cyanic-selkie/wikianc huggingface dataset:
ข้อโต้เถียงเรื่องอาหารดัดแปรพันธุกรรม
สิ่งตีพิมพ์ทางวิทยาศาสตร์
ก่อนปี พ.ศ. 2553 นักวิทยาศาสตร์ที่ต้องการทำงานวิจัยกับพืชหรือเมล็ดพืชดัดแปรพันธุกรรรม ไม่สามารถจะทำได้เพราะว่ามีสัญญาผู้ใช้ (end-user agreement) ที่จำกัดเกินไป ต่อมาก็เกิดนักวิทยาศาสตร์กลุ่มหนึ่งที่ต่อต้านข้อจำกัดเช่นนั้น แล้วส่งคำแถลงการณ์ไปยังสำนักงานปกป้องสิ่งแวดล้อมสหรัฐ (EPA) ในปี 2552 โดยประท้วงว่า "เพราะเหตุที่เข้าถึงได้อย่างจำกัด จึงไม่สามารถจะทำงานวิจัยที่เป็นอิสระอย่างแท้จริงและที่ถูกต้องตามกฎหมาย เกี่ยวกับคำถามสำคัญต่าง ๆ เกี่ยวกับเทคโนโลยีนี้" บทความบรรณาธิการในปี 2552 ของนิตยสาร Scientific American อ้างนักวิทยาศาสตรผู้หนึ่งผู้กล่าวว่า มีงานศึกษาหลายงานที่ได้รับอนุมัติจากบริษัท แต่ต่อมาก็ถูกห้ามไม่ให้ตีพิมพ์เผยแพร่ผลงานเมื่อไม่แสดงผลที่น่าชอบใจ คณะบรรณาธิการจึงเสนอให้ EPA บังคับว่า การอนุมัติพืชดัดแปรพันธุกรรมจะทำได้ก็ต่อเมื่อบริษัทเปิดโอกาสให้นักวิจัยอิสระเข้าถึงผลิตภัณฑ์เพื่องานวิจัยได้อย่างไม่จำกัด แม้ว่าคณะบรรณาธิการจะเห็นด้วยกับการปกป้องทรัพย์สินทางปัญญา
ต่อมาในเดือนธันวาคม 2552 สมาคมการค้าเมล็ดอเมริกัน (American Seed Trade Association) ตกลงที่จะ "อนุญาตผู้วิจัยสาธารณะ ให้มีอิสระมากขึ้นในการศึกษาผลกระทบของพืชดัดแปรพันธุกรรมที่ใช้ทำอาหาร" โดยมีบริษัทเซ็นให้สัญญาแบบรวม ๆ ที่จะอนุญาตงานวิจัยเช่นนี้ ซึ่งทำให้นักวิทยาศาสตร์เป็นจำนวนมากรู้สึกดีต่ออนาคต โดยมีนักวิทยาศาสตร์ท่านหนึ่งจาก Agricultural Research Service (ARS) ซึ่งเป็นองค์กรหนึ่งของกระทรวงเกษตรสหรัฐ ได้กล่าวไว้ว่า "[สัญญานี้] ดีและเฉพาะเจาะจงมาก ARS จะสามารถทำทุกสิ่งทุกอย่างโดยทั่วไปตามที่ต้องการ" แต่ว่า ก็ยังมีนักวิทยาศาสตร์บางพวกที่ยังเป็นห่วงกังวลว่า สัญญานี้จะมีผล "เปลี่ยนแปลงภาวะแวดล้อมงานวิจัยที่เต็มไปด้วยการกีดขวางและความไม่ไว้วางใจ" ได้หรือไม่ คือความจริงมอนแซนโตก็ได้มีสัญญางานวิจัย (คือ Academic Research Licenses - สัญญาอนุญาตงานวิจัยวิชาการ) กับมหาวิทยาลัยประมาณ 100 แห่งอยู่แล้ว ที่อนุญาตให้นักวิทยาศาสตร์ของมหาวิทยาลัย สามารถทำงานวิจัยกับผลิตภัณฑ์ดัดแปรพันธุกรรมของบริษัท โดยที่บริษัทไม่เข้าไปควบคุมจัดการ
โดยปี พ.ศ. 2546 การทดสอบภาคสนามของพืชดัดแปรพันธุกรรมได้ลดลง 87% จากปี 2541 เนื่องจากการถอนตัวของบริษัทต่าง ๆ เพราะเหตุ "สถานกาณ์ทางกฎหมายที่ไม่ชัดเจน การยอมรับผลิตภัณฑ์แปรพันธุกรรมในระดับต่ำของสาธารณชน และตลาดที่ไม่แน่นอน" และการตัดงบประมาณให้ทุนจากภาครัฐ
งานปฏิทัศน์ปี 2556 กับสิ่งตีพิมพ์ 1,783 บทความระหว่างปี 2545-2556 เกี่ยวกับพืชและอาหารดัดแปรพันธุกรรมพบว่า ไม่มีหลักฐานที่น่าเชื่อถือว่ามีอันตรายจากการใช้พืชดัดแปรพันธุกรรมที่วางตลาดแล้วในเวลานั้น ๆ และ Biology Fortified, Inc. (เรียกสั้น ๆ ว่า Biofortified) ซึ่งเป็นองค์การไม่แสวงหาผลกำไรอิสระ ที่มีจุดประสงค์เพื่อให้ข้อมูลความจริงและสนับสนุนการอภิปรายประเด็นต่าง ๆ เกี่ยวกับเกษตรกรรม โดยเฉพาะในเรื่องพันธุศาสตร์และพันธุวิศวกรรม ได้วางแผนเพื่อเพิ่มสิ่งตีพิมพ์อื่น ๆ รวมกับงานที่รวบรวมโดยงานปฏิทัศน์ปี 2556 ในฐานข้อมูลขององค์กรซึ่งรวบรวมงานศึกษาเกี่ยวกับพืชดัดแปรพันธุกรรม เป็นฐานข้อมูลที่เรียกว่า GENERA
สุขภาพ
มีมติส่วนใหญ่ของนักวิทยาศาสตร์ว่า อาหารดัดแปรพันธุกรรมที่วางตลาดแล้วในบัดนี้ ไม่ได้เสี่ยงสูงกว่าอาหารธรรมดา     แหล่งอื่น ๆ คือไม่มีรายงานเกี่ยวกับผลลบในประชากรมนุษย์ สมาคมอเมริกันเพื่อความก้าวหน้าของวิทยาศาสตร์ (American Association for the Advancement of Science ตัวย่อ AAAS) ซึ่งเป็นสมาคมทางวิทยาศาสตร์ทั่วไปที่มีสมาชิกมากที่สุดในโลก และเป็นผู้พิมพ์นิตยสาร Science ในปี 2555 อ้างว่า "การบริโภคอาหารที่มีส่วนผสมจากพืชดัดแปลงพันธุกรรมไม่ได้เสี่ยงกว่าอาหารเดียวกันที่มีส่วนผสมมาจากพืชที่พัฒนาขึ้นผ่านวิธีธรรมดา" สมาคมการแพทย์อเมริกัน (American Medical Association) วิทยาศาสตรบัณฑิตสถานแห่งชาติ (National Academies of Sciences) และราชสมาคมการแพทย์ (Royal Society of Medicine) ล้วนแต่กล่าวว่า ยังไม่มีการรายงานผลลบต่อสุขภาพมนุษย์เนื่องกับอาหารดัดแปรพันธุกรรม ผ่านวรรณกรรมที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกัน
แต่ว่า มติส่วนใหญ่ของนักวิทยาศาสตร์และขององค์กรควบคุมของรัฐชี้ว่า ต้องพัฒนาเทคโนโลยีและกฎระเบียบ ที่ใช้ในการทดสอบ สิ่งมีชีวิตทั้งแบบ transgenesis (โดยใช้ยีนจากสิ่งมีชีวิตตระกูลอื่น) และ cisgenesis (โดยใช้ยีนจากสิ่งมีชีวิตที่เป็นญาติใกล้ชิด) ยังมีการทดสอบเหมือนกัน ในปี 2555 กลุ่ม GMO ขององค์กรควบคุมความปลอดภัยอาหารยุโรป (European Food Safety Authority ตัวย่อ EFSA) กล่าวว่า "อันตรายที่ไม่เคยมีมาก่อน" อาจจะเกิดขึ้นสัมพันธ์กับสิ่งมีชีวิตแบบ transgenesis
Substantial equivalence (ความสมมูลอย่างสำคัญ)
ผลิตภัณฑ์เกษตรธรรมดาโดยมาก มาจากการจัดการพันธุกรรมผ่านกระบวนการผสมพันธุ์แบบข้ามพันธุ์ (cross-breeding) และแบบลูกผสม (hybridization)
รัฐบาลประเทศต่าง ๆ ควบคุมการวางตลาดและการปล่อยอาหารดัดแปรพันธุกรรมเป็นกรณี ๆ ประเมินความเสี่ยงและมีกฎควบคุมที่ต่าง ๆ กัน ประเทศสหรัฐอเมริกาและประเทศในยุโรปมีความแตกต่างกันที่สำคัญ พืชผลที่ไม่ใช้เป็นอาหารจะไม่มีการตรวจสอบความปลอดภัยเพื่อเป็นอาหาร อาหารดัดแปรพันธุกรรมจะไม่ทดสอบในมนุษย์ก่อนวางตลาด เพราะไม่ใช่สารเคมีชนิดใดชนิดหนึ่งโดยเฉพาะ และไม่ได้มุ่งหมายให้บริโภคเฉพาะปริมาณเป็นระยะ ๆ จึงทำให้การศึกษาแบบคลินิกนั้นยากขึ้น เจ้าหน้าที่องค์กรควบคุมจะตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงของยีน ที่สัมพันธ์กับโปรตีนที่เป็นผล และผลของโปรตีนเช่นนั้นต่ออาหาร
เจ้าหน้าที่ควบคุมจะเช็คว่า อาหารดัดแปรพันธุกรรมนั้นสมมูลอย่างสำคัญ (substantial equivalence) กับอาหารธรรมดา เพื่อจะตรวจจับผลลบที่ไม่ได้ตั้งใจ โปรตีนใหม่ที่ต่างไปจากโปรตีนในอาหารปกติ หรือความผิดปกติอย่างอื่นที่พบในการเปรียบเทียบ จะต้องผ่านการวิเคราะห์ทางด้านพิษวิทยาต่อไป
ในปี 2542 นักวิชาการที่ Rowett Research Institute ในประเทศสกอตแลนด์เตือนว่า การทดสอบโดยความสมมูลอย่างสำคัญ "อาจจะมีปัญหาในบางกรณี" และการทดสอบความปลอดภัยที่มีในปัจจุบัน อาจจะปล่อยสารอันตรายเข้าสู่ระบบเก็บส่งอาหารของมนุษย์ ในปีเดียวกับมีนักวิทยาศาสตร์กลุ่มหนึ่งที่วิจารณ์ว่า ระเบียบมาตรฐานที่ว่านี้เป็นผลของงานวิทยาศาสตร์เทียมที่มีเหตุมาจากการเมืองและการวิ่งเต้น เพื่อสร้างความมั่นใจให้ผู้บริโภค และเพื่อช่วยบริษัทเทคโนโลยีชีวภาพให้ลดทั้งเวลาและค่าใช้จ่ายในการทดสอบความปลอดภัย แล้วเสนอว่า ให้ทดสอบอาหารดัดแปรพันธุกรรมทางชีววิทยา ทางพิษวิทยา และทางวิทยาภูมิคุ้มกันอย่างเข้มงวด และให้ทิ้งมาตรฐานความสมมูลอย่างสำคัญไปเสีย ต่อมาข้อวิจารณ์นี้ถูกวิจารณ์ว่า บิดเบือนประวัติ บิดเบือนข้อมูลที่มีอยู่ และมีเหตุผลที่ไม่ดี มีนักวิชาการท่านอื่นอีก (รวมทั้ง Kuiper) ที่อ้างว่า ข้อวิจารณ์พูดถึงการประเมินความปลอดภัยอย่างง่าย ๆ เกินไป และการทดสอบความสมมูลนั้น เป็นอะไรที่มากกว่าการทดสอบโดยเคมี และอาจจะรวมการทดสอบความเป็นพิษด้วย แต่ก็ยังมีนักวิชาการอื่นอีกที่สนับสนุนกฎหมายเพื่อทดแทนมาตรฐานความสมมูลอย่างสำคัญ ด้วยการศึกษาความปลอดภัยแบบอื่น ๆ
