cyanic-selkie/wikianc huggingface dataset:
Bằng chứng về tổ tiên chung
Hồ sơ hóa thạch
Trong nhiều năm, các nhà địa chất chỉ có thể ước tính khoảng tuổi của các lớp khác nhau và các hóa thạch được tìm thấy. Họ đã làm như vậy, ví dụ, bằng cách ước tính thời gian hình thành lớp đá trầm tích theo từng lớp. Ngày nay, bằng cách đo tỷ lệ phóng xạ và độ ổn định của các nguyên tố trong một loại đá nhất định, nhờ đó niên đại hóa thạch có thể được xác định chính xác hơn bởi các nhà khoa học. Kỹ thuật này được gọi là định tuổi bằng đồng vị phóng xạ.
Xuyên suốt hồ sơ hóa thạch, nhiều loài xuất hiện ở cấp độ địa tầng sớm đã biến mất ở cấp độ sau. Điều này chỉ ra thời gian các hình thành và tuyệt chủng loài được giải thích theo thuật ngữ tiến hóa. Các khu vực địa lý và điều kiện khí hậu đã thay đổi trong suốt Lịch sử Trái Đất. Vì các sinh vật thích nghi với các môi trường cụ thể, các điều kiện thay đổi liên tục khiến các loài sở hữu kiểu hình phù hợp để thích nghi với môi trường mới sẽ tồn tại còn ngược lại sẽ bị tuyệt chủng bởi cơ chế chọn lọc tự nhiên.
Mức độ của hồ sơ hóa thạch
Bất chấp sự hiếm có tương đối của các điều kiện phù hợp cho sự hóa thạch, ước tính 250.000 loài hóa thạch đã được đặt tên. Số lượng hóa thạch riêng lẻ này đại diện cho rất nhiều loài khác nhau, nhưng nhiều triệu hóa thạch đã được phục hồi: ví dụ, hơn ba triệu hóa thạch từ kỷ băng hà đã được phục hồi từ các hố nhựa đường La Brea ở Los Angeles. Nhiều hóa thạch khác vẫn còn ở trong lòng đất, trong các dạng địa chất khác nhau có chứa mật độ hóa thạch cao, cho phép ước tính tổng hàm lượng hóa thạch của sự hình thành. Một ví dụ về điều này xảy ra ở Beaufort Formation (một phần của Karoo Supergroup, bao gồm hầu hết Nam Phi), nơi có nhiều hóa thạch động vật có xương sống, bao gồm cả Bộ Cung thú (hình thức chuyển đổi bò sát- động vật có vú). Người ta ước tính rằng hệ tầng này chứa 800 tỷ hóa thạch động vật có xương sống. Các nhà cổ sinh vật học đã ghi nhận nhiều hình thức chuyển đổi và đã xây dựng "một hồ sơ toàn diện đáng kinh ngạc về các sự chuyển đổi quan trọng trong quá trình tiến hóa của động vật". Tiến hành khảo sát các tài liệu cổ sinh vật học, người ta sẽ thấy rằng có "các các bằng chứng phong phú cho việc tất cả các nhóm động vật chính có liên quan với nhau, phần lớn ở dạng hóa thạch chuyển đổi tuyệt vời".
Những giới hạn
Hồ sơ hóa thạch là một nguồn quan trọng cho các nhà khoa học khi truy tìm lịch sử tiến hóa của các sinh vật. Tuy nhiên, do những hạn chế vốn có trong hồ sơ, không có quy mô tốt của các hình thức trung gian giữa các nhóm loài liên quan. Việc thiếu hóa thạch liên tục trong hồ sơ là một hạn chế lớn trong việc truy tìm nguồn gốc của các nhóm sinh học. Khi hóa thạch chuyển đổi được tìm thấy hiển thị các dạng trung gian trong những gì mà lúc trước được xem là một lỗ hổng kiến thức, chúng thường được gọi là "các mắc xích bị thiếu".
Có khoảng trống khoảng 100 triệu năm giữa thời điểm bắt đầu kỷ Cambri và kết thúc kỷ Ordovic. Kỷ Cambri sớm là thời kỳ mà nhiều hóa thạch của động vật thân lỗ, ngành Thích ty bào (ví dụ, sứa), ngành Da gai (ví dụ, eocrinoidea), động vật thân mềm (ví dụ, ốc) và động vật chân khớp (ví dụ, bọ ba thùy) được tìm thấy. Loài vật đầu tiên sở hữu những đặc điểm tiêu biểu của động vật có xương sống,  Arandaspis , đã tồn tại kỷ Ordovic sau. Do đó, rất ít, nếu có, hóa thạch thuộc loại trung gian giữa động vật không xương sống và động vật có xương sống đã được tìm thấy, mặc dù các ứng cử viên có thể bao gồm động vật Burgess Shale,  Pikaia gracilens, và người họ hàng của nó là Maotianshan shales, Myllokunmingia, Yunnanozoon, Haikouella lanceolata, và Haikouichthys.
Một số lý do cho sự không hoàn chỉnh của hồ sơ hóa thạch là:
Tiến hóa của ngựa
Chuỗi tiến hóa này bắt đầu với một loài động vật nhỏ gọi là  Hyracotherium  (thường được gọi là  Eohippus ), sống ở Bắc Mỹ khoảng 54 triệu năm trước sau đó lan sang Châu Âu và Châu Á. Hóa thạch của  Hyracotherium  cho thấy nó khác với ngựa hiện đại ở ba khía cạnh quan trọng: đó là một con vật nhỏ (kích thước nag một con cáo), có cấu trúc tương đối nhẹ và thích nghi để chạy; các chi ngắn và thon, và bàn chân thon dài để các ngón gần như thẳng đứng, với bốn ngón ở chi trước và ba ngón ở chi sau; và răng cửa nhỏ, răng hàm có thân răng thấp với đỉnh răng hình tròn được phủ một lớp men răng.
Quá trình phát triển tương đối của ngựa từ  Hyracotherium  đến  Equus  (ngựa hiện đại) liên quan đến ít nhất 12 chi và hàng trăm loài. Các xu hướng chính được thấy trong sự phát triển của ngựa để thích nghi với điều kiện thay đổi của môi trường có thể được tóm tắt như sau:
Chuyển đổi từ cá sang động vật lưỡng cư
Trước năm 2004, các nhà cổ sinh vật học đã tìm thấy hóa thạch của động vật lưỡng cư có cổ, tai và bốn chân, trong tảng đá không quá 365 triệu năm tuổi. Trong những tảng đá hơn 385 triệu năm tuổi, họ chỉ có thể tìm thấy cá, không có những đặc điểm lưỡng cư này. Thuyết tiến hóa dự đoán rằng do động vật lưỡng cư tiến hóa từ cá, một dạng trung gian nên được tìm thấy trong đá có niên đại từ 365 đến 385 triệu năm trước. Một dạng trung gian như vậy sẽ có nhiều đặc điểm giống cá, được bảo tồn từ 385 triệu năm trước trở lên, nhưng cũng có nhiều đặc điểm lưỡng cư. Vào năm 2004, một đoàn thám hiểm tới các hòn đảo ở Bắc Cực thuộc Canada, đã tìm ra dạng hóa thạch này trong các tảng đá 375 triệu năm tuổi, loài này được đặt tên là Tiktaalik. Tuy nhiên, một vài năm sau đó, các nhà khoa học ở Ba Lan thông báo đã tìm thấy bằng chứng về hóa thạch dấu chân của động vật bốn chân còn tồn tại trước cả (tracks predating) loài Tiktaalik.
Bằng chứng từ địa lý sinh học
Dữ liệu về sự hiện diện hay vắng mặt của các loài trên nhiều lục địa và đảo địa lý sinh học) có thể cung cấp bằng chứng về tổ tiên chung và làm sáng tỏ các mô hình của sự hình thành loài.
