cyanic-selkie/wikianc huggingface dataset:
Gia Long
Xưng vương ở Nam Bộ
nhỏ|phải|360px|Lược đồ một số địa danh ở Gia Định cuối [[thế kỷ XVIII xuất hiện trong bài viết. Bản đồ này chứa đựng hầu hết các địa danh ở miền nam Việt Nam và khu vực lân cận xuất hiện trong bài viết (riêng địa danh Long Xuyên thế kỷ XVIII nay là Cà Mau, Long Xuyên trong bản đồ này chỉ là địa danh từ cuối thế kỷ XIX khi thuộc Pháp).]] Năm 1778, khi Nguyễn Ánh được 17 tuổi, các tướng tôn ông làm Đại nguyên súy Nhiếp quốc chính. Ngay lập tức, vào tháng 2 năm 1778, Tây Sơn phái Tổng đốc Chu, Tư khấu Uy và Hộ giá Phạm Ngạn vào đánh Gia Định. Họ nhanh chóng đánh chiếm các vùng Trấn Biên, Phiên Trấn và một số khu vực ven biển. Nguyễn Ánh để Đỗ Thanh Nhơn giữ Gia Định rồi cùng Lê Văn Quân và Nguyễn Văn Hoằng đi đánh quân Tây Sơn ở khu vực Bến Lức. Tại Bến Lức, quân Nguyễn chặn được Tây Sơn rồi sau đó mở cuộc phản công, ngăn chặn và đẩy lùi được thủy binh Tây Sơn do Tư khấu Uy chỉ huy ở Bến Nghé rồi chiếm lại được Trấn Biên. Thủy binh của Phạm Ngạn thì bị Lê Văn Duyệt phá, buộc ông này phải rút về lại Quy Nhơn.
Suốt các năm 1778 và 1779, Nguyễn Ánh ra sức củng cố và mở mang Phiên An trấn (vùng Sài Gòn-Gia Định-Long An hiện giờ) với mục đích biến vùng này thành căn cứ địa chống Tây Sơn. Ông cho tổ chức phân chia hành chính đất Gia Định dưới sự cố vấn của Bá Đa Lộc, đặt quan coi giữ, đóng thuyền, trữ lương chuẩn bị, xây dựng chiến lũy phòng thủ và củng cố lực lượng thủy bộ. Trong đó Nguyễn Ánh đặc biệt quan tâm tới thủy binh: ngay sau khi vừa được tôn làm Đại Nguyên soái, ông liền cho đóng ngay 50 chiến hạm đầu nhọn gọi là Long Lâm Thuyền. Hai năm sau, tướng Đỗ Thanh Nhơn lại đưa ra sáng kiến đóng thủy sư hai bánh (thuyền hai lái) với một bánh lái dài đi biển và bánh lái tròn đi sông, phía dưới thuyền có gác sàn che phiên tre hai bên bảo vệ thủy binh chèo thuyền, phía trên là bộ binh xung kích. Đây được xem là một sáng kiến cho kỹ thuật đóng thuyền thời bấy giờ.
Đỗ Thanh Nhơn vì có nhiều công lớn nên được Nguyễn Ánh trọng đãi, nhưng lại có biểu hiện hung bạo, cậy công, lấn lướt quyền hành với Nguyễn Ánh, tạo thêm vây cánh thậm chí muốn giành quyền lực. Thấy vậy, tướng Tống Phúc Thiêm bèn bày mưu để giết Đỗ Thanh Nhơn. Tháng 3 năm 1781, Nguyễn Ánh cùng Tống Phúc Thiêm lập mưu giả bệnh, gọi Thanh Nhơn đến rồi sai võ sĩ giết chết. Đây là một việc gây nhiều tai hại cho Nguyễn Ánh: sau đó dù ông đã nhanh chóng đưa ra chính sách chia cắt để làm suy yếu quân Đông Sơn của Đỗ Thanh Nhơn nhưng họ vẫn phản lại Nguyễn Ánh. Nguyễn Ánh phải ra sức đánh dẹp mãi, trong việc đánh dẹp này Thống binh Tống Văn Phước đã tử trận.
Quan hệ với Chân Lạp và Xiêm La
Năm 1779, Chân Lạp xảy ra nội loạn do tranh giành ngôi vua, Nguyễn Ánh bèn sai Đỗ Thanh Nhơn, Hồ Văn Lân và Dương Công Trừng đi đánh Chân Lạp và giữ quân lại bảo hộ. Tháng 1 năm 1780, Nguyễn Ánh xưng vương, dùng theo niên hiệu Cảnh Hưng của nhà Lê và lấy ấn "Đại Việt quốc Nguyễn chúa Vĩnh Trấn chi bửu" làm ấn truyền quốc, phong cho Đỗ Thanh Nhơn chức Ngoại hữu, Phụ chính, Thượng tướng công. Cùng năm, người Miên ở Trà Vinh dưới sự chỉ huy của tù trưởng Ốc Nha lợi dụng tình hình nổi lên chống Nguyễn Ánh, ông sai Đỗ Thanh Nhơn và Dương Công Trừng đi đánh dẹp. Nguyễn Ánh ngoài ra còn cho đặt quan hệ ngoại giao với Xiêm La.
Tháng 10 âm lịch năm 1781, vua Xiêm La là Taksin sai hai anh em đại tướng Chakri (Chất Tri) và Surasi (Sô Si) chỉ huy quân sang đánh Chân Lạp. Nguyễn Ánh cho sai Nguyễn Hữu Thụy và Hồ Văn Lân mang quân sang cứu Chân Lạp. Khi quân Việt và quân Xiêm còn đang đánh nhau thì ở Xiêm La, vua Taksin, có lẽ bị rối loạn tâm thần, bắt giam vợ con hai tướng Chakri, ở Xiêm lại xảy ra loạn do tướng Phraya San (Phan Nha Văn Sản - Oan Sản) cầm đầu. Hai tướng Xiêm là Chất Tri và Sô si buộc phải thỏa hiệp với Nguyễn Hữu Thụy, thề cứu nhau trong lúc hoạn nạn, rồi rút quân về nước dẹp loạn Phan Nha Văn Sản và giết luôn Taksin. Chất Tri đoạt ngôi, xưng là vua Rama I của Xiêm La, mở đầu nhà Chakri. Chính biến ở Xiêm khiến quan hệ giữa Nguyễn Ánh và Xiêm La thay đổi: từ chỗ đối kháng trở thành đồng minh.
Thất thế trước Tây Sơn
nhỏ|200px|trái|Hình trang bìa tác phẩm [[Gia Long tẩu quốc của Tân Dân Tử (1875-1955) mô tả về quá trình Nguyễn Ánh bôn tẩu khắp chốn Nam Hà, điều này đã làm nảy sinh cụm từ "Gia Long tẩu quốc" (Gia Long bôn tẩu vì nước), về sau trở thành chủ đề văn học được viết thành tiểu thuyết, chuyển thể thành cải lương, được in chạm vào các sản phẩm gốm sứ ở miền Nam Việt Nam. ]] Đến thời điểm mùa hè năm 1781, quân đội của Nguyễn Ánh phát triển lên đến khoảng 3 vạn người với 80 chiến thuyền đi biển, trong đó có 3 thuyền lớn và 2 tàu đánh thuê Bồ Đào Nha do Giám mục Bá Đa Lộc giúp Nguyễn Ánh mời được. Có lực lượng khá mạnh, ông bèn tổ chức tấn công Tây Sơn đánh tới tận đất Phú Yên nhưng sau cùng phải rút chạy vì gặp lực lượng bộ binh rất mạnh của Tây Sơn. Tức giận vì tốn kém nhưng không thu được kết quả, quan lại Gia Định để cho một người phụ việc của Bá Đa Lộc là cai cơ Manuel lập mưu giết chết các tay lính đánh thuê Bồ Đào Nha và cướp tàu của họ.
Tháng 3 năm 1782, vua Tây Sơn là Thái Đức đế Nguyễn Nhạc cùng em trai là Nguyễn Huệ mang quân thủy bộ Nam tiến. Tây Sơn đụng trận dữ dội ở sông Ngã Bảy và cửa biển Cần Giờ với quân Nguyễn do chính Nguyễn Ánh chỉ huy. Dù lực lượng thuyền của Tây Sơn yếu hơn, nhưng nhờ lòng can đảm, họ đã phá tan quân Nguyễn đồng thời buộc Manuel tự sát, tuy vậy quân Tây Sơn cũng thiệt hại khá nhiều binh lực. Nguyễn Ánh thất trận bỏ chạy về Ba Giồng, rồi có khi trốn sang tận rừng Romdoul, Chân Lạp (rừng Romdoul là khoảng khu vực phía bắc tỉnh Svay Rieng). Tây Sơn đuổi theo vào cuối tháng 4 âm lịch, bắt vua quan Chân Lạp là Ang Eng hàng phục và buộc tất cả những người Việt ở đấy phải về nước nhưng Nguyễn Ánh lại trốn kịp. Tướng Tống Phước Thiêm bị quân Đông Sơn bắt giết.
