolenia na działanie w
    SSE zachowały ważność w zakresie i przez czas w nich określony (art. 40 ust. 2 uWNI).
    Możliwe zatem było prowadzenie działalności gospodarczej przez jednego
    przedsiębiorcę na podstawie zezwolenia i na podstawie decyzji o wsparciu, a nadto
    dotyczyć one mogły tego samego rodzaju działalności i na tym samym terenie (np.
    poprzez zwiększenie zdolności produkcyjnej zakładu – art. 2 pkt 1 lit. a uWNI).
    Ustawodawca zachował zasadę, przyjętą w odniesieniu do przedsiębiorców
    prowadzących działalność tylko na podstawie więcej niż jednego zezwolenia albo tylko
    na podstawie więcej niż jednej decyzji o wsparciu, stanowiąc w art. 13 ust. 7 uWNI, że w
    przypadku gdy przedsiębiorca korzysta z pomocy publicznej na podstawie decyzji o
    wsparciu oraz na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy z dnia
    20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych, dla rozliczenia łącznej
    pomocy publicznej przyznanej temu przedsiębiorcy przepis ust. 6 stosuje się
    odpowiednio. Odpowiednio zatem należy stosować zasadę o rozliczeniu pomocy
    publicznej zgodnie z kolejnością wydania zezwoleń i decyzji o wsparciu. Przepis ten
    potwierdza prawidłowość tezy, że nie w takim przypadku nie ma potrzeby prowadzenia
    dwóch odrębnych ewidencji. Mimo odmiennych zasad obliczania limitu pomocy
    publicznej udzielonej z tytułu działalności w SSE i na terenie objętym decyzją o
    wsparciu, sposób obliczania dochodu, który podlega zwolnieniu w ramach przyznanej
    pomocy publicznej. Nie budzi przy tym wątpliwości, że ewidencja prowadzona przez
    przedsiębiorcę ma pozwolić zarówno na określenie dochodu, jak i na przypisanie go do
    działalności prowadzonej na terenie SSE lub terenie objętym decyzją o wsparciu”.
    c. Wyroku WSA w Olsztynie z dnia 13 października 2021 r., sygn. akt I SA/Ol 538/21, w
    którym sąd stwierdził, że: „Brzmienie art. 13 ust. 7 ustawy o WNI wprost stanowi o takiej
    sytuacji, gdy przedsiębiorca korzysta ze zwolnienia zarówno na podstawie wydanych
    zezwoleń, jak i decyzji o wsparciu. W świetle powyższych wywodów i powołanych
    orzeczeń trzeba uznać prawidłowość stanowiska strony skarżącej w kwestii interpretacji
    omawianych przepisów i prawidłowości proponowanej przez nią metodologii
    chronologicznego rozliczania przyznanej pomocy, tak jak wskazano to w uzasadnieniu
    wniosku o udzielenie interpretacji”. Odczytując więc literalnie treść omawianych
    przepisów ustawy o SSE oraz ustawy o WNI, należy dojść do wniosku, że pomoc
    publiczna w formie zwolnień podatkowych wynikających z zezwoleń strefowych oraz z
    decyzji o wsparciu powinna być rozliczana chronologicznie, w sposób, jaki
    zaproponowano we wniosku o wydanie interpretacji”.
    Podsumowując, Wnioskodawca stoi na stanowisku, że w sytuacji, w której decyzja o
    wsparciu zostanie wydana przed wykorzystaniem całego limitu pomocy publicznej
    dostępnej w ramach Zezwolenia 2, Spółka będzie mogła korzystać ze zwolnienia z
    opodatkowania dochodu osiągniętego z działalności gospodarczej prowadzonej w SSE
    określonej w Zezwoleniu 1 i Zezwoleniu 2 oraz z działalności gospodarczej osiągniętej z
    realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, a co za tym idzie, uzyskiwane
    przez Spółkę zwolnienie z CIT (zarówno dochodów z działalności gospodarczej
    prowadzonej w SSE w oparciu o Zezwolenie 1 i Zezwolenie 2 oraz dochodów z działalności
    gospodarczej prowadzonej osiągniętej z realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o

    wsparciu) będzie mogło w pierwszej kolejności być rozliczane w ramach Zezwolenia 2 do
    wyczerpania limitu pomocy publicznej z niego wynikającej.