งานสำรวจสิ่งตีพิมพ์ในปี 2554 ที่เปรียบเทียบคุณสมบัติภายในของพืชดัดแปรพันธุกรรมและพืชธรรมดา (โดยตรวจสอบจีโนม proteome และ metabolome) สรุปว่า พืชดัดแปรพันธุกรรมมีผลกระทบต่อการแสดงออกของยีน หรือต่อโปรตีนและระดับเมทาบอไลท์ ในระดับที่ต่ำกว่าพืชที่เพาะพันธุ์แบบธรรมดา งานปฏิทัศน์ปี 2556 ต่อมาเสนอว่า การดัดแปรพันธุ์แบบ transgenesis เปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ในระดับที่น้อยกว่าเทคนิคการเพาะพืชธรรมดา เพราะว่า การเพาะพืชธรรดาเปลี่ยนแปลงยีนในระดับที่สูงกว่า เป็นความเปลี่ยนแปลงแบบต่าง ๆ รวมทั้งการกลายพันธุ์ การหลุดหาย การแทรก (insertion) และการจัดแจงใหม่ (rearrangement) เมื่อเทียบกับการเปลี่ยนแปลงโดยพันธุวิศวกรรมที่จำกัด ซึ่งบ่อยครั้งเปลี่ยนแค่ยีนเดียว นอกจากนั้นแล้ว องค์การอาหารและยาของสหรัฐยังพบว่า งาน 148 งานที่องค์กรประเมินทั้งหมด มีความสมมูลอย่างสำคัญกับพืชธรรมดา และเจ้าหน้าที่ควบคุมญี่ปุ่นก็พบความสมมูลในงานทั้งหมด 189 งานที่รัฐตรวจสอบ รวมทั้งผลิตภัณฑ์ต่าง ๆ ที่มีลักษณะสืบสายพันธุ์รวมกันหลายอย่าง ความสมมูลที่พบเช่นนี้รับการยืนยันโดยงานที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันกว่า 80 ชิ้น ดังนั้น ผู้เขียนงานปฏิทัศน์จึงอ้างว่า การศึกษาแบบ compositional equivalence ที่บังคับให้ทำในพืชดัดแปรพันธุกรรมเท่านั้น เป็นสิ่งที่ไม่ควรทำต่อไปเพราะเพียงเหตุผลว่า มีความไม่แน่นอนทางวิทยาศาสตร์ ซึ่งเป็นเหตุผลที่ให้เมื่อเริ่มใช้วิธีนี้ในปี 2536
ภูมิแพ้
ผู้สนับสนุน GMO ให้ข้อสังเกตว่า เพราะว่ามีการบังคับให้ทดสอบความปลอดภัย ความเสี่ยงการปล่อยพันธุ์พืชที่มีสารก่อภูมิแพ้หรือสารพิษใหม่ ๆ จะน้อยกว่ากระบวนการเพาะพันธุ์พืชธรรมดา ที่ไม่บังคับให้มีการทดสอบเลย นอกจากนั้นแล้ว พันธุวิศวกรรมมีผลกระทบต่อการแสดงออกของยีน หรือต่อโปรตีนและระดับเมทาบอไลท์ น้อยกว่าการเพาะพันธุ์พืชแบบธรรมดา ซึ่งเป็นการเปลี่ยนพันธุ์พืชแบบไม่สามารถทำให้เฉพาะเจาะจง และนักพิษวิทยาก็ตั้งข้อสังเกตด้วยว่า "อาหารธรรมดาไม่ใช่ไม่เสี่ยง (เพราะว่า) สารก่อภูมิแพ้มีอยู่ในอาหารธรรมดาทั้งชนิดที่มีอยู่แล้วและทั้งที่เกิดขึ้นใหม่ ๆ ยกตัวอย่างเช่นมีการวางตลาดลูกกีวีในประเทศสหรัฐอเมริกาและประเทศยุโรปในช่วงคริสต์ทศวรรษ 1960 ซึ่งในขณะนั้นไม่ปรากฏสารก่อภูมิแพ้ใด ๆ แต่ว่า ทุกวันนี้ มีคนที่แพ้ผลไม้ชนิดนี้"
นอกจากนั้นแล้ว การแปรพันธุกรรมยังสามารถกำจัดสารก่อภูมิแพ้ ซึ่งอาจจะลดความเสี่ยงการแพ้อาหาร เช่นในปี 2546 มีการทดสอบถั่วเหลืองพันธุ์ลดสารภูมิแพ้ แล้วพบว่า ไม่มีสารก่อภูมิแพ้สำคัญ ๆ ในถั่วแปรพันธุกรรมที่พบในถั่วธรรมดา วิธีการเดียวกันก็ทดลองแล้วในหญ้า สกุล Lolium ซึ่งปกติมีละอองเรณูที่เป็นเหตุสำคัญของโรคเยื่อจมูกอักเสบจากภูมิแพ้ ในกรณีนี้ มีการสร้างหญ้าดัดแปรพันธุกรรมที่สืบลูกหลานได้ โดยไม่มีสารก่อภูมิแพ้หลัก ซึ่งแสดงให้เห็นว่าการสร้างหญ้าปราศจากสารก่อภูมิแพ้นั้นเป็นไปได้
บริษัท GMO ได้ระงับผลิตภัณฑ์ GMO ที่พบว่าทำให้เกิดปฏิกิริยาภูมิแพ้ ก่อนที่จะวางตลาด เช่นในต้นคริสต์ทศวรรษ 1990 บริษัท Pioneer Hi-Bred (ปัจจุบันเป็น Dupont Pioneer) พยายามปรับปรุงสารอาหารในถั่วเหลืองเพื่อเลี้ยงสัตว์โดยเติมยีนจากต้นบราซิลนัต แต่เพราะว่ามีคนที่แพ้ถั่ว บริษัทจึงได้ทดสอบการเกิดภูมิแพ้ทั้งแบบ in vitro (คือในสถานการณ์เทียม) ทั้งแบบเจาะผิวหนังทดสอบ แล้วพบว่า ถั่วเหลืองดัดแปรพันธุกรรมทำให้เกิดภูมิแพ้ บริษัทจึงระงับการพัฒนาผลิตภัณฑ์นั้น ต่อมาในปี 2548 องค์กร Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (องค์การวิจัยทางวิทยาศาสตร์และอุตสาหกรรมแห่งเครือจักรภพ) แห่งประเทศออสเตรเลียได้พัฒนาถั่วลันเตาต้านทานโรคขึ้น แต่พบว่าทำให้เกิดภูมิแพ้ในหนู ดังนั้น องค์กรจึงได้ระงับงานที่ทำกับพืชพันธุ์นี้อย่างทันที กรณีเหล่านี้ ได้ใช้เป็นหลักฐานว่า การแปรพันธุกรรมสามารถก่อให้เกิดการเปลี่ยนแปลงที่ไม่คาดหวังและเป็นอันตรายในอาหาร แต่ก็ใช้เป็นหลักฐานด้วยว่า การทดสอบความปลอดภัยสามารถป้องกันระบบเก็บส่งอาหารได้
ในเหตุการณ์เรียกคืนผลิตภัณฑ์ข้าวโพด Starlink ปี 2543 ผลิตภัณฑ์ข้าวโพดในซูเปอร์มาร์เก็ตและร้านอาหารในสหรัฐอเมริกา เกิดปนเปื้อนด้วยข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมที่มีโปรตีนของแบคทีเรียบาซิลลัสทูริงเยนซิส (Bt) คือ โปรตีน Cry9C แล้วต่อมาก็พบในประเทศญี่ปุ่นและเกาหลีใต้ด้วย ข้าวโพดชนิดนี้ความจริงได้รับอนุมัติเฉพาะให้เป็นอาหารสัตว์เท่านั้น ด้วยเหตุว่า Cry9C สามารถดำรงอยู่ในระบบย่อยอาหารได้นานกว่าโปรตีนชนิดอื่น ๆ ของ Bt ซึ่งทำให้เกิดความเป็นห่วงเรื่องความเป็นสารภูมิแพ้ของผลิตภัณฑ์ เหตุการณ์เริ่มขึ้นในเดือนกันยายน 2543 เมื่อองค์กรตรวจสอบอาหาร (Genetic ID) ที่จัดตั้งโดยกลุ่มต่อต้าน GMO ตรวจพบข้าวโพด Starlink ในผลิตภัณฑ์ของบริษัท Taco Bell ในซูเปอร์มาร์เก็ต จึงมีผลให้บริษัทเรียกคืนผลิตภัณฑ์ แล้วในที่สุดบริษัทต่าง ๆ ในสหรัฐอเมริกาก็เรียกคืนผลิตภัณฑ์ของตนทั้งที่ตรวจพบ Starlink ทั้งที่เรียกคืนเป็นการระวังล่วงหน้า ทั้งหมดรวมกันกว่า 300 ผลิตภัณฑ์ บริษัท Aventis จึงได้เลิกขายข้าวโพดชนิดนี้โดยสมัครใจเองในเดือนตุลาคม 2543 ในปี 2545 อาหารที่สหประชาชาติและประเทศสหรัฐอเมริกาส่งไปช่วยประเทศต่าง ๆ ในแอฟริกากลางก็พบว่าปนเปื้อนด้วยข้าวโพด StarLink เหมือนกัน อาหารช่วยเหลือจึงถูกปฏิเสธ ตั้งแต่ปี 2544 ก็มีการจับตรวจโปรตีนของ Starlink Bt ได้ต่อมาเรื่อย ๆ จนกระทั่งถึงปี 2547 จึงไม่พบโปรตีนนี้อีกในระบบเก็บส่งอาหารของสหรัฐ ในปี 2548 องค์กรต่อต้านสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม GeneWatch UK และกรีนพีซ ก่อตั้งทะเบียนการปนเปื้อนด้วยสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม (GM Contamination Register) ในช่วงที่มีการเรียกคืนผลิตภัณฑ์ ศูนย์ควบคุมโรคสหรัฐ (Centers for Disease Control) ประเมินรายงานเกี่ยวกับปฏิกิริยาภูมิแพ้ต่อข้าวโพด StarLink แล้วตัดสินว่าไม่มีปฏิกิริยาภูมิแพ้เกิดขึ้น
การถ่ายทอดยีนในแนวราบให้สัตว์
การถ่ายทอดยีนในแนวราบ (horizontal gene transfer) เป็นการถ่ายทอดยีนจากสิ่งมีชีวิตอย่างหนึ่ง ไปยังอีกอย่างหนึ่ง ที่ไม่ใช่โดยการสืบพันธุ์ การถ่ายทอดยีนเช่นนี้ระหว่างพืชดัดแปรพันธุกรรมกับสัตว์มีความเสี่ยงน้อยมาก และโดยมากคาดหวังได้ว่าจะน้อยกว่าอัตราพื้นฐาน (background rate) งานวิจัยสองงานเกี่ยวกับผลของการเลี้ยงสัตว์ด้วยอาหารดัดแปรพันธุกรรมพบว่า ไม่มี recombinant DNA หรือโปรตีนแปลกปลอมหลงเหลืออยู่ในอวัยวะหรือในเนื้อเยื่อของสัตว์ แต่มีงานวิจัยอื่นที่พบดีเอ็นเอของแบคทีริโอฟาจ M13, ยีนโปรตีนเรืองแสงสีเขียว (green fluorescent protein), และยีนเอนไซม์ rubisco ในเลือดและเนื้อเยื่อของสัตว์ และในปี 2555 ก็มีงานวิจัยหนึ่งที่เสนอว่าไมโครอาร์เอ็นเอจากข้าว มีอยู่แต่ต่ำมาก ในซีรั่มของมนุษย์และสัตว์ แต่ว่ามีงานวิจัยหลายงานอื่น ๆ ที่คัดค้าน คือพบว่า มีการถ่ายทอดไมโครอาร์เอ็นเอจากพืช ในระดับที่ไม่มีนัยสำคัญ ไปยังเลือดของมนุษย์และสิ่งมีชีวิตแบบจำลอง (model organism) 3 อย่างที่ทดลอง