Vua Thái Đức khi chiếm lại Nam Bộ thì gặp phải sự chống đối mạnh của người Hoa, ủng hộ Nguyễn Ánh tại đây. Tháng 4 âm lịch năm 1782, tiết chế dinh Bình Thuận là Tôn Thất Dụ đem Tả chi Trần Xuân Trạch, thuộc tướng là Trần Văn Tự, và thuộc tướng đạo Hòa Nghĩa là Trần Công Chương vào cứu viện Nguyễn Ánh. Quân Nguyễn Ánh giết được Hộ giá Tây Sơn là Phạm Ngạn ở cầu Tham Lương. Đô đốc Phạm Ngạn, người vốn rất thân thiết với Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ, tử trận và đồng thời binh lính Tây Sơn thương vong nhiều trong khi đánh dẹp. Hay tin, Nguyễn Nhạc rất đau đớn và cho rằng người Hoa có tham gia trong đội quân Hòa Nghĩa giết Phạm Ngạn. Để trả thù, ông tiến hành tàn sát hơn một vạn người Hoa ở vùng Gia Định và tàn phá nặng nề vùng Cù lao Phố. Vụ tàn sát này cộng với vụ tương tự trước kia Tây Sơn thực hiện ở Hội An khiến cho cộng đồng người Hoa giàu có, vốn dĩ trước đã có cảm tình nhiều hơn với Nguyễn Ánh, nay quay sang ủng hộ Nguyễn Ánh hết lòng cho đến hết cuộc chiến, khiến cho ông có được một nguồn lực kinh tế rất lớn. Ngoài ra, việc này còn cản chân Tây Sơn trong việc truy bắt Nguyễn Ánh, khiến cho Nguyễn Ánh có cơ hội quay trở về Giồng Lữ (Lữ Phụ). Một đô đốc Tây Sơn là Nguyễn Học đem quân đuổi theo Ánh bị quân Nguyễn bắt giết khiến cho Nguyễn Ánh thu giữ được 80 thuyền của Tây Sơn. Nguyễn Ánh thấy vậy định kéo về chiếm lại Gia Định nhưng gặp Nguyễn Huệ dàn binh quay lưng ra sông đánh bại khiến Nguyễn Ánh phải bỏ chạy, Lưu thủ Thăng và Tiên phong Túy đón Nguyễn Ánh về miền Hậu Giang.
Nguyễn Ánh sai Nguyễn Hữu Thụy, Trần Xuân Trạch cùng Cai cơ Cao Phước Trí mượn đường Chân Lạp sang Xiêm La cầu viện nhưng quân Chân Lạp lại hợp tác với Tây Sơn, giết các tướng của Nguyễn Ánh. Nguyễn Ánh lui về Rạch Giá, Chân Lạp lại cho 30 chiến thuyền vây đánh đến Sơn Chiết, Tiên phong Túy chặn được quân Chân Lạp. Nguyễn Ánh lại rút tiếp ra Hà Tiên rồi theo thuyền nhỏ trốn ra Phú Quốc.
Tháng 5 âm lịch năm 1782, nhận thấy Nguyễn Ánh đã hết sức phản kháng, anh em Tây Sơn rút quân về Quy Nhơn, để lại hai hàng tướng của quân Đông Sơn là Đỗ Nhàn Trập và Hộ bộ Lãnh (hoặc Bá) lãnh 3.000 quân đóng ở đồn Bến Nghé để trấn giữ Gia Định. Châu Văn Tiếp, một tướng trước đây từng theo Tây Sơn, cùng Nguyễn Phước Mân (Tôn Thất Mân) lại từ Bình Thuận mang quân vào đánh chiếm được Gia Định và đón Nguyễn Ánh trở về. Quân Tây Sơn do Đỗ Nhàn Trập chỉ huy rút chạy về Quy Nhơn. Ngay lập tức Nguyễn Ánh tìm cách tổ chức lại Gia Định nhưng quân của ông rất yếu ớt vì các thất bại trước, buộc ông phải sai sứ là Lê Phước Điển và Lê Phước Bình sang Xiêm kết giao trước để đề phòng Tây Sơn, đồng thời ủy thác cho Bá Đa Lộc chuẩn bị trước thuyền bè để khi Tây Sơn đến có đường mà đi. Sau đó, Nguyễn Ánh cho các tướng lập các đồn binh trên sông Vàm Cỏ và Gia Định để tăng sức phòng thủ trước Tây Sơn.
Tháng 4 âm lịch, Nguyễn Ánh sai Nguyễn Kim Phẩm làm tiên phong và Nguyễn Huỳnh Đức chỉ huy một đạo quân người Chân Lạp làm hậu ứng, tập hợp cùng các tướng Tôn Thất Dụ, Nguyễn Đình Huyên, Lại bộ Hồ Đồng, Binh bộ Minh, Tham nghị Trần Đại Thể, Tham mưu Trần Đại Huề (con Đại Thể), Hoảng làm Tả chi, Nguyễn Văn Quý làm Hữu chi, quay về đóng quân ở Đồng Tuyên. Nguyễn Huệ hay tin, kéo quân đánh phá Đồng Tuyên, quân Nguyễn Ánh thua to. Trong trận này, Đồng bị Tây Sơn bắt, còn Minh, Quý, Thuyên và Huề đều chết. Riêng Nguyễn Ánh chạy về sông Lật Giang (nay là đoạn sông Vàm Cỏ Đông ngang Bến Lức) dưới sự truy sát của Tây Sơn, tới khúc sông gặp nước chảy mạnh, nhiều tùy tùng chết đuối, còn Nguyễn Ánh nhờ biết bơi nên bơi qua được. Chạy đến sông Đăng Giang, sông có nhiều cá sấu, không thể bơi qua được, may lúc ấy có con trâu nước đang nằm bên bờ, Nguyễn Ánh cưỡi trâu sang sông. Qua được sông, Nguyễn Ánh đi Mỹ Tho và dong thuyền đem theo mẹ và vợ con ra đảo Phú Quốc.
Cùng lúc, Nguyễn Ánh sai Tôn Thất Cốc và tướng quân Hòa Nghĩa là Trần Đĩnh trở về cửa biển Cần Giờ dò xét quân Tây Sơn. Vì Cốc có mâu thuẫn nên giết Đĩnh. Việc này khiến hai thuộc hạ người Hoa của Đĩnh là Tổng binh Trần Hưng và Lâm Húc nổi dậy chiếm giữ Hà Tiên và chống Nguyễn Ánh. Nguyễn Ánh sai Nguyễn Kim Phẩm lấy lại Hà Tiên và cho Thái trưởng công chúa là Ngọc Đảo (con gái thứ bảy của chúa Nguyễn Phúc Khoát, gả cho Trương Phước Nhạc là Cai cơ thuyền Nghi Giang) lo việc quân nhu. Trần Hưng dẫn quân đánh úp, giết chết Phẩm và công chúa. Nguyễn Ánh tức giận, tự mang quân đến đánh, phe Hưng thua chạy. Tướng Xiêm là Vinh Li Ma ở đảo Cổ Long mang hơn chục chiến thuyền và 200 quân tới Hà Tiên theo Nguyễn Ánh. Có quân binh trong tay, Nguyễn Ánh cho tổ chức tầm 2-3 đợt cướp vùng Hà Tiên để kiếm khí giới và lương thực cho binh lính, nhưng cũng chính các hoạt động này khiến cho nơi trú ẩn của Nguyễn Ánh bị lộ.
Tháng 6 âm lịch, khi Nguyễn Ánh lui ra đóng ở tại đảo Điệp Thạch (hòn Đá Chồng) thuộc Phú Quốc thì một thống suất của quân Tây Sơn là Phan Tuấn Thuận bất ngờ kéo quân ra truy kích, tình thế bức bách khiến tướng Lê Phước Điển phải dùng kế hy sinh. Ông này mặc áo ngự đóng giả Nguyễn Ánh khiến Tây Sơn bắt nhầm. Nguyễn Ánh đi thuyền khác thoát chạy ra được đảo Côn Lôn trong khi các thuộc tướng khác đều bị Tây Sơn bắt và giết sau khi dụ hàng không được.
Tháng 7 âm lịch, dò biết được Ánh đang đóng ở ngoài đảo (là đảo nào thì sử liệu chép khác nhau: Huỳnh Minh ghi rằng Phú Quốc, Tạ Chí Đại Trường cho là Cổ Long còn Thực lục thì lại chép là Côn Lôn ), Nguyễn Huệ sai phò mã Trương Văn Đa của Tây Sơn kéo quân vây đánh 3 vòng trùng trùng điệp điệp. Nhưng lúc này bất ngờ có bão biển, mây mù kín mít, các thuyền Tây Sơn phải giãn ra và một số bị đánh đắm. Nguyễn Ánh thừa cơ lên thuyền trốn và sau bảy ngày đêm lênh đênh trên biển, ông quay ra hòn Cổ Cốt rồi lại về Phú Quốc. Thời gian này, vì thiếu lương thực binh sĩ Nguyễn Ánh phải đi hái cỏ, tìm củ mà ăn. Có người đàn bà buôn bán ở Hà Tiên tên là Thị Uyển chở một thuyền gạo đến dâng. Thuyền Nguyễn Ánh gặp gió, buồm và cột buồm bị hỏng, lại có thuyền buôn đem lá buồm đến dâng.