## Ocena stanowiska

Stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku jest nieprawidłowe.
    Uzasadnienie
    Zgodnie z art. 7 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób
    prawnych (t. j. Dz. U. z 2023 r. poz. 2805 ze zm., dalej: „ustawa o CIT”),
    przedmiotem opodatkowania podatkiem dochodowym jest dochód stanowiący sumę
    dochodu osiągniętego z zysków kapitałowych oraz dochodu osiągniętego z innych źródeł
    przychodów. W przypadkach, o których mowa w art. 21, art. 22 i art. 24b, przedmiotem
    opodatkowania jest przychód.
    W myśl art. 7 ust. 2 ustawy o CIT,
    dochodem ze źródła przychodów, z zastrzeżeniem art. 11c, art. 11i, art. 24a, art. 24b, art.
    24ca, art. 24d i art. 24f, jest nadwyżka sumy przychodów uzyskanych z tego źródła
    przychodów nad kosztami ich uzyskania, osiągnięta w roku podatkowym. Jeżeli koszty
    uzyskania przychodów przekraczają sumę przychodów, różnica jest stratą ze źródła
    przychodów.
    Stosownie do art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3
    przy ustalaniu dochodu, o którym mowa w ust. 1, stanowiącego podstawę opodatkowania
    nie uwzględnia się:
    1) przychodów ze źródeł przychodów położonych na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej
    lub za granicą, jeżeli dochody z tych źródeł nie podlegają opodatkowaniu podatkiem
    dochodowym albo są wolne od podatku;
    3) kosztów uzyskania przychodów, o których mowa w pkt 1 i 2, przy czym w przypadku
    podatników, o których mowa w art. 3 ust. 2, prowadzących działalność poprzez położony
    na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej zagraniczny zakład uwzględnia się koszty
    uzyskania przychodów wymienionych w art. 21, jeżeli przychody te zostały uwzględnione
    przez podatnika przy ustalaniu dochodu przypadającego na zagraniczny zakład;
    Stosownie do art. 9 ust. 1 ustawy o CIT,
    podatnicy są obowiązani do prowadzenia ewidencji rachunkowej, zgodnie z odrębnymi
    przepisami, w sposób zapewniający określenie wysokości dochodu (straty), podstawy
    opodatkowania i wysokości należnego podatku za rok podatkowy, a także do
    uwzględnienia w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych
    informacji niezbędnych do obliczenia wysokości odpisów amortyzacyjnych zgodnie z
    przepisami art. 16a-16m.
    Zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT,
    dochody, z zastrzeżeniem ust. 4-6d, uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na
    terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16
    ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz. U.
    z 2023 r. poz. 1604), przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego
    zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy,
    dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej
    wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami.
    Podstawą do korzystania z pomocy publicznej, udzielanej zgodnie z ustawą, jest
    zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie danej strefy
    uprawniające do korzystania z pomocy publicznej, zwane dalej „zezwoleniem” (art. 16 ust.
    1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (t. j. Dz. U. z
    2023 r. poz. 1604, dalej: „ustawa o SSE”)).

