Deke_Slayton
Vo vedení NASA
Program Apollo sa musel pozastaviť a prehodnotiť. Krátko po nehode Apolla 1 Slayton požiadal Wallyho Schirru, Donna Eiseleho a Waltera Cunninghama, aby po obnovení programu uskutočnili prvý pilotovaný let kozmickej lode Apollo. V pondelok 8. apríla 1967 sa v malej zasadačke v budove číslo 4 Strediska pilotovaných letov zišla skupina 18 astronautov. Neboli tu všetci tak, ako na pravidelných pondelkových poradách. Avízo o schôdzke dostali len tí, ktorí už za sebou mali aspoň jeden let v Gemini. Slayton im hneď v úvode oznámil: „Chlapi, ktorí sa budú podieľať na prvých mesačných výpravách, sedia v tejto miestnosti.“ Výcvik posádok sa opäť rozbehol a do oddielu astronautov pribudli medzitým aj ďalšie posily. Slayton sa tiež nevzdával svojej šance na kozmický let. Stále bol nefajčiarom, obmedzoval alkohol a snažil sa cvičiť a behať. Naučeným nenápadným pohybom si vždy zmeral na zápästí tep, aby sa tak uistil, či fibrilácia srdcových predsiení neodišla. Na jar 1967 sa dozvedel o lieku Quinadine, ktorý mal vraj potláčať fibriláciu. Deke zašiel za šéflekárom astronautov Dr. Charlesom Berrym, ktorý mu vykonal testy a vyšetrenia, aby sa ubezpečil, či môže ten liek užívať. Výsledky ukázali, že Deke ho môže začať užívať. Liek si vyžadoval striktné dávkovanie a Slayton ho užíval každých 6 hodín, takže sa musel pre dávku budiť aj v noci. Fibrilácia mu však postupne zmizla. Potom mu bolo možné znížiť dávkovanie na tri tablety denne, ale pri jeho hektickom životnom tempe občas na nejakú dávku zabudol, a tak sa mu v júli 1967 fibrilácia vrátila. Keď sa v auguste 1968 oficiálne rozhodlo, že nasledujúci pilotovaný let programu Apollo, čiže Apollo 8, poletí v prípade úspechu Apolla 7 k Mesiacu, Slayton prehodil posádky Apolla 8 a 9 kvôli ich skúsenostiam s lunárnym modulom, keďže Apollo 8 malo letieť bez neho. Vďaka Slaytonovej rotácii posádok sa 9. januára 1969 Neil Armstrong, Michael Collins a Edwin „Buzz“ Aldrin oficiálne stali hlavnou posádkou Apolla 11. Počas tejto misie ľudia prvýkrát pristáli na Mesiaci. Dňa 20. júla 1969 sa nimi stali veliteľ Armstrong a pilot lunárneho modulu Aldrin. Bolo to po prvýkrát, keď sa človek dostal na iné prirodzené kozmické teleso ako na Zem. Pilot veliteľského modulu Collins bol v tom čase na obežnej dráhe okolo Mesiaca. Slayton medzitým pokračoval v zostavovaní posádok misií na zostávajúce pristátia na Mesiaci. V roku 1969 sa šéfastronaut Alan Shepard mohol vrátiť späť do letového stavu. Shepard spolu so Slaytonom nominoval seba za veliteľa najbližšej možnej mesačnej misie, ktorou v tom čase bolo Apollo 13. Za normálnych okolností mal byť vďaka zabehnutému Slaytonovmu systému rotácie posádok veliteľom Apolla 13 astronaut Gordon Cooper, ktorý predtým pôsobil v úlohe veliteľa záložnej posádky Apolla 10, a teraz očakával let na Mesiac. Cooper ale v úlohe veliteľa záložnej posádky podľa Slaytona nepresvedčil. Často bol namiesto učební a simulátorov v garážach, kde si opravoval pretekárske autá, s ktorými sa potom účastnil rôznych pretekov. Coopera tak nahradil Shepard, ktorý dostal možnosť zostaviť si posádku podľa svojho úsudku. Keď Slayton predložil navrhovanú posádku Apolla 13 vedeniu NASA, vtedajší šéf divízie pilotovaných letov pri riaditeľstve NASA George Mueller to odmietol. Slayton tak požiadal Jima Lovella, ktorý vtedy len nedávno pôsobil ako veliteľ záložnej posádky Apolla 11 a bol už tiež určený za veliteľa misie Apollo 14, či by jeho posádka bola namiesto Apolla 14 ochotná letieť už v Apolle 13. Lovell súhlasil a Shepardova neskúsená posádka dostala misiu Apollo 14.