Chính trong thời gian này, với những khó khăn gặp phải và mối quan hệ của Nguyễn Ánh với Bá Đa Lộc ngày càng thắt chặt, hình ảnh nước Pháp ngày càng lớn dần trong tâm trí của Nguyễn Ánh, kèm theo đó là lời bày của Bá Đa Lộc khiến Nguyễn Ánh bắt đầu nảy sinh ý định cầu viện Pháp. Hay tin Bá Đa Lộc đang ở Chan Bô (Chanthaburi, Xiêm La), Nguyễn Ánh mời đến Phú Quốc và nhờ ông này làm sứ giả nhằm nhờ nước Pháp mang quân sang giúp. Nguyễn Ánh giao cho Bá Đa Lộc một tờ quốc thư 14 khoản cầu viện Pháp và cả quốc ấn để vị Giám mục này được toàn quyền thay mặt Nguyễn Ánh sang Pháp cầu viện triều đình vua Louis XVI. Đi kèm với Bá Đa Lộc là con cả của Nguyễn Ánh là Nguyễn Phúc Cảnh (để làm con tin) và Phó vệ úy Phạm Văn Nhân và Cai cơ Nguyễn Văn Liêm. Bá Đa Lộc đưa Nguyễn Phúc Cảnh đi rồi, Nguyễn Ánh cũng từ biệt gia đình đi nơi khác.
Nguyễn Ánh vẫn tiếp tục tìm cách quay lại Gia Định qua cửa biển Ma Ly (một cửa biển xưa thuộc Bình Thuận ngày nay ), Tây Sơn nghe tin liền đưa hơn 20 chiến thuyền đuổi bắt khiến ông phải giăng bồm chạy sang hướng đông, lênh đênh hơn 7 ngày đêm mới thoát được về Phú Quốc. Sau đó, Nguyễn Ánh cùng Cai cơ Võ Văn Chính quay về khu vực Long Xuyên (nay là Cà Mau) tập hợp quân đợi sẵn. Thuyền Nguyễn Ánh về tới cửa biển Đốc Công (sông Ông Đốc) bắt giết được tướng Tây Sơn là Quản Nguyệt. Việc này đánh động tới quân Tây Sơn, tháng 8 âm lịch năm đó, Lưu thủ Tây Sơn là Nguyễn Hóa đem 50 chiến thuyền ngầm phục kích Nguyễn Ánh ở của biển Đốc Công. Quân Nguyễn Ánh bắt được một chiến thuyền Tây Sơn và hay tin, vội chạy nhanh ra biển, Hóa đuổi theo không kịp. Lúc này anh em Nguyễn Huệ và Nguyễn Lữ đã về Quy Nhơn, để Gia Định lại cho Trương Văn Đa và Chưởng tiền Bảo giữ. Nguyễn Ánh chạy ra hòn Chông, rồi sang đảo Thổ Châu.
Cầu viện Xiêm La
Khi Bá Đa Lộc chưa kịp đi vì trái mùa gió thì Nguyễn Ánh liên tiếp gặp những thất bại trước quân Tây Sơn, do đó ông có ý chuyển sang cầu viện Xiêm La. Nguyên trước đó, khi Nguyễn Ánh còn phải lênh đênh trốn chạy, một tướng thân tín của ông là Châu Văn Tiếp chạy thẳng qua Xiêm cầu cứu.
Tháng giêng âm lịch năm 1784, Chưởng cơ Hồ Văn Lân đem quân sở bộ tiến đến đồn Tinh Phụ. Tôn Thất Hội nghe tin có viện binh đến, trổ vòng vây mà ra, thẳng tới sông Tân Hòa, hợp với quân Lê Văn Quân. Phò mã Tây Sơn là Trương Văn Đa đuổi đánh. Các tướng của Nguyễn Ánh thua chạy và tan rã, còn Lê Văn Quân chạy sang Xiêm.
Đến tháng 2 âm lịch năm Giáp Thìn (tháng 5 năm 1784), vua Xiêm La là Rama I cho tướng Thát Xỉ Đa đem thuyền sang Hà Tiên đón Nguyễn Ánh. Nguyễn Ánh, trước đó nhận được thư của Châu Văn Tiếp, tới Long Xuyên hội kiến tướng Xiêm rồi cùng 30 viên quan và mấy chục tướng sĩ theo sang Xiêm La hội kiến vua Xiêm tại Vọng Các (Bangkok) vào tháng 3 năm 1784 mà không màng việc thân tướng là Nguyễn Văn Thành hết sức can ngăn việc cầu viện nước ngoài.
Trước khi đi Xiêm, Nguyễn Ánh cho người đưa mẹ và vợ sang đảo Thổ Châu. Các thuộc hạ cùng đi sang Xiêm với Nguyễn Ánh là Tôn Thất Hội, Trương Phước Giáo, Hồ Văn Bôi, Lưu Văn Trung, Nguyễn Văn Trị, Nguyễn Văn Huấn, Trần Văn Xạ, Nguyễn Văn Tồn (người Khmer),  Bùi Văn Khoan, Lê Thượng và Nội trù Nguyễn Văn Hội, hơn 30 người, quân theo cũng vài mươi người.
Tháng 3 âm lịch, Nguyễn Ánh tới Vọng Các. Vua Xiêm Rama I vốn từng giao ước với tướng Nguyễn Hữu Thụy của Nguyễn Ánh trước đây ở Chân Lạp và lại cũng đang e ngại sự lớn mạnh của Tây Sơn có thể tranh giành ảnh hưởng với Xiêm ở Lào và Chân Lạp, nên đồng ý giúp Nguyễn Ánh để phân tán lực lượng Tây Sơn. Ngoài ra, Nguyễn Ánh cũng trọng dụng con cháu còn sống sót ở Xiêm của Mạc Thiên Tứ, nhất là Mạc Tử Sinh.
Tháng 6, Nguyễn Ánh về đánh Gia Định. Vua Xiêm cử hai tướng là Chiêu Tăng, Chiêu Sương đem 2 vạn quân thủy cùng 300 chiến thuyền sang giúp. Ngoài ra còn có 3 vạn quân bộ tiến sang Chân Lạp với danh nghĩa giúp vua Chân Lạp, thực chất với ý đồ tạo gọng kìm phía Tây, chờ cơ hội tiêu diệt quân Tây Sơn. Tháng 7, liên quân Nguyễn Ánh - Xiêm La đánh bại đô đốc Tây Sơn là Nguyễn Hóa ở sông Trấn Giang, lấy được Rạch Giá, Ba Thắc, Trà Ôn, Mân Thít, Sa Đéc. Nguyễn Ánh cho Mạc Tử Sinh làm Tham tướng giữ Hà Tiên.
Tháng 10, Châu Văn Tiếp tử trận khi đánh nhau với quân Tây Sơn của Chưởng tiền Bảo tại Mân Thít. Lại thêm trong thế tiến quân nhanh chóng, quân Xiêm ỷ thế làm đủ điều tàn bạo với dân chúng khiến cho Nguyễn Ánh rất thất vọng. Tháng 11, Lê Văn Quân làm Khâm sai Tổng nhung Chưởng cơ, quân Nguyễn Ánh chiếm các đồn Ba Lai, Trà Tân. Thái giám Lê Văn Duyệt đến hội quân với Nguyễn Ánh. Tham tướng Mạc Tử Sinh giữ Trấn Giang, Tham tán Nguyễn Thừa Diễn giữ Bình Áo (Vũng Bèo). Riêng về phía Tây Sơn thì tướng trấn thủ Gia Định là phò mã Trương Văn Đa thấy quân Xiêm thế lực mạnh, bèn cố thủ tại Gia Định và sai người về Quy Nhơn báo. nhỏ|250x250px|phải|Vũ khí quân Xiêm bỏ lại sau trận Rạch Gầm-Xoài Mút. Càng tiến vào sâu thì mâu thuẫn giữa quân Nguyễn, quân Xiêm và nhân dân Việt càng trở nên sâu sắc. Quân Xiêm cậy mình là kẻ có ơn cứu giúp Nguyễn Ánh nên đàn áp, cướp bóc nhân dân, khinh mạn cả Nguyễn Ánh và quân Nguyễn. Bởi vậy, trong thư đề ngày 25 tháng 1 năm 1785, Nguyễn Ánh đã than phiền với giáo sĩ J. Liot rằng: Nay thì Xiêm binh tự do cướp giật, cưỡng hiếp phụ nữ, cướp bóc tài sản, giết bừa không tha già trẻ. Vậy nên, "giặc" Tây Sơn ngày một mạnh, thế quân Xiêm ngày một suy.
