Vírus_ľudskej_imunitnej_nedostatočnosti
Štruktúra a genóm
Maturovaná vírusová častica vírusu HIV je kruhový útvar s priemerom približne 100 nm. Na povrchu sa nachádza lipidový obal zložený z lipidovej dvojvrtsvy. Z vonkajšej strany lipidovej membrány vyčnieva 72 výbežkov tvorených trimérmi proteínu Env. Ďalším povrchovým proteínom podieľajúcimi sa na lipidovej dvojvrstve vírusu HIV je povrchový proteín gp120 (SU), ktorý je ukotvený v membráne cez transmembránový proteín gp41 (TM). Pod lipidovou dvojvrstvou sa nachádza symetrická vonkajšia vrstva kapsidovej membrány zloženej z matrixového proteínu p17 (MA). Samotný kapsid vírusu má kónickú štruktúru a je zložený z kapsidového proteínu p24 (CA). Každá vírusová častica obsahuje približne 2000 molekúl proteínu p24. Vnútri kapsidu sa nachádzajú nukleové kyseliny nesúce jeho genetickú informáciu spolu s nadviazanými vírusovými enzýmami reverzná transkriptáza (RT) a integráza (IN). Genetická informácia vírusu HIV je kódovaná dvoma identickými ssRNA molekulami. Ďalšími štruktúrami vnútri viriónov sú oligopeptidy, ktoré vznikli po uvoľnení z hostiteľskej bunky počas maturácie virónu prostredníctvom proteolytického štiepenia prekurzorových proteínov (p55, p160). Tieto sú prekurzormi pre proteíny Gag a Gag/Pol. Medzi regulačné proteíny ktoré sa uplatňujú v životnom cykle vírusu patrí napríklad proteín Tat (transaktivátor transkripcie), ktorý moduluje aktivitu vírusového promótoru a tým urýchľuje transkripciu. Viaže sa na TAR sekvenciu vírusovej RNA (s bunkovou RNA nereaguje). Tat proteín je tiež schopný transaktivovať ďalšie HIV genómy prítomné v bunke. Jeho expresia je indukovaná ďalším Tat enzýmom alebo aj cytokínmy p65 a NFκB. Regulačným proteínom je aj proteín Rev, ktorý vírusu umožňuje prepínať medzi dĺžkou zostrihu novo produkovanej vírusovej RNA. Takto vírus produkuje najskôr na začiatku replikácie regulačné proteíny a neskôr alternatívny zostrihom prechádza na transláciu štruktúrnych proteínov. Proteín Nef je zodpovedný za reguláciu expresie CD4+ molekúl na povrchu infikovaných buniek. Infikované bunky následne nemôžu byť superinfikované ďalším vírusom HIV. Strata CD4+ tiež výrazne oslabuje imunitnú odpoveď infikovaného organizmu. Medzi regulačné proteíny ešte zaraďujeme proteíny Vif, Vpr a Vpu, tieto všetky majú vplyv na množstvo a rýchlosť produkcie vírusových častíc. Na to aby sa z vírusu stal provírus musí sa RNA prepísať na DNA (provírusová DNA) metódou reverznej transkripcie. Vznik DNA je nasledovaný degradáciou vírusovej RNA a inkorporáciou vírusovej dvojvláknovej (ds) DNA do genómu hostiteľskej bunky. Vírusová DNA je zložená z niekoľkých čítacích rámcov, ktoré sú z oboch strán ohraničená LTR sekvenciami (LTR  – long terminal repeats). LTR sekvencia na 5´ konci je promotorovou oblasťou pre transkripciu vírusových génov. V smere od 5´ konca k 3´ koncu nasledujú čítacie rámce pre gag gén, pol gén a env gén. Tieto gény dávajú vzniknúť množstvu štruktúrnych proteínov vírusu. Gag oblasť je zodpovedná za proteíny vonkajšej membrány MA (p17), kapsidový proteín CA (p24) a nukleokapsid NC (p7) a menšie proteíny, ktoré stabilizujú nukleové kyseliny vírusu. Pol gén kóduje enzýmy proteáza PR (p12), reverzná transkriptáza (RT, p51), RNáza H (p15) prípadne RNázu H s reverznou transkriptázou dokopy (spoločne označené ako p66) a integrázu (IN, p32). Gén env kóduje obálkové proteíny gp120 povrchový proteín a gp41 transmembránový proteín. Okrem už zmienených štruktúrnych génov, genóm vírusu HIV kóduje aj proteíny regulačné: Tat (transactivator) proteín, Rev (RNA splicing regulator) proteín, ktoré sú dôležité pri pre započatie vírusovej replikácie a proteíny Nef (negativ regulating factor), Vif (viral infectivity factor), Vpr (virus protein r) a Vpu (virus protein unique), ktoré majú vplyv na vírusovú replikáciu, pučanie vírusu z bunky a celkovú patogenitu vírusu. Pri víruse HIV-2 je na miesto proteínu Vpu prítomný proteín Vpx (virus protein x), táto zámena je čiastočne zodpovedná za zníženú patogenitu HIV-2 v porovnaní s HIV-1. Genóm vírusu SIV je totožný s genómom pre HIV-1.