ความกังวลอีกอย่างหนึ่งก็คือ ยีนดื้อยาปฏิชีวินะที่ใช้ทั่วไปเป็นเครื่องหมายดีเอ็นเอ (genetic marker) ในพืชดัดแปรพันธุกรรม อาจถ่ายทอดไปยังแบคทีเรียอันตราย ซึ่งจะกลายเป็นแบคทีเรียดื้อยา งานวิจัยปี 2547 ในอาสาสมัครมนุษย์ตรวจสอบว่า ยีนตัดต่อ (transgene) จากถั่วเหลืองดัดแปรพันธุกรรม จะถ่ายทอดไปยังแบคทีเรียที่อยู่ในทางเดินอาหารมนุษย์หรือไม่ แม้โดยปี 2555 นี่ก็ยังเป็นงานศึกษาอาหารดัดแปรพันธุกรรมในมนุษย์เพียงแค่งานเดียว แต่ก่อนการบริโภคอาหารดัดแปร มีการตรวจพบยีนตัดต่อที่ว่าในอาสาสมัคร 3 คน จาก 7 คน ผู้ที่ตัดลำไส้ออกเพราะเหตุผลทางการแพทย์ แต่เพราะว่า ไม่มีการถ่ายทอดยีนที่เพิ่มขึ้นหลังจากการบริโภคถั่วเหลืองดัดแปร นักวิจัยจึงสรุปว่า ไม่มีการถ่ายทอดยีนจากการบริโภคอาหาร และในอาสาสมัครที่มีลำไส้ปกติ ยีนตัดต่อก็ไม่สามารถรอดผ่านทางเดินอาหารไปได้
นอกจากนั้นแล้ว ยีนยาปฏิชีวนะที่ใช้ในพันธุวิศวกรรม ก็มีอยู่ในเชื้อโรคมากมายตามธรรมชาติอยู่แล้ว ตัวยาปฏิชีนะเองก็เป็นยาที่ใช้โดยทั่วไปในการเลี้ยงสัตว์ ถึงแม้ว่าแพทย์จะไม่ได้สั่งใช้สำหรับมนุษย์โดยทั่วไป
งานศึกษาการเลี้ยงสัตว์
งานปฏิทัศน์ปี 2548 สรุปว่า อาหารที่ดัดแปรเพียงแค่ยีนหนึ่ง ๆ จะเหมือนกันทางด้านโภชนาการและความปลอดภัยกับอาหารที่ไม่ได้ดัดแปร แต่ให้ข้อสังเกตว่า อาหารที่มียีนหลายยีนดัดแปร ยากกว่าที่จะทดสอบและควรจะต้องมีการศึกษาในสัตว์เพิ่มขึ้น งานปฏิทัศน์การทดสอบเลี้ยงอาหารสัตว์ปี 2547 ไม่พบความแตกต่างอะไร ๆ ในบรรดาสัตว์ที่กินพืชดัดแปรพันธุกรรมหรือกินพืชธรรมดา
งานปฏิทัศน์ปี 2550 โดยโดมิงโก (JL Domingo) ที่ค้นฐานข้อมูลของ PubMed โดยใช้บทค้นหา 12 บท พบว่า "จำนวนการอ้างอิง" เรื่องความปลอดภัยของพืชผลแปรพันธุกรรมนั้น "มีความจำกัดอย่างน่าแปลกใจ" และตั้งกระทู้ว่า ความปลอดภัยของอาหารดัดแปรพันธุกรรมเป็นเรื่องที่พิสูจน์แล้วหรือไม่ แล้วยืนยันว่า ข้อสรุปของงานเหมือนกับงานปฏิทัศน์ที่มีก่อน 3 งานอื่น ๆ แต่ว่า นักวิชาการท่านหนึ่งอ้างว่า มีงานวิจัยถึง 692 งานในปี 2550 เกี่ยวกับพืชผลดัดแปรพันธุกรรมและความปลอดภัยของอาหาร และอัตราสิ่งตีพิมพ์เช่นนี้ได้เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ในปีที่ผ่าน ๆ มา แล้วให้ข้อคิดว่า งานวิจัยการดัดแปรพันธุกรรมต้องอาศัยหลักวิชาหลายสาขา ซึ่งทำให้การค้นหางานศึกษาเป็นเรื่องซับซ้อน จึงต้องใช้บทค้นหาเป็นจำนวนมาก (เขาใช้เกินกว่า 300) และต้องใช้ฐานข้อมูลหลายฐาน ต่อมาในปี 2554 โดมิงโกและเพื่อนร่วมงาน ทบทวนวรรณกรรมวิทยาศาสตร์อีกและกล่าวว่า แม้ว่าจะมีงานศึกษาเพิ่มขึ้นอย่างสำคัญจากจำนวนที่พบในปี 2549 แต่งานโดยมากทำโดยบริษัทเทคโนโลยีชีวภาพที่จะวางตลาดพืชดัดแปรพันธุกรรมที่ศึกษาเหล่านั้น
งานศึกษาในมนุษย์
แม้ว่าจะมีกลุ่มชนและบุคคลต่าง ๆ ที่เรียกร้องให้ทดสอบอาหารดัดแปรพันธุกรรมในมนุษย์ แต่ก็มีอุปสรรคหลายอย่างที่จะทำงานเช่นนี้ สำนักงานบัญชีกลางสหรัฐ (General Accounting Office) ที่ทบทวนการทำงานขององค์การอาหารและยาของสหรัฐเนื่องด้วยอาณัติจากรัฐสภา, กลุ่มงานขององค์การอาหารและการเกษตรแห่งสหประชาชาติ และองค์กรต่าง ๆ ขององค์การอนามัยโลก ล้วนแต่กล่าวว่า การศึกษาระยะยาวในมนุษย์เกี่ยวกับผลของอาหารดัดแปรพันธุกรรมไม่สามารถทำได้ โดยเหตุผลรวมทั้งการไม่มีเหตุผลสมควรที่จะทำการศึกษา การขาดองค์ความรู้เกี่ยวกับผลระยะยาวของอาหารธรรมดา ปฏิกิริยาหลายหลากที่มนุษย์มีต่ออาหาร และความเป็นไปไม่ได้ที่จะแยกแยะผลต่อสุขภาพจากอาหารระหว่างอาหารดัดแปรพันธุกรรมกับอาหารธรรมดา ซึ่งอาหารธรรมดาก็มีโทษต่อสุขภาพด้านต่าง ๆ อยู่แล้วด้วย
นอกจากนั้นแล้ว ยังมีหลักจริยธรรมที่จะต้องปฏิบัติตามในงานวิจัยกับมนุษย์ คือ สิ่งที่ทดลองต้องมีโอกาสเป็นประโยชน์ต่อมนุษย์ผู้รับการทดลอง เช่น เป็นการรักษาโรค หรือมีประโยชน์ทางโภชนาการ (และดังนั้น จึงทดสอบสารพิษกับมนุษย์ไม่ได้) นักวิชาการท่านหนึ่งอ้างว่า "ข้อจำกัดทางจริยธรรมและทางเทคนิคในการทดสอบในมนุษย์ และความจำเป็นในการทำเช่นนั้น เป็นเรื่องที่ต้องให้ความใส่ใจพอสมควร"
Pusztai affair (กรณีพูซตาย)
ในปี 2542 ดร. Arpad Pusztai (พูซตาย) ตีพิมพ์บทความที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันบทความแรกที่แสดงว่า มีผลลบในการบริโภคอาหารดัดแปรพันธุกรรม คือ ดร. พูซตายเลี้ยงหนูด้วยมันฝรั่งแปรพันธุ์ด้วยยีน Galanthus nivalis agglutinin (GNA) จากพืชหยาดหิมะ ทำให้ต้นมันฝรั่งสามารถสังเคราะห์โปรตีนเลกติน (lectin) ได้ ในช่วงนั้น มีการแปรพันธุ์หลายอย่างที่สามารถทำให้พืชสามารถสังเคราะห์เลกตินได้ แต่เลกตินจาก GNA มีโอกาสน้อยที่สุดที่จะมีผลลบต่อมนุษย์ เลกทินมีฤทธิ์เป็นพิษ โดยเฉพาะต่อเซลล์เนื้อเยื่อบุผิวในท้อง ดร. พูซตายรายงานในวารสารการแพทย์ เดอะแลนเซ็ต ว่า มีความแตกต่างอย่างสำคัญต่อความหนาของเซลล์บุผิวที่ท้อง แต่ไม่มีความแตกต่างในเรื่องการเติบโตหรือระบบภูมิคุ้มกัน
แต่ในวันที่ 22 มิถุนายน 2541 ดร. พูซตายให้สัมภาษณ์ออกทีวีรายการ World in Action ว่า หนูที่เลี้ยงด้วยมันฝรั่งเติบโตอย่างผิดปกติ และมีระบบภูมคุ้มกันที่อ่อนแอ ซึ่งมีผลเป็นความแตกตื่นในสื่อ ต่อมา สถาบัน Rowett Institute ให้พักงาน ดร. พูซตาย แล้วดำเนินการว่า มีความประพฤติไม่ชอบ แล้วยึดข้อมูลการทดลองและห้ามเขาไม่ให้พูดต่อสาธารณะ ต่อมาทั้งสถาบันและราชสมาคมแห่งลอนดอนได้ทบทวนงานของเขา แล้วสรุปว่า ข้อมูลหลักฐานไม่สนับสนุนข้อสรุปของเขา งานของ ดร.พูซตายถูกวิจารณ์ว่า มีการดำเนินการกับหนูกลุ่มควบคุมอย่างไม่สมบูรณ์ และว่า หนูที่ได้แต่อาหารมันฝรั่งย่อมจะมีปัญหาขาดโปรตีน ดร. พูซตายโต้ว่า อาหารของทุกกลุ่มมีปริมาณโปรตีนและพลังงานเท่ากัน และหนูก็กินอาหารเท่ากัน
ข้าวโพด Bt
งานศึกษาปี 2554 เป็นงานแรกที่ตรวจสอบสหสัมพันธ์ระหว่างการรับพิษของ Bt ของแม่กับเด็ก โดยกำหนดระดับการรับสารฆ่าศัตรูพืชและสัตว์และเมทาบอไลท์ที่เกี่ยวข้องกับสาร ผู้ทำการวิจัยรายงานการมีอยู่ของสารฆ่าศัตรูพืชและสัตว์ที่ใช้คู่กับอาหารดัดแปร ในผู้หญิงที่ตั้งครรภ์และไม่ตั้ง และในทารกในครรภ์ ต่อมา ทั้งบทความและสื่อที่เสนอข่าว ถูกวิจารณ์ว่ากล่าวเกินผลที่พบในงาน องค์กรมาตรฐานอาหารของออสเตรเลียและนิวซีแลนด์ (FSANZ) กล่าวถึงปัญหานี้ตรง ๆ ว่า ประสิทธิภาพการทดสอบโปรตีนฆ่าแมลง Cry1Ab (เกิดจากแบคทีเรีย Bacillus thuringiensis) ด้วยวิธี ELISA ที่ใช้ในงานศึกษา ยังไม่มีการตรวจสอบยืนยัน และไม่มีหลักฐานที่แสดงว่า อาหารแปรพันธุกรรมเป็นแหล่งกำเนิดของโปรตีนฆ่าแมลง องค์กรยังเสนออีกด้วยว่า ถ้าแม้พบ Cry1Ab จริง ๆ แหล่งของมันก็น่าจะมาจากอาหารธรรมดาและอาหารอินทรีย์มากกว่า
