ประวัติศาสตร์มาเลเซีย
สงครามสามฝ่าย
เมื่อชาวมลายูเสื่อมอำนาจลงในภูมิภาคทำให้รัฐสุลต่านอาเจะฮ์ (Aceh sultanate) ของชนชาติอาเจะฮ์ซึ่งอยู่ตอนเหนือของเกาะสุมาตราเรืองอำนาจขึ้น ใน ค.ศ. 1564 สุลต่านอลาอุดดินอัลกาฮาร์ (Alauddin al-Qahar) แห่งอาเจะฮ์ยกทัพเข้าบุกยึดเผาทำลายเมืองยะโฮร์ลามาและจับตัวสุลต่านอลาอุดดินรีอายะต์ชาฮ์แห่งยะโฮร์ไปประหารชีวิตที่เมืองอาเจะฮ์ ในสมัยต่อมาของสุลต่านอาลียัลลาอับดุลยาลีลชาฮ์ (Ali Jalla Abdul Jalil Shah) ฟืนฟูเมืองยะโฮร์ลามาขึ้นอีกครั้ง แต่ทัพเรือโปรตุเกสบุกเผาทำลายเมืองยะโฮร์ลามาอีกใน ค.ศ. 1587 สุลต่านอาลียัลลาฯจึงย้ายเมืองหลวงไปยังบาตูเซอวาร์ (Batu Sewar) สุลต่านอาลียัลลาฯมีบุตรชายสองคน คนโตขึ้นสืบทอดตำแหน่งสุลต่านชื่อว่าสุลต่านอัลลาอุดดินรีอายะต์ชาฮ์ที่ 3 (Alauddin Riayat Shah III) แห่งยะโฮร์ บุตรชายคนรองชื่อว่ารายาบงซู (Raja Bongsu) ในสมัยของสุลต่านอัลลาอุดดินฯที่สาม อำนาจการปกครองที่แท้จริงอยู่ที่รายาบงซูผู้เป็นน้องชาย รายาบงซูสร้างความสัมพันธกับฮอลันดาโดยการส่งคณะทูตไปยังประเทศเนเธอร์แลนด์ใน ค.ศ. 1603 และทำสนธิสัญญาทางการค้าและการทหารกับนายคอร์เนลิส มาเตเลียฟ เดอ ยอร์จ (Cornelis Matelief de Jorge) ข้าหลวงใหญ่ของฮอลันดาในภูมิภาคอินเดียตะวันออกใน ค.ศ. 1606 โดยที่ยะโฮร์ให้ความช่วยเหลือทางทหารและเป็นที่พักพิงแก่ทัพเรือฮอลันดาในการต่อสู้กับโปรตุเกส เพื่อเป็นการคานอำนาจกับกับโปรตุเกสและอาเจะฮ์ในภูมิภาค สงครามระหว่างรัฐยะโฮร์ รัฐอาเจะฮ์ และโปรตุเกสที่เมืองมะละกา เรียกว่า สงครามสามฝ่าย (Triangular War) แม้ว่ารัฐยะโฮร์จะได้รับการสนับสนุนจากฮอลันดาแต่ก็ต้องเผชิญกับภัยคุกคามจากรัฐอาเจะฮ์อย่างหนัก ใน ค.ศ. 1613 สุลต่านอิซกันดาร์มุดา (Iskandar Muda) แห่งอาเจะฮ์ยกทัพเข้ายึดเมืองบาตูเซอวาร์จับตัวรายาบงซูกลับไปและทำให้สุลต่านอลาอุดดินฯที่สามแห่งยะโฮร์ต้องหลบหนีเสียชีวิต ใน ค.ศ. 1615 สุลต่านอิซกันดาร์มุดาแห่งอาเจะฮ์นำตัวรายาบงซูกลับมาตั้งขึ้นเป็นสุลต่านอับดุลเลาะฮ์มะอายะต์ชาฮ์ (Abdullah Ma’ayat Shah) แห่งยะโฮร์ และปีเดียวกันสุลต่านอิซกันดาร์มุดายกทัพเข้ายึดรัฐปะหังปลดสุลต่านวงศ์เดิมออกจากตำแหน่งและตั้งรายาบูยัง (Raja Bujang) บุตรชายของสุลต่านอลาอุดดินฯที่สามขึ้นเป็นสุลต่านแห่งปะหังแทน ใน ค.