Phân bố lục địa
Thậm chí sự khác biệt lớn hơn có thể được tìm thấy nếu xem xét châu Úc, mặc dù nó có cùng vĩ độ như phần lớn châu Nam Mỹ và châu Phi. Thú có túi giống như kangaroo, bandicoot và chi mèo túi chiếm khoảng một nửa số loài động vật có vú bản địa ở Úc. Ngược lại, thú có túi ngày nay hoàn toàn vắng bóng ở châu Phi và tạo thành một phần nhỏ hơn của hệ động vật có vú ở Nam Mỹ, nơi chồn opossum, chuột chù có túi và khỉ bụi rậm nhỏ được tìm thấy. Đại diện sống duy nhất của động vật có vú nguyên thủy (bộ đơn huyệt là thú lông nhím và thú mỏ vịt. Loài thú lông nhím mỏ ngắn và các phân loài của nó sinh sống ở Úc, Tasmania, New Guinea và Đảo Kangaroo trong khi loài ( thú lông nhím mỏ dài ) chỉ sống ở New Guinea. Thú mỏ vịt sống ở vùng biển phía đông Australia. Chúng đã được đưa đến Tasmania, Đảo King và Đảo Kangaroo. Những sự loài động vật đơn huyệt này hoàn toàn không có ở phần còn lại của thế giới. Mặt khác, Úc đang thiếu nhiều nhóm động vật có vú nhau thai phổ biến ở các lục địa khác (bộ Ăn thịt, bộ Guốc chẵn, họ chuột chù, họ sóc, bộ thỏ), mặc dù nó có loài gặm nhấm bản địa như bộ dơi và chuột cựu thế giới; nhiều thú có nhau khác, chẳng hạn như thỏ và cáo, đã được con người đem tới đó.
Các ví dụ phân bố động vật khác bao gồm gấu, nằm trên tất cả các lục địa, ngoại trừ Châu Phi, Úc và Nam Cực, và gấu Bắc cực chỉ ở Vòng Bắc Cực và các khối đất liền kề. Chim cánh cụt chỉ được tìm thấy xung quanh Nam Cực mặc dù Bắc Cực có điều kiện thời tiết tương tự. Các họ của bộ bò biển được phân bố ở toàn bộ vùng biển trên Trái Đất, nơi lợn biển nằm ở vùng biển phía tây châu Phi, vùng biển phía Bắc Nam Mỹ và vùng biển Tây Ấn chỉ trong các họ có liên quan, cá cúi, chỉ nằm ở vùng biển châu Đại Dương phía bắc Úc và bờ biển quanh Ấn Độ Dương. Bò biển Steller bây giờ đã tuyệt chủng cư trú tại Biển Bering.
Các loại hóa thạch tương tự được tìm thấy từ các khu vực được biết là liền kề với nhau trong quá khứ, nhưng qua quá trình trôi dạt lục địa, hiện đang ở các vị trí địa lý khác nhau. Ví dụ, hóa thạch cùng loại lưỡng cư cổ đại, động vật chân đốt và dương xỉ được tìm thấy ở Nam Mỹ, Châu Phi, Ấn Độ, Úc và Nam Cực, có thể có niên đại Đại Cổ sinh khi các khu vực này được hợp nhất thành một vùng đất rộng lớn được gọi là Gondwana. Đôi khi con cháu của những sinh vật này có thể được xác định và cho thấy sự tương đồng không thể nhầm lẫn với nhau, mặc dù hiện tại chúng sống ở những vùng và khí hậu rất khác nhau.
Địa lý sinh học đảo
thumb|Hình 4a: Bốn trong số [[sẻ Darwin|13 loài chim sẻ được tìm thấy trên Quần đảo Galápagos, đã tiến hóa bằng một bức xạ thích nghi (adaptive radiation) đa dạng hóa hình dạng mỏ của chúng để thích nghi với các nguồn thức ăn khác nhau.]]
Tính đặc hữu
Nhiều loài được tìm thấy trên các hòn đảo xa xôi là đặc hữu cho một hòn đảo hoặc một nhóm đảo cụ thể, có nghĩa là chúng không được tìm thấy ở nơi nào khác trên Trái Đất. Ví dụ về các loài đặc hữu của các đảo bao gồm nhiều loài chim không bay của New Zealand, vượn cáo của Madagascar, rồng Komodo của Komodo, cây máu rồng của Socotra, Tuatara of New Zealand, và các loài khác. Tuy nhiên, nhiều loài đặc hữu như vậy có liên quan đến các loài được tìm thấy trên các đảo hoặc lục địa khác gần đó; mối quan hệ của các loài động vật được tìm thấy trên Quần đảo Galápagos với những loài được tìm thấy ở Nam Mỹ là một ví dụ nổi tiếng. Tất cả những thực kiện này, các loài thực vật và động vật được tìm thấy trên các đảo đại dương, số lượng lớn các loài đặc hữu được tìm thấy trên các đảo đại dương và mối quan hệ của các loài đó với những loài sống trên các lục địa gần nhất, được giải thích dễ dàng nhất nếu các đảo bị thuộc địa bởi các loài từ các lục địa gần đó đã phát triển thành các loài đặc hữu hiện được tìm thấy ở đó.
Nếu không bắt buộc phải là sống trên đảo thì ngoài ra còn có những loài đặc hữu khác. Quần đảo có thể có nghĩa là hồ cô lập hoặc khu vực xa xôi và cô lập. Ví dụ về những điều này sẽ bao gồm vùng cao nguyên Ethiopia, Hồ Baikal, fynbos của cộng hòa Nam Phi, rừng Nouvelle-Calédonie, và những nơi khác. Ví dụ về các sinh vật đặc hữu sống ở các khu vực bị cô lập bao gồm Rhynochetos jubatus của Nouvelle-Calédonie, chuột mây ở rừng thông nhiệt đới Luzon của Philippines, cây boojum của bán đảo Baja California, hải cẩu Baikal và cá hồi trắng Omul của hồ Baikal.
Bức xạ thích nghi
Các đảo đại dương thường xuyên sinh sống bởi các cụm loài có quan hệ họ hàng chặt chẽ trong các hốc sinh thái, thường các hốc được lấp đầy bởi các loài rất khác nhau trên các lục địa. Những cụm như vậy, giống như chim sẻ của Galápagos, sẻ Hawaii (Hawaiian honeycreeper), các thành viên của họ hoa hướng dương trên Juan Fernandez Archipelago và mọt gỗ trên St. Helena được gọi là bức xạ thích nghi bởi vì chúng là giải thích tốt nhất khi một loài duy nhất xâm chiếm một hòn đảo (hoặc nhóm đảo) và sau đó đa dạng hóa để lấp đầy các hốc sinh thái có sẵn. Bức xạ như vậy có thể là ngoạn mục; 800 loài thuộc chi ruồi giấm (Drosophila), gần một nửa tổng số thế giới, là loài đặc hữu của quần đảo Hawaii. Một ví dụ minh họa khác từ Hawaii là một loạt thành viên của chi Argyroxiphium, đó là một nhóm gồm ba mươi loài chỉ được tìm thấy trên những hòn đảo đó. Các thành viên bao gồm từ hoa silversword mọc một cách ngoạn mục trên các sườn núi lửa cao đến cây, cây bụi, dây leo và chiếu (mat) mọc ở các độ cao khác nhau từ đỉnh núi đến mực nước biển và trong môi trường sống của Hawaii khác nhau từ sa mạc đến rừng mưa nhiệt đới. Họ hàng gần nhất của chúng bên ngoài Hawaii, dựa trên các nghiên cứu phân tử, là tarweed được tìm thấy ở bờ biển phía tây Bắc Mỹ. Những tarweed này có hạt dính tạo điều kiện có thể vận chuyển đi xa bởi các loài chim di cư. Ngoài ra, gần như tất cả các loài trên đảo có thể được lai tạo và các giống lai thường có khả năng sinh sản, và chúng đã được lai tạo thực nghiệm với hai trong số các loài tarweed bờ biển phía tây Bắc Mỹ nói trên. Các đảo lục địa có ít quần xã sinh vật khác biệt, nhưng những hòn đảo đã tách ra từ bất kỳ lục địa nào cũng có các loài đặc hữu và bức xạ thích nghi, chẳng hạn như 75 loài vượn cáo của Madagascar, và 11 loài moa đã tuyệt chủng của New Zealand.
thumb|left|300px|Hình 4b: Trong một [[loài vành đai,các cá thể thuộc quần thể lân cận nhau có thể giao phối nhưng quần thể nằm ở hai đầu của vành đai không thể lai giống với nhau được vì sự khác biệt về huyết thống quá xa.]]