Séralini affair (กรณีเซราลินี)
ต่อมาในปี 2555 แล็บของ ศ.เซราลินี ตีพิมพ์บทความในวารสารวิชาการสาขาวิทยาศาสตร์ Food and Chemical Toxicology ที่ตรวจสอบผลระยะยาวของการเลี้ยงหนูด้วยข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมทนสารไกลโฟเสต ข้าวโพดธรรมดาที่ฉีดไกลโฟเสต และข้าวโพดที่รวมพันธุ์ทั้งสอง โดยเลี้ยงหนูในระดับต่าง ๆ บทความสรุปว่า หนูที่เลี้ยงด้วยข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมมีปัญหาสุขภาพอย่างรุนแรง รวมทั้งความเสียหายต่อตับ ไต และการเกิดเนื้องอกขนาดใหญ่ งานศึกษานี้ถูกวิจารณ์อย่างกว้างขวาง และ ศ.เซราลินีเอง ก็จัดการแถลงข่าวก่อนที่จะตีพิมพ์บทความ โดยประกาศการพิมพ์หนังสือและการสร้างภาพยนตร์ในการแถลงข่าวนั้นด้วย เขาอนุญาตให้นักข่าวเข้าถึงบทความก่อนการแถลงข่าวนั้นได้ ต่อเมื่อนักข่าวเซ็นสัญญารักษาความลับ ที่นักข่าวจะไม่สามารถสื่อการตอบสนองจากนักวิทยาศาสตร์อื่น ๆ ต่อบทความ ก่อนที่บทความจะตีพิมพ์
การแถลงข่าวมีผลเป็นการออกสื่อที่เน้นความสัมพันธ์ระหว่าง GMO, ไกลโฟเสต และโรคมะเร็ง การเผยแพร่ข่าวเช่นนี้ทำให้นักวิทยาศาสตร์ท่านอื่น ๆ วิพากษ์วิจารณ์โดยเฉพาะเรื่องไม่ให้สื่อพิมพ์ความคิดเห็นที่คัดค้าน ข้อวิจารณ์รวมทั้งการวิเคราะห์ทางสถิติที่ไม่มีกำลัง และหนูทดลองพันธุ์ Sprague-Dawley ไม่เหมาะสมกับการศึกษาแบบทั้งชีวิต (เทียบกับการศึกษาทางพิษวิทยาที่จะสั้นกว่าและเหมาะกับพันธุ์หนู) เพราะว่าหนูโดยทั่วไปมักจะเกิดมะเร็ง โดยมีงานศึกษาหนึ่งที่พบว่า หนูกว่า 80% เกิดมะเร็งโดยปกติ และเพราะแนวทางปฏิบัติขององค์การเพื่อความร่วมมือทางเศรษฐกิจและการพัฒนาแนะนำให้ให้ใช้หนู 65 ตัวต่อการทดลอง แทนที่จะใช้แค่ 10 ตัวในการทดลองเหมือนของ ศ.เซราลินี ข้อวิจารณ์อื่นรวมทั้งความไม่มีข้อมูลเกี่ยวกับปริมาณอาหารและอัตราการเติบโตของตัวอย่าง การไม่มีข้อมูลความสัมพันธ์ระหว่างปริมาณยากับการตอบสนอง (เช่น ตัวเมียที่ได้ยา 3 เท่าจากมาตรฐานมีจำนวนเนื้องอกที่น้อยลง) และการไม่แสดงกลไกการเพิ่มขึ้นของเนื้องอก
บัณฑิตยสถานแห่งชาติประเทศฝรั่งเศส 6 สถาบัน แถลงข่าวร่วมกันอย่างไม่เคยมีมาก่อน โดยติเตียนทั้งงานศึกษาและวารสารที่ตีพิมพ์งานนั้น วารสารที่ตีพิมพ์ผลงานเบื้องต้น ได้ตีพิมพ์จดหมายวิจารณ์เป็นจำนวนมาก โดยมีไม่กี่ฉบับที่ให้ความสนับสนุน องค์กรควบคุมความปลอดภัยอาหารแห่งชาติประเทศต่าง ๆ ทบทวนดูผลงาน แล้วล้วนแต่ไม่ยอมรับผลงาน
ในเดือนมีนาคม 2556 ศ.เซราลินีตอบข้อวิจารณ์เหล่านั้นในวารสารเดียวกันที่ตีพิมพ์ผลงานวิจัยที่เป็นประเด็น และก็ยังมีนักวิทยาศาสตร์ 2-3 คนที่สนับสนุนคำตอบของเขา แต่ต่อมาในเดือนพฤศจิกายน 2556 บรรณาธิการของวารสาร ได้ถอนคืนผลงานดั้งเดิม ภายใต้การประท้วงของ ศ.เซราลินี และกลุ่มผู้สนับสนุน หลังจากนั้นในปี 2557 งานศึกษานั้นก็ได้ตีพิมพ์ใหม่ในวารสารอีกฉบับหนึ่งคือ Environmental Sciences Europe โดยมีข้อมูลดิบที่ ศ.เซราลินีตอนแรกปฏิเสธที่จะเปิดเผย
สิ่งแวดล้อม
พืชผลดัดแปรพันธุกรรมก็ปลูกในไร่เหมือนกับพืชทั่วไป ในที่ที่ต้องอยู่ร่วมกับสิ่งมีชีวิตที่กินพืช และกับสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ ในระบบโซ่อาหาร ละอองเรณูของพืชจะกระจายไปในสิ่งแวดล้อมเหมือนกับพืชอื่น ๆ ซึ่งทำให้เกิดความกังวลถึงผลของพืชต่อสิ่งแวดล้อม ผลซึ่งรวมทั้งการถ่ายเทของยีน (gene flow) การดื้อยาฆ่าวัชพืชและแมลง และการปล่อยแก๊สเรือนกระจก
สิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช่เป้าหมาย (Non-target)
ประโยชน์สำคัญในการใช้พืชผลดัดแปรพันธุกรรมก็เพื่อควบคุมแมลง ผ่านการแสดงออกของยีน cry (crystal delta-endotoxins) และ Vip (vegetative insecticidal proteins) จากแบคทีเรีย Bacillus thuringiensis (Bt) ซึ่งเป็นโปรตีนที่เป็นพิษต่อแมลงอื่น ๆ นอกจากแมลงที่เป็นเป้าหมายเช่น หนอนเจาะข้าวโพดยุโรป (European corn borer) แต่ว่ามีการใช้โปรตีนของ Bt เป็นยาฆ่าแมลงอินทรีย์ในประเทศฝรั่งเศสตั้งแต่ปี 2481 และประเทศสหรัฐอเมริกาตั้งแต่ปี 2501 โดยไม่มีรายงานว่ามีผลเสียอะไรอื่น ๆ โปรตีน Cry เป็นพิษเฉพาะเจาะจงกับผีเสื้อ (แมลง) ทำงานโดยยึดจับกับหน่วยรับความรู้สึกของเยื่อหุ้มเซลล์ที่ทางเดินอาหารส่วนกลาง มีผลให้เซลล์แตก ดังนั้น สิ่งมีชีวิตใดที่ไม่มีหน่วยรับความรู้สึกที่สมควรในทางเดินอาหาร ก็จะไม่ได้รับผลจากโปรตีน และจะไม่มีผลเสียจาก Bt นอกจากนั้นแล้ว องค์กรควบคุมของรัฐจะประเมินโอกาสที่พืชดัดแปรพันธุกรรมจะมีผลต่อสิ่งมีชีวิตไม่ใช่เป้าหมาย ก่อนที่จะอนุมัติให้วางขาย
ในปี 2542 มีงานวิจัยที่อ้างว่า ในห้องแล็บ ละอองเรณูจากข้าวโพด Bt ที่ตกลงบนพืชวงศ์นมตำเลีย สกุล Asclepias (milkweed) ซึ่งเป็นอาหารอย่างเดียวของตัวอ่อนผีเสื้อสปีชีส์ Danaus plexippus (Monarch butterfly) มีอันตรายต่อผีเสื้อ ต่อมามีกลุ่มนักวิจัยที่ทำงานร่วมกันในสหรัฐและแคนาดาตลอดสองปี เพื่อศึกษาผลของละอองเรณูทั้งในห้องแล็บทั้งในภาคสนาม เป็นผลงานวิจัยประเมินความเสี่ยงปี 2544 ที่สรุปว่า ความเสี่ยงต่อผีเสื้อไม่มีนัยสำคัญ งานทบทวนวรรณกรรมในปี 2545 สรุปว่า "การปลูกข้าวโพดลูกผสม Bt พันธุ์ปัจจุบันอย่างกว้างขวางเพื่อพาณิชย์ ไม่ได้สร้างความเสี่ยงอย่างมีนัยสำคัญต่อประชากรของผีเสื้อ Monarch" แล้วให้ข้อสังเกตว่า แม้จะปลูกพืชดัดแปรพันธุกรรมมากมายขนาดนี้ ประชากรของผีเสื้อก็กำลังเพิ่มพูนขึ้น แต่ต่อมาในปี 2555 กลับพบว่า ยาฆ่าวัชพืชไกลโฟเสตที่ใช้กับพืชดัดแปรพันธุกรรมฆ่าต้น milkweed ซึ่งเป็นอาหารชนิดเดียวของผีเสื้อ และดังนั้นโดยปี 2558 ประชากรผีเสื้อในสหรัฐอเมริกาได้ลดลงประมาณ 90%
งานวิจัยปี 2552 พบว่า พิษของ Bt มีผลต่อสิ่งมีชีวิตไม่ใช่เป้าหมาย โดยทั่วไปเป็นสิ่งมีชีวิตที่เป็นญาติใกล้ชิดของเป้าหมาย โดยทั่วไปแล้ว การรับสารจะเกิดขึ้นเนื่องจากการบริโภคส่วนของพืช เช่นละอองเรณูหรือเศษพืช หรือบริโภคสัตว์ที่กินพืช แต่ว่า ก็มีกลุ่มนักวิทยาศาสตร์ที่วิจารณ์วิธีการวิเคราะห์ของงาน โดยกล่าวว่า "พวกเราเป็นห่วงอย่างยิ่งถึงวิธีที่ไม่เหมาะสมที่ใช้ในงาน ถึงการไม่แสดงถึงบริบทของระบบนิเวศ และถึงการรณรงค์ของผู้เขียนว่า การศึกษาในแล็บเกี่ยวกับสัตว์ขาปล้องควรจะทำและตีความหมายอย่างไร"
ความหลากหลายทางชีวภาพ
ความหลายหลากทางพันธุกรรมของพืชผล อาจลดลงได้เนื่องจากมีพันธุ์ดัดแปรที่เก่งกว่า ที่สามารถขับพันธุ์อื่น ๆ ไม่ให้อยู่รอดได้ ยังมีผลโดยอ้อมที่สามารถเกิดกับสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ อีกด้วย คือ สารเคมีเกษตรที่ใช้สามารถมีผลต่อความหลากหลายทางชีวภาพ เพราะการดัดแปรอาจจะทำให้ต้องใช้สารเคมีต่าง ๆ เพิ่มขึ้นเพราะว่าจำเป็นสำหรับพันธุ์พืชใหม่ หรือว่าเพราะการดื้อยาเกิดเพิ่มขึ้นในศัตรูพืช ทำให้ต้องใช้สารเคมีในจำนวนเพิ่มขึ้น