    Zgodnie z art. 12 ust. 1 ustawy o SSE,
    dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy w ramach
    zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1, przez osoby prawne lub osoby fizyczne
    prowadzące działalność gospodarczą są zwolnione od podatku dochodowego,
    odpowiednio na zasadach określonych w przepisach o podatku dochodowym od osób
    prawnych lub w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych. Zwolnienie to
    stanowi pomoc publiczną, przy czym wielkość tej pomocy nie może przekroczyć jej
    maksymalnej wielkości określonej w przepisach wydanych na podstawie art. 4 ust. 4.
    W przypadku gdy przedsiębiorca posiada co najmniej dwa zezwolenia, o których mowa w
    art. 16 ust. 1, przyjmuje się, że rozliczenie pomocy publicznej następuje zgodnie z
    kolejnością wydawania zezwoleń (art. 12 ust. 2 tej ustawy o SSE).
    W myśl art. 12 ust. 3 ustawy o SSE,
    rozliczenie pomocy publicznej przyznanej przedsiębiorcy na podstawie zezwolenia, o
    którym mowa w art. 16 ust. 1, ma zastosowanie wyłącznie do zezwolenia, w ramach
    którego rozpoczęto inwestycję, w oparciu o którą prowadzona jest działalność
    gospodarcza.
    Zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy
    ekonomicznej, o którym mowa w cyt. powyżej przepisie uprawnia do prowadzenia
    działalności gospodarczej na terenie strefy i korzystania z pomocy publicznej. Określa ono
    przedmiot i warunki prowadzenia działalności.
    Powyższe regulacje prawne ustanawiają podstawowe warunki korzystania z ulgi
    podatkowej z tytułu prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej działalności
    gospodarczej, jaką jest niezapłacony przez przedsiębiorcę strefowego podatek dochodowy.
    Zasadniczym elementem stosowania tej ulgi jest więc łączne wystąpienie dwóch
    warunków:
    - prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej,
    - uzyskiwanie dochodu z działalności gospodarczej określonej w zezwoleniu.
    Na podstawie ustawy z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (t. j. Dz. U. z
    2024 r., poz. 459 ze zm., dalej: „ustawa o WNI”), został wprowadzony mechanizm wsparcia
    dla przedsiębiorców w postaci zwolnienia z podatku dochodowego z tytułu nowej
    inwestycji.
    Zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT,
    wolne od podatku są dochody podatników, z zastrzeżeniem ust. 4-6d, z działalności
    gospodarczej osiągnięte z realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, o
    której mowa w ustawie z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Dz. U. z
    2023 r. poz. 74, 1688 i 2005), i uzyskane na terenie określonym w tej decyzji o wsparciu,
    przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może
    przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów
    kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi
    przepisami.
    Stosownie do art. 17 ust. 4 ustawy o CIT,
    zwolnienia podatkowe, o których mowa w ust. 1 pkt 34 i 34a, przysługują podatnikowi
    wyłącznie odpowiednio z tytułu dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej
    prowadzonej na terenie określonym w zezwoleniu lub z tytułu dochodów uzyskanych z
    realizacji nowej inwestycji na terenie określonym w decyzji o wsparciu.
    Zgodnie z art. 3 i 4 ustawy o WNI, podstawą do korzystania z regionalnej pomocy
    publicznej (zwolnienia z opodatkowania podatkiem dochodowym), udzielanej zgodnie z
    ustawą, jest wsparcie na realizację nowej inwestycji, uprawniające do korzystania z
    pomocy publicznej, przy czym wielkość tej pomocy publicznej nie może przekroczyć jej

    maksymalnej dopuszczalnej wielkości określonej w przepisach wydanych na podstawie
    art. 14 ust. 3.
    Wsparcie udzielane jest przedsiębiorcy realizującemu nową inwestycję w drodze decyzji,
    zwaną dalej „decyzją o wsparciu” (art. 13 ust. 1 ustawy o WNI).
    Zgodnie z art. 13 ust. 6 ustawy o WNI,
    w przypadku gdy przedsiębiorca posiada co najmniej dwie decyzje o wsparciu, rozliczenie
    pomocy publicznej następuje zgodnie z kolejnością wydania decyzji o wsparciu.
    Zgodnie z art. 13 ust. 7 ustawy o WNI,
    w przypadku gdy przedsiębiorca korzysta z pomocy publicznej na podstawie decyzji o
    wsparciu oraz na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy z dnia 20
    października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych, dla rozliczenia łącznej
    pomocy publicznej przyznanej temu przedsiębiorcy przepis ust. 6 stosuje się odpowiednio.
    Stosownie do art. 13 ust. 8 ustawy o WNI,
    rozliczenie pomocy publicznej przyznanej przedsiębiorcy na podstawie decyzji o wsparciu
    ma zastosowanie wyłącznie do decyzji, w ramach której rozpoczęto inwestycję, w oparciu
    o którą jest prowadzona działalność gospodarcza.
    Przedmiotem decyzji o wsparciu, w myśl art. 14 ust. 1 pkt 2 ustawy o WNI, jest nowa
    inwestycja podatnika, realizowana w ramach prowadzonej przez niego działalności
    gospodarczej, która nie została wyłączona stosownymi regulacjami, wydanymi na
    podstawie ust. 3 pkt 1 tego przepisu. Treść decyzji o wsparciu została wskazana w art. 15
    ustawy o WNI i określa okres obowiązywania decyzji, przedmiot działalności gospodarczej
    oraz warunki, które przedsiębiorca jest obowiązany spełnić, wymienione w punktach od 1
    do 6.
    W tym miejscu należy wskazać, że konstrukcja zwolnienia dotyczącego specjalnych stref
    ekonomicznych nie jest analogiczna do wsparcia przewidzianego dla podejmowania
    nowych inwestycji.
    Wyodrębnienie poszczególnych dochodów w ramach prowadzonej ewidencji ma na celu
    ustalenie wyniku podatkowego uzyskanego z działalności gospodarczej określonej w
    decyzji o wsparciu i z działalności na terenie SSE na podstawie wydanych zezwoleń.
    Jak wskazano w objaśnieniach podatkowych z dnia 6 marca 2020 r. dotyczących sposobu
    ustalania dochodu zwolnionego z opodatkowania podatkiem dochodowym, osiągniętego
    z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie o
    WNI w przedsiębiorstwach korzystających ze zwolnienia podatkowego z tytułu realizacji
    nowej inwestycji na podstawie decyzji o wsparciu nie wystarczy standardowa ewidencja
    kosztów z rozróżnieniem kosztów w rozumieniu prawa bilansowego i kosztów uzyskania
    przychodów w rozumieniu ustawy o CIT (str. 47 objaśnień).
    Niezbędna jest dodatkowa ewidencja/konta, czyli tzw. wydzielenie rachunkowe:
    - kosztów bezpośrednio związanych z przychodami na terenie określonym w decyzji o
      wsparciu i poza nią,
    - w zakresie realizacji nowej inwestycji - kosztów bezpośrednio związanych z przychodami
      z działalności objętej zwolnieniem oraz kosztów pozostałej działalności, jeżeli taka
      występuje,
    - pozostałych (innych niż bezpośrednie) kosztów uzyskania przychodów, umożliwiająca ich
      przyporządkowanie do przychodów z działalności zwolnionej i do przychodów z
      działalności opodatkowanej.
    Podatnik uzyskujący dochody z działalności gospodarczej, w ramach której realizowana
    jest nowa inwestycja, określona w decyzji o wsparciu, powinien poprzez odpowiednie
    zmiany w przyjętych zasadach (polityce) rachunkowości dokonać wyodrębnienia w

