Sukarno
Digmaan lider
Ang pag-sign ng lubos na makasasama Renville Kasunduan sanhi ng kahit na mas mataas na kawalang-tatag sa loob ng Republican pampulitika istraktura. Sa Dutch-abala West Java, Darul Islam guerrillas sa ilalim ng Sekarmadji Maridjan Kartosuwirjo pinananatili ang kanilang anti-Dutch paglaban at pinawawalang-bisa sa anumang ng katapatan sa Republika; ang mga ito sanhi ng isang madugong paghihimagsik sa West Java at iba pang mga lugar sa unang dekada ng pagsasarili. Punong Ministro Sjarifuddin, na naka-sign ang kasunduan, ay mapipilitang magbitiw sa tungkulin noong enero 1948, at ay pinalitan sa pamamagitan ng Mohammad Hatta. Hatta gabinete patakaran ng rationalising ang mga armadong pwersa sa pamamagitan ng demobilising malaking bilang ng mga armadong grupo na proliferated ang Republican lugar, nag-dulot ng matinding kawalang-kasiyahan. Makakaliwa pampulitikang mga elemento, na humantong sa pamamagitan ng nabubuhay na muli Indonesian Komunista Party (PKI) sa ilalim ng Musso kinuha bentahe ng publiko disaffections sa pamamagitan ng paglulunsad ng paghihimagsik sa Madiun, East Java, sa septiyembre 18, 1948. Duguan fighting ang patuloy na sa panahon ng late-setyembre hanggang sa katapusan ng oktubre 1948, kapag ang huling komunista banda ay bagsak at Musso kinunan patay. Ang communists ay overestimated sa kanilang mga potensyal na upang tutulan ang malakas na pag-apila ng Sukarno sa gitna ng mga populasyon. left|thumb|Sukarno at Foreign Minister Agus Salim sa Dutch pag-iingat, Parapat 1949. Sa 19 disyembre 1948, upang samantalahin ng Republika ng mahina ang posisyon ng pagsunod sa mga komunista paghihimagsik, ang Dutch inilunsad Operatie Kraai, ang isang ikalawang militar pagsalakay dinisenyo upang crush ang Republic sa sandaling at para sa lahat. Ang pagsalakay ay pinasimulan sa isang nasa eruplano panghahalay sa Republikano capital Yogyakarta. Sukarno iniutos ang mga armadong pwersa sa ilalim ng Sudirman upang ilunsad ang mga gerilya kampanya sa kanayunan, habang siya at iba pang mga key na lider na tulad Hatta at Sjahrir pinapayagan ang kanilang mga sarili upang maging kinuha bilanggo sa pamamagitan ng ang olandes. Upang matiyak ang pagpapatuloy ng gobyerno, Sukarno nagpadala ng telegrama upang Sjafruddin Prawiranegara, na nagbibigay sa kanya ang mga utos na humantong sa isang pang-Emergency na Pamahalaan ng Republika ng Indonesia (PDRI), batay sa walang tao sa hinterlands ng West Sumatra, isang posisyon na siya iningatan hanggang Sukarno ay inilabas sa hunyo 1949. Ang Dutch na ipinadala ni Sukarno at iba pang mga nakunan Republican lider sa pagkabihag sa Prapat, sa Dutch-maraming ginagawa sa bahagi ng North Sumatra at sa paglaon upang ang mga isla ng Bangka. thumb|Sukarno ay bumalik sa Yogyakarta noong hunyo 1949 Ang ikalawang Dutch pagsalakay sanhi ng kahit na higit pang mga internasyonal na pang-aalipusta. Ang Estados Unidos, impressed sa pamamagitan ng Indonesia ay ang kakayahan upang talunin ang mga 1948 komunista hamon sa labas nang walang tulong, nanganganib upang i-cut-off ang mga Marshall Aid ng mga pondo sa Netherlands kung ang operasyon ng militar sa Indonesia patuloy na. TNI hindi matibag at patuloy na pasahod gerilya paglaban laban sa mga Dutch, pinaka-kapansin-pansin ang pag-atake sa mga Dutch-gaganapin Yogyakarta na humantong sa pamamagitan ng Tenyente-Koronel Suharto noong 1 Marso 1949. Dahil dito, ang mga olandes ay sapilitang upang mag-sign ang Roem-van Roijen Kasunduan sa 7 Mayo 1949. Ayon sa kasunduan na ito, ang mga Dutch inilabas ang Republican pamumuno at ibinalik ang mga lugar na nakapalibot sa Yogyakarta sa Republikano kontrol sa hunyo 1949. Ito ay sinundan sa pamamagitan ng ang mga Dutch-Indonesian Round Table Conference gaganapin sa Ang Hague kung saan ang humantong sa makumpleto ang paglipat ng kapangyarihan sa pamamagitan ng ang Queen Juliana ng Netherlands sa Indonesia, sa ika-27 ng disyembre 1949. Sa araw na iyon, Sukarno nagsakay mula sa Yogyakarta sa Jakarta, sa paggawa ng isang matagumpay na pagsasalita sa ang mga hakbang ng mga gobernador-heneral ng palasyo, agad na pinalitan ng pangalan ang Merdeka Palace ("Kalayaan Palace").