Loài vành đai
Một loài vành đai là một chuỗi các quần thể được liên kết với nhau, mỗi quần thể có thể giao phối với các quần thể lân cận, với ít nhất hai quần thể "kết thúc" ở hai đầu có mối quan hệ họ hàng quá xa để có thể giao phối, mặc dù dòng gen có khả năng chảy giữa các quần thể. Các loài vành đai đại diện cho sự hình thành loài và đã được trích dẫn làm bằng chứng của sự tiến hóa. Chúng minh họa những gì xảy ra theo thời gian khi các quần thể phân tách về mặt di truyền, đặc biệt bởi vì chúng đại diện cho các quần thể sống, những gì thường xảy ra theo thời gian giữa các quần thể tổ tiên đã chết và các quần thể sống, trong đó các loài trung gian đã trở thành tuyệt chủng. Richard Dawkins nói rằng các loài nhẫn "chỉ cho chúng ta thấy ở chiều không gian một cái gì đó luôn luôn phải xảy ra trong chiều thời gian".
Sự phân bố của Metatheria
Lịch sử của Metatheria (nhánh chứa thú có túi và tổ tiên nguyên thủy đã tuyệt chủng của chúng) cung cấp một ví dụ về cách học thuyết tiến hóa và sự trôi dạt lục địa có thể được kết hợp để đưa ra dự đoán liên quan đến địa tầng hóa thạch và sự phân bố. hóa thạch metatherian lâu đời nhất được tìm thấy ở ngày nay Trung Quốc. Metatheria lan rộng về phía tây vào Bắc Mỹ hiện đại (vẫn gắn liền với Á-Âu) và sau đó đến Nam Mỹ, được kết nối với Bắc Mỹ cho đến khoảng 65 triệu năm trước. Thú có túi đến Úc qua Nam Cực khoảng 50 triệu năm trước, ngay sau khi Úc tách ra cho thấy một sự kiện phân tán duy nhất của chỉ một loài. Thuyết tiến hóa gợi ý rằng các loài thú có túi ở Úc có nguồn gốc từ những con lớn hơn được tìm thấy ở châu Mỹ. Bằng chứng địa chất cho thấy rằng từ 30 đến 40 triệu năm trước Nam Mỹ và Úc vẫn là một phần của siêu lục địa Nam bán cầu Gondwana và chúng được kết nối bằng đất liền hiện là một phần của Nam Cực. Do đó, khi kết hợp các mô hình, các nhà khoa học có thể dự đoán rằng thú có túi di cư từ Nam Mỹ ngày nay, qua Nam Cực, và sau đó đến Úc ngày nay từ 30 đến 40 triệu năm trước. Một hóa thạch thú có túi đầu tiên của họ đã tuyệt chủng Polydolopidae đã được tìm thấy trên đảo Seymour thuộc bán đảo Nam Cực năm 1982. Các hóa thạch tiếp theo sau đó đã được tìm thấy, bao gồm các thành viên của các bộ thú có túi Chồn Opossum và Microbiotheria, cũng như động vật móng guốc và một thành viên của bộ bí ẩn đã tuyệt chủng Gondwanatheria, có thể là  Sudamerica ameghinoi.
Di cư, cô lập và phân bố của lạc đà
Lịch sử của lạc đà cung cấp một ví dụ về cách bằng chứng hóa thạch có thể được sử dụng để tái xây dựng sự di cư và tiến hóa theo sau. Hồ sơ hóa thạch chỉ ra rằng sự tiến hóa của lạc đà bắt đầu ở Bắc Mỹ (xem hình 4e), từ đó, sáu triệu năm trước, chúng di cư qua Eo biển Bering vào Châu Á và sau đó đến Châu Phi, và 3,5 triệu năm trước qua eo đất Panama vào Nam Mỹ. Sau khi bị cô lập, chúng tiến hóa theo thành các dòng riêng, tạo ra lạc đà hai bướu và lạc đà một bướu ở Châu Á và Châu Phi và Llama và họ hàng của nó ở Nam Mỹ. Lạc đà sau đó bị tuyệt chủng ở Bắc Mỹ vào cuối kỷ băng hà cuối cùng.
Bằng chứng từ chọn lọc tự nhiên
Các ví dụ về bằng chứng cho sự tiến hóa thường xuất phát từ quan sát trực tiếp chọn lọc tự nhiên trong các lĩnh vực và phòng thí nghiệm. Đây là phần độc nhất ở chỗ nó cung cấp một bối cảnh hẹp hơn liên quan đến quá trình chọn lọc. Tất cả các ví dụ được cung cấp trước đó đã mô tả bằng chứng cho thấy sự tiến hóa đã xảy ra, nhưng không cung cấp cơ chế cơ bản chính: chọn lọc tự nhiên. Phần này cung cấp bằng chứng rõ ràng rằng chọn lọc tự nhiên xảy ra, đã được lặp lại một cách nhân tạo và có thể được lặp lại trong các thí nghiệm ở phòng thí nghiệm.
Các nhà khoa học đã quan sát và ghi lại vô số sự kiện trong đó chọn lọc tự nhiên đang hoạt động. Các ví dụ được biết đến nhiều nhất là tình trạng kháng thuốc kháng sinh trong lĩnh vực y tế cùng với các thí nghiệm trong phòng thí nghiệm nổi tiếng hơn chứng minh sự xuất hiện của sự tiến hóa. Chọn lọc tự nhiên là nguyên nhân tác động tới tổ tiên chung trong khoảng thời gian lâu dài và dưới áp lực của sự chọn lọc đã dẫn đến sự đa dạng của sự sống trên Trái Đất như ngày nay. Tất cả các sự thích nghi – được ghi chép trong các tài liệu và cả những thay đổi không được ghi chép đề cập đến – đều là kết quả của chọn lọc tự nhiên (và một vài quá trình nhỏ khác). Nó được xác định rõ rằng, "... chọn lọc tự nhiên là một phần luôn luôn có của sự hình thành loài...", và là động lực chính của sự hình thành loài; do đó, các ví dụ sau đây về chọn lọc tự nhiên  và  sự hình thành loài thường sẽ liên quan hoặc tương ứng với nhau. Các ví dụ dưới đây chỉ là một phần nhỏ của các thí nghiệm và quan sát thực tế.
Chọn lọc nhân tạo và thực nghiệm tiến hóa
thumb|left|300px|Hình 5a: Giống [[chó lai Chihuahua và Great Dane minh họa khoảng kích thước giữa các giống chó lai.]] Chọn lọc nhân tạo thể hiện sự đa dạng có thể tồn tại giữa các sinh vật có chung tổ tiên tương đối gần đây. Trong chọn lọc nhân tạo, một loài được lai tạo có chọn lọc ở mỗi thế hệ, chỉ cho phép những sinh vật thể hiện các đặc tính mong muốn được sinh sản. Những đặc điểm này ngày càng phát triển tốt trong các thế hệ kế tiếp. Chọn lọc nhân tạo đã thành công từ lâu trước khi khoa học phát hiện ra cơ sở di truyền. Ví dụ về chọn lọc nhân tạo bao gồm nhân giống chó, thực phẩm biến đổi gen, nhân giống hoa và trồng các loại thực phẩm như cải bắp dại, và những loại khác.