Tháng 12, Nguyễn Nhạc sai Long Nhương tướng quân Nguyễn Huệ đem quân vào đánh. Quân Tây Sơn đánh thắng lẫy lừng trong trận Rạch Gầm – Xoài Mút. Chỉ một trận quyết chiến diễn ra không đầy một ngày đã tiêu diệt gần 2 vạn quân Xiêm cùng mấy ngàn quân Nguyễn Ánh, chỉ sót vài nghìn người chạy theo đường thượng đạo trốn về nước. Từ sau vụ việc này, Nguyễn Ánh không còn trông mong gì vào Xiêm nữa vì "họ (Xiêm La) sợ quân Tây Sơn như sợ cọp".
Trong tập Kỷ yếu Hội nghị khoa học lịch sử nhân kỷ niệm 200 năm ngày chiến thắng Rạch Gầm – Xoài Mút tại Tiền Giang vào tháng 12-1984, trong đó bài tham luận của nhà sử học Phan Huy Lê đánh giá, nhận xét như sau: Các tướng Chiêu Tăng và Chiêu Sương chạy theo đường núi Chân Lạp mà về Xiêm. Nguyễn Ánh cùng Lê Văn Duyệt trốn đi Trấn Giang với vài chục người. Nguyễn Ánh sai Mạc Tử Sinh và Cai cơ Trung (cậu Châu Văn Tiếp) sang Xiêm trước báo tin, còn mình thì theo đường thủy qua đảo Thổ Châu rồi về Cổ Cốt với một nhóm nhỏ quân tướng. Thời gian này, cuộc sống của Nguyễn Ánh khốn khổ đến mức Nguyễn Văn Thành phải đi làm ăn cướp nuôi chủ và bị đánh suýt mất mạng.
Tháng 3 âm lịch năm 1785, quân Tây Sơn đuổi tới đảo Thổ Châu, Nguyễn Ánh chạy sang đảo Cổ Cốt, Cai cơ tên Trung đem binh Xiêm đến đưa Nguyễn Ánh về Vọng Các, Xiêm La. Tháng 4 âm lịch năm 1785, Nguyễn Ánh tới Xiêm, được vua Xiêm cho trú tại khu vực Samsen và Bangpho (trong tiếng Việt gọi là Đồng Khoai hoặc Long Kỳ, hiện nay đều thuộc nội thành Bangkok), tháng 5, Lê Văn Quân mang hơn 600 quân sang Xiêm hội quân với Nguyễn Ánh. Binh tướng từ Gia Định nghe tin kéo sang và lực lượng của ông tụ tập lại được khoảng 1000 người. Khi ở Xiêm, người Xiêm gọi Nguyễn Ánh là Ong Chiang Su (องเชียงสือ, Chiang Sue) tức Ông Thượng Sư, sau này nhiều tài liệu khác của Thái Lan cũng hay đề cập tới Nguyễn Ánh với tên này.
Lưu vong ở Xiêm
nhỏ|trái|150px|Chân dung Bá Đa Lộc. Sau một năm chuẩn bị, tháng 12 năm 1784 Giám mục Bá Đa Lộc cùng Nguyễn Phúc Cảnh và phái đoàn đem quốc thư của Nguyễn Ánh xuống thuyền đi Malacca rồi sang Pondichéry ở Ấn Độ (thuộc Pháp), còn Nguyễn Ánh đưa mẹ và vợ sang trú ở Long Kì (hay Đồng Khoai, Vọng Các).
Với số binh tướng từ Đại Việt mà Nguyễn Ánh thu nhặt được, ông cho tổ chức lại binh tướng trên đất Xiêm rồi lâu lâu cho quân đột kích về Gia Định. Tháng 2 năm 1786, Nguyễn Ánh cùng tướng Lê Văn Quân và Nguyễn Văn Thành giúp vua Xiêm Rama I đánh quân Miến Điện ở đất Sài Nặc. Vua Xiêm cảm tạ, định lại cho mượn quân sang đánh lấy lại Gia Định nhưng Nguyễn Văn Thành can ngăn nên Nguyễn Ánh từ chối. Tháng 3 năm 1786, Lê Văn Quân lại giúp Xiêm đánh quân hải tặc Mã Lai, nên Xiêm La rất hậu đãi.
Đầu năm 1787, có người Bồ Đào Nha tên Ăn Tôn Nui đến gặp Nguyễn Ánh dâng quốc thư và nói rằng Hoàng tử Cảnh có nhờ nước Bồ Đào Nha giúp, đã chuẩn bị được 56 tàu chiến ở Goa, mời Nguyễn Ánh sang đất thuộc địa của Bồ Đào Nha. Nguyễn Ánh có cử sứ giả đi thăm dò nhưng do thấy vua Xiêm không hài lòng nên rốt cục không hợp tác.
Cầu viện Pháp
240px|nhỏ|trái|Phần chữ ký trên [[Hiệp ước Versailles (1787)|Hiệp ước Versailles năm 1787.]]
Về Bá Đa Lộc, do một số vấn đề rắc rối tại Pondichéry, mãi đến tháng 2 năm 1787 Bá Đa Lộc và Nguyễn Phúc Cảnh mới tới hải cảng Lorient ở Pháp và mất một thời gian vận động, đầu tháng 5 năm 1787 họ mới được gặp vua Louis XVI. Ngày 28 tháng 11 năm 1787, tại cung điện Versailles, Bá Đa Lộc với tư cách là đại diện của Nguyễn Ánh đã ký với Thượng thư Bộ Ngoại giao Pháp là Armand Marc một bản hiệp ước "Tương trợ tấn công và phòng thủ" (thường gọi là Hiệp ước Versailles). Hiệp ước này gồm có 10 khoản, nội dung chính là về việc vua Pháp cam kết cung cấp cho Nguyễn Ánh 4 chiếc tàu chiến loại frégaté cùng 1.200 bộ binh, 200 pháo binh và 250 lính Cafres (lính da đen châu Phi) và các phương tiện trang bị vũ khí tương ứng; ngược lại Nguyễn Ánh chấp thuận nhường cửa biển Đà Nẵng và quần đảo Côn Lôn cho Pháp, cho phép người Pháp được quyền tự do buôn bán và kiểm soát thương mại của người nước ngoài ở Việt Nam, mỗi năm sẽ đóng trả cho Pháp một chiếc tàu giống với loại tàu Pháp viện trợ đồng thời cung cấp lương thực và quân nhu thiết yếu cho Pháp khi Pháp có chiến tranh với một nước khác ở khu vực Viễn Đông.
Các sử gia về sau cho rằng tuy là ký kết dưới danh nghĩa Nguyễn Ánh, nhưng người chịu trách nhiệm về việc soạn ra các điều khoản đặc biệt có lợi cho phía Pháp trong hiệp ước này có thể là Giám mục Bá Đa Lộc chứ không phải là chính bản thân Nguyễn Ánh; nếu không có lệnh đình chỉ việc thực thi điều ước thì khi trao đổi văn kiện chưa chắc Nguyễn Ánh đã chịu chấp nhận một hiệp ước bất bình đẳng như thế này. Nhưng dù như thế nào, Hiệp ước Versailles năm 1787 đã không thành hiện thực (do cuộc Cách mạng Pháp năm 1789 đã lật đổ Hoàng gia Pháp).
Tuy nhiên Hiệp ước Versailles vẫn trở thành một di họa đối với Việt Nam. Về sau, Pháp đã dựa vào hiệp ước này để làm cớ yêu cầu nhà Nguyễn cắt đất, và sau đó xâm lược Việt Nam vào năm 1858. Giáo sư Trần Văn Giàu nhận xét:
Sau này tác giả Faure chép truyện Bá Đa Lộc, có nuối tiếc rằng nếu Hiệp ước được Pháp thực hiện thì quân Pháp có thể chiếm được Việt Nam sớm hơn mấy chục năm:
Chiếm lại Gia Định
nhỏ|240px|[[Miếu Gia Long ở khu vực Nước Xoáy, nơi ông đóng quân sau khi về lại Nam Hà từ Xiêm La.]]
Sau 3 năm lưu vong ở Xiêm, Nguyễn Ánh thấy vua Xiêm Rama I ngày càng tỏ ra không vừa lòng vì lực lượng quân Nguyễn trở nên quá mạnh, ông viết thư cảm ơn rồi ban đêm lặng lẽ trở về vùng Gia Định. Ngoài ra, cũng do khi này nội bộ Tây Sơn xảy ra tranh chấp giữa anh em Nguyễn Nhạc - Nguyễn Huệ khiến việc phòng bị ở Gia Định bị lỏng lẻo.