    ewidencji księgowej operacji gospodarczych dotyczących tej działalności. Dokonane
    zmiany powinny umożliwić uzyskanie informacji, które są wymagane w zakresie
    rozliczania przychodów, kosztów uzyskania przychodów oraz dochodu. Zapewnienie ww.
    wyodrębnionej ewidencji oznacza co najmniej wyodrębnienie operacji gospodarczych w
    księgach rachunkowych, przykładowo na kontach ksiąg pomocniczych (str. 50 objaśnień).
    Analogicznemu wyodrębnieniu powinna podlegać ewidencja przychodów i kosztów
    działalności prowadzonej na terenie SSE na podstawie wydanego zezwolenia.
    Zatem, konieczne jest prowadzenie ewidencji rachunkowej w taki sposób, aby odrębnie
    można było ustalić przychody, koszty, dochód/stratę uzyskane z działalności gospodarczej
    prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej (SSE) w ramach wydanego
    zezwolenia i odrębnie w ramach decyzji o wsparciu. Dochody uzyskane z tych dwóch
    źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu.
    Należy zauważyć, że dla działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE jak i dla
    działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, ustawodawca przewidział
    odrębne zwolnienia, odpowiednio w art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT. Jeśli dochody
    z obu powyższych źródeł zwolnionych miałyby być rozliczane łącznie, ustawodawca dałby
    temu podstawy w odpowiednich zapisach ustawy o CIT, co jednak nie ma miejsca.
    Zatem, przychodów z działalności prowadzonej na terenie SSE nie łączy się z przychodami
    osiągniętymi z nowej inwestycji, realizowanej na podstawie decyzji o wsparciu (str. 34,
    akapit 45 objaśnień). Połączenie przychodów i kosztów w tym przypadku umożliwiałoby
    kompensowanie straty poniesionej na jednej działalności zwolnionej (gdyby taka
    wystąpiła) z dochodem z drugiej działalności objętej zwolnieniem. Ponadto, powodowałby
    nieuzasadnione „bieżące” zmniejszenie wykorzystania przysługującej pomocy publicznej,
    która pozostawałaby do wykorzystania na kolejne lata.
    Do powyższej kwestii Ministerstwo Finansów odniosło się w akapicie nr 79 Objaśnień
    podatkowych, w którym czytamy: „W przypadku, gdy zwolnienie wynika jedynie z
    zezwoleń (podatnik nie posiada decyzji albo nie rozpoczęła się realizacja inwestycji w
    ramach decyzji), albo zwolnienie wynika jedynie z decyzji o wsparciu (podatnik nie posiada
    zezwoleń), dochód podlegający zwolnieniu ustalany jest na podstawie skumulowanych
    przychodów oraz kosztów wynikających z działalności określonych w tych zezwoleniach
    albo decyzjach o wsparciu. W przypadku, gdy zwolnienie podatkowe wynika zarówno z
    zezwoleń na prowadzenie działalności gospodarczej w SSE oraz z decyzji o wsparciu
    podatnik wyodrębnia te dwa źródła dochodów zwolnione z opodatkowania. Wykazaniu w
    zeznaniu podatkowym podlegają wyłącznie dochody osiągnięte z tych dwóch źródeł. W
    przypadku, gdy z jednego z tych źródeł podatnik osiągnie stratę, nie podlega ona
    wykazaniu w zeznaniu podatkowym, w tym również poprzez przychody i koszty
    generujące tą stratę”.
    Powyższe obrazuje również przykład nr 33 z Objaśnień.
    Niezbędne jest zatem, by na podstawie prowadzonej ewidencji rachunkowej, możliwe było
    ustalenie przychodów, kosztów, dochodu/straty odrębnie z obu zwolnionych źródeł
    dochodów, korzystających odpowiednio ze zwolnienia na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34
    lub art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.
    Biorąc pod uwagę powyższe nie mogę zgodzić się z Państwa stanowiskiem że w sytuacji, w
    której decyzja o wsparciu zostanie wydana przed wykorzystaniem całego limitu pomocy
    publicznej dostępnej w ramach Zezwolenia 2, Spółka będzie mogła korzystać ze
    zwolnienia z opodatkowania dochodu osiągniętego z działalności gospodarczej
    prowadzonej w SSE określonej w Zezwoleniu 1 i Zezwoleniu 2 oraz z działalności
    gospodarczej osiągniętej z realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, a co
    za tym idzie, uzyskiwane przez Spółkę zwolnienie z CIT (zarówno dochodów z działalności
    gospodarczej prowadzonej w SSE w oparciu o Zezwolenie 1 i Zezwolenie 2 oraz dochodów

