Vírus_ľudskej_imunitnej_nedostatočnosti
Perzistencia a latencia
Napriek tomu, že vírus HIV nepatrí ku klasickým latentným vírusom, môže vírusová nákaza za určitých podmienok (antiretrovirálna terapia) prebiehať formou neproduktívnej perzistentnej infekcie. HIV vírus počas retrovirálnej terapie perzistuje v rezervoároch, ktoré sú rezistentné na terapiu a bránia kompletnej liečbe nákazy. Rezervoáre môžeme charakterizovať ako bunky alebo anatomické štruktúry asociované s replikácie schopným vírusom, ktorý tu perzistuje za stabilnejších kinetický podmienok v porovnaní s replikujúcim sa vírusom. Dosiaľ sú známe dva typy rezervoárov, v ktorých môže vírus perzistovať. V prvom prípade môže ísť o zvyškovú replikáciu vírusu v bunkách, ktoré nie sú ovplyvnené anti-retrovírusovov terapiou. Pravdepodobnou príčinou je zlá difúzia liekov v lymfatický tkanivách alebo replikácia v imunitne privilegovaných oblastiach ako sú semenníky. Vírus je takto schopný replikovať sa v nízkych dávkach. Druhým typom rezervoárov sú malá skupina latentne infikovaných buniek (najmä bunky CD4+), kde vírus perzistuje celé roky. Latentne infikované bunky sú definované ako bunky obsahujúce vo svojom genóme celú genetickú informáciu vírusu (provírus), ktorý aktívne neprodukuje nové virióny. Produkcia viriónov sa obnoví až po opätovnej stimulácii. Aj keď sa vírus v týchto bunkách nereplikuje, úplne vypnutie vírusového promótora nastáva pomerne vzácne a preto sú v týchto bunkách väčšinou produkované malé množstvá krátkych vírusových transkriptov. Navyše malé množstvo z týchto buniek sa pravdepodobne replikuje konštantne a vytvára tzv. „aktívny rezervoár“, ktorý aj počas antiretrovírusovej terapie udržuje konštantnú reziduálnu virémiu. V niektorých prípadoch sa tiež môže stať že sa do bunkového genómu integruje aj defektný provírus. Tieto provírusy nie sú schopné vytvárať nové provírusy, ale napriek tomu produkujú vírusové transkripty a vírusové proteíny. Tieto častice prispievajú k dlhodobému zápalu a aktivácii T buniek, čo následne nepriamo pomáha udržovať perzistentnú infekciu stimuláciou infikovaných buniek k proliferácii. HIV rezervoáre môžu byť roztrúsené v rôznych orgánoch  a tkanivách po celom tele. Perzistentne infikované bunky môžeme nájsť napríklad v krvi, lymfatických uzlinách, črevách, centrálnom nervovom systéme, pľúcach, kostnej dreni alebo genitálnom trakte. Z hľadiska bunkových typov, primárnymi nositeľmi latentných provírusov sú CD4+ bunky. CD4+ T bunky sa ďalej rozdeľujú na niekoľko subtypov s rôznymi funkciami, životnosťou a schopnosťou proliferovať. Najmä subtypy málo diferencovaných CD4+ pamäťových buniek ako sú pamäťové bunky kostnej drene (Tscm) a centrálne pamäťové bunky (Tcm) obsahujú HIV genómy vo veľkej miere počas antiretrovírusovej terapie. Tieto sa vyznačujú vysokou mierou proliferácie po kontakte s antigénom a sú prekurzorom pre efektorové pamäťové bunky (Tem). Ďalšími subtypmi CD4+ T buniek, u ktorých sa vo veľkej miere vyskytuje integrovaný HIV provírus sú TH17, TH1 a Tfh (folikulárne mocné lymfocyty). V menšom meradle môžu byť rezervoárovými bunkami aj bunky myeloidnej línie ako sú monocyty, makrofágy a folikulárne dendritové bunky. Ale nie je známe akú veľkú úlohu zohrávajú pri reaktivácii vírusu po dlhodobej antivírusovej terapii. Latencia je v bunkách udržiavaná cez klasické bunkové signalizačné dráhy, ktoré zabezpečujú prežívanie a delenie buniek. K obnovovaniu rezervoára latentne infikovaných buniek spoločne prispievajú tri mechanizmy: (a) proliferácia buniek po rozoznaní antigénu, (b) proliferácia s cieľom udržať homeostázu a (c) proliferácia spôsobená integráciou vírusu HIV do genómu bunky.