Theo John Crawfurd, vua Rama I chỉ giúp Nguyễn Ánh một ít quân, mà số quân Xiêm này lại tham tàn, gây hại cho đồng minh hơn là kẻ thù. Chưa kể, vua Xiêm đã lấy một người cháu gái của Nguyễn Ánh làm thiếp, nay lại muốn hoàng tử Cảnh làm phò mã nước Xiêm. Nguyễn Ánh khước từ chuyện thông gia đó và lẻn bỏ về Phú Quốc trong đêm. Người cháu gái của Nguyễn Ánh, làm thiếp vua Xiêm, là công nữ Nguyễn Phúc Ngọc Thông. Ngọc Thông là con gái Tôn Thất Xuân, trước theo Xuân trốn sang Xiêm, rồi Xuân bị vua Taksin giết; Ngọc Thông sau gả cho vua mới là Rama I.
Tháng 7 âm lịch năm 1787, nhân lúc nửa đêm, Nguyễn Ánh cùng gia quyến lên thuyền bỏ về hòn Tre (Trúc Dữ). Sau đó Nguyễn Ánh đi sang đảo Cổ Cốt rồi cho mẹ và vợ con ở đảo Phú Quốc. Nguyễn Ánh đi tiếp và chiếm đất Long Xuyên (Cà Mau). Tháng 9, Nguyễn Ánh tiến đến cửa biển Cần Giờ.
Trong lúc Nguyễn Huệ bận đối phó với quân Thanh tại Bắc Hà (1788-1789), vùng Gia Định dưới quyền Tây Sơn cũng không ổn định, quân Tây Sơn bị cô lập trước dân chúng địa phương vốn có nhiều cảm tình với Chúa Nguyễn nói chung và Nguyễn Ánh nói riêng. Tướng Tây Sơn giữ Long Xuyên là Chưởng cơ Nguyễn Văn Trương hàng quân Nguyễn. Nguyễn Ánh đồng thời lại thu nhận được nhiều binh lính ở địa phương; sau đó ông bèn bắt đầu tổ chức tấn công Tây Sơn.
Theo Tạ Chí Đại Trường thì Đông Định vương Nguyễn Lữ nghe tin Nguyễn Ánh trở về vội vã tránh đi nơi khác để Gia Định cho Phạm Văn Tham giữ. Sau đó khi thấy thế quân Nguyễn Ánh ngày càng mạnh, Nguyễn Lữ sợ hãi mang quân bản bộ rút chạy về Quy Nhơn. Theo Thực lục thì Nguyễn Lữ rút binh về Lạng Phụ (Biên Hòa) đắp lũy, Phạm Văn Tham ở lại giữ thành Sài Gòn, quân Nguyễn Ánh hạ thành không được. Nguyễn Ánh phải dùng kế ly gián Nguyễn Lữ và Phạm Văn Tham, Nguyễn Lữ mắc mưu rút về Quy Nhơn. Nguyễn Ánh đóng quân ở Hổ Châu (cù lao Hổ).
Mặc dù sau đó Phạm Văn Tham đã nỗ lực chống trả nhưng vì không nhận được viện binh, lại trúng mưu Nguyễn Ánh ly gián với Nguyễn Lữ và cuối cùng là cái chết vì bệnh của Nguyễn Lữ đã làm thế Tây Sơn ở Gia Định ngày càng yếu đi. Phạm Văn Tham vẫn cố đơn độc chiến đấu, nhiều lần đánh lui quân Nguyễn, có lần đã buộc Nguyễn Ánh và thuộc hạ phải chạy tới tận Cù lao Hổ (Hổ Châu). Tuy nhiên, ở sông Ba Việt, tướng Tây Sơn là Nguyễn Kế Nhuận mang 10 chiến thuyền đến hàng Nguyễn Ánh. Lê Văn Quân lại đánh thắng Tây Sơn ở sông Ba Lai rồi quân Nguyễn Ánh tiến chiếm Mỹ Tho. Nguyễn Ánh tìm cách củng cố thế đứng ngay khi chiếm được Mỹ Tho: ông cho thành lập các dinh trấn, cho các tướng quản lý, và tổ chức lại quân đội. Phạm Văn Tham tấn công Mỹ Tho, quân Nguyễn Ánh thua, chỉ còn hơn trăm người và vài chục chiến thuyền chạy về Hổ Châu. Nguyễn Ánh sai Nguyễn Văn Tồn chiêu dụ thêm người Khmer ở xứ Trà Ôn và Mân Thít để làm lính, gọi là đồn Xiêm binh (sau đổi thành đồn Uy Viễn).
Tháng 10 âm lịch năm 1787, Hồ Văn Lăn đánh Tây Sơn ở sông Lương Phú, Nguyễn Ánh kéo đến đóng quân ở sông Mỹ Lung. Phạm Văn Tham đến đánh Nguyễn Ánh không được, lui về đóng ở Ba Lai. Thái úy Tây Sơn là Nguyễn Văn Hưng từ Quy Nhơn mang hơn 30 chiến thuyền tới tiếp ứng cho Phạm Văn Tham. Phạm Văn Tham lại lui về đóng ở Mỹ Tho rồi về Sài Gòn.
Quân tướng theo Nguyễn Ánh ngày càng đông, Phạm Văn Tham vẫn cố chống cự để chờ viện binh, nhưng lúc đó Thái Đức Hoàng đế chỉ lo phòng bị người em Bắc Bình vương Nguyễn Huệ ở phía Bắc mà không đoái hoài đến việc cứu phía Nam.
Nguyễn Ánh đóng quân tại Nước Xoáy (Hồi Oa). Theo Huỳnh Minh, thời gian này ông cũng nhận được sự giúp đỡ mạnh mẽ hơn của người Pháp thông qua Giám mục Bá Đa Lộc. Tuy nhiên, theo Trần Trọng Kim và Đại Nam thực lục thì tới tháng 12 âm lịch năm 1787, Bá Đa Lộc mới cùng Hoàng tử Cảnh từ Pháp về nước, đến tháng 6 âm lịch năm 1789 mới đến Gia Định, khi đó đã thuộc hoàn toàn về tay Nguyễn Ánh.
Quân Tây Sơn ở Gia Định ngày càng thế cùng sức kiệt và không ngừng bị quân Nguyễn Ánh bao vây chia cắt, chiêu hàng tướng sĩ. Đến tháng 4 âm lịch năm 1788, Võ Tánh đem hơn 1 vạn quân theo Nguyễn Ánh. Nguyễn Ánh dời đồn đóng quân tới Bát Tiên (Vĩnh Long). Tháng 7, Nguyễn Ánh tiến quân đóng ở Ba Giồng. Tháng 8, Nguyễn Ánh từ Ba Giồng tiến đánh Gia Định, đến Nghị Giang thì bị Phạm Văn Tham dàn quân ở chợ Điều Khiển và chợ Khung Dung chống lại. Võ Tánh đánh vòng phía nam, thẳng vào Bến Nghé, Phạm Văn Tham rút qua cửa biển Cần Giờ bị Lê Văn Quân chặn đánh. Nguyễn Ánh lấy lại thành Gia Định và tổ chức lại công việc trong thành. Phạm Văn Tham rút ra cửa biển Hàm Luông rồi về Ba Xắc cố thủ. Đầu năm 1789, Phạm Văn Tham từ Ba Xắc định vượt biển về Quy Nhơn, Nguyễn Ánh cho Lê Văn Quân vây đánh ở Hổ Châu, Phạm Văn Tham phải trở lại Ba Xắc rồi sau đó đầu hàng Nguyễn Ánh. Tây Sơn lại mất Nam Hà, Nguyễn Ánh dẹp yên đất Gia Định. Đến tháng 9 năm 1789, Phạm Văn Tham bị giết.
Giúp đỡ của người Pháp
220px|nhỏ|phải|[[Jean-Marie Dayot (trái) và em trai Félix Dayot (phải). Dayot là một trong những người Pháp tình nguyện giúp Nguyễn Ánh từ đầu theo lời kêu gọi của Bá Đa Lộc, ông sau này chỉ huy hai tàu chiến châu Âu trong hải đội của Nguyễn Ánh, tham gia và có công lớn trong hai trận thủy chiến ở Thị Nại năm 1792 và năm 1793. ]] Ngày 27 tháng 12 năm 1787, Bá Đa Lộc cùng Nguyễn Phúc Cảnh rời Pháp và trở lại Pondichéry để đợi sự chi viện từ phía chính quyền Louis, nhưng ngày 14 tháng 7 năm 1789 các lực lượng dân chủ, cộng hòa Pháp đã làm cuộc cách mạng lật đổ vương triều Bourbon, thiết lập Đệ Nhất Cộng hòa, cộng thêm việc Bá tước nhận trách nhiệm chi viện là De Conway vốn có hiềm khích với Bá Đa Lộc đã tấu sàm, nước Pháp tỏ ra không muốn nhắc đến hiệp ước cũ nữa.