    z działalności gospodarczej prowadzonej osiągniętej z realizacji nowej inwestycji
    określonej w decyzji o wsparciu) będzie mogło w pierwszej kolejności być rozliczane w
    ramach Zezwolenia 2 do wyczerpania limitu pomocy publicznej z niego wynikającej.
    Rozpatrując przedmiotowe zagadnienia nie mogę pominąć okoliczności, że prowadzenie
    działalności gospodarczej na terenie SSE i wynikające stąd zwolnienie dochodów
    pochodzących z tej działalności jest wyjątkiem od powszechnego opodatkowania. W
    związku z tym przepisy dotyczące zwolnień muszą być interpretowane ściśle, zgodnie z ich
    wykładnią językową i nie powinny być one przedmiotem wykładni rozszerzającej.
    Stanowisko to zgodne jest z wypracowanym przez orzecznictwo i utrwalonym już
    poglądem, że przepisy dotyczące wszelkiego rodzaju ulg i zwolnień podatkowych - jako
    odstępstwo od sformułowanej w art. 84 Konstytucji RP zasady równości i powszechności
    opodatkowania - powinny być interpretowane ściśle. Wykładnia przepisów zawierających
    takie normy winna być precyzyjna, aby mogła doprowadzić do prawidłowego jej
    odczytania, wykluczone jest dokonywanie wykładni rozszerzającej, czy zawężającej
    mogącej spowodować skutki o charakterze prawotwórczym, przy czym organy podatkowe
    obowiązane są do stosowania przepisów prawa, zaś sądy do badania poprawności
    realizowania tego procesu (por. wyrok WSA w Gdańsku z 8 lipca 2014 r., I SA/Gd 538/14;
    wyrok NSA z 25 lutego 2014 r. sygn. akt II FSK 94/12).
    Nie mogą Państwo tym samym prowadzić jednej wspólnej ewidencji dla działalności
    gospodarczej prowadzonej jednocześnie w ramach posiadanego Zezwolenia nr 2, oraz w
    oparciu o planowaną do otrzymania w przyszłości decyzję o wsparciu.
    Zauważam, że w sytuacji, gdy przedsiębiorca (podatnik) posiada zezwolenie na
    prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej oraz
    decyzję o wsparciu nowej inwestycji, dochody osiągnięte z tych dwóch źródeł zwolnionych
    z opodatkowania nie podlegają łączeniu. Dla właściwego zastosowania ww. art. 13 ust. 6
    ustawy o WNI (odniesienia kwoty pomocy publicznej wykorzystanej w roku podatkowym
    do limitu określonego w danym zezwoleniu/decyzji) należy zsumować wykorzystaną w
    danym roku podatkowym pomoc publiczną z nowej inwestycji z pomocą publiczną z
    działalności w SSE - tak ustaloną sumę należy uwzględnić w dostępnym limicie pomocy
    publicznej (str. 21, akapit 33 objaśnień).
    Zatem, Państwa stanowisko w zakresie ustalenia, czy w sytuacji, w której decyzja o
    wsparciu zostanie wydana przed wykorzystaniem całego limitu pomocy publicznej
    dostępnej w ramach Zezwolenia 2, Spółka będzie mogła korzystać ze zwolnienia z
    opodatkowania dochodu osiągniętego z działalności gospodarczej prowadzonej w SSE
    określonej w Zezwoleniu 1 i Zezwoleniu 2 oraz z działalności gospodarczej osiągniętej z
    realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, a co za tym idzie, uzyskiwane
    przez Spółkę zwolnienie z CIT (zarówno dochodów z działalności gospodarczej
    prowadzonej w SSE w oparciu o Zezwolenie 1 i Zezwolenie 2 oraz dochodów z działalności
    gospodarczej prowadzonej osiągniętej z realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o
    wsparciu) będzie mogło w pierwszej kolejności być rozliczane w ramach Zezwolenia 2 do
    wyczerpania limitu pomocy publicznej z niego wynikającej, jest nieprawidłowe.

