Deke_Slayton
Vo vedení NASA
V jeden deň Slayton a Shepard požiadali o prúdové lietadlo NASA, ktorým by mohli letieť z Houstonu na Cape Canaveral. „Je mi ľúto, ale to nemôžete urobiť,“ povedal im Dr. Berry. ''„Viem, že to znie hrozne, ale dvaja poloviční piloti nedajú dohromady jedného celého. Musíte mať so sebou ďalšieho kvalifikovaného pilota.“'' Pod Slaytonovým vedením ako asistenta riaditeľa pre operácie letových posádok a neoficiálne tiež šéfastronauta bolo asi 300 ľudí a začínal cítiť, že je to na neho už priveľa. Frustrovaný Shepard uvažoval spočiatku po vyradení z letového stavu o odchode z NASA a návrate k námorníctvu, ale Slaytonovi sa podarilo ho prehovoriť, aby zostal. Dňa 8. júla 1964 Shepard nastúpil do funkcie vedúceho Úradu astronautov (Chief of the Astronaut Office), ako sa odteraz oficiálne nazývala pozícia šéfastronauta. Počas prvých nominácií na lety programu Gemini sa začal objavovať typický Slaytonov systém rotácie posádok, kedy sa záložná posádka danej misie stala hlavnou posádkou o tri misie ďalej. Tento systém sa napriek občasným výnimkám udržal po celú dobu Slaytonovho fungovania v riaditeľstve operácií letových posádok. V roku 1966 bol povýšený na riaditeľa operácií letových posádok (Director of Flight Crew Operations). NASA sa v rámci programu Gemini podarilo nacvičiť všetky dôležité základné postupy potrebné k letu na Mesiac. V novembri 1966 program úspešne skončil. Teraz bol na rade prvý pilotovaný let programu Apollo, ktorého štart sa plánoval na 21. februára 1967. Slayton na let Apollo 1 (vtedy ešte označovaný ako AS-204) menoval svojho kamaráta Gusa Grissoma, Edwarda Whitea, prvého Američana, ktorý vystúpil z kozmickej lode do otvoreného vesmíru, a nováčika Rogera Chaffeeho. V piatok ráno 27. januára 1967 sa v jedálni na ubytovni posádok v Budove pilotovaných letov (Manned Spacecraft Operations Building) na Cape Kennedy zišli hlavná posádka Apolla 1, záložná a podporná posádka, Stuart Roosa, ktorý mal pri plánovanom teste pôsobiť ako CAPCOM v štartovnom bunkri, Deke Slayton a riaditeľ programu Apollo Joe Shea. Test, ktorý sa mal vykonať, bol známy ako „plugs out test“. Mal sa simulovať kompletný finálny odpočet až do momentu, kedy loď aj nosná raketa prejdú na interné zdroje energie. Všetko malo byť úplne rovnaké ako v deň štartu len s tým, že raketa Saturn IB bola nenatankovaná. Všetky ostatné aspekty, vrátane natlakovania kabíny kozmickej lode kyslíkovou atmosférou na 16 psi (110 kPa), mali byť totožné s konfiguráciou v štartovný deň. Počas raňajok astronauti preberali problémy, ktoré sa týkali najmä biednej kvality rádiového spojenia. V predošlý večer sa Grissom a Slayton dohodli, že Deke bude počas testu monitorovať komunikačné problémy priamo v kabíne. Ráno 27. januára však už na to mali iný názor, keďže Deke by musel mať svoju vlastnú improvizovanú prípojku na slúchadlá, ktoré by mohli celú záležitosť skresliť. Slayton sa tak rozhodol celý test sledovať z bunkra riadenia štartu, kde sa pripojil k slúchadlovému vstupu konzoly CAPCOM-a Stuarta Roosu. Test sa stále viac predlžoval a prítomní začínali byť unavení a nervózni. O 18:31:04 miestneho času sa na komunikačnom okruhu ozval Grissomov prekvapený výkrik. Vzápätí sa ozvali aj hlasy ostatných dvoch členov posádky. V štartovnom bunkri spočiatku nechápali, o čo ide. Stačil však pohľad na malú obrazovku na konzole CAPCOM-a, ktorá prenášala obraz z kamery zameranej na okno v poklope kabíny. Kruh okna bol bežne tmavý, ale teraz ho osvetľovalo jasne biele svetlo. Deke chvíľu sledoval pokusy technikov na rampe o záchranu posádky. Potom vyskočil zo stoličky, schmatol dvoch neďaleko stojacich lekárov, Freda Kellyho a Alana Hartera, a vyrazil z dverí bunkra smerom k rampe. Keď prišli na miesto, kabína už bola otvorená. Okolo sa povaľovali hasiace prístroje a použité chemické masky. Stačil im jeden pohľad do vnútra kabíny a bolo im jasné, že prišli neskoro. Potom sa zistilo, že v dôsledku chyby na kabeláži kabíny preskočila iskra, ktorá v atmosfére tvorenej čistým kyslíkom spôsobila požiar. V priebehu niekoľkých desiatok sekúnd posádka upadla do bezvedomia a zahynula v dôsledku vdýchnutia toxických splodín.