Thực nghiệm tiến hóa sử dụng các thí nghiệm có kiểm soát để kiểm tra các giả thuyết và học thuyết của tiến hóa. Trong một ví dụ ban đầu, William Dallinger đã thiết lập một thí nghiệm ngay trước năm 1880, khiến vi khuẩn nóng lên với mục đích buộc thay đổi thích nghi. Thử nghiệm của ông đã diễn ra trong khoảng bảy năm và kết quả được công bố của ông đã được hoan nghênh, nhưng ông đã không tiếp tục thử nghiệm sau khi máy móc bị hỏng.
Một ví dụ quy mô lớn về sự thử nghiệm tiến hóa là thí nghiệm đa thế hệ với  Escherichia coli  của Richard Lenski. Lenski quan sát thấy rằng một số chủng E. coli đã phát triển một khả năng mới phức tạp, khả năng chuyển hóa citrate, sau hàng chục ngàn thế hệ. Nhà sinh vật học tiến hóa Jerry Coyne nhận xét với tư cách là một nhà phê bình sáng tạo luận, nói rằng, "điều tôi thích nhất là nó nói rằng những đặc điểm phức tạp có thể được phát triển bởi sự kết hợp của những sự kiện không thể xảy ra." Ngoài những thay đổi về trao đổi chất, các quần thể vi khuẩn khác nhau đã được tìm thấy có sự khác biệt về cả hình thái (kích thước tổng thể của tế bào) và thích nghi (được đo lường bằng sự cạnh tranh với tổ tiên). Thí nghiệm tiến hóa dài hạn của E. coli bắt đầu vào năm 1988 vẫn đang được tiến hành và đã cho thấy sự thích nghi bao gồm cả sự tiến hóa của một chủng  E. coli '' có thể phát triển trên môi trường tăng trưởng chứa axit citric. Một đặc điểm vắng mặt trong tất cả các dạng đã biết khác của  E. coli , bao gồm cả chủng ban đầu.
Lịch sử dẫn đến sự chịu đựng ở Daphnia
Một nghiên cứu về các loài  Daphnia  và ô nhiễm chì trong thế kỷ 20 đã dự đoán rằng sự gia tăng ô nhiễm chì sẽ dẫn đến sự chọn lọc mạnh mẽ về khả năng chịu đựng với chì. Các nhà nghiên cứu đã có thể sử dụng "sinh thái phục sinh", bằng cách ấp những quả trứng hàng chục năm tuổi của  Daphnia  từ thời hồ bị ô nhiễm nặng chì. Những con non trong nghiên cứu được so sánh với  Daphnia  ngày nay, và đã chứng minh "sự khác biệt về sự thích nghi mạnh mẽ giữa các kiểu hình cũ và hiện đại khi phải đối mặt với một tác nhân gây stress trong môi trường lịch sử". Về cơ bản,  Daphnia  thời hiện đại không thể chống lại hoặc chịu đựng được lượng chì cao (điều này là do sự giảm ô nhiễm chì rất lớn ở các hồ thế kỷ 21). Tuy nhiên, những con non mới nở ra từ những quả trứng xưa có thể chịu được ô nhiễm chì cao. Các tác giả kết luận rằng "bằng cách sử dụng các kỹ thuật của hệ sinh thái phục sinh, chúng tôi đã có thể cho thấy sự thay đổi kiểu hình rõ ràng trong nhiều thập kỷ...".
Bướm sâu đo bạch dương
Một ví dụ kinh điển là sự thay đổi kiểu hình, sự thích nghi màu sắc từ sáng đến tối, trong bướm sâu đo bạch dương, do ô nhiễm từ cách mạng công nghiệp ở Anh. Và ngược lại khi các nhà máy ngừng gây ô nhiễm thì kiểu hình màu sắc sáng tăng trở lại.
Kháng thuốc kháng sinh ở vi khuẩn
Sự phát triển và lan truyền của khả năng kháng kháng sinh ở vi khuẩn là bằng chứng cho quá trình tiến hóa của các loài. Do đó, sự xuất hiện của kháng thuốc vancomycin ở  tụ cầu vàng , và sự nguy hiểm mà nó gây ra cho bệnh nhân nằm tại bệnh viện, là kết quả trực tiếp của tiến hóa thông qua chọn lọc tự nhiên. Sự gia tăng của các chủng  Shigella  kháng với nhóm kháng sinh tổng hợp của sulfonamide cũng cho thấy việc tạo ra thông tin mới như một quá trình tiến hóa. Tương tự như vậy, sự xuất hiện của tính kháng DDT ở nhiều loài muỗi  Anophele  và sự xuất hiện của khả năng kháng nấm da trong quần thể thỏ sinh sản ở Úc, đều là bằng chứng về sự tồn tại của tiến hóa trong các tình huống tiến hóa dưới áp lực chọn lọc ở các loài qua các thế hệ xảy ra nhanh chóng.
Tất cả các lớp vi sinh vật đều phát triển khả năng đề kháng: bao gồm nấm (kháng thuốc kháng nấm), virus (kháng thuốc kháng vi rút), động vật nguyên sinh (kháng thuốc kháng động vật nguyên sinh và vi khuẩn (kháng thuốc kháng sinh). Điều này có thể suy luận ra khi tất cả sự sống đang tồn tại đều có chung mã di truyền và do đó phải chịu quá trình tiến hóa thông qua các cơ chế khác nhau của nó.
Vi khuẩn ăn Nylon
Một ví dụ khác về các sinh vật thích nghi với điều kiện do con người gây ra là Vi khuẩn ăn Nylon: một chủng  Flavobacterium  có khả năng tiêu hóa một số sản phẩm phụ của quá trình sản xuất nylon 6. Có sự đồng thuận khoa học rằng khả năng tổng hợp enzym phân hủy nylon (nylonase) nhiều khả năng đã phát triển bằng một bước đột biến mà vẫn tồn tại vì nó cải thiện khả năng thích nghi của vi khuẩn sở hữu đột biến. Đây được coi là một ví dụ tốt về sự tiến hóa thông qua đột biến và chọn lọc tự nhiên đã được quan sát đã xảy ra và đáng lẽ sẽ không thể xảy ra cho đến khi con người sản xuất nylon.
Nấm phóng xạ
Giống như cá tuyết, ô nhiễm do con người gây ra có thể ở các dạng khác nhau. Nấm phóng xạ là một ví dụ hoàn hảo về chọn lọc tự nhiên diễn ra sau một tai nạn hóa học. Nấm phóng xạ dường như sử dụng sắc tố melanin để chuyển đổi bức xạ gamma thành năng lượng hóa học để tăng trưởng và được phát hiện lần đầu tiên vào năm 2007 khi nấm mốc màu đen mọc bên trong và xung quanh Nhà máy điện hạt nhân Chernobyl. Nghiên cứu tại Đại học Y Albert Einstein cho thấy ba loại nấm có chứa melanin,  Cladosporium sphaerospermum ,  Wangiella dermatitidis , và  Cryptococcus neoformans , đã tăng thêm sinh khối và tích lũy axetat nhanh hơn trong môi trường có mức bức xạ cao hơn 500 lần so với trong môi trường bình thường.
Cá bảy màu
Trong khi nghiên cứu cá bảy màu (Poecilia reticulata) tại đảo Trinidad, nhà sinh vật học John Endler đã phát hiện ra sự chọn lọc tại nơi sinh sống của quần thể cá. Để loại trừ các khả năng khác, Endler đã thiết lập một thí nghiệm được kiểm soát chặt chẽ để mô phỏng môi trường sống tự nhiên bằng cách xây dựng mười ao trong nhà kính phòng thí nghiệm tại Đại học Princeton. Mỗi ao chứa sỏi để khớp chính xác với ao tự nhiên. Sau khi bắt được một mẫu cá bảy màu ngẫu nhiên từ các ao ở Trinidad, ông nuôi và trộn chúng để tạo ra các quần thể di truyền đa dạng tương tự và đo từng con cá (chiều dài điểm, chiều cao điểm, diện tích điểm, chiều dài điểm tương đối, chiều cao điểm tương đối, tổng số diện tích vá, và chiều dài cơ thể tiêu chuẩn). Để phục vụ thí nghiệm, ông đã thêm Crenicichla alta  (kẻ săn mồi chính của  P. reticulata) trong bốn ao,Rivulus hartii (một loài cá không ăn thịt) trong bốn ao, và bỏ trống hai ao còn lại chỉ có cá bảy màu. Sau 10 thế hệ, các phép đo được thực hiện lại để so sánh giữa các quần thể cá bảy màu của ao và. Endler phát hiện ra rằng quần thể cá bảy màu đã tiến hóa các vẻ ngoài màu sắc sặc sở trong các nhóm chứng (chỉ có cá bảy màu) và nhóm không có động vật ăn thịt còn nhóm có động vật ăn thịt thì có màu nâu xám. Áp lực dự đoán đã gây ra một lựa chọn chống lại nổi bật từ sỏi nền.
thumb|left|300px|Hình 5e: Cá bảy màu Trinidad trong thí nghiệm của Endler ([[Poecilia reticulata)]] Song song, trong thí nghiệm này, Endler đã tiến hành một thí nghiệm thực địa ở Trinidad, nơi anh bắt được cá bảy màu từ ao nơi chúng có động vật ăn thịt và di chuyển chúng đến ao ở thượng nguồn nơi những kẻ săn mồi không sống. Sau 15 thế hệ, Endler phát hiện ra rằng cá bảy màu được di dời đã tiến hóa thành các vẻ đầy màu sắc và ấn tượng. Về cơ bản, cả hai thí nghiệm đều cho thấy sự hội tụ do áp lực lựa chọn tương tự (nghĩa là sự chọn lọc do động vật ăn thịt chống lại các vẻ ngoài có màu tương phản với môi trường và lựa chọn giới tính cho các vẻ ngoài có màu tương phản).
Con người
Chọn lọc tự nhiên được quan sát thấy ở các quần thể người đương đại, với những phát hiện gần đây chứng minh rằng dân số có nguy cơ mắc bệnh suy nhược kuru nghiêm trọng có sự biểu hiện quá mức đáng kể của một biến thể miễn dịch của protein prion quy định bởi gen G127V so với các alen không miễn dịch. Các nhà khoa học đưa ra một trong những lý do cho việc chọn lọc nhanh chóng biến thể di truyền này là mức độ gây tử vong của bệnh ở những người không miễn dịch. Các xu hướng tiến hóa trong các báo cáo khác trong các quần thể khác bao gồm kéo dài thời kỳ sinh sản, giảm mức cholesterol, đường huyết và huyết áp.
Một ví dụ nổi tiếng về sự chọn lọc xảy ra trong quần thể người là dung nạp đường lactose (sữa). Hội chứng không dung nạp lactose là không có khả năng chuyển hóa lactose, do thiếu enzyme cần thiết là lactase trong hệ thống tiêu hóa. Tình trạng bình thường của một loài động vật có vú là để con non nó bị giảm sản xuất lactase vào cuối thời kỳ cai sữa (weaning period) (đây là một khoảng thời gian cụ thể của loài). Ở người, trong các xã hội không tiêu thụ sữa, sản xuất lactase thường giảm khoảng 90% trong bốn năm đầu đời, mặc dù mức giảm chính xác theo thời gian rất khác nhau. Sự tồn tại của hoạt động Lactase ở người trưởng thành có liên quan đến hai sự đa hình: C / T 13910 và G / A 22018 nằm trong gen  MCM6 . Sự khác biệt về gen này giúp loại bỏ việc ngừng sản xuất lactase, khiến các thành viên của các quần thể này có thể tiếp tục tiêu thụ sữa tươi và các sản phẩm sữa tươi và lên men khác trong suốt cuộc đời của họ mà không gặp khó khăn. Đây dường như là một tiến hóa gần đây (khoảng 10.000 năm trước [và 7.500 năm trước ở châu Âu]) thích nghi với sự tiêu thụ sữa, và đã xảy ra độc lập ở cả Bắc Âu và Đông Phi trong các quần thể có lối sống chăn nuôi trong lịch sử.
Thằn lằn tường Ý
Năm 1971, mười mẫu vật trưởng thành của  Podarcis sicula  (thằn lằn tường Ý) đã được vận chuyển từ đảo Croatia thuộc đảo Pod Kopište đến đảo Pod Mrčaru (khoảng 3,5 km đến Đông). Cả hai hòn đảo đều nằm trên Biển Adriatic gần Lastovo, nơi những con thằn lằn thành lập một quần thể cổ chai. Hai hòn đảo có kích thước tương tự nhau, độ cao, vi khí hậu và sự vắng mặt chung của các loài săn mồi trên cạn và quần thể  P. sicula  đã mở rộng trong nhiều thập kỷ mà không có sự can thiệp của con người, thậm chí còn cạnh tranh với ) quần thể Podarcis melisellensis (hiện loài địa phương này đã tuyệt chủng).
Vào những năm 1990, các nhà khoa học đã quay trở lại Pod Mrčaru và thấy rằng những con thằn lằn ở đó khác rất nhiều so với những con trên Kopište. Trong khi các phân tích ty thể DNA đã xác minh rằng  P. sicula  hiện tại trên Mrčaru về mặt di truyền rất giống với quần thể nguồn Kopište, quần thể Mrčaru mới của  P. sicula  có kích thước trung bình lớn hơn, chân sau ngắn hơn, tốc độ chạy nước rút tối đa thấp hơn và phản ứng thay đổi đối với các cuộc tấn công săn mồi mô phỏng so với quần thể Kopište ban đầu. Những thay đổi này được quy cho "cường độ săn mồi thoải mái" và bảo vệ tốt hơn từ thảm thực vật trên Mrčaru.
Năm 2008, phân tích sâu hơn cho thấy rằng quần thể Mrčaru của  P. sicula  có hình thái đầu khác nhau đáng kể (đầu dài hơn, rộng hơn và cao hơn) và lực cắn tăng so với quần thể Kopište ban đầu. Sự thay đổi hình dạng đầu này tương ứng với sự thay đổi trong chế độ ăn uống: Kopište  P. sicula  chủ yếu là ăn côn trùng, nhưng những cá thể trên Mrčaru ăn nhiều thực vật hơn. Những thay đổi trong phong cách tìm kiếm thức ăn có thể góp phần vào mật độ quần thể lớn hơn và giảm hành vi lãnh thổ của quần thể Mrčaru.
Một sự khác biệt khác được tìm thấy giữa hai quần thể là sự phát hiện, trong thằn lằn Mrčaru, của van hồi - manh tràng, làm chậm quá trình truyền thức ăn và cung cấp các buồng lên men, cho phép các vi sinh vật hội sinh chuyển đổi cellulose thành các chất dinh dưỡng để tiêu hóa. Ngoài ra, các nhà nghiên cứu phát hiện ra rằng ngành giun tròn là phổ biến trong ruột của thằn lằn Mrčaru, nhưng vắng mặt ở Kopište  P. sicula , do nó không có van manh tràng. Các van hồi manh tràng, xuất hiện trong ít hơn 1 phần trăm của tất cả các loài bò sát quy mô đã biết, đã được mô tả như là một "bộ phận thích nghi, một tính năng hoàn toàn mới không có trong quần thể tổ tiên và mới được tiến hóa trong những con thằn lằn này ".
Kháng PAH ở cá Killi
Một nghiên cứu tương tự cũng được thực hiện liên quan đến polycyclic aromatic hydrocarbon (PAHs) gây ô nhiễm nước của sông Elizabeth ở Portsmouth, Virginia. Hóa chất này là sản phẩm của creosote, một loại nhựa đường. Cá Killi Đại Tây Dương ( Fundulus heteroclitus ) đã tiến hóa khả năng kháng PAH liên quan đến gen AHR (cùng loại gen liên quan đến cá sương). Nghiên cứu đặc biệt này tập trung vào khả năng chống lại "độc tính cấp tính và quái thai tim" do PAHs gây ra mà đã đột biến trong cá sương ở sông Hudson.
Chữ Mani
Chữ Mani hay Bảng chữ cái Mani là hệ thống chữ viết dựa trên abjad bắt nguồn từ dòng chữ Semit và gắn liền với sự truyền bá của Mani giáo từ Tây Nam đến Trung Á và xa hơn, bắt đầu từ thế kỷ thứ 3. Nó có mối quan hệ anh chị em với các hình thức ban đầu của chữ Pahlavi, cả hai hệ thống đã được phát triển từ bảng chữ cái Imperial Aramaic, trong đó tòa án Achaemenid đưa ra phương ngữ chính thức của tiếng Aram. Không giống như chữ Pahlavi, chữ Mani cho thấy những ảnh hưởng từ chữ Sogdia, đến lượt nó xuất phát từ nhánh Syriac của Aramaic.
Bằng chứng về tổ tiên chung
Kháng PCB trong cá tuyết
Một ví dụ liên quan đến việc quan sát trực tiếp sự biến đổi gen do áp lực chọn lọc là khả năng kháng PCB trong cá tuyết. Sau khi General Electric đổ polychlorination biphenyls (PCB) trong Sông Hudson từ 1947 đến 1976, cá sương (cá sương Microgadus) sống ở sông đã được tìm thấy đã tiến hóa tăng sức đề kháng với các tác dụng độc hại của hợp chất. Khả năng chịu đựng chất độc là do sự thay đổi trong phần mã hóa của gen cụ thể. Các mẫu di truyền được lấy từ cá tuyết sống ở tám con sông khác nhau thuộc vùng New England: sông St. Lawrence, sông Miramichi, sông Margaree, sông Squamscott, sông Niantic, sông Shinnecock, sông Hudson và sông Hackensack. Phân tích di truyền cho thấy trong quần thể cá sương ở bốn con sông cực nam, gen AHR2 (thụ thể aryl hydrocarbon 2) hiện diện như một alen với sự khác biệt của hai loại amino acid. Việc mất đoạn ở gen này đã tạo ra khả năng kháng PCB ở các loài cá và được tìm thấy ở 99% cá thể sông Hudson, 92% ở sông Hackensack, 6% ở sông Niantic và 5% ở vịnh Shinnecock. Tính trạng này dọc theo các vùng nước được lấy mẫu có mối tương quan trực tiếp với áp lực chọn lọc dẫn đến sự tiến hóa của tính kháng PCB ở cá sương Đại Tây Dương.
Động vật hoang dã đô thị
Động vật hoang dã đô thị là một trường hợp rộng và dễ quan sát thấy áp lực chọn lọc do con người gây ra đối với động vật hoang dã. Với sự mở rộng môi trường sống của con người, các loài động vật khác nhau đã thích nghi để sinh tồn trong những môi trường đô thị này. Những loại môi trường này có thể gây áp lực chọn lọc lên sinh vật, thường dẫn đến sự thích nghi mới. Ví dụ, cỏ dại chi Hoàng nương, được tìm thấy ở Pháp, có hai loại hạt, nặng và mịn. Những cái nặng rơi xuống gần cây mẹ, trong khi những hạt mịn trôi xa hơn trên gió. Trong môi trường đô thị, hạt giống trôi nổi thường rơi xuống lớp bê tông cằn cỗi. Trong khoảng 5 – 12 thế hệ, cỏ dại tiến hóa để tạo ra hạt nặng hơn đáng kể so với họ hàng của nó sống ở nông thôn. Các ví dụ khác về động vật hoang dã đô thị là chim gầm ghì đá và các loài quạ thích nghi với môi trường thành phố trên khắp thế giới; Chim cánh cụt châu Phi ở thị trấn Simon; khỉ đầu chó ở Nam Phi; và nhiều loài côn trùng sống trong môi trường của con người. Các nghiên cứu đã được tiến hành và đã tìm thấy những thay đổi đáng chú ý đối với hành vi và kích thước vật lý não của động vật (cụ thể hơn là động vật có vú) do tương tác của chúng với môi trường do con người tạo ra.
Chữ Mani
Chữ Mani được đặt tên như vậy do các văn bản Mani được dùng bới chính Tiên tri Mani (prophet, năm 216–274 SCN). Các ngôn ngữ Trung Iran được viết với bảng chữ cái này.
Porrorhynchus landaisi
Porrorhynchus landaisi là một loài bọ cánh cứng trong họ van Gyrinidae. Loài này được Régimbart miêu tả khoa học năm 1892.
Tham khảo
Thể loại:Bọ nước Thể loại:Porrorhynchus
Chữ Mani
Liên kết ngoài
Thể loại:Hệ chữ viết Abjad Thể loại:Hệ chữ viết lỗi thời Thể loại:Chữ viết được mã hóa trong Unicode Thể loại:Chữ Ba Tư Thể loại:Chữ viết ISO 15924
Bằng chứng về tổ tiên chung
Thằn lằn cát trắng
thumb|right|300px|Hình 5f: H. m. ruthveni, một biến thể tông sinh thái của [[Holbrookia maculata ở đài kỷ niệm cát trắng quốc gia (White Sands National Monument)]]
Động vật thể hiện các biến thể tông sinh thái (ecotone) cho phép nghiên cứu về các cơ chế duy trì sự khác biệt về quần thể. Rất nhiều thông tin về chọn lọc tự nhiên, kiểu gen và biến đổi kiểu hình; thích nghi và sinh thái học; và tín hiệu xã hội đã được thu lại từ các nghiên cứu của ba loài thằn lằn nằm ở sa mạc White Sands của New Mexico. Holbrookia maculata ,  Aspidoscelis inornatus , và  Sceloporus undulatus  đã biểu lộ các tông sinh thái quần thể phù hợp với cả đất đen và cát trắng trong khu vực. Nghiên cứu được thực hiện trên các loài này đã tìm thấy sự khác biệt đáng kể về kiểu hình và kiểu gen giữa các quần thể tối và sáng do áp lực chọn lọc mạnh. Ví dụ:  H. maculata  thể hiện sự khác biệt về kiểu hình mạnh nhất (phù hợp nhất với chất nền) của quần thể màu sáng có dòng gen ít tương đồng nhất giữa các quần thể và sự khác biệt di truyền cao nhất khi so sánh với hai loài thằn lằn khác.
Cát trắng của New Mexico là một hệ tầng địa chất gần đây (khoảng 6000 năm tuổi đến 2000 tuổi). Nguồn gốc gần đây của những đụn cát thạch cao này cho thấy rằng các loài biểu hiện các biến thể màu nhạt hơn đã tiến hóa trong một khung thời gian tương đối ngắn. Ba loài thằn lằn được đề cập trên đây đã được tìm thấy có biểu hiện màu sắc tín hiệu xã hội thay đổi tồn tại cùng với các biến thể tông sinh thái của chúng. Ba loài không chỉ hội tụ tiến hóa các biến thể màu sắc nhạt hơn do áp lực chọn lọc từ môi trường, chúng còn tiến hóa sự khác biệt về hình thái sinh thái: hình thái, hành vi (trong trường hợp này là hành vi chạy thoát) và hiệu suất chung (trong trường hợp này là tốc độ nước rút). Nghiên cứu của Roches đã tìm thấy kết quả đáng ngạc nhiên trong hành vi trốn thoát của  H. maculata  và  S. undulatus . Khi các hình thái tối được đặt trên cát trắng, phản ứng sợ hãi của chúng đã giảm đáng kể. Kết quả này có thể là do các yếu tố khác nhau liên quan đến nhiệt độ cát hoặc thị lực; tuy nhiên, bất kể nguyên nhân là gì, "… những cá thể thằn lằn không phù hợp với chạy nước rút sẽ có kết quả tồi tệ khi phải đối mặt với kẻ săn mồi".
Bằng chứng từ sự hình thành loài
Sự hình thành loài là quá trình tiến hóa mà các loài sinh học mới phát sinh. Các nhà sinh vật học nghiên cứu các loài bằng cách sử dụng các lý thuyết khác nhau để định nghĩa xem thế nào là một loài (xem vấn đề loài và loài phức tạp) và tồn tại cuộc tranh luận liên quan đến việc định nghĩa. Tuy nhiên, phần lớn các nghiên cứu hiện tại cho thấy rằng, "... sự hình thành loài là một quá trình khác biệt về phả hệ, thay vì sự gián đoạn ảnh hưởng đến tất cả các gen đồng thời " và, trong sự hình thành loài khác khu phân bố (sự hình thành loài phổ biến nhất), "phân lập sinh sản là sản phẩm phụ của sự biến đổi tiến hóa trong quần thể bị cô lập, và do đó có thể được coi là một tai nạn tiến hóa ". Sự hình thành loài xảy ra như là kết quả của việc khác khu phân bố; tuy nhiên, một loạt các tác nhân khác nhau đã được ghi nhận và thường được xác định và phân loại dưới nhiều hình thức khác nhau (ví dụ: gần khu phân bố, ngoài khu phân bố, cùng khu phân bố, thể đa bội, con lai, v.v.). Thể hiện của sự hình thành loài đã được quan sát trong cả tự nhiên và phòng thí nghiệm. A.-B Florin và A. Ödeen lưu ý rằng, "thiếu sót bằng chứng vững chắc trong phòng thí nghiệm cho sự hình thành loài khác khu phân bố..."; tuy nhiên, trái với các nghiên cứu trong phòng thí nghiệm (đặc biệt tập trung vào các mô hình của sự hình thành loài khác khu phân bố), "sự hình thành loài chắc chắn xảy ra; [và] số lượng lớn bằng chứng từ tự nhiên khiến cho việc tranh luận theo hướng khác là không cần thiết". Coyne và Orr đã biên soạn một danh sách 19 thí nghiệm trong phòng thí nghiệm về  Drosophila  trình bày các ví dụ về sự hình thành loài khác khu phân bố bằng cách chọn lọc phân kỳ (divergent selection) kết luận rằng, "phân lập sinh sản trong khác khu phân bố có thể tiến hóa như một sản phẩm phụ của chọn lọc phân kỳ".
Các tài liệu nghiên cứu sự hình thành loài khá phong phú. Các nhà sinh học đã ghi nhận rất nhiều ví dụ về sự hình thành loài trong tự nhiên - với sự tiến hóa đã tạo ra nhiều loài hơn bất kỳ nhà quan sát nào cho là cần thiết để chứng minh điều này là sự thật. Ví dụ, có hơn 350.000 loài bọ cánh cứng được mô tả. Các ví dụ về sự hình thành loài đến từ các quan sát về địa lý sinh học đảo và quá trình bức xạ thích ứng, cả hai đã được giải thích trên đây. Bằng chứng về tổ tiên chung cũng có thể được tìm thấy thông qua các nghiên cứu cổ sinh vật học về sự hình thành loài trong các tầng địa chất. Các ví dụ được mô tả dưới đây đại diện cho các phương thức hình thành loài khác nhau và cung cấp bằng chứng mạnh mẽ cho tổ tiên chung. Điều quan trọng là phải thừa nhận rằng không phải tất cả các nghiên cứu sự hình thành loài trực tiếp quan sát sự phân kỳ từ "bắt đầu đến kết thúc". Điều này là nhờ vào sự phân định nghiên cứu và sự mơ hồ định nghĩa, và đôi khi dẫn đầu nghiên cứu theo hướng tái thiết lịch sử. Trong bối cảnh này, các ví dụ rất nhiều, và các ví dụ sau đây không có nghĩa là tất cả, mà chỉ bao gồm một phần nhỏ các trường hợp được quan sát. Một lần nữa, hãy lưu ý đến một thực tế đã được khẳng định rằng, "... chọn lọc tự nhiên là một phần phổ biến của sự hình thành loài...", và là động lực chính của sự hình thành loài, vì thế; sau đây, các ví dụ về sự hình thành loài thường sẽ phụ thuộc lẫn nhau và tương ứng với sự chọn lọc.
Hóa thạch
Hạn chế tồn tại trong hồ sơ hóa thạch khi xem xét khái niệm về những gì cấu thành một loài. Các nhà cổ sinh vật học chủ yếu dựa vào một khuôn khổ khác: khái niệm loài hình thái. Do không có thông tin như hành vi sinh sản hoặc vật liệu di truyền trong hóa thạch, các nhà cổ sinh vật học phân biệt các loài bởi sự khác biệt về kiểu hình của chúng. Điều tra mở rộng về hồ sơ hóa thạch đã dẫn đến nhiều giả thuyết liên quan đến sự hình thành loài (trong bối cảnh cổ sinh vật học) với nhiều nghiên cứu cho thấy sự quá tải dân số, ngắt quãng và phân nhánh dòng dõi là phổ biến. Năm 1995, D. H. Erwin, et al. đã xuất bản một công trình lớn - '' Phương pháp tiếp cận mới về sự hình thành loài trong Hồ sơ hóa thạch " - trong đó tổng hợp 58 nghiên cứu về sự hình thành loài trong hóa thạch (từ năm 1972 đến năm 1995) tìm thấy hầu hết các ví dụ gợi ý sự quá tải dân số (liên quan đến anagenesis hoặc ngắt quãng) và 16 nghiên cứu cho thấy sự hình thành loài. Mặc dù sự quá tải dân số dường như là kết luận chiếm ưu thế ngay từ cái nhìn đầu tiên, nghiên cứu có liên quan đặc biệt này đã điều tra sâu hơn, kết luận rằng, "... không có mô hình duy nhất nào thể hiện sự thống trị..." với "... sự ưu tiên của các nghiên cứu minh họa 'cả hai' ' sự quá tải dân số và sự dần dần trong lịch sử của một dòng dõi duy nhất". Nhiều nghiên cứu đã tiến hành sử dụng trầm tích đáy biển có thể cung cấp một lượng dữ liệu đáng kể liên quan đến các hóa thạch nhỏ sinh vật phù du. Sự kế thừa của hóa thạch trong địa tầng có thể được sử dụng để xác định xu hướng tiến hóa giữa các sinh vật hóa thạch. Ngoài ra, các trường hợp của sự hình thành loài có thể được giải thích từ dữ liệu và nhiều nghiên cứu đã được tiến hành ghi lại cả sự tiến hóa hình thái và sự hình thành loài.
Globorotalia
thumb|right|225px|Hình 6a: Sự thay đổi hình thái của  Globorotalia crassaformis, G. tosaensis và G. truncatulinoides  hơn 3,5 Ma. Phía trên là một cây phát sinh chủng loài của nhóm. Chuyển thể từ Lazarus et al. (1995). Nghiên cứu mở rộng về sinh vật phù du  Globorotalia truncatulinoides  đã cung cấp cái nhìn sâu sắc về nghiên cứu cổ sinh vật học và môi trường học bên cạnh mối quan hệ giữa môi trường và tiến hóa. Trong một nghiên cứu sâu rộng về bản đồ cổ sinh vật học của  G. truncatulinoides , các nhà nghiên cứu đã tìm thấy bằng chứng cho thấy sự hình thành của một loài mới (thông qua khuôn khổ đặc tả lâm sàng). Lõi lấy từ trầm tích chứa ba loài  G. crassformis ,  G. tosaensis  và  G. truncatulinoides  thấy rằng trước 2,7 Ma, chỉ có  G. crassformis  và  G. tosaensis  đã tồn tại. Một sự kiện hình thành loài xảy ra vào thời điểm đó, theo đó các hình thức trung gian tồn tại khá lâu. Cuối cùng  G. tosaensis  biến mất khỏi hồ sơ hóa thạch (gợi ý sự tuyệt chủng) nhưng tồn tại như một trung gian giữa phần còn lại  G. crassformis  và  G. truncatulinoides . Hồ sơ về hóa thạch này cũng phù hợp với kiểu phát sinh đã tồn tại được xây dựng bởi các đặc tính hình thái học của ba loài. See figure 6a.
Trùng tia
Trong một nghiên cứu lớn về năm loài trùng tia (Calocycletta caepa ,  Pterocanium prismatium ,  Pseudocificent vema ,  Eucyrtidium calvertense  và  Eucyrtidium matuyamai), các nhà nghiên cứu đã ghi nhận sự thay đổi tiến hóa đáng kể trong mỗi dòng. Cùng với điều này, xu hướng với các loài liên quan chặt chẽ  E. calvertense  và  E. matuyamai  cho thấy khoảng 1.9 Mya  E. calvertense  xâm chiếm một khu vực mới của Thái Bình Dương, trở nên cô lập với quần thể chính. Địa tầng của loài này cho thấy rõ rằng quần thể bị cô lập này đã tiến hóa thành  E. matuyamai . Sau đó, nó đã trở lại khu vực cũ mà quần thể  E. calvertense  sinh sống và tĩnh điện khi quần thể này giảm kích thước cơ thể đột ngột. Cuối cùng, kẻ xâm lược  E. matuyamai  biến mất khỏi địa tầng (có lẽ là do sự tuyệt chủng) trùng với sự giảm dần kích thước của quần thể  E. calvertense . Từ thời điểm đó, sự thay đổi kích thước được giữ nguyên. Các tác giả đề xuất rằng sự cạnh tranh đã gây ra dịch chuyển đặc tính.
Rhizosolenia
Các nhà nghiên cứu đã tiến hành đo trên 5.000 loài  Rhizosolenia  (một sinh vật phù du diatom) từ tám lõi trầm tích ở Thái Bình Dương. Các mẫu lõi kéo dài hai triệu năm và được sắp xếp theo thứ tự thời gian bằng các phép đo đảo ngược từ trường trầm tích. Tất cả các mẫu cốt lõi đều mang lại một mô hình phân chia loài tương tự: với một dòng duy nhất ( R. bergonii ) xảy ra trước 3.1 Mya và hai dòng dõi khác biệt về hình thái (loài con cái:  R. Praebergonii ) xuất hiện sau đó. Các tham số được sử dụng để đo các mẫu là nhất quán trong mỗi lõi. Một nghiên cứu bổ sung về các loài con cái  R. Praebergonii  nhận thấy rằng, sau khi phân tách loài, nó đã xâm chiếm Ấn Độ Dương.
Turborotalia
Một nghiên cứu gần đây đã được thực hiện liên quan đến sinh vật phù du foraminifer Turborotalia. Các tác giả đã trích xuất "51 mẫu được sắp xếp theo địa tầng từ một địa điểm trong vùng nhiệt đới ổn định về mặt đại dương Bắc Thái Bình Dương". Hai trăm loài riêng lẻ đã được kiểm tra bằng mười đặc điểm hình thái cụ thể (kích thước, chỉ số nén, tỷ lệ khung buồng, lạm phát buồng, tỷ lệ khung hình khẩu độ, chiều cao thử nghiệm, độ mở rộng thử nghiệm, góc rốn, hướng cuộn và số lượng buồng trong vòng cuối cùng). Sử dụng thống kê đa biến phương pháp phân cụm, nghiên cứu cho thấy loài này tiếp tục tiến hóa không theo hướng trong Eocene từ 45 Ma đến khoảng 36 Ma. Tuy nhiên, từ 36 Ma đến xấp xỉ 34 Ma, các lớp địa tầng cho thấy hai cụm khác biệt với các đặc điểm xác định đáng kể phân biệt nhau với một loài. Các tác giả kết luận rằng sự hình thành loài phải xảy ra và hai loài mới là tổ tiên của loài trước. Giống như trong hầu hết sinh học tiến hóa, ví dụ này đại diện cho tính chất liên ngành của lĩnh vực và bộ sưu tập dữ liệu cần thiết từ các lĩnh vực khác nhau (ví dụ: hải dương học, cổ sinh vật học) và tích hợp phân tích toán học (ví dụ: sinh trắc học).
Động vật có xương sống
Có bằng chứng cho sự hình thành loài của động vật có xương sống mặc dù những hạn chế được áp đặt bởi hồ sơ hóa thạch. Các nghiên cứu đã được tiến hành ghi lại các mô hình tương tự nhìn thấy ở động vật không xương sống biển. Ví dụ, nghiên cứu sâu rộng tỷ lệ tài liệu về sự thay đổi hình thái, xu hướng tiến hóa và mô hình sự hình thành loài ở động vật có vú nhỏ đã đóng góp đáng kể cho các tài liệu khoa học; một lần nữa, chứng minh rằng sự tiến hóa (và sự hình thành loài) đã xảy ra trong quá khứ và hỗ trợ cho bằng chứng về việc tồn tại tổ tiên chung.
Một nghiên cứu về bốn chi động vật có vú:  Hyopsodus ,  Pelycodus ,  Haplomylus  (ba từ Eocene) và  Plesiadapis  (từ Paleocene) phát hiện ra rằng, qua một số lượng lớn các lớp địa tầng và lấy mẫu mẫu, mỗi nhóm thể hiện, "tiến hóa phát sinh chủng loài dần dần, tăng kích thước tổng thể, tiến hóa lặp lại của các loài nhỏ và phân tách loài đặc tính theo nguồn gốc của mỗi loài mới dòng dõi ". Các tác giả của nghiên cứu này đã kết luận rằng sự đầu cơ là rõ ràng. Trong một nghiên cứu khác liên quan đến xu hướng hình thái và tốc độ tiến hóa đã phát hiện ra rằng loài gặm nhấm châu Âu arvicolid tỏa ra 52 dòng dõi khác nhau trong khung thời gian 5 triệu năm trong khi ghi lại các ví dụ vềphát sinh chủng loài dần dần, sự ngắt quãng và ứ đọng.
Drosophila melanogaster
thumb|right|225px|Hình 6b: Một loài ruồi hoa quả phổ biến ([[Drosophila melanogaster)]] William R. Rice và George W. Salt đã tìm thấy bằng chứng thực nghiệm về hình thành loài cùng khu phân bố (sympatric speciation) ở ruồi giấm thông thường. Họ đã thu thập một quần thể  Drosophila melanogaster  từ Davis, California và đặt con nhộng vào một mê cung môi trường sống. Ruồi sơ sinh đã phải điều tra mê cung để tìm thức ăn. Những con ruồi có ba lựa chọn để tìm thức ăn. Ánh sáng và bóng tối (phototaxis), lên và xuống (geotaxis), và mùi hương của acetaldehyd và mùi hương của ethanol (chemotaxis) là ba lựa chọn. Điều này cuối cùng đã chia ruồi thành 42 môi trường sống theo thời gian.