Trận_sông_Nin
Vịnh Aboukir
Khi thấy bến cảng Alexandria không đủ sâu cho hạm đội của mình, Brueys đã tập hợp các thuyền trưởng của mình và thảo luận về những lựa chọn của họ. Bonaparte ra lệnh cho hạm đội neo ở Aboukir Vịnh, một vịnh cạn và trống trải, nhưng có bổ sung các mệnh lệnh với đề nghị rằng nếu Brueys thấy vịnh Aboukir quá nguy hiểm thì có thể đi thuyền về phía bắc tới Corfu, chỉ để lại tàu vận tải và một số tàu chiến nhẹ tại Alexandria. Brueys từ chối, với niềm tin rằng hạm đội của ông có thể cung cấp hỗ trợ cần thiết cho quân đội Pháp trên bờ biển và cho gọi các thuyền trưởng của ông trên boong của kỳ hạm 120 súng Orient để thảo luận về việc phản ứng như thế nào nếu Nelson tìm ra các đội tàu tại nơi neo đậu của nó. Bất chấp sự phản đối cao giọng của Chuẩn đô đốc Armand Blanquet, người nhấn mạnh rằng hạm đội có thể tận dụng toàn bộ hoả lực để đáp trả quân Anh trong vùng nước mở, các thuyền trưởng đều nhất trí rằng neo đậu trong một tuyến bên trong vịnh sẽ tạo ra một hoả lực mạnh để đối phó với Nelson. Có thể là Bonaparte dự tính cho các tầu thả neo để tạo một căn cứ tạm thời, trong ngày 27 tháng7, ông bày tỏ sự kỳ vọng rằng Brueys sẽ chuyển tới Alexandria và ba ngày sau đó đã ban hành lệnh cho các đội tàu sửa soạn tới Corfu để chuẩn bị cho các hoạt động của hải quân chống lại các lãnh thổ của Đế quốc Ottoman ở vùng Balkan nhưng trớ trêu thay, quân du kích Bedouin đã chặn và giết chết người đưa thư khiến mệnh lệnh không thể đến được. Vịnh Aboukir là một chỗ thụt vào ở ven biển dài 16 nmi, kéo dài từ làng Abu Qir ở phía tây đến thị trấn Rosetta ở phía Đông, nơi mà một trong những cửa của sông Nin chảy ra Địa Trung Hải. Năm 1798, vịnh được bảo vệ ở phía tây bằng bãi cát ngầm rộng chạy dài 3 mi từ một doi đất được phòng vệ bởi lâu đài Aboukir vào vịnh. Những bãi cát ngầm cũng đã được bảo vệ bởi một pháo đài nhỏ nằm trên một hòn đảo giữa các tảng đá. Pháo đài này được đồn trú bởi lính Pháp và trang bị ít nhất bốn khẩu đại bác và hai khẩu pháo cối hạng nặng. Brueys đã gia cố cho đồn bằng tàu phóng bom và pháo hạm, được buông neo ở gần bãi đá ở phía tây của hòn đảo ở một vị trí để có thế hỗ trợ cho tuyến đầu của người Pháp. Các bãi cát ngầm chạy không đều ở phía nam của đảo và mở rộng ra vịnh theo hình bán nguyệt khoảng 1650 yd từ bờ biển. Những bãi cát ngầm quá cạn để cho phép các tàu chiến lớn hơn đi qua, do đó Brueys đã ra lệnh mười ba tàu của ông ta lập đội hình thành một tuyến kéo từ rìa đông bắc của bãi cát ngầm ở phía nam của đảo, một vị trí cho phép các tàu để lấy nguồn cung cấp từ phía cảng của họ trong khi kiểm soát cả việc đổ bộ bằng pháo mạn phải của họ. Đế cho có trật tự, các tàu được buộc dây xích chặt lại với nhau, điều này biến nó thành một hàng đại bác về mặt lý thuyết có thể nói là bất khả chiến bại. Một tuyến thứ hai bên trong bao gồm bốn tàu frigate được bố trí khoảng 350 yd ở phía tây của tuyến chính, khoảng nằm giữa đội hình chiến đấu và bãi cát ngầm. Các tàu tiên phong của Pháp, dẫn đầu bởi chiếc Guerrier, được định vị ở khoảng 2400 yd phía đông nam của đảo Aboukir và khoảng 1000 yd từ cạnh của bãi cát ngầm bao quanh các hòn đảo. Tuyến tàu đó kéo dài về phía đông nam, với trung tâm hướng mũi ra phía biển từ bãi cát ngầm. Các tàu chiến của Pháp có khoảng cách với nhau khoảng 160 yd và toàn bộ đội hình tuyến kéo dài 2850 yd, với kỳ hạm Orient ở trung tâm và hai tàu lớn 80 pháo, neo ở hai bên. Đội hậu quân của đội hình này dưới sự chỉ huy của Chuẩn đô đốc Pierre-Charles Villeneuve từ chiếc Guillaume Tell.