Chờ mãi không nhận được sự chi viện từ Bá tước De Conway, Giám mục Bá Đa Lộc đã tự quyên góp tiền từ các thương gia có ý định đặt cơ sở buôn bán ở Đại Việt cùng với số tiền 15.000 franc Pháp của gia đình mình cho, đem mua súng đạn và tàu chiến. Tháng 6 năm 1789, Bá Đa Lộc cùng Nguyễn Phúc Cảnh về đến Gia Định. Tiếp đó, các tàu buôn chở súng ống thuốc đạn cũng lục tục sang sau. Bấy giờ những người Pháp gồm Jean-Baptiste Chaigneau, Philippe Vannier, De Forcant, Olivier de Puymanel, Jean-Marie Dayot v.v.. cả thảy đến non 20 người theo Bá Đa Lộc sang gia nhập phe Nguyễn Ánh. Những người Pháp mà do Bá Đa Lộc chiêu mộ này ra sức giúp đỡ Nguyễn Ánh trong việc tiến hành du nhập kỹ nghệ, và xây dựng, sửa sang thành Gia Định, Vĩnh Long, Châu Đốc, Hà Tiên, Biên Hòa, Bà Rịa, huấn luyện cơ đội pháo thủ, tổ chức bộ binh và rèn luyện binh lính theo lối châu Âu, trung gian mua tàu chiến và vũ khí...
Việc Nguyễn Ánh ra sức củng cố Gia Định cộng thêm những sự giúp đỡ đó từ người Pháp đã giúp cho thế lực quân Nguyễn ngày càng mạnh, có thể đối đầu với Tây Sơn. Như sử gia Trần Trọng Kim có nhận xét: "Từ đó, thế lực của Nguyễn vương mỗi ngày một mạnh, tướng tá mỗi ngày một đông, lương thực nhiều, quân sĩ giỏi, việc đánh phá Tây Sơn đã chắc lắm rồi".
Các hoạt động giúp đỡ Nguyễn Ánh về mặt quân sự của Giám mục Bá Đa Lộc không phải là sự trợ giúp chính thức của chính phủ Pháp mà chỉ là hành động tự nguyện của một nhóm người theo sự vận động cá nhân của Giám mục. Thực tế này đã bị cuộc cách mạng 1789 ở Pháp biến thành một "sự nhập nhằng không rõ ràng" và những biến động liên tục của nước Pháp từ cuộc cách mạng này khiến hơn nửa thế kỷ sau nước Pháp luôn phải hoài nghi và nuôi hy vọng hão huyền về những quyền lợi tại Việt Nam mà họ nghĩ lý ra là họ phải được nhận. Chính phủ Pháp chỉ còn ghi nhớ hiệp ước 1787 về công cuộc trợ giúp của người Pháp đối với Nguyễn Ánh ở Việt Nam, ngoài ra không còn một bằng cớ xác đáng nào về vấn đề đó.
Tổ chức chính quyền và kinh tế
Khi vừa chiếm lại Gia Định, ông bắt đầu tổ chức lại chính quyền bằng cách lựa các viên tham mưu quân đội chuyển qua các bộ lập thành một triều đình, đồng thời cho tăng cường phát triển giáo dục, mở khoa thi, thu dùng các nhân sĩ người Việt và Minh Hương đã theo ông trước đó. Ngoài ra, nhiều sĩ phu lục tục ra giúp Nguyễn Ánh, trong đó nổi bật nhất là nhóm học trò của nhà nho Võ Trường Toản. Năm 1788, Nguyễn Ánh cho lập kho Bốn Trấn làm kho chung cho các trấn Phiên An, Biên Hòa, Vĩnh Thanh, và Định Tường để thu thuế và làm ngân quỹ cấp lương bổng cho quan lại. Đến tháng 6 năm 1789, ông đưa ra chính sách lấy sản xuất nông nghiệp làm trọng trên cơ sở số lớn đất đai phì nhiêu nhưng lại bị bỏ hoang nhiều vì cộng đồng di dân chưa định hình và chiến tranh liên miên ở vùng Gia Định. Nguyễn Ánh cho đặt nhóm quan điền toán gồm 12 người (một số vị nổi bật là Trịnh Hoài Đức, Lê Quang Định, Ngô Tòng Châu, Hoàng Minh Khánh) để đi bốn dinh miền Nam là Phiên Trấn, Trấn Biên, Trấn Vĩnh, Trấn Định đốc thúc nhân dân làm việc nông nghiệp, phàm ai lười biếng sẽ bị bắt sung quân. Ngoài ra, Nguyễn Ánh còn đề ra chính sách là nếu người hoặc nhóm người làm ruộng đất tốt thu trên 100 thùng lúa, còn ruộng đất xấu thu trên 70 thùng lúa thì sẽ được thưởng như sau: dân thường sẽ được miễn việc xâu (những việc quan lại cần nhân công địa phương làm như đào kênh, đắp thành) một năm; phủ binh thì sẽ được miễn đi đánh nhau một năm. Những người dân lậu (người không ở trong sổ bộ quản lý của địa phương) cũng có thể làm ruộng dưới sự quản lý của quan điền toán và được xem như là một người lính; nếu như họ thiếu vốn thì cũng có thể được cho vay trả sau. Từ tháng 10 năm 1790, binh lính cũng được huy động vào việc sản xuất nông nghiệp khi phép Ngụ binh ư nông được thi hành. Binh lính được khuyến khích cày cấy để tận dụng các mảnh đất bị bỏ hoang vì chiến tranh. Nhóm Trung Quân và các nhóm thủy quân được cử đến khai thác vùng Thảo Mộc Câu (sông Vàm Cỏ ngày nay) lập ra trại Đồn Điền dưới sự chỉ huy của Chánh cơ Nguyễn Bình. Trại này được nhà nước trợ cấp dụng cụ và giống cây, phần thu hoạch được sẽ sung vào kho công. Các quan địa phương khác cũng phải lập đội đồn điền và nộp thuế theo hạn mức 6 hộc lúa mỗi người trong đội; bất cứ ai tuyển được 10 người trở lên sẽ được làm quan quản trại và trừ tên trong sổ làng (tức là khỏi đi lính). Số lúa gạo thu được từ các đồn điền này được giữ trong một kho gọi là kho Tích Trữ (về sau đổi thành kho Đồn Điền hay Đồn Điền khố theo âm Hán-Việt).
Để có thêm lúa gạo phục vụ chiến tranh, Nguyễn Ánh cho đặt thêm thuế phụ ngoài thuế ruộng (thuế điền), một năm hai kỳ thu là thuế thị túc và thuế thị nạp. Mức thu như sau:
Tới năm 1791, Nguyễn Ánh cho đặt một lệ về việc khẩn hoang rằng 3 năm đầu từ ngày khẩn hoang sẽ miễn thuế. Ai muốn khẩn hoang phải nộp đơn trước 20 ngày, sau hạn này ruộng sẽ giao cho binh lính, dân chúng không được quyền tranh chấp nữa.
Các chính sách cải cách nông nghiệp này đã khiến việc sản xuất lúa gạo ở vùng Gia Định tăng cao và giúp rất lớn cho việc chiến tranh với Tây Sơn của Nguyễn Ánh. Thời gian này, ông có thể nuôi được một đội quân lên đến 30.000 lính và 1.200 thuyền chiến (ước tính năm 1800), cũng như đáp ứng nhu cầu quân nhu các lần ông đi đánh nhau với Tây Sơn ở Diên Khánh (năm 1795 và 1796) và Quy Nhơn (năm 1799) một cách "không hề thiếu thốn". Một chứng minh khác cho việc dư lúa gạo này là việc năm 1802 có nạn đói lớn ở Gia Định, Nguyễn Ánh lấy kho gạo quân ra phát cho dân và cho giảm thuế ruộng ở Gia Định. Cùng trong thời gian, khi nghe tin quân Thanh giúp Lê Chiêu Thống sang đánh Tây Sơn, Nguyễn Ánh từng sai Phạm Văn Trọng và Lâm Đồ mang thư và chở 50 vạn cân gạo ra giúp quân Thanh nhưng thuyền đi giữa đường bị đắm hết; cũng đồng thời bên Xiêm La có hạn hán, Nguyễn Ánh cho xuất 8.800 vuông gạo để giúp.
Ngoài gạo, chính quyền cũng chú trọng tới các mảng nông nghiệp khác, ví dụ như trầu cau dùng cho các dịp phong tục lễ tiết. Đặc biệt, Nguyễn Ánh rất quan tâm đến ngành trồng mía sản xuất đường vì đây là thứ hàng hóa quan trọng dùng để trao đổi buôn bán binh khí: ông đặt ra hạn định mỗi năm dân phải nộp 6000 kg đường, mặt khác cấp vốn cho dân sản xuất để rồi đến mùa cho thu mua hàng hóa với giá chợ. Chính sách này khiến cho sản lượng đường tăng lên trông thấy trong khi giá cả lại hạ xuống.
