Gjon_Pali_II
Rinia
Pas vdekjes së babait të tij, ai filloi të mendonte seriozisht për prifterine. Në tetor të vitit 1942, ndërkohë që lufta vazhdonte, ai trokiti në derën e Residences se Ipeshkvinjeve në Kraków dhe kerkoi për të studiuar per priftëri. Menjëherë pas kësaj, ai filloi kurse në seminar te fshehte nëntokë të drejtuar nga Arqipeshkvi i Kraków, Adam Stefan Sapieha. Më 29 shkurt 1944, Vojtila u godit nga një kamion gjerman. Oficerët gjermanë e dërguan atë në spital, ku ai kaloi dy javë atje per tu shëruar nga një tronditje të rëndë dhe një dëmtim në shpatull. Ajo dukej atij se ky aksident dhe mbijetesa e tij ishte një konfirmim i thirrjes së tij. Më 6 gusht 1944, një ditë e njohur si "E diel e zeze", Gestapoja grumbulloi disa djem te rinj per te zvogeluar kryengritjen në Kraków e ngjashme me kryengritjen e fundit në Varshavë. Vojtila u arratis duke u fshehur në bodrumin e shtëpisë së xhaxhait të tij në rrugen Tyniecka, ndërsa forcat gjermane kerkonin akoma me teper trupa. Me shumë se tetë mijë burra dhe djem janë marrë atë ditë, ndërsa Vojtila u arratis në Pallatin e Arqipeshkvisë,, ku ai qëndroi deri pas gjermanët u larguan. alt=Karol Vojtila, babe e bir|majtas|parapamje|226x226px parapamje|294x294px|Karol Vojtila ne diten e Kungimit te Pare Në natën e 17 janarit 1945, gjermanët u larguan nga qyteti, dhe studentët rimekemben seminarin e shkatërruar. Vojtila ndihmoi një vajzë 14-vjeçare refugjate hebre të quajtur Edith Zierer, e cila kishte ikur nga një kamp pune naziste në Częstochowa. Edith kishte dale afer hekurudhave pas arratisjes se saj dhe Vojtila e mori  atë në një tren dhe qëndroi me të gjatë gjithë udhëtimit në Kraków. Edith ka falenderuar Vojtilenper shpetimin e jetes se saj atë ditë. B'nai B'rith dhe autoritetet tjera kanë thënë se Vojtila ka ndihmuar ne mbrojtjen e shumë të tjerë hebrenj polakë nga nazistët. Gjatë pushtimit nazist të Polonisë, një familje hebreje dërgoi djalin e tij, Stanley Berger, që të jetë e fshehur nga një familje polake. Prindërit e tij biologjikë Berger vdiqen gjatë Holokaustit, dhe pas luftës prinderit adoptues qe ishin te krishtere i kërkuan priftit te ri polak me emrin Karol Wojtyla, i ardhshmi Papa Gjon Pali II, të pagëzoje djalin. Papa i ardhshëm nuk pranoi, duke pretenduar se fëmija duhet të rritet me besimin hebraik te prindërve të tij bilogjike dhe jo si një katolik. Në shtator 2003, Emanuele Pacifici, kreu i bashkësisë hebraike të Italisë, propozoi që Gjon Pali II të marrë medaljen Righteous Among the Nations për të shpëtimin e një djali dy vjeçar hebre duke i dhënë  një familje polak në vitin 1942, kur Karol Vojtila ishte seminarist. Pas luftës, prinderit adoptues te krishtere te djalit kërkuan nga Papa i ardhshem të pagëzoje djalin, por përsëri ai refuzoi, si me Berger. Pas luftës, Karol Vojtila bëri të pamundurën për të siguruar që ky djalë hebre qe ai shpëtoi te largohet nga Polonia për t'u bashkuar me te afërmit e tij hebre në Shtetet e Bashkuara. Në prill të vitit 2005, menjëherë pas vdekjes së Gjon Palit të Dytë, qeveria izraelite krijoi një komision për të nderuar trashëgiminë e Gjon Palit II. Një nga mënyrat e propozuara të nderuar atë ishte për t'i dhënë atij medaljen Righteous Among the Nations. Në librin e fundit te Vojtilës, Kujtime dhe Identitetit, ai përshkroi 12 vjet e regjimit nazist si "brutalitet".