Simbahang_Katolikong_Romano
Panahon ng Protestanteng Repormasyon
thumb|right|Tagapagpasimula ng [[Protestanteng Repormasyon na si Martin Luther]] Ang Ikalimang Konsehong Lateran ay naglabas ng ilan ngunit mga maliliit na reporma noong Marso 1517. Pagkatapos ng ilang mga buwan noong 31 Oktubre 1517, ang paring Katoliko na si Martin Luther ay nagpaskil ng Ang Siyamnaputlimang Tesis sa publiko na umaasang magpasimula ng debate. Ang kanyang tesis ay nagprotesta sa mga mahahalagang punto ng doktrinang Katoliko gayon din ang pagbebenta ng mga indulhensiya. Ang iba pa gaya nina Huldrych Zwingli, John Calvin ay bumatikos rin sa mga katuruan ng Romano Katoliko. Ang mga hamong ito na sinuportahan ng mga makapangyarihang pwersang pampolitika sa rehiyon ay umunlad sa Protestanteng Repormasyon. Sa Alemanya, ang Repormasyon ay nagresulta sa digmaan sa pagitan ng Protestang Ligang Schmalkaldic at emperador na Katolikong si Charles V, Banal na Emperador Romano. Ang unang siyam na taong digmaan ay nagwakas noong 1555 ngunit ang patuloy na mga tensiyon ay lumikha ng higit na malalang alitan na TatlumpungTaong Digmaan na sumiklab noong 1618. Sa Pransiya, ang sunod sunod na mga alitang tinaguriang Mga Digmaang Pranses ng Relihiyon ay nilabanan mula 1562 hanggang 1598 sa pagitan ng mga Huguenot at mga pwersa ng Ligang Katolikong Pranses. Ang mga sunod sunod na papa ay pumanig at naging mga tagasuportang pinansiyal ng Ligang Katoliko. Ito ay nagwakas sa ilalim ni Papa Clemente VIII na may pag-aatubiling tanggapin ang Atas ng Nantes ni Haring Henry IV ng Pransiya noong 1598 na nagkakaloob ng tolerasyong relihiyoso at sibil sa mga Protestante. Ang Repormasyong Ingles ay maliwanag na batay sa pagnanais ni Henry VIII ng Inglatera sa pagpapawalang bisa ng kanyang kasal kay Catherine ng Aragon at sa simula ay mas pampolitika at kalaunang naging alitang teolohikal. Ang Mga Akto ng Supremasya ay gumawa sa hari ng Inglatera na maging pinuno ng simbahan ng Inglatera at sa gayon ay sa pagkakatatag ng Simbahan ng Inglatera. Pagkatapos nito sa simula ng 1536, ang ilang mga monasteryo sa Inglater, Wales at ireland ay nahinto at ang mga simbahang Katoliko ay sinunggaban. Nang mamatay si Henry noong 1547, ang lahat ng mga monasteryo, priaryo, mga kombento at ma dambana ay winasak o hininto. Si Maria I ng Inglatera ay muling nagpaisa ng Simbahan ng Inglatera at Roma laban sa payo ng ambahador na Espanyol at inusig ang mga Protestante sa panahon ng mga pag-uusig na Marian. Pagkatapos ng ilang probokasyon, ang sumunod na reynang si Elizabeth I ay napatupad ng Akto ng Supremasya. Ito ay pumigil sa mga Katoliko na maging mga kasapi ng propesyon, humawak ng opisyong pampubliko, pagboto o pagbibigay edukasyon sa mga anak nito. Ang Simbahang Katoliko Romano ay tumugon sa mga hamong pang doktrina at mga pang-aabuso na binigyang diin ng Repormasyon sa Konseho ng Trent (1545–1563). Ang konsehong ito ay naging nagpapatakbong pwersa ng Kontra-Repormasyon at muling pinagtibay ang mga sentral na doktrinang Katoliko gaya ng transubsansiasyon. Ito ay nagbago rin sa ibang mga mahalagang sa simbahan gaya ng pag-iisa ng hurisdiksiyon ng Roman Curia. Ang mga batikos ng Repormasyon ang kabilang na paktor na nagpasimula ng mga bagong orden kabilang ang mga theatine, Barnabite at Heswita.