FC_Nitra
Profesionalizácia klubu a pôsobenie v slovenských súťažiach
V roku 1990 sa klub premenoval na FC Nitra. Do zahraničia odišiel najlepší hráč tímu Moravčík, no do kádra prišli talentovaní hráči Róbert Tomaschek, Peter Gunda, Norbert Hrnčár, Ivan Hucko, či Jozef Majoroš. Napriek silnému tímu sa Nitre vôbec nedarilo, dokonca v polovici sezóny vystriedal trénera Lešického Karol Pecze, no ani táto zmena nepomohla a Nitra obsadila predposledné miesto a zostúpila do druhej ligy. S pádom socializmu sa predstavitelia klubu rozhodli pre jeho profesionalizáciu po vzore futbalových klubov zo Západnej Európy. Túto myšlienku podporoval predovšetkým Milan Lešický a tak sa 1. januára 1991 Nitra stala oficiálne profesionálnym klubom, vôbec prvým v Česko-slovensku. V slovenskej časti druhej ligy Nitra zotrvala iba jednu sezónu, v ktorej obsadila prvé miesto a vrátila sa späť do najvyššej súťaže. Sezóna 1992/93 bola poslednou česko-slovenskou sezónou najvyššej futbalovej súťaže. Nitra obsadila 12. miesto a automaticky si vybojovala právo účasti v novovzniknutej slovenskej najvyššej futbalovej lige. Trénerom bol v tejto sezóne Stanislav Jarábek, pričom v klube začínali ďalší výborní mladí futbalisti Igor Demo a Martin Prohászka. V prvom ročníku samostatnej najvyššej slovenskej futbalovej súťaže sa Nitre veľmi nedarilo. V základnej časti obsadila predposledné 11. miesto a v konečnej tabuľke skončila dokonca úplne posledná. Nasledoval zostup a tak sa klub v sezóne 1994/95 predstavil v druhej lige. Túto hneď v prvej sezóne vyhral a postúpil tak späť do najvyššej súťaže. Ani v sezóne 1995/96 sa však Nitre v prvej lige nedarilo, keď v základnej časti obsadila znova predposledné miesto. V následnej skupine o záchranu sa však klubu podarilo tesne o jeden bod zachrániť. Už v sezóne 1996/97 však Nitra skončila predsa len posledná a zostúpila do druhej ligy. V druhej lige Nitra strávila iba jednu sezónu, keď vyhrala ročník 1997/98 a vrátila sa späť do najvyššej súťaže. V ročníku 1998/99 sa klub umiestnil na 12. mieste. V sezóne 1999/2000 obsadila Nitra 13. miesto, no keďže sa znižoval počet účastníkov prvej ligy, zostúpila Nitra do druhej ligy. Tento rok klub ťahali predovšetkým mladí odchovanci ako Ján Mucha st., Eduard Hrnčár, Juraj Dovičovič, Róbert Jež a Ivan Hodúr. V ročníku 2000/01 druhej ligy sa Nitre darilo, dala suverénne najviac gólov, najlepším strelcom súťaže sa stal hráč klubu Mário Breška. V rozhodujúcom zápase s jediným konkurentom na postup Dubnicou však Nitra neuspela a pre horšie vzájomné zápasy obsadila iba druhé miesto a nepostúpila tak do najvyššej súťaže. Nasledoval odchod najlepších hráčov a klub začal mať problém aj s umiestnením v druhej lige. V sezóne 2002/03 skončil dokonca tesne nad hranicou zostupu do tretej ligy. Tento stav bol výsledkom finančných problémov klubu, ktorý nevyplácal mzdu svojim hráčom, ktorí vyhlásili dokonca štrajk. Objavili sa však ďalší mladí talentovaní hráči ako Marek Bakoš. V roku 2003 prišiel do klubu mladý tréner Ivan Galád. Pod jeho vedením sa hra tímu začala postupne zlepšovať. V júni 2004 sa na jeden zápas vrátil Ľubomír Moravčík, ktorý odohral niekoľko minút zápasu druhej ligy za Nitru, čím definitívne ukončil svoju profesionálnu kariéru. V sezóne 2004/05 sa klubu po dlhšej dobe znova viac darilo, vyhral druhú ligu a postúpil do najvyššej súťaže.