Islami_në_Shqipëri_(1913–1944)
Lufta e Dytë Botërore (1939–45)
majtas|parapamje|231x231px|Ish-Xhamia e [[Xhamia e Sylejman Pashës|Sulejman Pashës së Tiranës e shkatërruar gjatë Luftës së Dytë Botërore dhe minarja e saj para vitit 1967]] Më 7 prill 1939, Italia e kryesuar nga Benito Mussolini pas interesave të zgjatura dhe sferës gjithëpërfshirëse të influencës gjatë periudhës ndërmjet dy luftërave botërore pushtoi Shqipërinë. Shqiptarët myslimanë u përfshinë në rezistencën fillestare ndaj italianëve si majori Abaz Kupi, i cili me armë të pakta udhëhoqi forcat shqiptare dhe më vonë rezistoi nga malet e Shqipërisë së Veriut, ndërsa Mbreti Zog iku jashtë. Italianët krijuan një qeveri lokale kolaboracioniste dhe disa anëtarë vinin nga popullsia myslimane si kryeministri pronar tokash Shefqet bej Vërlaci. Kufijtë e Shqipërisë u zgjeruan dhe përfshinin Maqedoninë perëndimore bashkëkohore, Kosovën perëndimore dhe qendrore, pjesë të Malit të Zi jugperëndimor që përmbante popullsi të madhe shqiptare myslimane dhe një pjesë të rajonit të Sanxhakut që kishte kryesisht një popullsi myslimane shqiptare dhe sllave. Duke qenë se Zogu kishte krijuar një udhëheqje të pajtueshme të të gjitha grupeve fetare, ardhja e forcave të Boshtit nuk u përball pothuajse me asnjë problem prej tyre. Nga popullsia shqiptare myslimane, italianët u përpoqën të fitonin simpatitë e tyre duke propozuar ndërtimin e një xhamie të madhe në Romë, ndonëse Vatikani e kundërshtoi këtë masë dhe në fund nuk doli asgjë. Pushtuesit italianë fituan edhe simpatinë e myslimanëve shqiptarë duke bërë që të rriteshin pagat e tyre të punës. Dhëndri i Musolinit, Konti Ciano, zëvendësoi gjithashtu udhëheqjen e komunitetit mysliman sunit, i cili kishte njohur regjimin italian në Shqipëri me klerikë që ishin në linjë me interesat italiane, me një organizatë lehtësisht të kontrollueshme "Komiteti Mysliman", Fischer vëren se "komuniteti mysliman në përgjithësi e pranoi këtë ndryshim me pak ankesa”. Ndërsa pjesa më e madhe e urdhrit bektashi dhe udhëheqja e tij ishin kundër pushtimit italian duke mbetur një grup opozitar. Fischer dyshon se italianët u lodhën përfundimisht nga kundërshtimi i Urdhrit Bektashi dhe si rezultat i kësaj u vra kreu i tij Nijaz Deda. Përveç bektashinjve, italianët ndanë para për buxhetet e tre komuniteteve të tjera fetare gjatë kohës që ishin në Shqipëri. parapamje|Baba Faja Martaneshi në vitin 1944 Në Shqipëri dolën dy forca kryesore opozitare që luftuan kundër pushtimit të vendit nga Boshti. E para ishte Balli Kombëtar një lëvizje nacionaliste dhe antikomuniste shqiptare që kërkonte bashkimin e trojeve të banuara nga shqiptarët e Ballkanit në një shtet. Ajo luftoi italianët edhe pse të shqetësuar për ngritjen komuniste ata përfundimisht u rreshtuan me gjermanët drejt fundit të luftës dhe disa anëtarë të shquar të lëvizjes së tyre ishin myslimanë si Ali Këlcyra dhe kryeministri Mid'hat Frashëri. Një lëvizje komuniste e rezistencës shqiptare u shfaq në Shqipërinë e Jugut dhe myslimanët shqiptarë u përfaqësuan në radhët e saj drejtuese si Mustafa Gjinishi, Enver Hoxha, Mehmet Shehu e të tjerë. U shfaqën gjithashtu çetat e pavarura të rezistencës ose grupe të ndara nga forcat kryesore të rezistencës shqiptare që u udhëhoqën nga myslimanë si Myslym Peza dhe bektashi Baba Faja Martaneshi, nga të cilët të dy përfundimisht u rreshtuan me komunistët dhe Muharrem Bajraktari me Ballin Kombëtar. Përpjekjet për bashkimin e dy grupeve kryesore të rezistencës me Marrëveshjen e Mukjes (1943) dështuan dhe konflikti i zgjatur ndodhi deri në fund të luftës, në të cilën komunistët shqiptarë mbizotëruan mbi Ballin Kombëtar dhe forcat e Boshtit në tërheqje.