ผลงานศึกษาต่าง ๆ ที่เปรียบเทียบความหลายหลายทางกรรมพันธุ์ของต้นฝ้ายพบว่า ในประเทศสหรัฐอเมริกา ความหลากหลายไม่เพิ่มขึ้นก็เหมือนเดิม แต่ในประเทศอินเดีย ความหลากหลายกลับลดลง มีการให้เหตุผลว่า สหรัฐและอินเดียแตกต่างกันเพราะว่า มีพืชดัดแปรหลายพันธุ์ในสหรัฐมากกว่าในอินเดีย งานทบทวนผลของพืชผลแบบ Bt ต่อระบบนิเวศของดินพบว่า โดยทั่วไปแล้ว พืชดัดแปร "ดูเหมือนจะไม่มีผลที่แน่นอน ที่มีนัยสำคัญ ที่เป็นระยะยาวต่อสิ่งมีชีวิตเล็ก ๆ (microbiota) และฤทธิ์ของพวกสิ่งมีชีวิตในดิน"
ความหลายหลากของวัชพืชปรากฏกว่าลดลงในการทดลองในระดับฟารม์ ทั้งในสหราชอาณาจักรและประเทศเดนมาร์ก เมื่อเปรียบพืชดัดแปรที่ทนต่อยาฆ่าวัชพืช เทียบกับพืชธรรมดา การทดลองในสหราชอาณาจักรบอกเป็นนัยว่า ความหลากหลายของนกอาจจะเกิดผลลบเนื่องจากมีเมล็ดวัชพืชเป็นอาหารลดลง คือ ข้อมูลฟารม์ที่ตีพิมพ์แล้วแสดงว่า นกที่กินเมล็ดวัชพืชปรากฏว่ามีมากกว่าในกรณีที่ไม่ได้ฉีดยาฆ่าวัชพืช (ที่ข้าวโพดธรรมดาทนไม่ได้) ซึ่งนักวิจัยแจ้งว่า น่าจะเป็นเพราะอาหารของนกลดลงถ้าฉีดยาฆ่าวัชพืชสำหรับพืชดัดแปรพันธุกรรม งานศึกษาในปี 2555 พบสหสัมพันธ์ระหว่างการลดลงของวัชพืชวงศ์นมตำเลีย สกุล Asclepias (milkweed) ในไร่สหรัฐที่ใช้พืชดัดแปรทนยาฆ่าวัชพืชไกลโฟเสต กับการลดประชากรของผีเสื้อ (monarch butterfly) ในประเทศเม็กซิโก หนังสือพิมพ์เดอะนิวยอร์กไทมส์รายงานว่า งานศึกษานี้ตั้งแนวความคิดแบบสุดโต่งที่ว่า บางทีวัชพืชในไร่นาควรจะอนุรักษ์เอาไว้
ศัตรูพืชขั้นทุติยภูมิ
งานศึกษาหลายงานพบการเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วของศัตรูพืชทุติยภูมิภายใน 2-3 ปีที่เริ่มใช้ฝ้าย Bt ในประเทศจีน งานวิจัยในปี 2553 พบว่า ปัญหาหลักก็คือแมลงในวงศ์ Miridae ซึ่งในบางกรณีนักวิจัยได้กล่าวว่า "หักประโยชน์ที่ได้จากการปลูกฝ้าย Bt อย่างสิ้นเชิง" ส่วนงานวิจัยในปี 2552 ในเมืองจีนสรุปว่า การเพิ่มขึ้นของศัตรูพืชทุติยภูมิขึ้นอยู่กับอุณหภูมิและฝนที่ตกในพื้นที่ และเกิดขึ้นในหมู่บ้านประมาณครึ่งหนึ่งในงานศึกษา และการใช้ยาฆ่าแมลงทุติยภูมิที่เพิ่มขึ้น มีปริมาณน้อยกว่าปริมาณยาฆ่าพืชทั้งหมดที่ประหยัดได้เนื่องจากการปลูกฝ้าย Bt ส่วนงานวิจัยในปี 2554 ที่สำรวจไร่นา 1,000 แห่งที่เลือกโดยสุ่มในจังหวัด 5 จังหวัดในเมืองจีนพบว่า การลดปริมาณยาฆ่าศัตรูพืชที่เป็นผลจากการปลูกฝ้าย Bt อยู่ในระดับที่น้อยกว่าที่รายงานในงานวิจัยในที่อื่น ๆ ซึ่งสนับสนุนสมมติฐานที่ว่า จะต้องใช้ยาฆ่าศัตรูพืชมากขึ้นในระยะยาวเพื่อควบคุมศัตรูพืชทุติยภูมิเช่น แมลงวงศ์    Aphididae, Tetranychidae, และสกุล Lygus ในประเทศอินเดียก็พบปัญหาคล้ายกัน แต่กับเพลี้ยแป้ง และแมลงวงศ์ Aphididae
การถ่ายเทของยีน (gene flow)
ยีนจากสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรมสามารถถ่ายเทไปยังสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ เหมือนกับยีนธรรมดา เป็นกระบวนการธรรมดาที่สามารถเกิดขึ้นในพืชผลทุกอย่างที่ปล่อยละอองเกสรให้ไปหาตัวเมียตามธรรรมชาติ ลักษณะสืบสายพันธุ์ที่เกิดขึ้นใหม่สามารถถ่ายทอดไปยังพืชที่อยู่ใกล้ ๆ ไม่ว่าจะเป็นสปีชีส์เดียวกัน หรือญาติใกล้เคียงกัน โดยมีการถ่ายเทยีน 3 แบบ คือ crop-to-crop, crop-to-weedy และ crop-to-wild. crop-to-crop เป็นการถ่ายทอดยีนจากพืชผลดัดแปรพันธุกรรมไปยังพืชผลที่ไม่ได้ดัดแปร crop-to-weedy เป็นการถ่ายทอดยีนไปยังวัชพืช ส่วน crop-to-wild เป็นการถ่ายทอดยีนไปยังพืชหรือพืชผลที่ไม่ได้เพาะปลูก มีความเป็นห่วงว่าการถ่ายทอดยีนจากสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรมไปยังพืชอื่น ๆ อาจก่อให้เกิดวัชพืชต่าง ๆ ที่ทนต่อยาฆ่าวัชพืช อาจปนเปื้อนกับพืชผลธรรมดาที่ปลูกอยู่ใกล้ ๆ หรืออาจสร้างปัญหาให้กับระบบนิเวศ และนี่ก็จะเป็นเรื่องน่าเป็นห่วงหลัก ถ้าสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรมสามารถอยู่รอดได้เก่ง และสามารถเพิ่มพูนจำนวนแล้วอยู่รอดได้เองในประชากรธรรมชาติ ให้สังเกตว่า กระบวนการถ่ายทอดยีนจาก GMO ไปยังพืชธรรมชาติ เพื่อเกิดเป็นพืชที่ดื้อยา เป็นพัฒนาการที่ต่างไปจากการคัดเลือกโดยธรรมชาติ ที่สร้างความต้านทานยาฆ่าศัตรูพืชให้กับพืชและแมลง
ในงานศึกษาปี 2547 นักวิจัยพบโปรตีน Bt ในพืชธรรมดาที่ปลูกเลี้ยงศัตรูพืช (refuge) มีจุดประสงเพื่อไม่ให้เกิดความต้านทานต่อยาฆ่าศัตรูพืชที่ขายพร้อมกับ GMO เป็นผลที่บอกเป็นนัยว่า มีการถ่ายทอดยีนจากพืชดัดแปรพันธุกรรม ในงานศึกษาปี 2548 นักวิจัยในองค์กรของรัฐ Centre for Ecology and Hydrology รายงานหลักฐานแรกว่ามีการถ่ายทอดยีนในแนวราบ (horizontal gene transfer) จากพืชทนยาฆ่าศัตรูพืชไปยังวัชพืช แม้ว่าจะไม่มีหลักฐานว่าพืชเหล่านั้นอยู่รอดไปจนถึงฤดูเพาะปลูกต่อไป
ในปี 2550 กระทรวงเกษตรสหรัฐได้ปรับบริษัท Scotts Miracle-Gro 500,000 ดอลลาร์สหรัฐ (ประมาณ 16.25 ล้านบาท) เมื่อพบดีเอ็นเอดัดแปรของหญ้าเลี้ยงสัตว์สปีชีส์ Agrostis stolonifera ในพืชอื่นที่อยู่ในสกุลเดียวกัน และในหญ้าท้องถิ่นอื่น ๆ ที่อยู่ห่างออกไปถึง 21 กม. จากสถานที่ทดสอบ ซึ่งเป็นการปล่อยเนื่องจากการตัดหญ้าแล้วลมพัดพาไป
ในปี 2552 ประเทศเม็กซิโกออกกฎควบคุมข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม แต่เพราะว่าเม็กซิโกเป็นศูนย์ความหลายหลาก (center of diversity) ของข้าวโพด จึงเกิดความกังวลถึงผลของข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมต่อพันธุ์ต่าง ๆ ในท้องที่ งานศึกษาในปี 2544 พบว่า ข้าวโพด Bt ได้ผสมพันธุ์กับข้าวโพดธรรมดาในเม็กซิโก แต่ว่า ข้อมูลในงานศึกษานั้นต่อมาปรากฏว่า เป็นข้อมูลเทียม (artifact) และวารสารที่พิมพ์งานศึกษาคือ เนเจอร์ ก็กล่าวว่า "หลักฐานที่มี ไม่เพียงพอที่จะเป็นเหตุให้ควรตีพิมพ์ผลงานดั้งเดิม" แม้ว่าจะไม่ได้ถอนคืนงานศึกษา งานศึกษาขนาดใหญ่ต่อมาในปี 2548 ไม่พบหลักฐานว่า มียีนที่ถ่ายทอดจากพืชดัดแปรในรัฐวาฮากา แต่ว่า ก็มีผู้เขียนท่านอื่น ๆ (เช่นในงานปี 2552) ที่อ้างว่า พบหลักฐานของการถ่ายทอดยีน
งานศึกษาในปี 2553 แสดงว่า ประมาณ 83% ของพืชหรือวัชพืชวงศ์ผักกาดที่ตรวจสอบ มียีนดัดแปรที่ทนยาฆ่าวัชพืช นักวิจัยกล่าวว่า การขาดรายงานถึงการกระจายของยีนในสหรัฐแสดงว่า การควบคุมดูแลและการเฝ้าสังเกตไม่เพียงพอ รายงานปี 2553 กล่าวว่า การเกิดขึ้นของวัชพืชที่ดื้อไกลโฟเสต อาจมีผลให้พืชผลดัดแปรพันธุกรรมหมดประสิทธิภาพ นอกจากชาวเกษตรที่ใช้ไกลโฟเสตพร้อมกับวิธีการกำจัดวัชพืชอื่น ๆ
ส่วนแนวคิดเทคโนโลยีอีกอย่างหนึ่งที่เรียกว่า T-GURT (หรือ Traitor) จะไม่ทำให้เมล็ดเป็นหมัน แต่จะบังคับให้สเปรย์สารเคมีชนิดหนึ่งต่อพืชแปรพันธุกรรมเพื่อให้ลักษณะสืบสายพันธุ์ของพืชดัดแปรออกฤทธิ์ได้ แต่ก็มีกลุ่มสิ่งแวดล้อมต่าง ๆ (เช่น Rural Advancement Foundation International) ที่แสดงความคิดว่า ความปลอดภัยของอาหารและของสิ่งแวดล้อมต้องมีการทดสอบยิ่ง ๆ ขึ้นก่อนที่จะวางขาย T-GURT
พืชผลดัดแปรที่หลุดออกสู่สิ่งแวดล้อม
เมล็ดแปรพันธุ์ที่หลุดเข้าไปสู่ไร่นาข้างเคียง แล้วเกิดการปนกันของผลผลิตที่ได้ เป็นประเด็นปัญหาของเกษตรกรที่ส่งผลิตภัณฑ์ไปยังประเทศที่ไม่ยอมรับสินค้า GMO
ในปี 2542 นักวิทยาศาสตร์ในประเทศไทยอ้างว่า ได้พบข้าวสาลีแปรพันธุกรรมทนไกลโฟเสตในระบบการขนส่งข้าว แม้ว่าจะยังไม่ได้รับอนุมัติให้ขาย และให้ปลูกในแปลงทดลองเท่านั้น แต่ก็ไม่ได้กำหนดว่าพืชหลุดออกสู่สิ่งแวดล้อมได้อย่างไร ในปี 2543 มีการพบข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม StarLink ของบริษัท Aventis (ปัจจุบันเป็นบริษัท Bayer CropScience) ในตลาดและร้านอาหารสหรัฐ มีผลเป็นเป็นการเรียกคืนผลิตภัณฑ์ข้าวโพด ที่เริ่มเมื่อผลิตภัณฑ์ของบริษัทอาหาร Taco Bell ที่ขายในซูเปอร์มาร์เก็ตปรากฏว่า มีข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม ต่อมาข้าวโพดพันธุ์นี้จึงหยุดวางตลาด และบริษัทก็ได้งดลงทะเบียนเพื่อขายพันธุ์ต่าง ๆ ของข้าวโพด StarLink โดยอาสาเอง
ในปี 2549 ข้าวจากสหรัฐที่ส่งไปยังยุโรปถูกระงับ เมื่อพบข้าวแปรพันธุ์แบบ LibertyLink แม้ว่าจะเป็นพันธุ์ที่ยังไม่ได้รับอนุมัติให้วางตลาด แต่กรมตรวจสอบสุขภาพพืชของกระทรวงเกษตรสหรัฐไม่สามารถกำหนดเหตุของการปนเปื้อนได้
ในเดือนพฤษภาคม 2556 มีการพบข้าวสาลีแปรพันธุกรรมทนต่อไกลโฟเสตที่ยังไม่ได้รับอนุมัติให้วางตลาด ในนาของรัฐออริกอนที่ปลูกข้าวสาลีพันธุ์ฤดูใบไม้ร่วง เป็นข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมที่ผลิตโดยบริษัทมอนแซนโต ที่ทดสอบภาคสนามระหว่างปี 2541-2548 ซึ่งมีผลกระทบต่อการส่งออกข้าวสาลีของสหรัฐซึ่งมีมูลค่า 8.1 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ (ประมาณ 253,000 ล้านบาท) ในปี 2555 จึงมีผลให้บริษัทถอนการทดสอบผลิตภัณฑ์ ต่อมาประเทศญี่ปุ่น เกาหลีใต้ และไต้หวัน ได้หยุดซื้อข้าวสาลีพันธุ์ฤดูใบไม้ร่วง เพราะประเด็นปัญหาที่ผู้รณรงค์อาหารอินทรีย์ได้ยกขึ้น โดยวันที่ 30 สิงหาคม 2556 แม้ว่า ที่มาของข้าวสาลีดัดแปรพันธุกรรมจะยังไม่ชัดเจน แต่ว่า ประเทศเหล่านั้นก็ได้ดำเนินการซื้อผลิตภัณฑ์ต่อไปแล้ว
การอยู่ร่วมกับพืชผลธรรมดา
สหรัฐอเมริกาไม่มีกฎหมายบังคับการอยู่ร่วมกันของเกษตรกรรมที่ปลูกพืชอินทรีย์ พืชธรรมดา หรือพืชดัดแปรพันธุกรรม แต่อาศัยระบบที่ซับซ้อนแต่ไม่เข้มงวดโดยมีองค์กรรัฐบาลกลาง 3 องค์กร (คือ องค์กรอาหารและยา องค์กรอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม และองค์กรของกระทรวงเกษตร) และกฎหมายคอมมอนลอว์ว่าด้วยการละเมิดสิทธิในระดับรัฐ ที่ควบคุมดูแลการอยู่ด้วยกัน เลขาธิการกระทรวงเกษตรได้ตั้งคณะกรรมการที่ปรึกษาเกี่ยวกับเทคโนโลยีชีวภาพและเกษตรกรรมในศตวรรรษที่ 21 (AC21) เพื่อศึกษาปัญหาของการปลูกร่วมกันแล้วให้คำแนะนำเกี่ยวกับปัญหา โดยมีสมาชิกจากอุตสาหกรรมเทคโนโลยีชีวภาพ อุตสาหกรรมอาหารอินทรีย์ กลุ่มเกษตรกร อุตสาหกรรมเมล็ดพันธุ์พืช ผู้ผลิตอาหาร รัฐบาลระดับรัฐ กลุ่มผู้บริโภคและพัฒนาชุมชน กลุ่มการแพทย์ และกลุ่มนักวิชาการ AC21 ให้ข้อแนะนำดังต่อไปนี้คือ คือ โดยทั่วไปแล้ว รายงานนี้สนับสนุนให้มีระบบการเกษตรที่หลากหลายสนับสนุนพืชหลายชนิด
ส่วนสหภาพยุโรปมีกฎหมายโดยเฉพาะบังคับการปลูกร่วมกันและการสืบหาต้นตอได้ (traceability) แม้ว่า การสืบหาต้นตอได้จะเป็นเรื่องทั่วไปเกี่ยวกับอาหารคนและสัตว์ในประเทศโดยมาก แต่การหาต้นตอของ GMO ได้ เป็นเรื่องที่ยากกว่าเพราะว่ามีกฎหมายที่เคร่งครัดกว่าในเรื่องการไม่ปะปนกัน ตั้งแต่ปี 2544 เป็นต้นมา อาหารธรรมดาและอาหารอินทรีย์ทั้งของคนและสัตว์สามารถมีอาหารดัดแปรพันธุกรรมที่อนุมัติแล้วถึง 0.9% โดยไม่ต้องขึ้นป้าย แต่ว่า ถ้ามีร่องรอยของพืชที่ยังไม่ได้รับอนุมัติ การส่งในครั้งนั้นอาจถูกปฏิเสธได้ องค์กรควบคุมของรัฐต้องสามารถสืบหาต้นตอ ตรวจจับและแยกแยะ GMO ได้ ดังนั้น ประเทศหลายประเทศและกลุ่มที่สนใจ จึงได้ก่อตั้งองค์การนอกภาครัฐ คือ Co-Extra เพื่อพัฒนาวิธีการเหล่านั้น
ยาฆ่าศัตรูพืช
ยาฆ่าศัตรูพืชเป็นสารที่มีจุดประสงค์เพื่อล่อแล้วทำลาย หรือบรรเทาศัตรูพืช งานวิเคราะห์อภิมานปี 2557 ที่ตรวจดูงานศึกษาดั้งเดิม 147 งานที่สำรวจไร่นาและการทดลองภาคสนามสรุปว่า การใช้เทคโนโลยีแปรพันธุกรรมได้ลดระดับการใช้สารเคมีฆ่าศัตรูพืชโดย 37% โดยมีผลในพืชผลที่ทนแมลง ดีกว่าพืชผลที่ทนยาฆ่าวัชพืช
ยาฆ่าวัชพืช
การพัฒนาพืชทนไกลโฟเสตได้ เปลี่ยนรูปแบบการใช้ยาฆ่าวัชพืชโดยลดยาที่คงทนอยู่ได้นานกว่า มีพิษสูงกว่าเช่น atrazine metribuzin และ alachlor และลดระดับปริมาณและผลลบของน้ำพัดผ่านผิวดินที่นำยาฆ่าศัตรูพืชไป แต่ว่าก็ยังมีงานศึกษาปี 2555 (โดย ดร.ชาลส์ เบ็นบรุก) ที่เผยแพร่กันอย่างกว้างขวางที่สรุปว่า การกระจายตัวของวัชพืชที่ดื้อไกลโฟเสตได้เพิ่มการใช้ยาฆ่าวัชพืชในสหรัฐอเมริกา โดยอ้างว่า มีการใช้ยาเพิ่มขึ้น 23% (0.3 กก./เฮกตาร์) สำหรับถั่วเหลืองระหว่างปี 2539-2549 43% (0.9 กก./เฮกตาร์) สำหรับฝ้ายระหว่างปี 2539-2553 และมีการใช้ยาลดลง 16% (0.5 กก./เฮกตาร์) สำหรับข้าวโพดระหว่างปี 2539-2553 แต่ว่า ก็มีผู้วิจารณ์ว่า การศึกษานี้ไม่สมบูรณ์ เนื่องจากไม่ได้พิจารณาว่า ไกลโฟเสตมีพิษน้อยกว่ายาฆ่าวัชพืชอื่น ๆ และดังนั้น ความเป็นพิษสุทธิอาจจะลดลงแม้ว่าการใช้ยาฆ่าวัชพืชจะมีปริมาณสูงขึ้น นอกจากนั้นแล้ว นักเศรษฐศาสตร์เกษตรจากบริษัทให้คำปรึกษา PG Economics (คือนายเกรแฮม บรุกส์) ยังตำหนิผู้วิจัยว่า ใช้ค่าประเมินยาฆ่าวัชพืชที่คิดเอง เพราะว่า ข้อมูลที่ใช้ในงานศึกษา ดังที่ได้จากกรมสถิติการเกษตรแห่งชาติ (National Agricultural Statistics Service) ไม่ได้แยกแยะพืชผลแปรพันธุกรรมและที่ไม่ได้แปร นอกจากนั้นแล้ว นายบรุกส์ยังได้ตีพิมพ์งานศึกษาในปีเดียวกันที่พบว่า การใช้พืชดัดแปรพันธุกรรมได้ลดทั้งปริมาณยาฆ่าศัตรูพืชและผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมจากยา ซึ่งไม่ตรงกับผลงานของ ดร.เบ็นบรุก นายบรุกส์ยังกล่าวอีกด้วยว่า ดร.เบ็นบรุก มีข้อสันนิษฐานที่ "มีอคติและไม่ถูกต้อง"
ยาฆ่าแมลง
ประโยชน์ทางสิ่งแวดล้อมของฝ้ายและข้าวโพด Bt ก็คือ ลดระดับการใช้สารเคมีฆ่าแมลง งานศึกษาโดยบริษัทให้คำปรึกษา PG Economics สรุปว่า การใช้ยาฆ่าศัตรูพืชทั่วโลกลดลง 286,000 ตันในปี 2549 และลดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมของยาโดยประมาณ 15% งานในปี 2555 ที่สำรวจไร่นาขนาดเล็กในประเทศอินเดียระหว่างปี 2545-2551 สรุปว่า การปลูกฝ้าย Bt ทำให้เกิดผลผลิตที่สูงขึ้นและลดการใช้ยาฆ่าศัตรูพืชลง ส่วนงานที่เสนอวิธีการคำนวณผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมที่ตีพิมพ์ครั้งแรกในปี 2535 แล้วอัปเดตเป็นประจำ บอกเป็นนัยว่า การใช้ยาฆ่าแมลงต่อฝ้ายและข้าวโพดระหว่างปี 2539-2548 ลดลง 35,600 ตันโดยนับแค่ตัวยาสำคัญ (active ingredient) ซึ่งเกือบเท่ากับปริมาณที่ใช้ปีต่อปีในสหภาพยุโรป ส่วนงานวิจัยปี 2555 กับฝ้าย Bt ในจังหวัด 6 จังหวัดด้านเหนือของประเทศจีนระหว่างปี 2533-2553 สรุปว่า การปลูกฝ้ายแปรพันธุกรรมได้ลดการใช้ยาฆ่าศัตรูพืชลงครึ่งหนึ่ง เพิ่มปริมาณของด้วงเต่าลาย แมงมุม และแมลงอันดับ Neuroptera ขึ้นสองเท่า (ซึ่งล้วนแต่เป็นแมลงที่โดยมากพิจารณาว่าให้ประโยชน์กับเกษตรกรรม) และขยายประโยชน์ทางสิ่งแวดล้อมให้แก่พืชผลที่อยู่ใกล้ ๆ รวมทั้งข้าวโพด ถั่วลิสง และถั่วเหลือง
แมลงดื้อยา