ศ. 1619 สุลต่านอิซกันดาร์มุดาบุกยึดเมืองไทรบุรี ใน ค.ศ. 1623 สุลต่านอับดุลเลาะฮ์มะอายะต์ฯเสียชีวิต รายาบูยังแห่งปะหังจึงขึ้นเป็นสุลต่านอับดุลยาลีลชาฮ์ (Abdul Jalil Shah) แห่งยะโฮร์ต่อมา รัฐยะโฮร์และปะหังจึงผนวกรวมเข้าด้วยกันเป็นรัฐเดียว สุลต่านอับดุลยาลีลชาฮ์ตั้งเมืองหลวงที่เกาะตัมเบอลัน (Tambelan Islands) ซึ่งอยู่ใกล้กับเกาะบอร์เนียวแห่งอันห่างไกลเพื่อหลีกเลี่ยงอำนาจของรัฐอะเจะฮ์ ต่อมาเมื่อฮอลันดาสามารถปราบปรามรัฐอะเจะฮ์ได้ อิทธิพลของรัฐอาเจะฮ์ในภูมิภาคมลายูจึงเสื่อมลง ใน ค.ศ. 1641 สุลต่านอับดุลยาลีลชาฮ์ส่งแม่ทัพเรือลักษมณาตุนอับดุลยามีล (Tun Abdul Jamil) เข้านำทัพเรือมลายูร่วมกับทัพเรือของฮอลันดาเข้าบุกยึดเมืองมะละกามาจากโปรตุเกสได้สำเร็จทำให้อิทธิพลของโปรตุเกสสิ้นสุดลง ฝ่ายยะโฮร์ยินยอมให้ฮอลันดาเข้าปกครองเมืองมะละกาต่อจากโปรตุเกสภายใต้เงื่อนไขว่าฮอลันดาจะได้ไม่แสวงหาขยายดินแดนเพิ่มเติมในแหลมมลายู เมื่ออำนาจของอาเจะฮ์และโปรตุเกสสิ้นไปแล้วสุลต่านอับดุลยาลีลชาฮ์จึงย้ายเมืองหลวงกลับมายังเมืองบาตูเซอวาร์ ขณะนั้นบนเกาะสุมาตรารัฐสุลต่านยัมบี (Jambi Sultanate) กำลังเรืองอำนาจขึ้น สุลต่านอับดุลยาลีลฯต้องการสานสัมพันธ์กับรัฐยัมบีจึงให้คำสัญญาว่าให้ยัมตวนมุดา (Yamtuan Muda) หรือทายาทสมรสกับบุตรสาวของสุลต่านแห่งยัมบี แต่ต่อมาสุลต่านอับดุลยาลีลฯผิดคำสัญญาให้ยัมตวนมุดาสมรสกับบุตรสาวของแม่ทัพเรือตุนอับดุลยามีลแทน นำไปสู่งสงครามยะโฮร์-ยัมบี (Johor-Jambi War) ใน ค.ศ. 1673 ทัพเรือยัมบีเข้าบุกยึดทำลายเมืองบาตูเซอวาร์สุลต่านอับดุลยามีลฯหลบหนีไปเมืองปะหังและเสียชีวิต ยัมตวนมุดาจึงขึ้นเป็นสุลต่านอิบราฮิมชาฮ์ (Ibrahim Shah) สุลต่านอิบราฮิมชาฮ์ว่าจ้างทหารรับจ้างชาวบูกิส (Bugis) มาจากทางตอนใต้ของเกาะสุลาเวสีมาเพื่อสู้รบกับทัพของรัฐยัมบีจนได้รับชัยชนะใน ค.ศ. 1679 หลังจากสิ้นสุดสงครามยะโฮร์-ยัมบีแล้วบรรดาทหารรับจ้าวชาวบูกิสไม่กลับถิ่นฐานของพวกตนแต่มาตั้งรกรากอยู่ที่แคว้นเซอลาโงร์