## Dodatkowe informacje

Informacja o zakresie rozstrzygnięcia
    W zakresie pytania nr 2 zostanie wydane odrębne rozstrzygnięcie.
    Interpretacja dotyczy zdarzenia przyszłego, które Państwo przedstawili i stanu prawnego,
    który obowiązuje w dniu wydania interpretacji.
    Interpretacja indywidualna wywołuje skutki prawnopodatkowe tylko wtedy, gdy
    rzeczywisty stan faktyczny sprawy będącej przedmiotem interpretacji pokrywał się będzie
    z opisem zdarzenia przyszłego podanym przez Wnioskodawcę w złożonym wniosku. W
    związku z powyższym, w przypadku zmiany któregokolwiek elementu przedstawionego we
    wniosku opisu sprawy, udzielona odpowiedź traci swoją aktualność.

    W odniesieniu do przywołanych przez Państwa wyroków zaznaczam, że orzeczenia
    sądowe są wiążące jedynie w sprawach, w których zapadły. Natomiast Organ, mimo że w
    ocenie indywidualnych spraw podatników posiłkuje się wydanymi rozstrzygnięciami
    sądów i innych organów, to nie ma możliwości zastosowania ich wprost, ponieważ nie
    stanowią materialnego prawa podatkowego.
    Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji
    - Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k-14nb ustawy z
    dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 111).
    Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli Państwa sytuacja będzie
    zgodna (tożsama) z opisem stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego i zastosują się
    Państwo do interpretacji.
    - Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:
    Przepisów art. 14k-14n Ordynacji podatkowej nie stosuje się, jeśli stan faktyczny lub
    zdarzenie przyszłe będące przedmiotem interpretacji indywidualnej jest elementem
    czynności, które są przedmiotem decyzji wydanej:
    1) z zastosowaniem art. 119a;
    2) w związku z wystąpieniem nadużycia prawa, o którym mowa w art. 5 ust. 5 ustawy z
    dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług;
    3) z zastosowaniem środków ograniczających umowne korzyści.
    - Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:
    Przepisów art. 14k-14n nie stosuje się, jeżeli korzyść podatkowa, stwierdzona w decyzjach
    wymienionych w § 1, jest skutkiem zastosowania się do utrwalonej praktyki
    interpretacyjnej, interpretacji ogólnej lub objaśnień podatkowych.

## Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację

Mają Państwo prawo do zaskarżenia tej interpretacji indywidualnej do Wojewódzkiego
    Sądu Administracyjnego (...). Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje
    ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi
    (t. j. Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm.; dalej jako „PPSA”).
    Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę
    należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej
    (art. 53 § 1 PPSA):
    - w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa
      Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA), albo
    - w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres
      Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/wnioski albo /KIS/SkrytkaESP
      (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).
    Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia
    przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do
    zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz
    powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).

## Podstawa prawna dla wydania interpretacji

Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a oraz art. 14b § 1 ustawy z
    dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa.