Doãn_Khuê
Hoạt động ở Sơn Tây
nhỏ|phải|Văn miếu Sơn Tây, nơi liên quan đến công việc đốc học Sơn Tây của Doãn Khuê những năm 1861-1862. Đầu năm 1861, Tự Đức điều ông lên Sơn Tây làm Đốc học và tổ chức kỳ thi Hương ở tỉnh này (ông làm quan Đề điệu (chủ khảo) kỳ thi Hương này). Những năm tháng này ở hai đầu đất nước Việt Nam đều có giặc giã, Nam Kỳ là người Pháp xâm chiếm các tỉnh miền Đông, Bắc Kỳ thì giặc cướp trong nước, câu kết với phỉ Nhà Thanh tàn quân của Thái Bình thiên quốc và hải tặc, gây nổi loạn ở các tỉnh Tây Bắc (Sơn-Hưng-Tuyên), miền núi ven Biển Đông Bắc và một phần đồng bằng Bắc Bộ (Ninh-Thái, Hải-Yên, Lạng-Bình). Tháng 6 âm lịch năm 1862, Đốc học Doãn Khuê nhờ Tổng đốc Sơn-Hưng-Tuyên là Bùi Ái tâu xin thành công lên triều đình cho mộ các Cử nhân, Tú tài, thủ dõng, thí sinh kỳ thi Hương vừa qua, xung vào quân thứ Tây Bắc, tham gia đánh giặc thổ phỉ. Trong đoàn quân sĩ phu do ông chỉ huy này, có các con và cháu gọi ông bằng chú tham gia: Hai người con trai đầu của ông là Doãn Chi và Doãn Giốc là chỉ huy ở hai cánh quân, Doãn Chi cùng ông dẫn quân chiến đấu giành lại được các phủ Vĩnh Tường, Quốc Oai. Doãn Trứ, một người cháu họ của ông làm tiên phong cho cánh quân tiễu phỉ ở huyện Hạ Hòa, cùng Doãn Giốc. Tại mặt trận Thái Nguyên, một người cháu gọi ông bằng chú, con trai đầu của Doãn Uẩn, làm tri phủ Phú Bình, cũng lãnh đạo quân triều đình đánh lại phỉ Nhà Thanh thắng nhiều trận liên tiếp ở các phủ huyện Bình Xuyên, Phú Bình. Nhưng đến tháng 7 âm lịch năm 1862, sau khi bị phỉ Nhà Thanh vây hãm tại Phú Bình trong 3 tháng, không có quân tiếp viện, lương thực cạn kiệt, Doãn Chính đành phải tuẫn tiết tại con sông chảy qua gần phủ thành. Vua Tự Đức khen rằng: "Việc này thật là khó có người như thế, không thẹn với đời xưa và cũng không thẹn với dòng dõi của người danh thần", rồi truy tặng cho Doãn Chính hàm thị độc học sĩ. Em ruột của Tri phủ Doãn Chính là Doãn Trực (con Doãn Uẩn), được tin anh hy sinh, đã mộ dũng binh, gia nhập quân thứ Thái Nguyên, tiến đánh thổ phỉ thu phục tỉnh thành. Cùng lúc này Tổng đốc kiêm Tuần phủ Sơn Tây là Bùi Ái bị thương nặng, Tổng đốc cũ của Sơn-Hưng-Tuyên là Nguyễn Bá Nghi thì vừa mới ở mặt trận Nam Kỳ ra Sơn Tây (cuối tháng 6 âm lịch) và với vai trò là Tham tán quân vụ đại thần phụ trách quân thứ Tây Bắc nên chưa thể đảm nhận công việc Tổng đốc, do đó Doãn Khuê với vai trò thường trực đã đứng ra xử lý mọi công việc của Tổng đốc Tam tuyên trong thời chiến. Khi nghiên cứu về những năm tháng ở Tam tuyên của Doãn Khuê, Phạm Thị Lan ở Sở Văn hóa Thông tin tỉnh Thái Bình, có viết trong cuốn sách Danh nhân Thái Bình, như sau: ''... Hàng loạt các thắng lợi ở Tam tuyên là nguồn khích lệ tinh thần quân dân vùng Tây Bắc. Tuy nhiên, tình hình trên toàn bộ quân thứ Bắc Kỳ thì quân triều đình gặp nhiều bất lợi, ở các tỉnh lân cận nhiều thành trì lần lượt rơi vào tay giặc cướp. Thống đốc quân thứ Tây Bắc là Tôn Thất Hàm, Thống đốc quân thứ Đông Bắc Trương Quốc Dụng, các Tham tán quân vụ đại thần Bắc Kỳ là Nguyễn Bá Nghi, Đào Trí lo lắng, xin vua cho tăng viện. Tự Đức xuống dụ quở trách: "Sao các ngươi không theo gương Sơn Tây như cha con Doãn Khuê. Nguyễn Bá Nghi trực tiếp ở Tam Tuyên mà không biết mang gương đó ra thi hành ở các nơi khác sao?" Nhưng sau đó Tự Đức cũng cử Nguyễn Tri Phương ra thay Tôn Thất Hàm làm Thống đốc (hay còn gọi là Tổng thống) quân vụ đại thần Bắc Kỳ phụ trách quân thứ Tây Bắc...''. Tháng 8 âm lịch năm 1862, Nguyễn Tri Phương ra tới Tây Bắc. Nhưng tháng sau, là tháng 8 nhuận Tổng đốc Tam tuyên Bùi Ái mất. Theo Phạm Thị Lan thì: Lúc Bùi Ái ốm nặng, Tự Đức có xuống chiếu cho Doãn Khuê thụ chức của Bùi Ái, nhưng Doãn Khuê xin không nhận mà vẫn xin tạm quyền cho đến khi hết giặc, thì ông muốn trở lại làm đúng cương vị Đốc học mà ông yêu thích và có sở trường.. Theo Đại Nam thực lục: Bùi Ái mất, vua cho Nguyễn Bá Nghi thụ chức Tổng đốc nhưng vẫn kiêm Tiêu biện quân vụ.. Do phải kiêm lý, nên trong những ngày này vai trò Tổng đốc của Nguyễn Bá Nghi vẫn mờ nhạt, trong khi Doãn Khuê vẫn hoạt động rất tích cực, sách Đại Nam thực lục cũng ghi nhận các hoạt động tích cực đó của Doãn Khuê. Tháng 9 âm lịch năm 1862, Doãn Khuê chỉ huy quân thứ Tam tuyên tiến đánh lấy lại được các phủ huyện Thanh Ba, Lâm Thao của tỉnh Sơn Tây và các huyện Yên Lập, Văn Chấn của tỉnh Hưng Hóa, bắt được hai đầu sỏ của quân thổ phỉ là giặc Bằng, giặc Cơ rồi đem xử tử. Trong khi đó, Doãn Chi tức Doãn Đê (尹氐), con cả của ông dẫn quân sang Hạ Hòa chi viện cho Doãn Trứ và Doãn Giốc. Nhưng trong khi chiến đấu trên chiến trường, Doãn Trứ và Doãn Giốc đều hy sinh vào đầu tháng 10 âm lịch năm 1862. Tới tháng 12 năm 1864, nhà vua đã truy xét cấp tiền tuất cho Doãn Trứ, Doãn Giốc (尹角) và truy tặng Doãn Giốc hàm Hàn lâm điển bạ. Sau khi thu nạp lại được huyện Hạ Hòa, miền Tam tuyên tạm yên, Doãn Chi, được lệnh của Nguyễn Tri Phương, mang quân đi tiễu phỉ ở Lạng Sơn. Theo Phạm Thị Lan: ...Khi đạo quân của Nguyễn Tri Phương từ Tây Bắc trở về Bắc Ninh để dẹp giặc ở đạo Đông Bắc, Doãn Khuê đã chuẩn bị sẵn hương dõng của Sơn Tây đi theo giúp, đồng thời ông cho quân dàn ra dọc sông Hồng chặn giặc bảo vệ cho đoàn quân hành binh an toàn. Còn theo Đại Nam thực lục thì viết rằng: "Nguyễn Tri Phương đem quân đánh miền Bắc, đã phá được tổ giặc ở Chí Linh, bèn đóng ở phía nam sông Chiêm Đức (tức Thiên Đức) ngầm sai Hà Nội, Sơn Tây đều dàn các thuyền làm ra vẻ muốn sang sông, để chia thế giặc...". Mặt trận Tam tuyên tạm yên. Sau thắng lợi này ông xin thôi công việc của một Hộ đốc Sơn Tây trả lại cho Nguyễn Bá Nghi trở về dạy học, vào đầu tháng 1 năm Quý Hợi (1863). Thực sự thì vào tháng 1 năm 1863, chức Tuần phủ Sơn Tây của Bùi Ái thụ lý trước đây, mới chính thức được trao cho Nguyễn Bá Nghi, sách Đại Nam thực lục cũng ghi rõ điều này: "..., Hộ lý Tổng đốc Sơn – Hưng - Tuyên là Nguyễn Bá Nghi đổi bổ thụ Tuần phủ miễn cho không phải cách lưu;...".