Từ khi quay trở lại Gia Định, Nguyễn Ánh cũng bắt đầu cho đưa các nhóm thợ thủ công ông đưa từ miền Trung Đại Việt vào. Năm 1791, Nguyễn Ánh quy hoạch lại nghề thủ công ở vùng Gia Định: ông cho quy hoạch ra 64 ty thủ công gồm đủ các loại ngành nghề được phân bố khắp các dinh. Khu vực Sài Gòn có sở Nhà Đồ gồm 22 ty trong đó có các ty thợ mộc, thợ sơn, thợ cưa (các ty này là cơ sở quan trọng cho Nguyễn Ánh phát triển thủy quân, ông đề ra chính sách đãi ngộ thợ trong các ty này như là lính chính thức, họ được ăn lương và miễn sưu thuế hằng năm; chỉ phải có lễ mừng cho các quan sở tại). Bên cạnh các ty, còn có tổ chức các đội chuyên trách phục vụ cho các ty và tổ chức gọi là "nậu" gồm dân thợ cùng nghề ở các vùng dân cư hẻo lánh, chưa nên thôn xóm. Đối với các "nậu", chính quyền chỉ kiểm tra và thu thuế và thành viên của các nậu chỉ phải trả thuế thân và nộp sản phẩm thay cho sưu dịch.
Việc mua bán với nước ngoài cũng được khuyến khích và kiểm soát chặt chẽ (nhất là đối với các mặt hàng có liên quan tới quân sự như kẽm, sắt, đồ đồng, diêm, lưu huỳnh, sắt, gang, chì đen ) để có thêm nguồn tài chính và binh khí. Tất cả đều phải do nhà nước mua bán và quản lý, ai mua bán lén hoặc quan lại nào không kiểm soát được đều bị tội phạt nặng. Từ trước khi Nguyễn Phúc Cảnh về, Nguyễn Ánh đã đưa ra chính sách mời gọi thuyền nhà Thanh vào buôn bán; hễ thuyền nào có chở các thứ đã kể trên thì quan lại ở Gia Định sẽ mua rồi thanh toán lại bằng gạo tùy theo số hàng ít hay nhiều. Ngoài ra, Nguyễn Ánh còn thường xuyên cho thuộc cấp đi qua các khu vực do thực dân phương Tây kiểm soát gần Việt Nam để mua binh khí, trong đó quân Nguyễn thường xuyên lui tới nhất là các khu vực lãnh thổ phía Tây như Batavia, Malacca, Transquebar.
Mặt khác, Nguyễn Ánh còn gặp khó khăn với cư dân bản địa của vùng Gia Định là người Khmer vì họ thường xuyên nổi dậy, ông phải cho 2 tướng người Khmer của mình (một người là Nguyễn Văn Tồn) về coi các vùng có số dân Khmer đông để thiết lập các khu vực tự trị, đề ra các chính sách và luật lệ hạn chế xung khắc với người Việt, việc tương tự cũng diễn ra ở khu vực Hà Tiên. Nguyễn Ánh còn cho xây dựng các lũy đất phòng ngừa các nhóm người Khmer nổi dậy như: lũy Trấn Di ở Ba Trắc và lũy Thanh Sơn ở Ba Lai. Nguyễn Ánh vẫn cho các quan chức người Khmer quản lý các khu vực có đông người Khmer sinh sống để trấn an họ, cụ thể như Già Tri Giáp coi phủ Ba Xắc, Ốc Nha Trích coi phủ Trà Vinh. Năm 1791, Nguyễn Ánh lệnh cho người Hoa ở Long Xuyên ai làm ruộng không có đồ dùng thì nhà nước cho vay, ai không làm ruộng thì phải đi phu dịch. Người Khmer và người Hoa ở phủ Ba Xắc và Trà Vinh được phép khai hoang đất nhưng phải nộp thuế. Ở Ba Xắc, cho Ốc Nha Lá làm quan phủ cai quản người Khmer, Lâm Ngũ Quan cai quản người Hoa. Ở Trà Vinh, Lư Việt Quan cai quản người Hoa. Đồng thời, Nguyễn Ánh cũng cấm dân Việt tranh giành đất của người Khmer ở Ba Xắc và Trà Vinh. Ngoài ra thì chính sách đối xử cũng giống người Việt: cũng phải nộp thuế, đi lính.
Bên cạnh đó, ông cũng cho kiểm tra dân số để tiện việc bắt lính và thu thuế, đưa ra các chính sách chống trộm cướp và gìn giữ an ninh; các hình thức tệ nạn như phù thủy, đổ bác, đồng bóng, hát xướng đều bị cấm. Đồng thời ông cũng đưa ra chính sách hạn chế nấu rượu để tiết kiệm gạo và cho thuộc quan tổ chức các hoạt động mua vui cho dân chúng.
Chính sách quân sự và ngoại giao
Tòa thành này bắt đầu được xây dựng vào năm 1789, do hai sĩ quan người Pháp là Theodore Lebrun và de Puymanel thiết kế với tổng nhân công xây dựng ước chừng 30.000 người. Việc xây dựng đã buộc quan lại Gia Định phải áp một mức thuế cao và các nhân công lao động bị ép phải làm việc tới mức cực hạn, khiến cho một cuộc nổi loạn đã nổ ra. Đến năm 1790, tòa thành hoàn tất với chu vi khoảng 4176 mét, xây theo kiểu Vauban, có ba mặt được sông nước che chở và có tên là Bát Quái. Sau đó, Nguyễn Ánh cho đặt Phiên An trấn thành Gia Định kinh (kinh thành hay thủ phủ Gia Định). Tòa thành Bát Quái này đã khiến cho Tây Sơn không bao giờ tìm cách chiếm lại Gia Định nữa, đem đến cho Nguyễn Ánh một lợi thế nhất định trước kẻ thù chính của ông. Nguyễn Ánh tỏ ra rất thích thú về mảng kỹ thuật xây thành quách của phương Tây, ông yêu cầu các sĩ quan Pháp đi về châu Âu để tìm và mang về cho ông các sách và nghiên cứu về chủ đề này.
Ở Cần Giờ, Đồng Tranh, Vũng Tàu, Nguyễn Ánh cho dựng các phong hỏa đài (các điểm cao đốt lửa thông báo khi có giặc để phòng bị). Các Thành Cá Trê, Thành Vàm Cỏ được xây lại, và các tướng thân cận được điều ra đóng quân và tuần tiễu ở các nơi. Kỷ luật quân đội được Nguyễn Ánh siết chặt và ông thực hiện chính sách luân chuyển "binh luôn theo tướng" để đảm bảo khả năng chỉ huy luôn ở mức tốt nhất. Ngoài ra, Nguyễn Ánh còn cho lựa ra các quân tinh nhuệ, hăng hái đánh kẻ địch của ông để luyện tập kỹ càng và trả lương hậu nhằm kiến tạo ra một đội quân riêng gọi là "quân chiến tâm", là nhóm tinh binh khi vào trận luôn phải xông lên tuyến đầu nếu lui chạy thì sẽ bị phạt theo quân pháp còn nếu bỏ trốn thì gia đình phải chịu tội liên đới. Bên cạnh đó, Nguyễn Ánh còn cho lập "Chế tạo cục" là một nhà máy diêm tiêu, đúc súng hỏa mai, đại bác đủ các kích cỡ phục vụ quân sự. Đến khoảng sau trận Thị Nại năm 1782, ông tìm cách củng cố tượng binh qua việc sai người đến Đồng Nai, Bà Rịa bắt voi, tăng cường trao đổi voi với các nước Chân Lạp và Xiêm; lấy từ dân cống nạp và thu từ các trận đánh với Tây Sơn. Mặt khác, ông rất quan tâm đến việc phong thưởng và đãi ngộ binh sĩ tử trận và có công để cổ vũ tinh thần quân lính: ông cho lập sở Hoạn dưỡng để chăm sóc thương binh, và xây các đền Hiển Trung, Sinh Trung để thờ cúng binh sĩ tử trận.
Nhận thấy địa thế Gia Định là sông ngòi, biển nhiều, đồng thời thiên nhiên cực kỳ ưu đãi các sản vật và tài nguyên cần thiết như dầu rái, trám, sơn và đặc biệt là gỗ; Nguyễn Ánh ra sức phát triển ngành đóng thuyền. Từ trước khi chính sách chính thức về "ty" và "nậu" ngành thủ công nghiệp, Nguyễn Ánh đã cho thành lập các nậu dầu rái, trám, sơn nhằm phục vụ cho ngành đóng thuyền: từ năm 1790 lệnh cho dinh Trấn Biên và Phiên Trấn mộ dân lập nậu dầu rái với định mức thuế 8 vò dầu, cho miễn lao dịch chỉ phải nộp thêm thuế thân; từ 1791 lệnh lập các nậu dầu rái ở đạo Long Xuyên với lệ thuế 5 vò dầu và 100 cây nến, miễn hẳn thuế thân. Đến năm 1799, ông thống nhất lệ thuế tất cả các vùng thành 6 vò dầu rái, 50 cây đèn cầy và nửa cây đèn lớn. Cũng cùng cách tổ chức cho các nậu dầu rái, Nguyễn Ánh từ năm 1790 cũng thành lập các nậu dầu trám với lệ thuế 800 cân dầu trám, 1 cây đèn lớn và 40 cây đèn nhỏ, cho miễn lao dịch chỉ phải nộp thuế thân. Các nậu buồm lá ở Trấn Biên và Phiên Trấn hằng năm phải nộp 80 bó buồm. Đối với gỗ, từ sau 1789, Nguyễn Ánh ra lệ thuế cho các quan coi đạo Trấn Biên, Trấn Định và Vĩnh Trấn phải dự trên số phu cục tượng và các đội nậu biệt nạp phải nộp như sau: 40 người phải nộp đủ gỗ đóng một chiếc sai thuyền; và kết quả của chính sách là đạo Long Xuyên nộp 10 chiếc, Kiên Giang 3 chiếc, và Trấn Giang là 5 chiếc. Để tăng năng suất lấy gỗ, Nguyễn Ánh cấp cho đội lấy gỗ 300 quan tiền mua 300 con trâu chuyên dùng kéo gỗ từ rừng Quang Hóa (Rừng Quang Hóa thuộc Tây Ninh ngày nay).
Có nguyên liệu rồi, Nguyễn Ánh ra sức đốc thúc đóng tàu: năm 1789 ông đóng được 40 chiếc thuyền và 100 chiếc thuyền biển; hai năm sau đóng thêm được 100 chiếc với gỗ ván lấy từ rừng Quang Hóa và rừng Chân Lạp. Đến năm 1793, Nguyễn Ánh cho mua hẳn một chiến hạm cũ của Châu Âu rồi sai người gỡ ra để sao chép lại. Nguyễn Ánh đích thân giám sát việc đóng những chiếc thuyền theo kiểu này. Nhờ tích cực vậy nên ngay cùng năm, quân Nguyễn đóng được những chiến hạm nổi tiếng là Long Ngư, Long Thượng, Long Hưng, Long Phi, Bằng Phi, Phụng Phi, Hồng Nhi, Loan Nhi, Ưng Nhi (trong này quan trọng nhất là ba chiếc Long Phi được trang bị đến 32 khẩu đại bác, Phụng Phi và Bằng Phi có 26 khẩu) với sức chứa trên 300 người mỗi thuyền. Những năm tiếp theo, Nguyễn Ánh vẫn tiếp tục kiên nhẫn cho đóng thêm thuyền như năm 1796 cho đóng thêm 15 chiến hạm hiệu là "Gia" và xếp theo tam tài cùng thập nhị chi: Thiên, Địa, Nhân, Tý, Sửu, Dần, Mão... cho đến Tuất, Hợi là đủ 15 chiếc. Đến năm 1800, cho đóng thêm 15 chiếc thuyền biển nữa và 1801 thì có thêm 200 hạm có tên là Anh, Vũ, Thước, Nga, Quyên, Phu, Lệ, Diên, Chiêu, Ly. Nhờ tích cực vậy, có khi mỗi 2 năm mà Nguyễn Ánh đóng thêm gần được 300 pháo hạm và 10 năm thì tổng số thuyền của Nguyễn Ánh lên được gần 1.200 chiếc.
Các chính sách phát triển kinh tế-quân sự này đã giúp rất lớn cho quân đội của Nguyễn Ánh, ông đã phát triển lên được một đội quân có thể cạnh tranh nổi với Tây Sơn: theo John Barrow, một quý tộc người Anh du lịch nhiều nơi và là kiểm toán viên tòa Đại sứ Anh Quốc tại Trung Quốc năm 1793, thì quân số của Gia Định đầu thế kỷ XIX lên tới 139.800 người. Thủy binh của Nguyễn Ánh cũng trở nên hùng mạnh và có ưu thế hơn hẳn so với thủy binh của Tây Sơn, chính điều này đã giúp Nguyễn Ánh có khả năng vượt biển đánh thẳng vào cảng Quy Nhơn của Tây Sơn các năm 1790, 1797, 1798; và Nha Trang vào năm 1793, với trận quyết định tại Thị Nại năm 1801. Cho đến khi kết thúc chiến tranh, Nguyễn Ánh có một số thuyền hùng hậu lên tới 100 chiến hạm, 800 pháo hạm và 500 bán pháo hạm.
Năm 1789, khi nghe tin Lê Chiêu Thống mời quân Thanh sang đánh Tây Sơn, Nguyễn Ánh sai Phạm Văn Trọng và Lâm Đồ mang thư khích lệ và chở 50 vạn cân gạo ra giúp quân Thanh, nhưng thuyền đi giữa đường bị đắm hết.
Thuế khóa và lao dịch
Để có chi phí cho các hoạt động quân sự chống lại nhà Tây Sơn, Nguyễn Ánh áp mức thuế và lao dịch rất nặng lên người dân. Theo ý kiến của một nhà nghiên cứu phương Tây hiện đại là Georges Dutton, người dân vùng Gia Định dưới sự cai trị của Nguyễn Ánh trong thời kỳ này phải chịu mức thuế khóa và lao dịch rất nặng, khiến họ trở nên chán ghét Nguyễn Ánh
Tây Sơn suy yếu
Đến năm 1792, Quang Trung sai cướp biển Tề Ngôi quấy phá vùng biển Bình Khang, Bình Thuận để quân Nguyễn Ánh phải phòng bị. Tháng 6 năm 1792, Nguyễn Ánh dò biết Nguyễn Nhạc tập trung nhiều chiến thuyền ở của biển Thị Nại mà ít phòng bị, liền lợi dụng mùa gió Nam, ông cho hai tướng Nguyễn Văn Trương, Nguyễn Văn Thành và hai sĩ quan đánh thuê người Pháp là Dayot và Vannier đi trước, tiến quân đánh và đốt phá thủy trại Tây Sơn tại Thị Nại rồi rút về, tháng 7 thì Nguyễn Ánh lại đến đóng ở Phan Rang, sau lại về Gia Định.
Sau khi chiến thắng quân Thanh, vua Quang Trung chuẩn bị phối hợp với Nguyễn Nhạc đem quân vào Nam đánh Gia Định nhằm triệt để đánh bại thế lực của Nguyễn Ánh, thu phục miền Nam bộ và thống nhất đất nước. Quang Trung dự định phát động chiến dịch rất lớn, huy động hơn 20 -30 vạn quân thủy bộ, chia làm ba đường. Chính các giáo sĩ Pháp giúp Nguyễn Ánh lúc đó cũng rất lo lắng và dự liệu Nguyễn Ánh khó lòng chống lại được Tây Sơn trận này. Trong thư gửi cho M. Létondal ngày 14/9/1791, giám mục Bá Đa Lộc viết:
Tuy nhiên vận may lại đến với Nguyễn Ánh khi vua Quang Trung đột ngột qua đời (1792), con là Nguyễn Quang Toản còn nhỏ tuổi lên nối ngôi, hiệu là Cảnh Thịnh. Quang Toản còn quá nhỏ (9 tuổi) nên không đủ sức lãnh đạo, khiến cho Tây Sơn bắt đầu khủng hoảng và chia rẽ. Loạn lạc liền nổ ra ở Bắc Hà: sĩ phu trung thành với nhà Lê nổi lên tôn Lê Duy Cận (Thực lục ghi là Lê Duy Vạn, con Lê Hiển Tông) làm minh chủ, Duy Cận liên lạc với Nguyễn Ánh để cùng đánh Tây Sơn, việc này góp phần làm cho nhà Tây Sơn nhanh chóng suy yếu. Nội bộ Tây Sơn xảy ra tranh chấp, quyền hành rơi vào tay ngoại thích Bùi Đắc Tuyên. Nguyễn Nhạc lại nghi ngờ Quang Toản, càng tạo thuận lợi cho Nguyễn Ánh. Nhân vào thế đó, Nguyễn Ánh ra sức mở các đợt tấn công ra Quy Nhơn theo nguyên tắc đã định trước đó: "Gặp nồm thuật thì tiến, vãn thì về, khi phát thì quân lính đủ mặt, về thì tản ra đồng ruộng".
Dân chúng vùng miền Trung khi này, sau nhiều năm mệt mỏi bởi chiến sự liên tục, nay lại thấy vua Quang Trung mất đột ngột, nhà Tây Sơn bị lục đục nội bộ nên cũng mâu thuẫn trong việc nên ủng hộ Nguyễn Ánh hay Tây Sơn. Một số quay sang ủng hộ Nguyễn Ánh, trong dân gian lưu truyền một câu ca dao lục bát: "Lạy trời cho cả gió nồm,/Để cho chúa Nguyễn kéo buồm thẳng ra". Số khác thì vẫn ủng hộ nhà Tây Sơn, thể hiện qua câu ca dao: "Lạy trời cho cả gió lên,/Cho cờ vua Định phất trên kinh thành" (Định ở đây là Bình Định, nơi phát tích nhà Tây Sơn, và kinh thành ở đây là Phú Xuân - Huế). Việc tồn tại 2 câu ca dao trái ngược nhau cho thấy lòng dân khi đó khá mâu thuẫn về việc nên ủng hộ bên nào.