การดื้อยาจะเกิดขึ้นเองโดยธรรมชาติ ถ้าประชากรพืชหรือแมลงถูกกดดันภายใต้กระบวนการคัดเลือก ที่เกิดจากการใช้ยาฆ่าศัตรูพืชชนิดเดียวซ้ำ ๆ ในเดือนพฤศจิกายน 2552 นักวิทยาศาสตร์ของมอนแซนโตพบว่า แมลงสปีชีส์ Pectinophora gossypiella (pink bollworm) ดื้อยาต่อฝ้าย Bt รุ่นแรก ในส่วนต่าง ๆ ของรัฐคุชราต ประเทศอินเดีย เป็นฝ้ายที่มีการแสดงออกของยีน Bt Cry1Ac ซึ่งเป็นการดื้อยา Bt กรณีแรกที่มอนแซนโตยืนยันได้ ต่อมาการดื้อยาเช่นกันก็พบในประเทศออสเตรเลีย จีน และสหรัฐอเมริกา
วิธีอย่างหนึ่งที่สามารถใช้หน่วงการเกิดขึ้นของการดื้อ Bt ก็คือ การปลูกพืชธรรมดาเลี้ยงศัตรูพืช (refuge) เพื่อทำยีนดื้อยาให้เจือจาง อีกวิธีหนึ่งก็คือ การสร้างพืชผลที่มียีน Bt หลายยีนที่ยิงเป้าไปที่ตัวรับความรู้สึก (receptor) แบบต่าง ๆ ของแมลง ในปี 2555 การทดสอบภาคสนามในรัฐฟลอริดาแสดงว่า หนอนสปีชีส์ Spodoptera frugiperda (fall armyworm) ดื้อยาของข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมผลิตโดยบริษัท Dupont และ Dow ซึ่งพบในครั้งแรกในเปอร์โตริโกในปี 2549 มีผลให้บริษัททั้งสองเลิกขายผลิตภัณฑ์ในที่นั้น นอกจากนั้นแล้ว หนอนเจาะข้าวโพดยุโรป (European corn borer) ซึ่งเป็นเป้าหมายหลักอย่างหนึ่งของ Bt ก็สามารถพัฒนาเป็นแมลงดื้อยาได้เช่นกัน
เศรษฐกิจ
คุณค่าทางเศรษฐกิจของอาหารแปรพันธุกรรมเป็นประโยชน์สำคัญอย่างหนึ่งของพืช รวมทั้งเศรษฐกิจของประเทศกำลังพัฒนาด้วย งานศึกษาในปี 2553 พบว่า ข้าวโพด Bt ให้ผลประโยชน์ทางเศรษฐกิจเป็นมูลค่า 6,900 ล้านเหรียญสหรัฐระหว่างปี 2538-2552 ในมลรัฐ 5 รัฐในสหรัฐ แต่ว่า ผลประโยชน์ส่วนใหญ่ที่ได้ (ประเมินที่ 4,300 ล้านเหรียญ) กลับเกิดกับเกษตรกรที่ไม่ได้ใช้ข้าวโพด Bt เพราะว่า ประชากรหนอนเจาะข้าวโพดยุโรปลดลง เนื่องจากประสบกับข้าวโพด Bt ทำให้มีหนอนน้อยลงที่จะทำลายข้าวโพดธรรมดาที่อยู่ใกล้ ๆ กัน นักเศรษฐศาสตร์เกษตรคำนวณว่า "กำไรทั่วโลกเพิ่มขึ้น 240.3 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 6,091 ล้านบาท) ในปี 2539 จากกำไรทั้งหมดนี้ เกษตรกรชาวอเมริกันได้แชร์ใหญ่ที่สุด (59%) บริษัทขายเมล็ดพันธุ์มอนแซนโตได้แชร์ใหญ่รองต่อมา (21%) ตามมาด้วยผู้บริโภคชาวอเมริกัน (9%) ตามมาด้วยกลุ่มต่าง ๆ ในโลกที่เหลือ (6%) และบริษัทขายเชื้อพันธุ์ Delta and Pine Land (5%)" งานศึกษาที่กว้างขวางในปี 2555 ของบริษัทให้คำปรึกษา PG Economics สรุปว่า พืชผลแปรพันธุกรรมเพิ่มรายได้ให้กับเกษตรกรทั่วโลก 14,000 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 441,000 ล้านบาท) ในปี 2553 โดยครึ่งหนึ่งเป็นเกษตรกรในประเทศกำลังพัฒนาที่เป็นผู้ได้
ส่วนผู้ไม่เห็นด้วยคัดค้านเรื่องผลประโยชน์ที่เกษตรกรได้ เนื่องจากความแพร่หลายของผู้สังเกตการณ์ที่มีอคติ และการไม่มีการทดลองแบบสุ่มและมีกลุ่มควบคุม พืชผล Bt หลักที่ปลูกโดยเกษตรกรรายย่อยในประเทศกำลังพัฒนาก็คือฝ้าย งานปฏิทัศน์ในปี 2549 ของฝ้าย Bt ทำโดยนักเศรษฐศาสตร์เกษตรสรุปว่า "แม้ว่าจะดูสดใส บัญชีงบดุลโดยทั่วไปแล้วปน ๆ กันไป รายได้แตกต่างกันมากโดยปี โดยประเภทไร่นา และโดยภูมิภาค" แต่ว่า อดีตผู้ปฏิบัติการณ์หัวรุนแรงที่มีชื่อเสียงท่านหนึ่งคือมารค์ ไลนาส ได้กล่าวว่า การปฏิเสธพันธุวิศวกรรมโดยสิ้นเชิง "เป็นเรื่องไม่มีเหตุผล และอาจจะมีผลลบต่อประโยชน์ของคนที่ยากจนกว่าและต่อสิ่งแวดล้อม"
ในปี 2556 คณะกรรมการให้คำปรึกษาทางวิทยาศาสตร์ของบัณฑิตยสถานยุโรป (European Academies Science Advisory Council ตัวย่อ EASAC) เรียกร้องให้สหภาพยุโรป (EU) อนุญาตการพัฒนาเทคโนโลยีแปรพันธุกรรมสำหรับเกษตรกรรม เพื่อเพิ่มความสามารถการทำเกษตรกรรมยั่งยืน และเพื่อใช้พื้นที่เพาะปลูก ทรัพยากรน้ำและสารอาหารอื่น ๆ ที่น้อยกว่า นอกจากนั้นแล้ว EASAC ยังวิจารณ์ "ระบบควบคุมที่เปลืองเวลามากและมีค่าใช้จ่ายสูง" ของ EU แล้วกล่าวว่า EU ล้าหลังในการใช้เทคโนโลยีแปรพันธุกรรม
เกษตรระดับอุตสาหกรรม
พืชผลแปรพันธุกรรมเป็นหลักสำคัญในเกษตรกรรมระดับอุตสาหกรรม (intensive crop farming) ซึ่งอาจใช้ระบบเกษตรกรรมพืชเดี่ยว ใช้ยาฆ่าวัชพืชและยาฆ่าศัตรูพืช ใช้อุปกรณ์เครื่องมือที่ใช้พลังงานจำนวนมหาศาลและต้องพึ่งระบบชลประทาน มีผู้ต่อต้านสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรมบางท่าน ที่ปฏิบัติต่อเกษตรกรรรมระดับอุตสาหกรรมและพืชดัดแปรพันธุกรรม โดยเป็นประเด็นใกล้เคียงกัน และเรียกร้องให้มีข้อปฏิบัติทางเกษตรกรรมที่ลดประเด็นปัญหาต่อสิ่งแวดล้อม
ส่วนผู้สนับสนุนชี้ว่า พืชดัดแปรพันธุกรรมให้ผลผลิตสูง มีราคาต่ำ ให้ทางเลือกมากกว่า และอ้างว่า เทคโนโลยีนี้จำเป็นต่อการเลี้ยงประชากรโลกที่เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ
ประเทศกำลังพัฒนา
มีความเห็นแย้งกันเกี่ยวกับประเทศกำลังพัฒนารวมทั้งข้ออ้างว่า จำเป็นต้องเพิ่มเสบียงอาหาร และวิธีดำเนินการเพื่อให้ถึงเป้าหมายนั้น
ยังมีนักวิมตินิยมที่อ้างว่า การขาดแคลนอาหารดังที่ปรากฏ มีเหตุจากการแจกจ่ายอาหารและการเมือง ไม่ใช่เพราะการผลิต
นักวิทยาศาสตร์บางพวกเสนอว่า ปฏิวัติสีเขียว (การปฏิวัติการผลิตพืชผลทำให้ได้ผลมากขึ้นอย่างมหาศาล) ครั้งที่สอง ซึ่งรวมการใช้พืชดัดแปรพันธุกรรม เป็นเรื่องจำเป็นเพื่อที่จะผลิตอาหารได้เพียงพอ โอกาสที่อาหารดัดแปรพันธุกรรมจะช่วยประเทศกำลังพัฒนา เป็นเรื่องที่องค์กรของธนาคารโลกคือ International Assessment of Agricultural Science and Technology for Development (IAASTD) รับรู้ แต่ว่า โดยปี 2551 IAASTD ก็ยังไม่พบหลักฐานที่ชัดเจนว่าการแก้ปัญหาควรจะเป็นอย่างไร
วัดพระแก้ว (เชียงตุง)
วัดพระแก้ว เป็นวัดในเมืองเชียงตุง อำเภอเชียงตุง รัฐฉาน ประเทศพม่า
ข้อโต้เถียงเรื่องอาหารดัดแปรพันธุกรรม
ประเทศกำลังพัฒนา
นักวิจารณ์พวกอื่นกล่าวว่า โลกมีคนมากมายอย่างนี้ก็เพราะว่าการปฏิวัติสีเขียวครั้งที่สองเริ่มใช้ข้อปฏิบัติทางเกษตรกรรมที่ไม่ยั่งยืน มีผลให้เกิดคนมากกว่าที่โลกจะสามารถรับรองได้ มีนักวิจารณ์อื่นอีกที่กล่าวว่า แม้ว่า การใช้เทคโนโลยีแปรพันธุกรรมจะสามารถเลี้ยงประชากรโลกปัจจุบันได้ แต่เพราะว่าเป็นระบบที่ต้องใช้เชื้อเพลิงซากดึกดำบรรพ์ ในที่สุดราคาเชื้อเพลิงและอาหารก็จะเพิ่มสูงขึ้นในระดับหายนะ
ข้อจำกัดในการใช้ในประเทศกำลังพัฒนาที่อ้างรวมทั้งการเข้าถึงได้ยาก อุปกรณ์มีราคาแพง และสิทธิทรัพย์สินทางปัญญาที่มีผลลบต่อประเทศกำลังพัฒนา
วัดพระแก้ว (เชียงตุง)
ประวัติการสร้างวัดปรากฏหลักฐานใน ตำนานเมืองเชียงตุง ระบุว่าเชียงตุงมีความสัมพันธ์กับอาณาจักรล้านนา ปรากฏหลักฐานว่ามีการเผยแผ่พุทธศาสนาจากล้านนาไปเชียงตุง 3 ครั้ง โดยในครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 1882 พญาผายูได้ส่งพญาเจ็ดพันตูซึ่งเป็นพระราชโอรสไปปกครองเมืองเชียงตุง ในครั้งนี้ทรงนำพระมหาเถระ 4 รูปไปด้วย ในตำนานระบุว่า พระองค์มีความประสงค์ที่จะสร้างวัดพระแก้วให้พระสงฆ์ฝ่ายลังกาจำพรรษาอยู่
ข้อโต้เถียงเรื่องอาหารดัดแปรพันธุกรรม
ประเทศกำลังพัฒนา
ในหนังสือปี 2543 การหยุดความโหยหิวในโลก: ความหวังในเทคโนโลยีชีวภาพและภัยจากความบ้าคลั่งต่อต้านวิทยาศาสตร์ ของผู้ได้รับรางวัลโนเบลสาขาสันติภาพ ผู้มีชื่อว่าเป็นบิดาของปฏิวัติสีเขียวคือ ดร.นอร์แมน บอร์ล็อก มีเนื้อความที่นักวิชาการหลายท่านยังยอมรับว่าเป็นจริงแม้ในปี 2553 มีการกล่าวถึงหนังสือของ ดร.บอร์ล็อก ว่า "ดร. บอร์ล็อกเห็นว่า พืชผลดัดแปรพันธุกรรมเป็นธรรมชาติและปลอดภัยเท่า ๆ กับข้าวสาลีที่ใช้ทำขนมปังทุกวันนี้ และเขาก็ยังเตือนสตินักวิทยาศาสตร์เกษตรว่า พวกเขามีหน้าที่ทางจริยธรรมที่จะยืนหยัดต่อต้านพวกที่คัดค้านวิทยาศาสตร์ และที่จะเตือนผู้มีอำนาจออกนโยบายว่า ความไม่มั่นคงเกี่ยวกับอาหารในระดับโลกจะไม่สามารถแก้ได้โดยไม่มีเทคโนโลยีใหม่นี้ และการไม่สนใจความจริงที่ว่านี้ จะทำให้การแก้ปัญหาในอนาคตยากที่จะสำเร็จผลได้"
ผลผลิต
ผลผลิตข้าวโพดในสหรัฐไม่เพิ่มขึ้นจนถึงคริสต์ทศวรรษ 1930 เมื่อการใช้พืชพันธุ์ลูกผสมแบบธรรมดาเริ่มเพิ่มผลผลิตขึ้นประมาณ .8 bushel/เอเคอร์/ปี ระหว่าง ค.ศ. 1937-1955 ต่อจากนักนั้น วิธีการปลูกรวมทั้งพันธุ์ที่ดีขึ้น ปุ๋ย ยาฆ่าศัตรูพืช การใช้เครื่องกล เพิ่มอัตราการเพิ่มผลิตเป็น 1.9 bushel/เอเคอร์/ปี และในปีหลังจากการผลิตข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม อัตราการเพิ่มเพิ่มขึ้นเป็น 2.0 bushel/เอเคอร์/ปี ในสหรัฐอเมริกา ผลผลิตเฉลี่ยข้องข้าวโพดอยู่ที่ 174.2 bushel/เอเคอร์ ในปี 2557
วัดพระแก้ว (เชียงตุง)
วัดพระแก้วอยู่ติดกับหอคำหลวงของเจ้าฟ้าเมืองเชียงตุง วิหารของวัดหันหน้าเข้าสู่วิหารวัดพระเจ้าหลวง ด้านหลังวิหารมีเจดีย์ทรงระฆัง 1 องค์ ไม่ปรากฏอายุการสร้างที่ชัดเจน องค์เจดีย์มีศิลปะผสมผสานล้านนากับพม่า ส่วนฐานบัวอยู่ในฐานยกเก็จซึ่งใกล้เคียงกับศิลปะล้านนายุคหลัง ส่วนรองรับองค์ระฆังมีรูปแบบศิลปะพม่า
ข้อโต้เถียงเรื่องอาหารดัดแปรพันธุกรรม
งานปฏิทัศน์ปี 2557
งานปฏิทัศน์ปี 2557 ที่ใหญ่ที่สุดที่เคยมีมาสรุปว่า พืชผลดัดแปรพันธุกรรมมีผลบวกต่อเกษตรกรรม เป็นงานวิเคราะห์อภิมานที่พิจารณางานวิจัยภาษาอังกฤษทั้งหมดที่เคยตีพิมพ์ เกี่ยวกับผลทางเกษตรและทางเศรษฐกิจของพืช ระหว่างปี 2538 จนถึงเดือนมีนาคม 2557 งานศึกษาพบว่า พืชผลทนยาฆ่าวัชพืชมีค่าใช้จ่ายในการผลิตน้อยกว่าพืชธรรมดา ในขณะที่พืชผลทนแมลงที่ลดระดับการใช้ยาฆ่าแมลง จะมีค่าใช้จ่ายสูงกว่าเพื่อซื้อพันธุ์พืช จึงมีค่าใช้จ่ายเท่ากับพืชธรรมดา
งานปฏิทัศน์ปี 2553
บทความในปี 2553 ที่สนับสนุนโดยสมาคมการค้าเกษตร CropLife International สรุปผลของงานวิจัยที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกัน 49 งาน โดยเฉลี่ยแล้ว มีการเพิ่มผลผลิตในอัตรา 6% สำหรับเกษตรกรในประเทศพัฒนาแล้ว และ 29% สำหรับประเทศกำลังพัฒนา
การไถนาลดลง 25-58% สำหรับถั่วเหลืองที่ทนยาฆ่าวัชพืช คือพืชที่ทนไกลโฟเสตทำให้เกษตรกรปลูกพืชเป็นแนวชิดต่อกันยิ่งขึ้น เพราะว่าไม่ต้องควบคุมวัชพืชด้วยการไถนา การใช้ยาฆ่าแมลงสำหรับพืช Bt ลดลง 14-76% และเกษตรกร 72% ทั่วโลกประสบผลบวกทางเศรษฐกิจ
งานปฏิทัศน์ปี 2552
ในปี 2552 กลุ่ม Union of Concerned Scientists (สหภาพนักวิทยาศาสตร์ผู้ห่วงใย) ซึ่งเป็นกลุ่มต่อต้านพันธุวิศวกรรมและการโคลนสัตว์เลี้ยงเป็นอาหาร สรุปงานวิจัยที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันเกี่ยวกับผลผลิตที่ได้จากถั่วเหลืองและข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมในสหรัฐ ว่า วิธีการเกษตรกรรมอื่น ๆ มีผลต่อผลผลิตในระดับชาติเมื่อเร็ว ๆ นี้ มากกว่าพันธุวิศวกรรม
งานวิจัยรัฐวิสคอนซิน
งานวิจัยที่มีลักษณะการตีพิมพ์ที่ไม่ทั่วไปโดยเป็นจดหมายถามตอบแทนที่จะเป็นบทความ ตรวจสอบข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมออกแบบเพื่อให้มีการแสดงออกของยีน 4 อย่างคือ ทนต่อหนอนเจาะข้าวโพดยุโรป ทนต่อหนอนรากข้าวโพด (corn rootworm) ทนต่อไกลโฟเสต และทนต่อกลูโฟสิเนต แบบทีละอย่าง ๆ หรือแบบผสมผสานกันในแปลงปลูกพืชรัฐวิสคอนซินระหว่างปี 2533-2553 แล้วพบว่า ผลผลิตที่ได้ปีต่อปีแตกต่างกันน้อยกว่าพืชธรรมดา โดยมีการเพิ่มผลผลิต 0.8-4.2 bushel/เอเคอร์ โดยที่พันธุ์ทนหนอนเจาะข้าวโพดยุโรปเพิ่มขึ้น +6.4 bushel/เอเคอร์ พันธุ์ทนกลูโฟสิเนตเพิ่มขึ้น +5.76 พันธุ์ทนไกลโฟเสตลดลง -5.98 และพันธุ์ทนหนอนรากข้าวโพดลดลง -12.22 งานศึกษาพบการปฏิสัมพันธ์กันระหว่างยีนในพันธุ์ที่มีการแปรพันธุ์หลายลักษณะ โดยที่ผลรวมกันที่ได้แตกต่างจากการบวกผลของลักษณะสายพันธุ์แต่ละอย่างเข้าด้วยกัน ยกตัวอย่างเช่น การรวมลักษณะสายพันธุ์ทนต่อหนอนเจาะข้าวโพดยุโรปกับลักษณะทนต่อกลูโฟซิเนตเพิ่มผลผลิตเพียงแค่ 3.13 bushel/เอเคอร์ ซึ่งน้อยกว่าพันธุ์ที่มีลักษณะต่างหาก ๆ สองพันธุ์รวมกัน
สภาวะการตลาด
มีบริษัทไม่กี่บริษัทที่ครองตลาดอุตสาหกรรมเมล็ดพันธุ์พืช ล้วนแต่เป็นบริษัทที่รวมหน่วยธุรกิจตามแนวยืน (vertically integrated) ในปี 2554 บริษัทเพียงแค่ 10 บริษัทควบคุม 73% ของตลาดโลก
ทรัพย์สินทางปัญญา
โดยธรรมดาทั่วไปแล้ว เกษตรกรของทุก ๆ ชาติเก็บเมล็ดพันธุ์พืชของตนเองเพื่อเพาะปลูกในปีต่อไป แต่ว่า เริ่มตั้งแต่ต้นคริสต์ทศวรรษ 1900 มีการใช้พืชลูกผสมอย่างกว้างขวางในประเทศพัฒนาแล้ว และเมล็ดพืชเหล่านี้ต้องซื้อปีต่อปีจากผู้ผลิต คือลูกหลานของข้าวโพดลูกผสม แม้ว่าจะไม่เป็นหมัน แต่ก็จะสูญเสียประโยชน์ (heterosis) ที่ได้จากพันธุ์ลูกผสม นี่เป็นเหตุหลักที่จะไม่ปลูกเมล็ดพันธุ์พืชรุ่นที่สอง แต่ว่า สำหรับพืชผลแปรพันธุกรรมเช่นถั่วเหลือง บริษัทเมล็ดพันธุ์จะใช้สัญญาบังคับโดยกฎหมายทรัพย์สินทางปัญญา และกฎหมายเกี่ยวกับการมอบการครอบครองทรัพย์ (bailment) เพื่อป้องกันเกษตรกรไม่ให้ปลูกเมล็ดพันธุ์ที่เก็บไว้ ยกตัวอย่างเช่น ใบอนุญาตการมอบการครอบครองทรัพย์ของบริษัทมอนแซนโตจะห้ามการเก็บเมล็ดพันธุ์ไว้ และบังคับให้ผู้ซื้อเซ็นสัญญาใบอนุญาตให้ใช้สิทธิบัตรต่างหาก
บริษัทผู้ผลิตกล่าวว่า จำเป็นที่จะป้องกันการละเมิดลิขสิทธิ์ของเมล็ดพันธุ์พืช เพราะเป็นหน้าที่ต่อผู้ถือหุ้นบริษัท และเพื่อเป็นทุนสำหรับการพัฒนายิ่ง ๆ ขึ้นไป บริษัทดูปองท์ใช้เงินครึ่งหนึ่งจากงบประมาณการวิจัยและพัฒนา 2,000 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 61,000 ล้านบาท) สำหรับเกษตรกรรมในปี 2554 ในขณะที่มอนแซนโตใช้จ่าย 1,500 ล้านเหรียญสหรัฐในปี 2557
แต่ผู้ไม่เห็นด้วยเช่นกลุ่มกรีนพีซกล่าวว่า กฎหมายสิทธิบัตรให้อำนาจทางเกษตรกรรมกับบริษัทมากเกินไป และศูนย์เพื่อการศึกษาเกี่ยวกับระบบนิเวศ (Center for Ecoliteracy) อ้างว่า "การจดสิทธิบัตรสำหรับเมล็ดพันธุ์พืชให้อำนาจกับบริษัทมากเกินไป ในเรื่องจำเป็นสำหรับชีวิตของทุกคน" ส่วนรายงานปี 2543 ภายใต้การสนับสนุนของบัณฑิตยสถานนานาชาติกล่าวว่า "ถ้าสิทธิของเครื่องมือ (ทางกฎหมาย)เหล่านี้มีการบังคับใช้อย่างเข้มงวดและทั่วไป และไม่มีการอนุญาตให้ใช้ หรือให้ใช้ฟรีในประเทศกำลังพัฒนา โอกาสการประยุกต์ใช้เทคโนโลยีแปรพันธุกรรมที่อธิบายมาก่อนแล้ว ก็จะไม่ให้ประโยชน์กับประเทศด้อยพัฒนาเป็นระยะเวลายาวนาน" (คือจนกระทั่งสิทธิบัตรหมดอายุ)